lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                  111111111111111111111111111111111                                         22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :    11                            11          33333333                     1            555555555555                  1111         333333333333                        55555555555           4444444       1   222        7777777777777777777777777         22      111           222222222222222222222222222222222                           11            11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111     1   2222222222                   99999999999999999999                            1       22222222         1111             222222       111111111         99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    22222      1111                  44444444444444                22222222222222222             1111  1111             22222           111        111     1         2222222                   444444444                        77777                  
lowQualScore                  :    22  6     6    6              33  3    8  77777777            3    3   1          6 777777777777    99            4444     6   000000000000   0 6             3    88888888888      7    0000000       0   333        9999999999999999999999999     3   22      222  6        888888888888888888888888888888888                    2 0    66     8      55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555     0   5555555555          0  3     33333333333333333333         2  777  4  1       5       66666666   88 1  2222 3     888   888888       555555555 0    6  44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    33333    0 3333  4               00000000000000   77       5   22222222222222222   77        0000  9999      0      99999   7   6   111     44 222  6  7     1   0000000  1          0     222222222        99    6         55555     6      6     
lowQualScore                  :    ..  .     .    .              ..  .    .  ........            .    .   .          . ............    ..            ....     .   ............   . .             .    ...........      .    .......       .   ...        .........................     .   ..      ...  .        .................................                    . .    ..     .      ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................     .   ..........          .  .     ....................         .  ...  .  .       .       ........   .. .  .... .     ...   ......       ......... .    .  ..............................................................    .....    . ....  .               ..............   ..       .   .................   ..        ....  ....      .      .....   .   .   ...     .. ...  .  .     .   .......  .          .     .........        ..    .         .....     .      .     
lowQualScore                  :    00  0     0    0              88  8    0  55555555            2    2   0          7 555555555555    22            2222     7   999999999999   3 7             2    66666666666      4    0000000       4   888        0000000000000000000000000     0   00      777  7        555555555555555555555555555555555                    0 7    55     3      88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888     8   8888888888          8  8     22222222222222222222         2  777  8  0       0       00000000   99 7  1111 0     333   444444       666666666 2    7  44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    22222    8 9999  0               44444444444444   99       0   66666666666666666   22        6666  4444      1      77777   5   3   777     77 333  8  0     0   8888888  0          8     888888888        22    7         88888     0      0     
consensus                     : AACCCATCTCCAATGTAAATATAGCTTATGCAA--ATATATG-AC-AACGCGTGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCGTTCTTGACTT-A---T---GCGG-AACT--CATGCACAACGT----TAGTC-TAACTTATGCATAACGTGTTCGAGCGTACTTCGACGACCAATTG-AAGTGACGTCANATATTA-AAAAGCGGAAGCTCTCT-AAAACATATAAAAACCACAGGTC---ATTTTTNAAGTGGACGT-TCGATCG--AT-CAGCATGC------------------CTC--CCA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAAGGGGCNGACGTAAGCAAT-------C-TA--ACCTCCACCGNCAC-C-TC-GTCCC--CTTCTTCA---TCT-G--GCGCCGT-CT-ACGATCGTAG---------ACTTNTGCACACGCT------CATATGTACC----AC--ATGTA-------TGTAG-TTGTCCCCT----------GAATTCTG-CGAATACGCTNCCC-GTAAGCTA----TAAACACGTTCAGTGCGTTCTACACACGTTTTA-A--AACACGTNCAGT-A-----AA--------GT---ANGTC---GACT--GGAAGTACGTT-----GCCTATAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACGCTGCACGA-TTTCCCTGCTGGTNGCCGACGTATCTCAACTTATGAGTAA--CTTACATGTAACGTG----CGTGAACG--CGT--GC--ATAACTT--ACCTA--TCGCGT-ACTTCTAACTTACGNC----TA---CA-GTAACGTGT-NAGCAATACGTCG----NCG------TACG-CT--GAAAAT--TTTA-TGCATGCACAAAATTTTGG---GCNG--CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----TT----CAGCGTGCTCGTA--A--CTTGTTANAAA---CGTACCCAT--AACGTATTCAACGTA---CAC-CAGCGTGTTTGCTAAATTTC-----TC-ATACGTCGNCATAC-GCTGATGCTA----TACGTCAATGTGTGACAG
Reference ( gi|1 )            : AACTTATTTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATG-AC-A--GAATGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCTTTCTTGACTT-A---T---G----AACT--CATGCACAACGT----TAGTC-TAACGTATGTATAACGTGTTGGAGCGTACTTCGACGACCAATTGCAAGTGACGTCAAATAT---AA--GCGGAAGTTCTGT-AGAACATATAAAAACCACAGGTC---TTTGTTTAAGTGAACG--TCGATCA--AT-CAACATGC------------------CTC--TGA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGGAGGGGGTCGACTTTAGCAATCTTCATCCTTAACACCTCCACGCCTAC-C-TC-GTCCC--CATCTACA---TCT-G--ACACCATACTGACGATGATAG---------CCTTCAGCAC-----------TAAATATAC-----AC--GTGTA-------TGTAG-TTGACCCC-----------AAATTCTGATGAATACTCTATCT-ATAAGCTA----TAAACAAATTTAGTGCGTTCTACACCCGTTTTATACAAACACGTTC-GTCA-----AA--------GT---ACGTT---GGTT--GGAAGTATGTT-----GCTTTTAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACACTGCACAA-CTGTCCTGCTGGTAGCAGACGCATCTCAACTTCTGAGTAA--CTGACGTGTAACGTG----CGTGAACG--CGT--GC--ATAACTT--AAATA--TTGCGT-ACGTTTAACTTACACT----TA---CATGTAACTTGT-TAGCAATACGTCG----TTA------TACG-C---GAAAAT--TGTA-TGCATGCACAAAATTTTGG---GTAG--TGTT--CAGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-TCATCGTAT----TT----CAGCGTGCTCGTA--T--CTTATTAGAAA---CGTACCCAT--AATGTTTTCAACGTA---CAC-CAGCGTGTTTGCTAAATTT------TT-ATACGTCGGTATAC-GCTGATGCTG-GCCTACGTTAATGTGCGACAGTT
gi|7                          : AACCCATCTCCAATGTAAATATAACTTATGTAAGCATATATG-AC-GACGA--GTGTCCAGCGAATTCTTTGGCGTTCTTGACTT-A---TACGG----AACT--TTTGCACATTGT----TAGTC-TAACGT--------TGTCCTCGAGCGTACTTCGAAGACCA-TT--AAGTGACGTCAAATATTA-AA--TCGGAAGATCTCT-AAAACATATAAA---------T--------TTTAAGTGGACGTCTCGATCG--AT-CAACATTCTATTCTATATTCTATTCACTCCTTCATA-----TAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGG
gi|18                         :                     aTAGCTTATGCAA--GGGTATG-AC-A--GCGCGTGTCCA-----------AG------TGACTT-AAGCG---G----ACCT--CGTGCACAACGT----TTGTC-TAACTTGTGCCT-ACGT
gi|3                          :                              GCAT--AT-TATGTCC-A--GCATGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCTTTCTTGACTA-A---T---GCGG-AACT--CATGCACAACGTACGTTAATC-TAA----TGCATAGCGCGTTGGAGCGCCCTTTGACGACCACTTG------ACGTCATATAT---AAAAGCGAAAGCTCTCT-AGAACATA---AAACCACAGGTC---ATTTTTGAAGTGGGTG--TCGATCG--AT-CAACATGC------------------CCC--CCC-CCCCCCAAAATCAAGGAAAGTTGCAGGAAGAGGCTGACTTAAGCAAT-------CGTAAGACGGCTATTGGTACTC-TC-GTCGCAGCTTCT-CAGGGTC------CCCCGT------GATTGTAC---------ACTTCTGCAC--------------ATGTCC-----AT--ATGTACCCCATATGTAG-TTGACCCCTGAACAATAGCAAATCC------ATATGCTTCCT-GTAAGCTAGCTATAAACACGTATAGTGCGTTCTACGCACGTTTTAAACA--TACGGAC-GTCA-----------------------------------GAAGTACGTT-----GCCTATAGGTAAGAAATAAGTTACGCGTATGCTGCACAA-TTTCCCTGCTGGTGACCGATGTATCTCAACTTGTGAGTAA--CTTGCATGT-ACCTG----C-----CG--CGC--ACTTCTAACTT--A
gi|8                          :                                 a--ATATATG-AC-AACGA--GTGTCCAGCGAATTTCTTAGCGTTCTTGACTT-A---TACGG----ATCT--TATGCACATTGT----TAGTC-TAACTT---------GTCCTCGAGCATACTTCGAAGACC-ATT--AAGTGACGTCAGATATTA-AA--TAGGAAGATCTCTAAAAACAAATAAA---------T--------TTTAAGTGGACGTTTCGATCG--AT-CAGCATcg
gi|14                         :                                     cATATG-ACTA--GCGTGTGTACAGCGAA-TTTTTAGCGTTCTTGGCTTCA---T---GTGGAAACTTCTAT-CATAACAT----TAGTTGTAA-GTATGCATAATGTGTTTGATAGTGCTtctattctattctatattctattcattccttcatataaatcaaggaaagttgcagaa
gi|15                         :                                                     TGTGTACAGCGAATTTTT-AGCGTTCTTGGCTT-A---T---GTGG-AACT--CATGCATAACAT----TAGTG-TAAGTTATGCATAATGTGTTGcagtttga
gi|12                         :                                                                                                                                gAACTTATGCATAGCGTGATTAAGGGTACTTTGACGACTA--CGCGAG----GTCATATATTAAAA--GAGGGGGCTCTCT-AGGATATA---AAACCACAGGTCAGTTTTG---AAGTGGACG--TCCATCA--AT-CAACATGT------------------CTC--atagtgctcagttgac
gi|13                         :                                                                                                                                                       ccaTACTTCGATGACCAA------GTAACGTCAGATAT---AAAAGCGGAGGCTCT---AAAACATA-AAACACAACAGCTC---ATTTTTGACGTGAACG--TCGATCGCTATCCCGCATGC------------------Cca
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                agcgaattacagaggcGAACG--AT-CAGCTTAC------------------ATT----A-A-----AAAATCTAGGACAGTAGCAGAAAGGGGCAGACGTTTGCAAT-------------ACCTCCTCGCCCAC-CCTC-TTCCC--CTTCTTCA---CCTCGTCGCAACAT-TTCAGGGTCATAG---------ACTTATGCACATACTCATATGTACATGTACCAAATACCGGTACA-------TGTAT-TTGTCCCCT----------GAACTCTGGCAAATACGCTACAT-GTAAGCTA-------ACACGTTCAGTGCGTT--ACACACGTTTTA----AACACGTACAGT-------AA--------GTTCTATAAT---GACTTCAGAAGTATGTT-----ACCCATAGGTTATAA-TAAGTTACACGTACGCTGCACAAATTACTCTGCTGGTTGCCATCGTATTTCAACTTATGTGTAA--CTTACATGTAACGTG----CGTGAACG--CGT--GC--ATAACTT--ACCTA--TCGCGT-ACTTCTAACTTAC---------------------------GCAACACGTCA----GCA------TACA-CT--GAAAAA--TTTA-TGCATGCACACAATTTCGG---GCCG--CGTT--TGGCATA-CAACTTACATGAC--TT---ATG-CCATCGTAT----TT----CAGCGT-CACGCA--A--CTTGTTTTAAA----ATAC---------GTATTCAACGTA----------CGTGTTTGCT---TTTC-----TC-ATACGTCGTCATGC-ACTGCTGCTA----TACGCCAATGTGTGACAGc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cgtatAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAg
gi|11                         :                                                                                                                        catatatgacaacgagtgtccagcgaatttcttagcgttcttgacttatacggatcttatgcacattgttagtctaacttgtcctcgagcatacttcgaagaccattaagtgacgtcagatattaaataggaagatctctaaaaacaaataaattttaagtggacgtttcgatcgatcagcattctattctattctatattctattcattccttcatatTTAAGTAATCTTCATCCTTACCACCTCCACCAACAC-C-TTTGTCCC--CATCTTCA---TCT-G--ACGCCATTCTGACGATGACAGCCAATATCACCTTCTGCACACGCT------CATATGTACT----AC--ATATG-------TGTAGCTTGCCCCT-----------GAATTCTG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGATTGTAG---------ACTTATGCACATGCT------CATATATACC----AA--ATGTA-------TGTAG-TTGTCCCC--------------------TGAA--CTCTGTCCGATAAGCCA----TAAACACCTTCAGTGCGTACTACACACGTTTTA----AGCACGTTCAGTAAGTTTTAA--------GG---ACGTC-----TT----AAGTACGTG-----GCATATAGATTAGAAATAGGTTGC--------------------CCTGCTGGTAACATACGTATCTCAACTTATGAGTAA--CTAATATGTATCATG----CGTGAATA--CGT------ATAACTA--ACCTA--TCACGT-ACTTCTAACTTACGCC----TA---------ACGTGC-AAGCAATACGTCG----GCA------TACG-CTGAAAAAAT--T--A-TGCATGCACAAAATTTTGG---GCAG--CGCT--CGGCGTA-CAAA------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----TT----CAACGTGCTTGTA--A--CTTGCTAAAAA---CGTATCCAT--AACGTATTCAACGTA---CAC-CAGCATGTTTGTTAAATTT------CTGATACGTCAGCATAC-ACTAATGCAA----TACGTCAATGTGTGACA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cgctatcccgcatgcccatcttcatctcgtcgcaacttctcagggtgcgccgTCCAGACATGTTTTATA--AACATGTTTTGT-A-----AATGTGCAGTGT---AAGTTACAGACT--GAGAGAA-GTTAGAAGGCT-----GTTGACAATA-GTTACACTTATGCTACATGA-ATTCTCAGCTGGCTGCTGAAGAGTGTCAACATGTGAGGAA----------TA---TG----CGTGAACT--TGTTAAA--ATTACTT--AACTG--TTGGGT-GC----AAC---CAAC----TA---AA-GCAGTTTGT-GAG---------------TG------TATG-T---AAAAATATTTTA-TGCATTTACAAAATTATGC---TTTG--CTTT--CAGTATA-GGAG------AAC--TT---ATA-CCACTGTGT----CC----CAGCACACTCATA--A--ATTCTGAAAAAAATCACTCCTATTAAAAGTAGTCACTGTA---CAT-CAGCGTGTGTG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTT-----GCTTATAGGTTAGAAACAAGTTGC--------------------CCTGCTGGTAACCGACGTATCTCAGCTAAAAAGTAA--CTTAAAGCTGACATGATTTCATAAATATANNN--NN--NNNNNNN--NNNNN--NNNNNN-NNNNNNNNNTTA-ACT----TA---CACCTAACGTGT-AAGCAATACGTCG----AAA------TACG-CT--GAAAAT---GTAATGCATGC----------------T-G--CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----TTGAT-CAGCGTGCTCGTAATTAACCTGTTATAAA---CGTACTCAT--AACGTATTCAA----------------TGTTTGCTAAATTTC-----TC-ATACGTCGACATAC-t
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TAGCAGCAG-TGCATGACGACGTATGAGAAAAGCAAACACGTA-CGT-------TGAATA--CGT---------ATTTTAAAACAAGTTGCGTGACGCTGAAAT-ACGATGGCATAAGTCATGTAAGTTGTATGCCAA-ACG-CG--------------GCC-C---GAAA-T--TGTG-TGCATGCATAAATTTTT------CAG--TGT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cgtatgaacgatcagcttacattaaaaaatctaggacagtagcagaaaggggcagacgtttgcaatacctcctcgcccaccctcttccccttcttcacctcgtcgcaacatttcagggtcatagacttatgcacatactcatatgtacatgtaccaaataccggtacatgtatttgtcccctgaactctggcaaatacgctacatgtaagctaacacgttcagtgcgttacacacgttttaaacacgtacagtaagttctataatgacttcagaagtatgttacccataggttataataagttacacgtacgctgcacaaattactctgctggttgccatcgtatttcaacttatgtgtaacttacatgtaacgtgcgtgaacgcgtgcataacttacctatcgcgtacttctaacttacgcaacacgtcagcatAGTAA--CTTA-ATGTAACGTG----CGTAAACG--CGT--GC--ATAACCT--ACCTG--TCGCGT-ACtacgccaatgtgtgacagg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cccagctaaaaGT-TATTAATACGTTA----TTAACAAATTACG-A---GCAAGT--TTTG-TGCATGAATAAAATTTTtt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cggcatacgataAATACGATGACATTTG------TACG-CT--GAA--T--TTTG-TGCATGTATAAAATTTTgcatccaacgtacctcactcagcgtgtttgctaaatttctcatacatcgtcaaacgctgatgttatacgtcaatatgtgacagcc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgacacaatgA------TACGAT---AAAAAT--TTTA-TTCATGCACAAAACTT--GCTCGTAATTTGTTAATAACGTATTAAT------AAC--GC---AT--CCAACGTACCTCACT----CAGCGTGTTTGtcagcgctctcgtaacctgttagaaacgcacccaaatatatcgaacgtacaccaacgtgtttgttaaatttctgatgctatacgtcaa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cggc---GAAAAT--TTTA-TACATGCACAAAATT-------------------CAGCGTA-CAA-----------------ATG-TCATCGTAT----TT----CAGCGCTCTCGTA--A--CCTGTTAGAAA---CGCACCCA---AATATATCGAACGTA---CAC-CAACGTGTTTGTTAAATTTCTGATGCT-ATACGTCctaaatttctcatacatcgtcaaacgctgatgttatacgtcaatatgtgacagcc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tgacacaatT--TTTA-TGCATGCACAAAATTTTAG---TTTG--TGTG--CAGCGTA-CGAC------AACAATTAGCATGTTCGTCACAT----TTTCGCCGGCATGTGCGTaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GCGTA-CATC-----------TT---ATG-CCATCGTAT----TT----CAGCGTGCTCGTA--tttat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TGCTCGTA--A--TTTGTTAATAA---CGTATTAAT--AACGCATCCAACGTACCTCACTCAGCGTGTTTGCTAAATTTC-----TC-ATACATCGTCAAAC-GCTGATGTTA----TACGTCAATATGTGACAG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cggcatacgataaaaattttattcatgcacaaaact------TC-ATACGTCGGCATACGGCTGATGCTATG--TACACCAATGTGTGACAGcc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AC-GCTGATGCTG----TACGTCAATGTGTGACAGcccca
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGAATATGACCTTAAGCAATTGTAGAATGGTTATGTGGTACTTTCATCGCAGATTCAAAGTGTTCGCCATGATTGTACATGTCTGCGCATGTCCA






Alignments
lowQualScore                  :                                  11         111      11                                                     1111                                              4444444              11                          11111111111111111              2222              99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                                        77777777777777777     11    1             22     1  111111   4444444444          3333333333                       222222     222222222         1              3333333333                 22222                                222222            777777777777777777777777777777777         1111                        33333333333333333333                                                   1111      2222222222222222                               11   555555555                                                    1111111111111    111111         11111111                      1111111111111           1111              111                          1111111                                               111                    
lowQualScore                  :                        0         11  1      444 2    22        1   1    0          5  1   5     0  5        2222     5   88 3   4444    0 3             1     9999999         1    88  66 2     1   2     6    66666666666666666    1         0000      77  5   22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                           1   6 8      77777777777777777     00  1 6  8 8  8     22 1   5  333333   6666666666     6    2222222222   1     55            333333     111111111     8   1    0       8 9999999999 22  1  8        44444      0                         777777     1 2 3  444444444444444444444444444444444   0 1   4444    3             1     77777777777777777777         1  1                         1 6     5 1  2222      0000000000000000                    2          00   444444444   3   0        777    2       66                 2 8888888888888    222222     4   66666666  66  777   4         3333333333333           2222          1   000         77               3333333                   6          3      5         000 77                 
lowQualScore                  :                        .         ..  .      ... .    ..        .   .    .          .  .   .     .  .        ....     .   .. .   ....    . .             .     .......         .    ..  .. .     .   .     .    .................    .         ....      ..  .   .................................................................                           .   . .      .................     ..  . .  . .  .     .. .   .  ......   ..........     .    ..........   .     ..            ......     .........     .   .    .       . .......... ..  .  .        .....      .                         ......     . . .  .................................   . .   ....    .             .     ....................         .  .                         . .     . .  ....      ................                    .          ..   .........   .   .        ...    .       ..                 . .............    ......     .   ........  ..  ...   .         .............           ....          .   ...         ..               .......                   .          .      .         ... ..                 
