lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111111111111111
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 1 4 4 4 4444 3333 666666 22222 1 1 22 1 66666666666666666666666666666666 4444 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 2 1 1 33333 11 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 222 333333 1 55555 1 1 11 222 0000000000000000000000000 1 2222
lowQualScore : 6 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 5 0 0 0 6 6 3 2 7777 3333 4 222222 4 11111 7 4 4 6 6 5 6 2 22 777 3 5 77777777777777777777777777777777 6666 1 5 6 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 7 6 3 0 4 0 33333 33 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 22 222 3 555555 444 4 5 66666 4 3 5 5 6 6 6 22 6 777 7777777777777777777777777 5 9999 6
lowQualScore : . ................................................................................................................................................. .. . . . . . . . . .... .... . ...... . ..... . . . . . . . . .. ... . . ................................ .... . . . ....................................................................... . . . . . . . ..... .. ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .. ... . ...... ... . . ..... . . . . . . . .. . ... ......................... . .... .
lowQualScore : 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 0 0 0 0 0 0 0 5 0000 0000 0 000000 0 55555 0 0 0 0 0 0 0 5 00 555 0 5 00000000000000000000000000000000 0000 5 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 0 0 7 5 5 0 55555 88 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 00 000 0 555555 000 0 5 55555 0 0 0 0 0 0 0 00 0 000 0000000000000000000000000 0 0000 0
consensus : GTAACCTTACAAAC-TATAGAGGGATCT--CGATAGC-AAG-TAACAT-AGGTAAACTATTTAATTCTATC-TTAAACACTCGATTGGACAAATTTTTAGACAATAACAATATTATTAGTAGATACCAAAT-AAATTGGTTTCTCTAAAGCATGCAGAACATCTGATCATATGTTT-ATTATTAANTNTCTTCATCGANAAATNTTGTAACATCAAGGAGGNANGNTNTATGCATGTTTCATNGACNTCCGTAAAGCCCTTGACANTGTNNTGCATGNTGGTNTGAAACTAGAAACTNCCGCAGCATGAGNANTNGNAGNCAANTCTTTACAATTTNATNAAGGATATGTACTCCAATTGNAGNTCCNACGCATGTGTCAGAGTNGGAGATTACTNAACNAAACCTC-TTCTNTACCCGNCTNGGTGTANGACAAGGG-GACAATCTGA-GCCC-TANTTTG--TTCAAA-ATT-TTTTCG-TAA-TGA-TTT-ACCA----TCG-T-AT-CT-ACACT-CGG---TT---GCTATAGATT-CTGTATA-A---TA-CA--TTNA--AA--------AAATATAN-ATT-G---TTT-AATG-TATGCAG-------ATGATAT---NGT-ATTTA--TTC-TC-ANC--ATCG-CCAGAN-GG--TCTNCAG-CA---AAA------ATN---T---AAAC--TCNTT-AGAA-A-----TA--TTGTAAC-G----AN---TG-GNGTTTGCAA--GTTA--ATG-T--C-CGTG-A---AAAACAAA--A------GTTGTTGTA----TT--TAA----CAAGGCT-GG---AGAGAAACNGTNNAGTGTNAATTTAAATTCCATTTATA-AA--AGTT-C--TGATATTGAATGCGTATCATAGTTATAAATACTCGGGTA-T-TA---TA------TTTC--ACGCCATCTGGGACTTTNT--TT-TAGCG----TAGACAAG-AA---TTA---TAACA-------AAAAGGNC-----CTCAAAGC----N-TATTTCGAACC---A-GGA---AA--GA---T------TTTTTNAG----TTTAAAC---CCAAGGA-AT----C--C--ACGCGTATGNATGTCT-TTGAT---CA---CAC--TAA-ATCAAN-CCTAT-TACTA----NTATACGGC----TC-TGAAATA----T----GGGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCACAATAAAAACAGTCTCGGACAA-ATAATCTAATTATAAGACAAACACGCTCCGCTATAA----TTA--AAAAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATCGNGNNTAAATGAGAGATAATCTNGTCAACCATGCTTCNCTTCTNTGAGTTGGCGNAGANACACCCNTNGNANTATGATCAAGCTNGTCNAAAGCTTATTCAAATACTGTCATATATTAGAAAATTCAAT-TGGATTTTCACT--TTCAAATGATGTCTTTCTATGTAGTAA
Reference ( gi|1 ) : GTGACC---CAAACATACCGTGGAATATATCTATAACGAAGCTAATGTTAGGTAAACTTTTTTAACATATTATTGAACAC--AGTTAGATAA-TTTCTAAGTGAAAACAA----ATTAATC-ATCTCTTGTCAGGTTGGATTCAC-AAA--ATGCCAAACCTCT-ATCAT-TGTTTTATTGTCAAATGT-T-AATTGATAAATATTGTAACACAAAGAAGGTAGACTATATGCTTGTTTCATAGATTTTCATAAAGCTTTTTATAGTGTTGTGCACAATGGTTTGAAACTAAAAACTACTGCAGTAT-AATGATGGGAACCAAAT-TTTATAATATTATTAACAACATGTAC----AT-GAAAGT--GAAGCATGTATCA-AGTTAGAATTTCCTTACCT---CCTCATTCCCTATTAAAGTAGGTGTACGTCAGGGGTGACATTTTGA-GCCC-TACATTG--TTTAAA-ATTGTTTTCA-TAA-CGA-CTT-GCCA----TCA-T-AT-TT-ACA---AGG---TT---GCCATAGATTTCTG-ATA-AG--TA-CA--TTAA--AA--------AAATATAG-ACT-G---TTT-AATGATACGCAG-------ATGACAT---AGTAATTT---TTT-TC-ATC--ATCA-C-AGAA-GG--ACTTCAG-CA---AAA------ATT---T---AAAC--TCCTT-AGAA-A-----TA--TTGTGAC-G----AC---TG-GGGTATGCAA--GTCA--AT--T--C-TAT------AAAACAAA--A------GTTATTGTA----TT--TAA----CAAAGCT-GG---AG---AACAATTAAG---AAA---AAATTCCA-TTATA-AA--AGTT-T--TAATATTGAGTGTGTATC-TA-TTATAAATTCTTAGGCA-T-T----CA------TTTC--ATGG-TTCAGGGACTTTCT--TT-TAGCA----TAAACAGGCAA---TTA---TAACA-------AAAGGGA------CTGAAAGC----T-TATTTCAAACT---ACGGA---AA--GA---C------TTCCTTAG----CCTAAAC---CCAAGGT-AT----C--C--ACAAGTATACATGTCT-TTGAT---CA---TAC--T---ATCAAG-CCTA--TATTA----CTTTGCG------TC-TGAAAT-----T----GGGTATGTTTT---AATGT-CAA-TAA-TG--CAAAATAAAAACAGTCT--GACAATATAAT----TTATATG-CAA------TGTGCTATAATATTTTATTGTGAAAT--CT--TTAACAC-CTTCAAATTTTG--------AACCATATTGGGTCTGAATAAGAG-------TGTGAACCATGCTTCACTTTTCTGAACTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ATTTGTCAACAGATTACTTAAATATTGCTACAGGCTAG-AACTTTAACACAGA-TTCCATTTATTAAAATGATGCATATCTATGTAGCAA
gi|4 : GTAACCTTACAAAC-TATAGAGGGATCT--CGATAGC-AAG-TAACAT-AGGTAAACTATTTAATTCTATC-TTAAACACTCGATTGGACAAATTTTTAGACAATAACAATATTATTAGTAGATACCAAAT-AAATTGGTTTCTCTAAAGCATGCAGAACATCTGATCATATGTTT-ATTATTAACTCTCT-TATCGAAAAATATTGT--CATCAAGGAGGAAAGGTGTATGCATGTTTTATAGATATCCGTAAAGCCCTTGACACTGTCTTGCATGATGGTGTGAAATTAAAA-CTTCCACAA-AT-AGGAGTTGAAAGCAATT-TTTACAATTTAATAAAAAATATGTACTCCAATTGCAGGT--CACACAT---TCA-AGTAGGAAATTATTTAACAAAACCTC--TCTATACTCAACTGGGTGTACGACAAGGG-GACAATCTGA-GCCC-AAATTTG--TTCAAA-A---TTTTCATTAA-TGA-TCT-ACCAAATGTGC-T-GT-CTAACACTCCGGACCCT---GCCACA-----CT---TA------A-CAATTTAG--AA------------ATAC-ATT-G---TTT-ACT-ACATGCTG-------ATGATGT---CGT--TCT---GTTATC-AAC--CTCG-G-AAAATGG--TCTTCAG-CA---AAAG-----ATT--------AAT--ACATT-AGAG-GGT---TT--TTGTCAG-A----AA---TG-GTGTTT--AAGTGTAA--ATG-T--T-GAA------AAGACCAA--A------G-TGTTA-A----TTTCTAA----CAAATCT-GG---
gi|2 : caaATGT-TTCATTGAC---TTTTGTAA----ANGAAGATATGCTTTATACATGTTTCATTGACTTTTGTAAAGCCTTTGACAGTGTAATACATACTGGTTTAAAACT-GAAATTGTTG-AGCATGAATATTGGTAGCT--ATCTTTATAA---CATCAAGGATATATAC----A--GGAATTCCAAAGCATGTGTTAGAGTTGGAGATTACTGA-TT---CTT--TTTTTTATCAGTCTTGGTGTAAGACAAGGG-GATAATCTAG-ACCC-T-CTTTA--TTTAAA-AT--CTTTAT-TAA-TTA-TTT-TCCA----TTG-T-AT-CT-TGA---AAA---AT---G-TATCGA-TACTGTATC-AC--TT-CA---TAATGAA--------AAAT-TGA-ATT-GCTTTTC-AATG-TATGCAG-------ACGATAT---TGTTA-TA---TTG-TC-AAC--ATCAGC-AAAG-GG--TCTACAA-CAGAGAAT------ATC---T---A-----TTGTT-GAAACA-----TA--TTGTAAT-G----AT---TG-GTGTTTGAAA--GTTA--A--------TGT------AAAACAAA--ACAAAACGTTATTGTA----TT--TAA----CAAGGCTGGG---AG---AATTGTGCAGTGTAAATTTAAATTTC----AGA-AC--AG------TAATATTAAATGTATAACATC-TTATAAGTACTTGGGTA-CAT----AA------TTTT--CTGC-ATCTGGCA----GT--TT-TAGTACTGCCAAATCTG-AACT-TTA---TAACACAGCCTTGAAGGGA------TT-----C----TATACATTGAA---------A---AA--GA---C------TTTTTGTG----TTT-AGC---CCCAGGA-AT----CATT--ACGAGTATTCATCTCT-TTGAT---CA---CACAATAAAATCAAT-TCTA--Tt
gi|6 : ctttatacGGGTGACAATTTGA-GTCC-CACTTTA--TTCAAC-ATT-TTGTCG-T---TGA-TTTTGTAA----TCACT-A-----ACC---CTG---TA---TCTTTAGAT----G-ATA-----TATCA--TTTA--AT--------CATT-TA----T-G---TTT------TTTGCTG-------ATGACCT---TGT--TTTA--TTC-TC-AGA--ATCC-CCAGAA-GG------TAT-CC---AAA------GTTGCTT---AGACATTCTTT-CAAA-A-----TA--TTGT-ACAG----AA---TG-GAAACTACAT--GTAA--AT--T--TACAG------AAAACAAA--A------GTtatatacatgtaacccagaaatttggggtggatacatggactcattgaatagcttacagtcatcaccatttgatccacacaaactttttaaatcactccactgtgagaagcttcataaaaaatattctaaatgcattcttggggtacacaagaaaaatacaaactttgctgtactatcagaattagggagatttcctctacatcatgatatattgaaatcaatcattagttatgtggtatagattgaaaaaatcttaatgaatccaaactacttagggatgcttatctaca
gi|3 : caatgtgtttcataatatgcacggtattgagatcttaaaaaaaaggaatcggtggcaattttttcaaaatgataaaacatacgtattcttcaacaaaatgtgctgttagacaaggggatgtatatacagtaacttttttcatacaactgtcggtgtcaaacaGATATTGTGAAGCCCATCAATTGGTTTTAAACAATGTAT-CA-TAAATGAGCTT-AC-A----TCA-TTATCTT-ACATT-AGG---TTATTGTAATAGATTTCTGTACAGAGGTTA-CA--TTCA--AACAAACCTGAAATATAGGACTCG---TTTTAATG-TACGCAGCGTGCCCATGACATTATGCTAATTTATATTC-TA-GTCCAATCA-CCAGAT-GGCCACTTCAGTCA---AAA------ATA---TGAAAAAC--TCTTTTAGAA-AACGAATAATCTGTGAT-GTTAAACATTCGCGGGTATGCAA--GTTACCATGGTGGC-AATGAA---AAAGCAAAATA------GTT-TTGTAAAGTCT--TAAACACCACGGCT-GGCTTAGAGAAACAATTAAG---CAA---AAATTCCATTTATACAA--AGTT-TAGGGATATTGAGTGTGTATC-TAGTTATAAATACTTA-GCACT-T----TAGTCTATTTTC--ACGGCTTCAGGGACTTTGTCATT-TGGC-----TATACAGAAGG---TTAATGTAATA-------CAAAAGACCCACCCTGAAAGCCCTGT-TATTTAAAACCATAACGGA---AAAGGAAACT------TTCCTTAGTTCACTTAAACACGCCAAGGTAAT----CT-C--ACACGTTTACATGTCTGTTGATTCGTA---TAC--T---AGCAAGCCCTATCTACTAAAATCTTTACGGCATATTCATGATATGACCCTCCCGGGGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCACAATAAAAACAGTCTCGGACAA-ATAATCTAATTATAAGACAAACACGCTCCGCTATAA----TTA--AAAAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGTGTC-----GAGAG-------GGT--------CT--ACTTTTATGAGTTGGCGAAGATA---CTTTGAGAAT-TGATCAAACTTGTCA
gi|13 : TATGCAG-------ATGATAC---AGTGATAT---TTT-CCGATT--CTC--C-AGAT-GG--TTTACAA-CA---AAATGCTTGATG---T---GAAT--ACATT----C-A-----TA--TTATAAT-G----AT---TG-A-------AA--ATTA------T--C-TGTGTAAGCAAAACTAA--A------ATTGTAGTA----TT--TAG----GAAGGGT-GG---
gi|5 : tgATA-AA--AACT-C--CGAAATTGAATGCGTATC-AAACTATAAATACTTGTGTA-T-TATGTTA------TTTTTAATGC-ATCTGAAACTTTTT--CTATAGC-----CAAGCAAG-AA---TTA---CACGA-------AAAAGGT------CTCAAA-C----A-TATTTCAAATT---AAGAATTTAA--GA---T------GTTCTGAG----TCTAAAC---CCA-GGA-ATAAGAC--C--AT--GTATGAATGTCT-TTGAT---CACGCTAC--TAA-ATCAAT-CTTAT-TACTA----GTATATGGT----TC-TGAAATA----T----GGGg
gi|9 : ATA-AATTAATTGC--TAA-GTTGAATTCGCATCATA-CTATAAATACTCGGGTA-T-TA---TG------TTTA--ATGC-ATCTGAAACTTTTT--TT-----A----TGGACAAGCAAGATTTA---TG-CA-------AAAAAGCT-----CTCAAAGC----A-TATTTCGA---------GA---AA---A---CGTTTTTTTTTTTAG----TCTAAAC---CCAGGgaaaactaaacaacagcactaaactcaatcacctaggtaatgttcaaattgaaaattgtttcaaaaaatttaaatgtgattacataaaaagtttttgtagatatttatcgggaataaataaaaaataatcttgtcaaccatgcttctctctctgagttggatagagacactcattgcattatgatgtagtccaaagcttattcaaatactgtcatatattagaaaattcaattggattttcactttcaaatgatgtctttctatgtagtaagcatct
gi|15 : TATTGAGTGTGTATC-TAGTTATAAATATTCAGGCA-T-T----CA------CTTC--ACAGCTTCAGGGACTTTCT--CT-CAATG----TAGACaataagaacatgtatgaat
gi|7 : GAA---AA--GA---T------TTTTTCAG----TTTGAAC---CCA-GAA-AT----T--AGAACATGTATGAATGTCT-TTGAT---CA---CAC--T---ATTAAA-CCAA--TCTTA----TTATATGGC----TC-TGAAATA----T----GGGtataaataaaatttatg
gi|5 : aTATCGGGAATAAATAAAAAATAATCTTGTCAACCATGCTTCTC-TCTCTGAGTTGG-ATAGAGACACTCATTGCATTATGAT---G-TAGTCCAAAGCTTATTCAAATACTGTCATATATTAGAAAATTCAAT-TGGATTTTCACT--TTCAAATGATGTCTTTCTATGTAGTAAgaacacttaagagcactaaactaaatcaagtagataatgttcaaatagaagattgttacaagaagctaagatgtgagttactacatcaaaaaatttagccaaaatatatattaggaataaattaaaaaatctgtcaatcattgcttctctcatttcctcagtt
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): AATAACATTAGGAGTGAAACAAGGAGATAAGTCCAATTTTATTCAAAATCTTTATCAATGATTTGCCAAATTACTTTCAAGAGTGCATTGATTGTATTTCTCTAAATGACCAGGTTGTTTATTGTATGCAGATGATATTGTTCTTCTATCTACTTCACAAAAATGTATTGCTATTAAATATACAATATGCATTAGAAAAATAT
Unaligned ( gi|10 ): CCTTTCATGTATGCAAACGATATAGTAATAATGGCAATATCAGCAAAGAGTTAACAATAGAGAATAATCTAATCTAGAGACATATTGTAATGAATGGTGTTTGAGAGCTAATGTTTTTAAAAAATAAAATGTATTGTCAAATAATGTTGGGAGAGTAGTGCGGTGCAAGTTTA
Unaligned ( gi|11 ): CATATCAAATTCTGTAGATATATACTTGAAGTTCATAAGAAAAGTGCAAAATATGCAGTACTCGCTGAGTTGGGGAGGTTTTCCCAATGTTTGGATATAATATCACACGTTGAATTATTGGCATAGACTAGAAATTAACCTTATT
Unaligned ( gi|12 ): TCAAACACGGCGACGATTTAAGTCCAACACTTTTCAATATGTTTGTTGATGATTTTGTGCATTATTTTAAAAATATTACTATGTATCTTGCATATCTAGCTGCAATGCCAATCTGTCATATATTTTTGCTGATGATGTCAGTTT
Unaligned ( gi|14 ): AAGTGTCATTGGTAAACTTTTTAATAACACTTTGAACTGCAGATTAGACTAAAAAAATATCAATAATTGCCAAACTGGTTTCTCAAAGAAAGCTACATGTAGAACCTCTGACCACATGTTTATTTTA
Unaligned ( gi|16 ): TGATGATTTTGTGATTATTTTGAAAATGTATCAACAAATCCTGCATATCTAGATGTAATGCCAAATTAACCATATGTTTTTTGT
Unaligned ( gi|17 ): ATACATACTTGGTGTTCATAAGAAAAGTGCAAAATTTGCAGTACTTGCTGAATTAGGGAGGT
Unaligned ( gi|18 ): TTTTCTATGCTATCAGGATTAGGAAGATTCATTCAAGATACATTATGATATATTGTACTC
Unaligned ( gi|19 ): AGAACATGTATGAATTTTTTTGATCACACTATCTTATTATATGGTTCT
Unaligned ( gi|20 ): TTTTATTTTTTGCTGTGGACCTTGTTTTTCTCAGAACCCCAGAAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 2 22 1 1 1 3333333333 3333 222 11 33 2222 2 55555555 1 1 2222 222222 11 1 1 1 1 11 7777777777777777 11 1 1 33333 11 1111 11111 2222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1111111 2222222 11 1111 22222222222222222222222222222222222222222222 111111 66666666666666666666 111111 1111 11111 1111 33333333 333333333 22 11 2222 2222 1111 22222222 3333333333 1 22222222222 111 1111 333333333333 333333333333333333333333 1111 111 11 4444444444 11 11111111 2222222 11111 333333333333333 3333333333 222 1 1 1 11 11 2 2222 1 222222 44444444444 11 11 1 22222222222 66666666 1 2 3333 55555 1 2 1 22
