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gi|3                          :                       AAAAAT------CA-G-T-G-ACG--TCATGT-AT-T-----GT-G-G--TTA-G-T---C-ATT-GC-------A-TA--------------A--TT-CG-A------C-T--ATT--CAAT--A--CTT---------AG-T-A----------GT---T------GAATAG-TC---A-G-C-TATTC---AATG----C---TAT---T------------AC--T---GTTGAATAGAT-------A---AC------T-A-TT--CAA-C-TG-------T---------------TGCT----TATAAAgcgtacaatctaatggctgcagttgttctgaataatcataataaaatcccacaacccagtgttcttaac
gi|26                         :                       AAAAAT-T--T-CA-G-T-G-ACG--TTATCC-AT-T-----GT---G-TTTA-A-T---C-ATT-GA-------A-TA--------------G--TT-CG-tagtcaacttttgctcttaacatttactattctacttttggtttaaaggttgcaaagaaaacaacaaatggcacgtagattcagttttatttagatttccacagaaaaacaccttccttgatttacacacacattgagatatacatgtatccatataattacttgtatcacgtttattgaaacacgttacattatacatgcaatgataatccattgcataacgccgctttcttcttggtcctgttcaatgcttgttctcacgtaggacttgactgtaccataacagcgacaagttttaaaattatcggcgtacattctagtgcagttgtcctgaatgtattagaatacatacatgtatatgtacctatctcaacat
gi|11                         :                        AAAAT-T--T-CA-A-T-G-ACG--TCATCC-A--T-----ATTGTG-TTTA-A-T---C-AAT-GA-------A-TA--------------G--TT-TG-A------C-T--ATA--TAAT--A--T-T---------TA-G-A-----A----GT---T------GAACA--ATC--A-A-C-TATTC---AA----------TGTCATT------------AC--T---A---------TTCCTTTTA---AT------T-A-TT--CAA-C-AG-------T--------------TGGTT----TA-AA-GTT-T--GC----AAATAA--AG-AAAA---CTA-----C-AG-CTTG---C--------AC-G--T--ACA---------T-TG--AG----T-T--------AC--A------T-TT---------------------------------AAAG-----C---ACCTT--T---CT-TG-ATTTA-------CAC---A--C-AA-AT-----T-G--AG-C-T---A------T--AT-CCAG----CG------AAT-TG-C-TT-G-TA-TC--AC-G-T--T-C-A-T-T-GAA------------ACA-C----ATTA---CA--T------T--
gi|22                         :                        AAAATAT--T-CA-G-T-G-ATG--TCATCT-A--TTTCAAAT-G-A-TTT--G-T---C-ATT-GA-------A-TA--------------G--TT-TG-A------C-T--ATTACTAAT--GTTC-C---------AA-T-A-----Cctacatgtacttatttttcaatgtacagtcactagctttttggtcctacatcgtatattgacagcttcttctaacgtagaacttgactgcctctgaacagcgacatactatttgttccgacattgagcggcatacattttagtggctgcagt
gi|23                         :                           tg-T--T-TA-G-T-G-ACG--TCATCC-AT-T-----GT---G-TTTA-A-T---C-ATT-GA-------A-TA--------------G--CT-CG-A------C-T--
gi|13                         :                                    A-G-T-G-ACG--TCATCC-A--T------T-GTA-TTTA-G-T---C-ATT-GA-------A-TA--------------A--TA-TG-A------C-A--ATTT-CAATATG--C-TTAGGAGTTGAA-T-AGTCAACT---AT---TACTGACGGATAG-AT---A-A-C-TATTC---AA------C---TGT---T------------GT--TA--G---------T-------A---AC------T-A-AT--CAA-T-TG-------T--------------TTGTT----TA-GA-GCT-T--GC----AAATAA-GAA-AAAA----AACT--AC-AG-ATTG---T--------AC-G--T--AAT---------T-TA--AG----T-T--------CC--A------T-TT-T-GAA---TT-GAA--CAG-AA--TA-----AGA-------------CCTT-T---CT-TG-ATTTA-------CTT---A--G-TC-AT-----C-A--AA-C-T---A------T--AT-TCGT----AA------AAT-TA-T-GT-A-TA-TC--AC-A-T--T-C-A-T-T-GAA-----------------------------A--C------T--CAT--------------------T-GC-AGT--T--C---A-CTT-G--C-T-TC-T-TGGTC--C-TGT-gacattttaaagttgtgcatatgagggaata
gi|1                          :                                           -ACG--TCATCC-A--TT----GT-T-GCTTTA-G-CTGCC-ATTTGA-------A-TA--------------G--TT-CG-AAAAAAAT-A--ATT--CAAC--G--C-T---------AA-TTA-----CC---GTGTTT------G--TATGAT---AGA-C-TATTC---AAAAATAGC---T-C---T-------------T--T---G---------T-------A---AC------TTA-TTATCAG-T-TG-------TCTTAGAGATATATAGAGATA---TA-AAAGCA-TCGGC----AAATAA-GA--AAAA---CAG-----C-AA-ATTGGGGC--------AC-GGGT--AAAAAAGTCTTCT-TG--AGGTCTT-TGCACTAACTC--AATG---T-TT-TAGAAACATT-TCA--CAC-AACGAACTAGCAAAAA-----TCCAACCTTT-T---CAATG-AATTA-------CAC---A--C-CC-AC-----------G-C-C---A------TCGACACCATTATTAG------AAT-TG-CCTT-G-TA-TA--AC-G-T--T-C-A-T-T-GAA------------TTA-C----ATTG---CA--C------A--AATCAA--T---A-CAA-AAA--C-AC-AAT-AT--TCTAG-GCT-G--CGT-TC-G-TGGTCTTC-TGTGT-CA----TTGTT---ttacgcaggatttataattgttctgtacattcaaattgctgcagttgctcttattgatcaca
gi|7                          :                                                 aaactcttcaattgggga-G-G-TTTA-T-G---C-GTT-GA-------A-TA--------------G--TC-GA-A------C-T--ATT--CAAccaattaagggtggagagtgtcgtgtgaattgagcgtacagtatgaaaaatagtgcggcgtgtatcattcatacgatggctttgcagctgttctgaagaatgacattaattaataaaatcccaactaaagctcagtgtgt
gi|4                          :                                taaaaaaattcagtgagtcctccaattgtgtttagtcta-TTTA-A-TA--C-AAT-GA-------A-T-------------------------------C-T--ATT--CAAC--G--C-T---------AT-T-A-----CC---GT---T------GAATA--GT---A-A-CTTATTC---AA------C---TGC---T------------AC--T---T---------G-------A---AC------T-A-TT--CAA-C-TG-------TC-------------TGGCT-------AAAGCA-T--GC----AAATAG-AAG-AAAAC--CCA----ACAAA-ATTG---C--------AC-GA-T--AAT---------T-TT--AG----T-T--------TC--ATT----T-TT-T-G-A---TT-CAC--CAG-AATGAA-----AAAAATGGAGC---AGCTCG-GGTTCA-TGTAATGT-------CAC---A--C-AC-AT-----T-G--AG-CGT---A------TA-AT-CCAC----AG------AAT-TG-C-TTGG-TA-TC--AC-G-GTTT-C-A---T-GAG-------------GG-CGGGGA-TAG--CA--A------T--AAT-AA--TA--CGCAATAAA--C-ACGAAT-ATA-T---AGGCT-G--C-T-TC-G-TGGTG--C-TAT-T-CA----TTGTTAGGA-AT--AGC--G-GCGTAA--------ATG--Tgttgaaagataacaattaaactgctacttgtaactattcaaactgttgccttaaagcaatgcaaataagagaaaacaacaaattgcacgtaaataaatttagttttattttgaattccacagaaaagaaacactttcataaattatacacgcaactgagccatatcccagaattgcttgtatcaaacgttcatttaaattacaatggccactaaatatccaaaaacacaatattagctggcttcgtggtctgttcatgttcacagcgacaagtacaaatgtattaaatagcggcgtacattctatgggctgccagttgttctgaatgaattataataaaccccacaaaaacccagtgtttctta
gi|3                          : aacactgggtttgtgggattttattataattcattcagaacaactgcacagccactagaatttacgccgctaTTA-G-T---A-GTT-GA-------A-TA--------------G--T--CA-G------C-T--ATT--CAAT--G--C-T---------AT-T-A-----CT---GT---T------GAATAG-AT---A-A-C-TATTC---AA------CTGTTGC---TTATAAATAGTCAAC--TTTTGCTCT-----T-------A---ACATTTACT-A-TT--CTA-C-TT-------T--------------TGGTT----TA-AAGGT--T--GC----AAA------G-AAAA---CAA-----C-AA-ATGG---C--------AC-G--T--AGA---------T-TC--AG----T-T--------TT--A------T-TT-A-GAT---TT-CCA--CAG------------AAAAA-----C---ACCTT--C---CT-TG-ATTTA-------CAC---A--C-AC-AT-----T-G--AG-A-T---ATACATGT--AT-CCAT----AT------AAT-TA-C-TT-G-TA-TC--AC-G-T--T-T-A-T-T-GAAACACG-------TTA-C----ATTA---TA--CATGCAAT--GAT-AA--T---C-C-A-TTG--C-AT-AAC-GC--C---G-CTT-T--C-T-TC-T-TGGTC--C-TGT-T-CA----ATGCT---T-gcgctgtgcagttgtacgagtggattataataaaatcccaccaaaaccagtggtctta
