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consensus                     : TTNTAC-CA--CT-TCGCG-GT----G--NTGTTCGTCATA-CAATAAAT-AACC----CAG-TACAA-CTTANC-GCGCT-GTTTTTTAAG-T-GTATT-TAC-CAA-CAATTAGGATACACACCGAAAA--AAG-CATTT-AAT-CTTC-AATGA----A-CTTTGT----TA----TGTNAAAGG--CAC-CCA-TAT-GGTATAGTAAAA-CATGA-G-A--CAC-C-TTGA-CG-TGTGTATAACT--ATCTN-AATTT-TAAT--TAGAATT-GTGTT--TATAN-------CAANT-A-ACC---GC--GA-TGTT-----GTAG-CGTATCTCT------TAGG-TGT-AA-ATTACCCGC-CGAT-TG-CTG-CT----G---CA-TTANNTGTAGAGGT-CCTNTT-AG------ATNTAA--C---CC-AATG---ACAACGGC-TTA------GTAC---AATTAATTA---AGA----------AA----CA---AC--------ACN-CGGCT-TC-GCG-AACAAAT----T------GTAAAA---NTTATTG--CATTT---TAGA-C-ACANCC-CACGCANNNNACAC-CAGNAC-NACAAGTTA-ATC-A-TTTTTCGCCTCTGCTC--GTGA--A-CCCCTTTGT--ACGGAGTCTTTA-TTTAAA-AC-A-T-ATATAT--TTTCCGCTA
Reference ( gi|3 )            : TTTTACTCA--CT-TCACG-GT----G--CTTTCCGTCCTA-CAATGAGT-AACC----CAGCTACAAACTTACC-ATGCCCGTTTTTTAAG-T-GTATT-TGC-CAA-CAATAAGAATACACACCAAGAA--AAG-CGTTT-TA--CTTC-CATGA----A-CTCTGT----TA----TGGTAAAGG--CAC-TCA-TAT-GGTATA-TAA---CATGA-G-A--CAC-C-TTGA-TGTTGTGTATAACT--ATCTC-ATTTT-TAAT--TAGCCTT-GTGTT--TATAC-------CAAGT-A-ACC---G---GA-TGTT-----GTA--CATATCTCT------TAGG-TGT-AA-ATTACCCGC-CGAT-TG-CTG-CT----G---CATTTAACTGTAGATGT-CTTCTT-AG------ACATA---C---CC-AATG---ACAACGGC-TTA------GTAC---AATTACTTA--CAGA----------CA----CA---AC--------ATC-CGGCT-TC-ACG-AA-AGAT----T------GTGAAA---GTTATGG--CATTT---TCGA-C-ATACCC-CACCCATCCGCCAT-TAGAAC-CATAAGTTATATC-A-TTTTTCGCCTCTGCTC--GTGACTATCCCCTTTGTTAATGGAGTCTTTA-TTTAAA-AT-ACT-GTATATCATATCCGCTA
gi|1                          : TTTTAC-CATCCG-TCACG-GTTGTGGATCTGTTCGTCATA--AATAAATTAATCGCGTCAGT--CAACCTTAATGATGCT-GTTTTTAACG-T-GTATT-TAC-CAA-TATTA--GATACACATC--GCA--AAA-CATTA-TATGCTTA-TATGAACTGA-CTTTGTC---TACATCTGTAAAAGA--CACACCA-TAT-AGTATAGTAA---CATAG-A-A--CACTC-TTGAGTG-TGTTTATAAACAGATCTCAAATGT-TAAT--TAGAATTCGTGTT--T-TAT-------AAGGT-A-ACC------------TA-----GCAG-TATGCTTCT------TAGG-TGTAAA-AATA-CCG--CGAT-TG-CTG-CT--------CA-TTAAGTG-GGAGGTCCTTGTT-AGGAGAATACCTA---C---TA-ATTGTACACAACGCCGTTA------GTAC---ACATAATTA---AGA----------AAACTGCA---ACGAGCAGCAATCATGGCTGTC-GTGTAACAAATTAAAT------GTAAAA---CTTATTG--CATTT---TAGATC-ACAGCC-CATGCAATAGACACACAGTAC-AACAAG----ATC-ATTTTTTCG-CTCTGCTCAAGTGA--AACCCCCTTGT--ACGGAG--TTTATTTTAAA-ACAAAT-ATATAT--TTTCCGC
gi|15                         : TTATAC-CA--CTCTCGTG-GT----G--ATGTTCGTCATA-CAATAATT-AACC-----AG-TACAA-CTTAAC-GCG---GTTTTTTAAG-T-GTATT-TACGCAACCAATTAG--TACACAgtactgtccgcgcaagtaaggactgtgtagtttttgatacaagtaaccggtaagacgaaacgatat
gi|2                          :    TAC-CA--CT-TCACGTAT----G--TT---CGTCATAACAATAA---AAAC----CAG-TACAG-CTTATC-A-GC---TGATTTAAG-TTGCATT--AC-CGA--AACA-TAATACACACCCAAAA--AAG-CATTTATAT-CTTT-CACAAGAG-A-CT---TAAAATA----TG-TAAAG---CAC--CACTAT-GAAATAATAAAA-CATGA-G-AAACAC-CCTTGA-GG------ATAACT--ATCTA-AATTT--AAT--TAA--TT-GTGTT--TATATATTGTAACAA-T-A-ACC---G---AACTGT------GTA--C---TC-CT------TAG--TGT-AATATTACC-GC-CGATATGTCTG-CTCAATA---CATGTATCTGTAG-T-T-CCTTTT-A-------ATGTAA--C---CC-AATG---ACCACG-C-TTA------GCAC---AATTAATTA---AGA----------
