lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 33 111 555 555 4 999 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8 33 3 3 6 6666 44 555555 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : .. ... ... ... . ... . ............................................................................................................................................................................................ . .. . . . .... .. ...... . . ...........................................................................
lowQualScore : 88 777 888 888 5 666 9 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 88 3 3 7 5555 22 333333 1 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
consensus : CTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCCGATACCTTATAGAA-AT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTACA--TGTATTA-CTAGTGNNAGGNNCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCGACATCACA--TAAAAGATGT-C-G-TG----T--AGC--GG--GA-GA-AAACCTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGT
Reference ( gi|6 ) : CTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCTGATAACTTATAGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTACA--TGTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGATATTACA--TAAAAGATGT-C-G-TG----T--AGC--GT--GA-GA-AAACCTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTA
gi|20 : CTGCCCCATCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC--TACCTTATAGA
gi|13 : CTGTCCCAGCCCAGCCC-TGCTC---TA---ACTCATCATAAACTCTG
gi|19 : aacaaaacttacgaggttctcacttagaatgaaacagaaattaataacaattgtcataattaaaacatatgtgaatatataaacaaagtaaatatcaaaacactacatgtatataacatatatagaggatattcaatgagttttttttgttggatttttttcttttttagTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCGTAAACTTTGATACCTTATAGAtcagatacccacattttataga
gi|22 : TGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCCGATACCTTAT
gi|24 : TGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTCATGAT---AT---TCATAAACTCCGAT
gi|4 : TGTCCTAGCCTAGCCC-TGCTCTAAGTCTAAC---TCATAAACTCAGATAtc
gi|21 : GTCCCAGCCTAGCCCATGTTC---AT---AC---TCATGA--TTTGATACCTTACAAAccgtggcccacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgcatgtattatccctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagatgtcgtgtagcaggagaaaacctaaataaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacaatttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|2 : TCCCAACCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TC---AACT---ACATTTTATAGAA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTACA--TGTATTA-CTAGTAGTAAAGGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNAATATGGAC-G-TG----T--AGC--AG--GA-GA-AAACCTAAATAATC----
gi|5 : TCCCAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---TC---TCATAAACTCTGATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccaacacaattgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|8 : TCCCAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TC---AACT---ACATTTTATAGAA-ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTATA--TGTACTA-----TGTAAGGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNAAGATGT-C-T-TG-------AGCA-GA--GA-GA-AAACC---ATAATcacatacctacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatgtcgtgcccgtggcgcaggagaaaacctaaataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|3 : TCCCAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TC----ACTC--ACATTTTATAGAAatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacaatttgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccc
gi|7 : gtCAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TCAaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctgtatatgttactatgataaggctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtgtcggtgtagcaggaagaaaacctaaataatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctaacacaatttgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncc
gi|9 : tATGTACAAATGTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CTG-TATTACAGTTAAAAGATGT-CCG-TG----TTTAGC--GT--GA-GA-AA-CCTAAATAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGTctacatttataagaattgagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtacgttactatgtaaggctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatgtcgtgtagcaggagaaaacctaaataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaacacaattgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|23 : gaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaCCGACATCACA--TAAA---TGT-C-G-TG----T--AGC--AG--GA-GA-AAACCAAAATAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattaatg
gi|4 : AAAGATGT-C-G-TG----T--AGC--AG--GA-GA-AAACCTAAATAACC----
gi|5 : tgtcctagcctagccctgctctaagtctaactcataaactcagataccgtggcccacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgcatgtattatccctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGATGT-C-G-TGCCCGT--GGC--GCAGGA-GA-AAACCTAAATAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacaatttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|7 : tcccagcctagccatgttcattctcataaactctgatacacatacctacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGATGT-C-G-TG----T--AGC--AG--GA-GA-AAACCTAAATAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|11 : tcagcctagccatgttcatactcactacatttataagaattgagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtacgttactatgtaaggctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGATGT-C-GCTG----T--AGC--AG--GA-GA-AAACCTAAATAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaacacaattgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|3 : ctcccaagcctagcaatgttcatattcaactacattttatattagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaaaatcagatacatgctactatgtaagcttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAG-TGT-C-GGTG----T--AGC--AG--GAAGA-AAACCTAAATAATC----
