lowQualScore                  :                111                  222222                        111111111111              1111                                   22222222222                        2222222222     1111                                                    
lowQualScore                  :      2         888  1 3      1    1 000000 2 55   1     1 333     999999999999      444444  3333   666666    4    1 333  11  1 2 1 55555555555  888 1  1 1 1   222    3333333333 2   1111 1    1 11 33 33     333   8   1  1  11    1   4    
lowQualScore                  :      .         ...  . .      .    . ...... . ..   .     . ...     ............      ......  ....   ......    .    . ...  ..  . . . ...........  ... .  . . .   ...    .......... .   .... .    . .. .. ..     ...   .   .  .  ..    .   .    
lowQualScore                  :      5         444  7 5      6    4 888888 7 00   3     3 999     111111111111      666666  4444   888888    5    2 222  66  2 4 0 00000000000  888 2  2 2 2   111    6666666666 5   2222 2    2 77 00 00     444   7   3  3  99    7   2    
consensus                     :  CGGTNGTGTTTTAT--TCA-C-CGTTTT-CTTC-T-C-TTGA-G--TTT-AATGA-A-C-GACTT-----AA-G---CAAAAT------CA--TTTAA------TGCCCTGCT-G---AA--AA-A-GGT--CTTG-----AT-A-T-CT-A-A-ACA---ATCT--CC-ATA--A-AGT--N-A-TAGT-A--G--T--TTACC---AGGNATA-AA-TG--AAGG-GGG-AGTC
Reference ( gi|5 )            :  CAGTGGTGTTTTAT--ACA-C-CGTTTT-CTTC-T-T-TT-A-G--TTT-AATGA-A-T-GACTT-----CA-A---CAAAAT------CA--TGTAA------TGCCTTGCT-G---AA--AA-A-GGT--ATTC-----AT-G-T-CT-A-A-ACA---ATCT--AT-ACA--A-AGT--T-A-TAGT-A--G--T--TTACC---AGGCATA-AA-TG--AAGG-GGG-AGTC
gi|28                         :  CAATTGTGTTTTAT--TCA-C-GGTTTT-CTTC-T-C-T-------------------T-GACTT-----GA-A---CAAAAT------CA--TTTAA------TGGTCTGCT-G---AA--AA-A-GGT--CTTG-----AT-A-T-CT-G-A-ACA---
gi|1                          :  CGGTCGT-TTTTAT--TT--C-CGTTT--CTCC-T-C-AT-G-GGTTTT-AATGC-A-C-GACTTAATCTCA-A---TAAAAT------TGATTTTGA------TGTCCTGCT-G---AG--GA-A-GAC--ATAG-----AT-G-TTCT-A-A-ACA----TCT--CC-ATA--GCAGT--G-A-TAA--A--G--TCTTTATC---TGGAATA-AAATG--AAAG-GGA-AGTC
gi|46                         : gCAGTG-TGTTTTAT--TCG-C-CGTTTT-CTTC-T-C-TT-ct
gi|3                          :  cAGTG-TGTTTTAT--TCA-AACGTTTTTCTTC-T-C-TTGA-G--TTT-AAGAA-A-T-AACTT-----AG-A---CAAAAT------CAATTTCAA------TGCCCTGCT-G---AA--AA-AAGGTC-ATTG-----ATTA-T-CT-A-A-ACA---ATCT--CT-ATA--A-TGT--T-A-TAGT-A--G--T--TTACC---AAGCATA-AA-TG--AAGG-AGG-ga
gi|6                          :       GTGTTTTAT--TCA-C-CGTTAT-CTTT-T-C-TTGA-G--TTT-AATGA-A-T-GACTT-----AG-A---CAAAAT------CA--TTCAA------TGCCCTGCT-G---TA--AA-A-GGT--CTTG-----AT-A-T-CT-A-A-GTA---ATCT--CT-ATA--A-TGT--T-A-TAGT-T--G--T--TTACC---AAGCATA-AA-TG--TAGG-GGG-gaa
gi|8                          :      tGTGTTTTAT--TCA-A-CGTTTT-CTTC-T-C-TTGA-G--TTT-AATGA-A-T-GACTT-----AA-G---CAAAATTTAAATCA--TGTAA------TGCCCTGCT-G---AA--AA-A-GAT--CTTG-----AT-A-T-CT-A-A-ACA---ATTT----------A-AGT--A-T-TAGT-A--A--T--TTACC---AGGAATA-AA-TG--gaaagt
gi|19                         :   caatGTGTTTTAT--TCA-C-CGTTTT-CTTC-T-C-TTGA-G--TAT-AATGA-A-T-GACTT-----AA-A---CAAAAT------CA--GTTAA------TGCCCTGCT-G---AA--AA-A-GGT--CTCG-----AT-A-T-CT-A-A-ACA---ATTT--CC-ATA--A-CGT--A-A-TAGT-
gi|10                         :       GTGTTTTAT--TCA-CGCTTTTC-CTTC-T-C-TTGA-G--TTT-AATGA-A-T-GATT-------A-A---CG---T------CA--TTT--------TGCCTGGCT-G---AA--AA-A-GGT--CTTG-----AT-A-T-CT-A-A-ATA---ATCT--CT-ATA--A-AGT--T-A-TAGT-A--A--T--TTA-C---AGA-ATA-A---G--AAGA-GGG-g
gi|7                          :    attGCGTTTTGT--TCA-C-CGTTTT-CTTC-T-C-TT-GCG--TTT-AATGA-A-C-GACGA-----AA-G---CAAAA-------CA--TGTAACTGTAATGCCCTGCT-G---AA--AA-A-GGTTGCTTG-----AT---T-AT-A-ACACA---ATCT---T-CCATCA-AGT--A-A-TAAT-A--GT-T--TTACC---AGA-ATA-AA-TG--Aag
gi|2                          :    tatGTGTTTTAT--TTA-C-CGTTTC-TTTC-T-CATG-A-G--TTTTAATGA-AAC-GACTT-----AA-T---CAAAATA-----TA--TCTAA------TGTCCTGCT-G---AA--GA-A-AA---ACCCTTGCGAT-G-C-TA-A-A-ACA---ATTT--CC-ATA--A-AGT--G-A-TAGT-A--C--T--ATATC---AGGAATG-AA-TT--AAGG-GAA-AGT
gi|40                         :     acGTGTTTTAT--TCA-C-CGTTTT-CTTC-T-C-TT-G-A--GTT-AATGA-A-T-GA--------CA-A---C---AT------CA--TTCAA------TGac
gi|29                         :      tGTGTCT-AT--TTA-C-TGTTTT-CTTC-C-C-TTGA-G--TTT-AATGA-A-C-GGCTT-----AA-G---CAAA--------C--------------TGCCAAACT-A---AA--AA-A-G--------------T-A-T-CT-A-A-ACA---ATCT--
gi|42                         :     atGTGTTTTAT--GTA-C-CGTTTT-CTTC-TAT-TG-A-G--TTT-AATGA-A-C-G
gi|33                         :   caaaGTGTTTTATGTACA-C-CGGTTT-TTTC-T-G-TT-GCG--TTT-AATGA-A-C-GTCTT-------------AAA------------------------GCCCTGCT-G---AA--A
gi|43                         :   caatGTGTTTTAT--GTA-T-CGTTTT-CTTCAA-T-TG-A-G--TTT-AATGA-A-C-Gc
gi|11                         :     aaaTGTTTTAT--TTA-C-CGTTTT-ATTC-T-CATG-G-G--TTT-ATTGA-A-C-GACT------CA-AT--CAAAAT-------------AA------T---CTGCT-G---AG--CA-A-GAC--CATG-----GT-G-T-CT-A-A-ACA---ATCTCCAT-AC-----AGT--G-A-TGGT-A--C--T--TTATC---TGGAATA-AA-TG--AAAG-GG
gi|4                          :         GTTTTGT--TCAAC-CGTTGT-CTTA-T-T-GG-G-GCGTTT-A-TGATA-CCGACGA-----AA-G---CAAAA-------CA--TGTAACTGTAATGCCCTGCT-G---AA--AA-ACGGTTGCTTG-----AT---T-CC-ATA-ACACAGATCT---T-CCATCA-AGT--A-A-TAAT-A--GTTT--TTACC---AGA-ATA-AA-TG--AAG
gi|12                         :        caTTTTAT--TCA-C-CGT------------------G--TTT-AATGA-A-T-GCCTT-----AA-G---TAGAA-------CAT-TTTAA------AACTCTGCT-G---AA--AA-A-GGT--CTTA-----CT-A-T-CT-A-A-ACA---ATCT--CC-ATA--A-TTT--A-A-TAGT-A--G--T--TTACT---GGGGATA-AA-TG--AAGG-GGG-
gi|25                         :        caTTTTTT---CA-A-CGGTTT-CTTC-T-T-TTCA-G--TTT-GATGA-A-T-GACTT-----TAGA---CACAAC------CA--TTTAA------TGCCCTGCT-G---AA--AA-A-GGT--CTT
gi|32                         :  caatgtaaTTTAAT--TCA-C-CGTTTT-CTTA-T-C-TTGA-G--TTT-AATGA-A-T-GACTT-----AG-G---CTAAAT------CA--ga
gi|13                         :       tgtacTTAT--TCA-C-CGTTTT-CTTC-T-C-TT-G-A--GTT-AATGG-A-T-GACTT-----AC-A---CAAAAT------CA--TCCAA------TACCCTGCT-GA--AA--AA-A-GGT--TTTG-----AT-A-T-AT-A-A-ACA---ATGT--TT-ATA--A-AGT--A-A-TAGT-A--G--T--TTACT---AGGCATA-Aaaagcgatgtggcc
gi|14                         :                   CA-T-CGTTTT-CTTC-T-C-TTGA-G--TTT-AAT--------------------------AAAC------CA--T-TAA------TGCCT-GCTTG---AAGAAA-A-AAT---TTT-----ATAG-T-CT-A-A-ACA---ATAT--CT-AAA--A-AGTATT-A-TAGT-A--G--T--T-ACC---AGGCATA-CA-TG--AAGG-GGG-AGTC
