lowQualScore : 1 111111111 11 1111111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44444444444444444 111111 11111111 22222222222222222
lowQualScore : 2 2 2 111111111 44 6 5 777 00 44 7777777777 4 66666666 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 55 55 99 22222222222222222 000000 55 1 7777 55 3 44444444 666 5 55 55555555555555555 0
lowQualScore : . . . ......... .. . . ... .. .. .......... . ........ ................................................................... . . .. .. .. ................. ...... .. . .... .. . ........ ... . .. ................. .
lowQualScore : 3 7 9 444444444 55 7 0 555 99 99 0000000000 4 11111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 1 00 00 88 55555555555555555 555555 00 0 7777 00 6 77777777 444 9 00 55555555555555555 9
consensus : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCTATT-CC-GCTATTATTGTTTACGAAA-T--------AT-CTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAG--TCATAC--AGATGCGTACCGG----T--------AGT------TGTGTACATCTA--AATTAATGATCTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTACTT
Reference ( gi|14 ) : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCTATT-CC-GCTATTATTGTTTATGAAA-T--------AT-CTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAG--TCATAC--AAATGTGTACCGG----T--------AGT------TGTGTACATTTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACTT
gi|12 : TTGTAGATGACAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTGCTAAATCTATT-CCCGCTATTATTGTTTATGAAA-T--------AT-CTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCG-TAGTGTAAG--TCATAC--AAATGCGTACCGG----T--------AGT------TGTGTACATTTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--GT-TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACTT
gi|15 : TTGTAGATGGCAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTG-TAAATCTATTCCC-GCTATTATTGTTTATGAAA-T--------AT-CTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTC-GTAGTGTAAG--TCATAC--AAATGCGTACCGG----T--------AGT------TGTGTACATTTA--AATTAA-GATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTT-TTACTT
gi|13 : TTGTAGATG-AAA-ATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTTGTAAGTGCTAAATCTATC-CC-GCTATTATTGTTTATGAAA-T--------AT-CTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------TTG-ATCTCG-TAGTGTAAG--TCATAC--AAATGCGTACCGG----T--------AGT------TGTGTACATTTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--GT-TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-----------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACT
gi|16 : aggaTTGTAGGTG-CAATATTACCATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAACTAGCC-TAAGT------------------GT------AA-T--------AT-CCT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------ATATACCTATAAATATGCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAG--TCATAC--AAATGCGTA------------------GT------TGTGTACATTTA--AATTAATGATGTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACTT
gi|32 : aTTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCT
gi|33 : aTTGTAGATGGCAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTG-TA
gi|34 : TTGTAGATGACAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTG-
gi|2 : TTGTAGGTG-CAATATTACCATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAc
gi|3 : taataaaaccttctaacaattgcatacacaatgaaacgaacaatttttcatgcttcgctcggtattagtgtaaaacatttctttcatgataggaccccctagtccttaaaaatagaaactttgatgaaagaccatttatatctgccatctatgaattagacaaggggatattacttctctaaaaatagattagaactccgtaagtatgcatatttctccagcataaaagtaagaccttcccctgaaaataaactcagcatgaaaaattgttactcgttacgctgtaTTGTAGATG-CAACATTGCGATAGTGT-TCAACAAACAA-T---------GTC---TAAGTA-TAAactag
gi|5 : tgataaatgacttcttaaaattatacagataaataaattgttttgtattctattagtataaaacatctttttcatgatatgaccccctcccacttgaaatatagacattttgatgaaacgccatttatatctgccatttatgaattagacaaggggatattacttctctaaaataaaataaaaccacgtaagtgtgcatatttctccagcataacagtaagattttcccctgaaaataaactcagcatgtaacgctgttacaaaatgtactcgttacgatgtaTTGTAGATG-CAACATTGCGATAGTGT-TCAAACAACAA-T---------TCTAAGTA
gi|23 : tgataaatgacttctaaaattatacagataaataaattgttttattctattagtataaaacatctttttcatgatatgacccctcccacttgaaatatagacattttgatgaaacgccatttatatctgcatttattgaattagacaagggatattacttctctaaaataaaattaaaccacgtaagtgtgcatatttctccagcataacagtaagattttcccctgaaaataaactcagcatgtaacgctgttacaaaatgtactcgttacgatgtaTTGTAGATG-CAATATTGCTA
gi|7 : cgtaagtgtgcatatttctccagcattaattaagaccttcccctgaaaataaaatcagcatgaaaaacttactagttacgctgtaTTGTAGGCG-CAATATTACCATAATAT-TCagctgaaaagtttacaagcagtagtcccttaaccaccctcctctagtggctcggagac
gi|22 : acaatttcatatcgataaataaattgttttctattatattattattgtattagtaaaaacatttctttcatgataggacccctccccttgggaatagacactttgatgaagcaccatttttagctgccatttatggatttgacatggggggttaagtctaaaaaaaagattaaaaacttagtaagtgtgcatattttttccagtataaaatcaagaccttctcctgaaaataacctcaacatgaaacattgttgttcgttacgctgtaTTGGAGATG-CAATATTGCCATAATAT-ttatataaattggcgaa
gi|18 : cctaagagtgcatatttttcgaacataaaaataagatctagaccttatgaaaatacactcaacatgaaaatctgttactcgttcagatgttGTTATCATATATCAACAAACAAAT---------GCCTA---AGTG-TAGATCTATT-C--ATTCTTATCAATTACAAAAAT--------AG-CTTTTGAAATTCATGTTTTCATTGC--------------T---------------AT--------------GTACATGTACCTGTACATATCATG-ATCTCAGTAGTAATAG--TC-TAC--AGATG---AC-------T--------AAT------TGTGcattatcttgattgccgaatgggagcattattttatagaacgcgctgagggtc
gi|1 : gtgttggtgtgagtgtttgtatgttttaaa-TCAACAAACAA-TCCCCGCAATACCTAATA---G-TAAATCCACT-CC-ATTACTATTGAGTAC-AAA-TTTACCGCAAT-TTT--------CATGTTTTGATTGC--------------TTATATACCTGTAAACAT--------------GCA------------------CTG-AGCGCTGTAGTATCAG--TCATGT--CGATG------AA----T--------ATT------CATGTGAATCTA------AATGATTTCTGGTACATGTAAAATATTAAAATGA-TGC--AATG--TGTTGCATATACC---ATCCTTAC--TATATT-GGTTTGTTTTTGACATCAATATTTGTGGTATTTGCTACTTac
gi|26 : ttggtgggtggatgggttcttgttttattattcacata-TCAACACACAG-T---------GCCTA--AAGTT-TTAAACTATT-CC-ATTGTTATTATTTACAAAA----------ATACTA--------CATGTGTTGATTGC--------------T---------------AT--------------ggtatatgcagttctgggtatttttccccatttgaccatttctttgaatt
gi|9 : gtgggtgtgggtgtttgtatgttttaagatttccttaAAGAA-T---------GCCTA---AGTG-TAAATCTATT-CT-ACTATTTTTGATTACGAAA-T--------AT-TTT--------CATGTTTGGATTGCCATATACCTGTAAAT---------------AT--------------ACA------------------ACG-AGCTCGGTAATATAAG--TCATAC--AGATGCATAT------------------T------TGTGTACATCTA--AACTAATTATATCTA----GTA--AAGTATAGAAAGGG-TGCAAA--G--TGTTTTATAGACC---TTC---AT--T---TT----------------------TTTTTTGTGCTTGCTACTTatacttgta
gi|28 : gaagtgtaatacaaacgtgttgcatttgagtacaatgtacttgtgtttaaacttttgtgggtgttAAA-T--------AC-TTT--------CATGTTTTAATTGC--------------T---------------AT--------------ATAC-----------------ATGTACCT--GTAA-ATAAGAATGA-ACTTAGAAGTATACAGGTGTAT--------AAT------TGTGTACAcatacttgg
gi|8 : tacaa--------------T---------------AT--------------GCG------------------ATG-ATATCGGTATTGCAAG--TCGTAC--AAATGCATAT------------------T------TGTGTTCATTCA--AATTAGTGACCTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-T-T--A--G--TGTTTTATACACT---TCCAGAAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTATTT
gi|6 : atttttatatacctataaataattaag--------------T---------------AT--------------GCA------------------CTG-AACTCTGTAGTACAAT--AAATGC--AGTTGCATAT--G----T--------AGT-----------ACATCTA--AAT----GACCCATG----GTA--AGGTGTTCAAAGGG------A--G--------ATAAACTGTGTTCA------TATGTT-G---------------TTATGTTGGT-GCGCTTcatacttagttctttttttctattttcgtcaaatcctttgtttttctcttatgactgacacatgtatcaagctatctgtcgtgagataacagctgaataacagataataaccattataattgttttcaaattttctagcact
gi|17 : taatttgattgctatctatcaataaaG--TAATAC--AAACGTGTGACGT----TTTAATATGAGTACATTTTGTGTACATCTATAAATTAATTATCCCTC----TTA--AAGTATTGAAAGGG-TGT--AAAG--TGTTTCATAGAAC---TTCATTAT--TATAAT-G---------------TAATGTTTGCGGTGTTTGCCACTTtgatatgaatggtaatggcactaggcacttgatacatgtggttatttgtattttctttttgtccacgttttgagtcttttgtttccttggttccaactgtattaaacaattcgtcttgcgataaaaaagcaacactttaaaccgattactattatacttattatcacaactt
gi|31 : tatacctttttcacaaaaaggTGTCCATCTC--AATTA----TTTCTG----GTA--AGGTGATGAAAGGGATGTAAA--G--TGTTTCACATACC---TTCATTTT--TCTGGT-G---------------catacttgggacatgcagttttgtgtattttcctttcttct
gi|25 : TGTACATCTA------AATGATCTCTT----GCG--AGGTGTT-AAAAGG-TGT--A--AACTGTTTCATAGCCC---AT-ATTATCATATGTTCG---------------T-GTGTTT-TGGTatgtgctt
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TTTAGGAATCTCATTGAGCTTAGATATTTTACATGTTGTAAATAGGTTATATTGCTAGTCACTTCTGTTATTTTGTTCTCATATTAGTGTTCCTTCACAAGCAGAGAAACTTCCTATACACTACTTTTTGGTCAGAGTTATTTGCATTTCGTACAAAAACCGTTTCATGAAATGCCAACAGTATCAATATGTATTGTATCTCATTTAGACCCGAGACAAAATAGTGAGTTGCCTTTACAAGATTAATATACCTTTACAATATGAATATACCTTTTTCACAAAAAGGGTAATACAAACGTGTGACGTTTTAATATGAGTACATTTTGTGT
Unaligned ( gi|10 ): TGTTGTAGATAGGTTATATTGCAAGTCACTTCTCTTATGATTTTATTTTCATAATAGGGTTCCTCCACAAGCAGTGAAACTTCCTATATGCACTATGTTTTGGTCAGAGTTGTATGCATTTCATACAAAAAAAAACGTTTTGAAATGCAAACAGTAGCAATATGTATTGTGTCTCATTCATACTCAAGACAAAATAGTCAGTTGCCTTTACTATATTAATAGACCTTTTTCAAAAGAAGTTCAATACAAACGTGTTGCATATAAGTACAATGTACTTGTGTTTAAA
Unaligned ( gi|11 ): TGTTGTAAATATGTTACATGTGTATTCATTGCTGTCACTTCTGTTATGACTTTTTTCATATTAAAACTCCCTTACAAGGAGTGATAATTAGCATAGTTTTTGCATTGCATGCCAAATAAAATATAGAATACAAACAATACCAATATATATTGTGTCTCATACAAAATTGAGAAAACAACCTGTGAGTTTCCTTTGCATTATGAATAATTATTGAGCTTTTGCTAATGGAGTGTAATATAATGAGGACATAGTTTTAACAATTTCTT
Unaligned ( gi|19 ): TTTAGTACATGCAGTTTGTGAACTTTTCTTTCTTCTATTTTTTTGTCAAATTCTTTGTTTTTTCTCTTGATTGACACATGTATCAAGCTATCCGTCTTGCGATAGCAGCTGAATAACAGATAACTACCATTATAATTGTCTTCAAATTTTCAAGCACTACCAAAACTTGATCATTTCAAATAT
Unaligned ( gi|20 ): TTACAAGCAGTGAAAATTTTCCTACGTTTTGGCTAAAGTTATTTGCATTTTATACAAAAAATATATTTTCATGAAATGCAAACATTACCAGTACTCATGACAAAACATTGCTTGAGTTTCCTTCGCAATATCTTATGGAGTGTAACATCATGAAGATCTGCTTTTGACAACTTCC
Unaligned ( gi|21 ): CAAAAAAAAACACCAAACCAACCGTTCATAATGCAAACGTGTATTGTGTATCATTAGCCTCGAGACAACATGTTGATCGCCTTTACATATATGAATGACCTTAAATGTCACAAAAGGTATACAAAACCCTGTTAGATATAGCATAATTGTACTTGTCCCAGTTTAAACGT
Unaligned ( gi|24 ): TCCGTAAGTGTGCATATTTCTCCAGCATTAATTAAGACCTTCCCCTTGAAAATAAAATCAGCATGAAAAACTTACTAGTTACGCTGTATTGTAGATGCCAATTTTGCTAAGCTGAAAGTTTATCAAGCAGTAGTCCTTACCACCCTCCTCTATGGCTCGGAGA
Unaligned ( gi|27 ): GTGCATGCAGTTTTGTGAACTATTCTTTTTTTTTGTCAGTTTTTCCCCTCTTTTGATTGACACGTGTATCAAGCTATCCATCGTGCGATAACAGC
Unaligned ( gi|29 ): ATGCAGTTTTGTGAACTTTTCTTTCTTCTACTATTTGTCAAATTCTTTGTTTCTCTCTCTTGATTGACACATGTATCAAGCTAT
Unaligned ( gi|30 ): ACTTTCACGTTTTGACCACTATGTACCGCTAAATATGTAATCAACTCCGTAGTACACGTCTCATAGATGTACATACATGTAC
Unaligned ( gi|35 ): AATTTGACAAGGGGAGATTACTTCTCTAAAATTTCAGTAAGTGTATATAT
Alignments
lowQualScore : 1 111111111 11 11111111 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333 22222 22222222222222222
lowQualScore : 1 2 2 000000000 22 6 4 44 1 8 44444444 44444444 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 2 55 55 00000000 44 1 11 2 7777 44 3 00000 555 6 44 22222222222222222
lowQualScore : . . . ......... .. . . .. . . ........ ........ ................................................................... . . .. .. ........ .. . .. . .... .. . ..... ... . .. .................
lowQualScore : 4 5 7 777777777 22 2 4 66 9 0 55555555 55555555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 8 00 00 44444444 66 2 44 2 1111 66 3 99999 888 7 66 55555555555555555
consensus : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCTATT-CC-GCTATTATTGTTTACGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AGATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATCTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGTA--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTACTT
Reference ( family-7879 ) : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCTATT-CC-GCTATTATTGTTTACGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AGATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATCTA--AATTAATGATCTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGTA--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTACTT
gi|1 : -TCAACAAACAA-TCCCCGCAATACCTAATA---G-TAAATCCACT-CC-ATTACTATTGAGTAC-AAA-TTTACCGCAATTTT--------CATGTTTTGATTGC--------------TTATATACCTGTAAACAT--------------GCA------------------CTG-AGCGCTGTAGTATCAGTCAT--GT--CGATGAATAT----------TCATGTGAATCTA--AAT----GATTTCTGGTACATGTAAAATATTAAAATGA-TGCAATG--TGTTGCATATACC---ATCCTTAC--TATATT-GGTTTGTTTTTGACATCAATATTTGTGGTATTTGCTACTT
gi|12 : ttggtgggtggatgggttcttgttttattattcacataTTGTAGATGACAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTGCTAAATCTATT-CCCGCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCG-TAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGTA--GT-TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACTTggtatatgcagttctgggtatttttccccatttgaccatttctttgaatt
gi|13 : TTGTAGATG-AAA-ATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTTGTAAGTGCTAAATCTATC-CC-GCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------TTG-ATCTCG-TAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGTA--GT-TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-----------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACT
gi|14 : aggaTTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCTATT-CC-GCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGTGTACCGG----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGTA--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACTT
gi|15 : TTGTAGATGGCAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTG-TAAATCTATTCCC-GCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTC-GTAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAA-GATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGTA--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTT-TTACTT
gi|16 : TTGTAGGTG-CAATATTACCATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAACTAGCC-TAAGT------------------GT------AA-T--------ATCCT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------ATATACCTATAAATATGCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTA----------GTTGTGTACATTTA--AATTAATGATGTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGTA--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACTT
gi|17 : aTTGTGTACATCTATAAATTAATTATCCCTC----TTA--AAGTATTGAAAGGG-TGTAAAG--TGTTTCATAGAAC---TTCATTAT--TATAAT-G---------------TAATGTTTGCGGTGTTTGCCACTT
