lowQualScore : 1 111 2222222 111 222222222222 11 111111 333333333333333333 11111111 444444444444444444444 111111
lowQualScore : 0 1 666 777 8888888 666 4 3 88 555 555 555 3 3 1 999999999999 4 5 0 0 2 44 555 1 2 2 5 33 6666 3 666666 1 77777 777777777777777777 6666 888 44444444 666666666666666666666 999999
lowQualScore : . . ... ... ....... ... . . .. ... ... ... . . . ............ . . . . . .. ... . . . . .. .... . ...... . ..... .................. .... ... ........ ..................... ......
lowQualScore : 6 4 777 888 9999999 444 4 5 33 111 888 888 3 3 0 111111111111 4 8 8 8 9 11 000 2 9 9 7 99 2222 1 888888 4 77777 000000000000000000 5555 666 55555555 666666666666666666666 222222
consensus : ACATACAT-TTTTACGTG--CGGTACTTATT---TCC---ATNAAGT-CCGCG-GTCACATA-AAATCTGCGNAA---TTTC---ATACCAGC-GGACTTA--ANA-T-ATGTAAGCTAATTT-CAT-GT---AAGCC-ACATGCA-AC-T--C--AGCG-GAATTTC-G--TACCCG-----TGGAC------C-----A----A----AAAC--TGATAA--------TC----------T----------GACTT------TGTGGAATGA
Reference ( gi|8 ) : ACATACAT-TTTTATATG--TGGTACTTATT---TCC---ATGAAGT-TCGCA-GTCATATG-AAATCTGTGCAA---TTTC---ATACCGGC-GAATTTG--ATA-T-ATGCAAGTTAATTT-CAA-GT---AAGCC-ACATGCA-AC-T--C--AATG-GAATTGT-G--TACCTG-----TGGA-------C-----A----A----AAAC--TGATAA--------TC----------T----------GACTT------TGTGGAATGACAG
gi|3 : ACCTACTT-TTTTACATG--TGGTACTTATT---TCC---CCTTAGT-CTGGG-GTCACGTA-AAATCTGCAGAA---TTTC---AGACCAGT-GGACTT---ACAGT-ATGGAAGCT-ATTT-GAT-GT---AAGCC-ATATGCA-AT-T--C--GGCA-GAATTTC-A--TTCTTG-----TAGAC------C-----A----AACCTAAAC--AGACAAACAGAAATTA----------T----------GACTC------CATGGAAT
gi|17 : aACATACTA-TTCTACACA--CGATACTTATT---TCCCCTATT-AGT-CCACA-TTCACATA-AAATCAACAGAA---CTGC---GTACCAGT-GGAtaaagtac
gi|9 : taaaCATACATCTTTTATAT---TGTTACTTATT---TCC---ATGAAGT-TCGCA-GTCATATGAAAATCTGT-CAA---TTTC---ATACCGGC-GAATTT---ATA-TAATGCAAGTTACTTT-CAA-GT---AAG-C-ACATGCA-ACTT--C--AATG-GAATTGT-G--TACCTG-----TGGA-------C-----A----A----AAAC--TGATAA--------TC----------T----------GACTT------TGTGGAATGAc
gi|4 : acCATACATCTTTTATAT---TGTTACTTATT---TCC---ATGAAGT-TCGCA-GTCATATGAAAATCTGT-CAA---TTTC---ATACCGGC-GAATTT---ATA-TAATGCAAGTTACTTT-CAA-GT---AAG-C-ACATGCA-ACTT--C--AATG-GAATTGT-G--TACCTG-----TGGA-------C-----A----A----AAAC--TGATAA--------TC----------T----------GACTT------TGTGGAATGA
gi|5 : atctaggtactctacACACAT-TTTTATTTGATCAGTAGTTATT---TCT---ACCAAGTCTTGTG-GTCACATA-AAATC----CA-------C---ATACCAGT-GAACCTA--GAG-T-ATGTATGCTAATTT-TAT-GT---TAGCC-ATATATA-CC-T--C--AGAG-GAATTAT-G--TATCCA-----TGGA-------C-----C----A----AA
gi|1 : aTGCAA-TTTTACGGA--CAGTATTTATT---TCTGCTATAAAGC-CTGCA-GTCATATA-AACTCTGCCTAA---TCAA---ATACCAGT-GGACTTT--AAG-T-ATGTGAGCCAATTT-CAT-TT---AAGCC-ACACGCA-AC-T--C--GGCA-GAATTTT-A--TATCCA-----CAGA-------T-----A----A----AActaaatatgctgatgcatgaaattataactccgtgaaatta
gi|7 : gtaaatgTACGT-TATTACGTG--TGGTGCTTAAT---TCC--------GC-T---ATGTCACATT-TAATCTGTGGAA---TTGC---ATACCAGC-GGG---G--GAA-A-A---AAG--GAT-------GT---AAGCTAATATGTT-GC-T--CTGTGTG-GAATTTA-A--TACCTA-----TGGACCAAAC-C-----A----A----AAA---TGATAA--------TC----------caaaaaaacacgataatccacgaaactacgcctccatggattatgacttaaatgt
gi|2 : taaatgTTATTACATCC---ACTAAGT-CCATG-ATCAAATG-AAATTTGCAGAC---TTTC---ATACTAGC-AGACATA--ATT-C-GTATCGGCTAATAT-CGT-GC---AAGTC-ACATGCA-AT-T--C--AGTG-GAATTTC-G--AACCCG-----TGGACCAAACCC-----A----A----AAA---TGATAA--------TCAGTCAACTGAT----------GACTC------TCTGGAATcacaaaattttgagtccatggaattaaaaaa
gi|13 : atctgcacaatataccacagatatactttTATT---TCTCT-ATAAAGG-CTGCA-GTCATATA-AACTCTGCCTAA---AGTCAAAATACCAGT-GGACTTA--A-G-T-ATGTGAGCCAATTT-CAT-ATTTAAGGCC-ACACGCACAC-T--C--
gi|11 : TCAAGTA-AAATCCGCGTAA---TTTC---ATACCAAG-GGACTTA--AAA-T-ATGGAAGCT-GTTT-TAATGC---ACGCC-ATTAGCA-TC-T--C--GGCG-GGA-TGTCA--TACCCG-----TGGA-------CGAAAAA----G----AAAC--TGGTAA--------TCCGT-------T----------GAATTTAAGTGTGTGAAATAAgccagatttatatccat
gi|12 : gtatCAAATG-AAAATT-TGCAGACTTTTC---A-ACTAGCAGAAC-----ATA---ATGTTCGGTAATAT-CGT-GC---AAGTC-ACATGCA-AT-T--C--AGTG-GAATTTC-GAAAACCCG-----TGGA-------C-----C----A----AACC--CAAAAA--------Taatacgtctacagt
gi|10 : AA---TTTC---AAACCAGC-AGACTTGGAATT-T-ATGTA--TTAAGATACAT-GT---A------TATGCA-AC-T--C--AATA-GAATTTC-A--TACCCA-----TGGACCAACC-C-----A----A----AAA---TGATAgatatcagtcaaaatgatgactctctgaattgtaca
gi|6 : ttgtttattcaataacttaaaaatttt-T-ATGTAAGCTAATTC-CAT-GC---AAGCC-ATATGC---T-TAGC--AACG-GAATTCC-A--TATCCACAAACTAAA-------C-----C----A----AAAC--TGATAC--------TC----------T----------Gccggtaatccgtgaaaatagggctccattgacttataaatatatctac
gi|14 : tgaaaaaggattttcttacaacattgtattcttttagagtctgtggtcacagaaaacctgct-T-ATGCAAGCTGTTTT-CAT-GT----AGCC-ATATACA-AC-T--C----TGCGAATTTC-A--CACCCA-----TGGA-------C-----G----A----AACCAAAGATAA--------Ttgaaattaggactccatggaattaaatgtggccatctat
gi|16 : aaagT-CAT-GT---AAGCC-ATATGCA-AT-T--C--AGCA-GAATTTC-A--TACCCG-----AGGAC------C-----AAACCA----AAAC--TGGTAA--------TC----------TGCAAAATTAAGACTG------TGTGGAATaattcacgaaattatgagtctgtgaaattatatatgtc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTATATAACTCATTTTCACAAAAGCCTTAAGGAACCATGCAAATTCTTGTACCCACGGACTAAACCAAAAATGATTTTCTGTGAAATCATGACTTCGTGGAAATAAATATGTC
Unaligned ( gi|18 ): AATTTCATACCTGCAGACCAGACTAAAAGTCAAAATTATGACTCCATGAAATCAAATATATCTA
Alignments
lowQualScore : 1 111 111 11 1111111111 4444444444 1111111 11111111 333333333333333333333 111111
lowQualScore : 0 3 333 666 111 1 55 3 1 0 5 55 2 555 5555555555 2 555 1 444 1 2 2 5 33 33 77777 33 6666666666 33 0000000 888888 22222222 666666666666666666666 444444
lowQualScore : . . ... ... ... . .. . . . . .. . ... .......... . ... . ... . . . . .. .. ..... .. .......... .. ....... ...... ........ ..................... ......