lowQualScore                  :                        7         00  7      333 5    77        4   4    7          7  7   7     3  7        1111     7   66 9   0000    3 7             0     5555555         0    55  77 5     0   5     7    55555555555555555    0         3333      99  7   66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                           0   7 3      33333333333333333     44  0 0  0 0  0     00 4   8  666666   4444444444     4    8888888888   0     44            000000     000000000     0   2    8       0 0000000000 88  0  2        55555      2                         444444     0 2 8  888888888888888888888888888888888   8 4   2222    5             7     33333333333333333333         0  0                         6 6     1 7  1111      1111111111111111                    9          11   222222222   8   8        777    5       99                 0 1111111111111    888888     4   44444444  11  888   4         7777777777777           5555          0   000         99               7777777                   7          0      7         000 99                 
consensus                     : AACCCATCTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACNACGCGTGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCGTTCTTGACTT-ATGCGG-AACTCGTG-CACAACGT----TAGTC-TAACTTATGCATAACGTGTTCGAGCGTACTTCGACGACCA-TT--AAGTGACGTCANATATTAAAAAGCGGAAGCTCTCTAGAA-CATATAAAAACCACAGGTCATTTTTNAAGTGGACGT-T-CGATCG--AT-CAG--------------------------CATGC------------------CTCC--NA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGGGGCCGACTTTAGCAATC-T--A--------A--CCTCCATCGNC-AC-C-TC-GTCCCA-CTTCTTCATCTGG-CGC--CA-T-CTGACGATCGTAG--A-------CTTCTGCACATGCTCATATGTAC------CACAT----GTA--TGTAG-TTGNCCCCTGAACTCT-G-CGAAT----ACGCTNCCTGTAAGCTA----TAAACACGTTCAGTGCGTTCTACACACGTTTTAT--AAACACGTTCGGTAAA--------GT----ANGT--C---GACT--GGAAGTACGTT----GCCTATAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACGCTGCACGA-TT-CCCTGCTGGTNGCCGACGTATCTCAACTTATGAGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTGTCGCGTACTTCTAACTTACGCCTA-A-G-AACGTGTAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAT--TTTATGCATGCACAAAATTTTGGGCTGCG---TTCG------GCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TAACTTGTTANAAA---CGTACCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGGCATACG-CTGATGCTA---T--ACGTCAATGTGTGACAG
Reference ( family-880 )      : AACCCATCTCCAATGTAAATATAGCTTATGCAA--ATATATGACAACGCGTGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCGTTCTTGACTT-ATGCGG-AACTCATG-CACAACGT----TAGTC-TAACTTATGCATAACGTGTTCGAGCGTACTTCGACGACCAATTG-AAGTGACGTCANATATTAAAAAGCGGAAGCTCTCTAAAA-CATATAAAAACCACAGGTCATTTTTNAAGTGGACGT-T-CGATCG--AT-CAG--------------------------CATGC------------------CTCC--CA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAAGGGGCNGACGTAAGCAATC-T--A--------A--CCTCCACCGNC-AC-C-TC-GTCCC--CTTCTTCATCTGG-CGC--CG-T-CT-ACGATCGTAG--A-------CTTNTGCACACGCTCATATGTAC------CACAT----GTA--TGTAG-TTGTCCCCTGAATTCT-G-CGAAT----ACGCTNCCCGTAAGCTA----TAAACACGTTCAGTGCGTTCTACACACGTTTTA---AAACACGTNCAGTAAA--------GT----ANGT--C---GACT--GGAAGTACGTT----GCCTATAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACGCTGCACGATTT-CCCTGCTGGTNGCCGACGTATCTCAACTTATGAGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTATCGCGTACTTCTAACTTACGNCTACA-GTAACGTGTNAGCAATACGTCGNCGTACGCTGAAAAT--TTTATGCATGCACAAAATTTTGGGCNGCG---TTCG------GCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TAACTTGTTANAAA---CGTACCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGNCATACG-CTGATGCTA---T--ACGTCAATGTGTGACAG
gi|1                          : AACTTATTTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACA--GAATGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCTTTCTTGACTT-AT---G-AACTCATG-CACAACGT----TAGTC-TAACGTATGTATAACGTGTTGGAGCGTACTTCGACGACCAATTGCAAGTGACGTCAAATAT----AAGCGGAAGTTCTGTAGAA-CATATAAAAACCACAGGTCTTTGTTTAAGTGAACG--T-CGATCA--AT-CAA--------------------------CATGC------------------CTCT--GA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGGAGGGGGTCGACTTTAGCAATC-TTCATCCTTAACA--CCTCCA-CGCCTAC-C-TC-GTCCC--CATCTACATCTGA-CAC--CA-TACTGACGATGATAG--C-------CTTCAGCAC-----TAAATATA-------CACGT----GTA--TGTAG-TTGACCCC-AAATTCT-GATGAAT----ACTCTATCTATAAGCTA----TAAACAAATTTAGTGCGTTCTACACCCGTTTTATACAAACACGTTCGTCAAA--------GT----ACGT--T---GGTT--GGAAGTATGTT----GCTTTTAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACACTGCACAACTG-TCCTGCTGGTAGCAGACGCATCTCAACTTCTGAGTAACTGACGTGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTAAATATTGCGTACGTTTAACTTACACTTACATGTAACTTGTTAGCAATACGTCGTTATACGC-GAAAAT--TGTATGCATGCACAAAATTTTGGGTAGTG---TTCA------GCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-TCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TATCTTATTAGAAA---CGTACCCAT--AATGTTTTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTT-TTATACGTCGGTATACG-CTGATGCTGGCCT--ACGTTAATGTGCGACAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGAAAAT--TTTATACATGCACAAAA---------------TTCA------GCGTA-CAA-----------------ATG-TCATCGTAT----T---T----CAGCGCTCTCG----TAACCTGTTAGAAA---CGCACCCA---AATATATCGAACGTAC---AC-CAACGTGTTTGTTAAATTT-------------------CTGATGCTA---T--ACGTCAAtt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgacacaa--------A--CCTCCACCAAC-AC-C-TTTGTCCC--CATCTTCATCTGA-CGC--CATT-CTGACGATGACAGCCAATATCACCTTCTGCACACGCTCATATGTAC------TACAT----ATG--TGTAGCTTG-CCCCTGAATTCT-G-
gi|12                         :                                                                                                  ttaagtaatcttcatccttaccAACTTATGCATAGCGTGATTAAGGGTACTTTGACGACTAC------GCGAGGTCATATATTAAAA-GAGGGGGCTCTCTAGGA-TATA---AAACCACAGGTCAGTTTTGAAGTGGACGT-C-C-ATCA--AT-CAA--------------------------CATGT------------------CTCC--
gi|13                         :                                                                                                                                              ccaTACTTCGATGACCAA------GTAACGTCAGATAT--AAAAGCGGAGGCTCT--AAAA-CATA-AAACACAACAGCTCATTTTTGACGTGAACG--T-CGATCGCTATCCCG--------------------------CATGC------------------Ca
gi|14                         :                      agcgaattacagaggcATATGACTA-GCGTGTGTACAGCGAA-TTTTTAGCGTTCTTGGCTTCATGTGGAAACTTCTATCATAACAT----TAGTTGTAA-GTATGCATAATGTGTTTGATAGTGCTc
gi|15                         :                                                  GTGTGTACAGCGAATTTT-TAGCGTTCTTGGCTT-ATGTGG-AACTCATG-CATAACAT----TAGTG-TAAGTTATGCATAATGTGTTcagtttga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            T--TTTATGCATGCACAAAATTTTAGTTTGTG---TGCA------GCGTA-CGAC------AACAATTAGCATGTTCGTCACAT----T---TTCGCCGGCATGTGCG----Tgatagtgctcagttgac
gi|18                         :                      TAGCTTATGCAA--GGGTATGACAGCGCGTGT--CCA-----------AG------TGACTT-AAGCGG-ACCTCGTG-CACAACGT----TTGTC-TAACTTGTGCCT-ACGTtttat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CCCAGCTAAAAAGTAACTTA-ATGTAACGTG----CGTAAA-------CGCGT--GCATAACCTACCTGTCGCGTACTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                             CGT-A-TGAACG--AT-CAG--------------------------CTTAC------------------ATT----A-A-----AAAATCTAGGACAGTAGCAGAAAGGGGCAGACGTTTGCAAT--------------A--CCTCC-TCGCCCAC-CCTC-TTCCC--CTTCTTCACCTCGTCGCAACA-T-TTCAGGGTCATAG--A-------CTTATGCACATACTCATATGTACATGTACCAAATACCGGTACATGTAT-TTGTCCCCTGAACTCT-GGCAAAT----ACGCTACATGTAAGCTA-------ACACGTTCAGTGCGTT--ACACACGTTTTA---AA-CACGTACAGTAAG--------TT----CTATAAT---GACTTCAGAAGTATGTT----ACCCATAGGTTATAA-TAAGTTACACGTACGCTGCACAAATTACTCTGCTGGTTGCCATCGTATTTCAACTTATGTGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTATCGCGTACTTCTAACTTAC-------------------GCAACACGTCAGCATACACTGAAAAA--TTTATGCATGCACACAATTTCGGGCCGCG---TTTG------GCATA-CAACTTACATGAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGT-CACG----CAACTTGTTTTAAA----------AT---ACGTATTCAACGTA----------CGTGTTTGCT---TTTCTCATACGTCGTCATGCA-CTGCTGCTA---T--ACGCCAATGTGTGACAG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCATACGTCGGCATACGGCTGATGCTA---TGTACACCAATGTGTGACAGg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ------GCGTA-CATC-----------TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TAcccca
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ACG-CTGATGCTG---T--ACGTCAATGTGTGACAG
gi|3                          :                              GCAT--AT-TATGTCCA-GCATGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCTTTCTTGACTA-ATGCGG-AACTCATG-CACAACGTACGTTAATC-TAA----TGCATAGCGCGTTGGAGCGCCCTTTGACGACCACTTG-A-----CGTCATATAT--AAAAGCGAAAGCTCTCTAGAA-CATA---AAACCACAGGTCATTTTTGAAGTGGGTGT---CGATCG--AT-CAA--------------------------CATGC------------------CCCC--CC-CCCCCCAAAATCAAGGAAAGTTGCAGGAAGAGGCTGACTTAAGCAATCGT--A--------AGACGGCTATTGGT-ACTC-TC-GTCGCAGCTTCT-CA---GG--GT--CC-C-CC-GTGATTGTAC--A-------CTTCTGCACATGTCCATATGTAC------CCCAT------A--TGTAG-TTGACCCCTGAACAATAG-CAAATCCATATGCTTCCTGTAAGCTAGCTATAAACACGTATAGTGCGTTCTACGCACGTTTTA---AA---CATACGG------------------ACGT--C---A------GAAGTACGTT----GCCTATAGGTAAGAAATAAGTTACGCGTATGCTGCACAATTT-CCCTGCTGGTGACCGATGTATCTCAACTTGTGAGTAACTTGCATG---------------------------------------TACCTGCCGCGCACTTCTAACTTACGc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aCCATCTTC-AT-C-TC-GTCGCAACTTCT-CAGGGTG-CGC--CG-------CGATTGTAG--A-------CTTATGCACATGCTCATATATAC------CAAAT----GTA--TGTAG-TTGTCCCCTGAACTCT-G---------------TCCGATAAGCCA----TAAACACCTTCAGTGCGTACTACACACGTTTTA---AG-CACGTTCAGTAA---------GTTTTAAGGA--C---GTCT--T-AAGTACGTG----GCATATAGATTAGAAATAGGTTGC--------------------CCTGCTGGTAACATACGTATCTCAACTTATGAGTAACTAATATGTATCATG----CGTGAA-------TACGT----ATAACTAACCTATCACGTACTTCTAACTTACGCCTA------ACGTGCAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAA--ATTATGCATGCACAAAATTTTGGGCAGCG---CTCG------GCGTA-CAAA------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAACGTGCTTG----TAACTTGCTAAAAA---CGTATCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCATGTTTGTTAAATTTCTGATACGTCAGCATACA-CTAATGCAA---T--ACGTCAATGTGTGACA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cgctatcccgcatgcTCCAGACATGTTTTAT--AAACATGTTTTGTAAATGTGCAGTGT----AAGT--TACAGACT--GAGAG-AAGTTAGAAGGCT----GTTGACAATA-GTTACACTTATGCTACATGAATT-CTCAGCTGGCTGCTGAAGAGTGTCAACATGTGAGGAA--------TA---TG----CGTGAA-------CTTGTTAAAATTACTTAACTGTTGGGTGC----AAC---CAACTAAA-GCAGTTTGTGAGT-----------GTATG-TAAAAATATTTTATGCATTTACAAAATTATGCTTTGCT---TTCA------GTATA-GGAG------AAC--TT---ATA-CCACTGTGT----C---C----CAGCACACTCA----TAAATTCTGAAAAAAATCACTCCTATTAAAAGTAGTCACTGTAC---AT-CAGCGTGTGTG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTT----GCTTATAGGTTAGAAACAAGTTGC--------------------CCTGCTGGTAACCGACGTATCTCAGCTAAAAAGTAACTTAAAGCTGACATGATTTCATAAATATANNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACTTACACCTA------ACGTGTAAGCAATACGTCGAAATACGCTGAAAAT--GTAATGCATGC--------------TGCG---TTCG------GCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----TTGAT----CAGCGTGCTCGTAATTAACCTGTTATAAA---CGTACTCAT--AACGTATTCAA----------------TGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGACATACt
gi|7                          : AACCCATCTCCAATGTAAATATAACTTATGTAAGCATATATGACGACGAGTGT--CCAGCGAATTCTTTGGCGTTCTTGACTT-ATACGG-AACTTTTG-CACATTGT----TAGTC-TAACGT--------TGTCCTCGAGCGTACTTCGAAGACCA-TT--AAGTGACGTCAAATATTAAA--TCGGAAGATCTCTAAAA-CATATAAA--------------TTTTAAGTGGACGTCT-CGATCG--AT-CAA--------------------------CATTCTATTCTATATTCTATTCACTCCTTCATA-----TAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGG
gi|8                          :                                 a--ATATATGACAACGAGTGT--CCAGCGAATTTCTTAGCGTTCTTGACTT-ATACGG-ATCTTATG-CACATTGT----TAGTC-TAACTTGTCC---------TCGAGCATACTTCGAAGACCA-TT--AAGTGACGTCAGATATTAAATAG--GAAGATCTCTAAAAACAAATAAA--------------TTTTAAGTGGACGT-TTCGATCG--AT-CAGCATTCTATTCTATTCTATATTCTATTCATTC------------------CTTC--AT-A-----TAAATCAAGGAAAGTTGCAGAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           cCGGCATACGATAAAAAT--TTTATTCATGCACAAAACTT---GCT-CGTAATTTGTTAATAACGTATTAAT------AAC--GC---AT--CCAACGTACCTCAC---T----CAGCGTGTTTGC---TAAATT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGCTCG----TAATTTGTTAATAA---CGTATTAAT--AACGCATCCAACGTACCTCACTCAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACATCGTCAAACG-CTGATGTTA---T--ACGTCAATATGTGACAGtctcatacatcgtcaaacgctgatgttatacgtcaatatgtgacagcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGAATATGACCTTAAGCAATTGTAGAATGGTTATGTGGTACTTTCATCGCAGATTCAAAGTGTTCGCCATGATTGTACATGTCTGCGCATGTCCA






Alignments
lowQualScore                  :                                  11         111      11                                                     1111                                              111111               11                          11111111111111111               222              99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                                        88888888888888888           1             33     1  111111   11  2222222         3333333333                       22222222222222222222                       3333333333                 22222                                3333              777777777777777777777777777777777         1111                        55555555555555555555                                                   1111      2222222222222222                                    7777777777777                                                1111111               111111111111                   11111111                             111                          1111111                                               111                  
lowQualScore                  :                                  11  1      333 2    22        1   1    0          5   1  5     6  5        2222     5   88 3   4444    0 3             1     999999          1    88  66 2     1   2     6    66666666666666666    1          222      77  5   00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000                           3            66666666666666666     44  1 6  8 8  8     66 1   5  333333   11  2222222    6    2222222222         0             88888888888888888888        1    0       8 9999999999 22  1           44444      0                         6666    3  1 1 3  444444444444444444444444444444444   0 1   4444    3             1     22222222222222222222         1  1                         1 6     5 1  2222      0000000000000000                    2          6    8888888888888                   4       66                   5555555               999999999999  888   5          22222222      0    9999          1   000         77               3333333                   6          3     5          777                  