gi|23                         :                  tCA-C-C--TTT-TTTC-T-C-CG-A-GG-TTT-AATAA-A----ACTT-----CA-A---CAAA-T------CA--TATAA------TTCCCTGTT-G---AA--AA-A-G------TCTG---AT-A-T-CT---A-ACA---ATCC--AT---A--A-AG---T-A-TAGT-A--G--T--ATA
gi|18                         :                        tGTTTT-ATTC-T-C-TTGA-G--TTT-ATTGA-A-G-GACTT-----AG-A---CAAAAT------CA--TTTAA------TGCCCTGCT-G---AA--AA-A-GGT--CTTG-----AT-A-T-CT-G-A-ACA---ATCT--CT-ATA--A-AGT--T-A-TAGT-A--G--T--TTACC---AAGCATA-AA-T
gi|9                          :                          TTTT-ATTC-T-C-GTGA-G--TTT-AATGA-A-T-GACTT-----GG-A---CAAAAT------CA--TTTAA------TGCCCTGCT-GTTAAA--AA-A-GGT--CTTG-----AT-A-T-CT-A-A-ACA---ATCT--CT-ATA--A-AGT--T-A-TAGT-A--G--C--TTACCACGAGGCATT-AA-TG--AAGG-GGA-AGTC
gi|39                         :                                TCC-C-T-TG-A-G--TTT-AATGA-A-T-TACTT-----AA-G---CAAAAT------CA--TTTAA------TGCCCTGTT-G---AA--AA-A-GGc
gi|35                         :                              atTTC-T-C-TTGA-G--TTT-AATGA-A-T-GACTT-----AA-AG--CAAAAT------CA--TTTAA------TGTCCTGTT-G---AA--AA-A-G
gi|15                         :                         ccgttaaaTC-T-C-TTGA-G--TTT-AATAA-A-T-G---C-----CA-AATGTAAAAT------CA--TTTAA------TGCCCTGTT-G---AA--AA-G-GTT--CTTG-----AT-A-T-CT-A-A-ACA---ATCT--CC-ATA--A-AGT--A-A-TAGT-A--G--T--TTACC---AGGAATA-AA-TG--AGGG-GGG-AGT
gi|22                         :                                          -A-G--TTT-AATGA-A-C-GACTT-----AA-T---CAAAAT------CA--TTTAA------TGCCTTGCT-G---AA--AA-A-TGC--CTTG-----AT-A-T-CT-A-A-ACA---ATAT--CC-ATA--A-AGT--G-A-TAGT-A--G--T--TTACC---AGGt
gi|17                         :                                         atg-G--TTT-TATGA-A-G-GACTT-----AT-G---CAAAAT------CA--GTTAA------TGCCCCGCA-A---AC--AA-A-GAT--CTTG-----AT-A-T-CT-A-A-ACA---ATCC--CC-ATA--A-AGT--A-A-TATT-A--G--T--TTACT---AGGAATA-AA-TT--AAGG-GGaa
gi|16                         :                                 tttaattcatc-G--TTT-TATGA-A---GACTG-----TATG---CCAAAT------CA--GTTAA------T-CCCCGC------AA--AC-A-AG---ATTCTG---AT-ACT-CT-A-A-A-A---ATCC--CCCATA--A-AGTAAT-A-TATTTA--G--TG-TTACT---AGGAATA-A--TG--TAAG-GGG-AGT
gi|20                         :                                                 TT-AATGA-A-T-GAC-----------------AAT------CA--CTCAA------TGCCT-GCT-G---AA--AAGA-GAT--CTTG-----AT-A-T--T-A-A-ACT---ATTTTCA--ATA--A-AGT--T-ACTAGT-AGTG--T--TTAT-----G--ATA-AA-TG--CAGG-GGG-AATCgctgct
gi|21                         :                                                                CTT-----GA-G---CAAAAT------CG--TTTAA------TGCCCTGCT-A---AA--AA-T-GTT--TTTG-----GT-A-T-TT-C-A-ACA---ATTT---C-ACT--A--GT--G-A-TAGT-A--G--T--TTACC---AGGTATA-AA-TA--AAGG-GGGAAGTC
gi|27                         :                                                              ctCTT-----GA-G---CAAAAT------CG--TTTAA------CGCCCTGCT-----AA--AA-T-GTT--CTTG-----GT-A-T-TT-C-A-ATA---ATTT------CA--ATAGT--G-A-TAGT-A--G--T--TTACC---AGGTATA-AA-TA--Ac
gi|24                         :                                                                         A-G---CAAAAT------CG--TTTAA------TGCCCTGCT-----AA--AA-T-GTT--CTTG-----AT-A-T-TT-C-A-ACA---ATTT--CC-AC-----AGT--G-A-TAGT-A---------TACT---GGACAAAGAA-TGTTAAGG-
gi|31                         :                                                                  ttttttcctg---CAAAAT------CA--TTTAA------TGCCCTGCT-G----A--AA-A-CGT--CTTG-----GT-G-T-CT-A-G-AT----------------------T--G-A-TAGC-A--G--T--GTACC---AGGAATA-AA-TG--AAGG-TGG-
gi|26                         :                                                                                  AAT------CA--TTTAA------TGCCCTGCT-G---AA--AA-A-AG---ATTTG----AT-A-T-CT-A-A-ACA---ATCT--AT-ATA--A-AAT--T-A-TAGT-A--G--T--TTACC---AGGTATA-AA-TG--AAGG-GGG-g
gi|36                         :                                                                                                    ------TACCCTGCT-G---AA--AA-A-G-T--CTT------AT-G-T-CT-A----CA----TCT--C---CA--A-A------A-TAGT-----------TACCC--ACGAATA-AA-TG--AAGA-GAG-
gi|30                         :                                                                                                                tCT-G---AA--AA-A-GGT--CTTG-----AT-A-T-CTTA-A-ACA---ATCT--AC-ATA--A-AGT--TAA-TAGT-A--G--T--TTA-C---AGGCATA-AA-TG--AAGGTGGG-
gi|37                         :                                                                                                                          --AA-A-GGT--CTTG-----GT-A-T-CT-A-A-ACA---ATCT--CC-ATC--A-AGT--A-A-TAAT-A--G--T--TTACC---AGA-ATA-AA-TG--AAGG-Gaagtcct
gi|41                         :                                                                                                                                                T-A-T-CT-A-A-ACA---ATCT--CC-ATA--A-AGT--G-A-TAGT-A--A--T--TTACA---AGGTATA-AA-T---AAGG-AGaa
gi|38                         :                                                                                                                                                tgg-T-CT-A-A-ACG---ATCT--CT-ATA--A-AGT--T-A-TAGT-A--G--T--TTACC---AGGCATA-AA-TA--AAGG-GGGAAGTCc
gi|44                         :                                                                                                                                                                          agaCA--T-AGT--G-A-TAGT-G--G--T--TTACC---AGGTATA-TA-TA--AAG
gi|45                         :                                                                                                                                                                                           atttc-A--G--T--TTACC---AGGAATA-AA-TG--AAGG-GGG-
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                              C---AGGCATA-AA-TG--AAGG-GGA-AGTCaatactgct
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TCATCCCCCCTTGAGCAAAATCGTTTAATGCTAAACATGTTCTTGGTATTTCAACAATTTCCATAGT






Alignments
lowQualScore                  :     1         1 1  1 3      1           222   2     1 666    1   444 22222 333333    1  33 44444444444 1           1 333  33 1 1 2 0 33 1     1 2 2 1  1 1 1  111   2   2    1  1 444 1  222   11 44 1     222   1  1 1    11    1   4    
lowQualScore                  :     .         . .  . .      .           ...   .     . ...    .   ... ..... ......    .  .. ........... .           . ...  .. . . . . .. .     . . . .  . . .  ...   .   .    .  . ... .  ...   .. .. .     ...   .  . .    ..    .   .    