gi|14                         :                                         A-CAATAAAT-AACC----CAG-TACAA-CATAC--GTGCT-GATTTTTAAG-A-GTATT-CAC-CAA-CAATTAG-ATACACACCGA-AA--AAG-CATTT-AA--CTTC-AATAA----A-CTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaatcattcatgatgatctttattaaaaataatacatattccgctattctgaggttgcgtgttagttttatacaagtaaagaacgaaacaaattgcttt
gi|5                          :                                                                                      TTTTAAGCT-GTATTGTAC-CAA-CAATTTAGATACTCGCAAAAAAGAAAG-CATTT-AA--CT-C-AATGA----AACTTTAT-----G----TGGTAAAAGGCCAA-CCA-TATTGGTACT-TAAAAACATGACA-A--CAC-A-TGGA-C--TGTGTATAACT--ATCTG-ATATTATAAC--TTGAATT-G-GTTCTTATAA-------CAATTTA-ACCTCAGC--GA-T--T-----GTA------TCTCTGCTATATGTG-TGT-AA-ATTACC-GC-CGAT-TG-CTG-CT--------CAATTATCTG-AGAAGT-CCTTTT-AG------ATATG---C---CCCAGTG---ACAAGGGC-TTA------GTAC---AATTAAATA--AGGA----------AA----CATGCAC--------ACG-CTGCT-TCAACG-AA-AA------T------ATGAAA----TTATGG--CATTtg
gi|4                          :                                                                                                 cagtacactttatcatgatgaATACACACCAAAAA--AAGCCATTG-AA--CTTCAAATCAC---A-CT-TGT----TA----TGTAAAAGG--CA---CA-TAT-AG-GTA-TAA---CATGA-GAA--CAC-C-TTGA-----GTGTTTAACT--ATCTA-ATTTT---ATTGTAG-ATT-GTGTT--TATAA-------CAATT-ACATCA--G---GA------------G--CGTATCTCT------TAGG-TGT--A-ATTACGCGC-TGA--TG-C---------G---CA------TGTACA-GT-CCTATT-AG------ATA-A---CCCGCC-AATG---AAAAC-GC-TTA------GTAC---AATTA-TTA---AG------------------A---NN--------NNN-NNNNN-NN-NNN-NN-NNNN----N------NNNNNN---NNNNNNN--NNNNN---NNNN-N-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNNNNGTTA-ATCAA-TTATTCG-CTCTGCTC--GTGA------TCTTTG-TAACGGAGTCTTTA-TTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                            --ATCTT-AATTT-TAATA-TTGC-TT-GTGTT--TAT----------AAAC-A-ACC---GCCCGA-AGTTCGATGGTAGTTGTATGTCT------TAGGTTGT-AA-AATA-CCGCTCGA--TG-CTGCCT----GCCTCACTTAAGTGTTGAGGT-CCTGTTGAG------AGATAGCCC---CT-AATGGA-ACAACGCCACTACATGATGTACTCAAATTAATTATCCAAAACACTCTCGCCA----CG---AC--------ACT-C-GCA-TC-TTG-AACATAT----TAAATACGTAAAACATATTATTGCACATTTAAGTAGA-CAACACTCATACCCATGCTATAT-TAGAACACATAtccggcttatgttgcaggttggctgtgtagttttgaatcgtgtagacgaacgaaattgcttt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GTAGAAGT-CCTTTT-AG------ATTTAA--C---CC-AATG---ACAACGGT-TTA------GTAC---AATTAtcaatctgattcgaatcattcctctttcgctctcgc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attatctgtaATC-A-TTTTTCGC-TCTGCTC--GTGA-TA--CCCTTTGT--ACGGAGTCTTTA-TTTAAA-A------G-ATAT-ATATCCGCTAaattaag
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tg-A-TTTTTCGC-TCTGTTC--GTGAA-ATTC--TTTGT--ACTGAGTCTTTA-TTTAAATAT-ATTCATATAT--TTTCCGCTAtgtctgcaggttgaggttggttacaagtaaaccagtagacgaatcgaaattgc
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CGTACATGTAATATATATACAATGTACATACACATTTAGGAAGAAAGTAACTTTTCGCTCAACACTCTTATACGGAGTTTTTTATATAAAAATATTTTCTGCTGTGTCTGTAGATTGATTAATATGCAGTTTGATACAAGTAACCCCCGCTGGCGAAACAAAACTTCT