lowQualScore : 111 0 3 4 2 77 2 3 3 3 8 5555555555 0000 333 7 11 4 8 9999 0 00 4 8888 3 00000000 7 6 7 3 2 1 1 0000 0 88 1 222222 0 1 1 1 1 1 11 0 0 1 22 11 1 99 1 0 6 2 2 11 0 1 1 1 77 9 3 99 1 1 88 3333333333333333 8 22 0 5 1 0 6 1 3 99999 33 1 8888 1 44 1 8 22 44444 2222222222222 6 6 99 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 99 1 88888 5 6666666 1 9999999 11 3 1 777 888 1 1111 1 9999 5 77777777777777777777777777777777777777777777 66 6 666666 666 5 3 0 4 888 11111111111111111111 5 5 777777 4444 66666 4444 88888888 1 22 333333333 22 8 11 3 0000 3 0 7777 0 4444 3 11111111 3333333333 4 7 99 6 6 4 2 11111111111 111 7 8 0 1 77 7777 3 444444444444 0 666666666666666666666666 1 4444 1 111 00 6 6666666666 22 1 8 55555555 5555555 1 8 00000 8 000000000000000 8 0 6 5555555555 111 5 5 5 77 2 77 0 4444 4 5 888888 2 55555555555 88 88 5 88888888888 2 1 6666 4 22222222 3 0 0 1 88 1 3 1 1 7777 1 222 1 7 00000 1 1 3 2 3 5 3 0 5 77 2 2 4
lowQualScore : ... . . . . .. . . . . . .......... .... ... . .. . . .... . .. . .... . ........ . . . . . . . .... . .. . ...... . . . . . . .. . . . .. .. . .. . . . . . .. . . . . .. . . .. . . .. ................ . .. . . . . . . . ..... .. . .... . .. . . .. ..... ............. . . .. . ..................................................................................... . .. . ..... . ....... . ....... .. . . ... ... . .... . .... . ............................................ .. . ...... ... . . . . ... .................... . . ...... .... ..... .... ........ . .. ......... .. . .. . .... . . .... . .... . ........ .......... . . .. . . . . ........... ... . . . . .. .... . ............ . ........................ . .... . ... .. . .......... .. . . ........ ....... . . ..... . ............... . . . .......... ... . . . .. . .. . .... . . ...... . ........... .. .. . ........... . . .... . ........ . . . . .. . . . . .... . ... . . ..... . . . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 555 0 0 0 5 55 5 3 3 3 3 0000000000 0000 333 3 33 7 3 3333 7 33 0 7777 7 00000000 0 7 3 3 3 0 0 0000 7 33 0 777777 7 0 0 0 0 0 77 7 7 0 00 77 0 33 0 7 7 0 0 22 8 0 0 0 88 0 2 88 0 0 55 8888888888888888 8 55 2 0 0 0 5 0 5 88888 22 0 2222 0 66 0 0 22 00000 7777777777777 7 7 55 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 22 7 77777 0 2222222 0 9999999 99 4 0 444 111 0 0000 0 4444 0 00000000000000000000000000000000000000000000 99 3 444444 777 7 0 6 3 333 99999999999999999999 7 7 333333 2222 00000 2222 22222222 0 00 000000000 77 0 00 8 4444 5 7 3333 7 2222 2 77777777 2222222222 0 5 22 7 7 7 2 33333333333 777 3 0 8 4 44 0000 2 222222222222 8 666666666666666666666666 0 2222 7 777 55 7 2222222222 77 0 0 44444444 0000000 0 0 00000 8 000000000000000 0 8 0 0000000000 000 0 5 0 55 5 55 0 0000 0 5 555555 5 55555555555 55 55 5 55555555555 0 0 0000 2 00000000 2 2 0 0 00 0 3 0 0 7777 0 777 0 3 00000 0 0 0 5 0 5 0 0 5 55 5 5 0
consensus : GTGACCTTACAAACATACNGNGGGATNTATCNATAGC-AAG-TAACGT-AGGTAAACTTTTTAATC-TATC-TTGAACACT-GGTTGGAC---AAATTTCTAGACGAAAACAATATCATTAAT--ATNCCAAAT-AGGTTGGTTTCTC-AAAG-------CATGCAGAACCTCTGATCATATGTTT-ATTGTTAANTNTCTT-ATCGANAAATATTGTAACAC-AAGAAGGTANGCTNTATGCATGTTTCATAGATTTTCGTAAAGCCTTTGACAGTGTCGTGCATAATGGTTTGAAACTAGAAACTNCCGCAGCATGAGGANTNGGAGNCAATTCTTTACAATATNATNAAAAATATGTACTC--ATTGAAAGTCCGAAGCGTG-TGTCAGAGTNGGAGAT-TACTNANCAG-AACCTC-TTCCNTAC--CCGNCTAGGTGTAAGACAAGGG-GACAATCTGAGCCC--NACTTTGTTCAAAAT--T-TTT-TCA-TAA-TGA-TTT-GCCA----TCGT-ATCT----ACACT-C--GG---TTGCT---ATAGAT--CTGTATAA----TACAT--TNAAA--------AAAT-ATAGA--TTGTTT---AATG-TATGCAG-------ATGATATNGT----ATTTAT--TNTCAAC--ATCACCAGANGGT-C--TNC-AG-CA-AA----A------AT---NT---AA-AC--TCNTT-AGAAA-----TA--TTGTAATG------ANT-G-GNGTTTGNAAGT-T-A-----ATGTCCGTG--A---AAA-A-CAAAA--GTTGTTGTA----TT--T--AA----CAAGGCTGG---AGAG-AACAGTNNAGTGCAAATTTAAATTCCA-TTATA-AA--AGTT-C--TAATATTGAGTGCGTATCATAGTTATAAATACTCGGG----TATTAT---A--TTT-C--ACGGCATCNGGGACTTTNT--TT-TA-GCACAAACAA----G-AA--TTA---TAACA-AAAAGGNCC----TNAAAG------CA----TATTTCGAACTA----GGAA----A--GA----TTTTCTTAGTC----TAAAC---CCAAGG-AAT----C--C--ACGNGTATGNATGTCT-TTGATC---AC---AC--T-AAATCAANCC-TAT-TACTANTAT----ACG--GC----TC-TGAAATATG----------GGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCANAATAAAAACAGTCTCGGACAATATAATCTAATTATANGACAAACACGCTNCGCTATAATATTTTATTGNGAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGGGNNTAAATAAGAG--AATCTTGTCAACCA-TGCTTCNCTTTTCTGAGTTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ACTTGTCNANAGNTTACTCAAATACTGCCACANGCTAGAAANTTCAACACGGATTTCCACTTATTNAAATGATGCNTNTCTATGTAGCAA
Reference ( family-902 ) : GTAACCTTACAAAC-TATAGAGGGATCT--CGATAGC-AAG-TAACAT-AGGTAAACTATTTAATTCTATC-TTAAACACTCGATTGGAC---AAATTTTTAGACAATAACAATATTATTAGTAGATACCAAAT-AAATTGGTTTCTCTAAAG-------CATGCAGAACATCTGATCATATGTTT-ATTATTAANTNTCTTCATCGANAAATNTTGTAACATCAAGGAGGNANGNTNTATGCATGTTTCATNGACNTCCGTAAAGCCCTTGACANTGTNNTGCATGNTGGTNTGAAACTAGAAACTNCCGCAGCATGAGNANTNGNAGNCAANTCTTTACAATTTNATNAAGGATATGTACTCCAATTGNAGNTCCNACGCATG-TGTCAGAGTNGGAGAT-TACTNAACNA-AACCTC-TTCTNTAC--CCGNCTNGGTGTANGACAAGGG-GACAATCTGAGCCC--TANTTTGTTCAAAAT--T-TTT-TCG-TAA-TGA-TTT-ACCA----TCGT-ATCT----ACACT-C--GG---TTGCT---ATAGATT-CTGTATAA----TACAT--TNAAA--------AAAT-ATANA--TTGTTT---AATG-TATGCAG-------ATGATATNGT----ATTTAT--TCTCANC--ATCGCCAGANGGT-C--TNC-AG-CA-AA----A------AT---NT---AA-AC--TCNTT-AGAAA-----TA--TTGTAACG------ANT-G-GNGTTTGCAAGT-T-A-----ATGTCCGTG--A---AAA-A-CAAAA--GTTGTTGTA----TT--T--AA----CAAGGCTGG---AGAGAAACNGTNNAGTGTNAATTTAAATTCCATTTATA-AA--AGTT-C--TGATATTGAATGCGTATCATAGTTATAAATACTCGGG----TATTAT---A--TTT-C--ACGCCATCTGGGACTTTNT--TT-TA-GCGTAGACAA----G-AA--TTA---TAACA-AAAAGGNCC----TCAAAG------CN----TATTTCGAACCA----GGAA----A--GA----TTTTTTNAGTT----TAAAC---CCAAGG-AAT----C--C--ACGCGTATGNATGTCT-TTGATC---AC---AC--T-AAATCAANCC-TAT-TACTANTAT----ACG--GC----TC-TGAAATATG----------GGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCACAATAAAAACAGTCTCGGACAA-ATAATCTAATTATAAGACAAACACGCTCCGCTATAA----TTA--AAAAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATCGNGNNTAAATGAGAGATAATCTNGTCAACCA-TGCTTCNCTTCTNTGAGTTGGCGNAGANACACCCNTNGNANTATGATCAAGCTNGTCNAAAGCTTATTCAAATACTGTCATATATTAGAAAATTCAAT-TGGATTTTCACT--TTCAAATGATGTCTTTCTATGTAGTAA
gi|1 : GTGACC---CAAACATACCGTGGAATATATCTATAACGAAGCTAATGTTAGGTAAACTTTTTTAACATATTATTGAACAC--AGTTAGAT---AA-TTTCTAAGTGAAAACAA----ATTAATC-ATCTCTTGTCAGGTTGGATTCAC-AAA---------ATGCCAAACCTCT-ATCAT-TGTTTTATTGTCAAATGT--TAATTGATAAATATTGTAACACAAAGAAGGTAGACTATATGCTTGTTTCATAGATTTTCATAAAGCTTTTTATAGTGTTGTGCACAATGGTTTGAAACTAAAAACTACTGCAGTATAATGA-TGGGAACCAAAT-TTTATAATATTATTAACAACATGTAC----AT-GAAAGT--GAAGCATG-TATCA-AGTTAGAATT-TCCTTACCT----CCTCATTCCCTAT--TAAAGTAGGTGTACGTCAGGGGTGACATTTTGAGCCC--TACATTGTTTAAAAT--TGTTT-TCA-TAA-CGA-CTT-GCCA----TCAT-ATTT----ACAA-----GG---TTGCC---ATAGATTTCTG-ATAAG---TACAT--TAAAA--------AAAT-ATAGA--CTGTTT---AATGATACGCAG-------ATGACATAGT----AATTTT--TTTCATC--ATCAC-AGAAGGA-C--TTC-AG-CA-AA----A------AT---TT---AA-AC--TCCTT-AGAAA-----TA--TTGTGACG------ACT-G-GGGTATGCAAGT-C-A-----AT-TCTAT-------AAA-A-CAAAA--GTTATTGTA----TT--T--AA----CAAAGCTGG---AG---AACAATTAAG---AAA---AAATTCCA-TTATA-AA--AGTT-T--TAATATTGAGTGTGTATC-TA-TTATAAATTCTTAGG----CATT-C---A--TTT-C--ATGGT-TCAGGGACTTTCT--TT-TA-GCATAAACAG----GCAA--TTA---TAACA-AAAGGGA-C----TGAAAG------CT----TATTTCAAACTAC---GGAA----A--GA----CTTCCTTAGCC----TAAAC---CCAAGG-TAT----C--C--ACAAGTATACATGTCT-TTGATC---AT---AC--T---ATCAAGCC-TA--TATTACTTT----GCG--------TC-TGAAAT-TG----------GGTATGTTTT---AATGT-CAA-TAA-TG--CAAAATAAAAACAGTCT--GACAATATAAT----TTATATG-CAA------TGTGCTATAATATTTTATTGTGAAAT--CT--TTAACAC-CTTCAAATTTTG--------AACCATATTGGGTCTGAATAAGAG-------TGTGAACCA-TGCTTCACTTTTCTGAACTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ATTTGTCAACAGATTACTTAAATATTGCTACAGGCTAG-AACTTTAACACAGA-TTCCATTTATTAAAATGATGCATATCTATGTAGCAA
gi|10 : TTT---CATG-TATGCAA-------ACGATATAGT----AATAAT--GG-CAAT--ATCAGCAAAGAGT-T--AAC-AA-TA-GAGAATA------AT---CT---AA-TC--TAG---AGACA-----TA--TTGTAATG------AAT-G-GTGTTTGAGAGC-T-A-----ATGTTTTTA--A---AAA-A-TAAAA-------TGTA----TTG-TCAAA----TAATGTTGG----GAG-AGTAGTGCGGTGCAAGTTTA
gi|13 : ccTG-TATGCAG-------ATGATACAGTG---AT--AT--TTTCCGA--TTCTCCAGATGGT-T--TAC-AA-CA-AA----ATGCTTGAT---GT---GA-AT--ACATT-C---A-----TA--TTATAATG------A---------TTGAAAAT-T-A--------TCTGTGTAAGC-AAA-A-CTAAA--ATTGTAGTA----TT--T--AG----GAAGGGTGG---
gi|14 : -AAG-TGTCAT-TGGTAAACTTTTTAAT----------AACACT---TTGAACTGCAGATT---AGACTAAAAAAATATCAATAAT---TGCCAAAC-----TGGTTTCTC-AAAGAAAGCTACATGTAGAACCTCTGACCACATGTTT-ATT-TTAg
gi|15 : TATTGAGTGTGTATC-TAGTTATAAATATTCAGG----CATT-C---A--CTT-C--ACAGCTTCAGGGACTTTCT--CT-CA-ATGTAGACTA----T-AA----A---TAA
gi|2 : TTCATTGAC---TTTTGTAA----ANGAAGATATGCTTTATACATGTTTCATTGACTTTTGTAAAGCCTTTGACAGTGTAATACATACTGGTTTAAAACT-GAAATTGTTG-AGCATGAATATTGGTAGCTA--TCTTTATAA---CATCAAGGATATATAC----A--GGAATTCCAAAGCATG-TGTTAGAGTTGGAGAT-TACTGATT------CTT-TTTTTTAT--CAGTCTTGGTGTAAGACAAGGG-GATAATCTAGACCC--T-CTTTATTTAAAAT--C-TTTAT---TAA-TTA-TTT-TCCA----TTGT-ATCTTGAAAAA------------TG-T---ATCGATA-CTGTATCAC---TTCATAATGAAA--------AA-T--TGAA--TTGCTTTTCAATG-TATGCAG-------ACGATATTGT-----TATAT--TGTCAAC--ATCAGCAAAGGGT-C--TAC-AA-CAGAG----A------AT---AT---CT-AT--TGTTG-AAACA-----TA--TTGTAATG------ATT-G-GTGTTTGAAAGT-T-A-----AT----GTA--AAACAAA-A-CAAAAC-GTTATTGTA----TT--T--AA----CAAGGCTGG----GAG-AATTGTGCAGTGTAAATTTAAATTTC----AGA-AC--AG------TAATATTAAATGTATAACAT-CTTATAAGTACTTGGG----TA-CAT---AATTTT-C---TG-CATCTGGCA----GT--TT-TA-GTACTGCCAAATCTG-AACTTTA---TAACA-CA----GCC----TTGAAGGGATTCTA----TACATTGAA---------AA----A--GA----CTTTTTGTGTT----T-AGC---CCCAGG-AAT----CATT--ACGAGTATTCATCTCT-TTGATC---AC---ACAATAAAATCAATTC-TAT-TA-TA-TAC----ATGTAAC----CC-AGAAATTTG----------GGaatttatg
gi|3 : ctttatacatgtAGCCCATCAATTGGTTTTAAACAAT-GTA-TCA-TAAATGAGCTT-AC-A----TCATTATCTT---ACATT-A--GG---TTATTGTAATAGATTTCTGTACAGAGGTTACAT--TCAAACAAACCTGAAAT-ATAGGACTCGTTTT--AATG-TACGCAGCGTGCCCATGACATTATGCTAATTTATATTCTAGTCCAATCACCAGATGGC-CACTTC-AGTCA-AA----A------AT---ATGAAAA-AC--TCTTTTAGAAAACGAATAATCTGTGATGTTAAACATTCGCGGGTATGCAAGT-T-ACCATGGTGGCAATG--A---AAA-AGCAAAATAGTT-TTGTAAAGTCT--T--AAACACCACGGCTGGCTTAGAGAAACAATTAAG---CAA---AAATTCCATTTATACAA--AGTT-TAGGGATATTGAGTGTGTATC-TAGTTATAAATACTTAGCACTTTAGTCT---A--TTTTC--ACGGCTTCAGGGACTTTGTCATT-TG-GC-TATACA-----G-AAGGTTAATGTAATACAAAAGACCCACCCTGAAAG------CCCTGTTATTTAAAACCATAACGGAA----AAGGAAAC-TTTCCTTAGTTCACTTAAACACGCCAAGGTAAT----CT-C--ACACGTTTACATGTCTGTTGATTCGTAT---AC--T-AG--CAAGCCCTATCTACTAAAATCTTTACG--GCATATTCATGA--TATGACCCTCCCGGGGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCACAATAAAAACAGTCTCGGACAA-ATAATCTAATTATAAGACAAACACGCTCCGCTATAA----TTA--AAAAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGTGTC-----GAGAG-------GGTC-----------TACTTTTATGAGTTGGCGAAGATA---CTTTGAGAAT-TGATCAAACTTGTCgtggatacatggactcattgaatagcttacagtcatcaccatttgatccacacaaactttttaaatcactccactgtgagaagcttcataaaaaatattctaaatgcattcttggggtacacaagaaaaatacaaactttgctgtactatcagaattagggagatttcctctacatcatgatatattgaaatcaatcattagttatgtggtatagattgaaaaaatcttaatgaatccaaactacttagggatgcttatctaca
gi|4 : gatattgtgaGTAACCTTACAAAC-TATAGAGGGATCT--CGATAGC-AAG-TAACAT-AGGTAAACTATTTAATTCTATC-TTAAACACTCGATTGGAC---AAATTTTTAGACAATAACAATATTATTAGTAGATACCAAAT-AAATTGGTTTCTCTAAAG-------CATGCAGAACATCTGATCATATGTTT-ATTATTAACTCTCTT-ATCGAAAAATATTGT--CATCAAGGAGGAAAGGTGTATGCATGTTTTATAGATATCCGTAAAGCCCTTGACACTGTCTTGCATGATGGTGTGAAATTA-AAACTTCCACAA-AT-AGGAGTTGAAAGCAATT-TTTACAATTTAATAAAAAATATGTACTCCAATTGCAGGTC--ACACAT----TCA-AGTAGGAAAT-TATTTAACAA-AACCTC--TCTATAC--TCAACTGGGTGTACGACAAGGG-GACAATCTGAGCCC--AAATTTGTTCAAAA-----TTT-TCATTAA-TGA-TCT-ACCAAATGTGCT-GTCTA---ACACTCC--GGACCCTGCC---ACA-----CT---TAA----CA-AT--TTAGA--------A----ATACA--TTGTTT---ACTA-CATGCTG-------ATGATGTCGT-----TCTGT--TATCAAC--CTCGGAAAATGGT-C--TTC-AG-CA-AA----AG-----AT---T-----A-AT--ACATT-AGAGGGT---TT--TTGTCAGA------AAT-G-GTGTTT--AAGTGTAA-----ATGT---TG--A---AAAGA-CCAAA--G-TGTTA-A----TTTCT--AA----CAAATCTGG---a
gi|5 : caaATA-AA--AACT-C--CGAAATTGAATGCGTATCA-AACTATAAATACTTGTG----TATTATGTTA--TTT-TTAATGC-ATCTGAAACTTTTT--CTATA-GC-CAAGCAA----G-AA--TTA---CA-CG-AAAAAGGTC----TCAAA-------CA----TATTTCAAATTA----AGAATTTAA--GA----TGTTCTGAGTC----TAAAC---CCA-GG-AATAAGAC--C--ATG--TATGAATGTCT-TTGATC---ACGCTAC--T-AAATCAATCT-TAT-TACTAGTAT----ATG--GT----TC-TGAAATATG----------GGt
gi|5 : TTTTGT--AGATA---TTTATCGGGAATAAATAAAAAATAATCTTGTCAACCA-TGCTTCTCT-CTCTGAGTTGG-ATAGAGACACTCATTGCATTATGAT---G-TAGTCCAAAGCTTATTCAAATACTGTCATATATTAGAAAATTCAAT-TGGATTTTCACT--TTCAAATGATGTCTTTCTATGTAGTAAgaaaactaaacaacagcactaaactcaatcacctaggtaatgttcaaattgaaaattgtttcaaaaaatttaaatgtgattacataaaaagtttttgtagatatttatcgggaataaataaaaaataatcttgtcaaccatgcttctctctctgagttggatagagacactcattgcattatgatgtagtccaaagcttattcaaatactgtcatatattagaaaattcaattggattttcactttcaaatgatgtctttctatgtagtaagcatct
gi|6 : ataaaaactccgaaattgaatgcgtatcaaactataaatacttgtgtattatgttatttttaatgcatctgaaactttttctatagccaagcaagaattacacgaaaaaggtctcaaacatatttcaaattaagaatttaagatgttctgagtctaaacccaggaataagaccatgtatgaatgtctttgatcacgctactaaatcaatcttattactagtatatggttctgaaatatggggaaaactaaacaacagcactaaactcaatcacctaggtaatgttcaaattgaaaattgtttcaaaaaatttaaatgtgattacataaaaagtAGGAATCGGTGGCAATTTTTT-CAAAATGATAAAACATACGTATTC---TTCAA----CAAAATGTGCTGTTAGACAAGGGGATGTA-TATACAGTAACTTT-TTTCATACAACTGTC--GGTGTCAAACAGGGT-GACAATTTGAGTCC--CACTTTATTCAACAT--T-TTG-TCG-T---TGA-TTTTGTAA----TCA----CT----A-ACC-C--TG---TATCT---TTAGATG-ATATAT--------CAT--TTAA------------TCATTTA--T-GTTT--------TTTGCTG-------ATGACCTTGT-----TTTAT--TCTCAGA--ATCCCCAGAAGGT-A--TCC-------AA----A------GTTGCTT---AG-ACATTCTTT-CAAAA-----TA--TTGTACAG------AAT-G-GAAACTACATGT-A-A-----ATTTAC--A--G---AAA-A-CAAAA--GTgcatct
