lowQualScore : 11 111111111111111 111111 22222222222 11111 2222222 1 3333333333333333333333333333 1 11111 1111 1111 22
lowQualScore : 2 22 1 22 55 1 22 22 2 4 2 2 6666 33 2 999999999999999 2 44 333 111111 888888888 4 00000000000 333 333 11111 2 555 2222222 4 333 22 1 55 333 0 1 4444 22 2 2 2 4444444444444444444444444444 4 33 4 2 55 2 5 2 7 2 11111 2 5555 0000 2 00 2 2 333 2 2 2 33 33
lowQualScore : . .. . .. .. . .. .. . . . . .... .. . ............... . .. ... ...... ......... . ........... ... ... ..... . ... ....... . ... .. . .. ... . . .... .. . . . ............................ . .. . . .. . . . . . ..... . .... .... . .. . . ... . . . .. ..
lowQualScore : 1 66 9 66 77 8 55 55 0 4 2 2 4444 11 2 111111111111111 0 88 555 111111 000000000 0 77777777777 555 555 77777 0 555 9999999 4 333 66 9 00 555 7 9 0000 88 0 1 2 4444444444444444444444444444 4 11 4 2 33 2 2 2 7 2 22222 2 3333 7777 2 22 2 2 999 2 5 5 77 55
consensus : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTTG-G-GTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTATA---------N-A---AA---GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--TTCATTCCAGTGTC---G--G-TCG--CAG--AGCGA-A----G--AA-G-ACG-TG---TCTT-AAG-TTAA--AANG-T---AAT-T--G-C-AG--T-GNT-AAG-TG-A---GA-CANT-CAAG---AAAG-TCAGCTTA-CAAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG-TTCCAGTAA
Reference ( gi|6 ) : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTTC-G-GTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTA--AT-AA---------AAG-GGTATA---------A-A---AA---GC--T--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--TTCATTTCAGTGTC---G--G-TTG--CAA--AGTGA-A----G--AA-G-ACG-TG---TATT-AAG-TTAA--AAAG-T---AAT-T--G-C-AG--T-GTT-ATG-TG-G---GA-CAAC-CAAG---AAAG-TCAGCTTACCAAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCCAGTAA
gi|8 : TAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGCGTGACCAATTG-G-GTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-AGTATA---------A-A---AA---GC--C--CAC-GCT---CTAAAGTCATT-A--TTCATTGCAGTGTC---G--G-TTG--CAG--AGCGA-A----G--AA-G-ACG-TG---TCTT-AAA-TTAA--AAAG-C---AATGT--G-C-AG--T-GTT-AGG-TG-A---GA-CAAC-CAAG---AAAG-TCAGCTTA-TAAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCC
gi|5 : TAAT-GT--TTCAG-AAAGT--TATAGTGTGACCATTTG-G-GTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCAGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTATA---------T-A---AA---GC--C--CAC-GCT---CTAAAGTCA---A--TTCATTCCAGTGTC---G--G-TAG--CAG--AGAGA-A----G--AA-G-ACG-TG---TCTA-AAG-TTAA--AAGA-T---AAT-T--GCC-AG--T-GTT-AAGTTG-A---GA-CAAT-CAAG----AAG-TCAG-TTACAAAC-AG-G---GGT-TGACCTTGA-C--AGTTTCCGGTAA
gi|2 : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATATTGTGACTATTTG-G-GTG--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGA---------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTATA---------T-A---AA---GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCA---A--CTCATTCCAGTGTC---A--G-ATG--CCA--AGAGA-A----G--AA-G-ACG-AGCCTTATTAAAG-TTAAATAAAGAT---AAT-T--G-C-AG--T-GGT-GAG-TG-A---GA-CATT-AAAT---AAAA-TCAGCTTA-CAAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG--TCCAGTAAgtgctag
gi|18 : TAAT-GT--TTCAG-AAATT--TATAGTGTGACTATTTG-G-GTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGA---------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTAT------------A---AA---GC--C--CGC-GCC---CTGAAGTCAA--A---TCATTGCAGTGTC---G--G-TTG--CAG--AGCGA-A----G--GA-G-ACggtcttatagatttgcaa
gi|20 : TAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGTGTGGCCATTTG-G-GTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCAGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTATA---------T-A---AA---GC--C--CGC-GCT---CTGAATTCA---A--TTCCTTCCAGTGTC---G--G-TAG--CAG--AGAGA-A----
gi|19 : gTAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTCTGACTATTTG-G-GTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCAGA---------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTATA---------T-A---AA---GC--C--CTC-GCT---CTAAAGTC-AT-A---TCATTGCAGTGTC---G--G-TTG--CAG--AGCGA-A----G--AA-
gi|14 : TAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGTGTGACCATTAG-G-GTT--T--A-G
gi|13 : TAAT-AT--TTCGG-AAGTT---ATAGTGTGACCATTTA-G-GGT--T--ataacaattatcatttcagtatcggttgcaaagcgaagaagacgtgccttaagttaaaatgtaattgtagtattaagtgagacaatcaagaaagtcagcttacaaaaagtggttgactttacagttccaggaaggtctagat
gi|12 : TAAT-ATAATCCTG-AAATT--TATAGTGTGAGCATTCG-G-GTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGA---------------------TCA--C---GTG--AC-AA---------AAT-AATATAT--------A-A---TG---GC--T---GC-GTT---CTGGAGTCAAT-C--GTCAGTCCAGTGTC---G--G-TCG--T------TGA-ACAGCG--AA-G-ACG-TG----------G-TTAA--GATT-T---CAT-T--A-C-AG--C-AGT-GAG-TG-A---GA-CAGC-GAAtgataacaattatcatttcagtacggcttgcaaagcgaagaagacgtgccttaagttaaatgtaattgtagtattaagtgagacaatgcaagaaagtcagcttacaaaagtggttgactttaccaagttccaggaaggtctagatttgcaaata
gi|4 : TAAT-AT--TCTGG-AA-TT--TATATTTAAACTATTTG-G-GTG--T--A-GGCAACT-A-A-GACT--TGTCGA----------------TGTG-GTCA--C---GTG-----AA---------AAA-GGTATA---------T-A---AA---GC-----CGCGGCTC--CTGAGGTCA---A--CTCATTCCAGTGTC---A--G-ATGGCCAA--CGAGAGA----G--GG-G-AGC-TT---TA---AAG-TCAA--AAAA-TTG-AAT-T--G-C-A-----GTT-A-G-TG-GAGTGA-GCAT-TAAA---TAAA-T-AGCTTA-CAAA-AT-T---GGTGTGACC-T-A-C--GG--TCCAGTAAttgattgacaagttt
gi|1 : TAATGAT--TCCGG-AAATTATTATACTGAGCACATTG--G-GTA--TCAA-GAGAA-TTA-TTA--T--T-TCAGAT--------------AGTA-AACATCC---GTGTTAT-GATCACTGTGTAAC-GGTAAT---------A-A---AA---GC--T--CGC-GCT---CTG-AGCCAGT-AATTTCATTCCA-TGTTCAAG--A-GTG--CAG--A--AA-A----G--AA-G-ACGTTG---TTTG-AAG-T------ATG-TTTAAAT-T--G-C-AG--T-GGG-AGG-TG-A---GA-C-AT-TAAATATAAAG-TCAGCTCA--AAATAG-T---GGT-TGACC-T-A-C--GG--TCCAGTAAgtctgtataattgtgc
gi|30 : gTAAT-AT--TTCAG-AAAGT--TAAAGTGTGACCATTTG-G-GTT--T--A-Gggt
gi|31 : gTAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGTGTGACCATTAG-G-GTT--T--
gi|10 : AAT-AT--T-CGG-ATAT----ATAGTGTGAC-ATG---G-GTT--T--A-GC--A-T-A---A--T--T-TCGG-C--------------TGTG-GTCAA-C---GTG--A--AA---------AGGCGGTATATACAGTATTATA---CA---GC--C--CGC-GC----CTGAAGTC--TCA--TTCAGTCCAGTGTC---GACG-TCGTACGAGCAGTAA-A----G--A------G-TG----------G-TTAA--GATT-T---CAT-T--G-C-AG--CAGGT-AGG-TGCA---GG-CAGT-TAAC------G-TCAGC--GACAGA-AT-T---GGT-TGACCTT-A-T--GG-Tt
gi|24 : AT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACTATTTC-G-GTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGA---------------TGTG-GGCA--T---GTG--A--AA---------AGG-GGTATA---------T-A---AA---GC--C--CGC-GCT---CTGAATTCAagt
gi|3 : T-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTTG-G-GTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AT-AA---------AAG-GGTATA---------A-ACATAAAACAC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--TTCATTCCAGTGTC---G--G-TTG--CTG--AGAGA-G----T--AA-G-ACG-TG---TTTT---G-TAAT--AAAGAC---AAT-TTAT-C-AG--T-GGT-AAC-TG-A---GA-CATT-CAAG---TAAG-TCAGCTTA-CAAA-AA-T---GGT-TGACCTT-G-C--AG-TTCCAATAA
gi|7 : T-AT--TCGGG-AAATT--TATAATGCGACCATTTAAG-GTT--C--ATG--AA-T-A-TTA--T--T-TCAGATGTAAACATCCGTGTTATG-ATCA--C---GTG--AT-AA---------AGG-GGTATA---------A-A---AA---GCGGT--CAG-GTT---CAGAAGCTAGT-AAGTTCATTCCAGTGTA---G--A-TGC--CAA--AAGAA-G----G--AA-GAACG-TG---T-TT-AA-------------T---AAT-T--G-C-AG--T-GGT-GAG-TG-A---GA-CATT-TAAAT--AAAGTTCAGCTTA-CAAA-AGTT---TGT-TGACCTT-A-ggtctagattt
gi|11 : T-AT--TTCGG-AAATT---ATAGTGTGACTATTTG-G-GTTAAT--A-GCCAACT-A-T-A-----T-TCGGAT--------------GATG-GTCA--CAATGTG--AC-AA---------AAGAGGTATATT-------A-A---AA---AC-----CGC-GCTGCATTGAAATCAA--A--ATCGGGTCAGTGTC---A--G-TCG--TAG--ATCAG-T----A--AA-G-CCG-TG----ATT-AAG---------AG-T---GAT-T--G-C-GGAAC-ACT-ATG-TG-A---GG-C------AG---TAAG-TCAGCTTTTCAGA-AC-T---GGT-
