lowQualScore : 3 1111 22222 11 44444444444444444444444444444444 11111111111 222222 1 111 111111 333333333333333333333 555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 333333333333333333333333333333 222222222222 333333333333333333333333 22 111111111111 44444444444444444444444 1111111 111 444444444444444444444 1 1111 111111111111111 44444444444444444444444444 111 11111111111 1 11 11 222 1 1111 22222222222222222 222222 222 11111111111 222 1 33333333333333333333333 111111
lowQualScore : 5 1 4444 4 99999 99 77777777777777777777777777777777 44 3 2 5 33 555 3 3 88888888888 2 5555 33 2 2 444444 33 8 2 555 2 5555 66 111111 2 000000000000000000000 33 2 33 333333333333333333333333333333333333333333333333 2 66 33 66 3 66666 777 2 5555555 5555 2 2 2 2 222222222222222222222222222222 33 444444444444 555 6666 666666666666666666666666 11 33 888888888888 33 33 2 44444444444444444444444 33 3333333 888 2 4 2 555555555555555555555 5 4 2 33 6666 2 5 0 999999 33 7777777 222222222222222 55555555555555555555555555 5555 33 5555 2 0 2 2 2 888 44444444444 77 3 2 77 444 00 5555 2 4 99999 2 2 2 2 55 6 2 2 888 55 2 2 5 2 2 2 2 2 8888888888 999 2 99999999999999 2 2 2 55555 2 6666 7777 33 2 33 2 11111111111111111 33 2 2 2 2 77777 88 2 2 000000 2 2 2 33 111 4 77777777777 2 2 88888888 2 2 2 777 2 33 2 2 555 444 555 6 44 2 77777777777777777777777 5 2 111111 33 5555 2 33 66666 2 2 33 2
lowQualScore : . . .... . ..... .. ................................ .. . . . .. ... . . ........... . .... .. . . ...... .. . . ... . .... .. ...... . ..................... .. . .. ................................................ . .. .. .. . ..... ... . ....... .... . . . . .............................. .. ............ ... .... ........................ .. .. ............ .. .. . ....................... .. ....... ... . . . ..................... . . . .. .... . . . ...... .. ....... ............... .......................... .... .. .... . . . . . ... ........... .. . . .. ... .. .... . . ..... . . . . .. . . . ... .. . . . . . . . . .......... ... . .............. . . . ..... . .... .... .. . .. . ................. .. . . . . ..... .. . . ...... . . . .. ... . ........... . . ........ . . . ... . .. . . ... ... ... . .. . ....................... . . ...... .. .... . .. ..... . . .. .
lowQualScore : 0 0 0000 4 44444 44 99999999999999999999999999999999 66 1 9 7 99 444 1 3 55555555555 7 7777 77 7 7 999999 77 3 7 000 7 7777 33 777777 4 999999999999999999999 22 4 22 444444444444444444444444444444444444444444444444 5 99 44 99 9 77777 222 7 8888888 7777 7 7 7 7 111111111111111111111111111111 77 555555555555 000 1111 888888888888888888888888 33 77 555555555555 77 99 7 11111111111111111111111 22 2222222 666 4 7 4 666666666666666666666 0 7 4 22 4444 4 3 2 111111 22 6666666 111111111111111 11111111111111111111111111 3333 44 3333 5 1 5 7 7 888 55555555555 99 5 7 11 777 11 3333 4 7 44444 4 4 4 4 11 0 5 5 444 99 5 5 6 2 2 9 1 1 8888888888 111 0 99999999999999 0 0 0 33333 1 2222 1111 11 4 22 4 55555555555555555 11 2 2 1 1 44444 33 2 4 000000 4 4 8 22 333 2 11111111111 2 2 11111111 2 2 2 444 4 77 7 7 777 555 000 1 77 7 22222222222222222222222 0 5 777777 44 3333 5 77 77777 7 7 77 7
consensus : GTAGAT-CACTTATTTT-TCGCG-A--GTA-TTT-T-ATTC--GCGTTT-AACG-C-GG-TCCGGTG-TT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------CAG-TTA----A--A-AA-TAACTT-----ATAT--TTCGCGAAT-AGATC--CGCTCCTG-C----ATTTA--TGAT-C-GT-AATGTC-A-------CT-ACG-T-GT-G-T--ACG-TC--TT-----T------------------------G-TATG------T-A-CCG-TTA--T--T--GANT-----TTATCGACT--T-ATT-CAA---A----T-G-ACCAG-T-TT--------AT-----------AC-------CCATG--CTTG--C--------TA---CTGG----T----A------ATT--A--CT-T-GAGTAG-TTTT--TA-C----TA-A--TT--GA-TTGAA-G------ACG---ACG---CCTCAC--CGC-------TGTGCC--TCGT-GG-CAATC-G--TA---A-----CG-----GCATGAG-TTTAAT-TT--GTTTGTTTGTAAA-GCGATTA------GC--TT-------TA--------T------TTA------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCT-GC-AATAA-TT--TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTCATG-TTCTTCAA-TAA---ATAT-ATGT----TCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TT-ATT-TACATCGA-TGTA-TGAGG--A-A-ATACA-TCGA-TTAC-T-AAC----------TG-C-ACAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCG-----A-T-G--AAAAA--TG--T-T--GAA-TAGC---G----------T-TG--TT-T-CTGGTGTG-C-GGTAC-----ACA--T-ATAA-AG-AA--A-TAAA-TTTGA--GATT--ATCCGTAA---------TGGATTT-A-T--------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-TAAAC-GCGA--GATA---TTTGAATT-CGC-GAACGA-C-CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-CGC--G--GAAAT--AA----A-TCT--C-----TCG-C-GAA-TAATA
Reference ( gi|3 ) : GTAGAT-CACTTATTTTATCGCG-G--GTA-TAT-A-ATTT--GCGTCT-AACA-C-G--CCTGGTG-CT-TAT--TCTGC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------TAG-TTA----A--A-AA-TAACTT-----TTAT--TTCGCCAAT-AGATC--AGCTCCTG-C----ATTTA--TGAT-C-GC-AATGTC-A-------CT-ACG-T-GT-GCT--ACG-TC--TT-----T------------------------G-TATGC-----T-A-C-G-TTA--T--T--GATT-----TTATCGACC--T-ATT-GAA---A----T-G-ACCAG-T-TT--------AT-----------AC-------CCATG--CTTC--C--------TA---CTGG----T----A------ATT--T--CG-T-GAGTAG-ATTT--TA-C----TA-A--TT--GA-TTGAA-G------ACA---ATG---CCTT-C--CGC-------TGTGCA--TCGT-GG-CAATC-G--CA---T-----TG-----GCATGCG-TTTAAT-TT--GTTTGTTGGTAAA-GCAATTA------GC--TT-------TA--------T------TTA------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCT-GC-AATAA-TT--ATTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTAATG-TTCTTCAA-GAA---ATAC-ATGT----TCG-GT-TATA--CAACAGTT-TT-ATT-TT-ATC-TACATCAA-TGTA-TACAG--A-A-ATGCA-TCAA-TTAC-T-AAC----------TG-T-ACAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCG-----A-T-G--AAACA--TG--T-T--GAA-TAGC---G----------T-TG--TT-T-CTGGTGTG-C-GGTAC-----ACA--T-ATAA-AA-AT--A-TAAA-TTTGA--GATT--TTCTGTAA---------TTGATTT-A-T--------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-TAAAT-CCGA--GATA---TTGGAATT-TGC-GAATGA-C-CTG-TATC-----G-CTAAT-TAA-CGC--G--AAAAT--AA----A-TCT--C-----TTG-C-AAA-TAATA
gi|7 : GTAGAT-CACTTATTTT-TCGCG-C--GTA-TTT-T-ATTTT-ACGT-T-ATAG-G-G--TCTGGT------------CGG--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCAAGGA-TA----------TAA-TTA----A--A-AA-TAACTA-----ATCT--TTCGC---------------TCCTA-C----AAT-A--TGA------------C-A------------G-T-GT-G-T--CCA-TC--TTCCAC-T------------------------G-TA-AT-----T-A-CCG-TTA--TACT--GATT-----TTATCGACC--T-AAT-CAG---A----T-G-ACCAG-T-TT--------AT-----------AC-------CAACG--CTTG--A--------TA---CGGG----T----A------ATT--A--CT-A-GAGTAG-TTCT--TA------TATA--TC--AA-ATGAA-G------TTC---ACG---CCTCAC--TGC-------TTTACT--TCGG-GG-CAATC---------T-----TG-----A--------TTAATCTT--ACTTAGTGACTAA-GTG----------------------------------------TTA------A-------------A-----A----A--AGAT--A-CA-TATCT-GC-AATAA-T-------------------------TCTTTGCATG-CTCTTC------------------------G-GT-TATA--TGGAAGTT-TT-ATT-TT-ATC-TACATCGA-TGTA-TGAGG--A-A-ATACA-CTGA-TTAC-T-AAT----------TG-A-ACGG-TTACAAG-------A------ATT-GT-GCATAGCA-----A-T-A--AAAAAAATG--T-T--AAA-TAG-----------------TG--GT-T-CTGGTGTA-C-GACAA-----ACA--C-ATAA-AT-AA--A-TGAA-ATTGA--GATT--ATTTGTAA---------TGGAATT-A-C--------TT-G-A-AA---A-AAG--TAGG-AA-T-------------T----TT--AATT-CAC-AAACGA-C-CTG-TATC-----G-CGAAT-TAA-TGC--G--GAATT--AA----A-TCT--C-----CCG-A-AAA-TAATA
gi|14 : actGTAGAT-CACCTAATTT-TCGCG-A--GTA-TTT-T-CTTT--CCTTAT-TGCA-A-GG-TCCGGAG-TT-GAT--TC-GC--GAAT-G-C-A--ATAAT---T-CGCAAAAA-TA----------AAG-TTT----A--A-TA-GAACTTA----TTTT--TTTGTGAAT-ATATC--CGCTTCTT-T----GTTTA--TGAT-C-GT-AATATC-A-------TT-ACT-T-GT-G-T--ACG-TC--TT-----T------------------------G-TATGCATG--T-ACC-G-TTA--T--T--GATT-----TTATCAACCAAT-ACT-G-----A----T-G-ACAA-------------------------------------------CTTT--T--------TG---CTGG----T----A------ATT--C--CT-T-GAGTCG-TTTT--TA-C----GT-A--TTAAAA-ATGAA-AACGCGTACG---ACG---CCTCAC--CGT-------TGTGCT--TTGT-GG-C-ATC-G--TG---A-----TG-----GCATGAG-TTTAAT-TT--GTTTGATTTTAAA-ACGATTA------GC--TT-------TA--------A------CTAATGGCGA------T------A-----A----T--AGAA--A-TA-TATCT-AC-AATAA-CT--TTTGTA------A--G-agtgatt
gi|23 : tactGTAGAA-AACTTATTT-ATCGCG-A--GTA-TTT-T-ATTTT-GCATTT-AATG-G-G--TCCAGTG-TT-TAT--TC-AC--GAAT-A-A-A--ATAAT---T-CACGAGAA-TAGAATTTAAAATAGCTTATATTA--A-AA-TAGCTT-----ATAT--TTCGTGAAT-AGTTC--CACTCCTG-T----GCTTA--TGAT-C-AA-AATATC-A-------CA-ACA-C-GT-G-T--ACG-GC--TT-----
gi|27 : tctGTAGATTCA-TTATTTT-TCGCA-AAAGTA-TTT-TTATTT--GCGTTTTAGCATC-GGTTCTAGTGGTT-TATCATC-GC--GAAT-A-T-A--AAAAT---TGCGCGAGAA-TA----------CAG-TTA----A--ATAA-T
gi|35 : GTAGAT-CACTTATATT-TCGCG-A--GTATTGT-A-TTTC--GCGTTT--ACA-TGG--TACGGTG-GT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--Agta
gi|11 : actTAGAT-CTCTTATTTT--CACG-A--ATA-TTTTA-ATTC--GCGTTT-A-CA-T-GG-TCCGTTA-TT-TAA--TC-GC--TAAT-A-C-A--ATAAT---T-TGCGGGAA-TA----------CAG-TTA----A--A-AA-TAACAT-------AT--TTCGCGAAT-AGATC--CGTTTCTT-C----ATTTA--TGAT-T-AT-AATGTC-A-------CT-ACA-T-CT--CT--ACG-TC--TT-----T------------------------G-TATG------T-ACC-A-TTA--T--T--GAAC-----TTATCGATT--T-ATT-CAA---A----T-G-ACCAG-T-TG--------AT-----------AC-------CCATG--CTTG--C--------TA---TTTG----T-----------ATT--T--AATT-GAGTAG--TTT--TA-T----TA-A--CT--AG-TTGAATT------AT----ACG---CCT-----CACCAATATATATGCC--TCGT-GG-CAATC-G--TG---A-----TG-----GCATGCG-TTTATT-TT--CTTT----GTAAA-GCAATTA------TC--TT-------TA--------T------TTAATGTTTA------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TA--T-AC-AAT-A-TT--TCTATA------A----CTTAATTTTTTCTTA-TTCTTCAA-TAA---ATAT-GTGT----TTG-TT-GATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TT-ATT-CACATCGA-TGCA-TGATG--G-A-GTACA-CCAA-TT-------C----------TG-C-ACAG-TTGCGTG-------
gi|13 : ctaAGAT-CACTTATTAT-TCGCGAG--AGA-T-T-T-ATTTCCGCGT-T-AATT-C-G--C--G-----T-TAG--TTCGC--GAAT-T-CAA--ATATC---T-CGCG
gi|1 : caccactgaggctcgtagcaatcggaatgagtttgaatagtttgtttgtaaaccgattagctttatttataaaagaaaacatatctgcaataatttttgtaagcctattttttcatgttcaataaatatatgttcggttatgtagcagtttcattttctttacatcgatgaatgaggaaatacaccaattactaactgtacaagtgcatgtacatgcaatatgatggcgaagtaaaatgttgaatagcgttgtttcgggtgtgcggtacaaataaacgtgagattatccgtgatgaatttattttcaaaaagtagaaataaaAT-CACTTATATTTTC-CG-G--GTA-TTT-T-ATTC--GCGTTC-TACA-CCGT-CCCGGTG-TTATAT--TC-GC--GAATCA-C-A--ATAAT---T--GCGAGAA-TG----------C-G-TTA----A--A-A--TAACTT-----ATAT--TTCGG-AAT-AGATC--CGCCCCTG-CTTAGATTTAA-TGATGT-ACTAATGTC-AGTG----CTCAC--T-GC-ATTGAACGCTC--TT-----T--------------------------TATGT-----T-A-CCG-TTAAAT--T--GAAT-----TTATCGACT--T-AGT-CAAC--A----T-G-ACCAG-T-TTCATACAATGT-----------AC-------CCATGGACTGG--C--------TG---TTAG----T----A------ATT--T--AC-T-G-GTAGTGTTT--TATC----TA-AC-TT--GA-TTTGA-A------TCA---A-A---CTCA-T--CGC-------TGTGCCGTTCGT-GG-CAATCAG--TA---A-----TG------CATGAGCTTTAAT-TT--GTTT-TTCGTAAA-GCACTCA------GC--TT-------TA--------T------TGATGTTT-A------T------A-----A----A--AGGACAG-CACTA-CT-GCTAATAA-TT--TTTGTA------AAAG-GTT--TTTTTTCATGCTTCTTCAA-TAA---ATATTATGT----TCG-TTATATA--TAGCAGTT-T--ATTCTT-ATTGCACGTCGA-TATA-TGAGG--A-A-ATACACTCGA-TT-C-T-AAC----------TG-CCACAG-GTGCATG-------T------GATTATTG-A-GGCG-----A-T-T--AAAGAA-TG--T-TATGAA-TACC---G----------T--G--TG-T-CTGGTGTG-C-GGTTA-----ACA--TGATAA-AG-AC--AATAAG-TTTGACTAATA--TCCT-TGA---------TGGATTTTA-T--------TT-G-C-CACGGA-AAG--TAGACAA-TAAAC-GCGA--GATA---TTTAAATT-CGC-GAACGA-CGCCGATTTC-----GACGAAT-TAACCGCG-G--AAAAT--AAATGTA-TGT--A-----TCG-C-GAA-TAATA
gi|8 : gctgcG-A--GTA-TTT-T-ATCTC-ACGTTT-A-CA-C-GG-TCCGGTG-TC-TAT--TC-GT--GATT-A-T-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------CAA-TTA----A--A-AA-GAACGT-----ATAT--TTCGCGAAT-TGATC--AGC-----------ATC-A--TGAT-C-GT-AATGCC-A-------CT-GCA-TCGT-G-T--CCG-TC--TT-----T--------------------------TATG------T-A-C-CCTTA--T--G--AACT-----TTATCGACG--TCATA-CAA---G----TTG-ACCAG-T-TT--------GT-----------ATTT-----CTAT---CTTGAAT--------TA----TGGATTAT----AT-----ATT--A--CT-T-GAGTTG-TCTTCATA-C----TC-A--CT--GA-TTGTA----------------------TC-C--CG--------TGCGAA--C--T-GA-CAATC-G--TAAGAT-----T--------ATGAG-TGTAAT-CTATGCCTGTTG-----------------------------------------------------------------T------A-----A----A--AGTG--A-TA-TATCTTGT-A-TGC-CTCCATGGT----------G-CAT--TTTTTTCATA-TTCTTCAATAAA---ATAT-ATGT----TCA-TT-TATA--TTCCAGTT-TT-ATT-TT-ATT-TACATCGA-CATA-TAAGG--A-A-ATACA-TCAA-AT-C-T-AAC----------TG-C-AAAG-GTGCGTG-------T------AAT-AT-C-ATGGCG-----A-T------ACA-----------AAA-TA----------------------TT-T-CCGTTGCA-C-TGTAC-----ACA--T-ATTA-AG-AA--A-TAAA-TTTGA--GATT--ATTCGGAA---------TGGAATT-A-T--------TT-G-CAAA---A-AAG--TAGA-TA-TAAAC-GCGA--CATA---TTTGAATT-TGC-agtgatct
gi|15 : CA-T-G--TCCGGTA-TT-TAT--TC-GC--GAAT-T-T--------T---T-CGCGA--------------------------------AA-TAACTT-----ATAT--TTCACGAAT-AGATC--CGCTCCTG-C----ATTTA--TGAT-C-GT-AATGTC-A-------CT-ACA-T-GT-G-T--ACG-TC--TT-----T------------------------G-TATG----------------------------T-----TTATCGACT--T-ATT-CAA---A----T-G-ACCAC-T-TT--------AT-----------AC-------CCATG--CTTG--CTACATTTGTA---CTGG----T----A------ATTAATTACT-T-GAGTAG-ATTT--TA-C-----------T--GA-TTGGA-G------ACA---A-------------CGC-------TGTGCC--TCGT-GG-CTATT-G--TA---A-----GG-----GCATCAG-TTTAAT-TT--GTTT----GTAAA-GCGATTA------GA--TT-------TA--------T------TTAATGTTTA------T------A-----A----A--AGAA--A-TA-TATCT-GC-AATAA-TT--TTTGTAAGGTTTA--G-CTT-ATTTTTTCAAG-TTCTTCAA-TAA---ATA
gi|19 : CCGGTA-TT-TAT--TA-GA--GAAT-AAC-ATTATAATATTC-CGCGAGAT-GAC---------TGG-TTA----A--A-AAATAACTTATAAGTTATCGTTCG--AAT-AGATCCTGTCTCCTGGC----ATTTAATTGAT-C-GG-AATGTC-A----------A-G-T-GT-GAT--ACG-TC--TT-----T------------------------GTTATG------T-ACC-G-TTA--T--TTGAAAT-----TTATAGAGT--T-ATT-TCA---A----A-G-ACCAATT-TT--------AT-----------AC-------CCATA--CTTt
gi|2 : acggttTG-TT-TAT--TCCGCCTGAAT-A-CGA--ATAAT---T-CGCGAGAAATG----------CAG-TTT----A--A-AA-TAA-TT-----ATAT--TTCGCGAAT-AGATC--CGCCCCTG-C----ATTTA--TGAT-C-GT-AATGTCCA-------CT-ACGAT-GTTGAT--ACG-TC--TT-----T------------------------G-TATGG-----TGA-C-A-CTA--T--T--AATTGAAATTTATCGACT--T-ATT-CAC---A----T-GGATCCG-T-TT--------ATTACATTGTTACACTTTTTTCCCATG--CTGA--C--------TA---TTGG----CTCACA------ATA--G--CA-TTGAGTAG--TTT--TA-T----TA-A--CT--GG-TTGAA-G------ACA---ACT---CCTT-CATCGCT------TGTGCC--ACGT-GGCCAATC-G--TC---T-----AT-----GC-TGAA-CTTAG--TT--GTTTGTT-GTAAA-GTGATAC------GC--GT-------TATTTCGATGT------TTA------G------T------A-----A----A--AGAA--AGCA-TATCT-GT-AAAAT-TT--TTTGTA-----------TTT-TTTTTTTCATG--TCTT-AA-TAACATATAT-ATGT----TCG-GTCTA-A--TAGCAGTTGTT-ATT-TTAATT-GACGTCGA-TATA-TGAGG--A-ACATACA-TCAA-TT-C-TAAAC----------TGCC-ACAG-GTGCATG-------T------ATC-AT-G-ATGGTGTTTACA-C-A--AAA-A--TA--TCT--GAA-TAACCGAG----------T-TG--TT-TAATGGTGTG-G-CGTACA----ACATTT-ACAG-AA-AA--G-TAAGTTTTGA--GATTA-ATCCGTGA---------TGGATTT-A-T--------TTCGTC-AG---ACAAG--TAGA-AA-TAAAA-CGCA--GACATATTTATAATTATGG-AAACGA-T-CCG-TTTCTTCGAG-CGAATATTA-CGCG-G--AAAAT--AA----A-TCTTCC-----TTG-C-GAA-TAATA
gi|6 : T-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-CT----------CAG-TTA----ACAA-AA-TAACTT-----ATAT--TTCGCGAATTAGATC--CGCTCCTG-C----ATTTA--TGAT-AAGT-AATGTC-A------------G-T-GT-GTA--ACG-TC--TT-----T------------------------G-TATG------T-A-CCG-TTA--T--TTGAAAT-----TAATCGACT--T-ATT-CAA---A----T-G-ACCAG-T-TT--------ATA----------AC-------TCATG--TTCG--C--------TATGTCAGG----T----A------ATT--A--CT-T-GAGTAG-TTTT--TA-C----TA-AGTTT--GATTTGAA-GA-----AGA---ACG---CCTCAC--CAC-------TGAGC---TCGT-AGCCGATC-G--TA------------------ATG------AGT-TT--GTTT----GTAAAGGCGATTA------GCCTTT-------TA--------G------TCT------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCT-GC-AATAATTT--TTTGTA------A--GTCTT-ATTTTTGCATG-T--TTCAA-TCA---ATAT-ATG-----TCG-GT-TATG--TATCAGTT-TTAATT-TT-CTT-TACATCGA-TGAA-TG-AGGAA-A-ATACA-CCAT-TTACAA-AACTGGCAATCAATG-T-GCAGTGTACATG-------T------AAT-GT-G-ATGGCG-----A-TCG--CAA-A--TGGTT-T--GAACTAGC---T----------TGTG--TT-T-CTGGTGTG-CAAGTA------AC---T-ATAAGGA-AT--A--AAA-TGTGA--GATTCATCCAATGA---------TGGATTT-A-T--------TT-T-C-AA---T-AAG--TAGA-AA-TTAAC-GCGA--GATA---TTTGAATT-CGC-GGATGACC-CCG-TCTC-----G-CGAATATAA-CGC--G--GAAAT--AA----A-TCT--C-----TCG-CGAAA-TAATAagtgatc
gi|4 : -C-A--ATTAT---T-CGCGAAAA-TA----------CAG-TTT----A--A-AT-TAACTT-----ATAT--TTTGCGAAT-TGATC--AGCTCCTG-C----ATTTA--TGAT-C-GT-AATATC-A-------TT-GCT-T-TT-G-T--ACG-TC--TT-----T------------------------G-TATATATATGT-ATC-G-TTA--T--T--GATT-----TTATCGAC-------T-AAA---ACTAAT-G-ACAAG-T-TT--------CTT----------AC-------CCATG--CATA--A--------TA---CTGG----T--------------------------------TTT--TA-C----GT-A--TC--AG-AAGAA-G------ACGTGTACGACCCCCA-C--CGC-------TGTTAT--TTGT-GG-CA-TC-A--TA---A-----CG-----GCGTGAG-TTTCAT-TT--GTTTGTTTGCAAA-GCCATTATATGTAGA--TC-------TA--------T------CTA------A------T------G-----ATCATAGTAGAA--A-AA-TATCT-TC-AATAA-CT--TTTGTA------A--G-CTT-ACATTTTA-TG-TTCTTCAA-TAA---ATAT-ATAT----TCT-GT-TATA--TAGCAGTA-TT-ATT-TT-ATT-TGCATCGT-TGTA-TG-AG--AGA-ATACA-TCGA-TTAC-T-AAC----------GG-C-ACAG-GTGCACA-------T------AAA-TT-G-TTGGTG-----A-T-G--AAAAA--TG--T-T--GAA-CAGT---G----------T-TG--TT-T-CTGGTATG-C-GGTAC-----ACA--T-ATAG-AG-A---A-GGGA-TCTGA--AATA--ATCCGCAA---------TGAATTT-A-T--------TT-G-C-AA---A-AGC--CAGA-GA-TGAGA-GCGA--TATA---TTTGACTT-CCC-GAATGA-C-C-A-TCTC-----A-CGAAT-TAA-CGC--A--CAAAT--AA----A-TCagttgatcta
gi|30 : ataactgtcgaatcacttatttttcaacggtattgttatttttcaattacagtgtA----------CAG-TTA----A--A-AA-TAACTT-----ATAT--TTCACGAA--AAATC--TGCTCCTG-C----ATTTA--TGAT-C-GT-AATATC-A-------TT-A---------TT--ACT-TCCATTGTACAT------------------------G-TATG------T-ACC-G-TTA--T--T--
gi|12 : a----------TAG-TTA----A--A-AA-GAACTT-----ATAT--TTCGCGAAT-AGATC--CGCTCCTG-C----ATTTA--TGAT----------------------------T-GT-G-T--ACG-TC--TT-----C------------------------G-TAGG------T-A-CCG-TTA--T--T--GATT-----TTACCGACC--T-GTTTGAACGGA----T-G-ATCAG-T-TT--------AT-----------AC-------CCATG--CTTG--C--------TA---CTGG----T----A------ATT--A--CT-C-GAGTAG-A------------------------A---GAA-G------ATC---ACG---CCCCAC--CGC-------TGTGCC--TCGT-GG-CAATC-GTACA---TGTACATGTTACTGCGTGAG-TTTAAT-TT--GTTTGATTGTAAA-GCGATTA------GC--TT-------GA--------T------TTATTGTTTA------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCT-GC-AATAA-TT--TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTGTCATG-TTCTTCAA-TA-----TAC-ATGTATATTTG-GT-TATT--TAGCAGTT-TC-ATT-TT-ATC-TACATTGA-TGTA-CGAGG--A-A-ATACA-CCAA-TTAC-T-AAA----------AG-C-ACAG-ACGCATG-------T------AAT-GT-G-ATGAAT-----A-T-GACAAAAA--TG--T-T--AAA-TAGT---G----------T-TG--TT-T-CTGGTGTG-C-GGCAC-----Aa
