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lowQualScore                  :       .   . .      . . . . .... . .  . .. . ... ..... ..  .  . ... .. . . .. .. .      
lowQualScore                  :       9   6 9      7 7 8 4 9999 4 6  6 99 8 222 00000 99  8  8 444 11 8 4 11 11 6      
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Reference ( gi|24 )           :    TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|21                         :    TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|32                         :   gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGG
gi|17                         :    TGA-CCC-G-ACTCCA-A-G-A-C----C-T-GC-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|28                         :    TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC-T--T-T---C-----G--CC-AT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGa
gi|44                         :    TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCA
gi|10                         :    TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-T-G--A--T-GCAGGT
gi|31                         :   gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC----T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGa
gi|30                         :   gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC----T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGG
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gi|29                         :   gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--C--C-GCA
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gi|35                         :   gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC-T--T-C---C-----A--CT-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGG
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gi|40                         :    TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC----T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAa
gi|6                          :    TGA-CCC-G-ACTCCTTA-G-A-C----C-T-GCTT--T-T---C-----G---C-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTtg
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gi|36                         :    TAA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-TTGC-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--
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gi|1                          :    TGA-CCG-A-ACTCGT-A-G-A-CGCTGC-TAGC-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
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gi|50                         :   gTGA-CCC-A-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-------------------------GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|4                          :   gTGA-CCCGG-ACT-CT-A-G-A-C----CGT-GC-T--T-C---C-----GCCCC-GT-TGGCG--G-C-G--A--C-GCAG
gi|2                          :    TGATCCC-G-ACTCTG-A-G-A-C----C-T-GC-T--T-T---C-----G---C-G--T---G--G-CGG--A--C-GCAt
gi|5                          : tagTGA-CCC-GGACTCCG-A-G-C-A----C-T-GC-T--T-T---C-----G--CC--T-T---G--G-C-G--ACCC-GCTGGTacggtc
gi|16                         :   gTGA-CCG-A-AC-CCT---G-A-C----C-T-GC-A--T-T---C-----G--CC-GTAT---G--G-CTG--G--A-GCAGGTaa
gi|33                         :    gGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTa
gi|41                         :     GA-CCC-G-ACTCCT-G-G-A-C----C-T-GC-C--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGG
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gi|14                         :     GA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC-T--T-T---CGCCATG--CC-GT-T---G--G---G--A--A-GCAGGt
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gi|39                         :    aGA-CCC-G--CTCCT-A-G-A-C----C-T-GC-T--T-C---C-----G--CA-AT-T---G--G-C-G--A--CGGCAG
gi|42                         :    gGA-CCC-G-ACGTCT-A-G-A------C-T-G--T--T-C---C-----G---C-AT-T---G--G-G-C--A--C-GCAGGT
gi|46                         :     gA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC----T-T---C-----G--CC-TT-T---G--G-C-G--A--C-GAAGGTa
gi|38                         :      A-CCC-C-ACTCCTTA-G-AAC----C-T-GC-T--T-C---C-----G---C-GT-T---G--G-C-C--G--C-GCGG
gi|45                         :       -CCC-A-ACTCCT-A-G-A-C----T-T-GC-T--T-C---C-----G--CT-GT-T---G--A-C-G--A--C-ACAGGTta
gi|34                         :       -CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC-TA-T-T---C-----G---T-G--T---G--G-C-G--A--C-GCATGT
gi|37                         :     ac-CCG-G-ACTCCT-AAG-A-C----C-T-GC-T--T-C---C-----A--CC-AT-T---G--G-C-G--A--C-G-AGGa
gi|15                         :     cc-CCT-G-ACTCCT-A-G-A-C----CTT-GC-T--TAC---C-----G--CCGGT-T---G--C-C-G--A--C-GCAGc
gi|48                         :        tgC-G-ACTCCT-A-G-A-T----T-T-GC-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTta
gi|49                         :           -G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-GC-T--T-T---C-----G--CC-AT-T---G--G-C-A--A--C-TCAGGT
gi|8                          :                 tCT-A-G-A-C----C-T-GC-T--T-T---C-----G---C-GC-T---G--G-C-A--A--C-GCAGGT
gi|51                         :              gtgaactcggat-C----C-T-GC-T--T-T---C-----G--CC-GC-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTaaa
gi|52                         :                                      -T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTaaaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|47 ): AGTGACCGAAATCCAACCGTTGTCCGTCCGTTGGAGACGC






Alignments
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lowQualScore                  :                .   . .      . . . . .... . . .. . .. . ... ..... ..  .  . ... .. . . .. .. .      
