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Reference ( gi|3 ) : ACACAGCATGTT-TTG------AACATGCAAGT-------TCGGACATACATGTTTTA---A----AAAACTTGC-T-GTATAAACGC-TGATCACCAATAA-GTCA-AAG-ACTTCAAAGGAAACTT--GTGTGTCGAAC-----ATA-GGGAA--T---AG-A-------C---T-TG-T--T----------------GAT-----------C--------T------TTCA---CCTAT-----GTCAGACAGACTT--GTTTC-CAAAGTC-TT-T--GACTT-AT--CAG-T-GTAT-ACACA-GCAA-C-TATTG-A-----C----ATG---TA--TG-T-C----A-G-CA------CTTG---C-ATG--TT------CAA-A-ACT-----------TGCTGTGT-AA--ACG------GGTC----AAC-AA-------GTC-T-AA-GA--TTCT-----CA--TATCTTAGACATG-------T--AT-----TT---T-TTTT--ACTTGCT--GTGTAA-ACGGA
gi|17 : ACACAGCATGTT-TTG------AATATGCAAGT-------TCTGACATACATATC-----------AAAACTTGC-T-GTCTAAACAC-TG-------ATAA-GTCA-AAT-ACTTT---GGAAACAT--GTGTGTCAGAC-----
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gi|10 : gtttACACAGCAAGTT-TTG------A-TATGCATGT-------CAGAAGTTGCATGTTC----------AAAACTTGC-T-GTGTAAACtatcgtggtcaaataaacaagtctacgatgttcatgtcttacacatgtattttgacttggtgtgtaaacggt
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gi|11 : gtttACACAGCAAGTT-TTG------A-CATGAATAT-------CAGAACTTGCATGTTT----------AAAACTTGC-T-GTGTAAACcgaagatgctcatgtcttctacatgtatatgtatttcttgacatgctgtgtaaaggga
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gi|5 : tttacacagcaagtaaaaaaaatacatgtgttagacgtgagcactcaagacttgttT-TTA------CACA-GCAAGT-------TTGGACATGTATGT-------A----TGAACTTGCAT-GTGTAAACAC-TG-------GTAA-GCCA-AAT-GCTTT---GGAAAC----GTGTGTCGGACATTCTATA-GGTGA--T---AG-AT------C---T-TG-T--T----------------cactggtaagccaaatgctttggaaacgtgtgtcggacattctataggtgatagatcttgttctaatcaacaagtccaagatgctaatgttttacacatgtatttcttgacttgctgtgtaaacggg
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gi|16 : ttT-ACACA-GCAA-G-TTTTGAA-----C----GAG---CA--CATT-C----T-GACA------C--G---C-ATG--TT-------AA-A-ACT-----------TGTTGTGT-AAGCACT------GG-C----AAC-ggaaaaatgtgtatctgacaaagggaatatatcttgttctgatctaagatgttcatgtcttacacatgtacttttgccttgctgtgtatacgtgcctctatcaacactaatgcttatgatcagtactagtgatcacgacttaagttttaacgcaccttgagacttctatttcacatgtagtctctcatggaataacgacgtttaaaatcaatgaatattaaacttttgtcataaaagataatgttacgcaggtattt
gi|12 : cataaaacaagatatattccccatctccgacacacttgtttccaaagtatttaaT-ACACA-GCAA-G-TTTTGGA-----C----GAG---GA--AG-TTC----T-G--A------CTCG---C-ATG--TT-------AA-A-ACG-----------TTTTATGT-AA--ACACT----GG-C----AAC-----------TC-T-AA-GA--ATTTGGAAACAAGTATCTCGGACATGGGGAATAT--AT-----CT---TGTTTT--Aaatgg
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gi|7 : cactgatccggttatgtccgacacacatttaaatcgatttgtctcatcagcaatttcttaaggatTCT-----CA--TGTCTTACACGTG-------TTAGT-----TT---C-TTTG--ACCTGCT--GTGTAA-gccttaatacttgtgaaattatcattttctttgatgaat
gi|21 : cccgtttacacaggaattttgaatatgcagtccggtatatgccatagtcaataacttgcttgtgagacacctgaaataaagtcaaaggactttgaacatgtgtgtcagacataatataacctacatcttgccctcgaagcatgcT-----CA--TGTCTTGCACATG-------T--AT-----GT---T-TTG---GCGTGCT--GTGTAA-ACGG
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5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTAGTTTGTGGCAGAGTGAATTGGGGTTCTGTGTGAATATCCATTTGTTGTAAAGA
Unaligned ( gi|20 ): ACTTGGTGTAGTGGACTTAGTACCTTAAGAAAAAATTCGTTCAGATAAA
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Alignments
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lowQualScore : 6 99 7 3 000 5 5 0000 5 0 5 1 0 2 5 555555555 4 4 00000 2 1 3 1 66666 44 111 3 1111111111111111111111111111111111111111 66 0 000000 2 2 2 11111 2 1 2 333 33 55 2 33 2 33 2 2 2 2 2 1 3 1 1 3 1 1 55 44 55555555555 3 4 5555555 3333333 1 3 77777777777 44444 1 222 555555 6666 2 8888888 5 111111 5 1 777 55 22222222222 2 55 4
lowQualScore : . .. . . ... . . .... . . . . . . . ......... . . ..... . . . . ..... .. ... . ........................................ .. . ...... . . . ..... . . . ... .. .. . .. . .. . . . . . . . . . . . . .. .. ........... . . ....... ....... . . ........... ..... . ... ...... .... . ....... . ...... . . ... .. ........... . .. .
