lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222222222222 1 22222 1111111 1111111 11 1 4444444444444444444444444444444444444444444444 1 11111111111111111 1 111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111 33333333333333333 33333333333333333333333333333333333333 111111111 11 111 11111111
lowQualScore : 7 2 0 7 2222222222222 2 2 6 3 0 3 3 2 99999 44 6666666 1111111 3 3 3 33 5 2 2 2 88 5555 88888888 444 2 7777777777777777777777777777777777777777777777 5 11111111111111111 44 2 2 8 777 4444 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777777777 222222222222 777777777 33333333333333333 22 1 5 22 3333 44444 3333 77777777777777777777777777777777777777 000000000 77 2 333 2 2 55555555 2 44 555 777
lowQualScore : . . . . ............. . . . . . . . . ..... .. ....... ....... . . . .. . . . . .. .... ........ ... . .............................................. . ................. .. . . . ... .... .. ........................................................... ......... ............ ......... ................. .. . . .. .... ..... .... ...................................... ......... .. . ... . . ........ . .. ... ...
lowQualScore : 0 0 3 3 4444444444444 9 9 3 3 2 1 1 8 33333 44 0000000 7777777 1 1 7 99 7 9 9 9 33 7777 22222222 444 9 0000000000000000000000000000000000000000000000 8 33333333333333333 88 0 0 8 888 5555 22 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333333 666666666666 666666666 44444444444444444 55 7 7 44 7777 00000 9999 77777777777777777777777777777777777777 777777777 11 7 555 7 7 11111111 9 22 888 888
consensus : TAATATTCATAGTCTTGATGAAATTACGG--------CGATTTTGAT-TGG-CTGAAAAAT-TCGT-TT-GATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGANTTCATGTTGTG-TAT---TG--ATACG--T-CGTATG-AAT-TTGAAACT--C-A-AA-TCAT-AT-CATGTT----TTA--TTA---TTT--AAACTCA-AT--T-TT----T-T-TTTAA-CTCA--ATGT-TT-AAATAA-TTAAATGATAAGGAATGAATT-----CA----------TTAT--T-T-TT-TCGTTGG--ATGGA----GG--TA--C--------------CA------C-C------AC--------N-------ACCC-C-TGGA---------A------------A-----ACTTTGCATCATGCG----C---TAC---GC-GCA-ATGATG--C----A--GT-TT----TCCGGG-TTGTTTT--T--TT--T----T---TTTC---GTGG---------TAT-A-CCNC-CATCCAACGAA-A-A--A---A-AA-A--AAT-T-AT---TTATC
Reference ( gi|2 ) : TAAAATCCATAGTCTTGATGGAATTGCAG--------CGATTTTGAT-TGG-CTGAATAAT-TTGT-TT-GATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGGATTTATGTTGTG-TAT---TT--ATACA--T-CGTATG-AAT-TTAAAACT--C-A-AA-TCAT-AT-GATATT----TTA--TCA---TTT--AAAGTCA-ATGGTTTT----T-T-TTTAA-CTCA--ATGTATTGAAATAA-TTAAATGATTAGGAATAAATT-----CA----------TTAT--T-T-TTGTCGTTGG--CTGGA----GG--TA--C--------------CA------C-C------AC--------C-------ACCCGCTTGGA---------A------------A-----ACTTTGCATCATATG----C---CAC---GC-GCA-ATAATG--C----A--GT-TT----TCCAGG-TTGTTTT--T--TT--T----T---TCTC---GTGG---------TAA-A-CCAT-CATCCAACGAA-A-A--A---A-AA-A--AAT-T-AT---TTATC
gi|7 : TAATATTCATAGCCTTGATGAAATTACAG--------TGATTCTGAT-TGG-TTGAAAAAT-TTGT-TT-GATTTCTGCATGAAAGAAAATCTGATTTTGACTTCATGTT-TA--AT---TTTGATACA--T-GGTACG-AAT-GGAAAACT--C-A-AA-TAAT-AT-CATGTT----TTA--TTG---TTC--AA-------------------------AA-C-----ATGTAT----ATGA-T---AT-----GGAATAAATT-----TA----------TTAT--T-T-AT-TCATTGA--ATGCA----TG--TA-----------------TA------C-C------AA--------A-------A---AATTAGA---------A------------A-----ACTGTGCAT--------------------GT-GCA-ATGAAG--C----A--GA-TT----TCCAGG-----TTT--T--TT--T----T---TCAC----TGA---------CAT-A-CCTC-CATCCAATGAA-A-ATTA---A-GA-A--GAT-T-CT---CTATC
gi|3 : tTAATATTCATTGTATTGATGAAACGATGG--------CAATTTTGAT-TGG-CTGAAACAT-TCTT-TT-GATTTCCGTATCAAAGAAAACCTGATT------------------------T--ACAGG--T-TGTATG-AAA-TTAAA-CT--C-A-AA-TCAT-AT-CATGTT----TTA--TTA---TTT--GAACTCA-ATG-----------T-TTTA----------------AAATAT-TTAAATGATAAGGAATGAATT-----TA----------TTAT--T-T-TT-TCATTGG--ATGGA----GG--TA-----------------TA------C-C------A------------------------TGAA---------AAACAAAAATGATA-----ACTGTGTTTCATACG----T---TAC---TC-CCA-ATGATG--C----A--GT-TT----TGCAGGTTTGTTTT--TCATT--T----T---Tat
gi|1 : TAATATTCATAGTCTTGAT---------------------------T-TCG-CTGAAAAAT-TCAT-TT-GATTTCTGCATCAAAGAAAACTCGATCCTG-ACTCATGTTGTG-TAT---TG--GTACA--T-CATATG-AAT-TTGAAAC----------TCAT-AT-CATGTT----TTA--TTT---TCT--ACACTCA-ATG--------------TTAA-TT----ATAT----AAATGA-TAAAATG-TAAGGAATAAATT-----CA----------TCAT--T-T-T--TTATTGG--ATAGA----GG--CA--gggattggttttttttttttttgtgctgtatctccatcctatgaaaaaaataacgaattcattccttgt
gi|14 : cattATTCATTGTCTTGATGAAATTATGG--------GGATTATGAT-TGA-CTGAATTTT-TTTT-TTTGATTTCTGCATCAAAGACAACCTTATTTTGATTTCATGTTGTG-TAT---TG--ATAGG--T-TGTATG-AAT-TTGAAACT--CAA-AA-TCAT-GTCGA-GTT----TTA--TTA---TTC--AAACTCA-Atatcataaaaaaagtgcataaaactcttcatcatgcactaccngctcaggtgagctaaaaaagtgcggaaaactcttcatcatgcactacgtgaaatgatgcagttttctagggtttacttttcataataatacctccatccaacgaaaaaaatatgaattcattctttaa
gi|4 : cTTCACAGCCTTGGAAAAATTACGG--------CGATTTCGAT-TGG-CTGGA-AAT-TTCTGTT-GATTTCTGAATCAAAGCTAACTGGATTTCGACTTCATGTTGTG-AAT---TG--ATACG--T-CGTATA-AGT-TTGAAACT--C-A-AA-CCAT-AT---TATT----CAAACTCA---TTagt
gi|15 : TCCATGGTCTTGATGCAATTACGA--------TGACTTTGAT-TGA-CTGAAAAAT-TCGT-TT-GATT-----------GAAAACCTGATTTTG--------------------------ACA--T------------TCAAA-TT--C-A-AA-TCAC-AT-CATGTT----TTA--TTA---TTT--ACACTAA-AT-GTTTTAACAT-A-TTTAA-CCCgttttgaaatatttaaaagttattaaacccaatccctcaacccccgggttaataatatggaggtataacatgaagaaagataaccggaaaattttgcatcatgagctgcgcaccaagatccaggtttcagtggtgtgatttgggggtggggtggggggggtggtataccaccatccagcgaaaaatataataaattcata
gi|10 : atcatttaattTCTATAG-CGTAATAAAATTACAGAG------CAATTTTGTTCTGG-CTGAA-AAT-TTGT-TT--ATTTCTGCATCAAAGAAAACTCTATTGTAGAAACGCATTGTGTTAT---TG--ACAGAGTT-CATAAG-AAT-TT-GCACT--C-GCAA-TCATCAT-CACACT----TTccccccctcccaaaa
gi|27 : ccattaatgtTTCATTGTCTTGATGAAATTACAGCAGTACGACGATTTTGAT-TGG-CCAAAtacgaagaataaatttgtattttgttgttggatgaggtataactcctatctttaaaaaaacaaaaa
gi|5 : tcatttaattACAGTTGTGATGAAATTATGG--------TAATTTTGAT-TGA-CTGAAAAAT-TCAT-TT-GATTTCTGCATAAAAGAAAAC-TGATTTTG--------TTGTG-TAT---TG--ATATG--T-CCTATG-AAT-TTGAAATT--C-A-TA-TCAT-AT-CATGTT----TTA--TTA---TCT--AAACTCA-AT-GTTT------------------------TATT---ATAT-TTAAATGATGAGGAATAAATT-----CAATGACATACTTTAT--T-T-TTGT---------TGGACATTGG--TA-----------------TA------C-C------A--------------------TG--TAGAAAAAAAGAGA------------A-----ACTTTGCATCATGCA----C---TAT---GA-TCA-ATAATG--C----A--GT-TT-------A----TATTTT--T----------------------ATGG---------TTT-A-CCTC-TATCCAACAAC-A-A--C---A-AA-A--AAT-G-AT---ag
gi|30 : taagtatttatATAGTCTTGATGAAATTACGG--------TGATTTTGAA-TGG-CTGAAaaaattcattcctt
gi|6 : tttgatattgGTCTTAATGAAGTTCCGG--------TGATTTTGAT-TGG-TTGAAAAAT-ATGT-TT-GATTTCCACATCAAAGAAAACCGGATTTTGATTTCATGCTGTG-TATACGTC--ATATA--TGGGTTTGAAAT-ATAAAAATGGC-G-AA------GT-AACAAT----GTA--TC----------AACTCATATAATGCT----T-C-ATTAA-CTCA--ATGT-TTAAAAAAAGCTAAATGATACAGAATATATT-----TA----------TAAT--C-T-T--TCGTTGG--ATGGA----aa
gi|8 : tatcattcaatattggtcTCTTGATGAAATTGCTC--------TGATTTTGAT-T---------AAT-TTG------ATTTCTGCAT-AAAATAAACTTTATTTTA-ATTTACGTCGTG-TAT---TG--ACATG--T-CGCATG-AAT-TTTAAACT--G-A-AA-GCGT-GT-CATATT----TTA--ATA---TTA--ACACTCG-A-----------C-C-TTTAA----A--AT-TGT---------TTAAATGATAAAAAATAAATT------A----------TTTTCAT-T-TTCTCGTTGG--ATGAT----GG--TA-----------------TA------C-C------ACGAAA----A-------ACCC----AGA---------A------------A-----ATATTGAATCATGCA----CTTACAC---GC-GC---T------------------------------TTGTTTTGCT--TT--T----T---AACC---G-GA---------TAT-A-CC-C-CATCCAACGAA-A-A--C---A-TA-ATGAAT-T-taaatacattgtacccttgaacataaaaatctcggaaaacctccgtcatgaaaatttcgaaaaactttctatcatgcgttgaacgcaatgatgcagt
gi|16 : aatttgatattcaagcTCTTGATGAAATTATGGGGA-----TGATTTAGAT-TGATCTGATTT-T-TTTT-TT-GATTTCTGCATCAAA-ACAACCTTATTTTGATTTCATGTTGTG-TAT---TG--ATA-G--T-TGTATG-AAT-TTGAAACT--CAA-AA-TCAT-GTCG--ATT----TTA--TTA---TTC--AAACTCA-A
gi|18 : ttTCTTAACGAAATTACAG--------TGATTT-GAT-TGG-CTGAAAAAAATTGT-TT-GATTTCTGCATGAAAGAAAACCTTACTTTGAATTCATGTCGTG-TAT---TG--ATACG--T-agt
gi|9 : GT-TT-GATTTCTGCATTAAAGAAATCCTGATTTTGATTTCTTGTTG-----------------------G---G-AGTGTTGAAA-T--C-A-AA-TGAT-AC-CATGTT---------------------ACG-CA-AT-----T----A-T-TTAAA-CTCA--ATGTTTTAGAATAT-ATAAATGATAAGGAATGA--------------------TT-T--T-T-TTTTCGATGG--GTTGA----GGTATA--CCATGATTCTAAAAACA------CAC------AC--------CCAAAC--ACCCCCATC-----------ATCCC--------A-----ACTCTGCTTTATGCA----C---TAA---CC-ACA-ATAATG--CATGCA--GT-TT----TCCGGG---GTTTT--T--TT--T----T---Tacaaaaaggcgaagttaacattg
gi|26 : aGTTATG-TAT---TG--ATACG----CGTATG-ATT-CGAAACCT--C-A-AAATTAT-AT-CGTGCA----TTA--TCA---TTT--ggtgg
gi|20 : tcaAACT--C-A-AA-TCAT-AT-CGTACTTAACTTA--TTACTGTTT--AAACTCA-------------T-T-TTTAA----A--A------AAAAAAATTTAAATGATAAGGAATAAATT-----CA----------TC-T--T-T-TCTTCGTTGA--ATGGcataacatcaa
gi|11 : ATT----TTA---CA---TTTCTGACCTTA-A--GTTTTA---T-TATTTAAACTCA--ATGCTTT---ACAA---AAATTATAAGAAATAGATT-----TA----------TTATA-T-T-TTGT--TTGA---TGGA----GG--TA--T---------------A------C-C------AG--------GGGAAAAAACCC---TGGA---------A------------A------TTTTGCATCATGTG----C---AAC---AC-GCA-ATGATG--C----A---T-CT----TCCAGG-TTTTT
gi|13 : gagctTTTT----TAT-TTTA---TCATTATTTTTTCTAATA--TTAAA-GATGAAGAATAGATT-----TA----------T-AT--TAT-TTGTTTTGGG--ATGGA----AA--AA--T--------------C-------C-C------ATGAAAAAA-T-------ATC-----GGA---------A------------A-----ACGTTGCATCATGCG----C---TAT---GT-GCA-ATGATG--C----A--GT-TT----TCC-----TCTCTC--T--TT--T----T---Ttttactgacctcaataccaataataaa
gi|22 : ttAAATGACAAGGAATTAATT-----AA----------TTAT--T-T-TT-TCGGTGG--ATGGA----GGTATA--C--------------CATGAACCC-C------CC--------C-------CCCCCCTTAAA---------A------------A-----Agattttggcatgatctttt
gi|7 : ATGATAGAGAATC--TT-----C-----------TTAA--T-T-TT--CATTGG--ATGGA----GG--TA--TGT------------CA------G-TGAAAAAAA--------A-------ACC----TGGA---------A------------A-------TCTGCTTCAT-TG----C----AC---AT-GCA---------C----A--GT-TT----TCTA-----ATTTT--T-----------------------TGG---------TAT-A--CATGCATTCAATGAATA-A--A---T-AA-T--AA----AT---TTATacccaaaccaaacaaacacga
gi|12 : ttaatattcatagccttgatgaaattacagtgattctgattggttgaaaaatttgtttgatttctgcatgaaagaaaatctgattttgacttcatgtttaattttgatacatggtacgaatggaaaactcaaataatatcatgttttattgttcaaaacatgtatatgatatggaATAAGGAATGAATT-----TA----------GTAT--T-T-TTTTCATTGGGAC-GAA----GA--TA-----------------CA------C-C------AT--------C-------
gi|25 : aTCAGGAATAAATT-----TA----------TTAT--T-T-TT-TCGTTGA--ATGGA----TGAATG--T--------------TA------T-C------AC--------A-------AAAGAC--GGA---------A------------A-----AC--TGCATCATggagaagaatggaaagaacgaacaaagatgaaagttttttttgtttttctttttgaaactttggtttttgtttttttaaagataggagttatacctcatccaacaacaaaatacaaatttattcttcgt
gi|3 : tcaAGGAATGAATT-----CG----------TTAT--T-T-TTTTCATAGG--ATGGA----GA--TA--C--------------
gi|5 : taatattcattgtattgatgaaacgatggcaattttgattggctgaaacattcttttgatttccgtatcaaagaaaacctgatttacaggttgtatgaaattaaactcaaatcatatcatgttttattatttgaactcaatgttttaaaatatttaaatgataaggaatgaatttattattttttcattggatggaggtataccatgaaaaacaaaaatgataactgtgtttcatacgttactcccaatgatgcagttttgcaggtttgtttttcatttttgggattggttttttttttttttgtgctAGGAATGAATTTTAATCA----------TTTT--T-TGTTGTTGTTGG--ATAGA----GG--TA------------------A---------------AC--------C-------A------TAAA---------A------------ATATAAACT--GCATTAT-TGA---T---CATA--GT-GCA--TGATG--C----A--A-----------AGT-TTCTCTT--T--TT--T----T---CTAC---ATGG---------TAT-A-CCAA-TGTCCAACAAA-A-A--T---A-AA-tgt
gi|1 : taagtatttatacagttgtgatgaaattatggtaattttgattgactgaaaaattcatttgatttctgcataaaagaaaactgattttgttgtgtattgatatgtcctatgaatttgaaattcatatcatatcatgttttattatctaaactcaatgttttattatatttaaatgatgaggaataaattcaatgacatacAAGAATGAATT-----CA----------T-AT--T-T-TTTTCGTTGG--ATGGA----GG--TA--T--------------TA------T-T------ATGAAAAGTAA-------ACCC---TAGA---------A------------A-----AC--TGCATCATTT---------CACGTAGT-GC--ATGATGAAG----A--GT-TT----TCCt
gi|31 : catttaatattcatagtcttgatttcgctgaaaaattcatttgatttctgcatcaaagaaaactcgatcctgactcatgttgtgtattggtacatcatatgaatttgaaactcatatcatgttttattttctacactcaatgttaattatataaatgataaaatgtaaggaataaattcatcattttttattggatagaggcatatcataaaaaaagtgcataaaactcttcatcatgcactaccngctcaggtgagctaaaaaagtgcAAGAATGAATT-----TA----------TTAG--T-T-TT-TCGTTGG--ATGGA----GG--TATGC--------------CA------C-taa
gi|4 : taATGAATT-----TA----------TTAT--A-T-TTTTCGCTGG--ATGGT----GG--TATAC--------------CA------C-C-------C--------C-------CCCCAC
gi|8 : ttcacagccttggaaaaattacggcgatttcgattggctggaaatttctgttgatttctgaatcaaagctaactggatttcgacttcatgttgtgaattgatacgtcgtataagtttgaaactcaaaccatattattcaaactcattgttttgaaatatttaaaagttattaaacccaatccctcaacccccgggttaataatatggaggtataacatgaagaaagataaccggaaaattttgcatcatgagctgcgcaccaagatccaggtttcagtggtgtgatttgggggtgggAATT-----CA----------TTAT--G-T-TT-TCGTTGG--ATGG-----GG--TA--T-------------------------------------------------ATCCGGTTAAA---------A------------A----------GCAAAACAAA----G---CGC---GT-GTA-A--GTG--C----A--TG-AT----TCAA----TATTTT--C--TGGGT----T---TTTC---GTGG---------TAT-A-CCAT-CATCCAACGAG-A-A--A---ATGA-A--AAT-A-AT---TTATa
gi|17 : aatttgatattcaagctcttgatgaaattgctctgattttgattaatttgatttctgcataaaataaactttattttaatttacgtcgtgtattgacatgtcgcatgaattttaaactgaaagcgtgtcatattttaatattaacactcgacctttaaaattgtttaaatgataaaaa------AC--------C-------CCCTCCCCGGA---------A------------A-----ACCTTGCATC----G----C---TTC---GT-TCA-ATGATA--C----A--AT-TT----TCCGTT-TTGTTTT--T--TC--T----TTTATTTCAGTATGG---------TAT-A-CCTT-CATTCAACAAA-T-A--T---A-AT-A--AAT-T-