gi|5 : AG-TTA----A--A-A--TAACTT-----ATAT--TTCGCGAAT-AGATC--CGCCCCTG-C----ATTTA--TGAT-C-GT-AATGTC-AGTGCTCACT-GCA-T-GT-GA---ACG-TC--TT-----TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NATGT-----T-A-CCG-TTAAAT--T--GAAT-----TTATCGACT--T-ATC--AA---A----T-G-ACCAG-T-TT--------AT-----------ACATTAC--CCATG--CTTG--C--------TG---TTAG----T----A------ATT--A--CT-T-GAGTAG-TTTT--TA-T----TA-A--CT--GA-TTGAA-G------TCA---A-A---CTCA-T--CGC-------TGTGCC--GCGTCGG-CAATC-G--TA---A-----TG------CATGAGCTTTAAT-TT--GTTTGTTCGTAAA-GCGATCAA-----GC--TT-------TA--------T------TTG------A------T------GTTTATA----A--AGAA--G-CA-TATCT-GC-AATAA-TT--TTTGTA------AAAG-GTT--TTTTTTCATG-TTCTTCAA-TAA---ATATTATGT----TCG-TT-T-TA--TAGCAGTT-T--ATT-TT-ATT-GACGTCGA-TATA-TGAGG--A-A-ATACA-TCGA-TT-C-T-AAC----------TG-C-ACAG-GTGCATG-------T------GAT-AT-G-ATGGCG-----A-T-T--AAAGAA-TG--T----GAA-TACC---G----------T--G--TTGT-CTGGTGTC-G-GGTAC-----ACA--T-ATAA-AG-AA--A-TAAG-TTTGA--TAATAATCCT-TGA---------TGGATTT-A----------TT-G-C-CAGG-A-AAG--TAGA-AA-TAAA---CGACGAATA---TTTAAATT-CGC-GAACGA-C-GCG-TTTC-----GACGAAT-TAA-CGC--GGAAAAAT--AA----A-TGT--A-----TCG-C-GAATTAATA
gi|32 : cT--TTCATGAAT-AGGTC--CGCTCCTA-T----GCTTA--TAAT-T-GT-AATATC-A-------CT-ACA-C-GT-G-T--ATG-CC--TT-----T------------------------agtga
gi|17 : TC-A-------CT-ACA-T-GT-G-T--ACG-CC--TTCCAT-T------------------------G-TATG------T-ATC-G-TTA--T--T--GATT-----C-A--GATC---------AG---A----T-G-ACCAG-T-TT--------AC-----------AT-------CCCTG--CTTG--C--------TA---CTGA----T----A--------------CA-T-G--TAA---CT--TA-C----AT-A--TT--GA-TTGAA-G------ACC---ACG---CCT--C--AGCGA-----TGTTCC--TCAC-GG-C--------------------G-----ACATGAG-TTTGAT-TT--ATTTGATGGTAAA-GCGATTA------GC--TGAAAAAAATA--------TGCAACATTA------A------T------T-----A----A--AGAA--G-TA-TATCT-catcgattactaattgcacaagtacatgcaatatga
gi|9 : C-A-------CT-ACA-T-GT-G-T--ACG-TC--TT-----T------------------------G-AAT-----------------------------------TTATCGACT--T-CTT-CAA---A----T-G-ACCAG-T-TT--------AT-----------AT-------CCATG--TTTG--C--------TA---TTGG----T----A------AT-----------GAGTAG-TTGT--TA-C----TA-A--CT--AA-TTGAA-G------ACA---ACG---CCTCAC--CGC-------TGTGCC--TCGT-GG-CAATC-G--TA---A-----TG-----ACATGAG-TT-AAT-TT--GTTTGTTTGTAAA-GCGATAA------GC--TT-------TA--------T------TTA------A------TGTTTATA-----A----A--AGAA--A-CA-TATAT-GC-AATGA-TT--TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTCATA-TTTTTCAA-TAA---ATAT-ATGT----TCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TT-ATA-TGCATCGA-TGTA-TGAGG--A-A-ATGCA-TCAA-TT-C-T-AAC----------TG-C-ACAG-GTGCAT--------T------AAT-AT-G-ATGGCG-----A-T-G--AAAAA--TG--T-T--AAA-TAGC---G----------T-TG--TT-T-CTGGTGTG-C-GGTAC-----ACA--T-ACAA-AG-AA--A-TAAA-TTTGA--GATT--ATTCGTAA---------CGGATTT-A-T--------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-TATAC-GCGA--GATA---TTTGAATT-CGC-GAA-------------------------T-TGG-CAC--G--GAAAT--AA----A-TAT--C-----TCG-C-GAA-TAATA
gi|10 : -----T------------------------G-TATG------T-A-CCG-TTA--T--T--GATT-----ATGTCGACC--T-CTT-CAG---A----T-G-ACCAG-TGTT---------------------------------TG--CTTG--C--------TA---CTGG----T----ATATGTAATT--A--CT-T-GAGTAG--TTT--TA-CGTATTA-AAATT--AA-T-GAA-G------ACC---ACG---CCTCAC--CGC-------TGTGCC--TCGT-GG-CAATC-C--TA---A-----CG-----GTGTGAG-TC-----------------GTACA-GTGATAA------GC--TT-------TA--------T------TTA------A------TGTTCATA-----A----A--AGAA----------C---C-AATAC-TT--TTTGTT------A--A-CTT-ATTTTTCA-TA-TTCTTCAA-TAA---ATTC-ATGT----TCT-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TT-ATC-TATATCGA-TTTA-TG-AG--G-A---------------C-T-AAT----------AG-C-AC-G-GTGCATG---------------------------------------------A--TG--T-T--TAA-AAGT---G----------T-CC--TT-T-CTGGTGTG-C-GGCAC-----ACA--C-ATAA-AG-AA--A-TAGA-TATGA--G-TTGATTC-GTAA---------TGGATTT-G-T--------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AATTAAAC-ACGC--GATA---TTTAAATT-CGC-G--------------------------AT-TAA-CGC--G--GAAAT--AA----A-TCT--C-----TAG-C-GAA-TAATA
gi|18 : gaacccagtccccattaatcatcgatcgcatgcatgcAGTA----TT--TA-C----GT-A--TT--GA-AGGAA-G------AC-----------CTCAC--CAC-------TGTGCC--TTGT-GG-CAATC-GTACA---TGTAA-CG-----GCGCGAG-TTTAAT-TT--GCTTGCTTGTAGA-GCGATTA------GC--TT-------TA--------T------TTA------ATGTTTGT------A-----A----A--AGAA--A-CA-CAGCT-GC-AATAA-AT--TTTGTA------A--C-GTT-ATTTTTC-ATG-TTCTTC-----A---ATAT-ATGT----TTG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TT-agtgat
gi|28 : gtagtact---CCTTGC--TAC-------TCTGCC--TCTT-GG-CAATC-G--TA---A-----CT-----GTATGAG-TGTAAT-CT--GTTTGTTTGTACA-GCGATTA------GC--AT-------TA--------T------GTA------A------
gi|13 : tttatgtattaaataagttcaca-C--CAC-------TGAGGC--TCGT-AG-CAATC-G--------------------GAATGAG-TTTGAA-TA--GTTTGTTTGTAAA-CCGATTA------GC--TT-------TA--------T------TTA-------------T------A-----A----A--AGAA--AACA-TATCT-GC-AATAA-TT--TTTGTA------A--G-CCT-ATTTTTTCATG-TTC---AA-TAA---ATAT-ATGT----TCG-GT-TATG--TAGCAGTT-TC-ATT-TT-CTT-TACATCGA-TGAA-TGAGG--A-A-ATACA-CCAA-TTAC-T-AAC----------TG-T-ACAA-GTGCATG-------TACATGCAAT-AT-G-ATGGCG-----A-A-G--TAAAA--TG--T-T--GAA-TAGC---G----------T-TG--TT-T-CGGGTGTG-C-GGTAC-----A-A----------------A-TAAA-CGTGA--GATT--ATCCGTGA---------TGAATTT-A-T--------TT-T-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-TAAAC-GCGA--GATA---TTTGAATT-CGC-GAAC---------TAAC-----G-CGAAT-TAA-CGC--G--GAAAT--AA----A-TCT--C-----TCG-C-GAA-TAATA
gi|24 : caTTTTTCATG-TTCTTCAA-TAA---ATAT-ATGT----TCGCGT-TATGATTAGCAGTT-TT-ATT-TT-CTT-TACATCGATTGAATTGCGGA-A-A-ATACA-CCAAGTTAC-A-AAC----------TG-C-ACAA-GTGCATGTACATGTT------AAT-AT-G-ATGGCG-----ATT-G--TAAAA--TA--T-T--GAA-TAGT---G----------T-T---TT-T----GTGTGAC-GGTAC-----ACAT-T-ATAagtgatct
gi|29 : GT----TCG--T-TATA--CAGAATTT-CT-ATT-TT-ATC-TACATCGA-TGTA-TTAGG--A-A-ATACA-TCAA-TTAC-T-AAT----------TG-C-ACAG-GTACAAG-------T------ACT-AT-G-ATGGCA-----A-T-G--AAAAA--TG--
gi|36 : GT----TCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TT-ATT-TTCAAAGA-TGTA-TTAGG--A-A-ATAAA-CCAA-TT-C-T-AAC----------
gi|22 : G-GT-TAAA--GAGCAGTT-TT-ATT-TT-TTT-TACATCGA-TGTT-TGAGA--A-A-ATACA-TCAA-TT-C-T-AAC----------TA-C-ACAG-GTGCATG-------C------AAT-AT-G-ATGGTG-----A-T-G--ATAAA--TG--T-T--GAA-TAGC---GTTTTTTTTTTT-TT--TT-T-CTGCTTTG-C-GGTGC-----ACA--T-ATAA-AT-AA--A-TAAA-TCTGA--GATT--ATCCGTAA---------TGGATTT-ATT--------TT-G-C-AA---A-
gi|32 : CA-TCGA-TTAC-T-AAT----------TG-C-ACAA-GTACATG-------C------AAT-AT-G-A
gi|16 : tttcatgaataggtccgctcctatgcttataattgtaatatcactacacgtgtatgcctttA-TCGA-TTAC-T-AAT----------TG-C-ACAA-GTACATG-------C------AAT-AT-G-ATGGCA-----A-T-G--AAAAA--TG--T-T--GAA-TAG-----------------TA--TT-T-CTGGTGTA-T-GGCAC-----ACACAT-ATAA-AAGAA--A-TAAA-TTTGA--GATC--ATCCTTAA---------TGGATTT-A-T--------AT-G-C-AA---A-AAGTTTAGA-AA-TAAACGCCGA--TGTA---TTTGAA-T-TGC-GAACAA-C-CCA-TCTTA----G-TGAAT-TAA-CGC-----AGGATTAAA----A-TCT--C-----TTGCC-GAA-TA
gi|20 : TAC-C-AAT----------TG-C-ACAG-GTACATG-------T------AAT-TT-G-ATGGCA-----A-C-G--AAAAA--TG--T-T--GAA-TAG-----------------TG--TT-T-CTGGTATA-G-AGCAC-----ACA--T-----------------------GA--GATT--ATCTGTAA---------TGGATTT-A-T--------TT-G-C-AA---A-ACA--TAGA-TA-TAAAC-ACGA--AATA---TTTGAATT-TGC-GAACAA-C-CCA-TCAC-----G-CAAAT-TAA-CAC--A--GAATT--AA----A-TCT--C-----TCG-C-AAA-TAACAgattaagtgatct
gi|41 : aa----------TG-C-ACAG-GTGCATG-------T------GAT-AT-G-ATGGCG-----A-T-A--AA
gi|26 : -ACAG-GTACATG-------T------AAT-AT-G-GTGGCC-----A-T-GA-AAAAA--TG--T-T--CAA-T--C---G----------C-TGATTT-C-CTCGTGT--T-GTTATTGCTAATA--A-ACAG-AA-ATTAA-CAAA-T-------ACC--TGTTGTAG-----------GATTT-A-T--------TT-G-C-
gi|21 : cAT-AT-G-ATGGCA-----A-T-G--AAAAAA-TA--T-T--GGA-TAG-----------------TG--TT-C-CTGGTGTA-T-GGCAA-----ATA--T-AAAG-AG-AA--A-TGAA-TGTGA--TATT--ACCCAGAA---------TGGATTT-A-T--------TT-A-C-AA---A-AAG--TATA-TA-TAAAC-GCGA--AATA---TTTGAATT-CGCAAAACGA-C-------TC-----GCCTAAT-TAA-CGCGGG--AAAA---AG----A-TTT--CATGATTTA-T-AAG-TAAT
gi|31 : gG--TT-T-CTGGTATG-C-GGTAC-----ACA--T-ATAA-AG-A---A-TTAA-TTTGA--GGTT--ATCCGTAATGGGGTTTTTTGTTTT-T-TTTTTTTGGTT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-TAAActa
gi|38 : TGTG-C-GGTAC-----ACA--T-ATAA-AG-AA--A-TAAG-TTTCC--G------TGCATGA---------TGGATTT-A-T--------TT-G-C-AG---A-AAc
gi|25 : GTAT---------TGGATTT-A-T--------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-TAAAA-GTGA--GATA---TTTGAATT-CAA-GACCAA-C-CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-TGC--G--TAATT--AA----A-TCT--A-----TCG-C-GAA-TAATA
gi|34 : AACT-CGC-GAATGA-TACT--TCTC-----G-CGAGT-TAA-CGC--G--GACAT--AA----A-TAT--C-----TCA-C-GAA-TAATAtttcaagtgatctac
gi|33 : tacttcA-C-CCG-TATT-----G-CGAAT-CAA-AGC--G--GAATT--AA----A-TTT--C-----TTG-A-AAA-TAATAcatggtctaca
gi|37 : ttattttgcgttctggaattacttgaaaaaagtaggca-C-CCA-TCTC-----G-CAAAT-TAA-CGT--G---GAAT--AA----ATTCT--C-----TCG-A-GAA-TAATAagt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): CGTGAGTTTTTTGTTCATTTTAATCATTAATGTACAATTAAGTAT
Unaligned ( gi|40 ): GTATTGTATTTCGCGTTTACACGGTACGGTGGTTATTCGCG
Alignments
lowQualScore : 11111 222222222 1111111111 22222222222222222222 22222222222222222222222222222 33333333333333333333333333333333 11111111111 111111111111 2222222222222222 111111 44444444444444444444444444444444444 11111111111 1 1111111 1111111111 1111111111111
lowQualScore : 4 4 4 4 444 44 3 3 6 3 33333 3 555555555 3 6 2 2 33 5 33 2 2 2 33 555 3 3 1111111111 2 2 5555 33 2 2 2 33 2 33 2 2 2 2 5555 55 55555 2 22222222222222222222 2 33 4 2 2 22222222222222222222222222222 7777 666666 888888 88 33 66 66 2 7777 2 2 2 2 11111111111111111111111111111111 33 11111111111 444 777777 9999 5555 777 333 2 1 55 777 9999999 666 33 44 777777777777 555 2 4444 2 33 333 2 2 2 2 4444444444444444 4 3333 1 2 2 2 888888 33 9999999 000000 22222222222222222222222222222222222 5555 33 33 4 2 1 2 2 2 44444444444 333 2 2 2 666 5 2 4 33 2 2 2 2 2 2 2 4 2 2 1 2 0 2 2 2 3 777777777 1 88888888888888 1 1 1 2 5555555 4 77 22 2 33 2 1111111 22 2 1111111111 2 2 4 22 2 2 333 2 33 2 2 2 2 4 2 2 4444 2 2 1111111111111 2 2 2 666 2 33 2 2 2 5 2 3 2 2 2 333 2 1 88888 4 4 2 2 77 2 5555 2 33 2 2 2
lowQualScore : . . . . ... .. . . . . ..... . ......... . . . . .. . .. . . . .. ... . . .......... . . .... .. . . . .. . .. . . . . .... .. ..... . .................... . .. . . . ............................. .... ...... ...... .. .. .. .. . .... . . . . ................................ .. ........... ... ...... .... .... ... ... . . .. ... ....... ... .. .. ............ ... . .... . .. ... . . . . ................ . .... . . . . ...... .. ....... ...... ................................... .... .. .. . . . . . . ........... ... . . . ... . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . ......... . .............. . . . . ....... . .. .. . .. . ....... .. . .......... . . . .. . . ... . .. . . . . . . . .... . . ............. . . . ... . .. . . . . . . . . . ... . . ..... . . . . .. . .... . .. . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 999 66 3 3 7 3 88888 6 777777777 1 2 9 9 99 7 99 9 9 9 99 444 1 1 7777777777 5 5 3333 44 5 5 7 44 5 44 5 5 5 5 3333 99 11111 2 44444444444444444444 2 11 4 2 2 22222222222222222222222222222 4444 888888 222222 88 22 55 88 5 8888 5 5 5 5 88888888888888888888888888888888 44 11111111111 777 777777 3333 7777 333 777 7 8 33 888 3333333 222 44 66 888888888888 999 2 7777 2 11 999 2 2 2 2 2222222222222222 4 8888 1 2 2 2 666666 11 4444444 333333 88888888888888888888888888888888888 0000 22 22 7 4 0 5 5 5 11111111111 777 5 5 5 999 0 2 4 11 2 2 2 4 4 4 4 7 4 1 4 1 6 0 0 0 8 666666666 9 99999999999999 9 9 9 0 7777777 2 11 99 2 11 2 7777777 99 1 3333333333 0 0 0 99 1 1 777 2 11 2 2 2 2 4 1 1 5555 1 1 6666666666666 1 1 1 999 2 44 5 5 5 3 7 8 5 5 5 999 4 6 22222 7 7 4 4 99 4 0000 4 44 7 7 7
consensus : GTAGAT-CACTTAT-TTT-TCG-CGA--GTA--TT-TT-A-T-T---C-GCGTT-T-AACA-C--GGT-CC-GGTG-TT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-A-------CTA-------CG-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAN-TTTATCGAC-TTATT----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---CTG------G----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-CT--A-A--TT--GA-TTGAAG------ACG---ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTA------------ACGGCATGAG-TTTAATT--TGTTTGTTTGT-AAA-GCGAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTCATG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TACATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATACA-TCGA-TTAC-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATCC-GTAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GAACGA-C-CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CG-AA-TAATA
Reference ( family-757 ) : GTAGAT-CACTTAT-TTT-TCG-CGA--GTA--TT-TT-A-T-T---C-GCGTT-T-AACG-C--GGT-CC-GGTG-TT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-A-------CTA-------CG-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAN-TTTATCGAC-TTATT----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---CTG------G----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-CT--A-A--TT--GA-TTGAAG------ACG---ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTA------------ACGGCATGAG-TTTAATT--TGTTTGTTTGT-AAA-GCGAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTCATG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TACATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATACA-TCGA-TTAC-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATCC-GTAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GAACGA-C-CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CG-AA-TAATA
gi|1 : AT-CACTTATATTT-TC--CGG--GTA--TT-TT-A-T-T---C-GCGTT-C-TACA-C--CGT-CCCGGTG-TTATAT--TC-GC--GAATCA-C-A--ATAAT---T--GCGAGAA-TG----------C--G-TTA----A--A-A--TAACTTA-TA--TT-TCG---GAAT-AGATCC-G-CCCCTG-CTTAGATTTAA-TGATGTAC--TAATGTC-AGTGCTCACTG-------CA-T--T--G-AA-CGCTCTT----T-------------------------T----AT------G----TTACCGTTAAAT--T--GAA-TTTATCGAC-TTAGT----CAACA-TG-ACCAGT-TTCATACAATGT-----------A--C-------CCATGGACTGG--C--------TG---TTA------G----T----A---ATTTAC-T--GGTAGTGTTT---TATCT--A-AC-TT--GA-TTTGAA------TCA---AA----CT-CATCG----CT-GTGCCGTTCG---T-GG-C-AATCAGTA------------ATG-CATGAGCTTTAATT--TGTTT-TTCGT-AAA-GCACT-CA------GC--TT-------TAT------TG--------ATGTTT-A------T------A-----A----A--AGGACAG-CACTA-CTGCTAATAA-TT-TTTGTA------AAAG-GTT--TTTTTTCATGCTTCTTCAAT-A-A---ATATTATGTTCG-TTATATA--TAGCAGTT-T--ATTCTTA-TTGCACGTCGA-TATA-TGAGG-AA-ATACACTCGA-TT-C-TAA-CT-GCCA---------CAG-GTGCATG-------T------GATTATTG-A-GGCGA-T----T--AAAGAA--TG--T-TATGAA-TACC---GT--G--TG-T----------CTGGTGTG-C-GGTTA-AC--A-TGAT---AAAGACAA--TAAG-TTTGA-CTAAT-ATCC-TTGAT-GGA----TTTTA-T-------------TT-G-C-CACGGA-AAG--TAGACAA-T-AAACG-C-GAGATATTTA-AATT-CGC-GAACGA-CGCCGATTTC-----GACGAAT-TAACCGC-GGA-AAAT-AAATGTA-TGT--ATCG-CG-AA-TAATA
gi|10 : gctgc----T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAT-TATGTCGAC-CTCTT----CAG-A-TG-ACCAGTGTT-----------------------------------TG--CTTG--C--------TA---CTGGTATATG----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTTACGTA-TTAAA-A--TT--AA--TGAAG------ACC---ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-CTA------------ACGGTGTGAG-----------------TCGT-ACA-GTGAT-AA------GC--TT-------TAT------TT--------AATGTTCA------T------A-----A----A--AG-A--A-C--------C-AATAC-TT-TTTGTT------A--A-CTT-A-TTTTTCATA-TTCTTCAAT-A-A---ATTC-ATGTTCT-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TC-TATATCGA-TTTA-TGAGG-----------------AC-TAA-TA-GC-A---------C-G-GTGCATG--------------------------------------------A--TG--T-T--TAA-AAGT---GT-CC--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGCAC-AC--A-C-AT---AAAGA-AA--TAGA-TATGA-G-TTG-ATTC-GTAAT-GGA----TTT-G-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AATT-AAACA-C-GCGATATTTA-AATT-CGC-G--------------------------AT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTAG-CG-AA-TAATAagtgatct
gi|11 : gaacccagtccccattaatcatcgatcgcatgcatgcTAGAT-CTCTTAT-TTT--CA-CGA--ATA--TT-TT-AAT-T---C-GCGTT-T-A-CA-T--GGT-CC-GTTA-TT-TAA--TC-GC--TAAT-A-C-A--ATAAT---T-TGCGGGAA-TA----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAAC--A-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-TTTCTT-C----ATTTA--TGAT---T-ATAATGTC-A-------CTA-------CA-T-CT--C-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------G----T-ACCATTA--T--T--GAA-CTTATCGAT-TTATT----CAA-A-TG-ACCAGT-TG--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---TTT------G----T----A---TTT-AA-TTGAGTAG--TTT---TA-TT--A-A--CT--AG-TTGAAT------TAT---ACG--CCT-CACCAATATAT-ATGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTG------------ATGGCATGCG-TTT-AT-----TTTCTTTGT-AAA-GCAAT-TA------TC--TT-------TAT------TT--------AATGTTTA------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TA--TAC-AAT-A-TT-TCTATA------A----CTTAATTTTTTCTTA-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-GTGTTTG-TT-GATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-CACATCGA-TGCA-TGATG-GA-GTACA-CCAA-TT-------CT-GC-A---------CAG-TTGCGTG-------agtgat
gi|12 : cta-AG-TTA----A--A-AA-GAACTTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT-----------------------------------T-GT--G-TA-CG-TCTT----C------------------------GT----AG------G----T-ACCGTTA--T--T--GAT-TTTACCGAC-CTGTTTGAACGG-A-TG-ATCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---CTG------G----T----A---ATT-AC-TCGAGTAG---------------A-A-----------GAAG------ATC---ACG--CCC-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTACATGTACATGTTACTGCGTGAG-TTTAATT--TGTTTGATTGT-AAA-GCGAT-TA------GC--TT-------GAT------TT--------ATTGTTTA------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTGTCATG-TTCTTCAAT-ATAC--ATGT-ATATTTG-GT-TATT--TAGCAGTT-TC-ATT-TTA-TC-TACATTGA-TGTA-CGAGG-AA-ATACA-CCAA-TTAC-TAA-AA-GC-A---------CAG-ACGCATG-------T------AAT-GT-G-ATGAATA-T----GACAAA-AA--TG--T-T--AAA-TAGT---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGCAC-A
gi|13 : t-CACCA----CT-GAGGC--TCG---T-AG-C-AATC-G-----------------GAATGAG-TTTGAAT--AGTTTGTTTGT-AAA-CCGAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A-------------T------A-----A----A--AGAA--AACA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CCT-ATTTTTTCATG-TTC---AAT-A-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATG--TAGCAGTT-TC-ATT-TTC-TT-TACATCGA-TGAA-TGAGG-AA-ATACA-CCAA-TTAC-TAA-CT-GT-A---------CAA-GTGCATG-------TACATGCAAT-AT-G-ATGGCGA-A----G--TAA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CGGGTGTG-C-GGTAC------------------A-AA--TAAA-CGTGA-G-ATT-ATCC-GTGAT-GAA----TTT-A-T-------------TT-T-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GAACTA-A--------C-----G-CGAAT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CG-AA-TAATA