lowQualScore : 7 22 5 3 444 7 7 9999 7 1 7 7 1 7 7 666666666 4 4 22222 9 0 3 0 99999 66 999 3 7777777777777777777777777777777777777777 77 8 666666 5 4 4 77777 2 1 4 999 11 66 2 11 2 22 2 2 1 1 1 9 8 9 9 8 9 9 00 33 88888888888 6 5 7777777 1111111 7 2 66666666666 22222 7 999 888888 1111 3 6666666 0 222222 0 0 000 55 88888888888 4 55 0
consensus : ACACAGCAAGT-TTTGAA--CGTGCAAGTTCNG-ACATGC-AT-GTC----AAAA-CTTGCT-GTGTAAACGC-TGA------A-TAA-GTCAAAG-ACTTT---GGAAACACGTGTGTCGGACATAG-GCA--A--T--AGA--TCTT-G---T--T---------------G----AT-----------CT-ATCACCT-----A-TGT-CCGA-CACAC-T---GT-TTC-CAAA---G--TC-TT-T--GAC-TTA--TCA-G-T-GTT-T-ACAC-A-G-CAAGTT-T-TGAC-AT-GC--ATGT--C--AG-------A-CNTGC-------ATGTT-------CAA-A-ACT-----------T-----GC-TGTGTAA---ACG------GGCC----AACAA-------GT-CT------AA-GATGCT---CATGTCTTACACATGT--AT-----TT---TTTTGACTTGCT--GTGTAA-ACGGA
Reference ( family-7404 ) : ACACAGCAAGT-TTTGAA--CATGCANGTCCGG-ACATGC-AT-GTCC---AAAA-CTTGCT-GTGTAAACGC-TGA------A-TAA-GTCAAAG-ACTTT---GGAAACATGTGTGTCGGACATAG-GNA--A--T--AGA--TCTT-G---T--T---------------G----AT-----------CT-NTCACCT-----A-TGT-CCGA-CACAC-T---GT-TTC-CAAA---G--TC-TT-T--GAC-TTA--TCA-G-T-GTT-T-ACAC-A-G-CAAGTT-T-TGAC-AT-GC--ATGT--C--AG-------A-CNTGC-------ATGTT-------CAA-A-ACT-----------T-----GC-TGTGTAA---ACG------GGTC----AACAA-------GT-CT------AA-GATNCT---CATGTCTTACACATGT--AT-----TT---TTTTGACTTGCT--GTGTAA-ACGGA
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gi|11 : gtttacacagcaagttttgaacatgcaacttctgacatgcatatcaaaacttgctgtgtaaacactgataactctcagactttggtaacaggtgtgtcgaacataagtaatatatcgtggtcaaata---------------G----AT-----------CT-ATAACCT-----A-TAT-CCTA-CACAC-----GT-TTC-CAAA---G--TA-TT-T--GCC-TTA--TCA-A-T-GTT-T-ACAC-A-G-CAAGTT-T-TGAC-AT-GA--ATAT--C--AGA------A-CTTGC-------ATGTT-------TAA-A-ACT-----------T-----GC-TGTGTAA---ACt
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gi|21 : tttatacagcaagttttgaacgtgcaaattcttatatgcatgtcaaaacttgccgtgtaaacactgataaagtcaaagattttggaaaaatgtgtatctgacaaagggaatatatcttgttctgaTGTT---CATGTCTTGCACATGT--A------TG---TTTTGGCGTGCT--GTGTAA-ACGGtgcctctatcaacactaatgcttatgatcagtactagtgatcacgacttaagttttaacgcaccttgagacttctatttcacatgtagtctctcatggaataacgacgtttaaaatcaatgaatattaaacttttgtcataaaagataatgttacgcaggtattt
gi|24 : TGTT-------TAA-A-ACA-----------T-----GC-TGTGTAA---ACG------GGCC----gcc
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gi|6 : aatcggattgttaccggcagaggtaattagaactgtttaaagacccgtctA--TCA---T-GTTCT-AATC-A-G-CAAGTG-TACGAC-GT-TC--TTGT--CTTGC-------A-CATAT-------ATGTT-------TGA----CT-----------T-----GC-TATGTAA---ACG------GGCC----gctatgtaaacgggcct
