lowQualScore                  :                                                              1                                           11111111111111111111   7777777777777777777777777777777777777777777777777777                                         1                                            
lowQualScore                  :                          1 77777   1  1   1 55555 33333 4444 1  1 1 2 3 66666 5 33 55555 1 1  1 2   4444 11111111111111111111 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 444444  22  1 333 1 33 9999999 3 1 1 1  1 4444 44444 55555 1   1  1   77777 1 1      
lowQualScore                  :                          . .....   .  .   . ..... ..... .... .  . . . . ..... . .. ..... . .  . .   .... .................... . .................................................... ......  ..  . ... . .. ....... . . . .  . .... ..... ..... .   .  .   ..... . .      
lowQualScore                  :                          2 44444   2  1   1 00000 99999 7777 5  1 1 2 3 77777 1 11 11111 1 1  1 2   7777 11111111111111111111 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333  77  1 111 1 11 1111111 3 1 1 1  4 9999 00000 00000 2   2  2   44444 2 2      
consensus                     :                 CAAGGGGCT-A-----AGC-AC-GTT-T---T-G-----A----TCCG-A-A-A-C-----TCC--T-----C-G-TA-A-CCA----T-A--------A---------A-T----A------------------A-----------A---G------------G------GT--TA-C---G-A--GGA-----G-T-T-T-CGGA----T-----C-A---A-AAC-GT-GCT-----T-A-GCCCCT
Reference ( gi|11 )           :                 CAAGGGGCT-A-----AGC-AC-GTT-T---T-G-----A----TGCG-A-A-A-C-----TTC--T-----C-G-TA-A-CCA----T-A--------A---------A-T----A------------------A-----------A---G------------G------GT--TA-C---G-A--GAA-----G-T-T-T-CGCA----T-----C-A---A-AAC-GT-GCT-----T-A-GCCCCT
gi|19                         :                 CAGGGGCCT-A-----AGC-A--ATT-T---T-A-----A----TCTG-A-A-A-------TCC--T-----C-G-TA-A-TCA----T-AT-------A---------A-T----A------------------A-----------A---A-----------------------TA-CGCTG-A--G-A-----G-T-T-T-C
gi|15                         :                  aAGGGGCT-A-----AGC-AC-GCT-T---T-G-----A----TTCG-A-A-A-C-----TCC--C-----C-G-TA-A-CCA----T---------------------------------------------------------------------------G------GT--TA-C---G-A--GGA-----G-T-G-T-CGGA----T-----C-A---A-AGC-GT-GCT-----T-A-GCCCCTa
gi|15                         :                 acAGGGGCT-A-----AGC-AC-GCT-T---T-G-----A----TCCG-A-C-A-C-----TCC--T-----C-G-TA-A-CCA----T---------------------------------------------------------------------------G------GT--TA-C---G-G--GGA-----G-T-T-T-CGAA----T-----C-A---A-AGC-GT-GCT-----T-A-GCCCCTg
gi|10                         :                 acAGGGGCT-A-----AGC-AC-ATT-T---T-G-----A----TCCT-T-A-A-C-----TCC--A-----A-G-TG-A-CCA----T-A--------A---------A-T----A------------------TCT---------A---T------------G------GT--CA-T---G-A--GAA-----G-T-T-T-TGGA----T-----C-A---A-AAC-GT-GCT-----T-A-GCCCCTg
gi|10                         :                   AGGGGCT-A-----AGC-AC-GTT-T---T-G-----A----TCCA-A-A-A-C-----TTC--T-----C-A-TG-A-CCA----T-A--------G---------A-T----ATT----------------T-----------A---T------------G------GT--CA-C---T-T--GGA-----G-T-T-A-AGGA----T-----C-A---A-AAT-GT-GCT-----T-A-GCCCCTgt
gi|4                          :                   AGGGGCT-A-----AGC-AC-GTT-T---T-G-----A----TGCG-A-A-A-CTCTGTTCC--T-----C-G-TA-A-CAA----T-A--------A---------A-T----A------------------A-----------A---GGATT--------G------GT--TA-C---G-A--GGA-----G---T-T-CGCAATTTC-----C-ACACA-AAC-GT-GC------T-A-GCCgt
gi|3                          :                   AGGGGCT-A-----AGC-AC-GTT-T---T-G-----A----TGCG-A-A-A-CTCTGTTCC--T-----C-G-TA-A-CAA----T-A--------A---------A-T----A------------------A-----------A---GGATT--------G------GT--TA-C---G-A--GGA-----G---T-T-CGCAATTTC-----C-ACACA-AAC-GT-GC------T-A-GCCtgt
gi|12                         :                   AGGGGCT-A-----AGC-AC-GTT-T---T-G-----A----TCTG-A-A-A-C-------C--C-----C-A-TA-A-CCA----T-A--------A---------A-T----ATTT---------------A-----------T---G------------GT-----GT--GG-C---G-A--G---------T-T-T-CGGA----T-----C-A---A-AAC-GT-GCT-----T-A-GCCCCTtgt
