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lowQualScore                  :             .        . .  . .......   . .    .  . ......   .... ..  ....  . ..     .  .  .         
lowQualScore                  :             4        6 6  3 8888888   2 2    2  5 555555   6666 77  6666  2 88     2  3  3         
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Reference ( gi|9 )            :          CCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGGTA
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gi|25                         :          CCG-GAGATTGT-A-AA-T-------TAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AA
gi|16                         :        gtCCG-GAGACTGT-ATAA-A-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACG
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gi|7                          :        gtCCG-CAGATTGT-A-AAAT-------CAC-T-TCAA-CTTA-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTTC-AAGGG-AAGACG
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gi|29                         :         tCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA-----------------------C-AA-GG-AAGACG
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gi|18                         :        atCCG-GAGATTGT---TA-T-------CAC-T-TCAA-CTAA-G----GTA----T--AC----CG-TC-CTCCC-AA-GG-AA-ACGc
gi|19                         :         cCCG-GAGATTGT-A-GA-T-------CAC---TCAA-CT---T----G-A-------AC----CG-T--CTTCCAAA-GG-AAGAC
gi|31                         :       agtCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-CTAA-CT-A-T----GTA----T--GT----CG-T--CTcg
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gi|2                          :        gtCCG-AAGACTGTGA-AA-TACACTTGTAC-T-TCAG-CT-A-T----GAA----C--AC----CG-C--CTTCC-AA-GG-ATGAGGGTAg
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gi|21                         :        gtCCG-AAGACTGT-A-AA-A-------TAT-T-TCG------------GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-GA-GG-AAGA
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gi|23                         :        agtCG-GAGATTGT-A-AA-TT------CAC-T-TCAA-CT-A-T----G------T--AC----CGAT--CTTCC-AA-GG-AAGA
gi|26                         :           CG-GAGATTGT-A-AA-TA------CAC-T-TAGA-CT-ACT----GTA-------AC----C-----------AA-GG-AAGACGGTtt
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gi|33                         :              ctaaaTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTa
gi|34                         :                        ggaca-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-TT-GG-AAGA
gi|32                         :                                                           A----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGGTAt
gi|32                         :                                                            ----T--AC----CG-T--CTTCC-TT-GG-AAGACGGTAatcaccacgtgtt
gi|11                         :                                                                   aC----CG-T--CTTCC-TT-GG-AAGACGGTAatcaccacgtgtt
gi|10                         :                                    gtccggagattgtaaatcatttcaactatgtaC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGGTGGCA
gi|34                         :                                           gtccggagattgtaaattacttcaactatgta-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGGTA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGGAAGTGCTTAGTCCGGAGATTGTAAATATCAAGGACAAGGAAGACGGTAATA
Unaligned ( gi|15 ): GGAAGTGCTGAGTCCGGAGATTGTATAATATTCAAAGGAAGAGGGTAATACTAT






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lowQualScore                  :               .        . .  . .......   . .    .  . ......   .... ..  ....  . ..     .  .  .         
lowQualScore                  :               4        5 5  2 6666666   2 2    2  4 111111   6666 77  7777  3 11     4  4  4         
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Reference ( family-819 )      :            CCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGGTA
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gi|11                         :          gtCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAT-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGG
gi|12                         :          gtCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC---TCAA-CT-A-G----GCT----T--AC----CG-T---TACA-AA-GGAAAAACGG
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gi|17                         :           tCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGAC
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gi|22                         :          gtCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTT-C-AA-GG-AAGACGatgc
gi|23                         :             CG-GAGATTGT-A-AA-TT------CAC-T-TCAA-CT-A-T----G------T--AC----CGAT--CTTCC-AA-GG-AAGA
gi|24                         :                 AGATTGT-A-AA-T-------TAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--A------------TTCC-AA-GG-AAGACGGtt
gi|25                         :      gtctaaCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------TAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AA
gi|26                         :           gtCG-GAGATTGT-A-AA-TA------CAC-T-TAGA-CT-ACT----GTA-------AC----C-----------AA-GG-AAGACGGT
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gi|28                         :       ctaaaCCG-AAGACTGC-G-AA---------AAC-T-TCAA-CT-A-T----GCA----T--A-----CG-T--CTCCC-AA-AA-AAa
gi|29                         :           tCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA-----------------------C-AA-GG-AAGACG
gi|3                          :          gtCCG-GATACTGC-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A--------A---------------------TTC-AA-GC-AAGACGGTA
gi|30                         :          gtCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------TAC-T-TCAA-CT-A-T----Gtccaaacgaaatacat
gi|31                         :          atCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-CTAA-CT-A-T----GTA----T--GT----CG-T--CTgtaatcaaagaa
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gi|33                         :                     TGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTatcaccacgtgtt
gi|34                         :                          ggaca-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-TT-GG-AAGA
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gi|6                          :          gtCCG-AAGATTGTAA-AA-T-------CA--T-TCAG-CT-ATT----GTA----T--A-----CG-T--CTTCC-
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gi|8                          :           tCCG-AAGACTGT-A-AA-A-------TAC-A-TCAG-TT-A-T----GTA----T--AC----CG-A--CTTCC-AG-GG-AAGATGGt
gi|9                          :          atCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGGTAc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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lowQualScore                  :               .        . .  . .......   . .    .  . ......   .... ..  ....  . ..     .  .  .         
