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Reference ( gi|7 ) : CACATTTCATCACTTTGCCCGTGTTATTGTAATCAT--A-TTT--C--AC------------------A--A------T-----TACAC-----T---T--------TTC---------------C---CGT-----------T-----------CA-T---A-AAC--A--CATGTAT---AAAGTTATA--GTTT--AA-G---CT-AATA-ATATATTCA----TA-A-GA--AATTA-C-AT--------GTA-GT-TTTGCT-ATTCA--AGTT----TAT--T------------TAT-TG--TTTACGG-ACT---T---TAT-TTT-CAAA--TGACAG--CC--C--T-GCA-ATT-GAG-AAT---GTC--CACCCCAATTCTT-GTTTA--AA-CGCAAACT-T--C-GTCAAGA-G-GTC-GTTC-------C----------------GC---AT--C---------A-A--A--CG-CA-G-AGC-----AT-T--------ATG-GGTAGTA-T-G--TTAT---AT-ATGGGGACTC--T-AAACTGGTA------CAGCC----GTTGATTGG-TG--GCT--------G-GGTTCTA-GATTC--GCCT-G-TAGGT--G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TG--AAA--TACTCTG-AG---C-A---CGACAA-TAAAGGCGC----AGCTA-GCTTAAAG
gi|6 : CACATTTCATCACTTTGCCCGTGTTATTGTAATCAT--A-TTT--C--AC------------------A--A------T-----TACAC-----T---T--------TTC---------------C---CGT-----------T-----------CA-T---A-AAC--A--CATGTAT---AAAGTTATA--GTTT--AA-G---CT-AATA-ATATATTCA----TA-A-GA--AATTA-C-AT--------GTA-GT-TTTGCT-ATTCA--AGTT----TAT--T------------TAT-TG--TTTACGG-ACT---T---TAT-TTT-CAAA--TGACAG--CC--C--T-GCA-ATT-GAG-AAT---GTC--CACCCCAATTCTT-GTTTA--AA-CGCAAACT-T--C-GTCAAGA-G-GTC-GTTC-------C----------------GC---AT--C---------A-A--A--CG-CA-G-AGC-----AT-T--------ATG-GGTAGTA-T-G--TTAT---AT-ATGGGGACTC--T-AAACTGGTA------CAGCC----GTTGATTGG-TG--GCT--------G-GGTTCTA-GATTC--GCCT-G-TAGGT--G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TG--AAA--TACTCTG-AG---C-A---CGACAA-TAAAGGCGC----AGCTA-GCTTAAAG
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gi|3 : ggcggaatcctggttttggcgaaaatggggtggaggttttacgtttgaaaagcagtcagtaagcttaattcaagcccacgccaagttctcgggttttagctgcatctagaggtgaattgaatctctaccgtaagtgtttcggtcacgcaaaaagggcaccctctaaaatccgccacttgcctttgtccaaaagattttgaaaagttgtcaagaagttaaaaaatgttttcacctttgttaacaTCACTCCGGTTTTGTTAT-GTT-TCAT--A-TTTGTCTAAC------------------A--A------T-----TAAAC-----T---T--------TTCAAACTTGAATTGTTCT---CGTC----------T-----------CACT---T-AAC--A--TAATTAT---AA-----TG--ATTT--AA-AAGCCT-GA---ATATATTCGCGTGTG-ACGA--AAATC-C-AT--------GTATATCTTTTCT-ATTCT--AGTT----TAT--A------------TAT-T-----TA---------------AT-CT----------------CC--T--T-GCA-ATT-GAG-ACT---ATCT-CACC---ATGCTG-TTTTATGAA-TTCTAAC-------G-CTAGATG-GTC-TTTC-------C----------------GCCGAGT--CTAC------A-A--A--CG-CACG-AGCTATATAT-TCGGTGTATATT-GGTAGTA-T-G--TTAT---AT----GGTAAGC--T-TCACTGGTCTCCCTTCATCCTTCCGTTGATTGG-T----CT--------ATGGTTCTA-GATTTTGACGT-G-TAGTT--G-GC---GG---GAA-TCCGG-AG-TG---AA--TAGCTGG-AT---G-A---TGATAA-TAAAGGCTA----AGCTA-GCtcttttagaattagcttctattt
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gi|18 : ATTCTTTGTTTA--TA-TGCAACCT-C--CCGTTA-GA-G-GTC-GTTC-------C----------------GC---ACG-CA--------A-A--A--TG-CA-G-AAC-----AT-T--------AT--GGTAGTA-T-GGTTTAT---A--AT-AAGATTC--TAAAACTGGTA------C-CCC----GTTGATTGG-TG--gcgcttta