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Reference ( family-7404 ) : ACACAGCAAGTTTTGAA--CGTGCAAGTTCTG-A-CATGC-AT-GTC----AA-AACTTGCT-GTGTAAACGC-TGA------A-TAA-GTCAAAG-ACTTT---GGAAACACGTGTGTCGGACATAG-GNA--A--T--AGA--TCTT-G---T--T---------------GAT-----------CT-AT-CACCT-----A-TGT-CCGA-CACAC-T---GT-TTC-CAAA---G--TC--TT-T--GAC-TTA--TCA-G----T-GTT-T-ACAC-A-G-CAAGTT-T-TGAC-AT-GC--ATGT--C--AG-------A-CNTGCATGTT------CAA-A-ACTTG------------CTGTGTAA-ACG------GGCC----A------ACAA-------GTCT------AA-GATGCTCATGTCTTACACATGTAT-----TT---TTTTGACTTGCT--GTGTAA-ACGGA
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gi|13 : tCATGTCTTACACATGTA-------T---ATTTGACTTGCT--ATGTAA-ACGgctatgtaaacg
gi|14 : tacacaacaagttttgaaaacgtgcaagatctaacattcatgtcaaaaaacactgtgtaaatactgaaaagtgaaagactttggaaacatgtgtgctggacatagatatagatcctgttctaatcaaT-----A-TGT-CCGA-CACAC-----AT-TT----AA---A--TCGATT-T--GTC-TCA--TCA-GCAATT-TCT-T-A----A-G-GATGGT-T---AC-----C--ATGT--CTTAC-------A-CATGTAT-TT------CTG-A---CTG------------CTGTGTAAGACG------GGCC----
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gi|2 : tttTCT------AA-GATGTTCATGTCTTACACATGTA-------C---TTTTGCCTTGCT--GTGTAT-ACGacttttgccttgctgtgtatacgtgcctctatcaacactaatgcttatgatcagtactagtgatcacgacttaagttttaacgcaccttgagacttctatttcacatgtagtctctcatggaataacgacgtttaaaatcaatgaatattaaacttttgtcataaaagataatgttacgcaggtattt
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gi|5 : tttacacagcaagtaaaaaAA-GTCAA------------GAAATACATGTGTAAAACATTA-GCA--TCTT--GGA---CTT-G---T--TGATTAGAACAA----GAT-----------CT-AT-CACCTATAGAA-TGT-CCGA-CACAC-----GT-TTC-CAAA---G--CA--TT-T--GGC-TTA--CCA-G----T-GTT-T-ACAC-ATG-CAAGTT------C-AT-----------------------A-CATACATGTC------C-A-A-ACTTG------------CTGTGTAA-AC--------ACT----A------ATAA-------ATAA------AA-GAggtaagccaaatgctttggaaacgtgtgtcggacattctataggtgatagatcttgttctaatcaacaagtccaagatgctaatgttttacacatgtatttcttgacttgctgtgtaaacggg
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gi|8 : cccgtttAA-GTCAAAA-A--------AAAAAACATGTGTAAGACATGA-GCA--TCTT--AGACGTTTT-GA--T--TAGAACAA--------GAT-----------TT-AT-CACGT-----A-TGT-CCGA-CACAC-T-------------------------T-T--GAC-TTG--TCG-A----T-GTT-T-ACAC-A-G-CAAGTT-T-TGAC-AT-GC--ATGT--C--AGA------A-CTTGCATGTTCAATGGCAA-A-ATATG------------CTGTGTAA-ACG------AGCC----gctgtgtaaa
gi|8 : -ACTTG------------CTGTGTAA-ACG------GACgctgtgtaaacggac
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|20 ): ACTTGGTGTAGTGGACTTAGTACCTTAAGAAAAAATTCGTTCAGATAAA
