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Reference ( gi|21 )           :                                                                                                        ATGAT-AAAT-TG--TACAGAT-----------T----T-TCAGG-TCTA--GTC-C-TATA-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA-----GC-------TA-----AT----T---CA-A--T-----------------C---C---------------A-ATT----------AA--A--GTT-C-A-TA-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA--C-TG--C-TCTGCA-C-TAT--GGT---CAA--AA----GTA----G--GTC-AATA--C----------A-GG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GCCAT-T--A-TCAT--TG-TCAT--T---G-C-T-ATTT--G--A---C-TCT---AGTAT-TT-AAA---GCC----CCC------------T-A------GA-TTTG----A-T--TTGAT-TTCA--A-A---TG-A--TT--T----AA---A---AAT-ACA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TA---TG-TCA--CTG-C--------AG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-G--TC---A--T-T-TT---TT----T-------AA-T-G-TTATGTTAA--TGGAATAATT
gi|22                         :                                                                                                        ATGAT-AAAT-TG--TACAGAT-----------T----T-TCAGG-TCTA--GTC-C-TATG-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA-----GTAGTCAGTTA-----AT----T---CA-C--T-----------------C---C---------------A-ATT----------AA--A--GTT-C-A-TA-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-GCAA-----AA--G-TG--T-TCTGCA-C-CAT--GGTAAGTAA--TA----GTA----A--GT--AATA--G----------A-GG---------T----------G------------A---G----A-AA---G---CA-A--TCCAT-T--A-TCAT--TG-TCAT--T---G-C-T-AAAT--G--A---C-TC------TAT-TTAAAA---GCC----CCC------------T-A------AA-TTTG----A-T--TTTAT-TTCA--A-A---TA-G--TT--T----AA---A---AAT-AAA----CAAA----CTA---AAA--GCA-GTCTT-T-AATACATGTA------TA---TG-TCA--GTC-T--------AT-------G-CTTT-TCA-TTAAA-A--TC---A--T-
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gi|51                         :                                                                                                     tgaATGAT-ATAT-CA--TACAGAT-----------T----T-TCAGG-TCTA--GTC-C-TATA-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA-----GT-------TA-----AT----T---CA-C--T-----------------C---C---------------
gi|33                         :                                                                                                       aATGAT-AAAT-T---TA-AAAT-----------TGTACT-CCAAGATATA--------TATA-TAGGGT----------TTAGT-CA----A--ACACA---GT-------TA-----AT----T---CA-C--T-----------------C---C---------------A-ACT----------AA--AAAGTT-CCA-TA-T-TGCT--T-GG-CCAA--GATCA--CA-G-AAAGTAT--AA--G-TG--C-T-TGCA-CCTGTCGGGT---CAA--AA----GTA----G--GTC-ATTA--C----------A-G
gi|20                         :                                                                     tcctgtacatgtcattttctaattcactctaatagACGAT-AAAT-TG--TACAGAT-----------T----T-TCATG-TCTC--GTC----ATA-AA---T----------CCTGT-CT----G--ACA-----GT-------TA-----ATCATCT---CC-A--TAGTTTGCAACTGCTGGCC---C---------------A-ATT----------AA--C--TTG-A-A-TA-T-G-CT--T-GG-C--ACTAA--A--TA-G-ACAA-----GA--G-TG--C-TCTGCA-T-TGT--GGT---GAG--AA----ATA----G--GTC-AAAT--C----------A-TG---------TTTTATTTATGA------------A---G----A-AA---TGTACA-A--GCTA---------AT--CG-ACAT--T-----C-T------------------T---AAAAT-TT-AAA--------------------------------------TTG------T--TT--T-TTCA--C-T---TA-A--AT--T----AAATTA---GGT-AAA----CAAA----ATA---AAA--GCA-GT
gi|11                         :                                               atgcttcttcaaccccatacattctgtcacacctgtacaattaacaattcacccaaaATGAT-AAAT-TG--TGCAAAT-----------C----T-T-------------------TA-AA---T----------TCAGT-CTTGA-G--ACA-----GC-------TGTTTTGAT----TACGCA-A--T-----------------C---C---------------A-ATT----------C-------TT-C-A-GAAT-G-CT--T-GA-T--A--GATCA--CG-G-ACAA-----AAG-G-TG--TGTCCACA-C--AC--AGT---CAA--A------TA----A--GTtattctg
gi|34                         :                                                                                                       aATGAC-AAAT-TG--TGCAAAT--------------------------------C-C-TTTA-AA---T----------TCAGT-CTTTAAA--ACA-----GC-------TGTTTTGAT----TACGCA-A--T-----------------C---CTGTTCTGTACTGTGGG-ATT----------TA--A--ATT-CGA-TA-T-G-CT--T-GA-T--A--GATCA--CG-G-ACAA-----AA--gttttagaacctattccattgataaagtctaccaacgctaccgacaccttttgcattaagatgttgttttcaaattaaaaggtacaaataattaaatcactaggccgtgtatgacatcatagtcatgaggttaaaaataaaaaccagatcaatttcctaagaaagcatctgtattatgacttttggaaaatattttaaaccttaacttataaatgcctacccattgtaagaataatgaataaaaaaatctatgataacttaagtttagtgtgtcac
gi|7                          :                                                                                                       aATGAT-AAAT-TG--TGCA-----------------------------TA---TC-C-TTTA-TA---T----------TCAGT-CTTCAAA--ACA-----GC-------TG-----AT----T---TG-A--TTACGTAAC---------C---C---------------C-ATTCTGTACTGTGGG--A--CTT-CGA-TA-T-G-CT--T-GA-T--A--GATCA--CG-G-ACAA-----AA-----G--G-TGT------------GT---CCA--CA----ACA----G--GTC-AAT---T----------A-AG---------T----------G----------------GTTTTA-AC---C---CA-T--TCCAT-TG-A-TAAT--TA-TCAA--C---G-A-T-ACCT--G--A---CACCT-------T-TT-------GC------------------------------A-TTAG----A-TG-TTG-T-TTC-----A---TT-A---T--T----AA---AGG-GAT-ACA----AAAA----ATT---AAA--TCA-ggtgtgtccacaacaggtcaattttaaaagtggttcgaacctattccattgata
gi|3                          :                                                                                                        aTGAT-AAATATT--TGCCGAT-----------T----TCTTAGA-TTTA--GTC-T-TATA-AA---T----------TCAGT-CT----A--ACA-----GT-------TA-----AT----T---CA-C--T-----------------C---C---------------A-ATT----------AA--A--GTT-C-C-TA-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-G-ACGA-----AA--G-TG--C-TCTGCACC-CAA--GGT---CAA--AA----GTA----G--GTC-AGTA--C----------A-GGTGGTGTGTTT----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GC----T--A-TAAT--TG-TCAT--T---G-C-G-AATT--G--G---C--------ATATGTG-AAA---GCC----CTC------------T-C------AATTTTG----A-T--TTTAT-TTCA--A-A---TG-A--TT--T----AA---A---GAT-A-A----CGAA----ATG---AAA--G-A-ATCTT-T----------------------TG-TCA--CTG-T--------GG-------G-CT-------GTAAA-G--AC---T--T-T-CT---TTGCAAT-------AA-T-G-ctaggctgtatatcgacatcgtagtcatgaggttaaaaaaaaaaaaacccagaccaatttcctagaaagcatcttttatgactttgaaaacatttttaaaaccttaattaataaatgctttggaagaatatttgataaaaatctgtgatgactttaattttaagtttagtgtgtcac
gi|8                          :                                                                                                         TGAT-AAAT-TG--TACAGAT-----------T----T-TCAGG-TCTA--GTC-C-TATC-AG---T----------TTAGT-CT----A--A-A-----GT-------TA-----AT----T---CA-C--T-----------------C---C--------------------------------------TT-C------T-T-CC--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA--C-TA--C-TCTGCA-C-TAT--GGT---CAG--AA----GTA----G--GTCAAAAA--C----------A-GA---------T----------GGTTTGTTTGAGAA---G----A-AA---C---CA-A--GCCA--T--A---AT--TG-TAGT--T---G-C-T-AATA--G--ACACC-TCTGAAAGCCC-TT-GAA---G-T----CCC------------T-A------AA-TTT-------------AT-TTCA--A-A---TG-A--TT--T----AA---A---GAT-AAA----CAAA----aggacaaacggtttatttccaataaagcgccatttttttacagtacttattaaatacaatattttaagatttttattattttttatgctatgttggaataattgatttaaattctacgatgaattttattaatctatattgatctgtagaaattggaaattttga
gi|31                         :                                                                                                         TGAT-AGAT-TG--TACAGAT-----------T----T-TCAGG-TCTA--GTC-C-TATC-AT---C----------TTAGT-CT----A--GCA-----GT-------TA-----AT----T---TA-C--T-----------------C---C---------------A-ATT----------AA--T--GTT-C-A-TA-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-CCAA-----AA--G-TG--C-TTTTAA-C-TTA--GGT---AAA--AA----GTAATTTA--GTC-AATA--C----------A-GG---------T----------G------------A---G----A-AC---C---CA-A--GCCAT-T--T-TCAT--TGCTAAT--T---G-C---A--T--G--G---C-TCT-------T-TT-CAA---GCC----CCC------------tttgtttgttactgttggctgtatttgagacatagcaattatgaggataaaaaggtcaattttcaagaaaatatctttcattactttgaaaatatttttaaatcttatttttttaatgttatgttggaagaattaattaaaaatctaagatctcttttacttgtctttattgatc
gi|9                          :                                                                                                         TGAT-GAAT-TG--TGCAAAT--------------------------------C-C-TTTA-AA---T----------TTAGT-CTTTAGA--ACA-----GC-------TGTTTTGAT----TACGTA-A--T-----------------C---C---------------A-TTTCTGTACTGTGGG--A--CTT-C-AATA-T-G-CT--T-GA-T--A--GATCA--CG-G-ACAAT----AG--G-TG--T----------------GT---CCA--CA----ACA----G--GTC-AAT---T----------A-AG---------T----------G------------GTTTG----A-AC---C---CA-T--TCCAT-TG-A-TAAT--TA-CCAA--T---G-C-T-ACCT--G--A---CACCT-------T-TT-------GC------------------------------A-TTAG----A-TG-TTG-T-TTCA--A-A------A---T--T----AA---AGG-GAT-ACA----AAAA----ATT---AAA--TCA-
gi|26                         :                                                                                                           AT-AAAT-TG--TACAG---------------------------------TC-C-TATA-AA---T----------TTAGT-CG----A--ACA-----GT-------TA-----AT----C---CA-C--T-----------------C---A---------------A-AGT----------AA--A--GTT-C-A-TA-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA--C-TG--C-TCTGTA-C-TAT--GGT---CAA--AA----GTA----G--GTC-AATA--C----------A-GG---------T----------G------------A---G----A-AA---G---CA-A--GC----------CAT--TG-TCAT--T---G-C-T-AATT--G--A---C-TCT---AG-----T-AAA---GCC----CCC------------T-A------CA-TTTG----A-T--TTTAT-TTCA--A-T---TG-A--TT--T----AA---A---AAT-ACA----CAAA----GTGTCAAAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TA---TG-TCA--ATA-T--------AG-------G-CTTT-TCA-TTGAA-cttggcagtaggctgtatatcgacatcatagtcatgaagttaaaaaaaaaccagaccaatttcctagaaagcatctttatgacttttgaaaacatttttaaaaccttaattattaaatgctttgtaagaataattaataaaaatctatgatgattttaagtttagtgtgtcac
gi|25                         :                                                                                                            T-AAAT-TG--TGCAAAT--------------------------------C-C-TTTA-AA---T----------TCAGT-CT----A--ACA-----AC-------TA-----AT----T---CA----------------------C---CAT-------------A-ATT----------AA--A--GTC-C-A-TT-G-T-TT--T----------GATTA--CACA-AC
gi|14                         :                                                                                                                     --TACAAAT-----------T----T-TCAGA-CATA--GGC-C-TAAA-AA---AAAAAAAGAAACCAGT-CT----A--ACA-----AT-------TA-----AT----T---CA-C--T-----------------C---C---------------A-ATT----------TA--A--GTT-C-A-TA-TATGCT--T------------------A-A-ATAA-----AA--G-CG--C-TTTGCA-T-TGT--GGT---CAA--AA----CTA----A--AGT-GATT--G----------A-GA---------A----------G------------A---ATTT-A-AA---C---CA-A--G---------------------AT------G-C-T-AATT--G--A---CATC-------AT-TT-AAT---GCC----CTC------------T-A------AA-TTTG----A-TATTTTTT-TTCA--A-A---TG-A--TT--TCAACGA---A---GAT-ACA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-T------TATTTTG-TCC--CTG-T--------AG-------A-CTccatttctgtactgctggacttccaatatgtttgatggatcacagacaaaaagttgtccacatacagttaaataagtagttggtttaagatgaaaccattccatagataattgccatcttttgcatttaatgttgtttcaaagaaattactggtgtataaaaattaaattactagctttaaggctgtatcagt
gi|27                         :                                                                                                                        ACTGAT-----------T----T-TCAGG-TCTA--GTC-T-TAAA-AA---T----------TTAGT-CT----A--ATA-----AT-------TA-----AT----T---CA-C--T-----------------C---C---------------A-ATT----------AA--A--GTA-C-A-GG-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----TA--C-TG--C-T---CA----AT--GGT---TAA--AG----GTA----G--GTT-AATA--C----------A-GG---------T----------T------------A---G----A-AA---C---GA-A--ACAAT-T--A-TCAT--TG-TCAT--T---G-C-T-AATC--G--A---C-TCT---AG-----T-AAA---GCC----CCC--------------A------AA-TTTG----A-A--TTTAT-TTCA--A-A---TA-A--TC--A----AA---G---AAT-ACA----CATA----ATG---AAgtacaaacattgcaattatgaggatggaaggcctatttctgagaaagcaacttttatttctttgaaaatattttaaaatcttttaaaaattttgaatgttgtgttggaatataggtctcaacattta
gi|19                         :                                                                                                                             T-----------T----T-TCAGG-TCTA--GTC-C-TATC-AG---C----------TTAGT-CT----ATAGCA-----GT-------TA-----AT----T---TA-C--T-----------------C---C---------------A-ATT----------AA--T--GTT-C-A-TA-A-T-AT--C-AG-C--A--GATCA--CA-A-CCAATTTAAAA--G-TG--C-TTTGCA-G-TAT--GGT---CAA--AA----GTA----G--GTC-TATA--C----------A-GG---------T----------G------------A---G----A-AA---T---CA-A--GCCCC-T--A-TCAC--TG-TCAT--T---G-C-T-AATT--G--A---C-TCT---AA-----T-AAA---GCC----CCC------------A-A------TA-TTTT----A-T--------------------------TT--T----AA---A---AAT-AAA----CACA----ATG---AAA--GTGCGTATT-T-AT-----G-A------TA---TT-TCA--CTG-CATGCACGTAG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-A--TA---A--TAT-TT---TT----T-------GA-T-T-TTAT
gi|16                         :                                                                                                                                                     gatTA--GTC-C-CATA-AA---T----------TCAGC-CT----G--ATA-----G--------TA-----AT----T---CA-C--A-----------------C---A---------------A-ATT----------AA--A--GTT-C-A-TA-T-G-CT--T-GG-C--A--GATCT--CA-G-AAAA-----AA--G-TG--A-TCTGCA-C-TGT--GGT---CAA--AA----GTA----G--GTC-AAAA--C----------A-GG---------T---------------------------G----A-AA---C---CA-A--GCCAA-T--A-C--T--TG-TCAT--TCAAA-T-T-ATTT--A--A---ctgatttacaatatttacttttatggacatgtataa
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                    --ACG-----AC-------TA-----AT----T---AA-A--C-----------------CATGC---------------A-TTT----------AA---------T-A-TA-T-TTCA--T-GG-T--A--A--CG--CA-A-ACAA-----AA--C-TG--C-TCTGCA-C-TGT--GGT---CAA--AA----GTA----G--GTC-AATA--C----------A-GG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GC----------CAT--TG-TCAT--T---G-C-TAATTTTAA--A---C-TCT-----CAT-----AA---CCC----CCCCCCCCAAAAAAAT-A-------A-TTTG----A-T--TTTAT-TTCA--A-A---TG-A--TT--A----AA---A---AAT-ACA----Cagattaacaaaatgaaagcagtttttaaaatattttgtcaatttataggctctatctagacatttcaattatgaggatattaaaaaggtcaatttctgagagagcatcttgtctttttttaatgttaggttggaatatatgattaaaaaaatctatgagcacttttattcatctttatttatcatttattaataagaaaattagagaattttga
