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lowQualScore                  :                          11111111111             3              33333333333333            4444444444444444444          444      1    7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  1                
lowQualScore                  :            3   0 55  3 1 77777777777   5   77    0              88888888888888      5     6666666666666666666  3     0 333 0    2 7  5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555  3   6  444       
lowQualScore                  :            .   . ..  . . ...........   .   ..    .              ..............      .     ...................  .     . ... .    . .  ................................................................  .   .  ...       
lowQualScore                  :            6   2 00  6 2 33333333333   1   99    2              33333333333333      0     7777777777777777777  8     7 333 7    0 3  3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333  3   0  000       
consensus                     :       ATCTT-CGCAA--GC-CAA-----------AGGNTTT--CGGT-CCACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCC-TTGGCA-G-ATTACGGCCAC-GA-AAACTGTGAC-CAAATTTTCCATT-------GG--CCGAGNTC--GAACCGTTG-------A---CCA-TGAAA-A-ANA---GCT-TTC-ATTCATNCNAACAAGC
Reference ( gi|3 )            :       ATCTT-CGCAA--GC-CAA-----------AGGGTTT--CGGTGCCACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCC-TTGGC--G-ATTACGGCCAC-GATAAACTGTGGCGCTAGTTTTCCATT-------GAA-CTGAGCTC--AAACCATTG-------A---CCA-TGAAA-A-ACA---GCTGTTC-ATTTATGTAAACAAGCGAAG
gi|2                          :       ATCTTTCGCAA--GC-TCA-----------AGGGTTTTCCGGTCACACTCGGCTCCTC--------A--T-AAACCCCTTTGGCA-G-ATTACGCGCAC-GG-AA--TGTGGC-CCAGTTTTTCATT-------A-----GAGTCC--AGG--GTTGTACCCGAA---CCA-TAGAA-A-AGATGTGCT-TTCAATTCATTCAAACAAGC
gi|4                          :      cATCTT-TGCAA--GT-CAA-----------GGGTCTT--TAGC-CCACTCCCTTTTCC-----------T-CAAACCT-TTGGCA-G-ATTACG-CCAC-TA-AAACTATGAC-CAAATTTTCC-TT-------GGCTCCAAGATT--CAACCTTTA-------AGAACCAATGAAA-ACACA---GCTG-TC-ATa
gi|9                          :    atgATCTT-CGCAA--GC-CAA-----------GAGTTTT--CAGT-CCACTCTGCTCCTCATATCAATA--T-AAGACTC-TGGGCTTG--TTACGaacaaacatgaatgt
gi|14                         :      tATCAT-CGTTA--GC-CAA-----------AGGGTTT--CGGT-CCACTCCGCTTCCC--------A--T-AAc
gi|16                         :      cATCTT-CGCTA--GC-C-A-----------AGGGTTT--CGGT--CACTCTGCTCCCCA-------
gi|13                         :      cATCTT-TGCAA--GT-CAA-----------GGGTTTT--CGGT-CCAATCTACTCCCC--------A--T-AAAACTC-ta
gi|11                         :       ATCTT-CGC----------------------GGTTTT--CGGT-CCACTCCACTCCCC--------A--T--AAATCC-TTGGCA-G-AGAACGG---T-GATAAGCTCTG
gi|10                         :      cATCTT-CGCAA--GC-TAATTAATTAATTAAGGGTTTT-CGGT-CAACTCCGCTCCCCA-------AACTGAAAACTT-TTGG
gi|12                         :      cACCTT-TGCAA--GCTCAA-----------GGGATTT--CGTTACCACTCCGCTCC
gi|15                         : aacacgacCTT-CGCAGATGC-CAA-----------AGGTTTT--CGGTACCACTCCGCTCCCTA-------aaacggcttt
gi|5                          :          TT-CGCAA--GA-CGG-----------AAGCTTC--CGGT-CTACTCCGCT-TCCA------------AAAACTC-TTGGT--ATAGTAC-GCCACTG--AAACTGT
gi|6                          :                                         TTT--CAGTTGTACGTCGCTCTCTA-------C-----AAACCT-TTGGCA-G-ATTATG-CCAC-GA-AAATTGTGAC-CAAATTTT-CATTGGTTCCAGGA-TTTGGCTCTGGAACCA----------------A-TGAAATG-ATA---GAT-TTC-ATTCATGTCAACAtgtttgtcgctacggtaagaccttagatctggtgaaaagacatctctcataatcaaggcacatgcctaaatgtcaac
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): AATGTGTTATCGTGTTTGCAAGCCAAGGTTTTTTGTCCAATCTCTTCCCCACAAAATTTCAACAGATTATGCCATAAAATTATGACAAAGTTCAAATTCACTCCAGGGTAGGACCTTTGAGCCATTAAAAATATAGTTTTTATTCATACTAACAAGCA
Unaligned ( gi|7 ): AAATCATCTTTGGAAACCCAAGGGTTGTTAATCCCCCATACCATGACCTAAACCTTGACAGATTACGTCTCTTAAACTACGACTGAAATTTCATTGCTGCAAG
Unaligned ( gi|8 ): ATGACTTTTCATTGGCTCCAAGTTCCACCTTAGAACCGATGAAAAGAGCTTTTATTCAGAAGAATCACAGACGTCA






Alignments
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lowQualScore                  :                    2     33  000000000000   2  1  2  2   8 5             3333333333333         4           5    222          000      55555     11111  3  1 888    22222222 6  0   1  666 1 000   6   6      1 1       
lowQualScore                  :                    .     ..  ............   .  .  .  .   . .             .............         .           .    ...          ...      .....     .....  .  . ...    ........ .  .   .  ... . ...   .   .      . .       