gi|21 : aat-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGT--CTATTTG-G-TTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGAT---------------GTG-GTCA--T---GTG--AC-AA---------AAG-GGTATA---------T-A---AA---GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAA-A----CAGTCCAGTGTC---A--G-TCG--TAG--AG
gi|9 : --TTCG---AAGT--TATAGTGTGACCATTTG-G-GTG--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCAGAT--------------TGTGAGTCA--C---GTG--ACAAA---------AAG-GGTATA---------T-A---AA---GC--C--CAC-GCT---CTAAAGTCAA--A--TTC-TTCCAGTGGC---G--G-TAG--CAG--AG-GA-A----G--AAGG-ACG-TG---TCTA-AAGTTTAA--AAAG-T---AATAT--GCC-AG--T-GTTAAAG-TG-A---GAGCAAT-CAAG----AAG-T-AGCTTA-CAAA-AG-G---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCC-GTAAca
gi|29 : --TTCGGGAAATT--TAAAATGTGACCATTTG-G-GTT--C--A-G--AA-C-ATT-A--T--T-TCAGAg
gi|22 : TTC-GCGTT--C--A-GCCAT-A-A-T-G--TCAT-TCGTGT--------------AGTG-GTCA--C---GTG--AC-GA---------A------ATA---------G--------------T--TGC-GTT---CTGGAGTCA
gi|26 : GGAT--------------TGTG-GGCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTATA---------T-A---------C--T--A-----T---ATAAAGTCAAT-T--GTTATTCCAGGGTC---G--G-CTG--CAG--AACGA-A----G--AA-G-ACT-TG---TCTT-GAG-Tgggtcgtgaataaaatttcatcacagctgtaagtgagacagtaaagttatttacaa
gi|16 : --------------TATG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTATA---------T-G---AA---TA--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAA--A---TCAGCCCAGTGTC---A--G-TCG--TAG--AGC---A----GTTAA-C-ACG-TG----------G-TTAA--GACT-T---CAT-T--A-C-AG--C-AGT-AAA-TG-A---GG-CAGT--------AAAG-TCAACTTA-CAGA-AT-T---GGT-TGACCTT-A-T--GG-T
gi|15 : gaTG-ATCA--C---GTG--AT-AA---------AGG-GGTATA---------A-A---AA---AA--AAACGC-GCA---CTGAAGCCAAT-A--ATCATTCCAGTGTC---G----TTG--TCG--AGAAA-A----G--AA-G-A---------------------------------AT-T--G-A-AG--T-GGT-AAG-TG-A---GA-CATT-CAAG---AAAG-TCAGCT-AACAAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCCAGTAAaaagttaggt
gi|14 : ggtaaacatccgtgtcaCAAT-T--ATCATTTCAGTATC---G--G-TTG--CAA--AGCGA-A----G--AA-G-ACG-TG---CCTT-AAG-TTAA--AATG-T---AAT-T--G-T-AG--T-ATT-AAG-TG-A---GA-CAAT-CAAG---AAAG-TCAGCTTACAAAA-AG-T---GGT-TGACTTT-A-C--AG-TTCCAGGAAggtctagactt
gi|13 : taatatttcggaaagttatagtgtgaccattagggtttagataaCAAT-T--ATCATTTCAGTA-C---G--GCTTG--CAA--AGCGA-A----G--AA-G-ACG-TG---CCTT-AAG-TTAA--AT-G-T---AAT-T--G-T-AG--T-ATT-AAG-TG-A---GA-CAATGCAAG---AAAG-TCAGCTTA-CAAA-AG-T---GGT-TGACTTT-A-CCAAG-TTCCAGGAAggtctagat
gi|17 : taatatttcggaagttatagtgtgaccatttagggtttgataaT-A--TCAATTTCAGTATC---G--G-TTG--CAA--AGCGA-A----G--AA-G-ACG-TG---CCTT-AAG-TT-A--AATG-T---TAT-T--G-TAAG--T-ATT-AAG-TG-A---GA-CAATGCAAG---AAAG-TCAGCTTACAAAA-AG-T---GGT-TGACTTT-ACC--AA-TTCCAGGAAggtctagatttgcaaata
gi|23 : tG--CCA--AGAGA-A----G--TA-G-ACG-CG---TTTTGAAA-TTAA--AA---------T-T--G-C-GG--T-G-----G-TG-A---GA-CATT-CAAG---AAAG-TCAACTTAC-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG-TTCCAGTAAggtctagattt
gi|27 : gcgTAA--AATT-T---CAT-C--A-C-AGC-T-GTA-A-G-TG-A---GA-CAGT--------AAAG-TTA-TTTACAAAA-AC-T---GGT-TGACCTggtctagatttgc
gi|25 : gtgaaAAG-TTAACTTACTGA---G-TTTTGGT-TGAC--T-A-C--AG-TTCCACTAAatgtactcgggtaaagttaag
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TGTTTTAGGTAATTGCAGCGTTTAATATAAATTCATTTACGGTACCAATTTTGTGAATAGTTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 111111111 22222222 111111111111111111111111111111111111111111 111111111
lowQualScore : 2 22 1 22 1 1 22 22 1 4 2 2 5555 22 2 4444444444444444 1 44 333 22 1 777777777 3 1 66 111111111 1 333 22 22 1 555 11111111 22 5555 44 1 4 1 3 22 1 44 2 777777777777777777777777777777777777777777 3 22 3 1 22 5555 1 1 1 1 1 111111111 2 2 2 4 2 4 333 2 2 2 33 22
lowQualScore : . .. . .. . . .. .. . . . . .... .. . ................ . .. ... .. . ......... . . .. ......... . ... .. .. . ... ........ .. .... .. . . . . .. . .. . .......................................... . .. . . .. .... . . . . . ......... . . . . . . ... . . . .. ..
lowQualScore : 0 55 8 55 7 7 44 44 9 2 1 1 5555 99 1 7777777777777777 9 55 333 66 9 666666666 8 9 11 000000000 9 333 66 55 8 000 77777777 44 4444 88 7 6 7 2 55 8 55 0 333333333333333333333333333333333333333333 8 66 8 9 66 1111 9 9 9 9 0 111111111 0 0 0 0 1 2 777 1 4 4 44 77
consensus : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-TA-TA---------A-A---GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--T-TCATTCCAGTGT--C----G--G-TCGCA-GAGCGAAG--AA-G--ACGT-GTCTT-A----AG-T------------TA-AA---ANGT---AAT-T--G-C-AG--C--GGT-AAG-TG-AGA-CANT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG-TTCCAGTAA
Reference ( family-925 ) : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-TA-NA---------A-A---GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--T-TCATTCCAGTGT--C----G--G-TCGCA-GAGCGAAG--AA-G--ACGT-GTCTT-A----AG-T------------TA-AA---ANGT---AAT-T--G-C-AG--T--GNT-AAG-TG-AGA-CANT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG-TTCCAGTAA
gi|1 : TAATGAT--TCCGG-AAATTATTATACTGAGCACATT--G-GGTA--TCAA-GAGAA-TTA-TTA--T--T-TCAGAT--------------AGTA-AACATCC---GTGTTAT-GATCACTGTGTAAC-GGTAATA--A---------A-A---GC--T--CGC-GCT---CTGA-GCCAGT-AATT-TCATTCCA-TGT--TCAAGA--G-T-GCA-GAA--AAG--AA-G--ACGTTGTTTG-A----AG-T--------------------ATGTTTAAAT-T--G-C-AG--T--GGG-AGG-TG-AGA-CATT-AAAT-ATAAAG-TCAGC-TCA-A-AAT-AG-T---GGT-TGACC-T-A-C--GG--TCCAGTAA
gi|10 : gAAT-AT--T-CGG-ATAT----ATAGTGTGAC-AT---G-GGTT--T--A-GC--A-T-A---A--T--T-TCGG-C--------------TGTG-GTCAA-C---GTG--A--AA---------AGGCGGTA-TA-TACAGTATTATACA---GC--C--CGC-GC----CTGAAGTC--TCA--T-TCAGTCCAGTGT--C----GACG-TCGTACGAGCAGTA--AA-G--A-GT-G-----------G-T------------TA-AG---ATTT---CAT-T--G-C-AG--CA-GGT-AGG-TGCAGG-CAGT-TAAC------G-TCAGC-G-A-C-AGA-AT-T---GGT-TGACCTT-A-T--GG-Tggt
gi|11 : T-AT--TTCGG-AAATT---ATAGTGTGACTATTT-G-GGTTAAT--A-GCCAACT-A-T-A-----T-TCGGAT--------------GATG-GTCA--CAATGTG--AC-AA---------AAGAGGTA-TATTA---------A-A---AA--C--CGC-GCTGCATTGAAATCAA--A--A-TCGGGTCAGTGT--C----A--G-TCGTA-GATCAGTA--AA-G--CCGT-G-----------A-T------------TA-AG---A-GT---GAT-T--G-C-GGAAC--ACT-ATG-TG-AGG-CAGT---------AAG-TCAGCTTTT-C-AGA-AC-T---GGT-agt
gi|12 : aatTAAT-ATAATCCTG-AAATT--TATAGTGTGAGCATTC-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT---------------------CA--C---GTG--AC-AA---------AAT-AATA-TA-TA---------A-T---GG--C--TGC-GTT---CTGGAGTCAAT-C--G-TCAGTCCAGTGT--C----G--G-TCGTT-GAACAGCG--AA-G--ACGT-G-----------G-T------------TA-AG---ATTT---CAT-T--A-C-AG--C--AGT-GAG-TG-AGA-CA
gi|13 : TAAT-AT--TTCGG-AAGTT---ATAGTGTGACCATTTAG-GGTT--T--gcgaattgattgacaagttt
gi|13 : CAAT-T--A-TCATTTCAGTA---C----G--GCTTGCA-AAGCGAAG--AA-G--ACGT-GCCTT-A----AG-T------------T--AA---ATGT---AAT-T--G-T-AG--T--ATT-AAG-TG-AGA-CAATGCAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACTTT-A-CCAAG-TTCCAGGAAgataacaattatcatttcagtacggcttgcaaagcgaagaagacgtgccttaagttaaatgtaattgtagtattaagtgagacaatgcaagaaagtcagcttacaaaagtggttgactttaccaagttccaggaaggtctagatttgcaaata
gi|14 : taatatttcggaagttatagtgtgaccatttagggtttgataaTAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGTGTGACCATTA-G-GGTT--T--A-Gggtctagatttgcaaata
gi|14 : CAAT-T--A-TCATTTCAGTAT--C----G--G-TTGCA-AAGCGAAG--AA-G--ACGT-GCCTT-A----AG-T------------TA-AA---ATGT---AAT-T--G-T-AG--T--ATT-AAG-TG-AGA-CAAT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-CAAAA-AG-T---GGT-TGACTTT-A-C--AG-TTCCAGGAAataacaattatcatttcagtatcggttgcaaagcgaagaagacgtgccttaagttaaaatgtaattgtagtattaagtgagacaatcaagaaagtcagcttacaaaaagtggttgactttacagttccaggaaggtctagat
gi|15 : taatatttcggaaagttatagtgtgaccattagggtttagataaTG-ATCA--C---GTG--AT-AA---------AGG-GGTA-TA-AA---------A-A---AA--AAACGC-GCA---CTGAAGCCAAT-A--A-TCATTCCAGTGT--C----GTTG-TCG-A-GAA--AAG--AA-G--A-----------------------------------------------AT-T--G-A-AG--T--GGT-AAG-TG-AGA-CATT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TAA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCCAGTAAggtctagat
gi|16 : ggtaaacatccgtgtca--------------TATG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-TA-TG---------A-A---TA--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAA--A----TCAGCCCAGTGT--C----A--G-TCGTA-GAGC--AGTTAA-C--ACGT-G-----------G-T------------TA-AG---ACTT---CAT-T--A-C-AG--C--AGT-AAA-TG-AGG-CAGT------A--AAG-TCAAC-TTA-C-AGA-AT-T---GGT-TGACCTT-A-T--GG-Tggtctagactt
gi|17 : gaT-A--T-CAATTTCAGTAT--C----G--G-TTGCA-AAGCGAAG--AA-G--ACGT-GCCTT-A----AG-T------------T--AA---ATGT---TAT-T--G-TAAG--T--ATT-AAG-TG-AGA-CAATGCAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-CAAAA-AG-T---GGT-TGACTTT-ACC--AA-TTCCAGGAAaaagttaggt
gi|18 : tTAAT-GT--TTCAG-AAATT--TATAGTGTGACTATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGA---------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T---A---------A-A---GC--C--CGC-GCC---CTGAAGTCAA--A----TCATTGCAGTGT--C----G--G-TTGCA-GAGCGAAG--GA-G--ACggtctagattt
gi|19 : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTCTGACTATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCAGA---------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-TA-TA---------A-A---GC--C--CTC-GCT---CTAAAGTC-AT-A----TCATTGCAGTGT--C----G--G-TTGCA-GAGCGAAG--AA-
gi|2 : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATATTGTGACTATTT-G-GGTG--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGAT---------------GTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-TA-TA---------A-A---GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAC------TCATTCCAGTGT--C----A--G-ATGCC-AAGAGAAG--AA-G--ACGA-GCCTT-ATTAAAG-T------------TA-AATAAAGAT---AAT-T--G-C-AG--T--GGT-GAG-TG-AGA-CATT-AAAT-A--AAA-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG--TCCAGTAA
gi|20 : TAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGTGTGGCCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCAGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-TA-TA---------A-A---GC--C--CGC-GCT---CTGAATTCA---A--T-TCCTTCCAGTGT--C----G--G-TAGCA-GAGAGAAggtcttatagatttgcaa
gi|21 : g-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGT--CTATTT-G-GTTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGAT---------------GTG-GTCA--T---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-TA-TA---------A-A---GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAA-A-----CAGTCCAGTGT--C----A--G-TCGTA-GAGC
gi|22 : TTC-G-CGTT--C--A-GCCAT-A-A-T-G--TCAT-TCGTGT--------------AGTG-GTCA--C---GTG--AC-GA---------AAT-AGT-----------------------------TGC-GTT---CTGGAGTCAa
gi|22 : --CGC-GTT---C---AGCCATA-A--TGTCATTC--GTGTAGT----G--G-TCACG-TGACGAAA--TA-GTTGCGT--TCTG-G----AG-TCAGGGTCGTGAATA-AA---ATTT---CAT-C--A-C-AG--C--TGT-AAG-TG-AGA-CAGT------A--AAG-TTA-T-TTA-C-AAgggtcgtgaataaaatttcatcacagctgtaagtgagacagtaaagttatttacaa
gi|23 : ttAGAGAAG--TA-G--ACGC-GTTTTGA----AA-T------------TA-AA---A--------T-T--G-C-GG--T--G-----G-TG-AGA-CATT-CAAG-A--AAG-TCAAC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG-TTCCAGTAA
gi|24 : gcggccaAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACTATTT-C-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGA---------------TGTG-GGCA--T---GTG--A--AA---------AGG-GGTA-TA-TA---------A-A---GC--C--CGC-GCT---CTGAATTCAggtctagatttgc
gi|25 : AT-T--A-C-AG--C--AGT-AAT-TG-A-A-C-GT-GAAT-T--AAG-TTAAC-TTA-C-TGA--G-TTTTGGT-TGAC--T-A-C--AG-TTCCACTAA
gi|26 : gacatttcGGAT--------------TGTG-GGCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-TA-TA------------------------C-TAT---ATAAAGTCAAT-T--G-TTATTCCAGGGT--C----G--G-CTGCA-GAACGAAG--AA-G--ACTT-GTCTT-G----AG-T------------ggtatagattttgcaattta
gi|27 : ------------TA-AA---ATTT---CAT-C--A-C-AG--C--TGT-AAG-TG-AGA-CAGT------A--AAG-TTA-T-TTA-C-AAA-AACT---GGT-TGACCT
gi|29 : gtgaa--TTCGGGAAATT--TAAAATGTGACCATTT-G-GGTT--C--A-G--AA-C-ATT-A--T--T-TCAGAatgtactcgggtaaagttaag
gi|3 : T-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AT-AA---------AAG-GGTA-TA-AACAT------A-AAACAC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--T-TCATTCCAGTGT--C----G--G-TTGCT-GAGAGAGT--AA-G--ACGT-GTTTT-------G-T------------AATAA---AGAC---AAT-TTAT-C-AG--T--GGT-AAC-TG-AGA-CATT-CAAG-T--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AA-T---GGT-TGACCTT-G-C--AG-TTCCAATAA
gi|30 : TAAT-AT--TTCAG-AAAGT--TAAAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-Gggtctagattt
gi|31 : gTAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGTGTGACCATTA-G-GGTT--T--
gi|4 : TAAT-AT--TCTGG-AA-TT--TATATTTAAACTATTT-G-GGTG--T--A-GGCAACT-A-A-GACT--TGTCGA----------------TGTG-GTCA--C---GTG-----AA---------AAA-GGTA-TA-TA---------A-A---G---C--CGCGGCTC--CTGAGGTCA---A--C-TCATTCCAGTGT--CA---G--A-TGGC--CAACGAGA--GA-G--GGGA-GCTTTAA----AG-T------------CA-AA---AAATTG-AAT-T--G-C-AG--TTAGTG-GAG-TG-AG--CATT-AAAT-A--AA---TAGC-TTA-C-AAA-AT-T---GGTGTGACC-T-A-C--GG--TCCAGTAAt
gi|5 : TAAT-GT--TTCAG-AAAGT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCAGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-TA-TA---------A-A---GC--C--CAC-GCT---CTAAAGTCA---A--T-TCATTCCAGTGT--C----G--G-TAGCA-GAGAGAAG--AA-G--ACGT-GTCTA-A----AG-T------------TA-AA---AGAT---AAT-T--GCC-AG--T--GTT-AAGTTG-AGA-CAAT-CAAG----AAG-TCAG--TTA-C-AAACAG-G---GGT-TGACCTTGA-C--AGTTTCCGGTAAgtctgtataattgtgc
gi|6 : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-C-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTA--AT-AA---------AAG-GGTA-TA-AA---------A-A---GC--T--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--T-TCATTTCAGTGT--C----G--G-TTGCA-AAGTGAAG--AA-G--ACGT-GTATT-A----AG-T------------TA-AA---AAGT---AAT-T--G-C-AG--T--GTT-ATG-TG-GGA-CAAC-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTACC-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCCAGTAAgtgctag
gi|7 : T-AT--TCGGG-AAATT--TATAATGCGACCATTT-AAGGTT--C--ATG--AA-T-A-TTA--T--T-TCAGATGTAAACATCCGTGTTATG-ATCA--C---GTG--AT-AA---------AGG-GGTA-TA-AA---------A-A---GCGGT--CAG-GTT---CAGAAGCTAGT-AAGT-TCATTCCAGTGT--A----G--A-TGCCA-AAAGAAGG--AA-GA-ACGT-GT-TT-A----A--------------------------T---AAT-T--G-C-AG--T--GGT-GAG-TG-AGA-CATT-TAAATA--AAGTTCAGC-TTA-C-AAA-AGTT---TGT-TGACCTT-A-
gi|8 : TAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGCGTGACCAATT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-AGTA-TA-AA---------A-A---GC--C--CAC-GCT---CTAAAGTCATT-A--T-TCATTGCAGTGT--C----G--G-TTGCA-GAGCGAAG--AA-G--ACGT-GTCTT-A----AA-T------------TA-AA---AAGC---AATGT--G-C-AG--T--GTT-AGG-TG-AGA-CAAC-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-T-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCC
gi|9 : --TTCG---AAGT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTG--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCAGAT--------------TGTGAGTCA--C---GTG--ACAAA---------AAG-GGTA-TA-TA---------A-A---GC--C--CAC-GCT---CTAAAGTCAA--A--T-TC-TTCCAGTGG--C----G--G-TAGCA-GAG-GAAG--AAGG--ACGT-GTCTA-A----AGTT------------TA-AA---AAGT---AATAT--GCC-AG--T--GTTAAAG-TG-AGAGCAAT-CAAG----AAG-T-AGC-TTA-C-AAA-AG-G---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCC-GTAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TGTTTTAGGTAATTGCAGCGTTTAATATAAATTCATTTACGGTACCAATTTTGTGAATAGTTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 22222222 111111111111111111111111111111111111111111 111111111
lowQualScore : 2 22 1 22 1 1 22 22 1 4 2 2 5555 22 2 4444444444444444 1 44 333 22 22 777777777 3 1 4444 1 777777777 1 22 22 22 1 555 11111111 22 5555 44 1 4 1 3 22 1 44 2 777777777777777777777777777777777777777777 3 22 3 1 7777 3 1 1 1 1 111111111 2 2 2 4 2 4 333 2 2 2 33 22
lowQualScore : . .. . .. . . .. .. . . . . .... .. . ................ . .. ... .. .. ......... . . .... . ......... . .. .. .. . ... ........ .. .... .. . . . . .. . .. . .......................................... . .. . . .... . . . . . ......... . . . . . . ... . . . .. ..