lowQualScore : 0 1 444 444 444 0 00 6 0 8 7 44 9 000 2222222222 9 000 6 777 7 1 7 3 77 77 99999 99 7777777777 99 7777777 222222 11111111 444444444444444444444 444444
consensus : ACATACAT-TTTTACATG--CGGTACTTATT---TCC---ACNA--AGTCC-GCGGTCACAT-AAAATCTGC-NAATTT-CA---TACCAGCGGACTT--AANA--T-A-TGTA---AGCTAATTTCATGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CGGCGGAATTTCG--TACCCGTGGAC----C--AA-CC-A----A--AA-----C-TGAT------AA--------TC----------T----------GACTC------TGTGGAATGA
Reference ( family-822 ) : ACATACAT-TTTTACGTG--CGGTACTTATT---TCC---ATNA--AGTCC-GCGGTCACAT-AAAATCTGCGNAATTT-CA---TACCAGCGGACTT--AANA--T-A-TGTA---AGCTAATTTCATGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CAGCGGAATTTCG--TACCCGTGGAC----C--A-----A----A--AA-----C-TGAT------AA--------TC----------T----------GACTT------TGTGGAATGA
gi|1 : TGCAA-TTTTACGGA--CAGTATTTATT---TCTGCTATAA--AGCCT-GCAGTCATAT-AAACTCTGCCTAATCA-AA---TACCAGTGGACTT--TAAG--T-A-TGTG---AGCCAATTTCATTT---AAGCCACACGCA-AC-T--CGGCAGAATTTTA--TATCCACAGATAAAACAAA-----A----A--AA-----CACGAT------AA--------TC----------
gi|10 : gtaaatg-AAAATTT---TAATTT-CA---AACCAGCAGACTTGGAATT--T-A-TGTATTAAGATA----CATGT---A-----TATGCA-AC-T--CAATAGAATTTCA--TACCCATGGAC----C--AACCC-A----A--AA-----A-TGAT------Acacgaaactacgcctccatggattatgacttaaatgt
gi|11 : ttgtttattcaataacttaTCAAGT-AAAATCCGCGTAATTT-CA---TACCAAGGGACTT--AAAA--T-A-TGGA---AGCTGTTTTAATGC---ACGCCATTAGCA-TC-T--CGGCGGGATGTCA--TACCCGTGGAC----G--A-----AAAAGA--AA-----C-TGGT------AA--------TCCGT-------T----------GAATTTAAGTGTGTGAAATAAccggtaatccgtgaaaatagggctccattgacttataaatatatctac
gi|12 : gtat-AAAATTTGCAGACTTTTCA----ACTAGCAGA------ACA--T-AATGTT---CGGTAATATCGTGC---AAGTCACATGCA-AT-T--CAGTGGAATTTCGAAAACCCGTGGAC----C--AAACCCA----A--AA-----A-TGAT------Aaatacgtctacagt
gi|13 : caaatgTATT---TCTCT-ATAA--AGGCT-GCAGTCATAT-AAACTCTGCCTAAAGT-CAAAATACCAGTGGACTT--AAG---T-A-TGTG---AGCCAATTTCATATTTAAGGCCACACGCACAC-T--CGCCAGA--TTTA--TATCCATtcagtcaaaatgatgactctctgaattgtaca
gi|14 : --AAAG--T-A-TGCA---AGCTGTTTTCATGT---A-GCCATATACA-AC-T--CTGCG-AATTTCA--CACCCATGGAC----G--A-----AACC-A--AA--------GAT------AA--------T
gi|16 : TCATGT---AAGCCATATGCA-AT-T--CAGCAGAATTTCA--TACCCGAGGAC----C--AAACC-A----A--AA-----C-TGGT------AA--------TC----------TGCAAAATTAAGACTG------TGTGGAATaattcacgaaattatgagtctgtgaaattatatatgtc
gi|17 : ACATACTA-TTCTACACA--CGATACTTATT---TCC---CCTATTAGTCC-ACATTCACAT-AAAATCAACAGAACTG-CG---TACCAGTGGACtaaa
gi|2 : taaaTTATTACATCC---ACTA--AGTCC-ATGATCAAAT-GAAATTTGCAGACTTT-CA---TACTAGCAGACAT--AATT--C-G-TATC---GGCTAATATCGTGC---AAGTCACATGCA-AT-T--CAGTGGAATTTCG--AACCCGTGGAC----C--AAACCCA----A--AA-----A-TGAT------AA--------TCAGTCAACTGAT----------GACTC------TCTGGAAT
gi|3 : atctgcacaatataccacagatatactttACCTACTT-TTTTACATG--TGGTACTTATT---TCC---CCTT--AGTCT-GGGGTCACGT-AAAATCTGCAGAATTT-CA---GACCAGTGGACTT--ACAG--T-A-TGGA---AGCT-ATTTGATGT---AAGCCATATGCA-AT-T--CGGCAGAATTTCA--TTCTTGTAGAC----C--A-----AACCTA--AA-----C-AGAC------AAACAGAAATTA----------T----------GACTC------CATGGAAT
gi|4 : aCATACATCTTTTATAT---TGTTACTTATT---TCC---ATGA--AGTTC-GCAGTCATATGAAAATCTGT-CAATTT-CA---TACCGGCGAATTT---ATA--TAA-TGCA---AGTTACTTTCAAGT---AAG-CACATGCA-ACTT--CAATGGAATTGTG--TACCTGTGGA-----C--A-----A----A--AA-----C-TGAT------AA--------TC----------T----------GACTT------TGTGGAATGAtaaagtac
gi|5 : atctaggtactctacACACAT-TTTTATTTGATCAGTAGTTATT---TCT---ACCA--AGTCTTGTGGTCACAT-AAAATCCAC---------A---TACCAGTGAACCT--AGAG--T-A-TGTA---TGCTAATTTTATGT---TAGCCATATATA-CC-T--CAGAGGAATTATG--TATCCATGGAC----C--A-----A----ACTAAATATGC-TGATGCATGAAA--------TTA---------T----------AACTC------CGTGAAAT
gi|6 : aTATT---CTT---TTAG--AGTCT-GTGGTCACAG-AAAACCTG------------------------CTT--A---------TGTA---AGCTAATTCCATGC---AAGCCATATGC---T-TAGCAACGGAATTCCA--TATCCACAAAC----T--AAACC-A----A--AA-----C-TGAT------AC--------TC----------T----------Gta