gi|18 : tatacctttttcacaaaaagggtaatacaaacgtgtgacgttttaatatgagtacattGTTATCATATATCAACAAACAAAT---------GCCTA---AGTG-TAGATCTATT-C--ATTCTTATCAATTACAAAAAT--------AGCTTTTGAAATTCATGTTTTCATTGC--------------T---------------AT--------------GTACATGTACCTGTACATATCATG-ATCTCAGTAGTAATAGTC-T--AC--AGATG---AC-------TAATTGTGcatacttgggacatgcagttttgtgtattttcctttcttct
gi|2 : gtgttggtgtgagtgtttgtatgttttaaaTTGTAGGTG-CAATATTACCATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAac
gi|22 : taataaaaccttctaacaattgcatacacaatgaaacgaacaatttttcatgcttcgctcggtattagtgtaaaacatttctttcatgataggaccccctagtccttaaaaatagaaactttgatgaaagaccatttatatctgccatctatgaattagacaaggggatattacttctctaaaaatagattagaactccgtaagtatgcatatttctccagcataaaagtaagaccttcccctgaaaataaactcagcatgaaaaattgttactcgttacgctgtaTTGGAGATG-CAATATTGCCATAATAT-actag
gi|23 : cctaagagtgcatatttttcgaacataaaaataagatctagaccttatgaaaatacactcaacatgaaaatctgttactcgttcagatgttTTGTAGATG-CAATATTGCTAcattatcttgattgccgaatgggagcattattttatagaacgcgctgagggtc
gi|25 : cgtaagtgtgcatatttctccagcattaattaagaccttcccctgaaaataaaatcagcatgaaaaacttactagttacgctgtaTGTACATCTA--AAT----GATCTCTT----GCG--AGGTGTT-AAAAGG-TGTA--AACTGTTTCATAGCCC---AT-ATTATCATATGTTCG---------------T-GTGTTT-TGGTagctgaaaagtttacaagcagtagtcccttaaccaccctcctctagtggctcggagac
gi|26 : -TCAACACACAG-T---------GCCTA--AAGTT-TTAAACTATT-CC-ATTGTTATTATTTACAAAAAT--------A-CTA--------CATGTGTTGATTGC--------------T---------------AT--------------atgaatattagtacttagcattagctacttgatacatgtagttatgtgtatt
gi|28 : gtgggtgtgggtgtttgtatgttttaagatttccttaAAA-T--------ACTTT--------CATGTTTTAATTGC--------------T---------------AT--------------ATAC-----------------ATGTACCT--GTAA-ATAAG-AATGAACTTAGAAGTATACAGGTGTATAATTGTGTACAatacttgta
gi|3 : tacaaTTGTAGATG-CAACATTGCGATAGTGT-TCAACAAACAA-T---------GTC---TAAGTA-TAA
gi|31 : tgataaatgacttcttaaaattatacagataaataaattgttttgtattctattagtataaaacatctttttcatgatatgaccccctcccacttgaaatatagacattttgatgaaacgccatttatatctgccatttatgaattagacaaggggatattacttctctaaaataaaataaaaccacgtaagtgtgcatatttctccagcataacagtaagattttcccctgaaaataaactcagcatgtaacgctgttacaaaatgtactcgttacgatgtaTGTCCATCTC--AATTA----TTTCTG----GTA--AGGTGATGAAAGGGATGTAAAG--TGTTTCACATACC---TTCATTTT--TCTGGT-G---------------
gi|32 : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCTatgtgctt
gi|33 : aTTGTAGATGGCAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTG-TA
gi|34 : TTGTAGATGACAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTG-
gi|5 : TTGTAGATG-CAACATTGCGATAGTGT-TCAAACAACAA-T---------TCTAAGTAc
gi|6 : tgataaatgacttctaaaattatacagataaataaattgttttattctattagtataaaacatctttttcatgatatgacccctcccacttgaaatatagacattttgatgaaacgccatttatatctgcatttattgaattagacaagggatattacttctctaaaataaaattaaaccacgtaagtgtgcatatttctccagcataacagtaagattttcccctgaaaataaactcagcatgtaacgctgttacaaaatgtactcgttacgatgta--------------T---------------AT--------------GCA------------------CTG-AACTCTGTAGTACAATAAAT--GC--AGTTGCATAT--G----TAGT-----ACATCTA------AATGACCCATG----GTA--AGGTGTTCAAAGGG----A--G--------ATAAACTGTGTTCA------TATGTT-G---------------TTATGTTGGT-GCGCTT
gi|7 : taatttgattgctatctatcaataaaTTGTAGGCG-CAATATTACCATAATAT-TCtgatatgaatggtaatggcactaggcacttgatacatgtggttatttgtattttctttttgtccacgttttgagtcttttgtttccttggttccaactgtattaaacaattcgtcttgcgataaaaaagcaacactttaaaccgattactattatacttattatcacaactt
gi|8 : acaatttcatatcgataaataaattgttttctattatattattattgtattagtaaaaacatttctttcatgataggacccctccccttgggaatagacactttgatgaagcaccatttttagctgccatttatggatttgacatggggggttaagtctaaaaaaaagattaaaaacttagtaagtgtgcatattttttccagtataaaatcaagaccttctcctgaaaataacctcaacatgaaacattgttgttcgttacgctgta--------------T---------------AT--------------GCG------------------ATG-ATATCGGTATTGCAAGTCGT--AC--AAATGCATAT----------TTGTGTTCATTCA--AATTAGTGACCTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-T-TA--G--TGTTTTATACACT---TCCAGAAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTATTTttatataaattggcgaa
gi|9 : atttttatatacctataaataattaagAAGAA-T---------GCCTA---AGTG-TAAATCTATT-CT-ACTATTTTTGATTACGAAA-T--------ATTTT--------CATGTTTGGATTGCCATATACCTGTAAAT---------------AT--------------ACA------------------ACG-AGCTCGGTAATATAAGTCAT--AC--AGATGCATAT----------TTGTGTACATCTA--AACTAATTATATCTA----GTA--AAGTATAGAAAGGG-TGCAAAG--TGTTTTATAGACC---TTCA---T--T---TT----------------------TTTTTTGTGCTTGCTACTTcatacttagttctttttttctattttcgtcaaatcctttgtttttctcttatgactgacacatgtatcaagctatctgtcgtgagataacagctgaataacagataataaccattataattgttttcaaattttctagcact
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TTTAGGAATCTCATTGAGCTTAGATATTTTACATGTTGTAAATAGGTTATATTGCTAGTCACTTCTGTTATTTTGTTCTCATATTAGTGTTCCTTCACAAGCAGAGAAACTTCCTATACACTACTTTTTGGTCAGAGTTATTTGCATTTCGTACAAAAACCGTTTCATGAAATGCCAACAGTATCAATATGTATTGTATCTCATTTAGACCCGAGACAAAATAGTGAGTTGCCTTTACAAGATTAATATACCTTTACAATATGAATATACCTTTTTCACAAAAAGGGTAATACAAACGTGTGACGTTTTAATATGAGTACATTTTGTGT
Unaligned ( gi|10 ): TGTTGTAGATAGGTTATATTGCAAGTCACTTCTCTTATGATTTTATTTTCATAATAGGGTTCCTCCACAAGCAGTGAAACTTCCTATATGCACTATGTTTTGGTCAGAGTTGTATGCATTTCATACAAAAAAAAACGTTTTGAAATGCAAACAGTAGCAATATGTATTGTGTCTCATTCATACTCAAGACAAAATAGTCAGTTGCCTTTACTATATTAATAGACCTTTTTCAAAAGAAGTTCAATACAAACGTGTTGCATATAAGTACAATGTACTTGTGTTTAAA
Unaligned ( gi|11 ): TGTTGTAAATATGTTACATGTGTATTCATTGCTGTCACTTCTGTTATGACTTTTTTCATATTAAAACTCCCTTACAAGGAGTGATAATTAGCATAGTTTTTGCATTGCATGCCAAATAAAATATAGAATACAAACAATACCAATATATATTGTGTCTCATACAAAATTGAGAAAACAACCTGTGAGTTTCCTTTGCATTATGAATAATTATTGAGCTTTTGCTAATGGAGTGTAATATAATGAGGACATAGTTTTAACAATTTCTT
Unaligned ( gi|19 ): TTTAGTACATGCAGTTTGTGAACTTTTCTTTCTTCTATTTTTTTGTCAAATTCTTTGTTTTTTCTCTTGATTGACACATGTATCAAGCTATCCGTCTTGCGATAGCAGCTGAATAACAGATAACTACCATTATAATTGTCTTCAAATTTTCAAGCACTACCAAAACTTGATCATTTCAAATAT
Unaligned ( gi|20 ): TTACAAGCAGTGAAAATTTTCCTACGTTTTGGCTAAAGTTATTTGCATTTTATACAAAAAATATATTTTCATGAAATGCAAACATTACCAGTACTCATGACAAAACATTGCTTGAGTTTCCTTCGCAATATCTTATGGAGTGTAACATCATGAAGATCTGCTTTTGACAACTTCC
Unaligned ( gi|21 ): CAAAAAAAAACACCAAACCAACCGTTCATAATGCAAACGTGTATTGTGTATCATTAGCCTCGAGACAACATGTTGATCGCCTTTACATATATGAATGACCTTAAATGTCACAAAAGGTATACAAAACCCTGTTAGATATAGCATAATTGTACTTGTCCCAGTTTAAACGT
Unaligned ( gi|24 ): TCCGTAAGTGTGCATATTTCTCCAGCATTAATTAAGACCTTCCCCTTGAAAATAAAATCAGCATGAAAAACTTACTAGTTACGCTGTATTGTAGATGCCAATTTTGCTAAGCTGAAAGTTTATCAAGCAGTAGTCCTTACCACCCTCCTCTATGGCTCGGAGA
Unaligned ( gi|27 ): GTGCATGCAGTTTTGTGAACTATTCTTTTTTTTTGTCAGTTTTTCCCCTCTTTTGATTGACACGTGTATCAAGCTATCCATCGTGCGATAACAGC
Unaligned ( gi|29 ): ATGCAGTTTTGTGAACTTTTCTTTCTTCTACTATTTGTCAAATTCTTTGTTTCTCTCTCTTGATTGACACATGTATCAAGCTAT
Unaligned ( gi|30 ): ACTTTCACGTTTTGACCACTATGTACCGCTAAATATGTAATCAACTCCGTAGTACACGTCTCATAGATGTACATACATGTAC
Unaligned ( gi|35 ): AATTTGACAAGGGGAGATTACTTCTCTAAAATTTCAGTAAGTGTATATAT
Alignments
lowQualScore : 1 111111111 11 11111111 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333 11111 22222222222222222
lowQualScore : 1 2 2 000000000 22 6 99 1 8 44444444 44444444 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 55 55 00000000 44 0 7777 44 3 44 66666 555 6 44 22222222222222222
lowQualScore : . . . ......... .. . .. . . ........ ........ ................................................................... . . .. .. ........ .. . .... .. . .. ..... ... . .. .................
