lowQualScore : 55 2 2222 1111111 11 11 11 1 3333333333333333333333333 11111111111 22222222222222222222 11111 222222 11111111 111111111111111 11 11111 3333 11111 333333 3 11 11111 222 2 2 33 22 22 222222 1 44444444444444 1 22222222 222 1111 111111 22222 11 1 222 1 1 11
lowQualScore : 55 4 0 1 8888 666 0000000 2 33 55 3 44 3 6666 2 2 77 3 6666 4 3 77 2222222222222222222222222 44 55555555555 6 777 3 66666666666666666666 555 3 3 00000 3 88 3 000000 55555555 555555555555555 3 00 22222 3333 666 7 66666 4 444444 2 8 44 5 5 5 77777 444 2 77 888 5 5 11 44 33 77 5 222222 2 6 99999999999999 0 77777777 5 222 99 8888 666666 66666 55 2 3 0 77777 22 0 777 5 2 5 22
lowQualScore : .. . . . .... ... ....... . .. .. . .. . .... . . .. . .... . . .. ......................... .. ........... . ... . .................... ... . . ..... . .. . ...... ........ ............... . .. ..... .... ... . ..... . ...... . . .. . . . ..... ... . .. ... . . .. .. .. .. . ...... . . .............. . ........ . ... .. .... ...... ..... .. . . . ..... .. . ... . . . ..
lowQualScore : 00 0 0 0 3333 444 8888888 9 99 77 1 55 1 5555 9 9 00 1 5555 3 1 33 2222222222222222222222222 66 88888888888 7 444 3 22222222222222222222 888 3 3 44444 3 66 6 555555 44444444 555555555555555 6 00 77777 0000 444 8 00000 0 666666 0 0 11 0 0 0 55555 999 9 99 666 7 0 44 33 66 99 3 444444 0 7 22222222222222 0 22222222 6 666 22 5555 444444 77777 88 5 2 2 22222 00 0 555 0 5 5 55
consensus : NACAATTATA--ACAATTTGNGAATACGGAACAAGAGTATGCGCGATGTA----AAGA---TATA-------ACAAA-T--A--TGACAT-AAAG-TA-ACAATAA----CAAC-T-GATTTCAACAAATG-TATGCAAT-ATAGATA----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----T--C-AC--A----T-TTG---T-GTGTTATT-TT-GT--AAA-ATG--C-TAT--C--TGGTC---AA---AATAGATAA---------C-AA--AAAA-T--CAACA-----TGAGTTTT--AAGGTT---TGGAATCC----AG-AG---TATCATCCTTGTGT-CTTATGCCA-GAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTG-TTCTCACC--TGC--AAAA-GGC-ACCAAGGGACG-CATGCTCAATGACAC--CCTGNGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCGTGAAATG-----------T-TTTTATAATGACCATTA-----ATGTGCCATGGGGTC--TGT-GT-TGTCATCCTTGTGCCT------GAAGCAGACCGGCCTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-NACACC
Reference ( gi|1 ) : TACAATTATATTACAATTTGAGAATACGAAACA-GAGTATACGTGATGTA----AAGA---TATA-------ACAAA-T--A--TGACAT-AAAG-CA-ACAATAA----CAAC-T-GATTTCAACAAATG-AATGCAAT-ATAGATA----TGTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----T--C-AC--A----T-TTG---T-GTGTTATT-TT-GT--AAA-ATG--C-TAT--T--TGGTC---GA---AATAGATAA---------C-AA--AAAA-T--CAACA-----TGAGTTTTTAAGGGTT---TGGAACTC----CG-AG---CTGCATCCTT-TGT-CTTATGCCA-GAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTG-TTCTCA-C--TGC--AAAAGGGC-ACCA--GGACG-CATGCTCAATG--AC--CCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCATGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTA-----ATGTGCCATGGGGTC--TGT-GT-TGTCATCCTTGTGCCT------GAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
gi|26 : ACAATTATA--ACAATTTGTGAATACAAAACAAGAGTATGCGTGATGTA----AAGA---TAT--------ACATA-T--A--
gi|24 : GAGAATACGGAACA-GAGTATGCGCGATGTA----AAGA---TACACACACACACACA-T--A--CGA-GT-AAAGACATACAATAc
gi|16 : ACATGGTGCATAACAAGAGCATATA-------ACAAA-TACA--TGAC---AAAG-TA-ACAATAA----CAAC-T-GATTTCAA
gi|2 : acaatacaatacttttttattttccataagaatgggcccAAA---TAAA-------ACAAA-T--A--TAAGGC-AGAG-TA-ACTATAA----CAAC-T-GATCTCAACAAATG-TATGCAAT-ATAGATACATGTATTT-TC--CCCAT-CTAATT------------------GA--GTTGC-----------A-TATTCAGT-TGGAAC--C-AC--GATTTT-TTG---T-GTGCTATT-TT-GT--AAA-ATG--C-TATAGA--TAGTC---AG---AAAATATAGTACCCCCCCC-AA--AAAA-A--AAACA-----T-----------GCTT---TGGAATTC----AG-AGTATCATCATCCTTGTGC-ATTAT-TCA-GAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTG--TCTCACC--TGG--AAAA-GGC-ACCAAGGGACG--ATGCTCAATGACAC--CCTGAGAT--CT-TTTAA-AAT-GGTTAGCGTAAAATGCTGGTTTGAAATGTTTTATGATGA-CA-TA-----ATGTGCC-T-GGGTC--TGT-A--TGTCATCATTGTGCCT------GAAGCAGACCAGC
gi|7 : tatctttatttccataggaatgggacatgacaagagcatttataacaccacaatatcA---TATA-------ACAAA-T--ACATGACAT-AAAG-TA-ACAATAA----CAAC-T-GATTTCAACAAATG-TATGCAAT-ATAGACA----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TATGT-T-------------A----T-TT-------TGTAATT-T--------A-ATG--C-TAT--C--TGTTC---AA---AATAGATAA---------C-AG--AAAA-T--CAACA-----TGAGTTTT--AAGGTT---TGGAATCC----AG-AG---TATCATCCTTGTGT-CTTGTG-CA-GAAGAGACA-GA-CCTCTCCGAGATGT
gi|9 : caatacttttatttttaataagaatgggcccacatggggcatgacaagagcA---TATA-------ACAAA-T--ACATGACAT-AAAG-TA-ACAATAA----CAAC-T-GATTTCAACAAATG-TATGCAAT-ATAGATA----TTTTT-GT--AACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----TAAC-AA--A----T-TTG---T-GTGTTATT-TT-GT--AAA-ATG--C-TAT--C--TGGTC---AA---AATAGATAA---------C-AG--AAAA-T--CAACATGTCTTGCGTTTTTAA-GGTT---TGGAATCC----AG-AG---
gi|6 : atacaatactttattttccataagaatgggcccacatggggcatgacaagagcA---TATT-------ACAAA-T--A--TGACAT-ACAG-TA-ACAATAA----CA-C-T-GATTTCAACAAAGG-TATGCAAT-ATAAATA----TTTTT-GT--TACAT-C----TAATATGAGTTGTATCCCGGA--GTTGT-----------A-TA-TTCAG-T----T--C-ACAAA----T-TTG---T-GTGCTATT-TT-GT--GAA-ATG--C-TA------TAGTC---AA---AAT-----A---------C-------AA-TCCCAATG-----TGAGTTTT--AAGGTT---TGGAATCC----AG-AA---TATCATCCTTGTGTCCTTATGTCtat
gi|10 : acaatacaatactttttattcccataagaggggcatgacaagagcA---TATA--------CAA--T--A--TGCAAT-ACAG-TA--CAATAA----CA-C-T-GATT-CAACAAAGG-TATGCAAT-ATA-ATA----TTTTT-TG--TACAT-C----TAATAT-------------GA--GTTGTTCCCGGAGTGTA-TA-TTCGTGT----T--C-AC--A----AATTG---T-GTGCTATT-TT-GT--GAA-ATG--C-TA------TAGTC---AA---AAT-----A---------C-------AA-TCCCAATG-----TGAGTTTT--AAGGTT---TGGAATCC----AG-AA---TATCATCCTTGTGTCCTTATtacatggtatatgcaacaaaattctctcaacattcga
gi|12 : atacaatactttttattcccataagaggggcatgacaagagcA---TATA-------ACAAA-T--ACATGACAC-AAAG--------TAA----CAAC-T-GATTTCAACAAATG-TATGCAAT-ATAGACA----TTTTT-GT--TATAT-C----T------------------
gi|20 : acaatacaatacttttattttccataagaatgggcccacatggggcatgacaagagcA---TATA-------ACAAA-T--ACATGACAT-AAAG-TA-ACAATAATAATTAAC-T-GATT