gi|7 : caatgtgtttcataatatgcacggtattgagatcttaaaaaaaA----GAAA----A--GA----TTTTTTCAGTT----TGAAC---CCA-GA-AAT----T--AGAACATGTATGAATGTCT-TTGATC---AC---AC--T---ATTAAACC-AAT-C-TTATTAT----ATG--GC----TC-TGAAATATG----------GG
gi|7 : AAATTTAGCCAAAATA---TATATTAGGAATAAATTAAAA--AATCT-GTCAATCATTGCTTCTCTgaacacttaagagcactaaactaaatcaagtagataatgttcaaatagaagattgttacaagaagctaagatgtgagttactacatcaaaaaatttagccaaaatatatattaggaataaattaaaaaatctgtcaatcattgcttctctcatttcctcagtt
gi|8 : agaaaagattttttcagtttgaacccagaaattagaacatgtatgaatgtctttgatcacactattaaaccaatcttattatatggctctgaaatatggggaacacttaagagcactaaactaaatcaagtagataatgttcaaatagaagattgttacaagaagctaagatgtgagttactacatcaaaTAGGAGTGAAACAAGGA-GATAA-----GTCC--AATTTTATTCAAAAT--C-TTTATC---AA-TGA-TTT-GCCA---------AATT----ACTTT-CAAGA---GTGC----ATTGAT---TGTAT------TTC-T--CTAAA--------TGAC--CAGG--TTGTTT---ATTG-TATGCAG-------ATGATATTGT----TCTTCTA-TCT--AC--TTCACAAAAATGTAT--TGCTAT-TA-AA----T------AT---AC---AATAT--GCATT-AGAAA-----AA--Tcatttcctcagtt
gi|9 : aataacatATA-AATTAATTGC--TAA-GTTGAATTCGCATCATA-CTATAAATACTCGGG----TATTAT---G--TTT-A--ATGC-ATCTGAAACTTT-T--TT-TATGGACAAGCAA----G-AT--TTA---TG-CA-AAAAAGCTC----TCAAAG------CA----TATTTCG----A----GAAA----A--CGTTTTTTTTTTTAGTC----TAAAC---CC-AGG-AATAA--G--A--ACATGTATGAATat
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CATATCAAATTCTGTAGATATATACTTGAAGTTCATAAGAAAAGTGCAAAATATGCAGTACTCGCTGAGTTGGGGAGGTTTTCCCAATGTTTGGATATAATATCACACGTTGAATTATTGGCATAGACTAGAAATTAACCTTATT
Unaligned ( gi|12 ): TCAAACACGGCGACGATTTAAGTCCAACACTTTTCAATATGTTTGTTGATGATTTTGTGCATTATTTTAAAAATATTACTATGTATCTTGCATATCTAGCTGCAATGCCAATCTGTCATATATTTTTGCTGATGATGTCAGTTT
Unaligned ( gi|16 ): TGATGATTTTGTGATTATTTTGAAAATGTATCAACAAATCCTGCATATCTAGATGTAATGCCAAATTAACCATATGTTTTTTGT
Unaligned ( gi|17 ): ATACATACTTGGTGTTCATAAGAAAAGTGCAAAATTTGCAGTACTTGCTGAATTAGGGAGGT
Unaligned ( gi|18 ): TTTTCTATGCTATCAGGATTAGGAAGATTCATTCAAGATACATTATGATATATTGTACTC
Unaligned ( gi|19 ): AGAACATGTATGAATTTTTTTGATCACACTATCTTATTATATGGTTCT
Unaligned ( gi|20 ): TTTTATTTTTTGCTGTGGACCTTGTTTTTCTCAGAACCCCAGAAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 11 1 1 1 1 4444444444 3333 222 11 3333 2222 1 55555555 1 1 1 22222 1 11 1 1 1 1 11 6666666666666666 11 1 1 33333 11 111111111 111 11111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 1111111 3333333 111111 1111 11 22222222222222222222222222222222222222222222 111111 66666666666666666666 111111 1111 11111 1111 2222 1 111 222 1111 11 1111111 2222 1111 1 1111111111 22222 1111 22222222 11111 111111 333333333333333333333333333333 1111 111 11 4444444444 111 111 2222222 22222222222 22222222 3333333333 222 1 1 1 11 11 1 2222 1 222222 2222 11 11 11 1 22222222222 22222222 1 111 1 222 33333 1 1 1 11
lowQualScore : 111 5 1 1 1 88 1 3 3 0 3 3 4444444444 6666 333 7 11 3 9999 9999 1 8888 3 00000000 6 7 3 2 1 1 2 4 0 88 55555 3 1 1 77 99 1 0 6 2 2 0 0 1 0 1 66 9 3 33 1 1 11 3333333333333333 2 22 0 5 1 0 6 1 1 88888 33 1 888888888 0 8 22 11 000 55555 6 77 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88888 5 6666666 1 2222222 1 0 222222 2 1 1111 1 5 00 5 77777777777777777777777777777777777777777777 66 0 666666 666 5 3 0 1 0 11111111111111111111 5 5 777777 4444 66666 4444 7777 2 0 22 888 111 3333 8 11 3 8888888 3 0 7777 0 4444 3 1 5555555555 7 1 7 99 33333 6 5555 55555555 99 44 8 0 88888 1 3 1 888888 222222222222222222222222222222 1 4444 1 111 00 6 1111111111 555 1 8 444 444 5555555 99 66666666666 1 99999999 8 0 6 5555555555 111 5 5 5 77 1 77 5 4444 1 5 888888 1 4444 88 1 88 88 5 88888888888 6666 1 77777777 2 0 0 1 777 7 3 333 7 11111 1 1 1 1 5 1 5 5 88 1 1 1
lowQualScore : ... . . . . .. . . . . . . .......... .... ... . .. . .... .... . .... . ........ . . . . . . . . . .. ..... . . . .. .. . . . . . . . . . . .. . . .. . . .. ................ . .. . . . . . . . ..... .. . ......... . . .. .. ... ..... . .. ........................................................................................... ..... . ....... . ....... . . ...... . . .... . . .. . ............................................ .. . ...... ... . . . . . .................... . . ...... .... ..... .... .... . . .. ... ... .... . .. . ....... . . .... . .... . . .......... . . . .. ..... . .... ........ .. .. . . ..... . . . ...... .............................. . .... . ... .. . .......... ... . . ... ... ....... .. ........... . ........ . . . .......... ... . . . .. . .. . .... . . ...... . .... .. . .. .. . ........... .... . ........ . . . . ... . . ... . ..... . . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 555 5 0 0 0 55 0 3 3 7 3 3 0000000000 3333 333 3 00 7 0000 0000 0 0000 3 00000000 7 3 3 0 0 0 0 7 7 33 33333 3 0 0 33 33 0 7 7 0 0 2 8 0 2 0 88 0 2 22 0 0 55 8888888888888888 0 55 2 0 0 0 5 0 0 55555 22 0 333333333 6 0 22 88 666 00000 7 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77777 0 2222222 0 8888888 0 5 555555 5 0 0000 0 0 44 0 00000000000000000000000000000000000000000000 99 3 444444 777 7 0 6 0 6 99999999999999999999 7 7 333333 2222 00000 2222 2222 5 0 00 222 555 3333 0 00 8 2222222 5 7 3333 7 2222 2 3 5555555555 8 0 5 22 33333 7 3333 22222222 22 66 0 8 44444 0 2 0 888888 999999999999999999999999999999 5 2222 7 777 55 7 2222222222 777 0 0 000 000 0000000 00 88888888888 4 44444444 0 8 0 0000000000 000 0 5 0 55 0 55 5 0000 0 5 555555 0 5555 55 0 55 55 5 55555555555 0000 2 22222222 5 2 0 0 555 0 3 333 3 33333 0 0 0 0 5 0 5 5 55 0 0 0
consensus : GTGACCTTACAAACATACNGNGGGATNTATCNATAGC-AAG-TAACGT-AGGTAAACTTTTT-AAT--TATC-TTGAACACT-GGTTGGAC---AAATTTCTAGACGAAAACAATATCATTAAT-A--TNCCAAAT-AGGTTGGTTTCTC-AAAG-------CATGCAGAACCTCTGATCATATGTTT-ATTGTTAAATGTCTNATCGANAAATATTGTAACA-CAA-GAAGGTANGCTNTATGCATGTTTCATAGATTTTCGTAAAGCCTTTGACAGTGTCGTGCATAATGGTTTGAAACTAGAAACTNCCGCAGCATGAGGANTNGGAGNCAATTCTTTACAATATNATNAAAAATATGTACTC--ATTGAAAGTCCGAAGCGTG-TGTCAGAGTNGGAGAT-TACTNANCAG-AACCTC-TTCCNTAC--CCGNCTAGGTGTAAGACAAGGG-GACAATCTGAGCCCNACTTTATTCAAAATC-TTT-TCA-TAA-TGATTT-GCCA----TCGT-ATCT----ACACT-C--GG---TTGCT---ATAGAT--C-TGTATAA----TACAT--TNAAA--------AAATATAGA--TTGTTT---AATG-TATGCAG-------ATGATATNGT----ATTTATTNTCAA---CA-TCACCAGANGGT-C--TNC-AG-CA-AA----A------ATN---T---AA-AC--TCNTT-AGAAA-----TA--TTGTAATG------ANT-G-GNGTTTGAAAGTTA-----ATGTCCGTG--A---AAA-A-CAAAA--GTTGTTGTA----TT--T--AA----CAAGGCTGG---AGAGAA-CAGTNNAGTGCAAATTTAAATTCCATT-ATA-AA--AGTT-CTA---ATATTGAGTGCGTATCATAGTTATAAATACTCGGG----TATTATATT----T-CACGGCATCNGGGACTTTNT--TT-----TA-G--C-ACAAACAA----G---AA--TTATAACA-AAAAG----GCCCTGAAAGCA----TATTTCAA---ACTA----GGAA----A--GA----TTTTCTTAGT----CTAAAC---CCAAGG-AAT----C--C--ACGNGTATGCATGTCT-TTGAT---CAC---AC--T-AAATCAA-NCCTAT-TACTA----CTATACG--GC----TC-TGAAATAT----------GGGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCANAATAAAAACAGTCTCGGACAATATAATCTAATTATANGACAAACACGCTNCGCTATAATATTTTATTGNGAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGGGNNTAAATAAGAGA--ATCTTGTCAACCA-TGCTTCNC---TTTTCTGAGTTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ACTTGTCNANAGNTTACTCAAATACTGCCACANGCTAGAAANTTCAACACGGATTTCCACTTATTNAAATGATGCNTNTCTATGTAGCAA
Reference ( family-902 ) : GTGACCTTACAAACATACNGNGGGATNTATCNATAGC-AAG-TAACGT-AGGTAAACTTTTT-AAT-CTATC-TTGAACACT-GGTTGGAC---AAATTTCTAGACGAAAACAATATCATTAAT-A--TNCCAAAT-AGGTTGGTTTCTC-AAAG-------CATGCAGAACCTCTGATCATATGTTT-ATTGTTAANTNTCTTATCGANAAATATTGTAACA-CAA-GAAGGTANGCTNTATGCATGTTTCATAGATTTTCGTAAAGCCTTTGACAGTGTCGTGCATAATGGTTTGAAACTAGAAACTNCCGCAGCATGAGGANTNGGAGNCAATTCTTTACAATATNATNAAAAATATGTACTC--ATTGAAAGTCCGAAGCGTG-TGTCAGAGTNGGAGAT-TACTNANCAG-AACCTC-TTCCNTAC--CCGNCTAGGTGTAAGACAAGGG-GACAATCTGAGCCCNACTTTGTTCAAAATT-TTT-TCA-TAA-TGATTT-GCCA----TCGT-ATCT----ACACT-C--GG---TTGCT---ATAGAT--C-TGTATAA----TACAT--TNAAA--------AAATATAGA--TTGTTT---AATG-TATGCAG-------ATGATATNGT----ATTTATTNTCAA---CA-TCACCAGANGGT-C--TNC-AG-CA-AA----A------ATN---T---AA-AC--TCNTT-AGAAA-----TA--TTGTAATG------ANT-G-GNGTTTGNAAGTTA-----ATGTCCGTG--A---AAA-A-CAAAA--GTTGTTGTA----TT--T--AA----CAAGGCTGG---AGAGAA-CAGTNNAGTGCAAATTTAAATTCCATT-ATA-AA--AGTT-CTA---ATATTGAGTGCGTATCATAGTTATAAATACTCGGG----TATTATATT----T-CACGGCATCNGGGACTTTNT--TT-----TA-G--C-ACAAACAA----G---AA--TTATAACA-AAAAG----GNCCTNAAAGCA----TATTTCGA---ACTA----GGAA----A--GA----TTTTCTTAGT----CTAAAC---CCAAGG-AAT----C--C--ACGNGTATGNATGTCT-TTGAT---CAC---AC--T-AAATCAA-NCCTAT-TACTA----NTATACG--GC----TC-TGAAATAT----------GGGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCANAATAAAAACAGTCTCGGACAATATAATCTAATTATANGACAAACACGCTNCGCTATAATATTTTATTGNGAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGGGNNTAAATAAGAGA--ATCTTGTCAACCA-TGCTTCNC---TTTTCTGAGTTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ACTTGTCNANAGNTTACTCAAATACTGCCACANGCTAGAAANTTCAACACGGATTTCCACTTATTNAAATGATGCNTNTCTATGTAGCAA
gi|1 : GTGACC---CAAACATACCGTGGAATATATCTATAACGAAGCTAATGTTAGGTAAACTTTTTTAAC-ATATTATTGAACAC--AGTTAGAT---AA-TTTCTAAGTGAAAACAA----ATTAATCA--TCTCTTGTCAGGTTGGATTCAC-AAA---------ATGCCAAACCTCT-ATCAT-TGTTTTATTGTCAAATGT-TAATTGATAAATATTGTAACA-CAAAGAAGGTAGACTATATGCTTGTTTCATAGATTTTCATAAAGCTTTTTATAGTGTTGTGCACAATGGTTTGAAACTAAAAACTACTGCAGTATAATGA-TGGGAACCAAAT-TTTATAATATTATTAACAACATGTAC----AT-GAAAGT--GAAGCATG-TATCA-AGTTAGAATT-TCCTTACCT----CCTCATTCCCTAT--TAAAGTAGGTGTACGTCAGGGGTGACATTTTGAGCCCTACATTGTTTAAAATTGTTT-TCA-TAA-CGACTT-GCCA----TCAT-ATTT----ACAA-----GG---TTGCC---ATAGATTTC-TG-ATAAG---TACAT--TAAAA--------AAATATAGA--CTGTTT---AATGATACGCAG-------ATGACATAGT----AATTTTTTTCAT---CA-TCAC-AGAAGGA-C--TTC-AG-CA-AA----A------ATT---T---AA-AC--TCCTT-AGAAA-----TA--TTGTGACG------ACT-G-GGGTATGCAAGTCA-----AT-TCTAT-------AAA-A-CAAAA--GTTATTGTA----TT--T--AA----CAAAGCTGG---AGA--A-CAATTAAG---AAA---AAATTCCATT-ATA-AA--AGTT-TTA---ATATTGAGTGTGTATC-TA-TTATAAATTCTTAGG----CATT-CATT----T-CATGGT-TCAGGGACTTTCT--TT-----TA-G--C-ATAAACAG----GC--AA--TTATAACA-AAAGG----GAC-TGAAAGCT----TATTTCAA---ACTAC---GGAA----A--GA----CTTCCTTAGC----CTAAAC---CCAAGG-TAT----C--C--ACAAGTATACATGTCT-TTGAT---CAT---AC--T-A--TCAA-GCCTAT--ATTA----CTTTGCG--------TC-TGAAAT-T----------GGGTATGTTTT---AATGTC-AAT-AA-TGC--AAAATAAAAACAGTCT--GACAATATAAT----TTATATG-CAA------TGTGCTATAATATTTTATTGTGAAAT--CTT--TAACAC-CTTCAAATTTTG--------AACCATATTGGGTCTGAATAAGAG-------TGTGAACCA-TGCTTCAC---TTTTCTGAACTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ATTTGTCAACAGATTACTTAAATATTGCTACAGGCTAG-AACTTTAACACAGA-TTCCATTTATTAAAATGATGCATATCTATGTAGCAA
gi|10 : TTT---CATG-TATGCAA-------ACGATATAGT----AATAATGG-CAA---TA-TCAGCAAAGAGT-T--AAC-AA-TA-GAGAATA------ATC---T---AA-TC--TAG---AGACA-----TA--TTGTAATG------AAT-G-GTGTTTGAGAGCTA-----ATGTTTTTA--A---AAA-A-TAAAA-------TGTA----TTG-TCAAA----TAATGTTGG----GAGAG-TAGTGCGGTGCAAGTTTA
gi|13 : ccTG-TATGCAG-------ATGATACAGTG---AT--ATTTTCCG---AT-TCTCCAGATGGT-T--TAC-AA-CA-AA----ATGCTTGATG---T---GA-AT--ACATT-C---A-----TA--TTATAATG------A---------TTGAAAATTA--------TCTGTGTAAGC-AAA-A-CTAAA--ATTGTAGTA----TT--T--AG----GAAGGGTGG---
gi|14 : -AAG-TGTCAT-TGGTAAACTTTTT-AAT----------AACACT---TTGAACTGCAGATT---AGACTAAAAAAATATCAATAAT----TGCCAAAC-----TGGTTTCTC-AAAGAAAGCTACATGTAGAACCTCTGACCACATGTTT-ATT-TTAg
gi|15 : TATTGAGTGTGTATC-TAGTTATAAATATTCAGG----CATT-CACT----T-CACAGCTTCAGGGACTTTCT--CTCAATGTA-GACT-ATAAATAA----A---AT--TTAT
gi|2 : TACATGTTTCATTGAC---TTTTGTAA----AN-GAAGATATGCTTTATACATGTTTCATTGACTTTTGTAAAGCCTTTGACAGTGTAATACATACTGGTTTAAAACT-GAAATTGTTG-AGCATGAATATTGGTAGCTA--TCTTTATAA---CATCAAGGATATATAC----A--GGAATTCCAAAGCATG-TGTTAGAGTTGGAGAT-TACTGATT------CTT-TTTTTTAT--CAGTCTTGGTGTAAGACAAGGG-GATAATCTAGACCCT-CTTTATTTAAAATC-TTTAT---TAA-TTATTT-TCCA----TTGT-ATCTTGAAAAA------------TG-T---ATCGATA-C-TGTATCAC---TTCATAATGAAA--------AA-T-TGAA--TTGCTTTTCAATG-TATGCAG-------ACGATATTGT-----TATATTGTCAA---CA-TCAGCAAAGGGT-C--TAC-AA-CAGAG----A------ATA---T---CT-AT--TGTTG-AAACA-----TA--TTGTAATG------ATT-G-GTGTTTGAAAGTTA-----AT----GTA--AAACAAA-A-CAAAAC-GTTATTGTA----TT--T--AA----CAAGGCTGG----GAGAA-TTGTGCAGTGTAAATTTAAATTTC----AGA-AC--AG----TA---ATATTAAATGTATAACAT-CTTATAAGTACTTGGG----TA-CATAAT----T-TTCTGCATCTGGCA----GT--TT-----TA-G--T-ACTGCCAAATCTG---AACTTTATAACA-CA-------GCCTTGAAGGGA-------TTCTATACATTG----AAAA----A--GA----CTTTTTGTGT----TT-AGC---CCCAGG-AAT----CATT--ACGAGTATTCATCTCT-TTGAT---CAC---ACAATAAAATCAA-TTCTAT-TA-TA-----TACATGTAAC----CC-AGAAATTT----------GGGg
