lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333 1 6666666666666666666666666 11111 1111 1111 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 11 222222222222 4 33 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 555555 1 222 1 555555555555555555555555 2222 6666666666666666666 1111 333 1111 11 11 111 111 111 1 2222222222222222222222222222222222222222222222 11 2222 11 222 11111 222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444444 11111 222 44444 2 1
lowQualScore : 111 2 8888888888888888888888888 44444 5 77 77 55 9999 2222 77 7 77 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 33 8 11 0 5 88 222222222222 0 3 0 8 00 2 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 3 444444 3 666 6 0 777777777777777777777777 1111 6 7777777777777777777 4444 9 7 3 333 3 33 0000 33 0 99 777 3 3 333 777 5 2222222222222222222222222222222222222222222222 88 11 7777 8 8 11 77 0 0 0 0 333 5 6 5 5 77 5 5 11111 666 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 999999 3 33333 5 77 0 555 8 0 8 00000 0 0
lowQualScore : ... . ......................... ..... . .. .. .. .... .... .. . .. .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .. . .. . . .. ............ . . . . .. . . .............................................................................................................................................................................................................................. . . ...... . ... . . ........................ .... . ................... .... . . . ... . .. .... .. . .. ... . . ... ... . .............................................. .. .. .... . . .. .. . . . . ... . . . . .. . . ..... ... ........................................................................................................................................................................................ . ...... . ..... . .. . ... . . . ..... . .
lowQualScore : 888 3 4444444444444444444444444 77777 7 99 99 99 4444 9999 99 1 99 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 88 0 00 8 6 88 222222222222 8 2 0 8 00 5 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 3 333333 3 777 7 0 888888888888888888888888 2222 5 2222222222222222222 8888 8 0 2 000 2 22 2222 88 2 88 555 2 2 222 555 0 6666666666666666666666666666666666666666666666 88 00 8888 0 0 66 22 8 8 8 8 444 7 6 7 7 99 7 7 44444 333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 666666 4 00000 7 99 7 555 0 8 0 22222 0 0
consensus : ATATAGATT-TGTTTTTAACA--GAAGGANT--G--A-C-CATTT-GAA---TCTCT-TC--TT--TT-CAG--AC--G-TT--TTAT--TGTAAT--------GCC-----------C--------------A--TC----------CTTTGA--T-ATCGGTA--TTTTCATTCAAAATT-----TAGT-CTCAA--NTTT--TGT-GATAA--TTN---TTTTATGTCATTC---CAAANA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TCAA-CAT-CTAACACT------------------A----TA----------TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---AAC-TCAAT-AA-AC--------T--GTT-TTA-ACAACC--TCC---A--TGA-----GC-C-G--CAA----TCTC-ATCNTCT----NCTA--ACT-GTCAGCAATGGAAACT-CA---TAG-CAT--G-TATGTATG-TCT-A----AAAT-GTTGGATA--T--G---AGATGAAGTAGCAGTT-----TTAAGATA---ACC----CAG--A-A--GTCCAG-CA-ATTTTAA-C--CACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GAT-AAAATAAT-TGGAACTCCTTCAAGTT-ATA--TTGATA-AT-TCTCAGTC--CACTCAGA--AGTATGG-GGAA--GAGC--AGGCNCTATGCT-AATTAC-GACTAATATA-C-----TA---A-TATA-----TTCCAAC-AA----GTGGGTAG-T--TCGTGGCCCCC--TCAATCCC-TTNCTCG--TAAGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTAC--GC-GT---AT------AGG--CC--GAAAGCTAG-ATT-CGCA-ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AA-A-TA-GCTGGCA----GG-AAT-CAATTA----AGCCA-TCGTTCTT-CTCA-TAAATATGA--A-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CGATA---AAGATAA-CACTCACCTA-G-AACAT---ATGATTTTTT---------GTGTACTAGAT-T--ATAA-T--TTTC-G-CTAGAACAATTTCTATTTA-AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-AATT--T-ACAC-ATGTAG-ATCA---ATT--AAACATTC-----CTANAA-A--TA----AAGATATCT--GT-TCGAAAC-AT--NTTCTAGTA-----TAC---AAACATAATT--CTT-CAT-AT--C-ACT---TNG--ACAT-ATGA-ACACNAA---CAT-T-T-GC----ATATTC---------AAA-TAT---TGTAACATTGAA--A-ATGTAAA-A---GTCT-GA--ACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCGA----TTTGACCCC-CGTCT
Reference ( gi|2 ) : ATATAGATTCTGTTTTAAACACTGAAGGCGT--G--A-C-CATTTTGAA---TCTCT-TC--TT--TT-CGA--AC--G-TT--T-AT--TGTAAT--------G-------------T--------------A--TC----------CTTTGA--T-AT-GGTAACTTTTCATTCAAAATT-----TAGT-TTCAA--TTTT--TGT-GATAAGCTTT---TTTTATGTCATTC---CAAATA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TCAACCAT-CTAACACT------------------A----TA---------ATGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---AAC-TCAATAAA-AC--------T--GTT-TTAGACAACC--TCC--AA--TGA-----GC-C-A--CAA----TCTC-ATCTTCT----CCTA--AC--GTCAGCAATGGAAACTCCA---TATGCAT--G-TATGTATG-TCT-A----AAATTATTGGATA--T--G---AGGTGAAGTAGCAGTT-----TTAAG--A---ACT----CAG--A-A--GACCAG-CAGATTTTAA-C--CACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GAT-AAAATAATGTGGAACTCCTTCAAGTT-ATACCTTGATATATCTCTCAGTC--CACTCAGA--AGTATGA-GGAA--GAGCCAAGGCCCTATGCT-AATTAT-GACTAATATA-C-----TA---AGTATA-----TTCCAAC-A-----GTGGGTAGTT--TCGTGGCCCCCCGTCAATCCCGTTCCTCA--TAAGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTA---GC-GT---AT------AA---CC--AAGAGCTAG-ATT-CG-A-ATGCATTT-TATAC-TACAGGGGTTTC-AA-A-T--GCTGGCA----GG-A-T-CAATTA----AGCCAGTCGTTCTTTCTCA-TAAATATGA--A-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CAATA---AAGATAAACACTCATCTATG-AACATTAAGTGATTCTTT---------GTGTACTAGAT-T--ATGA-T--TTTC-G-CTAGAGCAATTTCTATTTA-AGTAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-AATT--T-ACACCATGTAGAATCA---ATT--AAACATTC-----CTATAA-A--TA----AAGATAT-T--GT-TCGAAACGAT--TTTCTAGTA----GCAC---GAACATAATT--CTTCCAT-AT--C-ACT---TCGA-ACAT-ATGAAACACCAA---CAT-T-T-GC----ATATTC---------AAA-TA----TGTAACATTGAAC-ACATGTAAA-A---GTCT-GA--ACTTTTATTTGA-AATTAA-TTCAA----GTTGACCCC-CGTCT
gi|4 : ATATAGATT---TTTTTAACA--GAAG---T--G--AAC-CATT--GAA---T-TCT-TC--TT--TTTCAG--ACTCG-TT--TTATCCTGTAA---------G-------------T--------------A--CA----------TCTTGA--T-AT-CGTA--CTTTCA-----AATT-----TAGT-TTCAA--TTT-------GATAA--TTG---ATTTATGTCATTC---CACAAA-ATAT------AC-----AA--CA--T-TCAA--AT-CTAACACT------------------A----TA----------TGATCT-C-TTT---AT----TT--A-T----AAC-TCAATAAA-----------C--GTT-T---ACA--C--TTC--A---TGA-----GC-CCA--CAA----TCTC-ATCTTCT----CTAA--AC--TTCAGCAATGG-AACTACA---TAGCCA---G-TATG-ATGTTCTAA----AAATTTTTATAT---T--G-------GAAGT-GCCGTT-----TTAAAATA---AC-----CAG--T-A--AGCCAG-CA----TTAACC--CACTAATAAATAGT-TCG--CAAG--TATAAAAATAAT-T-GAACT-CTTCAAGTT-ATA--TTAATA----TCTCA--T--CACTCAGA--AGTAT---GGGA--GAGC--AGGCGCTAT-CTAAATTAT-TAC--ATATA-C-----TA---G--ATA-----TTCCAAC-A-----ATGAAT---------TAGCCCTC-----ATCCC-TTGCTCA--TA---GAAA--TGT-TC-GGAATGGCTA-GA---GCAGT---AT------AAGCCCC--GAAAGCTAGAATT-C----ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AAGA-TA-GCT-GCA----GGAA-T-CAATTA----A-CCATTCG--CTT--TCA-T-AACATGA--A-C-ATTCTATGTCTG-----ATTC---GAGTTTTTG-TTCGG--ACAA--TT---AGTCTAATGA--TG---ATA---AA-ATAA-----CACCTA-G-AACATAAA---ATT-TTT---------G---A-TAGAT-T--ATAT-T--TTTCGG-CT--AACAATTTCTA-TTA-A--AAT-TTGA---TG-GA--T-T-G-AATT--GAACAC--TGTAG--TCA---CTT--ACACACTC-----C--TAA-A--TA----AAGATATCT--GA-TCGAAAC-AT--ATTTCAGTA----CAAC-----ACATACAT--CTT-CAT-AT--C-ACT---TAG--ACAT-ATG--ACACAAT---CAT-T-T-GT----A----C---------AAA-TATTACTGTAACATTGAAA-AT---TAAA-ATAGATCT-GC--ACTTAT-TTTGA-AATAAA-TTTTACATCATTGACCC
gi|6 : ATATAGATT-TGTTTTTAACA--GAAGGACT--G--AAC-CATAT-GTA---T-TCC-TC--TT--T--CGA--AG--T-TT--T-AT--TGTAAT--------G-------------CCTTTCGCAAGTAC-A--TC----------CTT-GA--T-ATCGGTA-CTTTTCA-----AATT-----TAGT-CTCAA--ATTT--T-T-GATAA---------TTTATGTTATTCATACCAACA-ACAT---C-TAACTGCTACTACG--T-TTTGATAC-GTAATACTCAGTT-------------A----TA----------TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-T--------------------------------T-TTA----ACC--TC----A--TA-------C-C----CAA----TC-C-ATCTCAC----AATG--ACT-GTCTGTAATG--AACT------------------ATGT----TCT-G----AAAT-GTTGGATA--T------AGATGGAGCAG----------TTAAG--ATA-ACC----AAG--A-AA-GTCCAG-CA-ATTTTAA-C--CACTAA-AAATAGT--CGC-CA----GAT-TAAATA-T-TGGAACTC-TTCAAGTTTATG---TGATG-ATATCTCAG-C--CACTCAGA--AGTATAAGGGAA--GAG----GG-CCTATG-T-AATTAT--ACTA-------------------TATA-----TTCCAACAA-----GTGGG-A--T--TCGT-GCCCC---TCATTCC--TTGCTC---TAAGG--AAATCATCT--GAATTGGCTA
gi|5 : tttcaattcattaaaaccttttctttcatttagaagctgaggtcaatgtgcatcagaatatgatgcagtattatttaataatgttaagatatacttgtaatagtcaagttttgtagttatttcATATAGATT-TGTTTTTAACA--GAAGGATG--G--A-C-CATTT-GAA---TCTCT-TCTTTT--TT-CAG--AC--GTTT--T-AT--TGCAAT--------GCCTTTTGCAAATAC--------------A--TC----------C-TTGA--T-ATCGGTA--CTTTCATC--AAATT-----TAaactaac
gi|7 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcATATATATT-TGTTTTTAACA--GAAGG-AT--AGAA-C-CATTT-GAA---TTTCT-TC--TTGTTT-CAG--AT--G-TT--TTAT--TGTAAT--------GCC-----------T--------------T--TCGCAAGTACATCTTTGA--T-ATCGGTA---CTTC---CAAATTTACCGGTAGT-CTCAA--ATTT--TGTCGATAATGTTA---TTTTATGTCATTT---CAAATA--TA----CG-AA-----AC--GA--T-TCAAC-GT-CTAACGCTATACTGTTTGATACGTTAA----TACTTATTTATATGATCT-C-TTTG--AT----CT--GTTT---AAC-TCAAT-AA-ACTT------T--ATT-TT--AC-ACC--TC----A--TGA-----GC-C-G--CAA----TCTC-ATCATCTATGATCTATGACT-GTCAGCAATGGAAtgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcaaatttagtctcaaattttgtgataatgtcatttcatgtcattccaaatacatgtatacgaaacgattcaacatctaatactatactctttgatacgttaattatatattaatactcatttatatgatctctttgatctgtttaactcaataaactttgttttacacctcataagccgcaatctaatcatctatgactgtcagcaatggaactatgttataaaatgttggatactagtatagatgaagaagcagttttaagattaactgttacaggtaagtccagcaattttaaccactaataaatagttcacaaggttaaaataatttgaactcttcaattatattcactcagaagtatggggaagaacaggcct
gi|1 : tttaattagattgttgtttacttgtacatattgtcttgtgattctacatctgaaaaacaaccttttcttcattttagaagttagggctcaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatatgtctataattgttaagaatgtttacattgtagatagtaaaagttttgtaattatttcTATAGATGTT-TTTTAAACA--GATAGAAT--G--A-AACATTTGCAA---T-TCTGTC--TT--TT-TCAGTAC--G-TTGTT-AT--TGTAAT--------G-------------CGTATGGAAGAGTAAA--TC----------CGTTGGATT-ATCGGTACGTTTTTGT---AAATT-----TAGTGTTAAA--TTTT--GGT-GATAA-TTTTATGTTTTATGTCATTC---C--ATA-GTATAA-CGTAA-----AC--TA--TGTCA--CATGCTAACACTG-----------------G----TG---------ATGATCT-CTTTTG--ATTGTGCT--T-TT---AACATCAAT-AC-ACTT------T--GTTGTT--ACA--C--TCT--CA--TGA-----GCTT-G--CAAGTCCTCTG-ATCATCT----CTAA--ACTTGTCAACAATGGAA----CA---TATACATTGG-TATGTATG-TCT-A----TAA-TGTTGAA-------G---AG----AATA-CA--------TTAAGATA---AC-------G--AGA--GTCCAG---AATTTTAA-C--CACTAAGAAATATTGTCGCACAGT--GTT-AAAATgtacat
gi|3 : ATAGATTGTTTTTTCAACA--GCAAGTATTAA--A-C-AATT--GAAAAGTCTCT-C-------TT-CAG--AC--G-TT--TTAT--TGTAATCCACGAAAG-------------T--------------ACATC----------CTT-GA--TTATCGGTA---CTTCAATGATAGGT-----TA---TCCAAAGTTTTGCTG--GATA---TTT---ATTTA-G-CAT-C---CAGAAG-ATAT----GCAA-----AC--TGATT-TCAAC-AT-CTAG-ACG------------------AGAGGTA-----------GATCGGC-TTTGGGAT----CTTTG-TTTAAAGC-TCAATCAACACGGTTTGTTT--GTT-TTA--CAGCGGGTGCGTAAGGTGATCCTGGC-C-GAGCAA----TCTCTATCT--------CTAGAAC--GGCAGCAA--GGAACACAAGGGTAGGCAG--GGTAGCTA-G-CCT-AGAGGAAGTGAGTGGATA--TA-G---AGG--AAGT--CAGTTGAAGATTAAG-------CC----CA-----A--GTCCAGGCAC-TTTTAA-CTGCAC-AATAAATAGT-TCGC-TAAGTTGA--AAAA-AAC-TGGAACTC-TTCAAGTT-ATA--TTGATATATC---CAGTCACCACTCAGACTAGTAGGG-TGAG--CAGC---GGCTG-ATGCT-AATTAC-GACTTATATA-CGGTAGTA---AGTG-A-----T--CAAC-AA----GTCGG-AGAT--TCATGGCCC----TCA--CCC-TTTCTCG----ATGGAGAA-CGTCGT-GA-TTGGCTATTACCAGC-GT---AT------AGAG-CC--GAAGGCTCT-ATT-TGCACATGCATTTATATGC--GCAGGT-TTTC-AA-A-AAAGC--GCA----AG-AAT-CAATTA----AGCCA-TCGT-CTTGC--A-TAA-TATGAGAA-CAATT-CATGTC--GATGAAGTCAGAGGGCTTTTGTTC--G--ATAA-ATT---GATCTAATGAATTG-CAATA---AA-ATAACC------CTA---GACAT---ATGATTTTT-----------TGTACTA-AT-TTAATAA-TC-TCTC-G-C-AGACAAATTTCTATT---AATAAT-TTGA-G-TG-GA--T-TCG-A-----C-ATACAATGTAG-ATCATTCATT--TAACATCCTACATCTGCAA-A--TA----AA-AGAT-C---T-TCGAAAC-ATTATTTCTAGT------TAC----AACA-AA-T--CT--CA--AT--C-ACT---TT---ACAT-AT---ACACAAA---CTT-A-T-GC----ATA-TC---------AAATTAT---TGTAACATTAAA----ATGT-AA-A---GTCT-GA--ACTTttattattcatctcaaatgttttattttttttttttgttattttattatttttttcaagattctcgtactcagaagtatggcgagatgaatcaggcgcatctcaattacagattattatatctagttattatagttttttccaacaaatgtgtgattagttcatctggccccctctatcccttgcttcagtttagggaagatcgtttctgaattggctattacacgttacatgtgttcagtccgaagagctagatttcgtaatgcattttatacatgccgcggtttcgaaattctgcattaggaatgcaattatttaagccatggcttcaagaaatatggagcaagttcagttgatgattccaggggtcttttgatcgggtaaaatttctaagtcgaagattgtcgacatataagatacgacgtaacatatgattttgtgtactagatataattccgtctagaacatctatttagataatgttgggtgggatttcgaatgtacagatgtagataataatcctacaatatatcagatctttctgaaatattctagtaaaacataattcgcttgctatctactttatcgacatatgacacagatcatgtggcatgatcaaatatttacaagtctggaacttattttgacaattaatttcaatttgatccgtctttcagtacttctc
gi|13 : AAGATGG--A--A-C-CATTT-GAA---TCTCT-TT--TT--CC-CCAG-AC--GTTT--T-AT--AGTAAT--------GCCTTTCGCAAGTTC--------------A--TC----------C-TTGA--TAAT-GGT-ACT-----TTCAAATTTACCGGTAGT-CTCAA--aatt
gi|5 : aacagaATTCAAA-TT-----TAGT-CTCAA--ATTT--TGT-GATAATGTCA---TTTCATGTCATTC---CAAATACATGTATACG-AA-----AC--GA--T-TCAA-CAT-CTAATACT------------------A----TA--------------CT-C-TTTG--AT----AC--G-TT---AAT-Ta
gi|5 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcatatagatttgtttttaacagaaggatggaccatttgaatctcttcttttttcagacgttttattgcaatgccttttgcaaatacatccttgatatcggtactttcatcaaatttatgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaT------------------A----TA----------TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TTT--AAC-TCAATAAA--C--------TTTGTT-TTA--CA-CC--TC----A--TAA-----GC-C-G--CAA----TCTA-ATCATCT----A-TG--ACT-GTCAGCAATGGAA-CT-----------AT--G-T---TAT------A----AAAT-GTTGGATA--CTAGTATAGATGAAGAAGCAGTT-----TTAAG--ATTAACTGTTACAGGTA-A--GTCCAG-CA-ATTTTAA-C--CACTAATAAATAGT-TCA--CAAG--GTT-AAAATAAT-TTGAACT-CTTCAA-TT-ATA------------------TT--CACTCAGA--AGTATGG-GGAA--GAAC--AGGCCatatattaatactcatttatatgatctctttgatctgtttaactcaataaactttgttttacacctcataagccgcaatctaatcatctatgactgtcagcaatggaactatgttataaaatgttggatactagtatagatgaagaagcagttttaagattaactgttacaggtaagtccagcaattttaaccactaataaatagttcacaaggttaaaataatttgaactcttcaattatattcactcagaagtatggggaagaacaggcct
gi|16 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcatatagatttgtttttaacagaaggatggaccatttgaatctcttcttttttcagacgttttattgcaatgccttttgcaaatacatccttgatatcggtactttcatcaaatttatgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcaaatttagtctcaaattttgtgataatgtcatttcatgtcattccaaatacatgtatacgaaacgattcaacatctaatactatactctttgatacgttaattatatattaatactcattT-A----AAAT-GTGGGATAAAT--AT--AGATGAAGTACCAGTT-----TTAAGATA---AC-----CAG--G-AACGTCCAG-CAt
gi|1 : TCTC-GT----ACTCAGA--AGTATGG-CGAGATGAATCA-GGCGC-ATCTC-AATTACAGATTATTATATC-----TAGTTATTATAGTTTTTTCCAAC-AAATGTGTGATTAGTTCATC-TGGCCCCC--TCTATCCCTTGCTTCAGTTTAGGGAAGATCGTTTCTGAATTGGCTATTAC--AC-GTTACATGTGTTCAG---TCCGAAGAGCTAG-ATTTCGTA-ATGCATTT-TATACATGCCGCGGTTTCGAA-A-T--TCTG-CATTAGGA-A-TGCAATTATTTAAGCCA-TGGCT-----TCAAGAAATATGG--AGCAAGTTCA-GTT--GATGATTCCAGGGGTCTTTTGAT-CGGGTAAAA-TTTCTAAGTCGAA--GATTGTCGACATATAAGATA---------CGACGTAACAT---ATGATT--TT---------GTGTACTAGA--T--ATAA----TTCC-GTCTAGAACA---TCTATTTA-GATAATGTTG-GG-TG-GGATT-TCG-AATG--T-ACA-GATGTAGA--TA---A-T--AA----TC-----CTACAATA--TAT---CAGATCT-T---T-CTGAA---AT--ATTCTAGTA-----------AAACATAATTCGCTTGC-T-AT--CTACTTTATCG--ACAT-ATGACACA-GAT---CATGT-G-GC----ATGATC---------AAA-TA----T------TT--AC---------A-A---GTCTGGA--ACTTAT-TTTGACAATTAATTTCAA----TTTGA--TC-CGTCTa
gi|8 : tatagatgttttttaaacagatagaatgaaacatttgcaattctgtctttttcagtacgttgttattgtaatgcgtatggaagagtaaatccgttggattatcggtacgtttttgtaaatttagtgttaaattttggtgataattttatgttttatgtcattccatagtataacgtaaactatgtcacatgctaacactggtgatgatctcttttgattgtgcttttaacatcaatacactttgttgttacactctcatgagcttgcaagtcctctgatcatctctaaacttgtcaacaatggaacatatacattggtatgtatgtctataatgttgaagagaatacattaagataacgagagtccagaattttaaccactaagaaatattgtcgcacagtgttaaaatttattattcatctcaaatgttttattttttttttttgttattttattatttttttcaagatTTC-AA-AAT--GCTGCAA----GG-AAT-CAATTA----AACCA-TCGTTCTTTC--A-TAA-TATGA--A-CTATTTCATGTCTG-ATGAATTCAGA-GGCTTTTGTTTCGG--ACAATTTT---AGTCTAATGAATTG-CAATA---AAGAT-AACACT-A-----G-AACAT---ATGATTTTTT---------GT-TACTAGAT-T--ATGA-T--TTTC-G-CTAGA-CAATTTCTATTTA-A-TAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-AATT--T-ACAC--TATAG-ATC----ATT--AAA-A-TC-----CTA-AA-A--TA----AAGATATCT--G--TCGAAAC-AT--ATTCT--TA----GTAC---AAACATAAAT--CTTCT----------TT---TTG--ACA-----------CAA---CAT-T-TGGC----ATATC-----------AA-TATTT-TGTAACATTGAA--A-ATGTATA-A---GTCT-GA--ACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCAA----TTGGACCCCGCGTCTttcagtacttctc
gi|9 : ACTCACCTTTA-AACAT---ATGATTTTTTTATAATGTAGTGTACTAGATCT--ATGAATAATTTC-G-CTAA--CAACTTC-GTCTATACTAAG-TTGAGGATGTGA--TCTCG-AATTATT-ACAACCTGTAGAGGTA---CTTTAAAGCAT-C-----CTAAAA-A--TATAAGAAGATATCT--GTATC--AACAAT--TT-CTGGTA----TCAC---AGACATAA-----TTTCATAAT--C-ACT---TAG--ACATAATGATCAACCAAGAGTAT-C-T-ATGACAATATCCAACGACTTTAAG-TAT---TGTAACA-TGCACAACATGTTAA-ctcagtactctcagtacttt
gi|10 : AAT-TTGAAG-TG-GA--T-TCA-AATG--T-A-ACTAT-----ATCA----TT--CAACAT-C-----CTAAAA-G--AA----GAGGT-C-T--GT-GAGAAACCTA--TTTCTAATACAGTGTATTTAAGACATAATT--ATTC-AT-GTTTC-ACT---TCGTTAGATCATGA--CAC-AA---CAT-T-T-GC------ATTC---------AAC-TAT---TGTAACATTGTA----ATGTAAATA---GTCT-GA--A---TTA-TTGA-A--TAA-TTTAA-----TTGA-CCC-CGTCTgaag
gi|14 : agagactatgtttttgcctcatcaaacaac-TTGAGG-TG-GA--T-TCGAAATT--T-ACAC--TGTAG-ATC----ATT--AAA---TC-----CT-TAA-AATTA----AGAATAT-CGAGT-TCGAAACctcatactttcagtact
gi|12 : aaAACATAATT--CTT-CAT-AT--C-ACTA--TT---ACAC-ATG--ACA-CAA---CAT-TGT-GC----ATA-TC---------AAA-TAT---TGTAACATTGGAA-AAA-GTAAA-A---GTTT-AATTAATTTCATTat
gi|15 : taatgcgatgattatgctgtta----TGTAACATTGAA--A-ATGTAAA--------T-GA--ACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTTGA-----TTGA-CCC-TGTCTgacc
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATTGGTCAGAATGTTCACATTATAAACAGTTGCAATTTCGTAGTTCTTTGTATATTTTTGTTTTTAAGAGAAGGATGAAACCTTATGAGTCTTCTTTGCCATTTTGTCATATTCAGAGGTTTT
Unaligned ( gi|17 ): ATGGCCAGAATTGTTAATTTAATTGACCTCGTCTCTCAGTACTTTCAGTACTATG
Unaligned ( gi|18 ): TTTAAAGACAGACATGCATATTTACATTTTTGTATTAAATCATTTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 222222222222222222222222222222 111 3333333333333333 11111 2222222222 111 111 2222222222222222222222 222222222222222 1111 111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 3333333333 666666666666666666666666666666666 1111 444444444 1111 33333333333333 2 11 44444444444444 1111 11111111 3333333333333333333 11 222222222222222222 11 11 2222222 11 222 1 111 3333333333 11 1 1 222222 1 11 1 11 111 111 1111 1 22 333 1 11 222 11 11 111 111 1 333333 111111 111 44444444444 1111 11 222 11111 11111111111 1111 3333333333333 1 2222222 1 222 1 111 1111 2222222222222 11111 22222 1
lowQualScore : 5 0 66 66 5 5 11111111 5 5 888 99 888888 666 5 66 5 66 222222222222222222222222222222 3 66 5 666 4444444444444444 1 66666 4444444444 0 000 0 000 8888888888888888888888 5 55 5 5 1 222222222222222 5 5 66 0000 7777 222222 5 000 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 5555 2222 5 6 0000000000 77 3 777777777777777777777777777777777 2222 777 000000000 44 99 0 1111 11111111111111 1 5 77 99 6 3 6 77 1 99 6 0 8 0 0 11 8 3 44444444444444 99 6 99 4444 8 88 88 8 0 55555555 8 1111111111111111111 11 44 5 999999999999999999 11 66 8 1 8888888 66 3 11 3 3 222 0 777 6666666666 33 0 0 666666 0 33 2 6 8 77 000 444 0 8 7777 3 6 11 333 0 0 11 8 6 5 0 000 0 6 3 11 44 444 0 0 8 444 0 8 111111 666666 111 11111111111 2 5555 6 55 6 6 7 88 3 5 4 5 5 66 5 5 5 66 5 5 222 9999 88888 0 66666666666 7 5 5555 66666 5 777 5 5 0000000000000 0 9999 5 5 66 5 1111111 0 333 5 0 333 5 5 5 0000 6666666666666 555 777 66666 5 00000 5 55 6 6 4 88888 5 8
lowQualScore : . . .. .. . . ........ . . ... .. ...... ... . .. . .. .............................. . .. . ... ................ . ..... .......... . ... . ... ...................... . .. . . . ............... . . .. .... .... ...... . ... ....................................................................... . . .... .... . . .......... .. . ................................. .... ... ......... .. .. . .... .............. . . .. .. . . . .. . .. . . . . . .. . . .............. .. . .. .... . .. .. . . ........ . ................... .. .. . .................. .. .. . . ....... .. . .. . . ... . ... .......... .. . . ...... . .. . . . .. ... ... . . .... . . .. ... . . .. . . . . ... . . . .. .. ... . . . ... . . ...... ...... ... ........... . .... . .. . . . .. . . . . . .. . . . .. . . ... .... ..... . ........... . . .... ..... . ... . . ............. . .... . . .. . ....... . ... . . ... . . . .... ............. ... ... ..... . ..... . .. . . . ..... . .