lowQualScore                  :                9   6 9      8 7 8 6 7777 4 6 11 6 99 8 222 00000 99  8  8 444 11 8 4 11 11 6      
consensus                     :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
Reference ( family-8557 )     :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
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gi|11                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-AAC----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CG-TT-T---G--G-C-G--A--CGGCAGGTa
gi|12                         :              GA-CCC-G-ACTCCT-ACG-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----C--GC-GT-T---G--GCC-G--A--G-GCAGGT
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gi|15                         :                -CCT-G-ACTCCT-A-G-A-C----CTT-G--C-T--TAC---C-----G--CCGGT-T---G--C-C-G--A--C-GCAG
gi|16                         :           tgTGA-CCG-A-AC-CCT---G-A-C----C-T-G--C-A--T-T---C-----G--CC-GTAT---G--G-CTG--G--A-GCAGGTta
gi|17                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCA-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTa
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gi|19                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----A--CC-GT-T---G--G-C-A--A--C-GCAGAT
gi|2                          :            gTGATCCC-G-ACTCTG-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G---C-G--T---G--G-CGG--A--C-GCA
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gi|22                         :            gTGA-CCCCG-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-----C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
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gi|25                         :             TGA-CTC-G-ACTCCT-T-G-A-C----C-A-G--C-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--C-C-A--A--C-ACAGG
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gi|34                         :                -CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-TA-T-T---C-----G---T-G--T---G--G-C-G--A--C-GCATGT
gi|35                         :           acTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----A--CT-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGa
gi|36                         :             TAA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-TTG--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--
gi|37                         :                -CCG-G-ACTCCT-AAG-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----A--CC-AT-T---G--G-C-G--A--C-G-AGGgaagg
gi|39                         :            ccGA-CCC-G--CTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----G--CA-AT-T---G--G-C-G--A--CGGCAGc
gi|4                          :            gTGA-CCCGG-ACT-CT-A-G-A-C----CGT-G--C-T--T-C---C-----GCCCC-GT-TGGCG--G-C-G--A--C-GCAG
gi|40                         :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C----T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAt
gi|41                         :              GA-CCC-G-ACTCCT-G-G-A-C----C-T-G--C-C--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGtg
gi|42                         :              GA-CCC-G-ACGTCT-A-G-A------C-T-G----T--T-C---C-----G---C-AT-T---G--G-G-C--A--C-GCAGGT
gi|43                         :             gGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----A---C-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCGGa
gi|44                         :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAt
gi|45                         :                -CCC-A-ACTCCT-A-G-A-C----T-T-G--C-T--T-C---C-----G--CT-GT-T---G--A-C-G--A--C-ACAGGT
gi|46                         :               A-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C----T-T---C-----G--CC-TT-T---G--G-C-G--A--C-GAAGGT
gi|48                         :                   C-G-ACTCCT-A-G-A-T----T-T-G--C-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|49                         :                    -G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-AT-T---G--G-C-A--A--C-TCAGGT
gi|5                          :            tTGA-CCC-GGACTCCG-A-G-C-A----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC--T-T---G--G-C-G--ACCC-GCTGGT
gi|50                         :            gTGA-CCC-A-ACTCCT-A-G-A-C----C-T---------------------------GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTaa
gi|51                         :                                  g-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GC-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|52                         :                                                 -T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTaaaa
gi|6                          :             TGA-CCC-G-ACTCCTTA-G-A-C----C-T-G--CTT--T-T---C-----G---C-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTaataaac
gi|7                          :           tgTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-ACC----C-T-G--C-T--T-TC--C-----G--CC-G--T---G--G-C-GGAA--C-GCAGG
gi|8                          :                          gCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G---C-GC-T---G--G-C-A--A--C-GCAGGT
gi|9                          : gtgaactcggatTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A------C-T-GCTC-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---GGCG-C-G--A--C-GCAaaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|38 ): ACCCCACTCCTTAGAACCTGCTTCCGCGTTGGCCGCGCGGTA
Unaligned ( gi|47 ): AGTGACCGAAATCCAACCGTTGTCCGTCCGTTGGAGACGC






Alignments
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lowQualScore                  :                .   . .      . . . . .... . . .. . .. . ... ..... ..  .  . ... .. . . .. .. .      