gi|7 : tgaaaaaggattttcttacaacattgTACGT-TATTACGTG--TGGTGCTTAAT---TCC---GCTA----T------GTCACAT-TTAATCTGTGGAATTG-CA---TACCAGCGGGGGA--AAAAAGG-A-TGTA---AGCTAAT---ATGT-----------TGC--TC-T--GTGTGGAATTTAA--TACCTATGGAC----C--AAACC-A----A--AA-----A-TGAT------AA--------TC----------tgaaattaggactccatggaattaaatgtggccatctat
gi|8 : taaatgACATACAT-TTTTATATG--TGGTACTTATT---TCC---ATGA--AGTTC-GCAGTCATAT-GAAATCTGTGCAATTT-CA---TACCGGCGAATTT--GATA--T-A-TGCA---AGTTAATTTCAAGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CAATGGAATTGTG--TACCTGTGGA-----C--A-----A----A--AA-----C-TGAT------AA--------TC----------T----------GACTT------TGTGGAATGAcacaaaattttgagtccatggaattaaaaaa
gi|9 : CATACATCTTTTATAT---TGTTACTTATT---TCC---ATGA--AGTTC-GCAGTCATATGAAAATCTGT-CAATTT-CA---TACCGGCGAATTT---ATA--TAA-TGCA---AGTTACTTTCAAGT---AAG-CACATGCA-ACTT--CAATGGAATTGTG--TACCTGTGGA-----C--A-----A----A--AA-----C-TGAT------AA--------TC----------T----------GACTT------TGTGGAATGAcag
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTATATAACTCATTTTCACAAAAGCCTTAAGGAACCATGCAAATTCTTGTACCCACGGACTAAACCAAAAATGATTTTCTGTGAAATCATGACTTCGTGGAAATAAATATGTC
Unaligned ( gi|18 ): AATTTCATACCTGCAGACCAGACTAAAAGTCAAAATTATGACTCCATGAAATCAAATATATCTA
Alignments
lowQualScore : 1 111 111 2222222 11111111 1111111111111 666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 0 333 666 55 1 000 444 0 44 5 2222222 555 0 33333333 5 2 444 2 444 1 1 2 5 33 3 33 9999999999999 2 444 2 111111111111111111111111111111111111111111 44
lowQualScore : . ... ... .. . ... ... . .. . ....... ... . ........ . . ... . ... . . . . .. . .. ............. . ... . .......................................... ..
lowQualScore : 0 444 444 00 0 444 444 1 22 3 4444444 000 6 77777777 3 7 777 7 444 1 4 5 0 44 7 44 4444444444444 7 777 7 333333333333333333333333333333333333333333 22
consensus : ACATACAT-TTTTACATG--CGGTACTTATT---TCC--ACNA---AGTCC-GCGG--TCACAT-AAAATCTGC-G-AA--TTTCA---TACCAGCGGACTT--AANA--T-A-TGTA---AGCTAATTTCATGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CGGCGGAATTTCG--TACCCGTGGAC-C-AA--CC---A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--ACTCCGTGGAATGA
Reference ( family-822 ) : ACATACAT-TTTTACATG--CGGTACTTATT---TCC--ACNA---AGTCC-GCGG--TCACAT-AAAATCTGC-N-AA--TTTCA---TACCAGCGGACTT--AANA--T-A-TGTA---AGCTAATTTCATGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CGGCGGAATTTCG--TACCCGTGGAC-C-AA--CC---A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--ACTCTGTGGAATGA
gi|1 : TGCAA-TTTTACGGA--CAGTATTTATT---TCT--GCTATAAAGCCT-GCAG--TCATAT-AAACTCTGC-CTAA--TCAAA---TACCAGTGGACTT--TAAG--T-A-TGTG---AGCCAATTTCATTT---AAGCCACACGCA-AC-T--CGGCAGAATTTTA--TATCCACAGAT-A-AA--ACAAAA-AA---ACACGAT---------AA--------TC----------
gi|10 : gtaaatg-AAAATTT---T-AA--TTTCA---AACCAGCAGACTTGGAATT--T-A-TGTATTAAGATA----CATGT---A-----TATGCA-AC-T--CAATAGAATTTCA--TACCCATGGAC-C-AAC-CC---A-AA---AA-TGAT---------A----------C----------C----------GGTAATCCGTGAAAcacgaaactacgcctccatggattatgacttaaatgt
gi|11 : ttgtttattcaataactta--TCAAGT-AAAATCCGC-GTAA--TTTCA---TACCAAGGGACTT--AAAA--T-A-TGGA---AGCTGTTTTAATGC---ACGCCATTAGCA-TC-T--CGGCGGGATGTCA--TACCCGTGGAC-G-AA--AA---AGAA---AC-TGGT---------AA--------TC----------C----------G--atagggctccattgacttataaatatatctac
gi|12 : gtat-AAAATTTGC-A-GACTTTTCA----ACTAGCAGA------ACA--T-AATGTT---CGGTAATATCGTGC---AAGTCACATGCA-AT-T--CAGTGGAATTTCGAAAACCCGTGGAC-C-AAACCC---A-AA---AA-TGAT---------Attgaatttaagtgtgtgaaataaaatacgtctacagt
gi|13 : caaatgTATT---TCTCTATAA---AGGCT-GCAG--TCATAT-AAACTCTGC-CTAA--AGTCAAAATACCAGTGGACTT--AAG---T-A-TGTG---AGCCAATTTCATATTTAAGGCCACACGCACAC-T--CGCCAGA--TTTA--TATCCATtcagtcaaaatgatgactctctgaattgtaca