gi|4 : caatacaatacataagaatgggcccacatggggcatgacaagagc---TATA-------ACAAAGT--A--TTACATTAAAG--A-ACAATTA----CAACCT-GATTTCAACAAATG-AATGCAAT-ATA-ATA----TGTTT-GTACTACATAC----T------------------GA--CTTCC-----------AGTA-T-TGT-T----T--CCAC--A----T-TT----T-GTGTTATT-TT-CT--AAAGATGG-C-TAT--T--TGGTC---AG---AATAGATAA---------C-AA--AAAAAT--CAACA-----TGAGTTTT--AAGGTT---TGGAA-TC----CGTAG---TGACA-CATT-TG--CTTATGCAAAGAAGGGACACGA-CCT-----AGAT-TG-T-CTCA-CCATGCTCAAAACGGCTACCA--GGACG-CATGCTCAATG--AC--CCT--GATACCTACTTAATAATCGGTCAGCATGAAATG-------------CTTTATAATGACCA--A-----A--TGCCATGTGGTC--TGTCGT-TGTCA-CCTTGTGCCT------GAATCAGACCG--CTCCTA-TATGTTTGGATAAGTTAGACAGGACTGCTAATAGGCACCAAGGTCGGACGGCT-CCCTTATGCACACCa
gi|3 : A-------ACAAA-T--A--TGACAT-AAAG--A-ACA-TAA----CAAC---GATTTCAACAAATGCAATGCAATTATAGATA----TGTTT-GTC-TACATGC----T------------------GA--CTTGC-----------AGTA-TCTGT-T----T--CCAC--A----T-TTG---T-GTGTTATT-TTCGTTAAAG-ATG--C-TAT--TGTTGGTTCG-GA---AATAGATAA---------C-AACAAAAA-T--CAACAC----TGAGTTTTTAAGGGTT---TGGAACTC----CG-AG---CTGCATCCTT-TGT-CTTATGCCA-GAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTG-TTCTCA-C--TGC--AAAAGGGC-ACCA--GGACG-CATGCTCAATG--AC--CCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCATGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTA-----ATGTGCCATGGGGTC--TGT-GT-TGTCATCCTTGTGCCT------GAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACCgt
gi|18 : CAAA-T--A--TGACAT-AA-G-CA-ACAA-AA----CAAC-T-GATTTCAACAAATT-A-TGCAAT-GT-GATA----T--TT-GT--TGCAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-----------------------------TG---T-GTGTTATTATTAGTC-AAA-ATg
gi|8 : AAA-C--A--TAACAT-AAAG-TA-ACAATAA----CAAC-T-GATTTCAACAATTG-TATGCAAT-ATAGACT----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-AA-TCTGT-T----T--C-AC--AAA--T-TTG---T-GTGTTATT-CT--------------C-----------GTC---AA---AATAGATAA---------C-AG--AAAA-T--CAACA-----TGAATTTT--AAGGTT---TGGAATTC----AG-AG---TACCATCCTTGTGT-CTTGTGC-A-GAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTG--TCTCACC--TGC--AAAA-GGC-ACCAAGGGATG--ATGCTCAATGACAC--CCTGCGGT-CCT--TTAATAag
gi|5 : caAATAA----CAAC-TTGATTTCAACAAATGTCAT-CAAA-ATAGATA----TTTTTTGT--TACAT------T------------------AA--GTTCC-----------A-TA-CTTTT-T----T--C-AC--AAA--T-TTG---T-GTGTTATT-TT-GT--AAA-ATG--C-TAT--T--TGGTC---AA---AATAGATAA---------CAAA--AAAA-T--CAACA-----TGTGTTTT--AAGGTT---TGGAATCC----AG-AG---TATCATCCTTGTGT-CTTGTG-CA-GAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGCG--TCTCACC--TGC--AAAA-GGC-ACCAAGGGACG--ATGCTCAATGACAC--CCTGAGAT-CCT--TTAA-AAT-GGTCAGCATG------------------TTTTATAATGA-CA-TA-----ATGTGCC-T-GGGTC--TGT-A--TGTCATCCTTATGCCT------GAAGCAGACCGG----CTAGTAT-TTTAGTAAG--TAGACA-GACTGCTAA-AGGCACCAAG---GGACGG-TGCTC-TAT-GACAC
gi|13 : aa-T-GATTTTATCTTATA-TATGTA-T-ATAGA-A----TTTTT-GT--TAC-T-T----T------------------GGCGGTT-C-----------A-TAATCTGT-T----T--C-ACAAA----T-TTG---TGGTGCTA-T-TT-GT--AAA-ATGACT-TAT--C--TGGTCCAAGACCGAATAGATAA---------C-tg
gi|21 : TTTCAACAAATG-TATGCAAT-ATAGACA----T-TTT-GT--TACAT-T----G------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TATAA-T----T--T-AT--A----TATTGGCAT-GTATCATT-c
gi|11 : AA-ATG--CCTAT--------------A---AATAGATAC---------C-AA--AAAC-T--CAACA-----TGGG-TTTTAAGGTTTGGGTGGAATCCAGATCG-AG---TATCATCCTTGTGT-CTTATG-CA-GAAGAG
gi|29 : aattgtgtaatttatcttattcctcagtgatTATATAA---------G-AT--AAAA-T--CAACA-----TGAGTTTT--AAGGTT---TGGAAnattgagagaactgt
gi|19 : ATCCTTGTGC-CTTAAGC-A-GAAGAGACA-AA-CCCA----AAATGTA--TCTCACC--TTC--AAAA-GGC-ACCtc
gi|15 : aggtagtaaaaaaaaaatcataatttcagagtactGACA-GATCCT-----AATTGTGGTCCTC--C--TG---AAAATGGC-ACCAAGGGACG--GTACTTAACG--ACACCCTGGGAT--CT-TGTAA-AAT-GGTTCACGTGAAAT------------TCT
gi|3 : GGC-ACAA--GGATGACA-ACACA--G--AC--CCCATGGCACAT------TAAT-GGTCATTATAAAAGA-----------CATTTCATGCTGACCATTATTAAGAGGTATCCCAGGGTCATTGA-GCATG-CGTCCTGGTGCCagtttgaattgttctataat
gi|31 : aacaaatatgacataaagaacataacaacgatttcaacaaatgcaatgcaattatagatatgtttgtctacatgctgacttgcagtatctgtttccacatttgtgtgttattttcgttaaagatgctattgttggttcggaaatagataacaacaaaaatcaacactgagtttttaagggtttggaactccgagctgcatcctttgtcttatgccagaagagacagacctagatgtgttctcactgcaaaagGGGTC--TGT-GT--GTCATCCTTGTGCCT------GAAGtgaagcagaccggcttcctagtatgtttggtaaagttagacaggactgctaaaggcaccaaggcggacggctgcccttatcacaccg
gi|8 : tCATCCTTGTGTCTTGTGCAGAAG-AGACAGAC---CTAG-ATGT--------GTCTCAC----CTGCAAA-AGGCACCAAG---GGATGA-TGCTC-AAT-GACACC
gi|19 : caaaacataacataaagtaacaataacaactgatttcaacaattgtatgcaatatagacttttttgttacatctgagttgcaaatctgtttcacaaatttgtgtgttattctcgtcaaaatagataacagaaaatcaacatgaattttaaggtttggaattcagagtacATCCTTGTGCCT------TAAGCAGActgcggtcctttaata
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AATACAATATCTTTATTTCCATAAGAATGGCCCCACTTGGGGTTTGACAAGAACATTTATAATATCGCAATATCATATAGGACAAATATTAAACAGAGTAACTATAACAGCTGATT
Unaligned ( gi|17 ): ATACATGATCTTTATTTCCATAACGGAATGGGCCCACATATGGGGCATGGCAAGAGCATATATCAAATAAATCAAATATAAGACAGTAACTATAACAACTGAT
Unaligned ( gi|22 ): TAATACAATACTTTAATGGGCCCACATAGGGCATGACAAGAGCATAGAGCCTGACAAGAGCTATATATACACTAACTG
Unaligned ( gi|23 ): AATACTGACAATATTTTTATTTCCATAAGAATGGACCCATGTGGGGCATGACAAAAATTATCATAATAACAAA
Unaligned ( gi|25 ): CAATACAATATCTTTACTTCCATAAGAATGGGCCTATGTGAGACATGACAAAAACATTTATAATA
Unaligned ( gi|27 ): CAATACAATACTTTTATTTTTTCCTTAAGAATGGGGCTCCACATGGGGCATGATA
Unaligned ( gi|28 ): TCAATACAATACTTTTATTTTCCATAAGAATGGGTTCCACATGGGCATGACAAGA
Unaligned ( gi|30 ): TACAATACAATACTTTTTTATTTTCCATAAGAATGGGCCC
Alignments
lowQualScore : 22 2222 1111 22222 11 2222222222222222222222222 11111111111 11111111111111111111 11111 111111111 11 11111 22 1 11 1 1 11 1 6666666666666 1 2 111 1 11 11
lowQualScore : 77 1 4444 7777 33333 0 55 66 2 33 33 2 2 2 5555 2 2 2 2 2 6666 2 66 8888888888888888888888888 44 44444444444 6 6 3 3 99999999999999999999 555 3 3 44 3 77 3 66666 3 44 77777 222222222 44 6 44 44 3 999999 99 7777 7777 555 7 77 4 4 11111 33 5 66 0 5 5 22 8 5 3 9 44 2 6 0 5555555555555 0 0 0 111 999 99 2 2 2 2 0 22 2 2 3 11
lowQualScore : .. . .... .... ..... . .. .. . .. .. . . . .... . . . . . .... . .. ......................... .. ........... . . . . .................... ... . . .. . .. . ..... . .. ..... ......... .. . .. .. . ...... .. .... .... ... . .. . . ..... .. . .. . . . .. . . . . .. . . . ............. . . . ... ... .. . . . . . .. . . . ..