gi|20                         :               aaaaatcagtgacgtcatgtattgtggttagtcattgcataattcgactattcaatacTTA-G-T---C-ATT-GA-------T-TT--------------G--TT-TG-A------C-T--ATC--CAAT--A--C-T------------T-AG----CA---GT---T------AAATgttctcacgtaggacttgactgtaccataacagcgacaagttttaaaattatcggcgtacattctagtgcagttgtcctgaatgtattagaatacatacatgtatatgtacctatctcaacat
gi|10                         :                                                              caagtatcattaTA-G-----C-AGT-GA-------AATA--------------G--TT----AT-----C-T--ATT--CA-C--G--G-T---------AA-T-AG----CC---GT---T------GAATAG-TC---A-A-C-TATTC---AA------T---GAC---T------------Agatcaaaatacatgcactcgatgtttttattgtt
gi|4                          :                                         aaaaattgtcaagtgacgtcatccatttgtgttTA-G-C---A-GTT-GA-------A-TAA-------------G--TT----A------C-T--ATT--CAAC--G--G-T---------AA-T-A-----GC---GT---T------GAATAG-AT---cttgtacctatttcaactgttggccataatgcatgcaaataaggaaaacaacaaatgccacgtaaatattagtttcatttttgaattccacaagaaaaaacaacctttcatgatttacacacacatgagaatttatccacagattgcttgtattcacgttcattgatttatatgcacataaatatccaaacaccaacattagctgcttcgttggtgctgttcattgttcgacagcttacaagtattttaaatagcggcgtacattctagtggctgtagttatgttctgaatgaatttaattaaaatcccacaaacccagttgtctt
gi|9                          : aacactgggtttgtgggattttattataattcattcagaacaactgcacagccactagaatttacgccgctatttaatacaatgaTT-AA-------A-TA--------------G--TT----AT-----C-T--ATT--CAAC--G--G-T---------AATT-A-----GC---GT---T------GAATAC-GTCCGA-A-C--ATTC---AA------T---GAC---T------------Acttgaactattcaactgtctggctaaagcatgcaaatagaagaaaacccaacaaaattgcacgataattttagtttcattttttgattcaccagaatgaaaaaaatggagcagctcgggttcatgtaatgtcacacacattgagcgtataatccacagaattgcttggtatcacggtttcatgagggcggggatagcaataataatacgcaataaacacgaatatataggctgcttcgtggtgctattcattgttaggaatagcggcgtaaatgtgcgctgtgcagttgtacgagtggattataataaaatcccaccaaaaccagtggtctta
gi|15                         :                                                      aaaaatttcagcttacgtcatccatttgtgttTT-GA-------A-TA--------------G--TT----AT-----C-C--ATT--CAAC--G--G-T---------AA-T-A-----GC---GT---T------GAATAT-TT---G-A-A-TATTC---AA------C---TGC---C------------Aaactgctattgtaactattcaacatggttggcttaaagcatgcaaatagagaaaacaagaaattgcaccgttaaatttttagtttttaattttgaatttccacagaaagaaaccacgttcatgaattacacacgcactgagctatatcccagaattgcttgtatcacggttcatttgaattaatatattccactaataaattccaaaaacacaatattagctgcttcggggtcctgttcatttacagcgacaagtattaaaatagcggcgttacattctaagtctgcattgttctgaatgaatttataataaaatcccacaaaccagtgttcttaac
gi|2                          :                                  aaaaaattccgtgacgtcatccattgtatttagtcattgactattcaatactTT-GA-------A-TA--------------A--TT-TA-A------C-T----T--CAAC--G--G-T---------AT-T-A-----GC---GT---T------GAATcttctacttgtaactattcaactgttggcttaaagcttgagaaaactacactacaagttaaacgtaaatttagtttcattttgaattccacagaaaaagcacaattcatgatttacacacacattgagctatatccacagaactaattgaatcacgttcattgatttacatgcactaataattaaaaaaaccacaatatta
gi|3                          :                           taaagaattgctcagttgcacgtcatcccattgtgtttgatgtcttgaagttcgacttaTT-GA-------A-TA--------------G--TT----AT-----C-T--ATT--CAAC--A--G-T---------AA-T-A-----GC---AT---T------GAATAG-CT---G-A-C-TATTC---AA------C---TAC---T------------Actgctcactttgtactgacttctcaactgggtagattgcacttgtataaaagcatgcaggaagataacgagaaaacaacaagttgtagcgcggaacgtagaaatattagtattagcgtagtttatgaattccaaccagaaaaaaaacacttcattcatgaattgacaaaaccacgaaacgcactatgagctatatccaccgaatctgcttggtatctagcagatcaattgagttatcaatgcactaataatatgctaaaaacacaatgataacagttgcccttcggtccattggttacgtagctggacaagtattaaacactgaaagcgagcgtgaccattcctaatggctgcaagtggtgttctgaatgaatatagataaatcccgacaaaccagtgtaatcttaagtaacat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaaaatcagtgacgtcatgtattgtggttagtcattgcataattcgactattcaatactTTA-------CAT---AA-C-AC-AA-----T-G--AG-C-TAAGA------C--AT-TTAC----AG------ACT-TA-T-TT-G-TA-AC--AC-G-T--T-C-T-T-T-GAAACACATTGTCTTTTA-C----A-TG---CA--T------T--AAT-AA--C---C-C---ATG--C-AC-ATT-GT--C---C-CCC-A--C-T-TC-T-TGGTC--C-TAC-T-CA----TTGCT---T-ctgttgcttataaatagtcaacttttgctcttaacatttactattctacttttggtttaaaggttgcaaagaaaacaacaaatggcacgtagattcagttttatttagatttccacagaaaaacaccttccttgatttacacacacattgagatatacatgtatccatataattacttgtatcacgtttattgaaacacgttacattatacatgcaatgataatccattgcataacgccgctttcttcttggtcctgttcaatgcttgttctcacgtaggacttgactgtaccataacagcgacaagttttaaaattatcggcgtacattctagtgcagttgtcctgaatgtattagaatacatacatgtatatgtacctatctcaacat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    t-A-T-T-TAT------------TTA-C----A-TG---CATAC------T----T-AA--T---C-CCA-AAA--CCAC-AAT-AT--T---A-GCT-G--C-TGTCAG-TGGTG--C-TGT-CTCA----TTGAT---T-CT--AGC--gttttcacatacgacctgactgcattgcctcagaacagcgaccgg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gttaa------T--GAT-AA--T---C-CAA-TG---C-AC-AAC-GT--C---A-CTT-G--C-T-TG-T-TGGTC--C-TGT-T-TACTGCTTGTT---C-AC--Atcagctcaagactcaatacgctcggccgtactattttctagtgctgcagttgttactgaatgagattttattactataagcatttccctatcaaacccagtgtttctgtaacat
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACTAATGTTCCAATACACAGTGCCACTTGCTTCTTGGACTTCTTTACTACTTGTTCTCACGCAGAACTTATAATTGTTCTCATAATTAGCGGTGTACATTCTAATGACTGCAGTTGTTCTTAGTGGTCCCACTAAGCTAGTGTTTTACA
Unaligned ( gi|21 ): CATTGAATTACATGTAATACATTTGTTGGAACACTTATTTTACATGCACTTGAAATCCAGTGCAAAACGTCACTTGCTTCTTG
Unaligned ( gi|24 ): AAAGCTGCCTTAGTAGGCTTTTATTTTAATATTCATTGAGGCAACTGCAGCCACTAGAATT
Unaligned ( gi|25 ): CACTGCAGGGTTTGTGGGGTTTTATTCTAATTTATTAAGAAGAACTGCACTTACTAGAAT






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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           A-T-T-TAT------------T-------TA-C----A-T-G---CATAC-T----T-AA--T---C-CC----A-AAA--CCAC-AAT-AT--T---A-GCT-G--C-TGTCAG-TGGTG---CTGTCTCA----T-TGA-----TTC---