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8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-8503 ) : CACATTTCATCACTC-GCCCG----TGTTATTGT-N-TCAT--A-TTT--C--ACA--AA-T-TAAAC-----------------T------------------T-----T---TC---------------C---CG----T-----------T-----------CA-T-N------A----A--C--A--CA-T-TA--TAAAGTT-----AT-ACG-TTT-AAAGCT--ATAATATATTCA----TN-A-GAAATTAC-ATGTAG---TTTT-CT-ATTCAT-AGTT------T--------------AT--T------------TATTG--TTTACGG-AC------TAT-A-TTTTCAAA--TGACAG--CC--C--T-GCA-ATT-GAG-AAT---GTC--CACCCCAATTCTT-GTTTA--AA-CG---CAAACTT--CGNCNAGA-G-GTCG--TTC-C----------------GCAC-------C--A-A--A-------CG-CA-G-AGC-AT------------TATG-GGTAGTA-T-GTTNTAT-ATGGGGA-CTC--T-AAACTGGT--------AC-C---CCGTTGATTGG-TGGC----TAC----GGGTTCTA-GATTC-TG-CCT-G-TAGGT--G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TG--AAA--TACTCTG-AG---T-A---CGACAAT--AAA-GCGC----AGCTA-GCTTAAAG
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gi|7 : CACATTTCATCACTTTGCCCG----TGTTATTGTAA-TCAT--A-TTT--C--AC---AA-T-TACAC-----------------T------------------T-----T---TC---------------C---CG----T-----------T-----------CA-T-A------A----A--C--A--CA-TGTA--TAAAGTT-----AT-A-G-TTT--AAGCTA-ATAATATATTCA----TA-A-GAAATTAC-ATGTAG---TTTTGCT-ATTCA--AGTT------T--------------AT--T------------TATTG--TTTACGG-AC------TTT-A-TTTTCAAA--TGACAG--CC--C--T-GCA-ATT-GAG-AAT---GTC--CACCCCAATTCTT-GTTTA--AA-CG---CAAACTT--CGTCAAGA-G-GTCG--TTC-C----------------GCAT-------C--A-A--A-------CG-CA-G-AGC-AT------------TATG-GGTAGTA-T-GTTATAT-ATGGGGA-CTC--T-AAACTGGT--------ACAG---CCGTTGATTGG-TGGC----T------GGGTTCTA-GATTC--G-CCT-G-TAGGT--G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TG--AAA--TACTCTG-AG---C-A---CGACAAT--AAAGGCGC----AGCTA-GCTTAAAG
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-8503 ) : CACATTTCATCACTC-GCCCG----TGTTATTGTN-TCAT--A-TTT--C--ACA--AA-T-TAAAC-----------------T------------------T-----T---TC---------C---CG----T-----------T----------CATC------A----A-----C--A--CAT--ATA---A---AGTT-----A-T-A-CG-TTT-AAA-GCT--T-AAT-AT--ATTCA----T-TA-GAAATTAC-ATGTAG---TTTT-CT-ATTCAT-AGTT----T--------------A------------TCT--ATT--GTTTAC-GGAC------TA-TA-TTTTCAA--ATGACAG--CC--C-T-GCA-ATT-GAG-AAT---GTC--CACCCCAATTCTT-GTTTA--AA-CG--CAAACTT--CCGCCAGA-G-GTCG--TTCCGCAC------------G------C--A----A-------ACG-CA-G-AGC-AT------------TATG-GGTAGT-AT-GNTTTAT-ATGGGGA-CTC--T-AAACTGGT--------AC-C---CCGTTGATTGG-TGGC----TAC----GGGTTCTA-GATTC-TG-CCT-G-TAGGT--G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TG--AAA--TACTCTG-AG---T-A---CGACAAT--AAA-GCGCT--AAGCTA-GCTTAAAG
gi|1 : ACAATTCATCACT--GCCCG----TGT-ATTTCT-TCAT--AGTTT--C--ACAC-AA-T-CAAAA-----------------TACA---------------TCAAAAT---TC---------A---TGAATAT-----------T----------CCTC------ATCGCA-----C--A--CAT--ATA---------TT-----A-T-A-CG-TTT-AAA-GCT--TTAAA-AT--ATTCT----T-TC-AGAATTA----GCA-----TTT-CT-ATTCAT-AGTT----TTACTACCACATGGTA------------TCT--ATT--GTT-AC-GAAC------TA-TATTTTTCAA--ATAA-----------T-TTA-GTT-CAA-ATT---GTCAAAACCCCATTTCCT-GTGTA--
