lowQualScore : 111111111111111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 4444 2 444444444444444444444444444444 11 1 222222222 111 11111111 1 222 1111 44444 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333 1111111111 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 1 11 33333333333333 1111 111
lowQualScore : 4 6 4 6 1111 0 111111111111111111111111111111 1 5 11 3 5 555555555 2 666 1 5 99999999 99 2 66 4 5 66 0 1 000 2 4444 777 66 11111 0 4 9 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 22 999999 555 33333333333 4444444444 888 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 44 999 6666 6 3 44 22222222222222 2222 111
lowQualScore : . . . . .... . .............................. . . .. . . ......... . ... . . ........ .. . .. . . .. . . ... . .... ... .. ..... . . . ............................................................................................................................................................................................................................................................................. . .. ...... ... ........... .......... ... . ............................................................................. ....... .. ... .... . . .. .............. .... ...
lowQualScore : 0 0 0 0 0000 0 888888888888888888888888888888 4 6 00 2 8 000000000 2 444 4 0 88888888 99 4 99 4 0 77 7 4 888 4 3333 888 11 11111 1 4 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 44 666666 444 33333333333 6666666666 222 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222 22 666 5555 8 1 44 77777777777777 7777 000
consensus : NTAGNTATGAGNACTTCCGGGTGCCANGTATGCTGAA-GATATCGGNACATTA--GTTNCATGN-CCTGTAAGTT--ATTTAAACGTAA---CA----GCTGAAAA-TCGCCTG-AC-----CTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCAT--A-TTT-GGTAATGATCTCCATATTTGGTGATGATTTCCA--TATTTGAAC-G--A---TG--GT----AAAGG-GAAATAGTCCA----AGANGAACC---AACAC--GAANCG-CATA---AAAT----GANC-TACCAT---ATGATATG--T-------AAGCGTT-AT-TT-A---TCA---------TACC------AATT-A---AGAT-----AAA--A----T-T-----------C-------------------------A--------AACA---ATTTC---AA-----ACA-------ATGCCGC---GAAG-----T-----AGG--TC-----G-CGG-AGTTCGTGGAA------TGTA--CATATTCACACGC----GG--ACA----------GACGGCACTNANAAATCGGAT-----CTAA---------------ATG-----TG------TCTTCA---------TAG------------TTGC---A-AAT--GACA---AGC----AATGGATTT-CAATAGAAAT--TA---AG---CAGAAA----ACACACAGT-AATGTACAT
Reference ( gi|1 ) : ATAAATGTAAATACTTTTAAGTAC-ATGTATA-TAAACAATAT--ATACTTTTTTGTTT--TGT-TTTGTAAGTT--ATGCAAACTTAA---GA----GTTGAAAA-CCACCTG-AT-----CGTGACTTGTCCCCATATTTGGTAATGATTTCCAT--A-TTT-GGTAATGATTTCCATATTCGGTAATGATTTCCA--GATTTGGAC-A--A---TG--G-----AAAGG-GAAATGGTCCA----AGGAAAACC---AACAC--AAAGCG-CATG---AACTT---GATC-TACCAC---ACGATATGACT-------AAGCTTT-AT-TT-A---CCA---------TACC------AATT-A---AGAT-----AAA--A----T-T-----------C-------------------------A--------AACA---ATTTC---AA-----ACT-------ATGCCGC---GAAG-----A-----AGA--CC-----G-TCG-AGTTCGTGGAA------TGTA--CATATTCATACAT----GA--TCA----------GACGGCACTCACAATTCGGAT-----CTAA---------------ATG-----TG------TATTTG---------TAG------------TTGC---A-A-T--GACA---AGC----AATGGAATT-CAACGGAAAT--CA---AT---TGGAAA----ACACACAGT-ATTGTACATGCTA
gi|3 : TAGATATGAGAACTTCTGGGTG---TGTATACTGAA-GATATCGATA-------ATTT--TGA-CCTATAAATT--ATCTAAACTTAT---CA----GCTGAAAA-TCACCCG-AC-----CTTGACTTATCGCCATATTTGGTAACGATTTCCAT--ATTTT-GACAATGGT
gi|4 : tatttttggttAATTATAAATACTTTCAGATACCAGGTATG-TAAA--ATAT--GGACATTA--GTTACATGTACCTGAACGCT--ATTCAAATGGAA---CA----GTTGAAAAATCACCTG-AT-----CTCAATTTGTCTCCATATTTGGTACTGATTTCCAT--A-TTT-GG--ATGATaaagataaatcatccaagaaggacaagcttatttaacgcaccatcgtatgatataggtaagtgttatttattgaacgttttgaaataaaagtaaaaaattaaaccagaaaacatattttttaacaatttcagcaatgtcatggtgcaaagttgtttgtggactgtagatattcatacacagacagactggatgtaactag
gi|2 : tttttag-TTTATA-GTTCGATTTAAACATAA---CA----GTTGAAAA-TAAATTG-AC-----CTTGACTT---------------AATTGTCTCCAT--A-TTT-GGTggtaaatggaaagagttcaagatgaaatattctaaatcatcataaaatatctaggtatgcattttttatccagagaacatgttacccaacaaattcaacacatagatcatgaagttcatggaatgtacacaaacagatggcactaaaaaccagatataactagagcagatgacaagcaacggatttcaa
gi|5 : taatattgaccagtaagTGAAAGTT--ACATTAATTTAACGTGAACATGCTGAAAA-TCACCTG-AC-----CTTGACTTGATCTCATA-TTGGTAATGATTTCCATAAA-TTT-G--AACGATgatgatttccatatttgaacaatatggtattaaaagggaaatagtccaaggaggacaaacactaaattcataaaatagaacatactgtatgatatctagttttaaagtgttatctatcatacttaaacaaattctggaaaacattttccaacaatatcaacaatgctgcaaagtaagagttaaatggaaatttagtgtatatattcactcgcgcacaaatgacaataatgaaatattgtgtcttcataattgctaatcaaacaagcaatgggttttagttgaaattaaaatagaatac
gi|10 : ctatagaccGTGAATT--ATTCAAACGTGT---AT----GCTGAAAT-TTATCCGTATTCAAGCTTAACTCGTCTTCACATTTGGTAATggtttagaggagatatagttcaaaccaccacataagagataggtaagcgttatttaatcatacctattcaagataaaagattccaaaattaaagaaagtatatttttcaaacaatttcagcaattctgcaaagtagattctgatcaacagagaacatatatattcataatctccgaacagacgggcaaatagaat
gi|15 : atatcaacatcattaacgcTAA---CA----GCTGAAAA-TTGATTG-AC-----CTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCCAT--A-TTTCAGCAAT-ATTtccaattagtctaggaaggacaaattccaaactcatgaaatcaccatccatatcatataagcaagtgtgatttttttaatcttaaattcatgaggatttaaaaaaaaagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttatgtattattgcccttaaagtttaaatctaatgTAA---CA----GCTGAAAAATTGATTG-AC-----CTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCC-T--A-TTT-ggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacatgaaaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|31 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttagtattattgcccttaaagtttaaatctaatgA----GCTGAAA--TCACCTG-AC-----CTCGACTTGTCTCCATATTTGGCAGTGACTTACAT--A-cagcaatatggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacaataaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|6 : atagatatTTGGGTAATGATTTCCAT--A-TTT-Gccagtatt
gi|6 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctaccaccgt-TTG-GGTAATGATTTCCATATTTGaacaaatggtgaaagagaataatatcaccaagagggacaataaattaaaggttgaaataaacaatcgatatcaaatagaccaatcaaataaatcaggatcaaatataaggctttatcgttataactttttcagaataaaactaaatcagaaagcataatttaaacaatttagatataatatagcagagttgtgggacctgtttatattcatacggcggacaa
gi|2 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctaccaccgtTAATTGTCTCCATATTTGGTGATGATTTCCA--TATTTGAAC-AATA---TG--GTATTAAAAGG-GAAATAGTCCA----AGGAGGACA---AACAC--TAAATT-CATA---AAATA---GAACATACTGT---ATGATAT--CTAGTTTTAAAGTGTT-AT-CT-A---TCA---------TAC---------TT-AAACAAATTCTGGAAA--ACATTT-T-----------C-------------------------C--------AACA---ATATC----A-----ACA-------ATGCTGC---AAAGT----A-----AGA---------G-TTA-A----ATGGAAATTTAGTGTA--TATATTCACTCGC----GC--ACA----------AATGACA---ATAAT---GAA-----AT-A---------------TTG-----TG------TCTTCA---------TAA------------TTGCT--A-A-TCAAACA---AGC----AATGGGTTT-TAGTTGAAAT--TA---Aaacaaatggtgaaagagaataatatcaccaagagggacaataaattaaaggttgaaataaacaatcgatatcaaatagaccaatcaaataaatcaggatcaaatataaggctttatcgttataactttttcagaataaaactaaatcagaaagcataatttaaacaatttagatataatatagcagagttgtgggacctgtttatattcatacggcggacaa
gi|5 : taatattgaccagtaagtttatagttcgatttaaacataacagttgaaaataaattgaccttgactTGATCTC-ATATT-GGTAATGATTTCCATAAATTTGAAC-G--A---TG--GTTT--AGAGGAGATATAGTTCA----A-----ACC---ACCAC----------ATA---A-------GA--------------GATAGG--T-------AAGCGTT-AT-TTAA---TCA---------TACC------TATTCA---AGAT-----AAAAGA----T-T-----------CCAAAATTAAAGAAAGTATATTTTTCA--------AACA---ATTTC----A-----GCA-------ATTCTGC---AAAG-----T-----AGATTCT-----GATCA-A---CAGAGAA------CATA--TATATTCATA-ATCTCCGA--ACA----------GACGGaatagaatac
gi|4 : ctatagacctgaaagttacattaatttaacgtgaacatgctgaaaatcacctgaccttgactTCTCCATATTTGGTACTGATTTCCA--TATTTGGAT-G--A---TG--GT----AAATG-GAAAGAGTTCA----AGATGAAAT---ATTCT--AAATCATCATA---AAAT-----ATC-TA---------GGTATG-------------CATT-TT-TT-A---TC-------------C------A---------GAG-----AAC--A----TGT-----------T-------------------------ACCC-----AACA---AATTC---AAC----AC--------AT-----------------------AGA--TC-----A-TGA-AGTTCATGGAA------TGTA--CACA--------------A--ACA----------GATGGCACTAAAAA-CCAGAT-----ATAA------------------------------------C---------TAG-------------AGC---AGA-T--GACA---AGC----AACGGATTT-CAAgcaaatagaat
gi|3 : tttttagaattataaatactttcagataccaggtatgtaaaatatggacattagttacatgtacctgaacgctattcaaatggaacagttgaaaaatcacctgatctcaatttgCCATATTTGGTAACGATTTCCA--TATTTTGAC-A--A---TG--GT----AAAGA-TAAATCATCCA----AGAAGGAC------------AAGCT-TAT-------TT---AACG-CACCATCGTATGATATAGGT-------AAGTGTT-AT-TT-A---TTG---------AACGTTTTGAAATA-A---AAGT-----AAA--AAA--T-TAAACCAGAAAAC-------------------------ATATTTTTTAACA---ATTTC---AG------CA-------ATGTCAT---GGTG-----C-----AAA---------G-TTG---TTTGTGGAC------TGTA--GATATTCATACA----------CA----------GACAG-ACT