gi|3 : aggtataccaaaatCCTGCA---------A------------A-----ACT--GCATCAT-TGGGAGT---AAC---GT-ATG-A-AACA--C----A--GT-TA----TC-------ATTTT--T--GT--T----T---T-TC---ATGG---------TAT-A-CCTC-CATCCAATGAA-A-A--A---ATAATA--AAT-TCATTCCTTATC
gi|11 : taatattcattgtattgatgaaacgatggcaattttgattggctgaaacattcttttgatttccgtatcaaagaaaacctgatttacaggttgtatgaaattaaactcaaatcatatcatgttttattatttgaactcaatgttttaaaatatttaaatCCTGGA---------A------------G-----A---TGCATCAT-TG----C----GT---GTTGCACATGATG--C----A--AAATT----TCCAGG---GTTTT--T---------------TCCC---CTGG---------TAT-A-CCTC-CATCAAACAAA-ATA--T---A-AT-A--AATCT-AT---TTtttgtttttcatttttgggattggttttttttttttttgtgctgtatctccatcctatgaaaaaaataacgaattcattccttgt
gi|6 : gagctaaaaaTCGAA---------A------------A-----ACTTTCTATCATGCG----T---TGA---AC-GCA-ATGATG--C----A--GT-cttataatttttgtaaagcattgagtttaaataataaaacttaaggtcagaaatgtaaaattttactgacctcaataccaataataaa
gi|1 : tatcattcaatattggtcgtcttaatgaagttccggtgattttgattggttgaaaaatatgtttgatttccacatcaaagaaaaccggattttgatttcatgctgtgtatacgtcatatatgggtttgaaatataaaaatggcgaagtaacaatgtatcaactcatataatgcttcattaactcaatgtttaaaaaaagctaaatgatacagaatatatttataatctttcgttggatggataaatacattgtacccttgaacataaaaatctcggaaaacctccgtcatgaaaattGGA---------A------------A-----ACTCTTCATCATGCA----C---TAC---GT-GAA-ATGATG--C----A--GT-TT----TCTAGG---GTTTA--C--TT--T----------TC---ATAA---------TAATA-CCTC-CATCCAACGAA-A-A--A---A-A
gi|4 : catttaatattcatagtcttgatttcgctgaaaaattcatttgatttctgcatcaaagaaaactcgatcctgactcatgttgtgtattggtacatcatatgaatttgaaactcatatcatgttttattttctacactcaatgttaattatataaatgataaaatgtaaggaataaattcatcattttttattggatagaggcatatcataaaaaaagtgcataaaactcttcatcatgcactaccngctcaggtgagctaaaaaagtgcGGA---------A------------A-----ATTTTGCATCATGAG----C---TGC---GC-ACC-AAGATC--C----A--GG-TT----TC--AG-TGGTGTG--A--TT--TGGGGG---TGGG---GTGGGGGGGGTGGTAT-A-CCAC-CATCCAGCGAA-A-A--ATATA-AT-A--AAT-T-tatgaattcattctttaa
gi|21 : ttcacagccttggaaaaattacggcgatttcgattggctggaaatttctgttgatttctgaatcaaagctaactggatttcgacttcatgttgtgaattgatacgtcgtataagtttgaaactcaaaccatattattcaaactcattgttttgaaatatttaaaagttattaaacccaatccctcaacccccgggttaataatatggaggtataacatgaagaaagataaccGGA---------A------------A-----A-TTTGCATCATGCG----T---TAC---G----A-A-AATG--T----T--GT-TT----TCCGGG-TT-------T--TT--T----T---TCCC----TGG---------TAA-A-CCTC-TATCCAACGAA-A-A---------A-A--AAT-T-Acata
gi|13 : aaaaaatccaGGA---------A------------A-----ACT--GCATCAT-TG----CA--CATA--GC-GC--ATGATG--C----AACGT-TT----TCC--G-ATATTTT--T--Tat
gi|28 : tttttttattttatcattattttttctaatattaaagatgaagaatagatttatattatttgttttgggatggaaaaatcccatgA---------A------------G-----ACTTTACACCATGCG----C---TAC---GC-GCA-GTGATG--C----A---T-TT----TCCGGtctctcttttttgattttggcatgatctttt
gi|19 : gaaaaaactcagagc------------A-----ACTTTGCATCAT--G----CA--CAC---GC-GCG-ATGATG--C----A--G--------TCCA---CTGGCTT--C--TT--T----T---TTTC---GTGG---------TAT-A-TTAT--ATCCAACCAG-A-A--A---T-AT-A--GAT-T-AA---TTct
gi|23 : catgaaaaaagcaggtAT---GC-GCA-ATGATG--C----A--GC-TTATATTACGGC-TTCTTTT--T--TT--T----T---TTTC---GTGG---------TAT-G--CAC-CACCCAACG---A-A--A---A-AA-A--AAT-C-AT---TTccttaaat
gi|25 : tCA-ATGATG--C----A--GT-TT----TCC------GTCTT--T--T-------------------GTGA---------TAACATTCATCCATTCAACGAA-A-A--A---ATAA-T--AA----AT---TTATcttaa
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ATCATGATTTATTATTTAGACTCTGTGTATTAGAATATCTAAATAATAAGGAATGACTTTATCATTTTATCATT
Unaligned ( gi|29 ): CTTAACTCAGAAATCATGTTTATGATGATATATACAAAAAGGCGAAGTTAACA
Unaligned ( gi|32 ): ATGATCCTATAATGATATATACAAAAAGGCGAAGTTAACATTG
Unaligned ( gi|33 ): AAAATTGGGTACTAACAGTATTGGTGTAGCAATGTTAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 3 44 2 99999999 0000 2 2 444 5555 444 66 1 55 2 2 666666666 2 2 8 2 2 2 5555 444 444 777777777777777777777777777777777777777777777777 0 4 9999999999 33 333 2 2 2 2 2 44 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555 44 888888888 333 444 0 888888888888 4444 55 33 5555 000000000000000000000000000000000 555 44 99999 3 4 55 66
lowQualScore : . .. . ........ .... . . ... .... ... .. . .. . . ......... . . . . . . .... ... ... ................................................ . . .......... .. ... . . . . . .. ......................................................................... ..... .. ......... ... ... . ............ .... .. .. .... ................................. ... .. ..... . . .. ..
lowQualScore : 1 22 7 77777777 2222 7 7 777 7777 777 33 9 99 7 7 888888888 7 7 0 7 5 5 0000 111 444 000000000000000000000000000000000000000000000000 3 4 7777777777 11 999 2 2 2 2 2 77 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333 99 444444444 777 000 1 888888888888 7777 33 11 0000 666666666666666666666666666666666 000 66 55555 6 5 55 99
consensus : TAATATTC-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGA-NTTCATGTTGTG-TATTGATACG---TC--GTATGAATTTGAAA-C-TC-A-AATCAT-ATC-ATGTTT----T---ATTA---TTTAAACTC----AA------TT-TTTTAAC--AATAT-TT-A----AA--TAA--TTAAATGATAAGGAATAAATTTA----------T--T---A-T-TT-TT-TCGTT-GGATGGAGG--TA-----------CCAC-----------CA-------C-G------A-------AC--CCCGGA-----------A-----AACTTTGCATCA---------T---GCGC-TACGCGC-------A----ATGAT----G--C--AGTTT----TCCGGG-TTGTTTTT---------------------TTTT---TT--TC---G-TGGT-ATACCTCCATCCAACGAAAA--AAAAA--AATTATTTATC
Reference ( family-795 ) : TAATATTC-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGA-NTTCATGTTGTG-TATTGATACG---TC--GTATGAATTTGAAA-C-TC-A-AATCAT-ATC-ATGTTT----T---ATTA---TTTAAACTC----AA---TTTTT-TTTTAACTCAATGT-TT-A----AA--TAA--TTAAATGATAAGGAATGAATTCA----------T--T---A-T-TT-TT-TCGTT-GGATGGAGG--TA-----------CCAC-----------CA-------C-N------A-------CC--CCTGGA-----------A-----AACTTTGCATCA---------T---GCGC-TACGCGC-------A----ATGAT----G--C--AGTTT----TCCGGG-TTGTTTTT---------------------TTTT---TT--TC---G-TGGT-ATACCNCCATCCAACGAAAA--AAAAA--AATTATTTATC
gi|1 : TAATATTC-ATA--G-TCTTGAT------------------------------T-TCG-CTGA---A----AAA--TTCATTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACTCGATCCTGA-CT-CATGTTGTG-TATTGGTACA---TC--ATATGAATTTGAAA-C--------TCAT-ATC-ATGTTT----T---ATTT---TCTACACTC----AA---------TGTTAATT--ATA---T-A----AA--TGA--TAAAATG-TAAGGAATAAATTCA----------T--C---A-T-TT-TT-T-ATT-GGATAGAGGCATA-----------TCAT-----------AA-------A-A------AAAG----TG--CAT--A-----------A-----AACTCTTCATCA---------T---GCAC-TACCNGC-------
gi|1 : cattTAAAGAATGAATTCA----------T--A---T-T-TT-TT-TCGTT-GGATGGAGG--TA-----------TTAT-----------TATGAAAAGT-A------A-------AC--CCTAGA-----------A-----AAC--TGCATCA---------TTTCACG--TA-GTGC------------ATGAT----GAAG--AGTTT----TCCGCA-CTTTTTTtcaggtgagctaaaaaagtgcggaaaactcttcatcatgcactacgtgaaatgatgcagttttctagggtttacttttcataataatacctccatccaacgaaaaaaatatgaattcattctttaa
gi|1 : catttaatattcatagtcttgatttcgctgaaaaattcatttgatttctgcatcaaagaaaactcgatcctgactcatgttgtgtattggtacatcatatgaatttgaaactcatatcatgttttattttctacactcaatgttaattatataaatgataaaatgtaaggaataaattcatcattttttattggatagaggcatatcataaaaaaagtgcataaaactcttcatcatgcactaccngctcaggtgagctGGA-----------A-----AACTCTTCATCA---------T---GCAC-TACGTGA-------A----ATGAT----G--C--AGTTT----TCTAGG---G---TT---------------------TACT---TT--TC---A-TAATAATACCTCCATCCAACGAAAA--AAAa
gi|10 : catttaatattcatagtcttgatttcgctgaaaaattcatttgatttctgcatcaaagaaaactcgatcctgactcatgttgtgtattggtacatcatatgaatttgaaactcatatcatgttttattttctacactcaatgttaattatataaatgataaaatgtaaggaataaattcatcattttttattggatagaggcatatcataaaaaaagtgcataaaactcttcatcatgcactaccngctcaggtgagctaaaaaagtgcTAATGTTCTATA--G--CGTAATAAAAT--------TACAGAG-CAATTTTGTTCTGG-CTGA---A----AA---TTTGTTT-ATTTCTGCATCAAAGAAAACTCTATTGTAG-AAACGCATTGTGTTATTGACA-GAGTTC--ATAAGAATTTG-CA-C-TC-GCAATCATCATC-ACACTT----T---tatgaattcattctttaa
gi|11 : ccatGTTT----T---ATTA---TTTAAACTC----AA---TGCTT-T-----------------------A--CAA----AAATTATAAGAAATAGATTTA----------T--T---A-T-AT-TT-T-GTT-TGATGGAGG--TA-----------T-AC-----------CA-------G-GGGAAAAA-------AC--CCTGGA-----------A-----A-TTTTGCATCA---------T---GTGC-AACACGC-------A----ATGAT----G--C--A-TCT----TCCAGG-TTTTTtacgaagaataaatttgtattttgttgttggatgaggtataactcctatctttaaaaaaacaaaaa
gi|12 : gagctATAAGGAATGAATTTA----------G--T---ATT-TT-TT-TCATTGGGACGAAGA--TA------------CAC-----------CA-------T-C---------------------GGA-----------G-----AAGAATGGA--A---------A---GA----ACGAAC-------A----AAGAT----GA-A--AGTTT----TTT----TTGTTTTT---------------------CTTT---TT--ttaaggtcagaaatgtaaaattttactgacctcaataccaataataaa
gi|13 : a---TTTTTATTTTA--TCATTAT-TT-TTTCTAA--TA---TTAAA-GATGAAGAATAGATTTA----------TATT---A-T-TTGTT-TTG---GGATGGAAA--AA-----------TC-C-----------CA-------T-G------AAAAAATATC-----GGA-----------A-----AACGTTGCATCA---------T---GCGC-TATGTGC-------A----ATGAT----G--C--AGTTT----TCC-----TCTCTCT---------------------TTTT---Tgaaactttggtttttgtttttttaaagataggagttatacctcatccaacaacaaaatacaaatttattcttcgt
gi|14 : ttATTC-ATT--G-TCTTGATGAAAT--------TATGG---GGATTATGAT-TGA-CTGA---ATTTT-----TTTTTTTGATTTCTGCATCAAAGACAACCTTATTTTGA-TTTCATGTTGTG-TATTGATAGG---TT--GTATGAATTTGAAA-C-TCAA-AATCAT-GTC-GAGTTT----T---ATTA---TTCAAACTC----AA---gattttggcatgatctttt
gi|15 : cTAATTTCC-ATG--G-TCTTGATGCAAT--------TACGA---TGACTTTGAT-TGA-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATT-----------GAAAACCTGATTTTGACATTCA------------------------------AATTCAAA----TC-A----CA---TC-ATGTTT----T---ATTA---TTTACACTA----AA------TG-TTTTAAC---ATAT-TT-A----Aagt
gi|16 : atcatt-TCTTGATGAAAT--------TATGGGGATGATTTAGAT-TGATCTGATTT----------TTTTTTTGATTTCTGCATCAAA-ACAACCTTATTTTGA-TTTCATGTTGTG-TATTGATA-G---TT--GTATGAATTTGAAA-C-TCAA-AATCAT-GTC-G-ATTT----T---ATTA---TTCAAACTC----AA---cccccccccctcccaaaa
gi|17 : ttC--CCCGGA-----------A-----AACCTTGCATC----------------GC-TTCGTTC-------A----ATGAT----A--C--AATTT----TCCGTT-TTGTTTTT---------------------TCTTTTATT--TCAGTA-TGGT-ATACCTTCATTCAACAAATA--TAATA--AATTagt
gi|18 : aggtataccaaaataccccct-TCTTAACGAAAT--------TACAG---TGATTT-GAT-TGG-CTGA---A----AAAAATT-GTTTGATTTCTGCATGAAAGAAAACCTTACTTTGA-ATTCATGTCGTG-TATTGATACG---T
gi|19 : -----AACTTTGCATCA---------T---GCAC--ACGCGC-------G----ATGAT----G--C--AGTCC----ACTGG------CTTC---------------------TTTT---TT--TC---G-TGGT-ATATTA-TATCCAACCAGAA--ATATA--GATTAATTacaaaaaggcgaagttaacattg
gi|2 : catgaaaaaagcaggtTAAAATCC-ATA--G-TCTTGATGGAAT--------TGCAG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----TAA--TTTGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGG-ATTTATGTTGTG-TATTTATACA---TC--GTATGAATTTAAAA-C-TC-A-AATCAT-ATG-ATATTT----T---ATCA---TTTAAAGTC----AATGGTTTTT-TTTTAACTCAATGTATTGA----AA--TAA--TTAAATGATTAGGAATAAATTCA----------T--T---A-T-TT-TTGTCGTT-GGCTGGAGG--TA-----------CCAC-----------CA-------C-C------A-------CCCGCTTGGA-----------A-----AACTTTGCATCA---------T---ATGC-CACGCGC-------A----ATAAT----G--C--AGTTT----TCCAGG-TTGTTTTT---------------------TTTT---TC--TC---G-TGGT-AAACCATCATCCAACGAAAA--AAAAA--AATTATTTATCccttaaat
gi|20 : AA-C-TC-A-AATCAT-ATC-GTACTTAACTT---ATTACTGTTTAAACTC----A--------T-TTTTAA---AA-------A----AA--AAAATTTAAATGATAAGGAATAAATTCA----------T--C---T-T-TT-CT-TCGTT-GAATGG
gi|21 : --CCAGGA-----------A-----AA-TTTGCATCA---------T---GCGT-TACG----------A----A-AAT----G--T--TGTTT----TCCGGG-TT---------------------------TTTT---TT--CC---C-TGGT-AAACCTCTATCCAACGAAAA--AAAA
gi|22 : aaaaaatAAATGACAAGGAATTAATTAA----------T--T---A-T-TT-TT-TCGGT-GGATGGAGG--TA------------TAC-----------CA-------T-G------A-------AC--CCttaat
gi|23 : -TATGCGC-------A----ATGAT----G--C--AGCTTATATTACGGC-TTCTTTTT---------------------TTTT---TT--TC---G-TGGT-ATG-CACCACCCAACG--AA--AAAAA--AATCATTTccccccccccttaaaaaaacccaaaccaaacaaacacga
gi|24 : -ATC-ATGATT----T---ATTA---TTTAGACTC----------TGTG-TATTAG---AATAT-CT-A----AA--TA----------ATAAGGAATGACTTTA----------T--C---A-T-TT-TA-TCATT-cttaa
gi|25 : AGGAATAAATTTA----------T--T---A-T-TT-TT-TCGTT-GAATGGATGAATG-----------TTAT-----------CA-------C-A------A-------AA--GACGGA-----------A-----AAC--TGCATCA---------T---
gi|26 : tcaTCA-GTTATG-TATTGATACG----C--GTATG-ATTCGAAACC-TCAA-AATTAT-ATC-GTGCAT----T---ATCA---TTTga
gi|27 : TAATTTTC-ATT--G-TCTTGATGAAATTACAGCAGTACGA---CGATTTTGAT-TGG-CCAA---A----Acataacatcaa
gi|28 : tcattA-----------A-----GACTTTACACCA---------T---GCGC-TACGCGC-------A----GTGAT----G--C--A-TTT----TCCGGg
gi|3 : gaaaaaactcagagcTAATATTC-ATT--G-TATTGATGAAAC--------GATGG---CAATTTTGAT-TGG-CTGA---A----ACA--TTCTTTTGATTTCCGTATCAAAGAAAACCTGATTT----------------------ACAGG---TT--GTATGAAATT-AAA-C-TC-A-AATCAT-ATC-ATGTTT----T---ATTA---TTTGAACTC----AA------TG-TTTTA-------------A----AA--TAT--TTAAATGATAAGGAATGAATTTA----------T--T---A-T-TT-TT-TCATT-GGATGGAGG--TA------------TAC-----------CA-------T-G------A-------AA--AACAAA-----------AATGATAACTGTGTTTCA---------T---ACGT-TACTCCC-------A----ATGAT----G--C--AGTTT----TGCAGGTTTGTTTTTCATTTTTGGGATTGGTTTTTTTTTT---TT--TT---G-TGCT-GTATCTCCATCCTATGAAAA--AAATA--ct
gi|30 : TGATATTG-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---TGATTTTGAA-TGG-CTGA---A----AAcgaattcattccttgt