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gi|11 : -GCCAG----TGTTAGTGTC--CAT--A-TTT--C--TCA--AA-TCTAAAC-----------------T------------------A-----T---TC---------CAATCG----TATGAATTTCTCT----------CATCTTG---A----A-----CCAA--CA---ATA---A----GTT-----T-T-A-C--TTT-AAA-GAT--T-AAT-AT--ATTCA----T-TG-GAAG-TACTATGCAGT--TTTT-CTCATTCAT--GTTAATAT--------------A------------TAT--ATTCACTTTAC-GGAC-------A-TA-TTTTCAA--ATGACAG--CCCTC-T-GCA-ATT-GAGAAAT---GTC--C-C----ATTCTT-GTTTA--AACCG--CAAACTC--TCACCAGACG-GTCG--TTCCGCAC------------G------CA-A----A-------ACGCCA-GAAGC-AA------------TATG-GGTAGT-AT-GCTTTgc
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gi|6 : CACATTTCATCACTTTGCCCG----TGTTATTGTAATCAT--A-TTT--C--ACA--A--T-TACAC-----------------T------------------T-----T---TC---------C---CG----T-----------T----------CATA------A----A-----C--A--CATGTATA---A---AGTT-----A-T-A--G-TTT--AA-GCTAAT-AAT-AT--ATTCA----T-AA-GAAATTAC-ATGTAG---TTTTGCT-ATTCA--AGTT----T--------------A------------TTT--ATT--GTTTAC-GGAC------TT-TA-TTTTCAA--ATGACAG--CC--C-T-GCA-ATT-GAG-AAT---GTC--CACCCCAATTCTT-GTTTA--AA-CG--CAAACTT--CGTCAAGA-G-GTCG--TTCCGCAT-------------------C--A----A-------ACG-CA-G-AGC-AT------------TATG-GGTAGT-AT-GTTATAT-ATGGGGA-CTC--T-AAACTGGT--------ACAG---CCGTTGATTGG-TGGC----T------GGGTTCTA-GATTC--G-CCT-G-TAGGT--G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TG--AAA--TACTCTG-AG---C-A---CGACAAT--AAAGGCGC----AGCTA-GCTTAAAGgcttgt
gi|7 : CACATTTCATCACTTTGCCCG----TGTTATTGTAATCAT--A-TTT--C--ACA--A--T-TACAC-----------------T------------------T-----T---TC---------C---CG----T-----------T----------CATA------A----A-----C--A--CATGTATA---A---AGTT-----A-T-A--G-TTT--AA-GCTAAT-AAT-AT--ATTCA----T-AA-GAAATTAC-ATGTAG---TTTTGCT-ATTCA--AGTT----T--------------A------------TTT--ATT--GTTTAC-GGAC------TT-TA-TTTTCAA--ATGACAG--CC--C-T-GCA-ATT-GAG-AAT---GTC--CACCCCAATTCTT-GTTTA--AA-CG--CAAACTT--CGTCAAGA-G-GTCG--TTCCGCAT-------------------C--A----A-------ACG-CA-G-AGC-AT------------TATG-GGTAGT-AT-GTTATAT-ATGGGGA-CTC--T-AAACTGGT--------ACAG---CCGTTGATTGG-TGGC----T------GGGTTCTA-GATTC--G-CCT-G-TAGGT--G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TG--AAA--TACTCTG-AG---C-A---CGACAAT--AAAGGCGC----AGCTA-GCTTAAAG
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Reference ( family-8503 ) : CACATTTCATCACTC-GCCCG----TGTTATTGTN-TCAT--A-TTT--C--ACA--AA-T-TAAA------C-----------------T------------------T--------T---TC---------------C---CGT-----------T----------CAT-CT--A----A-C--A--CA--TATA-----AGTT-----A-T-ACG-TTT-AAAGCT--T-AAT-AT--ATTCA----T-TA-GAAATTAC-ATGTAG---TTTT-CT-ATTCAT-AGTT----T--------------A------------TCT--ATT--GTTTAC-GGAC------TA-TA-TTTTCAA--ATGACAG--CC--C-T-GCA-ATT-GAG-AAT---GTC--CACCCCAATTCTT-GTTTA--AA-CG--CAAACTT--CCGCCAGA-G-GTCG--TTCCGCAC------------G------C--A----A-------ACG-CA-G-AGC-AT------------TATG-GGTAGT-AT-GNTTTAT-ATGGGGA-CTC--T-AAACTGGT--------AC-C---CCGTTGATTGG-TGGC----TAC----GGGTTCTA-GATTC-TG-CCT-G-TAGGT--G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TG--AAA--TACTCTG-AG---T-A---CGACAAT--AAA-GCGCT--AAGCTA-GCTTAAAG
