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lowQualScore                  :                                          55                     77777777777777777777777777777777777777777777777777 33         1     22 3333 222 1111     1 33          4444444444444444444444444444 222 99999     1     0000000000000000000000000000000  22            2 777777    44  999999999999999999999999999999 3           
lowQualScore                  :                                          ..                     .................................................. ..         .     .. .... ... ....     . ..          ............................ ... .....     .     ...............................  ..            . ......    ..  .............................. .           
lowQualScore                  :                                          00                     22222222222222222222222222222222222222222222222222 11         9     00 1111 666 7777     4 44          0000000000000000000000000000 999 55555     6     7777777777777777777777777777777  99            5 222222    66  555555555555555555555555555555 0           
consensus                     :                                TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTT-GT--G-A------TG------CA----------A--------T---A--TCTTGTGAT-GTATA--T----T---C----AAAAT-C--TTGTGATGTA---T---ATATATGTATTC---A-----A---T--C--TTGTG-ATGTA-------T-----ATGTGCNAT---------AT--CTTGTGATGTAT-A------TTCA--AANTC-A--TTT-TG-GATTTGTTATGTATG-TNCAATATCTTAT
Reference ( gi|2 )            :                                TGGCGTGTAATAAACGTTGCTTTATTCGAAAATATT-GT--A-A------TG------CA----------A--------T---A--TCTTGTGAT-GTATA--T----T---C---AAAAAT-C--TTGTGATGTA---T---ACATATGTATTC---A-----A---T--T--TTGTG-ATGTA-A--CT-T-----ATGTGCTAT---------AT--CTTGTGATGTAT-A------TTCA--AATTCCACCTTTCCGGGGTTTTTTAGGTATGTTTCAATATCTTAT
gi|8                          :                                TGGTGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTT-GT--G-ATGTATGTG------CA----------A--------T---A--CCTTGTGAT-GTATA--T----T---C----AAAAT-C--TTGTGATGTA---T---
gi|3                          :                             ataTGGCATGTAA--AACCTTGCTTTATTCGAAAAT------------------------------------------------------CTTATGAT-GTATAGAT----T---C---TATA-T-C--TTGTGATGTA---C----CAGGTATATTC---A-----A---TATT--TTGTG-ATGTA-----T-A-----AT---CAAA---------AT--CTTATGATGTAT-ACTAGTATTCA--AAATCgtgcaatatc
gi|6                          :                                TGGTGTGTAA--AACGTTGCTTATTTCGAAAATCTT-GT--G-A------TGTATGTGCA----------A--------T---A--CCTTGTGAT-GTATA--T----T---C-----AAAT-C--TTGTGATGTA---T---ttgtgatgtatattcga
gi|7                          :                               tTGGCGTGTAA--AACGTTACGTTATTC-----------------------TG---------------------------T---A--TCTTATGAT-GTATA--T----T--------AATAT-C--TTGTGA--TA---T---ATATATTTAATA---A-----A---T--C--TTGTG-ATG---------T-----ATATTCTAT---------AT--Cgtgcaatatctttgtga
gi|13                         :                               aTGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTCGAAAATCTT-GT--G-A------TG-------------------------------A--TC-----AT-GTATA--T----T---C----CAAAT-CTGTTGTG
gi|22                         :                             gtaTGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTCGAAAATCTT-GT--G-A------
gi|23                         :                            ggtaTGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAA
gi|15                         :                               aTGGCGTATAA--AACATTGCTTTATTCGAGAAACGT-GT--G-A------TG------TAT---------ATTCTT---T---A--TCTTGTGAT-GT
gi|11                         :                               gataCGTGTAA--AACTTT-CTTTATTAAAAAAT-----------------------------------------------------TCTCGTGAT-GTATA--T----T---C----AAAAT-C--TT-T-ATGTG-------ATATATGTG--C---A-----A---TA-T--CTGTG-
gi|9                          :                                                      TATTCTAAA-TATT-GT--G-A------TG------TA----------AATATTCTAT---A--TCTTGTGAT-ATATA--T----T---CTTTAAAAA---------GGTGTA---TGAGACAGA----------G-----A---T--C--TTGTG-ATGTA-
gi|4                          :                                                   ataTATTCGAAAATCTTTGT--G-A------TG------TATGAATTGGACA--------T---A--TCTTGTGAT-GCATA--T----TGCCC---TATGAT----TTGTGATGTATGGT---GCAAAC-TATTC-------------T--C--TTGTG-tattc
gi|5                          :                                           tgtaagatgtaTGTTCGAAAATCTT-GT--G-A------TG------TAT---------A--------TTCTA--TTCTGTGAT-GCATA--T----T---C---TATAAT-C--TTATGATTTA---T---ga
gi|17                         :                                                     aTATTCAATAATCTT-GTGAA-A------TATATT--CA----------A--------T---A--TCTTGGGAT-GTATA--T----T---C----AATAT-C--TTGTGATATgtgcaatacttgcattctgggtaatatgatgcaatggtg
gi|10                         :                                                         taGAAAATCTT-GT--T-A------TG------TATATTCT----A--------T---A--TCTTGTGAT-GCATA--T----T---C---TATAAT-C--TTATGATGTA---C---ATGTATGTG--C---A-----A---T--
gi|19                         :                                                               ATCTT-GT--G-A------TGTTTATTCA----------A--------T---A--TCTCATGAT-ATATA--TATATT---C---GAAAAT-C--TTGaattgcattctgggt
gi|1                          :                                                         gtatattctTT-AT--A-A------TT------CC----------A--------T---AATTCTTGTGATTGTATG--T----T---C---AGTATT-C--TTGTGATGTA---T---AT-------TTC---AAAAACA---T--C--TTGT--ATGTA-----T-T-----AT-T-CTATA--------AT--CTTGAGATTTGT-G------TGCAATAATTGCA--TTTCTGG
gi|12                         : attcagaatcttgtgtatataattctttgtatcttgttatggtatagtttcaatatcttgcgatgtT-GT--A-ACTATG-TG------CT----------A--------T---A--TCTTGTGAT-GCATA--T----T---C----AAAAT-C--TTGTTATGTA---T---taatatgatgcaatggtg
gi|21                         :                                                                tgaT-GT--ACG------TG------CA----------A--------T---A--TCTTGTGAT-GTGTA--T----T---C----AAAAT-T--GTGTGATATA---T---Agttcaatatcttatgag
gi|10                         :                                                                                     ttgtgaA----------A--------A---A--TCTTGTTAT-GTATA--T----T---C---TATA-T-C--TTGTGATGCA---T---AT---TCTAT-----A-----A---T--C--TTATG-ATGTACA--TG-T-----ATGTGCAAT---------Attca
gi|19                         :                                                                                                      g--------T---A--TCTTGTGAT-GTTTA--T----T---C----AATAT-C--TCATGATATA---T---ATATATattgcattctgggt
gi|21                         :                                                                                                                gtatattcTTGTGAT-GTACG--T----G---C----AATAT-C--TTGTGATG--------------TGTATTCAA-A-----A---T--T--GTGTG-ATATA-tcgaaaatcttg
gi|4                          :                                                                                                                            GAT-GTATA--T----T---C---GAAAAT-CT-TTGTGATGTA---T---GAAT-TGGA--C---AT----A---T--C--TTGTG-ATGCA-------T-----AT-TGCCCT---------ATGATTTGTGATGTATGG------TGCA--AACTtattca
gi|20                         :                                                                                                                         tgtaaT-GTATA--T----T---C----AAAAT-C---TGTGACG--------------TGTATTCAG-A-----A---T--C--TTGTGTATATA-A--TT-attctcttgtgga
