lowQualScore                  :                                                     2222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
lowQualScore                  :                              4  1   1     55        2222222222222222222                                                            222222222222           11      1         444444444444444444444444444444444   111111111                        111        6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                               999999999999999999999999999999999999999999               111111111                     333333333333333333333333333333333333333333333333333333                                              4444444444444                                           222            
lowQualScore                  :                              0  5   5 6   55 6      3333333333333333333        55    4   1  888888       2   2  99999999  33   444 555555555555   555555  44 2  2 1  2      444444444444444444444444444444444   555555555  1 1 4444          1   222  7 1   3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333  22 3333    8 1      1   555  777777777777777777777777777777777777777777     22 333 1  333333333  555   666666 2   0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111  666666  666666 2 2 7777777   55555   2      2222222222222  88888     444 33   7777 2 7777 7777 44   111       6    
lowQualScore                  :                              .  .   . .   .. .      ...................        ..    .   .  ......       .   .  ........  ..   ... ............   ......  .. .  . .  .      .................................   .........  . . ....          .   ...  . .   ..................................................................................  .. ....    . .      .   ...  ..........................................     .. ... .  .........  ...   ...... .   . ......................................................  ......  ...... . . .......   .....   .      .............  .....     ... ..   .... . .... .... ..   ...       .    
lowQualScore                  :                              0  0   0 0   00 0      0000000000000000000        22    3   9  888888       5   4  22222222  22   111 222222222222   111111  99 2  1 6  1      333333333333333333333333333333333   222222222  9 0 0000          8   444  3 8   3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333  44 7777    0 7      7   999  777777777777777777777777777777777777777777     00 222 8  111111111  888   888888 2   2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777  444444  444444 2 2 2222222   66666   4      5555555555555  88888     000 99   7777 9 2222 1111 66   555       7    
consensus                     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTTCA-ATCAATGTATGATTATTGCATTACCCAGTGTTTGCATTGTGAATATTTA-CATTTCCAACTG------TTTTCTC-TGT-GATAACCC--TT--TGA---A----G------CTCC-A----ATG-T-GT-TNAT-TTCCCC--A----T---A-AC---T-----------T--ACA---A-----CT-GGA----TGTAAATTTC-TCA--NTT-C-ATG---C-----A--A--A-ATGA--A--AG--G--TC----N---G-------TGGG---C--G-G-G--A-C-----TA----TG--G----AAATTA-ACATGG-AATGC-CA--------TGTG-A-TGT--AT-TT-----TCTATTAG----GCAGT-AT---T-TT--TG--AT-AT---GTC-----GA-TTTTAT----A--TTTTCATTT-TT--------AT-TT------C-------A------AA------TA------T-A-A-------GGA-----ATC-ACTGTCT-----A---N--TT-----GTTGG--GT--ATG-T-GA-GNTG-A----T--TAACTACAATGGAAAACA
Reference ( gi|2 )            : AATTTCTAATCACCAGAATTTTATTTTCACATAAATTTGTGAG-ACTGCATT-----------GAAATAAAAATATTTA-CATTTTCAATTG------TTTTCTC-TGT-GATGACCT--TT--TGA---A----A------ATCC-A----ATT-T-GT-TCAT-TTTCCC--A----T---A-AC---T-----------T--ACA---A-----CT-GGA----TGTAAATTTC-TCA--TTT-C-ATG---A-----A--G--A-ATGA--A--AA--G--TC----T---G-------TGGG---T--G-G-G--T-C-----TT----TG--G----AAATCA-ACATGG-AATGT-CA--------TTTGGACTGT--AT-TT-----TCTATTGA----GCAGT-AT---T-TT--TG--AC-AT---GTC-----AA-TTTTAA----A--TTTTCATTT-TT--------AT-TT------T-------A------AA------TA------T-A-A-------GGA-----ATC-ACTGTCTC----A---A--TT-----GTTGG--GT--ATG-T-AA-GATA-A----T--TAATCCCAATGGACAACAAT
gi|12                         :                      TATTTTCA-ATCAATGTATGATTATTGCATTACCCAGTGTTTGCATTGTGAATAGTTA-CATTTCCAGCTG------TTT-CTC-TGT-GATAACCC--TT--TCA---G----A------CTTC-A----ATG-T-GT-TAGT-TTTTCA--A----T---A------------------T--AC----A-----CT--------------TTTC-TCG------C-ATGCTCA-----G--G--A-ACAG--A--CA--C--TCG---G---G-------TGGC---T--G-G-A--A-C-----TT----AGGAG----AAAT-A-ATGTGG-AATGC-CA---------TTGGATTTT--CTATT-----CCAATTGG----GCAGT-AT---T-TT--T
gi|24                         :                                                                       taATATTTA-CTTTTCCAGCTG------TGT--TC-TGT-GACAAACC--TT--TGA---AGCTTA------ATTT-A----ATA-A-GT-T-AT-TTTCCC------------------------------C--ACA---A-----CA-GGA----TGCAAATTTC-CTA------C-ATG---T-----A-----A-ATAA--A--A
gi|15                         :                                               tggataggaatggtgttaaatttcagtTATTTA-TGTTTCCAACCG------CTTTCCC-CAT-GATATCCA--CC--TGA---A----G------CTCC-G----GTG-T-GT-TAAT-TTCCCC--A----C---ATAC---T--------------ACA---T-----CG-GCA----TGTAAAGATA-TCA--CTTGC-ATG---
gi|11                         :                                                                            TTTAACTTTTCCAACTG------TTTAATC-TGT-AA--AACG--TT--TGA---A----A------CTGC-C----ATG-T-GT-TAAT-TTCCCCCCA----C---A-GC---G-----------T--ACA---A-----CT-GAA----TGTAAGCGTC-CCA--GTC-C-ATG---C-----A--A--A-ACGA--G--A------------T---G-------TTAG---T--G--------------------TG--G----AAATTA-ACA----------CA--------------------AG-TT-----TCTATTAG----ACAGT-AT---T-CT--TG-----AT---TTT-----AA-TTTCAA----A--Tctaatcaatagcttgtcatgacgttaatagtccatagaactattacgcagtatttttgatgtcaatggtatgctttaatggttatatcaaa
gi|34                         :                                                                   aatatatctTTTA-CACTCCCAGCTG------TTTTCTC-TGT-GTTAACCC--TT--TGA---A----A------CTCC-A----ATG-T-GT-Tacatgcacagaataggtagtgggtgtgatatactagcatggaaaacggtatcatttatgc
gi|9                          :                                                                        agtagcTA-GATTTCCTTCTG------TTTTCAC-TGT-GATCAGTTGATTCCTGA---A----GTAATACATCT-A----ATG-T-GT-TAAT-TTCC-----------------------------------ACA---------------------CAGATTTC-TCA--GTT-C-ATG---CTTTTTG--A--A-AT----A--AA--G--CC----A---G-------TGGG---C--G-G-GGAC-T-----TT----TG--G----AAATTA-ACATGG-AATGTCCA--------TGTGCATTTT--GT-CT-----TCTTTCAG----GCAGT-AT---T-TTTATG--AT-AT---GTC-----GA-TTTCTT----A--TTTTCATTT-TA--------AA-TC------T-------AGATACGAA------TA------A-A-A-------GGA-----AAC-TTTGTC----------A--TT-----ATT
gi|22                         :                                                                     tcatttagaTA-TATTTTTAATTA------TTTTCTC-TGT-GACAACCA--TA--TGA---A----G-------TCC-T----A---------CAG------C--A----TGCAA-AC---T-----------T--ACA---A-----CT-AGG----TGTACATTTC-TCA--TTT-C-ATG---C-----A--A--A-GTGA--A--AG--G--TA----T---G-------AACG---C--C-G-A----------TT----TA--AAACCAAATTA-ACGTGG-GA----CA--------TTTGG
gi|17                         :                                                                              TA-GATTTCCAACTGGTTTTTTTTTTTT-TTTAGATAACTC--TT--TGG---A----G------ATCC-A----ATG-T-GT-AAAT-TCCCCC--A----T---A------------------TAGACA---A-----CT-GAA----AGTAAACTTT-TCAC-TTT-C-ATG---C-----A-----A-ATGA--ATGAT--G--AC----T---A-------TGAG---TA-G-G-A--A-C-----TA----AA--G----AAATTA-ACATAG-AAAGC-CA--------C----A-TGT--A--TT-----TCTA--GATG--GCAAT-ATAAAT-TT--Ttacatgt
gi|7                          :                                                                                     TCCACCTG------CTTTCTC-TGG-GAATAC----TT--CCA---A----G------CTCC-A-------------TCATATTTTCA--A----CGA-A-AT---T-----------T--ACA---A-----CT-AGA----TGTAAATTTC-CGA--GTT-C-ATG---C-----A--A--C-ACTA--A--AA--G--TC----A---G-------TGGG---C--G-G-G--GAC-----TT----TG--A----AAATTA-ACAT-G-AACTT-CA----------------AT--GT-TT-----T---TTAA----GCAGC-AT---T-TT--CA--AA-A----GAC-----AA-----A---------------------------------------T-------A------AA------TA------G-A-A-------GGA-----ATT-GCTGTC-C----AGGGA--CC-----GTTAGCAGT--TTGTT-AATGATG-A----T--TAATTACGATtat
gi|13                         :                                                                           aaatacaatctccaATTG------TTTTCTT-TGT-GA---CCT--TT--TGA---A----A------CTCCCG----ATTGC-GT-TAAT-TTCCCC--A----T---A------------------T--ACACTAA-----CT-GGA----TGTAAATTTC-TCA--GTT-C-ATGC--A-----AATG--A-ATGATCA--AT--G--TC----A---G-------TGGT---T--A-G-G--A-C-----TTATGATG--G----AAATTG-ACATGG-AATGC-CA--------TGCGTATT-C--AA-TA-----TCTAGTAG----ACAGT-TT---A-TG--GG--AT-AT---GTT-----GA-TTT----------TTTTCTTGT-TC--------AT-TT------T-------aagaattatgataattcaagca
gi|20                         :                                                                                     tcccATGG------CTTTCTC-TGT-GACA--CA--TT--CAA---A----G------GGTC-A----ACA-T-GT-TTAT-TCTCCC------------------------------C--ACA---AA----CT-GGG----TGTAAATTTT-CCA--CTT-C-CTGCT-A-----A--A--A-A-GA--A--AG--G--TC----G---G-------TGAG---T--GTG-A--A-C-----GA----CG--A----AAATC--GCACGG-AATGC-AA--------CATGTATTTC--AA-TT-----TCTATCG-----GCAGTCAT---T-TT--
gi|8                          :                                                                                           TG------TTTTCTC-AGA-GATATCCT--TT--TGA---A----G------CTCC-A----ATA-T-GA-T-AT-TTTCC--------T---A-ACATAC-----------T--ACA---T-----CA-GCA----TGTAAAATTC-ACA--TTTGC-ATG---C-----A--A--A-TCGG--C--AA--C--TCCTCAT---GACATCACTGGA---C--A-GCG--A-C-----TA----TG--G----AAATGA-ACATAG-AATGC-AA--------TGCG----------------------TTAG----GCAGT-AT---T-TT---G--AT-AT---GTC-----GA-TTTTAT----A--TTTTCATTT-TT--------AT-TT------C-------A------AA------TATACATGT-A-A-------GGA-----CTC-ACTG--CC----A---AGTTT-----GTT-A--AT--ATG-T-GA-
gi|16                         :                                                                                             ------TTTTCTC-TGC-GATAATCT--TC--TGC---A----G------CCCC-------TT-T-GTATTAG-TTCTCC--A----T---ATAC---TACATTAACATGT--ACA---ACGTACCT-ACA----TGCAAA--TCATCA--ACT-T-GTG---A-----C--G--ACATCA--G--AG--G--GC----G---G-------GGAC---T--A-C-A--T-A-----TTTA--TG--G----AAATTA-ATCTCG-AATGT-CA--------TGTGtgcgagtaactacta
gi|10                         :                                                                                        catgtttccagcatTCTCCTGT-GATGACTC--TT--TAA---A----G------CTCC-A----ATG-TAGT-TAAT-TTCCCC--A----C---A-AT---T-----------T--ACA---T-----CT-AGA----TGTAAATTTT-TCA--GTT-C-ATG---T-----A--A--A-ATGG--A--AA--G--TT----TATAG-------TGGGC--T--G-G-A--G-C-----TA----TG--G----AAATTA-ATATGG--------A--------TTTCAA---------TT-----TCCATTAG----GCAGT-CT---T-TT--TG--AT-AT---GTC-----AA-TTGTAT----G--GTTTAATTT-TT--------AT-TT------C-------A------A--------A------T-A-A-------GGA-----ATC-AGTGTCTG----G---T--TT-----GTTTG--GT--ATG-TGGA-GGTG-A----T--tgtcagatttgtatcaaatataca
gi|6                          :                                                                                                        aC-TGT-GATAACAC--TT--TAA---A----G------CTCT-ATTAAATG-T-GT-TAAT-TTTCCC--A----C---A-GT---T-----------T--ACA---A-----CT-GGG----TGTAAATTTC-TAA--GTT-G-AAA---T-----A--A--A-ATGA--A--TG--T--TC----A---G-------TGGG---T--GTA-A--A-C-----TG----TG--G----AAATTA-ACACAG-AATGT-CA-----------GG--TGT--AT-CT------------------CAG-------T-TT--TGATAT-AT---GTC-----TG-TTTTAT----A--TATTGATTT-TT--------AT-TTGAGATGT-------A------GATACATGTA------T-A-A-------GGA-----ATC-ACTGTCT-----ATTTG--TT-----GTTGG--GT--AGT-T-GA-GGTG-A----TAAGAACTACAATGAAAAGCAaacaacaa
gi|4                          :                                                                                                         C-TGT-GATGACCC--TT--TGA---A----G------TTTC-A----ATG-T-GC-TTAT-TTTCCCCAA----T---A------T-----------T--ACA---C-----CT-GTACGCGTGTAATTTTT-T----TTC-C-ATT---------C--G--A-ATGA--A--AA--tgataatttatgcaac
gi|19                         :                                                                                                             T-GATAACTC--TT--TAATTTA----G------CTCC-A----ATG-T-AT-TAAT-TGTCCC--ACAATT---A-AC---C-----------T--ACA---C-----CTTGGA----TGTAACTTTC-TCA--GTC-T-ATG---C-----T--A--A-ATGA--A--AG--T--TC----A---G-------TAGG---------------------------CA--G----AAAC----CATGGAAACGTACA----------CAGA----------T-----TCCAT--------------C---T-TT--TG--ATAAT---GTC-----GATTTTTAATAT-A--TTTTCATTT-TT--------AT-Ttcagcaacttgtcagtgggcactgaatgccagatgtgccgattaaatgaatactagtataaggaatcaccatctagttgggtgggtacatgaaagttaaatgcttaactacaaaggaaatcgcgataatctatcagttctctattgtaaatcactttaccaacccaagaaactagacagaattttgaattaattcaattt
gi|14                         :                                                                                                                                                TCT-A----ATG-T-GT-TCAT-TTCTTC--A----T---C-AC---T-----------T--TCA---G-----CC-ATA----TGTAAATTTA-TCAGTTTT-T-A-----------------A-ATGA--A--G-------C----T---T-------TAGG--------G-G--A-CAAAAATA----TG--G----GAATTA-ACAAGA-AATGT-TA--------TGTGTATTTC--AA-TT-----TCTATTAT----GCAAC-AT---TGTT--TC--AA-AT---ATT-----GA-TTTTAT----A--TTTTCATTTGTT--------TTGTT------C-------A------AA------CA------T-A-A-------AGA-----A
gi|5                          :                                                                                                                                               tctcttctgtggtgtacT-TTAT-TTCCCC--A----A---A-AT---T-----------T--ACA---AAGT--CC-AGG----TGTAAATTTT-TCA--TTC-CCATG---C-----A-----A-ATGA--A--AG--G--TC----A---G-------TGAG---CAAG-A-G----C-----TA----TT--G----ATATTA-ATATGT-AAT---CA--------TATG---TGT--GT-TTCAATTTCTATTTG----GCACT-AA---T-TT--TG--AT-AT---GTCAATCTAA-TTTTAT----A--TTTTCA-TT-TC--------AT-TT------T-------T------AA------TA------T-A-AATATTGGGAA-----ATC-A-TG-CCC----A---GTTTT-----GTTGA--GT--ACG-T-GA-TTTG-A----T--TAA
gi|3                          :                                                                                                                                                    gttgaagccctatataaa-TTTCCA--A----T---ATAC---T--------------ACA---C-----CA-ACA----TGTAA-TTTT-TCA--CTTGC-TTG---A-----C-----A-ATGC--A--AGTTG--TCA---T---GGCAACAGTGGGGGCT--G-G-G--A-C-----TA----TG--G----GAATTA-ACATGG-AATAC-TA--------TTTcaacatcagcaaatatgtgataatttatgcaata
gi|18                         :                                                                                                                                                                                               tttctaaatgtgtgaaCA---A-----CT-GGA----TGTAAATTTC-TCT--TTTGC-ATA---C-----A--G--A--TGG--A--AG--G--TCA---T---T-------TGTT---T--G-G-G--A-C-----AA----TG--G----AAACTA-ACATGG-AGTGT-CA--------TGTGTA-TGTCAAT-TT-----T-TATCAG----GCAGT-AT---T-TT--CA--AT-AT---GTC-----AG-------------------ATTT-TT------------T------T-------A------AA------AA------T-A------------------TCTATTGTCT-------------------GTTTG--GT--ATG-T-AA-GGTG-A----T--TAACAAAAATGGAAAACctgccgaacccccccccccctcatttttattacatatataagactaacagtctagtttgtggggtgattaaatacattgggaaatatgataatttatgcatcacggctgatgcacattgtcacgttgtcccctgtagttaatcggttcccatagccaacaattaacaaaggcactgactctgtatatgcacgcaaccat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                    g-----CT-GGA----TGTAAATCTC-TCA--GTT------------------------TG----------G--TC----T---A-------TGAG---C--G-A-A--AAC-----TA----TG--G----AAATCA-ATATGG--ATTT-CA--------------------AT-TT-----T-TATTAG----GTAGT-AT---A-TT--T---CC-ATAACGTT-----GA-TCTTAT----ACTTTCTCATCT-TTTTATGCTAAT-TT------C-------A------AA------TA------T-A-A-------GGG-----ATG-ACTGCCTt