gi|1 : ACAATTCATCACT--GCCCG----TGT-ATTTCT-TCAT--AGTTT--C--ACAC-AA-T-CAAAATACATCAAAA-------------T------------------TCATGAATAT---TC---------------C-----------------T----------CAT-CG--C----A-C--A--CA--TATA-------TT-----A-T-ACG-TTT-AAAGCT--TTAAA-AT--ATTCT----T-TC-AGAATTA----GCA-----TTT-CT-ATTCAT-AGTT----TTACTACCACATGGTA------------TCT--ATT--GTT-AC-GAAC------TA-TATTTTTCAA--ATAA-----------T-TTA-GTT-CAA-ATT---GTCAAAACCCCATTTCCT-GTGTA--
gi|10 : gcggatccaggattactgtcgaaacgggtgggttccttgataaaataagtcagtaagctctagattaagcccccgcatagcttctcggttttaagtgcattagcagaatatataccgaagtttagtcaccacaaaaaggggcgggcaccctctaaaatccgccattgccttgtccaaaaagattgaaaaagttgtcaagaataagtaaaaatggtcacttgtaAAATTAC-ATGTAG---TTTT-CT-ATTCAT-AATT----T--------------A------------TCT--ATT--GTTT---TGAC------TA-TA-TTTTTAA--ATGGCAG--CC--CCT-GCA-ATT-GAG-AATTGAG----------AATT----GTTTA--AA-CG--NNNNNNN--NNNNNNNN-N-NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNGCAGAG------C--ATTATA-------ACA-CA-G-AGC-AT------------TATG-GGTAGT-AT-GGTTTAT-ATGGGGA-CTC--C-AAACTGGT--------AC-C---CCGTTGATTGG-T-GC----TAC--------------ACTC-TG-CCT-G-TGGGT--G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TGAAAAA--TACTCTG-AGT--T-A---CGACAAT--AAA-GCGCT--AAGCTA-GCttcaatatgcaacccaaaacaaaacttataacat
gi|11 : -GCCAG----TGTTAGTGTC--CAT--A-TTT--C--TCA--AA-TCTAAA------C-----------------T------------------A--------T---TC---------------CAATCGTATGAATTTCTCT----------CAT-CTTGA----A-CCAA--CA---ATA-----AGTT-----T-T-AC--TTT-AAAGAT--T-AAT-AT--ATTCA----T-TG-GAAG-TACTATGCAGT--TTTT-CTCATTCAT--GTTAATAT--------------A------------TAT--ATTCACTTTAC-GGAC-------A-TA-TTTTCAA--ATGACAG--CCCTC-T-GCA-ATT-GAGAAAT---GTC--C-C----ATTCTT-GTTTA--AACCG--CAAACTC--TCACCAGACG-GTCG--TTCCGCAC------------G------CA-A----A-------ACGCCA-GAAGC-AA------------TATG-GGTAGT-AT-GCTTTgc
gi|12 : t------------TCT--ATT--GTTTAC-GAAC------TA-TA-TTTTCAA--ATGACAG--CC--C-TTGCA-ATT-GAG-AAT---GTC---ATCCCA-TTCTT-GTTTA--AA-CG--NNNNNNN--NNNNNNNN-N-NNNN--NNNNNNNN------------N------N--N----N-------NNN----------AT------------TATG-GGAAG------------------AA-CTC--T-AAATTGGT--------AC-C---CTGTTGATTGG-TG-C----TACACGGGGACTCTA-TATAC-TG-CCT-G-TGGGT--G-GC---TG---TAA-TCCGGAAG-TGAAAAA--TACTCTG-AG---TAA---CGACAAT--AAA-GCGCT--AAGCTA-GC
gi|13 : TGACAG--CC--C-T-G-A-ATT-GAG-AAT---GTC---ACCCTA--TATT-GTTTA--AA-TG--CAAACTT--AC-CCAGA-GAGTCG--TTCCGCAC------------G------C--AT---A-------ACG-CA-G-AGC-ATA-----------TATG-GGTAGTAAT-ATTATAT-AT-GGGA-C-C--T-AAACTGGT--------A--C---CCGTTGATTGG-T-GC----T------GGGTTCTA-GATTC-TG-CCT-G-TAGG---G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TG---AA--TACTCTG-AG---CAA---CGACAAT--AAA-GCGC----AGCTACGCTTAAgct
