lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 2222 7777777777777777777777777777777777777777 22222222222 44444444444444444444444 22222222 3333333333333333333 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 1111 22222222 33 1 2222 333333 1111 11 555555555555555555555555555 3 111 11 11 11 3333333333333 1111 22222 111111 11 1 5555555 1 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 33333333333 11 1 2222 11111111 11 444444444 11111111111111111 1 1111 333333333333 33333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 111 333 44444 77777777 1111111 22222 1 11111111 11 33 1 3 3 2 4444444 22 3 2
lowQualScore : 6 3 99 6 9 6 6 6 3 1 3333 5 5 3333333333333333333333333333333333333333 77 77 5 9999 99999999999 33333333333333333333333 6 5 44444444 8888888888888888888 5 33 5 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 0 111 77 888 9999 1 4 00000000 1 00 3 99 3 99 99 6666 6 222222 1111 3 77 6 222222222222222222222222222 7 1 6 6 6 444 11 11 55 7777777777777 4444 888 11111 3 666666 1 99 1 5 9999999 0 99 77 5 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 7777 44 22222 88888 555 99999999999 44 3 44 0 1111 3 44444444 555 3 3 3 99 444444444 8 99999999999999999 3 3 55 8 1111 3 0 777 4 999999999999 55 11111111111 3 44 3 6 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 55 7 3 8888 3 66 3 3 6 4 4 999 3 3 3 000 44 44 3 3 7777 999999 99999 77777777 0000000 66666 555 7 99999999 22 77 99 8 44 6 6 2 7777 3 999999 44 8 2 3333333 2 2 2 99 2 3 3 1 3 9 7 5
lowQualScore : . . .. . . . . . . . .... . . ........................................ .. .. . .... ........... ....................... . . ........ ................... . .. . . ............................................................................................................ .. . ... .. ... .... . . ........ . .. . .. . .. .. .... . ...... .... . .. . ........................... . . . . . ... .. .. .. ............. .... ... ..... . ...... . .. . . ....... . .. .. . ..................................................... . .... .. ..... ..... ... ........... .. . .. . .... . ........ ... . . . .. ......... . ................. . . .. . .... . . ... . ............ .. ........... . .. . . ........................................................................................ . .. . . .... . .. . . . . . ... . . . ... .. .. . . .... ...... ..... ........ ....... ..... ... . ........ .. .. .. . .. . . . .... . ...... .. . . ....... . . . .. . . . . . . . .
lowQualScore : 7 7 22 0 2 7 7 7 5 4 6666 7 7 1111111111111111111111111111111111111111 99 99 7 3333 77777777777 77777777777777777777777 7 7 00000000 4444444444444444444 7 66 7 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 8 777 99 000 1111 7 3 77777777 7 33 3 22 5 22 22 7777 7 888888 2222 5 77 7 888888888888888888888888888 3 8 7 7 7 000 00 22 88 7777777777777 2222 777 00000 2 888888 0 33 4 7 3333333 9 44 44 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 1111 66 99999 33333 888 11111111111 66 3 88 0 4444 3 11111111 888 3 6 6 55 666666666 0 66666666666666666 6 6 00 7 4444 6 9 000 0 777777777777 00 00000000000 3 66 3 7 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 55 3 6 7777 6 55 6 6 0 0 0 777 3 3 3 111 66 66 3 3 1111 666666 55555 88888888 8888888 33333 888 2 88888888 11 33 22 5 22 2 2 4 9999 3 666666 22 7 9 7777777 9 9 9 66 9 1 1 0 8 1 1 0
consensus : NTAGCG-CTAGTCCATTTGA--ACTAGGCCTACC-CT-CCGG-GTCCCAG-CCC---AT-ATACCC-AGA-GTG---GTC-TATGTCAAT-AAAGT-TAT---TG-GC-NA--AA--AT-C--A-GT-G-AA-AATTCGATATGCACG-TATCGAACT--G-AACG--TCAAAT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT-----CACAACAA--C---ACCAA-CT--CGCTAAA-TACC-----T-GTACTTAGTA--T-T-ACGG-AT--GGC--TGTAA--A-C-CCCCCCCCCCCCCCCTCTTTTTAA----GTA-A-----A-T----G--T-AAA--TAAGCAT--ACATTTTTT---TCAT--AGT--ACATA--TATGTGATTTTA--------GCTATATCATT--GCCTAA-TGATT--GCGCTAA--ATA--AGA---GGG-TTTTT--T--ATCGATATAAAAGTGTGA-GAA-ACAC-AG--GAN-------TAA--AT-N-ATTGAAAATATT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A-ACAT--ATAAACAAT--T---AGAAA--CCA-CT-TGGATCTATT--GTATCTTT-AAAT-AG-TCA-TCGA---TTGCC-----AACT-TA-TTTCTTT-----------G-GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-A--AT-----T---TTT-TGNT------AT--C-CT-CC-TT-G--A-AAAA---C--G-CC---AA-TT-TTTCGAT-TCTGAAAAAANGTG-----TCTA-TT-------TTT-AGACTTTTT-AGGTC-AA--TTTT----A-AAAATACAAC---AT-GA-AT-AT-AA---GTAC--ACA---A--T-A-AAAT-T--TGATTT-T-GTTA----------------C--------------TT----------T--------------CTT----------------G----------AT-AAAA-GCA-G-CAA--TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CATTTACA-AAT-GAG-CTA-AGAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--G-GCAAAAA-AA--TG-GTACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGCAACGGCAAAAAATTTTG--AA-TAA--ATAAT-CATGCTGTT--TTT-GTTT-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAAC-GTATGG-GCCAATTCTA-TGA--AGTAG-TGA-TTT-CT-G-ACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
Reference ( gi|2 ) : ATAGTG-CTAGTCCATTTGA--ATTAGGCATACC-CT-CCGG-GTTCCAG-CC----AT-ATACCC-AGA-CGGAT-GTC-TATGTCAATTAACGT-TAT--GTGCGC-CA--AA--AT-C--A-GT-GTAA-AATTTGATATGCAGGATATCGAA-T--G-AACG-ACCAAAT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT-----CA-AACAA--C---ACCAA-CT--CGCTAAA-TACC-----T-GCACTTAGTAA-T-C-ACGG-AT--TGC--TGTAA--ACCCCCCCCCCCCCCCCCCTCTTTTTAA----GTA-A-----AGT----G--T-AAA--TAAG-AT--ACATTTTTT---TCAT--AGT--ACATA--CGTGTGATTTTA--------GCTATATCATTT-GCCTAA-TGATT--GTGCTAA--ATA--AGC---GGG-TTTTC-AT--ATCGATATAAAAGTGTGA-TAA-AC-C-AG--GAT-------TAA--AT-G-ATTGAAAATATTATTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A-ACAT--AAAAACAAT--T---AAAAA--CCA-CT-TGGATATACTTGGTATCCTTAAAAT-AG-TCA-CGGAATATTGCCCCAATAACTATAATTTCTTTTCCCACAATGGGCGG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-A--AT-----T---TTT-TGA-------AT--C-CT-TC-TT-C--A-AAAA---T--G-CC---AA-TT-TTTCGAT-TCTTAAAAAAAGCA-----TCTA-TT-------TT--AGACTGTTT-AGGTC-AA--TGTT----A-AAAATACAAC---AT-GA-A--AT-AAC--GTAC--ACA---A--T-A-AAAT-T--TGATTC-T-GTTA----------------C--------------TT----------T--------------CGT----------------G----------AT-AAAA-GCA-G-CAA--T-GT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATGA-AG-CATTTACA-AAT-GAG-CTACAGAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AACCAA-GCAAAAA-AATTTGCGTACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGCAACTGCAAAAAGTTTTT--AA-AAA--ATAA--CATGCTG-T--TTT-GTTTGTCATGAGTGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAACAGTATGG-GCCAATTCTACTGA--AGTAG-TGA-TTT-C--G-ACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTTAACAGAG-ATCCAT-GTTAATTTTTC
gi|3 : TAGTG-CCATT--ATTTGAGGACTAGGC-TACAACT-CCGG-GTCCCAG-CCCATTAT-ATCCTC-AGA----AT-GTCCTATGTCAAT-AA-GTCTAT--CTG-GCACAGGAA--AT-C--A-GTCGGAA-A---TGATATGCCACGTATCGAA-TCTGCAACGTACAACATCGTAAA-AATGCAAACACCAACCAAAAT------A-CACAA--CCCAACCAAACTGGCGCTAAAATACCAAGAGT-GAACTAAGTAT-T-C---GG-ATGGTGCAGTGTAA--CACGTCCCTCCCCCCAACATCTTTT-AACACGGTATACTGGTACT----G--TCAAA--TA-G-ATTTCCATTCTTT---TCACTGAGCTCACATA--T-TGT-ATTTTA--------GCTATATCATATAGCCTAAATG-TT--GCGCTAA--ATA--GTCAAGGGA-TTTTC-CTTAATC-AGATAAAAGTGTGA-GAA-ACAC-AGTAGAA-------TAATAATCA-ATTGAAAATATT-TTGACAATC-TTGGTGTTTTTAGTACCTCTC--AAATTATGA--ATT--CTTTACAGAGAGACA-C----CTAATT-TTACACTCACACACACT--CTCAGAAAA--CCAACT-TGGATCTAT---GTATCTTT--AAT-AGTTCATCG-----TTGCC-----AACT-TAATTATTT------------GCGGACTCATGACA--A-TTCTTATCATTCAAACACCCTC-GAC-A--ATTCTACT---TTT-TG--------AT--A-CT-CC-TT-G--G-AAAAACCC--G-CCCAAAA-TT-ATT--ATCTCTGAAAAAATGAT-----TCTA-TTTTTCTAATT--AGCCTTTTT-AGGTCTAACCTATTTAACA-AAAGTACAAC---AT-GATA--CT-AA---GTACAGACATTTA--T-A-AAAA-TCATGATTC-TGGTTA----------------C--------------CTCTATTTGCAAT--------------CATATAACTTATACTACTTG----------ATTAAAA-GCACG-CAACTT-G--ACCATGACTTCGACCTTTTGTCTTATTGAATAA-AGACA-TTAAA-AATAGAGACTA---GA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--A-GCGCAAA-AA--TGAGTACCAAATATAAAAATGCACT--
gi|15 : aggcctagcgggcTAGCGACTAGTTTCTTTGA--ACTAGGCCTACC-TT--------TTCAG-CC-----C-ATGCAA-AGAGCGG----TC-TATGTTAAAAACCGT-AATTAGT------A--AA--ATTC--A-GC-G-AA-AATT-GATATGAACG-TACCGCACT--G-AATG--TCAGAT-GTAAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT-----CACAGCGA------ACCAA-CT--CGTTAAA-TGC----------------TAT-T-CTATGG-AT--GGT--TATAATGATCACCCCTTC-----------TTTTAA----GC------------------------------AT--ACA-TTTAT---TCAT--CG-----ATA--CATGTGAGTTTA--------GCTAa
gi|6 : G-CTAGTCCATTTGA--ACTAGGCCTACC-CT-CCGG-ATCCCAG-CCC---AT-ATACCG-AGA-GTG---GTC-TATGTCAAT-AAAGT-TAT-----TGG-CA--AA--AT-C--A-GT-G-AA-AATT-GATATACACG-TATCGAACT--T-AATG--TCAAAT-GTGAA-AATGCAAA----AAC-AAAAT-----CACAACAA------ACCAA-CT--CGCTAAA-TACC-----T-GTACT-AGTA----T-ACGG-AT--GGC--TGTAA------CACCCCCCTCCCCTCTCTTTT-------------------------------A--TAAGCAT--ACATTTTTC----CAT--AGT--ACATA--TATGTGATTTTA--------GCTATATCA-CT-GCCTAA-TGATT--GCGCTAA--ATAAGAGG---GGG-TTT----T--ATCG--ATAGAAGTGTGAGGAA-ACAC-AA--GAA-------TAA--AT-C-ATTGAAAATAGT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AAAT-GTGCT-TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A-ACAT--GTAAGCAAT--T---AGAAAC-CCA-CT-TGGATCTAT---ATATCTTT-AAAT-AA-TCA-TCGA----TGCC-----AACT-TA--TTCT----------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC----AT-----T---TTT-TGCT------AT--C-ATACC-TT-G--A-AAAA---C--G-CT---AA-TT-TTTCGAT-TCT--GAAAAAGTT-----TTCATTT-------TT--AGACCTTTT-AGGTC-AA--TTTT----A-AAAATACAAC---ATAGA-T--AT-AA---GTAC--ACATT-A--T-A-AAAT-T--TGATTT-A-GTTA----------------C--------------TT----------T--------------gtt
gi|16 : cctagcgG-CTAGTCCATTTGA--ACTAGGCCTACC-CT-CTGG-GTCCCAGCCC----AT-ATACCC-AGA-GTG---GTC-TATGTCAA-TAACGT-TGT---TG-GC-AA--AA--AT-C--A-GT-G-AA-AA-TCGATATGCACG-TATCGAACT--G-AACG--TCGAAT-GTTAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT-----C---ACAACTC---ACCAA-CA--CGCTAAA-TACCTGGT-T-GTAC-TAGTA----T-ACGG-AT--GGC--TGTAA---------CCCCCCCCCCCCTCTTTTgaatca
gi|14 : gcctagcgG-CTAGCTCATGTGA--ACTAGACCTATC-CTTCCGGCGTCCCAG-CCC---ATGATACCCCAGA-GTG---GTC-TATG-CAATAAGAGT-TTT--G---GC-AA--AA--GT-CTTG-GT-TTGATAGACTGTTATGCA---TA-CGTC-T--G-AAC---TCAAAT-GTGAACAATGCAAA----A--CAAAATATCTACA-ACAAA--C---GACAA-CA--CGCTAAA-T-CC-----TAGTACT-AGTA----T-ACGGTAT--GGC--TGTAT--AGCCCCCC-----CCCCTCT-TTTTTA-------A-A-----AGTAGTGG--T-AAA--TAAGCAT--Aa
gi|32 : G-CTAGTCCATTTGA--ACTAGGCCTACC-CT-CCGT-GTCCCAGTCC----AC-ATACCC-AGA----ATAGTC-TATGTCAA-TAAAGT-TAT---TG-GC-AA--AA--AT-gc
gi|1 : gcctagcg-CC----AT-A-ACTC-AGA-TGG----TC-TGT-------AA-GT-TAT---TGTGG-CA--AAGAAT-G--ACGG-GCAA-AATT-GATATGCCATATCTCGAACT--G-AACG--TCAAAT-GTGAA-A-TGCAAA----AA---ATAT-----AC-AACAA--A---ACCAA-CTT-CGCTAAA-TACC-----T-G---TTGGCAAGTAT-ATGG-AT--GG---TGTAA--ACCACCCCCCTC-----------TTTAA----GTA-A-----GTC----GGTT-AAAATTAAC-AT--GCATTTCTTAAGTGAC--A-T--ATATAATCGT-TGATTTTA--------GCTAAATCATT--GCCTAA-TGATTTGGCGCTAA--ATA--AG----AGG-TTTT--GT--TTTGATACAA--GTGCGA-GAA-ACAC-AA--GAT---------A--ATCA-ATTGAAA-TATT-TTGACA-TC-TGG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTTT-C----------GATAACGAATCCAATTCA-ACAT--ATAAACA-TGAT---AGAAATCCCA-CT-GCGAT---CTGTGTATCTTTATAAT-TG-TCA-T----CAT-GCC---A-AACT-TA-CTTCGTT----------GAC-------TAA-AAGACTTTTT----CT-AA--ACC-TCGAGC-A--TT-----T---TTTATAT-------AT--CTCC-CC-TT-G--A-AAAA---C--GGCC---AA-TTCTTTCGAT-TCGTGAAAA---TA-----TGTA-TT-------TTT-AGACTTTTTTAGGTC-AA--TTTTT---A-AAAATACAAC----T-GA-AT-ATTAAG--ATAC--ACG---A--TTATAAAT-T--TGATTC-T-GTTA----------------CGTCTGAATCATTTATT----------T--------------CTT----------------G----------AT-AAAAAGCACG-CAA--TTGT-AC--TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATG-AATAACAG-CAATTACAGGAT-GAG-CT--AGAATCT--C-GCTG-A----TTAA------AA-TAA-GCAAAAA-AA---G-GT--C-------AAAATGCA----TATCCCGTTTCGGCTATGGCAACGGCAAGAAATATTTCGAATAAG--ATAAT-CTTGCTG-TTGTTT-GCTT-TCATG-GTGTTAAGTCATT------TCAATAATATGAAATCGTATGGAGTCAATTCT--CGATGAGTAG-TGA-TTC-T--G-ACCCTCTGCTATAATTTTTAATGGTCT---ACAGAGAATTCATCATTAATTCTT
gi|29 : aggctctagcggcttagtcattgaactagagccctacgtccggtgtctgcgtaatttctatccttaattgaaagcA-AATGCAAA----AAC-AAAAT-----CACAACA---C---ACTAA-CT--TGCTAAA-TACC-----T-GTAC-TAGTA----T-GCGG-AT--GGC--TGTA-------CCCCCCCCCCCCACCT-TTTTTAA----GT--A-----AGTG---G--T-AAA--TAAGCAT--Atgattcaaattaa
gi|5 : ATTTTTT---TCAT--AGT--AT-TA--TCTAT--TTGTA--------GCTATATCACT--GCCTAACTGATG--TTG-TAATCATA--AGA---GGT-TTTTTTAT--CTCGATA-AATAGTGTGA-GACCAC-A-AG--AAT-------TAT--AT-TCATTGAAA-TATT--TGACA-TTATTG-TGTTTTTAGT---CCCTCTAGAT--TGA--TTTTTC----------GACAAT----CCA-TT-A-ACAT--ATCAACAAT--C---AGAAA--CCAGCTCTGGATCTACT--GT-TCTTTCAAAT--G-TCA-TTGA----TGCAC-----ACT-TA-TTTCACTT------A-----GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA----CCTCGCGCTA--AT-----TGCGCT------------AT--C-CT-CCCTT-CTGA-AAAA---CCCG-CC---AAATT-TTTCGAT-TCTGAAAAAAT--------TCTA-TT-------T---AGACT-TTT-AGGTC-A---TTCT----G-AAAATACAACCACAT-GATA--AT-AACTAGTAC--ACA---T--TTA-AAATGC--TGATTT-TTGTTAACGTTTGATCATGATTC--------------TT----------T--------------CTT----------------G----------AT-AAA---CA-GTCAT--T-GTTAC---GACTT-AGTTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CGT---CA-AAT-GAG-CTAC-GAA--TTAT-GCTA-ATTCTTTAA------AAC--G-GCAAAAATAAATCG-GTACC-------AAA--GCAC---TACCCCTGTT---CCATGGCAAC-GCAAAA--TT------G-AAA--ATAAT-CATGCTG-T--TTT-GCTT-T--TGA-TGT----TCA-T------TCA--AATACTG-ACCGTATGG-GCCAA-TCTATCGT--AGT---TGA-TTT-C--GTGACCTCTG-TAT-A-ATTCAATGGTCC-TAGCAGAGAATTCAT-
gi|19 : TTTT---TCAT--AGT--ACATA--TATGTGATTTTATGATTTTAGCTATATCATT--GCCAAA-TGATT--GCACTAA--ATA--GGA---GGGGTTTTT-TT--ATCGATA--AAAGTGTGA-GAA-ACAC-AA--GAA-------TAA--AT-C-ATTTAAAATATAAT-GACA-TT-TTG-TGATTTTAGT---CTTT--AGAT-GTGAATTTT--T----------GACAAC----CTAATT-A-ACAT--ATAAACAAC--T---
gi|23 : acaaT--AGT--ACATA--TATATGATTTTA--------GATATATCATT--GCCTAA-TGATT--GCGCTAA--ATA--AGA---GGG-TTTT---T--ATCG--ATAAAAGTGTGA-TGA-ACACAAG--AATAAAAGAATAA--AT-G-ATTGAAAATATT-TTGACA-TC-CTG-TGTTTTTA
gi|33 : --TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A-ACA---ATAAACAAT--T---AGAAAC-CCA-CT-TGGATCTAT---GTATCTTT-AAAT-AG-TCA-
gi|22 : tAAAC--CCA-CT-TGGATCTAT---GTATCTTTGAAAT-AG-TCG-TCGA----TGTC-----AAC-GTA--TTCTT------------G-GG-----TGATAAGA-TTTTT----CGCAA--ATCCTCATAC-A---T-----T---TTT-TGCT------AT--C-CTCTC-TT-G--A-GAAA---C--G-CC---AA-TT-TTTCGAT-TCTGAAAAAAtcgatgccaacttattcttg
gi|7 : g--CCA-TT-TAGATAT--TTG-TATC--TATAATCAG-TCA-T---ATAT-ACC-----AACT-TA--TTTTTTT-----AATG------------ATAAAA-GTTTT----CTCAA--ATCCTCGGAC-----T-----T---TTT-TGT-------TTTCC-CC-CC-TT-G--A-AAAA---C--A-CC---CA-TT-TTTCGAT-TGGGAAAAAATG-------TCAA-CC-------CT--------TTT-TGGTC-GA--T-TT----ATAGAATACATC---AT-GA-AT-AT-AA---GTGC--AC----A--T------T-T--TGAAAC-T-GT---------------------------------CT----------T--------------GAT----------------A----------AA-AAAA-ACA-G-CAAT-T-GC-ACA-TGACTT-GCCTCTTTG-CACATGAAATAA-AG-CA-TTAAA-AAG-GGG-CGAGA-AA--T--T--TTA-T----TCAA------AA--AATGCTAAAA-----TG-GTGCT-------AAAATGCA-T--CACCCCGTTT---CCATGGCA-----AAAGGG-------AA-AAA--ATTG--AATAAT--T--TTT-GTTT-TCATGAtg
gi|8 : aaaattacatacattataaactacccgaagcG-----TGATAATA-ATTTT----CTCAA--ATCTTCTGAT-ATCAT-----T---TGC-T---------AT--C-TC-CC-TT--------AG---T---------AA-TT-AT-CGAT-TC--AGAAAAAATG-----TCTA-TT-------TTTTA-ACTTTTC-GGGTC-AA--T-TT----A-----------------GA-A--AT-AA---GTAC--ACA---AAAT-A-AAAA-T--TGATTT-T-GTTA----------------C--------------TT----------TGAATGATGTTTT--CATTTTT------------A----------AT-AAGA-CCG-T-CAA--TTGT-ACC-TGACTT--------TG-CATATGAATTAA-AT-TATT-AAA-AAT-GGG-CTACA--A--T--T-GCTC-A----TTAA------AACT---GCAAAAA-----TG-ATACC-------AAAATGCA-T--TACCTCATTT---CCATGATAACAGAAAAAAA---TG--AA-TAT--ATAAATCATGCTGAT--TTT-GTTT-TCATGAA-GC---ATCA-C------TCA--AGTAATGAA-AGTTTGG-GCCTATTCTAT--A--AATAG-TGAGTTT-T--G-ACCC------------TTCTATAGTCCTT-GCAGAGAATTCAT-GTTAAtttcaatagtaatgatttctgaccccttgtaaaaactctatggtccttacagagaattgattacaaactatgtttttacgaacaaattttgtcttttctaatggtgctcatttaata
gi|28 : tatATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-G--AT-----T---TTT-TGAT------AT--C-CT-CC-CT-T--GCAAAA---C--G-CC---AA-TT-TTTCGAT-TATGAAAAAAA-TG-----TCTATTT-------TT--AGACTTTTG-GGGTC-AA--TTTT----A-AAatctgtattattacatttcgaatgttttcttttacaatcgatgtctttacta
gi|4 : AAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-A--AT-----T---TTT-GCG-------AT--C-CT-CCCTT-T--A-AAAA---T--A-CG---AA-TT-T---------------AAAATG-----TCTA-TT-------TTT-AGACTTTTT-CGGTC-AA--TTTT----A-AAAATACAAC---AT-GA-A-----------TAT--A-------------AAT-T--TGATTT-T-GTTA----------------C--------------TT----------TGAATCATATTCTTTCTT----------------G----------AT-AAGA-ACA-G-CAA--TTGT-ACT-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-TATT-ACA-AAT-GAG-CTAGAAAA-------GCTA-A----TTAATTATTAAAC--G-GCAAAAA-A----GGGTACC-------AAAATGCAGT---ACCCCGTTT---CCATGGCAACGGCAACAAATTTTG--AA-TAA--ATAAT-CATGCTGTT--TTT-GTTT-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAAC-GTATGG-GCCAATTCTA-TG---AGTAG-TGA-TTCAT--G-GCCGTCTG-TATAA-ATTCAATACTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATATTTC
gi|9 : GA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAT-A--AT-----T---TTC-TGCT------AT--C-CT-CCCTT-G--A-AAAA---C--G-CC---AA-TT-TTTCGAT-TCTGAAAAAATG-------TCTA-TT-------TTT-AGACTTTTT-AGGTC-AA--TTTT----G-AAAATACAAC---AT-GA-ATAAT-AA---GTAC--ACATT-A--T-A-AAAT-T--TGATTT-T-GTTA----------------C--------------TT----------TGAATCATATTCTTTCTT----------------G----------AT-AAAA-ACA-G-TAA--TTGT-ACC-TGACTT-GTCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CGTT-ACA-AAT-GAG-CTA--GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--G-GCAAAAA-AAT--G-GTACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---CCATGGCAACGGCAAAAATTTTTG--AA-TAA--ATAAT-CATGCTGTT--TTT-GTTT-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAAC-GTATGG-GCCAATTCTA-TG---AGTAG-TGA-TTT-CT-G-ACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAAtgcaaattatttggtaaaaattaccgcggattactaaataaagattaccgtcgatcaatccttttgctgcgtattatacatacaaactgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttcaggttcaaagtgggggatgtgtattgtacatacgttctacgtatttcgacaaattacgcatatgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagagacgtatttccatcaaacgaaaacagacaaaatataacgaataggtatgcccacaaatacgaaacctgccgtcgaaaaaaaaaattagtgtagagtcaattaaa
gi|37 : -TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC----AT-----T---TTT-TGATTTTGATAT--T-CT-CC-CTAG--A-AAAA---C--G-CC---AA-Taca
gi|17 : TT----CTCAA--ATCCTCGGAC-A--GT-----T---TTT-GCT-------AT--C-CTCCC-TT-A--A-AAAA---C--G-CA---AA-TA-TTTCGAT-TCAGAAAAAATGTATTTTTTTTT-TT-------TT--A-ATTTTTT-GGGTC-AA--TTTC----A-AAAATAGAAC---AC-GA-AT-AT-AA---ATAC--ACATT-A--T-A-AAAT-T--TGATTT-T-GTTA----------------C--------------TTTGAA------T--------------CAT----------------GTTCGTTCTTCAT-AAAA-ACA-A-CCGT-T-GT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CCTATCAAATa
gi|34 : aTT-AGGT--AA--TTTT----A-AAAA-ACA-C---AT-GA-T--AT-AA---GTAC--ACA---T--T-ATAAAT-T--TGATTT-T-GTTA----------------C--------------AT--------------------------GT----------------G----------AT-a
gi|11 : tcAC--ATT---A--T-A-AAAT-T--TGATTC-T-GTTA----------------C--------------TT----------TGAATCATATGCTTTCTT----------------G----------AT-AAAA-GCA-G-CAA--TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CATT-ACA-AAT-GAG-CTA--GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAAC---GCAGAAA-A---TG-GTACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---CCATGGCAACGGCAAAAAATTTTG--AA-TAA--ATAAT-CATGCTGTT--TTT-GTAT-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAACGG-ATGG-GCCAATTGTA-TG---AGTAG-TGA-TTT-CT-G-ACCCTCTG-TATAA-ATCCAATGGTCCTT-ACAGAGAATGTAT-GTTAAcatatttct
gi|13 : gT-T--TGAATCAT-ATT-----------------C--------------TT----------T--------------CTT----------------G----------AT-GAAA-GTA-G-CAA--TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTA-CTTATGAAATAA-AG-CA-TTACA-AAT-GAG-C--CAGAA--T--TCGATA-A----TTAA------AAC--A-GCAAAAA-A---TG-GTACC-------AAAATGCAC---TACCCCGTTT----CATGGCAACGGCAAAAAATTTTG--AA-TAA--ACAAT-CATGCTG-T--TTT-TTGTTTCACGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAAC-GTGTGG-GCCAATTCTA-TG---AGTAG-TGA-TTT-CT-G-ACCATCGT-TATAA-ATTCAATGGTCTTT-ACAGAcatc
gi|12 : ac----------------C--------------TT----------T--------------CTT----------------G----------AT-AAAA-ACA-G-CAA--TTGT-ACC-GGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CATT-ACA-AAT-GAG-CTA--GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--G-GCAAAAA-A---TG-GTACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---CCATGGCAACGGCAAAAAAATTTG--AA-TAA--ATAAT-CATGCTG-T--TTTTGTTT-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAAC-GCATGG-GCCAATTCTA-TGA---GTAG-TGA-TTT-CT-G-ACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTT
gi|18 : TACA-AAT-GAG-TTA--GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--G-GCAAAAA-----CG-GTACC-------AAAATGTACT---AACCCGTTT---CCATGGCAACGGCAAAAATTTTTG--AA-TAA--ATAAT-CATGCTGTT--TTT-GTTT-TCATGA-TGT---TACA-T------TCA--AATACTGAAC-GTATAG-GTCATTTCTA-TG---AGTAG-TGA-TTT-CT-G-GCCCCCTG-TATAA-ATTCAATAGTCCTT-ACAGAG-Aaac
gi|25 : -AAT-GGG-CTA--GAA--T--G-GCTAGA----TTAA------AACT---GCAAAAA-AA-TAGAATACT--------AAATGCACTACCCCCCCGTTC---CCATGGCAACGGAAAAAA--TTTG--AA-TAA--ACGAT-CATGCTA-G--TTT-GTTGTTCATGAattga
gi|31 : acT---CCATGGCAACGGCAAAAAATTTTG--AA-TAAGTATAAATCATGCTGTT--TTT-GTTT-TCCTGA-TGT---ATCA-T------TAA--AATACTGAAC-GTATGG-GCCAATTCTA-TGA--agt
gi|21 : TTCTC--AA-AAAG-ATAAT-CATGCTG-T--TTTTGTTT-TCATGA-TGT---TTCA-TGATGTTTCA--AATAATGAGT-GTTTGG-GCCAATTCTATT----AGTAGTTTA-TTT-CTTG--CCCTTTG-TATAA-ATTATATGGTCCTT-ACTGAG-A
gi|26 : actA-T------TCA--AATACTGAACC-TACAG-GCCAATTCCA-TGA---GTAG-TGA-TTT-CT-G-ACCCTCTG-TATAA-ATTCTATGGCCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATatttat
gi|38 : A--AATGCTGAAC--TATGG-GCCAATTCCA-TG---AGTAG-TGA-TTT-CT-G-ACCatgtttacacatcaaataggtttt
gi|36 : TGAAC-GTGTGG-GTCAATTCTA-TGA---GTAG-CAA-TTC-CT-G-ATCCTCTG-TATAA-ATGCTATGGTTCTT
gi|7 : --AGTAA-TGA-TTT-CT-G-ACCCCTTG-TAAAA-ACTCTATGGTCCTT-ACAGAG-A
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGGGGTGCGTATTGTACAACGTTCCGATGTATTTTCGGCCAAATTACGATATACTATGAACTTAAAATTTAATTCGCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTGAGGACGGCGTTTTCAAATTCAAACGAAAAAAACAAGACAAACAATTATAACGAATATTACCGGTATGTGCCCACAAAACGACAGCCTGGCGAAAGAAAAAGTGCGAAAAGTCGAAAATTTAATTGAATTACAGATATTTAAAAGATGCACGCTCGTAGAGCATGCAAGCGAAACTGTGGGTAAATATTTTAAAAAACGAATTTCATCTCTATACTTTATGATTATGCTGATTTAAAGTGTCGTACACATCAATGTTTAAATTCGTTAGTCTTATAAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTGAGGACGTGTGTTTTATCAACGAAAAAAGAACCAATAATTAAATAAACGAAAATGTGCCCACAAAATACGACACTGCGAAAGGAAAAGTATGCGAGAAAGTCGAAAACTTTAATATTGATCTACTTAAAGATAAAATCAGAAGCAAATGCACTCTCGGCGAAA
Unaligned ( gi|24 ): ACATGCGGTAAGAACTGTGGTAAATATTTAAAAAAAAAACACCAAACAAACAAATCATCACTCTATGCTTATGATTATGCTGATTATAAAGTGTCTAAAACATAAATTTAAATTCGTTAGTCTGTAAAA
Unaligned ( gi|27 ): AACGAATATACCGGTATGTGCCCACAAATAAGACACCTGGCGAGAGAAAAGGTGCGAAAAGTCGAAATTTATACAATGTACTGATTGAATGTTTAAAAGATGCACGCTCGGTAA
Unaligned ( gi|30 ): GAGCATGCAAGCTGTAACTGTGGTAAATGTTTTTTAAAAAACAAATCATCACCCTATACTTATGATTATGCTGATCTTAAAGTGTCTACAACATCAATTTAAATTC
Unaligned ( gi|35 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
Unaligned ( gi|39 ): CCCAGAATGGTATATGTCAATAAATTTATTGGCAAAAATCA
Unaligned ( gi|40 ): ACATTTTTTTGCTATCCTCCCTTGAAAAACGCCAA
Unaligned ( gi|41 ): TTTCCATATTCACTGCCAAATCGTATGATATTC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33 111 1 11 11 1111 11 2 1111 1111 11 111 111111 11 33333333333333333 222 11111 3333333 666666666666666666666666666666 11 11111 11111111 1 1 111 22222222 222222222222 111 111 11 2222222222222 1111 111 11 1 2222 111 22222222 11111 2222222222222222222222222 11111111111111 1 111 33333333 111111 1 333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 22 11111 1111111 22222 22
lowQualScore : 00 5 000 77 0 5 5 5 0 00 3 66 4 8888 8 00 3333 4 66 66 33 5 5 0 4 1111 5 77 5 5 5 5 5 5 5 0000 77 333 666666 11 5 33333333333333333 111 5 00000 4444444 2 9999 999999999999999999999999999999 5 66 11 22222 2 88888888 5 5 1 1 77 77 77 77 333 5 1 33333333 0 1 5 111111111111 6 77 5 222 5 5 5 5 5 111 99 6 1 99 5555555555555 2222 66 5 333 66 5 3 66 5 66 5 5 5 3333 777 0 5 88888888 77777 5 5 2 9999999999999999999999999 3 6666 44 0 3 66666666666666 33 2 4 2 000 2 888 2 777 3 3 3 00000000 1 000000 3 0 3 7777 3 44 666 0 666 3 3 44 222222 6 3 44 3 3 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 6666 6 3 3 3 3 3 3 3 2 7 3 3 3 55 44 44 3 3 6666 888888 999 6666 44 44444 6 44 0000000 22222 555 3 44 2 555 2 2 3 2 2 2 2 6666 2 888888 33 33 2 2 33 2 44 5 2 2 2 0 2 3
lowQualScore : .. . ... .. . . . . . .. . .. . .... . .. .... . .. .. .. . . . . .... . .. . . . . . . . .... .. ... ...... .. . ................. ... . ..... ....... . .... .............................. . .. .. ..... . ........ . . . . .. .. .. .. ... . . ........ . . . ............ . .. . ... . . . . . ... .. . . .. ............. .... .. . ... .. . . .. . .. . . . .... ... . . ........ ..... . . . ......................... . .... .. . . .............. .. . . . ... . ... . ... . . . ........ . ...... . . . .... . .. ... . ... . . .. ...... . . .. . . . ..................................................................... . . .... . . . . . . . . . . . . . .. .. .. . . .... ...... ... .... .. ..... . .. ....... ..... ... . .. . ... . . . . . . . .... . ...... .. .. . . .. . .. . . . . . . .