gi|3 : cttta-TCA-TAAATGAGCT-TACA----TCATTATCTT---ACATT-A--GG---TTATTGTAATAGATTTC-TGTACAGAGGTTACAT--TCAAACAAACCTGAAATATAGGACTCGTTTT--AATG-TACGCAGCGTGCCCATGACATTATGCTAATTTATATTCTAGTCCAATCACCAGATGGC-CACTTC-AGTCA-AA----A------ATA---TGAAAA-AC--TCTTTTAGAAAACGAATAATCTGTGATGTTAAACATTCGCGGGTATGCAAGTTACCATGGTGGCAATG--A---AAA-AGCAAAATAGTT-TTGTAAAGTCT--T--AAACACCACGGCTGGCTTAGAGAAACAATTAAG--CAAA----AATTCCATTTATACAA--AGTT--TAGGGATATTGAGTGTGTATC-TAGTTATAAATACTTAGCACTTTAGTCTATT----TTCACGGCTTCAGGGACTTTGTCATT-----TG-G--CTATACAGAA----GGTTAA---TGTAATACAAAAGACCCACCCTGAAAGCCCTGTTATTTAAA---ACCATAACGGAA----AAGGAAAC-TTTCCTTAGTTCACTTAAACACGCCAAGGTAAT----CT-C--ACACGTTTACATGTCTGTTGATTCGTAT---AC--T-AG--CAAGCCCTATCTACTAAAATCTTTACG--GCATATTCATG--ATATGACCCTCCCGGGGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCACAATAAAAACAGTCTCGGACAA-ATAATCTAATTATAAGACAAACACGCTCCGCTATAA----TTA--AAAAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGTGTC-----GAGAGG--GTCT----------------AC---TTTTATGAGTTGGCGAAGATA---CTTTGAGAAT-TGATCAAACTTGTCgtggatacatggactcattgaatagcttacagtcatcaccatttgatccacacaaactttttaaatcactccactgtgagaagcttcataaaaaatattctaaatgcattcttggggtacacaagaaaaatacaaactttgctgtactatcagaattagggagatttcctctacatcatgatatattgaaatcaatcattagttatgtggtatagattgaaaaaatcttaatgaatccaaactacttagggatgcttatctaca
gi|4 : gatattgtgaagcccatcaattggttttaaacaatgtaGTAACCTTACAAAC-TATAGAGGGATCT--CGATAGC-AAG-TAACAT-AGGTAAACTATTT-AATTCTATC-TTAAACACTCGATTGGAC---AAATTTTTAGACAATAACAATATTATTAGT-AGATACCAAAT-AAATTGGTTTCTCTAAAG-------CATGCAGAACATCTGATCATATGTTT-ATTATTAACTCTCTTATCGAAAAATATTGT--CATCAA-GGAGGAAAGGTGTATGCATGTTTTATAGATATCCGTAAAGCCCTTGACACTGTCTTGCATGATGGTGTGAAATTA-AAACTTCCACAA-AT-AGGAGTTGAAAGCAATT-TTTACAATTTAATAAAAAATATGTACTCCAATTGCAGGTC--ACACAT----TCA-AGTAGGAAAT-TATTTAACAA-AACCTC--TCTATAC--TCAACTGGGTGTACGACAAGGG-GACAATCTGAGCCCAAATTTGTTCAAAA---TTT-TCATTAA-TGATCT-ACCAAATGTGCT-GTCTA---ACACTCC--GGACCCTGCC---ACA-----C-T---TAA----CA-AT--TTAGA--------A---ATACA--TTGTTT---ACTA-CATGCTG-------ATGATGTCGT-----TCTGTTATCAA---CC-TCGGAAAATGGT-C--TTC-AG-CA-AA----AG-----ATT--------A-AT--ACATT-AGAGGGT---TT--TTGTCAGA------AAT-G-GTGTTTAAGTGTAA-----ATGT---TG--A---AAAGA-CCAAA--G-TGTTA-A----TTTCT--AA----CAAATCTGG---a
gi|5 : caa-ATA-AA--AACT-CCG---AAATTGAATGCGTATCA-AACTATAAATACTTGTG----TATTATGTTATTTT-TAATGCATCTGAAACTTTTT--CTA----TA-G--C--CAAGCAA----G---AA--TTACA-CG-AAAAA----GGTCTCAAA-CA----TATTTCAA---ATTA----AGAATTTAA--GA----TGTTCTGAGT----CTAAAC---CCA-GG-AATAAGAC--C--A--TGTATGAATGTCT-TTGAT---CACGCTAC--T-AAATCAA-TCTTAT-TACTA----GTATATG--GT----TC-TGAAATAT----------GGGt
gi|5 : TTTTGT--AGATA---TTTATCGGGAATAAATAAAAAATAATCTTGTCAACCA-TGCTTCTC---TCT-CTGAGTTGG-ATAGAGACACTCATTGCATTATGAT---G-TAGTCCAAAGCTTATTCAAATACTGTCATATATTAGAAAATTCAAT-TGGATTTTCACT--TTCAAATGATGTCTTTCTATGTAGTAAgaaaactaaacaacagcactaaactcaatcacctaggtaatgttcaaattgaaaattgtttcaaaaaatttaaatgtgattacataaaaagtttttgtagatatttatcgggaataaataaaaaataatcttgtcaaccatgcttctctctctgagttggatagagacactcattgcattatgatgtagtccaaagcttattcaaatactgtcatatattagaaaattcaattggattttcactttcaaatgatgtctttctatgtagtaagcatct
gi|6 : ataaaaactccgaaattgaatgcgtatcaaactataaatacttgtgtattatgttatttttaatgcatctgaaactttttctatagccaagcaagaattacacgaaaaaggtctcaaacatatttcaaattaagaatttaagatgttctgagtctaaacccaggaataagaccatgtatgaatgtctttgatcacgctactaaatcaatcttattactagtatatggttctgaaatatggggaaaactaaacaacagcactaaactcaatcacctaggtaatgttcaaattgaaaattgtttcaaaaaatttaaatgtgattacataaaaagtAGGAATCGGTGGCAATTTTTT-CAAAATGATAAAACATACGTATTC---TTCAA----CAAAATGTGCTGTTAGACAAGGGGATGTA-TATACAGTAACTTT-TTTCATACAACTGTC--GGTGTCAAACAGGGT-GACAATTTGAGTCCCACTTTATTCAACATT-TTG-TCG-T---TGATTTTGTAA----TCA----CT----A-ACC-C--TG---TATCT---TTAGAT--GATATAT--------CAT--TTAAT--------CATT-TA-----TGTTT--------TTTGCTG-------ATGACCTTGT-----TTTATTCTCAG---AA-TCCCCAGAAGGT-A--TCC-A------A----A------GTTGCTT---AG-ACATTCTTT-CAAAA-----TA--TTGTACAG------AAT-G-GAAACTACATGTAA-----ATTTAC--A--G---AAA-A-CAAAA--GTgcatct
gi|7 : caatgtgtttcataatatgcacggtattgagatcttaaaaaaaA----GAAA----A--GA----TTTTTTCAGT----TTGAAC---CCA-GA-AAT----T--AGAACATGTATGAATGTCT-TTGAT---CAC---AC--T---ATTAA-ACCAAT-C-TTA----TTATATG--GC----TC-TGAAATAT----------GGG
gi|7 : AAATTTAGCCAAAATA---TATATTAGGAATAAATTAAAAA--ATC-TGTCAATCATTGCTTCTCTCATTTCCTCAGTTgaacacttaagagcactaaactaaatcaagtagataatgttcaaatagaagattgttacaagaagctaagatgtgagttactacatcaaaaaatttagccaaaatatatattaggaataaattaaaaaatctgtcaatcattgcttctctcatttcctcagtt
gi|8 : agaaaagattttttcagtttgaacccagaaattagaacatgtatgaatgtctttgatcacactattaaaccaatcttattatatggctctgaaatatggggaacacttaagagcactaaactaaatcaagtagataatgttcaaatagaagattgttacaagaagctaagatgtgagttactacatcaaaTAGGAGTGAAACAAGGA-GATAA-----GTCCAATTTTATTCAAAATC-TTTATC---AA-TGATTT-GCCA---------AATT----ACTTT-CAAGA---GTGC----ATTGAT----TGTAT------TTC-T--CTAAA--------TGAC-CAGG--TTGTTT---ATTG-TATGCAG-------ATGATATTGT-----TCTTCTATCTA---CT-TCACAAAAATGTAT--TGCTAT-TA-AA----T------ATA---C---AATAT--GCATT-AGAAA-----AA--T
gi|9 : aataacat-ATA-AATTAATTGCTA---A-GTTGAATTCGCATCATA-CTATAAATACTCGGG----TATTATGTT----T-AAT-GCATCTGAAACTTT-T--TT-----TATG--G-ACAAGCAA----G---AT--TTAT-GCA-AAAAA----GCTCTCAAAGCA----TATTTCG-------A----GAAA----A--CGTTTTTTTTTTTAGT----CTAAAC---CC-AGG-AAT----------AAGAACATGTATGat
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CATATCAAATTCTGTAGATATATACTTGAAGTTCATAAGAAAAGTGCAAAATATGCAGTACTCGCTGAGTTGGGGAGGTTTTCCCAATGTTTGGATATAATATCACACGTTGAATTATTGGCATAGACTAGAAATTAACCTTATT
Unaligned ( gi|12 ): TCAAACACGGCGACGATTTAAGTCCAACACTTTTCAATATGTTTGTTGATGATTTTGTGCATTATTTTAAAAATATTACTATGTATCTTGCATATCTAGCTGCAATGCCAATCTGTCATATATTTTTGCTGATGATGTCAGTTT
Unaligned ( gi|16 ): TGATGATTTTGTGATTATTTTGAAAATGTATCAACAAATCCTGCATATCTAGATGTAATGCCAAATTAACCATATGTTTTTTGT
Unaligned ( gi|17 ): ATACATACTTGGTGTTCATAAGAAAAGTGCAAAATTTGCAGTACTTGCTGAATTAGGGAGGT
Unaligned ( gi|18 ): TTTTCTATGCTATCAGGATTAGGAAGATTCATTCAAGATACATTATGATATATTGTACTC
Unaligned ( gi|19 ): AGAACATGTATGAATTTTTTTGATCACACTATCTTATTATATGGTTCT
Unaligned ( gi|20 ): TTTTATTTTTTGCTGTGGACCTTGTTTTTCTCAGAACCCCAGAAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 11 1 1 1 1 55555555555 3333 222 11 3333 2222 1 55555555 1 1 1 22222 1 11 1 1 1 1 11 6666666666666666 11 1 1 33333 11 111111111 111 11111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 1111111 3333333 111111 1111 22222222222222222222222222222222222222222222 111111 66666666666666666666 111111 1111 11111 1111 2222 1 111 222 1111 11 1111111 2222 1111 1 1111 22222 1111 2222222222 111 33333 11111 2222 2222222222222 1111 111 11 4444444444 11111111 2222222 22222 1111111 111111 3333333333 222 1 1 1 11 11 1 2222 1 222222 2222 11 11 11 1 22222222222 22222222 1 111 1 222 33333 1 1 1 11
lowQualScore : 111 5 1 1 1 88 1 3 3 0 3 3 55555555555 6666 333 7 11 3 9999 9999 1 8888 3 00000000 6 7 3 2 2 1 0 88 55555 3 1 1 77 99 1 0 6 2 2 0 0 1 0 1 66 9 3 33 1 1 11 3333333333333333 2 22 0 5 1 0 6 1 1 88888 33 1 888888888 0 8 22 11 000 55555 6 6 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88888 5 6666666 1 2222222 1 0 222222 2 1 1111 1 9999 5 77777777777777777777777777777777777777777777 66 0 666666 666 5 3 0 1 0 11111111111111111111 5 5 777777 4444 66666 4444 7777 2 0 22 888 111 3333 8 11 3 8888888 3 0 7777 0 4444 3 1 4444 6 1 7 1 7 99 33333 6 5555 4444444444 111 5 8 0 00000 88888 5 1 0000 7777777777777 1 4444 1 111 00 6 1111111111 555 1 8 55555555 5555555 1 8 00000 7777777 888888 8 0 6 5555555555 111 5 5 5 77 1 77 5 4444 1 5 888888 1 4444 88 1 88 88 5 88888888888 6666 1 77777777 2 0 0 1 777 7 3 333 7 11111 1 1 1 1 5 1 5 5 88 1 1 1
lowQualScore : ... . . . . .. . . . . . . ........... .... ... . .. . .... .... . .... . ........ . . . . . . . .. ..... . . . .. .. . . . . . . . . . . .. . . .. . . .. ................ . .. . . . . . . . ..... .. . ......... . . .. .. ... ..... . . . ........................................................................................... ..... . ....... . ....... . . ...... . . .... . .... . ............................................ .. . ...... ... . . . . . .................... . . ...... .... ..... .... .... . . .. ... ... .... . .. . ....... . . .... . .... . . .... . . . . . .. ..... . .... .......... ... . . . ..... ..... . . .... ............. . .... . ... .. . .......... ... . . ........ ....... . . ..... ....... ...... . . . .......... ... . . . .. . .. . .... . . ...... . .... .. . .. .. . ........... .... . ........ . . . . ... . . ... . ..... . . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 555 5 0 0 0 55 0 3 3 7 3 3 77777777777 3333 333 3 00 7 0000 0000 0 0000 3 00000000 7 3 3 0 0 0 7 33 33333 3 0 0 33 33 0 7 7 0 0 2 8 0 2 0 88 0 2 22 0 0 55 8888888888888888 0 55 2 0 0 0 5 0 0 55555 22 0 333333333 6 0 22 88 222 00000 7 7 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77777 0 2222222 0 8888888 0 5 555555 5 0 0000 0 4444 0 00000000000000000000000000000000000000000000 99 3 444444 777 7 0 6 3 6 99999999999999999999 7 7 333333 2222 00000 2222 2222 5 0 00 222 555 3333 0 00 8 2222222 5 7 3333 7 2222 2 3 2222 7 0 8 0 5 22 33333 7 3333 0000000000 777 6 0 8 22222 00000 6 4 8888 8888888888888 5 2222 7 777 55 7 2222222222 777 0 0 44444444 0000000 0 0 22222 4444444 444444 0 8 0 0000000000 000 0 5 0 55 0 55 5 0000 0 5 555555 0 5555 55 0 55 55 5 55555555555 0000 2 22222222 5 2 0 0 555 0 3 333 3 33333 0 0 0 0 5 0 5 5 55 0 0 0
consensus : GTGACCTTACAAACATACNGNGGGATNTATCNATAGC-AAG-TAACGT-AGGTAAACTTTTT-AAT-T--ATC-TTGAACACT-GGTTGGAC---AAATTTCTAGACGAAAACAATATCATTAAT-A--TNCCAAAT-AGGTTGGTTTCTC-AAAG-------CATGCAGAACCTCTGATCATATGTTT-ATTGTTAAATGTCTNATCGANAAATATTGTAACA-CAA-GAAGGTANGCTNTATGCATGTTTCATAGATTTTCGTAAAGCCTTTGACAGTGTCGTGCATAATGGTTTGAAACTAGAAACTNCCGCAGCATGAGGANTNGGAGNCAATTCTTTACAATATNATNAAAAATATGTACTC--ATTGAAAGTCCGAAGCGTG-TGTCAGAGTNGGAGAT-TACTNANCAG-AACCTC-TTCCNTAC--CCGNCTAGGTGTAAGACAAGGG-GACAATCTGAGCCCNACTTTATTCAAAATC-TTT-TCA-TAA-TGA-TTTGCCA----TCGT-ATCT----ACACT-C--GG---TTGCT---ATAGAT--CTGTATAA----TA-CAT--TNAAA--------AAATATAGA--TTGTTT---AATG-TATGCAG-------ATGATATNGT----ATTTATTNTCAA---CA-TCACCAGANGGT-C--TNC-AG-CA-AA----A------AT---NT---AA-AC--TCNTT-AGAAA-----TA--TTGTAATG------ANT-G-GNGTTTGAAAGTTA-----ATGTCCGTG--A---AAA-A-CAAAA--GTTGTTGTA----TT--T--AA----CAAGGCTGG---AGAGAA-CAGTNNAGTGCAAATTTAAATTCCATT-ATA-AA--AGTT-CTA---ATATTGAGTGCGTATCATAGTTATAAATACTCGGG----TATTATATT----T-CACGGCATCNGGGACTTTNT--TT-----TA-G--C-ACAAACAA----G-AA--TTA---TAACA-AAAAGGCCC----TGAAAGCA----TATTTCAAACTA----GGAA----A--GA----TTTTCTTAGTC----TAAAC---CCAAGG-AAT----C--C--ACGNGTATGCATGTCT-TTGATC---AC---AC--T-AAATCAANCC-TAT-TAT-TA----CTATACGGC----TC-TGAAATATG----------GGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCANAATAAAAACAGTCTCGGACAATATAATCTAATTATANGACAAACACGCTNCGCTATAATATTTTATTGNGAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGGGNNTAAATAAGAGA--ATCTTGTCAACCA-TGCTTCNC---TTTTCTGAGTTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ACTTGTCNANAGNTTACTCAAATACTGCCACANGCTAGAAANTTCAACACGGATTTCCACTTATTNAAATGATGCNTNTCTATGTAGCAA
Reference ( family-902 ) : GTGACCTTACAAACATACNGNGGGATNTATCNATAGC-AAG-TAACGT-AGGTAAACTTTTT-AAT-T--ATC-TTGAACACT-GGTTGGAC---AAATTTCTAGACGAAAACAATATCATTAAT-A--TNCCAAAT-AGGTTGGTTTCTC-AAAG-------CATGCAGAACCTCTGATCATATGTTT-ATTGTTAAATGTCTNATCGANAAATATTGTAACA-CAA-GAAGGTANGCTNTATGCATGTTTCATAGATTTTCGTAAAGCCTTTGACAGTGTCGTGCATAATGGTTTGAAACTAGAAACTNCCGCAGCATGAGGANTNGGAGNCAATTCTTTACAATATNATNAAAAATATGTACTC--ATTGAAAGTCCGAAGCGTG-TGTCAGAGTNGGAGAT-TACTNANCAG-AACCTC-TTCCNTAC--CCGNCTAGGTGTAAGACAAGGG-GACAATCTGAGCCCNACTTTATTCAAAATC-TTT-TCA-TAA-TGA-TTTGCCA----TCGT-ATCT----ACACT-C--GG---TTGCT---ATAGAT--CTGTATAA----TA-CAT--TNAAA--------AAATATAGA--TTGTTT---AATG-TATGCAG-------ATGATATNGT----ATTTATTNTCAA---CA-TCACCAGANGGT-C--TNC-AG-CA-AA----A------AT---NT---AA-AC--TCNTT-AGAAA-----TA--TTGTAATG------ANT-G-GNGTTTGAAAGTTA-----ATGTCCGTG--A---AAA-A-CAAAA--GTTGTTGTA----TT--T--AA----CAAGGCTGG---AGAGAA-CAGTNNAGTGCAAATTTAAATTCCATT-ATA-AA--AGTT-CTA---ATATTGAGTGCGTATCATAGTTATAAATACTCGGG----TATTATATT----T-CACGGCATCNGGGACTTTNT--TT-----TA-G--C-ACAAACAA----G-AA--TTA---TAACA-AAAAGGCCC----TGAAAGCA----TATTTCAAACTA----GGAA----A--GA----TTTTCTTAGTC----TAAAC---CCAAGG-AAT----C--C--ACGNGTATGCATGTCT-TTGATC---AC---AC--T-AAATCAANCC-TAT-TAC-TA----CTATACGGC----TC-TGAAATATG----------GGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCANAATAAAAACAGTCTCGGACAATATAATCTAATTATANGACAAACACGCTNCGCTATAATATTTTATTGNGAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGGGNNTAAATAAGAGA--ATCTTGTCAACCA-TGCTTCNC---TTTTCTGAGTTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ACTTGTCNANAGNTTACTCAAATACTGCCACANGCTAGAAANTTCAACACGGATTTCCACTTATTNAAATGATGCNTNTCTATGTAGCAA