lowQualScore : 4 5 7 777777777 22 2 00 9 0 55555555 55555555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 6 00 00 44444444 66 2 1111 66 3 66 33333 888 7 66 55555555555555555
consensus : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCTATTCC-GCTATTATTGTTTACGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AGATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATCTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTACTT
Reference ( family-7879 ) : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCTATTCC-GCTATTATTGTTTACGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AGATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATCTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTACTT
gi|1 : -TCAACAAACAA-TCCCCGCAATACCTAATA---G-TAAATCCACTCC-ATTACTATTGAGTAC-AAA-TTTACCGCAATTTT--------CATGTTTTGATTGC--------------TTATATACCTGTAAACAT--------------GCA------------------CTG-AGCGCTGTAGTATCAGTCAT--GT--CGATGAATAT----------TCATGTGAATCTA--AAT----GATTTCTGGTACATGTAAAATATTAAAATGA-TGC--AATG--TGTTGCATATACC---ATCCTTAC--TATATT-GGTTTGTTTTTGACATCAATATTTGTGGTATTTGCTACTT
gi|12 : ttggtgggtggatgggttcttgttttattattcacataTTGTAGATGACAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTGCTAAATCTATTCCCGCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCG-TAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--GT-TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACTTggtatatgcagttctgggtatttttccccatttgaccatttctttgaatt
gi|13 : TTGTAGATG-AAA-ATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTTGTAAGTGCTAAATCTATCCC-GCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------TTG-ATCTCG-TAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--GT-TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-----------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACT
gi|14 : aggaTTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCTATTCC-GCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGTGTACCGG----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACTT
gi|15 : TTGTAGATGGCAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTG-TAAATCTATTCCCGCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCG-TAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAA-GATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTT-TTACTT
gi|16 : TTGTAGGTG-CAATATTACCATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAACTAGCC-TAAGT-----------------GT------AA-T--------ATCCT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------ATATACCTATAAATATGCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTA----------GTTGTGTACATTTA--AATTAATGATGTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACTT
gi|17 : aTTGTGTACATCTATAAATTAATTATCCCTC----TTA--AAGTATTGAAAGGG-TGT--AAAG--TGTTTCATAGAAC---TTCATTAT--TATAAT-G---------------TAATGTTTGCGGTGTTTGCCACTT
gi|18 : tatacctttttcacaaaaagggtaatacaaacgtgtgacgttttaatatgagtacattGTTATCATATATCAACAAACAAAT---------GCCTA---AGTG-TAGATCTATTC--ATTCTTATCAATTACAAAAAT--------AGCTTTTGAAATTCATGTTTTCATTGC--------------T---------------AT--------------GTACATGTACCTGTACATATCATG-ATCTCAGTAGTAATAGTC-T--AC--AGATG---AC-------TAATTGTGcatacttgggacatgcagttttgtgtattttcctttcttct
gi|2 : gtgttggtgtgagtgtttgtatgttttaaaTTGTAGGTG-CAATATTACCATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAac
gi|22 : taataaaaccttctaacaattgcatacacaatgaaacgaacaatttttcatgcttcgctcggtattagtgtaaaacatttctttcatgataggaccccctagtccttaaaaatagaaactttgatgaaagaccatttatatctgccatctatgaattagacaaggggatattacttctctaaaaatagattagaactccgtaagtatgcatatttctccagcataaaagtaagaccttcccctgaaaataaactcagcatgaaaaattgttactcgttacgctgtaTTGGAGATG-CAATATTGCCATAATAT-actag
gi|23 : cctaagagtgcatatttttcgaacataaaaataagatctagaccttatgaaaatacactcaacatgaaaatctgttactcgttcagatgttTTGTAGATG-CAATATTGCTAcattatcttgattgccgaatgggagcattattttatagaacgcgctgagggtc
gi|25 : cgtaagtgtgcatatttctccagcattaattaagaccttcccctgaaaataaaatcagcatgaaaaacttactagttacgctgtaTGTACATCTA------AATGATCTCTT----GCG--AGGTGTT-AAAAGG-TGT--A--AACTGTTTCATAGCCC---AT-ATTATCATATGTTCG---------------T-GTGTTT-TGGTagctgaaaagtttacaagcagtagtcccttaaccaccctcctctagtggctcggagac
gi|26 : -TCAACACACAG-T---------GCCTA--AAGTT-TTAAACTATTCC-ATTGTTATTATTTACAAAAAT--------A-CTA--------CATGTGTTGATTGC--------------T---------------AT--------------atgaatattagtacttagcattagctacttgatacatgtagttatgtgtatt
gi|28 : gtgggtgtgggtgtttgtatgttttaagatttccttaAAA-T--------ACTTT--------CATGTTTTAATTGC--------------T---------------AT--------------ATAC-----------------ATGTACCT--GTAA-ATAAG-AATGAACTTAGAAGTATACAGGTGTATAATTGTGTACAatacttgta
gi|3 : tacaaTTGTAGATG-CAACATTGCGATAGTGT-TCAACAAACAA-T---------GTC---TAAGTA-TAA
gi|31 : tgataaatgacttcttaaaattatacagataaataaattgttttgtattctattagtataaaacatctttttcatgatatgaccccctcccacttgaaatatagacattttgatgaaacgccatttatatctgccatttatgaattagacaaggggatattacttctctaaaataaaataaaaccacgtaagtgtgcatatttctccagcataacagtaagattttcccctgaaaataaactcagcatgtaacgctgttacaaaatgtactcgttacgatgtaTGTCCATCTC--AATTA----TTTCTG----GTA--AGGTGATGAAAGGGATGTAAA--G--TGTTTCACATACC---TTCATTTT--TCTGGT-G---------------
