lowQualScore : 11111 1 2222 111111111 2222222222222222222222222222222222222 2
lowQualScore : 3 5 2 5 11111 777 1 1 1 1 8 0000 1 33 1 0 3333 333333333 1 2 222 22 3333333333333333333333333333333333333 1 1 1 1 33 33333 5 22 333 8
lowQualScore : . . . . ..... ... . . . . . .... . .. . . .... ......... . . ... .. ..................................... . . . . .. ..... . .. ... .
lowQualScore : 5 7 7 3 99999 777 8 1 6 6 0 6666 6 55 5 2 1111 555555555 5 6 666 11 0000000000000000000000000000000000000 4 4 3 3 22 44444 8 66 999 9
consensus : NNCGTTAAT-AT-G-ACAT-CG--GA-A-CGC-TCGTCGA-A-GTA-TTA--A-AATA-G-AGTCACTG----A-C----T--G-AAGCA---TTT--T--------AA----AGA-C----------T--TC---G-A-TCTC-CGA-TGA--TTTCTA-----AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTAT
Reference ( gi|4 ) : AACATTAAT-AT-G-ACAT-TA--GA-A-CGC-TCTTCGA-A-GTA-T-A--A-AATA-G-AGTCATTG----A-T----T--G-AAGCA---TTT--T--------AA----AGA-C----------T--GT---G-A-TCTC-CGA-TGA--TTTCTA-----AATGACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTAT
gi|9 : CGTTAAT-AT-G-ACAT-TG--GA-A-CGC-TCTTCGA-A-GTATT-A--A-AATA-A-AGTCATTA----A-C----T--G-AAGCA---TT----------------------C----------T--GT---G-A-TCTC-CAA-TGA--TTTCTA-----AA-GGCA--ATTTG---TACCAAAC-
gi|3 : cCGTTATC-AT-G-ACAT-CA--GA-A-CTT-TTATCAA-A-GAA-TTA--A-AATA-G-AGTTACTGCATGA-C----T--G-AAGCA---TTT--T--------AA----AAA-C----------T--TC---A-A-TTTT-CAA-TGA--TTTCTA-----AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTat
gi|11 : cCGTTAAT-AT-G-ACAT--G--GA-A-CGC-TCTTCGA-A-GTATT-A--A-AAT----AGTCATTA----A-CCGCAT--G-AAGCA---TT----------------------C----------T--GT---G-A-TCTCTTGA-TAA--TTTCTA-----AA-GGCA--GTCTG---TAC
gi|12 : acCGTTATC-AT-G-ACAT-CG--GA-A-CGC-TCATCAA-A-GT-------------------CACTG----A-C---------AAGCA---TTT--T--------AA----AAA-C----------T--TA---A-A-TTTT-CGA-TGA--TTTCT------AACGACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTAT
gi|14 : CGTTGAT-AT-G-ACAT-TG--GA-A-GGC-TCTTCAA-A-GTA-T-AT-A-AAT----AGTCATTA----A-C--------------------------------------------------------T---G-A-TCTC-CAA-TGA--TTTCTA-----AA-GGCA--ATTTG---TACCAAGCATTT
gi|15 : cacCATTAAT-AT-G-ACATATG--GA-A-CGCGCCTTCGA-G-ATA-T-A--AAAATA---AGTCATTA----ACC----T--G-AAATA---CTG--T--------GATGTGAAA-C----------T--TC---G-A---TC-CAA-TGG--TT
gi|2 : tcacTTAAT-AT-G-ACAT-CT--GA-A-CAC-TCATCAA-A-GTATT-A--A-AAT----AGTCACTG----A-C----T--G-AAGCA---TTA--T--------AA----AGA-CAACGGTACATT--CT---GCC-TCTC-TGG-TGA--TTTCTG-----AAGGGCA--ATCTG---TACCAAACATTT
gi|25 : agTTAAT-AT-G-ACTT-CG--GA-T-TAT-TTGTCGA-A-GTA-T-T--A-AATA-G-CGCCATTG----A-C----T--G-AAACA---TTT--T--------AA----A------------------------A-T--------TGA--TTTCTA-----AA
gi|7 : tgTAATCAT-GGATAT-CG--GA-A-CGC-TCATCAC-A-GTA-TCA--A-AATAAG-ATTCATTG----A-C----T--G-AAGCATTTTTT--T--------AA------A-C----------T--TC---A-A-TTTC-GCA-TGA---TTCTA-----AA-GACAGTATCTG---TACCAA
gi|8 : caTGAT-AT-GCATGT-TATCGAGA-CGC-TCGACGA-A-GTA-TTA--A-AATA-G-AGTCGCTG----A-C----T--G-AACCA---TTT--T--------AA----G--------------------------------GA-TGA--TTTCCA-----AAAGTCA--ATTCG---TACCAt
gi|1 : ttgccgttaTAATCATAG-ATAT-CG--GA-AACGC-TCATCAC-A-GTA-T-TT-A-AATA-G-ATTCATTG----A-C----T--G-AAGCA---TTtaa
gi|18 : accaAT-AT-G-ACAT-TG--GA-T-CGT-TCGT-GA-A-GTA-TTA--A-AATA-G-AGTCTCTG----A-C----T--G-AAGCA---TTT--T--------AA----AGA-C----------T--TC---G-A-TCTC-TGT-TGA--TTTCTA-----AAagtattcaaatagattcattgactgaagcattttttaaacttcaattttccatgatttctaattctaaagacagtttgtacc
