lowQualScore : 44 1111 22222 1111 0 33 0 3333 0 0 77 1
lowQualScore : .. .... ..... .... . .. . .... . . .. .
lowQualScore : 66 9999 33333 9999 9 99 9 8888 9 9 44 0
consensus : CACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCT----A-TN-G-AATGG----TAT-A-AT-AAA-ATATGCCAACA
Reference ( gi|19 ) : CACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCT----A-TA-G-AATGG----TAT-A-AT-GAA-ATATGCCAACA
gi|12 : CACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----TTCT----A-CA-G-AATGG----TAT-A-AT-AAA-ATATACCAACA
gi|10 : aCACAGGTAGACA--ATATG----TTT-----GTCT----A-TT-G-CATGG----TAT-A-AT-ATA-ATATGCCAACA
gi|11 : aCACAGGTAGATG--ATATG----TTT-----GTCT----A-TA-T-TATGG----CAT-A-AT-AAA-ACATGCCAACAc
gi|25 : aCACAGGTAAATA--ATATG----TTT-----GTCT----A-TA-G-AATGG----TAT-A-AT-AAG-ATATG
gi|20 : aCACAGGTAGATA--ATAGG----TTT-----GTTC----A-TA-G-AATGG----TTT-A-AT-GGA-ATATGCCAAtaaa
gi|13 : aCACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCC----A-TA-G-AATAA----TGT-A-GT-CAA-ATATGTCAACa
gi|14 : aCACGGGTAGATA--ATATA----TAT-----GTCT----A-TA-G-AATGG----GAT-A-A--GAATATATGCCAACAg
gi|21 : aCACAGGTAGACA--ATATG----TTT-----GTCT----A-TT-G-CATGT----TAT-A-AT-AAA-ATATGCTAA
gi|28 : caCACAGGTAGATG--ATATA----TTT-----GTCT----A-TA-G-AATGA----TGT-A-AT-ATA-ATATACCA
gi|26 : aCACAGGTAGA-A--ATATG----TTT-----ATCT----A-GG-C-AATGG----TAT-A-AT-AAA-GTATGCCAAC
gi|6 : aCACAGGTAAATA--ATATG----TTT-----GTCT----A-TA-G-AATGGA---TAT-ATAT-AAG-ATATG
gi|2 : caCACAGGTAGATA--ATTTG----TCTAATATGTTT----A-CA-G-AATGG----TGT-A-AT-AAA-ATTTGCCAACAtaaata
gi|23 : caCACAGGTAGATA--ATATG----TTC-----GCCC----A-TG-G-AATGT----AAT-A-GT-CAA-ATATGTCAc
gi|22 : caCACCGGTAGATC--ATATG----TTT-----ACCC----A-TA-G-AATGA----TGT-A-GT-CAA-ATATGTCAAt
gi|31 : caCAAAGGTAGATA--CTATA----TGT-----GTCT----A-TA-G-GATGG----TGT-A-ATAAAA-ATATACCA
gi|43 : CACAGGT--------T-TG----TTT-----GTCT----A-AA-G-AATGG----TAT-A-A---AA-ATATGCCAAC
gi|16 : aCATAGATAGATA--ATGTG----TGT-----ATCT----A-TA-G-AAAGG----TAT-A-A---AA-A-ATGTCAACA
gi|4 : CATAGGTAGATATCATATG----T-------GTCT----T-TT-G-AATAG----TAT-G-AT-AAA-ATATGCCACCAcgct
gi|1 : aaCACAGG-AGATA--ATATG-----TT-----GTCC----A-TA-GAAATGGCAACTGT-A-AT-G-G-ATATGCCAActc
gi|5 : caCACAGGTAAATA--ATATG----TTT------TCT----A-TAGG-AATGGA---TATAA-AT-AAG-ATATGagttgcacatg
gi|29 : caCACTGGTAGATA--ATATG----CTG-----GTTT----A-TT-G-AATTC----TGT-A-AT-AAA-ATATGTCtaaaatg