Unaligned ( gi|8 ): TATACATTTAGGAAGAACATAGTAATTTTTCGCTCCGCTTGTGATACAGAGGCTGTTTTCCCAGATATTATTTCCCGCTGTGTCTGCAGGTCGGTTGTTAGTTTTGATACAGGTAAACCTGTGGACGGAACGAAATTTCTT
Unaligned ( gi|9 ): AGGAAGAACATAATTTTGCACTCTGTTTATGATACCCTTTATACAGAGTTTTTATTTTCATAAAAAATATTTTTTGCTGTGTTTGCAGGTCAGTTTTGTAGTTTTGATACAAGTAAACTCGTAGACGAAAAGAAATTACG
Unaligned ( gi|12 ): ATTTAGGAAAAACAACTTTTCGCACATACCCTTTATACGGAGTTTTGTGGTTCTGCAGGTCGGTTTATGTAGATTTTGATTAACAAGATAAACCCGTAGACGATACGACATTGCT
Unaligned ( gi|13 ): CATTTAGGAAAAACAACTTTTCGCACATACCCTTTATACGGAGTTTTGTGGTTCTGCAGGTCGGTTTATGTAGATTTTGATTAACAAGATAAACCCGTAGAGCGATAACACATTG






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Reference ( family-8002 )     : TTNTAC-CA--CT-TCGCGGT----GNT--GTTCGTCATA-CAATAAAT-AACC----CAG-TACAA-C-TTANCG-CGCT-GTTTTTTAAG-T-GTATT-TAC-C--AA-CAATTAGGATACACACCGAAAA--AAGC-ATT-TA-ATCTT---CAA-TGA----A-CTTTGT-TA----TGTNAAAGGC-AC-CCATAT-GGTA--TAGTAAAACATGA-GA--CAC-C-TTGACGT-GTG--TATAACT--ATCT-NA-ATTTTAAT-TAGAATT-GTGTT--TATAN-------CAANT-A-ACC---GC--GATGTT-----GTAGC-GTAT--CTCT------TAGGT-GT-AA-ATTACCCGC-CGAT-TG-CTGC-TGC---A-TTANNTGTA---G---AGGTCC-TNTT-AG------ATNTAAC---CC--AA-TG---ACAACGGC-TTA------GTAC---AATT-AATTA---A-GAA----------A----CA---ACA---------CNCGGCT-TCGCG-AAC-AAAT----T------GTAAAA---NTTATTG--CATTT---TAGA-C-ACANCC-CACGCANNNNACAC-CAGNACNACAAGTTA-ATC-A-TTTTTCGC-CTCTGCTC--GTG-A--A-CCCCTTTGT--ACGGAG-TCTTTA-TTT-----AAA-AC--A-T--ATATAT--TTTCCGCTA
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gi|4                          :                                                                                                                         ATACACACCAAAAA--AAGCCATT-GA-A-CTT---CAAATCACA-CT----T--GT-TA----TGTAAAAGGC-AC-ATATA--GGTA--T-A-----ACATGAG-AACA-C-CTTGA-GT-GT-T---TAACTA--TCT-A-A-TTTTATTGTAG-ATT-GTGTT--TA-------T-AACAATT-ACATCA------GG-----A-G-C-G----TAT--CTCT------TAGG-TGT-A-AT-TACGCGC-TGA--TG-C-----G---CA------TGTA---C---A-GTCCTA-TT-AGA----TAACCCGCC--AAT-G---AAAAC-GC-TTA------GTAC---AATT--ATTA---A-G-----------------------------ANN--NNNNNNN-NN-NNN-NNNNNNNN------NNNNNN---NNNNNNN--NNNNN---NNNN-N-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-N--NNNNNNNNNNGTTA-ATCAA-TTATTCG--CTCTGCTC--GTG-A------TCTTTGTA-ACGGAG-TCT-TTA-TTT-----
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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lowQualScore                  :       .  ..  .     . .........          .       ..  . ....   .     . .   .  ..   ...    .  . ...     ..  . ..  .      ..         ..   ..    .   .  ...   ...   .   .... .   ...........      .   .  .     ..    .........        ..   . .     ......... .     ..    .. .        ......  .   .  ..  ....... . .   .....   .........................   ..    ......  . .   .  .    .    .   ..  .   .  ....  ..  ..  ......... .     ...     .... .  ...  ..  .  ...     .  .   ......    ...    .     ... .  .....................................   .  ....  . ....    ..      ....    . ..     ...    ...      .       . .    ....    .. . ......   . .       ...       ..   . ......       ..      ..  .   .   .....   . ..........    ..         
