lowQualScore : 222 1111 1111 11111111111 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 66666666666666666666666 111111111111111 44444444444444444444444444444444 111111111 11111 1 22222222 11111 88888888888888888888888888888 11111 2222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 1 333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 1 0 7 4 999 5555 6666 33 22222222222 3 2 3 3 55 2 555555 1 1 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 0 4444 5555 2 0 00000000000000000000000 444444444444444 33 44444444444444444444444444444444 000000000 6 33333 6 33 888888 44 66 3 5 44444444 00000 00000000000000000000000000000 33333 3 3 2 6 0 0000000000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 3 3 666 3 44444 2 000000 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 2 2
lowQualScore : . . . . ... .... .... .. ........... . . . . .. . ...... . . . ................................................................ .. . .... .... . . ....................... ............... .. ................................ ......... . ..... . .. ...... .. .. . . ........ ..... ............................. ..... . . . . . ............. ............................................................... .. . . ... . ..... . ...... . ............................................................ . . .
lowQualScore : 7 2 4 4 222 7777 4444 44 77777777777 2 4 3 8 00 1 555555 9 9 8 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44 8 9999 5555 5 4 11111111111111111111111 444444444444444 99 77777777777777777777777777777777 000000000 7 33333 4 99 222222 22 55 2 7 88888888 00000 55555555555555555555555555555 22222 6 6 1 0 5 5555555555555 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00 6 6 444 6 66666 2 000000 7 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 8 5
consensus : NAGAACGGTTTTTA-ACA-GCA--C-GATT--ACACTG-ATG-----------TCTGGA-GTACCCAAGGTACC--AAAT-A------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA-AGTAAATCAGT--------TA-----CTT-------CCTCT----NATGT------TAAA-G-----TG--GAATATTGC---TTTCTG---TAT-ATGACGCA--GTATTGATGCTT-NG-TTTGGA------T----TCA-T--TTT-----C-CC--C----AAC-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTGCTAAAATACC-------AAAT-----ATA---A--T------AA-AG-A---CAT-C-AGTTC----GA-GCTC-TCGCCNCTTTTGGTACAACT-----------T-TGACGC------AC-------------A-------------TT-------------T------------TCCCAAA--GAT-ACAA-AT---G-GGACAGAAACA---GACACTTGATTTGC------T-TTTGTA--CTGAA----TTGT-A-GTTCNATATGCC--T-TTAT-ACAGTCT--GTA-ACACTGGTTGCATATTTAATTTNGA
Reference ( gi|1 ) : GAGAACAGTTTTTA-ACATGCA--T-GAAT--ACACTG-ATG-----------TCTAGA-GTACCCAGGGTAAC--AAAT-A------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA-AGTCAGTCAGT--------TA-----TTT-------CCTCT----TGTGT------TAGA-A-----TG--GAATATTGC---ATTCTG---TAT-ATGGCTTA--GTATCGATGTTTATG-TTTGGA------T----TCA-T--TTT-----T-CA--C----AAC-------------AAA---------TGTTCTG-----TGTAGC--ATTTA------CAAC--CTACTGTTGCTAAAATACC-------TAAT-----ATA---A--C------AA-AG-A---C---CGAGTTC----AA-GCTC-TCGCCTCTCTTGGTACAACT-----------T-TGACGC------AC-------------A-------------TT-------------T------------TCCCAAA--GAT-ACAA-AT---G-GGACAGAAACG---GACACTTTATTTGC------T-TTTGCG--CTGGA----CTGT-A-GTTCAATATGCCA-T-TTAT-ACAGTTT--GTA-ACACACGTTACATATTTAACTTCGA
gi|3 : AGAACGGTTTT-A-GCA--CAATT-GATTTTGCACTG-ATG-----------CCTGGA-GTACTCAAGGTACC--AATT-T------T-TGCTCTG-GACCAAAGTTTAGAA-AGTAAATC-------------------TC-------CCTCT----AACGT------TAAA-G-----TG--GA----------ATTCTG-----T-ATGACAGA--GTACAGA-GTC-----TTTGG----------------T--TTT-----T--------------------------------------------------TGCAGT--ATTTA------CAAC--CTATCGGTGCT-AAATACC-------AAAT-----TTA---A--T------AA-TG-G---CAT-C-AGTTC----GA-GCTC-TCGCTTCTTTTGGTACAA---------------TGCTGT------------------------------------------------------------------------GAT-GCAA-GT---G-GGACCGAAACA---GACACTTGGTTTGCTTTTGTT-TTTGTA--CTGAA----CTGT-A-GCTCACTATGCCT-T-TTA--ACACTTCGAGTA-AC
gi|21 : aaAGAACAGATTTTA-ATTTGCG--T-GATT--ATACTA-ATG-----------TTTGGA-ATACCCAAGGTACC--AAAT-A------T-TACTCTG-TATCCAAGTCTAGAA-AG-GAGACAGT--------TA------TT-------CTTCT----GATGT------TAAA-A-----TG--GAATGATGC---Attctttagtgttgttgaatattgttttctgtaactgt
gi|18 : tttaaaAGAACGGTTTTAACACACACA--A-GATT--ACACTG-ATA-----------TCTAGA-GTACTCAAGGTATC--AGAT-A------T-TG---TA------AAG----GAA-A-----TCAGT--------TA-----CCG-------ACTTT----TATTT------TAAT-G-----TG--GAATATTGC---TTTCTG---TAT-GACACT----GTATAGATGCTT-TGATTTGGA------T----TCA-G--TTT-----gtattga
gi|13 : tgaAGAACGGGTTTTA-AC--GCA--C-GATT--ACAATCCATG-----------CCTGGA-GTACCCAAAGTACC--AAAT-A------T-TGCGCTG-AAACCAAGTATAAAT-AGTAATTAATT--------TA-----CTT-------CCTTC----TGTAT--------GACA-----GG--GAAT-TTGA---AT
gi|29 : aaAGAACAGTTT----A-ATACA--TAGATT--ACATTG-ATA-----------TCTGGATGTATCCAAGGTTACTTAACTTC------T-TGCTCTGCGACCCAAGTCTAGAA-AGTatgctaatattggtggacacagtttggtgttttgatctggtt
gi|30 : caaAACGGTTTT-A-GCA--CAATT-GATTTTGCACTG-ATG-----------CCTGGA-GTACTCAAGGTACC--AATT-T------T-TGCTCTG-GACCAAAGTTTAGAA-AGTaa
gi|23 : AACGGGTTTTA-AC--GCA--C-GAAT--TCACAC-ATGCCATCTTTGCCTCTGGA-GTACCCAAAGTACCA-AAAT-A------T-TGCGCTG-AAACCAAG--TAAAATAGTAATTAATT--------TA-----CTT-------CCTTC----TGTAT------aaat
gi|7 : aaagaGTTTTTA-ACA--CA--A-GAA---ATACTG-ATG------------CTGAA-GTACCCAGG-TACC--AAAT-A------TATGCTCCG-GACCCAAGTCTAGAA-AGT-AG-CACT--------AAAAAGCCTT-------C------------------------------TG--GAA----------TTTTG---TAT-ATAATAAA--GTATTAATGCTT-TGTTTTGGA------T----TTA-T--TTT-----TACA--CCACTAACGCCCCCCCCCCCGAAA---------AGTTTTG-----TGCAGCATATTTA------CTAC--CTAACGGTGCT-AAATACT-------GATT-----GTA-----------------------------AATTC----GATGCTCGTCGTCGTTTTTAGTTAAACT-----------T-TGACGC------AC-------------GTTTTCTGTGAATTTT-------------T------------TCTTAAA--GAT-ACAATAT---GCGGACAGAAgaca
gi|25 : aggTTTA-ACA--CA--T-GATT--ACACTG-ATG-----------TCTGG---------GGGTACC--AAAT-A------T-TGCTCTG-GAACCAAGTCTAGAA-AGTGA-TCAGC--------TA-----
gi|10 : CA--C-GATT--ACGCAC-GTG-----------TCTGGA-GTACCCAAGGTACC--AAGT-A------T-TGCTATG-GACCCAAGTCTAGAT-TGTAAATCAGT--------Taaaagctatggaattttgtatatgataaagtattaa
gi|5 : caT--ATACTA-ATA-----------TCTGAA-ATACCCAAGGTACC--AAAT-A------T-TGTTCTG-GATCAAAGTCTAGAA-AGTAAATGAGTAAATGAGTTA-----GTT-------CCTCT----TATAT------CAAA-G-----TG--GAATATTGC---TGTCTG---TAT---GACACA--GAATTGATGTTTAAA-TTTGGA------TC---TTG-T--TTG-----T-CC--T----TAG-------------AAA---------ACCTTTG-----AAAAAC--ATTTA------CAAT--CTAACGATACTAAATTACC-------AAAT-----ACA---A--T------GA-GG-G---C------AT------AA-GTTA-TTGCCTCTTTTGGTACAACTCTCAAGCTGGTT-TAACGC------AC-------------A-------------TT-------------TGCTCTGAGATT-TCCCACA--GAT-ATAA-AT---A-GGATAttacattctagactgaatccaaaccaaagtatcaatactgcgccatgtacagaaagcaatcctattaattgctttctgtacatgacgcagtattgatactttggtttggattcgtttctcccaacaaatgttctg
gi|2 : gacaaaaacgtaat--ACAC---ATG-----------TCTGGA-GTACCCAAGATACC--AAAT-A------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA-AGtgcac
gi|8 : ttttaACTA-ATG-----------TCTAGA-GTACCCAAGGTACC--AAAT-A------T-TGTTCTG-TACCCAAGTCTAGAA-AGTAAATCA--------------------------------------TAT------CAAA-G-----TG--GAATATTGC---TTTCTG---TAC-ATG-CTT----------TG-----A-TTTGGA------T----TCA-T--TTT-----C-CC--CC---AAC-------------AAA---------TGTTTTT-----TGCAGC--GTTTA------CAAC--GTGCCATTGCAAAAATATC-------AAAT-----ATACT-A--CATTTTAAA-AG-A---CAT-C-AGTTT----GA-GCTC-TCGCCACTTTTGGTACAATT-----------C-TGACGCAAATTTACTGTGAA-------A-------------TT-------------T------------CCCCAAA--GAT-AC-A-AT---G-GGACGGAAACA---GGCACTaaaacataactaaaaatatagtcctgggattttttatataataacatcttaatctttctcttccggatgcgcttttttttatccccccccccccccgaaatgttttgtgcagcatttactacctaacggtgctgaaataccgaatgtaataaaacatcagtttgagctctcgccgattttggttcaactttgacgcacatttctcagaatacaaatggaacagaaagagacacgtgatttgctttttgtttttgatgccttataagttttatatatacagtgtacactggttgcatatttaatttagatacttttct
gi|19 : tttaaagaacggttgcactgCTG-ATG-----------TATGGA-GTACCCAAGGTACC--AAAT-ACATGCAT-TGCTCTG-GACCCAAGTCTTGAA-AGTAAAACAGT--------TA-----TTT-------CCTCTTATATATAT------CAAA-G-----TG--GAATATTGC---TTTATGAAATAT-A-AACTTT--GTAT
gi|6 : taaagaacgctttttag-----------TCTGGA-GTACTCAGGGTACT--AAAT-A------T-TGCTCTG-GACCCATGTCTAGAA-AGTCAAACAGT--------TA-----TTT-------TTTCT----GCTGT------TAAA-A-----TA--TAATTTTGCTAAA---TG---TGT-ATGACACA--GTACTGTTGCTTTCA-TTTGGA------T----CTAGT--CTT-----C-CT--C----AAC-------------AAAAACAAAAAGTGTTTTG-----TGCAAC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTGATAAATTACC-------AAAT-----ACAATTA--T------AACGG-A---T---TCATTTC----GA-GCTC-TTGTCTCTTTTGGTACAACT-----------C-TTGCGC------ACATTTACTATAGAAA-------------TT-------------T------------TCCCAAA--AAT-ACAA-AT---G-GGAAAAAAATA---CACACTTGATgct
gi|17 : aAGA-GTACCCAAGATTCC--AAAT-A------T-TGCTCTG-AATCCAAGACTAGAA-AGTAAATCACTTACTAG--TA-----CTT-------TCTCT----GATGT------TCAA-G-----TG--GGATATTGC---TTTCTG----A--ATGACACAC-TTATTGATGCTT-TGATTTGGAATAAGTT----TAA-T--TTT-----T-CA-------AAC-------------ACA---------TG
gi|16 : -GTCCCCAAGGTACC--AAAT-A------T-TGCTTTG-GACTCAAGTCTAGAA-GGTAAATCAGT--------TA-----TTT-------CCTCT-------------------------------GATATTGC---TTTCTG---TATCATGAC--A--GTA-------------TTTG-----------------T--TTT-----C-CC--C----ATC-------------CAA---------TGTTTTGCACACTGCAGT--ATTCA------TAAC--CCACCG-TGCTAAAATACC-------att
gi|14 : tcctggtgCCAAGGTACC--AAAT-A------T-TGCTTTG-GACTCAAGTCTAGAA-GGTAAATCAGT--------TA-----TTT-------CCTCT-------------------------------GATATTGC---TTTCTG---TAT-ATGAC--A--GTA-------------TTTG-----------------T--TTC-----C-CC--C----CAT-------------CAA---------TGTTTTGCACACTGCAGT--ATTCA------TAAC--CCACCG-TGCT-AAATACC-------ac
gi|24 : --AAAT-A------T-TTCTCTG-GACCTAAGCGTTGAA-AGTAGATCAGT--------TA-----TTT-------CGTCT----GATGTTATTAATAAA-A-----TG--GAATGTTGT---TTTCTG-----T-ATGACTCA--GGAGTGATGTTTacattgagaagtggtttatg
gi|4 : act------T-TGCTCTG-GAACCACATCTAGAT-AGTAAATCATA--------TA-----TTT-------CCTCT----TATGTGTC---CAAA-A-----TGTGGAATATTGC---TTTCTG---CAC-AAAACACA--GTATTGATGCTTTGG-TTTGAA------T----TCA-T--TCT-----T-CC--CCCCCAAC-------------AGA---------TGT-------------AC--A-----------AAC--CTACCGTTGCTAAA-TACC-------AAAT-----ATA---A--T------AA-AG-ATATC---TGA---------------------TCTTTTGCTACAGCT-----------C-TGAAGC------AG-------------A-------------TT-------------T------------TCCCAAA--GAT-ACAA-AC---A-GGACAGACACA---GTCACTTGATTTGC------T-TTTGTA--CTG------------------ATGTGCCA-C-TGGT-ACAGTCT--ACATGCACTGATTGCATATTTAATTTCtgattagga
gi|22 : ------T-TGCTCCG-GACCCAAGTCTAGAG-AGT-AATCAG------------------------------------G-AC------TAAA-ACGCCTTG--GAATCT----------TG---TAT-ATG---------AT-AATGCTT-TGATTTTGA------T----TTA-T--TTTAACACC-CACCC----CACCCCCG--------AAA---------TGTTTTG-----TGTAGT--ATGTA------Catattgttcttttagtgttgttgaaattgttctctttagctttc
gi|20 : CAAG---AGAA-AGTAAATCAGT--------TA-----CTTGGTATTACCTTT----GATGT------TTAA-G-----TG--GAATATTGC---TTTCAG---TAT-GACACGTACAGTAATGAGGCTT-TGATTTGGA------A----TAA-GGGTTT-----C-CC--C----AAC-------------ATA---------TGCTGTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--CTAta
gi|10 : ATTGC---TTTCTG---TAC-ATGACGCA--GTATTGATACTTTGG-TTTGGA------T----TCG-T--TTC-----T-CC--C----AAC-------------AAA---------TGTTCTG-----a
gi|10 : cacacgattacgcacgtgtctggagtacccaaggtaccaagtattgctatggacccaagtctagattgtaaatcagttttacattctagactgaatccaaaccaaagtatcaatactgcgccatgtacagaaagcaatcctattaATTGC---TTTCTG---TAC-ATGGCGCA--GTATTGATACTTTGG-TTTGGA------T----TCA-
gi|9 : cacacgattacgcacgtgtctggagtacccaaggtaccaagtattgctatggacccaagtctagattgtaaatcagttttacattctagacTTGGA------TAACTCCA-T--TTT-----T-TC--C----TACA------------AAA---------TATTTTG-----TGCAGC--GTTTACCATACCAACTATTACCGTTGCTcctattaattgctttctgtacatgacgcagtattgatactttggtttggattcgtttctcccaacaaatgttctg