gi|14 : GTAGAT-CACCTAA-TTT-TCG-CGA--GTA--TT-TT-C-T-T---T-CC--T-T-ATTG-CAAGGT-CC-GGAG-TT-GAT--TC-GC--GAAT-G-C-A--ATAAT---T-CGCAAAAA-TA----------A-AG-TTT----A--A-TA-GAACTTATTT--TT-TTG--TGAAT-ATATCC-G-CTTCTT-T----GTTTA--TGAT---C-GTAATATC-A-------TTA-------CT-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GTATGCAT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAT-TTTATCAAC-CAATA----CTG-A-TG-ACAACT-TT----------------------------------------TTG----------------CTG------G----T----A---ATT-CC-TTGAGTCGT-TTT---TA-CG--T-A--TTAAAA-ATGAAAACGCGTACG---ACG--CCT-CACCG----TT-GTGCT--TTG---T-GG-C--ATC-GTG------------ATGGCATGAG-TTTAATT--TGTTTGATTTT-AAA-ACGAT-TA------GC--TT-------TAA------CT--------AATGGCGA------T------A-----A----T--AGAA--A-TA-TATCTAC-AATAA-CT-TTTGTA------A--G-agtgatct
gi|15 : tactGT-CC-GGTA-TT-TAT--TC-GC--GAAT-T-T--------T---T-CGCG--------------------------------A-AA-TAACTTA-TA--TT-TCA--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-A-------CTA-------CA-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------G-------------------------TTTATCGAC-TTATT----CAA-A-TG-ACCACT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--CTACATTTGTA---CTG------GTAATT----A---ATT-AC-TTGAGTAGA-TTT---TA-C---------T--GA-TTGGAG------ACA---A-----------CG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-TATT-GTA------------AGGGCATCAG-TTTAA------TTTGTTTGT-AAA-GCGAT-TA------GA--TT-------TAT------TT--------AATGTTTA------T------A-----A----A--AGAA--A-TA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTAAGGTTTA--G-CTT-ATTTTTTCAAG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-
gi|16 : catA-TCGA-TTAC-TAA-TT-GC-A---------CAA-GTACATG-------C------AAT-AT-G-ATGGCAA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAG-------TA--TT-T----------CTGGTGTA-T-GGCAC-AC--A-C-ATATAAAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATC-ATCC-TTAAT-GGA----TTT-A-T-------------AT-G-C-AA---A-AAGTTTAGA-AA-T-AAACGCC-GATGTATTTG-AATT--GC-GAACAA-C-CCA-TCTTA----G-TGAAT-TAA-CGC-AG--GATTAAA----A-TCT--CTTGCCG-AA-TA
gi|17 : TC-A-------CTA-------CA-T-GT--G-TA-CG-CCTTCCATT------------------------GT----AT------G----T-ATCGTTA--T--T--GA--TTCA--GA------T----CAG-A-TG-ACCAGT-TT--------AC-----------A--T-------CCCTG--CTTG--C--------TA---CTG------A----T----AC--AT---------GTAAC-TT-----A-CA--T-A--TT--GA-TTGAAG------ACC---ACG--CCT-CAGCG----AT-GTTCC--TCA---C-GG-C-----------------------GACATGAG-TTTGATT--TATTTGATGGT-AAA-GCGAT-TA------GC--TGAAAAAAATATGCAACATT--------A------A------T------T-----A----A--AGAA--G-TA-TATCTgattaagtgatct
gi|18 : TAGT-ATT---TA-CG--T-A--TT--GA-AGGAAG------AC----------CT-CACCA----CT-GTGCC--TTG---T-GG-C-AATC-GTACATGTA------ACGGCGCGAG-TTTAATT--TGCTTGCTTGT-AGA-GCGAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A------ATGTTTGT------A-----A----A--AGAA--A-CA-CAGCTGC-AATAA-AT-TTTGTA------A--C-GTT-A-TTTTTCATG-TTCTTC------A---ATAT-ATGTTTG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TT
gi|19 : gtagtac-C--GGTTCC-GGTA-TT-TAT--TA-GA--GAAT-AAC-ATTATAATATTC-CGCGAGAT-GA----------CTGG-TTA----A--A-AAATAACTTA-TAAGTTATCGTTCGAAT-AGATCCTGTCTCCTGGC----ATTTAATTGAT---C-GGAATGTC-A---------A--------G-T-GT--GATA-CG-TCTT----T------------------------GTT---AT------G----T-ACCGTTA--T--TTGAAA-TTTATAGAG-TTATTT---CAA-A--G-ACCAAT-TTT-------AT-----------A--C-------CCATA--CTT
gi|2 : aTG-TT-TAT--TCCGCCTGAAT-A-CGA--ATAAT---T-CGCGAGAAATG----------C-AG-TTT----A--A-AA-TAA-TTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CCCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTCCA-------CTA-------CGAT-GTTGA-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------GGTGAC-ACTATTAA-T--T--GAAATTTATCGAC-TTATT----CAC-A-TGGATCCGT-TT--------ATTACATTGTTACA--CTTTTTTCCCATG--CTGA--C--------TA---TTG------G----CTCACA---ATA-GCATTGAGTAGT-TTT----A-TT--A-A--CT--GG-TTGAAG------ACA---ACT--CCTTCATCG----CTTGTGCC--ACG---T-GG-CCAATC-GTC------------TATGC-TGAA-CTTAGTT---GTTTGTT-GT-AAA-GTGAT-AC------GC--GT-------TAT------TTCGATGTTTA------G------T------A-----A----A--AGAA--AGCA-TATCTGT-AAAAT-TT-TTTGTA-----------TTT-TTTTTTTCATG-T-CTT-AAT-A-ACATATAT-ATGTTCG-GTCTA-A--TAGCAGTTGTT-ATT-TTAATT-GACGTCGA-TATA-TGAGG-AACATACA-TCAA-TT-C-TAAACT-GCCA---------CAG-GTGCATG-------T------ATC-AT-G-ATGGTGT-TTACAC--AAA-AA--TA--TCT--GAA-TAACCGAGT-TG--TT-TA---------ATGGTGTG-G-CGTACAAC--A-T-TT---ACAGA-AAAGTAAGTTTTGA-G-ATTAATCC-GTGAT-GGA----TTT-A-T-------------TTCGTC-AG---ACAAG--TAGA-AA-TAAAACG-CAGACATATTTATAATTATGG-AAACGA-T-CCG-TTTCTTCGAG-CGAATATTA-CGC-GGA-AAAT-AA----A-TCTTCCTTG-CG-AA-TAATA
gi|2 : GAT-CACTTAT-TAT-TCG-CAA--GGAAGAT-TT-A-T-TTTCC-GCGTagtgatc
gi|20 : tgtttattccgcctgaatacgaataattcgcgagaaatgcagtttaaaataattatatttcgcgaatagatccgcccctgcatttatgatcgtaatgtccactacgatgttgatacgtctttgtatggtgacactattaattgaaatttatcgacttattcacatggatccgtttattacattgttacacttttttcccatgctgactattggctcacaatagcattgagtagttttattaactggttgaagacaactccttcatcgcttgtgccacgtggccaatcgtctatgctgaacttagttgtttgttgtaaagtgatacgcgttatttcgatgtttagtaaaagaaagcatatctgtaaaattttttgtattttttttttcatgtcttaataacatatatatgttcggtctaatagcagttgttattttaattgacgtcgatatatgaggaacatacatcaattctaaactgccacaggtgcatgtatcatgatggtgtttacacaaaaatatctgaataaccgagttgtttaatggtgtggcgtacaacatttacagaaaagtaagttttgagattaatccgtgatggatttatttcgtcagacaagtagaaataaaacgcagacatatttataattatggaaacgatccgtttcttcgagcgaatattTAC-CAA-TT-GC-A---------CAG-GTACATG-------T------AAT-TT-G-ATGGCAA-C----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAG-------TG--TT-T----------CTGGTATA-G-AGCAC-AC--A-T------------------------GA-G-ATT-ATCT-GTAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-ACA--TAGA-TA-T-AAACA-C-GAAATATTTG-AATT-TGC-GAACAA-C-CCA-TCAC-----G-CAAAT-TAA-CAC-AG--AATT-AA----A-TCT--CTCG-CA-AA-TAACA
gi|21 : aaAT-AT-G-ATGGCAA-T----G--AAA-AAA-TA--T-T--GGA-TAG-------TG--TT-C----------CTGGTGTA-T-GGCAA-AT--A-T-AA---AGAGA-AA--TGAA-TGTGA-T-ATT-ACCC-AGAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-A-C-AA---A-AAG--TATA-TA-T-AAACG-C-GAAATATTTG-AATT-CGCAAAACGA-C-TCG-CCT----------AAT-TAA-CGCGGG--AAAA-AG----A-TTT--C
gi|22 : gG-GT-TAAA--GAGCAGTT-TT-ATT-TTT-TT-TACATCGA-TGTT-TGAGA-AA-ATACA-TCAA-TT-C-TAA-CT-AC-A---------CAG-GTGCATG-------C------AAT-AT-G-ATGGTGA-T----G--ATA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TT--TT-TTTTTTTTTTTCTGCTTTG-C-GGTGC-AC--A-T-AT---AAATA-AA--TAAA-TCTGA-G-ATT-ATCC-GTAAT-GGA----TTT-ATT-------------TT-G-C-AA---A-atgatttataagtaatcta
gi|23 : GTAGAA-AACTTAT-TTA-TCG-CGA--GTA--TT-TT-A-T-T---TTGCATT-T-AATG----GGT-CC-AGTG-TT-TAT--TC-AC--GAAT-A-A-A--ATAAT---T-CACGAGAA-TAGAATTTAAAAT-AGCTTATATTA--A-AA-TAGCTTA-TA--TT-TCG--TGAAT-AGTTCC-A-CTCCTG-T----GCTTA--TGAT---C-AAAATATC-A-------CAA-------CA-C-GT--G-TA-CG-GCTT----
gi|24 : tctTTTTTCATG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-ATGTTCGCGT-TATGATTAGCAGTT-TT-ATT-TTC-TT-TACATCGATTGAATTGCGGAAA-ATACA-CCAAGTTAC-AAA-CT-GC-A---------CAA-GTGCATGTACATGTT------AAT-AT-G-ATGGCGATT----G--TAA-AA--TA--T-T--GAA-TAGT---GT-T---TT-T-------------GTGTGAC-GGTAC-AC--ATT-AT---A
gi|25 : -GTATT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAAAG-T-GAGATATTTG-AATT-CAA-GACCAA-C-CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-TGC-GT--AATT-AA----A-TCT--ATCG-CG-AA-TAATA
gi|26 : C-A---------CAG-GTACATG-------T------AAT-AT-G-GTGGCCA-T----G--AAA-AAA-TG--T-T--CAA-T--C---GC-TGATTT-C----------CTCGTGT--T-GTTATTGCTAA-T-AA---ACAGA-AA--TTAA-C---A-A-AT--ACCT-GTTGTAGGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-tttcaagtgatctac
gi|27 : GTAGATTCA-TTAT-TTT-TCG-CAAAAGTA--TT-TTTA-T-T---T-GCGTT-TTAGCATC--GGT-TCTAGTGGTT-TATCATC-GC--GAAT-A-T-A--AAAAT---TGCGCGAGAA-TA----------C-AG-TTA----A--ATAA-T
gi|28 : ---ACA--CCT-TGCTA----CT-CTGCC--TCT---T-GG-C-AATC-GTA------------ACTGTATGAG-TGTAATC--TGTTTGTTTGT-ACA-GCGAT-TA------GC--AT-------TAT------GT--------A------A------gta
gi|29 : tttatgtattaaataagttcGTTCG--T-TATA--CAGAATTT-CT-ATT-TTA-TC-TACATCGA-TGTA-TTAGG-AA-ATACA-TCAA-TTAC-TAA-TT-GC-A---------CAG-GTACAAG-------T------ACT-AT-G-ATGGCAA-T----G--AAA-AA--TG--
gi|3 : GTAGAT-CACTTAT-TTTATCG-CGG--GTA--TA-TA-A-T-T---T-GCGTC-T-AACA-C--G-C-CT-GGTG-CT-TAT--TCTGC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------T-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTT-TA--TT-TCG--CCAAT-AGATCA-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GCAATGTC-A-------CTA-------CG-T-GT--GCTA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------GC---T-A-CGTTA--T--T--GAT-TTTATCGAC-CTATT----GAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTC--C--------TA---CTG------G----T----A---ATT-TC-GTGAGTAGA-TTT---TA-CT--A-A--TT--GA-TTGAAG------ACA---ATG--CCT-T-CCG----CT-GTGCA--TCG---T-GG-C-AATC-GCA------------TTGGCATGCG-TTTAATT--TGTTTGTTGGT-AAA-GCAAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAA-TT-ATTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTAATG-TTCTTCAAG-A-A---ATAC-ATGTTCG-GT-TATA--CAACAGTT-TT-ATT-TTA-TC-TACATCAA-TGTA-TACAG-AA-ATGCA-TCAA-TTAC-TAA-CT-GT-A---------CAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-CA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAAA-TA--TAAA-TTTGA-G-ATT-TTCT-GTAAT-TGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAATC-C-GAGATATTGG-AATT-TGC-GAATGA-C-CTG-TATC-----G-CTAAT-TAA-CGC-GA--AAAT-AA----A-TCT--CTTG-CA-AA-TAATA
gi|30 : A----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTA-TA--TT-TCA--CGAA--AAATCT-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATATC-A-------TTATTACTTCCA-T--T--G-TA-CA---------T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--T--
gi|31 : aG--TT-T----------CTGGTATG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAG--AA--TTAA-TTTGA-G-GTT-ATCC-GTAAT-GGGGTTTTTT-G-TTTTTTTTTTTTGGTT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACa
gi|32 : --TT-TCA--TGAAT-AGGTCC-G-CTCCTA-T----GCTTA--TAAT---T-GTAATATC-A-------CTA-------CA-C-GT--G-TA-TG-CCTT----T------------------------
gi|32 : CA-TCGA-TTAC-TAA-TT-GC-A---------CAA-GTACATG-------C------AAT-AT-G-Acatcgattactaattgcacaagtacatgcaatatga
gi|33 : tttcatgaataggtccgctcctatgcttataattgtaatatcactacacgtgtatgcctttCAA-C-CCG-TATT-----G-CGAAT-CAA-AGC-GG--AATT-AA----A-TTT--CTTG-AA-AA-TAATA
gi|34 : ttattttgcgttctggaattacttgaaaaaagtaggTACTTC-AACT-CGC-GAATGA-T-ACT-TCTC-----G-CGAGT-TAA-CGC-GG--ACAT-AA----A-TAT--CTCA-CG-AA-TAATAagt
gi|35 : GTAGAT-CACTTAT-ATT-TCG-CGA--GTA--TT-GT-ATT-T---C-GCGTT-T--ACA-T--GGT-AC-GGTG-GT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--Acatggtctaca
gi|36 : actGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TTCAAAGA-TGTA-TTAGG-AA-ATAAA-CCAA-TT-C-TAA-C
gi|37 : -C-CCA-TCTC-----G-CAAAT-TAA-CGT-GG---AAT-AA----ATTCT--CTCG-AG-AA-TAATA
gi|38 : cagagTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAG-TTT------CC-GTGC-ATGAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AG---A-AAagtgattaca
gi|4 : AT-CACTTAT-TTT-TCAACG---GTA--TTGTT-A-T-T---T----TT-C-AAT-------T-AC-AGTG-T---------------------C-A--ATTAT---T-CGCGAAAA-TA----------C-AG-TTT----A--A-AT-TAACTTA-TA--TT-TTG--CGAAT-TGATCA-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATATC-A-------TTG-------CT-T-TT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----ATATATATG----T-ATCGTTA--T--T--GAT-TTTATCGAC-TAAAA----CTA-A-TG-ACAAGT-TT--------CTT----------A--C-------CCATG--CATA--A--------TA---CTG------G----T-------------------------TTT---TA-CG--T-A--TC--AG-AAGAAG------ACGTGTACGACCCC-CACCG----CT-GTTAT--TTG---T-GG-C-A-TC-ATA------------ACGGCGTGAG-TTTCATT--TGTTTGTTTGC-AAA-GCCAT-TATATGTAGA--TC-------TAT------CT--------A------A------T------G-----ATCATAGTAGAA--A-AA-TATCTTC-AATAA-CT-TTTGTA------A--G-CTT-ACATTTT-ATG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-ATATTCT-GT-TATA--TAGCAGTA-TT-ATT-TTA-TT-TGCATCGT-TGTA-TGAGA-GA-ATACA-TCGA-TTAC-TAA-CG-GC-A---------CAG-GTGCACA-------T------AAA-TT-G-TTGGTGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-CAGT---GT-TG--TT-T----------CTGGTATG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AGAGA-AG---GGA-TCTGA-A-ATA-ATCC-GCAAT-GAA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AGC--CAGA-GA-T-GAGAG-C-GATATATTTG-ACTT-CCC-GAATGA---CCA-TCTC-----A-CGAAT-TAA-CGC-AC--AAAT-AA----A-TC
gi|40 : ataactgtcga--GTA--TT-GT-A-T-TT--C-GCGTT-T-A-CA-C--GGT-AC-GGTG-GT-TAT--TC-GC--G
gi|41 : T-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------GAT-AT-G-ATGGCGA-T----A--AA
gi|5 : ----------C-AG-TTA----A--A-A--TAACTTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CCCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-AGTGCTCACTG-------CA-T-GT--G-AA-CG-TCTT----TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----AT------G----TTACCGTTAAAT--T--GAA-TTTATCGAC-TTAT-----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--CATTAC--CCATG--CTTG--C--------TG---TTA------G----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-TT--A-A--CT--GA-TTGAAG------TCA---AA----CT-CATCG----CT-GTGCC--GCG---TCGG-C-AATC-GTA------------ATG-CATGAGCTTTAATT--TGTTTGTTCGT-AAA-GCGAT-CAA-----GC--TT-------TAT------TT--------G------A------T------GTTTATA----A--AGAA--G-CA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------AAAG-GTT--TTTTTTCATG-TTCTTCAAT-A-A---ATATTATGTTCG-TT-T-TA--TAGCAGTT-T--ATT-TTA-TT-GACGTCGA-TATA-TGAGG-AA-ATACA-TCGA-TT-C-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------GAT-AT-G-ATGGCGA-T----T--AAAGAA--TG----T--GAA-TACC---G--TG--TTGT----------CTGGTGTC-G-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAG-TTTGATA-ATA-ATCC-TTGAT-GGA----TTT-A---------------TT-G-C-CAGG-A-AAG--TAGA-AA-T-AAACGAC-GA-ATATTTA-AATT-CGC-GAACGA-C-GCG-TTTC-----GACGAAT-TAA-CGC-GGAAAAAT-AA----A-TGT--ATCG-CG-AATTAATA
gi|6 : T-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-CT----------C-AG-TTA----ACAA-AA-TAACTTA-TA--TT-TCG--CGAATTAGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---AAGTAATGTC-A------------------G-T-GT--G-TAACG-TCTT----T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--TTGAAA-TTAATCGAC-TTATT----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------ATA----------A--C-------TCATG--TTCG--C--------TATGTCAG------G----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-CT--A-AGTTT--GATTTGAAG------AAGA--ACG--CCT-CACCA----CT-GAG-C--TCG---T-AGCC-GATC-GTA-----------------ATGA------------GTTTGTTTGT-AAAGGCGAT-TA------GCCTTT-------TAG------TC--------T------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAATTT-TTTGTA------A--GTCTT-ATTTTTGCATG-T--TTCAAT-C-A---ATAT-ATG-TCG-GT-TATG--TATCAGTT-TTAATT-TTC-TT-TACATCGA-TGAA-TGAGGAAA-ATACA-CCAT-TTACAAAA-CTGGC-AATCAATGTGCAGTGTACATG-------T------AAT-GT-G-ATGGCGA-T----C--GCA-AA--TGGTT-T--GAACTAGC---TTGTG--TT-T----------CTGGTGTG-CAAGTA--AC----T-AT---AAGGA-AT--AAAA-TGTGA-G-ATTCATCCAATGAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-T-C-AA---T-AAG--TAGA-AA-T-TAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GGATGACC-CCG-TCTC-----G-CGAATATAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CGAAA-TAATAagtga
gi|7 : GTAGAT-CACTTAT-TTT-TCG-CGC--GTA--TT-TT-A-T-T---TTACGTTAT-AG------GGT-CT-GGT-----------C-GG--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCAAGGA-TA----------T-AA-TTA----A--A-AA-TAACTAA-TC--TT-TCG--C---------------TCCTA-C----AAT-A--TGA-------------C-A------------------G-T-GT--G-TC-CA-TCTTCCACT------------------------GT----AA------T----T-ACCGTTA--TACT--GAT-TTTATCGAC-CTAAT----CAG-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CAACG--CTTG--A--------TA---CGG------G----T----A---ATT-AC-TAGAGTAGT-TCT---TA--T--ATA--TC--AA-ATGAAG------TTC---ACG--CCT-CACTG----CT-TTACT--TCG---G-GG-C-AATC-TTG------------A-----------TTAATC--T---TACTT-----A-GTGAC-TA------AG--TG-------T---------T--------A------A-------------A-----A----A--AGAT--A-CA-TATCTGC-AATAA-TTCTTTG------------------------CATG-CTCTTC---------------------G-GT-TATA--TGGAAGTT-TT-ATT-TTA-TC-TACATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATACA-CTGA-TTAC-TAA-TT-GA-A---------CGG-TTACAAG-------A------ATT-GT-GCATAGCAA-T----A--AAA-AAAATG--T-T--AAA-TAG-------TG--GT-T----------CTGGTGTA-C-GACAA-AC--A-C-AT---AAATA-AA--TGAA-ATTGA-G-ATT-ATTT-GTAAT-GGA----ATT-A-C-------------TT-G-A-AA---A-AAG--TAGG-AA-T---------------TTT--AATT-CAC-AAACGA-C-CTG-TATC-----G-CGAAT-TAA-TGC-GG--AATT-AA----A-TCT--CCCG-AA-AA-TAATAagttgatcta
gi|8 : actGA--GTA--TT-TT-A-TCT---C-ACGTT-T--ACA-C--GGT-CC-GGTG-TC-TAT--TC-GT--GATT-A-T-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------C-AA-TTA----A--A-AA-GAACGTA-TA--TT-TCG--CGAAT-TGATCA--------G-C----A-TCA--TGAT---C-GTAATGCC-A-------CTG-------CA-TCGT--G-TC-CG-TCTT----T-------------------------T----AT------G----T-ACCCTTA--T--G--AAC-TTTATCGACGTCATA----CAA-GTTG-ACCAGT-TT--------GT-----------ATTT-------CTAT---CTTGAAT--------TA----TG------GAT--T----ATATATT-AC-TTGAGTTGT-CTTCA-TA-CT--C-A--CT--GA-TTGTA--------------------T-C--------CC-GTG-----CGAACT-GA-C-AATC-GTA------------AGATTATGAG-TGTAATCTATGCCTG-TTGTAAAA-GTGATATA------TC--TTG------TATGCC---TC--------C------A------T------G-----G----------------------TGC-----A-TT-TTTTTC------A------T-ATTCTT-----------CAATAA-A---ATAT-ATGTTCA-TT-TATA--TTCCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TACATCGA-CATA-TAAGG-AA-ATACA-TCAA-AT-C-TAA-CT-GC-A---------AAG-GTGCGTG-------T------AAT-AT-C-ATGGCGA-T----A--CAA-AA-------------------------TA--TT-T----------CCGTTGCA-C-TGTAC-AC--A-T-AT---TAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATTC-GGAAT-GGA----ATT-A-T-------------TT-G-CAAA---A-AAG--TAGA-TA-T-AAACG-C-GACATATTTG-AATT-TGC-agtgatt
gi|9 : C-A-------CTA-------CA-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------G------------------------------------AA-TTTATCGAC-TTCTT----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--T-------CCATG--TTTG--C--------TA---TTG------G----T----A---AT-------GAGTAGT-TGT---TA-CT--A-A--CT--AA-TTGAAG------ACA---ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTA------------ATGACATGAG-TT-AATT--TGTTTGTTTGT-AAA-GCGAT-AA------GC--TT-------TAT------TT--------A------A------TGTTTATA-----A----A--AGAA--A-CA-TATATGC-AATGA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTCATA-TTTTTCAAT-A-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TA-TGCATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATGCA-TCAA-TT-C-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCAT--------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--AAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AC---AAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATTC-GTAAC-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-ATACG-C-GAGATATTTG-AAT---------------------TC-----G-CGAAT-TGG-CAC-GG--AAAT-AA----A-TAT--CTCG-CG-AA-TAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): CGTGAGTTTTTTGTTCATTTTAATCATTAATGTACAATTAAGTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 111 1111111111 22222222222222222222 22222222222222222222222222222 33333333333333333333333333333333 11111111111 111111111111 2222222222222222 111111 44444444444444444444444444444444444 11111111111 1 1111111 1111111111 1111111111111