lowQualScore : 7 7 99 99 0 0 55555555 0 0 888 55 000000 222 0 99 0 99 000000000000000000000000000000 2 99 0 000 8888888888888888 0 66666 6666666666 1 000 3 666 1111111111111111111111 7 99 7 7 7 444444444444444 0 0 99 6666 0000 888888 0 000 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 7 3333 1111 7 6 6666666666 11 6 333333333333333333333333333333333 1111 333 333333333 99 33 7 6666 66666666666666 7 7 11 22 7 2 7 77 7 22 7 8 0 0 8 00 0 2 55555555555555 22 7 22 2222 8 88 22 0 8 88888888 0 4444444444444444444 00 00 0 444444444444444444 00 66 0 0 0000000 44 2 22 8 2 555 0 555 5555555555 88 0 0 222222 0 22 5 0 0 22 888 000 8 0 0000 2 0 00 666 6 8 00 0 0 6 8 666 8 0 8 00 00 000 8 8 0 000 0 0 000000 777777 777 22222222222 5 0000 7 88 7 7 3 99 6 0 5 0 0 99 0 0 0 99 0 0 999 0000 44444 2 11111111111 6 0 6666 88888 0 999 7 7 0000000000000 0 5555 0 0 99 0 0000000 0 888 0 8 888 0 0 0 6666 5555555555555 999 888 88888 0 99999 0 44 7 7 8 00000 0 0
consensus : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-AAG-GATTG-A-C-CATTT-G-AA---T-CTCTTC--T--TTT-C-AG-AC--GTT-TTAT--TGTAATGCCTTTCGCAAGT-CAT------------CCTTTGA--T-ATCGGTA--CTTTCATT-AAAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAA--TTNT----TTTATGTCATTC---CAAANA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AAC-AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-C----------TGTTTTA-AC------AAC-----------C---------TC-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTC-ATCNTCT----NNTA--AC-TGTCAGCAATGGAAACT-C-A----TA-G-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAAT-G-TTGGATA--T--G---AGATGAAGTAGCAGTTTTAAGA-T--AACC----CAG--A-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAAT-TGGAACTCCTTCAAGTTATA--T-TGATA-AT-TCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAG-C--AGGCGCT-ATGCTAA-TTAC-GACTAATATA-C--TAG-T----ATA-----TT--CCAACAAGTGGGT----AATT-CGT--GGCCCCC--TCAATCCC-TTGCTC--GTA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTAC--GC-GT---AT------AG-GCC--GAA-AGCTAGA-TT-CGCA-ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AA-ATAGCTGGCA---GGAAT-CAATTA----AGCCA-TCGTTCTT-CTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CGATA---AAGAT-AACG--CACCT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-AAT--TTTC-G-CTAGAACAATTTCTATTTA-AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-CATGTAG-A--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTANAA-ATA----AAGATATCT-GT-TCGAAAC-AT--NTT-C-TA-------GTA-T-ACAA-ACATAATTC--TT-CAT-AT--C-ACTTC---G--ACAT-ATG-AAC-ACNAA---CATT-T-G-C----ATA-TC---------AA-A-TAT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCGAT----TTGACCCC-CGTCT
Reference ( family-6895 ) : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-AAG-GANTG-A-C-CATTT-G-AA---T-CTCTTC--T--TTT-C-AG-AC--GTT-TTAT--TGTAATGCC-----------CAT------------CCTTTGA--T-ATCGGTA--TTTTCATTCAAAATT------TAGTCTCAANTTTTG-T--GATAA--TTNT----TTTATGTCATTC---CAAANA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AAC-AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-C----------TGTTTTA-AC------AAC-----------C---------TC-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTC-ATCNTCT----NCTA--AC-TGTCAGCAATGGAAACT-C-A----TA-G-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAAT-G-TTGGATA--T--G---AGATGAAGTAGCAGTTTTAAGA-T--AACC----CAG--A-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAAT-TGGAACTCCTTCAAGTTATA--T-TGATA-AT-TCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAG-C--AGGCNCT-ATGCTAA-TTAC-GACTAATATA-C--TAA-T----ATA-----TT--CCAACAAGTGGGT----AGTT-CGT--GGCCCCC--TCAATCCC-TTNCTC--GTA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTAC--GC-GT---AT------AG-GCC--GAA-AGCTAGA-TT-CGCA-ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AA-ATAGCTGGCA---GGAAT-CAATTA----AGCCA-TCGTTCTT-CTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CGATA---AAGAT-AACACTCACCT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-AAT--TTTC-G-CTAGAACAATTTCTATTTA-AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-CATGTAG-A--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTANAA-ATA----AAGATATCT-GT-TCGAAAC-AT--NTT-C-TA-------GTA-T-ACAA-ACATAATTC--TT-CAT-AT--C-ACTTN---G--ACAT-ATG-AAC-ACNAA---CATT-T-G-C----ATATTC---------AA-A-TAT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCGAT----TTGACCCC-CGTCT
gi|1 : TATAGATG-TTTTTTA--AACA--G-ATA-GAATG-A-AACATTT-GCAA---TTCTGTCT--T--TTT-C-AGTAC--GTTGTTAT--TGTAATGCG-----------TATGGAAGAGTAAATCCGTTGGATT-ATCGGTACGTTTTTGT---AAATT------TAGTGTTAAATTTTGGT--GATAA--TTTTATGTTTTATGTCATTC---CATAGT-ATAA---CGTAA-----AC--TA--TGTC--AC-ATGCTAACACTG----G----TGA-TGATCT-CTTTTG--ATTGTGCT--T-TT---A--ACATCA---ATA-----------CA-CTT--------TGTTGTT-AC------A-------------C---------TCTCA-TGAGCTT-G--CAAGTCCTCTG-ATCATCT----CTAA--ACTTGTCAACAATGGAA----C-A----TATA-CATTGG-TATGTATGT-CTA----TAAT-G-TTGAA-------G---AG----AATA-CA---TTAAGA-T--AAC-------G--AGA-GTCCAG--A-ATTTTAAC--C-ACTAAGAAATATTGTCGCACAGT--GTTAAAA-T
gi|1 : -AT-TCTC-GT----ACTCAGA--AGTAT-GGCGAGATGAATC--AGGCGC--ATCTCAA-TTACAGATTATTATATC--TAG-TTATTATAGTTTTTT--CCAACAAATGTGTGATTAGTT-CATCTGGCCCCC--TCTATCCC-TTGCTTCAGTTTAGGGAAGATCGTTTCTGAATTGGCTATTAC--AC-GTTACATGTGTTCAG-TCC--GAAGAGCTAGA-TTTCGTA-ATGCATTT-TATACATGCCGCGGTTTCGAA-AT-TCTG-CATTAGGAATGCAATTATTTAAGCCA-TGG--CTT-C-AAGAAATAT--GGAGCAAGTTCA-GTT--GATGATTCCAGGGGTCTTTTGAT-CGGGTAAAA-TTTCTAAGTCGAA--GATTGTCGACATATAAGAT-A-CG---ACGT--A---ACAT---ATGATTTT-----------GTGTACTAGAT----AT-AAT--TC-C-GTCTAGAACA---TCTATTTA-GATAATGTTG-GG-TG-GGATT-TCG-A-AT--GT-AC-A-GATGTAG-A--T-A---AT--AA----TC-----CTACAATATAT---CAGAT--CT-TT-CTGAAA---T--ATT-C-TA-------GTA-----AA-ACATAATTCGCTT-GCT-AT--CTACTTTATCG--ACAT-ATG-A-C-ACAGAT--CATG-T-GGC----ATGATC---------AA-A-TAT---T------------------TACA-A---GTCTGGAACTTAT-TTTGACAATTAATTTCAAT----TTGA--TC-CGTCTttattattcatctcaaatgttttattttttttttttgttattttattatttttttcaagattctcgtactcagaagtatggcgagatgaatcaggcgcatctcaattacagattattatatctagttattatagttttttccaacaaatgtgtgattagttcatctggccccctctatcccttgcttcagtttagggaagatcgtttctgaattggctattacacgttacatgtgttcagtccgaagagctagatttcgtaatgcattttatacatgccgcggtttcgaaattctgcattaggaatgcaattatttaagccatggcttcaagaaatatggagcaagttcagttgatgattccaggggtcttttgatcgggtaaaatttctaagtcgaagattgtcgacatataagatacgacgtaacatatgattttgtgtactagatataattccgtctagaacatctatttagataatgttgggtgggatttcgaatgtacagatgtagataataatcctacaatatatcagatctttctgaaatattctagtaaaacataattcgcttgctatctactttatcgacatatgacacagatcatgtggcatgatcaaatatttacaagtctggaacttattttgacaattaatttcaatttgatccgtctttcagtacttctc
gi|10 : tatagatgttttttaaacagatagaatgaaacatttgcaattctgtctttttcagtacgttgttattgtaatgcgtatggaagagtaaatccgttggattatcggtacgtttttgtaaatttagtgttaaattttggtgataattttatgttttatgtcattccatagtataacgtaaactatgtcacatgctaacactggtgatgatctcttttgattgtgcttttaacatcaatacactttgttgttacactctcatgagcttgcaagtcctctgatcatctctaaacttgtcaacaatggaacatatacattggtatgtatgtctataatgttgaagagaatacattaagataacgagagtccagaattttaaccactaagaaatattgtcgcacagtgttaaaatttattattcatctcaaatgttttattttttttttttgttattttattatttttttcaag-AACAAT-TTGAAG-TG-GA--T-TCA-A-AT--GT-A--A-C---TAT-A--TCA----TTCAA-CAT-C-----CTAAAA-G------AAGAGGTCT-GT-GAGAAAC-CT--ATTTC-TAATACAGTGTA-T-TTAAGACATAATTA--TT-CAT-GTTTC-ACTTC---GTTAGATCATG-A-C-AC-AA---CATT-T-G-C----AT--TC---------AA-C-TAT---TGTAACATT-G-T-A-ATGTAAATA---GTCTG-AA-TTA---TTGA-A--TAA-TTTAA-----TTGA-CCC-CGTCTttcagtacttctc
gi|12 : agagactatgtttttgcctcatcaaacAA-ACATAATTC--TT-CAT-AT--C-ACTAT---T--ACAC-ATG--AC-AC-AA---CATTGT-G-C----ATA-TC---------AA-A-TAT---TGTAACATTGGAA-A-AAGTAAA-A---GTTT--AATTAAT-TTctcatactttcagtact
gi|13 : taatgcgatgattatgctgtt--AACA--G-AAA-GATGG-AAC-CATTT-G-AA---T-CTCTTT--T--TCC-CCAG-AC--GTT-TTAT--AGTAATGCCTTTCGCAAGTTCAT------------CC-TTGA--T-AATGGTA--CTTTC-----AAATTTACCGGTAGTCTCAAcattgacc
gi|14 : -TTGAGG-TG-GA--T-TCGAA-AT--TT-AC-A-C-TGTAG-A--TC----ATTAA---ATCC-----TTAAAA-TTA----AGAATATCGAGT-TCGAAAC-AT--a
gi|15 : aaT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA--------TG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTTGA-----TTGA-CCC-TGTCT
gi|16 : TA----AAAT-G-TGGGATAAAT--AT--AGATGAAGTACCAGTTTTAAGA-T--AACC----AGG--A-ACGTCCAG-CA-Actcagtat
gi|2 : ATATAGATTCTGTTTTA--AACACTG-AAG-GCGTG-A-C-CATTTTG-AA---T-CTCTTC--T--TTT-C-GA-AC--GTT-T-AT--TGTAATGT-------------AT------------CCTTTGA--T-AT-GGTAACTTTTCATTCAAAATT------TAGTTTCAATTTTTG-T--GATAAGCTTTT----TTTATGTCATTC---CAAATA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AACCAT-CTAACACT-----A----T-AATGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AAAC----------TGTTTTAGAC------AAC-----------C---------TC-CAATGAGC-C-A--CAA----TCTC-ATCTTCT----CCTA--AC--GTCAGCAATGGAAACT-CCA----TATG-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAATTA-TTGGATA--T--G---AGGTGAAGTAGCAGTTTTAAGA-----ACT----CAG--A-A-GACCAG-CAGATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAATGTGGAACTCCTTCAAGTTATACCT-TGATATATCTCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GAGGAA--GAG-CCAAGGCCCT-ATGCTAA-TTAT-GACTAATATA-C--TAAGT----ATA-----TT--CCAACA-GTGGGT----AGTTTCGT--GGCCCCCCGTCAATCCCGTTCCTC--ATA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTA---GC-GT---AT------AA--CC--AAG-AGCTAGA-TT-CG-A-ATGCATTT-TATAC-TACAGGGGTTTC-AA-AT-GCTGGCA---GGA-T-CAATTA----AGCCAGTCGTTCTTTCTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CAATA---AAGATAAACACTCATCT--ATGAACATTAAGTGATTCTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-GAT--TTTC-G-CTAGAGCAATTTCTATTTA-AGTAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-ACCATGTAGAA--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTATAA-ATA----AAGATAT-T-GT-TCGAAACGAT--TTT-C-TA-------GTAGC-ACGA-ACATAATTC--TTCCAT-AT--C-ACTTC---GA-ACAT-ATGAAAC-ACCAA---CATT-T-G-C----ATATTC---------AA-A-TA----TGTAACATT-GAACACATGTAAA-A---GTCTG-AACTTTTATTTGA-AATTAA-TTCAAG----TTGACCCC-CGTCT
gi|3 : ATAGATT--GTTTTTTCAACA--GCAAG-TATTA-A-A-CAATT-G-AAAAGT-CTCTC-------TT-C-AG-AC--GTT-TTAT--TGTAAT-CCACGAAAGTA--CAT------------CCTT-GA--TTATCGGTA--CTT-CAATGATAGGT------TA-TCCAAAGTTTTG-CTGGATAT--TTAT----TT---AGCAT-C---CAGAAG-ATAT----GCAA-----AC--TGATT-TC-AAC-AT-CTAG-ACG-----AGAGGT-A--GATCGGC-TTTGGGAT----CTTTG-TTTAAA--GC-TCA---ATC-----------AA-CACGGTTTGTTTGTTTTA--C------AGCGGGTG------CGTAAGGTGATC-C--TG-GC-C-GAGCAA----TCTCTATC-TCT----AG-A--AC-GG-CAGCAA--GGAACA-C-AAGGGTA-GGCAG--GGTAGCTA-GC-CTAGAGGAAGT-GAGTGGATA--T------AGAGGAAGT--CAGTTG-AAGA-TTAAGCC----CA-----A-GTCCAGGCA-CTTTTAACTGC-AC-AATAAATAGT-TCGC-TAAGTTGA-AAAA--AAC-TGGAACT-CTTCAAGTTATA--T-TGATA-TA-TC-CAGTCACCACTCAGACTAGTA----GGGT--GAG-C--AGCGGCTGATGCTAA-TTAC-GACTTATATA-CGGTAG-T----A-A-----GTGATCAACAAGTCGGA----GATT-CAT--GG--CCC--TCA--CCC-TTTCTC--G---ATGGAGAA-CGTCGT-G-ATTGGCTATTACCAGC-GT---AT------AGAGCC--GAA-GGCTCTA-TT-TGCACATGCATTTATATGC--GCA-GGTTTTCAAA-AAAGC--GCA---AGAAT-CAATTA----AGCCA-TCG-TCTT--GCAT-AATATGAGAA-CAA-TTCATGTC--GATGAAGTCAGAGGGCTTTTGTTC--G--ATAA-ATT---GATCTAATGAATTG-CAATA---AA-AT-AAC-----CCT--A-G-ACAT---ATGATTTTT-----------TGTACTA-AT-TTAAT-AATC-TCTC-G-C-AGACAAATTTCTATT---AATAAT-TTGA-G-TG-GA--T-TCG-ACA----T-AC-A--ATGTAG-A--TCATTCATTTAA-CATCCTACATCTGCAA-ATA----AA-AGATC---T-TCGAAAC-ATTATTT-C-TA-------GT--T-AC-A-ACA-AAT----CT-CA--AT--C-ACTTT------ACAT-AT---AC-ACAAA---CTTA-T-G-C----ATA-TC---------AA-ATTAT---TGTAACATT--AA-A-ATGT-AA-A---GTCTG-AACTTAA-TT
gi|4 : ATATAGATT-T--TTTT--AACA--G-AAGTGA----A-C-CATT--G-AA---T--TCTTC--T--TTTTC-AG-ACTCGTT-TTATCCTGTAA-GTA-----------CAT------------C--TTGA--T-ATCG-TA--CTTTCA-----AATT------TAGTTTCAATTT-------GATAA--TTGA----TTTATGTCATTC---CACAAA-ATAT------AC-----AA--CA--T-TC-AA--AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTT---AT----TT--A-T----A--AC-TCA---ATA-----------AA-C-----------GTTT---AC------A-------------C---------TT-CA-TGAGC-CCA--CAA----TCTC-ATCTTCT----CTAA--AC-T-TCAGCAATGGAA-CTAC-A----TA-G-CCA--G-TATG-ATGTTCTA----AAAA-T-TTTTATA--TT-G-------GAAGT-GCCGTTTTAAAA-T--AACC-----AGT-A-A-G-CCAG-CA----TTAAC--CCACTAATAAATAGT-TCGC--AAG--TATAAAAATAAT-TG-AACTC-TTCAAGTTATA--T-TAATA----TCTCA----TCACTCAGA--AGTAT-GGG--A--GAG-C--AGGCGCT-AT-CTAAATTAT-TAC--ATATA-C--TAG------ATA-----TT--CCAACAA-TG-------AATT-AG-------CCC--TCA-TCCC-TTGCTC--ATA----GAAA--TGT-TC-GGAATGGCTA--GA--GCAGT---AT------AA-GCCCCGAA-AGCTAGAATT-C----ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AAGATAGCT-GCA---GGAAT-CAATTA----A-CCATTCG--CTT--TCAT-AACAT--GAA-C-ATTCTATGTCTG-----ATTC---GAGTTTTTG-TTCGG--ACAA--TT---AGTCTAATGA-----TGATA---AA-AT-AA----CACCT--A-GAACAT---AAAATTTT--------------TGATAGAT-T--AT-ATT--TTTCGG-CT--AACAATTTCTA-TTA-A--AAT-TTGA---TG-GA--T-T-G-A-AT--TGAAC-A-C-TGTAG----TCA---CTTACA-CACTC-----CT--AA-ATA----AAGATATCT-GA-TCGAAAC-AT--ATT-T-CA-------G---T-ACAACACATACATC--TT-CAT-AT--C-ACTTA---G--ACAT-ATG--AC-ACAAT---CATT-T-G-T----A----C---------AA-A-TATTACTGTAACATT-GAA-A-AT-TAAA-ATAGATCTG-CACTTAT-TTTGA-AATAAA-TTTTACATCATTGACCC
gi|5 : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-AAG-GATGG-A-C-CATTT-G-AA---T-CTCTTCTTT--TTT-C-AG-AC--GTT-TTAT--TGCAATGCCTTTTGCAAATACAT------------CC-TTGA--T-ATCGGTA--CTTTCATC--AAATT------TA
gi|5 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcATTCAAA-TT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAATGTCAT----TTCATGTCATTC---CAAATACATGTATACG-AA-----AC--GA--T-TC-AAC-AT-CTAATACT-----A----T-A-----CT-C-TTTG--AT----AC--G-TT---A--AT-Ttgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcaaatttagtctcaaattttgtgataatgtcatttcatgtcattccaaatacatgtatacgaaacgattcaacatctaatactatactctttgatacgttaattatatattaatactcatttatatgatctctttgatctgtttaactcaataaactttgttttacacctcataagccgcaatctaatcatctatgactgtcagcaatggaactatgttataaaatgttggatactagtatagatgaagaagcagttttaagattaactgttacaggtaagtccagcaattttaaccactaataaatagttcacaaggttaaaataatttgaactcttcaattatattcactcagaagtatggggaagaacaggcct
gi|5 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcatatagatttgtttttaacagaaggatggaccatttgaatctcttcttttttcagacgttttattgcaatgccttttgcaaatacatccttgatatcggtactttcatcaaatttatgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--GTTT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-CTT--------TGTTTT--AC-------AC-----------C---------T--CA-TAAGC-C-G--CAA----TCTA-ATCATCT----A-TG--AC-TGTCAGCAATGG-AACT--------------AT--G-T---TA-----TA----AAAT-G-TTGGATA--CTAGTATAGATGAAGAAGCAGTTTTAAGATT--AACTGTTACAGGTA-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCA--CAAG--GTTAAAA-TAAT-TTGAACT-CTTCAA-TTATA--T-T------------------CACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAA-C--AGGCatatattaatactcatttatatgatctctttgatctgtttaactcaataaactttgttttacacctcataagccgcaatctaatcatctatgactgtcagcaatggaactatgttataaaatgttggatactagtatagatgaagaagcagttttaagattaactgttacaggtaagtccagcaattttaaccactaataaatagttcacaaggttaaaataatttgaactcttcaattatattcactcagaagtatggggaagaacaggcct
gi|6 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcatatagatttgtttttaacagaaggatggaccatttgaatctcttcttttttcagacgttttattgcaatgccttttgcaaatacatccttgatatcggtactttcatcaaatttatgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcaaatttagtctcaaattttgtgataatgtcatttcatgtcattccaaatacatgtatacgaaacgattcaacatctaatactatactctttgatacgttaattatatattaatactcattATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-AAG-GACTG-AAC-CATAT-G-TA---T--TCCTC--T--TTC----G-AA--GTT-TTAT--TGTAATGCCTTTCGCAAGTACAT------------CCTT-GA--T-ATCGGTA--CTTT---TCAAA-TT------TAGTCTCAAATTTT--T--GATAA--TT--------TATGTTATTCATACCAACA-ACAT---C-TAACTGCTACTACG--T-TTTGAT-AC-GTAATACTCAGTTA----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT-----------------------------------------------TTA-AC--------------------C---------TC--A-TA--C-C----CAA----TC-C-ATCTCAC----AATG--AC-TGTCTGTAATG--AACT---------------------ATGT---T-CTG----AAAT-G-TTGGATA--T------AGATGGAGCAG-----TTAAGA-T--AACC----AAG--A-AAGTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAA-AAATAG--TCGC-CA----GATTAAA-T-AT-TGGAACT-CTTCAAGTT-TA--TGTGATG-ATATCTCAG---CCACTCAGA--AGTATAAGGGAA--GAG-----GGC-CT-ATG-TAA-T----------TATA-C--T-A-T----ATA-----TT--CCAACAAGTGGG------ATT-CGT--G--CCCC--TC-ATTCC-TTGCTC---TA-AGG--AAATCATCT--GAATTGGCTAct
gi|7 : tttcaattcattaaaaccttttctttcatttagaagctgaggtcaatgtgcatcagaatatgatgcagtattatttaataatgttaagatatacttgtaatagtcaagttttgtagttatttcATATATATT-TGTTTTT--AACA--G-AAG-GATAGAA-C-CATTT-G-AA---T-TTCTTC--TTGTTT-C-AG-AT--GTT-TTAT--TGTAATGCCTTTCGCAAGTACAT-------------CTTTGA--T-ATCGGTA--CTTCC-----AAATTTACCGGTAGTCTCAAATTTTG-TC-GATAATGTTAT----TTTATGTCATTT---CAAAT--ATA----CG-AA-----AC--GA--T-TC-AAC-GT-CTAACGCT-----A----T-A-----CT-G-TTTG--AT----AC--G-TT---AATAC-TTATTTATATGATCTCTTTGAT-C----------TG-TTTA-ACTCAATAAACTTTATTTTACAC---------CT-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTC-ATCATCTATGATCTATGAC-TGTCAGCAATGGAAaactaac
gi|8 : tttaattagattgttgtttacttgtacatattgtcttgtgattctacatctgaaaaacaaccttttcttcattttagaagttagggctcaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatatgtctataattgttaagaatgtttacattgtagatagtaaaagttttgtaattatttcTTC-AA-AATGCTGCAA---GGAAT-CAATTA----AACCA-TCGTTCTT--TCATAA-TAT--GAA-CTATTTCATGTCTG-ATGAATTCAGA-GGCTTTTGTTTCGG--ACAATTTT---AGTCTAATGAATTG-CAATA---AAGAT-AACA-----CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GT-TACTAGAT-T--AT-GAT--TTTC-G-CTAG-ACAATTTCTATTT--AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-C-TATAG-A--TC----ATTAAA--A-TC-----CTA-AA-ATA----AAGATATCT-G--TCGAAAC-AT--ATT-CTTA-------G---T-ACAA-ACATAAATC--TT-CTT---------TTT---G--ACA------------CAA---CATT-TGG-C----ATA-TC---------AATA-TTT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTATA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCAAT----TGGACCCCGCGTCTgtacat
gi|9 : ACTCACCTTTA--AACAT---ATGATTTTTTTATAATGTAGTGTACTAGATCT--ATGAATAATTTC-G-CT--AACAACTTC-GTCTATACTAAG-TTGAGGATGTGA--TCTCG-A-ATTATT-ACAA-CCTGTAG-AGGTAC---TTTAAAGCA-TC-----CTAAAA-ATATAAGAAGATATCT-GTATC--AAC-AA--TTT-C-TG-------GTA-TCACAG-ACATAAT----TT-CATAAT--C-ACTTA---G--ACATAATG-ATCAACCAAGAGTATC-T-A-TGACAATATCCAACGACTTTAA-G-TAT---TGTAACATctcagtactctcagtacttt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATTGGTCAGAATGTTCACATTATAAACAGTTGCAATTTCGTAGTTCTTTGTATATTTTTGTTTTTAAGAGAAGGATGAAACCTTATGAGTCTTCTTTGCCATTTTGTCATATTCAGAGGTTTT
Unaligned ( gi|17 ): ATGGCCAGAATTGTTAATTTAATTGACCTCGTCTCTCAGTACTTTCAGTACTATG
Unaligned ( gi|18 ): TTTAAAGACAGACATGCATATTTACATTTTTGTATTAAATCATTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 111 2 333333 222222 11111 2222222222 111 111 2222222222222222222222 222222222222222 1111 111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 222222222 666666666666666666666666666666666 1111 444444444 1111 33333333333333 2 11 44444444444444 1111 11111111 11 222222222222222 11 11 3333333333333 11 11 2222222 11 222 1 111 3333333333 11 1 1 222222 1 11 1 11 111 111 1111 1 22 333 1 11 222 11 11 111 111 1 3333333 111111 111 44444444444 1111 11 222 2222 1111 11111 1111 111 3333333333333 1 1111 2222222 1 222 1 111 1111 111 2222222222 11111 22222 1
lowQualScore : 5 0 66 66 5 5 5 88 5 5 5 888 99 0 66 3333 5 66 5 0 000 1 5 5 5 5 9 3 66 5 66 66 777777 555555 2 66666 4444444444 0 000 0 000 8888888888888888888888 5 55 5 5 1 222222222222222 5 5 66 0000 7777 222222 5 000 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 5555 2222 5 6 999999999 77 3 777777777777777777777777777777777 2222 777 000000000 44 99 0 1111 11111111111111 1 5 77 99 6 3 6 77 1 99 6 0 8 0 0 11 8 3 44444444444444 99 6 99 4444 5 88 88 8 0 55555555 8 11 888888888888888 11 44 5 22 5555555555555 11 66 8 8888888 66 3 11 3 3 222 0 777 6666666666 33 0 0 666666 0 33 2 6 8 77 000 444 0 8 7777 3 6 11 333 0 0 11 8 6 5 0 000 0 6 3 11 44 444 0 0 8 444 0 3333333 666666 111 11111111111 2 5555 6 55 6 6 7 88 3 5 4 5 5 66 5 5 5 66 5 5 222 9999 1111 0 8888 22222 7 55 5555 66666 5 222 5 0000000000000 0 9999 5 0000 5 2222222 0 333 5 0 333 5 5 5 0000 000 1111111111 555 777 66666 5 00000 5 55 6 6 4 88888 5 8
lowQualScore : . . .. .. . . . .. . . . ... .. . .. .... . .. . . ... . . . . . . . .. . .. .. ...... ...... . ..... .......... . ... . ... ...................... . .. . . . ............... . . .. .... .... ...... . ... ....................................................................... . . .... .... . . ......... .. . ................................. .... ... ......... .. .. . .... .............. . . .. .. . . . .. . .. . . . . . .. . . .............. .. . .. .... . .. .. . . ........ . .. ............... .. .. . .. ............. .. .. . ....... .. . .. . . ... . ... .......... .. . . ...... . .. . . . .. ... ... . . .... . . .. ... . . .. . . . . ... . . . .. .. ... . . . ... . ....... ...... ... ........... . .... . .. . . . .. . . . . . .. . . . .. . . ... .... .... . .... ..... . .. .... ..... . ... . ............. . .... . .... . ....... . ... . . ... . . . .... ... .......... ... ... ..... . ..... . .. . . . ..... . .