gi|12                         :                   AGGGGCT-A-----AGC-AC-GTT-T---T-G-----A----TCCG-A-A-A-C-----TCG--C-----C-A-C--A-CCA----T-A--------A---------A-T----ATT----------------T-----------A---T------------G------GT--TA-T---G-G--G-------G-T-T-T-CAGA----T-----C-A---A-AAC-GT-GCT-----T-A-GCCCCTg
gi|17                         :                   AGGGGGT-A-----AGC-AC-GTT-T---T-G-----A----TCCG-A-A-A-T-----TCC--T-----C-G-TA-A-CCA----T-A--------A---------ATT----A------------------A-----------A---AAAAATAT-----G------GT--TA-C---G-A--GGA-----G-T-T-T-CGGA----T-----C-g
gi|7                          :                  cAGGGGCC-A-----AGC-AC-GTT-T---T-G-----A----TTCG-A-A-A-C-----TCC--T-----C-G-TA-A-CCA----T-A--------A---------A-T----A------------------ATCTAAAATTTAA---T------------G------AT--TT-T---G-A--GGG-----T-T-T-T-GGGA----T-----A-A---A-AAC-GT-GTT-----T-A-GC
gi|2                          :                  cAGGGGCT-ATACTAAGC-AC-GTT-T---T-G-----A----CCCG-A-C-A-C-----TCC--T-----C-G-TA-A-CCA----T-A--------T---------A-T----ATTTATCATGTTTATGGCCA-----------G---GGTTTAT------G------GT--TA-C---G-A--AGA-----G-T-T-T-TGGA----T-----C-A---A-AAC-AT-GCT-----T-A-
gi|14                         :               gctaAGGAGCT-A-----AGT-AC-GTT-T---T-GT----A----TCCG-A-T-A-T-----CTC--T-----C-T-T----CCA----T-A--------A---------A-T----A------------------A-----------C---A------------T-------T--TA-CT--G-A--GAG-----T-T-T-T-CTGA----T-----------A-AAC-GT-GCT-----T-A-GCCCCTgtg
gi|14                         :                  cAGGGGCT-A-----AGC-AC-GTT-T-----------A----TCAG-A-A-A-A-----CTC--T-----CAG-TA-A-ATG----T-T--------A---------T-T----T------------------A-----------T---G------------G-----------A-A---G-A--GAG-----A-T-A-T-CGGA----TA----C-A---A-AAC-GT-ACT-----T-A-GCTCCT
gi|22                         :                  cAGGGGCT-A-----AGC-AC-GTT-T---T-G-----A----GCCG-A-G-A-C-----TCC--T-----C-A-TA-A-CCA----T-A--------G---------A-T----A------------------A-----------
gi|5                          :                   AGGGGCT-A-----AGCGAC-GTT-T---TTG-----A----TCCG-A-ACA-C-----TCC--T-----C-G-TAGA-CCA----T-AT-------A---------A-T----G------------------A-----------C---G------------G-------------------A--GCAT----G-T-CCT-CGCG----TACTCAC-A---A-AAC-GT-GCT-----TAA-GCGCCTg
gi|5                          :                cacAGGCGCTTA-----AGC-AC-GTT-T---T-GTGAGTA----CGCG-AGG-A-CA----TGC--TC----C-G-T-----CA----T----------------------T----A------------------T-----------A---T------------G------GTC-TA-C---G-A--GGA-----G-TGT-T-CGGA----T-----CAA---A-AAC-GTCGCT-----T-A-GCCCCTgt
gi|9                          :                cacAGGGGTT-AGA---AGC-AC-GGT-T-----G-----A----CCAC-A-C-A-C-----TCCCCT-----C-G-TA---CCA----T-A--------G---------A-C----ATTT---------------A-----------T---G------------G------GT--TA-C---G-A--GGA-----GTT-T-T-CGGA----T-----CGA---A-AAC-GT-GCT-----T-G-gt
gi|8                          :                 acAGGGGTT-AGA---AGC-AC-GGT-T-----G-----A----CCAC-A-C-A-C-----TCCCCT-----C-G-TA---CCA----T-A--------G---------A-C----ATTT---------------A-----------T---G------------G------GT--TA-C---G-A--GGA-----GTT-T-T-CGGA----T-----CGA---A-AAC-GT-GCT-----T-G-g
gi|20                         :                  cAGGGGCT-A-----AGC-AC-GTT-T---T-G-----G----TCAG-A-G-A-C-----TCT--T-----C-C-TA-A-CTA----T-gt
gi|16                         : cacagtgactaagcataaAGGGGCT-AC----GGC-ACTGTT-T---T-G-----A----TCAGTA-A-A-C-----TCC--T-----C-T-TA----TA----T----------------------T----T------------------A-----------A---T------------G------GT--T--T---G-A--GGA-----GTT-T-T-CGGA----T-----C-----C-CAC-GT-GTT-----A-A-GC
gi|6                          :                 acAGGGGCC-A-----AGC-AC-GTT-T---T-G-----A----TCCG-A-A-A-C-----
gi|18                         :                   cGGGGCT-A-----AGC-CC-GTT-T---T-G-----A----TTCA-A-A-A-C-----TCC--T-----C-G-TA-A-CCA----T-A--------A---------A-T----A------------------A-----------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaccggttgggcacaggggttagaagcacggttgaccacac
gi|21                         :                    GGGATT-A-----AGC-CC-GTT-T---T-G-----G----TCCA-A-A-A-C-----TGC--T-----C-GTTA-A-CTA----T-A--------C---------A-T----tttccacttttaatcattatacatgtaaaggg