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                        A-----GT-------TA-----AT----T---CA-C--T-----------------C---T---------------G-ATT----------AA--A--GTT-C-A-TA-T-T-AT--A-GG-C--A--GATCA--CA-A-TCAA-----AA--C-TG--C-TCTGCA-C-TAT--GGT---CAA--AA----GTA----G--GTT-AATA--C----------A-AG---------T----------G------------A---G----A-AA---G---CA-A--GCCAT-T--A-TCAT--TG-TCAT--T---G-C-T-AATT--G--A---C-TCT-------T-GT-AAA---GCC----CCC------------T-A------AA-TTTG----A-T--TTTAT-TTCA--A-A---TG-G--TA--T----AA---A---AAT--TA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TA---TG-TCA--CTG-T--------AG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-A--TCTT-A--T-T-TT---TT----T-------AA-T-G-TTATGT-----TGGAATAATTcagt
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                               T----T---CA-C--T-----------------C---T---------------G-ATT----------AA--A--GTT-C-A-TA-T-T-AT--A-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA--C-TG--C-TCTGCA-C-TAT--GGT---CAA--AA----GTA----G--GTT-AATA--C----------A-AG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GCCAT-T--A-TCAT--TG-TCAT--T---G-C-T-AACT--G--A---C-TCT---AG-----T-AAA---GCC----CCC------------T-A------AA-TTTG----A-T--TTTAT-TTCA--A-A---TG-A--TT--T----AA---ACTTAAT--CA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----gatgaaattattat
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                ----T---CA-C--T-----------------C---C---------------ATATT----------AA--AA-GTT-C-C-TC-T-T-CTA-T-GAAC--A--GCTTAATCA-A-ACAA-----AA--CATG--C-T-TACA------------------------------------TC-CATT--C----------ATGG---------T----------A------------A---G---------------------------T--A-TCATACTG-TCGTCAT---G-C-T-AATC--G--A---C-TCT---AATA-----AAA---ACCTGTACCC------------T-A------AA-TTTAGAGCA-T--TT-ATATTCT--A-ACATTG-ATCTT--T----AA---A---TAT-ACA----CCAA----ATT---AAAATGCA-GTCTC-T-AA-----G-A------AT---TGTTCA--CTG-T---------G-------G-CTTT-TT--TTAAT-G--TT---A--T-G-GTGGATT----T-------AT-T-GTTTATTTTAA--T
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TT-CGA-TA-T-G-CT--T-GA-T--A--GATCA--CG-G-AAAA-----AA-----G--G-TGT------------GT---CCA--CA----ATA----G--GTC-AAT---T----------A-AG---------T----------G------------GTTTG----A-AC---C---CA-T--TCCAT-TG-A-TAAT--TA-CCAA--T---G-C-T-ACCT--C--A---C-tcatgtgtagtctccaaaacaatcaaatcatggaattttt
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 attacgcaacgcatgcccatactgtgggac-A-TA-T-G-TT--T-GA-T--G--GATCA--CA-G-ACAA-----AAAGT-TG----TCCACA---TAC--AGT---TAAATAA----GTAGTT-G--GTT---TA-------------A-GA---------T---------------------------G----A-AA---C---CA-T--TCCATAG--A-TAAT--TG-CCAT--------C-T--TTT--G--C---A-TTT---AATGT-Taccttttgcattagctgttgtttgaaaataga
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                     taaattgtgcaaatcctttaaattcagtctaacaactaattcaccataattaaagtccattgttttgattacacaacccatttctgtactgctggacttcca--T-GG-C--A---ATCG--CA-ACACAA-----AA----TG--C-GTCGCT-C-TAT--G-T---CAA--A-----GTA----G---TC-A-TA--C----------A-GG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GCCAA-T--A-TCAT--TG-TCAT--T---G-C-TAATTG--G--A---C-TCT---GG-----T-AAA---G-C----ACC------------T-A-----------TG----A-------------------------A--TT--T----AA---A---AA--ACA----C-AA----ATG----AA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TA------TTG--CTG-CACATT---AG-------G-C-TT-TCA-GTAAA-A---C---ATTT-T-TT---TT----T-------AA-T-G-gtttcaaagaaattactggtgtataaaaattaaattactagctttaaggctgtatcagt
gi|29                         :                                                                                                                               aatgataaatgtgtacagatttcaggtcaggtcctataatttagctaaccgttaattcacctccaattgaatttcatatcttggcaagttcaagttcaagttctttattcactcaagtcaatattaaatgacatatagaggtacagtatctataatcatataatataacatagatgaatcaacgtgga--T-GA-T--A--GATCA--CG-G-ACAA-----AA--GGTG----TCCACA-A-T-T--GGT---CAAT-AA----GTT----G--GTTTGGTT--T----------A-GA---------T----------G------------A----------AA---C---CA-T--TCCAT-TGGA-TAAT--TG-CCAT--T---G-C-T-AATT--G--A---CATTT-----TTT-TT-------GC------------------------------A-ATTG----A-T--ATG---TTCA--A-A------A---T--T----AA---A---AGT-TTA----CAAA----A
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gttttgattacgcaacccattgctgtactgcaggacttcgatatggctg-TAT--GCT---CAA--AA----GTA----G--GTC-AATA--CTGTATTATACA-GG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GCCAT-T--G-TCAT--Tattaatcactaggccgttataga
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ----------G------------A---G----A-AA---T---CA-A--GCCAT----A---AT--TG-TCTT--T---G-C-T-AATT--GGCA---C-CTT---TG-AT-TT-AAA---------------------------------------------A-T--TT-AT-TTCA--A-A---TG-A--TT--T----AA---A---GAT-AAA----CAAA----ATA---CAA--ACA-GTCTT-T-AA-----C-A------TATT-TG-TTA--C
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tttgtttgag------------A---G----A-AA---C---TA-A--GCCA--T--A---AT--TG-TCAT--T---G-CAG-ATTG--A--A---C-TCT-------T-TT-AAA---A----------------------------------TTG----A-T--TTTAT-TTCA--A-A---TG-A--AT--T----AT---A---GGT--CA-----AAA----ACA---AAA--cttgagacatacaa
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gttaccttaaga---CA-A--GCAAT-A--AATAAT--TG-TCAT--T---G-C-T-TATT--G--A---CATC-------AT-TT-GA------------------------------------A-TTTA----A-T--TTTAT-TTCA--A-A---CG-A--AG--C----AA---A---GGT-AAA----CAAA----ATA---ACA--GCG-GTCTTAT-AA-------A------TA---T
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    T--TG-TCAT--T---G-C-T-AATT--G--A---C-TCT---AGT----T-AA----GCC----TCC------------T-A------AA-TATA----A-T--TTTAT-TTCA--A-A---TG-A--TA--T----AA---A---AAT-ACA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-G-AA-----G-ATACATGTA---TG-TCA--CTG-T--------AG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-A--Tt
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -T--TTTAT-TTCA--A-A---TG-A--TT--T----AA---A---AAT-AAA----CACA----ACA---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TA---TT-TCA--CTG-T--------GG-------C-CTTT-TCA-TTAAA-A--TCTT-A--T-T-TT---
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 g-TTCA--A-A---TT-A--TT--T----AA---A---GAT-TAA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTTTT-T-AA-----A-A------TATTTTG-TCAATTTA-T--------AG-------G-CTCTATC---TAGA-----C---A--T-T-T
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tagtcccataaattcagcctgatagtaattcacacaaattaaagttcatatgcttggcagatctcagaaaaaagtgatctgcactgtggtcaaaagtaggtcaaaacaggtgaaaccaagccaatacttgtca---A---AGT-AAA----CAAA----ATA---ATA--GCA-ATCTT-T-AG-----G-A------TATTTTG-TTAC-CTG----------AG-------A-C--T-ACA-TT----G--TC---A--T-T-TT---caattatgaggatattaaaaaggtcaatttctgagagagcatcttgtctttttttaatgttaggttggaatatatgattaaaaaaatctatgagcacttttattcatctttatttatcatttattaataagaaaattagagaattttga
15 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|14                         :                                                                                                   cacattgtgatccttttgcaaacccattcactctatacattaaaattcactccaa--TACAAATT----T-T-----------CAGA-CATA--GGC-C-TAAA-AA---AAAAAAAGAAACCAGT-CT----A--ACA-----A-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------T------A--A-GTT-C-A-T---A-TATGCT--T------------------A-A-ATAA-----AA-G-CG--C-TT---TG--CA-T-T-GT--G-GT---CAA--AA----CTA----A--AG--T-G-ATT--G----------AGA---------A----------G------------A---ATTT-A-AA---C---CA-A--G--A------------------TG-CTAATT---G-A---CATC----A--TTTAAT----GCC----CTCT-A-------A-A-T--TTGAT--A---TTT-T-TT-TTCAA-A-TGA--T-T-----TCAACGA---A---GAT---ACA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-T------TATTTTG-T--CC--CT--------G-TAG-------A-CTgtataaacattgcaattatgaaaaagtatatttattacttagaaaacattttaaaattttttttatgttatatgttggaataattgattttaaaatc
gi|15                         :                                                                                                                                             ATGAT-AAATGTG--TACAGATT----T-------------CAGG-TCAG--GTC-C-TATA-A----T----------TTAG--CT----A--ACC-----G-----T-------TAA-T--T---C-------------ACC----T------CC---------------A-AT---T----------G------A--A-TTT-C-A-T---A---T-CT--T-GG-C--A--AGTT---CA-A-GTTC-----AA-G-TT--C-TT---TATTCA-C-T-CA--A-GT---CAA--TA----TTA----A--ATGAC-ATATA--G----------AGG---------T----------gtacaaacattgcaattatgaggatggaaggcctatttctgagaaagcaacttttatttctttgaaaatattttaaaatcttttaaaaattttgaatgttgtgttggaatataggtctcaacattta
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          a--T-GG-C--A---ATCG--CA-ACACAA-----AA---TG--C-GT---CG--CT-C-T-AT--G--T---CAA--A-----GTA----G---T--C-A--TA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GCCAA-T--A-TCATTG-TCATTG-CTAATTG--G-A---C-TCT--GG----TAAA----G-C----ACCT-A---------------TG----A----------------------A--T-T-----T----AA---A---AA----ACA----C-AA----ATG----AA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TAT--TG-CTGCA--CA--------T-TAG-------G-C-TT-TCA-GTAAA-A---C---ATTT-T-TTTT-T-------AA-T-Gacagtatctataatcatataatataacatagatgaatcaacgtggatggcaatcgcaacacaaaatgcgtcgctctatgtcaaagtagtcatacaggtgagaaaccaagccaatatcattgtcattgctaattggactctggtaaagcacctatgaatttaaaaaacacaaatgaagcagtctttaagatattgctgcacattaggctttcagtaaaacatttttttttaatg
gi|16                         : aatgataaatgtgtacagatttcaggtcaggtcctataatttagctaaccgttaattcacctccaattgaatttcatatcttggcaagttcaagttcaagttctttattcactcaagtcaatattaaatgacatatagaggtacagtatctataatcatataatataacatagatgaatcaacgtggaTA--GTC-C-CATA-AA---T----------TCAGC-CT----G--ATA-----G-----T--------AA-T--T---C-------------A-C----A------CA---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-G-CT--T-GG-C--A--GATCT--CA-G-AAAA-----AA-G-TG--A-TC---TG--CA-C-T-GT--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-A-AAA--C----------AGG---------T---------------------------G----A-AA---C---CA-A--GCCAA-T--A-C--TTG-TCATT--CAAATT-----------------A--TTTAAA----G
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TTCAA-A-TTA--T-T-----T----AA---A---GAT---TAA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTTTT-T-AA-----A-A------TATTTTG-T--CAATTT--------A-TAG-------G-CTCTATC---TAGA-----C---A--T-T-Tattaacaaaatgaaagcagtttttaaaatattttgtcaatttataggctctatctagacatttcaattatgaggatattaaaaaggtcaatttctgagagagcatcttgtctttttttaatgttaggttggaatatatgattaaaaaaatctatgagcacttttattcatctttatttatcatttattaataagaaaattagagaattttga
gi|19                         :                             tagtcccataaattcagcctgatagtaattcacacaaattaaagttcatatgcttggcagatctcagaaaaaagtgatctgcactgtggtcaaaagtaggtcaaaacaggtgaaaccaagccaatacttgtcaTT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATC-AG---C----------TTAGT-CT----ATAGCA-----G-----T-------TAA-T--T---T-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--T-GTT-C-A-T---A-A-T-AT--C-AG-C--A--GATCA--CA-A-CCAATTTAAAA-G-TG--C-TT---TG--CA-G-T-AT--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-T-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---T---CA-A--GCCCC-T--A-TCACTG-TCATTG-CTAATT---G-A---C-TCT--AA----TAAA----GCC----CCC----------A-A-T---------A---TTT-T-AT--------------T-T-----T----AA---A---AAT---AAA----CACA----ATG---AAA--GTGCGTATT-T-AT-----G-A------TA---TT-T--CA--CTGCATGCACG-TAG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-A--TA---A--TAT-TTTT-T-------GA-T-TTT-AT-CTGAcaattatgaggatattaaaaaggtcaatttctgagagagcatcttgtctttttttaatgttaggttggaatatatgattaaaaaaatctatgagcacttttattcatctttatttatcatttattaataagaaaattagagaattttga
gi|2                          :                                                                                                                                          gatATGAT-AAAT-GG--TACAGATT----TGC-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATG-AAAT-T----------TTAGT-TC----T--ACAGTATCG-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T-------C---------------A-AT---TGA--------A------A--A-GTC-A-G-T---A---T-CT--T-GG-C--A--G--TA---A-A-GCAA-----AA-T-GG--T-TC---TG--CA-C-C-AT--G-GTG--TAA--TA----GTA----G------T-A-ATA--G----------AGG--------------------------------------------------------------AT-T--A-TCA-TG-TCATTG-CTAA-----G-A------CT--A-----TAAA----GCC----CCCTAA-------A-A-T--TTG----AT--TTT-T-AT-TTCAAGA-TAA----T-----T----AA---A---AAT-----A----CAAA----CT----AAA--GCA---TTT-T-AA-----T-A------CA---TG-A--TA--AT--------GATAGTCATAGTG-CTTT-TCATTTAAATA--TC---A--TAT-GTAT-TAA-----AA-T-GTTAATG----TGGAATAATTttacaatatttacttttatggacatgtataa
gi|20                         :                                                                                           tcaacccattcactctggtccttgctatgtacattaaaatgtcactctaaACGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CATG-TCTC--GTC----ATA-AA---T----------CCTGT-CT----G--ACA-----G-----T-------TAA-TCAT---CTCCATAGTTTGCAA-C----TGCTGGCCC---------------A-AT---T----------A------A--C-TTG-A-A-T---A-T-G-CT--T-GG-C--ACTAA--A--TA-G-ACAA-----GA-G-TG--C-TC---TG--CA-T-T-GT--G-GT---GAG--AA----ATA----G--GT--C-A-AAT--C----------ATG---------TTTTATTTATGA------------A---G----A-AA---TGTACA-A--GCTA---------ATCG-ACATTC-TTAA------------------AA--TTTAAA-------------------------------TTG--------TTT----T-TTCAC-T-TAA--A-T-----T----AAATTA---GGT---AAA----CAAA----ATA---AAA--GCA-GTcgattcaaatattgagacatacaaaggtctcaacaacatcaattcaactggttggaaatttgtaaaaaatatttctttggatatccttcttaattatggacataataacatgctattattagtattt
gi|21                         :                                                                                    atgcttcttcaaccccatacattctgtcacacctgtacaattaacaattcacccaaaATGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATA-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA-----G-----C-------TAA-T--T---C-------------A-A----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA-C-TG--C-TC---TG--CA-C-T-AT--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-A-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GCCAT-T--A-TCATTG-TCATTG-CTATTT---G-A---C-TCT--AGTATTTAAA----GCC----CCCT-A-------G-A-T--TTG----A---TTT-G-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---A---AAT---ACA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TA---TG-T--CA--CT--------G-CAG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-G--TC---A--T-T-TTTT-T-------AA-T-GTT-ATGTTAATGGAATAATTtattctg