lowQualScore : 55 0 6666 0000 44444 6 88 88 5 44 88 7 7 5 3333 5 5 9 9 9 1111 9 88 6666666666666666666666666 22 66666666666 2 2 3 1 99999999999999999999 444 1 3 66 1 33 1 88888 1 22 77777 333333333 66 7 66 66 3 666666 22 1111 1111 888 3 22 4 4 11111 55 0 99 0 0 0 77 6 0 0 0 66 0 7 7 6666666666666 0 4 8 666 333 22 5 5 5 5 0 55 5 5 2 00
consensus : NACAATTATATTACAATTTGAGAATACGGAACA---AGAG----TATG----CGCGATGTAAAGATATA--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATA----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----T--C-AC--A----T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--C--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAA--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTGT-TCTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGACGCATGCTCAATGACACCCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCGTGAAATGTC-----------TTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
Reference ( family-710 ) : NACAATTATA--ACAATTTGNGAATACGGAACA---AGAG----TATG----CGCGATGTAAAGATATA--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATA----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----T--C-AC--A----T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--C--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAA--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTGT-TCTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGACGCATGCTCAATGACACCCTGNGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCGTGAAATGT------------TTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCCTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-NACACC
gi|1 : ACAATTATATTACAATTTGAGAATACGAAACA----GAG----TATA----CGTGATGTAAAGATATA--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAGCAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGA-A-TGCAAT-ATAGATA----TGTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----T--C-AC--A----T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--T--TGGT-C--GA-----AATAGATAA---------CAA--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTTTAAGGGTT----TGGAACTCC----GAGC---TGCATCCTT-TGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTGT-TCTCA-C-TG--CAAAAGGG-C-ACCA--GGACGCATGCTCAATG--ACCCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCATGAAATGTC-----------TTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
gi|10 : tATATA---CAA--T--A--TGCAAT-A-CAGTA-CAATA-A----CA-C-T-GATT-CAACAAAGGT-A-TGCAAT-ATA-ATA----TTTTT-TG--TACAT-C----TAATAT-------------GA--GTTGTTCCCGGAGTGTA-TA-TTCGTGT----T--C-AC--A----AATTG---T-GTGCTATTTT-GT--GAA-ATG--C-TAT------AGT-C--AA-----AATA--------------CAA-------T--CCCAATG-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAAT---ATCATCCTTGTGTCCTTAT
gi|11 : atacaatactttttattcccataagaggggcatgacaagagcAA-ATG--CCTAT--------------A-----AATAGATAC---------CAA--AA-ACT--C--AACA-TG------GGTTTT--AAGGTTTGGGTGGAATCCAGATCGAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTATG--CAGAAGAG
gi|12 : aattgtgtaatttatcttattcctcagtgatATATA--ACAAA-T--ACATGACAC-A-AAGTAAC-----------AAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGACA----TTTTT-GT--TATAT-C----T------------------nattgagagaactgt
gi|13 : acaatacaatacttttattttccataagaatgggcccacatggggcatgacaagagc-T-GATTTTATCTTATAT-A-TGTA-T-ATAGA-A----TTTTT-GT--TAC-T-T----T------------------GGCGGTT-C-----------A-TAATCTGT-T----T--C-ACAAA----T-TTG---TGGTGCTA-TTT-GT--AAA-ATGACT-TAT--C--TGGTCC--AAGACCGAATAGATAA---------C
gi|14 : GAACATTTATAA----TAT-----CGCAATATCA---TATAGGACAAA-T--A--TTAAAC-A-GAGTAACTATA-A----CAGC-T-GATTc
gi|15 : aatacaatatctttatttccataagaatggccccacttggggtttgacaaGACA-GATCCT-----AATTGTGG-TC-CTCC-TG--AAAAT-GG-C-ACCAAGGGACG-GTACTTAACGACACCCTGGGAT--CT-TGTAA-AAT-GGTTCACGTGAAAT
gi|16 : ATATA--ACAAA-TACA--TGAC---A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAAtctagtttgaattgttctataat
gi|18 : acaatacaatacttttttattttccataagaatgggcccacatggtgcataacaagagcCAAA-T--A--TGACAT-A-A-GCAACAA-A-A----CAAC-T-GATTTCAACAAAT-T-A-TGCAAT-GT-GATA----TTT---GT--TGCAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-----------------------------TG---T-GTGTTATT-----------AT-------------TAGT-C--AA-----AATAG
gi|19 : TTCA----GAGT---ACTATCCTTGTGC-CTTAAGC--AGAAGAGACA-AA-CCC-----AAA-ATGTATCTCACC-TT--CAAAA-GG-C-ACC
gi|2 : aggtagtaaaaaaaaaatcataatACA---AGAGCATTTATAACACCACAATATCAA-ATAAA--ACAAA-T--A--TAAGGC-A-GAGTAACTATA-A----CAAC-T-GATCTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATACATGTATTT-TC--CCCAT-CTAATT------------------GA--GTTGC-----------A-TATTCAGT-TGGAAC--C-AC--GATTTT-TTG---T-GTGCTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TATAGA--TAGT-C--AG-----AAAATATAGTACCCCCCCCAA--AA-AAA--A--AACA-T-----------------GCTT----TGGAATTCA----GAGTATCATCATCCTTGTGC-ATTAT-T-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTG--TCTCACC-TG--GAAAA-GG-C-ACCAAGGGACG-ATGCTCAATGACACCCTGAGAT--CT-TTTAA-AAT-GGTTAGCGTAAAATGCTGGTTTGAAATGTTTTATGATGA-CA-TAATGTGCC-T-GGGTCTGT-A-TGTCATCATTGTGCCTGAAGCAGACCAGC
gi|20 : tatctttatttccataggaatgggacatgATATA--ACAAA-T--ACATGACAT-A-AAGTAACAATA-ATAATTAAC-T-GATT
gi|21 : caatacaatacataagaatgggcccacatggggcatgacaagagcTTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGACA-----TTTT-GT--TACAT-T----G------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TATAA-T----T--T-AT--A----TATTGGCAT-GTATCATTa
gi|24 : GAGAATACGGAACA----GAG----TATG----CGCGATGTAAAGATACAC-ACACA-C--A--C-ACAT-ACGAGTAAAGACATA----CAA
gi|26 : ACAATTATA--ACAATTTGTGAATACAAAACA---AGAG----TATG----CGTGATGTAAAGATAT---ACATA-T--A--ta
gi|29 : TATATAA---------GAT--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCc
gi|3 : A--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAG-AACA-TA-A----CAAC---GATTTCAACAAATGC-AATGCAATTATAGATA----TGTTT-GTC-TACATGC----T------------------GA--CTTGC-----------AGTA-TCTGT-T----T--CCAC--A----T-TTG---T-GTGTTATTTTCGTTAAAG-ATG--C-TAT--TGTTGGT-TCGGA-----AATAGATAA---------CAACAAA-AAT--C--AACACTG------AGTTTTTAAGGGTT----TGGAACTCC----GAGC---TGCATCCTT-TGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTGT-TCTCAC--TG--CAAAA-GGGC-ACCA--GGACGCATGCTCAATGAC--CCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCATGAAATGTC-----------TTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
gi|31 : GGGTCTGT-GT-GTCATCCTTGTGCCTGAAGg
gi|4 : tTATA--ACAAAGT--A--TTACATTA-AAG-AACAATT-A----CAACCT-GATTTCAACAAATGA-A-TGCAAT-ATA-ATA----TGTTT-GTACTACATAC----T------------------GA--CTTCC-----------AGTA-T-TGT-T----T--CCAC--A----T-TT----T-GTGTTATTTT-CT--AAAGATGG-C-TAT--T--TGGT-C--AG-----AATAGATAA---------CAA--AAAAAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCG----TAGT---GACACATTTG----CTTATGCAAAGAAGGGACACGA-CCT-----AGAT-TG--TCTCACCATGCTCAAAACGG-CTACCA--GGACGCATGCTCAATG--ACCCT--GATACCTACTTAATAATCGGTCAGCATGAAATG-------------CTTTATAATGACCA--AA--TGCCATGTGGTCTGTCGTTGTCA-CCTTGTGCCTGAATCAGACCG--CTCCTA-TATGTTTGGATAAGTTAGACAGGACTGCTAATAGGCACCAAGGTCGGACGGCT-CCCTTATGCACACC
gi|5 : AATA-A----CAAC-TTGATTTCAACAAATGTCA-T-CAAA-ATAGATA----TTTTTTGT--TACAT------T------------------AA--GTTCC-----------A-TA-CTTTT-T----T--C-AC--AAA--T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--T--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAA--AAAAAT--C--AACA-TG------TGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTGTG--CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGCG--TCTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGACG-ATGCTCAATGACACCCTGAGAT-CCT--TTAA-AAT-GGTCAGCATG------------------TTTTATAATGA-CA-TAATGTGCC-T-GGGTCTGT-A-TGTCATCCTTATGCCTGAAGCAGACCGG----CTAGTAT-TTTAGTAAG--TAGACA-GACTGCTAA-AGGCACCAAG---GGACGG-TGCTC-TAT-GACACgt
gi|6 : aaATATT--ACAAA-T--A--TGACAT-A-CAGTAACAATA-A----CA-C-T-GATTTCAACAAAGGT-A-TGCAAT-ATAAATA----TTTTT-GT--TACAT-C----TAATATGAGTTGTATCCCGGA--GTTGT-----------A-TA-TTCAG-T----T--C-ACAAA----T-TTG---T-GTGCTATTTT-GT--GAA-ATG--C-TA------TAGT-C--AA-----AAT-----A---------C-------AATCCC--AATG-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAAT---ATCATCCTTGTGTCCTTATGT-Ctg