gi|15 : tatttttggtttagatatgagaacttctgggtgtgtatactgaagatatcgataattttgacctataaattatctaaacttatcagctgaaaatcacccgaccttgacttatcgCCAAATTTGGTGATGATTTCCA--TATTTCAGC-A--ATATTG--GT----AACTA-GAAATTGTCCATGACAGATAAACCCTAAACAT--GAAggatgtaactag
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttatgtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaattgattgaccttgattcgtaaCCAAATTTGGTGATGATTTCC---TATTTCAGC-AATA---TG--GT----AACTA-GAAATTGTCCATGACAGATAAACCCTAAACAaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|6 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttagtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaaattgattgaccttgattcgtaaTTGGGTAATGATTTCCA--TATTTGAACAA--A---TGGTG-----AAAGA-GAAataaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|18 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctaccaccgtTGACGATTCCAA--TATTTGAAG-G--A---TG--GG----AAAGG-GGAATAGTCCA----AGAAGCACC---AACTC--AAAACG-CATA---TA-TC---AAAC-CATTAT---ATAATATAGAT-------AAACGCTAATATC-A---TCA---------TACT------TATT-C---AAAT-----AAtaatatcaccaagagggacaataaattaaaggttgaaataaacaatcgatatcaaatagaccaatcaaataaatcaggatcaaatataaggctttatcgttataactttttcagaataaaactaaatcagaaagcataatttaaacaatttagatataatatagcagagttgtgggacctgtttatattcatacggcggacaa
gi|17 : TTGAAC-G--A---TG--G-----TCAAG-GAGATAATCCA----AGGAGAACA---AACTCGAAAATCG-TATGATAAAATTAAGGATT-TA-CAT-------TAT--CT-------AA----T-AT-TT-AAATTCAAGTAAAAAGTACTAA----AATT-A---AGAC-----AA----------C-----------CAGA----------------------A--------AACAT--ATCTC---AACAATTACA-------ATGTCGC---AAAA-----T-----A-----------------AGTTCATGGAA------TGTG--TATAGTCtaggtaaaaatgaaaaccagaaaacacattttcctccaatttaaacaatactgc
gi|19 : AT-----AAA--G------------------C-------------------------AG-------AACACATATTTCCA-AA-----ACTTTTTACGATGCCGT---GAAA-----T-----AGG--TC-----G-CGG-AGCTCGTGGAA------TGTG--CCAATTCACAAAC----GG--TCA----------GGC
gi|7 : a--A----T-T-----------T-------------------------C--------AGCA---ATTTCCACAAT----GCT-------GAGCTGC---AAAGTTAGTG-----AGG--TT-----G-CAT-AGTTTGTGGAA------TGTA--TATATT--TACCT----GAGGTCA----------GGTGGCGATAAGAAAT-GGAT-----CTAGCTACT----------ATA-----GA------TATTTAAAAATCAGTTAGCATCTTCATAATTTGCA--A-A-T--GACA---AACATATAATGGGTTT-TAATAAAAATTATA---AG---CAGAAA----ACA---AAT-ATTGcaaataaaagaaaaccgttttaattacattgatacgagttatgtcttcataattgcaaatg
gi|9 : ----T-T-----------C-------------------------C--------AACA---TTTTC---AA------CA-------ATGCCGT---GAAA-----T-----AGG--TC-----A-AGG-AATCTGTGCAA------TGTATTCATGTACATGTAT----AT--TCACAGGCAGAGAGACAGCATCAAAAAATAGAAT-----CTAACTACACTGAAACAGAATG-----TG------TCTTCA---------GAG------------TTGC---A-AAT--GACA---ACC----AATGGATTT-CAATAGAAATA-CATGTAT---TAAACAGGATACACACGATGAATGTATATaatgtagacatgttcaatttagctcagtaaacattatacttgtttataaacttagaattaccttcaattccaaa
gi|30 : gaataaaccagaaaacatatt----T-T-----------C-------------------------C--------AACA---ATTTT----A-----ACA-------ATGCGGC---TAAG-----T-----TGG--TC-----G-TAG-AGTTTATGGTA------TGat
gi|13 : aaaaaaaattaacccaaaaacacattA---AATTC---AA------CA-------ATGCCGCTGTAAAT-----ACATATAGG--TC-----G-CGG-GGTTATTGGAA------TGTG--CATATTCACACGC----AG--ACA----------GTCAGCA-TTACAA
gi|12 : ttcctagA---AATTC---AA------CA-------ATGCCGC---TGTA-----A-----ATA--CATATAGG-TCGCGGTTATTGGAA------TGTG--CATATTCACACGC----AG--ACA----------GTCAGCA-TTACAAaaaaaccaacaaaaaacaaaaaaccccgaatctagctagattgaaataagatgtgtcttcacgcatgtagatgtaaataacacgcagtgggtttcaatagaaattttaagcagaatacgcaa
gi|8 : tatttcctag-------ATGCTGT---GAAA-----T-----AGA--TC-----G-CGG-AGTTCGTGGAA------TGTA--TATATTCATACGC----GG--ACA----------GACGACAaaaaaaccaacaaaaaacaaaaaaccccgaatctagctagattgaaataagatgtgtcttcacgcatgtagatgtaaataacacgcagtgggtttcaatagaaattttaagcagaatacgca
gi|23 : TA--AATATTCACTCAC----AG--ACA----------GATGGCACTAACAAATTGGGTTAAAACAAA---------------ATG-----TG------TCTTCA---------TAG------------TTGTA--A-A-T--GATATG-CGC----AATGGGTTT-CAATCAAAAC--TA---A-----GCAGA----ATACATAGT-ataaaaaaaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttcaaaataagaagatgtgtctttacatttgtaaatgacaagcaatgaatttcaataggaattgataaacataaaacacaaagagaatgtagatagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
gi|21 : ATTTATACGC----GG--ACA----------GACA-C-CTTAAAA--CAGAT-----CTAA---------------CTACAAATTGAAACAATCTTCA---------TAG------------TTGT---A-A-C--AACA---AGC----AAT----TTACAACAATATT--CA---A-----GAAAAAT--ACACACAATGAATGTACATgaat
gi|25 : cTAG---------------ATT-----TG------TCTTCA---------TTG------------TTGC---A-AAT--GACA---AGC----CATTCGTTT-CGATAGAAAT--TA---AG---TAGAAT----A-GCACAGT-atgaaa
gi|8 : accggatctagtttgatatatgatataattgAG---------------ATG-----TG------TCTTTA---------CAT------------TTGT---A-AAT--GACA---AGC----AATGAATTT-CAATAGGAAT--TG---ATAAACATAAA----ACACAAAGgactat
gi|26 : atgctgtgaaatagatcgcggagttcgtggaatgtatatattcatacgcggacagacgacaataaaaaaaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttcaaaataagaAA---------------ACA-----TG------TCTCCA---------TAG------------TTGCAAAA-A-T--GACG---ACC----AACGGATTT-CAATGGAAAT--TG---AA---CAGAAA----ACGCATTGT-AGTGagaatgtagatagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
gi|27 : tagctagattgaaacaAA---------------AAG-----TG------TCTTCA---------TGG------------TTGCA--A-A-T--GATT---TGC----AATGTATTT-CAAT-GAAAT--TA---AG---CAG-AA----ACACACAAT-aa
gi|20 : taattagactgaaaac---------------ATG-----TG------TATTTA---------TTT------------TTGC---A-AAT--GACA---AGC----AAAGAATTT-CAATATAAAT--AA---AG---CAGAAA----ACATACAgaatg
gi|14 : gacagacagcagtaaaaaaaaacgaatctaacgtcggagattgaaacaac---------------ATG-----TG------TCTTCA---------TGT------------TTGC---A-AAT--GATATTAAGC----AATGAATTT-CATAAGAAAT--CA--------TGCAAA----ATACACAtttgaaaatctagatt
gi|24 : ttcaacaacgctgagatcaaaaaggtcacagagtttgtagaatgcatataggcctacatgtacatatttagaatgacaccaaaaaaaaaaaaaaaacagaaagaaaaccaggctctaactagattggaacaaaatgtcatt---------TAG------------ATGC---A-AAT--GAAA---ATC----AATGGATTT-TAATAGAAAT--GA---AG---CAGGAA----AGACACAGT-Acatt
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCCAAGGAGGACAAACTAAAAACCCATAACCGTATTAAACTATACTAAAAATTTATTCAAATGAAAGGGAAACAATAAACCAGAAAACATATATTCCAAAAATTTCACCAATGAAGGTAAGATGCGGAGTTGTGTTATGTATACTGTTATTATAATGTAGCTATAGATAAATGCGGACAAATTTGTACACCTATACCCAGAAGTTCGGAGTCCGTATGTCT
Unaligned ( gi|22 ): ATTCACACGTGACAGTAGTACCAAAAACTAAACTAAACCAGATTCATCTTCATATTGCAAATGATAAAACCTGGGTTTCAAAAGAAATGAAACCCAATGCTCATTGTGAATGTATAAGTATTAAA
Unaligned ( gi|28 ): ACTGGATACAGAATATTATTTTATAGGCGCAAGGGATGGATTTCAATAGAAATAAAGCATAATACACACAAGGAATGTAAATATT
Unaligned ( gi|29 ): GAATAAAATAAAATCTGTAAATATTTTCCAACTATTTCAACAGTGCTACGAAATAGGTCAAAGTCTTTGTGGAATGTGT
Unaligned ( gi|32 ): AAACTAAATGTGTCTTCATAGTTGTAAATGCAGTAAAATTAAGCAGTATACAAGGTGAATGTAA
Unaligned ( gi|33 ): GCACAGATAAAGCGTAGCCGTGCATGATATAGGTCTATAATTATAACATTTGCCT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 2222 11 555555555555555555 333333333 11111 111111 1111 1111 1111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222 1111111111 111111111111111 111 111111 1111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 2
lowQualScore : 11 0 11 222 222 1 3333 44 444444444444444444 5 66 4 777777777 5 33333 5 4 4 8 22 222222 8 55 55 0 00 1 66 3333 77 0 4 6 0 22 4444 777 2222222 1 8 0 8888 6 4444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222 2 6666666666 2 2222222222 2 444444444444444 1111 5555 111 111111 6666666666666 5555 33 0 3 7 3 8888 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666 222222 1 2 22 22 666 4444 22 88888888 66 88888 0 5 2 3 1 5
lowQualScore : .. . .. ... ... . .... .. .................. . .. . ......... . ..... . . . . .. ...... . .. .. . .. . .. .... .. . . . . .. .... ... ....... . . . .... . .... ................................................................................................................................................................................................. ...... . .......... . .......... . ............... .... .... ... ...... ............. .... .. . . . . .... .................................................................................. ...... ...... . . .. .. ... .... .. ........ .. ..... . . . . . .