gi|14 : --AAAG--T-A-TGCA---AGCTGTTTTCATGT---A-GCCATATACA-AC-T--CTGCG-AATTTCA--CACCCATGGACGA-AA--CC---A-AA---GA-TAAT---------AA--------TTCACGAAATTAT----------G--AGTCTGTGAAAT
gi|15 : --T-A-TATA---ACTCATTTTCACAA---AAGCCTTAAGGA-AC-C--ATGCAAATTCTTG--TACCCACGGAC-T-AAA-CC---A-AA---AA-TGATTTTCTGTGAAA--------TCA---------T----------G--ACTTCGTGGAAtatatatgtc
gi|15 : tTATTTATT---TCC--ACGA---AGT-C-ATGATTTCACAG-AAAATCataaatatgtc
gi|16 : ttatataactcattttcacaaaagccttaaggaaccatgcaaattcttgtacccacggactaaaccaaaaatTCATGT---AAGCCATATGCA-AT-T--CAGCAGAATTTCA--TACCCGAGGAC-CAAA--CC---A-AA---AC-TGGT---------AA--------TC----------TGCAAAATTAAG--ACTGTGTGGAATtgtc
gi|17 : ACATACTA-TTCTACACA--CGATACTTATT---TCC--CCTATT-AGTCC-ACAT--TCACAT-AAAATCAACAG-AA--CTGCG---TACCAGTGGACtaaa
gi|2 : taaaTTATTACATCC--ACTA---AGTCC-ATGA--TCAAAT-GAAATTTGC-A-GAC-TTTCA---TACTAGCAGACAT--AATT--C-G-TATC---GGCTAATATCGTGC---AAGTCACATGCA-AT-T--CAGTGGAATTTCG--AACCCGTGGAC-C-AAACCC---A-AA---AA-TGAT---------AA--------TCAGTCAACTGAT----------G--ACTCTCTGGAAT
gi|3 : atctgcacaatataccacagatatactttACCTACTT-TTTTACATG--TGGTACTTATT---TCC--CCTT---AGTCT-GGGG--TCACGT-AAAATCTGCAG-AA--TTTCA---GACCAGTGGACTT--ACAG--T-A-TGGA---AGCT-ATTTGATGT---AAGCCATATGCA-AT-T--CGGCAGAATTTCA--TTCTTGTAGAC-CAAA--CC---T-AA---AC-AGAC---------AAACAGAAATTA----------T----------G--ACTCCATGGAAT
gi|4 : aCATACATCTTTTATAT---TGTTACTTATT---TCC--ATGA---AGTTC-GCAG--TCATATGAAAATCTGT-C-AA--TTTCA---TACCGGCGAATTT---ATA--TAA-TGCA---AGTTACTTTCAAGT---AAG-CACATGCA-ACTT--CAATGGAATTGTG--TACCTGTGGA--C-A--------A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--ACTTTGTGGAATGAtaaagtac
gi|5 : atctaggtactctacACACAT-TTTTATTTGATCAGTAGTTATT---TCT--ACCA---AGTCTTGTGG--TCACAT-AAAATC--C-A--------CA---TACCAGTGAACCT--AGAG--T-A-TGTA---TGCTAATTTTATGT---TAGCCATATATA-CC-T--CAGAGGAATTATG--TATCCATGGAC-CAAA--CT---A-AATATGC-TGATGCATGA---AA--------TTA---------T----------A--ACTCCGTGAAAT
gi|6 : a---AGTCT-GTGG--TCACAG-AAAACCTGC-T----------------------------------T-A-TGTA---AGCTAATTCCATGC---AAGCCATATGC---T-TAGCAACGGAATTCCA--TATCCACAAAC-TAAA--CC---A-AA---AC-TGAT---------------------------------------------ACTCTGTGAAATta
gi|7 : tgaaaaaggattttcttacaacattgtattcttttagTACGT-TATTACGTG--TGGTGCTTAAT---TCC--GCTA-----T------G--TCACAT-TTAATCTGT-GGAA--TTGCA---TACCAGCGGGGGA--AAAAAGG-A-TGTA---AGCTAAT---ATGT-----------TGCT--C-T--GTGTGGAATTTAA--TACCTATGGAC-CAAA--CC---A-AA---AA-TGAT---------AA--------TCCACAAAATTTT----------G--AGTCCATGGAATtaggactccatggaattaaatgtggccatctat
gi|8 : taaatgACATACAT-TTTTATATG--TGGTACTTATT---TCC--ATGA---AGTTC-GCAG--TCATAT-GAAATCTGT-GCAA--TTTCA---TACCGGCGAATTT--GATA--T-A-TGCA---AGTTAATTTCAAGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CAATGGAATTGTG--TACCTGTGGA--C-A--------A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--ACTTTGTGGAATGAtaaaaaa
gi|9 : CATACATCTTTTATAT---TGTTACTTATT---TCC--ATGA---AGTTC-GCAG--TCATATGAAAATCTGT-C-AA--TTTCA---TACCGGCGAATTT---ATA--TAA-TGCA---AGTTACTTTCAAGT---AAG-CACATGCA-ACTT--CAATGGAATTGTG--TACCTGTGGA--C-A--------A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--ACTTTGTGGAATGAcag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTTCATACCTGCAGACCAGACTAAAAGTCAAAATTATGACTCCATGAAATCAAATATATCTA
Alignments
lowQualScore : 1 111 111 3333 1111111111 11111111111 555555555555555555555555555555555555555555 11111111
lowQualScore : 0 333 666 55 1 000 444 0 44 5 0000 33 555 4444444444 2 444 2 444 1 1 2 5 33 3 33 22 88888888888 2 444 33 777777777777777777777777777777777777777777 33 11111111 44
lowQualScore : . ... ... .. . ... ... . .. . .... .. ... .......... . ... . ... . . . . .. . .. .. ........... . ... .. .......................................... .. ........ ..