gi|9 : caCATAGGTAGATG--ATATG----TGT-----ATCT----A-TA-G-AATGG----
gi|8 : aCAGAGGTAGATA--ATATGTTGTTTT-----GTTTTTTAA-TA-G---TTG----TAT-A-AT-AAA-ACATGCCagagaaaaaaacctaccaaaca
gi|44 : aCACAGGTAGATA--ATATG----T-----------------TA-G-TATG------CT-A-AT-----ATATGCCAACA
gi|33 : ACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCC----A-TA-G-AATGA----TGT-A-AT-GGA-ATATGCCAA
gi|36 : ACAGCTAGATA--ATATG----TTT-----GTCT----A-TA-G-AGTGG----GAT-A-AT-GAA-ATATGCC
gi|30 : ACAGACAGATAG-ATATA----TTT-----GTCT----A-TT-G-AATGG----TAT-A-AT-AAA-ATATGCCAAc
gi|37 : ACAAGTAGATA--AAAAG----TTT-----GTCT----A-TA-G-AGTTG----TGT-A-AT-GGA-ATATGCC
gi|24 : tACAGGTAGACA--ATATG----TTT-----GTTT----A-TT-G-ATTAA----TAT-G-AT-AAT-ATATGCCAAC
gi|35 : tACTGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTTT----A-TT-G-ATTAG----TAT-G-AT-GAT-ATATGCC
gi|17 : tACAGACAGATAG-ATATA----TTT-----GTCT----A-TTTG-AATG-----TAT-A-AT-AAA-ATATGCCAA
gi|3 : ttgACAGGTAGATA--GCATG----CTT------TCC----A-TA-T-AATGG----TAT---AT-CAA-ATATGGCAAC
gi|7 : aATAGGTATATT--GTATG----TTT-----GTCT----A-TT-A-AATGA----TAT-G-AG-AAA-ATATACCAAcgcannnnn
gi|32 : aaACAGGTAGATATAATATG----TTT-----GTTT----A-TT-G-ATTAG----TAT-G-AT---A-ATATGaacg
gi|38 : catACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----ATTT----ATTG-G-ATTCG----TTT-G-AT-AAT-ATATGt
gi|27 : tCAGGTAGATA--CTATG----TTT-----ATTT----A-TT-G-ATTAG----TAT-G-AT-AAT-ATATGCCAACA
gi|42 : CAGGTAGATA--ATATG----TTT-----ATCT----A-TT-G-ATTAG----TAT-G-AT-
gi|15 : ccatgAGGTTGATA--ATATC----TTT-----GTCT----A-TA-G-AATAA----TAT-A-AC-AAA-AAATGCCAAcat
gi|46 : ccactgAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTTT----A-TT-G-AATAA----TAT-A-
gi|18 : cataaGTAAATG--ATTTG----CTT-----GTTT----A-TT-G-ATTAG----TAT-G-AT-AAT-ATATGCCAATAt
gi|34 : gtTAGATA--GTATG----TTT-----GTTT----A-TT-G-ATTAG----TTT-G-AT-AAT-ATATGCCAAtgc
gi|45 : TATG----TTT-----GCCG----A-TA-G-AATGA----TGT-A-GT-CAA-ATATGTCAACaatg
gi|40 : TATG----TTT-----ATTT----A-TT-G-ATTAG----TAT-G-AT-AAT-ATGTGCCAACAgc
gi|41 : tTATT----TTT-----GTTT----A-TT-G-ATTAG----TAT-G-AA-AAT-ATATGCCAACAtgcac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): TACAGTTAGATAGTATGTTTGTTTATGATTAGATTTGAATAATATAT
Alignments
lowQualScore : 44 1111 22222 333 0 0 111 4444 0 0 0
lowQualScore : .. .... ..... ... . . ... .... . . .
