lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 22222222222 2222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111111111111111 111111111111 1111 1111111111111 11111111111111111 11 222222222222222222222222222222222222 11 222222222222222222 11111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 1111 22222222 22222 222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 111 3333333333333333333333333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 2 22 0000000 1 44 555 222 22 77 2 555 1 1 1 66666 3 22 666 55555555555 2 44444 4444444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 222 88888888888888888888888888888 22 1 222 1 22 333333333333 33 22 3333 444444 2 444 2 5555 0000000000000 1 11111111111111111 11 00 44 1 555555555555555555555555555555555555 333333 6666 00 222 1 2222 444 11 11 0 5 1 222 444 66666666 1 1 333 11 2 444 888888 555555555555555555 2 888888 22 555 222 1 77777 22222222222222 4444444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666666666 22 1 66666666 5555555 1 444 333 00000000 22 5555555 22 5555 555555 1 22 9999 22 6666 1 3 00000000 44444 1 1 22222 1 3 777777777 1 444444 1 1 1 1 22 44 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 2 2 55 2 2 55 2 2 2 2 1 1 1 6666666 55 1 1 66 5555 222 0000000000000000000000000000 2 22 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777 8888888888888 1 4444 1 22 3 9999999 2 1 555 333 2 2 1 1 44 2 4 333 99999999 2 2 333 55
lowQualScore : . .. ....... . .. ... ... .. .. . ... . . . ..... . .. ... ........... . ..... ................ .................................................................................................................................................................................. . ... ............................. .. . ... . .. ............ .. .. .... ...... . ... . .... ............. . ................. .. .. .. . .................................... ...... .... .. ... . .... ... .. .. . . . ... ... ........ . . ... .. . ... ...... .................. . ...... .. ... ... . ..... .............. ....... ................................................................... ......... .. . ........ ....... . ... ... ........ .. ....... .. .... ...... . .. .... .. .... . . ........ ..... . . ..... . . ......... . ...... . . . . .. .. . .................................................................... . . . .. . . .. . . . . . . . ....... .. . . .. .... ... ............................ . .. . ................................................... ............. . .... . .. . ....... . . ... ... . . . . .. . . ... ........ . . ... ..
lowQualScore : 1 66 3333333 8 11 666 888 22 66 3 222 7 7 7 11111 5 44 666 11111111111 2 44444 8888888888888888 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 8 999 77777777777777777777777777777 22 6 888 6 33 999999999999 11 22 3333 999999 0 999 0 0000 7777777777777 4 00000000000000000 88 88 44 3 111111111111111111111111111111111111 888888 0000 66 666 3 8888 222 88 88 7 2 1 333 333 22222222 3 3 444 88 6 000 000000 888888888888888888 9 999999 00 222 666 5 44444 22222222222222 8888888 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444444444 22 6 66666666 7777777 7 888 000 22222222 44 4444444 33 6666 222222 8 88 3333 00 2222 8 6 66666666 11111 8 8 44444 7 5 000000000 7 000000 7 7 7 7 44 88 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 00 1 1 33 1 0 0 0 9 9 3 2222222 33 9 9 33 1111 888 9999999999999999999999999999 0 22 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666 0000000000000 9 0000 9 66 6 2222222 8 9 222 555 0 0 9 9 88 0 0 555 22222222 0 0 777 33
consensus : GTCTCCGATACA-CATTT--TC------NT-TA--AT---T---TTA--AA--CACAG---GC-ACAT-GGGGTA-A-----G-A--AG---A-------TCG-TAACT-TCT-T--T-C-----A--AG----AAAAA-------A-------ATA-GGAG-G-AGG-T----------GTCCA----------TT-AATTAG-TT---A-C-TGCA--TT----TT-------------------------------TT---------------T--------A-TT-------------TT----GAG-A----CGT-TTT--GTA--C---------T--AT------T-T---T--TATA-A---C-AACT--A-----AATT-AGATG-CGT-TTTTG---AA-----TTCCTTG--AAAGCTTTAT-T-AAAA---------A---CTAC-T------------A----AA--ATTCGA--T--G-TATC-----T-------AA--A------T--TGAAAG--AAG------AT----ACAG-TCGAATCTA--A-GT----AG---T--T--TCAGATAAAACT---TG--GA--------CA-G-AG---TTCAG--AA-G---CAC------A------T-----------T-AG------TT--G---T---T-AT-----A--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T-----T---------A--------AA---------A--A-A--T-----T-------GCAGTTAAT-CT---AAT---T----G---AT--AA-------T--T---AT------T-TTTGT--TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G----GGCG----GCAT-ACGA-TG-T--CCG-GTC-TT---------AC-CCCA---TGTG-C-C-TT-T--GA--T-T-------NA----AAAAA---------AA--ATAA-----AAAAAG-AT-T-ATATAGGCC--TA-CCTGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCT-TTTTTT-------------C---TA-TTT--A--AATCT-AA-TTTTA-------TTT------GA-----N-NT----AAATTATT---TT----ATTTT---------TT--T-TTT----T-TA--CCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
Reference ( gi|6 ) : GTCTCCGATACA-CATTT--TC------AT-TA--AT---T---TTA--AA--CACAG---GC-ACAT-GGGGTA-A-----G-A--AG---A-------TT--TAACT-TCT-T--T-C-----A--AG----AAAAA-------A-------ATAGGGAGGGGGGGGT----------GTCCA----------TT-AATTAGGTT---A-C-TGCA--TT----TT-----------G------G----G-------TT---------------T--------A-TT-------------TT----GAG-G----CGT-TTT--GTA--C---------T--AT------T-T---T--TATA-A---C-AACT--A-----AATT-AGATG-CGT-TTTTT---AA-----TTCCTTG--AAAGCTTTAT-T-AAAA---------A---CTAC-T------------A----AA--ATTCGA--T--G-TATC-----T-------AA--A------T--TGAAAA--AAG------AT----ACAG-TCGAATCTA--A-GT----AG---T--T--TCAGATAAAACT---TG--GA--------CA-G-AG---TTCAG--AA-G---CAC------A------T-----------T-AG------TT--G---T---T-AT-----A--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T-----T---------A--------AA---------A--A-A--T-----T-------GCAGTTAAT-CT---AAT---T----G---AT--AA-------T--T---TT------T-TTTGT--TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-GTG----GGCA----GCAT-ACGA-TG-A--TCG-GTC-TT---------AC-CCAA---AGTG-C-C-TT-T--GA--T-T-------AA----AAAAA---------AA--ATAA-----AAAAAA-AT-TGATATAGGCC--TA-CCTGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCT-TTTTTT-------------C---TA-TT---A--AATCT-AA-TTTGA-------TTT------GA-----A-AT----AAATTATT--ATTA--TATTTT---------TT--T-TTT----T-TA--CCAC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|3 : GTCTCCGATACA-CATTT--TC------AT-TA--AT---T---TTA--AA--CACTG---AC-ACAT-GGGGTA-A-----G-A--AG---A-------TT--TAACT-TTT-T--T-TCA---A--AG----AAAAA-------A-------A-AGGGGGGGGAGTTT----------GTCCGAAAATTTCCGTT-AATTAGTTTT--A-C-TGGT--TT----TT-----------N------N----N-------NN---------------N--------N-NN-------------NN----NNN-N----NNN-NNN--NNN--NNNNNNNNNNT--ATGAGACGT-T---T--TGTA-A---CTAATT--ATA---AATT-AGATG-AGT-TTTTG---AA-----TTCCTAG--AA-GCTTTAT-T-AAAA-------------CTAT-T------------A----AA--ATTCGA--T--G-TATC-----T-------AA--A------T--TGAAAG--AAG------AT---------------CTA--A-G-------------------------ACT---TG--GA--------CA-G-AG---TTCAG--AA-G---CAC------A------T-----------T-AG------TT--G---T---T-AT-----A--------------AC-----T-A------G-------------AGTAATACATATACGT------T-----TCC-------A--------AA---------A--A-A--T-------------GCAGT-AAT-CT---AAT---T----G---AT--AA-------T--T---AT------T-GTCGT--TT---GAA-AT---AA-AA-TGAA--TG----GACA----GAAT-ACGA-TG-T--CCG-GTC-TT---------AC-TCTA---AGTG-C-C-TT-T--GA--T-TTAAGAAAAA----AAAAAGATG-----AA--ATAA-----AAAAAAGAT-TT-TATAAGCC--TA-TCTGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TT-GAC-CAA-------A--TATCTAT-T-TCTTTT---CTTCC----TTTTT-------------C---TAATTG--A--AATCT-AA-TTTA---------TT------GA-----C-TT----AAATCATT--------TATTTT---------TT--T-TTA-------A--CCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GTAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|2 : tcaaaGTCTCCGATACA-CATTT--TC------AT-TA---T---C---TTA--AA--CACAG---GC-ACAT-GGGGTA-A-----G-A--AG---A-------TT--TAAAT-TAT-T--T-C-----A--GG----AAAAA-------A-------A---GGAGAAAAGGATT---------GTCCA----------TT-GATTAGTTA---A-C-TGCA--TT----TTTTTGTTTGTTTG------T----T-------TT---------------T--------A-TT-------------TT----GAG-A----CGT-TTT--GTA--C---------T--AT------T-T---T--TATA-A---C-AACT--AGCCTAAATT-AGATG-TGT-TTGTG---AA-----TTCCTTG--AAA-----------------------A---CTAC-T------------A----AA--ATTCGA--T--G-TATC-----T-------AA--A------T--TGAAAG--AAG------AT----ACAG-TCGAATCTA--A-GT----AG---T--T--TCATATAAAACT---TG--GA--------CA-G-AT---TTCAG--AA-G---CAC------A------T-------------AA------CT--A---G---A-GT-----A--------------AA-----T-AC-----G-------------A--------------TG-----T-----C---------A--------AA---------C--A-A--T-----T-------GCAGTTCAT-CTTTTAAT---TTT--G---A---AA-------T--T---AT------T-TTTGT--TT---AAA-ATTACAA-AA-TGAA-A-G----GGCA----GCATGACGACTGTG--CCG-GTC-TT---------AC-CCCG---AGTG-CTC-TT-T--TT--T-T-------TA----AAAAA---------AA--A------------AG-AT-TTATATAGGCC--TAACCTGC-TACATG-AC-TAAA-GATGAA-A--TCAT-TTCAGGCATTT-TC-GACACAA-------AC-AATCTAT-TATCTTTTCTTCTTTTCT-TTTTTTTTTTTTTTATTTGC---TA-TTTAAA--AATCTTAA-TTTTA-------TTT------GACTTTCA-ATCATAAAATTTTT--TTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTT--T-TTT----T-TA--GCGCAA-AA--ACGACTG---T---GGAAA-GAAT-A-TA----TC-CAGTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACACCA
gi|4 : GTCTCCGATACA-TATTT--TC------AC-TA--AT---T---TTA--AA--CACAGAG-GC-ACATTGGGGTA-AA----G-A--AG---A-------TT--TAA-T-TCT-T--T-C-----A--AG----AAAAATGAAAAAA-------AAAAAAAAAAAAGATT----------GTCCA----------TT-G-TT---TT---A-C-TGCA--TT----TT-----------GTTGTTTG----G-------TT---------------TTTGTTTTAA-TT-------------TT----GAG-AA---CGT-TTT--GTA------------T--AT------T-----------A-A---C-AAGT--A-----AATT-A-ATG-CGG-TTGTT-------------CTTG--AAAGCTT-AT-T-AAAA---------A---CTAC-T------------A----AA---TTCGA--TT-G-TATC-----T-------AA--A------TATTGAAAG--AAG------AT----ACAG-CCCGATCTA--A-GT----AG---T--TCATCA--TAAGACT---TG--GA--------CA-G-GG---TTCAG--AA-G---CAC------A------T-----------T-AG------TT--G---T---T-AT-----AC-------------AC-----T-A------G-------------AGAAATACGTG----T------C-----T-------------------A---------A--A-A--T-----T-------GCAG-TAAT-CT---AAT---T----G---AT---A-------T--T---AT------T-TTTGT--TT---AAA-AT----A-AA-TGAA---G----GACA----GCAT-ACGA-TG-T--CCGCGTCAAT---------AC-CCAT---GTTG-C-C-CT-T--GA--T-T-------TA----AAAAA---------AA--AT---------------T-TTATATAGGTCCATA-CCTGCTTACA-GAA--TAA---ATGAATA--TCAT-T-CAG-CATTT-TCGGAC-C-A-------AA-TATCTA--T-GCCTTT--TCT--TCT-TTTTTC-------------C---TA-TTTA-A--AATCT-AATTTTTATTTTTCCTTT------GA-----A-AT----CA--TGTT--A------ATTTT---------TG--T-TTT----TAAA--CTAC-A-AA--AC-A-TG-------GG-AA-GCAC-A-TGCGTTTC-C-GTG---C----------CCA-TAG---G--AAGCTACGCCAc
gi|5 : tttttcaGTCTCCG-TACA-CATTT--TC------AT-TA---T---T---TTA--AA--CCTAG---GC-ACAT-GGGATA-A-----G-A--AA---A-------TT---AACT-TCT-C--C-C-----C--CCCCCCAAAAA-------A-----------GGTGGGGGGGATTT--------GTCCA----------TT-AATTAGTTTTTTA-CATGCA--TT----TT-----------GTTTT--GTTTTG-------TT---------------TTT------A-CT-------------TT----GAGTA----CTT-TTG--GTA--C---------T--AT------T-T---C--TATA-A---C-AACT--A-----AATT-AGATG-CGT-TAT-----GA-----ATCTCTG--AAA-TTTTAT-TTAAAAT--------A---CTAC-TT-----------A----AA--ATCCCA--T--G-CATC-----T-------AA--A------T--TGAAAAG-AAG------A-----ACAG-TCGAATCTA--A--T----AG---T--T--TC---TCAAACT-----------------------------------A-G---CAC------A------T-----------T-AA------TT--T---T---T-AT-----A--------------AC-----T-ATAGAGTA-------------A--------------T------TA----T---------ACCTGTTCTAA---------A--A-A--T-----T-------AAAAGGAAT-CT---AAT---T----G---AT--AA-------T--T---AT------T-TTTGT--TT----AA-AT---AA-AAGTGAA-G-G----GGCC----GCAT-ACGA-TG-T--CCG-GTC-GT---------GC-CCCA---AGTGCC-C-TT-T--GA--T-T-------AG----CAAA----------------AA-----AAGAAG-AC-TTAT-TAGGCC--TA-CCTGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-AACTCAT-T-CAG-CATTT-TC-CGC-CAGATATACTAG-TATCTAT-T-TCTATT--TCTTCTTT-TTTTTT-------------C---TA-TT---T--AA----AA-ATTGA-------CTT----------------T----AAATCATTG-ATTT--TTTTTT---------TT--T-TTT----T-TA--CGCC-A-AA--GCGA-TG---T---G---A-GCAC-A-TGCT-TTC-C-GTGACTT--------T-TCACTAG---GA-AAGCT-CGCTA
gi|8 : aGTCTCAGATAAA-CATTT--CT------TT-TA--AT---T---TTA--AA--CACAA---GC-ACAT-GGGGTA-A-----G-A--AA---A-------TCG-TAACT-TC-------------------------------------------------GGGCAGGG-------------CCA----------TT---------T---A-C-TGCA--TT----TT-----------T-------------------TT---------------T--------A-TT-------------TT----GAA-A----CGTGTTT--G-A--C---------G--GC------TCT---T--TATA-A---C-AAGTTAA-----AATT-CGATG-CGT-TTTTG---AA-----TTCCTTG--AAAGCTTTAT-A-AAAA---------AAAACTAC-T------------A----AA--ATTCG------------------------------------T--TGAG------G------ATT---ACAA-TGGAATCTA--AAGT----AG---T--T--TCAGATAAAACC---TG--GA--------CA-G-AG---TTCAA--AA-G---CAC------A------T-----------A-AG------TT--T---A---T-AA-----A--------------AC-----T-A------G-------------AGTAAATACATG---T------TACGTGTCCAA-----A--------AA---------A--A-A--T-----T-------GCAGTTA-C-CT---A-----------------------------------T------C-TTTGT--TT---AAA-AT---GA-AA-TGAG-G-G----GTCG----GCAT-ACGA-TG----TCC-GTT-TTTTTTTTTTTAC-CCCA---TGTG-C-C-TT-CTGGA--T-T--------------------------------TAA-----AAAGA-----T--TATA------CA-CATAC-TACA-G-ACATAGA-GATGAA-AA-TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AT-TATATAT-T-TCT-------TTCTTT-TTTTTT-------------T---TA-TTTC-A--AATCT-AA-TTTTA-------TTT------TA-----CTTT----AAATT-----------TATTTC---------GT--T-TTT----T-TA---CGC----A--ACAG-TG---T---GG-AA--CACAA-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---GAAAAGCTACGCCA
gi|17 : agagaggtacatgtattttcaaaGTCTCCGATACA-TATTT--TC------AC-TA--AT---T---TTA--AA--CACAG---GC-ACAT-GGGGTA-A-----G-A--AG---A-------TT--TAACT-TCT-T--T-C-----A--AG----AAAAA-------ATGAAAAAAAAAAAAAAAAAGATT----------GTCCA----------TT-G-TT---TT---A-C-TGCA--TT----TT-----------A------G----G-------TTGTTTGGTTTTTTTTTT--------AATT-------------TT----GAG-A----CGT-TTT--GTA--T---------T--AT------T-----------A-A---C-AAGT--A-----AATT-AGATG-CGG-TTTTG---AA-----TTCCTTG--AAAGCTTTAT-T-AAAA---------A---CTAC-T------------A----AA--ATTCGA--T--G-TATC-----T-------AAATA------T--TGAAAG--AAG------AT----ACAG-CCGGATCTA--A-GT----AG---T--T--TCATATAAGACT---TG--GA--------CA-G-AG---TTCAG--AA-G---TAC------A------T-----------T-
gi|13 : ttttcaGTCTCCAATATA-CATGT--TC------TT-TA--AT---T---TTA--AA--CACAG---GC-ACAT-GGGGTA-A-----CTA--AGGGCA-------CTGGTAACT-TCT-G--T-C-----A--ATT---AGAAA-------A-------ATA------------------------CCCA----------TT-AGTT---TT---A-C-TGCA--TTCTCTTT-----------G------G----A---------------------------------A-TT-------------TT----GAG-A----CGT-TTT--GTA--C---------T--CT------T-T---T--TGTG-A---A-AACC--A-----AACC-GAATG-AGG-TTTTA---AA-----TTCTTTA--A--------T-T-AA----------------CAC-T------------A-----------CAA--T--G-TATC-----T-------AA--A------A--TGAAA-----G------AT----ACAA-TAGAATTTT--A-GT----AG---T--T--TTAAATAAAGAT---TT--GA--------CA-G-AG---TTCAG--AA-A---CAC------A------T-----------T-AG------TC--G---T---T-AT-----A--------------ACAAATTT-A------A-------------A--------------TAACG--T-----T---------A--------AG---------A--A-A--A-----C-------GC-GATAAT-CT---AAT---T----G---AT--GA-------T--T---AA------T-TTTCT--TT---------------AA-TGAA-GAA----GGCG----G-AT-ACGA-TT-T--CTG-GCC-TT---------AC-CCCA---TGTG-C-A-TT-T--GC--T-T-------
gi|1 : tcaaaGTCTCCGATACA-CATTT---C------TT-TA--AT---TCTCTTA--AA--CA--G---GC-ACAT-GAG-TA-A-----G-A--AA---A-------TCG-TAACT-TCC-T--T-T-----A--AA----AAAAA-------A-------AT----------GGATTTATTTTTTTATCCA----------TTTAGTT---TT---A-C-TGTA--TT----TT-----------------------------------------------------------TT-------------TTTAAAAAA-A----CGT-TTTTGATA--C---------T--CT------T-T---TCATATA-A---C-AACT--A-----AATT-AGGTG-CGTGTTTTT---AA-----TTACTTG--AAAGTTTTAT-T-AAAA---------A---CTACATGTACTTTAAAAAA----AA--ATTCGA--T--GATATC-----T-------AA--A------T--TGAAAG--AAG------ATAA--ACAG-TCGAATCTA--A-GT----AG---T--T--TCAG--AAAACT---TG--GA--------CA-A-AG---TTCAA--AA-G---ttaaatatattgataaagtct
gi|14 : caaGTCTCCAATATA-CATGT--TC------TT-TTTTAT---T---TTA--A---CACAG---GC-ACAT-GGGGTA-A-----CTA--AGGC-A-------CTGGTAACT-TCT-G--T-C-----A--ATT---AGAAA-------A-------ATA------------------------CCCA----------TT-AGTT---TT---A-C-TGCA--TTCTCTTT-----------G------G----A---------------------------------A-TT-------------TT----GAG-A----CGT-TTT--GTA--C---------T--CT------T-T---T--TGTG-A---A-AACC--A-----AACC-GAATG-AGG-TTTTA---AA-----ATTCTTT--AA-------T-T-AA----------------CAC-T------------A-----------CAA--T--G-TATC-----T-------AA--A------A--TGAAA-----G------AT----ACAA-TAGAATTTT--A-GT----AG---T--T--T-AAATAAAGAT---TT--GA--------CA-G-AG---TTCAG--AA-A---CAC------A------T-----------T-AG------TC--G---T---T-AT-----A--------------AC-------A------A-------------A--------------T------T-----T---------A--------AA---------T--A-ACGT-----TAAGAAACGC-GATAAT-CT---AAT---T----G---AT--GA-------T--TA--TA------T-TTTCT--TT---------------AA-TGAA-GAA----GGCG----G-AT-A-GA-CGTATTTTG-GCC-TT---------AC-CC-A---TGTG-C-A-TT-T--GC--T-T-------gaataccctcccagtagctctgaggtgagcaaccatctgccatatacatgccgtgattcgtcttaccccattgctcatactctttaaaaacatatgctattataatatacagagcttaccaaatttgcagcatttatcgaccaaatatcttttttgtgctctctctctctctaatatttgaactttgaattattaatttttttataccgaaatcacagtgtgcgcgtggcgctcaatgggaagctacgctcgtagcaaggtcccccccccccccccccccccccccctcttcttgaggattatagcataattttgaagattacactaaaaaatatcgtgtatagtggggcgtttttctactgactattctatagcttgtacagatatctg
gi|23 : aaaGTCCCCGATACA-CATTT--TC------TT-TA--GT---T---TTA--AA--CTCGG---GT-ACGT-GGGGTA-A-----G-A--AG---A-------TTG-TAACT-TCC-T--T-C--------------AAAAA-------A-------ATA-----------TT----------GTCCAG---------TT-AGTT---TT---A-C-TTCA--TT----tt
gi|27 : tcaaaGTCTCCGATGCA-CATTTGTTT------AT-AA--AC---T---CTA--AAA-CTCAG---AC-ACAT-GGTGTA-A-----G-G--AC---A-------TCG-TAACT-TCC-T--T-CGATTTA--AA----AAAAA-------A-------ATAattttcaatttaatctaattgataattattttt
gi|47 : agaGTCTCCGATACA-TATTT--TC------TT-TA--AT---T---TTA--A----ACAG---GC-ACAT-GGGctgcttttttctaatcttgagatgttttgtaa
gi|48 : tttttaaaGTCTCAGATACA-CA-TT--TC------TT-AA--AT---T---TTA--AA--CACA
gi|32 : gaggttttttccaaTCTCCGATACA-CATTT--TCTTTATTATATA--AC---T---TTA--AA--CAAAG---GC-ACAT-GGGGTACATGCATG-A--AG---A-------TCG-TAACT-TCT-T--T----------AG----AAAAA-------A-------AAAAGGA-------TT----------GTCCA----------TT-
gi|7 : TCTGATACG-CATTT--TT------AT-TA--AT---C---TTA--AA--CACAG---GC-ACAT-GGGGTA-A-----G-A--AG---A-------TT--TAACT-TCCCT--T-C-----A--AG----AAAAA-------A-------A-AGGGGGGAAAGGATT---------GTCCA----------TT-AATTAGTTTT--A-C-TGCA--TT----TT-----------T-------------------TT---------------T--------A-TT-------------TT----GAG-A----AGT-TTT--GTA--C---------T--AT------T-T---T--T-TAGA---C-AACG--A-----AATT-AGATG-CGT-TTTTG---AA-----T-CCTTG--AAAGCTTTAT-G-AAAA---------A---CTAC-T------------A----AA--ATTCGA--T--G-CA--------------------------------------AG------AT----ACAG-TCGAATCTA--A-GT----AG---T--T--TCAGATAAAACT---TG--GA--------CA-G-AG---TTCAG--AA-G---CTC------A------T-----------T-AGCTATAGTT--G---T---T-AT-----ACATACATGTATGTAAC-----T-A------G-------------A--------------G------TAAA--T---------ACATGTCCCAA---------A--A-A--T-----T-------GCAGTTAAT-CT---AAT---T----G---AC--AA-------T--T---AT------A-TTTGT--TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-GGG----GGCA----GCAT-ACGA-TG-T--CCT-GTC-TT---------AC-CCCA---AGTG-C-C-TT-T--GA--T-T-----------------T---------AA--AT-------AAAAAA-AT---ATATAGATC--TA-CCTGC-TACA-G-T--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-----------------CTTT-------------C---TA-TTTA-A--AATTT-AA-TTTTA-------TTT------GA-----CTTT----AAATCATT--G------AATTT---------TT--T-TTT----T-TA--CCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCAtgttttac
gi|26 : CCGATACA-CCATT--TC------TT-TG--AT---T---C-A--AA--CATAG---GG-ACAT-GGGGT----------A--AG---A-------TCG-TAATT-TT-----------------------AAAA-------A-------AT-------------T----------GTCCA----------TT-TGTT---TC---A-C-TGTG--CT----TT-----------T------T----T-------TT---------------TTTTA----A-TT-------------TT----GAA-A----TGT-TTT--GTA--C---------T--CT------T-T---T--TACA-A---C-AAct
gi|10 : ATACAACATTT--CT------TT-TA--AT---C---T-A--AA--CA------GC-ACAT-AAGGTA-A-----G-A--AA---A-------GTCGTAACTCTCC-T--T-T-----A--AA----AAAAA-------A-------ATATTTAG--------------------TCA----------TT-G-TT---TC---A-C-TGCA--TT----TT-------------------------------TT---------------T----------TT-------------TT----AAA-GAAGACGT-TTT--GTA----------------T------C-T---T--TATA-A---C-AACT--A-----AATTAAGGTG-CG--CTTTT---AA-----TTCCTTG--AAAG-TTTAT-T-AAAACTATAATGCA---CT-T-T------------A----AATTATTCGA--T--G-TATC-----T-------AAT-A------T--TGCATA--TAGATAGGTAT----ACAG-TCGAATCTA--A-------AGTT-T--T--TCAGAT-AAACT---TGCTGA--------CA-ATAATGTTTCAGTCAACG---CAT------A------TCTC--------T-AGAA----TA--A---T---TCAT-----A--------------AC--------------G-------------G--------------T------G-----T---------A--------AT---------A--A-A--A-----T-------GCAG-TAATACT---AAT---G----A---AT--AA-------T--T--------------------------AA-GT---AACAA-TGA---TG----GGCA----CCAC------TG-T--TCG-GTC-TT---------AC-CACC---AGTG-T-C-TT-T--GA--TCT-------TA----AAAAA---------GA--TT-----------AT-AC-T-ATATAA----------TAC-TACA-A-A--TTCA-GA---------CATGT-TAA-----T-TC-GAC-CAA-------AATTATCTAT-T-TCTTTT--CGTGCTCTCTCTTTT-------------A---TA-TT---G--CAAC-----------------TTT------GG-----A-A-------------------------TT---------TT--T-TTT----T-TA--CCGC-A---------------------------AC-A-AGC--TTCACAGTG---C--------TATCA-TGG---A--AAGCTACGCC
gi|7 : caagctgcTATA-TATTT--TT-------T-TA-------T---TTA--AAT-CAAAG---GC-ACTT-GGGGTA-A-----G-A--
gi|22 : tctgatacgcatttttattaatcttaaacacaggcacatggggtaagaagatttaacttcccttcaagaaaaaaaaggggggaaaggattgtccattaattagttttactgcattttttttattttgagaagttttgtactattttttagacaacgaaattagatgcgtttttgaatccttgaaagctttatgaaaaactactaaaattcgatgcaagatacagtcgaatctaagtagtttcagataaaacttggacagagttcagaagctcattagctatagttgttatacatacatgtatgtaactagagtaaatacatgtcccaaaaattgcagttaatctaattgacaattatatttgtttaaaataaaatgaagggggcagcatacgatgtcctgTATA-AATCT--TT------TT-T----T---T---TTA--AT--CAAAG---GC-ACGT-GGGGTA-A-----G-A--gatctacctgctacagttaaagatgaaatcattcagcattttcgaccaaatatctatttcctttctatttaaaatttaattttatttgactttaaatcattgaatttttttttttaccgcaaaacgatgtggaagcacatgcttccgtgcttcataggaagctacgccact
gi|15 : gtccggATGT--TT------AT-CA--ATCTAT---TTA--AAATCAAAG---GC-ACAT-GGGGTA-A-----G-A-------------------------TCG-T--T-C-----ATTA-----AAAAA-------A-------ATAaactatacatgctacaaataaagatgaaatcataaagaattttcgaccaaatatctatttctttgcttcttttttttctatttaaaatctaattt
gi|13 : ttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagataaagcttagatagagttcagaaacacattaggcccctagttattataattagagtaaattgcagttaatctagtT--TT------AT-CA--ATATAT---TTA--AAAGCAAAT---GC-ACAT-GGGGTA-A-----G-GCCAG---AAATCGTATC--CGCCT-TCT-TCAT-T-----A--AA----GAAAATT-----A-------AT---------------------------CA----------TC-AATTAGATT---A-T-CGCG--TT----TT------------------------------------------------------------C-------------TT----AA-------CGT-TAT--TTA--A------------AT------T-TG--T--TATA-A---C-GACT--A-----A-------TG-TGT-TTCTG---AA-----CTCTGTC--AAATCTTTAT-T-TAAA---------A---CTAC-T------------A----AA--ATTCTAT-T--G-TATC-----T-------aattacagataaagatgaaaccattcagcattttcgaccaaatatctatttctgtttttctaattttatttgacttttttttcattttttctccgcaacaatgtggaagcacatgcttccgtgcttcataatttcataggaaactacgccac
gi|9 : tcaaagtctccaatatacatgttctttaattttaaacacaggcacatggggtaactaagggcactggtaacttctgtcaattagaaaaatacccattagttttactgcattctctttggaattttgagacgttttgtactctttttgtgaaaaccaaaccgaatgaggttttaaattctttaattaacactacaatgtatctaaaatgaa------AT-TAT-AT---T---TTA--AA--CACAA---GCCACAC-GGG-TA-A-----G-A--AG---A-------TCG-TAACT-TCT-T--TAT-----A--AA----AAAAA-------A-------A-----AGCGGGGGGTT---------GTCCA----------TTCAGTT---TT---A-C-TGCA--TT----TT-------------------------------TT---------------T--------G-TT-------------TG----GAA------CGT-TTT--G-A--C---------T--AG------T-C---T--TATA-A---C-AACT--G-----AATT-AGATGGCGT-TTTTTTTGAA-----TTCTTTT--AAAGCTTTAT-T-AAAA---------A---CTGC-T------------A----AA---TTTGA--T--G-TATT-----A-------AA--A------T--TGAAAG--A-G------AT----ACAGATCGAATCTATAA-GT----G-------T--TCAGATAAA-CT---TG--GAA-------CA-A-TG---TTCAG--AA-G---CAC------A------T-----------TAAG------T-------T---T-AT-----A--------------A------T-A------G-------------A--------------A------G-----T---------A--------AA---------A--A-T--T-----T-------G---------------AT---T--------AT--AA-------T--T---AT------T-GTTGT--TT---AAATTT---AA-AA-TGAA-GGG----GGTG----ACAT-ACTA-TG----TCC-GTC-TT---------ACGCCCA---TTTG-C-CTTT-T--GA--T-T-------------------------------TTAA-----AAAAAG-AT-T-ATA----CG--TA-CATAC-TACA---A--TAAA-GATGAA-A--T-AT-T-T-G-CATTT-TC-GAC-C---------AA-TAT-TAT-T-T-TCTT--TTTTTTCC-TTTTTC-------------CAAATT-TT---A--AATC---A-TTTTA-------TTT------GA-----CTTT----AAATT-----------CATTTC---------TG--T-TTTAACAT-GA--CCAC-A-AC--ATGT-TGAACTTCAGG-AAGGCAC-ATTGC--TTC-C-GTG---CT-------T-TCA-TA----G--AAGCTACGCCAgtct