lowQualScore                  :                    9     99  444444444444   6  0  7  7   0 3             4444444444444         0           0    666          222      66666     77777  3  0 222    22222222 7  0   7  888 0 888   7   7      0 0       
consensus                     :               ATCTT-CGCAA--GC------------CAAGGGTTT-TC-GGT-C-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGCAGATTACGGCCACNA-AAACTGTGAC-C-AAGTTT---TTCATTG-GCT-CCAGGNTCG-AACCNTT---G-A-CCGATGAAA-A-ANA---GCT-TTC-ATTCATGCNAACAAGC
Reference ( family-709 )      :               ATCTT-CGCAA--GC------------CAAAGGNTT-TC-GGT-C-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGCAGATTACGGCCACGA-AAACTGTGAC-C-AAATTT---TCCATTG-G---CCGAGNTCG-AACCGTT---G-A-CC-ATGAAA-A-ANA---GCT-TTC-ATTCATNCNAACAAGC
gi|1                          :                  TT-TGCAA--GC------------CAA-GGTTT-TT-TGT-C-CAATCTCTTCCCCA----------C-AAAATT-TC-AACAGATTATG-CCAT-A-AAATTATGAC-A-AAGTTCAAATTCACT------CCAGGGTAG-GACCTTT---G-AGCC-ATTAAA-A-ATATA-GTT-TTT-ATTCATACTAACAAGC
gi|10                         : aatgtgttatcgtgATCTT-CGCAA--GCTAATTAATTAATTAAGGGTTT-TC-GGT-C-AACTCCGCTCCCCA-------AACTGAAAACTTTT-GGa
gi|11                         :              cATCTT-CGC----------------------GGTTT-TC-GGT-C-CACTCCACTCCCC--------A--T--AAATCCTT-GGCAGAGAACGG
gi|12                         :              cACCTT-TGCAA--GCT-----------CAAGGGATT-TC-GTTAC-CACTCCGCTCCtgataagctctg
gi|13                         :       aacacgacATCTT-TGCAA--GT------------CAAGGGTTT-TC-GGT-C-CAATCTACTCCCC--------A--T-AAAACTCaaacggcttt
gi|14                         :               ATCAT-CGTTA--GC------------CAAAGGGTT-TC-GGT-C-CACTCCGCTTCCC--------A--T-AA
gi|15                         :                cCTT-CGCAGATGC------------CAAAGGTTT-TC-GGTAC-CACTCCGCTCCCTA-------
gi|16                         :               ATCTT-CGCTA--GC------------C-AAGGGTT-TC-GGT---CACTCTGCTCCCCA-------
gi|2                          :              cATCTTTCGCAA--GCT-----------CAAGGGTTT-TCCGGT-CACACTCGGCTCCTCA----------T-AAACCCCTTTGGCAGATTACGCGCACGG-AA--TGTGGC-C-CAGTTT---TTCATTA-GAGTCCAGGGTTGTACCCG-----A-A-CC-ATAGAA-A-AGATGTGCT-TTCAATTCATTCAAACAAGCta
gi|3                          :              cATCTT-CGCAA--GC------------CAAAGGGTT-TC-GGTGC-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGC-GATTACGGCCACGATAAACTGTGGCGC-TAGTTT---TCCATTGAA---CTGAGCTCA-AACCATT---G-A-CC-ATGAAA-A-ACA---GCTGTTC-ATTTATGTAAACAAGCa
gi|4                          :               ATCTT-TGCAA--GT------------CAAGGGTCT-TT-AGC-C-CACTCCCTTTTCC-----------T-CAAACCTTT-GGCAGATTACG-CCACTA-AAACTATGAC-C-AAATTT---TCC-TTG-GCT-CCAAGATTC-AACCTTTAAGA-A-CCAATGAAA-ACACA---GCT-GTC-ATgaag
gi|5                          :               atgTT-CGCAA--GA------------CGGAAGCTT-CC-GGT-C-TACTCCGCT-TCCA------------AAAACTCTT-GGTATAGTAC-GCCACTG-AAACTGTaacaaacatgaatgt