lowQualScore : 0 55 8 55 7 7 44 44 9 2 1 1 5555 99 1 7777777777777777 9 55 333 66 99 666666666 8 9 0000 9 666666666 9 66 66 55 8 000 77777777 44 4444 88 7 6 7 2 55 8 55 0 333333333333333333333333333333333333333333 8 66 8 9 1111 8 9 9 9 0 111111111 0 0 0 0 1 2 777 1 4 4 44 77
consensus : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--T-TCATTCCAGTGT--C----G--G-TCGCA-GAGCGAAG--AA-G--ACGT-GTCTT-A----AG-T------------TA-AA---ANGT---AAT-T--G-C-AG--C-GGT-AAG-TG-AGA-CANT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG-TTCCAGTAA
Reference ( family-925 ) : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--T-TCATTCCAGTGT--C----G--G-TCGCA-GAGCGAAG--AA-G--ACGT-GTCTT-A----AG-T------------TA-AA---ANGT---AAT-T--G-C-AG--C-GGT-AAG-TG-AGA-CANT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG-TTCCAGTAA
gi|1 : TAATGAT--TCCGG-AAATTATTATACTGAGCACATT--G-GGTA--TCAA-GAGAA-TTA-TTA--T--T-TCAGAT--------------AGTA-AACATCC---GTGTTAT-GATCACTGTGTAAC-GGTAAT----A--A---------A-A--GC--T--CGC-GCT---CTGA-GCCAGT-AATT-TCATTCCA-TGT--TCAAGA--G-T-GCA-GAA--AAG--AA-G--ACGTTGTTTG-A----AG-T--------------------ATGTTTAAAT-T--G-C-AG--T-GGG-AGG-TG-AGA-CATT-AAAT-ATAAAG-TCAGC-TCA-A-AAT-AG-T---GGT-TGACC-T-A-C--GG--TCCAGTAA
gi|10 : gAAT-AT--T-CGG-ATAT----ATAGTGTGAC-AT---G-GGTT--T--A-GC--A-T-A---A--T--T-TCGG-C--------------TGTG-GTCAA-C---GTG--A--AA---------AGGCGGTA-T----A-TACAGTATTATACA--GC--C--CGC-GC----CTGAAGTC--TCA--T-TCAGTCCAGTGT--C----GACG-TCGTACGAGCAGTA--AA-G--A-GT-G-----------G-T------------TA-AG---ATTT---CAT-T--G-C-AG--CAGGT-AGG-TGCAGG-CAGT-TAAC------G-TCAGC-G-A-C-AGA-AT-T---GGT-TGACCTT-A-T--GG-Tggt
gi|11 : T-AT--TTCGG-AAATT---ATAGTGTGACTATTT-G-GGTTAAT--A-GCCAACT-A-T-A-----T-TCGGAT--------------GATG-GTCA--CAATGTG--AC-AA---------AAGAGGTA-T----ATTA---------A-A--AA--C--CGC-GCTGCATTGAAATCAA--A--A-TCGGGTCAGTGT--C----A--G-TCGTA-GATCAGTA--AA-G--CCGT-G-----------A-T------------TA-AG---A-GT---GAT-T--G-C-GGAAC-ACT-ATG-TG-AGG-CAGT---------AAG-TCAGCTTTT-C-AGA-AC-T---GGT-agt
gi|12 : aatTAAT-ATAATCCTG-AAATT--TATAGTGTGAGCATTC-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT---------------------CA--C---GTG--AC-AA---------AAT-AATA-T----A-TA---------A-T--GG--C--TGC-GTT---CTGGAGTCAAT-C--G-TCAGTCCAGTGT--C----G--G-TCGTT-GAACAGCG--AA-G--ACGT-G-----------G-T------------TA-AG---ATTT---CAT-T--A-C-AG--C-AGT-GAG-TG-AGA-CA
gi|13 : TAAT-AT--TTCGG-AAGTT---ATAGTGTGACCATTTAG-GGTT--T--gcgaattgattgacaagttt
gi|13 : CAAT-T--A-TCATTTCAGTA---C----G--GCTTGCA-AAGCGAAG--AA-G--ACGT-GCCTT-A----AG-T------------T--AA---ATGT---AAT-T--G-T-AG--T-ATT-AAG-TG-AGA-CAATGCAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACTTT-A-CCAAG-TTCCAGGAAgataacaattatcatttcagtacggcttgcaaagcgaagaagacgtgccttaagttaaatgtaattgtagtattaagtgagacaatgcaagaaagtcagcttacaaaagtggttgactttaccaagttccaggaaggtctagatttgcaaata
gi|14 : taatatttcggaagttatagtgtgaccatttagggtttgataaTAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGTGTGACCATTA-G-GGTT--T--A-Gggtctagatttgcaaata
gi|14 : CAAT-T--A-TCATTTCAGTAT--C----G--G-TTGCA-AAGCGAAG--AA-G--ACGT-GCCTT-A----AG-T------------TA-AA---ATGT---AAT-T--G-T-AG--T-ATT-AAG-TG-AGA-CAAT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-CAAAA-AG-T---GGT-TGACTTT-A-C--AG-TTCCAGGAAataacaattatcatttcagtatcggttgcaaagcgaagaagacgtgccttaagttaaaatgtaattgtagtattaagtgagacaatcaagaaagtcagcttacaaaaagtggttgactttacagttccaggaaggtctagat
gi|15 : taatatttcggaaagttatagtgtgaccattagggtttagataaTG-ATCA--C---GTG--AT-AA---------AGG-GGTA-T----A-AA---------A-A--AA--AAACGC-GCA---CTGAAGCCAAT-A--A-TCATTCCAGTGT--C----GTTG-TCG-A-GAA--AAG--AA-G--A-----------------------------------------------AT-T--G-A-AG--T-GGT-AAG-TG-AGA-CATT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TAA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCCAGTAAggtctagat
gi|16 : ggtaaacatccgtgtca--------------TATG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TG---------A-A--TA--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAA--A----TCAGCCCAGTGT--C----A--G-TCGTA-GAGC--AGTTAA-C--ACGT-G-----------G-T------------TA-AG---ACTT---CAT-T--A-C-AG--C-AGT-AAA-TG-AGG-CAGT------A--AAG-TCAAC-TTA-C-AGA-AT-T---GGT-TGACCTT-A-T--GG-Tggtctagactt
gi|17 : gaT-A--T-CAATTTCAGTAT--C----G--G-TTGCA-AAGCGAAG--AA-G--ACGT-GCCTT-A----AG-T------------T--AA---ATGT---TAT-T--G-TAAG--T-ATT-AAG-TG-AGA-CAATGCAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-CAAAA-AG-T---GGT-TGACTTT-ACC--AA-TTCCAGGAAaaagttaggt
gi|18 : tTAAT-GT--TTCAG-AAATT--TATAGTGTGACTATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGA---------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GG---T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCC---CTGAAGTCAA--A----TCATTGCAGTGT--C----G--G-TTGCA-GAGCGAAG--GA-G--ACggtctagattt
gi|19 : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTCTGACTATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCAGA---------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CTC-GCT---CTAAAGTC-AT-A----TCATTGCAGTGT--C----G--G-TTGCA-GAGCGAAG--AA-
gi|2 : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATATTGTGACTATTT-G-GGTG--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGAT---------------GTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAC------TCATTCCAGTGT--C----A--G-ATGCC-AAGAGAAG--AA-G--ACGA-GCCTT-ATTAAAG-T------------TA-AATAAAGAT---AAT-T--G-C-AG--T-GGT-GAG-TG-AGA-CATT-AAAT-A--AAA-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG--TCCAGTAA
gi|20 : TAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGTGTGGCCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCAGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAATTCA---A--T-TCCTTCCAGTGT--C----G--G-TAGCA-GAGAGAAggtcttatagatttgcaa
gi|21 : g-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGT--CTATTT-G-GTTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGAT---------------GTG-GTCA--T---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAA-A-----CAGTCCAGTGT--C----A--G-TCGTA-GAGC
gi|22 : TTC-G-CGTT--C--A-GCCAT-A-A-T-G--TCAT-TCGTGT--------------AGTG-GTCA--C---GTG--AC-GA---------AAT-AGT--------------------------------TGC-GTT---CTGGAGTCAa
gi|22 : --CGC-GTT---C---AGCCATA-A--TGTCATTC--GTGTAGT----G--G-TCACG-TGACGAAA--TA-GTTGCGT--TCTG-G----AG-TCAGGGTCGTGAATA-AA---ATTT---CAT-C--A-C-AG--C-TGT-AAG-TG-AGA-CAGT------A--AAG-TTA-T-TTA-C-AAgggtcgtgaataaaatttcatcacagctgtaagtgagacagtaaagttatttacaa
gi|23 : ttAGAGAAG--TA-G--ACGC-GTTTTGA----AA-T------------TA-AA---A--------T-T--G-C-GG--T-GGT------G-AGA-CATT-CAAG-A--AAG-TCAAC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG-TTCCAGTAA
gi|24 : gcggccaAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACTATTT-C-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGA---------------TGTG-GGCA--T---GTG--A--AA---------AGG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAATTCAggtctagatttgc
gi|25 : AT-T--A-C-AG--C-AGT-AAT-TG-A-A-C-GT-GAAT-T--AAG-TTAAC-TTA-C-TGA--G-TTTTGGT-TGAC--T-A-C--AG-TTCCACTAA
gi|26 : gacatttcGGAT--------------TGTG-GGCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA-----------------------C-TAT---ATAAAGTCAAT-T--G-TTATTCCAGGGT--C----G--G-CTGCA-GAACGAAG--AA-G--ACTT-GTCTT-G----AG-T------------ggtatagattttgcaattta
gi|27 : ------------TA-AA---ATTT---CAT-C--A-C-AG--C-TGT-AAG-TG-AGA-CAGT------A--AAG-TTA-T-TTA-C-AAA-AACT---GGT-TGACCT
gi|29 : gtgaa--TTCGGGAAATT--TAAAATGTGACCATTT-G-GGTT--C--A-G--AA-C-ATT-A--T--T-TCAGAatgtactcgggtaaagttaag