lowQualScore                  :                9   6 9      8 7 8 6 7777 4 6 11 6 99 8 222 00000 99  8  8 444 11 8 4 11 11 6      
consensus                     :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
Reference ( family-8557 )     :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|1                          :             TGA-CCG-A-ACTCGT-A-G-A-CGCTGC-TAG--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|10                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-T-G--A--T-GCAGGT
gi|11                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-AAC----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CG-TT-T---G--G-C-G--A--CGGCAGGTa
gi|12                         :              GA-CCC-G-ACTCCT-ACG-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----C--GC-GT-T---G--GCC-G--A--G-GCAGGT
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gi|14                         :             gGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---CGCCATG--CC-GT-T---G--G---G--A--A-GCAGGt
gi|15                         :                -CCT-G-ACTCCT-A-G-A-C----CTT-G--C-T--TAC---C-----G--CCGGT-T---G--C-C-G--A--C-GCAG
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gi|17                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCA-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTa
gi|18                         :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-A--C-T--T-T---C-----G--CA-AT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTa
gi|19                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----A--CC-GT-T---G--G-C-A--A--C-GCAGAT
gi|2                          :            gTGATCCC-G-ACTCTG-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G---C-G--T---G--G-CGG--A--C-GCA
gi|20                         :          tagTGA-CCC-G-ACTACT-A-TTA-G----C-T-G--C-T--T-----C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTacggtc
gi|21                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|22                         :            gTGA-CCCCG-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-----C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|23                         :             TGA-CCC-G-ACTC-T-A-G-A-C----C---G--C-T--T-TTCCC-----G--CC-GT-T---G--C-C-G--A--C-GCAGGTa
gi|24                         :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|25                         :             TGA-CTC-G-ACTCCT-T-G-A-C----C-A-G--C-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--C-C-A--A--C-ACAGG
gi|26                         :            gTGA-CCC-T-ACACCT-A-G-A-C------T-G--C-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|27                         :             TGA-CCC-G-ACTTCT-A-G-A-C----C-T-G--CTT--T-T---C-----G--CT-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAa
gi|28                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-AT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGG
gi|29                         :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--C--C-GCA
gi|3                          :             TGA-CCC-G-ACTCGT-A-G-A-C----CTT-G--C-TTCT-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-CGG--A--C-GCAGGTtg
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gi|31                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C----T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGG
gi|32                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGG
gi|33                         :              GA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|34                         :                -CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-TA-T-T---C-----G---T-G--T---G--G-C-G--A--C-GCATGT
gi|35                         :           acTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----A--CT-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGa
gi|36                         :             TAA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-TTG--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--
gi|37                         :                -CCG-G-ACTCCT-AAG-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----A--CC-AT-T---G--G-C-G--A--C-G-AGGgaagg
gi|39                         :            ccGA-CCC-G--CTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----G--CA-AT-T---G--G-C-G--A--CGGCAGc
gi|4                          :            gTGA-CCCGG-ACT-CT-A-G-A-C----CGT-G--C-T--T-C---C-----GCCCC-GT-TGGCG--G-C-G--A--C-GCAG
gi|40                         :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C----T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAt
gi|41                         :              GA-CCC-G-ACTCCT-G-G-A-C----C-T-G--C-C--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGtg
gi|42                         :              GA-CCC-G-ACGTCT-A-G-A------C-T-G----T--T-C---C-----G---C-AT-T---G--G-G-C--A--C-GCAGGT
gi|43                         :             gGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----A---C-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCGGa
gi|44                         :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAt
gi|45                         :                -CCC-A-ACTCCT-A-G-A-C----T-T-G--C-T--T-C---C-----G--CT-GT-T---G--A-C-G--A--C-ACAGGT