lowQualScore                  :     0         7 7  7 3      5           333   5     2 000    2   111 99999 333333    1  11 00000000000 1           1 111  00 1 1 2 3 22 2     1 3 3 1  1 1 1  999   3   4    2  2 333 2  111   77 55 2     111   0  2 2    88    6   0    
consensus                     : CGGTCGTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-C-GACT-TAA-G-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-AG-TN--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGNAT-A-AATG--AAGG-GGG-AGTC
Reference ( family-805 )      : CGGTNGTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-C-GACT-TAA-G-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-AG-TN--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGNAT-A-AATG--AAGG-GGG-AGTC
gi|1                          : CGGTCGT-TTTTAT-T-T--C-CGTTT--CTCCTCATGGG---TTTTAATGC-A-C-GACT-TAA-T-CTCAATA------AAAT-TGATT-----T-----T-GATGTCCTGCT-G---AG--G-A-A-GAC--A-TAGAT-G-TTC-TA-A-A-CA----TC-TCC-ATAGCAG-TG--A-TA---A-A--GTCT-TTATC---TGGAATAA-AATG--AAAG-GGA-AGTC
gi|10                         :   gTTGTGTTTTAT-T-CA-CGCTTTTC-CTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-GATT-------------A------ACGT-CA--T-----T-----T---TGCCTGGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-TA---ATC-TCT-ATAA-AG-TT--A-TA---GTA--A--T-TTAC-----AGAAT-A-A--G--AAGA-GGG-ct
gi|11                         :      aTGTTTTAT-T-TA-C-CGTTTT-ATTCTCATGGG---TTT-ATTGA-A-C-GACT-CAA-T-C-----A------AAAT-------------------AAT---CTGCT-G---AG--C-A-A-GAC--C-ATGGT-G-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAC-AG-TG--A-TG---GTA--C--T-TTATC---TGGAAT-A-AATG--AAAG-GGag
gi|12                         :         TTTTAT-T-CA-C-CGT--------------G---TTT-AATGA-A-T-GCCT-TAA-G-T-----A------GAA--CA--T-----T-----TTAAAACTCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTACT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-TT-TA--A-TA---GTA--G--T-TTACT---GGGGAT-A-AATG--AAGG-GGG-
gi|13                         :         caTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG----TT-AATGG-A-T-GACT-TAC-A-C-----A------AAAT-CA--T-----C-----C-AATACCCTGCT-GA--AA--A-A-A-GGT--T-TTGAT-A-T-A-TA-A-A-CA---ATG-TTT-ATAA-AG-TA--A-TA---GTA--G--T-TTACT---AGGCAT-A-A
gi|14                         :               -T-CA-T-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TTT-AATAA-A-C------------------------------CA--T-----T-------AATGCC-TGCTTG---AAGAA-A-A-AAT--T-TT-AT-AGT-C-TA-A-A-CA---ATA-TCT-AAAA-AG-TATTA-TA---GTA--G--T-T-ACC---AGGCAT-A-CATG--AAGG-GGG-AGTC
gi|15                         :                                TCTCTTGAG---TTT-AATAA-A-T-G-CC-AAATG-T-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGTT-G---AA--A-A-G-GTT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-AG-TA--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGAAT-A-AATG--AGGG-GGG-AGT
gi|16                         :                                        G---TTT-TATGA-A---GACTGTAT-G-C-----C------AAAT-CA--G-----T-----T-AAT-CCCCGC------AA--ACA-A-GAT--T-CTGAT-ACT-C-TA-A-A--A---ATC-CCCCATAA-AG-TA--A-TATATTTA--G--TGTTACT---AGGAAT---AATG--TAAG-GGG-AGTt
gi|17                         :                                        G---TTT-TATGA-A-G-GACT-TAT-G-C-----A------AAAT-CA--G-----T-----T-AATGCCCCGCA-A---AC--A-A-A-GAT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-CCC-ATAA-AG-TA--A-TA---TTA--G--T-TTACT---AGGAAT-A-AATT--AAGG-GGgctgct
gi|18                         :             tttaattcatcGTTTT-ATTCTCTTGAG---TTT-ATTGA-A-G-GACT-TAG-A-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TG-A-A-CA---ATC-TCT-ATAA-AG-TT--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AAGCAT-A-AAT
gi|19                         :      GTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TAT-AATGA-A-T-GACT-TAA-A-C-----A------AAAT-CA--G-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TCGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATT-TCC-ATAA-CG-TA--A-TA---GT
gi|2                          :      GTGTTTTAT-T-TA-C-CGTTTC-TTTCTCATGAG---TTTTAATGA-AAC-GACT-TAA-T-C-----A------AAATATA--T-----C-----T-AATGTCCTGCT-G---AAGAA-A-A-ACC--C-TTGCG-A-TGC-TA-A-AACA---ATT-TCC-ATAA-AG-TG--A-TA---GTA--C--T-ATATC---AGGAAT-G-AATT--AAGG-GAA-AGTg
gi|20                         :                                           acTT-AATGA-A-T-GAC----------------------AAT-CA--C-----T-----C-AATGCC-TGCT-G---AA--A-AGA-GAT--C-TTGAT-A-T---TA-A-A-CT---ATT-TTCAATAA-AG-TT--ACTA---GTAGTG--T-TTAT-------GAT-A-AATG--CAGG-GGG-AATCac
gi|21                         :                                                            CT-TGA-G-C-----A------AAAT-CG--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-A---AA--A-A-T-GTT--T-TTGGT-A-T-T-TC-A-A-CA---ATT-TCA-CT---AG-TG--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGTAT-A-AATA--AAGG-GGGAAGTC
gi|22                         :                                   ctTGAG---TTT-AATGA-A-C-GACT-TAA-T-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCTTGCT-G---AA--A-A-A-TGC--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATA-TCC-ATAA-AG-TG--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGAAc
gi|23                         :              a-T-CA-C-C--TTT-TTTCTCCGAGG---TTT-AATAA-A----ACT-TCA-A-C-----A------AA-T-CA--T-----A-----T-AATTCCCTGTT-G---AA--A-A-A--GT--C--TGAT-A-T-C-T--A-A-CA---A---TCC-ATAA-AG-T---A-TA---GTA--G--T-ATA
gi|24                         :                                                            CC-TGA-G-C-----A------AAAT-CG--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-----AA--A-A-T-GTT--C-TTGAT-A-T-T-TC-A-A-CA---ATT-TCC-AC---AG-TG--A-TA---GTA--------TACT---GGACAA-AGAATGTTAAGG-
gi|25                         :   ttttttTTTT-T-T-CA-A-CGGTTT-CTTCTTTTCAG---TTT-GATGA-A-T-GACT-TTA-GAC-----A------CAAC-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGA
gi|26                         :                                                                           caatgtaaAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-AGA--T-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TAT-ATAA-AA-TT--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGTAT-A-AATG--AAGG-GGG-
gi|27                         :                                                            CT-TGA-G-C-----A------AAAT-CG--T-----T-----T-AACGCCCTGCT-----AA--A-A-T-GTT--C-TTGGT-A-T-T-TC-A-A-TA---ATT-TCA-AT---AG-TG--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGTAT-A-AATA--A
gi|28                         :    TTGTGTTTTAT-T-CA-C-GGTTTT-CTTCTCTT--------------------GACT-TGA-A-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGGTCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TG-A-A-CA---
gi|29                         :   caaGTGTCT-AT-T-TA-C-TGTTTT-CTTCCCTTGAG---TTT-AATGA-A-C-GGCT-TAA-G-C-----A------AA---C-------------------TGCCAAACT-A---AA--A-A-A-G----------T-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-T