gi|16 : t-AT-G-ACAT-TG--AA-T-CGT-TCATCGA-A-GTATT-A--A-AATA-A-ACTCACTG----A-C----C--G-CAG-A---CTT--C---------------------------------C---G-A-TTTC-TGT-TGA--TTTCTA-----ga
gi|17 : c-AT-G-ACAT-TG--AA-T-CGT-TCATCGA-A-GTATT-A--A-AATA-A-ACTCACTG----A-C----C--G-AAG-A---CTT--C---------------------------------C---G-A-TTTC-TGT-TGA---TTCTA-----taaagatcacttaatt
gi|10 : c-G-ACAT-GG--GATC-CGT-CCGTCGA-A-GTA-T-A--C-AATA-G-AGTCACTG----A-C----T--GAAAGCA---TTTTGT--------AA----AGA-C----------T--G----A-A-TCTA-TGT-TGA--TTT-TA-----AAtttaagatcacttaat
gi|19 : ttaattatgtcaCAT-TG--GA-T-CAT-TCGTCGA-A-GTA-TTA--A-AATA-G-AGTCACAG----A-C----T--G-AAGCA---TTT--T--------AA----AGA-C----------T--TC---G-A-TCTC-TTT-TGA--TTTATA-----Agaatca
gi|21 : CAT-CG--GG-T-CAT-TCGTCGA-A-GAA-TTA--A-AATA-G---TCACTG----A-C----T--G-AAGAA---TTT--T--------AC----AGA-C----------T--TT---G-A-TCTC-CAT-TGA--TTTCTA-----AAcgatcactt
gi|6 : A-A-CGC-TCATCCACA-GTA-T-TCTA-AATA-GGATTCATTG----A-T-------G-AAGCA---GTT--TAGTTATTCAA----AGA-T----------TCATT---G-A--CTT-GGA-AGAATTTTTTA-----AACTTCA--ATTTaacac
gi|20 : tatagaatatcggaC-TCGTTGA-A-GTA-TTA--A-AATT-G-AGTTACTG----A-C-------G-CAGAA---ATT--T--------AA----AGA-C----------T--TC---G-A-TCTT-CGA-TGA--TTTCT------AGCGACA--ATTTA---TACCAtcca
gi|24 : C-TCGTTGG-A-GTA-TTA--A-AATT-G-AGTTACTG----A-C----TCAG-AAA------TT--T--------AA----AGA-C----------T--TC---G-A-TCTT-CGA-TGA--TTTCT------AGCGACA--ATTTA---TA
gi|22 : a-TCGTCAC-A-GTA-TGA--A-AATA-G-AGTCACTG----T-C----T--G-AAGCA---TTT--T--------AT----A-A-C----------T--TC---A-A-TTTT-TGA-TGA--TTTCTA-----AA--GCA--ATTTG---TACCAA
gi|23 : -TCGTTGA-A--TA-TTA--A-AATT-G--GCTACTG----A-C----T--C-A-GAG---TTT--T--------AA----AGAAC----------T--TC---A-A-TCTC-TGAATGAA-TTTCTA-----G-CGACA--ATTTA---TACC
gi|5 : CCTCAA-ATGAA-T-A--A-AATA-G-AGTCACTG----A-C----T--G-AAACC---TCT--T--------AA----AAC-C----------T--TTTAAG-ATTTTT-CGA-TGA--TTTTTA-----AA-GACA--ATTTT---TATCAAAC-TT
gi|26 : cactgttatcatacagcgggacaTTGA-A-GTA-TTA--A-AATT-G-AGTTACTG----A-C----TCAG-AAA------TT--T--------AA----AGA-C----------T--TC---G-A-TCTC-CGA-TAA--TTTCT------AGCAACA--ATTT
gi|1 : nnng-A-GTA-TTC--A-AATA-G-ATTCATTG----A-C----T--G-AAGCA---TTT--T--------TT----AAA-C----------T--TC---A-A-TTTT-CCA-TGA--TTTCTAATTCTAAAGACA--GTTTG---TACC
gi|27 : accataatcatagatatcggaaacgctcatcacagtatttaaatagattcattgactgaagcatt-G-AATAATTG----A-C----T--G-AAGAA---TTT--T--------AC----AGA-C----------T--TT---G-A-TTTC-CAT-TGA--TTTCTA-----AA
gi|13 : tgacttcggatcatttgtcTG----A-C----T--G-AAGCA---TTT--T--------AA----AGG-C----------T--GC---G-A-TCTC-CAA-TGA--TATCGA-----AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-ATTAT
gi|28 : catgatgtgcttatgaataA----AAA-C----------T--TC---A-A-TTTT-CGA-TGA--TTTCCA-----AA-GACA--A-TTGACCTACCAAAtttataagtcat
gi|30 : ----AGA-C----------T--TT---G-A-TCTC-CAT-TGA--TTTCTA-----CAAAACA--CTTata
gi|29 : ac--GT---G-A-TCTC-CAA-TGA--TTTTTA-----AA-GGCA--ATGTG---TACCAAAC-ATTATaca
gi|31 : C-CAA-TGA--TTTTTA-----AA-GGCA--ATGTG---TACCAAAC-ttt
Alignments
lowQualScore : 33 4 2 4 333 1 666 1 0 1 1 1 1 3333 1 3333 33 1 1 0 222 22 3333 2 1 555555555 33333 1 11 2 1 1 333333 11 2 333 1 22 333 8
lowQualScore : .. . . . ... . ... . . . . . . .... . .... .. . . . ... .. .... . . ......... ..... . .. . . . ...... .. . ... . .. ... .