lowQualScore : 0 444 444 00 0 444 444 1 22 3 0000 99 000 3333333333 7 777 7 444 1 4 5 0 44 7 22 99 55555555555 5 444 44 111111111111111111111111111111111111111111 99 22222222 22
consensus : ACATACAT-TTTTACATG--CGGTACTTATT---TCC--ACNA---AGTCC-GCGG--TCACAT-AAAATCTGC-G-AA--TTTCA---TACCAGCGGACTT--AANA--T-A-TGTA---AGCTAATTTCATGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CGGCGGAATTTCG--TACCCGTGGAC-C-A-A--CC---A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--A--------CTCCGTGGA--ATGA
Reference ( family-822 ) : ACATACAT-TTTTACATG--CGGTACTTATT---TCC--ACNA---AGTCC-GCGG--TCACAT-AAAATCTGC-G-AA--TTTCA---TACCAGCGGACTT--AANA--T-A-TGTA---AGCTAATTTCATGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CGGCGGAATTTCG--TACCCGTGGAC-C-A-A--CC---A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--A--------CTCCGTGGA--ATGA
gi|1 : TGCAA-TTTTACGGA--CAGTATTTATT---TCT--GCTATAAAGCCT-GCAG--TCATAT-AAACTCTGC-CTAA--TCAAA---TACCAGTGGACTT--TAAG--T-A-TGTG---AGCCAATTTCATTT---AAGCCACACGCA-AC-T--CGGCAGAATTTTA--TATCCACAGAT-A-A-A--ACAAAA-AA---ACACGAT---------AA--------TCCA--------C----------G--AAACTACGCCTCCATGGATTATGA
gi|10 : gtaaatg-AAAATTTT----AA--TTTCA---AACCAGCAGACTTGGAATT--T-A-TGTATTAAGATA----CATGT---A-----TATGCA-AC-T--CAATAGAATTTCA--TACCCATGGAC-C-A-AC-CC---A-AA---AA-TGAT---------A----------C----------C----------GGTA--------ATCCGTGAA--cttaaatgt
gi|11 : ttgtttattcaataactta--TCAAGT-AAAATCCGC-GTAA--TTTCA---TACCAAGGGACTT--AAAA--T-A-TGGA---AGCTGTTTTAATGC---ACGCCATTAGCA-TC-T--CGGCGGGATGTCA--TACCCGTGGAC-G-A-A--AA---AGAA---AC-TGGT---------AA--------TC----------C----------G--atagggctccattgacttataaatatatctac
gi|12 : gtat-AAAATTTGC-A-GACTTTTCA----ACTAGCAGA------ACA--T-AATGTT---CGGTAATATCGTGC---AAGTCACATGCA-AT-T--CAGTGGAATTTCGAAAACCCGTGGAC-C-A-AACCC---A-AA---AA-TGAT---------Attgaatttaagtgtgtgaaataaaatacgtctacagt
gi|13 : caaatgTATT---TCTCTATAA---AGGCT-GCAG--TCATAT-AAACTCTGC-CTAA--AGTCAAAATACCAGTGGACTT--AAG---T-A-TGTG---AGCCAATTTCATATTTAAGGCCACACGCACAC-T--CGCCAGA--TTTA--TATCCATtcagtcaaaatgatgactctctgaattgtaca
gi|14 : --AAAG--T-A-TGCA---AGCTGTTTTCATGT---A-GCCATATACA-AC-T--CTGCG-AATTTCA--CACCCATGGACGA-A-A--CC---A-AA---GA-TAAT---------AA--------T
gi|15 : --T-A-TATA---ACTCATTTTCACAA---AAGCCTTAAGGA-AC-C--ATGCAAATTCTTG--TACCCACGGAC-T-A-AA-CC---A-AA---AA-TGATTTTCTGTGAAA--------TCA---------T----------G--A--------CTTCGTGGA--tcacgaaattatgagtctgtgaaattatatatgtc
gi|15 : tTATTTATT---TCC--ACGA---AGT-C-ATGATTTCACAG-AAAATCataaatatgtc
gi|16 : ttatataactcattttcacaaaagccttaaggaaccatgcaaattcttgtacccacggactaaaccaaaaatTCATGT---AAGCCATATGCA-AT-T--CAGCAGAATTTCA--TACCCGAGGAC-CAA-A--CC---A-AA---AC-TGGT---------AA--------TC----------TGCAAAATTAAG--A--------CTGTGTGGA--ATtgtc
gi|17 : ACATACTA-TTCTACACA--CGATACTTATT---TCC--CCTATT-AGTCC-ACAT--TCACAT-AAAATCAACAG-AA--CTGCG---TACCAGTGGACtaaa
gi|18 : taaaAATTTCA--TACCTGCAGAC-C-AGA--CT---A-AA---AG-TCAA---------AA--------TTA---------T----------G--A--------CTCCATGAA--AT
gi|2 : TTATTACATCC--ACTA---AGTCC-ATGA--TCAAAT-GAAATTTGCAG-AC--TTTCA---TACTAGCAGACAT--AATT--C-G-TATC---GGCTAATATCGTGC---AAGTCACATGCA-AT-T--CAGTGGAATTTCG--AACCCGTGGAC-C-A-AACCC---A-AA---AA-TGAT---------AA--------TCAGTCAACTGAT----------G--A--------CTCTCTGGA--ATcaaatatatcta
gi|3 : atctgcacaatataccacagatatactttACCTACTT-TTTTACATG--TGGTACTTATT---TCC--CCTT---AGTCT-GGGG--TCACGT-AAAATCTGCAG-AA--TTTCA---GACCAGTGGACTT--ACAG--T-A-TGGA---AGCT-ATTTGATGT---AAGCCATATGCA-AT-T--CGGCAGAATTTCA--TTCTTGTAGAC-CAA-A--CC---T-AA---AC-AGAC---------AAACAGAAATTA----------T----------G--A--------CTCCATGGA--AT
gi|4 : aCATACATCTTTTATAT---TGTTACTTATT---TCC--ATGA---AGTTC-GCAG--TCATATGAAAATCTGT-C-AA--TTTCA---TACCGGCGAATTT---ATA--TAA-TGCA---AGTTACTTTCAAGT---AAG-CACATGCA-ACTT--CAATGGAATTGTG--TACCTGTGGA--C-A---------A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--A--------CTTTGTGGA--ATGAtaaagtac
gi|5 : atctaggtactctacACACAT-TTTTATTTGATCAGTAGTTATT---TCT--ACCA---AGTCTTGTGG--TCACAT-AAAATCCAC-----------A---TACCAGTGAACCT--AGAG--T-A-TGTA---TGCTAATTTTATGT---TAGCCATATATA-CC-T--CAGAGGAATTATG--TATCCATGGAC-CAA-A--CT---A-AATATGC-TGATGCATGA---AA--------TTA---------T----------A--A--------CTCCGTGAA--AT
gi|6 : a---AGTCT-GTGG--TCACAG-AAAACCTG--------------------------CTT--A---------TGTA---AGCTAATTCCATGC---AAGCCATATGC---T-TAGCAACGGAATTCCA--TATCCACAAAC-TAA-A--CC---A-AA---AC-TGAT---------AC--------TC----------TGTGAAATTAGG--A--------CTCCATGGA--ATta
gi|7 : tgaaaaaggattttcttacaacattgtattcttttagTACGT-TATTACGTG--TGGTGCTTAAT---TCC--GCTA-----T------G--TCACAT-TTAATCTGT-GGAA--TTGCA---TACCAGCGGGGGA--AAAAAGG-A-TGTA---AGCTAAT---ATGT-----------TGCT--C-T--GTGTGGAATTTAA--TACCTATGGAC-CAA-A--CC---A-AA---AA-TGAT---------AA--------TCCACAAAATTTT----------G--A--------GTCCATGGA--ATtaaatgtggccatctat
gi|8 : taaatgACATACAT-TTTTATATG--TGGTACTTATT---TCC--ATGA---AGTTC-GCAG--TCATAT-GAAATCTGT-GCAA--TTTCA---TACCGGCGAATTT--GATA--T-A-TGCA---AGTTAATTTCAAGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CAATGGAATTGTG--TACCTGTGGA--C-A---------A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--A--------CTTTGTGGA--ATGAtaaaaaa
gi|9 : CATACATCTTTTATAT---TGTTACTTATT---TCC--ATGA---AGTTC-GCAG--TCATATGAAAATCTGT-C-AA--TTTCA---TACCGGCGAATTT---ATA--TAA-TGCA---AGTTACTTTCAAGT---AAG-CACATGCA-ACTT--CAATGGAATTGTG--TACCTGTGGA--C-A---------A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--A--------CTTTGTGGA--ATGAcag
Alignments
lowQualScore : 1 111 111 3333 1111111111 11111111111 555555555555555555555555555555555555555555 11111111
lowQualScore : 0 333 666 55 1 000 444 0 44 5 0000 33 555 4444444444 2 444 2 444 1 1 2 5 33 3 33 22 88888888888 2 444 33 777777777777777777777777777777777777777777 33 11111111 44
lowQualScore : . ... ... .. . ... ... . .. . .... .. ... .......... . ... . ... . . . . .. . .. .. ........... . ... .. .......................................... .. ........ ..