gi|7 : acaatacaatactttttattcccataagaggggcatgacaagagcATATA--ACAAA-T--ACATGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGACA----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TATGT-T-------------A----T-TT-------TGTAATTT--------A-ATG--C-TAT--C--TGTT-C--AA-----AATAGATAA---------CAG--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTGTG--CAGAAGAGACA-GA-CCTCTCCGAGATGTtacatggtatatgcaacaaaattctctcaacattcga
gi|8 : caatacttttatttttaataagaatgggcccacatggggcatgacaagagcAAA-C--A--TAACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAATTGT-A-TGCAAT-ATAGACT----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-AA-TCTGT-T----T--C-AC--AAA--T-TTG---T-GTGTTATT-----------------------C--TCGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAG--AA-AAT--C--AACA-TG------AATTTT--AAGGTT----TGGAATTCA----GAGT---ACCATCCTTGTGT-CTTGTG--CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTG--TCTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGATG-ATGCTCAATGACACCCTGCGGT-CCT--TTAATA
gi|9 : caATATA--ACAAA-T--ACATGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATA----TTTTT-GT--AACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----TAAC-AA--A----T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--C--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAG--AA-AAT--C--AACA-TGTCTTGCGTTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---AT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATACATGATCTTTATTTCCATAACGGAATGGGCCCACATATGGGGCATGGCAAGAGCATATATCAAATAAATCAAATATAAGACAGTAACTATAACAACTGAT
Unaligned ( gi|22 ): TAATACAATACTTTAATGGGCCCACATAGGGCATGACAAGAGCATAGAGCCTGACAAGAGCTATATATACACTAACTG
Unaligned ( gi|23 ): AATACTGACAATATTTTTATTTCCATAAGAATGGACCCATGTGGGGCATGACAAAAATTATCATAATAACAAA
Unaligned ( gi|25 ): CAATACAATATCTTTACTTCCATAAGAATGGGCCTATGTGAGACATGACAAAAACATTTATAATA
Unaligned ( gi|27 ): CAATACAATACTTTTATTTTTTCCTTAAGAATGGGGCTCCACATGGGGCATGATA
Unaligned ( gi|28 ): TCAATACAATACTTTTATTTTCCATAAGAATGGGTTCCACATGGGCATGACAAGA
Unaligned ( gi|30 ): TACAATACAATACTTTTTTATTTTCCATAAGAATGGGCCC
Alignments
lowQualScore : 11 2222 1111 22222 11 2222222222222222222222222 11111111111 11111111111111111111 11111 111111111 11 11111 22 1 11 1 1 11 1 33333333333333 1 2 111 1 11 1
lowQualScore : 88 3 0 4444 7777 33333 0 55 66 2 33 33 2 2 2 5555 2 2 2 2 2 6666 2 66 8888888888888888888888888 44 44444444444 6 6 3 3 99999999999999999999 555 3 3 44 3 77 3 66666 3 44 77777 222222222 44 6 44 44 3 999999 99 7777 7777 555 7 77 4 4 11111 33 77 66 5 0 5 22 8 5 1 9 44 2 6 0 99999999999999 0 0 0 111 999 55 2 2 2 2 0 22 2 2 3 0
lowQualScore : .. . . .... .... ..... . .. .. . .. .. . . . .... . . . . . .... . .. ......................... .. ........... . . . . .................... ... . . .. . .. . ..... . .. ..... ......... .. . .. .. . ...... .. .... .... ... . .. . . ..... .. .. .. . . . .. . . . . .. . . . .............. . . . ... ... .. . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 55 2 2 6666 0000 44444 6 88 88 5 44 88 7 7 5 3333 5 5 9 9 9 1111 9 88 6666666666666666666666666 22 66666666666 2 2 3 1 99999999999999999999 444 1 3 66 1 33 1 88888 1 22 77777 333333333 66 7 66 66 3 666666 22 1111 1111 888 3 22 4 4 11111 55 55 99 0 0 0 77 6 0 7 0 66 0 7 7 88888888888888 0 4 8 666 333 88 5 5 5 5 0 55 5 5 2 0
consensus : NACAATTATATTACAATTTGAGAATACGGAACA---AGAG----TATG----CGCGATGTAAAGATATA--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATA----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----T--C-AC--A----T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--C--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAA--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTGT-TCTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGACGCATGCTCAATGACACCCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCGTGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
Reference ( family-710 ) : NACAATTATATTACAATTTGAGAATACGGAACA---AGAG----TATG----CGCGATGTAAAGATATA--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATA----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----T--C-AC--A----T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--C--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAA--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTGT-TCTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGACGCATGCTCAATGACACCCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCGTGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
gi|1 : ACAATTATATTACAATTTGAGAATACGAAACA----GAG----TATA----CGTGATGTAAAGATATA--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAGCAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGA-A-TGCAAT-ATAGATA----TGTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----T--C-AC--A----T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--T--TGGT-C--GA-----AATAGATAA---------CAA--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTTTAAGGGTT----TGGAACTCC----GAGC---TGCATCCTT-TGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTGT-TCTCAC--TG--CAAAA-GGGC-ACCA--GGACGCATGCTCAATGAC--CCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCATGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
gi|10 : tATATA---CAA--T--A--TGCAAT-A-CAGTA-CAATA-A----CA-C-T-GATT-CAACAAAGGT-A-TGCAAT-ATA-ATA----TTTTT-TG--TACAT-C----TAATAT-------------GA--GTTGTTCCCGGAGTGTA-TA-TTCGTGT----T--C-AC--A----AATTG---T-GTGCTATTTT-GT--GAA-ATG--C-TAT------AGT-C--AA-----AATA--------------CAA-------T--CCCAATG-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAAT---ATCATCCTTGTGTCCTTAT
gi|11 : atacaatactttttattcccataagaggggcatgacaagagcAA-ATG--CCTAT--------------A-----AATAGATAC---------CAA--AA-ACT--C--AACA-TG------GGTTTT--AAGGTTTGGGTGGAATCCAGATCGAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTATG--CAGAAGAG
gi|12 : aattgtgtaatttatcttattcctcagtgatATATA--ACAAA-T--ACATGACAC-A-AAGTAAC-----------AAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGACA----TTTTT-GT--TATAT-C----T------------------nattgagagaactgt
gi|13 : acaatacaatacttttattttccataagaatgggcccacatggggcatgacaagagc-T-GATTTTATCTTATAT-A-TGTA-T-ATAGA-A----TTTTT-GT--TAC-T-T----T------------------GGCGGTT-C-----------A-TAATCTGT-T----T--C-ACAAA----T-TTG---TGGTGCTA-TTT-GT--AAA-ATGACT-TAT--C--TGGTCC--AAGACCGAATAGATAA---------C
gi|14 : TTTGACAA----GAACATTTATAA----TAT-----CGCAATATCA---TATAGGACAAA-T--A--TTAAAC-A-GAGTAACTATA-A----CAGC-T-GATTc
gi|15 : aatacaatatctttatttccataagaatggccccacttggggGACA-GATCCT-----AATTGTGG-TC-CTCC-TG--AAAAT-GG-C-ACCAAGGGACG-GTACTTAACGACACCCTGGGAT--CT-TGTAA-AAT-GGTTCACGTGAAAT------------TCT
gi|16 : ATATA--ACAAA-TACA--TGAC---A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAAagtttgaattgttctataat
gi|18 : acaatacaatacttttttattttccataagaatgggcccacatggtgcataacaagagcCAAA-T--A--TGACAT-A-A-GCAACAA-A-A----CAAC-T-GATTTCAACAAAT-T-A-TGCAAT-GT-GATA----TTT---GT--TGCAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-----------------------------TG---T-GTGTTATT-----------AT-------------TAGT-C--AA-----AATAG
gi|19 : TTCA----GAGT---ACTATCCTTGTGC-CTTAAGC--AGAAGAGACA-AA-CCC-----AAA-ATGTATCTCACC-TT--CAAAA-GG-C-ACC
gi|2 : aggtagtaaaaaaaaaatcataatACA---AGAGCATTTATAACACCACAATATCAA-ATAAA--ACAAA-T--A--TAAGGC-A-GAGTAACTATA-A----CAAC-T-GATCTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATACATGTATTT-TC--CCCAT-CTAATT------------------GA--GTTGC-----------A-TATTCAGT-TGGAAC--C-AC--GATTTT-TTG---T-GTGCTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TATAGA--TAGT-C--AG-----AAAATATAGTACCCCCCCCAA--AA-AAA--A--AACA-T-----------------GCTT----TGGAATTCA----GAGTATCATCATCCTTGTGC-ATTAT-T-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTG--TCTCACC-TG--GAAAA-GG-C-ACCAAGGGACG-ATGCTCAATGACACCCTGAGAT--CT-TTTAA-AAT-GGTTAGCGTAAAATGCTGGTTTGAAATGTTTTATGATGA-CA-TAATGTGCC-T-GGGTCTGT-A-TGTCATCATTGTGCCTGAAGCAGACCAGC