lowQualScore                  :                                  ..  .      ... .    ..        .   .    .          .   .  .     .  .        ....     .   .. .   ....    . .             .     ......          .    ..  .. .     .   .     .    .................    .          ...      ..  .   .................................................................                           .            .................     ..  . .  . .  .     .. .   .  ......   ..  .......    .    ..........         .             ....................        .    .       . .......... ..  .           .....      .                         ....    .  . . .  .................................   . .   ....    .             .     ....................         .  .                         . .     . .  ....      ................                    .          .    .............                   .       ..                   .......               ............  ...   .          ........      .    ....          .   ...         ..               .......                   .          .     .          ...                  
lowQualScore                  :                                  00  7      555 5    77        4   4    7          7   7  7     3  7        1111     7   66 9   0000    3 7             0     777777          0    55  77 5     0   5     7    55555555555555555    0          333      99  7   11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                           7            11111111111111111     66  0 0  0 0  0     44 4   8  666666   00  4444444    4    8888888888         8             00000000000000000000        0    8       0 0000000000 88  0           55555      2                         8888    2  4 4 8  888888888888888888888888888888888   8 4   2222    5             7     33333333333333333333         0  0                         6 6     1 7  1111      1111111111111111                    9          3    2222222222222                   3       99                   8888888               000000000000  888   0          22222222      1    4444          0   000         99               7777777                   7          0     0          999                  
consensus                     : AACCCATCTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACNACGCGTGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCGTTCTTGACTT-ATGCGG-AACTCGTG-CACAACGT----TAGTC-TAACTTATGCATAACGTGTTCGAGCGTACTTCGACGACCA-TT--AAGTGACGTCANATATTAAAAAGCGGAAGCTCTCTAGAA-CATATAAAAACCACAGGTCATTTTTNAAGTGGACGT-T-CGATCG--AT-CAG--------------------------CATGC------------------CTCC--NA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGGGGCCGACTTTAGCAATC-T---------A-A--CCTCCATCGNC-AC-C-TC-GTCCCA-CTTCTTCATCTGG-CGC--CA-T-CTGACGATCGTAG--A-------CTTCTGCACATGCTCATATGTAC------CACAT----GTA--TGTAGTTGNCCCCTGAACTCT-G-CGAAT----ACGCTNCCTGTAAGCTA----TAAACACGTTCAGTGCGTTCTACACACGTTTTATA--AACACGTTCGGTAAA--------GT----ANGT--C---GACT--GGAAGTACGTT----GCCTATAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACGCTGCACGA-TT-CCCTGCTGGTNGCCGACGTATCTCAACTTATGAGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTGTCGCGTACTTCTAACTTACGCCTAA------CGTGTAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAT--TTTATGCATGCACAAAATTTTGGGTNGCGTTCGGCGTACAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTATT---T----CAGCGTGCTCG----TAACTTGTTANAAA---CGTACCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGGCATAC-GCTGATGCTA---TACGTCAATGTGTGACAG
Reference ( family-880 )      : AACCCATCTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACNACGCGTGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCGTTCTTGACTT-ATGCGG-AACTCGTG-CACAACGT----TAGTC-TAACTTATGCATAACGTGTTCGAGCGTACTTCGACGACCA-TT--AAGTGACGTCANATATTAAAAAGCGGAAGCTCTCTAGAA-CATATAAAAACCACAGGTCATTTTTNAAGTGGACGT-T-CGATCG--AT-CAG--------------------------CATGC------------------CTCC--NA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGGGGCCGACTTTAGCAATC-T---------A-A--CCTCCATCGNC-AC-C-TC-GTCCCA-CTTCTTCATCTGG-CGC--CA-T-CTGACGATCGTAG--A-------CTTCTGCACATGCTCATATGTAC------CACAT----GTA--TGTAGTTGNCCCCTGAACTCT-G-CGAAT----ACGCTNCCTGTAAGCTA----TAAACACGTTCAGTGCGTTCTACACACGTTTTATA--AACACGTTCGGTAAA--------GT----ANGT--C---GACT--GGAAGTACGTT----GCCTATAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACGCTGCACGA-TT-CCCTGCTGGTNGCCGACGTATCTCAACTTATGAGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTGTCGCGTACTTCTAACTTACGCCTAAG---AACGTGTAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAT--TTTATGCATGCACAAAATTTTGGGCTGCGTTCGGCGTACAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTATT---T----CAGCGTGCTCG----TAACTTGTTANAAA---CGTACCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGGCATAC-GCTGATGCTA---TACGTCAATGTGTGACAG
gi|1                          : AACTTATTTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACA--GAATGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCTTTCTTGACTT-ATG----AACTCATG-CACAACGT----TAGTC-TAACGTATGTATAACGTGTTGGAGCGTACTTCGACGACCAATTGCAAGTGACGTCAAATAT----AAGCGGAAGTTCTGTAGAA-CATATAAAAACCACAGGTCTTTGTTTAAGTGAACGT---CGATCA--AT-CAA--------------------------CATGC------------------CTCT--GA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGGAGGGGGTCGACTTTAGCAATC-TTCATCCTTAACA--CCTCCA-CGCCTAC-C-TC-GTCCC--CATCTACATCTGA-CAC--CA-TACTGACGATGATAG--C-------CTTCAGCAC-----TAAATATAC-------ACGT----GTA--TGTAGTTGACCCC-AAATTCT-GATGAAT----ACTCTATCTATAAGCTA----TAAACAAATTTAGTGCGTTCTACACCCGTTTTATACAAACACGTTCGTCAAA--------GT----ACGT--T---GGTT--GGAAGTATGTT----GCTTTTAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACACTGCACAA-CTGTCCTGCTGGTAGCAGACGCATCTCAACTTCTGAGTAACTGACGTGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTAAATATTGCGTACGTTTAACTTACACTTACATGTAACTTGTTAGCAATACGTCGTTATACGC-GAAAAT--TGTATGCATGCACAAAATTTTGGGTAGTGTTCAGCGTACAAC------AAC--TT---ATG-TCATCGTATT---T----CAGCGTGCTCG----TATCTTATTAGAAA---CGTACCCAT--AATGTTTTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTT-TTATACGTCGGTATAC-GCTGATGCTGGCCTACGTTAATGTGCGACAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACACAATGAAAAT--TTTATACATGCACAAAATT------------CAGCGTACAA-----------------ATG-TCATCGTATT---T----CAGCGCTCTCG----TAACCTGTTAGAAA---CGCACCCA---AATATATCGAACGTAC---AC-CAACGTGTTTGTTAAATTT-------------------CTGATGCTA---TACGTCAAtt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tg-A--CCTCCACCAAC-AC-C-TTTGTCCC--CATCTTCATCTGA-CGC--CATT-CTGACGATGACAGCCAATATCACCTTCTGCACACGCTCATATGTAC------TACAT----ATG--TGTAGCTTGCCCCTGAATTCT-G-
gi|12                         :                                                                                                  ttaagtaatcttcatccttaccAACTTATGCATAGCGTGATTAAGGGTACTTTGACGAC----T--ACGCGAGGTCATATATTAAAA-GAGGGGGCTCTCTAGGA-TATA---AAACCACAGGTCAGTTTTGAAGTGGACGT-C-C-ATCA--AT-CAA--------------------------CATGT------------------CTCC--
gi|13                         :                                                                                                                                              ccaTACTTCGATGACCA------AGTAACGTCAGATAT--AAAAGCGGAGGCTCT--AAAA-CATA-AAACACAACAGCTCATTTTTGACGTGAACG--T-CGATCGCTATCCCG--------------------------CATGC------------------Ca
gi|14                         :                      agcgaattacagaggcATATGACTA-GCGTGTGTACAGCGAA-TTTTTAGCGTTCTTGGCTTCATGTGGAAACTTCTATCATAACAT----TAGTTGTAA-GTATGCATAATGTGTTTGATAGTGCTc
gi|15                         :                                                  GTGTGTACAGCGAATTTT-TAGCGTTCTTGGCTT-ATGTGG-AACTCATG-CATAACAT----TAGTG-TAAGTTATGCATAATGTGTTcagtttga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T--TTTATGCATGCACAAAATTTTAGTTTGTGTGCAGCGTACGAC------AACAATTAGCATGTTCGTCACATT---TTCGCCGGCATGTGCG----Tgatagtgctcagttgac
gi|18                         :                      TAGCTTATGCAA--GGGTATGACAGCGCGTGT--CCA-----------AG------TGACTT-AAGCGG-ACCTCGTG-CACAACGT----TTGTC-TAACTTGTGCCT-ACGTtttat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CCCAGCTAAAAAGTAACTTA-ATGTAACGTG----CGTAAA-------CGCGT--GCATAACCTACCTGTCGCGTACTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                             CGT-A-TGAACG--AT-CAG--------------------------CTTAC------------------AT----TA-A-----AAAATCTAGGACAGTAGCAGAAAGGGGCAGACGTTTGCAAT--------------A--CCTCC-TCGCCCAC-CCTC-TTCCC--CTTCTTCACCTCGTCGCAACA-T-TTCAGGGTCATAG--A-------CTTATGCACATACTCATATGTACATGTACCAAATACCGGTACATGTATTTGTCCCCTGAACTCT-GGCAAAT----ACGCTACATGTAAGCTA-------ACACGTTCAGTGCGTT--ACACACGTTTTA----AACACGTACAGTAAG--------TT----CTATAAT---GACTTCAGAAGTATGTT----ACCCATAGGTTATAA-TAAGTTACACGTACGCTGCACAAATTACTCTGCTGGTTGCCATCGTATTTCAACTTATGTGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTATCGCGTACTTCTAACTTAC-------------------GCAACACGTCAGCATACACTGAAAAA--TTTATGCATGCACACAATTTCGGGCCGCGTTTGGCATACAACTTACATGAC--TT---ATG-CCATCGTATT---T----CAGCGT-CACG----CAACTTGTTTTAAA----------AT---ACGTATTCAACGTA----------CGTGTTTGCT---TTTCTCATACGTCGTCATGC-ACTGCTGCTA---TACGCCAATGTGTGACAG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TCATACGTCGGCATACGGCTGATGCTATG-TACACCAATGTGTGACAGg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GCGTACATC-----------TT---ATG-CCATCGTATT---T----CAGCGTGCTCG----TAcccca
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AC-GCTGATGCTG---TACGTCAATGTGTGACAG
gi|3                          :                              GCAT--AT-TATGTCCA-GCATGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCTTTCTTGACTA-ATGCGG-AACTCATG-CACAACGTACGTTAATC-TAA----TGCATAGCGCGTTGGAGCGCCCTTTGACGACCA-CT-----TGACGTCATATAT--AAAAGCGAAAGCTCTCTAGAA-CATA---AAACCACAGGTCATTTTTGAAGTGGGTGT---CGATCG--AT-CAA--------------------------CATGC------------------CCCC--CC-CCCCCCAAAATCAAGGAAAGTTGCAGGAAGAGGCTGACTTAAGCAATCGT---------A-AGACGGCTATTGGT-ACTC-TC-GTCGCAGCTTCT-CA---GG--GT--CC-C-CCG-TGATTGTAC--A-------CTTCTGCACATGTCCATATGTAC------CCCAT------A--TGTAGTTGACCCCTGAACAATAG-CAAATCCATATGCTTCCTGTAAGCTAGCTATAAACACGTATAGTGCGTTCTACGCACGTTTTA----AACA--TACGG------------------ACGT--C---A------GAAGTACGTT----GCCTATAGGTAAGAAATAAGTTACGCGTATGCTGCACAATTT-CCCTGCTGGTGACCGATGTATCTCAACTTGTGAGTAACTTGCATG---------------------------------------TACCTGCCGCGCACTTCTAACTTACGc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aCCATCTTC-AT-C-TC-GTCGCAACTTCT-CAGGGTG-CGC--CG-------CGATTGTAG--A-------CTTATGCACATGCTCATATATAC------CAAAT----GTA--TGTAGTTGTCCCCTGAACTCT-G---------------TCCGATAAGCCA----TAAACACCTTCAGTGCGTACTACACACGTTTTA----AGCACGTTCAGTAA---------GTTTTAAGGA--C---GTCT--T-AAGTACGTG----GCATATAGATTAGAAATAGGTTGC--------------------CCTGCTGGTAACATACGTATCTCAACTTATGAGTAACTAATATGTATCATG----CGTGAA-------TACGT----ATAACTAACCTATCACGTACTTCTAACTTACGCCTAA------CGTGCAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAA--ATTATGCATGCACAAAATTTTGGGCAGCGCTCGGCGTACAAA------AAC--TT---ATG-CCATCGTATT---T----CAACGTGCTTG----TAACTTGCTAAAAA---CGTATCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCATGTTTGTTAAATTTCTGATACGTCAGCATAC-ACTAATGCAA---TACGTCAATGTGTGACA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cgctatcccgcatgcTCCAGACATGTTTTATA--AACATGTTTTGTAAATGTGCAGTGT----AAGT--TACAGACT--GAGAG-AAGTTAGAAGGCT----GTTGACAATA-GTTACACTTATGCTACATGAATT-CTCAGCTGGCTGCTGAAGAGTGTCAACATGTGAGGAA--------TA---TG----CGTGAA-------CTTGTTAAAATTACTTAACTGTTGGGTGC----AAC---CAACTAA------------AGCAGTTTGTGAGTGTATG-TAAAAATATTTTATGCATTTACAAAATTATGCTTTGCTTTCAGTATAGGAG------AAC--TT---ATA-CCACTGTGTC---C----CAGCACACTCA----TAAATTCTGAAAAAAATCACTCCTATTAAAAGTAGTCACTGTAC---AT-CAGCGTGTGTG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GTT----GCTTATAGGTTAGAAACAAGTTGC--------------------CCTGCTGGTAACCGACGTATCTCAGCTAAAAAGTAACTTAAAGCTGACATGATTTCATAAATATANNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACTTACACCTAA------CGTGTAAGCAATACGTCGAAATACGCTGAAAAT--GTAATGCATGC--------------TGCGTTCGGCGTACAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTATTTGAT----CAGCGTGCTCGTAATTAACCTGTTATAAA---CGTACTCAT--AACGTATTCAA----------------TGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGACATAC-t
gi|7                          : AACCCATCTCCAATGTAAATATAACTTATGTAAGCATATATGACGACGAGTGT--CCAGCGAATTCTTTGGCGTTCTTGACTT-ATACGG-AACTTTTG-CACATTGT----TAGTC-TAACGT--------TGTCCTCGAGCGTACTTCGAAGACCA-TT--AAGTGACGTCAAATATTAAA--TCGGAAGATCTCTAAAA-CATATAAA--------------TTTTAAGTGGACGTCT-CGATCG--AT-CAA--------------------------CATTCTATTCTATATTCTATTCACTCCTTCATA-----TAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGG
gi|8                          :                                 a--ATATATGACAACGAGTGT--CCAGCGAATTTCTTAGCGTTCTTGACTT-ATACGG-ATCTTATG-CACATTGT----TAGTC-TAACTTGTCC---------TCGAGCATACTTCGAAGACCA-TT--AAGTGACGTCAGATATTAAATAG--GAAGATCTCTAAAAACAAATAAA--------------TTTTAAGTGGACGT-TTCGATCG--AT-CAGCATTCTATTCTATTCTATATTCTATTCATTC------------------CTTC--AT-A-----TAAATCAAGGAAAGTTGCAGAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cCGGCATACGATAAAAAT--TTTATTCATGCACAAAACTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTCG----TAATTTGTTAATAA---CGTATTAAT--AACGCATCCAACGTACCTCACTCAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACATCGTCAAAC-GCTGATGTTA---TACGTCAATATGTGACAGgctcgtaatttgttaataacgtattaataacgcatccaacgtacctcactcagcgtgtttgctaaatttctcatacatcgtcaaacgctgatgttatacgtcaatatgtgacagcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGAATATGACCTTAAGCAATTGTAGAATGGTTATGTGGTACTTTCATCGCAGATTCAAAGTGTTCGCCATGATTGTACATGTCTGCGCATGTCCA






Alignments
lowQualScore                  :                                  11         111                                                             1111                                              111111               33                          1   1111111111111               222              99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                                        88888888888888888           1             33     1  111111   11  2222222         3333333333                       22222222222222222222                       3333333333                 22222                                3333              777777777777777777777777777777777         1111                        55555555555555555555                                                   1111      2222222222222222                                    3333333333333                                                2222222222222                 11111111                            1111               1111           111                          1111111                                               111                  