gi|21 : gtatttttttcaaagactccg--AT---G---TCA--AT--CAAAG---GC-ACAT-GGGGTA-A-----G-A--c
gi|8 : gttcggaagcacatgcattggtgaatacgtttaaaaaattgcggttaatctaattaataattatttctgtttaaaataaaatgaagggggcggcatacgatgtccggT---T---TTA--AA--TCCAGAAGGC-ACAT-GGGGTA-A-----A-A--AA---A-------atatatataatgtaatatacacatgctacagattaagatgaa
gi|50 : agagaggtacatgtattttcaaagtctcagataaacatttcttttaattttaaacacaagcacatggggtaagaaaatcgtaacttcgggcagggccatttactgcattttttttattttgaaacgtgtttgacggctctttataacaagttaaaattcgatgcgtttttgaattccttgaaagctttataaaaaaaaactactaaaattcgttgaggattacaatggaatctaaagtagtttcagataaaacctggacagagttcaaaagcacataagtttataaaactagagtaaatacatgttacgtgtccaaaaaaaattgcagttacctatctttgtttaaaatgaaatgaggggtcggcatacgatgtccgttttttT---T---TTATTAT--CAAAG---GC-ACAT-GGGGTA-A-----G-A--agattatacacatactacagacatagagatgaaaatcattcagcattttcgaccaaattatatatttctttctttttttttttatttcaaatctaattttattttactttaaatttatttcgtttttttacgcaacagtgtggaacacaatgcttccgtgcttcataggaaaagctacgcca
gi|12 : tgtccggT----------ATCCA----------TG-CATTAGCTTT--A-C-TGCA--TT----TT--------------------------------T---------------T--------G-TT-------------T-------G-A----CGT-ATT--GTA--G---------T--TT------T-C---T--TATA-A---C-AACT--A-----AATT-AAATG-TGT-TTTTG---AA-----TTC--------------AT-T-AAAA-------------CTGG-T------------A----AA--ATTCGA--T--G-CATC-----T-------AA--A------T--TG--------G------AT------------GATTTT--A-GT----AG---T--T--TTGAATAAAGCT---TC--GA--------TA-G-AA---TTAAG--AA-AGC-CAT------A------TGATTA------T-AG------TT--A---T---C-AT-----A--------------AC-----TCA------GTATAGTAAATAACG--------------T------C-----T---------A--------AA---------A--A-A--TCTTAAT-------GCAATTA---CT---AAG---A----A---ATCCAA-------G--T---TT------T-TT--------------------A-AA-TGAA-G-G----GGCG----GGAT-ACGA-TG-T--CCG-GCC-TG---------AC-CCCA---TGTG-C-C-CT-T--GA--T-T-------CT----AAATA---------GATTGTCATTTTTAAAGAC-AC-TA----AGACC--AA----G---ACA-G-A--TAAA-GAT----A--TAAT-T-CAG-CATTT-TC-GAA-C-A-------AA-TAATTAT-T-TCTGTT--TA-------------------------------A-TC---A--AA----AA-TTC---------------------------AT----AA-----C--ATTA--AATTAC---------TTAAT-TTT----T-TA--CCGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA---------------------G---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCgatt
gi|11 : atTCCA----------TT-TGTT---TT---A-C-TGCA--TT----TT-----------T------T----A-------TT---------------T--------A-TTATTTTTTTATTTTTT----TAG-A----CGT-TTT--GTATAC---------T--CT------T-T---T--TATA-ATGGC-AACT--A-----AATT-AGGTG-CGT-TTTT----AA-----TTCCT-G--AAAGCTTTAT-T-AAAA---------A---ATGC-T------------T----AA--ATTCGA--T--G-TATC-----T-------AA--A------T--T-AAAG--AAG------AT----ACAG-TCAAATCTA--A-GT----AG---T--T--TCAGATAAATCT---TG--GA--------CA-A-AG---TTCAG--AA-G---CAC------A------T-----------T-AG------TT--G---T---T-AT-----A--------------AC-----TTA------A-------------A--------------C------TAAG--T---------A--------AATACGTGTCAA--A-A--A-----T-------GCAGTTAAT-CT---ACT---T----G---AT--AA-------T--T---AT------T-TTTGT--TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-GGG----GGCA----CCAT-ATGA-TG-T--TCA-GTC-TT---------AC-CCTG---TGTG-C-C-TT-T--GATCT-T-------AA----AAAAATTTTTTTTTAT--ATAC-----ATAG------TGATA---------------C-TACA-G-A--TAAATCAAAAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTATAT-TTCTTT--TCTTCTCT-CTCTTT-------------T---TA-------------T-AA-TTT------------------------------------TTAT----TTA------TT---------TA--T-TTT----T-TA--CCGC----A--GCAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-T-A-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|14 : tCA----------TC-AATTAGATT---A-T-CGCG--TT----TC--------------------------------------------------------------------------TT----AA-------CGT-TAT--TTA--A------------AT------T-TG--T--TATA-A---C-GACT--A-----A-------TG-TGT-TTCTG---AA-----CTCTGTC--AAATCTTTAT-T-TAAA-------------CTAC-T------------A----AA--ATTCTAT-T--G-TATC-----T-------
gi|3 : aaagtctccaatatacatgttcttttttattttaacacaggcacatggggtaactaaggcactggtaacttctgtcaattagaaaaatacccattagttttactgcattctctttggaattttgagacgttttgtactctttttgtgaaaaccaaaccgaatgaggttttaaaattctttaattaacactacaatgtatctaaaatgaaA----------TC-AATTAGATT---A-C-TGCA--TT----T------------------------------------------------------------TT-------------TG----GAA-A----CGTATAT--GTA--T---------T--AC------T-CTAGT--TATA-A---C-AACT--A------------ATG-TGC-TTCTG---AA-----CTCTGTC--CAAGTCTT------AGA---------T---CTTC-T----------------------TTCAA--T--------------------------------T--T--------AG------AT----ACA--TCGAATTTT--A-AT----AG---T--T--TTA-ATAAAGCT---TC--TA---------G-G-AA---TTCAA--AA-A---CTC------A------TC----------T-AA------T-------T---T-AT-----A--------------AT-----T-A------G-----------------------------------T-----T---------A--------CA---------A--A-A--attatattttctttaatgaagaaggcggatagacgtattttggccttacccatgtgcatttgctttt
gi|4 : tcaaagtctccgatacacattttcattaattttaaacactgacacatggggtaagaagatttaactttttttcaaagaaaaaaaaggggggggagtttgtccgaaaatttccgttaattagttttactggtttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgagacgA----------TC-AATTAGATT---A-C-TGCA-------------------------------------------------------------------A-TT-------------TTA---GAC-A----CGTATTT--CT---C---------T--AG------T-G---T---ATA-A---C-AACT--A------------ATG-TGC-TTCTG---AA-------CCCTGTCCAAGTCTTAT-G-ATGA---------A---CTAC-T------------T----AG--A-TCGGGCT--G-TATC-----T-------TC--T------T--TCAATATTTAG------AT----ACAA-TCGAATTT---A-GT----AG---T--T--TTTAATAAaattattgtcgtttgaaataaaatgaatggacagaatacgatgtccggtcttactctaagtgcctttgatttaagaaaaaaaaaagatgaaataaaaaaaagattttataagcctatctgctacagataaagatgaaatcattcagcatttttgaccaaatatctatttcttttcttcctttttctaattgaaatctaatttattgacttaaatcatttatttttttttaaccgcaaaacgatgtggaagtacatgcttccgtgcttcataggaagctacgcca
gi|11 : tttttcagtctccgatacatattttcactaattttaaacacagaggcacattggggtaaagaagatttaattctttcaagaaaaatgaaaaaaaaaaaaaaaaaagattgtccattgttttactgcattttgttgtttggtttttgttttaattttgagaacgttttgtatattaacaagtaaattaatgcggttgttcttgaaagcA----------TC-AAGTAGATT---AAC-TGCA--TT----TT---------------------------------------------------------------------------T----GAC-A----CGT-ATT---TA--C---------TTAGT------T-TAAGT--TATA-A---C-AACT--A-----A-------TG-TGC-TTCTG---AA-------CTTTGTCCAAGATTTAT-C-TGAA---------A---CTAC-T------------T----AG--ATTTGAC-T--G-TATCTTCTTT-------AA--T------T--T--------AG------AT----ACA--TCGAATTTA--A-GC----AT---T--T--TTTAATAAAGCT---TT------------CAGG-AA---TTAAA--AACG---CACCT----AAT----T-----------T-AG------TT--GCCAT---T-AT-----A--------------AA-----A-A------G-------------A--------------G------TA----T---------A--------CA---------A--A-A--attatttttgtttaaaataaatgaaggacagcatacgatgtccgcgtcaatacccatgttgcccttgatttaaaaaaaaattttatataggtccatacctgcttacagaataaatgaatatcattcagcattttcggaccaaatatctatgccttttcttcttttttcctatttaaaatctaatttttatttttcctttgaaatcatgttaatttttgtttttaaactacaaaacatgggaagcacatgcgtttccgtgcccataggaagctacgcca
gi|16 : ttccatttgttttactgcattttttatttattatttttttatttttttagacgA----------CT-AATTAGATTT--A-C-TGCA--TT----TT-----------------------------------------------------------TT-------------TG----GAC-A----CGT-ATT---TA--C---------T--CT------A-G---T--TATA-A---C-AACT--A-----A-------TG-TGC-TCCTG---AA-----CTCTGTC--CAAGTTTTAT-C-TGAA---------A---CTAC-T------------AACTTAG--ATTCGA--TA-G-TA-------T-------AG--ATCTTCTT--TCAATT--TAG------AT----ACA--TCGAATTTT--A-GT----AGTTTT--T--TTA-ATAAAGCTTTCTA--G------------G-AA---TTCAA--AA-A---CGC------ATCTAATT-----------T-AG------TT--G---T---T-AT-----A--------------Aaattatttttgtttaaaataaaatgaagggggcaccatatgatgttcagtcttaccctgtgtgcctttgatcttaaaaaaatttttttttatatacatagtgatactacagataaatcaaaaaatcattcagcattttcgaccaaatatctatatttcttttcttctctctctttttataatttttatttatttattttttaccgcagcaatgtggaagcacatgcttccgtgcttataggaagctacgcca
gi|7 : ttttattttgagacgttttgtactaatt----------TC-AATTAGATT---AAC-TGCAATTT----TT-----------G------G----GACATGTATT---------------T--------A-CT-------------CT----A---------GT-TAC--ATA--CA--------T--GT------A-T---G--TATA-A---C-AACT--AT----AGCT-A-ATG-AGC-TTCTG---AA-----CTCTGTC--CAAGTTTTAT-C-TGAA---------A---CTAC-T------------T----AG--ATTCGAC-T--G-TATC-----T---------------------------------------T----GCA--TCGAATTTT--A-GT----AG---T--T--TTTCATAAAGCT---TT--CA---------A-G-GA---TTCAA--AA-A---CGC------A------TC----------T-AA------TTTCG---T---T-GTCTAAAA--------------AA-----T-A------GTACAAA-------A--------------C------T-----TCTCAAAATAA--------AA---------A--A-A--A-----T-------GCAGTAAAA-CT---AAT---TAATGG---AC--AA-------TCCT---TTCCCCCCT-TTTTT--TT-------CT---------TGAA---G----GGAA----GT-T-A-----A-A--TC--TTC-TT---------AC-CCCA---TGTG-C-C-TG-T--GT--T-T-------AAGATTAATAA---------AA--ATaattattttcgtttaaattaaaatgaaggggacagcatacgatgcctggtcttaccctaagtgcctttgatttaagaaa
gi|16 : tctgatacgc-------TT---------------T--------A-TT-------------TT----GAG-A----CGT-TTT--GTA--C---------T--AA------T-T---T--TATA-A---C-AACT--A-----AATT-AGATG-CGT-TTTTG---AA-----TTCCTAG--AAAGCTTTAT-T-AAAA---------AAA-CTAC-T------------A----AA--ATTCGA--T--G-TATC-----T-------AA--A------T--TGAAAG--AAG------ATCTATACTA-TCGAATCTA--A-GTTAGTAG---T--T--TCAGATAAAACT---TG--GA--------CA-G-AG---TTCAG--GA-G---CAC------A------T-----------T-AG------TT--G---T---T-AT-----A--------------AC-----T-A------G-------------AGTAAATACGTG---T------C-----C---------A--------AA---------A--A-A--A-----T-------GCAGTAAAT-CT---AAT---T----A---GT--AA-------T--T---AT------T-TTCGT--TT---AAA-TT---AA-AA-TGAA-GGG----GACA----GCAT-ACGA-TG-C--CTG-GTC-TT---------AC-CCTA---AGTG-C-C-TT-T--GA--T-T-------TA----AGAAA---------caattatatttgtttaaaataaaatgaagggggcagcatacgatgtcctgtcttaccccaagtgcctttgatttaaataaaaaaatatatagatctacctgctacagttaaagatgaaatcattcagcattttcgaccaaatatctatttcctttctatttaaaatttaattttatttgactttaaatcattgaatttttttttttaccgcaaaacgatgtggaagcacatgcttccgtgcttcataggaagctacgccact
gi|12 : t-TT-------------TT----TAG-A----CGT-TAT--TTA--C---------T--ATA-----C-TGAGT--TATG-A---T-AACT--AT----AATC-ATATG-GCT-TTCTT---AA-----TTCTATC--GAAGCTTTAT-T-CAAA---------A---CTAC-T------------A----AA--AT-----------CATC-----C-------AA--T------T--T--------AG------AT----GCA--TCGAATTTT--A-CC----AG---T--T--TTA-AT--------------------------G-AA---TTCAA--AA-A---CAC------ATTTAATT-----------T-AG------TT--G---T---T-ATAAGAAA--------------AC-----T-AC-----A-------------A--------------TACG---T-----C---------AAAC-----AA---------A--A-A--A-----T-------GCAGTAAAG-CT---AATGCATG---G---AT--AA-------T--
gi|9 : -TTT--TTA--C---------T--TC------T-A---T--TATA-A------ACT-----------T-A-ATG-TGC-TTCTG---AACATTGTTCC------AAG-TTTATCT-GAAC---------A---CT---T------------AT---AG--ATTCGA--TCTG-TATC-----TCTTTC--AA--T------T--TTAA--------------T----ACA--TCAAATTTA----GC----AG---T--T--TTTAATAAAGCT---TT--AA--------AA-G-AA---TTCAA--AA-AAAACGCCATCTAA------T-----------TCAG------TT--G---T---T-AT-----AAG------------AC-----T-A------GTCAAAAC------G--------------T------TCCAAAC---------A--------AA---------A--A-A--A-----T-------GCAGTAAAA-CTG--AAT---G----G---AC--AACCCCCCGC--T---TT------T-TTTTT--TT-------AT---AA-A---GAA-GT----------------T-AC----G-A--TC--TTC-TT---------AC-CC-G---TGTG-G-C-TTGT--GT--T-T-------AA----AAatcttaatgcaattactaagaaatccaagttttttaaatgaaggggcgggatacgatgtccggcctgaccccatgtgcccttgattctaaatagattgtcatttttaaagacactaagaccaagacagataaagatataattcagcattttcgaacaaataattatttctgtttaatcaaaaattcataacattaaattacttaattttttaccgcaacaatgtggaagcttcataggaagctacgcc
gi|2 : gtatttttttcaaagactccgattataATG-TGC-TTCTG---AA-----ATCTGTC--CAAGTTTTAT-A-TGAA---------A---CTAC-T------------T----AG--ATTCGAC-T--G-TATC-----T-------TC--T------T--TCAATT--TAG------AT----ACA--TCGAATTTT--A-GT----AG---T--T--T----TCAA---------------------G-G-AA---TTCAC--AA-A---CAC------A------TCTAATTTAGGCT-AG------TT--G---T---T-AT-----A--------------Atttgattataattattgttgtttaaatttaaaatgaagggggtgacatactatgtccgtcttacgcccatttgccttttgattttaaaaaaagattatacgtacatactacaataaagatgaaatatttgcattttcgaccaatattattttcttttttttcctttttccaaattttaaatcattttatttgactttaaattcatttctgttttaacatgaccacaacatgttgaacttcaggaaggcacattgcttccgtgctttcatagaagctacgccac
gi|30 : gtctccgatacacattttcattatcttaaacacaggcacatggggtaagaagatttaaattatttcaggaaaaaaaggagaaaaggattgtccattgattagttaactgcatttttttgtttgtttgtttttattttgagacgttttgtactatttTG-TGT-TTTTG---AA-----TTCCGTG--AAAGCTTAAA-G-TAAA---------A---CTAC-T------------A----AA--ATTCGA--T-------------T-------AA---------T--TGAAAG--ACG------AT----ACAA-TCGAATTTA--G-GT----AG---T--T--TTAGATAAAGCT---aactagagtaaatacgatgtcaaacaattgcagttcatcttttaattttgaaattatttttgtttaaaattacaaaatgaaagggcagcatgacgactgtgccggtcttaccccgagtgctcttttttttaaaaaaaaaagatttatataggcctaacctgctacatgactaaagatgaaatcatttcaggcattttcgacacaaacaatctattatcttttcttcttttctttttttttttttttatttgctatttaaaaatcttaattttatttgactttcaatcataaaattttttttggttttttttttttttttttttttttagcgcaaaaacgactgtggaaagaatatatccagtgcttcataggaagctacaccac
gi|40 : TTT---AA-----TTCTTTG--AAAGCTT-------------------------------------------------------------G-CATC-----T-------AC--A------T--TGAAAG--AAG------AT----ACAT-TGGAATCTA--A-GT----AG---T--T--TCAGATAAAATT---TG--AA--------CA-G-AG---TTCcaatctaatcaaaattagctgt
gi|30 : AGCTTTAT-C-TAAA---------A---CTAC-C------------T----AA--ATTCGAT-T--G-TATCGTCTTT-------CA--A------T--T------------------------AA-TCGAATTTT--A-GT----AG---T--T--TTACTTTAAGCT---TT--CA--------CG-G-AA---TTCAA--AA-A---CAC------A------
gi|5 : -AGAA---------A---CTAT-T------------A----GA---TTCGAC-T--G-T-TC-----TTCTTTTCAA--T------T--T--------AG------AT----GCAT-GGGATTTTA--A-GT----AG---TATT--TTAAATAAAATT---T-------------CA-G-AGA--TTCAT--AA-----CGC------A------TCTAATT-----T-AG------TT--G---T---T-AT-----A--------------caatctaatcaaaattagctgt
gi|52 : agtctccgtacacattttcattattttaaacctaggcacatgggataagaaaattaacttctccccccccccaaaaaaggtgggggggatttgtccattaattagttttttacatgcattttgttttgttttgtttttactttgagtacttttggtactatttc------------A----GA--ATTTGA--T--G-TATC-----T-------AA--A------T--TGAAAA--AAG------AT----ACAG-TCGcaaactagcacattaatttttataactatagagtaattatacctgttctaaaaattaaaaggaatctaattgataattatttttgtttaaataaaagtgaaggggccgcatacgatgtccggtcgtgccccaagtgccctttgattagcaaaaaaagaagacttattaggcctacctgctacagataaagatgaaaactcattcagcattttccgccagatatactagtatctatttctatttcttctttttttttctatttaaaaattgactttaaatcattgatttttttttttttttttacgccaaagcgatgtgagcacatgctttccgtgacttttcactaggaaagctcgcta
gi|44 : TTCGA--T--G-TATC-----T-------AA--A------T--TGAAAA--ATG------AT----ACAA-TAGAATCTA--A------------------TTAGATGAAACT---TG--GG--------CA-G-AG---TTCGG--AA-G---CAC------
gi|24 : AG--AAG------AT----ACAG-TCAAATCTA--A-TT----AG---T--T--TCGGATAACACT---TA--GATACTGTAGTA-A-AG---TTCAG--AA-G---CAC------A------T-----------T-AG------TT--G---T---T-CT-----A--------------AC-----T-A------GTGTAA--------A--------------TACGTG-T-----C---------A--------AA---------A--ATA--T-----T-------GCAGTTAAT-CT---AAA---T----G---AT--AA-------T--T---AT------T-T
gi|36 : --A-GT----AG---T--T--TCAGATAAAACT---TG--GA--------CA-C-AG---TTCAT--AA-G---CAG------T------T-----------T-AG------TT--A---TAACT-AT-----T--------------AG-----T-A------A-------------A--------------TGCGTGTC-----C---------A--------AA---------A--T-A--T-----T-------GCAGTTAAT-CT---AAT---T----T---AT--AA-------T--T---AT------T-T
gi|38 : --TCAGATAAAACT---TG--GA--------GA-G-AG---TTCAG--AA-G---TACATA---A------T-----------T-CG------TT--G---T---A-AT-----A--------------AC-----T-A------GAGCAAAT------A--------------T------G-----TGTGG-----A--------AA---------A--A-A--A-----T-------GCAGTTAAT-CT---AAT---T----G---AT--AA-------T--T---
gi|15 : AGATAAAGCT---TA--GA--------TA-G-AG---TTCAG--AA-A---CAC------A------TTAGGCCCC---T-AG------TT--A---T---T-AT-----A--------------AT-----T-A------G-------------A--------------G------T-----------------------------------A--A-A--T-----T-------GCAGTTAAT-CT---AGT---T-------------A-------T--T---TT------T-TTT---------------------AA-TGAA---------------------------------CG-ATC-TT---------AC-CCCA---TGTG-C-C-TT-T--GA--T-T--------------------------------T-T-----AAATAG-AT-TGATAAA--CA--TA----AT-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--CCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TCTGTT--T-TTCT-------------------------------------AATTT-TA-TTTGA-------CTT---------------------------TT--TTTT--CATTTT---------TT--C-T------------CCGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---CTTCATAATT-TCA-TAG---G--AAACTACGCCA
gi|19 : ttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-AG---TTCAG--AA-G---CAC------A------T-----------T-AGTCT---TT--GATTT---T-AT-----A--------------AA-----A-A------G-------------A--------------T------T-----c
gi|21 : G---TTCGG--AA-G---CAC------A------T-----------G-CA------TT--G---------GT-----G--------------AA-----T-A------C-------------G--------------T------T-----T---------A--------AA---------A--A-A--T-----T-------GCGGTTAAT-CT---AAT---T----A---AT--AA-------T--T---AT------T-TCTGT--TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-GGG----GGCG----GCAT-ACGA-TG-T--CCG-GTC-TT---------AC-CCCA---TGTG-C-C-TT-T--GA--T-T-------GA----CATAT---------AT--AT----------ATA-ATGTAATATA------CA-CATGC-TACA-G-A--TTAA-GATGAA-gatatacacactacagataaatatgaaattcttcagcattttcgaccaaatatctatttcttttcttctttttaaaatccaattttatttgactttgaattatgtcatttttgccgcaacaatgtagaagcacatgcttctgcgcttcatagtctgaagctacaccac
gi|31 : ---------A--------AA---------A--A-A--T-----T-------GCAGTTAAT-CT---AAG---T----G---AT--AA-------T--T---AT------T-TTTGT--TT---AAA-AT---AA-AG-CAAA-GGA----GGCA----GCAT-ACGA-TG-
gi|25 : gtaaatacctgtcc---------A--------AA---------ACGA-A--T-----T-------GAAGTTTAT-CT---AAT---T----GAATAT--AA-------T--TACGTT------TATATGTAATTGAAAAA-AT---AA-AATTGAAGGTGGTGAGGCATATGGCAT-ACGtccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntag
gi|35 : gtttttatataatttaatactacgaataaatacgtgtccA-------T--T---AT------T-TTTGT--TT---AAA-ATAA-AA-AA-TAAA-AT-------TA-----CGT-ACTA-TG-T--CCG-GTCTTT---------AC-CCCATGGTGTG-C-C-TT-T--GATCT-T-------AA----AAAAG---------A
gi|37 : T---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G----GGCT----ACAT-ACGA-TG-T--CCG-GTC-TT---------AC-TCCA---TGCG-C-C-TT-T--GA--T-T--------------------------------TAA-----AAAAAA-A---GATACA-----------TAC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-tttatatgaataataataaaa
gi|41 : ---AAA-GT---AA-A--TGAA-GGG----GACG----GCAT-ACGA-TG-T--CCG-GTC-T-----------------------------TT-T--GA--T-T-------TA----AAAAA---------AA--A
gi|34 : A-TG-T--CCG-GTC-TT---------AC-CGCA---AGTG-T-C-TT-T--GA--T-T-------AA----AAA-----------------AA-----AGAAGA-TT-TAGTATAGGCC--TA-TCTTC-TACA-G-G--T---------A-A--TTAT---------TTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--gagttatgtatatacacgtacatactact
gi|22 : CG-GTC-TT---------AC-CCCA---CGTG-C-C-TT-T--GA--T-T-------AA----A-------------------AA-----AAAAAG-AT-T--TATAAACTA-TA-CATGC-TACA-A-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-A-AAG-AATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--GCTTCT-T-TTTTTT-------------C---TA-TTTA-A--AATCT-AA-TTTct
gi|50 : gtcCG-GTC-TT---------AC-CCCA---TGTG-C-C-TT-T--GA--T----------A----ATAAA---------AG--AT
gi|18 : tgtc----AAAAA---------AA--A-GA-----AGAAAG-AT-T-ATATAGGCC--TA-CCTGC-TACA-A-A--TAAA-GATGAA-A--TAAT-T-CAG-CATTC-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--TCTTCT-T-TTTGTT-------------C---TA-TTTA-A--AATCT-AA-TTTCA-------TTT------GA-----CTTT----AAATCATTCAATT---T-TTTT---------TT--T-TTT----T-TA--CCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-CAG---G--AAGCTACGCCAt
gi|19 : tgtccggtcttacagcgTAT-----AAAAAG-AT-TGATATA------CA-C--AC-TACA-G-A--TAAA-TATGAA-A--TTCT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--TCTTC-------TTT-------------T---TA------A--AATCC-AA-TTTTA-------TTT------GA-----CTTT----GAATTA-T--GTCA-----------------------TTT----T-TG--CCGC----A--ACAA-TG---T---AG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-T-GCG---C--------T-TCA-TAGTCTG--AAGCTACACCAct
gi|20 : gagttcagaagcacattagtctttgatttTATAGGTCCATA-CCTGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAT-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-G-CCTTTT---CTTCT---TTTTTC-------------C---TA-TTTA-A--AATCT-AA-TTTTA-------TTTTCCTTTGA-----A-AT----CA--TGTA--ATT-----TTTT---------TT--T-TTT----T-TAAACTAC-A-AA--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-CCA-TAG---G--AAGCTACGCCAc
gi|28 : gtacatGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATAT-TC-GAC-C-A-------AA-TATATAT-T-TC---T--TCTCTTCT-TTTTTT-------------C---TA-TT---T--AA----AA----GAC------TTT------TA-----A-AC----A---TCTT---TTA-----TTT---------TT--T-TTT----T-TA--CCGC-A-AA--ACGA-TG---ct
gi|49 : T-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TGTCTAT-T-TCTGTT--TTT
gi|1 : -CAG-CATTTATC-GAC-CAA-------A--TATCT-------TTTT--TGTGCTCT-CTCTCT-------------C---T-------------CT-AA-T---A-------TTT------GA-----A-CTTT--GAATTATT--A------ATTTT---------TT--T-AT--------A--CCG--A-AATCACAG-TG---T---G------CGC-G-TG---------GCG---C--------T-CAA-TGG---G--AAGCTACGCataat
gi|54 : caagtctccgatacacatttctttaattctcttaaacaggcacatgagtaagaaaatcgtaacttcctttaaaaaaaaaatggatttatttttttatccatttagttttactgtatttttttttaaaaaaacgtttttgatactcttttcatataacaactaaattaggtgcgtgtttttaattacttgaaagttttattaaaaactacatgtactttaaaaaaaaattcgatgatatctaaattgaaagaagataaacagtcgaatctaagtagtttcagaaaacttggacaaagttcaaaaggaataccctcccagtagctctgaggtgagcaaccatctgccatatacatgccgtgattcgtcttaccccattgctcatactctttaaaaacatatgctattataatatacagagcttaccaaatttg-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--tcgtagcaaggtcccccccccccccccccccccccccctcttcttgaggattatagcataattttgaagattacactaaaaaatatcgtgtatagtggggcgtttttctactgactattctatagcttgtacagatatctg
gi|33 : -GAC-CAA-------A--TCTATAT-T-TCATTC--TTTTTTTT-TTTTTT-------------T---TAATT---AGAAATAT-AA-TTTTA-------TTC----------------------AACT------TTA--GATTAT---------TT--CATTT----T-TA--TAAT-G-CA--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-a
gi|42 : taATCT-AA-TTTTA-------TTT------GA-----A-TTT---AAATCATT----CA---ATTTT---------------TTT----T-TA--CCGC-T-AA--GCGA-GG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-
gi|43 : TCT-AA-TTTTA-------TTT------GA-----C-TTT---GAATTATT---------------------------T-TTT----T-TA--CCGC-A-A----C---------------AA-G-----------TTC-C-ATG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|39 : gA-------TTT------AA-----A-ATCTT-AATTCATT--ATTA--T---------------------TT----T-TA--CCGC-ATAA--ACGA-TGC--T---GT-AA-GCAC-A-TTG--TTC-C-G-G---C--------T-TCA-AAG---tt
gi|46 : cttctTT---------TC--T-TTT----T-TA--CCGC-A-A----CAA-TG---T---GG-AA--CAC-G-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCtacccactg
gi|51 : CAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-CAG---G--AAGTTACGTCA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CAGGCATGGGAGGAGTAATCCCCCCACCCCCCCATAACAGGCGGGCAGAATTTGGCCAAAACAGTACCTACTTCTTGTTTTTCTGTTTTCTCGTTGCGAACTTGGGTACCCGATATTTC
Unaligned ( gi|45 ): CCCCCCCCCCCCCCTCCCCCGTCTTATCGAAAATTTATAACATTTACATTGAAAATTAATTGAAAAA
Unaligned ( gi|53 ): ATCTAATCAAAATTAGCTGTTTTGAATCCGCTACCGCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111 2222222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111 11111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 1 111111111111111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 2 33 1 1111111 333 2 33 2 2 2 88888 4 666 555555 2 33 0000000000000000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444 2 666 2 33 33 0 666666 2 33 2 444 2 33 33 66666 2 2 444 2 0 11 1 2 2 777 999999999 2 333333333333 33 2 2 44 22 333 1 22 22 8888 1 22 1 4444 22 22 22 1 66666666 1 222 22 1 22 333 88888 1 99999999 333 333 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 1 7777777777777777 1 2 333 1 333 555555 666666 22 22 1 0 666666 4444 1 666 1 3 000 3 5 333 1 1 222 1 1 3 66666666 1 1 7777 1 1 55555 1 22 1 666666666666666666666666666666666666666666666 2 2 66 0000000 77777 1 1 1 44 1 1 44 1 1 1 1 1 1 5 5555555 99 1 1 2 888888888 777777777777777777777777 777777 1 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444 3333 6666 999 22 1 555 333 1 22 1 1 44 1 3 333 88888888 1 1 333 55
lowQualScore : . .. . ....... ... . .. . . . ..... . ... ...... . .. ................ .................................................................................................................................................................. .... . ... . .. .. . ...... . .. . ... . .. .. ..... . . ... . . .. . . . ... ......... . ............ .. . . .. .. ... . .. .. .... . .. . .... .. .. .. . ........ . ... .. . .. ... ..... . ........ ... ... . .............................................................................................. .. . ................ . . ... . ... ...... ...... .. .. . . ...... .... . ... . . ... . . ... . . ... . . . ........ . . .... . . ..... . .. . ............................................. . . .. ....... ..... . . . .. . . .. . . . . . . . ....... .. . . . ......... ........................ ...... . . ................................................. .... .... ... .. . ... ... . .. . . .. . . ... ........ . . ... ..