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gttaaTTA-------CAT---AA-C-AC-AA-----T-G--AG-C-TAAGA---C--AT-TTAC----AG------ACT-TA-T-TT-G-TA-A----C--ACG--T-T-CT-T-T-GAAACACATTGTCTTT-------TA-C----A-T-G---CA--T-T--AAT-AA--C---C-C-------ATG--C-AC-ATT-GT--C---C-CCC-A--C-T-TC-T-TGGTC---CTAC-TCA----T-TGCTTGTTTTC---AC--ATAC--G-ACtagctcagctcaagactcaatacgctcggccgtactattttctagtgctgcagttgttactgaatgagattttattactataagcatttccctatcaaacccagtgtttctgtaacat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            t-T--GAT-AA--T---C-CA----A-TG---C-AC-AAC-GT--C---A-CTT-G--C-T-TG-T-TGGTC---CTGT-TTACTGCT-TG------TTC---AC--A-ctgactgcattgcctcagaacagcgaccgg
gi|2                          :                                                                         TAAAGAAT-TGCT-CA-G-TTGCACG--TCATCCCA--TT----GT-G-T-TTGATG-T---C--TT----------------------G-----------------A-A-----------G--TT-CG-A------C-TTAATT--CAACG--C-T--AAT-A-CC---GT---TGAAGTTA---A-A-T-TAT---------------------TC---AA------CT---GC---TC---ACTTT-G---------T-------ACTGACT-TCT-CAA-C-TGGGTAGAT-TGCACT-TGTATAA-------------------AA-GC-A-T--GCAGGAAGATAACGAG-AAAA---C-A----AC-AA-GTTG---TAGCGCGGAAC-G--TAGAAA---------TATT--AG----T-A--------TT--AGCGTAGT-TTAT-GAA---TT-CCAACCA----G--A-----AAAAA---AA-----C-ACTTCA--TT-CA-TG-AATTGACAAAACCACGAAA--C-GC-ACTA---T-G--AG-C-TA------T--AT-CCAC----CG------AATCTG-C-TTGG-TA-TCTAGC--AGA--T-C-AA-T-T-GAG------------T-------TA-TCA--A-T-G---CA--C-T--AAT-AA--TATGC-TA----A-AAA--C-AC-AATGATAAC---A-GTT-GCCC-T-TC-G-----------GT-CCA----T-TG------GTT---ACGTA-GCTGG-ACAA--------GTA--TT-AAACAtgtagttactgtacttgactaacacttagcagcaaacattctagtg
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gi|22                         :                                                                caagtatcattaAAAATAT--T-CA-G-T-G-ATG--TCATCT-A--TTTCAAAT-G-A-TTT--G-T---C-ATT----------------------G-----------------A-ATA---------G--TT-TG-A------C-T--ATTACTAATGTTC-C--AAT-A-Ccaaaatacatgcactcgatgtttttattgtt
gi|23                         :                                                                               tg-T--T-TA-G-T-G-ACG--TCATCC-A--T------T-GTG-TTTA-A-T---C-ATT----------------------G-----------------A-ATA---------G--CT-CG-A------C-T--
gi|26                         :                                                                           AAAAAT-T--T-CA-G-T-G-ACG--TTATCC-A--T------T-GTG-TTTA-A-T---C-ATT----------------------G-----------------A-ATA---------G--TT-CG-gacattttaaagttgtgcatatgagggaata
gi|3                          :                                                                           AAAAAT------CA-G-T-G-ACG--TCATGT-AT-T-----GT-G-G--TTA-G-T---C-ATT----------------------G-----------------C-ATA---------A--TT-CG-A------C-T--ATT--CAATA--CTT--AGT-A------GT---TGAA--TAGTCA-G-C-TAT---------------------TC---AATG----CT---AT---T----AC--T-GTTGAATAGAT-------A---ACT-ATT-CAA-C-TG------T-T--GCT-T-----A-------------------
gi|3                          :                                                                                                                             TTA-G-T---A-GTT----------------------G-----------------A-ATA---------G--T--CA-G------C-T--ATT--CAATG--C-T--ATT-A-CT---GT---TGAA--TAGATA-A-C-TATTCAACTGTTGCTTATAAATAGTC---AA------CTTTTGC---TCTTAAC--A-T---------T-------T---ACT-ATT-CTA-C-TT------T-TG-GTT-T-----A-------------------AA-GG-T-T--GC----AAA------G-AAAA---CAA-----C-AA-ATGG---C--------AC-G--T--AGA---------T-TC--AG----T-T--------TT--A------T-TT-A-GAT---TT-CCA--CA----G----------AAA---AA-----C-ACCT----TC-CT-TG-ATTTA-------CAC---A--C-AC-AT-----T-G--AG-A-TATACATGT--AT-CCAT----AT------AAT-TA-C-TT-G-TA-T----C--ACG--T-T-TA-T-T-GAAACACG-------TTACATTATA-C----A-T-G---CA--A-T--GAT-AA--T---C-CATTGCA-TAA--C-GC-CGC-TT--T------------C-T-TC-T-TGGTC---CTGT-TCAATGCT-TG------TTC---TC--A-taaatagtcaacttttgctcttaacatttactattctacttttggtttaaaggttgcaaagaaaacaacaaatggcacgtagattcagttttatttagatttccacagaaaaacaccttccttgatttacacacacattgagatatacatgtatccatataattacttgtatcacgtttattgaaacacgttacattatacatgcaatgataatccattgcataacgccgctttcttcttggtcctgttcaatgcttgttctcacgtaggacttgactgtaccataacagcgacaagttttaaaattatcggcgtacattctagtgcagttgtcctgaatgtattagaatacatacatgtatatgtacctatctcaacat
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|13                         :                                                                                        A-G-T-G-ACG--TCATCC-A-T--T----GTA--TTTA-G-T---C-ATT----------------------GAATAATATGACAATTTCA-ATATGCTTAGGAG--TT-G-A------A-T--AGT--CAAC------TATT-A-CT---GA---CGGA--TAGATA-A-C-TAT---------------------T---CAA------CT---GT---T----GT-TA-G---------T-------A---ACT-AAT-C-AAT-TG------T-TT-GTT-T-----A-------------------GA-G-C-TT--G-CAA----ATAA-GA-AAAAA----AACT--AC-AG-ATTG---TA--------C-G----T-A--AT---------T-TA--AG----T-T--------CC--A------T-TT-T-GAA---TT-GAA--CA----G-AA-----TAAG-------------ACCT----TT-CT-TG-ATTTA-------CTT---A--G-TC-AT-----C--A--AA-C-TA------T--AT-TCGT----AA------AAT-TA-T-GT-A-TA-T----C--ACA--T-T-CA-T-T-GAA-------------------------------------A--C-T--CAT------------------------T-GC-AGT--T--C---A-CTT-G--C-T-TC-T-TGGTC---CTGT-TTA----gcgtgcactctagtggctaaaatcccacaaatccattgctttacacttacttatcttaacat
gi|14                         :                                                                         TAAAAAAT-T--T-CA-G-T-G-ACG--TCATCC-A-T-------GTGG-TTTA-G-T---C-ATT----------------------G-----------------A-ATA---------G--TTCG-A------C-T--ATT--CAACG--C--TAAT-A-CC---GT---TGAA--TATATA-A-C-TAT---------------------T---CAA------CT---GC---T----AC-T--G---------T-------A---ACT-ATT-C-AAC-TG------T-GG-GCT-T-----A-------------------AAAG-C-AT--G-CAA----ATAA-GA-GAAAA---CAA----AC-AA-ATTG---CA--------C-G----T-A--AA---------T-TT--AG----T-T--------TC--A------T-TT-T-GAA---TT-CCA--CA----G-AA-----AAAAA---AA-----C-ACCC----TGGCA-TG-AATTA-------CAC---A--C-GC-AC-----T--G--AG-C-TA------T--AT-CCAC----AG------GAT-TG-C-TT-G-TA-T----C--ACG--A-T-CA-T-T-GAA------------T-------TA-C----A-T-A---CA--C-T--AAT-AA--T---C-CA----A-AAA--C-AC-AAT-AT--T---A-GTT-G--C-T-TC-G-TGGTC---CTGT-CCA----T-TG------TTT---AC--A-GC--G-ACAA--------ATA--TT-AAGTAGCGcgcaggatttataattgttctgtacattcaaattgctgcagttgctcttattgatcaca