gi|6                          :                                                                                                                        tacatttctTAT---T----T---C---GAAAAT-C--TTGTGATGTA---T---G----TGCAAT----------A---C--C--TTGTG-ATGTA-------T-----AT---TCAA---------AT--CTTGTGATGTAT-G------TGCA--Ac
gi|9                          :                                                                                                             ttggtgtgtaaaacgttgctTATA--T----T---C---TAAA-T-A--TTGTGATGTA---A---ATAT-TCTAT-----------A---T--C--TTGTG-ATATATATTCT-TTAAAAAGGTG-TATGAGACAGAGAT--CTTGTGATGTAT-A------TTCtatctttgtga
gi|17                         :                                                                                                                                aTATA--T----T---C---AATAAT-C--TTGTGA---A-----------ATATATTC---AAT---A---T--C--TTGGG-ATG---------T-----ATATTCAAT---------AT--CTTGTGATAT
gi|5                          :                                                                                                                                  ATG--T----T---C---GAAAAT-C--TTGTGATGTA--------------TATTC---T-----A---T--T--CTGTG-ATG---------C-----ATATTCTATA--------AT--CTTATGATTTAT-G------TGCA--A
gi|8                          :                                                                                                                                   TA--T----T---C---GAAAAT-C--TTGTGATGTA---T---G----TGCAAT----------A---C--C--TTGTG-ATGTA--------------TATTCAAA---------AT--CTTGTGATGTAT-G------TGCA--Atacttgcattctgggtaatatgatgcaatggtg
gi|13                         :                                                                                                            atatggtgtgtaaaacgttgcttTG--T----T---C---GAAAAT-C--TTGTGATG-A---T----CATGTATATTCCA-A-----A---T--CTGTTGTG-tatc
gi|11                         :                                                                                                            gtatggcgtgtaaaacgttgcttTA--T----T---A---AAAAATTC--TCGTGATGTA---T---A--------TTC---A-----AAATC--T--TT----ATGTG-A--TA-T-----ATGTGCAAT---------AT--C-TGTG
gi|7                          :                                                                                                                                        cgtgtaaaactttcttAT-C--TTATGATGTA---T---AT-TA---AT-----------A---T--C--TTGTG-ATATA-----TAT-----ATTTAATAA---------AT--CTTGTGATGTAT-A------TTC
gi|12                         :                                                                                                                                    atggcgtgtaaaacgttacgttattctgtTGATGTA-------AC-TATGTGCTA---T-----A---T--C--TTGTG-ATGCA--------------TATTCAAA---------AT--CTTGTTATGTAT-G------TTCA--Atatatc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                   ATATATTCTA-A-----A---T--A--TTGTG-ATGTA-A-----------ATATTCTAT---------AT--CTTGTGATATAT-A------TTCtatcttatgag
gi|8                          :                                                                                                                                                                                      TATTCGAAA-----A---T--C--TTGTG-ATGTA--------------TGTGCAAT---------AC--CTTGTGATGTAT-A------TTCA--AAATCtttaaaaaggtgtatgagacagagatcttgtgatgtatattc
gi|6                          :                                                                                                                                                                    atatggtgtgtaaaacgttgctt---A-----A---T--C--TTGTG-ATGTA--------------TGTGCAAT---------AC--CTTGTGATGTAT-A------TTCA--AATttgtgatgtatgtgcaatatc
gi|10                         :                                                                                                                                                              ttggtgtgtaaaacgttgcttatttcgaa---A-----A---T--C--TTGTT-ATGTA--------------TATTCTAT---------AT--CTTGTGATGCAT-A------TTCcttgtgatgtatgtgcaatatctttgtga
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                         gaa--TTGTG-ATGTA--------------CGTGCAAT---------AT--CTTGTGATGTGT-A------TTCA--AAtataatcttatgatgtacatgtatgtgcaataattgcattctgggt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                 TG-ATGTA-A--CT-------ATGTGCTAT---------AT--CTTGTGATGCAT-A------TTCA--AAATC--------------TTGTTATGTATG-TTCAATATCTTATattgtgtgatatatattca
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                         T--CTCGTGATGTAT-A------TTCA--AA----ATCTTTATGTGAT-------ATATG-TGCAATATCTgag
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATGAATATTCTGTATAATCTTGTGATGTATGTGCAATAACTGTGTGCTGGGTAACATGATATAACAG
Unaligned ( gi|16 ): CTTTTGATTTAAGTACAGTACCTGTGATGTACATTATATCCTTTGATGTACACGTGCAATACTATG
Unaligned ( gi|18 ): TTGCATTCTGGGTAATATGATGCAATGGTGTTCCTTGAAATTGAGGAAAATTTTCATCGGTTA






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lowQualScore                  :                                                       55               2     9      3 3333333333333333333333333333333333333333333  5        6666666 2    33   9   999   33             222222222222222222  9 1 1      5  444  77777777777777777777777777777  6  66  0          777     7 0 333333333333333   7         0 0           
consensus                     :                                             TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAAT-CTTGTG-A------T-----G------CA--------A-----T-------AT-CTTGTGAT-------G-TATA--TTC-AAA---ATC--TTGTGATGTATAT---ATATNTAT-C---A-AT-C-T-TGTGATGTA---TA----T-----------GTGC--------NAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ANT--CATCCT----GGGTTTNTTATGTATGTTTCAATATCTTAT
Reference ( family-7052 )     :                                             TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAAT-CTTGTG-A------T-----G------CA--------A-----T-------AT-CTTGTGAT-------G-TATA--TTC-AAA---ATC--TTGTGATGTATAT---ATATGTATTC---A-AT-C-T-TGTGATGTA---TA----T-----------GTGC--------NAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ANT--CATTTT----GGATTTGTTATGTATG-TNCAATATCTTAT
gi|1                          :                                                                    ATTC-AGAAT-CTTGTGTA------T-----A------TA--------A-----TTCTTTGTAT-CTTGTTAT-------GGTATAGTTTC-AAT---ATC--TTGCGATGTTTAT---A-----ATTCCATA-ATTC-T-TGTGAT-TG---TA----T-----------GTTC--------AGT-ATT-CT-TGTGATGTAT-ATTTCAA-AAA--CATCTT----GTATGTATTAT
gi|1                          :                                                                    ATTCCATAATTCTTGTG-A------TTGTATGTT----CA--------G-----T-------ATTCTTGTGAT-------G-TATAT-TTC-AAAAACATC--TTGT-ATGTAT-T---AT-TCTAT-----A-AT-C-T-TGAGAT-T----TG----T-----------GTGC--------AAT-Atctataatcttgagatttgtgtgcaataattgcatttctggtaatatgatgcaatggtg
gi|10                         : attcagaatcttgtgtatataattctttgtatcttgttatggtatagtttcaatatcttgcgatgtttataGAAAAT-CTTGTT-A------T-----G------TATATTCT--A-----T-------AT-CTTGTGAT-------G-CATA--TTCTATA---ATC--TTATGATGTACAT---GTATGTG--C---A-AT-attgcatttctggtaatatgatgcaatggtg
gi|11                         :                                                CGTGTAA--AACTTT-CTTTATTAAAAAAT-----------------------------------------------------T-CTCGTGAT-------G-TATA--TTC-AAA---ATC--TT-T-ATGTG-AT---ATATGTG--C---A-AT-A-TCTGTGaattgcattctgggt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                   TGATGTAAC-TA----T-----------GTGC--------TAT-AT--CT-TGTGATGCAT-A-TTCAA-AAT--C-------------TTGTTATGTATG-TTCAATATCTTAT