gi|32 : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCTatgtgctt
gi|33 : aTTGTAGATGGCAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTG-TA
gi|34 : TTGTAGATGACAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTG-
gi|5 : TTGTAGATG-CAACATTGCGATAGTGT-TCAAACAACAA-T---------TCTAAGTAc
gi|6 : tgataaatgacttctaaaattatacagataaataaattgttttattctattagtataaaacatctttttcatgatatgacccctcccacttgaaatatagacattttgatgaaacgccatttatatctgcatttattgaattagacaagggatattacttctctaaaataaaattaaaccacgtaagtgtgcatatttctccagcataacagtaagattttcccctgaaaataaactcagcatgtaacgctgttacaaaatgtactcgttacgatgta--------------T---------------AT--------------GCA------------------CTG-AACTCTGTAGTACAATAAAT--GC--AGTTGCATAT--G----TAGT-----ACATCTA------AATGACCCATG----GTA--AGGTGTTCAAAGGG------A--G--------ATAAACTGTGTTCA------TATGTT-G---------------TTATGTTGGT-GCGCTT
gi|7 : taatttgattgctatctatcaataaaTTGTAGGCG-CAATATTACCATAATAT-TCtgatatgaatggtaatggcactaggcacttgatacatgtggttatttgtattttctttttgtccacgttttgagtcttttgtttccttggttccaactgtattaaacaattcgtcttgcgataaaaaagcaacactttaaaccgattactattatacttattatcacaactt
gi|8 : acaatttcatatcgataaataaattgttttctattatattattattgtattagtaaaaacatttctttcatgataggacccctccccttgggaatagacactttgatgaagcaccatttttagctgccatttatggatttgacatggggggttaagtctaaaaaaaagattaaaaacttagtaagtgtgcatattttttccagtataaaatcaagaccttctcctgaaaataacctcaacatgaaacattgttgttcgttacgctgta--------------T---------------AT--------------GCG------------------ATG-ATATCGGTATTGCAAGTCGT--AC--AAATGCATAT----------TTGTGTTCATTCA--AATTAGTGACCTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-T-T--A--G--TGTTTTATACACT---TCCAGAAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTATTTttatataaattggcgaa
gi|9 : atttttatatacctataaataattaagAAGAA-T---------GCCTA---AGTG-TAAATCTATTCT-ACTATTTTTGATTACGAAA-T--------ATTTT--------CATGTTTGGATTGCCATATACCTGTAAAT---------------AT--------------ACA------------------ACG-AGCTCGGTAATATAAGTCAT--AC--AGATGCATAT----------TTGTGTACATCTA--AACTAATTATATCTA----GTA--AAGTATAGAAAGGG-TGC--AAAG--TGTTTTATAGACC---TTCA---T--T---TT----------------------TTTTTTGTGCTTGCTACTTcatacttagttctttttttctattttcgtcaaatcctttgtttttctcttatgactgacacatgtatcaagctatctgtcgtgagataacagctgaataacagataataaccattataattgttttcaaattttctagcact
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TTTAGGAATCTCATTGAGCTTAGATATTTTACATGTTGTAAATAGGTTATATTGCTAGTCACTTCTGTTATTTTGTTCTCATATTAGTGTTCCTTCACAAGCAGAGAAACTTCCTATACACTACTTTTTGGTCAGAGTTATTTGCATTTCGTACAAAAACCGTTTCATGAAATGCCAACAGTATCAATATGTATTGTATCTCATTTAGACCCGAGACAAAATAGTGAGTTGCCTTTACAAGATTAATATACCTTTACAATATGAATATACCTTTTTCACAAAAAGGGTAATACAAACGTGTGACGTTTTAATATGAGTACATTTTGTGT
Unaligned ( gi|10 ): TGTTGTAGATAGGTTATATTGCAAGTCACTTCTCTTATGATTTTATTTTCATAATAGGGTTCCTCCACAAGCAGTGAAACTTCCTATATGCACTATGTTTTGGTCAGAGTTGTATGCATTTCATACAAAAAAAAACGTTTTGAAATGCAAACAGTAGCAATATGTATTGTGTCTCATTCATACTCAAGACAAAATAGTCAGTTGCCTTTACTATATTAATAGACCTTTTTCAAAAGAAGTTCAATACAAACGTGTTGCATATAAGTACAATGTACTTGTGTTTAAA
Unaligned ( gi|11 ): TGTTGTAAATATGTTACATGTGTATTCATTGCTGTCACTTCTGTTATGACTTTTTTCATATTAAAACTCCCTTACAAGGAGTGATAATTAGCATAGTTTTTGCATTGCATGCCAAATAAAATATAGAATACAAACAATACCAATATATATTGTGTCTCATACAAAATTGAGAAAACAACCTGTGAGTTTCCTTTGCATTATGAATAATTATTGAGCTTTTGCTAATGGAGTGTAATATAATGAGGACATAGTTTTAACAATTTCTT
Unaligned ( gi|19 ): TTTAGTACATGCAGTTTGTGAACTTTTCTTTCTTCTATTTTTTTGTCAAATTCTTTGTTTTTTCTCTTGATTGACACATGTATCAAGCTATCCGTCTTGCGATAGCAGCTGAATAACAGATAACTACCATTATAATTGTCTTCAAATTTTCAAGCACTACCAAAACTTGATCATTTCAAATAT
Unaligned ( gi|20 ): TTACAAGCAGTGAAAATTTTCCTACGTTTTGGCTAAAGTTATTTGCATTTTATACAAAAAATATATTTTCATGAAATGCAAACATTACCAGTACTCATGACAAAACATTGCTTGAGTTTCCTTCGCAATATCTTATGGAGTGTAACATCATGAAGATCTGCTTTTGACAACTTCC
Unaligned ( gi|21 ): CAAAAAAAAACACCAAACCAACCGTTCATAATGCAAACGTGTATTGTGTATCATTAGCCTCGAGACAACATGTTGATCGCCTTTACATATATGAATGACCTTAAATGTCACAAAAGGTATACAAAACCCTGTTAGATATAGCATAATTGTACTTGTCCCAGTTTAAACGT
Unaligned ( gi|24 ): TCCGTAAGTGTGCATATTTCTCCAGCATTAATTAAGACCTTCCCCTTGAAAATAAAATCAGCATGAAAAACTTACTAGTTACGCTGTATTGTAGATGCCAATTTTGCTAAGCTGAAAGTTTATCAAGCAGTAGTCCTTACCACCCTCCTCTATGGCTCGGAGA
Unaligned ( gi|27 ): GTGCATGCAGTTTTGTGAACTATTCTTTTTTTTTGTCAGTTTTTCCCCTCTTTTGATTGACACGTGTATCAAGCTATCCATCGTGCGATAACAGC
Unaligned ( gi|29 ): ATGCAGTTTTGTGAACTTTTCTTTCTTCTACTATTTGTCAAATTCTTTGTTTCTCTCTCTTGATTGACACATGTATCAAGCTAT
Unaligned ( gi|30 ): ACTTTCACGTTTTGACCACTATGTACCGCTAAATATGTAATCAACTCCGTAGTACACGTCTCATAGATGTACATACATGTAC
Unaligned ( gi|35 ): AATTTGACAAGGGGAGATTACTTCTCTAAAATTTCAGTAAGTGTATATAT
Alignments
lowQualScore : 1 111111111 11 11111111 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333 11111 22222222222222222
lowQualScore : 1 2 2 000000000 22 6 99 1 8 44444444 44444444 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 55 55 00000000 44 0 7777 44 3 44 66666 555 6 44 22222222222222222
lowQualScore : . . . ......... .. . .. . . ........ ........ ................................................................... . . .. .. ........ .. . .... .. . .. ..... ... . .. .................