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                         ATTTC-TCA--CTT---GT----A-----A--GTAA-ATGA--G--AGACG--TC----A---G-------TGGG---A--G-G-G--AAC-----TA----TG--G----ACATTT-ACATGG-AATGC-CA----------CG---TGT--GT-TT------------------CAGT--T---T-------------T---ATC-----GA-TCTTAACTGTA--TTTTCATCT-TT--------AT-TT------C-------A------AA------TA------TCA-A-------TAAAATACATC-ACCGTCTT----G---C--TT-----ATTGG--GT--ACG-T-GA-AGCG-A----T--TAgg
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                              tccttaatatttacatttccaactgttgcagcttcaacgtgttaatc-ATAA--A--AG--GCATC----T---G-------TGGG---T--GTG-G--A-C-----TA----TA--G----AAATTATAAATGG-AATGC-CA--------TGTGCA---------TT-----TCAATTTT----GCAGT-GT---T-TT--TT--GT-AT---GTcataaaattaaaaaaaacctcatcgtaataatttatgtataacggcgatatcattacgcaaatcatcacgtttatcaatgtagcttgcataaccaacaaataagacagtgactctttaaatgaatatgacgcat
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            cacTGA--ATTAC--G--TC----A---G-------TGGG---T--GAG-G--A-C-----TA----TG--G----AAATTA-ACACAG-AATAC-CA--------TGTGtc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ctcccatgtaac-G-G--A-C-----TT----AG--G----AAATTA-ATATGG-AATGC-CAAATTGTGTTTTTGA-TG---AT-TT-----T-TATTTATAATGCAGT-GC---T-TT--TG--AT-AT---GTC-----CA-TTTTAA----------------------------------------------A------AA------TA------T-A-A-------GCA-----ATC-ACAATCT-----A---A--TT-----tagttgacaatttttatgcccccgtgatcgaagat
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ----TG--G----AAATTA-ACATGA-AATCC-CA----------CG---TGC--CT-TT-----T------------CAAT-AT---A-TT--TG--AT-AT---ATC-----GA-TGTCAT----A--TTTTTATTT-CA--------AA-TA------T-------C------AA------TG------T-A-A-------AGA-----TTC-ACTGCCT-----A---G--TTTACAAGTAGG--CT--ATGCT-AA-G-TG-A----T--TA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gatgggcggggaacgaT-TT-----CCTATTAG----GCAGT-CG---T-AT--TC--AT-ATT--ATC-----AA-TT--GG----G--TTTT--TTT-TT--------AT-----------------G------AA------TA------T-A-T-------GGA-----ATC-ACAGTCTA----G---C--TT-----ACTGG--TT--ATG-TGGA-GATG-A----T--
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             acttaacacgagtttagTATT-A----GCAGT-AG---T-TT--TA--CT-AT---GTT-----AG-TTTTAT----A--GTTTCATCT-TT--------AT-TT------CCGATTGAA------AA------TA------T-A-A-------GGA-----ATC-ATTATC-C----A---GT-TT-----GTTGA--GT--ATT-T-GA-GATaa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   t----GCAGC-AT---T-TT--GG--A---T---GTC-----GA-TTTTA-------------------T--------AT-T---------------A------AA------TA------T-AGA-------GAA-----ATC-ACTGTCTA----G---T--TT-----ATTGA--CT--ACG-T-GA-GATG-A----G--TAACACCAATAGAg
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              agTCATAT-TC--------AT-TT---------------------------------------A-A-------AGA-----GTC-ACTGTCTT----A---T--TT-----GTTGG--TT--ATG-C-AA-GCTACA----T--TGATagacgtgataattaatt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                    tccttaatatttacatttccaactgttgcagcttcaacgtgttaatcatttctcacttgtaagtaaatgagagacgtcagtgggagggaactatggacatttacatggaatgccacgtgtgtttcagttttatcgatcttaactgtattttcatctttatttcaaatatcaataaaatacatcaccgtcttgcttattgggtacgtgaagcgattacataaaattaaaaaaaacctcatcgtaataatttatgtataacggcgatatcattacgcaaatcatcacgttt------AG------TA------T-A-A-------GGA-----ATC-ACCATCT-----A---G--TTG----GGTGG--GTACATG-A-AA-GTTA-AATGCT--TAACTACAAAGGAcgcat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ctgtgatgaccctttgaagtttcaatgtgcttattttccccaatattacacctgtacgcgtgtaattttttttccattcgaatgaaaatcagcaacttgtcagtgggcactgaatgccagatgtgccgattaaatgaatactA------TA------T-A-C-------AGA-----GTC-AGTGCCTTTGTTA---A--TT-----GTTGG--CT--ATG-G-GA-ACCG-A----T--TAACTACAGGGGACAACaatcgcgataatctatcagttctctattgtaaatcactttaccaacccaagaaactagacagaattttgaattaattcaattt
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTGAGATCGATTGAGTACGATGGAAAATGTGATAATTTATGTACATAGGGGCGTCATTATCACATTTCTGTGATTGTACTTAATCGTTTTATACCCAACA
Unaligned ( gi|32 ): ATTTCTGCAGTATAGTTTTGAATTTCAAATATAAGATTTTCAAGGATATCTATAATTTAAAACTTTTTTCT
Unaligned ( gi|33 ): CATATATAAGTAACCAGTCTACTTCGTATAATTAATTACAATGGAAAACGTGATAATTTATGCA
Unaligned ( gi|35 ): TTGTAAATGTTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGATCGA
Unaligned ( gi|36 ): GTGGAGGTATAGTGTATATCACACACTCAGTATTA
Unaligned ( gi|37 ): TTTGATAATTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGAT
Unaligned ( gi|38 ): GAATCCATTCATCATGTATTCCATAGTAGTTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                  2            11        44444444444                                                                                                                       2222222222222                                             111111111111111111111111       222222222222222222222222222222222222222     1111111                                                      5555555555555555555555555  11111111111111                                                                                         1111111111111    1111111111111111111                             222222222222                                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                  0  2   2     88        33333333333 2 4  4         4            8888888      2   2  2  7777777        333  22 999999   22 5555    1   8888   1 22   22 22 7777777777777  666 3333  44444444    1         66  8 1    333333333333333333333333    22 444444444444444444444444444444444444444     3333333 1 44 6 66666666 33333 1  3333 1     1         22222  5555555555555555555555555  00000000000000   55555      22 444 1   333  1 1 44   77777     4444  8888888888888  0 1 7777777777  1  1111111111111    1111111111111111111 1 1 5555555 0 44444         444444444444  77777     22      4444 3333   6666666                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                  .  .   .     ..        ........... . .  .         .            .......      .   .  .  .......        ...  .. ......   .. ....    .   ....   . ..   .. .. .............  ... ....  ........    .         ..  . .    ........................    .. .......................................     ....... . .. . ........ ..... .  .... .     .         .....  .........................  ..............   .....      .. ... .   ...  . . ..   .....     ....  .............  . . ..........  .  .............    ................... . . ....... . .....         ............  .....     ..      .... ....   .......                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                  0  5   5     55        00000000000 5 0  0         0            2222222      2   1  1  5555555        555  66 555555   55 7777    8   7777   9 66   66 66 4444444444444  444 8888  00000000    7         77  3 7    666666666666666666666666    33 222222222222222222222222222222222222222     3333333 7 00 7 00000000 66666 7  5555 7     7         88888  2222222222222222222222222  55555555555555   11111      11 666 7   777  8 9 55   00000     2222  0000000000000  8 8 0000000000  8  8888888888888    9999999999999999999 8 8 9999999 1 55555         111111111111  00000     99      4444 3333   4444444                  
consensus                     :                                                                                                                                                                                                     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTTCACATNAATNTGTGANTACTGCATTACCCAGTGTTTGNANTGNGAATATTTA-CATTTCCAACTG------TTTTCTC-TGT-GA-TAA------CCCTTTGA---AG--C------TCC--A----ATGT-GTTA---ATT-T--CCC--C--A----TA-ACTT--AC---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-NTT-C-ATGC-----AA---A-------------ATGA--A---------AG----------G---T--C-A--------GTGGG---C-G-G-G--A-C--------T----AT-GG----A-AATTA-ACATGGAATG-C--CA---TG------TG----TGT---ATTT-----TCT------ATT----AGGCAGT-AT---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-T-----A---NTT-----GTTGG--GTATGT-G--A--GGTGA----T--TAACTACAATGGAAAACA
Reference ( family-807 )      :                                                                                                                                                                                                     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTTCA-ATCAATGTATGATTATTGCATTACCCAGTGTTTGCATTGTGAATATTTA-CATTTCCAACTG------TTTTCTC-TGT-GA-TAA------CCCTTTGA---AG--C------TCC--A----ATGT-GTTN---ATT-T--CCC--C--A----TA-ACTT--AC---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-NTT-C-ATGC-----AA---A-------------ATGA--A---------AG----------G---T--C-N--------GTGGG---C-G-G-G--A-C--------T----AT-GG----A-AATTA-ACATGGAATG-C--CA---TG------TG-A--TGT---ATTT-----TCT------ATT----AGGCAGT-AT---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-T-----A---NTT-----GTTGG--GTATGT-G--A--GNTGA----T--TAACTACAATGGAAAACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                            AATATTTA-CATTTCCAACTG----------------------------------TTGC---AG--C------TTC--A----ACGT-GTTAATCATT-T--CTC-------------------------A---CT--------TGTA-AGT-----------------------A---A-------------ATGA--G---------AGAC--------G---T--C-A--------GTGGG---A-G-G-G--AAC--------T----AT-GG----A-CATTT-ACATGGAATG-C--CA---CG------------TGT---GTTT------------------------CAGT--T---T------------T--ATC-----GATCT----TAACTGTATTTTC--ATCT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------A------TCA-A-------TAAAATACATCACCGTCTT-----G---CTT-----ATTGG--GTACGT-G--A--AGCGA----T--TACATAAAATTAAAAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tccttTC--ATAT-T-C--------AT-TT--------------------------------------A-A-------AGA-----GTCACTGTCTT-----A---TTT-----GTTGG--TTATGC-A--A--GCTaaacctcatcgtaataatttatgtataacggcgatatcattacgcaaatcatcacgtttatcaatgtagcttgcataaccaacaaataagacagtgactctttaaatgaatatgacgcat
gi|10                         : tccttaatatttacatttccaactgttgcagcttcaacgtgttaatcatttctcacttgtaagtaaatgagagacgtcagtgggagggaactatggacatttacatggaatgccacgtgtgtttcagttttatcgatcttaactgtattttcatctttatttcaaatatcaataaaatacatcaccgtcttgcttattgggtacgtgaagcgattacataaaattaaaaaaaacctcatcgtaataatttatgtataacggcgatatcattacgcaaatcatcacgtttatcaatgtTCTCCTGT-GA-TGA------CTCTTTAA---AG--C------TCC--A----ATGTAGTTA---ATT-T--CCC--C--A----CA-ATTT--AC---AT---CT-AGA----TGTA-AATTTTTCA-GTT-C-ATGT-----AA---A-------------ATGG--A---------AA----------G---T--T-TATA-----GTGGG---C-T-G-G--AGC--------T----AT-GG----A-AATTA-ATATGGATTT-C--AA---T----------------------T-----TCC------ATT----AGGCAGT-CT---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----AATTG----TA----TGGTTTA--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AA--------------A------T-A-A-------GGA-----ATCAGTGTC-TG----G---TTT-----GTTTG--GTATGTGG--A--GGTGA-------TAACAACAAcgcat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               aTTTAACTTTTCCAACTG------TTTAATC-TGT-AA--AA-------CGTTTGA---AA--C------TGC--C----ATGT-GTTA---ATT-TCCCCC--C--A----CA-GCGT--AC---AA---CT-GAA----TGTA-AGCGTCCCA-GTC-C-ATGC-----AA---A-------------ACGA--G---------AT----------G---T--T-A--------GTG-------------------------------T-GG----A-AATTA-ACA-----------CA-----------------------AGTT-----TCT------ATT----AGACAGT-AT---T-CTT-------------------GATTT----TA-----------------------------AT-TT-----C-------AAAT------------A------C-A-T-------G---------CACAGAA-T-----A---GGT-----AGTGG--G--TGT-G--A--TAT-----------ACTAGCATGGAAAAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                 aatatatctTATTTTCA-ATCAATGTATGATTATTGCATTACCCAGTGTTTGCATTGTGAATAGTTA-CATTTCCAGCTG-------TTTCTC-TGT-GA-TAA------CCCTTTCA---GA--C------TTC--A----ATGT-GTTA---GTT-T--TTC--A--A----TA----T--AC----A---CT---------------TTTCTCG-----C-ATGC-----TC---A-------------G-GA--AC--------AG----------ACACT--CGG--------GTGGC---T-G-G-A--A-C--------T----TA-GG----AGAAATA-ATGTGGAATG-C--CA---T-------------TGG---ATTT-----TCTATTCCAATT----GGGCAGT-AT---T-TTT--ggtatcatttatgc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       taTCCCATTG------TTTTCTT-TGT-GA----------CCTTTTGA---AA--C------TCCCGA----TTGC-GTTA---ATT-T--CCC--C--A----TA----T--ACACTAA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-GTT-C-ATGC-----AAATGA-------------ATGATCA---------AT----------G---T--C-A--------GTGGT---T-A-G-G--A-C--------TTATGAT-GG----A-AATTG-ACATGGAATG-C--CA---TG------CGTA--TTC---AATA-----TCT------AGT----AGACAGT-TT---A-TGG--GAT-A-T--GTT-----GATTT------------TTTTC--TTGT-T-C--------AT-TT-----
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --C------TCT--A----ATGT-GTTC---ATT-T--CTT--C--A----TC-ACTT--TC---AG---CC-ATA----TGTA-AATTTATCA-GTT-T-TT--------A---A-------------ATGA--A---------GC----------T---T--T-A--------GGGGA---C-A-A-A--A-A--------T----AT-GG----G-AATTA-ACAAGAAATG-T--TA---TG------TGTA--TTTC--AATT-----TCT------ATT----ATGCAAC-AT---TGTTT--CAA-A-T--ATT-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTTGT-T--------TTGTT-----C-------AAAC------------A------T-A-A-------AGA-----At
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                              tctcttctgtggtgtaTATTTA-TGTTTCCAACCG------CTTTCCC-CAT-GA-TAT------CCACCTGA---AG--C------TCC--G----GTGT-GTTA---ATT-T--CCC--C--A----CATAC-T--AC---AT---CG-GCA----TGTA-AAGATATCA-CTTGC-ATGC-----TA---A-------------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CT------ATT----ACGCAGT-AT---T-TTT--G---A-T--GTC-----AATGG----TA----TGCTTTA--ATGG-T-T--------AT-AT-----C-------AAAtcaatagcttgtcatgacgttaatagtccatagaactattacgcagtatttttgatgtcaatggtatgctttaatggttatatcaaa
gi|16                         :                                                                                                                                           tatttatgtttccaaccgctttccccatgatatccacctgaagctccggtgtgttaatttccccacatactacatcggcatgtaaagatatcacttgcatgctaatcaatagcttgtcatgacgttaatagtccatagaaTTTCCAGCAT------TTTTCTC-TGC-GA-TAA------TCTTCTGC---AG--C------CCC--T----TTGT-ATT----AGT-T--CTC--C--A----TATAC-T--ACATTAA---C----A----TGTACAA---CGTA-CCTAC-ATGC-----AA---ATC-----------ATCA--ACTTGTGACGAC----------A---T--C-A--------GAGGG---CGG-G-G--A-CTACATATTT----AT-GG----A-AATTA-ATCTCGAATG-T--CA---TG------TG----TGTCAGATTT-----
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                              catgTA-GATTTCCAACTGGTTTTTTTTTTTT-TTTAGA-TAA------CTCTTTGG---AG--A------TCC--A----ATGT-GTAA---ATT-C--CCC--C--A----TA----TAGAC---AA---CT-GAA----AGTA-AACTTTTCACTTT-C-ATGC------A---A-------------ATGA--A---------TG----------A---TGAC-T--------ATGAG---TAG-G-A--A-C--------T----AA-AG----A-AATTA-ACATAGAAAG-C--CA---C----------A--TGT---A-TT-----TCT------AGA----TGGCAAT-ATAAAT-TTT--TAT-gtatcaaatataca