gi|13                         :                                             TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTCGAAAAT-CTTGTG-A------T-----G------------------------------AT-C-----AT-------G-TATA--TTC-CAA---ATCTGTTGTGgag
gi|14                         :                                                                                                                                                                             gtaATGAATAT----TCTGTAT-----A-AT-C-T-TGTGATG-----TA----T-----------GTGC--------AAT-AA--CTGTGTGCTG
gi|15                         :                                             TGGCGTATAA--AACATTGCTTTATTCGAGAAA-CGTGTG-A------T-----G------TAT-------ATTCTTT-------AT-CTTGTGAT-------G-Tggtaacatgatataacag
gi|16                         :                                                                                                                                gata-CTTTTGAT-------T-TAAG--TAC-AGT---ACC--T-GTGATGTACAT--------TAT-------AT-C-C-TTTGATGTA---CA----C-----------GTGC--------AAT-A
gi|17                         :                                                                   TATTCAATAAT-CTTGTG-AAATATAT-----T------CA--------A-----T-------AT-CTTGGGAT-------G-TATA--TTC-AAT---ATC--TTGTGATATctatg
gi|19                         :                                                                                                                   ta-----T-------AT-CTTGTGAT-------G-TTTA--TTC-AAT---ATC--TCATG----ATAT---ATATATATTCGAAA-AT-C-T-TG
gi|2                          :                                     gtatattcTGGCGTGTAATAAACGTTGCTTTATTCGAAAAT-ATTGTA-A------T-----G------CA--------A-----T-------AT-CTTGTGAT-------G-TATA--TTCAAAA---ATC--TTGTGATGTATAC---ATATGTATTC---A-AT-T-T-TGTGATGTAACTTA----T-----------GTGC--------TAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ATTC-CACCTTTCCGGGGTTTTTTAGGTATGTTTCAATATCTTAT
gi|20                         :                                                                             T-CTTGTATA------T-----T------CA--------A-----A-------AT-CT-GTGAC-------G-TGTA--TTC-AGA---ATC--TTG---TGTATAT---A
gi|21                         :                                                                          tacattTTGTG-A------T-----GTACGTGCA--------A-----T-------AT-CTTGTGAT-------G-TGTA--TTC-AAA---ATT--GTGTGATATATAT---attc
gi|22                         :                                             TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTCGAAAAT-CTTGTG-A------tca
gi|23                         :                                         ggtaTGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAA
gi|3                          :                                            aTGGCATGTAA--AACCTTGCTTTATTCGAAAAT-CTTATG-A------T-----G------TATAGATTCTA-----T-------AT-CTTGTGATGTACCAGG-TATA--TTC-AAT---ATT--TTGTGATGTATA------ATCAA------A-AT-C-T-TATGATGTA---TACTAGT-----------ATTC--------AAA-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCGA-
gi|4                          :                                                                                                                                          GAT-------G-TATA--TTCGAAA---ATCT-TTGTGATGTATGA---AT-TGGA--C---ATAT-C-T-TGTGATGCA---TA----T------------TGC--------CCT-ATGATT-TGTGATGTATGG-TGCAA-ACT---ATTCT----
gi|5                          :                                                                                                                                                  tgtaaATG--TTCGAAA---ATC--TTGTGATGTATAT------TCTATTC------------TGTGATGCA---TA----T------------T-C--------TATAAT--CT-TATGATTTAT-G-TGCAATACTTGCATTCT----GGGTcttgtgga
gi|6                          :                                             TGGTGTGTAA--AACGTTGCTTATTTCGAAAAT-CTTGTG-ATGTATGT-----G------CA--------A-----T-------AC-CTTGTGAT-------G-TATA--TTC--AA---ATC--TTGTGATGTATGT---GCA---AT-------AT-CTT-TGTGAaatatgatgcaatggtg
gi|7                          :                                            tTGGCGTGTAA--AACGTTACGTTATTC---------TG---------------------------------------T-------AT-CTTATGAT-------G-TATA--TT--AAT---ATC--TTGTGA--TATAT---ATATTTAATA---A-AT-C-T-TGTGATGTA---TA----T------------T-C--------TAT-AT--C
gi|8                          :                                            aTGGTGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAAT-CTTGTG-A------T-----GTATGTGCA--------A-----T-------AC-CTTGTGAT-------G-TATA--TTC-AAA---ATC--TTGTGATGTATGTGCAATAT
gi|9                          :                                                                                                                                                  ata-TATA--TTC-TAA---ATA--TTGTGATGTAAAT---AT-TCTAT-------AT-C-T-TGTGATATA---TA----TTCTTTAAAAAGGTGTATGAGACAGAG-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGCATTCTGGGTAATATGATGCAATGGTGTTCCTTGAAATTGAGGAAAATTTTCATCGGTTA






Alignments
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lowQualScore                  :                   ..      .                 .   . ......................................         .. ....... .    ..   .  .   .. ...            ...............             ...  ............................. .. . ... .  .           .     . . ...................         .      .       
lowQualScore                  :                   00      5                 7   3 44444444444444444444444444444444444444         44 1111111 4    22   1  6   22 111            999999999999999             555  66666666666666666666666666666 55 0 000 4  0           7     0 0 9999999999999999999         0      3       
consensus                     :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTT-GTG-A------TG------CA--------A-----T-------ATCTTGTGA--T-------G-TATA--TTC-AAAATC--T---TGTGATGTATAT---ATATNT-A-TCAATCTTGTGATGTA---TA----T-----------GTGC--------NA--T-A---T-CT-TGTGATGTATA-TTCAA-ANTC-CA----TCCTGGGTTT-TTATGTATG-TTCAAT-ATCTTAT
Reference ( family-7052 )     :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTT-GTG-A------TG------CA--------A-----T-------ATCTTGTGA--T-------G-TATA--TTC-AAAATC--T---TGTGATGTATAT---ATATNT-A-TCAATCTTGTGATGTA---TA----T-----------GTGC--------NA--T-A---T-CT-TGTGATGTATA-TTCAA-ANT--CA----TCCTGGGTTTNTTATGTATGTTTCAAT-ATCTTAT
gi|1                          :                                ATTC-AGAATCTT-GTGTA------TA------TA--------A-----TTCTTTGTATCTTGTTA--T-------GGTATAGTTTC-AATATC--T---TGCGATGTTTAT---AATTCC-A-TAATTCTTGTGAT-TG---TA----T-----------GTTC--------AG--T-A---TTCT-TGTGATGTATATTTCAA-AAA--CA----TCTTG-------TATGTATTATTCTATAATCTT
gi|10                         :                                    GAAAATCTT-GTT-A------TG------TATATTCT--A-----T-------ATCTTGTGA--T-------G-CATA--TTCTATAATC--T---TATGATGTACAT---GTATGT-G--CAATgagatttgtgtgcaataattgcatttctggtaatatgatgcaatggtg
gi|11                         :            CGTGTAA--AACTTT-CTTTATTAAAAAAT------------------------------------------------TCTCGTGA--T-------G-TATA--TTC-AAAATC--TTTATGTGATATATGTGCAATATCT-G-Taattgcattctgggt
gi|12                         :                                                                                                                                                                     TGATGTAAC-TA----T-----------GTGC--------TA--T-A---T-CT-TGTGATGCATA-TTCAA-AAT--C-------------TTGTTATGTATG-TTCAAT-ATCTTATg
gi|13                         :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTCGAAAATCTT-GTG-A------TG------------------------------ATC-----A--T-------G-TATA--TTC-CAAATCTGT---TGTGgag