lowQualScore : 77 7 000 99 7 7 7 7 0 66 7 11 4 6666 9 66 1111 4 11 99 66 7 7 1 4 6666 7 99 7 7 7 7 7 7 0 6666 55 888 999999 99 0 11111111111111111 444 0 99999 2222222 5 6666 111111111111111111111111111111 0 99 99 55555 5 11111111 0 7 4 4 99 99 99 99 000 7 4 44444444 1 7 7 000000000000 6 99 7 444 0 7 7 7 7 777 22 7 0 33 1111111111111 1111 99 0 888 99 0 6 99 0 99 0 0 0 2222 111 4 0 44444444 55555 0 0 2 0000000000000000000000000 3 5555 22 7 1 66666666666666 99 9 3 9 777 9 999 9 999 3 3 3 88888888 3 555555 6 8 3 1111 3 66 444 9 444 6 6 66 222222 7 1 22 1 1 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 3 7777 7 3 3 3 3 3 6 6 3 5 1 1 1 33 22 22 1 1 5555 888888 999 5555 22 22222 2 22 0000000 00000 444 1 22 9 000 9 9 4 9 9 9 9 8888 9 222222 77 44 5 5 44 5 11 3 7 9 9 3 9 6
consensus : NTAGCGG-CTAGT-CCATT---TGA--ACTAGGCCTACC-CT-CCGG-GTCCCAGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT----ACT-AGTA-TTACGG-ATGGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCCCCC--TCTTTTT---AA----GTA-------AN-T--GT--AAATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------AA--GAATA--A-AT-N-ATTGAAAATATT-TTGAC-ATC-TT-GTGTTTTTAGT---CCTT--AGA-TGTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAA--TT-A---A--CAT-ATAAACAAT--TAG-AAA--CC-A-CT-TGGATCTACT--GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----AT-TGCC-----AACT-T-ATTTC-TT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACAAT-----T-----TTTTG-CTATC-CT-C-C---TT-GAAAAA---C-GCC---AATT-TTTCGAT-TC-TGAAAAAATGTG----TCTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACA---ACATGAATA-TA---A-G-TAC--ACAT--A--TA-AAAT-T--TGA-TTT-T-GTTA----------------C--------------T--------------TT---------------------CTTGA-T-AAAAG---CA-GCAA-TTG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CATTTACA-AAT-GAG-CTA--GAA--T--T-GCTA-A----TTA------AAAC--GGCAAA----A--AAA--T-G-G--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGCAAC-GGCAAAAA--ATTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
Reference ( family-701 ) : NTAGCG--CTAGT-CCATT---TGA--ACTAGGCCTACC-CT-CCGG-GTCCCAGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCN---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATTCGATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT----ACTTAGTA-TTACGG-ATGGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCCCCC--TCTTTTT---AA----GTA-------AA-T--GT--AAATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------AG--GANTA--A-AT-N-ATTGAAAATATT-TTGAC-ATC-TT-GTGTTTTTAGT---CCTT--AGA-TGTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAA--TT-A---A--CAT-ATAAACAAT--TAG-AAA--CC-A-CT-TGGATCTATT--GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----AT-TGCC-----AACT-T-ATTTC-TT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACAAT-----T-----TTTTG-NTATC-CT-C-C---TT-GAAAAA---C-GCC---AATT-TTTCGAT-TC-TGAAAAAANGTG----TCTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACA---ACATGAATA-TA---A-G-TAC--ACA---A--TA-AAAT-T--TGA-TTT-T-GTTA----------------C--------------T--------------TT---------------------CTTGA-T-AAAAG---CA-GCAA-TTG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CATTTACA-AAT-GAG-CTA-AGAA--T--T-GCTA-A----TTA------AAAC--GGCAAA----A--AAA--T-G-G--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGCAAC-GGCAAAAA--ATTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
gi|1 : AGCCCAT-A-ACTC--AGA-TG--GTCTGT--------A-A--GTTAT-TGTGGCA---AAGAATGAC--GGG--C-A-AAATT-GATATGC----CA-TATCTCGAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-A-TGCAAA----AA---ATAT----ACAAC--AA-AACCAACTT-CGCTAAA-TACC-----T-GTTGGCA---AGTA-T-ATGG-ATGG-----TGTAA--ACCACCCCCCTC-----------TTT---AA----GTA-------AG-TCGGTTAAAATTAACATGCATTTCTT--A---AGTG-ACATATATAATCGTTGAT--------TT-TAGCTAAATCAT-T-GCCTAA-TGAT--TTGGCGCTAA--ATAA--GAGGT--TTTGT-T-TT--GAT---ACAA--GTGCGA-GAAACAC--------AA--GA-TA--A-TC-A-ATTGAAA-TATT-TTGAC-ATC-TG-GTGTTTTTAGT---CCTT--AGA-TGTGAT-TTT--C----------GATAACGAATCCAA--TTCA---A--CAT-ATAAAC-ATGATAG-AAATCCC-A-CT-GCGATCTG-T--GTATCTTT-ATAATTG-TCATCA-------TGCCA----AACT-T-ACTTC-GT---------TG---AC-----TAA-AAGACTTTTT----CT-AA--A-CCTCG-AGC-AT-----T-----TTTTATATATCTCC-C-C---TT-GAAAAA---CGGCC---AATTCTTTCGAT-TCGTGAAAATATG--------TATTT------TTAGACTTTTTTAGGTC-A----ATTTT--TAAAAATACA---AC-TGAATATTA---A-GATAC--ACG---AT-TATAAAT-T--TGA-TTC-T-GTTA----------------CGTCTGAATCATTTAT--------------TT---------------------CTTGA-TAAAAAG---CACGCAA-TTG-TA-C-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATG-AATAACAG-CAATTACAGGAT-GAG-CT--AGAATCT--C-GCTG-A----TTA------AAATA-AGCAAA----A--AAA----G-G--T--C-------AAAATGCA----TATCCCGTTTCGGCTATGGCAAC-GGCAAGAAATATTTCGAATAAGATA---A-TCTTGCT-GTTGTTTGCT-T-TCATGG-TGTTAAGTCATT------TCAATAATA-TGAAATC-GTATGGAGTCAATTCTCGA-TG-AGTAG-TGA-TTC-TGACCCTCTGCTATAATTTTTAATGGTC--T-ACAGAGAATTCATCATTAATTCTT
gi|11 : aggctctagcggcttagtcattgaactagagccctacgtccggtgtctgcgtaatttctatccttaattgaaAC--ATT---A--TA-AAAT-T--TGA-TTC-T-GTTA----------------C--------------T--------------TTGAATCATATGCTTT-------CTTGA-T-AAAAG---CA-GCAA-TTG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CATT-ACA-AAT-GAG-CTA--GAA--T--T-GCTA-A----TTA------AAAA--CGCAGA----A--AA---T-G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---CCATGGCAAC-GGCAAAAA--ATTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTA-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GGATGG-GCCAATTGT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATCCAATGGTCCTT-ACAGAGAATGTAT-GTTAAtgattcaaattaa
gi|12 : g----------------C--------------T--------------TT---------------------CTTGA-T-AAAAA---CA-GCAA-TTG-TACC-GGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CATT-ACA-AAT-GAG-CTA--GAA--T--T-GCTA-A----TTA------AAAC--GGCAAA----A--AA---T-G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---CCATGGCAAC-GGCAAAAA--AATTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GCATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTcatc
gi|13 : T-T--TGA-ATCAT-ATT-----------------C--------------T--------------TT---------------------CTTGA-T-GAAAG---TA-GCAA-TTG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTA-CTTATGAAATAA-AG-CATT-ACA-AAT-GAG-CCA--GAA--T--TCGATA-A----TTA------AAAC--AGCAAA----A--AA---T-G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---C-ATGGCAAC-GGCAAAAA--ATTTTGAATAA-ACA---A-TCATGCT-GTT-TTTTGT-T-TCACGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTGTGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCATCGT-TATAA-ATTCAATGGTCTTT-ACAGAaac
gi|14 : acG--CTAGC-TCATG---TGA--ACTAGACCTATC-CTTCCGGCGTCCCAGCCCATGATACCCC-AGAGTG--GTCTATG-CAAT-AAGA--GTT-T-TG--GCA---AA-AGT--CTTGGTTTG-ATAGACT-GTTATGC-ATACG-T---------CTG-AAC--T-CAA-AT-GTGAACAATGCAAA----A--CAAAATATCTACAAC--AAACGACAACA--CGCTAAA-T-CC-----TAGT----ACT-AGTA-T-ACGGTATGGC----TGTAT--AGCCCCCCCCCC-------TCTTTTTTAAAA----GTA-------GT-G--GT--AAATAAGCATA
gi|15 : TAGCGA-CTAGT-TTCTT---TGA--ACTAGGCCTACC-TT-TT-------CAGCCCAT-GCAA----AGAGCG--GTCTATGTTAA--AA-ACCGTAAT-TA--GTA---AA-ATT--C--AGC--G-A-AAATT-GATATGA-A--CG-TACC--GCA-CTG-AATG-T-CAG-AT-GTAAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAGC--GA--ACCAACT--CGTTAAA-TGC---------T----ATT------CTATGG-ATGGT----TATAATGA--------TCACCCCT--TCTTT----------------------------------TAAGCATACA-TTTATTCAT--CG-----ATACATG-----TGAG--------TT-TAGCTAgc
gi|16 : TAGCGG-CTAGT-CCATT---TGA--ACTAGGCCTACC-CT-CTGG-GTCCCAGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-C--GTTGT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAA-TCGATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CGA-AT-GTTAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAAC---T-CACCAACA--CGCTAAA-TACCTGGT-T-GT----AC-TAGTA--TACGG-ATGGC----TGTAA-------CCCCCCCCCCCC--TCTTTTgtt
gi|17 : gccTT----CTCAA--ATCCTCG-GACAG------T-----TTTTG-CTATC-CTCC-C---TT-AAAAAA---C-GCA---AATA-TTTCGAT-TC-AGAAAAAATGTATTTTTTTTTTT------TTA-AT-TTTTTGGGTC-A----A-TTT--CAAAAATAGA---ACACGAATA-TA---A-A-TAC--ACATT-A--TA-AAAT-T--TGA-TTT-T-GTTA----------------C--------------TTTGAATCATGTTCGTT---------------------CTTCA-T-AAAAA---CA-ACCG-TTG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CCTATCAAATAa
gi|18 : aTACA-AAT-GAG-TTA--GAA--T--T-GCTA-A----TTA------AAAC--GGCAAA----A--A----C-G-G--TACC-------AAAATGTACT---AACCCGTTT---CCATGGCAAC-GGCAAAAA--TTTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---TACA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATAG-GTCATTTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGGCCCCCTG-TATAA-ATTCAATAGTCCTT-ACAGAGAATT
gi|19 : TTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGATTTTATGATTT-TAGCTATATCAT-T-GCCAAA-TGAT--T--GCACTAA--ATAG--GAGGGGTTTTTT-TATC--G-----ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------AA--GAATA--A-AT-C-ATTTAAAATATA-ATGAC-ATT-TT-GTGATTTTAGT---CTTT--AGA-TGTGAATTTT--T----------GACAAC----CTAA--TT-A---A--CAT-ATAAACAAC--Tga
gi|2 : acaaTAGTG--CTAGT-CCATT---TGA--ATTAGGCATACC-CT-CCGG-GTTCCAGCC-AT-ATACCC--AGACGGATGTCTATGTCAATTAA-C--GTTATGTGC-GCC---AA-AAT--C--AGT--GTA-AAATTTGATATGC-A--GGATATC--GAA--TG-AACGAC-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CA-AAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GC----ACTTAGTAATCACGG-ATTGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCCCCCCCTCTTTTT---AA----GTA-------AAGT--GT--AAATAAG-ATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATACGTG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-TTGCCTAA-TGAT--T--GTGCTAA--ATAA--GCGGG--TTTTCATATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-TAAAC-C--------AG--GATTA--A-AT-G-ATTGAAAATATTATTGAC-ATC-TT-GTGTTTTTAGT---CCTT--AGA-TGTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAA--TT-A---A--CAT-AAAAACAAT--TAA-AAA--CC-A-CT-TGGATATACTTGGTATCCTTAA-AATAG-TCA-CGGAATAT-TGCCCCAATAACTATAATTTC-TTTTCCCACAATGGGCGG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACAAT-----T-----TTTTG-A-ATC-CT-T-C---TT-CAAAAA---T-GCC---AATT-TTTCGAT-TC-TTAAAAAAAGCA----TCTA-TT------TTAGAC-TGTTTAGGTC-A----A-TGT--TAAAAATACA---ACATGAA-A-TA---ACG-TAC--ACA---A--TA-AAAT-T--TGA-TTC-T-GTTA----------------C--------------T--------------TT---------------------CGTGA-T-AAAAG---CA-GCAA--TG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATGA-AG-CATTTACA-AAT-GAG-CTACAGAA--T--T-GCTA-A----TTA------AAACCAAGCAAA----A--AAATTT-GCG--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGCAAC-TGCAAAAA--GTTTTTAAAAA-ATA---A--CATGCT-G-T-TTTGTT-TGTCATGAGTGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--CAGTATGG-GCCAATTCT--ACTGAAGTAG-TGATTTC--GACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTTAACAGAG-ATCCAT-GTTAATTTTTC
gi|21 : aAAAAG-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---TTCA-TGATGTTTCA--AATAATGAG--T-GTTTGG-GCCAATTCT--A-TT-AGTAGTTTATTTC-TTGCCCTTTG-TATAA-ATTATATGGTCCTT-ACTGAGAATTTAT-
gi|22 : actttctcaG-AAA--CCCA-CT-TGGATCTAT---GTATCTTTGA-AATAG-TCGTCG----AT--GTC-----AACG-T-ATTC---T---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CGCAA--ATCCTCA-TAC-AT-----T-----TTTTG-CTATC-CT-CTC---TT-GAGAAA---C-GCC---AATT-TTTCGAT-TC-TGAAAAAATG
gi|23 : T--AGT--ACATATATA-----TGAT--------TT-TAGATATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG---TTTT-TATC--G-----ATAAAAGTGTGA-TGAACACAAGAATAAAA--GAATA--A-AT-G-ATTGAAAATATT-TTGAC-ATC-CT-GTGTTTTTA
gi|25 : -AAT-GGG-CTA--GAA--T--G-GCTAGA----TTA------AAAC--TGCAAA----A--AAA--T-A-GAATACT-------AAA-TGCACTACCCCCCCGTTC---CCATGGCAAC-GG-AAAAA--A-TTTGAATAA-ACG---A-TCATGCTAG---TTTGTTGT-TCATGA-AGT---
gi|26 : acA-T------TCA--AATACTGAA--C-CTACAG-GCCAATTCC--A-TGA-GTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCTATGGCCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAAT
gi|28 : ATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACGAT-----T-----TTTTG-ATATC-CTCC-C---TT-GCAAAA---C-GCC---AATT-TTTCGAT-TA-TGAAAAAAA-TG----TCTATTT------TTAGAC-TTTTGGGGTC-A----A-TTT--TAAAatgtttacacatcaaataggtttt
gi|29 : A-AATGCAAA----AAC-AAAAT---CACAAC--A--CACTAACT--TGCTAAA-TACC-----T-GT----ACT-AGTA-T-GCGG-ATGGC----TGTA------CCCCCCCCCCCCAC--CTTTTTT---AA----GTA-------AG-TG-GT--AAATAAGCATA
gi|3 : TAGCGGGCTAGTGCCATTATTTGAGGACTAGGC-TACAACT-CCGG-GTCCCAGCCCATTATATCCTCAGAATG--TCCTATGTCAAT-AA-G--TCTATCTG--GCACAGGA-AAT--C--AGTC-G-G-AAAT--GATATGCCA--CG-TATC--GAATCTGCAACG-TACAACATCGTAAA-AATGCAAACACCAACCAAAATA--CACAACCCAA-C-CAAACTGGCGCTAAAATACCAAGAGT-GA----ACTAAGTA-TT-CGG-ATGGTGCAGTGTAAC-ACGTCCCTCCCCCCAAC--ATCTTTT---AACACGGTATACTGGTAC-T--GTC-AAATAGATTTCCATTCTTTTCACTGAGCTCACATAT-TG-----T-AT--------TT-TAGCTATATCATATAGCCTAAATG-T--T--GCGCTAA--ATAGTCAAGGG--ATTTT-CCTT--AATCAGATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------AGTAGAATAATA-ATCA-ATTGAAAATATT-TTGACAATC-TTGGTGTTTTTAGTACCTCTC--AAATTATGA--ATT--CTTTACAGAGAGAC-AC----CTAATTTT-AC--ACTCAC-ACACACTCT--CAGAAAA--CCAA-CT-TGGATCTA-T--GTATCTTT---AATAGTTCATCG-----T-TGCC-----AACT-T-AATTA-TT---------TGC--GGACTCATGACA--A-TTCTTATCATTCAAACACCCTC--GACAATTCTACT-----TTTTG-ATA---CT-C-C---TT-GGAAAAACCC-GCCCAAAATT-ATT--ATCTC-TGAAAAAATGAT----TCTATTTTTCTAATTAGCC-TTTTTAGGTCTAACCTA-TTTAACAAAAGTACA---ACATG-ATACTA---A-G-TACAGACATTTA--TA-AAAA-TCATGA-TTC-TGGTTA----------------CCTCTA---------T--------------TTGCAATCATATAACTTATACTACTTGATT-AAAAG---CACGCAACTTG--ACCATGACTTCGACCTTTTGTCTTATTGAATAA-AGACA-TTAAA-AATAGAGACTA---GA--T--T-GCTA-A----TTA------AAAC--AGCGCA----A--AAA--T-GAG--TACCAAATATAAAAATGCACT--
gi|31 : aggccT---CCATGGCAAC-GGCAAAAA--ATTTTGAATAA-GTATAAA-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCCTGA-TGT---ATCA-T------TAA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAa
gi|32 : TAGCGG-CTAGT-CCATT---TGA--ACTAGGCCTACC-CT-CCGT-GTCCCAGTCCAC-ATACCC--AGAATA--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--
gi|33 : gcc--TTT--C----------GACAAC----CTAA--TT-A---A--CA--ATAAACAAT--TAG-AAAC-CC-A-CT-TGGATCTA-T--GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----A--TGCC-----AACT-T-A-TTC-TT---------
gi|34 : tTCTTAGGT--A----A-TTT--TAAAAA-ACA----CATGA-TA-TA---A-G-TAC--ACA---T--TATAAAT-T--TGA-TTT-T-GTTA----------------C--------------g
gi|36 : TGAA--C-GTGTGG-GTCAATTCT--A-TGA-GTAG-CAATTCC-TGATCCTCTG-TATAA-ATGCTATGGTTCTT-atgtgatcatatttct
gi|37 : -TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACATT-----TTTTGATTTTG-ATATT-CT-C-C---CTAGAAAAA---C-GCC---AAT
gi|38 : A--AATGCTGAA--C--TATGG-GCCAATTCC--A-TGA-GTAG-TGATTTC-TGACCa
gi|39 : CCC--AGAATG--GTATATGTCAAT-AA-A--TTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--A
gi|4 : AAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACAA------T-----TTTTG-CGATC-CTCC-C---TT-TAAAAA---T-ACG---AATT-T------------AAAA----TG----TCTATTT------TTAGAC-TTTTTCGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACA---ACATGAATA-T-------------------------AAAT-T--TGA-TTT-T-GTTACTTTGAATCATATT--C--------------T--------------TT---------------------CTTGA-T-AAGAA---CA-GCAA-TTG-TACT-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-TA-TTACA-AAT-GAG-CT--AGAA--A--A-GCTA-A----TTAATTATTAAAC--GGCAAA----A--AAG----G-G--TACC-------AAAATGCA-G--TACCCCGTTT---CCATGGCAAC-GGCAACAA--ATTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTCA-TGGCCGTCTG-TATAA-ATTCAATACTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATATTTC
gi|40 : ACATT-----T-----TTTTG-CTATC-CTCC-C---TT-GAAAAA---C-GCC---AAtgcaaattatttggtaaaaattaccgcggattactaaataaagattaccgtcgatcaatccttttgctgcgtattatacatacaaactgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttcaggttcaaagtgggggatgtgtattgtacatacgttctacgtatttcgacaaattacgcatatgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagagacgtatttccatcaaacgaaaacagacaaaatataacgaataggtatgcccacaaatacgaaacctgccgtcgaaaaaaaaaattagtgtagagtcaattaaa
gi|5 : ATTTTTTTCAT--AGT--AT---TATC-----T-AT--------TTGTAGCTATATCAC-T-GCCTAACTGATGTT--G---TAATCATAA--GAGGT--TTTTT-TATCTCGAT---A-AATAGTGTGA-GAC-CAC--------AA--GAATT--ATAT-TCATTGAAA-TATT-T-GAC-ATTATT-GTGTTTTTAGT---CCCTCTAGA-T-TGA--TTTTTC----------GACAAT----CCA---TT-A---A--CAT-ATCAACAAT--CAG-AAA--CC-AGCTCTGGATCTACT--GT-TCTTTCA-AAT-G-TCATTG----AT--GCA-----CACT-T-ATTTCACT---------TA---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA----CCTCGCGCTAA------------TTGCG-CTATC-CT-C-CCTTCT-GAAAAACC-C-GCCA--AATT-TTTCGAT-TC-TGAAAAAAT-------TCTA--T------TTAGAC--TTTTAGGTC------A-TTC--TGAAAATACAACCACATGATAA-TAACTA-G-TAC--ACAT--T--TA-AAATGC--TGATTTT-T-GTTAACGTTTGATCATGATTC--------------T--------------TT---------------------CTTGA-T-AAA-----CA-GTCA-TTGTTAC---GACTT-AGTTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CGT---CA-AAT-GAG-CTA-CGAA--TTAT-GCTA-ATTCTTTA------AAAC--GGCAAA----AATAAA--TCG-G--TACC-------AAA--GCAC---TACCCCTGTT---CCATGGCAAC--GCAAAA------TTGA--AA-ATA---A-TCATGCT-G-T-TTTGCT-T-T--TGA-TGT----TCA-T------TCA--AATACTGAC--C-GTATGG-GCCAA-TCT--A-T--CGTAGTTGATTTCGTGA-CCTCTG-TAT-A-ATTCAATGGTCCTA-GCAGAGAATTCAT-
gi|6 : TAGCGG-CTAGT-CCATT---TGA--ACTAGGCCTACC-CT-CCGG-ATCCCAGCCCAT-ATACCG--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GC----AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATAC-A--CG-TATC--GAA-CTT-AATG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AAC-AAAAT---CACAAC--AA--ACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT----ACT-AGTA-T-ACGG-ATGGC----TGTAA----CACCCCCCTCCCCTC--TCTTTT--------------------------------ATAAGCATACATTTTTC-CAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAC-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--GGTTT-TATC--G-----ATAGAAGTGTGAGGAAACAC--------AA--GAATA--A-AT-C-ATTGAAAATAGT-TTGAC-ATC-TT-GTGTTTTTAGT---CCTT--AAA-TGTGCT-TTT--C----------GACAAC----CTAA--TT-A---A--CAT-GTAAGCAAT--TAG-AAAC-CC-A-CT-TGGATCTA-T--ATATCTTT-A-AATAA-TCATCG----A--TGCC-----AACT-T-ATT---CT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GAC-AT-----T-----TTTTG-CTATC-ATAC-C---TT-GAAAAA---C-GCT---AATT-TTTCGAT-TC-TGAAAAA--GTT----TTCATTT------TTAGAC-CTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACA---ACATAGATA-TA---A-G-TAC--ACATT-A--TA-AAAT-T--TGA-TTT-A-GTTA----------------C--------------T--------------TT---------------------
gi|7 : ccAA--TT-ACATA--CATTATAAACTAC--CCG-AAG--CCCA-TT-TAGATAT-TT--GTATCTAT-A-ATCAG-TCAT------ATATACC-----AACT-T-ATTTT-TT---------TA---A------TGATAAAA-GTTTT----CTCAA--ATCCTCG-GAC--T-----T-----TTTTG-TTTTC-CC-C-CC--TT-GAAAAA---C-ACC---CATT-TTTCGAT-TG-GGAAAAAA--TG----TCAACC------------C-TTTTT-GGTC-G----A-TTT--ATAGAATACA---TCATGAATA-TA---A-G-TGC--ACA---------------------TTT-T-GAAA----------------C--------------T--------------GT---------------------CTTGA-T-AAAAAAAACA-GCAA-TTG-CACA-TGACTT-GCCTCTTTG-CACATGAAATAA-AG-CATT-AAA-AAG-GGG-CGA-GAAA--T--T---TT-A----TTC------AAA------AAATGCTA--AAA--T-G-G--TGCT-------AAAATGCA-T--CACCCCGTTT---CCATGGCAAAAGGGAAAAA--ATT--GAATAA------------------TT-TTTGTT-T-TCATGA-T----------T------TC---AATA---------GTA---------------A-TG---------ATTTC-TGACCCCTTG-TAAAA-ACTCTATGGTCCTT-ACAGAGAATTGAT-gaatca
gi|8 : aaG-----TGATAATA-ATTTT----CTCAA--ATCTTCT-GATA-T-----C-----ATTTG-CTATC-TC-C-C---TT-AGTAA---------------T-TATCGAT-TC-AGAAAAAA--TG----TCTATTT------TTTAAC-TTTTCGGGTC-A----A-TTT----AGAA---------------A-TA---A-G-TAC--ACA---AAATA-AAAA-T--TGA-TTT-T-GTTA----------------C--------------T--------------TTGAATGATGTTTTCATT-----TTTAA-T-AAGAC---CG-TCAA-TTG-TACC-TGACTT--------TG-CATATGAATTAA-AT-TATT-AAA-AAT-GGG-CTA-C-AA--T--T-GCTC-A----TTA------AAAC--TGCAAA----A--A----T-G-A--TACC-------AAAATGCA-T--TACCTCATTT---CCATGATAAC-AGAAAAAA--AT---GAATAT-ATA---AATCATGCT-GAT-TTTGTT-T-TCATGA-AGC---ATCA-C------TCA--AGTAATGAA--A-GTTTGG-GCCTATTCT--A-T-AAATAG-TGAGTTT-TGACCC------------TTCTATAGTCCTT-GCAGAGAATTCAT-GTTAAtacaaactatgtttttacgaacaaattttgtcttttctaatggtgctcatttaata
gi|9 : tatGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GATAAT-----T-----TTCTG-CTATC-CT-C-CC--TT-GAAAAA---C-GCC---AATT-TTTCGAT-TC-TGAAAAAA--TG----TCTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TGAAAATACA---ACATGAATAATA---A-G-TAC--ACATT-A--TA-AAAT-T--TGA-TTT-T-GTTA----------------C--------------T--------------TTGAATCATATTCTTT-------CTTGA-T-AAAAA---CA-GTAA-TTG-TACC-TGACTT-GTCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CGTT-ACA-AAT-GAG-CTA--GAA--T--T-GCTA-A----TTA------AAAC--GGCAAA----A--AAA--T-G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---CCATGGCAAC-GGCAAAAA--TTTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAAatctgtattattacatttcgaatgttttcttttacaatcgatgtctttacta
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGGGGTGCGTATTGTACAACGTTCCGATGTATTTTCGGCCAAATTACGATATACTATGAACTTAAAATTTAATTCGCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTGAGGACGGCGTTTTCAAATTCAAACGAAAAAAACAAGACAAACAATTATAACGAATATTACCGGTATGTGCCCACAAAACGACAGCCTGGCGAAAGAAAAAGTGCGAAAAGTCGAAAATTTAATTGAATTACAGATATTTAAAAGATGCACGCTCGTAGAGCATGCAAGCGAAACTGTGGGTAAATATTTTAAAAAACGAATTTCATCTCTATACTTTATGATTATGCTGATTTAAAGTGTCGTACACATCAATGTTTAAATTCGTTAGTCTTATAAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTGAGGACGTGTGTTTTATCAACGAAAAAAGAACCAATAATTAAATAAACGAAAATGTGCCCACAAAATACGACACTGCGAAAGGAAAAGTATGCGAGAAAGTCGAAAACTTTAATATTGATCTACTTAAAGATAAAATCAGAAGCAAATGCACTCTCGGCGAAA
Unaligned ( gi|24 ): ACATGCGGTAAGAACTGTGGTAAATATTTAAAAAAAAAACACCAAACAAACAAATCATCACTCTATGCTTATGATTATGCTGATTATAAAGTGTCTAAAACATAAATTTAAATTCGTTAGTCTGTAAAA
Unaligned ( gi|27 ): AACGAATATACCGGTATGTGCCCACAAATAAGACACCTGGCGAGAGAAAAGGTGCGAAAAGTCGAAATTTATACAATGTACTGATTGAATGTTTAAAAGATGCACGCTCGGTAA
Unaligned ( gi|30 ): GAGCATGCAAGCTGTAACTGTGGTAAATGTTTTTTAAAAAACAAATCATCACCCTATACTTATGATTATGCTGATCTTAAAGTGTCTACAACATCAATTTAAATTC
Unaligned ( gi|35 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
Unaligned ( gi|41 ): TTTCCATATTCACTGCCAAATCGTATGATATTC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 3333333333333333333333333 1 11 11 11 1111 1111 11 111 111111 11 22222 222 11111 4444444 666666666666666666666666666666 11 11111 11111111 1 1 111 22222222 22222222 111 111 11 2222222222222 1111 111 11 1 2 111 22222222 11111 2222222222222222222222222 111 3333333 111111 1 222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 11111 1111111 22222 22
lowQualScore : 5 5 5 888 66 66 5 5 0 2222222222222222222222222 0 00 3 66 4 8888 8 00 777 4 1 66 66 33 5 5 55 1111 5 77 5 5 5 5 5 5 5 0000 77 333 666666 11 5 33333 5 66 777 111 5 00000 0000000 66 1 444444444444444444444444444444 5 66 11 22222 2 88888888 5 5 1 1 77 77 77 77 333 5 1 33333333 0 1 5 00000000 77 1 77 5 222 5 5 5 5 5 111 99 6 1 99 5555555555555 2222 66 5 333 66 5 3 66 5 66 5 5 5 3 66 777 0 5 88888888 77777 5 5 2 9999999999999999999999999 3 6666 44 0 3 99999999999999 44 2 8 2 666 2 888 2 777 3 3 3 1111111 2 000000 3 3 7777 3 44 666 0 666 3 3 44 888888 3 3 44 3 3 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 6666 6 3 3 3 3 3 3 3 1 3 3 3 44 3 44 44 3 3 6666 888888 999 6666 44 44444 6 44 0000000 22222 555 3 44 2 555 2 2 3 2 2 2 2 6666 2 888888 33 33 2 2 33 2 44 5 2 2 2 0 2 3