gi|31 : ttTAAAGAATGAATTTA----------T--T---A-G-TT-TT-TCGTT-GGATGGAGG--TATG---------CCAC-----------
gi|4 : TTC-ACA--G-CCTTGGAAAAAT--------TACGG---CGATTTCGAT-TGG-CTGG---A----AAT--TTCTGTTGATTTCTGAATCAAAGCTAACTGGATTTCGA-CTTCATGTTGTG-AATTGATACG---TC--GTATAAGTTTGAAA-C-TC-A-AACCA----------------T---ATTA---TTCAAACTC----A------TTG-TTTTGA---AATAT-TT-A----AAAGTTA--TTAAA
gi|4 : ATGAATTTA----------T--T---A-TATT-TT-TCGCT-GGATGGTGG--TATACCACCCCCCCCAC-----------C--------C-C------A-------CC--CCCAAATCACACCACTGA-----AAC-CTGGATCT---------T---G-----GTGCGC-------AGCTCATGAT----G--CAAAATTT----TCCGG------TTAT---------------------CTTT---CT--TC---A-TGTT-ATACCTCCATcccaatccctcaacccccgggttaataatatggaggtataacatgaagaaagataaccggaaaattttgcatcatgagctgcgcaccaagatccaggtttcagtggtgtgatttgggggtggggtggggggggtggtataccaccatccagcgaaaaatataataaattcata
gi|5 : ttcacagccttggaaaaattacggcgatttcgattggctggaaatttctgttgatttctgaatcaaagctaactggatttcgacttcatgttgtgaattgatacgtcgtataagtttgaaactcaaaccatattattcaaactcattgttttgaaatatttaaaagttattaaacccaatccctcaacccccgggttaataatAGTATTT-ATACAG-TTGTGATGAAAT--------TATGG---TAATTTTGAT-TGA-CTGA---A----AAA--TTCATTTGATTTCTGCATAAAAGAAAAC-TGATTTTG---------TTGTG-TATTGATATG---TC--CTATGAATTTGAAA-T-TC-A-TATCAT-ATC-ATGTTT----T---ATTA---TCTAAACTC----AA---TGTTT-TATT--------------------A--TAT--TTAAATGATGAGGAATAAATTCAATGACATACTT--T---A-T-TT-TT---GTT-GGACATTGG--TA------------TAC-----------CA-------T-G--------------------TAGAAAAAAAGAG--A-----AACTTTGCATCA---------T---GCAC-TATGATC-------A----ATAAT----G--C--AGTTT-----------ATATTTTT-------------------------------------A-TGGT-TTACCTCTATCCAACAACAA--CAAAA--AATGATTa
gi|6 : taAATATTG-GTC--G-TCTTAATGAAGT--------TCCGG---TGATTTTGAT-TGG-TTGA---A----AAA--TATGTTTGATTTCCACATCAAAGAAAACCGGATTTTGA-TTTCATGCTGTG-T----ATACG---TCATATATGGGTTTGAAA-TATA-A-AA--AT-GGCGAAGTAA----C---AATG---TATCAACTCATATAA---TGCTT-CATTAACTCAATGT-TT-A----AA--AAAAGCTAAATGATACAGAATATATTTA-------------T---A-A-TC-TT-TCGTT-GGATGGAaaaattcattcctt
gi|6 : tatcattcGAA-----------A-----AACTTTCTATCA---------T---GCGT-TGAACGC-------A----ATGAT----G--C--AGTtaaatacattgtacccttgaacataaaaatctcggaaaacctccgtcatgaaaatttcgaaaaactttctatcatgcgttgaacgcaatgatgcagt
gi|7 : tatcattcaatattggtcgtcttaatgaagttccggtgattttgattggttgaaaaatatgtttgatttccacatcaaagaaaaccggattttgatttcatgctgtgtatacgtcatatatgggtttgaaatataaaaatggcgaagtaacaatgtatcaactcatataatgcttcattaactcaatgtttaaaaaaagctaaatgatacagaatatatttataatctttcgttggatggataaatacattgtacccttgaacataaaaatctcggaaaacctccgtcatgaaaatttcTAATATTC-ATA--G-CCTTGATGAAAT--------TACAG---TGATTCTGAT-TGG-TTGA---A----AAA--TTTGTTTGATTTCTGCATGAAAGAAAATCTGATTTTGA-CTTCATGTTTAA-TTTTGATACA---TG--GTACGAATGGAAAA-C-TC-A-AATAAT-ATC-ATGTTT----T---ATTG---TTCAA-----------------------AAC---ATGT----------A--T--------ATGATATGGAATAAATTTA----------T--T---A-T-TT-AT-TCATT-GAATGCATG--TA------------TAC-----------CA---------A------A-------AA--ATTAGA-----------A-----AACTGTGCAT-----------------------GTGC-------A----ATGAA----G--C--AGATT----TCCAGG-------TT---------------------TTTT---TT--TC---ACTGAC-ATACCTCCATCCAATGAAAATTAAGAA--GATTCTCTATC
gi|8 : tTGATATTC-A-A--GCTCTTGATGAAAT--------TGCTC---TGATTTTGAT-T----------------AA--TT----TGATTTCTGCAT-AAAATAAACTTTATTTTAA-TTT-ACGTCGTG-TATTGACATG---TC--GCATGAATTTTAAA-C-TG-A-AAGCGT-GTC-ATATTT----T---AATA---TT--AAC----------------------ACTCGACCT-TT-A----AAATTGT--TTAAATGATAAAAAATAAATT-A----------T--TTTCA-T-TT-TC-TCGTT-GGATGATGGTATA-----------CCAC-----------GA-------A-A------A-------AC--CC-AGA-----------A-----AATATTGAATCA---------T---GCACTTACACGC----------------------------GCT------------TTGTTTTG---------------------CTTT---TTAACC---G--GAT-ATACC-CCATCCAACGAAAA--CATAATGAATTat
gi|9 : aattGTTTGATTTCTGCATTAAAGAAATCCTGATTTTGA-TTTCTTGTTGGG--AGTG--------------------TTGAAA---TC-A-AATGAT-ACC-ATGTTA----CGCAATTA---TTTAAACTC----AA------TG-TTTTAG---AAT------------A--TA----TAAATGATAAGGAATG-----A----------T--T---T-T-TT-TT-TCGAT-GGGTTGAGGTATA-----------CCATGATTCTAAAAACA-------CAC------A-------CC--C---AA-----------A-----CACCCC-CATCATCCCAACTCT---GCTT-TATGCACTAACCACA----ATAATGCATG--C--AGTTT----TCCGGG---GTTTTT---------------------TTTT---T
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CTTAACTCAGAAATCATGTTTATGATGATATATACAAAAAGGCGAAGTTAACA
Unaligned ( gi|32 ): ATGATCCTATAATGATATATACAAAAAGGCGAAGTTAACATTG
Unaligned ( gi|33 ): AAAATTGGGTACTAACAGTATTGGTGTAGCAATGTTAAA
Alignments
lowQualScore : 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111111 222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 3 44 2 99999999 0000 2 2 444 5555 444 66 1 55 2 2 666666666 2 2 8 2 2 2 5555 444 444 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 9999999999 33 333 2 2 2 2 2 000000000 66 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 99999999999 44444 66666666666666666 1 333 0 4 2 4444 4444 66666 8888 777777777777777777777777777777777 555 44 99999 3 2 55 66
lowQualScore : . .. . ........ .... . . ... .... ... .. . .. . . ......... . . . . . . .... ... ... .................................................... . .......... .. ... . . . . . ......... .. ...................................................... .. ........... ..... ................. . ... . . . .... .... ..... .... ................................. ... .. ..... . . .. ..
lowQualScore : 1 22 7 77777777 2222 7 7 777 7777 777 33 9 99 7 7 888888888 7 7 0 7 5 5 0000 111 444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 7777777777 11 999 2 2 2 2 2 000000000 99 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 55555555555 88888 77777777777777777 9 333 3 0 0 5555 5555 44444 6666 111111111111111111111111111111111 000 66 55555 6 3 55 99
consensus : TAATATTC-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGA-NTTCATGTTGTG-TATTGATACG---TC--GTATGAATTTGAAA-C-TC-A-AATCAT-ATC-ATGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCA-A------T----GTT--TTAA--CA-A--TATTTA----AA--TA---TT-AAATGATAAGGAATAAATTTA----------T--T---A-T-TT-TT-TCGTT-GGATGGA---------GG--TA-----------CC-----AC-CA-CG-------A------------A----NCCC--GGA-----------A-----AAC---------------TTTGCATCA-T---GCGC-TACGCGCA----ATG----ATG--C--AGTTT----TCCGGG-TTGTTTTT---------------------TTTT---TT--TC---G-TGGT-ATACCTCCATCCAACGAAAA--AAAAA--AATTATTTATC
Reference ( family-795 ) : TAATATTC-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGA-NTTCATGTTGTG-TATTGATACG---TC--GTATGAATTTGAAA-C-TC-A-AATCAT-ATC-ATGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCA-A------T----TTT--TTAA--CA-A--TATTTA----AA--TAA--TT-AAATGATAAGGAATAAATTTA----------T--T---A-T-TT-TT-TCGTT-GGATGGA---------GG--TA-----------CC-----AC-CA-CG-------A------------A----CCCC--GGA-----------A-----AAC---------------TTTGCATCA-T---GCGC-TACGCGCA----ATG----ATG--C--AGTTT----TCCGGG-TTGTTTTT---------------------TTTT---TT--TC---G-TGGT-ATACCTCCATCCAACGAAAA--AAAAA--AATTATTTATC
gi|1 : TAATATTC-ATA--G-TCTTGAT------------------------------T-TCG-CTGA---A----AAA--TTCATTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACTCGATCCTGA-C-TCATGTTGTG-TATTGGTACA---TC--ATATGAATTTGAAA-C--------TCAT-ATC-ATGTTT----T---ATTT---TCTACACTCA-A------------TG--TTAA--T-----TATATA----AA--TGA--TA-AAATG-TAAGGAATAAATTCA----------T--C---A-T-TT-TT-T-ATT-GGATAGA---------GGCATA-----------TC-----ATAAA-AA-------A------------A----GTGC--ATA-----------A-----AAC---------------TCTTCATCA-T---GCAC-TACCNGC
gi|1 : cattTAAAGAATGAATTCA----------T--A---T-T-TT-TT-TCGTT-GGATGGA---------GG--TA-----------TT-----AT-TA-TGAAAAGTAA------------A----CCCT--AGA-----------A-----AAC-----------------TGCATCA-TTTCACG--TA-GTGC-----ATG----ATGAAG--AGTTT----TCCGCA-CTTTTTTtcaggtgagctaaaaaagtgcggaaaactcttcatcatgcactacgtgaaatgatgcagttttctagggtttacttttcataataatacctccatccaacgaaaaaaatatgaattcattctttaa
gi|1 : catttaatattcatagtcttgatttcgctgaaaaattcatttgatttctgcatcaaagaaaactcgatcctgactcatgttgtgtattggtacatcatatgaatttgaaactcatatcatgttttattttctacactcaatgttaattatataaatgataaaatgtaaggaataaattcatcattttttattggatagaggcatatcataaaaaaagtgcataaaactcttcatcatgcactaccngctcaggtgagctC--GGA-----------A-----AAC---------------TCTTCATCA-T---GCAC-TACGTGAA----ATG----ATG--C--AGTTT----TCTAGG---G---TT---------------------TACT---TT--TC---A-TAATAATACCTCCATCCAACGAAAA--AAAa
gi|10 : catttaatattcatagtcttgatttcgctgaaaaattcatttgatttctgcatcaaagaaaactcgatcctgactcatgttgtgtattggtacatcatatgaatttgaaactcatatcatgttttattttctacactcaatgttaattatataaatgataaaatgtaaggaataaattcatcattttttattggatagaggcatatcataaaaaaagtgcataaaactcttcatcatgcactaccngctcaggtgagctaaaaaagtgTAATGTTCTATA--G--CGTAATAAAAT--------TACAGAG-CAATTTTGTTCTGG-CTGA---A----AA---TTTGTTT-ATTTCTGCATCAAAGAAAACTCTATTGTAG-AAACGCATTGTGTTATTGACA-GAGTTC--ATAAGAATTTG-CA-C-TC-GCAATCATCATC-ACACTT----T---tatgaattcattctttaa
gi|11 : ccatGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCA-A------T----GCT--TTA---CA-A------------------------AAATTATAAGAAATAGATTTA----------T--T---A-T-AT-TT-T-GTT-TGATGGA---------GG--TA-----------T------AC-CA-GGGGAAAA-A------------A----CCCT--GGA-----------A-----A-T---------------TTTGCATCA-T---GTGC-AACACGCA----ATG----ATG--C--A-TCT----TCCAGG-TTTTTtacgaagaataaatttgtattttgttgttggatgaggtataactcctatctttaaaaaaacaaaaa
gi|12 : gagctATAAGGAATGAATTTA----------G--T---ATT-TT-TT-TCATTGGGACGAA---------GA--TA------------C-----AC-CATCG-------G------------A----------GAA-----------G-----AA------------------TGGA--A-A---GA----ACGAACA----AAG----ATGA-A--AGTTT----TTT----TTGTTTTT---------------------CTTT---TT--ttaaggtcagaaatgtaaaattttactgacctcaataccaataataaa
gi|13 : aTT--TTAT--CA-T--TATTTTTTCTAA--TA---TT-AAA-GATGAAGAATAGATTTA----------TATT---A-T-TTGTT-TTG---GGATGGA---------AA--AA-----------TC------C-CA-TG-------A------------AAAAATATC--GGA-----------A-----AAC---------------GTTGCATCA-T---GCGC-TATGTGCA----ATG----ATG--C--AGTTT----TCC-----TCTCTCT---------------------TTTT---Tgaaactttggtttttgtttttttaaagataggagttatacctcatccaacaacaaaatacaaatttattcttcgt
gi|14 : tttttttaATTC-ATT--G-TCTTGATGAAAT--------TATGG---GGATTATGAT-TGA-CTGA---ATTTT-----TTTTTTTGATTTCTGCATCAAAGACAACCTTATTTTGA-TTTCATGTTGTG-TATTGATAGG---TT--GTATGAATTTGAAA-C-TCAA-AATCAT-GTC-GAGTTT----T---ATTA---TTCAAACTCA-A------gattttggcatgatctttt
gi|15 : cTAATTTCC-ATG--G-TCTTGATGCAAT--------TACGA---TGACTTTGAT-TGA-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATT-----------GAAAACCTGATTTTGACATTCA------------------------------AATTCAAA----TC-A----CA---TC-ATGTTT----T---ATTA---TTTACACTAA-A------T----GTT--TTAA--C--A--TATTTA----Aagt
gi|16 : atcatt-TCTTGATGAAAT--------TATGGGGATGATTTAGAT-TGATCTGATTT----------TTTTTTTGATTTCTGCATCAAA-ACAACCTTATTTTGA-TTTCATGTTGTG-TATTGATA-G---TT--GTATGAATTTGAAA-C-TCAA-AATCAT-GTC-G-ATTT----T---ATTA---TTCAAACTCA-A------cccccccccctcccaaaa
gi|17 : tt----CCCC--GGA-----------A-----AAC---------------CTTGCATC--------GC-TTCGTTCA----ATG----ATA--C--AATTT----TCCGTT-TTGTTTTT---------------------TCTTTTATT--TCAGTA-TGGT-ATACCTTCATTCAACAAATA--TAATA--AATTagt
gi|18 : aggtataccaaaataccccct-TCTTAACGAAAT--------TACAG---TGATTT-GAT-TGG-CTGA---A----AAAAATT-GTTTGATTTCTGCATGAAAGAAAACCTTACTTTGA-ATTCATGTCGTG-TATTGATACG---T
gi|19 : -----AAC---------------TTTGCATCA-T---GCAC--ACGCGCG----ATG----ATG--C--AGTCC----ACTGG------CTTC---------------------TTTT---TT--TC---G-TGGT-ATA-TTATATCCAACCAGAA--ATATA--GATTAATTacaaaaaggcgaagttaacattg
gi|2 : catgaaaaaagcaggtTAAAATCC-ATA--G-TCTTGATGGAAT--------TGCAG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----TAA--TTTGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGG-ATTTATGTTGTG-TATTTATACA---TC--GTATGAATTTAAAA-C-TC-A-AATCAT-ATG-ATATTT----T---ATCA---TTTAAAGTCA-ATGGTTTT----TTT--TTAACTCA-ATGTATTGA----AA--TAA--TT-AAATGATTAGGAATAAATTCA----------T--T---A-T-TT-TTGTCGTT-GGCTGGA---------GG--TA-----------CC-----AC-CA-CC-------A------------C----CCGCTTGGA-----------A-----AAC---------------TTTGCATCA-T---ATGC-CACGCGCA----ATA----ATG--C--AGTTT----TCCAGG-TTGTTTTT---------------------TTTT---TC--TC---G-TGGT-AAACCATCATCCAACGAAAA--AAAAA--AATTATTTATCccttaaat
gi|20 : AA-C-TC-A-AATCAT-ATC-GTACTTAACTT---ATTACTGTTTAAACTCA-------------TTT--TTAA--AA-A-------A----AA--AAA--TTTAAATGATAAGGAATAAATTCA----------T--C---T-T-TT-CT-TCGTT-GAATGG
gi|21 : -------A------------A----TCCA--GGA-----------A-----AA----------------TTTGCATCA-T---GCGT-TACG---A----A-A----ATG--T--TGTTT----TCCGGG-TT---------------------------TTTT---TT--CC---C-TGGT-AAACCTCTATCCAACGAAAA--AAAA
gi|22 : aaaa-AAATGACAAGGAATTAATTAA----------T--T---A-T-TT-TT-TCGGT-GGATGGA---------GG--TA------------T-----AC-CA-TG-------A------------A----CCCC--ttaat
gi|23 : -TATGCGCA----ATG----ATG--C--AGCTTATATTACGGC-TTCTTTTT---------------------TTTT---TT--TC---G-TGGT-ATGCA-CCACCCAACG--AA--AAAAA--AATCATTTcccccccccttaaaaaaacccaaaccaaacaaacacga
gi|24 : -ATC-ATGATT----T---ATTA---TTTAGACTCT-G------T----GTA--TTAG---A-A--TATCTA----AA--TA-----------ATAAGGAATGACTTTA----------T--C---A-T-TT-TA-TCATT-cttaa
gi|25 : AGGAATAAATTTA----------T--T---A-T-TT-TT-TCGTT-GAATGGA---------TGAATG-----------TT-----AT-CA-CA-------A------------A----AGAC--GGA-----------A-----AAC-----------------TGCATCA-T---
gi|26 : tcaTCA-GTTATG-TATTGATACG----C--GTATG-ATTCGAAACC-TCAA-AATTAT-ATC-GTGCAT----T---ATCA---TTTga