gi|2 : tttgatc-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--CTAACGGTGCTGAAATACC-------GAAT-----GTA---A--T------AA-AACA---T---C-AGTTT----GA-GCTC-TCGCCGATTTTGGTTCAACT-----------T-TGACGC------AC-------------A--------------T-------------T------------TCTCAGA---AT-ACAA-AT---G-GAACAGAAAGA---GACACGTGATTTGCT-----T-TTTGTT--TTTGATGCCTTATAA-GTTTTATA---------TAT-ACAG--T--GT--ACACTGGTTGCATATTTAATTTAGAcctacaaatatccgtcgaaaattgaataaacatgatgtacgagcctcttatatgtaccaactttggtagcactctggtgattccatttgcttgtaaactttctccgatatgatacaaatggcgactagggaaaacag
gi|32 : ttttaacacatgtctggagtacccaagataccaaatattgctctggacccaagtctagaaagaaaacataactaaaaatatagtcctgggattttttatataataacatcttaatctttctcttccggatgcgcttttttttatccccccccccccccg-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--Ctacttttct
gi|26 : cccacccctatcaccgAA---------TGTTTT------TGCAGC--ATTTA------CA-C--CTAACGGTGCTAAAATAGC-------AAAT-----GTA---A--TG-----AA-AC-A---T---C-AGTTCTCGAGA-GCTC-TCGCTGTTTTTGGTTTAACT-----------T-TGACGC------AC-------------A-------------TT-------------T------------
gi|12 : TGCTAAAATACCAAATACATAATCATGTATA---G--T------AA-AG-A---CAT-C-AGTTC----GA-ACCC-TCCCCTCTTTTGGGACAATT-----------TCTGACTC------AC-------------AA------------TT-------------T------------TCCCAAA--AATTACAA-AT---G-TGACAGAAATA---GGCACTTGATTTGC------T-TTTGAA--CTGAA----TTGT-A-GTTCA-----CCAGT-CTAC-ACCGGTT--GCA-gc
gi|11 : ccggAAATACC-------AAAT-----ATA---AATT------AA-AG-A---CATTC-AGTTC----GG----C-TTGC-TCTTTTG-TACAAAT-----------A-TGA---------AC-------------A-------------TTATTGTTTTGAGATT------------TCTCAAAAAGAT-AACA-AT---G-GGACAGAATCA---GACGCTGGATTTGTGG----TGTTTGTA--CTGAA----CTGT-A-CGTCAATATACCT-TGTTATCACAGCCT------ACACTGGTTGCCTATTTAACTTtatcttt
gi|15 : tAGTTC----GA-GCTC-TTGCCGTTTTTGGTTCACCT-----------T-TGACGC------AC-------------A-------------TT-------------TGCTGTGAATTTCTCTCAAA--GAT-ACAA-AT---G-GGAAAGAAACACTTGATTTTTTTTTTAT------T-TTTGAGGCCT--------TATAA-GTTTTATA---------TAT-AC--TGT--GT--ACACTGGTTGCATATTTAATTTAGAt
gi|27 : -------------TT-------------T------------TCTTAAA--GAT-ACAA-ATATGG-GAACAGAA------GACAtacct
gi|28 : attcgatgctcgaaatcgtcgtttttagttaactgttgacgcaatgcgagtcgcttgcatatagttaatgtACGGAAAGA---GACACATAATTTGC------T-TCTGT----TGCC----TTAT-AAGCTTTATATA-------TAT-GCAGT----GTA--CACTGGTTGCATATTTGATTTCGA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTATGCGTAAAAAGTTGGAATATGCTTTCTGGCACATGACACAGTATAATGATGCTCATGATTCATATTTCCC
Alignments
lowQualScore : 2222 111111 11111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111 1111 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111 111111111 11111 111111111111 11111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222 3333333333333333333333333333333 22222222
lowQualScore : 5 2222 77 33 555555 2 5555 11111111111 2 2 2 2 22 555555 1 1 77777777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 000000000 22 1 0000 3 55555 1111 2 22 4 333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 9999999999999 2 111111111 22222 33 777777 33 555 66 888888 777777777777 999999999999 66 555 3 3 3 6666 888 3 888888 1 44444444444 3 6666 888888 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999 3 3 555 3 3 2 555 3 666666 5 2 4444444444444444444444444444444 5 55555555 1
lowQualScore : . .... .. .. ...... . .... ........... . . . . .. ...... . . ........ .................................................... . ......... .. . .... . ..... .... . .. . ................................................ . . ............. . ......... ..... .. ...... .. ... .. ...... ............ ............ .. ... . . . .... ... . ...... . ........... . .... ...... .................................................................. ... . . ... . . . ... . ...... . . ............................... . ........ .
lowQualScore : 2 3333 33 99 333333 7 7777 99999999999 2 2 0 0 88 222222 8 7 77777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 999999999 66 9 9999 8 00000 9999 0 88 4 555555555555555555555555555555555555555555555555 5 7 1111111111111 4 888888888 55555 77 777777 99 444 33 222222 111111111111 333333333333 55 888 3 1 1 5555 999 1 888888 0 66666666666 1 5555 888888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666 1 1 444 1 1 9 444 1 222222 0 2 4444444444444444444444444444444 7 44444444 0
consensus : NAGAACGGTTTTTAACA-GCAC--GA--TTA------CACTG-A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCAGT------TACTT-------CCTCT----NATGT------TAAA--G-----T-GGAAT-------ATTG--CTTTCT-G---TAT-AT-----GACA--CA-GTAT--TGATGC-TT-TG-TTT---GGA-----T----TCA-T--TT-T--------------CC-CC-AAC-------------AA-A---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---CTA-AAATACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCCNCTTTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACAGACACTTGATTTGC------T-TTTGTACTGAA----CTGT-A-GCTCNATATGCC-T--T-TAT-ACAGTCTGTA-ACACTGGTTGCATATTTAATTTNGA
Reference ( family-874 ) : NAGAACGGTTTTTAACA-GCAC--GA--TTA------CACTG-A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCAGT------TACTT-------CCTCT----NATGT------TAAA--G-----T-GGAAT-------ATTG--CTTTCT-G---TAT-AT-----GACG--CA-GTAT--TGATGC-TT-NG-TTT---GGA-----T----TCA-T--TT-T--------------CC-CC-AAC-------------AA-A---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---CTA-AAATACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCCNCTTTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACAGACACTTGATTTGC------T-TTTGTACTGAA----TTGT-A-GTTCNATATGCC-T--T-TAT-ACAGTCTGTA-ACACTGGTTGCATATTTAATTTNGA
gi|1 : AGAACAGTTTTTAACATGCAT--GA--ATA------CACTG-A----TG-----------TCTAG-A-GTACCCAGGGT-AAC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTCAGTCAGT------TATTT-------CCTCT----TGTGT------TAGA--A-----T-GGAAT-------ATTG--CATTCT-G---TAT-AT-----GGCT--TA-GTAT--CGATGT-TTATG-TTT---GGA-----T----TCA-T--TT-T--------------TC-AC-AAC-------------AA-A---------TGTTCTG-----TGTAGC--ATTTA------CAAC--CTACTGTTG---CTA-AAATACC------TAATA------------TA----A--C----AAAGAC------CGA-GTTC----AA-G-CTC-T------CGCCTCTCTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACGGACACTTTATTTGC------T-TTTGCGCTGGA----CTGT-A-GTTCAATATGCCAT--T-TAT-ACAGTTTGTA-ACACACGTTACATATTTAACTTCGA
gi|10 : gCAC--GA--TTA------CGCAC-G----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAG--TA------T-TGCTATG-GACCCAAGTCTAGAT--------TGTAAATCAGT------T
gi|10 : caCTG-AATCCAAACC---AA--------AGTA--TCAAT-------ACTG-------CGCC------ATGTA-----CAGA--A-----A-GCAATCCTATTAATTG--CTTTCT-G---TAC-AT-----GACG--CA-GTAT--TGATACTTT-GG-TTT---GGA-----T----TCG-T--TT-C--------------TC-CC-AAC-------------AA-A---------TGTTCTG-----ttacattctagactgaatccaaaccaaagtatcaatactgcgccatgtacagaaagcaatcctattaattgctttctgtacatgacgcagtattgatactttggtttggattcgtttctcccaacaaatgttctg
gi|11 : cacacgattacgcacgtgtctggagtacccaaggtaccaagtattgctatggacccaagtctagattgtaaatcagttttacattctaga-AAATACC------AAATA------------TA----AATT----AAAGACA---TTC-A-GTTC----GG-----C-T------TGC-TCTTTTG-TACAAA-----------TA-TGA-------------AC-------------A-------------T-----------TATTGTTTTGAGATT------------TCTCAAAAA-GAT-AACA-AT---G-G-GAC-AG---AA-TCAGACGCTGGATTTGTGG----TGTTTGTACTGAA----CTGT-A-CGTCAATATACC-TTGT-TATCACAGCCT----ACACTGGTTGCCTATTTAACTT
gi|12 : tCCGGTG---CTA-AAATACC------AAATACATAATCATGTATA----G--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-A-CCC-T------CCCCTCTTTTGGGACAAT-----------TTCTGACT----C------AC-------------AA------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---AATTACAA-AT---G-T-GAC-AG---AA-ATAGGCACTTGATTTGC------T-TTTGAACTGAA----TTGT-A-GTTCA-----C------------CAGTCT----ACACCGGTTGCATATCTt
gi|13 : AGAACGGGTTTTAAC--GCAC--GA--TTA------CAATCCA----TG-----------CCTGG-A-GTACCCAAAGT-ACC-AAA--TA------T-TGCGCTG-AAACCAAGTATAAAT--------AGTAATTAATT------TACTT-------CCTTC----TGTAT------GACA--G-------GGAAT--------TTGAATATGCT-A----AT-ATTGGTGGACA--CA-GT-T--TGGTGT-TT-TGATCT---GGtt
gi|14 : aaCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTTTG-GACTCAAGTCTAGAA--------GGTAAATCAGT------TATTT-------CCTCT----G---------------------------AT-------ATTG--CTTTCT-G---TAT-AT-----GA----CA-GTAT--T--TG-------------------------------T--TT-C--------------CC-CC-CAT-------------CA-A---------TGTTTTGCACACTGCAGT--ATTCA------TAAC--CCACC-GTG---CT--AAATACC------ACATtt
gi|15 : -A-GTTC----GA-G-CTC-T------TGCCGTTTTTGGTTCACC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------TGCTGTGAATTTCTCTCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAA-AG---AA-----ACACTTGATTT-T------T-TTTTTATTT------TTGA-G-GCCTTATAAGTT-T--TATAT-ATACTGTGT--ACACTGGTTGCATATTTAATTTAGAtgagaagtggtttatg
gi|16 : CTGGTG-GTCCCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTTTG-GACTCAAGTCTAGAA--------GGTAAATCAGT------TATTT-------CCTCT----G---------------------------AT-------ATTG--CTTTCT-G---TATCAT-----GA----CA-GTAT--T--TG-------------------------------T--TT-T--------------CC-CC-ATC-------------CA-A---------TGTTTTGCACACTGCAGT--ATTCA------TAAC--CCACC-GTG---CTA-AAATACC------Atacct
gi|17 : tcG-A-GTACCCAAGAT-TCC-AAA--TA------T-TGCTCTG-AATCCAAGACTAGAA--------AGTAAATCACTTACTAGTACTT-------TCTCT----GATGT------TCAA--G-----T-GGGAT-------ATTG--CTTTCT-G----A--AT-----GACA--CACTTAT--TGATGC-TT-TGATTT---GGAATAAGT----TTA-A--TT-T--------------TT-CA-AAC-------------AC-A---------TGATTc
gi|18 : aAGAACGGTTTT-AACACACACAAGA--TTA------CACTG-A----TA-----------TCTAG-A-GTACTCAAGGT-ATC-AGA--TA------T-TGT------------------AA--------AGGAAATCAGT------TACCG-------ACTTT----TATTT------TAAT--G-----T-GGAAT-------ATTG--CTTTCT-G-----T-AT-----GACA--CT-GTAT--AGATGC-TT-TGATTT---GGA-----T----TCA-G--TT-T--------------
gi|19 : tgaAGAACGCTTTTTAGC------------------------TG-A----TG-----------TATGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TACATGCAT-TGCTCTG-GACCCAAGTCTTGAA--------AGTAAAACAGT------TATTT-------CCTCTTATATATAT------CAAA--G-----T-GGAAT-------ATTG--CTTTAT-GAAATAT-A
gi|2 : taaA------CAC---A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGAT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AG-AAAACA--------TAA------------CT----AAAAA------TATA--GTCC--T-GGGAT--------------TTTTT-A---TATAAT-----AAC------ATCT--TAAT-C-TT-TC-TCTTCCGGA-----T----GCG-C--TT-TTTTTTATCCCCCCCCC-CC-CCC-------------GAAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--CTAACGGTG---CTG-AAATACC------GAATG------------TA----A--T----AAA-ACA---T-C-A-GTTT----GA-G-CTC-T------CGCCGATTTTGGTTCAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------------------T-------------T------------TCTCAGA----AT-ACAA-AT---G-G-AAC-AG---AA-AGAGACACGTGATTTGCT-----T-TTTGTTTTTGATGCCTTATAA-GTTTTATA----------TAT-ACAG--TGT--ACACTGGTTGCATATTTAATTTAGAaactttgtatgct
gi|20 : ttttaCAAG---AGAA--------AGTAAATCAGT------TACTTGGTATTACCTTT----GATGT------TTAA--G-----T-GGAAT-------ATTG--CTTTCA-G---TAT-GA-----CACGTACA-GTAA--TGAGGC-TT-TGATTT---GGA-----A----TAA-GGGTT-T--------------CC-CC-AAC-------------AT-A---------TGCTGTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--CTAtacttttct
gi|21 : AGAACAGATTTTAATTTGCGT--GA--TTA------TACTA-A----TG-----------TTTGG-A-ATACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TACTCTG-TATCCAAGTCTAGAA--------AGGAGA-CAGT------TA-TT-------CTTCT----GATGT------TAAA--A-----T-GGA------------------------------AT-----GATG--CA-GTAT--TGAa
gi|22 : tttaaa------T-TGCTCCG-GACCCAAGTCTAGAG--------AGT-AATCAG-------GAC-----------------------------TAAA--ACGCCTT-GGAAT-------------CT---T-G---TAT-AT-----GA-------------TAATGC-TT-TGATTT---TGA-----T----TTA-T--TT-TAACACCCA------CC-CC-ACCCCCG---------AA-A---------TGTTTTG-----TGTAGT--ATGTA------C