lowQualScore : . . . ... .. .. . . . ......................... . .. . .. . .... . .. ... . . .. .. .. . . .. .... . .. . . . . . . . .... .. ... ...... .. . ..... . .. ... ... . ..... ....... .. . .............................. . .. .. ..... . ........ . . . . .. .. .. .. ... . . ........ . . . ........ .. . .. . ... . . . . . ... .. . . .. ............. .... .. . ... .. . . .. . .. . . . . .. ... . . ........ ..... . . . ......................... . .... .. . . .............. .. . . . ... . ... . ... . . . ....... . ...... . . .... . .. ... . ... . . .. ...... . . .. . . . ..................................................................... . . .... . . . . . . . . . . . . .. . .. .. . . .... ...... ... .... .. ..... . .. ....... ..... ... . .. . ... . . . . . . . .... . ...... .. .. . . .. . .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 0 888 99 99 0 0 0 5555555555555555555555555 0 66 7 11 4 6666 9 66 888 4 0 11 99 66 7 7 99 6666 7 99 7 7 7 7 7 7 0 6666 55 888 999999 99 0 11111 0 99 111 444 0 99999 5555555 99 4 999999999999999999999999999999 0 99 99 55555 5 11111111 0 7 4 4 99 99 99 99 000 7 4 44444444 1 7 7 77777777 99 7 99 7 444 0 7 7 7 7 777 22 7 0 33 1111111111111 1111 99 0 888 99 0 6 99 0 99 0 0 0 2 99 111 4 0 44444444 55555 0 0 2 0000000000000000000000000 3 5555 22 7 1 66666666666666 11 9 6 9 444 9 999 9 999 3 3 3 2222222 1 555555 6 3 1111 3 66 444 9 444 6 6 66 444444 3 1 22 1 1 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 7777 7 3 3 3 3 3 6 6 6 1 1 1 22 1 22 22 1 1 5555 888888 999 5555 22 22222 2 22 0000000 33333 444 1 22 9 000 9 9 4 9 9 9 9 8888 9 222222 77 44 5 5 44 5 11 3 7 9 9 3 9 6
consensus : NTAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA-TTACGG-ATGGC----TGTAA--ACC-CCCCCCCCCCCCC--TCTTTTT---AA----GTA-------AN-T--GT--AAATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATA--A-AT-N-ATTGAAAATATT-TTGAC-ATC-TT-GTGTTTTTAGT---CCTT--AGA-TGTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAA--TT-A---A--CAT-ATAAACAAT--TAG-AAA--CC-A-CT-TGGATCTA-T--GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----AT-TGCC-----AACT-T-ATTTC-TT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACAAT-----T-----TTTTGC-TATC-CT-C-C---TT-GAAAAA---C-GCC---AATT-TTTCGAT-TC-TGAAAAAATGT-----TCTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACA---ACATGAATA-TA---A-G-TAC--ACA--T-A-TA-AAAT-T--TGA-TTT-T-GTTA----------------C--------------T--------------TTG-A------------------CTTGA-T-AAAAG---CA-GCAA-TTG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CATT-ACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--GGCAAA----A--AAA--T-G-G--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGCAAC-GGCAAAAA--ATTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
Reference ( family-701 ) : NTAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA-TTACGG-ATGGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCCCCC--TCTTTTT---AA----GTA-------AN-T--GT--AAATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATA--A-AT-N-ATTGAAAATATT-TTGAC-ATC-TT-GTGTTTTTAGT---CCTT--AGA-TGTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAA--TT-A---A--CAT-ATAAACAAT--TAG-AAA--CC-A-CT-TGGATCTACT--GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----AT-TGCC-----AACT-T-ATTTC-TT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACAAT-----T-----TTTTGC-TATC-CT-C-C---TT-GAAAAA---C-GCC---AATT-TTTCGAT-TC-TGAAAAAATGTG----TCTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACA---ACATGAATA-TA---A-G-TAC--ACA--T-A-TA-AAAT-T--TGA-TTT-T-GTTA----------------C--------------T--------------TT---------------------CTTGA-T-AAAAG---CA-GCAA-TTG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CATTTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--GGCAAA----A--AAA--T-G-G--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGCAAC-GGCAAAAA--ATTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
gi|1 : TAGCGG-CTTAGT-C-ATT----GA--ACTAGAGCCCTACG--T-CCGGTGTCTGCGTAATTTCTATCCTTAATTGAAAGCCCAT-A-ACTC--AGA-TG--GTCTGT--------A-A--GTTAT-TGTGGCA---AAGAATGAC--GGG--C-A-AAATT-GATATGC----CA-TATCTCGAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-A-TGCAAA----AA---ATAT----ACAAC--AA-AACCAACTT-CGCTAAA-TACC-----T-GTTGGCA-A-GTA-T-ATGG-ATGG-----TGTAA--ACCACCCCCCTC-----------TTT---AA----GTA-------AG-TCGGTTAAAATTAACATGCATTTCTT--A---AGTG-ACATATATAATCGTTGAT--------TT-TAGCTAAATCAT-T-GCCTAA-TGAT--TTGGCGCTAA--ATAA--GAGGT--TTTGT-T-TT--GAT---ACAA--GTGCGA-GAAACAC--------A--AGA-TA--A-TC-A-ATTGAAA-TATT-TTGAC-ATC-TG-GTGTTTTTAGT---CCTT--AGA-TGTGAT-TTT--C----------GATAACGAATCCAA--TTCA---A--CAT-ATAAAC-ATGATAG-AAATCCC-A-CT-GCGATCTG-T--GTATCTTT-ATAATTG-TCATCA-------TGCCA----AACT-T-ACTTC-GT---------TG---AC-----TAA-AAGACTTTTT----CT-AA--A-CCTCG-AGC-AT-----T-----TTTTATATATCTCC-C-C---TT-GAAAAA---CGGCC---AATTCTTTCGAT-TCGTGAAAATATG--------TATTT------TTAGACTTTTTTAGGTC-A----ATTTT--TAAAAATACA---AC-TGAATATTA---A-GATAC--ACGATT-A-T--AAAT-T--TGA-TTC-T-GTTA----------------CGTCTGAATCATTTAT--------------TT---------------------CTTGA-TAAAAAG---CACGCAA-TTG-TA-C-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATG-AATAACAG-CAATTACAGGAT-GAG-CT--A-GAATCT--C-GCTG-A----TTAA------AATA-AGCAAA----A--AAA----G-G--T--C-------AAAATGCA----TATCCCGTTTCGGCTATGGCAAC-GGCAAGAAATATTTCGAATAAGATA---A-TCTTGCT-GTTGTTTGCT-T-TCATGG-TGTTAAGTCATT------TCAATAATA-TGAAATC-GTATGGAGTCAATTCTCGA-TG-AGTAG-TGA-TTC-TGACCCTCTGCTATAATTTTTAATGGTC--T-ACAGAGAATTCATCATTAATTCTT
gi|11 : aggctc--ACA--TTA-TA-AAAT-T--TGA-TTC-T-GTTA----------------C--------------T--------------TTGAATCATATGCTTT-------CTTGA-T-AAAAG---CA-GCAA-TTG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CATT-ACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAA--CGCAGA----A--AA---T-G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---CCATGGCAAC-GGCAAAAA--ATTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTA-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GGATGG-GCCAATTGT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATCCAATGGTCCTT-ACAGAGAATGTAT-GTTAAtgattcaaattaa
gi|12 : g----------------C--------------T--------------TT---------------------CTTGA-T-AAAAA---CA-GCAA-TTG-TACC-GGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CATT-ACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--GGCAAA----A--AA---T-G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---CCATGGCAAC-GGCAAAAA--AATTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GCATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTcatc
gi|13 : T-T--TGA-ATCAT-ATT-----------------C--------------T--------------TT---------------------CTTGA-T-GAAAG---TA-GCAA-TTG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTA-CTTATGAAATAA-AG-CATT-ACA-AAT-GAG-CC--A-GAA--T--TCGATA-A----TTAA------AAC--AGCAAA----A--AA---T-G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---C-ATGGCAAC-GGCAAAAA--ATTTTGAATAA-ACA---A-TCATGCT-GTT-TTTTGT-T-TCACGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTGTGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCATCGT-TATAA-ATTCAATGGTCTTT-ACAGAaac
gi|14 : acG-CT-AGC-TCATG---TGA--ACTAGA--CCTATC-CTTCCGGCGTC--------------CC---------AGCCCATGATACCCC-AGAGTG--GTCTATG-CAAT-AAGA--GTT-T-TG--GCA---AA-AGT--CTTGGTTTG-ATAGACT-GTTATGC-ATACG-T---------CTG-AAC--T-CAA-AT-GTGAACAATGCAAA----A--CAAAATATCTACAAC--AAACGACAACA--CGCTAAA-T-CC-----TAGT--ACT-A-GTA--TACGGTATGGC----TGTAT--A-----GCCCCCCCCCC--TCTTTTTTAAAA----GTA-------GT-G--GT--AAATAAGCATA
gi|15 : TAGCGA-CT-AGT-TTCTT---TGA--ACTAGG--CCTACC-TT-TT---------------------C---------AGCCCAT-GCAA----AGAGCG--GTCTATGTTAA--AA-ACCGTAAT-TA--GTA---AA-ATT--C--AGC--G-A-AAATT-GATATGA-A--CG-TACC--GCA-CTG-AATG-T-CAG-AT-GTAAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAGC--GA--ACCAACT--CGTTAAA-TGC---------T--ATT-------CTATGG-ATGGT----TATAATGA--------TCACCCCT--TCTTT----------------------------------TAAGCATACA-TTTATTCAT--CG-----ATACATG-----TGAG--------TT-TAGCTAgc
gi|16 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CTGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-C--GTTGT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATC-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CGA-AT-GTTAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAAC---T-CACCAACA--CGCTAAA-TACCTGGT-T-GT--ACT-A-GTA--TACGG-ATGGC----TGTAA-------CCCCCCCCCCCC--TCTTTTgtt
gi|17 : gccTT----CTCAA--ATCCTCG-GACAGT-----T-----TTT-GC-TATC-CT-C-CC--TT-AAAAAA---C-GCA---AATA-TTTCGAT-TC-AGAAAAAATGTATTTTTTTTTTT------TTA-AT-TTTTTGGGTC-A----A-TTT--CAAAAATAGA---ACACGAATA-TA---A-A-TAC--ACAT-T-A-TA-AAAT-T--TGA-TTT-T-GTTA----------------C--------------TTTGAATCATGTTCGTT---------------------CTTCA-T-AAAAA---CA-ACCG-TTG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CCTATCAAATAa
gi|18 : aTACA-AAT-GAG-TT--A-GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--GGCAAA----A--A----C-G-G--TACC-------AAAATGTACT---AACCCGTTT---CCATGGCAAC-GGCAAAAA--TTTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---TACA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATAG-GTCATTTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGGCCCCCTG-TATAA-ATTCAATAGTCCTT-ACAGAGAATT
gi|19 : TTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGATTTTATGATTT-TAGCTATATCAT-T-GCCAAA-TGAT--T--GCACTAA--ATAG--GAGGGGTTTTTT-TATC--G-----ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATA--A-AT-C-ATTTAAAATATA-ATGAC-ATT-TT-GTGATTTTAGT---CTTT--AGA-TGTGAATTTT--T----------GACAAC----CTAA--TT-A---A--CAT-ATAAACAAC--Tga
gi|2 : acaaG-CT-AGT-CCATT---TGA--ATTAGG--CATACC-CT-CCGG-GTT--------------CC---------AGCC-AT-ATACCC--AGACGGATGTCTATGTCAATTAA-C--GTTATGTGC-GCC---AA-AAT--C--AGT--GTA-AAATTTGATATGC-A--GGATATC--GAA--TG-AACGAC-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CA-AAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GC--ACTTA-GTAATCACGG-ATTGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCCCCCCCTCTTTTT---AA----GTA-------AAGT--GT--AAATAAG-ATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATACGTG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-TTGCCTAA-TGAT--T--GTGCTAA--ATAA--GCGGG--TTTTCATATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-TAAAC-C--------A--GGATTA--A-AT-G-ATTGAAAATATTATTGAC-ATC-TT-GTGTTTTTAGT---CCTT--AGA-TGTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAA--TT-A---A--CAT-AAAAACAAT--TAA-AAA--CC-A-CT-TGGATATACTTGGTATCCTTAA-AATAG-TCA-CGGAATAT-TGCCCCAATAACTATAATTTC-TTTTCCCACAATGGGCGG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACAAT-----T-----TTTTGA--ATC-CT-T-C---TT-CAAAAA---T-GCC---AATT-TTTCGAT-TC-TTAAAAAAAGCA----TCTA-TT------TTAGAC-TGTTTAGGTC-A----A-TGT--TAAAAATACA---ACATGAA-A-TA---ACG-TAC--ACA----A-TA-AAAT-T--TGA-TTC-T-GTTA----------------C--------------T--------------TT---------------------CGTGA-T-AAAAG---CA-GCAA--TG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATGA-AG-CATTTACA-AAT-GAG-CTACA-GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AACCAAGCAAA----A--AAATTT-GCG--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGCAAC-TGCAAAAA--GTTTTTAAAAA-ATA---A--CATGCT-G-T-TTTGTT-TGTCATGAGTGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--CAGTATGG-GCCAATTCT--ACTGAAGTAG-TGATTTC--GACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTTAACAGAG-ATCCAT-GTTAATTTTTC
gi|21 : atagtAAAAG-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---TTCA-TGATGTTTCA--AATAATGAG--T-GTTTGG-GCCAATTCT--A-TT-AGTAGTTTATTTC-TTGCCCTTTG-TATAA-ATTATATGGTCCTT-ACTGAGAATTTAT-
gi|22 : actttctcaG-AAA--CCCA-CT-TGGATCTA-T--GTATCTTTGA-AATAG-TCGTCG----AT--GTC-----AACG-T-ATTC---T---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CGCAA--ATCCTCA-TAC-AT-----T-----TTTTGC-TATC-CT-CTC---TT-GAGAAA---C-GCC---AATT-TTTCGAT-TC-TGAAAAAATG
gi|23 : T--AGT--ACATATATA-----TGAT--------TT-TAGATATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG---TTTT-TATC--G-----ATAAAAGTGTGA-TGAACACAAGAATAAA--AGAATA--A-AT-G-ATTGAAAATATT-TTGAC-ATC-CT-GTGTTTTTA
gi|25 : -AAT-GGG-CT--A-GAA--T--G-GCTAGA----TTAA------AAC--TGCAAA----A--AAA--T-A-GAATACT-------AAA-TGCACTACCCCCCCGTTC---CCATGGCAAC-GG-AAAAA--A-TTTGAATAA-ACG---A-TCATGCTAG---TTTGTTGT-TCATGA-AGT---
gi|26 : acA-T------TCA--AATACTGAA--C-CTACAG-GCCAATTCC--A-TGA-GTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCTATGGCCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAAT
gi|28 : ATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACGAT-----T-----TTTTGA-TATC-CTCC-C---TT-GCAAAA---C-GCC---AATT-TTTCGAT-TA-TGAAAAAA-ATG----TCTATTT------TTAGAC-TTTTGGGGTC-A----A-TTT--TAAAatgtttacacatcaaataggtttt
gi|29 : A-AATGCAAA----AAC-AAAAT---CACAAC--A--CACTAACT--TGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA--TGCGG-ATGGC----TGTA-----CCCCCCCCCCCCACC--T-TTTTT---AA----GTA-------AG-TG-GT--AAATAAGCATA
gi|3 : TAGCGGGCT-AGTGCCATTATTTGAGGACTAGG--C-TACAACT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCATTATATCCTCAGAATG--TCCTATGTCAAT-AA-G--TCTATCTG--GCACAGGA-AAT--C--AGTC-G-G-AAAT--GATATGCCA--CG-TATC--GAATCTGCAACG-TACAACATCGTAAA-AATGCAAACACCAACCAAAATA--CACAACCCAA-C-CAAACTGGCGCTAAAATACCAAGAGT-GA--ACT-AAGTA-TT-CGG-ATGGTGCAGTGTAAC-ACGTCCCTCCCCCCAAC--ATCTTTT---AACACGGTATACTGGTAC-T--GTC-AAATAGATTTCCATTCTTTTCACTGAGCTCACATAT-TG-----T-AT--------TT-TAGCTATATCATATAGCCTAAATG-T--T--GCGCTAA--ATAGTCAAGGG--ATTTT-CCTT--AATCAGATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------AGTAGAATAATA-ATCA-ATTGAAAATATT-TTGACAATC-TTGGTGTTTTTAGTACCTCTC--AAATTATGA--ATT--CTTTACAGAGAGAC-AC----CTAATTTT-AC--ACTCAC-ACACACTCT--CAGAAAA--CCAA-CT-TGGATCTA-T--GTATCTTT---AATAGTTCATCG-----T-TGCC-----AACT-T-AATTA-TT---------TGC--GGACTCATGACA--A-TTCTTATCATTCAAACACCCTC--GACAATTCTACT-----TTTTG---ATA-CT-C-C---TT-GGAAAAACCC-GCCCAAAATT-ATT--ATCTC-TGAAAAAATGAT----TCTATTTTTCTAATTAGCC-TTTTTAGGTCTAACCTA-TTTAACAAAAGTACA---ACATG-ATACTA---A-G-TACAGACATTT-A-TA-AAAA-TCATGA-TTC-TGGTTA----------------CCTCTA---------T--------------TTGCAATCATATAACTTATACTACTTGATT-AAAAG---CACGCAACTTG--ACCATGACTTCGACCTTTTGTCTTATTGAATAA-AGACA-TTAAA-AATAGAGACT--A-G-A--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--AGCGCA----A--AAA--T-GAG--TACCAAATATAAAAATGCACT--
gi|31 : aggccT---CCATGGCAAC-GGCAAAAA--ATTTTGAATAA-GTATAAA-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCCTGA-TGT---ATCA-T------TAA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAa
gi|32 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGT-GTC--------------CC---------AGTCCAC-ATACCC--AGAATA--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--
gi|33 : gcc--TTT--C----------GACAAC----CTAA--TT-A---A--CA--ATAAACAAT--TAG-AAAC-CC-A-CT-TGGATCTA-T--GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----A--TGCC-----AACT-T-A-TTC-TT---------
gi|34 : tTCTTAGGT--A----A-TTT--TAAAAA-ACA----CATGA-TA-TA---A-G-TAC--ACA--T---TATAAAT-T--TGA-TTT-T-GTTA----------------C--------------g
gi|36 : TGAA--C-GTGTGG-GTCAATTCT--A-TGA-GTAG-CAATTCC-TGATCCTCTG-TATAA-ATGCTATGGTTCTT-atgtgatcatatttct
gi|37 : -TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACATT-----TTTTGATTTTGA-TATT-CT-C-C---CTAGAAAAA---C-GCC---AAT
gi|38 : A--AATGCTGAA--C--TATGG-GCCAATTCC--A-TGA-GTAG-TGATTTC-TGACCa
gi|39 : CCC--AGAATG--GTATATGTCAAT-AA-A--TTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--A
gi|4 : AAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACAAT-----T-----TTT-GC-GATC-CT-C-CC--TT-TAAAAA---T-ACG---AATT-T--------------AAAATGT------CTATTT------TTAGAC-TTTTTCGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACA---ACATGAATA-TA---A----------------------AT-T--TGA-TTT-T-GTTA----------------C--------------T--------------TTGAATCATATTCTTT-------CTTGA-T-AAGAA---CA-GCAA-TTG-TACT-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-TATT-ACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--A--A-GCTA-A----TTAATTATTAAAC--GGCAAA----A--AAG----G-G--TACC-------AAAATGCAGT---ACCCCGTTT---CCATGGCAAC-GGCAACAA--ATTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTCA-TGGCCGTCTG-TATAA-ATTCAATACTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATATTTC
gi|40 : ACATT-----T-----TTTTGC-TATC-CTCC-C---TT-GAAAAA---C-GCC---AAtgcaaattatttggtaaaaattaccgcggattactaaataaagattaccgtcgatcaatccttttgctgcgtattatacatacaaactgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttcaggttcaaagtgggggatgtgtattgtacatacgttctacgtatttcgacaaattacgcatatgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagagacgtatttccatcaaacgaaaacagacaaaatataacgaataggtatgcccacaaatacgaaacctgccgtcgaaaaaaaaaattagtgtagagtcaattaaa
gi|5 : ATTTTTTTCAT--AGT--AT---TATC-----T-AT--------TTGTAGCTATATCAC-T-GCCTAACTGATGTT--G---TAATCATAA--GAGGT--TTTTT-TATCTCGAT---A-AATAGTGTGA-GAC-CAC--------A--AGAATT--ATAT-TCATTGAAA-TATT-T-GAC-ATTATT-GTGTTTTTAGT---CCCTCTAGA-T-TGA--TTTTTC----------GACAAT----CCA---TT-A---A--CAT-ATCAACAAT--CAG-AAA--CC-AGCTCTGGATCTACT--GT-TCTTTCA-AAT-G-TCATTG----AT--GCA-----CACT-T-ATTTCACT---------TA---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA----CCTCGCGCTAA------------TTGCGC-TATC-CT-C-CCTTCT-GAAAAACC-C-GCCA--AATT-TTTCGAT-TC-TGAAAAAAT-------TCTA--T------TTAGAC--TTTTAGGTC------A-TTC--TGAAAATACAACCACATGATAA-TAACTA-G-TAC--ACA--T-T-TA-AAATGC--TGATTTT-T-GTTAACGTTTGATCATGATTC--------------T--------------TT---------------------CTTGA-T-AAA-----CA-GTCA-TTGTTAC---GACTT-AGTTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CGT---CA-AAT-GAG-CT--ACGAA--TTAT-GCTA-ATTCTTTAA------AAC--GGCAAA----AATAAA--TCG-G--TACC-------AAA--GCAC---TACCCCTGTT---CCATGGCAAC--GCAAAA------TTGA--AA-ATA---A-TCATGCT-G-T-TTTGCT-T-T--TGA-TGT----TCA-T------TCA--AATACTGAC--C-GTATGG-GCCAA-TCT--A-T--CGTAGTTGATTTCGTGA-CCTCTG-TAT-A-ATTCAATGGTCCTA-GCAGAGAATTCAT-
gi|6 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-ATC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCG--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-A-T--C--AGT--G-A-AAATT-GATATAC-A--CG-TATC--GAA-CTT-AATG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AAC-AAAAT---CACAAC--AA--ACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA-T-ACGG-ATGGC----TGTAA----CACCCCCCTCCCCTC--TCTTTT--------------------------------ATAAGCATACATTTTTC-CAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAC-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--GGTTT-TATC--G-----ATAGAAGTGTGAGGAAACAC--------A--AGAATA--A-AT-C-ATTGAAAATAGT-TTGAC-ATC-TT-GTGTTTTTAGT---CCTT--AAA-TGTGCT-TTT--C----------GACAAC----CTAA--TT-A---A--CAT-GTAAGCAAT--TAG-AAAC-CC-A-CT-TGGATCTA-T--ATATCTTT-A-AATAA-TCATCG----A--TGCC-----AACT-T-ATT---CT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GAC-AT-----T-----TTTTGC-TATC-ATAC-C---TT-GAAAAA---C-GCT---AATT-TTTCGAT-TC-TGAAAAA--GTT----TTCATTT------TTAGAC-CTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACA---ACATAGATA-TA---A-G-TAC--ACAT-T-A-TA-AAAT-T--TGA-TTT-A-GTTA----------------C--------------T--------------TT---------------------
gi|7 : ccAA--TT-ACATA--CATTATAAACTAC--CCG-AAG--CCCA-TT-TAGATAT-TT--GTATCTAT-A-ATCAG-TCAT------ATATACC-----AACT-T-ATTTT-TT---------TA---A------TGATAAAA-GTTTT----CTCAA--ATCCTCG-GAC--T-----T-----TTTTGT-TTTC-CC-C-CC--TT-GAAAAA---C-ACC---CATT-TTTCGAT-TG-GGAAAAAATGT-------------------CAACC-CTTTTTGGTC-G----A-TTT--ATAGAATACA---TCATGAATA-TA---A-G-TGC--ACA--T---------T-T--TGA-A--------A----------------C--------------T--------------GT---------------------CTTGA-T-AAAAAAAACA-GCAA-TTG-CACA-TGACTT-GCCTCTTTG-CACATGAAATAA-AG-CATT-AAA-AAG-GGG-CG--A-GAA--A--T-TTTA-T----TCAA------AA-------AATGCTA--AAA--T-G-G--TGCT-------AAAATGCA-T--CACCCCGTTT---CCATGGCAAAAGGGAAAAA--ATT--GAATAA------------------TT-TTTGTT-T-TCATGA-T----------T------TC---AATA---------GTA---------------A-TG---------ATTTC-TGACCCCTTG-TAAAA-ACTCTATGGTCCTT-ACAGAGAATTGAT-gaatca
gi|8 : aaG-----TGATAATA-ATTTT----CTCAA--ATCTTCT-GATA-T-----C-----ATTTGC-TATC-TC-C-C---TT-AGTAA---------------T-TATCGAT-TC-AGAAAAAATGT------CTATTT------TTTAAC-TTTTCGGGTC-A----A-TTT----AGAA---------------A-TA---A-G-TAC--ACA--A-AATA-AAAA-T--TGA-TTT-T-GTTA----------------C--------------T--------------TTGAATGATGTTTTCATT-----TTTAA-T-AAGAC---CG-TCAA-TTG-TACC-TGACTT--------TG-CATATGAATTAA-AT-TATT-AAA-AAT-GGG-CT--A-CAA--T--T-GCTC-A----TTAA------AAC--TGCAAA----A--A----T-G-A--TACC-------AAAATGCA-T--TACCTCATTT---CCATGATAAC-AGAAAAAA--AT---GAATAT-ATA---AATCATGCT-GAT-TTTGTT-T-TCATGA-AGC---ATCA-C------TCA--AGTAATGAA--A-GTTTGG-GCCTATTCT--A-T-AAATAG-TGAGTTT-TGACCC------------TTCTATAGTCCTT-GCAGAGAATTCAT-GTTAAtacaaactatgtttttacgaacaaattttgtcttttctaatggtgctcatttaata
gi|9 : tatGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GATAAT-----T-----TTCTGC-TATC-CT-C-CC--TT-GAAAAA---C-GCC---AATT-TTTCGAT-TC-TGAAAAAATGT------CTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TGAAAATACA---ACATGAATAATA---A-G-TAC--ACA--TTA-TA-AAAT-T--TGA-TTT-T-GTTA----------------C--------------T--------------TTGAATCATATTCTTT-------CTTGA-T-AAAAA---CA-GTAA-TTG-TACC-TGACTT-GTCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-CGTT-ACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--GGCAAA----A--AAA--T-G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---CCATGGCAAC-GGCAAAAA--TTTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAAatctgtattattacatttcgaatgttttcttttacaatcgatgtctttacta
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGGGGTGCGTATTGTACAACGTTCCGATGTATTTTCGGCCAAATTACGATATACTATGAACTTAAAATTTAATTCGCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTGAGGACGGCGTTTTCAAATTCAAACGAAAAAAACAAGACAAACAATTATAACGAATATTACCGGTATGTGCCCACAAAACGACAGCCTGGCGAAAGAAAAAGTGCGAAAAGTCGAAAATTTAATTGAATTACAGATATTTAAAAGATGCACGCTCGTAGAGCATGCAAGCGAAACTGTGGGTAAATATTTTAAAAAACGAATTTCATCTCTATACTTTATGATTATGCTGATTTAAAGTGTCGTACACATCAATGTTTAAATTCGTTAGTCTTATAAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTGAGGACGTGTGTTTTATCAACGAAAAAAGAACCAATAATTAAATAAACGAAAATGTGCCCACAAAATACGACACTGCGAAAGGAAAAGTATGCGAGAAAGTCGAAAACTTTAATATTGATCTACTTAAAGATAAAATCAGAAGCAAATGCACTCTCGGCGAAA
Unaligned ( gi|24 ): ACATGCGGTAAGAACTGTGGTAAATATTTAAAAAAAAAACACCAAACAAACAAATCATCACTCTATGCTTATGATTATGCTGATTATAAAGTGTCTAAAACATAAATTTAAATTCGTTAGTCTGTAAAA
Unaligned ( gi|27 ): AACGAATATACCGGTATGTGCCCACAAATAAGACACCTGGCGAGAGAAAAGGTGCGAAAAGTCGAAATTTATACAATGTACTGATTGAATGTTTAAAAGATGCACGCTCGGTAA
Unaligned ( gi|30 ): GAGCATGCAAGCTGTAACTGTGGTAAATGTTTTTTAAAAAACAAATCATCACCCTATACTTATGATTATGCTGATCTTAAAGTGTCTACAACATCAATTTAAATTC
Unaligned ( gi|35 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
Unaligned ( gi|41 ): TTTCCATATTCACTGCCAAATCGTATGATATTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 3333333333333333333333333 1 11 11 11 1111 1111 1 111 111111 11 22222 22 11111 22222222 777777777777777777777777777777 11 11111 11111111 1 1 111 22222222 22222222 11 111 11 2222222222222 1111 111 11 11111 22 111 111 22222222 11111 2222222222222222222222222 111 33333333 111111 1 222222 11111 33333333333333333333333333333333333 11111 1111111 22222 22
lowQualScore : 5 5 5 888 66 66 5 5 0 2222222222222222222222222 0 00 3 66 4 8888 8 00 777 4 66 66 33 5 5 55 1111 5 77 5 5 5 5 5 5 5 0000 8 333 666666 11 5 33333 5 66 777 22 5 00000 55555555 9999999 111111111111111111111111111111 7 0 66 11 22222 2 88888888 5 5 1 1 77 77 77 77 333 5 1 33333333 0 1 5 00000000 77 1 33 66 5 5 5 5 5 5 111 99 77 99 5555555555555 2222 5 333 11 0 00000 11 111 5 5 888 777 0 5 88888888 77777 5 5 2 9999999999999999999999999 3 6666 44 0 3 99999999999999 44 2 5 2 999 2 888 2 777 3 3 3 3 00000000 2 000000 3 3 7777 3 44 666 0 666 3 3 44 888888 3 3 44 3 3 3 3 22222 33333333333333333333333333333333333 3 3 0 6 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 44 3 44 44 3 3 6666 888888 999 6666 44 00000 6 44 0000000 11111 555 3 4444 2 555 2 2 3 2 2 2 2 6666 2 888888 33 33 2 2 33 2 44 5 2 2 2 0 2 3