lowQualScore : 4 4 4 4 444 44 3 3 6 3 33333 333 66 3 6 2 2 33 5 33 2 2 2 33 555 3 3 1111111111 2 2 5555 33 2 2 2 33 2 33 2 2 2 2 5555 55 55555 2 22222222222222222222 2 33 4 2 2 22222222222222222222222222222 7777 666666 888888 88 33 66 66 2 7777 2 2 2 2 11111111111111111111111111111111 33 11111111111 444 777777 9999 5555 777 333 2 1 55 777 9999999 666 33 44 777777777777 555 2 4444 2 33 333 2 2 2 2 4444444444444444 4 3333 1 2 2 2 888888 33 9999999 000000 22222222222222222222222222222222222 5555 33 33 4 2 1 2 2 2 44444444444 333 2 2 2 666 5 2 4 33 2 2 2 2 2 2 2 4 2 2 1 2 0 2 2 2 3 777777777 1 88888888888888 1 1 1 2 5555555 4 77 22 2 33 2 1111111 22 2 1111111111 2 2 4 22 2 2 333 2 33 2 2 2 2 4 2 2 4444 2 2 1111111111111 2 2 2 666 2 33 2 2 2 5 2 3 2 2 2 333 2 1 88888 4 4 2 2 77 2 5555 2 33 2 2 2
lowQualScore : . . . . ... .. . . . . ..... ... .. . . . . .. . .. . . . .. ... . . .......... . . .... .. . . . .. . .. . . . . .... .. ..... . .................... . .. . . . ............................. .... ...... ...... .. .. .. .. . .... . . . . ................................ .. ........... ... ...... .... .... ... ... . . .. ... ....... ... .. .. ............ ... . .... . .. ... . . . . ................ . .... . . . . ...... .. ....... ...... ................................... .... .. .. . . . . . . ........... ... . . . ... . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . ......... . .............. . . . . ....... . .. .. . .. . ....... .. . .......... . . . .. . . ... . .. . . . . . . . .... . . ............. . . . ... . .. . . . . . . . . . ... . . ..... . . . . .. . .... . .. . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 999 66 3 3 7 3 88888 111 44 1 2 9 9 99 7 99 9 9 9 99 444 1 1 7777777777 5 5 3333 44 5 5 7 44 5 44 5 5 5 5 3333 99 11111 2 44444444444444444444 2 11 4 2 2 22222222222222222222222222222 4444 888888 222222 88 22 55 88 5 8888 5 5 5 5 88888888888888888888888888888888 44 11111111111 777 777777 3333 7777 333 777 7 8 33 888 3333333 222 44 66 888888888888 999 2 7777 2 11 999 2 2 2 2 2222222222222222 4 8888 1 2 2 2 666666 11 4444444 333333 88888888888888888888888888888888888 0000 22 22 7 4 0 5 5 5 11111111111 777 5 5 5 999 0 2 4 11 2 2 2 4 4 4 4 7 4 1 4 1 6 0 0 0 8 666666666 9 99999999999999 9 9 9 0 7777777 2 11 99 2 11 2 7777777 99 1 3333333333 0 0 0 99 1 1 777 2 11 2 2 2 2 4 1 1 5555 1 1 6666666666666 1 1 1 999 2 44 5 5 5 3 7 8 5 5 5 999 4 6 22222 7 7 4 4 99 4 0000 4 44 7 7 7
consensus : GTAGAT-CACTTAT-TTT-TCG-CGA--GTA--TT-TT-A-T-T---C-GCGTTT-AACA-CGGT-CC-GGTG-TT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-A-------CTA-------CG-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAN-TTTATCGAC-TTATT----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---CTG------G----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-CT--A-A--TT--GA-TTGAAG------ACG---ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTA------------ACGGCATGAG-TTTAATT--TGTTTGTTTGT-AAA-GCGAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTCATG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TACATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATACA-TCGA-TTAC-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATCC-GTAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GAACGA-C-CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CG-AA-TAATA
Reference ( family-757 ) : GTAGAT-CACTTAT-TTT-TCG-CGA--GTA--TT-TT-A-T-T---C-GCGTTT-AACA-CGGT-CC-GGTG-TT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-A-------CTA-------CG-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAN-TTTATCGAC-TTATT----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---CTG------G----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-CT--A-A--TT--GA-TTGAAG------ACG---ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTA------------ACGGCATGAG-TTTAATT--TGTTTGTTTGT-AAA-GCGAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTCATG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TACATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATACA-TCGA-TTAC-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATCC-GTAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GAACGA-C-CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CG-AA-TAATA
gi|1 : AT-CACTTATATTT-TC--CGG--GTA--TT-TT-A-T-T---C-GCGTTC-TACA-CCGT-CCCGGTG-TTATAT--TC-GC--GAATCA-C-A--ATAAT---T--GCGAGAA-TG----------C--G-TTA----A--A-A--TAACTTA-TA--TT-TCG---GAAT-AGATCC-G-CCCCTG-CTTAGATTTAA-TGATGTAC--TAATGTC-AGTGCTCACTG-------CA-T--T--G-AA-CGCTCTT----T-------------------------T----AT------G----TTACCGTTAAAT--T--GAA-TTTATCGAC-TTAGT----CAACA-TG-ACCAGT-TTCATACAATGT-----------A--C-------CCATGGACTGG--C--------TG---TTA------G----T----A---ATTTAC-T--GGTAGTGTTT---TATCT--A-AC-TT--GA-TTTGAA------TCA---AA----CT-CATCG----CT-GTGCCGTTCG---T-GG-C-AATCAGTA------------ATG-CATGAGCTTTAATT--TGTTT-TTCGT-AAA-GCACT-CA------GC--TT-------TAT------TG--------ATGTTT-A------T------A-----A----A--AGGACAG-CACTA-CTGCTAATAA-TT-TTTGTA------AAAG-GTT--TTTTTTCATGCTTCTTCAAT-A-A---ATATTATGTTCG-TTATATA--TAGCAGTT-T--ATTCTTA-TTGCACGTCGA-TATA-TGAGG-AA-ATACACTCGA-TT-C-TAA-CT-GCCA---------CAG-GTGCATG-------T------GATTATTG-A-GGCGA-T----T--AAAGAA--TG--T-TATGAA-TACC---GT--G--TG-T----------CTGGTGTG-C-GGTTA-AC--A-TGAT---AAAGACAA--TAAG-TTTGA-CTAAT-ATCC-TTGAT-GGA----TTTTA-T-------------TT-G-C-CACGGA-AAG--TAGACAA-T-AAACG-C-GAGATATTTA-AATT-CGC-GAACGA-CGCCGATTTC-----GACGAAT-TAACCGC-GGA-AAAT-AAATGTA-TGT--ATCG-CG-AA-TAATA
gi|10 : gctgc----T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAT-TATGTCGAC-CTCTT----CAG-A-TG-ACCAGTGTT-----------------------------------TG--CTTG--C--------TA---CTGGTATATG----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTTACGTA-TTAAA-A--TT--AA--TGAAG------ACC---ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-CTA------------ACGGTGTGAG-----------------TCGT-ACA-GTGAT-AA------GC--TT-------TAT------TT--------AATGTTCA------T------A-----A----A--AG-A--A-C--------C-AATAC-TT-TTTGTT------A--A-CTT-A-TTTTTCATA-TTCTTCAAT-A-A---ATTC-ATGTTCT-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TC-TATATCGA-TTTA-TGAGG-----------------AC-TAA-TA-GC-A---------C-G-GTGCATG--------------------------------------------A--TG--T-T--TAA-AAGT---GT-CC--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGCAC-AC--A-C-AT---AAAGA-AA--TAGA-TATGA-G-TTG-ATTC-GTAAT-GGA----TTT-G-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AATT-AAACA-C-GCGATATTTA-AATT-CGC-G--------------------------AT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTAG-CG-AA-TAATAagtgatct
gi|11 : gaacccagtccccattaatcatcgatcgcatgcatgcTAGAT-CTCTTAT-TTT--CA-CGA--ATA--TT-TT-AAT-T---C-GCGTTT-A-CA-TGGT-CC-GTTA-TT-TAA--TC-GC--TAAT-A-C-A--ATAAT---T-TGCGGGAA-TA----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAAC--A-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-TTTCTT-C----ATTTA--TGAT---T-ATAATGTC-A-------CTA-------CA-T-CT--C-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------G----T-ACCATTA--T--T--GAA-CTTATCGAT-TTATT----CAA-A-TG-ACCAGT-TG--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---TTT------G----T----A---TTT-AA-TTGAGTAG--TTT---TA-TT--A-A--CT--AG-TTGAAT------TAT---ACG--CCT-CACCAATATAT-ATGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTG------------ATGGCATGCG-TTT-AT-----TTTCTTTGT-AAA-GCAAT-TA------TC--TT-------TAT------TT--------AATGTTTA------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TA--TAC-AAT-A-TT-TCTATA------A----CTTAATTTTTTCTTA-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-GTGTTTG-TT-GATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-CACATCGA-TGCA-TGATG-GA-GTACA-CCAA-TT-------CT-GC-A---------CAG-TTGCGTG-------agtgat
gi|12 : cta-AG-TTA----A--A-AA-GAACTTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT-----------------------------------T-GT--G-TA-CG-TCTT----C------------------------GT----AG------G----T-ACCGTTA--T--T--GAT-TTTACCGAC-CTGTTTGAACGG-A-TG-ATCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---CTG------G----T----A---ATT-AC-TCGAGTAG---------------A-A-----------GAAG------ATC---ACG--CCC-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTACATGTACATGTTACTGCGTGAG-TTTAATT--TGTTTGATTGT-AAA-GCGAT-TA------GC--TT-------GAT------TT--------ATTGTTTA------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTGTCATG-TTCTTCAAT-ATAC--ATGT-ATATTTG-GT-TATT--TAGCAGTT-TC-ATT-TTA-TC-TACATTGA-TGTA-CGAGG-AA-ATACA-CCAA-TTAC-TAA-AA-GC-A---------CAG-ACGCATG-------T------AAT-GT-G-ATGAATA-T----GACAAA-AA--TG--T-T--AAA-TAGT---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGCAC-A
gi|13 : t-CACCA----CT-GAGGC--TCG---T-AG-C-AATC-G-----------------GAATGAG-TTTGAAT--AGTTTGTTTGT-AAA-CCGAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A-------------T------A-----A----A--AGAA--AACA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CCT-ATTTTTTCATG-TTC---AAT-A-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATG--TAGCAGTT-TC-ATT-TTC-TT-TACATCGA-TGAA-TGAGG-AA-ATACA-CCAA-TTAC-TAA-CT-GT-A---------CAA-GTGCATG-------TACATGCAAT-AT-G-ATGGCGA-A----G--TAA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CGGGTGTG-C-GGTAC------------------A-AA--TAAA-CGTGA-G-ATT-ATCC-GTGAT-GAA----TTT-A-T-------------TT-T-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GAACTA-A--------C-----G-CGAAT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CG-AA-TAATA
gi|14 : GTAGAT-CACCTAA-TTT-TCG-CGA--GTA--TT-TT-C-T-T---T-CCTTAT-TGCA-AGGT-CC-GGAG-TT-GAT--TC-GC--GAAT-G-C-A--ATAAT---T-CGCAAAAA-TA----------A-AG-TTT----A--A-TA-GAACTTATTT--TT-TTG--TGAAT-ATATCC-G-CTTCTT-T----GTTTA--TGAT---C-GTAATATC-A-------TTA-------CT-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GTATGCAT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAT-TTTATCAAC-CAATA----CTG-A-TG-ACAACT-TT----------------------------------------TTG----------------CTG------G----T----A---ATT-CC-TTGAGTCGT-TTT---TA-CG--T-A--TTAAAA-ATGAAAACGCGTACG---ACG--CCT-CACCG----TT-GTGCT--TTG---T-GG-C--ATC-GTG------------ATGGCATGAG-TTTAATT--TGTTTGATTTT-AAA-ACGAT-TA------GC--TT-------TAA------CT--------AATGGCGA------T------A-----A----T--AGAA--A-TA-TATCTAC-AATAA-CT-TTTGTA------A--G-agtgatct
gi|15 : tactGT-CC-GGTA-TT-TAT--TC-GC--GAAT-T-T--------T---T-CGCG--------------------------------A-AA-TAACTTA-TA--TT-TCA--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-A-------CTA-------CA-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------G-------------------------TTTATCGAC-TTATT----CAA-A-TG-ACCACT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--CTACATTTGTA---CTG------GTAATT----A---ATT-AC-TTGAGTAGA-TTT---TA-C---------T--GA-TTGGAG------ACA---A-----------CG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-TATT-GTA------------AGGGCATCAG-TTTAA------TTTGTTTGT-AAA-GCGAT-TA------GA--TT-------TAT------TT--------AATGTTTA------T------A-----A----A--AGAA--A-TA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTAAGGTTTA--G-CTT-ATTTTTTCAAG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-
gi|16 : catA-TCGA-TTAC-TAA-TT-GC-A---------CAA-GTACATG-------C------AAT-AT-G-ATGGCAA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAG-------TA--TT-T----------CTGGTGTA-T-GGCAC-AC--A-C-ATATAAAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATC-ATCC-TTAAT-GGA----TTT-A-T-------------AT-G-C-AA---A-AAGTTTAGA-AA-T-AAACGCC-GATGTATTTG-AATT--GC-GAACAA-C-CCA-TCTTA----G-TGAAT-TAA-CGC-AG--GATTAAA----A-TCT--CTTGCCG-AA-TA
gi|17 : TC-A-------CTA-------CA-T-GT--G-TA-CG-CCTTCCATT------------------------GT----AT------G----T-ATCGTTA--T--T--GA--TTCA--GA------T----CAG-A-TG-ACCAGT-TT--------AC-----------A--T-------CCCTG--CTTG--C--------TA---CTG------A----T----AC--AT---------GTAAC-TT-----A-CA--T-A--TT--GA-TTGAAG------ACC---ACG--CCT-CAGCG----AT-GTTCC--TCA---C-GG-C-----------------------GACATGAG-TTTGATT--TATTTGATGGT-AAA-GCGAT-TA------GC--TGAAAAAAATATGCAACATT--------A------A------T------T-----A----A--AGAA--G-TA-TATCTgattaagtgatct
gi|18 : TAGT-ATT---TA-CG--T-A--TT--GA-AGGAAG------AC----------CT-CACCA----CT-GTGCC--TTG---T-GG-C-AATC-GTACATGTA------ACGGCGCGAG-TTTAATT--TGCTTGCTTGT-AGA-GCGAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A------ATGTTTGT------A-----A----A--AGAA--A-CA-CAGCTGC-AATAA-AT-TTTGTA------A--C-GTT-A-TTTTTCATG-TTCTTC------A---ATAT-ATGTTTG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TT
gi|19 : gtagtacA-CGGTTCC-GGTA-TT-TAT--TA-GA--GAAT-AAC-ATTATAATATTC-CGCGAGAT-GA----------CTGG-TTA----A--A-AAATAACTTA-TAAGTTATCGTTCGAAT-AGATCCTGTCTCCTGGC----ATTTAATTGAT---C-GGAATGTC-A---------A--------G-T-GT--GATA-CG-TCTT----T------------------------GTT---AT------G----T-ACCGTTA--T--TTGAAA-TTTATAGAG-TTATTT---CAA-A--G-ACCAAT-TTT-------AT-----------A--C-------CCATA--CTT
gi|2 : TG-TT-TAT--TCCGCCTGAAT-A-CGA--ATAAT---T-CGCGAGAAATG----------C-AG-TTT----A--A-AA-TAA-TTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CCCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTCCA-------CTA-------CGAT-GTTGA-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------GGTGAC-ACTATTAA-T--T--GAAATTTATCGAC-TTATT----CAC-A-TGGATCCGT-TT--------ATTACATTGTTACA--CTTTTTTCCCATG--CTGA--C--------TA---TTG------G----CTCACA---ATA-GCATTGAGTAGT-TTT----A-TT--A-A--CT--GG-TTGAAG------ACA---ACT--CCTTCATCG----CTTGTGCC--ACG---T-GG-CCAATC-GTC------------TATGC-TGAA-CTTAGTT---GTTTGTT-GT-AAA-GTGAT-AC------GC--GT-------TAT------TTCGATGTTTA------G------T------A-----A----A--AGAA--AGCA-TATCTGT-AAAAT-TT-TTTGTA-----------TTT-TTTTTTTCATG-T-CTT-AAT-A-ACATATAT-ATGTTCG-GTCTA-A--TAGCAGTTGTT-ATT-TTAATT-GACGTCGA-TATA-TGAGG-AACATACA-TCAA-TT-C-TAAACT-GCCA---------CAG-GTGCATG-------T------ATC-AT-G-ATGGTGT-TTACAC--AAA-AA--TA--TCT--GAA-TAACCGAGT-TG--TT-TA---------ATGGTGTG-G-CGTACAAC--A-T-TT---ACAGA-AAAGTAAGTTTTGA-G-ATTAATCC-GTGAT-GGA----TTT-A-T-------------TTCGTC-AG---ACAAG--TAGA-AA-TAAAACG-CAGACATATTTATAATTATGG-AAACGA-T-CCG-TTTCTTCGAG-CGAATATTA-CGC-GGA-AAAT-AA----A-TCTTCCTTG-CG-AA-TAATA
gi|2 : GAT-CACTTAT-TAT-TCG-CAA--GGAAGAT-TT-A-T-TTTCC-GCGTagtgatc
gi|20 : tgtttattccgcctgaatacgaataattcgcgagaaatgcagtttaaaataattatatttcgcgaatagatccgcccctgcatttatgatcgtaatgtccactacgatgttgatacgtctttgtatggtgacactattaattgaaatttatcgacttattcacatggatccgtttattacattgttacacttttttcccatgctgactattggctcacaatagcattgagtagttttattaactggttgaagacaactccttcatcgcttgtgccacgtggccaatcgtctatgctgaacttagttgtttgttgtaaagtgatacgcgttatttcgatgtttagtaaaagaaagcatatctgtaaaattttttgtattttttttttcatgtcttaataacatatatatgttcggtctaatagcagttgttattttaattgacgtcgatatatgaggaacatacatcaattctaaactgccacaggtgcatgtatcatgatggtgtttacacaaaaatatctgaataaccgagttgtttaatggtgtggcgtacaacatttacagaaaagtaagttttgagattaatccgtgatggatttatttcgtcagacaagtagaaataaaacgcagacatatttataattatggaaacgatccgtttcttcgagcgaatattTAC-CAA-TT-GC-A---------CAG-GTACATG-------T------AAT-TT-G-ATGGCAA-C----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAG-------TG--TT-T----------CTGGTATA-G-AGCAC-AC--A-T------------------------GA-G-ATT-ATCT-GTAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-ACA--TAGA-TA-T-AAACA-C-GAAATATTTG-AATT-TGC-GAACAA-C-CCA-TCAC-----G-CAAAT-TAA-CAC-AG--AATT-AA----A-TCT--CTCG-CA-AA-TAACA
gi|21 : aaAT-AT-G-ATGGCAA-T----G--AAA-AAA-TA--T-T--GGA-TAG-------TG--TT-C----------CTGGTGTA-T-GGCAA-AT--A-T-AA---AGAGA-AA--TGAA-TGTGA-T-ATT-ACCC-AGAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-A-C-AA---A-AAG--TATA-TA-T-AAACG-C-GAAATATTTG-AATT-CGCAAAACGA-C-TCG-CCT----------AAT-TAA-CGCGGG--AAAA-AG----A-TTT--C
gi|22 : gG-GT-TAAA--GAGCAGTT-TT-ATT-TTT-TT-TACATCGA-TGTT-TGAGA-AA-ATACA-TCAA-TT-C-TAA-CT-AC-A---------CAG-GTGCATG-------C------AAT-AT-G-ATGGTGA-T----G--ATA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TT--TT-TTTTTTTTTTTCTGCTTTG-C-GGTGC-AC--A-T-AT---AAATA-AA--TAAA-TCTGA-G-ATT-ATCC-GTAAT-GGA----TTT-ATT-------------TT-G-C-AA---A-atgatttataagtaatcta
gi|23 : GTAGAA-AACTTAT-TTA-TCG-CGA--GTA--TT-TT-A-T-T---TTGCATTT-AATG--GGT-CC-AGTG-TT-TAT--TC-AC--GAAT-A-A-A--ATAAT---T-CACGAGAA-TAGAATTTAAAAT-AGCTTATATTA--A-AA-TAGCTTA-TA--TT-TCG--TGAAT-AGTTCC-A-CTCCTG-T----GCTTA--TGAT---C-AAAATATC-A-------CAA-------CA-C-GT--G-TA-CG-GCTT----
gi|24 : tctTTTTTCATG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-ATGTTCGCGT-TATGATTAGCAGTT-TT-ATT-TTC-TT-TACATCGATTGAATTGCGGAAA-ATACA-CCAAGTTAC-AAA-CT-GC-A---------CAA-GTGCATGTACATGTT------AAT-AT-G-ATGGCGATT----G--TAA-AA--TA--T-T--GAA-TAGT---GT-T---TT-T-------------GTGTGAC-GGTAC-AC--ATT-AT---A
gi|25 : -GTATT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAAAG-T-GAGATATTTG-AATT-CAA-GACCAA-C-CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-TGC-GT--AATT-AA----A-TCT--ATCG-CG-AA-TAATA
gi|26 : C-A---------CAG-GTACATG-------T------AAT-AT-G-GTGGCCA-T----G--AAA-AAA-TG--T-T--CAA-T--C---GC-TGATTT-C----------CTCGTGT--T-GTTATTGCTAA-T-AA---ACAGA-AA--TTAA-C---A-A-AT--ACCT-GTTGTAGGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-tttcaagtgatctac
gi|27 : GTAGATTCA-TTAT-TTT-TCG-CAAAAGTA--TT-TTTA-T-T---T-GCGTTTTAGCATCGGT-TCTAGTGGTT-TATCATC-GC--GAAT-A-T-A--AAAAT---TGCGCGAGAA-TA----------C-AG-TTA----A--ATAA-T
gi|28 : ---ACA--CCT-TGCTA----CT-CTGCC--TCT---T-GG-C-AATC-GTA------------ACTGTATGAG-TGTAATC--TGTTTGTTTGT-ACA-GCGAT-TA------GC--AT-------TAT------GT--------A------A------gta
gi|29 : tttatgtattaaataagttcGTTCG--T-TATA--CAGAATTT-CT-ATT-TTA-TC-TACATCGA-TGTA-TTAGG-AA-ATACA-TCAA-TTAC-TAA-TT-GC-A---------CAG-GTACAAG-------T------ACT-AT-G-ATGGCAA-T----G--AAA-AA--TG--