gi|3                          :    atGTGTTTTAT-T-CA-AACGTTTTTCTTCTCTTGAG---TTT-AAGAA-A-T-AACT-TAG-A-C-----A------AAAT-CAATT-----T-----C-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-AAGGT--CATTGATTA-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCT-ATAA-TG-TT--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AAGCAT-A-AATG--AAGG-AGG-
gi|30                         :                                                                                                               agtCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-CTTA-A-A-CA---ATC-TAC-ATAA-AGTTA--A-TA---GTA--G--T-TTA-C---AGGCAT-A-AATG--AAGGTGGG-gaa
gi|31                         :                                                                    -C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G----A--A-A-A-CGT--C-TTGGT-G-T-C-TA-G-A-T--------------------TG--A-TA---GCA--G--T-GTACC---AGGAAT-A-AATG--AAGG-TGG-aagtcct
gi|32                         :         TTTAAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTATCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TAG-G-C-----T------AAAT-CA--g
gi|33                         : tgtacGTGTTTTATGTACA-C-CGGTTT-TTTCTGTTGCG---TTT-AATGA-A-C-GTCT-TAA-A----------------------------------------GCCCTGCT-G---AA--A-aaagcgatgtggcc
gi|34                         :                                                        caatCT-TGA-G-C-----A------AAAT-CG--T-----T-----T-AA-----TGCT-A---AA--C-A-T-GTT--C-TTGGT-A-T-T-TC-A-A-CA---ATT-TCC-ATAc
gi|35                         :                      tcatcccccTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TAAAG-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGTCCTGTT-G---AA--A-A-A-Ggt
gi|36                         :                                                                                                   ccgttaaaTACCCTGCT-G---AA--A-A-A-G-T--C-TT-AT-G-T-C-TA-----CA----TC-TCC-A-AA-A--------------TA--G--T-TACCC---ACGAAT-A-AATG--AAGA-GAG-
gi|37                         :                                                                                                                          t--A-A-A-GGT--C-TTGGT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATCA-AG-TA--A-TA---ATA--G--T-TTACC---A-GAAT-A-AATG--AAGG-G
gi|38                         :                                                                                                                                               -A-T-C-TA-A-A-CG---ATC-TCT-ATAA-AG-TT--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGCAT-A-AATA--AAGG-GGGAAGTCaa
gi|39                         :                             agTTCCCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-TACT-TAA-G-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGTT-G---AA--A-A-A-GG
gi|4                          :       aGTTTTGT-T-CAAC-CGTTGT-CTTAT--TGGGGCGTTT-A-TGATA-CCGACG-AAA-G-C-----A------AAA--CA--TGTAACTG----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-ACGGTTGC-TTGAT---T-C-CATA-A-CACAGATCTTCC-ATCA-AG-TA--A-TA---ATA--GTTT-TTACC---A-GAAT-A-AATG--AAG
gi|40                         :    caGTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG----TT-AATGA-A-T-GA---------C-----A------ACAT-CA--T-----T-----C-AATG
gi|41                         :                                                                                                                                          tTGGT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-AG-TG--A-TA---GTA--A--T-TTACA---AGGTAT-A-AAT---AAGG-AG
gi|42                         :      GTGTTTTAT-G-TA-C-CGTTTT-CTTCTATTGAG---TTT-AATGA-A-C-Gc
gi|43                         :  caaaGTGTTTTAT-G-TA-T-CGTTTT-CTTCAATTGAG---TTT-AATGA-A-C-G
gi|44                         :                                                                                                                                                            aaa---ATT-TCC-ATA---G-TG--A-TA---GTG--G--T-TTACC---AGGTAT-A-TATA--AAG
gi|45                         :                                                                                                                                                                                               A--G--T-TTACC---AGGAAT-A-AATG--AAGG-GGG-
gi|46                         :      GTGTTTTAT-T-CG-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAaatactgct
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                      ccagtC---AGGCAT-A-AATG--AAGG-GGA-AGTC
gi|5                          : CAGTGGTGTTTTAT-A-CA-C-CGTTTT-CTTCTTTT-AG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TCA-A-C-----A------AAAT-CA--T-----G-----T-AATGCCTTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--A-TTCAT-G-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TAT-ACAA-AG-TT--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGCAT-A-AATG--AAGG-GGG-AGTCctgctat
gi|6                          :      GTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTAT-CTTTTCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TAG-A-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----C-AATGCCCTGCT-G---TA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-G-TA---ATC-TCT-ATAA-TG-TT--A-TA---GTT--G--T-TTACC---AAGCAT-A-AATG--TAGG-GGG-
gi|7                          :     tGCGTTTTGT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGCG---TTT-AATGA-A-C-GACG-AAA-G-C-----A------AAA--CA--TG----TAACTGT-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGTTGC-TTGAT---T-A-TA-ACA-CA---ATCTTCC-ATCA-AG-TA--A-TA---ATA--GT-T-TTACC---A-GAAT-A-AATG--Agaaagt
gi|8                          :   tatGTGTTTTAT-T-CA-A-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TAA-G-C-----AAAATTTAAAT-CA--T-----G-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GAT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATT-T------A-AG-TA--T-TA---GTA--A--T-TTACC---AGGAAT-A-AATG--
gi|9                          :                     caatTTTT-ATTCTCGTGAG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TGG-A-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-GTTAAA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCT-ATAA-AG-TT--A-TA---GTA--G--C-TTACCACGAGGCAT-T-AATG--AAGG-GGA-AGTC





Alignments
lowQualScore                  :     1         1 1  1 3      1           222   2     1 666    1   444 22222 333333    1  33 44444444444 1           1 333  33 1 1 2   33 1     1 2 2 1  1 1 1  111   2   2    1  1 444 1  222   11 44 1     222   1  1 1    11    1   4    
lowQualScore                  :     .         . .  . .      .           ...   .     . ...    .   ... ..... ......    .  .. ........... .           . ...  .. . . .   .. .     . . . .  . . .  ...   .   .    .  . ... .  ...   .. .. .     ...   .  . .    ..    .   .    