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Reference ( family-7404 ) : ACACAGCAAGTTTTGAA--CGTGCACGTTCTGA-CATGCATGTC----AAAACTTGCTGTGTAAACGCTGA------ATAAGTCAAAGA--CTTT---GGAAACACGTGTGTCGGACATGGGNA--A--T--AGA--TCTTG-T--T----------------GAT-----------CT-A--TCAC-CT-----A-TGT-CCGA-CACAC-T---GT-TTC-CAAA---GTC--TT-T--GAC-TTA--TCA-G----T-GTT-T-ACAC-A-G-CAAGTT-T-TGAC-AT-GC--ATGT--C--AG-------A-CNTGCATGTT------CAA-A-ACTTG------------CTGTGTAA-ACG------GGCC----A------ACAA-------GTCT------AA-GATGCTCATGTCTTACACATGTAT-----TT---TTTTGACTTGCT--GTGTAA-ACGGA
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gi|2 : tttTCT------AA-GATGTTCATGTCTTACACATGTA-------C---TTTTGCCTTGCT--GTGTAT-ACGacttttgccttgctgtgtatacgtgcctctatcaacactaatgcttatgatcagtactagtgatcacgacttaagttttaacgcaccttgagacttctatttcacatgtagtctctcatggaataacgacgtttaaaatcaatgaatattaaacttttgtcataaaagataatgttacgcaggtattt
gi|21 : tttatacagcaagttttgaacgtgcaaattcttatatgcatgtcaaaacttgccgtgtaaacactgataaagtcaaagattttggaaaaatgtgtatctgacaaagggaatatatcttgttctgaTGTTCATGTCTTGCACATGTA------TG---TTTTGGCGTGCT--GTGTAA-ACGGtgcctctatcaacactaatgcttatgatcagtactagtgatcacgacttaagttttaacgcaccttgagacttctatttcacatgtagtctctcatggaataacgacgtttaaaatcaatgaatattaaacttttgtcataaaagataatgttacgcaggtattt
gi|24 : TGTT------TAA-A-ACATG------------CTGTGTAA-ACG------GGCC----gcc
gi|26 : gaATGTT------CAA-A-ACTTG------------CTGTGTAA-ACG------GGCC----A------ctgac
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gi|5 : atgcagtttaattattacaatgatacaaacatgtaggaagaaagggtggggccttgaatacagagacaacatgaagcctagcatgcattattgcaaggatgaagcactggtttgtcttgttcattgctgaggagattgtatctgtttttgcattgacctcataaccttaatcctgattggtggatttgacattccctgacttgctcattagC-A-A-CAAGTC-T-TGA--GT-GCTCACGT--CTAAC-------A-CATGTATTTT------TTT-T-ACTTG------------CTGTGTAA-Aatcagtgaaaatgcg
gi|5 : AAATACATGTGTTAGACGTGAGCA--C--TCAAGA---CTTG-T--T----------------GATTAGGACAAGATCT-A--TCAC-CT-----A-TGC-CCGA-CACACAT---GT-TTC-CAAA---GTC--TT-T--TAT-TTA--TTA-G----T-GTT-T-ACAC-A-G-CAAGTT-T-GGAC-AT-GT--ATGTA-T--GA-------A-CTTGCATGTG------TAA-ACACTattaggacaagatctatcacctatgcccgacacacatgtttccaaagtcttttatttattagtgtttacacagcaagtttggacatgtatgtatgaacttgcatgtgtaaacactggtaagccaaatgctttggaaacgtgtgtcggacattctataggtgatagatcttgttctaatcaacaagtccaagatgctaatgttttacacatgtatttcttgacttgctgtgtaaacggg
gi|5 : tttacacagcaagtaaaaaAAGTCAA-------------GAAATACATGTGTAAAACATTAGCA--TCTT--GGA---CTTG-T--TGATTAGAACAA-----GAT-----------CT-A--TCAC-CTATAGAA-TGT-CCGA-CACAC-----GT-TTC-CAAA---GCA--TT-T--GGC-TTA--CCA-G----T-GTT-T-ACAC-ATG-CAAGTT------C-AT-----------------------A-CATACATGTC------C-A-A-ACTTG------------CTGTGTAA-AC--------ACT----A------ATAA-------ATAA------AA-GAggtaagccaaatgctttggaaacgtgtgtcggacattctataggtgatagatcttgttctaatcaacaagtccaagatgctaatgttttacacatgtatttcttgacttgctgtgtaaacggg