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         C---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCT-TTTGC-ATAC-----AG---A--------------TGG--A---------AG----------G---T--C-A--------TTTGT---TTG-G-G--A-C--------A----AT-GG----A-AACTA-ACATGGAGTG-T--CA---TG------TGTA--TGTCA-ATTT-----T-T------ATC----AGGCAGT-AT---T-TTC--AAT-A-T--GTCA----GATT---------------------TTT-T-T--------A---------A-------AAAT------------A------T--------------------CTATTGTC-------------T-----GTTTG--GTATGT-A--A--GGTGA----T--TAACAAAAATGGAAAAC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gT-GA-TAA------CTCTTTAATTTAG--C------TCC--A----ATGT-ATTA---ATT-G--TCC--C--ACAATTA-ACCT--AC---AC---CTTGGA----TGTA-ACTTTCTCA-GTC-T-ATGC-----TA---A-------------ATGA--A---------AG----------T---T--C-A--------GTAGG---CAG-A-A--A-C--------C----AT-GG----A-AACGT-ACACAGA-----------------------------------T-----TCC------AT--------------C---T-TTT--GATAA-T--GTC-----GATTTTTAATA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-Tt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                          TATTTTCACATAAATTTGTGAG-ACTGCATT-----------GAAATAAAAATATTTA-CATTTTCAATTG------TTTTCTC-TGT-GA-TGA------CCTTTTGA---AA--A------TCC--A----ATTT-GTTC---ATT-T--TCC--C--A----TA-ACTT--AC---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-TTT-C-ATGA-----AG---A-------------ATGA--A---------AA----------G---T--C-T--------GTGGG---T-G-G-G--T-C--------T----TT-GG----A-AATCA-ACATGGAATG-T--CA---TT------TG-GACTGT---ATTT-----TCT------ATT----GAGCAGT-AT---T-TTT--GAC-A-T--GTC-----AATTT----TA----AATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----T-------AAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-TC----A---ATT-----GTTGG--GTATGT-A--A--GATAA----T--TAATCCCAATGGACAACA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                           aatttctaatcaccagaatttG------CTTTCTC-TGT-GA-CA--------CATTCAA---AG--G------GTC--A----ACAT-GTTT---ATTCT--CCC--C--A----CA-A-----------A---CT-GGG----TGTA-AATTTTCCA-CTT-C-CTGCT----AA---A-------------AAGA--A---------AG----------G---T--C-G--------GTGAG---T-GTG-A--A-C--------G----AC-GA----A-AATC--GCACGGAATG-CAACA---TG------TA-T--TTC---AATT-----TCT------ATC-----GGCAGTCAT---T-TTat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            atg---CT-GGA----TGTA-AATCTCTCA-GTT-T----------------------------------------------G----------G---T--C-T--------ATGAG---C-G-A-A--AAC--------T----AT-GG----A-AATCA-ATATGGA-TT-T--CA-----------------------ATTT-----T-T------ATT----AGGTAGT-ATA--T-TTC--CAT-AAC--GTT-----GATCT----TA----TACTTTCTCATCT-T-TTTATGCTAAT-TT-----C-------AAAT------------A------T-A-A-------GGG-----ATGACTGCC-T-----
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  TA-TATTTTTAATTA------TTTTCTC-TGT-GA-CAA------CCATATGA---AGTCC------TAC--A----GCAT-G------------------C--A-----A-ACTT--AC---AA---CT-AGG----TGTA-CATTTCTCA-TTT-C-ATGC-----AA---A-------------GTGA--A---------AG----------G---T-------------ATGAA---C-GCC-G--A-T--------T-----T-AAAACCA-AATTA-ACGTGGGA------CA---TT------TG-G--TAC---ATgg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGGG---C-G-G-GGAA-C--------G----AT-GG----A-AATTA-ACATGAAATC-C--CA---CG------TG-C--C------TTT-----TC------------------AAT-AT---A-TTT--GAT-A-T--ATC-----GATGT----CA----T--------ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------ATCAATGT-A-A-------AGA-----TTCACTGCC-T-----A---GTTTACAAGTAGG--CTATGC-T--A--AGTGA----T--TAgt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                           gaATATTTA-CTTTTCCAGCTG------TGT--TC-TGT-GA-CAA------ACCTTTGA---AG--CTTAA--TTT--A----ATAA-GTTA---TTT-T--CCC--C----------------AC---AA---CA-GGA----TGCA-AATTTCCTA-----C-ATGT------A---A-------------ATAA--A---------A
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tggataggaatggtgttaaatttcagtTTT-----CCT------ATT----AGGCAGT-CG---T-ATT--CAT-A-TT-ATC-----AATT------G----GGTTTT----TTT-T-T--------AT----------------GAAT------------A------T-A-T-------GGA-----ATCACAGTC-T-----AG--CTT-----ACTGG--TTATGTGG--A--GATGA----T--
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     acttaacacgagtttag-G-G--A-C--------T----TA-GG----A-AATTA-ATATGGAATG-C--CAAATTGTGTTTTTG-A--TG----ATTT-----T-T------ATTTATAATGCAGT-GC---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----CATTT----TA-----A-----------------------------------------AAAT------------A------T-A-A-------GCA-----ATCACAATC-T-----A---ATT-----aa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ----AGGCAGC-AT---T-TTG--GAT------GTC-----GATTT----TA----TATT---------------------------------------AAAT------------A------T-AGA-------GAA-----ATCACTGTC-T-----AG--TTT-----ATTGA--CTACGT-G--A--GATGA----G--TAACACCAATAGAAGAC
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               T------ATT----AG-CAGT-AG---T-TTT--ACT-A-T--GTT-----AGTTT----TA----TAGTTTC--ATCT-T-T--------AT-TT-----CCGATTGAAAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCATTATC-C-----AG--TTT-----GTTGA--GTATTT-G--A--GATGgtgataattaatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       t--A----ATGT-GTGA---ATT-T--CCA-----A----TATACT---AC---AC---CA-ACA----TGTA-A-TTTTTCA-CTTGC-TTG------AC---A-------------ATGC--A---------AGTT--------G---T--C-ATGGCAACAGTGGGGGCT-G-G-G--A-C--------T----AT-GG----G-AATTA-ACATGGAATA-C--TA---T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttctaTC--ATTT-T-T--------AT-TA-----C-------ATAT------------A------T-A-A-------G-A-----CTAACAGTC-T-----A---GTT---------------TGT-G--G--GGTGA----T--TAAATACATTGGGAAATAttctgccgaacccccccccccctcatttttattacatatataagactaacagtctagtttgtggggtgattaaatacattgggaaatatgataatttatgcatcacggctgatgcacattgtcacgttgtcccctgtagttaatcggttcccatagccaacaattaacaaaggcactgactctgtatatgcacgcaaccat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttctaaatgtgtgaatttccaatatactacaccaacatgtaatttttcacttgcttgacaatgcaagttgtcatggcaacagtgggggctgggactatgggaattaacatggaatactatttctgccgaaccccccccccccAT------------A------T-A-C-------AGA-----GTCAGTGCC-TTTGTTA---ATT-----GTTGG--CTATGG-G--A--ACCGA----T--TAACTACAGGGGACAACtgataatttatgcatcacggctgatgcacattgtcacgttgtcccctgtagttaatcggttcccatagccaacaattaacaaaggcactgactctgtatatgcacgcaaccat
gi|30                         :                                                                                                                                                                                        tttctaaatgtgtgaatttccaatatactacaccaacatgtaatttttcacttgcttgacaatgcaagttgtcatggcaacagtgggggctgggactatgggaattaacatggaatactatttctgccgaacccccccccccctcatttttattacatatataagactaacagtctagtttgtggggtgattaaatacattgggaaatatgataatttatgcatcacggctgatgcacattgtcac-C-ATGT-----AA---C--------------TGA--ATT-------AC----------G---T--C-A--------GTGGG---T-GAG-G--A-C--------T----AT-GG----A-AATTA-ACACAGAATA-C--CA---TG------TG-gcacgcaaccat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ctcc-------------ATAA--A---------AG----------GCA-T--C-T--------GTGGG---T-GTG-G--A-C--------T----AT-AG----A-AATTATAAATGGAATG-C--CA---TG------------TGC---A-TT-----TCA------ATT----TTGCAGT-GT---T-TTT--TGT-A-T--GTtagttgacaatttttatgcccccgtgatcgaagat
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cac-----C-------ATAT------------A------T-A-A-------GTA-----ACCA--GTC-T-----A---CTT-----C------GTATA------------A----T--TAATTACAATGGAAAACtc
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                TTTA-CACTCCCAGCTG------TTTTCTC-TGT-GT-TAA------CCCTTTGA---AA--C------TCC--A----ATGT-GTTgtgataatttatgca
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agtagcC-TGT-GA-TGA------CCCTTTGA---AG--T------TTC--A----ATGT-GCTT---ATT-T--TCC--CCAA----TA---TT--AC---AC---CT-GTACGCGTGTA-ATTTTTT---TTC-C-ATTC------G---A-------------ATGA--A---------AATCAGCAACTTG---T--C-A--------GTGGG---C-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACCATC-T-----A---GTTG----GGTGG--GTACAT-GAAA--GTTAAATGCT--TAACTACAAAGGAAAactgaatgccagatgtgccgattaaatgaatactagtataaggaatcaccatctagttgggtgggtacatgaaagttaaatgcttaactacaaaggaaatcgcgataatctatcagttctctattgtaaatcactttaccaacccaagaaactagacagaattttgaattaattcaattt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ctgtgatgaccctttgaagtttcaatgtgcttattttccccaatattacacctgtacgcgtgtaattttttttccattcgaatgaaaatcagcaacttgtcagtgggcactgaatgccagatgtgccgattaaatgaatactCTGTC-T-----AG--TTT-----CTTGG--GTTGGT-A--A--AGTGA----T--T---TACAATAGAGAACtcgcgataatctatcagttctctattgtaaatcactttaccaacccaagaaactagacagaattttgaattaattcaattt
gi|5                          :                                                                                                    ctgtgatgaccctttgaagtttcaatgtgcttattttccccaatattacacctgtacgcgtgtaattttttttccattcgaatgaaaatcagcaacttgtcagtgggcactgaatgccagatgtgccgattaaatgaatactagtataaggaatcaccatctagttgggtgggtacatgaaagttaaatgcttaactacaaaggaaatcgcgataatctatcaTTGA---AG--C------CCT--AT---ATAA-ATTT---ATT-T--CCC--C--A----AA-ATTT--AC---AAAGTCC-AGG----TGTA-AATTTTTCA-TTC-CCATGC-----AA---A--------------TGA--A---------AG----------G---T--C-A--------GTGAG---C-A-A-G--AGC--------T----AT-TG----A-TATTA-ATATGTAAT-----CA---TA------TG----TGT---GTTTCAATTTCT------ATT----TGGCACT-AA---T-TTT--GAT-A-T--GTCAATCTAATTT----TA----TATTTTC--A-TT-T-C--------AT-TT-----T-------TAAT------------A------T-A-AATATTGGGAA-----ATCA-TGCC-C-----AGT-TTT-----GTTGA--GTACGT-G--A--TTTGA----T--TAACAACAaattttgaattaattcaattt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gC-TGT-GA-TAA------CACTTTAA---AG--C------TCT--ATTAAATGT-GTTA---ATT-T--TCC--C--A----CA-GTTT--AC---AA---CT-GGG----TGTA-AATTTCTAA-GTT-G-AAAT-----AA---A-------------ATGA--A---------TG----------T---T--C-A--------GTGGG---T-GTA-A--A-C--------T----GT-GG----A-AATTA-ACACAGAATG-T--CA------------G-G--TGT---ATCT------------------------CAGT--------TTT--GAT-A-TATGTC-----TGTTT----TA----TATATTG--ATTT-T-T--------AT-TT-----G-------AGATGTAGATACATGTA------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-T-----ATTTGTT-----GTTGG--GTAGTT-G--A--GGTGA----TAAGAACTACAATGAAAAGCAtcagcaaatatgtgataatttatgcaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                         TCCACCTG------CTTTCTC-TGG-GAATA---------CTTCCA---AG--C------TCC--A----TCAT-ATT------T-T--CAA--C--G----AA-ATTT--AC---AA---CT-AGA----TGTA-AATTTCCGA-GTT-C-ATGC-----AA---C-------------ACTA--A---------AA----------G---T--C-A--------GTGGG---CGG-G-G--A-C--------T----TT-GA----A-AATTA-ACATGAACTT-C--AA---TG------T------------TTT---------------TT----AAGCAGC-AT---T-TTC--AA--A-A--GAC-----AA--------A----TA------------------------------------------AAT------------A------G-A-A-------GGA-----ATTGCTGTC-C-----AGGGACC-----GTTAGCAGTTTGT-T--AATGATGA----T--TAATTACGATtgataatttatgcaac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                 aaatacaatctccaTG------TTTTCTC-AGA-GA-TAT------CCTTTTGA---AG--C------TCC--A----ATAT-GATA---TTT-T--CCTAAC--A----TA---CT--AC---AT---CA-GCA----TGTA-AAATTCACA-TTTGC-ATGC-----AA---ATCGGCAACTCCTCATGA--C---------A---------------T--C-A--------CTGGA---C-A-GCG--A-C--------T----AT-GG----A-AATGA-ACATAGAATG-C--AA---TG------CG-----------------------------TT----AGGCAGT-AT---T-TT---GAT-A-T--GTC-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------ATACATGT-A-A-------GGA-----CTCACTGCC-A-----AG--TTT-----GTT-A--ATATGT-G--A--TGCGA----G--TAACTACaagaattatgataattcaagca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                  TA-GATTTCCTTCTG------TTTTCAC-TGT-GA-TCAGTTGATTCCT--GA---AG--TAATACATCT--A----ATGT-GTTA---ATT-T--CC--------------------AC---A----------------CA-GATTTCTCA-GTT-C-ATGCTTTTTGA---A-------------ATAA--A---------------------G---C--C-A--------GTGGG---C-G-G-GG-A-C--------T----TTTGG----A-AATTA-ACATGGAATGTC--CA---TG------TGCA--TTTT--GTCT-----TCT------TTC----AGGCAGT-AT---T-TTTATGAT-A-T--GTC-----GATTT----CT----TATTTTC--ATTT-TAA--------AT-CTAGATAC-------GAAT------------A------A-A-A-------GGA-----AACTTTGTC-ta
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTGAGATCGATTGAGTACGATGGAAAATGTGATAATTTATGTACATAGGGGCGTCATTATCACATTTCTGTGATTGTACTTAATCGTTTTATACCCAACA
Unaligned ( gi|32 ): ATTTCTGCAGTATAGTTTTGAATTTCAAATATAAGATTTTCAAGGATATCTATAATTTAAAACTTTTTTCT
Unaligned ( gi|35 ): TTGTAAATGTTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGATCGA
Unaligned ( gi|36 ): GTGGAGGTATAGTGTATATCACACACTCAGTATTA
Unaligned ( gi|37 ): TTTGATAATTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGAT
Unaligned ( gi|38 ): GAATCCATTCATCATGTATTCCATAGTAGTTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                      1            11        44444444444                                                                                                                       2222222222222                                             111111111111111111111111       222222222222222222222         11111111     1111111                                                      4444444444444444444444                                                                                                         1111111111111    1111111111111111111                             222222222222                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                      5  1   1     66        33333333333 1 1  1         4            777777       2   2  2  7777777        333  22 999999   22 5555    1 1   333   1 22   22 1 7777777777777  666 3333  44444444    1         66  8 1    333333333333333333333333    22 111111111111111111111 22 333  33333333     3333333 1 44 6 66666666 33333 1  3333 1     1         11 22  5555555555555555555555  66666666666666   55555      22 444 1   333  1 1 44   77777     4444  8888888888888  0 1 7777777777  1  1111111111111    1111111111111111111 1 1 5555555 0 44444         555555555555  77777   0 33   1  77777777 55555    33                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                      .  .   .     ..        ........... . .  .         .            ......       .   .  .  .......        ...  .. ......   .. ....    . .   ...   . ..   .. . .............  ... ....  ........    .         ..  . .    ........................    .. ..................... .. ...  ........     ....... . .. . ........ ..... .  .... .     .         .. ..  ......................  ..............   .....      .. ... .   ...  . . ..   .....     ....  .............  . . ..........  .  .............    ................... . . ....... . .....         ............  .....   . ..   .  ........ .....    ..                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                      0  0   0     55        00000000000 0 0  0         0            777777       2   1  1  5555555        555  66 555555   55 7777    8 8   333   9 66   66 9 4444444444444  444 8888  00000000    7         77  3 7    666666666666666666666666    33 444444444444444444444 44 000  00000000     3333333 7 00 7 00000000 66666 7  5555 7     7         88 33  2222222222222222222222  22222222222222   11111      11 666 7   777  8 9 55   00000     2222  0000000000000  8 8 0000000000  8  8888888888888    9999999999999999999 8 8 9999999 1 55555         333333333333  44444   1 11   1  77777777 33333    22                  
consensus                     :                                                                                                                                                                                         NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTTCACATNAATNTGTGANTACTGCATTACCCAGTGTTTGNANTGNGAATATTTA-CATTTCCAACTG------TTTTCTC-TGT-GA-TAA------CCCTTTGA---AG--C------TCC--A----ATGT-G-TTA---ATT-T--CCC--C-A----TA-ACTT--AC---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-NTT-C-ATGC-----AA---A-------------ATGA--A---------AG----------G--T---CA--------GTGGG---C-G-G-G--A-C--------T----AT-GG----A-AATTA-ACATGGAATG-C--CA---TGTG---TNT---A-T---TT-----TCT------ATT----AGGCAGT-AT---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-T-----A---NTT-----GTTGG--GTACGT-G------A--G-GTGAT--TAACTACAATGGAAAACA