lowQualScore                  :       0  88  0     5 555555555          0       88  2 2222   7     7 7   5  33   555    2  7 777     33  7 22  7      88         33   22    7   7  555   777   7   8888 7   33333333333      8   0  0     88    444444444        88   0 0     666666666 8     22    22 7        777777  7   7  22  7777777 7 2   88888   0000000000000000000000000   22    222222  5 7   7  7    0    7   00  7   7  5555  11  00  111111111 3     333     0000 1  999  99  7  999     3  4   444444    000    7     777 7  4444444444444444444444444444444444444   0  2222  2 2222    00      8888    0 00     555    888      0       0 2    7777    88 8 555555   0 7       555       99   0 555555       99      11  0   0   55555   7 0000000000    99         
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Reference ( family-8002 )     : TTTTAC-CA--CT-TCACGGT----GAT--GTTCGTCATA-CAATAAAT-AACC----CAG-TACAA-C-TTANCG-TGCT-GATTTTTAA-G-T-GTATT-TAC-C--AA-CAATTAGGATACACACCGAAAA--AAGC-ATT-TA-A-CTT---CAA-TGA----A-CTT-TGT-TA----TGTAAAAGGC-AC-CCATAT-GGTA--T-A-TAAAACATGAG-AACA-C-CTTGA-G-TGTG--TATAACT--ATCT-NA-ATTTTAAT-TAGAATT-GTG-TT--TA-------T-AACAANT-A-ACCG------GA-TGTTA-G-C-G----TAT--CTCT------TAGG-TGT-AA-ATTACCCGC-CGAT-TG-CTG-CTG---CA-TTANNTGTA---G---AGGTCCT-T-TTAGACG--TAAC---CC--AA-TG---ACAACGGC-TTA------GTAC---AATT-AATTA---A-GAA----------A----CA---ACA---------CNCGGCT-TCGCG-AACANATTAAAT--GTGAAA---NTTATNG--CATTT---TAGA-C-ACACCC-CACCCATNCGACAT-T--AGAACGACAAGTTA-ATC-A-TTTTTCGC-CTCTGCTC--GTG-A--A-NCCCTTTGT--ACGGAG-TCT-TTA-TTT-----AAA-AT--A-T--ATATAT--TTTCCGCTA
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gi|2                          :    TAC-CA--CT-TCACG-T-----AT--GTTCGTCATAACAATAAA--AACC-----AG-TACAG-C-TTATCA--GCT-GATTT--AA-G-TTGCATT--AC-CGAAA-CA--TA--ATACACACCCAAAA--AAGC-ATT-TATATCTTTCACAA-GAG----A-CTTAAAA-TA----TGTAAA--GC-AC-CACTAT-GAAA--TAA-TAAAACATGAGAAACACC-CTTGA-G--G-----ATAACT--ATCT-AA-A-TTTAAT-T--AATT-GTG-TT--TATATATTGT-AACAA-T-A-ACCG------AACTGT-------G----TAC--TCCT------TA-G-TGT-AATATTA-CCGC-CGATATGTCTG-CT----CA-ATACATGTATCTGT--AGTTCCT-T-TTA-ATG--TAAC---CC--AA-TG---ACCAC-GC-TTA------GCAC---AATT-AATTA---A-GA
gi|3                          : TTTTACTCA--CT-TCACGGT----GCT--TTCCGTCCTA-CAATGAGT-AACC----CAGCTACAAAC-TTACCA-TGCCCGTTTTTTAA-G-T-GTATT-TGC-C--AA-CAATAAGAATACACACCAAGAA--AAGC-GTT-TT-A-CTT---CCA-TGA----A-CTC-TGT-TA----TGGTAAAGGC-AC-TCATAT-GGTA--T-A-T--AACATGAG--ACA-C-CTTGATGTTGTG--TATAACT--ATCT-CA-TTTTTAAT-TAGCCTT-GTG-TT--TA-------T-ACCAAGT-A-ACCG------GA-TGTTGTA-C-A----TAT--CTCT------TAGG-TGT-AA-ATTACCCGC-CGAT-TG-CTG-CTG---CATTTAACTGTA---G---ATGTCTT-C-TTAGACA--T-AC---CC--AA-TG---ACAACGGC-TTA------GTAC---AATT-ACTTAC--A-GAC----------A----CA---ACA---------TCCGGCT-TCACG-AA-AGAT----T--GTGAAA---GTTATGG--CATTT---TCGA-C-ATACCC-CACCCATCCGCCAT-T--AGAACCATAAGTTATATC-A-TTTTTCGC-CTCTGCTC--GTG-ACTATCCCCTTTGTTAATGGAG-TCT-TTA-TTT-----AAA-AT--ACT--GTATATCATATCCGCTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaatcattcatgatgatctttattaaaaataatacatattccgctattctgaggttgcgtgttagttttatacaagtaaagaacgaaacaaattgcttt
gi|4                          :                                                                                                                         ATACACACCAAAAA--AAGCCATT-GA-A-CTT---CAAATCAC---A-CTT--GT-TA----TGTAAAAGGC-AC-ATATA--GGTA--T-A-----ACATGAG-AACA-C-CTTGA-G-TGT---T-TAACT--ATCT--A-ATTTTATTGTAG-ATT-GTG-TT--TA-------T-AACAATT-ACATCA------GG-----A-G-C-G----TAT--CTCT------TAGG-TGT--A-ATTACGCGC-TGA--TG-C-----G---CA------TGTA---C---A-GTCCT-A-TTAGA----TAACCCGCC--AA-TG---AAAAC-GC-TTA------GTAC---AATT--ATTA---A-GA-----------------------------------NNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNNNN---NNNNNNN--NNNNN---NNNN-N-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-N--NNNNNNNNNNGTTA-ATCAA-TTATTCG--CTCTGCTC--GTG-A------TCTTTGTA-ACGGAG-TCT-TTA-TTT-----