lowQualScore : 77 7 1 2 333 9 555 6 7 5 5 5 5 0000 4 0000 99 4 4 4 555 00 0000 4 4 777777777 77777 4 99 7 3 3 888888 99 8 888 4 55 777 0
consensus : NNCGTTA--AT-AT-G-AC---AT-CGGA-A-CGC-TCGTCGA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCACTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-CGA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTAT
Reference ( family-7844 ) : NNCGTTA--AT-AT-G-AC---AT-CGGA-A-CGC-TCGTCGA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCACTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-CGA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTAT
gi|1 : TA--ATCATAG-AT---AT-CGGA-AACGC-TCATCAC-AGTATTT-AAAT-AG-ATTCATTG----A-C----T--G-A-AGCA---TT
gi|1 : acca-AGTATTC-AAAT-AG-ATTCATTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TTT----AAA-C---------TT-C---A-A--TTTT-CCA-TGA-TTTCTAATTC--T-A---AA-GACA--GTTTG---TACCagtattcaaatagattcattgactgaagcattttttaaacttcaattttccatgatttctaattctaaagacagtttgtacc
gi|10 : accataatcatagatatcggaaacgctcatcacagtatttaaatagattcattgactgaagcatt-G-AC---AT-GGGATC-CGT-CCGTCGA-AGTAT-A-CAAT-AG-AGTCACTG----A-C----T--GAA-AGCA---TTTTGTAA----AGA-C---------T------GAA--TCTA-TGT-TGA-T------TT---T-A---AA-GA
gi|11 : ttaattatgtcaCGTTA--AT-AT-G-AC---AT--GGA-A-CGC-TCTTCGA-AGTATTA-AAAT----AGTCATTA----A-CCGCAT--G-A-AGCA---TT--------------C---------TG-T---G-A--TCTCTTGA-TAA-T------TTC--T-A---AA-GGCA--GTCTG---TACatca
gi|12 : acCGTTA--TC-AT-G-AC---AT-CGGA-A-CGC-TCATCAA-AGT----------------CACTG----A-C---------A-AGCA---TTT--TAA----AAA-C---------TT-A---A-A--TTTT-CGA-TGA-T------TTC--T-A---AC-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTAT
gi|13 : TG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGG-C---------TG-C---G-A--TCTC-CAA-TGA-T------ATC--G-A---AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-ATTAT
gi|14 : catgatgtgcttatgaataCGTTG--AT-AT-G-AC---AT-TGGA-A-GGC-TCTTCAA-AGTATAT-AAAT-AG---TCATTA----A-C----T--G-A----------------------------------------------TCTC-CAA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GGCA--ATTTG---TACCAAGCATTTtttataagtcat
gi|15 : cacCATTA--AT-AT-G-AC---ATATGGA-A-CGCGCCTTCGA-GATATAA-AAAT-A--AGTCATTA----ACC----T--G-A-AATA---CTG--TGATGTGAAA-C---------TT-C---G-A----TC-CAA-TGG-T------T
gi|16 : tcac-AT-G-AC---AT-TGAA-T-CGT-TCATCGA-AGTATTA-AAAT-AA-ACTCACTG----A-C----C-------GC----------------AGA-C---------TTCC---G-A--TTTC-TGT-TGA-T------TTCTAT-A---AA-GA
gi|17 : c-AT-G-AC---AT-TGAA-T-CGT-TCATCGA-AGTATTA-AAAT-AA-ACTCACTG----A-C----C--G-----------------A----AGA-C---------TTCC---G-A--TTTC-TGT-TGA--------TTC--T-ATTTAA-GAtcacttaatt
gi|18 : c--AT-AT-G-AC---AT-TGGA-T-CGT-TCGT-GA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCTCTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-TGT-TGA-T------TTC--T-A---AA-GAtcacttaat
gi|19 : tC---AT-TGGA-T-CAT-TCGTCGA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCACAG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-TTT-TGA-T------TTA--T-A---AC-GA
gi|2 : GTTA--AT-AT-G-AC---AT-CTGA-A-CAC-TCATCAA-AGTATTA-AAAT----AGTCACTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTA--TAA----AGA-CAACGGTACATT-C---T-GCCTCTC-TGG-TGA-T------TTC--TGA---AG-GGCA--ATCTG---TACCAAACATTTtcactt
gi|20 : aC-TCGTTGA-AGTATTA-AAAT-TG-AGTTACTG----A-C-------G-C-AGAA---ATT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTT-CGA-TGA-T------TTC--T-A---GC-GACA--ATTTA---TACCA