gi|15                         :                                                                          AAAAAAT-T--C-C--G-T-G-ACG--TCATCC-A-T--T----GTA--TTTA-G-T---C-ATTGACTATTCAATACTTGGCAGTTG-----------------A-ATA------------TTCA-A------A-T--ATT--CAACG--C--TATT-A-CC---GT---TGAA--TGGATA-A-C-TAT---------------------T---CAA------CT---TC---T----AC-TT-G---------T-------A---ACT-ATT-C-AAC-TG------T-TG-GCT-T-----A-------------------AA-G-C-TT--G--------------A-GAAAA---CTACACTAC-AA-GTTA---AA--------C-G----T-A--AA---------T-TT--AG----T-T--------TC--A------T-TT-T-GAA---TT-CCA--CA----G-AA-----AAAG-----------C-ACAA----TT-CA-TG-ATTTA-------CAC---A--C-AC-AT-----T--G--AG-C-TA------T--AT-CCAC----AG------AAC-TA-A-TT-G-AA-T----C--ACG--T-T-CA-T-T-GAT------------T-------TA-C----A-T-G---CA--C-T--AAT-AA--T---T-AA----A-AAAACC-AC-AAT-AT--T---A-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A-T-T-TAT------------T-------TA-C----A-T-G---CATAC-T----T-AA--T---C-CC----A-AAA--CCAC-AAT-AT--T---A-GCT-G--C-TGTCAG-TGGTG---CTGTCTCA----T-TGA-----TTC---
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gttaaTTA-------CAT---AA-C-AC-AA-----T--G--AG-C-TAAGA---C--AT-TTAC----AG------ACT-TA-T-TT-G-TA-A----C--ACG--T-T-CT-T-T-GAAACACATTGTCTTT-------TA-C----A-T-G---CA--T-T--AAT-AA--C---C-C-------ATG--C-AC-ATT-GT--C---C-CCC-A--C-T-TC-T-TGGTC---CTAC-TCA----T-TGCTTGTTTTC---AC--ATAC--G-ACtagctcagctcaagactcaatacgctcggccgtactattttctagtgctgcagttgttactgaatgagattttattactataagcatttccctatcaaacccagtgtttctgtaacat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              t-T--GAT-AA--T---C-CA----A-TG---C-AC-AAC-GT--C---A-CTT-G--C-T-TG-T-TGGTC---CTGT-TTACTGCT-TG------TTC---AC--A-ctgactgcattgcctcagaacagcgaccgg
gi|2                          :                                                                         TAAAGAAT-TGCT-CA-G-TTGCACG--TCATCCCA-T--T----GTGT-TTGATG-T---C--TT----------------------G-----------------A-A-----------G--TTCG-A------C-TTAATT--CAACG--C--TAAT-A-CC---GT---TGAAGTTAAAT------TAT---------------------T---CAA------CT---GC---TC---AC-TTTG---------T-------ACTGACT-TCT-C-AAC-TGGGTAGAT-TGCACT-TGTATAA-------------------AA-G-C-AT--G-CAGGAAGATAACGA-GAAAA---CAA-----C-AA-GTTG---TAGCGCGGAAC-G----T-AGAAA---------TATT--AG----T-A--------TT--AGCGTAGT-TTAT-GAA---TT-CCAACCA----G-AA-----AAAAA---A------C-ACTTCA--TT-CA-TG-AATTGACAAAACCACGAAA--C-GC-AC-----TATG--AG-C-TA------T--AT-CCAC----CG------AATCTG-C-TTGG-TA-TCTAGC--AGA--T-C-AA-T-T-GAG------------T-------TA-TCA--A-T-G---CA--C-T--AAT-AA--TATGC-TA----A-AAA--C-AC-AATGATAAC---A-GTT-GCCC-T-TC-G-----------GT-CCA----T-TG------GTT---ACGTA-GCTGG-ACAA--------GTA--TT-AAACAtgtagttactgtacttgactaacacttagcagcaaacattctagtg
gi|20                         :                                                                                                                            TTA-G-T---C-ATT----------------------G-----------------A-TTT---------G--TTTG-A------C-T--ATC--CAATA--C--T--T-AGCA---GT---TAAA--T-GATctgaaagcgagcgtgaccattcctaatggctgcaagtggtgttctgaatgaatatagataaatcccgacaaaccagtgtaatcttaagtaacat
gi|22                         :                                                                caagtatcattaAAAATAT--T-CA-G-T-G-ATG--TCATCT-A-T--TTCAAATGA-TTT--G-T---C-ATT----------------------G-----------------A-ATA---------G--TTTG-A------C-T--ATTACTAATGTTC--CAAT-A-Ccaaaatacatgcactcgatgtttttattgtt
gi|23                         :                                                                               tg-T--T-TA-G-T-G-ACG--TCATCC-A-T--T----GT-G-TTTA-A-T---C-ATT----------------------G-----------------A-ATA---------G--CTCG-A------C-T--
gi|26                         :                                                                           AAAAAT-T--T-CA-G-T-G-ACG--TTATCC-A-T--T----GT-G-TTTA-A-T---C-ATT----------------------G-----------------A-ATA---------G--TTCG-gacattttaaagttgtgcatatgagggaata
gi|3                          :                                                                           AAAAAT------CA-G-T-G-ACG--TCATGT-A-T--T----GTGG-TT-A-G-T---C-ATT----------------------G-----------------C-ATA---------A--TTCG-A------C-T--ATT--CAATA--CT-TAGT-A------GT---TGAA--TAGTCA-G-C-TAT---------------------T---CAATG----CT---AT---T----AC-T--GTTGAATAGAT-------A---ACT-ATT-C-AAC-TG------T-T--GCT-T-----A-------------------
gi|3                          :                                                                                                                            TTA-G-T---A-GTT----------------------G-----------------A-ATA---------G--T-CA-G------C-T--ATT--CAATG--C--TATT-A-CT---GT---TGAA--TAGATA-A-C-TATTCAACTGTTGCTTATAAATAGT---CAA------CTTTTGC---TCTTAAC-A--T---------T-------T---ACT-ATT-C-TAC-TT------T-TG-GTT-T-----A-------------------AA-G-G-TT--G-CAA----A-------GAAAA---CAA-----C-AA-ATGG---CA--------C-G----T-A--GA---------T-TC--AG----T-T--------TT--A------T-TT-A-GAT---TT-CCA--CA----G----------AAA---AA-----C-ACCT----TC-CT-TG-ATTTA-------CAC---A--C-AC-AT-----T--G--AG-A-TATACATGT--AT-CCAT----AT------AAT-TA-C-TT-G-TA-T----C--ACG--T-T-TA-T-T-GAAACACG-------TTACATTATA-C----A-T-G---CA--A-T--GAT-AA--T---C-CATTGCA-TAA--C-GC-CGC-TT--T------------C-T-TC-T-TGGTC---CTGT-TCAATGCT-TG------TTC---TC--A-taaatagtcaacttttgctcttaacatttactattctacttttggtttaaaggttgcaaagaaaacaacaaatggcacgtagattcagttttatttagatttccacagaaaaacaccttccttgatttacacacacattgagatatacatgtatccatataattacttgtatcacgtttattgaaacacgttacattatacatgcaatgataatccattgcataacgccgctttcttcttggtcctgttcaatgcttgttctcacgtaggacttgactgtaccataacagcgacaagttttaaaattatcggcgtacattctagtgcagttgtcctgaatgtattagaatacatacatgtatatgtacctatctcaacat