lowQualScore : 77 7 77 000 333 0 7777 00 444444444444444444 7 77 0 555555555 0 99999 0 4 4 9 66 888888 2 22 66 7 22 4 22 5555 44 1 4 2 7 99 6666 000 3333333 6 0 1 5555 0 8888 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000 7 7777777777 7 7777777777 7 333333333333333 6666 7777 777 333333 2222222222222 7777 66 4 1 2 8 9999 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111111 7 1 99 99 666 5555 99 11111111 11 22222 8 4 7 1 5 3
consensus : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATAT--A-AC-TTA--GTTTCAT-GN-CCTGNAAGTTTA-------AT-CTAA----ACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCACCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTTGGTAATGATTT-CCAT-ATTTGG-TGATGATTTCCATATTTGAAC-G--A---TGG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------ACNC---AAACG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TAC------C--NATT-A---AG-AT-----AAA--A----TTC-------AA---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACA-AT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGGC-ACTAA---AAAAT---CG-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGC----AA--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-AAGCAGAANACACAC-AG-TGAATGTANAT
Reference ( family-6773 ) : NTAGNTATGAGNACTTCCGGGTGCCANGTATGCTGAA-GATATCGGNACATTA--GTTNCAT-GN-CCTGTAAGTT---------AT-TTAA----ACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCGCCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTTGGTAATGATCT-CCAT-ATTTGG-TGATGATTTCCATATTTGAAC-G--A---TGG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGANGAACCA------------------ACACG--AANCG-C---ATAAAAT----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TAC------C--AATT-A---AG-AT-----AAA--A----TTC-------AA---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACA-AT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGGC-ACTNA---NAAAT---CG-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGC----AA--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-AAGCAGAAAACACAC-AG-T-AATGTACAT
gi|1 : TAAATGTAAATACTTTTAAGTAC-ATGTATA-TAAACAATAT--ATACTTTTTTGTTT--T-GT-TTTGTAAGTT---------AT-GCAA----ACTT-A-AGA-GTTGAAAA-CCACCTG------ATCGTGACTTGTCCCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTTGGTAATGATTT-CCAT-ATTCGG-TAATGATTTCCAGATTTGGAC-A--A---TGG-------AAAGG-GAAATGGT----CCAAGGAAAACCA------------------ACACA--AAGCG-C---ATGAACTT---GATC-TAC--CACAC-------GAT---AT---GACT----AA-GCTTT-AT--TT-A--CCA----TAC------C--AATT-A---AG-AT-----AAA--A----TTC-------AA---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACT-AT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GA-----A-GACCGTCGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCATA----C-ATGATCAGACGGC-ACTCA---CAATT---CG-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TATTTG------TAGTT-GC-AA--T--GACA---AGC----AA--TGGAATTCAACGGAA--------A--T---C-AATTGGAAAACACAC-AG-T-ATTGTACAT
gi|10 : aGTGAATT---------AT-TCAA----ACGT-GTAT--GCTGAAAT-TTATCCGTATTCAAGCTTAACTCGTCTTCACATTTGGTAATgcta
gi|12 : atatcaacatcattaacgc---A-A--------ATTCAA------CA-AT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGG-----TT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAGC-A-TTA---CAAAtccaattagtctaggaaggacaaattccaaactcatgaaatcaccatccatatcatataagcaagtgtgatttttttaatcttaaattcatgaggatttaaaaaaaaagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|12 : tatttcctag-------------------AG-------------------AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGC----AG--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-AAGCAGAATACGCAaaaaaccaacaaaaaacaaaaaaccccgaatctagctagattgaaataagatgtgtcttcacgcatgtagatgtaaataacacgcagtgggtttcaatagaaattttaagcagaatacgca
gi|13 : tatttcctagaaattcaacaatgccgctgtaaatacatataggtcgcggttattggaatgtgcatattcacacgcagacagtcagcattacaaaaaaaaccaacaaaaaacaaaaaaccccgaatctagctagattgaaata---A-A--------ATTCAA------CA-AT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGGG---GTT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAGC-A-TTA---CAAA
gi|13 : ttcctag-------------------AG-------------------AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGC----AG--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-AAGCAGAATACGCAaaaaccaacaaaaaacaaaaaaccccgaatctagctagattgaaataagatgtgtcttcacgcatgtagatgtaaataacacgcagtgggtttcaatagaaattttaagcagaatacgcaa
gi|14 : ttcctagaaattcaacaatgccgctgtaaatacatataggtcgcggggttattggaatgtgcatattcacacgcagacagtcagcattacaaaaaaaccaacaaaaaacaaaaaaccccgaatctagctagattgaaata-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TGTTT-GCAAA--T--GATATTAAGC----AA--TGAATTTCATAAGAA--------A--T---C-ATGCAAAATACACAC-Aa
gi|15 : ttcaacaacgctgagatcaaaaaggtcacagagtttgtagaatgcatataggcctacatgtacatatttagaatgacaccaaaaaaaaaaaaaaaacagaaagaaaaccaggctctaactagattggaacaaaatgtcattT-GC-CCTTAAAGTTTAA------AT-CTAA-----TGT-A-ACA-GCTGAAAA-TTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCCATATTTtt
gi|15 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttatgtattat-CCAA-ATTTGG-TGATGATTTCCATATTTCAGC-A--ATATTGG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------ACCCT--AAA---C---ATGAAA----------------ATA--------G-----AG---G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TAT------C--cagcaatattggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacatgaaaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttatgtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaattgattgaccttgattcgtaaTTA--GTATTATTGC-CCTTAAAGTTTAA------AT-CTAA-----TGT-A-ACA-GCTGAAAAATTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCC-TATTTt
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaat-CCAA-ATTTGG-TGATGATTTCC-TATTTCAGC-AATA---TGG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------ACCCT--AAACA-----ATAAATA----GAG------------------------------G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TAT------C--cagcaatatggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacaataaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|17 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttagtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaaattgattgaccttgattcgtaaTTGAAC-G--A---TGG--T----CAA-G-GAGATAAT----CCAAGGAGAACAA------------------ACTCGAAAATCG-TATGATAAAATTAAGGATT-TACATTATCT-------AAT---AT---T--T----AA-------AT--TC-AAGTAAAAAGTAC------TAAAATT-A---AG-AC-----AA---------CCAGA----AA---------AC---ATA--------TCTCAACAATTACA-AT----G-----TC-G-----C---AA-A-----AT-----A---------A---GTT--CATGGAA------TGTGT------------ATAGTCt
gi|18 : -TGACGATTCCAATATTTGAAG-G--A---TGG--G----AAAGG-GGAATAGT----CCAAGAAGCACCA------------------ACTCA--AAACG-C---ATATATC----AAAC-CAT--TATAT-------AAT---ATAG-A--T----AA-ACGCTAATA-TC-A--TCA----TAC------T--TATT-C---AA-AT-----AA
gi|19 : -----ACG-AT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCGCGGA---GCT--CGTGGAA------TGTGC------------CAATTCACA----A-ACGGTCAGGC--CAAATAAAAGAAAAC---CGTTTTAATTACATTGATA----CG-------------------AG-------------------TT------A-----TG------TCTTCA------TAATT-GCAAA--T--Gtaggtaaaaatgaaaaccagaaaacacattttcctccaatttaaacaatactgc
gi|2 : aataaagcagaacacatatttccaaaactttttT-GA-CCAGTAAGTTTATAGTTCGAT-TTAA----ACAT-A-ACA-GTTGAAAA-TAAATTG------ACCTTGACT---------------TAATTGTCTCCA--------------------T-ATTTGG-TGATGATTTCCATATTTGAAC-AATA---TGG--TATTAAAAGG-GAAATAGT----CCAAGGAGGACAA------------------ACACT--AAATT-C---ATAAAATA---GAACATAC--TGTAT-------GAT---ATCTAG--TTTTAAA-GTGTT-AT--CT-A--TCA----TAC-----------TT-AAACAA-ATTCTGGAAA--ACATTTTC-------CA---------AC---A-A--------TATC-A-----ACA-AT----G-----CT-G-----C---AA-A-----GT-----A-------AGA---GTTA-AATGGAAATTTAGTGTAT------------ATATTCACT----C-GCGCACAAATGAC-AATAAT--GAAAT-------------------AT------------------------------------------------T------G-----TG------TCTTCA------TAATT-GCTAA--TCAAACA---AGC----AA--TGGGTTTTAGTTGAA--------A--T---TAAAATAGAATAC
gi|20 : taatatGACAGACAGC-AGTAA---AAAAAAA-CG-------------AAT-----CT-------------------AACGTCGGAGATTGAAACAACAT------G-----TG------TATTTA------TTTTT-GCAAA--T--GACA---AGC----AA--AGAATTTCAATATAA--------A--T---A-AAGCAGAAAACATAC-A