gi|14                         :                                                                                                                                     gtaATGAATAT----TCTGT-A-T-AATCTTGTGATG-----TA----T-----------GTGC--------AA--T-A---A-CTGTGTGCTG
gi|15                         :         TGGCGTATAA--AACATTGCTTTATTCGAGAAACGT-GTG-A------TG------TAT-------ATTCTTT-------ATCTTGTGA--T-------G-Tggtaacatgatataacag
gi|16                         :                                                                                       gataCTTTTGA--T-------T-TAAG--TAC-AGTACC--T----GTGATGTACAT------TAT-A-TC---CTT-TGATGTA---CA----C-----------GTGC--------AA--T-A---
gi|17                         :                               TATTCAATAATCTT-GTG-AAATATATT------CA--------A-----T-------ATCTTGGGA--T-------G-TATA--TTC-AATATC--T---TGTGATATctatg
gi|19                         :                                                                          ta-----T-------ATCTTGTGA--T-------G-TTTA--TTC-AATATC--T---CATGATATATAT---ATATTC-G-AAAATCTTG
gi|2                          : gtatattcTGGCGTGTAATAAACGTTGCTTTATTCGAAAATATT-GTA-A------TG------CA--------A-----T-------ATCTTGTGA--T-------G-TATA--TTCAAAAATC--T---TGTGATGTATAC---ATATGT-ATTCAATTTTGTGATGTAACTTA----T-----------GTGC--------TA--T-A---T-CT-TGTGATGTATA-TTCAA-ATTC-CACCTTTCCGGGGTTTTTTAGGTATGTTTCAAT-ATCTTAT
gi|20                         :                                         TCTT-GTATA------TT------CA--------A-----A-------ATCT-GTGA--C-------G-TGTA--TTC-AGAATC--T---TG---TGTATAT---A
gi|21                         :                                     tacattTT-GTG-A------TGTACGTGCA--------A-----T-------ATCTTGTGA--T-------G-TGTA--TTC-AAAATT--G---TGTGATATATAT---attc
gi|22                         :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTCGAAAATCTT-GTG-A------tca
gi|23                         :     ggtaTGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAA
gi|3                          :        aTGGCATGTAA--AACCTTGCTTTATTCGAAAATCTT-ATG-A------TG------TATAGATTCTA-----T-------ATCTTGTGA--TGTACCAGG-TATA--TTC-AATATT--T---TGTGATGTATA------ATCA-A---AATCTTATGATGTA---TACTAGT-----------ATTC--------AA--A-A---T-CT-TGTGATGTATA-TTCGA-
gi|4                          :              TGTAA--GATGTA----TATTCGAAAATCTTTGTG-A------TG------TA----------------------------TGAATT-------G-GACA--T------ATC--T---TGTGATGCATAT---TGCCCT-A-T-GAT-TTGTGATGTA---TG----------------GTGC--------AAACT-ATTCT-CT-TGTG
gi|5                          :                                                                                                               ATG--TTCGAAAATC--T---TGTGATGTATAT------TCT-A-T---TC-TGTGATGCA---TA----T------------T-C--------TA--TAA---T-CT-TATGATTTATG-TGCAATACTTGCA----TTCTGGGTga
gi|6                          :         TGGTGTGTAA--AACGTTGCTTATTTCGAAAATCTT-GTG-ATGTATGTG------CA--------A-----T-------ACCTTGTGA--T-------G-TATA--TTC--AAATC--T---TGTGATGTATGT---GCA-AT-A-TC---TTTGTGAaatatgatgcaatggtg
gi|7                          :        tTGGCGTGTAA--AACGTTACGTTATTC--------T-G----------------------------------T-------ATCTTATGA--T-------G-TATA--TT--AATATC--T---TGTGA--TATAT---ATATTTAA-TAAATCTTGTGATGTA---TA----T------------T-C--------TA--T-A---T-C
gi|8                          :        aTGGTGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTT-GTG-A------TGTATGTGCA--------A-----T-------ACCTTGTGA--T-------G-TATA--TTC-AAAATC--T---TGTGATGTATGT---GCA-AT-A-TC
gi|9                          :                                                                                                          ata-TATA--TTC-TAAATA--T---TGTGATGTAAAT---AT-TCT-A-T--ATCTTGTGATATA---TA----TTCTTTAAAAAGGTGTATGAGACAGA--G-A---T-CT-TGTGATGTATA-TTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGCATTCTGGGTAATATGATGCAATGGTGTTCCTTGAAATTGAGGAAAATTTTCATCGGTTA






Alignments
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lowQualScore                  :                   55               0           9999999999999999999999999999999999999999          8888888 2    33   9  0   33 444 2           9999999999999999             222  99999999999999999999999999999  4  00  5          666     6 222222222222222222222       3  3      3       
lowQualScore                  :                   ..               .           ........................................          ....... .    ..   .  .   .. ... .           ................             ...  .............................  .  ..  .          ...     . .....................       .  .      .       
lowQualScore                  :                   55               2           4444444444444444444444444444444444444444          1111111 4    22   4  2   22 111 4           6666666666666666             555  77777777777777777777777777777  0  66  0          777     7 333333333333333333333       3  3      3       
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Reference ( family-7052 )     :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTTGTG-A------TG------CA--------A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--T---T-GTGATGTATAT---ATATNT-A-TCA-ATCTTGTGATGTA---TA----T-----------GTGC--------NAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ANTC-CA----TCCTGGG-TTTTTATGTA-TG-TTCAAT-ATCTTAT
gi|1                          :                                ATTC-AGAATCTTGTGTA------TA------TA--------A-----TTCTTTGTATCTTGTTAT-------GGTATAGTTTC-AATATC--T---T-GCGATGTTTAT---AATTCC-A-TAA-TTCTTGTGAT-TG---TA----T-----------GTTC--------AGT-ATT-CT-TGTGATGTAT-ATTTCAA-AA-A-CA----TCTTG-------TATGTATTA-TTCTATAATCTT
gi|10                         :                                    GAAAATCTTGTT-A------TG------TATATTCT--A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-CATA--TTCTATAATC--T---T-ATGATGTACAT---GTATGT-G--CA-ATgagatttgtgtgcaataattgcatttctggtaatatgatgcaatggtg
gi|11                         :            CGTGTAA--AACTTT-CTTTATTAAAAAAT-----------------------------------------------TCTCGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--TTTAT-GTGATATATGTGCAATATCT-G-Taattgcattctgggt
gi|12                         :                                                                                                                                                                    TGATGTAAC-TA----T-----------GTGC--------TAT-AT--CT-TGTGATGCAT-A-TTCAA-AATC---------------TTGTTATGTA-TG-TTCAAT-ATCTTATg
gi|13                         :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTCGAAAATCTTGTG-A------TG------------------------------ATC-----AT-------G-TATA--TTC-CAAATCTGT---T-GTGgag
gi|14                         :                                                                                                                                   gtaATGAATAT----TCTGT-A-T-A-ATCTTGTGATG-----TA----T-----------GTGC--------AAT-AA--CTGTGTGCTG
gi|15                         :         TGGCGTATAA--AACATTGCTTTATTCGAGAAACGTGTG-A------TG------TAT-------ATTCTTT-------ATCTTGTGAT-------G-Tggtaacatgatataacag
gi|16                         :                                                                                      gataCTTTTGAT-------T-TAAG--TAC-AGTACC--T-----GTGATGTACAT------TAT-A-TC----CTT-TGATGTA---CA----C-----------GTGC--------AAT-A
gi|17                         :                               TATTCAATAATCTTGTG-AAATATATT------CA--------A-----T-------ATCTTGGGAT-------G-TATA--TTC-AATATC--T---T-GTGATATctatg