gi|6                          :                                                 TT-TC-AGT-TGTACGTCGCTCTCTA-------C-----AAACCTTT-GGCAGATTATG-CCACGA-AAATTGTGAC-C-AAATTT---T-CATTG-GTT-CCAGGATTT-GGCTCTG---GAA-CCAATGAAATG-ATA---GAT-TTC-ATTCATGTCAACAtgtttgtcgctacggtaagaccttagatctggtgaaaagacatctctcataatcaaggcacatgcctaaatgtcaac
gi|7                          :               ATCTT-TGGAA--AC------------CCAAGGGTTGTT-AAT-C-C--CCCATACCATG-------ACCT-AAA--CCTT-GACAGATTACGTCT-CTT-AAACTACGAC-TGAAATTT-----CATTG-
gi|8                          :                                                                                                                              aaatcACTT---TTCATTG-GCT-CCAAGTTC--CACCTTA---GAA-CCGATG-AA-A-AGA---GCT-TTT-ATTCActgcaag
gi|9                          :            atgATCTT-CGCAA--GC------------CAAGAGTTT-TC-AGT-C-CACTCTGCTCCTCATATCAATA--T-AAGACTCTG-GGCTTGTTACGgaagaatcacagacgtca





Alignments
lowQualScore                  :                                   111111111111                            3333333333333                                       1111                          111     111111             11   111                        
lowQualScore                  :                    2     33  5 2  444444444444   0    2   8 5             3333333333333         4          99    1 5        2 2222  5  888   77777      1 1 777   1 999999 5  8   0  5 99 1 000   5   5      0 1       
lowQualScore                  :                    .     ..  . .  ............   .    .   . .             .............         .          ..    . .        . ....  .  ...   .....      . . ...   . ...... .  .   .  . .. . ...   .   .      . .       
lowQualScore                  :                    9     99  7 9  666666666666   9    7   0 3             4444444444444         0          99    0 7        3 4444  0  888   99999      1 0 444   0 000000 7  9   1  7 33 0 000   7   7      2 0       
consensus                     :               ATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------GGGTTTTC-GGT-C-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGCAGATTACGGCCACTA-AAACTGTGAC-C-AAGTTT---TTCATT-GGCTCCAGGGTCGGACCTTN---G-A-CCGATGAAA-A--ACA---GCT-TTC-ATTCATGCNAACAAGC
Reference ( family-709 )      :               ATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------GGGTTTTC-GGT-C-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGCAGATTACGGCCACNA-AAACTGTGAC-C-AAGTTT---TTCATT-GGCTCCAGGNTCGAACCNTT---G-A-CCGATGAAA-A--ANA---GCT-TTC-ATTCATGCNAACAAGC
gi|1                          :                  TT-TGCAA--GC-C-AA------------GGTTTTTT-G-T-C-CAATCTCTTCCCCA----------C-AAAATT-TC-AACAGATTATG-CCA-TA-AAATTATGAC-A-AAGTTCAAATTCA-----CTCCAGGGTAGGACCTTT---G-A-GCCATTAAA-AATATA---GTT-TTT-ATTCATACTAACAAGC
gi|10                         : aatgtgttatcgtgATCTT-CGCAA--GC-T-AATTAATTAATTAAGGGTTTTC-GGT-C-AACTCCGCTCCCCA-------AACTGAAAACTTTT-GGa
gi|11                         :              cATCTT-CGC------------------------GGTTTTC-GGT-C-CACTCCACTCCCC--------A--T--AAATCCTT-GGCAGAGAACGG
gi|12                         :              cACCTT-TGCAA--GCTC-AA------------GGGATTTC-GTTAC-CACTCCGCTCCtgataagctctg