Reference ( family-807 )      :                                                                                                                                                                                         NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTTCACATNAATNTGTGANTACTGCATTACCCAGTGTTTGNANTGNGAATATTTA-CATTTCCAACTG------TTTTCTC-TGT-GA-TAA------CCCTTTGA---AG--C------TCC--A----ATGT-G-TTA---ATT-T--CCC--C-A----TA-ACTT--AC---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-NTT-C-ATGC-----AA---A-------------ATGA--A---------AG----------G--T---CA--------GTGGG---C-G-G-G--A-C--------T----AT-GG----A-AATTA-ACATGGAATG-C--CA---TGTG---TGT---A-T---TT-----TCT------ATT----AGGCAGT-AT---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-T-----A---NTT-----GTTGG--GTATGT-G------A--G-GTGAT--TAACTACAATGGAAAACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                AATATTTA-CATTTCCAACTG------T----------------------------TGC---AG--C------TTC--A----ACGT-G-TTAATCATT-T--CTC------------------------A---CT--------TGTA-AGT-----------------------A---A-------------ATGA--G---------AGAC--------G--T---CA--------GTGGG---A-G-G-G--AAC--------T----AT-GG----A-CATTT-ACATGGAATG-C--CA---CGTG---TGT-----T---T-------------------------CAGT--T---T------------T--ATC-----GATCT----TAACTGTATTTTC--ATCT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------A------TCA-A-------TAAAATACATCACCGTCTT-----G---CTT-----ATTGG--GTACGT-G------A--A-GCGAT--TACATAAAATTAAAAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tccttTC--ATAT-T-C--------AT-TT--------------------------------------A-A-------AGA-----GTCACTGTCTT-----A---TTT-----GTTGG--TTATGC-A------A--G-----------CTACATTGATAAACaaacctcatcgtaataatttatgtataacggcgatatcattacgcaaatcatcacgtttatcaatgtagcttgcataaccaacaaataagacagtgactctttaaatgaatatgacgcat
gi|10                         : tccttaatatttacatttccaactgttgcagcttcaacgtgttaatcatttctcacttgtaagtaaatgagagacgtcagtgggagggaactatggacatttacatggaatgccacgtgtgtttcagttttatcgatcttaactgtattttcatctttatttcaaatatcaataaaatacatcaccgtcttgcttattgggtacgtgaagcgattacataaaattaaaaaaaacctcatcgtaataatttatgtataacggcgatatcattacgcaaatcatcacTCTCCTGT-GA-TGA------CTCTTTAA---AG--C------TCC--A----ATGTAG-TTA---ATT-T--CCC--C-A----CA-ATTT--AC---AT---CT-AGA----TGTA-AATTTTTCA-GTT-C-ATGT-----AA---A-------------ATGG--A---------AA----------G--TTTATA--------GTGGG---C-T-G-G--AGC--------T----AT-GG----A-AATTA-ATATGGATTT-C--AA----------------------TT-----TCC------ATT----AGGCAGT-CT---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----AATTG----TA----TGGTTTA--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AA--------------A------T-A-A-------GGA-----ATCAGTGTC-TG----G---TTT-----GTTTG--GTATGTGG------A--G-GTGA---TAACAACAAcgcat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   aTTTAACTTTTCCAACTG------TTTAATC-TGT-AA--AA-------CGTTTGA---AA--C------TGC--C----ATGT-G-TTA---ATT-TCCCCC--C-A----CA-GCGT--AC---AA---CT-GAA----TGTA-AGCGTCCCA-GTC-C-ATGC-----AA---A-------------ACGA--G---------AT----------G--T---TA--------GTG-------------------------------T-GG----A-AATTA-ACA-----------CA----------------A-G---TT-----TCT------ATT----AGACAGT-AT---T-CTT-------------------GATTT----TA-----------------------------AT-TT-----C-------AAAT------------A------C-A-T-------G---------CACAG---------A---A---------TAG--GTA-GT-G------G--GTGTGAT--ATACTAGCATGGAAAAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                     aatatatctTATTTTCA-ATCAATGTATGATTATTGCATTACCCAGTGTTTGCATTGTGAATAGTTA-CATTTCCAGCTG-------TTTCTC-TGT-GA-TAA------CCCTTTCA---GA--C------TTC--A----ATGT-G-TTA---GTT-T--TTC--A-A----TA----T--AC----A---CT---------------TTTCTCG-----C-ATGC-----TC---A-------------G-GA--A---------CA----------G--A---CACTCGG---GTGGC---T-G-G-A--A-C--------T----TA-GG----AGAAATA-ATGTGGAATG-C--CA---T------TGG---A-T---TT-----TCTATTCCAATT----GGGCAGT-AT---T-TTT--ggtatcatttatgc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                           taTCCCATTG------TTTTCTT-TGT-GA----------CCTTTTGA---AA--C------TCCCGA----TTGC-G-TTA---ATT-T--CCC--C-A----TA----T--ACACTAA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-GTT-C-ATGC-----AAATGA-------------ATGATCA---------AT----------G--T---CA--------GTGGT---T-A-G-G--A-C--------TTATGAT-GG----A-AATTG-ACATGGAATG-C--CA---TGCG---TATTC-A-A---TA-----TCT------AGT----AGACAGT-TT---A-TGG--GAT-A-T--GTT-----GATTT------------TTTTC--TTGT-T-C--------AT-TT-----
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --C------TCT--A----ATGT-G-TTC---ATT-T--CTT--C-A----TC-ACTT--TC---AG---CC-ATA----TGTA-AATTTATCA-GTT-T-TT--------A---A-------------ATGA--A---------GC----------T--T---TA--------GGGGA---C-A-A-A--A-A--------T----AT-GG----G-AATTA-ACAAGAAATG-T--TA---TGTG---TATTTCA-A---TT-----TCT------ATT----ATGCAAC-AT---TGTTT--CAA-A-T--ATT-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTTGT-T--------TTGTT-----C-------AAAC------------A------T-A-A-------AGA-----At
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                  tctcttctgtggtgtaTATTTA-TGTTTCCAACCG------CTTTCCC-CAT-GA-TAT------CCACCTGA---AG--C------TCC--G----GTGT-G-TTA---ATT-T--CCC--C-A----CATAC-T--AC---AT---CG-GCA----TGTA-AAGATATCA-CTTGC-ATGC-----TA---A-------------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CT------ATT----ACGCAGT-AT---T-TTT--G---A-T--GTC-----AATGG----TA----TGCTTTA--ATGG-T-T--------AT-AT-----C-------AAAtcaatagcttgtcatgacgttaatagtccatagaactattacgcagtatttttgatgtcaatggtatgctttaatggttatatcaaa
gi|16                         :                                                                                                                               tatttatgtttccaaccgctttccccatgatatccacctgaagctccggtgtgttaatttccccacatactacatcggcatgtaaagatatcacttgcatgctaatcaatagcttgtcatgacgttaatagtccatagaaTTTCCAGCAT------TTTTCTC-TGC-GA-TAA------TCTTCTGC---AG--C------CCC--T----TTGT-A-TTA---G-T-T--CTC--C-A----TATAC-T--ACATTAA---C----A----TGTACAA---CGTA-CCTAC-ATGC-----AA---ATC-----------ATCA--ACTTGTGACGAC----------A--T---CA--------GAGGG---CGG-G-G--A-CTACATATTT----AT-GG----A-AATTA-ATCTCGAATG-T--CA---TGTG---TGTCAGA-T---TT-----
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  catgTA-GATTTCCAACTGGTTTTTTTTTTTT-TTTAGA-TAA------CTCTTTGG---AG--A------TCC--A----ATGT-G-TAA---ATT-C--CCC--C-A----TA----TAGAC---AA---CT-GAA----AGTA-AACTTTTCACTTT-C-ATGC------A---A-------------ATGA--A---------TG----------A--T---GACT------ATGAG---TAG-G-A--A-C--------T----AA-AG----A-AATTA-ACATAGAAAG-C--CA---CATG---TA----------TT-----TCT------AGA----TGGCAAT-ATAAAT-TTT--TAT-gtatcaaatataca
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             C---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCT-TTTGC-ATAC-----AG---A--------------TGG--A---------AG----------G--T---CA--------TTTGT---TTG-G-G--A-C--------A----AT-GG----A-AACTA-ACATGGAGTG-T--CA---TGTG---TAT---G-TCAATT-----TTT------ATC----AGGCAGT-AT---T-TTC--AAT-A-T--GTCA----GATT---------------------TTT-T-T--------A---------A-------AAAT------------A------T--------------------CTATTGTC-------------T-----GTTTG--GTATGT-A------A--G-GTGAT--TAACAAAAATGGAAAAC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gT-GA-TAA------CTCTTTAATTTAG--C------TCC--A----ATGT-A-TTA---ATT-G--TCC--C-ACAATTA-ACCT--AC---AC---CTTGGA----TGTA-ACTTTCTCA-GTC-T-ATGC-----TA---A-------------ATGA--A---------AG----------T--T---CA--------GTAGG---CAG-A-A--A-C--------C----AT-GG----A-AACGT-ACACAGA--------------------------------T-----TCC------AT--------------C---T-TTT--GATAA-T--GTC-----GATTTTTAATA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-Tt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                              TATTTTCACATAAATTTGTGAG-ACTGCATT-----------GAAATAAAAATATTTA-CATTTTCAATTG------TTTTCTC-TGT-GA-TGA------CCTTTTGA---AA--A------TCC--A----ATTT-G-TTC---ATT-T--TCC--C-A----TA-ACTT--AC---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-TTT-C-ATGA-----AG---A-------------ATGA--A---------AA----------G--T---CT--------GTGGG---T-G-G-G--T-C--------T----TT-GG----A-AATCA-ACATGGAATG-T--CA---TTTGGACTGT---A-T---TT-----TCT------ATT----GAGCAGT-AT---T-TTT--GAC-A-T--GTC-----AATTT----TA----AATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----T-------AAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-TC----A---ATT-----GTTGG--GTATGT-A------A--G-ATAAT--TAATCCCAATGGACAACA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                               aatttctaatcaccagaatttG------CTTTCTC-TGT-GA-CA--------CATTCAA---AG--G------GTC--A----ACAT-G-TTT---ATTCT--CCC--C-A----CA-A-----------A---CT-GGG----TGTA-AATTTTCCA-CTT-C-CTGCT----AA---A-------------AAGA--A---------AG----------G--T---CG--------GTGAG---T-GTG-A--A-C--------G----AC-GA----A-AATC--GCACGGAATG-CAACA---TGTA---TTTC--A-A---TT-----TCT------ATC-----GGCAGTCAT---T-TTat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atg---CT-GGA----TGTA-AATCTCTCA-GTT-T----------------------------------------------G----------G--T---CT--------ATGAG---C-G-A-A--AAC--------T----AT-GG----A-AATCA-ATATGGA-TT-T--CA----------------A-T---TT-----T-T------ATT----AGGTAGT-ATA--T-TTC--CAT-AAC--GTT-----GATCT----TA----TACTTTCTCATCT-T-TTTATGCTAAT-TT-----C-------AAAT------------A------T-A-A-------GGG-----ATGACTGCC-T-----
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      TA-TATTTTTAATTA------TTTTCTC-TGT-GA-CAA------CCATATGA---AGTCC------TAC--A----GCAT-G-------------------C-A-----A-ACTT--AC---AA---CT-AGG----TGTA-CATTTCTCA-TTT-C-ATGC-----AA---A-------------GTGA--A---------AG----------G--T-------------ATGAA---C-GCC-G--A-T--------T-----T-AAAACCA-AATTA-ACGTGGGAgg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TGGG---C-G-G-GGAA-C--------G----AT-GG----A-AATTA-ACATGAAATC-C--CA---CGTG---CCT---------TT-----TC------------------AAT-AT---A-TTT--GAT-A-T--ATC-----GATGT----CA----T--------ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------ATCAATGT-A-A-------AGA-----TTCACTGCC-T-----A---GTTTACAAGTAGG--CTATGC-T------A--A-GTGAT--TAcatttggtacatgt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                               gaATATTTA-CTTTTCCAGCTG------TGT--TC-TGT-GA-CAA------ACCTTTGA---AG--CTTAA--TTT--A----ATAA-G-TTA---TTT-T--CCC--C---------------AC---AA---CA-GGA----TGCA-AATTTCCTA-----C-ATGT------A---A-------------ATAA--A---------A
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tggataggaatggtgttaaatttcagt--CA---CGAG---TTT---AGT---TT-----CCT------ATT----AGGCAGT-CG---T-ATT--CAT-A-TT-ATC-----AATT------G----GGTTTT----TTT-T-T--------AT----------------GAAT------------A------T-A-T-------GGA-----ATCACAGTC-T-----AG--CTT-----ACTGG--TTATGTGG------A--G-ATGAT--
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acttaa-G-G--A-C--------T----TA-GG----A-AATTA-ATATGGAATG-C--CAAATTGTG---TTTTTGA-TGA-TT-----TTT------ATTTATAATGCAGT-GC---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----CATTT----TA-----A-----------------------------------------AAAT------------A------T-A-A-------GCA-----ATCACAATC-T-----A---ATT-----aa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ----AGGCAGC-AT---T-TTG--GAT------GTC-----GATTT----TA----TATT---------------------------------------AAAT------------A------T-AGA-------GAA-----ATCACTGTC-T-----AG--TTT-----ATTGA--CTACGT-G------A--G-ATGAG--TAACACCAATAGAAGAC
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               T------ATT----AG-CAGT-AG---T-TTT--ACT-A-T--GTT-----AGTTT----TA----TAGTTTC--ATCT-T-T--------AT-TT-----CCGATTGAAAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCATTATC-C-----AG--TTT-----GTTGA--GTATTT-G------A--G-ATGgtgataattaatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           t--A----ATGT-G-TGA---ATT-T--CCA----A----TATACT---AC---AC---CA-ACA----TGTA-A-TTTTTCA-CTTGC-TTG------AC---A-------------ATGC--A---------AGTT--------G--T---CATGGCAACAGTGGGGGCT-G-G-G--A-C--------T----AT-GG----G-AATTA-ACATGGAATA-C--TA---T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttctaTC--ATTT-T-T--------AT-TA-----C-------ATAT------------A------T-A-A-------G-A-----CTAACAGTC-T-----A---GTT---------------TGT-G------G--G-GTGAT--TAAATACATTGGGAAATAttctgccgaacccccccccccctcatttttattacatatataagactaacagtctagtttgtggggtgattaaatacattgggaaatatgataatttatgcatcacggctgatgcacattgtcacgttgtcccctgtagttaatcggttcccatagccaacaattaacaaaggcactgactctgtatatgcacgcaaccat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttctaaatgtgtgaatttccaatatactacaccaacatgtaatttttcacttgcttgacaatgcaagttgtcatggcaacagtgggggctgggactatgggaattaacatggaatactatttctgccgaaccccccccccccAT------------A------T-A-C-------AGA-----GTCAGTGCC-TTTGTTA---ATT-----GTTGG--CTATGG-G------A--A-CCGAT--TAACTACAGGGGACAACtgataatttatgcatcacggctgatgcacattgtcacgttgtcccctgtagttaatcggttcccatagccaacaattaacaaaggcactgactctgtatatgcacgcaaccat
gi|30                         :                                                                                                                                                                            tttctaaatgtgtgaatttccaatatactacaccaacatgtaatttttcacttgcttgacaatgcaagttgtcatggcaacagtgggggctgggactatgggaattaacatggaatactatttctgccgaacccccccccccctcatttttattacatatataagactaacagtctagtttgtggggtgattaaatacattgggaaatatgataatttatgcatcacggctgatgcacattgtcac-C-ATGT-----AA---C--------------TGA--ATT-------AC----------G--T---CA--------GTGGG---T-GAG-G--A-C--------T----AT-GG----A-AATTA-ACACAGAATA-C--CA---TGTG---Tgcacgcaaccat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ctcc-------------ATAA--A---------AG----------GCAT---CT--------GTGGG---T-GTG-G--A-C--------T----AT-AG----A-AATTATAAATGGAATG-C--CA---TGTG---CA----------TT-----TCA------ATT----TTGCAGT-GT---T-TTT--TGT-A-T--GTagttgacaatttttatgcccccgtgatcgaagat
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cac-----C-------ATAT------------A------T-A-A-------GTA-----ACCA--GTC-T-----A---CTT---------C--GTA-----------------TAAT--TAATTACAATGGAAAACtc
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTA-CACTCCCAGCTG------TTTTCTC-TGT-GT-TAA------CCCTTTGA---AA--C------TCC--A----ATGT-G-TTgtgataatttatgca
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                           agtagcC-TGT-GA-TGA------CCCTTTGA---AG--T------TTC--A----ATGT-GCTTA---TTT-T--CCC--CAA----TA---TT--AC---AC---CT-GTACGCGTGTA-ATTTTTT---TTC-C-ATTC------G---A-------------ATGA--A---------AATCAGCAACTTG--T---CA--------GTGGG---C-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACCATC-T-----A---GTTG----GGTGG--GTACAT-GAAAGTTA--A-ATGCT--TAACTACAAAGGAAAactgaatgccagatgtgccgattaaatgaatactagtataaggaatcaccatctagttgggtgggtacatgaaagttaaatgcttaactacaaaggaaatcgcgataatctatcagttctctattgtaaatcactttaccaacccaagaaactagacagaattttgaattaattcaattt