lowQualScore : 2 11 0 8888888 777 1 11 2 2 4 22222 7 555 111111 4 55 9999999999999999 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5555 2 111 2 11 11 5 888888 4 22 4 111 4 44 44 22222 5 4 111 4 7 00 1 4 4 444 444444444 4 666666666666 11 0 0 88 88 333 9 22 66 6666 9 88 9 0000 66 55 55 8 66666666 7 999 44 7 44 222 11111 9 22222222 555 555 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 9 1111111111111111 9 8 333 9 333 555555 111111 66 55 9 1 111111 3333 9 000 9 8 111 8 7 000 9 7 999 7 7 3 00000000 7 7 2222 7 6 66666 6 22 6 111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 88 2222222 00000 8 9 9 55 9 9 88 9 9 9 9 8 8 5 9999999 11 8 8 5 444444444 111111111111111111111111 000000 9 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333 9999 4444 222 55 8 000 333 9 66 8 8 55 9 8 333 88888888 9 9 555 00
consensus : GTCTCCGATACA-CATTT--TCNTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TT-C-------AA---G-AAAAA----------A----------ATAG-GG----GG---AGN----T-G----------T--------CCA-TT-AGTT-G--TT----A-C-TGCATT-TT------------------T-------------TT--------------A-------------TTTT----GAG-A---CGT-TTT--G--TACTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATT-AGAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA-A---CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AG--TT--TCAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T------TAAAAAAA---AT------AA-----AAAAA-----G--A-T-T--ATATAG-GCC--TA-CC--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA--TCT-A-A-TTTTATTTGA-NTT---------AAAT-TATT---T--T--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
Reference ( family-688 ) : GTCTCCGATACA-CATTT--TCNTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TT-C-------AA---G-AAAAA----------A----------ATAG-GA----GG---AGG----T-G----------T--------CCA-TT-AATTAG--TT----A-C-TGCATT-TT------------------T-------------TT--------------A-------------TTTT----GAG-A---CGT-TTT--G--TACTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATT-AGAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA-A---CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AG--TT--TCAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T------NAAAAAAAA--AT------AA-----AAAAA-----G--A-T-T--ATATAG-GCC--TA-CC--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA--TCT-A-A-TTTTATTTGA-NNT---------AAAT-TATT---T--T--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|1 : GTCTCCGATACA-CATTT---CTTTA-------ATTCTCTTAAA-CA--G--G-CACAT-GAG-TA-A-----G-AAAA---TC----GTAACT-TCC-TT-T-------AA---A-AAAAA----------A----------AT---------GG---ATT----T-A----------TTTTTTTATCCA-TTTAGTT----TT----A-C-TGTATT-TT------------------T-------------TT------------------------------TT----AAA-AAAACGT-TTTTGA--TACTCT------T-TTCATATA-A---C-AAC--T--A-----AATT-AGGT-GCG---TGTTTTTAATTACTTGAAAGTTTTATT-AAAA-A---CTA---------CATGTACTTTAAAAAAAA--ATTCGAT-GATATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--ATAA--ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AG--TT--TCAG--AAAACTTG--G-A--------CAA-AG---TTCAA--AA-G--
gi|1 : caa-GTC-TT--------AC-C-CCA---T--TG-CTCATAC-TCT------T------TAAAAACAT--AT------GC-----TATTA-----T--A-A-T--ATACAGAGCT--TA-CC-------------------------AA-A--TT-T-G-CAG-CATTTATC-GAC-CAA-------A--TATCT-------TTTT--TGTGCTCTCTCTCT-------------CT---------------CT-A-A-T---ATTTGA-ACTTT-------GAAT-TATT---A-----ATTTTT------------TTAT-----------ACCG--A-AATCACAG-TG---T---G------CGC-G-TG---------GCG---C--------T-CAA-TGG---G--AAGCTACGCgaataccctcccagtagctctgaggtgagcaaccatctgccatatacatgccgtgattcgtcttaccccattgctcatactctttaaaaacatatgctattataatatacagagcttaccaaatttgcagcatttatcgaccaaatatcttttttgtgctctctctctctctaatatttgaactttgaattattaatttttttataccgaaatcacagtgtgcgcgtggcgctcaatgggaagctacgctcgtagcaaggtcccccccccccccccccccccccccctcttcttgaggattatagcataattttgaagattacactaaaaaatatcgtgtatagtggggcgtttttctactgactattctatagcttgtacagatatctg
gi|10 : caagtctccgatacacatttctttaattctcttaaacaggcacatgagtaagaaaatcgtaacttcctttaaaaaaaaaatggatttatttttttatccatttagttttactgtatttttttttaaaaaaacgtttttgatactcttttcatataacaactaaattaggtgcgtgtttttaattacttgaaagttttattaaaaactacatgtactttaaaaaaaaattcgatgatatctaaattgaaagaagataaacagtcgaatctaagtagtttcagaaaacttggacaaagttcaaaaggaataccctcccagtagctctgaggtgagcaaccatctgccatatacatgccgtgattcATACAACATTT--CTTTTA-------ATC---T-AAA-CA-----G-CACAT-AAGGTA-A-----G-AAAAG--TC----GTAACTCTCC-TT-T-------AA---A-AAAAA----------A----------ATA---------------------------------T--------TTA-GT-CATT-G--TTTC--A-C-TGCATT-TT------------------T-------------TT----------------------------TTTTAAAGAAG-A---CGT-TTT--G-----TAT------C-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTAAGGT-GCG---C-TTTT-AATTCCTTGAAAG-TTTATT--AAA-A---CTATAATGCACTT-T------------AAATTATTCGAT-G-TATCTAAT-AT--TGCATATA-GATAGGTAT----ACAG-TCGAATC--TAA-------AGTTTT--TCAGAT-AAACTTGCTG-A--------CAATAATGTTTCAGTCAACG--CAT---ATCTC--T-AGAA------TAA---T---TCATA--------------AC--------------G-------------G--------------T------G---T----A--------A---------TA--A-A--A-----T-------GCA-G-TA---ATACT---AA------TG--A---A--TAATT-----------------------AA-GT---AACAA-TG-A-T-G-GG-C--ACCAC------TG---T-TCG-GTC-TT--------AC-CACCA----G-TG-T-----C-TTT--GATCT------TAAAAAAGA--TT-----------------A-----T--A-C-T--ATATAA-------------TAC-TACA-A-A--TTCA-GA---------CATGT-TAA-----T-TC-GAC-CAA-------AATTATCTAT-T-TCTTTT--CGTGCTCTCTCTTT--------------T-A--T-----AT--TGC-A-A-CTTTG---GA-A--------------------------------TTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A---------------------------AC-A-AGC--TTCACAGTG---C--------TATCA-TGG---A--AAGCTACGCCtcgtagcaaggtcccccccccccccccccccccccccctcttcttgaggattatagcataattttgaagattacactaaaaaatatcgtgtatagtggggcgtttttctactgactattctatagcttgtacagatatctg
gi|11 : caagctgc----------T--------CCA-TT-TGTT----TT----A-C-TGCATT-TTTTA---------------T-------------TT--------------ATTATTTTTTTATTTTTT----TAG-A---CGT-TTT--GTATACTCT------T-TT--TATA-ATGGC-AAC--T--A-----AATT-AGGT-GCG---T-TTTT-AATTCC-TGAAAGCTTTATT-AAAA-A---ATG---------C-T------------TAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--T-AA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCAAATC--TAA-GT----AG--TT--TCAGATAAATCTTG--G-A--------CAA-AG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------ACT----T-A------A-------------A--------------C------TAAGT----A--------AATACGTGTCAA--A-A--A-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AC------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAAGG-G-GG-C--ACCAT-ATGA-TG---T-TCA-GTC-TT--------AC-C-CTG---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-C------T-----------T------AA-----AAAAATTTTTT--T-T-T--ATATA---CA--TA-GTGATAC-TACA-G-A--TAAATCAAAAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTATAT-TTCTTT--TCTTCTCTCTCTTT-------------TT-A--T-----AA--T-------TTTTATTTA----------------------T---T--T--A------------------TTTT----TT----ACCGC----A--GCAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-T-A-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|12 : t----T-A----------T--------CCA-TG-CATTAGCTTT----A-C-TGCATT-TT------------------T-------------T---------------G-------------TTT-------G-A---CGT-ATT--G--TAGTTT------T-CT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATT-AAAT-GTG---T-TTTTGAATTC------------ATT-AAAA-----CTG---------G-T------------AAA--ATTCGAT-G-CATCTAA--AT--TG-----------G--AT------------GATT--TTA-GT----AG--TT--TTGAATAAAGCTTC--G-A--------TAG-AA---TTAAG--AA-AGCCAT---ATGATTAT-AG--------TTA---T---C-ATA--------------AC-----TCA------GTATAGTAAATAACG--------------T------C---T----A--------A---------AA--A-A--TCTTAAT-------GCA-ATTA------CT---AA----------G---A---AATCCAAG-TTTT-T------T--------------A-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGGAT-ACGA-TG---T-CCG-GCC-TG--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-CTT--GAT-T------CTAAATAGATTGT------CATTTTTAAAGA-----C--A-C-T--A---AG-ACC--AA------G---ACA-G-A--TAAA-GAT----A--TAAT-T-CAG-CATTT-TC-GAA-C-A-------AA-TAATTAT-T-TCTGTT------------------------------T-A--ATC--AAA------A-A--TTCA--TAACATT---------AAAT-TACT---T--A--A------------------TTTT----TT----ACCGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA---------------------G---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCC
gi|13 : atGTCTCCAATATA-CATGT--TCTTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----CTAAGG---GCACTGGTAACT-TCT-GT-C-------AA---TTAGAAA----------A----------ATA---------------------------------C--------CCA-TT-AGTT----TT----A-C-TGCATT-CT------------------C-------------TTTGGA----------A-------------TTTT----GAG-A---CGT-TTT--G--TACTCT------T-TT--TGTG-A---A-AAC--C--A-----AACC-GAAT-GAG---G-TTTTAAATTCTTTAA--------TT-AA--------CA---------C-T------------A-------CAAT-G-TATCTAA--AA--TGAA---A-GA------T----ACAA-TAGAATT--TTA-GT----AG--TT--TTAAATAAAGATTT--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-A--CAC---AT-----T-AG--------TCG---T---T-ATA--------------ACAAATTT-A------A-------------A--------------TAACG--T---T----A--------A---------GA--A-A--A-----C-------GC--GATA---AT-CT---AA------TT--G---A--TGATT--AA-TTTTCT------TT---------------AA-TGAA-GAA-GG-C--GG-AT-ACGA-TT---T-CTG-GCC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----A-TTT--GCT-T------TTAAA
gi|14 : tcaaaGTCTCCAATATA-CATGT--TCTTTTTT-----ATT---TTAA--CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----CTAAGGCACTG----GTAACT-TCT-GT-C-------AA---TTAGAAA----------A----------ATA---------------------------------C--------CCA-TT-AGTT----TT----A-C-TGCATT-CT------------------C-------------TTTGGA----------A-------------TTTT----GAG-A---CGT-TTT--G--TACTCT------T-TT--TGTG-A---A-AAC--C--A-----AACC-GAAT-GAG---G-TTTTAAAATTCTTTAA-------TT-AA--------CA---------C-T------------A-------CAAT-G-TATCTAA--AA--TGAA---A-GA------T----ACAA-TAGAATT--TTA-GT----AG--TT--T-AAATAAAGATTT--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-A--CAC---AT-----T-AG--------TCG---T---T-ATA--------------AC-------A------A-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AT--A-ACGT-----TAAGAAACGC--GATA---AT-CT---AA------TT--G---A--TGATT--ATATTTTCT------TT---------------AA-TGAA-GAA-GG-C--GG-AT-A-GA-CGTATT-TTG-GCC-TT--------A--C-CCA---TG-TG-C-----A-TTT--GCT-T------tatattgataaagtct
gi|15 : aaaAGATAAAGCTTA--G-A--------TAG-AG---TTCAG--AA-A--CAC---AT-----T-AGGCCCCTAGTTA---T---T-ATA--------------AT-----T-A------G-------------A--------------G------T----------------------------A--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AG------TT----------------AT-TTTT-T------TT---AA-------------TGAA------------------------------CG-ATC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T------TTAAA-------T------A----------------G--A-T-T--G-ATAA-ACA--TA------AT-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--CCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-T-TCTGTT--T-----------TT------------------------------CT-A-A-TTTTATTTGA-CTT------------T-TTTT---T--C--ATTTTT------------TCT-------------CCGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---CTTCATAATT-TCA-TAG---G--AAACTACGCCAtt
gi|16 : ttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT------------------T-------------TT--------------A-------------TTTT----GAG-A---CGT-TTT--G--TACTAA------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATT-AGAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTAGAAAGCTTTATT-AAAA-AAA-CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--ATCTATACTA-TCGAATC--TAA-GTTAGTAG--TT--TCAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AG---TTCAG--GA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------AGTAAATACGTG---T------C---C----A--------A---------AA--A-A--A-----T-------GCA-GTAA---AT-CT---AA------TT--A---G--TAATT--AT-TTTCGT------TT---AAA-TT---AA-AA-TGAA-G-G-GGAC--AGCAT-ACGA-TG---C-CTG-GTC-TT--------AC-C-CTA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-T------TAAGAAAc
gi|17 : GTCTCCGATACA-TATTT--TCACTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TCT-TT-C-------AA---G-AAAAA----------ATGAAAAAAAAAAAA-AA----AA---AGA----TTG----------T--------CCA-TT-G-TT----TT----A-C-TGCATT-TTAGGTTGTTTGGTTTTTTTT-------------TT--------------AA------------TTTT----GAG-A---CGT-TTT--G--TATTAT------T--------A-A---C-AAG--T--A-----AATT-AGAT-GCG---G-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA-A---CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAAATAT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-CCGGATC--TAA-GT----AG--TT--TCATATAAGACTTG--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-G--TAC---AT-----T-
gi|18 : ttttca-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-----A-------G-C-----------------------GAAAAAAAA--G--------A-----AGAAA-----G--A-T-T--ATATAG-GCC--TA-CC--TGC-TACA-A-A--TAAA-GATGAA-A--TAAT-T-CAG-CATTC-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-T-TCTTTT---CTTCT-TTTTGTT-------------CT-A--TTT--AAAA-TCT-A-A-TTTCATTTGA-CTTT--------AAAT-CATTCAAT--T--TTTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-CAG---G--AAGCTACGCCA
gi|19 : G-AG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AGTCT-----TTGATTT---T-ATA--------------AA-----A-A------G-------------A--------------T------T---ct
gi|19 : G-T-----C-TTT--GAT-T------T-----------T------AT-----AAAAA-----G--A-T-T--G-ATA-------TA-CA--CAC-TACA-G-A--TAAA-TATGAA-A--TTCT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--TCTTC------TTT-------------TT-A-------AAA--TCC-A-A-TTTTATTTGACTTT---------GAAT-TATG---T--C--A-------------------TTT----TT----GCCGC----A--ACAA-TG---T---AG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-T-GCG---C--------T-TCA-TAGTCTG--AAGCTACACCAgatatacacactacagataaatatgaaattcttcagcattttcgaccaaatatctatttcttttcttctttttaaaatccaattttatttgactttgaattatgtcatttttgccgcaacaatgtagaagcacatgcttctgcgcttcatagtctgaagctacaccac
gi|2 : gagttcagaagcacattaGTCTCCGATACA-CATTT--TCATTA--------TC---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAAAT-TAT-TT-C-------AG---G-AAAAA----------A----------AGGA-GA----AA---AGGAT--T-G----------T--------CCA-TT-GATTAG--TT----AAC-TGCATT-TT------------------T-------------TTGTTTGTTTGTTTTTA-------------TTTT----GAG-A---CGT-TTT--G--TACTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--AGCCTAAATT-AGAT-GTG---T-TTGTGAATTCCTTGAAA--------------A---CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AG--TT--TCATATAAAACTTG--G-A--------CAG-AT---TTCAG--AA-G--CAC---AT-------AA--------CTA---G---A-GTA--------------AA-----T-AC-----G-------------A--------------TG-----T---C----A--------A---------AC--A-A--T-----T-------GCA-GTTC---AT-CTTTTAA------TTTTG---A---AATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-ATTACAA-AA-TGAA-A-G-GG-C--AGCATGACGACTG---TGCCG-GTC-TT--------AC-C-CCG---AG-TG-CT----C-TTT--TTT-T------TAAAAAAAA--A------------------A-----G--A-T-TT-ATATAG-GCC--TAACC--TGC-TACATG-AC-TAAA-GATGAA-A--TCAT-TTCAGGCATTT-TC-GACACAA-------AC-AATCTAT-TATCTTTTCTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTATTTGCT-A--TTT--AAAAATCTTA-A-TTTTATTTGA-CTTTCAATCATAAAAT-TTTT---T--TTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT----TT----AGCGCAA-AA--ACGACTG---T---GGAAA-GAAT-A-TA----TC-CAGTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACACCAc
gi|20 : TATAG-GTCCATA-CC--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAT-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-G-CCTTTT---CTTCT--TTTTTC-------------CT-A--TTT--AAAA-TCT-A-A-TTTTATTTTC-CTTTG-------AAAT-CATG---T--A--ATTTTT------------TTTTT----TTTTAAACTAC-A-AA--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-CCA-TAG---G--AAGCTACGCCAc
gi|21 : gtacatG---TTCGG--AA-G--CAC---AT-----G-CA--------TTG---------GTG--------------AA-----T-A------C-------------G--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCG-GTTA---AT-CT---AA------TT--A---A--TAATT--AT-TTCTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAAGG-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T------GACATATAT--AT--------------ATAA-----T--G-T-A--ATATA-------CA-CA--TGC-TACA-G-A--TTAA-GATGAA-ct
gi|22 : G---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---CG-TG-C-----C-TTT--GAT-T------AAA----------------AA-----AAAAA-----G--A-T-T---TATAA-ACTA-TA-CA--TGC-TACA-A-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-A-AAG-AATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--GCTTCT-TTTTTTT-------------CT-A--TTTA-AAA--TCT-A-A-TTT
gi|23 : GTCCCCGATACA-CATTT--TCTTTA-------GTT---TTAAA-CTCGG--G-TACGT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT----GTAACT-TCC-TT-C--------------AAAAA----------A----------ATA---------------T----T-G----------T--------CCAGTT-AGTT----TT----A-C-TTCATTATT------------------T-------------TC--------------A-------------ATTT----AA
gi|24 : tcaaa---A-GA-AG--AT----ACAG-TCAAATC--TAA-TT----AG--TT--TCGGATAACACTTA--G-ATACTGTAGTAA-AG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-CTA--------------AC-----T-A------GTGTAA--------A--------------TACGTG-T---C----A--------A---------AA--ATA--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------AT--G---A--TAATT--AT-TTtctaattgataattattttt
gi|25 : ----A--------A---------AACGA-A--T-----T-------GAA-GTTT---AT-CT---AA------TT--GAATA--TAATT--AC-GTTTATATGTAATTGAAAAA-AT---AA-AATTGAA-G-GTGG-TGAGGCAT-ATG
gi|26 : gtttttatataatttaatactacgaataaatacgtgtccCCGATACA-CCATT--TCTTTG-------ATT---C-AAA-CATAG--G-GACAT-GGGGTA-A-----G-A------TC----GTAATT-TT---------------------AAAA----------A----------AT---------------------T-G----------T--------CCA-TT-TGTT----TC----A-C-TGTGCT-TT------------------T-------------TTTTTTTTA-------A-------------TTTT----GAA-A---TGT-TTT--G--TACTCT------T-TT--TACA-A---C-AAgcatacg
gi|27 : GTCTCCGATGCA-CATTTGTTTATAA-------ACT---CTAAAACTCAG--A-CACAT-GGTGTA-A-----G-GACA---TC----GTAACT-TCC-TT-C-------GATTTA-AAAAA----------A----------A---------------------------------------------------AA-------T----A-C-TGCTTT-TT------------------T-------------CTA-------------A-------------TCTT----GAG-A---TGT-TTT--G--TA
gi|28 : agaGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATAT-TC-GAC-CAA-------A--TATATAT-T-TCTT-----CTCTTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA------AGA-CTTT---------T---------AAACATCTT---T--T--ATTTT-------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---a
gi|3 : GTCTCCGATACA-CATTT--TCATTA-------ATT---TTAAA-CACTG--A-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TTT-TT-TCA-----AA---G-AAAAA----------A----------A-AG-GG----GG---GGGAGTTT-GTCCGAAAATTT--------CCG-TT-AATTAGTTTT----A-C-TG-GTT-TT------------------TNNNNNNNNNNNNNNN--------------N-------------NNNN----NNN-N---NNN-NNN--N--NNNTATGAGACGT-TT--TGTA-A---CTAATTAT--A-----AATT-AGAT-GAG---T-TTTTGAATTCCTAG-AAGCTTTATT--AAA-A---CTA---------T-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG-----------------ATC--TAA-G----------------------ACTTG--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------AGTAATACATATACGT------T---TCC--A--------A---------AA--A-A--------T-------GCA-G-TA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TGTCGT------TT---GAA-AT---AA-AA-TGAA-T-G-GA-C--AGAAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-T-CTA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-TTAAGAAAAAAAAAAG--ATGAAATAAA-----AAAAA-----G--A-T-T--TTATAA-GCC--TA-TC--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TT-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--TCTTC---CTTTTT-------------CTAA--TTG--AAA--TCT-A-A--TTTA-TTGA-CTT---------AAAT-CA-T---T--T--A--TTT------------TTTTT----TA----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GTAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|30 : tcaaaT-GTG---T-TTTTGAATTCCGTGAAAGCTTAAAG-TAAA-A---CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-------TAA---T--TGAA---A-GA-CG--AT----ACAA-TCGAATT--TAG-GT----AG--TT--TTAGATAAAGCT
gi|31 : ----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------GT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AG-CAAA-G-GAGG-C--AGCAT-ACGA-TG---T-CCcaatctaatcaaaattagctgt
gi|32 : gtaaatacctgtccTCTCCGATACA-CATTT--TCTTTATTATATAACT---TTAAA-CAAAG--G-CACAT-GGGGTACATGCATG-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TT----------A---G-AAAAA----------A----------AAA---A----GG---A-T----T-G----------T--------CCA-TT-TGTT----TT----A-C-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntag
gi|33 : -GAC-CAA-------A--TCTATAT-T-TCATTC--TTTTTTTTTTTTTT-------------TT-A--ATTAGAAA--TAT-A-A-TTTTATTCAACTTT---------AGAT-TATT---T--C--A-----------------TTTTT----AT----AATGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-
gi|34 : taA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-GCA---AG-TG-T-----C-TTT--GAT-T------AAAA---------------AA-----AAGAA-----G--A-T-TTAGTATAG-GCC--TA-TC--TTC-TACA-G-G--T---------A-A--TTAT---------TTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--
gi|35 : ATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-ATAA-AA-AA-TAAA-A-T-TA-C--G---T-ACTA-TG---T-CCG-GTCTTT--------AC-C-CCATGGTG-TG-C-----C-TTT--GAT-C------TTAAAAAAG--AT------ct
gi|36 : A-GT----AG--TT--TCAGATAAAACTTG--G-A--------CAC-AG---TTCAT--AA-G--CAG---TT-----T-AG--------TTA---TAACT-ATT--------------AG-----T-A------A-------------A--------------TGCGTGTC---C----A--------A---------AA--T-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--T---A--TAATT--AT-TTttatatgaataataataaaa
gi|37 : T---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--TACAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-T-CCA---TG-CG-C-----C-TTT--GAT-T------TAAAAAAAA--A------------------------G--A-T----ACATA----------------C-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-
gi|38 : --TCAGATAAAACTTG--G-A--------GAG-AG---TTCAG--AA-G--TACATAAT-----T-CG--------TTG---T---A-ATA--------------AC-----T-A------GAGCAAAT------A--------------T------G---TGTGGA--------A---------AA--A-A--A-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--
gi|39 : -TTCTATTTAA-AAT---------C--T-TAAT---T--C--ATTATT------------ATTTT-----T----ACCGC-ATAA--ACGA-TGC--T---GT-AA-GCAC-A-TTG--TTC-C-G-G---C--------T-TCA-AAG---
gi|4 : cGTCTCCGATACA-TATTT--TCACTA-------ATT---TTAAA-CACAGAGG-CACATTGGGGTA-AA----G-AAGA---TT-----TAA-T-TCT-TT-C-------AA---G-AAAAATGAAAAAAAAA----------AAAA-AA----AA---AGA----TTG----------T--------CCA-TT-G-TT----TT----A-C-TGCATT-TTGTTGTTTGGTTTTTGT--T-------------TT--------------AA------------TTTT----GAG-AA--CGT-TTT--G--TA-TAT------T--------A-A---C-AAG--T--A-----AATT-A-AT-GCG---G-TT--G---TTCTTGAAAGCTT-ATT-AAAA-A---CTA---------C-T------------AAA---TTCGATTG-TATCTAA--ATATTGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-CCCGATC--TAA-GT----AG--TTCATC--ATAAGACTTG--G-A--------CAG-GG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATAC-------------AC-----T-A------G-------------AGAAATACGTG----T------C---T-----------------------AA--A-A--T-----T-------GCA-G-TA---AT-CT---AA------TT--G---A--T-ATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT----A-AA-TGAA---G-GA-C--AGCAT-ACGA-TG---T-CCGCGTCAAT--------A--C-CCA---TGTTG-C-----C-CTT--GAT-T------TAAAAAAAA--AT--------------------------T-T-T--ATATAG-GTCCATA-CC--TGCTTACA-GAA--TAA---ATGAATA--TCAT-T-CAG-CATTT-TCGGAC-C-A-------AA-TATCTA--T-GCCTTT--TCT--TCTTTTTTC-------------CT-A--TTTA-AAA--TCT-A-ATTTTTATTTTT-CCTTTG------AAAT-CATG---T--T--AATTTT------------TGTTT----TTAA--ACTAC-A-AA--AC-A-TG-------GG-AA-GCAC-A-TGCGTTTC-C-GTG---C----------CCA-TAG---G--AAGCTACGCCAtacccactg
gi|40 : tttttcaT-G-CATCTAC--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAT-TGGAATC--TAA-GT----AG--TT--TCAGATAAAATTTG--A-A--------CAG-AG---TTC
gi|41 : tttaattctttgaaagct---AAA-GT---AA-A--TGAA-G-G-GGAC--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-T----------------------------------TTT--GAT-T------TAAAA--------------AA-----AAAGA-----GTTA-TGT--ATATAC-ACG--TA-CA--TAC-TAC
gi|42 : A--TCT-A-A-TTTTATTTGA-ATTT--------AAAT-CATT---C--A--ATTTT---------------TTT----TT----ACCGC-T-AA--GCGA-GG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-t
gi|43 : --TCT-A-A-TTTTATTTGA-CTTT--------GAAT-TATT---T--T-----------------------TT----TT----ACCGC-A-AC--AAGT-T---------------C-C-A-TGC-----------------------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|44 : gTTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-AA-TG--AT----ACAA-TAGAATC--TAA---------------TTAGATGAAACTTG--G-G--------CAG-AG---TTCGG--AA-G--CAC---tt
gi|46 : TTT------------CTTTT----TT----ACCGC-A-A----CAA-TG---T---GG-AA--CAC-G-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGC
gi|47 : GTCTCCGATACA-TATTT--TCTTTA-------ATT---TTAA---ACAG--G-CACAT-GGG
gi|48 : tttttaaaGTCTCAGATACA-CATTT---CTTAA-------ATT---TTAAA-CACA
gi|49 : gaggttttttccaaT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TGTCTAT-T-TCTGTT--TTT
gi|5 : GTCTCCG-TACA-CATTT--TCATTA--------TT---TTAAA-CCTAG--G-CACAT-GGGATA-A-----G-AAAA---T------TAACT-TCT-CC-CCCCCCCCAA------AAAA----------G----------GTGG-GG----GGG--ATT----T-G----------T--------CCA-TT-AATTAG--TTTTTTA-CATGCATT-TTGTTTTGTTTTGTT-----T-------------TT--------------A-------------CTTT----GAGTA---CTT-TTG--G--TACTAT------T-TC--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATT-AGAT-GCG---T-TAT-GAATCTCT-GAAA-TTTTATTTAAAATA---CTA---------C-TT-----------AAA--ATCCCAT-G-CATCTAA--AT--TGAA---AAGA-AG--A-----ACAG-TCGAATC--TAA--T----AG--TT--TC---TCAAACT--------------------------------A-G--CAC---AT-----T-AA--------TTT---T---T-ATA--------------AC-----T-ATAGAGTA-------------A--------------T------TA--T----ACCTGTTCTA---------AA--A-A--T-----T-------AAA-AGGA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT----AA-AT---AA-AAGTGAA-G-G-GG-C--CGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-GT--------GC-C-CCA---AG-TGCC-----C-TTT--GAT-T------AGCAAA-------------AA-----AAGAA-----G--ACT-T--AT-TAG-GCC--TA-CC--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-AACTCAT-T-CAG-CATTT-TC-CGC-CAGATATACTAG-TATCTAT-T-TCTATT--TCTTCTTTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA------A-A--TTGACTTTA-AAT---------CATT-GATT---T--T--TTTTTT------------TTTTT----TT----ACGCC-A-AA--GCGA-TG---T---G---A-GCAC-A-TGCT-TTC-C-GTGACTT--------T-TCACTAG---GA-AAGCT-CGCTAataat
gi|50 : a-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT---------AATAAAAG--AT------
gi|51 : CAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-CAG---G--AAGTTACGTCAt
gi|52 : a------------AGA--ATTTGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-AA-AG--AT----ACAG-TCGctgg
gi|54 : -CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--
gi|6 : GTCTCCGATACA-CATTT--TCATTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TCT-TT-C-------AA---G-AAAAA----------A----------ATAG-GGAGGGGG---GGG----T-G----------T--------CCA-TT-AATTAGG-TT----A-C-TGCATT-TTGGG---------------T-------------TT--------------A-------------TTTT----GAG-G---CGT-TTT--G--TACTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATT-AGAT-GCG---T-TTTTTAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA-A---CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-AA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AG--TT--TCAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--TT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-GTG-GG-C--AGCAT-ACGA-TG---A-TCG-GTC-TT--------AC-C-CAA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-T------AAAAAAAAA--AT------AA-----AAAAA-----A--A-T-TG-ATATAG-GCC--TA-CC--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A---TT--AAA--TCT-A-A-TTTGATTTGA-AAT---------AAAT-TATTA--TTAT--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCAC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCAa
gi|7 : TCTGATACG-CATTT--TTATTA-------ATC---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TCCCTT-C-------AA---G-AAAAA----------A----------A-AG-GG----GGGAAAGGAT--T-G----------T--------CCA-TT-AATTAG--TTTT--A-C-TGCATT-TT------------------T-------------TTT-------------A-------------TTTT----GAG-A---AGT-TTT--G--TACTAT------T-TT--T-TAGA---C-AAC--G--A-----AATT-AGAT-GCG---T-TTTTGAAT-CCTTGAAAGCTTTATG-AAAA-A---CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-G-CA-----------------------AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AG--TT--TCAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-G--CTC---AT-----T-AGCTATAG--TTG---T---T-ATACATACATGTATGTAAC-----T-A------G-------------A--------------G------TAAAT----ACATGTCCCA---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--CAATT--AT-ATTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GGGC--AGCAT-ACGA-TG---T-CCT-GTC-TT--------AC-C-CCA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-T------TAAA--------T------AA-----AAAAA------------T--ATATAG-ATC--TA-CC--TGC-TACA-G-T--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC----------------CTTT-------------CT-A--TTTA-AAA--TTT-A-A-TTTTATTTGACTTT---------AAAT-CA-T---T--G--AATTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|8 : GTCTCAGATAAA-CATTT--CTTTTA-------ATT---TTAAA-CACAA--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAAA---TC----GTAACT-TC---------------------------------------------------GG----GC---AGG------G-------------------CCA-TT----------T----A-C-TGCATT-TT------------------T-------------TTT-------------A-------------TTTT----GAA-A---CGTGTTT--G---ACGGC------TCTT--TATA-A---C-AAG--TTAA-----AATT-CGAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATA-AAAA-AAAACTA---------C-T------------AAA--ATTCG---------------T--TGAG---------G--ATT---ACAA-TGGAATC--TAAAGT----AG--TT--TCAGATAAAACCTG--G-A--------CAG-AG---TTCAA--AA-G--CAC---AT-----A-AG--------TTT---A---T-AAA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------G------T----------------------------A--A-A--T-------------ACATGTTACGTGT-CC---AAAAAAAATT--GC--AGTTACCT--AT-CTTTGT------TT---AAA-AT---GA-AA-TGAG-G-G-GT-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-TTT-TTTTTTTTTTAC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTCTGGAT-T------TAAAAA------------------------------G--A-T-T--ATACA----------CA--TAC-TACA-G-ACATAGA-GATGAA-AA-TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AT-TATATAT-T-TCT-------TTCTTTTTTTTT-------------TT-A--TTTC-AAA--TCT-A-A-TTTTATTTTACTTT---------AAA-----T---T--T--ATTTCG------------TTTTT----TT----A-CGC----A--ACAG-TG---T---GG-AA--CACAA-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---GAAAAGCTACGCCAct
gi|9 : agagaggtacatgtattttcaaaTTAT------ATT---TTAAA-CACAA--GCCACAC--GGGTA-A-----G-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TTAT-------AA---A-AAAAA----------A----------A-AGCGG----GG---GGT----T-G----------T--------CCA-TTCAGTT----TT----A-C-TGCATT-TT------------------T-------------TT--------------G-------------TTTG----GA--A---CGT-TTT--G---ACTAG------T-CT--TATA-A---C-AAC--T--G-----AATT-AGATGGCGTTTT-TTTTGAATTCTTTTAAAGCTTTATT-AAAA-A---CTG---------C-T-------------AA--ATTTGAT-G-TATTAAA--AT--TGAA---A-G--AG--AT----ACAGATCGAATCTATAA-GT----G----T--TCAGAT-AAACTTG--GAA--------CAA-TG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----TAAG--------T-----T---T-ATA--------------A------T-A------G-------------A--------------A------G---T----A--------A---------AA--A-T--T-----T-------G-------------------A------TT------A--TAATT--AT-TGTTGT------TT---AAATTT---AA-AA-TGAAGG-G-GG-T--GACAT-ACTA-TG---T-CC--GTC-TT--------ACGC-CCA---TT-TG-C-----CTTTT--GAT-T------T-----------T------AA-----AAAAA-----G--A-T-T--ATA-----CG--TA-CA--TAC-TACA---A--TAAA-GATGAA-A--T-AT-T-T-G-CATTT-TC-GAC-C---------AA-TAT-TAT-T-T-TCTT--TTTTTTCCTTTTTC-------------CA-AATTTT--AAA--TC----A-TTTTATTTGACTTT---------AAA-----T---T--C--ATTTCT------------GTTTTAACATG----ACCAC-A-AC--ATGT-TGAACTTCAGG-AAGGCAC-ATTGC--TTC-C-GTG---CT-------T-TCA-TA----G--AAGCTACGCCA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CAGGCATGGGAGGAGTAATCCCCCCACCCCCCCATAACAGGCGGGCAGAATTTGGCCAAAACAGTACCTACTTCTTGTTTTTCTGTTTTCTCGTTGCGAACTTGGGTACCCGATATTTC
Unaligned ( gi|45 ): CCCCCCCCCCCCCCTCCCCCGTCTTATCGAAAATTTATAACATTTACATTGAAAATTAATTGAAAAA
Unaligned ( gi|53 ): ATCTAATCAAAATTAGCTGTTTTGAATCCGCTACCGCT
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111 2222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111 11111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 444444444444444444444444444 2222222 1 111111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 33 1 1111111 333 2 33 2 2 2 88888 4 666 555555 2 33 1111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 2 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777 8888 22 2 2 2 33 33 0 666666 2 33 2 444 2 33 33 66666 2 2 444 2 0 1 11 1 2 2 777 999999999 2 333333333333 33 2 2 44 22 333 1 22 22 8888 1 22 1 4444 22 22 22 1 66666666 1 222 22 1 22 333 88888 1 99999999 333 333 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 1 7777777777777777 1 2 333 1 333 555555 666666 22 22 1 0 666666 4444 1 666 1 3 000 3 5 333 1 1 222 1 1 3 66666666 1 1 7777 1 1 55555 1 22 55 3 5555555 555555555555555555555555555 777777777 2 66 0000000 77777 1 1 1 44 1 1 44 1 1 1 1 1 1 5 5555555 99 1 1 2 888888888 777777777777777777777777 777777 1 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333 6666 999 22 1 555 333 1 22 1 1 44 1 3 333 88888888 1 1 333 55
lowQualScore : . .. . ....... ... . .. . . . ..... . ... ...... . .. ............. ............................................................................................ . . . ................................................... .... .. . . . .. .. . ...... . .. . ... . .. .. ..... . . ... . . . .. . . . ... ......... . ............ .. . . .. .. ... . .. .. .... . .. . .... .. .. .. . ........ . ... .. . .. ... ..... . ........ ... ... . .............................................................................................. .. . ................ . . ... . ... ...... ...... .. .. . . ...... .... . ... . . ... . . ... . . ... . . . ........ . . .... . . ..... . .. .. . ....... ........................... ......... . .. ....... ..... . . . .. . . .. . . . . . . . ....... .. . . . ......... ........................ ...... . . ....................................................... .... .... ... .. . ... ... . .. . . .. . . ... ........ . . ... ..