gi|5                          :                                                       ----CAG-TACAC-T-TTATCA-TGAT-GATTTT-AA-GCT-GTATTGTAC-C--AA-CAATTTAGATACTCGCAAAAAAGAAAGC-ATT-TA-A-CT----CAA-TGA----AACTT-TAT-GT----GGTAAAAGGCCAA-CCATATTGGTACTT-A--AAAACATGAC-AACA-C-ATGGA-C-TGTG--TATAACT--ATCT-GATATTATAAC-TTGAATT-G-G-TTCTTA-------T-AACAATTTA-ACC------------TCA-G-C-GATTGTAT--CTCTGCTATATGTG-TGT-AA-ATTACC-GC-CGAT-TG-CTG-CTC---AA-TTATCTG-A---G---AAGTCCT-T-TTAGATA--TGCC---CC--AG-TG---ACAAGGGC-TTA------GTAC---AATT-AAATA---AGGAA----------A----CATGCACA---------CGCTGCT-TC----AACGA---AAAT--ATGAAA----TTATGG--CATTtccggcttatgttgcaggttggctgtgtagttttgaatcgtgtagacgaacgaaattgcttt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                               --ATCT-TA-ATTTTAATATTGC-TT-GTG-TT--TA-------TAAACAACC-G-CCCGAAGTTCGA-TGGTA-GTT-G----TAT--GTCT------TAGGTTGT-AA-AATA-CCGCTCGA--TG-CTGCCTGCCTCACTTAAGTGTT---G---AGGTCCTGT-TGAGAGA--TAGC---CCCTAA-TGGA-ACAACGCCACTACATGATGTACTCAAATT-AATTATCCA-AAACACTCTCGCCA----CG---ACA---------CTC-GCA-TCTTG-AACATATTAAATACGTAAAACATATTATTGCACATTTAAGTAGA-CAACACTCATACCCATGCTATAT-T--AGAAC-ACATATCA-ATC-
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-8002 )     : TTTTAC-CA--CT-TCACGGT----GAT--GTTCGTCATA-CAATAAAT-AACC----CAG-TACAA-C-TTANCG-TGCT-GATTTTTAA-G-T-GTATT-TAC-C--AA-CAATTAGGATACACACCGAAAA--AAGC-ATT-TA-A-CTT---CAA-TGA----A-CTT-TGT-TA----TGTAAAAGGC-AC-CCATAT-GGTA--T-A-TAAAACATGAG-AACA-C-CTTGA-G-TGTG--TATAACT--ATCT-NA-ATTTTAAT-TAGAATT-GTG-TT--TA-------T-AACAANT-A-ACCG------GA-TGTTA-G-C-G----TAT--CTCT------TAGG-TGT-AA-ATTACCCGC-CGAT-TG-CTG-CTG---CA-TTANNTGTA---G---AGGTCCT-T-TTAGACG--TAAC---CC--AA-TG---ACAACGGC-TTA------GTAC---AATT-AATTA---A-GAA----------A----CA---ACA---------CNCGGCT-TCGCG-AACANATTAAAT--GTGAAA---NTTATNG--CATTT---TAGA-C-ACACCC-CACCCATNCGACAT-T--AGAACGACAAGTTA-ATC-A-TTTTTCGC-CTCTGCTC--GTG-A--A-NCCCTTTGT--ACGGAG-TCT-TTA-TTT-----AAA-AT--A-T--ATATAT--TTTCCGCTA
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -A-TTTTTCGC--TCTGTTC--GTG-A--A-ATTCTTTGT--ACTGAG-TCT-TTA-TTT-----AAATAT--A-TTCATATAT--TTTCCGCTAgtactgtccgcgcaagtaaggactgtgtagtttttgatacaagtaaccggtaagacgaaacgatat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TG-ATC-A-TTTTTCGC--TCTGCTC--GTG-A--T-ACCCTTTGT--ACGGAG-TCT-TTA-TTT-----AAA-AG--A-T--ATATA-----TCCGCTAtgtctgcaggtttgttgtgtagttttaatacaagtaaaccggtagacgaaacgaaattgctt
gi|14                         :                                        A-CAATAAAT-AACC----CAG-TACAA-C-ATA-CG-TGCT-GATTTTTAA-G-A-GTATT-CAC-C--AA-CAATTA-GATACACACCG-AAA--AAGC-ATT-TA-A-CTT---CAA-TAA----A-CTT-tgtctgcaggttgaggttggttacaagtaaaccagtagacgaatcgaaattgc
gi|15                         : TTATAC-CA--CTCTCGTGGT----GAT--GTTCGTCATA-CAATAATT-AA-C----CAG-TACAA-C-TTAACG-CGGT---TTTTTAA-G-T-GTATT-TACGC--AACCAATTAG--TACACAg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           A-TTATCTGTA---GTAGAAGTCCT-T-TTAGATT--TAAC---CC--AA-TG---ACAACGGT-TTA------GTAC---AATTAAATTA---A-G
gi|2                          :    TAC-CA--CT-TCACG-T-----AT--GTTCGTCATAACAATAAA--AACC-----AG-TACAG-C-TTATCA--GCT-GATTT--AA-G-TTGCATT--AC-CGAAA-CA--TA--ATACACACCCAAAA--AAGC-ATT-TATATCTTTCACAA-GAG----A-CTTAAAA-TA----TGTAAA--GC-AC-CACTAT-GAAA--TAA-TAAAACATGAGAAACACC-CTTGA-G--G-----ATAACT--ATCT-AA-A-TTTAAT-T--AATT-GTG-TT--TATATATTGT-AACAA-T-A-ACCG------AACTGT-------G----TAC--TCCT------TA-G-TGT-AATATTA-CCGC-CGATATGTCTG-CT----CA-ATACATGTATCTGT--AGTTCCT-T-TTA-ATG--TAAC---CC--AA-TG---ACCAC-GC-TTA------GCAC---AATT-AATTA---A-GA