gi|23 : AACGGGTTTTAAC--GCAC--GAATTCA------CAC---A----TGCCATCTTTGCCTCTGG-A-GTACCCAAAGT-ACCAAAA--TA------T-TGCGCTG-AAACCAAG--TAAAAT-------AGTAATTAATT------TACTT-------CCTta
gi|24 : aaaga-ACT-AAA--TA------T-TTCTCTG-GACCTAAGCGTTGAA--------AGTAGATCAGT------TATTT-------CGTCT----GATGTTATTAATAAA--A-----T-GGAAT-------GTTG--TTTTCT-G-----T-AT-----GACT--CA-GGAG--TGATGT-TT-TG-ATT---AGtctgtatgaca
gi|25 : TTTAACA--CAT--GA--TTA------CACTG-A----TG-----------TCTGG-G-G--------GT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GAACCAAGTCTAGAA--------AGT-GATCAG----------------------CT----AA----------AAA--GCTA--T-GGAA----------------TTTT-G---TAT-AT-----GATA--AA-GTAT--TAAga
gi|26 : A-A---------TGTTTT------TGCAGC--ATTTA------CA-C--CTAACGGTG---CTA-AAATAGC------AAATG------------TA----A--T----GAA-ACA---T-C-A-GTTCTCGAGA-G-CTC-T------CGCTGTTTTTGGTTTAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------
gi|27 : -------------T-----------T-------------T------------TCTTAAA---GAT-ACAA-ATATGG-G-AAC-AG---AAGACAgc
gi|28 : attcgatgctcgaaatcgtcgtttttagttaactgttgacgcaatgcgagtcgcttgcatatagttaatgtAC-GG---AA-AGAGACACATAATTTGC------T-TCTGT--TGCC----TTAT-AAGCTTTATATA--------TAT-GCAGT--GTA--CACTGGTTGCATATTTGATTTCGA
gi|29 : AGAACAGTTT--AATA--CATA-GA--TTA------CATTG-A----TA-----------TCTGG-ATGTATCCAAGGTTACT-TAACTTC------T-TGCTCTGCGACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAtacctttctc
gi|3 : caaAGAACGGTTTT----A-GCAC--AA--TTGATTTTGCACTG-A----TG-----------CCTGG-A-GTACTCAAGGT-ACC-AAT--TT------T-TGCTCTG-GACCAAAGTTTAGAA--------AGTAAAT------------CTC-------CCTCT----AACGT------TAAA--G-----T-GGAA----------------TTCT-G-----T-AT-----GACA--GA-GTAC--AGAGTC-TT-TG---------------------------------------------------------------------------------GTTTTT-----TGCAGT--ATTTA------CAAC--CTATCGGTG---CT--AAATACC------AAATT------------TA----A--T----AATGGCA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCTTCTTTTGGTACAA---------------TGCTG----T------------------------------------------------------------------------------------GAT-GCAA-GT---G-G-GAC-CG---AA-ACAGACACTTGGTTTGCTTTTGTT-TTTGTACTGAA----CTGT-A-GCTCACTATGCC-T--T-T
gi|30 : aaAACGGTTTT----A-GCAC--AA--TTGATTTTGCACTG-A----TG-----------CCTGG-A-GTACTCAAGGT-ACC-AAT--TT------T-TGCTCTG-GACCAAAGTTTAGAA--------AGTAAATtaacacttcgagtaacttctttagtgttgttgaatattgttttctgtaactgt
gi|31 : AAA--G-----TTGGAAT-------A-TG--CTTTCTGG---CAC-AT-----GACA--CA-GTATAATGATGC--T-CA-T------GA-----T----TCA-TA-TT-T--------------CC-C
gi|32 : ttatgcgtaa-------------AA-A---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--C
gi|4 : cccacccctatcaccg------T-TGCTCTG-GAACCACATCTAGAT--------AGTAAATCATA------TATTT-------CCTCT----TATGTGTC---CAAAATG-----T-GGAAT-------ATTG--CTTTCT-G---CAC-AA-----AACA--CA-GTAT--TGATGC-TT-TGGTTT---GAA-----T----TCA-T--TC-TTCCC----------CC-CC-AAC-------------AG-A---------TGT-------------AC--A-----------AAC--CTACCGTTG---CTA-AA-TACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGATA---T-C------T----GA------------------TCTTTTGCTACAGC-----------TC-TGAAG----C------AG-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AC---A-G-GAC-AG---AC-ACAGTCACTTGATTTGC------T-TTTGTACTG------------------ATGTGCCAC--T-GGT-ACAGTCTACATGCACTGATTGCATATTTAATTT
gi|5 : A--TTA------TACTA-A----TA-----------TCTGA-A-ATACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGTTCTG-GATCAAAGTCTAGAAAGTAAATGAGTAAATGAGT------TAGTT-------CCTCT----TATAT------CAAA--G-----T-GGAAT-------ATTG--CTGTCT-G-----T-AT-----GACA--CA-GAAT--TGATGT-TTAAA-TTT---GGA-----TC---TTG-T--TTGT--------------CC-TT-AGA-------------AA-A---------C-CTTTG-----AAAAAC--ATTTA------CAAT--CTAACGATA---CTA-AATTACC------AAATA------------CA----A--T----GAGGGCA---T-A-A-GTT------A-------T------TGCCTCTTTTGGTACAACTCTCAAGCTGGTT-TAACG----C------AC-------------A-------------TTTGCTCTGAGAT-------------T------------TCCCACA---GAT-ATAA-AT---A-G-GAT-Acatattgttcttttagtgttgttgaaattgttctctttagctttc
gi|6 : gacaaaaacgta-----------TCTGG-A-GTACTCAGGGT-ACT-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCATGTCTAGAA--------AGTCAAACAGT------TATTT-------TTTCT----GCTGT------TAAA--A-----T-ATAAT-------TTTG--CTAAAT-G---TGT-AT-----GACA--CA-GTAC--TGTTGCTTT-CA-TTT---GGA-----T----CTAGT--CT-T--------------CC-TC-AAC-------------AA-AAACAAAAAGTGTTTTG-----TGCAAC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---ATA-AATTACC------AAATA------------CA----A--T----TATAACGGATT-C-A-TTTC----GA-G-CTC-T------TGTCTCTTTTGGTACAAC-----------TC-TTGCG----C------ACATTTACTATAGAAA-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---AAT-ACAA-AT---G-G-GAA-AA---AA-ATACACACTTGATtgcac
gi|7 : aGGTTTTTAACA--CAA--GA--A-A------TACTG-A----TG------------CTGA-A-GTACCCA-GGT-ACC-AAA--TA------TATGCTCCG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAG--CA-----------------------CT----AA----------AAA--GCCTTCT-GGAA----------------TTTT-G---TAT-AT-----AATA--AA-GTAT--TAATGC-TT-TGTTTT---GGA-----T----TTA-T--TT-TTACA----------CCACT-AACGCCCCCCCCCCCGAA-A---------AGTTTTG-----TGCAGCATATTTA------CTAC--CTAACGGTG---CT--AAATACT------GATTG------------TA--------------------------A-ATTC----GATG-CTCGT------CGTCGTTTTTAGTTAAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------GTTTTCTGTGAATTT-----------T-------------T------------TCTTAAA---GAT-ACAATAT---GCG-GAC-AG---AA-
gi|8 : agTTTAA-A-GAAC--GG--TTG------CACTG-ACTAATG-----------TCTAG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGTTCTG-TACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCA-------------------------------TAT------CAAA--G-----T-GGAAT-------ATTG--CTTTCT-G---TAC-AT-----G-------------------C-TT-TGATTT---GGA-----T----TCA-T--TT-T--------------CC-CCCAAC-------------AA-A---------TGTTTTT-----TGCAGC--GTTTA------CAAC--GTGCCATTG---CAA-AAATATC------AAATA------------TACTACA--TTTTAAAAGACA---T-C-A-GTTT----GA-G-CTC-T------CGCCACTTTTGGTACAAT-----------TC-TGACG----CAAATTTACTGTGAA-------A-------------T-----------T-------------T------------CCCCAAA---GAT-AC-A-AT---G-G-GAC-GG---AA-ACAGGCACT
gi|9 : TT---GGA-----TAACTCCA-T--TT-T--------------TT-CC-TAC-------------AA-AA--------TATTTTG-----TGCAGC--GTTTACCATACCAACTATTACCGTTGCTCCTACAAATATCCGTCGAAAATT------------GA----A--T----AA--ACA---T-G-ATGTAC----GA-GCCTC-TTATATGTACCAACTTTGGTAGCAC-----------TC-TGGTGATTCC------ATTTGCTTGTAA---A-------------C-----------T-------------T------------TCTCCGATATGAT-ACAA-AT---G-GCGACTAGGGAAA-ACAG
Alignments
lowQualScore : 2222 111111 11111111111 11111111111111111111 2222222222222222222222222222222 11111111 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222 111111111 11111 111111111111 11111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222 111 3333333333 22222222
lowQualScore : 5 2222 77 33 555555 2 5555 11111111111 2 2 2 2 22 555555 1 1 77777777 11111111111111111111 4444444444444444444444444444444 00000000 22 2222 2 2 55555 55555 2 333 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777 2 0 1111111111111 111111111 22222 33 777777 33 555 66 888888 777777777777 999999999999 66 555 3 3 3 6666 888 3 888888 1 44444444444 3 6666 888888 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999 3 3 555 3 3 2 555 3 666666 5 2 666 0 5 0 22 0 0000000000 5 55555555 1
lowQualScore : . .... .. .. ...... . .... ........... . . . . .. ...... . . ........ .................... ............................... ........ .. .... . . ..... ..... . ... . ................................................. . . ............. ......... ..... .. ...... .. ... .. ...... ............ ............ .. ... . . . .... ... . ...... . ........... . .... ...... .................................................................. ... . . ... . . . ... . ...... . . ... . . . .. . .......... . ........ .
lowQualScore : 2 3333 33 99 333333 7 7777 99999999999 2 2 0 0 88 222222 8 7 77777777 99999999999999999999 7777777777777777777777777777777 33333333 66 7777 0 0 33333 88888 1 222 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666 5 3 6666666666666 888888888 55555 77 777777 99 444 33 222222 111111111111 333333333333 55 888 3 1 1 5555 999 1 888888 0 66666666666 1 5555 888888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666 1 1 444 1 1 9 444 1 222222 0 2 444 5 0 2 99 5 1111111111 7 44444444 0
consensus : NAGAACGGTTTTTAACA-GCAC--GA--TTA------CACTG-A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCAGT------TACTT-------CCTCT----NATGT------TAAA--G-----T---GGAAT-------ATTG--CTTTCTG---TAT-A-T-----GACAC----A-GTAT--TGATGCTT-T--GA-TTT---GGA-----T----TCA-T--TT-T--------------CC-CCAAC-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---CTA-AAATACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCCNCTTTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACAGACACTTGATTTGC------T-TTTGTACTGAACTGTA-GCTCNATATGCC-T--T---TAT-ACAGTCTGTA-ACACTGGTTGCATATTTAATTTNGA
Reference ( family-874 ) : NAGAACGGTTTTTAACA-GCAC--GA--TTA------CACTG-A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCAGT------TACTT-------CCTCT----NATGT------TAAA--G-----T---GGAAT-------ATTG--CTTTCTG---TAT-A-T-----GACAC----A-GTAT--TGATGCTT-T--G--TTT---GGA-----T----TCA-T--TT-T--------------CC-CCAAC-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---CTA-AAATACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCCNCTTTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACAGACACTTGATTTGC------T-TTTGTACTGAACTGTA-GCTCNATATGCC-T--T---TAT-ACAGTCTGTA-ACACTGGTTGCATATTTAATTTNGA
gi|1 : AGAACAGTTTTTAACATGCAT--GA--ATA------CACTG-A----TG-----------TCTAG-A-GTACCCAGGGT-AAC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTCAGTCAGT------TATTT-------CCTCT----TGTGT------TAGA--A-----T---GGAAT-------ATTG--CATTCTG---TAT-A-T-----GGCTT----A-GTAT--CGATGTTTAT--G--TTT---GGA-----T----TCA-T--TT-T--------------TC-ACAAC-------------AAA---------TGTTCTG-----TGTAGC--ATTTA------CAAC--CTACTGTTG---CTA-AAATACC------TAATA------------TA----A--C----AAAGAC------CGA-GTTC----AA-G-CTC-T------CGCCTCTCTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACGGACACTTTATTTGC------T-TTTGCGCTGGACTGTA-GTTCAATATGCCAT--T---TAT-ACAGTTTGTA-ACACACGTTACATATTTAACTTCGA
gi|10 : gCAC--GA--TTA------CGCAC-G----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAG--TA------T-TGCTATG-GACCCAAGTCTAGAT--------TGTAAATCAGT------T
gi|10 : caCTG-AATCCAAACC---AA--------AGTA--TCAAT-------ACTG-------CGCC------ATGTA-----CAGA--A-----A---GCAATCCTATTAATTG--CTTTCTG---TAC-A-T-----GACGC----A-GTAT--TGATACTT-TG-G--TTT---GGA-----T----TCG-T--TT-C--------------TC-CCAAC-------------AAA---------TGTTCTG-----ttacattctagactgaatccaaaccaaagtatcaatactgcgccatgtacagaaagcaatcctattaattgctttctgtacatgacgcagtattgatactttggtttggattcgtttctcccaacaaatgttctg
gi|11 : cacacgattacgcacgtgtctggagtacccaaggtaccaagtattgctatggacccaagtctagattgtaaatcagttttacattctaga-AAATACC------AAATA------------TA----AATT----AAAGACA---TTC-A-GTTC----GG-----C-T------TGC-TCTTTTG-TACAAA-----------TA-TGA-------------AC-------------A-------------T-----------TATTGTTTTGAGATT------------TCTCAAAAA-GAT-AACA-AT---G-G-GAC-AG---AA-TCAGACGCTGGATTTGTGG----TGTTTGTACTGAACTGTA-CGTCAATATACC-TTGT---TATCACAGCCT----ACACTGGTTGCCTATTTAACTT
gi|12 : tCCGGTG---CTA-AAATACC------AAATACATAATCATGTATA----G--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-A-CCC-T------CCCCTCTTTTGGGACAAT-----------TTCTGACT----C------AC-------------AA------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---AATTACAA-AT---G-T-GAC-AG---AA-ATAGGCACTTGATTTGC------T-TTTGAACTGAATTGTA-GTTCA-----C--------------CAGTCT----ACACCGGTTGCATATCTt