gi|1 : GTGACC---CAAACATACCGTGGAATATATCTATAACGAAGCTAATGTTAGGTAAACTTTTTTAACAT--ATTATTGAACAC--AGTTAGAT---AA-TTTCTAAGTGAAAACAA----ATTAATCA--TCTCTTGTCAGGTTGGATTCAC-AAA---------ATGCCAAACCTCT-ATCAT-TGTTTTATTGTCAAATGT-TAATTGATAAATATTGTAACA-CAAAGAAGGTAGACTATATGCTTGTTTCATAGATTTTCATAAAGCTTTTTATAGTGTTGTGCACAATGGTTTGAAACTAAAAACTACTGCAGTATAATGA-TGGGAACCAAAT-TTTATAATATTATTAACAACATGTAC----AT-GAAAGT--GAAGCATG-TATCA-AGTTAGAATT-TCCTTACCT----CCTCATTCCCTAT--TAAAGTAGGTGTACGTCAGGGGTGACATTTTGAGCCCTACATTGTTTAAAATTGTTT-TCA-TAA-CGA-CTTGCCA----TCAT-ATTT----ACAA-----GG---TTGCC---ATAGATTTCTG-ATAAG---TA-CAT--TAAAA--------AAATATAGA--CTGTTT---AATGATACGCAG-------ATGACATAGT----AATTTTTTTCAT---CA-TCAC-AGAAGGA-C--TTC-AG-CA-AA----A------AT---TT---AA-AC--TCCTT-AGAAA-----TA--TTGTGACG------ACT-G-GGGTATGCAAGTCA-----AT-TCTAT-------AAA-A-CAAAA--GTTATTGTA----TT--T--AA----CAAAGCTGG---AGA--A-CAATTAAG---AAA---AAATTCCATT-ATA-AA--AGTT-TTA---ATATTGAGTGTGTATC-TA-TTATAAATTCTTAGG----CATT-CATT----T-CATGGT-TCAGGGACTTTCT--TT-----TA-G--C-ATAAACAG----GCAA--TTA---TAACA-AAAGGGAC-----TGAAAGCT----TATTTCAAACTAC---GGAA----A--GA----CTTCCTTAGCC----TAAAC---CCAAGG-TAT----C--C--ACAAGTATACATGTCT-TTGATC---AT---AC--T-A--TCAAGCC-TAT--AT-TA----CTTTGCG------TC-TGAAAT-TG----------GGTATGTTTT---AATGTC-AAT-AA-TGC--AAAATAAAAACAGTCT--GACAATATAAT----TTATATG-CAA------TGTGCTATAATATTTTATTGTGAAAT--CTT--TAACAC-CTTCAAATTTTG--------AACCATATTGGGTCTGAATAAGAG-------TGTGAACCA-TGCTTCAC---TTTTCTGAACTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ATTTGTCAACAGATTACTTAAATATTGCTACAGGCTAG-AACTTTAACACAGA-TTCCATTTATTAAAATGATGCATATCTATGTAGCAA
gi|10 : TTT---CATG-TATGCAA-------ACGATATAGT----AATAATGG-CAA---TA-TCAGCAAAGAGT-T--AAC-AA-TA-GAGAATA------AT---CT---AA-TC--TAG---AGACA-----TA--TTGTAATG------AAT-G-GTGTTTGAGAGCTA-----ATGTTTTTA--A---AAA-A-TAAAA-------TGTA----TTG-TCAAA----TAATGTTGG----GAGAG-TAGTGCGGTGCAAGTTTA
gi|13 : ccTG-TATGCAG-------ATGATACAGTG---AT--ATTTTCCG---AT-TCTCCAGATGGT-T--TAC-AA-CA-AA----ATGCTTGAT---GT---GA-AT--ACATT-C---A-----TA--TTATAATG------A---------TTGAAAATTA--------TCTGTGTAAGC-AAA-A-CTAAA--ATTGTAGTA----TT--T--AG----GAAGGGTGG---
gi|14 : -AAG-TGTCAT-TGGTAAACTTTTT-AAT-----------AACACT---TTGAACTGCAGATT---AGACTAAAAAAATATCAATAAT----TGCCAAAC-----TGGTTTCTC-AAAGAAAGCTACATGTAGAACCTCTGACCACATGTTT-ATT-TTAg
gi|15 : TATTGAGTGTGTATC-TAGTTATAAATATTCAGG----CATT-CACT----T-CACAGCTTCAGGGACTTTCT--CTCAATGTA-GACT-ATAAATAA----A-AT--TTA---T
gi|2 : TACATGTTTCATTGAC---TTTTGTAA----AN-GAAGATATGCTTTATACATGTTTCATTGACTTTTGTAAAGCCTTTGACAGTGTAATACATACTGGTTTAAAACT-GAAATTGTTG-AGCATGAATATTGGTAGCTA--TCTTTATAA---CATCAAGGATATATAC----A--GGAATTCCAAAGCATG-TGTTAGAGTTGGAGAT-TACTGATT------CTT-TTTTTTAT--CAGTCTTGGTGTAAGACAAGGG-GATAATCTAGACCCT-CTTTATTTAAAATC-TTTAT---TAA-TTA-TTTTCCA----TTGT-ATCTTGAAAAA------------TG-T---ATCGATA-CTGTATCAC---TT-CATAATGAAA--------AA-T-TGAA--TTGCTTTTCAATG-TATGCAG-------ACGATATTGT-----TATATTGTCAA---CA-TCAGCAAAGGGT-C--TAC-AA-CAGAG----A------AT---AT---CT-AT--TGTTG-AAACA-----TA--TTGTAATG------ATT-G-GTGTTTGAAAGTTA-----AT----GTA--AAACAAA-A-CAAAAC-GTTATTGTA----TT--T--AA----CAAGGCTGG----GAGAA-TTGTGCAGTGTAAATTTAAATTTC----AGA-AC--AG----TA---ATATTAAATGTATAACAT-CTTATAAGTACTTGGG----TA-CATAAT----T-TTCTGCATCTGGCA----GT--TT-----TA-G--T-ACTGCCAAATCTG-AACTTTA---TAACA-CA---GCCT----TGAAGGGA----TTCTATACATTG----AAAA----A--GA----CTTTTTGTGTT----T-AGC---CCCAGG-AAT----CATT--ACGAGTATTCATCTCT-TTGATC---AC---ACAATAAAATCAATTC-TAT-TATATA----C-ATGTAAC----CC-AGAAATTTG----------GGg
gi|3 : cttta-TCA-TAAATGA-GCTTACA----TCATTATCTT---ACATT-A--GG---TTATTGTAATAGATTTCTGTACAGAGGTTA-CAT--TCAAACAAACCTGAAATATAGGACTCGTTTT--AATG-TACGCAGCGTGCCCATGACATTATGCTAATTTATATTCTAGTCCAATCACCAGATGGC-CACTTC-AGTCA-AA----A------AT---ATGAAAA-AC--TCTTTTAGAAAACGAATAATCTGTGATGTTAAACATTCGCGGGTATGCAAGTTACCATGGTGGCAATG--A---AAA-AGCAAAATAGTT-TTGTAAAGTCT--T--AAACACCACGGCTGGCTTAGAGAAACAATTAAG--CAAA----AATTCCATTTATACAA--AGTT--TAGGGATATTGAGTGTGTATC-TAGTTATAAATACTTAGCACTTTAGTCTATT----TTCACGGCTTCAGGGACTTTGTCATT-----TG-G--CTATACAGAA----G-G---TTAATGTAATACAAAAGACCCACCCTGAAAGCCCTGTTATTTAAAACCATAACGGAA----AAGGAAAC-TTTCCTTAGTTCACTTAAACACGCCAAGGTAAT----CT-C--ACACGTTTACATGTCTGTTGATTCGTAT---AC--T-AG--CAAGCCCTATCTAC-TAAAATCTTTACGGCATATTCATGA--TATGACCCTCCCGGGGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCACAATAAAAACAGTCTCGGACAA-ATAATCTAATTATAAGACAAACACGCTCCGCTATAA----TTA--AAAAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGTGTC-----GAGAGG--GTCT----------------AC---TTTTATGAGTTGGCGAAGATA---CTTTGAGAAT-TGATCAAACTTGTCgtggatacatggactcattgaatagcttacagtcatcaccatttgatccacacaaactttttaaatcactccactgtgagaagcttcataaaaaatattctaaatgcattcttggggtacacaagaaaaatacaaactttgctgtactatcagaattagggagatttcctctacatcatgatatattgaaatcaatcattagttatgtggtatagattgaaaaaatcttaatgaatccaaactacttagggatgcttatctaca
gi|4 : gatattgtgaagcccatcaattggttttaaacaatgtaGTAACCTTACAAAC-TATAGAGGGATCT--CGATAGC-AAG-TAACAT-AGGTAAACTATTT-AAT-TCTATC-TTAAACACTCGATTGGAC---AAATTTTTAGACAATAACAATATTATTAGT-AGATACCAAAT-AAATTGGTTTCTCTAAAG-------CATGCAGAACATCTGATCATATGTTT-ATTATTAACTCTCTTATCGAAAAATATTGT--CATCAA-GGAGGAAAGGTGTATGCATGTTTTATAGATATCCGTAAAGCCCTTGACACTGTCTTGCATGATGGTGTGAAATTA-AAACTTCCACAA-AT-AGGAGTTGAAAGCAATT-TTTACAATTTAATAAAAAATATGTACTCCAATTGCAGGTC--ACACAT----TCA-AGTAGGAAAT-TATTTAACAA-AACCTC--TCTATAC--TCAACTGGGTGTACGACAAGGG-GACAATCTGAGCCCAAATTTGTTCAAAA---TTT-TCATTAA-TGA-TCTACCAAATGTGCT-GTCTA---ACACTCC--GGACCCTGCC---ACA-----CT---TAA----CA--AT--TTAGA--------A---ATACA--TTGTTT---ACTA-CATGCTG-------ATGATGTCGT-----TCTGTTATCAA---CC-TCGGAAAATGGT-C--TTC-AG-CA-AA----AG-----AT---T-----A-AT--ACATT-AGAGGGT---TT--TTGTCAGA------AAT-G-GTGTTTAAGTGTAA-----ATGT---TG--A---AAAGA-CCAAA--G-TGTTA-A----TTTCT--AA----CAAATCTGG---a
gi|5 : caa-ATA-AA--AACT-CCG---AAATTGAATGCGTATCA-AACTATAAATACTTGTG----TATTATGTTATTTT-TAATGCATCTGAAACTTTTT--CTA----TA-G--C--CAAGCAA----G-AA--TTA---CACGA-AAAAGGTC-----TCAAA-CA----TATTTCAAATTA----AGAATTTAA--GA----TGTTCTGAGTC----TAAAC---CCA-GG-AATAAGAC--C--A--TGTATGAATGTCT-TTGATC---ACGCTAC--T-AAATCAATCT-TAT-TAC-TA----GTATATGGT----TC-TGAAATATG----------GGt
gi|5 : TTTTGT--AGATA---TTTATCGGGAATAAATAAAAAATAATCTTGTCAACCA-TGCTTCTC---TCT-CTGAGTTGG-ATAGAGACACTCATTGCATTATGAT---G-TAGTCCAAAGCTTATTCAAATACTGTCATATATTAGAAAATTCAAT-TGGATTTTCACT--TTCAAATGATGTCTTTCTATGTAGTAAgaaaactaaacaacagcactaaactcaatcacctaggtaatgttcaaattgaaaattgtttcaaaaaatttaaatgtgattacataaaaagtttttgtagatatttatcgggaataaataaaaaataatcttgtcaaccatgcttctctctctgagttggatagagacactcattgcattatgatgtagtccaaagcttattcaaatactgtcatatattagaaaattcaattggattttcactttcaaatgatgtctttctatgtagtaagcatct
gi|6 : ataaaaactccgaaattgaatgcgtatcaaactataaatacttgtgtattatgttatttttaatgcatctgaaactttttctatagccaagcaagaattacacgaaaaaggtctcaaacatatttcaaattaagaatttaagatgttctgagtctaaacccaggaataagaccatgtatgaatgtctttgatcacgctactaaatcaatcttattactagtatatggttctgaaatatggggaaaactaaacaacagcactaaactcaatcacctaggtaatgttcaaattgaaaattgtttcaaaaaatttaaatgtgattacataaaaagtAGGAATCGGTGGCAATTTTTT-CAAAATGATAAAACATACGTATTC---TTCAA----CAAAATGTGCTGTTAGACAAGGGGATGTA-TATACAGTAACTTT-TTTCATACAACTGTC--GGTGTCAAACAGGGT-GACAATTTGAGTCCCACTTTATTCAACATT-TTG-TCG-T---TGATTTTGTAA----TCA----CT----A-ACC-C--TG---TATCT---TTAGA----TG-AT-A----TATCAT--TT-AA--------TCATTTA-----TGTTT--------TTTGCTG-------ATGACCTTGT-----TTTATTCTCAG---AA-TCCCCAGAAGGT-A--TCC-------AA----A------GTTGCTT---AG-ACATTCTTT-CAAAA-----TA--TTGTACAG------AAT-G-GAAACTACATGTAA-----ATTTAC--A--G---AAA-A-CAAAA--GTgcatct
gi|7 : caatgtgtttcataatatgcacggtattgagatcttaaaaaaaA----GAAA----A--GA----TTTTTTCAGTT----TGAAC---CCA-GA-AAT----T--AGAACATGTATGAATGTCT-TTGATC---AC---AC--T---ATTAAACC-AAT-C-T-TA----TTATATGGC----TC-TGAAATATG----------GG
gi|7 : AAATTTAGCCAAAATA---TATATTAGGAATAAATTAAAAA--ATC-TGTCAATCATTGCTTCTCTCATTTCCTCAGTTgaacacttaagagcactaaactaaatcaagtagataatgttcaaatagaagattgttacaagaagctaagatgtgagttactacatcaaaaaatttagccaaaatatatattaggaataaattaaaaaatctgtcaatcattgcttctctcatttcctcagtt
gi|8 : agaaaagattttttcagtttgaacccagaaattagaacatgtatgaatgtctttgatcacactattaaaccaatcttattatatggctctgaaatatggggaacacttaagagcactaaactaaatcaagtagataatgttcaaatagaagattgttacaagaagctaagatgtgagttactacatcaaaTAGGAGTGAAACAAGGA-GATAA-----GTCCAATTTTATTCAAAATC-TTTATC---AA-TGA-TTTGCCA---------AATT----ACTTT-CAAGA---GTGC----ATTGAT---TGTAT------TT-C-T--CTAAA--------TGAC-CAGG--TTGTTT---ATTG-TATGCAG-------ATGATATTGT-----TCTTCTATCTA---CT-TCACAAAAATGTAT--TGCTAT-TA-AA----T------AT---AC---AATAT--GCATT-AGAAA-----AA--T
gi|9 : aataacat-ATA-AATTAATTGCTA---A-GTTGAATTCGCATCATA-CTATAAATACTCGGG----TATTATGTT----T-AATG-CATCTGAAACTTT-T--TT-----TATG--G-ACAAGCAA----G-AT--TTA---TG-CA-AAAAAGCTC----TCAAAGCA----TATTTCG----A----GAAA----A--CGTTTTTTTTTTTAGTC----TAAAC---CC-AGG-AAT----------AAGAACATGTATGat
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CATATCAAATTCTGTAGATATATACTTGAAGTTCATAAGAAAAGTGCAAAATATGCAGTACTCGCTGAGTTGGGGAGGTTTTCCCAATGTTTGGATATAATATCACACGTTGAATTATTGGCATAGACTAGAAATTAACCTTATT
Unaligned ( gi|12 ): TCAAACACGGCGACGATTTAAGTCCAACACTTTTCAATATGTTTGTTGATGATTTTGTGCATTATTTTAAAAATATTACTATGTATCTTGCATATCTAGCTGCAATGCCAATCTGTCATATATTTTTGCTGATGATGTCAGTTT
Unaligned ( gi|16 ): TGATGATTTTGTGATTATTTTGAAAATGTATCAACAAATCCTGCATATCTAGATGTAATGCCAAATTAACCATATGTTTTTTGT
Unaligned ( gi|17 ): ATACATACTTGGTGTTCATAAGAAAAGTGCAAAATTTGCAGTACTTGCTGAATTAGGGAGGT
Unaligned ( gi|18 ): TTTTCTATGCTATCAGGATTAGGAAGATTCATTCAAGATACATTATGATATATTGTACTC
Unaligned ( gi|19 ): AGAACATGTATGAATTTTTTTGATCACACTATCTTATTATATGGTTCT
Unaligned ( gi|20 ): TTTTATTTTTTGCTGTGGACCTTGTTTTTCTCAGAACCCCAGAAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 11 1 1 1 1 55555555555 3333 222 11 3333 2222 1 55555555 1 1 1 22222 1 11 1 1 1 1 11 6666666666666666 11 1 1 33333 11 111111111 111 11111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 1111111 3333333 111111 1111 22222222222222222222222222222222222222222222 111111 66666666666666666666 111111 1111 11111 1111 2222 1 111 222 1111 11 1111111 2222 1111 1 1111 22222 1111 2222222222 111 33333 11111 2222 2222222222222 1111 111 11 4444444444 11111111 2222222 11111 1111111 111111 3333333333 222 1 1 1 11 11 1 2222 1 222222 2222 11 11 11 1 22222222222 22222222 1 111 1 222 33333 1 1 1 11
lowQualScore : 111 5 1 1 1 88 1 3 3 0 3 3 55555555555 6666 333 7 11 3 9999 9999 1 8888 3 00000000 6 7 3 2 2 1 0 88 55555 3 1 1 77 99 1 0 6 2 2 0 0 1 0 1 66 9 3 33 1 1 11 3333333333333333 2 22 0 5 1 0 6 1 1 88888 33 1 888888888 0 8 22 11 000 55555 6 6 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88888 5 6666666 1 2222222 1 0 222222 2 1 1111 1 9999 5 77777777777777777777777777777777777777777777 66 0 666666 666 5 3 0 1 0 11111111111111111111 5 5 777777 4444 66666 4444 7777 2 0 22 888 111 3333 8 11 3 8888888 3 0 7777 0 4444 3 1 4444 6 1 7 1 7 99 33333 6 5555 4444444444 111 5 8 0 00000 88888 5 1 0000 7777777777777 1 4444 1 111 00 6 1111111111 555 1 8 55555555 5555555 1 8 77777 7777777 888888 8 0 6 5555555555 111 5 5 5 77 1 77 5 4444 1 5 888888 1 4444 88 1 88 88 5 88888888888 6666 1 77777777 2 0 0 1 777 7 3 333 7 11111 1 1 1 1 5 1 5 5 88 1 1 1
lowQualScore : ... . . . . .. . . . . . . ........... .... ... . .. . .... .... . .... . ........ . . . . . . . .. ..... . . . .. .. . . . . . . . . . . .. . . .. . . .. ................ . .. . . . . . . . ..... .. . ......... . . .. .. ... ..... . . . ........................................................................................... ..... . ....... . ....... . . ...... . . .... . .... . ............................................ .. . ...... ... . . . . . .................... . . ...... .... ..... .... .... . . .. ... ... .... . .. . ....... . . .... . .... . . .... . . . . . .. ..... . .... .......... ... . . . ..... ..... . . .... ............. . .... . ... .. . .......... ... . . ........ ....... . . ..... ....... ...... . . . .......... ... . . . .. . .. . .... . . ...... . .... .. . .. .. . ........... .... . ........ . . . . ... . . ... . ..... . . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 555 5 0 0 0 55 0 3 3 7 3 3 77777777777 3333 333 3 00 7 0000 0000 0 0000 3 00000000 7 3 3 0 0 0 7 33 33333 3 0 0 33 33 0 7 7 0 0 2 8 0 2 0 88 0 2 22 0 0 55 8888888888888888 0 55 2 0 0 0 5 0 0 55555 22 0 333333333 6 0 22 88 222 00000 7 7 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77777 0 2222222 0 8888888 0 5 555555 5 0 0000 0 4444 0 00000000000000000000000000000000000000000000 99 3 444444 777 7 0 6 3 6 99999999999999999999 7 7 333333 2222 00000 2222 2222 5 0 00 222 555 3333 0 00 8 2222222 5 7 3333 7 2222 2 3 2222 7 0 8 0 5 22 33333 7 3333 0000000000 777 6 0 8 22222 00000 6 4 8888 8888888888888 5 2222 7 777 55 7 2222222222 777 0 0 44444444 0000000 0 0 66666 4444444 444444 0 8 0 0000000000 000 0 5 0 55 0 55 5 0000 0 5 555555 0 5555 55 0 55 55 5 55555555555 0000 2 22222222 5 2 0 0 555 0 3 333 3 33333 0 0 0 0 5 0 5 5 55 0 0 0