lowQualScore : . . . ... .. .. . . . ......................... . .. . .. . .... . .. ... . .. .. .. . . .. .... . .. . . . . . . . .... . ... ...... .. . ..... . .. ... .. . ..... ........ ....... .............................. . . .. .. ..... . ........ . . . . .. .. .. .. ... . . ........ . . . ........ .. . .. .. . . . . . . ... .. .. .. ............. .... . ... .. . ..... .. ... . . ... ... . . ........ ..... . . . ......................... . .... .. . . .............. .. . . . ... . ... . ... . . . . ........ . ...... . . .... . .. ... . ... . . .. ...... . . .. . . . . ..... ................................... . . . . . . . . . . . . . . . . .. . .. .. . . .... ...... ... .... .. ..... . .. ....... ..... ... . .... . ... . . . . . . . .... . ...... .. .. . . .. . .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 0 888 99 99 0 0 0 5555555555555555555555555 0 66 7 11 4 6666 9 66 888 4 11 99 66 7 7 99 6666 7 99 7 7 7 7 7 7 0 6666 1 888 999999 99 0 11111 0 99 111 44 0 99999 22222222 0000000 999999999999999999999999999999 3 1 99 99 55555 5 11111111 0 7 4 4 99 99 99 99 000 7 4 44444444 1 7 7 77777777 99 7 66 77 7 0 7 7 7 7 777 22 77 33 1111111111111 1111 0 888 99 4 44444 99 000 0 0 888 111 4 0 44444444 55555 0 0 2 0000000000000000000000000 3 5555 22 7 1 66666666666666 11 9 7 9 333 9 999 9 999 3 3 3 3 55555555 1 555555 6 3 1111 3 66 444 9 444 6 6 66 444444 3 1 22 1 1 1 1 99999 55555555555555555555555555555555555 3 3 8 7 3 3 3 3 3 6 6 6 6 1 1 1 22 1 22 22 1 1 5555 888888 999 5555 22 44444 2 22 0000000 77777 444 1 6666 9 000 9 9 4 9 9 9 9 8888 9 222222 77 44 5 5 44 5 11 3 7 9 9 3 9 6
consensus : NTAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA-TTACGG-ATGGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCC--CC---TCTTTTT---AA----GTA-------AN-T--GT--AAATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATAA--ATN-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAT--T--AGAAA--CC-A-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----AT-TGCC-----AACT-T-ATTTC-TT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACAAT-----T-----TTTTGC-TATC-CT-C-CC--TT-GAAAAA---C-GCC---AATT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-T-----TCTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACA---ACATGAATA-TA---A-G-TAC--ACA--T-A-TA-AAAT-T--TGA-TTC-T-GTT-AC-----TTTG-------------------AATCAT-TTCTTT--CTTGA-T-AAAAGCA-GCAA-TTG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--GGCAAA----A--AAA--T-G-G--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
Reference ( family-701 ) : NTAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA-TTACGG-ATGGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCC--CC---TCTTTTT---AA----GTA-------AN-T--GT--AAATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATAA--ATN-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAT--T--AGAAA--CC-A-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----AT-TGCC-----AACT-T-ATTTC-TT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACAAT-----T-----TTTTGC-TATC-CT-C-C---TT-GAAAAA---C-GCC---AATT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-T-----TCTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACA---ACATGAATA-TA---A-G-TAC--ACA--T-A-TA-AAAT-T--TGA-TTT-T-GTT-AC-----TTTG-------------------A--------------CTTGA-T-AAAAGCA-GCAA-TTG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--GGCAAA----A--AAA--T-G-G--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
gi|1 : TAGCGG-CTTAGT-C-ATT----GA--ACTAGAGCCCTACG--T-CCGGTGTCTGCGTAATTTCTATCCTTAATTGAAAGCCCAT-A-ACTC--AGA-TG--GTCTGT--------A-A--GTTAT-TGTGGCA---AAGAATGAC--GGG--C-A-AAATT-GATATGC----CA-TATCTCGAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-A-TGCAAA----AA---ATAT----ACAAC--AA-AACCAACTT-CGCTAAA-TACC-----T-GTTGGCA-A-GTA-T-ATGG-ATGG-----TGTAA--ACCACCCCCCTC-------------TTT---AA----GTA-------AG-TCGGTTAAAATTAACATGCATTTCTT--A---AGTG-ACATATATAATCGTTGAT--------TT-TAGCTAAATCAT-T-GCCTAA-TGAT--TTGGCGCTAA--ATAA--GAGGT--TTTGT-T-TT--GAT---ACAA--GTGCGA-GAAACAC--------A--AGA-TAA--TCA-A-TTGAAA-TATT-TTGACA-TC-TGG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGAT-TTT--C----------GATAACGAATCCAATTCA---ACAT--ATAAAC-ATGAT--AGAAATCCC-A-CT-GCGATCTG-T---GTATCTTT-ATAATTG-TCATCA-------TGCCA----AACT-T-ACTTC-GT---------TG---AC-----TAA-AAGACTTTTT----CT-AA--A-CCTCG-AGC-AT-----T-----TTTTATATATCTCC-C-C---TT-GAAAAA---CGGCC---AATTCTTTCGAT-TCGTG-AAAATATG---------TATTT------TTAGACTTTTTTAGGTC-A----ATTTT--TAAAAATACA---AC-TGAATATTA---A-GATAC--ACGATT-A-T--AAAT-T--TGA-TTC-T-GTT-ACG----TCTG-------------------AATCATTTATTT---CTTGA-TAAAAAGCACGCAA-TTG-TA-C-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATG-AATAACAG-CAA-TTACAGGAT-GAG-CT--A-GAATCT--C-GCTG-A----TTAA------AATA-AGCAAA----A--AAA----G-G--T--C-------AAAATGCA----TATCCCGTTTCGGCTATGGC-AACGGCAAGAAATATTTCGAATAAGATA---A-TCTTGCT-GTTGTTTGCT-T-TCATGG-TGTTAAGTCATT------TCAATAATA-TGAAATC-GTATGGAGTCAATTCTCGA-TG-AGTAG-TGA-TTC-TGACCCTCTGCTATAATTTTTAATGGTC--T-ACAGAGAATTCATCATTAATTCTT
gi|11 : aggctc--ACA--TTA-TA-AAAT-T--TGA-TTC-T-GTT-AC-----TTTG-------------------AATCATATGCTTT--CTTGA-T-AAAAGCA-GCAA-TTG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAA--CGC-AG----A--AAA--T-G-G--TACC-------AAAATGCAC---TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTA-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GGATGG-GCCAATTGT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATCCAATGGTCCTT-ACAGAGAATGTAT-GTTAAtgattcaaattaa
gi|12 : gC-----TTT-----------------------------------CTTGA-T-AAAAACA-GCAA-TTG-TACC-GGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--GGCAAA----A--AA---T-G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--AATTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GCATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTcatc
gi|13 : T-T--TGA-ATCAT-ATT--C-----TTT-----------------------------------CTTGA-T-GAAAGTA-GCAA-TTG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTA-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CC--A-GAA--T--TCGATA-A----TTAA------AAC--AGCAAA----A--AA---T-G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---C-ATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-ACA---A-TCATGCT-GTT-TTTTGT-T-TCACGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTGTGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCATCGT-TATAA-ATTCAATGGTCTTT-ACAGAaac
gi|14 : acG-CT-AGC-TCATG---TGA--ACTAGA--CCTATC-CTTCCGGCGTC--------------CC---------AGCCCATGATACCCC-AGAGTG--GTCTATG-CAAT-AAGA--GTT-T-TG--GCA---AA-AGT--CTTGGTTTG-ATAGACT-GTTATGC-ATACG-T---------CTG-AAC--T-CAA-AT-GTGAACAATGCAAA----A--CAAAATATCTACAAC--AAACGACAACA--CGCTAAA-T-CC-----TAGT--ACT-A-GTA--TACGGTATGGC----TGTAT--A----GCCCCCCCC--CC---TCTTTTTTAAAA----GTA-------GT-G--GT--AAATAAGCATA
gi|15 : TAGCGA-CT-AGT-TTCTT---TGA--ACTAGG--CCTACC-TT-TT---------------------C---------AGCCCAT-GCAA----AGAGCG--GTCTATGTTAA--AA-ACCGTAAT-TA--GTA---AA-ATT--C--AGC--G-A-AAATT-GATATGA-A--CG-TACC--GCA-CTG-AATG-T-CAG-AT-GTAAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAGC--GA--ACCAACT--CGTTAAA-TGC---------T--ATT-------CTATGG-ATGGT----TATAATGA-------TCACCC--CT---TCTTT----------------------------------TAAGCATACA-TTTATTCAT--CG-----ATACATG-----TGAG--------TT-TAGCTAgc
gi|16 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CTGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-C--GTTGT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATC-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CGA-AT-GTTAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAAC---T-CACCAACA--CGCTAAA-TACCTGGT-T-GT--ACT-A-GTA--TACGG-ATGGC----TGTAA------CCCCCCCCCC--CC---TCTTTTgtt
gi|17 : gccTT----CTCAA--ATCCTCG-GACAGT-----T-----TTT-GC-TATC-CT-C-CC--TT-AAAAAA---C-GCA---AATA-TTTCGAT-TC-AG-AAAAAATG-TATTTTTTTTTTT------TTA-AT-TTTTTGGGTC-A----A-TTT--CAAAAATAGA---ACACGAATA-TA---A-A-TAC--ACA--TTA-TA-AAAT-T--TGA-TTT-T-GTT-AC-----TTTG-------------------AATCATGTTCGTT--CTTCA-T-AAAAACA-ACCG-TTG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CCTATCAAATAa
gi|18 : aTACA-AAT-GAG-TT--A-GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--GGCAAA----A--A----C-G-G--TACC-------AAAATGTACT---AACCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--TTTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---TACA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATAG-GTCATTTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGGCCCCCTG-TATAA-ATTCAATAGTCCTT-ACAGAGAATT
gi|19 : TTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGATTTTATGATTT-TAGCTATATCAT-T-GCCAAA-TGAT--T--GCACTAA--ATAG--GAGGGGTTTTTT-TATC--G-----ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATAA--ATC-A-TTTAAAATATA-ATGACA-TT-TTG-TGATTTTAGT---CTTT--AGAT-GTGAATTTT--T----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAC--T--ga
gi|2 : acaaG-CT-AGT-CCATT---TGA--ATTAGG--CATACC-CT-CCGG-GTT--------------CC---------AGCC-AT-ATACCC--AGACGGATGTCTATGTCAATTAA-C--GTTATGTGC-GCC---AA-AAT--C--AGT--GTA-AAATTTGATATGC-A--GGATATC--GAA--TG-AACGAC-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CA-AAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GC--ACTTA-GTAATCACGG-ATTGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCC--CCCCCTCTTTTT---AA----GTA-------AAGT--GT--AAATAAG-ATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATACGTG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-TTGCCTAA-TGAT--T--GTGCTAA--ATAA--GCGGG--TTTTCATATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-TAAAC-C--------A--GGATTAA--ATG-A-TTGAAAATATTATTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--AAAAACAAT--T--AAAAA--CC-A-CT-TGGATATA-CTTGGTATCCTTAA-AATAG-TCA-CGGAATAT-TGCCCCAATAACTATAATTTC-TTTTCCCACAATGGGCGG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACAAT-----T-----TTTTGA--ATC-CT-T-C---TT-CAAAAA---T-GCC---AATT-TTTCGAT-TC-TT-AAAAAAAG-CA----TCTA-TT------TTAGAC-TGTTTAGGTC-A----A-TGT--TAAAAATACA---ACATGAA-A-TA---ACG-TAC--ACA----A-TA-AAAT-T--TGA-TTC-T-GTT-AC-----TTT-----------------------------------CGTGA-T-AAAAGCA-GCAA--TG-TACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATGA-AG-C-ATTTACA-AAT-GAG-CTACA-GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AACCAAGCAAA----A--AAATTT-GCG--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGC-AACTGCAAAAA--GTTTTTAAAAA-ATA---A--CATGCT-G-T-TTTGTT-TGTCATGAGTGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--CAGTATGG-GCCAATTCT--ACTGAAGTAG-TGATTTC--GACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTTAACAGAG-ATCCAT-GTTAATTTTTC
gi|21 : atagtAAAAG-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---TTCA-TGATGTTTCA--AATAATGAG--T-GTTTGG-GCCAATTCT--A-TT-AGTAGTTTATTTC-TTGCCCTTTG-TATAA-ATTATATGGTCCTT-ACTGAGAATTTAT-
gi|22 : actttctcaGAAA--CCCA-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTTGA-AATAG-TCGTCG----AT--GTC-----AACG-T-ATTC---T---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CGCAA--ATCCTCA-TAC-AT-----T-----TTTTGC-TATC-CT-CTC---TT-GAGAAA---C-GCC---AATT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-
gi|23 : T--AGT--ACATATATA-----TGAT--------TT-TAGATATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG---TTTT-TATC--G-----ATAAAAGTGTGA-TGAACACAAGAATAAA--AGAATAA--ATG-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-CTG-TGTTTTTA
gi|25 : -AAT-GGG-CT--A-GAA--T--G-GCTAGA----TTAA------AAC--TGCAAA----A--AAA--T-A-GAATACT-------AAA-TGCACTACCCCCCCGTTC---CCATGGC-AACGG-AAAAA--A-TTTGAATAA-ACG---A-TCATGCTAG---TTTGTTGT-TCATGA-AGT---
gi|26 : acA-T------TCA--AATACTGAA--C-CTACAG-GCCAATTCC--A-TGA-GTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCTATGGCCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAAT
gi|28 : ATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACGAT-----T-----TTTTGA-TATC-CT-C-CC--TT-GCAAAA---C-GCC---AATT-TTTCGAT-TA-TGAAAAAAATG-------TCTATTT------TTAGAC-TTTTGGGGTC-A----A-TTT--TAAAatgtttacacatcaaataggtttt
gi|29 : A-AATGCAAA----AAC-AAAAT---CACAAC--A--CACTAACT--TGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA--TGCGG-ATGGC----TGT----ACCCCCCCCCCCCA--CC---T-TTTTT---AA----GTA-------AG-TG-GT--AAATAAGCATA
gi|3 : TAGCGGGCT-AGTGCCATTATTTGAGGACTAGG--C-TACAACT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCATTATATCCTCAGAATG--TCCTATGTCAAT-AA-G--TCTATCTG--GCACAGGA-AAT--C--AGTC-G-G-AAAT--GATATGCCA--CG-TATC--GAATCTGCAACG-TACAACATCGTAAA-AATGCAAACACCAACCAAAATA--CACAACCCAA-C-CAAACTGGCGCTAAAATACCAAGAGT-GA--ACT-AAGTA-TT-CGG-ATGGTGCAGTGTAAC-ACGTCCCTCCCCCCAACA---TCTTTT----AACACGGTATACTGGTAC-T--GTC-AAATAGATTTCCATTCTTTTCACTGAGCTCACATAT-TG-----T-AT--------TT-TAGCTATATCATATAGCCTAAATG-T--T--GCGCTAA--ATAGTCAAGGG--ATTTT-CCTT--AATCAGATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------AGTAGAATAATAATC-AATTGAAAATATT-TTGACAATC-TTGGTGTTTTTAGTACCTCTC--AAATTATGA--ATT--CTTTACAGAGAGACA-C----CTAATT-TT--ACACTCACACACACT--CTCAGAAAA-CC-AACT-TGGATCTA-T---GTATCTTT---AATAGTTCATCG-----T-TGCC-----AACT-T-AATTA-TT---------TGC--GGACTCATGACA--A-TTCTTATCATTCAAACACCCTC--GACAATTCTACT-----TTTTG---ATA-CT-C-C---TT-GGAAAAACCC-GCCCAAAATT-ATT--ATCTC-TG-AAAAAATGAT-----TCTATTTTTCTAATTAGCC-TTTTTAGGTCTAACCTA-TTTAACAAAAGTACA---ACATG-ATACTA---A-G-TACAGACATTT-A-TA-AAAA-TCATGA-TTC-TGGTT-ACCTCTATTTGCAATCATATAACTTATACTA--------------CTTGATT-AAAAGCACGCAACTTG--ACCATGACTTCGACCTTTTGTCTTATTGAATAA-AGAC-A-TTAAA-AATAGAGACT--A-G-A--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--AGCGCA----A--AAA--T-GAG--TACCAAATATAAAAATGCACT--
gi|31 : aggccT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-GTATAAA-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCCTGA-TGT---ATCA-T------TAA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAa
gi|32 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGT-GTC--------------CC---------AGTCCAC-ATACCC--AGAATA--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--
gi|33 : gcc--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACA---ATAAACAAT--T--AGAAAC-CC-A-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----A--TGCC-----AACT-T-A-TTC-TT---------
gi|34 : tTCTTAGGT--A----A-TTT--TAAAAA-ACA----CATGA-TA-TA---A-G-TAC--ACA--T---TATAAAT-T--TGA-TTT-T-GTT-AC-----g
gi|36 : TGAA--C-GTGTGG-GTCAATTCT--A-TGA-GTAG-CAATTCC-TGATCCTCTG-TATAA-ATGCTATGGTTCTT-atgtgatcatatttct
gi|37 : -TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACATT-----TTTTGATTTTGA-TATT-CT-C-C---CTAGAAAAA---C-GCC---AAT
gi|38 : A--AATGCTGAA--C--TATGG-GCCAATTCC--A-TGA-GTAG-TGATTTC-TGACCa
gi|39 : CCC--AGAATG--GTATATGTCAAT-AA-A--TTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--A
gi|4 : AAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GACAAT-----T-----TTT-GC-GATC-CT-C-CC--TT-TAAAAA---T-ACG---AATT-T---------------AAAATG-T------CTATTT------TTAGAC-TTTTTCGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACA---ACATGAATA-TA---A----------------------AT-T--TGA-TTT-T-GTT-AC-----TTTG-------------------AATCATATTCTTT--CTTGA-T-AAGAACA-GCAA-TTG-TACT-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-T-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--A--A-GCTA-A----TTAATTATTAAAC--GGCAAA----A--AAG----G-G--TACC-------AAAATGCAGT---ACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAACAA--ATTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTCA-TGGCCGTCTG-TATAA-ATTCAATACTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATATTTC
gi|40 : ACATT-----T-----TTTTGC-TATC-CTCC-C---TT-GAAAAA---C-GCC---AAtgcaaattatttggtaaaaattaccgcggattactaaataaagattaccgtcgatcaatccttttgctgcgtattatacatacaaactgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttcaggttcaaagtgggggatgtgtattgtacatacgttctacgtatttcgacaaattacgcatatgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagagacgtatttccatcaaacgaaaacagacaaaatataacgaataggtatgcccacaaatacgaaacctgccgtcgaaaaaaaaaattagtgtagagtcaattaaa
gi|5 : ATTTTTTTCAT--AGT--AT---TATC-----T-AT--------TTGTAGCTATATCAC-T-GCCTAACTGATGTT--G---TAATCATAA--GAGGT--TTTTT-TATCTCGAT---A-AATAGTGTGA-GAC-CAC--------A--AGAATTAT-ATTCA-TTGAAA-TATT-T-GACA-TTATTG-TGTTTTTAGT---CCCTCTAGAT--TGA--TTTTTC----------GACAAT----CCA-TT-A---ACAT--ATCAACAAT--C--AGAAA--CC-AGCTCTGGATCTACT---GT-TCTTTCA-AAT-G-TCATTG----AT--GCA-----CACT-T-ATTTCACT---------TA---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA----CCTCGCGCTAA------------TTGCGC-TATC-CT-C-CCTTCT-GAAAAACC-C-GCCA--AATT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAA---T-----TCTA--T------TTAGAC--TTTTAGGTC------A-TTC--TGAAAATACAACCACATGATAA-TAACTA-G-TAC--ACA--T-T-TA-AAATGC--TGATTTT-T-GTTAACG----TTTG-------------------ATCATGATTCTTT--CTTGA-T-AAA--CA-GTCA-TTGTTAC---GACTT-AGTTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-G-T--CA-AAT-GAG-CT--ACGAA--TTAT-GCTA-ATTCTTTAA------AAC--GGCAAA----AATAAA--TCG-G--TACC-------AAA--GCAC---TACCCCTGTT---CCATGGC-AAC-GCAAAA------TTGA--AA-ATA---A-TCATGCT-G-T-TTTGCT-T-T--TGA-TGT----TCA-T------TCA--AATACTGAC--C-GTATGG-GCCAA-TCT--A-T--CGTAGTTGATTTCGTGA-CCTCTG-TAT-A-ATTCAATGGTCCTA-GCAGAGAATTCAT-
gi|6 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-ATC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCG--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GC----AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATAC-A--CG-TATC--GAA-CTT-AATG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAAC--AA--ACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA--TACGG-ATGGC----TGT-A--ACACCCCCCTCCCC--TC---TCTTTT--------------------------------ATAAGCATACA-TTTTTCCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAC-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--GGTTT-TATC--G-----ATAGAAGTGTGAGGAAACAC--------A--AGAATAA--ATC-A-TTGAAAATAGT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AAAT-GTGCT-TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--GTAAGCAAT--T--AGAAAC-CC-A-CT-TGGATCTA-T---ATATCTTT-A-AATAA-TCATCG----A--TGCC-----AACT-T-ATT---CT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GAC-AT-----T-----TTTTGC-TATC-ATAC-C---TT-GAAAAA---C-GCT---AATT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAGTT-T-----TC-ATTT------TTAGAC-CTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACA---ACATAGATA-TA---A-G-TAC--ACAT-T-A-TA-AAAT-T--TGA-TTT-A-GTT-AC-----TTTG-------------------A--------------
gi|7 : ccAATT-ACATACATT-ATAAACTAC--C--CGAAG--CCCA-TT-TAGATATT-T---GTATCTAT-A-ATCAG-TCAT------ATATACC-----AACT-T-ATTTT-TT---------TA---A------TGATAAAA-GTTTT----CTCAA--ATCCTCG-GAC--T-----T-----TTTTGT-TTTC-CC-C-CC--TT-GAAAAA---C-ACC---CATT-TTTCGAT-TG-GG-AAAAAATG--------------------TCAACC-CTTTTTGGTC-G----A-TTT--ATAGAATACA---TCATGAATA-TA---A-G-TGC--ACA--T---------T-T--TGA-AAC-T-GT---------CTTG-------------------A----------------TAA-A-AAAAACA-GCAA-TTG-CACA-TGACTT-GCCTCTTTG-CACATGAAATAA-AG-C-A-TTAAA-AAG-GGG-CG--A-GAA--A--T-TTTA-T----TCAA------A-------AAATGCTA--AAA--T-G-G--TGCT-------AAAATGCA-T--CACCCCGTTT---CCATGGCAAAAGGGAAAAA--A--TTGAATAA------------------TT-TTTGTT-T-TCATGA-T----------T------TC---AATA---------GTA---------------A-TG---------ATTTC-TGACCCCTTG-TAAAA-ACTCTATGGTCCTT-ACAGAGAATTGAT-atca
gi|8 : aaG-----TGATAATA-ATTTT----CTCAA--ATCTTCT-GATA-T-----C-----ATTTGC-TATC-TC-C-C---TT-AGTAA---------------T-TATCGAT-TC-AG-AAAAAATG-T------CTATTT------TTTAAC-TTTTCGGGTC-A----A-TTT----AGAA---------------A-TA---A-G-TAC--ACA--A-AATA-AAAA-T--TGA-TTT-T-GTT-AC-----TTTG-------------------AATGATGTTTTCATTTTTAA-T-AAGACCG-TCAA-TTG-TACC-TGACTT--------TG-CATATGAATTAA-AT-T-A-TTAAA-AAT-GGG-CT--A-CAA--T--T-GCTC-A----TTAA------AAC--TGCAAA----A--A----T-G-A--TACC-------AAAATGCA-T--TACCTCATTT---CCATGAT-AACAGAAAAAA--AT---GAATAT-ATA---AATCATGCT-GAT-TTTGTT-T-TCATGA-AGC---ATCA-C------TCA--AGTAATGAA--A-GTTTGG-GCCTATTCT--A-T-AAATAG-TGAGTTT-TGACCC------------TTCTATAGTCCTT-GCAGAGAATTCAT-GTTAAtacaaactatgtttttacgaacaaattttgtcttttctaatggtgctcatttaata
gi|9 : tatGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCG-GATAAT-----T-----TTCTGC-TATC-CT-C-CC--TT-GAAAAA---C-GCC---AATT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-T------CTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TGAAAATACA---ACATGAATAATA---A-G-TAC--ACA--TTA-TA-AAAT-T--TGA-TTT-T-GTT-AC-----TTTG-------------------AATCATATTCTTT--CTTGA-T-AAAAACA-GTAA-TTG-TACC-TGACTT-GTCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-G-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--T--T-GCTA-A----TTAA------AAC--GGCAAA----A--AAA--T-G-G--TACC-------AAAATGCAC---TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--TTTTTGAATAA-ATA---A-TCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAAatctgtattattacatttcgaatgttttcttttacaatcgatgtctttacta
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGGGGTGCGTATTGTACAACGTTCCGATGTATTTTCGGCCAAATTACGATATACTATGAACTTAAAATTTAATTCGCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTGAGGACGGCGTTTTCAAATTCAAACGAAAAAAACAAGACAAACAATTATAACGAATATTACCGGTATGTGCCCACAAAACGACAGCCTGGCGAAAGAAAAAGTGCGAAAAGTCGAAAATTTAATTGAATTACAGATATTTAAAAGATGCACGCTCGTAGAGCATGCAAGCGAAACTGTGGGTAAATATTTTAAAAAACGAATTTCATCTCTATACTTTATGATTATGCTGATTTAAAGTGTCGTACACATCAATGTTTAAATTCGTTAGTCTTATAAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTGAGGACGTGTGTTTTATCAACGAAAAAAGAACCAATAATTAAATAAACGAAAATGTGCCCACAAAATACGACACTGCGAAAGGAAAAGTATGCGAGAAAGTCGAAAACTTTAATATTGATCTACTTAAAGATAAAATCAGAAGCAAATGCACTCTCGGCGAAA
Unaligned ( gi|24 ): ACATGCGGTAAGAACTGTGGTAAATATTTAAAAAAAAAACACCAAACAAACAAATCATCACTCTATGCTTATGATTATGCTGATTATAAAGTGTCTAAAACATAAATTTAAATTCGTTAGTCTGTAAAA
Unaligned ( gi|27 ): AACGAATATACCGGTATGTGCCCACAAATAAGACACCTGGCGAGAGAAAAGGTGCGAAAAGTCGAAATTTATACAATGTACTGATTGAATGTTTAAAAGATGCACGCTCGGTAA
Unaligned ( gi|30 ): GAGCATGCAAGCTGTAACTGTGGTAAATGTTTTTTAAAAAACAAATCATCACCCTATACTTATGATTATGCTGATCTTAAAGTGTCTACAACATCAATTTAAATTC
Unaligned ( gi|35 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
Unaligned ( gi|41 ): TTTCCATATTCACTGCCAAATCGTATGATATTC
Alignments
lowQualScore : 1 3333333333333333333333333 1 11 11 11 1111 1111 11 111 111111 11 22222 222 11111 333333 777777777777777777777777777777 11 11111 11111111 1 1 111 22222222 22222222 11 111 11 2222222222222 1111 111 11 11111 22 111 111 22222222 11111 2222222222222222222222222 33333333 111111 1 111 22222 11111 222222 11111 1111111 22222 22
lowQualScore : 5 5 5 888 66 66 5 5 0 2222222222222222222222222 0 00 3 66 4 8888 8 00 777 4 1 66 66 33 5 5 55 1111 5 77 5 5 5 5 5 5 5 0000 77 333 666666 11 5 33333 5 66 777 111 5 00000 000000 9999999 111111111111111111111111111111 5 66 11 22222 2 88888888 5 5 1 1 77 77 77 77 333 5 1 33333333 0 1 5 00000000 77 1 33 66 5 5 5 5 5 5 111 99 77 99 5555555555555 2222 5 333 11 0 00000 11 111 5 5 888 777 0 5 88888888 77777 5 5 2 9999999999999999999999999 3 6666 44 0 999 77777 77777 44 33 33 66 555 2 3 3 3 3 11111111 000000 3 3 7777 3 44 666 0 000 3 44 3 55555 3 3 44 1 6 3 66666 3 44 111111 44 3 7777 3 999 0 6 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 44 3 44 77 3 6666 888888 999 6666 44 22222 6 44 0000000 22222 555 3 8888 2 2 555 2 2 2 2 2 6666 2 888888 33 33 2 2 33 2 44 5 2 2 2 0 2 3
lowQualScore : . . . ... .. .. . . . ......................... . .. . .. . .... . .. ... . . .. .. .. . . .. .... . .. . . . . . . . .... .. ... ...... .. . ..... . .. ... ... . ..... ...... ....... .............................. . .. .. ..... . ........ . . . . .. .. .. .. ... . . ........ . . . ........ .. . .. .. . . . . . . ... .. .. .. ............. .... . ... .. . ..... .. ... . . ... ... . . ........ ..... . . . ......................... . .... .. . ... ..... ..... .. .. .. .. ... . . . . . ........ ...... . . .... . .. ... . ... . .. . ..... . . .. . . . ..... . .. ...... .. . .... . ... . . . . . . . . . . . . . . .. . .. .. . .... ...... ... .... .. ..... . .. ....... ..... ... . .... . . ... . . . . . .... . ...... .. .. . . .. . .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 0 888 99 99 0 0 0 5555555555555555555555555 0 66 7 11 4 6666 9 66 888 4 0 11 99 66 7 7 99 6666 7 99 7 7 7 7 7 7 0 6666 55 888 999999 99 0 11111 0 99 111 444 0 99999 999999 0000000 999999999999999999999999999999 0 99 99 55555 5 11111111 0 7 4 4 99 99 99 99 000 7 4 44444444 1 7 7 77777777 99 7 66 77 7 0 7 7 7 7 777 22 77 33 1111111111111 1111 0 888 99 4 44444 99 000 0 0 888 111 4 0 44444444 55555 0 0 2 0000000000000000000000000 3 5555 22 7 999 11111 11111 11 99 99 88 000 9 3 3 3 3 99999999 555555 6 3 1111 3 66 444 9 000 6 66 3 11111 3 3 66 4 7 1 99999 1 22 666666 22 3 1111 3 222 8 7 3 3 3 3 3 6 6 6 6 1 1 1 22 1 22 33 1 5555 888888 999 5555 22 33333 2 22 0000000 33333 444 1 4444 9 9 000 9 9 9 9 9 8888 9 222222 77 44 5 5 44 5 11 3 7 9 9 3 9 6