gi|20 : tatctttatttccataggaatgggacatgATATA--ACAAA-T--ACATGACAT-A-AAGTAACAATA-ATAATTAAC-T-GATT
gi|21 : caatacaatacataagaatgggcccacatggggcatgacaagagcTTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGACA-----TTTT-GT--TACAT-T----G------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TATAA-T----T--T-AT--A----TATTGGCAT-GTATCATTa
gi|24 : GAGAATACGGAACA----GAG----TATG----CGCGATGTAAAGATACAC-ACACA-C--A--C-ACAT-ACGAGTAAAGACATA----CAA
gi|26 : ACAATTATA--ACAATTTGTGAATACAAAACA---AGAG----TATG----CGTGATGTAAAGATAT---ACATA-T--A--ta
gi|29 : TATATAA---------GAT--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCc
gi|3 : A--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAG-AACA-TA-A----CAAC---GATTTCAACAAATGC-AATGCAATTATAGATA----TGTTT-GTC-TACATGC----T------------------GA--CTTGC-----------AGTA-TCTGT-T----T--CCAC--A----T-TTG---T-GTGTTATTTTCGTTAAAG-ATG--C-TAT--TGTTGGT-TCGGA-----AATAGATAA---------CAACAAA-AAT--C--AACACTG------AGTTTTTAAGGGTT----TGGAACTCC----GAGC---TGCATCCTT-TGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTGT-TCTCAC--TG--CAAAA-GGGC-ACCA--GGACGCATGCTCAATGAC--CCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCATGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
gi|31 : GGGTCTGT-GT-GTCATCCTTGTGCCTGAAGg
gi|4 : tTATA--ACAAAGT--A--TTACATTA-AAG-AACAATT-A----CAACCT-GATTTCAACAAATGA-A-TGCAAT-ATA-ATA----TGTTT-GTACTACATAC----T------------------GA--CTTCC-----------AGTA-T-TGT-T----T--CCAC--A----T-TT----T-GTGTTATTTT-CT--AAAGATGG-C-TAT--T--TGGT-C--AG-----AATAGATAA---------CAA--AAAAAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCG----TAGT---GACACATTTG----CTTATGCAAAGAAGGGACACGA-CCT-----AGAT-TG--TCTCACCATGCTCAAAACGG-CTACCA--GGACGCATGCTCAATG--ACCCT--GATACCTACTTAATAATCGGTCAGCATGAAATG-------------CTTTATAATGACCA--AA--TGCCATGTGGTCTGTCGTTGTCA-CCTTGTGCCTGAATCAGACCG--CTCCTA-TATGTTTGGATAAGTTAGACAGGACTGCTAATAGGCACCAAGGTCGGACGGCT-CCCTTATGCACACC
gi|5 : AATA-A----CAAC-TTGATTTCAACAAATGTCA-T-CAAA-ATAGATA----TTTTTTGT--TACAT------T------------------AA--GTTCC-----------A-TA-CTTTT-T----T--C-AC--AAA--T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--T--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAA--AAAAAT--C--AACA-TG------TGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTGTG--CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGCG--TCTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGACG-ATGCTCAATGACACCCTGAGAT-CCT--TTAA-AAT-GGTCAGCATG------------------TTTTATAATGA-CA-TAATGTGCC-T-GGGTCTGT-A-TGTCATCCTTATGCCTGAAGCAGACCGG----CTAGTAT-TTTAGTAAG--TAGACA-GACTGCTAA-AGGCACCAAG---GGACGG-TGCTC-TAT-GACACgt
gi|6 : aaATATT--ACAAA-T--A--TGACAT-A-CAGTAACAATA-A----CA-C-T-GATTTCAACAAAGGT-A-TGCAAT-ATAAATA----TTTTT-GT--TACAT-C----TAATATGAGTTGTATCCCGGA--GTTGT-----------A-TA-TTCAG-T----T--C-ACAAA----T-TTG---T-GTGCTATTTT-GT--GAA-ATG--C-TA------TAGT-C--AA-----AAT-----A---------C-------AATCCC--AATG-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAAT---ATCATCCTTGTGTCCTTATGT-Ctg
gi|7 : acaatacaatactttttattcccataagaggggcatgacaagagcATATA--ACAAA-T--ACATGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGACA----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TATGT-T-------------A----T-TT-------TGTAATTT--------A-ATG--C-TAT--C--TGTT-C--AA-----AATAGATAA---------CAG--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTGTG--CAGAAGAGACA-GA-CCTCTCCGAGATGTtacatggtatatgcaacaaaattctctcaacattcga
gi|8 : caatacttttatttttaataagaatgggcccacatggggcatgacaagagcAAA-C--A--TAACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAATTGT-A-TGCAAT-ATAGACT----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-AA-TCTGT-T----T--C-AC--AAA--T-TTG---T-GTGTTATT-----------------------C--TCGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAG--AA-AAT--C--AACA-TG------AATTTT--AAGGTT----TGGAATTCA----GAGT---ACCATCCTTGTGT-CTTGTG--CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTG--TCTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGATG-ATGCTCAATGACACCCTGCGGT-CCT--TTAATA
gi|9 : caATATA--ACAAA-T--ACATGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATA----TTTTT-GT--AACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----TAAC-AA--A----T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--C--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAG--AA-AAT--C--AACA-TGTCTTGCGTTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---AT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATACATGATCTTTATTTCCATAACGGAATGGGCCCACATATGGGGCATGGCAAGAGCATATATCAAATAAATCAAATATAAGACAGTAACTATAACAACTGAT
Unaligned ( gi|22 ): TAATACAATACTTTAATGGGCCCACATAGGGCATGACAAGAGCATAGAGCCTGACAAGAGCTATATATACACTAACTG
Unaligned ( gi|23 ): AATACTGACAATATTTTTATTTCCATAAGAATGGACCCATGTGGGGCATGACAAAAATTATCATAATAACAAA
Unaligned ( gi|25 ): CAATACAATATCTTTACTTCCATAAGAATGGGCCTATGTGAGACATGACAAAAACATTTATAATA
Unaligned ( gi|27 ): CAATACAATACTTTTATTTTTTCCTTAAGAATGGGGCTCCACATGGGGCATGATA
Unaligned ( gi|28 ): TCAATACAATACTTTTATTTTCCATAAGAATGGGTTCCACATGGGCATGACAAGA
Unaligned ( gi|30 ): TACAATACAATACTTTTTTATTTTCCATAAGAATGGGCCC
Alignments
lowQualScore : 11 2222 1111 22222 11 2222222222222222222222222 11111111111 11111111111111111111 11111 111111111 11 11111 22 1 11 1 1 11 1 33333333333333 1 2 111 1 11 1
lowQualScore : 88 3 0 4444 7777 33333 0 55 66 2 33 33 2 2 2 5555 2 2 2 2 2 6666 2 66 8888888888888888888888888 44 44444444444 6 6 3 3 99999999999999999999 555 3 3 44 3 77 3 66666 3 44 77777 222222222 44 6 44 44 3 999999 99 7777 7777 555 7 77 4 4 11111 33 77 66 5 0 5 22 8 5 1 9 44 2 6 0 99999999999999 0 0 0 111 999 55 2 2 2 2 0 22 2 2 3 0
lowQualScore : .. . . .... .... ..... . .. .. . .. .. . . . .... . . . . . .... . .. ......................... .. ........... . . . . .................... ... . . .. . .. . ..... . .. ..... ......... .. . .. .. . ...... .. .... .... ... . .. . . ..... .. .. .. . . . .. . . . . .. . . . .............. . . . ... ... .. . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 55 2 2 6666 0000 44444 6 88 88 5 44 88 7 7 5 3333 5 5 9 9 9 1111 9 88 6666666666666666666666666 22 66666666666 2 2 3 1 99999999999999999999 444 1 3 66 1 33 1 88888 1 22 77777 333333333 66 7 66 66 3 666666 22 1111 1111 888 3 22 4 4 11111 55 55 99 0 0 0 77 6 0 7 0 66 0 7 7 88888888888888 0 4 8 666 333 88 5 5 5 5 0 55 5 5 2 0
consensus : NACAATTATATTACAATTTGAGAATACGGAACA---AGAG----TATG----CGCGATGTAAAGATATA--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATA----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----T--C-AC--A----T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--C--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAA--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTGT-TCTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGACGCATGCTCAATGACACCCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCGTGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
Reference ( family-710 ) : NACAATTATATTACAATTTGAGAATACGGAACA---AGAG----TATG----CGCGATGTAAAGATATA--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATA----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----T--C-AC--A----T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--C--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAA--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTGT-TCTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGACGCATGCTCAATGACACCCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCGTGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
gi|1 : ACAATTATATTACAATTTGAGAATACGAAACA----GAG----TATA----CGTGATGTAAAGATATA--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAGCAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGA-A-TGCAAT-ATAGATA----TGTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----T--C-AC--A----T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--T--TGGT-C--GA-----AATAGATAA---------CAA--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTTTAAGGGTT----TGGAACTCC----GAGC---TGCATCCTT-TGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTGT-TCTCAC--TG--CAAAA-GGGC-ACCA--GGACGCATGCTCAATGAC--CCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCATGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