gi|23                         :                  actGGGCT-A-----ACC-AC-GTT-T---T-G-----A----TTCG-A-A-A-C-----TCC--T-----C-G-TA-G-CCA----T-A--------A---------A-T----A------------------C-----------A---G------------G------tt
gi|4                          :                      GGCT-A------GC-AC-GTT-TGTGT-G-----GAAATTGCG-A-A---C-----TCC--T-----C-G-TA-A-CCAATCCT-T--------T---------A-T----T------------------T-----------A---T------------T------GT--TA-C---G-A--GGAACAGAG-T-T-T-CGCA----T-----C-A---A-AAC-GT-GCT-----T-A-GCCCCT
gi|3                          :                      GGCT-A------GC-AC-GTT-TGTGT-G-----GAAATTGCG-A-A---C-----TCC--T-----C-G-TA-A-CCAATCCT-T--------T---------A-T----T------------------T-----------A---T------------T------GT--TA-C---G-A--GGAACAGAG-T-T-T-CGCA----T-----C-A---A-AAC-GT-GCT-----T-A-GCCCCTtgt
gi|7                          :                       GCT-A-----AAC-AC-GTT-T---T-T-----A----TCCC-A-A-A-A-----CCC--T-----C-A-AA-A-TCA----TTA--------A---------A-TTTTAG------------------ATTATTT-----A---T------------G------GT--TA-C---G-A--GGA-----G-T-T-T-CGAA----T-----C-A---A-AAC-GT-GCT-----T-G-GCCCCTtgt
gi|16                         :                      cGCT-T-----AAC-AC-GTG-G-----G-----A----TCCG-A-A-AAC-----TCC--T-----C-A--A-A-CCA----TTA--------A---------A-T----A----------------------------------------------------------TA-A---G-A--GGA-----G-T-T-TACTGA----T-----C-A---A-AACAGT-GCCG----T-A-GCCCCT
gi|9                          :                      acCC-A-----AGC-AC-GTT-T---TCG-----A----TCCG-A-A-AAC-----TCC--T-----C-G-TA-ACCCA----T-A--------A---------A-T----GTCT---------------A-----------T---G------------G----------TA-C---G-AGGGGA-----G-T-G-T-GTGG----T-----C-----A-ACC-GT-GCTTC---T-A-ACCCCT
gi|8                          :                      acCC-A-----AGC-AC-GTT-T---TCG-----A----TCCG-A-A-AAC-----TCC--T-----C-G-TA-ACCCA----T-A--------A---------A-T----GTCT---------------A-----------T---G------------G----------TA-C---G-AGGGGA-----G-T-G-T-GTGG----T-----C-----A-ACC-GT-GCTTC---T-A-ACCCCTg
gi|1                          :                       cCT-A-----ACC-AC-GTT-T---TTG-----A----CCCG-A-CCA-C-----TCC--TTTTCCC-G-TA-A-CCA----T-A--------T---------A-T----ATATCATGGTTTATGGCC-A-----------G---G------------GTTTATGGT--TA-C---GAA--GAT-----G-T-T-T-TGGA----T-----C-A---ACAAC-AT-GCT-----T-A-gt
gi|2                          :                      ctaT-A-----AGC-AT-GTT-T---T-G-----A----TCCA-A-A-A-C-----TCT--T-----C-G-TA-A-CCA----T-A--------AACCCTGGCCA-T----A------------------A-----------ACATGATAAATATATATG------GT--TA-C---G-A--GGA-----G-T-G-T-CGGG----T-----C-A---A-AAC-GT-GCTTAGTAT-A-GCCCCTtaaatagccctagtgcat
gi|1                          :                     gctaT-A-----AGC-AT-GTTGT---T-G-----A----TCCA-A-A-A-C-----ATC--TT----C-G-TA-A-CCA----T-A--------A---------A-gtg
gi|13                         :                                    cta-GCT-T---T-G-----A----TCTG-A-A-A-C-----TCC--T-----T-T-TA-A-CCA----T-A--------T---------A-T----------------------------------------------------G------GTAATA-C---A-A--GTA-----A-T-T-T-CAGA----T-----C---------T-G--GCT-----T-T-ACCCCTccctggccataaaccatgatatatatatggttacgggaaaaggagtggtcgggtcaaaaacgtggttagtaaatagccctagtgcat
gi|17                         :                                              caa-G-----A----TCCG-A-A-A-C-----TCC--T-----C-G-TA-A-CCA----T-ATTTTTTTTA---------A-T----T------------------T-----------A---T------------G------GT--TA-C---G-A--GGA-----A-T-T-T-CGGA----T-----C-A---A-AAC-GT-GCT-----T-A-CCCCCTagactagtttacccctg
gi|20                         :                                                                                           c-TA-A-GCA----T-A--------A---------A-T----A------------------------------------------------------GT--TA-G---G-A--AGA-----G-T-C-T-CTGA----C-----C-A---A-AAC-GT-GCT-----T-A-GCCCCT
gi|21                         :                                                                                                 cacagtgac-A--------A---------A-T----G------------------T-----------A---T------------A------GT--TAAC---G-A--GCA-----G-T-T-T-TGGA----C-----C-A---A-AAC-GG-GCT-----T-A-ATCCC