gi|21 : C---AT-CGGG-T-CAT-TCGTCGA-AGAATTA-AAAT-AG---TCACTG----A-C----T--G-A-AGAA---TTT--TAC----AGA-C---------TT-T---G-A--TCTC-CAT-TGA-T------TTC--T-A---AA-AACA--
gi|22 : -TCGTCAC-AGTATGA-AAAT-AG-AGTCACTG----T-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAT----A-A-C---------TT-C---A-A--TTTT-TGA-TGA-T------TTC--T-A---AA-G-CA--ATTTG---TACCAAc
gi|23 : -TCGTTGA-A-TATTA-AAAT-TG--GCTACTG----A-C----T--C-AGAG-----TTT--TAA----AGAAC---------TT-C---A-A--TCTC-TGAATGAAT------TTC--T-A---GC-GACA--ATTTA---TACC
gi|24 : C-TCGTTGG-AGTATTA-AAAT-TG-AGTTACTG----A-C----TCAG-A-AA------TT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTT-CGA-TGA-T------TTC--T-A---GC-GACA--ATTTA---TA
gi|25 : aGTTA--AT-AT-G-AC---TT-CGGA-T-TAT-TTGTCGA-AGTATT--AAAT-AG-CGCCATTG----A-C----T--G-A-AACA---TTT--TAA----A----------------------A--T--------TGA-T------TTC--T-A---AA-
gi|26 : tGTTGA-AGTATTA-AAAT-TG-AGTTACTG----A-C----TCAG-A-AA------TT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-CGA-TAA-T------TTC--T-A---GC-AACA--ATTT
gi|27 : nnnT-G-AC---TT-CGGA-T-CAT-TTGTCGA-A----------T-A------ATTG----A-C----T--G-A-AGAA---TTT--TAC----AGA-C---------TT-T---G-A--TTTC-CAT-TGA-T------TTC--T-A---AA-
gi|28 : A----AAA-C---------TT-C---A-A--TTTT-CGA-TGA-T------TTC--C-A---AA-GACA--A-TTGACCTACCAAA
gi|29 : ---G-A--TCTC-CAA-TGA-T------TTT--T-A---AA-GGCA--ATGTG---TACCAAAC-ATTATata
gi|3 : gtCGTTA--TC-AT-G-AC---AT-CAGA-A-CTT-TTATCAA-AGAATTA-AAAT-AG-AGTTACTGCATGA-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AAA-C---------TT-C---A-A--TTTT-CAA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTttt
gi|30 : c----AGA-C---------TT-T---G-A--TCTC-CAT-TGA-T------TTC--T-AC--AA-AACA--CTT
gi|31 : acC-CAA-TGA-T------TTT--T-A---AA-GGCA--ATGTG---TACCAAAC-aca
gi|4 : CATTA--AT-AT-G-AC---AT-TAGA-A-CGC-TCTTCGA-AGTAT-A-AAAT-AG-AGTCATTG----A-T----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TG-T---G-A--TCTC-CGA-TGA-T------TTC--T-A---AATGACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTATat
gi|5 : aaGTTA--TC-AT---AC---AG-CGGG-A-CAC-C--TCAA-ATGAATA-AAAT-AG-AGTCACTG----A-C----T--G-A-AACC---TCT--TAA----AAC-C---------TT-TTAAG-A--TTTTTCGA-TGA-T------TTT--T-A---AA-GACA--ATTTT---TATCAAAC-TT
gi|6 : cact--AT-AG-A-AT---AT-CGGA-AACGC-TCATCCACAGTATTCTAAAT-AGGATTCATTG----A------T--G-A-AGCA---GTT--TA
gi|7 : tTA--ATCAT-GGAT---AT-CGGA-A-CGC-TCATCAC-AGTATCA-AAATAAG-ATTCATTG----A-C----T--G-A-AGCATTTTTT--TAA------A-C---------TT-C---A-A--TTTC-GCA-TGA--------TTC--T-A---AA-GACAGTATCTG---TACCAAgttattcaaagattcattgacttggaagaattttttaaacttcaattttcca
gi|8 : caCGTTATGAT-AT-GCATGTTAT-CGAG-A-CGC-TCGACGA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCGCTG----A-C----T--G-A-ACCA---TTT--TAA----G-------------------------------GA-TGA-T------TTC--CAA---AA-GTCA--ATTCG---TACCAt
gi|9 : ttgcCGTTA--AT-AT-G-AC---AT-TGGA-A-CGC-TCTTCGA-AGTATTA-AAAT-AA-AGTCATTA----A-C----T--G-A-AGCA---TT--------------C---------TG-T---G-A--TCTC-CAA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GGCA--ATTTG---TACCAAAC-taa
Alignments
lowQualScore : 33 4 2 4 333 1 666 1 0 1 1 1 1 3333 1 3333 33 1 1 0 222 22 3333 2 1 555555555 33333 1 11 2 1 1 333333 11 2 333 1 22 333 8
lowQualScore : .. . . . ... . ... . . . . . . .... . .... .. . . . ... .. .... . . ......... ..... . .. . . . ...... .. . ... . .. ... .