gi|13 : AGAACGGGTTTTAAC--GCAC--GA--TTA------CAATCCA----TG-----------CCTGG-A-GTACCCAAAGT-ACC-AAA--TA------T-TGCGCTG-AAACCAAGTATAAAT--------AGTAATTAATT------TACTT-------CCTTC----TGTAT------GACA--G---------GGAAT--------TTGAATATGCTA----AT-A-TTGGTGGACAC----A-GT-T--TGGTGTTT-T--GA-TCT---GGtt
gi|14 : aaCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTTTG-GACTCAAGTCTAGAA--------GGTAAATCAGT------TATTT-------CCTCT----G-----------------------------AT-------ATTG--CTTTCTG---TAT-A-T-----G--AC----A-GTA---------TT-T--G--T----------------------T--TC-C--------------CC-CCATC--------------AA---------TGTTTTGCACACTGCAGT--ATTCA------TAAC--CCACC-GTG---CT--AAATACC------ACATtt
gi|15 : -A-GTTC----GA-G-CTC-T------TGCCGTTTTTGGTTCACC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------TGCTGTGAATTTCTCTCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAA-AG---AA-----ACACTTGATTT-T------T-TTTTTATTT--TTGAG-GCCTTATAAGTT-T--TA--TAT-ATACTGTGT--ACACTGGTTGCATATTTAATTTAGAtgagaagtggtttatg
gi|16 : CTGGTG-GTCCCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTTTG-GACTCAAGTCTAGAA--------GGTAAATCAGT------TATTT-------CCTCT----G-----------------------------AT-------ATTG--CTTTCTG---TATCA-T-----G--AC----A-GTAT--T--TG---------------------------------T--TT-T--------------CC-CCATC-------------CAA---------TGTTTTGCACACTGCAGT--ATTCA------TAAC--CCACC-GTG---CTA-AAATACC------Atacct
gi|17 : tcG-A-GTACCCAAGAT-TCC-AAA--TA------T-TGCTCTG-AATCCAAGACTAGAA--------AGTAAATCACTTACTAGTACTT-------TCTCT----GATGT------TCAA--G-----T---GGGAT-------ATTG--CTTTCTG----A--A-T-----GACAC----ACTTAT--TGATGCTT-T--GA-TTT---GGAATAAGT----TTA-A--TT-T--------------TT-CAAAC-------------ACA---------TGATTc
gi|18 : aAGAACGGTTTT-AACACACACAAGA--TTA------CACTG-A----TA-----------TCTAG-A-GTACTCAAGGT-ATC-AGA--TA------T-TGT------------------AA--------AGGAAATCAGT------TACCG-------ACTTT----TATTT------TAAT--G-----T---GGAAT-------ATTG--CTTTCTG-----T-A-T-----GACAC----T-GTAT--AGATGCTT-T--GA-TTT---GGA-----T----TCA-G--TT-T--------------
gi|19 : tgaAGAACGCTTTTTAGC------------------------TG-A----TG-----------TATGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TACATGCAT-TGCTCTG-GACCCAAGTCTTGAA--------AGTAAAACAGT------TATTT-------CCTCTTATATATAT------CAAA--G-----T---GGAAT-------ATTG--CTTTATGAAATAT-A-
gi|2 : taaA------CAC---A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGAT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGAAAA-CA--------TAA------------CT----AAAAA------TATA--G-----TCCTGGGAT--------------TTTTTA---TAT-AAT-----AACA--------TCT--TAAT-CTT-T--C--TCTTCCGGA-----T----GCG-C--TT-TTTTTTATCCCCCCCCC-CCCCCG------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--CTAACGGTG---CTG-AAATACC------GAATG------------TA----A--T----AAA-ACA---T-C-A-GTTT----GA-G-CTC-T------CGCCGATTTTGGTTCAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------------------T-------------T------------TCTCAGA----AT-ACAA-AT---G-G-AAC-AG---AA-AGAGACACGTGATTTGCT-----T-TTTGTTTT----TGAT-GCCTTATAAGTT-T--TATATAT-ACAG--TGT--ACACTGGTTGCATATTTAATTTAGAaactttgtatgct
gi|20 : ttttaCAAG---AGAA--------AGTAAATCAGT------TACTTGGTATTACCTTT----GATGT------TTAA--G-----T---GGAAT-------ATTG--CTTTCAG---TAT---------GACACGTACA-GTAA--TGAGGCTT-T--GA-TTT---GGA-----A----TAA-GGGTT-T--------------CC-CCAAC-------------ATA---------TGCTGTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--CTAtacttttct
gi|21 : AGAACAGATTTTAATTTGCGT--GA--TTA------TACTA-A----TG-----------TTTGG-A-ATACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TACTCTG-TATCCAAGTCTAGAA--------AGGAGA-CAGT------TA-TT-------CTTCT----GATGT------TAAA--A-----T---GGAAT-------GATG--Ca
gi|22 : tttaaa------T-TGCTCCG-GACCCAAGTCTAGAG--------AGTAA-TCAGG-------ACT-----------------------------AAA--ACGCCTT---GGAAT-------------CTT---G---TAT-A-T-----GATA---------------ATGCTT-T--GA-TTT---TGA-----T----TTA-T--TT-TAACACCCA------CC-CCACCCCCG---------AAA---------TGTTTTG-----TGTAGT--ATGTA------Cagtattga
gi|23 : AACGGGTTTTAAC--GCAC--GAATTCA------CAC---A----TGCCATCTTTGCCTCTGG-A-GTACCCAAAGT-ACCAAAA--TA------T-TGCGCTG-AAACCAAG--TAAAAT-------AGTAATTAATT------TACTT-------CCTta
gi|24 : aaaga-ACT-AAA--TA------T-TTCTCTG-GACCTAAGCGTTGAA--------AGTAGATCAGT------TATTT-------CGTCT----GATGTTATTAATAAA--A-----T---GGAAT-------GTTG--TTTTCTG-----T-A-T-----GACTC----A-GGAG--TGATGTTT-T--G--ATT---AGtctgtatgaca
gi|25 : TTTAACA--CAT--GA--TTA------CACTG-A----TG-----------TCTGG-G-G--------GT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GAACCAAGTCTAGAA--------AGT-GATCAG----------------------CT----AA----------AAA--GCTA--T---GGAA----------------TTTTG---TAT-A-T-----GATAA----A-GTAT--TAAga
gi|26 : AA---------TGTTTT------TGCAGC--ATTTA------CA-C--CTAACGGTG---CTA-AAATAGC------AAATG------------TA----A--T----GAA-ACA---T-C-A-GTTCTCGAGA-G-CTC-T------CGCTGTTTTTGGTTTAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------
gi|27 : -------------T-----------T-------------T------------TCTTAAA---GAT-ACAA-ATATGG-G-AAC-AG---AAGACAgc
gi|28 : attcgatgctcgaaatcgtcgtttttagttaactgttgacgcaatgcgagtcgcttgcatatagttaatgtAC-GG---AA-AGAGACACATAATTTGC------T-TCTGT--TGCCTTATAAGCTTTATATA----------TAT-GCAGT--GTA--CACTGGTTGCATATTTGATTTCGA
gi|29 : AGAACAGTTT--AATA--CATA-GA--TTA------CATTG-A----TA-----------TCTGG-ATGTATCCAAGGTTACT-TAACTTC------T-TGCTCTGCGACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAtacctttctc
gi|3 : caaAGAACGGTTTT----A-GCAC--AA--TTGATTTTGCACTG-A----TG-----------CCTGG-A-GTACTCAAGGT-ACC-AAT--TT------T-TGCTCTG-GACCAAAGTTTAGAA--------AGTAAAT------------CTC-------CCTCT----AACGT------TAAA--G-----T---GGAA----------------TTCTG-----T-A-T-----GACAG----A-GTAC--AGAGTCTT-T--G--------------------------------------------------------------------------------GTTTTT-----TGCAGT--ATTTA------CAAC--CTATCGGTG---CT--AAATACC------AAATT------------TA----A--T----AATGGCA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCTTCTTTTGGTACAA---------------TGCTG----T------------------------------------------------------------------------------------GAT-GCAA-GT---G-G-GAC-CG---AA-ACAGACACTTGGTTTGCTTTTGTT-TTTGTACTGAACTGTA-GCTCACTATGCC-T--T---T
gi|30 : aaAACGGTTTT----A-GCAC--AA--TTGATTTTGCACTG-A----TG-----------CCTGG-A-GTACTCAAGGT-ACC-AAT--TT------T-TGCTCTG-GACCAAAGTTTAGAA--------AGTAAATtaacacttcgagtaacttctttagtgttgttgaatattgttttctgtaactgt
gi|31 : AAA--G-----TT--GGAAT-------AT-G--CTTTCTGG--CAC-A-T-----GACAC----A-GTATAATGATGC-T-C--A--T------GA-----T----TCA-TA-TT-T--------------CC-C
gi|32 : ttatgcgtaa-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--C
gi|4 : cccacccctatcaccg------T-TGCTCTG-GAACCACATCTAGAT--------AGTAAATCATA------TATTT-------CCTCT----TATGTGTC---CAAAATG-----T---GGAAT-------ATTG--CTTTCTG---CAC-A-A-----AACAC----A-GTAT--TGATGCTT-T--GG-TTT---GAA-----T----TCA-T--TC-TTCCC----------CC-CCAAC-------------AGA---------TGT-------------AC--A-----------AAC--CTACCGTTG---CTA-AA-TACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGATA---T-C------T----GA------------------TCTTTTGCTACAGC-----------TC-TGAAG----C------AG-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AC---A-G-GAC-AG---AC-ACAGTCACTTGATTTGC------T-TTTGTACTG-------------ATGTGCCAC--T---GGT-ACAGTCTACATGCACTGATTGCATATTTAATTT
gi|5 : A--TTA------TACTA-A----TA-----------TCTGA-A-ATACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGTTCTG-GATCAAAGTCTAGAAAGTAAATGAGTAAATGAGT------TAGTT-------CCTCT----TATAT------CAAA--G-----T---GGAAT-------ATTG--CTGTCTG-----T-A-T-----GACAC----A-GAAT--TGATG-TT-TAAA--TTT---GGA-----TC---TTG-T--TTGT--------------CC-TTAGA-------------AAA---------C-CTTTG-----AAAAAC--ATTTA------CAAT--CTAACGATA---CTA-AATTACC------AAATA------------CA----A--T----GAGGGCA---T-A-A-GTT------A-------T------TGCCTCTTTTGGTACAACTCTCAAGCTGGTT-TAACG----C------AC-------------A-------------TTTGCTCTGAGAT-------------T------------TCCCACA---GAT-ATAA-AT---A-G-GAT-Acatattgttcttttagtgttgttgaaattgttctctttagctttc
gi|6 : gacaaaaacgta-----------TCTGG-A-GTACTCAGGGT-ACT-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCATGTCTAGAA--------AGTCAAACAGT------TATTT-------TTTCT----GCTGT------TAAA--A-----T---ATAAT-------TTTG--CTAAATG---TGT-A-T-----GACAC----A-GTAC--TGTTGCTT-TC-A--TTT---GGA-----T----CTAGT--CT-T--------------CC-TCAAC-------------AAAAACAAAAAGTGTTTTG-----TGCAAC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---ATA-AATTACC------AAATA------------CA----A--T----TATAACGGATT-C-A-TTTC----GA-G-CTC-T------TGTCTCTTTTGGTACAAC-----------TC-TTGCG----C------ACATTTACTATAGAAA-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---AAT-ACAA-AT---G-G-GAA-AA---AA-ATACACACTTGATtgcac
gi|7 : aGGTTTTTAACA--CAA--GA--A-A------TACTG-A----TG------------CTGA-A-GTACCCA-GGT-ACC-AAA--TA------TATGCTCCG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAG--CA-----------------------CT----AA----------AAA--GCCTTCT---GGAA----------------TTTTG---TAT-A-T-----AATAA----A-GTAT--TAATGCTT-T--GT-TTT---GGA-----T----TTA-T--TT-TTACA----------CCACTAACGCCCCCCCCCCCGAAA---------AGTTTTG-----TGCAGCATATTTA------CTAC--CTAACGGTG---CT--AAATACT------GATTG------------TA--------------------------A-ATTC----GATG-CTCGT------CGTCGTTTTTAGTTAAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------GTTTTCTGTGAATTT-----------T-------------T------------TCTTAAA---GAT-ACAATAT---GCG-GAC-AG---AA-
gi|8 : agTTTAA-A-GAAC--GG--TTG------CACTG-ACTAATG-----------TCTAG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGTTCTG-TACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCA-------------------------------TAT------CAAA--G-----T---GGAAT-------ATTG--CTTTCTG---TAC----------------------------ATGCTT-T--GA-TTT---GGA-----T----TCA-T--TT-TC-------------CC-CCAAC-------------AAA---------TGTTTTT-----TGCAGC--GTTTA------CAAC--GTGCCATTG---CAA-AAATATC------AAATA------------TACTACA--TTTTAAAAGACA---T-C-A-GTTT----GA-G-CTC-T------CGCCACTTTTGGTACAAT-----------TC-TGACG----CAAATTTACTGTGAA-------A-------------T-----------T-------------T------------CCCCAAA---GAT-AC-A-AT---G-G-GAC-GG---AA-ACAGGCACT
gi|9 : TT-T--GATCTT---GGA-----TAACTCCA-T--TT-T--------------TT-CCTAC-------------AAAA--------TATTTTG-----TGCAGC--GTTTACCATACCAACTATTACCGTTGCTCCTACAAATATCCGTCGAAAATT------------GA----A--T----AA--ACA---T-G-ATGTAC----GA-GCCTC-TTATATGTACCAACTTTGGTAGCAC-----------TC-TGGTGATTCC------ATTTGCTTGTAA---A-------------C-----------T-------------T------------TCTCCGATATGAT-ACAA-AT---G-GCGACTAGGGAAA-ACAG
Alignments
lowQualScore : 2222 111111 11111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111 1111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222 111111111 11111 111111111111 11111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222 111 3333333333 22222222
lowQualScore : 5 2222 77 33 555555 2 5555 11111111111 2 2 2 2 22 555555 1 1 88888888 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888 22 333333333 1 5 22 2222 2 2 55555 55555 2 333 22 1 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 1111111111111 111111111 22222 33 777777 33 555 66 888888 777777777777 999999999999 66 555 3 3 3 6666 888 3 888888 1 44444444444 3 6666 888888 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999 3 3 555 3 3 2 555 3 666666 5 2 666 0 5 0 22 0 0000000000 5 55555555 1
lowQualScore : . .... .. .. ...... . .... ........... . . . . .. ...... . . ........ . .................................................. .. ......... . . .. .... . . ..... ..... . ... .. . . .......................................................................... . ............. ......... ..... .. ...... .. ... .. ...... ............ ............ .. ... . . . .... ... . ...... . ........... . .... ...... .................................................................. ... . . ... . . . ... . ...... . . ... . . . .. . .......... . ........ .
