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Reference ( family-841 ) : CAAACGCA-G-TG-CC-TCTAAAT-GC-A--A--ACG--TAAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-C-AGCTC-TTCAGAGT--A---T-A-GT------T-------CAT-CT-GAA-AG---TACGAG-TGTCGG-TCAT--TG-TCACGA-G-AATANT------AGAG-TTA--A-GT-C-CC-TT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAAACT-GAAAC-C-GTTAC-GG-TG----AATTATA-CTA-TATC
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gi|9 : AAACACA-G-TG-CC-TCTAAAT-GC-A--A--ACA--TAAGCC-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TTT-A-C-AGCTC-TTCAGAGT--ACTAT-A-GA------T-------CAT-CT-GAA-AG---TACGAG-TTTCGA-TCAC--TG-TCTCGA-G-AATATT------AGAG-TTA--A-GT-C-CC-TC-A-G-TA--------A-----TA-TC-AAAACT-GAAAC-C-TTTAC-GG-TG----AATTATA-CTA-
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gi|3 : A-G-TG-C--TCTAAATCGC-ATAA--ACGG-TAAGCT-TA-GACACTAG--TT-ACTAGTGA-------TA-------G-A-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-G-GGATCGTTCAGAGT--A---T-AAGT------T-------CATACT-GAAGAG---TACGCG-TGTCGGCTCAT--GG-TCAAGA-G-AAT------A---------GAG-TTAC-A-GT-C-TA-TC-A-G-TA--------A-----TAATA-GAGACT-GAAAC-C-ATTACAAG-TA----AATTATA-CGA-TA
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gi|6 : CAAACGCA-G-TG-AC-TCTAAAT-GC-A--A--ACG--TAAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-C-AGCTC-TTCAGAGT--A---T-A-GT------T-------CAT-CT-GAA-AG---TATGAG-TGTCAG-TCAT--TG-TCACGA-G-AAT------ATT------AGAG-TTA--A-GC-C-TTATT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAATCT-GAAAC-C-GTTAC-GG-TG----ATTTATA-CTtc
gi|7 : CAAATGCA-G-TG-CC-TCTTAAT-GC-A--A--ACT--TAAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-C-AGCTC-TTCAGAGT--A---T-A-GT------T-------C-T-CT-GAA-AG---TACGAG-TGTCGG-TCAT--TG-TCATGA-G-ATA------ATA------AGAGTTTA--A-GT-C-CC-TT-A-G-TA--------A------A-CATAAAACT-CAAAC-C-ATTAC-GG-TG----AATTATA-CTA-TATttttc
gi|8 : CAAATGCA-G-TG-CC-TCTAAAT-GC-A--A--ACG--TAAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-C-AGTTC-TTCAGAGT--A---T-A-GT------T-------CAT-CT-GAA-AG---TACAAG-TGTCGG-TCAT--TG-TCACGA-A-AAT------AAT------AGAG-TTA--A-GT-C-CC-TT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAAACTCAAAAC-C-GTTAT-GG-TG----AATTATA-CTA-TATCtc
gi|9 : AAACACA-G-TG-CC-TCTAAAT-GC-A--A--ACA--TAAGCC-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TTT-A-C-AGCTC-TTCAGAGT--ACTAT-A-GA------T-------CAT-CT-GAA-AG---TACGAG-TTTCGA-TCAC--TG-TCTCGA-G-AAT------ATT------AGAG-TTA--A-GT-C-CC-TC-A-G-TA--------A-----TA-TC-AAAACT-GAAAC-C-TTTAC-GG-TG----AATTATA-CTA-
blockSeqs : . G G AA C . TA TT AA A T ACACTAACG T C TAAAATG CAATGTA . TGTTTATTAGCAC G AGTA C A A G . CTA A A CTTCAC . A C G AAA . C CA C T A AATAAGATAA T GC T . . A C A T . CCTTC A T C A T A C . . C
blockSeqs : . . . C . . TA . G . . ACACTAG . . TACAATG T . GTC . . . . A . . . C . A . . . . . . . G . . . ATTAGTCTAA . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . ATTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ** ******* ATTA************ ******** ****
originalCons : CAAACGCA-G-TG-CC-TCTAAAT-GC-A--A--ACG--TAAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-C-AGCTC-TTCAGAGT--A---T-A-GT------T-------CAT-CT-GAA-AG---TACGAG-TGTCGG-TCAT--TG-TCACGA-G-AAT------ATT------AGAG-TTA--A-GT-C-CC-TT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAAACT-GAAAC-C-GTTAC-GG-TG----AATTATA-CTA-TATC
finalCons : CAAACGCA-G-TG-CC-TCTAAAT-GC-A--A--ACG--TAAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-C-AGCTC-TTCAGAGT--A---T-A-GT------T-------CAT-CT-GAA-AG---TACGAG-TGTCGG-TCAT--TG-TCACGA-G-AATATTA------------GAG-TTA--A-GT-C-CC-TT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAAACT-GAAAC-C-GTTAC-GG-TG----AATTATA-CTA-TATC
Alignments
lowQualScore : 111111111 1111111 1111111111111
lowQualScore : 2 2 2 22 1 1 66 22 44 1 1 222222222 1 1 1111111 7777777 1 3333333333333 1 4444 1 1 3 1 22 333 5 1 777777 6666666 4 2 2 333 2 2 55 2 2 2 7777777777777777 2 44 2 2 2 2 2 2 2 77777777 55555 4 2 2 2 2 2 2 4444 2 2
lowQualScore : . . . .. . . .. .. .. . . ......... . . ....... ....... . ............. . .... . . . . .. ... . . ...... ....... . . . ... . . .. . . . ................ . .. . . . . . . . ........ ..... . . . . . . . .... . .