lowQualScore                  :                                  11  1      333 44   4         1   1    0          5   1  5     6  5        2222     5   88 3   4444    0 3             1     999999          1    44     2     1   2     6    1   2222222222222    1          222      77  5   00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000                           3            66666666666666666     44  1 6  8 8  8     66 1   5  333333   11  2222222    6    2222222222         0             88888888888888888888        1    0       8 9999999999 22  1           44444      0                         6666    3  1 1 3  444444444444444444444444444444444   0 1   4444    3             1     22222222222222222222         1  1                         1 6     5 1  2222      0000000000000000                    2          6    8888888888888                   4       66                   3333333333333    66       4   66666666  66  777   4         9999  7777           4   0000       1   000         77               3333333                   6          3     5          777                  
lowQualScore                  :                                  ..  .      ... ..   .         .   .    .          .   .  .     .  .        ....     .   .. .   ....    . .             .     ......          .    ..     .     .   .     .    .   .............    .          ...      ..  .   .................................................................                           .            .................     ..  . .  . .  .     .. .   .  ......   ..  .......    .    ..........         .             ....................        .    .       . .......... ..  .           .....      .                         ....    .  . . .  .................................   . .   ....    .             .     ....................         .  .                         . .     . .  ....      ................                    .          .    .............                   .       ..                   .............    ..       .   ........  ..  ...   .         ....  ....           .   ....       .   ...         ..               .......                   .          .     .          ...                  
lowQualScore                  :                                  00  7      555 22   3         4   4    7          7   7  7     3  7        1111     7   66 9   0000    3 7             0     777777          0    88     5     0   5     7    3   0000000000000    0          333      99  7   11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                           7            11111111111111111     66  0 0  0 0  0     44 4   8  666666   00  4444444    4    8888888888         8             00000000000000000000        0    8       0 0000000000 88  0           55555      2                         8888    2  4 4 8  888888888888888888888888888888888   8 4   2222    5             7     33333333333333333333         0  0                         6 6     1 7  1111      1111111111111111                    9          3    8888888888888                   3       99                   9999999999999    99       4   44444444  11  888   4         4444  2222           0   6666       0   000         99               7777777                   7          0     0          999                  
consensus                     : AACCCATCTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACNACGCGTGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCGTTCTTGACTT-ATGCGG-AACTCGTG-CACAACGT----TAGTC-TAACTTATGCATAACGTGTTCGAGCGTACTTCGACGACCA-TT--AAGTGACGTCANATATT-AAAAGCGGAAGCTCTCTAGAA-CATATAAAAACCACAGGTCATTTTTNAAGTGGACGT-T-CGATCG--AT-CAG--------------------------CATGC------------------CTCC--NA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGGGGCCGACTTTAGCAATC-T---------A-A--CCTCCATCGNC-AC-C-TC-GTCCCA-CTTCTTCATCTGG-CGC--CA-T-CTGACGATCGTAG--A-------CTTCTGCACATGCTCATATGTAC------CACAT----GTA--TGTAGTTGNCCCCTGAACTCT-G-CGAAT----ACGCTNCCTGTAAGCTA----TAAACACGTTCAGTGCGTTCTACACACGTTTTATA--AACACGTTCGGTAAA--------GT----ANGT--C---GACT--GGAAGTACGTT----GCCTATAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACGCTGCACGA-TT-CCCTGCTGGTNGCCGACGTATCTCAACTTATGAGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTGTCGCGTACTTCTAACTTACGCCTA------ACGTGTAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAT--TTTATGCATGCACAAAATTTTGGNTCG-----CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----TT----CAGCGTGCTCG-TAA----CTTGTTANAAA---CGTACCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGGCATAC-GCTGATGCTA---TACGTCAATGTGTGACAG
Reference ( family-880 )      : AACCCATCTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACNACGCGTGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCGTTCTTGACTT-ATGCGG-AACTCGTG-CACAACGT----TAGTC-TAACTTATGCATAACGTGTTCGAGCGTACTTCGACGACCA-TT--AAGTGACGTCANATATTAAAAAGCGGAAGCTCTCTAGAA-CATATAAAAACCACAGGTCATTTTTNAAGTGGACGT-T-CGATCG--AT-CAG--------------------------CATGC------------------CTCC--NA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGGGGCCGACTTTAGCAATC-T---------A-A--CCTCCATCGNC-AC-C-TC-GTCCCA-CTTCTTCATCTGG-CGC--CA-T-CTGACGATCGTAG--A-------CTTCTGCACATGCTCATATGTAC------CACAT----GTA--TGTAGTTGNCCCCTGAACTCT-G-CGAAT----ACGCTNCCTGTAAGCTA----TAAACACGTTCAGTGCGTTCTACACACGTTTTATA--AACACGTTCGGTAAA--------GT----ANGT--C---GACT--GGAAGTACGTT----GCCTATAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACGCTGCACGA-TT-CCCTGCTGGTNGCCGACGTATCTCAACTTATGAGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTGTCGCGTACTTCTAACTTACGCCTA------ACGTGTAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAT--TTTATGCATGCACAAAATTTTGGGTNG-----CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----TT----CAGCGTGCTCG-TAA----CTTGTTANAAA---CGTACCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGGCATAC-GCTGATGCTA---TACGTCAATGTGTGACAG
gi|1                          : AACTTATTTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACA--GAATGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCTTTCTTGACTT-ATG----AACTCATG-CACAACGT----TAGTC-TAACGTATGTATAACGTGTTGGAGCGTACTTCGACGACCAATTGCAAGTGACGTCAAATAT----AAGCGGAAGTTCTGTAGAA-CATATAAAAACCACAGGTCTTTGTTTAAGTGAACGT---CGATCA--AT-CAA--------------------------CATGC------------------CTCT--GA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGGAGGGGGTCGACTTTAGCAATC-TTCATCCTTAACA--CCTCCA-CGCCTAC-C-TC-GTCCC--CATCTACATCTGA-CAC--CA-TACTGACGATGATAG--C-------CTTCAGCAC-----TAAATATAC-------ACGT----GTA--TGTAGTTGACCCC-AAATTCT-GATGAAT----ACTCTATCTATAAGCTA----TAAACAAATTTAGTGCGTTCTACACCCGTTTTATACAAACACGTTCGTCAAA--------GT----ACGT--T---GGTT--GGAAGTATGTT----GCTTTTAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACACTGCACAA-CTGTCCTGCTGGTAGCAGACGCATCTCAACTTCTGAGTAACTGACGTGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTAAATATTGCGTACGTTTAACTTACACTTACATGTAACTTGTTAGCAATACGTCGTTATACGC-GAAAAT--TGTATGCATGCACAAAATTTTGGGTAG-----TGTT--CAGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-TCATCGTAT----TT----CAGCGTGCTCG-TAT----CTTATTAGAAA---CGTACCCAT--AATGTTTTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTT-TTATACGTCGGTATAC-GCTGATGCTGGCCTACGTTAATGTGCGACAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACACAATGAAAAT--TTTATACATGCACAAAATT-------------------CAGCGTA-CAA-----------------ATG-TCATCGTAT----TT----CAGCGCTCTCG-TAA----CCTGTTAGAAA---CGCACCCA---AATATATCGAACGTAC---AC-CAACGTGTTTGTTAAATTT-------------------CTGATGCTA---TACGTCAAtt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tg-A--CCTCCACCAAC-AC-C-TTTGTCCC--CATCTTCATCTGA-CGC--CATT-CTGACGATGACAGCCAATATCACCTTCTGCACACGCTCATATGTAC------TACAT----ATG--TGTAGCTTGCCCCTGAATTCT-G-
gi|12                         :                                                                                                  ttaagtaatcttcatccttaccAACTTATGCATAGCGTGATTAAGGGTACTTTGACGAC----T--ACGCGAGGTCATATATT-AAAAGAGGGGGCTCTCTAGGA-TAT---AAAACCACAGGTCAGTTTTGAAGTGGACGT-C-C-ATCA--AT-CAA--------------------------CATGT------------------CTCC--
gi|13                         :                                                                                                                                              ccaTACTTCGATGACCA------AGTAACGTCAGATAT--AAAAGCGGAGGCTCT--AAAA-CATA-AAACACAACAGCTCATTTTTGACGTGAACG--T-CGATCGCTATCCCG--------------------------CATGC------------------Ca
gi|14                         :                      agcgaattacagaggcATATGACTA-GCGTGTGTACAGCGAA-TTTTTAGCGTTCTTGGCTTCATGTGGAAACTTCTATCATAACAT----TAGTTGTAA-GTATGCATAATGTGTTTGATAGTGCTc
gi|15                         :                                                  GTGTGTACAGCGAATTTT-TAGCGTTCTTGGCTT-ATGTGG-AACTCATG-CATAACAT----TAGTG-TAAGTTATGCATAATGTGTTcagtttga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T--TTTATGCATGCACAAAATTTTAGTTTG-----TGTG--CAGCGTA-CGAC------AACAATTAGCATGTTCGTCACAT----TTTCGCCGGCATGTGCG-Tgatagtgctcagttgac
gi|18                         :                      TAGCTTATGCAA--GGGTATGACAGCGCGTGT--CCA-----------AG------TGACTT-AAGCGG-ACCTCGTG-CACAACGT----TTGTC-TAACTTGTGCCT-ACGTtttat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CCCAGCTAAAAAGTAACTTA-ATGTAACGTG----CGTAAA-------CGCGT--GCATAACCTACCTGTCGCGTACTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                             CGT-A-TGAACG--AT-CAG--------------------------CTTAC------------------AT----TA-A-----AAAATCTAGGACAGTAGCAGAAAGGGGCAGACGTTTGCAAT--------------A--CCTCC-TCGCCCAC-CCTC-TTCCC--CTTCTTCACCTCGTCGCAACA-T-TTCAGGGTCATAG--A-------CTTATGCACATACTCATATGTACATGTACCAAATACCGGTACATGTATTTGTCCCCTGAACTCT-GGCAAAT----ACGCTACATGTAAGCTA-------ACACGTTCAGTGCGTT--ACACACGTTTTA----AACACGTACAGTAAG--------TT----CTATAAT---GACTTCAGAAGTATGTT----ACCCATAGGTTATAA-TAAGTTACACGTACGCTGCACAAATTACTCTGCTGGTTGCCATCGTATTTCAACTTATGTGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTATCGCGTACTTCTAACTTAC-------------------GCAACACGTCAGCATACACTGAAAAA--TTTATGCATGCACACAATTTCGGGCCG-----CGTT--TGGCATA-CAACTTACATGAC--TT---ATG-CCATCGTAT----TT----CAGCGT-CACG-CAA----CTTGTTTTAAA----------AT---ACGTATTCAACGTA----------CGTGTTTGCT---TTTCTCATACGTCGTCATGC-ACTGCTGCTA---TACGCCAATGTGTGACAG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCATACGTCGGCATACGGCTGATGCTATG-TACACCAATGTGTGACAGg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GCGTA-CATC-----------TT---ATG-CCATCGTAT----TT----CAGCGTGCTCG-TAcccca
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AC-GCTGATGCTG---TACGTCAATGTGTGACAG
gi|3                          :                              GCAT--AT-TATGTCCA-GCATGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCTTTCTTGACTA-ATGCGG-AACTCATG-CACAACGTACGTTAATC-TAA----TGCATAGCGCGTTGGAGCGCCCTTTGACGACCA-CT-----TGACGTCATATAT--AAAAGCGAAAGCTCTCTAGAA-CATA---AAACCACAGGTCATTTTTGAAGTGGGTGT---CGATCG--AT-CAA--------------------------CATGC------------------CCCC--CC-CCCCCCAAAATCAAGGAAAGTTGCAGGAAGAGGCTGACTTAAGCAATCGT---------A-AGACGGCTATTGGT-ACTC-TC-GTCGCAGCTTCT-CA---GG--GT--CC-C-CCG-TGATTGTAC--A-------CTTCTGCACATGTCCATATGTAC------CCCAT------A--TGTAGTTGACCCCTGAACAATAG-CAAATCCATATGCTTCCTGTAAGCTAGCTATAAACACGTATAGTGCGTTCTACGCACGTTTTA----AACA--TACGG------------------ACGT--C---A------GAAGTACGTT----GCCTATAGGTAAGAAATAAGTTACGCGTATGCTGCACAATTT-CCCTGCTGGTGACCGATGTATCTCAACTTGTGAGTAACTTGCATG---------------------------------------TACCTGCCGCGCACTTCTAACTTACGc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aCCATCTTC-AT-C-TC-GTCGCAACTTCT-CAGGGTG-CGC--CG-------CGATTGTAG--A-------CTTATGCACATGCTCATATATAC------CAAAT----GTA--TGTAGTTGTCCCCTGAACTCT-G---------------TCCGATAAGCCA----TAAACACCTTCAGTGCGTACTACACACGTTTTA----AGCACGTTCAGTAA---------GTTTTAAGGA--C---GTCT--T-AAGTACGTG----GCATATAGATTAGAAATAGGTTGC--------------------CCTGCTGGTAACATACGTATCTCAACTTATGAGTAACTAATATGTATCATG----CGTGAA-------TACGT----ATAACTAACCTATCACGTACTTCTAACTTACGCCTA------ACGTGCAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAA--ATTATGCATGCACAAAATTTTGGGCAG-----CGCT--CGGCGTA-CAAA------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----TT----CAACGTGCTTG-TAA----CTTGCTAAAAA---CGTATCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCATGTTTGTTAAATTTCTGATACGTCAGCATAC-ACTAATGCAA---TACGTCAATGTGTGACA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cgctatcccgcatgcTCCAGACATGTTTTATA--AACATGTTTTGTAAATGTGCAGTGT----AAGT--TACAGACT--GAGAG-AAGTTAGAAGGCT----GTTGACAATA-GTTACACTTATGCTACATGAATT-CTCAGCTGGCTGCTGAAGAGTGTCAACATGTGAGGAA--------TA---TG----CGTGAA-------CTTGTTAAAATTACTTAACTGTTGGGTGC----AAC---CAACTA------A------AGCAGTTTGTGAGTGTATG-TAAAAATATTTTATGCATTTACAAAATTATGCTTTG-----CTTT--CAGTATA-GGAG------AAC--TT---ATA-CCACTGTGT----CC----CAGCACACTCA-TAA----ATTCTGAAAAAAATCACTCCTATTAAAAGTAGTCACTGTAC---AT-CAGCGTGTGTG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GTT----GCTTATAGGTTAGAAACAAGTTGC--------------------CCTGCTGGTAACCGACGTATCTCAGCTAAAAAGTAACTTAAAGCTGACATGATTTCATAAATATANNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACTTACACCTA------ACGTGTAAGCAATACGTCGAAATACGCTGAAAAT--GTAATGCATGC--------------TG-----CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----TTGAT-CAGCGTGCTCG-TAATTAACCTGTTATAAA---CGTACTCAT--AACGTATTCAA----------------TGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGACATAC-t
gi|7                          : AACCCATCTCCAATGTAAATATAACTTATGTAAGCATATATGACGACGA--GTGTCCAGCGAATTCTTTGGCGTTCTTGACTT-ATACGG-AACTTTTG-CACATTGT----TAGTC-TAACGT--------TGTCCTCGAGCGTACTTCGAAGACCA-TT--AAGTGACGTCAAATATT--AAATCGGAAGATCTCTAAAA-CATATAAA--------------TTTTAAGTGGACGTCT-CGATCG--AT-CAA--------------------------CATTCTATTCTATATTCTATTCACTCCTTCATA-----TAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGG
gi|8                          :                                 a--ATATATGACAACGAGTGT--CCAGCGAATTTCTTAGCGTTCTTGACTT-ATACGG-ATCTTATG-CACATTGT----TAGTC-TAACTTGTCC---------TCGAGCATACTTCGAAGACCA-TT--AAGTGACGTCAGATATTAAATAG--GAAGATCTCTAAAAACAAATAAA--------------TTTTAAGTGGACGT-TTCGATCG--AT-CAGCATTCTATTCTATTCTATATTCTATTCATTC------------------CTTC--AT-A-----TAAATCAAGGAAAGTTGCAGAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cCGGCATACGATAAAAAT--TTTATTCATGCACAAAACTT--GCTCGTAATTTGTTAATAACGTATTAAT------AAC--GC---AT--CCAACGTACCTCACT----CAGCGTGTTTGCTAA----ATT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCTCG-TAA----TTTGTTAATAA---CGTATTAAT--AACGCATCCAACGTACCTCACTCAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACATCGTCAAAC-GCTGATGTTA---TACGTCAATATGTGACAGtctcatacatcgtcaaacgctgatgttatacgtcaatatgtgacagcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGAATATGACCTTAAGCAATTGTAGAATGGTTATGTGGTACTTTCATCGCAGATTCAAAGTGTTCGCCATGATTGTACATGTCTGCGCATGTCCA






Alignments
lowQualScore                  :                                  11         111      11                                                     1111                                              111111               1                           11111111111111111               222              99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                                        88888888888888888           1             33     1  111111   11  2222222         3333333333                       22222222222222222222                       3333333333                 22222                                3333              777777777777777777777777777777777         1111                        55555555555555555555                                                   1111      2222222222222222                                    3333333333333                                                2222222222222                 11111111                      1111111111111           1111              111                           111111                                               111                  