gi|25 : gttcccagcctagccatgttcatactcactcacattttatagaaaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctgtatatgttactatgataaggctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGATGT-C-G-TG----T--AGCAGGT---A-GA-AAACTTAAATAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctaacacaatttgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncc
gi|15 : AAGATGT-G-T-TG----T--AGC--AG--GA-GA-AAACCTAAATAAc
gi|1 : acgtgtactatgtaaggcttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGATGT-C-G-TG----T--AGC--A---GA-GACAAACCTAAATA
gi|12 : gtccccagcctagcatgtttcactcactactccattttatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacatgtccatgtactacttgatgagggctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG----T--AGC--AG--GA-GA-AAACCTAAATAATtctgtggactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctccaacacaatttgttaggcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccc
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TCGTTGTAGCAGGAGAATACATTAAATAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACGCCAACACAATTTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACCCATGAACATTTATTTAAATATAACCGAAGAATTAAATGTTATCATGTAGTATTGCGGATAAGATATTTTTGCGGCAAGTAAACCCGGAAATTGTATATTTCCGTCACTGTGAA
Unaligned ( gi|14 ): ACATTTATAAATATTAACGTAAAATTAAGGTTATCATTAGTATTGCGGATAGATATTGCGGCCAAGTAGACCGGAAGTTGTTATTTTCTCACTGTGGAAAATAACACTTTTGTTATTTTTCACACTGTGAAAAATAACCAAATTCTATTCAACGGATAAATTTCAATATTTCACTTGCTGAAAATGTAATA
Unaligned ( gi|16 ): ACAAATATTACGGCAGGTATTTCCAGTTGTTATTTTCCCATGTGTCACTTCCTTCGTTATTCTTCACACTGTCATAAAATTA
Unaligned ( gi|17 ): GACAATATTACGGCAGGTATTTCCAGTTGTTATTTTCCACTGTGTCACTTCCTTGTTATTCTTCACACTGTCATAAAA
Unaligned ( gi|18 ): GAACATTTATTAAATATAACGTAAAATTAAGGTTATCATTAGTATTGCGGATAGAAATTGCGGCAAGTAGACCGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1111111 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 3 000 555 555 4 7777777 000000 777 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77 33 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 66 2 2 5 2 5555 33 0000 2 2 2 2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : . ... ... ... . ....... ...... ... ....................................................................................................... .. .. . ....................................................................... . .. . . . . .... .. .... . . . . ...........................................................................
lowQualScore : 1 888 444 444 2 8888888 555555 888 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 66 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 99 9 9 7 7 7777 77 3333 7 7 7 7 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
consensus : CTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC----GATACC------TTATAGA---AAT-TGAGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CATGTACA--TGTATTACTA-TGNTA-GGCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC-GATATTACA--TAAAAGATGT-C-G-T-G----T--AGC-G--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGT
Reference ( family-864 ) : CTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC----GATACC------TTATAGA---AAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CATGTACA--TGTATTACTAGTGNNA-GGNNCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC-GACATCACA--TAAAAGATGT-C-G-T-G----T--AGC-G--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGT
gi|1 : --CATGTCCA--TGTACTACT--TGATG-AGGGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN--NNNA-GATGT-C-G-T-G----T--AGC----AG-A-GACAAAC-CTAAATA
gi|10 : gtccccagcctagcatgtttcactcactactccattttatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaT-C-G-TTG----T--AGC-A--GG-A-GA-ATACATTAAATAATC----tctgtggactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctccaacacaatttgttaggcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccc
gi|11 : AAGATGT-C-GCT-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacgccaacacaatttgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacccatgaacatttatttaaatataaccgaagaattaaatgttatcatgtagtattgcggataagatatttttgcggcaagtaaacccggaaattgtatatttccgtcactgtgaa
gi|12 : ctcccaagcctagcaatgttcatattcaactacattttatattagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaaaatcagatacatgctactatgtaagcttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAAT
gi|13 : CTGTCCCAGCCCAGCCC-TGCTC---TA---ACTCATCATAAACTCTGTCAGATACCCACATTTTATAGA---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacattgtagctcccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|15 : aacaaaacttacgaggttctcacttagaatgaaacagaaattaataacaattgtcataattaaaacatatgtgaatatataaacaaagtaaatatcaaaacactacatgtatataacatatatagaggatattcaatgagttttttttgttggatttttttcttttttagAAGATGT-G-T-T-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAA
gi|19 : acgtgtactatgtaaggcttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCGTAAACTTT----GATACC------TTATAGA---
gi|2 : TCCCAACCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TCA---ACT-------ACATT------TTATAGA---ANN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATGTACA--TGTATTACTAGTAGTA-AAGGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN--NNNAATATGGAC-G-T-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----
gi|20 : CTGCCCCATCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC------TACC------TTATAGA---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccaacacaattgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|21 : GTCCCAGCCTAGCCCATGTTC---AT---AC---TCATGA--TTT----GATACC------TTACAAA---
gi|22 : TGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC----GATACC------TTAT
gi|23 : CC-GACATCACA--TAAA---TGT-C-G-T-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CAAAATAAT
gi|24 : TGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTCATGAT---AT---TCATAAACTCC----GAT
gi|25 : AAGATGT-C-G-T-G----T--AGC-A--GGTA-GA-AAAC-TTAAATAAtc
gi|3 : TCCCAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TCA----CTC------ACATT------TTATAGAAAAAAC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TCTGTATA--TGT--TACTA-TGATAAGGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN--NNNNAAGTGT-C-GGT-G----T--AGC-A--GG-AAGA-AAAC-CTAAATAATC----c
gi|4 : gtTGTCCTAGCCTAGCCC-TGCTCTAAGTCTAAC---TCATAAACTCA----GATACC------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctaacacaatttgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncc
gi|4 : AAAGATGT-C-G-T-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAACC----gtggcccacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgcatgtattatccctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagatgtcgtgtagcaggagaaaacctaaataaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacaatttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|5 : tgtcctagcctagccctgctctaagtctaactcataaactcagataccgtggcccacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgcatgtattatccctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCCCAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---TC---TCATAAACTCT----GATACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacaatttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|5 : AAGATGT-C-G-T-GCCCGT--GGC-GCAGG-A-GA-AAAC-CTAAATAATacatacctacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatgtcgtgcccgtggcgcaggagaaaacctaaataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|6 : tcccagcctagccatgttcattctcataaactctgatacacatacctacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCT----GATAAC------TTATAGA---ANN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTACA--TGTATTANNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGATATTACA--TAAAAGATGT-C-G-T-G----T--AGC-G--TG-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : CAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TCA----CTAC-----AT---------TTATAAG---AAT-TGAGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNTGTACG--T----TACTA-TGTAA-GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN--NNNAAGATGT-C-G-T-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatta
gi|8 : tTCCCAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TC---AACT-------ACATT------TTATAGA---AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CATGTATA--TGTACTA----TGTAA-GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN--NNNAAGATGT-C-T-T-G-------AGCAG--AG-A-GA-AAAC-C---ATAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaacacaattgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|9 : ATGTACAAATGTATTANNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT-G-TATTACAGTTAAAAGATGT-CCG-T-G----TTTAGC-G--TG-A-GA-AA-C-CTAAATAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGTatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacaatttgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccc
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACATTTATAAATATTAACGTAAAATTAAGGTTATCATTAGTATTGCGGATAGATATTGCGGCCAAGTAGACCGGAAGTTGTTATTTTCTCACTGTGGAAAATAACACTTTTGTTATTTTTCACACTGTGAAAAATAACCAAATTCTATTCAACGGATAAATTTCAATATTTCACTTGCTGAAAATGTAATA
Unaligned ( gi|16 ): ACAAATATTACGGCAGGTATTTCCAGTTGTTATTTTCCCATGTGTCACTTCCTTCGTTATTCTTCACACTGTCATAAAATTA
Unaligned ( gi|17 ): GACAATATTACGGCAGGTATTTCCAGTTGTTATTTTCCACTGTGTCACTTCCTTGTTATTCTTCACACTGTCATAAAA
Unaligned ( gi|18 ): GAACATTTATTAAATATAACGTAAAATTAAGGTTATCATTAGTATTGCGGATAGAAATTGCGGCAAGTAGACCGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1111111 111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 3 000 555 555 4 7777777 000000 777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77 999 77 5 88888 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 44 2 5 2 5555 33 0000 2 2 2 2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : . ... ... ... . ....... ...... ... ....................................................................................................... .. ... .. . ..... ....................................................... .. .. . . . .... .. .... . . . . ...........................................................................