gi|5                          :                                                                                                                                                                         ctgtgatgaccctttgaagtttcaatgtgcttattttccccaatattacacctgtacgcgtgtaattttttttccattcgaatgaaaatcagcaacttgtcagtgggcactgaatgccagatgtgccgattaaatgaatactTTGA---AG--C------CCT--AT---ATAA-A-TTT---ATT-T--CCC--C-A----AA-ATTT--AC---AAAGTCC-AGG----TGTA-AATTTTTCA-TTC-CCATGC-----AA---A--------------TGA--A---------AG----------G--T---CA--------GTGAG---C-A-A-G--AGC--------T----AT-TG----A-TATTA-ATATGTAAT-----CA---TATG---TGT---G-T---TTCAATTTCT------ATT----TGGCACT-AA---T-TTT--GAT-A-T--GTCAATCTAATTT----TA----TATTTTC--A-TT-T-C--------AT-TT-----T-------TAAT------------A------T-A-AATATTGGGAA-----ATCA-TGCC-C-----AGT-TTT-----GTTGA--GTACGT-G------A--T-TTGAT--TAACAACAtcgcgataatctatcagttctctattgtaaatcactttaccaacccaagaaactagacagaattttgaattaattcaattt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                gC-TGT-GA-TAA------CACTTTAA---AG--C------TCT--ATTAAATGT-G-TTA---ATT-T--TCC--C-A----CA-GTTT--AC---AA---CT-GGG----TGTA-AATTTCTAA-GTT-G-AAAT-----AA---A-------------ATGA--A---------TG----------T--T---CA--------GTGGG---T-GTA-A--A-C--------T----GT-GG----A-AATTA-ACACAGAATG-T--CA----G-G---TGT---A-T---CT------------------------CAGT--------TTT--GAT-A-TATGTC-----TGTTT----TA----TATATTG--ATTT-T-T--------AT-TT-----G-------AGATGTAGATACATGTA------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-T-----ATTTGTT-----GTTGG--GTAGTT-G------A--G-GTGATAAGAACTACAATGAAAAGCAtcagcaaatatgtgataatttatgcaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                             TCCACCTG------CTTTCTC-TGG-GAATA---------CTTCCA---AG--C------TCC--A----TCAT-A-TT------T-T--CAA--C-G----AA-ATTT--AC---AA---CT-AGA----TGTA-AATTTCCGA-GTT-C-ATGC-----AA---C-------------ACTA--A---------AA----------G--T---CA--------GTGGG---CGG-G-G--A-C--------T----TT-GA----A-AATTA-ACATGAACTT-C--AA---TGT------------T---TT---------------TT----AAGCAGC-AT---T-TTC--AA--A-A--GAC-----AA--------A----TA------------------------------------------AAT------------A------G-A-A-------GGA-----ATTGCTGTC-C-----AGGGACC-----GTTAGCAGTTTGT-T------AATG-ATGAT--TAATTACGATtgataatttatgcaac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                     aaatacaatctccaTG------TTTTCTC-AGA-GA-TAT------CCTTTTGA---AG--C------TCC--A----ATAT-G-ATA---TTT-T--CCTAAC-A----TA---CT--AC---AT---CA-GCA----TGTA-AAATTCACA-TTTGC-ATGC-----AA---ATCGGCAACTCCTCATGA--C---------A--------------T---CA--------CTGGA---C-A-GCG--A-C--------T----AT-GG----A-AATGA-ACATAGAATG-C--AA---TGCG---T-----------------------------T----AGGCAGT-AT---T-TT---GAT-A-T--GTC-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------ATACATGT-A-A-------GGA-----CTCACTGCC-A-----AG--TTT-----GTT-A--ATATGT-G------A--T-GCGAG--TAACTACaagaattatgataattcaagca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                      TA-GATTTCCTTCTG------TTTTCAC-TGT-GA-TCAGTTGATTCCT--GA---AG--TAATACATCT--A----ATGT-G-TTA---ATT-T--CC-------------------AC---A----------------CA-GATTTCTCA-GTT-C-ATGCTTTTTGA---A-------------ATAA--A---------------------G--C---CA--------GTGGG---C-G-G-GG-A-C--------T----TTTGG----A-AATTA-ACATGGAATGTC--CA---TGTGCATTTT---G-T---CT-----TCT------TTC----AGGCAGT-AT---T-TTTATGAT-A-T--GTC-----GATTT----CT----TATTTTC--ATTT-TAA--------AT-CTAGATAC-------GAAT------------A------A-A-A-------GGA-----AACTTTGTC-ta
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTGAGATCGATTGAGTACGATGGAAAATGTGATAATTTATGTACATAGGGGCGTCATTATCACATTTCTGTGATTGTACTTAATCGTTTTATACCCAACA
Unaligned ( gi|32 ): ATTTCTGCAGTATAGTTTTGAATTTCAAATATAAGATTTTCAAGGATATCTATAATTTAAAACTTTTTTCT
Unaligned ( gi|35 ): TTGTAAATGTTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGATCGA
Unaligned ( gi|36 ): GTGGAGGTATAGTGTATATCACACACTCAGTATTA
Unaligned ( gi|37 ): TTTGATAATTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGAT
Unaligned ( gi|38 ): GAATCCATTCATCATGTATTCCATAGTAGTTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                      1            11        44444444444                                                                                                                       2222222222222                                             111111111111111111111111       222222222222222222222         11111111     1111111                                                             444444444444444                                                                                                         1111111111111    1111111111111111111                             222222222222                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                      5  1   1     66        33333333333 1 1  1         4            777777       2   2  2  7777777        333  22 999999   22 5555    1 1   333   1 22   22 1 7777777777777  666 3333  44444444    1         66  8 1    333333333333333333333333    22 111111111111111111111 22 333  33333333     3333333 1 44 6 66666666 33333 1  3333 1     1         33333  3333   000000000000000  44444   55555555555555      22 444 1   333  1 1 44   77777     4444  8888888888888  0 1 7777777777  1  1111111111111    1111111111111111111 1 1 5555555 0 44444         333333333333  999999    222  4  77777777 44444    33                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                      .  .   .     ..        ........... . .  .         .            ......       .   .  .  .......        ...  .. ......   .. ....    . .   ...   . ..   .. . .............  ... ....  ........    .         ..  . .    ........................    .. ..................... .. ...  ........     ....... . .. . ........ ..... .  .... .     .         .....  ....   ...............  .....   ..............      .. ... .   ...  . . ..   .....     ....  .............  . . ..........  .  .............    ................... . . ....... . .....         ............  ......    ...  .  ........ .....    ..                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                      0  0   0     55        00000000000 0 0  0         0            777777       2   1  1  5555555        555  66 555555   55 7777    8 8   333   9 66   66 9 4444444444444  444 8888  00000000    7         77  3 7    666666666666666666666666    33 444444444444444444444 44 000  00000000     3333333 7 00 7 00000000 66666 7  5555 7     7         77777  5555   555555555555555  55555   11111111111111      11 666 7   777  8 9 55   00000     2222  0000000000000  8 8 0000000000  8  8888888888888    9999999999999999999 8 8 9999999 1 55555         222222222222  444444    999  5  11111111 88888    11                  
consensus                     :                                                                                                                                                                                         NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTTCACATNAATNTGTGANTACTGCATTACCCAGTGTTTGNANTGNGAATATTTA-CATTTCCAACTG------TTTTCTC-TGT-GA-TAA------CCCTTTGA---AG--C------TCC--A----ATGT-G-TTA---ATT-T--CCC--C-A----TA-ACTT--AC---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-NTT-C-ATGC-----AA---A-------------ATGA--A---------AG----------G--T---CA--------GTGGG---C-G-G-G--A-C--------T----AT-GG----A-AATTA-ACATGGAATG-C--CA---TGTG---TNT---A-T---TT-----TCT------ATT----AGGCAGT-AT---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-T-----A---NTT-----GTTGG--GTACGT-G------A--G-GTGAT--TAACTACAATGGAAAACA
Reference ( family-807 )      :                                                                                                                                                                                         NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTTCACATNAATNTGTGANTACTGCATTACCCAGTGTTTGNANTGNGAATATTTA-CATTTCCAACTG------TTTTCTC-TGT-GA-TAA------CCCTTTGA---AG--C------TCC--A----ATGT-G-TTA---ATT-T--CCC--C-A----TA-ACTT--AC---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-NTT-C-ATGC-----AA---A-------------ATGA--A---------AG----------G--T---CA--------GTGGG---C-G-G-G--A-C--------T----AT-GG----A-AATTA-ACATGGAATG-C--CA---TGTG---TNT---A-T---TT-----TCT------ATT----AGGCAGT-AT---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-T-----A---NTT-----GTTGG--GTACGT-G------A--G-GTGAT--TAACTACAATGGAAAACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                AATATTTA-CATTTCCAACTG------T----------------------------TGC---AG--C------TTC--A----ACGT-G-TTAATCATT-T--CTC------------------------A---CT--------TGTA-AGT-----------------------A---A-------------ATGA--G---------AGAC--------G--T---CA--------GTGGG---A-G-G-G--AAC--------T----AT-GG----A-CATTT-ACATGGAATG-C--CA---CGTG---TGT-----T---T-------------------------CAGT--T---T------------T--ATC-----GATCT----TAACTGTATTTTC--ATCT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------A------TCA-A-------TAAAATACATCACCGTCTT-----G---CTT-----ATTGG--GTACGT-G------A--A-GCGAT--TACATAAAATTAAAAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tccttTC--ATAT-T-C--------AT-TT--------------------------------------A-A-------AGA-----GTCACTGTCTT-----A---TTT-----GTTGG--TTATGC-A------A--G-----------CTACATTGATAAACaaacctcatcgtaataatttatgtataacggcgatatcattacgcaaatcatcacgtttatcaatgtagcttgcataaccaacaaataagacagtgactctttaaatgaatatgacgcat
gi|10                         : tccttaatatttacatttccaactgttgcagcttcaacgtgttaatcatttctcacttgtaagtaaatgagagacgtcagtgggagggaactatggacatttacatggaatgccacgtgtgtttcagttttatcgatcttaactgtattttcatctttatttcaaatatcaataaaatacatcaccgtcttgcttattgggtacgtgaagcgattacataaaattaaaaaaaacctcatcgtaataatttatgtataacggcgatatcattacgcaaatcatcacTCTCCTGT-GA-TGA------CTCTTTAA---AG--C------TCC--A----ATGTAG-TTA---ATT-T--CCC--C-A----CA-ATTT--AC---AT---CT-AGA----TGTA-AATTTTTCA-GTT-C-ATGT-----AA---A-------------ATGG--A---------AA----------G--TTTATA--------GTGGG---C-T-G-G--AGC--------T----AT-GG----A-AATTA-ATATGG-AT-----------------TTC---A-A---TT-----TCC------ATT----AGGCAGT-CT---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----AATTG----TA----TGGTTTA--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AA--------------A------T-A-A-------GGA-----ATCAGTGTC-TG----G---TTT-----GTTTG--GTATGTGG------A--G-GTGA---TAACAACAAcgcat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   aTTTAACTTTTCCAACTG------TTTAATC-TGT-AA--AA-------CGTTTGA---AA--C------TGC--C----ATGT-G-TTA---ATT-TCCCCC--C-A----CA-GCGT--AC---AA---CT-GAA----TGTA-AGCGTCCCA-GTC-C-ATGC-----AA---A-------------ACGA--G---------AT----------G--T---TA--------GTG-------------------------------T-GG----A-AATTA-ACA-----------CA----------------A-G---TT-----TCT------ATT----AGACAGT-AT---T-CTT-------------------GATTT----TA-----------------------------AT-TT-----C-------AAAT------------A------C-A-T-------G---------CACAG---------A---A---------TAG--GTA-GT-G------G--GTGTGAT--ATACTAGCATGGAAAAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                     aatatatctTATTTTCA-ATCAATGTATGATTATTGCATTACCCAGTGTTTGCATTGTGAATAGTTA-CATTTCCAGCTG-------TTTCTC-TGT-GA-TAA------CCCTTTCA---GA--C------TTC--A----ATGT-G-TTA---GTT-T--TTC--A-A----TA----T--AC----A---CT---------------TTTCTCG-----C-ATGC-----TC---A-------------G-GA--A---------CA----------G--A---CACTCGG---GTGGC---T-G-G-A--A-C--------T----TA-GG----AGAAATA-ATGTGGAATG-C--CA---T------TGG---A-T---TT-----TCTATTCCAATT----GGGCAGT-AT---T-TTT--ggtatcatttatgc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                           taTCCCATTG------TTTTCTT-TGT-GA----------CCTTTTGA---AA--C------TCCCGA----TTGC-G-TTA---ATT-T--CCC--C-A----TA----T--ACACTAA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-GTT-C-ATGC-----AAATGA-------------ATGATCA---------AT----------G--T---CA--------GTGGT---T-A-G-G--A-C--------TTATGAT-GG----A-AATTG-ACATGGAATG-C--CA---TGCG---TATTC-A-A---TA-----TCT------AGT----AGACAGT-TT---A-TGG--GAT-A-T--GTT-----GATTT------------TTTTC--TTGT-T-C--------AT-TT-----
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --C------TCT--A----ATGT-G-TTC---ATT-T--CTT--C-A----TC-ACTT--TC---AG---CC-ATA----TGTA-AATTTATCA-GTT-T-TT--------A---A-------------ATGA--A---------GC----------T--T---TA--------GGGGA---C-A-A-A--A-A--------T----AT-GG----G-AATTA-ACAAGAAATG-T--TA---TGTG---TATTTCA-A---TT-----TCT------ATT----ATGCAAC-AT---TGTTT--CAA-A-T--ATT-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTTGT-T--------TTGTT-----C-------AAAC------------A------T-A-A-------AGA-----At
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                  tctcttctgtggtgtaTATTTA-TGTTTCCAACCG------CTTTCCC-CAT-GA-TAT------CCACCTGA---AG--C------TCC--G----GTGT-G-TTA---ATT-T--CCC--C-A----CATAC-T--AC---AT---CG-GCA----TGTA-AAGATATCA-CTTGC-ATGC-----TA---A-------------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CT------ATT----ACGCAGT-AT---T-TTT--G---A-T--GTC-----AATGG----TA----TGCTTTA--ATGG-T-T--------AT-AT-----C-------AAAtcaatagcttgtcatgacgttaatagtccatagaactattacgcagtatttttgatgtcaatggtatgctttaatggttatatcaaa
gi|16                         :                                                                                                                               tatttatgtttccaaccgctttccccatgatatccacctgaagctccggtgtgttaatttccccacatactacatcggcatgtaaagatatcacttgcatgctaatcaatagcttgtcatgacgttaatagtccatagaaTTTCCAGCAT------TTTTCTC-TGC-GA-TAA------TCTTCTGC---AG--C------CCC--T----TTGT-A-TTA---G-T-T--CTC--C-A----TATAC-T--ACATTAA---C----A----TGTACAA---CGTA-CCTAC-ATGC-----AA---ATC-----------ATCA--ACTTGTGACGAC----------A--T---CA--------GAGGG---CGG-G-G--A-CTACATATTT----AT-GG----A-AATTA-ATCTCGAATG-T--CA---TGTG---TGTCAGA-T---TT-----
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  catgTA-GATTTCCAACTGGTTTTTTTTTTTT-TTTAGA-TAA------CTCTTTGG---AG--A------TCC--A----ATGT-G-TAA---ATT-C--CCC--C-A----TA----TAGAC---AA---CT-GAA----AGTA-AACTTTTCACTTT-C-ATGC------A---A-------------ATGA--A---------TG----------A--T---GACT------ATGAG---TAG-G-A--A-C--------T----AA-AG----A-AATTA-ACATAGAAAG-C--CA---CATG---TA----------TT-----TCT------AGA----TGGCAAT-ATAAAT-TTT--TAT-gtatcaaatataca
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             C---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCT-TTTGC-ATAC-----AG---A--------------TGG--A---------AG----------G--T---CA--------TTTGT---TTG-G-G--A-C--------A----AT-GG----A-AACTA-ACATGGAGTG-T--CA---TGTG---TAT---G-TCAATT-----TTT------ATC----AGGCAGT-AT---T-TTC--AAT-A-T--GTCA----GATT---------------------TTT-T-T--------A---------A-------AAAT------------A------T--------------------CTATTGTC-------------T-----GTTTG--GTATGT-A------A--G-GTGAT--TAACAAAAATGGAAAAC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gT-GA-TAA------CTCTTTAATTTAG--C------TCC--A----ATGT-A-TTA---ATT-G--TCC--C-ACAATTA-ACCT--AC---AC---CTTGGA----TGTA-ACTTTCTCA-GTC-T-ATGC-----TA---A-------------ATGA--A---------AG----------T--T---CA--------GTAGG---CAG-A-A--A-C--------C----AT-GG----A-AACGT-ACACAGA--------------------------------T-----TCC------AT--------------C---T-TTT--GATAA-T--GTC-----GATTTTTAATA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-Tt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                              TATTTTCACATAAATTTGTGAG-ACTGCATT-----------GAAATAAAAATATTTA-CATTTTCAATTG------TTTTCTC-TGT-GA-TGA------CCTTTTGA---AA--A------TCC--A----ATTT-G-TTC---ATT-T--TCC--C-A----TA-ACTT--AC---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-TTT-C-ATGA-----AG---A-------------ATGA--A---------AA----------G--T---CT--------GTGGG---T-G-G-G--T-C--------T----TT-GG----A-AATCA-ACATGGAATG-T--CA---TTTGGACTGT---A-T---TT-----TCT------ATT----GAGCAGT-AT---T-TTT--GAC-A-T--GTC-----AATTT----TA----AATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----T-------AAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-TC----A---ATT-----GTTGG--GTATGT-A------A--G-ATAAT--TAATCCCAATGGACAACA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                               aatttctaatcaccagaatttG------CTTTCTC-TGT-GA-CA--------CATTCAA---AG--G------GTC--A----ACAT-G-TTT---ATTCT--CCC--C-A----CA-A-----------A---CT-GGG----TGTA-AATTTTCCA-CTT-C-CTGCT----AA---A-------------AAGA--A---------AG----------G--T---CG--------GTGAG---T-GTG-A--A-C--------G----AC-GA----A-AATC--GCACGGAATG-CAACA---TGTA---TTTC--A-A---TT-----TCT------ATC-----GGCAGTCAT---T-TTat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atg---CT-GGA----TGTA-AATCTCTCA-GTT-T----------------------------------------------G----------G--T---CT--------ATGAG---C-G-A-A--AAC--------T----AT-GG----A-AATCA-ATATGGA-TT-T--CA----------------A-T---TT-----T-T------ATT----AGGTAGT-ATA--T-TTC--CAT-AAC--GTT-----GATCT----TA----TACTTTCTCATCT-T-TTTATGCTAAT-TT-----C-------AAAT------------A------T-A-A-------GGG-----ATGACTGCC-T-----
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      TA-TATTTTTAATTA------TTTTCTC-TGT-GA-CAA------CCATATGA---AGTCC------TAC--A----GCAT-G-------------------C-A-----A-ACTT--AC---AA---CT-AGG----TGTA-CATTTCTCA-TTT-C-ATGC-----AA---A-------------GTGA--A---------AG----------G--T-------------ATGAA---C-GCC-G--A-T--------T-----T-AAAACCA-AATTA-ACGTGGGAgg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TGGG---C-G-G-GGAA-C--------G----AT-GG----A-AATTA-ACATGAAATC-C--CA---CGTG---CCT---------TT-----TC------------------AAT-AT---A-TTT--GAT-A-T--ATC-----GATGT----CA----T--------ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------ATCAATGT-A-A-------AGA-----TTCACTGCC-T-----A---GTTTACAAGTAGG--CTATGC-T------A--A-GTGAT--TAcatttggtacatgt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                               gaATATTTA-CTTTTCCAGCTG------TGT--TC-TGT-GA-CAA------ACCTTTGA---AG--CTTAA--TTT--A----ATAA-G-TTA---TTT-T--CCC--C---------------AC---AA---CA-GGA----TGCA-AATTTCCTA-----C-ATGT------A---A-------------ATAA--A---------A