gi|10 : tATATA---CAA--T--A--TGCAAT-A-CAGTA-CAATA-A----CA-C-T-GATT-CAACAAAGGT-A-TGCAAT-ATA-ATA----TTTTT-TG--TACAT-C----TAATAT-------------GA--GTTGTTCCCGGAGTGTA-TA-TTCGTGT----T--C-AC--A----AATTG---T-GTGCTATTTT-GT--GAA-ATG--C-TAT------AGT-C--AA-----AATA--------------CAA-------T--CCCAATG-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAAT---ATCATCCTTGTGTCCTTAT
gi|11 : atacaatactttttattcccataagaggggcatgacaagagcAA-ATG--CCTAT--------------A-----AATAGATAC---------CAA--AA-ACT--C--AACA-TG------GGTTTT--AAGGTTTGGGTGGAATCCAGATCGAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTATG--CAGAAGAG
gi|12 : aattgtgtaatttatcttattcctcagtgatATATA--ACAAA-T--ACATGACAC-A-AAGTAAC-----------AAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGACA----TTTTT-GT--TATAT-C----T------------------nattgagagaactgt
gi|13 : acaatacaatacttttattttccataagaatgggcccacatggggcatgacaagagc-T-GATTTTATCTTATAT-A-TGTA-T-ATAGA-A----TTTTT-GT--TAC-T-T----T------------------GGCGGTT-C-----------A-TAATCTGT-T----T--C-ACAAA----T-TTG---TGGTGCTA-TTT-GT--AAA-ATGACT-TAT--C--TGGTCC--AAGACCGAATAGATAA---------C
gi|14 : TTTGACAA----GAACATTTATAA----TAT-----CGCAATATCA---TATAGGACAAA-T--A--TTAAAC-A-GAGTAACTATA-A----CAGC-T-GATTc
gi|15 : aatacaatatctttatttccataagaatggccccacttggggGACA-GATCCT-----AATTGTGG-TC-CTCC-TG--AAAAT-GG-C-ACCAAGGGACG-GTACTTAACGACACCCTGGGAT--CT-TGTAA-AAT-GGTTCACGTGAAAT------------TCT
gi|16 : ATATA--ACAAA-TACA--TGAC---A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAAagtttgaattgttctataat
gi|18 : acaatacaatacttttttattttccataagaatgggcccacatggtgcataacaagagcCAAA-T--A--TGACAT-A-A-GCAACAA-A-A----CAAC-T-GATTTCAACAAAT-T-A-TGCAAT-GT-GATA----TTT---GT--TGCAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-----------------------------TG---T-GTGTTATT-----------AT-------------TAGT-C--AA-----AATAG
gi|19 : TTCA----GAGT---ACTATCCTTGTGC-CTTAAGC--AGAAGAGACA-AA-CCC-----AAA-ATGTATCTCACC-TT--CAAAA-GG-C-ACC
gi|2 : aggtagtaaaaaaaaaatcataatACA---AGAGCATTTATAACACCACAATATCAA-ATAAA--ACAAA-T--A--TAAGGC-A-GAGTAACTATA-A----CAAC-T-GATCTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATACATGTATTT-TC--CCCAT-CTAATT------------------GA--GTTGC-----------A-TATTCAGT-TGGAAC--C-AC--GATTTT-TTG---T-GTGCTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TATAGA--TAGT-C--AG-----AAAATATAGTACCCCCCCCAA--AA-AAA--A--AACA-T-----------------GCTT----TGGAATTCA----GAGTATCATCATCCTTGTGC-ATTAT-T-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTG--TCTCACC-TG--GAAAA-GG-C-ACCAAGGGACG-ATGCTCAATGACACCCTGAGAT--CT-TTTAA-AAT-GGTTAGCGTAAAATGCTGGTTTGAAATGTTTTATGATGA-CA-TAATGTGCC-T-GGGTCTGT-A-TGTCATCATTGTGCCTGAAGCAGACCAGC
gi|20 : tatctttatttccataggaatgggacatgATATA--ACAAA-T--ACATGACAT-A-AAGTAACAATA-ATAATTAAC-T-GATT
gi|21 : caatacaatacataagaatgggcccacatggggcatgacaagagcTTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGACA-----TTTT-GT--TACAT-T----G------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TATAA-T----T--T-AT--A----TATTGGCAT-GTATCATTa
gi|24 : GAGAATACGGAACA----GAG----TATG----CGCGATGTAAAGATACAC-ACACA-C--A--C-ACAT-ACGAGTAAAGACATA----CAA
gi|26 : ACAATTATA--ACAATTTGTGAATACAAAACA---AGAG----TATG----CGTGATGTAAAGATAT---ACATA-T--A--ta
gi|29 : TATATAA---------GAT--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCc
gi|3 : A--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAG-AACA-TA-A----CAAC---GATTTCAACAAATGC-AATGCAATTATAGATA----TGTTT-GTC-TACATGC----T------------------GA--CTTGC-----------AGTA-TCTGT-T----T--CCAC--A----T-TTG---T-GTGTTATTTTCGTTAAAG-ATG--C-TAT--TGTTGGT-TCGGA-----AATAGATAA---------CAACAAA-AAT--C--AACACTG------AGTTTTTAAGGGTT----TGGAACTCC----GAGC---TGCATCCTT-TGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTGT-TCTCAC--TG--CAAAA-GGGC-ACCA--GGACGCATGCTCAATGAC--CCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCATGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
gi|31 : GGGTCTGT-GT-GTCATCCTTGTGCCTGAAGg
gi|4 : tTATA--ACAAAGT--A--TTACATTA-AAG-AACAATT-A----CAACCT-GATTTCAACAAATGA-A-TGCAAT-ATA-ATA----TGTTT-GTACTACATAC----T------------------GA--CTTCC-----------AGTA-T-TGT-T----T--CCAC--A----T-TT----T-GTGTTATTTT-CT--AAAGATGG-C-TAT--T--TGGT-C--AG-----AATAGATAA---------CAA--AAAAAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCG----TAGT---GACACATTTG----CTTATGCAAAGAAGGGACACGA-CCT-----AGAT-TG--TCTCACCATGCTCAAAACGG-CTACCA--GGACGCATGCTCAATG--ACCCT--GATACCTACTTAATAATCGGTCAGCATGAAATG-------------CTTTATAATGACCA--AA--TGCCATGTGGTCTGTCGTTGTCA-CCTTGTGCCTGAATCAGACCG--CTCCTA-TATGTTTGGATAAGTTAGACAGGACTGCTAATAGGCACCAAGGTCGGACGGCT-CCCTTATGCACACC
gi|5 : AATA-A----CAAC-TTGATTTCAACAAATGTCA-T-CAAA-ATAGATA----TTTTTTGT--TACAT------T------------------AA--GTTCC-----------A-TA-CTTTT-T----T--C-AC--AAA--T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--T--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAA--AAAAAT--C--AACA-TG------TGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTGTG--CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGCG--TCTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGACG-ATGCTCAATGACACCCTGAGAT-CCT--TTAA-AAT-GGTCAGCATG------------------TTTTATAATGA-CA-TAATGTGCC-T-GGGTCTGT-A-TGTCATCCTTATGCCTGAAGCAGACCGG----CTAGTAT-TTTAGTAAG--TAGACA-GACTGCTAA-AGGCACCAAG---GGACGG-TGCTC-TAT-GACACgt
gi|6 : aaATATT--ACAAA-T--A--TGACAT-A-CAGTAACAATA-A----CA-C-T-GATTTCAACAAAGGT-A-TGCAAT-ATAAATA----TTTTT-GT--TACAT-C----TAATATGAGTTGTATCCCGGA--GTTGT-----------A-TA-TTCAG-T----T--C-ACAAA----T-TTG---T-GTGCTATTTT-GT--GAA-ATG--C-TA------TAGT-C--AA-----AAT-----A---------C-------AATCCC--AATG-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAAT---ATCATCCTTGTGTCCTTATGT-Ctg
gi|7 : acaatacaatactttttattcccataagaggggcatgacaagagcATATA--ACAAA-T--ACATGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGACA----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TATGT-T-------------A----T-TT-------TGTAATTT--------A-ATG--C-TAT--C--TGTT-C--AA-----AATAGATAA---------CAG--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTGTG--CAGAAGAGACA-GA-CCTCTCCGAGATGTtacatggtatatgcaacaaaattctctcaacattcga
gi|8 : caatacttttatttttaataagaatgggcccacatggggcatgacaagagcAAA-C--A--TAACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAATTGT-A-TGCAAT-ATAGACT----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-AA-TCTGT-T----T--C-AC--AAA--T-TTG---T-GTGTTATT-----------------------C--TCGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAG--AA-AAT--C--AACA-TG------AATTTT--AAGGTT----TGGAATTCA----GAGT---ACCATCCTTGTGT-CTTGTG--CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTG--TCTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGATG-ATGCTCAATGACACCCTGCGGT-CCT--TTAATA
gi|9 : caATATA--ACAAA-T--ACATGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATA----TTTTT-GT--AACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----TAAC-AA--A----T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--C--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAG--AA-AAT--C--AACA-TGTCTTGCGTTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---AT
blockSeqs : . T TTTA CATT AACAC AG GG G AC CA T C T TAAT C T C A T CATG T AC CTAATATGAGTTGTATCCCG CG TCCCGGAGTGT G A T G GGAACCACGATTTT GCA G C TA G AC C AGA C CG GACCG TACCCCCCC CA A CC CC C TCTTGC TA TGGG GATC ATC C CA C T CTCCG TA CA CT C G T AG C A G A AC T C GCTGGTTTGAAATG C T ATG CGT CT G G G G T GT C G T G
blockSeqs : T A . G AG C . . CA . . . . . . . . . . . C CTAATAT . . G T C . TCACAAAT . . . . . G . TGT . . . . . A . . . . . . . . C C . . . G C . . . . AG C A A A T T . GTC C . ATG GT C G G G G . G C G T .