gi|3 : T-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AT-AA---------AAG-GGTA-TAAACA-TA---------A-AACAC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--T-TCATTCCAGTGT--C----G--G-TTGCT-GAGAGAGT--AA-G--ACGT-GTTTT-------G-T------------AATAA---AGAC---AAT-TTAT-C-AG--T-GGT-AAC-TG-AGA-CATT-CAAG-T--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AA-T---GGT-TGACCTT-G-C--AG-TTCCAATAA
gi|30 : TAAT-AT--TTCAG-AAAGT--TAAAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-Gggtctagattt
gi|31 : gTAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGTGTGACCATTA-G-GGTT--T--
gi|4 : TAAT-AT--TCTGG-AA-TT--TATATTTAAACTATTT-G-GGTG--T--A-GGCAACT-A-A-GACT--TGTCGA----------------TGTG-GTCA--C---GTG--A---A---------AAA-GGTA-T----A-TA---------A-A--G---C--CGCGGCTC--CTGAGGTCA---A--C-TCATTCCAGTGT--CA---G--A-TGGC--CAACGAGA--GA-G--GGGA-GCTTTAA----AG-T------------CA-AA---AAATTG-AAT-T--G-C-AGT-T-AGTGGAG-TG-AG--CATT-AAAT-A--AA---TAGC-TTA-C-AAA-AT-T---GGTGTGACC-T-A-C--GG--TCCAGTAAt
gi|5 : TAAT-GT--TTCAG-AAAGT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCAGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CAC-GCT---CTAAAGTCA---A--T-TCATTCCAGTGT--C----G--G-TAGCA-GAGAGAAG--AA-G--ACGT-GTCTA-A----AG-T------------TA-AA---AGAT---AAT-T--GCC-AG--T-GTT-AAGTTG-AGA-CAAT-CAAG----AAG-TCAG--TTA-C-AAACAG-G---GGT-TGACCTTGA-C--AGTTTCCGGTAAgtctgtataattgtgc
gi|6 : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-C-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTA--AT-AA---------AAG-GGTA-T----A-AA---------A-A--GC--T--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--T-TCATTTCAGTGT--C----G--G-TTGCA-AAGTGAAG--AA-G--ACGT-GTATT-A----AG-T------------TA-AA---AAGT---AAT-T--G-C-AG--T-GTT-ATG-TG-GGA-CAAC-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTACC-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCCAGTAAgtgctag
gi|7 : T-AT--TCGGG-AAATT--TATAATGCGACCATTT-AAGGTT--C--ATG--AA-T-A-TTA--T--T-TCAGATGTAAACATCCGTGTTATG-ATCA--C---GTG--AT-AA---------AGG-GGTA-T----A-AA---------A-A--GCGGT--CAG-GTT---CAGAAGCTAGT-AAGT-TCATTCCAGTGT--A----G--A-TGCCA-AAAGAAGG--AA-GA-ACGT-GT-TT-A----A--------------------------T---AAT-T--G-C-AG--T-GGT-GAG-TG-AGA-CATT-TAAATA--AAGTTCAGC-TTA-C-AAA-AGTT---TGT-TGACCTT-A-
gi|8 : TAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGCGTGACCAATT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-AGTA-T----A-AA---------A-A--GC--C--CAC-GCT---CTAAAGTCATT-A--T-TCATTGCAGTGT--C----G--G-TTGCA-GAGCGAAG--AA-G--ACGT-GTCTT-A----AA-T------------TA-AA---AAGC---AATGT--G-C-AG--T-GTT-AGG-TG-AGA-CAAC-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-T-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCC
gi|9 : --TTCG---AAGT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTG--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCAGAT--------------TGTGAGTCA--C---GTG--ACAAA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CAC-GCT---CTAAAGTCAA--A--T-TC-TTCCAGTGG--C----G--G-TAGCA-GAG-GAAG--AAGG--ACGT-GTCTA-A----AGTT------------TA-AA---AAGT---AATAT--GCC-AG--T-GTTAAAG-TG-AGAGCAAT-CAAG----AAG-T-AGC-TTA-C-AAA-AG-G---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCC-GTAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TGTTTTAGGTAATTGCAGCGTTTAATATAAATTCATTTACGGTACCAATTTTGTGAATAGTTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 22222222 111111111111111111111111111111111111111111 111111111
lowQualScore : 2 22 1 22 1 1 22 22 1 4 2 2 5555 22 2 4444444444444444 1 44 333 22 22 777777777 3 1 4444 1 777777777 1 22 22 22 1 555 11111111 22 5555 44 1 4 1 3 22 1 44 2 777777777777777777777777777777777777777777 3 22 3 1 7777 3 1 1 1 1 111111111 2 2 2 4 2 4 333 2 2 2 33 22
lowQualScore : . .. . .. . . .. .. . . . . .... .. . ................ . .. ... .. .. ......... . . .... . ......... . .. .. .. . ... ........ .. .... .. . . . . .. . .. . .......................................... . .. . . .... . . . . . ......... . . . . . . ... . . . .. ..
lowQualScore : 0 55 8 55 7 7 44 44 9 2 1 1 5555 99 1 7777777777777777 9 55 333 66 99 666666666 8 9 0000 9 666666666 9 66 66 55 8 000 77777777 44 4444 88 7 6 7 2 55 8 55 0 333333333333333333333333333333333333333333 8 66 8 9 1111 8 9 9 9 0 111111111 0 0 0 0 1 2 777 1 4 4 44 77
consensus : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--T-TCATTCCAGTGT--C----G--G-TCGCA-GAGCGAAG--AA-G--ACGT-GTCTT-A----AG-T------------TA-AA---ANGT---AAT-T--G-C-AG--C-GGT-AAG-TG-AGA-CANT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG-TTCCAGTAA
Reference ( family-925 ) : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--T-TCATTCCAGTGT--C----G--G-TCGCA-GAGCGAAG--AA-G--ACGT-GTCTT-A----AG-T------------TA-AA---ANGT---AAT-T--G-C-AG--C-GGT-AAG-TG-AGA-CANT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG-TTCCAGTAA
gi|1 : TAATGAT--TCCGG-AAATTATTATACTGAGCACATT--G-GGTA--TCAA-GAGAA-TTA-TTA--T--T-TCAGAT--------------AGTA-AACATCC---GTGTTAT-GATCACTGTGTAAC-GGTAAT----A--A---------A-A--GC--T--CGC-GCT---CTGA-GCCAGT-AATT-TCATTCCA-TGT--TCAAGA--G-T-GCA-GAA--AAG--AA-G--ACGTTGTTTG-A----AG-T--------------------ATGTTTAAAT-T--G-C-AG--T-GGG-AGG-TG-AGA-CATT-AAAT-ATAAAG-TCAGC-TCA-A-AAT-AG-T---GGT-TGACC-T-A-C--GG--TCCAGTAA
gi|10 : gAAT-AT--T-CGG-ATAT----ATAGTGTGAC-AT---G-GGTT--T--A-GC--A-T-A---A--T--T-TCGG-C--------------TGTG-GTCAA-C---GTG--A--AA---------AGGCGGTA-T----A-TACAGTATTATACA--GC--C--CGC-GC----CTGAAGTC--TCA--T-TCAGTCCAGTGT--C----GACG-TCGTACGAGCAGTA--AA-G--A-GT-G-----------G-T------------TA-AG---ATTT---CAT-T--G-C-AG--CAGGT-AGG-TGCAGG-CAGT-TAAC------G-TCAGC-G-A-C-AGA-AT-T---GGT-TGACCTT-A-T--GG-Tggt
gi|11 : T-AT--TTCGG-AAATT---ATAGTGTGACTATTT-G-GGTTAAT--A-GCCAACT-A-T-A-----T-TCGGAT--------------GATG-GTCA--CAATGTG--AC-AA---------AAGAGGTA-T----ATTA---------A-A--AA--C--CGC-GCTGCATTGAAATCAA--A--A-TCGGGTCAGTGT--C----A--G-TCGTA-GATCAGTA--AA-G--CCGT-G-----------A-T------------TA-AG---A-GT---GAT-T--G-C-GGAAC-ACT-ATG-TG-AGG-CAGT---------AAG-TCAGCTTTT-C-AGA-AC-T---GGT-agt
gi|12 : aatTAAT-ATAATCCTG-AAATT--TATAGTGTGAGCATTC-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT---------------------CA--C---GTG--AC-AA---------AAT-AATA-T----A-TA---------A-T--GG--C--TGC-GTT---CTGGAGTCAAT-C--G-TCAGTCCAGTGT--C----G--G-TCGTT-GAACAGCG--AA-G--ACGT-G-----------G-T------------TA-AG---ATTT---CAT-T--A-C-AG--C-AGT-GAG-TG-AGA-CA
gi|13 : TAAT-AT--TTCGG-AAGTT---ATAGTGTGACCATTTAG-GGTT--T--gcgaattgattgacaagttt
gi|13 : CAAT-T--A-TCATTTCAGTA---C----G--GCTTGCA-AAGCGAAG--AA-G--ACGT-GCCTT-A----AG-T------------T--AA---ATGT---AAT-T--G-T-AG--T-ATT-AAG-TG-AGA-CAATGCAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACTTT-A-CCAAG-TTCCAGGAAgataacaattatcatttcagtacggcttgcaaagcgaagaagacgtgccttaagttaaatgtaattgtagtattaagtgagacaatgcaagaaagtcagcttacaaaagtggttgactttaccaagttccaggaaggtctagatttgcaaata
gi|14 : taatatttcggaagttatagtgtgaccatttagggtttgataaTAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGTGTGACCATTA-G-GGTT--T--A-Gggtctagatttgcaaata
gi|14 : CAAT-T--A-TCATTTCAGTAT--C----G--G-TTGCA-AAGCGAAG--AA-G--ACGT-GCCTT-A----AG-T------------TA-AA---ATGT---AAT-T--G-T-AG--T-ATT-AAG-TG-AGA-CAAT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-CAAAA-AG-T---GGT-TGACTTT-A-C--AG-TTCCAGGAAataacaattatcatttcagtatcggttgcaaagcgaagaagacgtgccttaagttaaaatgtaattgtagtattaagtgagacaatcaagaaagtcagcttacaaaaagtggttgactttacagttccaggaaggtctagat