lowQualScore : 55 9999 22222 111 9 9 666 6666 9 9 9
consensus : CACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-N-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAATATGCCAACA
Reference ( family-92 ) : CACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-N-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAATATGCCAACA
gi|1 : CACAGG-AGATA--ATATG-----TT-----GTCCAT-A-GAAA-TG---GCAACTGT-A-AT--GGATATGCCAA
gi|10 : caCACAGGTAGACA--ATATG----TTT-----GTCTAT-T-G-CA-TG---G----TAT-A-AT-ATAATATGCCAACAagttgcacatg
gi|11 : aCACAGGTAGATG--ATATG----TTT-----GTCTAT-A-T-TA-TG---G----CAT-A-AT-AAAACATGCCAACAc
gi|12 : aCACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----TTCTAC-A-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAATATACCAACA
gi|13 : aCACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCCAT-A-G-AA-TA---A----TGT-A-GT-CAAATATGTCAAC
gi|14 : aCACGGGTAGATA--ATATA----TAT-----GTCTAT-A-G-AA-TG---G----GAT-A-AG-AATATATGCCAACAg
gi|15 : aAGGTTGATA--ATATC----TTT-----GTCTAT-A-G-AA-TA---A----TAT-A-AC-AAAAAATGCCAA
gi|16 : ccactgCATAGATAGATA--ATGTG----TGT-----ATCTAT-A-G-AA-AG---G----TAT-A-A--AAA--ATGTCAACA
gi|17 : ACAGACAGATAG-ATATA----TTT-----GTCTAT-TTG-AA-TG--------TAT-A-AT-AAAATATGCCAAcgct
gi|18 : ttgGTAAATG--ATTTG----CTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT-AATATATGCCAATA
gi|19 : gtCACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-A-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-GAAATATGCCAACAtgc
gi|2 : CACAGGTAGATA--ATTTG----TCTAATATGTTTAC-A-G-AA-TG---G----TGT-A-AT-AAAATTTGCCAACA
gi|20 : caCACAGGTAGATA--ATAGG----TTT-----GTTCAT-A-G-AA-TG---G----TTT-A-AT-GGAATATGCCAAc
gi|21 : aCACAGGTAGACA--ATATG----TTT-----GTCTAT-T-G-CA-TG---T----TAT-A-AT-AAAATATGCTAAa
gi|22 : caCACCGGTAGATC--ATATG----TTT-----ACCCAT-A-G-AA-TG---A----TGT-A-GT-CAAATATGTCAA
gi|23 : caCACAGGTAGATA--ATATG----TTC-----GCCCAT-G-G-AA-TG---T----AAT-A-GT-CAAATATGTCA
gi|24 : caACAGGTAGACA--ATATG----TTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---A----TAT-G-AT-AATATATGCCAACt
gi|25 : tCACAGGTAAATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-A-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAGATATG
gi|26 : aCACAGGTAGA-A--ATATG----TTT-----ATCTAG-G-C-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAGTATGCCAACtaaa
gi|27 : aCAGGTAGATA--CTATG----TTT-----ATTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT-AATATATGCCAACA
gi|28 : CACAGGTAGATG--ATATA----TTT-----GTCTAT-A-G-AA-TG---A----TGT-A-AT-ATAATATACCA
gi|29 : aCACTGGTAGATA--ATATG----CTG-----GTTTAT-T-G-AA-TT---C----TGT-A-AT-AAAATATGTC
gi|3 : caACAGGTAGATA--GCATG----CTT------TCCAT-A-T-AA-TG---G----TAT---AT-CAAATATGGCAAC
gi|30 : aACAGACAGATAG-ATATA----TTT-----GTCTAT-T-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAATATGCCAAcgcannnnn
gi|31 : CAAAGGTAGATA--CTATA----TGT-----GTCTAT-A-G-GA-TG---G----TGT-A-ATAAAAATATACCA
gi|32 : ACAGGTAGATATAATATG----TTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT---AATATG
gi|33 : catACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCCAT-A-G-AA-TG---A----TGT-A-AT-GGAATATGCCAAt
gi|34 : TAGATA--GTATG----TTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---G----TTT-G-AT-AATATATGCCAA
gi|35 : ACTGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT-GATATATGCCaatg
gi|36 : tACAGCTAGATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-A-G-AG-TG---G----GAT-A-AT-GAAATATGCC