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|11                         :                                                                            AAAAT-T--T-CA-A-T-G-ACG--TCATCC-A-TATT----GTG--TTTA-A-T---C-AAT----------------------G-----------------A-ATA---------G--TTTG-A------C-T--ATA--TAATA--T--TTAG-A-A----GT---TGAA--CAATCA-A-C-TAT---------------------T---CAA-------T---GTCATT----AC-T--A---------TTCCTTTTA---ATT-ATT-C-AAC-AG------T-TG-GTT-T-----A-------------------AA-G-T-TT--G-CAA----ATAA--A-GAAAA---C-T----AC-AG-CTTG---CA--------C-G----T-A--CA---------T-TG--AG----T-T--------AC--A------T-TT-----------------------------------AA---AG-----C-ACCT----TT-CT-TG-ATTTA-------CAC---A--C-AA-AT-----T--G--AG-C-TA------T--AT-CCAG----CG------AAT-TG-C-TT-G-TA-T----C--ACG--T-T-CA-T-T-GAAACACATTACATTC-------TA-C----A-T-G---TA--C-T--TAT-TT--T---T-C-----A-ATG--T-AC-AGTCAC--T---A-GCT----T-T-T----TGGTC---CTACATCG----TATA------TTG---AC--A-GC--gcgtacattctagtggctgtagttatgttctgaatgaatttaattaaaatcccacaaacccagttgtctt
gi|12                         :                                                                          AAAGAAT-T--C-CA-A-T-G-ACG--TCATGC-A-T--T----GTA--TTTA-G-T---C-ATT----------------------G-----------------A-AAA---------G--TTTG-G------C-T--AAT--CGATA--C--TTAT---CA---GT---TGAA--TAGATA-A-G-TAT---------------------T---CAA------CA---GC---TT---AC-T--CC--------T-------A---ATT-ATT-C-AAA-TG------C-TG-GCT-T-----A-------------------AA-G-C-TT--G-CAA----CTAA-GA-GAAAAGTACAA----A---A-ATTG---CG--------A-A----T-A--AA---------T-TA--AC----T-T--------TC--A------T-TT-T-AAA---TT-CCA--CA----G-AA-----AAAAC---C------C-ACCT----TT-GT-TG-ATTTA-------CAC---A--C-AC-AT-----T--G--AA-C-TA------T--AT-CCAT----AG------AAT-TA-C-GT-G-TA-T----C--ACG--T-T-CA-T-T-GAA------------T-------TG-C----A-T-G---CA--G-T--AAT-AA--T---C-C-----A-ATG--C-AC-AAC-AT--T---A-GCT-------------TGACTAGACTG---CA---------------TCAGAAG--A-GC--T-ACAA--------GTA--TA-AAATAGCGttcttctaacgtagaacttgactgcctctgaacagcgacatactatttgttccgacattgagcggcatacattttagtggctgcagt
gi|13                         :                                                                                        A-G-T-G-ACG--TCATCC-A-T--T----GTA--TTTA-G-T---C-ATT----------------------GAATAATATGACAATTTCA-ATATGCTTAGGAG--TT-G-A------A-T--AGT--CAAC------TATT-A-CT---GA---CGGA--TAGATA-A-C-TAT---------------------T---CAA------CT---GT---T----GT-TA-G---------T-------A---ACT-AAT-C-AAT-TG------T-TT-GTT-T-----A-------------------GA-G-C-TT--G-CAA----ATAA-GA-AAAAA----AACT--AC-AG-ATTG---TA--------C-G----T-A--AT---------T-TA--AG----T-T--------CC--A------T-TT-T-GAA---TT-GAA--CA----G-AA-----TAAG-------------ACCT----TT-CT-TG-ATTTA-------CTT---A--G-TC-AT-----C--A--AA-C-TA------T--AT-TCGT----AA------AAT-TA-T-GT-A-TA-T----C--ACA--T-T-CA-T-T-GAA-------------------------------------A--C-T--CAT------------------------T-GC-AGT--T--C---A-CTT-G--C-T-TC-T-TGGTC---CTGT-TTA----gcgtgcactctagtggctaaaatcccacaaatccattgctttacacttacttatcttaacat
gi|14                         :                                                                         TAAAAAAT-T--T-CA-G-T-G-ACG--TCATCC-A-T-------GTGG-TTTA-G-T---C-ATT----------------------G-----------------A-ATA---------G--TTCG-A------C-T--ATT--CAACG--C--TAAT-A-CC---GT---TGAA--TATATA-A-C-TAT---------------------T---CAA------CT---GC---T----AC-T--G---------T-------A---ACT-ATT-C-AAC-TG------T-GG-GCT-T-----A-------------------AAAG-C-AT--G-CAA----ATAA-GA-GAAAA---CAA----AC-AA-ATTG---CA--------C-G----T-A--AA---------T-TT--AG----T-T--------TC--A------T-TT-T-GAA---TT-CCA--CA----G-AA-----AAAAA---AA-----C-ACCC----TGGCA-TG-AATTA-------CAC---A--C-GC-AC-----T--G--AG-C-TA------T--AT-CCAC----AG------GAT-TG-C-TT-G-TA-T----C--ACG--A-T-CA-T-T-GAA------------T-------TA-C----A-T-A---CA--C-T--AAT-AA--T---C-CA----A-AAA--C-AC-AAT-AT--T---A-GTT-G--C-T-TC-G-TGGTC---CTGT-CCA----T-TG------TTT---AC--A-GC--G-ACAA--------ATA--TT-AAGTAGCGcgcaggatttataattgttctgtacattcaaattgctgcagttgctcttattgatcaca
gi|15                         :                                                                          AAAAAAT-T--C-C--G-T-G-ACG--TCATCC-A-T--T----GTA--TTTA-G-T---C-ATTGACTATTCAATACTTGGCAGTTG-----------------A-ATA------------TTCA-A------A-T--ATT--CAACG--C--TATT-A-CC---GT---TGAA--TGGATA-A-C-TAT---------------------T---CAA------CT---TC---T----AC-TT-G---------T-------A---ACT-ATT-C-AAC-TG------T-TG-GCT-T-----A-------------------AA-G-C-TT--G--------------A-GAAAA---CTACACTAC-AA-GTTA---AA--------C-G----T-A--AA---------T-TT--AG----T-T--------TC--A------T-TT-T-GAA---TT-CCA--CA----G-AA-----AAAG-----------C-ACAA----TT-CA-TG-ATTTA-------CAC---A--C-AC-AT-----T--G--AG-C-TA------T--AT-CCAC----AG------AAC-TA-A-TT-G-AA-T----C--ACG--T-T-CA-T-T-GAT------------T-------TA-C----A-T-G---CA--C-T--AAT-AA--T---T-AA----A-AAAACC-AC-AAT-AT--T---A-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A-T-T-TAT------------T-------TA-C----A-T-G---CATAC-T----T-AA--T---C-CC----A-AAA--CCAC-AAT-AT--T---A-GCT-G--C-TGTCAG-TGGTG---CTGTCTCA----T-TGA-----TTC---
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gttaaTTA-------CAT---AA-C-AC-AA-----T--G--AG-C-TAAGA---C--AT-TTAC----AG------ACT-TA-T-TT-G-TA-A----C--ACG--T-T-CT-T-T-GAAACACATTGTCTTT-------TA-C----A-T-G---CA--T-T--AAT-AA--C---C-C-------ATG--C-AC-ATT-GT--C---C-CCC-A--C-T-TC-T-TGGTC---CTAC-TCA----T-TGCTTGTTTTC---AC--ATAC--G-ACtagctcagctcaagactcaatacgctcggccgtactattttctagtgctgcagttgttactgaatgagattttattactataagcatttccctatcaaacccagtgtttctgtaacat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              t-T--GAT-AA--T---C-CA----A-TG---C-AC-AAC-GT--C---A-CTT-G--C-T-TG-T-TGGTC---CTGT-TTACTGCT-TG------TTC---AC--A-ctgactgcattgcctcagaacagcgaccgg
gi|2                          :                                                                         TAAAGAAT-TGCT-CA-G-TTGCACG--TCATCCCA-T--T----GTGT-TTGATG-T---C--TT----------------------G-----------------A-A-----------G--TTCG-A------C-TTAATT--CAACG--C--TAAT-A-CC---GT---TGAAGTTAAAT------TAT---------------------T---CAA------CT---GC---TC---AC-TTTG---------T-------ACTGACT-TCT-C-AAC-TGGGTAGAT-TGCACT-TGTATAA-------------------AA-G-C-AT--G-CAGGAAGATAACGA-GAAAA---CAA-----C-AA-GTTG---TAGCGCGGAAC-G----T-AGAAA---------TATT--AG----T-A--------TT--AGCGTAGT-TTAT-GAA---TT-CCAACCA----G-AA-----AAAAA---A------C-ACTTCA--TT-CA-TG-AATTGACAAAACCACGAAA--C-GC-AC-----TATG--AG-C-TA------T--AT-CCAC----CG------AATCTG-C-TTGG-TA-TCTAGC--AGA--T-C-AA-T-T-GAG------------T-------TA-TCA--A-T-G---CA--C-T--AAT-AA--TATGC-TA----A-AAA--C-AC-AATGATAAC---A-GTT-GCCC-T-TC-G-----------GT-CCA----T-TG------GTT---ACGTA-GCTGG-ACAA--------GTA--TT-AAACAtgtagttactgtacttgactaacacttagcagcaaacattctagtg