lowQualScore                  :     4         7 7  7 3      5           333   5     2 000    2   111 99999 333333    1  11 00000000000 1           1 111  00 1 1 2   22 2     1 3 3 1  1 1 1  999   3   4    2  2 333 2  111   77 55 2     111   0  2 2    88    6   0    
consensus                     : CGGTCGTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-C-GACT-TAA-G-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-AG-TN--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGNAT-A-AATG--AAGG-GGG-AGTC
Reference ( family-805 )      : CGGTCGTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-C-GACT-TAA-G-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-AG-TN--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGNAT-A-AATG--AAGG-GGG-AGTC
gi|1                          : CGGTCGT-TTTTAT-T-T--C-CGTTT--CTCCTCATGGG---TTTTAATGC-A-C-GACT-TAA-T-CTCAATA------AAAT-TGATT-----T-----T-GATGTCCTGCT-G---AG--G-A-A-GAC--A-TAGAT-G-TTC-TA-A-A-CA----TC-TCC-ATAGCAG-TG--A-TA---A-A--GTCT-TTATC---TGGAATAA-AATG--AAAG-GGA-AGTC
gi|10                         :   gTTGTGTTTTAT-T-CA-CGCTTTTC-CTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-GATT-------------A------ACGT-CA--T-----T-----T---TGCCTGGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-TA---ATC-TCT-ATAA-AG-TT--A-TA---GTA--A--T-TTAC-----AGAAT-A-A--G--AAGA-GGG-ct
gi|11                         :      aTGTTTTAT-T-TA-C-CGTTTT-ATTCTCATGGG---TTT-ATTGA-A-C-GACT-CAA-T-C-----A------AAAT-------------------AAT---CTGCT-G---AG--C-A-A-GAC--C-ATGGT-G-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAC-AG-TG--A-TG---GTA--C--T-TTATC---TGGAAT-A-AATG--AAAG-GGag
gi|12                         :         TTTTAT-T-CA-C-CGT--------------G---TTT-AATGA-A-T-GCCT-TAA-G-T-----A------GAA--CA--T-----T-----TTAAAACTCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTACT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-TT-TA--A-TA---GTA--G--T-TTACT---GGGGAT-A-AATG--AAGG-GGG-
gi|13                         :         caTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG----TT-AATGG-A-T-GACT-TAC-A-C-----A------AAAT-CA--T-----C-----C-AATACCCTGCT-GA--AA--A-A-A-GGT--T-TTGAT-A-T-A-TA-A-A-CA---ATG-TTT-ATAA-AG-TA--A-TA---GTA--G--T-TTACT---AGGCAT-A-A
gi|14                         :               -T-CA-T-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TTT-AATAA-A-C------------------------------CA--T-----T-------AATGCC-TGCTTG---AAGAA-A-A-AAT--T-TT-AT-AGT-C-TA-A-A-CA---ATA-TCT-AAAA-AG-TATTA-TA---GTA--G--T-T-ACC---AGGCAT-A-CATG--AAGG-GGG-AGTC
gi|15                         :                                TCTCTTGAG---TTT-AATAA-A-T-G-CC-AAATG-T-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGTT-G---AA--A-A-G-GTT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-AG-TA--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGAAT-A-AATG--AGGG-GGG-AGT
gi|16                         :                                        G---TTT-TATGA-A---GACTGTAT-G-C-----C------AAAT-CA--G-----T-----T-AAT-CCCCGC------AA--ACA-A-GAT--T-CTGAT-ACT-C-TA-A-A--A---ATC-CCCCATAA-AG-TA--A-TATATTTA--G--TGTTACT---AGGAAT---AATG--TAAG-GGG-AGTt
gi|17                         :                                        G---TTT-TATGA-A-G-GACT-TAT-G-C-----A------AAAT-CA--G-----T-----T-AATGCCCCGCA-A---AC--A-A-A-GAT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-CCC-ATAA-AG-TA--A-TA---TTA--G--T-TTACT---AGGAAT-A-AATT--AAGG-GGgctgct
gi|18                         :             tttaattcatcGTTTT-ATTCTCTTGAG---TTT-ATTGA-A-G-GACT-TAG-A-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TG-A-A-CA---ATC-TCT-ATAA-AG-TT--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AAGCAT-A-AAT
gi|19                         :      GTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TAT-AATGA-A-T-GACT-TAA-A-C-----A------AAAT-CA--G-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TCGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATT-TCC-ATAA-CG-TA--A-TA---GT
gi|2                          :     CGTGTTTTAT-T-TA-C-CGTTTC-TTTCTCATGAG---TTTTAATGA-AAC-GACT-TAA-T-C-----A------AAATATA--T-----C-----T-AATGTCCTGCT-G---AAGAA-A-A-ACC--C-TTGCG-A-TGC-TA-A-AACA---ATT-TCC-ATAA-AG-TG--A-TA---GTA--C--T-ATATC---AGGAAT-G-AATT--AAGG-GAA-AGTg
gi|20                         :                                            aTT-AATGA-A-T-GAC----------------------AAT-CA--C-----T-----C-AATGCC-TGCT-G---AA--A-AGA-GAT--C-TTGAT-A-T---TA-A-A-CT---ATT-TTCAATAA-AG-TT--ACTA---GTAGTG--T-TTAT-------GAT-A-AATG--CAGG-GGG-AATCac
gi|21                         :                                                            CT-TGA-G-C-----A------AAAT-CG--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-A---AA--A-A-T-GTT--T-TTGGT-A-T-T-TC-A-A-CA---ATT-TCA-CT---AG-TG--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGTAT-A-AATA--AAGG-GGGAAGTC
gi|22                         :                                   ctTGAG---TTT-AATGA-A-C-GACT-TAA-T-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCTTGCT-G---AA--A-A-A-TGC--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATA-TCC-ATAA-AG-TG--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGAAc
gi|23                         :              a-T-CA-C-C--TTT-TTTCTCCGAGG---TTT-AATAA-A----ACT-TCA-A-C-----A------AA-T-CA--T-----A-----T-AATTCCCTGTT-G---AA--A-A-A--GT--C--TGAT-A-T-C-T--A-A-CA---A---TCC-ATAA-AG-T---A-TA---GTA--G--T-ATA
gi|24                         :                                                            CC-TGA-G-C-----A------AAAT-CG--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-----AA--A-A-T-GTT--C-TTGAT-A-T-T-TC-A-A-CA---ATT-TCC-AC---AG-TG--A-TA---GTA--------TACT---GGACAA-AGAATGTTAAGG-
gi|25                         :   ttttttTTTT-T-T-CA-A-CGGTTT-CTTCTTTTCAG---TTT-GATGA-A-T-GACT-TTA-GAC-----A------CAAC-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGA
gi|26                         :                                                                           caatgtaaAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-AGA--T-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TAT-ATAA-AA-TT--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGTAT-A-AATG--AAGG-GGG-
gi|27                         :                                                            CT-TGA-G-C-----A------AAAT-CG--T-----T-----T-AACGCCCTGCT-----AA--A-A-T-GTT--C-TTGGT-A-T-T-TC-A-A-TA---ATT-TCA-AT---AG-TG--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGTAT-A-AATA--A
gi|28                         :    TTGTGTTTTAT-T-CA-C-GGTTTT-CTTCTCTT--------------------GACT-TGA-A-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGGTCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TG-A-A-CA---
gi|29                         :   caaGTGTCT-AT-T-TA-C-TGTTTT-CTTCCCTTGAG---TTT-AATGA-A-C-GGCT-TAA-G-C-----A------AA---C-------------------TGCCAAACT-A---AA--A-A-A-G----------T-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-T
gi|3                          :    atGTGTTTTAT-T-CA-AACGTTTTTCTTCTCTTGAG---TTT-AAGAA-A-T-AACT-TAG-A-C-----A------AAAT-CAATT-----T-----C-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-AAGGT--CATTGATTA-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCT-ATAA-TG-TT--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AAGCAT-A-AATG--AAGG-AGG-
gi|30                         :                                                                                                               agtCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-CTTA-A-A-CA---ATC-TAC-ATAA-AGTTA--A-TA---GTA--G--T-TTA-C---AGGCAT-A-AATG--AAGGTGGG-gaa
gi|31                         :                                                                    -C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G----A--A-A-A-CGT--C-TTGGT-G-T-C-TA-G-A-T--------------------TG--A-TA---GCA--G--T-GTACC---AGGAAT-A-AATG--AAGG-TGG-aagtcct
gi|32                         :         TTTAAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTATCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TAG-G-C-----T------AAAT-CA--g
gi|33                         : tgtacGTGTTTTATGTACA-C-CGGTTT-TTTCTGTTGCG---TTT-AATGA-A-C-GTCT-TAA-A----------------------------------------GCCCTGCT-G---AA--A-aaagcgatgtggcc
gi|34                         :                                                        caatCT-TGA-G-C-----A------AAAT-CG--T-----T-----T-AA-----TGCT-A---AA--C-A-T-GTT--C-TTGGT-A-T-T-TC-A-A-CA---ATT-TCC-ATAc