lowQualScore : 0 444 444 00 0 444 444 1 22 3 0000 99 000 3333333333 7 777 7 444 1 4 5 0 44 7 22 99 55555555555 5 444 44 111111111111111111111111111111111111111111 99 22222222 22
consensus : ACATACAT-TTTTACATG--CGGTACTTATT---TCC--ACNA---AGTCC-GCGG--TCACAT-AAAATCTGC-G-AA--TTTCA---TACCAGCGGACTT--AANA--T-A-TGTA---AGCTAATTTCATGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CGGCGGAATTTCG--TACCCGTGGAC-C-A-A--CC---A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--A--------CTCCGTGGA--ATGA
Reference ( family-822 ) : ACATACAT-TTTTACATG--CGGTACTTATT---TCC--ACNA---AGTCC-GCGG--TCACAT-AAAATCTGC-G-AA--TTTCA---TACCAGCGGACTT--AANA--T-A-TGTA---AGCTAATTTCATGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CGGCGGAATTTCG--TACCCGTGGAC-C-A-A--CC---A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--A--------CTCCGTGGA--ATGA
gi|1 : TGCAA-TTTTACGGA--CAGTATTTATT---TCT--GCTATAAAGCCT-GCAG--TCATAT-AAACTCTGC-CTAA--TCAAA---TACCAGTGGACTT--TAAG--T-A-TGTG---AGCCAATTTCATTT---AAGCCACACGCA-AC-T--CGGCAGAATTTTA--TATCCACAGAT-A-A-A--ACAAAA-AA---ACACGAT---------AA--------TCCA--------C----------G--AAACTACGCCTCCATGGATTATGA
gi|10 : gtaaatg-AAAATTTT----AA--TTTCA---AACCAGCAGACTTGGAATT--T-A-TGTATTAAGATA----CATGT---A-----TATGCA-AC-T--CAATAGAATTTCA--TACCCATGGAC-C-A-AC-CC---A-AA---AA-TGAT---------A----------C----------C----------GGTA--------ATCCGTGAA--cttaaatgt
gi|11 : ttgtttattcaataactta--TCAAGT-AAAATCCGC-GTAA--TTTCA---TACCAAGGGACTT--AAAA--T-A-TGGA---AGCTGTTTTAATGC---ACGCCATTAGCA-TC-T--CGGCGGGATGTCA--TACCCGTGGAC-G-A-A--AA---AGAA---AC-TGGT---------AA--------TC----------C----------G--atagggctccattgacttataaatatatctac
gi|12 : gtat-AAAATTTGC-A-GACTTTTCA----ACTAGCAGA------ACA--T-AATGTT---CGGTAATATCGTGC---AAGTCACATGCA-AT-T--CAGTGGAATTTCGAAAACCCGTGGAC-C-A-AACCC---A-AA---AA-TGAT---------Attgaatttaagtgtgtgaaataaaatacgtctacagt
gi|13 : caaatgTATT---TCTCTATAA---AGGCT-GCAG--TCATAT-AAACTCTGC-CTAA--AGTCAAAATACCAGTGGACTT--AAG---T-A-TGTG---AGCCAATTTCATATTTAAGGCCACACGCACAC-T--CGCCAGA--TTTA--TATCCATtcagtcaaaatgatgactctctgaattgtaca
gi|14 : --AAAG--T-A-TGCA---AGCTGTTTTCATGT---A-GCCATATACA-AC-T--CTGCG-AATTTCA--CACCCATGGACGA-A-A--CC---A-AA---GA-TAAT---------AA--------T
gi|15 : --T-A-TATA---ACTCATTTTCACAA---AAGCCTTAAGGA-AC-C--ATGCAAATTCTTG--TACCCACGGAC-T-A-AA-CC---A-AA---AA-TGATTTTCTGTGAAA--------TCA---------T----------G--A--------CTTCGTGGA--tcacgaaattatgagtctgtgaaattatatatgtc
gi|15 : tTATTTATT---TCC--ACGA---AGT-C-ATGATTTCACAG-AAAATCataaatatgtc
gi|16 : ttatataactcattttcacaaaagccttaaggaaccatgcaaattcttgtacccacggactaaaccaaaaatTCATGT---AAGCCATATGCA-AT-T--CAGCAGAATTTCA--TACCCGAGGAC-CAA-A--CC---A-AA---AC-TGGT---------AA--------TC----------TGCAAAATTAAG--A--------CTGTGTGGA--ATtgtc
gi|17 : ACATACTA-TTCTACACA--CGATACTTATT---TCC--CCTATT-AGTCC-ACAT--TCACAT-AAAATCAACAG-AA--CTGCG---TACCAGTGGACtaaa
gi|18 : taaaAATTTCA--TACCTGCAGAC-C-AGA--CT---A-AA---AG-TCAA---------AA--------TTA---------T----------G--A--------CTCCATGAA--AT
gi|2 : TTATTACATCC--ACTA---AGTCC-ATGA--TCAAAT-GAAATTTGCAG-AC--TTTCA---TACTAGCAGACAT--AATT--C-G-TATC---GGCTAATATCGTGC---AAGTCACATGCA-AT-T--CAGTGGAATTTCG--AACCCGTGGAC-C-A-AACCC---A-AA---AA-TGAT---------AA--------TCAGTCAACTGAT----------G--A--------CTCTCTGGA--ATcaaatatatcta
gi|3 : atctgcacaatataccacagatatactttACCTACTT-TTTTACATG--TGGTACTTATT---TCC--CCTT---AGTCT-GGGG--TCACGT-AAAATCTGCAG-AA--TTTCA---GACCAGTGGACTT--ACAG--T-A-TGGA---AGCT-ATTTGATGT---AAGCCATATGCA-AT-T--CGGCAGAATTTCA--TTCTTGTAGAC-CAA-A--CC---T-AA---AC-AGAC---------AAACAGAAATTA----------T----------G--A--------CTCCATGGA--AT
gi|4 : aCATACATCTTTTATAT---TGTTACTTATT---TCC--ATGA---AGTTC-GCAG--TCATATGAAAATCTGT-C-AA--TTTCA---TACCGGCGAATTT---ATA--TAA-TGCA---AGTTACTTTCAAGT---AAG-CACATGCA-ACTT--CAATGGAATTGTG--TACCTGTGGA--C-A---------A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--A--------CTTTGTGGA--ATGAtaaagtac