lowQualScore : 1 1 1 66 9 9 88 55 11 7 7 666666666 7 7 3333333 7777777 9 8888888888888 9 0000 9 9 8 9 66 333 7 9 888888 5555555 0 0 0 333 0 2 66 4 2 2 0000000000000000 0 88 0 0 0 0 0 0 0 22222222 00000 0 0 0 0 0 0 0 2222 2 7
consensus : CAAACGCA-G-TG-CC-TCTAAAT-GC-A--A--ACG--TAAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-C-AGCTC-TTCAGAGT--A---T-A-GT------T-------CAT-CT-GAA-AG---TACGAG-TGTCGG-TCAT--TG-TCACGA-G-AAT------ATT------AGAG-TTA--A-GT-C-CC-TT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAAACT-GAAAC-C-GTTAC-GG-TG----AATTATA-CTA-TATC
Reference ( family-841 ) : CAAACGCA-G-TG-CC-TCTAAAT-GC-A--A--ACG--TAAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-C-AGCTC-TTCAGAGT--A---T-A-GT------T-------CAT-CT-GAA-AG---TACGAG-TGTCGG-TCAT--TG-TCACGA-G-AAT------ATT------AGAG-TTA--A-GT-C-CC-TT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAAACT-GAAAC-C-GTTAC-GG-TG----AATTATA-CTA-TATC
gi|1 : ATGCATG-TG-CC-T--AAAT-GCGA--A--ACG--TAAGCT--A-G---------TT-A-AGGTGA--------A-------CCAAC-------------AT-CT----AGT-TCTG--C-A--------AGACTCGA---T-A-GT------TACATACACATACT-GAA-GT---TACGAGATGTCAG-TCAT--TG-TCACTA-G-AAA------ATT-----------TTA--A-GCACGCG-TT-A-A-CATATCCTCCA-----CACTA-AAATCT-GAAAC-C-GTTAT-CG-TGTTGAAGTCATATCTA-
gi|10 : AAATGCA-G-TG-CC-TCTAAAT-GC-A--A--ACG--TCAGCTATA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-C-AGCTC-TTCGGAGA--A---T-A-GT------T-------CAT-CC-GAA-AG---TACGAG-TGTCGG-TCAT--TG-TCACGA-G-AAT------ATT------AGAG-TTA--A-GT-C-CC-TT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAAACT-TAAAC-C-GTTGT-GG-TG----AATTATA-CTtctcc
gi|11 : CAAATGCA-G-TGGCC-TCTTAAT-GC-A--A--ATG--TAAGCC-CT-A---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-CAAGCTC-TTT----C--A---T---GT------T-------CAT-CT-GAA-AG---TACGAG-TGTCGG-ACAT-----TCATGA-G-AAT------ATT------TGAG-TTA--A-GG-C-CC-TTCA-GTTA--------A-----TA-T--AAAACT-GAAAC-CTGT--C-GG-TG----AATTATA-CTA-ttttc
gi|12 : CA-G-T---C-GCTTAAT-GC-AT-A--ACG--TA---T-TATA---------TT-A-TAGTGA-------TAT------GCA-C--------------T-CT----AGT-TCTGA-CAAGCT--TTCAGAGC--A-----A-GT------T-------AGT-CT-G-A-AG---TATGA--TGTT-G-TCAT--TG-TCACGGTG-AAT------A--------AGAG-TTA--ATGT---CC-TT-A-G-T---------A-----CA-TA-AAAACT-GACACAC-GTT-C-G---G----AATTATA-Ctt
gi|13 : taatCAAATGCA-G-TG-CC-TCTTAAT-GC-A--A--ACGAATAAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CTAGTAAGT-TCTGA-C-AGCTC-TTCAGAGT--A---TAA-GT------T-------CAT-CT-GAA-AG---TACGCG-T------------------CGA-G-AAT------AAT------AGAG-TTA--A-GT-C-CC-TT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAAACT-CAAAC-C-GTTAC-AG-TG----AATTAatt