gi|37 : ACAAGTAGATA--AAAAG----TTT-----GTCTAT-A-G-AG-TT---G----TGT-A-AT-GGAATATGCCc
gi|38 : tACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----ATTTAT-T-G-GATTC---G----TTT-G-AT-AATATATG
gi|4 : tCATAGGTAGATATCATATG----T-------GTCTTT-T-G-AA-TA---G----TAT-G-AT-AAAATATGCCACCA
gi|40 : aaTATG----TTT-----ATTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT-AATATGTGCCAACActc
gi|41 : tTATT----TTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AA-AATATATGCCAACAtgcac
gi|42 : CAGGTAGATA--ATATG----TTT-----ATCTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT-tgtac
gi|43 : ccatgCACAGGT--------T-TG----TTT-----GTCTAA-A-G-AA-TG---G----TAT-A----AAAATATGCCAACcat
gi|44 : aCACAGGTAGATA--ATATG----T---------------------TA---G----TAT-G-CT-AATATATGCCAACA
gi|45 : TATG----TTT-----GCCGAT-A-G-AA-TG---A----TGT-A-GT-CAAATATGTCAAC
gi|46 : AGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTTTAT-T-G-AA-TA---A----TAT-A-gc
gi|5 : cataaCACAGGTAAATA--ATATG----TTT------TCTATAG-G-AA-TG---GA---TATAA-AT-AAGATATGt
gi|6 : caCACAGGTAAATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-A-G-AA-TG---GA---TAT-ATAT-AAGATATGtaaaatg
gi|7 : caATAGGTATATT--GTATG----TTT-----GTCTAT-T-A-AA-TG---A----TAT-G-AG-AAAATATACCAAtaaata
gi|8 : aaCAGAGGTAGATA--ATATGTTGTTTT-----GTTT-T-T-T-AA-TAGTTG----TAT-A-AT-AAAACATGCCaacg
gi|9 : aCATAGGTAGATG--ATATG----TGT-----ATCTAT-A-G-AA-TG---GA---GAG-A-AA-AAAACCTACCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): TACAGTTAGATAGTATGTTTGTTTATGATTAGATTTGAATAATATAT
Alignments
lowQualScore : 44 1111 22222 333 0 0 111 4444 0 0 0
lowQualScore : .. .... ..... ... . . ... .... . . .
lowQualScore : 55 9999 22222 111 9 9 666 6666 9 9 9
consensus : CACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-N-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAATATGCCAACA
Reference ( family-92 ) : CACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-N-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAATATGCCAACA
gi|1 : CACAGG-AGATA--ATATG-----TT-----GTCCAT-A-GAAA-TG---GCAACTGT-A-AT--GGATATGCCAA
gi|10 : caCACAGGTAGACA--ATATG----TTT-----GTCTAT-T-G-CA-TG---G----TAT-A-AT-ATAATATGCCAACAagttgcacatg
gi|11 : aCACAGGTAGATG--ATATG----TTT-----GTCTAT-A-T-TA-TG---G----CAT-A-AT-AAAACATGCCAACAc
gi|12 : aCACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----TTCTAC-A-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAATATACCAACA
gi|13 : aCACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCCAT-A-G-AA-TA---A----TGT-A-GT-CAAATATGTCAAC
gi|14 : aCACGGGTAGATA--ATATA----TAT-----GTCTAT-A-G-AA-TG---G----GAT-A-AG-AATATATGCCAACAg
gi|15 : aAGGTTGATA--ATATC----TTT-----GTCTAT-A-G-AA-TA---A----TAT-A-AC-AAAAAATGCCAA
gi|16 : ccactgCATAGATAGATA--ATGTG----TGT-----ATCTAT-A-G-AA-AG---G----TAT-A-A--AAA--ATGTCAACA
gi|17 : ACAGACAGATAG-ATATA----TTT-----GTCTAT-TTG-AA-TG--------TAT-A-AT-AAAATATGCCAAcgct
gi|18 : ttgGTAAATG--ATTTG----CTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT-AATATATGCCAATA
gi|19 : gtCACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-A-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-GAAATATGCCAACAtgc
gi|2 : CACAGGTAGATA--ATTTG----TCTAATATGTTTAC-A-G-AA-TG---G----TGT-A-AT-AAAATTTGCCAACA
gi|20 : caCACAGGTAGATA--ATAGG----TTT-----GTTCAT-A-G-AA-TG---G----TTT-A-AT-GGAATATGCCAAc
gi|21 : aCACAGGTAGACA--ATATG----TTT-----GTCTAT-T-G-CA-TG---T----TAT-A-AT-AAAATATGCTAAa