gi|21 : ATTTATA----C-GCGGACAGACA-C--CTTA---AAA-----CA-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------CT------ACAAATTGAAACAATCTTCA------TAGTT-GT-AA--C--AACA---AGC----AA--T---TTACAACAATA--------T--T---C-AAGAAAAATACACAC-AA-TGAATGTACATtttgaaaatctagatt
gi|22 : cATTCACA----C-GTG-ACAG-TAGT-ACCAA---AAACTAAACT-------------AAA-----CC-------------------AG-------------------AT------T-----CA------TCTTCA------TA-TT-GCAAA--T--GATA---A------AACCTGGGTTTCAAAAGAA--------A--T---G-AAACCCAATGCTCAT-TG-TGAATGTATatgaaa
gi|23 : TAA------------ATATTCACT----C-ACAGACAGATGGC-ACTAA---CAAAT---TG-------------GGTTAAAACA-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--GATATG-CGC----AA--TGGGTTTCAATCAAA--------A--C---T-AAGCAG--AATACAT-AG-T-GAagtattaaa
gi|24 : AAAT---TG-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AT------C-----TC------TCATCA------TAGAT-GCAAA--T--GAAA---ATC----AA--TGGATTTTAATAGAA--------A--T---G-AAGCAGGAAAGACAC-AG-TAAATGTAAATat
gi|25 : aaaactggatttaactT-------------------AG-------------------AT------T-----TG------TCTTCA------TTGTT-GCAAA--T--GACA---AGC----CA--TTCGTTTCGATAGAA--------A--T---T-AAGTAGAATA-GCAC-AG-T-GAata
gi|26 : accggatctagtttgatatatgatataattgAGAT---TG-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AC------A-----TG------TCTCCA------TAGTT-GCAAAAAT--GACG---ACC----AA--CGGATTTCAATGGAA--------A--T---T-GAACAGAAAACGCAT-TG-T-AGTGctat
gi|27 : tagct-------------------AA-------------------AA------G-----TG------TCTTCA------TGGTT-GCAAA--T--GATT---TGC----AA--TGTATTTCAAT-GAA--------A--T---T-AAGCAG-AAACACAC-AA-TGAATGaa
gi|28 : taattagactgaaaacCA---AGG----GA--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---A-AAGCATAATACACACAAG-G-AATGTAAAT
gi|29 : actggatacagaatattattttataggcg----TTC-------CA---------AC---T-A--------TTTCAA------CA-GT----G-----CT-A-----C---GA-A-----AT-----A-GGTCAAAGT---CTT--TGTGGAA------TGTatt
gi|3 : gaataaaataaaatctgtaaatattTAGATATGAGAACTTCTGGGTG---TGTATACTGAA-GATATCGA-----TA--ATTT--T-GA-CCTATAAATT---------AT-CTAA----ACTT-A-TCA-GCTGAAAA-TCACCCG------ACCTTGACTTATCGCCAT-------------------ATTTGGTAACGATTT-CCAT-ATTT---TG-----------------AC-A--A---TGG--T----AAAGA-TAAATCAT----CCAAGAAGGAC---------------------------AAGCT-T---ATTTAAC----GCAC-CAT--CGTAT-------GAT---ATAG-G--T----AA-GTGTT-AT--TT-A--TTG----AACGTTTTGA--AATA-A---AA-GTAA---AAA--A----TT--------AA---------ACCAGA-AAACATAT-TTTTTA-----ACA-AT----T-----TCAG-----C---AA-T-----GTC----ATGGT-GCAAAGTTGTT--TGTGGAC------TGTAG------------ATATTCATA----C-ACAGACAGACgt
gi|30 : tatttttggtt----TTC-------CA---------AC---A-A--------TTTTAA------CA-AT----G-----CG-G-----C---TA-A-----GT-----T-GGTCGTAGA---GTT--TATGGTA------TGtggatgtaactag
gi|31 : aaaaaaaattaacccaaaaacacatt-ATA-GCTGAAA--TCACCTG------ACCTCGACTTGTCTCCATATTTGGCAGTGACTTACATA
gi|32 : atagat-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--G------------------------CAGTA-AA--------A--T---T-AAGCAG--TATACAA-GG-TGAATGTAccagtatt
gi|4 : aaaAATTATAAATACTTTCAGATACCAGGTATGT--AA-AATAT--GGACATTA--GTTACAT-GTACCTGAACGCT---------AT-TCAA----ATGG-A-ACA-GTTGAAAAATCACCTG------ATCTCAATTTGTCTCCATATTTGGTACTGATTTCCATATTTGG--ATGA------------TGG-TAA--------ATG---GAAA-G--A----GT--T----CAAGATGAAATATT----CTA-----AATCA------------------TCA---------------TAAAAT-----ATC-TA---------------GGT---AT--------------GCATT-TT--TT-A--T--------C------C--AGAG-A---AC-AT-----GTT--A----CCC-------AA----------C---A-A--------ATTCAAC----ACATAG----A-----TC-A-----T---GA-A-----GT---------TCATGGA--------------A------TGTAC------------A----CAAA----C-------AGATGGC-ACT-A---AAAAC---CA-------------GAT-----AT-------------------AA------------------------------------------CT--A------GA----GCAGA--T--GACA---AGC----AA--CGGATTTCAAa
gi|5 : tttttag-GA-CCTGAAAGTT---------ACATTAATTTAACGTGA-ACATGCTGAAAA-TCACCTG------ACCTTGACT------------------TGATCTC-ATATT-GGTAATGATTT-CCAT-A--------A----------ATTTGAAC-G--A---TGGTTT----AGAGGAGATATAGT----TCA-----AACCA------------------CCA----------C---ATAAGA---------------------------GAT---AG---G--T----AA-GCGTT-AT--TTAA--TCA----TAC------C--TATTCA---AG-AT-----AAAAGA----TTCCAAAATTAA---------AG---A-AAGTATATTTTTCAA-----ACA-ATTTCAGCAATTCT-G-----C---AA-A-----GT-----A-GATT-CTGA----TCAACAGAGAA------CATAT------------ATATTCATAATCTC--CGAACAGACGG
gi|6 : ctataATTATCTACCACCGTTTGGGTAATGATTTCCATATTTGAACAA--A---TGG--T----GAAAG-AGAATAATATCACCAAGAGGGACAATAAATTAAAGGTTGAAATAAAC---AATCGAT---ATCAAATA---GACC-AAT--CAAATAAATCAGGATCAAAT---A--T----AAGGCTTT-ATCGTT-A--T-A-----AC------T--TTTT-C---AGAAT-----AAA--A----CTA-------AATCAGAAAGCAT---A-A--------TTT-AA-----ACA-AT----T-----TA-G-----A---TATA-----AT-----A---TAGCAGA---GTT---GTGGGACC----TGTTT------------ATATTCATA----CGGCGGACAgcaaatagaat
gi|7 : cataacgtaacgtaaacgaccatag--A----TTT-------CA---------GC---A-A--------TTTCCA------CA-AT----G-----CT-GAGCTGC---AA-A-----GTTAGTGA-GGTTGCATA---GTT--TGTGGAA------TGTAT------------ATATTTACC----T-GAGGTCAGGTGGC-GATAA---GAAAT----G-------------GAT-----CTAGCTACTATAGATATTTAAAA-------------------ATCAGTTAG-----CA------TCTTCA------TAATTTGCAAA--T--GACA---AACATATAA--TGGGTTTTAATAAAA--------A--TTA-T-AAGCAGAAAACAAAT-AT-TGAATGTAa
gi|8 : -AT----G-----CT-G-----T---GA-A-----AT-----A-GATCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAT------------ATATTCATA----C-GCGGACAGACGAC-AATAA---AAAAgacatgttcaatttagctcagtaaacattatacttgtttataaacttagaattaccttcaattccaaa
gi|8 : CTTC---AAAAT---AA-------------GA---------------------------AG-------------------AT------G-----TG------TCTTTA------CATTT-GTAAA--T--GACA---AGC----AA--TGAATTTCAATAGGA--------A--TTGAT-AAACATAAAACACAA-AGAG-AATGTAGATaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttcaaaataagaagatgtgtctttacatttgtaaatgacaagcaatgaatttcaataggaattgataaacataaaacacaaagagaatgtagatagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
gi|9 : atgctgtgaaatagatcgcggagttcgtggaatgtatatattcatacgcggacagacgacaataaaaaaaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgt----TTC-------CA---------AC---A-T--------TTTCAA------CA-AT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCAAGGA---ATC--TGTGCAA------TGTATTCATGTACATGTATATTCACA----G-GCAGAGAGACAGC-ATCAA---AAAAT---AG-------------AAT-----CT-------------------AACTACACTGAAACAGA----AT------G-----TG------TCTTCA------GAGTT-GCAAA--T--GACA---ACC----AA--TGGATTTCAATAGAAATACATGTA--T---T-AAACAGGATACACAC-GA-TGAATGTATATagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCCAAGGAGGACAAACTAAAAACCCATAACCGTATTAAACTATACTAAAAATTTATTCAAATGAAAGGGAAACAATAAACCAGAAAACATATATTCCAAAAATTTCACCAATGAAGGTAAGATGCGGAGTTGTGTTATGTATACTGTTATTATAATGTAGCTATAGATAAATGCGGACAAATTTGTACACCTATACCCAGAAGTTCGGAGTCCGTATGTCT
Unaligned ( gi|33 ): GCACAGATAAAGCGTAGCCGTGCATGATATAGGTCTATAATTATAACATTTGCCT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 222 1 33333333333333333333 444444444444444 111111 22222222222222222 111111111 1111 1111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 2222222222222222222222222 111 111111 1111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111
lowQualScore : 00 333 3 22222222222222222222 66 1 222222222222222 1 9 5 4 4 4 0 2 222222 00000000000000000 777 111111111 0 1 4444 777 2222222 4 4 7777 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 999999 7777777777 33 0000000000000000000000000 2 1111 444 000 111111 6666666666666 5555 2 0 3 4 777 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666 222222 1 2 22 22 666 4444 22 88888888 66 55555 33 3 444 1
lowQualScore : .. ... . .................... .. . ............... . . . . . . . . ...... ................. ... ......... . . .... ... ....... . . .... . ....................................................................................................................................................................................................... ...... .......... .. ......................... . .... ... ... ...... ............. .... . . . . ... .................................................................................. ...... ...... . . .. .. ... .... .. ........ .. ..... .. . ... .