gi|13                         :       aacacgacATCTT-TGCAA--GT-C-AA------------GGGTTTTC-GGT-C-CAATCTACTCCCC--------A--T-AAAACTCaaacggcttt
gi|14                         :               ATCAT-CGTTA--GC-C-AA------------AGGGTTTC-GGT-C-CACTCCGCTTCCC--------A--T-AA
gi|15                         :                cCTT-CGCAGATGC-C-AA------------AGGTTTTC-GGTAC-CACTCCGCTCCCTA-------
gi|16                         :               ATCTT-CGCTA--GC-C-AA------------GGG-TTTC-GGT---CACTCTGCTCCCCA-------
gi|2                          :              cATCTTTCGCAA--GCTC-AA------------GGGTTTTCCGGT-CACACTCGGCTCCTCA----------T-AAACCCCTTTGGCAGATTACGCGCACGG-AA--TGTGGC-C-CAGTTT---TTCATTAGAGTCCAGGGTTGTACCC-----G-A-ACCATAGAA-A--AGATGTGCT-TTCAATTCATTCAAACAAGCta
gi|3                          :              cATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------AGGGTTTC-GGTGC-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGC-GATTACGGCCACGATAAACTGTGGCGC-TAGTTT---TCCATT-GAA-CTGAGCTCAAACCATT---G-A-CC-ATGAAA-A--ACA---GCTGTTC-ATTTATGTAAACAAGCa
gi|4                          :               ATCTT-TGCAA--GT-C-AA------------GGGTCTTT-AGC-C-CACTCCCTTTTCC-----------T-CAAACCTTT-GGCAGATTAC-GCCACTA-AAACTATGAC-C-AAATTT---TCC-TT-GGCTCCAAGATTCAACCTTTAAGA-A-CCAATGAAA-AC-ACA---GCT-GTC-ATgaag
gi|5                          :               atgTT-CGCAA--GA-C-GG------------AAGCTTCC-GGT-C-TACTCCGCT-TCCA------------AAAACTCTT-GGTATAGTAC-GCCACTG-AAACTGTT-------GTTT---GTC-----GCTAC--GGTAAGACCTTA---G-ATCTGGTGAAA-AG-ACA---TCT-CTC-ATaacaaacatgaatgt
gi|6                          :                                                   TTTC-AGT-TGTACGTCGCTCTCTA-------C-----AAACCTTT-GGCAGATTATG-CCACGA-AAATTGTGAC-C-AAA-TT---TTCATT-GGTTCCAGGATTTGGCTCTG---GAA-CCAATGAAATG--ATA---GAT-TTC-ATTCATGTCAACAaatcaaggcacatgcctaaatgtcaac
gi|7                          :               ATCTT-TGGAA--AC-CCAA------------GGGTTGTT-AAT-C-C--CCCATACCATG-------ACCT-AAA--CCTT-GACAGATTACGTCT-CTT-AAACTACGAC-TGAAA--T---TTCATT--GCTGCAAG
gi|8                          :                                                                                                                                 aaatcTT---TTCATT-GGCTCCAAGTTC-CACCTTA---GAA-CCGATG-AA-A--AGA---GCT-TTT-ATTCA
gi|9                          :          atgacATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------GAGTTTTC-AGT-C-CACTCTGCTCCTCATATCAATA--T-AAGACTCTG-GGCTTGTTACGgaagaatcacagacgtca





Alignments
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lowQualScore                  :                    2     33  5 2  444444444444   0    2   8 5             3333333333333         4          99    666        2 2222  5  888   222222   2 0   5 444   3 444444 5  8      5 99 5 000   5   5      0 1       
lowQualScore                  :                    .     ..  . .  ............   .    .   . .             .............         .          ..    ...        . ....  .  ...   ......   . .   . ...   . ...... .  .      . .. . ...   .   .      . .       