gi|19                         :                                                                         ta-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TTTA--TTC-AATATC--T---C-ATGATATATAT---ATATTC-G-AAA-ATCTTG
gi|2                          : gtatattcTGGCGTGTAATAAACGTTGCTTTATTCGAAAATATTGTA-A------TG------CA--------A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TATA--TTCAAAAATC--T---T-GTGATGTATAC---ATATGT-ATTCA-ATTTTGTGATGTAACTTA----T-----------GTGC--------TAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ATTC-CACCTTTCCGGGGTTTTTTAGGTA-TGTTTCAAT-ATCTTAT
gi|20                         :                                         TCTTGTATA------TT------CA--------A-----A-------ATCT-GTGAC-------G-TGTA--TTC-AGAATC--T---T-G---TGTATAT---A
gi|21                         :                                     tacattTTGTG-A------TGTACGTGCA--------A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TGTA--TTC-AAAATT--G---T-GTGATATATAT---attc
gi|22                         :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTCGAAAATCTTGTG-A------tca
gi|23                         :     ggtaTGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAA
gi|3                          :        aTGGCATGTAA--AACCTTGCTTTATTCGAAAATCTTATG-A------TG------TATAGATTCTA-----T-------ATCTTGTGATGTACCAGG-TATA--TTC-AATATT--T---T-GTGATGTATA------ATCA-A---A-ATCTTATGATGTA---TACTAGT-----------ATTC--------AAA-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCGA-
gi|4                          :                                                                                               GAT-------G-TATA--TTCGAAAATC--T---TTGTGATGTATGA---AT-TGG-A--CATATCTTGTGATGCA---TA----T------------TGC--------CCT-ATGATT-TGTGATGTATGG-TGCAA-ACT---A----TTCT
gi|5                          :                                                                                                       tgtaaATG--TTCGAAAATC--T---T-GTGATGTATAT------TCT-A-T----TC-TGTGATGCA---TA----T------------T-C--------TATAAT--CT-TATGATTTAT-G-TGCAATACTTGCA----TTCTGGG-Tcttgtgga
gi|6                          :         TGGTGTGTAA--AACGTTGCTTATTTCGAAAATCTTGTG-ATGTATGTG------CA--------A-----T-------ACCTTGTGAT-------G-TATA--TTC--AAATC--T---T-GTGATGTATGT---GCA-AT-A-TC----TTTGTGAaatatgatgcaatggtg
gi|7                          :        tTGGCGTGTAA--AACGTTACGTTATTC--------TG----------------------------------T-------ATCTTATGAT-------G-TATA--TT--AATATC--T---T-GTGA--TATAT---ATATTTAA-TAA-ATCTTGTGATGTA---TA----T------------T-C--------TAT-AT--C
gi|8                          :        aTGGTGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTTGTG-A------TGTATGTGCA--------A-----T-------ACCTTGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--T---T-GTGATGTATGT---GCA-AT-A-TC
gi|9                          :                                                                                                       ata-TATA--TTC-TAAATA--T---T-GTGATGTAAAT---AT-TCT-A-T---ATCTTGTGATATA---TA----TTCTTTAAAAAGGTGTATGAGACAGAG-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGCATTCTGGGTAATATGATGCAATGGTGTTCCTTGAAATTGAGGAAAATTTTCATCGGTTA






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lowQualScore                  :                   55               2           4444444444444444444444444444444444444444          1111111 4    22   4  2   22 111 4           6666666666666666             555  77777777777777777777777777777  0  66  0          777     7 4444444444444444444444    2 0  22     0       
consensus                     :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTTGTG-A------TG------CA--------A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--T---T-GTGATGTATAT---ATATNT-A-TCA-ATCTTGTGATGTA---TA----T-----------GTGC--------NAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ACT--CA----TCCTGGG--T-TTATGTA-TG-TTCAAT-ATCTTAT
Reference ( family-7052 )     :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTTGTG-A------TG------CA--------A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--T---T-GTGATGTATAT---ATATNT-A-TCA-ATCTTGTGATGTA---TA----T-----------GTGC--------NAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ANTC-CA----TCCTGGG--TTTTATGTA-TG-TTCAAT-ATCTTAT
gi|1                          :                                ATTC-AGAATCTTGTGTA------TA------TA--------A-----TTCTTTGTATCTTGTTAT-------GGTATAGTTTC-AATATC--T---T-GCGATGTTTAT---AATTCC-A-TAA-TTCTTGTGAT-TG---TA----T-----------GTTC--------AGT-ATT-CT-TGTGATGTAT-ATTTCAA-AA-A-CA----TCTTG-------TATGTATTA-TTCTATAATCTT
gi|10                         :                                    GAAAATCTTGTT-A------TG------TATATTCT--A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-CATA--TTCTATAATC--T---T-ATGATGTACAT---GTATGT-G--CA-ATgagatttgtgtgcaataattgcatttctggtaatatgatgcaatggtg
gi|11                         :            CGTGTAA--AACTTT-CTTTATTAAAAAAT-----------------------------------------------TCTCGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--TTTAT-GTGATATATGTGCAATATCT-G-Taattgcattctgggt
gi|12                         :                                                                                                                                                                    TGATGTAAC-TA----T-----------GTGC--------TAT-AT--CT-TGTGATGCAT-A-TTCAA-A-----A----TCTTG------TTATGTA-TG-TTCAAT-ATCTTATg
gi|13                         :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTCGAAAATCTTGTG-A------TG------------------------------ATC-----AT-------G-TATA--TTC-CAAATCTGT---T-GTGgag
gi|14                         :                                                                                                                                   gtaATGAATAT----TCTGT-A-T-A-ATCTTGTGATG-----TA----T-----------GTGC--------AAT-AA--CTGTGTGCTG
gi|15                         :         TGGCGTATAA--AACATTGCTTTATTCGAGAAACGTGTG-A------TG------TAT-------ATTCTTT-------ATCTTGTGAT-------G-Tggtaacatgatataacag
gi|16                         :                                                                                      gataCTTTTGAT-------T-TAAG--TAC-AGTACC--T-----GTGATGTACAT------TAT-A-TC----CTT-TGATGTA---CA----C-----------GTGC--------AAT-A
gi|17                         :                               TATTCAATAATCTTGTG-AAATATATT------CA--------A-----T-------ATCTTGGGAT-------G-TATA--TTC-AATATC--T---T-GTGATATctatg
gi|19                         :                                                                         ta-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TTTA--TTC-AATATC--T---C-ATGATATATAT---ATATTC-G-AAA-ATCTTG
gi|2                          : gtatattcTGGCGTGTAATAAACGTTGCTTTATTCGAAAATATTGTA-A------TG------CA--------A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TATA--TTCAAAAATC--T---T-GTGATGTATAC---ATATGT-ATTCA-ATTTTGTGATGTAACTTA----T-----------GTGC--------TAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ATTC-CACCTTTCCGGGGTTTTTTAGGTA-TGTTTCAAT-ATCTTAT
gi|20                         :                                         TCTTGTATA------TT------CA--------A-----A-------ATCT-GTGAC-------G-TGTA--TTC-AGAATC--T---T-G---TGTATAT---A
gi|21                         :                                     tacattTTGTG-A------TGTACGTGCA--------A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TGTA--TTC-AAAATT--G---T-GTGATATATAT---attc
gi|22                         :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTCGAAAATCTTGTG-A------tca
gi|23                         :     ggtaTGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAA
gi|3                          :        aTGGCATGTAA--AACCTTGCTTTATTCGAAAATCTTATG-A------TG------TATAGATTCTA-----T-------ATCTTGTGATGTACCAGG-TATA--TTC-AATATT--T---T-GTGATGTATA------ATCA-A---A-ATCTTATGATGTA---TACTAGT-----------ATTC--------AAA-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCGA-
gi|4                          :                                                                                               GAT-------G-TATA--TTCGAAAATC--T---TTGTGATGTATGA---AT-TGG-A--CATATCTTGTGATGCA---TA----T------------TGC--------CCT-ATGATT-TGTGATGTATGG-TGCAA-ACT---A----TTCT
gi|5                          :                                                                                                       tgtaaATG--TTCGAAAATC--T---T-GTGATGTATAT------TCT-A-T----TC-TGTGATGCA---TA----T------------T-C--------TATAAT--CT-TATGATTTAT-G-TGCAATACTTGCA----TTCTGGG--TAATATG-A-TG---CAAT-cttgtgga
gi|6                          :         TGGTGTGTAA--AACGTTGCTTATTTCGAAAATCTTGTG-ATGTATGTG------CA--------A-----T-------ACCTTGTGAT-------G-TATA--TTC--AAATC--T---T-GTGATGTATGT---GCA-AT-A-TC----TTTGTGAggtg
gi|7                          :        tTGGCGTGTAA--AACGTTACGTTATTC--------TG----------------------------------T-------ATCTTATGAT-------G-TATA--TT--AATATC--T---T-GTGA--TATAT---ATATTTAA-TAA-ATCTTGTGATGTA---TA----T------------T-C--------TAT-AT--C
gi|8                          :        aTGGTGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTTGTG-A------TGTATGTGCA--------A-----T-------ACCTTGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--T---T-GTGATGTATGT---GCA-AT-A-TC
gi|9                          :                                                                                                       ata-TATA--TTC-TAAATA--T---T-GTGATGTAAAT---AT-TCT-A-T---ATCTTGTGATATA---TA----TTCTTTAAAAAGGTGTATGAGACAGAG-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGCATTCTGGGTAATATGATGCAATGGTGTTCCTTGAAATTGAGGAAAATTTTCATCGGTTA






Alignments
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lowQualScore                  :                   55               2           4444444444444444444444444444444444444444          1111111 4    22   4  2   22 111 4           6666666666666666             555  77777777777777777777777777777  0  66  0          777     7 33333333333333333333333    2 0  22     0       
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Reference ( family-7052 )     :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTTGTG-A------TG------CA--------A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--T---T-GTGATGTATAT---ATATNT-A-TCA-ATCTTGTGATGTA---TA----T-----------GTGC--------NAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ACT--CA----TCCTGGG---T-TTATGTA-TG-TTCAAT-ATCTTAT
gi|1                          :                                ATTC-AGAATCTTGTGTA------TA------TA--------A-----TTCTTTGTATCTTGTTAT-------GGTATAGTTTC-AATATC--T---T-GCGATGTTTAT---AATTCC-A-TAA-TTCTTGTGAT-TG---TA----T-----------GTTC--------AGT-ATT-CT-TGTGATGTAT-ATTTCAA-AAA--CA----TCTTG--------TATGTATTA-TTCTATAATCTT
gi|10                         :                                    GAAAATCTTGTT-A------TG------TATATTCT--A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-CATA--TTCTATAATC--T---T-ATGATGTACAT---GTATGT-G--CA-ATgagatttgtgtgcaataattgcatttctggtaatatgatgcaatggtg
gi|11                         :            CGTGTAA--AACTTT-CTTTATTAAAAAAT-----------------------------------------------TCTCGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--TTTAT-GTGATATATGTGCAATATCT-G-Taattgcattctgggt
gi|12                         :                                                                                                                                                                    TGATGTAAC-TA----T-----------GTGC--------TAT-AT--CT-TGTGATGCAT-A-TTCAA-A-----A----TCTTG-------TTATGTA-TG-TTCAAT-ATCTTATg
gi|13                         :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTCGAAAATCTTGTG-A------TG------------------------------ATC-----AT-------G-TATA--TTC-CAAATCTGT---T-GTGgag
gi|14                         :                                                                                                                                   gtaATGAATAT----TCTGT-A-T-A-ATCTTGTGATG-----TA----T-----------GTGC--------AAT-AA--CTGTGTGCTG
gi|15                         :         TGGCGTATAA--AACATTGCTTTATTCGAGAAACGTGTG-A------TG------TAT-------ATTCTTT-------ATCTTGTGAT-------G-Tggtaacatgatataacag
gi|16                         :                                                                                      gataCTTTTGAT-------T-TAAG--TAC-AGTACC--T-----GTGATGTACAT------TAT-A-TC----CTT-TGATGTA---CA----C-----------GTGC--------AAT-A
gi|17                         :                               TATTCAATAATCTTGTG-AAATATATT------CA--------A-----T-------ATCTTGGGAT-------G-TATA--TTC-AATATC--T---T-GTGATATctatg
gi|19                         :                                                                         ta-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TTTA--TTC-AATATC--T---C-ATGATATATAT---ATATTC-G-AAA-ATCTTG
gi|2                          : gtatattcTGGCGTGTAATAAACGTTGCTTTATTCGAAAATATTGTA-A------TG------CA--------A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TATA--TTCAAAAATC--T---T-GTGATGTATAC---ATATGT-ATTCA-ATTTTGTGATGTAACTTA----T-----------GTGC--------TAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ATTC-CACCTTTCCGGGGTTTT-TTAGGTA-TGTTTCAAT-ATCTTAT
gi|20                         :                                         TCTTGTATA------TT------CA--------A-----A-------ATCT-GTGAC-------G-TGTA--TTC-AGAATC--T---T-G---TGTATAT---A
gi|21                         :                                     tacattTTGTG-A------TGTACGTGCA--------A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TGTA--TTC-AAAATT--G---T-GTGATATATAT---attc
gi|22                         :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTCGAAAATCTTGTG-A------tca
gi|23                         :     ggtaTGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAA
gi|3                          :        aTGGCATGTAA--AACCTTGCTTTATTCGAAAATCTTATG-A------TG------TATAGATTCTA-----T-------ATCTTGTGATGTACCAGG-TATA--TTC-AATATT--T---T-GTGATGTATA------ATCA-A---A-ATCTTATGATGTA---TACTAGT-----------ATTC--------AAA-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCGA-
gi|4                          :                                                                                               GAT-------G-TATA--TTCGAAAATC--T---TTGTGATGTATGA---AT-TGG-A--CATATCTTGTGATGCA---TA----T------------TGC--------CCT-ATGATT-TGTGATGTATGG-TGCAA-ACT---A----TTCT
gi|5                          :                                                                                                       tgtaaATG--TTCGAAAATC--T---T-GTGATGTATAT------TCT-A-T----TC-TGTGATGCA---TA----T------------T-C--------TATAAT--CT-TATGATTTAT-G-TGCAATACTTGCA----TTCTGGG---TAATATG-A-TG---CAAT-cttgtgga
gi|6                          :         TGGTGTGTAA--AACGTTGCTTATTTCGAAAATCTTGTG-ATGTATGTG------CA--------A-----T-------ACCTTGTGAT-------G-TATA--TTC--AAATC--T---T-GTGATGTATGT---GCA-AT-A-TC----TTTGTGAggtg
gi|7                          :        tTGGCGTGTAA--AACGTTACGTTATTC--------TG----------------------------------T-------ATCTTATGAT-------G-TATA--TT--AATATC--T---T-GTGA--TATAT---ATATTTAA-TAA-ATCTTGTGATGTA---TA----T------------T-C--------TAT-AT--C