lowQualScore : 2 11 0 8888888 777 1 11 2 2 4 22222 7 555 111111 4 55 8888888888888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222 99 2 2 2 11 11 5 888888 4 22 4 111 4 44 44 22222 5 4 111 4 7 2 00 1 4 4 444 444444444 4 666666666666 11 0 0 88 88 333 9 22 66 6666 9 88 9 0000 66 55 55 8 66666666 7 999 44 7 44 222 11111 9 22222222 555 555 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 9 1111111111111111 9 8 333 9 333 555555 111111 66 55 9 1 111111 3333 9 000 9 8 111 8 7 000 9 7 999 7 7 3 00000000 7 7 2222 7 6 66666 6 22 99 2 2222222 777777777777777777777777777 666666666 0 88 2222222 00000 8 9 9 55 9 9 88 9 9 9 9 8 8 5 9999999 11 8 8 5 444444444 111111111111111111111111 000000 9 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9999 4444 222 55 8 000 333 9 66 8 8 55 9 8 333 88888888 9 9 555 00
consensus : GTCTCCGATACA-CATTT--TCNTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TT-C-------AAG-AAAAA----------A----------ATAG-GG----GG-A--------G----T----T--GTCC--------------A-TT-AGTT--------TTA-C-TGCATT-TT------------------T--------------TT--------------A-TTTT----G--AG-A-CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATT-AGAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA-A---CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AG--TT--TCAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T-T-------AA-AAAA-------AT------AA-----AAAAAG--A------T-T--ATATAG-GCC--TA-CC--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA--TCT-AA-TTTTATTTGA-N--TT---------AAA---T-T-ATT---T--T--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
Reference ( family-688 ) : GTCTCCGATACA-CATTT--TCNTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TT-C-------AAG-AAAAA----------A----------ATAG-GG----GG-A--------G----N----T--GTCC--------------A-TT-AGTT--G-----TTA-C-TGCATT-TT------------------T--------------TT--------------A-TTTT----G--AG-A-CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATT-AGAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA-A---CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AG--TT--TCAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T-T-------AA-AAAAA------AT------AA-----AAAAAG--A------T-T--ATATAG-GCC--TA-CC--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA--TCT-AA-TTTTATTTGA-N--TT---------AAA---T-T-ATT---T--T--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|1 : GTCTCCGATACA-CATTT---CTTTA-------ATTCTCTTAAA-CA--G--G-CACAT-GAG-TA-A-----G-AAAA---TC----GTAACT-TCC-TT-T-------AAA-AAAAA----------A----------AT---------GG-ATTTATTTTT----T----T--ATCC--------------ATTT-AGTT--------TTA-C-TGTATT-TT------------------T--------------------------------TTTTAAA-A--AA-A-CGT-TTTTGATA--CTCT------T-TTCATATA-A---C-AAC--T--A-----AATT-AGGT-GCG---TGTTTTTAATTACTTGAAAGTTTTATT-AAAA-A---CTA---------CATGTACTTTAAAAAAAA--ATTCGAT-GATATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--ATAA--ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AG--TT--TCAG--AAAACTTG--G-A--------CAA-AG---TTCAA--AA-G--
gi|1 : caa-GTC-TT--------AC-C-CCA---T--TG-CTCATAC-TCT------T-T-------AA-AAACATATGCTAT------TA-----TAA--------------T--ATACAGAGCT--TA-CC-------------------------AA-A--TT-T-G-CAG-CATTTATC-GAC-CAA-------A--TATCT-------TTTT--TGTGCTCTCTCTCT-------------CT---------------CT-AA-T---ATTTGA-ACTTT---------GAA---T-T-ATT---A-----ATTTTT------------TTAT-----------ACCG--A-AATCACAG-TG---T---G------CGC-G-TG---------GCG---C--------T-CAA-TGG---G--AAGCTACGCgaataccctcccagtagctctgaggtgagcaaccatctgccatatacatgccgtgattcgtcttaccccattgctcatactctttaaaaacatatgctattataatatacagagcttaccaaatttgcagcatttatcgaccaaatatcttttttgtgctctctctctctctaatatttgaactttgaattattaatttttttataccgaaatcacagtgtgcgcgtggcgctcaatgggaagctacgctcgtagcaaggtcccccccccccccccccccccccccctcttcttgaggattatagcataattttgaagattacactaaaaaatatcgtgtatagtggggcgtttttctactgactattctatagcttgtacagatatctg
gi|10 : caagtctccgatacacatttctttaattctcttaaacaggcacatgagtaagaaaatcgtaacttcctttaaaaaaaaaatggatttatttttttatccatttagttttactgtatttttttttaaaaaaacgtttttgatactcttttcatataacaactaaattaggtgcgtgtttttaattacttgaaagttttattaaaaactacatgtactttaaaaaaaaattcgatgatatctaaattgaaagaagataaacagtcgaatctaagtagtttcagaaaacttggacaaagttcaaaaggaataccctcccagtagctctgaggtgagcaaccatctgccatatacatgccgtgattcATACAACATTT--CTTTTA-------ATC---T-AAA-CA-----G-CACAT-AAGGTA-A-----G-AAAAG--TC----GTAACTCTCC-TT-T-------AAA-AAAAA----------A----------ATA-------------------------T----TTAGTC---------------A-TT--GTT--------TCA-C-TGCATT-TT------------------T--------------TT----------------TTTTAAAGA--AG-A-CGT-TTT--G-----TAT------C-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTAAGGT-GCG---C-TTTT-AATTCCTTGAAAG-TTTATT--AAA-A---CTATAATGCACTT-T------------AAATTATTCGAT-G-TATCTAAT-AT--TGCATATA-GATAGGTAT----ACAG-TCGAATC--TAA-------AGTTTT--TCAGAT-AAACTTGCTG-A--------CAATAATGTTTCAGTCAACG--CAT---ATCTC--T-AGAA------TAA---T---TCATA--------------AC--------------G-------------G--------------T------G---T----A--------A---------TA--A-A--A-----T-------GCA-G-TA---ATACT---AA------TG--A---A--TAATT-----------------------AA-GT---AACAA-TG-A-T-G-GG-C--ACCAC------TG---T-TCG-GTC-TT--------AC-CACCA----G-TG-T-----C-TTT--GATCT-T-------AA-AAAAG------AT----------------TAT--A------C-T--ATATAA-------------TAC-TACA-A-A--TTCA-GA---------CATGT-TAA-----T-TC-GAC-CAA-------AATTATCTAT-T-TCTTTT--CGTGCTCTCTCTTT--------------T-A--T-----AT--TGC-AA-CTTTG---GA-A--------------------------------------TTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A---------------------------AC-A-AGC--TTCACAGTG---C--------TATCA-TGG---A--AAGCTACGCCtcgtagcaaggtcccccccccccccccccccccccccctcttcttgaggattatagcataattttgaagattacactaaaaaatatcgtgtatagtggggcgtttttctactgactattctatagcttgtacagatatctg
gi|11 : caagctgcTCC--------------A-TT-TGTT--------TTA-C-TGCATT-TT------------------TTATTTATTATTTTTTT--------------A-TTTT----TTTAG-A-CGT-TTT--GTATACTCT------T-TT--TATA-ATGGC-AAC--T--A-----AATT-AGGT-GCG---T-TTTT-AATTCCT-GAAAGCTTTATT-AAAA-A---ATG---------C-T------------TAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--T-AA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCAAATC--TAA-GT----AG--TT--TCAGATAAATCTTG--G-A--------CAA-AG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------ACT----T-A------A-------------A--------------C------TAAGT----A--------AATACGTGTCAA--A-A--A-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AC------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAAGG-G-GG-C--ACCAT-ATGA-TG---T-TCA-GTC-TT--------AC-C-CTG---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-C-T-------TA-AAAAA------AT----------------------TTTTTTT-T--ATATA---CA--TA-GTGATAC-TACA-G-A--TAAATCAAAAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTATAT-TTCTTT--TCTTCTCTCTCTTT-------------TT-A--T-----AA--T------TTTTATTT-A-T--TT---------A----------------------------------------TTTT----TT----ACCGC----A--GCAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-T-A-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|12 : tC--------------A-TT-AGCT--------TTA-C-TGCATT-TT------------------T--------------T---------------G-TTT---------G-A-CGT-ATT--GTA--GTTT------T-CT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATT-AAAT-GTG---T-TTTTGAATTC------------ATT-AAAA-----CTG---------G-T------------AAA--ATTCGAT-G-CATCTAA--AT--TG-----------G--AT------------GATT--TTA-GT----AG--TT--TTGAATAAAGCTTC--G-A--------TAG-AA---TTAAG--AA-AGCCAT---ATGATTAT-AG--------TTA---T---C-ATA--------------AC-----TCA------GTATAGTAAATAACG--------------T------C---T----A--------A---------AA--A-A--TCTTAAT-------GCA-ATTA------CT---AA----------G---A---AATCCAAG-TTTT-T------T--------------A-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGGAT-ACGA-TG---T-CCG-GCC-TG--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-CTT--GAT-TCT-------AA-ATAGATT----GT------CATTTTTAAAGAC--A------C-T--A---AG-ACC--AA------G---ACA-G-A--TAAA-GAT----A--TAAT-T-CAG-CATTT-TC-GAA-C-A-------AA-TAATTAT-T-TCTGTT------------------------------T-A--ATC--AAA------AA--TTCA--TAACA--TT---------AAA---T-T-ACT---T--A--A------------------TTTT----TT----ACCGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA---------------------G---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCC
gi|13 : attatccatgGTCTCCAATATA-CATGT--TCTTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----CTAAGG---GCACTGGTAACT-TCT-GT-C-------AATTAGAAA----------A----------ATA----------------------------------CCC--------------A-TT-AGTT--------TTA-C-TGCATT-CT------------------C--------------TTTGGA----------A-TTTT----G--AG-A-CGT-TTT--GTA--CTCT------T-TT--TGTG-A---A-AAC--C--A-----AACC-GAAT-GAG---G-TTTTAAATTCTTTAA--------TT-AA--------CA---------C-T------------A-------CAAT-G-TATCTAA--AA--TGAA---A-GA------T----ACAA-TAGAATT--TTA-GT----AG--TT--TTAAATAAAGATTT--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-A--CAC---AT-----T-AG--------TCG---T---T-ATA--------------ACAAATTT-A------A-------------A--------------TAACG--T---T----A--------A---------GA--A-A--A-----C-------GC--GATA---AT-CT---AA------TT--G---A--TGATT--AA-TTTTCT------TT---------------AA-TGAA-GAA-GG-C--GG-AT-ACGA-TT---T-CTG-GCC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----A-TTT--GCT-T-T-------TA-AA
gi|14 : tcaaaGTCTCCAATATA-CATGT--TCTTTTTT-----ATT---TTAA--CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----CTAAGGCACTG----GTAACT-TCT-GT-C-------AATTAGAAA----------A----------ATA----------------------------------CCC--------------A-TT-AGTT--------TTA-C-TGCATT-CT------------------C--------------TTTGGA----------A-TTTT----G--AG-A-CGT-TTT--GTA--CTCT------T-TT--TGTG-A---A-AAC--C--A-----AACC-GAAT-GAG---G-TTTTAAAATTCTTTAA-------TT-AA--------CA---------C-T------------A-------CAAT-G-TATCTAA--AA--TGAA---A-GA------T----ACAA-TAGAATT--TTA-GT----AG--TT--T-AAATAAAGATTT--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-A--CAC---AT-----T-AG--------TCG---T---T-ATA--------------AC-------A------A-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AT--A-ACGT-----TAAGAAACGC--GATA---AT-CT---AA------TT--G---A--TGATT--ATATTTTCT------TT---------------AA-TGAA-GAA-GG-C--GG-AT-A-GA-CGTATT-TTG-GCC-TT--------A--C-CCA---TG-TG-C-----A-TTT--GCT-T-T-------tatattgataaagtct
gi|15 : aaaAGATAAAGCTTA--G-A--------TAG-AG---TTCAG--AA-A--CAC---AT-----T-AGGCCCCTAGTTA---T---T-ATA--------------AT-----T-A------G-------------A--------------G------T----------------------------A--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AG------TT----------------AT-TTTT-T------TT---AA-------------TGAA------------------------------CG-ATC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T-T-------TA-AA----------T------A-----------G--A------T-T--G-ATAA-ACA--TA------AT-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--CCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-T-TCTGTT--T-----------TT------------------------------CT-AA-TTTTATTTGA-C--TT---------------T-T-TTT---T--C--ATTTTT------------TCT-------------CCGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---CTTCATAATT-TCA-TAG---G--AAACTACGCCAt
gi|16 : ttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT------------------T--------------TT--------------A-TTTT----G--AG-A-CGT-TTT--GTA--CTAA------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATT-AGAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTAGAAAGCTTTATT-AAAA-AAA-CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--ATCTATACTA-TCGAATC--TAA-GTTAGTAG--TT--TCAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AG---TTCAG--GA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------AGTAAATACGTG---T------C---C----A--------A---------AA--A-A--A-----T-------GCA-GTAA---AT-CT---AA------TT--A---G--TAATT--AT-TTTCGT------TT---AAA-TT---AA-AA-TGAA-G-G-GGAC--AGCAT-ACGA-TG---C-CTG-GTC-TT--------AC-C-CTA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-T-T-------AA-GAAAc
gi|17 : GTCTCCGATACA-TATTT--TCACTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TCT-TT-C-------AAG-AAAAA----------ATGAAAAAAAAAAAA-AA----AA-A--------G----A----TT-GTCC--------------A-TT--GTT--------TTA-C-TGCATT-TTAGGTTGTTTGGTTTTTTTT--------------TT--------------AATTTT----G--AG-A-CGT-TTT--GTA--TTAT------T--------A-A---C-AAG--T--A-----AATT-AGAT-GCG---G-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA-A---CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAAATAT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-CCGGATC--TAA-GT----AG--TT--TCATATAAGACTTG--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-G--TAC---AT-----T-
gi|18 : ttttca-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-----A----G-CG----------------------------AA-AAAAA------A-------GA-----AGAAAG--A------T-T--ATATAG-GCC--TA-CC--TGC-TACA-A-A--TAAA-GATGAA-A--TAAT-T-CAG-CATTC-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-T-TCTTTT---CTTCT-TTTTGTT-------------CT-A--TTT--AAAA-TCT-AA-TTTCATTTGA-C--TTT--------AAA---T-C-ATTCAAT--T--TTTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-CAG---G--AAGCTACGCCA
gi|19 : G-AG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AGTCT-----TTGATTT---T-ATA--------------AA-----A-A------G-------------A--------------T------T---ct
gi|19 : G-T-----C-TTT--GAT-T-T----------------------T------AT-----AAAAAG--A------T-T--G-ATA-------TA-CA--CAC-TACA-G-A--TAAA-TATGAA-A--TTCT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--TCTTC------TTT-------------TT-A-------AAA--TCC-AA-TTTTATTTGACT--TT---------GAA---T-T-ATG---T--C--A-------------------TTT----TT----GCCGC----A--ACAA-TG---T---AG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-T-GCG---C--------T-TCA-TAGTCTG--AAGCTACACCAgatatacacactacagataaatatgaaattcttcagcattttcgaccaaatatctatttcttttcttctttttaaaatccaattttatttgactttgaattatgtcatttttgccgcaacaatgtagaagcacatgcttctgcgcttcatagtctgaagctacaccac
gi|2 : gagttcagaagcacattaGTCTCCGATACA-CATTT--TCATTA--------TC---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAAAT-TAT-TT-C-------AGG-AAAAA----------A----------AGGA-GA----AA-A--------G----GAT--T--GTCC--------------A-TT-GATTA-G-----TTAAC-TGCATT-TT------------------T--------------TTGTTTGTTTGTTTTTA-TTTT----G--AG-A-CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--AGCCTAAATT-AGAT-GTG---T-TTGTGAATTCCTTGAAA--------------A---CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AG--TT--TCATATAAAACTTG--G-A--------CAG-AT---TTCAG--AA-G--CAC---AT-------AA--------CTA---G---A-GTA--------------AA-----T-AC-----G-------------A--------------TG-----T---C----A--------A---------AC--A-A--T-----T-------GCA-GTTC---AT-CTTTTAA------TTTTG---A---AATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-ATTACAA-AA-TGAA-A-G-GG-C--AGCATGACGACTG---TGCCG-GTC-TT--------AC-C-CCG---AG-TG-CT----C-TTT--TTT-T-T-------AA-AAAAA------A-----------------AAG--A------T-TT-ATATAG-GCC--TAACC--TGC-TACATG-AC-TAAA-GATGAA-A--TCAT-TTCAGGCATTT-TC-GACACAA-------AC-AATCTAT-TATCTTTTCTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTATTTGCT-A--TTT--AAAAATCTTAA-TTTTATTTGA-C--TTTCAATCATAAAA---T-T-TTT---T--TTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT----TT----AGCGCAA-AA--ACGACTG---T---GGAAA-GAAT-A-TA----TC-CAGTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACACCAc
gi|20 : TATAG-GTCCATA-CC--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAT-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-G-CCTTTT---CTTCT--TTTTTC-------------CT-A--TTT--AAAA-TCT-AA-TTTTATTTTC-C--TTTG-------AAA---T-C-ATG---T--A--ATTTTT------------TTTTT----TTTTAAACTAC-A-AA--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-CCA-TAG---G--AAGCTACGCCAc
gi|21 : gtacatG---TTCGG--AA-G--CAC---AT-----G-CA--------TTG---------GTG--------------AA-----T-A------C-------------G--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCG-GTTA---AT-CT---AA------TT--A---A--TAATT--AT-TTCTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAAGG-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GA--T-T-------GA-CATAT------AT------AT-----ATAATG---------T-A--ATATA-------CA-CA--TGC-TACA-G-A--TTAA-GATGAA-ct
gi|22 : G---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---CG-TG-C-----C-TTT--GA--T-T-------AA-A------------------AA-----AAAAAG--A------T-T---TATAA-ACTA-TA-CA--TGC-TACA-A-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-A-AAG-AATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--GCTTCT-TTTTTTT-------------CT-A--TTTA-AAA--TCT-AA-TTT
gi|23 : GTCCCCGATACA-CATTT--TCTTTA-------GTT---TTAAA-CTCGG--G-TACGT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT----GTAACT-TCC-TT-C-----------AAAAA----------A----------ATA-------------------------T----T--GTCC--------------AGTT-AGTT--------TTA-C-TTCATTATT------------------T--------------TC--------------A-ATTT----A--A
gi|24 : tcaaa---A-GA-AG--AT----ACAG-TCAAATC--TAA-TT----AG--TT--TCGGATAACACTTA--G-ATACTGTAGTAA-AG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-CTA--------------AC-----T-A------GTGTAA--------A--------------TACGTG-T---C----A--------A---------AA--ATA--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------AT--G---A--TAATT--AT-TTtctaattgataattattttt
gi|25 : ----A--------A---------AACGA-A--T-----T-------GAA-GTTT---AT-CT---AA------TT--GAATA--TAATT--AC-GTTTATATGTAATTGAAAAA-AT---AA-AATTGAA-G-GTGG-TGAGGCAT-ATG
gi|26 : gtttttatataatttaatactacgaataaatacgtgtccCCGATACA-CCATT--TCTTTG-------ATT---C-AAA-CATAG--G-GACAT-GGGGTA-A-----G-A------TC----GTAATT-TT------------------AAAA----------A----------AT-------------------------------T--GTCC--------------A-TT-TGTT--------TCA-C-TGTGCT-TT------------------T--------------TTTTTTTTA-------A-TTTT----G--AA-A-TGT-TTT--GTA--CTCT------T-TT--TACA-A---C-AAgcatacg
gi|27 : GTCTCCGATGCA-CATTTGTTTATAA-------ACT---CTAAAACTCAG--A-CACAT-GGTGTA-A-----G-GACA---TC----GTAACT-TCC-TT-CGATTT--AAA-AAAAA----------A----------A-----------------------------------------------------------------------TA-C-TGCTTT-TT------------------T--------------CTA-------------A-TCTT----G--AG-A-TGT-TTT--GTA--
gi|28 : agaGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATAT-TC-GAC-CAA-------A--TATATAT-T-TCTT-----CTCTTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA------AG-----ACTT------TT---------AAA---CAT-CTT---T--T--ATTTT-------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---a
gi|3 : GTCTCCGATACA-CATTT--TCATTA-------ATT---TTAAA-CACTG--A-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TTT-TT-TCA-----AAG-AAAAA----------A----------A-AG-GG----GG-G--------GGAGTT----T--GTCCGAAAATTTCCGTTAA-TT-AGTT--------TTA-C-TG-GTT-TT------------------TNNNNNNNNNNNNN-NN--------------N-NNNN----N--NN-N-NNN-NNN--NNN--NTATGAGACGT-TT--TGTA-A---CTAATTAT--A-----AATT-AGAT-GAG---T-TTTTGAATTCCTAG-AAGCTTTATT--AAA-A---CTA---------T-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG-----------------ATC--TAA-G----------------------ACTTG--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------AGTAATACATATACGT------T---TCC--A--------A---------AA--A-A--------T-------GCA-G-TA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TGTCGT------TT---GAA-AT---AA-AA-TGAA-T-G-GA-C--AGAAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-T-CTA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-T-TAAGAAAAAA-AAAAG------ATGAAATAAA-----AAAAAG--A------T-T--TTATAA-GCC--TA-TC--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TT-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--TCTTC---CTTTTT-------------CTAA--TTG--AAA--TCT-AA--TTTA-TTGA-C--TT---------AAA---T-C-A-T---T--T--A--TTT------------TTTTT----TA----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GTAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|30 : tcaaaT-GTG---T-TTTTGAATTCCGTGAAAGCTTAAAG-TAAA-A---CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-------TAA---T--TGAA---A-GA-CG--AT----ACAA-TCGAATT--TAG-GT----AG--TT--TTAGATAAAGCT
gi|31 : ----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------GT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AG-CAAA-G-GAGG-C--AGCAT-ACGA-TG---T-CCcaatctaatcaaaattagctgt
gi|32 : gtaaatacctgtccTCTCCGATACA-CATTT--TCTTTATTATATAACT---TTAAA-CAAAG--G-CACAT-GGGGTACATGCATG-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TT----------AG-AAAAA----------A----------AAAA-GG----------------A----T----T--GTCC--------------A-TT-TGTT--------TTA-C-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntag
gi|33 : -GAC-CAA-------A--TCTATAT-T-TCATTC--TTTTTTTTTTTTTT-------------TT-A--ATTAGAAA--TAT-AA-TTTTATTCAACT--TT---------AGA---T-T-ATT---T--C--A-----------------TTTTT----AT----AATGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-
gi|34 : taA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-GCA---AG-TG-T-----C-TTT--GA--T-T-------AA-AA-----------------AA-----AAGAAG--A------T-TTAGTATAG-GCC--TA-TC--TTC-TACA-G-G--T---------A-A--TTAT---------TTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--
gi|35 : ATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-ATAA-AA-AA-TAAA-A-T-TA-C--G---T-ACTA-TG---T-CCG-GTCTTT--------AC-C-CCATGGTG-TG-C-----C-TTT--GATCT-T-------AA-AAAAG------AT------ct
gi|36 : A-GT----AG--TT--TCAGATAAAACTTG--G-A--------CAC-AG---TTCAT--AA-G--CAG---TT-----T-AG--------TTA---TAACT-ATT--------------AG-----T-A------A-------------A--------------TGCGTGTC---C----A--------A---------AA--T-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--T---A--TAATT--AT-TTttatatgaataataataaaa
gi|37 : T---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--TACAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-T-CCA---TG-CG-C-----C-TTT--GAT-T-T-------AA--------------------AA-----AAAAAG--A--------T--ACATA----------------C-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-
gi|38 : --TCAGATAAAACTTG--G-A--------GAG-AG---TTCAG--AA-G--TACATAAT-----T-CG--------TTG---T---A-ATA--------------AC-----T-A------GAGCAAAT------A--------------T------G---TGTGGA--------A---------AA--A-A--A-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--
gi|39 : A-T--TT---------AAAATCT-T-AAT---T--C--ATTATT------------ATTTT-----T----ACCGC-ATAA--ACGA-TGC--T---GT-AA-GCAC-A-TTG--TTC-C-G-G---C--------T-TCA-AAG---
gi|4 : cttctGTCTCCGATACA-TATTT--TCACTA-------ATT---TTAAA-CACAGAGG-CACATTGGGGTA-AA----G-AAGA---TT-----TAA-T-TCT-TT-C-------AAG-AAAAATGAAAAAAAAA----------AAAA-AA----AA-A--------G----A----TT-GTCC--------------A-TT--GTT--------TTA-C-TGCATT-TTGTTGTTTGGTTTTTGT--T--------------TT--------------AATTTT----G--AG-AACGT-TTT--GTA---TAT------T--------A-A---C-AAG--T--A-----AATT-A-AT-GCG---G-TT--G---TTCTTGAAAGCTT-ATT-AAAA-A---CTA---------C-T------------AAA---TTCGATTG-TATCTAA--ATATTGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-CCCGATC--TAA-GT----AG--TTCATC--ATAAGACTTG--G-A--------CAG-GG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATAC-------------AC-----T-A------G-------------AGAAATACGTG----T------C---T-----------------------AA--A-A--T-----T-------GCA-G-TA---AT-CT---AA------TT--G---A--T-ATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT----A-AA-TGAA---G-GA-C--AGCAT-ACGA-TG---T-CCGCGTCAAT--------A--C-CCA---TGTTG-C-----C-CTT--GAT-T-T-------AA--------------------AA-----AAAAAT--T------T-T--ATATAG-GTCCATA-CC--TGCTTACA-GAA--TAA---ATGAATA--TCAT-T-CAG-CATTT-TCGGAC-C-A-------AA-TATCTA--T-GCCTTT--TCT--TCTTTTTTC-------------CT-A--TTTA-AAA--TCT-AATTTTTATTTTT-C--CTTTG------AAA---T-C-ATG---T--T--AATTTT------------TGTTT----TTAA--ACTAC-A-AA--AC-A-TG-------GG-AA-GCAC-A-TGCGTTTC-C-GTG---C----------CCA-TAG---G--AAGCTACGCCAtacccactg
gi|40 : tttttcaT-G-CATCTAC--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAT-TGGAATC--TAA-GT----AG--TT--TCAGATAAAATTTG--A-A--------CAG-AG---TTC
gi|41 : tttaattctttgaaagct---AAA-GT---AA-A--TGAA-G-G-GGAC--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-T----------------------------------TTT--GAT-T-T-------AA-AA-----------------AA-----AAAGAGTTA------TGT--ATATAC-ACG--TA-CA--TAC-TAC
gi|42 : A--TCT-AA-TTTTATTTGA-A--TTT--------AAA---T-C-ATT---C--A--ATTTT---------------TTT----TT----ACCGC-T-AA--GCGA-GG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-t
gi|43 : --TCT-AA-TTTTATTTGA-C--TTT--------GAA---T-T-ATT---T--T-----------------------TT----TT----ACCGC-A-AC--AAGT-T---------------C-C-A-TGC-----------------------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|44 : gTTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-AA-TG--AT----ACAA-TAGAATC--TAA---------------TTAGATGAAACTTG--G-G--------CAG-AG---TTCGG--AA-G--CAC---tt
gi|46 : TTT------------CTTTT----TT----ACCGC-A-A----CAA-TG---T---GG-AA--CAC-G-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGC
gi|47 : GTCTCCGATACA-TATTT--TCTTTA-------ATT---TTAA---ACAG--G-CACAT-GGG
gi|48 : tttttaaaGTCTCAGATACA-CA-TT--TCTTAA-------ATT---TTAAA-CACA
gi|49 : gaggttttttccaaT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TGTCTAT-T-TCTGTT--TTT
gi|5 : GTCTCCG-TACA-CATTT--TCATTA--------TT---TTAAA-CCTAG--G-CACAT-GGGATA-A-----G-AAAA---T------TAACT-TCT-CC-CCCCCCCCAA---AAAA----------G----------GTGG-GG----GGGA--------T----T----T--GTCC--------------A-TT-AATT--AGTTTTTTA-CATGCATT-TTGTTTTGTTTTGTT-----T--------------TT--------------A-CTTT----G--AGTA-CTT-TTG--GTA--CTAT------T-TC--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATT-AGAT-GCG---T-TAT-GAATCTCT-GAAA-TTTTATTTAAAATA---CTA---------C-TT-----------AAA--ATCCCAT-G-CATCTAA--AT--TGAA---AAGA-AG--A-----ACAG-TCGAATC--TAA--T----AG--TT--TC---TCAAACT--------------------------------A-G--CAC---AT-----T-AA--------TTT---T---T-ATA--------------AC-----T-ATAGAGTA-------------A--------------T------TA--T----ACCTGTTCTA---------AA--A-A--T-----T-------AAA-AGGA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT----AA-AT---AA-AAGTGAA-G-G-GG-C--CGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-GT--------GC-C-CCA---AG-TGCC-----C-TTT--GA--T-T-------AG-CAAA---------------AA-----AAGAAG--AC-----T-T--AT-TAG-GCC--TA-CC--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-AACTCAT-T-CAG-CATTT-TC-CGC-CAGATATACTAG-TATCTAT-T-TCTATT--TCTTCTTTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA------AA-TTGACTTTAA-A--TC-----------A---T-TGATT---T--T--TTTTTT------------TTTTT----TT----ACGCC-A-AA--GCGA-TG---T---G---A-GCAC-A-TGCT-TTC-C-GTGACTT--------T-TCACTAG---GA-AAGCT-CGCTAataat
gi|50 : a-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GA----T-------AATAAAAG------AT------
gi|51 : CAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-CAG---G--AAGTTACGTCAt
gi|52 : a------------AGA--ATTTGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-AA-AG--AT----ACAG-TCGctgg
gi|54 : -CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--
gi|6 : GTCTCCGATACA-CATTT--TCATTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TCT-TT-C-------AAG-AAAAA----------A----------ATAG-GGAGGGGG-G--------G----G----T--GTCC--------------A-TT-AATTAGG-----TTA-C-TGCATT-TTGGG---------------T--------------TT--------------A-TTTT----G--AG-G-CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATT-AGAT-GCG---T-TTTTTAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA-A---CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-AA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AG--TT--TCAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--TT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-GTG-GG-C--AGCAT-ACGA-TG---A-TCG-GTC-TT--------AC-C-CAA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-TAA-------AA-AAAAA------AT------AA-----AAAAAA--A------T-TG-ATATAG-GCC--TA-CC--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A---TT--AAA--TCT-AA-TTTGATTTGA-A--AT---------AAA---T-T-ATTA--TTAT--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCAC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCAa
gi|7 : TCTGATACG-CATTT--TTATTA-------ATC---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TCCCTT-C-------AAG-AAAAA----------A----------AAGG-GG----GG-A--------A----AGGATT--GTCC--------------A-TT-AATT--AGTT--TTA-C-TGCATT-TT------------------T--------------TTT-------------A-TTTT----G--AG-A-AGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--T-TAGA---C-AAC--G--A-----AATT-AGAT-GCG---T-TTTTGAAT-CCTTGAAAGCTTTATG-AAAA-A---CTA---------C-T------------AAA--ATTCGAT-G-CA-----------------------AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AG--TT--TCAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AG---TTCAG--AA-G--CTC---AT-----T-AGCTATAG--TTG---T---T-ATACATACATGTATGTAAC-----T-A------G-------------A--------------G------TAAAT----ACATGTCCCA---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--CAATT--AT-ATTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GGGC--AGCAT-ACGA-TG---T-CCT-GTC-TT--------AC-C-CCA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-T-T-------AA-A-----------T------AA-----AAAAA------------T--ATATAG-ATC--TA-CC--TGC-TACA-G-T--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC----------------CTTT-------------CT-A--TTTA-AAA--TTT-AA-TTTTATTTGACT--TT---------AAA---T-C-A-T---T--G--AATTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|8 : GTCTCAGATAAA-CATTT--CTTTTA-------ATT---TTAAA-CACAA--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAAA---TC----GTAACT-TC------------------------------------------------GG----GC-A--------G------------GGCC--------------A-TT--------------TA-C-TGCATT-TT------------------T--------------TTT-------------A-TTTT----G--AA-A-CGTGTTT--G-A--CGGC------TCTT--TATA-A---C-AAG--TTAA-----AATT-CGAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATA-AAAA-AAAACTA---------C-T------------AAA--ATTCG---------------T--TGAG---------G--ATT---ACAA-TGGAATC--TAAAGT----AG--TT--TCAGATAAAACCTG--G-A--------CAG-AG---TTCAA--AA-G--CAC---AT-----A-AG--------TTT---A---T-AAA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------G------T----------------------------A--A-A--T-------------ACATGTTACGTGT-CC---AAAAAAAATT--GC--AGTTACCT--AT-CTTTGT------TT---AAA-AT---GA-AA-TGAG-G-G-GT-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-TTT-TTTTTTTTTTAC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTCTGGAT-T-T-------AA-AAA----------------------------G--A------T-T--ATACA----------CA--TAC-TACA-G-ACATAGA-GATGAA-AA-TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AT-TATATAT-T-TCT-------TTCTTTTTTTTT-------------TT-A--TTTC-AAA--TCT-AA-TTTTATTTTACT--TT---------AAA---------T---T--T--ATTTCG------------TTTTT----TT----A-CGC----A--ACAG-TG---T---GG-AA--CACAA-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---GAAAAGCTACGCCAct
gi|9 : agagaggtacatgtattttcaaaTTAT------ATT---TTAAA-CACAA--GCCACAC--GGGTA-A-----G-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TTAT-------AAA-AAAAA----------A----------A-AGCGG----GG-G--------G----T----T--GTCC--------------A-TTCAGTT--------TTA-C-TGCATT-TT------------------T--------------TT--------------G-TTTG----G--A--A-CGT-TTT--G-A--CTAG------T-CT--TATA-A---C-AAC--T--G-----AATT-AGATGGCGTTTT-TTTTGAATTCTTTTAAAGCTTTATT-AAAA-A---CTG---------C-T-------------AA--ATTTGAT-G-TATTAAA--AT--TGAA---A-G--AG--AT----ACAGATCGAATCTATAA-GT----G----T--TCAGAT-AAACTTG--GAA--------CAA-TG---TTCAG--AA-G--CAC---AT-----TAAG--------T-----T---T-ATA--------------A------T-A------G-------------A--------------A------G---T----A--------A---------AA--A-T--T-----T-------G-------------------A------TT------A--TAATT--AT-TGTTGT------TT---AAATTT---AA-AA-TGAAGG-G-GG-T--GACAT-ACTA-TG---T-CC--GTC-TT--------ACGC-CCA---TT-TG-C-----CTTTT--GAT-T-T----------------------T------AA-----AAAAAG--A------T-T--ATA-----CG--TA-CA--TAC-TACA---A--TAAA-GATGAA-A--T-AT-T-T-G-CATTT-TC-GAC-C---------AA-TAT-TAT-T-T-TCTT--TTTTTTCCTTTTTC-------------CA-AATTTT--AAA--TC---A-TTTTATTTGACT--TT---------AAA---------T---T--C--ATTTCT------------GTTTTAACATG----ACCAC-A-AC--ATGT-TGAACTTCAGG-AAGGCAC-ATTGC--TTC-C-GTG---CT-------T-TCA-TA----G--AAGCTACGCCA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CAGGCATGGGAGGAGTAATCCCCCCACCCCCCCATAACAGGCGGGCAGAATTTGGCCAAAACAGTACCTACTTCTTGTTTTTCTGTTTTCTCGTTGCGAACTTGGGTACCCGATATTTC
Unaligned ( gi|45 ): CCCCCCCCCCCCCCTCCCCCGTCTTATCGAAAATTTATAACATTTACATTGAAAATTAATTGAAAAA
Unaligned ( gi|53 ): ATCTAATCAAAATTAGCTGTTTTGAATCCGCTACCGCT
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111 2222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 111111 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111 111111111111 11111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 444444444444444444444444444444 1111111 11111111 1 111111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 33 1 1111111 333 2 33 2 2 2 88888 4 666 555555 2 33 1111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 33 22222222222222 4 444444 222222 2 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333 22 4444 2 2 2 33 33 1 666666 2 33 2 444 2 33 33 66666 2 2 444 2 0 1 11 1 2 5555555555555 2 333333333333 33 2 2 44 22 333 1 22 22 8888 1 22 1 4444 22 22 22 1 66666666 1 222 22 1 22 333 88888 1 99999999 333 333 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 1 7777777777777777 1 0 333 1 333 555555 666666 22 22 1 0 666666 4444 1 666 1 3 000 3 5 333 1 1 222 1 1 3 66666666 1 1 7777 1 1 55555 1 22 3 33 1 111111111111111111111111111111 0 22 666666666 66 8888888 00000000 1 1 1 44 1 1 44 1 1 1 1 1 1 5 5555555 99 1 1 2 888888888 777777777777777777777777 777777 1 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333 6666 999 22 1 555 333 1 22 1 1 44 1 3 333 88888888 1 1 333 55
lowQualScore : . .. . ....... ... . .. . . . ..... . ... ...... . .. ............. .................................................. .. .............. . ...... ...... . . .................................................................... ... .. .... . . . .. .. . ...... . .. . ... . .. .. ..... . . ... . . . .. . . ............. . ............ .. . . .. .. ... . .. .. .... . .. . .... .. .. .. . ........ . ... .. . .. ... ..... . ........ ... ... . .............................................................................................. .. . ................ . . ... . ... ...... ...... .. .. . . ...... .... . ... . . ... . . ... . . ... . . . ........ . . .... . . ..... . .. . .. . .............................. . .. ......... .. ....... ........ . . . .. . . .. . . . . . . . ....... .. . . . ......... ........................ ...... . . ....................................................... .... .... ... .. . ... ... . .. . . .. . . ... ........ . . ... ..
lowQualScore : 2 11 0 8888888 777 1 11 2 2 4 22222 7 555 111111 4 55 8888888888888 22222222222222222222222222222222222222222222222222 22 44444444444444 2 111111 666666 1 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 99 5555 2 2 2 11 11 9 888888 4 22 4 111 4 44 44 22222 5 4 111 4 7 2 00 1 4 8888888888888 4 666666666666 11 0 0 88 88 333 9 22 66 6666 9 88 9 0000 55 55 55 8 66666666 7 999 44 7 44 222 11111 9 22222222 555 555 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 9 1111111111111111 9 4 333 9 333 555555 111111 66 55 9 1 111111 3333 9 000 9 8 111 8 7 000 9 7 999 7 7 3 00000000 7 7 2222 7 6 66666 6 22 2 88 3 333333333333333333333333333333 1 88 777777777 88 2222222 00000000 8 9 9 55 9 9 88 9 9 9 9 8 8 5 9999999 11 8 8 5 444444444 111111111111111111111111 000000 9 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9999 4444 222 55 8 000 333 9 66 8 8 55 9 8 333 88888888 9 9 555 00
consensus : GTCTCCGATACA-CATTT--TCNTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TT-C-------AAG-AAAAA----------A----------ATAG-GG----GG-A--------G----TT--GTCC--------------A-TT-A----GTT------TTA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------TT--------------A-TTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--TAAAAAA-------------ATA-A--------AAAAAG--A------T--T--ATATAG-GCC--TA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA--TCT-AA-TTTTATTTGA-N--TT---------AAA---T-T-ATT---T--T--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
Reference ( family-688 ) : GTCTCCGATACA-CATTT--TCNTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TT-C-------AAG-AAAAA----------A----------ATAG-GG----GG-A--------G----TT--GTCC--------------A-TT-A----GTT------TTA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------TT--------------A-TTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--TAAAAAA-------------ATA-A--------AAAAAG--A------T--T--ATATAG-GCC--TA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA--TCT-AA-TTTTATTTGA-N--TT---------AAA---T-T-ATT---T--T--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|1 : GTCTCCGATACA-CA-TT--TCTTTA-------ATTCTCTTAA---ACAG--G-CACAT--GAGTA-A-----G-AAAA---TC----GTAACT-TCC-TT-T-------AAA-AAAAA----------A----------AT---------GG-ATTTATTTTT----TT--ATCC--------------ATTT-A----GTT------TTA-C-TGTATT------------------TT----------------T-------------------------------TTTTAAAA--A----A-A-CGT-TTTTGATA--CTCT------T-TTCATATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GGT-GCG---TGTTTTTAATTACTTGAAAGTTTTATT-AAAA---------A---CTACATGTACTTTAAAAAAAA--ATTCGAT-GATATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--ATAA--ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAG--AAAACTTG--G-A--------CAA-AGT---TCAA--AA-G--
gi|1 : caa-GTC-TT--------AC-C-CCA---T--TG-CTCATAC-TCT------T--TAAAAAC-------------ATA-T--------GCTATT--A------TAAT--ATACAGAGCT--TA-C---C-------------------------AA-A--TT-T-G-CAG-CATTTATC-GAC-CAA-------A--TATCT-------TTTT--TGTGCTCTCTCTCT-------------CT---------------CT-AA-T---ATTTGA-ACTTT---------GAA---T-T-ATT---A-----ATTTTT------------TTAT-----------ACCG--A-AATCACAG-TG---T---G------CGC-G-TG---------GCG---C--------T-CAA-TGG---G--AAGCTACGCgaataccctcccagtagctctgaggtgagcaaccatctgccatatacatgccgtgattcgtcttaccccattgctcatactctttaaaaacatatgctattataatatacagagcttaccaaatttgcagcatttatcgaccaaatatcttttttgtgctctctctctctctaatatttgaactttgaattattaatttttttataccgaaatcacagtgtgcgcgtggcgctcaatgggaagctacgctcgtagcaaggtcccccccccccccccccccccccccctcttcttgaggattatagcataattttgaagattacactaaaaaatatcgtgtatagtggggcgtttttctactgactattctatagcttgtacagatatctg
gi|10 : caagtctccgatacacatttctttaattctcttaaacaggcacatgagtaagaaaatcgtaacttcctttaaaaaaaaaatggatttatttttttatccatttagttttactgtatttttttttaaaaaaacgtttttgatactcttttcatataacaactaaattaggtgcgtgtttttaattacttgaaagttttattaaaaactacatgtactttaaaaaaaaattcgatgatatctaaattgaaagaagataaacagtcgaatctaagtagtttcagaaaacttggacaaagttcaaaaggaataccctcccagtagctctgaggtgagcaaccatctgccatatacatgccgtgattcATACAACATTT--CTTTTA-------ATC---T-AAA-CA-----G-CACAT-AAGGTA-A-----G-AAAAG--TC----GTAACTCTCC-TT-T-------AAA-AAAAA----------A----------ATA-------------------------TTTAGTC---------------A-TT------GTT------TCA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------TT----------------TTTT---A--AAGAAG-A-CGT-TTT--GTA-----T------C-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTAAGGT-GCG---C-TTTT-AATTCCTTGAAAG-TTTATT-AAAACTATAATGCA---CT-T-T------------AAATTATTCGAT-G-TATCTAAT-AT--TGCATATA-GATAGGTAT----ACAG-TCGAATC--TAA-------AGTT--TTTCAGATAAA-CTTGCTG-A--------CAATAATGTTTCAGTCAACG--CAT---ATCTC--T-AGAA------TAA---T---TCATA--------------AC--------------G-------------G--------------T------G---T----A--------A---------TA--A-A--A-----T-------GCA-GT-A---ATACT---AA------TG--A---A--TAATT--A---------------------A-GT---AACAA-TGA--T-G-GG-C--ACCAC------TG---T-TCG-GTC-TT--------AC-CACCA----G-TG-T-----C-TTT--GAT-C--T--------------------TA-A--------AA-AAG--A------T--T--ATA------C--TA-TATAA--TAC-TACA-A-A--TTCA-GA---------CATGT-TAA-----T-TC-GAC-CAA-------AATTATCTAT-T-TCTTTT--CGTGCTCTCTCTTT--------------T-A--T-----AT--TGC-AA-CTTTG---GA-A--------------------------------------TTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A---------------------------AC-A-AGC--TTCACAGTG---C--------TATCA-TGG---A--AAGCTACGCCtcgtagcaaggtcccccccccccccccccccccccccctcttcttgaggattatagcataattttgaagattacactaaaaaatatcgtgtatagtggggcgtttttctactgactattctatagcttgtacagatatctg
gi|11 : caagctgcTCC--------------A-TT-T----GTT------TTA-C-TGCATT------------------TTTTATTTATTATTTT--T-------------TT--------------A-TTTT---TTTA----G-A-CGT-TTT--GTATACTCT------T-TT--TATA-ATGGC-AAC--T--A-----AATTA-GGT-GCG---T-TTTT-AATTCCT-GAAAGCTTTATT-AAAA---------A---ATGC-T------------TAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--T-AA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCAAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAATCTTG--G-A--------CAA-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------ACT----T-A------A-------------A--------------C------TAAGT----A--------AATACGTGTCAA--A-A--A-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AC------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAAGG-G-GG-C--ACCAT-ATGA-TG---T-TCA-GTC-TT--------AC-C-CTG---TG-TG-C-----C-TTT--GATCT--TAAAAAA-------------AT--------------------TTTTTTT--T--ATATA---CA--TA-G---TGATAC-TACA-G-A--TAAATCAAAAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTATAT-TTCTTT--TCTTCTCTCTCTTT-------------TT-A--T-----AA--T------TTTTATTT-A-T--TT---------A----------------------------------------TTTT----TT----ACCGC----A--GCAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-T-A-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|12 : tC--------------A-TT-A----GCT------TTA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------T---------------G-TTT------------G-A-CGT-ATT--GTA--GTTT------T-CT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-AAT-GTG---T-TTTTGAATTC------------ATT-AAAA-------------CTGG-T------------AAA--ATTCGAT-G-CATCTAA--AT--TG-----------G--AT------------GATT--TTA-GT----AGTT--T--TGAATAAAGCTTC--G-A--------TAG-AAT---TAAG--AA-AGCCAT---ATGATTAT-AG--------TTA---T---C-ATA--------------AC-----TCA------GTATAGTAAATAACG--------------T------C---T----A--------A---------AA--A-A--TCTTAAT-------GCA-ATTA------CT---AA----------G---A---AATCCAAG-TTTT-T------T--------------A-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGGAT-ACGA-TG---T-CCG-GCC-TG--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-CTT--GAT-TC-TAAATAG-------------ATT-GTCATTTTTAAAGAC--A------C--T--A---AG-ACC--AA---------G---ACA-G-A--TAAA-GAT----A--TAAT-T-CAG-CATTT-TC-GAA-C-A-------AA-TAATTAT-T-TCTGTT------------------------------T-A--ATC--AAA------AA--TTCA--TAACA--TT---------AAA---T-T-ACT---T--A--A------------------TTTT----TT----ACCGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA---------------------G---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCC
gi|13 : attatccatgGTCTCCAATATA-CATGT--TCTTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----CTAAGG---GCACTGGTAACT-TCT-GT-C-------AATTAGAAA----------A----------ATA------------------------------CCC--------------A-TT-A----GTT------TTA-C-TGCATT------------------CT----------------C-------------TTTGGA----------A-TTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--CTCT------T-TT--TGTG-A---A-AAC--C--A-----AACCG-AAT-GAG---G-TTTTAAATTCTTTAA--------TT-AA----------------CAC-T------------A-------CAAT-G-TATCTAA--AA--TGAA---A-GA------T----ACAA-TAGAATT--TTA-GT----AGTT--T--TAAATAAAGATTT--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-A--CAC---AT-----T-AG--------TCG---T---T-ATA--------------ACAAATTT-A------A-------------A--------------TAACG--T---T----A--------A---------GA--A-A--A-----C-------GC--GATA---AT-CT---AA------TT--G---A--TGATT--AA-TTTTCT------TT---------------AA-TGAA-GAA-GG-C--GG-AT-ACGA-TT---T-CTG-GCC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----A-TTT--GCT-T--TTAAA
gi|14 : tcaaaGTCTCCAATATA-CATGT--TCTTTTTT-----ATT---TTAA--CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----CTAAGGCACTG----GTAACT-TCT-GT-C-------AATTAGAAA----------A----------ATA------------------------------CCC--------------A-TT-A----GTT------TTA-C-TGCATT------------------CT----------------C-------------TTTGGA----------A-TTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--CTCT------T-TT--TGTG-A---A-AAC--C--A-----AACCG-AAT-GAG---G-TTTTAAAATTCTTTAA-------TT-AA----------------CAC-T------------A-------CAAT-G-TATCTAA--AA--TGAA---A-GA------T----ACAA-TAGAATT--TTA-GT----AGTT--T---AAATAAAGATTT--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-A--CAC---AT-----T-AG--------TCG---T---T-ATA--------------AC-------A------A-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AT--A-ACGT-----TAAGAAACGC--GATA---AT-CT---AA------TT--G---A--TGATT--ATATTTTCT------TT---------------AA-TGAA-GAA-GG-C--GG-AT-A-GA-CGTATT-TTG-GCC-TT--------A--C-CCA---TG-TG-C-----A-TTT--GCT-T--Ttatattgataaagtct
gi|15 : aaaAGATAAAGCTTA--G-A--------TAG-AGT---TCAG--AA-A--CAC---AT-----T-AGGCCCCTAGTTA---T---T-ATA--------------AT-----T-A------G-------------A--------------G------T----------------------------A--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AG------TT----------------AT-TTTT-T------TT---AA-------------TGAA------------------------------CG-ATC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--TTAAA----------------TA---------------G--A------T--T--G-ATAA-ACA--TA---------AT-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--CCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-T-TCTGTT--T-----------TT------------------------------CT-AA-TTTTATTTGA-C--TT---------------T-T-TTT---T--C--ATTTTT------------TCT-------------CCGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---CTTCATAATT-TCA-TAG---G--AAACTACGCCAt
gi|16 : ttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT----------------T-------------TT--------------A-TTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--CTAA------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTAGAAAGCTTTATT-AAAA---------AAA-CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--ATCTATACTA-TCGAATC--TAA-GTTAGTAGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--GA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------AGTAAATACGTG---T------C---C----A--------A---------AA--A-A--A-----T-------GCA-GTAA---AT-CT---AA------TT--A---G--TAATT--AT-TTTCGT------TT---AAA-TT---AA-AA-TGAA-G-G-GGAC--AGCAT-ACGA-TG---C-CTG-GTC-TT--------AC-C-CTA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--TAAGAAA-------------c
gi|17 : GTCTCCGATACA-TATTT--TCACTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TCT-TT-C-------AAG-AAAAA----------ATGAAAAAAAAAAAA-AA----AA-A--------GA---TT--GTCC--------------A-TT------GTT------TTA-C-TGCATTTTAGGTTGTTTGGTTTTTTT----------------T-------------TT--------------AATTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--TTAT------T--------A-A---C-AAG--T--A-----AATTA-GAT-GCG---G-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAAATAT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-CCGGATC--TAA-GT----AGTT--T--CATATAAGACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--TAC---AT-----T-
gi|18 : ttttca-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-----A-------G-C------------GA------AAAAAA-------------A-G-A--------AGAAAG--A------T--T--ATATAG-GCC--TA-C---C--TGC-TACA-A-A--TAAA-GATGAA-A--TAAT-T-CAG-CATTC-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-T-TCTTTT---CTTCT-TTTTGTT-------------CT-A--TTT--AAAA-TCT-AA-TTTCATTTGA-C--TTT--------AAA---T-C-ATTCAAT--T--TTTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-CAG---G--AAGCTACGCCA
gi|19 : G-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AGTCT-----TTGATTT---T-ATA--------------AA-----A-A------G-------------A--------------T------T---ct
gi|19 : G-T-----C-TTT--GAT-T--T--------------------TA-T--------AAAAAG--A------T--T--G-ATA-------TA-C---A--CAC-TACA-G-A--TAAA-TATGAA-A--TTCT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--TCTTC------TTT-------------TT-A-------AAA--TCC-AA-TTTTATTTGACT--TT---------GAA---T-T-ATG---T--C--A-------------------TTT----TT----GCCGC----A--ACAA-TG---T---AG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-T-GCG---C--------T-TCA-TAGTCTG--AAGCTACACCAgatatacacactacagataaatatgaaattcttcagcattttcgaccaaatatctatttcttttcttctttttaaaatccaattttatttgactttgaattatgtcatttttgccgcaacaatgtagaagcacatgcttctgcgcttcatagtctgaagctacaccac
gi|2 : gagttcagaagcacattaGTCTCCGATACA-CATTT--TCATTA--------TC---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAAAT-TAT-TT-C-------AGG-AAAAA----------A----------AGGA-GA----AA-A--------GGA--TT--GTCC--------------A-TT-G----ATTAG----TTAAC-TGCATT------------------TT----------------T-------------TTGTTTGTTTGTTTTTA-TTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--AGCCTAAATTA-GAT-GTG---T-TTGTGAATTCCTTGAAA----------------------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CATATAAAACTTG--G-A--------CAG-ATT---TCAG--AA-G--CAC---AT-------AA--------CTA---G---A-GTA--------------AA-----T-AC-----G-------------A--------------TG-----T---C----A--------A---------AC--A-A--T-----T-------GCA-GTTC---AT-CTTTTAA------TTTTG---A---AATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-ATTACAA-AA-TGAA-A-G-GG-C--AGCATGACGACTG---TGCCG-GTC-TT--------AC-C-CCG---AG-TG-CT----C-TTT--TTT-T--TAAAAAA-------------A--------------AAAG--A------T--TT-ATATAG-GCC--TAAC---C--TGC-TACATG-AC-TAAA-GATGAA-A--TCAT-TTCAGGCATTT-TC-GACACAA-------AC-AATCTAT-TATCTTTTCTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTATTTGCT-A--TTT--AAAAATCTTAA-TTTTATTTGA-C--TTTCAATCATAAAA---T-T-TTT---T--TTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT----TT----AGCGCAA-AA--ACGACTG---T---GGAAA-GAAT-A-TA----TC-CAGTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACACCAc
gi|20 : TATAG-GTCCATA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAT-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-G-CCTTTT---CTTCT--TTTTTC-------------CT-A--TTT--AAAA-TCT-AA-TTTTATTTTC-C--TTTG-------AAA---T-C-ATG---T--A--ATTTTT------------TTTTT----TTTTAAACTAC-A-AA--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-CCA-TAG---G--AAGCTACGCCAc
gi|21 : gtacatGT---TCGG--AA-G--CAC---AT-----G-CA--------TTG---------GTG--------------AA-----T-A------C-------------G--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCG-GTTA---AT-CT---AA------TT--A---A--TAATT--AT-TTCTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAAGG-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--GACATAT-------------ATA-T--------ATAATG---------T--A--ATATA-------CA-C---A--TGC-TACA-G-A--TTAA-GATGAA-ct
gi|22 : G---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---CG-TG-C-----C-TTT--GAT-T-------AA-------------A-A-A--------AAAAAG--A------T--T---TATAA-ACTA-TA-C---A--TGC-TACA-A-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-A-AAG-AATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--GCTTCT-TTTTTTT-------------CT-A--TTTA-AAA--TCT-AA-TTT
gi|23 : GTCCCCGATACA-CATTT--TCTTTA-------GTT---TTAAA-CTCGG--G-TACGT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT----GTAACT-TCC-TT-C-----------AAAAA----------A----------ATA-------------------------TT--GTCC--------------AGTT-A----GTT------TTA-C-TTCATTA-----------------TT----------------T-------------TC--------------A-ATTT---A--A----
gi|24 : tcaaa---A-GA-AG--AT----ACAG-TCAAATC--TAA-TT----AGTT--T--CGGATAACACTTA--G-ATACTGTAGTAA-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-CTA--------------AC-----T-A------GTGTAA--------A--------------TACGTG-T---C----A--------A---------AA--ATA--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------AT--G---A--TAATT--AT-TTtctaattgataattattttt
gi|25 : ----A--------A---------AACGA-A--T-----T-------GAA-GTTT---AT-CT---AA------TT--GAATA--TAATT--AC-GTTTATATGTAATTGAAAAA-AT---AA-AATTGAA-G-GTGG-TGAGGCAT-ATG
gi|26 : gtttttatataatttaatactacgaataaatacgtgtccCCGATACA-CCATT--TCTTTG-------ATT---C-AAA-CATAG--G-GACAT-GGGGTA-A-----G-A------TC----GTAATT-TT------------------AAAA----------A----------AT---------------------------T--GTCC--------------A-TT-T----GTT------TCA-C-TGTGCT------------------TT----------------T-------------TTTTTTTTA-------A-TTTT---G--A----A-A-TGT-TTT--GTA--CTCT------T-TT--TACA-A---C-AAgcatacg
gi|27 : GTCTCCGATGCA-CATTTGTTTATAA-------ACT---CTAAAACTCAG--A-CACAT-GGTGTA-A-----G-GACA---TC----GTAACT-TCC-TT-CGATTT--AAA-AAAAA----------A----------A---------------------------------------------------------------------TA-C-TGCTTT------------------TT----------------T-------------CTA-------------A-TCTT---G--A----G-A-TGT-TTT--GTA--
gi|28 : agaGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATAT-TC-GAC-CAA-------A--TATATAT-T-TCTT-----CTCTTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA------AG-----ACTT------TT---------AAA---CAT-CTT---T--T--ATTTT-------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---a
gi|3 : GTCTCCGATACA-CATTT--TCATTA-------ATT---TTAAA-CACTG--A-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TTT-TT-TCA-----AAG-AAAAA----------A----------A-AG-GG----GG-G--------GGAGTTT--GTCCGAAAATTTCCGTTAA-TT-A----GTT------TTA-C-TG-GTT------------------TT----------------TNNNNNNNNNNNNNNN--------------N-NNNN---N--N----N-N-NNN-NNN--NNN--NTATGAGACGT-TT--TGTA-A---CTAATTAT--A-----AATTA-GAT-GAG---T-TTTTGAATTCCTAG-AAGCTTTATT--AAA---------A---CTAT-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG-----------------ATC--TAA-G----------------------ACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------AGTAATACATATACGT------T---TCC--A--------A---------AA--A-A--------T-------GCA-G-TA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TGTCGT------TT---GAA-AT---AA-AA-TGAA-T-G-GA-C--AGAAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-T-CTA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--TAAGAAAAAAAAAAGATGAAATAAA--------AAAAAG--A------T--T--TTATAA-GCC--TA-T---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TT-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--TCTTC---CTTTTT-------------CTAA--TTG--AAA--TCT-AA--TTTA-TTGA-C--TT---------AAA---T-C-A-T---T--T--A--TTT------------TTTTT----TA----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GTAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|30 : tcaaaT-GTG---T-TTTTGAATTCCGTGAAAGCTTAAAG-TAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-------TAA---T--TGAA---A-GA-CG--AT----ACAA-TCGAATT--TAG-GT----AGTT--T--TAGATAAAGCT
gi|31 : ----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------GT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AG-CAAA-G-GAGG-C--AGCAT-ACGA-TG---T-CCcaatctaatcaaaattagctgt
gi|32 : gtaaatacctgtccTCTCCGATACA-CATTT--TCTTTATTATATAACT---TTAAA-CAAAG--G-CACAT-GGGGTACATGCATG-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TT----------AG-AAAAA----------A----------AAAA-GG----------------A----TT--GTCC--------------A-TT-T----GTT------TTA-C-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntag
gi|33 : -GAC-CAA-------A--TCTATAT-T-TCATTC--TTTTTTTTTTTTTT-------------TT-A--ATTAGAAA--TAT-AA-TTTTATTCAACT--TT---------AGA---T-T-ATT---T--C--A-----------------TTTTT----AT----AATGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-
gi|34 : taA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-GCA---AG-TG-T-----C-TTT--GA--T--TAAAA-----------------A-A--------AAGAAG--A------T--TTAGTATAG-GCC--TA-T---C--TTC-TACA-G-G--T---------A-A--TTAT---------TTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--
gi|35 : ATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-ATAA-AA-AA-TAAA-A-T-TA-C--G---T-ACTA-TG---T-CCG-GTCTTT--------AC-C-CCATGGTG-TG-C-----C-TTT--GATCT--TAAAAAA-------------ct
gi|36 : A-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAC-AGT---TCAT--AA-G--CAG---TT-----T-AG--------TTA---TAACT-ATT--------------AG-----T-A------A-------------A--------------TGCGTGTC---C----A--------A---------AA--T-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--T---A--TAATT--AT-TTgatttatatgaataataataaaa
gi|37 : T---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--TACAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-T-CCA---TG-CG-C-----C-TTT--GAT-T--TAA-------------------A-A--------AAAAAG--A---------T--ACATA-------------------C-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-
gi|38 : --T--CAGATAAAACTTG--G-A--------GAG-AGT---TCAG--AA-G--TACATAAT-----T-CG--------TTG---T---A-ATA--------------AC-----T-A------GAGCAAAT------A--------------T------G---TGTGGA--------A---------AA--A-A--A-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--