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tggataggaatggtgttaaatttcagt--CA---CGAG---TTT---AGT---TT-----CCT------ATT----AGGCAGT-CG---T-ATT--CAT-A-TT-ATC-----AATT------G----GGTTTT----TTT-T-T--------AT----------------GAAT------------A------T-A-T-------GGA-----ATCACAGTC-T-----AG--CTT-----ACTGG--TTATGTGG------A--G-ATGAT--
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acttaa-G-G--A-C--------T----TA-GG----A-AATTA-ATATGGAATG-C--CAAATTGTG---TTTTTGA-TGA-TT-----TTT------ATTTATAATGCAGT-GC---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----CATTT----TA-----A-----------------------------------------AAAT------------A------T-A-A-------GCA-----ATCACAATC-T-----A---ATT-----aa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ----AGGCAGC-AT---T-TTG--GAT------GTC-----GATTT----TA----TATT---------------------------------------AAAT------------A------T-AGA-------GAA-----ATCACTGTC-T-----A---GTTT----ATTGA--CTACGT-G------A--G-ATGAG--TAACACCAATAGAAGAC
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               T------ATT----AG-CAGT-AG---T-TTT--ACT-A-T--GTT-----AGTTT----TA----TAGTTTC--ATCT-T-T--------AT-TT-----CCGATTGAAAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCATTATC-C-----AG--TTT-----GTTGA--GTATTT-G------A--G-ATGgtgataattaatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           t--A----ATGT-G-TGA---ATT-T--CCA----A----TATACT---AC---AC---CA-ACA----TGTA-A-TTTTTCA-CTTGC-TTG------AC---A-------------ATGC--A---------AGTT--------G--T---CATGGCAACAGTGGGGGCT-G-G-G--A-C--------T----AT-GG----G-AATTA-ACATGGAATA-C--TA---T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttctaTC--ATTT-T-T--------AT-TA-----C-------ATAT------------A------T-A-A-------G-A-----CTAACAGTC-T-----A---GTT---------------TGT-G------G--G-GTGAT--TAAATACATTGGGAAATAttctgccgaacccccccccccctcatttttattacatatataagactaacagtctagtttgtggggtgattaaatacattgggaaatatgataatttatgcatcacggctgatgcacattgtcacgttgtcccctgtagttaatcggttcccatagccaacaattaacaaaggcactgactctgtatatgcacgcaaccat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttctaaatgtgtgaatttccaatatactacaccaacatgtaatttttcacttgcttgacaatgcaagttgtcatggcaacagtgggggctgggactatgggaattaacatggaatactatttctgccgaaccccccccccccAT------------A------T-A-C-------AGA-----GTCAGTGCC-TTTGTTA---ATT-----GTTGG--CTATGG-G------A--A-CCGAT--TAACTACAGGGGACAACtgataatttatgcatcacggctgatgcacattgtcacgttgtcccctgtagttaatcggttcccatagccaacaattaacaaaggcactgactctgtatatgcacgcaaccat
gi|30                         :                                                                                                                                                                            tttctaaatgtgtgaatttccaatatactacaccaacatgtaatttttcacttgcttgacaatgcaagttgtcatggcaacagtgggggctgggactatgggaattaacatggaatactatttctgccgaacccccccccccctcatttttattacatatataagactaacagtctagtttgtggggtgattaaatacattgggaaatatgataatttatgcatcacggctgatgcacattgtcac-C-ATGT-----AA---C--------------TGA--ATT-------AC----------G--T---CA--------GTGGG---T-GAG-G--A-C--------T----AT-GG----A-AATTA-ACACAGAATA-C--CA---TGTG---Tgcacgcaaccat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ctcc-------------ATAA--A---------AG----------GCAT---CT--------GTGGG---T-GTG-G--A-C--------T----AT-AG----A-AATTATAAATGGAATG-C--CA---TGTG---CA----------TT-----TCA------ATT----TTGCAGT-GT---T-TTT--TGT-A-T--GTagttgacaatttttatgcccccgtgatcgaagat
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cac-----C-------ATAT------------A------T-A-A-------GTA-----ACCA--GTC-T-----A---CTT---------------CGT-A------------TAAT--TAATTACAATGGAAAACtc
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTA-CACTCCCAGCTG------TTTTCTC-TGT-GT-TAA------CCCTTTGA---AA--C------TCC--A----ATGT-G-TTgtgataatttatgca
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                           agtagcC-TGT-GA-TGA------CCCTTTGA---AG--T------TTC--A----ATGT-GCTTA---TTT-T--CCC--CAA----TA---TT--AC---AC---CT-GTACGCGTGTA-ATTTTTT---TTC-C-ATTC------G---A-------------ATGA--A---------AATCAGCAACTTG--T---CA--------GTGGG---C-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACCATC-T-----A---GTTG----GGTGG--GTACAT-GAAAGTTA--A-ATGCT--TAACTACAAAGGAAAactgaatgccagatgtgccgattaaatgaatactagtataaggaatcaccatctagttgggtgggtacatgaaagttaaatgcttaactacaaaggaaatcgcgataatctatcagttctctattgtaaatcactttaccaacccaagaaactagacagaattttgaattaattcaattt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ctgtgatgaccctttgaagtttcaatgtgcttattttccccaatattacacctgtacgcgtgtaattttttttccattcgaatgaaaatcagcaacttgtcagtgggcactgaatgccagatgtgccgattaaatgaatactCTGTC-T-----AG--TTT-----CTTGG--GTTGGT-A------A--A-GTGAT--T---TACAATAGAGAACtcgcgataatctatcagttctctattgtaaatcactttaccaacccaagaaactagacagaattttgaattaattcaattt
gi|5                          :                                                                                        ctgtgatgaccctttgaagtttcaatgtgcttattttccccaatattacacctgtacgcgtgtaattttttttccattcgaatgaaaatcagcaacttgtcagtgggcactgaatgccagatgtgccgattaaatgaatactagtataaggaatcaccatctagttgggtgggtacatgaaagttaaatgcttaactacaaaggaaatcgcgataatctatcaTTGA---AG--C------CCT--AT---ATAA-A-TTT---ATT-T--CCC--C-A----AA-ATTT--AC---AAAGTCC-AGG----TGTA-AATTTTTCA-TTC-CCATGC-----AA---A--------------TGA--A---------AG----------G--T---CA--------GTGAG---C-A-A-G--AGC--------T----AT-TG----A-TATTA-ATATGTAAT-----CA---TATG---TGT---G-T---TTCAATTTCT------ATT----TGGCACT-AA---T-TTT--GAT-A-T--GTCAATCTAATTT----TA----TATTTTC--A-TT-T-C--------AT-TT-----T-------TAAT------------A------T-A-AATATTGGGAA-----ATCA-TGCC-C-----AGT-TTT-----GTTGA--GTACGT-G------A--T-TTGAT--TAACAACAaattttgaattaattcaattt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                gC-TGT-GA-TAA------CACTTTAA---AG--C------TCT--ATTAAATGT-G-TTA---ATT-T--TCC--C-A----CA-GTTT--AC---AA---CT-GGG----TGTA-AATTTCTAA-GTT-G-AAAT-----AA---A-------------ATGA--A---------TG----------T--T---CA--------GTGGG---T-GTA-A--A-C--------T----GT-GG----A-AATTA-ACACAGAATG-T--CA---GGTG---TAT-----------------CT----------------CAGT--------TTT--GAT-A-TATGTC-----TGTTT----TA----TATATTG--ATTT-T-T--------AT-TT-----G-------AGATGTAGATACATGTA------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-T-----ATTTGTT-----GTTGG--GTAGTT-G------A--G-GTGATAAGAACTACAATGAAAAGCAtcagcaaatatgtgataatttatgcaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                             TCCACCTG------CTTTCTC-TGG-GAATA---------CTTCCA---AG--C------TCC--A----TCAT-A-TT------T-T--CAA--C-G----AA-ATTT--AC---AA---CT-AGA----TGTA-AATTTCCGA-GTT-C-ATGC-----AA---C-------------ACTA--A---------AA----------G--T---CA--------GTGGG---CGG-G-G--A-C--------T----TT-GA----A-AATTA-ACATGAACTT-C--AA---TGT------------T---TT---------------TT----AAGCAGC-AT---T-TTC--AA--A-A--GAC-----AA--------A----TA------------------------------------------AAT------------A------G-A-A-------GGA-----ATTGCTGTC-C-----AGGGACC-----GTTAGCAGTTTGT-T------AATG-ATGAT--TAATTACGATtgataatttatgcaac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                     aaatacaatctccaTG------TTTTCTC-AGA-GA-TAT------CCTTTTGA---AG--C------TCC--A----ATAT-G-ATA---TTT-T--CCTAAC-A----TA---CT--AC---AT---CA-GCA----TGTA-AAATTCACA-TTTGC-ATGC-----AA---ATCGGCAACTCCTCATGA--C---------A--------------T---CA--------CTGGA---C-A-GCG--A-C--------T----AT-GG----A-AATGA-ACATAGAATG-C--AA---TGCG---T-----------------------------T----AGGCAGT-AT---T-TT---GAT-A-T--GTC-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------ATACATGT-A-A-------GGA-----CTCACTGCC-A-----AG--TTT-----GTT-A--ATATGT-G------A--T-GCGAG--TAACTACaagaattatgataattcaagca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                      TA-GATTTCCTTCTG------TTTTCAC-TGT-GA-TCAGTTGATTCCT--GA---AG--TAATACATCT--A----ATGT-G-TTA---ATT-T--CC-------------------AC---A----------------CA-GATTTCTCA-GTT-C-ATGCTTTTTGA---A-------------ATAA--A---------------------G--C---CA--------GTGGG---C-G-G-GG-A-C--------T----TTTGG----A-AATTA-ACATGGAATGTC--CA---TGTGCATTTT---G-T---CT-----TCT------TTC----AGGCAGT-AT---T-TTTATGAT-A-T--GTC-----GATTT----CT----TATTTTC--ATTT-TAA--------AT-CTAGATAC-------GAAT------------A------A-A-A-------GGA-----AACTTTGTC-ta


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                      C  A   T     G         .           A A  A         A            GTTTTT       C   A  A  AGTTGAT        TTT  TC AATACA   CG TTAA    A C   .     C CC   AA A CAATTAACCT     ACT AAGT  GTACGCG     C         CT  G C    AAATCGGCAACTCCTC            TC AATCAGCAACTT          CA TTA  TGGCAACA     GGCTG   C GA G TACATATT TATGA T  AACC G     T         GCAA   AATT   TTTTTGATGA       CAATT   ATTCCAATTG          CA AAA G   ATG  A A AT   AATCT     TTAA  TACTTTCTC        G TTTATGCTA   G  CCGATTGA         GTAGATACATGTA       . G ATATTGG   .             TTTGTTAA      TACAAG    CAG  T  GAAAGTT  ATGA     AA
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                        .            .            .   .  .  A              .    .  TTAA     .  T       . .   .     . .    .  . CAATTT         ATT T     TGGA        .         G   A .    TTTTTGAA                    .  CTTGTGACGAC           .  .    CTCGG        CGG     . G  A .        A     .  .    .     .         GTC    T      TATTTCAA         .       ATTTATAA            C  A   .   G    . . T    A         .     TGGTTTA          . AA          .  AGATAC           ATCAATG             . . .         .             TATTTG        TA        T    T  GG       GTG      . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                        .            .            .   .  .  A              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . CAGCGT         .   A     AGA         .         G   G .    AAATGA                      .  AGTT                  .  .    CT           TAG     . .  G .        T     .  .    .     .         GC     T      TGTCAGAT         .       ATTA                A  .   .   G    . . .    .         .     TATTTTC          . C           .  C                ATACATG             . . .         .             CAGGGA        GG        G    T  GG       GG       . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                        .            .            .   .  .  A              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . TCACTT         .   A     GAA         .         G   G .    AAATC                       .  TTAC                  .  .    .            TTG     . .  . .        A     .  .    .     .         GC     T      TATGTCAA         .       ATTA                A  .   .   C    . . .    .         .     TGCTTTA          . T           .  C                A                   . . .         .             CAGTT         G         G    T  A        GG       . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                        .            .            .   .  .  T              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . CATACT         .   A     GGA         .         G   G .    TAAA                        .  AA                    .  .    .            CAG     . .  . .        A     .  .    .     .         GT     T      GACTGTAT         .       AGTA                T  .   .   G    . . .    .         .     TATTTTC          . C           .  C                A                   . . .         .             TTAT          G         G    T  G        GA       . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                        .            .            .   .  .  A              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . TATACT         .   G     ATA         .         C   . .    AAA                         .  AT                    .  .    .            TGT     . .  . .        A     .  .    .     .         GT     C      CATTTTGT         .       ATTA                A  .   .   T    . . .    .         .     AATTTTC          . T           .  C                A                   . . .         .             TGGT          G         G    T  A        AG       . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                        .            .            .   .  .  A              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . TAACTT         .   T     GCA         .         C   . .    AAA                         .  CA                    .  .    .            CGC     . .  . .        A     .  .    .     .         GC     T      TATTCAA          .       ATTA                A  .   .   A    . . .    .         .     TAGTTTC          . T           .  A                A                   . . .         .             TCAA          G         C    C  A        GA       . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                        .            .            .   .  .  A              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . TATACT         .   A     GAA         .         T   . .    TCA                         .  AT                    .  .    .            TGA     . .  . .        A     .  .    .     .         GT     T      TTTCAA           .       AGAT                A  .   .   G    . . .    .         .     TATTTTC          . T           .  T                A                   . . .         .             TAGC          A         T    T  T        GA       . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                        .            .            .   .  .  A              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . AAATTT         .   A     GGA         .         G   . .    TAA                         .  GC                    .  .    .            TGT     . .  . .        T     .  .    .     .         GT     T      TTTAGT           .       ATCA                A  .   .   G    . . .    .         .     TATATTG          . T           .  C                A                   . . .         .             CAGT          G         C    T  G        GA       . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                     .            .   .  .  A              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . CAGTTT         .   A     GGA         .         T   . .    AGA                         .  TG                    .  .    .            TGT     . .  . .        A     .  .    .     .         TT     C      TTCAA            .       ATTG                A  .   .   C    . . .    .         .     TATTTTC          . T           .  C                A                   . . .         .             TAGT          G         G    T  G        GG       . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                     .            .   .  .  A              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . AAATTT         .   C     GGG         .         C   . .    TAA                         .  AG                    .  .    .            CGG     . .  . .        A     .  .    .     .         CC     C      TGGAT            .       ATTA                A  .   .   G    . . .    .         .     TATTTTC          . T           .  C                A                   . . .         .             AAGT          C         C    C  G        AC       . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                     .            .   .  .  