lowQualScore                  :                    9     99  7 9  666666666666   9    7   0 3             4444444444444         0          99    000        3 4444  0  888   999999   5 1   7 666   9 777777 7  9      7 33 3 000   7   7      2 0       
consensus                     :               ATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------GGGTTTTC-GGT-C-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGCAGATTACGGCCACTA-AAACTGTGAC-C-AAGTTT---TTCATT-G-GCTCCAGGG-TCGGACCTT---NG-A-CCGATGAAA-A--ACA---GCT-TTC-ATTCATGCNAACAAGC
Reference ( family-709 )      :               ATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------GGGTTTTC-GGT-C-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGCAGATTACGGCCACTA-AAACTGTGAC-C-AAGTTT---TTCATT-G-GCTCCAGGG-TCGGACCTT---NG-A-CCGATGAAA-A--ACA---GCT-TTC-ATTCATGCNAACAAGC
gi|1                          :                  TT-TGCAA--GC-C-AA------------GGTTTTTT-G-T-C-CAATCTCTTCCCCA----------C-AAAATT-TC-AACAGATTATG-CCA-TA-AAATTATGAC-A-AAGTTCAAATTCA------CTCCAGGG-TAGGACCTT---TG-A-GCCATTAAA-AATATA---GTT-TTT-ATTCATACTAACAAGC
gi|10                         : aatgtgttatcgtgATCTT-CGCAA--GC-T-AATTAATTAATTAAGGGTTTTC-GGT-C-AACTCCGCTCCCCA-------AACTGAAAACTTTT-GGa
gi|11                         :              cATCTT-CGC------------------------GGTTTTC-GGT-C-CACTCCACTCCCC--------A--T--AAATCCTT-GGCAGAGAACGG
gi|12                         :              cACCTT-TGCAA--GCTC-AA------------GGGATTTC-GTTAC-CACTCCGCTCCtgataagctctg
gi|13                         :       aacacgacATCTT-TGCAA--GT-C-AA------------GGGTTTTC-GGT-C-CAATCTACTCCCC--------A--T-AAAACTCaaacggcttt
gi|14                         :               ATCAT-CGTTA--GC-C-AA------------AGGGTTTC-GGT-C-CACTCCGCTTCCC--------A--T-AA
gi|15                         :                cCTT-CGCAGATGC-C-AA------------AGGTTTTC-GGTAC-CACTCCGCTCCCTA-------
gi|16                         :               ATCTT-CGCTA--GC-C-AA------------GGG-TTTC-GGT---CACTCTGCTCCCCA-------
gi|2                          :              cATCTTTCGCAA--GCTC-AA------------GGGTTTTCCGGT-CACACTCGGCTCCTCA----------T-AAACCCCTTTGGCAGATTACGCGCACGG-AA--TGTGGC-C-CAGTTT---TTCATTAG-AGTCCAGGG-TTGTACC-----CG-A-ACCATAGAA-A--AGATGTGCT-TTCAATTCATTCAAACAAGCta
gi|3                          :              cATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------AGGGTTTC-GGTGC-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGC-GATTACGGCCACGATAAACTGTGGCGC-TAGTTT---TCCATT-GAACT---GAGCTCAAACCAT---TG-A-CC-ATGAAA-A--ACA---GCTGTTC-ATTTATGTAAACAAGCa
gi|4                          :               ATCTT-TGCAA--GT-C-AA------------GGGTCTTT-AGC-C-CACTCCCTTTTCC-----------T-CAAACCTTT-GGCAGATTAC-GCCACTA-AAACTATGAC-C-AAATTT---TCC-TT-G-GCTCCAAGA-TTCAACCTTTAAGA-A-CCAATGAAA-AC-ACA---GCT-GTC-ATgaag
gi|5                          :               atgTT-CGCAA--GA-C-GG------------AAGCTTCC-GGT-C-TACTCCGCT-TCCA------------AAAACTCTT-GGTATAGTAC-GCCACTG-AAACTGTT-------GTTT---GTC------GCTAC--GG-TAAGACCTT---AG-ATCTGGTGAAA-AG-ACA---TCT-CTC-ATaacaaacatgaatgt
gi|6                          :                                                   TTTC-AGT-TGTACGTCGCTCTCTA-------C-----AAACCTTT-GGCAGATTATG-CCACGA-AAATTGTGAC-C-AAA-TT---TTCATT-G-GTTCCAGGA-TTTGGCTCT---GGAA-CCAATGAAATG--ATA---GAT-TTC-ATTCATGTCAACAaatcaaggcacatgcctaaatgtcaac
gi|7                          :               ATCTT-TGGAA--AC-CCAA------------GGGTTGTT-AAT-C-C--CCCATACCATG-------ACCT-AAA--CCTT-GACAGATTACGTCT-CTT-AAACTACGAC-TGAAA--T---TTCATT---GCTGCAAG
gi|8                          :                                                                                                                                 aaatcTT---TTCATT-G-GCTCCAAGT-TC-CACCTT---AGAA-CCGATGAAA-A--G-A---GCT-TTT-ATTCA
gi|9                          :          atgacATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------GAGTTTTC-AGT-C-CACTCTGCTCCTCATATCAATA--T-AAGACTCTG-GGCTTGTTACGgaagaatcacagacgtca





Alignments
lowQualScore                  :                                   111111111111                            3333333333333                                       1111           111111           111     111111             11   111                        
lowQualScore                  :                    2     33  5 2  444444444444   0    2   8 5             3333333333333         4          99    666        2 2222  5  888   222222   2 0   5 444   3 444444 5  8      5 99 5 000   5   5      0 1       
lowQualScore                  :                    .     ..  . .  ............   .    .   . .             .............         .          ..    ...        . ....  .  ...   ......   . .   . ...   . ...... .  .      . .. . ...   .   .      . .       