gi|20                         :                                                                                                                            TTA-G-T---C-ATT----------------------G-----------------A-TTT---------G--TTTG-A------C-T--ATC--CAATA--C--T--T-AGCA---GT---TAAA--T-GATctgaaagcgagcgtgaccattcctaatggctgcaagtggtgttctgaatgaatatagataaatcccgacaaaccagtgtaatcttaagtaacat
gi|22                         :                                                                caagtatcattaAAAATAT--T-CA-G-T-G-ATG--TCATCT-A-T--TTCAAATGA-TTT--G-T---C-ATT----------------------G-----------------A-ATA---------G--TTTG-A------C-T--ATTACTAATGTTC--CAAT-A-Ccaaaatacatgcactcgatgtttttattgtt
gi|23                         :                                                                               tg-T--T-TA-G-T-G-ACG--TCATCC-A-T--T----GT-G-TTTA-A-T---C-ATT----------------------G-----------------A-ATA---------G--CTCG-A------C-T--
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gi|6                          :                                                                          AAAAAAT-G--T-CA-G-T-G-ACG--TCATCC-A-T--C----GTGG-TTTA-G-T---C-A-T----------------------G-----------------A-ATA---------GT-TTCG-A------C----GTT--CAACG--CTTTAAT-A-CC---TT---TGAA--TAGATA-ATC-TAT---------------------TTTATAA------CT---GC---T----AC-T------------T-------A---ACT-ATTGA-AAC-TG------T-TG-GCT-T-----A-------------------AA-GCC-AT--GCCAA----ATAA-GAGGAAAA---C-A----AC-AA-A-TG---CA--------C-GC---T-A--AAT--------T-TT--AG----T-TG-------TC--A------T-TT-T-GAA---TT-CCA--CA----GAAA-----AAAAA---AA-----C-ACTT----TT-CATTG-ATTTA-------CAC---A--TGGC-AC-----TA-G--AGCC-TAT-----T--AT-CCAC----CGCGCACCACC-TGCC-TT-GTTA-T----C--A-G--T-TGCA-T-T-G-A------------T-------TA-C----A-T-G---CA--C-T--AAT-AA--T---C-C-----A-AAA--C-AC-AAT-AT--T---A-GCT-GC-C-T-TT-G-TGGTC---CTTG-TGA------TA------TTC---AC--A--C--GAACAA--------GAA--TT-AAATAGCGacgggtacacattctaatggctgcagattgttctgaactagaatatacctaataacggaatgctccacgaaacgccagtgttctac
gi|7                          :                                                                         TAAAAAAA-T--T-CA-G-T-G-A-G--TCCTCC-AAT--T----GTG--TTTA-G-T---CTATT----------------------G-----------------A-ATA---------G--TTCG-A------C-T--ATT--CAACG--CA-TAA--A-CC---GT---TGAA---AGATA-A-C-AAT---------------------T---AAA------CT---GC---T----ACTT--G---------T-------A---ACT-ATT-CAAAC-TG------T-TG-CCT-T-----A-------------------AA-G-CAAT--G-CAA----ATAA-GA-GAAAA---C-A----AC-AA-ATTG---CA--------C-GTAAAT-A--AA---------T-TT--AG----T-T--------TT--A------T-TT-T-GAA---TT-CCA--CA----G--A-----AAAGA---AA-----C-A-CT----TT-CA-TA-AATTA-------TAC---A--C-GCAAC-----T--G--AG-C-CA------T--AT-CC-C----AG------AAT-TG-C-TT-G-TA-T----CAAACG--T-T-CATT-T-AAA------------T-------TA-CA---A-T-GGC-CA--C-T--AAA-TA--T---C-CA----A-AAA--C-AC-AAT-AT--T---A-GCTGG--C-T-TC-G-TGGT----CTGT-TCA------TG------TTC---AC--A-GC--G-ACAAGTACAAATGTA--TT-AAATAGCGgcgtacaatctaatggctgcagttgttctgaataatcataataaaatcccacaacccagtgttcttaac
gi|8                          :                                                                           AAAAATGT--T-CA-G-T-G-ACG--TCATCC-A-T--C----GGTG-TTTA-G-T---C-ATT----------------------G-----------------A-ATA---------GC-TTCG-A------C-G--GTT--CAACG--CTTTAAT-A-CC---TT---TGAA--TAGATA-A-C-TAT---------------------T----AA------CT---GC---T----AC-T------------T-------A---ACT-ATTGA-AAC-TG------T-TG-GCT-T-----A-------------------AA-GCC-AT--GCCAA----ATAA-GAGGAAAA---C-A----AC-AA-A-TG---CA--------C-GC---T-A--AAT--------T-TT--AG----T-TG-------TC--A------T-TT-T-GAA---TT-CCA--CA----GAAA-----AAAAA---AA-----C-ACTT----TT-CATTG-ATTTA-------CAC---A--TGGC-AC-----TA-G--AGCC-TAT-----T--AT-CCAC----CGCGCACCACC-TGCC-TT-GTTA-T----C--A-G--T-TGCA-T-T-G-A------------T-------TA-C----A-T-G---CA--C-T--AAT-AA--T---C-C-----A-AAA--C-AC-AAT-AT--T---A-GCT-GC-C-T-TT-G-TGGTC---CTTG-TGA------TA------TTC---AC--A--C--GAACAA--------GAA--TT-AAATAGCGgcgtacattctatgggctgccagttgttctgaatgaattataataaaccccacaaaaacccagtgtttctta
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blockSeqs                     :                                                                                 T    .  . . . .   .       . . T        GG     . . .   .   G                                        .   G               . .      . .    .      .  .     . .  .    .      .       . . .   .                     .     .       .    .   .     . AGT                  .     .   . .   .  .      .  .   . .     .                    . . A  .  .   .       .  .     CAAG        .  .    .    .        . .    . .   .         .  .   .    . .         .  .      .  . .   .    .   .   GAA               AA         .    .     .  .  . T   .         .   .  T  . TT        .   . .  .      .   .    .     .        .  . .  . .  . .    .    .  . .  . . .   T                     . .    . . .    .  . .    .  .  .   . A     .   .  .  .   .  .  .   .   G    . .  T      G       .   T       .        .    .  G  G       .          .   .
blockSeqs                     :                                                                                 T    .  . . . .   .       . . T        TG     . . .   .   G                                        .   G               . .      . .    .      .  .     . .  .    .      .       . . .   .                     .     .       .    .   .     . TGT                  .     .   . .   .  .      .  .   . .     .                    . . T  .  .   .       .  .     CAA         .  .    .    .        . .    . .   .         .  .   .    . .         .  .      .  . .   .    .   .   GAA               AA         .    .     .  .  . A   .         .   .  G  . TC        .   . .  .      .   .    .     .        .  . .  . .  . .    .    .  . .  . . .   T                     . .    . . .    .  . .    .  .  .   . A     .   .  .  .   .  .  .   .   G    . .  G      C       .   T       .        .    .  G  G       .          .   .