lowQualScore                  :                                  11  1      333 2    22        1   1    0          5   1  5     6  5        2222     5   88 3   4444    0 3             1     999999          1    5   6  2     1   2     6    66666666666666666    1          222      77  5   00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000                           3            66666666666666666     44  1 6  8 8  8     66 1   5  333333   11  2222222    6    2222222222         0             88888888888888888888        1    0       8 9999999999 22  1           44444      0                         6666    3  1 1 3  444444444444444444444444444444444   0 1   4444    3             1     22222222222222222222         1  1                         1 6     5 1  2222      0000000000000000                    2            3  8888888888888                   4       66                   5555555555555    66       4   66666666  66  777   4         3333333333333           2222          1   000         77                666666                   6          3     5          777                  
lowQualScore                  :                                  ..  .      ... .    ..        .   .    .          .   .  .     .  .        ....     .   .. .   ....    . .             .     ......          .    .   .  .     .   .     .    .................    .          ...      ..  .   .................................................................                           .            .................     ..  . .  . .  .     .. .   .  ......   ..  .......    .    ..........         .             ....................        .    .       . .......... ..  .           .....      .                         ....    .  . . .  .................................   . .   ....    .             .     ....................         .  .                         . .     . .  ....      ................                    .            .  .............                   .       ..                   .............    ..       .   ........  ..  ...   .         .............           ....          .   ...         ..                ......                   .          .     .          ...                  
lowQualScore                  :                                  00  7      555 5    77        4   4    7          7   7  7     3  7        1111     7   66 9   0000    3 7             0     777777          0    5   7  5     0   5     7    55555555555555555    0          333      99  7   11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                           7            11111111111111111     66  0 0  0 0  0     44 4   8  666666   00  4444444    4    8888888888         8             00000000000000000000        0    8       0 0000000000 88  0           55555      2                         8888    2  4 4 8  888888888888888888888888888888888   8 4   2222    5             7     33333333333333333333         0  0                         6 6     1 7  1111      1111111111111111                    9            2  8888888888888                   3       99                   4444444444444    99       4   44444444  11  888   4         7777777777777           5555          0   000         99                666666                   7          0     0          999                  
consensus                     : AACCCATCTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACNACGCGTGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCGTTCTTGACTT-ATGCGG-AACTCGTG-CACAACGT----TAGTC-TAACTTATGCATAACGTGTTCGAGCGTACTTCGACGACCA-TT--AAGTGACGTCANATATTAAA-AGCGGAAGCTCTCTAGAA-CATATAAAAACCACAGGTCATTTTTNAAGTGGACGT-T-CGATCG--AT-CAG--------------------------CATGC------------------CTCC--NA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGGGGCCGACTTTAGCAATC-T---------A-A--CCTCCATCGNC-AC-C-TC-GTCCCA-CTTCTTCATCTGG-CGC--CA-T-CTGACGATCGTAG--A-------CTTCTGCACATGCTCATATGTAC------CACAT----GTA--TGTAGTTGNCCCCTGAACTCT-G-CGAAT----ACGCTNCCTGTAAGCTA----TAAACACGTTCAGTGCGTTCTACACACGTTTTATA--AACACGTTCGGTAAA--------GT----ANGT--C---GACT--GGAAGTACGTT----GCCTATAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACGCTGCACGA-TT-CCCTGCTGGTNGCCGACGTATCTCAACTTATGAGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTGTCGCGTACTTCTAACTTACGCCTA------ACGTGTAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAT--TTTATGCATGCACAAAATTTTGGNTCG-----CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TAACTTGTTANAAA---CGTACCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGGCATAC-GCTGATGCTA---TACGTCAATGTGTGACAG
Reference ( family-880 )      : AACCCATCTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACNACGCGTGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCGTTCTTGACTT-ATGCGG-AACTCGTG-CACAACGT----TAGTC-TAACTTATGCATAACGTGTTCGAGCGTACTTCGACGACCA-TT--AAGTGACGTCANATATTAAA-AGCGGAAGCTCTCTAGAA-CATATAAAAACCACAGGTCATTTTTNAAGTGGACGT-T-CGATCG--AT-CAG--------------------------CATGC------------------CTCC--NA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGGGGCCGACTTTAGCAATC-T---------A-A--CCTCCATCGNC-AC-C-TC-GTCCCA-CTTCTTCATCTGG-CGC--CA-T-CTGACGATCGTAG--A-------CTTCTGCACATGCTCATATGTAC------CACAT----GTA--TGTAGTTGNCCCCTGAACTCT-G-CGAAT----ACGCTNCCTGTAAGCTA----TAAACACGTTCAGTGCGTTCTACACACGTTTTATA--AACACGTTCGGTAAA--------GT----ANGT--C---GACT--GGAAGTACGTT----GCCTATAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACGCTGCACGA-TT-CCCTGCTGGTNGCCGACGTATCTCAACTTATGAGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTGTCGCGTACTTCTAACTTACGCCTA------ACGTGTAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAT--TTTATGCATGCACAAAATTTTGGNTCG-----CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TAACTTGTTANAAA---CGTACCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGGCATAC-GCTGATGCTA---TACGTCAATGTGTGACAG
gi|1                          : AACTTATTTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACA--GAATGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCTTTCTTGACTT-ATG----AACTCATG-CACAACGT----TAGTC-TAACGTATGTATAACGTGTTGGAGCGTACTTCGACGACCAATTGCAAGTGACGTCAAATAT---A-AGCGGAAGTTCTGTAGAA-CATATAAAAACCACAGGTCTTTGTTTAAGTGAACGT---CGATCA--AT-CAA--------------------------CATGC------------------CTCT--GA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGGAGGGGGTCGACTTTAGCAATC-TTCATCCTTAACA--CCTCCA-CGCCTAC-C-TC-GTCCC--CATCTACATCTGA-CAC--CA-TACTGACGATGATAG--C-------CTTCAGCAC-----TAAATATAC-------ACGT----GTA--TGTAGTTGACCCC-AAATTCT-GATGAAT----ACTCTATCTATAAGCTA----TAAACAAATTTAGTGCGTTCTACACCCGTTTTATACAAACACGTTCGTCAAA--------GT----ACGT--T---GGTT--GGAAGTATGTT----GCTTTTAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACACTGCACAA-CTGTCCTGCTGGTAGCAGACGCATCTCAACTTCTGAGTAACTGACGTGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTAAATATTGCGTACGTTTAACTTACACTTACATGTAACTTGTTAGCAATACGTCGTTATACGC-GAAAAT--TGTATGCATGCACAAAATTTTGGGTAG-----TGTT--CAGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-TCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TATCTTATTAGAAA---CGTACCCAT--AATGTTTTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTT-TTATACGTCGGTATAC-GCTGATGCTGGCCTACGTTAATGTGCGACAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACACAATGAAAAT--TTTATACATGCACAAAATT-------------------CAGCGTA-CAA-----------------ATG-TCATCGTAT----T---T----CAGCGCTCTCG----TAACCTGTTAGAAA---CGCACCCA---AATATATCGAACGTAC---AC-CAACGTGTTTGTTAAATTT-------------------CTGATGCTA---TACGTCAAtt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tg-A--CCTCCACCAAC-AC-C-TTTGTCCC--CATCTTCATCTGA-CGC--CATT-CTGACGATGACAGCCAATATCACCTTCTGCACACGCTCATATGTAC------TACAT----ATG--TGTAGCTTGCCCCTGAATTCT-G-
gi|12                         :                                                                                                  ttaagtaatcttcatccttaccAACTTATGCATAGCGTGATTAAGGGTACTTTGACGAC----T--ACGCGAGGTCATATATTAAA-AGAGGGGGCTCTCTAGGA-TATA---AAACCACAGGTCAGTTTTGAAGTGGACGT-C-C-ATCA--AT-CAA--------------------------CATGT------------------CTCC--
gi|13                         :                                                                                                                                              ccaTACTTCGATGACCA------AGTAACGTCAGATAT-AAA-AGCGGAGGCTCT--AAAA-CATA-AAACACAACAGCTCATTTTTGACGTGAACG--T-CGATCGCTATCCCG--------------------------CATGC------------------Ca
gi|14                         :                      agcgaattacagaggcATATGACTA-GCGTGTGTACAGCGAA-TTTTTAGCGTTCTTGGCTTCATGTGGAAACTTCTATCATAACAT----TAGTTGTAA-GTATGCATAATGTGTTTGATAGTGCTc
gi|15                         :                                                  GTGTGTACAGCGAATTTT-TAGCGTTCTTGGCTT-ATGTGG-AACTCATG-CATAACAT----TAGTG-TAAGTTATGCATAATGTGTTcagtttga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T--TTTATGCATGCACAAAATTTTAGTTTG-----TGTG--CAGCGTA-CGAC------AACAATTAGCATGTTCGTCACAT----T---TTCGCCGGCATGTGCG----Tgatagtgctcagttgac
gi|18                         :                      TAGCTTATGCAA--GGGTATGACAGCGCGTGT--CCA-----------AG------TGACTT-AAGCGG-ACCTCGTG-CACAACGT----TTGTC-TAACTTGTGCCT-ACGTtttat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CCCAGCTAAAAAGTAACTTA-ATGTAACGTG----CGTAAA-------CGCGT--GCATAACCTACCTGTCGCGTACTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                             CGT-A-TGAACG--AT-CAG--------------------------CTTAC------------------AT----TA-A-----AAAATCTAGGACAGTAGCAGAAAGGGGCAGACGTTTGCAAT--------------A--CCTCC-TCGCCCAC-CCTC-TTCCC--CTTCTTCACCTCGTCGCAACA-T-TTCAGGGTCATAG--A-------CTTATGCACATACTCATATGTACATGTACCAAATACCGGTACATGTATTTGTCCCCTGAACTCT-GGCAAAT----ACGCTACATGTAAGCTA-------ACACGTTCAGTGCGTT--ACACACGTTTTA----AACACGTACAGTAAG--------TT----CTATAAT---GACTTCAGAAGTATGTT----ACCCATAGGTTATAA-TAAGTTACACGTACGCTGCACAAATTACTCTGCTGGTTGCCATCGTATTTCAACTTATGTGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTATCGCGTACTTCTAACTTACGC-------------------AACACGTCAGCATACACTGAAAAA--TTTATGCATGCACACAATTTCGGGCCG-----CGTT--TGGCATA-CAACTTACATGAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGT-CACG----CAACTTGTTTTAAA----------AT--A-CGTATTCAACGTAC----------GTGTTTGCT---TTTCTCATACGTCGTCATGC-ACTGCTGCTA---TACGCCAATGTGTGACAG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TCATACGTCGGCATACGGCTGATGCTATG-TACACCAATGTGTGACAGg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GCGTA-CATC-----------TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TAcccca
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AC-GCTGATGCTG---TACGTCAATGTGTGACAG
gi|3                          :                              GCAT--AT-TATGTCCA-GCATGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCTTTCTTGACTA-ATGCGG-AACTCATG-CACAACGTACGTTAATC-TAA----TGCATAGCGCGTTGGAGCGCCCTTTGACGACCA-CT-----TGACGTCATATAT-AAA-AGCGAAAGCTCTCTAGAA-CATA---AAACCACAGGTCATTTTTGAAGTGGGTGT---CGATCG--AT-CAA--------------------------CATGC------------------CCCC--CC-CCCCCCAAAATCAAGGAAAGTTGCAGGAAGAGGCTGACTTAAGCAATCGT---------A-AGACGGCTATTGGT-ACTC-TC-GTCGCAGCTTCT-CA---GG--GT--CC-C-CCG-TGATTGTAC--A-------CTTCTGCACATGTCCATATGTAC------CCCAT------A--TGTAGTTGACCCCTGAACAATAG-CAAATCCATATGCTTCCTGTAAGCTAGCTATAAACACGTATAGTGCGTTCTACGCACGTTTTA----AACA--TACGG------------------ACGT--C---A------GAAGTACGTT----GCCTATAGGTAAGAAATAAGTTACGCGTATGCTGCACAATTT-CCCTGCTGGTGACCGATGTATCTCAACTTGTGAGTAACTTGCATG---------------------------------------TACCTGCCGCGCACTTCTAACTTACGc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aCCATCTTC-AT-C-TC-GTCGCAACTTCT-CAGGGTG-CGC--CG-------CGATTGTAG--A-------CTTATGCACATGCTCATATATAC------CAAAT----GTA--TGTAGTTGTCCCCTGAACTCT-G---------------TCCGATAAGCCA----TAAACACCTTCAGTGCGTACTACACACGTTTTA----AGCACGTTCAGTAA---------GTTTTAAGGA--C---GTCT--T-AAGTACGTG----GCATATAGATTAGAAATAGGTTGC--------------------CCTGCTGGTAACATACGTATCTCAACTTATGAGTAACTAATATGTATCATG----CGTGAA-------TACGT----ATAACTAACCTATCACGTACTTCTAACTTACGCCTA------ACGTGCAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAA--ATTATGCATGCACAAAATTTTGGGCAG-----CGCT--CGGCGTA-CAAA------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAACGTGCTTG----TAACTTGCTAAAAA---CGTATCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCATGTTTGTTAAATTTCTGATACGTCAGCATAC-ACTAATGCAA---TACGTCAATGTGTGACA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cgctatcccgcatgcTCCAGACATGTTTTATA--AACATGTTTTGTAAATGTGCAGTGT----AAGT--TACAGACT--GAGAG-AAGTTAGAAGGCT----GTTGACAATA-GTTACACTTATGCTACATGAATT-CTCAGCTGGCTGCTGAAGAGTGTCAACATGTGAGGAA--------TA---TG----CGTGAA-------CTTGTTAAAATTACTTAACTGTTGGGTGC----AAC---CAACTA------A------AGCAGTTTGTGAGTGTATG-TAAAAATATTTTATGCATTTACAAAATTATGCTTTG-----CTTT--CAGTATA-GGAG------AAC--TT---ATA-CCACTGTGT----C---C----CAGCACACTCA----TAAATTCTGAAAAAAATCACTCCTATTAAAAGTAGTCACTGTAC---AT-CAGCGTGTGTG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GTT----GCTTATAGGTTAGAAACAAGTTGC--------------------CCTGCTGGTAACCGACGTATCTCAGCTAAAAAGTAACTTAAAGCTGACATGATTTCATAAATATANNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACTTACACCTA------ACGTGTAAGCAATACGTCGAAATACGCTGAAAAT--GTAATGCATGC--------------TG-----CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----TTGAT----CAGCGTGCTCGTAATTAACCTGTTATAAA---CGTACTCAT--AACGTATTCAA----------------TGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGACATAC-t
gi|7                          : AACCCATCTCCAATGTAAATATAACTTATGTAAGCATATATGACGACGAGTGT--CCAGCGAATTCTTTGGCGTTCTTGACTT-ATACGG-AACTTTTG-CACATTGT----TAGTC-TAACGT--------TGTCCTCGAGCGTACTTCGAAGACCA-TT--AAGTGACGTCAAATATTAAA--TCGGAAGATCTCTAAAA-CATATAAA--------------TTTTAAGTGGACGTCT-CGATCG--AT-CAA--------------------------CATTCTATTCTATATTCTATTCACTCCTTCATA-----TAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGG
gi|8                          :                                 a--ATATATGACAACGAGTGT--CCAGCGAATTTCTTAGCGTTCTTGACTT-ATACGG-ATCTTATG-CACATTGT----TAGTC-TAACTTGTCC---------TCGAGCATACTTCGAAGACCA-TT--AAGTGACGTCAGATATTAAATAG--GAAGATCTCTAAAAACAAATAAA--------------TTTTAAGTGGACGT-TTCGATCG--AT-CAGCATTCTATTCTATTCTATATTCTATTCATTC------------------CTTC--AT-A-----TAAATCAAGGAAAGTTGCAGAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cCGGCATACGATAAAAAT--TTTATTCATGCACAAAACTT--GCTCGTAATTTGTTAATAACGTATTAAT------AAC--GC---AT--CCAACGTACCTCAC---T----CAGCGTGTTTGC---TAAATT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TGCTCG----TAATTTGTTAATAA---CGTATTAAT--AACGCATCCAACGTACCTCACTCAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACATCGTCAAAC-GCTGATGTTA---TACGTCAATATGTGACAGtctcatacatcgtcaaacgctgatgttatacgtcaatatgtgacagcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGAATATGACCTTAAGCAATTGTAGAATGGTTATGTGGTACTTTCATCGCAGATTCAAAGTGTTCGCCATGATTGTACATGTCTGCGCATGTCCA