gi|27 : TAATTTTC-ATT--G-TCTTGATGAAATTACAGCAGTACGA---CGATTTTGAT-TGG-CCAA---A----Acataacatcaa
gi|28 : tcattCC--GGA-----------A-----AA------------------TGCATCACT---GCGCGTA-GCGC-----ATG----GTG--TAAAGTCTTGC-TCTGAG-TTTTTTg
gi|28 : gA-----------A-----GAC---------------TTTACACCA-T---GCGC-TACGCGCA----GTG----ATG--C--A-TTT----TCCGGct
gi|3 : gaaaaaactcagagcTAATATTC-ATT--G-TATTGATGAAAC--------GATGG---CAATTTTGAT-TGG-CTGA---A----ACA--TTCTTTTGATTTCCGTATCAAAGAAAACCTGATTT----------------------ACAGG---TT--GTATGAAATT-AAA-C-TC-A-AATCAT-ATC-ATGTTT----T---ATTA---TTTGAACTCA-A------T----GTT--TTAA---A-A--TATTTA----A-------------ATGATAAGGAATGAATTTA----------T--T---A-T-TT-TT-TCATT-GGATGGA---------GG--TA------------T-----AC-CA-TG-------A------------A----AAAC--AAA-----------AATGATAAC---------------TGTGTTTCA-T---ACGT-TACTCCCA----ATG----ATG--C--AGTTT----TGCAGGTTTGTTTTTCATTTTTGGGATTGGTTTTTTTTTT---TT--TT---G-TGCT-GTATCTCCATCCTATGAAAA--AAATA--ct
gi|30 : TGATATTG-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---TGATTTTGAA-TGG-CTGA---A----AAcgaattcattccttgt
gi|31 : ttTAAAGAATGAATTTA----------T--T---A-G-TT-TT-TCGTT-GGATGGA---------GG--TATG---------CC-----AC-
gi|4 : TTC-ACA--G-CCTTGGAAAAAT--------TACGG---CGATTTCGAT-TGG-CTGG---A----AAT--TTCTGTTGATTTCTGAATCAAAGCTAACTGGATTTCGA-CTTCATGTTGTG-AATTGATACG---TC--GTATAAGTTTGAAA-C-TC-A-AACCA----------------T---ATTA---TTCAAACTCA-T------T----GTT--TTGA---A-A--TATTTA----AAAGTTA--TT-AAA
gi|4 : ATGAATTTA----------T--T---A-TATT-TT-TCGCT-GGATGGT---------GG--TATACCACCCCCCCC-----AC-C--CC-------A------------C----CCCC--AAATCACACCACTGA-----AAC----------------CTGGATCT-T---G-----GTGCGCAGCTCATG----ATG--CAAAATTT----TCCGG------TTAT---------------------CTTT---CT--TC---A-TGTT-ATACCTCCATcccaatccctcaacccccgggttaataatatggaggtataacatgaagaaagataaccggaaaattttgcatcatgagctgcgcaccaagatccaggtttcagtggtgtgatttgggggtggggtggggggggtggtataccaccatccagcgaaaaatataataaattcata
gi|5 : ttcacagccttggaaaaattacggcgatttcgattggctggaaatttctgttgatttctgaatcaaagctaactggatttcgacttcatgttgtgaattgatacgtcgtataagtttgaaactcaaaccatattattcaaactcattgttttgaaatatttaaaagttattaaacccaatccctcaacccccgggttaataatAGTATTT-ATACAG-TTGTGATGAAAT--------TATGG---TAATTTTGAT-TGA-CTGA---A----AAA--TTCATTTGATTTCTGCATAAAAGAAAAC-TGATTTTG---------TTGTG-TATTGATATG---TC--CTATGAATTTGAAA-T-TC-A-TATCAT-ATC-ATGTTT----T---ATTA---TCTAAACTCA-A------T----GTT--T-----------TATT-------A--TAT--TT-AAATGATGAGGAATAAATTCAATGACATACTT--T---A-T-TT-TT---GTT-GGACATT---------GG--TA------------T-----AC-CA-TGTAGA---A------------A----AAAA--GAG-----------A-----AAC---------------TTTGCATCA-T---GCAC-TATGATCA----ATA----ATG--C--AGTTT-----------ATATTTTT-------------------------------------A-TGGT-TTACCTCTATCCAACAACAA--CAAAA--AATGATTa
gi|6 : taAATATTG-GTC--G-TCTTAATGAAGT--------TCCGG---TGATTTTGAT-TGG-TTGA---A----AAA--TATGTTTGATTTCCACATCAAAGAAAACCGGATTTTGA-TTTCATGCTGTG-T----ATACG---TCATATATGGGTTTGAAA-TATA-A-AA--AT-GGCGAAGTAA----C---AATG---TATCAACTCATA------TAATGCTTCATTAACTCA-A--TGTTTA----AA--AAAAGCT-AAATGATACAGAATATATTTA-------------T---A-A-TC-TT-TCGTT-GGATGGATAAATACATTG--TA-----------CCCTTGAACATA-AA-------A------------A----TCTC--GGA-----------A-----AAC---------------CTC-CGTCA-T---Gaaaattcattcctt
gi|6 : tatcattc-----------CC-----GT-CA-TG-------A------------AAA--TTTC--GAA-----------A-----AAC---------------TTTCTATCA-T---GCGT-TGAACGCA----ATG----ATG--C--AGTaaaatttcgaaaaactttctatcatgcgttgaacgcaatgatgcagt
gi|7 : tatcattcaatattggtcgtcttaatgaagttccggtgattttgattggttgaaaaatatgtttgatttccacatcaaagaaaaccggattttgatttcatgctgtgtatacgtcatatatgggtttgaaatataaaaatggcgaagtaacaatgtatcaactcatataatgcttcattaactcaatgtttaaaaaaagctaaatgatacagaatatatttataatctttcgttggatggataaatacattgtacccttgaacataaaaatctcggaaaacctTAATATTC-ATA--G-CCTTGATGAAAT--------TACAG---TGATTCTGAT-TGG-TTGA---A----AAA--TTTGTTTGATTTCTGCATGAAAGAAAATCTGATTTTGA-CTTCATGTTTAA-TTTTGATACA---TG--GTACGAATGGAAAA-C-TC-A-AATAAT-ATC-ATGTTT----T---ATTG---TTCAA-------------------------AA--CATG--TAT---------------------ATGATATGGAATAAATTTA----------T--T---A-T-TT-AT-TCATT-GAATGCA---------TG--TA------------T-----AC-CA--A-------A------------A----AATT--AGA-----------A-----AAC---------------TGTGCAT---------------GTGCA----ATG----AAG--C--AGATT----TCCAGG-------TT---------------------TTTT---TT--TC---ACTGAC-ATACCTCCATCCAATGAAAATTAAGAA--GATTCTCTATC
gi|8 : tTGATATTC-A-A--GCTCTTGATGAAAT--------TGCTC---TGATTTTGAT-T----------------AA--TT----TGATTTCTGCAT-AAAATAAACTTTATTTTAA-TTT-ACGTCGTG-TATTGACATG---TC--GCATGAATTTTAAA-C-TG-A-AAGCGT-GTC-ATATTT----T---AATA---TTAACACTCG-A-----------CCT--TTAA---A-A--T-------------TGT--TT-AAATGATAAAAAATAAA-TTA----------T--TTTCA-T-TT-TC-TCGTT-GGATGAT---------GG--TA------------T-----AC-CA-CGAA-----A------------A----ACCC--AGA-----------A-----AAT---------------ATTGAATCA-T---GCACTTACACGC---------------------GCT------------TTGTTTTG---------------------CTTT---TTAACC---G--GAT-ATACC-CCATCCAACGAAAA--CATAATGAATTat
gi|9 : aattGTTTGATTTCTGCATTAAAGAAATCCTGATTTTGA-TTTCTTGTTGGG--AGTG--------------------TTGAAA---TC-A-AATGAT-ACC-ATGTTA----CGCAATTA---TTTAAACTCA-A------T----GTT--TTAG---A-A--TA--TA--------------T-AAATGATAAGGAAT-GATTT--------------------T-TT-TT-TCGAT-GGGTTGA---------GG--TA------------T-----AC-CA-TG-------ATTCTAAAAACACA----CACC--CAA-----------A-----CACCCCCATCATCCCAACTCTGCTTTA-T---GCAC-TAACCACA----ATAATGCATG--C--AGTTT----TCCGGG---GTTTTT---------------------TTTT---T
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CTTAACTCAGAAATCATGTTTATGATGATATATACAAAAAGGCGAAGTTAACA
Unaligned ( gi|32 ): ATGATCCTATAATGATATATACAAAAAGGCGAAGTTAACATTG
Unaligned ( gi|33 ): AAAATTGGGTACTAACAGTATTGGTGTAGCAATGTTAAA
Alignments
lowQualScore : 1111 2222222222222222222222222 77777777777777777777777777 11111111111111111 111111111 55555555555555555555555555555555555 111111111 11111111111 1111111 222222222222222222222222222 1111111111
lowQualScore : 3 44 2 99999999 0000 2 2 444 5555 444 66 1 55 2 2 666666666 2 8 2 6666666666666666666666666 2 4444 333 444 777777 22222222222222222222222222 00000000000000000 2 2 2 2 000000000 66 55555555555555555555555555555555555 4444 55555 33 000000000 333 4 0 00000000000 2 55 33 8888 5555555 888888888888888888888888888 555 44 8888888888 3 4 999999 1 66
lowQualScore : . .. . ........ .... . . ... .... ... .. . .. . . ......... . . . ......................... . .... ... ... ...... .......................... ................. . . . . ......... .. ................................... .... ..... .. ......... ... . . ........... . .. .. .... ....... ........................... ... .. .......... . . ...... . ..
lowQualScore : 1 22 7 77777777 2222 7 7 777 7777 777 33 9 99 7 7 888888888 7 0 7 7777777777777777777777777 5 7777 999 111 222222 55555555555555555555555555 99999999999999999 4 4 4 4 000000000 99 11111111111111111111111111111111111 5555 00000 55 000000000 555 2 1 55555555555 2 33 11 6666 6666666 111111111111111111111111111 000 66 5555555555 6 6 111111 4 11
consensus : TAATATTC-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGA-NTTCATGTTGTG-TATTGATACG---TC--GTATGAATTTGAAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCAATG------TTTTAA---AA--TAT-TAAA---T-AT-TAAATGATAAGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-TCGTT-GGATGGA---------GG--TA---T-----AC-CA-CG-------AAAC-------CC----GGAA-----AACTTTGCATCA---------T---GCGC-TACGCGC----------AATG-ATG--C--AGTTT----TCCGGG-TTGTTTTT---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATACCTCCATCCAACGAAAA--A---AAAA--AATTATTTATC
Reference ( family-795 ) : TAATATTC-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGA-NTTCATGTTGTG-TATTGATACG---TC--GTATGAATTTGAAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCAATG------TTTTAA--CAA--TATTTAAA---T-AT-TAAATGATAAGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-TCGTT-GGATGGA---------GG--TA--CC-----AC-CA-CG-------AANC-------CC----GGAA-----AACTTTGCATCA---------T---GCGC-TACGCGC----------AATG-ATG--C--AGTTT----TCCGGG-TTGTTTTT---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATACCTCCATCCAACGAAAA--A---AAAA--AATTATTTATC
gi|1 : TAATATTC-ATA--G-TCTTGAT------------------------------T-TCG-CTGA---A----AAA--TTCATTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACTCGATCCTGA-C-TCATGTTGTG-TATTGGTACA---TC--ATATGAATTTGAAA-C--------------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTT---TCTACACTCAATG--------TTAA--T----TATATAAA---TGAT-AAAATG-TAAGGAATAAATTCA----------T--C---A-TTT-TT-T-ATT-GGATAGA---------GGCATA--TC-----ATAAA-AA-------AAGT-------GC----ATAA-----AACTCTTCATCA---------T---GCAC-TACCNGC----------
gi|1 : cattTAAAGAATGAATTCA----------T--A---T-TTT-TT-TCGTT-GGATGGA---------GG--TA--TT-----AT-TA-TGAAAAGTAAACC-------CT----AGAA-----AAC--TGCATCA---------TTTCACG--TA-GTGC-----------ATG-ATGAAG--AGTTT----TCCGCA-CTTTTTTtcaggtgagctaaaaaagtgcggaaaactcttcatcatgcactacgtgaaatgatgcagttttctagggtttacttttcataataatacctccatccaacgaaaaaaatatgaattcattctttaa
gi|1 : catttaatattcatagtcttgatttcgctgaaaaattcatttgatttctgcatcaaagaaaactcgatcctgactcatgttgtgtattggtacatcatatgaatttgaaactcatatcatgttttattttctacactcaatgttaattatataaatgataaaatgtaaggaataaattcatcattttttattggatagaggcatatcataaaaaaagtgcataaaactcttcatcatgcactaccngctcaggtgagctC----GGAA-----AACTCTTCATCA---------T---GCAC-TACGTGA----------AATG-ATG--C--AGTTT----TCTAGG---G---TT---------------------T-----ACT---TT--TC---A------TAATAATACCTCCATCCAACGAAAA--A---AAa
gi|10 : catttaatattcatagtcttgatttcgctgaaaaattcatttgatttctgcatcaaagaaaactcgatcctgactcatgttgtgtattggtacatcatatgaatttgaaactcatatcatgttttattttctacactcaatgttaattatataaatgataaaatgtaaggaataaattcatcattttttattggatagaggcatatcataaaaaaagtgcataaaactcttcatcatgcactaccngctcaggtgagctaaaaaagtgTAATGTTCTATA--G--CGTAATAAAAT--------TACAGAG-CAATTTTGTTCTGG-CTGA---A----AA---TTTGTTT-ATTTCTGCATCAAAGAAAACTCTATTGTAG-AAACGCATTGTGTTATTGACA-GAGTTC--ATAAGAATTTG-CA-CTC-GCAA-------------------------TCATCATCACACTT----T---tatgaattcattctttaa
gi|11 : ccatGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCAATG------CTTT-A--CAA-------------------AAATTATAAGAAATAGATTTA----------T--T---A-TAT-TT-T-GTT-TGATGGA---------GG--TA---T-----AC-CA-GGGGAAA--AAAC-------CC----TGGA-----AATTTTGCATCA---------T---GTGC-AACACGC----------AATG-ATG--C--A-TCT----TCCAGG-TTTTTtacgaagaataaatttgtattttgttgttggatgaggtataactcctatctttaaaaaaacaaaaa
gi|12 : gagctATAAGGAATGAATTTA----------G--T---ATTTT-TT-TCATTGGGACGAA---------GA--TA---C-----AC-CATCG-------GA---------------GAAG-----AA---TGGA--A---------A---GA----ACGAAC----------AAAG-ATGA-A--AGTTT----TTT----TTGTTTTT---------------------C-----TTT---TT--ttaaggtcagaaatgtaaaattttactgacctcaataccaataataaa
gi|13 : aTTT----T---TTTA---TTTTA--TCATTA------TTTT-----------TTCTAA---T-AT-TAAA-GATGAAGAATAGATTTA----------TATT---A-TTTGTT-TTG---GGATGGA---------AA--AA--TC------C-CA-TG-------AAAAAATA---TC----GGAA-----AACGTTGCATCA---------T---GCGC-TATGTGC----------AATG-ATG--C--AGTTT----TCC-----TCTCTCT---------------------T-----TTT---Tgaaactttggtttttgtttttttaaagataggagttatacctcatccaacaacaaaatacaaatttattcttcgt
gi|14 : ATTC-ATT--G-TCTTGATGAAAT--------TATGG---GGATTATGAT-TGA-CTGA---ATTTT-----TTTTTTTGATTTCTGCATCAAAGACAACCTTATTTTGA-TTTCATGTTGTG-TATTGATAGG---TT--GTATGAATTTGAAA-CTCAA-AA-------------------------TCAT-GTCGAGTTT----T---ATTA---TTCAAACTCAAAG------Tgattttggcatgatctttt
gi|15 : cTAATTTCC-ATG--G-TCTTGATGCAAT--------TACGA---TGACTTTGAT-TGA-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATT-----------GAAAACCTGATTTTGACATTCA------------------------------AATTCAAA---TC-A-----------------------------CA---TCATGTTT----T---ATTA---TTTACACTAAATG------TTTTAA--C-A--TATTTAA
gi|16 : atcatt-TCTTGATGAAAT--------TATGGGGATGATTTAGAT-TGATCTGATTT----------TTTTTTTGATTTCTGCATCAAA-ACAACCTTATTTTGA-TTTCATGTTGTG-TATTGATA-G---TT--GTATGAATTTGAAA-CTCAA-AA-------------------------TCAT-GTCG-ATTT----T---ATTA---TTCAAACTCAAAG------Tcccccccccctcccaaaa
gi|17 : ttC-------CC----GGAA-----AACCTTGCATC----------------GC-TTCGTTC----------AATG-ATA--C--AATTT----TCCGTT-TTGTTTTT---------------------T-----CTTTTATT--TCAGTA------TGGT-ATACCTTCATTCAACAAATA--T---AATA--AATT
gi|18 : aggtataccaaaataccccctc-TCTTAACGAAAT--------TACAG---TGATTT-GAT-TGG-CTGA---A----AAAAATT-GTTTGATTTCTGCATGAAAGAAAACCTTACTTTGA-ATTCATGTCGTG-TATTGATACG---T
gi|19 : -----AACTTTGCATCA---------T---GCAC--ACGCGC----------GATG-ATG--C--AGTCC----ACTGG------CTTC---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATA-TTATATCCAACCAGAA--A---TATA--GATTAATTacaaaaaggcgaagttaacattg
gi|2 : catgaaaaaagcaggtTAAAATCC-ATA--G-TCTTGATGGAAT--------TGCAG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----TAA--TTTGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGG-ATTTATGTTGTG-TATTTATACA---TC--GTATGAATTTAAAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATGATATTT----T---ATCA---TTTAAAGTCAATGGTTTTTTTTTAACTCAATGTATTGAAA---TAAT-TAAATGATTAGGAATAAATTCA----------T--T---A-TTT-TTGTCGTT-GGCTGGA---------GG--TA--CC-----AC-CA-CC-------A--C-------CCGCTTGGAA-----AACTTTGCATCA---------T---ATGC-CACGCGC----------AATA-ATG--C--AGTTT----TCCAGG-TTGTTTTT---------------------T-----TTT---TC--TC---G------TGGT-AAACCATCATCCAACGAAAA--A---AAAA--AATTATTTATCccttaaat