gi|3                          : TTTTACTCA--CT-TCACGGT----GCT--TTCCGTCCTA-CAATGAGT-AACC----CAGCTACAAAC-TTACCA-TGCCCGTTTTTTAA-G-T-GTATT-TGC-C--AA-CAATAAGAATACACACCAAGAA--AAGC-GTT-TT-A-CTT---CCA-TGA----A-CTC-TGT-TA----TGGTAAAGGC-AC-TCATAT-GGTA--T-A-T--AACATGAG--ACA-C-CTTGATGTTGTG--TATAACT--ATCT-CA-TTTTTAAT-TAGCCTT-GTG-TT--TA-------T-ACCAAGT-A-ACCG------GA-TGTTGTA-C-A----TAT--CTCT------TAGG-TGT-AA-ATTACCCGC-CGAT-TG-CTG-CTG---CATTTAACTGTA---G---ATGTCTT-C-TTAGACA--T-AC---CC--AA-TG---ACAACGGC-TTA------GTAC---AATT-ACTTAC--A-GAC----------A----CA---ACA---------TCCGGCT-TCACG-AA-AGAT----T--GTGAAA---GTTATGG--CATTT---TCGA-C-ATACCC-CACCCATCCGCCAT-T--AGAACCATAAGTTATATC-A-TTTTTCGC-CTCTGCTC--GTG-ACTATCCCCTTTGTTAATGGAG-TCT-TTA-TTT-----AAA-AT--ACT--GTATATCATATCCGCTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaatcattcatgatgatctttattaaaaataatacatattccgctattctgaggttgcgtgttagttttatacaagtaaagaacgaaacaaattgcttt
gi|4                          :                                                                                                                         ATACACACCAAAAA--AAGCCATT-GA-A-CTT---CAAATCAC---A-CTT--GT-TA----TGTAAAAGGC-AC-ATATA--GGTA--T-A-----ACATGAG-AACA-C-CTTGA-G-TGT---T-TAACT--ATCT--A-ATTTTATTGTAG-ATT-GTG-TT--TA-------T-AACAATT-ACATCA------GG-----A-G-C-G----TAT--CTCT------TAGG-TGT--A-ATTACGCGC-TGA--TG-C-----G---CA------TGTA---C---A-GTCCT-A-TTAGA----TAACCCGCC--AA-TG---AAAAC-GC-TTA------GTAC---AATT--ATTA---A-GA-----------------------------------NNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNNNN---NNNNNNN--NNNNN---NNNN-N-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-N--NNNNNNNNNNGTTA-ATCAA-TTATTCG--CTCTGCTC--GTG-A------TCTTTGTA-ACGGAG-TCT-TTA-TTT-----
gi|5                          :                                                       ----CAG-TACAC-T-TTATCA-TGAT-GATTTT-AA-GCT-GTATTGTAC-C--AA-CAATTTAGATACTCGCAAAAAAGAAAGC-ATT-TA-A-CT----CAA-TGA----AACTT-TAT-GT----GGTAAAAGGCCAA-CCATATTGGTACTT-A--AAAACATGAC-AACA-C-ATGGA-C-TGTG--TATAACT--ATCT-GATATTATAAC-TTGAATT-G-G-TTCTTA-------T-AACAATTTA-ACC------------TCA-G-C-GATTGTAT--CTCTGCTATATGTG-TGT-AA-ATTACC-GC-CGAT-TG-CTG-CTC---AA-TTATCTG-A---G---AAGTCCT-T-TTAGATA--TGCC---CC--AG-TG---ACAAGGGC-TTA------GTAC---AATT-AAATA---AGGAA----------A----CATGCACA---------CGCTGCT-TC----AACGA---AAAT--ATGAAA----TTATGG--CATTtccggcttatgttgcaggttggctgtgtagttttgaatcgtgtagacgaacgaaattgcttt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                               --ATCT-TA-ATTTTAATATTGC-TT-GTG-TT--TA-------TAAACAACC-G-CCCGAAGTTCGA-TGGTA-GTT-G----TAT--GTCT------TAGGTTGT-AA-AATA-CCGCTCGA--TG-CTGCCTGCCTCACTTAAGTGTT---G---AGGTCCTGT-TGAGAGA--TAGC---CCCTAA-TGGA-ACAACGCCACTACATGATGTACTCAAATT-AATTATCCA-AAACACTCTCGCCA----CG---ACA---------CTC-GCA-TCTTG-AACATATTAAATACGTAAAACATATTATTGCACATTTAAGTAGA-CAACACTCATACCCATGCTATAT-T--AGAAC-ACATATCA-ATC-
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CATAC-ACAT-TT-AGGAAGA-AAGT---A---A-CTTTTCGC-------TC------A--A-CACTCTTAT--ACGGAGTTTT-TTA-TAT-----AAA-A----------ATAT--TTTCTGCTtgattcgaatcattcctctttcgctctcgc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cgtacatgtaatatatatacaatgtaACAT-TTAGGAAGAACA---TA-GTA-A-TTTTTCG--CTCCGCTT--GTG-A------------T--ACAGAG-GCTGTTT-TCC-----CAG-AT--A-T-----TAT--TTCCCGCTgtgtctgtagattgattaatatgcagtttgatacaagtaacccccgctggcgaaacaaaacttct