gi|22                         :                                                                                                                                             ATGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATG-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA-----G-----TAGTCAGTTAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-GCAA-----AA-G-TG--T-TC---TG--CA-C-C-AT--G-GTAAGTAA--TA----GTA----A--GT----A-ATA--G----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---G---CA-A--TCCAT-T--A-TCATTG-TCATTG-CTAAAT---G-A---C-TCT--AT--TTAAAA----GCC----CCCT-A-------A-A-T--TTG----A---TTT-T-AT-TTCAA-A-TAG--T-T-----T----AA---A---AAT---AAA----CAAA----CTA---AAA--GCA-GTCTT-T-AATACATGTA------TA---TG-T--CA--GT--------C-TAT-------G-CTTT-TCA-TTAAA-A--TC---A--T-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      --T---C-------------A-C----T------CC---------------ATAT---T----------A------A--AAGTT-C-C-T---C-T-T-CTA-T-GAAC--A--GCTTAATCA-A-ACAA-----AACA-TG--C-TTACATC--CA-T-TCAT--G-GT--------AA----GTA--------T--C-A--TA--C------------------------------------------------------------------------------T--G-TC---G-TCAT-G-CTAATC---G-A---C-TCT--AA---TAAAA----ACCTGTACCCT-A-------A-A-T--TTAGAGCA---TTTAT-AT-TCTAACATTGATCT-T-----T----AA---A---TAT---ACA----CCAA----ATT---AAAATGCA-GTCTC-T-AA-----G-A------AT---TGTT--CA--CT--------G-T-G-------G-C-------------------------T-T-TTTT-T-------AA-T-GTT-ATGGTGat
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                             A-----G-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CT---------------G-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-AT--A-GG-C--A--GATCA--CA-A-TCAA-----AA-C-TG--C-TC---TG--CA-C-T-AT--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--T-A-ATA--C----------AAG---------T----------G------------A---G----A-AA---G---CA-A--GCCAT-T--A-TCATTG-TCATTG-CTAATT---G-A---C-TCT------TGTAAA----GCC----CCCT-A-------A-A-T--TTG----A---TTT-T-AT-TTCAA-A-TGG--T-A-----T----AA---A---AAT----TA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TA---TG-T--CA--CT--------G-TAG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-A--TCTT-A--T-T-TTTT-T-------AA-T-GTT-ATGT---TGGAATAATTgatttattgtttattttaattcatgtgtagtctccaaaacaatcaaatcatggaattttt
gi|25                         :                                                                                                                                                 T-AAAT-TG--TGCAAAT--------------------------------C-C-TTTA-AA---T----------TCAGT-CT----A--ACA-----A-----C-------TAA-T--T---C-------------A-C----C------AT---------------A-AT---T----------A------A--A-GTC-C-A-T---T-G-T-TT--T----------GATTA--CACA-ACgatgaaattattat
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -A-T---A-T-G-TT--T-GA-T--G--GATCA--CA-G-ACAA-----AA-A--G--T-TG---TC--CA-CAT-AC--A-GT---TAAATAA----GTAGTT-G--GT--T----TA-------------AGA---------T---------------------------G----A-AA---C---CA-T--TCCATAG--A-TAATTG-CCATccatttctgtactgctggacttccaatatgtttgatggatcacagacaaaaagttgtccacatacagttaaataagtagttggtttaagatgaaaccattccatagataattgccatcttttgcatttaatgttgtttcaaagaaattactggtgtataaaaattaaattactagctttaaggctgtatcagt
gi|26                         :                                          taaattgtgcaaatcctttaaattcagtctaacaactaattcaccataattaaagtccattgttttgattacacaacccatttctgtactgctggacttccaAT-AAAT-TG--TACAG---------------------------------TC-C-TATA-AA---T----------TTAGT-CG----A--ACA-----G-----T-------TAA-T--C---C-------------A-C----T------CA---------------A-AG---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA-C-TG--C-TC---TG--TA-C-T-AT--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-A-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---G---CA-A--GC----------CATTG-TCATTG-CTAATT---G-A---C-TCT--AG----TAAA----GCC----CCCT-A-------C-A-T--TTG----A---TTT-T-AT-TTCAA-T-TGA--T-T-----T----AA---A---AAT---ACA----CAAA----GTGTCAAAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TA---TG-T--CA--AT--------A-TAG-------G-CTTT-TCA-TTGAA-cttttgcatttaatgttgtttcaaagaaattactggtgtataaaaattaaattactagctttaaggctgtatcagt
gi|27                         :                                                                                                                                                             ACTGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-T-TAAA-AA---T----------TTAGT-CT----A--ATA-----A-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTA-C-A-G---G-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----TA-C-TG--C-T--------CA-----AT--G-GT---TAA--AG----GTA----G--GT--T-A-ATA--C----------AGG---------T----------T------------A---G----A-AA---C---GA-A--ACAAT-T--A-TCATTG-TCATTG-CTAATC---G-A---C-TCT--AG----TAAA----GCC----CCC--A-------A-A-T--TTG----A---ATT-T-AT-TTCAA-A-TAA--T-C-----A----AA---G---AAT---ACA----CATA----ATG---AA
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           --T-GA-T--A--GATCA--CG-G-ACAA-----AA-GGTG----TC---CA--CA-A-T--T--G-GT---CAAT-AA----GTT----G--GT--TTG-GTT--T----------AGA---------T----------G------------A----------AA---C---CA-T--TCCAT-TGGA-TAATTG-CCATTG-CTAATT---G-A---CATTT--TT--TTT-------GC----------A-------A------TTG----A-------T-ATGTTCAA-A---A----T-----T----AA---A---AGT---TTA----CAAA----A
gi|3                          :                                                                                             gttttgattacgcaacccattgctgtactgcaggacttcgatatggctgTGAT-AAATATT--TGCCGATT----TCT-----------TAGA-TTTA--GTC-T-TATA-AA---T----------TCAGT-CT----A--ACA-----G-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-C-T---A-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-G-ACGA-----AA-G-TG--C-TC---TG--CACC-C-AA--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-A-GTA--C----------AGGTGGTGTGTTT----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GC----T--A-TAATTG-TCATTG-CGAATT---G-G---C--AT--AT--GTGAAA----GCC----CTCT-C-------A-ATT--TTG----A---TTT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---A---GAT---A-A----CGAA----ATG---AAA--G-A-ATCTT-T----------------------TG-T--CA--CT--------G-TGG-------G-CTattaatcactaggccgttataga
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    -T--T---C-------------A-C----T------CT---------------G-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-AT--A-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA-C-TG--C-TC---TG--CA-C-T-AT--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--T-A-ATA--C----------AAG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GCCAT-T--A-TCATTG-TCATTG-CTAACT---G-A---C-TCT--AG----TAAA----GCC----CCCT-A-------A-A-T--TTG----A---TTT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---ACTTAAT----CA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----gtaaagactttctttgcaataatgaggacaaacggtttatttccaataaagcgccatttttttacagtacttattaaatacaatattttaagatttttattattttttatgctatgttggaataattgatttaaattctacgatgaattttattaatctatattgatctgtagaaattggaaattttga
gi|31                         :                                                                                                                                              TGAT-AGAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATC-AT---C----------TTAGT-CT----A--GCA-----G-----T-------TAA-T--T---T-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--T-GTT-C-A-T---A-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-CCAA-----AA-G-TG--C-TT---TT--AA-C-T-TA--G-GT---AAA--AA----GTAATTTA--GT--C-A-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AC---C---CA-A--GCCAT-T--T-TCATTGCTAATTG-C-A--T---G-G---C-TCT------TTTCAA----GCC----CCC
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -A-T---A-T-TTCA--T-GG-T--A--A--CG--CA-A-ACAA-----AA-C-TG--C-TC---TG--CA-C-T-GT--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-A-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GC----------CATTG-TCATTG-CTAATTTTAA-A---C-TCT--CA--T---AACCCCCCC----CCCC-AAAAAAATA-A-T--TTG----A---TTT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----A----AA---A---AAT---ACA----C
gi|33                         :                                                                                                                   acgactaattaaaccatgcatttaatATGAT-AAAT-T---TA-AAATTGTACT-C-----------CAAGATATA--------TATA-TAGGGT----------TTAGT-CA----A--ACACA---G-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AC---TAA--------A------A--A-GTTCC-A-T---A-T-TGCT--T-GG-CCAA--GATCA--CA-G-A-AAGTAT-AA-G-TG--C-T----TG--CACC-T-GTCGG-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-A-TTA--C----------AGcagt
gi|34                         :                                                                                                          tcctgtacatgtcattttctaattcactctaatagATGAC-AAAT-TG--TGCAAAT--------------------------------C-C-TTTA-AA---T----------TCAGT-CTTTAAA--ACA-----GCTGTTT-------TGA-T--TACGC-------------A-A----T------CCTGTTCTGTACTGTGGG-AT---T----------T------A--A-ATT-CGA-T---A-T-G-CT--T-GA-T--A--GATCA--CG-G-ACAA-----AAGG-TG--TGTC---CA--CA-A-C-A---G-GT---CAA--
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aTT-CGA-T---A-T-G-CT--T-GA-T--A--GATCA--CG-G-AAAA-----AA-G-----------------------GT--GTGT---CCA--CA----ATA----G--GT--C-A-AT---T----------AAG---------T----------G------------GTTTG----A-AC---C---CA-T--TCCAT-TG-A-TAATTA-CCAATG-CTAttttaaaagtggttcgaacctattccattgata
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               attacgcaacgcatgcccatactgtgggac----------G------------A---G----A-AA---T---CA-A--GCCAT----A---ATTG-TCTTTG-CTAATT---G-GCACC-TTT--GA--TTTAAA----A--------------------------------------TT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---A---GAT---AAA----CAAA----ATA---CAA--ACA-GTCTT-T-AA-----C-A------TATT-TG-T--TA--Ccctcacaccttttgcattagctgttgtttgaaaataga
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tttgtttgagTTG-TCATTG-CTAATT---G-A---C-TCT--AG--TT--AA----GCC----TCCT-A-------A-A-T--ATA----A---TTT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-A-----T----AA---A---AAT---ACA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-G-AA-----G-ATACATGTA---TG-T--CA--CT--------G-TAG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-A--Tcttgagacatacaa
gi|4                          :                                                                                                                                             ATGATTAAAG-CA--TACATATT----T-T-----------TAGG-TCTATAGTC-CCTACC-AA---A----------TTAGT-CT----A--ACA-----G-----T-------TAATT--T---C-------------ATT----T------CT---------------A-AC---T----------A------A--A-GTT-CGA-T---G-C-T-CT--TGGG-C--A--AATC---CA-A-CCTA-----AA-A-TGATC-TC---TA--CA-C-T--T--G-GT---CAA--AAGAACGTA----GGTGT--C-A-AGAAGC----------AGAAT-------T----------GT-----------A---G----A-AAAC-C---CA-A--GCCAT-T-----------TCATTG-CGAATT---G-A---C-TCT--A----TTAAA----GCC----CCCT-A-------A-A----TTG----A----TT-T-AT-TTCCA-A-TAA--TGTATTTAT----AA---A---AATA--AAA----CACA----ATT---AAT--GC-----------A-----G-A------TA---TG-T--CA--CT--------G-TAGC------G-CTTT-GCG-TTATT-G--TTCTGA--T-T-TTTTAT-------AATT-GTT-ATGTTGAT--AATAATT
gi|41                         :                                                                                                                                           aaATGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TTTA--GTC-C-TATG-AA---T----------TAAGT-CT----A--ACA-----T-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-ATTCT-GG-C--A--GATCA---A-A-ACAA-----AA-G-TG--C-TC---TG--Ctgattaaatatttgattatgtaaaggtctctaacaaaaccaatcattcatgggatttgtaaaaatattttttggcatcatatttctttggatatataaaaacattatatgatgatatatttgt
gi|42                         :                                                                                                                                             ATGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGGTTCTA--GTC-C-TATG-AA--------------TTAGT-CT----A--ACA-----T-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-ATT---A-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--TA-A-ACAA-----AA-G-TG--C-TC---TG--C
gi|43                         :                                                                                                                                             ATGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------TAAG-TCTA--GTC-C-TATG-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA-----C-----TC------CAA-G--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------T--A-TAT-C-A-T---A-T-T-CT--T-TG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----A
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tga---CA-A--GCAAT-A--AATAATTG-TCATTG-CTTATT---G-A---CATC----A--TT------------------T-G-------A-A-T--TTA----A---TTT-T-AT-TTCAA-A-CGA--A-G-----C----AA---A---GGT---AAA----CAAA----ATA---ACA--GCG-GTCTTAT-AA-------A------TA---T
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gi|5                          :                                                                                                                                            gATGAT-AAAG-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATA-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA-----A-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA-C-TG--C-TC---TG---------------------------------------------C-A-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---T----A----------CA-A--GCCAT-T--A--------TTATTG-CTAATT---G-A---C-TCT--GG----------------------T-A-------A-A-T--TTG----A---TTT-T-AT-TTCTA-G-TGA--T-T-----T----AA---A---AAT---ACACATTCAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AG-----G-A------TA---TG-T--CG--CT--------G-TTG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-ATCTC---A--T-T-TTTT-TTAAAAAAAA-T-GTT-ATGT---TGGAATAATT
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tcccgttcccgctggcactcctgtacattataattcactcat---A---AGT---AAA----CAAA----ATA---ATA--GCA-ATCTT-T-AG-----G-A------TATTTTG-T--TAC-CT--------G--AG-------A-C--T-ACA-TT----G--TC---A--T-T-TTgattaaattaataatcatgtaattatctccacaaaaatcaaatcatatttcttggcatcatacttttatagacatattaaaaacattttaatattgatatttt
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gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    a-T-AT--G-CT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-A-ATA--CTGTATTATACAGG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GCCAT-T--G-TCATT