gi|20 : AA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCGTACTTAACTT---ATTACTGTTTAAACTCA-T-------TTTTAA--AAA--AAA--AAA---T--T-TAAATGATAAGGAATAAATTCA----------T--C---T-TTT-CT-TCGTT-GAATGG
gi|21 : -------AATC-------CA----GGAA-----AA-TTTGCATCA---------T---GCGT-TACG-------------AA-A-ATG--T--TGTTT----TCCGGG-TT---------------------------T-----TTT---TT--CC---C------TGGT-AAACCTCTATCCAACGAAAA--A---AAA
gi|22 : aaaaAAATGACAAGGAATTAATTAA----------T--T---A-TTT-TT-TCGGT-GGATGGA---------GG--TA---T-----AC-CA-TG-------AACC-------CC----ttaat
gi|23 : -TATGCGC----------AATG-ATG--C--AGCTTATATTACGGC-TTCTTTTT---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATGCA-CCACCCAACG--AA--A---AAAA--AATCATTTcccccccccttaaaaaaacccaaaccaaacaaacacga
gi|24 : -ATCATGATT----T---ATTA---TTTAGACTCTGTG------TATTAG---AA--TATCTAAA---T-A--------ATAAGGAATGACTTTA----------T--C---A-TTT-TA-TCATT-cttaa
gi|25 : AGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-TCGTT-GAATGGA---------TGAATG--TT-----AT-CA-CA-------AAAG-------AC----GGAA-----AAC--TGCATCA---------T---
gi|26 : tcaTCA-GTTATG-TATTGATACG----C--GTATG-ATTCGAAACCTCAA-AA-------------------------TTAT-ATCGTGCAT----T---ATCA---TTTga
gi|27 : TAATTTTC-ATT--G-TCTTGATGAAATTACAGCAGTACGA---CGATTTTGAT-TGG-CCAA---A----Acataacatcaa
gi|28 : tcatt-------CC----GGAA-----AA---TGCATCAC--------T---GCGCGTA-GCGC-----------ATG-GTG--TAAAGTCTTGC-TCTGAG-TTTTTTg
gi|28 : gAA-----GACTTTACACCA---------T---GCGC-TACGCGC----------AGTG-ATG--C--A-TTT----TCCGGct
gi|3 : gaaaaaactcagagcTAATATTC-ATT--G-TATTGATGAAAC--------GATGG---CAATTTTGAT-TGG-CTGA---A----ACA--TTCTTTTGATTTCCGTATCAAAGAAAACCTGATTT----------------------ACAGG---TT--GTATGAAATT-AAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TTTGAACTCAATG------TTTTAA---AA--TAT-----------T-TAAATGATAAGGAATGAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-TCATT-GGATGGA---------GG--TA---T-----AC-CA-TG-------AAAA-------AC----AAAAATGATAACTGTGTTTCA---------T---ACGT-TACTCCC----------AATG-ATG--C--AGTTT----TGCAGGTTTGTTTTTCATTTTTGGGATTGGTTTTTTT-----TTT---TT--TT---G------TGCT-GTATCTCCATCCTATGAAAA--A---AATA--ct
gi|30 : TGATATTG-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---TGATTTTGAA-TGG-CTGA---A----AAcgaattcattccttgt
gi|31 : ttTAAAGAATGAATTTA----------T--T---A-GTT-TT-TCGTT-GGATGGA---------GG--TATGCC-----AC-
gi|4 : TTC-ACA--G-CCTTGGAAAAAT--------TACGG---CGATTTCGAT-TGG-CTGG---A----AAT--TTCTGTTGATTTCTGAATCAAAGCTAACTGGATTTCGA-CTTCATGTTGTG-AATTGATACG---TC--GTATAAGTTTGAAA-CTC-A-AA-------------------------CCA---------------T---ATTA---TTCAAACTCATTG------TTTTGA---AA--TATTTAAAAGTT-AT-TAAA
gi|4 : ATGGA---------GG--TA--TA-----AC--A-TG-------AAGAAAGATAACC----GGAA-----AATTTTGCATCA---------T---GAGC-TGCGCAC----------CAAG-ATC--C--AGGTT----TCAGTG-GTGTGATT---------------------TGGGGGTGG---GG--TG---GGGGGGGTGGT-ATACCACCATCCAGCGAAAA--ATATAATA--AATTcccaatccctcaacccccgggttaataatatggaggtataacatgaagaaagataaccggaaaattttgcatcatgagctgcgcaccaagatccaggtttcagtggtgtgatttgggggtggggtggggggggtggtataccaccatccagcgaaaaatataataaattcata
gi|5 : ttcacagccttggaaaaattacggcgatttcgattggctggaaatttctgttgatttctgaatcaaagctaactggatttcgacttcatgttgtgaattgatacgtcgtataagtttgaaactcaaaccatattattcaaactcattgttttgaaatatttaaaagttattaaacccaatccctcaacccccgggttaataatAGTATTT-ATACAG-TTGTGATGAAAT--------TATGG---TAATTTTGAT-TGA-CTGA---A----AAA--TTCATTTGATTTCTGCATAAAAGAAAAC-TGATTTTG---------TTGTG-TATTGATATG---TC--CTATGAATTTGAAA-TTC-A-TA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TCTAAACTCAATG------TTTTA-----------TTATA---T--T-TAAATGATGAGGAATAAATTCAATGACATACTT--T---A-TTT-TT---GTT-GGACATT---------GG--TA---T-----AC-CA-TGTAGA---AAAA-------AA----GAGA-----AACTTTGCATCA---------T---GCAC-TATGATC----------AATA-ATG--C--AGTTT-----------ATATTTTT------------------------------------------A------TGGT-TTACCTCTATCCAACAACAA--C---AAAA--AATGATTcata
gi|6 : taAATATTG-GTC--G-TCTTAATGAAGT--------TCCGG---TGATTTTGAT-TGG-TTGA---A----AAA--TATGTTTGATTTCCACATCAAAGAAAACCGGATTTTGA-TTTCATGCTGTG-T----ATACG---TCATATATGGGTTTGAAA-TAT-A-AAAATGGCGAAGTAACAATGTATCAACTCAT-ATAATGCTT----C---ATT--------AACTCAATG------TTTAAA------------AAA---A-GC-TAAATGATACAGAATATATTTA-------------T---A-ATC-TT-TCGTT-GGATGGATAAATACATTG--TA--CCCTTGAACATA-AA-------AATC-------TC----GGAA-----AACCTC-CGTCA---------T---Gaaaattcattcctt
gi|7 : tatcattcTAATATTC-ATA--G-CCTTGATGAAAT--------TACAG---TGATTCTGAT-TGG-TTGA---A----AAA--TTTGTTTGATTTCTGCATGAAAGAAAATCTGATTTTGA-CTTCATGTTTAA-TTTTGATACA---TG--GTACGAATGGAAAA-CTC-A-AA-------------------------TAAT-ATCATGTTT----T---ATTG---TTCAA-----------------------AA--CAT----G---T-AT----ATGATATGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-AT-TCATT-GAATGCA---------TG--TA---T-----AC-CA--A-------AAAA-------TT----AGAA-----AACTGTGCAT-----------------------GTGC----------AATG-AAG--C--AGATT----TCCAGG-------TT---------------------T-----TTT---TT--TC---AC-----TGAC-ATACCTCCATCCAATGAAAATTA---AGAA--GATTCTCTATCaaaatttcgaaaaactttctatcatgcgttgaacgcaatgatgcagt
gi|8 : tTGATATTC-A-A--GCTCTTGATGAAAT--------TGCTC---TGATTTTGAT-T----------------AA--TT----TGATTTCTGCAT-AAAATAAACTTTATTTTAA-TTT-ACGTCGTG-TATTGACATG---TC--GCATGAATTTTAAA-CTG-A-AA-------------------------GCGT-GTCATATTT----T---AATA---TTAACACTCGAC-------CTTTAA---AA--T-TGT---------T-TAAATGATAAAAAATAAA-TTA----------T--TTTCA-TTT-TC-TCGTT-GGATGAT---------GG--TA---T-----AC-CA-CGAA-----AAAC-------CC----AGAA-----AATATTGAATCA---------T---GCACTTACACGC------------------------GCT------------TTGTTTTG---------------------C-----TTT---TTAACC---G-------GAT-ATACC-CCATCCAACGAAAA--C---ATAATGAATTat
gi|9 : aattGTTTGATTTCTGCATTAAAGAAATCCTGATTTTGA-TTTCTTGTTGGG--AGTG--------------------TTGAAA--TC-A-AA-------------------------TGAT-ACCATGTTA----CGCAATTA---TTTAAACTCAATG------TTTTA-------------GAA---T-ATATAAATGATAAGGAAT-GATTT--------------------TTT-TT-TCGAT-GGGTTGA---------GG--TA---T-----AC-CA-TGATTCTAAAAACACACA--CC----CAAA-----CACCCC-CATCATCCCAACTCT---GCTT-TATGCACTAACCACAATAATGCATG--C--AGTTT----TCCGGG---GTTTTT---------------------T-----TTT---T
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CTTAACTCAGAAATCATGTTTATGATGATATATACAAAAAGGCGAAGTTAACA
Unaligned ( gi|32 ): ATGATCCTATAATGATATATACAAAAAGGCGAAGTTAACATTG
Unaligned ( gi|33 ): AAAATTGGGTACTAACAGTATTGGTGTAGCAATGTTAAA
Alignments
lowQualScore : 1111 2222222222222222222222222 555555555555555555 11111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222222222222222222222222222222222 1111111111
lowQualScore : 3 44 2 99999999 0000 2 2 444 5555 444 66 1 55 2 2 666666666 2 8 2 6666666666666666666666666 2 4444 333 444 777777 555 555555555555555555 0 9999999999 33 333 2 2 2 2 2 888 33333333333333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 333 0 2 0 5555 55 5555 999999999999999999999999999999999999999 555 44 8888888888 3 4 999999 1 66
lowQualScore : . .. . ........ .... . . ... .... ... .. . .. . . ......... . . . ......................... . .... ... ... ...... ... .................. . .......... .. ... . . . . . ... .............. ............................................................... . ... . . . .... .. .... ....................................... ... .. .......... . . ...... . ..
lowQualScore : 1 22 7 77777777 2222 7 7 777 7777 777 33 9 99 7 7 888888888 7 0 7 7777777777777777777777777 5 7777 999 111 222222 000 666666666666666666 2 7777777777 11 999 2 2 2 2 2 333 11111111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 777 1 2 6 0000 66 0000 777777777777777777777777777777777777777 000 66 5555555555 6 6 111111 4 11
consensus : TAATATTC-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGA-NTTCATGTTGTG-TATTGATACG---TC--GTATGAATTTGAAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCAATG------TTTTAA---AA--TA-T-T-AAA---T-ATTAAATGATAAGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-T-CGTT-GGATGGAGGTA---TAC--------------CA-CG-------AA-------A---------C-----CC----GGA---A---------------AACTTTGCATCAT---GCGC-TACGCGCAATG----ATG--CAGTTT----TCCGGG-TTGTTTTT---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATACCTCCATCCAACGAAAA--A---AAAA--AATTATTTATC
Reference ( family-795 ) : TAATATTC-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGA-NTTCATGTTGTG-TATTGATACG---TC--GTATGAATTTGAAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCAATG------TTTTAA---AA--TA-T-T-AAA---T-ATTAAATGATAAGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-T-CGTT-GGATGGAGGTA---TAC--------------CA-CG-------AA-------A---------C-----CC----GGA---A---------------AACTTTGCATCAT---GCGC-TACGCGCAATG----ATG--CAGTTT----TCCGGG-TTGTTTTT---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATACCTCCATCCAACGAAAA--A---AAAA--AATTATTTATC
gi|1 : TAATATTC-ATA--G-TCTTGAT------------------------------T-TCG-CTGA---A----AAA--TTCATTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACTCGATCCTGA-CT-CATGTTGTG-TATTGGTACA---TC--ATATGAATTTGAAA-C--------------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTT---TCTACACTCAATG------TT---A---AT--TA-TAT-AAA---TGATAAAATG-TAAGGAATAAATTCA----------T--C---A-TTT-TT-T--ATT-GGATAGAGGCA---TAT--------------CA-TA-------AA-------AAAAG-----T-----GC----ATA---A---------------AACTCTTCATCAT---GCAC-TACCNGC
gi|1 : cattTAAAGAATGAATTCA----------T--A---T-TTT-TT-T-CGTT-GGATGGAGGTAT--TAT--------------TA-TG-------AA-------AAGTAAAC--C-----CT----AGA---A---------------AAC--TGCATCATTTCACG--TA-GTGC-ATG----ATGAAGAGTTT----TCCGCA-CTTTTTTtcaggtgagctaaaaaagtgcggaaaactcttcatcatgcactacgtgaaatgatgcagttttctagggtttacttttcataataatacctccatccaacgaaaaaaatatgaattcattctttaa
gi|1 : catttaatattcatagtcttgatttcgctgaaaaattcatttgatttctgcatcaaagaaaactcgatcctgactcatgttgtgtattggtacatcatatgaatttgaaactcatatcatgttttattttctacactcaatgttaattatataaatgataaaatgtaaggaataaattcatcattttttattggatagaggcatatcataaaaaaagtgcataaaactcttcatcatgcactaccngctcaggtgagctC----GGA---A---------------AACTCTTCATCAT---GCAC-TACGTGAAATG----ATG--CAGTTT----TCTAGG---G---TT---------------------T-----ACT---TT--TC---A------TAATAATACCTCCATCCAACGAAAA--A---AAa
gi|10 : catttaatattcatagtcttgatttcgctgaaaaattcatttgatttctgcatcaaagaaaactcgatcctgactcatgttgtgtattggtacatcatatgaatttgaaactcatatcatgttttattttctacactcaatgttaattatataaatgataaaatgtaaggaataaattcatcattttttattggatagaggcatatcataaaaaaagtgcataaaactcttcatcatgcactaccngctcaggtgagctaaaaaagtgTAATGTTCTATA--G--CGTAATAAAAT--------TACAGAG-CAATTTTGTTCTGG-CTGA---A----AA---TTTGTTT-ATTTCTGCATCAAAGAAAACTCTATTGTAG-AAACGCATTGTGTTATTGACA-GAGTTC--ATAAGAATTTG-CA-CTC-GCAA-------------------------TCATCATCACACTT----T---tatgaattcattctttaa
gi|11 : ccatGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCAATG------CTTTAC---AA--------------------AAATTATAAGAAATAGATTTA----------T--T---A-TAT-TT-T--GTT-TGATGGAGGTA---TAC--------------CA-GGGGAAA--AA-------A---------C-----CC----TGG---A---------------AATTTTGCATCAT---GTGC-AACACGCAATG----ATG--CA-TCT----TCCAGG-TTTTTtacgaagaataaatttgtattttgttgttggatgaggtataactcctatctttaaaaaaacaaaaa
gi|12 : gagctATAAGGAATGAATTTA----------G--T---ATTTT-TT-T-CATTGGGACGAAGATA---CAC--------------CATCG-------GA-----------------------------GAA---G---------------AA---TGGA--AA---GA----ACGAACAAAG----ATGA-AAGTTT----TTT----TTGTTTTT---------------------C-----TTT---TT--ttaaggtcagaaatgtaaaattttactgacctcaataccaataataaa
gi|13 : aTTT----T---TTTA---TTTTA--TCATTA------TTTT---------TT-C-T-AA----T-ATTAAA-GATGAAGAATAGATTTA----------TATT---A-TTTGTT-T-TG---GGATGGAAAAA---TCC--------------CA-TG-------AA-------A---------AAATA-TC----GGA---A---------------AACGTTGCATCAT---GCGC-TATGTGCAATG----ATG--CAGTTT----TCC-----TCTCTCT---------------------T-----TTT---Tgaaactttggtttttgtttttttaaagataggagttatacctcatccaacaacaaaatacaaatttattcttcgt
gi|14 : ATTC-ATT--G-TCTTGATGAAAT--------TATGG---GGATTATGAT-TGA-CTGA---ATTTT-----TTTTTTTGATTTCTGCATCAAAGACAACCTTATTTTGA-TTTCATGTTGTG-TATTGATAGG---TT--GTATGAATTTGAAA-CTCAA-AA-------------------------TCAT-GTCGAGTTT----T---ATTA---TTCAAACTCAAAG------Tgattttggcatgatctttt
gi|15 : cTAATTTCC-ATG--G-TCTTGATGCAAT--------TACGA---TGACTTTGAT-TGA-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATT-----------GAAAACCTGATTTTGACATTCA------------------------------AATTCAAA---TC-A-----------------------------CA---TCATGTTT----T---ATTA---TTTACACTAAATG------TTTTAA---CA--TA-T-T-TAA---
gi|16 : atcatt-TCTTGATGAAAT--------TATGGGGATGATTTAGAT-TGATCTGATTT----------TTTTTTTGATTTCTGCATCAAA-ACAACCTTATTTTGA-TTTCATGTTGTG-TATTGATA-G---TT--GTATGAATTTGAAA-CTCAA-AA-------------------------TCAT-GTCG-ATTT----T---ATTA---TTCAAACTCAAAG------Tcccccccccctcccaaaa
gi|17 : ttAGGTA---TAC--------------CA----------AA-------ATACCCCCTCC-----CC----GGA---A---------------AACCTTGCATC-------GC-TTCGTTCAATG----ATA--CAATTT----TCCGTT-TTGTTTTT---------------------T-----CTTTTATT--TCAGTA------TGGT-ATACCTTCATTCAACAAATA--T---AATA--AATT
gi|18 : -TCTTAACGAAAT--------TACAG---TGATTT-GAT-TGG-CTGA---A----AAAAATT-GTTTGATTTCTGCATGAAAGAAAACCTTACTTTGA-ATTCATGTCGTG-TATTGATACG---T
gi|19 : ---------------AACTTTGCATCAT---GCAC--ACGCGCGATG----ATG--CAGTCC----ACTGG------CTTC---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATA-TTATATCCAACCAGAA--A---TATA--GATTAATTacaaaaaggcgaagttaacattg