gi|8                          :        aTGGTGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTTGTG-A------TGTATGTGCA--------A-----T-------ACCTTGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--T---T-GTGATGTATGT---GCA-AT-A-TC
gi|9                          :                                                                                                       ata-TATA--TTC-TAAATA--T---T-GTGATGTAAAT---AT-TCT-A-T---ATCTTGTGATATA---TA----TTCTTTAAAAAGGTGTATGAGACAGAG-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGCATTCTGGGTAATATGATGCAATGGTGTTCCTTGAAATTGAGGAAAATTTTCATCGGTTA






Alignments
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lowQualScore                  :                   55               2           4444444444444444444444444444444444444444          1111111 4    22   4  2   22 111 4           6666666666666666             555  77777777777777777777777777777  0  66  0          777     7 33333333333333333333333    2 0  22     0       
consensus                     :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTTGTG-A------TG------CA--------A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--T---T-GTGATGTATAT---ATATNT-A-TCA-ATCTTGTGATGTA---TA----T-----------GTGC--------NAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ACT--CA----TCCTGGG---T-TTATGTA-TG-TTCAAT-ATCTTAT
Reference ( family-7052 )     :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTTGTG-A------TG------CA--------A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--T---T-GTGATGTATAT---ATATNT-A-TCA-ATCTTGTGATGTA---TA----T-----------GTGC--------NAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ACT--CA----TCCTGGG---T-TTATGTA-TG-TTCAAT-ATCTTAT
gi|1                          :                                ATTC-AGAATCTTGTGTA------TA------TA--------A-----TTCTTTGTATCTTGTTAT-------GGTATAGTTTC-AATATC--T---T-GCGATGTTTAT---AATTCC-A-TAA-TTCTTGTGAT-TG---TA----T-----------GTTC--------AGT-ATT-CT-TGTGATGTAT-ATTTCAA-AAA--CA----TCTTG--------TATGTATTA-TTCTATAATCTT
gi|10                         :                                    GAAAATCTTGTT-A------TG------TATATTCT--A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-CATA--TTCTATAATC--T---T-ATGATGTACAT---GTATGT-G--CA-ATgagatttgtgtgcaataattgcatttctggtaatatgatgcaatggtg
gi|11                         :            CGTGTAA--AACTTT-CTTTATTAAAAAAT-----------------------------------------------TCTCGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--TTTAT-GTGATATATGTGCAATATCT-G-Taattgcattctgggt
gi|12                         :                                                                                                                                                                    TGATGTAAC-TA----T-----------GTGC--------TAT-AT--CT-TGTGATGCAT-A-TTCAA-A-----A----TCTTG-------TTATGTA-TG-TTCAAT-ATCTTATg
gi|13                         :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTCGAAAATCTTGTG-A------TG------------------------------ATC-----AT-------G-TATA--TTC-CAAATCTGT---T-GTGgag
gi|14                         :                                                                                                                                   gtaATGAATAT----TCTGT-A-T-A-ATCTTGTGATG-----TA----T-----------GTGC--------AAT-AA--CTGTGTGCTG
gi|15                         :         TGGCGTATAA--AACATTGCTTTATTCGAGAAACGTGTG-A------TG------TAT-------ATTCTTT-------ATCTTGTGAT-------G-Tggtaacatgatataacag
gi|16                         :                                                                                      gataCTTTTGAT-------T-TAAG--TAC-AGTACC--T-----GTGATGTACAT------TAT-A-TC----CTT-TGATGTA---CA----C-----------GTGC--------AAT-A
gi|17                         :                               TATTCAATAATCTTGTG-AAATATATT------CA--------A-----T-------ATCTTGGGAT-------G-TATA--TTC-AATATC--T---T-GTGATATctatg
gi|19                         :                                                                         ta-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TTTA--TTC-AATATC--T---C-ATGATATATAT---ATATTC-G-AAA-ATCTTG
gi|2                          : gtatattcTGGCGTGTAATAAACGTTGCTTTATTCGAAAATATTGTA-A------TG------CA--------A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TATA--TTCAAAAATC--T---T-GTGATGTATAC---ATATGT-ATTCA-ATTTTGTGATGTAACTTA----T-----------GTGC--------TAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ATTC-CACCTTTCCGGGGTTTT-TTAGGTA-TGTTTCAAT-ATCTTAT
gi|20                         :                                         TCTTGTATA------TT------CA--------A-----A-------ATCT-GTGAC-------G-TGTA--TTC-AGAATC--T---T-G---TGTATAT---A
gi|21                         :                                     tacattTTGTG-A------TGTACGTGCA--------A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TGTA--TTC-AAAATT--G---T-GTGATATATAT---attc
gi|22                         :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTCGAAAATCTTGTG-A------tca
gi|23                         :     ggtaTGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAA
gi|3                          :        aTGGCATGTAA--AACCTTGCTTTATTCGAAAATCTTATG-A------TG------TATAGATTCTA-----T-------ATCTTGTGATGTACCAGG-TATA--TTC-AATATT--T---T-GTGATGTATA------ATCA-A---A-ATCTTATGATGTA---TACTAGT-----------ATTC--------AAA-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCGA-
gi|4                          :                                                                                               GAT-------G-TATA--TTCGAAAATC--T---TTGTGATGTATGA---AT-TGG-A--CATATCTTGTGATGCA---TA----T------------TGC--------CCT-ATGATT-TGTGATGTATGG-TGCAA-ACT---A----TTCT
gi|5                          :                                                                                                       tgtaaATG--TTCGAAAATC--T---T-GTGATGTATAT------TCT-A-T----TC-TGTGATGCA---TA----T------------T-C--------TATAAT--CT-TATGATTTAT-G-TGCAATACTTGCA----TTCTGGG---TAATATG-A-TG---CAAT-cttgtgga
gi|6                          :         TGGTGTGTAA--AACGTTGCTTATTTCGAAAATCTTGTG-ATGTATGTG------CA--------A-----T-------ACCTTGTGAT-------G-TATA--TTC--AAATC--T---T-GTGATGTATGT---GCA-AT-A-TC----TTTGTGAggtg
gi|7                          :        tTGGCGTGTAA--AACGTTACGTTATTC--------TG----------------------------------T-------ATCTTATGAT-------G-TATA--TT--AATATC--T---T-GTGA--TATAT---ATATTTAA-TAA-ATCTTGTGATGTA---TA----T------------T-C--------TAT-AT--C
gi|8                          :        aTGGTGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTTGTG-A------TGTATGTGCA--------A-----T-------ACCTTGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--T---T-GTGATGTATGT---GCA-AT-A-TC
gi|9                          :                                                                                                       ata-TATA--TTC-TAAATA--T---T-GTGATGTAAAT---AT-TCT-A-T---ATCTTGTGATATA---TA----TTCTTTAAAAAGGTGTATGAGACAGAG-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTC


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blockSeqs                     :                   .                            ATGTATATTCTAT                                     .       .    .    A      .  .   .           ATATTTAATAA                  AC   CTAGTATTCA                     .  .   .          A       . CTTGCATTCTGGGTAA           T .  T      .
blockSeqs                     :                   .                            ATGTATATTCTTT                                     .       .    .    G      .  .   .           ATATTCGAAA                   .    TGTGCT                         .  .   .          A       . ATCTTGT                    . .  .      .