blockSeqs                     :                                                                                 T    .  . . . .   .       . . T        G      . . .   .   G                                        .   G               . .      . .    .      .  .     . .  .    .      .       . . .   .                     .     .       .    .   .     . GT                   .     .   . .   .  .      .  .   . .     .                    . . A  .  .   .       .  .     CTA         .  .    .    .        . .    . .   .         .  .   .    . .         .  .      .  . .   .    .   .   GAA               AA         .    .     .  .  . T   .         .   .  A  . CT        .   . .  .      .   .    .     .        .  . .  . .  . .    .    .  . .  . . .   T                     . .    . . .    .  . .    .  .  .   . A     .   .  .  .   .  .  .   .   G    . .  T      C       .   T       .        .    .  G  G       .          .   .
blockSeqs                     :                                                                                 T    .  . . . .   .       . . T        G      . . .   .   G                                        .   G               . .      . .    .      .  .     . .  .    .      .       . . .   .                     .     .       .    .   .     . TT                   .     .   . .   .  .      .  .   . .     .                    . . T  .  .   .       .  .     CAA         .  .    .    .        . .    . .   .         .  .   .    . .         .  .      .  . .   .    .   .   AAC               AA         .    .     .  .  . A   .         .   .  A  . TT        .   . .  .      .   .    .     .        .  . .  . .  . .    .    .  . .  . . .   T                     . .    . . .    .  . .    .  .  .   . A     .   .  .  .   .  .  .   .   A    . .  G      C       .   T       .        .    .  .  G                       
blockSeqs                     :                                                                                 T    .  . . . .   .       . . T        A      . . .   .   G                                        .   G               . .      . .    .      .  .     . .  .    .      .       . . .   .                     .     .       .    .   .     . TG                   .     .   . .   .  .      .  .   . .     .                    . . A  .  .   .       .  .     CAA         .  .    .    .        . .    . .   .         .  .   .    . .         .  .      .  . .   .    .   .   GAA               C          .    .     .  .  . T   .         .   .  G  . AT        .   . .  .      .   .    .     .        .  . .  . .  . .    .    .  . .  . . .   T                     . .    . . .    .  . .    .  .  .   . A     .   .  .  .   .  .  .   .   G    . .  G      G       .   T       .        .    .  .                          
blockSeqs                     :                                                                                 G    .  . . . .   .       . . T        A      . . .   .   G                                        .   G               . .      . .    .      .  .     . .  .    .      .       . . .   .                     .     .       .    .   .     . GT                   .     .   . .   .  .      .  .   . .     .                    . . A  .  .   .       .  .     ACA         .  .    .    .        . .    . .   .         .  .   .    . .         .  .      .  . .   .    .   .   AA                A          .    .     .  .  . A   .         .   .  A  . TT        .   . .  .      .   .    .     .        .  . .  . .  . .    .    .  . .  . . .   T                     . .    . . .    .  . .    .  .  .   . A     .   .  .  .   .  .  .   .   G    . .  G      T       .   .       .        .    .                             
blockSeqs                     :                                                                                 T    .  . . . .   .       . . C        A      . . .   .   G                                        .   G               . .      . .    .      .  .     . .  .    .      .       . . .   .                     .     .       .    .   .     . GT                   .     .   . .   .  .      .  .   . .     .                    . . A  .  .   .       .  .     CAA         .  .    .    .        . .    . .   .         .  .   .    . .         .  .      .  . .   .    .   .   GA                C          .    .     .  .  . T   .         .   .  A  . TT        .   . .  .      .   .    .     .        .  . .  . .  . .    .    .  . .  . . .   T                     . .    . . .    .  . .    .  .  .   . .     .   .  .  .   .  .  .   .   G    . .  G      C       .   .       .        .    .                             
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACTAATGTTCCAATACACAGTGCCACTTGCTTCTTGGACTTCTTTACTACTTGTTCTCACGCAGAACTTATAATTGTTCTCATAATTAGCGGTGTACATTCTAATGACTGCAGTTGTTCTTAGTGGTCCCACTAAGCTAGTGTTTTACA
Unaligned ( gi|21 ): CATTGAATTACATGTAATACATTTGTTGGAACACTTATTTTACATGCACTTGAAATCCAGTGCAAAACGTCACTTGCTTCTTG
Unaligned ( gi|24 ): AAAGCTGCCTTAGTAGGCTTTTATTTTAATATTCATTGAGGCAACTGCAGCCACTAGAATT
Unaligned ( gi|25 ): CACTGCAGGGTTTGTGGGGTTTTATTCTAATTTATTAAGAAGAACTGCACTTACTAGAAT






Alignments
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           A-T-T-TAT------------T-------TA-C----A-T-G---CATAC-T----T-AA--T---C-CC----A-AAA--CCAC-AAT-AT--T---A-GCT-G--C-TGTCAG-TGGTG---CTGTCTCA----T-TGA-----TTC---
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gttaaTTA-------CA------T---AAC----AC-AA--T---GA-G-C-TAAGA---C-ATTTACAG------ACT-TA-T-TT-G-TA-A----C--ACG--T-T-CT-T-T-GAAACACATTGTCTTT-------TA-C----A-T-G---CA--T-T--AAT-AA--C---C-C-------ATG--C-AC-ATT-GT--C---C-CCC-A--C-T-TC-T-TGGTC---CTAC-TCA----T-TGCTTGTTTTC---AC--ATAC--G-ACtagctcagctcaagactcaatacgctcggccgtactattttctagtgctgcagttgttactgaatgagattttattactataagcatttccctatcaaacccagtgtttctgtaacat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            t-T--GAT-AA--T---C-CA----A-TG---C-AC-AAC-GT--C---A-CTT-G--C-T-TG-T-TGGTC---CTGT-TTACTGCT-TG------TTC---AC--A-ctgactgcattgcctcagaacagcgaccgg
gi|2                          :                                                                       TAAAGAAT-TGCT-CA-G-TTGCACG--TCATCCCA-T--T----G-T-G-TTT-GATG-T---C--TT----------------------GA-A--G--TTCG-A------C-TTAA-TT--CA--ACG--C--T--AAT-A-CC---GT---TGAAGTTA---A-A-T-TAT---------------------T---CAA------CT---GC---TC---ACTTT-G---------T-------ACTGACT-TCT-CAA-C-TGGGTAGAT-TGC--------------------ACT-TGTATAA-------------------AA-G-C-A-T--G-CAGGAAGATAACGA-G-AAAA---C-A----AC-AA-GTTG---TAGCGCGGAAC-G--TAGAAA---------TATT--AG----T-A--------TT--AGCGTAGT-TTAT-GAA---TT-CCAACCA----G--A-----AAAAA---AA-----C-ACTTCA--TT-CA-TG-AATTGACAAAACCA------CGAAA-C----GC-ACTAT---GA-G-C-TA------T-ATCCACCG------AATCTG-C-TTGG-TA-TCTAGC--AGA--T-C-AA-T-T-GAG------------T-------TA-TCA--A-T-G---CA--C-T--AAT-AA--TATGC-TA----A-AAA--C-AC-AATGATAAC---A-GTT-GCCC-T-TC-G-----------GT-CCA----T-TG------GTT---ACGTA-GCTGG-ACAA--------GTA--TT-AAACAtgtagttactgtacttgactaacacttagcagcaaacattctagtg