gi|15 : taatatttcggaaagttatagtgtgaccattagggtttagataaTG-ATCA--C---GTG--AT-AA---------AGG-GGTA-T----A-AA---------A-A--AA--AAACGC-GCA---CTGAAGCCAAT-A--A-TCATTCCAGTGT--C----GTTG-TCG-A-GAA--AAG--AA-G--A-----------------------------------------------AT-T--G-A-AG--T-GGT-AAG-TG-AGA-CATT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TAA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCCAGTAAggtctagat
gi|16 : ggtaaacatccgtgtca--------------TATG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TG---------A-A--TA--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAA--A----TCAGCCCAGTGT--C----A--G-TCGTA-GAGC--AGTTAA-C--ACGT-G-----------G-T------------TA-AG---ACTT---CAT-T--A-C-AG--C-AGT-AAA-TG-AGG-CAGT------A--AAG-TCAAC-TTA-C-AGA-AT-T---GGT-TGACCTT-A-T--GG-Tggtctagactt
gi|17 : gaT-A--T-CAATTTCAGTAT--C----G--G-TTGCA-AAGCGAAG--AA-G--ACGT-GCCTT-A----AG-T------------T--AA---ATGT---TAT-T--G-TAAG--T-ATT-AAG-TG-AGA-CAATGCAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-CAAAA-AG-T---GGT-TGACTTT-ACC--AA-TTCCAGGAAaaagttaggt
gi|18 : tTAAT-GT--TTCAG-AAATT--TATAGTGTGACTATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGA---------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GG---T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCC---CTGAAGTCAA--A----TCATTGCAGTGT--C----G--G-TTGCA-GAGCGAAG--GA-G--ACggtctagattt
gi|19 : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTCTGACTATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCAGA---------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CTC-GCT---CTAAAGTC-AT-A----TCATTGCAGTGT--C----G--G-TTGCA-GAGCGAAG--AA-
gi|2 : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATATTGTGACTATTT-G-GGTG--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGAT---------------GTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAC------TCATTCCAGTGT--C----A--G-ATGCC-AAGAGAAG--AA-G--ACGA-GCCTT-ATTAAAG-T------------TA-AATAAAGAT---AAT-T--G-C-AG--T-GGT-GAG-TG-AGA-CATT-AAAT-A--AAA-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG--TCCAGTAA
gi|20 : TAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGTGTGGCCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCAGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAATTCA---A--T-TCCTTCCAGTGT--C----G--G-TAGCA-GAGAGAAggtcttatagatttgcaa
gi|21 : g-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGT--CTATTT-G-GTTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGAT---------------GTG-GTCA--T---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAA-A-----CAGTCCAGTGT--C----A--G-TCGTA-GAGC
gi|22 : TTC-G-CGTT--C--A-GCCAT-A-A-T-G--TCAT-TCGTGT--------------AGTG-GTCA--C---GTG--AC-GA---------AAT-AGT--------------------------------TGC-GTT---CTGGAGTCAa
gi|22 : --CGC-GTT---C---AGCCATA-A--TGTCATTC--GTGTAGT----G--G-TCACG-TGACGAAA--TA-GTTGCGT--TCTG-G----AG-TCAGGGTCGTGAATA-AA---ATTT---CAT-C--A-C-AG--C-TGT-AAG-TG-AGA-CAGT------A--AAG-TTA-T-TTA-C-AAgggtcgtgaataaaatttcatcacagctgtaagtgagacagtaaagttatttacaa
gi|23 : ttAGAGAAG--TA-G--ACGC-GTTTTGA----AA-T------------TA-AA---A--------T-T--G-C-GG--T-GGT------G-AGA-CATT-CAAG-A--AAG-TCAAC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG-TTCCAGTAA
gi|24 : gcggccaAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACTATTT-C-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGA---------------TGTG-GGCA--T---GTG--A--AA---------AGG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAATTCAggtctagatttgc
gi|25 : AT-T--A-C-AG--C-AGT-AAT-TG-A-A-C-GT-GAAT-T--AAG-TTAAC-TTA-C-TGA--G-TTTTGGT-TGAC--T-A-C--AG-TTCCACTAA
gi|26 : gacatttcGGAT--------------TGTG-GGCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA-----------------------C-TAT---ATAAAGTCAAT-T--G-TTATTCCAGGGT--C----G--G-CTGCA-GAACGAAG--AA-G--ACTT-GTCTT-G----AG-T------------ggtatagattttgcaattta
gi|27 : ------------TA-AA---ATTT---CAT-C--A-C-AG--C-TGT-AAG-TG-AGA-CAGT------A--AAG-TTA-T-TTA-C-AAA-AACT---GGT-TGACCT
gi|29 : gtgaa--TTCGGGAAATT--TAAAATGTGACCATTT-G-GGTT--C--A-G--AA-C-ATT-A--T--T-TCAGAatgtactcgggtaaagttaag
gi|3 : T-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AT-AA---------AAG-GGTA-TAAACA-TA---------A-AACAC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--T-TCATTCCAGTGT--C----G--G-TTGCT-GAGAGAGT--AA-G--ACGT-GTTTT-------G-T------------AATAA---AGAC---AAT-TTAT-C-AG--T-GGT-AAC-TG-AGA-CATT-CAAG-T--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AA-T---GGT-TGACCTT-G-C--AG-TTCCAATAA
gi|30 : TAAT-AT--TTCAG-AAAGT--TAAAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-Gggtctagattt
gi|31 : gTAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGTGTGACCATTA-G-GGTT--T--
gi|4 : TAAT-AT--TCTGG-AA-TT--TATATTTAAACTATTT-G-GGTG--T--A-GGCAACT-A-A-GACT--TGTCGA----------------TGTG-GTCA--C---GTG--A---A---------AAA-GGTA-T----A-TA---------A-A--G---C--CGCGGCTC--CTGAGGTCA---A--C-TCATTCCAGTGT--CA---G--A-TGGC--CAACGAGA--GA-G--GGGA-GCTTTAA----AG-T------------CA-AA---AAATTG-AAT-T--G-C-AGT-T-AGTGGAG-TG-AG--CATT-AAAT-A--AA---TAGC-TTA-C-AAA-AT-T---GGTGTGACC-T-A-C--GG--TCCAGTAAt
gi|5 : TAAT-GT--TTCAG-AAAGT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCAGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CAC-GCT---CTAAAGTCA---A--T-TCATTCCAGTGT--C----G--G-TAGCA-GAGAGAAG--AA-G--ACGT-GTCTA-A----AG-T------------TA-AA---AGAT---AAT-T--GCC-AG--T-GTT-AAGTTG-AGA-CAAT-CAAG----AAG-TCAG--TTA-C-AAACAG-G---GGT-TGACCTTGA-C--AGTTTCCGGTAAgtctgtataattgtgc
gi|6 : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-C-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTA--AT-AA---------AAG-GGTA-T----A-AA---------A-A--GC--T--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--T-TCATTTCAGTGT--C----G--G-TTGCA-AAGTGAAG--AA-G--ACGT-GTATT-A----AG-T------------TA-AA---AAGT---AAT-T--G-C-AG--T-GTT-ATG-TG-GGA-CAAC-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTACC-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCCAGTAAgtgctag
gi|7 : T-AT--TCGGG-AAATT--TATAATGCGACCATTT-AAGGTT--C--ATG--AA-T-A-TTA--T--T-TCAGATGTAAACATCCGTGTTATG-ATCA--C---GTG--AT-AA---------AGG-GGTA-T----A-AA---------A-A--GCGGT--CAG-GTT---CAGAAGCTAGT-AAGT-TCATTCCAGTGT--A----G--A-TGCCA-AAAGAAGG--AA-GA-ACGT-GT-TT-A----A--------------------------T---AAT-T--G-C-AG--T-GGT-GAG-TG-AGA-CATT-TAAATA--AAGTTCAGC-TTA-C-AAA-AGTT---TGT-TGACCTT-A-
gi|8 : TAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGCGTGACCAATT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-AGTA-T----A-AA---------A-A--GC--C--CAC-GCT---CTAAAGTCATT-A--T-TCATTGCAGTGT--C----G--G-TTGCA-GAGCGAAG--AA-G--ACGT-GTCTT-A----AA-T------------TA-AA---AAGC---AATGT--G-C-AG--T-GTT-AGG-TG-AGA-CAAC-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-T-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCC
gi|9 : --TTCG---AAGT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTG--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCAGAT--------------TGTGAGTCA--C---GTG--ACAAA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CAC-GCT---CTAAAGTCAA--A--T-TC-TTCCAGTGG--C----G--G-TAGCA-GAG-GAAG--AAGG--ACGT-GTCTA-A----AGTT------------TA-AA---AAGT---AATAT--GCC-AG--T-GTTAAAG-TG-AGAGCAAT-CAAG----AAG-T-AGC-TTA-C-AAA-AG-G---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCC-GTAA
blockSeqs : . AA G . A A AA . T C . T GAC CA G TGTAAACATCCGTGTT A A AAT . CA . C . AAAC T CAGTATTAT C AC GG AA G GCA GTAAGT AG A AC C C C C TT G TT . TCTGGAGTCAGGGTCGTGAATAAAATTTC G TA C A AAC G T C G G GCAAGA T T C A C C TTT G G C CA TT