gi|3 : GTAGAT-CACTTAT-TTTATCG-CGG--GTA--TA-TA-A-T-T---T-GCGTCT-AACA-CG-C-CT-GGTG-CT-TAT--TCTGC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------T-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTT-TA--TT-TCG--CCAAT-AGATCA-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GCAATGTC-A-------CTA-------CG-T-GT--GCTA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------GC---T-A-CGTTA--T--T--GAT-TTTATCGAC-CTATT----GAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTC--C--------TA---CTG------G----T----A---ATT-TC-GTGAGTAGA-TTT---TA-CT--A-A--TT--GA-TTGAAG------ACA---ATG--CCT-T-CCG----CT-GTGCA--TCG---T-GG-C-AATC-GCA------------TTGGCATGCG-TTTAATT--TGTTTGTTGGT-AAA-GCAAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAA-TT-ATTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTAATG-TTCTTCAAG-A-A---ATAC-ATGTTCG-GT-TATA--CAACAGTT-TT-ATT-TTA-TC-TACATCAA-TGTA-TACAG-AA-ATGCA-TCAA-TTAC-TAA-CT-GT-A---------CAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-CA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAAA-TA--TAAA-TTTGA-G-ATT-TTCT-GTAAT-TGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAATC-C-GAGATATTGG-AATT-TGC-GAATGA-C-CTG-TATC-----G-CTAAT-TAA-CGC-GA--AAAT-AA----A-TCT--CTTG-CA-AA-TAATA
gi|30 : A----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTA-TA--TT-TCA--CGAA--AAATCT-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATATC-A-------TTATTACTTCCA-T--T--G-TA-CA---------T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--T--
gi|31 : aG--TT-T----------CTGGTATG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAG--AA--TTAA-TTTGA-G-GTT-ATCC-GTAAT-GGGGTTTTTT-G-TTTTTTTTTTTTGGTT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACa
gi|32 : --TT-TCA--TGAAT-AGGTCC-G-CTCCTA-T----GCTTA--TAAT---T-GTAATATC-A-------CTA-------CA-C-GT--G-TA-TG-CCTT----T------------------------
gi|32 : CA-TCGA-TTAC-TAA-TT-GC-A---------CAA-GTACATG-------C------AAT-AT-G-Acatcgattactaattgcacaagtacatgcaatatga
gi|33 : tttcatgaataggtccgctcctatgcttataattgtaatatcactacacgtgtatgcctttCAA-C-CCG-TATT-----G-CGAAT-CAA-AGC-GG--AATT-AA----A-TTT--CTTG-AA-AA-TAATA
gi|34 : ttattttgcgttctggaattacttgaaaaaagtaggTACTTC-AACT-CGC-GAATGA-T-ACT-TCTC-----G-CGAGT-TAA-CGC-GG--ACAT-AA----A-TAT--CTCA-CG-AA-TAATAagt
gi|35 : GTAGAT-CACTTAT-ATT-TCG-CGA--GTA--TT-GT-ATT-T---C-GCGTTT--ACA-TGGT-AC-GGTG-GT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--Acatggtctaca
gi|36 : actGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TTCAAAGA-TGTA-TTAGG-AA-ATAAA-CCAA-TT-C-TAA-C
gi|37 : -C-CCA-TCTC-----G-CAAAT-TAA-CGT-GG---AAT-AA----ATTCT--CTCG-AG-AA-TAATA
gi|38 : cagagTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAG-TTT------CC-GTGC-ATGAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AG---A-AAagtgattaca
gi|4 : AT-CACTTAT-TTT-TCAACG---GTA--TTGTT-A-T-T---T----TTC-AAT-----T-AC-AGTG-T---------------------C-A--ATTAT---T-CGCGAAAA-TA----------C-AG-TTT----A--A-AT-TAACTTA-TA--TT-TTG--CGAAT-TGATCA-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATATC-A-------TTG-------CT-T-TT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----ATATATATG----T-ATCGTTA--T--T--GAT-TTTATCGAC-TAAAA----CTA-A-TG-ACAAGT-TT--------CTT----------A--C-------CCATG--CATA--A--------TA---CTG------G----T-------------------------TTT---TA-CG--T-A--TC--AG-AAGAAG------ACGTGTACGACCCC-CACCG----CT-GTTAT--TTG---T-GG-C-A-TC-ATA------------ACGGCGTGAG-TTTCATT--TGTTTGTTTGC-AAA-GCCAT-TATATGTAGA--TC-------TAT------CT--------A------A------T------G-----ATCATAGTAGAA--A-AA-TATCTTC-AATAA-CT-TTTGTA------A--G-CTT-ACATTTT-ATG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-ATATTCT-GT-TATA--TAGCAGTA-TT-ATT-TTA-TT-TGCATCGT-TGTA-TGAGA-GA-ATACA-TCGA-TTAC-TAA-CG-GC-A---------CAG-GTGCACA-------T------AAA-TT-G-TTGGTGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-CAGT---GT-TG--TT-T----------CTGGTATG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AGAGA-AG---GGA-TCTGA-A-ATA-ATCC-GCAAT-GAA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AGC--CAGA-GA-T-GAGAG-C-GATATATTTG-ACTT-CCC-GAATGA---CCA-TCTC-----A-CGAAT-TAA-CGC-AC--AAAT-AA----A-TC
gi|40 : ataactgtcga--GTA--TT-GT-A-T-TT--C-GCGTTT-A-CA-CGGT-AC-GGTG-GT-TAT--TC-GC--G
gi|41 : T-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------GAT-AT-G-ATGGCGA-T----A--AA
gi|5 : ----------C-AG-TTA----A--A-A--TAACTTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CCCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-AGTGCTCACTG-------CA-T-GT--G-AA-CG-TCTT----TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----AT------G----TTACCGTTAAAT--T--GAA-TTTATCGAC-TTAT-----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--CATTAC--CCATG--CTTG--C--------TG---TTA------G----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-TT--A-A--CT--GA-TTGAAG------TCA---AA----CT-CATCG----CT-GTGCC--GCG---TCGG-C-AATC-GTA------------ATG-CATGAGCTTTAATT--TGTTTGTTCGT-AAA-GCGAT-CAA-----GC--TT-------TAT------TT--------G------A------T------GTTTATA----A--AGAA--G-CA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------AAAG-GTT--TTTTTTCATG-TTCTTCAAT-A-A---ATATTATGTTCG-TT-T-TA--TAGCAGTT-T--ATT-TTA-TT-GACGTCGA-TATA-TGAGG-AA-ATACA-TCGA-TT-C-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------GAT-AT-G-ATGGCGA-T----T--AAAGAA--TG----T--GAA-TACC---G--TG--TTGT----------CTGGTGTC-G-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAG-TTTGATA-ATA-ATCC-TTGAT-GGA----TTT-A---------------TT-G-C-CAGG-A-AAG--TAGA-AA-T-AAACGAC-GA-ATATTTA-AATT-CGC-GAACGA-C-GCG-TTTC-----GACGAAT-TAA-CGC-GGAAAAAT-AA----A-TGT--ATCG-CG-AATTAATA
gi|6 : T-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-CT----------C-AG-TTA----ACAA-AA-TAACTTA-TA--TT-TCG--CGAATTAGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---AAGTAATGTC-A------------------G-T-GT--G-TAACG-TCTT----T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--TTGAAA-TTAATCGAC-TTATT----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------ATA----------A--C-------TCATG--TTCG--C--------TATGTCAG------G----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-CT--A-AGTTT--GATTTGAAG------AAGA--ACG--CCT-CACCA----CT-GAG-C--TCG---T-AGCC-GATC-GTA-----------------ATGA------------GTTTGTTTGT-AAAGGCGAT-TA------GCCTTT-------TAG------TC--------T------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAATTT-TTTGTA------A--GTCTT-ATTTTTGCATG-T--TTCAAT-C-A---ATAT-ATG-TCG-GT-TATG--TATCAGTT-TTAATT-TTC-TT-TACATCGA-TGAA-TGAGGAAA-ATACA-CCAT-TTACAAAA-CTGGC-AATCAATGTGCAGTGTACATG-------T------AAT-GT-G-ATGGCGA-T----C--GCA-AA--TGGTT-T--GAACTAGC---TTGTG--TT-T----------CTGGTGTG-CAAGTA--AC----T-AT---AAGGA-AT--AAAA-TGTGA-G-ATTCATCCAATGAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-T-C-AA---T-AAG--TAGA-AA-T-TAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GGATGACC-CCG-TCTC-----G-CGAATATAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CGAAA-TAATAagtga
gi|7 : GTAGAT-CACTTAT-TTT-TCG-CGC--GTA--TT-TT-A-T-T---TTACGTT---ATA-GGGT-CT-GGT-----------C-GG--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCAAGGA-TA----------T-AA-TTA----A--A-AA-TAACTAA-TC--TT-TCG--C---------------TCCTA-C----AAT-A--TGA-------------C-A------------------G-T-GT--G-TC-CA-TCTTCCACT------------------------GT----AA------T----T-ACCGTTA--TACT--GAT-TTTATCGAC-CTAAT----CAG-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CAACG--CTTG--A--------TA---CGG------G----T----A---ATT-AC-TAGAGTAGT-TCT---TA--T--ATA--TC--AA-ATGAAG------TTC---ACG--CCT-CACTG----CT-TTACT--TCG---G-GG-C-AATC-TTG------------A-----------TTAATC--T---TACTT-----A-GTGAC-TA------AG--TG-------T---------T--------A------A-------------A-----A----A--AGAT--A-CA-TATCTGC-AATAA-TTCTTTG------------------------CATG-CTCTTC---------------------G-GT-TATA--TGGAAGTT-TT-ATT-TTA-TC-TACATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATACA-CTGA-TTAC-TAA-TT-GA-A---------CGG-TTACAAG-------A------ATT-GT-GCATAGCAA-T----A--AAA-AAAATG--T-T--AAA-TAG-------TG--GT-T----------CTGGTGTA-C-GACAA-AC--A-C-AT---AAATA-AA--TGAA-ATTGA-G-ATT-ATTT-GTAAT-GGA----ATT-A-C-------------TT-G-A-AA---A-AAG--TAGG-AA-T---------------TTT--AATT-CAC-AAACGA-C-CTG-TATC-----G-CGAAT-TAA-TGC-GG--AATT-AA----A-TCT--CCCG-AA-AA-TAATAagttgatcta
gi|8 : actGA--GTA--TT-TT-A-TCT---C-ACGTTT--ACA-CGGT-CC-GGTG-TC-TAT--TC-GT--GATT-A-T-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------C-AA-TTA----A--A-AA-GAACGTA-TA--TT-TCG--CGAAT-TGATCA--------G-C----A-TCA--TGAT---C-GTAATGCC-A-------CTG-------CA-TCGT--G-TC-CG-TCTT----T-------------------------T----AT------G----T-ACCCTTA--T--G--AAC-TTTATCGACGTCATA----CAA-GTTG-ACCAGT-TT--------GT-----------ATTT-------CTAT---CTTGAAT--------TA----TG------GAT--T----ATATATT-AC-TTGAGTTGT-CTTCA-TA-CT--C-A--CT--GA-TTGTA--------------------T-C--------CC-GTG-----CGAACT-GA-C-AATC-GTA------------AGATTATGAG-TGTAATCTATGCCTG-TTGTAAAA-GTGATATA------TC--TTG------TATGCC---TC--------C------A------T------G-----G----------------------TGC-----A-TT-TTTTTC------A------T-ATTCTT-----------CAATAA-A---ATAT-ATGTTCA-TT-TATA--TTCCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TACATCGA-CATA-TAAGG-AA-ATACA-TCAA-AT-C-TAA-CT-GC-A---------AAG-GTGCGTG-------T------AAT-AT-C-ATGGCGA-T----A--CAA-AA-------------------------TA--TT-T----------CCGTTGCA-C-TGTAC-AC--A-T-AT---TAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATTC-GGAAT-GGA----ATT-A-T-------------TT-G-CAAA---A-AAG--TAGA-TA-T-AAACG-C-GACATATTTG-AATT-TGC-agtgatt
gi|9 : C-A-------CTA-------CA-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------G------------------------------------AA-TTTATCGAC-TTCTT----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--T-------CCATG--TTTG--C--------TA---TTG------G----T----A---AT-------GAGTAGT-TGT---TA-CT--A-A--CT--AA-TTGAAG------ACA---ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTA------------ATGACATGAG-TT-AATT--TGTTTGTTTGT-AAA-GCGAT-AA------GC--TT-------TAT------TT--------A------A------TGTTTATA-----A----A--AGAA--A-CA-TATATGC-AATGA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTCATA-TTTTTCAAT-A-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TA-TGCATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATGCA-TCAA-TT-C-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCAT--------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--AAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AC---AAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATTC-GTAAC-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-ATACG-C-GAGATATTTG-AAT---------------------TC-----G-CGAAT-TGG-CAC-GG--AAAT-AA----A-TAT--CTCG-CG-AA-TAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): CGTGAGTTTTTTGTTCATTTTAATCATTAATGTACAATTAAGTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 111 1111111111 22222222222222222222 22222222222222222222222222222 33333333333333333333333333333333 11111111111 111111111111 2222222222222222 111111 44444444444444444444444444444444444 11111111111 1 1111111 1111111111 1111111111111
lowQualScore : 4 4 4 4 444 44 3 3 6 3 33333 333 66 3 6 2 2 33 5 33 2 2 2 33 555 3 3 1111111111 2 2 5555 33 2 2 2 33 2 33 2 2 2 2 5555 55 55555 2 22222222222222222222 2 33 4 2 2 22222222222222222222222222222 7777 666666 888888 88 33 66 66 2 7777 2 2 2 2 11111111111111111111111111111111 33 11111111111 444 777777 9999 5555 777 333 2 1 55 777 9999999 666 33 44 777777777777 555 2 4444 2 33 333 2 2 2 2 4444444444444444 4 3333 1 2 2 2 888888 33 9999999 000000 22222222222222222222222222222222222 5555 33 33 4 2 1 2 2 2 44444444444 333 2 2 2 666 5 2 4 33 2 2 2 2 2 2 2 4 2 2 1 2 0 2 2 2 3 777777777 1 88888888888888 1 1 1 2 5555555 4 77 22 2 33 2 1111111 22 2 1111111111 2 2 4 22 2 2 333 2 33 2 2 2 2 4 2 2 4444 2 2 1111111111111 2 2 2 666 2 33 2 2 2 5 2 3 2 2 2 333 2 1 88888 4 4 2 2 77 2 5555 2 33 2 2 2
lowQualScore : . . . . ... .. . . . . ..... ... .. . . . . .. . .. . . . .. ... . . .......... . . .... .. . . . .. . .. . . . . .... .. ..... . .................... . .. . . . ............................. .... ...... ...... .. .. .. .. . .... . . . . ................................ .. ........... ... ...... .... .... ... ... . . .. ... ....... ... .. .. ............ ... . .... . .. ... . . . . ................ . .... . . . . ...... .. ....... ...... ................................... .... .. .. . . . . . . ........... ... . . . ... . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . ......... . .............. . . . . ....... . .. .. . .. . ....... .. . .......... . . . .. . . ... . .. . . . . . . . .... . . ............. . . . ... . .. . . . . . . . . . ... . . ..... . . . . .. . .... . .. . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 999 66 3 3 7 3 88888 111 44 1 2 9 9 99 7 99 9 9 9 99 444 1 1 7777777777 5 5 3333 44 5 5 7 44 5 44 5 5 5 5 3333 99 11111 2 44444444444444444444 2 11 4 2 2 22222222222222222222222222222 4444 888888 222222 88 22 55 88 5 8888 5 5 5 5 88888888888888888888888888888888 44 11111111111 777 777777 3333 7777 333 777 7 8 33 888 3333333 222 44 66 888888888888 999 2 7777 2 11 999 2 2 2 2 2222222222222222 4 8888 1 2 2 2 666666 11 4444444 333333 88888888888888888888888888888888888 0000 22 22 7 4 0 5 5 5 11111111111 777 5 5 5 999 0 2 4 11 2 2 2 4 4 4 4 7 4 1 4 1 6 0 0 0 8 666666666 9 99999999999999 9 9 9 0 7777777 2 11 99 2 11 2 7777777 99 1 3333333333 0 0 0 99 1 1 777 2 11 2 2 2 2 4 1 1 5555 1 1 6666666666666 1 1 1 999 2 44 5 5 5 3 7 8 5 5 5 999 4 6 22222 7 7 4 4 99 4 0000 4 44 7 7 7
consensus : GTAGAT-CACTTAT-TTT-TCG-CGA--GTA--TT-TT-A-T-T---C-GCGTTT-AACA-CGGT-CC-GGTG-TT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-A-------CTA-------CG-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAN-TTTATCGAC-TTATT----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---CTG------G----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-CT--A-A--TT--GA-TTGAAG------ACG---ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTA------------ACGGCATGAG-TTTAATT--TGTTTGTTTGT-AAA-GCGAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTCATG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TACATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATACA-TCGA-TTAC-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATCC-GTAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GAACGA-C-CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CG-AA-TAATA
Reference ( family-757 ) : GTAGAT-CACTTAT-TTT-TCG-CGA--GTA--TT-TT-A-T-T---C-GCGTTT-AACA-CGGT-CC-GGTG-TT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-A-------CTA-------CG-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAN-TTTATCGAC-TTATT----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---CTG------G----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-CT--A-A--TT--GA-TTGAAG------ACG---ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTA------------ACGGCATGAG-TTTAATT--TGTTTGTTTGT-AAA-GCGAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTCATG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TACATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATACA-TCGA-TTAC-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATCC-GTAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GAACGA-C-CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CG-AA-TAATA
gi|1 : AT-CACTTATATTT-TC--CGG--GTA--TT-TT-A-T-T---C-GCGTTC-TACA-CCGT-CCCGGTG-TTATAT--TC-GC--GAATCA-C-A--ATAAT---T--GCGAGAA-TG----------C--G-TTA----A--A-A--TAACTTA-TA--TT-TCG---GAAT-AGATCC-G-CCCCTG-CTTAGATTTAA-TGATGTAC--TAATGTC-AGTGCTCACTG-------CA-T--T--G-AA-CGCTCTT----T-------------------------T----AT------G----TTACCGTTAAAT--T--GAA-TTTATCGAC-TTAGT----CAACA-TG-ACCAGT-TTCATACAATGT-----------A--C-------CCATGGACTGG--C--------TG---TTA------G----T----A---ATTTAC-T--GGTAGTGTTT---TATCT--A-AC-TT--GA-TTTGAA------TCA---AA----CT-CATCG----CT-GTGCCGTTCG---T-GG-C-AATCAGTA------------ATG-CATGAGCTTTAATT--TGTTT-TTCGT-AAA-GCACT-CA------GC--TT-------TAT------TG--------ATGTTT-A------T------A-----A----A--AGGACAG-CACTA-CTGCTAATAA-TT-TTTGTA------AAAG-GTT--TTTTTTCATGCTTCTTCAAT-A-A---ATATTATGTTCG-TTATATA--TAGCAGTT-T--ATTCTTA-TTGCACGTCGA-TATA-TGAGG-AA-ATACACTCGA-TT-C-TAA-CT-GCCA---------CAG-GTGCATG-------T------GATTATTG-A-GGCGA-T----T--AAAGAA--TG--T-TATGAA-TACC---GT--G--TG-T----------CTGGTGTG-C-GGTTA-AC--A-TGAT---AAAGACAA--TAAG-TTTGA-CTAAT-ATCC-TTGAT-GGA----TTTTA-T-------------TT-G-C-CACGGA-AAG--TAGACAA-T-AAACG-C-GAGATATTTA-AATT-CGC-GAACGA-CGCCGATTTC-----GACGAAT-TAACCGC-GGA-AAAT-AAATGTA-TGT--ATCG-CG-AA-TAATA
gi|10 : gctgc----T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAT-TATGTCGAC-CTCTT----CAG-A-TG-ACCAGTGTT-----------------------------------TG--CTTG--C--------TA---CTGGTATATG----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTTACGTA-TTAAA-A--TT--AA--TGAAG------ACC---ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-CTA------------ACGGTGTGAG-----------------TCGT-ACA-GTGAT-AA------GC--TT-------TAT------TT--------AATGTTCA------T------A-----A----A--AG-A--A-C--------C-AATAC-TT-TTTGTT------A--A-CTT-A-TTTTTCATA-TTCTTCAAT-A-A---ATTC-ATGTTCT-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TC-TATATCGA-TTTA-TGAGG-----------------AC-TAA-TA-GC-A---------C-G-GTGCATG--------------------------------------------A--TG--T-T--TAA-AAGT---GT-CC--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGCAC-AC--A-C-AT---AAAGA-AA--TAGA-TATGA-G-TTG-ATTC-GTAAT-GGA----TTT-G-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AATT-AAACA-C-GCGATATTTA-AATT-CGC-G--------------------------AT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTAG-CG-AA-TAATAagtgatct
gi|11 : gaacccagtccccattaatcatcgatcgcatgcatgcTAGAT-CTCTTAT-TTT--CA-CGA--ATA--TT-TT-AAT-T---C-GCGTTT-A-CA-TGGT-CC-GTTA-TT-TAA--TC-GC--TAAT-A-C-A--ATAAT---T-TGCGGGAA-TA----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAAC--A-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-TTTCTT-C----ATTTA--TGAT---T-ATAATGTC-A-------CTA-------CA-T-CT--C-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------G----T-ACCATTA--T--T--GAA-CTTATCGAT-TTATT----CAA-A-TG-ACCAGT-TG--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---TTT------G----T----A---TTT-AA-TTGAGTAG--TTT---TA-TT--A-A--CT--AG-TTGAAT------TAT---ACG--CCT-CACCAATATAT-ATGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTG------------ATGGCATGCG-TTT-AT-----TTTCTTTGT-AAA-GCAAT-TA------TC--TT-------TAT------TT--------AATGTTTA------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TA--TAC-AAT-A-TT-TCTATA------A----CTTAATTTTTTCTTA-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-GTGTTTG-TT-GATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-CACATCGA-TGCA-TGATG-GA-GTACA-CCAA-TT-------CT-GC-A---------CAG-TTGCGTG-------agtgat