gi|39 : A-T--TT---------AAAATCT-T-AAT---T--C--ATTATT------------ATTTT-----T----ACCGC-ATAA--ACGA-TGC--T---GT-AA-GCAC-A-TTG--TTC-C-G-G---C--------T-TCA-AAG---
gi|4 : cttctGTCTCCGATACA-TATTT--TCACTA-------ATT---TTAAA-CACAGAGG-CACATTGGGGTA-AA----G-AAGA---TT-----TAA-T-TCT-TT-C-------AAG-AAAAATGAAAAAAAAA----------AAAA-AA----AA-A--------GA---TT--GTCC--------------A-TT------GTT------TTA-C-TGCATT------------------TTGTTGTTTGGTTTTTGTT-------------TT--------------AATTTT---G--A----G-AACGT-TTT--GTA---TAT------T--------A-A---C-AAG--T--A-----AATTA--AT-GCG---G-TT--G---TTCTTGAAAGCTT-ATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA---TTCGATTG-TATCTAA--ATATTGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-CCCGATC--TAA-GT----AGTTCAT--C--ATAAGACTTG--G-A--------CAG-GGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATAC-------------AC-----T-A------G-------------AGAAATACGTG----T------C---T-----------------------AA--A-A--T-----T-------GCA-G-TA---AT-CT---AA------TT--G---A--T-ATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT----A-AA-TGAA---G-GA-C--AGCAT-ACGA-TG---T-CCGCGTCAAT--------A--C-CCA---TGTTG-C-----C-CTT--GAT-T--TAA-------------------A-A--------AAAAAT--T------T--T--ATATAG-GTCCATA-C---C--TGCTTACA-GAA--TAA---ATGAATA--TCAT-T-CAG-CATTT-TCGGAC-C-A-------AA-TATCTA--T-GCCTTT--TCT--TCTTTTTTC-------------CT-A--TTTA-AAA--TCT-AATTTTTATTTTT-C--CTTTG------AAA---T-C-ATG---T--T--AATTTT------------TGTTT----TTAA--ACTAC-A-AA--AC-A-TG-------GG-AA-GCAC-A-TGCGTTTC-C-GTG---C----------CCA-TAG---G--AAGCTACGCCAtacccactg
gi|40 : tttttcaT-G-CATCTAC--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAT-TGGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAATTTG--A-A--------CAG-AGT---TC
gi|41 : tttaattctttgaaagct---AAA-GT---AA-A--TGAA-G-G-GGAC--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-T----------------------------------TTT--GAT-T--TAAAA-----------------A-A--------AAAGAGTTA------TG-T--ATATAC-ACG--TA-C---A--TAC-TAC
gi|42 : A--TCT-AA-TTTTATTTGA-A--TTT--------AAA---T-C-ATT---C--A--ATTTT---------------TTT----TT----ACCGC-T-AA--GCGA-GG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-t
gi|43 : --TCT-AA-TTTTATTTGA-C--TTT--------GAA---T-T-ATT---T--T-----------------------TT----TT----ACCGC-A-AC--AAGT-T---------------C-C-A-TGC-----------------------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|44 : gTTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-AA-TG--AT----ACAA-TAGAATC--TAA-------------T--TAGATGAAACTTG--G-G--------CAG-AGT---TCGG--AA-G--CAC---tt
gi|46 : TTT------------CTTTT----TT----ACCGC-A-A----CAA-TG---T---GG-AA--CAC-G-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGC
gi|47 : GTCTCCGATACA-TATTT--TCTTTA-------ATT---TTAA---ACAG--G-CACAT-GGG
gi|48 : tttttaaaGTCTCAGATACA-CATTT---CTTAA-------ATT---TTAAA-CACA
gi|49 : gaggttttttccaaT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TGTCTAT-T-TCTGTT--TTT
gi|5 : GTCTCCG-TACA-CATTT--TCATTA--------TT---TTAAA-CCTAG--G-CACAT-GGGATA-A-----G-AAAA---T------TAACT-TCT-CC-CCCCCCCCAA---AAAA----------G----------GTGG-GG----GGGA--------T----TT--GTCC--------------A-TT-A----ATTAGTTTTTTA-CATGCATT------------------TTGTTTTGTTTTGTT---T-------------TT--------------A-CTTT---G--A----GTA-CTT-TTG--GTA--CTAT------T-TC--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TAT-GAATCTCT-GAAA-TTTTATTTAAAAT--------A---CTAC-TT-----------AAA--ATCCCAT-G-CATCTAA--AT--TGAA---AAGA-AG--A-----ACAG-TCGAATC--TAA--T----AGTT--T--C---TCAAACT--------------------------------A-G--CAC---AT-----T-AA--------TTT---T---T-ATA--------------AC-----T-ATAGAGTA-------------A--------------T------TA--T----ACCTGTTCTA---------AA--A-A--T-----T-------AAA-AGGA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT----AA-AT---AA-AAGTGAA-G-G-GG-C--CGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-GT--------GC-C-CCA---AG-TGCC-----C-TTT--GA--T--TAGCAAA---------------A-A--------AAGAAG--AC-----T--T--AT-TAG-GCC--TA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-AACTCAT-T-CAG-CATTT-TC-CGC-CAGATATACTAG-TATCTAT-T-TCTATT--TCTTCTTTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA------AA-TTGACTTTAA-A--TC-----------A---T-TGATT---T--T--TTTTTT------------TTTTT----TT----ACGCC-A-AA--GCGA-TG---T---G---A-GCAC-A-TGCT-TTC-C-GTGACTT--------T-TCACTAG---GA-AAGCT-CGCTAataat
gi|50 : a-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT----------A-------------ATA-A--------AAGA
gi|51 : CAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-CAG---G--AAGTTACGTCAtt
gi|52 : a------------AGA--ATTTGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-AA-AG--AT----ACAG-TCGctgg
gi|54 : -CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--
gi|6 : GTCTCCGATACA-CATTT--TCATTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TCT-TT-C-------AAG-AAAAA----------A----------ATAG-GGAGGGGG-G--------G----GT--GTCC--------------A-TT-A----ATTAGG---TTA-C-TGCATT------------------TTGGG-------------T-------------TT--------------A-TTTT---G--A----G-G-CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTTAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-AA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--TT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-GTG-GG-C--AGCAT-ACGA-TG---A-TCG-GTC-TT--------AC-C-CAA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-TAAAAAAAAA-------------ATA-A--------AAAAAA--A------T--TG-ATATAG-GCC--TA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A---TT--AAA--TCT-AA-TTTGATTTGA-A--AT---------AAA---T-T-ATTA--TTAT--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCAC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCAa
gi|7 : TCTGATACG-CATTT--TTATTA-------ATC---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TCCCTT-C-------AAG-AAAAA----------A----------AAGG-GG----GG-A--------AAGGATT--GTCC--------------A-TT-AATTAGTT------TTA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------TTT-------------A-TTTT---G--A----G-A-AGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--T-TAGA---C-AAC--G--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTGAAT-CCTTGAAAGCTTTATG-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-CA-----------------------AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CTC---AT-----T-AGCTATAG--TTG---T---T-ATACATACATGTATGTAAC-----T-A------G-------------A--------------G------TAAAT----ACATGTCCCA---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--CAATT--AT-ATTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GGGC--AGCAT-ACGA-TG---T-CCT-GTC-TT--------AC-C-CCA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--TAAA-----------------TA-A--------AAAAA-------------T--ATATAG-ATC--TA-C---C--TGC-TACA-G-T--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC----------------CTTT-------------CT-A--TTTA-AAA--TTT-AA-TTTTATTTGACT--TT---------AAA---T-C-A-T---T--G--AATTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|8 : GTCTCAGATAAA-CATTT--CTTTTA-------ATT---TTAAA-CACAA--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAAA---TC----GTAACT-TC------------------------------------------------GG----GC-A--------G--------GGCC--------------A-TT----------------TA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------TTT-------------A-TTTT---G--A----A-A-CGTGTTT--G-A--CGGC------TCTT--TATA-A---C-AAG--TTAA-----AATTC-GAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATA-AAAA---------AAAACTAC-T------------AAA--ATTCG---------------T--TGAG---------G--ATT---ACAA-TGGAATC--TAAAGT----AGTT--T--CAGATAAAACCTG--G-A--------CAG-AGT---TCAA--AA-G--CAC---AT-----A-AG--------TTT---A---T-AAA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------G------T----------------------------A--A-A--T-------------ACATGTTACGTGT-CC---AAAAAAAATT--GC--AGTTACCT--AT-CTTTGT------TT---AAA-AT---GA-AA-TGAG-G-G-GT-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-TTT-TTTTTTTTTTAC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTCTGGAT-T--TAAAAA--------------------------------G--A------T--T--ATACA----------C---A--TAC-TACA-G-ACATAGA-GATGAA-AA-TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AT-TATATAT-T-TCT-------TTCTTTTTTTTT-------------TT-A--TTTC-AAA--TCT-AA-TTTTATTTTACT--TT---------AAA---------T---T--T--ATTTCG------------TTTTT----TT----A-CGC----A--ACAG-TG---T---GG-AA--CACAA-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---GAAAAGCTACGCCAct
gi|9 : agagaggtacatgtattttcaaaTTAT------ATT---TTAAA-CACAA--GCCACAC--GGGTA-A-----G-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TTAT-------AAA-AAAAA----------A----------A-AGCGG----GG-G--------G----TT--GTCC--------------A-TTCA----GTT------TTA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------TT--------------G-TTTG---G--A------A-CGT-TTT--G-A--CTAG------T-CT--TATA-A---C-AAC--T--G-----AATTA-GATGGCGTTTT-TTTTGAATTCTTTTAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTGC-T-------------AA--ATTTGAT-G-TATTAAA--AT--TGAA---A-G--AG--AT----ACAGATCGAATCTATAA-GT----G--T--T--CAGAT-AAACTTG--GAA--------CAA-TGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----TAAG--------T-----T---T-ATA--------------A------T-A------G-------------A--------------A------G---T----A--------A---------AA--A-T--T-----T-------G-------------------A------TT------A--TAATT--AT-TGTTGT------TT---AAATTT---AA-AA-TGAAGG-G-GG-T--GACAT-ACTA-TG---T-CC--GTC-TT--------ACGC-CCA---TT-TG-C-----CTTTT--GAT-T--T--------------------TA-A--------AAAAAG--A------T--T--ATA-----CG--TA-C---A--TAC-TACA---A--TAAA-GATGAA-A--T-AT-T-T-G-CATTT-TC-GAC-C---------AA-TAT-TAT-T-T-TCTT--TTTTTTCCTTTTTC-------------CA-AATTTT--AAA--TC---A-TTTTATTTGACT--TT---------AAA---------T---T--C--ATTTCT------------GTTTTAACATG----ACCAC-A-AC--ATGT-TGAACTTCAGG-AAGGCAC-ATTGC--TTC-C-GTG---CT-------T-TCA-TA----G--AAGCTACGCCA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CAGGCATGGGAGGAGTAATCCCCCCACCCCCCCATAACAGGCGGGCAGAATTTGGCCAAAACAGTACCTACTTCTTGTTTTTCTGTTTTCTCGTTGCGAACTTGGGTACCCGATATTTC
Unaligned ( gi|45 ): CCCCCCCCCCCCCCTCCCCCGTCTTATCGAAAATTTATAACATTTACATTGAAAATTAATTGAAAAA
Unaligned ( gi|53 ): ATCTAATCAAAATTAGCTGTTTTGAATCCGCTACCGCT
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111 2222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 111111 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111 111111111111 11111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 444444444444444444444444444444 1111111 11111111 1 111111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 33 1 1111111 333 2 33 2 2 2 88888 4 666 555555 2 33 1111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 33 22222222222222 4 444444 222222 2 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333 22 4444 2 2 2 33 33 1 666666 2 33 2 444 2 33 33 66666 2 2 444 2 0 1 11 1 2 5555555555555 2 333333333333 33 2 2 44 22 333 1 22 22 8888 1 22 1 4444 22 22 22 1 66666666 1 222 22 1 22 333 88888 1 99999999 333 333 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 1 7777777777777777 1 0 333 1 333 555555 666666 22 22 1 0 666666 4444 1 666 1 3 000 3 5 333 1 1 222 1 1 3 66666666 1 1 7777 1 1 55555 1 22 3 33 1 111111111111111111111111111111 0 22 666666666 66 8888888 00000000 1 1 1 44 1 1 44 1 1 1 1 1 1 5 5555555 99 1 1 2 888888888 777777777777777777777777 777777 1 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333 6666 999 22 1 555 333 1 22 1 1 44 1 3 333 88888888 1 1 333 55
lowQualScore : . .. . ....... ... . .. . . . ..... . ... ...... . .. ............. .................................................. .. .............. . ...... ...... . . .................................................................... ... .. .... . . . .. .. . ...... . .. . ... . .. .. ..... . . ... . . . .. . . ............. . ............ .. . . .. .. ... . .. .. .... . .. . .... .. .. .. . ........ . ... .. . .. ... ..... . ........ ... ... . .............................................................................................. .. . ................ . . ... . ... ...... ...... .. .. . . ...... .... . ... . . ... . . ... . . ... . . . ........ . . .... . . ..... . .. . .. . .............................. . .. ......... .. ....... ........ . . . .. . . .. . . . . . . . ....... .. . . . ......... ........................ ...... . . ....................................................... .... .... ... .. . ... ... . .. . . .. . . ... ........ . . ... ..
lowQualScore : 2 11 0 8888888 777 1 11 2 2 4 22222 7 555 111111 4 55 8888888888888 22222222222222222222222222222222222222222222222222 22 44444444444444 2 111111 666666 1 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 99 5555 2 2 2 11 11 9 888888 4 22 4 111 4 44 44 22222 5 4 111 4 7 2 00 1 4 8888888888888 4 666666666666 11 0 0 88 88 333 9 22 66 6666 9 88 9 0000 55 55 55 8 66666666 7 999 44 7 44 222 11111 9 22222222 555 555 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 9 1111111111111111 9 4 333 9 333 555555 111111 66 55 9 1 111111 3333 9 000 9 8 111 8 7 000 9 7 999 7 7 3 00000000 7 7 2222 7 6 66666 6 22 2 88 3 333333333333333333333333333333 1 88 777777777 88 2222222 00000000 8 9 9 55 9 9 88 9 9 9 9 8 8 5 9999999 11 8 8 5 444444444 111111111111111111111111 000000 9 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9999 4444 222 55 8 000 333 9 66 8 8 55 9 8 333 88888888 9 9 555 00
consensus : GTCTCCGATACA-CATTT--TCNTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TT-C-------AAG-AAAAA----------A----------ATAG-GG----GG-A--------G----TT--GTCC--------------A-TT-A----GTT------TTA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------TT--------------A-TTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--TAAAAAA-------------ATA-A--------AAAAAG--A------T--T--ATATAG-GCC--TA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA--TCT-AA-TTTTATTTGA-N--TT---------AAA---T-T-ATT---T--T--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
Reference ( family-688 ) : GTCTCCGATACA-CATTT--TCNTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TT-C-------AAG-AAAAA----------A----------ATAG-GG----GG-A--------G----TT--GTCC--------------A-TT-A----GTT------TTA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------TT--------------A-TTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--TAAAAAA-------------ATA-A--------AAAAAG--A------T--T--ATATAG-GCC--TA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA--TCT-AA-TTTTATTTGA-N--TT---------AAA---T-T-ATT---T--T--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|1 : GTCTCCGATACA-CA-TT--TCTTTA-------ATTCTCTTAA---ACAG--G-CACAT--GAGTA-A-----G-AAAA---TC----GTAACT-TCC-TT-T-------AAA-AAAAA----------A----------AT---------GG-ATTTATTTTT----TT--ATCC--------------ATTT-A----GTT------TTA-C-TGTATT------------------TT----------------T-------------------------------TTTTAAAA--A----A-A-CGT-TTTTGATA--CTCT------T-TTCATATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GGT-GCG---TGTTTTTAATTACTTGAAAGTTTTATT-AAAA---------A---CTACATGTACTTTAAAAAAAA--ATTCGAT-GATATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--ATAA--ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAG--AAAACTTG--G-A--------CAA-AGT---TCAA--AA-G--
gi|1 : caa-GTC-TT--------AC-C-CCA---T--TG-CTCATAC-TCT------T--TAAAAAC-------------ATA-T--------GCTATT--A------TAAT--ATACAGAGCT--TA-C---C-------------------------AA-A--TT-T-G-CAG-CATTTATC-GAC-CAA-------A--TATCT-------TTTT--TGTGCTCTCTCTCT-------------CT---------------CT-AA-T---ATTTGA-ACTTT---------GAA---T-T-ATT---A-----ATTTTT------------TTAT-----------ACCG--A-AATCACAG-TG---T---G------CGC-G-TG---------GCG---C--------T-CAA-TGG---G--AAGCTACGCgaataccctcccagtagctctgaggtgagcaaccatctgccatatacatgccgtgattcgtcttaccccattgctcatactctttaaaaacatatgctattataatatacagagcttaccaaatttgcagcatttatcgaccaaatatcttttttgtgctctctctctctctaatatttgaactttgaattattaatttttttataccgaaatcacagtgtgcgcgtggcgctcaatgggaagctacgctcgtagcaaggtcccccccccccccccccccccccccctcttcttgaggattatagcataattttgaagattacactaaaaaatatcgtgtatagtggggcgtttttctactgactattctatagcttgtacagatatctg
gi|10 : caagtctccgatacacatttctttaattctcttaaacaggcacatgagtaagaaaatcgtaacttcctttaaaaaaaaaatggatttatttttttatccatttagttttactgtatttttttttaaaaaaacgtttttgatactcttttcatataacaactaaattaggtgcgtgtttttaattacttgaaagttttattaaaaactacatgtactttaaaaaaaaattcgatgatatctaaattgaaagaagataaacagtcgaatctaagtagtttcagaaaacttggacaaagttcaaaaggaataccctcccagtagctctgaggtgagcaaccatctgccatatacatgccgtgattcATACAACATTT--CTTTTA-------ATC---T-AAA-CA-----G-CACAT-AAGGTA-A-----G-AAAAG--TC----GTAACTCTCC-TT-T-------AAA-AAAAA----------A----------ATA-------------------------TTTAGTC---------------A-TT------GTT------TCA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------TT----------------TTTT---A--AAGAAG-A-CGT-TTT--GTA-----T------C-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTAAGGT-GCG---C-TTTT-AATTCCTTGAAAG-TTTATT-AAAACTATAATGCA---CT-T-T------------AAATTATTCGAT-G-TATCTAAT-AT--TGCATATA-GATAGGTAT----ACAG-TCGAATC--TAA-------AGTT--TTTCAGATAAA-CTTGCTG-A--------CAATAATGTTTCAGTCAACG--CAT---ATCTC--T-AGAA------TAA---T---TCATA--------------AC--------------G-------------G--------------T------G---T----A--------A---------TA--A-A--A-----T-------GCA-GT-A---ATACT---AA------TG--A---A--TAATT--A---------------------A-GT---AACAA-TGA--T-G-GG-C--ACCAC------TG---T-TCG-GTC-TT--------AC-CACCA----G-TG-T-----C-TTT--GAT-C--T--------------------TA-A--------AA-AAG--A------T--T--ATA------C--TA-TATAA--TAC-TACA-A-A--TTCA-GA---------CATGT-TAA-----T-TC-GAC-CAA-------AATTATCTAT-T-TCTTTT--CGTGCTCTCTCTTT--------------T-A--T-----AT--TGC-AA-CTTTG---GA-A--------------------------------------TTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A---------------------------AC-A-AGC--TTCACAGTG---C--------TATCA-TGG---A--AAGCTACGCCtcgtagcaaggtcccccccccccccccccccccccccctcttcttgaggattatagcataattttgaagattacactaaaaaatatcgtgtatagtggggcgtttttctactgactattctatagcttgtacagatatctg
gi|11 : caagctgcTCC--------------A-TT-T----GTT------TTA-C-TGCATT------------------TTTTATTTATTATTTT--T-------------TT--------------A-TTTT---TTTA----G-A-CGT-TTT--GTATACTCT------T-TT--TATA-ATGGC-AAC--T--A-----AATTA-GGT-GCG---T-TTTT-AATTCCT-GAAAGCTTTATT-AAAA---------A---ATGC-T------------TAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--T-AA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCAAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAATCTTG--G-A--------CAA-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------ACT----T-A------A-------------A--------------C------TAAGT----A--------AATACGTGTCAA--A-A--A-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AC------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAAGG-G-GG-C--ACCAT-ATGA-TG---T-TCA-GTC-TT--------AC-C-CTG---TG-TG-C-----C-TTT--GATCT--TAAAAAA-------------AT--------------------TTTTTTT--T--ATATA---CA--TA-G---TGATAC-TACA-G-A--TAAATCAAAAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTATAT-TTCTTT--TCTTCTCTCTCTTT-------------TT-A--T-----AA--T------TTTTATTT-A-T--TT---------A----------------------------------------TTTT----TT----ACCGC----A--GCAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-T-A-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|12 : tC--------------A-TT-A----GCT------TTA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------T---------------G-TTT------------G-A-CGT-ATT--GTA--GTTT------T-CT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-AAT-GTG---T-TTTTGAATTC------------ATT-AAAA-------------CTGG-T------------AAA--ATTCGAT-G-CATCTAA--AT--TG-----------G--AT------------GATT--TTA-GT----AGTT--T--TGAATAAAGCTTC--G-A--------TAG-AAT---TAAG--AA-AGCCAT---ATGATTAT-AG--------TTA---T---C-ATA--------------AC-----TCA------GTATAGTAAATAACG--------------T------C---T----A--------A---------AA--A-A--TCTTAAT-------GCA-ATTA------CT---AA----------G---A---AATCCAAG-TTTT-T------T--------------A-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGGAT-ACGA-TG---T-CCG-GCC-TG--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-CTT--GAT-TC-TAAATAG-------------ATT-GTCATTTTTAAAGAC--A------C--T--A---AG-ACC--AA---------G---ACA-G-A--TAAA-GAT----A--TAAT-T-CAG-CATTT-TC-GAA-C-A-------AA-TAATTAT-T-TCTGTT------------------------------T-A--ATC--AAA------AA--TTCA--TAACA--TT---------AAA---T-T-ACT---T--A--A------------------TTTT----TT----ACCGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA---------------------G---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCC
gi|13 : attatccatgGTCTCCAATATA-CATGT--TCTTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----CTAAGG---GCACTGGTAACT-TCT-GT-C-------AATTAGAAA----------A----------ATA------------------------------CCC--------------A-TT-A----GTT------TTA-C-TGCATT------------------CT----------------C-------------TTTGGA----------A-TTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--CTCT------T-TT--TGTG-A---A-AAC--C--A-----AACCG-AAT-GAG---G-TTTTAAATTCTTTAA--------TT-AA----------------CAC-T------------A-------CAAT-G-TATCTAA--AA--TGAA---A-GA------T----ACAA-TAGAATT--TTA-GT----AGTT--T--TAAATAAAGATTT--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-A--CAC---AT-----T-AG--------TCG---T---T-ATA--------------ACAAATTT-A------A-------------A--------------TAACG--T---T----A--------A---------GA--A-A--A-----C-------GC--GATA---AT-CT---AA------TT--G---A--TGATT--AA-TTTTCT------TT---------------AA-TGAA-GAA-GG-C--GG-AT-ACGA-TT---T-CTG-GCC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----A-TTT--GCT-T--TTAAA
gi|14 : tcaaaGTCTCCAATATA-CATGT--TCTTTTTT-----ATT---TTAA--CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----CTAAGGCACTG----GTAACT-TCT-GT-C-------AATTAGAAA----------A----------ATA------------------------------CCC--------------A-TT-A----GTT------TTA-C-TGCATT------------------CT----------------C-------------TTTGGA----------A-TTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--CTCT------T-TT--TGTG-A---A-AAC--C--A-----AACCG-AAT-GAG---G-TTTTAAAATTCTTTAA-------TT-AA----------------CAC-T------------A-------CAAT-G-TATCTAA--AA--TGAA---A-GA------T----ACAA-TAGAATT--TTA-GT----AGTT--T---AAATAAAGATTT--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-A--CAC---AT-----T-AG--------TCG---T---T-ATA--------------AC-------A------A-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AT--A-ACGT-----TAAGAAACGC--GATA---AT-CT---AA------TT--G---A--TGATT--ATATTTTCT------TT---------------AA-TGAA-GAA-GG-C--GG-AT-A-GA-CGTATT-TTG-GCC-TT--------A--C-CCA---TG-TG-C-----A-TTT--GCT-T--Ttatattgataaagtct
gi|15 : aaaAGATAAAGCTTA--G-A--------TAG-AGT---TCAG--AA-A--CAC---AT-----T-AGGCCCCTAGTTA---T---T-ATA--------------AT-----T-A------G-------------A--------------G------T----------------------------A--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AG------TT----------------AT-TTTT-T------TT---AA-------------TGAA------------------------------CG-ATC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--TTAAA----------------TA---------------G--A------T--T--G-ATAA-ACA--TA---------AT-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--CCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-T-TCTGTT--T-----------TT------------------------------CT-AA-TTTTATTTGA-C--TT---------------T-T-TTT---T--C--ATTTTT------------TCT-------------CCGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---CTTCATAATT-TCA-TAG---G--AAACTACGCCAt
gi|16 : ttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT----------------T-------------TT--------------A-TTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--CTAA------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTAGAAAGCTTTATT-AAAA---------AAA-CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--ATCTATACTA-TCGAATC--TAA-GTTAGTAGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--GA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------AGTAAATACGTG---T------C---C----A--------A---------AA--A-A--A-----T-------GCA-GTAA---AT-CT---AA------TT--A---G--TAATT--AT-TTTCGT------TT---AAA-TT---AA-AA-TGAA-G-G-GGAC--AGCAT-ACGA-TG---C-CTG-GTC-TT--------AC-C-CTA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--TAAGAAA-------------c
gi|17 : GTCTCCGATACA-TATTT--TCACTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TCT-TT-C-------AAG-AAAAA----------ATGAAAAAAAAAAAA-AA----AA-A--------GA---TT--GTCC--------------A-TT------GTT------TTA-C-TGCATTTTAGGTTGTTTGGTTTTTTT----------------T-------------TT--------------AATTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--TTAT------T--------A-A---C-AAG--T--A-----AATTA-GAT-GCG---G-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAAATAT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-CCGGATC--TAA-GT----AGTT--T--CATATAAGACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--TAC---AT-----T-
gi|18 : ttttca-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-----A-------G-C------------GA------AAAAAA-------------A-G-A--------AGAAAG--A------T--T--ATATAG-GCC--TA-C---C--TGC-TACA-A-A--TAAA-GATGAA-A--TAAT-T-CAG-CATTC-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-T-TCTTTT---CTTCT-TTTTGTT-------------CT-A--TTT--AAAA-TCT-AA-TTTCATTTGA-C--TTT--------AAA---T-C-ATTCAAT--T--TTTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-CAG---G--AAGCTACGCCA
gi|19 : G-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AGTCT-----TTGATTT---T-ATA--------------AA-----A-A------G-------------A--------------T------T---ct
gi|19 : G-T-----C-TTT--GAT-T--T--------------------TA-T--------AAAAAG--A------T--T--G-ATA-------TA-C---A--CAC-TACA-G-A--TAAA-TATGAA-A--TTCT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--TCTTC------TTT-------------TT-A-------AAA--TCC-AA-TTTTATTTGACT--TT---------GAA---T-T-ATG---T--C--A-------------------TTT----TT----GCCGC----A--ACAA-TG---T---AG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-T-GCG---C--------T-TCA-TAGTCTG--AAGCTACACCAgatatacacactacagataaatatgaaattcttcagcattttcgaccaaatatctatttcttttcttctttttaaaatccaattttatttgactttgaattatgtcatttttgccgcaacaatgtagaagcacatgcttctgcgcttcatagtctgaagctacaccac
gi|2 : gagttcagaagcacattaGTCTCCGATACA-CATTT--TCATTA--------TC---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAAAT-TAT-TT-C-------AGG-AAAAA----------A----------AGGA-GA----AA-A--------GGA--TT--GTCC--------------A-TT-G----ATTAG----TTAAC-TGCATT------------------TT----------------T-------------TTGTTTGTTTGTTTTTA-TTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--AGCCTAAATTA-GAT-GTG---T-TTGTGAATTCCTTGAAA----------------------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CATATAAAACTTG--G-A--------CAG-ATT---TCAG--AA-G--CAC---AT-------AA--------CTA---G---A-GTA--------------AA-----T-AC-----G-------------A--------------TG-----T---C----A--------A---------AC--A-A--T-----T-------GCA-GTTC---AT-CTTTTAA------TTTTG---A---AATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-ATTACAA-AA-TGAA-A-G-GG-C--AGCATGACGACTG---TGCCG-GTC-TT--------AC-C-CCG---AG-TG-CT----C-TTT--TTT-T--TAAAAAA-------------A--------------AAAG--A------T--TT-ATATAG-GCC--TAAC---C--TGC-TACATG-AC-TAAA-GATGAA-A--TCAT-TTCAGGCATTT-TC-GACACAA-------AC-AATCTAT-TATCTTTTCTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTATTTGCT-A--TTT--AAAAATCTTAA-TTTTATTTGA-C--TTTCAATCATAAAA---T-T-TTT---T--TTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT----TT----AGCGCAA-AA--ACGACTG---T---GGAAA-GAAT-A-TA----TC-CAGTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACACCAc
gi|20 : TATAG-GTCCATA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAT-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-G-CCTTTT---CTTCT--TTTTTC-------------CT-A--TTT--AAAA-TCT-AA-TTTTATTTTC-C--TTTG-------AAA---T-C-ATG---T--A--ATTTTT------------TTTTT----TTTTAAACTAC-A-AA--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-CCA-TAG---G--AAGCTACGCCAc