gi|5 : tttacacagcaagtaaaaaaaatacatgtgttagacgtgagcactcaagacttgttgattaggacaagatctatcacctatgcccgacacacatgtttccaaagC----A------ACAA-------GTCC------AA-GATGCTAATGTTTTACACATGTA------TT---TCTTGACTTGCT--GTGTAA-ACGGgctgtgtaaacggg
gi|6 : tttacacagcaagtaaaaaaaatacatgtgttagacgtgagcactcaagacttgttgattaggacaagatctatcacctatgcccgacacacatgtttccaaagtcttttatttattagtgtttacacagcaagtttggacatgtatgtatgaacttgcatgtgtaaacactggtaagccaaatgctttggaaacgtgtgtcggacattctataggtgatagatcttgttctaat--T----------------GAT-----------CT-A--TTCC-CT-----A-TGT-CCGA-CACACAG---GT-TTC-CAAA---GTC--TT-T--GAC-TTA--TCA-G----C-CTT-T-TTAA-A-G-GAAGTT-T-TGAC-AT-GC--ATGT--C--AG-------AGCGTGCATGTT------CAA-A-ACTTG------------CTATGTAG-ACG------GGTCTTTAA------ACAG-------TTCT------AA-g
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gi|6 : aatcggattgttaccggcagaggtaattagaactgtttaaagacccgtctA--TCA------T-GTTCT-AATC-A-G-CAAGTG-TACGAC-GT-TC--TTGT--CTTGC-------A-CATATATGTT------TGA----CTTG------------CTATGTAA-ACG------GGCC----gctatgtaaacgggcct
gi|6 : aatcggattgttaccggcagaggtaattagaactgtttaaagacccgtctacatagcaagttttgaacatgcacgctctgacatgcatgtcaaaacttcctttaaaaaggctgataagtcaaagactttggaaacctgtgtgtcggacatagggaatagC----A------GCAA-------GTGT------AC-GACGTTCTTGTCTTGCACATATAT-----GT---TT--GACTTGCT--ATGTAA-ACGGt
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gi|8 : AAGTCAAAAA----------AAAAAACATGTGTAAGACATGAGCA--TCTT--AGACGTTTTGAT--TAGAACAA---------GAT-----------TT-A--TCAC-GT-----A-TGT-CCGA-CACAC-T-----------------------T-T--GAC-TTG--TCG-A----T-GTT-T-ACAC-A-G-CAAGTT-T-TGAC-AT-GC--ATGT--C--AGA------A-CTTGCATGTTCAATGGCAA-A-ATATG------------CTGTGTAA-ACG------AGCC----gctgtgtaaa
gi|8 : -ACTTG------------CTGTGTAA-ACG------GACgctgtgtaaacggac
gi|9 : ggctcgtttacacagcatattttgccattgaacatgcaagttctgacatgcatgtcaaaacttgctgtgtaaacatcgacaagtcaaagtgtgtcggacatacgtgataaatcttgttctaatcaaaacgtctaagatgctcatgtcttacacatgtttttttttttgT-A--T-AC-CC-----A-TATGCTGAACGCAC-TCACGC-TTCTCAAA---GTC--TTAC--GAC-TTA--GCA-GA---TAGTT-TCACAC-A-G-CGAGCT-T-TGAC-AT-A---ATGT--CT-AGTAAATATA-CATGCGTGTT------CAACA-AC-TG------------TTGTA-AA-CCG------GGCC----
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTAGTTTGTGGCAGAGTGAATTGGGGTTCTGTGTGAATATCCATTTGTTGTAAAGA
Unaligned ( gi|20 ): ACTTGGTGTAGTGGACTTAGTACCTTAAGAAAAAATTCGTTCAGATAAA
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Alignments
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lowQualScore : 99 0 5 0 6666 8888 888888888 5 666666666 8 11 7 1 55555 22 222 1 3333333333333333333 88888888888 2 22 6 1 11111 9 7 7 66666 7 66 777 444 7 77 7 77 5 8888 4 4 4 2 4 2 2 4 2 44444 33 88888888888 4 3 222222 0 9 888888888888 1 444444 7777 888888 2222222 888888 4 77777777777 9 55 0