gi|12 : cta-AG-TTA----A--A-AA-GAACTTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT-----------------------------------T-GT--G-TA-CG-TCTT----C------------------------GT----AG------G----T-ACCGTTA--T--T--GAT-TTTACCGAC-CTGTTTGAACGG-A-TG-ATCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---CTG------G----T----A---ATT-AC-TCGAGTAG---------------A-A-----------GAAG------ATC---ACG--CCC-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTACATGTACATGTTACTGCGTGAG-TTTAATT--TGTTTGATTGT-AAA-GCGAT-TA------GC--TT-------GAT------TT--------ATTGTTTA------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTGTCATG-TTCTTCAAT-ATAC--ATGT-ATATTTG-GT-TATT--TAGCAGTT-TC-ATT-TTA-TC-TACATTGA-TGTA-CGAGG-AA-ATACA-CCAA-TTAC-TAA-AA-GC-A---------CAG-ACGCATG-------T------AAT-GT-G-ATGAATA-T----GACAAA-AA--TG--T-T--AAA-TAGT---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGCAC-A
gi|13 : t-CACCA----CT-GAGGC--TCG---T-AG-C-AATC-G-----------------GAATGAG-TTTGAAT--AGTTTGTTTGT-AAA-CCGAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A-------------T------A-----A----A--AGAA--AACA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CCT-ATTTTTTCATG-TTC---AAT-A-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATG--TAGCAGTT-TC-ATT-TTC-TT-TACATCGA-TGAA-TGAGG-AA-ATACA-CCAA-TTAC-TAA-CT-GT-A---------CAA-GTGCATG-------TACATGCAAT-AT-G-ATGGCGA-A----G--TAA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CGGGTGTG-C-GGTAC------------------A-AA--TAAA-CGTGA-G-ATT-ATCC-GTGAT-GAA----TTT-A-T-------------TT-T-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GAACTA-A--------C-----G-CGAAT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CG-AA-TAATA
gi|14 : GTAGAT-CACCTAA-TTT-TCG-CGA--GTA--TT-TT-C-T-T---T-CCTTAT-TGCA-AGGT-CC-GGAG-TT-GAT--TC-GC--GAAT-G-C-A--ATAAT---T-CGCAAAAA-TA----------A-AG-TTT----A--A-TA-GAACTTATTT--TT-TTG--TGAAT-ATATCC-G-CTTCTT-T----GTTTA--TGAT---C-GTAATATC-A-------TTA-------CT-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GTATGCAT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAT-TTTATCAAC-CAATA----CTG-A-TG-ACAACT-TT----------------------------------------TTG----------------CTG------G----T----A---ATT-CC-TTGAGTCGT-TTT---TA-CG--T-A--TTAAAA-ATGAAAACGCGTACG---ACG--CCT-CACCG----TT-GTGCT--TTG---T-GG-C--ATC-GTG------------ATGGCATGAG-TTTAATT--TGTTTGATTTT-AAA-ACGAT-TA------GC--TT-------TAA------CT--------AATGGCGA------T------A-----A----T--AGAA--A-TA-TATCTAC-AATAA-CT-TTTGTA------A--G-agtgatct
gi|15 : tactGT-CC-GGTA-TT-TAT--TC-GC--GAAT-T-T--------T---T-CGCG--------------------------------A-AA-TAACTTA-TA--TT-TCA--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-A-------CTA-------CA-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------G-------------------------TTTATCGAC-TTATT----CAA-A-TG-ACCACT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--CTACATTTGTA---CTG------GTAATT----A---ATT-AC-TTGAGTAGA-TTT---TA-C---------T--GA-TTGGAG------ACA---A-----------CG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-TATT-GTA------------AGGGCATCAG-TTTAA------TTTGTTTGT-AAA-GCGAT-TA------GA--TT-------TAT------TT--------AATGTTTA------T------A-----A----A--AGAA--A-TA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTAAGGTTTA--G-CTT-ATTTTTTCAAG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-
gi|16 : catA-TCGA-TTAC-TAA-TT-GC-A---------CAA-GTACATG-------C------AAT-AT-G-ATGGCAA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAG-------TA--TT-T----------CTGGTGTA-T-GGCAC-AC--A-C-ATATAAAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATC-ATCC-TTAAT-GGA----TTT-A-T-------------AT-G-C-AA---A-AAGTTTAGA-AA-T-AAACGCC-GATGTATTTG-AATT--GC-GAACAA-C-CCA-TCTTA----G-TGAAT-TAA-CGC-AG--GATTAAA----A-TCT--CTTGCCG-AA-TA
gi|17 : TC-A-------CTA-------CA-T-GT--G-TA-CG-CCTTCCATT------------------------GT----AT------G----T-ATCGTTA--T--T--GA--TTCA--GA------T----CAG-A-TG-ACCAGT-TT--------AC-----------A--T-------CCCTG--CTTG--C--------TA---CTG------A----T----AC--AT---------GTAAC-TT-----A-CA--T-A--TT--GA-TTGAAG------ACC---ACG--CCT-CAGCG----AT-GTTCC--TCA---C-GG-C-----------------------GACATGAG-TTTGATT--TATTTGATGGT-AAA-GCGAT-TA------GC--TGAAAAAAATATGCAACATT--------A------A------T------T-----A----A--AGAA--G-TA-TATCTgattaagtgatct
gi|18 : TAGT-ATT---TA-CG--T-A--TT--GA-AGGAAG------AC----------CT-CACCA----CT-GTGCC--TTG---T-GG-C-AATC-GTACATGTA------ACGGCGCGAG-TTTAATT--TGCTTGCTTGT-AGA-GCGAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A------ATGTTTGT------A-----A----A--AGAA--A-CA-CAGCTGC-AATAA-AT-TTTGTA------A--C-GTT-A-TTTTTCATG-TTCTTC------A---ATAT-ATGTTTG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TT
gi|19 : gtagtacA-CGGTTCC-GGTA-TT-TAT--TA-GA--GAAT-AAC-ATTATAATATTC-CGCGAGAT-GA----------CTGG-TTA----A--A-AAATAACTTA-TAAGTTATCGTTCGAAT-AGATCCTGTCTCCTGGC----ATTTAATTGAT---C-GGAATGTC-A---------A--------G-T-GT--GATA-CG-TCTT----T------------------------GTT---AT------G----T-ACCGTTA--T--TTGAAA-TTTATAGAG-TTATTT---CAA-A--G-ACCAAT-TTT-------AT-----------A--C-------CCATA--CTT
gi|2 : TG-TT-TAT--TCCGCCTGAAT-A-CGA--ATAAT---T-CGCGAGAAATG----------C-AG-TTT----A--A-AA-TAA-TTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CCCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTCCA-------CTA-------CGAT-GTTGA-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------GGTGAC-ACTATTAA-T--T--GAAATTTATCGAC-TTATT----CAC-A-TGGATCCGT-TT--------ATTACATTGTTACA--CTTTTTTCCCATG--CTGA--C--------TA---TTG------G----CTCACA---ATA-GCATTGAGTAGT-TTT----A-TT--A-A--CT--GG-TTGAAG------ACA---ACT--CCTTCATCG----CTTGTGCC--ACG---T-GG-CCAATC-GTC------------TATGC-TGAA-CTTAGTT---GTTTGTT-GT-AAA-GTGAT-AC------GC--GT-------TAT------TTCGATGTTTA------G------T------A-----A----A--AGAA--AGCA-TATCTGT-AAAAT-TT-TTTGTA-----------TTT-TTTTTTTCATG-T-CTT-AAT-A-ACATATAT-ATGTTCG-GTCTA-A--TAGCAGTTGTT-ATT-TTAATT-GACGTCGA-TATA-TGAGG-AACATACA-TCAA-TT-C-TAAACT-GCCA---------CAG-GTGCATG-------T------ATC-AT-G-ATGGTGT-TTACAC--AAA-AA--TA--TCT--GAA-TAACCGAGT-TG--TT-TA---------ATGGTGTG-G-CGTACAAC--A-T-TT---ACAGA-AAAGTAAGTTTTGA-G-ATTAATCC-GTGAT-GGA----TTT-A-T-------------TTCGTC-AG---ACAAG--TAGA-AA-TAAAACG-CAGACATATTTATAATTATGG-AAACGA-T-CCG-TTTCTTCGAG-CGAATATTA-CGC-GGA-AAAT-AA----A-TCTTCCTTG-CG-AA-TAATA
gi|2 : GAT-CACTTAT-TAT-TCG-CAA--GGAAGAT-TT-A-T-TTTCC-GCGTagtgatc
gi|20 : tgtttattccgcctgaatacgaataattcgcgagaaatgcagtttaaaataattatatttcgcgaatagatccgcccctgcatttatgatcgtaatgtccactacgatgttgatacgtctttgtatggtgacactattaattgaaatttatcgacttattcacatggatccgtttattacattgttacacttttttcccatgctgactattggctcacaatagcattgagtagttttattaactggttgaagacaactccttcatcgcttgtgccacgtggccaatcgtctatgctgaacttagttgtttgttgtaaagtgatacgcgttatttcgatgtttagtaaaagaaagcatatctgtaaaattttttgtattttttttttcatgtcttaataacatatatatgttcggtctaatagcagttgttattttaattgacgtcgatatatgaggaacatacatcaattctaaactgccacaggtgcatgtatcatgatggtgtttacacaaaaatatctgaataaccgagttgtttaatggtgtggcgtacaacatttacagaaaagtaagttttgagattaatccgtgatggatttatttcgtcagacaagtagaaataaaacgcagacatatttataattatggaaacgatccgtttcttcgagcgaatattTAC-CAA-TT-GC-A---------CAG-GTACATG-------T------AAT-TT-G-ATGGCAA-C----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAG-------TG--TT-T----------CTGGTATA-G-AGCAC-AC--A-T------------------------GA-G-ATT-ATCT-GTAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-ACA--TAGA-TA-T-AAACA-C-GAAATATTTG-AATT-TGC-GAACAA-C-CCA-TCAC-----G-CAAAT-TAA-CAC-AG--AATT-AA----A-TCT--CTCG-CA-AA-TAACA
gi|21 : aaAT-AT-G-ATGGCAA-T----G--AAA-AAA-TA--T-T--GGA-TAG-------TG--TT-C----------CTGGTGTA-T-GGCAA-AT--A-T-AA---AGAGA-AA--TGAA-TGTGA-T-ATT-ACCC-AGAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-A-C-AA---A-AAG--TATA-TA-T-AAACG-C-GAAATATTTG-AATT-CGCAAAACGA-C-TCG-CCT----------AAT-TAA-CGCGGG--AAAA-AG----A-TTT--C
gi|22 : gG-GT-TAAA--GAGCAGTT-TT-ATT-TTT-TT-TACATCGA-TGTT-TGAGA-AA-ATACA-TCAA-TT-C-TAA-CT-AC-A---------CAG-GTGCATG-------C------AAT-AT-G-ATGGTGA-T----G--ATA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TT--TT-TTTTTTTTTTTCTGCTTTG-C-GGTGC-AC--A-T-AT---AAATA-AA--TAAA-TCTGA-G-ATT-ATCC-GTAAT-GGA----TTT-ATT-------------TT-G-C-AA---A-atgatttataagtaatcta
gi|23 : GTAGAA-AACTTAT-TTA-TCG-CGA--GTA--TT-TT-A-T-T---TTGCATTT-AATG--GGT-CC-AGTG-TT-TAT--TC-AC--GAAT-A-A-A--ATAAT---T-CACGAGAA-TAGAATTTAAAAT-AGCTTATATTA--A-AA-TAGCTTA-TA--TT-TCG--TGAAT-AGTTCC-A-CTCCTG-T----GCTTA--TGAT---C-AAAATATC-A-------CAA-------CA-C-GT--G-TA-CG-GCTT----
gi|24 : tctTTTTTCATG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-ATGTTCGCGT-TATGATTAGCAGTT-TT-ATT-TTC-TT-TACATCGATTGAATTGCGGAAA-ATACA-CCAAGTTAC-AAA-CT-GC-A---------CAA-GTGCATGTACATGTT------AAT-AT-G-ATGGCGATT----G--TAA-AA--TA--T-T--GAA-TAGT---GT-T---TT-T-------------GTGTGAC-GGTAC-AC--ATT-AT---A
gi|25 : -GTATT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAAAG-T-GAGATATTTG-AATT-CAA-GACCAA-C-CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-TGC-GT--AATT-AA----A-TCT--ATCG-CG-AA-TAATA
gi|26 : C-A---------CAG-GTACATG-------T------AAT-AT-G-GTGGCCA-T----G--AAA-AAA-TG--T-T--CAA-T--C---GC-TGATTT-C----------CTCGTGT--T-GTTATTGCTAA-T-AA---ACAGA-AA--TTAA-C---A-A-AT--ACCT-GTTGTAGGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-tttcaagtgatctac
gi|27 : GTAGATTCA-TTAT-TTT-TCG-CAAAAGTA--TT-TTTA-T-T---T-GCGTTTTAGCATCGGT-TCTAGTGGTT-TATCATC-GC--GAAT-A-T-A--AAAAT---TGCGCGAGAA-TA----------C-AG-TTA----A--ATAA-T
gi|28 : ---ACA--CCT-TGCTA----CT-CTGCC--TCT---T-GG-C-AATC-GTA------------ACTGTATGAG-TGTAATC--TGTTTGTTTGT-ACA-GCGAT-TA------GC--AT-------TAT------GT--------A------A------gta
gi|29 : tttatgtattaaataagttcGTTCG--T-TATA--CAGAATTT-CT-ATT-TTA-TC-TACATCGA-TGTA-TTAGG-AA-ATACA-TCAA-TTAC-TAA-TT-GC-A---------CAG-GTACAAG-------T------ACT-AT-G-ATGGCAA-T----G--AAA-AA--TG--
gi|3 : GTAGAT-CACTTAT-TTTATCG-CGG--GTA--TA-TA-A-T-T---T-GCGTCT-AACA-CG-C-CT-GGTG-CT-TAT--TCTGC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------T-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTT-TA--TT-TCG--CCAAT-AGATCA-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GCAATGTC-A-------CTA-------CG-T-GT--GCTA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------GC---T-A-CGTTA--T--T--GAT-TTTATCGAC-CTATT----GAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTC--C--------TA---CTG------G----T----A---ATT-TC-GTGAGTAGA-TTT---TA-CT--A-A--TT--GA-TTGAAG------ACA---ATG--CCT-T-CCG----CT-GTGCA--TCG---T-GG-C-AATC-GCA------------TTGGCATGCG-TTTAATT--TGTTTGTTGGT-AAA-GCAAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAA-TT-ATTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTAATG-TTCTTCAAG-A-A---ATAC-ATGTTCG-GT-TATA--CAACAGTT-TT-ATT-TTA-TC-TACATCAA-TGTA-TACAG-AA-ATGCA-TCAA-TTAC-TAA-CT-GT-A---------CAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-CA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAAA-TA--TAAA-TTTGA-G-ATT-TTCT-GTAAT-TGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAATC-C-GAGATATTGG-AATT-TGC-GAATGA-C-CTG-TATC-----G-CTAAT-TAA-CGC-GA--AAAT-AA----A-TCT--CTTG-CA-AA-TAATA
gi|30 : A----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTA-TA--TT-TCA--CGAA--AAATCT-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATATC-A-------TTATTACTTCCA-T--T--G-TA-CA---------T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--T--
gi|31 : aG--TT-T----------CTGGTATG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAG--AA--TTAA-TTTGA-G-GTT-ATCC-GTAAT-GGGGTTTTTT-G-TTTTTTTTTTTTGGTT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACa
gi|32 : --TT-TCA--TGAAT-AGGTCC-G-CTCCTA-T----GCTTA--TAAT---T-GTAATATC-A-------CTA-------CA-C-GT--G-TA-TG-CCTT----T------------------------
gi|32 : CA-TCGA-TTAC-TAA-TT-GC-A---------CAA-GTACATG-------C------AAT-AT-G-Acatcgattactaattgcacaagtacatgcaatatga
gi|33 : tttcatgaataggtccgctcctatgcttataattgtaatatcactacacgtgtatgcctttCAA-C-CCG-TATT-----G-CGAAT-CAA-AGC-GG--AATT-AA----A-TTT--CTTG-AA-AA-TAATA
gi|34 : ttattttgcgttctggaattacttgaaaaaagtaggTACTTC-AACT-CGC-GAATGA-T-ACT-TCTC-----G-CGAGT-TAA-CGC-GG--ACAT-AA----A-TAT--CTCA-CG-AA-TAATAagt
gi|35 : GTAGAT-CACTTAT-ATT-TCG-CGA--GTA--TT-GT-ATT-T---C-GCGTTT--ACA-TGGT-AC-GGTG-GT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--Acatggtctaca
gi|36 : actGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TTCAAAGA-TGTA-TTAGG-AA-ATAAA-CCAA-TT-C-TAA-C
gi|37 : -C-CCA-TCTC-----G-CAAAT-TAA-CGT-GG---AAT-AA----ATTCT--CTCG-AG-AA-TAATA
gi|38 : cagagTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAG-TTT------CC-GTGC-ATGAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AG---A-AAagtgattaca
gi|4 : AT-CACTTAT-TTT-TCAACG---GTA--TTGTT-A-T-T---T----TTC-AAT-----T-AC-AGTG-T---------------------C-A--ATTAT---T-CGCGAAAA-TA----------C-AG-TTT----A--A-AT-TAACTTA-TA--TT-TTG--CGAAT-TGATCA-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATATC-A-------TTG-------CT-T-TT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----ATATATATG----T-ATCGTTA--T--T--GAT-TTTATCGAC-TAAAA----CTA-A-TG-ACAAGT-TT--------CTT----------A--C-------CCATG--CATA--A--------TA---CTG------G----T-------------------------TTT---TA-CG--T-A--TC--AG-AAGAAG------ACGTGTACGACCCC-CACCG----CT-GTTAT--TTG---T-GG-C-A-TC-ATA------------ACGGCGTGAG-TTTCATT--TGTTTGTTTGC-AAA-GCCAT-TATATGTAGA--TC-------TAT------CT--------A------A------T------G-----ATCATAGTAGAA--A-AA-TATCTTC-AATAA-CT-TTTGTA------A--G-CTT-ACATTTT-ATG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-ATATTCT-GT-TATA--TAGCAGTA-TT-ATT-TTA-TT-TGCATCGT-TGTA-TGAGA-GA-ATACA-TCGA-TTAC-TAA-CG-GC-A---------CAG-GTGCACA-------T------AAA-TT-G-TTGGTGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-CAGT---GT-TG--TT-T----------CTGGTATG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AGAGA-AG---GGA-TCTGA-A-ATA-ATCC-GCAAT-GAA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AGC--CAGA-GA-T-GAGAG-C-GATATATTTG-ACTT-CCC-GAATGA---CCA-TCTC-----A-CGAAT-TAA-CGC-AC--AAAT-AA----A-TC
gi|40 : ataactgtcga--GTA--TT-GT-A-T-TT--C-GCGTTT-A-CA-CGGT-AC-GGTG-GT-TAT--TC-GC--G
gi|41 : T-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------GAT-AT-G-ATGGCGA-T----A--AA
gi|5 : ----------C-AG-TTA----A--A-A--TAACTTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CCCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-AGTGCTCACTG-------CA-T-GT--G-AA-CG-TCTT----TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----AT------G----TTACCGTTAAAT--T--GAA-TTTATCGAC-TTAT-----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--CATTAC--CCATG--CTTG--C--------TG---TTA------G----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-TT--A-A--CT--GA-TTGAAG------TCA---AA----CT-CATCG----CT-GTGCC--GCG---TCGG-C-AATC-GTA------------ATG-CATGAGCTTTAATT--TGTTTGTTCGT-AAA-GCGAT-CAA-----GC--TT-------TAT------TT--------G------A------T------GTTTATA----A--AGAA--G-CA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------AAAG-GTT--TTTTTTCATG-TTCTTCAAT-A-A---ATATTATGTTCG-TT-T-TA--TAGCAGTT-T--ATT-TTA-TT-GACGTCGA-TATA-TGAGG-AA-ATACA-TCGA-TT-C-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------GAT-AT-G-ATGGCGA-T----T--AAAGAA--TG----T--GAA-TACC---G--TG--TTGT----------CTGGTGTC-G-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAG-TTTGATA-ATA-ATCC-TTGAT-GGA----TTT-A---------------TT-G-C-CAGG-A-AAG--TAGA-AA-T-AAACGAC-GA-ATATTTA-AATT-CGC-GAACGA-C-GCG-TTTC-----GACGAAT-TAA-CGC-GGAAAAAT-AA----A-TGT--ATCG-CG-AATTAATA
gi|6 : T-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-CT----------C-AG-TTA----ACAA-AA-TAACTTA-TA--TT-TCG--CGAATTAGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---AAGTAATGTC-A------------------G-T-GT--G-TAACG-TCTT----T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--TTGAAA-TTAATCGAC-TTATT----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------ATA----------A--C-------TCATG--TTCG--C--------TATGTCAG------G----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-CT--A-AGTTT--GATTTGAAG------AAGA--ACG--CCT-CACCA----CT-GAG-C--TCG---T-AGCC-GATC-GTA-----------------ATGA------------GTTTGTTTGT-AAAGGCGAT-TA------GCCTTT-------TAG------TC--------T------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAATTT-TTTGTA------A--GTCTT-ATTTTTGCATG-T--TTCAAT-C-A---ATAT-ATG-TCG-GT-TATG--TATCAGTT-TTAATT-TTC-TT-TACATCGA-TGAA-TGAGGAAA-ATACA-CCAT-TTACAAAA-CTGGC-AATCAATGTGCAGTGTACATG-------T------AAT-GT-G-ATGGCGA-T----C--GCA-AA--TGGTT-T--GAACTAGC---TTGTG--TT-T----------CTGGTGTG-CAAGTA--AC----T-AT---AAGGA-AT--AAAA-TGTGA-G-ATTCATCCAATGAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-T-C-AA---T-AAG--TAGA-AA-T-TAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GGATGACC-CCG-TCTC-----G-CGAATATAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CGAAA-TAATAagtga
gi|7 : GTAGAT-CACTTAT-TTT-TCG-CGC--GTA--TT-TT-A-T-T---TTACGTT---ATA-GGGT-CT-GGT-----------C-GG--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCAAGGA-TA----------T-AA-TTA----A--A-AA-TAACTAA-TC--TT-TCG--C---------------TCCTA-C----AAT-A--TGA-------------C-A------------------G-T-GT--G-TC-CA-TCTTCCACT------------------------GT----AA------T----T-ACCGTTA--TACT--GAT-TTTATCGAC-CTAAT----CAG-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CAACG--CTTG--A--------TA---CGG------G----T----A---ATT-AC-TAGAGTAGT-TCT---TA--T--ATA--TC--AA-ATGAAG------TTC---ACG--CCT-CACTG----CT-TTACT--TCG---G-GG-C-AATC-TTG------------A-----------TTAATC--T---TACTT-----A-GTGAC-TA------AG--TG-------T---------T--------A------A-------------A-----A----A--AGAT--A-CA-TATCTGC-AATAA-TTCTTTG------------------------CATG-CTCTTC---------------------G-GT-TATA--TGGAAGTT-TT-ATT-TTA-TC-TACATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATACA-CTGA-TTAC-TAA-TT-GA-A---------CGG-TTACAAG-------A------ATT-GT-GCATAGCAA-T----A--AAA-AAAATG--T-T--AAA-TAG-------TG--GT-T----------CTGGTGTA-C-GACAA-AC--A-C-AT---AAATA-AA--TGAA-ATTGA-G-ATT-ATTT-GTAAT-GGA----ATT-A-C-------------TT-G-A-AA---A-AAG--TAGG-AA-T---------------TTT--AATT-CAC-AAACGA-C-CTG-TATC-----G-CGAAT-TAA-TGC-GG--AATT-AA----A-TCT--CCCG-AA-AA-TAATAagttgatcta
gi|8 : actGA--GTA--TT-TT-A-TCT---C-ACGTTT--ACA-CGGT-CC-GGTG-TC-TAT--TC-GT--GATT-A-T-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------C-AA-TTA----A--A-AA-GAACGTA-TA--TT-TCG--CGAAT-TGATCA--------G-C----A-TCA--TGAT---C-GTAATGCC-A-------CTG-------CA-TCGT--G-TC-CG-TCTT----T-------------------------T----AT------G----T-ACCCTTA--T--G--AAC-TTTATCGACGTCATA----CAA-GTTG-ACCAGT-TT--------GT-----------ATTT-------CTAT---CTTGAAT--------TA----TG------GAT--T----ATATATT-AC-TTGAGTTGT-CTTCA-TA-CT--C-A--CT--GA-TTGTA--------------------T-C--------CC-GTG-----CGAACT-GA-C-AATC-GTA------------AGATTATGAG-TGTAATCTATGCCTG-TTGTAAAA-GTGATATA------TC--TTG------TATGCC---TC--------C------A------T------G-----G----------------------TGC-----A-TT-TTTTTC------A------T-ATTCTT-----------CAATAA-A---ATAT-ATGTTCA-TT-TATA--TTCCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TACATCGA-CATA-TAAGG-AA-ATACA-TCAA-AT-C-TAA-CT-GC-A---------AAG-GTGCGTG-------T------AAT-AT-C-ATGGCGA-T----A--CAA-AA-------------------------TA--TT-T----------CCGTTGCA-C-TGTAC-AC--A-T-AT---TAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATTC-GGAAT-GGA----ATT-A-T-------------TT-G-CAAA---A-AAG--TAGA-TA-T-AAACG-C-GACATATTTG-AATT-TGC-agtgatt