gi|22 : caCACCGGTAGATC--ATATG----TTT-----ACCCAT-A-G-AA-TG---A----TGT-A-GT-CAAATATGTCAA
gi|23 : caCACAGGTAGATA--ATATG----TTC-----GCCCAT-G-G-AA-TG---T----AAT-A-GT-CAAATATGTCA
gi|24 : caACAGGTAGACA--ATATG----TTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---A----TAT-G-AT-AATATATGCCAACt
gi|25 : tCACAGGTAAATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-A-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAGATATG
gi|26 : aCACAGGTAGA-A--ATATG----TTT-----ATCTAG-G-C-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAGTATGCCAACtaaa
gi|27 : aCAGGTAGATA--CTATG----TTT-----ATTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT-AATATATGCCAACA
gi|28 : CACAGGTAGATG--ATATA----TTT-----GTCTAT-A-G-AA-TG---A----TGT-A-AT-ATAATATACCA
gi|29 : aCACTGGTAGATA--ATATG----CTG-----GTTTAT-T-G-AA-TT---C----TGT-A-AT-AAAATATGTC
gi|3 : caACAGGTAGATA--GCATG----CTT------TCCAT-A-T-AA-TG---G----TAT---AT-CAAATATGGCAAC
gi|30 : aACAGACAGATAG-ATATA----TTT-----GTCTAT-T-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAATATGCCAAcgcannnnn
gi|31 : CAAAGGTAGATA--CTATA----TGT-----GTCTAT-A-G-GA-TG---G----TGT-A-ATAAAAATATACCA
gi|32 : ACAGGTAGATATAATATG----TTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT---AATATG
gi|33 : catACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCCAT-A-G-AA-TG---A----TGT-A-AT-GGAATATGCCAAt
gi|34 : TAGATA--GTATG----TTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---G----TTT-G-AT-AATATATGCCAA
gi|35 : ACTGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT-GATATATGCCaatg
gi|36 : tACAGCTAGATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-A-G-AG-TG---G----GAT-A-AT-GAAATATGCC
gi|37 : ACAAGTAGATA--AAAAG----TTT-----GTCTAT-A-G-AG-TT---G----TGT-A-AT-GGAATATGCCc
gi|38 : tACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----ATTTAT-T-G-GATTC---G----TTT-G-AT-AATATATG
gi|4 : tCATAGGTAGATATCATATG----T-------GTCTTT-T-G-AA-TA---G----TAT-G-AT-AAAATATGCCACCA
gi|40 : aaTATG----TTT-----ATTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT-AATATGTGCCAACActc
gi|41 : tTATT----TTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AA-AATATATGCCAACAtgcac
gi|42 : CAGGTAGATA--ATATG----TTT-----ATCTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT-tgtac
gi|43 : ccatgCACAGGT--------T-TG----TTT-----GTCTAA-A-G-AA-TG---G----TAT-A----AAAATATGCCAACcat
gi|44 : aCACAGGTAGATA--ATATG----T---------------------TA---G----TAT-G-CT-AATATATGCCAACA
gi|45 : TATG----TTT-----GCCGAT-A-G-AA-TG---A----TGT-A-GT-CAAATATGTCAAC
gi|46 : AGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTTTAT-T-G-AA-TA---A----TAT-A-gc
gi|5 : cataaCACAGGTAAATA--ATATG----TTT------TCTATAG-G-AA-TG---GA---TATAA-AT-AAGATATGt
gi|6 : caCACAGGTAAATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-A-G-AA-TG---GA---TAT-ATAT-AAGATATGtaaaatg
gi|7 : caATAGGTATATT--GTATG----TTT-----GTCTAT-T-A-AA-TG---A----TAT-G-AG-AAAATATACCAAtaaata
gi|8 : aaCAGAGGTAGATA--ATATGTTGTTTT-----GTTT-T-T-T-AA-TAGTTG----TAT-A-AT-AAAACATGCCaacg
gi|9 : aCATAGGTAGATG--ATATG----TGT-----ATCTAT-A-G-AA-TG---GA---GAG-A-AA-AAAACCTACCAA
blockSeqs : TA TTGT AATAT TT GTT A
blockSeqs : TC . . AG . A
blockSeqs : G . . T . A
blockSeqs : G . . A . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . G . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . G . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . . A . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . T . .