lowQualScore : 4 5 7 777777777 22 2 00 9 0 55555555 55555555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 6 00 00 44444444 66 2 1111 66 3 66 33333 888 7 66 55555555555555555
consensus : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCTATTCC-GCTATTATTGTTTACGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AGATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATCTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTACTT
Reference ( family-7879 ) : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCTATTCC-GCTATTATTGTTTACGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AGATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATCTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTACTT
gi|1 : -TCAACAAACAA-TCCCCGCAATACCTAATA---G-TAAATCCACTCC-ATTACTATTGAGTAC-AAA-TTTACCGCAATTTT--------CATGTTTTGATTGC--------------TTATATACCTGTAAACAT--------------GCA------------------CTG-AGCGCTGTAGTATCAGTCAT--GT--CGATGAATAT----------TCATGTGAATCTA--AAT----GATTTCTGGTACATGTAAAATATTAAAATGA-TGC--AATG--TGTTGCATATACC---ATCCTTAC--TATATT-GGTTTGTTTTTGACATCAATATTTGTGGTATTTGCTACTT
gi|12 : ttggtgggtggatgggttcttgttttattattcacataTTGTAGATGACAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTGCTAAATCTATTCCCGCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCG-TAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--GT-TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACTTggtatatgcagttctgggtatttttccccatttgaccatttctttgaatt
gi|13 : TTGTAGATG-AAA-ATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTTGTAAGTGCTAAATCTATCCC-GCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------TTG-ATCTCG-TAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--GT-TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-----------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACT
gi|14 : aggaTTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCTATTCC-GCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGTGTACCGG----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACTT
gi|15 : TTGTAGATGGCAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTG-TAAATCTATTCCCGCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCG-TAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAA-GATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTT-TTACTT
gi|16 : TTGTAGGTG-CAATATTACCATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAACTAGCC-TAAGT-----------------GT------AA-T--------ATCCT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------ATATACCTATAAATATGCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTA----------GTTGTGTACATTTA--AATTAATGATGTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACTT
gi|17 : aTTGTGTACATCTATAAATTAATTATCCCTC----TTA--AAGTATTGAAAGGG-TGT--AAAG--TGTTTCATAGAAC---TTCATTAT--TATAAT-G---------------TAATGTTTGCGGTGTTTGCCACTT
gi|18 : tatacctttttcacaaaaagggtaatacaaacgtgtgacgttttaatatgagtacattGTTATCATATATCAACAAACAAAT---------GCCTA---AGTG-TAGATCTATTC--ATTCTTATCAATTACAAAAAT--------AGCTTTTGAAATTCATGTTTTCATTGC--------------T---------------AT--------------GTACATGTACCTGTACATATCATG-ATCTCAGTAGTAATAGTC-T--AC--AGATG---AC-------TAATTGTGcatacttgggacatgcagttttgtgtattttcctttcttct
gi|2 : gtgttggtgtgagtgtttgtatgttttaaaTTGTAGGTG-CAATATTACCATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAac
gi|22 : taataaaaccttctaacaattgcatacacaatgaaacgaacaatttttcatgcttcgctcggtattagtgtaaaacatttctttcatgataggaccccctagtccttaaaaatagaaactttgatgaaagaccatttatatctgccatctatgaattagacaaggggatattacttctctaaaaatagattagaactccgtaagtatgcatatttctccagcataaaagtaagaccttcccctgaaaataaactcagcatgaaaaattgttactcgttacgctgtaTTGGAGATG-CAATATTGCCATAATAT-actag
gi|23 : cctaagagtgcatatttttcgaacataaaaataagatctagaccttatgaaaatacactcaacatgaaaatctgttactcgttcagatgttTTGTAGATG-CAATATTGCTAcattatcttgattgccgaatgggagcattattttatagaacgcgctgagggtc
gi|25 : cgtaagtgtgcatatttctccagcattaattaagaccttcccctgaaaataaaatcagcatgaaaaacttactagttacgctgtaTGTACATCTA------AATGATCTCTT----GCG--AGGTGTT-AAAAGG-TGT--A--AACTGTTTCATAGCCC---AT-ATTATCATATGTTCG---------------T-GTGTTT-TGGTagctgaaaagtttacaagcagtagtcccttaaccaccctcctctagtggctcggagac
gi|26 : -TCAACACACAG-T---------GCCTA--AAGTT-TTAAACTATTCC-ATTGTTATTATTTACAAAAAT--------A-CTA--------CATGTGTTGATTGC--------------T---------------AT--------------atgaatattagtacttagcattagctacttgatacatgtagttatgtgtatt
gi|28 : gtgggtgtgggtgtttgtatgttttaagatttccttaAAA-T--------ACTTT--------CATGTTTTAATTGC--------------T---------------AT--------------ATAC-----------------ATGTACCT--GTAA-ATAAG-AATGAACTTAGAAGTATACAGGTGTATAATTGTGTACAatacttgta
gi|3 : tacaaTTGTAGATG-CAACATTGCGATAGTGT-TCAACAAACAA-T---------GTC---TAAGTA-TAA
gi|31 : tgataaatgacttcttaaaattatacagataaataaattgttttgtattctattagtataaaacatctttttcatgatatgaccccctcccacttgaaatatagacattttgatgaaacgccatttatatctgccatttatgaattagacaaggggatattacttctctaaaataaaataaaaccacgtaagtgtgcatatttctccagcataacagtaagattttcccctgaaaataaactcagcatgtaacgctgttacaaaatgtactcgttacgatgtaTGTCCATCTC--AATTA----TTTCTG----GTA--AGGTGATGAAAGGGATGTAAA--G--TGTTTCACATACC---TTCATTTT--TCTGGT-G---------------
gi|32 : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCTatgtgctt
gi|33 : aTTGTAGATGGCAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTG-TA
gi|34 : TTGTAGATGACAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCT-GTAAGTG-
gi|5 : TTGTAGATG-CAACATTGCGATAGTGT-TCAAACAACAA-T---------TCTAAGTAc
gi|6 : tgataaatgacttctaaaattatacagataaataaattgttttattctattagtataaaacatctttttcatgatatgacccctcccacttgaaatatagacattttgatgaaacgccatttatatctgcatttattgaattagacaagggatattacttctctaaaataaaattaaaccacgtaagtgtgcatatttctccagcataacagtaagattttcccctgaaaataaactcagcatgtaacgctgttacaaaatgtactcgttacgatgta--------------T---------------AT--------------GCA------------------CTG-AACTCTGTAGTACAATAAAT--GC--AGTTGCATAT--G----TAGT-----ACATCTA------AATGACCCATG----GTA--AGGTGTTCAAAGGG------A--G--------ATAAACTGTGTTCA------TATGTT-G---------------TTATGTTGGT-GCGCTT
gi|7 : taatttgattgctatctatcaataaaTTGTAGGCG-CAATATTACCATAATAT-TCtgatatgaatggtaatggcactaggcacttgatacatgtggttatttgtattttctttttgtccacgttttgagtcttttgtttccttggttccaactgtattaaacaattcgtcttgcgataaaaaagcaacactttaaaccgattactattatacttattatcacaactt
gi|8 : acaatttcatatcgataaataaattgttttctattatattattattgtattagtaaaaacatttctttcatgataggacccctccccttgggaatagacactttgatgaagcaccatttttagctgccatttatggatttgacatggggggttaagtctaaaaaaaagattaaaaacttagtaagtgtgcatattttttccagtataaaatcaagaccttctcctgaaaataacctcaacatgaaacattgttgttcgttacgctgta--------------T---------------AT--------------GCG------------------ATG-ATATCGGTATTGCAAGTCGT--AC--AAATGCATAT----------TTGTGTTCATTCA--AATTAGTGACCTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-T-T--A--G--TGTTTTATACACT---TCCAGAAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTATTTttatataaattggcgaa
gi|9 : atttttatatacctataaataattaagAAGAA-T---------GCCTA---AGTG-TAAATCTATTCT-ACTATTTTTGATTACGAAA-T--------ATTTT--------CATGTTTGGATTGCCATATACCTGTAAAT---------------AT--------------ACA------------------ACG-AGCTCGGTAATATAAGTCAT--AC--AGATGCATAT----------TTGTGTACATCTA--AACTAATTATATCTA----GTA--AAGTATAGAAAGGG-TGC--AAAG--TGTTTTATAGACC---TTCA---T--T---TT----------------------TTTTTTGTGCTTGCTACTTcatacttagttctttttttctattttcgtcaaatcctttgtttttctcttatgactgacacatgtatcaagctatctgtcgtgagataacagctgaataacagataataaccattataattgttttcaaattttctagcact