lowQualScore : 7 7 99 99 0 0 0 22 0 0 0 888 55 2 99 1111 0 99 0 4 999 4 0 0 0 0 2 2 99 0 99 99 777777 666666 2 77777 6666666666 1 000 3 666 1111111111111111111111 7 99 7 7 7 444444444444444 0 0 99 6666 0000 888888 0 000 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 7 3333 1111 7 6 444444444 11 6 333333333333333333333333333333333 1111 333 333333333 99 33 7 6666 66666666666666 7 7 11 22 7 2 7 77 7 22 7 8 0 0 8 00 0 2 55555555555555 22 7 22 2222 0 88 22 0 8 88888888 0 00 666666666666666 00 00 0 66 0000000000000 00 66 0 0000000 44 2 22 8 2 555 0 555 5555555555 88 0 0 222222 0 22 5 0 0 22 888 000 8 0 0000 2 0 00 666 6 8 00 0 0 6 8 666 8 0 8 00 00 000 8 8 0 000 0 5555555 777777 777 22222222222 5 0000 7 88 7 7 3 99 6 0 5 0 0 99 0 0 0 99 0 0 999 0000 1111 2 9999 55555 6 44 6666 88888 0 999 7 0000000000000 0 5555 0 9999 0 2222222 0 888 0 8 888 0 0 0 6666 111 9999999999 999 888 88888 0 99999 0 44 7 7 8 00000 0 0
consensus : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AG-GATNGAACCATTT-G-AA---T-CTCTTCTT--TT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AG-TACA-TCCTTTGA--T-ATCGGTA--C--TTTCAT---AAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAA--TTNT----TTTATGTCATTC---CAAANA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AAC-AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-C----------TGTTTTA-AC------AAC-----------C---------TC-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTC-ATCNTCT------CNTGAC-TGTCAGCAATGGAAACT-C-A----TA-G-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAAT-G-TTGGATA--T--G---AGATGAAGTAGCAGTTTTAAGA-T--AACC----CAG--A-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAAT-TGGAACTCCTTCAAGTTATA--T-TGATA-AT-TCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAG-C--AGGCGCT-ATGCTAA-TTAC-GACTAATATA-C--TA-GT----ATA-----TT--CCAACAAGTGGGTGATT-CGT------GGCCCCC--TCAATCCC-TTGCTC--GTA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTAC--GC-GT---AT------AG-GCC--GAA-AGCTAGA-TT-CGCA-ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AA-ATAGCTGGCA---GGAAT-CAATTA----AGCCA-TCGTTCTT-CTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CGATA---AAGATA---AC-CACCT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-AAT--TTTC-G-CTAGAACAATTTCTATTTA-AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-CATGTAG-A--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTANAA-ATA----AAGATATCT-GT-TCGAAAC-AT--NTTC-TA-------GTA-T-ACAA-ACATAATTC--TT-CAT-A--TC-ACTT---CG--ACAT-ATG-AAC-ACNAA---CATT-T-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCGAT----TTGACCCC-CGTCT
Reference ( family-6895 ) : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AG-GATTGA-CCATTT-G-AA---T-CTCTTCTT--TT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AG-T-CA-TCCTTTGA--T-ATCGGTA--C--TTTCATT-AAAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAA--TTNT----TTTATGTCATTC---CAAANA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AAC-AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-C----------TGTTTTA-AC------AAC-----------C---------TC-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTC-ATCNTCT------NNTAAC-TGTCAGCAATGGAAACT-C-A----TA-G-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAAT-G-TTGGATA--T--G---AGATGAAGTAGCAGTTTTAAGA-T--AACC----CAG--A-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAAT-TGGAACTCCTTCAAGTTATA--T-TGATA-AT-TCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAG-C--AGGCGCT-ATGCTAA-TTAC-GACTAATATA-C--TA-GT----ATA-----TT--CCAACAAGTGGGTAATT-CGT------GGCCCCC--TCAATCCC-TTGCTC--GTA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTAC--GC-GT---AT------AG-GCC--GAA-AGCTAGA-TT-CGCA-ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AA-ATAGCTGGCA---GGAAT-CAATTA----AGCCA-TCGTTCTT-CTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CGATA---AAGATA---ACGCACCT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-AAT--TTTC-G-CTAGAACAATTTCTATTTA-AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-CATGTAG-A--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTANAA-ATA----AAGATATCT-GT-TCGAAAC-AT--NTTC-TA-------GTA-T-ACAA-ACATAATTC--TT-CAT-A--TC-ACTT---CG--ACAT-ATG-AAC-ACNAA---CATT-T-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCGAT----TTGACCCC-CGTCT
gi|1 : TATAGATG-TTTTTTA--AACA--G-ATAG-AATGAA-ACATTT-GCAA---TTCTGTCTTT--TT--C-AGTAC--GTTGTTATTGTAATGCGTATGGAAGAG-T-AAATCCGTTGGATT-ATCGGTA--CGTTTTTGT---AAATT------TAGTGTTAAATTTTGGT--GATAA--TTTTATGTTTTATGTCATTC---CATAGT-ATAA---CGTAA-----AC--TA--TGTC--AC-ATGCTAACACTG----G----TGA-TGATCT-CTTTTG--ATTGTGCT--T-TT---A--ACATCA---ATA-----------CA-CTT--------TGTTGTT-AC------A-------------C---------TCTCA-TGAGCTT-G--CAAGTCCTCTG-ATCATCT------CTAAACTTGTCAACAATGGAA----C-A----TATA-CATTGG-TATGTATGT-CTA----TAAT-G-TTGAA-------G---AG----AATA-CA---TTAAGA-T--AAC-------G--AGA-GTCCAG--A-ATTTTAAC--C-ACTAAGAAATATTGTCGCACAGT--GTTAAAA-T
gi|1 : -AT-TCTC-GT----ACTCAGA--AGTAT-GGCGAGATGAATC--AGGCGC--ATCTCAA-TTACAGATTATTATATC--TA-GTTATTATAGTTTTTT--CCAACAAATGTGTGATT-AGTTCATCTGGCCCCC--TCTATCCC-TTGCTTCAGTTTAGGGAAGATCGTTTCTGAATTGGCTATTAC--AC-GTTACATGTGTTCAG-TCC--GAAGAGCTAGA-TTTCGTA-ATGCATTT-TATACATGCCGCGGTTTCGAA-AT-TCTG-CATTAGGAATGCAATTATTTAAGCCA-TGG--CTT-C-AAGAAATAT--GGAGCAAGTTCA-GTT--GATGATTCCAGGGGTCTTTTGAT-CGGGTAAAA-TTTCTAAGTCGAA--GATTGTCGACATATAAGATA----CG-ACGT--A---ACAT---ATGATTTT-----------GTGTACTAGAT----AT-AAT--TC-C-GTCTAGAACA---TCTATTTA-GATAATGTTG-GG-TG-GGATT-TCG-A-AT--GT-AC-A-GATGTAG-A--T-A---AT--AA----TC-----CTACAATATAT---CAGAT--CT-TT-CTGAAA---T--ATTC-TA-------GTA-----AA-ACATAATTCGCTT-GCT-A--TCTACTTTATCG--ACAT-ATG-A-C-ACAGAT--CATG-T-GGC----ATGA-TC----------AA-A-TAT---T------------------TACA-A---GTCTGGAACTTAT-TTTGACAATTAATTTCAAT----TTGA--TC-CGTCTttattattcatctcaaatgttttattttttttttttgttattttattatttttttcaagattctcgtactcagaagtatggcgagatgaatcaggcgcatctcaattacagattattatatctagttattatagttttttccaacaaatgtgtgattagttcatctggccccctctatcccttgcttcagtttagggaagatcgtttctgaattggctattacacgttacatgtgttcagtccgaagagctagatttcgtaatgcattttatacatgccgcggtttcgaaattctgcattaggaatgcaattatttaagccatggcttcaagaaatatggagcaagttcagttgatgattccaggggtcttttgatcgggtaaaatttctaagtcgaagattgtcgacatataagatacgacgtaacatatgattttgtgtactagatataattccgtctagaacatctatttagataatgttgggtgggatttcgaatgtacagatgtagataataatcctacaatatatcagatctttctgaaatattctagtaaaacataattcgcttgctatctactttatcgacatatgacacagatcatgtggcatgatcaaatatttacaagtctggaacttattttgacaattaatttcaatttgatccgtctttcagtacttctc
gi|10 : tatagatgttttttaaacagatagaatgaaacatttgcaattctgtctttttcagtacgttgttattgtaatgcgtatggaagagtaaatccgttggattatcggtacgtttttgtaaatttagtgttaaattttggtgataattttatgttttatgtcattccatagtataacgtaaactatgtcacatgctaacactggtgatgatctcttttgattgtgcttttaacatcaatacactttgttgttacactctcatgagcttgcaagtcctctgatcatctctaaacttgtcaacaatggaacatatacattggtatgtatgtctataatgttgaagagaatacattaagataacgagagtccagaattttaaccactaagaaatattgtcgcacagtgttaaaatttattattcatctcaaatgttttattttttttttttgttattttattatttttttcaag-AACAAT-TTGAAG-TG-GA--T-TCA-A-AT--GT-A--A-C---TAT-A--TC----ATTCAA-CA-TC-----CTAAAA---G----AAGAGGTCT-GT-GAGAAAC-CTA-TTTC-TAATACAGTGTA-T-TTAAGACATAATTA--TT-CAT-GTTTC-ACTT---CGTTAGATCATG--AC-AC-AA---CATT-T-G-C----AT---TC----------AA-C-TAT---TGTAACATT-G-T-A-ATGTAAATA---GTCTG-AA-TTA---TTGA-A--TAA-TTTAA-----TTGA-CCC-CGTCTttcagtacttctc
gi|12 : agagactatgtttttgcctcatcaaacAA-ACATAATTC--TT-CAT-A--TC-ACTA---TT--ACAC-ATG-A-C-AC-AA---CATTGT-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATTGGAA-A-AAGTAAA-A---GTTT--AATTAAT-TTctcatactttcagtact
gi|13 : taatgcgatgattatgctgtt--AACA--G-A-AA-GATGGAACCATTT-G-AA---T-CTCTTTTT--CC--CCAG-AC--GTT-TTATAGTAATGCCTTTCGCA-AGTT-CA-TCC-TTGA--T-AATGGTA--C--TTTC-----AAATTTACCGGTAGTCTCAAAcattgacc
gi|14 : -TTGAGG-TG-GA--T-TCGAA-AT--TT-AC-A-C-TGTAG-A--TC----ATTAA---ATCC-----TTAAAA-TTA----AGAATATCGAGT-TCGAAAC-AT--
gi|15 : aaT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA--------TG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTTGA-----TTGA-CCC-TGTCT
gi|16 : TA----AAAT-G-TGGGATAAAT--AT--AGATGAAGTACCAGTTTTAAGA-T--AACC----AGG--A-ACGTCCAG-CA-Actcagtat
gi|2 : ATATAGATTCTGTTTTA--AACACTG-A-AG-GCGTGA-CCATTTTG-AA---T-CTCTTCTT--TT--C-GA-AC--GTT-T-ATTGTAATGT---------------A-TCCTTTGA--T-AT-GGTAACT--TTTCATTCAAAATT------TAGTTTCAATTTTTG-T--GATAAGCTTTT----TTTATGTCATTC---CAAATA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AACCAT-CTAACACT-----A----T-AATGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AAAC----------TGTTTTAGAC------AAC-----------C---------TC-CAATGAGC-C-A--CAA----TCTC-ATCTTCT------CCTAAC--GTCAGCAATGGAAACT-CCA----TATG-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAATTA-TTGGATA--T--G---AGGTGAAGTAGCAGTTTTAAGA-----ACT----CAG--A-A-GACCAG-CAGATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAATGTGGAACTCCTTCAAGTTATACCT-TGATATATCTCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GAGGAA--GAG-CCAAGGCCCT-ATGCTAA-TTAT-GACTAATATA-C--TAAGT----ATA-----TT--CCAACA-GTGGGTAGTTTCGT------GGCCCCCCGTCAATCCCGTTCCTC--ATA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTA---GC-GT---AT------AA--CC--AAG-AGCTAGA-TT-CG-A-ATGCATTT-TATAC-TACAGGGGTTTC-AA-AT-GCTGGCA---GGA-T-CAATTA----AGCCAGTCGTTCTTTCTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CAATA---AAGATAAACACTCATCT--ATGAACATTAAGTGATTCTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-GAT--TTTC-G-CTAGAGCAATTTCTATTTA-AGTAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-ACCATGTAGAA--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTATAA-ATA----AAGATAT-T-GT-TCGAAACGAT--TTTC-TA-------GTAGC-ACGA-ACATAATTC--TTCCAT-A--TC-ACTT---CGA-ACAT-ATGAAAC-ACCAA---CATT-T-G-C----AT-ATTC----------AA-A-TA----TGTAACATT-GAACACATGTAAA-A---GTCTG-AACTTTTATTTGA-AATTAA-TTCAAG----TTGACCCC-CGTCT
gi|3 : ATAGATT--GTTTTTTCAACA--GCA-AG-TATTAA-ACAATT-G-AAAAGT-CTCTC-----TT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAAT-CCA--CGAA-AG-TACA-TCCTT-GA--TTATCGGTA--C--TTCAATG-ATAGGT------TA-TCCAAAGTTTTG-CTGGATAT--TTAT----TT---AGCAT-C---CAGAAG-ATAT----GCAA-----AC--TGATT-TC-AAC-AT-CTAG-ACG-----AGAGGT-A--GATCGGC-TTTGGGAT----CTTTG-TTTAAA--GC-TCA---ATC-----------AA-CACGGTTTGTTTGTTTTA--C------AGCGGGTG------CGTAAGGTGATC-C--TG-GC-C-GAGCAA----TCTCTATC-TCT------AG-AAC-GG-CAGCAA--GGAACA-C-AAGGGTA-GGCAG--GGTAGCTA-GC-CTAGAGGAAGT-GAGTGGATA--T------AGAGGAAGT--CAGTTG-AAGA-TTAAGCC----CA-----A-GTCCAGGCA-CTTTTAACTGC-AC-AATAAATAGT-TCGC-TAAGTTGA-AAAA--AAC-TGGAACT-CTTCAAGTTATA--T-TGATA-TA-TC-CAGTCACCACTCAGACTAGTA----GGGT--GAG-C--AGCGGCTGATGCTAA-TTAC-GACTTATATA-CGGTA-GT----A-A-----GTGATCAACAAGTCGGAGATT-CAT------GG--CCC--TCA--CCC-TTTCTC--G---ATGGAGAA-CGTCGT-G-ATTGGCTATTACCAGC-GT---AT------AGAGCC--GAA-GGCTCTA-TT-TGCACATGCATTTATATGC--GCA-GGTTTTCAAA-AAAGC--GCA---AGAAT-CAATTA----AGCCA-TCG-TCTT--GCAT-AATATGAGAA-CAA-TTCATGTC--GATGAAGTCAGAGGGCTTTTGTTC--G--ATAA-ATT---GATCTAATGAATTG-CAATA---AA-ATA---AC---CCT--A-G-ACAT---ATGATTTTT-----------TGTACTA-AT-TTAAT-AATC-TCTC-G-C-AGACAAATTTCTATT---AATAAT-TTGA-G-TG-GA--T-TCG-ACA----T-AC-A--ATGTAG-A--TCATTCATTTAA-CATCCTACATCTGCAA-ATA----AA-AGATC---T-TCGAAAC-ATTATTTC-TA-------GT--T-AC-A-ACA-AAT----CT-CA--A--TC-ACTT---T---ACAT-AT---AC-ACAAA---CTTA-T-G-C----AT-A-TC----------AA-ATTAT---TGTAACATT--AA-A-ATGT-AA-A---GTCTG-AACTTAA-TT
gi|4 : ATATAGATT-T--TTTT--AACA--G-A-AGTGA---A-CCATT--G-AA---T--TCTTCTT--TTT-C-AG-ACTCGTT-TTAT-------CCT---GTA-AG-TACA-TC--TTGA--T-ATCG-TA--C--TTTCA-----AATT------TAGTTTCAA---TT--T--GATAA--TTGA----TTTATGTCATTC---CACAAA-ATAT------AC-----AA--CA--T-TC-AA--AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTT---AT----TT--A-T----A--AC-TCA---ATA-----------AA-C-----------GTTT---AC------A-------------C---------TT-CA-TGAGC-CCA--CAA----TCTC-ATCTTCT------CTAAAC-T-TCAGCAATGGAA-CTAC-A----TA-G-CCA--G-TATG-ATGTTCTA----AAAA-T-TTTTATA--TT-G-------GAAGT-GCCGTTTTAAAA-T--AACC-----AGT-A-A-G-CCAG-CA----TTAAC--CCACTAATAAATAGT-TCGC--AAG--TATAAAAATAAT-TG-AACTC-TTCAAGTTATA--T-TAATA----TCTCA----TCACTCAGA--AGTAT-GGG--A--GAG-C--AGGCGCT-AT-CTAAATTAT-TAC--ATATA-C--TA-G-----ATA-----TT--CCAACAA-TG---AATT-AG-----------CCC--TCA-TCCC-TTGCTC--ATA----GAAA--TGT-TC-GGAATGGCTA--GA--GCAGT---AT------AA-GCCCCGAA-AGCTAGAATT-C----ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AAGATAGCT-GCA---GGAAT-CAATTA----A-CCATTCG--CTT--TCAT-AACAT--GAA-C-ATTCTATGTCTG-----ATTC---GAGTTTTTG-TTCGG--ACAA--TT---AGTCTAATGA-----TGATA---AA-ATA---A--CACCT--A-GAACAT---AAAATTTT--------------TGATAGAT-T--AT-ATT--TTTCGG-CT--AACAATTTCTA-TTA-A--AAT-TTGA---TG-GA--T-T-G-A-AT--TGAAC-A-C-TGTAG----TCA---CTTACA-CACTC-----CT--AA-ATA----AAGATATCT-GA-TCGAAAC-AT--ATTT-CA-------G---T-ACAACACATACATC--TT-CAT-A--TC-ACTT---AG--ACAT-ATG--AC-ACAAT---CATT-T-G-T----A-----C----------AA-A-TATTACTGTAACATT-GAA-A-AT-TAAA-ATAGATCTG-CACTTAT-TTTGA-AATAAA-TTTTACATCATTGACCC
gi|5 : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AG-GATGGA-CCATTT-G-AA---T-CTCTTCTT--TTTTC-AG-AC--GTT-TTATTGCAATGCCTTTTGCA-AA-TACA-TCC-TTGA--T-ATCGGTA--C--TTTCATC--AAATT------TA
gi|5 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcATT-CAAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAATGTCAT----TTCATGTCATTC---CAAATACATGTATACG-AA-----AC--GA--T-TC-AAC-AT-CTAATACT-----A----T-A-----CT-C-TTTG--AT----AC--G-TT---A--AT-Ttgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcaaatttagtctcaaattttgtgataatgtcatttcatgtcattccaaatacatgtatacgaaacgattcaacatctaatactatactctttgatacgttaattatatattaatactcatttatatgatctctttgatctgtttaactcaataaactttgttttacacctcataagccgcaatctaatcatctatgactgtcagcaatggaactatgttataaaatgttggatactagtatagatgaagaagcagttttaagattaactgttacaggtaagtccagcaattttaaccactaataaatagttcacaaggttaaaataatttgaactcttcaattatattcactcagaagtatggggaagaacaggcct
gi|5 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcatatagatttgtttttaacagaaggatggaccatttgaatctcttcttttttcagacgttttattgcaatgccttttgcaaatacatccttgatatcggtactttcatcaaatttatgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--GTTT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-CTT--------TGTTTT--AC-------AC-----------C---------T--CA-TAAGC-C-G--CAA----TCTA-ATCATCT-------ATGAC-TGTCAGCAATGG-AACT--------------AT--G-T---TA-----TA----AAAT-G-TTGGATA--CTAGTATAGATGAAGAAGCAGTTTTAAGATT--AACTGTTACAGGTA-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCA--CAAG--GTTAAAA-TAAT-TTGAACT-CTTCAA-TTATA--T-T------------------CACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAA-C--AGGCatatattaatactcatttatatgatctctttgatctgtttaactcaataaactttgttttacacctcataagccgcaatctaatcatctatgactgtcagcaatggaactatgttataaaatgttggatactagtatagatgaagaagcagttttaagattaactgttacaggtaagtccagcaattttaaccactaataaatagttcacaaggttaaaataatttgaactcttcaattatattcactcagaagtatggggaagaacaggcct
gi|6 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcatatagatttgtttttaacagaaggatggaccatttgaatctcttcttttttcagacgttttattgcaatgccttttgcaaatacatccttgatatcggtactttcatcaaatttatgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcaaatttagtctcaaattttgtgataatgtcatttcatgtcattccaaatacatgtatacgaaacgattcaacatctaatactatactctttgatacgttaattatatattaatactcattATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AG-GACTGAACCATAT-G-TA---T--TCCTCTT--TC-----G-AA--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AG-TACA-TCCTT-GA--T-ATCGGTA--C--TTT---T-CAAATT------TAGTCTCAAATTTT--T--GATAA--TT--------TATGTTATTCATACCAACA-ACAT---C-TAACTGCTACTACG--T-TTTGAT-AC-GTAATACTCAGTTA----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT-----------------------------------------------TTA-AC--------------------C---------TC--A-TA--C-C----CAA----TC-C-ATCTCAC------AATGAC-TGTCTGTAATG--AACT---------------------ATGT---T-CTG----AAAT-G-TTGGATA--T------AGATGGAGCAG-----TTAAGA-T--AACC----AAG--A-AAGTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAA-AAATAG--TCGC-CA----GATTAAA-T-AT-TGGAACT-CTTCAAGTT-TA--TGTGATG-ATATCTCAG---CCACTCAGA--AGTATAAGGGAA--GAG-----GGC-CT-ATG-TAA-T----------TATA-C--TA--T----ATA-----TT--CCAACAAGTGGG--ATT-CGT------G--CCCC--TC-ATTCC-TTGCTC---TA-AGG--AAATCATCT--GAATTGGCTAct
gi|7 : tttcaattcattaaaaccttttctttcatttagaagctgaggtcaatgtgcatcagaatatgatgcagtattatttaataatgttaagatatacttgtaatagtcaagttttgtagttatttcATATATATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AG-GATAGAACCATTT-G-AA---T-TTCTTCTTGTTT--C-AG-AT--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AG-TACA-T-CTTTGA--T-ATCGGTA--C--TTCC-----AAATTTACCGGTAGTCTCAAATTTTG-TC-GATAATGTTAT----TTTATGTCATTT---CAAAT--ATA----CG-AA-----AC--GA--T-TC-AAC-GT-CTAACGCT-----A----T-A-----CT-G-TTTG--AT----AC--G-TT---AATAC-TTATTTATATGATCTCTTTGAT-C----------TG-TTTA-ACTCAATAAACTTTATTTTACAC---------CT-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTC-ATCATCTATGATCTATGAC-TGTCAGCAATGGAAaactaac
gi|8 : tttaattagattgttgtttacttgtacatattgtcttgtgattctacatctgaaaaacaaccttttcttcattttagaagttagggctcaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatatgtctataattgttaagaatgtttacattgtagatagtaaaagttttgtaattatttcTTC-AA-AATGCTGCAA---GGAAT-CAATTA----AACCA-TCGTTCTT--TCATAA-TAT--GAA-CTATTTCATGTCTG-ATGAATTCAGA-GGCTTTTGTTTCGG--ACAATTTT---AGTCTAATGAATTG-CAATA---AAGATA---ACA---CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GT-TACTAGAT-T--AT-GAT--TTTC-G-CTAG-ACAATTTCTATTT--AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-C-TATAG-A--TC----ATTAAA--A-TC-----CTA-AA-ATA----AAGATATCT-G--TCGAAAC-AT--ATTCTTA-------G---T-ACAA-ACATAAATC--TT-CTT---------TT---TG--ACA------------CAA---CATT-TGG-C----AT-A-TC----------AATA-TTT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTATA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCAAT----TGGACCCCGCGTCTgtacat
gi|9 : ---ACTCACCTTTA--AACAT---ATGATTTTTTTATAATGTAGTGTACTAGATCT--ATGAATAATTTC-G-CT--AACAACTTC-GTCTATACTAAG-TTGAGGATGTGA--TCTCG-A-ATTATT-ACAA-CCTGTAG-AGGTAC---TTTAAAGCA-TC-----CTAAAA-ATATAAGAAGATATCT-GTATC--AAC-AA--TTTC-TG-------GTA-TCACAG-ACATAAT----TT-CATAA--TC-ACTT---AG--ACATAATG-ATCAACCAAGAGTATC-T-A-TGACAAT-A-TCCAACGACTTTAA-G-TAT---TGTAACATctcagtactctcagtacttt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATTGGTCAGAATGTTCACATTATAAACAGTTGCAATTTCGTAGTTCTTTGTATATTTTTGTTTTTAAGAGAAGGATGAAACCTTATGAGTCTTCTTTGCCATTTTGTCATATTCAGAGGTTTT