blockSeqs : . . A . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ****
originalCons : CACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-N-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAATATGCCAACA
finalCons : CACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-N-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAATATGCCAACA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): TACAGTTAGATAGTATGTTTGTTTATGATTAGATTTGAATAATATAT
Alignments
lowQualScore : 44 1111 22222 333 0 0 111 4444 0 0 0
lowQualScore : .. .... ..... ... . . ... .... . . .
lowQualScore : 55 9999 22222 111 9 9 666 6666 9 9 9
consensus : CACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-N-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAATATGCCAACA
Reference ( family-92 ) : CACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-N-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAATATGCCAACA
gi|1 : CACAGG-AGATA--ATATG-----TT-----GTCCAT-A-GAAA-TG---GCAACTGT-A-AT--GGATATGCCAA
gi|10 : caCACAGGTAGACA--ATATG----TTT-----GTCTAT-T-G-CA-TG---G----TAT-A-AT-ATAATATGCCAACAagttgcacatg
gi|11 : aCACAGGTAGATG--ATATG----TTT-----GTCTAT-A-T-TA-TG---G----CAT-A-AT-AAAACATGCCAACAc
gi|12 : aCACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----TTCTAC-A-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAATATACCAACA
gi|13 : aCACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCCAT-A-G-AA-TA---A----TGT-A-GT-CAAATATGTCAAC
gi|14 : aCACGGGTAGATA--ATATA----TAT-----GTCTAT-A-G-AA-TG---G----GAT-A-AG-AATATATGCCAACAg
gi|15 : aAGGTTGATA--ATATC----TTT-----GTCTAT-A-G-AA-TA---A----TAT-A-AC-AAAAAATGCCAA
gi|16 : ccactgCATAGATAGATA--ATGTG----TGT-----ATCTAT-A-G-AA-AG---G----TAT-A-A--AAA--ATGTCAACA
gi|17 : ACAGACAGATAG-ATATA----TTT-----GTCTAT-TTG-AA-TG--------TAT-A-AT-AAAATATGCCAAcgct
gi|18 : ttgGTAAATG--ATTTG----CTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT-AATATATGCCAATA
gi|19 : gtCACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-A-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-GAAATATGCCAACAtgc
gi|2 : CACAGGTAGATA--ATTTG----TCTAATATGTTTAC-A-G-AA-TG---G----TGT-A-AT-AAAATTTGCCAACA
gi|20 : caCACAGGTAGATA--ATAGG----TTT-----GTTCAT-A-G-AA-TG---G----TTT-A-AT-GGAATATGCCAAc
gi|21 : aCACAGGTAGACA--ATATG----TTT-----GTCTAT-T-G-CA-TG---T----TAT-A-AT-AAAATATGCTAAa
gi|22 : caCACCGGTAGATC--ATATG----TTT-----ACCCAT-A-G-AA-TG---A----TGT-A-GT-CAAATATGTCAA
gi|23 : caCACAGGTAGATA--ATATG----TTC-----GCCCAT-G-G-AA-TG---T----AAT-A-GT-CAAATATGTCA
gi|24 : caACAGGTAGACA--ATATG----TTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---A----TAT-G-AT-AATATATGCCAACt