consensus : NTAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA-TTACGG-ATGGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCC--CC---TCTTTTT---AA----GTA-------AN-T--GT--AAATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATAA--ATN-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAT--T--AGAAA--CC-A-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----AT-TGCC-----AACT-T-ATTTC-TT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTTTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-----T-TCTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATGAATA-TAA---G-TAC--AC-A--T-ATA-AAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATC--A---TA-TT--CTT-T----CTTGA-T---AAAAGCA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----AA------AAC--GGCAAA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
Reference ( family-701 ) : NTAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA-TTACGG-ATGGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCC--CC---TCTTTTT---AA----GTA-------AN-T--GT--AAATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATAA--ATN-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAT--T--AGAAA--CC-A-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----AT-TGCC-----AACT-T-ATTTC-TT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTTTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-----T-TCTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATGAATA-TAA---G-TAC--AC-A--T-ATA-AAAT-T--TGATTCT-GTTA-C-----TTTG-AATC--A---T--TT--CTT-T----CTTGA-T---AAAAGCA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----AA------AAC--GGCAAA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
gi|1 : TAGCGG-CTTAGT-C-ATT----GA--ACTAGAGCCCTACG--T-CCGGTGTCTGCGTAATTTCTATCCTTAATTGAAAGCCCAT-A-ACTC--AGA-TG--GTCTGT--------A-A--GTTAT-TGTGGCA---AAGAATGAC--GGG--C-A-AAATT-GATATGC----CA-TATCTCGAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-A-TGCAAA----AA---ATAT----ACAAC--AA-AACCAACTT-CGCTAAA-TACC-----T-GTTGGCA-A-GTA-T-ATGG-ATGG-----TGTAA--ACCACCCCCCTC-------------TTT---AA----GTA-------AG-TCGGTTAAAATTAACATGCATTTCTT--A---AGTG-ACATATATAATCGTTGAT--------TT-TAGCTAAATCAT-T-GCCTAA-TGAT--TTGGCGCTAA--ATAA--GAGGT--TTTGT-T-TT--GAT---ACAA--GTGCGA-GAAACAC--------A--AGA-TAA--TCA-A-TTGAAA-TATT-TTGACA-TC-TGG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGAT-TTT--C----------GATAACGAATCCAATTCA---ACAT--ATAAAC-ATGAT--AGAAATCCC-A-CT-GCGATCTG-T---GTATCTTT-ATAATTG-TCATCA-------TGCCA----AACT-T-ACTTC-GT---------TG---AC-----TAA-AAGACTTTTT----CT-AA--A-CCTCGAGC--AT-----T-----TTTTATATATCTCCCCTT--GAAAAA--CG-GCC---AA-TTCTTTCGAT-TCGTG-AAAATATG---------TATTT------TTAGACTTTTTTAGGTC-A----ATTTT--TAAAAATACAAC----TGAATATTAA---GATAC--AC-GATT-AT--AAAT-T--TGATTCT-GTTA-CG----TCTG-AATC--A---T--TT--ATT-T----CTTGA-TA--AAAAGCACGCAA-TTGT-A-C-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATG-AATAACAG-CAA-TTACAGGAT-GAG-CT--A-GAATCTC--GCTG-ATT----AA------AATA-AGCAAA----AA--AA----G-G--T--C-------AAAATGCA----TATCCCGTTTCGGCTATGGC-AACGGCAAGAAATATTTCGAATAAGAT-A---ATCTTGCT-GTTGTTTGCT-T-TCATGG-TGTTAAGTCATT------TCAATAATA-TGAAATC-GTATGGAGTCAATTCTCGA-TG-AGTAG-TGA-TTC-TGACCCTCTGCTATAATTTTTAATGGTC--T-ACAGAGAATTCATCATTAATTCTT
gi|11 : aggctc--AC-A--TTATA-AAAT-T--TGATTCT-GTTA-C-----TTTG-AATC--A---TA-TG--CTT-T----CTTGA-T---AAAAGCA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----AA------AAA--CGCAGA----AA--A---T-G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTA-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GGATGG-GCCAATTGT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATCCAATGGTCCTT-ACAGAGAATGTAT-GTTAAtgattcaaattaa
gi|12 : g--CTT-T----CTTGA-T---AAAAACA-GCAA-TTGT-ACC-GGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----AA------AAC--GGCAAA----AA--A---T-G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--AATTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GCATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTcatc
gi|13 : A-C-----TTTG-AATC--A---TA-TT--CTT-T----CTTGA-T---GAAAGTA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTA-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CC--A-GAA--TTC-GATA-ATT----AA------AAC--AGCAAA----AA--A---T-G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---C-ATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AC-A---ATCATGCT-GTT-TTTTGT-T-TCACGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTGTGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCATCGT-TATAA-ATTCAATGGTCTTT-ACAGAaac
gi|14 : G-CT-AGC-TCATG---TGA--ACTAGA--CCTATC-CTTCCGGCGTC--------------CC---------AGCCCATGATACCCC-AGAGTG--GTCTATG-CAAT-AAGA--GTT-T-TG--GCA---AA-AGT--CTTGGTTTG-ATAGACT-GTTATGC-ATACG-T---------CTG-AAC--T-CAA-AT-GTGAACAATGCAAA----A--CAAAATATCTACAAC--AAACGACAACA--CGCTAAA-T-CC-----TAGT--ACT-A-GTA--TACGGTATGGC----TGTAT--A----GCCCCCCCC--CC---TCTTTTTTAAAA----GTA-------GT-G--GT--AAATAAGCATA
gi|15 : TAGCGA-CT-AGT-TTCTT---TGA--ACTAGG--CCTACC-TT-TT---------------------C---------AGCCCAT-GCAA----AGAGCG--GTCTATGTTAA--AA-ACCGTAAT-TA--GTA---AA-ATT--C--AGC--G-A-AAATT-GATATGA-A--CG-TACC--GCA-CTG-AATG-T-CAG-AT-GTAAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAGC--GA--ACCAACT--CGTTAAA-TGC---------T--ATT-------CTATGG-ATGGT----TATAATGA-------TCACCC--CT---TCTTT----------------------------------TAAGCATACA-TTTATTCAT--CG-----ATACATG-----TGAG--------TT-TAGCTAgc
gi|16 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CTGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-C--GTTGT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATC-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CGA-AT-GTTAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAAC---T-CACCAACA--CGCTAAA-TACCTGGT-T-GT--ACT-A-GTA--TACGG-ATGGC----TGTAA------CCCCCCCCCC--CC---TCTTTTgtt
gi|17 : gccTT----CTCAA--ATCCTCGGAC-AGT-----T-----TT-TGC-TATCCTCCCTT--AAAAAA--C--GCA---AA-TA-TTTCGAT-TC-AG-AAAAAATGTATTTT-TTTTTTT------TTA-AT-TTTTTGGGTC-A----A-TTT--CAAAAATAGAAC---ACGAATA-TAA---A-TAC--AC-AT-T-ATA-AAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATC--A---TG-TT--CGT-T----CTTCA-T---AAAAACA-ACCG-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CCTATCAAATAa
gi|18 : aTACA-AAT-GAG-TT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----AA------AAC--GGCAAA----AA------C-G-G--TACC-------AAAATGTACT---AACCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--TTTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---TACA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATAG-GTCATTTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGGCCCCCTG-TATAA-ATTCAATAGTCCTT-ACAGAGAATT
gi|19 : TTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGATTTTATGATTT-TAGCTATATCAT-T-GCCAAA-TGAT--T--GCACTAA--ATAG--GAGGGGTTTTTT-TATC--G-----ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATAA--ATC-A-TTTAAAATATA-ATGACA-TT-TTG-TGATTTTAGT---CTTT--AGAT-GTGAATTTT--T----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAC--T--ga
gi|2 : acaaG-CT-AGT-CCATT---TGA--ATTAGG--CATACC-CT-CCGG-GTT--------------CC---------AGCC-AT-ATACCC--AGACGGATGTCTATGTCAATTAA-C--GTTATGTGC-GCC---AA-AAT--C--AGT--GTA-AAATTTGATATGC-A--GGATATC--GAA--TG-AACGAC-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CA-AAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GC--ACTTA-GTAATCACGG-ATTGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCC--CCCCCTCTTTTT---AA----GTA-------AAGT--GT--AAATAAG-ATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATACGTG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-TTGCCTAA-TGAT--T--GTGCTAA--ATAA--GCGGG--TTTTCATATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-TAAAC-C--------A--GGATTAA--ATG-A-TTGAAAATATTATTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--AAAAACAAT--T--AAAAA--CC-A-CT-TGGATATA-CTTGGTATCCTTAA-AATAG-TCA-CGGAATAT-TGCCCCAATAACTATAATTTC-TTTTCCCACAATGGGCGG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTTTGA--ATCCT-TCTT--CAAAAA--T--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TT-AAAAAAAG-----CATCTA-TT------TTAGAC-TGTTTAGGTC-A----A-TGT--TAAAAATACAAC---ATGAA-A-TAAC--G-TAC--AC-A----ATA-AAAT-T--TGATTCT-GTTA-----------------------------CTT-T----CGTGA-T---AAAAGCA-GCAA--TGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATGA-AG-C-ATTTACA-AAT-GAG-CTACA-GAA--TT--GCTA-ATT----AA------AACCAAGCAAA----AA--AATTT-GCG--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGC-AACTGCAAAAA--GTTTTTAAAAA-AT-A---A-CATGCT-G-T-TTTGTT-TGTCATGAGTGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--CAGTATGG-GCCAATTCT--ACTGAAGTAG-TGATTTC--GACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTTAACAGAG-ATCCAT-GTTAATTTTTC
gi|21 : atagtAAAAG-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---TTCA-TGATGTTTCA--AATAATGAG--T-GTTTGG-GCCAATTCT--A-TT-AGTAGTTTATTTC-TTGCCCTTTG-TATAA-ATTATATGGTCCTT-ACTGAGAATTTAT-
gi|22 : actttctcaGAAA--CCCA-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTTGA-AATAG-TCGTCG----AT--GTC-----AACG-T-ATTC---T---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CGCAA--ATCCTCATAC-A-T-----T-----TTTTGC-TATCCTCTCTT--GAGAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-----
gi|23 : T--AGT--ACATATATA-----TGAT--------TT-TAGATATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG---TTTT-TATC--G-----ATAAAAGTGTGA-TGAACACAAGAATAAA--AGAATAA--ATG-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-CTG-TGTTTTTA
gi|25 : -AAT-GGG-CT--A-GAA--TG--GCTAGATT----AA------AAC--TGCAAA----AA--AA--T-A-GAATACT-------AAA-TGCACTACCCCCCCGTTC---CCATGGC-AACGG-AAAAA--A-TTTGAATAA-AC-G---ATCATGCTAG---TTTGTTGT-TCATGA-AGT---
gi|26 : acA-T------TCA--AATACTGAA--C-CTACAG-GCCAATTCC--A-TGA-GTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCTATGGCCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAAT
gi|28 : ATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-GAT-----T-----TTTTGA-TATCCTCCCTT--GCAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TA-TGAAAAAAATG-------TCTATTT------TTAGAC-TTTTGGGGTC-A----A-TTT--TAAAatgtttacacatcaaataggtttt
gi|29 : A-AATGCAAA----AAC-AAAAT---CACAAC--A--CACTAACT--TGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA--TGCGG-ATGGC----TGT----ACCCCCCCCCCCCA--CC---T-TTTTT---AA----GTA-------AG-TG-GT--AAATAAGCATA
gi|3 : TAGCGGGCT-AGTGCCATTATTTGAGGACTAGG--C-TACAACT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCATTATATCCTCAGAATG--TCCTATGTCAAT-AA-G--TCTATCTG--GCACAGGA-AAT--C--AGTC-G-G-AAAT--GATATGCCA--CG-TATC--GAATCTGCAACG-TACAACATCGTAAA-AATGCAAACACCAACCAAAATA--CACAACCCAA-C-CAAACTGGCGCTAAAATACCAAGAGT-GA--ACT-AAGTA-TT-CGG-ATGGTGCAGTGTAAC-ACGTCCCTCCCCCCAACA---TCTTTT----AACACGGTATACTGGTAC-T--GTC-AAATAGATTTCCATTCTTTTCACTGAGCTCACATAT-TG-----T-AT--------TT-TAGCTATATCATATAGCCTAAATG-T--T--GCGCTAA--ATAGTCAAGGG--ATTTT-CCTT--AATCAGATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------AGTAGAATAATAATC-AATTGAAAATATT-TTGACAATC-TTGGTGTTTTTAGTACCTCTC--AAATTATGA--ATT--CTTTACAGAGAGACA-C----CTAATT-TT--ACACTCACACACACT--CTCAGAAAA-CC-AACT-TGGATCTA-T---GTATCTTT---AATAGTTCATCG-----T-TGCC-----AACT-T-AATTA-TT---------TGC--GGACTCATGACA--A-TTCTTATCATTCAAACACCCTC-GAC-AATTCTACT-----TTTTG---ATACTCCTTG--GAAAAACCC--GCCCAAAA-TT-ATT--ATCTC-TG-AAAAAATGA----T-TCTATTTTTCTAATTAGCC-TTTTTAGGTCTAACCTA-TTTAACAAAAGTACAAC---ATG-ATACTAA---G-TACAGAC-ATTT-ATA-AAAA-TCATGATTCTGGTTA-CCTCTATTTGCAATC--A---T--ATAACTTATACTACTTGATT---AAAAGCACGCAACTTG--ACCATGACTTCGACCTTTTGTCTTATTGAATAA-AGAC-A-TTAAA-AATAGAGACT--A-G-A--TT--GCTA-ATT----AA------AAC--AGCGCA----AA--AA--T-GAG--TACCAAATATAAAAATGCACT--
gi|31 : aggccT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-GT-ATAAATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCCTGA-TGT---ATCA-T------TAA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAa
gi|32 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGT-GTC--------------CC---------AGTCCAC-ATACCC--AGAATA--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--
gi|33 : gcc--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACA---ATAAACAAT--T--AGAAAC-CC-A-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----A--TGCC-----AACT-T-A-TTC-TT---------
gi|34 : tTCTTAGGT--A----A-TTT--TAAAAA-ACA-C---ATGA-TA-TAA---G-TAC--AC-A--T--TATAAAT-T--TGATTTT-GTTA-CA----TGTG--ATCATA---T--TT--CTg
gi|36 : TGAA--C-GTGTGG-GTCAATTCT--A-TGA-GTAG-CAATTCC-TGATCCTCTG-TATAA-ATGCTATGGTTCTT-
gi|37 : -TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-ATT-----TTTTGATTTTGA-TATTCTCCCTA--GAAAAA--C--GCC---AA-T
gi|38 : A--AATGCTGAA--C--TATGG-GCCAATTCC--A-TGA-GTAG-TGATTTC-TGACCa
gi|39 : CCC--AGAATG--GTATATGTCAAT-AA-A--TTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--A
gi|4 : AAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTT-GC-GATCCTCCCTT--TAAAAA--T--ACG---AA-TT-T---------------AAAATG-----T--CTATTT------TTAGAC-TTTTTCGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATGAATA-TAA------------------------AT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATC--A---TA-TT--CTT-T----CTTGA-T---AAGAACA-GCAA-TTGT-ACT-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-T-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--AA--GCTA-ATT----AATTATTAAAC--GGCAAA----AA--AG----G-G--TACC-------AAAATGCAGT---ACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAACAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTCA-TGGCCGTCTG-TATAA-ATTCAATACTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATATTTC
gi|40 : AC-ATT-----T-----TTTTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-tgcaaattatttggtaaaaattaccgcggattactaaataaagattaccgtcgatcaatccttttgctgcgtattatacatacaaactgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttcaggttcaaagtgggggatgtgtattgtacatacgttctacgtatttcgacaaattacgcatatgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagagacgtatttccatcaaacgaaaacagacaaaatataacgaataggtatgcccacaaatacgaaacctgccgtcgaaaaaaaaaattagtgtagagtcaattaaa
gi|5 : ATTTTTTTCAT--AGT--AT---TATC-----T-AT--------TTGTAGCTATATCAC-T-GCCTAACTGATGTT--G---TAATCATAA--GAGGT--TTTTT-TATCTCGAT---A-AATAGTGTGA-GAC-CAC--------A--AGAATTAT-ATTCA-TTGAAA-TATT-T-GACA-TTATTG-TGTTTTTAGT---CCCTCTAGAT--TGA--TTTTTC----------GACAAT----CCA-TT-A---ACAT--ATCAACAAT--C--AGAAA--CC-AGCTCTGGATCTACT---GT-TCTTTCA-AAT-G-TCATTG----AT--GCA-----CACT-T-ATTTCACT---------TA---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA----CCTCGCGCTAAT-----T-----GC--GC-TATCCTCCCTTCTGAAAAA--CCCGCC---AAATT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAAT--------TCTATTT--------AGAC-TTTT-AGGTC-A------TTC--TGAAAATACAACCACATGATAA-TAACTAG-TAC--AC-A--T-TTA-AAATGC--TGATTTTTGTTAACG----TTTG-A-TC--A---TGATT--CTT-T----CTTGA-T---AAA--CA-GTCA-TTGTTAC---GACTT-AGTTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-G-T--CA-AAT-GAG-CT--ACGAA--TTATGCTA-ATTCTTTAA------AAC--GGCAAA----AATAAA--TCG-G--TACC-------AAA--GCACT---ACCCCTGTT---CCATGGC-AACG-CAAAA------TTGAA--A-AT-A---ATCATGCT-GTT-TT-GCT-T-T--TGA-TGT----TCA-T------TCA--AATACTGAC--C-GTATGG-GCCAA-TCT--A-T--CGTAGTTGATTTCGTGA-CCTCTG-TAT-A-ATTCAATGGTCCTA-GCAGAGAATTCAT-
gi|6 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-ATC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCG--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-A-T--C--AGT--G-A-AAATT-GATATAC-A--CG-TATC--GAA-CTT-AATG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AAC-AAAAT---CACAAC--AA--ACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA-T-ACGG-ATGGC----TGTAA---CACCCCCCTCCCC--TC---TCTTTT--------------------------------ATAAGCATACATTTTTC-CAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAC-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--GGTTT-TATC--G-----ATAGAAGTGTGAGGAAACAC--------A--AGAATAA--ATC-A-TTGAAAATAGT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AAAT-GTGCT-TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--GTAAGCAAT--T--AGAAAC-CC-A-CT-TGGATCTA-T---ATATCTTT-A-AATAA-TCATCG----A--TGCC-----AACT-T-ATT---CT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC--AT-----T-----TTTTGC-TATCATACCTT--GAAAAA--C--GCT---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAGTT-----T-TC-ATTT------TTAGAC-CTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATAGATA-TAA---G-TAC--AC-AT-T-ATA-AAAT-T--TGATTTA-GTTA-C-----TTTG-AATC--A---
gi|7 : ccAATT-ACATACATT-ATAAACTAC--C--CGAAG--CCCA-TT-TAGATATT-T---GTATCTAT-A-ATCAG-TCAT------ATATACC-----AACT-T-ATTTT-TT---------TA---A------TGATAAAA-GTTTT----CTCAA--ATCCTCGGAC---T-----T-----TTTTGT-TTTCCCCCCTT--GAAAAA--C--ACC---CA-TT-TTTCGAT-TG-GG-AAAAAATG--------------------TCAACC-CTTTTTGGTC-G----A-TTT--ATAGAATACATC---ATGAATA-TAA---G-TGC--AC-A--T--------T-T--TGA---------------------AA---------------CTG-T----CTTGA-TAAAAAAAACA-GCAA-TTGC-ACA-TGACTT-GCCTCTTTG-CACATGAAATAA-AG-C-A-TTAAA-AAG-GGG-CG--A-GAA--AT--TTTA-TTC----AA------A-------AAATGCTAA--AA--T-G-G--TGCT-------AAAATGCA-T--CACCCCGTTT---CCATGGCAAAAGGGAAAAA--A--TTGAATAA------------------TT-TTTGTT-T-TCATGA-T----------T------TC---AATA---------GTA---------------A-TG---------ATTTC-TGACCCCTTG-TAAAA-ACTCTATGGTCCTT-ACAGAGAATTGAT-
gi|8 : aaG-----TGATAATA-ATTTT----CTCAA--ATCTTCTGAT-A-T-----C-----ATTTGC-TATC-TCCCTT--AGTAA----------------T-TATCGAT-TC-AG-AAAAAATG-----T--CTATTT------TTTAAC-TTTTCGGGTC-A----A--TT--TAGAA----------------A-TAA---G-TAC--ACAA--A-ATA-AAAA-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATG--ATGTT--TT--CAT-T----TTTAA-T---AAGACCG-TCAA-TTGT-ACC-TGA--------CTTTG-CATATGAATTAA-AT-T-A-TTAAA-AAT-GGG-CT--A-CAA--TT--GCTC-ATT----AA------AAC--TGC--A----AA--AA--T-G-A--TACC-------AAAATGCA-T--TACCTCATTT---CCATGAT-AACAGAAAAAA--A---TGAATAT-ATAA---ATCATGCT-GAT-TTTGTT-T-TCATGA-AGC---ATCA-C------TCA--AGTAATGAA--A-GTTTGG-GCCTATTCT--A-T-AAATAG-TGAGTTT-TGACCC------------TTCTATAGTCCTT-GCAGAGAATTCAT-GTTAAtacaaactatgtttttacgaacaaattttgtcttttctaatggtgctcatttaata
gi|9 : tatGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAT-AAT-----T-----TTCTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-----T--CTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TGAAAATACAAC---ATGAATAATAA---G-TAC--AC-A--TTATA-AAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATC--A---TA-TT--CTT-T----CTTGA-T---AAAAACA-GTAA-TTGT-ACC-TGACTT-GTCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-G-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----AA------AAC--GGCAAA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCAC---TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--TTTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAAatctgtattattacatttcgaatgttttcttttacaatcgatgtctttacta
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGGGGTGCGTATTGTACAACGTTCCGATGTATTTTCGGCCAAATTACGATATACTATGAACTTAAAATTTAATTCGCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTGAGGACGGCGTTTTCAAATTCAAACGAAAAAAACAAGACAAACAATTATAACGAATATTACCGGTATGTGCCCACAAAACGACAGCCTGGCGAAAGAAAAAGTGCGAAAAGTCGAAAATTTAATTGAATTACAGATATTTAAAAGATGCACGCTCGTAGAGCATGCAAGCGAAACTGTGGGTAAATATTTTAAAAAACGAATTTCATCTCTATACTTTATGATTATGCTGATTTAAAGTGTCGTACACATCAATGTTTAAATTCGTTAGTCTTATAAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTGAGGACGTGTGTTTTATCAACGAAAAAAGAACCAATAATTAAATAAACGAAAATGTGCCCACAAAATACGACACTGCGAAAGGAAAAGTATGCGAGAAAGTCGAAAACTTTAATATTGATCTACTTAAAGATAAAATCAGAAGCAAATGCACTCTCGGCGAAA
Unaligned ( gi|24 ): ACATGCGGTAAGAACTGTGGTAAATATTTAAAAAAAAAACACCAAACAAACAAATCATCACTCTATGCTTATGATTATGCTGATTATAAAGTGTCTAAAACATAAATTTAAATTCGTTAGTCTGTAAAA
Unaligned ( gi|27 ): AACGAATATACCGGTATGTGCCCACAAATAAGACACCTGGCGAGAGAAAAGGTGCGAAAAGTCGAAATTTATACAATGTACTGATTGAATGTTTAAAAGATGCACGCTCGGTAA
Unaligned ( gi|30 ): GAGCATGCAAGCTGTAACTGTGGTAAATGTTTTTTAAAAAACAAATCATCACCCTATACTTATGATTATGCTGATCTTAAAGTGTCTACAACATCAATTTAAATTC
Unaligned ( gi|35 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
Unaligned ( gi|41 ): TTTCCATATTCACTGCCAAATCGTATGATATTC
Alignments
lowQualScore : 1 3333333333333333333333333 1 11 11 11 1111 1111 1 111 111111 11 22222 22 11111 22222222 777777777777777777777777777777 11 11111 11111111 1 1 111 22222222 22222222 11 111 11 2222222222222 1111 111 11 11111 22 111 111 22222222 11111 2222222222222222222222222 33333333 111111 1 111 22222 11111 1111111 22222 22
lowQualScore : 5 5 5 888 66 66 5 5 0 2222222222222222222222222 0 00 3 66 4 8888 8 00 777 4 66 66 33 5 5 55 1111 5 77 5 5 5 5 5 5 5 0000 8 333 666666 11 5 33333 5 66 777 22 5 00000 55555555 9999999 111111111111111111111111111111 7 0 66 11 22222 2 88888888 5 5 1 1 77 77 77 77 333 5 1 33333333 0 1 5 00000000 77 1 33 66 5 5 5 5 5 5 111 99 77 99 5555555555555 2222 5 333 11 0 00000 11 111 5 5 888 777 0 5 88888888 77777 5 5 2 9999999999999999999999999 3 6666 44 0 999 77777 77777 44 33 33 66 555 2 3 3 3 3 22222222 000000 3 3 7777 3 44 666 0 000 3 44 3 55555 3 3 44 6 3 66666 3 44 999999 44 3 999 0 6 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 44 3 44 77 3 6666 888888 999 3 6666 44 7777 6 44 0000000 11111 555 3 8888 2 2 555 2 2 2 2 2 6666 2 888888 33 33 2 2 33 2 44 5 2 2 2 0 2 3
lowQualScore : . . . ... .. .. . . . ......................... . .. . .. . .... . .. ... . .. .. .. . . .. .... . .. . . . . . . . .... . ... ...... .. . ..... . .. ... .. . ..... ........ ....... .............................. . . .. .. ..... . ........ . . . . .. .. .. .. ... . . ........ . . . ........ .. . .. .. . . . . . . ... .. .. .. ............. .... . ... .. . ..... .. ... . . ... ... . . ........ ..... . . . ......................... . .... .. . ... ..... ..... .. .. .. .. ... . . . . . ........ ...... . . .... . .. ... . ... . .. . ..... . . .. . . ..... . .. ...... .. . ... . . . . . . . . . . . . . . .. . .. .. . .... ...... ... . .... .. .... . .. ....... ..... ... . .... . . ... . . . . . .... . ...... .. .. . . .. . .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 0 888 99 99 0 0 0 5555555555555555555555555 0 66 7 11 4 6666 9 66 888 4 11 99 66 7 7 99 6666 7 99 7 7 7 7 7 7 0 6666 1 888 999999 99 0 11111 0 99 111 44 0 99999 22222222 0000000 999999999999999999999999999999 3 1 99 99 55555 5 11111111 0 7 4 4 99 99 99 99 000 7 4 44444444 1 7 7 77777777 99 7 66 77 7 0 7 7 7 7 777 22 77 33 1111111111111 1111 0 888 99 4 44444 99 000 0 0 888 111 4 0 44444444 55555 0 0 2 0000000000000000000000000 3 5555 22 7 999 11111 11111 11 99 99 88 000 9 3 3 3 3 77777777 555555 6 3 1111 3 66 444 9 000 6 66 3 11111 3 3 66 7 1 99999 1 99 666666 66 3 222 8 7 3 3 3 3 3 6 6 6 6 1 1 1 22 1 22 33 1 5555 888888 999 5 5555 22 0000 2 22 0000000 44444 444 1 4444 9 9 000 9 9 9 9 9 8888 9 222222 77 44 5 5 44 5 11 3 7 9 9 3 9 6