lowQualScore                  :                    9     99  7 9  666666666666   9    7   0 3             4444444444444         0          99    000        3 4444  0  888   999999   5 1   7 666   9 777777 7  9      7 33 3 000   7   7      2 0       
consensus                     :               ATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------GGGTTTTC-GGT-C-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGCAGATTACGGCCACTA-AAACTGTGAC-C-AAGTTT---TTCATT-G-GCTCCAGGG-TCGGACCTT---NG-A-CCGATGAAA-A--ACA---GCT-TTC-ATTCATGCNAACAAGC
Reference ( family-709 )      :               ATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------GGGTTTTC-GGT-C-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGCAGATTACGGCCACTA-AAACTGTGAC-C-AAGTTT---TTCATT-G-GCTCCAGGG-TCGGACCTT---NG-A-CCGATGAAA-A--ACA---GCT-TTC-ATTCATGCNAACAAGC
gi|1                          :                  TT-TGCAA--GC-C-AA------------GGTTTTTT-G-T-C-CAATCTCTTCCCCA----------C-AAAATT-TC-AACAGATTATG-CCA-TA-AAATTATGAC-A-AAGTTCAAATTCA------CTCCAGGG-TAGGACCTT---TG-A-GCCATTAAA-AATATA---GTT-TTT-ATTCATACTAACAAGC
gi|10                         : aatgtgttatcgtgATCTT-CGCAA--GC-T-AATTAATTAATTAAGGGTTTTC-GGT-C-AACTCCGCTCCCCA-------AACTGAAAACTTTT-GGa
gi|11                         :              cATCTT-CGC------------------------GGTTTTC-GGT-C-CACTCCACTCCCC--------A--T--AAATCCTT-GGCAGAGAACGG
gi|12                         :              cACCTT-TGCAA--GCTC-AA------------GGGATTTC-GTTAC-CACTCCGCTCCtgataagctctg
gi|13                         :       aacacgacATCTT-TGCAA--GT-C-AA------------GGGTTTTC-GGT-C-CAATCTACTCCCC--------A--T-AAAACTCaaacggcttt
gi|14                         :               ATCAT-CGTTA--GC-C-AA------------AGGGTTTC-GGT-C-CACTCCGCTTCCC--------A--T-AA
gi|15                         :                cCTT-CGCAGATGC-C-AA------------AGGTTTTC-GGTAC-CACTCCGCTCCCTA-------
gi|16                         :               ATCTT-CGCTA--GC-C-AA------------GGG-TTTC-GGT---CACTCTGCTCCCCA-------
gi|2                          :              cATCTTTCGCAA--GCTC-AA------------GGGTTTTCCGGT-CACACTCGGCTCCTCA----------T-AAACCCCTTTGGCAGATTACGCGCACGG-AA--TGTGGC-C-CAGTTT---TTCATTAG-AGTCCAGGG-TTGTACC-----CG-A-ACCATAGAA-A--AGATGTGCT-TTCAATTCATTCAAACAAGCta
gi|3                          :              cATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------AGGGTTTC-GGTGC-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGC-GATTACGGCCACGATAAACTGTGGCGC-TAGTTT---TCCATT-GAACT---GAGCTCAAACCAT---TG-A-CC-ATGAAA-A--ACA---GCTGTTC-ATTTATGTAAACAAGCa
gi|4                          :               ATCTT-TGCAA--GT-C-AA------------GGGTCTTT-AGC-C-CACTCCCTTTTCC-----------T-CAAACCTTT-GGCAGATTAC-GCCACTA-AAACTATGAC-C-AAATTT---TCC-TT-G-GCTCCAAGA-TTCAACCTTTAAGA-A-CCAATGAAA-AC-ACA---GCT-GTC-ATgaag
gi|5                          :               atgTT-CGCAA--GA-C-GG------------AAGCTTCC-GGT-C-TACTCCGCT-TCCA------------AAAACTCTT-GGTATAGTAC-GCCACTG-AAACTGTT-------GTTT---GTC------GCTAC--GG-TAAGACCTT---AG-ATCTGGTGAAA-AG-ACA---TCT-CTC-ATaacaaacatgaatgt
gi|6                          :                                                   TTTC-AGT-TGTACGTCGCTCTCTA-------C-----AAACCTTT-GGCAGATTATG-CCACGA-AAATTGTGAC-C-AAA-TT---TTCATT-G-GTTCCAGGA-TTTGGCTCT---GGAA-CCAATGAAATG--ATA---GAT-TTC-ATTCATGTCAACAaatcaaggcacatgcctaaatgtcaac
gi|7                          :               ATCTT-TGGAA--AC-CCAA------------GGGTTGTT-AAT-C-C--CCCATACCATG-------ACCT-AAA--CCTT-GACAGATTACGTCT-CTT-AAACTACGAC-TGAAA--T---TTCATT---GCTGCAAG
gi|8                          :                                                                                                                                 aaatcTT---TTCATT-G-GCTCCAAGT-TC-CACCTT---AGAA-CCGATGAAA-A--G-A---GCT-TTT-ATTCA
gi|9                          :          atgacATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------GAGTTTTC-AGT-C-CACTCTGCTCCTCATATCAATA--T-AAGACTCTG-GGCTTGTTACGgaagaatcacagacgtca


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blockSeqs                     :                    .     .   T .  .                   .   A G             AAACTG                .          GC    GG         G TGA   T  .     ATTGA    C     . CAA   T GGA    .  A      . G  C .     .   .        A