Unaligned ( gi|17 ): ATGGCCAGAATTGTTAATTTAATTGACCTCGTCTCTCAGTACTTTCAGTACTATG
Unaligned ( gi|18 ): TTTAAAGACAGACATGCATATTTACATTTTTGTATTAAATCATTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1111 111 22222 222222 11111 2222222222 111 111 2222222222222222222222 222222222222222 1111 111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 2222222222 666666666666666666666666666666666 1111 444444444 1111 33333333333333 2 11 44444444444444 1111 11111111 11 222222222222222 11 111 222222 111111 2222222 11 222 1 111 3333333333 11 1 1 222222 1 11 1 11 111 111 1111 1 22 333 1 11 222 11 11 111 111 1 22222222222222222 111 44444444444 1111 11 222 2222 1111 11111 1111 111 3333333333333 1 1111 2222222 1 222 1 111 1111 111 2222222222 11111 22222 1
lowQualScore : 5 66 66 4 4 0 5 1 4 4 22 66 3333 4 66 4 1 000 1 5 9 3 66 5 66 66 888 88888 555555 2 66666 4444444444 0 000 0 000 8888888888888888888888 5 55 5 5 1 222222222222222 5 5 66 0000 7777 222222 5 000 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 5555 2222 6 4444444444 55 3 777777777777777777777777777777777 2222 777 000000000 44 99 0 1111 11111111111111 1 5 77 99 6 3 6 77 1 99 6 0 8 0 0 11 8 3 44444444444444 99 6 99 4444 5 88 88 8 0 55555555 8 11 888888888888888 11 44 444 5 333333 5 888888 8 8888888 66 3 11 3 3 222 0 777 6666666666 33 0 0 666666 0 33 2 6 8 77 000 444 0 8 7777 3 6 11 333 0 0 11 8 6 5 0 000 0 6 3 11 44 444 0 0 8 444 0 77777777777777777 111 11111111111 2 5555 6 55 6 6 7 88 3 5 4 5 5 66 5 5 5 66 5 5 222 9999 1111 0 8888 22222 7 55 5555 66666 5 222 5 0000000000000 0 9999 5 0000 5 2222222 0 333 5 0 333 5 5 5 0000 000 1111111111 555 777 66666 5 00000 5 55 6 6 4 88888 5 8
lowQualScore : . .. .. . . . . . . . .. .. .... . .. . . ... . . . . .. . .. .. ... ..... ...... . ..... .......... . ... . ... ...................... . .. . . . ............... . . .. .... .... ...... . ... ....................................................................... . . .... .... . .......... .. . ................................. .... ... ......... .. .. . .... .............. . . .. .. . . . .. . .. . . . . . .. . . .............. .. . .. .... . .. .. . . ........ . .. ............... .. .. ... . ...... . ...... . ....... .. . .. . . ... . ... .......... .. . . ...... . .. . . . .. ... ... . . .... . . .. ... . . .. . . . . ... . . . .. .. ... . . . ... . ................. ... ........... . .... . .. . . . .. . . . . . .. . . . .. . . ... .... .... . .... ..... . .. .... ..... . ... . ............. . .... . .... . ....... . ... . . ... . . . .... ... .......... ... ... ..... . ..... . .. . . . ..... . .
lowQualScore : 0 11 11 4 4 1 3 9 4 4 99 11 3333 4 11 4 0 999 4 0 2 2 99 0 99 99 888 55555 666666 2 77777 6666666666 1 000 3 666 1111111111111111111111 7 99 7 7 7 444444444444444 0 0 99 6666 0000 888888 0 000 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 7 3333 1111 6 7777777777 99 6 333333333333333333333333333333333 1111 333 333333333 99 33 7 6666 66666666666666 7 7 11 22 7 2 7 77 7 22 7 8 0 0 8 00 0 2 55555555555555 22 7 22 2222 0 88 22 0 8 88888888 0 00 666666666666666 00 00 000 0 000000 0 444444 0 0000000 44 2 22 8 2 555 0 555 5555555555 88 0 0 222222 0 22 5 0 0 22 888 000 8 0 0000 2 0 00 666 6 8 00 0 0 6 8 666 8 0 8 00 00 000 8 8 0 000 0 66666666666666666 777 22222222222 5 0000 7 88 7 7 3 99 6 0 5 0 0 99 0 0 0 99 0 0 999 0000 1111 2 9999 55555 6 44 6666 88888 0 999 7 0000000000000 0 5555 0 9999 0 2222222 0 888 0 8 888 0 0 0 6666 111 9999999999 999 888 88888 0 99999 0 44 7 7 8 00000 0 0
consensus : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATNGAACCATTT-G-AAT-CTCTTCT--TTT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACATCCTTTGA--T-ATCGGTA--C--TT---TCAT---AAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAA--TTNT----TTTATGTCATTC---CAAANA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AAC-AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-C----------TGTTTTA-AC------AAC-----------C---------TC-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTCATCATCT------CN-NGAC-TGTCAGCAATGGAAACT-C-A----TA-G-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAAT-G-TTGGATA--T--G---AGATGAAGTAGCAGTTTTAAGA-T--AACC----CAG--A-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAAT-TGGAACTCCTTCAAGTTATA--T-TGATA-AT-TCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAG-C--AGGCGCT-ATGCTAA-TTAC-GACTAATATA-C--TA-GT----ATA-----TT--CCAACAAGTGGGT-GATTCGT------GGCCCCC--TCAATCCC-TTGCTC--GTA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTAC--GC-GT---AT------AG-GCC--GAA-AGCTAGA-TT-CGCA-ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AA-ATAGCTGGCA---GGAAT-CAATTA----AGCCA-TCGTTCTT-CTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CGATA---AAGATAACCAC----CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-AAT--TTTC-G-CTAGAACAATTTCTATTTA-AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-CATGTAG-A--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTANAA-ATA----AAGATATCT-GT-TCGAAAC-AT--NTTC-TA-------GTA-T-ACAA-ACATAATTC--TT-CAT-A--TC-ACTT---CG--ACAT-ATG-AAC-ACNAA---CATT-T-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCGAT----TTGACCCC-CGTCT
Reference ( family-6895 ) : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATNGAACCATTT-G-AAT-CTCTTCT--TTT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACATCCTTTGA--T-ATCGGTA--C--TT---TCAT---AAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAA--TTNT----TTTATGTCATTC---CAAANA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AAC-AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-C----------TGTTTTA-AC------AAC-----------C---------TC-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTCATCNTCT------CN-TGAC-TGTCAGCAATGGAAACT-C-A----TA-G-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAAT-G-TTGGATA--T--G---AGATGAAGTAGCAGTTTTAAGA-T--AACC----CAG--A-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAAT-TGGAACTCCTTCAAGTTATA--T-TGATA-AT-TCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAG-C--AGGCGCT-ATGCTAA-TTAC-GACTAATATA-C--TA-GT----ATA-----TT--CCAACAAGTGGGT-GATTCGT------GGCCCCC--TCAATCCC-TTGCTC--GTA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTAC--GC-GT---AT------AG-GCC--GAA-AGCTAGA-TT-CGCA-ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AA-ATAGCTGGCA---GGAAT-CAATTA----AGCCA-TCGTTCTT-CTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CGATA---AAGATAACCAC----CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-AAT--TTTC-G-CTAGAACAATTTCTATTTA-AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-CATGTAG-A--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTANAA-ATA----AAGATATCT-GT-TCGAAAC-AT--NTTC-TA-------GTA-T-ACAA-ACATAATTC--TT-CAT-A--TC-ACTT---CG--ACAT-ATG-AAC-ACNAA---CATT-T-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCGAT----TTGACCCC-CGTCT
gi|1 : TATAGATG-TTTTTTA--AACA--G-ATAGAAT-GAAACATTT-GCAATTCTGTCTT--TTT--C-AGTAC--GTTGTTATTGTAATGCGTATGGAAGAGTAAATCCGTTGGATT-ATCGGTA--CGTTT---TTGT---AAATT------TAGTGTTAAATTTTGGT--GATAA--TTTTATGTTTTATGTCATTC---CATAGT-ATAA---CGTAA-----AC--TA--TGTC--AC-ATGCTAACACTG----G----TGA-TGATCT-CTTTTG--ATTGTGCT--T-TT---A--ACATCA---ATA-----------CA-CTT--------TGTTGTT-AC------A-------------C---------TCTCA-TGAGCTT-G--CAAGTCCTCTGATCATCT------CT-AAACTTGTCAACAATGGAA----C-A----TATA-CATTGG-TATGTATGT-CTA----TAAT-G-TTGAA-------G---AG----AATA-CA---TTAAGA-T--AAC-------G--AGA-GTCCAG--A-ATTTTAAC--C-ACTAAGAAATATTGTCGCACAGT--GTTAAAA-T
gi|1 : -AT-TCTC-GT----ACTCAGA--AGTAT-GGCGAGATGAATC--AGGCGC--ATCTCAA-TTACAGATTATTATATC--TA-GTTATTATAGTTTTTT--CCAACAAATGTGT-GATTAGTTCATCTGGCCCCC--TCTATCCC-TTGCTTCAGTTTAGGGAAGATCGTTTCTGAATTGGCTATTAC--AC-GTTACATGTGTTCAG-TCC--GAAGAGCTAGA-TTTCGTA-ATGCATTT-TATACATGCCGCGGTTTCGAA-AT-TCTG-CATTAGGAATGCAATTATTTAAGCCA-TGG--CTT-C-AAGAAATAT--GGAGCAAGTTCA-GTT--GATGATTCCAGGGGTCTTTTGAT-CGGGTAAAA-TTTCTAAGTCGAA--GATTGTCGACATATAAGATA-CGAC----GT--A---ACAT---ATGATTTT-----------GTGTACTAGAT----AT-AAT--TC-C-GTCTAGAACA---TCTATTTA-GATAATGTTG-GG-TG-GGATT-TCG-A-AT--GT-AC-A-GATGTAG-A--T-A---AT--AA----TC-----CTACAATATAT---CAGAT--CT-TT-CTGAAA---T--ATTC-TA-------GTA-----AA-ACATAATTCGCTT-GCT-A--TCTACTTTATCG--ACAT-ATG-A-C-ACAGAT--CATG-T-GGC----ATGA-TC----------AA-A-TAT---T------------------TACA-A---GTCTGGAACTTAT-TTTGACAATTAATTTCAAT----TTGA--TC-CGTCTttattattcatctcaaatgttttattttttttttttgttattttattatttttttcaagattctcgtactcagaagtatggcgagatgaatcaggcgcatctcaattacagattattatatctagttattatagttttttccaacaaatgtgtgattagttcatctggccccctctatcccttgcttcagtttagggaagatcgtttctgaattggctattacacgttacatgtgttcagtccgaagagctagatttcgtaatgcattttatacatgccgcggtttcgaaattctgcattaggaatgcaattatttaagccatggcttcaagaaatatggagcaagttcagttgatgattccaggggtcttttgatcgggtaaaatttctaagtcgaagattgtcgacatataagatacgacgtaacatatgattttgtgtactagatataattccgtctagaacatctatttagataatgttgggtgggatttcgaatgtacagatgtagataataatcctacaatatatcagatctttctgaaatattctagtaaaacataattcgcttgctatctactttatcgacatatgacacagatcatgtggcatgatcaaatatttacaagtctggaacttattttgacaattaatttcaatttgatccgtctttcagtacttctc
gi|10 : tatagatgttttttaaacagatagaatgaaacatttgcaattctgtctttttcagtacgttgttattgtaatgcgtatggaagagtaaatccgttggattatcggtacgtttttgtaaatttagtgttaaattttggtgataattttatgttttatgtcattccatagtataacgtaaactatgtcacatgctaacactggtgatgatctcttttgattgtgcttttaacatcaatacactttgttgttacactctcatgagcttgcaagtcctctgatcatctctaaacttgtcaacaatggaacatatacattggtatgtatgtctataatgttgaagagaatacattaagataacgagagtccagaattttaaccactaagaaatattgtcgcacagtgttaaaatttattattcatctcaaatgttttattttttttttttgttattttattatttttttcaag-AACAAT-TTGAAG-TG-GA--T-TCA-A-AT--GT-A--A-C---TAT-A--TC----ATTCAA-CA-TC-----CTAAAA---G----AAGAGGTCT-GT-GAGAAAC-CTA-TTTC-TAATACAGTGTA-T-TTAAGACATAATTA--TT-CAT-GTTTC-ACTT---CGTTAGATCATG--AC-AC-AA---CATT-T-G-C----AT---TC----------AA-C-TAT---TGTAACATT-G-T-A-ATGTAAATA---GTCTG-AA-TTA---TTGA-A--TAA-TTTAA-----TTGA-CCC-CGTCTttcagtacttctc
gi|11 : agagactatgtttttgcctcatcaaacTATATTTT-TGTTTTT--AAGA--G-A-AGGATGAAACCTTAT-G-AG---TCTTCT--TT------G-CC--ATT-TTGTCATActcatactttcagtact
gi|12 : attggtcagaatgttcacattataaacagttgcaatttcgtagttctttgAA-ACATAATTC--TT-CAT-A--TC-ACTA---TT--ACAC-ATG-A-C-AC-AA---CATTGT-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATTGGAA-A-AAGTAAA-A---GTTT--AATTAAT-TTttcagaggtttt
gi|13 : taatgcgatgattatgctgtt--AACA--G-A-AAGATGGAACCATTT-G-AAT-CTCTTTT--TCC--CCAG-AC--GTT-TTATAGTAATGCCTTTCGCA-AGTTCATCC-TTGA--T-AATGGTA--C--TT---TC-----AAATTTACCGGTAGTCTCAAAcattgacc
gi|14 : -TTGAGG-TG-GA--T-TCGAA-AT--TT-AC-A-C-TGTAG-A--TC----ATTAA---ATCC-----TTAAAA-TTA----AGAATATCGAGT-TCGAAAC-AT--
gi|15 : aaT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA--------TG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTTGA-----TTGA-CCC-TGTCT
gi|16 : TA----AAAT-G-TGGGATAAAT--AT--AGATGAAGTACCAGTTTTAAGA-T--AACC----AGG--A-ACGTCCAG-CA-Actcagtat
gi|2 : ATATAGATTCTGTTTTA--AACACTG-A-AGGCGTGA-CCATTTTG-AAT-CTCTTCT--TTT--C-GA-AC--GTT-T-ATTGTAATGT--------------ATCCTTTGA--T-AT-GGTAACT--TT---TCATTCAAAATT------TAGTTTCAATTTTTG-T--GATAAGCTTTT----TTTATGTCATTC---CAAATA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AACCAT-CTAACACT-----A----T-AATGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AAAC----------TGTTTTAGAC------AAC-----------C---------TC-CAATGAGC-C-A--CAA----TCTCATCTTCT------CC-TAAC--GTCAGCAATGGAAACT-CCA----TATG-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAATTA-TTGGATA--T--G---AGGTGAAGTAGCAGTTTTAAGA-----ACT----CAG--A-A-GACCAG-CAGATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAATGTGGAACTCCTTCAAGTTATACCT-TGATATATCTCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GAGGAA--GAG-CCAAGGCCCT-ATGCTAA-TTAT-GACTAATATA-C--TAAGT----ATA-----TT--CCAACA-GTGGGTAGTTTCGT------GGCCCCCCGTCAATCCCGTTCCTC--ATA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTA---GC-GT---AT------AA--CC--AAG-AGCTAGA-TT-CG-A-ATGCATTT-TATAC-TACAGGGGTTTC-AA-AT-GCTGGCA---GGA-T-CAATTA----AGCCAGTCGTTCTTTCTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CAATA---AAGATAAACACTCATCT--ATGAACATTAAGTGATTCTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-GAT--TTTC-G-CTAGAGCAATTTCTATTTA-AGTAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-ACCATGTAGAA--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTATAA-ATA----AAGATAT-T-GT-TCGAAACGAT--TTTC-TA-------GTAGC-ACGA-ACATAATTC--TTCCAT-A--TC-ACTT---CGA-ACAT-ATGAAAC-ACCAA---CATT-T-G-C----AT-ATTC----------AA-A-TA----TGTAACATT-GAACACATGTAAA-A---GTCTG-AACTTTTATTTGA-AATTAA-TTCAAG----TTGACCCC-CGTCT
gi|3 : ATAGATT--GTTTTTTCAACA--GCA-AGTATTAAACAATTG-A-AAA-GTCT-CT--CTT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAAT-CCA--CGAA-AGTACATCCTT-GA--TTATCGGTA--C--TTCAATGAT---AGGTT--------ATCCAAAGTTTTG-CTGGATAT--TTAT----TT---AGCAT-C---CAGAAG-ATAT----GCAA-----AC--TGATT-TC-AAC-AT-CTAG-ACG-----AGAGGT-A--GATCGGC-TTTGGGAT----CTTTG-TTTAAA--GC-TCA---ATC-----------AA-CACGGTTTGTTTGTTTTA--C------AGCGGGTG------CGTAAGGTGATC-C--TG-GC-C-GAGCAA----TCTC--TATCT------CT-AGAA-CGGCAGCAA--GGAACA-C-AAGGGTA-GGCAG--GGTAGCTA-GC-CTAGAGGAAGT-GAGTGGATA--T------AGAGGAAGT--CAGTTG-AAGA-TTAAGCC----CA-----A-GTCCAGGCA-CTTTTAACTGC-AC-AATAAATAGT-TCGC-TAAGTTGA-AAAA--AAC-TGGAACT-CTTCAAGTTATA--T-TGATA-TA-TC-CAGTCACCACTCAGACTAGTA----GGGT--GAG-C--AGCGGCTGATGCTAA-TTAC-GACTTATATA-CGGTA-GT----A-A-----GTGATCAACAAGTCGGA-GATTCAT------GG--CCC--TCA--CCC-TTTCTC--G---ATGGAGAA-CGTCGT-G-ATTGGCTATTACCAGC-GT---AT------AGAGCC--GAA-GGCTCTA-TT-TGCACATGCATTTATATGC--GCA-GGTTTTCAAA-AAAGC--GCA---AGAAT-CAATTA----AGCCA-TCG-TCTT--GCAT-AATATGAGAA-CAA-TTCATGTC--GATGAAGTCAGAGGGCTTTTGTTC--G--ATAA-ATT---GATCTAATGAATTG-CAATA---AA-ATAAC--C----CT--A-G-ACAT---ATGATTTTT-----------TGTACTA-AT-TTAAT-AATC-TCTC-G-C-AGACAAATTTCTATT---AATAAT-TTGA-G-TG-GA--T-TCG-ACA----T-AC-A--ATGTAG-A--TCATTCATTTAA-CATCCTACATCTGCAA-ATA----AA-AGATC---T-TCGAAAC-ATTATTTC-TA-------GT--T-AC-A-ACA-AAT----CT-CA--A--TC-ACTT---T---ACAT-AT---AC-ACAAA---CTTA-T-G-C----AT-A-TC----------AA-ATTAT---TGTAACATT--AA-A-ATGT-AA-A---GTCTG-AACTTAA-TT
gi|4 : ATATAGATT-T--TTTT--AACA--G-A-AG---TGAACCATT--G-AAT--TCTTCT--TTTT-C-AG-ACTCGTT-TTAT-------CCT---GTA-AGTACATC--TTGA--T-ATCG-TA--C--TT---TCA-----AATT------TAGTTTCAA---TT--T--GATAA--TTGA----TTTATGTCATTC---CACAAA-ATAT------AC-----AA--CA--T-TC-AA--AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTT---AT----TT--A-T----A--AC-TCA---ATA-----------AA-C-----------GTTT---AC------A-------------C---------TT-CA-TGAGC-CCA--CAA----TCTCATCTTCT------CT-AAAC-T-TCAGCAATGGAA-CTAC-A----TA-G-CCA--G-TATG-ATGTTCTA----AAAA-T-TTTTATA--TT-G-------GAAGT-GCCGTTTTAAAA-T--AACC-----AGT-A-A-G-CCAG-CA----TTAAC--CCACTAATAAATAGT-TCGC--AAG--TATAAAAATAAT-TG-AACTC-TTCAAGTTATA--T-TAATA----TCTCA----TCACTCAGA--AGTAT-GGG--A--GAG-C--AGGCGCT-AT-CTAAATTAT-TAC--ATATA-C--TA-G-----ATA-----TT--CCAACAA-----T-GAAT--T------AGCCCTC-----ATCCC-TTGCTC--ATA----GAAA--TGT-TC-GGAATGGCTA--GA--GCAGT---AT------AA-GCCCCGAA-AGCTAGAATT-C----ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AAGATAGCT-GCA---GGAAT-CAATTA----A-CCATTCG--CTT--TCAT-AACAT--GAA-C-ATTCTATGTCTG-----ATTC---GAGTTTTTG-TTCGG--ACAA--TT---AGTCTAATGA-----TGATA---AA-ATAA-CAC----CT--A-GAACAT---AAAATTTT--------------TGATAGAT-T--AT-ATT--TTTCGG-CT--AACAATTTCTA-TTA-A--AAT-TTGA---TG-GA--T-T-G-A-AT--TGAAC-A-C-TGTAG----TCA---CTTACA-CACTC-----CT--AA-ATA----AAGATATCT-GA-TCGAAAC-AT--ATTT-CA-------G---T-ACAACACATACATC--TT-CAT-A--TC-ACTT---AG--ACAT-ATG--AC-ACAAT---CATT-T-G-T----A-----C----------AA-A-TATTACTGTAACATT-GAA-A-AT-TAAA-ATAGATCTG-CACTTAT-TTTGA-AATAAA-TTTTACATCATTGACCC
gi|5 : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATGGA-CCATTT-G-AAT-CTCTTCT--TTTTTC-AG-AC--GTT-TTATTGCAATGCCTTTTGCA-AATACATCC-TTGA--T-ATCGGTA--C--TT---TCATC--AAATT------TA
gi|5 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttc---AAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAATGTCAT----TTCATGTCATTC---CAAATACATGTATACG-AA-----AC--GA--T-TC-AAC-AT-CTAATACT-----A----T-A-----CT-C-TTTG--AT----AC--G-TT---A--AT-Ttgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcaaatttagtctcaaattttgtgataatgtcatttcatgtcattccaaatacatgtatacgaaacgattcaacatctaatactatactctttgatacgttaattatatattaatactcatttatatgatctctttgatctgtttaactcaataaactttgttttacacctcataagccgcaatctaatcatctatgactgtcagcaatggaactatgttataaaatgttggatactagtatagatgaagaagcagttttaagattaactgttacaggtaagtccagcaattttaaccactaataaatagttcacaaggttaaaataatttgaactcttcaattatattcactcagaagtatggggaagaacaggcct
gi|5 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcatatagatttgtttttaacagaaggatggaccatttgaatctcttcttttttcagacgttttattgcaatgccttttgcaaatacatccttgatatcggtactttcatcaaatttatgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--GTTT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-CTT--------TGTTTT--AC-------AC-----------C---------T--CA-TAAGC-C-G--CAA----TCTAATCATCT-------A-TGAC-TGTCAGCAATGG-AACT--------------AT--G-T---TA-----TA----AAAT-G-TTGGATA--CTAGTATAGATGAAGAAGCAGTTTTAAGATT--AACTGTTACAGGTA-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCA--CAAG--GTTAAAA-TAAT-TTGAACT-CTTCAA-TTATA--T-T------------------CACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAA-C--AGGCatatattaatactcatttatatgatctctttgatctgtttaactcaataaactttgttttacacctcataagccgcaatctaatcatctatgactgtcagcaatggaactatgttataaaatgttggatactagtatagatgaagaagcagttttaagattaactgttacaggtaagtccagcaattttaaccactaataaatagttcacaaggttaaaataatttgaactcttcaattatattcactcagaagtatggggaagaacaggcct