consensus : NTAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA-TTACGG-ATGGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCC--CC---TCTTTTT---AA----GTA-------AN-T--GT--AAATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATAA--ATN-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAT--T--AGAAA--CC-A-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----AT-TGCC-----AACT-T-ATTTC-TT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTTTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-T-----TCTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATGAATA-TAA---G-TAC--AC-A--T-ATA-AAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T---AAAAGCA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAAC--GGCAAA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
Reference ( family-701 ) : NTAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA-TTACGG-ATGGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCC--CC---TCTTTTT---AA----GTA-------AN-T--GT--AAATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATAA--ATN-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAT--T--AGAAA--CC-A-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----AT-TGCC-----AACT-T-ATTTC-TT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTTTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-T-----TCTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATGAATA-TAA---G-TAC--AC-A--T-ATA-AAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T---AAAAGCA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAAC--GGCAAA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
gi|1 : TAGCGG-CTTAGT-C-ATT----GA--ACTAGAGCCCTACG--T-CCGGTGTCTGCGTAATTTCTATCCTTAATTGAAAGCCCAT-A-ACTC--AGA-TG--GTCTGT--------A-A--GTTAT-TGTGGCA---AAGAATGAC--GGG--C-A-AAATT-GATATGC----CA-TATCTCGAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-A-TGCAAA----AA---ATAT----ACAAC--AA-AACCAACTT-CGCTAAA-TACC-----T-GTTGGCA-A-GTA-T-ATGG-ATGG-----TGTAA--ACCACCCCCCTC-------------TTT---AA----GTA-------AG-TCGGTTAAAATTAACATGCATTTCTT--A---AGTG-ACATATATAATCGTTGAT--------TT-TAGCTAAATCAT-T-GCCTAA-TGAT--TTGGCGCTAA--ATAA--GAGGT--TTTGT-T-TT--GAT---ACAA--GTGCGA-GAAACAC--------A--AGA-TAA--TCA-A-TTGAAA-TATT-TTGACA-TC-TGG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGAT-TTT--C----------GATAACGAATCCAATTCA---ACAT--ATAAAC-ATGAT--AGAAATCCC-A-CT-GCGATCTG-T---GTATCTTT-ATAATTG-TCATCA-------TGCCA----AACT-T-ACTTC-GT---------TG---AC-----TAA-AAGACTTTTT----CT-AA--A-CCTCGAGC--AT-----T-----TTTTATATATCTCCCCTT--GAAAAA--CG-GCC---AA-TTCTTTCGAT-TCGTG-AAAATATG---------TATTT------TTAGACTTTTTTAGGTC-A----ATTTT--TAAAAATACAAC----TGAATATTAA---GATAC--AC-GATT-AT--AAAT-T--TGATTCT-GTTA-CG----TCTG-AATCAT--T------TAT--TTCTTGA-TA--AAAAGCACGCAA-TTGT-A-C-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATG-AATAACAG-CAA-TTACAGGAT-GAG-CT--A-GAATCTC--GCTG-ATT----A------AAATA-AGCAAA----AA--AA----G-G--T--C-------AAAATGCA----TATCCCGTTTCGGCTATGGC-AACGGCAAGAAATATTTCGAATAAGAT-A---ATCTTGCT-GTTGTTTGCT-T-TCATGG-TGTTAAGTCATT------TCAATAATA-TGAAATC-GTATGGAGTCAATTCTCGA-TG-AGTAG-TGA-TTC-TGACCCTCTGCTATAATTTTTAATGGTC--T-ACAGAGAATTCATCATTAATTCTT
gi|11 : aggctc--AC-A--TTATA-AAAT-T--TGATTCT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------GCT--TTCTTGA-T---AAAAGCA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAAA--CGC-AG----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCAC---TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTA-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GGATGG-GCCAATTGT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATCCAATGGTCCTT-ACAGAGAATGTAT-GTTAAtgattcaaattaa
gi|12 : gCT--TTCTTGA-T---AAAAACA-GCAA-TTGT-ACC-GGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAAC--GGCAAA----AA--A---T-G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--AATTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GCATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTcatc
gi|13 : A-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T---GAAAGTA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTA-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CC--A-GAA--TTC-GATA-ATT----A------AAAC--AGC-AA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCAC---TACCCCGTTT----CATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AC-A---ATCATGCT-GTT-TTTTGT-T-TCACGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTGTGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCATCGT-TATAA-ATTCAATGGTCTTT-ACAGAaac
gi|14 : G-CT-AGC-TCATG---TGA--ACTAGA--CCTATC-CTTCCGGCGTC--------------CC---------AGCCCATGATACCCC-AGAGTG--GTCTATG-CAAT-AAGA--GTT-T-TG--GCA---AA-AGT--CTTGGTTTG-ATAGACT-GTTATGC-ATACG-T---------CTG-AAC--T-CAA-AT-GTGAACAATGCAAA----A--CAAAATATCTACAAC--AAACGACAACA--CGCTAAA-T-CC-----TAGT--ACT-A-GTA--TACGGTATGGC----TGTAT--A----GCCCCCCCC--CC---TCTTTTTTAAAA----GTA-------GT-G--GT--AAATAAGCATA
gi|15 : TAGCGA-CT-AGT-TTCTT---TGA--ACTAGG--CCTACC-TT-TT---------------------C---------AGCCCAT-GCAA----AGAGCG--GTCTATGTTAA--AA-ACCGTAAT-TA--GTA---AA-ATT--C--AGC--G-A-AAATT-GATATGA-A--CG-TACC--GCA-CTG-AATG-T-CAG-AT-GTAAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAGC--GA--ACCAACT--CGTTAAA-TGC---------T--ATT-------CTATGG-ATGGT----TATAATGA-------TCACCC--CT---TCTTT----------------------------------TAAGCATACA-TTTATTCAT--CG-----ATACATG-----TGAG--------TT-TAGCTAgc
gi|16 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CTGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-C--GTTGT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATC-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CGA-AT-GTTAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAAC---T-CACCAACA--CGCTAAA-TACCTGGT-T-GT--ACT-A-GTA--TACGG-ATGGC----TGTAA------CCCCCCCCCC--CC---TCTTTTgtt
gi|17 : gccTT----CTCAA--ATCCTCGGAC-AGT-----T-----TTT-GC-TATCCTCCCTT--AAAAAA--C--GCA---AA-TA-TTTCGAT-TC-AG-AAAAAATG-TATTTTTTTTTTT------TTA-AT-TTTTTGGGTC-A----A-TTT--CAAAAATAGAAC---ACGAATA-TAA---A-TAC--AC-A--TTATA-AAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-GT------TCG--TTCTTCA-T---AAAAACA-ACCG-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CCTATCAAATAa
gi|18 : aTACA-AAT-GAG-TT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAAC--GGCAAA----AA------C-G-G--TACC-------AAAATGTACT---AACCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--TTTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---TACA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATAG-GTCATTTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGGCCCCCTG-TATAA-ATTCAATAGTCCTT-ACAGAGAATT
gi|19 : TTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGATTTTATGATTT-TAGCTATATCAT-T-GCCAAA-TGAT--T--GCACTAA--ATAG--GAGGGGTTTTTT-TATC--G-----ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATAA--ATC-A-TTTAAAATATA-ATGACA-TT-TTG-TGATTTTAGT---CTTT--AGAT-GTGAATTTT--T----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAC--T--ga
gi|2 : acaaG-CT-AGT-CCATT---TGA--ATTAGG--CATACC-CT-CCGG-GTT--------------CC---------AGCC-AT-ATACCC--AGACGGATGTCTATGTCAATTAA-C--GTTATGTGC-GCC---AA-AAT--C--AGT--GTA-AAATTTGATATGC-A--GGATATC--GAA--TG-AACGAC-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CA-AAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GC--ACTTA-GTAATCACGG-ATTGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCC--CCCCCTCTTTTT---AA----GTA-------AAGT--GT--AAATAAG-ATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATACGTG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-TTGCCTAA-TGAT--T--GTGCTAA--ATAA--GCGGG--TTTTCATATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-TAAAC-C--------A--GGATTAA--ATG-A-TTGAAAATATTATTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--AAAAACAAT--T--AAAAA--CC-A-CT-TGGATATA-CTTGGTATCCTTAA-AATAG-TCA-CGGAATAT-TGCCCCAATAACTATAATTTC-TTTTCCCACAATGGGCGG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTTTGA--ATCCT-TCTT--CAAAAA--T--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TT-AAAAAAAG-CA----TCTA-TT------TTAGAC-TGTTTAGGTC-A----A-TGT--TAAAAATACAAC---ATGAA-A-TAAC--G-TAC--AC-A----ATA-AAAT-T--TGATTCT-GTTA----------------------------CT--TTCGTGA-T---AAAAGCA-GCAA--TGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATGA-AG-C-ATTTACA-AAT-GAG-CTACA-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAACCAAGCAAA----AA--AATTT-GCG--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGC-AACTGCAAAAA--GTTTTTAAAAA-AT-A---A-CATGCT-G-T-TTTGTT-TGTCATGAGTGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--CAGTATGG-GCCAATTCT--ACTGAAGTAG-TGATTTC--GACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTTAACAGAG-ATCCAT-GTTAATTTTTC
gi|21 : atagtAAAAG-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---TTCA-TGATGTTTCA--AATAATGAG--T-GTTTGG-GCCAATTCT--A-TT-AGTAGTTTATTTC-TTGCCCTTTG-TATAA-ATTATATGGTCCTT-ACTGAGAATTTAT-
gi|22 : actttctcaGAAA--CCCA-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTTGA-AATAG-TCGTCG----AT--GTC-----AACG-T-ATTC---T---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CGCAA--ATCCTCATAC-A-T-----T-----TTTTGC-TATCCTCTCTT--GAGAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-
gi|23 : T--AGT--ACATATATA-----TGAT--------TT-TAGATATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG---TTTT-TATC--G-----ATAAAAGTGTGA-TGAACACAAGAATAAA--AGAATAA--ATG-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-CTG-TGTTTTTA
gi|25 : -AAT-GGG-CT--A-GAA--TG--GCTAGATT----A------AAAC--TGCAAA----AA--AA--T-A-GAATACT-------AAA-TGCACTACCCCCCCGTTC---CCATGGC-AACGG-AAAAA--A-TTTGAATAA-AC-G---ATCATGCTAG---TTTGTTGT-TCATGA-AGT---
gi|26 : acA-T------TCA--AATACTGAA--C-CTACAG-GCCAATTCC--A-TGA-GTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCTATGGCCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAAT
gi|28 : ATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-GAT-----T-----TTTTGA-TATCCTCCCTT--GCAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TA-TGAAAAAAATG-------TCTATTT------TTAGAC-TTTTGGGGTC-A----A-TTT--TAAAatgtttacacatcaaataggtttt
gi|29 : A-AATGCAAA----AAC-AAAAT---CACAAC--A--CACTAACT--TGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA--TGCGG-ATGGC----TGT----ACCCCCCCCCCCCA--CC---T-TTTTT---AA----GTA-------AG-TG-GT--AAATAAGCATA
gi|3 : TAGCGGGCT-AGTGCCATTATTTGAGGACTAGG--C-TACAACT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCATTATATCCTCAGAATG--TCCTATGTCAAT-AA-G--TCTATCTG--GCACAGGA-AAT--C--AGTC-G-G-AAAT--GATATGCCA--CG-TATC--GAATCTGCAACG-TACAACATCGTAAA-AATGCAAACACCAACCAAAATA--CACAACCCAA-C-CAAACTGGCGCTAAAATACCAAGAGT-GA--ACT-AAGTA-TT-CGG-ATGGTGCAGTGTAAC-ACGTCCCTCCCCCCAACA---TCTTTT----AACACGGTATACTGGTAC-T--GTC-AAATAGATTTCCATTCTTTTCACTGAGCTCACATAT-TG-----T-AT--------TT-TAGCTATATCATATAGCCTAAATG-T--T--GCGCTAA--ATAGTCAAGGG--ATTTT-CCTT--AATCAGATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------AGTAGAATAATAATC-AATTGAAAATATT-TTGACAATC-TTGGTGTTTTTAGTACCTCTC--AAATTATGA--ATT--CTTTACAGAGAGACA-C----CTAATT-TT--ACACTCACACACACT--CTCAGAAAA-CC-AACT-TGGATCTA-T---GTATCTTT---AATAGTTCATCG-----T-TGCC-----AACT-T-AATTA-TT---------TGC--GGACTCATGACA--A-TTCTTATCATTCAAACACCCTC-GAC-AATTCTACT-----TTTTG---ATACTCCTTG--GAAAAACCC--GCCCAAAA-TT-ATT--ATCTC-TG-AAAAAATGAT-----TCTATTTTTCTAATTAGCC-TTTTTAGGTCTAACCTA-TTTAACAAAAGTACAAC---ATG-ATACTAA---G-TACAGAC-ATTT-ATA-AAAA-TCATGATTCTGGTTA-CCTCTATTTGCAATCAT-ATAACTTATAC--TACTTGATT---AAAAGCACGCAACTTG--ACCATGACTTCGACCTTTTGTCTTATTGAATAA-AGAC-A-TTAAA-AATAGAGACT--A-G-A--TT--GCTA-ATT----A------AAAC--AGCGCA----AA--AA--T-GAG--TACCAAATATAAAAATGCACT--
gi|31 : aggccT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-GT-ATAAATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCCTGA-TGT---ATCA-T------TAA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAa
gi|32 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGT-GTC--------------CC---------AGTCCAC-ATACCC--AGAATA--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--
gi|33 : gcc--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACA---ATAAACAAT--T--AGAAAC-CC-A-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----A--TGCC-----AACT-T-A-TTC-TT---------
gi|34 : tTCTTAGGT--A----A-TTT--TAAAAA-ACA-C---ATGA-TA-TAA---G-TAC--AC-A--T--TATAAAT-T--TGATTTT-GTTA-CA----TGTG--ATCAT-AT------Tg
gi|36 : TGAA--C-GTGTGG-GTCAATTCT--A-TGA-GTAG-CAATTCC-TGATCCTCTG-TATAA-ATGCTATGGTTCTT-tct
gi|37 : -TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-ATT-----TTTTGATTTTGA-TATTCTCCCTA--GAAAAA--C--GCC---AA-T
gi|38 : A--AATGCTGAA--C--TATGG-GCCAATTCC--A-TGA-GTAG-TGATTTC-TGACCa
gi|39 : CCC--AGAATG--GTATATGTCAAT-AA-A--TTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--A
gi|4 : AAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTT-GC-GATCCTCCCTT--TAAAAA--T--ACG---AA-TT-T---------------AAAATG-T------CTATTT------TTAGAC-TTTTTCGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATGAATA-TAA------------------------AT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T---AAGAACA-GCAA-TTGT-ACT-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-T-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--AA--GCTA-ATT----AATTATTAAAC--GGCAAA----AA--AG----G-G--TACC-------AAAATGCA-G--TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAACAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTCA-TGGCCGTCTG-TATAA-ATTCAATACTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATATTTC
gi|40 : AC-ATT-----T-----TTTTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-tgcaaattatttggtaaaaattaccgcggattactaaataaagattaccgtcgatcaatccttttgctgcgtattatacatacaaactgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttcaggttcaaagtgggggatgtgtattgtacatacgttctacgtatttcgacaaattacgcatatgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagagacgtatttccatcaaacgaaaacagacaaaatataacgaataggtatgcccacaaatacgaaacctgccgtcgaaaaaaaaaattagtgtagagtcaattaaa
gi|5 : ATTTTTTTCAT--AGT--AT---TATC-----T-AT--------TTGTAGCTATATCAC-T-GCCTAACTGATGTT--G---TAATCATAA--GAGGT--TTTTT-TATCTCGAT---A-AATAGTGTGA-GAC-CAC--------A--AGAATTAT-ATTCA-TTGAAA-TATT-T-GACA-TTATTG-TGTTTTTAGT---CCCTCTAGAT--TGA--TTTTTC----------GACAAT----CCA-TT-A---ACAT--ATCAACAAT--C--AGAAA--CC-AGCTCTGGATCTACT---GT-TCTTTCA-AAT-G-TCATTG----AT--GCA-----CACT-T-ATTTCACT---------TA---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA----CCTCGCGCTAAT-----T-----GC--GC-TATCCTCCCTTCTGAAAAA--CCCGCC---AAATT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAAT--------TCTATTT--------AGAC-TTTT-AGGTC-A------TTC--TGAAAATACAACCACATGATAA-TAACTAG-TAC--AC-A--T-TTA-AAATGC--TGATTTTTGTTAACG----TTTG-A-TCATGAT------TCT--TTCTTGA-T---AAA--CA-GTCA-TTGTTAC---GACTT-AGTTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-G-T--CA-AAT-GAG-CT--ACGAA--TTATGCTA-ATTCTTTA------AAAC--GGCAAA----AATAAA--TCG-G--TACC-------AAA--GCACT---ACCCCTGTT---CCATGGC-AACG-CAAAA------TTGAA--A-AT-A---ATCATGCT-GTT-TT-GCT-T-T--TGA-TGT----TCA-T------TCA--AATACTGAC--C-GTATGG-GCCAA-TCT--A-T--CGTAGTTGATTTCGTGA-CCTCTG-TAT-A-ATTCAATGGTCCTA-GCAGAGAATTCAT-
gi|6 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-ATC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCG--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GC----AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATAC-A--CG-TATC--GAA-CTT-AATG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAAC--AA--ACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA--TACGG-ATGGC----TGT-A--ACACCCCCCTCCCC--TC---TCTTTT--------------------------------ATAAGCATACA-TTTTTCCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAC-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--GGTTT-TATC--G-----ATAGAAGTGTGAGGAAACAC--------A--AGAATAA--ATC-A-TTGAAAATAGT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AAAT-GTGCT-TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--GTAAGCAAT--T--AGAAAC-CC-A-CT-TGGATCTA-T---ATATCTTT-A-AATAA-TCATCG----A--TGCC-----AACT-T-ATT---CT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC--AT-----T-----TTTTGC-TATCATACCTT--GAAAAA--C--GCT---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAGTT-T-----TC-ATTT------TTAGAC-CTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATAGATA-TAA---G-TAC--AC-AT-T-ATA-AAAT-T--TGATTTA-GTTA-C-----TTTG-AATCA
gi|7 : ccAATT-ACATACATT-ATAAACTAC--C--CGAAG--CCCA-TT-TAGATATT-T---GTATCTAT-A-ATCAG-TCAT------ATATACC-----AACT-T-ATTTT-TT---------TA---A------TGATAAAA-GTTTT----CTCAA--ATCCTCGGAC---T-----T-----TTTTGT-TTTCCCCCCTT--GAAAAA--C--ACC---CA-TT-TTTCGAT-TG-GG-AAAAAATG--------------------TCAACC-CTTTTTGGTC-G----A-TTT--ATAGAATACATC---ATGAATA-TAA---G-TGC--AC-A--T--------T-T--TGA---------------------AA--------------CT--GTCTTGA-TAAAAAAAACA-GCAA-TTGC-ACA-TGACTT-GCCTCTTTG-CACATGAAATAA-AG-C-A-TTAAA-AAG-GGG-CG--A-GAA--AT--TTTA-TTC----A------AA-------AAATGCTAA--AA--T-G-G--TGCT-------AAAATGCA-T--CACCCCGTTT---CCATGGCAAAAGGGAAAAA--A--TTGAATAA------------------TT-TTTGTT-T-TCATGA-T----------T------TC---AATA---------GTA---------------A-TG---------ATTTC-TGACCCCTTG-TAAAA-ACTCTATGGTCCTT-ACAGAGAATTGAT-
gi|8 : aaG-----TGATAATA-ATTTT----CTCAA--ATCTTCTGAT-A-T-----C-----ATTTGC-TATC-TCCCTT--AGTAA----------------T-TATCGAT-TC-AG-AAAAAATG-T------CTATTT------TTTAAC-TTTTCGGGTC-A----A--TT--TAGAA----------------A-TAA---G-TAC--ACAA--A-ATA-AAAA-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATGAT-GT------TTTCATTTTTAA-T---AAGACCG-TCAA-TTGT-ACC-TGA--------CTTTG-CATATGAATTAA-AT-T-A-TTAAA-AAT-GGG-CT--A-CAA--TT--GCTC-ATT----A------AAAC--TGC--A----AA--AA--T-G-A--TACC-------AAAATGCA-T--TACCTCATTT---CCATGAT-AACAGAAAAAA--A---TGAATAT-ATAA---ATCATGCT-GAT-TTTGTT-T-TCATGA-AGC---ATCA-C------TCA--AGTAATGAA--A-GTTTGG-GCCTATTCT--A-T-AAATAG-TGAGTTT-TGACCC------------TTCTATAGTCCTT-GCAGAGAATTCAT-GTTAAtacaaactatgtttttacgaacaaattttgtcttttctaatggtgctcatttaata
gi|9 : tatGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAT-AAT-----T-----TTCTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-T------CTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TGAAAATACAAC---ATGAATAATAA---G-TAC--AC-A--TTATA-AAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T---AAAAACA-GTAA-TTGT-ACC-TGACTT-GTCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-G-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAAC--GGCAAA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCAC---TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--TTTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAAatctgtattattacatttcgaatgttttcttttacaatcgatgtctttacta
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGGGGTGCGTATTGTACAACGTTCCGATGTATTTTCGGCCAAATTACGATATACTATGAACTTAAAATTTAATTCGCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTGAGGACGGCGTTTTCAAATTCAAACGAAAAAAACAAGACAAACAATTATAACGAATATTACCGGTATGTGCCCACAAAACGACAGCCTGGCGAAAGAAAAAGTGCGAAAAGTCGAAAATTTAATTGAATTACAGATATTTAAAAGATGCACGCTCGTAGAGCATGCAAGCGAAACTGTGGGTAAATATTTTAAAAAACGAATTTCATCTCTATACTTTATGATTATGCTGATTTAAAGTGTCGTACACATCAATGTTTAAATTCGTTAGTCTTATAAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTGAGGACGTGTGTTTTATCAACGAAAAAAGAACCAATAATTAAATAAACGAAAATGTGCCCACAAAATACGACACTGCGAAAGGAAAAGTATGCGAGAAAGTCGAAAACTTTAATATTGATCTACTTAAAGATAAAATCAGAAGCAAATGCACTCTCGGCGAAA
Unaligned ( gi|24 ): ACATGCGGTAAGAACTGTGGTAAATATTTAAAAAAAAAACACCAAACAAACAAATCATCACTCTATGCTTATGATTATGCTGATTATAAAGTGTCTAAAACATAAATTTAAATTCGTTAGTCTGTAAAA
Unaligned ( gi|27 ): AACGAATATACCGGTATGTGCCCACAAATAAGACACCTGGCGAGAGAAAAGGTGCGAAAAGTCGAAATTTATACAATGTACTGATTGAATGTTTAAAAGATGCACGCTCGGTAA
Unaligned ( gi|30 ): GAGCATGCAAGCTGTAACTGTGGTAAATGTTTTTTAAAAAACAAATCATCACCCTATACTTATGATTATGCTGATCTTAAAGTGTCTACAACATCAATTTAAATTC
Unaligned ( gi|35 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
Unaligned ( gi|41 ): TTTCCATATTCACTGCCAAATCGTATGATATTC
Alignments
lowQualScore : 1 3333333333333333333333333 1 11 11 11 1111 1111 1 111 111111 11 22222 22 11111 22222222 777777777777777777777777777777 11 11111 11111111 1 1 111 22222222 22222222 11 111 11 2222222222222 1111 111 11 11111 22 111 111 22222222 11111 2222222222222222222222222 33333333 111111 1 111 22222 11111 1111111 22222 22
lowQualScore : 5 5 5 888 66 66 5 5 0 2222222222222222222222222 0 00 3 66 4 8888 8 00 777 4 66 66 33 5 5 55 1111 5 77 5 5 5 5 5 5 5 0000 8 333 666666 11 5 33333 5 66 777 22 5 00000 55555555 9999999 111111111111111111111111111111 7 0 66 11 22222 2 88888888 5 5 1 1 77 77 77 77 333 5 1 33333333 0 1 5 00000000 77 1 33 66 5 5 5 5 5 5 111 99 77 99 5555555555555 2222 5 333 11 0 00000 11 111 5 5 888 777 0 5 88888888 77777 5 5 2 9999999999999999999999999 3 6666 44 0 999 77777 77777 44 33 33 66 555 2 3 3 3 3 22222222 000000 3 3 7777 3 44 666 0 000 3 44 3 55555 3 3 44 6 3 66666 3 44 999999 44 3 999 0 6 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 44 3 44 77 3 6666 888888 999 3 6666 44 7777 6 44 0000000 11111 555 3 8888 2 2 555 2 2 2 2 2 6666 2 888888 33 33 2 2 33 2 44 5 2 2 2 0 2 3
lowQualScore : . . . ... .. .. . . . ......................... . .. . .. . .... . .. ... . .. .. .. . . .. .... . .. . . . . . . . .... . ... ...... .. . ..... . .. ... .. . ..... ........ ....... .............................. . . .. .. ..... . ........ . . . . .. .. .. .. ... . . ........ . . . ........ .. . .. .. . . . . . . ... .. .. .. ............. .... . ... .. . ..... .. ... . . ... ... . . ........ ..... . . . ......................... . .... .. . ... ..... ..... .. .. .. .. ... . . . . . ........ ...... . . .... . .. ... . ... . .. . ..... . . .. . . ..... . .. ...... .. . ... . . . . . . . . . . . . . . .. . .. .. . .... ...... ... . .... .. .... . .. ....... ..... ... . .... . . ... . . . . . .... . ...... .. .. . . .. . .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 0 888 99 99 0 0 0 5555555555555555555555555 0 66 7 11 4 6666 9 66 888 4 11 99 66 7 7 99 6666 7 99 7 7 7 7 7 7 0 6666 1 888 999999 99 0 11111 0 99 111 44 0 99999 22222222 0000000 999999999999999999999999999999 3 1 99 99 55555 5 11111111 0 7 4 4 99 99 99 99 000 7 4 44444444 1 7 7 77777777 99 7 66 77 7 0 7 7 7 7 777 22 77 33 1111111111111 1111 0 888 99 4 44444 99 000 0 0 888 111 4 0 44444444 55555 0 0 2 0000000000000000000000000 3 5555 22 7 999 11111 11111 11 99 99 88 000 9 3 3 3 3 77777777 555555 6 3 1111 3 66 444 9 000 6 66 3 11111 3 3 66 7 1 99999 1 99 666666 66 3 222 8 7 3 3 3 3 3 6 6 6 6 1 1 1 22 1 22 33 1 5555 888888 999 5 5555 22 0000 2 22 0000000 44444 444 1 4444 9 9 000 9 9 9 9 9 8888 9 222222 77 44 5 5 44 5 11 3 7 9 9 3 9 6
consensus : NTAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA-TTACGG-ATGGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCC--CC---TCTTTTT---AA----GTA-------AN-T--GT--AAATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATAA--ATN-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAT--T--AGAAA--CC-A-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----AT-TGCC-----AACT-T-ATTTC-TT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTTTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-T-----TCTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATGAATA-TAA---G-TAC--AC-A--T-ATA-AAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T---AAAAGCA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAAC--GGCAAA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
Reference ( family-701 ) : NTAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA-TTACGG-ATGGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCC--CC---TCTTTTT---AA----GTA-------AN-T--GT--AAATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATAA--ATN-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAT--T--AGAAA--CC-A-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----AT-TGCC-----AACT-T-ATTTC-TT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTTTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-T-----TCTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATGAATA-TAA---G-TAC--AC-A--T-ATA-AAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T---AAAAGCA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAAC--GGCAAA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