lowQualScore : 2 3333 33 99 333333 7 7777 99999999999 2 2 0 0 88 222222 8 8 00000000 7 55555555555555555555555555555555555555555555555555 66 777777777 9 3 66 7777 0 0 33333 88888 1 777 99 3 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 6666666666666 888888888 55555 77 777777 99 444 33 222222 111111111111 333333333333 55 888 3 1 1 5555 999 1 888888 0 66666666666 1 5555 888888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666 1 1 444 1 1 9 444 1 222222 0 2 444 5 0 2 99 5 1111111111 7 44444444 0
consensus : NAGAACGGTTTTTAACA-GCAC--GA--TTA------CACTG-A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCAG--T------TACTT-------CCT---CT----NAT----GT------TAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG---TAT-A-T-----GACAC----A-G---TAT--TGA-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-T--TT-T--------------CC-CCAAC-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---CTA-AAATACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCCNCTTTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACAGACACTTGATTTGC------T-TTTGTACTGAACTGTA-GCTCNATATGCC-T--T---TAT-ACAGTCTGTA-ACACTGGTTGCATATTTAATTTNGA
Reference ( family-874 ) : NAGAACGGTTTTTAACA-GCAC--GA--TTA------CACTG-A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCAG--T------TACTT-------CCT---CT----NAT----GT------TAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG---TAT-A-T-----GACAC----A-G---TAT--TGA-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-T--TT-T--------------CC-CCAAC-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---CTA-AAATACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCCNCTTTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACAGACACTTGATTTGC------T-TTTGTACTGAACTGTA-GCTCNATATGCC-T--T---TAT-ACAGTCTGTA-ACACTGGTTGCATATTTAATTTNGA
gi|1 : AGAACAGTTTTTAACATGCAT--GA--ATA------CACTG-A----TG-----------TCTAG-A-GTACCCAGGGT-AAC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTCAGTCAG--T------TATTT-------CCT---CT----TGT----GT------TAGA--A-----T---G-GAATATTG--CATTCTG---TAT-A-T-----GGCTT----A-G---TAT--CGA-TGTTTA-------TG---------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-T--TT-T--------------TC-ACAAC-------------AAA---------TGTTCTG-----TGTAGC--ATTTA------CAAC--CTACTGTTG---CTA-AAATACC------TAATA------------TA----A--C----AAAGAC------CGA-GTTC----AA-G-CTC-T------CGCCTCTCTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACGGACACTTTATTTGC------T-TTTGCGCTGGACTGTA-GTTCAATATGCCAT--T---TAT-ACAGTTTGTA-ACACACGTTACATATTTAACTTCGA
gi|10 : gCAC--GA--TTA------CGCAC-G----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAG--TA------T-TGCTATG-GACCCAAGTCTAGAT--------TGTAAATCAGTTT------TACAT-------TCTAGACTG---AATCCAAAC------CAAA--G-----T---ATCAATACTG--CGCCATG---TAC-A-G-----AAAGC----A-ATCCTAT--TAATTGCTTTCTGTACATGACGCAGTATTGATACT-TT--GGTTTGGA-----T----TCG-T--TT-C--------------TC-CCAAC-------------AAA---------TGTTCTG-----
gi|11 : ca-AAATACC------AAATA------------TA----AATT----AAAGACA---TTC-A-GTTC----GG-----C-T------TGC-TCTTTTG-TACAAA-----------TA-TGA-------------AC-------------A-------------T-----------TATTGTTTTGAGATT------------TCTCAAAAA-GAT-AACA-AT---G-G-GAC-AG---AA-TCAGACGCTGGATTTGTGG----TGTTTGTACTGAACTGTA-CGTCAATATACC-TTGT---TATCACAGCCT----ACACTGGTTGCCTATTTAACTT
gi|12 : tCCGGTG---CTA-AAATACC------AAATACATAATCATGTATA----G--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-A-CCC-T------CCCCTCTTTTGGGACAAT-----------TTCTGACT----C------AC-------------AA------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---AATTACAA-AT---G-T-GAC-AG---AA-ATAGGCACTTGATTTGC------T-TTTGAACTGAATTGTA-GTTCA-----C--------------CAGTCT----ACACCGGTTGCATATCTt
gi|13 : AGAACGGGTTTTAAC--GCAC--GA--TTA------CAATCCA----TG-----------CCTGG-A-GTACCCAAAGT-ACC-AAA--TA------T-TGCGCTG-AAACCAAGTATAAAT--------AGTAATTAAT--T------TACTT-------CCT---TC----TGT----AT------GACA--G---------G-GAAT-TTGAATATGCTA----AT-A-TTGGTGGACAC----A-G---T-T--TGG-TGTTT--------TGA--------------T-CT--GG-----tt
gi|14 : aaCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTTTG-GACTCAAGTCTAGAA--------GGTAAATCAG--T------TATTT-------CCT---CT----G----------------------------------ATATTG--CTTTCTG---TAT-A-T-----G--AC----A-G---TAT--T---TG--------------------------------------------------------T--TT-C--------------CC-CCCAT-------------CAA---------TGTTTTGCACACTGCAGT--ATTCA------TAAC--CCACC-GTG---CT--AAATACC------ACATtt
gi|15 : -A-GTTC----GA-G-CTC-T------TGCCGTTTTTGGTTCACC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------TGCTGTGAATTTCTCTCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAA-AG---AA-----ACACTTGATTT-T------T-TTTTTATTT--TTGAG-GCCTTATAAGTT-T--TA--TAT-ATACTGTGT--ACACTGGTTGCATATTTAATTTAGAtgagaagtggtttatg
gi|16 : CTGGTG-GTCCCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTTTG-GACTCAAGTCTAGAA--------GGTAAATCAG--T------TATTT-------CCT---CT----G----------------------------------ATATTG--CTTTCTG---TATCA-T-----G--AC----A-G---TAT--T---TG--------------------------------------------------------T--TT-T--------------CC-CCATC-------------CAA---------TGTTTTGCACACTGCAGT--ATTCA------TAAC--CCACC-GTG---CTA-AAATACC------Atacct
gi|17 : tcG-A-GTACCCAAGAT-TCC-AAA--TA------T-TGCTCTG-AATCCAAGACTAGAA--------AGTAAATCAC--TTACTAGTACTT-------TCT---CT----GAT----GT------TCAA--G-----T---G-GGATATTG--CTTTCTG----A--A-T-----GACAC----ACT---TAT--TGA-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----AATAAGT----TTA-A--TT-T--------------TT-CAAAC-------------ACA---------TGATTc
gi|18 : aAGAACGGTTTT-AACACACACAAGA--TTA------CACTG-A----TA-----------TCTAG-A-GTACTCAAGGT-ATC-AGA--TA------T-TGT------------------AA--------AGGAAATCAG--T------TACCG-------ACT---TT----TAT----TT------TAAT--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG-----T-A-T-----GACAC----T-G---TAT--AGA-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-G--TT-T--------------
gi|19 : tgaAGAACGCTTTTTAGC------------------------TG-A----TG-----------TATGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TACATGCAT-TGCTCTG-GACCCAAGTCTTGAA--------AGTAAAACAG--T------TATTT-------CCT---CTTATATAT----AT------CAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTATGAAATAT-A-
gi|2 : taaA------CAC---A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGAT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGAAAA-CA----------TAA---------------CT----AAA----AA------TATA--G-----TCCTG-GGAT-------TTTTTA---TAT-AAT-----AACA-----------TCT--TAA-T-CTT--------TCT--------------C-TTCCGG-----A-----T----GCG-C--TT-TTTTTTATCCCCCCCCC-CCCCCG------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--CTAACGGTG---CTG-AAATACC------GAATG------------TA----A--T----AAA-ACA---T-C-A-GTTT----GA-G-CTC-T------CGCCGATTTTGGTTCAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------------------T-------------T------------TCTCAGA----AT-ACAA-AT---G-G-AAC-AG---AA-AGAGACACGTGATTTGCT-----T-TTTGTTTT----TGAT-GCCTTATAAGTT-T--TATATAT-ACAG--TGT--ACACTGGTTGCATATTTAATTTAGAaactttgtatgct
gi|20 : ttttaCAAG---AGAA--------AGTAAATCAG--T------TACTTGGTATTACCT---TT----GAT----GT------TTAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCAG---TAT---------GACACGTACA-G---TAA--TGA-GGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----A----TAA-GGGTT-T--------------CC-CCAAC-------------ATA---------TGCTGTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--CTAtacttttct
gi|21 : AGAACAGATTTTAATTTGCGT--GA--TTA------TACTA-A----TG-----------TTTGG-A-ATACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TACTCTG-TATCCAAGTCTAGAA--------AGGAGA-CAG--T------TA-TT-------CTT---CT----GAT----GT------TAAA--A-----T---G-GAATGATG--Ca
gi|22 : tttaaa------T-TGCTCCG-GACCCAAGTCTAGAG--------AGTAA-TCAG--G-------ACT------------------------------------AAA--ACGCCTT---G-GAAT------CTT---G---TAT-A-T-----GATA------------------A-TGCTT--------TGA--------------T-TT--TG-----A-----T----TTA-T--TT-TAACACCCA------CC-CCACCCCCG---------AAA---------TGTTTTG-----TGTAGT--ATGTA------Cagtattga
gi|23 : AACGGGTTTTAAC--GCAC--GAATTCA------CAC---A----TGCCATCTTTGCCTCTGG-A-GTACCCAAAGT-ACCAAAA--TA------T-TGCGCTG-AAACCAAG--TAAAAT-------AGTAATTAAT--T------TACTT-------CCT---ta
gi|24 : aaaga-ACT-AAA--TA------T-TTCTCTG-GACCTAAGCGTTGAA--------AGTAGATCAG--T------TATTT-------CGT---CT----GAT----GTTATTAATAAA--A-----T---G-GAATGTTG--TTTTCTG-----T-A-T-----GACTC----A-G---GAG--TGA-TGTTT--------TGA--------------T-TA--GG-----A-----tctgtatgaca
gi|25 : TTTAACA--CAT--GA--TTA------CACTG-A----TG-----------TCTGG-G-G--------GT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GAACCAAGTCTAGAA--------AGTGA-TCAG---------------------------CT----AA--------------AAA--GCTA--T---G-GAAT---------TTTG---TAT-A-T-----GATAA----A-G---TAT--TAA-
gi|26 : AA---------TGTTTT------TGCAGC--ATTTA------CA-C--CTAACGGTG---CTA-AAATAGC------AAATG------------TA----A--T----GAA-ACA---T-C-A-GTTCTCGAGA-G-CTC-T------CGCTGTTTTTGGTTTAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------
gi|27 : -------------T-----------T-------------T------------TCTTAAA---GAT-ACAA-ATATGG-G-AAC-AG---AAGACAgc
gi|28 : attcgatgctcgaaatcgtcgtttttagttaactgttgacgcaatgcgagtcgcttgcatatagttaatgtAC-GG---AA-AGAGACACATAATTTGC------T-TCTGT--TGCCTTATAAGCTTTATATA----------TAT-GCAGT--GTA--CACTGGTTGCATATTTGATTTCGA
gi|29 : AGAACAGTTT--AATA--CATA-GA--TTA------CATTG-A----TA-----------TCTGG-ATGTATCCAAGGTTACT-TAACTTC------T-TGCTCTGCGACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAtacctttctc
gi|3 : caaAGAACGGTTTT----A-GCAC--AA--TTGATTTTGCACTG-A----TG-----------CCTGG-A-GTACTCAAGGT-ACC-AAT--TT------T-TGCTCTG-GACCAAAGTTTAGAA--------AGTAAAT--------------CTC-------CCT---CT----AAC----GT------TAAA--G-----T---G-GAA---------TTCTG-----T-A-T-----GACAG----A-G---TAC--AGA-GTCTT--------TG--------------------------------------------------------------------------------------------------GTTTTT-----TGCAGT--ATTTA------CAAC--CTATCGGTG---CT--AAATACC------AAATT------------TA----A--T----AATGGCA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCTTCTTTTGGTACAA---------------TGCTG----T------------------------------------------------------------------------------------GAT-GCAA-GT---G-G-GAC-CG---AA-ACAGACACTTGGTTTGCTTTTGTT-TTTGTACTGAACTGTA-GCTCACTATGCC-T--T---T
gi|30 : aaAACGGTTTT----A-GCAC--AA--TTGATTTTGCACTG-A----TG-----------CCTGG-A-GTACTCAAGGT-ACC-AAT--TT------T-TGCTCTG-GACCAAAGTTTAGAA--------AGTAAATtaacacttcgagtaacttctttagtgttgttgaatattgttttctgtaactgt
gi|31 : AAA--G-----TT--G-GAATAT-G--CTTTCTGG--CAC-A-T-----GACAC----A-G---TATAATGA-TGCTC----------A--------------T------G-----A-----T----TCA-TA-TT-T--------------CC-C
gi|32 : ttatgcgtaa-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--C
gi|4 : cccacccctatcaccg------T-TGCTCTG-GAACCACATCTAGAT--------AGTAAATCAT--A------TATTT-------CCT---CT----TAT----GTGTC---CAAAATG-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG---CAC-A-A-----AACAC----A-G---TAT--TGA-TGCTT--------TGG--------------T-TT--GA-----A-----T----TCA-T--TC-TTCCC----------CC-CCAAC-------------AGA---------TGT-------------AC--A-----------AAC--CTACCGTTG---CTA-AA-TACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGATA---T-C------T----GA------------------TCTTTTGCTACAGC-----------TC-TGAAG----C------AG-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AC---A-G-GAC-AG---AC-ACAGTCACTTGATTTGC------T-TTTGTACTG-------------ATGTGCCAC--T---GGT-ACAGTCTACATGCACTGATTGCATATTTAATTT
gi|5 : A--TTA------TACTA-A----TA-----------TCTGA-A-ATACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGTTCTG-GATCAAAGTCTAGAAAGTAAATGAGTAAATGAG--T------TAGTT-------CCT---CT----TAT----AT------CAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTGTCTG-----T-A-T-----GACAC----A-G---AAT--TGA-TGTTT--------AAA--------------T-TT--GG-----A-----TC---TTG-T--TTGT--------------CC-TTAGA-------------AAA---------C-CTTTG-----AAAAAC--ATTTA------CAAT--CTAACGATA---CTA-AATTACC------AAATA------------CA----A--T----GAGGGCA---T-A-A-GTT------A-------T------TGCCTCTTTTGGTACAACTCTCAAGCTGGTT-TAACG----C------AC-------------A-------------TTTGCTCTGAGAT-------------T------------TCCCACA---GAT-ATAA-AT---A-G-GAT-Acatattgttcttttagtgttgttgaaattgttctctttagctttc
gi|6 : gacaaaaacgta-----------TCTGG-A-GTACTCAGGGT-ACT-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCATGTCTAGAA--------AGTCAAACAG--T------TATTT-------TTT---CT----GCT----GT------TAAA--A-----T---A-TAATTTTG--CTAAATG---TGT-A-T-----GACAC----A-G---TAC--TGT-TGCTT--------TCA--------------T-TT--GG-----A-----T----CTAGT--CT-T--------------CC-TCAAC-------------AAAAACAAAAAGTGTTTTG-----TGCAAC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---ATA-AATTACC------AAATA------------CA----A--T----TATAACGGATT-C-A-TTTC----GA-G-CTC-T------TGTCTCTTTTGGTACAAC-----------TC-TTGCG----C------ACATTTACTATAGAAA-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---AAT-ACAA-AT---G-G-GAA-AA---AA-ATACACACTTGATtgcac
gi|7 : aGGTTTTTAACA--CAA--GA--A-A------TACTG-A----TG------------CTGA-A-GTACCCA-GGT-ACC-AAA--TA------TATGCTCCG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAG--CA----------------------------CT----AA--------------AAA--GCCTTCT---G-GAA---------TTTTG---TAT-A-T-----AATAA----A-G---TAT--TAA-TGCTT--------TGT--------------T-TT--GG-----A-----T----TTA-T--TT-TTACA----------CCACTAACGCCCCCCCCCCCGAAA---------AGTTTTG-----TGCAGCATATTTA------CTAC--CTAACGGTG---CT--AAATACT------GATTG------------TA--------------------------A-ATTC----GATG-CTCGT------CGTCGTTTTTAGTTAAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------GTTTTCTGTGAATTT-----------T-------------T------------TCTTAAA---GAT-ACAATAT---GCG-GAC-AG---AA-
gi|8 : agTTTAA-A-GAAC--GG--TTG------CACTG-ACTAATG-----------TCTAG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGTTCTG-TACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCA------------------------------------T----AT------CAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG---TAC-------------------------------A-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-T--TT-TC-------------CC-CCAAC-------------AAA---------TGTTTTT-----TGCAGC--GTTTA------CAAC--GTGCCATTG---CAA-AAATATC------AAATA------------TACTACA--TTTTAAAAGACA---T-C-A-GTTT----GA-G-CTC-T------CGCCACTTTTGGTACAAT-----------TC-TGACG----CAAATTTACTGTGAA-------A-------------T-----------T-------------T------------CCCCAAA---GAT-AC-A-AT---G-G-GAC-GG---AA-ACAGGCACT
gi|9 : TT--------TGA--------------TCTT--GG-----A-----TAACTCCA-T--TT-T--------------TT-CCTAC-------------AAAA--------TATTTTG-----TGCAGC--GTTTACCATACCAACTATTACCGTTGCTCCTACAAATATCCGTCGAAAATT------------GA----A--T----AA--ACA---T-G-ATGTAC----GA-GCCTC-TTATATGTACCAACTTTGGTAGCAC-----------TC-TGGTGATTCC------ATTTGCTTGTAA---A-------------C-----------T-------------T------------TCTCCGATATGAT-ACAA-AT---G-GCGACTAGGGAAA-ACAG
Alignments
lowQualScore : 2222 111111 11111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111 1111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222 111111111 11111 111111111111 11111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222 111 3333333333 22222222
lowQualScore : 5 2222 77 33 555555 2 5555 11111111111 2 2 2 2 22 555555 1 1 88888888 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888 22 333333333 1 5 22 2222 2 2 55555 55555 2 333 22 1 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 1111111111111 111111111 22222 33 777777 33 555 66 888888 777777777777 999999999999 66 555 3 3 3 6666 888 3 888888 1 44444444444 3 6666 888888 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999 3 3 555 3 3 2 555 3 666666 5 2 666 0 5 0 22 0 0000000000 5 55555555 1
lowQualScore : . .... .. .. ...... . .... ........... . . . . .. ...... . . ........ . .................................................. .. ......... . . .. .... . . ..... ..... . ... .. . . .......................................................................... . ............. ......... ..... .. ...... .. ... .. ...... ............ ............ .. ... . . . .... ... . ...... . ........... . .... ...... .................................................................. ... . . ... . . . ... . ...... . . ... . . . .. . .......... . ........ .