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tatTTTTGCACTCTGTTT--ATG-A--T-ACCCTTTAT--ACAGAG-TTT-TTA-TTTTCATAAAA-A----------ATAT--TTTTTGCTgtgtctgcaggtcggttgttagttttgatacaggtaaacctgtggacggaacgaaatttctt


blockSeqs                     :       T  .   C     G GAT                A       T   C .      C     A .   A  T    CGT    T  . TT      GT  G GA  C      GA         CA   GA    C   .  TAT   TCA   A   C    A   AAAATA               C  .     TT    TAATAA           AA   C .     TGTTGTG         .     A  T        TAGCC   .   .  CT  TATATTG A A   TTAC    GAAGTTCGATGGTAGTTG          .     GCTATA  G T   .  T    C    T   TA  T   C  GCCT  TT  TC  TATCTGT   A     GT      TT      CCG  CT  .  GA      G  A   CATGAT    TCA    A     TCC G  ACACTCTCGCCACGACACTC                    .  ACG   N NNNN    AC      CATA    G CA     AAG    CA       A       C G    TTA     CC T AGTTAT   A .       CAC       .    . CTATCC       TA      TT  G   .   TCATA   T TATTCAT       CA
blockSeqs                     :       .  .   .     G GCT                .       T   C .      .     . .   T  C    GA     T  . CT      C   . .   .      AG         AA   .     .   .  A     .     .   .    .   TGTTA                .  .     T     CTTAAA           A    . .     CTGTG           .     C  .        GTAGA   .   .  .   .       . C   TTTA    GGATGTTGTACA                .     .       G .   .  .    C    .   T   .   .  G     CT  CA  TAGTAG    G     T       TG      .    .   .  .       G  .   .         .      .     C   .  AACATGCACACGCT                          .  NNN   C TATT    .       G       N .      .      C        .       N N    TT      NN N NGTTA    . .       CC        .    . AAT          A       T   .   .   .       . TACTGT        . 
blockSeqs                     :       .  .   .     . AT                 .       T   C .      .     . .   C  T    GA     T  . A       T   . .   .      G          AA   .     .   .  A     .     .   .    .   TATGT                .  .     T     TAT              A    . .     GTGT            .     G  .        TTGAA   .   .  .   .       . A   GTA     TCAGCGATTG                  .     .       T .   .  .    C    .   T   .   .  G     T   AC  TAG       T     T       CA      .    .   .  .       G  .   .         .      .     .   .  CACAACATCCG                             .  TTG   C GAT     .       N       G .      .      N        .       G T    T       AG C TATCA    . .       C         .    . TAC          .       T   .   .   .       . GATAT         . 
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-8002 )     : TTTTAC-CA--CT-TCACGGT----GAT--GTTCGTCATA-CAATAAAT-AACC----CAG-TACAA-C-TTANCG-TGCT-GATTTTTAA-G-T-GTATT-TAC-C--AA-CAATTAGGATACACACCGAAAA--AAGC-ATT-TA-A-CTT---CAA-TGA-A-C-----T-T--AT-TA----TGT---AAAAGGC-AC-CCATAT-G--GT-AT---AA-AACATGAG-AACA-C-CTTGA-TGT---G--TATAACT--ATCT-NA-ATTTTAAT-TAGAATT-GTG-TT--TA-------T-AACAANT-A-ACCGGA---C----GCGGT-TGTATCTCT------TAGG-TGT-AA-ATTACCCGC-CGAT-TG-CTG-CTG---CA-TTANNTGTA---G---AGGTCCT-T-TTAG----ATA--TAAC---CC--AA-TG---ACAACGGC-TTA------GTAC---AATT-AATTA---A-GA----------NACG---A-CA-C-C--T----GCT-TCNCG-AACANATTAAAT--GTGAAA---NTTATNG--CATTT---TAGA-C-ACACCC-CACCCATNCGACAT-T--AGAACGACAAGTTA-ATC-A-TTTTTCGC-CTCTGCTC--GTG-A--A-NCCCTTTGT--ACGGAG-TCT-TTA-TTT-----AAA-AT--AT---TATAT----TTTCCGCTA