gi|18                         :                                                                                                                                                                      act------------G------GT--TA-C---G-A--GGA-----G-T-T-T-TGAA----T-----C-A---A-AAC-GG-GCT-----T-A-GCCCC
gi|23                         :                                                                                                                                                                         ------------G------GC--TA-C---G-A--GGA-----G-T-T-T-CGAA----T-----C-A---A-AAC-GT-GGT-----T-A-GCCCataaataatttccacttttaatcattatacatgtaaaggg
gi|22                         :                                                                                                                                                                         ------------G------GT--TA-T---G-A--GGA-----G-T-C-T-CGGC----T-----C-A---A-AAC-GT-GCT-----T-A-GCCCCTataaatacagg
gi|19                         :                                                                                                                                                                 ttatctat------------G------AT--TA-C---G-A--GGA-------T-T-T-CAGA----T-----T-A---A-AAT--T-GCT-----T-AGGCCCCTg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                             ac-----G-T-T-T-CGGA----T-----C-A---A-AAC-GT-GCT-----T-G-GCCCCTatataataaaatacgctgagagtttca





Alignments
lowQualScore                  :                                             11111                    11111111111    666666666666666666666666666666666                              11111111111                        
lowQualScore                  :                 55   1     1  1 1       1 1 00000   55   1  44    1  44444444444 1  999999999999999999999999999999999 0     88888    2 555  4  4   66666666666    2     99999 2       
lowQualScore                  :                 ..   .     .  . .       . . .....   ..   .  ..    .  ........... .  ................................. .     .....    . ...  .  .   ...........    .     ..... .       
lowQualScore                  :                 00   8     8  8 8       8 8 99999   22   8  33    8  66666666666 8  111111111111111111111111111111111 6     66666    2 333  4  7   88888888888    5     33333 7       
consensus                     :       CAAGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCCGAA-A-C-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---A-----------A----G------------GGTTACG-----AGGA-G-T-TT-CG-GAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCT
Reference ( family-7688 )     :       CAAGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCCGAA-A-C-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---A-----------A----G------------GGTTACG-----AGGA-G-T-TT-CG-GAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCT
gi|1                          :               TA--AGC-ATGTTGTT-G-ATCCAAA-A-CA----TCT--TCG-TA--ACCA-TA-AACCCTGGCCA-TA---A-----------ACCATGATATATATAT--GGTTACGGGAAAAGGA-G-TGGT-CG-GGT-----CAA---AAAC-GTGGT-----T-AG
gi|10                         :      ctaAGGGGCTA--AGC-ACATT-TT-G-ATCCTTA-A-C-----TCC--AAG-TG--ACCA-TA-A---------A-TA---TCT---------A----T------------GGTCATG-----AGAA-G-T-TT-TG-GAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCTtaaatagccctagtgcat
gi|11                         :       CAAGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATGCGAA-A-C-----TTC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---A-----------A----G------------GGTTACG-----AGAA-G-T-TT-CG-CAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCTgt
gi|12                         :         AGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCTGAA-A-C-----CCC----A-TA--ACCA-TA-A---------A-TATTTA-----------T----G------------G--TGTG-----GCGA-G-T-TT-CG-GAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCT
gi|13                         :        AAGGGGTAA--AGC--CA------G-ATCTGAA-A-T-----TAC--TTG-TATTACCA-TA-T---------A-T----------------------------------GGTTAAA-----AGGA-G-T-TT-CA-GAT-----C-A---AAGC-g
gi|14                         :       caAGGAGCTA--AGT-ACGTT-TT-GTATCCGAT-A-T-----CTC--TCT-T----CCA-TA-A---------A-TA---A-----------C----A------------T-TTACT-----GAGA-G-T-TTTCT-GAT-----------AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCTagactagtttacccctg
gi|15                         :        cAGGGGCTA--AGC-ACGCT-TT-G-ATTCGAA-A-C-----TCC--CCG-TA--ACCA-T-------------------------------------------------GGTTACG-----AGGA-G-T-GT-CG-GAT-----C-A---AAGC-GTGCT-----T-AGCCCCT
gi|16                         :           acGCTT--AAC-ACGTG-G--G-ATCCGAA-AAC-----TCC--TCA--A--ACCATTA-A---------A-TA------------------------------------TAAG-----AGGA-G-T-TTACT-GAT-----C-A---AAACAGTGCCG----T-AGCCCCTg
gi|17                         :       acAGGGGGTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCCGAA-A-T-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------ATTA---A-----------A----AAAAATAT-----GGTTACG-----AGGA-G-T-TT-CG-GAT-----C-
gi|18                         :         cGGGGCTA--AGC-CCGTT-TT-G-ATTCAAA-A-C-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---A-----------
gi|19                         :       CAGGGGCCTA--AGC-A-ATT-TT-A-ATCTGAA-A-------TCC--TCG-TA--ATCA-TATA---------A-TA---A-----------A----A---------------TACGCT---GAGA-G-T-TT-Ctttccacttttaatcattatacatgtaaaggg
gi|2                          :              aTA--AGC-ATGTT-TT-G-ATCCAAA-A-C-----TCT--TCG-TA--ACCA-TA-AACCCTGGCCA-TA---A-----------ACAT-GATAAATATATATGGTTACG-----AGGA-G-T-GT-CG-GGT-----C-A---AAAC-GTGCTTAGTAT-AGCCCCTa
gi|20                         :                                                      gcta-TA--AGCA-TA-A---------A-TA----------------------------------GTTAGG-----AAGA-G-T-CT-CT-GAC-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCTgtg
gi|21                         : cacagtgacGGGATTA--AGC-CCGTT-TT-G-GTCCAAA-A-C-----TGC--TCGTTA--ACTA-TA-C---------A-T
gi|22                         :      actAGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-AGCCGAG-A-C-----TCC--TCA-TA--ACCA-TA-G---------A-TA---A-----------tt
gi|23                         :           GGGCTA--ACC-ACGTT-TT-G-ATTCGAA-A-C-----TCC--TCG-TA--GCCA-TA-A---------A-TA---C-----------A----G------------Gg
gi|3                          :         AGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATGCGAA-A-CTCTGTTCC--TCG-TA--ACAA-TA-A---------A-TA---A-----------A----GGATT--------GGTTACG-----AGGA-G---TT-CGCAATTTC--C-ACACAAAC-GTGC------T-AGCC
gi|4                          :         AGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATGCGAA-A-CTCTGTTCC--TCG-TA--ACAA-TA-A---------A-TA---A-----------A----GGATT--------GGTTACG-----AGGA-G---TT-CGCAATTTC--C-ACACAAAC-GTGC------T-AGCCtgt
gi|5                          :         AGGGGCTA--AGCGACGTT-TTTG-ATCCGAACA-C-----TCC--TCG-TAG-ACCA-TATA---------A-TG---A-----------C----G------------------G-----AGCATG-TCCT-CG-CGTACTCAC-A---AAAC-GTGCT-----TAAGCGCCTtgt
gi|6                          :      cacAGGGGCCA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCCGAA-A-C-----gt
gi|7                          :        cAGGGGCCA--AGC-ACGTT-TT-G-ATTCGAA-A-C-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---ATCTAAAATTTAA----T------------GATTTTG-----AGGG-T-T-TT-GG-GAT-----A-A---AAAC-GTGTT-----T-AGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaccggttgggcacaggggttagaagcacggttgaccacac
gi|8                          :        cAGGGGTTAGAAGC-ACGGT-T--G-ACCACAC-A-C-----TCCCCTCG-TA---CCA-TA-G---------A-CATTTA-----------T----G------------GGTTACG-----AGGA-GTT-TT-CG-GAT-----CGA---AAAC-GTGCT-----T-GG
gi|9                          :        cAGGGGTTAGAAGC-ACGGT-T--G-ACCACAC-A-C-----TCCCCTCG-TA---CCA-TA-G---------A-CATTTA-----------T----G------------GGTTACG-----AGGA-GTT-TT-CG-GAT-----CGA---AAAC-GTGCT-----T-GGgt





Alignments
lowQualScore                  :                                             11111                    11111111111    666666666666666666666666666666666                              11111111111                        
lowQualScore                  :                 55   1     1  1 1       1 1 00000   55   1  44    1  44444444444 1  999999999999999999999999999999999 0     88888    2 555  4  4   66666666666    2     99999 2       
lowQualScore                  :                 ..   .     .  . .       . . .....   ..   .  ..    .  ........... .  ................................. .     .....    . ...  .  .   ...........    .     ..... .       