blockSeqs                     :                    .     .   . .  .                   .   G .             GACCT                 .          GG    TA         A CC    T  .     ATTG     A     . TCA   T AGA    .  G      . .  C .     .   .        C
blockSeqs                     :                    .     .   . .  .                   .   . .             AAT                   .          GT    TG         A CA    T  .     ATTG     C     . AAG   C CG     .  A      . .  C .     .   .         
blockSeqs                     :                    .     .   . .  .                   .   . .             AT                    .          G     GA         A CA    .  .     TTG      G     . TTG   T TG     .  G      . .  T .     .   .         
blockSeqs                     :                    .     .   . .  .                   .   . .             AT                    .          G     TT         . .     .  .     ATT      C     . CC    . AG     .  .      . .  . .     .   .         
blockSeqs                     :                    .     .   . .  .                   .   . .             AT                    .          G                           .     .        .                                                           
blockSeqs                     :                    .     .   . .  .                   .   . .             AT                    .                                                                                                                 
blockSeqs                     :                    .     .   . .  .                   .   . .             AC                    .                                                                                                                 
blockSeqs                     :                    .     .   . .  .                   .   . .             T                                                                                                                                       
blockSeqs                     :                    .     .   . .  .                   .   . .             A                                                                                                                                       
blockSeqs                     :                    .     .   . .  .                   .   . .                                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                    .     .   . .  .                   .   . .                                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                       .   . .                                                                                                                                                     


blockSeqCons                  :                                                                                                            GN                          ***   ATTG**                                      **
originalCons                  :               ATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------GGGTTTTC-GGT-C-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGCAGATTACGGCCACTA-AAACTGTGAC-C-AAGTTT---TTCATT-G-GCTCCAGGG-TCGGACCTT---NG-A-CCGATGAAA-A--ACA---GCT-TTC-ATTCATGCNAACAAGC
finalCons                     :               ATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------GGGTTTTC-GGT-C-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGCAGATTACGNCCACTA-AAACTGTGAC-C-AAGTTT---TTCATTG--GCTCCAGGG-TCGGACCTT---NG-A-CCGATGAAA-A--ACA---GCT-TTC-ATTCATGCNAACAAGC





Alignments
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lowQualScore                  :                    2     33  5 2  444444444444   0    2   8 5             3333333333333         4           3    666        2 2222  5  888   222222   2 0   5 444   3 444444 5  8      5 8888888   5   5      0 1       
lowQualScore                  :                    .     ..  . .  ............   .    .   . .             .............         .           .    ...        . ....  .  ...   ......   . .   . ...   . ...... .  .      . .......   .   .      . .       