gi|14 : --A--ATG--TCAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-CTGTTTATTAGCACAT-CT----AGT-TTTGA-C-AG-----------------------T------T-------CAT-CT-GAA-AG---TATGAG-TGTCGG-TCAT--TG-TCACAA-G-AAT------ATT------AGAG-TTA--A-AT-T-CC-TT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAAACT-GAAAC-C-GTTAT-GG-TG----AATTATA-TTA-TTTC
gi|15 : CAAACGCA-G-TG-CC-TCTAAAT-GC-A--A--ACG--TCAGCT-TA-G---------TT-T-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-C-AGCTA-TTCCGAGT-------------------------------------AG---TACGAG-AGTCGG-TCAC--T------------------------------GAG-TTA--A-GT-C-CC-TT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAACCT-GAAAC-C-GTTAC-AG-TG----AATTAAA-CTA-TTTCc
gi|16 : cCAAACGCA-G-TG-CA-TCTAAAT-GC-A--A--ACG--TAAGCT-TA-G---------T--A-TAGTGA-------TACAATGTAGCA-C-------------AT-AT----AGT-TCTGA-C-AGCTC-TTCATAGT--A---T-A-GT------T-------CAT-CT-GAA-AG---TATGAG-TGTTGc
gi|17 : CAAATGCA-G-TG-CA-TCTAAAT-GC-A--A--ACG--TAAGCT-TA-G----------T-A-TAGTGATAAAATGTA-------GCA-C-------------AT-AT----AAT-TCTGA-C-AGCTC-TTCAG-GT--A---T-A-GT------T-------CAT-CT-GAA-AG---TATGAG-TGTTGG-
gi|18 : CAAACGCA-GGTG-CA-TCTAAAT-GC-A--A--ACG--TAAGCT-TA-G---------TA-T-TAGTGATACAATGTA-------GCA-C--------------T-AT----AGT-TCTGA-C-AGCTC-CTCAGAGT------T-A-GTA-----T-------CAT-CT-GAA-A----TATGAG-T
gi|19 : AAACGCA-G-TG-CC-CCTAAAT-GC-A--A--ACG--TAAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-C-AGCTC-TTCAGAGT--A---T-A-GT------T-------CAT-TT-GAA-AG---TAttg
gi|2 : AAT-GC-A--GTTGCC--TAAGCT-TA-G---------TT-A-TAG-GA-------TA-------GCA-C-------------ATGCT----AGG-TCTGAAC-AGCTC-GTCAGAGT--A---TCA-GTCTTCACT-------CAC-CTCGAA-AGAAATACGAG-TGTCGG-TCATG-TGCTCACGA-GAAATAATAAGATA------AGAG-TTAGCA-GC-C-CC----A-G-TT--------ACCTTCTA-TA-AAGACC-G-----T-TTTAC-GACTG----A--TATA-CTACTAT
gi|20 : AATGCA-G-TG-CC-TCTAATG-GC-A--A--A----TAAG-T-TA-G---------TTTA-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----ACTCTCTGA---AACTC-TTCAGAGT--A---T-A-GT------T-------C-T-CT-G-A-AG---TACGTG-Tttccg
gi|21 : ---TACGAG-TGTCGG-TCAT--TG-TAACGA-G-AAT------ATT------AGAG-TTA--A-GT-C-CC-TA-A-G-TG--------A-----TA-TA-GAAATT-GAAAC-C-GCTAT-GG-TG----AATTATA-CTA-TAT
gi|22 : GTCAG-TCAT--AG-TTACAA-G-AAA------GTT------AGTG-TTA--T-AT-C-CC-TA-AAG-TA--------A-----TA-TT-AAAACT-ATAAC-T-GTTAC-GG-TG----AATTATA-CAA-tcg
gi|23 : -G-AAT------AAT------TGAG-TTA--A-GT-C-CC-TT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAAACT-CAAAC-C-GTTAC-GG-TG----AATTATA-CTA-TATC
gi|24 : CAAACACA-G-TG-CAATCTAAAT-GC-A--A--ACA--TAAGCT-TA-G----------T-A-GAGCGA-------TA-------
gi|25 : t------ATT-------GAG-TTA--A-GT-C-CC-TT-A-G-CA--------A-----TA-TA-AAAACT-CAAAC-C-GTTAC-GG-TG----AATTATA-CTA-TATCcaaatataagtgtc