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gi|3                          : TTTTACTCA--CT-TCACGGT----GCT--TTCCGTCCTA-CAATGAGT-AACC----CAGCTACAAAC-TTACCA-TGCCCGTTTTTTAA-G-T-GTATT-TGC-C--AA-CAATAAGAATACACACCAAGAA--AAGC-GTT-TT-A-CTT---CCA-TGA-A-C-----TCT--GT-TA----TGG---TAAAGGC-AC-TCATAT-G--GT-AT---AT-AACATGAG-A-CA-C-CTTGA-TGTTGTG--TATAACT--ATCT-CA-TTTTTAAT-TAGCCTT-GTG-TT--TA-------T-ACCAAGT-A-ACCGGA---T----GTTGTACATATCTCT------TAGG-TGT-AA-ATTACCCGC-CGAT-TG-CTG-CTG---CATTTAACTGTA---G---ATGTCTT-C-TTAG----ACA--T-AC---CC--AA-TG---ACAACGGC-TTA------GTAC---AATT-ACTTAC--A-GA----------CACA---A-CATC-C--G----GCT-TCACG-AA-AGAT----T--GTGAAA---GTTATGG--CATTT---TCGA-C-ATACCC-CACCCATCCGCCAT-T--AGAACCATAAGTTATATC-A-TTTTTCGC-CTCTGCTC--GTG-ACTATCCCCTTTGTTAATGGAG-TCT-TTA-TTT-----AAA-AT--AC---TGTATATCATATCCGCTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaatcattcatgatgatctttattaaaaataatacatattccgctattctgaggttgcgtgttagttttatacaagtaaagaacgaaacaaattgcttt
gi|4                          :                                                                                                                         ATACACACCAAAAA--AAGCCATT-GA-A-CTT---CAAATCACA-C-----T-T--GT-TA----TGT---AAAAGGC-A---CATATAG--GT-AT------AACATGAG-AACA-C-CTTGA--GT---G--TTTAACT--ATCT--A-ATTTTATTGTAG-ATT-GTG-TT--TA-------T-AACAATT-ACATCAGG---A----GC-----GTATCTCT------TAGG-TGT--A-ATTACGCGC-TGA--TG-C-----G---CA------TGTA---C---A-GTCCT-A-TTAG------A--TAACCCGCC--AA-TG---AAAAC-GC-TTA------GTAC---AATT--ATTA---A-GA------------------------N--N----NNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNNNN---NNNNNNN--NNNNN---NNNN-N-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-N--NNNNNNNNNNGTTA-ATCAA-TTATTCG--CTCTGCTC--GTG-A------TCTTTGTA-ACGGAG-TCT-TTA-TTT-----
gi|5                          :                                                       ----CAG-TACAC-T-TTATCA-TGAT-GATTTT-AA-GCT-GTATTGTAC-C--AA-CAATTTAGATACTCGCAAAAAAGAAAGC-ATT-TA-A-CT----CAA-TGA-AAC-----T-T-----TA----TGTGGTAAAAGGCCAA-CCATATTG--GT-ACTTAAA-AACATGAC-AACA-C-ATGGACTGT---G--TATAACT--ATCT-GATATTATAAC-TTGAATT-G-G-TTCTTA-------T-AACAATTTA-ACCTCA--------GCGAT-TGTATCTCTGCTATATGTG-TGT-AA-ATTACC-GC-CGAT-TG-CTG-CTC---AA-TTATCTG-A---G---AAGTCCT-T-TTAG----ATA--TGCC---CC--AG-TG---ACAAGGGC-TTA------GTAC---AATT-AAATA---AGGA----------AACATGCA-CA-CGC--T----GCT-TC----AACGA---AAAT--ATGAAA----TTATGG--CATTtccggcttatgttgcaggttggctgtgtagttttgaatcgtgtagacgaacgaaattgcttt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                       --ATCT-TA-ATTTTAATATTGC-TT-GTG-TT--TA-------TAAACAACC-G-CCCGAAGTTCGATGGTAGT-TGTATGTCT------TAGGTTGT-AA-AATA-CCGCTCGA--TG-CTGCCTGCCTCACTTAAGTGTT---G---AGGTCCTGT-TGAG----AGA--TAGC---CCCTAA-TGGA-ACAACGCCACTACATGATGTACTCAAATT-AATTATCCA-AAACACTCTCGCCACG---A-CA-C-T--C----GCA-TCTTG-AACATATTAAATACGTAAAACATATTATTGCACATTTAAGTAGA-CAACACTCATACCCATGCTATAT-T--AGAAC-ACATATCA-ATC-
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CATAC-ACAT-TT-AGGAAGA-AAGT---A---A-CTTTTCGC-------TC------A--A-CACTCTTAT--ACGGAGTTTT-TTA-TAT-----AAA-A---------ATAT----TTTCTGCTtgattcgaatcattcctctttcgctctcgc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cgtacatgtaatatatatacaatgtaACAT-TTAGGAAGAACA---TA-GTA-A-TTTTTCG--CTCCGCTT--GTG-A------------T--ACAGAG-GCTGTTT-TCC-----CAG-AT--AT-----TAT----TTCCCGCTgtgtctgtagattgattaatatgcagtttgatacaagtaacccccgctggcgaaacaaaacttct
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tatTTTTGCACTCTGTTT--ATG-A--T-ACCCTTTAT--ACAGAG-TTT-TTA-TTTTCATAAAA-A---------ATAT----TTTTTGCTgtgtctgcaggtcggttgttagttttgatacaggtaaacctgtggacggaacgaaatttctt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTTAGGAAAAACAACTTTTCGCACATACCCTTTATACGGAGTTTTGTGGTTCTGCAGGTCGGTTTATGTAGATTTTGATTAACAAGATAAACCCGTAGACGATACGACATTGCT
Unaligned ( gi|13 ): CATTTAGGAAAAACAACTTTTCGCACATACCCTTTATACGGAGTTTTGTGGTTCTGCAGGTCGGTTTATGTAGATTTTGATTAACAAGATAAACCCGTAGAGCGATAACACATTG