lowQualScore                  :               4        5 5  2 6666666   2 2    2  4 111111   6666 77  7777  3 11     4  4  4         
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Reference ( family-819 )      :            CCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGGTA
gi|1                          :              G-AAGATTGT-ATAA-T--------AC-T-TCAA-TT-A-TACATGTACATGT--ACATAACG-T--ATTCC-AA-GG-AAGACGGT
gi|10                         :            CCG-GAGATTGT-A-AA-T-------TAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--GC----CA-C--CTTCC-TT-GG-AAGACGGgataaccga
gi|11                         :          gtCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAT-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGG
gi|12                         :          gtCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC---TCAA-CT-A-G----GCT----T--AC----CG-T---TACA-AA-GGAAAAACGG
gi|13                         :          gtCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TTAA-CT-A-------TC----C--AC----GG-TAACAACC-AA-GG-TAGACGGg
gi|16                         :          gtCCG-GAGACTGT-ATAA-A-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACG
gi|17                         :           tCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGAC
gi|18                         :          gtCCG-GAGATTGT---TA-T-------CAC-T-TCAA-CTAA-G----GTA----T--AC----CG-TC-CTCCC-AA-GG-AA-ACG
gi|19                         :           cCCG-GAGATTGT-A-GA-T-------CAC---TCAA-CT---T----G-A-------AC----CG-T--CTTCCAAA-GG-AAGAC
gi|2                          :         agtCCG-AAGACTGTGA-AA-TACACTTGTAC-T-TCAG-CT-A-T----GAA----C--AC----CG-C--CTTCC-AA-GG-ATGAGGGTAcg
gi|20                         :           tCCG-GACATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-C----ATA----T--GT----CG-T--C-TCC-AA-GG-AAGACG
gi|21                         :           tCCG-AAGACTGT-A-AA-A-------TAT-T-TCG------------GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-GA-GG-AAGA
gi|22                         :          gtCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTT-C-AA-GG-AAGACGatgc
gi|23                         :             CG-GAGATTGT-A-AA-TT------CAC-T-TCAA-CT-A-T----G------T--AC----CGAT--CTTCC-AA-GG-AAGA
gi|24                         :                 AGATTGT-A-AA-T-------TAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--A------------TTCC-AA-GG-AAGACGGtt
gi|25                         :      gtctaaCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------TAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AA
gi|26                         :           gtCG-GAGATTGT-A-AA-TA------CAC-T-TAGA-CT-ACT----GTA-------AC----C-----------AA-GG-AAGACGGT
gi|27                         :               gtAGATTGT-A-AA-T--------AC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T---------------TTCC-A---G-GAGACGGTA
gi|28                         :       ctaaaCCG-AAGACTGC-G-AA---------AAC-T-TCAA-CT-A-T----GCA----T--A-----CG-T--CTCCC-AA-AA-AAa
gi|29                         :           tCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA-----------------------C-AA-GG-AAGACG
gi|3                          :          gtCCG-GATACTGC-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A--------A---------------------TTC-AA-GC-AAGACGGTA
gi|30                         :          gtCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------TAC-T-TCAA-CT-A-T----Gtccaaacgaaatacat
gi|31                         :          atCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-CTAA-CT-A-T----GTA----T--GT----CG-T--CTgtaatcaaagaa
gi|32                         :                                                           gtA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGGTA
gi|33                         :                     TGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTatcaccacgtgtt
gi|34                         :                          ggaca-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-TT-GG-AAGA
gi|35                         :              G-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----C--At
gi|36                         :       gtccgCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CACATATTAA--T-A-T----GTA----T--
gi|4                          :          agtCG-GAA--TGT-A-AT-T-------C---T-TCAAGCT-A------GTA----T--AC----CG-C----TCC-AA-AG-AAGACG
gi|5                          : nnnnnnntagtCCGCGAGATTGT-A-AA-TT------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----TGAAC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGtaataa
gi|6                          :          gtCCG-AAGATTGTAA-AA-T-------CA--T-TCAG-CT-ATT----GTA----T--A-----CG-T--CTTCC-
gi|7                          :          gtCCG-CAGATTGT-A-AAAT-------CAC-T-TCAA-CTTA-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTTC-AAGGG-AAGACGttgagaacgactgg
gi|8                          :           tCCG-AAGACTGT-A-AA-A-------TAC-A-TCAG-TT-A-T----GTA----T--AC----CG-A--CTTCC-AG-GG-AAGATGGt
gi|9                          :          atCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGGTAc


blockSeqs                     :               C        G T  A ACACTTG   A A    G  A CT       .    GA  .     A AA     A  G  A
blockSeqs                     :               .        A .  . T         . .    .  T TT       .    .   .     . C      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . A         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . T         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . G        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . G        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . C        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
blockSeqs                     :               .        . .  . .         . .    .  . T        .    .   .     . .      .  .  .