gi|14 : G----TGTTATTGTT-TCAT--A-TTT--C--ACA--AA-T-CAAA------C-----------------TAATCAAATTCATTGAA--T--------T---TC---------------T---C-------------T----------CAT-CT--ATTCTA----A--CA--CATA-----AGTT-----A-T-ATG-----------------------ATTAA----T-TA-GAA-------T-TAG---CTTT-AT-ATTTAT-AGTT----T--------------ACTAGTA------TCT--ATT--GTTTAA-GGAC------TA-TG-TCTTCAA--ATAACAGC-CC--C-T-GCC-ATT-AAG-AAT---GT---CACCCgcgcttta
gi|15 : G----TGTTATTGTT-TCAT--A-TTT--C--ACA--AA-T-CAAA------C-----------------TAATCAAATTCATTGAAT-T--------T---TC---------------T---CAT-----------C----------TATTCT--A----A-C--A--CA--TA-------AGTT-----A-T-ATG-----------------------ATTAA----T-TA-GAA-------T-TAG---CTTT-AT-ATTTAT-AGTT----T--------------ACTAGTA------TCT--ATT--GTTTAA-GGAC------TA-TG-TCTTCAA--ATAACAGC-CC--C-T-GCC-ATTAAAG-AAT---GT---CACCC
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gi|20 : aaatccaggattgtcgaaaggtggggttagtggaggttcggttgaaaaagaaagtcagtaagagcttattaacggtaccccgcaagctctcgggtttttagtgctttagaggaataatttaccggtaaagtttggtcactcaaaaaaggggggcgggcaccctctaaaatccgcgcgatgcctgtcaccaaaagatggggcttcgattgccaattttgaaaagtttgttaagaagaagttaaaaatttcacaattttacacattcatagctagccactgctgggctatcgatggtgtattgaaCATATCATCACT--GCCCG----TGTTATTGTA-TCAT--A-TTT--C--ACA--AA-T-TAAA------C-----------------T-----------------------------------------------------AT-----------T----------CAT-CT--A----A-C--A--CA--TA-------AGTT---------------------CT--T-ATT-TT--ATTCA----T-TA-GAA-TTAC-ATGTAG---TTTT-CT-c
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gi|30 : ttggtaacattaatCTT--CCGCCAGA-C-GTCG--TTTCGC-------------------------------------ACG-CA-G-AGC-AT------------TATG-GGTAGT-Agc
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gi|33 : --T-AAACTGGC--------AC-C---CCGTTGATGGG-T-GC----TAC----
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gi|6 : CACATTTCATCACTTTGCCCG----TGTTATTGTAATCAT--A-TTT--C--ACA--A--T-TACA------C-----------------T------------------T--------T---TC---------------C---CGT-----------T----------CAT-A---A----A-C--A--CA--TGTATAA--AGTT-----A-T-A-G-TTT-AA-GCTAAT-AAT-AT--ATTCA----T-AA-GAAATTAC-ATGTAG---TTTTGCT-ATTCA--AGTT----T--------------A------------TTT--ATT--GTTTAC-GGAC------TT-TA-TTTTCAA--ATGACAG--CC--C-T-GCA-ATT-GAG-AAT---GTC--CACCCCAATTCTT-GTTTA--AA-CG--CAAACTT--CGTCAAGA-G-GTCG--TTCCGCAT-------------------C--A----A-------ACG-CA-G-AGC-AT------------TATG-GGTAGT-AT-GTTATAT-ATGGGGA-CTC--T-AAACTGGT--------ACAG---CCGTTGATTGG-TGGC----T------GGGTTCTA-GATTC--G-CCT-G-TAGGT--G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TG--AAA--TACTCTG-AG---C-A---CGACAAT--AAAGGCGC----AGCTA-GCTTAAAGgcttgt
gi|7 : CACATTTCATCACTTTGCCCG----TGTTATTGTAATCAT--A-TTT--C--ACA--A--T-TACA------C-----------------T------------------T--------T---TC---------------C---CGT-----------T----------CAT-A---A----A-C--A--CA--TGTATAA--AGTT-----A-T-A-G-TTT-AA-GCTAAT-AAT-AT--ATTCA----T-AA-GAAATTAC-ATGTAG---TTTTGCT-ATTCA--AGTT----T--------------A------------TTT--ATT--GTTTAC-GGAC------TT-TA-TTTTCAA--ATGACAG--CC--C-T-GCA-ATT-GAG-AAT---GTC--CACCCCAATTCTT-GTTTA--AA-CG--CAAACTT--CGTCAAGA-G-GTCG--TTCCGCAT-------------------C--A----A-------ACG-CA-G-AGC-AT------------TATG-GGTAGT-AT-GTTATAT-ATGGGGA-CTC--T-AAACTGGT--------ACAG---CCGTTGATTGG-TGGC----T------GGGTTCTA-GATTC--G-CCT-G-TAGGT--G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TG--AAA--TACTCTG-AG---C-A---CGACAAT--AAAGGCGC----AGCTA-GCTTAAAG