gi|35                         :                      tcatcccccTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TAAAG-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGTCCTGTT-G---AA--A-A-A-Ggt
gi|36                         :                                                                                                   ccgttaaaTACCCTGCT-G---AA--A-A-A--GT--C-TT-AT-G-T-C-T----A-C----ATC-TCC-A-AA-A--------------TA--G--T-TACCC---ACGAAT-A-AATG--AAGA-GAG-
gi|37                         :                                                                                                                          t--A-A-A-GGT--C-TTGGT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATCA-AG-TA--A-TA---ATA--G--T-TTACC---A-GAAT-A-AATG--AAGG-G
gi|38                         :                                                                                                                                               -A-T-C-TA-A-A-CG---ATC-TCT-ATAA-AG-TT--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGCAT-A-AATA--AAGG-GGGAAGTCaa
gi|39                         :                             agTTCCCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-TACT-TAA-G-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGTT-G---AA--A-A-A-GG
gi|4                          :       aGTTTTGT-T-CAAC-CGTTGT-CTTAT--TGGGGCGTTT-A-TGATA-CCGACG-AAA-G-C-----A------AAA--CA--TGTAACTG----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-ACGGTTGC-TTGAT---T-C-CATA-A-CACAGATCTTCC-ATCA-AG-TA--A-TA---ATA--GTTT-TTACC---A-GAAT-A-AATG--AAG
gi|40                         :    caGTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG----TT-AATGA-A-T-GA---------C-----A------ACAT-CA--T-----T-----C-AATG
gi|41                         :                                                                                                                                          tTGGT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-AG-TG--A-TA---GTA--A--T-TTACA---AGGTAT-A-AAT---AAGG-AG
gi|42                         :      GTGTTTTAT-G-TA-C-CGTTTT-CTTCTATTGAG---TTT-AATGA-A-C-Gc
gi|43                         :  caaaGTGTTTTAT-G-TA-T-CGTTTT-CTTCAATTGAG---TTT-AATGA-A-C-G
gi|44                         :                                                                                                                                                            aaa---ATT-TCC-ATA---G-TG--A-TA---GTG--G--T-TTACC---AGGTAT-A-TATA--AAG
gi|45                         :                                                                                                                                                                                               A--G--T-TTACC---AGGAAT-A-AATG--AAGG-GGG-
gi|46                         :      GTGTTTTAT-T-CG-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAaatactgct
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                      ccagtC---AGGCAT-A-AATG--AAGG-GGA-AGTC
gi|5                          : CAGTGGTGTTTTAT-A-CA-C-CGTTTT-CTTCTTTT-AG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TCA-A-C-----A------AAAT-CA--T-----G-----T-AATGCCTTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--A-TTCAT-G-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TAT-ACAA-AG-TT--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGCAT-A-AATG--AAGG-GGG-AGTCctgctat
gi|6                          :      GTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTAT-CTTTTCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TAG-A-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----C-AATGCCCTGCT-G---TA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-G-TA---ATC-TCT-ATAA-TG-TT--A-TA---GTT--G--T-TTACC---AAGCAT-A-AATG--TAGG-GGG-
gi|7                          :     tGCGTTTTGT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGCG---TTT-AATGA-A-C-GACG-AAA-G-C-----A------AAA--CA--TG----TAACTGT-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGTTGC-TTGAT---T-A-TA-ACA-CA---ATCTTCC-ATCA-AG-TA--A-TA---ATA--GT-T-TTACC---A-GAAT-A-AATG--Agaaagt
gi|8                          :   tatGTGTTTTAT-T-CA-A-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TAA-G-C-----AAAATTTAAAT-CA--T-----G-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GAT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATT-T------A-AG-TA--T-TA---GTA--A--T-TTACC---AGGAAT-A-AATG--
gi|9                          :                     caatTTTT-ATTCTCGTGAG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TGG-A-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-GTTAAA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCT-ATAA-AG-TT--A-TA---GTA--G--C-TTACCACGAGGCAT-T-AATG--AAGG-GGA-AGTC


blockSeqs                     :     T         G A  A G      T           GCG   T     T AC     G   TG  .     AAATTT    A  AT GTAACTG     T           T TTA  GA C G A   TG A     T G G T  T C A  CAG   T   C    .  T ATT C  TAT   GT TT G     ACG   A  . G    TT    T   A
blockSeqs                     :     C         . .  . A      .           .     .     . CC     .   GA  .     .         .  .  GTAACTG     .           . A    GA . . C   TG .     . C . .  . . .  .     T   A    .  . T   .  .     .  T  .     .     A  . .    .     .   A
blockSeqs                     :     T         . .  . .      .           .     .     . T      .   AG  .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . G   .  .     .  .  .     .     G  . .    .     .   .
blockSeqs                     :     G         . .  . .      .           .     .     . C      .   T   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . A   .  .     .  .  .     .     C  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . T      .   G   .     .         .  .  C           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . A   .  .     .  .  .     .     C  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . T      .   A   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . A   .  .     .  .  .     .     A  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . C      .   G   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . A   .  .     .  .  .     .     A  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . T      .   G   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . A   .  .     .  .  .     .     A  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . G      .   A   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . T   .  .     .  .  .     .     C  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . G      .   A   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . A   .  .     .  .  .     .     A  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . T      .   T   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . G   .  .     .  .  .     .     G  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . T      .   G   .     .         .  .  C           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . T   .  .     .  .  .     .     T  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . C      .   T   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . G   .  .     .  .  .     .     A  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . T      .   A   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . G   .  .     .  .  .     .     C  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . C      .   G   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . G   .  .     .  .  .     .     T  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . T      .   G   .     .         .  .  A           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . T   .  .     .  .  .     .     T  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . T      .   A   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . G   .  .     .  .  .     .     C  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . C      .   G   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . T   .  .     .  .  .     .     C  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . T      .   A   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . A   .  .     .  .  .     .     A  . .    .     .   .
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . T      .   G   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . G   .  .     .  .  .     .     A  . .    .     .    
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . T      .   A   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . A   .  .     .  .  .     .     A  . .    .     .    