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blockSeqs                     :                        . .  . .         . .    .  . .        .    .                         
blockSeqs                     :                               .         . .    .  . .        .    .                         


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originalCons                  :            CCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGGTA
finalCons                     :            CCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-AT-----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGGAAGTGCTTAGTCCGGAGATTGTAAATATCAAGGACAAGGAAGACGGTAATA
Unaligned ( gi|15 ): GGAAGTGCTGAGTCCGGAGATTGTATAATATTCAAAGGAAGAGGGTAATACTAT






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consensus                     :            CCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGGTA
Reference ( family-819 )      :            CCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGGTA
gi|1                          :              G-AAGATTGT-ATAA-T--------AC-T-TCAA-TT-A-TACATGTACATGT--ACATAACG-T--ATTCC-AA-GG-AAGACGGT
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gi|23                         :             CG-GAGATTGT-A-AA-TT------CAC-T-TCAA-CT-A-T----G------T--AC----CGAT--CTTCC-AA-GG-AAGA
gi|24                         :                 AGATTGT-A-AA-T-------TAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--A------------TTCC-AA-GG-AAGACGGtt
gi|25                         :      gtctaaCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------TAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AA
gi|26                         :           gtCG-GAGATTGT-A-AA-TA------CAC-T-TAGA-CT-ACT----GTA-------AC----C-----------AA-GG-AAGACGGT
gi|27                         :               gtAGATTGT-A-AA-T--------AC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T---------------TTCC-A---G-GAGACGGTA
gi|28                         :       ctaaaCCG-AAGACTGC-G-AA---------AAC-T-TCAA-CT-A-T----GCA----T--A-----CG-T--CTCCC-AA-AA-AAa
gi|29                         :           tCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA-----------------------C-AA-GG-AAGACG
gi|3                          :          gtCCG-GATACTGC-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A--------A---------------------TTC-AA-GC-AAGACGGTA
gi|30                         :          gtCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------TAC-T-TCAA-CT-A-T----Gtccaaacgaaatacat
gi|31                         :          atCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-CTAA-CT-A-T----GTA----T--GT----CG-T--CTgtaatcaaagaa
gi|32                         :                                                           gtA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGGTA
gi|33                         :                     TGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTatcaccacgtgtt
gi|34                         :                          ggaca-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-TT-GG-AAGA
gi|35                         :              G-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----C--At
gi|36                         :       gtccgCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CACATATTAA--T-A-T----GTA----T--
gi|4                          :          agtCG-GAA--TGT-A-AT-T-------C---T-TCAAGCT-A------GTA----T--AC----CG-C----TCC-AA-AG-AAGACG
gi|5                          : nnnnnnntagtCCGCGAGATTGT-A-AA-TT------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----TGAAC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGtaataa
gi|6                          :          gtCCG-AAGATTGTAA-AA-T-------CA--T-TCAG-CT-ATT----GTA----T--A-----CG-T--CTTCC-
gi|7                          :          gtCCG-CAGATTGT-A-AAAT-------CAC-T-TCAA-CTTA-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTTC-AAGGG-AAGACGttgagaacgactgg
gi|8                          :           tCCG-AAGACTGT-A-AA-A-------TAC-A-TCAG-TT-A-T----GTA----T--AC----CG-A--CTTCC-AG-GG-AAGATGGt
gi|9                          :          atCCG-GAGATTGT-A-AA-T-------CAC-T-TCAA-CT-A-T----GTA----T--AC----CG-T--CTTCC-AA-GG-AAGACGGTAc
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Unaligned ( gi|14 ): AGGAAGTGCTTAGTCCGGAGATTGTAAATATCAAGGACAAGGAAGACGGTAATA
Unaligned ( gi|15 ): GGAAGTGCTGAGTCCGGAGATTGTATAATATTCAAAGGAAGAGGGTAATACTAT