gi|26 : --TAAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-CGTC----------AT-CT----AGT-TCTGA-C-AGCTC-GTCAGAGT--A---T-A-
gi|27 : T------AGAG-TTA--A-GT-C-CC-TT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAAACG-GAAAC-C-GTTAT-GG-TG----AATTAT
gi|28 : TAAAT-GC-A--A--ACG--TAAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------ta
gi|3 : A-G-TG-C--TCTAAATCGC-ATAA--ACGG-TAAGCT-TA-GACACTAG--TT-ACTAGTGA-------TA-------G-A-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-G-GGATCGTTCAGAGT--A---T-AAGT------T-------CATACT-GAAGAG---TACGCG-TGTCGGCTCAT--GG-TCAAGA-G-AAT------A---------GAG-TTAC-A-GT-C-TA-TC-A-G-TA--------A-----TAATA-GAGACT-GAAAC-C-ATTACAAG-TA----AATTATA-CGA-TA
gi|4 : atggAAACGCA-G-TG-CC-TCTAAAT-GC-A--T--ACG--TCAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TTTGA-C-AGCTT-TTCGGGGT--A---T-A-GT------T-------CAT-CT-GAA-AG---TACGGT-TGTTGG-TCATCATG-TCACGA-G-AAT------ATTAGTCTAAGAG-TTA--A-GT-T-CC-TT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAAACC-AAAAC-T-GTTAT-GG-TG----AATTATA-CTA-
gi|5 : CAAATG-A-G-TG-C--TCTAA-T-GC-ATAA--ACG--TAAGCT-TA-GACACTAACGTT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-G-GGATC-TTCAGAGT--A---TAA-GT------T-------CAT-CT-GAA-AG---TACG-G-TGTC-G-TC----TG-TCA-GA-G-AA---------T------AGAG-TTA--A-GT-C-CT-AT-A-G-TA--------A-----TA-AT-AAGACT-GAAAC-C-ATTAC-AG-TA----AATTATA-C-A-TAT
gi|6 : CAAACGCA-G-TG-AC-TCTAAAT-GC-A--A--ACG--TAAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-C-AGCTC-TTCAGAGT--A---T-A-GT------T-------CAT-CT-GAA-AG---TATGAG-TGTCAG-TCAT--TG-TCACGA-G-AAT------ATT------AGAG-TTA--A-GC-C-TTATT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAATCT-GAAAC-C-GTTAC-GG-TG----ATTTATA-CTtc
gi|7 : CAAATGCA-G-TG-CC-TCTTAAT-GC-A--A--ACT--TAAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-C-AGCTC-TTCAGAGT--A---T-A-GT------T-------C-T-CT-GAA-AG---TACGAG-TGTCGG-TCAT--TG-TCATGA-G-ATA------ATA------AGAGTTTA--A-GT-C-CC-TT-A-G-TA--------A------A-CATAAAACT-CAAAC-C-ATTAC-GG-TG----AATTATA-CTA-TATttttc
gi|8 : CAAATGCA-G-TG-CC-TCTAAAT-GC-A--A--ACG--TAAGCT-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TCTGA-C-AGTTC-TTCAGAGT--A---T-A-GT------T-------CAT-CT-GAA-AG---TACAAG-TGTCGG-TCAT--TG-TCACGA-A-AAT------AAT------AGAG-TTA--A-GT-C-CC-TT-A-G-TA--------A-----TA-TA-AAAACTCAAAAC-C-GTTAT-GG-TG----AATTATA-CTA-TATCtc
gi|9 : AAACACA-G-TG-CC-TCTAAAT-GC-A--A--ACA--TAAGCC-TA-G---------TT-A-TAGTGA-------TA-------GCA-C-------------AT-CT----AGT-TTT-A-C-AGCTC-TTCAGAGT--ACTAT-A-GA------T-------CAT-CT-GAA-AG---TACGAG-TTTCGA-TCAC--TG-TCTCGA-G-AAT------ATT------AGAG-TTA--A-GT-C-CC-TC-A-G-TA--------A-----TA-TC-AAAACT-GAAAC-C-TTTAC-GG-TG----AATTATA-CTA-