lowQualScore : 2 3333 33 99 333333 7 7777 99999999999 2 2 0 0 88 222222 8 8 00000000 7 55555555555555555555555555555555555555555555555555 66 777777777 9 3 66 7777 0 0 33333 88888 1 777 99 3 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 6666666666666 888888888 55555 77 777777 99 444 33 222222 111111111111 333333333333 55 888 3 1 1 5555 999 1 888888 0 66666666666 1 5555 888888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666 1 1 444 1 1 9 444 1 222222 0 2 444 5 0 2 99 5 1111111111 7 44444444 0
consensus : NAGAACGGTTTTTAACA-GCAC--GA--TTA------CACTG-A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCAG--T------TACTT-------CCT---CT----NAT----GT------TAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG---TAT-A-T-----GACAC----A-G---TAT--TGA-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-T--TT-T--------------CC-CCAAC-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---CTA-AAATACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCCNCTTTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACAGACACTTGATTTGC------T-TTTGTACTGAACTGTA-GCTCNATATGCC-T--T---TAT-ACAGTCTGTA-ACACTGGTTGCATATTTAATTTNGA
Reference ( family-874 ) : NAGAACGGTTTTTAACA-GCAC--GA--TTA------CACTG-A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCAG--T------TACTT-------CCT---CT----NAT----GT------TAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG---TAT-A-T-----GACAC----A-G---TAT--TGA-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-T--TT-T--------------CC-CCAAC-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---CTA-AAATACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCCNCTTTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACAGACACTTGATTTGC------T-TTTGTACTGAACTGTA-GCTCNATATGCC-T--T---TAT-ACAGTCTGTA-ACACTGGTTGCATATTTAATTTNGA
gi|1 : AGAACAGTTTTTAACATGCAT--GA--ATA------CACTG-A----TG-----------TCTAG-A-GTACCCAGGGT-AAC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTCAGTCAG--T------TATTT-------CCT---CT----TGT----GT------TAGA--A-----T---G-GAATATTG--CATTCTG---TAT-A-T-----GGCTT----A-G---TAT--CGA-TGTTTA-------TG---------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-T--TT-T--------------TC-ACAAC-------------AAA---------TGTTCTG-----TGTAGC--ATTTA------CAAC--CTACTGTTG---CTA-AAATACC------TAATA------------TA----A--C----AAAGAC------CGA-GTTC----AA-G-CTC-T------CGCCTCTCTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACGGACACTTTATTTGC------T-TTTGCGCTGGACTGTA-GTTCAATATGCCAT--T---TAT-ACAGTTTGTA-ACACACGTTACATATTTAACTTCGA
gi|10 : gCAC--GA--TTA------CGCAC-G----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAG--TA------T-TGCTATG-GACCCAAGTCTAGAT--------TGTAAATCAGTTT------TACAT-------TCTAGACTG---AATCCAAAC------CAAA--G-----T---ATCAATACTG--CGCCATG---TAC-A-G-----AAAGC----A-ATCCTAT--TAATTGCTTTCTGTACATGACGCAGTATTGATACT-TT--GGTTTGGA-----T----TCG-T--TT-C--------------TC-CCAAC-------------AAA---------TGTTCTG-----
gi|11 : ca-AAATACC------AAATA------------TA----AATT----AAAGACA---TTC-A-GTTC----GG-----C-T------TGC-TCTTTTG-TACAAA-----------TA-TGA-------------AC-------------A-------------T-----------TATTGTTTTGAGATT------------TCTCAAAAA-GAT-AACA-AT---G-G-GAC-AG---AA-TCAGACGCTGGATTTGTGG----TGTTTGTACTGAACTGTA-CGTCAATATACC-TTGT---TATCACAGCCT----ACACTGGTTGCCTATTTAACTT
gi|12 : tCCGGTG---CTA-AAATACC------AAATACATAATCATGTATA----G--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-A-CCC-T------CCCCTCTTTTGGGACAAT-----------TTCTGACT----C------AC-------------AA------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---AATTACAA-AT---G-T-GAC-AG---AA-ATAGGCACTTGATTTGC------T-TTTGAACTGAATTGTA-GTTCA-----C--------------CAGTCT----ACACCGGTTGCATATCTt
gi|13 : AGAACGGGTTTTAAC--GCAC--GA--TTA------CAATCCA----TG-----------CCTGG-A-GTACCCAAAGT-ACC-AAA--TA------T-TGCGCTG-AAACCAAGTATAAAT--------AGTAATTAAT--T------TACTT-------CCT---TC----TGT----AT------GACA--G---------G-GAAT-TTGAATATGCTA----AT-A-TTGGTGGACAC----A-G---T-T--TGG-TGTTT--------TGA--------------T-CT--GG-----tt
gi|14 : aaCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTTTG-GACTCAAGTCTAGAA--------GGTAAATCAG--T------TATTT-------CCT---CT----G----------------------------------ATATTG--CTTTCTG---TAT-A-T-----G--AC----A-G---TAT--T---TG--------------------------------------------------------T--TT-C--------------CC-CCCAT-------------CAA---------TGTTTTGCACACTGCAGT--ATTCA------TAAC--CCACC-GTG---CT--AAATACC------ACATtt
gi|15 : -A-GTTC----GA-G-CTC-T------TGCCGTTTTTGGTTCACC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------TGCTGTGAATTTCTCTCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAA-AG---AA-----ACACTTGATTT-T------T-TTTTTATTT--TTGAG-GCCTTATAAGTT-T--TA--TAT-ATACTGTGT--ACACTGGTTGCATATTTAATTTAGAtgagaagtggtttatg
gi|16 : CTGGTG-GTCCCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTTTG-GACTCAAGTCTAGAA--------GGTAAATCAG--T------TATTT-------CCT---CT----G----------------------------------ATATTG--CTTTCTG---TATCA-T-----G--AC----A-G---TAT--T---TG--------------------------------------------------------T--TT-T--------------CC-CCATC-------------CAA---------TGTTTTGCACACTGCAGT--ATTCA------TAAC--CCACC-GTG---CTA-AAATACC------Atacct
gi|17 : tcG-A-GTACCCAAGAT-TCC-AAA--TA------T-TGCTCTG-AATCCAAGACTAGAA--------AGTAAATCAC--TTACTAGTACTT-------TCT---CT----GAT----GT------TCAA--G-----T---G-GGATATTG--CTTTCTG----A--A-T-----GACAC----ACT---TAT--TGA-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----AATAAGT----TTA-A--TT-T--------------TT-CAAAC-------------ACA---------TGATTc
gi|18 : aAGAACGGTTTT-AACACACACAAGA--TTA------CACTG-A----TA-----------TCTAG-A-GTACTCAAGGT-ATC-AGA--TA------T-TGT------------------AA--------AGGAAATCAG--T------TACCG-------ACT---TT----TAT----TT------TAAT--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG-----T-A-T-----GACAC----T-G---TAT--AGA-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-G--TT-T--------------
gi|19 : tgaAGAACGCTTTTTAGC------------------------TG-A----TG-----------TATGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TACATGCAT-TGCTCTG-GACCCAAGTCTTGAA--------AGTAAAACAG--T------TATTT-------CCT---CTTATATAT----AT------CAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTATGAAATAT-A-
gi|2 : taaA------CAC---A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGAT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGAAAA-CA----------TAA---------------CT----AAA----AA------TATA--G-----TCCTG-GGAT-------TTTTTA---TAT-AAT-----AACA-----------TCT--TAA-T-CTT--------TCT--------------C-TTCCGG-----A-----T----GCG-C--TT-TTTTTTATCCCCCCCCC-CCCCCG------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--CTAACGGTG---CTG-AAATACC------GAATG------------TA----A--T----AAA-ACA---T-C-A-GTTT----GA-G-CTC-T------CGCCGATTTTGGTTCAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------------------T-------------T------------TCTCAGA----AT-ACAA-AT---G-G-AAC-AG---AA-AGAGACACGTGATTTGCT-----T-TTTGTTTT----TGAT-GCCTTATAAGTT-T--TATATAT-ACAG--TGT--ACACTGGTTGCATATTTAATTTAGAaactttgtatgct
gi|20 : ttttaCAAG---AGAA--------AGTAAATCAG--T------TACTTGGTATTACCT---TT----GAT----GT------TTAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCAG---TAT---------GACACGTACA-G---TAA--TGA-GGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----A----TAA-GGGTT-T--------------CC-CCAAC-------------ATA---------TGCTGTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--CTAtacttttct
gi|21 : AGAACAGATTTTAATTTGCGT--GA--TTA------TACTA-A----TG-----------TTTGG-A-ATACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TACTCTG-TATCCAAGTCTAGAA--------AGGAGA-CAG--T------TA-TT-------CTT---CT----GAT----GT------TAAA--A-----T---G-GAATGATG--Ca
gi|22 : tttaaa------T-TGCTCCG-GACCCAAGTCTAGAG--------AGTAA-TCAG--G-------ACT------------------------------------AAA--ACGCCTT---G-GAAT------CTT---G---TAT-A-T-----GATA------------------A-TGCTT--------TGA--------------T-TT--TG-----A-----T----TTA-T--TT-TAACACCCA------CC-CCACCCCCG---------AAA---------TGTTTTG-----TGTAGT--ATGTA------Cagtattga
gi|23 : AACGGGTTTTAAC--GCAC--GAATTCA------CAC---A----TGCCATCTTTGCCTCTGG-A-GTACCCAAAGT-ACCAAAA--TA------T-TGCGCTG-AAACCAAG--TAAAAT-------AGTAATTAAT--T------TACTT-------CCT---ta
gi|24 : aaaga-ACT-AAA--TA------T-TTCTCTG-GACCTAAGCGTTGAA--------AGTAGATCAG--T------TATTT-------CGT---CT----GAT----GTTATTAATAAA--A-----T---G-GAATGTTG--TTTTCTG-----T-A-T-----GACTC----A-G---GAG--TGA-TGTTT--------TGA--------------T-TA--GG-----A-----tctgtatgaca
gi|25 : TTTAACA--CAT--GA--TTA------CACTG-A----TG-----------TCTGG-G-G--------GT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GAACCAAGTCTAGAA--------AGTGA-TCAG---------------------------CT----AA--------------AAA--GCTA--T---G-GAAT---------TTTG---TAT-A-T-----GATAA----A-G---TAT--TAA-
gi|26 : AA---------TGTTTT------TGCAGC--ATTTA------CA-C--CTAACGGTG---CTA-AAATAGC------AAATG------------TA----A--T----GAA-ACA---T-C-A-GTTCTCGAGA-G-CTC-T------CGCTGTTTTTGGTTTAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------
gi|27 : -------------T-----------T-------------T------------TCTTAAA---GAT-ACAA-ATATGG-G-AAC-AG---AAGACAgc
gi|28 : attcgatgctcgaaatcgtcgtttttagttaactgttgacgcaatgcgagtcgcttgcatatagttaatgtAC-GG---AA-AGAGACACATAATTTGC------T-TCTGT--TGCCTTATAAGCTTTATATA----------TAT-GCAGT--GTA--CACTGGTTGCATATTTGATTTCGA
gi|29 : AGAACAGTTT--AATA--CATA-GA--TTA------CATTG-A----TA-----------TCTGG-ATGTATCCAAGGTTACT-TAACTTC------T-TGCTCTGCGACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAtacctttctc
gi|3 : caaAGAACGGTTTT----A-GCAC--AA--TTGATTTTGCACTG-A----TG-----------CCTGG-A-GTACTCAAGGT-ACC-AAT--TT------T-TGCTCTG-GACCAAAGTTTAGAA--------AGTAAAT--------------CTC-------CCT---CT----AAC----GT------TAAA--G-----T---G-GAA---------TTCTG-----T-A-T-----GACAG----A-G---TAC--AGA-GTCTT--------TG--------------------------------------------------------------------------------------------------GTTTTT-----TGCAGT--ATTTA------CAAC--CTATCGGTG---CT--AAATACC------AAATT------------TA----A--T----AATGGCA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCTTCTTTTGGTACAA---------------TGCTG----T------------------------------------------------------------------------------------GAT-GCAA-GT---G-G-GAC-CG---AA-ACAGACACTTGGTTTGCTTTTGTT-TTTGTACTGAACTGTA-GCTCACTATGCC-T--T---T
gi|30 : aaAACGGTTTT----A-GCAC--AA--TTGATTTTGCACTG-A----TG-----------CCTGG-A-GTACTCAAGGT-ACC-AAT--TT------T-TGCTCTG-GACCAAAGTTTAGAA--------AGTAAATtaacacttcgagtaacttctttagtgttgttgaatattgttttctgtaactgt