gi|1 : TAGCGG-CTTAGT-C-ATT----GA--ACTAGAGCCCTACG--T-CCGGTGTCTGCGTAATTTCTATCCTTAATTGAAAGCCCAT-A-ACTC--AGA-TG--GTCTGT--------A-A--GTTAT-TGTGGCA---AAGAATGAC--GGG--C-A-AAATT-GATATGC----CA-TATCTCGAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-A-TGCAAA----AA---ATAT----ACAAC--AA-AACCAACTT-CGCTAAA-TACC-----T-GTTGGCA-A-GTA-T-ATGG-ATGG-----TGTAA--ACCACCCCCCTC-------------TTT---AA----GTA-------AG-TCGGTTAAAATTAACATGCATTTCTT--A---AGTG-ACATATATAATCGTTGAT--------TT-TAGCTAAATCAT-T-GCCTAA-TGAT--TTGGCGCTAA--ATAA--GAGGT--TTTGT-T-TT--GAT---ACAA--GTGCGA-GAAACAC--------A--AGA-TAA--TCA-A-TTGAAA-TATT-TTGACA-TC-TGG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGAT-TTT--C----------GATAACGAATCCAATTCA---ACAT--ATAAAC-ATGAT--AGAAATCCC-A-CT-GCGATCTG-T---GTATCTTT-ATAATTG-TCATCA-------TGCCA----AACT-T-ACTTC-GT---------TG---AC-----TAA-AAGACTTTTT----CT-AA--A-CCTCGAGC--AT-----T-----TTTTATATATCTCCCCTT--GAAAAA--CG-GCC---AA-TTCTTTCGAT-TCGTG-AAAATATG---------TATTT------TTAGACTTTTTTAGGTC-A----ATTTT--TAAAAATACAAC----TGAATATTAA---GATAC--AC-GATT-AT--AAAT-T--TGATTCT-GTTA-CG----TCTG-AATCAT--T------TAT--TTCTTGA-TA--AAAAGCACGCAA-TTGT-A-C-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATG-AATAACAG-CAA-TTACAGGAT-GAG-CT--A-GAATCTC--GCTG-ATT----A------AAATA-AGCAAA----AA--AA----G-G--T--C-------AAAATGCA----TATCCCGTTTCGGCTATGGC-AACGGCAAGAAATATTTCGAATAAGAT-A---ATCTTGCT-GTTGTTTGCT-T-TCATGG-TGTTAAGTCATT------TCAATAATA-TGAAATC-GTATGGAGTCAATTCTCGA-TG-AGTAG-TGA-TTC-TGACCCTCTGCTATAATTTTTAATGGTC--T-ACAGAGAATTCATCATTAATTCTT
gi|11 : aggctc--AC-A--TTATA-AAAT-T--TGATTCT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------GCT--TTCTTGA-T---AAAAGCA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAAA--CGC-AG----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCAC---TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTA-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GGATGG-GCCAATTGT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATCCAATGGTCCTT-ACAGAGAATGTAT-GTTAAtgattcaaattaa
gi|12 : gCT--TTCTTGA-T---AAAAACA-GCAA-TTGT-ACC-GGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAAC--GGCAAA----AA--A---T-G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--AATTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GCATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTcatc
gi|13 : A-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T---GAAAGTA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTA-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CC--A-GAA--TTC-GATA-ATT----A------AAAC--AGC-AA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCAC---TACCCCGTTT----CATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AC-A---ATCATGCT-GTT-TTTTGT-T-TCACGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTGTGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCATCGT-TATAA-ATTCAATGGTCTTT-ACAGAaac
gi|14 : G-CT-AGC-TCATG---TGA--ACTAGA--CCTATC-CTTCCGGCGTC--------------CC---------AGCCCATGATACCCC-AGAGTG--GTCTATG-CAAT-AAGA--GTT-T-TG--GCA---AA-AGT--CTTGGTTTG-ATAGACT-GTTATGC-ATACG-T---------CTG-AAC--T-CAA-AT-GTGAACAATGCAAA----A--CAAAATATCTACAAC--AAACGACAACA--CGCTAAA-T-CC-----TAGT--ACT-A-GTA--TACGGTATGGC----TGTAT--A----GCCCCCCCC--CC---TCTTTTTTAAAA----GTA-------GT-G--GT--AAATAAGCATA
gi|15 : TAGCGA-CT-AGT-TTCTT---TGA--ACTAGG--CCTACC-TT-TT---------------------C---------AGCCCAT-GCAA----AGAGCG--GTCTATGTTAA--AA-ACCGTAAT-TA--GTA---AA-ATT--C--AGC--G-A-AAATT-GATATGA-A--CG-TACC--GCA-CTG-AATG-T-CAG-AT-GTAAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAGC--GA--ACCAACT--CGTTAAA-TGC---------T--ATT-------CTATGG-ATGGT----TATAATGA-------TCACCC--CT---TCTTT----------------------------------TAAGCATACA-TTTATTCAT--CG-----ATACATG-----TGAG--------TT-TAGCTAgc
gi|16 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CTGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-C--GTTGT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATC-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CGA-AT-GTTAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAAC---T-CACCAACA--CGCTAAA-TACCTGGT-T-GT--ACT-A-GTA--TACGG-ATGGC----TGTAA------CCCCCCCCCC--CC---TCTTTTgtt
gi|17 : gccTT----CTCAA--ATCCTCGGAC-AGT-----T-----TTT-GC-TATCCTCCCTT--AAAAAA--C--GCA---AA-TA-TTTCGAT-TC-AG-AAAAAATG-TATTTTTTTTTTT------TTA-AT-TTTTTGGGTC-A----A-TTT--CAAAAATAGAAC---ACGAATA-TAA---A-TAC--AC-A--TTATA-AAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-GT------TCG--TTCTTCA-T---AAAAACA-ACCG-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CCTATCAAATAa
gi|18 : aTACA-AAT-GAG-TT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAAC--GGCAAA----AA------C-G-G--TACC-------AAAATGTACT---AACCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--TTTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---TACA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATAG-GTCATTTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGGCCCCCTG-TATAA-ATTCAATAGTCCTT-ACAGAGAATT
gi|19 : TTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGATTTTATGATTT-TAGCTATATCAT-T-GCCAAA-TGAT--T--GCACTAA--ATAG--GAGGGGTTTTTT-TATC--G-----ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATAA--ATC-A-TTTAAAATATA-ATGACA-TT-TTG-TGATTTTAGT---CTTT--AGAT-GTGAATTTT--T----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAC--T--ga
gi|2 : acaaG-CT-AGT-CCATT---TGA--ATTAGG--CATACC-CT-CCGG-GTT--------------CC---------AGCC-AT-ATACCC--AGACGGATGTCTATGTCAATTAA-C--GTTATGTGC-GCC---AA-AAT--C--AGT--GTA-AAATTTGATATGC-A--GGATATC--GAA--TG-AACGAC-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CA-AAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GC--ACTTA-GTAATCACGG-ATTGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCC--CCCCCTCTTTTT---AA----GTA-------AAGT--GT--AAATAAG-ATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATACGTG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-TTGCCTAA-TGAT--T--GTGCTAA--ATAA--GCGGG--TTTTCATATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-TAAAC-C--------A--GGATTAA--ATG-A-TTGAAAATATTATTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--AAAAACAAT--T--AAAAA--CC-A-CT-TGGATATA-CTTGGTATCCTTAA-AATAG-TCA-CGGAATAT-TGCCCCAATAACTATAATTTC-TTTTCCCACAATGGGCGG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTTTGA--ATCCT-TCTT--CAAAAA--T--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TT-AAAAAAAG-CA----TCTA-TT------TTAGAC-TGTTTAGGTC-A----A-TGT--TAAAAATACAAC---ATGAA-A-TAAC--G-TAC--AC-A----ATA-AAAT-T--TGATTCT-GTTA----------------------------CT--TTCGTGA-T---AAAAGCA-GCAA--TGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATGA-AG-C-ATTTACA-AAT-GAG-CTACA-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAACCAAGCAAA----AA--AATTT-GCG--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGC-AACTGCAAAAA--GTTTTTAAAAA-AT-A---A-CATGCT-G-T-TTTGTT-TGTCATGAGTGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--CAGTATGG-GCCAATTCT--ACTGAAGTAG-TGATTTC--GACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTTAACAGAG-ATCCAT-GTTAATTTTTC
gi|21 : atagtAAAAG-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---TTCA-TGATGTTTCA--AATAATGAG--T-GTTTGG-GCCAATTCT--A-TT-AGTAGTTTATTTC-TTGCCCTTTG-TATAA-ATTATATGGTCCTT-ACTGAGAATTTAT-
gi|22 : actttctcaGAAA--CCCA-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTTGA-AATAG-TCGTCG----AT--GTC-----AACG-T-ATTC---T---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CGCAA--ATCCTCATAC-A-T-----T-----TTTTGC-TATCCTCTCTT--GAGAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-
gi|23 : T--AGT--ACATATATA-----TGAT--------TT-TAGATATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG---TTTT-TATC--G-----ATAAAAGTGTGA-TGAACACAAGAATAAA--AGAATAA--ATG-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-CTG-TGTTTTTA
gi|25 : -AAT-GGG-CT--A-GAA--TG--GCTAGATT----A------AAAC--TGCAAA----AA--AA--T-A-GAATACT-------AAA-TGCACTACCCCCCCGTTC---CCATGGC-AACGG-AAAAA--A-TTTGAATAA-AC-G---ATCATGCTAG---TTTGTTGT-TCATGA-AGT---
gi|26 : acA-T------TCA--AATACTGAA--C-CTACAG-GCCAATTCC--A-TGA-GTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCTATGGCCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAAT
gi|28 : ATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-GAT-----T-----TTTTGA-TATCCTCCCTT--GCAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TA-TGAAAAAAATG-------TCTATTT------TTAGAC-TTTTGGGGTC-A----A-TTT--TAAAatgtttacacatcaaataggtttt
gi|29 : A-AATGCAAA----AAC-AAAAT---CACAAC--A--CACTAACT--TGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA--TGCGG-ATGGC----TGT----ACCCCCCCCCCCCA--CC---T-TTTTT---AA----GTA-------AG-TG-GT--AAATAAGCATA
gi|3 : TAGCGGGCT-AGTGCCATTATTTGAGGACTAGG--C-TACAACT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCATTATATCCTCAGAATG--TCCTATGTCAAT-AA-G--TCTATCTG--GCACAGGA-AAT--C--AGTC-G-G-AAAT--GATATGCCA--CG-TATC--GAATCTGCAACG-TACAACATCGTAAA-AATGCAAACACCAACCAAAATA--CACAACCCAA-C-CAAACTGGCGCTAAAATACCAAGAGT-GA--ACT-AAGTA-TT-CGG-ATGGTGCAGTGTAAC-ACGTCCCTCCCCCCAACA---TCTTTT----AACACGGTATACTGGTAC-T--GTC-AAATAGATTTCCATTCTTTTCACTGAGCTCACATAT-TG-----T-AT--------TT-TAGCTATATCATATAGCCTAAATG-T--T--GCGCTAA--ATAGTCAAGGG--ATTTT-CCTT--AATCAGATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------AGTAGAATAATAATC-AATTGAAAATATT-TTGACAATC-TTGGTGTTTTTAGTACCTCTC--AAATTATGA--ATT--CTTTACAGAGAGACA-C----CTAATT-TT--ACACTCACACACACT--CTCAGAAAA-CC-AACT-TGGATCTA-T---GTATCTTT---AATAGTTCATCG-----T-TGCC-----AACT-T-AATTA-TT---------TGC--GGACTCATGACA--A-TTCTTATCATTCAAACACCCTC-GAC-AATTCTACT-----TTTTG---ATACTCCTTG--GAAAAACCC--GCCCAAAA-TT-ATT--ATCTC-TG-AAAAAATGAT-----TCTATTTTTCTAATTAGCC-TTTTTAGGTCTAACCTA-TTTAACAAAAGTACAAC---ATG-ATACTAA---G-TACAGAC-ATTT-ATA-AAAA-TCATGATTCTGGTTA-CCTCTATTTGCAATCAT-ATAACTTATAC--TACTTGATT---AAAAGCACGCAACTTG--ACCATGACTTCGACCTTTTGTCTTATTGAATAA-AGAC-A-TTAAA-AATAGAGACT--A-G-A--TT--GCTA-ATT----A------AAAC--AGCGCA----AA--AA--T-GAG--TACCAAATATAAAAATGCACT--
gi|31 : aggccT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-GT-ATAAATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCCTGA-TGT---ATCA-T------TAA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAa
gi|32 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGT-GTC--------------CC---------AGTCCAC-ATACCC--AGAATA--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--
gi|33 : gcc--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACA---ATAAACAAT--T--AGAAAC-CC-A-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----A--TGCC-----AACT-T-A-TTC-TT---------
gi|34 : tTCTTAGGT--A----A-TTT--TAAAAA-ACA-C---ATGA-TA-TAA---G-TAC--AC-A--T--TATAAAT-T--TGATTTT-GTTA-CA----TGTG--ATCAT-AT------Tg
gi|36 : TGAA--C-GTGTGG-GTCAATTCT--A-TGA-GTAG-CAATTCC-TGATCCTCTG-TATAA-ATGCTATGGTTCTT-tct
gi|37 : -TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-ATT-----TTTTGATTTTGA-TATTCTCCCTA--GAAAAA--C--GCC---AA-T
gi|38 : A--AATGCTGAA--C--TATGG-GCCAATTCC--A-TGA-GTAG-TGATTTC-TGACCa
gi|39 : CCC--AGAATG--GTATATGTCAAT-AA-A--TTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--A
gi|4 : AAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTT-GC-GATCCTCCCTT--TAAAAA--T--ACG---AA-TT-T---------------AAAATG-T------CTATTT------TTAGAC-TTTTTCGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATGAATA-TAA------------------------AT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T---AAGAACA-GCAA-TTGT-ACT-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-T-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--AA--GCTA-ATT----AATTATTAAAC--GGCAAA----AA--AG----G-G--TACC-------AAAATGCA-G--TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAACAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTCA-TGGCCGTCTG-TATAA-ATTCAATACTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATATTTC
gi|40 : AC-ATT-----T-----TTTTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-tgcaaattatttggtaaaaattaccgcggattactaaataaagattaccgtcgatcaatccttttgctgcgtattatacatacaaactgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttcaggttcaaagtgggggatgtgtattgtacatacgttctacgtatttcgacaaattacgcatatgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagagacgtatttccatcaaacgaaaacagacaaaatataacgaataggtatgcccacaaatacgaaacctgccgtcgaaaaaaaaaattagtgtagagtcaattaaa
gi|5 : ATTTTTTTCAT--AGT--AT---TATC-----T-AT--------TTGTAGCTATATCAC-T-GCCTAACTGATGTT--G---TAATCATAA--GAGGT--TTTTT-TATCTCGAT---A-AATAGTGTGA-GAC-CAC--------A--AGAATTAT-ATTCA-TTGAAA-TATT-T-GACA-TTATTG-TGTTTTTAGT---CCCTCTAGAT--TGA--TTTTTC----------GACAAT----CCA-TT-A---ACAT--ATCAACAAT--C--AGAAA--CC-AGCTCTGGATCTACT---GT-TCTTTCA-AAT-G-TCATTG----AT--GCA-----CACT-T-ATTTCACT---------TA---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA----CCTCGCGCTAAT-----T-----GC--GC-TATCCTCCCTTCTGAAAAA--CCCGCC---AAATT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAAT--------TCTATTT--------AGAC-TTTT-AGGTC-A------TTC--TGAAAATACAACCACATGATAA-TAACTAG-TAC--AC-A--T-TTA-AAATGC--TGATTTTTGTTAACG----TTTG-A-TCATGAT------TCT--TTCTTGA-T---AAA--CA-GTCA-TTGTTAC---GACTT-AGTTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-G-T--CA-AAT-GAG-CT--ACGAA--TTATGCTA-ATTCTTTA------AAAC--GGCAAA----AATAAA--TCG-G--TACC-------AAA--GCACT---ACCCCTGTT---CCATGGC-AACG-CAAAA------TTGAA--A-AT-A---ATCATGCT-GTT-TT-GCT-T-T--TGA-TGT----TCA-T------TCA--AATACTGAC--C-GTATGG-GCCAA-TCT--A-T--CGTAGTTGATTTCGTGA-CCTCTG-TAT-A-ATTCAATGGTCCTA-GCAGAGAATTCAT-
gi|6 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-ATC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCG--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GC----AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATAC-A--CG-TATC--GAA-CTT-AATG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAAC--AA--ACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA--TACGG-ATGGC----TGT-A--ACACCCCCCTCCCC--TC---TCTTTT--------------------------------ATAAGCATACA-TTTTTCCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAC-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--GGTTT-TATC--G-----ATAGAAGTGTGAGGAAACAC--------A--AGAATAA--ATC-A-TTGAAAATAGT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AAAT-GTGCT-TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--GTAAGCAAT--T--AGAAAC-CC-A-CT-TGGATCTA-T---ATATCTTT-A-AATAA-TCATCG----A--TGCC-----AACT-T-ATT---CT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC--AT-----T-----TTTTGC-TATCATACCTT--GAAAAA--C--GCT---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAGTT-T-----TC-ATTT------TTAGAC-CTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATAGATA-TAA---G-TAC--AC-AT-T-ATA-AAAT-T--TGATTTA-GTTA-C-----TTTG-AATCA
gi|7 : ccAATT-ACATACATT-ATAAACTAC--C--CGAAG--CCCA-TT-TAGATATT-T---GTATCTAT-A-ATCAG-TCAT------ATATACC-----AACT-T-ATTTT-TT---------TA---A------TGATAAAA-GTTTT----CTCAA--ATCCTCGGAC---T-----T-----TTTTGT-TTTCCCCCCTT--GAAAAA--C--ACC---CA-TT-TTTCGAT-TG-GG-AAAAAATG--------------------TCAACC-CTTTTTGGTC-G----A-TTT--ATAGAATACATC---ATGAATA-TAA---G-TGC--AC-A--T--------T-T--TGA---------------------AA--------------CT--GTCTTGA-TAAAAAAAACA-GCAA-TTGC-ACA-TGACTT-GCCTCTTTG-CACATGAAATAA-AG-C-A-TTAAA-AAG-GGG-CG--A-GAA--AT--TTTA-TTC----A------AA-------AAATGCTAA--AA--T-G-G--TGCT-------AAAATGCA-T--CACCCCGTTT---CCATGGCAAAAGGGAAAAA--A--TTGAATAA------------------TT-TTTGTT-T-TCATGA-T----------T------TC---AATA---------GTA---------------A-TG---------ATTTC-TGACCCCTTG-TAAAA-ACTCTATGGTCCTT-ACAGAGAATTGAT-
gi|8 : aaG-----TGATAATA-ATTTT----CTCAA--ATCTTCTGAT-A-T-----C-----ATTTGC-TATC-TCCCTT--AGTAA----------------T-TATCGAT-TC-AG-AAAAAATG-T------CTATTT------TTTAAC-TTTTCGGGTC-A----A--TT--TAGAA----------------A-TAA---G-TAC--ACAA--A-ATA-AAAA-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATGAT-GT------TTTCATTTTTAA-T---AAGACCG-TCAA-TTGT-ACC-TGA--------CTTTG-CATATGAATTAA-AT-T-A-TTAAA-AAT-GGG-CT--A-CAA--TT--GCTC-ATT----A------AAAC--TGC--A----AA--AA--T-G-A--TACC-------AAAATGCA-T--TACCTCATTT---CCATGAT-AACAGAAAAAA--A---TGAATAT-ATAA---ATCATGCT-GAT-TTTGTT-T-TCATGA-AGC---ATCA-C------TCA--AGTAATGAA--A-GTTTGG-GCCTATTCT--A-T-AAATAG-TGAGTTT-TGACCC------------TTCTATAGTCCTT-GCAGAGAATTCAT-GTTAAtacaaactatgtttttacgaacaaattttgtcttttctaatggtgctcatttaata
gi|9 : tatGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAT-AAT-----T-----TTCTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-T------CTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TGAAAATACAAC---ATGAATAATAA---G-TAC--AC-A--TTATA-AAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T---AAAAACA-GTAA-TTGT-ACC-TGACTT-GTCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-G-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAAC--GGCAAA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCAC---TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--TTTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAAatctgtattattacatttcgaatgttttcttttacaatcgatgtctttacta
blockSeqs : G . G ATT GG . A T C CC G TC G AT T ACC G C CAG . . TT TT T T TT ATA A . T C A A C C C CACC C ATC CCAAC GG A AAGAG A . TA AT T TGCAG AACACGT CCCCC AACACGGTATACTGGTACTGTC T TG TC . G TTTATGAT G A T A GT . TC TC GTT A A AATCAG A G AAGAATAA GT A TA TC A A A A A G ACC CT TA AT CTTTACAGAGA . . CAT TC CTC A CA C C TTG AA T GAATATT CCAAT A A T CTTTTCCCACAATGGGCGG . ATCA AC TAA TCTAC TTTGA C CT CC CC CAA A . C . A TATTTTT TTCTAA . T ACCT . AA CAC C CTA . AG A TTTA T G CA G A CTCTA C GA AACTTA CA T AAA C C T A C T . A . T . A A AC C . AT G CTTT ATTATT CAA A TGCT TA TTT C AA AAATATA CTACC . A AT . A TAA A . G G G A . GATGTT . . A . . C AA T G . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . CC T C G . . GA C . . . . . C . . T CA . . . . . . . . . . C A AAAC . . TGGT . . AA C . C AAACCC AACA TTAAAAGTAGTGGT T . . . G . . . A C . . . . T . A TCGAT A . . . T T C . A . . . . . . G T TTC . . T T T C AA . . . GA . ATAT . . . T ATTTGCGGACTCA . . . AG . . A . . . . . . . . . CAT . . . . . . . A C . . . TTA . . . T . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . C A . . TC A . . CTT . . AA . . . . . . . . A . . . . . . . . AA T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CC . . G . . C . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . C . AAC . . . . . A T . T AATGA CC TAAGTAAAGTGT T . . . G . . . . . . . . . A . A GAT A . . . A . G . A . . . . . . G . T . . . . T C AG . . . CA . AT . . . A CACTTAGG . . . AA . . C . . . . . . . . . ATT . . . . . . . . . . . . TTA . . . . . G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G A . . T . . . CT . . AT . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CC . . C . . C . . . . . . . . . C A . . . . . . . . . . . . GA . . . . . A . . C AACAC CT TAAGTAAGTGGT . . . . G . . . . . . . . . T . C G A . . . A . G . A . . . . . . G . C . . . . T . CA . . . A . TT . . . T CTTGGG . . . GA . . A . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . TTA . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . T . . . CT . . TT . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CC . . A . . G . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . TC . . . . . A . . C ACCC CC . . . . . G . . . . . . . . . G . A G T . . . A . C . A . . . . . . . . C . . . . C . A . . . A . AT . . . T TTTTAA . . . AA . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . TTA . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G G . . T . . . CT . . GT . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CC . . A . . A . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . AC . . . . . A . . C ATA CC . . . . . . . . . . . . . . . . A G A . . . A . C . . . . . . . C . . . . T . A . . . A . AT . . . T TTGGG . . . AT . . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . C . . . CT . . AT . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . A . . A . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . C AA TC . . . . . . . . . C . A . . . . . AT . . . . . . . AA . . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . T . . . GT . . AT . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . G . . A . . . . . . . . AT . . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G A . . T . . . CT . . TT . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . AA . . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G A . . T . . . TC . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . TT . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . T . . . CT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ** CC*********************** ** ** A*** ** AN**** ** ** ** C**** AACGC*** CC***** TAAGTAAGTGGT****************** ** ***** ** GAT***** ** **** T**** ** NA* A** AT****** ***** CTTGGG******************* AA* C* ** T******* TTA** ***** A* *** ** G** T*** CT*** *** AT** A*** ** ** **
originalCons : NTAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAAC--AA-CACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA-TTACGG-ATGGC----TGTAA--ACCCCCCCCCCCCC--CC---TCTTTTT---AA----GTA-------AN-T--GT--AAATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATC--GAT---ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATAA--ATN-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAT--T--AGAAA--CC-A-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCG----AT-TGCC-----AACT-T-ATTTC-TT---------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTTTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG-T-----TCTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATGAATA-TAA---G-TAC--AC-A--T-ATA-AAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T---AAAAGCA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAAC--GGCAAA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCACT--TACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
finalCons : NTAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-GTCCC-----------------------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATGCA---CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAACAN----ACCAACT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA--TACGG-ATGGC----TGTAACGC---CCCCCCCCCCCC-----TCTTTTTAAGTAAGTGGT------------------AAATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATCGAT-----ATAAAAGTGTGA-GAAACAC--------A--AGAATAA--ATN-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAATT----AGAAA--CCNA-CT-TGGATCTA-T---GTATCTTTA--AATAG-TCATCGAT------GCC-----AACT-T-ATTTCTTGGG-------------------TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGACAA-T-----T-----TTTTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATGT-------CTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATGAATA-TAA---G-TAC--AC-ATTA--TA-AAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCATA-T------TCT--TTCTTGA-T---AAAAGCA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----A------AAACG--GCAAA----AA--AAT---G-G--TACC-------AAAATGCACT---ACCCCGTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAAAT--TTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGTA---TCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGGGGTGCGTATTGTACAACGTTCCGATGTATTTTCGGCCAAATTACGATATACTATGAACTTAAAATTTAATTCGCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTGAGGACGGCGTTTTCAAATTCAAACGAAAAAAACAAGACAAACAATTATAACGAATATTACCGGTATGTGCCCACAAAACGACAGCCTGGCGAAAGAAAAAGTGCGAAAAGTCGAAAATTTAATTGAATTACAGATATTTAAAAGATGCACGCTCGTAGAGCATGCAAGCGAAACTGTGGGTAAATATTTTAAAAAACGAATTTCATCTCTATACTTTATGATTATGCTGATTTAAAGTGTCGTACACATCAATGTTTAAATTCGTTAGTCTTATAAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTGAGGACGTGTGTTTTATCAACGAAAAAAGAACCAATAATTAAATAAACGAAAATGTGCCCACAAAATACGACACTGCGAAAGGAAAAGTATGCGAGAAAGTCGAAAACTTTAATATTGATCTACTTAAAGATAAAATCAGAAGCAAATGCACTCTCGGCGAAA