lowQualScore : 00 000 3 66666666666666666666 77 0 777777777777777 1 4 0 4 4 4 9 9 888888 33333333333333333 666 111111111 8 8 6666 000 3333333 1 0 7777 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999999 3333333333 00 2222222222222222222222222 7 6666 777 000 333333 2222222222222 7777 7 4 1 5 999 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111111 7 1 99 99 666 5555 99 11111111 11 22222 11 2 111 0
consensus : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATAT-A-AC-TTAT--GTTTTAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCGCCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--A---TGG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACC--TATT-A---AG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGGC-ANTAA---AAAAT---CG-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAATACACA---CAGTGAATGTANAT
Reference ( family-6773 ) : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATAT-A-AC-TTA---GTTTCAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCACCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--A---TGG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACC--NATT-A---AG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGGC-ACTAA---AAAAT---CG-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAANACACA---CAGTGAATGTANAT
gi|1 : TAAATGTAAATACTTTTAAGTAC-ATGTATA-TAAACAATAT-ATAC-TTTTTTGTTT--T-GT-TTTGTAAGTT-------------A-TGCAAACTT-A-AGA-GTTGAAAA-CCACCTG------ATCGTGACTTGTCCCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTCGGTAATGATTTCCAGATTTGGAC-A--A---TGG-------AAAGG-GAAATGGT----CCAAGGAAAACCA------------------A-CAC-A---AAG--CG-C---ATGAA-CTT--GATC-TAC--CACAC-------GAT---AT---GACT----AA-GCTTT-AT--TT-A--CCA----TACC--AATT-A---AG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACTAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GA-----A-GACCGTCGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCATA----C-ATGATCAGACGGC-ACTCA---CAATT---CG-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TATTTG------TAGTT-GC-AA--T--GACA---AGCA----A--TGGAATTCAACGGAA--------A--T---C-A--ATTGGAAAACACA---CAGT-ATTGTACAT
gi|10 : a-------A-TTCAAACGT-GTAT--GCTGAAAT-TTATCCGTATTCAAGCTTAACTCGTCTTCACATTTGGTAATgcta
gi|10 : atatcaacatcattaacgcgtgaattAATTAGT----CTAGGAAGGACAA------------------ATTCC-A---AA---CT-C---ATGAAAT----CACC-ATC--CATAT-------CAT---ATAA-G--C----AA-GTGTG-AT--TT-T--T--------------TT-A---AT-CT-----TAA--A----T------TC-------AT--G---------AG---G-A--------TTTAAA-----AAAAtccaattagtctaggaaggacaaattccaaactcatgaaatcaccatccatatcatataagcaagtgtgatttttttaatcttaaattcatgaggatttaaaaaaaaagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|12 : atatcaacatcattaacgcgtgaattattcaaacgtgtatgctgaaatttatccgtattcaagcttaactcgtcttcacatttggtaattcc---A-A--------ATTCAA------CAAT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGG-----TT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAGC-ATTAC---AAAAaagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|12 : tatttcctag-------------------AG-------------------AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGCA----G--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-A--AGCAGAATACGCA---aaaaccaacaaaaaacaaaaaaccccgaatctagctagattgaaataagatgtgtcttcacgcatgtagatgtaaataacacgcagtgggtttcaatagaaattttaagcagaatacgca
gi|13 : tatttcctagaaattcaacaatgccgctgtaaatacatataggtcgcggttattggaatgtgcatattcacacgcagacagtcagcattacaaaaaaaaccaacaaaaaacaaaaaaccccgaatctagctagattgaaata---A-A--------ATTCAA------CAAT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGGG---GTT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAGC-ATTAC---AAAA
gi|13 : ttcctag-------------------AG-------------------AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGCA----G--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-A--AGCAGAATACGCA---aaaccaacaaaaaacaaaaaaccccgaatctagctagattgaaataagatgtgtcttcacgcatgtagatgtaaataacacgcagtgggtttcaatagaaattttaagcagaatacgcaa
gi|14 : ttcctagaaattcaacaatgccgctgtaaatacatataggtcgcggggttattggaatgtgcatattcacacgcagacagtcagcattacaaaaaaaccaacaaaaaacaaaaaaccccgaatctagctagattgaaata-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TGTTT-GCAAA--T--GATATTAAGCA----A--TGAATTTCATAAGAA--------A--T---C-A--TGCAAAATACACA---CAa
gi|15 : ttcaacaacgctgagatcaaaaaggtcacagagtttgtagaatgcatataggcctacatgtacatatttagaatgacaccaaaaaaaaaaaaaaaacagaaagaaaaccaggctctaactagattggaacaaaatgtcatt-A-AT-TTAT--GTATTATTGC-CCTTAAAGTT----TA-------AATCTAA-TGT-A-ACA-GCTGAAAA-TTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCCATATTTCAGCAAT-ATTtt
gi|15 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaCCAAATTTGGTGATGATTTCCATATTTCAGC-A--ATATTGG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------A-CCCTA---AA------C---ATGAAA----------------ATA--------G-----AG---G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TATC--ggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacatgaaaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttatgtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaattgattgaccttgattcgtaa-A-AT-TTA---GTATTATTGC-CCTTAAAGTT----TA-------AATCTAA-TGT-A-ACA-GCTGAAAAATTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCC-TATTT-t
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaCCAAATTTGGTGATGATTTCC-TATTTCAGC-AATA---TGG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------A-CCCTA---AA---CA-----ATAAATA----GAG------------------------------G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TATC--cagcaatatggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacaataaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|17 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttagtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaaattgattgaccttgattcgtaaTTGAAC-G--A---TGG--T----CAA-G-GAGATAAT----CCAAGGAGAACAA------------------A-CTC-G---AAAATCG-TATGATAAAATTAAGGATT-TACATTATCT-------AAT---AT---T--T----AA-------AT--TC-AAGTAAAAAGTACTAAAATT-A---AG-AC-----AA---------------CCAGA----A---A---------AC---ATA--------TCTCAACAATTACAAT----G-----TC-G-----C---AA-A-----AT-----A---------A---GTT--CATGGAA------TGTGT------------ATAGTCt
gi|18 : TGACGATTCCAATATTTGAAG-G--A---TGG--G----AAAGG-GGAATAGT----CCAAGAAGCACCA------------------A-CTCAA---AA---CG-C---ATATATC----AAAC-CAT--TATAT-------AAT---ATAG-A--T----AA-ACGCTAATA-TC-A--TCA----TACT--TATT-C---AA-AT-----AA
gi|19 : -----ACGAT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCGCGGA---GCT--CGTGGAA------TGTGC------------CAATTCACA----A-ACGGTCAGGC--CAAATAAAAGAAAAC---CGTTTTAATTACATTGATA----CG-------------------AG-------------------TT------A-----TG------TCTTCA------TAATT-GCAAA--T--Gtaggtaaaaatgaaaaccagaaaacacattttcctccaatttaaacaatactgc
gi|2 : aataaagcagaacacatatttccaaaactttttT-GA-CCAGTAAGTT----TATAGTTCGA-TTTAAACAT-A-ACA-GTTGAAAA-TAAATTG------ACCTTGACT---------------TAATTGTCTCCA--------------------TATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-AATA---TGG--TATTAAAAGG-GAAATAGT----CCAAGGAGGACAA------------------A-CACTA---AA---TT-C---ATAAAATA---GAACATAC--TGTAT-------GAT---ATCTAG--TTTTAAA-GTGTT-AT--CT-A--TCA----TAC-----TT-AAACAA-ATTCTGGAAA--ACATTT------TC-------C---A---------AC---A-A--------TATC-A-----ACAAT----G-----CT-G-----C---AA-A-----GT-----A-------AGA---GTTA-AATGGAAATTTAGTGTAT------------ATATTCACT----C-GCGCACAAATGAC-AATAAT--GAAAT-------------------AT------------------------------------------------T------G-----TG------TCTTCA------TAATT-GCTAA--TCAAACA---AGCA----A--TGGGTTTTAGTTGAA--------A--T---TAA--AATAGAATAC
gi|20 : taatatGACAGACAGC-AGTAA---AAAAAAA-CG-------------AAT-----CT-------------------AACGTCGGAGATTGAAACAACAT------G-----TG------TATTTA------TTTTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--AGAATTTCAATATAA--------A--T---A-A--AGCAGAAAACATA---CA
gi|21 : ATTTATA----C-GCGGACAGACACC--TTAA---AA------CA-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------CT------ACAAATTGAAACAATCTTCA------TAGTT-GTAA---C--AACA---AGCA----A--T---TTACAACAATA--------T--T---C-A--AGAAAAATACACA---CAATGAATGTACATtttgaaaatctagatt
gi|22 : cATTCACA----C-GTG-ACAG-TAGT-ACCAA---AAACTAAACT-------------AAA-----CC-------------------AG-------------------AT------T-----CA------TCTTCA------TA-TT-GCAAA--T--GATA---A--A----ACCTGGGTTTCAAAAGAA--------A--T---G-A--AACCCAATGCTCA---TTGTGAATGTATatgaaa
gi|23 : TAA------------ATATTCACT----C-ACAGACAGATGGC-ACTAA---CAAAT---TG-------------GGTTAAAACA-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--GATATG-CGCA----A--TGGGTTTCAATCAAA--------A--C---T-A--AGCAGAAT--ACA---TAGTGAATagtattaaa
gi|24 : AAAT---TG-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AT------C-----TC------TCATCA------TAGAT-GCAAA--T--GAAA---ATCA----A--TGGATTTTAATAGAA--------A--T---G-A--AGCAGGAAAGACA---CAGTAAATGTAAAT
gi|25 : aaaactggatttaactT-------------------AG-------------------AT------T-----TG------TCTTCA------TTGTT-GCAAA--T--GACA---AGCC----A--TTCGTTTCGATAGAA--------A--T---T-A--AGTAGAATA-GCA---CAGTGAata
gi|26 : accggatctagtttgatatatgatataattgAGAT---TG-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AC------A-----TG------TCTCCA------TAGTT-GCAAAAAT--GACG---ACCA----A--CGGATTTCAATGGAA--------A--T---T-G--AACAGAAAACGCATTGTAGTGAActat
gi|27 : tagct-------------------AA-------------------AA------G-----TG------TCTTCA------TGGTT-GCAAA--T--GATT---TGCA----A--TGTATTTCAAT-GAA--------A--T---T-A--AGCAGAA-ACACA---CAATGAATG
gi|28 : taattagactgaaaacCA---AGGG----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---A-A--AGCATAATACACA---CAAGGAATGTAAAT
gi|29 : actggatacagaatattattttataggcg----T------TC-------C---A---------AC---T-A--------TTTCAA------CAGT----G-----CT-A-----C---GA-A-----AT-----A-GGTCAAAGT---CTT--TGTGGAA------TGTatt
gi|3 : gaataaaataaaatctgtaaatattTAGATATGAGAACTTCTGGGTG---TGTATACTGAA-GATATCG-A---TA---ATTT--T-GA-CCTATAAATT-------------A-TCTAAACTT-A-TCA-GCTGAAAA-TCACCCG------ACCTTGACTTATCGCCAT-------------------ATTT-GGTAACGATTTCCATATTT--TG-----------------AC-A--A---TGG--T----AAAGA-TAAATCAT----CCAAGAAGGACAA------------------G-CTT-ATTTAA---CG-C---A-------------C-CAT--CGTAT-------GAT---ATAG-G--T----AA-GTGTT-AT--TT-A--TTG----AACG--TTTT-G---AA-AT-----AAA--AG---TAAAAAATT-------A---A---------ACCAGA-AAACATAT-TTTTTA-----ACAAT----T-----TCAG-----C---AA-T-----GTC----ATGGT-GCAAAGTTGTT--TGTGGAC------TGTAG------------ATATTCATA----C-ACAGACAGACgt
gi|30 : tatttttggtt----T------TC-------C---A---------AC---A-A--------TTTTAA------CAAT----G-----CG-G-----C---TA-A-----GT-----T-GGTCGTAGA---GTT--TATGGTA------TGtggatgtaactag
gi|31 : aaaaaaaattaacccaaaaacacatt-ATA-GCTGAAA--TCACCTG------ACCTCGACTTGTCTCCATATTTGGCAGTGACTTACATA
gi|32 : atagat-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--G------------------------CAGTA-AA--------A--T---T-A--AGCAG--TATACA---AGGTGAATGTAccagtatt