gi|20                         :                                                                                                                           TT-A--G-T---C-ATT----------------------GA-TTTG--TTTG-A------C-T--A-TC--CA--ATA--C--T----T-AGCA---GT---TAAA--T-GATctgaaagcgagcgtgaccattcctaatggctgcaagtggtgttctgaatgaatatagataaatcccgacaaaccagtgtaatcttaagtaacat
gi|22                         :                                                              caagtatcattaAAAATAT--T-CA-G-T-G-ATG--TCATCT-A-T--TTCAAA-T-G-ATT-T--G-T---C-ATT----------------------GA-ATAG--TTTG-A------C-T--A-TTACTA--ATGTTC--C--AAT-A-Ccaaaatacatgcactcgatgtttttattgtt
gi|23                         :                                                                             tg-T--T-TA-G-T-G-ACG--TCATCC-A-T--T----G-T-G-TTT-A--A-T---C-ATT----------------------GA-ATAG--CTCG-A------C-T--
gi|26                         :                                                                         AAAAAT-T--T-CA-G-T-G-ACG--TTATCC-A-T--T----G-T-G-TTT-A--A-T---C-ATT----------------------GA-ATAG--TTCG-gacattttaaagttgtgcatatgagggaata
gi|3                          :                                                                         AAAAAT------CA-G-T-G-ACG--TCATGT-A-T--T----G-T-G-GTT-A--G-T---C-ATT----------------------GC-ATAA--TTCG-A------C-T--A-TT--CA--ATA--CT-T--AGT-A------GT---TGAA--TAGTCA-G-C-TAT---------------------T---CAATG----CT---AT---T----AC--T-GTTGAATAGAT-------A---ACT-ATT-CAA-C-TG------T-T----------------------GCT-T-----A-------------------
gi|3                          :                                                                                                                           TT-A--G-T---A-GTT----------------------GA-ATAG--T-CA-G------C-T--A-TT--CA--ATG--C--T--ATT-A-CT---GT---TGAA--TAGATA-A-C-TATTCAACTGTTGCTTATAAATAGT---CAA------CTTTTGC---TCTTAAC--A-T---------T-------T---ACT-ATT-CTA-C-TT------T-TG---------------------GTT-T-----A-------------------AA-G-G-T-T--G-C----AAA-------G-AAAA---CAA-----C-AA-ATGG---C--------AC-G--T--AGA---------T-TC--AG----T-T--------TT--A------T-TT-A-GAT---TT-CCA--CA----G----------AAA---AA-----C-ACCT----TC-CT-TG-ATTTA-------CA------C---A-C----AC-AT--T---GA-G-A-TATACATGT-ATCCATAT------AAT-TA-C-TT-G-TA-T----C--ACG--T-T-TA-T-T-GAAACACG-------TTACATTATA-C----A-T-G---CA--A-T--GAT-AA--T---C-CATTGCA-TAA--C-GC-CGC-TT--T------------C-T-TC-T-TGGTC---CTGT-TCAATGCT-TG------TTC---TC--A-taaatagtcaacttttgctcttaacatttactattctacttttggtttaaaggttgcaaagaaaacaacaaatggcacgtagattcagttttatttagatttccacagaaaaacaccttccttgatttacacacacattgagatatacatgtatccatataattacttgtatcacgtttattgaaacacgttacattatacatgcaatgataatccattgcataacgccgctttcttcttggtcctgttcaatgcttgttctcacgtaggacttgactgtaccataacagcgacaagttttaaaattatcggcgtacattctagtgcagttgtcctgaatgtattagaatacatacatgtatatgtacctatctcaacat
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gi|7                          :                                                                       TAAAAAAA-T--T-CA-G-T-G-A-G--TCCTCC-AAT--T----G-T-G-TTT-A--G-T---CTATT----------------------GA-ATAG--TTCG-A------C-T--A-TT--CA--ACG--CA-T--AA--A-CC---GT---TGAA---AGATA-A-C-AAT---------------------T---AAA------CT---GC---T----AC--TTG---------T-------A---ACT-ATT-CAAAC-TG------T-TG---------------------CCT-T-----A-------------------AA-G-C-AAT--G-C----AAATAA-GA-G-AAAA---CAA-----C-AA-ATTG---C--------AC-G--T--AAATAAA-----T-TT--AG----T-T--------TT--A------T-TT-T-GAA---TT-CCA--CA----G--A-----AAAGA---AA-----C-A-CT----TT-CA-TA-AATTA-------TA------C---A-C----GCAAC--T---GA-G-C-CA------T-ATCC-CAG------AAT-TG-C-TT-G-TA-T----CAAACG--T-T-CATT-T-AAA------------T-------TA-CA---A-T-GGC-CA--C-T--AAA-TA--T---C-CA----A-AAA--C-AC-AAT-AT--T---A-GCTGG--C-T-TC-G-TGGT----CTGT-TCA------TG------TTC---AC--A-GC--G-ACAAGTACAAATGTA--TT-AAATAGCGgcgtacaatctaatggctgcagttgttctgaataatcataataaaatcccacaacccagtgttcttaac
gi|8                          :                                                                         AAAAATGT--T-CA-G-T-G-ACG--TCATCC-A-T--C----GGT-G-TTT-A--G-T---C-ATT----------------------GA-ATAGC-TTCG-A------C-G--G-TT--CA--ACG--C--TTTAAT-A-CC---TT---TGAA--TAGATA-A-C-TAT---------------------T----AA------CT---GC---T----AC--T-----------T-------A---ACT-ATT-GAAAC-TG------T-TG---------------------GCT-T-----A-------------------AA-G-CCA-T--G-CC---AAATAA-GA-GGAAAA---CAA-----C-AA-AT-G---C--------AC-GC-T--AAA---------T-TTT-AG----T-TG-------TC--A------T-TT-T-GAA---TT-CCA--CA----GAAA-----AAAAA---AA-----C-ACTT----TT-CATTG-ATTTA-------CA------C---A-TG---GC-AC--TA--GA-GCC-TAT-----T-ATCCACCGCGCACCACC-TGCC-TT-GTTA-T----C--A-G--T-TGCA-T-T-G-A------------T-------TA-C----A-T-G---CA--C-T--AAT-AA--T---C-C-----A-AAA--C-AC-AAT-AT--T---A-GCT-GC-C-T-TT-G-TGGTC---CTTG-TGA------TA------TTC---AC--A--C--GAACAA--------GAA--TT-AAATAGCGgcgtacattctatgggctgccagttgttctgaatgaattataataaaccccacaaaaacccagtgtttctta
gi|9                          :                                                                         AAAAAT-T--T-CA-GCT-T-ACG--TCATCC-A-T--TT---G-T-G-TTT-A--G-T---C-ATT----------------------GA-AT-G--TTCGGA------CGT--A-TT--CA--ACG--C--T--AATTA-CC---GT---TGAA--TAGATA-A-C-TAT---------------------T---TAAAA----CT---GC---T----AT--T-G---------T-------A---ACT-ATT-CAA-CATGG-----T-TG---------------------GCT-T-----A-------------------AA-G-C-A-T--G-C----AAATA--GA-G-AAAA---CAA----G--AA-ATTG---C--------ACCG--TT-AAA---------T-TTTTAG----T-T--------TTTAA------T-TT-T-GAA---TTTCCA--CA----G-AA-----AGAAA---C------C-ACGT----T--CA-TG-AATTA-------CA------C---A-C----GC-AC--T---GA-G-C-TA------T-ATCC-CAG------AAT-TG-C-TT-G-TA-T----C--ACGG-T-T-CA-T-TTGAA------------T-------TAAT----A-T-ATTCCA--C-T--AAT-AAATT---C-CA----A-AAA--C-AC-AAT-AT--T---A-GCT-G--C-T-TC-G-GGGTC---CTGT-TCA--------------TTT---AC--A-GC--G-ACAA--------GTA--TTAAAATAGCGgcgtacaatctaatggctgcagttgttctgaataatcataataaaatcccacaacccagtgttcttaac
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACTAATGTTCCAATACACAGTGCCACTTGCTTCTTGGACTTCTTTACTACTTGTTCTCACGCAGAACTTATAATTGTTCTCATAATTAGCGGTGTACATTCTAATGACTGCAGTTGTTCTTAGTGGTCCCACTAAGCTAGTGTTTTACA
Unaligned ( gi|21 ): CATTGAATTACATGTAATACATTTGTTGGAACACTTATTTTACATGCACTTGAAATCCAGTGCAAAACGTCACTTGCTTCTTG
Unaligned ( gi|24 ): AAAGCTGCCTTAGTAGGCTTTTATTTTAATATTCATTGAGGCAACTGCAGCCACTAGAATT
Unaligned ( gi|25 ): CACTGCAGGGTTTGTGGGGTTTTATTCTAATTTATTAAGAAGAACTGCACTTACTAGAAT