blockSeqs : . A . G A . . . CA . . . . . . . . . . . . CTAATT . . . . C . TCACAAAT . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T C . . . . AG . A G . T T . TC . . T GT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . GCT . . . . A . TCACAAAT . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . C . . . . AG . A A . C . . G . . T A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . ACT . . . . C . TCACAAAT . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . A C . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . T . TAACAAAT . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . T . TCACAAA . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . A . TTATATA . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . C . TCCACAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . C . TCCACAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : A*** TCACAAAT************ ** ** C* AG GT*
originalCons : NACAATTATATTACAATTTGAGAATACGGAACA---AGAG----TATG----CGCGATGTAAAGATATA--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATA----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-T----T--C-AC--A----T-TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--C--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAA--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTGT-TCTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGACGCATGCTCAATGACACCCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCGTGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
finalCons : NACAATTATATTACAATTTGAGAATACGGAACAA---GAG----TATG----CGCGATGTAAAGATATA--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATA----TTTTT-GT--TACAT-C----T------------------GA--GTTGC-----------A-TA-TCTGT-TTCACAAAT------------TTG---T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TAT--C--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAA--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGT---ATCATCCTTGTGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGATGTG--TCTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGACGCATGCTCAATGACACCCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCGTGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGTGT-TGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATACATGATCTTTATTTCCATAACGGAATGGGCCCACATATGGGGCATGGCAAGAGCATATATCAAATAAATCAAATATAAGACAGTAACTATAACAACTGAT
Unaligned ( gi|22 ): TAATACAATACTTTAATGGGCCCACATAGGGCATGACAAGAGCATAGAGCCTGACAAGAGCTATATATACACTAACTG
Unaligned ( gi|23 ): AATACTGACAATATTTTTATTTCCATAAGAATGGACCCATGTGGGGCATGACAAAAATTATCATAATAACAAA
Unaligned ( gi|25 ): CAATACAATATCTTTACTTCCATAAGAATGGGCCTATGTGAGACATGACAAAAACATTTATAATA
Unaligned ( gi|27 ): CAATACAATACTTTTATTTTTTCCTTAAGAATGGGGCTCCACATGGGGCATGATA
Unaligned ( gi|28 ): TCAATACAATACTTTTATTTTCCATAAGAATGGGTTCCACATGGGCATGACAAGA
Unaligned ( gi|30 ): TACAATACAATACTTTTTTATTTTCCATAAGAATGGGCCC
Alignments
lowQualScore : 11 2222 1111 22222 11 333333333333333333 11111111111 111 111111111 11 11111 1 1 11 1 1 11 1 33333333333333 1 2 111 1 11 1
lowQualScore : 88 3 0 4444 7777 33333 0 55 66 2 33 33 2 2 2 5555 2 2 2 2 2 2 66 6666 5 444444444444444444 44 44444444444 6 3 66 3 7777 1 3 77777 3 3 55 3 77 3 777 3 44 88888 222222222 3 44 3 44 44 3 999999 99 7777 7777 666 7 77 4 4 11111 4 0 77 66 5 0 5 22 8 5 1 9 44 2 6 0 99999999999999 0 0 0 111 999 55 2 2 2 2 0 22 2 2 3 0
lowQualScore : .. . . .... .... ..... . .. .. . .. .. . . . .... . . . . . . .. .... . .................. .. ........... . . .. . .... . . ..... . . .. . .. . ... . .. ..... ......... . .. . .. .. . ...... .. .... .... ... . .. . . ..... . . .. .. . . . .. . . . . .. . . . .............. . . . ... ... .. . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 55 2 2 6666 0000 44444 6 88 88 5 44 88 7 7 5 3333 5 5 9 9 9 9 88 1111 7 333333333333333333 22 66666666666 2 1 44 1 1111 2 2 55555 3 6 00 3 99 3 000 3 66 33333 333333333 1 66 3 66 66 3 666666 22 1111 1111 444 3 22 4 4 11111 4 0 55 99 0 0 0 77 6 0 7 0 66 0 7 7 88888888888888 0 4 8 666 333 88 5 5 5 5 0 55 5 5 2 0
consensus : NACAATTATATTACAATTTGAGAATACGGAACA---AGAG----TATG----CGCGATGTAAAGATATA--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATA-TTTTTGT--T----ACAT-CT------------------GA--GTTGC-----------A-TA-T-CTGT-T----TCACAAATTT--G--T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TATC--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------C-AA--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGTATCATC---CTTGTGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGA-TGTGT-CTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGACGCATGCTCAATGACACCCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCGTGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
Reference ( family-710 ) : NACAATTATATTACAATTTGAGAATACGGAACA---AGAG----TATG----CGCGATGTAAAGATATA--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATA-TTTTTGT--T----ACAT-CT------------------GA--GTTGC-----------A-TA-T-CTGT-T----TCACAAATTT--G--T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TATC--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------C-AA--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGTATCATC---CTTGTGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGA-TGTGT-CTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGACGCATGCTCAATGACACCCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCGTGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
gi|1 : ACAATTATATTACAATTTGAGAATACGAAACA----GAG----TATA----CGTGATGTAAAGATATA--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAGCAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGA-A-TGCAAT-ATAGATA-TGTTTGT--T----ACAT-CT------------------GA--GTTGC-----------A-TA-T-CTGT-T----TCACA--TTT--G--T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TATT--TGGT-C--GA-----AATAGATAA---------C-AA--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTTTAAGGGTT----TGGAACTCC----GAGCTGCATC---CTT-TGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGA-TGTGTTCTCAC--TG--CAAAA-GGGC-ACCA--GGACGCATGCTCAATGAC--CCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCATGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
gi|10 : tATATA---CAA--T--A--TGCAAT-A-CAGTA-CAATA-A----CA-C-T-GATT-CAACAAAGGT-A-TGCAAT-ATA-ATA-TTTTTTG--T----ACAT-CTAATAT-------------GA--GTTGTTCCCGGAGTGTA-TA-T-TCGTGT----TCACAAATT---G--T-GTGCTATTTT-GT--GAA-ATG--C-TAT----AGT-C--AA-----AATA--------------C-AA-------T--CCCAATG-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAATATCATC---CTTGTGTCCTTAT
gi|11 : atacaatactttttattcccataagaggggcatgacaagagcAA-ATG--CCTAT------------A-----AATAGATAC---------C-AA--AA-ACT--C--AACA-TG------GGTTTT--AAGGTTTGGGTGGAATCCAGATCGAGTATCATC---CTTGTGT-CTTATG--CAGAAGAG