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . TA . . CT . . . . C . A . . . . . . . . . C TAATG . . TT . C . C . . A . CCTTATTAAAGTTAAATAAAGATA A . C . CA A . . . G GCAAGA . . . A . T . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . TG . . . . C . . . . . . . . . . . . TCAT . . . . C . C . . . . CTTTAAAGTCAAAAAATTGA . . . . TT . . . . A TAAATA . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . TT . . . . T . . . . . . . . . . . . ATCG . . . . T . C . . . . TCTAAAGTTTAAAAAGTA . . . . C . . . . A CAAGA . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . TA . . . . C . . . . . . . . . . . . ATTA . . . . T . C . . . . CCTTAAGTTAAAATGTA . . . . T . . . . T CAAGA . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . TT . . . . C . . . . . . . . . . . . ATTA . . . . C . C . . . . TCTAAAGTTAAAAGATA . . . . T . . . . G AAATA . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . TT . . . . C . . . . . . . . . . . . ATAA . . . . C . C . . . . TATTAAGTTAAAAAGTA . . . . T . . . . A CAAGA . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . TT . . . . C . . . . . . . . . . . . ATTG . . . . T . C . . . . TCTTAAATTAAAAAGCA . . . . C . . . . T GAATT . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . TT . . . . C . . . . . . . . . . . . ATAT . . . . T . C . . . . CCTTAAGTTAAATGTA . . . . T . . . . G CAAGT . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . TT . . . . C . . . . . . . . . . . . ATAT . . . . T . A . . . . CCTTAAGTTAAATGTT . . . . T . . . . T AAATA . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . TT . . . . C . . . . . . . . . . . . TTAT . . . . T . A . . . . TTTTGTAATAAAGACA . . . . C . . . . G CAAGA . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . AAA . . . . A . C . . . . TTTTGAAATTAAAA . . . . T . . . . G CAAGA . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . ATA . . . . C . C . . . . GTTAAGATTTC . . . . C . . . . T TAAC . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . AAA . . . . C . A . . . . GTTAAGATTTC . . . . C . . . . T CAAG . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . AAT . . . . T . C . . . . GTTAAGACTTC . . . . T . . . . A CAAG . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . AA . . . . T . A . . . . ATTAAGAGTG . . . . T . . . . A A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . AA . . . . G . C . . . . TTTAATA . . . . T . . . . T A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . A . A . . . . . . . . . T . . . . A A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . T . T . . . . . . . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . G . G . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AT . . . . T . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ** ** G*** ** ** ********* ATAA**** **** TCTTAAGTTAAAANGTA************************* CAAGA**** T*
originalCons : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAAT-A--T-TCATTCCAGTGT--C----G--G-TCGCA-GAGCGAAG--AA-G--ACGT-GTCTT-A----AG-T------------TA-AA---ANGT---AAT-T--G-C-AG--C-GGT-AAG-TG-AGA-CANT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG-TTCCAGTAA
finalCons : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-TG---T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTCAATAA----TCATTCCAGTGT--C----G--G-TCGCA-GAGCGAAG--AA-G--ACGT-GTCTTAAGTTAAAANGTA-------------------------AT-T--G-C-AG--C-GGT-AAG-TG-AGA-CANTCAAGA----AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GGT-TCCAGTAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TGTTTTAGGTAATTGCAGCGTTTAATATAAATTCATTTACGGTACCAATTTTGTGAATAGTTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111 111111 111111111111111111111111111111111111111111 111111111
lowQualScore : 2 22 1 22 1 1 22 22 1 4 2 2 5555 22 2 4444444444444444 1 44 333 22 22 777777777 3 1 4444 1 777777777 1 22 22 22 1 555 1 444444 44 1 22 5555 44 1 4 1 3 22 1 44 2 777777777777777777777777777777777777777777 3 22 3 1 7777 3 1 1 1 1 111111111 2 2 2 4 2 4 333 2 2 2 33 22
lowQualScore : . .. . .. . . .. .. . . . . .... .. . ................ . .. ... .. .. ......... . . .... . ......... . .. .. .. . ... . ...... .. . .. .... .. . . . . .. . .. . .......................................... . .. . . .... . . . . . ......... . . . . . . ... . . . .. ..
lowQualScore : 0 55 8 55 7 7 44 44 9 2 1 1 5555 99 1 7777777777777777 9 55 333 66 99 666666666 8 9 0000 9 666666666 9 66 66 55 8 000 7 888888 88 7 44 4444 88 7 6 7 2 55 8 55 0 333333333333333333333333333333333333333333 8 66 8 9 1111 8 9 9 9 0 111111111 0 0 0 0 1 2 777 1 4 4 44 77
consensus : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTC-AATAA--T--CA-TTCCAGTGT--C----G--G-TCGCA-GAGCGAAG--AA-G--ACGT-GTCTT-A----AG-T------------TA-AA---ANGT---AAT-T--G-C-AG--C-GGT-AAG-TG-AGA-CANT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG-TTCCAGTAA
Reference ( family-925 ) : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTC-AATAA--T--CA-TTCCAGTGT--C----G--G-TCGCA-GAGCGAAG--AA-G--ACGT-GTCTT-A----AG-T------------TA-AA---ANGT---AAT-T--G-C-AG--C-GGT-AAG-TG-AGA-CANT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG-TTCCAGTAA
gi|1 : TAATGAT--TCCGG-AAATTATTATACTGAGCACATT--G-GGTA--TCAA-GAGAA-TTA-TTA--T--T-TCAGAT--------------AGTA-AACATCC---GTGTTAT-GATCACTGTGTAAC-GGTAAT----A--A---------A-A--GC--T--CGC-GCT---CTGA-GCC-AGTAA--TTTCA-TTCCA-TGT--TCAAGA--G-T-GCA-GAA--AAG--AA-G--ACGTTGTTTG-A----AG-T--------------------ATGTTTAAAT-T--G-C-AG--T-GGG-AGG-TG-AGA-CATT-AAAT-ATAAAG-TCAGC-TCA-A-AAT-AG-T---GGT-TGACC-T-A-C--GG--TCCAGTAA
gi|10 : gAAT-AT--T-CGG-ATAT----ATAGTGTGAC-AT---G-GGTT--T--A-GC--A-T-A---A--T--T-TCGG-C--------------TGTG-GTCAA-C---GTG--A--AA---------AGGCGGTA-T----A-TACAGTATTATACA--GC--C--CGC-GC----CTGAAGTCTCAT----T--CA-GTCCAGTGT--C----GACG-TCGTACGAGCAGTA--AA-G--A-GT-G-----------G-T------------TA-AG---ATTT---CAT-T--G-C-AG--CAGGT-AGG-TGCAGG-CAGT-TAAC------G-TCAGC-G-A-C-AGA-AT-T---GGT-TGACCTT-A-T--GG-Tggt
gi|11 : T-AT--TTCGG-AAATT---ATAGTGTGACTATTT-G-GGTTAAT--A-GCCAACT-A-T-A-----T-TCGGAT--------------GATG-GTCA--CAATGTG--AC-AA---------AAGAGGTA-T----ATTA---------A-A--AA--C--CGC-GCTGCATTGAAATC-AA-AA--T--CG-GGTCAGTGT--C----A--G-TCGTA-GATCAGTA--AA-G--CCGT-G-----------A-T------------TA-AG---A-GT---GAT-T--G-C-GGAAC-ACT-ATG-TG-AGG-CAGT---------AAG-TCAGCTTTT-C-AGA-AC-T---GGT-agt
gi|12 : aatTAAT-ATAATCCTG-AAATT--TATAGTGTGAGCATTC-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT---------------------CA--C---GTG--AC-AA---------AAT-AATA-T----A-TA---------A-T--GG--C--TGC-GTT---CTGGAGTC-AATCG--T--CA-GTCCAGTGT--C----G--G-TCGTT-GAACAGCG--AA-G--ACGT-G-----------G-T------------TA-AG---ATTT---CAT-T--A-C-AG--C-AGT-GAG-TG-AGA-CA
gi|13 : TAAT-AT--TTCGG-AAGTT---ATAGTGTGACCATTTAG-GGTT--T--gcgaattgattgacaagttt
gi|13 : C-AATTA--T--CA-TTTCAGTA---C----G--GCTTGCA-AAGCGAAG--AA-G--ACGT-GCCTT-A----AG-T------------T--AA---ATGT---AAT-T--G-T-AG--T-ATT-AAG-TG-AGA-CAATGCAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACTTT-A-CCAAG-TTCCAGGAAgataacaattatcatttcagtacggcttgcaaagcgaagaagacgtgccttaagttaaatgtaattgtagtattaagtgagacaatgcaagaaagtcagcttacaaaagtggttgactttaccaagttccaggaaggtctagatttgcaaata
gi|14 : taatatttcggaagttatagtgtgaccatttagggtttgataaTAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGTGTGACCATTA-G-GGTT--T--A-Gggtctagatttgcaaata