lowQualScore : 77 7 1 2 333 9 555 6 7 5 5 5 5 0000 4 0000 99 4 4 4 555 00 0000 4 4 777777777 77777 4 99 7 3 3 888888 99 8 888 4 55 777 0
consensus : NNCGTTA--AT-AT-G-AC---AT-CGGA-A-CGC-TCGTCGA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCACTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-CGA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTAT
Reference ( family-7844 ) : NNCGTTA--AT-AT-G-AC---AT-CGGA-A-CGC-TCGTCGA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCACTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-CGA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTAT
gi|1 : TA--ATCATAG-AT---AT-CGGA-AACGC-TCATCAC-AGTATTT-AAAT-AG-ATTCATTG----A-C----T--G-A-AGCA---TT
gi|1 : acca-AGTATTC-AAAT-AG-ATTCATTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TTT----AAA-C---------TT-C---A-A--TTTT-CCA-TGA-TTTCTAATTC--T-A---AA-GACA--GTTTG---TACCagtattcaaatagattcattgactgaagcattttttaaacttcaattttccatgatttctaattctaaagacagtttgtacc
gi|10 : accataatcatagatatcggaaacgctcatcacagtatttaaatagattcattgactgaagcatt-G-AC---AT-GGGATC-CGT-CCGTCGA-AGTAT-A-CAAT-AG-AGTCACTG----A-C----T--GAA-AGCA---TTTTGTAA----AGA-C---------T------GAA--TCTA-TGT-TGA-T------TT---T-A---AA-GA
gi|11 : ttaattatgtcaCGTTA--AT-AT-G-AC---AT--GGA-A-CGC-TCTTCGA-AGTATTA-AAAT----AGTCATTA----A-CCGCAT--G-A-AGCA---TT--------------C---------TG-T---G-A--TCTCTTGA-TAA-T------TTC--T-A---AA-GGCA--GTCTG---TACatca
gi|12 : acCGTTA--TC-AT-G-AC---AT-CGGA-A-CGC-TCATCAA-AGT----------------CACTG----A-C---------A-AGCA---TTT--TAA----AAA-C---------TT-A---A-A--TTTT-CGA-TGA-T------TTC--T-A---AC-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTAT
gi|13 : TG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGG-C---------TG-C---G-A--TCTC-CAA-TGA-T------ATC--G-A---AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-ATTAT
gi|14 : catgatgtgcttatgaataCGTTG--AT-AT-G-AC---AT-TGGA-A-GGC-TCTTCAA-AGTATAT-AAAT-AG---TCATTA----A-C----T--G-A----------------------------------------------TCTC-CAA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GGCA--ATTTG---TACCAAGCATTTtttataagtcat
gi|15 : cacCATTA--AT-AT-G-AC---ATATGGA-A-CGCGCCTTCGA-GATATAA-AAAT-A--AGTCATTA----ACC----T--G-A-AATA---CTG--TGATGTGAAA-C---------TT-C---G-A----TC-CAA-TGG-T------T
gi|16 : tcac-AT-G-AC---AT-TGAA-T-CGT-TCATCGA-AGTATTA-AAAT-AA-ACTCACTG----A-C----C-------GC----------------AGA-C---------TTCC---G-A--TTTC-TGT-TGA-T------TTCTAT-A---AA-GA
gi|17 : c-AT-G-AC---AT-TGAA-T-CGT-TCATCGA-AGTATTA-AAAT-AA-ACTCACTG----A-C----C--G-----------------A----AGA-C---------TTCC---G-A--TTTC-TGT-TGA--------TTC--T-ATTTAA-GAtcacttaatt
gi|18 : c--AT-AT-G-AC---AT-TGGA-T-CGT-TCGT-GA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCTCTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-TGT-TGA-T------TTC--T-A---AA-GAtcacttaat
gi|19 : tC---AT-TGGA-T-CAT-TCGTCGA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCACAG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-TTT-TGA-T------TTA--T-A---AC-GA
gi|2 : GTTA--AT-AT-G-AC---AT-CTGA-A-CAC-TCATCAA-AGTATTA-AAAT----AGTCACTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTA--TAA----AGA-CAACGGTACATT-C---T-GCCTCTC-TGG-TGA-T------TTC--TGA---AG-GGCA--ATCTG---TACCAAACATTTtcactt
gi|20 : aC-TCGTTGA-AGTATTA-AAAT-TG-AGTTACTG----A-C-------G-C-AGAA---ATT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTT-CGA-TGA-T------TTC--T-A---GC-GACA--ATTTA---TACCA
gi|21 : C---AT-CGGG-T-CAT-TCGTCGA-AGAATTA-AAAT-AG---TCACTG----A-C----T--G-A-AGAA---TTT--TAC----AGA-C---------TT-T---G-A--TCTC-CAT-TGA-T------TTC--T-A---AA-AACA--
gi|22 : -TCGTCAC-AGTATGA-AAAT-AG-AGTCACTG----T-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAT----A-A-C---------TT-C---A-A--TTTT-TGA-TGA-T------TTC--T-A---AA-G-CA--ATTTG---TACCAAc