lowQualScore                  :                    9     99  7 9  666666666666   9    7   0 3             4444444444444         0           3    000        3 4444  0  888   999999   5 1   7 666   9 777777 7  9      7 7777777   7   7      2 0       
consensus                     :               ATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------GGGTTTTC-GGT-C-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGCAGATTACG-CCACTA-AAACTGTGAC-C-AAGTTT---TTCATT-G-GCTCCAGGG-TCGGACCTT---NG-A-CCGATGAAA-A-ACA---GCT-TTC-ATTCATGCNAACAAGC
Reference ( family-709 )      :               ATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------GGGTTTTC-GGT-C-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGCAGATTACGNCCACTA-AAACTGTGAC-C-AAGTTT---TTCATT-G-GCTCCAGGG-TCGGACCTT---NG-A-CCGATGAAA-A-ACA---GCT-TTC-ATTCATGCNAACAAGC
gi|1                          :                  TT-TGCAA--GC-C-AA------------GGTTTTTT-G-T-C-CAATCTCTTCCCCA----------C-AAAATT-TC-AACAGATTATG-CCA-TA-AAATTATGAC-A-AAGTTCAAATTCA------CTCCAGGG-TAGGACCTT---TG-A-GCCATTAAA-A-ATATA-GTT-TTT-ATTCATACTAACAAGC
gi|10                         : aatgtgttatcgtgATCTT-CGCAA--GC-T-AATTAATTAATTAAGGGTTTTC-GGT-C-AACTCCGCTCCCCA-------AACTGAAAACTTTT-GGa
gi|11                         :              cATCTT-CGC------------------------GGTTTTC-GGT-C-CACTCCACTCCCC--------A--T--AAATCCTT-GGCAGA
gi|12                         :              cACCTT-TGCAA--GCTC-AA------------GGGATTTC-GTTAC-CACTCCGCTCCgaacggtgataagctctg
gi|13                         :       aacacgacATCTT-TGCAA--GT-C-AA------------GGGTTTTC-GGT-C-CAATCTACTCCCC--------A--T-AAAACTCaaacggcttt
gi|14                         :               ATCAT-CGTTA--GC-C-AA------------AGGGTTTC-GGT-C-CACTCCGCTTCCC--------A--T-AA
gi|15                         :                cCTT-CGCAGATGC-C-AA------------AGGTTTTC-GGTAC-CACTCCGCTCCCTA-------
gi|16                         :               ATCTT-CGCTA--GC-C-AA------------GGG-TTTC-GGT---CACTCTGCTCCCCA-------
gi|2                          :              cATCTTTCGCAA--GCTC-AA------------GGGTTTTCCGGT-CACACTCGGCTCCTCA----------T-AAACCCCTTTGGCAGATTACGCGCACGG-AA--TGTGGC-C-CAGTTT---TTCATTAG-AGTCCAGGG-TTGTACC-----CG-A-ACCATAGAA-A-AGATGTGCT-TTCAATTCATTCAAACAAGCta
gi|3                          :              cATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------AGGGTTTC-GGTGC-CACTCCGCTCCCCA-------A--T-AAAACCCTT-GGC-GATTACGGCCACGATAAACTGTGGCGC-TAGTTT---TCCATT-GAACT---GAGCTCAAACCAT---TG-A-CC-ATGAAA-A-ACA---GCTGTTC-ATTTATGTAAACAAGCa
gi|4                          :               ATCTT-TGCAA--GT-C-AA------------GGGTCTTT-AGC-C-CACTCCCTTTTCC-----------T-CAAACCTTT-GGCAGATTACG-CCACTA-AAACTATGAC-C-AAATTT---TCC-TT-G-GCTCCAAGA-TTCAACCTTTAAGA-A-CCAATGAAA-ACACA---GCT-GTC-ATgaag
gi|5                          :               atgTT-CGCAA--GA-C-GG------------AAGCTTCC-GGT-C-TACTCCGCT-TCCA------------AAAACTCTT-GGTATAGTACG-CCACTG-AAACTGTT-------GTTT---GTC------GCTAC--GG-TAAGACCTT---AG-ATCTGGTGAAA-AGACA---TCT-CTC-ATaacaaacatgaatgt
gi|6                          :                                                   TTTC-AGT-TGTACGTCGCTCTCTA-------C-----AAACCTTT-GGCAGATTATG-CCACGA-AAATTGTGAC-C-AAA-TT---TTCATT-G-GTTCCAGGA-TTTGGCTCT---GGAA-CCAATGAAATG-ATA---GAT-TTC-ATTCATGTCAACAaatcaaggcacatgcctaaatgtcaac
gi|7                          :               ATCTT-TGGAA--AC-CCAA------------GGGTTGTT-AAT-C-C--CCCATACCATG-------ACCT-AAA--CCTT-GACAGATTACGTCT-CTT-AAACTACGAC-TGAAA--T---TTCATT---GCTGCAAG
gi|8                          :                                                                                                                                 aaatcTT---TTCATT-G-GCTCCAAGT-TC-CACCTT---AGAA-CCGATGAAA-A-G-A---GCT-TTT-ATTCA
gi|9                          :          atgacATCTT-CGCAA--GC-C-AA------------GAGTTTTC-AGT-C-CACTCTGCTCCTCATATCAATA--T-AAGACTCTG-GGCTTGTTACGgaagaatcacagacgtca