gi|14 : C-AATTA--T--CA-TTTCAGTAT--C----G--G-TTGCA-AAGCGAAG--AA-G--ACGT-GCCTT-A----AG-T------------TA-AA---ATGT---AAT-T--G-T-AG--T-ATT-AAG-TG-AGA-CAAT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-CAAAA-AG-T---GGT-TGACTTT-A-C--AG-TTCCAGGAAataacaattatcatttcagtatcggttgcaaagcgaagaagacgtgccttaagttaaaatgtaattgtagtattaagtgagacaatcaagaaagtcagcttacaaaaagtggttgactttacagttccaggaaggtctagat
gi|15 : taatatttcggaaagttatagtgtgaccattagggtttagataaTG-ATCA--C---GTG--AT-AA---------AGG-GGTA-T----A-AA---------A-A--AA--AAACGC-GCA---CTGAAGCC-AATAA--T--CA-TTCCAGTGT--C----GTTG-TCG-A-GAA--AAG--AA-G--A-----------------------------------------------AT-T--G-A-AG--T-GGT-AAG-TG-AGA-CATT-CAAG-A--AAG-TCAGC-TAA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCCAGTAAggtctagat
gi|16 : ggtaaacatccgtgtca--------------TATG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TG---------A-A--TA--C--CGC-GCT---CTGAAGTC-A--AA--T--CA-GCCCAGTGT--C----A--G-TCGTA-GAGC--AGTTAA-C--ACGT-G-----------G-T------------TA-AG---ACTT---CAT-T--A-C-AG--C-AGT-AAA-TG-AGG-CAGT------A--AAG-TCAAC-TTA-C-AGA-AT-T---GGT-TGACCTT-A-T--GG-Tggtctagactt
gi|17 : gaA--T--CAATTTCAGTAT--C----G--G-TTGCA-AAGCGAAG--AA-G--ACGT-GCCTT-A----AG-T------------T--AA---ATGT---TAT-T--G-TAAG--T-ATT-AAG-TG-AGA-CAATGCAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-CAAAA-AG-T---GGT-TGACTTT-ACC--AA-TTCCAGGAAaaagttaggt
gi|18 : ttTAAT-GT--TTCAG-AAATT--TATAGTGTGACTATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGA---------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GG---T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCC---CTGAAGTC-A--AA--T--CA-TTGCAGTGT--C----G--G-TTGCA-GAGCGAAG--GA-G--ACggtctagattt
gi|19 : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTCTGACTATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCAGA---------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CTC-GCT---CTAAAGTC--AT-A--T--CA-TTGCAGTGT--C----G--G-TTGCA-GAGCGAAG--AA-
gi|2 : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATATTGTGACTATTT-G-GGTG--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGAT---------------GTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTC-AAC----T--CA-TTCCAGTGT--C----A--G-ATGCC-AAGAGAAG--AA-G--ACGA-GCCTT-ATTAAAG-T------------TA-AATAAAGAT---AAT-T--G-C-AG--T-GGT-GAG-TG-AGA-CATT-AAAT-A--AAA-TCAGC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG--TCCAGTAA
gi|20 : TAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGTGTGGCCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCAGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAATTC-AAT----T--CC-TTCCAGTGT--C----G--G-TAGCA-GAGAGAAggtcttatagatttgcaa
gi|21 : g-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGT--CTATTT-G-GTTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGAT---------------GTG-GTCA--T---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAAGTC-AA-AA-----CA-GTCCAGTGT--C----A--G-TCGTA-GAGC
gi|22 : TTC-G-CGTT--C--A-GCCAT-A-A-T-G--TCAT-TCGTGT--------------AGTG-GTCA--C---GTG--AC-GA---------AAT-AGT--------------------------------TGC-GTT---CTGGAGTC-Aa
gi|22 : --CGC-GTT---C---AGCC-A-TAA--TGTCA-TTC--GTGTAGT----G--G-TCACG-TGACGAAA--TA-GTTGCGT--TCTG-G----AG-TCAGGGTCGTGAATA-AA---ATTT---CAT-C--A-C-AG--C-TGT-AAG-TG-AGA-CAGT------A--AAG-TTA-T-TTA-C-AAgggtcgtgaataaaatttcatcacagctgtaagtgagacagtaaagttatttacaa
gi|23 : ttAGAGAAG--TA-G--ACGC-GTTTTGA----AA-T------------TA-AA---A--------T-T--G-C-GG--T-GGT------G-AGA-CATT-CAAG-A--AAG-TCAAC-TTA-C-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--GG-TTCCAGTAA
gi|24 : gcggccaAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACTATTT-C-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-A--T--T-TCGGA---------------TGTG-GGCA--T---GTG--A--AA---------AGG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CGC-GCT---CTGAATTC-Aggtctagatttgc
gi|25 : AT-T--A-C-AG--C-AGT-AAT-TG-A-A-C-GT-GAAT-T--AAG-TTAAC-TTA-C-TGA--G-TTTTGGT-TGAC--T-A-C--AG-TTCCACTAA
gi|26 : gacatttcGGAT--------------TGTG-GGCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA-----------------------C-TAT---ATAAAGTC-AATTG--T--TA-TTCCAGGGT--C----G--G-CTGCA-GAACGAAG--AA-G--ACTT-GTCTT-G----AG-T------------ggtatagattttgcaattta
gi|27 : ------------TA-AA---ATTT---CAT-C--A-C-AG--C-TGT-AAG-TG-AGA-CAGT------A--AAG-TTA-T-TTA-C-AAA-AACT---GGT-TGACCT
gi|29 : gtgaa--TTCGGGAAATT--TAAAATGTGACCATTT-G-GGTT--C--A-G--AA-C-ATT-A--T--T-TCAGAatgtactcgggtaaagttaag
gi|3 : T-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AT-AA---------AAG-GGTA-TAAACA-TA---------A-AACAC--C--CGC-GCT---CTGAAGTC-AATAT--T--CA-TTCCAGTGT--C----G--G-TTGCT-GAGAGAGT--AA-G--ACGT-GTTTT-------G-T------------AATAA---AGAC---AAT-TTAT-C-AG--T-GGT-AAC-TG-AGA-CATT-CAAG-T--AAG-TCAGC-TTA-C-AAA-AA-T---GGT-TGACCTT-G-C--AG-TTCCAATAA
gi|30 : TAAT-AT--TTCAG-AAAGT--TAAAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-Gggtctagattt
gi|31 : gTAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGTGTGACCATTA-G-GGTT--T--
gi|4 : TAAT-AT--TCTGG-AA-TT--TATATTTAAACTATTT-G-GGTG--T--A-GGCAACT-A-A-GACT--TGTCGA----------------TGTG-GTCA--C---GTG--A---A---------AAA-GGTA-T----A-TA---------A-A--G---C--CGCGGCTC--CTGAGGTC-AAC----T--CA-TTCCAGTGT--CA---G--A-TGGC--CAACGAGA--GA-G--GGGA-GCTTTAA----AG-T------------CA-AA---AAATTG-AAT-T--G-C-AGT-T-AGTGGAG-TG-AG--CATT-AAAT-A--AA---TAGC-TTA-C-AAA-AT-T---GGTGTGACC-T-A-C--GG--TCCAGTAAt
gi|5 : TAAT-GT--TTCAG-AAAGT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCAGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CAC-GCT---CTAAAGTC-AAT----T--CA-TTCCAGTGT--C----G--G-TAGCA-GAGAGAAG--AA-G--ACGT-GTCTA-A----AG-T------------TA-AA---AGAT---AAT-T--GCC-AG--T-GTT-AAGTTG-AGA-CAAT-CAAG----AAG-TCAG--TTA-C-AAACAG-G---GGT-TGACCTTGA-C--AGTTTCCGGTAAgtctgtataattgtgc
gi|6 : TAAT-AT--TTCGG-AAATT--TATAGTGTGACCATTT-C-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTA--AT-AA---------AAG-GGTA-T----A-AA---------A-A--GC--T--CGC-GCT---CTGAAGTC-AATAT--T--CA-TTTCAGTGT--C----G--G-TTGCA-AAGTGAAG--AA-G--ACGT-GTATT-A----AG-T------------TA-AA---AAGT---AAT-T--G-C-AG--T-GTT-ATG-TG-GGA-CAAC-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTACC-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCCAGTAAgtgctag
gi|7 : T-AT--TCGGG-AAATT--TATAATGCGACCATTT-AAGGTT--C--ATG--AA-T-A-TTA--T--T-TCAGATGTAAACATCCGTGTTATG-ATCA--C---GTG--AT-AA---------AGG-GGTA-T----A-AA---------A-A--GCGGT--CAG-GTT---CAGAAGCT-AGTAAGTT--CA-TTCCAGTGT--A----G--A-TGCCA-AAAGAAGG--AA-GA-ACGT-GT-TT-A----A--------------------------T---AAT-T--G-C-AG--T-GGT-GAG-TG-AGA-CATT-TAAATA--AAGTTCAGC-TTA-C-AAA-AGTT---TGT-TGACCTT-A-
gi|8 : TAAT-AT--TTCGG-AAAGT--TATAGCGTGACCAATT-G-GGTT--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCGGAT--------------TGTG-GTCA--C---GTG--AC-AA---------AAG-AGTA-T----A-AA---------A-A--GC--C--CAC-GCT---CTAAAGTC-ATTAT--T--CA-TTGCAGTGT--C----G--G-TTGCA-GAGCGAAG--AA-G--ACGT-GTCTT-A----AA-T------------TA-AA---AAGC---AATGT--G-C-AG--T-GTT-AGG-TG-AGA-CAAC-CAAG-A--AAG-TCAGC-TTA-T-AAA-AG-T---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCC
gi|9 : --TTCG---AAGT--TATAGTGTGACCATTT-G-GGTG--T--A-GCCAA-T-A-T-G--T--T-TCAGAT--------------TGTGAGTCA--C---GTG--ACAAA---------AAG-GGTA-T----A-TA---------A-A--GC--C--CAC-GCT---CTAAAGTC-A--AA--T--TC-TTCCAGTGG--C----G--G-TAGCA-GAG-GAAG--AAGG--ACGT-GTCTA-A----AGTT------------TA-AA---AAGT---AATAT--GCC-AG--T-GTTAAAG-TG-AGAGCAAT-CAAG----AAG-T-AGC-TTA-C-AAA-AG-G---GGT-TGACCTT-A-C--AG-TTCC-GTAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TGTTTTAGGTAATTGCAGCGTTTAATATAAATTCATTTACGGTACCAATTTTGTGAATAGTTG