gi|31 : AAA--G-----TT--G-GAATAT-G--CTTTCTGG--CAC-A-T-----GACAC----A-G---TATAATGA-TGCTC----------A--------------T------G-----A-----T----TCA-TA-TT-T--------------CC-C
gi|32 : ttatgcgtaa-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--C
gi|4 : cccacccctatcaccg------T-TGCTCTG-GAACCACATCTAGAT--------AGTAAATCAT--A------TATTT-------CCT---CT----TAT----GTGTC---CAAAATG-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG---CAC-A-A-----AACAC----A-G---TAT--TGA-TGCTT--------TGG--------------T-TT--GA-----A-----T----TCA-T--TC-TTCCC----------CC-CCAAC-------------AGA---------TGT-------------AC--A-----------AAC--CTACCGTTG---CTA-AA-TACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGATA---T-C------T----GA------------------TCTTTTGCTACAGC-----------TC-TGAAG----C------AG-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AC---A-G-GAC-AG---AC-ACAGTCACTTGATTTGC------T-TTTGTACTG-------------ATGTGCCAC--T---GGT-ACAGTCTACATGCACTGATTGCATATTTAATTT
gi|5 : A--TTA------TACTA-A----TA-----------TCTGA-A-ATACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGTTCTG-GATCAAAGTCTAGAAAGTAAATGAGTAAATGAG--T------TAGTT-------CCT---CT----TAT----AT------CAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTGTCTG-----T-A-T-----GACAC----A-G---AAT--TGA-TGTTT--------AAA--------------T-TT--GG-----A-----TC---TTG-T--TTGT--------------CC-TTAGA-------------AAA---------C-CTTTG-----AAAAAC--ATTTA------CAAT--CTAACGATA---CTA-AATTACC------AAATA------------CA----A--T----GAGGGCA---T-A-A-GTT------A-------T------TGCCTCTTTTGGTACAACTCTCAAGCTGGTT-TAACG----C------AC-------------A-------------TTTGCTCTGAGAT-------------T------------TCCCACA---GAT-ATAA-AT---A-G-GAT-Acatattgttcttttagtgttgttgaaattgttctctttagctttc
gi|6 : gacaaaaacgta-----------TCTGG-A-GTACTCAGGGT-ACT-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCATGTCTAGAA--------AGTCAAACAG--T------TATTT-------TTT---CT----GCT----GT------TAAA--A-----T---A-TAATTTTG--CTAAATG---TGT-A-T-----GACAC----A-G---TAC--TGT-TGCTT--------TCA--------------T-TT--GG-----A-----T----CTAGT--CT-T--------------CC-TCAAC-------------AAAAACAAAAAGTGTTTTG-----TGCAAC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---ATA-AATTACC------AAATA------------CA----A--T----TATAACGGATT-C-A-TTTC----GA-G-CTC-T------TGTCTCTTTTGGTACAAC-----------TC-TTGCG----C------ACATTTACTATAGAAA-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---AAT-ACAA-AT---G-G-GAA-AA---AA-ATACACACTTGATtgcac
gi|7 : aGGTTTTTAACA--CAA--GA--A-A------TACTG-A----TG------------CTGA-A-GTACCCA-GGT-ACC-AAA--TA------TATGCTCCG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAG--CA----------------------------CT----AA--------------AAA--GCCTTCT---G-GAA---------TTTTG---TAT-A-T-----AATAA----A-G---TAT--TAA-TGCTT--------TGT--------------T-TT--GG-----A-----T----TTA-T--TT-TTACA----------CCACTAACGCCCCCCCCCCCGAAA---------AGTTTTG-----TGCAGCATATTTA------CTAC--CTAACGGTG---CT--AAATACT------GATTG------------TA--------------------------A-ATTC----GATG-CTCGT------CGTCGTTTTTAGTTAAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------GTTTTCTGTGAATTT-----------T-------------T------------TCTTAAA---GAT-ACAATAT---GCG-GAC-AG---AA-
gi|8 : agTTTAA-A-GAAC--GG--TTG------CACTG-ACTAATG-----------TCTAG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGTTCTG-TACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCA------------------------------------T----AT------CAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG---TAC-------------------------------A-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-T--TT-TC-------------CC-CCAAC-------------AAA---------TGTTTTT-----TGCAGC--GTTTA------CAAC--GTGCCATTG---CAA-AAATATC------AAATA------------TACTACA--TTTTAAAAGACA---T-C-A-GTTT----GA-G-CTC-T------CGCCACTTTTGGTACAAT-----------TC-TGACG----CAAATTTACTGTGAA-------A-------------T-----------T-------------T------------CCCCAAA---GAT-AC-A-AT---G-G-GAC-GG---AA-ACAGGCACT
gi|9 : TT--------TGA--------------TCTT--GG-----A-----TAACTCCA-T--TT-T--------------TT-CCTAC-------------AAAA--------TATTTTG-----TGCAGC--GTTTACCATACCAACTATTACCGTTGCTCCTACAAATATCCGTCGAAAATT------------GA----A--T----AA--ACA---T-G-ATGTAC----GA-GCCTC-TTATATGTACCAACTTTGGTAGCAC-----------TC-TGGTGATTCC------ATTTGCTTGTAA---A-------------C-----------T-------------T------------TCTCCGATATGAT-ACAA-AT---G-GCGACTAGGGAAA-ACAG
blockSeqs : T CACA AA AT ATTTTG C CTAA CCATCTTTGCC T T T A CT CATGCA A C AGTAAATG GTTTTACATTCTAGACTGAATCCAAACC AT CGCCTT T A AA AAAT C A TGGTG CGTAC C TCC AA A T TCTGTACATGACGCAGTATTGATACTTTGGTTTGGATTCGTTTC A GCCCCCCCCCCCG AACAAAAAG CACAC AT CCATAC TA CTC AC CGTCGA CATAATCATGTA CTACATTTTA AG GAT T . T TCGA TG G TATATG T TCTCAAGCTGG C ATTC AAATTT ATTATTGTTTTGAGATT TAT T T ATG C C T GGA G TTTTGT G A AAC A AA TTTTATA C TCTACATG A
blockSeqs : T TTTG A . ATTTTG . . . . . . . . . . . T GTTACTTGGTATTACCTTTGATGTT . CCTTCT . A . GC . . . C . . . G . TCTCTTCCGGATGCGCTTTTTTTTATCCCCCCC . CCCG A CACAC . . . . A . . AATT AG . . . . . GC . . T . . . . ATTTACTATAGAAATTT AA . . . . . . . . GG . A AAT . TA CCTTGT . TGTGTA A
blockSeqs : T CG . . . . . . . . . . . . . . . CTTACTAGTACTTTCTCTGATGTT . TCCT . A . T . . . C . . . G . TGATTTTGATTTATTTTAACACCCA . G . . . . . . A . . GT TG . . . . . A . . G . . . . GTTTTCTGTGAATTTTT . . . . . . . . . T . A CCT . TA TTTTA . CCTA C
blockSeqs : T CG . . . . . . . . . . . . . . . GTTATTTCGTCTGATGTTATTAAT . CTAT . A . T . . . C . . . G . TGATTTGGAATAAGTTTAATTT . . . . . . . . G . . AT AG . . . . . G . . G . . . . ATTTGCTGTGAATTTC . . . . . . . . . . . T AAC . TA CCACT . TCTA
blockSeqs : T CA . . . . . . . . . . . . . . . GTTATTTCCTCTTATATATATC . TT . A . T . . . C . . . A . TGATCTTGGATAACTCCATTTT . . . . . . . . A . . AT GG . . . . . G . . G . . . . ATTTGCTCTGAGATT . . . . . . . . . . . A T . AC CCTT . TGTA
blockSeqs : T TA . . . . . . . . . . . . . . . TATATTTCCTCTTATGTGTCC . T . A . T . . . C . . . G . TGGTTTGAATTCATTCTTCCC . . . . . . . . A . . AT TA . . . . . G . . T . . . . TTGCTTGTAAACTT . . . . . . . . . . . A . . A C . TGTA
blockSeqs : T AG . . . . . . . . . . . . . . . TTTACTTCCTTCTGTATG . T . A . T . . . C . . . G . TGTTTTGGATTTATTTTTACA . . . . . . . . A . . AT AG . . . . . G . . T . . . . TGTGAAATTT . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . AG . . . . . . . . . . . . . . . GTTACCGACTTTTATTTT . T . G . T . . . C . . . A . TGATTTGGAATAAGGGTTT . . . . . . . . A . . AT A . . . . . G . . T . . . . AATTT . . . . . . . . .
blockSeqs : . CA . . . . . . . . . . . . . . . GTTAGTTCCTCTTATATC . T . G . T . . . A . . . G . AAATTTGGATCTTGTTTGT . . . . . . . . A . . AT A . . . . . G . . T . . . . ATTT . . . . . . . . .
blockSeqs : . AG . . . . . . . . . . . . . . . GTTATTTTTTCTGCTGTT . T . A . C . . . G . . . G . TCATTTGGATCTAGTCTT . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . G . . . . ATTT . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . GTTATTCTTCTGATGTT . T . A . T . . . C . . . G . TGATTTGGATTCATTTTC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . ATT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CTCCCTCTAACGTT . T . A . T . . . C . . . G . TGATTTGGATTCAGTTT . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . GTTATTTCCTCTG . T . T . T . . . C . . . G . ATGATTCATATTT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . GTTATTTCCTCTG . T . A . . . . . C . . . A . TTTC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TAACTAAAAAT . T . . . . . . . A . . . . . TTTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGACT . T . . . . . . . . . . . . . TG .
blockSeqs : . . . . . . . . . GCTAA . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . CTAA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TATC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : CG** TNTA****
originalCons : NAGAACGGTTTTTAACA-GCAC--GA--TTA------CACTG-A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCAG--T------TACTT-------CCT---CT----NAT----GT------TAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG---TAT-A-T-----GACAC----A-G---TAT--TGA-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-T--TT-T--------------CC-CCAAC-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---CTA-AAATACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCCNCTTTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACAGACACTTGATTTGC------T-TTTGTACTGAACTGTA-GCTCNATATGCC-T--T---TAT-ACAGTCTGTA-ACACTGGTTGCATATTTAATTTNGA
finalCons : NAGAACGGTTTTTAACG--CAC--GA--TTA------CACTG-A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCAG--T------TACTT-------CCT---CT----NAT----GT------TAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG---TAT-A-T-----GACAC----A-G---TAT--TGA-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-T--TT-T--------------CC-CCAAC-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---CTA-AAATACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCCNCTTTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACAGACACTTGATTTGC------T-TTTGTACTGAACTGTA-GCTCNATATGCC-T--T---TAT-ACAGTNTA----CACTGGTTGCATATTTAATTTNGA
Alignments
lowQualScore : 2222222 11111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111 1111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222 111111111 11111 111111111111 11111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222 111 3333333333 11111111
lowQualScore : 5 999 0000000 33 77 2 5555 11111111111 2 2 2 2 22 555555 1 1 88888888 88888888888888888888888888888888888888888888888888 22 333333333 1 4 22 2222 2 2 55555 55555 2 333 22 1 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 1111111111111 111111111 22222 33 777777 33 555 66 888888 777777777777 999999999999 66 555 3 3 3 6666 888 3 888888 1 44444444444 3 6666 888888 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999 3 3 555 3 3 2 555 3 666666 5 2 666 0 5 0 22 0 3333333333 5 1 33333333 1
lowQualScore : . ... ....... .. .. . .... ........... . . . . .. ...... . . ........ .................................................. .. ......... . . .. .... . . ..... ..... . ... .. . . .......................................................................... . ............. ......... ..... .. ...... .. ... .. ...... ............ ............ .. ... . . . .... ... . ...... . ........... . .... ...... .................................................................. ... . . ... . . . ... . ...... . . ... . . . .. . .......... . . ........ .