gi|46                         :               A-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C----T-T---C-----G--CC-TT-T---G--G-C-G--A--C-GAAGGT
gi|48                         :                   C-G-ACTCCT-A-G-A-T----T-T-G--C-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|49                         :                    -G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-AT-T---G--G-C-A--A--C-TCAGGT
gi|5                          :            tTGA-CCC-GGACTCCG-A-G-C-A----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC--T-T---G--G-C-G--ACCC-GCTGGT
gi|50                         :            gTGA-CCC-A-ACTCCT-A-G-A-C----C-T---------------------------GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTaa
gi|51                         :                                  g-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GC-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|52                         :                                                 -T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTaaaa
gi|6                          :             TGA-CCC-G-ACTCCTTA-G-A-C----C-T-G--CTT--T-T---C-----G---C-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTaataaac
gi|7                          :           tgTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-ACC----C-T-G--C-T--T-TC--C-----G--CC-G--T---G--G-C-GGAA--C-GCAGG
gi|8                          :                          gCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G---C-GC-T---G--G-C-A--A--C-GCAGGT
gi|9                          : gtgaactcggatTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A------C-T-GCTC-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---GGCG-C-G--A--C-GCAaaa


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blockSeqs                     :                    C          A   C .    T . .  T A    C   .     C        .   .    G .  .  G
blockSeqs                     :                    G          .   . .    G . .  . .    .   .     .        .   .    G .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                    .          .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                               .   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                                   . .    . . .  . .    .   .     .        .   .    . .  .  .
blockSeqs                     :                                                 . .    .   .     .        .   .    . .  .   


blockSeqCons                  :                                     ****
originalCons                  :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
finalCons                     :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|38 ): ACCCCACTCCTTAGAACCTGCTTCCGCGTTGGCCGCGCGGTA
Unaligned ( gi|47 ): AGTGACCGAAATCCAACCGTTGTCCGTCCGTTGGAGACGC






Alignments
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lowQualScore                  :                .   . .      . . . . .... . . .. . .. . ... ..... ..  .  . ... .. . . .. .. .      
lowQualScore                  :                9   6 9      8 7 8 6 7777 4 6 11 6 99 8 222 00000 99  8  8 444 11 8 4 11 11 6      
consensus                     :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
Reference ( family-8557 )     :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|1                          :             TGA-CCG-A-ACTCGT-A-G-A-CGCTGC-TAG--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|10                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-T-G--A--T-GCAGGT
gi|11                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-AAC----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CG-TT-T---G--G-C-G--A--CGGCAGGTa
gi|12                         :              GA-CCC-G-ACTCCT-ACG-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----C--GC-GT-T---G--GCC-G--A--G-GCAGGT
gi|13                         :            aTGA-CCCCG-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---T-----GC-CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAG
gi|14                         :             gGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---CGCCATG--CC-GT-T---G--G---G--A--A-GCAGGt
gi|15                         :                -CCT-G-ACTCCT-A-G-A-C----CTT-G--C-T--TAC---C-----G--CCGGT-T---G--C-C-G--A--C-GCAG
gi|16                         :           tgTGA-CCG-A-AC-CCT---G-A-C----C-T-G--C-A--T-T---C-----G--CC-GTAT---G--G-CTG--G--A-GCAGGTta
gi|17                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCA-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTa
gi|18                         :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-A--C-T--T-T---C-----G--CA-AT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTa
gi|19                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----A--CC-GT-T---G--G-C-A--A--C-GCAGAT
gi|2                          :            gTGATCCC-G-ACTCTG-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G---C-G--T---G--G-CGG--A--C-GCA
gi|20                         :          tagTGA-CCC-G-ACTACT-A-TTA-G----C-T-G--C-T--T-----C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTacggtc
gi|21                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|22                         :            gTGA-CCCCG-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-----C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|23                         :             TGA-CCC-G-ACTC-T-A-G-A-C----C---G--C-T--T-TTCCC-----G--CC-GT-T---G--C-C-G--A--C-GCAGGTa
gi|24                         :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|25                         :             TGA-CTC-G-ACTCCT-T-G-A-C----C-A-G--C-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--C-C-A--A--C-ACAGG
gi|26                         :            gTGA-CCC-T-ACACCT-A-G-A-C------T-G--C-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|27                         :             TGA-CCC-G-ACTTCT-A-G-A-C----C-T-G--CTT--T-T---C-----G--CT-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAa
gi|28                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-AT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGG
gi|29                         :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--C--C-GCA
gi|3                          :             TGA-CCC-G-ACTCGT-A-G-A-C----CTT-G--C-TTCT-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-CGG--A--C-GCAGGTtg
gi|30                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C----T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGG
gi|31                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C----T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGG
gi|32                         :            gTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGG
gi|33                         :              GA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|34                         :                -CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-TA-T-T---C-----G---T-G--T---G--G-C-G--A--C-GCATGT
gi|35                         :           acTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----A--CT-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGa
gi|36                         :             TAA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-TTG--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--
gi|37                         :                -CCG-G-ACTCCT-AAG-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----A--CC-AT-T---G--G-C-G--A--C-G-AGGgaagg
gi|39                         :            ccGA-CCC-G--CTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----G--CA-AT-T---G--G-C-G--A--CGGCAGc
gi|4                          :            gTGA-CCCGG-ACT-CT-A-G-A-C----CGT-G--C-T--T-C---C-----GCCCC-GT-TGGCG--G-C-G--A--C-GCAG
gi|40                         :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C----T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAt
gi|41                         :              GA-CCC-G-ACTCCT-G-G-A-C----C-T-G--C-C--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGtg
gi|42                         :              GA-CCC-G-ACGTCT-A-G-A------C-T-G----T--T-C---C-----G---C-AT-T---G--G-G-C--A--C-GCAGGT
gi|43                         :             gGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-C---C-----A---C-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCGGa
gi|44                         :             TGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAt
gi|45                         :                -CCC-A-ACTCCT-A-G-A-C----T-T-G--C-T--T-C---C-----G--CT-GT-T---G--A-C-G--A--C-ACAGGT
gi|46                         :               A-CCC-G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C----T-T---C-----G--CC-TT-T---G--G-C-G--A--C-GAAGGT
gi|48                         :                   C-G-ACTCCT-A-G-A-T----T-T-G--C-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|49                         :                    -G-ACTCCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-AT-T---G--G-C-A--A--C-TCAGGT
gi|5                          :            tTGA-CCC-GGACTCCG-A-G-C-A----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC--T-T---G--G-C-G--ACCC-GCTGGT
gi|50                         :            gTGA-CCC-A-ACTCCT-A-G-A-C----C-T---------------------------GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTaa
gi|51                         :                                  g-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G--CC-GC-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGT
gi|52                         :                                                 -T--T-T---C-----G--CC-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTaaaa
gi|6                          :             TGA-CCC-G-ACTCCTTA-G-A-C----C-T-G--CTT--T-T---C-----G---C-GT-T---G--G-C-G--A--C-GCAGGTaataaac
gi|7                          :           tgTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-ACC----C-T-G--C-T--T-TC--C-----G--CC-G--T---G--G-C-GGAA--C-GCAGG
gi|8                          :                          gCT-A-G-A-C----C-T-G--C-T--T-T---C-----G---C-GC-T---G--G-C-A--A--C-GCAGGT
gi|9                          : gtgaactcggatTGA-CCC-G-ACTCCT-A-G-A------C-T-GCTC-T--T-C---C-----G--CC-GT-T---GGCG-C-G--A--C-GCAaaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|38 ): ACCCCACTCCTTAGAACCTGCTTCCGCGTTGGCCGCGCGGTA
Unaligned ( gi|47 ): AGTGACCGAAATCCAACCGTTGTCCGTCCGTTGGAGACGC