gi|12 : aattgtgtaatttatcttattcctcagtgatATATA--ACAAA-T--ACATGACAC-A-AAGTAAC-----------AAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGACA-TTTTTGT--T----ATAT-CT------------------nattgagagaactgt
gi|13 : acaatacaatacttttattttccataagaatgggcccacatggggcatgacaagagc-T-GATTTTATCTTATAT-A-TGTA-T-ATAGA-A-TTTTTGT--T----AC-T-TT------------------GGCGGTT-C-----------A-TAAT-CTGT-T----TCACAAATTT--G--TGGTGCTA-TTT-GT--AAA-ATGACT-TATC--TGGTCC--AAGACCGAATAGATAA---------C-
gi|14 : TTTGACAA----GAACATTTATAA----TAT-----CGCAATATCA---TATAGGACAAA-T--A--TTAAAC-A-GAGTAACTATA-A----CAGC-T-GATTc
gi|15 : aatacaatatctttatttccataagaatggccccacttggggGACA-GATCCT-----AAT-TGTGG-TCCTCC-TG--AAAAT-GG-C-ACCAAGGGACG-GTACTTAACGACACCCTGGGAT--CT-TGTAA-AAT-GGTTCACGTGAAAT------------TCT
gi|16 : ATATA--ACAAA-TACA--TGAC---A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAAagtttgaattgttctataat
gi|18 : acaatacaatacttttttattttccataagaatgggcccacatggtgcataacaagagcCAAA-T--A--TGACAT-A-A-GCAACAA-A-A----CAAC-T-GATTTCAACAAAT-T-A-TGCAAT-GT-GATA-TTT--GT--T----GCAT-CT------------------GA--GTTGC-----------A-TA-T-GTGT-
gi|19 : TTCA----GAGTACTATC---CTTGTGC-CTTAAGC--AGAAGAGACA-AA-CCC-----AAAATGTAT-CTCACC-TT--CAAAA-GG-C-ACCgttattattagtcaaaatag
gi|2 : aggtagtaaaaaaaaaatcataatACA---AGAGCATTTATAACACCACAATATCAA-ATAAA--ACAAA-T--A--TAAGGC-A-GAGTAACTATA-A----CAAC-T-GATCTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATA-CATGTAT--TTTCCCCAT-CTAATT--------------GA--GTTGC-----------A-TA-TTCAGT-TGGAACCACGATTTTTTG--T-GTGCTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TATAGATAGT-C--AG-----AAAATATAGTACCCCCCCC-AA--AA-AAA--A--AACA-TG------C-----------TT----TGGAATTCA----GAGTATCATCATCCTTGTGC-ATTAT-T-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGA-TGTGT-CTCACC-TG--GAAAA-GG-C-ACCAAGGGACG-ATGCTCAATGACACCCTGAGAT--CT-TTTAA-AAT-GGTTAGCGTAAAATGCTGGTTTGAAATGTTTTATGATGA-CA-TAATGTGCC-T-GGGTCTGT-A-TGTCATCATTGTGCCTGAAGCAGACCAGC
gi|20 : tatctttatttccataggaatgggacatgATATA--ACAAA-T--ACATGACAT-A-AAGTAACAATA-ATAATTAAC-T-GATT
gi|21 : caatacaatacataagaatgggcccacatggggcatgacaagagcTTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGACA--TTTTGT--T----ACAT-TG------------------GA--GTTGC-----------A-TA-T-ATAA-T----TTATATATTG--GCAT-GTATCATTa
gi|24 : GAGAATACGGAACA----GAG----TATG----CGCGATGTAAAGATACAC-ACACA-C--A--C-ACAT-ACGAGTAAAGACATA----CAA
gi|26 : ACAATTATA--ACAATTTGTGAATACAAAACA---AGAG----TATG----CGTGATGTAAAGATAT---ACATA-T--A--ta
gi|29 : TATATAA---------G-AT--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCc
gi|3 : A--ACAAA-T--A--TGACAT-A-AAG-AACA-TA-A----CAAC---GATTTCAACAAATGC-AATGCAATTATAGATA-TGTTTGTC-T----ACATGCT------------------GA--CTTGC-----------AGTA-T-CTGT-T----TC-CACATTT--G--T-GTGTTATTTTCGTTAAAG-ATG--C-TATTGTTGGT-TCGGA-----AATAGATAA---------C-AACAAA-AAT--C--AACACTG------AGTTTTTAAGGGTT----TGGAACTCC----GAGCTGCATC---CTT-TGT-CTTATGC-CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGA-TGTGTTCTCAC--TG--CAAAA-GGGC-ACCA--GGACGCATGCTCAATGAC--CCTGGGATACCT-CTTAATAAT-GGTCAGCATGAAATG-----------TCTTTTATAATGACCATTAATGTGCCATGGGGTCTGT-GTTGTCATCCTTGTGCCTGAAGCAGACCGGCTTCCTAGTATGTTTGGTAAAGTTAGACAGGACTGCTAA-AGGCACCAAGG-CGGACGGCTGCCCTTAT-CACACC
gi|31 : GGGTCTGT-GT-GTCATCCTTGTGCCTGAAGg
gi|4 : tTATA--ACAAAGT--A--TTACATTA-AAG-AACAATT-A----CAACCT-GATTTCAACAAATGA-A-TGCAAT-ATA-ATA-TGTTTGTACT----ACATACT------------------GA--CTTCC-----------AGTA-T--TGT-T----TC-CACATTT-----T-GTGTTATTTT-CT--AAAGATGG-C-TATT--TGGT-C--AG-----AATAGATAA---------C-AA--AAAAAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCG----TAGTGACACA---TTTG----CTTATGCAAAGAAGGGACACGA-CCT-----AGA-T-TGT-CTCACCATGCTCAAAACGG-CTACCA--GGACGCATGCTCAATG--ACCCT--GATACCTACTTAATAATCGGTCAGCATGAAATG-------------CTTTATAATGACCA--AA--TGCCATGTGGTCTGTCGTTGTCA-CCTTGTGCCTGAATCAGACCG--CTCCTA-TATGTTTGGATAAGTTAGACAGGACTGCTAATAGGCACCAAGGTCGGACGGCT-CCCTTATGCACACC
gi|5 : AATA-A----CAAC-TTGATTTCAACAAATGTCA-T-CAAA-ATAGATATTTTTTGT--T----ACAT--T------------------AA--GTTCC-----------A-TA-C-TTTT-T----TCACAAATTT--G--T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TATT--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------CAAA--AA-AAT--C--AACA-TG------TGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGTATCATC---CTTGTGT-CTTGTG--CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGA-TGCGT-CTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGACG-ATGCTCAATGACACCCTGAGAT-CCT--TTAA-AAT-GGTCAGCATG------------------TTTTATAATGA-CA-TAATGTGCC-T-GGGTCTGT-A-TGTCATCCTTATGCCTGAAGCAGACCGG----CTAGTAT-TTTAGTAAG--TAGACA-GACTGCTAA-AGGCACCAAG---GGACGG-TGCTC-TAT-GACACgt
gi|6 : aaATATT--ACAAA-T--A--TGACAT-A-CAGTAACAATA-A----CA-C-T-GATTTCAACAAAGGT-A-TGCAAT-ATAAATA-TTTTTGT--T----ACAT-CTAATATGAGTTGTATCCCGGA--GTTGT-----------A-TA-T-TCAG-T----TCACAAATTT--G--T-GTGCTATTTT-GT--GAA-ATG--C-TA----TAGT-C--AA-----AAT-----A---------C--------AATCCC--AATG-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAATATCATC---CTTGTGTCCTTATGT-Ctg
gi|7 : acaatacaatactttttattcccataagaggggcatgacaagagcATATA--ACAAA-T--ACATGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGACA-TTTTTGT--T----ACAT-CT------------------GA--GTTGC-----------A-TA-T-ATGT-T----------ATTT--------TGTAATTT--------A-ATG--C-TATC--TGTT-C--AA-----AATAGATAA---------C-AG--AA-AAT--C--AACA-TG------AGTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGTATCATC---CTTGTGT-CTTGTG--CAGAAGAGACA-GA-CCTCTCCGAGA-TGTtacatggtatatgcaacaaaattctctcaacattcga
gi|8 : caatacttttatttttaataagaatgggcccacatggggcatgacaagagcAAA-C--A--TAACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAATTGT-A-TGCAAT-ATAGACT-TTTTTGT--T----ACAT-CT------------------GA--GTTGC-----------A-AA-T-CTGT-T----TCACAAATTT--G--T-GTGTTATT---------------------C--TCGT-C--AA-----AATAGATAA---------C-AG--AA-AAT--C--AACA-TG------AATTTT--AAGGTT----TGGAATTCA----GAGTACCATC---CTTGTGT-CTTGTG--CAGAAGAGACA-GA-CCT-----AGA-TGTGT-CTCACC-TG--CAAAA-GG-C-ACCAAGGGATG-ATGCTCAATGACACCCTGCGGT-CCT--TTAATA
gi|9 : caATATA--ACAAA-T--ACATGACAT-A-AAGTAACAATA-A----CAAC-T-GATTTCAACAAATGT-A-TGCAAT-ATAGATA-TTTTTGT--A----ACAT-CT------------------GA--GTTGC-----------A-TA-T-CTGT-T----TAACAAATTT--G--T-GTGTTATTTT-GT--AAA-ATG--C-TATC--TGGT-C--AA-----AATAGATAA---------C-AG--AA-AAT--C--AACA-TGTCTTGCGTTTTT--AAGGTT----TGGAATCCA----GAGTAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATACATGATCTTTATTTCCATAACGGAATGGGCCCACATATGGGGCATGGCAAGAGCATATATCAAATAAATCAAATATAAGACAGTAACTATAACAACTGAT
Unaligned ( gi|22 ): TAATACAATACTTTAATGGGCCCACATAGGGCATGACAAGAGCATAGAGCCTGACAAGAGCTATATATACACTAACTG
Unaligned ( gi|23 ): AATACTGACAATATTTTTATTTCCATAAGAATGGACCCATGTGGGGCATGACAAAAATTATCATAATAACAAA
Unaligned ( gi|25 ): CAATACAATATCTTTACTTCCATAAGAATGGGCCTATGTGAGACATGACAAAAACATTTATAATA
Unaligned ( gi|27 ): CAATACAATACTTTTATTTTTTCCTTAAGAATGGGGCTCCACATGGGGCATGATA
Unaligned ( gi|28 ): TCAATACAATACTTTTATTTTCCATAAGAATGGGTTCCACATGGGCATGACAAGA
Unaligned ( gi|30 ): TACAATACAATACTTTTTTATTTTCCATAAGAATGGGCCC