gi|6 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcatatagatttgtttttaacagaaggatggaccatttgaatctcttcttttttcagacgttttattgcaatgccttttgcaaatacatccttgatatcggtactttcatcaaatttatgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcaaatttagtctcaaattttgtgataatgtcatttcatgtcattccaaatacatgtatacgaaacgattcaacatctaatactatactctttgatacgttaattatatattaatactcattATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGACTGAACCATAT-G-TAT--TCCTCT--TTC-----G-AA--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACATCCTT-GA--T-ATCGGTA--C--TT---TT-C---AAATT------TAGTCTCAAATTTT--T--GATAA--TT--------TATGTTATTCATACCAACA-ACAT---C-TAACTGCTACTACG--T-TTTGAT-AC-GTAATACTCAGTTA----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT-----------------------------------------------TTA-AC--------------------C---------TC--A-TA--C-C----CAA----TC-CATC-TCA------CAATGAC-TGTCTGTAATG--AACT---------------------ATGT---T-CTG----AAAT-G-TTGGATA--T------AGATGGAGCAG-----TTAAGA-T--AACC----AAG--A-AAGTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAA-AAATAG--TCGC-CA----GATTAAA-T-AT-TGGAACT-CTTCAAGTT-TA--TGTGATG-ATATCTCAG---CCACTCAGA--AGTATAAGGGAA--GAG-----GGC-CT-ATG-TAA-T----------TATA-C--TA--T----ATA-----TT--CCAACAAGTGG---GATTCGT------G--CCCC--TC-ATTCC-TTGCTC---TA-AGG--AAATCATCT--GAATTGGCTAct
gi|7 : tttcaattcattaaaaccttttctttcatttagaagctgaggtcaatgtgcatcagaatatgatgcagtattatttaataatgttaagatatacttgtaatagtcaagttttgtagttatttcATATATATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATAGAACCATTT-G-AAT-TTCTTCTTGTTT--C-AG-AT--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACAT-CTTTGA--T-ATCGGTA--C--TT---CC-----AAATTTACCGGTAGTCTCAAATTTTG-TC-GATAATGTTAT----TTTATGTCATTT---CAAAT--ATA----CG-AA-----AC--GA--T-TC-AAC-GT-CTAACGCT-----A----T-A-----CT-G-TTTG--AT----AC--G-TT---AATAC-TTATTTATATGATCTCTTTGAT-C----------TG-TTTA-ACTCAATAAACTTTATTTTACAC---------CT-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTCATCATCTATGATCTA-TGAC-TGTCAGCAATGGAAaactaac
gi|8 : tttaattagattgttgtttacttgtacatattgtcttgtgattctacatctgaaaaacaaccttttcttcattttagaagttagggctcaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatatgtctataattgttaagaatgtttacattgtagatagtaaaagttttgtaattatttcTTC-AA-AATGCTGCAA---GGAAT-CAATTA----AACCA-TCGTTCTT--TCATAA-TAT--GAA-CTATTTCATGTCTG-ATGAATTCAGA-GGCTTTTGTTTCGG--ACAATTTT---AGTCTAATGAATTG-CAATA---AAGATAA-CA-----CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GT-TACTAGAT-T--AT-GAT--TTTC-G-CTAG-ACAATTTCTATTT--AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-C-TATAG-A--TC----ATTAAA--A-TC-----CTA-AA-ATA----AAGATATCT-G--TCGAAAC-AT--ATTCTTA-------G---T-ACAA-ACATAAATC--TT-CTT---------TT---TG--ACA------------CAA---CATT-TGG-C----AT-A-TC----------AATA-TTT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTATA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCAAT----TGGACCCCGCGTCTgtacat
gi|9 : CAC----CTTTA--AACAT---ATGATTTTTTTATAATGTAGTGTACTAGATCT--ATGAATAATTTC-G-CT--AACAACTTC-GTCTATACTAAG-TTGAGGATGTGA--TCTCG-A-ATTATT-ACAA-CCTGTAG-AGGTAC---TTTAAAGCA-TC-----CTAAAA-ATATAAGAAGATATCT-GTATC--AAC-AA--TTTC-TG-------GTA-TCACAG-ACATAAT----TT-CATAA--TC-ACTT---AG--ACATAATG-ATCAACCAAGAGTATC-T-A-TGACAAT-A-TCCAACGACTTTAA-G-TAT---TGTAACATctcagtactctcagtacttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATGGCCAGAATTGTTAATTTAATTGACCTCGTCTCTCAGTACTTTCAGTACTATG
Unaligned ( gi|18 ): TTTAAAGACAGACATGCATATTTACATTTTTGTATTAAATCATTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1111 111 22222 222222 11111 2222222222 111 111 2222222222222222222222 222222222222222 1111 111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 222222222222 666666666666666666666666666666666 1111 444444444 1111 33333333333333 2 11 44444444444444 1111 11111111 11 222222222222222 11 111 222222 111111 2222222 11 222 1 111 3333333333 11 1 1 222222 1 11 1 11 111 111 1111 1 22 333 1 11 222 11 11 111 111 1 22222222222222222 111 44444444444 1111 11 222 2222 1111 11111 1111 111 3333333333333 1 1111 2222222 1 222 1 111 1111 111 2222222222 11111 22222 1
lowQualScore : 5 66 66 4 4 0 5 1 4 4 22 66 3333 4 66 4 1 000 1 5 9 3 66 5 66 66 888 88888 555555 2 66666 4444444444 0 000 0 000 8888888888888888888888 5 55 5 5 1 222222222222222 5 5 66 0000 7777 222222 5 000 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 5555 2222 22 777777777777 55 3 777777777777777777777777777777777 2222 777 000000000 44 99 0 1111 11111111111111 1 5 77 99 6 3 6 77 1 99 6 0 8 0 0 11 8 3 44444444444444 99 6 99 4444 5 88 88 8 0 55555555 8 11 888888888888888 11 44 444 5 333333 5 888888 8 8888888 66 3 11 3 3 222 0 777 6666666666 33 0 0 666666 0 33 2 6 8 77 000 444 0 8 7777 3 6 11 333 0 0 11 8 6 5 0 000 0 6 3 11 44 444 0 0 8 444 0 77777777777777777 111 11111111111 2 5555 6 55 6 6 7 88 3 5 4 5 5 66 5 5 5 66 5 5 222 9999 1111 0 8888 22222 7 55 5555 66666 5 222 5 0000000000000 0 9999 5 0000 5 2222222 0 333 5 0 333 5 5 5 0000 000 1111111111 555 777 66666 5 00000 5 55 6 6 4 88888 5 8
lowQualScore : . .. .. . . . . . . . .. .. .... . .. . . ... . . . . .. . .. .. ... ..... ...... . ..... .......... . ... . ... ...................... . .. . . . ............... . . .. .... .... ...... . ... ....................................................................... . . .... .... .. ............ .. . ................................. .... ... ......... .. .. . .... .............. . . .. .. . . . .. . .. . . . . . .. . . .............. .. . .. .... . .. .. . . ........ . .. ............... .. .. ... . ...... . ...... . ....... .. . .. . . ... . ... .......... .. . . ...... . .. . . . .. ... ... . . .... . . .. ... . . .. . . . . ... . . . .. .. ... . . . ... . ................. ... ........... . .... . .. . . . .. . . . . . .. . . . .. . . ... .... .... . .... ..... . .. .... ..... . ... . ............. . .... . .... . ....... . ... . . ... . . . .... ... .......... ... ... ..... . ..... . .. . . . ..... . .
lowQualScore : 0 11 11 4 4 1 3 9 4 4 99 11 3333 4 11 4 0 999 4 0 2 2 99 0 99 99 888 55555 666666 2 77777 6666666666 1 000 3 666 1111111111111111111111 7 99 7 7 7 444444444444444 0 0 99 6666 0000 888888 0 000 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 7 3333 1111 11 999999999999 99 6 333333333333333333333333333333333 1111 333 333333333 99 33 7 6666 66666666666666 7 7 11 22 7 2 7 77 7 22 7 8 0 0 8 00 0 2 55555555555555 22 7 22 2222 0 88 22 0 8 88888888 0 00 666666666666666 00 00 000 0 000000 0 444444 0 0000000 44 2 22 8 2 555 0 555 5555555555 88 0 0 222222 0 22 5 0 0 22 888 000 8 0 0000 2 0 00 666 6 8 00 0 0 6 8 666 8 0 8 00 00 000 8 8 0 000 0 66666666666666666 777 22222222222 5 0000 7 88 7 7 3 99 6 0 5 0 0 99 0 0 0 99 0 0 999 0000 1111 2 9999 55555 6 44 6666 88888 0 999 7 0000000000000 0 5555 0 9999 0 2222222 0 888 0 8 888 0 0 0 6666 111 9999999999 999 888 88888 0 99999 0 44 7 7 8 00000 0 0
consensus : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATNGAACCATTT-G-AAT-CTCTTCT--TTT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACATCCTTTGA--T-ATCGGTA--C--TT---TCAT---AAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAA--TTNT----TTTATGTCATTC---CAAANA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AAC-AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-C----------TGTTTTA-AC------AAC-----------C---------TC-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTCATCATCT------CNN---GAC-TGTCAGCAATGGAAACT-C-A----TA-G-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAAT-G-TTGGATA--T--G---AGATGAAGTAGCAGTTTTAAGA-T--AACC----CAG--A-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAAT-TGGAACTCCTTCAAGTTATA--T-TGATA-AT-TCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAG-C--AGGCGCT-ATGCTAA-TTAC-GACTAATATA-C--TA-GT----ATA-----TT--CCAACAAGTGGGT-GATTCGT------GGCCCCC--TCAATCCC-TTGCTC--GTA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTAC--GC-GT---AT------AG-GCC--GAA-AGCTAGA-TT-CGCA-ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AA-ATAGCTGGCA---GGAAT-CAATTA----AGCCA-TCGTTCTT-CTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CGATA---AAGATAACCAC----CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-AAT--TTTC-G-CTAGAACAATTTCTATTTA-AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-CATGTAG-A--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTANAA-ATA----AAGATATCT-GT-TCGAAAC-AT--NTTC-TA-------GTA-T-ACAA-ACATAATTC--TT-CAT-A--TC-ACTT---CG--ACAT-ATG-AAC-ACNAA---CATT-T-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCGAT----TTGACCCC-CGTCT
Reference ( family-6895 ) : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATNGAACCATTT-G-AAT-CTCTTCT--TTT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACATCCTTTGA--T-ATCGGTA--C--TT---TCAT---AAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAA--TTNT----TTTATGTCATTC---CAAANA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AAC-AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-C----------TGTTTTA-AC------AAC-----------C---------TC-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTCATCATCT------CNN---GAC-TGTCAGCAATGGAAACT-C-A----TA-G-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAAT-G-TTGGATA--T--G---AGATGAAGTAGCAGTTTTAAGA-T--AACC----CAG--A-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAAT-TGGAACTCCTTCAAGTTATA--T-TGATA-AT-TCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAG-C--AGGCGCT-ATGCTAA-TTAC-GACTAATATA-C--TA-GT----ATA-----TT--CCAACAAGTGGGT-GATTCGT------GGCCCCC--TCAATCCC-TTGCTC--GTA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTAC--GC-GT---AT------AG-GCC--GAA-AGCTAGA-TT-CGCA-ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AA-ATAGCTGGCA---GGAAT-CAATTA----AGCCA-TCGTTCTT-CTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CGATA---AAGATAACCAC----CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-AAT--TTTC-G-CTAGAACAATTTCTATTTA-AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-CATGTAG-A--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTANAA-ATA----AAGATATCT-GT-TCGAAAC-AT--NTTC-TA-------GTA-T-ACAA-ACATAATTC--TT-CAT-A--TC-ACTT---CG--ACAT-ATG-AAC-ACNAA---CATT-T-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCGAT----TTGACCCC-CGTCT
gi|1 : TATAGATG-TTTTTTA--AACA--G-ATAGAAT-GAAACATTT-GCAATTCTGTCTT--TTT--C-AGTAC--GTTGTTATTGTAATGCGTATGGAAGAGTAAATCCGTTGGATT-ATCGGTA--CGTTT---TTGT---AAATT------TAGTGTTAAATTTTGGT--GATAA--TTTTATGTTTTATGTCATTC---CATAGT-ATAA---CGTAA-----AC--TA--TGTC--AC-ATGCTAACACTG----G----TGA-TGATCT-CTTTTG--ATTGTGCT--T-TT---A--ACATCA---ATA-----------CA-CTT--------TGTTGTT-AC------A-------------C---------TCTCA-TGAGCTT-G--CAAGTCCTCTGATCATCT------CTA---AACTTGTCAACAATGGAA----C-A----TATA-CATTGG-TATGTATGT-CTA----TAAT-G-TTGAA-------G---AG----AATA-CA---TTAAGA-T--AAC-------G--AGA-GTCCAG--A-ATTTTAAC--C-ACTAAGAAATATTGTCGCACAGT--GTTAAAA-T
gi|1 : -AT-TCTC-GT----ACTCAGA--AGTAT-GGCGAGATGAATC--AGGCGC--ATCTCAA-TTACAGATTATTATATC--TA-GTTATTATAGTTTTTT--CCAACAAATGTGT-GATTAGTTCATCTGGCCCCC--TCTATCCC-TTGCTTCAGTTTAGGGAAGATCGTTTCTGAATTGGCTATTAC--AC-GTTACATGTGTTCAG-TCC--GAAGAGCTAGA-TTTCGTA-ATGCATTT-TATACATGCCGCGGTTTCGAA-AT-TCTG-CATTAGGAATGCAATTATTTAAGCCA-TGG--CTT-C-AAGAAATAT--GGAGCAAGTTCA-GTT--GATGATTCCAGGGGTCTTTTGAT-CGGGTAAAA-TTTCTAAGTCGAA--GATTGTCGACATATAAGATA-CGAC----GT--A---ACAT---ATGATTTT-----------GTGTACTAGAT----AT-AAT--TC-C-GTCTAGAACA---TCTATTTA-GATAATGTTG-GG-TG-GGATT-TCG-A-AT--GT-AC-A-GATGTAG-A--T-A---AT--AA----TC-----CTACAATATAT---CAGAT--CT-TT-CTGAAA---T--ATTC-TA-------GTA-----AA-ACATAATTCGCTT-GCT-A--TCTACTTTATCG--ACAT-ATG-A-C-ACAGAT--CATG-T-GGC----ATGA-TC----------AA-A-TAT---T------------------TACA-A---GTCTGGAACTTAT-TTTGACAATTAATTTCAAT----TTGA--TC-CGTCTttattattcatctcaaatgttttattttttttttttgttattttattatttttttcaagattctcgtactcagaagtatggcgagatgaatcaggcgcatctcaattacagattattatatctagttattatagttttttccaacaaatgtgtgattagttcatctggccccctctatcccttgcttcagtttagggaagatcgtttctgaattggctattacacgttacatgtgttcagtccgaagagctagatttcgtaatgcattttatacatgccgcggtttcgaaattctgcattaggaatgcaattatttaagccatggcttcaagaaatatggagcaagttcagttgatgattccaggggtcttttgatcgggtaaaatttctaagtcgaagattgtcgacatataagatacgacgtaacatatgattttgtgtactagatataattccgtctagaacatctatttagataatgttgggtgggatttcgaatgtacagatgtagataataatcctacaatatatcagatctttctgaaatattctagtaaaacataattcgcttgctatctactttatcgacatatgacacagatcatgtggcatgatcaaatatttacaagtctggaacttattttgacaattaatttcaatttgatccgtctttcagtacttctc
gi|10 : tatagatgttttttaaacagatagaatgaaacatttgcaattctgtctttttcagtacgttgttattgtaatgcgtatggaagagtaaatccgttggattatcggtacgtttttgtaaatttagtgttaaattttggtgataattttatgttttatgtcattccatagtataacgtaaactatgtcacatgctaacactggtgatgatctcttttgattgtgcttttaacatcaatacactttgttgttacactctcatgagcttgcaagtcctctgatcatctctaaacttgtcaacaatggaacatatacattggtatgtatgtctataatgttgaagagaatacattaagataacgagagtccagaattttaaccactaagaaatattgtcgcacagtgttaaaatttattattcatctcaaatgttttattttttttttttgttattttattatttttttcaag-AACAAT-TTGAAG-TG-GA--T-TCA-A-AT--GT-A--A-C---TAT-A--TC----ATTCAA-CA-TC-----CTAAAA---G----AAGAGGTCT-GT-GAGAAAC-CTA-TTTC-TAATACAGTGTA-T-TTAAGACATAATTA--TT-CAT-GTTTC-ACTT---CGTTAGATCATG--AC-AC-AA---CATT-T-G-C----AT---TC----------AA-C-TAT---TGTAACATT-G-T-A-ATGTAAATA---GTCTG-AA-TTA---TTGA-A--TAA-TTTAA-----TTGA-CCC-CGTCTttcagtacttctc
gi|11 : agagactatgtttttgcctcatcaaacTATATTTT-TGTTTTT--AAGA--G-A-AGGATGAAACCTTAT-G-AG---TCTTCT--TT------G-CC--ATT-TTGTCATActcatactttcagtact
gi|12 : attggtcagaatgttcacattataaacagttgcaatttcgtagttctttgAA-ACATAATTC--TT-CAT-A--TC-ACTA---TT--ACAC-ATG-A-C-AC-AA---CATTGT-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATTGGAA-A-AAGTAAA-A---GTTT--AATTAAT-TTttcagaggtttt
gi|13 : taatgcgatgattatgctgtt--AACA--G-A-AAGATGGAACCATTT-G-AAT-CTCTTTT--TCC--CCAG-AC--GTT-TTATAGTAATGCCTTTCGCA-AGTTCATCC-TTGA--T-AATGGTA--C--TT---TC-----AAATTTACCGGTAGTCTCAAAcattgacc
gi|14 : -TTGAGG-TG-GA--T-TCGAA-AT--TT-AC-A-C-TGTAG-A--TC----ATTAA---ATCC-----TTAAAA-TTA----AGAATATCGAGT-TCGAAAC-AT--
gi|15 : aaT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA--------TG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTTGA-----TTGA-CCC-TGTCT
gi|16 : TA----AAAT-G-TGGGATAAAT--AT--AGATGAAGTACCAGTTTTAAGA-T--AACC----AGG--A-ACGTCCAG-CA-Actcagtat
gi|2 : ATATAGATTCTGTTTTA--AACACTG-A-AGGCGTGA-CCATTTTG-AAT-CTCTTCT--TTT--C-GA-AC--GTT-T-ATTGTAATGT--------------ATCCTTTGA--T-AT-GGTAACT--TT---TCATTCAAAATT------TAGTTTCAATTTTTG-T--GATAAGCTTTT----TTTATGTCATTC---CAAATA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AACCAT-CTAACACT-----A----T-AATGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AAAC----------TGTTTTAGAC------AAC-----------C---------TC-CAATGAGC-C-A--CAA----TCTCATCTTCT------CCT---AAC--GTCAGCAATGGAAACT-CCA----TATG-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAATTA-TTGGATA--T--G---AGGTGAAGTAGCAGTTTTAAGA-----ACT----CAG--A-A-GACCAG-CAGATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAATGTGGAACTCCTTCAAGTTATACCT-TGATATATCTCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GAGGAA--GAG-CCAAGGCCCT-ATGCTAA-TTAT-GACTAATATA-C--TAAGT----ATA-----TT--CCAACA-GTGGGTAGTTTCGT------GGCCCCCCGTCAATCCCGTTCCTC--ATA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTA---GC-GT---AT------AA--CC--AAG-AGCTAGA-TT-CG-A-ATGCATTT-TATAC-TACAGGGGTTTC-AA-AT-GCTGGCA---GGA-T-CAATTA----AGCCAGTCGTTCTTTCTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CAATA---AAGATAAACACTCATCT--ATGAACATTAAGTGATTCTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-GAT--TTTC-G-CTAGAGCAATTTCTATTTA-AGTAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-ACCATGTAGAA--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTATAA-ATA----AAGATAT-T-GT-TCGAAACGAT--TTTC-TA-------GTAGC-ACGA-ACATAATTC--TTCCAT-A--TC-ACTT---CGA-ACAT-ATGAAAC-ACCAA---CATT-T-G-C----AT-ATTC----------AA-A-TA----TGTAACATT-GAACACATGTAAA-A---GTCTG-AACTTTTATTTGA-AATTAA-TTCAAG----TTGACCCC-CGTCT
gi|3 : ATAGATT--GTTTTTTCAACA--GCA-AGTATTAAACAATTG-A-AAA-GTCT-CT--CTT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAAT-CCA--CGAA-AGTACATCCTT-GA--TTATCGGTA--C--TTCAATGAT---AGGTT--------ATCCAAAGTTTTG-CTGGATAT--TTAT----TT---AGCAT-C---CAGAAG-ATAT----GCAA-----AC--TGATT-TC-AAC-AT-CTAG-ACG-----AGAGGT-A--GATCGGC-TTTGGGAT----CTTTG-TTTAAA--GC-TCA---ATC-----------AA-CACGGTTTGTTTGTTTTA--C------AGCGGGTG------CGTAAGGTGATC-C--TG-GC-C-GAGCAA----TCTC--TATCT------CTA---GAA-CGGCAGCAA--GGAACA-C-AAGGGTA-GGCAG--GGTAGCTA-GC-CTAGAGGAAGT-GAGTGGATA--T------AGAGGAAGT--CAGTTG-AAGA-TTAAGCC----CA-----A-GTCCAGGCA-CTTTTAACTGC-AC-AATAAATAGT-TCGC-TAAGTTGA-AAAA--AAC-TGGAACT-CTTCAAGTTATA--T-TGATA-TA-TC-CAGTCACCACTCAGACTAGTA----GGGT--GAG-C--AGCGGCTGATGCTAA-TTAC-GACTTATATA-CGGTA-GT----A-A-----GTGATCAACAAGTCGGA-GATTCAT------GG--CCC--TCA--CCC-TTTCTC--G---ATGGAGAA-CGTCGT-G-ATTGGCTATTACCAGC-GT---AT------AGAGCC--GAA-GGCTCTA-TT-TGCACATGCATTTATATGC--GCA-GGTTTTCAAA-AAAGC--GCA---AGAAT-CAATTA----AGCCA-TCG-TCTT--GCAT-AATATGAGAA-CAA-TTCATGTC--GATGAAGTCAGAGGGCTTTTGTTC--G--ATAA-ATT---GATCTAATGAATTG-CAATA---AA-ATAAC--C----CT--A-G-ACAT---ATGATTTTT-----------TGTACTA-AT-TTAAT-AATC-TCTC-G-C-AGACAAATTTCTATT---AATAAT-TTGA-G-TG-GA--T-TCG-ACA----T-AC-A--ATGTAG-A--TCATTCATTTAA-CATCCTACATCTGCAA-ATA----AA-AGATC---T-TCGAAAC-ATTATTTC-TA-------GT--T-AC-A-ACA-AAT----CT-CA--A--TC-ACTT---T---ACAT-AT---AC-ACAAA---CTTA-T-G-C----AT-A-TC----------AA-ATTAT---TGTAACATT--AA-A-ATGT-AA-A---GTCTG-AACTTAA-TT
gi|4 : ATATAGATT-T--TTTT--AACA--G-A-AG---TGAACCATT--G-AAT--TCTTCT--TTTT-C-AG-ACTCGTT-TTAT-------CCT---GTA-AGTACATC--TTGA--T-ATCG-TA--C--TT---TCA-----AATT------TAGTTTCAA---TT--T--GATAA--TTGA----TTTATGTCATTC---CACAAA-ATAT------AC-----AA--CA--T-TC-AA--AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTT---AT----TT--A-T----A--AC-TCA---ATA-----------AA-C-----------GTTT---AC------A-------------C---------TT-CA-TGAGC-CCA--CAA----TCTCATCTTCT------CTA---AAC-T-TCAGCAATGGAA-CTAC-A----TA-G-CCA--G-TATG-ATGTTCTA----AAAA-T-TTTTATA--TT-G-------GAAGT-GCCGTTTTAAAA-T--AACC-----AGT-A-A-G-CCAG-CA----TTAAC--CCACTAATAAATAGT-TCGC--AAG--TATAAAAATAAT-TG-AACTC-TTCAAGTTATA--T-TAATA----TCTCA----TCACTCAGA--AGTAT-GGG--A--GAG-C--AGGCGCT-AT-CTAAATTAT-TAC--ATATA-C--TA-G-----ATA-----TT--CCAACAA-----T-GAAT--T------AGCCCTC-----ATCCC-TTGCTC--ATA----GAAA--TGT-TC-GGAATGGCTA--GA--GCAGT---AT------AA-GCCCCGAA-AGCTAGAATT-C----ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AAGATAGCT-GCA---GGAAT-CAATTA----A-CCATTCG--CTT--TCAT-AACAT--GAA-C-ATTCTATGTCTG-----ATTC---GAGTTTTTG-TTCGG--ACAA--TT---AGTCTAATGA-----TGATA---AA-ATAA-CAC----CT--A-GAACAT---AAAATTTT--------------TGATAGAT-T--AT-ATT--TTTCGG-CT--AACAATTTCTA-TTA-A--AAT-TTGA---TG-GA--T-T-G-A-AT--TGAAC-A-C-TGTAG----TCA---CTTACA-CACTC-----CT--AA-ATA----AAGATATCT-GA-TCGAAAC-AT--ATTT-CA-------G---T-ACAACACATACATC--TT-CAT-A--TC-ACTT---AG--ACAT-ATG--AC-ACAAT---CATT-T-G-T----A-----C----------AA-A-TATTACTGTAACATT-GAA-A-AT-TAAA-ATAGATCTG-CACTTAT-TTTGA-AATAAA-TTTTACATCATTGACCC