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gi|9 : ggcggaatcctggttttggcgaaaatggggtggaggttttacgtttgaaaagcagtcagtaagcttaattcaagcccacgccaagttctcgggttttagctgcatctagaggtgaattgaatctctaccgtaagtgtttcggtcacgcaaaaagggcaccctctaaaatccgccacttgcctttgtccaaaagattttgaaaagttgtcaagaagttaaaaaatgttttcacctttgttaacaA-T-TAAA------C-----------------T------------------A--------T---TC---------------AA--CGT-----------TGAATTCTCT-CAT-CT--A----A-C--A--CA--TA-------AGTT-----A-T-ACG-TTT-AAAGCT--T-AAT-AT--ATTCA----T--A-GAA-TTAC-ATGTAG---TTTT-CT-ATTCA--AGTT----T--------------C------------TC---ATT--GTTTAC-GGAT------TA-TA-TCT-CAA--ATGACAGGCCC--C-T-GCA-ATT-GGA-AAT---GTC---ACCCCA---TTT-GTTT---------------------GCCAGA-G-GTCG--TTCCGCAC------------GG-----C--A----A-------ACG-CA-G-AGC-A-------------TATG-GGTAGT-ATGGTTTTAT-ATGGGGA-CTC--T-AAATTGGT--------AC-C---CCGTTCATTGG-TGATACTGTACACGGGGGTTCTA-GATTC-T--CCT-GTTAGGTGCG-GC---CG---TAT-TTCGGAAG-TGAAAAA--TAATCTG-AT---G-A---CGACAAT--AAA-GCGCT--gcttctattt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|11 : -GCCAG----TGTTAGTGTC--CAT--A-TTT--C--TCA--AA-TCTAAA------C-----------------T------------------A--------T---TC---------------CAATCGTATGAATTTCTCT----------CAT-CTTGA----A-CCAA--CA---ATA-----AGTT-----T-T-AC--TTT-AAAGAT--T-AAT-AT--ATTCA----T-TG-GAAG-TACTATGCAGT--TTTT-CTCATTCAT--GTTAATAT--------------A------------TAT--ATTCACTTTAC-GGAC-------A-TA-TTTTCAA--ATGACAG--CCCTC-T-GCA-ATT-GAGAAAT---GTC--C-C----ATTCTT-GTTTA--AACCG--CAAACTC--TCACCAGACG-GTCG--TTCCGCAC------------G------CA-A----A-------ACGCCA-GAAGC-AA------------TATG-GGTAGT-AT-GCTTTgc
gi|12 : t------------TCT--ATT--GTTTAC-GAAC------TA-TA-TTTTCAA--ATGACAG--CC--C-TTGCA-ATT-GAG-AAT---GTC---ATCCCA-TTCTT-GTTTA--AA-CG--NNNNNNN--NNNNNNNN-N-NNNN--NNNNNNNN------------N------N--N----N-------NNN----------AT------------TATG-GGAAG------------------AA-CTC--T-AAATTGGT--------AC-C---CTGTTGATTGG-TG-C----TACACGGGGACTCTA-TATAC-TG-CCT-G-TGGGT--G-GC---TG---TAA-TCCGGAAG-TGAAAAA--TACTCTG-AG---TAA---CGACAAT--AAA-GCGCT--AAGCTA-GC
gi|13 : TGACAG--CC--C-T-G-A-ATT-GAG-AAT---GTC---ACCCTA--TATT-GTTTA--AA-TG--CAAACTT--AC-CCAGA-GAGTCG--TTCCGCAC------------G------C--AT---A-------ACG-CA-G-AGC-ATA-----------TATG-GGTAGTAAT-ATTATAT-AT-GGGA-C-C--T-AAACTGGT--------A--C---CCGTTGATTGG-T-GC----T------GGGTTCTA-GATTC-TG-CCT-G-TAGG---G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TG---AA--TACTCTG-AG---CAA---CGACAAT--AAA-GCGC----AGCTACGCTTAAgct