consensus : GTGACCTTACAAACATACNGNGGGATNTATCNATAGC-AAG-TAACGT-AGGTAAACTTTTT-AAT-T--ATC-TTGAACACT-GGTTGGAC---AAATTTCTAGACGAAAACAATATCATTAAT-A--TNCCAAAT-AGGTTGGTTTCTC-AAAG-------CATGCAGAACCTCTGATCATATGTTT-ATTGTTAAATGTCTNATCGANAAATATTGTAACA-CAA-GAAGGTANGCTNTATGCATGTTTCATAGATTTTCGTAAAGCCTTTGACAGTGTCGTGCATAATGGTTTGAAACTAGAAACTNCCGCAGCATGAGGANTNGGAGNCAATTCTTTACAATATNATNAAAAATATGTACTC--ATTGAAAGTCCGAAGCGTG-TGTCAGAGTNGGAGAT-TACTNANCAG-AACCTC-TTCCNTAC--CCGNCTAGGTGTAAGACAAGGG-GACAATCTGAGCCCNACTTTATTCAAAATC-TTT-TCA-TAA-TGA-TTTGCCA----TCGT-ATCT----ACACT-C--GG---TTGCT---ATAGAT--CTGTATAA----TA-CAT--TNAAA--------AAATATAGA--TTGTTT---AATG-TATGCAG-------ATGATATNGT----ATTTATTNTCAA---CA-TCACCAGANGGT-C--TNC-AG-CA-AA----A------AT---NT---AA-AC--TCNTT-AGAAA-----TA--TTGTAATG------ANT-G-GNGTTTGAAAGTTA-----ATGTCCGTG--A---AAA-A-CAAAA--GTTGTTGTA----TT--T--AA----CAAGGCTGG---AGAGAA-CAGTNNAGTGCAAATTTAAATTCCATT-ATA-AA--AGTT-CTA---ATATTGAGTGCGTATCATAGTTATAAATACTCGGG----TATTATATT----T-CACGGCATCNGGGACTTTNT--TT-----TA-G--C-ACAAACAA----G-AA--TTA---TAACA-AAAAGGCCC----TGAAAGCA----TATTTCAAACTA----GGAA----A--GA----TTTTCTTAGTC----TAAAC---CCAAGG-AAT----C--C--ACGNGTATGCATGTCT-TTGATC---AC---AC--T-AAATCAANCC-TAT-TAT-TA----CTATACGGC----TC-TGAAATATG----------GGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCANAATAAAAACAGTCTCGGACAATATAATCTAATTATANGACAAACACGCTNCGCTATAATATTTTATTGNGAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGGGNNTAAATAAGAGA--ATCTTGTCAACCA-TGCTTCNC---TTTTCTGAGTTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ACTTGTCNANAGNTTACTCAAATACTGCCACANGCTAGAAANTTCAACACGGATTTCCACTTATTNAAATGATGCNTNTCTATGTAGCAA
Reference ( family-902 ) : GTGACCTTACAAACATACNGNGGGATNTATCNATAGC-AAG-TAACGT-AGGTAAACTTTTT-AAT-T--ATC-TTGAACACT-GGTTGGAC---AAATTTCTAGACGAAAACAATATCATTAAT-A--TNCCAAAT-AGGTTGGTTTCTC-AAAG-------CATGCAGAACCTCTGATCATATGTTT-ATTGTTAAATGTCTNATCGANAAATATTGTAACA-CAA-GAAGGTANGCTNTATGCATGTTTCATAGATTTTCGTAAAGCCTTTGACAGTGTCGTGCATAATGGTTTGAAACTAGAAACTNCCGCAGCATGAGGANTNGGAGNCAATTCTTTACAATATNATNAAAAATATGTACTC--ATTGAAAGTCCGAAGCGTG-TGTCAGAGTNGGAGAT-TACTNANCAG-AACCTC-TTCCNTAC--CCGNCTAGGTGTAAGACAAGGG-GACAATCTGAGCCCNACTTTATTCAAAATC-TTT-TCA-TAA-TGA-TTTGCCA----TCGT-ATCT----ACACT-C--GG---TTGCT---ATAGAT--CTGTATAA----TA-CAT--TNAAA--------AAATATAGA--TTGTTT---AATG-TATGCAG-------ATGATATNGT----ATTTATTNTCAA---CA-TCACCAGANGGT-C--TNC-AG-CA-AA----A------AT---NT---AA-AC--TCNTT-AGAAA-----TA--TTGTAATG------ANT-G-GNGTTTGAAAGTTA-----ATGTCCGTG--A---AAA-A-CAAAA--GTTGTTGTA----TT--T--AA----CAAGGCTGG---AGAGAA-CAGTNNAGTGCAAATTTAAATTCCATT-ATA-AA--AGTT-CTA---ATATTGAGTGCGTATCATAGTTATAAATACTCGGG----TATTATATT----T-CACGGCATCNGGGACTTTNT--TT-----TA-G--C-ACAAACAA----G-AA--TTA---TAACA-AAAAGGCCC----TGAAAGCA----TATTTCAAACTA----GGAA----A--GA----TTTTCTTAGTC----TAAAC---CCAAGG-AAT----C--C--ACGNGTATGCATGTCT-TTGATC---AC---AC--T-AAATCAANCC-TAT-TAT-TA----CTATACGGC----TC-TGAAATATG----------GGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCANAATAAAAACAGTCTCGGACAATATAATCTAATTATANGACAAACACGCTNCGCTATAATATTTTATTGNGAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGGGNNTAAATAAGAGA--ATCTTGTCAACCA-TGCTTCNC---TTTTCTGAGTTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ACTTGTCNANAGNTTACTCAAATACTGCCACANGCTAGAAANTTCAACACGGATTTCCACTTATTNAAATGATGCNTNTCTATGTAGCAA
gi|1 : GTGACC---CAAACATACCGTGGAATATATCTATAACGAAGCTAATGTTAGGTAAACTTTTTTAACAT--ATTATTGAACAC--AGTTAGAT---AA-TTTCTAAGTGAAAACAA----ATTAATCA--TCTCTTGTCAGGTTGGATTCAC-AAA---------ATGCCAAACCTCT-ATCAT-TGTTTTATTGTCAAATGT-TAATTGATAAATATTGTAACA-CAAAGAAGGTAGACTATATGCTTGTTTCATAGATTTTCATAAAGCTTTTTATAGTGTTGTGCACAATGGTTTGAAACTAAAAACTACTGCAGTATAATGA-TGGGAACCAAAT-TTTATAATATTATTAACAACATGTAC----AT-GAAAGT--GAAGCATG-TATCA-AGTTAGAATT-TCCTTACCT----CCTCATTCCCTAT--TAAAGTAGGTGTACGTCAGGGGTGACATTTTGAGCCCTACATTGTTTAAAATTGTTT-TCA-TAA-CGA-CTTGCCA----TCAT-ATTT----ACAA-----GG---TTGCC---ATAGATTTCTG-ATAAG---TA-CAT--TAAAA--------AAATATAGA--CTGTTT---AATGATACGCAG-------ATGACATAGT----AATTTTTTTCAT---CA-TCAC-AGAAGGA-C--TTC-AG-CA-AA----A------AT---TT---AA-AC--TCCTT-AGAAA-----TA--TTGTGACG------ACT-G-GGGTATGCAAGTCA-----AT-TCTAT-------AAA-A-CAAAA--GTTATTGTA----TT--T--AA----CAAAGCTGG---AGA--A-CAATTAAG---AAA---AAATTCCATT-ATA-AA--AGTT-TTA---ATATTGAGTGTGTATC-TA-TTATAAATTCTTAGG----CATT-CATT----T-CATGGT-TCAGGGACTTTCT--TT-----TA-G--C-ATAAACAG----GCAA--TTA---TAACA-AAAGGGAC-----TGAAAGCT----TATTTCAAACTAC---GGAA----A--GA----CTTCCTTAGCC----TAAAC---CCAAGG-TAT----C--C--ACAAGTATACATGTCT-TTGATC---AT---AC--T-A--TCAAGCC-TAT--AT-TA----CTTTGCG------TC-TGAAAT-TG----------GGTATGTTTT---AATGTC-AAT-AA-TGC--AAAATAAAAACAGTCT--GACAATATAAT----TTATATG-CAA------TGTGCTATAATATTTTATTGTGAAAT--CTT--TAACAC-CTTCAAATTTTG--------AACCATATTGGGTCTGAATAAGAG-------TGTGAACCA-TGCTTCAC---TTTTCTGAACTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ATTTGTCAACAGATTACTTAAATATTGCTACAGGCTAG-AACTTTAACACAGA-TTCCATTTATTAAAATGATGCATATCTATGTAGCAA
gi|10 : TTT---CATG-TATGCAA-------ACGATATAGT----AATAATGG-CAA---TA-TCAGCAAAGAGT-T--AAC-AA-TA-GAGAATA------AT---CT---AA-TC--TAG---AGACA-----TA--TTGTAATG------AAT-G-GTGTTTGAGAGCTA-----ATGTTTTTA--A---AAA-A-TAAAA-------TGTA----TTG-TCAAA----TAATGTTGG----GAGAG-TAGTGCGGTGCAAGTTTA
gi|13 : ccTG-TATGCAG-------ATGATACAGTG---AT--ATTTTCCG---AT-TCTCCAGATGGT-T--TAC-AA-CA-AA----ATGCTTGAT---GT---GA-AT--ACATT-C---A-----TA--TTATAATG------A---------TTGAAAATTA--------TCTGTGTAAGC-AAA-A-CTAAA--ATTGTAGTA----TT--T--AG----GAAGGGTGG---
gi|14 : -AAG-TGTCAT-TGGTAAACTTTTT-AAT-----------AACACT---TTGAACTGCAGATT---AGACTAAAAAAATATCAATAAT----TGCCAAAC-----TGGTTTCTC-AAAGAAAGCTACATGTAGAACCTCTGACCACATGTTT-ATT-TTAg
gi|15 : TATTGAGTGTGTATC-TAGTTATAAATATTCAGG----CATT-CACT----T-CACAGCTTCAGGGACTTTCT--CTCAATGTA-GACT-ATAAATAA----A-AT--TTA---T
gi|2 : TACATGTTTCATTGAC---TTTTGTAA----AN-GAAGATATGCTTTATACATGTTTCATTGACTTTTGTAAAGCCTTTGACAGTGTAATACATACTGGTTTAAAACT-GAAATTGTTG-AGCATGAATATTGGTAGCTA--TCTTTATAA---CATCAAGGATATATAC----A--GGAATTCCAAAGCATG-TGTTAGAGTTGGAGAT-TACTGATT------CTT-TTTTTTAT--CAGTCTTGGTGTAAGACAAGGG-GATAATCTAGACCCT-CTTTATTTAAAATC-TTTAT---TAA-TTA-TTTTCCA----TTGT-ATCTTGAAAAA------------TG-T---ATCGATA-CTGTATCAC---TT-CATAATGAAA--------AA-T-TGAA--TTGCTTTTCAATG-TATGCAG-------ACGATATTGT-----TATATTGTCAA---CA-TCAGCAAAGGGT-C--TAC-AA-CAGAG----A------AT---AT---CT-AT--TGTTG-AAACA-----TA--TTGTAATG------ATT-G-GTGTTTGAAAGTTA-----AT----GTA--AAACAAA-A-CAAAAC-GTTATTGTA----TT--T--AA----CAAGGCTGG----GAGAA-TTGTGCAGTGTAAATTTAAATTTC----AGA-AC--AG----TA---ATATTAAATGTATAACAT-CTTATAAGTACTTGGG----TA-CATAAT----T-TTCTGCATCTGGCA----GT--TT-----TA-G--T-ACTGCCAAATCTG-AACTTTA---TAACA-CA---GCCT----TGAAGGGA----TTCTATACATTG----AAAA----A--GA----CTTTTTGTGTT----T-AGC---CCCAGG-AAT----CATT--ACGAGTATTCATCTCT-TTGATC---AC---ACAATAAAATCAATTC-TAT-TATATA----C-ATGTAAC----CC-AGAAATTTG----------GGg
gi|3 : cttta-TCA-TAAATGA-GCTTACA----TCATTATCTT---ACATT-A--GG---TTATTGTAATAGATTTCTGTACAGAGGTTA-CAT--TCAAACAAACCTGAAATATAGGACTCGTTTT--AATG-TACGCAGCGTGCCCATGACATTATGCTAATTTATATTCTAGTCCAATCACCAGATGGC-CACTTC-AGTCA-AA----A------AT---ATGAAAA-AC--TCTTTTAGAAAACGAATAATCTGTGATGTTAAACATTCGCGGGTATGCAAGTTACCATGGTGGCAATG--A---AAA-AGCAAAATAGTT-TTGTAAAGTCT--T--AAACACCACGGCTGGCTTAGAGAAACAATTAAG--CAAA----AATTCCATTTATACAA--AGTT--TAGGGATATTGAGTGTGTATC-TAGTTATAAATACTTAGCACTTTAGTCTATT----TTCACGGCTTCAGGGACTTTGTCATT-----TG-G--CTATACAGAA----G-G---TTAATGTAATACAAAAGACCCACCCTGAAAGCCCTGTTATTTAAAACCATAACGGAA----AAGGAAAC-TTTCCTTAGTTCACTTAAACACGCCAAGGTAAT----CT-C--ACACGTTTACATGTCTGTTGATTCGTAT---AC--T-AG--CAAGCCCTATCTAC-TAAAATCTTTACGGCATATTCATGA--TATGACCCTCCCGGGGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCACAATAAAAACAGTCTCGGACAA-ATAATCTAATTATAAGACAAACACGCTCCGCTATAA----TTA--AAAAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGTGTC-----GAGAGG--GTCT----------------AC---TTTTATGAGTTGGCGAAGATA---CTTTGAGAAT-TGATCAAACTTGTCgtggatacatggactcattgaatagcttacagtcatcaccatttgatccacacaaactttttaaatcactccactgtgagaagcttcataaaaaatattctaaatgcattcttggggtacacaagaaaaatacaaactttgctgtactatcagaattagggagatttcctctacatcatgatatattgaaatcaatcattagttatgtggtatagattgaaaaaatcttaatgaatccaaactacttagggatgcttatctaca
gi|4 : gatattgtgaagcccatcaattggttttaaacaatgtaGTAACCTTACAAAC-TATAGAGGGATCT--CGATAGC-AAG-TAACAT-AGGTAAACTATTT-AAT-TCTATC-TTAAACACTCGATTGGAC---AAATTTTTAGACAATAACAATATTATTAGT-AGATACCAAAT-AAATTGGTTTCTCTAAAG-------CATGCAGAACATCTGATCATATGTTT-ATTATTAACTCTCTTATCGAAAAATATTGT--CATCAA-GGAGGAAAGGTGTATGCATGTTTTATAGATATCCGTAAAGCCCTTGACACTGTCTTGCATGATGGTGTGAAATTA-AAACTTCCACAA-AT-AGGAGTTGAAAGCAATT-TTTACAATTTAATAAAAAATATGTACTCCAATTGCAGGTC--ACACAT----TCA-AGTAGGAAAT-TATTTAACAA-AACCTC--TCTATAC--TCAACTGGGTGTACGACAAGGG-GACAATCTGAGCCCAAATTTGTTCAAAA---TTT-TCATTAA-TGA-TCTACCAAATGTGCT-GTCTA---ACACTCC--GGACCCTGCC---ACA-----CT---TAA----CA--AT--TTAGA--------A---ATACA--TTGTTT---ACTA-CATGCTG-------ATGATGTCGT-----TCTGTTATCAA---CC-TCGGAAAATGGT-C--TTC-AG-CA-AA----AG-----AT---T-----A-AT--ACATT-AGAGGGT---TT--TTGTCAGA------AAT-G-GTGTTTAAGTGTAA-----ATGT---TG--A---AAAGA-CCAAA--G-TGTTA-A----TTTCT--AA----CAAATCTGG---a
gi|5 : caa-ATA-AA--AACT-CCG---AAATTGAATGCGTATCA-AACTATAAATACTTGTG----TATTATGTTATTTT-TAATGCATCTGAAACTTTTT--CTA----TA-G--C--CAAGCAA----G-AA--TTA---CACGA-AAAAGGTC-----TCAAA-CA----TATTTCAAATTA----AGAATTTAA--GA----TGTTCTGAGTC----TAAAC---CCA-GG-AATAAGAC--C--A--TGTATGAATGTCT-TTGATC---ACGCTAC--T-AAATCAATCT-TAT-TAC-TA----GTATATGGT----TC-TGAAATATG----------GGt
gi|5 : TTTTGT--AGATA---TTTATCGGGAATAAATAAAAAATAATCTTGTCAACCA-TGCTTCTC---TCT-CTGAGTTGG-ATAGAGACACTCATTGCATTATGAT---G-TAGTCCAAAGCTTATTCAAATACTGTCATATATTAGAAAATTCAAT-TGGATTTTCACT--TTCAAATGATGTCTTTCTATGTAGTAAgaaaactaaacaacagcactaaactcaatcacctaggtaatgttcaaattgaaaattgtttcaaaaaatttaaatgtgattacataaaaagtttttgtagatatttatcgggaataaataaaaaataatcttgtcaaccatgcttctctctctgagttggatagagacactcattgcattatgatgtagtccaaagcttattcaaatactgtcatatattagaaaattcaattggattttcactttcaaatgatgtctttctatgtagtaagcatct
gi|6 : ataaaaactccgaaattgaatgcgtatcaaactataaatacttgtgtattatgttatttttaatgcatctgaaactttttctatagccaagcaagaattacacgaaaaaggtctcaaacatatttcaaattaagaatttaagatgttctgagtctaaacccaggaataagaccatgtatgaatgtctttgatcacgctactaaatcaatcttattactagtatatggttctgaaatatggggaaaactaaacaacagcactaaactcaatcacctaggtaatgttcaaattgaaaattgtttcaaaaaatttaaatgtgattacataaaaagtAGGAATCGGTGGCAATTTTTT-CAAAATGATAAAACATACGTATTC---TTCAA----CAAAATGTGCTGTTAGACAAGGGGATGTA-TATACAGTAACTTT-TTTCATACAACTGTC--GGTGTCAAACAGGGT-GACAATTTGAGTCCCACTTTATTCAACATT-TTG-TCG-T---TGATTTTGTAA----TCA----CT----A-ACC-C--TG---TATCT---TTAGA----TG-AT-A----TATCAT--TT-AA--------TCATTTA-----TGTTT--------TTTGCTG-------ATGACCTTGT-----TTTATTCTCAG---AA-TCCCCAGAAGGT-A--TCC-------AA----A------GTTGCTT---AG-ACATTCTTT-CAAAA-----TA--TTGTACAG------AAT-G-GAAACTACATGTAA-----ATTTAC--A--G---AAA-A-CAAAA--GTgcatct
gi|7 : caatgtgtttcataatatgcacggtattgagatcttaaaaaaaA----GAAA----A--GA----TTTTTTCAGTT----TGAAC---CCA-GA-AAT----T--AGAACATGTATGAATGTCT-TTGATC---AC---AC--T---ATTAAACC-AAT-C-T-TA----TTATATGGC----TC-TGAAATATG----------GG
gi|7 : AAATTTAGCCAAAATA---TATATTAGGAATAAATTAAAAA--ATC-TGTCAATCATTGCTTCTCTCATTTCCTCAGTTgaacacttaagagcactaaactaaatcaagtagataatgttcaaatagaagattgttacaagaagctaagatgtgagttactacatcaaaaaatttagccaaaatatatattaggaataaattaaaaaatctgtcaatcattgcttctctcatttcctcagtt
gi|8 : agaaaagattttttcagtttgaacccagaaattagaacatgtatgaatgtctttgatcacactattaaaccaatcttattatatggctctgaaatatggggaacacttaagagcactaaactaaatcaagtagataatgttcaaatagaagattgttacaagaagctaagatgtgagttactacatcaaaTAGGAGTGAAACAAGGA-GATAA-----GTCCAATTTTATTCAAAATC-TTTATC---AA-TGA-TTTGCCA---------AATT----ACTTT-CAAGA---GTGC----ATTGAT---TGTAT------TT-C-T--CTAAA--------TGAC-CAGG--TTGTTT---ATTG-TATGCAG-------ATGATATTGT-----TCTTCTATCTA---CT-TCACAAAAATGTAT--TGCTAT-TA-AA----T------AT---AC---AATAT--GCATT-AGAAA-----AA--T
gi|9 : aataacat-ATA-AATTAATTGCTA---A-GTTGAATTCGCATCATA-CTATAAATACTCGGG----TATTATGTT----T-AATG-CATCTGAAACTTT-T--TT-----TATG--G-ACAAGCAA----G-AT--TTA---TG-CA-AAAAAGCTC----TCAAAGCA----TATTTCG----A----GAAA----A--CGTTTTTTTTTTTAGTC----TAAAC---CC-AGG-AAT----------AAGAACATGTATGat
blockSeqs : TTA . A A C . G . . . . TCTATCTTA TCGA TGC A TT T TATC AGA G AAA T GAAAGCTA G A . A T C AA CAT . T T AA G G C C G T G C AT C A TT C C GG TCCAATTGCAGGTC A GC G T G C G T AGTAA T T CAGTCTT . TC AA TC TCAT A T T TCATTATCTTACATTAGGTTATTGTAATAGATTTCTGTACAGAGGTTACATTCAAACAAACCTGAAATATAGGAC TTCAA . CGTGCCC A GCTAATT G GTCCAA C G CAC A AGT G AATATGAAAAACTCTTTTAGAAAACGAA AT TTAAAC TTC C T A CCATGGTGGCAATGA G G CGTTA AAGT GTCA ACAC CTTA G A GC TGC TTT ATTT C TT T TAGGG T TAG ACTT T A ATTT T A T A C CA CAATG T ACT ATCTGAACT ATG A C CACCC CCTGT C T TAAC AAGGAAAC G CACT A ACG CA T AAGACC CGA C G CGTAT AATAAAA T C TATA AAATCTT GCATAT A T ACCCTCCCGG CTA C T C CC C CG . CTAA A A ACACGC C . . A AA AT A TCAAAATAAAC AATA G ATAATCTT C T A TCA T C CAC A CAAAC C A C T A A . T . C C T
blockSeqs : . . . . . T . A . A TATT . A . . G G A . . C T C AA . A G CT A T . . . G T G AT T A AA A A AA AGGAATTCCA A G G A . T T A AAAA T A TCAACTG . TC CA TT TCA . . T TTGTATCTTGAAAAATGTATCGATACTGTATCACTTCATAATGAAAAATTGAA TAA . . A AAT T TA C T AT A TAT . AGTTGCTTAGACATTCTTTCAAAA . . AT . T A TCTGTGTAAGC . . TAGTT . TCT . . G . GC TGT TTT . . . C GCTA T ATC . G C . . T A T G . A . CT AAT . A . T A A C . TTTAAGA T . A . AA . CATT CAC C . ACGCT TAAA G . CTAC GTA AC . A . CCAAAATA AATA A GGTCT C . T . C . . . G
blockSeqs : A C G . . . . G A AC TCTTCAACA G . . A . . A A . . A AACTGTC . TT AA TC TCG . . A AATGTGCTGTCTAACACTCCGGACCCTGCCACACTTAACAATTTAGAAATACA CA . . T GAT G AT C G T A AA . ATGCTTGATGTGAATACATTCA . . TT . G A ATGTTTTTAA . . ATTG . T . . G . TA C . . . T CCG T TAG . T A . . G T A G . . . T GAA . C . C A A T . ACGTTTT G . G . A . TAGA CAT A . AC TAG T . TAC TTA GT . A . TAGATA TC T AATCT . . T . .