consensus : ACACAGCAAGTTTTGAA--CGNGCACGTTCTGA-CACGCATGTC----AAAACTTGCTGTGTAAACGCTGA------ATAAGTCAAAGA--CTTT---GGAAACACGTGTGTCGGACATGGGNA--A--T--AGA--TCTTG-T--T----------------GAT-----------CT-A--TCAC-CT-----A-TGT-CCGA-CACAC-T---GT-TTC-CAAA---GTC--TT-T--GAC-TTA--TCA-G----T-GTT-T-ACAC-A-G-CAAGTT-T-TGAC-AT-GC--ATGT--C--AG-------A-CNTGCATGTT------CAA-A-ACTTG------------CTGTGTAA-ACG------GGCC----A------ACAA-------GTCT------AA-GATGCTCATGTCTTACACATGTAT-----TT---TTTTGACTTGCT--GTGTAA-ACGGA
Reference ( family-7404 ) : ACACAGCAAGTTTTGAA--CGNGCACGTTCTGA-CACGCATGTC----AAAACTTGCTGTGTAAACGCTGA------ATAAGTCAAAGA--CTTT---GGAAACACGTGTGTCGGACATGGGNA--A--T--AGA--TCTTG-T--T----------------GAT-----------CT-A--TCAC-CT-----A-TGT-CCGA-CACAC-T---GT-TTC-CAAA---GTC--TT-T--GAC-TTA--TCA-G----T-GTT-T-ACAC-A-G-CAAGTT-T-TGAC-AT-GC--ATGT--C--AG-------A-CNTGCATGTT------CAA-A-ACTTG------------CTGTGTAA-ACG------GGCC----A------ACAA-------GTCT------AA-GATGCTCATGTCTTACACATGTAT-----TT---TTTTGACTTGCT--GTGTAA-ACGGA
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gi|10 : gtttacacagcaagttttgaacatgcaacttctgacatgcatatcaaaacttgctgtgtaaacactgataactctcagactttggtaacaggtgtgtcgaacataagtaata----A------ACAA-------GTCT------AC-GATGTTCATGTCTTACACATGTA-----------TTTTGACTTGGT--GTGTAA-ACGGt
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gi|13 : tCATGTCTTACACATGTA-------T---ATTTGACTTGCT--ATGTAA-ACGgctatgtaaacg
gi|14 : tacacaacaagttttgaaaacgtgcaagatctaacattcatgtcaaaaaacactgtgtaaatactgaaaagtgaaagactttggaaacatgtgtgctggacatagatatagatcctgttctaatcaaT-----A-TGT-CCGA-CACAC-----AT-TT----AA---ATCGATT-T--GTC-TCA--TCA-GCAATT-TCT-T-A----A-G-GATGGT-T---AC-----C--ATGT--CTTAC-------A-CATGTAT-TT------CTG-A---CTG------------CTGTGTAAGACG------GGCC----
gi|14 : cactgatccggtCATGTCTTACACATGTA-------T---TTCTGAC-TGCT--GTGTAAGACGGttaatacttgtgaaattatcattttctttgatgaat
gi|15 : cactgatccggttatgtccgacacacatttaaatcgatttgtctcatcagcaatttcttaaggatggttacAAA---GTT--TT-T--GAC-TTA--TCA-G----T-GTT-T-ACAC-G-G-CAAGTT-T-TGAC-AA-GC--ACGT--C--AG-------A-C------GTT------CAA-A-ACTTG------------CTGTGTAA-ACG------GGgccttaatacttgtgaaattatcattttctttgatgaat
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gi|16 : cccACACAGCAAGTTTTGAA--CGAGCACATTCTGA-CACGCATGTT----AAAACTTGTTGTGTAAGCACTG-------GCAACTTAAATA--CTTT---GGAAACAAGTGTGTCGGAGATGGGGA--A--T--ATA--TCTTG-T--T----------------gcc