lowQualScore : 1 888 444 444 2 8888888 555555 888 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 777 99 7 99999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 22 9 7 7 7777 77 3333 7 7 7 7 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
consensus : CTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC----GATACC------TTATAGA---AAT-TGAGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CATGTACA--TGTATTACT--A-TGNNA--GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CCGATATTACA--TAAAA--GATGTC-G-T-G----T--AGC-G--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGT
Reference ( family-864 ) : CTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC----GATACC------TTATAGA---AAT-TGAGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CATGTACA--TGTATTACT--A-TGNTA--GGCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CCGATATTACA--TAAAA--GATGTC-G-T-G----T--AGC-G--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGT
gi|1 : --CATGTCCA--TGTACTACTTGA-TGA-G--GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NA-----GATGTC-G-T-G----T--AGC----AG-A-GACAAAC-CTAAATA
gi|10 : gtccccagcctagcatgtttcactcactactccattttatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaTC-G-TTG----T--AGC-A--GG-A-GA-ATACATTAAATAATC----tctgtggactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctccaacacaatttgttaggcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccc
gi|11 : AA--GATGTC-GCT-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacgccaacacaatttgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacccatgaacatttatttaaatataaccgaagaattaaatgttatcatgtagtattgcggataagatatttttgcggcaagtaaacccggaaattgtatatttccgtcactgtgaa
gi|12 : ctcccaagcctagcaatgttcatattcaactacattttatattagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaaaatcagatacatgctactatgtaagcttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAAT
gi|13 : CTGTCCCAGCCCAGCCC-TGCTC---TA---ACTCATCATAAACTCTGTCAGATACCCACATTTTATAGA---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacattgtagctcccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|15 : aacaaaacttacgaggttctcacttagaatgaaacagaaattaataacaattgtcataattaaaacatatgtgaatatataaacaaagtaaatatcaaaacactacatgtatataacatatatagaggatattcaatgagttttttttgttggatttttttcttttttagAA--GATGTG-T-T-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAA
gi|19 : acgtgtactatgtaaggcttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCGTAAACTTT----GATACC------TTATAGA---
gi|2 : TCCCAACCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TCA---ACT-------ACATT------TTATAGA---ANN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATGTACA--TGTATTACT--AGTAGTAAAGGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NAATATGGA---C-G-T-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----
gi|20 : CTGCCCCATCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC------TACC------TTATAGA---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccaacacaattgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|21 : GTCCCAGCCTAGCCCATGTTC---AT---AC---TCATGA--TTT----GATACC------TTACAAA---
gi|22 : TGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC----GATACC------TTAT
gi|23 : --CCGACATCACA--TAAA-----TGTC-G-T-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CAAAATAAT
gi|24 : TGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTCATGAT---AT---TCATAAACTCC----GAT
gi|25 : AA--GATGTC-G-T-G----T--AGC-A--GGTA-GA-AAAC-TTAAATAAtc
gi|3 : TCCCAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TCA----CTC------ACATT------TTATAGAAAAAAC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TCTGTATA--TGT--TACT--A-TGATAA-GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNA--AGTGTC-GGT-G----T--AGC-A--GG-AAGA-AAAC-CTAAATAATC----c
gi|4 : gtTGTCCTAGCCTAGCCC-TGCTCTAAGTCTAAC---TCATAAACTCA----GATACC------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctaacacaatttgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncc
gi|4 : AAA--GATGTC-G-T-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAACC----gtggcccacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgcatgtattatccctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagatgtcgtgtagcaggagaaaacctaaataaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacaatttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|5 : tgtcctagcctagccctgctctaagtctaactcataaactcagataccgtggcccacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgcatgtattatccctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCCCAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---TC---TCATAAACTCT----GATACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacaatttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|5 : AA--GATGTC-G-T-GCCCGT--GGC-GCAGG-A-GA-AAAC-CTAAATAATacatacctacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatgtcgtgcccgtggcgcaggagaaaacctaaataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|6 : tcccagcctagccatgttcattctcataaactctgatacacatacctacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCT----GATAAC------TTATAGA---ANN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTACA--TGTATTANN--N-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGATATTACA--TAAAA--GATGTC-G-T-G----T--AGC-G--TG-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : CAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TCA----CTAC-----AT---------TTATAAG---AAT-TGAGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNTGTACG--T----TACT--A-TGTAA--GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNAA--GATGTC-G-T-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatta
gi|8 : tTCCCAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TC---AACT-------ACATT------TTATAGA---AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CATGTATA--TG---TACT--A-TGTAA--GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNAA--GATGTC-T-T-G-------AGCAG--AG-A-GA-AAAC-C---ATAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaacacaattgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|9 : ATGTACAAATGTATTANN--N-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NCTGTATTACAGTTAAAA--GATGTCCG-T-G----TTTAGC-G--TG-A-GA-AA-C-CTAAATAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGTatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacaatttgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccc
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACATTTATAAATATTAACGTAAAATTAAGGTTATCATTAGTATTGCGGATAGATATTGCGGCCAAGTAGACCGGAAGTTGTTATTTTCTCACTGTGGAAAATAACACTTTTGTTATTTTTCACACTGTGAAAAATAACCAAATTCTATTCAACGGATAAATTTCAATATTTCACTTGCTGAAAATGTAATA
Unaligned ( gi|16 ): ACAAATATTACGGCAGGTATTTCCAGTTGTTATTTTCCCATGTGTCACTTCCTTCGTTATTCTTCACACTGTCATAAAATTA
Unaligned ( gi|17 ): GACAATATTACGGCAGGTATTTCCAGTTGTTATTTTCCACTGTGTCACTTCCTTGTTATTCTTCACACTGTCATAAAA
Unaligned ( gi|18 ): GAACATTTATTAAATATAACGTAAAATTAAGGTTATCATTAGTATTGCGGATAGAAATTGCGGCAAGTAGACCGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1111111 111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 3 000 555 555 4 7777777 000000 777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77 999 77 5 66666 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 44 2 5 2 5555 33 0000 2 2 2 2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : . ... ... ... . ....... ...... ... ....................................................................................................... .. ... .. . ..... ....................................................... .. .. . . . .... .. .... . . . . ...........................................................................
lowQualScore : 1 888 444 444 2 8888888 555555 888 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 777 99 7 44444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 22 9 7 7 7777 77 3333 7 7 7 7 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
consensus : CTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC----GATACC------TTATAGA---AAT-TGAGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CATGTACA--TGTATTACT--A-TGNNA--GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CCGATATTACA--TAAAA--GATGTC-G-T-G----T--AGC-G--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGT
Reference ( family-864 ) : CTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC----GATACC------TTATAGA---AAT-TGAGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CATGTACA--TGTATTACT--A-TGNNA--GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CCGATATTACA--TAAAA--GATGTC-G-T-G----T--AGC-G--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGT
gi|1 : --CATGTCCA--TGTACTACTTGA-TGAG---GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NA-----GATGTC-G-T-G----T--AGC----AG-A-GACAAAC-CTAAATA
gi|10 : gtccccagcctagcatgtttcactcactactccattttatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaTC-G-TTG----T--AGC-A--GG-A-GA-ATACATTAAATAATC----tctgtggactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctccaacacaatttgttaggcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccc
gi|11 : AA--GATGTC-GCT-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacgccaacacaatttgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacccatgaacatttatttaaatataaccgaagaattaaatgttatcatgtagtattgcggataagatatttttgcggcaagtaaacccggaaattgtatatttccgtcactgtgaa
gi|12 : ctcccaagcctagcaatgttcatattcaactacattttatattagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaaaatcagatacatgctactatgtaagcttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAAT
gi|13 : CTGTCCCAGCCCAGCCC-TGCTC---TA---ACTCATCATAAACTCTGTCAGATACCCACATTTTATAGA---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacattgtagctcccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|15 : aacaaaacttacgaggttctcacttagaatgaaacagaaattaataacaattgtcataattaaaacatatgtgaatatataaacaaagtaaatatcaaaacactacatgtatataacatatatagaggatattcaatgagttttttttgttggatttttttcttttttagAA--GATGTG-T-T-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAA
gi|19 : acgtgtactatgtaaggcttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCGTAAACTTT----GATACC------TTATAGA---