gi|9 : C-A-------CTA-------CA-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------G------------------------------------AA-TTTATCGAC-TTCTT----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--T-------CCATG--TTTG--C--------TA---TTG------G----T----A---AT-------GAGTAGT-TGT---TA-CT--A-A--CT--AA-TTGAAG------ACA---ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTA------------ATGACATGAG-TT-AATT--TGTTTGTTTGT-AAA-GCGAT-AA------GC--TT-------TAT------TT--------A------A------TGTTTATA-----A----A--AGAA--A-CA-TATATGC-AATGA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTCATA-TTTTTCAAT-A-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TA-TGCATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATGCA-TCAA-TT-C-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCAT--------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--AAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AC---AAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATTC-GTAAC-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-ATACG-C-GAGATATTTG-AAT---------------------TC-----G-CGAAT-TGG-CAC-GG--AAAT-AA----A-TAT--CTCG-CG-AA-TAATA
blockSeqs : T . A A AAA AG G T A C TTCC TAG TC T T G . CA C CT . A G TT ATT G A GAATTTAAAA T C TATT CA T A T AG A TT T T T G . AT AA C TTATTACTTCCA C TG A A . TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN ATGC ATATAT GTGAC AA AC TG AA G TGAA . T G G ATTACATTGTTACACTTTTTTC . CTACATTTG TGT GTATAT TAAT TCAC TAT TA A T T ACG TTAAA GTT AA TT ACGCGTACG GAC T ATAT T . AAC C C C . CATGTACATGTTACTG C CTAT T A G A TATGTA CT AAAAAAA GCAACA CGATGTTTAGTA TCAT GT . A . T . T C AGGTTTAG AAT . A T CAT T C C AT G A . A . T T A C . A G A A A G C ATCAATGTG T TACATGTT . . C T TACAC G AA GT C . C CCGAGT AT G TTTTTTTTTT A A A TA T . ATA . AG T A T . A A A GTTT . T TTTTTTTTTTTGG C T A GG C TT . T A C A G T A A CC . C TTCGA A A . G AA A . T TC C A T
blockSeqs : . . . . A . . . T . TT TG T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . GTGCTCACTGCA . . C . . CCATT T . CT A . TG T . T . . . . ATACATTAC . AAT . . AT . C TA . T T CA TTA T . T ACGTGT G . . . . . . . . . CATGTAACGG . TT A . . . A . G GCC AATGTTCATA . . . G . T . . . AAAG AT . . . C . . . . . . . . . . . A . . A . A . . . . . . TACATGC . . . . GAC . A . . . . CTTG . . A . . T . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . . A . T A . A . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . TC AA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CTACGA . . . . . CCACT . . TT . . . A . . . . . . GTATTT . C . . . . . TA . C A . CGT C . A AAGA G . . . . . . . . . ACGG . TA T . . . . . . . AATGTTTATA . . . . . T . . . AGT AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . T . . . . G . A . . . . TGT . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . TT AA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CTACA . . . . . T . . T . . . T . . . . . . TATAC . C . . . . . TC . T C . CAT T . T ACC G . . . . . . . . . ATGG . TT A . . . . . . . ATTGTTTATA . . . . . T . . . AA AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . C . . . . G . . . . . . TGT . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . T . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . C AA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . TTACT . . . . . T . . T . . . T . . . . . . CTTAC . C . . . . . TA . T T . CGT T . T TAT G . . . . . . . . . ATGG . TT T . . . . . . . AATGGCGATA . . . . . T . . . AG TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . T . . . . G . . . . . . CGT . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . T A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CTACA . . . . . C . . T . . . A . . . . . . ATAAC . C . . . . . AG . T T . TTA T . A ATC G . . . . . . . . . AGGG . TT A . . . . . . . AATGTTTATA . . . . . G . . . AG AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . T . . . . G . . . . . . CGT . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . T A C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CTACA . . . . . T . . T . . . T . . . . . . ATAC . C . . . . . TT . T A . CTA C . T ACA T . . . . . . . . . TATG . CT C . . . . . . . AATGTTTGTA . . . . . T . . . AG AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . C . . . . G . . . . . . TGT . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . C . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . T A G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CAACA . . . . . T . . T . . . T . . . . . . ATAC . C . . . . . TA . T T . CGT T . T ACC A . . . . . . . . . ACTG . TT T . . . . . . . AATGTTTATA . . . . . T . . . AC AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . T . . . . G . . . . . . CGC . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . C . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . C A C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CTACG . . . . . T . . T . . . A . . . . . . ATAC . A . . . . . TA . T T . TTA T . A ACA G . . . . . . . . . TTGG . TT T . . . . . . . GATGTTTAT . . . . . T . . . AG AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . T . . . . G . . . . . . CGT . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . CTACA . . . . . T . . T . . . A . . . . . . ACAT . C . . . . . TA . A T . CTA C . T ACA G . . . . . . . . . ACGG . TT T . . . . . . . AATT . . . . . T . . . AG AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . T . . . . G . . . . . . TGT . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . T . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . TTGCT . . . . . T . . T . . . T . . . . . . ATAC . C . . . . . TA . T T . TAT T . A TCA G . . . . . . . . . AGAT . CT T . . . . . . . AATA . . . . . T . . . AG A . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . C . . . . G . . . . . . CGT . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . C . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CTGCA . . . . . T . . T . . . C . . . . . . ATAC . A . . . . . . . . T . CTC C . T TTC G . . . . . . . . . ATGA . TT T . . . . . . . AATG . . . . . T . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . T . . . . G . . . . . . CG . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . C . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . CTACA . . . . . T . . T . . . A . . . . . . ATAT . C . . . . . . . . . . CTA C . T ACA . . . . . . . . . . ATG . T T . . . . . . . TATA . . . . . T . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AC . . . . . . . . . . GA . . C . . . . . . . CATG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . ATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . AAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : A** **** ** C**** CTACA*************** T***** ** ATAC**************************** ** TA* T* CTN**** T** G** ** ACGG************ AATGTTTATA************************* ** AG********* AT* ** *** C** ** ****
originalCons : GTAGAT-CACTTAT-TTT-TCG-CGA--GTA--TT-TT-A-T-T---C-GCGTTT-AACA-CGGT-CC-GGTG-TT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-A-------CTA-------CG-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAN-TTTATCGAC-TTATT----CAA-A-TG-ACCAGT-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---CTG------G----T----A---ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-CT--A-A--TT--GA-TTGAAG------ACG---ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTA------------ACGGCATGAG-TTTAATT--TGTTTGTTTGT-AAA-GCGAT-TA------GC--TT-------TAT------TT--------A------A------T------A-----A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTCATG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TACATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATACA-TCGA-TTAC-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATCC-GTAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GAACGA-C-CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CG-AA-TAATA
finalCons : GTAGAT-CACTTAT-TTT-TCG-CGA--GTA--TT-TT-A-T-T---C-GCGTTTA--CA-CGGT-CC-GGTG-TT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTA-TA--TT-TCG--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGATC----GTAATGTC-ACTACA---------------T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT----AT------GT-----ACCGTTA--T--T--GAN-TTTATCGAC-TTATT----CAA-A-TG-ACCAGT-TTATAC----------------------------CCATG--CTTG--C--------TA---CTG------G----T----A---ATTA-C-TTGAGTAGT-TTT---TACTN----AT--T--GA-TTGAAG------ACG---ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTAACGG------------CATGAG-TTTAATT--TGTTTGTTTGT-AAA-GCGAT-TA------GC--TT-------TAT------TTAATGTTTATA-------------------------A----A--AGAA--A-CA-TATCTGC-AATAA-TT-TTTGTAAG---------CTTAT-TTTTTCATG-TTCTTCAAT-A-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TACATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATACA-TCGA-TTAC-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATCC-GTAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GAACGAC--CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CG-AA-TAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): CGTGAGTTTTTTGTTCATTTTAATCATTAATGTACAATTAAGTAT
Alignments
lowQualScore : 22222 1111111111 11111111111111111 22222222222222222222222222222 111111 22222222222222222222222222222222 1111111111111111 2222222 2222222222222222 11111111111 1 1111111 1111111111 1111111111111
lowQualScore : 4 4 4 4 444 44 3 3 3 3 00000 3 3 6666 66 3 6 2 2 33 5 33 2 2 2 33 555 3 3 1111111111 2 2 5555 33 2 2 33 2 2 33 2 2 2 2 5555 55 66666 2 77777777777777777 2 2 2 33 4 2 2 22222222222222222222222222222 2 666666 333333 88 33 66 66 2 2 5555 2 2 2 2 2 99999999999999999999999999999999 33 33 99999999 5555 6666666666666666 333 2 1 55 777 2 55 88 5555 0 2222222 555 2 4444 2 33 333 2 2 2 2 4444444444444444 4 3333 1 2 2 2 888888 9999999 333 2 7777777 0 2 33 4 2 2 2 2 2 44444444444 333 2 2 2 666 5 2 4 33 2 2 2 2 2 2 2 4 2 2 1 2 0 2 2 2 3 777777777 1 88888888888888 1 1 1 2 5555555 4 77 22 2 33 2 1111111 22 2 1111111111 2 2 4 22 2 2 333 2 33 2 2 2 2 4 2 2 4444 2 2 1111111111111 2 2 2 666 2 33 2 2 2 5 2 3 2 2 2 333 2 1 88888 4 4 2 2 77 2 5555 2 33 2 2 2
lowQualScore : . . . . ... .. . . . . ..... . . .... .. . . . . .. . .. . . . .. ... . . .......... . . .... .. . . .. . . .. . . . . .... .. ..... . ................. . . . .. . . . ............................. . ...... ...... .. .. .. .. . . .... . . . . . ................................ .. .. ........ .... ................ ... . . .. ... . .. .. .... . ....... ... . .... . .. ... . . . . ................ . .... . . . . ...... ....... ... . ....... . . .. . . . . . . ........... ... . . . ... . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . ......... . .............. . . . . ....... . .. .. . .. . ....... .. . .......... . . . .. . . ... . .. . . . . . . . .... . . ............. . . . ... . .. . . . . . . . . . ... . . ..... . . . . .. . .... . .. . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 999 66 3 3 3 3 00000 3 6 8888 44 1 2 9 9 99 7 99 9 9 9 99 444 1 1 7777777777 5 5 3333 44 5 5 44 5 5 44 5 5 5 5 3333 99 77777 2 44444444444444444 2 2 2 11 4 2 2 22222222222222222222222222222 4 888888 222222 88 22 55 88 5 5 3333 5 5 5 5 5 33333333333333333333333333333333 44 77 77777777 0000 3333333333333333 777 7 8 33 444 4 88 88 6666 1 1111111 999 2 7777 2 11 999 2 2 2 2 2222222222222222 4 8888 1 2 2 2 666666 4444444 999 2 6666666 1 4 22 7 4 4 5 5 5 11111111111 777 5 5 5 999 0 2 4 11 2 2 2 4 4 4 4 7 4 1 4 1 6 0 0 0 8 666666666 9 99999999999999 9 9 9 0 7777777 2 11 99 2 11 2 7777777 99 1 3333333333 0 0 0 99 1 1 777 2 11 2 2 2 2 4 1 1 5555 1 1 6666666666666 1 1 1 999 2 44 5 5 5 3 7 8 5 5 5 999 4 6 22222 7 7 4 4 99 4 0000 4 44 7 7 7
consensus : GTAGAT-CACTTAT-TTT-TCG-CGA--GTA--TT-TT-A-T-T---C-GCGT-T-T--A-CA-CGGT-CC-GGTG-TT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTATA--TT-TC-G--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-A-------CTA-------C-A-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT-AT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAN-TTTATCGAC-TTA-TT----CAA-A-TG-ACCAG-T-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---CTGG----T----A------ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-CTNA--TTGA-T--TGAAGACG------ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTA------------ACGGCATGAG-TTTAATT--TGTTTGTTTGT-AAA-GCGAT-TA------GCTT-------TAT---TT-AATG-------TTTA-TAAAAGAA--A-CA-TA-TCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTCATG-TTC-TTCAATA-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TACATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATACA-TCGA-TTAC-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATCC-GTAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GAACGA-C-CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CG-AA-TAATA
Reference ( family-757 ) : GTAGAT-CACTTAT-TTT-TCG-CGA--GTA--TT-TT-A-T-T---C-GCGT-T-T--A-CA-CGGT-CC-GGTG-TT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTATA--TT-TC-G--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-A-------CTA-------C-A-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT-AT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAN-TTTATCGAC-TTA-TT----CAA-A-TG-ACCAG-T-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---CTGG----T----A------ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-CTNA--TTGA-T--TGAAGACG------ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTA------------ACGGCATGAG-TTTAATT--TGTTTGTTTGT-AAA-GCGAT-TA------GCTT-------TAT---TT-AATG-------TTTA-TAAAAGAA--A-CA-TA-TCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTCATG-TTC-TTCAATA-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TACATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATACA-TCGA-TTAC-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATCC-GTAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GAACGA-C-CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CG-AA-TAATA
gi|1 : AT-CACTTATATTT-TC--CGG--GTA--TT-TT-A-T-T---C-GCGT-TCT--A-CA-CCGT-CCCGGTG-TTATAT--TC-GC--GAATCA-C-A--ATAAT---T--GCGAGAA-TG----------C--G-TTA----A--A-A--TAACTTATA--TT-TC-G---GAAT-AGATCC-G-CCCCTG-CTTAGATTTAA-TGATGTAC--TAATGTC-AGTGCTCACTG-------C-A-T--T--G-AA-CGCTCTT----T-------------------------T-AT------G----TTACCGTTAAAT--T--GAA-TTTATCGAC-TTA-GT----CAACA-TG-ACCAG-T-TTCATACAATGT-----------A--C-------CCATGGACTGG--C--------TG---TTAG----T----A------ATTTAC-T--GGTAGTGTTT---TATCTAAC-TTGA-T--TTGAATCA------AA----CT-CATCG----CT-GTGCCGTTCG---T-GG-C-AATCAGTA------------ATG-CATGAGCTTTAATT--TGTTT-TTCGT-AAA-GCACT-CA------GCTT-------TAT---T--GATG-------TTTA-TAAAAGGACAG-CACTA--CTGCTAATAA-TT-TTTGTA------AAAG-GTT--TTTTTTCATGCTTC-TTCAATA-A---ATATTATGTTCG-TTATATA--TAGCAGTT-T--ATTCTTA-TTGCACGTCGA-TATA-TGAGG-AA-ATACACTCGA-TT-C-TAA-CT-GCCA---------CAG-GTGCATG-------T------GATTATTG-A-GGCGA-T----T--AAAGAA--TG--T-TATGAA-TACC---GT--G--TG-T----------CTGGTGTG-C-GGTTA-AC--A-TGAT---AAAGACAA--TAAG-TTTGA-CTAAT-ATCC-TTGAT-GGA----TTTTA-T-------------TT-G-C-CACGGA-AAG--TAGACAA-T-AAACG-C-GAGATATTTA-AATT-CGC-GAACGA-CGCCGATTTC-----GACGAAT-TAACCGC-GGA-AAAT-AAATGTA-TGT--ATCG-CG-AA-TAATA
gi|10 : gctgc----T------------------------GT-AT------G----T-ACCGTTA--T--T--GAT-TATGTCGAC-CTC-TT----CAG-A-TG-ACCAG-TGTT-----------------------------------TG--CTTG--C--------TA---CTGG----T----ATATGTAATT-AC-TTGAGTAGT-TTTACGTA-TTAAAATTAA-T---GAAGACC------ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-CTA------------ACGGTGTGAG-----------------TCGT-ACA-GTGAT-AA------GCTT-------TAT---TT-AATG-------TTCA-TAAAAG-A--A-C---------C-AATAC-TT-TTTGTT------A--A-CTT-A-TTTTTCATA-TTC-TTCAATA-A---ATTC-ATGTTCT-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TC-TATATCGA-TTTA-TGAGG-----------------AC-TAA-TA-GC-A---------C-G-GTGCATG--------------------------------------------A--TG--T-T--TAA-AAGT---GT-CC--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGCAC-AC--A-C-AT---AAAGA-AA--TAGA-TATGA-G-TTG-ATTC-GTAAT-GGA----TTT-G-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AATT-AAACA-C-GCGATATTTA-AATT-CGC-G--------------------------AT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTAG-CG-AA-TAATAagtgatct
gi|11 : gaacccagtccccattaatcatcgatcgcatgcatgcTAGAT-CTCTTAT-TTT--CA-CGA--ATA--TT-TT-AAT-T---C-GCGT-T-T--A-CA-TGGT-CC-GTTA-TT-TAA--TC-GC--TAAT-A-C-A--ATAAT---T-TGCGGGAA-TA----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAAC--ATA--TT-TC-G--CGAAT-AGATCC-G-TTTCTT-C----ATTTA--TGAT---T-ATAATGTC-A-------CTA-------C-A-T-CT--C-TA-CG-TCTT----T------------------------GT-AT------G----T-ACCATTA--T--T--GAA-CTTATCGAT-TTA-TT----CAA-A-TG-ACCAG-T-TG--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---TTTG----T----A------TTT-AA-TTGAGTAG--TTT---TA-TTAA--CTAG-T--TGAATTAT------ACG--CCT-CACCAATATAT-ATGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTG------------ATGGCATGCG-TTT-AT-----TTTCTTTGT-AAA-GCAAT-TA------TCTT-------TAT---TT-AATG-------TTTA-TAAAAGAA--A-CA-TA---TAC-AAT-A-TT-TCTATA------A----CTTAATTTTTTCTTA-TTC-TTCAATA-A---ATAT-GTGTTTG-TT-GATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-CACATCGA-TGCA-TGATG-GA-GTACA-CCAA-TT-------CT-GC-A---------CAG-TTGCGTG-------agtgat
gi|12 : cta-AG-TTA----A--A-AA-GAACTTATA--TT-TC-G--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT------------------------------------T-GT--G-TA-CG-TCTT----C------------------------GT-AG------G----T-ACCGTTA--T--T--GAT-TTTACCGAC-CTG-TTTGAACGG-A-TG-ATCAG-T-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--C--------TA---CTGG----T----A------ATT-AC-TCGAGTAG-------------AA-----------GAAGATC------ACG--CCC-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTACATGTACATGTTACTGCGTGAG-TTTAATT--TGTTTGATTGT-AAA-GCGAT-TA------GCTT-------GAT---TT-ATTG-------TTTA-TAAAAGAA--A-CA-TA-TCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTGTCATG-TTC-TTCAATATAC--ATGT-ATATTTG-GT-TATT--TAGCAGTT-TC-ATT-TTA-TC-TACATTGA-TGTA-CGAGG-AA-ATACA-CCAA-TTAC-TAA-AA-GC-A---------CAG-ACGCATG-------T------AAT-GT-G-ATGAATA-T----GACAAA-AA--TG--T-T--AAA-TAGT---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGCAC-A