gi|14 : G----TGTTATTGTT-TCAT--A-TTT--C--ACA--AA-T-CAAA------C-----------------TAATCAAATTCATTGAA--T--------T---TC---------------T---C-------------T----------CAT-CT--ATTCTA----A--CA--CATA-----AGTT-----A-T-ATG-----------------------ATTAA----T-TA-GAA-------T-TAG---CTTT-AT-ATTTAT-AGTT----T--------------ACTAGTA------TCT--ATT--GTTTAA-GGAC------TA-TG-TCTTCAA--ATAACAGC-CC--C-T-GCC-ATT-AAG-AAT---GT---CACCCgcgcttta
gi|15 : G----TGTTATTGTT-TCAT--A-TTT--C--ACA--AA-T-CAAA------C-----------------TAATCAAATTCATTGAAT-T--------T---TC---------------T---CAT-----------C----------TATTCT--A----A-C--A--CA--TA-------AGTT-----A-T-ATG-----------------------ATTAA----T-TA-GAA-------T-TAG---CTTT-AT-ATTTAT-AGTT----T--------------ACTAGTA------TCT--ATT--GTTTAA-GGAC------TA-TG-TCTTCAA--ATAACAGC-CC--C-T-GCC-ATTAAAG-AAT---GT---CACCC
gi|16 : GTT-TCAT--A-TTT--C--ACA--AA-A-CAAA------T-----------------TCA----------------T--------TGAATT---------------C---CTC-----------T----------CAT-CG--A----A-C--A--CA--TATA-------TT-----A-T-ACG-TTT-AAAGCT--T-AAA-AT--AATCT----T-TA-GAA-------T-TAG---CTTT-CT-ATTCAT-AGTT----T--------------ACTACTACATGTATCT--ATT--GTTTAC-GAAC------TA-TA-TTTCCAA--AT
gi|17 : T--ATTCA----T-TA-GAA-TTAC-ATATAG---TTTT-AT-ATTCAT-AATT----T--------------A------------TCT-------GTTTAC-GGAC------TA-TA-TTTTCAA--ATA---------------CA-ATT-GAG-AAT---GTC---ATCCCA-TTTTT-GTTCA--AA-CG--CAAACTT--CCGCCAGA-G-GTCG--
gi|18 : ttATTCTTTGTTTA--TA-TG--CAACCTC--CCGTTAGA-G-GTCG--TTCCGCAC------------G------CA-A----A-------ATG-CA-G-AAC-AT------------TAT--GGTAGT-AT-GGTTTAT-AATAAGA-TTC--TAAAACTGGT--------AC-C---CCGTTGATTGG-TG
gi|19 : cAA--ATGACAG--TC--C-TTGCA-ATT-GAG-AAT---GT---CATCTC-ATTCTT-GATTA--AA-CG--NNNNNNN--NNNNNNNN-N-NNNN--NNNNNNNN------------N------N--N----NT------ATG-CA-G-AGT-AT------------TATG-GGTAGT-AT-GGTTTAct
gi|2 : TGT--TCAT--A-TTT--C--ACA--AA-T-CAAA------CAATCAAAATTTATTGAAT------------------T--------T---TC---------------T---C-------------T----------CAT-CG--A----A-C--A--CA--TATATTTATAGTTTGCCCG-T-ACG-TTTTAAAGCT--A-AA--AT--ATGCA----T-TA-G-AATT------TAGC--TTTC-CT-ATTC-T-AGTT----T--------------A------------
gi|20 : aaatccaggattgtcgaaaggtggggttagtggaggttcggttgaaaaagaaagtcagtaagagcttattaacggtaccccgcaagctctcgggtttttagtgctttagaggaataatttaccggtaaagtttggtcactcaaaaaaggggggcgggcaccctctaaaatccgcgcgatgcctgtcaccaaaagatggggcttcgattgccaattttgaaaagtttgttaagaagaagttaaaaatttcacaattttacacattcatagctagccactgctgggctatcgatggtgtattgaaCATATCATCACT--GCCCG----TGTTATTGTA-TCAT--A-TTT--C--ACA--AA-T-TAAA------C-----------------T-----------------------------------------------------AT-----------T----------CAT-CT--A----A-C--A--CA--TA-------AGTT---------------------CT--T-ATT-TT--ATTCA----T-TA-GAA-TTAC-ATGTAG---TTTT-CT-c
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gi|23 : AACTGGT--------AC-C---CCGTTGATTGA-T-GC----TAC----
gi|24 : --CAAACTT--CTGTCAGA-T-GTCG--TTCTGCTC------------G------C--A----AAACGGAGACG-CA-G-AGC-AT------------TATG-GGTAGC-Atcagtgtagccgatatataactcaacaggcggaccacttta
gi|25 : -CG--CAAACTT--CCATCAGA-G-GTTG--TTTCACAC------------G------CAGA----G-------ACA-CA-G-GGC-AT------------TATG-GGTGGT-AT-