A              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . TATAG          .   A     GGA         .         G   . .    AGA                         .  AG                    .  .    .            CT      . .  . .        A     .  .    .     .         GC     T      TGTGT            .       ATTA                A  .   .   C    . . .    .         .     GGTTTT           . T           .  C                A                   . . .         .             TAG           G         G    C  G        AA       . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                     .            .   .  .  A              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . AACTT          .   A     AGG         .         T   . .    AAA                         .  AA                    .  .    .            TG      . .  . .        T     .  .    .     .         AC     T      CCT              .       ATTA                C  .   .   G    . . .    .         .     TTTTC            . T           .  T                A                   . . .         .             TAA           G         G    G  A        AG       . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                     .            .   .  .  A              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . TATT           .   A     GGA         .         C   . .    ACA                         .  AG                    .  .    .            TA      . .  . .        A     .  .    .     .         AC     T      TAT              .       ATTT                G  .   .   G    . . .    .         .     TATT             . T           .  G                A                   . . .         .             TAG           G         G    C  A        TT       . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .   .  .  T              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . TACT           .   A     ACA         .         T   . .    AAC                         .  AG                    .  .    .            CA      . .  . .        A     .  .    .     .         GC     T      AG               .       ATTT                A  .   .   A    . . .    .         .     TA               . C           .  C                A                   . . .         .             TAG           G         G    G  G        GG       . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .   .  .  .              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . TAT            .   C     AGG         .         T   . .    AAA                         .  AG                    .  .    .            TG      . .  . .        A     .  .    .     .         GT     G      TA               .       TTCA                A  .   .   T    . . .    .         .     T                . T           .  .                A                   . . .         .             TAC           .         A    T  G        TG       . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .   .  .  .              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . TAT            .   C     GGG         .         G   . .    AAA                         .  AG                    .  .    .            CG      . .  . .        A     .  .    .     .         TC     T      AT               .       ATC                 G  .   .   G    . . .    .         .     A                . T           .  .                A                   . . .         .             TAG           .         .    T  T        G        . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .  .  .              .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . CAA            .   A     AGA         .         G   . .    AAC                         .  TG                    .  .    .            CG      . .  . .        G     .  .    .     .         GC     T      CA               .       TTA                 A  .   .   G    . . .    .         .     .                . .           .  .                A                   . . .         .             AA            .         .    .  G        .          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .    .  .        .  .       . .   .     . .    .  . .              .   A     GCA         .         T   . .    AA                          .  AA                    .  .    .            CA      . .  . .        T     .  .    .     .         .      T      T                .       AT                  A  .   .   A    . . .    .         .     .                . .           .  .                A                   . . .         .             .                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .  .        .  .       . .   .     . .    .  . .              .   T     A           .         G   . .    AA                          .  G                     .  .    .            CA      . .  . .        A     .  .    .     .         .      .      T                .       TA                  A  .   .   G    . . .                                     . .           .  .                A                   . . .         .                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .  .       . .                                    .   .     .           .         .   . .    AA                          .  A                     .  .    .            CG      . .  . .        T     .  .    .     .         .      .      .                .       .                   A  .   .   .    .                                         . .           .                   .                   . . .         .                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .           .         .   . .    GA                          .  .                     .  .    .            .       . .  . .        .     .  .    .     .         .      .                               .                   .  .   .                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  . .    .                           .                                                     . .  . .        .     .  .    .     .                .                                                   .  .   .                                                                                                                                                                                        


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            A******                                          ***               TAACTT*******            GGA*****              N*         AAA*********************       AG*******************                      CG*****                                                             TAT************          ATTA**********      A*         G**                           TATTTTC******                                                                        *****
originalCons                  :                                                                                                                                                                                         NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTTCACATNAATNTGTGANTACTGCATTACCCAGTGTTTGNANTGNGAATATTTA-CATTTCCAACTG------TTTTCTC-TGT-GA-TAA------CCCTTTGA---AG--C------TCC--A----ATGT-G-TTA---ATT-T--CCC--C-A----TA-ACTT--AC---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-NTT-C-ATGC-----AA---A-------------ATGA--A---------AG----------G--T---CA--------GTGGG---C-G-G-G--A-C--------T----AT-GG----A-AATTA-ACATGGAATG-C--CA---TGTG---TNT---A-T---TT-----TCT------ATT----AGGCAGT-AT---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-T-----A---NTT-----GTTGG--GTACGT-G------A--G-GTGAT--TAACTACAATGGAAAACA
finalCons                     :                                                                                                                                                                                         NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTTCACATNAATNTGTGANTACTGCATTACCCAGTGTTTGNANTGNGAATATTTA-CATTTCCAACTG------TTTTCTC-TGT-GA-TAA------CCCTTTGA---AG--C------TCC--A----ATGT-G-TTA---ATT-T--CCC--C-ATAACTT-------AC---AA---CTGGA-----TGTA-AATTTCTCAN-TT-C-ATGCAAA---------------------ATGA--AAG-------------------G--T---CA--------GTGGGCG-----G-G--A-C--------T----AT-GG----A-AATTA-ACATGGAATG-C--CA---TGTGTAT------------TT-----TCTATTA----------GGCAGTA-T---T-TTTG--AT-A-T--GTC-----GATTT----TATATTTTC------ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-T-----A---NTT-----GTTGG--GTACGT-G------A--G-GTGAT--TAACTACAATGGAAAACA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTGAGATCGATTGAGTACGATGGAAAATGTGATAATTTATGTACATAGGGGCGTCATTATCACATTTCTGTGATTGTACTTAATCGTTTTATACCCAACA
Unaligned ( gi|32 ): ATTTCTGCAGTATAGTTTTGAATTTCAAATATAAGATTTTCAAGGATATCTATAATTTAAAACTTTTTTCT
Unaligned ( gi|35 ): TTGTAAATGTTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGATCGA
Unaligned ( gi|36 ): GTGGAGGTATAGTGTATATCACACACTCAGTATTA
Unaligned ( gi|37 ): TTTGATAATTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGAT
Unaligned ( gi|38 ): GAATCCATTCATCATGTATTCCATAGTAGTTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                      1            11        44444444444                                                                                                                       2222222222222                                             111111111111111111111111       222222222222222222222         11111111     1111111                                                    22222222222222222222222222222222222222222222                                                                                         1111111111111    1111111111111111111                             222222222222                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                      5  1   1     66        33333333333 1 1  1         4            777777       2   2  2  7777777        333  22 999999   22 5555    1 1   333   1 22   22 1 7777777777777  666 3333  44444444    1         66  8 1    333333333333333333333333    22 111111111111111111111 22 333  33333333     3333333 1 44 6 66666666 33333 1  3333 1     1          1   77777777777777777777777777777777777777777777   44444      22 444 1   333  1 1 44   77777     4444  8888888888888  0 1 7777777777  1  1111111111111    1111111111111111111 1 1 5555555 0 44444         333333333333  99999   0 333  3  77777777777777    33                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                      .  .   .     ..        ........... . .  .         .            ......       .   .  .  .......        ...  .. ......   .. ....    . .   ...   . ..   .. . .............  ... ....  ........    .         ..  . .    ........................    .. ..................... .. ...  ........     ....... . .. . ........ ..... .  .... .     .          .   ............................................   .....      .. ... .   ...  . . ..   .....     ....  .............  . . ..........  .  .............    ................... . . ....... . .....         ............  .....   . ...  .  ..............    ..                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                      0  0   0     55        00000000000 0 0  0         0            777777       2   1  1  5555555        555  66 555555   55 7777    8 8   333   9 66   66 9 4444444444444  444 8888  00000000    7         77  3 7    666666666666666666666666    33 444444444444444444444 44 000  00000000     3333333 7 00 7 00000000 66666 7  5555 7     7          7   44444444444444444444444444444444444444444444   55555      11 666 7   777  8 9 55   00000     2222  0000000000000  8 8 0000000000  8  8888888888888    9999999999999999999 8 8 9999999 1 55555         222222222222  55555   1 777  9  88888888888888    22                  
consensus                     :                                                                                                                                                                                         NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTTCACATNAATNTGTGANTACTGCATTACCCAGTGTTTGNANTGNGAATATTTA-CATTTCCAACTG------TTTTCTC-TGT-GA-TAA------CCCTTTGA---AG--C------TCC--A----ATGT-G-TTA---ATT-T--CCC--C-A----TA-ACTT--AC---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-NTT-C-ATGC-----AA---A-------------ATGA--A---------AG----------G--T---CA--------GTGGG---C-G-G-G--A-C--------T----AT-GG----A-AATTA-ACATGGAATG-CCA---TG---TGT-----AT-----TT-----T-----CT------ATT----AGGCAGT-AT---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-T-----A---NTT-----GTTGG--GTACGT-G------A--G-GTGAT--TAACTACAATGGAAAACA
Reference ( family-807 )      :                                                                                                                                                                                         NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTTCACATNAATNTGTGANTACTGCATTACCCAGTGTTTGNANTGNGAATATTTA-CATTTCCAACTG------TTTTCTC-TGT-GA-TAA------CCCTTTGA---AG--C------TCC--A----ATGT-G-TTA---ATT-T--CCC--C-A----TA-ACTT--AC---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-NTT-C-ATGC-----AA---A-------------ATGA--A---------AG----------G--T---CA--------GTGGG---C-G-G-G--A-C--------T----AT-GG----A-AATTA-ACATGGAATG-CCA---TG---TGT-----AT-----TT-----T-----CT------ATT----AGGCAGT-AT---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-T-----A---NTT-----GTTGG--GTACGT-G------A--G-GTGAT--TAACTACAATGGAAAACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                AATATTTA-CATTTCCAACTG------T----------------------------TGC---AG--C------TTC--A----ACGT-G-TTAATCATT-T--CTC------------------------A---CT--------TGTA-AGT-----------------------A---A-------------ATGA--G---------AGAC--------G--T---CA--------GTGGG---A-G-G-G--AAC--------T----AT-GG----A-CATTT-ACATGGAATG-CCA---CG---TGT-----GT-----TT-----------------------------CAGT--T---T------------T--ATC-----GATCT----TAACTGTATTTTC--ATCT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------A------TCA-A-------TAAAATACATCACCGTCTT-----G---CTT-----ATTGG--GTACGT-G------A--A-GCGAT--TACATAAAATTAAAAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tccttTC--ATAT-T-C--------AT-TT--------------------------------------A-A-------AGA-----GTCACTGTCTT-----A---TTT-----GTTGG--TTATGC-A------A--G-----------CTACATTGATAAACaaacctcatcgtaataatttatgtataacggcgatatcattacgcaaatcatcacgtttatcaatgtagcttgcataaccaacaaataagacagtgactctttaaatgaatatgacgcat