Unaligned ( gi|24 ): ACATGCGGTAAGAACTGTGGTAAATATTTAAAAAAAAAACACCAAACAAACAAATCATCACTCTATGCTTATGATTATGCTGATTATAAAGTGTCTAAAACATAAATTTAAATTCGTTAGTCTGTAAAA
Unaligned ( gi|27 ): AACGAATATACCGGTATGTGCCCACAAATAAGACACCTGGCGAGAGAAAAGGTGCGAAAAGTCGAAATTTATACAATGTACTGATTGAATGTTTAAAAGATGCACGCTCGGTAA
Unaligned ( gi|30 ): GAGCATGCAAGCTGTAACTGTGGTAAATGTTTTTTAAAAAACAAATCATCACCCTATACTTATGATTATGCTGATCTTAAAGTGTCTACAACATCAATTTAAATTC
Unaligned ( gi|35 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
Unaligned ( gi|41 ): TTTCCATATTCACTGCCAAATCGTATGATATTC
Alignments
lowQualScore : 1 3333333333333333333333333 1 11 11 11 1111 1111 11 111 1 11 22222 11111 2222222 1111 66666666666666666666666666666 11 11111 11111111 1 1 111 11111111 22222222 11 111 11 3333333333333 1111 111 11 11111 1 111 1111 11111 1 222222222222222222222222222 111111111 111111 1 111 11111 1111111 22
lowQualScore : 5 5 5 888 66 66 5 5 0 2222222222222222222222222 0 00 3 66 4 8888 8 00 777 4 1 66 66 33 5 5 55 1111 5 77 5 5 5 5 5 5 5 0000 77 333 66 0 66 5 11 5 0 33333 5 66 5 5 66 5 00000 7777777 0000 44444444444444444444444444444 5 66 11 22222 2 88888888 5 5 1 1 77 77 77 77 333 5 1 33333333 7 1 5 00000000 77 1 33 66 5 5 5 5 5 5 111 99 77 33 0000000000000 2222 5 333 11 0 00000 0 5 5 5 888 777 0 5 0000 77777 5 0 777777777777777777777777777 3 6666 44 0 999 77777 77777 44 33 33 66 555 2 3 3 3 3 555555555 000000 3 0 3 7777 3 44 666 0 000 3 44 3 3 3 44 6 3 66666 3 0 44 999999 44 3 3 0 6 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 44 3 44 77 3 6666 888888 999 3 6666 44 7777 6 44 0000000 3 555 555 3 4444 2 2 555 2 2 2 2 2 6666 2 888888 33 33 2 2 33 2 44 5 2 2 2 0 2 3
lowQualScore : . . . ... .. .. . . . ......................... . .. . .. . .... . .. ... . . .. .. .. . . .. .... . .. . . . . . . . .... .. ... .. . .. . .. . . ..... . .. . . .. . ..... ....... .... ............................. . .. .. ..... . ........ . . . . .. .. .. .. ... . . ........ . . . ........ .. . .. .. . . . . . . ... .. .. .. ............. .... . ... .. . ..... . . . . ... ... . . .... ..... . . ........................... . .... .. . ... ..... ..... .. .. .. .. ... . . . . . ......... ...... . . . .... . .. ... . ... . .. . . . .. . . ..... . . .. ...... .. . . . . . . . . . . . . . . . . .. . .. .. . .... ...... ... . .... .. .... . .. ....... . ... ... . .... . . ... . . . . . .... . ...... .. .. . . .. . .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 0 888 99 99 0 0 0 5555555555555555555555555 0 66 7 11 4 6666 9 66 888 4 0 11 99 66 7 7 99 6666 7 99 7 7 7 7 7 7 0 6666 55 888 00 0 99 0 99 0 1 11111 0 99 0 0 99 0 99999 2222222 6666 88888888888888888888888888888 0 99 99 55555 5 11111111 0 7 4 4 99 99 99 99 000 7 4 00000000 1 7 7 77777777 99 7 66 77 7 0 7 7 7 7 777 22 77 66 9999999999999 1111 0 888 99 4 44444 0 9 0 0 888 111 4 0 6666 55555 0 0 333333333333333333333333333 3 5555 22 7 999 11111 11111 11 99 99 88 000 9 3 3 3 3 111111111 555555 6 8 3 1111 3 66 444 9 000 6 66 3 3 3 66 7 1 99999 1 4 99 666666 66 3 3 8 7 3 3 3 3 3 6 6 6 6 1 1 1 22 1 22 33 1 5555 888888 999 5 5555 22 0000 2 22 0000000 1 888 444 1 6666 9 9 000 9 9 9 9 9 8888 9 222222 77 44 5 5 44 5 11 3 7 9 9 3 9 6
consensus : NTAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAACAA-A-C--CAA-CT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA--TACGG-ATGGC----TGTAA----CGCCCCCCCCCCCCC----TCTTTT-AA----GTA-A-GT-GGT--A------AATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATC--GAT---ATAAAAGTGTGAG-AAACAC--------A--AGAATAA--ATN-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAT--T--AGAAA-CCCACT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCGA----TGCC-----AACT-T-ATTTC--T----------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTTTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG--T------CTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATGAATA-TAA---G-TAC--AC-A-TTATAAAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T-AAAAGCA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----AA------AAC--GGCAAA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCAC-TACCCC---GTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
Reference ( family-701 ) : NTAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATT-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CACAACAN-A-C--CAA-CT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA--TACGG-ATGGC----TGTAA----CGCCCCCCCCCCCCC----TCTTTTTAA----GTA-A-GT-GGT--A------AATAAGCATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--TTTTT-TATC--GAT---ATAAAAGTGTGAG-AAACAC--------A--AGAATAA--ATN-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAT--T--AGAAA-CCNACT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCGA----TGCC-----AACT-T-ATTTC--T----------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTTTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG--T------CTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATGAATA-TAA---G-TAC--AC-A-TTATAAAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T-AAAAGCA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----AA------AAC--GGCAAA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCAC-TACCCC---GTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGAAGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTC
gi|1 : TAGCGG-CTTAGT-C-ATT----GA--ACTAGAGCCCTACG--T-CCGGTGTCTGCGTAATTTCTATCCTTAATTGAAAGCCCAT-A-ACTC--AGA-TG--GTCTGT--------A-A--GTTAT-TGTGGCA---AAGAATGAC--GGG--C-A-AAATT-GATATGC----CA-TATCTCGAA-CTG-AACG-T-CAA-AT-GTGAA-A-TGCAAA----AA---ATAT----ACAACAA-AAC--CAA-CTT-CGCTAAA-TACC-----T-GTTGGCA-A-GTA--TATGG-ATGG-----TGTAA----A-----CCACCCCCC----TCTTT--AA----GTA-A-GTCGGTTAA------AATTAACATGCATTTCTT--A---AGTG-ACATATATAATCGTTGAT--------TT-TAGCTAAATCAT-T-GCCTAA-TGAT--TTGGCGCTAA--ATAA--GAGGT--TTTGT-T-TT--GAT---ACAA--GTGCGAG-AAACAC--------A--AGA-TAA--TCA-A-TTGAAA-TATT-TTGACA-TC-TGG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGAT-TTT--C----------GATAACGAATCCAATTCA---ACAT--ATAAAC-ATGAT--AGAAATCCCACT-GCGATCTG-T---GTATCTTT-ATAATTG-TCATC-A----TGCCA----AACT-T-ACTTCG-T----------TG---AC-----TAA-AAGACTTTTT----CT-AA--A-CCTCGAGC--AT-----T-----TTTTATATATCTCCCCTT--GAAAAA--CG-GCC---AA-TTCTTTCGAT-TCGTG-AAAATATG----------TATTT------TTAGACTTTTTTAGGTC-A----ATTTT--TAAAAATACAAC----TGAATATTAA---GATAC--ACGA-TTAT-AAAT-T--TGATTCT-GTTA-CG----TCTG-AATCAT--T------TAT--TTCTTGA-TAAAAAGCACGCAA-TTGT-A-C-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATG-AATAACAG-CAA-TTACAGGAT-GAG-CT--A-GAATCTC--GCTG-ATT----AA------AATA-AGCAAA----AA--AA----G-G--T--C-------AAAATGCA--TATCCC---GTTTCGGCTATGGC-AACGGCAAGAAATATTTCGAATAAGAT-A---ATCTTGCT-GTTGTTTGCT-T-TCATGG-TGTTAAGTCATT------TCAATAATA-TGAAATC-GTATGGAGTCAATTCTCGA-TG-AGTAG-TGA-TTC-TGACCCTCTGCTATAATTTTTAATGGTC--T-ACAGAGAATTCATCATTAATTCTT
gi|11 : aggctc--AC-A-TTATAAAAT-T--TGATTCT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------GCT--TTCTTGA-T-AAAAGCA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----AA------AAA--CGC-AG----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCAC-TACCCC---GTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTA-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GGATGG-GCCAATTGT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATCCAATGGTCCTT-ACAGAGAATGTAT-GTTAAtgattcaaattaa
gi|12 : gCT--TTCTTGA-T-AAAAACA-GCAA-TTGT-ACC-GGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----AA------AAC--GGCAAA----A---AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCAC-TACCCC---GTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--AATTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GCATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATTTTTcatc
gi|13 : A-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T-GAAAGTA-GCAA-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTA-CTTATGAAATAA-AG-C-A-TTACA-AAT-GAG-CC--A-GAA--TTC-GATA-ATT----AA------AAC--AGC-AA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCAC-TACCCC---GTTT----CATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-AC-A---ATCATGCT-GTT-TTTTGT-T-TCACGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTGTGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCATCGT-TATAA-ATTCAATGGTCTTT-ACAGAaac
gi|14 : G-CT-AGC-TCATG---TGA--ACTAGA--CCTATC-CTTCCGGCGTC--------------CC---------AGCCCATGATACCCC-AGAGTG--GTCTATG-CAAT-AAGA--GTT-T-TG--GCA---AA-AGT--CTTGGTTTG-ATAGACT-GTTATGC-ATACG-T---------CTG-AAC--T-CAA-AT-GTGAACAATGCAAA----A--CAAAATATCTACAACAA-A-CGACAA-CA--CGCTAAA-T-CC-----TAGT--ACT-A-GTA--TACGGTATGGC----TGTAT----AGCCCCCCCCCCTCT----TTTTTAAAA----GTA---GT-GGT--A------AATAAGCATA
gi|15 : TAGCGA-CT-AGT-TTCTT---TGA--ACTAGG--CCTACC-TT-TT---------------------C---------AGCCCAT-GCAA----AGAGCG--GTCTATGTTAA--AA-ACCGTAAT-TA--GTA---AA-ATT--C--AGC--G-A-AAATT-GATATGA-A--CG-TACC--GCA-CTG-AATG-T-CAG-AT-GTAAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAGCGA-A-C--CAA-CT--CGTTAAA-------------T--GCT-A-TTC--TATGG-ATGGT----TATAA----TG----ATCACCCCT----TCTTT-------------------------------TAAGCATACA-TTTATTCAT--CG-----ATACATG-----TGAG--------TT-TAGCTAgc
gi|16 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CTGG-GTC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCC--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-C--GTTGT-TG--GCA---AA-AAT--C--AGT--G-A-AAATC-GATATGC-A--CG-TATC--GAA-CTG-AACG-T-CGA-AT-GTTAA-AATGCAAA----AA-CAAAAT---CACAACTC-A-C--CAA-CA--CGCTAAA-TACCTGGT-T-GT--ACT-A-GTA--TACGG-ATGGC----TGTAA-------CCCCCCCCCCCC----TCTTTTgtt
gi|17 : gccTT----CTCAA--ATCCTCGGAC-AGT-----T-----TTT-GC-TATCCTCCCTT--AAAAAA--C--GCA---AA-TA-TTTCGAT-TC-AG-AAAAAATG--TATTTTTTTTTTT------TTA-AT-TTTTTGGGTC-A----A-TTT--CAAAAATAGAAC---ACGAATA-TAA---A-TAC--AC-A-TTATAAAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-GT------TCG--TTCTTCA-T-AAAAACA-ACCG-TTGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CCTATCAAATAa
gi|18 : aTACA-AAT-GAG-TT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----AA------AAC--GGCAAA----AA------C-G-G--TACC-------AAAATGTAC-TAACCC---GTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--TTTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---TACA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATAG-GTCATTTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGGCCCCCTG-TATAA-ATTCAATAGTCCTT-ACAGAGAATT
gi|19 : TTTTTCAT--AGT--ACATATATG-----TGATTTTATGATTT-TAGCTATATCAT-T-GCCAAA-TGAT--T--GCACTAA--ATAG--GAGGGGTTTTTT-TATC--G-----ATAAAAGTGTGAG-AAACAC--------A--AGAATAA--ATC-A-TTTAAAATATA-ATGACA-TT-TTG-TGATTTTAGT---CTTT--AGAT-GTGAATTTT--T----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--ATAAACAAC--T--ga
gi|2 : acaaG-CT-AGT-CCATT---TGA--ATTAGG--CATACC-CT-CCGG-GTT--------------CC---------AGCC-AT-ATACCC--AGACGGATGTCTATGTCAATTAA-C--GTTATGTGC-GCC---AA-AAT--C--AGT--GTA-AAATTTGATATGC-A--GGATATC--GAA--TG-AACGAC-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AACCAAAAT---CA-AACAACA-C--CAA-CT--CGCTAAA-TACC-----T-GC--ACTTA-GTAATCACGG-ATTGC----TGTAAACCCCCCCCCCCCCCCCCC----TCTTTTTAA----GTA-AAGT-G-T--A------AATAAG-ATACATTTTTTTCAT--AGT--ACATACGTG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAT-TTGCCTAA-TGAT--T--GTGCTAA--ATAA--GCGGG--TTTTCATATC--GAT---ATAAAAGTGTGAT-AAAC-C--------A--GGATTAA--ATG-A-TTGAAAATATTATTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AGAT-GTGA--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--AAAAACAAT--T--AAAAA-CC-ACT-TGGATATA-CTTGGTATCCTTAA-AATAG-TCACGGAATATTGCCCCAATAACTATAATTTC--TTTTCCCACAATGGGCGG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTTTGA--ATCCT-TCTT--CAAAAA--T--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TT-AAAAAAAGCAT------CTA-TT------TTAGAC-TGTTTAGGTC-A----A-TGT--TAAAAATACAAC---ATGAA-A-TAAC--G-TAC--AC-A---ATAAAAT-T--TGATTCT-GTTA----------------------------CT--TTCGTGA-T-AAAAGCA-GCAA--TGT-ACC-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATGA-AG-C-ATTTACA-AAT-GAG-CTACA-GAA--TT--GCTA-ATT----AA------AACCAAGCAAA----AA--AATTT-GCG--TACC-------AAAATGCACTTACCCC---GTTT---CCATGGC-AACTGCAAAAA--GTTTTTAAAAA-AT-A---A-CATGCT-G-T-TTTGTT-TGTCATGAGTGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--CAGTATGG-GCCAATTCT--ACTGAAGTAG-TGATTTC--GACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTTAACAGAG-ATCCAT-GTTAATTTTTC
gi|21 : atagtAAAAG-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---TTCA-TGATGTTTCA--AATAATGAG--T-GTTTGG-GCCAATTCT--A-TT-AGTAGTTTATTTC-TTGCCCTTTG-TATAA-ATTATATGGTCCTT-ACTGAGAATTTAT-
gi|22 : actttctcaGAAA-CCCACT-TGGATCTA-T---GTATCTTTGA-AATAG-TCGTCGA----TGTC-----AACG-T-ATT-C--T----------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CGCAA--ATCCTCATAC-A-T-----T-----TTTTGC-TATCCTCTCTT--GAGAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG--
gi|23 : T--AGT--ACATATATA-----TGAT--------TT-TAGATATATCAT-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG---TTTT-TATC--G-----ATAAAAGTGTGAT-GAACACAAGAATAAA--AGAATAA--ATG-A-TTGAAAATATT-TTGACA-TC-CTG-TGTTTTTA
gi|25 : -AAT-GGG-CT--A-GAA--TG--GCTAGATT----AA------AAC--TGCAAA----AA--AA--T-A-GAATACT-------AAA-TGCAC-TACCCCCCCGTTC---CCATGGC-AACGG-AAAAA--ATTT-GAATAA-AC-G---ATCATGCTAG---TTTGTTGT-TCATGA-AGT---
gi|26 : acA-T------TCA--AATACTGAA--C-CTACAG-GCCAATTCC--A-TGA-GTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCTATGGCCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAAT
gi|28 : ATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-GAT-----T-----TTTTGA-TATCCTCCCTT--GCAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TA-TGAAAAAAATG--T------CTATTT------TTAGAC-TTTTGGGGTC-A----A-TTT--TAAAatgtttacacatcaaataggtttt
gi|29 : A-AATGCAAA----AAC-AAAAT---CACAACAC-A-C--TAA-CT--TGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA--TGCGG-ATGGC----TGT-A----CCCCCCCCCCCCACC----T-TTTTTAA----GTA-A-GT-GGT--A------AATAAGCATA
gi|3 : TAGCGGGCT-AGTGCCATTATTTGAGGACTAGG--C-TACAACT-CCGG-GTC--------------CC---------AGCCCATTATATCCTCAGAATG--TCCTATGTCAAT-AA-G--TCTATCTG--GCACAGGA-AAT--C--AGTC-G-G-AAAT--GATATGCCA--CG-TATC--GAATCTGCAACG-TACAACATCGTAAA-AATGCAAACACCAACCAAAATA--CACAACCC-AAC--CAAACTGGCGCTAAAATACCAAGAGT-GA--ACT-AAGTA--TTCGG-ATGGTGCAGTGTAA----CACGTCCCTCCCCCCAACATCTTTT-AACACGGTATA-CT-GGT--ACTGTCAAATAGATTTCCATTCTTTTCACTGAGCTCACATAT-TG-----T-AT--------TT-TAGCTATATCATATAGCCTAAATG-T--T--GCGCTAA--ATAGTCAAGGG--ATTTT-CCTT--AATCAGATAAAAGTGTGAG-AAACAC--------AGTAGAATAATAATC-AATTGAAAATATT-TTGACAATC-TTGGTGTTTTTAGTACCTCTC--AAATTATGA--ATT--CTTTACAGAGAGACA-C----CTAATT-TT--ACACTCACACACACT--CTCAGAAAACCAACT-TGGATCTA-T---GTATCTTT---AATAGTTCATCGT----TGCC-----AACT-TAATTAT--T----------TGC--GGACTCATGACA--A-TTCTTATCATTCAAACACCCTC-GAC-AATTCTACT-----TTTTG---ATACTCCTTG--GAAAAACCC--GCCCAAAA-TT-ATT--ATCTC-TG-AAAAAATGATT------CTATTTTTCTAATTAGCC-TTTTTAGGTCTAACCTA-TTTAACAAAAGTACAAC---ATG-ATACTAA---G-TACAGAC-ATTTATAAAAA-TCATGATTCTGGTTA-CCTCTATTTGCAATCAT-ATAACTTATAC--TACTTGATT-AAAAGCACGCAACTTG--ACCATGACTTCGACCTTTTGTCTTATTGAATAA-AGAC-A-TTAAA-AATAGAGACT--A-G-A--TT--GCTA-ATT----AA------AAC--AGCGCA----AA--AA--T-GAG--TACCAAATATAAAAATGCAC-TA
gi|31 : aggccT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--ATTTTGAATAA-GT-ATAAATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCCTGA-TGT---ATCA-T------TAA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TGA
gi|32 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGT-GTC--------------CC---------AGTCCAC-ATACCC--AGAATA--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-AAT--
gi|33 : gcc--TTT--C----------GACAAC----CTAATT-A---ACA---ATAAACAAT--T--AGAAA-CCCACT-TGGATCTA-T---GTATCTTT-A-AATAG-TCATCGA----TGCC-----AACT-T-A-TTC--T----------TG---
gi|34 : tTCTTAGGT--A----A-TTT--TAAAAA-ACA-C---ATGA-TA-TAA---G-TAC--AC-A-TTATAAA-T-T--TGATTTT-GTTA-CA----TGTG--ATCAT-AT------T
gi|36 : TGAA--C-GTGTGG-GTCAATTCT--A-TGA-GTAG-CAATTCC-TGATCCTCTG-TATAA-ATGCTATGGTTCTT-tct
gi|37 : -TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-ATT-----TTTTGATTTTGA-TATTCTCCCTA--GAAAAA--C--GCC---AA-T
gi|38 : A--AATGCTGAA--C--TATGG-GCCAATTCC--A-TGA-GTAG-TGATTTC-TGACCa
gi|39 : CCC--AGAATG--GTATATGTCAAT-AA-A--TTTAT-TG--GCA---AA-AAT--C--A
gi|4 : AAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-AAT-----T-----TTT-GC-GATCCTCCCTT--TAAAAA--T--ACG---AA-TT-T---------------AAAATG--T------CTATTT------TTAGAC-TTTTTCGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATGAATA-TAA----------------------AT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T-AAGAACA-GCAA-TTGT-ACT-TGACTT-GCCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-T-A-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--AA--GCTA-ATT----AATTATTAAAC--GGCAAA----AA--AG----G-G--TACC-------AAAATGCAG-TACCCC---GTTT---CCATGGC-AACGGCAACAA--ATTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTCA-TGGCCGTCTG-TATAA-ATTCAATACTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAATATTTC
gi|40 : AC-ATT-----T-----TTTTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-tgcaaattatttggtaaaaattaccgcggattactaaataaagattaccgtcgatcaatccttttgctgcgtattatacatacaaactgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttcaggttcaaagtgggggatgtgtattgtacatacgttctacgtatttcgacaaattacgcatatgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagagacgtatttccatcaaacgaaaacagacaaaatataacgaataggtatgcccacaaatacgaaacctgccgtcgaaaaaaaaaattagtgtagagtcaattaaa
gi|5 : ATTTTTTTCAT--AGT--AT---TATC-----T-AT--------TTGTAGCTATATCAC-T-GCCTAACTGATGTT--G---TAATCATAA--GAGGT--TTTTT-TATCTCGAT---A-AATAGTGTGAG-AC-CAC--------A--AGAATTAT-ATTCA-TTGAAA-TATT-T-GACA-TTATTG-TGTTTTTAGT---CCCTCTAGAT--TGA--TTTTTC----------GACAAT----CCA-TT-A---ACAT--ATCAACAAT--C--AGAAA-CCAGCTCTGGATCTACT---GT-TCTTTCA-AAT-G-TCATTGA----TGCA-----CACT-T-ATTTCACT----------TA---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA----CCTCGCGCTAAT-----T-----GC--GC-TATCCTCCCTTCTGAAAAA--CCCGCC---AAATT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAAT---T------CTATTT--------AGAC-TTTT-AGGTC-A------TTC--TGAAAATACAACCACATGATAA-TAACTAG-TAC--AC-A-TT-TAAAATGC--TGATTTTTGTTAACG----TTTG-A-TCATGAT------TCT--TTCTTGA-T-AAA--CA-GTCA-TTGTTAC---GACTT-AGTTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-G-T--CA-AAT-GAG-CT--ACGAA--TTATGCTA-ATTCTTTAA------AAC--GGCAAA----AATAAA--TCG-G--TACC-------AAA--GCAC-TACCCC---TGTT---CCATGGC-AACG-CAAAA------TTGAA--A-AT-A---ATCATGCT-GTT-TT-GCT-T-T--TGA-TGT----TCA-T------TCA--AATACTGAC--C-GTATGG-GCCAA-TCT--A-T--CGTAGTTGATTTCGTGA-CCTCTG-TAT-A-ATTCAATGGTCCTA-GCAGAGAATTCAT-
gi|6 : TAGCGG-CT-AGT-CCATT---TGA--ACTAGG--CCTACC-CT-CCGG-ATC--------------CC---------AGCCCAT-ATACCG--AGAGTG--GTCTATGTCAAT-AA-A--GTTAT-TG--GCA---AA-A-T--C--AGT--G-A-AAATT-GATATAC-A--CG-TATC--GAA-CTT-AATG-T-CAA-AT-GTGAA-AATGCAAA----AAC-AAAAT---CACAACAA-A-C--CAA-CT--CGCTAAA-TACC-----T-GT--ACT-A-GTA--TACGG-ATGGC----TGTAA----CACCCCCCTCCCCTC----TCTTTT-----------------------------ATAAGCATACATTTTTC-CAT--AGT--ACATATATG-----TGAT--------TT-TAGCTATATCAC-T-GCCTAA-TGAT--T--GCGCTAA--ATAA--GAGGG--GGTTT-TATC--GAT---A--GAAGTGTGAGGAAACAC--------A--AGAATAA--ATC-A-TTGAAAATAGT-TTGACA-TC-TTG-TGTTTTTAGT---CCTT--AAAT-GTGC--TTTT-C----------GACAAC----CTAATT-A---ACAT--GTAAGCAAT--T--AGAAA-CCCACT-TGGATCTA-T---ATATCTTT-A-AATAA-TCATCGA----TGCC-----AACT-T-ATT-C--T----------TG---GG-----TGATAAGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAC-A-T-----T-----TTTTGC-TATCATACCTT--GAAAAA--C--GCT---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAGTT--T------TCATTT------TTAGAC-CTTTTAGGTC-A----A-TTT--TAAAAATACAAC---ATAGATA-TAA---G-TAC--AC-A-TTATAAAAT-T--TGATTTA-GTTA-C-----TTTG-AATCA
gi|7 : ccAATT-ACATACATT-ATAAACTAC--C--CGAAG-CCCATT-TAGATATT-T---GTATCTAT-A-ATCAG-TCATATA----TACC-----AACT-T-ATTTT--T----------TT---AA-----TGATAAAA-GTTTT----CTCAA--ATCCTCGGAC---T-----T-----TTTTGT-TTTCCCCCCTT--GAAAAA--C--ACC---CA-TT-TTTCGAT-TG-GG-AAAAAATG--T------CAACC------------C-TTTTT-GGTC-G----A-TTT--ATAGAATACATC---ATGAATA-TAA---G-TGC--AC-A-TTTTGAAA----------CT-GT---------CTTG-A-----------------------TAA-A-AAAAACA-GCAA-TTGC-ACA-TGACTT-GCCTCTTTG-CACATGAAATAA-AG-C-A-TTAAA-AAG-GGG-CG--A-GAA--AT--TTTA-TTC----AA------A-------AAATGCTAA--AA--T-G-G--TGCT-------AAAATGCAT-CACCCC---GTTT---CCATGGCAAAAGGGAAAAA--A--TTGAATAA------------------TT-TTTGTT-T-TCATGA-T----------T------TC---AATA---------GTA---------------A-TG---------ATTTC-TGACCCCTTG-TAAAA-ACTCTATGGTCCTT-ACAGAGAATTGAT-
gi|8 : aaG-----TGATAATA-ATTTT----CTCAA--ATCTTCTGAT-A-T-----C-----ATTTGC-TATC-TCCCTT--AGTAA----------------T-TATCGAT-TC-AG-AAAAAATG--T------CTATTT------TTTAAC-TTTTCGGGTC-A----A--TT--TAGAA----------------A-TAA---G-TAC--AC-A-AAATAAAAA-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATGAT-GT------TTTCATTTTTAA-T-AAGACCG-TCAA-TTGT-ACC-TGA--------CTTTG-CATATGAATTAA-AT-T-A-TTAAA-AAT-GGG-CT--A-CAA--TT--GCTC-ATT----AA------AAC--TGC--A----AA--AA--T-G-A--TACC-------AAAATGCAT-TACCTC---ATTT---CCATGAT-AACAGAAAAAA--A---TGAATAT-ATAA---ATCATGCT-GAT-TTTGTT-T-TCATGA-AGC---ATCA-C------TCA--AGTAATGAA--A-GTTTGG-GCCTATTCT--A-T-AAATAG-TGAGTTT-TGACCC------------TTCTATAGTCCTT-GCAGAGAATTCAT-GTTAAtacaaactatgtttttacgaacaaattttgtcttttctaatggtgctcatttaata
gi|9 : tatGA-TTTTT----CTCAA--ACCCTCGGAT-AAT-----T-----TTCTGC-TATCCTCCCTT--GAAAAA--C--GCC---AA-TT-TTTCGAT-TC-TG-AAAAAATG--T------CTATTT------TTAGAC-TTTTTAGGTC-A----A-TTT--TGAAAATACAAC---ATGAATAATAA---G-TAC--AC-A-TTATAAAAT-T--TGATTTT-GTTA-C-----TTTG-AATCAT-AT------TCT--TTCTTGA-T-AAAAACA-GTAA-TTGT-ACC-TGACTT-GTCTCTTTG-CTTATGAAATAA-AG-C-G-TTACA-AAT-GAG-CT--A-GAA--TT--GCTA-ATT----AA------AAC--GGCAAA----AA--AA--T-G-G--TACC-------AAAATGCAC-TACCCC---GTTT---CCATGGC-AACGGCAAAAA--TTTTTGAATAA-AT-A---ATCATGCT-GTT-TTTGTT-T-TCATGA-TGT---ATCA-T------TCA--AATACTGAA--C-GTATGG-GCCAATTCT--A-TG-AGTAG-TGATTTC-TGACCCTCTG-TATAA-ATTCAATGGTCCTT-ACAGAGAATTCAT-GTTAAatctgtattattacatttcgaatgttttcttttacaatcgatgtctttacta
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGGGGTGCGTATTGTACAACGTTCCGATGTATTTTCGGCCAAATTACGATATACTATGAACTTAAAATTTAATTCGCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTGAGGACGGCGTTTTCAAATTCAAACGAAAAAAACAAGACAAACAATTATAACGAATATTACCGGTATGTGCCCACAAAACGACAGCCTGGCGAAAGAAAAAGTGCGAAAAGTCGAAAATTTAATTGAATTACAGATATTTAAAAGATGCACGCTCGTAGAGCATGCAAGCGAAACTGTGGGTAAATATTTTAAAAAACGAATTTCATCTCTATACTTTATGATTATGCTGATTTAAAGTGTCGTACACATCAATGTTTAAATTCGTTAGTCTTATAAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTGAGGACGTGTGTTTTATCAACGAAAAAAGAACCAATAATTAAATAAACGAAAATGTGCCCACAAAATACGACACTGCGAAAGGAAAAGTATGCGAGAAAGTCGAAAACTTTAATATTGATCTACTTAAAGATAAAATCAGAAGCAAATGCACTCTCGGCGAAA
Unaligned ( gi|24 ): ACATGCGGTAAGAACTGTGGTAAATATTTAAAAAAAAAACACCAAACAAACAAATCATCACTCTATGCTTATGATTATGCTGATTATAAAGTGTCTAAAACATAAATTTAAATTCGTTAGTCTGTAAAA
Unaligned ( gi|27 ): AACGAATATACCGGTATGTGCCCACAAATAAGACACCTGGCGAGAGAAAAGGTGCGAAAAGTCGAAATTTATACAATGTACTGATTGAATGTTTAAAAGATGCACGCTCGGTAA
Unaligned ( gi|30 ): GAGCATGCAAGCTGTAACTGTGGTAAATGTTTTTTAAAAAACAAATCATCACCCTATACTTATGATTATGCTGATCTTAAAGTGTCTACAACATCAATTTAAATTC
Unaligned ( gi|35 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
Unaligned ( gi|41 ): TTTCCATATTCACTGCCAAATCGTATGATATTC