gi|4 : aaaAATTATAAATACTTTCAGATACCAGGTATGT--AA-AATAT-GGACATTA---GTTACAT-GTACCTGAACGCT-------------A-TTCAAATGG-A-ACA-GTTGAAAA------------------------ATCACC-----------TGATCTC-A-ATTT-G-------TCTCCATATTTGGTACTGATTTCCATATTTGGAT-G--A---TGG--T----AAATG-GAAAGAGT----TCAAGATGAA-AT------------------A-TTCTA---AAT--CATC---ATAAAAT-----ATC-TA---------------GGT---AT--------------GCATT-TT--TT-A--TC-------C------------AG-AG-----AAC--A----TG-----TT-------ACCCA---------AC---A-A--------ATTCAAC----ACA-----------------------------------T-----A-GATCATGAA---GTT--CATGGAA------TGTAC------------A---------------CAAACAGATGGC-ACT-A---AAAAC---CA-------------GAT-----AT-------------------AA------------------------------------------CT--A------GA----GCAGA--T--GACA---AGCA----A--CGGATTTCAAa
gi|5 : tttttag-GA-CCTGAAAGTTACATTA-------A-TTTAA-CGTGA-ACATGCTGAAAA-TCACCTG------ACCTTGACT------------------TGATCTC-ATATT--GGTAATGATTTCCATA-------A----------ATTTGAAC-G--A---TGGTTT----AGAGGAGATATAGT----TCAA-----AC----------------------CAC----------CA-C---ATAAGA---------------------------GAT---AG---G--T----AA-GCGTT-AT--TTAA--TCA----TACC--TATTCA---AG-AT-----AAAAGA----T------TCCAAAATTA---A---------AG---A-AAGTATATTTTTCAA-----ACAATTTCAGCAATTCT-G-----C---AA-A-----GT-----A-GATT-CTGA----TCAACAGAGAA------CATAT------------ATATTCATAATCTC--CGAACAGACGG
gi|6 : ctataCACCGT-TTGGGTAATGATTTCCATATTT-Ggcaaatagaat
gi|6 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctacTTGGGTAATGATTTCCATATTTGAACAA--A---TGG--T----GAAAG-AGAATAATATCACCAAGAGGGACAATAAATTAAAGGTTGAAATA-AAC-A---AT---CGAT---ATCAAATA---GACC-AAT--CAAATAAATCAGGATCAAAT---A--T----AAGGCTTT-ATCGTT-A--T-A-----ACT--TTTT-C---AGAAT-----AAA--A----C------TA-------A---ATCAGAAAGCAT---A-A--------TTT-AA-----ACAAT----T-----TA-G-----A---TATA-----AT-----A---TAGCAGA---GTT---GTGGGACC----TGTTT------------ATATTCATA----CGGCGGACAaacaaatggtgaaagagaataatatcaccaagagggacaataaattaaaggttgaaataaacaatcgatatcaaatagaccaatcaaataaatcaggatcaaatataaggctttatcgttataactttttcagaataaaactaaatcagaaagcataatttaaacaatttagatataatatagcagagttgtgggacctgtttatattcatacggcggacaa
gi|7 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctaccaccgt--A----T------TT-------C---A---------GC---A-A--------TTTCCA------CAAT----G-----CT-GAGCTGC---AA-A-----GTTAGTGA-GGTTGCATA---GTT--TGTGGAA------TGTAT------------ATATTTACC----T-GAGGTCAGGTGGC-GATAA---GAAAT----G-------------GAT-----CTAGCTACTATAGATATTTAAAA-------------------ATCAGTTAG-----CA------TCTTCA------TAATTTGCAAA--T--GACA---AACATATAA--TGGGTTTTAATAAAA--------A--T---T-ATAAGCAGAAAACAAA---TATTGAATGTAGa
gi|8 : AT----G-----CT-G-----T---GA-A-----AT-----A-GATCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAT------------ATATTCATA----C-GCGGACAGACGAC-AATAA---AAAAcatgttcaatttagctcagtaaacattatacttgtttataaacttagaattaccttcaattccaaa
gi|8 : ---AAAAT---AA-------------GA---------------------------AG-------------------AT------G-----TG------TCTTTA------CATTT-GTAAA--T--GACA---AGCA----A--TGAATTTCAATAGGA--------A--TTGAT-A--AACATAAAACACA---AAGAGAATGTAGATaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttcaaaataagaagatgtgtctttacatttgtaaatgacaagcaatgaatttcaataggaattgataaacataaaacacaaagagaatgtagatagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
gi|9 : atgctgtgaaatagatcgcggagttcgtggaatgtatatattcatacgcggacagacgacaataaaaaaaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttc----T------TC-------C---A---------AC---A-T--------TTTCAA------CAAT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCAAGGA---ATC--TGTGCAA------TGTATTCATGTACATGTATATTCACA----G-GCAGAGAGACAGC-ATCAA---AAAAT---AG-------------AAT-----CT-------------------AACTACACTGAAACAGA----AT------G-----TG------TCTTCA------GAGTT-GCAAA--T--GACA---ACCA----A--TGGATTTCAATAGAAATACATGTA--T---T-A--AACAGGATACACA---CGATGAATGTATATagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCCAAGGAGGACAAACTAAAAACCCATAACCGTATTAAACTATACTAAAAATTTATTCAAATGAAAGGGAAACAATAAACCAGAAAACATATATTCCAAAAATTTCACCAATGAAGGTAAGATGCGGAGTTGTGTTATGTATACTGTTATTATAATGTAGCTATAGATAAATGCGGACAAATTTGTACACCTATACCCAGAAGTTCGGAGTCCGTATGTCT
Unaligned ( gi|33 ): GCACAGATAAAGCGTAGCCGTGCATGATATAGGTCTATAATTATAACATTTGCCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 222 1 2222222222222222 444444444444444 111111 22222222222222222 111111111 1111 1111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 2222222222222222222222222 111 111111 1111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111
lowQualScore : 00 333 3 4444444444444444 66 1 222222222222222 1 9 5 4 4 99999 222222 00000000000000000 777 111111111 0 1 4444 777 2222222 4 4 7777 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 88 3 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 999999 7777777777 33 0000000000000000000000000 2 1111 444 000 111111 6666666666666 5555 2 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666666 222222 1 2 22 22 666 4444 22 88888888 66 55555 33 2 444 1
lowQualScore : .. ... . ................ .. . ............... . . . . . ..... ...... ................. ... ......... . . .... ... ....... . . .... . ............................................................................................ . . .. . .. ..................................................................................... ...... .......... .. ......................... . .... ... ... ...... ............. .... . . ............................................................................................................................................ ...... ...... . . .. .. ... .... .. ........ .. ..... .. . ... .
lowQualScore : 00 000 3 7777777777777777 77 0 777777777777777 1 4 0 4 4 88888 888888 33333333333333333 666 111111111 8 8 6666 000 3333333 1 0 7777 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 66 6 00 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 999999 3333333333 00 2222222222222222222222222 7 6666 777 000 333333 2222222222222 7777 7 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 111111 7 1 99 99 666 5555 99 11111111 11 22222 11 4 111 0
consensus : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATATA-AC-TTATGTNTTAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCGCCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--A---TGG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACCT---ATT-NAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGG---------------C---------------------ANTAA---AAAAT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAATACACA---CAGTGAATGTANAT
Reference ( family-6773 ) : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATATA-AC-TTATGTTTTAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCGCCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--A---TGG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACCT---ATT-AAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGG---------------C---------------------ANTAA---AAAAT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAATACACA---CAGTGAATGTANAT
gi|1 : TAAATGTAAATACTTTTAAGTAC-ATGTATA-TAAACAATATATAC-TTTTTTGTTTT-GT-TTTGTAAGTT-------------A-TGCAAACTT-A-AGA-GTTGAAAA-CCACCTG------ATCGTGACTTGTCCCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTCGGTAATGATTTCCAGATTTGGAC-A--A---TGG-------AAAGG-GAAATGGT----CCAAGGAAAACCA------------------A-CAC-A---AAG--CG-C---ATGAA-CTT--GATC-TAC--CACAC-------GAT---AT---GACT----AA-GCTTT-AT--TT-A--CCA----TACCA---ATT-AAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACTAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GA-----A-GACCGTCGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCATA----C-ATGATCAGACGG---------------C---------------------ACTCA---CAATT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TATTTG------TAGTT-GC-AA--T--GACA---AGCA----A--TGGAATTCAACGGAA--------A--T---C-A--ATTGGAAAACACA---CAGT-ATTGTACAT
gi|10 : a-------A-TTCAAACGT-GTAT--GCTGAAAT-TTATCCGTATTCAAGCTTAACTCGTCTTCACATTTGGTAATgcta
gi|10 : atatcaacatcattaacgcgtgaattAATTAGT----CTAGGAAGGACAA------------------ATTCC-A---AA---CT-C---ATGAAAT----CACC-ATC--CATAT-------CAT---ATAA-G--C----AA-GTGTG-AT--TT---------------T---TTT-AAT-CT-----TAA--A----T------TC-------AT--G---------AG---G-A--------TTTAAA-----AAAAtccaattagtctaggaaggacaaattccaaactcatgaaatcaccatccatatcatataagcaagtgtgatttttttaatcttaaattcatgaggatttaaaaaaaaagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|12 : atatcaacatcattaacgcgtgaattattcaaacgtgtatgctgaaatttatccgtattcaagcttaactcgtcttcacatttggtaattcc---A-A--------ATTCAA------CAAT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGG-----TT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAGCATTACAAAAAAAACC---------------------AACAA---AAAACAAAAAACCCC--G-------------AAT-----CT-------------------AGCTAGATTGAAATAAG----AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGCA----G--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-A--AGCAGAATACGCA---aagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|13 : tatttcctag---A-A--------ATTCAA------CAAT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGGG---GTT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAG---------------CATTACAAAAAAACCAACAAAAAACAA---AAAAC---------CCCG-------------AAT-----CT-------------------AGCTAGATTGAAATAAG----AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGCA----G--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-A--AGCAGAATACGCA---
gi|14 : ttcctag-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TGTTT-GCAAA--T--GATATTAAGCA----A--TGAATTTCATAAGAA--------A--T---C-A--TGCAAAATACACA---CAa
gi|15 : ttcaacaacgctgagatcaaaaaggtcacagagtttgtagaatgcatataggcctacatgtacatatttagaatgacaccaaaaaaaaaaaaaaaacagaaagaaaaccaggctctaactagattggaacaaaatgtcattA-AT-TTATGTATTATTGC-CCTTAAAGTT----TA-------AATCTAA-TGT-A-ACA-GCTGAAAA-TTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCCATATTTCAGCAAT-ATTtt
gi|15 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaCCAAATTTGGTGATGATTTCCATATTTCAGC-A--ATATTGG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------A-CCCTA---AA------C---ATGAAA----------------ATA--------G-----AG---G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TATCT---ggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacatgaaaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttatgtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaattgattgaccttgattcgtaaA-AT-TTA-GTATTATTGC-CCTTAAAGTT----TA-------AATCTAA-TGT-A-ACA-GCTGAAAAATTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCC-TATTT-
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaCCAAATTTGGTGATGATTTCC-TATTTCAGC-AATA---TGG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------A-CCCTA---AA---CA-----ATAAATA----GAG------------------------------G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TATCT---cagcaatatggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacaataaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|17 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttagtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaaattgattgaccttgattcgtaaTTGAAC-G--A---TGG--T----CAA-G-GAGATAAT----CCAAGGAGAACAA------------------A-CTC-G---AAAATCG-TATGATAAAATTAAGGATT-TACATTATCT-------AAT---AT---T--T----AA-------AT--TC-AAGTAAAAAGTA-CTAAAATT-AAG-AC-----AA---------------CCAGA----A---A---------AC---ATA--------TCTCAACAATTACAAT----G-----TC-G-----C---AA-A-----AT-----A---------A---GTT--CATGGAA------TGTGT------------ATAGTC