gi|10                         : tccttaatatttacatttccaactgttgcagcttcaacgtgttaatcatttctcacttgtaagtaaatgagagacgtcagtgggagggaactatggacatttacatggaatgccacgtgtgtttcagttttatcgatcttaactgtattttcatctttatttcaaatatcaataaaatacatcaccgtcttgcttattgggtacgtgaagcgattacataaaattaaaaaaaacctcatcgtaataatttatgtataacggcgatatcattacgcaaatcatcacTCTCCTGT-GA-TGA------CTCTTTAA---AG--C------TCC--A----ATGTAG-TTA---ATT-T--CCC--C-A----CA-ATTT--AC---AT---CT-AGA----TGTA-AATTTTTCA-GTT-C-ATGT-----AA---A-------------ATGG--A---------AA----------G--TTTATA--------GTGGG---C-T-G-G--AGC--------T----AT-GG----A-AATTA-ATATGGATTT-CAA-----------------------TT-----T-----CC------ATT----AGGCAGT-CT---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----AATTG----TA----TGGTTTA--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AA--------------A------T-A-A-------GGA-----ATCAGTGTC-TG----G---TTT-----GTTTG--GTATGTGG------A--G-GTGA---TAACAACAAcgcat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   aTTTAACTTTTCCAACTG------TTTAATC-TGT-AA--AA-------CGTTTGA---AA--C------TGC--C----ATGT-G-TTA---ATT-TCCCCC--C-A----CA-GCGT--AC---AA---CT-GAA----TGTA-AGCGTCCCA-GTC-C-ATGC-----AA---A-------------ACGA--G---------AT----------G--T---TA--------GTG-------------------------------T-GG----A-AATTA-ACA---------CA----------------AG-----TT-----T-----CT------ATT----AGACAGT-AT---T-CTT-------------------GATTT----TA-----------------------------AT-TT-----C-------AAAT------------A------C-A-T-------G---------CACAG---------A---A---------TAG--GTA-GT-G------G--GTGTGAT--ATACTAGCATGGAAAAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                     aatatatctTATTTTCA-ATCAATGTATGATTATTGCATTACCCAGTGTTTGCATTGTGAATAGTTA-CATTTCCAGCTG-------TTTCTC-TGT-GA-TAA------CCCTTTCA---GA--C------TTC--A----ATGT-G-TTA---GTT-T--TTC--A-A----TA----T--AC----A---CT---------------TTTCTCG-----C-ATGC-----TC---A-------------G-GA--A---------CA----------G--A---CACTCGG---GTGGC---T-G-G-A--A-C--------T----TA-GG----AGAAATA-ATGTGGAATG-CCA---T----TGG-----AT-----TT-----T-----CTATTCCAATT----GGGCAGT-AT---T-TTT--ggtatcatttatgc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                           taTCCCATTG------TTTTCTT-TGT-GA----------CCTTTTGA---AA--C------TCCCGA----TTGC-G-TTA---ATT-T--CCC--C-A----TA----T--ACACTAA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-GTT-C-ATGC-----AAATGA-------------ATGATCA---------AT----------G--T---CA--------GTGGT---T-A-G-G--A-C--------TTATGAT-GG----A-AATTG-ACATGGAATG-CCA---TG---CGT-----AT-----TCAATA-T-----CT------AGT----AGACAGT-TT---A-TGG--GAT-A-T--GTT-----GATTT------------TTTTC--TTGT-T-C--------AT-TT-----
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --C------TCT--A----ATGT-G-TTC---ATT-T--CTT--C-A----TC-ACTT--TC---AG---CC-ATA----TGTA-AATTTATCA-GTT-T-TT--------A---A-------------ATGA--A---------GC----------T--T---TA--------GGGGA---C-A-A-A--A-A--------T----AT-GG----G-AATTA-ACAAGAAATG-TTA---TG---TGT-----ATTTCAATT-----T-----CT------ATT----ATGCAAC-AT---TGTTT--CAA-A-T--ATT-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTTGT-T--------TTGTT-----C-------AAAC------------A------T-A-A-------AGA-----At
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                  tctcttctgtggtgtaTATTTA-TGTTTCCAACCG------CTTTCCC-CAT-GA-TAT------CCACCTGA---AG--C------TCC--G----GTGT-G-TTA---ATT-T--CCC--C-A----CATAC-T--AC---AT---CG-GCA----TGTA-AAGATATCA-CTTGC-ATGC-----TA---A-------------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -----CT------ATT----ACGCAGT-AT---T-TTT--G---A-T--GTC-----AATGG----TA----TGCTTTA--ATGG-T-T--------AT-AT-----C-------AAAtcaatagcttgtcatgacgttaatagtccatagaactattacgcagtatttttgatgtcaatggtatgctttaatggttatatcaaa
gi|16                         :                                                                                                                               tatttatgtttccaaccgctttccccatgatatccacctgaagctccggtgtgttaatttccccacatactacatcggcatgtaaagatatcacttgcatgctaatcaatagcttgtcatgacgttaatagtccatagaaTTTCCAGCAT------TTTTCTC-TGC-GA-TAA------TCTTCTGC---AG--C------CCC--T----TTGT-A-TTA---G-T-T--CTC--C-A----TATAC-T--ACATTAA---C----A----TGTACAA---CGTA-CCTAC-ATGC-----AA---ATC-----------ATCA--ACTTGTGACGAC----------A--T---CA--------GAGGG---CGG-G-G--A-CTACATATTT----AT-GG----A-AATTA-ATCTCGAATG-TCA---TG---TGT-----GTCAGA-TT-----T-----GT------ATC----A
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  catgTA-GATTTCCAACTGGTTTTTTTTTTTT-TTTAGA-TAA------CTCTTTGG---AG--A------TCC--A----ATGT-G-TAA---ATT-C--CCC--C-A----TA----TAGAC---AA---CT-GAA----AGTA-AACTTTTCACTTT-C-ATGC------A---A-------------ATGA--A---------TG----------A--T---GACT------ATGAG---TAG-G-A--A-C--------T----AA-AG----A-AATTA-ACATAGAAAG-CCA---CA---TGT-----A------TT-----T-----CT------AGA----TGGCAAT-ATAAAT-TTT--TAT-aatataca
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             C---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCT-TTTGC-ATAC-----AG---A--------------TGG--A---------AG----------G--T---CA--------TTTGT---TTG-G-G--A-C--------A----AT-GG----A-AACTA-ACATGGAGTG-TCA---TG---TGT-----ATGTCAATT-----T-----TT------ATC----AGGCAGT-AT---T-TTC--AAT-A-T--GTCA----GATT---------------------TTT-T-T--------A---------A-------AAAT------------A------T--------------------CTATTGTC-------------T-----GTTTG--GTATGT-A------A--G-GTGAT--TAACAAAAATGGAAAAC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gT-GA-TAA------CTCTTTAATTTAG--C------TCC--A----ATGT-A-TTA---ATT-G--TCC--C-ACAATTA-ACCT--AC---AC---CTTGGA----TGTA-ACTTTCTCA-GTC-T-ATGC-----TA---A-------------ATGA--A---------AG----------T--T---CA--------GTAGG---CAG-A-A--A-C--------C----AT-GG----A-AACGT-ACACAGA-------------------------------T-----T-----CC------AT--------------C---T-TTT--GATAA-T--GTC-----GATTTTTAATA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-Tt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                              TATTTTCACATAAATTTGTGAG-ACTGCATT-----------GAAATAAAAATATTTA-CATTTTCAATTG------TTTTCTC-TGT-GA-TGA------CCTTTTGA---AA--A------TCC--A----ATTT-G-TTC---ATT-T--TCC--C-A----TA-ACTT--AC---AA---CT-GGA----TGTA-AATTTCTCA-TTT-C-ATGA-----AG---A-------------ATGA--A---------AA----------G--T---CT--------GTGGG---T-G-G-G--T-C--------T----TT-GG----A-AATCA-ACATGGAATG-TCATT-TGGACTGT-----AT-----TT-----T-----CT------ATT----GAGCAGT-AT---T-TTT--GAC-A-T--GTC-----AATTT----TA----AATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----T-------AAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-TC----A---ATT-----GTTGG--GTATGT-A------A--G-ATAAT--TAATCCCAATGGACAACA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                               aatttctaatcaccagaatttG------CTTTCTC-TGT-GA-CA--------CATTCAA---AG--G------GTC--A----ACAT-G-TTT---ATTCT--CCC--C-A----CA-A-----------A---CT-GGG----TGTA-AATTTTCCA-CTT-C-CTGCT----AA---A-------------AAGA--A---------AG----------G--T---CG--------GTGAG---T-GTG-A--A-C--------G----AC-GA----A-AATC--GCACGGAATG-CAA---CA---TGT-----ATTTCAATT-----T-----CT------ATC-----GGCAGTCAT---T-TTat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atg---CT-GGA----TGTA-AATCTCTCA-GTT-T----------------------------------------------G----------G--T---CT--------ATGAG---C-G-A-A--AAC--------T----AT-GG----A-AATCA-ATATGGA-TT-TCA----------------AT-----TT-----T------T------ATT----AGGTAGT-ATA--T-TTC--CAT-AAC--GTT-----GATCT----TA----TACTTTCTCATCT-T-TTTATGCTAAT-TT-----C-------AAAT------------A------T-A-A-------GGG-----ATGACTGCC-T-----
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      TA-TATTTTTAATTA------TTTTCTC-TGT-GA-CAA------CCATATGA---AGTCC------TAC--A----GCAT-G-------------------C-A-----A-ACTT--AC---AA---CT-AGG----TGTA-CATTTCTCA-TTT-C-ATGC-----AA---A-------------GTGA--A---------AG----------G--T-------------ATGAA---C-GCC-G--A-T--------T-----T-AAAACCA-AATTA-ACGTGGGAgg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TGGG---C-G-G-GGAA-C--------G----AT-GG----A-AATTA-ACATGAAATC-CCA---CG---TGC-----CT-----TT-----T-----C------------------AAT-AT---A-TTT--GAT-A-T--ATC-----GATGT----CA----T--------ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------ATCAATGT-A-A-------AGA-----TTCACTGCC-T-----A---GTTTACAAGTAGG--CTATGC-T------A--A-GTGAT--TAcatttggtacatgt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                               gaATATTTA-CTTTTCCAGCTG------TGT--TC-TGT-GA-CAA------ACCTTTGA---AG--CTTAA--TTT--A----ATAA-G-TTA---TTT-T--CCC--C---------------AC---AA---CA-GGA----TGCA-AATTTCCTA-----C-ATGT------A---A-------------ATAA--A---------A
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tggataggaatggtgttaaatttcagtT-----TT-----C-----CT------ATT----AGGCAGT-CG---T-ATT--CAT-A-TT-ATC-----AATT------G----GGTTTT----TTT-T-T--------AT----------------GAAT------------A------T-A-T-------GGA-----ATCACAGTC-T-----AG--CTT-----ACTGG--TTATGTGG------A--G-ATGAT--
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        acttaacacgagtttag-G-G--A-C--------T----TA-GG----A-AATTA-ATATGGAATG-CCAAATTG---TGTTTTTGATGA---TT-----T-----TT------ATTTATAATGCAGT-GC---T-TTT--GAT-A-T--GTC-----CATTT----TA-----A-----------------------------------------AAAT------------A------T-A-A-------GCA-----ATCACAATC-T-----A---ATT-----aa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ----AGGCAGC-AT---T-TTG--GAT------GTC-----GATTT----TA----TATT---------------------------------------AAAT------------A------T-AGA-------GAA-----ATCACTGTC-T-----A---GTTT----ATTGA--CTACGT-G------A--G-ATGAG--TAACACCAATAGAAGAC
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   T------ATT----AG-CAGT-AG---T-TTT--ACT-A-T--GTT-----AGTTT----TA----TAGTTTC--ATCT-T-T--------AT-TT-----CCGATTGAAAAT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCATTATC-C-----AG--TTT-----GTTGA--GTATTT-G------A--G-ATGgtgataattaatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           t--A----ATGT-G-TGA---ATT-T--CCA----A----TATACT---AC---AC---CA-ACA----TGTA-A-TTTTTCA-CTTGC-TTG------AC---A-------------ATGC--A---------AGTT--------G--T---CATGGCAACAGTGGGGGCT-G-G-G--A-C--------T----AT-GG----G-AATTA-ACATGGAATA-CTA---T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttctaTC--ATTT-T-T--------AT-TA-----C-------ATAT------------A------T-A-A-------G-A-----CTAACAGTC-T-----A---GTT---------------TGT-G------G--G-GTGAT--TAAATACATTGGGAAATAttctgccgaacccccccccccctcatttttattacatatataagactaacagtctagtttgtggggtgattaaatacattgggaaatatgataatttatgcatcacggctgatgcacattgtcacgttgtcccctgtagttaatcggttcccatagccaacaattaacaaaggcactgactctgtatatgcacgcaaccat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tttctaaatgtgtgaatttccaatatactacaccaacatgtaatttttcacttgcttgacaatgcaagttgtcatggcaacagtgggggctgggactatgggaattaacatggaatactatttctgccgaaccccccccccccAT------------A------T-A-C-------AGA-----GTCAGTGCC-TTTGTTA---ATT-----GTTGG--CTATGG-G------A--A-CCGAT--TAACTACAGGGGACAACtgataatttatgcatcacggctgatgcacattgtcacgttgtcccctgtagttaatcggttcccatagccaacaattaacaaaggcactgactctgtatatgcacgcaaccat
gi|30                         :                                                                                                                                                                            tttctaaatgtgtgaatttccaatatactacaccaacatgtaatttttcacttgcttgacaatgcaagttgtcatggcaacagtgggggctgggactatgggaattaacatggaatactatttctgccgaacccccccccccctcatttttattacatatataagactaacagtctagtttgtggggtgattaaatacattgggaaatatgataatttatgcatcacggctgatgcacattgtcac-C-ATGT-----AA---C--------------TGA--ATT-------AC----------G--T---CA--------GTGGG---T-GAG-G--A-C--------T----AT-GG----A-AATTA-ACACAGAATA-CCA---TG---TGT-----AG-----TT-----gcacgcaaccat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ctcc-------------ATAA--A---------AG----------GCAT---CT--------GTGGG---T-GTG-G--A-C--------T----AT-AG----A-AATTATAAATGGAATG-CCA---TG---TGC-----A------TT-----T-----CA------ATT----TTGCAGT-GT---T-TTT--TGT-A-T--GTgacaatttttatgcccccgtgatcgaagat
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cac-----C-------ATAT------------A------T-A-A-------GTA-----ACCA--GTC-T-----A---CTT---------------CGT-A------------TAAT--TAATTACAATGGAAAACtc
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTA-CACTCCCAGCTG------TTTTCTC-TGT-GT-TAA------CCCTTTGA---AA--C------TCC--A----ATGT-G-TTgtgataatttatgca
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                           agtagcC-TGT-GA-TGA------CCCTTTGA---AG--T------TTC--A----ATGT-GCTTA---TTT-T--CCC--CAA----TA---TT--AC---AC---CT-GTACGCGTGTA-ATTTTTT---TTC-C-ATTC------G---A-------------ATGA--A---------AATCAGCAACTTG--T---CA--------GTGGG---C-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AGT------------A------T-A-A-------GGA-----ATCACCATC-T-----A---GTTG----GGTGG--GTACAT-GAAAGTTA--A-ATGCT--TAACTACAAAGGAAAactgaatgccagatgtgccgattaaatgaatactagtataaggaatcaccatctagttgggtgggtacatgaaagttaaatgcttaactacaaaggaaatcgcgataatctatcagttctctattgtaaatcactttaccaacccaagaaactagacagaattttgaattaattcaattt
gi|5                          :                                                                                                                                                                         ctgtgatgaccctttgaagtttcaatgtgcttattttccccaatattacacctgtacgcgtgtaattttttttccattcgaatgaaaatcagcaacttgtcagtgggcactgaatgccagatgtgccgattaaatgaatactTTGA---AG--C------CCT--AT---ATAA-A-TTT---ATT-T--CCC--C-A----AA-ATTT--AC---AAAGTCC-AGG----TGTA-AATTTTTCA-TTC-CCATGC-----AA---A--------------TGA--A---------AG----------G--T---CA--------GTGAG---C-A-A-G--AGC--------T----AT-TG----A-TATTA-ATATGTAATC-ATA---TG---TGT-----GT-----TTCAATTT-----CT------ATT----TGGCACT-AA---T-TTT--GAT-A-T--GTCAATCTAATTT----TA----TATTTTC--A-TT-T-C--------AT-TT-----T-------TAAT------------A------T-A-AATATTGGGAA-----ATCA-TGCC-C-----AGT-TTT-----GTTGA--GTACGT-G------A--T-TTGAT--TAACAACAtcgcgataatctatcagttctctattgtaaatcactttaccaacccaagaaactagacagaattttgaattaattcaattt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                gC-TGT-GA-TAA------CACTTTAA---AG--C------TCT--ATTAAATGT-G-TTA---ATT-T--TCC--C-A----CA-GTTT--AC---AA---CT-GGG----TGTA-AATTTCTAA-GTT-G-AAAT-----AA---A-------------ATGA--A---------TG----------T--T---CA--------GTGGG---T-GTA-A--A-C--------T----GT-GG----A-AATTA-ACACAGAATG-TCA---GG---TGT-----AT-----CT-----------------------------CAGT--------TTT--GAT-A-TATGTC-----TGTTT----TA----TATATTG--ATTT-T-T--------AT-TT-----G-------AGATGTAGATACATGTA------T-A-A-------GGA-----ATCACTGTC-T-----ATTTGTT-----GTTGG--GTAGTT-G------A--G-GTGATAAGAACTACAATGAAAAGCAtcagcaaatatgtgataatttatgcaata
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                             TCCACCTG------CTTTCTC-TGG-GAATA---------CTTCCA---AG--C------TCC--A----TCAT-A-TT------T-T--CAA--C-G----AA-ATTT--AC---AA---CT-AGA----TGTA-AATTTCCGA-GTT-C-ATGC-----AA---C-------------ACTA--A---------AA----------G--T---CA--------GTGGG---CGG-G-G--A-C--------T----TT-GA----A-AATTA-ACATGAACTT-CAA---TG---T--------T-----TT--------------------TT----AAGCAGC-AT---T-TTC--AA--A-A--GAC-----AA--------A----TA------------------------------------------AAT------------A------G-A-A-------GGA-----ATTGCTGTC-C-----AGGGACC-----GTTAGCAGTTTGT-T------AATG-ATGAT--TAATTACGATtgataatttatgcaac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                     aaatacaatctccaTG------TTTTCTC-AGA-GA-TAT------CCTTTTGA---AG--C------TCC--A----ATAT-G-ATA---TTT-T--CCTAAC-A----TA---CT--AC---AT---CA-GCA----TGTA-AAATTCACA-TTTGC-ATGC-----AA---ATCGGCAACTCCTCATGA--C---------A--------------T---CA--------CTGGA---C-A-GCG--A-C--------T----AT-GG----A-AATGA-ACATAGAATG-CAA---TG---CGT-----------------------------------T----AGGCAGT-AT---T-TT---GAT-A-T--GTC-----GATTT----TA----TATTTTC--ATTT-T-T--------AT-TT-----C-------AAAT------------ATACATGT-A-A-------GGA-----CTCACTGCC-A-----AG--TTT-----GTT-A--ATATGT-G------A--T-GCGAG--TAACTACaagaattatgataattcaagca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                      TA-GATTTCCTTCTG------TTTTCAC-TGT-GA-TCAGTTGATTCCT--GA---AG--TAATACATCT--A----ATGT-G-TTA---ATT-T--CC-------------------AC---A----------------CA-GATTTCTCA-GTT-C-ATGCTTTTTGA---A-------------ATAA--A---------------------G--C---CA--------GTGGG---C-G-G-GG-A-C--------T----TTTGG----A-AATTA-ACATGGAATGTCCA---TG---TGC-----AT-----TT-----TGTCTTCT------TTC----AGGCAGT-AT---T-TTTATGAT-A-T--GTC-----GATTT----CT----TATTTTC--ATTT-TAA--------AT-CTAGATAC-------GAAT------------A------A-A-A-------GGA-----AACTTTGTC-ta
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GTGAGATCGATTGAGTACGATGGAAAATGTGATAATTTATGTACATAGGGGCGTCATTATCACATTTCTGTGATTGTACTTAATCGTTTTATACCCAACA
Unaligned ( gi|32 ): ATTTCTGCAGTATAGTTTTGAATTTCAAATATAAGATTTTCAAGGATATCTATAATTTAAAACTTTTTTCT
Unaligned ( gi|35 ): TTGTAAATGTTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGATCGA
Unaligned ( gi|36 ): GTGGAGGTATAGTGTATATCACACACTCAGTATTA
Unaligned ( gi|37 ): TTTGATAATTTTTATGCCCCCGTGATCGAAGAT
Unaligned ( gi|38 ): GAATCCATTCATCATGTATTCCATAGTAGTTT