gi|13 : t-CACCA----CT-GAGGC--TCG---T-AG-C-AATC-G-----------------GAATGAG-TTTGAAT--AGTTTGTTTGT-AAA-CCGAT-TA------GCTT-------TAT---TT-A---------------TAAAAGAA--AACA-TA-TCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------A--G-CCT-ATTTTTTCATG-TTC----AATA-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATG--TAGCAGTT-TC-ATT-TTC-TT-TACATCGA-TGAA-TGAGG-AA-ATACA-CCAA-TTAC-TAA-CT-GT-A---------CAA-GTGCATG-------TACATGCAAT-AT-G-ATGGCGA-A----G--TAA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CGGGTGTG-C-GGTAC------------------A-AA--TAAA-CGTGA-G-ATT-ATCC-GTGAT-GAA----TTT-A-T-------------TT-T-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GAACTA-A--------C-----G-CGAAT-TAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CG-AA-TAATA
gi|14 : GTAGAT-CACCTAA-TTT-TCG-CGA--GTA--TT-TT-C-T-T---T-CCTTAT-T--G-CA-AGGT-CC-GGAG-TT-GAT--TC-GC--GAAT-G-C-A--ATAAT---T-CGCAAAAA-TA----------A-AG-TTT----A--A-TA-GAACTTATT--TT-TTTG--TGAAT-ATATCC-G-CTTCTT-T----GTTTA--TGAT---C-GTAATATC-A-------TTA-------C-T-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT-AT------GCATGT-ACCGTTA--T--T--GAT-TTTATCAAC-CAA-TA----CTG-A-TG-ACAAC-T-TT----------------------------------------TTG--C--------T------GG----T----A------ATT-CC-TTGAGTCGT-TTT---TA-CGTA--TTAA-AAATGAAAACGCGTACGACG--CCT-CACCG----TT-GTGCT--TTG---T-GG-C-A-TC-GTG------------ATGGCATGAG-TTTAATT--TGTTTGATTTT-AAA-ACGAT-TA------GCTT-------TAA---CT-AATG-------GCGA-TAATAGAA--A-TA-TA-TCTAC-AATAA-CT-TTTGTA------A--G-agtgatct
gi|15 : tactGT-CC-GGTA-TT-TAT--TC-GC--GAAT-T-T--------T---T-CGCG--------------------------------A-AA-TAACTTATA--TT-TC-A--CGAAT-AGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-A-------CTA-------C-A-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT-AT------G-------------------------TTTATCGAC-TTA-TT----CAA-A-TG-ACCAC-T-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTG--CTACATTTGTA---CTGGTAATT----A------ATT-AC-TTGAGTAGA-TTT---TA-C------TGA-T--TGGAGACA------A-----------CG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-TATT-GTA------------AGGGCATCAG-TTTAA------TTTGTTTGT-AAA-GCGAT-TA------GATT-------TAT---TT-AATG-------TTTA-TAAAAGAA--A-TA-TA-TCTGC-AATAA-TT-TTTGTAAGGTTTA--G-CTT-ATTTTTTCAAG-TTC-TTCAATA-A---ATAT-
gi|16 : catA-TCGA-TTAC-TAA-TT-GC-A---------CAA-GTACATG-------C------AAT-AT-G-ATGGCAA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAG-------TA--TT-T----------CTGGTGTA-T-GGCAC-AC--A-C-ATATAAAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATC-ATCC-TTAAT-GGA----TTT-A-T-------------AT-G-C-AA---A-AAGTTTAGA-AA-T-AAACGCC-GATGTATTTG-AATT--GC-GAACAA-C-CCA-TCTTA----G-TGAAT-TAA-CGC-AG--GATTAAA----A-TCT--CTTGCCG-AA-TA
gi|17 : TC-A-------CTA-------C-A-T-GT--G-TA-CG-CCTTCCATT------------------------GT-AT------G----T-ATCGTTA--T--T--GA--TTCA--GA-------T----CAG-A-TG-ACCAG-T-TT--------AC-----------A--T-------CCCTG--CTTG--C--------TA---CTGA----T----AC-----AT---------GTAAC-TT-----A-CATA--TTGA-T--TGAAGACC------ACG--CCT-CAGCG----AT-GTTCC--TCA---C-GG-C-----------------------GACATGAG-TTTGATT--TATTTGATGGT-AAA-GCGAT-TA------GCTGAAAAAAATAT---GC-AACA-------TTAA-TTAAAGAA--G-TA-TA-TCTgattaagtgatct
gi|18 : TAGT-ATT---TA-CGTA--TTGA-A--GGAAGAC-------------CT-CACCA----CT-GTGCC--TTG---T-GG-C-AATC-GTACATGTA------ACGGCGCGAG-TTTAATT--TGCTTGCTTGT-AGA-GCGAT-TA------GCTT-------TAT---TT-AATG-------TTTG-TAAAAGAA--A-CA-CA-GCTGC-AATAA-AT-TTTGTA------A--C-GTT-A-TTTTTCATG-TTC-TTC-----A---ATAT-ATGTTTG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TT
gi|19 : gtagtacA-CGGTTCC-GGTA-TT-TAT--TA-GA--GAAT-AAC-ATTATAATATTC-CGCGAGAT-GA----------CTGG-TTA----A--A-AAATAACTTATAAGTTATC-GTTCGAAT-AGATCCTGTCTCCTGGC----ATTTAATTGAT---C-GGAATGTC-A---------A---------G-T-GT--GATA-CG-TCTT----T------------------------GTTAT------G----T-ACCGTTA--T--TTGAAA-TTTATAGAG-TTATTT----CAA-A--G-ACCAATT-TT--------AT-----------A--C-------CCATA--CTT
gi|2 : TG-TT-TAT--TCCGCCTGAAT-A-CGA--ATAAT---T-CGCGAGAAATG----------C-AG-TTT----A--A-AA-TAA-TTATA--TT-TC-G--CGAAT-AGATCC-G-CCCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTCCA-------CTA-------CGA-T-GTTGA-TA-CG-TCTT----T------------------------GT-AT------GGTGAC-ACTATTAA-T--T--GAAATTTATCGAC-TTA-TT----CAC-A-TGGATCCG-T-TT--------ATTACATTGTTACA--CTTTTTTCCCATG--CTGA--C--------TA---TTGG----CTCACA------ATA-GCATTGAGTAGT-TTT----A-TTAA--CTGG-T--TGAAGACA------ACT--CCTTCATCG----CTTGTGCC--ACG---T-GG-CCAATC-GTC------------TATGC-TGAA-CTTAGTT---GTTTGTT-GT-AAA-GTGAT-AC------GCGT-------TAT---TTCGATG-------TTTAGTAAAAGAA--AGCA-TA-TCTGT-AAAAT-TT-TTTGTA-----------TTT-TTTTTTTCATG-T-C-TT-AATA-ACATATAT-ATGTTCG-GTCTA-A--TAGCAGTTGTT-ATT-TTAATT-GACGTCGA-TATA-TGAGG-AACATACA-TCAA-TT-C-TAAACT-GCCA---------CAG-GTGCATG-------T------ATC-AT-G-ATGGTGT-TTACAC--AAA-AA--TA--TCT--GAA-TAACCGAGT-TG--TT-TA---------ATGGTGTG-G-CGTACAAC--A-T-TT---ACAGA-AAAGTAAGTTTTGA-G-ATTAATCC-GTGAT-GGA----TTT-A-T-------------TTCGTC-AG---ACAAG--TAGA-AA-TAAAACG-CAGACATATTTATAATTATGG-AAACGA-T-CCG-TTTCTTCGAG-CGAATATTA-CGC-GGA-AAAT-AA----A-TCTTCCTTG-CG-AA-TAATA
gi|2 : GAT-CACTTAT-TAT-TCG-CAA--GGAAGAT-TT-A-T-TTTCC-GCGT-agtgatc
gi|20 : tgtttattccgcctgaatacgaataattcgcgagaaatgcagtttaaaataattatatttcgcgaatagatccgcccctgcatttatgatcgtaatgtccactacgatgttgatacgtctttgtatggtgacactattaattgaaatttatcgacttattcacatggatccgtttattacattgttacacttttttcccatgctgactattggctcacaatagcattgagtagttttattaactggttgaagacaactccttcatcgcttgtgccacgtggccaatcgtctatgctgaacttagttgtttgttgtaaagtgatacgcgttatttcgatgtttagtaaaagaaagcatatctgtaaaattttttgtattttttttttcatgtcttaataacatatatatgttcggtctaatagcagttgttattttaattgacgtcgatatatgaggaacatacatcaattctaaactgccacaggtgcatgtatcatgatggtgtttacacaaaaatatctgaataaccgagttgtttaatggtgtggcgtacaacatttacagaaaagtaagttttgagattaatccgtgatggatttatttcgtcagacaagtagaaataaaacgcagacatatttataattatggaaacgatccgtttcttcgagcgaatattTAC-CAA-TT-GC-A---------CAG-GTACATG-------T------AAT-TT-G-ATGGCAA-C----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-TAG-------TG--TT-T----------CTGGTATA-G-AGCAC-AC--A-T------------------------GA-G-ATT-ATCT-GTAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-ACA--TAGA-TA-T-AAACA-C-GAAATATTTG-AATT-TGC-GAACAA-C-CCA-TCAC-----G-CAAAT-TAA-CAC-AG--AATT-AA----A-TCT--CTCG-CA-AA-TAACA
gi|21 : aaAT-AT-G-ATGGCAA-T----G--AAA-AAA-TA--T-T--GGA-TAG-------TG--TT-C----------CTGGTGTA-T-GGCAA-AT--A-T-AA---AGAGA-AA--TGAA-TGTGA-T-ATT-ACCC-AGAAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-A-C-AA---A-AAG--TATA-TA-T-AAACG-C-GAAATATTTG-AATT-CGCAAAACGA-C-TCG-CCT----------AAT-TAA-CGCGGG--AAAA-AG----A-TTT--C
gi|22 : gG-GT-TAAA--GAGCAGTT-TT-ATT-TTT-TT-TACATCGA-TGTT-TGAGA-AA-ATACA-TCAA-TT-C-TAA-CT-AC-A---------CAG-GTGCATG-------C------AAT-AT-G-ATGGTGA-T----G--ATA-AA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TT--TT-TTTTTTTTTTTCTGCTTTG-C-GGTGC-AC--A-T-AT---AAATA-AA--TAAA-TCTGA-G-ATT-ATCC-GTAAT-GGA----TTT-ATT-------------TT-G-C-AA---A-atgatttataagtaatcta
gi|23 : GTAGAA-AACTTAT-TTA-TCG-CGA--GTA--TT-TT-A-T-T---TTGCAT-T-T--A-AT-GGGT-CC-AGTG-TT-TAT--TC-AC--GAAT-A-A-A--ATAAT---T-CACGAGAA-TAGAATTTAAAAT-AGCTTATATTA--A-AA-TAGCTTATA--TT-TC-G--TGAAT-AGTTCC-A-CTCCTG-T----GCTTA--TGAT---C-AAAATATC-A-------CAA-------C-A-C-GT--G-TA-CG-GCTT----
gi|24 : tctTTTTTCATG-TTC-TTCAATA-A---ATAT-ATGTTCGCGT-TATGATTAGCAGTT-TT-ATT-TTC-TT-TACATCGATTGAATTGCGGAAA-ATACA-CCAAGTTAC-AAA-CT-GC-A---------CAA-GTGCATGTACATGTT------AAT-AT-G-ATGGCGATT----G--TAA-AA--TA--T-T--GAA-TAGT---GT-T---TT-T-------------GTGTGAC-GGTAC-AC--ATT-AT---A
gi|25 : -GTATT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAAAG-T-GAGATATTTG-AATT-CAA-GACCAA-C-CCG-TCTC-----G-CGAAT-TAA-TGC-GT--AATT-AA----A-TCT--ATCG-CG-AA-TAATA
gi|26 : C-A---------CAG-GTACATG-------T------AAT-AT-G-GTGGCCA-T----G--AAA-AAA-TG--T-T--CAA-T--C---GC-TGATTT-C----------CTCGTGT--T-GTTATTGCTAA-T-AA---ACAGA-AA--TTAA-C---A-A-AT--ACCT-GTTGTAGGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-tttcaagtgatctac
gi|27 : GTAGATTCA-TTAT-TTT-TCG-CAAAAGTA--TT-TTTA-T-T---T-GCGT-T-TTAG-CATCGGT-TCTAGTGGTT-TATCATC-GC--GAAT-A-T-A--AAAAT---TGCGCGAGAA-TA----------C-AG-TTA----A--ATAA-T
gi|28 : TT---TA-TGTA--TTAA-A--T-AAGTTC------ACA--CCT-TGCTA----CT-CTGCC--TCT---T-GG-C-AATC-GTA------------ACTGTATGAG-TGTAATC--TGTTTGTTTGT-ACA-GCGAT-TA------GCAT-------TAT---GT-AAgta
gi|29 : GTTCG--T-TATA--CAGAATTT-CT-ATT-TTA-TC-TACATCGA-TGTA-TTAGG-AA-ATACA-TCAA-TTAC-TAA-TT-GC-A---------CAG-GTACAAG-------T------ACT-AT-G-ATGGCAA-T----G--AAA-AA--TG--
gi|3 : GTAGAT-CACTTAT-TTTATCG-CGG--GTA--TA-TA-A-T-T---T-GCGT-C-T--AACA-CG-C-CT-GGTG-CT-TAT--TCTGC--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------T-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTTTA--TT-TC-G--CCAAT-AGATCA-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GCAATGTC-A-------CTA-------C-G-T-GT--GCTA-CG-TCTT----T------------------------GT-AT------GC---T-AC-GTTA--T--T--GAT-TTTATCGAC-CTA-TT----GAA-A-TG-ACCAG-T-TT--------AT-----------A--C-------CCATG--CTTC--C--------TA---CTGG----T----A------ATT-TC-GTGAGTAGA-TTT---TA-CTAA--TTGA-T--TGAAGACA------ATG--CCT-T-CCG----CT-GTGCA--TCG---T-GG-C-AATC-GCA------------TTGGCATGCG-TTTAATT--TGTTTGTTGGT-AAA-GCAAT-TA------GCTT-------TAT---TT-AAT--------------AAAAGAA--A-CA-TA-TCTGC-AATAA-TT-ATTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTAATG-TTC-TTCAAGA-A---ATAC-ATGTTCG-GT-TATA--CAACAGTT-TT-ATT-TTA-TC-TACATCAA-TGTA-TACAG-AA-ATGCA-TCAA-TTAC-TAA-CT-GT-A---------CAG-GTGCATG-------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-CA--TG--T-T--GAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAAA-TA--TAAA-TTTGA-G-ATT-TTCT-GTAAT-TGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAATC-C-GAGATATTGG-AATT-TGC-GAATGA-C-CTG-TATC-----G-CTAAT-TAA-CGC-GA--AAAT-AA----A-TCT--CTTG-CA-AA-TAATA
gi|30 : A----------C-AG-TTA----A--A-AA-TAACTTATA--TT-TC-A--CGAA--AAATCT-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATATC-A-------TTATTACTTCC-A-T--T--G-TA-CA---------T------------------------GT-AT------G----T-ACCGTTA--T--T--
gi|31 : aG--TT-T----------CTGGTATG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAG--AA--TTAA-TTTGA-G-GTT-ATCC-GTAAT-GGGGTTTTTT-G-TTTTTTTTTTTTGGTT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-AAACa
gi|32 : --TT-TC-A--TGAAT-AGGTCC-G-CTCCTA-T----GCTTA--TAAT---T-GTAATATC-A-------CTA-------C-A-C-GT--G-TA-TG-CCTT----T------------------------
gi|32 : CA-TCGA-TTAC-TAA-TT-GC-A---------CAA-GTACATG-------C------AAT-AT-G-Acatcgattactaattgcacaagtacatgcaatatga
gi|33 : tttcatgaataggtccgctcctatgcttataattgtaatatcactacacgtgtatgcctttCAA-C-CCG-TATT-----G-CGAAT-CAA-AGC-GG--AATT-AA----A-TTT--CTTG-AA-AA-TAATA
gi|34 : ttattttgcgttctggaattacttgaaaaaagtaggTACTTC-AACT-CGC-GAATGA-T-ACT-TCTC-----G-CGAGT-TAA-CGC-GG--ACAT-AA----A-TAT--CTCA-CG-AA-TAATAagt
gi|35 : GTAGAT-CACTTAT-ATT-TCG-CGA--GTA--TT-GT-A-T-TT--C-GCGT-T-T--A-CA-TGGT-AC-GGTG-GT-TAT--TC-GC--GAAT-A-C-A--Acatggtctaca
gi|36 : actGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TT-TTCAAAGA-TGTA-TTAGG-AA-ATAAA-CCAA-TT-C-TAA-C
gi|37 : -C-CCA-TCTC-----G-CAAAT-TAA-CGT-GG---AAT-AA----ATTCT--CTCG-AG-AA-TAATA
gi|38 : cagagTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAG-TTT------CC-GTGC-ATGAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AG---A-AAagtgattaca
gi|4 : AT-CACTTAT-TTT-TCAACG---GTA--TTGTT-A-T-T--------T-T-T----CA--ATT-AC-AGTG-T---------------------C-A--ATTAT---T-CGCGAAAA-TA----------C-AG-TTT----A--A-AT-TAACTTATA--TT-TT-G--CGAAT-TGATCA-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATATC-A-------TTG-------C-T-T-TT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------GT-ATATATATG----T-ATCGTTA--T--T--GAT-TTTATCGAC-TAA-AA----CTA-A-TG-ACAAG-T-TT--------CTT----------A--C-------CCATG--CATA--A--------TA---CTGG----T----------------------------TTT---TA-CGTA--TCAG-A--AGAAGACGTGT---ACGACCCC-CACCG----CT-GTTAT--TTG---T-GG-C-A-TC-ATA------------ACGGCGTGAG-TTTCATT--TGTTTGTTTGC-AAA-GCCAT-TATATGTAGATC-------TAT---CT-AATG-------ATCA-TAGTAGAA--A-AA-TA-TCTTC-AATAA-CT-TTTGTA------A--G-CTT-ACATTTT-ATG-TTC-TTCAATA-A---ATAT-ATATTCT-GT-TATA--TAGCAGTA-TT-ATT-TTA-TT-TGCATCGT-TGTA-TGAGA-GA-ATACA-TCGA-TTAC-TAA-CG-GC-A---------CAG-GTGCACA-------T------AAA-TT-G-TTGGTGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--GAA-CAGT---GT-TG--TT-T----------CTGGTATG-C-GGTAC-AC--A-T-AT---AGAGA-AG---GGA-TCTGA-A-ATA-ATCC-GCAAT-GAA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AGC--CAGA-GA-T-GAGAG-C-GATATATTTG-ACTT-CCC-GAATGA---CCA-TCTC-----A-CGAAT-TAA-CGC-AC--AAAT-AA----A-TC
gi|40 : ataactgtcga--GTA--TT-GT-A-T-TT--C-GCGT-T-T--A-CA-CGGT-AC-GGTG-GT-TAT--TC-GC--G
gi|41 : T-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------GAT-AT-G-ATGGCGA-T----A--AA
gi|5 : ----------C-AG-TTA----A--A-A--TAACTTATA--TT-TC-G--CGAAT-AGATCC-G-CCCCTG-C----ATTTA--TGAT---C-GTAATGTC-AGTGCTCACTG-------C-A-T-GT--G-AA-CG-TCTT----TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AT------G----TTACCGTTAAAT--T--GAA-TTTATCGAC-TTA-T-----CAA-A-TG-ACCAG-T-TT--------AT-----------A--CATTAC--CCATG--CTTG--C--------TG---TTAG----T----A------ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-TTAA--CTGA-T--TGAAGTCA------AA----CT-CATCG----CT-GTGCC--GCG---TCGG-C-AATC-GTA------------ATG-CATGAGCTTTAATT--TGTTTGTTCGT-AAA-GCGAT-CAA-----GCTT-------TAT---TT-GATG-------TTTA-TAAA-GAA--G-CA-TA-TCTGC-AATAA-TT-TTTGTA------AAAG-GTT--TTTTTTCATG-TTC-TTCAATA-A---ATATTATGTTCG-TT-T-TA--TAGCAGTT-T--ATT-TTA-TT-GACGTCGA-TATA-TGAGG-AA-ATACA-TCGA-TT-C-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCATG-------T------GAT-AT-G-ATGGCGA-T----T--AAAGAA--TG----T--GAA-TACC---G--TG--TTGT----------CTGGTGTC-G-GGTAC-AC--A-T-AT---AAAGA-AA--TAAG-TTTGATA-ATA-ATCC-TTGAT-GGA----TTT-A---------------TT-G-C-CAGG-A-AAG--TAGA-AA-T-AAACGAC-GA-ATATTTA-AATT-CGC-GAACGA-C-GCG-TTTC-----GACGAAT-TAA-CGC-GGAAAAAT-AA----A-TGT--ATCG-CG-AATTAATA
gi|6 : T-A-C-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-CT----------C-AG-TTA----ACAA-AA-TAACTTATA--TT-TC-G--CGAATTAGATCC-G-CTCCTG-C----ATTTA--TGAT---AAGTAATGTC-A-------------------G-T-GT--G-TAACG-TCTT----T------------------------GT-AT------G----T-ACCGTTA--T--TTGAAA-TTAATCGAC-TTA-TT----CAA-A-TG-ACCAG-T-TT--------ATA----------A--C-------TCATG--TTCG--C--------TATGTCAGG----T----A------ATT-AC-TTGAGTAGT-TTT---TA-CTAAGTTTGATT--TGAAGAAGA-----ACG--CCT-CACCA----CT-GAG-C--TCG---T-AGCC-GATC-GTA-----------------ATGA------------GTTTGTTTGT-AAAGGCGAT-TA------GCCT---------T---TT-A--G-------TCTA-TAAAAGAA--A-CA-TA-TCTGC-AATAATTT-TTTGTA------A--GTCTT-ATTTTTGCATG-T---TTCAATC-A---ATAT-ATG-TCG-GT-TATG--TATCAGTT-TTAATT-TTC-TT-TACATCGA-TGAA-TGAGGAAA-ATACA-CCAT-TTACAAAA-CTGGC-AATCAATGTGCAGTGTACATG-------T------AAT-GT-G-ATGGCGA-T----C--GCA-AA--TGGTT-T--GAACTAGC---TTGTG--TT-T----------CTGGTGTG-CAAGTA--AC----T-AT---AAGGA-AT--AAAA-TGTGA-G-ATTCATCCAATGAT-GGA----TTT-A-T-------------TT-T-C-AA---T-AAG--TAGA-AA-T-TAACG-C-GAGATATTTG-AATT-CGC-GGATGACC-CCG-TCTC-----G-CGAATATAA-CGC-GG--AAAT-AA----A-TCT--CTCG-CGAAA-TAATAagtga
gi|7 : GTAGAT-CACTTAT-TTT-TCG-CGC--GTA--TT-TT-A-T-T---TTACGT-T----A-TA-GGGT-CT-GGT-----------C-GG--GAAT-A-C-A--ATAAT---T-CGCAAGGA-TA----------T-AA-TTA----A--A-AA-TAACTAATC--TT-TC-G--C---------------TCCTA-C----A--------AT--------ATG-------------A-------C-AGT-GT--G-TC-CA-TCTTCCACT------------------------GT-AA------T----T-ACCGTTA--TACT--GAT-TTTATCGAC-CTA-AT----CAG-A-TG-ACCAG-T-TT--------AT-----------A--C-------CAACG--CTTG--A--------TA---CGGG----T----A------ATT-AC-TAGAGTAGT-TCT---TA-TATA--TCAA-A--TGAAGTTC------ACG--CCT-CACTG----CT-TTACT--TCG---G-GG-C-AATC-TTG------------A-----------TTAATC--T---TACTT-----A-GTGAC-TA--------------------------AGTG-------TTAA--AAAAGAT--A-CA-TA-TCTGC-AATAA-TTCTTTG------------------------CATG-CTC-TTC--------------------G-GT-TATA--TGGAAGTT-TT-ATT-TTA-TC-TACATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATACA-CTGA-TTAC-TAA-TT-GA-A---------CGG-TTACAAG-------A------ATT-GT-GCATAGCAA-T----A--AAA-AAAATG--T-T--AAA-TAG-------TG--GT-T----------CTGGTGTA-C-GACAA-AC--A-C-AT---AAATA-AA--TGAA-ATTGA-G-ATT-ATTT-GTAAT-GGA----ATT-A-C-------------TT-G-A-AA---A-AAG--TAGG-AA-T---------------TTT--AATT-CAC-AAACGA-C-CTG-TATC-----G-CGAAT-TAA-TGC-GG--AATT-AA----A-TCT--CCCG-AA-AA-TAATAagttgatcta
gi|8 : actGA--GTA--TT-TT-A-TCT---C-ACGT-T-T--A-CA-CGGT-CC-GGTG-TC-TAT--TC-GT--GATT-A-T-A--ATAAT---T-CGCGAGAA-TA----------C-AA-TTA----A--A-AA-GAACGTATA--TT-TC-G--CGAAT-TGATCA--------G-C----A-TCA--TGAT---C-GTAATGCC-A-------CTG-------C-A-TCGT--G-TC-CG-TCTT----T-------------------------T-AT------G----T-ACCCTTA--T--G--AAC-TTTATCGACGTCA-TA----CAA-GTTG-ACCAG-T-TT--------GT-----------ATTT-------CTAT---CTTGAAT--------TA----TGGAT--T----ATAT---ATT-AC-TTGAGTTGT-CTTCA-TA-CTCA--CTGA-T--TGTA-----------------T-C--------CC-GTG-----CGAACT-GA-C-AATC-GTA------------AGATTATGAG-TGTAATCTATGCCTG-TTGTAAAA-GTGATATA------TCTTG------TATGCCTC-CATGGTGCATTTTTT-T-----------CA-TATTCTTC-AATAA---------A------A------T-AT------ATG-TTCATT-----------TAT-AT-TCCA-GT-TTTA--T-------------T-TTA-TT-TACATCGA-CATA-TAAGG-AA-ATACA-TCAA-AT-C-TAA-CT-GC-A---------AAG-GTGCGTG-------T------AAT-AT-C-ATGGCGA-T----A--CAA-AA-------------------------TA--TT-T----------CCGTTGCA-C-TGTAC-AC--A-T-AT---TAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATTC-GGAAT-GGA----ATT-A-T-------------TT-G-CAAA---A-AAG--TAGA-TA-T-AAACG-C-GACATATTTG-AATT-TGC-agtgatt
gi|9 : C-A-------CTA-------C-A-T-GT--G-TA-CG-TCTT----T------------------------G---------------------------------AA-TTTATCGAC-TTC-TT----CAA-A-TG-ACCAG-T-TT--------AT-----------A--T-------CCATG--TTTG--C--------TA---TTGG----T----A------AT-------GAGTAGT-TGT---TA-CTAA--CTAA-T--TGAAGACA------ACG--CCT-CACCG----CT-GTGCC--TCG---T-GG-C-AATC-GTA------------ATGACATGAG-TT-AATT--TGTTTGTTTGT-AAA-GCGAT-AA------GCTT-------TAT---TT-AATG-------TTTA-TAAAAGAA--A-CA-TA-TATGC-AATGA-TT-TTTGTA------A--G-CTT-ATTTTTTCATA-TTT-TTCAATA-A---ATAT-ATGTTCG-GT-TATA--TAGCAGTT-TT-ATT-TTA-TA-TGCATCGA-TGTA-TGAGG-AA-ATGCA-TCAA-TT-C-TAA-CT-GC-A---------CAG-GTGCAT--------T------AAT-AT-G-ATGGCGA-T----G--AAA-AA--TG--T-T--AAA-TAGC---GT-TG--TT-T----------CTGGTGTG-C-GGTAC-AC--A-T-AC---AAAGA-AA--TAAA-TTTGA-G-ATT-ATTC-GTAAC-GGA----TTT-A-T-------------TT-G-C-AA---A-AAG--TAGA-AA-T-ATACG-C-GAGATATTTG-AAT---------------------TC-----G-CGAAT-TGG-CAC-GG--AAAT-AA----A-TAT--CTCG-CG-AA-TAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): CGTGAGTTTTTTGTTCATTTTAATCATTAATGTACAATTAAGTAT