gi|2 : TCCCAACCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TCA---ACT-------ACATT------TTATAGA---ANN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATGTACA--TGTATTACT--AGTAGTAAAGGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NAATATGGA---C-G-T-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----
gi|20 : CTGCCCCATCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC------TACC------TTATAGA---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccaacacaattgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|21 : GTCCCAGCCTAGCCCATGTTC---AT---AC---TCATGA--TTT----GATACC------TTACAAA---
gi|22 : TGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC----GATACC------TTAT
gi|23 : --CCGACATCACA--TAAA-----TGTC-G-T-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CAAAATAAT
gi|24 : TGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTCATGAT---AT---TCATAAACTCC----GAT
gi|25 : AA--GATGTC-G-T-G----T--AGC-A--GGTA-GA-AAAC-TTAAATAAtc
gi|3 : TCCCAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TCA----CTC------ACATT------TTATAGAAAAAAC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TCTGTATA--TGT--TACT--A-TGATAA-GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNA--AGTGTC-GGT-G----T--AGC-A--GG-AAGA-AAAC-CTAAATAATC----c
gi|4 : gtTGTCCTAGCCTAGCCC-TGCTCTAAGTCTAAC---TCATAAACTCA----GATACC------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctaacacaatttgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncc
gi|4 : AAA--GATGTC-G-T-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAACC----gtggcccacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgcatgtattatccctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagatgtcgtgtagcaggagaaaacctaaataaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacaatttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|5 : tgtcctagcctagccctgctctaagtctaactcataaactcagataccgtggcccacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgcatgtattatccctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCCCAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---TC---TCATAAACTCT----GATACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacaatttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|5 : AA--GATGTC-G-T-GCCCGT--GGC-GCAGG-A-GA-AAAC-CTAAATAATacatacctacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatgtcgtgcccgtggcgcaggagaaaacctaaataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|6 : tcccagcctagccatgttcattctcataaactctgatacacatacctacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCT----GATAAC------TTATAGA---ANN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTACA--TGTATTANN--N-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGATATTACA--TAAAA--GATGTC-G-T-G----T--AGC-G--TG-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : CAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TCA----CTAC-----AT---------TTATAAG---AAT-TGAGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNTGTACG--T----TACT--A-TGTAA--GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNAA--GATGTC-G-T-G----T--AGC-A--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatta
gi|8 : tTCCCAGCCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TC---AACT-------ACATT------TTATAGA---AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CATGTATA--TG---TACT--A-TGTAA--GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNAA--GATGTC-T-T-G-------AGCAG--AG-A-GA-AAAC-C---ATAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaacacaattgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|9 : ATGTACAAATGTATTANN--N-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NCTGTATTACAGTTAAAA--GATGTCCG-T-G----TTTAGC-G--TG-A-GA-AA-C-CTAAATAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGTatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacaatttgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccc
blockSeqs : A ATG CTA . T TTG . AAA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN AA TAT . G GTAAA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN GT TG C C T CCCG TT GCA T A . A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
blockSeqs : . TAA . . T TTG . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . TAT . . ATAA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . G . . . AG . . . .
blockSeqs : . . . . T CCG . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . TAT . . NNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . T CCG . . TGAGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T . . TAA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . T CAG . . . . . . TAA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . T CTG . . . . . . NNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . T CTG . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . T CC . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . AC . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . G . . . .