gi|23 : -TCGTTGA-A-TATTA-AAAT-TG--GCTACTG----A-C----T--C-AGAG-----TTT--TAA----AGAAC---------TT-C---A-A--TCTC-TGAATGAAT------TTC--T-A---GC-GACA--ATTTA---TACC
gi|24 : C-TCGTTGG-AGTATTA-AAAT-TG-AGTTACTG----A-C----TCAG-A-AA------TT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTT-CGA-TGA-T------TTC--T-A---GC-GACA--ATTTA---TA
gi|25 : aGTTA--AT-AT-G-AC---TT-CGGA-T-TAT-TTGTCGA-AGTATT--AAAT-AG-CGCCATTG----A-C----T--G-A-AACA---TTT--TAA----A----------------------A--T--------TGA-T------TTC--T-A---AA-
gi|26 : tGTTGA-AGTATTA-AAAT-TG-AGTTACTG----A-C----TCAG-A-AA------TT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-CGA-TAA-T------TTC--T-A---GC-AACA--ATTT
gi|27 : nnnT-G-AC---TT-CGGA-T-CAT-TTGTCGA-A----------T-A------ATTG----A-C----T--G-A-AGAA---TTT--TAC----AGA-C---------TT-T---G-A--TTTC-CAT-TGA-T------TTC--T-A---AA-
gi|28 : A----AAA-C---------TT-C---A-A--TTTT-CGA-TGA-T------TTC--C-A---AA-GACA--A-TTGACCTACCAAA
gi|29 : ---G-A--TCTC-CAA-TGA-T------TTT--T-A---AA-GGCA--ATGTG---TACCAAAC-ATTATata
gi|3 : gtCGTTA--TC-AT-G-AC---AT-CAGA-A-CTT-TTATCAA-AGAATTA-AAAT-AG-AGTTACTGCATGA-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AAA-C---------TT-C---A-A--TTTT-CAA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTttt
gi|30 : c----AGA-C---------TT-T---G-A--TCTC-CAT-TGA-T------TTC--T-AC--AA-AACA--CTT
gi|31 : acC-CAA-TGA-T------TTT--T-A---AA-GGCA--ATGTG---TACCAAAC-aca
gi|4 : CATTA--AT-AT-G-AC---AT-TAGA-A-CGC-TCTTCGA-AGTAT-A-AAAT-AG-AGTCATTG----A-T----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TG-T---G-A--TCTC-CGA-TGA-T------TTC--T-A---AATGACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTATat
gi|5 : aaGTTA--TC-AT---AC---AG-CGGG-A-CAC-C--TCAA-ATGAATA-AAAT-AG-AGTCACTG----A-C----T--G-A-AACC---TCT--TAA----AAC-C---------TT-TTAAG-A--TTTTTCGA-TGA-T------TTT--T-A---AA-GACA--ATTTT---TATCAAAC-TT
gi|6 : cact--AT-AG-A-AT---AT-CGGA-AACGC-TCATCCACAGTATTCTAAAT-AGGATTCATTG----A------T--G-A-AGCA---GTT--TA
gi|7 : tTA--ATCAT-GGAT---AT-CGGA-A-CGC-TCATCAC-AGTATCA-AAATAAG-ATTCATTG----A-C----T--G-A-AGCATTTTTT--TAA------A-C---------TT-C---A-A--TTTC-GCA-TGA--------TTC--T-A---AA-GACAGTATCTG---TACCAAgttattcaaagattcattgacttggaagaattttttaaacttcaattttcca
gi|8 : caCGTTATGAT-AT-GCATGTTAT-CGAG-A-CGC-TCGACGA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCGCTG----A-C----T--G-A-ACCA---TTT--TAA----G-------------------------------GA-TGA-T------TTC--CAA---AA-GTCA--ATTCG---TACCAt
gi|9 : ttgcCGTTA--AT-AT-G-AC---AT-TGGA-A-CGC-TCTTCGA-AGTATTA-AAAT-AA-AGTCATTA----A-C----T--G-A-AGCA---TT--------------C---------TG-T---G-A--TCTC-CAA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GGCA--ATTTG---TACCAAAC-taa
blockSeqs : TG C . G GTT A TC G C T A G CATG C CGCA CA A G TTT TG TGTG G A AACGGTACA TTAA A CC T A A . TA G TTT T GT ACC A
blockSeqs : . . . C . . AA . . . . . . . . CA . . . . . A . . CC . . T . . . . A C . . . A
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . G . . CC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : A** ******
originalCons : NNCGTTA--AT-AT-G-AC---AT-CGGA-A-CGC-TCGTCGA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCACTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-CGA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTAT
finalCons : NNCGTTA--AT-AT-G-AC---AT-CGGAA--CGC-TCGTCGA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCACTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-CGA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTAT
Alignments
lowQualScore : 33 4 2 4 333 1 666 1 0 1 1 1 1 3333 1 3333 33 1 1 0 222 22 3333 2 1 555555555 33333 1 11 2 1 1 333333 11 2 333 1 22 333 8
lowQualScore : .. . . . ... . ... . . . . . . .... . .... .. . . . ... .. .... . . ......... ..... . .. . . . ...... .. . ... . .. ... .