gi|5 : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATGGA-CCATTT-G-AAT-CTCTTCT--TTTTTC-AG-AC--GTT-TTATTGCAATGCCTTTTGCA-AATACATCC-TTGA--T-ATCGGTA--C--TT---TCATC--AAATT------TA
gi|5 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttc---AAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAATGTCAT----TTCATGTCATTC---CAAATACATGTATACG-AA-----AC--GA--T-TC-AAC-AT-CTAATACT-----A----T-A-----CT-C-TTTG--AT----AC--G-TT---A--AT-Ttgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcaaatttagtctcaaattttgtgataatgtcatttcatgtcattccaaatacatgtatacgaaacgattcaacatctaatactatactctttgatacgttaattatatattaatactcatttatatgatctctttgatctgtttaactcaataaactttgttttacacctcataagccgcaatctaatcatctatgactgtcagcaatggaactatgttataaaatgttggatactagtatagatgaagaagcagttttaagattaactgttacaggtaagtccagcaattttaaccactaataaatagttcacaaggttaaaataatttgaactcttcaattatattcactcagaagtatggggaagaacaggcct
gi|5 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcatatagatttgtttttaacagaaggatggaccatttgaatctcttcttttttcagacgttttattgcaatgccttttgcaaatacatccttgatatcggtactttcatcaaatttatgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--GTTT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-CTT--------TGTTTT--AC-------AC-----------C---------T--CA-TAAGC-C-G--CAA----TCTAATCATCT-------AT---GAC-TGTCAGCAATGG-AACT--------------AT--G-T---TA-----TA----AAAT-G-TTGGATA--CTAGTATAGATGAAGAAGCAGTTTTAAGATT--AACTGTTACAGGTA-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCA--CAAG--GTTAAAA-TAAT-TTGAACT-CTTCAA-TTATA--T-T------------------CACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAA-C--AGGCatatattaatactcatttatatgatctctttgatctgtttaactcaataaactttgttttacacctcataagccgcaatctaatcatctatgactgtcagcaatggaactatgttataaaatgttggatactagtatagatgaagaagcagttttaagattaactgttacaggtaagtccagcaattttaaccactaataaatagttcacaaggttaaaataatttgaactcttcaattatattcactcagaagtatggggaagaacaggcct
gi|6 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcatatagatttgtttttaacagaaggatggaccatttgaatctcttcttttttcagacgttttattgcaatgccttttgcaaatacatccttgatatcggtactttcatcaaatttatgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcaaatttagtctcaaattttgtgataatgtcatttcatgtcattccaaatacatgtatacgaaacgattcaacatctaatactatactctttgatacgttaattatatattaatactcattATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGACTGAACCATAT-G-TAT--TCCTCT--TTC-----G-AA--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACATCCTT-GA--T-ATCGGTA--C--TT---TT-C---AAATT------TAGTCTCAAATTTT--T--GATAA--TT--------TATGTTATTCATACCAACA-ACAT---C-TAACTGCTACTACG--T-TTTGAT-AC-GTAATACTCAGTTA----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT-----------------------------------------------TTA-AC--------------------C---------TC--A-TA--C-C----CAA----TC----CATCT------CACAATGAC-TGTCTGTAATG--AACT---------------------ATGT---T-CTG----AAAT-G-TTGGATA--T------AGATGGAGCAG-----TTAAGA-T--AACC----AAG--A-AAGTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAA-AAATAG--TCGC-CA----GATTAAA-T-AT-TGGAACT-CTTCAAGTT-TA--TGTGATG-ATATCTCAG---CCACTCAGA--AGTATAAGGGAA--GAG-----GGC-CT-ATG-TAA-T----------TATA-C--TA--T----ATA-----TT--CCAACAAGTGG---GATTCGT------G--CCCC--TC-ATTCC-TTGCTC---TA-AGG--AAATCATCT--GAATTGGCTAct
gi|7 : tttcaattcattaaaaccttttctttcatttagaagctgaggtcaatgtgcatcagaatatgatgcagtattatttaataatgttaagatatacttgtaatagtcaagttttgtagttatttcATATATATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATAGAACCATTT-G-AAT-TTCTTCTTGTTT--C-AG-AT--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACAT-CTTTGA--T-ATCGGTA--C--TT---CC-----AAATTTACCGGTAGTCTCAAATTTTG-TC-GATAATGTTAT----TTTATGTCATTT---CAAAT--ATA----CG-AA-----AC--GA--T-TC-AAC-GT-CTAACGCT-----A----T-A-----CT-G-TTTG--AT----AC--G-TT---AATAC-TTATTTATATGATCTCTTTGAT-C----------TG-TTTA-ACTCAATAAACTTTATTTTACAC---------CT-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTCATCATCTATGATCTAT---GAC-TGTCAGCAATGGAAaactaac
gi|8 : tttaattagattgttgtttacttgtacatattgtcttgtgattctacatctgaaaaacaaccttttcttcattttagaagttagggctcaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatatgtctataattgttaagaatgtttacattgtagatagtaaaagttttgtaattatttcTTC-AA-AATGCTGCAA---GGAAT-CAATTA----AACCA-TCGTTCTT--TCATAA-TAT--GAA-CTATTTCATGTCTG-ATGAATTCAGA-GGCTTTTGTTTCGG--ACAATTTT---AGTCTAATGAATTG-CAATA---AAGATAA-CA-----CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GT-TACTAGAT-T--AT-GAT--TTTC-G-CTAG-ACAATTTCTATTT--AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-C-TATAG-A--TC----ATTAAA--A-TC-----CTA-AA-ATA----AAGATATCT-G--TCGAAAC-AT--ATTCTTA-------G---T-ACAA-ACATAAATC--TT-CTT---------TT---TG--ACA------------CAA---CATT-TGG-C----AT-A-TC----------AATA-TTT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTATA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCAAT----TGGACCCCGCGTCTgtacat
gi|9 : CAC----CTTTA--AACAT---ATGATTTTTTTATAATGTAGTGTACTAGATCT--ATGAATAATTTC-G-CT--AACAACTTC-GTCTATACTAAG-TTGAGGATGTGA--TCTCG-A-ATTATT-ACAA-CCTGTAG-AGGTAC---TTTAAAGCA-TC-----CTAAAA-ATATAAGAAGATATCT-GTATC--AAC-AA--TTTC-TG-------GTA-TCACAG-ACATAAT----TT-CATAA--TC-ACTT---AG--ACATAATG-ATCAACCAAGAGTATC-T-A-TGACAAT-A-TCCAACGACTTTAA-G-TAT---TGTAACATctcagtactctcagtacttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATGGCCAGAATTGTTAATTTAATTGACCTCGTCTCTCAGTACTTTCAGTACTATG
Unaligned ( gi|18 ): TTTAAAGACAGACATGCATATTTACATTTTTGTATTAAATCATTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1111 111 22222 222222 11111 2222222222 111 111 2222222222222222222222 222222222222222 1111 111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 222222222222 666666666666666666666666666666666 1111 444444444 1111 33333333333333 2 11 44444444444444 1111 11111111 11 222222222222222 11 111 222222 111111 2222222 11 222 1 111 3333333333 11 1 1 222222 1 11 1 11 111 111 1111 1 22 333 1 11 222 11 11 111 111 1 22222222222222222 111 44444444444 1111 11 222 2222 1111 11111 1111 111 3333333333333 1 1111 2222222 1 222 1 111 1111 111 2222222222 11111 22222 1
lowQualScore : 5 66 66 4 4 0 5 1 4 4 22 66 3333 4 66 4 1 000 1 5 9 3 66 5 66 66 888 88888 555555 2 66666 4444444444 0 000 0 000 8888888888888888888888 5 55 5 5 1 222222222222222 5 5 66 0000 7777 222222 5 000 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 5555 2222 22 777777777777 55 3 777777777777777777777777777777777 2222 777 000000000 44 99 0 1111 11111111111111 1 5 77 99 6 3 6 77 1 99 6 0 8 0 0 11 8 3 44444444444444 99 6 99 4444 5 88 88 8 0 55555555 8 11 888888888888888 11 44 444 5 333333 5 888888 8 8888888 66 3 11 3 3 222 0 777 6666666666 33 0 0 666666 0 33 2 6 8 77 000 444 0 8 7777 3 6 11 333 0 0 11 8 6 5 0 000 0 6 3 11 44 444 0 0 8 444 0 77777777777777777 111 11111111111 2 5555 6 55 6 6 7 88 3 5 4 5 5 66 5 5 5 66 5 5 222 9999 1111 0 8888 22222 7 55 5555 66666 5 222 5 0000000000000 0 9999 5 0000 5 2222222 0 333 5 0 333 5 5 5 0000 000 1111111111 555 777 66666 5 00000 5 55 6 6 4 88888 5 8
lowQualScore : . .. .. . . . . . . . .. .. .... . .. . . ... . . . . .. . .. .. ... ..... ...... . ..... .......... . ... . ... ...................... . .. . . . ............... . . .. .... .... ...... . ... ....................................................................... . . .... .... .. ............ .. . ................................. .... ... ......... .. .. . .... .............. . . .. .. . . . .. . .. . . . . . .. . . .............. .. . .. .... . .. .. . . ........ . .. ............... .. .. ... . ...... . ...... . ....... .. . .. . . ... . ... .......... .. . . ...... . .. . . . .. ... ... . . .... . . .. ... . . .. . . . . ... . . . .. .. ... . . . ... . ................. ... ........... . .... . .. . . . .. . . . . . .. . . . .. . . ... .... .... . .... ..... . .. .... ..... . ... . ............. . .... . .... . ....... . ... . . ... . . . .... ... .......... ... ... ..... . ..... . .. . . . ..... . .
lowQualScore : 0 11 11 4 4 1 3 9 4 4 99 11 3333 4 11 4 0 999 4 0 2 2 99 0 99 99 888 55555 666666 2 77777 6666666666 1 000 3 666 1111111111111111111111 7 99 7 7 7 444444444444444 0 0 99 6666 0000 888888 0 000 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 7 3333 1111 11 999999999999 99 6 333333333333333333333333333333333 1111 333 333333333 99 33 7 6666 66666666666666 7 7 11 22 7 2 7 77 7 22 7 8 0 0 8 00 0 2 55555555555555 22 7 22 2222 0 88 22 0 8 88888888 0 00 666666666666666 00 00 000 0 000000 0 444444 0 0000000 44 2 22 8 2 555 0 555 5555555555 88 0 0 222222 0 22 5 0 0 22 888 000 8 0 0000 2 0 00 666 6 8 00 0 0 6 8 666 8 0 8 00 00 000 8 8 0 000 0 66666666666666666 777 22222222222 5 0000 7 88 7 7 3 99 6 0 5 0 0 99 0 0 0 99 0 0 999 0000 1111 2 9999 55555 6 44 6666 88888 0 999 7 0000000000000 0 5555 0 9999 0 2222222 0 888 0 8 888 0 0 0 6666 111 9999999999 999 888 88888 0 99999 0 44 7 7 8 00000 0 0
consensus : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATNGAACCATTT-G-AAT-CTCTTCT--TTT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACATCCTTTGA--T-ATCGGTA--C--TT---TCAT---AAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAA--TTNT----TTTATGTCATTC---CAAANA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AAC-AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-C----------TGTTTTA-AC------AAC-----------C---------TC-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTCATCATCT------CNN---GAC-TGTCAGCAATGGAAACT-C-A----TA-G-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAAT-G-TTGGATA--T--G---AGATGAAGTAGCAGTTTTAAGA-T--AACC----CAG--A-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAAT-TGGAACTCCTTCAAGTTATA--T-TGATA-AT-TCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAG-C--AGGCGCT-ATGCTAA-TTAC-GACTAATATA-C--TA-GT----ATA-----TT--CCAACAAGTGGGT-GATTCGT------GGCCCCC--TCAATCCC-TTGCTC--GTA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTAC--GC-GT---AT------AG-GCC--GAA-AGCTAGA-TT-CGCA-ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AA-ATAGCTGGCA---GGAAT-CAATTA----AGCCA-TCGTTCTT-CTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CGATA---AAGATAACCAC----CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-AAT--TTTC-G-CTAGAACAATTTCTATTTA-AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-CATGTAG-A--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTANAA-ATA----AAGATATCT-GT-TCGAAAC-AT--NTTC-TA-------GTA-T-ACAA-ACATAATTC--TT-CAT-A--TC-ACTT---CG--ACAT-ATG-AAC-ACNAA---CATT-T-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCGAT----TTGACCCC-CGTCT
Reference ( family-6895 ) : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATNGAACCATTT-G-AAT-CTCTTCT--TTT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACATCCTTTGA--T-ATCGGTA--C--TT---TCAT---AAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAA--TTNT----TTTATGTCATTC---CAAANA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AAC-AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-C----------TGTTTTA-AC------AAC-----------C---------TC-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTCATCATCT------CNN---GAC-TGTCAGCAATGGAAACT-C-A----TA-G-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAAT-G-TTGGATA--T--G---AGATGAAGTAGCAGTTTTAAGA-T--AACC----CAG--A-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAAT-TGGAACTCCTTCAAGTTATA--T-TGATA-AT-TCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAG-C--AGGCGCT-ATGCTAA-TTAC-GACTAATATA-C--TA-GT----ATA-----TT--CCAACAAGTGGGT-GATTCGT------GGCCCCC--TCAATCCC-TTGCTC--GTA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTAC--GC-GT---AT------AG-GCC--GAA-AGCTAGA-TT-CGCA-ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AA-ATAGCTGGCA---GGAAT-CAATTA----AGCCA-TCGTTCTT-CTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CGATA---AAGATAACCAC----CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-AAT--TTTC-G-CTAGAACAATTTCTATTTA-AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-CATGTAG-A--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTANAA-ATA----AAGATATCT-GT-TCGAAAC-AT--NTTC-TA-------GTA-T-ACAA-ACATAATTC--TT-CAT-A--TC-ACTT---CG--ACAT-ATG-AAC-ACNAA---CATT-T-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCGAT----TTGACCCC-CGTCT
gi|1 : TATAGATG-TTTTTTA--AACA--G-ATAGAAT-GAAACATTT-GCAATTCTGTCTT--TTT--C-AGTAC--GTTGTTATTGTAATGCGTATGGAAGAGTAAATCCGTTGGATT-ATCGGTA--CGTTT---TTGT---AAATT------TAGTGTTAAATTTTGGT--GATAA--TTTTATGTTTTATGTCATTC---CATAGT-ATAA---CGTAA-----AC--TA--TGTC--AC-ATGCTAACACTG----G----TGA-TGATCT-CTTTTG--ATTGTGCT--T-TT---A--ACATCA---ATA-----------CA-CTT--------TGTTGTT-AC------A-------------C---------TCTCA-TGAGCTT-G--CAAGTCCTCTGATCATCT------CTA---AACTTGTCAACAATGGAA----C-A----TATA-CATTGG-TATGTATGT-CTA----TAAT-G-TTGAA-------G---AG----AATA-CA---TTAAGA-T--AAC-------G--AGA-GTCCAG--A-ATTTTAAC--C-ACTAAGAAATATTGTCGCACAGT--GTTAAAA-T
gi|1 : -AT-TCTC-GT----ACTCAGA--AGTAT-GGCGAGATGAATC--AGGCGC--ATCTCAA-TTACAGATTATTATATC--TA-GTTATTATAGTTTTTT--CCAACAAATGTGT-GATTAGTTCATCTGGCCCCC--TCTATCCC-TTGCTTCAGTTTAGGGAAGATCGTTTCTGAATTGGCTATTAC--AC-GTTACATGTGTTCAG-TCC--GAAGAGCTAGA-TTTCGTA-ATGCATTT-TATACATGCCGCGGTTTCGAA-AT-TCTG-CATTAGGAATGCAATTATTTAAGCCA-TGG--CTT-C-AAGAAATAT--GGAGCAAGTTCA-GTT--GATGATTCCAGGGGTCTTTTGAT-CGGGTAAAA-TTTCTAAGTCGAA--GATTGTCGACATATAAGATA-CGAC----GT--A---ACAT---ATGATTTT-----------GTGTACTAGAT----AT-AAT--TC-C-GTCTAGAACA---TCTATTTA-GATAATGTTG-GG-TG-GGATT-TCG-A-AT--GT-AC-A-GATGTAG-A--T-A---AT--AA----TC-----CTACAATATAT---CAGAT--CT-TT-CTGAAA---T--ATTC-TA-------GTA-----AA-ACATAATTCGCTT-GCT-A--TCTACTTTATCG--ACAT-ATG-A-C-ACAGAT--CATG-T-GGC----ATGA-TC----------AA-A-TAT---T------------------TACA-A---GTCTGGAACTTAT-TTTGACAATTAATTTCAAT----TTGA--TC-CGTCTttattattcatctcaaatgttttattttttttttttgttattttattatttttttcaagattctcgtactcagaagtatggcgagatgaatcaggcgcatctcaattacagattattatatctagttattatagttttttccaacaaatgtgtgattagttcatctggccccctctatcccttgcttcagtttagggaagatcgtttctgaattggctattacacgttacatgtgttcagtccgaagagctagatttcgtaatgcattttatacatgccgcggtttcgaaattctgcattaggaatgcaattatttaagccatggcttcaagaaatatggagcaagttcagttgatgattccaggggtcttttgatcgggtaaaatttctaagtcgaagattgtcgacatataagatacgacgtaacatatgattttgtgtactagatataattccgtctagaacatctatttagataatgttgggtgggatttcgaatgtacagatgtagataataatcctacaatatatcagatctttctgaaatattctagtaaaacataattcgcttgctatctactttatcgacatatgacacagatcatgtggcatgatcaaatatttacaagtctggaacttattttgacaattaatttcaatttgatccgtctttcagtacttctc
gi|10 : tatagatgttttttaaacagatagaatgaaacatttgcaattctgtctttttcagtacgttgttattgtaatgcgtatggaagagtaaatccgttggattatcggtacgtttttgtaaatttagtgttaaattttggtgataattttatgttttatgtcattccatagtataacgtaaactatgtcacatgctaacactggtgatgatctcttttgattgtgcttttaacatcaatacactttgttgttacactctcatgagcttgcaagtcctctgatcatctctaaacttgtcaacaatggaacatatacattggtatgtatgtctataatgttgaagagaatacattaagataacgagagtccagaattttaaccactaagaaatattgtcgcacagtgttaaaatttattattcatctcaaatgttttattttttttttttgttattttattatttttttcaag-AACAAT-TTGAAG-TG-GA--T-TCA-A-AT--GT-A--A-C---TAT-A--TC----ATTCAA-CA-TC-----CTAAAA---G----AAGAGGTCT-GT-GAGAAAC-CTA-TTTC-TAATACAGTGTA-T-TTAAGACATAATTA--TT-CAT-GTTTC-ACTT---CGTTAGATCATG--AC-AC-AA---CATT-T-G-C----AT---TC----------AA-C-TAT---TGTAACATT-G-T-A-ATGTAAATA---GTCTG-AA-TTA---TTGA-A--TAA-TTTAA-----TTGA-CCC-CGTCTttcagtacttctc
gi|11 : agagactatgtttttgcctcatcaaacTATATTTT-TGTTTTT--AAGA--G-A-AGGATGAAACCTTAT-G-AG---TCTTCT--TT------G-CC--ATT-TTGTCATActcatactttcagtact
gi|12 : attggtcagaatgttcacattataaacagttgcaatttcgtagttctttgAA-ACATAATTC--TT-CAT-A--TC-ACTA---TT--ACAC-ATG-A-C-AC-AA---CATTGT-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATTGGAA-A-AAGTAAA-A---GTTT--AATTAAT-TTttcagaggtttt
gi|13 : taatgcgatgattatgctgtt--AACA--G-A-AAGATGGAACCATTT-G-AAT-CTCTTTT--TCC--CCAG-AC--GTT-TTATAGTAATGCCTTTCGCA-AGTTCATCC-TTGA--T-AATGGTA--C--TT---TC-----AAATTTACCGGTAGTCTCAAAcattgacc
gi|14 : -TTGAGG-TG-GA--T-TCGAA-AT--TT-AC-A-C-TGTAG-A--TC----ATTAA---ATCC-----TTAAAA-TTA----AGAATATCGAGT-TCGAAAC-AT--
gi|15 : aaT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA--------TG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTTGA-----TTGA-CCC-TGTCT
gi|16 : TA----AAAT-G-TGGGATAAAT--AT--AGATGAAGTACCAGTTTTAAGA-T--AACC----AGG--A-ACGTCCAG-CA-Actcagtat
gi|2 : ATATAGATTCTGTTTTA--AACACTG-A-AGGCGTGA-CCATTTTG-AAT-CTCTTCT--TTT--C-GA-AC--GTT-T-ATTGTAATGT--------------ATCCTTTGA--T-AT-GGTAACT--TT---TCATTCAAAATT------TAGTTTCAATTTTTG-T--GATAAGCTTTT----TTTATGTCATTC---CAAATA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AACCAT-CTAACACT-----A----T-AATGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AAAC----------TGTTTTAGAC------AAC-----------C---------TC-CAATGAGC-C-A--CAA----TCTCATCTTCT------CCT---AAC--GTCAGCAATGGAAACT-CCA----TATG-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAATTA-TTGGATA--T--G---AGGTGAAGTAGCAGTTTTAAGA-----ACT----CAG--A-A-GACCAG-CAGATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAATGTGGAACTCCTTCAAGTTATACCT-TGATATATCTCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GAGGAA--GAG-CCAAGGCCCT-ATGCTAA-TTAT-GACTAATATA-C--TAAGT----ATA-----TT--CCAACA-GTGGGTAGTTTCGT------GGCCCCCCGTCAATCCCGTTCCTC--ATA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTA---GC-GT---AT------AA--CC--AAG-AGCTAGA-TT-CG-A-ATGCATTT-TATAC-TACAGGGGTTTC-AA-AT-GCTGGCA---GGA-T-CAATTA----AGCCAGTCGTTCTTTCTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CAATA---AAGATAAACACTCATCT--ATGAACATTAAGTGATTCTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-GAT--TTTC-G-CTAGAGCAATTTCTATTTA-AGTAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-ACCATGTAGAA--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTATAA-ATA----AAGATAT-T-GT-TCGAAACGAT--TTTC-TA-------GTAGC-ACGA-ACATAATTC--TTCCAT-A--TC-ACTT---CGA-ACAT-ATGAAAC-ACCAA---CATT-T-G-C----AT-ATTC----------AA-A-TA----TGTAACATT-GAACACATGTAAA-A---GTCTG-AACTTTTATTTGA-AATTAA-TTCAAG----TTGACCCC-CGTCT