lowQualScore                  :                 00   8     8  8 8       8 8 99999   22   8  33    8  66666666666 8  111111111111111111111111111111111 6     66666    2 333  4  7   88888888888    5     33333 7       
consensus                     :       CAAGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCCGAA-A-C-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---A-----------A----G------------GGTTACG-----AGGA-G-T-TT-CG-GAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCT
Reference ( family-7688 )     :       CAAGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCCGAA-A-C-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---A-----------A----G------------GGTTACG-----AGGA-G-T-TT-CG-GAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCT
gi|1                          :               TA--AGC-ATGTTGTT-G-ATCCAAA-A-CA----TCT--TCG-TA--ACCA-TA-AACCCTGGCCA-TA---A-----------ACCATGATATATATAT--GGTTACGGGAAAAGGA-G-TGGT-CG-GGT-----CAA---AAAC-GTGGT-----T-AG
gi|10                         :      ctaAGGGGCTA--AGC-ACATT-TT-G-ATCCTTA-A-C-----TCC--AAG-TG--ACCA-TA-A---------A-TA---TCT---------A----T------------GGTCATG-----AGAA-G-T-TT-TG-GAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCTtaaatagccctagtgcat
gi|11                         :       CAAGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATGCGAA-A-C-----TTC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---A-----------A----G------------GGTTACG-----AGAA-G-T-TT-CG-CAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCTgt
gi|12                         :         AGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCTGAA-A-C-----CCC----A-TA--ACCA-TA-A---------A-TATTTA-----------T----G------------G--TGTG-----GCGA-G-T-TT-CG-GAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCT
gi|13                         :        AAGGGGTAA--AGC--CA------G-ATCTGAA-A-T-----TAC--TTG-TATTACCA-TA-T---------A-T----------------------------------GGTTAAA-----AGGA-G-T-TT-CA-GAT-----C-A---AAGC-g
gi|14                         :       caAGGAGCTA--AGT-ACGTT-TT-GTATCCGAT-A-T-----CTC--TCT-T----CCA-TA-A---------A-TA---A-----------C----A------------T-TTACT-----GAGA-G-T-TTTCT-GAT-----------AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCTagactagtttacccctg
gi|15                         :        cAGGGGCTA--AGC-ACGCT-TT-G-ATTCGAA-A-C-----TCC--CCG-TA--ACCA-T-------------------------------------------------GGTTACG-----AGGA-G-T-GT-CG-GAT-----C-A---AAGC-GTGCT-----T-AGCCCCT
gi|16                         :           acGCTT--AAC-ACGTG-G--G-ATCCGAA-AAC-----TCC--TCA--A--ACCATTA-A---------A-TA------------------------------------TAAG-----AGGA-G-T-TTACT-GAT-----C-A---AAACAGTGCCG----T-AGCCCCTg
gi|17                         :       acAGGGGGTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCCGAA-A-T-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------ATTA---A-----------A----AAAAATAT-----GGTTACG-----AGGA-G-T-TT-CG-GAT-----C-
gi|18                         :         cGGGGCTA--AGC-CCGTT-TT-G-ATTCAAA-A-C-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---A-----------
gi|19                         :       CAGGGGCCTA--AGC-A-ATT-TT-A-ATCTGAA-A-------TCC--TCG-TA--ATCA-TATA---------A-TA---A-----------A----A---------------TACGCT---GAGA-G-T-TT-Ctttccacttttaatcattatacatgtaaaggg
gi|2                          :              aTA--AGC-ATGTT-TT-G-ATCCAAA-A-C-----TCT--TCG-TA--ACCA-TA-AACCCTGGCCA-TA---A-----------ACAT-GATAAATATATATGGTTACG-----AGGA-G-T-GT-CG-GGT-----C-A---AAAC-GTGCTTAGTAT-AGCCCCTa
gi|20                         :                                                      gcta-TA--AGCA-TA-A---------A-TA----------------------------------GTTAGG-----AAGA-G-T-CT-CT-GAC-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCTgtg
gi|21                         : cacagtgacGGGATTA--AGC-CCGTT-TT-G-GTCCAAA-A-C-----TGC--TCGTTA--ACTA-TA-C---------A-T
gi|22                         :      actAGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-AGCCGAG-A-C-----TCC--TCA-TA--ACCA-TA-G---------A-TA---A-----------tt
gi|23                         :           GGGCTA--ACC-ACGTT-TT-G-ATTCGAA-A-C-----TCC--TCG-TA--GCCA-TA-A---------A-TA---C-----------A----G------------Gg
gi|3                          :         AGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATGCGAA-A-CTCTGTTCC--TCG-TA--ACAA-TA-A---------A-TA---A-----------A----GGATT--------GGTTACG-----AGGA-G---TT-CGCAATTTC--C-ACACAAAC-GTGC------T-AGCC
gi|4                          :         AGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATGCGAA-A-CTCTGTTCC--TCG-TA--ACAA-TA-A---------A-TA---A-----------A----GGATT--------GGTTACG-----AGGA-G---TT-CGCAATTTC--C-ACACAAAC-GTGC------T-AGCCtgt
gi|5                          :         AGGGGCTA--AGCGACGTT-TTTG-ATCCGAACA-C-----TCC--TCG-TAG-ACCA-TATA---------A-TG---A-----------C----G------------------G-----AGCATG-TCCT-CG-CGTACTCAC-A---AAAC-GTGCT-----TAAGCGCCTtgt
gi|6                          :      cacAGGGGCCA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCCGAA-A-C-----gt
gi|7                          :        cAGGGGCCA--AGC-ACGTT-TT-G-ATTCGAA-A-C-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---ATCTAAAATTTAA----T------------GATTTTG-----AGGG-T-T-TT-GG-GAT-----A-A---AAAC-GTGTT-----T-AGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaccggttgggcacaggggttagaagcacggttgaccacac
gi|8                          :        cAGGGGTTAGAAGC-ACGGT-T--G-ACCACAC-A-C-----TCCCCTCG-TA---CCA-TA-G---------A-CATTTA-----------T----G------------GGTTACG-----AGGA-GTT-TT-CG-GAT-----CGA---AAAC-GTGCT-----T-GG
gi|9                          :        cAGGGGTTAGAAGC-ACGGT-T--G-ACCACAC-A-C-----TCCCCTCG-TA---CCA-TA-G---------A-CATTTA-----------T----G------------GGTTACG-----AGGA-GTT-TT-CG-GAT-----CGA---AAAC-GTGCT-----T-GGgt


blockSeqs                     :                 GA   G     .  T T       C A TCTGT   CC   T  TT    T  AACCCTGGCC  T  AACATGATAAATATATAT                      CT       T TC   T  C   TTCCACAC       A     TAGTA A
blockSeqs                     :                 GA   .     .  . .       . . TCTGT   CC   .  G     .  TA          .  ATCTAAAATTTAAT                          .        . TT   A  C   TTCCACAC       .     G     .