blockSeqCons : *** CCG**** ****** ** TAA** A***
originalCons : CTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC----GATACC------TTATAGA---AAT-TGAGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CATGTACA--TGTATTACT--A-TGNNA--GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CCGATATTACA--TAAAA--GATGTC-G-T-G----T--AGC-G--GG-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGT
finalCons : CTGTCCCAGCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCCG----ATACC------TTATAGA---AAT-TGAGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CATGTACA--TGTATTACT--A-TGTAA--GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CCGATATTACA--TAAAA--GATGTC-G-T-G----T--AGCA---GG-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACATTTATAAATATTAACGTAAAATTAAGGTTATCATTAGTATTGCGGATAGATATTGCGGCCAAGTAGACCGGAAGTTGTTATTTTCTCACTGTGGAAAATAACACTTTTGTTATTTTTCACACTGTGAAAAATAACCAAATTCTATTCAACGGATAAATTTCAATATTTCACTTGCTGAAAATGTAATA
Unaligned ( gi|16 ): ACAAATATTACGGCAGGTATTTCCAGTTGTTATTTTCCCATGTGTCACTTCCTTCGTTATTCTTCACACTGTCATAAAATTA
Unaligned ( gi|17 ): GACAATATTACGGCAGGTATTTCCAGTTGTTATTTTCCACTGTGTCACTTCCTTGTTATTCTTCACACTGTCATAAAA
Unaligned ( gi|18 ): GAACATTTATTAAATATAACGTAAAATTAAGGTTATCATTAGTATTGCGGATAGAAATTGCGGCAAGTAGACCGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 2222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 2 33 000 555 555 77 1111111 999999 777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 44 66 4 9999 66666666 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 55 11111111 44 2 5 2 5555 33 33 2 2 2 2 2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : . .. ... ... ... .. ....... ...... ... ..................................................................................................... .. .. .. . .... ........ ....................................................... . .. ........ .. . . . .... .. .. . . . . . ...........................................................................
lowQualScore : 9 66 000 000 000 44 6666666 666666 000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 22 11 4 4444 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 55 22222222 22 9 7 7 7777 77 77 7 7 7 7 7 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
consensus : CTGTCCCA-GCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC----GATACC------TTATAGA---AATTGAGCAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAAAT--CATGTACA--TGTATTACT--ATG-TA----AG--------GCTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CCGATATTACA--TAA--------AA--GATGTC-G-T-G----T--AGC--AG-G-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGT
Reference ( family-864 ) : CTGTCCCA-GCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC----GATACC------TTATAGA---AATTGAGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CATGTACA--TGTATTACT--ATG-TA----AG--------GCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CCGATATTACA--TAA--------AA--GATGTC-G-T-G----T--AGC--AG-G-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGT
gi|1 : --CATGTCCA--TGTACTACTTGATG--A----GG--------GCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NA-------------GATGTC-G-T-G----T--AGC--A--G-A-GACAAAC-CTAAATA
gi|10 : gtccccagcctagcatgtttcactcactactccattttatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaTC-G-TTG----T--AGC--AG-G-A-GA-ATACATTAAATAATC----tctgtggactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctccaacacaatttgttaggcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccc
gi|11 : TCCCAAGCCTAGCAA-TGTTC---AT---AT---TC---AACT-------ACATT------TTAT-------ATT----AGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAAAT--CAGATACA--TGC--TACT--ATG-TA----AGCTTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNN--------AA--GATGTC-GCT-G----T--AGC--AG-G-A-GA-AAAC-CTAAATAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacgccaacacaatttgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacccatgaacatttatttaaatataaccgaagaattaaatgttatcatgtagtattgcggataagatatttttgcggcaagtaaacccggaaattgtatatttccgtcactgtgaa
gi|12 : c-G----T--AGC--AG-G-A-GA-AAAC-CTAAATAAT
gi|13 : CTGTCCCA-GCCCAGCCC-TGCTC---TA---ACTCATCATAAACTCTGTCAGATACCCACATTTTATAGA---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacattgtagctcccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|15 : aacaaaacttacgaggttctcacttagaatgaaacagaaattaataacaattgtcataattaaaacatatgtgaatatataaacaaagtaaatatcaaaacactacatgtatataacatatatagaggatattcaatgagttttttttgttggatttttttcttttttagTACT--ATG-TA----AG--------GCTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNAA--GATGTG-T-T-G----T--AGC--AG-G-A-GA-AAAC-CTAAATAA
gi|19 : acgtgTGTCCCA-GCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCGTAAACTTT----GATACC------TTATAGA---