Alignments
lowQualScore                  :                                  11         111      11                                                     1111                                              111111               1                           11111111111111111               222              99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                                        88888888888888888           1             33     1  111111   11  2222222         3333333333                       22222222222222222222                       3333333333                 22222                                3333              777777777777777777777777777777777         1111                        55555555555555555555                                                   1111      2222222222222222                                    3333333333333                                                2222222222222                 11111111                      1111111111111           1111              111                           111111                                               111                  
lowQualScore                  :                                  11  1      333 2    22        1   1    0          5   1  5     6  5        2222     5   88 3   4444    0 3             1     999999          1    5   6  2     1   2     6    66666666666666666    1          222      77  5   00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000                           3            66666666666666666     44  1 6  8 8  8     66 1   5  333333   11  2222222    6    2222222222         0             88888888888888888888        1    0       8 9999999999 22  1           44444      0                         6666    3  1 1 3  444444444444444444444444444444444   0 1   4444    3             1     22222222222222222222         1  1                         1 6     5 1  2222      0000000000000000                    2            3  8888888888888                   4       66                   5555555555555    66       4   66666666  66  777   4         3333333333333           2222          1   000         77                666666                   6          3     5          777                  
lowQualScore                  :                                  ..  .      ... .    ..        .   .    .          .   .  .     .  .        ....     .   .. .   ....    . .             .     ......          .    .   .  .     .   .     .    .................    .          ...      ..  .   .................................................................                           .            .................     ..  . .  . .  .     .. .   .  ......   ..  .......    .    ..........         .             ....................        .    .       . .......... ..  .           .....      .                         ....    .  . . .  .................................   . .   ....    .             .     ....................         .  .                         . .     . .  ....      ................                    .            .  .............                   .       ..                   .............    ..       .   ........  ..  ...   .         .............           ....          .   ...         ..                ......                   .          .     .          ...                  
lowQualScore                  :                                  00  7      555 5    77        4   4    7          7   7  7     3  7        1111     7   66 9   0000    3 7             0     777777          0    5   7  5     0   5     7    55555555555555555    0          333      99  7   11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                           7            11111111111111111     66  0 0  0 0  0     44 4   8  666666   00  4444444    4    8888888888         8             00000000000000000000        0    8       0 0000000000 88  0           55555      2                         8888    2  4 4 8  888888888888888888888888888888888   8 4   2222    5             7     33333333333333333333         0  0                         6 6     1 7  1111      1111111111111111                    9            2  8888888888888                   3       99                   4444444444444    99       4   44444444  11  888   4         7777777777777           5555          0   000         99                666666                   7          0     0          999                  
consensus                     : AACCCATCTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACNACGCGTGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCGTTCTTGACTT-ATGCGG-AACTCGTG-CACAACGT----TAGTC-TAACTTATGCATAACGTGTTCGAGCGTACTTCGACGACCA-TT--AAGTGACGTCANATATTAAA-AGCGGAAGCTCTCTAGAA-CATATAAAAACCACAGGTCATTTTTNAAGTGGACGT-T-CGATCG--AT-CAG--------------------------CATGC------------------CTCC--NA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGGGGCCGACTTTAGCAATC-T---------A-A--CCTCCATCGNC-AC-C-TC-GTCCCA-CTTCTTCATCTGG-CGC--CA-T-CTGACGATCGTAG--A-------CTTCTGCACATGCTCATATGTAC------CACAT----GTA--TGTAGTTGNCCCCTGAACTCT-G-CGAAT----ACGCTNCCTGTAAGCTA----TAAACACGTTCAGTGCGTTCTACACACGTTTTATA--AACACGTTCGGTAAA--------GT----ANGT--C---GACT--GGAAGTACGTT----GCCTATAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACGCTGCACGA-TT-CCCTGCTGGTNGCCGACGTATCTCAACTTATGAGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTGTCGCGTACTTCTAACTTACGCCTA------ACGTGTAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAT--TTTATGCATGCACAAAATTTTGGNTCG-----CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TAACTTGTTANAAA---CGTACCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGGCATAC-GCTGATGCTA---TACGTCAATGTGTGACAG
Reference ( family-880 )      : AACCCATCTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACNACGCGTGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCGTTCTTGACTT-ATGCGG-AACTCGTG-CACAACGT----TAGTC-TAACTTATGCATAACGTGTTCGAGCGTACTTCGACGACCA-TT--AAGTGACGTCANATATTAAA-AGCGGAAGCTCTCTAGAA-CATATAAAAACCACAGGTCATTTTTNAAGTGGACGT-T-CGATCG--AT-CAG--------------------------CATGC------------------CTCC--NA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGGGGCCGACTTTAGCAATC-T---------A-A--CCTCCATCGNC-AC-C-TC-GTCCCA-CTTCTTCATCTGG-CGC--CA-T-CTGACGATCGTAG--A-------CTTCTGCACATGCTCATATGTAC------CACAT----GTA--TGTAGTTGNCCCCTGAACTCT-G-CGAAT----ACGCTNCCTGTAAGCTA----TAAACACGTTCAGTGCGTTCTACACACGTTTTATA--AACACGTTCGGTAAA--------GT----ANGT--C---GACT--GGAAGTACGTT----GCCTATAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACGCTGCACGA-TT-CCCTGCTGGTNGCCGACGTATCTCAACTTATGAGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTGTCGCGTACTTCTAACTTACGCCTA------ACGTGTAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAT--TTTATGCATGCACAAAATTTTGGNTCG-----CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TAACTTGTTANAAA---CGTACCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGGCATAC-GCTGATGCTA---TACGTCAATGTGTGACAG
gi|1                          : AACTTATTTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACA--GAATGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCTTTCTTGACTT-ATG----AACTCATG-CACAACGT----TAGTC-TAACGTATGTATAACGTGTTGGAGCGTACTTCGACGACCAATTGCAAGTGACGTCAAATAT---A-AGCGGAAGTTCTGTAGAA-CATATAAAAACCACAGGTCTTTGTTTAAGTGAACGT---CGATCA--AT-CAA--------------------------CATGC------------------CTCT--GA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGGAGGGGGTCGACTTTAGCAATC-TTCATCCTTAACA--CCTCCA-CGCCTAC-C-TC-GTCCC--CATCTACATCTGA-CAC--CA-TACTGACGATGATAG--C-------CTTCAGCAC-----TAAATATAC-------ACGT----GTA--TGTAGTTGACCCC-AAATTCT-GATGAAT----ACTCTATCTATAAGCTA----TAAACAAATTTAGTGCGTTCTACACCCGTTTTATACAAACACGTTCGTCAAA--------GT----ACGT--T---GGTT--GGAAGTATGTT----GCTTTTAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACACTGCACAA-CTGTCCTGCTGGTAGCAGACGCATCTCAACTTCTGAGTAACTGACGTGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTAAATATTGCGTACGTTTAACTTACACTTACATGTAACTTGTTAGCAATACGTCGTTATACGC-GAAAAT--TGTATGCATGCACAAAATTTTGGGTAG-----TGTT--CAGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-TCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TATCTTATTAGAAA---CGTACCCAT--AATGTTTTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTT-TTATACGTCGGTATAC-GCTGATGCTGGCCTACGTTAATGTGCGACAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACACAATGAAAAT--TTTATACATGCACAAAATT-------------------CAGCGTA-CAA-----------------ATG-TCATCGTAT----T---T----CAGCGCTCTCG----TAACCTGTTAGAAA---CGCACCCA---AATATATCGAACGTAC---AC-CAACGTGTTTGTTAAATTT-------------------CTGATGCTA---TACGTCAAtt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tg-A--CCTCCACCAAC-AC-C-TTTGTCCC--CATCTTCATCTGA-CGC--CATT-CTGACGATGACAGCCAATATCACCTTCTGCACACGCTCATATGTAC------TACAT----ATG--TGTAGCTTGCCCCTGAATTCT-G-
gi|12                         :                                                                                                  ttaagtaatcttcatccttaccAACTTATGCATAGCGTGATTAAGGGTACTTTGACGAC----T--ACGCGAGGTCATATATTAAA-AGAGGGGGCTCTCTAGGA-TATA---AAACCACAGGTCAGTTTTGAAGTGGACGT-C-C-ATCA--AT-CAA--------------------------CATGT------------------CTCC--
gi|13                         :                                                                                                                                              ccaTACTTCGATGACCA------AGTAACGTCAGATAT-AAA-AGCGGAGGCTCT--AAAA-CATA-AAACACAACAGCTCATTTTTGACGTGAACG--T-CGATCGCTATCCCG--------------------------CATGC------------------Ca
gi|14                         :                      agcgaattacagaggcATATGACTA-GCGTGTGTACAGCGAA-TTTTTAGCGTTCTTGGCTTCATGTGGAAACTTCTATCATAACAT----TAGTTGTAA-GTATGCATAATGTGTTTGATAGTGCTc
gi|15                         :                                                  GTGTGTACAGCGAATTTT-TAGCGTTCTTGGCTT-ATGTGG-AACTCATG-CATAACAT----TAGTG-TAAGTTATGCATAATGTGTTcagtttga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T--TTTATGCATGCACAAAATTTTAGTTTG-----TGTG--CAGCGTA-CGAC------AACAATTAGCATGTTCGTCACAT----T---TTCGCCGGCATGTGCG----Tgatagtgctcagttgac
gi|18                         :                      TAGCTTATGCAA--GGGTATGACAGCGCGTGT--CCA-----------AG------TGACTT-AAGCGG-ACCTCGTG-CACAACGT----TTGTC-TAACTTGTGCCT-ACGTtttat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CCCAGCTAAAAAGTAACTTA-ATGTAACGTG----CGTAAA-------CGCGT--GCATAACCTACCTGTCGCGTACTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                             CGT-A-TGAACG--AT-CAG--------------------------CTTAC------------------AT----TA-A-----AAAATCTAGGACAGTAGCAGAAAGGGGCAGACGTTTGCAAT--------------A--CCTCC-TCGCCCAC-CCTC-TTCCC--CTTCTTCACCTCGTCGCAACA-T-TTCAGGGTCATAG--A-------CTTATGCACATACTCATATGTACATGTACCAAATACCGGTACATGTATTTGTCCCCTGAACTCT-GGCAAAT----ACGCTACATGTAAGCTA-------ACACGTTCAGTGCGTT--ACACACGTTTTA----AACACGTACAGTAAG--------TT----CTATAAT---GACTTCAGAAGTATGTT----ACCCATAGGTTATAA-TAAGTTACACGTACGCTGCACAAATTACTCTGCTGGTTGCCATCGTATTTCAACTTATGTGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTATCGCGTACTTCTAACTTACGC-------------------AACACGTCAGCATACACTGAAAAA--TTTATGCATGCACACAATTTCGGGCCG-----CGTT--TGGCATA-CAACTTACATGAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGT-CACG----CAACTTGTTTTAAA----------AT--A-CGTATTCAACGTAC----------GTGTTTGCT---TTTCTCATACGTCGTCATGC-ACTGCTGCTA---TACGCCAATGTGTGACAG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TCATACGTCGGCATACGGCTGATGCTATG-TACACCAATGTGTGACAGg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GCGTA-CATC-----------TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TAcccca
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AC-GCTGATGCTG---TACGTCAATGTGTGACAG
gi|3                          :                              GCAT--AT-TATGTCCA-GCATGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCTTTCTTGACTA-ATGCGG-AACTCATG-CACAACGTACGTTAATC-TAA----TGCATAGCGCGTTGGAGCGCCCTTTGACGACCA-CT-----TGACGTCATATAT-AAA-AGCGAAAGCTCTCTAGAA-CATA---AAACCACAGGTCATTTTTGAAGTGGGTGT---CGATCG--AT-CAA--------------------------CATGC------------------CCCC--CC-CCCCCCAAAATCAAGGAAAGTTGCAGGAAGAGGCTGACTTAAGCAATCGT---------A-AGACGGCTATTGGT-ACTC-TC-GTCGCAGCTTCT-CA---GG--GT--CC-C-CCG-TGATTGTAC--A-------CTTCTGCACATGTCCATATGTAC------CCCAT------A--TGTAGTTGACCCCTGAACAATAG-CAAATCCATATGCTTCCTGTAAGCTAGCTATAAACACGTATAGTGCGTTCTACGCACGTTTTA----AACA--TACGG------------------ACGT--C---A------GAAGTACGTT----GCCTATAGGTAAGAAATAAGTTACGCGTATGCTGCACAATTT-CCCTGCTGGTGACCGATGTATCTCAACTTGTGAGTAACTTGCATG---------------------------------------TACCTGCCGCGCACTTCTAACTTACGc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aCCATCTTC-AT-C-TC-GTCGCAACTTCT-CAGGGTG-CGC--CG-------CGATTGTAG--A-------CTTATGCACATGCTCATATATAC------CAAAT----GTA--TGTAGTTGTCCCCTGAACTCT-G---------------TCCGATAAGCCA----TAAACACCTTCAGTGCGTACTACACACGTTTTA----AGCACGTTCAGTAA---------GTTTTAAGGA--C---GTCT--T-AAGTACGTG----GCATATAGATTAGAAATAGGTTGC--------------------CCTGCTGGTAACATACGTATCTCAACTTATGAGTAACTAATATGTATCATG----CGTGAA-------TACGT----ATAACTAACCTATCACGTACTTCTAACTTACGCCTA------ACGTGCAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAA--ATTATGCATGCACAAAATTTTGGGCAG-----CGCT--CGGCGTA-CAAA------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAACGTGCTTG----TAACTTGCTAAAAA---CGTATCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCATGTTTGTTAAATTTCTGATACGTCAGCATAC-ACTAATGCAA---TACGTCAATGTGTGACA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cgctatcccgcatgcTCCAGACATGTTTTATA--AACATGTTTTGTAAATGTGCAGTGT----AAGT--TACAGACT--GAGAG-AAGTTAGAAGGCT----GTTGACAATA-GTTACACTTATGCTACATGAATT-CTCAGCTGGCTGCTGAAGAGTGTCAACATGTGAGGAA--------TA---TG----CGTGAA-------CTTGTTAAAATTACTTAACTGTTGGGTGC----AAC---CAACTA------A------AGCAGTTTGTGAGTGTATG-TAAAAATATTTTATGCATTTACAAAATTATGCTTTG-----CTTT--CAGTATA-GGAG------AAC--TT---ATA-CCACTGTGT----C---C----CAGCACACTCA----TAAATTCTGAAAAAAATCACTCCTATTAAAAGTAGTCACTGTAC---AT-CAGCGTGTGTG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GTT----GCTTATAGGTTAGAAACAAGTTGC--------------------CCTGCTGGTAACCGACGTATCTCAGCTAAAAAGTAACTTAAAGCTGACATGATTTCATAAATATANNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACTTACACCTA------ACGTGTAAGCAATACGTCGAAATACGCTGAAAAT--GTAATGCATGC--------------TG-----CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----TTGAT----CAGCGTGCTCGTAATTAACCTGTTATAAA---CGTACTCAT--AACGTATTCAA----------------TGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGACATAC-t