gi|2 : catgaaaaaagcaggtTAAAATCC-ATA--G-TCTTGATGGAAT--------TGCAG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----TAA--TTTGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGG-ATTTATGTTGTG-TATTTATACA---TC--GTATGAATTTAAAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATGATATTT----T---ATCA---TTTAAAGTCAATGGTTTTTTTTTAACTCAATGTA-T-TGAAA---TAATTAAATGATTAGGAATAAATTCA----------T--T---A-TTT-TTGT-CGTT-GGCTGGAGGTAC--CAC--------------CA-C---------C-------A---------C-----CCGCTTGGA---A---------------AACTTTGCATCAT---ATGC-CACGCGCAATA----ATG--CAGTTT----TCCAGG-TTGTTTTT---------------------T-----TTT---TC--TC---G------TGGT-AAACCATCATCCAACGAAAA--A---AAAA--AATTATTTATCccttaaat
gi|20 : AA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCGTACTTAACTT---ATTACTGTTTAAACTCA-T-------TTTTAA---AA--AA-A-A-AAA---T--TTAAATGATAAGGAATAAATTCA----------T--C---T-TTT-CT-T-CGTT-GAATGG
gi|21 : -------AA-------A---------T-----CC----AGG---A---------------AAATTTGCATCAT---GCGT-TACG---AA-A----ATG--TTGTTT----TCCGGG-TT---------------------------T-----TTT---TT--CC---C------TGGT-AAACCTCTATCCAACGAAAA--A---AAA
gi|22 : aaaAAATGACAAGGAATTAATTAA----------T--T---A-TTT-TT-T-CGGT-GGATGGAGGTA---TAC--------------CA-TG-------AA-------C---------C-----CC----ttaat
gi|23 : -TATGCGCAATG----ATG--CAGCTTATATTACGGC-TTCTTTTT---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATGCA-CCACCCAACG--AA--A---AAAA--AATCATTTcccccccccttaaaaaaacccaaaccaaacaaacacga
gi|24 : -ATCATGATT----T---ATTA---TTTAGACTCTGTG------TATTAG---AA--TA-T------------CTAAATAATAAGGAATGACTTTA----------T--C---A-TTT-TA-T-CATT-cttaa
gi|25 : AGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-T-CGTT-GAATGGATGAATGTTAT--------------CA-CA-------AA-------A---------G-----AC----GGA---A---------------AAC--TGCATCAT---
gi|26 : tcaTCA-GTTATG-TATTGATACG----C--GTATG-ATTCGAAACCTCAA-AA-------------------------TTAT-ATCGTGCAT----T---ATCA---TTTga
gi|27 : TAATTTTC-ATT--G-TCTTGATGAAATTACAGCAGTACGA---CGATTTTGAT-TGG-CCAA---A----Acataacatcaa
gi|28 : tcatt-------AA-------A---------C-----TC----AGAGCAA---------------GACTTTACACCAT---GCGC-TACGCGCAGTG----ATG--CA-TTT----TCCGGg
gi|3 : gaaaTAATATTC-ATT--G-TATTGATGAAAC--------GATGG---CAATTTTGAT-TGG-CTGA---A----ACA--TTCTTTTGATTTCCGTATCAAAGAAAACCTGATTT----------------------ACAGG---TT--GTATGAAATT-AAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TTTGAACTCAATG------TTTTAA---AA--TA-T-T-----------TAAATGATAAGGAATGAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-T-CATT-GGATGGAGGTA---TAC--------------CA-TG-------AA-------A---------A-----AC----AAA---AATGAT----------AACTGTGTTTCAT---ACGT-TACTCCCAATG----ATG--CAGTTT----TGCAGGTTTGTTTTTCATTTTTGGGATTGGTTTTTTT-----TTT---TT--TT---G------TGCT-GTATCTCCATCCTATGAAAA--A---AATA--ct
gi|3 : ACAAGGAATGAATTCG----------T--T---A-TTT-TT-TTCATA-GGATGGAGATA---CAG--------------CA-CA-------AA-------A---------cgaattcattccttgt
gi|30 : taatattcattgtattgatgaaacgatggcaattttgattggctgaaacattcttttgatttccgtatcaaagaaaacctgatttacaggttgtatgaaattaaactcaaatcatatcatgttttattatttgaactcaatgttttaaaatatttaaatgataaggaatgaatttattattttttcattggatggaggtataccatgaaaaacaaaaatgataactgtgtttcatacgttactcccaatgatgcagttttgcaggtttgtttttcatttttgggattggttttttttttTGATATTG-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---TGATTTTGAA-TGG-CTGA---A----AA
gi|31 : ttTAAAGAATGAATTTA----------T--T---A-GTT-TT-T-CGTT-GGATGGAGGTA---TGC--------------CA-C
gi|4 : TTC-ACA--G-CCTTGGAAAAAT--------TACGG---CGATTTCGAT-TGG-CTGG---A----AAT--TTCTGTTGATTTCTGAATCAAAGCTAACTGGATTTCGA-CTTCATGTTGTG-AATTGATACG---TC--GTATAAGTTTGAAA-CTC-A-AA-------------------------CCA---------------T---ATTA---TTCAAACTCATTG------TTTTGA---AA--TATT-T-AAAAGTT-ATTAAA
gi|4 : ATGGAGGTA---TAA--------------CA-TG-------AAGAAAGATA---------A-----CC----GGA---A---------------AATTTTGCATCAT---GAGC-TGCGCACCAAG----ATC--CAGGTT----TCAGTG-GTGTGATT---------------------TGGGGGTGG---GG--TG---GGGGGGGTGGT-ATACCACCATCCAGCGAAAA--ATATAATA--AATTcccaatccctcaacccccgggttaataatatggaggtataacatgaagaaagataaccggaaaattttgcatcatgagctgcgcaccaagatccaggtttcagtggtgtgatttgggggtggggtggggggggtggtataccaccatccagcgaaaaatataataaattcata
gi|5 : ttcacagccttggaaaaattacggcgatttcgattggctggaaatttctgttgatttctgaatcaaagctaactggatttcgacttcatgttgtgaattgatacgtcgtataagtttgaaactcaaaccatattattcaaactcattgttttgaaatatttaaaagttattaaacccaatccctcaacccccgggttaataatAGTATTT-ATACAG-TTGTGATGAAAT--------TATGG---TAATTTTGAT-TGA-CTGA---A----AAA--TTCATTTGATTTCTGCATAAAAGAAAAC-TGATTTTG---------TTGTG-TATTGATATG---TC--CTATGAATTTGAAA-TTC-A-TA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TCTAAACTCAATG------TTT----------TA-T-T-ATA---T--TTAAATGATGAGGAATAAATTCAATGACATACTT--T---A-TTT-TT----GTT-GGACATTGGTA---TAC--------------CA-TGTAGA---AA-------A---------A-----AA----GAG---A---------------AACTTTGCATCAT---GCAC-TATGATCAATA----ATG--CAGTTT-----------ATATTTTT------------------------------------------A------TGGT-TTACCTCTATCCAACAACAA--C---AAAA--AATGATTcata
gi|6 : taAATATTG-GTC--G-TCTTAATGAAGT--------TCCGG---TGATTTTGAT-TGG-TTGA---A----AAA--TATGTTTGATTTCCACATCAAAGAAAACCGGATTTTGA-TTTCATGCTGTG-T----ATACG---TCATATATGGGTTTGAAA-TAT-A-AAAATGGCGAAGTAACAATGTATCAACTCAT-ATAATGCTT----C---ATT--------AACTCAATG-------TTTAA---AA---------AAA-----GCTAAATGATACAGAATATATTTA-------------T---A-ATC-TT-T-CGTT-GGATGGATAAA---TACATTGTACCCTTGAACA-TA-------AA-------AAT-------C-----TC----GGA---A---------------AACCTC-CGTCAT---Gaaaattcattcctt
gi|7 : tatcattcTAATATTC-ATA--G-CCTTGATGAAAT--------TACAG---TGATTCTGAT-TGG-TTGA---A----AAA--TTTGTTTGATTTCTGCATGAAAGAAAATCTGATTTTGA-CTTCATGTTTAA-TTTTGATACA---TG--GTACGAATGGAAAA-CTC-A-AA-------------------------TAAT-ATCATGTTT----T---ATTG-----------------------TTCAA---AA--CA-T-----G---T-AT---ATGATATGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-AT-T-CATT-GAATGCATGTA---TAC--------------CA--A-------AA-------A---------A-----TT----AGA---A---------------AACTGTGCAT--------------GTGCAATG----AAG--CAGATT----TCCAGG-------TT---------------------T-----TTT---TT--TC---AC-----TGAC-ATACCTCCATCCAATGAAAATTA---AGAA--GATTCTCTATCaaaatttcgaaaaactttctatcatgcgttgaacgcaatgatgcagt
gi|8 : tTGATATTC-A-A--GCTCTTGATGAAAT--------TGCTC---TGATTTTGAT-T----------------AA--TT----TGATTTCTGCAT-AAAATAAACTTTATTTTAA-TTT-ACGTCGTG-TATTGACATG---TC--GCATGAATTTTAAA-CTG-A-AA-------------------------GCGT-GTCATATTT----T---AATA---TTAACACTCGAC-------CTTTAA---AA--TT-G-T----------TTAAATGATAAAAAATAAA-TTA----------T--TTTCA-TTT-TC-T-CGTT-GGATGATGGTA---TAC--------------CA-CGAA-----AA-------A---------C-----CC----AGA---A---------------AATATTGAATCAT---GCACTTACACGC---------------GCT------------TTGTTTTG---------------------C-----TTT---TTAACC---G-------GAT-ATACC-CCATCCAACGAAAA--C---ATAATGAATTat
gi|9 : aattGTTTGATTTCTGCATTAAAGAAATCCTGATTTTGA-TTTCTTGTTGGG--AGTG--------------------TTGAAA--TC-A-AA-------------------------TGAT-ACCATGTTA----CGCAATTA---TTTAAACTCAATG------TTTTAG---AA--TA---T-A---------TAAATGATAAGGAAT-GATTT--------------------TTT-TT-T-CGAT-GGGTTGAGGTA---TAC--------------CA-TGATTCTAAAA-------A---------CACACACC----CAA---ACACCCCCATCATCCCAACTCTGCTTTAT---GCAC-TAACCACAATAATGCATG--CAGTTT----TCCGGG---GTTTTT---------------------T-----TTT---T
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CTTAACTCAGAAATCATGTTTATGATGATATATACAAAAAGGCGAAGTTAACA
Unaligned ( gi|32 ): ATGATCCTATAATGATATATACAAAAAGGCGAAGTTAACATTG
Unaligned ( gi|33 ): AAAATTGGGTACTAACAGTATTGGTGTAGCAATGTTAAA
Alignments
lowQualScore : 1111 2222222222222222222222222 555555555555555555 11111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222222222222222222222222222222222 1111111111
lowQualScore : 3 44 2 99999999 0000 2 2 444 5555 444 66 1 55 2 2 666666666 2 8 2 6666666666666666666666666 2 4444 333 444 777777 555 555555555555555555 0 9999999999 33 333 2 2 2 2 2 888 33333333333333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 333 0 2 0 5555 55 5555 999999999999999999999999999999999999999 555 44 8888888888 3 4 999999 1 66
lowQualScore : . .. . ........ .... . . ... .... ... .. . .. . . ......... . . . ......................... . .... ... ... ...... ... .................. . .......... .. ... . . . . . ... .............. ............................................................... . ... . . . .... .. .... ....................................... ... .. .......... . . ...... . ..
lowQualScore : 1 22 7 77777777 2222 7 7 777 7777 777 33 9 99 7 7 888888888 7 0 7 7777777777777777777777777 5 7777 999 111 222222 000 666666666666666666 2 7777777777 11 999 2 2 2 2 2 333 11111111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 777 1 2 6 0000 66 0000 777777777777777777777777777777777777777 000 66 5555555555 6 6 111111 4 11
consensus : TAATATTC-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGA-NTTCATGTTGTG-TATTGATACG---TC--GTATGAATTTGAAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCAATG------TTTTAA---AA--TA-T-T-AAA---T-ATTAAATGATAAGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-T-CGTT-GGATGGAGGTA---TAC--------------CA-CG-------AA-------A---------C-----CC----GGA---A---------------AACTTTGCATCAT---GCGC-TACGCGCAATG----ATG--CAGTTT----TCCGGG-TTGTTTTT---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATACCTCCATCCAACGAAAA--A---AAAA--AATTATTTATC
Reference ( family-795 ) : TAATATTC-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGA-NTTCATGTTGTG-TATTGATACG---TC--GTATGAATTTGAAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCAATG------TTTTAA---AA--TA-T-T-AAA---T-ATTAAATGATAAGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-T-CGTT-GGATGGAGGTA---TAC--------------CA-CG-------AA-------A---------C-----CC----GGA---A---------------AACTTTGCATCAT---GCGC-TACGCGCAATG----ATG--CAGTTT----TCCGGG-TTGTTTTT---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATACCTCCATCCAACGAAAA--A---AAAA--AATTATTTATC
gi|1 : TAATATTC-ATA--G-TCTTGAT------------------------------T-TCG-CTGA---A----AAA--TTCATTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACTCGATCCTGA-CT-CATGTTGTG-TATTGGTACA---TC--ATATGAATTTGAAA-C--------------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTT---TCTACACTCAATG------TT---A---AT--TA-TAT-AAA---TGATAAAATG-TAAGGAATAAATTCA----------T--C---A-TTT-TT-T--ATT-GGATAGAGGCA---TAT--------------CA-TA-------AA-------AAAAG-----T-----GC----ATA---A---------------AACTCTTCATCAT---GCAC-TACCNGC
gi|1 : cattTAAAGAATGAATTCA----------T--A---T-TTT-TT-T-CGTT-GGATGGAGGTAT--TAT--------------TA-TG-------AA-------AAGTAAAC--C-----CT----AGA---A---------------AAC--TGCATCATTTCACG--TA-GTGC-ATG----ATGAAGAGTTT----TCCGCA-CTTTTTTtcaggtgagctaaaaaagtgcggaaaactcttcatcatgcactacgtgaaatgatgcagttttctagggtttacttttcataataatacctccatccaacgaaaaaaatatgaattcattctttaa
gi|1 : catttaatattcatagtcttgatttcgctgaaaaattcatttgatttctgcatcaaagaaaactcgatcctgactcatgttgtgtattggtacatcatatgaatttgaaactcatatcatgttttattttctacactcaatgttaattatataaatgataaaatgtaaggaataaattcatcattttttattggatagaggcatatcataaaaaaagtgcataaaactcttcatcatgcactaccngctcaggtgagctC----GGA---A---------------AACTCTTCATCAT---GCAC-TACGTGAAATG----ATG--CAGTTT----TCTAGG---G---TT---------------------T-----ACT---TT--TC---A------TAATAATACCTCCATCCAACGAAAA--A---AAa
gi|10 : catttaatattcatagtcttgatttcgctgaaaaattcatttgatttctgcatcaaagaaaactcgatcctgactcatgttgtgtattggtacatcatatgaatttgaaactcatatcatgttttattttctacactcaatgttaattatataaatgataaaatgtaaggaataaattcatcattttttattggatagaggcatatcataaaaaaagtgcataaaactcttcatcatgcactaccngctcaggtgagctaaaaaagtgTAATGTTCTATA--G--CGTAATAAAAT--------TACAGAG-CAATTTTGTTCTGG-CTGA---A----AA---TTTGTTT-ATTTCTGCATCAAAGAAAACTCTATTGTAG-AAACGCATTGTGTTATTGACA-GAGTTC--ATAAGAATTTG-CA-CTC-GCAA-------------------------TCATCATCACACTT----T---tatgaattcattctttaa
gi|11 : ccatGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCAATG------CTTTAC---AA--------------------AAATTATAAGAAATAGATTTA----------T--T---A-TAT-TT-T--GTT-TGATGGAGGTA---TAC--------------CA-GGGGAAA--AA-------A---------C-----CC----TGG---A---------------AATTTTGCATCAT---GTGC-AACACGCAATG----ATG--CA-TCT----TCCAGG-TTTTTtacgaagaataaatttgtattttgttgttggatgaggtataactcctatctttaaaaaaacaaaaa
gi|12 : gagctATAAGGAATGAATTTA----------G--T---ATTTT-TT-T-CATTGGGACGAAGATA---CAC--------------CATCG-------GA-----------------------------GAA---G---------------AA---TGGA--AA---GA----ACGAACAAAG----ATGA-AAGTTT----TTT----TTGTTTTT---------------------C-----TTT---TT--ttaaggtcagaaatgtaaaattttactgacctcaataccaataataaa
gi|13 : aTTT----T---TTTA---TTTTA--TCATTA------TTTT---------TT-C-T-AA----T-ATTAAA-GATGAAGAATAGATTTA----------TATT---A-TTTGTT-T-TG---GGATGGAAAAA---TCC--------------CA-TG-------AA-------A---------AAATA-TC----GGA---A---------------AACGTTGCATCAT---GCGC-TATGTGCAATG----ATG--CAGTTT----TCC-----TCTCTCT---------------------T-----TTT---Tgaaactttggtttttgtttttttaaagataggagttatacctcatccaacaacaaaatacaaatttattcttcgt
gi|14 : ATTC-ATT--G-TCTTGATGAAAT--------TATGG---GGATTATGAT-TGA-CTGA---ATTTT-----TTTTTTTGATTTCTGCATCAAAGACAACCTTATTTTGA-TTTCATGTTGTG-TATTGATAGG---TT--GTATGAATTTGAAA-CTCAA-AA-------------------------TCAT-GTCGAGTTT----T---ATTA---TTCAAACTCAAAG------Tgattttggcatgatctttt