gi|5 : atctaggtactctacACACAT-TTTTATTTGATCAGTAGTTATT---TCT--ACCA---AGTCTTGTGG--TCACAT-AAAATCCAC-----------A---TACCAGTGAACCT--AGAG--T-A-TGTA---TGCTAATTTTATGT---TAGCCATATATA-CC-T--CAGAGGAATTATG--TATCCATGGAC-CAA-A--CT---A-AATATGC-TGATGCATGA---AA--------TTA---------T----------A--A--------CTCCGTGAA--AT
gi|6 : a---AGTCT-GTGG--TCACAG-AAAACCTG--------------------------CTT--A---------TGTA---AGCTAATTCCATGC---AAGCCATATGC---T-TAGCAACGGAATTCCA--TATCCACAAAC-TAA-A--CC---A-AA---AC-TGAT---------AC--------TC----------TGTGAAATTAGG--A--------CTCCATGGA--ATta
gi|7 : tgaaaaaggattttcttacaacattgtattcttttagTACGT-TATTACGTG--TGGTGCTTAAT---TCC--GCTA-----T------G--TCACAT-TTAATCTGT-GGAA--TTGCA---TACCAGCGGGGGA--AAAAAGG-A-TGTA---AGCTAAT---ATGT-----------TGCT--C-T--GTGTGGAATTTAA--TACCTATGGAC-CAA-A--CC---A-AA---AA-TGAT---------AA--------TCCACAAAATTTT----------G--A--------GTCCATGGA--ATtaaatgtggccatctat
gi|8 : taaatgACATACAT-TTTTATATG--TGGTACTTATT---TCC--ATGA---AGTTC-GCAG--TCATAT-GAAATCTGT-GCAA--TTTCA---TACCGGCGAATTT--GATA--T-A-TGCA---AGTTAATTTCAAGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CAATGGAATTGTG--TACCTGTGGA--C-A---------A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--A--------CTTTGTGGA--ATGAtaaaaaa
gi|9 : CATACATCTTTTATAT---TGTTACTTATT---TCC--ATGA---AGTTC-GCAG--TCATATGAAAATCTGT-C-AA--TTTCA---TACCGGCGAATTT---ATA--TAA-TGCA---AGTTACTTTCAAGT---AAG-CACATGCA-ACTT--CAATGGAATTGTG--TACCTGTGGA--C-A---------A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--A--------CTTTGTGGA--ATGAcag
blockSeqs : C GAT ACA CT A TT CTT TT G CGT CT AAA GGAATTT A TTA T TTA C C C T AG A AA CG AAACCC G TAT A TTTCTGTGAAATCAT GT . .
blockSeqs : C A . . G . CT . G CCT . . AAAAAGG . . A . A T . T . G . C AAACCC . . C AATCTGCAAAATTAA . . .
blockSeqs : . G . . T . CC . . CAG . . AAAAT . . A . G C . . . A . C AACCC . . A AATCAGTCAACTGAT . . .
blockSeqs : . G . . T . CC . . CAG . . AAAGT . . T . A C . . . G . C AAACC . . A ACTCTGTGAAATTAG . . .
blockSeqs : . G . . T . CT . . CAG . . AATTC . . T . A C . . . T . C AAACC . . A AATCCACAAAATTTT . . .
blockSeqs : . . . . G . TC . . TGG . . ACAGT . . A . A C . . . T . C AGACT . . C AAACAGAAATTAT . . .
blockSeqs : . . . . C . CT . . TGC . . ATATA . . A . A T . . . A . C AAACC . . G GCATGAAATTAT . . .
blockSeqs : . . T . TC . . CA . . AGAGT . . C . A C . . . A . C AAACT . . A AATTAT . . .
blockSeqs : . . G . TC . . TC . . GATAT . . A . A C . . . G . C AAACC . . C AATCC . . .
blockSeqs : . . G . C . . TC . . ATATA . . A . A C . . . A . C AAACC . . C AATCT . . .
blockSeqs : . . . . C . . ACAT . . A . A C . . . A . C AAAA . . C AATCT . . .
blockSeqs : . . . . . AAGT . . A . A . . . . A . C AACC . . C AATCT . . .
blockSeqs : . . . . A . . C . . . . . . T . . A . . A ACC .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . A . . C
blockSeqs : . . . . . . A . . A . . C
blockSeqs : .
blockSeqCons : *** AAACC****** C* AATCCGAAATTAT***************************** ******** **
originalCons : ACATACAT-TTTTACATG--CGGTACTTATT---TCC--ACNA---AGTCC-GCGG--TCACAT-AAAATCTGC-G-AA--TTTCA---TACCAGCGGACTT--AANA--T-A-TGTA---AGCTAATTTCATGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CGGCGGAATTTCG--TACCCGTGGAC-C-A-A--CC---A-AA---AC-TGAT---------AA--------TC----------T----------G--A--------CTCCGTGGA--ATGA
finalCons : ACATACAT-TTTTACATG--CGGTACTTATT---TCC--ACNA---AGTCC-GCGG--TCACAT-AAAATCTGC-G-AA--TTTCA---TACCAGCGGACTT--AANA--T-A-TGTA---AGCTAATTTCATGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CGGCGGAATTTCG--TACCCGTGGAC-CAAACC------A-AA---AC-TGATAATCCGAAATTAT-----------------------------G--A--------CTCCGTGGA--ATGA
Alignments
lowQualScore : 1 111 111 3333 1111111111 444444444
lowQualScore : 0 333 666 55 1 000 444 0 44 5 0000 33 555 4444444444 2 444 5 444 1 1 2 5 33 3 33 0 1 5 33 444 33 777777 2 000000000 0 33
lowQualScore : . ... ... .. . ... ... . .. . .... .. ... .......... . ... . ... . . . . .. . .. . . . .. ... .. ...... . ......... . ..