gi|18 : TGACGATTCCAATATTTGAAG-G--A---TGG--G----AAAGG-GGAATAGT----CCAAGAAGCACCA------------------A-CTCAA---AA---CG-C---ATATATC----AAAC-CAT--TATAT-------AAT---ATAG-A--T----AA-ACGCTAATA-TC-A--TCA----TACTT---ATT-CAA-AT-----AA
gi|19 : -----ACGAT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCGCGGA---GCT--CGTGGAA------TGTGC------------CAATTCACA----A-ACGGTCAGGC-----------------CA--------------------AATAAAAGAAAAC---------C--GTTTTAATTACATTGATA----CG-------------------AG-------------------TT------A-----TG------TCTTCA------TAATT-GCAAA--T--Gtaggtaaaaatgaaaaccagaaaacacattttcctccaatttaaacaatactgc
gi|2 : aataaagcagaacacatatttccaaaactttttT-GA-CCAGTAAGTT----TATAGTTCGA-TTTAAACAT-A-ACA-GTTGAAAA-TAAATTG------ACCTTGACT---------------TAATTGTCTCCA--------------------TATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-AATA---TGG--TATTAAAAGG-GAAATAGT----CCAAGGAGGACAA------------------A-CACTA---AA---TT-C---ATAAAATA---GAACATAC--TGTAT-------GAT---ATCTAG--TTTTAAA-GTGTT-AT--CT-A--TCA----TACTT---AAA-CAA-ATTCTGGAAA--ACATTT------TC-------C---A---------AC---A-A--------TATC-A-----ACAAT----G-----CT-G-----C---AA-A-----GT-----A-------AGA---GTTA-AATGGAAATTTAGTGTAT------------ATATTCACT----C-GCGCACAAATGA---------------C---------------------AATAAT--GAAAT---------------------------AT------------------------------------------------T------G-----TG------TCTTCA------TAATT-GCTAA--TCAAACA---AGCA----A--TGGGTTTTAGTTGAA--------A--T---TAA--AATAGAATAC
gi|20 : taatatGACAGACAG---------------C---------------------AGTAA---AAAAAAA-------C--G-------------AAT-----CT-------------------AACGTCGGAGATTGAAACAACAT------G-----TG------TATTTA------TTTTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--AGAATTTCAATATAA--------A--T---A-A--AGCAGAAAACATA---CA
gi|21 : ATTTATA----C-GCGGACAGACAC---------------C----------------------TTAA---AA------------C--A-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------CT------ACAAATTGAAACAATCTTCA------TAGTT-GTAA---C--AACA---AGCA----A--T---TTACAACAATA--------T--T---C-A--AGAAAAATACACA---CAATGAATGTACATtttgaaaatctagatt
gi|22 : cATTCACA----C-GTG-ACAG-TAG---------------T---------------------ACCAA---AAACTAAA------C--T-------------AAA-----CC-------------------AG-------------------AT------T-----CA------TCTTCA------TA-TT-GCAAA--T--GATA---A--A----ACCTGGGTTTCAAAAGAA--------A--T---G-A--AACCCAATGCTCA---TTGTGAATGTATatgaaa
gi|23 : TAA------------ATATTCACT----C-ACAGACAGATGG---------------C---------------------ACTAA---CAAAT---------T--G-------------GGTTAAAACA-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--GATATG-CGCA----A--TGGGTTTCAATCAAA--------A--C---T-A--AGCAGAAT--ACA---TAGTGAATagtattaaa
gi|24 : AAAT---------T--G-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AT------C-----TC------TCATCA------TAGAT-GCAAA--T--GAAA---ATCA----A--TGGATTTTAATAGAA--------A--T---G-A--AGCAGGAAAGACA---CAGTAAATGTAAAT
gi|25 : aaaactggatttaactT-------------------AG-------------------AT------T-----TG------TCTTCA------TTGTT-GCAAA--T--GACA---AGCC----A--TTCGTTTCGATAGAA--------A--T---T-A--AGTAGAATA-GCA---CAGTGAata
gi|26 : accggatctagtttgatatatgatataattgAGAT---------T--G-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AC------A-----TG------TCTCCA------TAGTT-GCAAAAAT--GACG---ACCA----A--CGGATTTCAATGGAA--------A--T---T-G--AACAGAAAACGCATTGTAGTGAActat
gi|27 : tagct-------------------AA-------------------AA------G-----TG------TCTTCA------TGGTT-GCAAA--T--GATT---TGCA----A--TGTATTTCAAT-GAA--------A--T---T-A--AGCAGAA-ACACA---CAATGAATG
gi|28 : taattagactgaaaacCA---AGGG----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---A-A--AGCATAATACACA---CAAGGAATGTAAAT
gi|29 : actggatacagaatattattttataggcg----T------TC-------C---A---------AC---T-A--------TTTCAA------CAGT----G-----CT-A-----C---GA-A-----AT-----A-GGTCAAAGT---CTT--TGTGGAA------TGTatt
gi|3 : gaataaaataaaatctgtaaatattTAGATATGAGAACTTCTGGGTG---TGTATACTGAA-GATATC-G----ATAATTT-T-GA-CCTATAAATT-------------A-TCTAAACTT-A-TCA-GCTGAAAA-TCACCCG------ACCTTGACTTATCGCCAT-------------------ATTT-GGTAACGATTTCCATATTT--TG-----------------AC-A--A---TGG--T----AAAGA-TAAATCAT----CCAAGAAGGACAA------------------G-CTT-ATTTAA---CG-C---A-------------C-CAT--CGTAT-------GAT---ATAG-G--T----AA-GTGTT-AT--TT-A--TTG----AACGT---TTT-GAA-AT-----AAA--AG---TAAAAAATT-------A---A---------ACCAGA-AAACATAT-TTTTTA-----ACAAT----T-----TCAG-----C---AA-T-----GTC----ATGGT-GCAAAGTTGTT--TGTGGAC------TGTAG------------ATATTCATA----C-ACAGACAGACgt
gi|30 : tatttttggtt----T------TC-------C---A---------AC---A-A--------TTTTAA------CAAT----G-----CG-G-----C---TA-A-----GT-----T-GGTCGTAGA---GTT--TATGGTA------TGtggatgtaactag
gi|31 : aaaaaaaattaacccaaaaacacatt-ATA-GCTGAAA--TCACCTG------ACCTCGACTTGTCTCCATATTTGGCAGTGACTTACATA
gi|32 : atagat-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--G------------------------CAGTA-AA--------A--T---T-A--AGCAG--TATACA---AGGTGAATGTAccagtatt
gi|4 : aaaAATTATAAATACTTTCAGATACCAGGTATGT--AA-AATATGGACATTA-GTTACAT-GTACCTGAACGCT-------------A-TTCAAATGG-A-ACA-GTTGAAAA------------------------ATCACC-----------TGATCTC-A-ATTT-G-------TCTCCATATTTGGTACTGATTTCCATATTTGGAT-G--A---TGG--T----AAATG-GAAAGAGT----TCAAGATGAA-AT------------------A-TTCTA---AAT--CATC---ATAAAAT-----ATC-TA---------------GGT---AT--------------GCATT-TT--TT-A--TC-------C----------AG-AG-----AAC--A----TG-----TT-------ACCCA---------AC---A-A--------ATTCAAC----ACA-----------------------------------T-----A-GATCATGAA---GTT--CATGGAA------TGTAC------------A---------------CAAACAGATGG---------------C---------------------ACT-A---AAAAC---------C--A-------------GAT-----AT-------------------AA------------------------------------------CT--A------GA----GCAGA--T--GACA---AGCA----A--CGGATTTCAAa
gi|5 : tttttagTATAGA-CCTGAAAGTTACATTA-------A-TTTAA-CGTGA-ACATGCTGAAAA-TCACCTG------ACCTTGACT------------------TGATCTC-ATATT--GGTAATGATTTCCATA-------A----------ATTTGAAC-G--A---TGGTTT----AGAGGAGATATAGT----TCAA-----AC----------------------CAC----------CA-C---ATAAGA---------------------------GAT---AG---G--T----AA-GCGTT-AT--TTAA--TCA----TACCT---ATTCAAG-AT-----AAAAGA----T------TCCAAAATTA---A---------AG---A-AAGTATATTTTTCAA-----ACAATTTCAGCAATTCT-G-----C---AA-A-----GT-----A-GATT-CTGA----TCAACAGAGAA------CATAT------------ATATTCATAATCTC--CGAACAGACGG---------------
gi|6 : cCACCGT-TTGGGTAATGATTTCCATATTT-Ggcaaatagaat
gi|6 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctacTTGGGTAATGATTTCCATATTTGAACAA--A---TGG--T----GAAAG-AGAATAATATCACCAAGAGGGACAATAAATTAAAGGTTGAAATA-AAC-A---AT---CGAT---ATCAAATA---GACC-AAT--CAAATAAATCAGGATCAAAT---A--T----AAGGCTTT-ATCGTT-A--T-A-----ACTT---TTT-CAGAAT-----AAA--A----C------TA-------A---ATCAGAAAGCAT---A-A--------TTT-AA-----ACAAT----T-----TA-G-----A---TATA-----AT-----A---TAGCAGA---GTT---GTGGGACC----TGTTT------------ATATTCATA----CGGCGGACAaacaaatggtgaaagagaataatatcaccaagagggacaataaattaaaggttgaaataaacaatcgatatcaaatagaccaatcaaataaatcaggatcaaatataaggctttatcgttataactttttcagaataaaactaaatcagaaagcataatttaaacaatttagatataatatagcagagttgtgggacctgtttatattcatacggcggacaa
gi|7 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctaccaccgt--A----T------TT-------C---A---------GC---A-A--------TTTCCA------CAAT----G-----CT-GAGCTGC---AA-A-----GTTAGTGA-GGTTGCATA---GTT--TGTGGAA------TGTAT------------ATATTTACC----T-GAGGTCAGGTGG---------------C---------------------GATAA---GAAAT------------G-------------GAT-----CTAGCTACTATAGATATTTAAAA-------------------ATCAGTTAG-----CA------TCTTCA------TAATTTGCAAA--T--GACA---AACATATAA--TGGGTTTTAATAAAA--------A--T---T-ATAAGCAGAAAACAAA---TATTGAATGTAGa
gi|8 : AT----G-----CT-G-----T---GA-A-----AT-----A-GATCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAT------------ATATTCATA----C-GCGGACAGACGA---------------C---------------------AATAA---AAAAcatgttcaatttagctcagtaaacattatacttgtttataaacttagaattaccttcaattccaaa
gi|8 : ---AAAAT---------A--A-------------GA---------------------------AG-------------------AT------G-----TG------TCTTTA------CATTT-GTAAA--T--GACA---AGCA----A--TGAATTTCAATAGGA--------A--TTGAT-A--AACATAAAACACA---AAGAGAATGTAGATaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttcaaaataagaagatgtgtctttacatttgtaaatgacaagcaatgaatttcaataggaattgataaacataaaacacaaagagaatgtagatagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
gi|9 : atgctgtgaaatagatcgcggagttcgtggaatgtatatattcatacgcggacagacgacaataaaaaaaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttc----T------TC-------C---A---------AC---A-T--------TTTCAA------CAAT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCAAGGA---ATC--TGTGCAA------TGTATTCATGTACATGTATATTCACA----G-GCAGAGAGACAG---------------C---------------------ATCAA---AAAAT---------A--G-------------AAT-----CT-------------------AACTACACTGAAACAGA----AT------G-----TG------TCTTCA------GAGTT-GCAAA--T--GACA---ACCA----A--TGGATTTCAATAGAAATACATGTA--T---T-A--AACAGGATACACA---CGATGAATGTATATagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCCAAGGAGGACAAACTAAAAACCCATAACCGTATTAAACTATACTAAAAATTTATTCAAATGAAAGGGAAACAATAAACCAGAAAACATATATTCCAAAAATTTCACCAATGAAGGTAAGATGCGGAGTTGTGTTATGTATACTGTTATTATAATGTAGCTATAGATAAATGCGGACAAATTTGTACACCTATACCCAGAAGTTCGGAGTCCGTATGTCT
Unaligned ( gi|33 ): GCACAGATAAAGCGTAGCCGTGCATGATATAGGTCTATAATTATAACATTTGCCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 222 1 1111 11 1 444444444444444 111111 22222222222222222 111111111 1111 1111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 11111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 2222222222222222222222222 111 111111 1111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111
lowQualScore : 00 333 3 9999 55 3 3 7 66 1 222222222222222 1 9 5 4 4 99999 222222 00000000000000000 777 111111111 0 1 4444 777 2222222 4 4 7777 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 88 3 55 5555555 0 88888888 5 22222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 7777777777 33 0000000000000000000000000 2 1111 444 000 111111 6666666666666 5555 2 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666666 222222 1 2 22 22 666 4444 22 88888888 66 55555 33 2 444 1
lowQualScore : .. ... . .... .. . . . .. . ............... . . . . . ..... ...... ................. ... ......... . . .... ... ....... . . .... . ............................................................................................ . . .. . .. ....... . ........ . ..... ...................................................... ...... .......... .. ......................... . .... ... ... ...... ............. .... . . ............................................................................................................................................ ...... ...... . . .. .. ... .... .. ........ .. ..... .. . ... .