gi|6                          :                                                                                                                                             ATGAT-AAAT-TGGTTACAGATT----T-TTGTACAGATTTCAGG-TTAG--GTCGC-TTAA-AA---T----------TCAGT-C--------A-A-----G-----T-------TAA-T--T---C---------------C----T------CTGG-------------A-CT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T-----T-T-AT--A-GG-C--A--GATCA--CA-A-TCAA-----AC---TG----TC---TG--CA-CAT-AT--G-GT----AA--AA----GTA----G---T--T-A-ATA--C----------AAG---------T----------G------------A---G----A-AA---G---CA----GCCAT-T--A-TCATTG-TCATTG-CTAATT---G-A---C-TCT------TGTAAA----GCC----CCCT-A-------A-ACT--TTG----A---TTT-TAAT-TTCAA-A-TGG--T-A-----T----AA---A---AAT----TA----CAAA----ATG----AA--GCA-GTCTT-TAAA-----G-A------TA---TG-T--CA---T--------G-TAG-------G-CTTTATCA-TT-AA-A--TCTT-A--T-T-TTTT-T-------AA-TAGTT-ATGTTG--GGAATAATT
gi|7                          :                                                                                                                                             ATGAT-AAAT-TG--TGCA-----------------------------TA---TC-C-TTTA-TA---T----------TCAGT-CTTCAAA--ACA-----G-----C-------TGA-T--T---TGATTACGTA----A-C----C------CC---------------A-TTCTGT----------ACTGTGGG--A-CTT-CGA-T---A-T-G-CT--T-GA-T--A--GATCA--CG-G-ACAA-----AA-G-----------------------GT--GTGT---CCA--CA----ACA----G--GT--C-A-AT---T----------AAG---------T----------G----------------GTTTTA-AC---C---CA-T--TCCAT-TG-A-TAATTA-TCAACG-ATACCT---G-A---CACCT------TTT-------GC--------------------A-T--TAG----A---TGT-T-GT-TTC---A-TTA----T-----T----AA---AGG-GAT---ACA----AAAA----ATT---AAA--TCA-gatgaaattatatcattttaaaaatcatggagttgttgaaatattctttggcatcatattaatggattattaaaaacattttatgaattgatattttg
gi|8                          :                                                                                                                                             aTGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATC-AG---T----------TTAGT-CT----A--A-A-----G-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC----------------------------------------------TT-C---------T-T-CC--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA-C-TA--C-TC---TG--CA-C-T-AT--G-GT---CAG--AA----GTA----G--GT--CAA-AAA--C----------AGA---------T----------GGTTTGTTTGAGAA---G----A-AA---C---CA-A--GCCA--T--A---ATTG-TAGTTG-CTAATA---G-ACACC-TCT--G------AAA----GCC----CTTG-A-------A-G-TCCCTA----A---ATT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---A---GAT---AAA----CAAA----ctaggctgtatatcgacatcgtagtcatgaggttaaaaaaaaaaaaacccagaccaatttcctagaaagcatcttttatgactttgaaaacatttttaaaaccttaattaataaatgctttggaagaatatttgataaaaatctgtgatgactttaattttaagtttagtgtgtcac
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14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATGAATGAATTGTGCAAATCCTTTATATACATCTTTCAAAACAGCTGTTTTGATTACGTAACCCATTCGTAACGTGGGACTTGATAGATCACGGGACAAAGGTGGTGTCCACAACAGGTCAATTAAGTGGTTTGAACCATTACATTGAAGCCTACCGACACCTTTTCATTAGGTGTTGTTTCAATATTAAAGGGAACTACAAAAATTAAACCACTAGGCTGTATATCAACCATGTACGTATAGTCATGAGGTTAAAAAAATACCAACCAGACCAATTTCCTAGAAAACATCATTTATGACTTTTTAAAACATTTTTCAAACTTTAAATTATTAAATGCTTTGAAGAATAATAATAACAAATCTATGATAACTTAATTTTAAGTTTAGTGTGT
Unaligned ( gi|17 ): AATGATAATTTGTGCAAATCCTTTATAACAGCTGTTTTGATTACGTAACCCAATTCTGTACTGTGGACTTCAATATGCTTGATAGATCAAAGGTGCAGGTGTGTCCGCAACAGGTCAATTAAGTAGTTTGAACCCATTCCATTGATAATTATCAAAGCTACTTGACACCTTTTGCAGTAGATGTTGTTTCAATATTAAAGGGATACAAAAAATTAGATCACTTGGCTGTATATCTACATCATAGTCATGAGGTTAAAAAAAAAACAGACCAATTTCCTAGGAAGCATCTTTTATGACTTTGAAAACATTTTTAAAACCTTAATTATTTAAATGCTTTGTAAGAATAATTATG
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Unaligned ( gi|28 ): TTTGCATTAGATGTTGTTTCAAAATTAAAATGATACGAAAAATTAAATCACTAGGCTGTATATCGACATCATAGTCATGAGGTTAAAAAAAAAACCCAGACCAATTTCCTAGAAAGCATCTTTTATGACTTTGAAAACATTTTTAAAACCTTAATTATTAAGAATAATTAATAAAAATCTATGATAACTTTAATTTTAAGTGTAGTGTGTCAC
Unaligned ( gi|35 ): TAAAGATACTTTTTAAGTAGACCCCAAATCTGTAGCTGCACAGAAATTCATAATTACATGTAATGTTCTAGTTTCCATGAAGCGAACCTTTTATAGATATATTACTTGAAAATCGTTTTTAAAAAAATTCTTAAATTTTTCAAAAGTTACATTAGATAATTTATGA
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Unaligned ( gi|45 ): ATGATAAATTGTGCAAATCTTTAATTAGTCTTCAAACAGCTGTTTTGATTGACGCAGTCCATTCTGTTATCTGTGGGACTTCGATATGCTTGATAGA
Unaligned ( gi|47 ): AAAAATTAAATCACTAGGCCCTATAGACACCGTAAATATATGTATGTGTAATCATGAGGATAAACAGACCAAATTCCTAGAAAGCATCTTT
Unaligned ( gi|49 ): TAGAAAGCATATTCTTTGACTTTGAAAACGTTTTTAAAACCTTAATTATCAAATGCTTTGTAAGAATAGTTAATA
Unaligned ( gi|53 ): AAAAGTCCAGTTTCCTAGAAAGCTTCTTACATGACTTTGAAAACCTTTTT
Unaligned ( gi|54 ): ACTTTTATGGACATGTATAAAAACATTTTATAATTGATATTTTGT
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          a--T-GG-C--A---ATCG--CA-ACACAA-----AA---TG--C-GT---CG--CT-C-T-AT--G--T---CAA--A-----GTA----G---T--C-A--TA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GCCAA-T--A-TCATTG-TCATTG-CTAATTG--G-A---C-TCT--GG----TAAA----G-C----ACCT-A---------------TG----A----------------------A--T-T-----T----AA---A---AA----ACA----C-AA----ATG----AA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TAT--TG-CTGCA--CA--------T-TAG-------G-C-TT-TCA-GTAAA-A---C---ATTT-T-TTTT-T-------AA-T-Gacagtatctataatcatataatataacatagatgaatcaacgtggatggcaatcgcaacacaaaatgcgtcgctctatgtcaaagtagtcatacaggtgagaaaccaagccaatatcattgtcattgctaattggactctggtaaagcacctatgaatttaaaaaacacaaatgaagcagtctttaagatattgctgcacattaggctttcagtaaaacatttttttttaatg
gi|16                         : aatgataaatgtgtacagatttcaggtcaggtcctataatttagctaaccgttaattcacctccaattgaatttcatatcttggcaagttcaagttcaagttctttattcactcaagtcaatattaaatgacatatagaggtacagtatctataatcatataatataacatagatgaatcaacgtggaTA--GTC-C-CATA-AA---T----------TCAGC-CT----G--ATA-----G-----T--------AA-T--T---C-------------A-C----A------CA---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-G-CT--T-GG-C--A--GATCT--CA-G-AAAA-----AA-G-TG--A-TC---TG--CA-C-T-GT--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-A-AAA--C----------AGG---------T---------------------------G----A-AA---C---CA-A--GCCAA-T--A-C--TTG-TCATT--CAAATT-----------------A--TTTAAA----G
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TTCAA-A-TTA--T-T-----T----AA---A---GAT---TAA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTTTT-T-AA-----A-A------TATTTTG-T--CAATTT--------A-TAG-------G-CTCTATC---TAGA-----C---A--T-T-Tattaacaaaatgaaagcagtttttaaaatattttgtcaatttataggctctatctagacatttcaattatgaggatattaaaaaggtcaatttctgagagagcatcttgtctttttttaatgttaggttggaatatatgattaaaaaaatctatgagcacttttattcatctttatttatcatttattaataagaaaattagagaattttga
gi|19                         :                             tagtcccataaattcagcctgatagtaattcacacaaattaaagttcatatgcttggcagatctcagaaaaaagtgatctgcactgtggtcaaaagtaggtcaaaacaggtgaaaccaagccaatacttgtcaTT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATC-AG---C----------TTAGT-CT----ATAGCA-----G-----T-------TAA-T--T---T-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--T-GTT-C-A-T---A-A-T-AT--C-AG-C--A--GATCA--CA-A-CCAATTTAAAA-G-TG--C-TT---TG--CA-G-T-AT--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-T-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---T---CA-A--GCCCC-T--A-TCACTG-TCATTG-CTAATT---G-A---C-TCT--AA----TAAA----GCC----CCC----------A-A-T---------A---TTT-T-AT--------------T-T-----T----AA---A---AAT---AAA----CACA----ATG---AAA--GTGCGTATT-T-AT-----G-A------TA---TT-T--CA--CTGCATGCACG-TAG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-A--TA---A--TAT-TTTT-T-------GA-T-TTT-AT-CTGAcaattatgaggatattaaaaaggtcaatttctgagagagcatcttgtctttttttaatgttaggttggaatatatgattaaaaaaatctatgagcacttttattcatctttatttatcatttattaataagaaaattagagaattttga
gi|2                          :                                                                                                                                          gatATGAT-AAAT-GG--TACAGATT----TGC-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATG-AAAT-T----------TTAGT-TC----T--ACAGTATCG-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T-------C---------------A-AT---TGA--------A------A--A-GTC-A-G-T---A---T-CT--T-GG-C--A--G--TA---A-A-GCAA-----AA-T-GG--T-TC---TG--CA-C-C-AT--G-GTG--TAA--TA----GTA----G------T-A-ATA--G----------AGG--------------------------------------------------------------AT-T--A-TCA-TG-TCATTG-CTAA-----G-A------CT--A-----TAAA----GCC----CCCTAA-------A-A-T--TTG----AT--TTT-T-AT-TTCAAGA-TAA----T-----T----AA---A---AAT-----A----CAAA----CT----AAA--GCA---TTT-T-AA-----T-A------CA---TG-A--TA--AT--------GATAGTCATAGTG-CTTT-TCATTTAAATA--TC---A--TAT-GTAT-TAA-----AA-T-GTTAATG----TGGAATAATTttacaatatttacttttatggacatgtataa
gi|20                         :                                                                                           tcaacccattcactctggtccttgctatgtacattaaaatgtcactctaaACGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CATG-TCTC--GTC----ATA-AA---T----------CCTGT-CT----G--ACA-----G-----T-------TAA-TCAT---CTCCATAGTTTGCAA-C----TGCTGGCCC---------------A-AT---T----------A------A--C-TTG-A-A-T---A-T-G-CT--T-GG-C--ACTAA--A--TA-G-ACAA-----GA-G-TG--C-TC---TG--CA-T-T-GT--G-GT---GAG--AA----ATA----G--GT--C-A-AAT--C----------ATG---------TTTTATTTATGA------------A---G----A-AA---TGTACA-A--GCTA---------ATCG-ACATTC-TTAA------------------AA--TTTAAA-------------------------------TTG--------TTT----T-TTCAC-T-TAA--A-T-----T----AAATTA---GGT---AAA----CAAA----ATA---AAA--GCA-GTcgattcaaatattgagacatacaaaggtctcaacaacatcaattcaactggttggaaatttgtaaaaaatatttctttggatatccttcttaattatggacataataacatgctattattagtattt
gi|21                         :                                                                                    atgcttcttcaaccccatacattctgtcacacctgtacaattaacaattcacccaaaATGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATA-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA-----G-----C-------TAA-T--T---C-------------A-A----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA-C-TG--C-TC---TG--CA-C-T-AT--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-A-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GCCAT-T--A-TCATTG-TCATTG-CTATTT---G-A---C-TCT--AGTATTTAAA----GCC----CCCT-A-------G-A-T--TTG----A---TTT-G-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---A---AAT---ACA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TA---TG-T--CA--CT--------G-CAG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-G--TC---A--T-T-TTTT-T-------AA-T-GTT-ATGTTAATGGAATAATTtattctg
gi|22                         :                                                                                                                                             ATGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATG-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA-----G-----TAGTCAGTTAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-GCAA-----AA-G-TG--T-TC---TG--CA-C-C-AT--G-GTAAGTAA--TA----GTA----A--GT----A-ATA--G----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---G---CA-A--TCCAT-T--A-TCATTG-TCATTG-CTAAAT---G-A---C-TCT--AT--TTAAAA----GCC----CCCT-A-------A-A-T--TTG----A---TTT-T-AT-TTCAA-A-TAG--T-T-----T----AA---A---AAT---AAA----CAAA----CTA---AAA--GCA-GTCTT-T-AATACATGTA------TA---TG-T--CA--GT--------C-TAT-------G-CTTT-TCA-TTAAA-A--TC---A--T-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      --T---C-------------A-C----T------CC---------------ATAT---T----------A------A--AAGTT-C-C-T---C-T-T-CTA-T-GAAC--A--GCTTAATCA-A-ACAA-----AACA-TG--C-TTACATC--CA-T-TCAT--G-GT--------AA----GTA--------T--C-A--TA--C------------------------------------------------------------------------------T--G-TC---G-TCAT-G-CTAATC---G-A---C-TCT--AA---TAAAA----ACCTGTACCCT-A-------A-A-T--TTAGAGCA---TTTAT-AT-TCTAACATTGATCT-T-----T----AA---A---TAT---ACA----CCAA----ATT---AAAATGCA-GTCTC-T-AA-----G-A------AT---TGTT--CA--CT--------G-T-G-------G-C-------------------------T-T-TTTT-T-------AA-T-GTT-ATGGTGat
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                             A-----G-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CT---------------G-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-AT--A-GG-C--A--GATCA--CA-A-TCAA-----AA-C-TG--C-TC---TG--CA-C-T-AT--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--T-A-ATA--C----------AAG---------T----------G------------A---G----A-AA---G---CA-A--GCCAT-T--A-TCATTG-TCATTG-CTAATT---G-A---C-TCT------TGTAAA----GCC----CCCT-A-------A-A-T--TTG----A---TTT-T-AT-TTCAA-A-TGG--T-A-----T----AA---A---AAT----TA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TA---TG-T--CA--CT--------G-TAG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-A--TCTT-A--T-T-TTTT-T-------AA-T-GTT-ATGT---TGGAATAATTgatttattgtttattttaattcatgtgtagtctccaaaacaatcaaatcatggaattttt
gi|25                         :                                                                                                                                                 T-AAAT-TG--TGCAAAT--------------------------------C-C-TTTA-AA---T----------TCAGT-CT----A--ACA-----A-----C-------TAA-T--T---C-------------A-C----C------AT---------------A-AT---T----------A------A--A-GTC-C-A-T---T-G-T-TT--T----------GATTA--CACA-ACgatgaaattattat
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -A-T---A-T-G-TT--T-GA-T--G--GATCA--CA-G-ACAA-----AA-A--G--T-TG---TC--CA-CAT-AC--A-GT---TAAATAA----GTAGTT-G--GT--T----TA-------------AGA---------T---------------------------G----A-AA---C---CA-T--TCCATAG--A-TAATTG-CCATccatttctgtactgctggacttccaatatgtttgatggatcacagacaaaaagttgtccacatacagttaaataagtagttggtttaagatgaaaccattccatagataattgccatcttttgcatttaatgttgtttcaaagaaattactggtgtataaaaattaaattactagctttaaggctgtatcagt
gi|26                         :                                          taaattgtgcaaatcctttaaattcagtctaacaactaattcaccataattaaagtccattgttttgattacacaacccatttctgtactgctggacttccaAT-AAAT-TG--TACAG---------------------------------TC-C-TATA-AA---T----------TTAGT-CG----A--ACA-----G-----T-------TAA-T--C---C-------------A-C----T------CA---------------A-AG---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA-C-TG--C-TC---TG--TA-C-T-AT--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-A-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---G---CA-A--GC----------CATTG-TCATTG-CTAATT---G-A---C-TCT--AG----TAAA----GCC----CCCT-A-------C-A-T--TTG----A---TTT-T-AT-TTCAA-T-TGA--T-T-----T----AA---A---AAT---ACA----CAAA----GTGTCAAAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TA---TG-T--CA--AT--------A-TAG-------G-CTTT-TCA-TTGAA-cttttgcatttaatgttgtttcaaagaaattactggtgtataaaaattaaattactagctttaaggctgtatcagt