lowQualScore : 0 444 444 00 0 444 444 1 22 3 0000 99 000 3333333333 7 777 9 444 1 4 5 0 44 7 22 4 1 0 44 444 44 222222 5 111111111 2 44
consensus : ACATACAT-TTTTACATG--CGGTACTTATT---TCC--ACNA---AGTCC-GCGG--TCACAT-AAAATCTGC-G-AA--TTTCA---TACCAGCGGACTT--AANA--T-A-TGTA---AGCTAATTTCATGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CGGCGGAATTTCG--TACCCGTGGACCAAA-C--CAAA---AC-TGA------TA-ATC---C--G--AAATTATGACTCCGTGGA--ATGA
Reference ( family-822 ) : ACATACAT-TTTTACATG--CGGTACTTATT---TCC--ACNA---AGTCC-GCGG--TCACAT-AAAATCTGC-G-AA--TTTCA---TACCAGCGGACTT--AANA--T-A-TGTA---AGCTAATTTCATGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CGGCGGAATTTCG--TACCCGTGGACCAAA-C--CAAA---AC-TGA------TA-ATC---C--G--AAATTATGACTCCGTGGA--ATGA
gi|1 : TGCAA-TTTTACGGA--CAGTATTTATT---TCT--GCTATAAAGCCT-GCAG--TCATAT-AAACTCTGC-CTAA--TCAAA---TACCAGTGGACTT--TAAG--T-A-TGTG---AGCCAATTTCATTT---AAGCCACACGCA-AC-T--CGGCAGAATTTTA--TATCCACAGATAAAA-CAAAAAA---ACACGA------TA-ATCCA-C--G--AAACTACGCCTCCATGGATTATGA
gi|10 : gtaaatg-AAAATTTT----AA--TTTCA---AACCAGCAGACTTGGAATT--T-A-TGTATTAAGATA----CATGT---A-----TATGCA-AC-T--CAATAGAATTTCA--TACCCATGGACCAAC-C--CAAA---AA-TGATACCGGTA-ATC---CGTG--AAAATAGGGCTCCATTGA--cttaaatgt
gi|11 : ttgtttattcaataactta--TCAAGT-AAAATCCGC-GTAA--TTTCA---TACCAAGGGACTT--AAAA--T-A-TGGA---AGCTGTTTTAATGC---ACGCCATTAGCA-TC-T--CGGCGGGATGTCA--TACCCGTGGACGAAA-A--AGAA---AC-TGG------TA-ATC---C--GTTGAATT-TAAGTGTGTGAA--ATAActtataaatatatctac
gi|12 : gtat-AAAATTTGC-A-GACTTTTCA----ACTAGCAGA------ACA--T-AATGTT---CGGTAATATCGTGC---AAGTCACATGCA-AT-T--CAGTGGAATTTCGAAAACCCGTGGACCAAACC--CAAA---AA-TGA------T--ATCAGTC--A--AAATGATGACTCTCTGAA--TTGaatacgtctacagt
gi|13 : caaatgTATT---TCTCTATAA---AGGCT-GCAG--TCATAT-AAACTCTGC-CTAA--AGTCAAAATACCAGTGGACTT--AAG---T-A-TGTG---AGCCAATTTCATATTTAAGGCCACACGCACAC-T--CGCCAGA--TTTA--TATCCATtaca
gi|14 : --AAAG--T-A-TGCA---AGCTGTTTTCATGT---A-GCCATATACA-AC-T--CTGCG-AATTTCA--CACCCATGGACGAAA-C--CAAA---GA-TAA------TA-ATTCA-C--G--AAATTATGAGTCTGTGAA--AT
gi|15 : --T-A-TATA---ACTCATTTTCACAA---AAGCCTTAAGGA-AC-C--ATGCAAATTCTTG--TACCCACGGACTAAA-C--CAAA---AA-TGA------TT-TTCTG-T--G--AAATCATGACTTCGTGGA--tatatatgtc
gi|15 : tTATTTATT---TCC--ACGA---AGT-C-ATGATTTCACAG-AAAATCataaatatgtc
gi|16 : ttatataactcattttcacaaaagccttaaggaaccatgcaaattcttgtacccacggactaaaccaaaaatTCATGT---AAGCCATATGCA-AT-T--CAGCAGAATTTCA--TACCCGAGGACCAAA-C--CAAA---AC-TGG------TA-ATCTG-C--A--AAATTAAGACTGTGTGGA--ATtgtc
gi|17 : ACATACTA-TTCTACACA--CGATACTTATT---TCC--CCTATT-AGTCC-ACAT--TCACAT-AAAATCAACAG-AA--CTGCG---TACCAGTGGACtaaa
gi|18 : taaaAATTTCA--TACCTGCAGACCAGA-C--TAAA---AG-T-----------------C--A--AAATTATGACTCCATGAA--AT
gi|2 : TTATTACATCC--ACTA---AGTCC-ATGA--TCAAAT-GAAATTTGCAG-AC--TTTCA---TACTAGCAGACAT--AATT--C-G-TATC---GGCTAATATCGTGC---AAGTCACATGCA-AT-T--CAGTGGAATTTCG--AACCCGTGGACCAAACC--CAAA---AA-TGA------TA-ATC---A--GTCAACTGATGACTCTCTGGA--ATcaaatatatcta
gi|3 : atctgcacaatataccacagatatactttACCTACTT-TTTTACATG--TGGTACTTATT---TCC--CCTT---AGTCT-GGGG--TCACGT-AAAATCTGCAG-AA--TTTCA---GACCAGTGGACTT--ACAG--T-A-TGGA---AGCTA-TTTGATGT---AAGCCATATGCA-AT-T--CGGCAGAATTTCA--TTCTTGTAGACCAAA-C--CTAA---AC-AGA------CA-AAC---A--G--AAATTATGACTCCATGGA--AT
gi|4 : aCATACATCTTTTATAT---TGTTACTTATT---TCC--ATGA---AGTTC-GCAG--TCATATGAAAATCTGT-C-AA--TTTCA---TACCGGCGAATTT---ATA--TAA-TGCA---AGTTACTTTCAAGT---AAG-CACATGCA-ACTT--CAATGGAATTGTG--TACCTGTGGA-CA-------AAA---AC-TGA------TA-ATC---------------TGACTTTGTGGA--ATGAtaaagtac
gi|5 : atctaggtactctacACACAT-TTTTATTTGATCAGTAGTTATT---TCT--ACCA---AGTCTTGTGG--TCACAT-AAAATCCAC-----------A---TACCAGTGAACCT--AGAG--T-A-TGTA---TGCTAATTTTATGT---TAGCCATATATA-CC-T--CAGAGGAATTATG--TATCCATGGACCAAA-C--TAAATATGC-TGA------TGCAT-------G--AAATTATAACTCCGTGAA--AT
gi|6 : a---AGTCT-GTGG--TCACAG-AAAACCTG--------------------------CTT--A---------TGTA---AGCTAATTCCATGC---AAGCCATATGC---T-TAGCAACGGAATTCCA--TATCCACAAACTAAA-C--CAAA---AC-TGA------TA-CTCTG-T--G--AAATTAGGACTCCATGGA--ATta
gi|7 : tgaaaaaggattttcttacaacattgtattcttttagTACGT-TATTACGTG--TGGTGCTTAAT---TCC--GCTA-----T------G--TCACAT-TTAATCTGT-GGAA--TTGCA---TACCAGCGGGGGA--AAAAAGG-A-TGTA---AGCTAAT---ATGT-----------TGCT--C-T--GTGTGGAATTTAA--TACCTATGGACCAAA-C--CAAA---AA-TGA------TA-ATCCA-C--A--AAATTTTGAGTCCATGGA--ATtaaatgtggccatctat
gi|8 : taaatgACATACAT-TTTTATATG--TGGTACTTATT---TCC--ATGA---AGTTC-GCAG--TCATAT-GAAATCTGT-GCAA--TTTCA---TACCGGCGAATTT--GATA--T-A-TGCA---AGTTAATTTCAAGT---AAGCCACATGCA-AC-T--CAATGGAATTGTG--TACCTGTGGA-CA-------AAA---AC-TGA------TA-ATC---------------TGACTTTGTGGA--ATGAtaaaaaa
gi|9 : CATACATCTTTTATAT---TGTTACTTATT---TCC--ATGA---AGTTC-GCAG--TCATATGAAAATCTGT-C-AA--TTTCA---TACCGGCGAATTT---ATA--TAA-TGCA---AGTTACTTTCAAGT---AAG-CACATGCA-ACTT--CAATGGAATTGTG--TACCTGTGGA-CA-------AAA---AC-TGA------TA-ATC---------------TGACTTTGTGGA--ATGAcag