blockSeqs                     :                   .                            AAATATATTCAAT                                     .       .    .    G      .  .   .           GTATGTGCA                    .    TGTGCA                         .  .   .          A       .                                         
blockSeqs                     :                   .                            ATGTACGTGCAAT                                     .       .    .    .      .  .   .           ATTGGACAT                    .    CGTGCA                         .  .   .          G       .                                         
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blockSeqs                     :                                                ATG                                               .       .    .    .      .  .   .           ATCAAA                                                                                                                               
blockSeqs                     :                                                T                                                 .       .    .    .      .  .   .           TCTAT                                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                .                                                 .       .    .    .      .  .   .                                                                                                                                                
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blockSeqs                     :                                                                                                          .    .    .      .  .   .                                                                                                                                                


blockSeqCons                  :                                                ATGTATGTCAAT****************************                       **                             ATATNTATCA******                                                    **             A**
originalCons                  :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTTGTG-A------TG------CA--------A-----T-------ATCTTGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--T---T-GTGATGTATAT---ATATNT-A-TCA-ATCTTGTGATGTA---TA----T-----------GTGC--------NAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ACT--CA----TCCTGGG---T-TTATGTA-TG-TTCAAT-ATCTTAT
finalCons                     :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTCGAAAATCTTGTGATGTATGTCAAT----------------------------ATCTTGTGAT-------G-TATA--TTC-AAAATC--T---T-GTGATGTATATATATNTATCA------ATCTTGTGATGTA---TA----T-----------GTGC--------NAT-AT--CT-TGTGATGTATA--TTCAA-ACT--CA----TCCTGGG---T-TTATGTA-TG-TTCAAT-ATCTTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGCATTCTGGGTAATATGATGCAATGGTGTTCCTTGAAATTGAGGAAAATTTTCATCGGTTA






Alignments
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lowQualScore                  :                   ..               .     .       . ..    ......... .      ...    ..  ....... .    ..   .... .   ..  .           ............             ...  .............................  .  ..  .          ...     . .......................    . .  ..     .       
lowQualScore                  :                   55               1     9       9 99    222222222 8      777    44  1111111 4    22   5555 2   22  4           333333333333             999  11111111111111111111111111111  4  99  0          777     7 33333333333333333333333    2 0  22     0       
consensus                     :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTC-GAAAA-TCTTGTG-A--TGTA--TA---T-CAATATCT---TGTG--AT-------G-TATA--TTC-A--AAATC--TT-GTGATGTATATATATNTA-TCA-ATCTTGTGATGTA---TA----T-----------GTGC--------NAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ACT--CA----TCCTGGG---T-TTATGTA-TG-TTCAAT-ATCTTAT
Reference ( family-7052 )     :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTC-GAAAA-TCTTGTG-A--TGTA--TG---T-CAATATCT---TGTG--AT-------G-TATA--TTC-A--AAATC--TT-GTGATGTATATATATNTA-TCA-ATCTTGTGATGTA---TA----T-----------GTGC--------NAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ACT--CA----TCCTGGG---T-TTATGTA-TG-TTCAAT-ATCTTAT
gi|1                          :                                ATTC--AGAA-TCTTGTGTA--TATAATTC---T-TTGTATCT---TGTT--AT-------GGTATAGTTTC-A--ATATC--TT-GCGATGTTTATAATTCCA-TAA-TTCTTGTGAT-TG---TA----T-----------GTTC--------AGT-ATT-CT-TGTGATGTAT-ATTTCAA-AAA--CA----TCTTG--------TATGTATTA-TTCTATAATCTT
gi|10                         :                                    -GAAAA-TCTTGTT-A--TGTA--TA---TTCTATATCT---TGTG--AT-------G-CATA--TTCTA--TAATC--TT-ATGATGTACATGTATGTG--CA-ATgagatttgtgtgcaataattgcatttctggtaatatgatgcaatggtg
gi|11                         :            CGTGTAA--AAC-TTTCTTTATTA-AAAAATTCTCGTG-A--TGTA--TAT--T-CAAAATCTTTATGTG--AT-------A-TATG--TGC-A--ATATC---T-GTGaattgcattctgggt
gi|12                         :                                                                                                                                                   TGATGTAAC-TA----T-----------GTGC--------TAT-AT--CT-TGTGATGCAT-A-TTCAA-A-----A----TCTTG-------TTATGTA-TG-TTCAAT-ATCTTAT
gi|13                         :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTC-GAAAA-TCTTGTG-A--TG---------------ATC----------AT-------G-TATA--TTC-C--AAATCTGTT-GTGgag
gi|14                         :                                                                                                                      gtaATGAATAT-TCTGTA-T-A-ATCTTGTGATG-----TA----T-----------GTGC--------AAT-AA--CTGTGTGCTG
gi|15                         :         TGGCGTATAA--AACATTGCTTTATTC-GAGAA-ACGTGTG-A--TGTA--TAT--T-CTTTATCT---TGTG--AT-------G-Tggtaacatgatataacag
gi|16                         :                                                                     gataCT---TTTG--AT-------T-TAAG--TAC-A--GTACC--T--GTGATGTACAT---TATA-TC----CTT-TGATGTA---CA----C-----------GTGC--------AAT-A
gi|17                         :                               TATTC-AATAA-TCTTGTG-AAATATA--T----T-CAATATCT---TGGG--AT-------G-TATA--TTC-A--ATATC--TT-GTGATATctatg
gi|19                         :                                                                    taTATCT---TGTG--AT-------G-TTTA--TTC-A--ATATC--TC-ATGATATATATATATTCG-AAA-ATCTTG
gi|2                          : gtatattcTGGCGTGTAATAAACGTTGCTTTATTC-GAAAA-TATTGTA-A--TG-----------CAATATCT---TGTG--AT-------G-TATA--TTCAA--AAATC--TT-GTGATGTATACATATGTATTCA-ATTTTGTGATGTAACTTA----T-----------GTGC--------TAT-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCAA-ATTC-CACCTTTCCGGGGTTTT-TTAGGTA-TGTTTCAAT-ATCTTAT
gi|20                         :                                          -TCTTGTA------TA--T----T-CAAAATCT----GTG--AC-------G-TGTA--TTC-A--GAATC--TT-G---TGTATATA
gi|21                         :                                       tacattTTGTG-A--TGTA--CG---TGCAATATCT---TGTG--AT-------G-TGTA--TTC-A--AAATT--GT-GTGATATATATattc
gi|22                         :         TGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTGTTC-GAAAA-TCTTGTG-A--tca
gi|23                         :     ggtaTGGCGTGTAA--AACGTTGCTTTATTC-GAAAA-
gi|3                          :        aTGGCATGTAA--AACCTTGCTTTATTC-GAAAA-TCTTATG-A--TGTA--TAGATT-CTATATCT---TGTG--ATGTACCAGG-TATA--TTC-A--ATATT--TT-GTGATGTATA---ATCAA---A-ATCTTATGATGTA---TACTAGT-----------ATTC--------AAA-AT--CT-TGTGATGTAT-A-TTCGA-
gi|4                          :                                                                                 G--AT-------G-TATA--TTCGA--AAATC--TTTGTGATGTATGAAT-TGGA--CATATCTTGTGATGCA---TA----T------------TGC--------CCT-ATGATT-TGTGATGTATGG-TGCAA-ACT---A----TTCT
gi|5                          :                                                                                           tgtaaATG--TTCGA--AAATC--TT-GTGATGTATAT---TCTA-T----TCT-GTGATGCA---TA----T------------T-C--------TATAAT--CT-TATGATTTAT-G-TGCAATACTTGCA----TTCTGGG---TAATATG-A-TG---CAAT-cttgtgga
gi|6                          :         TGGTGTGTAA--AACGTTGCTTATTTC-GAAAA-TCTTGTG-A--TGTA--TG---TGCAATACCT---TGTG--AT-------G-TATA--TTC----AAATC--TT-GTGATGTATGTGCA-ATA-TC----TTTGTGAggtg
gi|7                          :        tTGGCGTGTAA--AACGTTACGTTATTCTGTA---TCTTATG-A--TGTA--TA---T-TAATATCT---TGTGATAT-------A-TATA--TTT-AATAAATC--TT-GTGATGTATAT-TCTATA-TC
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGCATTCTGGGTAATATGATGCAATGGTGTTCCTTGAAATTGAGGAAAATTTTCATCGGTTA