gi|25 : tCACAGGTAAATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-A-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAGATATG
gi|26 : aCACAGGTAGA-A--ATATG----TTT-----ATCTAG-G-C-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAGTATGCCAACtaaa
gi|27 : aCAGGTAGATA--CTATG----TTT-----ATTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT-AATATATGCCAACA
gi|28 : CACAGGTAGATG--ATATA----TTT-----GTCTAT-A-G-AA-TG---A----TGT-A-AT-ATAATATACCA
gi|29 : aCACTGGTAGATA--ATATG----CTG-----GTTTAT-T-G-AA-TT---C----TGT-A-AT-AAAATATGTC
gi|3 : caACAGGTAGATA--GCATG----CTT------TCCAT-A-T-AA-TG---G----TAT---AT-CAAATATGGCAAC
gi|30 : aACAGACAGATAG-ATATA----TTT-----GTCTAT-T-G-AA-TG---G----TAT-A-AT-AAAATATGCCAAcgcannnnn
gi|31 : CAAAGGTAGATA--CTATA----TGT-----GTCTAT-A-G-GA-TG---G----TGT-A-ATAAAAATATACCA
gi|32 : ACAGGTAGATATAATATG----TTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT---AATATG
gi|33 : catACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTCCAT-A-G-AA-TG---A----TGT-A-AT-GGAATATGCCAAt
gi|34 : TAGATA--GTATG----TTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---G----TTT-G-AT-AATATATGCCAA
gi|35 : ACTGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT-GATATATGCCaatg
gi|36 : tACAGCTAGATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-A-G-AG-TG---G----GAT-A-AT-GAAATATGCC
gi|37 : ACAAGTAGATA--AAAAG----TTT-----GTCTAT-A-G-AG-TT---G----TGT-A-AT-GGAATATGCCc
gi|38 : tACAGGTAGATA--ATATG----TTT-----ATTTAT-T-G-GATTC---G----TTT-G-AT-AATATATG
gi|4 : tCATAGGTAGATATCATATG----T-------GTCTTT-T-G-AA-TA---G----TAT-G-AT-AAAATATGCCACCA
gi|40 : aaTATG----TTT-----ATTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT-AATATGTGCCAACActc
gi|41 : tTATT----TTT-----GTTTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AA-AATATATGCCAACAtgcac
gi|42 : CAGGTAGATA--ATATG----TTT-----ATCTAT-T-G-AT-TA---G----TAT-G-AT-tgtac
gi|43 : ccatgCACAGGT--------T-TG----TTT-----GTCTAA-A-G-AA-TG---G----TAT-A----AAAATATGCCAACcat
gi|44 : aCACAGGTAGATA--ATATG----T---------------------TA---G----TAT-G-CT-AATATATGCCAACA
gi|45 : TATG----TTT-----GCCGAT-A-G-AA-TG---A----TGT-A-GT-CAAATATGTCAAC
gi|46 : AGGTAGATA--ATATG----TTT-----GTTTAT-T-G-AA-TA---A----TAT-A-gc
gi|5 : cataaCACAGGTAAATA--ATATG----TTT------TCTATAG-G-AA-TG---GA---TATAA-AT-AAGATATGt
gi|6 : caCACAGGTAAATA--ATATG----TTT-----GTCTAT-A-G-AA-TG---GA---TAT-ATAT-AAGATATGtaaaatg
gi|7 : caATAGGTATATT--GTATG----TTT-----GTCTAT-T-A-AA-TG---A----TAT-G-AG-AAAATATACCAAtaaata
gi|8 : aaCAGAGGTAGATA--ATATGTTGTTTT-----GTTT-T-T-T-AA-TAGTTG----TAT-A-AT-AAAACATGCCaacg
gi|9 : aCATAGGTAGATG--ATATG----TGT-----ATCTAT-A-G-AA-TG---GA---GAG-A-AA-AAAACCTACCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): TACAGTTAGATAGTATGTTTGTTTATGATTAGATTTGAATAATATAT