blockSeqs : . . T . ATC . . G AATTACTTTCAAGAGTGCATTGATTGTATTTCTCTAAATGACCAGG AC . . T TA T CA C T T T AA . GAATAATCTAATCTAGAGACA . . AT . T C ATGTAAAAC . . GTG . T . . . . TA A AAA . T A . . T A T T . . . C GAT . . . . A . . . AGA C . A . A . CTC AGA A . AC TA A . CT CA GC . A .
blockSeqs : AT . . G TCACTAACCCTGTATCTTTAGATGATATATCATTTAATCATTTA AT . . C TC A CC A T C T AA . AGATTAATACATTAGAGGGT . . AT . A A ATTTACAG . . . . T . . ATA . . . . . G A T . . . . G GG . . AGA T . . . A . . T T
blockSeqs : . . . T TT C AA C A C C AG . TATACAATATGCATTAGAAA . . . . . C ATGTTGA . .
blockSeqs : . . T TC A CT A A A G . . AATATCTATTGTTGAAACA .
blockSeqCons : TC* TC***** AATATCTATTNTGAAACA************************** CGTTN* TA***** AAG* GAT******* C**** **** A* NANC****** TAA**** CTA** GC****
originalCons : GTGACCTTACAAACATACNGNGGGATNTATCNATAGC-AAG-TAACGT-AGGTAAACTTTTT-AAT-T--ATC-TTGAACACT-GGTTGGAC---AAATTTCTAGACGAAAACAATATCATTAAT-A--TNCCAAAT-AGGTTGGTTTCTC-AAAG-------CATGCAGAACCTCTGATCATATGTTT-ATTGTTAAATGTCTNATCGANAAATATTGTAACA-CAA-GAAGGTANGCTNTATGCATGTTTCATAGATTTTCGTAAAGCCTTTGACAGTGTCGTGCATAATGGTTTGAAACTAGAAACTNCCGCAGCATGAGGANTNGGAGNCAATTCTTTACAATATNATNAAAAATATGTACTC--ATTGAAAGTCCGAAGCGTG-TGTCAGAGTNGGAGAT-TACTNANCAG-AACCTC-TTCCNTAC--CCGNCTAGGTGTAAGACAAGGG-GACAATCTGAGCCCNACTTTATTCAAAATC-TTT-TCA-TAA-TGA-TTTGCCA----TCGT-ATCT----ACACT-C--GG---TTGCT---ATAGAT--CTGTATAA----TA-CAT--TNAAA--------AAATATAGA--TTGTTT---AATG-TATGCAG-------ATGATATNGT----ATTTATTNTCAA---CA-TCACCAGANGGT-C--TNC-AG-CA-AA----A------AT---NT---AA-AC--TCNTT-AGAAA-----TA--TTGTAATG------ANT-G-GNGTTTGAAAGTTA-----ATGTCCGTG--A---AAA-A-CAAAA--GTTGTTGTA----TT--T--AA----CAAGGCTGG---AGAGAA-CAGTNNAGTGCAAATTTAAATTCCATT-ATA-AA--AGTT-CTA---ATATTGAGTGCGTATCATAGTTATAAATACTCGGG----TATTATATT----T-CACGGCATCNGGGACTTTNT--TT-----TA-G--C-ACAAACAA----G-AA--TTA---TAACA-AAAAGGCCC----TGAAAGCA----TATTTCAAACTA----GGAA----A--GA----TTTTCTTAGTC----TAAAC---CCAAGG-AAT----C--C--ACGNGTATGCATGTCT-TTGATC---AC---AC--T-AAATCAANCC-TAT-TAT-TA----CTATACGGC----TC-TGAAATATG----------GGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCANAATAAAAACAGTCTCGGACAATATAATCTAATTATANGACAAACACGCTNCGCTATAATATTTTATTGNGAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGGGNNTAAATAAGAGA--ATCTTGTCAACCA-TGCTTCNC---TTTTCTGAGTTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ACTTGTCNANAGNTTACTCAAATACTGCCACANGCTAGAAANTTCAACACGGATTTCCACTTATTNAAATGATGCNTNTCTATGTAGCAA
finalCons : GTGACCTTACAAACATACNGNGGGATNTATCNATAGC-AAG-TAACGT-AGGTAAACTTTTT-AAT-T--ATC-TTGAACACT-GGTTGGAC---AAATTTCTAGACGAAAACAATATCATTAAT-A--TNCCAAAT-AGGTTGGTTTCTC-AAAG-------CATGCAGAACCTCTGATCATATGTTT-ATTGTTAAATGTCTNATCGANAAATATTGTAACA-CAA-GAAGGTANGCTNTATGCATGTTTCATAGATTTTCGTAAAGCCTTTGACAGTGTCGTGCATAATGGTTTGAAACTAGAAACTNCCGCAGCATGAGGANTNGGAGNCAATTCTTTACAATATNATNAAAAATATGTACTC--ATTGAAAGTCCGAAGCGTG-TGTCAGAGTNGGAGAT-TACTNANCAG-AACCTC-TTCCNTAC--CCGNCTAGGTGTAAGACAAGGG-GACAATCTGAGCCCNACTTTATTCAAAATC-TTT-TCA-TAA-TGA-TTTGCCA----TCGT-ATCT----ACACT-C--GG---TTGCT---ATAGAT--CTGTATAA----TA-CAT--TNAAA--------AAATATAGA--TTGTTT---AATG-TATGCAG-------ATGATATNGTTC-----TATTNTCAA---CA-TCACCAGANGGT-C--TNC-AG-CA-AAAATATCTATTNTGAAACA--------------------------TA--TTGTAATG------ANT-G-GNGTTTGAAAGTTA-----ATGTCCGTG--A---AAA-A-CAAAACGTTN-TTGTA----TT--T--AA----CAAGGCTGG---AGAGAA-CAGTNNAGTGCAAATTTAAATTCCATT-ATA-AA--AGTTTA-----ATATTGAGTGCGTATCAAG-TTATAAATACTCGGG----TATTATATT----T-CACGGCATCNGGGACTTTNT--TT-----TA-G--C-ACAAACAAGAT-------TTA---TAACA-AAAAGGCCC----TGAAAGCA----TATTTCAAACTA----GGAA----A--GA----TTTTCTTAGTC----TAAAC---CCA-GG-AATNANC------ACGNGTATGCATGTCT-TTGATC---AC---ACTAA----TCAANCC-TATCTA--TA----CTATACGGC----TC-TGAAATATG----------GGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCANAATAAAAACAGTCTCGGACAATATAATCTAATTATANGACAAACACGCTNCGCTATAATATTTTATTGNGAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGGGNNTAAATAAGAGA--ATCTTGTCAACCA-TGCTTCNC---TTTTCTGAGTTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ACTTGTCNANAGNTTACTCAAATACTGCCACANGCTAGAAANTTCAACACGGATTTCCACTTATTNAAATGATGCNTNTCTATGTAGCAA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CATATCAAATTCTGTAGATATATACTTGAAGTTCATAAGAAAAGTGCAAAATATGCAGTACTCGCTGAGTTGGGGAGGTTTTCCCAATGTTTGGATATAATATCACACGTTGAATTATTGGCATAGACTAGAAATTAACCTTATT
Unaligned ( gi|12 ): TCAAACACGGCGACGATTTAAGTCCAACACTTTTCAATATGTTTGTTGATGATTTTGTGCATTATTTTAAAAATATTACTATGTATCTTGCATATCTAGCTGCAATGCCAATCTGTCATATATTTTTGCTGATGATGTCAGTTT
Unaligned ( gi|16 ): TGATGATTTTGTGATTATTTTGAAAATGTATCAACAAATCCTGCATATCTAGATGTAATGCCAAATTAACCATATGTTTTTTGT
Unaligned ( gi|17 ): ATACATACTTGGTGTTCATAAGAAAAGTGCAAAATTTGCAGTACTTGCTGAATTAGGGAGGT
Unaligned ( gi|18 ): TTTTCTATGCTATCAGGATTAGGAAGATTCATTCAAGATACATTATGATATATTGTACTC
Unaligned ( gi|19 ): AGAACATGTATGAATTTTTTTGATCACACTATCTTATTATATGGTTCT
Unaligned ( gi|20 ): TTTTATTTTTTGCTGTGGACCTTGTTTTTCTCAGAACCCCAGAAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 11 1 1 1 1 55555555555 3333 222 11 3333 2222 1 55555555 1 1 1 22222 1 11 1 1 1 1 11 6666666666666666 11 1 1 33333 11 111111111 111 11111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 1111111 2222222222222 1111 1111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 555555555555555555 11 22222 1111111 1111 2222 1 111 222 1111 11 222222222 111 1111 1 1111 22222 1111 111111111 33333 11111 2222 2222222222222 1111 111 1111 111 333333333 33333 1111111 111111 3333333333 222 1 1 1 11 11 1 2222 1 222222 2222 11 11 11 1 22222222222 22222222 1 2222 1 222 33333 1 1 1 11
lowQualScore : 111 5 1 1 1 88 1 3 3 0 3 3 55555555555 6666 333 7 11 3 9999 9999 1 8888 3 00000000 6 7 3 2 2 1 0 88 55555 3 1 1 77 99 1 0 6 2 2 0 0 1 0 1 66 9 3 33 1 1 11 3333333333333333 2 22 0 5 1 0 6 1 1 88888 33 1 888888888 0 8 22 11 000 55555 6 6 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88888 5 6666666 1 0000000000000 1 0000 88 2 1 1111 1 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 0 666666 666 5 3 0 1 0 333333333333333333 33 00000 3 77 7777777 4444 7777 2 0 22 888 111 3333 8 11 3 999999999 7 0 111 0 4444 3 1 4444 6 1 7 1 7 99 33333 6 5555 666666666 99 5 8 0 00000 88888 5 1 0000 7777777777777 1 4444 111 6 99 6666 44 2 8 444 444444444 1 33333 7777777 888888 8 0 6 5555555555 111 5 5 5 77 1 77 5 4444 1 5 888888 1 4444 88 1 88 88 5 88888888888 6666 1 77777777 2 0 0 1 0000 3 333 7 11111 1 1 1 1 5 1 5 5 88 1 1 1
lowQualScore : ... . . . . .. . . . . . . ........... .... ... . .. . .... .... . .... . ........ . . . . . . . .. ..... . . . .. .. . . . . . . . . . . .. . . .. . . .. ................ . .. . . . . . . . ..... .. . ......... . . .. .. ... ..... . . . ........................................................................................... ..... . ....... . ............. . .... .. . . .... . . ....................................................... .. . ...... ... . . . . . .................. .. ..... . .. ....... .... .... . . .. ... ... .... . .. . ......... . . ... . .... . . .... . . . . . .. ..... . .... ......... .. . . . ..... ..... . . .... ............. . .... ... . .. .... .. . . ... ......... . ..... ....... ...... . . . .......... ... . . . .. . .. . .... . . ...... . .... .. . .. .. . ........... .... . ........ . . . . .... . ... . ..... . . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 555 5 0 0 0 55 0 3 3 7 3 3 77777777777 3333 333 3 00 7 0000 0000 0 0000 3 00000000 7 3 3 0 0 0 7 33 33333 3 0 0 33 33 0 7 7 0 0 2 8 0 2 0 88 0 2 22 0 0 55 8888888888888888 0 55 2 0 0 0 5 0 0 55555 22 0 333333333 6 0 22 88 222 00000 7 7 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77777 0 2222222 0 0000000000000 0 6666 00 5 0 0000 0 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 3 444444 777 7 0 6 3 6 111111111111111111 66 55555 2 77 5555555 2222 2222 5 0 00 222 555 3333 0 00 8 000000000 3 7 555 7 2222 2 3 2222 7 0 8 0 5 22 33333 7 3333 222222222 22 6 0 8 22222 00000 6 4 8888 8888888888888 5 2222 777 7 22 8888 33 5 0 000 666666666 0 88888 4444444 444444 0 8 0 0000000000 000 0 5 0 55 0 55 5 0000 0 5 555555 0 5555 55 0 55 55 5 55555555555 0000 2 22222222 5 2 0 0 8888 3 333 3 33333 0 0 0 0 5 0 5 5 55 0 0 0
consensus : GTGACCTTACAAACATACNGNGGGATNTATCNATAGC-AAG-TAACGT-AGGTAAACTTTTT-AAT-T--ATC-TTGAACACT-GGTTGGAC---AAATTTCTAGACGAAAACAATATCATTAAT-A--TNCCAAAT-AGGTTGGTTTCTC-AAAG-------CATGCAGAACCTCTGATCATATGTTT-ATTGTTAAATGTCTNATCGANAAATATTGTAACA-CAA-GAAGGTANGCTNTATGCATGTTTCATAGATTTTCGTAAAGCCTTTGACAGTGTCGTGCATAATGGTTTGAAACTAGAAACTNCCGCAGCATGAGGANTNGGAGNCAATTCTTTACAATATNATNAAAAATATGTACTC--ATTGAAAGTCCGAAGCGTG-TGTCAGAGTNGGAGAT-TACTNANCAG-AACCTC-TTCCNTAC--CCGNCTAGGTGTAAGACAAGGG-GACAATCTGAGCCCNACTTTATTCAAAATC-TTT-TCA-TAA-TGA-TTTGCCA----TCGT-ATCT----ACACT-C--GG---TTGCT---ATAGAT--CTGTATAA----TA-CAT--TNAAA--------AAATATAGA--TTGTTT---AATG-TATGCAG-------ATGATATNGT--TNTA-------TTNT----CAACATCACCAGANGGT-C--TNC-A-----G-CA-AA-----A-AT--A-T------CTNTT-NT-G--AA-A----C--ATA--TTGTAATG------ANT-G-GNGTTTGAAAGTTA-----ATGTCCGTGA---AAAA--CAAAAC----GTT-ATTGT-A----TTTAA----CAAGGCTGG---AGAGAA-CAGTNNAGTGCAAATTTAAATTCCATT-ATA-AA--AGTT--T--A---ATATTGAGTGCGTATCNAGTTATAAATACTCGGG----TATTATATT----T-CACGGCATCNGGGACTTTNT--TT-----TA-G--C-ACAAACAA----G-A--TT--TATAACA-AAAAGGCCC----TGAAAGCA----TATTTCAAACTA----GGAA----A--GA----TTTTCTTAGTC----TAAAC---CCA-GG--AATCAGNACANGTATGNATGTCT-TTGATC---ACAC--TA---AATCAANCCTATC-TACTA----CTATACGGC----TC-TGAAATATG----------GGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCANAATAAAAACAGTCTCGGACAATATAATCTAATTATANGACAAACACGCTNCGCTATAATATTTTATTGNGAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGGGNNTAAATAAGAGA--ATCTTGTCAACCA-TGCTTCNC---TTTTCTGAGTTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ACTTGTCNANAGNTTACTCAAATACTGCCACANGCTAGAAANTTCAACACGGATTTCCACTTATTNAAATGATGCNTNTCTATGTAGCAA