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . C      .   G   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . T   .  .     .  .  .     .     C  . .    .     .    
blockSeqs                     :               . .  . .      .           .     .     . C      .   G   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . A   .  .     .  .  .     .     A  . .    .     .    
blockSeqs                     :                             .           .     .     . T      .   G   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . G   .  .     .  .  .     .     T  . .    .     .    
blockSeqs                     :                             .           .     .     . T      .   A   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . G   .  .     .  .  .     .     T  . .    .          
blockSeqs                     :                                         .     .     . C      .   A   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . T   .  .     .  .  .     .     A  . .    .          
blockSeqs                     :                                         .     .     . T      .   G   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . T   .  .     .  .  .     .     C  . .    .          
blockSeqs                     :                                         .     .     . T      .   G   .     .         .  .  G           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . A   .  .     .  .  .     .     C  . .    .          
blockSeqs                     :                                         .     .     . .      .   A   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . A   .  .     .  .  .     .     C  . .    .          
blockSeqs                     :                                         .     .     . .      .   .   .     .         .  .  G           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . T   .  .     .  .  .     .     A  . .               
blockSeqs                     :                                               .     . .      .   .   .     .         .  .  T           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . .   .  .     .  .  .     .     A  . .               
blockSeqs                     :                                                              .   .   .     .         .  .  .           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .    .  . .   .  .     .  .  .     .     C                    
blockSeqs                     :                                                              .   .   .     .         .  .  .           .           . .    .  . . .   .  .     . . . .  . . .  .     .   .                                                             
blockSeqs                     :                                                                      .     .         .  .  .           .           . .    .  . . .            . . . .  . . .  .     .                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                      .  .                          . .    .  . . .                            .                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                           .  .                                                                                                        


blockSeqCons                  :                                                                      *****              **                                                                                                        **
originalCons                  : CGGTCGTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-C-GACT-TAA-G-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-AG-TN--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGNAT-A-AATG--AAGG-GGG-AGTC
finalCons                     : CGGTCGTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-C-GACT-TAA-G-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-AG-TN--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGNAT-A-AATG--AAGG-GGG-AGTC





Alignments
lowQualScore                  :     1         1 1  1 3      1           222   2     1 666    1   444 22222 333333    1  33 44444444444 1           1 333  33 1 1 2   33 1     1 2 2 1  1 1 1  111   2   2    1  1 444 1  222   11 44 1     222   1  1 1    11    1   4    
lowQualScore                  :     .         . .  . .      .           ...   .     . ...    .   ... ..... ......    .  .. ........... .           . ...  .. . . .   .. .     . . . .  . . .  ...   .   .    .  . ... .  ...   .. .. .     ...   .  . .    ..    .   .    
lowQualScore                  :     4         7 7  7 3      5           333   5     2 000    2   111 99999 333333    1  11 00000000000 1           1 111  00 1 1 2   22 2     1 3 3 1  1 1 1  999   3   4    2  2 333 2  111   77 55 2     111   0  2 2    88    6   0    
consensus                     : CGGTCGTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-C-GACT-TAA-G-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-AG-TN--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGNAT-A-AATG--AAGG-GGG-AGTC
Reference ( family-805 )      : CGGTCGTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-C-GACT-TAA-G-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-AG-TN--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGNAT-A-AATG--AAGG-GGG-AGTC
gi|1                          : CGGTCGT-TTTTAT-T-T--C-CGTTT--CTCCTCATGGG---TTTTAATGC-A-C-GACT-TAA-T-CTCAATA------AAAT-TGATT-----T-----T-GATGTCCTGCT-G---AG--G-A-A-GAC--A-TAGAT-G-TTC-TA-A-A-CA----TC-TCC-ATAGCAG-TG--A-TA---A-A--GTCT-TTATC---TGGAATAA-AATG--AAAG-GGA-AGTC
gi|10                         :   gTTGTGTTTTAT-T-CA-CGCTTTTC-CTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-GATT-------------A------ACGT-CA--T-----T-----T---TGCCTGGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-TA---ATC-TCT-ATAA-AG-TT--A-TA---GTA--A--T-TTAC-----AGAAT-A-A--G--AAGA-GGG-ct
gi|11                         :      aTGTTTTAT-T-TA-C-CGTTTT-ATTCTCATGGG---TTT-ATTGA-A-C-GACT-CAA-T-C-----A------AAAT-------------------AAT---CTGCT-G---AG--C-A-A-GAC--C-ATGGT-G-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAC-AG-TG--A-TG---GTA--C--T-TTATC---TGGAAT-A-AATG--AAAG-GGag
gi|12                         :         TTTTAT-T-CA-C-CGT--------------G---TTT-AATGA-A-T-GCCT-TAA-G-T-----A------GAA--CA--T-----T-----TTAAAACTCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTACT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-TT-TA--A-TA---GTA--G--T-TTACT---GGGGAT-A-AATG--AAGG-GGG-
gi|13                         :         caTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG----TT-AATGG-A-T-GACT-TAC-A-C-----A------AAAT-CA--T-----C-----C-AATACCCTGCT-GA--AA--A-A-A-GGT--T-TTGAT-A-T-A-TA-A-A-CA---ATG-TTT-ATAA-AG-TA--A-TA---GTA--G--T-TTACT---AGGCAT-A-A
gi|14                         :               -T-CA-T-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TTT-AATAA-A-C------------------------------CA--T-----T-------AATGCC-TGCTTG---AAGAA-A-A-AAT--T-TT-AT-AGT-C-TA-A-A-CA---ATA-TCT-AAAA-AG-TATTA-TA---GTA--G--T-T-ACC---AGGCAT-A-CATG--AAGG-GGG-AGTC
gi|15                         :                                TCTCTTGAG---TTT-AATAA-A-T-G-CC-AAATG-T-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGTT-G---AA--A-A-G-GTT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-AG-TA--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGAAT-A-AATG--AGGG-GGG-AGT
gi|16                         :                                        G---TTT-TATGA-A---GACTGTAT-G-C-----C------AAAT-CA--G-----T-----T-AAT-CCCCGC------AA--ACA-A-GAT--T-CTGAT-ACT-C-TA-A-A--A---ATC-CCCCATAA-AG-TA--A-TATATTTA--G--TGTTACT---AGGAAT---AATG--TAAG-GGG-AGTt
gi|17                         :                                        G---TTT-TATGA-A-G-GACT-TAT-G-C-----A------AAAT-CA--G-----T-----T-AATGCCCCGCA-A---AC--A-A-A-GAT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-CCC-ATAA-AG-TA--A-TA---TTA--G--T-TTACT---AGGAAT-A-AATT--AAGG-GGgctgct
gi|18                         :             tttaattcatcGTTTT-ATTCTCTTGAG---TTT-ATTGA-A-G-GACT-TAG-A-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TG-A-A-CA---ATC-TCT-ATAA-AG-TT--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AAGCAT-A-AAT
gi|19                         :      GTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TAT-AATGA-A-T-GACT-TAA-A-C-----A------AAAT-CA--G-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TCGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATT-TCC-ATAA-CG-TA--A-TA---GT
gi|2                          :     CGTGTTTTAT-T-TA-C-CGTTTC-TTTCTCATGAG---TTTTAATGA-AAC-GACT-TAA-T-C-----A------AAATATA--T-----C-----T-AATGTCCTGCT-G---AAGAA-A-A-ACC--C-TTGCG-A-TGC-TA-A-AACA---ATT-TCC-ATAA-AG-TG--A-TA---GTA--C--T-ATATC---AGGAAT-G-AATT--AAGG-GAA-AGTg