gi|27 : ggACTT--CCACCAAA-G-GTCG--TTTT---C------------G------G--G----G-------ACG-CA-G-AGA-AT------------TATG-GGTAGT-AT-GCT
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gi|31 : -AT--ATTCA----T-TA-GAA-------T-TAG---CTTT-CT-ATTCAT-AGTT----T--------------A-------------CT--A
gi|32 : aCGGAAG-TG--AAAAATACTCTG-AG---T-AA--CGACAAC--AAA-GCGCT--actat
gi|33 : --T-AAACTGGC--------AC-C---CCGTTGATGGG-T-GC----TAC----
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gi|6 : CACATTTCATCACTTTGCCCG----TGTTATTGTAATCAT--A-TTT--C--ACA--A--T-TACA------C-----------------T------------------T--------T---TC---------------C---CGT-----------T----------CAT-A---A----A-C--A--CA--TGTATAA--AGTT-----A-T-A-G-TTT-AA-GCTAAT-AAT-AT--ATTCA----T-AA-GAAATTAC-ATGTAG---TTTTGCT-ATTCA--AGTT----T--------------A------------TTT--ATT--GTTTAC-GGAC------TT-TA-TTTTCAA--ATGACAG--CC--C-T-GCA-ATT-GAG-AAT---GTC--CACCCCAATTCTT-GTTTA--AA-CG--CAAACTT--CGTCAAGA-G-GTCG--TTCCGCAT-------------------C--A----A-------ACG-CA-G-AGC-AT------------TATG-GGTAGT-AT-GTTATAT-ATGGGGA-CTC--T-AAACTGGT--------ACAG---CCGTTGATTGG-TGGC----T------GGGTTCTA-GATTC--G-CCT-G-TAGGT--G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TG--AAA--TACTCTG-AG---C-A---CGACAAT--AAAGGCGC----AGCTA-GCTTAAAGgcttgt
gi|7 : CACATTTCATCACTTTGCCCG----TGTTATTGTAATCAT--A-TTT--C--ACA--A--T-TACA------C-----------------T------------------T--------T---TC---------------C---CGT-----------T----------CAT-A---A----A-C--A--CA--TGTATAA--AGTT-----A-T-A-G-TTT-AA-GCTAAT-AAT-AT--ATTCA----T-AA-GAAATTAC-ATGTAG---TTTTGCT-ATTCA--AGTT----T--------------A------------TTT--ATT--GTTTAC-GGAC------TT-TA-TTTTCAA--ATGACAG--CC--C-T-GCA-ATT-GAG-AAT---GTC--CACCCCAATTCTT-GTTTA--AA-CG--CAAACTT--CGTCAAGA-G-GTCG--TTCCGCAT-------------------C--A----A-------ACG-CA-G-AGC-AT------------TATG-GGTAGT-AT-GTTATAT-ATGGGGA-CTC--T-AAACTGGT--------ACAG---CCGTTGATTGG-TGGC----T------GGGTTCTA-GATTC--G-CCT-G-TAGGT--G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TG--AAA--TACTCTG-AG---C-A---CGACAAT--AAAGGCGC----AGCTA-GCTTAAAG
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Reference ( family-8503 ) : CACATTTCATCACTC-GCCCG----TGTTATTGTN-TCAT--A-TTT--C--ACA--AA-T-TAAA------C-----------------T------------------T--------T---TC---------------C---CGT-----------T----------CAT-CT--A----A-C--A--CA--TATA-----AGTT-----A-T-ACG-TTT-AAAGCT--T-AAT-AT--ATTC-------A--T-T-A-GAA-TTAC-ATGTAG---TTTT-CT-ATTCAT-AGTT----T--------------A------------TCT--ATTG--TTTAC-GGAC------TA-TA-TTTTCAA--ATGACAG--CCC-T--GCA-ATT-GAGAA-T-GT-C---ACCCC-A-TTCTT-GTTTA--AAC-GCAAACTT--CCGCCAGA-G-GTCG--TTCCGCAC-------G----CA----AA--------ACG-CA-G-AGC-AT------------TATG-GGTAGT-AT-GNTTT-AT-ATGGGGA-CTC--T-AAACTGGT--------AC-C---CCGTTGATTGG-TGGC----TAC----GGGTTCTA-GATTC-TG-CCT-G-TAGGT--G-GC---GG---TAA-TCCGGAAG-TG--AAA--TACTCTG-AG---T-A---CGACAAT--AAA-GCGCT--AAGCTA-GCTTAAAG
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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