gi|27                         :                                                                                                                                                             ACTGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-T-TAAA-AA---T----------TTAGT-CT----A--ATA-----A-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTA-C-A-G---G-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----TA-C-TG--C-T--------CA-----AT--G-GT---TAA--AG----GTA----G--GT--T-A-ATA--C----------AGG---------T----------T------------A---G----A-AA---C---GA-A--ACAAT-T--A-TCATTG-TCATTG-CTAATC---G-A---C-TCT--AG----TAAA----GCC----CCC--A-------A-A-T--TTG----A---ATT-T-AT-TTCAA-A-TAA--T-C-----A----AA---G---AAT---ACA----CATA----ATG---AA
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           --T-GA-T--A--GATCA--CG-G-ACAA-----AA-GGTG----TC---CA--CA-A-T--T--G-GT---CAAT-AA----GTT----G--GT--TTG-GTT--T----------AGA---------T----------G------------A----------AA---C---CA-T--TCCAT-TGGA-TAATTG-CCATTG-CTAATT---G-A---CATTT--TT--TTT-------GC----------A-------A------TTG----A-------T-ATGTTCAA-A---A----T-----T----AA---A---AGT---TTA----CAAA----A
gi|3                          :                                                                                             gttttgattacgcaacccattgctgtactgcaggacttcgatatggctgTGAT-AAATATT--TGCCGATT----TCT-----------TAGA-TTTA--GTC-T-TATA-AA---T----------TCAGT-CT----A--ACA-----G-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-C-T---A-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-G-ACGA-----AA-G-TG--C-TC---TG--CACC-C-AA--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-A-GTA--C----------AGGTGGTGTGTTT----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GC----T--A-TAATTG-TCATTG-CGAATT---G-G---C--AT--AT--GTGAAA----GCC----CTCT-C-------A-ATT--TTG----A---TTT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---A---GAT---A-A----CGAA----ATG---AAA--G-A-ATCTT-T----------------------TG-T--CA--CT--------G-TGG-------G-CTattaatcactaggccgttataga
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    -T--T---C-------------A-C----T------CT---------------G-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-AT--A-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA-C-TG--C-TC---TG--CA-C-T-AT--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--T-A-ATA--C----------AAG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GCCAT-T--A-TCATTG-TCATTG-CTAACT---G-A---C-TCT--AG----TAAA----GCC----CCCT-A-------A-A-T--TTG----A---TTT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---ACTTAAT----CA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----gtaaagactttctttgcaataatgaggacaaacggtttatttccaataaagcgccatttttttacagtacttattaaatacaatattttaagatttttattattttttatgctatgttggaataattgatttaaattctacgatgaattttattaatctatattgatctgtagaaattggaaattttga
gi|31                         :                                                                                                                                              TGAT-AGAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATC-AT---C----------TTAGT-CT----A--GCA-----G-----T-------TAA-T--T---T-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--T-GTT-C-A-T---A-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-CCAA-----AA-G-TG--C-TT---TT--AA-C-T-TA--G-GT---AAA--AA----GTAATTTA--GT--C-A-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AC---C---CA-A--GCCAT-T--T-TCATTGCTAATTG-C-A--T---G-G---C-TCT------TTTCAA----GCC----CCC
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -A-T---A-T-TTCA--T-GG-T--A--A--CG--CA-A-ACAA-----AA-C-TG--C-TC---TG--CA-C-T-GT--G-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-A-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GC----------CATTG-TCATTG-CTAATTTTAA-A---C-TCT--CA--T---AACCCCCCC----CCCC-AAAAAAATA-A-T--TTG----A---TTT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----A----AA---A---AAT---ACA----C
gi|33                         :                                                                                                                   acgactaattaaaccatgcatttaatATGAT-AAAT-T---TA-AAATTGTACT-C-----------CAAGATATA--------TATA-TAGGGT----------TTAGT-CA----A--ACACA---G-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AC---TAA--------A------A--A-GTTCC-A-T---A-T-TGCT--T-GG-CCAA--GATCA--CA-G-A-AAGTAT-AA-G-TG--C-T----TG--CACC-T-GTCGG-GT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-A-TTA--C----------AGcagt
gi|34                         :                                                                                                          tcctgtacatgtcattttctaattcactctaatagATGAC-AAAT-TG--TGCAAAT--------------------------------C-C-TTTA-AA---T----------TCAGT-CTTTAAA--ACA-----GCTGTTT-------TGA-T--TACGC-------------A-A----T------CCTGTTCTGTACTGTGGG-AT---T----------T------A--A-ATT-CGA-T---A-T-G-CT--T-GA-T--A--GATCA--CG-G-ACAA-----AAGG-TG--TGTC---CA--CA-A-C-A---G-GT---CAA--
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aTT-CGA-T---A-T-G-CT--T-GA-T--A--GATCA--CG-G-AAAA-----AA-G-----------------------GT--GTGT---CCA--CA----ATA----G--GT--C-A-AT---T----------AAG---------T----------G------------GTTTG----A-AC---C---CA-T--TCCAT-TG-A-TAATTA-CCAATG-CTAttttaaaagtggttcgaacctattccattgata
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               attacgcaacgcatgcccatactgtgggac----------G------------A---G----A-AA---T---CA-A--GCCAT----A---ATTG-TCTTTG-CTAATT---G-GCACC-TTT--GA--TTTAAA----A--------------------------------------TT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---A---GAT---AAA----CAAA----ATA---CAA--ACA-GTCTT-T-AA-----C-A------TATT-TG-T--TA--Ccctcacaccttttgcattagctgttgtttgaaaataga
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tttgtttgagTTG-TCATTG-CTAATT---G-A---C-TCT--AG--TT--AA----GCC----TCCT-A-------A-A-T--ATA----A---TTT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-A-----T----AA---A---AAT---ACA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-G-AA-----G-ATACATGTA---TG-T--CA--CT--------G-TAG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-A--Tcttgagacatacaa
gi|4                          :                                                                                                                                             ATGATTAAAG-CA--TACATATT----T-T-----------TAGG-TCTATAGTC-CCTACC-AA---A----------TTAGT-CT----A--ACA-----G-----T-------TAATT--T---C-------------ATT----T------CT---------------A-AC---T----------A------A--A-GTT-CGA-T---G-C-T-CT--TGGG-C--A--AATC---CA-A-CCTA-----AA-A-TGATC-TC---TA--CA-C-T--T--G-GT---CAA--AAGAACGTA----GGTGT--C-A-AGAAGC----------AGAAT-------T----------GT-----------A---G----A-AAAC-C---CA-A--GCCAT-T-----------TCATTG-CGAATT---G-A---C-TCT--A----TTAAA----GCC----CCCT-A-------A-A----TTG----A----TT-T-AT-TTCCA-A-TAA--TGTATTTAT----AA---A---AATA--AAA----CACA----ATT---AAT--GC-----------A-----G-A------TA---TG-T--CA--CT--------G-TAGC------G-CTTT-GCG-TTATT-G--TTCTGA--T-T-TTTTAT-------AATT-GTT-ATGTTGAT--AATAATT
gi|41                         :                                                                                                                                           aaATGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TTTA--GTC-C-TATG-AA---T----------TAAGT-CT----A--ACA-----T-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-ATTCT-GG-C--A--GATCA---A-A-ACAA-----AA-G-TG--C-TC---TG--Ctgattaaatatttgattatgtaaaggtctctaacaaaaccaatcattcatgggatttgtaaaaatattttttggcatcatatttctttggatatataaaaacattatatgatgatatatttgt
gi|42                         :                                                                                                                                             ATGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGGTTCTA--GTC-C-TATG-AA--------------TTAGT-CT----A--ACA-----T-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-ATT---A-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--TA-A-ACAA-----AA-G-TG--C-TC---TG--C
gi|43                         :                                                                                                                                             ATGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------TAAG-TCTA--GTC-C-TATG-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA-----C-----TC------CAA-G--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------T--A-TAT-C-A-T---A-T-T-CT--T-TG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----A
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tga---CA-A--GCAAT-A--AATAATTG-TCATTG-CTTATT---G-A---CATC----A--TT------------------T-G-------A-A-T--TTA----A---TTT-T-AT-TTCAA-A-CGA--A-G-----C----AA---A---GGT---AAA----CAAA----ATA---ACA--GCG-GTCTTAT-AA-------A------TA---T
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ------------A---G----A-AA---C---TA-A--GCCAT----A---ATTG-TCATTG-CAGATT---GAA---C-TCT------TTTAAA----A--------------------------TTG----A---TTT-T-AT-TTCAA-A-TGA--A-T-----T----AT---A---GGTCAAAAA----CAAA----At
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gttaccttaaga---TTT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---A---AAT---AAA----CACA----ACA---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TA---TT-T--CA--CT--------G-TGG-------C-CTTT-TCA-TTAAA-A--TCTT-A--T-T-TT
gi|5                          :                                                                                                                                            gATGAT-AAAG-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATA-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA-----A-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-CT--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA-C-TG--C-TC---TG---------------------------------------------C-A-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---T----A----------CA-A--GCCAT-T--A--------TTATTG-CTAATT---G-A---C-TCT--GG----------------------T-A-------A-A-T--TTG----A---TTT-T-AT-TTCTA-G-TGA--T-T-----T----AA---A---AAT---ACACATTCAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AG-----G-A------TA---TG-T--CG--CT--------G-TTG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-ATCTC---A--T-T-TTTT-TTAAAAAAAA-T-GTT-ATGT---TGGAATAATT
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tcccgttcccgctggcactcctgtacattataattcactcat---A---AGT---AAA----CAAA----ATA---ATA--GCA-ATCTT-T-AG-----G-A------TATTTTG-T--TAC-CT--------G--AG-------A-C--T-ACA-TT----G--TC---A--T-T-TTgattaaattaataatcatgtaattatctccacaaaaatcaaatcatatttcttggcatcatacttttatagacatattaaaaacattttaatattgatatttt
gi|51                         :                                                                                                                                             ATGAT-ATAT-CA--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATA-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA-----G-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC---------------aagga
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    a-T-AT--G-CT---CAA--AA----GTA----G--GT--C-A-ATA--CTGTATTATACAGG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GCCAT-T--G-TCATT
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gi|7                          :                                                                                                                                             ATGAT-AAAT-TG--TGCA-----------------------------TA---TC-C-TTTA-TA---T----------TCAGT-CTTCAAA--ACA-----G-----C-------TGA-T--T---TGATTACGTA----A-C----C------CC---------------A-TTCTGT----------ACTGTGGG--A-CTT-CGA-T---A-T-G-CT--T-GA-T--A--GATCA--CG-G-ACAA-----AA-G-----------------------GT--GTGT---CCA--CA----ACA----G--GT--C-A-AT---T----------AAG---------T----------G----------------GTTTTA-AC---C---CA-T--TCCAT-TG-A-TAATTA-TCAACG-ATACCT---G-A---CACCT------TTT-------GC--------------------A-T--TAG----A---TGT-T-GT-TTC---A-TTA----T-----T----AA---AGG-GAT---ACA----AAAA----ATT---AAA--TCA-gatgaaattatatcattttaaaaatcatggagttgttgaaatattctttggcatcatattaatggattattaaaaacattttatgaattgatattttg
gi|8                          :                                                                                                                                             aTGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATC-AG---T----------TTAGT-CT----A--A-A-----G-----T-------TAA-T--T---C-------------A-C----T------CC----------------------------------------------TT-C---------T-T-CC--T-GG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA-C-TA--C-TC---TG--CA-C-T-AT--G-GT---CAG--AA----GTA----G--GT--CAA-AAA--C----------AGA---------T----------GGTTTGTTTGAGAA---G----A-AA---C---CA-A--GCCA--T--A---ATTG-TAGTTG-CTAATA---G-ACACC-TCT--G------AAA----GCC----CTTG-A-------A-G-TCCCTA----A---ATT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---A---GAT---AAA----CAAA----ctaggctgtatatcgacatcgtagtcatgaggttaaaaaaaaaaaaacccagaccaatttcctagaaagcatcttttatgactttgaaaacatttttaaaaccttaattaataaatgctttggaagaatatttgataaaaatctgtgatgactttaattttaagtttagtgtgtcac
gi|9                          :                                                                                                                                              TGAT-GAAT-TG--TGCAAAT--------------------------------C-C-TTTA-AA---T----------TTAGT-CTTTAGA--ACA-----GCTGTTT-------TGA-T--T-----------------A-CGTAAT------CC---------------A-TT---TCTGTACTGTGG------G--A-CTT-C-AAT---A-T-G-CT--T-GA-T--A--GATCA--CG-G-ACAAT----AG-G-TG--T-----------------------GT---CCA--CA----ACA----G--GT--C-A-AT---T----------AAG---------T----------G------------GTTTG----A-AC---C---CA-T--TCCAT-TG-A-TAATTA-CCAATG-CTACCT---G-A---CACCT------TTT-------GC--------------------A-T--TAG----A---TGT-T-GT-TTCAA-A---A----T-----T----AA---AGG-GAT---ACA----AAAA----ATT---AAA--TCA---CT-------------------------TG-G--CA------------G-TAG-------G-CTGT-ATA-TCGAC-A--TC---A--T-tttgtttgttactgttggctgtatttgagacatagcaattatgaggataaaaaggtcaattttcaagaaaatatctttcattactttgaaaatatttttaaatcttatttttttaatgttatgttggaagaattaattaaaaatctaagatctcttttacttgtctttattgatc


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blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    A  .        TGTACTC                T A  .    . .    .  AT  .              .  TTAA .    CA    CTGTT C         . .  TGATTACGTA        T GTAA .       GG              .  .   CTGT       .      .  .   . G A .   . . T  A  .  . .  .      .   . .    GTAT   GG   TG    .    .   TTCAT     T  G     AT  .      GTT  .   .  A .  T   .            TGGTTTGTTTGAGAA                       TTT  .  .   .    . .     TAGATA       .      .      G   . CAC A   AATAAAAACCTGTACCCTAAAT                        AT   .     . .  .     C .   TG   .     .     .   GG    AAA   .       .     G      .    .     . .  .     . .       TTT  . .   C   .        .   C       .    A   .     TA    TT  .  A .    . AA       . .   .   TTAA