gi|20                         :                                            aTT-AATGA-A-T-GAC----------------------AAT-CA--C-----T-----C-AATGCC-TGCT-G---AA--A-AGA-GAT--C-TTGAT-A-T---TA-A-A-CT---ATT-TTCAATAA-AG-TT--ACTA---GTAGTG--T-TTAT-------GAT-A-AATG--CAGG-GGG-AATCac
gi|21                         :                                                            CT-TGA-G-C-----A------AAAT-CG--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-A---AA--A-A-T-GTT--T-TTGGT-A-T-T-TC-A-A-CA---ATT-TCA-CT---AG-TG--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGTAT-A-AATA--AAGG-GGGAAGTC
gi|22                         :                                   ctTGAG---TTT-AATGA-A-C-GACT-TAA-T-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCTTGCT-G---AA--A-A-A-TGC--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATA-TCC-ATAA-AG-TG--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGAAc
gi|23                         :              a-T-CA-C-C--TTT-TTTCTCCGAGG---TTT-AATAA-A----ACT-TCA-A-C-----A------AA-T-CA--T-----A-----T-AATTCCCTGTT-G---AA--A-A-A--GT--C--TGAT-A-T-C-T--A-A-CA---A---TCC-ATAA-AG-T---A-TA---GTA--G--T-ATA
gi|24                         :                                                            CC-TGA-G-C-----A------AAAT-CG--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-----AA--A-A-T-GTT--C-TTGAT-A-T-T-TC-A-A-CA---ATT-TCC-AC---AG-TG--A-TA---GTA--------TACT---GGACAA-AGAATGTTAAGG-
gi|25                         :   ttttttTTTT-T-T-CA-A-CGGTTT-CTTCTTTTCAG---TTT-GATGA-A-T-GACT-TTA-GAC-----A------CAAC-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGA
gi|26                         :                                                                           caatgtaaAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-AGA--T-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TAT-ATAA-AA-TT--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGTAT-A-AATG--AAGG-GGG-
gi|27                         :                                                            CT-TGA-G-C-----A------AAAT-CG--T-----T-----T-AACGCCCTGCT-----AA--A-A-T-GTT--C-TTGGT-A-T-T-TC-A-A-TA---ATT-TCA-AT---AG-TG--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGTAT-A-AATA--A
gi|28                         :    TTGTGTTTTAT-T-CA-C-GGTTTT-CTTCTCTT--------------------GACT-TGA-A-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGGTCTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TG-A-A-CA---
gi|29                         :   caaGTGTCT-AT-T-TA-C-TGTTTT-CTTCCCTTGAG---TTT-AATGA-A-C-GGCT-TAA-G-C-----A------AA---C-------------------TGCCAAACT-A---AA--A-A-A-G----------T-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-T
gi|3                          :    atGTGTTTTAT-T-CA-AACGTTTTTCTTCTCTTGAG---TTT-AAGAA-A-T-AACT-TAG-A-C-----A------AAAT-CAATT-----T-----C-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-AAGGT--CATTGATTA-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCT-ATAA-TG-TT--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AAGCAT-A-AATG--AAGG-AGG-
gi|30                         :                                                                                                               agtCT-G---AA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-CTTA-A-A-CA---ATC-TAC-ATAA-AGTTA--A-TA---GTA--G--T-TTA-C---AGGCAT-A-AATG--AAGGTGGG-gaa
gi|31                         :                                                                    -C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-G----A--A-A-A-CGT--C-TTGGT-G-T-C-TA-G-A-T--------------------TG--A-TA---GCA--G--T-GTACC---AGGAAT-A-AATG--AAGG-TGG-aagtcct
gi|32                         :         TTTAAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTATCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TAG-G-C-----T------AAAT-CA--g
gi|33                         : tgtacGTGTTTTATGTACA-C-CGGTTT-TTTCTGTTGCG---TTT-AATGA-A-C-GTCT-TAA-A----------------------------------------GCCCTGCT-G---AA--A-aaagcgatgtggcc
gi|34                         :                                                        caatCT-TGA-G-C-----A------AAAT-CG--T-----T-----T-AA-----TGCT-A---AA--C-A-T-GTT--C-TTGGT-A-T-T-TC-A-A-CA---ATT-TCC-ATAc
gi|35                         :                      tcatcccccTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TAAAG-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGTCCTGTT-G---AA--A-A-A-Ggt
gi|36                         :                                                                                                   ccgttaaaTACCCTGCT-G---AA--A-A-A--GT--C-TT-AT-G-T-C-T----A-C----ATC-TCC-A-AA-A--------------TA--G--T-TACCC---ACGAAT-A-AATG--AAGA-GAG-
gi|37                         :                                                                                                                          t--A-A-A-GGT--C-TTGGT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATCA-AG-TA--A-TA---ATA--G--T-TTACC---A-GAAT-A-AATG--AAGG-G
gi|38                         :                                                                                                                                               -A-T-C-TA-A-A-CG---ATC-TCT-ATAA-AG-TT--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGCAT-A-AATA--AAGG-GGGAAGTCaa
gi|39                         :                             agTTCCCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-TACT-TAA-G-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGTT-G---AA--A-A-A-GG
gi|4                          :       aGTTTTGT-T-CAAC-CGTTGT-CTTAT--TGGGGCGTTT-A-TGATA-CCGACG-AAA-G-C-----A------AAA--CA--TGTAACTG----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-ACGGTTGC-TTGAT---T-C-CATA-A-CACAGATCTTCC-ATCA-AG-TA--A-TA---ATA--GTTT-TTACC---A-GAAT-A-AATG--AAG
gi|40                         :    caGTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAG----TT-AATGA-A-T-GA---------C-----A------ACAT-CA--T-----T-----C-AATG
gi|41                         :                                                                                                                                          tTGGT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCC-ATAA-AG-TG--A-TA---GTA--A--T-TTACA---AGGTAT-A-AAT---AAGG-AG
gi|42                         :      GTGTTTTAT-G-TA-C-CGTTTT-CTTCTATTGAG---TTT-AATGA-A-C-Gc
gi|43                         :  caaaGTGTTTTAT-G-TA-T-CGTTTT-CTTCAATTGAG---TTT-AATGA-A-C-G
gi|44                         :                                                                                                                                                            aaa---ATT-TCC-ATA---G-TG--A-TA---GTG--G--T-TTACC---AGGTAT-A-TATA--AAG
gi|45                         :                                                                                                                                                                                               A--G--T-TTACC---AGGAAT-A-AATG--AAGG-GGG-
gi|46                         :      GTGTTTTAT-T-CG-C-CGTTTT-CTTCTCTTGAaatactgct
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                      ccagtC---AGGCAT-A-AATG--AAGG-GGA-AGTC
gi|5                          : CAGTGGTGTTTTAT-A-CA-C-CGTTTT-CTTCTTTT-AG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TCA-A-C-----A------AAAT-CA--T-----G-----T-AATGCCTTGCT-G---AA--A-A-A-GGT--A-TTCAT-G-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TAT-ACAA-AG-TT--A-TA---GTA--G--T-TTACC---AGGCAT-A-AATG--AAGG-GGG-AGTCctgctat
gi|6                          :      GTGTTTTAT-T-CA-C-CGTTAT-CTTTTCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TAG-A-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----C-AATGCCCTGCT-G---TA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-G-TA---ATC-TCT-ATAA-TG-TT--A-TA---GTT--G--T-TTACC---AAGCAT-A-AATG--TAGG-GGG-
gi|7                          :     tGCGTTTTGT-T-CA-C-CGTTTT-CTTCTCTTGCG---TTT-AATGA-A-C-GACG-AAA-G-C-----A------AAA--CA--TG----TAACTGT-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GGTTGC-TTGAT---T-A-TA-ACA-CA---ATCTTCC-ATCA-AG-TA--A-TA---ATA--GT-T-TTACC---A-GAAT-A-AATG--Agaaagt
gi|8                          :   tatGTGTTTTAT-T-CA-A-CGTTTT-CTTCTCTTGAG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TAA-G-C-----AAAATTTAAAT-CA--T-----G-----T-AATGCCCTGCT-G---AA--A-A-A-GAT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATT-T------A-AG-TA--T-TA---GTA--A--T-TTACC---AGGAAT-A-AATG--
gi|9                          :                     caatTTTT-ATTCTCGTGAG---TTT-AATGA-A-T-GACT-TGG-A-C-----A------AAAT-CA--T-----T-----T-AATGCCCTGCT-GTTAAA--A-A-A-GGT--C-TTGAT-A-T-C-TA-A-A-CA---ATC-TCT-ATAA-AG-TT--A-TA---GTA--G--C-TTACCACGAGGCAT-T-AATG--AAGG-GGA-AGTC