gi|15 : cTAATTTCC-ATG--G-TCTTGATGCAAT--------TACGA---TGACTTTGAT-TGA-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATT-----------GAAAACCTGATTTTGACATTCA------------------------------AATTCAAA---TC-A-----------------------------CA---TCATGTTT----T---ATTA---TTTACACTAAATG------TTTTAA---CA--TA-T-T-TAA---
gi|16 : atcatt-TCTTGATGAAAT--------TATGGGGATGATTTAGAT-TGATCTGATTT----------TTTTTTTGATTTCTGCATCAAA-ACAACCTTATTTTGA-TTTCATGTTGTG-TATTGATA-G---TT--GTATGAATTTGAAA-CTCAA-AA-------------------------TCAT-GTCG-ATTT----T---ATTA---TTCAAACTCAAAG------Tcccccccccctcccaaaa
gi|17 : ttAGGTA---TAC--------------CA----------AA-------ATACCCCCTCC-----CC----GGA---A---------------AACCTTGCATC-------GC-TTCGTTCAATG----ATA--CAATTT----TCCGTT-TTGTTTTT---------------------T-----CTTTTATT--TCAGTA------TGGT-ATACCTTCATTCAACAAATA--T---AATA--AATT
gi|18 : -TCTTAACGAAAT--------TACAG---TGATTT-GAT-TGG-CTGA---A----AAAAATT-GTTTGATTTCTGCATGAAAGAAAACCTTACTTTGA-ATTCATGTCGTG-TATTGATACG---T
gi|19 : ---------------AACTTTGCATCAT---GCAC--ACGCGCGATG----ATG--CAGTCC----ACTGG------CTTC---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATA-TTATATCCAACCAGAA--A---TATA--GATTAATTacaaaaaggcgaagttaacattg
gi|2 : catgaaaaaagcaggtTAAAATCC-ATA--G-TCTTGATGGAAT--------TGCAG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----TAA--TTTGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGG-ATTTATGTTGTG-TATTTATACA---TC--GTATGAATTTAAAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATGATATTT----T---ATCA---TTTAAAGTCAATGGTTTTTTTTTAACTCAATGTA-T-TGAAA---TAATTAAATGATTAGGAATAAATTCA----------T--T---A-TTT-TTGT-CGTT-GGCTGGAGGTAC--CAC--------------CA-C---------C-------A---------C-----CCGCTTGGA---A---------------AACTTTGCATCAT---ATGC-CACGCGCAATA----ATG--CAGTTT----TCCAGG-TTGTTTTT---------------------T-----TTT---TC--TC---G------TGGT-AAACCATCATCCAACGAAAA--A---AAAA--AATTATTTATCccttaaat
gi|20 : AA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCGTACTTAACTT---ATTACTGTTTAAACTCA-T-------TTTTAA---AA--AA-A-A-AAA---T--TTAAATGATAAGGAATAAATTCA----------T--C---T-TTT-CT-T-CGTT-GAATGG
gi|21 : -------AA-------A---------T-----CC----AGG---A---------------AAATTTGCATCAT---GCGT-TACG---AA-A----ATG--TTGTTT----TCCGGG-TT---------------------------T-----TTT---TT--CC---C------TGGT-AAACCTCTATCCAACGAAAA--A---AAA
gi|22 : aaaAAATGACAAGGAATTAATTAA----------T--T---A-TTT-TT-T-CGGT-GGATGGAGGTA---TAC--------------CA-TG-------AA-------C---------C-----CC----ttaat
gi|23 : -TATGCGCAATG----ATG--CAGCTTATATTACGGC-TTCTTTTT---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATGCA-CCACCCAACG--AA--A---AAAA--AATCATTTcccccccccttaaaaaaacccaaaccaaacaaacacga
gi|24 : -ATCATGATT----T---ATTA---TTTAGACTCTGTG------TATTAG---AA--TA-T------------CTAAATAATAAGGAATGACTTTA----------T--C---A-TTT-TA-T-CATT-cttaa
gi|25 : AGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-T-CGTT-GAATGGATGAATGTTAT--------------CA-CA-------AA-------A---------G-----AC----GGA---A---------------AAC--TGCATCAT---
gi|26 : tcaTCA-GTTATG-TATTGATACG----C--GTATG-ATTCGAAACCTCAA-AA-------------------------TTAT-ATCGTGCAT----T---ATCA---TTTga
gi|27 : TAATTTTC-ATT--G-TCTTGATGAAATTACAGCAGTACGA---CGATTTTGAT-TGG-CCAA---A----Acataacatcaa
gi|28 : tcatt-------AA-------A---------C-----TC----AGAGCAA---------------GACTTTACACCAT---GCGC-TACGCGCAGTG----ATG--CA-TTT----TCCGGg
gi|3 : gaaaTAATATTC-ATT--G-TATTGATGAAAC--------GATGG---CAATTTTGAT-TGG-CTGA---A----ACA--TTCTTTTGATTTCCGTATCAAAGAAAACCTGATTT----------------------ACAGG---TT--GTATGAAATT-AAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TTTGAACTCAATG------TTTTAA---AA--TA-T-T-----------TAAATGATAAGGAATGAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-T-CATT-GGATGGAGGTA---TAC--------------CA-TG-------AA-------A---------A-----AC----AAA---AATGAT----------AACTGTGTTTCAT---ACGT-TACTCCCAATG----ATG--CAGTTT----TGCAGGTTTGTTTTTCATTTTTGGGATTGGTTTTTTT-----TTT---TT--TT---G------TGCT-GTATCTCCATCCTATGAAAA--A---AATA--ct
gi|3 : ACAAGGAATGAATTCG----------T--T---A-TTT-TT-TTCATA-GGATGGAGATA---CAG--------------CA-CA-------AA-------A---------cgaattcattccttgt
gi|30 : taatattcattgtattgatgaaacgatggcaattttgattggctgaaacattcttttgatttccgtatcaaagaaaacctgatttacaggttgtatgaaattaaactcaaatcatatcatgttttattatttgaactcaatgttttaaaatatttaaatgataaggaatgaatttattattttttcattggatggaggtataccatgaaaaacaaaaatgataactgtgtttcatacgttactcccaatgatgcagttttgcaggtttgtttttcatttttgggattggttttttttttTGATATTG-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---TGATTTTGAA-TGG-CTGA---A----AA
gi|31 : ttTAAAGAATGAATTTA----------T--T---A-GTT-TT-T-CGTT-GGATGGAGGTA---TGC--------------CA-C
gi|4 : TTC-ACA--G-CCTTGGAAAAAT--------TACGG---CGATTTCGAT-TGG-CTGG---A----AAT--TTCTGTTGATTTCTGAATCAAAGCTAACTGGATTTCGA-CTTCATGTTGTG-AATTGATACG---TC--GTATAAGTTTGAAA-CTC-A-AA-------------------------CCA---------------T---ATTA---TTCAAACTCATTG------TTTTGA---AA--TATT-T-AAAAGTT-ATTAAA
gi|4 : ATGGAGGTA---TAA--------------CA-TG-------AAGAAAGATA---------A-----CC----GGA---A---------------AATTTTGCATCAT---GAGC-TGCGCACCAAG----ATC--CAGGTT----TCAGTG-GTGTGATT---------------------TGGGGGTGG---GG--TG---GGGGGGGTGGT-ATACCACCATCCAGCGAAAA--ATATAATA--AATTcccaatccctcaacccccgggttaataatatggaggtataacatgaagaaagataaccggaaaattttgcatcatgagctgcgcaccaagatccaggtttcagtggtgtgatttgggggtggggtggggggggtggtataccaccatccagcgaaaaatataataaattcata
gi|5 : ttcacagccttggaaaaattacggcgatttcgattggctggaaatttctgttgatttctgaatcaaagctaactggatttcgacttcatgttgtgaattgatacgtcgtataagtttgaaactcaaaccatattattcaaactcattgttttgaaatatttaaaagttattaaacccaatccctcaacccccgggttaataatAGTATTT-ATACAG-TTGTGATGAAAT--------TATGG---TAATTTTGAT-TGA-CTGA---A----AAA--TTCATTTGATTTCTGCATAAAAGAAAAC-TGATTTTG---------TTGTG-TATTGATATG---TC--CTATGAATTTGAAA-TTC-A-TA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TCTAAACTCAATG------TTT----------TA-T-T-ATA---T--TTAAATGATGAGGAATAAATTCAATGACATACTT--T---A-TTT-TT----GTT-GGACATTGGTA---TAC--------------CA-TGTAGA---AA-------A---------A-----AA----GAG---A---------------AACTTTGCATCAT---GCAC-TATGATCAATA----ATG--CAGTTT-----------ATATTTTT------------------------------------------A------TGGT-TTACCTCTATCCAACAACAA--C---AAAA--AATGATTcata
gi|6 : taAATATTG-GTC--G-TCTTAATGAAGT--------TCCGG---TGATTTTGAT-TGG-TTGA---A----AAA--TATGTTTGATTTCCACATCAAAGAAAACCGGATTTTGA-TTTCATGCTGTG-T----ATACG---TCATATATGGGTTTGAAA-TAT-A-AAAATGGCGAAGTAACAATGTATCAACTCAT-ATAATGCTT----C---ATT--------AACTCAATG-------TTTAA---AA---------AAA-----GCTAAATGATACAGAATATATTTA-------------T---A-ATC-TT-T-CGTT-GGATGGATAAA---TACATTGTACCCTTGAACA-TA-------AA-------AAT-------C-----TC----GGA---A---------------AACCTC-CGTCAT---Gaaaattcattcctt
gi|7 : tatcattcTAATATTC-ATA--G-CCTTGATGAAAT--------TACAG---TGATTCTGAT-TGG-TTGA---A----AAA--TTTGTTTGATTTCTGCATGAAAGAAAATCTGATTTTGA-CTTCATGTTTAA-TTTTGATACA---TG--GTACGAATGGAAAA-CTC-A-AA-------------------------TAAT-ATCATGTTT----T---ATTG-----------------------TTCAA---AA--CA-T-----G---T-AT---ATGATATGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-AT-T-CATT-GAATGCATGTA---TAC--------------CA--A-------AA-------A---------A-----TT----AGA---A---------------AACTGTGCAT--------------GTGCAATG----AAG--CAGATT----TCCAGG-------TT---------------------T-----TTT---TT--TC---AC-----TGAC-ATACCTCCATCCAATGAAAATTA---AGAA--GATTCTCTATCaaaatttcgaaaaactttctatcatgcgttgaacgcaatgatgcagt
gi|8 : tTGATATTC-A-A--GCTCTTGATGAAAT--------TGCTC---TGATTTTGAT-T----------------AA--TT----TGATTTCTGCAT-AAAATAAACTTTATTTTAA-TTT-ACGTCGTG-TATTGACATG---TC--GCATGAATTTTAAA-CTG-A-AA-------------------------GCGT-GTCATATTT----T---AATA---TTAACACTCGAC-------CTTTAA---AA--TT-G-T----------TTAAATGATAAAAAATAAA-TTA----------T--TTTCA-TTT-TC-T-CGTT-GGATGATGGTA---TAC--------------CA-CGAA-----AA-------A---------C-----CC----AGA---A---------------AATATTGAATCAT---GCACTTACACGC---------------GCT------------TTGTTTTG---------------------C-----TTT---TTAACC---G-------GAT-ATACC-CCATCCAACGAAAA--C---ATAATGAATTat
gi|9 : aattGTTTGATTTCTGCATTAAAGAAATCCTGATTTTGA-TTTCTTGTTGGG--AGTG--------------------TTGAAA--TC-A-AA-------------------------TGAT-ACCATGTTA----CGCAATTA---TTTAAACTCAATG------TTTTAG---AA--TA---T-A---------TAAATGATAAGGAAT-GATTT--------------------TTT-TT-T-CGAT-GGGTTGAGGTA---TAC--------------CA-TGATTCTAAAA-------A---------CACACACC----CAA---ACACCCCCATCATCCCAACTCTGCTTTAT---GCAC-TAACCACAATAATGCATG--CAGTTT----TCCGGG---GTTTTT---------------------T-----TTT---T
blockSeqs : T CA C TACAGCAG GGAT C T TTT TTTT AAA TG C CA C T GAGTTC C A C AATGGCGAAGTAACAATGTATCAAC C AACT GCA CTG GTTTTT CTC TGTATTGAAATAA ATGACATACT AT TTC T G G T G TGT ATTGTACCCTTGAA TGATTCTAAAAACACACACCCAAACACCCCCATCATCCC T TTC T ATGC A ATAT AGGTTTGTTTTTCATTTTTGGGATTGGTTTTTTT TTA AA GGGGGGG . T ATAT T TG
blockSeqs : . . . . AGC . . . . A TT C A T . CGTCAT . A . . . . . . . . TATTTAAAAGTTA . . . . . . . . T . TGAAAAGTAAACCCTAGAA T . . . . . GTGGTGTGATTTGGGGG . . AGTA . T TTA A .
blockSeqs : . . . . G . . . . A CG C T T . GGTT . A . . . . . . . . TTCTAATA . . . . . . . . C . AAATACCCCCTCCCCGGAA G . . . . . GTTTTGTTTTTT . . AC . A T A .
blockSeqs : . . . . T . . . . A TT G T T . CATC . . . . . . . . . . AAAAAAAT . . . . . . . . . . TGAAGAAAGATAACCGGAA C . . . . . AGGTTGTTTTTT . . G . T A A .
blockSeqs : . . . . T . . . . T TG C A T . GGTT . . . . . . . . . . TATTATAT . . . . . . . . . . GGGGAAAAAACCCTGGA T . . . . . GGCTTCTTTTTT . . G . T A T .
blockSeqs : . . . . C . . . . A CT C A T . CGTC . . . . . . . . . . CATGTA . . . . . . . . . . TGAAAAACAAAAATGAT T . . . . . GGGGTTTTTT . . C . A A T .
blockSeqs : . . . . C . . . . A CT C C T . TGTC . . . . . . . . . . TATT . . . . . . . . . . TGAAAAAATATCGGAA T . . . . . TTGTTTTTC . . G . T A A .
blockSeqs : . . . . C . . . . A CA A T T . CATG . . . . . . . . . . AAAG . . . . . . . . . . TGTAGAAAAAAAGAGA T . . . . . TTGTTTTGC . . G . T A A .
blockSeqs : . . . . T . . . . A TG C C C . TGTC . . . . . . . . . . TTGT . . . . . . . . . . CCACCCGCTTGGAA T . . . . . TCTCTCTT . . A . . C A
blockSeqs : . . . . C . . . . . TG G T T . GTT . . . . . . . . . . TATA . . . . . . . . . . TAAAAATCTCGGAA T . . . . . ATATTTTT . . G . . C
blockSeqs : . . . . T . . . . . G T T . . CGC . . . . . . . . . . TAT . . . . . . . . . . CGAAAAACCCAGAA T . . . . . GGCTTCT . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAAAAGACGGAA C . . . . . GGGTTT .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAAAATTAGAA T . . . . . AGGTTT .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCGGAGAAG A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : T*** TATA************** ** GGGTTGTTTTTT***************************
originalCons : TAATATTC-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---CGATTTTGAT-TGG-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGA-NTTCATGTTGTG-TATTGATACG---TC--GTATGAATTTGAAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCAATG------TTTTAA---AA--TA-T-T-AAA---T-ATTAAATGATAAGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-T-CGTT-GGATGGAGGTA---TAC--------------CA-CG-------AA-------A---------C-----CC----GGA---A---------------AACTTTGCATCAT---GCGC-TACGCGCAATG----ATG--CAGTTT----TCCGGG-TTGTTTTT---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATACCTCCATCCAACGAAAA--A---AAAA--AATTATTTATC
finalCons : TAATATTC-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGGT---GATTTTGAT-TGG-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATTTCTGCATCAAAGAAAACCTGATTTTGA-NTTCATGTTGTG-TATTGATACG---TC--GTATGAATTTGAAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCAATG------TTTTAA---AATATA--------------TTAAATGATAAGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-T-CGTT-GGATGGAGGTA---TAC--------------CA-CG-------AA-------A---------C-----CC----GGA---A---------------AACTTTGCATCAT---GCGC-TACGCGCAATG----ATG--CAGTTT----TCCGGGTTGTTTTTT---------------------------TTT---TT--TC---G------TGGT-ATACCTCCATCCAACGAAAA--A---AAAA--AATTATTTATC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CTTAACTCAGAAATCATGTTTATGATGATATATACAAAAAGGCGAAGTTAACA
Unaligned ( gi|32 ): ATGATCCTATAATGATATATACAAAAAGGCGAAGTTAACATTG
Unaligned ( gi|33 ): AAAATTGGGTACTAACAGTATTGGTGTAGCAATGTTAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 2222222222222222222222222 333333333333333 11111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222222222222222222222222222222222 1111111111
lowQualScore : 3 44 2 99999999 444 33 2 2 444 5555 666 88 2222222222 1 55 2 2 666666666 2 8 2 6666666666666666666666666 2 4444 333 444 33 777777 33 8888888 2 999999999999999 0 9999999999 33 333 2 2 2 2 2 888 33333333333333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 333 0 2 0 5555 55 5555 999999999999999999999999999999999999999 555 44 8888888888 3 4 999999 1 66
lowQualScore : . .. . ........ ... .. . . ... .... ... .. .......... . .. . . ......... . . . ......................... . .... ... ... .. ...... .. ....... . ............... . .......... .. ... . . . . . ... .............. ............................................................... . ... . . . .... .. .... ....................................... ... .. .......... . . ...... . ..