gi|7                          : AACCCATCTCCAATGTAAATATAACTTATGTAAGCATATATGACGACGAGTGT--CCAGCGAATTCTTTGGCGTTCTTGACTT-ATACGG-AACTTTTG-CACATTGT----TAGTC-TAACGT--------TGTCCTCGAGCGTACTTCGAAGACCA-TT--AAGTGACGTCAAATATTAAA--TCGGAAGATCTCTAAAA-CATATAAA--------------TTTTAAGTGGACGTCT-CGATCG--AT-CAA--------------------------CATTCTATTCTATATTCTATTCACTCCTTCATA-----TAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGG
gi|8                          :                                 a--ATATATGACAACGAGTGT--CCAGCGAATTTCTTAGCGTTCTTGACTT-ATACGG-ATCTTATG-CACATTGT----TAGTC-TAACTTGTCC---------TCGAGCATACTTCGAAGACCA-TT--AAGTGACGTCAGATATTAAATAG--GAAGATCTCTAAAAACAAATAAA--------------TTTTAAGTGGACGT-TTCGATCG--AT-CAGCATTCTATTCTATTCTATATTCTATTCATTC------------------CTTC--AT-A-----TAAATCAAGGAAAGTTGCAGAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cCGGCATACGATAAAAAT--TTTATTCATGCACAAAACTT--GCTCGTAATTTGTTAATAACGTATTAAT------AAC--GC---AT--CCAACGTACCTCAC---T----CAGCGTGTTTGC---TAAATT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TGCTCG----TAATTTGTTAATAA---CGTATTAAT--AACGCATCCAACGTACCTCACTCAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACATCGTCAAAC-GCTGATGTTA---TACGTCAATATGTGACAGtctcatacatcgtcaaacgctgatgttatacgtcaatatgtgacagcc


blockSeqs                     :                                  GC  A      AGC C    GT        T   T               C   T  A     C  T        ACGT     G   CT A   ATAG      T             C     TTA             T    T   T  A     C   C     A    AAACACAACAGCTCAT     G          CT       CT  C   CATTCTATTCTATTCTATATTCTATTCATTCCTTCATAT                                                     A            CGTAAGA               AC  A C  T C  T     AG A   T  CCTCGT   AA  TTCTGA     G    CCAATATCAC                       ATGTACCAAATACCGGTACA        G            A CAAATCCAT  CG  A           GCTAT                                TA      C  A A T  ATGTGCAGTGTAAGTTACAGACTGA             T   AGAA    A             A     ACGTACGCTGCACAAATTAC         T  C                         T C     A G  ATTT      TATANNNNNNNNNN                      T            C  ACGTGCA                         A       AT                   TGCTCGTAATT      AA       T   CTTACATG  AA  AGC   T         TTTCGC                  TAAT          G   AAT         TA                CTCACT                   C          T     G          TG 
blockSeqs                     :                                  .   G      GAC C    GT        T   T               .   T  .     A  .        .        .   GT A   ATAA      T             T     TTA             G    T   .  C     C   C     .    AAACCACAGGTCAG       G          TT       .   .   CATTCTATTCTATATTCTATTCACTCCTTCATAT                                                          T            A                     AT  C .  . .  .     AA T   T  TCTGA    .   TTTCA      C    A                                TACATATG                    T            . GCAAAT     TG  T           T                                    .       C  A G T  GTTCTATAATGACTTCAG                    C   .       A             A     GCGTATGCTGCACAATTTC          G  C                         T C     A G  .         CTTGTTAAA                           T            C  ACGTGTA                         C       .                    TTAGTTTG         .        .   CA        .   .     .         CTCACT                  C             T   .           .                 AC                       C          G     .          .  
blockSeqs                     :                                  .   A      AAC C    GT        T   T               .   C  .     G  .        .        .   CT A   ATAA      G             C     TA              T    T   .  C     C   C     .    AAACCACAGGTCAT       G          C        .   .   CATGCCCCCCCCCCCCCA                                                                                                             AT  G .  . .  .     .  T   .  GGGTG    .   CCCG       T    A                                CAAATGTA                    A            . .          .   T           .                                    .       T  T A T  GTTTTAAGGACGTCTT                      C   .       A             G     ACTTATGCTACATGAATTC          A  A                         T T     T A  .         CGCGTGC                             T            C  A                               C       .                    TCGGGCCG         .        .   AA        .   .     .         TTGAT                   .             A   .           .                 AC                       C          G     .          .  
blockSeqs                     :                                  .   A      TA  A    .         T   T               .   C  .     A  .        .        .   CG G   ATAG      C             A     CT              A    .   .  C     A   C     .    TAAA                 T          T        .   .   CTTACATTAAA                                                                                                                    T   T .  . .  .     .  T   .  GG       .   .          T    A                                CCCATA                      T            .                                                                 .       .  T T .  ACGTCAG                               A   .       A             A     .                            T  T                         A A     A A  .         CGCGTGC                             T            .  .                               C       .                    TTGGGCAG         .        .   GA        .   .     .         TT                      .             A   .           .                 AT                       C          A     .          .  
blockSeqs                     :                                      .      CA  A    .         .   .               .   C  .     T  .        .        .   CT G   CTA       C             A     .               G    .   .  .     A   .     .    TAAA                 T          A        .   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .       .             .     .                            A  C                         T .     . .  .         TACGT                               N                                               A       .                    ATGCTTTG         .        .   CA        .   .     .         TT                      .             T   .           .                 .                        .          T     .          .  
blockSeqs                     :                                                      .         .   .               .   C  .     A  .        .        .   G  .   .                                                                                                              .        .   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           . .     . .  .         .                                   .                                               .       .                    TG               .        .   TA        .   .     .         TT                      .             A   .           .                 .                                   .     .          .  
blockSeqs                     :                                                                                                                          .  .   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .                    .                .        .   C         .   .     .         TT                      .                                                                                         .             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .   .         .   .     .         CC                      .                                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                                                                                                       


blockSeqCons                  :                                             AAC      GT                                                                                                       TTA***                                           TAAACCACAGTCA****               T**                                                                                                                                             AT                                                                                          CACATGTA************                                                                                       ****              GTTGGGACGTCAG********************                                                                                                                                                                          A************                                                                                                                                                                                                                                         ***
originalCons                  : AACCCATCTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACNACGCGTGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCGTTCTTGACTT-ATGCGG-AACTCGTG-CACAACGT----TAGTC-TAACTTATGCATAACGTGTTCGAGCGTACTTCGACGACCA-TT--AAGTGACGTCANATATTAAA-AGCGGAAGCTCTCTAGAA-CATATAAAAACCACAGGTCATTTTTNAAGTGGACGT-T-CGATCG--AT-CAG--------------------------CATGC------------------CTCC--NA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGGGGCCGACTTTAGCAATC-T---------A-A--CCTCCATCGNC-AC-C-TC-GTCCCA-CTTCTTCATCTGG-CGC--CA-T-CTGACGATCGTAG--A-------CTTCTGCACATGCTCATATGTAC------CACAT----GTA--TGTAGTTGNCCCCTGAACTCT-G-CGAAT----ACGCTNCCTGTAAGCTA----TAAACACGTTCAGTGCGTTCTACACACGTTTTATA--AACACGTTCGGTAAA--------GT----ANGT--C---GACT--GGAAGTACGTT----GCCTATAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACGCTGCACGA-TT-CCCTGCTGGTNGCCGACGTATCTCAACTTATGAGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTGTCGCGTACTTCTAACTTACGCCTA------ACGTGTAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAT--TTTATGCATGCACAAAATTTTGGNTCG-----CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TAACTTGTTANAAA---CGTACCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGGCATAC-GCTGATGCTA---TACGTCAATGTGTGACAG
finalCons                     : AACCCATCTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACAACGCGTGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCGTTCTTGACTT-ATGCGG-AACTCGTG-CACAACGT----TAGTC-TAACTTATGCATAACGTGTTCGAGCGTACTTCGACGACCATTA---AGTGACGTCANATATTAAA-AGCGGAAGCTCTCTAGAA-CATATAAACCACAGTCA----TTTTNAAGTGGACGTT--CGATCG--AT-CAG--------------------------CATGC------------------CTCC--NA-A-----AAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGGGGCCGACTTTAGCAATC-T---------A-A--CCTCCATCGNC-AC-C-TC-GTCCCA-CTTCTTCATCTGG-CGC--CA-T-CTGACGATCGTAG--A-------CTTCTGCACATGCTCATATGTACCACATGTA------------TGTAGTTGNCCCCTGAACTCT-G-CGAAT----ACGCTNCCTGTAAGCTA----TAAACACGTTCAGTGCGTTCTACACACGTTTTA----AACACGTTCGGTAAGTTGGGACGTCAG--------------------AAGTACGTT----GCCTATAGGTTAGAAATAAGTTACGCGTACGCTGCACGA-TT-CCCTGCTGGTNGCCGACGTATCTCAACTTATGAGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTGTCGCGTACTTCTAACTTACGCCTAA------------AGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAT--TTTATGCATGCACAAAATTTTGGNTCG-----CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TAACTTGTTANAAA---CGTACCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGGCATAC-GCTGATGCTA---TACGTCAATGTGTGACAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGAATATGACCTTAAGCAATTGTAGAATGGTTATGTGGTACTTTCATCGCAGATTCAAAGTGTTCGCCATGATTGTACATGTCTGCGCATGTCCA






Alignments
lowQualScore                  :                                  11         111                                                         1111                                                  111111               11                          1    55555555555555                2222              888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888                                          999999999999999            1             33        111111   11  2222222         3333333333                       333333333333333   11                       44444444              2222                                      2222         5555555555555555555555555               11111111           22222222           55555555555555555555                                                   1111      2222222222222222                                    8888888888888                                                2222222222222                 11111111                      1111111111111           1111              111                           111111                                               111                  
lowQualScore                  :                                  11  1      444 44   4         1   1    0          5   1  5     6  5    2222         5   55 0   4444    0 3             1     999999          1    00  6  2     9         6    1  6 33333333333333  6  1  6       0000      77  5   777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1                           3            555555555555555      44  1 6  8 8  8     66 1  66  333333   11  2222222    6    2222222222         0             333333333333333   11        1    0       8 55555555   22  1      1111     3      0                         8888    3  1 7777777777777777777777777     0   1     66666666           44444444    99     22222222222222222222         1  1                         1 6     5 1  2222      0000000000000000                    2            3  7777777777777                   4       66                   5555555555555    66       4   66666666  66  777   4         3333333333333           2222          1   000         77                666666                   6          3     5          777                  
lowQualScore                  :                                  ..  .      ... ..   .         .   .    .          .   .  .     .  .    ....         .   .. .   ....    . .             .     ......          .    ..  .  .     .         .    .  . ..............  .  .  .       ....      ..  .   ............................................................... .                           .            ...............      ..  . .  . .  .     .. .  ..  ......   ..  .......    .    ..........         .             ...............   ..        .    .       . ........   ..  .      ....     .      .                         ....    .  . .........................     .   .     ........           ........    ..     ....................         .  .                         . .     . .  ....      ................                    .            .  .............                   .       ..                   .............    ..       .   ........  ..  ...   .         .............           ....          .   ...         ..                ......                   .          .     .          ...                  