gi|2 : TCCCA-ACCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TCA---ACT-------ACATT------TTATAGA---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATGTACA--TGTATTACT--A-G-TAGTAAAG--------GCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NAA--------TATGGA---C-G-T-G----T--AGC--AG-G-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----
gi|20 : CTGCCCCA-TCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC------TACC------TTATAGA---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccaacacaattgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|21 : GTCCCA-GCCTAGCCCATGTTC---AT---AC---TCATGA--TTT----GATACC------TTACAAA---
gi|22 : TGTCCCA-GCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCC----GATACC------TTAT
gi|23 : --CCGACATCACA--TAA--------A-----TGTC-G-T-G----T--AGC--AG-G-A-GA-AAAC-CAAAATAAT
gi|24 : TGTCCCA-GCCTAGCCC-TGTTCATGAT---AT---TCATAAACTCC----GAT
gi|25 : --------AA--GATGTC-G-T-G----T--AGC--AG-GTA-GA-AAAC-TTAAATAAtc
gi|3 : TCCCA-GCCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TCA----CTC------ACATT------TTATAGAAAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TCTGTATA--TGT--TACT--ATGATA----AG--------GCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNN--------NA--AGTGTC-GGT-G----T--AGC--AG-G-AAGA-AAAC-CTAAATAATC----c
gi|4 : gtTGTCCTA-GCCTAGCCC-TGCTCTAAGTCTAAC---TCATAAACTCA----GATACC------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctaacacaatttgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncc
gi|4 : A--------AA--GATGTC-G-T-G----T--AGC--AG-G-A-GA-AAAC-CTAAATAACC----gtggcccacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgcatgtattatccctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagatgtcgtgtagcaggagaaaacctaaataaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacaatttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|5 : tgtcctagcctagccctgctctaagtctaactcataaactcagataccgtggcccacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgcatgtattatccctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCCCA-GCCTAGCCA-TGTTC---AT---TC---TCATAAACTCT----GATACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacaatttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|5 : --------AA--GATGTC-G-T-GCCCGT--GGCGCAG-G-A-GA-AAAC-CTAAATAATacatacctacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagatgtcgtgcccgtggcgcaggagaaaacctaaataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|6 : tcccagcctagccatgttcattctcataaactctgatacacatacctacattttatagaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGTCCCA-GCCTAGCCC-TGTTC---AT---AC---TCATAAACTCT----GATAAC------TTATAGA---ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTACA--TGTATTANN--NNN-NN----NN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGATATTACA--TAA--------AA--GATGTC-G-T-G----T--AGC--GT-G-A-GA-AAAC-CTAAATAATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacattgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : CA-GCCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TCA----CTAC-----AT---------TTATAAG---AATTGAGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNTGTACG--T----TACT--ATG-TA----AG--------GCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNN--------AA--GATGTC-G-T-G----T--AGC--AG-G-A-GA-AAAC-CTAAATAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatta
gi|8 : tTCCCA-GCCTAGCCA-TGTTC---AT---AC---TCA---ACT-------ACATT------TTATAGA---AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CATGTATA--TGTA---CT--ATG-TA----AG--------GCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNN--------AA--GATGTC-T-T-G-------AGC--AGAG-A-GA-AAAC-C---ATAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaacacaattgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|9 : ATGTACAAATGTATTANN--NNN-NN----NN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NCTGTATTACAGTTAA--------AA--GATGTCCG-T-G----TTTAGC--GT-G-A-GA-AA-C-CTAAATAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGTAAACAACAATTTGTatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaacacaatttgtaggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccc
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACATTTATAAATATTAACGTAAAATTAAGGTTATCATTAGTATTGCGGATAGATATTGCGGCCAAGTAGACCGGAAGTTGTTATTTTCTCACTGTGGAAAATAACACTTTTGTTATTTTTCACACTGTGAAAAATAACCAAATTCTATTCAACGGATAAATTTCAATATTTCACTTGCTGAAAATGTAATA
Unaligned ( gi|16 ): ACAAATATTACGGCAGGTATTTCCAGTTGTTATTTTCCCATGTGTCACTTCCTTCGTTATTCTTCACACTGTCATAAAATTA
Unaligned ( gi|17 ): GACAATATTACGGCAGGTATTTCCAGTTGTTATTTTCCACTGTGTCACTTCCTTGTTATTCTTCACACTGTCATAAAA
Unaligned ( gi|18 ): GAACATTTATTAAATATAACGTAAAATTAAGGTTATCATTAGTATTGCGGATAGAAATTGCGGCAAGTAGACCGG