blockSeqs : G A A . TG C CC G A . TTGAAATT TATGTACATGTACCTGTACATATC T G GA TT CAGGTGTA TA . . A AA AAG GTG G CA CG
blockSeqs : G . . . AG C CC G A . . TATATACCTATAAATATGCA . G . . CCGG . . . . . AAC . G . G
blockSeqs : A . . . AA . C G . . . CATATACCTGTAAATATACA . G . . CCGG . . . . . AAG . G . G
blockSeqs : . . . . AG . C G . . . TATATAC . G . . CCGG . . . . . GT . G . G
blockSeqs : . . . . AG . C A . . . TATGCA . G . . CCGG . . . . . GT . G . G
blockSeqs : . . . . G . T A . . . TATGCA . G . . TG . . . . . G . T . G
blockSeqs : . . . . G . . G . . . TATGCA . G . . C . . . . . G . T . G
blockSeqs : . . . . A . . . . . . TATGCA . . . . T . . . . . G . T . G
blockSeqs : . . . . A . . . . TATGCA . . . . T . . . . . G . G . G
blockSeqs : . . . . G . TATGCG . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . A .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ********* G* ******** CGG***** **** ** G**** G****************
originalCons : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTAGTAAGTG-TAAATCTATTCC-GCTATTATTGTTTACGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AGATGCGTACCGG----TAGTTGTGTACATCTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTACTT
finalCons : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-T---------GCCTG-TAAGTG-TAAATCTATTCC-GCTATTATTGTTTACGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AGATGCGTACGG-----TAGTTGTGTACATCTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--AG----TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTTG----------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTACTT
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TTTAGGAATCTCATTGAGCTTAGATATTTTACATGTTGTAAATAGGTTATATTGCTAGTCACTTCTGTTATTTTGTTCTCATATTAGTGTTCCTTCACAAGCAGAGAAACTTCCTATACACTACTTTTTGGTCAGAGTTATTTGCATTTCGTACAAAAACCGTTTCATGAAATGCCAACAGTATCAATATGTATTGTATCTCATTTAGACCCGAGACAAAATAGTGAGTTGCCTTTACAAGATTAATATACCTTTACAATATGAATATACCTTTTTCACAAAAAGGGTAATACAAACGTGTGACGTTTTAATATGAGTACATTTTGTGT
Unaligned ( gi|10 ): TGTTGTAGATAGGTTATATTGCAAGTCACTTCTCTTATGATTTTATTTTCATAATAGGGTTCCTCCACAAGCAGTGAAACTTCCTATATGCACTATGTTTTGGTCAGAGTTGTATGCATTTCATACAAAAAAAAACGTTTTGAAATGCAAACAGTAGCAATATGTATTGTGTCTCATTCATACTCAAGACAAAATAGTCAGTTGCCTTTACTATATTAATAGACCTTTTTCAAAAGAAGTTCAATACAAACGTGTTGCATATAAGTACAATGTACTTGTGTTTAAA
Unaligned ( gi|11 ): TGTTGTAAATATGTTACATGTGTATTCATTGCTGTCACTTCTGTTATGACTTTTTTCATATTAAAACTCCCTTACAAGGAGTGATAATTAGCATAGTTTTTGCATTGCATGCCAAATAAAATATAGAATACAAACAATACCAATATATATTGTGTCTCATACAAAATTGAGAAAACAACCTGTGAGTTTCCTTTGCATTATGAATAATTATTGAGCTTTTGCTAATGGAGTGTAATATAATGAGGACATAGTTTTAACAATTTCTT
Unaligned ( gi|19 ): TTTAGTACATGCAGTTTGTGAACTTTTCTTTCTTCTATTTTTTTGTCAAATTCTTTGTTTTTTCTCTTGATTGACACATGTATCAAGCTATCCGTCTTGCGATAGCAGCTGAATAACAGATAACTACCATTATAATTGTCTTCAAATTTTCAAGCACTACCAAAACTTGATCATTTCAAATAT
Unaligned ( gi|20 ): TTACAAGCAGTGAAAATTTTCCTACGTTTTGGCTAAAGTTATTTGCATTTTATACAAAAAATATATTTTCATGAAATGCAAACATTACCAGTACTCATGACAAAACATTGCTTGAGTTTCCTTCGCAATATCTTATGGAGTGTAACATCATGAAGATCTGCTTTTGACAACTTCC
Unaligned ( gi|21 ): CAAAAAAAAACACCAAACCAACCGTTCATAATGCAAACGTGTATTGTGTATCATTAGCCTCGAGACAACATGTTGATCGCCTTTACATATATGAATGACCTTAAATGTCACAAAAGGTATACAAAACCCTGTTAGATATAGCATAATTGTACTTGTCCCAGTTTAAACGT
Unaligned ( gi|24 ): TCCGTAAGTGTGCATATTTCTCCAGCATTAATTAAGACCTTCCCCTTGAAAATAAAATCAGCATGAAAAACTTACTAGTTACGCTGTATTGTAGATGCCAATTTTGCTAAGCTGAAAGTTTATCAAGCAGTAGTCCTTACCACCCTCCTCTATGGCTCGGAGA
Unaligned ( gi|27 ): GTGCATGCAGTTTTGTGAACTATTCTTTTTTTTTGTCAGTTTTTCCCCTCTTTTGATTGACACGTGTATCAAGCTATCCATCGTGCGATAACAGC
Unaligned ( gi|29 ): ATGCAGTTTTGTGAACTTTTCTTTCTTCTACTATTTGTCAAATTCTTTGTTTCTCTCTCTTGATTGACACATGTATCAAGCTAT
Unaligned ( gi|30 ): ACTTTCACGTTTTGACCACTATGTACCGCTAAATATGTAATCAACTCCGTAGTACACGTCTCATAGATGTACATACATGTAC
Unaligned ( gi|35 ): AATTTGACAAGGGGAGATTACTTCTCTAAAATTTCAGTAAGTGTATATAT
Alignments
lowQualScore : 1 111 11111111 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4444444444444 11111 22222222222222222
lowQualScore : 1 2 2 444 888888 2 6 99 1 8 44444444 44444444 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 2 55 55 1 2222222222222 44 0 7777 44 3 44 66666 555 6 44 22222222222222222
lowQualScore : . . . ... ...... . . .. . . ........ ........ ................................................................... . . .. .. . ............. .. . .... .. . .. ..... ... . .. .................
lowQualScore : 4 5 7 111 222222 9 2 00 9 0 55555555 55555555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 8 00 00 0 3333333333333 66 2 1111 66 3 66 33333 888 7 66 55555555555555555
consensus : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-TGCCT-GTAA------GT-G-TAAATCTATTCC-GCTATTATTGTTTACGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AGATGCGTA-C-GG-----TAGTTGTGTACATCTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTACTT
Reference ( family-7879 ) : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-TGCCT-GTAA------GT-G-TAAATCTATTCC-GCTATTATTGTTTACGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AGATGCGTA-C-GG-----TAGTTGTGTACATCTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTACTT
gi|1 : -TCAACAAACAA-TCCCC-GCAATACCTAATAG-TAAATCCACTCC-ATTACTATTGAGTAC-AAA-TTTACCGCAATTTT--------CATGTTTTGATTGC--------------TTATATACCTGTAAACAT--------------GCA------------------CTG-AGCGCTGTAGTATCAGTCAT--GT--CGATGAATA-T-----------TCATGTGAATCTA--AAT----GATTTCTGGTACATGTAAAATATTAAAATGA-TGC--AATG--TGTTGCATATACC---ATCCTTAC--TATATT-GGTTTGTTTTTGACATCAATATTTGTGGTATTTGCTACTT
gi|12 : ttggtgggtggatgggttcttgttttattattcacataTTGTAGATGACAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-TGCCT-GTAA------GT-GCTAAATCTATTCCCGCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCG-TAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTA-CCGG-----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--GT-TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACTTggtatatgcagttctgggtatttttccccatttgaccatttctttgaatt
gi|13 : TTGTAGATG-AAA-ATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-TGCCTTGTAA------GT-GCTAAATCTATCCC-GCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------TTG-ATCTC-GTAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTACC-GG-----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--GT-TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-----------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACT
gi|14 : aggaTTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-TGCCTAGTAA------GT-G-TAAATCTATTCC-GCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGTGTA-CCGG-----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAATGATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACTT
gi|15 : TTGTAGATGGCAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-TGCCT-GTAA------GT-G-TAAATCTATTCCCGCTATTATTGTTTATGAAA-T--------ATCTT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------AT--------------GCA------------------ATG-ATCTCG-TAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTACC-GG-----TAGTTGTGTACATTTA--AATTAA-GATTTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTT-TTACTT