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gi|18 : gtaaacattctatattaaC-T---GT-TTC-TAAA---GTC--TT-TTTGAC-TTA--CCA-G----T-GTA---ACAC-A-G-CAAGTA-T-TGAC-AT-AC--AAGT--C--AG-------C-TGGGCCAGTTTCA---CAA-A-ACT
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gi|2 : tttTCT------AA-GATGTTCATGTCTTACACATGTA-------C---TTTTGCCTTGCT--GTGTAT-ACGacttttgccttgctgtgtatacgtgcctctatcaacactaatgcttatgatcagtactagtgatcacgacttaagttttaacgcaccttgagacttctatttcacatgtagtctctcatggaataacgacgtttaaaatcaatgaatattaaacttttgtcataaaagataatgttacgcaggtattt
gi|21 : tttatacagcaagttttgaacgtgcaaattcttatatgcatgtcaaaacttgccgtgtaaacactgataaagtcaaagattttggaaaaatgtgtatctgacaaagggaatatatcttgttctgaTGTTCATGTCTTGCACATGTA------TG---TTTTGGCGTGCT--GTGTAA-ACGGtgcctctatcaacactaatgcttatgatcagtactagtgatcacgacttaagttttaacgcaccttgagacttctatttcacatgtagtctctcatggaataacgacgtttaaaatcaatgaatattaaacttttgtcataaaagataatgttacgcaggtattt
gi|24 : TGTT------TAA-A-ACATG------------CTGTGTAA-ACG------GGCC----gcc
gi|26 : gaATGTT------CAA-A-ACTTG------------CTGTGTAA-ACG------GGCC----A------ctgac
gi|3 : taACACAGCATGTTTTGAA--CATGCAAGTTCGGA-CATACATGTTTTAAAAAACTTGCTGTATAAACGCTGATCACCAATAAGTCAAAGA--CTTCAAAGGAAACTTGTGTGTCGAACATAGGGA--A--T--AGA---CTTG-T--T----------------GAT-----------CT-T--TCAC-CT-----A-TGT-CAGA-CAGAC-TT--GT-TTC-CAAA---GTC--TT-T--GAC-TTA--TCA-G----T-GTA-T-ACAC-A-G-CAACTA-T-TGAC-AT-GT--ATGT--C--AGC------A-CTTGCATGTT------CAA-A-ACTTG------------CTGTGTAA-ACG------GGTC----A------ACAA-------GTCT------AA-GATTCTCATATCTTAGACATGTAT-----TT---TTTTTACTTGCT--GTGTAA-ACGGA
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blockSeqs : . A C . . AGCA GAT CTTT T TG T TCT . T . TGATTAGAACAA . . . C . . . . . TT . C . A . . . . . . . . . . . . . . . TC . TTAC . T . . . . . . . . . . . TTT . .
blockSeqs : . T A . . AACA GC CTTT A CG G A . T . TTCGAGGGCAA . . . G . . . . . AT . C . A . . . . . . . . . . . . . . . GA . TAAC . A . . . . . . . . . . . TGT . .
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blockSeqs : . T C . . AAGG GC CTTT T CG G A . T . TCT . . . C . . . . . TT . C . A . . . . . . . . . . . . . . . GC . AGA . T . . . . . . . . . . . TT . .
blockSeqs : C . . . AT AACT T CT C A . T . T . . . C . . . . . AT . C . C . . . . . . . . . . . . . . . GT . AGA . G . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : CT C TA C A . G . T . . . T . . . . . T . C . C . . . . . . . . . . . . . . . AC . AGC . T . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . C AA C A . . . T . . . C . . . . . T . G . C . . . . . . . . . . . . . . . GT . AGA . A . . . . . . . C . .
blockSeqs : . T CG G C . . . T . . . T . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . GT . AA . T . . . . . . .