gi|3 : ATAGATT--GTTTTTTCAACA--GCA-AGTATTAAACAATTG-A-AAA-GTCT-CT--CTT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAAT-CCA--CGAA-AGTACATCCTT-GA--TTATCGGTA--C--TTCAATGAT---AGGTT--------ATCCAAAGTTTTG-CTGGATAT--TTAT----TT---AGCAT-C---CAGAAG-ATAT----GCAA-----AC--TGATT-TC-AAC-AT-CTAG-ACG-----AGAGGT-A--GATCGGC-TTTGGGAT----CTTTG-TTTAAA--GC-TCA---ATC-----------AA-CACGGTTTGTTTGTTTTA--C------AGCGGGTG------CGTAAGGTGATC-C--TG-GC-C-GAGCAA----TCTC--TATCT------CTA---GAA-CGGCAGCAA--GGAACA-C-AAGGGTA-GGCAG--GGTAGCTA-GC-CTAGAGGAAGT-GAGTGGATA--T------AGAGGAAGT--CAGTTG-AAGA-TTAAGCC----CA-----A-GTCCAGGCA-CTTTTAACTGC-AC-AATAAATAGT-TCGC-TAAGTTGA-AAAA--AAC-TGGAACT-CTTCAAGTTATA--T-TGATA-TA-TC-CAGTCACCACTCAGACTAGTA----GGGT--GAG-C--AGCGGCTGATGCTAA-TTAC-GACTTATATA-CGGTA-GT----A-A-----GTGATCAACAAGTCGGA-GATTCAT------GG--CCC--TCA--CCC-TTTCTC--G---ATGGAGAA-CGTCGT-G-ATTGGCTATTACCAGC-GT---AT------AGAGCC--GAA-GGCTCTA-TT-TGCACATGCATTTATATGC--GCA-GGTTTTCAAA-AAAGC--GCA---AGAAT-CAATTA----AGCCA-TCG-TCTT--GCAT-AATATGAGAA-CAA-TTCATGTC--GATGAAGTCAGAGGGCTTTTGTTC--G--ATAA-ATT---GATCTAATGAATTG-CAATA---AA-ATAAC--C----CT--A-G-ACAT---ATGATTTTT-----------TGTACTA-AT-TTAAT-AATC-TCTC-G-C-AGACAAATTTCTATT---AATAAT-TTGA-G-TG-GA--T-TCG-ACA----T-AC-A--ATGTAG-A--TCATTCATTTAA-CATCCTACATCTGCAA-ATA----AA-AGATC---T-TCGAAAC-ATTATTTC-TA-------GT--T-AC-A-ACA-AAT----CT-CA--A--TC-ACTT---T---ACAT-AT---AC-ACAAA---CTTA-T-G-C----AT-A-TC----------AA-ATTAT---TGTAACATT--AA-A-ATGT-AA-A---GTCTG-AACTTAA-TT
gi|4 : ATATAGATT-T--TTTT--AACA--G-A-AG---TGAACCATT--G-AAT--TCTTCT--TTTT-C-AG-ACTCGTT-TTAT-------CCT---GTA-AGTACATC--TTGA--T-ATCG-TA--C--TT---TCA-----AATT------TAGTTTCAA---TT--T--GATAA--TTGA----TTTATGTCATTC---CACAAA-ATAT------AC-----AA--CA--T-TC-AA--AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTT---AT----TT--A-T----A--AC-TCA---ATA-----------AA-C-----------GTTT---AC------A-------------C---------TT-CA-TGAGC-CCA--CAA----TCTCATCTTCT------CTA---AAC-T-TCAGCAATGGAA-CTAC-A----TA-G-CCA--G-TATG-ATGTTCTA----AAAA-T-TTTTATA--TT-G-------GAAGT-GCCGTTTTAAAA-T--AACC-----AGT-A-A-G-CCAG-CA----TTAAC--CCACTAATAAATAGT-TCGC--AAG--TATAAAAATAAT-TG-AACTC-TTCAAGTTATA--T-TAATA----TCTCA----TCACTCAGA--AGTAT-GGG--A--GAG-C--AGGCGCT-AT-CTAAATTAT-TAC--ATATA-C--TA-G-----ATA-----TT--CCAACAA-----T-GAAT--T------AGCCCTC-----ATCCC-TTGCTC--ATA----GAAA--TGT-TC-GGAATGGCTA--GA--GCAGT---AT------AA-GCCCCGAA-AGCTAGAATT-C----ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AAGATAGCT-GCA---GGAAT-CAATTA----A-CCATTCG--CTT--TCAT-AACAT--GAA-C-ATTCTATGTCTG-----ATTC---GAGTTTTTG-TTCGG--ACAA--TT---AGTCTAATGA-----TGATA---AA-ATAA-CAC----CT--A-GAACAT---AAAATTTT--------------TGATAGAT-T--AT-ATT--TTTCGG-CT--AACAATTTCTA-TTA-A--AAT-TTGA---TG-GA--T-T-G-A-AT--TGAAC-A-C-TGTAG----TCA---CTTACA-CACTC-----CT--AA-ATA----AAGATATCT-GA-TCGAAAC-AT--ATTT-CA-------G---T-ACAACACATACATC--TT-CAT-A--TC-ACTT---AG--ACAT-ATG--AC-ACAAT---CATT-T-G-T----A-----C----------AA-A-TATTACTGTAACATT-GAA-A-AT-TAAA-ATAGATCTG-CACTTAT-TTTGA-AATAAA-TTTTACATCATTGACCC
gi|5 : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATGGA-CCATTT-G-AAT-CTCTTCT--TTTTTC-AG-AC--GTT-TTATTGCAATGCCTTTTGCA-AATACATCC-TTGA--T-ATCGGTA--C--TT---TCATC--AAATT------TA
gi|5 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttc---AAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAATGTCAT----TTCATGTCATTC---CAAATACATGTATACG-AA-----AC--GA--T-TC-AAC-AT-CTAATACT-----A----T-A-----CT-C-TTTG--AT----AC--G-TT---A--AT-Ttgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcaaatttagtctcaaattttgtgataatgtcatttcatgtcattccaaatacatgtatacgaaacgattcaacatctaatactatactctttgatacgttaattatatattaatactcatttatatgatctctttgatctgtttaactcaataaactttgttttacacctcataagccgcaatctaatcatctatgactgtcagcaatggaactatgttataaaatgttggatactagtatagatgaagaagcagttttaagattaactgttacaggtaagtccagcaattttaaccactaataaatagttcacaaggttaaaataatttgaactcttcaattatattcactcagaagtatggggaagaacaggcct
gi|5 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcatatagatttgtttttaacagaaggatggaccatttgaatctcttcttttttcagacgttttattgcaatgccttttgcaaatacatccttgatatcggtactttcatcaaatttatgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--GTTT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-CTT--------TGTTTT--AC-------AC-----------C---------T--CA-TAAGC-C-G--CAA----TCTAATCATCT-------AT---GAC-TGTCAGCAATGG-AACT--------------AT--G-T---TA-----TA----AAAT-G-TTGGATA--CTAGTATAGATGAAGAAGCAGTTTTAAGATT--AACTGTTACAGGTA-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCA--CAAG--GTTAAAA-TAAT-TTGAACT-CTTCAA-TTATA--T-T------------------CACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAA-C--AGGCatatattaatactcatttatatgatctctttgatctgtttaactcaataaactttgttttacacctcataagccgcaatctaatcatctatgactgtcagcaatggaactatgttataaaatgttggatactagtatagatgaagaagcagttttaagattaactgttacaggtaagtccagcaattttaaccactaataaatagttcacaaggttaaaataatttgaactcttcaattatattcactcagaagtatggggaagaacaggcct
gi|6 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcatatagatttgtttttaacagaaggatggaccatttgaatctcttcttttttcagacgttttattgcaatgccttttgcaaatacatccttgatatcggtactttcatcaaatttatgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcaaatttagtctcaaattttgtgataatgtcatttcatgtcattccaaatacatgtatacgaaacgattcaacatctaatactatactctttgatacgttaattatatattaatactcattATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGACTGAACCATAT-G-TAT--TCCTCT--TTC-----G-AA--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACATCCTT-GA--T-ATCGGTA--C--TT---TT-C---AAATT------TAGTCTCAAATTTT--T--GATAA--TT--------TATGTTATTCATACCAACA-ACAT---C-TAACTGCTACTACG--T-TTTGAT-AC-GTAATACTCAGTTA----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT-----------------------------------------------TTA-AC--------------------C---------TC--A-TA--C-C----CAA----TC----CATCT------CACAATGAC-TGTCTGTAATG--AACT---------------------ATGT---T-CTG----AAAT-G-TTGGATA--T------AGATGGAGCAG-----TTAAGA-T--AACC----AAG--A-AAGTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAA-AAATAG--TCGC-CA----GATTAAA-T-AT-TGGAACT-CTTCAAGTT-TA--TGTGATG-ATATCTCAG---CCACTCAGA--AGTATAAGGGAA--GAG-----GGC-CT-ATG-TAA-T----------TATA-C--TA--T----ATA-----TT--CCAACAAGTGG---GATTCGT------G--CCCC--TC-ATTCC-TTGCTC---TA-AGG--AAATCATCT--GAATTGGCTAct
gi|7 : tttcaattcattaaaaccttttctttcatttagaagctgaggtcaatgtgcatcagaatatgatgcagtattatttaataatgttaagatatacttgtaatagtcaagttttgtagttatttcATATATATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATAGAACCATTT-G-AAT-TTCTTCTTGTTT--C-AG-AT--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACAT-CTTTGA--T-ATCGGTA--C--TT---CC-----AAATTTACCGGTAGTCTCAAATTTTG-TC-GATAATGTTAT----TTTATGTCATTT---CAAAT--ATA----CG-AA-----AC--GA--T-TC-AAC-GT-CTAACGCT-----A----T-A-----CT-G-TTTG--AT----AC--G-TT---AATAC-TTATTTATATGATCTCTTTGAT-C----------TG-TTTA-ACTCAATAAACTTTATTTTACAC---------CT-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTCATCATCTATGATCTAT---GAC-TGTCAGCAATGGAAaactaac
gi|8 : tttaattagattgttgtttacttgtacatattgtcttgtgattctacatctgaaaaacaaccttttcttcattttagaagttagggctcaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatatgtctataattgttaagaatgtttacattgtagatagtaaaagttttgtaattatttcTTC-AA-AATGCTGCAA---GGAAT-CAATTA----AACCA-TCGTTCTT--TCATAA-TAT--GAA-CTATTTCATGTCTG-ATGAATTCAGA-GGCTTTTGTTTCGG--ACAATTTT---AGTCTAATGAATTG-CAATA---AAGATAA-CA-----CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GT-TACTAGAT-T--AT-GAT--TTTC-G-CTAG-ACAATTTCTATTT--AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-C-TATAG-A--TC----ATTAAA--A-TC-----CTA-AA-ATA----AAGATATCT-G--TCGAAAC-AT--ATTCTTA-------G---T-ACAA-ACATAAATC--TT-CTT---------TT---TG--ACA------------CAA---CATT-TGG-C----AT-A-TC----------AATA-TTT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTATA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCAAT----TGGACCCCGCGTCTgtacat
gi|9 : CAC----CTTTA--AACAT---ATGATTTTTTTATAATGTAGTGTACTAGATCT--ATGAATAATTTC-G-CT--AACAACTTC-GTCTATACTAAG-TTGAGGATGTGA--TCTCG-A-ATTATT-ACAA-CCTGTAG-AGGTAC---TTTAAAGCA-TC-----CTAAAA-ATATAAGAAGATATCT-GTATC--AAC-AA--TTTC-TG-------GTA-TCACAG-ACATAAT----TT-CATAA--TC-ACTT---AG--ACATAATG-ATCAACCAAGAGTATC-T-A-TGACAAT-A-TCCAACGACTTTAA-G-TAT---TGTAACATctcagtactctcagtacttt
blockSeqs : C TC CT C . G A T . C TG TTC . TC . C TTC C . T T . T AC . CAA ATTCA TACCGG A GCTG GCTTTT ATA TAC TCTAACTGCTACTACG . TG C . C CAGTTATAT G . GG . TTG TAAA . TTT TGATCTCTTTGATCTGTTTAACTCAATAAACTTTATTTTACACCTCA A . GAG . CA ATGATCTAT C A ACACAAGGGTAGGCAGGGTAGCTAGC GAGG TA CTAGTAT AT AC TTA TGTTACAGGTAA T G GA TG C T . C A TT A . C . G G TATCTCTCAGTC CT A . CCA C TG GC A TGACTAA . GG AGTATA GA AG GTA C . C CGTCAA G ATAA AT C C A T CCA A . AGAG CC . A TGCAC A T G A G AA TGG . . . G G TT TCT A GA . A T TGG T T . TT . . . G AACACTCATCTATGA TAA TTTATAATGTA G TTA G AA G . A AT A . A A T . C A C TA A A CCA AGG ATTC CAT TACAT A T TAAG GAGT G TAT T ATACAGTGTAT G TA C GTT . CGTT C AAA A C GAG G G . GACA AT CAACGACTTT AT TAC GGAA C ATAG . TA . . A CATCA C G
blockSeqs : . . . . . G A . . C . CC . . . A TTT A . T T . . . . . ATC TACCGG T GTC TGTCAT . TA TATACGAAACGA . A . . C AGAGGTA . . . . GT AAT . . AACACGGTTTGTTTGTTTTACAGCGGGTGCGTAAGGTGATCC A . CA . CA CACAAT T G ACTCCATATGCATGTATGTATGT . GA AATAT GT AG TT CAGGAAC A . A . . T . T A . . . . . . A TATCCAGTCAC . . . C G T GC . CGACTTA . . GTAA . AG GA C . C TCA . ATA AT C T G T A . . AAG . . . CGA . T G . . TA TGC . . . G T TT G A . . A T TG T C . T . . . G ACACCTAGA . TT G CT . C . . A A G . G . . . . . . . . . CC AA A CAT . A A . TGTA . AT . GTAGC C TC . AA . CGA A AT . A . . . . . A . TA . GAAC . TA . T . . G G C .
blockSeqs : . . . . . T A . . G . TC . . . T TTC T . T T . . . . . AT . G GT TGTTAT . AG TGCAAACTGAT . A . . T ATAAT . . . . G A . . AAACTGTTTTAGACAACCTCCAA A . A . AA CCT T A CTACATAGCCAGTATGATGTT . G TTG AG AG T CAAGAAA T . C . . T . C A . . . . . . G ATATCTCAGC . . . C G T C . TTACA . . GATA . G T C . . TCA . TAA A C C A . . . . AA . . . C . . . . . AT TG . . . A . T T . . . T T TG T T . A . . . . ACACTAGA . TT G T . . . . A A A . G . . . . . . . . . C A A CAC . T A . TGT . T . GTATC . TC . A . TT . A . A . . . . . A . C . GAA . A . T . . A T C .
blockSeqs : . . . . . T A . . C . C . . . T TTC C . T T . . . . . A . A GT TTAT . AA TCGTAAACCG . A . . T ATAT . . . . A A . . AACTTTGTTTTACACCTCA A . G . CA CTA T A ACTATGTTA . T TG AT AG T TCAGAA T . A . . T . C A . . . . . . . TCTCAT . . . C . T G . . . . TATA . A . . . . A . GA . . . . . . T G . . . . . . T . . . . . G . T . . . . . . ACCCTAG . T . T . . . . . . A . G . . . . . . . . . C A C GCA . C A . TGT . A . GTT . TC . A . AG . A . C . . . . . A . A . GAA . A . A . . T . . .
blockSeqs : . . . . . T A . . T . C . . . T C C . . T . . . . . C . A T TTGA . CA CGAAACGA . A . . C ATAT . . . . G A . . AACGTTTACACTTCA . . G . C CTA T . ACTATGTT . G T AT G T CAGTAA T . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C . G . . . . . . . . . A A . CA . A A . TGA . A . GT . TC . A . TG . A . C . . . . . A . A . GAA . A . T . . A . .
blockSeqs : . . . . . G A . . . . C . . . T . C . . . . . . . . . . A T TT . T TACAACA . A . . . ATA . . . . G A . . TTAACCTCA . . . . . AT . . . G T . . . CCAA . . . . . . . . . . . . . . . C A . AT . . A . TG . T . GT . . . A . AG . A . . . . . . . . . A . GT . A . T
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . ATA . . . . G . . . . . . . . . . . . . C . . A . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . G . AA . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : C* ** ** AT*** GT*** TTTAT***** TCACGAAACGA*********** A* ATAT*********** **** **** T* ACTATAGCAGTATGTAGT*************** AT AG TCAGNAA******* C* ** TATCTCAGC***** ** C*** T* GC CACA**** GATA*********** AG ****** TCA*** GTA**** C* AA TG* *** **** T* TG* ** *** *** TT********* T*** ** C** **** CAT* A* **** GTA********** TC** NG***** *** A** GAA**
originalCons : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATNGAACCATTT-G-AAT-CTCTTCT--TTT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACATCCTTTGA--T-ATCGGTA--C--TT---TCAT---AAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAA--TTNT----TTTATGTCATTC---CAAANA-ATAT---CGTAA-----AC--CG--T-TC-AAC-AT-CTAACACT-----A----T-A-TGATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-C----------TGTTTTA-AC------AAC-----------C---------TC-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTCATCATCT------CNN---GAC-TGTCAGCAATGGAAACT-C-A----TA-G-CAT--G-TATGTATGT-CTA----AAAT-G-TTGGATA--T--G---AGATGAAGTAGCAGTTTTAAGA-T--AACC----CAG--A-A-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAAT-TGGAACTCCTTCAAGTTATA--T-TGATA-AT-TCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAG-C--AGGCGCT-ATGCTAA-TTAC-GACTAATATA-C--TA-GT----ATA-----TT--CCAACAAGTGGGT-GATTCGT------GGCCCCC--TCAATCCC-TTGCTC--GTA-AGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTAC--GC-GT---AT------AG-GCC--GAA-AGCTAGA-TT-CGCA-ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AA-ATAGCTGGCA---GGAAT-CAATTA----AGCCA-TCGTTCTT-CTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CGATA---AAGATAACCAC----CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-AAT--TTTC-G-CTAGAACAATTTCTATTTA-AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-A-CATGTAG-A--TCA---ATTAAA-CATTC-----CTANAA-ATA----AAGATATCT-GT-TCGAAAC-AT--NTTC-TA-------GTA-T-ACAA-ACATAATTC--TT-CAT-A--TC-ACTT---CG--ACAT-ATG-AAC-ACNAA---CATT-T-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCGAT----TTGACCCC-CGTCT
finalCons : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATNGAACCATTT-G-AATC-TCTTCT--TTT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACATCCTTTGA--T-ATCGGTA--C--TT---TCAT---AAATT------TAGTCTCAAATTTTGT---GATAATTTAT-----TTTATGTCATTC---CAAANA-ATATCACGAAACGA-----------T-TCA-AC-AT-CTAACACTATAT-----------GATCT-C-TTTG--AT----CT--G-TT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-C----------TGTTTTA-AC------AAC-----------C---------TC-CA-TGAGC-C-G--CAA----TCTCATCATCT------CNN---GACT-GTCAGCAATGGAAACTATAGCAGTATGTAGT---------------CTA----AAAT-G-TTGGATA--T--G---AGATGAAGTAGCAGTTTTAAGA-T--AACTCAGNAA-------GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGCC-AAG--GATAAAA-TAAT-TGGAACTCCTTCAAGTTATA--T-TGATATATCTCAGC-----CACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAGC---AGGCGCT-ATGCTAA-TTACACA----TATA-C--TAGATA-----------TT--CCAACAAGTGGGT-GATTCGT------GGCCCCCTCA---TCCC-TTGCTCGTA----GGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTAC--GC-GT---AT------AG-GCC--GAA-AGCTAGA-TT-CGCA-ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTC-AA-AAAGCTG-CA---GGAAT-CAATTA----AGCCA-TCGT-CTT-CTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTG-ATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CGATA---AAGATAACCAC----CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GTGTACTAGATT---AT-AAT--TTTC-G-CTAGAACAATTTCTATTTA-AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCG-A-AT--TT-AC-AC--TGTAG-A--TC----ATTAAACAT-TC-----CTANAAA-TA----AAGATATCT-GT-TCGAAAC-AT--NTTC-TAGTA----------ACAA-ACATAATTC--TT-CAT-A--TC-ACTTNG-----ACAT-ATG-AAC-ACNAA---CATT-T-G-C----ATA--TC----------AA-A-TAT---TGTAACATTGAA--A-ATGTAAA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCGAT----TTGACCCC-CGTCT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATGGCCAGAATTGTTAATTTAATTGACCTCGTCTCTCAGTACTTTCAGTACTATG
Unaligned ( gi|18 ): TTTAAAGACAGACATGCATATTTACATTTTTGTATTAAATCATTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1111 111 22222 222222 11111 1 1111 333333333333333 222222222 11111111111111111 222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222 1111 222222222222 8888888888888888888888888888888888 1111 444444444 11 3333333333 22 11 333333333333 1111 555555555555555555555555555555555555555 222 2222222 11 222222 11 222 1 111 3333333333 11 1 1 222222 1 11 11 222 1111 22222222 1 11 1 11 1111 111 1 22222222222222222 111 3333333333 1111 11 1 222 11111 1111 11111 11111 1 1111 4444444444444 2222222 1 222 1 111 1111 111 2222222222 11111 22222 1
lowQualScore : 5 66 66 4 4 0 5 1 4 4 22 66 3333 4 66 4 1 000 1 5 9 3 66 5 66 66 888 88888 555555 2 66666 77 1 0000 7 1 666666666666666 1 666666 5 5 5 333333333 3 5 8888 88888888888888888 5 000 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1111 2222 22 777777777777 55 9999999999999999999999999999999999 2222 777 000000000 4 99 0 33 1111111111 5 1 5 77 99 6 3 6 77 1 99 6 0 8 00 0 11 8 3 8 555555555555 99 6 99 4444 5 88 88 8 0 666666666666666666666666666666666666666 0 44 333 3333333 5 11 8 88 8 999999 8 5 0 3 11 0 3 222 0 777 6666666666 33 0 0 666666 0 33 2 99 8 222 0 8 7777 3 8 8 11111111 0 0 11 8 66 0 0 8 11 0 3 11 8 4444 0 0 8 444 0 66666666666666666 111 3333333333 6 5555 6 55 3 55 000 0 5 4 5 5 66 5 5 9999 5 55555 2222 88888 00000 66 99 22222 0 5 5555 66666 5 777 5 5 2222222222222 5 9999 5 5 66 5 1111111 0 333 5 0 333 5 5 5 0000 000 1111111111 555 777 66666 5 00000 5 55 6 6 4 88888 5 8
lowQualScore : . .. .. . . . . . . . .. .. .... . .. . . ... . . . . .. . .. .. ... ..... ...... . ..... .. . .... . . ............... . ...... . . . ......... . . .... ................. . ... ......................................................................... . .... .... .. ............ .. .................................. .... ... ......... . .. . .. .......... . . . .. .. . . . .. . .. . . . .. . .. . . . ............ .. . .. .... . .. .. . . ....................................... . .. ... ....... . .. . .. . ...... . . . . .. . . ... . ... .......... .. . . ...... . .. . .. . ... . . .... . . . ........ . . .. . .. . . . .. . . .. . .... . . . ... . ................. ... .......... . .... . .. . .. ... . . . . . .. . . .... . ..... .... ..... ..... .. .. ..... . . .... ..... . ... . . ............. . .... . . .. . ....... . ... . . ... . . . .... ... .......... ... ... ..... . ..... . .. . . . ..... . .