gi|16 : TTGTAGGTG-CAATATTACCATAATGT-TCAACAAACAA-TGCCT---AA------CT-----AGCCTA-----------AGTGT------AA-T--------ATCCT--------CATGTTTTGATTGC--------------T---------------ATATACCTATAAATATGCA------------------ATG-ATCTCGGTAGTGTAAGTCAT--AC--AAATGCGTA------------GTTGTGTACATTTA--AATTAATGATGTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-TGT--A--G--TGTTTCATAGACC---TTCAGTAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGTTACTT
gi|17 : aATGAGTA-C-AT-----T--TTGTGTACATCTATAAATTAATTATCCCTC----TTA--AAGTATTGAAAGGG-TGT--AAAG--TGTTTCATAGAAC---TTCATTAT--TATAAT-G---------------TAATGTTTGCGGTGTTTGCCACTT
gi|18 : tatacctttttcacaaaaagggtaatacaaacgtgtgacgttttaatGTTATCATATATCAACAAACAAATGCCT---AA------GT-G-TAGATCTATTC--ATTCTTATCAATTACAAAAAT--------AGCTTTTGAAATTCATGTTTTCATTGC--------------T---------------AT--------------GTACATGTACCTGTACATATCATG-ATCTCAGTAGTAATAGTC-T--AC--AGATG---A-C--------TAATTGTGcatacttgggacatgcagttttgtgtattttcctttcttct
gi|2 : gtgttggtgtgagtgtttgtatgttttaaaTTGTAGGTG-CAATATTACCATAATGT-TCAACAAACAA-TGCCT-ac
gi|22 : taataaaaccttctaacaattgcatacacaatgaaacgaacaatttttcatgcttcgctcggtattagtgtaaaacatttctttcatgataggaccccctagtccttaaaaatagaaactttgatgaaagaccatttatatctgccatctatgaattagacaaggggatattacttctctaaaaatagattagaactccgtaagtatgcatatttctccagcataaaagtaagaccttcccctgaaaataaactcagcatgaaaaattgttactcgttacgctgtaTTGGAGATG-CAATATTGCCATAATAT-aactag
gi|23 : cctaagagtgcatatttttcgaacataaaaataagatctagaccttatgaaaatacactcaacatgaaaatctgttactcgttcagatgttTTGTAGATG-CAATATTGCTAcattatcttgattgccgaatgggagcattattttatagaacgcgctgagggtc
gi|25 : cgtaagtgtgcatatttctccagcattaattaagaccttcccctgaaaataaaatcagcatgaaaaacttactagttacgctgtaTGTACATCTA------AATGATCTCTT----GCG--AGGTGTT-AAAAGG-TGT--A--AACTGTTTCATAGCCC---AT-ATTATCATATGTTCG---------------T-GTGTTT-TGGTagctgaaaagtttacaagcagtagtcccttaaccaccctcctctagtggctcggagac
gi|26 : -TCAACACACAG-TGCCT-A-AA------GT-T-TTAAACTATTCC-ATTGTTATTATTTACAAAAAT--------A-CTA--------CATGTGTTGATTGC--------------T---------------AT--------------atgaatattagtacttagcattagctacttgatacatgtagttatgtgtatt
gi|28 : gtgggtgtgggtgtttgtatgttttaagatttccttaAAA-T--------ACTTT--------CATGTTTTAATTGC--------------T---------------AT--------------ATAC-----------------ATGTACCT--GTAA-ATAAG-AATGAACTTAGAAGTATA-C-AGGTGTATAATTGTGTACAatacttgta
gi|3 : tacaaTTGTAGATG-CAACATTGCGATAGTGT-TCAACAAACAA-TGTC---TAA------GT-A-TAA
gi|31 : tgataaatgacttcttaaaattatacagataaataaattgttttgtattctattagtataaaacatctttttcatgatatgaccccctcccacttgaaatatagacattttgatgaaacgccatttatatctgccatttatgaattagacaaggggatattacttctctaaaataaaataaaaccacgtaagtgtgcatatttctccagcataacagtaagattttcccctgaaaataaactcagcatgtaacgctgttacaaaatgtactcgttacgatgtaTGTCCATCTC--AATTA----TTTCTG----GTA--AGGTGATGAAAGGGATGTAAA--G--TGTTTCACATACC---TTCATTTT--TCTGGT-G---------------
gi|32 : TTGTAGATG-CAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-TGCCTAGTAA------GT-G-TAAATCTatgtgctt
gi|33 : aTTGTAGATGGCAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-TGCCT-GTAA------GT-G-TA
gi|34 : TTGTAGATGACAATATTGCTATAATGT-TCAACAAACAA-TGCCT-GTAA------GT-G-
gi|5 : TTGTAGATG-CAACATTGCGATAGTGT-TCAAACAACAA-TTC----TAA------GT-c
gi|6 : tgataaatgacttctaaaattatacagataaataaattgttttattctattagtataaaacatctttttcatgatatgacccctcccacttgaaatatagacattttgatgaaacgccatttatatctgcatttattgaattagacaagggatattacttctctaaaataaaattaaaccacgtaagtgtgcatatttctccagcataacagtaagattttcccctgaaaataaactcagcatgtaacgctgttacaaaatgtactcgttacgatgta--------------T---------------AT--------------GCA------------------CTG-AACTCTGTAGTACAATAAAT--GC--AGTTGCATA-T-G------TAGT-----ACATCTA------AATGACCCATG----GTA--AGGTGTTCAAAGGG------A--G--------ATAAACTGTGTTCA------TATGTT-G---------------TTATGTTGGT-GCGCTTa
gi|7 : taatttgattgctatctatcaataaaTTGTAGGCG-CAATATTACCATAATAT-TCtgatatgaatggtaatggcactaggcacttgatacatgtggttatttgtattttctttttgtccacgttttgagtcttttgtttccttggttccaactgtattaaacaattcgtcttgcgataaaaaagcaacactttaaaccgattactattatacttattatcacaactt
gi|8 : acaatttcatatcgataaataaattgttttctattatattattattgtattagtaaaaacatttctttcatgataggacccctccccttgggaatagacactttgatgaagcaccatttttagctgccatttatggatttgacatggggggttaagtctaaaaaaaagattaaaaacttagtaagtgtgcatattttttccagtataaaatcaagaccttctcctgaaaataacctcaacatgaaacattgttgttcgttacgctgta--------------T---------------AT--------------GCG------------------ATG-ATATCGGTATTGCAAGTCGT--AC--AAATGCATA-T-----------TTGTGTTCATTCA--AATTAGTGACCTCTG----ATG--AAGTATTGAAAGGG-T-T--A--G--TGTTTTATACACT---TCCAGAAT--TATGTT-G---------------TAATATTTGTGGTGCTTGCTATTTttatataaattggcgaa
gi|9 : atttttatatacctataaataattaagAAGAA-TGCCT---AA------GT-G-TAAATCTATTCT-ACTATTTTTGATTACGAAA-T--------ATTTT--------CATGTTTGGATTGCCATATACCTGTAAAT---------------AT--------------ACA------------------ACG-AGCTCGGTAATATAAGTCAT--AC--AGATGCATA-T-----------TTGTGTACATCTA--AACTAATTATATCTA----GTA--AAGTATAGAAAGGG-TGC--AAAG--TGTTTTATAGACC---TTCA---T--T---TT----------------------TTTTTTGTGCTTGCTACTTcatacttagttctttttttctattttcgtcaaatcctttgtttttctcttatgactgacacatgtatcaagctatctgtcgtgagataacagctgaataacagataataaccattataattgttttcaaattttctagcact
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TTTAGGAATCTCATTGAGCTTAGATATTTTACATGTTGTAAATAGGTTATATTGCTAGTCACTTCTGTTATTTTGTTCTCATATTAGTGTTCCTTCACAAGCAGAGAAACTTCCTATACACTACTTTTTGGTCAGAGTTATTTGCATTTCGTACAAAAACCGTTTCATGAAATGCCAACAGTATCAATATGTATTGTATCTCATTTAGACCCGAGACAAAATAGTGAGTTGCCTTTACAAGATTAATATACCTTTACAATATGAATATACCTTTTTCACAAAAAGGGTAATACAAACGTGTGACGTTTTAATATGAGTACATTTTGTGT
Unaligned ( gi|10 ): TGTTGTAGATAGGTTATATTGCAAGTCACTTCTCTTATGATTTTATTTTCATAATAGGGTTCCTCCACAAGCAGTGAAACTTCCTATATGCACTATGTTTTGGTCAGAGTTGTATGCATTTCATACAAAAAAAAACGTTTTGAAATGCAAACAGTAGCAATATGTATTGTGTCTCATTCATACTCAAGACAAAATAGTCAGTTGCCTTTACTATATTAATAGACCTTTTTCAAAAGAAGTTCAATACAAACGTGTTGCATATAAGTACAATGTACTTGTGTTTAAA
Unaligned ( gi|11 ): TGTTGTAAATATGTTACATGTGTATTCATTGCTGTCACTTCTGTTATGACTTTTTTCATATTAAAACTCCCTTACAAGGAGTGATAATTAGCATAGTTTTTGCATTGCATGCCAAATAAAATATAGAATACAAACAATACCAATATATATTGTGTCTCATACAAAATTGAGAAAACAACCTGTGAGTTTCCTTTGCATTATGAATAATTATTGAGCTTTTGCTAATGGAGTGTAATATAATGAGGACATAGTTTTAACAATTTCTT
Unaligned ( gi|19 ): TTTAGTACATGCAGTTTGTGAACTTTTCTTTCTTCTATTTTTTTGTCAAATTCTTTGTTTTTTCTCTTGATTGACACATGTATCAAGCTATCCGTCTTGCGATAGCAGCTGAATAACAGATAACTACCATTATAATTGTCTTCAAATTTTCAAGCACTACCAAAACTTGATCATTTCAAATAT
Unaligned ( gi|20 ): TTACAAGCAGTGAAAATTTTCCTACGTTTTGGCTAAAGTTATTTGCATTTTATACAAAAAATATATTTTCATGAAATGCAAACATTACCAGTACTCATGACAAAACATTGCTTGAGTTTCCTTCGCAATATCTTATGGAGTGTAACATCATGAAGATCTGCTTTTGACAACTTCC
Unaligned ( gi|21 ): CAAAAAAAAACACCAAACCAACCGTTCATAATGCAAACGTGTATTGTGTATCATTAGCCTCGAGACAACATGTTGATCGCCTTTACATATATGAATGACCTTAAATGTCACAAAAGGTATACAAAACCCTGTTAGATATAGCATAATTGTACTTGTCCCAGTTTAAACGT
Unaligned ( gi|24 ): TCCGTAAGTGTGCATATTTCTCCAGCATTAATTAAGACCTTCCCCTTGAAAATAAAATCAGCATGAAAAACTTACTAGTTACGCTGTATTGTAGATGCCAATTTTGCTAAGCTGAAAGTTTATCAAGCAGTAGTCCTTACCACCCTCCTCTATGGCTCGGAGA
Unaligned ( gi|27 ): GTGCATGCAGTTTTGTGAACTATTCTTTTTTTTTGTCAGTTTTTCCCCTCTTTTGATTGACACGTGTATCAAGCTATCCATCGTGCGATAACAGC
Unaligned ( gi|29 ): ATGCAGTTTTGTGAACTTTTCTTTCTTCTACTATTTGTCAAATTCTTTGTTTCTCTCTCTTGATTGACACATGTATCAAGCTAT
Unaligned ( gi|30 ): ACTTTCACGTTTTGACCACTATGTACCGCTAAATATGTAATCAACTCCGTAGTACACGTCTCATAGATGTACATACATGTAC
Unaligned ( gi|35 ): AATTTGACAAGGGGAGATTACTTCTCTAAAATTTCAGTAAGTGTATATAT