gi|21 : gtacatGT---TCGG--AA-G--CAC---AT-----G-CA--------TTG---------GTG--------------AA-----T-A------C-------------G--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCG-GTTA---AT-CT---AA------TT--A---A--TAATT--AT-TTCTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAAGG-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--GACATAT-------------ATA-T--------ATAATG---------T--A--ATATA-------CA-C---A--TGC-TACA-G-A--TTAA-GATGAA-ct
gi|22 : G---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---CG-TG-C-----C-TTT--GAT-T-------AA-------------A-A-A--------AAAAAG--A------T--T---TATAA-ACTA-TA-C---A--TGC-TACA-A-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-A-AAG-AATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--GCTTCT-TTTTTTT-------------CT-A--TTTA-AAA--TCT-AA-TTT
gi|23 : GTCCCCGATACA-CATTT--TCTTTA-------GTT---TTAAA-CTCGG--G-TACGT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT----GTAACT-TCC-TT-C-----------AAAAA----------A----------ATA-------------------------TT--GTCC--------------AGTT-A----GTT------TTA-C-TTCATTA-----------------TT----------------T-------------TC--------------A-ATTT---A--A----
gi|24 : tcaaa---A-GA-AG--AT----ACAG-TCAAATC--TAA-TT----AGTT--T--CGGATAACACTTA--G-ATACTGTAGTAA-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-CTA--------------AC-----T-A------GTGTAA--------A--------------TACGTG-T---C----A--------A---------AA--ATA--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------AT--G---A--TAATT--AT-TTtctaattgataattattttt
gi|25 : ----A--------A---------AACGA-A--T-----T-------GAA-GTTT---AT-CT---AA------TT--GAATA--TAATT--AC-GTTTATATGTAATTGAAAAA-AT---AA-AATTGAA-G-GTGG-TGAGGCAT-ATG
gi|26 : gtttttatataatttaatactacgaataaatacgtgtccCCGATACA-CCATT--TCTTTG-------ATT---C-AAA-CATAG--G-GACAT-GGGGTA-A-----G-A------TC----GTAATT-TT------------------AAAA----------A----------AT---------------------------T--GTCC--------------A-TT-T----GTT------TCA-C-TGTGCT------------------TT----------------T-------------TTTTTTTTA-------A-TTTT---G--A----A-A-TGT-TTT--GTA--CTCT------T-TT--TACA-A---C-AAgcatacg
gi|27 : GTCTCCGATGCA-CATTTGTTTATAA-------ACT---CTAAAACTCAG--A-CACAT-GGTGTA-A-----G-GACA---TC----GTAACT-TCC-TT-CGATTT--AAA-AAAAA----------A----------A---------------------------------------------------------------------TA-C-TGCTTT------------------TT----------------T-------------CTA-------------A-TCTT---G--A----G-A-TGT-TTT--GTA--
gi|28 : agaGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATAT-TC-GAC-CAA-------A--TATATAT-T-TCTT-----CTCTTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA------AG-----ACTT------TT---------AAA---CAT-CTT---T--T--ATTTT-------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---a
gi|3 : GTCTCCGATACA-CATTT--TCATTA-------ATT---TTAAA-CACTG--A-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TTT-TT-TCA-----AAG-AAAAA----------A----------A-AG-GG----GG-G--------GGAGTTT--GTCCGAAAATTTCCGTTAA-TT-A----GTT------TTA-C-TG-GTT------------------TT----------------TNNNNNNNNNNNNNNN--------------N-NNNN---N--N----N-N-NNN-NNN--NNN--NTATGAGACGT-TT--TGTA-A---CTAATTAT--A-----AATTA-GAT-GAG---T-TTTTGAATTCCTAG-AAGCTTTATT--AAA---------A---CTAT-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG-----------------ATC--TAA-G----------------------ACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------AGTAATACATATACGT------T---TCC--A--------A---------AA--A-A--------T-------GCA-G-TA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TGTCGT------TT---GAA-AT---AA-AA-TGAA-T-G-GA-C--AGAAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-T-CTA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--TAAGAAAAAAAAAAGATGAAATAAA--------AAAAAG--A------T--T--TTATAA-GCC--TA-T---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TT-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--TCTTC---CTTTTT-------------CTAA--TTG--AAA--TCT-AA--TTTA-TTGA-C--TT---------AAA---T-C-A-T---T--T--A--TTT------------TTTTT----TA----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GTAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|30 : tcaaaT-GTG---T-TTTTGAATTCCGTGAAAGCTTAAAG-TAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-------TAA---T--TGAA---A-GA-CG--AT----ACAA-TCGAATT--TAG-GT----AGTT--T--TAGATAAAGCT
gi|31 : ----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------GT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AG-CAAA-G-GAGG-C--AGCAT-ACGA-TG---T-CCcaatctaatcaaaattagctgt
gi|32 : gtaaatacctgtccTCTCCGATACA-CATTT--TCTTTATTATATAACT---TTAAA-CAAAG--G-CACAT-GGGGTACATGCATG-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TT----------AG-AAAAA----------A----------AAAA-GG----------------A----TT--GTCC--------------A-TT-T----GTT------TTA-C-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntag
gi|33 : -GAC-CAA-------A--TCTATAT-T-TCATTC--TTTTTTTTTTTTTT-------------TT-A--ATTAGAAA--TAT-AA-TTTTATTCAACT--TT---------AGA---T-T-ATT---T--C--A-----------------TTTTT----AT----AATGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-
gi|34 : taA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-GCA---AG-TG-T-----C-TTT--GA--T--TAAAA-----------------A-A--------AAGAAG--A------T--TTAGTATAG-GCC--TA-T---C--TTC-TACA-G-G--T---------A-A--TTAT---------TTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--
gi|35 : ATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-ATAA-AA-AA-TAAA-A-T-TA-C--G---T-ACTA-TG---T-CCG-GTCTTT--------AC-C-CCATGGTG-TG-C-----C-TTT--GATCT--TAAAAAA-------------ct
gi|36 : A-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAC-AGT---TCAT--AA-G--CAG---TT-----T-AG--------TTA---TAACT-ATT--------------AG-----T-A------A-------------A--------------TGCGTGTC---C----A--------A---------AA--T-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--T---A--TAATT--AT-TTgatttatatgaataataataaaa
gi|37 : T---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--TACAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-T-CCA---TG-CG-C-----C-TTT--GAT-T--TAA-------------------A-A--------AAAAAG--A---------T--ACATA-------------------C-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-
gi|38 : --T--CAGATAAAACTTG--G-A--------GAG-AGT---TCAG--AA-G--TACATAAT-----T-CG--------TTG---T---A-ATA--------------AC-----T-A------GAGCAAAT------A--------------T------G---TGTGGA--------A---------AA--A-A--A-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--
gi|39 : A-T--TT---------AAAATCT-T-AAT---T--C--ATTATT------------ATTTT-----T----ACCGC-ATAA--ACGA-TGC--T---GT-AA-GCAC-A-TTG--TTC-C-G-G---C--------T-TCA-AAG---
gi|4 : cttctGTCTCCGATACA-TATTT--TCACTA-------ATT---TTAAA-CACAGAGG-CACATTGGGGTA-AA----G-AAGA---TT-----TAA-T-TCT-TT-C-------AAG-AAAAATGAAAAAAAAA----------AAAA-AA----AA-A--------GA---TT--GTCC--------------A-TT------GTT------TTA-C-TGCATT------------------TTGTTGTTTGGTTTTTGTT-------------TT--------------AATTTT---G--A----G-AACGT-TTT--GTA---TAT------T--------A-A---C-AAG--T--A-----AATTA--AT-GCG---G-TT--G---TTCTTGAAAGCTT-ATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA---TTCGATTG-TATCTAA--ATATTGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-CCCGATC--TAA-GT----AGTTCAT--C--ATAAGACTTG--G-A--------CAG-GGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATAC-------------AC-----T-A------G-------------AGAAATACGTG----T------C---T-----------------------AA--A-A--T-----T-------GCA-G-TA---AT-CT---AA------TT--G---A--T-ATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT----A-AA-TGAA---G-GA-C--AGCAT-ACGA-TG---T-CCGCGTCAAT--------A--C-CCA---TGTTG-C-----C-CTT--GAT-T--TAA-------------------A-A--------AAAAAT--T------T--T--ATATAG-GTCCATA-C---C--TGCTTACA-GAA--TAA---ATGAATA--TCAT-T-CAG-CATTT-TCGGAC-C-A-------AA-TATCTA--T-GCCTTT--TCT--TCTTTTTTC-------------CT-A--TTTA-AAA--TCT-AATTTTTATTTTT-C--CTTTG------AAA---T-C-ATG---T--T--AATTTT------------TGTTT----TTAA--ACTAC-A-AA--AC-A-TG-------GG-AA-GCAC-A-TGCGTTTC-C-GTG---C----------CCA-TAG---G--AAGCTACGCCAtacccactg
gi|40 : tttttcaT-G-CATCTAC--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAT-TGGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAATTTG--A-A--------CAG-AGT---TC
gi|41 : tttaattctttgaaagct---AAA-GT---AA-A--TGAA-G-G-GGAC--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-T----------------------------------TTT--GAT-T--TAAAA-----------------A-A--------AAAGAGTTA------TG-T--ATATAC-ACG--TA-C---A--TAC-TAC
gi|42 : A--TCT-AA-TTTTATTTGA-A--TTT--------AAA---T-C-ATT---C--A--ATTTT---------------TTT----TT----ACCGC-T-AA--GCGA-GG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-t
gi|43 : --TCT-AA-TTTTATTTGA-C--TTT--------GAA---T-T-ATT---T--T-----------------------TT----TT----ACCGC-A-AC--AAGT-T---------------C-C-A-TGC-----------------------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|44 : gTTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-AA-TG--AT----ACAA-TAGAATC--TAA-------------T--TAGATGAAACTTG--G-G--------CAG-AGT---TCGG--AA-G--CAC---tt
gi|46 : TTT------------CTTTT----TT----ACCGC-A-A----CAA-TG---T---GG-AA--CAC-G-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGC
gi|47 : GTCTCCGATACA-TATTT--TCTTTA-------ATT---TTAA---ACAG--G-CACAT-GGG
gi|48 : tttttaaaGTCTCAGATACA-CATTT---CTTAA-------ATT---TTAAA-CACA
gi|49 : gaggttttttccaaT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TGTCTAT-T-TCTGTT--TTT
gi|5 : GTCTCCG-TACA-CATTT--TCATTA--------TT---TTAAA-CCTAG--G-CACAT-GGGATA-A-----G-AAAA---T------TAACT-TCT-CC-CCCCCCCCAA---AAAA----------G----------GTGG-GG----GGGA--------T----TT--GTCC--------------A-TT-A----ATTAGTTTTTTA-CATGCATT------------------TTGTTTTGTTTTGTT---T-------------TT--------------A-CTTT---G--A----GTA-CTT-TTG--GTA--CTAT------T-TC--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TAT-GAATCTCT-GAAA-TTTTATTTAAAAT--------A---CTAC-TT-----------AAA--ATCCCAT-G-CATCTAA--AT--TGAA---AAGA-AG--A-----ACAG-TCGAATC--TAA--T----AGTT--T--C---TCAAACT--------------------------------A-G--CAC---AT-----T-AA--------TTT---T---T-ATA--------------AC-----T-ATAGAGTA-------------A--------------T------TA--T----ACCTGTTCTA---------AA--A-A--T-----T-------AAA-AGGA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT----AA-AT---AA-AAGTGAA-G-G-GG-C--CGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-GT--------GC-C-CCA---AG-TGCC-----C-TTT--GA--T--TAGCAAA---------------A-A--------AAGAAG--AC-----T--T--AT-TAG-GCC--TA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-AACTCAT-T-CAG-CATTT-TC-CGC-CAGATATACTAG-TATCTAT-T-TCTATT--TCTTCTTTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA------AA-TTGACTTTAA-A--TC-----------A---T-TGATT---T--T--TTTTTT------------TTTTT----TT----ACGCC-A-AA--GCGA-TG---T---G---A-GCAC-A-TGCT-TTC-C-GTGACTT--------T-TCACTAG---GA-AAGCT-CGCTAataat
gi|50 : a-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT----------A-------------ATA-A--------AAGA
gi|51 : CAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-CAG---G--AAGTTACGTCAtt
gi|52 : a------------AGA--ATTTGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-AA-AG--AT----ACAG-TCGctgg
gi|54 : -CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--
gi|6 : GTCTCCGATACA-CATTT--TCATTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TCT-TT-C-------AAG-AAAAA----------A----------ATAG-GGAGGGGG-G--------G----GT--GTCC--------------A-TT-A----ATTAGG---TTA-C-TGCATT------------------TTGGG-------------T-------------TT--------------A-TTTT---G--A----G-G-CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTTAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-AA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--TT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-GTG-GG-C--AGCAT-ACGA-TG---A-TCG-GTC-TT--------AC-C-CAA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-TAAAAAAAAA-------------ATA-A--------AAAAAA--A------T--TG-ATATAG-GCC--TA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A---TT--AAA--TCT-AA-TTTGATTTGA-A--AT---------AAA---T-T-ATTA--TTAT--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCAC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCAa
gi|7 : TCTGATACG-CATTT--TTATTA-------ATC---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TT-----TAACT-TCCCTT-C-------AAG-AAAAA----------A----------AAGG-GG----GG-A--------AAGGATT--GTCC--------------A-TT-AATTAGTT------TTA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------TTT-------------A-TTTT---G--A----G-A-AGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--T-TAGA---C-AAC--G--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTGAAT-CCTTGAAAGCTTTATG-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-CA-----------------------AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CTC---AT-----T-AGCTATAG--TTG---T---T-ATACATACATGTATGTAAC-----T-A------G-------------A--------------G------TAAAT----ACATGTCCCA---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--CAATT--AT-ATTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GGGC--AGCAT-ACGA-TG---T-CCT-GTC-TT--------AC-C-CCA---AG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--TAAA-----------------TA-A--------AAAAA-------------T--ATATAG-ATC--TA-C---C--TGC-TACA-G-T--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC----------------CTTT-------------CT-A--TTTA-AAA--TTT-AA-TTTTATTTGACT--TT---------AAA---T-C-A-T---T--G--AATTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|8 : GTCTCAGATAAA-CATTT--CTTTTA-------ATT---TTAAA-CACAA--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAAA---TC----GTAACT-TC------------------------------------------------GG----GC-A--------G--------GGCC--------------A-TT----------------TA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------TTT-------------A-TTTT---G--A----A-A-CGTGTTT--G-A--CGGC------TCTT--TATA-A---C-AAG--TTAA-----AATTC-GAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATA-AAAA---------AAAACTAC-T------------AAA--ATTCG---------------T--TGAG---------G--ATT---ACAA-TGGAATC--TAAAGT----AGTT--T--CAGATAAAACCTG--G-A--------CAG-AGT---TCAA--AA-G--CAC---AT-----A-AG--------TTT---A---T-AAA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------G------T----------------------------A--A-A--T-------------ACATGTTACGTGT-CC---AAAAAAAATT--GC--AGTTACCT--AT-CTTTGT------TT---AAA-AT---GA-AA-TGAG-G-G-GT-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-TTT-TTTTTTTTTTAC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTCTGGAT-T--TAAAAA--------------------------------G--A------T--T--ATACA----------C---A--TAC-TACA-G-ACATAGA-GATGAA-AA-TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AT-TATATAT-T-TCT-------TTCTTTTTTTTT-------------TT-A--TTTC-AAA--TCT-AA-TTTTATTTTACT--TT---------AAA---------T---T--T--ATTTCG------------TTTTT----TT----A-CGC----A--ACAG-TG---T---GG-AA--CACAA-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---GAAAAGCTACGCCAct
gi|9 : agagaggtacatgtattttcaaaTTAT------ATT---TTAAA-CACAA--GCCACAC--GGGTA-A-----G-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TTAT-------AAA-AAAAA----------A----------A-AGCGG----GG-G--------G----TT--GTCC--------------A-TTCA----GTT------TTA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------TT--------------G-TTTG---G--A------A-CGT-TTT--G-A--CTAG------T-CT--TATA-A---C-AAC--T--G-----AATTA-GATGGCGTTTT-TTTTGAATTCTTTTAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTGC-T-------------AA--ATTTGAT-G-TATTAAA--AT--TGAA---A-G--AG--AT----ACAGATCGAATCTATAA-GT----G--T--T--CAGAT-AAACTTG--GAA--------CAA-TGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----TAAG--------T-----T---T-ATA--------------A------T-A------G-------------A--------------A------G---T----A--------A---------AA--A-T--T-----T-------G-------------------A------TT------A--TAATT--AT-TGTTGT------TT---AAATTT---AA-AA-TGAAGG-G-GG-T--GACAT-ACTA-TG---T-CC--GTC-TT--------ACGC-CCA---TT-TG-C-----CTTTT--GAT-T--T--------------------TA-A--------AAAAAG--A------T--T--ATA-----CG--TA-C---A--TAC-TACA---A--TAAA-GATGAA-A--T-AT-T-T-G-CATTT-TC-GAC-C---------AA-TAT-TAT-T-T-TCTT--TTTTTTCCTTTTTC-------------CA-AATTTT--AAA--TC---A-TTTTATTTGACT--TT---------AAA---------T---T--C--ATTTCT------------GTTTTAACATG----ACCAC-A-AC--ATGT-TGAACTTCAGG-AAGGCAC-ATTGC--TTC-C-GTG---CT-------T-TCA-TA----G--AAGCTACGCCA
blockSeqs : A GT T TTATATA . A AG C T C TGCAT T CAC CACTGG C CC CCCCCCCCAA ATGAAAAAAAAAAAAAAAAAGAT TA GAAAATTTCCGTTA G AATTA AGTTTT A A TTAGGTTGTTTGGTTTTTTTTTTAA . TT AGAA T A G . TA C GAGACG C . G TGG T TA TA GCCTA A G TTT . T GC T T CTATAATGCA . T TT T . AT AT TAT A TA GT CTAT A TA A TAGT CA TT CT A TACTGTAG T GTT TC C GC ATA GATTA A GCCCCTAG ATT AAC . CATACATGTATGTAACTAGAGTAAATACATGTCCCA CG T CGTTAAGAAAC T CGT . TTT AAAAAA GAAT GT CA A ATGTAA GAAA T TAC . T GG T A GAG G C TAT G C T TTTTTTTT G A TGGT T C T T TG C AA A GAAAAAAAAAAGATGAAATAAA TT TTTTTTT TA GGTCCA TATAA T T A CA T T AC G T G . G A A ATATACT AT A A T CTTCTTTTC TTTTTTTTATTTGCTATTT AATCTT T G CTTTCAATCATAAAATTTTTTTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTT AACA TTAA AA . C AAC TCA A GG A T GT A A ACT TTCATAAT A C TCT AA
blockSeqs : . . T TT . . . . . . A T G CG . C CGATTTAAA TGAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAT . . . CA AGG . . TTGTTGTTTGGTTTTTGTTTTAA . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T GC T . AAAA . . . . . T . . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . CTATAG . . . ACTAGAGTAATACATATACGTTTCCAA . . TCTTAAT . . . . . TTG . . . . A . AA . G GA A A A . . . . . A . . . T . . . . . C C A ATAGATTGTCATTTTT . TG T GGTCCA GTGA . . . C . . A . . . . . . A . A . . C CGTGCTC TTAATTAG ATCT . A CTTTAAATCATTCAATTTTTTTT . AA AT . . C . . G . . T . A . T . . . A
blockSeqs : . . T T . . . . . . . . . GG . T TCAAAG AATAGGGAGGGGGGGG . . . T AG . . TTTTATTTATTATTTTTTTA . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . T GC T . AAA . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCT . . . ACTATAGAGTAATTATACCTGTTCTA . . AT . . . . . GC . . . . A . . . . GA . G G . . . . . . . . . T . . . . . . . T ATATATAT . CT G AACTA ACC . . . . . . . . . . . . . A . A . . T TCTTCTC CAAATTTT ATCT . G TTTAAAATCTTAATTCATTATT . . A . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . TG . T CAATT AAAGGGGGGAAAGGAT . . . A . . . TTTTTGTTTGTTTGTTTTTA . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . A GC T . TA . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTCAGTATAGTAAATAACGTCTAA . . AC . . . . . G . . . . A . . . . GG . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . T AAAAATAA . T . GACC CC . . . . . . . . . . . . . A . A . . T TTTTTTT CTATTTA TGC . G CCTTTGAAATCATGTTAATTTT . . A . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . CG . T CAATT AAAGGGGGGGGAGTT . . . A . . . TTTNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T GC T . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTTAAACTAAGTAAATACGTGTC . . TT . . . . . G . . . . A . . . . GT . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . A AAAAAGA . C . AACA CA . . . . . . . . . . . . . A . C . . T TCTTCTT CTAATTG TCC . G AATAAATTATTATTATATTTTT . . A . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . CG . T ATAAA AAGGAGAAAAGGAT . . . A . . . TTGTTTTGTTTTGTTTTTA . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T GC A . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTAGAGTAAATACGTGTCCAA . . AT . . . . . G . . . . A . . . . GG . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . A AAAAAT . T . GGCC CC . . . . . . . . . . . . . A . A . . T TCTTCTC CTATTTA TCT . G CTTTGAAATCATGTAATTTTT . . A . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . CG . C TAAA GGTGGGGGGGATT . . . G . . . TTTTTTTTTTTAA . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A GC T . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTAGAGCAAATATGTGTGGAA . . TT . . . . . G . . . . G . . . . G . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . A CAAAAA . T . GGCC CA . . . . . . . . . . . . . A . A . . T TTTTTTC CTATTTA TCT . T ATTTAAATCATTCAATTTT . . A . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . CG . C CAAG AAAGCGGGGGGT . . . A . . . CTCTTTGGAA . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . T GC T . A . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTAGTGTAAATACGTGTCAA . . TT . . . . . A . . . . A . . . . G . . G . . . . . . . . . A . . . . . . . A AAAAA . T . AGCC CA . . . . . . . . . . . . . A . A . . T GCTTCT TTATTTC TAT . G CTTTAAATCATTGAATTTT . . A . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . CG . T CAGG AAAAAGGAT . . . T . . . CTCTTTGGAA . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T GC T . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACAAATTTAAATAACGTTAA . . TT . . . . . A . . . . A . . . . A . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . A AAAAA . T . GGCC TC . . . . . . . . . . . . . A . A . . A CTCTTC CTATTT TCT . A TTAAACATCTTTTATTTT . . T . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . T . T CAAG GGGCAG . . . A . . . TTGGGTTTA . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T GC T . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CACTAGAGAAATACGTGTCT . . TT . . . . . G . . . . A . . . . G . . A . . . . . . . . . C . . . . . . . A AATAA . T . CACG TC . . . . . . . . . . . . . A . A . . T CTTCT CTATTT TCT . T ATCATTGATTTTTTTTTT . . A . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . T . T CAAG AATAT . . . T . . . ATTTTCA . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T G T . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGTAAATGCGTGTCCAA . . TT . . . . . G . . . . A . . . . T . . G . . . . . . . . . A . . . . . . . A AATA . T . GGCC CC . . . . . . . . . . . . . . . G . . C TCTTC CTATTT TCT . G CTTTTTTTTCATTTTT . . A . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . T . T CAAG AATAT . . . A . . . TTTCTAA . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T T . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATACGATGTCAA . . TT . . . . . G . . . . A . . . . G . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . A AAAA . T . GGCC CA . . . . . . . . . . . . . . . A . . T CTTCT CTATTT TCT . G CTTAAATCATTTATTT . . A . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . T . T AG AATA . . . A . . . TTTTTTA . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATACGTTTAA . . AT . . . . . T . . . . A . . . . A . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . A AAAA . T . GATC CC . . . . . . . . . . . . . . . A . . T TCTTC TAATC TTT . A CTTTAAATTTATTTCG . . A . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . T . T C AATA . . . . . . . TTTTTTA . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTAGATTTAA . . TT . . . . . G . . . . A . . . . G . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . A ATAA . T . CA CC . . . . . . . . . . . . . . . A . . T TCTTC CTATT TCT . G CTTTAAATTCATTTCT . . A . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . T . . . AAT . . . . . . . TTTTTG . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACAAATTTAA . . TT . . . . . G . . . . A . . . . G . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . A TAA . T . CG CC . . . . . . . . . . . . . . . T . . T TTCTT TTAT CT . G CATTAAATTACTTAA . . A . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . TTTTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAGAAGTAA . . TT . . . . . G . . . . A . . . . G . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . A TAT . T . C CA . . . . . . . . . . . . . . . A . . T T TAT TC . T CTTTGAATTATGTCA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . TTTTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTAGAGT . . TT . . . . . G . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . A AAA . T . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . TTA T . G CTTTAGATTATTTCA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTAGAGT . . TT . . . . . G . . . . . . . . . G . . G . . . . . . . . . A . . . . . . . A TAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTTTGAATTATTTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : *** AAAAGGGAT***************************************** *** ** ** ************ **** ***** ******** A*** ***** AATAA************************* T******** GGCC*** A* TCTTCTC** CTATTT****************** TCT*** ** G*
originalCons : GTCTCCGATACA-CATTT--TCNTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TT-C-------AAG-AAAAA----------A----------ATAG-GG----GG-A--------G----TT--GTCC--------------A-TT-A----GTT------TTA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------TT--------------A-TTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--TAAAAAA-------------ATA-A--------AAAAAG--A------T--T--ATATAG-GCC--TA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA--TCT-AA-TTTTATTTGA-N--TT---------AAA---T-T-ATT---T--T--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
finalCons : GTCTCCGATACA-CATTT--TCNTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-A-----G-AAGA---TC----GTAACT-TCT-TT-C-------AAG-AAAAAAAAAGGGAT-----------------------------------------T--GTCC--------------A-TT-A----GTT------TTA-C-TGCATT------------------TT----------------T-------------TT--------------A-TTTT---G--A----G-A-CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TTA---AA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-----C-TTT--GAT-T--TAAAATAA-------------------------AAAAAG--AT--------T--ATATAGGCC---TA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTTTCTTCTC--TTTTTTTCTATTT------------------AAATCT---AA-TTTTATTTGA-N--TT---------AAA---T-T-ATT---T--T--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AAG-CAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CAGGCATGGGAGGAGTAATCCCCCCACCCCCCCATAACAGGCGGGCAGAATTTGGCCAAAACAGTACCTACTTCTTGTTTTTCTGTTTTCTCGTTGCGAACTTGGGTACCCGATATTTC
Unaligned ( gi|45 ): CCCCCCCCCCCCCCTCCCCCGTCTTATCGAAAATTTATAACATTTACATTGAAAATTAATTGAAAAA
Unaligned ( gi|53 ): ATCTAATCAAAATTAGCTGTTTTGAATCCGCTACCGCT
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111 111111 111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111 111111111111 11111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 2222222222222 111111111111111 1111111111111111 1 111111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 33 1 1111111 333 2 33 2 2 55555 4 4 666 555555 2 2 33 888888888 8888 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222 2 666666 222222 2 2 2 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 4444 2 666 2 33 33 1 666666 2 33 2 444 2 33 33 66666 2 2 444 2 0 1 11 1 2 5555555555555 2 333333333333 33 2 2 44 22 333 1 22 22 8888 1 22 1 4444 22 22 22 1 66666666 1 222 22 1 22 333 88888 1 99999999 333 333 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 1 7777777777777777 1 0 333 1 333 555555 666666 22 22 1 0 666666 4444 1 666 1 3 000 3 5 333 1 1 222 1 1 3 66666666 1 1 7777 1 1 1 1 22 3333333333333 1 44444 44444 22 55555555 2 6666 333333333333333 8888888888888888 1 2 2 44 2 2 55 2 1 1 1 1 1 5 5555555 99 1 1 2 888888888 777777777777777777777777 777777 1 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333 6666 999 22 1 555 333 1 22 1 1 44 1 3 333 88888888 1 1 333 55
lowQualScore : . .. . ....... ... . .. . . ..... . . ... ...... . . .. ......... .... .............................................................. .............. . ...... ...... . . . ................................................................... .. .... . ... . .. .. . ...... . .. . ... . .. .. ..... . . ... . . . .. . . ............. . ............ .. . . .. .. ... . .. .. .... . .. . .... .. .. .. . ........ . ... .. . .. ... ..... . ........ ... ... . .............................................................................................. .. . ................ . . ... . ... ...... ...... .. .. . . ...... .... . ... . . ... . . ... . . ... . . . ........ . . .... . . . . .. ............. . ..... ..... .. ........ . .... ............... ................ . . . .. . . .. . . . . . . . ....... .. . . . ......... ........................ ...... . . ....................................................... .... .... ... .. . ... ... . .. . . .. . . ... ........ . . ... ..