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTGC                   . C  .    . .    .  .   .              .  TCAA .    .     CTGTT .         . .  ACGC              . .    .       .               .  .   GA         .      .  .   . G . .   . . G  .  .  . .  .      .   . .    T      CA   TG    .    .   CATAC     .  .     T   .      .    .   .  . .  A   .            TTTTATTTATGAA                         .    .  .   .    . .     TTGATA       .      .      .   . .   A   AGTATTTAAAGCCCCCTAGAT                         .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   GG    AA    .       .     G      .    .     . .  .     . .       TTT  . .   .   .        .   .       .    .   .     A     TT  .  . .    . .        . .   .   TTGA
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTCT                   . C  .    . .    .  .   .              .  TTAG .    .     CTGTT .         . .  ACGC              . .    .       .               .  .   AA         .      .  .   . G . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      GG   TG    .    .   CCCAA     .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TGGTGTGTTTGA                          .    .  .   .    . .     TAAATA       .      .      .   . .   A   ATGTGAAAGCCCTCTCAATT                          .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     AC    .       .     G      .    .     . .  .     . .       TTT  . .   .   .        .   .       .    .   .     A     TT  .  . .    . .        . .   .   TTG 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        CTT                    . C  .    . .    .  .   .              .  TGA  .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      GG   C     .    .   CATAT     .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TGGTTT                                .    .  .   .    . .     TTGATA       .      .      .   . .   A   ATTTAAAAGCCCCCTAAAT                           .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     AC    .       .     G      .    .     . .  .     . .       TT   . .   .   .        .   .       .    .   .     G     .   .  . .    . .        . .   .   T   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTT                    . C  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      G    C     .    .   CTGT      .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            ATTGTA                                .    .  .   .    . .     TTGATA       .      .      .   . .   A   ATTTAATGCCCTCTAAAT                            .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     TA    .       .     G      .    .     . .  .     . .       T    . .   .   .        .   .       .    .   .     A     .   .  . .    . .        . .   .   T   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTT                    . C  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      G    C     .    .   TTGT      .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TGGTTT                                .    .  .   .    . .     ATATC        .      .      .   . .   .   TGTAAAGCCCCCTAAACT                            .    .     . .  .     . .   A    .     .     .   .     AA    .       .     A      .    .     . .  .     . .       .    . .   .   .        .   .       .    .   .     A     .   .  . .    . .        . .   .   .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTT                    . C  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  T                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      G    C     .    .   CTCA      .  .     .   .      .    .   .  . .  T   .            AGA                                   .    .  .   .    . .     CTATC        .      .      .   . .   .   ATAAAGCCCCCTAAAAT                             .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     AA    .       .     G      .    .     . .  .     . .       .    . .   .   .        .   .       .    .   .     A     .   .  . .    . .        . .   .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTT                    . C  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      G    A     .    .   CTAT      .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TGA                                   .    .  .   .    . .     TTATC        .      .      .   . .   .   TGTAAAGCCCCCTAAAT                             .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     AC    .       .     A      .    .     . .  .     . .       .    . .   .   .        .   .       .    .   .     G     .   .  . .    . .        . .           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTT                    . T  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      T    C     .    .   CTGT      .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TGA                                   .    .  .   .    . .     TTATC        .      .      .   . .   .   AGTAAAGCCCCCTACAT                             .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     AA    .       .     T      .    .     . .  .     . .       .    . .   .   .        .   .       .    .   .     A     .   .  . .                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTT                    . C  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      G    T     .    .   GTAT      .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TGA                                   .    .  .   .    . .     TTATC        .      .      .   . .   .   AGTAAAGCCCCCTAAAT                             .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     AC    .       .     G      .    .     . .  .     . .       .    . .   .   .        .   .       .    .   .     G     .   .  . .                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTT                    . A  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      C    C     .    .   CCAT      .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TGA                                   .    .  .   .    . .     TTATC        .      .      .   . .   .   AGTTAAGCCTCCTAAAT                             .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     AC    .       .     G      .    .     . .  .     . .       .    . .   .   .        .   .       .    .   .     A     .   .  . .                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTT                    . C  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      G    C     .    .   TTGT      .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TGA                                   .    .  .   .    . .     TTATC        .      .      .   . .   .   GAAAGCCCTTGAAGTCC                             .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     AC    .       .     G      .    .     . .  .     . .       .    . .   .   .        .   .       .    .   .     A     .   .  .                               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTT                    . T  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      C    T     .    .   CTAT      .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TGA                                   .    .  .   .    . .     TTATC        .      .      .   . .   .   TTTAAATATGCTAAAT                              .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     TT    .       .     G      .    .     . .  .     . .       .    . .   .   .        .   .       .    .   .     .     .   .  .                               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTT                    . C  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      A    C     .    .   CCAT      .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TTA                                   .    .  .   .    . .     TTTTC        .      .      .   . .   .   AGTAAAGCCCCCAAAT                              .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     AC    .       .     A      .    .     . .  .     . .       .    . .   .   .        .   .       .    .   .     .                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTT                    . C  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      C    C     .    .   CTAT      .  .     .   .      .    .   .  . .  T   .            TGA                                   .    .  .   .    . .     TTGTC        .      .      .   . .   .   ATTAAAGCCCCCTAAA                              .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     AA    .       .     G      .    .     . .  .     . .       .    . .   .   .        .   .       .    .   .                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTT                    . C  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      C    T     .    .   CTAT      .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TGA                                   .    .  .   .    . .     TTATC        .      .      .   . .   .   AATAAAGCCCCCAAT                               .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     AC    .       .     T      .    .     . .  .     . .       .    . .   .   .        .   .       .                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTT                    . C  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      G    C     .    .   CTAT      .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TGA                                   .    .  .   .    . .     ATAC         .      .      .   . .   .   GGTAAAGCACCTA                                 .    .     . .  .     . .   A    .     .     .   .     AA    .       .     A      .    .     . .  .     . .       .    . .   .   .        .   .       .                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTT                    . T  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  T                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      C    C     .    .   CTTA      .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TGA                                   .    .  .   .    . .     TGTC         .      .      .   . .   .   TTTTTGCAA                                     .    .     . .  .     . .   A    .     .     .   .     AA    .       .     A      .    .     . .  .     . .       .    . .   .   .        .   .       .                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TTT                    . C  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      G    C     .    .   CTGT      .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TGA                                   .    .  .   .    . .     TATA         .      .      .   . .   .   GATTTAAAA                                     .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     AC    .       .     G      .    .     . .  .     . .       .    . .   .                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        TT                     . .  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      C    C     .    .   CTAT      .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TGA                                   .    .  .   .    . .     TTA          .      .      .   . .   .   AATTTAAA                                      .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     AA    .       .     A      .    .     . .  .     . .       .                                                                                               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        .                      . .  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      G    C     .    .   ACA       .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TGA                                   .    .  .   .    . .     TA           .      .      .   . .   .   ATTTGAAT                                      .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     AC    .       .     G      .    .     . .  .                                                                                                               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        .                      . .  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      G    C     .    .   CAC       .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            TG                                    .    .  .   .    . .     TT           .      .      .   . .   .   TTTAAAA                                       .    .     . .  .     . .   T    .     .     .   .     AA    .       .     T      .    .                                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .    .  .        .                      . .  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      A    C     .    .   ATT       .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            T                                     .    .  .   .    . .     TA           .      .      .   . .   .   GGTAAAT                                       .    .     . .  .     . .   .    .     .     .   .     AC    .       .     T      .    .                                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                          .        .                      . .  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      G    C     .    .   ACA       .  .     .   .      .    .   .  . .  A   .            T                                     .    .  .   .    . .     TA           .      .      .   . .   .   TTTGCAT                                       .    .     . .  .     . .   .    .     .     .   .     T     .       .     .                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                   .                      . .  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      G    C     .    .   CTT       .  .     .   .      .    .   .  . .  .   .            .                                     .    .  .   .    . .     C            .      .      .   . .   .   TTTGCAT                                       .    .     . .  .     . .   .    .     .     .   .     A     .       .                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                   .                      . .  .    . .    .  .   .              .  .    .    .     .     .         . .  C                 . .    .       .               .  .   .          .      .  .   . . . .   . . .  .  .  . .  .      .   . .    .      C    C     .    .   AT        .  .     .   .      .    .   .  . .  .   .            .                                     .    .  .   .    . .     C            .      .      .   . .   .                                                      .     . .  .     . .   .    .     .     .   .     C     .       .                                                                                                                                            