lowQualScore : 77 7 1 2 333 9 555 6 7 5 5 5 5 0000 4 0000 99 4 4 4 555 00 0000 4 4 777777777 77777 4 99 7 3 3 888888 99 8 888 4 55 777 0
consensus : NNCGTTA--AT-AT-G-AC---AT-CGGA-A-CGC-TCGTCGA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCACTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-CGA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTAT
Reference ( family-7844 ) : NNCGTTA--AT-AT-G-AC---AT-CGGA-A-CGC-TCGTCGA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCACTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-CGA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTAT
gi|1 : TA--ATCATAG-AT---AT-CGGA-AACGC-TCATCAC-AGTATTT-AAAT-AG-ATTCATTG----A-C----T--G-A-AGCA---TT
gi|1 : acca-AGTATTC-AAAT-AG-ATTCATTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TTT----AAA-C---------TT-C---A-A--TTTT-CCA-TGA-TTTCTAATTC--T-A---AA-GACA--GTTTG---TACCagtattcaaatagattcattgactgaagcattttttaaacttcaattttccatgatttctaattctaaagacagtttgtacc
gi|10 : accataatcatagatatcggaaacgctcatcacagtatttaaatagattcattgactgaagcatt-G-AC---AT-GGGATC-CGT-CCGTCGA-AGTAT-A-CAAT-AG-AGTCACTG----A-C----T--GAA-AGCA---TTTTGTAA----AGA-C---------T------GAA--TCTA-TGT-TGA-T------TT---T-A---AA-GA
gi|11 : ttaattatgtcaCGTTA--AT-AT-G-AC---AT--GGA-A-CGC-TCTTCGA-AGTATTA-AAAT----AGTCATTA----A-CCGCAT--G-A-AGCA---TT--------------C---------TG-T---G-A--TCTCTTGA-TAA-T------TTC--T-A---AA-GGCA--GTCTG---TACatca
gi|12 : acCGTTA--TC-AT-G-AC---AT-CGGA-A-CGC-TCATCAA-AGT----------------CACTG----A-C---------A-AGCA---TTT--TAA----AAA-C---------TT-A---A-A--TTTT-CGA-TGA-T------TTC--T-A---AC-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTAT
gi|13 : TG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGG-C---------TG-C---G-A--TCTC-CAA-TGA-T------ATC--G-A---AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-ATTAT
gi|14 : catgatgtgcttatgaataCGTTG--AT-AT-G-AC---AT-TGGA-A-GGC-TCTTCAA-AGTATAT-AAAT-AG---TCATTA----A-C----T--G-A----------------------------------------------TCTC-CAA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GGCA--ATTTG---TACCAAGCATTTtttataagtcat
gi|15 : cacCATTA--AT-AT-G-AC---ATATGGA-A-CGCGCCTTCGA-GATATAA-AAAT-A--AGTCATTA----ACC----T--G-A-AATA---CTG--TGATGTGAAA-C---------TT-C---G-A----TC-CAA-TGG-T------T
gi|16 : tcac-AT-G-AC---AT-TGAA-T-CGT-TCATCGA-AGTATTA-AAAT-AA-ACTCACTG----A-C----C-------GC----------------AGA-C---------TTCC---G-A--TTTC-TGT-TGA-T------TTCTAT-A---AA-GA
gi|17 : c-AT-G-AC---AT-TGAA-T-CGT-TCATCGA-AGTATTA-AAAT-AA-ACTCACTG----A-C----C--G-----------------A----AGA-C---------TTCC---G-A--TTTC-TGT-TGA--------TTC--T-ATTTAA-GAtcacttaatt
gi|18 : c--AT-AT-G-AC---AT-TGGA-T-CGT-TCGT-GA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCTCTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-TGT-TGA-T------TTC--T-A---AA-GAtcacttaat
gi|19 : tC---AT-TGGA-T-CAT-TCGTCGA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCACAG----A-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-TTT-TGA-T------TTA--T-A---AC-GA
gi|2 : GTTA--AT-AT-G-AC---AT-CTGA-A-CAC-TCATCAA-AGTATTA-AAAT----AGTCACTG----A-C----T--G-A-AGCA---TTA--TAA----AGA-CAACGGTACATT-C---T-GCCTCTC-TGG-TGA-T------TTC--TGA---AG-GGCA--ATCTG---TACCAAACATTTtcactt