lowQualScore : 0 11 11 4 4 1 3 9 4 4 99 11 3333 4 11 4 0 999 4 0 2 2 99 0 99 99 888 55555 666666 2 77777 99 4 1111 1 7 999999999999999 3 000000 7 7 7 999999999 1 0 1111 66666666666666666 0 000 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 0000 1111 11 999999999999 99 1111111111111111111111111111111111 1111 333 333333333 9 33 7 66 4444444444 7 7 7 11 22 7 2 7 77 7 22 7 8 0 00 8 00 0 2 0 666666666666 22 7 22 2222 0 88 22 0 8 444444444444444444444444444444444444444 8 00 888 8888888 0 00 0 88 0 222222 0 6 8 2 22 8 2 555 0 555 5555555555 88 0 0 222222 0 22 5 22 0 000 8 0 0000 2 0 0 88888888 8 6 00 0 44 8 8 0 66 8 6 00 0 8888 8 8 0 000 0 00000000000000000 777 8888888888 7 0000 7 88 3 77 222 1 0 5 0 0 99 0 0 0000 0 00000 0000 55555 88888 44 22 55555 8 0 6666 88888 0 999 7 7 0000000000000 0 5555 0 0 99 0 0000000 0 888 0 8 888 0 0 0 6666 111 9999999999 999 888 88888 0 99999 0 44 7 7 8 00000 0 0
consensus : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATNGAACCATTT-G-AAT-CTCTTCT--TTT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACATCCTTTGA--T-ATCGGTA--C--TT---TCAT---AAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAA--T-TT---ATTTTATGTCATTCCAAATA-ATAT--ACG-AAACGAT-T-CAAC-AT-CTAAC-ACTA----T-A-TGATCT-CTTT-G--AT----CC--GTT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-C----------T--GTTTTA-AC------AAC-----------C---------TC-CA-TGAGCC-G--CAA----TCTCATCATCT------C---NNGACT-GTCAGCAATGGAA--ACT--A---TA-G-C-A---G--TATG-TA-GTCTA----AAAT-G-TTGGATA--T--G---AGATGAAGTAGCAGTTTTAAGAT--AACC----CAGG-AA-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAAT-TGGAACTCCTTCAAGTTATA--T-TGAT-ATATCTC--AGT--CCACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAG-C--AGGCGCT-ATGCTAA-TTACGACT-AT----ATA-C-----TAG-T---AT-A-----TTCCAACAAGTGGGT-GATTCGT------GGCCCCC--TC-A-TCCC-TTGCTC--GT--A-GGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTAC--GC-GT---AT------AG-GCC--GAA-AGCTAGA-TT-CGCA-ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTCAAAA-NGCTG-CA---GGAAT-CAATTA----AGCCA-T-CGTC--TTCTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTG-ATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CGATA---AAGATAACCAC----CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-AAT--TTTCG-CTAGAACAATTTCTATTTA-AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCGA-A-T--TTA-CA--C--TGTAG-A--T-C-A-TT-A---AA-CATTC-----CTANAA-ATA----AAGATATCT-GT-TCGAAAC-AT--NTT-C-TAGTA------AC---AA-ACATAATTC--TT-CAT-AT--C-ACTTC---G--ACAT-ATG-A-C-ACNAA---CATT-T-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCGAT----TTGACCCC-CGTCT
Reference ( family-6895 ) : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATNGAACCATTT-G-AAT-CTCTTCT--TTT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACATCCTTTGA--T-ATCGGTA--C--TT---TCAT---AAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAA--T-TT---ATTTTATGTCATTCCAAANA-ATAT-CACG-AAACGAT-T-CAAC-AT-CTAAC-ACTA----T-A-TGATCT-CTTT-G--AT----CT--GTT---A--AC-TCA---ATA-----------AA-C----------T--GTTTTA-AC------AAC-----------C---------TC-CA-TGAGCC-G--CAA----TCTCATCATCT------C---NNGACT-GTCAGCAATGGAA--ACT--A---TA-G-C-A---G--TATG-TA-GTCTA----AAAT-G-TTGGATA--T--G---AGATGAAGTAGCAGTTTTAAGAT--AACT----CAGN-AA-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAAT-TGGAACTCCTTCAAGTTATA--T-TGAT-ATATCTC--AG---CCACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAG-C--AGGCGCT-ATGCTAA-TTAC-AC--AT----ATA-C-----TAG-----AT-A-----TTCCAACAAGTGGGT-GATTCGT------GGCCCCC--TC-A-TCCC-TTGCTC--GT--A-GGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTAC--GC-GT---AT------AG-GCC--GAA-AGCTAGA-TT-CGCA-ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTCAAAA-AGCTG-CA---GGAAT-CAATTA----AGCCA-T-CGTC--TTCTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTG-ATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CGATA---AAGATAACCAC----CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-AAT--TTTCG-CTAGAACAATTTCTATTTA-AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCGA-A-T--TTA-CA--C--TGTAG-A--T-C-A-TT-A---AA-CATTC-----CTANAA-ATA----AAGATATCT-GT-TCGAAAC-AT--NTT-C-TAGTA------AC---AA-ACATAATTC--TT-CAT-AT--C-ACTTN---G--ACAT-ATG-AAC-ACNAA---CATT-T-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCGAT----TTGACCCC-CGTCT
gi|1 : TATAGATG-TTTTTTA--AACA--G-ATAGAAT-GAAACATTT-GCAATTCTGTCTT--TTT--C-AGTAC--GTTGTTATTGTAATGCGTATGGAAGAGTAAATCCGTTGGATT-ATCGGTA--CGTTT---TTGT---AAATT------TAGTGTTAAATTTTGGT--GATAA--T-TTTATGTTTTATGTCATTCCA--TA-GTAT-AACGTAAACTATGT-CA-C-ATGCTAAC-ACTGG---TGA-TGATCT-CTTTTG--ATTGTGCT--TTT---A--ACATCA---ATA-----------CA-C----------TTTGTTGTT-AC------A-------------C---------TCTCA-TGAGCTTG--CAAGTCCTCTGATCATCT------C---TAAACTTGTCAACAATGGAA--CAT--A---TA---C-ATTGG--TATG-TATGTCTA----TAAT-G-TTGAA-------G---AGA----ATA-CA---TTAAGAT--AAC-------GA-GA-GTCCAG--A-ATTTTAAC--C-ACTAAGAAATATTGTCGCACAGT--GTTAAAA-T
gi|1 : ACTCAGA--AGTAT-GGCGAGATGAATC--AGGCGC--ATCTCAA-TTAC-AG--ATTATTATATC-----TAGTTATTAT-AGTTTTTTCCAACAAATGTGT-GATTAGTTCATCTGGCCCCC--TCTA-TCCC-TTGCTTCAGTTTA-GGGAAGATCGTTTCTGAATTGGCTATTAC--AC-GTTACATGTGTTCAG-TCC--GAAGAGCTAGA-TTTCGTA-ATGCATTT-TATACATGCCGCGGTTTCGAAA-TTCTG-CATTAGGAATGCAATTATTTAAGCCA-T-GG-C--TTC-AAGAAATAT--GGAGCAAGTTCA-GT-TG-ATGATTCCAGGGGTCTTTTGAT-CGGGTAAAA-TTTCTAAGTCGAA--GATTGTCGACATATAAGATA-CGAC----GT--A---ACAT---ATGATTTT-----------GTGTACTAGAT----AT-AAT--TC-CGTCTAGAACA---TCTATTTA-GATAATGTTG-GG-TG-GGATT-TCGA-A-T--GTA-CA--GA-TGTAG-A--T------------AA-TAATC-----CTACAATATAT---CAGAT--CT-TT-CTGAAA---T--ATT-C-TAGTA------A-----A-ACATAATTCGCTT-GCT-AT--CTACTTTATCG--ACAT-ATG-A-C-ACAGAT--CATG-T-GGC----ATGA-TC----------AA-A-TAT---T------------------TACA-A---GTCTGGAACTTAT-TTTGACAATTAATTTCAAT----TTGA--TC-CGTCTttattattcatctcaaatgttttattttttttttttgttattttattatttttttcaagattctcgtactcagaagtatggcgagatgaatcaggcgcatctcaattacagattattatatctagttattatagttttttccaacaaatgtgtgattagttcatctggccccctctatcccttgcttcagtttagggaagatcgtttctgaattggctattacacgttacatgtgttcagtccgaagagctagatttcgtaatgcattttatacatgccgcggtttcgaaattctgcattaggaatgcaattatttaagccatggcttcaagaaatatggagcaagttcagttgatgattccaggggtcttttgatcgggtaaaatttctaagtcgaagattgtcgacatataagatacgacgtaacatatgattttgtgtactagatataattccgtctagaacatctatttagataatgttgggtgggatttcgaatgtacagatgtagataataatcctacaatatatcagatctttctgaaatattctagtaaaacataattcgcttgctatctactttatcgacatatgacacagatcatgtggcatgatcaaatatttacaagtctggaacttattttgacaattaatttcaatttgatccgtctttcagtacttctc
gi|10 : tatagatgttttttaaacagatagaatgaaacatttgcaattctgtctttttcagtacgttgttattgtaatgcgtatggaagagtaaatccgttggattatcggtacgtttttgtaaatttagtgttaaattttggtgataattttatgttttatgtcattccatagtataacgtaaactatgtcacatgctaacactggtgatgatctcttttgattgtgcttttaacatcaatacactttgttgttacactctcatgagcttgcaagtcctctgatcatctctaaacttgtcaacaatggaacatatacattggtatgtatgtctataatgttgaagagaatacattaagataacgagagtccagaattttaaccactaagaaatattgtcgcacagtgttaaaatttattattcatctcaaatgttttattttttttttttgttattttattatttttttcaagattctcgt-AACAAT-TTGAAG-TG-GA--T-TCAA-A-T--GTA--A--C--TATA-----T-C-A-TT-C---AA-CAT-C-----CTAAAA-G------AAGAGGTCT-GT-GAGAAAC-CT--ATTTC-TAATACAGTGTATTTAAG-ACATAATTA--TT-CAT-GTTTC-ACTTC---GTTAGATCATG-A-C-AC-AA---CATT-T-G-C----AT---TC----------AA-C-TAT---TGTAACATT-G-T-A-ATGTAAATA---GTCTG-AA-TTA---TTGA-A--TAA-TTTAA-----TTGA-CCC-CGTCTttcagtacttctc
gi|11 : agagactatgtttttgcctcatcaaacTATATTTT-TGTTTTT--AAGA--G-A-AGGATGAAACCTTAT-G-AG---TCTTCT--TT------G-CC--ATT-TTGTCATActcatactttcagtact
gi|12 : attggtcagaatgttcacattataaacagttgcaatttcgtagttctttg---AA-ACATAATTC--TT-CAT-AT--C-ACTAT---T--ACAC-ATG-A-C-AC-AA---CATTGT-G-C----AT-A-TC----------AA-A-TAT---TGTAACATTGGAA-A-AAGTAAA-A---GTTT--AATTAAT-TTttcagaggtttt
gi|13 : taatgcgatgattatgctgtt--AACA--G-A-AAGATGGAACCATTT-G-AAT-CTCTTTT--TCC--CCAG-AC--GTT-TTATAGTAATGCCTTTCGCA-AGTTCATCC-TTGA--T-AATGGTA--C--TT---TC-----AAATTTACCGGTAGTCTCAAAcattgacc
gi|14 : -TTGAGG-TG-GA--T-TCGA-AAT--TTA-CA--C--TGTAG-A--T-C-A-TT-A---A---ATCC-----TTAAAA-TTA----AGAATATCGAGT-TCGAAAC-AT--
gi|15 : aaT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTAAA--------TG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTTGA-----TTGA-CCC-TGTCT
gi|16 : TA----AAAT-G-TGGGATAAAT--AT--AGATGAAGTACCAGTTTTAAGAT--AAC-----CAGG-AACGTCCAG-CA-Actcagtat
gi|2 : ATATAGATTCTGTTTTA--AACACTG-A-AGGCGTGA-CCATTTTG-AAT-CTCTTCT--TTT--C-GA-AC--GTT-T-ATTGTAATGT--------------ATCCTTTGA--T-AT-GGTAACT--TT---TCATTCAAAATT------TAGTTTCAATTTTTG-T--GATAAGCT-TT----TTTTATGTCATTCCAAATA-ATAT-CGTA-AACCG-T-T-CAACCAT-CTAAC-ACTA----T-AATGATCT-CTTT-G--AT----CT--GTT---A--AC-TCA---ATA-----------AAAC----------T--GTTTTAGAC------AAC-----------C---------TC-CAATGAGCC-A--CAA----TCTCATCTTCT------C---CTAAC--GTCAGCAATGGAA--ACTCCA---TATG-C-AT--G--TATG-TATGTCTA----AAATTA-TTGGATA--T--G---AGGTGAAGTAGCAGTTTTAAGA----ACT----CAG--AA-GACCAG-CAGATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCGC-CAAG--GATAAAA-TAATGTGGAACTCCTTCAAGTTATACCT-TGAT-ATATCTCTCAGT--CCACTCAGA--AGTAT-GAGGAA--GAG-CCAAGGCCCT-ATGCTAA-TTATGACTAAT----ATA-C-----TAAGT---AT-A-----TTCCAACA-GTGGGTAGTTTCGT------GGCCCCCCGTC-AATCCCGTTCCTC--AT--AAGGGAAAATCGTCTC-GAATTGGCTATTA---GC-GT---AT------AA--CC--AAG-AGCTAGA-TT-CG-A-ATGCATTT-TATAC-TACAGGGGTTTCAAAT--GCTGGCA---GGA-T-CAATTA----AGCCAGT-CGTTCTTTCTCATAAATAT--GAA-CAATTTCATGTCTGGATGAATTCAGAGGGCTTTTGTTTCGG--ACAA-TTT---AGTCTAATGAATTG-CAATA---AAGATAAACACTCATCT--ATGAACATTAAGTGATTCTTT---------GTGTACTAGAT-T--AT-GAT--TTTCG-CTAGAGCAATTTCTATTTA-AGTAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCGA-A-T--TTA-CA--CCATGTAGAA--T-CAA-TT-A---AA-CATTC-----CTATAA-ATA----AAGATAT-T-GT-TCGAAACGAT--TTT-C-TAGTAGC----AC---GA-ACATAATTC--TTCCAT-AT--C-ACTTC---GA-ACAT-ATGAAAC-ACCAA---CATT-T-G-C----AT-ATTC----------AA-A-TA----TGTAACATT-GAACACATGTAAA-A---GTCTG-AACTTTTATTTGA-AATTAA-TTCAAG----TTGACCCC-CGTCT
gi|3 : ATAGATT--GTTTTTTCAACA--GCA-AGTATTAAACAATTG-A-AAA-GTCT-CT--CTT--C-AG-AC--GTT-TTATTGTAAT-CCA--CGAA-AGTACATCCTT-GA--TTATCGGTA--C--TTCAATGAT---AGGTT--------ATCCAAAGTTTTG-CTGGATA---T-TT---ATTT---AGCAT-CCAGAAG-ATAT--GCA-AACTGAT-TTCAAC-AT-CTAG--ACGAGAGGT-A--GATCGGCTTT-GGGAT----CTTTGTTTAAA--GC-TCA---ATC-----------AA-CACGGTTTGTTT--GTTTTA--C------AGCGGGTG------CGTAAGGTGATC-C--TG-GCC-GAGCAA----TCTC--TATCT------C---TAGAAC-GGCAGCAA-GGAAC-ACA--AGGGTA-GGC-A---GGGTAGC-TA-GCCTAGAGGAAGT-GAGTGGATA--T------AGAGGAAGT--CAGTTG-AAGATTAAGCC----CA----A-GTCCAGGCA-CTTTTAACTGC-AC-AATAAATAGT-TCGC-TAAGTTGA-AAAA--AAC-TGGAACTC-TTCAAGTTATA--T-TGAT-ATATC-C--AGTCACCACTCAGACTAGTA----GGGT--GAG-C--AGCGGCTGATGCTAA-TTACGACTTAT----ATA-CGGTAGTAA-----GTGA-----T--CAACAAGTCGGA-GATTCAT------GGCCC----TC-A--CCC-TTTCTC--G---A-TGGAGAA-CGTCGT-GA-TTGGCTATTACCAGC-GT---AT------AGAGCC--GAA-GGCTCTA-TT-TGCACATGCATTTATATGC--GCAGGT-TTTCAAAA-AAGCG-CA---AGAAT-CAATTA----AGCCA-T-CGTC--TT-GCAT-AATATGAGAA-CAA-TTCATGTC-G-ATGAAGTCAGAGGGCTTTTGTTC--G--ATAA-ATT---GATCTAATGAATTG-CAATA---AA-ATAAC--C----CT--A-G-ACAT---ATGATTTTT-----------TGTACTA-AT-TTAAT-AATC-TCTCG-C-AGACAAATTTCTATT---AATAAT-TTGA-G-TG-GA--T-TCGACA-----TA-CA--A--TGTAG-A--T-C-A-TTCATTTAA-CATCCTACATCTGCAA-ATA----AA-AGATC---T-TCGAAAC-ATTATTT-C-TAGTT------AC----A-ACA-AAT----CT-CA--AT--C-ACTTT------ACAT-AT---AC-ACAAA---CTTA-T-G-C----AT-A-TC----------AA-ATTAT---TGTAACATT--AA-A-ATGT-AA-A---GTCTG-AACTTAA-TT
gi|4 : ATATAGATT-T--TTTT--AACA--G-A-AG---TGAACCATT--G-AAT--TCTTCT--TTTT-C-AG-ACTCGTT-TTAT-------CCT---GTA-AGTACATC--TTGA--T-ATCG-TA--C--TT---TCA-----AATT------TAGTTTCAA---TT--T--GATAA--T-TG---ATTT-ATGTCATTCCACAAA-ATAT--AC---AAC-AT-T-CAA--AT-CTAAC-ACTA----T-A-TGATCT-CTTT----AT----TT--AT----A--AC-TCA---ATA-----------AA-C-------------GTTT---AC------A-------------C---------TT-CA-TGAGCCCA--CAA----TCTCATCTTCT------C---TAAACT--TCAGCAATGGAACTAC---A---TA-G-CCA---G--TATGATG-TTCTA----AAAA-T-TTTTATA--TT-G-------GAAGT-GCCGTTTTAAAAT--AAC-----CAGT-AA-G-CCAG-CA----TTAAC--CCACTAATAAATAGT-TCGC--AAG--TATAAAAATAAT-TG-AACTC-TTCAAGTTATA--T-TAAT-AT--CTC--A----TCACTCAGA--AGTAT-GGG--A--GAG-C--AGGCGCT-AT-CTAAATTATTAC--AT----ATA-C-----TAG-----AT-A-----TTCCAACAA-TGA----ATTAG-----------CCC--TC-A-TCCC-TTGCTC--AT--A-G---AAAT-GT-TC-GGAATGGCTA--GA--GCAGT---AT------AA-GCCCCGAA-AGCTAGAATT-C----ATGCATTT-TATAC-TGCAGGGGTTTCAAGATAGCTG-CA---GGAAT-CAATTA----A-CCA-TTCG-C--TT-TCATAA-CAT--GAA-CA-TTCTATGTCTG-AT----TC---GAGTTTTTGTT-CGG--ACAA-TT----AGTCTAATGA-----TGATA---AA-ATAAC-AC----CT--A-GAACAT---AAAATTTTTG---------AT-----AGAT-T--AT-ATT--TTTCGGCTA--ACAATTTCTATT---AA-AAT-TTGA---TG-GA--T-T-GA-A-T--TGAACA--C--TGTAG----T-C-ACTT-A---CA-CACTC-----CTA--A-ATA----AAGATATCT-GA-TCGAAAC-AT--ATT-T-CAGT-------AC---AACACATACATC--TT-CAT-AT--C-ACTTA---G--ACAT-ATG--AC-ACAAT---CATT-T-G-T----A-----C----------AA-A-TATTACTGTAACATT-GAA-A-AT-TAAA-ATAGATCTG-CACTTAT-TTTGA-AATAAA-TTTTACATCATTGACCC
gi|5 : ATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATGGA-CCATTT-G-AAT-CTCTTCT--TTTTTC-AG-AC--GTT-TTATTGCAATGCCTTTTGCA-AATACATCC-TTGA--T-ATCGGTA--C--TT---TCATC--AAATT------TA
gi|5 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttc---AAATT------TAGTCTCAAATTTTG-T--GATAA--TGTC---ATTTCATGTCATTCCAAATACATGTATACG-AAACGAT-T-CAAC-AT-CTAAT-ACTA----T-A-----CT-CTTT-G--AT----AC--GTT---A--AT-Ttgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcaaatttagtctcaaattttgtgataatgtcatttcatgtcattccaaatacatgtatacgaaacgattcaacatctaatactatactctttgatacgttaattatatattaatactcatttatatgatctctttgatctgtttaactcaataaactttgttttacacctcataagccgcaatctaatcatctatgactgtcagcaatggaactatgttataaaatgttggatactagtatagatgaagaagcagttttaagattaactgttacaggtaagtccagcaattttaaccactaataaatagttcacaaggttaaaataatttgaactcttcaattatattcactcagaagtatggggaagaacaggcct
gi|5 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcatatagatttgtttttaacagaaggatggaccatttgaatctcttcttttttcagacgttttattgcaatgccttttgcaaatacatccttgatatcggtactttcatcaaatttatgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcTA----T-A-TGATCT-CTTT-G--AT----CT--GTTT--A--AC-TCA---ATA-----------AA-C----------TTTGTTTTA--C------A-C-----------C---------TC--A-TAAGCC-G--CAA----TCTAATCATCT----------ATGACT-GTCAGCAATGGAA---CT--A---T----------G--T----TA----TA----AAAT-G-TTGGATA--CTAGTATAGATGAAGAAGCAGTTTTAAGATT-AACTGTTACAGGTAA-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAATAAATAGT-TCA--CAAG--GTTAAAA-TAAT-TTGAACT-CTTCAA-TTATA--T-T-------------------CACTCAGA--AGTAT-GGGGAA--GAA-C--AGGCatatattaatactcatttatatgatctctttgatctgtttaactcaataaactttgttttacacctcataagccgcaatctaatcatctatgactgtcagcaatggaactatgttataaaatgttggatactagtatagatgaagaagcagttttaagattaactgttacaggtaagtccagcaattttaaccactaataaatagttcacaaggttaaaataatttgaactcttcaattatattcactcagaagtatggggaagaacaggcct
gi|6 : ttttagtcagttgttacttatataatttcaatttcatgaaaaccttttcattttagaaaaaggggcccaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatactagtatatctaaaattgtttaagaatgtttacattgtagatagtcaaaattttgcagttatttcatatagatttgtttttaacagaaggatggaccatttgaatctcttcttttttcagacgttttattgcaatgccttttgcaaatacatccttgatatcggtactttcatcaaatttatgcattgactgcaaagttgcataaactaacaggaattcaaatttagtctcaaattttgtgataatgtcatttcatgtcattccaaatacatgtatacgaaacgattcaacatctaatactatactctttgatacgttaattatatattaatactcattATATAGATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGACTGAACCATAT-G-TAT--TCCTCT--TTC-----G-AA--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACATCCTT-GA--T-ATCGGTA--C--TT---TT-C---AAATT------TAGTCTCAAATTTT--T--GATAA--T-TT---ATGTTAT-TCATACCAA------------------------CAAC-AT-CTAACTGCTAC---T-A-CG-----TTTT-G--AT----AC--GTA---AT-AC-TCAGTTATATGATCTCTTTGAT-C----------T--GTTTT----------AAC-----------C---------T--CA-T--ACC----CAA----TC----CATCT------CACAATGACT-GTCTGTAATG--A--ACT--A---T----------G--T--------TCTG----AAAT-G-TTGGATA--T------AGATGGAGCAG-----TTAAGAT--AACC----AAGA-AA-GTCCAG-CA-ATTTTAAC--C-ACTAA-AAATAG--TCGC-CA----GATTAAA-T-AT-TGGAACT-CTTCAAGTT-TA--TGTGATGATATCTC--AG---CCACTCAGA--AGTATAAGGGAA--GAG-----GGC-CT-ATG-TAA-T---------T----ATA-C-----TAT-----AT-A-----TTCCAACAAGTGG---GATTCGT------G--CCCC--TC-A-TTCC-TTGCTC---T--A-AGG-AAATCATCT--GAATTGGCTAct
gi|7 : tttcaattcattaaaaccttttctttcatttagaagctgaggtcaatgtgcatcagaatatgatgcagtattatttaataatgttaagatatacttgtaatagtcaagttttgtagttatttcATATATATT-TGTTTTT--AACA--G-A-AGGATAGAACCATTT-G-AAT-TTCTTCTTGTTT--C-AG-AT--GTT-TTATTGTAATGCCTTTCGCA-AGTACAT-CTTTGA--T-ATCGGTA--C--TT---CC-----AAATTTACCGGTAGTCTCAAATTTTG-TC-GATAA--TGTT---ATTTTATGTCATTTCA---A-ATAT--ACG-AAACGAT-T-CAAC-GT-CTAAC-GCTA----T-A-----CT-GTTT-G--AT----AC--GTT---AATAC-TTATTTATATGATCTCTTTGAT-C----------T--G-TTTA-ACTCAATAAACTTTATTTTACAC---------CT-CA-TGAGCC-G--CAA----TCTCATCATCTATGATCT---ATGACT-GTCAGCAATGGAA--aactaac
gi|8 : tttaattagattgttgtttacttgtacatattgtcttgtgattctacatctgaaaaacaaccttttcttcattttagaagttagggctcaatgtgcatcagaatatatgcatgcagcatatgtctataattgttaagaatgtttacattgtagatagtaaaagttttgtaattatttcTTCAAAA-TGCTG-CAA--GGAAT-CAATTA----AACCA-T-CGTT--CTTTCATAA-TAT--GAA-CTATTTCATGTCTG-ATGAATTCAGA-GGCTTTTGTTTCGG--ACAATTTT---AGTCTAATGAATTG-CAATA---AAGATAA-CA-----CT--A-GAACAT---ATGATTTTTT---------GT-TACTAGAT-T--AT-GAT--TTTCG-CTAG-ACAATTTCTATTT--AATAAT-TTGAGG-TG-GA--T-TCGA-A-T--TTA-CA--C--TATAG-A--T-C-A-TT-A---AA--A-TC-----CTA-AA-ATA----AAGATATCT-G--TCGAAAC-AT--ATT-CTTAGT-------AC---AA-ACATAAATC--TT-CTT---------TTT---G--ACA------------CAA---CATT-TGG-C----AT-A-TC----------AATA-TTT---TGTAACATT-GAA-A-ATGTATA-A---GTCTG-AACTTAT-TTTGA-AATTAA-TTCAAT----TGGACCCCGCGTCTgtacat
gi|9 : CAC----CTTTA--AACAT---ATGATTTTTTTATAATGTAGTGTACTAGATCT--ATGAATAATTTCG-CT--AACAACTTC-GTCTATACTAAG-TTGAGGATGTGA--TCTCGA-A-TTATTA-CAACC--TGTAG-AGGTAC-T-TT-A---AAGCA-TC-----CTAAAA-ATATAAGAAGATATCT-GTATC--AAC-AA--TTT-C-TGGTATC----AC---AG-ACATAAT----TT-CATAAT--C-ACTTA---G--ACATAATG-ATCAACCAAGAGTATC-T-A-TGACAAT-A-TCCAACGACTTTAA-G-TAT---TGTAACATctcagtactctcagtacttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATGGCCAGAATTGTTAATTTAATTGACCTCGTCTCTCAGTACTTTCAGTACTATG
Unaligned ( gi|18 ): TTTAAAGACAGACATGCATATTTACATTTTTGTATTAAATCATTTA