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14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|11                         :                                                                                                                                             ATGAT-AAAT-TG--TGCAAATC----T-T------------------------------TA-AA---T----------TCAGT-CTTGA-G--ACA--GCTGTTT-------TGAT--TACGC-------------A-A----T------CC---------------A-AT---T----------C------------TT-C-A-G---AAT-G-CT--TGA-T--A--GATCA--CG-G-ACAA-----AAGG-TG--TGTC---CA--CA-C---AC--A-GT---CAA--A------TA----AGT--tttgaacccattacattgaagcctaccgacacctttttcattaggtgttgtttcaatattaaagggatacaaaaaattaaaccactaggctgtatatcaacatcgtacgtatagtcatgaggttaaaaaaaaccaccagacccaagtttttcttagaaagacatcgttttatgacttttaaaacatttttaaaccttaattattaaatgctttgtaagaataattaataacaaatctatgataactttaattttaaagtttagtgtgtcac
gi|12                         :                                                                                                                                            aATGAA-AAGT-TG--TACAGATT----T-T-----------TAGG-TACA--GGT-C-TATA-AA---T----------TCAGC-CT----A--ACA--G-----T-------TAAT--T------------------------------------------------------------------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-G-CA--TGG-A--A--GAT------------------------G--C-TC---TG--TA-C-T-GT--G-GT---CAA--AA-------------------------C----------AGG---------T----------GGTTTGTTTGAGAA---G----A-AA---C---CA-ATTGCTA---------ATTG-TCATGG-CTAATT---G-ACA--TCT---T----TT--AA---ATATG--------CT-A-------A-A-T--TGG----A---T--CT-T-AT-TTCAA-A-TGA----T-----G----AA---G---GGT---AAA----CAAA----ATG---AAA--GCA-ATATC-T-AA-----G-A------CATTTTG-T--TA--CA--------G-TAA-------G-CTgttttagaacctattccattgataaagtctaccaacgctaccgacaccttttgcattaagatgttgttttcaaattaaaaggtacaaataattaaatcactaggccgtgtatgacatcatagtcatgaggttaaaaataaaaaccagatcaatttcctaagaaagcatctgtattatgacttttggaaaatattttaaaccttaacttataaatgcctacccattgtaagaataatgaataaaaaaatctatgataacttaagtttagtgtgtcac
gi|14                         :                                                                                                   cacattgtgatccttttgcaaacccattcactctatacattaaaattcactccaa--TACAAATT----T-T-----------CAGA-CATA--GGC-C-TAAA-AA---AAAAAAAGAAACCAGT-CT----A--ACA--A-----T-------TAAT--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------T------A--A-GTT-C-A-T---A-TATGCT--T-----------------A-A-ATAA-----AA-G-CG--C-TT---TG--CA-T-T-GT--G-GT---CAA--AAC----TA----AAG--T-G-ATT--G----------AGA---------A----------G------------A---ATTT-A-AA---C---CA-A--G-------------------AT-G-CTAATT---G-ACA--TCA---T----TT--AA---T---GCC----CTCT-A-------A-A-T--TTG----A---TATTT-T-TT-TTCAA-A-TGA--T-T-----TCAACGA---A---GAT---ACA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-T------TATTTTG-T--CC--CT--------G-TAG-------A-CTgtataaacattgcaattatgaaaaagtatatttattacttagaaaacattttaaaattttttttatgttatatgttggaataattgattttaaaatc
gi|15                         :                                                                                                                                             ATGAT-AAATGTG--TACAGATT----T-------------CAGG-TCAG--GTC-C-TATA-A----T----------TTAG--CT----A--ACC--G-----T-------TAAT--T---C-------------ACC----T------CC---------------A-AT---T----------G------A--A-TTT-C-A-T---A---T-CT--TGG-C--A--AGTT---CA-A-GTTC-----AA-G-TT--C-TT---TATTCA-C-T-CA--A-GT---CAA--TAT----TA----AATGAC-ATATA--G----------AGG---------T----------gtacaaacattgcaattatgaggatggaaggcctatttctgagaaagcaacttttatttctttgaaaatattttaaaatcttttaaaaattttgaatgttgtgttggaatataggtctcaacattta
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gi|16                         : aatgataaatgtgtacagatttcaggtcaggtcctataatttagctaaccgttaattcacctccaattgaatttcatatcttggcaagttcaagttcaagttctttattcactcaagtcaatattaaatgacatatagaggtacagtatctataatcatataatataacatagatgaatcaacgtggaTA--GTC-C-CATA-AA---T----------TCAGC-CT----G--ATA--G-----T--------AAT--T---C-------------A-C----A------CA---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-G-CT--TGG-C--A--GATCT--CA-G-AAAA-----AA-G-TG--A-TC---TG--CA-C-T-GT--G-GT---CAA--AAG----TA----GGT--C-A-AAA--C----------AGG---------T---------------------------G----A-AA---C---CA-A--GCCAA-T--A-C--TTG-TCATT--CAAATT---
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TTCAA-A-TTA--T-T-----T----AA---A---GAT---TAA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTTTT-T-AA-----A-A------TATTTTG-T--CAATTT--------A-TAG-------G-CTCTATC---TAGA-----C---A--T-T-Tatttaaagattaacaaaatgaaagcagtttttaaaatattttgtcaatttataggctctatctagacatttcaattatgaggatattaaaaaggtcaatttctgagagagcatcttgtctttttttaatgttaggttggaatatatgattaaaaaaatctatgagcacttttattcatctttatttatcatttattaataagaaaattagagaattttga
gi|19                         :                             tagtcccataaattcagcctgatagtaattcacacaaattaaagttcatatgcttggcagatctcagaaaaaagtgatctgcactgtggtcaaaagtaggtcaaaacaggtgaaaccaagccaatacttgtcaTT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATC-AG---C----------TTAGT-CT----ATAGCA--G-----T-------TAAT--T---T-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--T-GTT-C-A-T---A-A-T-AT--CAG-C--A--GATCA--CA-A-CCAATTTAAAA-G-TG--C-TT---TG--CA-G-T-AT--G-GT---CAA--AAG----TA----GGT--C-T-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---T---CA-A--GCCCC-T--A-TCACTG-TCATTG-CTAATT---G-AC---TCT---A----AT--AA---A---GCC----CCC----------A-A-T---------A---T--TT-T-AT--------------T-T-----T----AA---A---AAT---AAA----CACA----ATG---AAA--GTGCGTATT-T-AT-----G-A------TA---TT-T--CA--CTGCATGCACG-TAG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-A--TA---A--TAT-TTTT-T-------GA-T-TTTATcaattatgaggatattaaaaaggtcaatttctgagagagcatcttgtctttttttaatgttaggttggaatatatgattaaaaaaatctatgagcacttttattcatctttatttatcatttattaataagaaaattagagaattttga
gi|2                          :                                                                                                                                          gatATGAT-AAAT-GG--TACAGATT----TGC-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATG-AAAT-T----------TTAGT-TC----T--ACA--G-----TATCGT--TAAT--T---C-------------A-C----T------C----------------A-AT---TGA--------A------A--A-GTC-A-G-T---A-T---CT--TGG-C--A--G--TA---A-A-GCAA-----AA-T-GG--T-TC---TG--CA-C-C-AT--G-GTG--TAA--TAG----TA----G----T-A-ATA--G----------AGG--------------------------------------------------------------AT-T--A-TCAT-G-TCATTG-CTAA-----G-AC---T----------AT--AA---A---GCC----CCCTAA-------A-A-T--TTG----AT--T--TT-T-AT-TTCAAGA-TAA----T-----T----AA---A---AAT-----A----CAAA----CT----AAA--GCA---TTT-T-AA-----T-A------CA---TG-A--TA--AT--------GATAGTCATAGTG-CTTT-TCATTTAAATA--TC---A--TAT-GTAT-TAA-----AA-T-GTTA--AT-GTGGAATAATTctgatttacaatatttacttttatggacatgtataa
gi|20                         :                                                                                           tcaacccattcactctggtccttgctatgtacattaaaatgtcactctaaACGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CATG-TCTC--GTC----ATA-AA---T----------CCTGT-CT----G--ACA--G-----T-------TAATCAT---CTCCATAGTTTGCAA-C----TGCTGGCCC---------------A-AT---T----------A------A--C-TTG-A-A-T---A-T-G-CT--TGG-C--ACTAA--A--TA-G-ACAA-----GA-G-TG--C-TC---TG--CA-T-T-GT--G-GT---GAG--AAA----TA----GGT--C-A-AAT--C----------ATG---------TTTTATTTATGA------------A---G----A-AA---TGTACA-A--GC------------------------TAATC---G-AC---ATT---C----TT--AA---A---A-------TTT-A-------A-A-T--T------G---T--TT----T-TTCAC-T-TAA--A-T-----T----AAATTA---GGT---AAA----CAAA----ATA---AAA--GCA-GTcgattcaaatattgagacatacaaaggtctcaacaacatcaattcaactggttggaaatttgtaaaaaatatttctttggatatccttcttaattatggacataataacatgctattattagtattt
gi|21                         :                                                                                    atgcttcttcaaccccatacattctgtcacacctgtacaattaacaattcacccaaaATGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATA-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA--G-----C-------TAAT--T---C-------------A-A----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-CT--TGG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA-C-TG--C-TC---TG--CA-C-T-AT--G-GT---CAA--AAG----TA----GGT--C-A-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GCCAT-T--A-TCATTG-TCATTG-CTATTT---G-AC---TCT---AGTATTT--AA---A---GCC----CCCT-A-------G-A-T--TTG----A---T--TT-G-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---A---AAT---ACA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TA---TG-T--CA--CT--------G-CAG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-G--TC---A--T-T-TTTT-T-------AA-T-GTTATGTTAATGGAATAATTtattctg
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gi|25                         :                                                                                                                                                 T-AAAT-TG--TGCAAAT--------------------------------C-C-TTTA-AA---T----------TCAGT-CT----A--ACA--A-----C-------TAAT--T---C-------------A-C----C------AT---------------A-AT---T----------A------A--A-GTC-C-A-T---T-G-T-TT--T---------GATTA--CACA-ACgatgaaattattat
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -A-T---A-T-G-TT--TGA-T--G--GATCA--CA-G-ACAA-----AA-A--G--T-TG---TC--CA-CAT-AC--A-GT---TAAATAAG----TAGTT-GGT--T----TA-------------AGA---------T---------------------------G----A-AA---C---CA-T--TCCATAG--A-TAATTG-CCATccatttctgtactgctggacttccaatatgtttgatggatcacagacaaaaagttgtccacatacagttaaataagtagttggtttaagatgaaaccattccatagataattgccatcttttgcatttaatgttgtttcaaagaaattactggtgtataaaaattaaattactagctttaaggctgtatcagt
gi|26                         :                                          taaattgtgcaaatcctttaaattcagtctaacaactaattcaccataattaaagtccattgttttgattacacaacccatttctgtactgctggacttccaAT-AAAT-TG--TACAG---------------------------------TC-C-TATA-AA---T----------TTAGT-CG----A--ACA--G-----T-------TAAT--C---C-------------A-C----T------CA---------------A-AG---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-CT--TGG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA-C-TG--C-TC---TG--TA-C-T-AT--G-GT---CAA--AAG----TA----GGT--C-A-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---G---CA-A--GC----------CATTG-TCATTG-CTAATT---G-AC---TCT---A----GT--AA---A---GCC----CCCT-A-------C-A-T--TTG----A---T--TT-T-AT-TTCAA-T-TGA--T-T-----T----AA---A---AAT---ACA----CAAA----GTGTCAAAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TA---TG-T--CA--AT--------A-TAG-------G-CTTT-TCA-TTGAA-cttttgcatttaatgttgtttcaaagaaattactggtgtataaaaattaaattactagctttaaggctgtatcagt
gi|27                         :                                                                                                                                                             ACTGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-T-TAAA-AA---T----------TTAGT-CT----A--ATA--A-----T-------TAAT--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTA-C-A-G---G-T-T-CT--TGG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----TA-C-TG--C-T--------CA-----AT--G-GT---TAA--AGG----TA----GGT--T-A-ATA--C----------AGG---------T----------T------------A---G----A-AA---C---GA-A--ACAAT-T--A-TCATTG-TCATTG-CTAATC---G-AC---TCT---A----GT--AA---A---GCC----CCC--A-------A-A-T--TTG----A---A--TT-T-AT-TTCAA-A-TAA--T-C-----A----AA---G---AAT---ACA----CATA----ATG---AA
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --TGA-T--A--GATCA--CG-G-ACAA-----AA-GGTG----TC---CA--CA-A-T--T--G-GT---CAAT-AAG----TT----GGT--TTG-GTT--T----------AGA---------T----------G------------A----------AA---C---CA-T--TCCAT-TGGA-TAATTG-CCATTG-CTAATT---G-ACATTTTT---T----TT-----------GC----------A-------A------TTG----A---------T-ATGTTCAA-A---A----T-----T----AA---A---AGT---TTA----CAAA----A
gi|3                          :                                                                                             gttttgattacgcaacccattgctgtactgcaggacttcgatatggctgTGAT-AAATATT--TGCCGATT----TCT-----------TAGA-TTTA--GTC-T-TATA-AA---T----------TCAGT-CT----A--ACA--G-----T-------TAAT--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-C-T---A-T-T-CT--TGG-C--A--GATCA--CA-G-ACGA-----AA-G-TG--C-TC---TG--CACC-C-AA--G-GT---CAA--AAG----TA----GGT--C-A-GTA--C----------AGGTGGTGTGTTT----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GC----T--A-TAATTG-TCATTG-CGAATT---G-GCA--TAT---G----TG--AA---A---GCC----CTCT-C-------A-ATT--TTG----A---T--TT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---A---GAT---A-A----CGAA----ATG---AAA--G-A-ATCTT-T----------------------TG-T--CA--CT--------G-TGG-------G-CTattaatcactaggccgttataga
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 T--T---C-------------A-C----T------CT---------------G-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-AT--AGG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA-C-TG--C-TC---TG--CA-C-T-AT--G-GT---CAA--AAG----TA----GGT--T-A-ATA--C----------AAG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GCCAT-T--A-TCATTG-TCATTG-CTAACT---G-AC---TCT---A----GT--AA---A---GCC----CCCT-A-------A-A-T--TTG----A---T--TT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---ACTTAAT----CA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----gtaaagactttctttgcaataatgaggacaaacggtttatttccaataaagcgccatttttttacagtacttattaaatacaatattttaagatttttattattttttatgctatgttggaataattgatttaaattctacgatgaattttattaatctatattgatctgtagaaattggaaattttga