lowQualScore                  :                                  00  7      333 22   3         4   4    7          7   7  7     3  7    1111         7   55 9   0000    3 7             0     777777          0    55  7  5     3         7    7  7 77777777777777  7  0  7       3333      99  7   222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4                           7            111111111111111      66  0 0  0 0  0     44 4  88  666666   00  4444444    4    8888888888         8             888888888888888   00        0    8       0 00000000   88  0      2222     2      2                         0000    2  0 8888888888888888888888888     8   4     33333333           22222222    22     33333333333333333333         0  0                         6 6     1 7  1111      1111111111111111                    9            2  8888888888888                   3       99                   4444444444444    99       4   44444444  11  888   4         7777777777777           5555          0   000         99                666666                   7          0     0          999                  
consensus                     : AACCCATCTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACNACGCGTGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCGTTCTTGACTT-ATGCGG-AACTCGTG-CACA----ACGTTAGTC-TAACTTATGCATAACGTGTTCGAGCGTACTTCGACGACCA-TT--AAGTGACGTCANATATTAAA-AGCGGAAGNTCTCTAGAA-CATATAA-A--CCACA-G-TCA-TT-TTTAA-GTGGACGT-T-CGATCG--AT-CAG--------------------------CATG-----C------------------CTCC--NA-AAAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGGGGCCGACTTTAGCAATC-T---------A--ACCTCCATCGNC-AC-C-TC-GTCCCA-CTTCTTCATCTGG-CGC--CA-T-CTGACGATCGTAG--A-------CTTCTGCACATGCTCATATGTAC------CACAT----GTA--TGTAGTTGNCCCCTGAACTCT-G-CGA----ATACGCTNCCTGTA----AGCTATAAACACGTTCAGTGCGTTCTACACACGTTTTATA--AACACGTTCG-----GTAAGT-T-TA--GGGACGTCGGAAGTACGTTGC---CT---ATAGGTTAGAA--------ATAA--GTTACGCGTACGCTGCACGA-TT-CCCTGCTGGTNGCCGACGTATCTCAACTTATGAGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTGTCGCGTACTTCTAACTTACGCCTA------ACGTGTAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAT--TTTATGCATGCACAAAATTTTGGNTCG-----CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TAACTTGTTANAAA---CGTACCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGGCATAC-GCTGATGCTA---TACGTCAATGTGTGACAG
Reference ( family-880 )      : AACCCATCTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACAACGCGTGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCGTTCTTGACTT-ATGCGG-AACTCGTG-CACA----ACGTTAGTC-TAACTTATGCATAACGTGTTCGAGCGTACTTCGACGACCA-TT--AAGTGACGTCANATATTAAA-AGCGGAAGCTCTCTAGAA-CATATAA-A--CCACA-G-TCA-TT-TTNAA-GTGGACGT-T-CGATCG--AT-CAG--------------------------CATG-----C------------------CTCC--NA-AAAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGGGGCCGACTTTAGCAATC-T---------A--ACCTCCATCGNC-AC-C-TC-GTCCCA-CTTCTTCATCTGG-CGC--CA-T-CTGACGATCGTAG--A-------CTTCTGCACATGCTCATATGTAC------CACAT----GTA--TGTAGTTGNCCCCTGAACTCT-G-CGA----ATACGCTNCCTGTA----AGCTATAAACACGTTCAGTGCGTTCTACACACGTTTTA----AACACGTTCG-----GTAAGT-T-----GGGACGTCAGAAGTACGTTGC---CT---ATAGGTTAGAA--------ATAA--GTTACGCGTACGCTGCACGA-TT-CCCTGCTGGTNGCCGACGTATCTCAACTTATGAGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTGTCGCGTACTTCTAACTTACGCCTA------A------AGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAT--TTTATGCATGCACAAAATTTTGGNTCG-----CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TAACTTGTTANAAA---CGTACCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGGCATAC-GCTGATGCTA---TACGTCAATGTGTGACAG
gi|1                          : AACTTATTTCCAACGTAAGTATAACTTATGCAA--ATATATGACA--GAATGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCTTTCTTGACTT-ATG----AACTCATG-CACA----ACGTTAGTC-TAACGTATGTATAACGTGTTGGAGCGTACTTCGACGACCAATTGCAAGTGACGTCAAATAT---A-AGCGGAAGTTCTGTAGAA-CATATAA-AAACCACA-GGTCT-TTGTTTAA-GTGAACGT---CGATCA--AT-CAA--------------------------CATG-----C------------------CTCT--GA-AAAAATCAAGGAAAGTTGCAGGAGGGGGTCGACTTTAGCAATC-TTCATCCTTAAC-ACCTCCA-CGCCTAC-C-TC-GTCCC--CATCTACATCTGA-CAC--CA-TACTGACGATGATAG--C-------CTTCAGCAC-----TAAATATAC-------ACGT----GTA--TGTAGTTGACCCC-AAATTCT-GATGA----ATACTCTATCTATA----AGCTATAAACAAATTTAGTGCGTTCTACACCCGTTTTATACAAACACGTTCGTCAAAGTACGT-T-----GG----TTGGAAGTATGTTGC---TT---TTAGGTTAGAA--------ATAA--GTTACGCGTACACTGCACAA-CTGTCCTGCTGGTAGCAGACGCATCTCAACTTCTGAGTAACTGACGTGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTAAATATTGCGTACGTTTAACTTACACTTACATGTAACTTGTTAGCAATACGTCGTTATACGC-GAAAAT--TGTATGCATGCACAAAATTTTGGGTAG-----TGTT--CAGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-TCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TATCTTATTAGAAA---CGTACCCAT--AATGTTTTCAACGTAC---AC-CAGCGTGTTTGCTAAATTT-TTATACGTCGGTATAC-GCTGATGCTGGCCTACGTTAATGTGCGACAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ACACAATGAAAAT--TTTATACATGCACAAAATT-------------------CAGCGTA-CAA-----------------ATG-TCATCGTAT----T---T----CAGCGCTCTCG----TAACCTGTTAGAAA---CGCACCCA---AATATATCGAACGTAC---AC-CAACGTGTTTGTTAAATTT-------------------CTGATGCTA---TACGTCAAtt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tg--ACCTCCACCAAC-AC-C-TTTGTCCC--CATCTTCATCTGA-CGC--CATT-CTGACGATGACAGCCAATATCACCTTCTGCACACGCTCATATGTAC------TACAT----ATG--TGTAGCTTGCCCCTGAATTCT-G-
gi|12                         :                                                                                                  ttaagtaatcttcatccttaccAACTTATGCATAGCGTGATTAAGGGTACTTTGACGAC----T--ACGCGAGGTCATATATTAAA-AGAGGGGGCTCTCTAGGA-TATA-AA-A--CCACAGG-TCAGTT-TTGAA-GTGGACGT-C-C-ATCA--AT-CAA--------------------------CATG-----T------------------CTCC--
gi|13                         :                                                                                                                                              ccaTACTTCGATGACCA------AGTAACGTCAGATAT-AAA-AGCGGAGG--CTCTAAAA-CATAAAACA--CAACA-GCTCA-TT-TTTGACGTGAACG--T-CGATCGCTATCCCG--------------------------CATG-----C------------------Ca
gi|14                         :                      agcgaattacagaggcATATGACTA-GCGTGTGTACAGCGAA-TTTTTAGCGTTCTTGGCTTCATGTGGAAACTTCTATCATA----ACATTAGTTGTAA-GTATGCATAATGTGTTTGATAGTGCTc
gi|15                         :                                                  GTGTGTACAGCGAATTTT-TAGCGTTCTTGGCTT-ATGTGG-AACTCATG-CATA----ACATTAGTG-TAAGTTATGCATAATGTGTTcagtttga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 T--TTTATGCATGCACAAAATTTTAGTTTG-----TGTG--CAGCGTA-CGAC------AACAATTAGCATGTTCGTCACAT----T---TTCGCCGGCATGTGCG----Tgatagtgctcagttgac
gi|18                         :                      TAGCTTATGCAA--GGGTATGACAGCGCGTGT--CCA-----------AG------TGACTT-AAGCGG-ACCTCGTG-CACA----ACGTTTGTC-TAACTTGTGCCT-ACGTtttat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CCCAGCTAAAAAGTAACTTA-ATGTAACGTG----CGTAAA-------CGCGT--GCATAACCTACCTGTCGCGTACTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                 CGT-A-TGAACG--AT-CAG--------------------------CTTA-----C------------------AT----TA-AAAAATCTAGGACAGTAGCAGAAAGGGGCAGACGTTTGCAAT---------------ACCTCC-TCGCCCAC-CCTC-TTCCC--CTTCTTCACCTCGTCGCAACA-T-TTCAGGGTCATAG--A-------CTTATGCACATACTCATATGTACATGTACCAAATACCGGTACATGTATTTGTCCCCTGAACTCT-GGCAA----ATACGCTACATGTA----AGCTA---ACACGTTCAGTGCGTT--ACACACGTTTTA----AACACGTACA-----GTAAGT-TCTATAATGACTTCAGAAGTATGTTAC---CC---ATAGGTTATAA---------TAA--GTTACACGTACGCTGCACAAATTACTCTGCTGGTTGCCATCGTATTTCAACTTATGTGTAACTTACATGTAACGTG----CGTGAA-------CGCGT--GCATAACTTACCTATCGCGTACTTCTAACTTACGC-------------------AACACGTCAGCATACACTGAAAAA--TTTATGCATGCACACAATTTCGGGCCG-----CGTT--TGGCATA-CAACTTACATGAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGT-CACG----CAACTTGTTTTAAA----------AT--A-CGTATTCAACGTAC----------GTGTTTGCT---TTTCTCATACGTCGTCATGC-ACTGCTGCTA---TACGCCAATGTGTGACAG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TCATACGTCGGCATACGGCTGATGCTATG-TACACCAATGTGTGACAGg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GCGTA-CATC-----------TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAGCGTGCTCG----TAcccca
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AC-GCTGATGCTG---TACGTCAATGTGTGACAG
gi|3                          :                              GCAT--AT-TATGTCCA-GCATGTGTCCAGCGAATTTTTTAGCTTTCTTGACTA-ATGCGG-AACTCATG-CACAACGTACGTTAATC-TA----ATGCATAGCGCGTTGGAGCGCCCTTTGACGACCA-CT-----TGACGTCATATA-TAAA-AGCGAAAGCTCTCTAGAA-CATA-AA-A--CCACAGG-TCATTT-TTGAA-GTGGGTG--T-CGATCG--AT-CAA--------------------------CATGCCCCCC------------------CCCC--CC-CAAAATCAAGGAAAGTTGCAGGAAGAGGCTGACTTAAGCAATCGT---------AAGACGGCTATTGGT-ACTC-TC-GTCGCAGCTTC-TCA---GG--GT--CC-C-CCG-TGATTGTAC--A-------CTTCTGCACATGTCCATATGTAC------CCCA------TA--TGTAGTTGACCCCTGAACAATAG-CAAATCCATATGCTTCCTGTAAGCTAGCTATAAACACGTATAGTGCGTTCTACGCACGTTTTA----AACA------------TA----------CGGACGTCAGAAGTACGTTGC---CT---ATAGGTAAGAA--------ATAA--GTTACGCGTATGCTGCACAATTT-CCCTGCTGGTGACCGATGTATCTCAACTTGTGAGTAACTTGCATG---------------------------------------TACCTGCCGCGCACTTCTAACTTACGc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aCCATCTTC-AT-C-TC-GTCGCAACTTCT-CAGGGTG-CGC--CG-------CGATTGTAG--A-------CTTATGCACATGCTCATATATAC------CAAAT----GTA--TGTAGTTGTCCCCTGAACTCT-G---------------TCCGATA----AGCCATAAACACCTTCAGTGCGTACTACACACGTTTTA----AGCACGTTCA-----GTAAGT-TTTA--AGGACGTCTTAAGTACGTGGC---AT---ATAGATTAGAA--------ATAG--GTTGC--------------------CCTGCTGGTAACATACGTATCTCAACTTATGAGTAACTAATATGTATCATG----CGTGAA-------TACGT----ATAACTAACCTATCACGTACTTCTAACTTACGCCTA------ACGTGCAAGCAATACGTCGGCATACGCTGAAAAA--ATTATGCATGCACAAAATTTTGGGCAG-----CGCT--CGGCGTA-CAAA------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----T---T----CAACGTGCTTG----TAACTTGCTAAAAA---CGTATCCAT--AACGTATTCAACGTAC---AC-CAGCATGTTTGTTAAATTTCTGATACGTCAGCATAC-ACTAATGCAA---TACGTCAATGTGTGACA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cgctatcccgcatgcTCCAGACATGTTTTATA--AACATGTTTT-----GTAAATGT-----G------CAGT-GTAAGTTACAGACTGAGAGAAGTTAGAAGGCTGTTGACAATAGTTACACTTATGCTACATGAATT-CTCAGCTGGCTGCTGAAGAGTGTCAACATGTGAGGAA--------TA---TG----CGTGAA-------CTTGTTAAAATTACTTAACTGTTGGGTGC----AAC---CAACTA------A------AGCAGTTTGTGAGTGTATG-TAAAAATATTTTATGCATTTACAAAATTATGCTTTG-----CTTT--CAGTATA-GGAG------AAC--TT---ATA-CCACTGTGT----C---C----CAGCACACTCA----TAAATTCTGAAAAAAATCACTCCTATTAAAAGTAGTCACTGTAC---AT-CAGCGTGTGTG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GTTGC---TT---ATAGGTTAGAA--------ACAA--GTTGC--------------------CCTGCTGGTAACCGACGTATCTCAGCTAAAAAGTAACTTAAAGCTGACATGATTTCATAAATATANNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACTTACACCTA------ACGTGTAAGCAATACGTCGAAATACGCTGAAAAT--GTAATGCATGC--------------TG-----CGTT--CGGCGTA-CAAC------AAC--TT---ATG-CCATCGTAT----TTGAT----CAGCGTGCTCGTAATTAACCTGTTATAAA---CGTACTCAT--AACGTATTCAA----------------TGTTTGCTAAATTTCTCATACGTCGACATAC-t
gi|7                          : AACCCATCTCCAATGTAAATATAACTTATGTAAGCATATATGACGACGA--GTGTCCAGCGAATTCTTTGGCGTTCTTGACTT-ATACGG-AACTTTTG-CACA----TTGTTAGTC-TAACGT--------TGTCCTCGAGCGTACTTCGAAGACCA-TT--AAGTGACGTCAAATATT-AA-ATCGGAAGATCTCTAAAA-CATATAA-A---------------T-TTTAA-GTGGACGTCT-CGATCG--AT-CAA--------------------------CATT-----CTATTCTATATTCTATTCACTCCTTCATATAAATCAAGGAAAGTTGCAGAAGGG
gi|8                          :                                 a--ATATATGACAACGAGTGT--CCAGCGAATTTCTTAGCGTTCTTGACTT-ATACGG-ATCTTATG-CACA----TTGTTAGTC-TAACTTGTCC---------TCGAGCATACTTCGAAGACCA-TT--AAGTGACGTCAGATATTAAATAG--GAAGATCTCTAAAAACAAATAA-A---------------T-TTTAA-GTGGACGT-TTCGATCG--AT-CAGCATTCTATTCTATTCTATATTCTATTCATT-----C------------------CTTC--AT-ATAAATCAAGGAAAGTTGCAGAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cCGGCATACGATAAAAAT--TTTATTCATGCACAAAACTT--GCTCGTAATTTGTTAATAACGTATTAAT------AAC--GC---AT--CCAACGTACCTCAC---T----CAGCGTGTTTGC---TAAATT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGCTCG----TAATTTGTTAATAA---CGTATTAAT--AACGCATCCAACGTACCTCACTCAGCGTGTTTGCTAAATTTCTCATACATCGTCAAAC-GCTGATGTTA---TACGTCAATATGTGACAGtctcatacatcgtcaaacgctgatgttatacgtcaatatgtgacagcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGAATATGACCTTAAGCAATTGTAGAATGGTTATGTGGTACTTTCATCGCAGATTCAAAGTGTTCGCCATGATTGTACATGTCTGCGCATGTCCA