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  TA          .  AAAAAAATAT                              .        . TT   .  .   ACTCACA        .     .     .
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  A           .  AAGGATT                                 .        . T    .  .   CGA            .     .     .
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  A           .  AAGGATT                                 .        . T    .  .   CGA            .     .     .
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  A           .  TTTATG                                  .        . T    .  .   CA             .     .     .
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  T           .  TTTATG                                  .        . T    .  .   CA             .     .     .
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  A           .  TTTATG                                  .        . T    .  .   CA             .     .     .
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  A           .  TCTAT                                   .        . T    .  .   CA             .     .     .
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  A           .  AAG                                     .        . T    .  .   CA             .     .     .
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  A           .  ACA                                     .        . T    .  .   CA             .     .     .
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  A           .  AAA                                     .        . T    .  .   CA             .     .     .
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  C           .  CAG                                     .        . T    .  .   CA             .     .     .
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  G           .  ACG                                     .        . T    .  .   AA             .     .     .
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  A           .  .                                       .        . T    .  .   .              .            
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  A           .  .                                       .        . .    .  .                               
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  A           .  .                                       .        . .    .                                  
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  A           .  .                                                                                          
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  G           .                                                                                             
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .       .    .  .     .  G           .                                                                                             
blockSeqs                     :                 .    .     .  . .       . . .            .  .     .  .           .                                                                                             


blockSeqCons                  :                                             *****                    A**********    AAG******************************       *****      T**         CA*********
originalCons                  :       CAAGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCCGAA-A-C-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---A-----------A----G------------GGTTACG-----AGGA-G-T-TT-CG-GAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCT
finalCons                     :       CAAGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCCGAA-A-C-----TCC--TCG-TA--ACCA-TAA----------A-TAAAG------------------------------GGTTACG-----AGGA-GT--TT-CG-GATCA---------AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCT





Alignments
lowQualScore                  :                                             11111                    11111111111    666666666666666666666666666666666                              11111111111                        
lowQualScore                  :                 55   1     1  1 1       1 1 00000   55   1  44    1  44444444444 1  999999999999999999999999999999999 0     88888    2 555  4  4   66666666666    2     99999 2       
lowQualScore                  :                 ..   .     .  . .       . . .....   ..   .  ..    .  ........... .  ................................. .     .....    . ...  .  .   ...........    .     ..... .       
lowQualScore                  :                 00   8     8  8 8       8 8 99999   22   8  33    8  66666666666 8  111111111111111111111111111111111 6     66666    2 333  4  7   88888888888    5     33333 7       
consensus                     :       CAAGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCCGAA-A-C-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---A-----------A----G------------GGTTACG-----AGGA-G-T-TT-CG-GAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCT
Reference ( family-7688 )     :       CAAGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCCGAA-A-C-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---A-----------A----G------------GGTTACG-----AGGA-G-T-TT-CG-GAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCT
gi|1                          :               TA--AGC-ATGTTGTT-G-ATCCAAA-A-CA----TCT--TCG-TA--ACCA-TA-AACCCTGGCCA-TA---A-----------ACCATGATATATATAT--GGTTACGGGAAAAGGA-G-TGGT-CG-GGT-----CAA---AAAC-GTGGT-----T-AG
gi|10                         :      ctaAGGGGCTA--AGC-ACATT-TT-G-ATCCTTA-A-C-----TCC--AAG-TG--ACCA-TA-A---------A-TA---TCT---------A----T------------GGTCATG-----AGAA-G-T-TT-TG-GAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCTtaaatagccctagtgcat
gi|11                         :       CAAGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATGCGAA-A-C-----TTC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---A-----------A----G------------GGTTACG-----AGAA-G-T-TT-CG-CAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCTgt
gi|12                         :         AGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCTGAA-A-C-----CCC----A-TA--ACCA-TA-A---------A-TATTTA-----------T----G------------G--TGTG-----GCGA-G-T-TT-CG-GAT-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCT
gi|13                         :        AAGGGGTAA--AGC--CA------G-ATCTGAA-A-T-----TAC--TTG-TATTACCA-TA-T---------A-T----------------------------------GGTTAAA-----AGGA-G-T-TT-CA-GAT-----C-A---AAGC-g
gi|14                         :       caAGGAGCTA--AGT-ACGTT-TT-GTATCCGAT-A-T-----CTC--TCT-T----CCA-TA-A---------A-TA---A-----------C----A------------T-TTACT-----GAGA-G-T-TTTCT-GAT-----------AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCTagactagtttacccctg
gi|15                         :        cAGGGGCTA--AGC-ACGCT-TT-G-ATTCGAA-A-C-----TCC--CCG-TA--ACCA-T-------------------------------------------------GGTTACG-----AGGA-G-T-GT-CG-GAT-----C-A---AAGC-GTGCT-----T-AGCCCCT
gi|16                         :           acGCTT--AAC-ACGTG-G--G-ATCCGAA-AAC-----TCC--TCA--A--ACCATTA-A---------A-TA------------------------------------TAAG-----AGGA-G-T-TTACT-GAT-----C-A---AAACAGTGCCG----T-AGCCCCTg
gi|17                         :       acAGGGGGTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCCGAA-A-T-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------ATTA---A-----------A----AAAAATAT-----GGTTACG-----AGGA-G-T-TT-CG-GAT-----C-
gi|18                         :         cGGGGCTA--AGC-CCGTT-TT-G-ATTCAAA-A-C-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---A-----------
gi|19                         :       CAGGGGCCTA--AGC-A-ATT-TT-A-ATCTGAA-A-------TCC--TCG-TA--ATCA-TATA---------A-TA---A-----------A----A---------------TACGCT---GAGA-G-T-TT-Ctttccacttttaatcattatacatgtaaaggg
gi|2                          :              aTA--AGC-ATGTT-TT-G-ATCCAAA-A-C-----TCT--TCG-TA--ACCA-TA-AACCCTGGCCA-TA---A-----------ACAT-GATAAATATATATGGTTACG-----AGGA-G-T-GT-CG-GGT-----C-A---AAAC-GTGCTTAGTAT-AGCCCCTa
gi|20                         :                                                      gcta-TA--AGCA-TA-A---------A-TA----------------------------------GTTAGG-----AAGA-G-T-CT-CT-GAC-----C-A---AAAC-GTGCT-----T-AGCCCCTgtg
gi|21                         : cacagtgacGGGATTA--AGC-CCGTT-TT-G-GTCCAAA-A-C-----TGC--TCGTTA--ACTA-TA-C---------A-T
gi|22                         :      actAGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-AGCCGAG-A-C-----TCC--TCA-TA--ACCA-TA-G---------A-TA---A-----------tt
gi|23                         :           GGGCTA--ACC-ACGTT-TT-G-ATTCGAA-A-C-----TCC--TCG-TA--GCCA-TA-A---------A-TA---C-----------A----G------------Gg
gi|3                          :         AGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATGCGAA-A-CTCTGTTCC--TCG-TA--ACAA-TA-A---------A-TA---A-----------A----GGATT--------GGTTACG-----AGGA-G---TT-CGCAATTTC--C-ACACAAAC-GTGC------T-AGCC
gi|4                          :         AGGGGCTA--AGC-ACGTT-TT-G-ATGCGAA-A-CTCTGTTCC--TCG-TA--ACAA-TA-A---------A-TA---A-----------A----GGATT--------GGTTACG-----AGGA-G---TT-CGCAATTTC--C-ACACAAAC-GTGC------T-AGCCtgt
gi|5                          :         AGGGGCTA--AGCGACGTT-TTTG-ATCCGAACA-C-----TCC--TCG-TAG-ACCA-TATA---------A-TG---A-----------C----G------------------G-----AGCATG-TCCT-CG-CGTACTCAC-A---AAAC-GTGCT-----TAAGCGCCTtgt
gi|6                          :      cacAGGGGCCA--AGC-ACGTT-TT-G-ATCCGAA-A-C-----gt
gi|7                          :        cAGGGGCCA--AGC-ACGTT-TT-G-ATTCGAA-A-C-----TCC--TCG-TA--ACCA-TA-A---------A-TA---ATCTAAAATTTAA----T------------GATTTTG-----AGGG-T-T-TT-GG-GAT-----A-A---AAAC-GTGTT-----T-AGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaccggttgggcacaggggttagaagcacggttgaccacac
gi|8                          :        cAGGGGTTAGAAGC-ACGGT-T--G-ACCACAC-A-C-----TCCCCTCG-TA---CCA-TA-G---------A-CATTTA-----------T----G------------GGTTACG-----AGGA-GTT-TT-CG-GAT-----CGA---AAAC-GTGCT-----T-GG
gi|9                          :        cAGGGGTTAGAAGC-ACGGT-T--G-ACCACAC-A-C-----TCCCCTCG-TA---CCA-TA-G---------A-CATTTA-----------T----G------------GGTTACG-----AGGA-GTT-TT-CG-GAT-----CGA---AAAC-GTGCT-----T-GGgt