gi|31                         :                                                                                                                                              TGAT-AGAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATC-AT---C----------TTAGT-CT----A--GCA--G-----T-------TAAT--T---T-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--T-GTT-C-A-T---A-T-T-CT--TGG-C--A--GATCA--CA-A-CCAA-----AA-G-TG--C-TT---TT--AA-C-T-TA--G-GT---AAA--AAG----TAATTTAGT--C-A-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AC---C---CA-A--GCCAT-T--T-TCATTGCTAATTG-C-A--T---G-GC---TCT---T----TT--CA---A---GCC----CCC
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -A-T---A-T-TTCA--TGG-T--A--A--CG--CA-A-ACAA-----AA-C-TG--C-TC---TG--CA-C-T-GT--G-GT---CAA--AAG----TA----GGT--C-A-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GC----------CATTG-TCATTG-CTAATTTTAA-AC---TCT---C----AT--AACCCC---CCC----CCCC-AAAAAAATA-A-T--TTG----A---T--TT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----A----AA---A---AAT---ACA----C
gi|33                         :                                                                                                                   acgactaattaaaccatgcatttaatATGAT-AAAT-T---TA-AAATTGTACT-C-----------CAAGATATA--------TATA-TAGGGT----------TTAGT-CA----A--ACACAG-----T-------TAAT--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AC---TAA--------A------A--A-GTTCC-A-T---A-T-TGCT--TGG-CCAA--GATCA--CA-G-A-AAGTAT-AA-G-TG--C-T----TG--CACC-T-GTCGG-GT---CAA--AAG----TA----GGT--C-A-TTA--C----------AGcagt
gi|34                         :                                                                                                          tcctgtacatgtcattttctaattcactctaatagATGAC-AAAT-TG--TGCAAAT--------------------------------C-C-TTTA-AA---T----------TCAGT-CTTTAAA--ACA--GCTGTTT-------TGAT--TACGC-------------A-A----T------CCTGTTCTGTACTGTGGG-AT---T----------T------A--A-ATT-CGA-T---A-T-G-CT--TGA-T--A--GATCA--CG-G-ACAA-----AAGG-TG--TGTC---CA--CA-A-C-A---G-GT---CAA--
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aTT-CGA-T---A-T-G-CT--TGA-T--A--GATCA--CG-G-AAAA-----AA-G-----------------------GT--GTGT---CCA--CAA----TA----GGT--C-A-AT---T----------AAG---------T----------G------------GTTTG----A-AC---C---CA-T--TCCAT-TG-A-TAATTA-CCAATG-CTAttttaaaagtggttcgaacctattccattgata
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attacgcaacgcatgcccatactgtgggac----------G------------A---G----A-AA---T---CA-A--GCCAT----A---ATTG-TCTTTG-CTAATT---G------------------------------GCA----CCTT-T-------G-A-T--TTA----A---AA-TT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---A---GAT---AAA----CAAA----ATA---CAA--ACA-GTCTT-T-AA-----C-A------TATT-TG-T--TA--Ccctcacaccttttgcattagctgttgtttgaaaataga
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttgtttgagTTG-TCATTG-CTAATT---G-AC---TCT---A----GT--TA---A---GCC----TCCT-A-------A-A-T--ATA----A---T--TT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-A-----T----AA---A---AAT---ACA----CAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-G-AA-----G-ATACATGTA---TG-T--CA--CT--------G-TAG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-A--Tcttgagacatacaa
gi|4                          :                                                                                                                                             ATGATTAAAG-CA--TACATATT----T-T-----------TAGG-TCTATAGTC-CCTACC-AA---A----------TTAGT-CT----A--ACA--G-----T-------TAAT--TT--C-------------A-T----T------TCT--------------A-AC---T----------A------A--A-GTT-CGA-T---G-C-T-CT--TGGGC--A--AATC---CA-A-CCTA-----AA-A-TGATC-TC---TA--CA-C-T--T--G-GT---CAA--AAGAACGTA----GGTGTC-A-AGAAGC----------AGAAT-------T----------GT-----------A---G----A-AAAC-C---CA-A--GCCAT-T-----------TCATTG-CGAATT---G-AC---TCT---A----TT--AA---A---GCC----CCCT-A-------A-A----TTG----A------TT-T-AT-TTCCA-A-TAA--TGTATTTAT----AA---A---AATA--AAA----CACA----ATT---AAT--GC-----------A-----G-A------TA---TG-T--CA--CT--------G-TAGC------G-CTTT-GCG-TTATT-G--TTCTGA--T-T-TTTTAT-------AATT-GTTATGTT-G-ATAATAATT
gi|41                         :                                                                                                                                           aaATGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TTTA--GTC-C-TATG-AA---T----------TAAGT-CT----A--ACA--T-----T-------TAAT--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-ATTCTGG-C--A--GATCA---A-A-ACAA-----AA-G-TG--C-TC---TG--Ctgattaaatatttgattatgtaaaggtctctaacaaaaccaatcattcatgggatttgtaaaaatattttttggcatcatatttctttggatatataaaaacattatatgatgatatatttgt
gi|42                         :                                                                                                                                             ATGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGGTTCTA--GTC-C-TATG-AA--------------TTAGT-CT----A--ACA--T-----T-------TAAT--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-ATT---A-T-T-CT--TGG-C--A--GATCA--TA-A-ACAA-----AA-G-TG--C-TC---TG--C
gi|43                         :                                                                                                                                             ATGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------TAAG-TCTA--GTC-C-TATG-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA--C-----TC------CAAG--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------T--A-TAT-C-A-T---A-T-T-CT--TTG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----A
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tga---CA-A--GCAAT-A--AATAATTG-TCATTG-CTTATT---G-AC---ATC---A----TT---------------------T-G-------A-A-T--TTA----A---T--TT-T-AT-TTCAA-A-CGA--A-G-----C----AA---A---GGT---AAA----CAAA----ATA---ACA--GCG-GTCTTAT-AA-------A------TA---T
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ------------A---G----A-AA---C---TA-A--GCCAT----A---ATTG-TCATTG-CAGATT---GAAC---TCT---T----TT--AA---A---A--------------------------TTG----A---T--TT-T-AT-TTCAA-A-TGA--A-T-----T----AT---A---GGTCAAAAA----CAAA----At
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gttaccttaaga---T--TT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---A---AAT---AAA----CACA----ACA---AAA--GCA-GTCTT-T-AA-----G-A------TA---TT-T--CA--CT--------G-TGG-------C-CTTT-TCA-TTAAA-A--TCTT-A--T-T-TT
gi|5                          :                                                                                                                                            gATGAT-AAAG-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATA-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA--A-----T-------TAAT--T---C-------------A-C----T------CC---------------A-AT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T---A-T-T-CT--TGG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA-C-TG--C-TC---TG-------------------------------------------C-A-ATA--C----------AGG---------T----------G------------A---T----A----------CA-A--GCCAT-T--A--------TTATTG-CTAATT---G-AC---TCT---G----G----------------------T-A-------A-A-T--TTG----A---T--TT-T-AT-TTCTA-G-TGA--T-T-----T----AA---A---AAT---ACACATTCAAA----ATG---AAA--GCA-GTCTT-T-AG-----G-A------TA---TG-T--CG--CT--------G-TTG-------G-CTTT-TCA-TTAAA-ATCTC---A--T-T-TTTT-TTAAAAAAAA-T-GTTATGT---TGGAATAATT
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tcccgttcccgctggcactcctgtacattataattcactcat---A---AGT---AAA----CAAA----ATA---ATA--GCA-ATCTT-T-AG-----G-A------TATTTTG-T--TAC-CT--------G--AG-------A-C--T-ACA-TT----G--TC---A--T-T-TTgattaaattaataatcatgtaattatctccacaaaaatcaaatcatatttcttggcatcatacttttatagacatattaaaaacattttaatattgatatttt
gi|51                         :                                                                                                                                             ATGAT-ATAT-CA--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATA-AA---T----------TTAGT-CT----A--ACA--G-----T-------TAAT--T---C-------------A-C----T------CC---------------aagga
gi|52                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               a-T-AT--G-CT---CAA--AAG----TA----GGT--C-A-ATA--CTGTATTATACAGG---------T----------G------------A---G----A-AA---C---CA-A--GCCAT-T--G-TCATT
gi|6                          :                                                                                                                                             ATGAT-AAAT-TGGTTACAGATT----T-TTGTACAGATTTCAGG-TTAG--GTCGC-TTAA-AA---T----------TCAGT-C--------A-A--G-----T-------TAAT--T---C---------------C----T------CTGG-------------A-CT---T----------A------A--A-GTT-C-A-T-----T-T-AT--AGG-C--A--GATCA--CA-A-TCAA-----AC---TG----TC---TG--CA-CAT-AT--G-GT----AA--AAG----TA----G-T--T-A-ATA--C----------AAG---------T----------G------------A---G----A-AA---G---CA----GCCAT-T--A-TCATTG-TCATTG-CTAATT---G-AC---TCT---T----GT--AA---A---GCC----CCCT-A-------A-ACT--TTG----A---T--TT-TAAT-TTCAA-A-TGG--T-A-----T----AA---A---AAT----TA----CAAA----ATG----AA--GCA-GTCTT-TAAA-----G-A------TA---TG-T--CA---T--------G-TAG-------G-CTTTATCA-TT-AA-A--TCTT-A--T-T-TTTT-T-------AA-TAGTTATGTT-G-GGAATAATT
gi|7                          :                                                                                                                                             ATGAT-AAAT-TG--TGCA-----------------------------TA---TC-C-TTTA-TA---T----------TCAGT-CTTCAAA--ACA--G-----C-------TGAT--T---TGATTACGTA----A-C----C------CC---------------A-TTCTGT----------ACTGTGGG--A-CTT-CGA-T---A-T-G-CT--TGA-T--A--GATCA--CG-G-ACAA-----AA-G-----------------------GT--GTGT---CCA--CAA----CA----GGT--C-A-AT---T----------AAG---------T----------G----------------GTTTTA-AC---C---CA-T--TCCAT-TG-A-TAATTA-TCAACG-ATACCT---G-AC---------------------------ACC----TTTT-G-------C-A-T--TAG----A---T--GT-T-GT-TTC---A-TTA----T-----T----AA---AGG-GAT---ACA----AAAA----ATT---AAA--TCA-gatgaaattatatcattttaaaaatcatggagttgttgaaatattctttggcatcatattaatggattattaaaaacattttatgaattgatattttg
gi|8                          :                                                                                                                                             aTGAT-AAAT-TG--TACAGATT----T-T-----------CAGG-TCTA--GTC-C-TATC-AG---T----------TTAGT-CT----A--A-A--G-----T-------TAAT--T---C-------------A-C----T------CC----------------------------------------------TT-C---------T-T-CC--TGG-C--A--GATCA--CA-A-ACAA-----AA-C-TA--C-TC---TG--CA-C-T-AT--G-GT---CAG--AAG----TA----GGT--CAA-AAA--C----------AGA---------T----------GGTTTGTTTGAGAA---G----A-AA---C---CA-A--GCCA--T--A---ATTG-TAGTTG-CTAATA---G-ACA--CCT---C----TG--AA---A---GCC----CTTG-A-------A-G-TCCCTA----A---A--TT-T-AT-TTCAA-A-TGA--T-T-----T----AA---A---GAT---AAA----CAAA----ctaggctgtatatcgacatcgtagtcatgaggttaaaaaaaaaaaaacccagaccaatttcctagaaagcatcttttatgactttgaaaacatttttaaaaccttaattaataaatgctttggaagaatatttgataaaaatctgtgatgactttaattttaagtttagtgtgtcac
gi|9                          :                                                                                                                                              TGAT-GAAT-TG--TGCAAAT--------------------------------C-C-TTTA-AA---T----------TTAGT-CTTTAGA--ACA--GCTGTTT-------TGAT--T-----------------A-CGTAAT------CC---------------A-TT---TCTGTACTGTGG------G--A-CTT-C-AAT---A-T-G-CT--TGA-T--A--GATCA--CG-G-ACAAT----AG-G-TG--T-----------------------GT---CCA--CAA----CA----GGT--C-A-AT---T----------AAG---------T----------G------------GTTTG----A-AC---C---CA-T--TCCAT-TG-A-TAATTA-CCAATG-CTACCT---G-AC---------------------------ACC----TTTT-G-------C-A-T--TAG----A---T--GT-T-GT-TTCAA-A---A----T-----T----AA---AGG-GAT---ACA----AAAA----ATT---AAA--TCA---CT-------------------------TG-G--CA------------G-TAG-------G-CTGT-ATA-TCGAC-A--TC---A--T-tttgtttgttactgttggctgtatttgagacatagcaattatgaggataaaaaggtcaattttcaagaaaatatctttcattactttgaaaatatttttaaatcttatttttttaatgttatgttggaagaattaattaaaaatctaagatctcttttacttgtctttattgatc
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATGAATGAATTGTGCAAATCCTTTATATACATCTTTCAAAACAGCTGTTTTGATTACGTAACCCATTCGTAACGTGGGACTTGATAGATCACGGGACAAAGGTGGTGTCCACAACAGGTCAATTAAGTGGTTTGAACCATTACATTGAAGCCTACCGACACCTTTTCATTAGGTGTTGTTTCAATATTAAAGGGAACTACAAAAATTAAACCACTAGGCTGTATATCAACCATGTACGTATAGTCATGAGGTTAAAAAAATACCAACCAGACCAATTTCCTAGAAAACATCATTTATGACTTTTTAAAACATTTTTCAAACTTTAAATTATTAAATGCTTTGAAGAATAATAATAACAAATCTATGATAACTTAATTTTAAGTTTAGTGTGT
Unaligned ( gi|17 ): AATGATAATTTGTGCAAATCCTTTATAACAGCTGTTTTGATTACGTAACCCAATTCTGTACTGTGGACTTCAATATGCTTGATAGATCAAAGGTGCAGGTGTGTCCGCAACAGGTCAATTAAGTAGTTTGAACCCATTCCATTGATAATTATCAAAGCTACTTGACACCTTTTGCAGTAGATGTTGTTTCAATATTAAAGGGATACAAAAAATTAGATCACTTGGCTGTATATCTACATCATAGTCATGAGGTTAAAAAAAAAACAGACCAATTTCCTAGGAAGCATCTTTTATGACTTTGAAAACATTTTTAAAACCTTAATTATTTAAATGCTTTGTAAGAATAATTATG
Unaligned ( gi|18 ): ATAATTCCTATCTAAGCCTGACACAAAATTACTTTGCATTTGTAGTTGTTGTTTCAACAATTAATAAAGGGATTACATAAAATATAAAATCATCTAGGTCGTGTTATATCAGTACAGTCGTTAGTTCTATGATGATGAGGTGGATATAAAATACAAATATCAAATAACAGACCTCATTTTCCTAGAAAGCGCCACTCTTTATGACTTTGAATAACATTTTTTTTAAAAACCTTAATTATTTTAATAATGCTTTGTAAGTAATAATTTTAGGATATAAAATAATTCTTTCACCTGGTGAAATATTAATTTTAAGATTAAAGTTGTGTCAC
Unaligned ( gi|28 ): TTTGCATTAGATGTTGTTTCAAAATTAAAATGATACGAAAAATTAAATCACTAGGCTGTATATCGACATCATAGTCATGAGGTTAAAAAAAAAACCCAGACCAATTTCCTAGAAAGCATCTTTTATGACTTTGAAAACATTTTTAAAACCTTAATTATTAAGAATAATTAATAAAAATCTATGATAACTTTAATTTTAAGTGTAGTGTGTCAC
Unaligned ( gi|35 ): TAAAGATACTTTTTAAGTAGACCCCAAATCTGTAGCTGCACAGAAATTCATAATTACATGTAATGTTCTAGTTTCCATGAAGCGAACCTTTTATAGATATATTACTTGAAAATCGTTTTTAAAAAAATTCTTAAATTTTTCAAAAGTTACATTAGATAATTTATGA
Unaligned ( gi|39 ): GAGGATAACCAGCACCAATTTCCTAAAAGCAATTTTTTTTTTACTTGAAAATCATTTAAATGCTTTGGAAGGTAATTGATAAAAAAAAAATATGATAATTTGAATTGTAAGTTTAGTGGTGTCAC
Unaligned ( gi|40 ): AGCAATTATGAGGTCAATTTCCAAGAAAACATCTTTTATTACTTTAAAAATATTTTTTTAAATCTGATATTTATGATGCTATGTTGCAGTAATCTAAGATCTCTTTTACTTATCTTTATTGATC
Unaligned ( gi|45 ): ATGATAAATTGTGCAAATCTTTAATTAGTCTTCAAACAGCTGTTTTGATTGACGCAGTCCATTCTGTTATCTGTGGGACTTCGATATGCTTGATAGA
Unaligned ( gi|47 ): AAAAATTAAATCACTAGGCCCTATAGACACCGTAAATATATGTATGTGTAATCATGAGGATAAACAGACCAAATTCCTAGAAAGCATCTTT
Unaligned ( gi|49 ): TAGAAAGCATATTCTTTGACTTTGAAAACGTTTTTAAAACCTTAATTATCAAATGCTTTGTAAGAATAGTTAATA
Unaligned ( gi|53 ): AAAAGTCCAGTTTCCTAGAAAGCTTCTTACATGACTTTGAAAACCTTTTT
Unaligned ( gi|54 ): ACTTTTATGGACATGTATAAAAACATTTTATAATTGATATTTTGT
Unaligned ( gi|55 ): ATACTGTGATATGTTCAACATACACAAATTGCAGCATTTT
Unaligned ( gi|56 ): TCTTTAGAACAGCTGTTTTGATTACGCAAT