gi|20 : aC-TCGTTGA-AGTATTA-AAAT-TG-AGTTACTG----A-C-------G-C-AGAA---ATT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTT-CGA-TGA-T------TTC--T-A---GC-GACA--ATTTA---TACCA
gi|21 : C---AT-CGGG-T-CAT-TCGTCGA-AGAATTA-AAAT-AG---TCACTG----A-C----T--G-A-AGAA---TTT--TAC----AGA-C---------TT-T---G-A--TCTC-CAT-TGA-T------TTC--T-A---AA-AACA--
gi|22 : -TCGTCAC-AGTATGA-AAAT-AG-AGTCACTG----T-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAT----A-A-C---------TT-C---A-A--TTTT-TGA-TGA-T------TTC--T-A---AA-G-CA--ATTTG---TACCAAc
gi|23 : -TCGTTGA-A-TATTA-AAAT-TG--GCTACTG----A-C----T--C-AGAG-----TTT--TAA----AGAAC---------TT-C---A-A--TCTC-TGAATGAAT------TTC--T-A---GC-GACA--ATTTA---TACC
gi|24 : C-TCGTTGG-AGTATTA-AAAT-TG-AGTTACTG----A-C----TCAG-A-AA------TT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTT-CGA-TGA-T------TTC--T-A---GC-GACA--ATTTA---TA
gi|25 : aGTTA--AT-AT-G-AC---TT-CGGA-T-TAT-TTGTCGA-AGTATT--AAAT-AG-CGCCATTG----A-C----T--G-A-AACA---TTT--TAA----A----------------------A--T--------TGA-T------TTC--T-A---AA-
gi|26 : tGTTGA-AGTATTA-AAAT-TG-AGTTACTG----A-C----TCAG-A-AA------TT--TAA----AGA-C---------TT-C---G-A--TCTC-CGA-TAA-T------TTC--T-A---GC-AACA--ATTT
gi|27 : nnnT-G-AC---TT-CGGA-T-CAT-TTGTCGA-A----------T-A------ATTG----A-C----T--G-A-AGAA---TTT--TAC----AGA-C---------TT-T---G-A--TTTC-CAT-TGA-T------TTC--T-A---AA-
gi|28 : A----AAA-C---------TT-C---A-A--TTTT-CGA-TGA-T------TTC--C-A---AA-GACA--A-TTGACCTACCAAA
gi|29 : ---G-A--TCTC-CAA-TGA-T------TTT--T-A---AA-GGCA--ATGTG---TACCAAAC-ATTATata
gi|3 : gtCGTTA--TC-AT-G-AC---AT-CAGA-A-CTT-TTATCAA-AGAATTA-AAAT-AG-AGTTACTGCATGA-C----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AAA-C---------TT-C---A-A--TTTT-CAA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTttt
gi|30 : c----AGA-C---------TT-T---G-A--TCTC-CAT-TGA-T------TTC--T-AC--AA-AACA--CTT
gi|31 : acC-CAA-TGA-T------TTT--T-A---AA-GGCA--ATGTG---TACCAAAC-aca
gi|4 : CATTA--AT-AT-G-AC---AT-TAGA-A-CGC-TCTTCGA-AGTAT-A-AAAT-AG-AGTCATTG----A-T----T--G-A-AGCA---TTT--TAA----AGA-C---------TG-T---G-A--TCTC-CGA-TGA-T------TTC--T-A---AATGACA--ATTTG---TACCAAAC-TTTATat
gi|5 : aaGTTA--TC-AT---AC---AG-CGGG-A-CAC-C--TCAA-ATGAATA-AAAT-AG-AGTCACTG----A-C----T--G-A-AACC---TCT--TAA----AAC-C---------TT-TTAAG-A--TTTTTCGA-TGA-T------TTT--T-A---AA-GACA--ATTTT---TATCAAAC-TT
gi|6 : cact--AT-AG-A-AT---AT-CGGA-AACGC-TCATCCACAGTATTCTAAAT-AGGATTCATTG----A------T--G-A-AGCA---GTT--TA
gi|7 : tTA--ATCAT-GGAT---AT-CGGA-A-CGC-TCATCAC-AGTATCA-AAATAAG-ATTCATTG----A-C----T--G-A-AGCATTTTTT--TAA------A-C---------TT-C---A-A--TTTC-GCA-TGA--------TTC--T-A---AA-GACAGTATCTG---TACCAAgttattcaaagattcattgacttggaagaattttttaaacttcaattttcca
gi|8 : caCGTTATGAT-AT-GCATGTTAT-CGAG-A-CGC-TCGACGA-AGTATTA-AAAT-AG-AGTCGCTG----A-C----T--G-A-ACCA---TTT--TAA----G-------------------------------GA-TGA-T------TTC--CAA---AA-GTCA--ATTCG---TACCAt
gi|9 : ttgcCGTTA--AT-AT-G-AC---AT-TGGA-A-CGC-TCTTCGA-AGTATTA-AAAT-AA-AGTCATTA----A-C----T--G-A-AGCA---TT--------------C---------TG-T---G-A--TCTC-CAA-TGA-T------TTC--T-A---AA-GGCA--ATTTG---TACCAAAC-taa