blockSeqs : C AA C A . . . T . . . C . . . . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . GC . AG . A . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
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originalCons : ACACAGCAAGTTTTGAA--CGNGCACGTTCTGA-CACGCATGTC----AAAACTTGCTGTGTAAACGCTGA------ATAAGTCAAAGA--CTTT---GGAAACACGTGTGTCGGACATGGGNA--A--T--AGA--TCTTG-T--T----------------GAT-----------CT-A--TCAC-CT-----A-TGT-CCGA-CACAC-T---GT-TTC-CAAA---GTC--TT-T--GAC-TTA--TCA-G----T-GTT-T-ACAC-A-G-CAAGTT-T-TGAC-AT-GC--ATGT--C--AG-------A-CNTGCATGTT------CAA-A-ACTTG------------CTGTGTAA-ACG------GGCC----A------ACAA-------GTCT------AA-GATGCTCATGTCTTACACATGTAT-----TT---TTTTGACTTGCT--GTGTAA-ACGGA
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTAGTTTGTGGCAGAGTGAATTGGGGTTCTGTGTGAATATCCATTTGTTGTAAAGA
Unaligned ( gi|20 ): ACTTGGTGTAGTGGACTTAGTACCTTAAGAAAAAATTCGTTCAGATAAA
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Unaligned ( gi|25 ): CAGAGTTTCCGACAGTTAATGACACAACTTCTTTA
Alignments
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Reference ( family-7404 ) : ACACAGCAAGTTTTGAACGNGCACGTTCTGA-CACGCATGTC----AAAACTTGCTGTGTAAACGCTGGC-------AAGTCAAAGA--C---TTT---GGAA-ACACGTGTGTCGGACA--TGGGNA--A--T--AGA--TCTTG-T--T----------------GAT-----------CTA--TCAC-CT-----ATGT-CCGA-CACAC-T---GTTTC-CAAAGTC--TT-T--GAC-TTA--TCA-G----T-GTTT-ACAC-A-G-CAAGTT-T-TGAC-AT-GCATGT--C--AG-------A-CNTGCATG--TT------CAA-AACTTG------------C-TGTGTAA-ACG------GGCC----A------ACAA-------GTCT------AA-GATGCTCATGTCTT--ACAC----ATGTA-TTTTT----TGACTTGCT--GTGTAA-ACGGA
gi|1 : ACACAGCAAATTTTGAACAAGCATGTTCTGA-CATGCATGTT----GAAATTTGCTGTGCA----------------AAGTCAAA-A--C---TTT---GGAA-ACA----TATCTGACA--TGGGAA--A--T--AGA--ACTTG-T--T----------------
gi|10 : atgtagttttaacgagacaaagacataggaggcaatgggcattactttggatgcaaaggcgaagtcaacatggagcccaccctgccttattgcaagaactactcataaccactgaagatccggatgatgtcagtaatttttttaaggatggacaaagttcaatttgatgaactactgacccaagtgacacctttatatacattgacctcataaccttagatctgattggttaaattgccatgtcttgatttgttgattagAA-ATACATGTGTAAGACA--TGAACATCG--T--AGA---CTTG-T--TTATTTGACCAC-----GAT-----------ATA--TTAC-TT-----ATGT-TCGA-CACACCT---GTTAC-CAAAGTC--TG-A--GAG-TTA--TCA-G----T-GTTT-ACAC-A-G-CAAGTT-T-TGAT-AT-GCATGT--C--AGA------A-GTTGCATG--TT------CAA-AACTTG------------C-TGTGTAA-ACaaatggatat
gi|10 : TA--TC--G----T-GGTC-AAAT-A-AACAAGTC-TACGAT-GT-TCATGT--CTTAC-------A-CATGTATT--TT----------GACTTG------------G-TGTGTAA-ACG------Gtgacttggtgtgtaaacggt
gi|10 : gtttacacagcaagttttgaacatgcaacttctgacatgcatatcaaaacttgctgtgtaaacactgataactctcagactttggtaacaggtgtgtcgaacataagtaata----A------ACAA-------GTCT------AC-GATGTTCATGTCTT--ACAC----ATGTA---TTT----TGACTTGGT--GTGTAA-ACGGt
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gi|12 : gtttacacagcaACACAGCAAGTTTTGGACGAGGAAGTTCTGA-CTCGCATGTT----AAAACGTTTTATGTAAACACTGGC-------AACTCTAAGA--A---TTT---GGAA-ACAAGTATCTCGGACA--TGGGGA--A--T--ATA--TCTTG-T--TTTATGAATAAGACAAAGAT-----------ATA--TTTC-CT-----ATGT-CAGA-CACAC-T---
gi|13 : TAGC-------AAGTCAAA--------T----------ATACATGTGTAAGACA--TGTTGA--T--T--AGA--AC-AG---------------------GAT-----------CTA--T-AT-CT-----ATGT-CCAG-CACACAT---GTTTC-CAAAGTC--TT-T--CAC-TTT--TCA-G----T-ATTT-ACAC-A-G-TGTTTT-T-TGAC-AT-GAATGT--T--AG-------ATCTTGCACGTTTT------CAA-AACTTG------------T-TGTGTAaaatgggcc
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gi|14 : cactgatccggtCATGTCTT--ACAC----ATGTA--TTTC----TGAC-TGCT--GTGTAAGACGGttaatacttgtgaaattatcattttctttgatgaat
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gi|16 : cccACACAGCAAGTTTTGAACGAGCACATTCTGA-CACGCATGTT----AAAACTTGTTGTGTAAGCACTGGC-------AACTTAAATA--C---TTT---GGAA-ACAAGTGTGTCGGAGA--TGGGGA--A--T--ATA--TCTTG-T--T----------------gcc
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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