lowQualScore : 2 11 0 8888888 777 1 11 2 2 99999 7 7 555 111111 4 4 55 777777777 6666 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44444444444444 1 222222 666666 1 1 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 5555 2 111 2 11 11 9 888888 4 22 4 111 4 44 44 22222 5 4 111 4 7 2 00 1 4 8888888888888 4 666666666666 11 0 0 88 88 333 9 22 66 6666 9 88 9 0000 55 55 55 8 66666666 7 999 44 7 44 222 11111 9 22222222 555 555 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 9 1111111111111111 9 4 333 9 333 555555 111111 66 55 9 1 111111 3333 9 000 9 8 111 8 7 000 9 7 999 7 7 5 33333333 7 7 9999 7 7 7 7 33 0000000000000 8 88888 88888 66 66666666 0 2222 444444444444444 7777777777777777 9 0 0 88 0 0 00 0 9 9 9 8 8 5 9999999 11 8 8 5 444444444 111111111111111111111111 000000 9 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9999 4444 222 55 8 000 333 9 66 8 8 55 9 8 333 88888888 9 9 555 00
consensus : GTCTCCGATACA-CATTT--TCNTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-----A-G-AAGA---TC----GTAAC-T-TCT-TT-C-------AA---GAAAAA--------------AA-----A---AGGG-------A-------T-------T---------GTCC--------------A-TT-A----GTT------TTA-C-TGCATT-T------------------T----------------T-------------TT--------------A-TTTTG--A----G-A---CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-C-TTT--GATT-----TAA-A-ATA-AA-----A-----A--AA-----G--A-T----T--A------------TATAGGCC--TA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA--TCT-AA-TTTTATTTGA-N--TT---------AAA---T-T-ATT---T--T--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
Reference ( family-688 ) : GTCTCCGATACA-CATTT--TCNTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-----A-G-AAGA---TC----GTAAC-T-TCT-TT-C-------AA---GAAAAA--------------AA-----A---AGGG-------A-------T-------T---------GTCC--------------A-TT-A----GTT------TTA-C-TGCATT-T------------------T----------------T-------------TT--------------A-TTTTG--A----G-A---CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-C-TTT--GATT-----TAA-A-ATA-AA-----A-----A--AA-----G--A-T----T--A------------TATAGGCC--TA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA--TCT-AA-TTTTATTTGA-N--TT---------AAA---T-T-ATT---T--T--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|1 : GTCTCCGATACA-CATTT---CTTTA-------ATTCTCTTAAA-CA--G--G-CACAT-GAG-TA-----A-G-AAAA---TC----GTAAC-T-TCC-TT-T-------AA-----AAAA--------------AA-----A---ATGG-------A-------T-------TTATTTTTTTATCC--------------A-TTTA----GTT------TTA-C-TGTATT-T------------------T----------------T-------------TT------------------TTA--A----A-AAAACGT-TTTTGATA--CTCT------T-TTCATATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GGT-GCG---TGTTTTTAATTACTTGAAAGTTTTATT-AAAA---------A---CTACATGTACTTTAAAAAAAA--ATTCGAT-GATATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--ATAA--ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAG--AAAACTTG--G-A--------CAA-AGT---TCAA--AA-G--
gi|1 : caa-CAG-CATTTATC-GAC-CAA-------A--TATCT-------TTTT--TGTGCTCTCTCTCT-------------CT---------------CT-AA-T---ATTTGA-ACTTT---------GAA---T-T-ATT---A-----ATTTTT------------TTAT-----------ACCG--A-AATCACAG-TG---T---G------CGC-G-TG---------GCG---C--------T-CAA-TGG---G--AAGCTACGCgaataccctcccagtagctctgaggtgagcaaccatctgccatatacatgccgtgattcgtcttaccccattgctcatactctttaaaaacatatgctattataatatacagagcttaccaaatttgcagcatttatcgaccaaatatcttttttgtgctctctctctctctaatatttgaactttgaattattaatttttttataccgaaatcacagtgtgcgcgtggcgctcaatgggaagctacgctcgtagcaaggtcccccccccccccccccccccccccctcttcttgaggattatagcataattttgaagattacactaaaaaatatcgtgtatagtggggcgtttttctactgactattctatagcttgtacagatatctg
gi|10 : caagtctccgatacacatttctttaattctcttaaacaggcacatgagtaagaaaatcgtaacttcctttaaaaaaaaaatggatttatttttttatccatttagttttactgtatttttttttaaaaaaacgtttttgatactcttttcatataacaactaaattaggtgcgtgtttttaattacttgaaagttttattaaaaactacatgtactttaaaaaaaaattcgatgatatctaaattgaaagaagataaacagtcgaatctaagtagtttcagaaaacttggacaaagttcaaaaggaataccctcccagtagctctgaggtgagcaaccatctgccatatacatgccgtgattcgtcttaccccattgctcatactctttaaaaacatatgctattataatatacagagcttaccaaatttgATACAACATTT--CTTTTA-------ATC---T-AAA-CA-----G-CACAT-AAGGTA-----A-G-AAAAG--TC----GTAAC-TCTCC-TT-T-------AA---AAAAAA--------------AA------------T-------A-------T-------TTA-------GTC---------------A-TT------GTT------TCA-C-TGCATT-T------------------T----------------T-------------TT----------------TTTTA--AAGAAG-A---CGT-TTT--GTA-----T------C-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTAAGGT-GCG---C-TTTT-AATTCCTTGAAAG-TTTATT-AAAACTATAATGCA---CT-T-T------------AAATTATTCGAT-G-TATCTAAT-AT--TGCATATA-GATAGGTAT----ACAG-TCGAATC--TAA-------AGTT--TTTCAGATAAA-CTTGCTG-A--------CAATAATGTTTCAGTCAACG--CAT---ATCTC--T-AGAA------TAA---T---TCATA--------------AC--------------G-------------G--------------T------G---T----A--------A---------TA--A-A--A-----T-------GCA-GT-A---ATACT---AA------TG--A---A--TAATT--A---------------------A-GT---AACAA-TGA--T-G-GG-C--ACCAC------TG---T-TCG-GTC-TT--------AC-CACCA----G-TG-T-C-TTT--GATC-----T------T--AA-----A-----A--AA-----G--A-T----T--A------------TA-----C--TA-TATAA--TAC-TACA-A-A--TTCA-GA---------CATGT-TAA-----T-TC-GAC-CAA-------AATTATCTAT-T-TCTTTT--CGTGCTCTCTCTTT--------------T-A--T-----AT--TGC-AA-CTTTG---GA-A--------------------------------------TTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A---------------------------AC-A-AGC--TTCACAGTG---C--------TATCA-TGG---A--AAGCTACGCCtcgtagcaaggtcccccccccccccccccccccccccctcttcttgaggattatagcataattttgaagattacactaaaaaatatcgtgtatagtggggcgtttttctactgactattctatagcttgtacagatatctg
gi|11 : caagctgcTCC--------------A-TT-T----GTT------TTA-C-TGCATT-T------------------TTTATTTATTATTTT--T-------------TT--------------A-TTTTTTTA----G-A---CGT-TTT--GTATACTCT------T-TT--TATA-ATGGC-AAC--T--A-----AATTA-GGT-GCG---T-TTTT-AATTCCT-GAAAGCTTTATT-AAAA---------A---ATGC-T------------TAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--T-AA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCAAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAATCTTG--G-A--------CAA-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------ACT----T-A------A-------------A--------------C------TAAGT----A--------AATACGTGTCAA--A-A--A-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AC------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAAGG-G-GG-C--ACCAT-ATGA-TG---T-TCA-GTC-TT--------AC-C-CTG---TG-TG-C-C-TTT--GATC-----T------TA-AA-----A-----A--AATTTTTT--T-T----T--A------------TATA--CA--TA-G---TGATAC-TACA-G-A--TAAATCAAAAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTATAT-TTCTTT--TCTTCTCTCTCTTT-------------TT-A--T-----AA--T------TTTTATTT-A-T--TT---------A----------------------------------------TTTT----TT----ACCGC----A--GCAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-T-A-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|12 : tC--------------A-TT-A----GCT------TTA-C-TGCATT-T------------------T----------------T-------------T---------------G-TTT---------G-A---CGT-ATT--GTA--GTTT------T-CT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-AAT-GTG---T-TTTTGAATTC------------ATT-AAAA-------------CTGG-T------------AAA--ATTCGAT-G-CATCTAA--AT--TG-----------G--AT------------GATT--TTA-GT----AGTT--T--TGAATAAAGCTTC--G-A--------TAG-AAT---TAAG--AA-AGCCAT---ATGATTAT-AG--------TTA---T---C-ATA--------------AC-----TCA------GTATAGTAAATAACG--------------T------C---T----A--------A---------AA--A-A--TCTTAAT-------GCA-ATTA------CT---AA----------G---A---AATCCAAG-TTTT-T------T--------------A-AA-TGAA-G-G-GG-C--GGGAT-ACGA-TG---T-CCG-GCC-TG--------AC-C-CCA---TG-TG-C-C-CTT--GATT-----CTA-A-ATA-GATTGTCATTTTTA--AA-----G--A-C----A--C------------TA-AGACC--AA---------G---ACA-G-A--TAAA-GAT----A--TAAT-T-CAG-CATTT-TC-GAA-C-A-------AA-TAATTAT-T-TCTGTT------------------------------T-A--ATC--AAA------AA--TTCA--TAACA--TT---------AAA---T-T-ACT---T--A--A------------------TTTT----TT----ACCGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA---------------------G---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCC
gi|13 : attatccatgGTCTCCAATATA-CATGT--TCTTTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-----A-CTAAGG---GCACTGGTAAC-T-TCT-GT-C-------AA---TTAGAA--------------AA-----A------------------------------T---------ACCC--------------A-TT-A----GTT------TTA-C-TGCATT-C------------------T----------------C-------------TTTGGA----------A-TTTTG--A----G-A---CGT-TTT--GTA--CTCT------T-TT--TGTG-A---A-AAC--C--A-----AACCG-AAT-GAG---G-TTTTAAATTCTTTAA--------TT-AA----------------CAC-T------------A-------CAAT-G-TATCTAA--AA--TGAA---A-GA------T----ACAA-TAGAATT--TTA-GT----AGTT--T--TAAATAAAGATTT--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-A--CAC---AT-----T-AG--------TCG---T---T-ATA--------------ACAAATTT-A------A-------------A--------------TAACG--T---T----A--------A---------GA--A-A--A-----C-------GC--GATA---AT-CT---AA------TT--G---A--TGATT--AA-TTTTCT------TT---------------AA-TGAA-GAA-GG-C--GG-AT-ACGA-TT---T-CTG-GCC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-A-TTT--GCTT-----TTA-A-ATA-
gi|14 : tcaaaGTCTCCAATATA-CATGT--TCTTTTTT-----ATT---TTAA--CACAG--G-CACAT-GGGGTA-----A-CTAAGGCACTG----GTAAC-T-TCT-GT-C-------AA---TTAGAA--------------AA-----A------------------------------T---------ACCC--------------A-TT-A----GTT------TTA-C-TGCATT-C------------------T----------------C-------------TTTGGA----------A-TTTTG--A----G-A---CGT-TTT--GTA--CTCT------T-TT--TGTG-A---A-AAC--C--A-----AACCG-AAT-GAG---G-TTTTAAAATTCTTTAA-------TT-AA----------------CAC-T------------A-------CAAT-G-TATCTAA--AA--TGAA---A-GA------T----ACAA-TAGAATT--TTA-GT----AGTT--T---AAATAAAGATTT--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-A--CAC---AT-----T-AG--------TCG---T---T-ATA--------------AC-------A------A-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AT--A-ACGT-----TAAGAAACGC--GATA---AT-CT---AA------TT--G---A--TGATT--ATATTTTCT------TT---------------AA-TGAA-GAA-GG-C--GG-AT-A-GA-CGTATT-TTG-GCC-TT--------A--C-CCA---TG-TG-C-A-TTT--GCTT-----Ttattgataaagtct
gi|15 : aaaAGATAAAGCTTA--G-A--------TAG-AGT---TCAG--AA-A--CAC---AT-----T-AGGCCCCTAGTTA---T---T-ATA--------------AT-----T-A------G-------------A--------------G------T----------------------------A--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AG------TT----------------AT-TTTT-T------TT---AA-------------TGAA------------------------------CG-ATC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-C-TTT--GATT-----TTA-A-ATA------------------------G--A-T----T--G-------------ATAAACA--TA---------AT-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--CCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-T-TCTGTT--T-----------TT------------------------------CT-AA-TTTTATTTGA-C--TT---------------T-T-TTT---T--C--ATTTTT------------TCT-------------CCGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---CTTCATAATT-TCA-TAG---G--AAACTACGCCAt
gi|16 : ttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------------T----------------T-------------TT--------------A-TTTTG--A----G-A---CGT-TTT--GTA--CTAA------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTAGAAAGCTTTATT-AAAA---------AAA-CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--ATCTATACTA-TCGAATC--TAA-GTTAGTAGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--GA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------AGTAAATACGTG---T------C---C----A--------A---------AA--A-A--A-----T-------GCA-GTAA---AT-CT---AA------TT--A---G--TAATT--AT-TTTCGT------TT---AAA-TT---AA-AA-TGAA-G-G-GGAC--AGCAT-ACGA-TG---C-CTG-GTC-TT--------AC-C-CTA---AG-TG-C-C-TTT--GATT-----TAA-G-Ac
gi|17 : GTCTCCGATACA-TATTT--TCACTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-----A-G-AAGA---TT-----TAAC-T-TCT-TT-C-------AA---GAAAAAATGAAAAAAAAAAAAA-----A---AAAG-------A-------T-------T---------GTCC--------------A-TT------GTT------TTA-C-TGCATT-TTAGGTTGTTTGGTTTTTTT----------------T-------------TT--------------AATTTTG--A----G-A---CGT-TTT--GTA--TTAT------T--------A-A---C-AAG--T--A-----AATTA-GAT-GCG---G-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAAATAT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-CCGGATC--TAA-GT----AGTT--T--CATATAAGACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--TAC---AT-----T-aa
gi|18 : ttttca-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-----A-------G-C--------GA--------AA-A-AAA-AG-----A-----AGAAA-----G--A-T----T--A------------TATAGGCC--TA-C---C--TGC-TACA-A-A--TAAA-GATGAA-A--TAAT-T-CAG-CATTC-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-T-TCTTTT---CTTCT-TTTTGTT-------------CT-A--TTT--AAAA-TCT-AA-TTTCATTTGA-C--TTT--------AAA---T-C-ATTCAAT--T--TTTTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-CAG---G--AAGCTACGCCA
gi|19 : G-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AGTCT-----TTGATTT---T-ATA--------------AA-----A-A------G-------------A--------------T------T---ct
gi|19 : G-T-C-TTT--GATT-----T------TA-TA-----A-----A--AA-----G--A-T----T--G-------------ATA------TA-C---A--CAC-TACA-G-A--TAAA-TATGAA-A--TTCT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--TCTTC------TTT-------------TT-A-------AAA--TCC-AA-TTTTATTTGACT--TT---------GAA---T-T-ATG---T--C--A-------------------TTT----TT----GCCGC----A--ACAA-TG---T---AG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-T-GCG---C--------T-TCA-TAGTCTG--AAGCTACACCAgatatacacactacagataaatatgaaattcttcagcattttcgaccaaatatctatttcttttcttctttttaaaatccaattttatttgactttgaattatgtcatttttgccgcaacaatgtagaagcacatgcttctgcgcttcatagtctgaagctacaccac
gi|2 : gagttcagaagcacattaGTCTCCGATACA-CATTT--TCATTA--------TC---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-----A-G-AAGA---TT-----TAAA-T-TAT-TT-C-------AG---GAAAAA--------------AAGGAGAA---AAGG-------A-------T-------T---------GTCC--------------A-TT-G----ATTAG----TTAAC-TGCATT-T------------------T----------------T-------------TTGTTTGTTTGTTTTTA-TTTTG--A----G-A---CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--AGCCTAAATTA-GAT-GTG---T-TTGTGAATTCCTTGAAA----------------------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CATATAAAACTTG--G-A--------CAG-ATT---TCAG--AA-G--CAC---AT-------AA--------CTA---G---A-GTA--------------AA-----T-AC-----G-------------A--------------TG-----T---C----A--------A---------AC--A-A--T-----T-------GCA-GTTC---AT-CTTTTAA------TTTTG---A---AATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-ATTACAA-AA-TGAA-A-G-GG-C--AGCATGACGACTG---TGCCG-GTC-TT--------AC-C-CCG---AG-TG-CTC-TTT--TTTT-----TAA-A-A---AA-----A-----A--AA-----G--A-T----TT-A------------TATAGGCC--TAAC---C--TGC-TACATG-AC-TAAA-GATGAA-A--TCAT-TTCAGGCATTT-TC-GACACAA-------AC-AATCTAT-TATCTTTTCTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTATTTGCT-A--TTT--AAAAATCTTAA-TTTTATTTGA-C--TTTCAATCATAAAA---T-T-TTT---T--TTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT----TT----AGCGCAA-AA--ACGACTG---T---GGAAA-GAAT-A-TA----TC-CAGTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACACCAc
gi|20 : ------------TATAGGTCCATA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAT-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------A--TATCTAT-G-CCTTTT---CTTCT--TTTTTC-------------CT-A--TTT--AAAA-TCT-AA-TTTTATTTTC-C--TTTG-------AAA---T-C-ATG---T--A--ATTTTT------------TTTTT----TTTTAAACTAC-A-AA--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-CCA-TAG---G--AAGCTACGCCAc
gi|21 : gtacatGT---TCGG--AA-G--CAC---AT-----G-CA--------TTG---------GTG--------------AA-----T-A------C-------------G--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCG-GTTA---AT-CT---AA------TT--A---A--TAATT--AT-TTCTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAAGG-G-GG-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-C-TTT--GATT-----GAC-ATATATAT-----A-----T--AA-----T--G-T----A--A------------TATA------CA-C---A--TGC-TACA-G-A--TTAA-GATGAA-ct
gi|22 : G---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---CG-TG-C-C-TTT--GATT-------A-A-A-A-AA-----A-----A--AA-----G--A-T----T---------------TATAAACTA-TA-C---A--TGC-TACA-A-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-A-AAG-AATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--GCTTCT-TTTTTTT-------------CT-A--TTTA-AAA--TCT-AA-TTT
gi|23 : GTCCCCGATACA-CATTT--TCTTTA-------GTT---TTAAA-CTCGG--G-TACGT-GGGGTA-----A-G-AAGA---TT----GTAAC-T-TCC-TT-C-------AA---AAAAA-----------------------------T-------A-------T-------T---------GTCC--------------AGTT-A----GTT------TTA-C-TTCATTAT------------------T----------------T-------------TC--------------A-ATTTA--A----
gi|24 : tcaaa---A-GA-AG--AT----ACAG-TCAAATC--TAA-TT----AGTT--T--CGGATAACACTTA--G-ATACTGTAGTAA-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-CTA--------------AC-----T-A------GTGTAA--------A--------------TACGTG-T---C----A--------A---------AA--ATA--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------AT--G---A--TAATT--AT-TTtctaattgataattattttt
gi|25 : ----A--------A---------AACGA-A--T-----T-------GAA-GTTT---AT-CT---AA------TT--GAATA--TAATT--AC-GTTTATATGTAATTGAAAAA-AT---AA-AATTGAA-G-GTGG-TGAGGCAT-ATG
gi|26 : gtttttatataatttaatactacgaataaatacgtgtccCCGATACA-CCATT--TCTTTG-------ATT---C-AAA-CATAG--G-GACAT-GGGGTA-----A-G-A------TC----GTAAT-T-TT-----------------------A--------------AA-----A---A----------A-------T-------T---------GTCC--------------A-TT-T----GTT------TCA-C-TGTGCT-T------------------T----------------T-------------TTTTTTTTA-------A-TTTTG--A----A-A---TGT-TTT--GTA--CTCT------T-TT--TACA-A---C-AAgcatacg
gi|27 : GTCTCCGATGCA-CATTTGTTTATAA-------ACT---CTAAAACTCAG--A-CACAT-GGTGTA-----A-G-GACA---TC----GTAAC-T-TCC-TT-C-------GATTTAAAAAA--------------AA-----A---A--------------------------------------------------------------------------TA-C-TGCTTT-T------------------T----------------T-------------CTA-------------A-TCTTG--A----G-A---TGT-TTT--GTA--
gi|28 : agaGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATAT-TC-GAC-CAA-------A--TATATAT-T-TCTT-----CTCTTCTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA------AG-----ACTT------TT---------AAA---CAT-CTT---T--T--ATTTT-------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---a
gi|3 : GTCTCCGATACA-CATTT--TCATTA-------ATT---TTAAA-CACTG--A-CACAT-GGGGTA-----A-G-AAGA---TT-----TAACTT-TTT-TT-C-------AA---AGAAAA--------------AA-----A---AGGG-------GGGGGAGTT-------T---------GTCCGAAAATTTCCGTTAA-TT-A----GTT------TTA-C-TG-GTT-T------------------T----------------TNNNNNNNNNNNNNNN--------------N-NNNNN--N----N-N---NNN-NNN--NNN--NTATGAGACGT-TT--TGTA-A---CTAATTAT--A-----AATTA-GAT-GAG---T-TTTTGAATTCCTAG-AAGCTTTATT--AAA---------A---CTAT-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-GA-AG-----------------ATC--TAA-G----------------------ACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------AGTAATACATATACGT------T---TCC--A--------A---------AA--A-A--------T-------GCA-G-TA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TGTCGT------TT---GAA-AT---AA-AA-TGAA-T-G-GA-C--AGAAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-T-CTA---AG-TG-C-C-TTT--GATT-----TAAGA-AAA-AA-----A-----A--AA-----G--A-TGAAAT--AAAAAAAAGATTTTATAAGCC--TA-T---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TT-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC-TTT--TCTTC---CTTTTT-------------CTAA--TTG--AAA--TCT-AA--TTTA-TTGA-C--TT---------AAA---T-C-A-T---T--T--A--TTT------------TTTTT----TA----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GTAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|30 : tcaaaT-GTG---T-TTTTGAATTCCGTGAAAGCTTAAAG-TAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-------TAA---T--TGAA---A-GA-CG--AT----ACAA-TCGAATT--TAG-GT----AGTT--T--TAGATAAAGCT
gi|31 : ----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------GT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AG-CAAA-G-GAGG-C--AGCAT-ACGA-TG---T-CCcaatctaatcaaaattagctgt
gi|32 : gtaaatacctgtccTCTCCGATACA-CATTT--TCTTTATTATATAACT---TTAAA-CAAAG--G-CACAT-GGGGTACATGCATG-AAGA---TC----GTAAC-T-TCT-TT----------A---GAAAAA--------------AA-----A---AAGG-------A-------T-------T---------GTCC--------------A-TT-T----GTT------TTA-C-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntag
gi|33 : -GAC-CAA-------A--TCTATAT-T-TCATTC--TTTTTTTTTTTTTT-------------TT-A--ATTAGAAA--TAT-AA-TTTTATTCAACT--TT---------AGA---T-T-ATT---T--C--A-----------------TTTTT----AT----AATGC----A--ACAA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-
gi|34 : taA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-GCA---AG-TG-T-C-TTT--GA-T-----TAA-A-A-A-AA-----A-----G--AA-----G--A-T----TTAG------------TATAGGCC--TA-T---C--TTC-TACA-G-G--T---------A-A--TTAT---------TTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--
gi|35 : ATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-ATAA-AA-AA-TAAA-A-T-TA-C--G---T-ACTA-TG---T-CCG-GTCTTT--------AC-C-CCATGGTG-TG-C-C-TTT--GATC-----T------TA-AA-----A-----A--AG-----A--T-T----T--A------------TATct
gi|36 : A-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAC-AGT---TCAT--AA-G--CAG---TT-----T-AG--------TTA---TAACT-ATT--------------AG-----T-A------A-------------A--------------TGCGTGTC---C----A--------A---------AA--T-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--T---A--TAATT--AT-TTgaataataataaaa
gi|37 : T---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GG-C--TACAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-T-CCA---TG-CG-C-C-TTT--GATT-----TAA-----A-AA-----A-----A--AA-----G--A------T--A------------CATA------------------C-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-
gi|38 : --T--CAGATAAAACTTG--G-A--------GAG-AGT---TCAG--AA-G--TACATAAT-----T-CG--------TTG---T---A-ATA--------------AC-----T-A------GAGCAAAT------A--------------T------G---TGTGGA--------A---------AA--A-A--A-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--
gi|39 : A-T--TT---------AAAATCT-T-AAT---T--C--ATTATT------------ATTTT-----T----ACCGC-ATAA--ACGA-TGC--T---GT-AA-GCAC-A-TTG--TTC-C-G-G---C--------T-TCA-AAG---
gi|4 : cttctGTCTCCGATACA-TATTT--TCACTA-------ATT---TTAAA-CACAGAGG-CACATTGGGGTA-----AAG-AAGA---TT-----TAA--T-TCT-TT-C-------AA---GAAAAATGAAAAAAAAAAAAAA-----A---AAAG-------A-------T-------T---------GTCC--------------A-TT------GTT------TTA-C-TGCATT-T------------------TGTTGTTTGGTTTTTGTT-------------TT--------------AATTTTG--A----G-AA--CGT-TTT--GTA---TAT------T--------A-A---C-AAG--T--A-----AATTA--AT-GCG---G-TT--G---TTCTTGAAAGCTT-ATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA---TTCGATTG-TATCTAA--ATATTGAA---A-GA-AG--AT----ACAG-CCCGATC--TAA-GT----AGTTCAT--C--ATAAGACTTG--G-A--------CAG-GGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATAC-------------AC-----T-A------G-------------AGAAATACGTG----T------C---T-----------------------AA--A-A--T-----T-------GCA-G-TA---AT-CT---AA------TT--G---A--T-ATT--AT-TTTTGT------TT---AAA-AT----A-AA-TGAA---G-GA-C--AGCAT-ACGA-TG---T-CCGCGTCAAT--------A--C-CCA---TGTTG-C-C-CTT--GATT-----TAA-----A-AA-----A-----A--AA-----T--T-T----T--A------------TATAGGTCCATA-C---C--TGCTTACA-GAA--TAA---ATGAATA--TCAT-T-CAG-CATTT-TCGGAC-C-A-------AA-TATCTA--T-GCCTTT--TCT--TCTTTTTTC-------------CT-A--TTTA-AAA--TCT-AATTTTTATTTTT-C--CTTTG------AAA---T-C-ATG---T--T--AATTTT------------TGTTT----TTAA--ACTAC-A-AA--AC-A-TG-------GG-AA-GCAC-A-TGCGTTTC-C-GTG---C----------CCA-TAG---G--AAGCTACGCCAtacccactg
gi|40 : tttttcaT-G-CATCTAC--AT--TGAA---A-GA-AG--AT----ACAT-TGGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAATTTG--A-A--------CAG-AGT---TC
gi|41 : tttaattctttgaaagct---AAA-GT---AA-A--TGAA-G-G-GGAC--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-T------------------------------TTT--GATT-----TAA-A-A-A-AA-----A-----A--GA-----GTTA-TG---T--A------------TATACACG--TA-C---A--TAC-TAC
gi|42 : A--TCT-AA-TTTTATTTGA-A--TTT--------AAA---T-C-ATT---C--A--ATTTT---------------TTT----TT----ACCGC-T-AA--GCGA-GG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-t
gi|43 : --TCT-AA-TTTTATTTGA-C--TTT--------GAA---T-T-ATT---T--T-----------------------TT----TT----ACCGC-A-AC--AAGT-T---------------C-C-A-TGC-----------------------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|44 : gTTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-AA-TG--AT----ACAA-TAGAATC--TAA-------------T--TAGATGAAACTTG--G-G--------CAG-AGT---TCGG--AA-G--CAC---tt
gi|46 : TTT------------CTTTT----TT----ACCGC-A-A----CAA-TG---T---GG-AA--CAC-G-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGC
gi|47 : GTCTCCGATACA-TATTT--TCTTTA-------ATT---TTAA---ACAG--G-CACAT-GGG
gi|48 : tttttaaaGTCTCAGATACA-CA-TT--TCTTAA-------ATT---TTAAA-CACA
gi|49 : gaggttttttccaaT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TGTCTAT-T-TCTGTT--TTT
gi|5 : GTCTCCG-TACA-CATTT--TCATTA--------TT---TTAAA-CCTAG--G-CACAT-GGGATA-----A-G-AAAA---T------TAAC-T-TCT-CC-CCCCCCCCAA---AAAAGGT-------------GG-----G---GGGG-------A-------T-------TT--------GTCC--------------A-TT-A----ATTAGTTTTTTA-CATGCATT-T------------------TGTTTTGTTTTGTT---T-------------TT--------------A-CTTTG--A----GTA---CTT-TTG--GTA--CTAT------T-TC--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TAT-GAATCTCT-GAAA-TTTTATTTAAAAT--------A---CTAC-TT-----------AAA--ATCCCAT-G-CATCTAA--AT--TGAA---AAGA-AG--A-----ACAG-TCGAATC--TAA--T----AGTT--T--C---TCAAACT--------------------------------A-G--CAC---AT-----T-AA--------TTT---T---T-ATA--------------AC-----T-ATAGAGTA-------------A--------------T------TA--T----ACCTGTTCTA---------AA--A-A--T-----T-------AAA-AGGA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--AT-TTTTGT------TT----AA-AT---AA-AAGTGAA-G-G-GG-C--CGCAT-ACGA-TG---T-CCG-GTC-GT--------GC-C-CCA---AG-TGCC-C-TTT--GATT-----AGC-A-AAA-AA-----A-----G--AA-----G--ACT----T--A------------T-TAGGCC--TA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-AACTCAT-T-CAG-CATTT-TC-CGC-CAGATATACTAG-TATCTAT-T-TCTATT--TCTTCTTTTTTTTT-------------CT-A--TTT--AAA------AA-TTGACTTTAA-A--TC-----------A---T-TGATT---T--T--TTTTTT------------TTTTT----TT----ACGCC-A-AA--GCGA-TG---T---G---A-GCAC-A-TGCT-TTC-C-GTGACTT--------T-TCACTAG---GA-AAGCT-CGCTAataat
gi|50 : a-TG---T-CCG-GTC-TT--------AC-C-CCA---TG-TG-C-C-TTT--GAT----------A-ATA-AA-----A-----G--A
gi|51 : CAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-CAG---G--AAGTTACGTCAtt
gi|52 : a------------AGA--ATTTGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-AA-AG--AT----ACAG-TCGctgg
gi|54 : -CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--
gi|6 : GTCTCCGATACA-CATTT--TCATTA-------ATT---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-----A-G-AAGA---TT-----TAAC-T-TCT-TT-C-------AA---GAAAAA--------------AA-----T---AGGG-------A-------GGGGGGGGT---------GTCC--------------A-TT-A----ATTAGG---TTA-C-TGCATT-T------------------TGGG-------------T-------------TT--------------A-TTTTG--A----G-G---CGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--TATA-A---C-AAC--T--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTTAATTCCTTGAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-TATCTAA--AT--TGAA---A-AA-AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----T-AG--------TTG---T---T-ATA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------T------T---T----A--------A---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--TAATT--TT-TTTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-GTG-GG-C--AGCAT-ACGA-TG---A-TCG-GTC-TT--------AC-C-CAA---AG-TG-C-C-TTT--GATTAAAAAAAA-A-ATA-AA-----A-----A--AA-----A--A-T----TG-A------------TATAGGCC--TA-C---C--TGC-TACA-G-A--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AA-TATCTAT-T-TCTTTT--TCTTCTCTTTTTTT-------------CT-A---TT--AAA--TCT-AA-TTTGATTTGA-A--AT---------AAA---T-T-ATTA--TTAT--ATTTTT------------TTTTT----TT----ACCAC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCAa
gi|7 : TCTGATACG-CATTT--TTATTA-------ATC---TTAAA-CACAG--G-CACAT-GGGGTA-----A-G-AAGA---TT-----TAAC-T-TCCCTT-C-------AA---GAAAAA--------------AA-----A---GGGGGGAAAGGA-------T-------T---------GTCC--------------A-TT-AATTAGTT------TTA-C-TGCATT-T------------------T----------------T-------------TTT-------------A-TTTTG--A----G-A---AGT-TTT--GTA--CTAT------T-TT--T-TAGA---C-AAC--G--A-----AATTA-GAT-GCG---T-TTTTGAAT-CCTTGAAAGCTTTATG-AAAA---------A---CTAC-T------------AAA--ATTCGAT-G-CA-----------------------AG--AT----ACAG-TCGAATC--TAA-GT----AGTT--T--CAGATAAAACTTG--G-A--------CAG-AGT---TCAG--AA-G--CTC---AT-----T-AGCTATAG--TTG---T---T-ATACATACATGTATGTAAC-----T-A------G-------------A--------------G------TAAAT----ACATGTCCCA---------AA--A-A--T-----T-------GCA-GTTA---AT-CT---AA------TT--G---A--CAATT--AT-ATTTGT------TT---AAA-AT---AA-AA-TGAA-G-G-GGGC--AGCAT-ACGA-TG---T-CCT-GTC-TT--------AC-C-CCA---AG-TG-C-C-TTT--GATT-----TAA-A--TA-AA-----A-----A--AA---------------T--A------------TATAGATC--TA-C---C--TGC-TACA-G-T--TAAA-GATGAA-A--TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-C-A-------AA-TATCTAT-T-TC----------------CTTT-------------CT-A--TTTA-AAA--TTT-AA-TTTTATTTGACT--TT---------AAA---T-C-A-T---T--G--AATTTT------------TTTTT----TT----ACCGC-A-AA--ACGA-TG---T---GG-AA-GCAC-A-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---G--AAGCTACGCCA
gi|8 : GTCTCAGATAAA-CATTT--CTTTTA-------ATT---TTAAA-CACAA--G-CACAT-GGGGTA-----A-G-AAAA---TC----GTAAC-T-TC-----------------------G--------------GG-----C---AGGG-----------------------------------CC--------------A-TT----------------TA-C-TGCATT-T------------------T----------------T-------------TTT-------------A-TTTTG--A----A-A---CGTGTTT--G-A--CGGC------TCTT--TATA-A---C-AAG--TTAA-----AATTC-GAT-GCG---T-TTTTGAATTCCTTGAAAGCTTTATA-AAAA---------AAAACTAC-T------------AAA--ATTCG---------------T--TGAG---------G--ATT---ACAA-TGGAATC--TAAAGT----AGTT--T--CAGATAAAACCTG--G-A--------CAG-AGT---TCAA--AA-G--CAC---AT-----A-AG--------TTT---A---T-AAA--------------AC-----T-A------G-------------A--------------G------T----------------------------A--A-A--T-------------ACATGTTACGTGT-CC---AAAAAAAATT--GC--AGTTACCT--AT-CTTTGT------TT---AAA-AT---GA-AA-TGAG-G-G-GT-C--GGCAT-ACGA-TG---T-CCG-TTT-TTTTTTTTTTAC-C-CCA---TG-TG-C-C-TTCTGGATT-----TAA-A-A--------------------A-----G--A-T----T--A------------TACA---------C---A--TAC-TACA-G-ACATAGA-GATGAA-AA-TCAT-T-CAG-CATTT-TC-GAC-CAA-------AT-TATATAT-T-TCT-------TTCTTTTTTTTT-------------TT-A--TTTC-AAA--TCT-AA-TTTTATTTTACT--TT---------AAA---------T---T--T--ATTTCG------------TTTTT----TT----A-CGC----A--ACAG-TG---T---GG-AA--CACAA-TGC--TTC-C-GTG---C--------T-TCA-TAG---GAAAAGCTACGCCAct
gi|9 : agagaggtacatgtattttcaaaTTAT------ATT---TTAAA-CACAA--GCCACAC--GGGTA-----A-G-AAGA---TC----GTAAC-T-TCT-TTAT-------AA---AAAAAA--------------AA-----AGCGGGGG-------G-------T-------T---------GTCC--------------A-TTCA----GTT------TTA-C-TGCATT-T------------------T----------------T-------------TT--------------G-TTTGG--A------A---CGT-TTT--G-A--CTAG------T-CT--TATA-A---C-AAC--T--G-----AATTA-GATGGCGTTTT-TTTTGAATTCTTTTAAAGCTTTATT-AAAA---------A---CTGC-T-------------AA--ATTTGAT-G-TATTAAA--AT--TGAA---A-G--AG--AT----ACAGATCGAATCTATAA-GT----G--T--T--CAGAT-AAACTTG--GAA--------CAA-TGT---TCAG--AA-G--CAC---AT-----TAAG--------T-----T---T-ATA--------------A------T-A------G-------------A--------------A------G---T----A--------A---------AA--A-T--T-----T-------G-------------------A------TT------A--TAATT--AT-TGTTGT------TT---AAATTT---AA-AA-TGAAGG-G-GG-T--GACAT-ACTA-TG---T-CC--GTC-TT--------ACGC-CCA---TT-TG-C-CTTTT--GATT-----T------TA-AA-----A-----A--AA-----G--A-T----T--A------------TA----CG--TA-C---A--TAC-TACA---A--TAAA-GATGAA-A--T-AT-T-T-G-CATTT-TC-GAC-C---------AA-TAT-TAT-T-T-TCTT--TTTTTTCCTTTTTC-------------CA-AATTTT--AAA--TC---A-TTTTATTTGACT--TT---------AAA---------T---T--C--ATTTCT------------GTTTTAACATG----ACCAC-A-AC--ATGT-TGAACTTCAGG-AAGGCAC-ATTGC--TTC-C-GTG---CT-------T-TCA-TA----G--AAGCTACGCCA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CAGGCATGGGAGGAGTAATCCCCCCACCCCCCCATAACAGGCGGGCAGAATTTGGCCAAAACAGTACCTACTTCTTGTTTTTCTGTTTTCTCGTTGCGAACTTGGGTACCCGATATTTC
Unaligned ( gi|45 ): CCCCCCCCCCCCCCTCCCCCGTCTTATCGAAAATTTATAACATTTACATTGAAAATTAATTGAAAAA
Unaligned ( gi|53 ): ATCTAATCAAAATTAGCTGTTTTGAATCCGCTACCGCT