lowQualScore : 1 22 7 77777777 777 77 7 7 777 7777 555 22 5555555555 9 99 7 7 888888888 7 0 7 7777777777777777777777777 5 7777 999 111 44 222222 99 6666666 9 888888888888888 2 7777777777 11 999 2 2 2 2 2 333 11111111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 777 1 2 6 0000 66 0000 777777777777777777777777777777777777777 000 66 5555555555 6 6 111111 4 11
consensus : TAATATTC-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---CG--ATTTTGAT-TGG-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATTTCTGC----------ATCAAAGAAAACCTGATTTTGA-NTTCATGTTGTG-TATTGATACG---TC--GTATGAATTTGAAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCA--ATG------TT--TTA---A---AAT-AT---------A----TTAAATGATAAGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-T-CGTT-GGATGGAGGTA---TAC--------------CA-CG-------AA-------A---------C-----CC----GGA---A---------------AACTTTGCATCAT---GCGC-TACGCGCAATG----ATG--CAGTTT----TCCGGG-TTGTTTTT---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATACCTCCATCCAACGAAAA--A---AAAA--AATTATTTATC
Reference ( family-795 ) : TAATATTC-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---TG--ATTTTGAT-TGG-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATTTCTGC----------ATCAAAGAAAACCTGATTTTGA-NTTCATGTTGTG-TATTGATACG---TC--GTATGAATTTGAAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCA--ATG------TT--TTA---A---AAT-AT---------A----TTAAATGATAAGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-T-CGTT-GGATGGAGGTA---TAC--------------CA-CG-------AA-------A---------C-----CC----GGA---A---------------AACTTTGCATCAT---GCGC-TACGCGCAATG----ATG--CAGTTT----TCCGGG-TTGTTTTT---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATACCTCCATCCAACGAAAA--A---AAAA--AATTATTTATC
gi|1 : TAATATTC-ATA--G-TCTTGAT--------------------------------T-TCG-CTGA---A----AAA--TTCATTTGATTTCTGC----------ATCAAAGAAAACTCGATCCTGA-C-TCATGTTGTG-TATTGGTACA---TC--ATATGAATTTGAAA-C--------------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTT---TCTACACTCA--ATG------TTAATTATATA---AATGAT---------A------AAATG-TAAGGAATAAATTCA----------T--C---A-TTT-TT-T--ATT-GGATAGAGGCA---TAT--------------CA-TA-------AA-------AAAAG-----T-----GC----ATA---A---------------AACTCTTCATCAT---GCAC-TACCNGC
gi|1 : cattTAAAGAATGAATTCA----------T--A---T-TTT-TT-T-CGTT-GGATGGAGGTAT--TAT--------------TA-TG-------AA-------AAGTAAAC--C-----CT----AGA---A---------------AAC--TGCATCATTTCACG--TA-GTGC-ATG----ATGAAGAGTTT----TCCGCA-CTTTTTTtcaggtgagctaaaaaagtgcggaaaactcttcatcatgcactacgtgaaatgatgcagttttctagggtttacttttcataataatacctccatccaacgaaaaaaatatgaattcattctttaa
gi|1 : catttaatattcatagtcttgatttcgctgaaaaattcatttgatttctgcatcaaagaaaactcgatcctgactcatgttgtgtattggtacatcatatgaatttgaaactcatatcatgttttattttctacactcaatgttaattatataaatgataaaatgtaaggaataaattcatcattttttattggatagaggcatatcataaaaaaagtgcataaaactcttcatcatgcactaccngctcaggtgagctC----GGA---A---------------AACTCTTCATCAT---GCAC-TACGTGAAATG----ATG--CAGTTT----TCTAGG---G---TT---------------------T-----ACT---TT--TC---A------TAATAATACCTCCATCCAACGAAAA--A---AAa
gi|10 : catttaatattcatagtcttgatttcgctgaaaaattcatttgatttctgcatcaaagaaaactcgatcctgactcatgttgtgtattggtacatcatatgaatttgaaactcatatcatgttttattttctacactcaatgttaattatataaatgataaaatgtaaggaataaattcatcattttttattggatagaggcatatcataaaaaaagtgcataaaactcttcatcatgcactaccngctcaggtgagctaaaaaagtgTAATGTTCTATA--G--CGTAATAAAAT--------TACAG---AGCAATTTTGTTCTGG-CTGA---A----AA---TTTGTTT-ATTTCTGC----------ATCAAAGAAAACTCTATTGTAG-AAACGCATTGTGTTATTGACA-GAGTTC--ATAAGAATTTG-CA-CTC-GCAA-------------------------TCATCATCACACTT----T---tatgaattcattctttaa
gi|11 : ccatGTTT----T---ATTA---TTTAAACTCA--ATG------CT--TTA---C---AA--------------------AAATTATAAGAAATAGATTTA----------T--T---A-TAT-TT-T--GTT-TGATGGAGGTA---TAC--------------CA-GGGGAAA--AA-------A---------C-----CC----TGG---A---------------AATTTTGCATCAT---GTGC-AACACGCAATG----ATG--CA-TCT----TCCAGG-TTTTTtacgaagaataaatttgtattttgttgttggatgaggtataactcctatctttaaaaaaacaaaaa
gi|12 : gagctATAAGGAATGAATTTA----------G--T---ATTTT-TT-T-CATTGGGACGAAGATA---CAC--------------CATCG-------GA-----------------------------GAA---G---------------AA---TGGA--AA---GA----ACGAACAAAG----ATGA-AAGTTT----TTT----TTGTTTTT---------------------C-----TTT---TT--ttaaggtcagaaatgtaaaattttactgacctcaataccaataataaa
gi|13 : aTTT----T---TTTA---TTTTA--TCATTATT------TT--TTC---T---AAT-AT---------------TAAA-GATGAAGAATAGATTTA----------TATT---A-TTTGTT-T-TG---GGATGGAAAAA---TCC--------------CA-TG-------AA-------A---------AAATA-TC----GGA---A---------------AACGTTGCATCAT---GCGC-TATGTGCAATG----ATG--CAGTTT----TCC-----TCTCTCT---------------------T-----TTT---Tgaaactttggtttttgtttttttaaagataggagttatacctcatccaacaacaaaatacaaatttattcttcgt
gi|14 : ATTC-ATT--G-TCTTGATGAAAT--------TATGG---GG--ATTATGAT-TGA-CTGA---ATTTT-----TTTTTTTGATTTCTGC----------ATCAAAGACAACCTTATTTTGA-TTTCATGTTGTG-TATTGATAGG---TT--GTATGAATTTGAAA-CTCAA-AA-------------------------TCAT-GTCGAGTTT----T---ATTA---TTCAAACTCA--AAG------Tgattttggcatgatctttt
gi|15 : cTAATTTCC-ATG--G-TCTTGATGCAAT--------TACGA---TG--ACTTTGAT-TGA-CTGA---A----AAA--TTCGTTTGATT---------------------GAAAACCTGATTTTGACATTCA------------------------------AATTCAAA---TC-A-----------------------------CA---TCATGTTT----T---ATTA---TTTACACTAA--ATG------TT--TTA---A---CAT-AT--------------TTAA
gi|16 : atcatt-TCTTGATGAAAT--------TATGGGGATG--ATTTAGAT-TGATCTGATTT----------TTTTTTTGATTTCTGC----------ATCAAA-ACAACCTTATTTTGA-TTTCATGTTGTG-TATTGATA-G---TT--GTATGAATTTGAAA-CTCAA-AA-------------------------TCAT-GTCG-ATTT----T---ATTA---TTCAAACTCA--AAG------Tcccccccccctcccaaaa
gi|17 : ttAGGTA---TAC--------------CA----------AA-------ATACCCCCTCC-----CC----GGA---A---------------AACCTTGCATC-------GC-TTCGTTCAATG----ATA--CAATTT----TCCGTT-TTGTTTTT---------------------T-----CTTTTATT--TCAGTA------TGGT-ATACCTTCATTCAACAAATA--T---AATA--AATT
gi|18 : -TCTTAACGAAAT--------TACAG---TG--ATTT-GAT-TGG-CTGA---A----AAAAATT-GTTTGATTTCTGC----------ATGAAAGAAAACCTTACTTTGA-ATTCATGTCGTG-TATTGATACG---T
gi|19 : ---------------AACTTTGCATCAT---GCAC--ACGCGCGATG----ATG--CAGTCC----ACTGG------CTTC---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATA-TTATATCCAACCAGAA--A---TATA--GATTAATTacaaaaaggcgaagttaacattg
gi|2 : catgaaaaaagcaggtTAAAATCC-ATA--G-TCTTGATGGAAT--------TGCAG---CG--ATTTTGAT-TGG-CTGA---A----TAA--TTTGTTTGATTTCTGC----------ATCAAAGAAAACCTGATTTTGG-ATTTATGTTGTG-TATTTATACA---TC--GTATGAATTTAAAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATGATATTT----T---ATCA---TTTAAAGTCA--ATGGTTTTTTT--TTA---ACTCAAT-GTATTGAAATAA----TTAAATGATTAGGAATAAATTCA----------T--T---A-TTT-TTGT-CGTT-GGCTGGAGGTAC--CAC--------------CA-C---------C-------A---------C-----CCGCTTGGA---A---------------AACTTTGCATCAT---ATGC-CACGCGCAATA----ATG--CAGTTT----TCCAGG-TTGTTTTT---------------------T-----TTT---TC--TC---G------TGGT-AAACCATCATCCAACGAAAA--A---AAAA--AATTATTTATCccttaaat
gi|20 : AA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCGTACTTAACTT---ATTACTGTTTAAACTCA---T-------TT--TTA---A---AAA-AA---------AAAATTTAAATGATAAGGAATAAATTCA----------T--C---T-TTT-CT-T-CGTT-GAATGG
gi|21 : -------AA-------A---------T-----CC----AGG---A---------------AAATTTGCATCAT---GCGT-TACG---AA-A----ATG--TTGTTT----TCCGGG-TT---------------------------T-----TTT---TT--CC---C------TGGT-AAACCTCTATCCAACGAAAA--A---AAA
gi|22 : aaaAAATGACAAGGAATTAATTAA----------T--T---A-TTT-TT-T-CGGT-GGATGGAGGTA---TAC--------------CA-TG-------AA-------C---------C-----CC----ttaat
gi|23 : -TATGCGCAATG----ATG--CAGCTTATATTACGGC-TTCTTTTT---------------------T-----TTT---TT--TC---G------TGGT-ATGCA-CCACCCAACG--AA--A---AAAA--AATCATTTcccccccccttaaaaaaacccaaaccaaacaaacacga
gi|24 : -ATCATGATT----T---ATTA---TTTAGACTCT--GTG------TA--TTA---G---AAT-AT--------------CTAAATAATAAGGAATGACTTTA----------T--C---A-TTT-TA-T-CATT-cttaa
gi|25 : AGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-T-CGTT-GAATGGATGAATGTTAT--------------CA-CA-------AA-------A---------G-----AC----GGA---A---------------AAC--TGCATCAT---
gi|26 : tcaTCA-GTTATG-TATTGATACG----C--GTATG-ATTCGAAACCTCAA-AA-------------------------TTAT-ATCGTGCAT----T---ATCA---TTTga
gi|27 : TAATTTTC-ATT--G-TCTTGATGAAATTACAGCAGTACGA---CG--ATTTTGAT-TGG-CCAA---A----Acataacatcaa
gi|28 : tcatt-------AA-------A---------C-----TC----AGAGCAA---------------GACTTTACACCAT---GCGC-TACGCGCAGTG----ATG--CA-TTT----TCCGGg
gi|3 : gaaaTAATATTC-ATT--G-TATTGATGAAAC--------GATGG---CA--ATTTTGAT-TGG-CTGA---A----ACA--TTCTTTTGATTTCCGT----------ATCAAAGAAAACCTGATTT----------------------ACAGG---TT--GTATGAAATT-AAA-CTC-A-AA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TTTGAACTCA--ATG------TT--TTA---A---AAT-AT--------------TTAAATGATAAGGAATGAATTTA----------T--T---A-TTT-TT-T-CATT-GGATGGAGGTA---TAC--------------CA-TG-------AA-------A---------A-----AC----AAA---AATGAT----------AACTGTGTTTCAT---ACGT-TACTCCCAATG----ATG--CAGTTT----TGCAGGTTTGTTTTTCATTTTTGGGATTGGTTTTTTT-----TTT---TT--TT---G------TGCT-GTATCTCCATCCTATGAAAA--A---AATA--ct
gi|3 : ACAAGGAATGAATTCG----------T--T---A-TTT-TT-TTCATA-GGATGGAGATA---CAG--------------CA-CA-------AA-------A---------cgaattcattccttgt
gi|30 : taatattcattgtattgatgaaacgatggcaattttgattggctgaaacattcttttgatttccgtatcaaagaaaacctgatttacaggttgtatgaaattaaactcaaatcatatcatgttttattatttgaactcaatgttttaaaatatttaaatgataaggaatgaatttattattttttcattggatggaggtataccatgaaaaacaaaaatgataactgtgtttcatacgttactcccaatgatgcagttttgcaggtttgtttttcatttttgggattggttttttttttTGATATTG-ATA--G-TCTTGATGAAAT--------TACGG---TG--ATTTTGAA-TGG-CTGA---A----AA
gi|31 : ttTAAAGAATGAATTTA----------T--T---A-GTT-TT-T-CGTT-GGATGGAGGTA---TGC--------------CA-C
gi|4 : TTC-ACA--G-CCTTGGAAAAAT--------TACGG---CG--ATTTCGAT-TGG-CTGG---A----AA------------TTTCTGTTGATTTCTGAATCAAAGCTAACTGGATTTCGA-CTTCATGTTGTG-AATTGATACG---TC--GTATAAGTTTGAAA-CTC-A-AA-------------------------CCA---------------T---ATTA---TTCAAACTCA--TTG------TT--TTG---A---AAT-AT--------------TTAAA
gi|4 : ATGGAGGTA---TAA--------------CA-TG-------AAGAAAGATA---------A-----CC----GGA---A---------------AATTTTGCATCAT---GAGC-TGCGCACCAAG----ATC--CAGGTT----TCAGTG-GTGTGATT---------------------TGGGGGTGG---GG--TG---GGGGGGGTGGT-ATACCACCATCCAGCGAAAA--ATATAATA--AATTagttattaaacccaatccctcaacccccgggttaataatatggaggtataacatgaagaaagataaccggaaaattttgcatcatgagctgcgcaccaagatccaggtttcagtggtgtgatttgggggtggggtggggggggtggtataccaccatccagcgaaaaatataataaattcata
gi|5 : ttcacagccttggaaaaattacggcgatttcgattggctggaaatttctgttgatttctgaatcaaagctaactggatttcgacttcatgttgtgaattgatacgtcgtataagtttgaaactcaaaccatattattcaaactcattgttttgaaatatttaaaagttattaaacccaatccctcaacccccgggttaataatAGTATTT-ATACAG-TTGTGATGAAAT--------TATGG---TA--ATTTTGAT-TGA-CTGA---A----AAA--TTCATTTGATTTCTGC----------ATAAAAGAAAAC-TGATTTTG---------TTGTG-TATTGATATG---TC--CTATGAATTTGAAA-TTC-A-TA-------------------------TCAT-ATCATGTTT----T---ATTA---TCTAAACTCA--ATG------TT--TTA---T---TAT-AT--------------TTAAATGATGAGGAATAAATTCAATGACATACTT--T---A-TTT-TT----GTT-GGACATTGGTA---TAC--------------CA-TGTAGA---AA-------A---------A-----AA----GAG---A---------------AACTTTGCATCAT---GCAC-TATGATCAATA----ATG--CAGTTT-----------ATATTTTT------------------------------------------A------TGGT-TTACCTCTATCCAACAACAA--C---AAAA--AATGATTcata
gi|6 : taAATATTG-GTC--G-TCTTAATGAAGT--------TCCGG---TG--ATTTTGAT-TGG-TTGA---A----AAA--TATGTTTGATTTCCAC----------ATCAAAGAAAACCGGATTTTGA-TTTCATGCTGTG-T----ATACG---TCATATATGGGTTTGAAA-TAT-A-AAAATGGCGAAGTAACAATGTATCAACTCAT-ATAATGCTT----C---ATT--------AACTCA--ATG-------T--TTA---A---AAA-AA---------G----CTAAATGATACAGAATATATTTA-------------T---A-ATC-TT-T-CGTT-GGATGGATAAA---TACATTGTACCCTTGAACA-TA-------AA-------AAT-------C-----TC----GGA---A---------------AACCTC-CGTCAT---Gaaaattcattcctt
gi|7 : tatcattcTAATATTC-ATA--G-CCTTGATGAAAT--------TACAG---TG--ATTCTGAT-TGG-TTGA---A----AAA--TTTGTTTGATTTCTGC----------ATGAAAGAAAATCTGATTTTGA-CTTCATGTTTAA-TTTTGATACA---TG--GTACGAATGGAAAA-CTC-A-AA-------------------------TAAT-ATCATGTTT----T---ATTG---TTCAAA-------------------------A---CAT-GT---------A----T---ATGATATGGAATAAATTTA----------T--T---A-TTT-AT-T-CATT-GAATGCATGTA---TAC--------------CA--A-------AA-------A---------A-----TT----AGA---A---------------AACTGTGCAT--------------GTGCAATG----AAG--CAGATT----TCCAGG-------TT---------------------T-----TTT---TT--TC---AC-----TGAC-ATACCTCCATCCAATGAAAATTA---AGAA--GATTCTCTATCaaaatttcgaaaaactttctatcatgcgttgaacgcaatgatgcagt
gi|8 : tTGATATTC-A-A--GCTCTTGATGAAAT--------TGCTC---TG--ATTTTGAT-T----------------AA--TT----TGATTTCTGC----------AT-AAAATAAACTTTATTTTAA-TTT-ACGTCGTG-TATTGACATG---TC--GCATGAATTTTAAA-CTG-A-AA-------------------------GCGT-GTCATATTT----T---AATA---TTAACACTCG--AC-------CT--TTA---A---AAT--T---------GT---TTAAATGATAAAAAATAAA-TTA----------T--TTTCA-TTT-TC-T-CGTT-GGATGATGGTA---TAC--------------CA-CGAA-----AA-------A---------C-----CC----AGA---A---------------AATATTGAATCAT---GCACTTACACGC---------------GCT------------TTGTTTTG---------------------C-----TTT---TTAACC---G-------GAT-ATACC-CCATCCAACGAAAA--C---ATAATGAATTat
gi|9 : aattGTTTGATTTCTGC----------ATTAAAGAAATCCTGATTTTGA-TTTCTTGTTGGG--AGTG--------------------TTGAAA--TC-A-AA-------------------------TGAT-ACCATGTTA----CGCAATTA---TTTAAACTCA--ATG------TT--TTA---G---AAT-AT---------A-----TAAATGATAAGGAAT-GATTT--------------------TTT-TT-T-CGAT-GGGTTGAGGTA---TAC--------------CA-TGATTCTAAAA-------A---------CACACACC----CAA---ACACCCCCATCATCCCAACTCTGCTTTAT---GCAC-TAACCACAATAATGCATG--CAGTTT----TCCGGG---GTTTTT---------------------T-----TTT---T
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CTTAACTCAGAAATCATGTTTATGATGATATATACAAAAAGGCGAAGTTAACA
Unaligned ( gi|32 ): ATGATCCTATAATGATATATACAAAAAGGCGAAGTTAACATTG
Unaligned ( gi|33 ): AAAATTGGGTACTAACAGTATTGGTGTAGCAATGTTAAA