lowQualScore : 2 444 8888888 99 33 7 7777 99999999999 2 2 0 0 88 222222 8 8 00000000 55555555555555555555555555555555555555555555555555 66 777777777 9 1 66 7777 0 0 33333 88888 1 777 99 3 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 6666666666666 888888888 55555 77 777777 99 444 33 222222 111111111111 333333333333 55 888 3 1 1 5555 999 1 888888 0 66666666666 1 5555 888888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666 1 1 444 1 1 9 444 1 222222 0 2 444 5 0 2 99 5 9999999999 7 0 11111111 0
consensus : NAGAACGGTTTTTAAC--GCA--C----GA--TT--ACACTG-A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCAG--T------TACTT-------CCT---CT----NAT----GT------TAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG---TAT-A-T-----GACAC----A-G---TAT--TGA-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-T--TT-T--------------CC-CCAAC-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---CTA-AAATACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCCNCTTTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACAGACACTTGATTTGC------T-TTTGTACTGAACTGTA-GCTCNATATGCC-T--T---TAT-ACAGTNT---A----CACTGGTTGCATATTTAATTTNGA
Reference ( family-874 ) : NAGAACGGTTTTTAAC--GCA--C----GA--TT--ACACTG-A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCAG--T------TACTT-------CCT---CT----NAT----GT------TAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG---TAT-A-T-----GACAC----A-G---TAT--TGA-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-T--TT-T--------------CC-CCAAC-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---CTA-AAATACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCCNCTTTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACAGACACTTGATTTGC------T-TTTGTACTGAACTGTA-GCTCNATATGCC-T--T---TAT-ACAGTNT---A----CACTGGTTGCATATTTAATTTNGA
gi|1 : AGAACAGTTTTTAACATGCA--T----GA--AT--ACACTG-A----TG-----------TCTAG-A-GTACCCAGGGT-AAC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTCAGTCAG--T------TATTT-------CCT---CT----TGT----GT------TAGA--A-----T---G-GAATATTG--CATTCTG---TAT-A-T-----GGCTT----A-G---TAT--CGA-TGTTTA-------TG---------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-T--TT-T--------------TC-ACAAC-------------AAA---------TGTTCTG-----TGTAGC--ATTTA------CAAC--CTACTGTTG---CTA-AAATACC------TAATA------------TA----A--C----AAAGAC------CGA-GTTC----AA-G-CTC-T------CGCCTCTCTTGGTACAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAC-AG---AA-ACGGACACTTTATTTGC------T-TTTGCGCTGGACTGTA-GTTCAATATGCCAT--T---TAT-ACAGTTTGTAA----CACACGTTACATATTTAACTTCGA
gi|10 : gC--ACA--C----GA--TT--ACGCAC-G----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAG--TA------T-TGCTATG-GACCCAAGTCTAGAT--------TGTAAATCAGTTT------TACAT-------TCTAGACTG---AATCCAAAC------CAAA--G-----T---ATCAATACTG--CGCCATG---TAC-A-G-----AAAGC----A-ATCCTAT--TAATTGCTTTCTGTACATGACGCAGTATTGATACT-TT--GGTTTGGA-----T----TCG-T--TT-C--------------TC-CCAAC-------------AAA---------TGTTCTG-----
gi|11 : -AAATACC------AAATA------------TA----AATT----AAAGACA---TTC-A-GTTC----GG-----C-T------TGC-TCTTTTG-TACAAA-----------TA-TGA-------------AC-------------A-------------T-----------TATTGTTTTGAGATT------------TCTCAAAAA-GAT-AACA-AT---G-G-GAC-AG---AA-TCAGACGCTGGATTTGTGG----TGTTTGTACTGAACTGTA-CGTCAATATACC-TTGT---TATCACAGCCT---A----CACTGGTTGCCTATTTAACTT
gi|12 : tCCGGTG---CTA-AAATACC------AAATACATAATCATGTATA----G--T----AAAGACA---T-C-A-GTTC----GA-A-CCC-T------CCCCTCTTTTGGGACAAT-----------TTCTGACT----C------AC-------------AA------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---AATTACAA-AT---G-T-GAC-AG---AA-ATAGGCACTTGATTTGC------T-TTTGAACTGAATTGTA-GTTCA-----C--------------CAGTCT---A----CACCGGTTGCATATCTt
gi|13 : AGAACGGGTTTTAAC--GCA--C----GA--TT--ACAATCCA----TG-----------CCTGG-A-GTACCCAAAGT-ACC-AAA--TA------T-TGCGCTG-AAACCAAGTATAAAT--------AGTAATTAAT--T------TACTT-------CCT---TC----TGT----AT------GACA--G---------G-GAAT-TTGAATATGCTA----AT-A-TTGGTGGACAC----A-G---T-T--TGG-TGTTT--------TGA--------------T-CT--GG-----tt
gi|14 : aaCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTTTG-GACTCAAGTCTAGAA--------GGTAAATCAG--T------TATTT-------CCT---CT----G----------------------------------ATATTG--CTTTCTG---TAT-A-T-----G--AC----A-G---TAT--T---TG--------------------------------------------------------T--TT-C--------------CC-CCCAT-------------CAA---------TGTTTTGCACACTGCAGT--ATTCA------TAAC--CCACC-GTG---CT--AAATACC------ACATtt
gi|15 : -A-GTTC----GA-G-CTC-T------TGCCGTTTTTGGTTCACC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------TGCTGTGAATTTCTCTCAAA---GAT-ACAA-AT---G-G-GAA-AG---AA-----ACACTTGATTT-T------T-TTTTTATTT--TTGAG-GCCTTATAAGTT-T--TATATAT-ACTGTGT---A----CACTGGTTGCATATTTAATTTAGAtgagaagtggtttatg
gi|16 : CTGGTG-GTCCCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGCTTTG-GACTCAAGTCTAGAA--------GGTAAATCAG--T------TATTT-------CCT---CT----G----------------------------------ATATTG--CTTTCTG---TATCA-T-----G--AC----A-G---TAT--T---TG--------------------------------------------------------T--TT-T--------------CC-CCATC-------------CAA---------TGTTTTGCACACTGCAGT--ATTCA------TAAC--CCACC-GTG---CTA-AAATACC------Atacct
gi|17 : tcG-A-GTACCCAAGAT-TCC-AAA--TA------T-TGCTCTG-AATCCAAGACTAGAA--------AGTAAATCAC--TTACTAGTACTT-------TCT---CT----GAT----GT------TCAA--G-----T---G-GGATATTG--CTTTCTG----A--A-T-----GACAC----ACT---TAT--TGA-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----AATAAGT----TTA-A--TT-T--------------TT-CAAAC-------------ACA---------TGATTc
gi|18 : aAGAACGGTTTT-AAC--ACA--CACAAGA--TT--ACACTG-A----TA-----------TCTAG-A-GTACTCAAGGT-ATC-AGA--TA------T-TGT------------------AA--------AGGAAATCAG--T------TACCG-------ACT---TT----TAT----TT------TAAT--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG-----T-A-T-----GACAC----T-G---TAT--AGA-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-G--TT-T--------------
gi|19 : tgaAGAACGCTTTTTAGC------------------------TG-A----TG-----------TATGG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TACATGCAT-TGCTCTG-GACCCAAGTCTTGAA--------AGTAAAACAG--T------TATTT-------CCT---CTTATATAT----AT------CAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTATGAAATAT-A-
gi|2 : taa--ACAC---A----TG-----------TCTGG-A-GTACCCAAGAT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGAAAA-CA----------TAA---------------CT----AAA----AA------TATA--G-----TCCTG-GGAT-------TTTTTA---TAT-AAT-----AACA-----------TCT--TAA-T-CTT--------TCT--------------C-TTCCGG-----A-----T----GCG-C--TT-TTTTTTATCCCCCCCCC-CCCCCG------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--CTAACGGTG---CTG-AAATACC------GAATG------------TA----A--T----AAA-ACA---T-C-A-GTTT----GA-G-CTC-T------CGCCGATTTTGGTTCAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------------------T-------------T------------TCTCAGA----AT-ACAA-AT---G-G-AAC-AG---AA-AGAGACACGTGATTTGCT-----T-TTTGTTTT----TGAT-GCCTTATAAGTT-T--TATATAT-ACAGTGT---A----CACTGGTTGCATATTTAATTTAGAaactttgtatgct
gi|20 : ttttaCAAG---AGAA--------AGTAAATCAG--T------TACTTGGTATTACCT---TT----GAT----GT------TTAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCAG---TAT---------GACACGTACA-G---TAA--TGA-GGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----A----TAA-GGGTT-T--------------CC-CCAAC-------------ATA---------TGCTGTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--CTAtacttttct
gi|21 : AGAACAGATTTTAATTTGCG--T----GA--TT--ATACTA-A----TG-----------TTTGG-A-ATACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TACTCTG-TATCCAAGTCTAGAA--------AGGAGA-CAG--T------TA-TT-------CTT---CT----GAT----GT------TAAA--A-----T---G-GAATGATG--Ca
gi|22 : tttaaa------T-TGCTCCG-GACCCAAGTCTAGAG--------AGTAA-TCAG--G-------ACT------------------------------------AAA--ACGCCTT---G-GAAT------CTT---G---TAT-A-T-----GATA------------------A-TGCTT--------TGA--------------T-TT--TG-----A-----T----TTA-T--TT-TAACACCCA------CC-CCACCCCCG---------AAA---------TGTTTTG-----TGTAGT--ATGTA------Cagtattga
gi|23 : AACGGGTTTTAAC--GCA--C----GAATTC--ACAC---A----TGCCATCTTTGCCTCTGG-A-GTACCCAAAGT-ACCAAAA--TA------T-TGCGCTG-AAACCAAG--TAAAAT-------AGTAATTAAT--T------TACTT-------CCT---ta
gi|24 : aaaga-ACT-AAA--TA------T-TTCTCTG-GACCTAAGCGTTGAA--------AGTAGATCAG--T------TATTT-------CGT---CT----GAT----GTTATTAATAAA--A-----T---G-GAATGTTG--TTTTCTG-----T-A-T-----GACTC----A-G---GAG--TGA-TGTTT--------TGA--------------T-TA--GG-----A-----tctgtatgaca
gi|25 : TTTAAC--ACA--T----GA--TT--ACACTG-A----TG-----------TCTGG-G-G--------GT-ACC-AAA--TA------T-TGCTCTG-GAACCAAGTCTAGAA--------AGT-GATCAG---------------------------CT----AA--------------AAA--GCTA--T---G-GAA---------TTTTG---TAT-A-T-----GATAA----A-G---TAT--TAA-
gi|26 : AA---------TGTTTT------TGCAGC--ATTTA------CA-C--CTAACGGTG---CTA-AAATAGC------AAATG------------TA----A--T----GAA-ACA---T-C-A-GTTCTCGAGA-G-CTC-T------CGCTGTTTTTGGTTTAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------A-------------T-----------T-------------T------------
gi|27 : -------------T-----------T-------------T------------TCTTAAA---GAT-ACAA-ATATGG-G-AAC-AG---AAGACAgc
gi|28 : attcgatgctcgaaatcgtcgtttttagttaactgttgacgcaatgcgagtcgcttgcatatagttaatgtAC-GG---AA-AGAGACACATAATTTGC------T-TCTGT--TGCCTTATAAGCTTTATATA----------TAT-GCAGTGT---A----CACTGGTTGCATATTTGATTTCGA
gi|29 : AGAACAGTTT--AAT--ACA--TA---GA--TT--ACATTG-A----TA-----------TCTGG-ATGTATCCAAGGTTACT-TAACTTC------T-TGCTCTGCGACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAtacctttctc
gi|3 : caaAGAACGGTTTT-AGC--ACAATT----GA--TTTTGCACTG-A----TG-----------CCTGG-A-GTACTCAAGGT-ACC-AAT--TT------T-TGCTCTG-GACCAAAGTTTAGAA--------AGTAAAT--------------CTC-------CCT---CT----AAC----GT------TAAA--G-----T---G-GAA---------TTCTG-----T-A-T-----GACAG----A-G---TAC--AGA-GTCTT--------TG--------------------------------------------------------------------------------------------------GTTTTT-----TGCAGT--ATTTA------CAAC--CTATCGGTG---CT--AAATACC------AAATT------------TA----A--T----AATGGCA---T-C-A-GTTC----GA-G-CTC-T------CGCTTCTTTTGGTACAA---------------TGCTG----T------------------------------------------------------------------------------------GAT-GCAA-GT---G-G-GAC-CG---AA-ACAGACACTTGGTTTGCTTTTGTT-TTTGTACTGAACTGTA-GCTCACTATGCC-T--T---T
gi|30 : aaAACGGTTTT-AGC--ACAATT----GA--TTTTGCACTG-A----TG-----------CCTGG-A-GTACTCAAGGT-ACC-AAT--TT------T-TGCTCTG-GACCAAAGTTTAGAA--------AGTAAATtaacacttcgagtaacttctttagtgttgttgaatattgttttctgtaactgt
gi|31 : AAA--G-----TT--G-GAATAT-G--CTTTCTGG--CAC-A-T-----GACAC----A-G---TATAATGA-TGCTC----------A--------------T------G-----A-----T----TCA-TA-TT-T--------------CC-C
gi|32 : ttatgcgtaa-------------AAA---------TGTTTTG-----TGCAGC--ATTTA------CTAC--C
gi|4 : cccacccctatcaccg------T-TGCTCTG-GAACCACATCTAGAT--------AGTAAATCAT--A------TATTT-------CCT---CT----TAT----GTGTC---CAAAATG-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG---CAC-A-A-----AACAC----A-G---TAT--TGA-TGCTT--------TGG--------------T-TT--GA-----A-----T----TCA-T--TC-TTCCC----------CC-CCAAC-------------AGA---------TGT-------------AC--A-----------AAC--CTACCGTTG---CTA-AA-TACC------AAATA------------TA----A--T----AAAGATA---T-C------T----GA------------------TCTTTTGCTACAGC-----------TC-TGAAG----C------AG-------------A-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---GAT-ACAA-AC---A-G-GAC-AG---AC-ACAGTCACTTGATTTGC------T-TTTGTACTG-------------ATGTGCCAC--T---GGT-ACAGTCT---ACATGCACTGATTGCATATTTAATTT
gi|5 : AAC--GTA--------A--TT--ATACTA-A----TA-----------TCTGA-A-ATACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGTTCTG-GATCAAAGTCTAGAAAGTAAATGAGTAAATGAG--T------TAGTT-------CCT---CT----TAT----AT------CAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTGTCTG-----T-A-T-----GACAC----A-G---AAT--TGA-TGTTT--------AAA--------------T-TT--GG-----A-----TC---TTG-T--TTGT--------------CC-TTAGA-------------AAA---------C-CTTTG-----AAAAAC--ATTTA------CAAT--CTAACGATA---CTA-AATTACC------AAATA------------CA----A--T----GAGGGCA---T-A-A-GTT------A-------T------TGCCTCTTTTGGTACAACTCTCAAGCTGGTT-TAACG----C------AC-------------A-------------TTTGCTCTGAGAT-------------T------------TCCCACA---GAT-ATAA-AT---A-G-GAT-Acatattgttcttttagtgttgttgaaattgttctctttagctttc
gi|6 : gacaaa-----------TCTGG-A-GTACTCAGGGT-ACT-AAA--TA------T-TGCTCTG-GACCCATGTCTAGAA--------AGTCAAACAG--T------TATTT-------TTT---CT----GCT----GT------TAAA--A-----T---A-TAATTTTG--CTAAATG---TGT-A-T-----GACAC----A-G---TAC--TGT-TGCTT--------TCA--------------T-TT--GG-----A-----T----CTAGT--CT-T--------------CC-TCAAC-------------AAAAACAAAAAGTGTTTTG-----TGCAAC--ATTTA------CAAC--CTACCGGTG---ATA-AATTACC------AAATA------------CA----A--T----TATAACGGATT-C-A-TTTC----GA-G-CTC-T------TGTCTCTTTTGGTACAAC-----------TC-TTGCG----C------ACATTTACTATAGAAA-------------T-----------T-------------T------------TCCCAAA---AAT-ACAA-AT---G-G-GAA-AA---AA-ATACACACTTGATtgcac
gi|7 : aGGTTTTTAAC--ACA--A----GA--A---ATACTG-A----TG------------CTGA-A-GTACCCA-GGT-ACC-AAA--TA------TATGCTCCG-GACCCAAGTCTAGAA--------AGTAG--CA----------------------------CT----AA--------------AAA--GCCTTCT---G-GAA---------TTTTG---TAT-A-T-----AATAA----A-G---TAT--TAA-TGCTT--------TGT--------------T-TT--GG-----A-----T----TTA-T--TT-TTACA----------CCACTAACGCCCCCCCCCCCGAAA---------AGTTTTG-----TGCAGCATATTTA------CTAC--CTAACGGTG---CT--AAATACT------GATTG------------TA--------------------------A-ATTC----GATG-CTCGT------CGTCGTTTTTAGTTAAAC-----------TT-TGACG----C------AC-------------GTTTTCTGTGAATTT-----------T-------------T------------TCTTAAA---GAT-ACAATAT---GCG-GAC-AG---AA-
gi|8 : agTTTAAA--GAA--C----GG--TT--GCACTG-ACTAATG-----------TCTAG-A-GTACCCAAGGT-ACC-AAA--TA------T-TGTTCTG-TACCCAAGTCTAGAA--------AGTAAATCA------------------------------------T----AT------CAAA--G-----T---G-GAATATTG--CTTTCTG---TAC-------------------------------A-TGCTT--------TGA--------------T-TT--GG-----A-----T----TCA-T--TT-TC-------------CC-CCAAC-------------AAA---------TGTTTTT-----TGCAGC--GTTTA------CAAC--GTGCCATTG---CAA-AAATATC------AAATA------------TACTACA--TTTTAAAAGACA---T-C-A-GTTT----GA-G-CTC-T------CGCCACTTTTGGTACAAT-----------TC-TGACG----CAAATTTACTGTGAA-------A-------------T-----------T-------------T------------CCCCAAA---GAT-AC-A-AT---G-G-GAC-GG---AA-ACAGGCACT
gi|9 : TT--------TGA--------------TCTT--GG-----A-----TAACTCCA-T--TT-T--------------TT-CCTAC-------------AAAA--------TATTTTG-----TGCAGC--GTTTACCATACCAACTATTACCGTTGCTCCTACAAATATCCGTCGAAAATT------------GA----A--T----AA--ACA---T-G-ATGTAC----GA-GCCTC-TTATATGTACCAACTTTGGTAGCAC-----------TC-TGGTGATTCC------ATTTGCTTGTAA---A-------------C-----------T-------------T------------TCTCCGATATGAT-ACAA-AT---G-GCGACTAGGGAAA-ACAG