Reference ( family-902 ) : GTGACCTTACAAACATACNGNGGGATNTATCNATAGC-AAG-TAACGT-AGGTAAACTTTTT-AAT-T--ATC-TTGAACACT-GGTTGGAC---AAATTTCTAGACGAAAACAATATCATTAAT-A--TNCCAAAT-AGGTTGGTTTCTC-AAAG-------CATGCAGAACCTCTGATCATATGTTT-ATTGTTAAATGTCTNATCGANAAATATTGTAACA-CAA-GAAGGTANGCTNTATGCATGTTTCATAGATTTTCGTAAAGCCTTTGACAGTGTCGTGCATAATGGTTTGAAACTAGAAACTNCCGCAGCATGAGGANTNGGAGNCAATTCTTTACAATATNATNAAAAATATGTACTC--ATTGAAAGTCCGAAGCGTG-TGTCAGAGTNGGAGAT-TACTNANCAG-AACCTC-TTCCNTAC--CCGNCTAGGTGTAAGACAAGGG-GACAATCTGAGCCCNACTTTATTCAAAATC-TTT-TCA-TAA-TGA-TTTGCCA----TCGT-ATCT----ACACT-C--GG---TTGCT---ATAGAT--CTGTATAA----TA-CAT--TNAAA--------AAATATAGA--TTGTTT---AATG-TATGCAG-------ATGATATNGT--TCTA-------TTNT----CAACATCACCAGANGGT-C--TNC-A-----G-CA-AA-----A-AT--A-T------CTATT-NT-G--AA-A----C--ATA--TTGTAATG------ANT-G-GNGTTTGAAAGTTA-----ATGTCCGTGA---AAAA--CAAAAC----GTT-NTTGT-A----TTTAA----CAAGGCTGG---AGAGAA-CAGTNNAGTGCAAATTTAAATTCCATT-ATA-AA--AGTT--T--A---ATATTGAGTGCGTATCAAGTTATAAATACTCGGG----TATTATATT----T-CACGGCATCNGGGACTTTNT--TT-----TA-G--C-ACAAACAA----G-A--TT--TATAACA-AAAAGGCCC----TGAAAGCA----TATTTCAAACTA----GGAA----A--GA----TTTTCTTAGTC----TAAAC---CCA-GG--AATNANCACGNGTATGCATGTCT-TTGATC---ACAC--T----AATCAANCCTATC-TA-TA----CTATACGGC----TC-TGAAATATG----------GGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCANAATAAAAACAGTCTCGGACAATATAATCTAATTATANGACAAACACGCTNCGCTATAATATTTTATTGNGAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGGGNNTAAATAAGAGA--ATCTTGTCAACCA-TGCTTCNC---TTTTCTGAGTTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ACTTGTCNANAGNTTACTCAAATACTGCCACANGCTAGAAANTTCAACACGGATTTCCACTTATTNAAATGATGCNTNTCTATGTAGCAA
gi|1 : GTGACC---CAAACATACCGTGGAATATATCTATAACGAAGCTAATGTTAGGTAAACTTTTTTAACAT--ATTATTGAACAC--AGTTAGAT---AA-TTTCTAAGTGAAAACAA----ATTAATCA--TCTCTTGTCAGGTTGGATTCAC-AAA---------ATGCCAAACCTCT-ATCAT-TGTTTTATTGTCAAATGT-TAATTGATAAATATTGTAACA-CAAAGAAGGTAGACTATATGCTTGTTTCATAGATTTTCATAAAGCTTTTTATAGTGTTGTGCACAATGGTTTGAAACTAAAAACTACTGCAGTATAATGA-TGGGAACCAAAT-TTTATAATATTATTAACAACATGTAC----AT-GAAAGT--GAAGCATG-TATCA-AGTTAGAATT-TCCTTACCT----CCTCATTCCCTAT--TAAAGTAGGTGTACGTCAGGGGTGACATTTTGAGCCCTACATTGTTTAAAATTGTTT-TCA-TAA-CGA-CTTGCCA----TCAT-ATTT----ACAA-----GG---TTGCC---ATAGATTTCTG-ATAAG---TA-CAT--TAAAA--------AAATATAGA--CTGTTT---AATGATACGCAG-------ATGACATAGTAATTT--------TTTT----CATCATCAC-AGAAGGA-C--TTC-A-----G-CA-AA-----A-AT--T-TAAA---CTCCT-TA-G--AA-A--------TA--TTGTGACG------ACT-G-GGGTATGCAAGTCA-----AT-TCTAT-----AAAA--CAAAA-----GTT-ATTGT-A----TTTAA----CAAAGCTGG---AGA--A-CAATTAAG---AAA---AAATTCCATT-ATA-AA--AGTT--TT-A---ATATTGAGTGTGTATCTA-TTATAAATTCTTAGG----CATT-CATT----T-CATGGT-TCAGGGACTTTCT--TT-----TA-G--C-ATAAACAG----GCA--AT--TATAACA-AAAGGGAC-----TGAAAGCT----TATTTCAAACTAC---GGAA----A--GA----CTTCCTTAGCC----TAAAC---CCAAGG--TATC--CACAAGTATACATGTCT-TTGATC---ATAC--T----A-TCAAGCCTATA-T--TA----CTTTGCG------TC-TGAAAT-TG----------GGTATGTTTT---AATGTC-AAT-AA-TGC--AAAATAAAAACAGTCT--GACAATATAAT----TTATATG-CAA------TGTGCTATAATATTTTATTGTGAAAT--CTT--TAACAC-CTTCAAATTTTG--------AACCATATTGGGTCTGAATAAGAG-------TGTGAACCA-TGCTTCAC---TTTTCTGAACTGG-GAAGATA---TCTTTACATTATGAT---ATTTGTCAACAGATTACTTAAATATTGCTACAGGCTAG-AACTTTAACACAGA-TTCCATTTATTAAAATGATGCATATCTATGTAGCAA
gi|10 : TTT---CATG-TATGCAA-------ACGATATAGT--AATA-------ATGG----CAATATCAGCAAAGAGT-T--AAC-A-----A-TA-GAG----A-AT--AAT------CTAAT-CTAG--AG-A----C--ATA--TTGTAATG------AAT-G-GTGTTTGAGAGCTA-----ATGTTTTTAA---AAAA--TAAAAT----G-T-ATTGTCA-------AA----TAATGTTGG----GAGAG-TAGTGCGGTGCAAGTTTA
gi|13 : ccTG-TATGCAG-------ATGATACAGT--GATA-------TTTT----CCGATTCTCCAGATGGT-T--TAC-A-----A-C--AA-----A-AT--G-C------TTGAT-GT-G--AATACATTC--ATA--TTATAATG------A---------TTGAAAATTA--------TCTGTG----TAAG--CAAAACTAAAATT-GTAGT-A----TTTAG----GAAGGGTGG---
gi|14 : -AAG-TGTCAT-TGGTAAACTTTTT-AAT-----------AACACT---TTGAACTGCAGATT---AGACTAAAAAAATATCAATAAT----TGCCAAAC-----TGGTTTCTC-AAAGAAAGCTACATGTAGAACCTCTGACCACATGTTT-ATT-TTAg
gi|15 : TATTGAGTGTGTATCTAGTTATAAATATTCAGG----CATT-CACT----T-CACAGCTTCAGGGACTTTCT--CTCAATGTA-GACT-ATAAATAA----A-A--TT--TAT
gi|2 : TACATGTTTCATTGAC---TTTTGTAA----AN-GAAGATATGCTTTATACATGTTTCATTGACTTTTGTAAAGCCTTTGACAGTGTAATACATACTGGTTTAAAACT-GAAATTGTTG-AGCATGAATATTGGTAGCTA--TCTTTATAA---CATCAAGGATATATAC----A--GGAATTCCAAAGCATG-TGTTAGAGTTGGAGAT-TACTGATT------CTT-TTTTTTAT--CAGTCTTGGTGTAAGACAAGGG-GATAATCTAGACCCT-CTTTATTTAAAATC-TTTAT---TAA-TTA-TTTTCCA----TTGT-ATCTTGAAAAA------------TG-T---ATCGATA-CTGTATCAC---TT-CATAATGAAA--------AA-T-TGAA--TTGCTTTTCAATG-TATGCAG-------ACGATATTGT--TATA-------TTGT----CAACATCAGCAAAGGGT-C--TAC-A-----A-CAGAG-----A-AT--A-T------CTATTGTT-G--AA-A----C--ATA--TTGTAATG------ATT-G-GTGTTTGAAAGTTA-----AT----GTAAAACAAAA--CAAAAC----GTT-ATTGT-A----TTTAA----CAAGGCTGG----GAGAA-TTGTGCAGTGTAAATTTAAATTTC----AGA-AC--AG----T--A---ATATTAAATGTATAACATCTTATAAGTACTTGGG----TA-CATAAT----T-TTCTGCATCTGGCA----GT--TT-----TA-G--T-ACTGCCAAATCTG-AACTT--TATAACA-CA---GCCT----TGAAGGGA----TTCTATACATTG----AAAA----A--GA----CTTTTTGTGTT----TAGCC---CCA-GG--AATCATTACGAGTATTCATCTCT-TTGATC---ACACAATAA--AATCAATTCTATTATA-TA----C-ATGTAAC----CC-AGAAATTTG----------GGg
gi|3 : cttta-TCA-TAAATGA-GCTTACA----TCATTATCTT---ACATT-A--GG---TTATTGTAATAGATTTCTGTACAGAGGTTA-CAT--TCAAACAAACCTGAAATATAGGACTCGTTTT--AATG-TACGCAGCGTGCCCATGACATTAT--GCTAATTTATATTCTAGTCCAA--TCACCAGATGGC-CACTTC-A-----GTCA-AA-----A-AT--A-TGAAAAACTCTT-TT-AGAAA-A----CGAATAATCTGTGATGTTAAACATTCGCGGGTATGCAAGTTACCATGGTGGCAATGA---AAAAG-CAAAAT----AGT-TTTGT-AAAGTCTTAAACACCACGGCTGGCTTAGAGAAACAATTAAG--CAAA----AATTCCATTTATACAA--AGTT--T--AGGGATATTGAGTGTGTATCTAGTTATAAATACTTAGCACTTTAGTCTATT----TTCACGGCTTCAGGGACTTTGTCATT-----TG-G--CTATACAGAA----G-G--TTAATGTAATACAAAAGACCCACCCTGAAAGCCCTGTTATTTAAAACCATAACGGAA----AAGGAAAC-TTTCCTTAGTTCACTTAAACACGCCA-AGGTAATC-TCACACGTTTACATGTCTGTTGATTCGTATAC--T----AGCAAGCCCTATC-TACTAAAATCTTTACGGCATATTCATGA--TATGACCCTCCCGGGGTATGTCCTCTAAATGTCCAATTAACTGCCCACAATAAAAACAGTCTCGGACAA-ATAATCTAATTATAAGACAAACACGCTCCGCTATAA----TTA--AAAAAACAACTTATTAACACACTTCAAATTTTGTCAAAATAAACTATATTGTGTC-----GAGAGG--GTCT----------------AC---TTTTATGAGTTGGCGAAGATA---CTTTGAGAAT-TGATCAAACTTGTCgtggatacatggactcattgaatagcttacagtcatcaccatttgatccacacaaactttttaaatcactccactgtgagaagcttcataaaaaatattctaaatgcattcttggggtacacaagaaaaatacaaactttgctgtactatcagaattagggagatttcctctacatcatgatatattgaaatcaatcattagttatgtggtatagattgaaaaaatcttaatgaatccaaactacttagggatgcttatctaca
gi|4 : gatattgtgaagcccatcaattggttttaaacaatgtaGTAACCTTACAAAC-TATAGAGGGATCT--CGATAGC-AAG-TAACAT-AGGTAAACTATTT-AAT-TCTATC-TTAAACACTCGATTGGAC---AAATTTTTAGACAATAACAATATTATTAGT-AGATACCAAAT-AAATTGGTTTCTCTAAAG-------CATGCAGAACATCTGATCATATGTTT-ATTATTAACTCTCTTATCGAAAAATATTGT--CATCAA-GGAGGAAAGGTGTATGCATGTTTTATAGATATCCGTAAAGCCCTTGACACTGTCTTGCATGATGGTGTGAAATTA-AAACTTCCACAA-AT-AGGAGTTGAAAGCAATT-TTTACAATTTAATAAAAAATATGTACTCCAATTGCAGGTC--ACACAT----TCA-AGTAGGAAAT-TATTTAACAA-AACCTC--TCTATAC--TCAACTGGGTGTACGACAAGGG-GACAATCTGAGCCCAAATTTGTTCAAAA---TTT-TCATTAA-TGA-TCTACCAAATGTGCT-GTCTA---ACACTCC--GGACCCTGCC---ACA-----CT---TAA----CA--AT--TTAGA--------A---ATACA--TTGTTT---ACTA-CATGCTG-------ATGATGTCGT--TCTG-------TTAT----CAACCTCGGAAAATGGT-C--TTC-A-----G-CA-AA-----AGATTAA-T------ACATT-A--G--AG-G----G--TTT--TTGTCAGA------AAT-G-GTGTTTAAGTGTAA-----ATGT---TGA---AAAGACCAAAGT----GTTAATT--------TCTAA----CAAATCTGG---a
gi|5 : caa-ATA-AA--AACT--CCGA---A-ATTGAATGCGTATCAAACTATAAATACTTGTG----TATTATGTTATTTT-TAATGCATCTGAAACTTTTT--CTA----TA-G--C--CAAGCAA----G-A--AT--TACACGA-AAAAGGTC-----TCAAA-CA----TATTTCAAATTA----AGAATTTAA--GA----TGTTCTGAGTC----TAAAC---CCA-GG--AATAAGACCATGTATGAATGTCT-TTGATC---ACGC--TACTAAATCAATCTTAT--TACTA----GTATATGGT----TC-TGAAATATG----------GGt
gi|5 : TTTTGT--AGATA---TTTATCGGGAATAAATAAAAAATAATCTTGTCAACCA-TGCTTCTC----TCTCTGAGTTGG-ATAGAGACACTCATTGCATTATGAT---G-TAGTCCAAAGCTTATTCAAATACTGTCATATATTAGAAAATTCAAT-TGGATTTTCACT--TTCAAATGATGTCTTTCTATGTAGTAAgaaaactaaacaacagcactaaactcaatcacctaggtaatgttcaaattgaaaattgtttcaaaaaatttaaatgtgattacataaaaagtttttgtagatatttatcgggaataaataaaaaataatcttgtcaaccatgcttctctctctgagttggatagagacactcattgcattatgatgtagtccaaagcttattcaaatactgtcatatattagaaaattcaattggattttcactttcaaatgatgtctttctatgtagtaagcatct
gi|6 : ataaaaactccgaaattgaatgcgtatcaaactataaatacttgtgtattatgttatttttaatgcatctgaaactttttctatagccaagcaagaattacacgaaaaaggtctcaaacatatttcaaattaagaatttaagatgttctgagtctaaacccaggaataagaccatgtatgaatgtctttgatcacgctactaaatcaatcttattactagtatatggttctgaaatatggggaaaactaaacaacagcactaaactcaatcacctaggtaatgttcaaattgaaaattgtttcaaaaaatttaaatgtgattacataaaaagtAGGAATCGGTGGCAATTTTTT-CAAAATGATAAAACATACGTATTC---TTCAA----CAAAATGTGCTGTTAGACAAGGGGATGTA-TATACAGTAACTTT-TTTCATACAACTGTC--GGTGTCAAACAGGGT-GACAATTTGAGTCCCACTTTATTCAACATT-TTG-TCG-T---TGATTTTGTAA----TCA----CT----A-ACC-C--TG---TATCT---TTAGA----TG-AT-A----TATCAT--TT-AA--------TCATTTA-----TGTTT--------TTTGCTG-------ATGACCTTGT--TTTA-------TTCT----CAGAATCCCCAGAAGGT-A--TCC-AAAGTTG-CT-TA-----G-AC--A-T-------TCTT-TC-A--AA---------ATA--TTGTACAG------AAT-G-GAAACTACATGTAA-----ATTTAC--AG---AAAA--CAAAAgcatct
gi|7 : caatgtgtttcataatatgcacggtattgagatcttaaaaaaaA----GAAA----A--GA----TTTTTTCAGTT----TGAAC---CCA-GA--AATTAGAACATGTATGAATGTCT-TTGATC---ACAC--T-----ATTAAACCAATC-T--TA----TTATATGGC----TC-TGAAATATG----------GGgt
gi|7 : AAATTTAGCCAAAATA---TATATTAGGAATAAATTAAAAA--ATC-TGTCAATCATTGCTTCTCTCATTTCCTCAGTTgaacacttaagagcactaaactaaatcaagtagataatgttcaaatagaagattgttacaagaagctaagatgtgagttactacatcaaaaaatttagccaaaatatatattaggaataaattaaaaaatctgtcaatcattgcttctctcatttcctcagtt
gi|8 : agaaaagattttttcagtttgaacccagaaattagaacatgtatgaatgtctttgatcacactattaaaccaatcttattatatggctctgaaatatggggaacacttaagagcactaaactaaatcaagtagataatgttcaaatagaagattgttacaagaagctaagatgtgagttactacatcaaaTAGGAGTGAAACAAGGA-GATAA-----GTCCAATTTTATTCAAAATC-TTTATC---AA-TGA-TTTGCCA---------AATT----ACTTT-CAAGA---GTGC----ATTGAT---TGTAT------TT-C-T--CTAAA--------TGAC-CAGG--TTGTTT---ATTG-TATGCAG-------ATGATATTGT--TCTT-------CTAT----CTACTTCACAAAAATGTAT--TGCTA-----T-TA-AATATACA-AT--A-T------GCATT-A--G--AA-A----A--ATA--T
gi|9 : aataacat-ATA-AATTAATTGCT--A---A-GTTGAATTCGCATCATACTATAAATACTCGGG----TATTATGTT----T-AATG-CATCTGAAACTTT-T--TT-----TATG--G-ACAAGCAA----G-A--TT--TATG-CA-AAAAAGCTC----TCAAAGCA----TATTTCG----A----GAAA----A--CGTTTTTTTTTTTAGTC----TAAAC---CCA-GG--AATAAGAACATGTATGAAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CATATCAAATTCTGTAGATATATACTTGAAGTTCATAAGAAAAGTGCAAAATATGCAGTACTCGCTGAGTTGGGGAGGTTTTCCCAATGTTTGGATATAATATCACACGTTGAATTATTGGCATAGACTAGAAATTAACCTTATT
Unaligned ( gi|12 ): TCAAACACGGCGACGATTTAAGTCCAACACTTTTCAATATGTTTGTTGATGATTTTGTGCATTATTTTAAAAATATTACTATGTATCTTGCATATCTAGCTGCAATGCCAATCTGTCATATATTTTTGCTGATGATGTCAGTTT
Unaligned ( gi|16 ): TGATGATTTTGTGATTATTTTGAAAATGTATCAACAAATCCTGCATATCTAGATGTAATGCCAAATTAACCATATGTTTTTTGT
Unaligned ( gi|17 ): ATACATACTTGGTGTTCATAAGAAAAGTGCAAAATTTGCAGTACTTGCTGAATTAGGGAGGT
Unaligned ( gi|18 ): TTTTCTATGCTATCAGGATTAGGAAGATTCATTCAAGATACATTATGATATATTGTACTC
Unaligned ( gi|19 ): AGAACATGTATGAATTTTTTTGATCACACTATCTTATTATATGGTTCT
Unaligned ( gi|20 ): TTTTATTTTTTGCTGTGGACCTTGTTTTTCTCAGAACCCCAGAAG