lowQualScore : 00 000 3 4444 66 8 5 1 77 0 777777777777777 1 4 0 4 4 88888 888888 33333333333333333 666 111111111 8 8 6666 000 3333333 1 0 7777 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 66 6 55 9999999 7 00000000 0 55555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000 3333333333 00 2222222222222222222222222 7 6666 777 000 333333 2222222222222 7777 7 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 111111 7 1 99 99 666 5555 99 11111111 11 22222 11 4 111 0
consensus : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATATA-AC-TTATGTATTAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCGCCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--AT---GG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACCT---ATT-NAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGG---------------C---------------------ANTAA---AAAAT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAATACACA---CAGTGAATGTANAT
Reference ( family-6773 ) : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATATA-AC-TTATGTNTTAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCGCCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--AT---GG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACCT---ATT-NAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGG---------------C---------------------ANTAA---AAAAT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAATACACA---CAGTGAATGTANAT
gi|1 : TAAATGTAAATACTTTTAAGTAC-ATGTATA-TAAACAATATATAC-TTTTTTGTTTT-GT-TTTGTAAGTT-------------A-TGCAAACTT-A-AGA-GTTGAAAA-CCACCTG------ATCGTGACTTGTCCCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTCGGTAATGATTTCCAGATTTGGAC-A--AT---GG-------AAAGG-GAAATGGT----CCAAGGAAAACCA------------------A-CAC-A---AAG--CG-C---ATGAA-CTT--GATC-TAC--CACAC-------GAT---AT---GACT----AA-GCTTT-AT--TT-A--CCA----TACCA---ATT-AAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACTAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GA-----A-GACCGTCGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCATA----C-ATGATCAGACGG---------------C---------------------ACTCA---CAATT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TATTTG------TAGTT-GC-AA--T--GACA---AGCA----A--TGGAATTCAACGGAA--------A--T---C-A--ATTGGAAAACACA---CAGT-ATTGTACAT
gi|10 : a-------A-TTCAAACGT-GTAT--GCTGAAAT-TTATCCGTATTCAAGCTTAACTCGTCTTCACATTTGGTAATgcta
gi|10 : atatcaacatcattaacgcgtgaattAATTAGT----CTAGGAAGGACAA------------------ATTCC-A---AA---CT-C---ATGAAAT----CACC-ATC--CATAT-------CAT---ATAA-G--C----AA-GTGTG-AT--TT-tccaattagtctaggaaggacaaattccaaactcatgaaatcaccatccatatcatataagcaagtgtgatttttttaatcttaaattcatgaggatttaaaaaaaaagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|12 : atatcaacatcattaacgcgtgaattattcaaacgtgtatgctgaaatttatccgtattcaagcttaactcgtcttcacatttggtaattcc---A-A--------ATTCAA------CAAT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGG-----TT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAGCATTACAAAAAAAACC---------------------AACAA---AAAACAAAAAACCCC--G-------------AAT-----CT-------------------AGCTAGATTGAAATAAG----AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGCA----G--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-A--AGCAGAATACGCA---ttttaatcttaaattcatgaggatttaaaaaaaaagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|13 : tatttcctag---A-A--------ATTCAA------CAAT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGGG---GTT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAG---------------CATTACAAAAAAACCAACAAAAAACAA---AAAAC---------CCCG-------------AAT-----CT-------------------AGCTAGATTGAAATAAG----AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGCA----G--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-A--AGCAGAATACGCA---
gi|14 : ttcctag-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TGTTT-GCAAA--T--GATATTAAGCA----A--TGAATTTCATAAGAA--------A--T---C-A--TGCAAAATACACA---CAa
gi|15 : ttcaacaacgctgagatcaaaaaggtcacagagtttgtagaatgcatataggcctacatgtacatatttagaatgacaccaaaaaaaaaaaaaaaacagaaagaaaaccaggctctaactagattggaacaaaatgtcattA-AT-TTATGTATTATTGC-CCTTAAAGTT----TA-------AATCTAA-TGT-A-ACA-GCTGAAAA-TTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCCATATTTCAGCAAT-ATTtt
gi|15 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaCCAAATTTGGTGATGATTTCCATATTTCAGC-A--ATATTGG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------A-CCCTA---AA---C------ATGAAA----------------ATA--------GAG--------G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TATCT---ggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacatgaaaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttatgtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaattgattgaccttgattcgtaaA-AT-TTA-GTATTATTGC-CCTTAAAGTT----TA-------AATCTAA-TGT-A-ACA-GCTGAAAAATTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCC-TATTT-
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaCCAAATTTGGTGATGATTTCC-TATTTCAGC-AATAT---GG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------A-CCCTA---AA---CA-----ATAAATA----GAG------------------------------G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TATCT---cagcaatatggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacaataaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|17 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttagtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaaattgattgaccttgattcgtaaTTGAAC-G--AT---GG--T----CAA-G-GAGATAAT----CCAAGGAGAACAA------------------A-CTC-G---AAAATCG-TATGATAAAATTAAGGATT-TACATTATCT-------AAT---AT---T--T----AA-------AT--TC-AAGTAAAAAGTA-CTAAAATT-AAG-AC-----AA---------------CCAGA----A---A---------AC---ATA--------TCTCAACAATTACAAT----G-----TC-G-----C---AA-A-----AT-----A---------A---GTT--CATGGAA------TGTGT------------ATAGTC
gi|18 : TGACGATTCCAATATTTGAAG-G--AT---GG--G----AAAGG-GGAATAGT----CCAAGAAGCACCA------------------A-CTCAA---AA---CG-C---ATATATC----AAAC-CAT--TATAT-------AAT---ATAG-A--T----AA-ACGCTAATA-TC-A--TCA----TACTT---ATT-CAA-AT-----AA
gi|19 : -----ACGAT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCGCGGA---GCT--CGTGGAA------TGTGC------------CAATTCACA----A-ACGGTCAGGC-----------------CA--------------------AATAAAAGAAAAC---------C--GTTTTAATTACATTGATA----CG-------------------AG-------------------TT------A-----TG------TCTTCA------TAATT-GCAAA--T--Gtaggtaaaaatgaaaaccagaaaacacattttcctccaatttaaacaatactgc
gi|2 : aataaagcagaacacatatttccaaaactttttT-GA-CCAGTAAGTT----TATAGTTCGA-TTTAAACAT-A-ACA-GTTGAAAA-TAAATTG------ACCTTGACT---------------TAATTGTCTCCA--------------------TATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-AATAT---GG--TATTAAAAGG-GAAATAGT----CCAAGGAGGACAA------------------A-CACTA---AA---TT-C---ATAAAATA---GAACATAC--TGTAT-------GAT---ATCTAG--TTTTAAA-GTGTT-AT--CT-A--TCA----TACTT---AAA-CAA-ATTCTGGAAA--ACATTT------TC-------C---A---------AC---A-A--------TATC-A-----ACAAT----G-----CT-G-----C---AA-A-----GT-----A-------AGA---GTTA-AATGGAAATTTAGTGTAT------------ATATTCACT----C-GCGCACAAATGA---------------C---------------------AATAAT--GAAAT---------------------------AT------------------------------------------------T------G-----TG------TCTTCA------TAATT-GCTAA--TCAAACA---AGCA----A--TGGGTTTTAGTTGAA--------A--T---TAA--AATAGAATAC
gi|20 : taatatGACAGACAG---------------C---------------------AGTAA---AAAAAAA-------C--G-------------AAT-----CT-------------------AACGTCGGAGATTGAAACAACAT------G-----TG------TATTTA------TTTTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--AGAATTTCAATATAA--------A--T---A-A--AGCAGAAAACATA---CA
gi|21 : ATTTATA----C-GCGGACAGACAC---------------C----------------------TTAA---AA------------C--A-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------CT------ACAAATTGAAACAATCTTCA------TAGTT-GTAA---C--AACA---AGCA----A--T---TTACAACAATA--------T--T---C-A--AGAAAAATACACA---CAATGAATGTACATtttgaaaatctagatt
gi|22 : cATTCACA----C-GTG-ACAG-TAG---------------T---------------------ACCAA---AAACTAAA------C--T-------------AAA-----CC-------------------AG-------------------AT------T-----CA------TCTTCA------TA-TT-GCAAA--T--GATA---A--A----ACCTGGGTTTCAAAAGAA--------A--T---G-A--AACCCAATGCTCA---TTGTGAATGTATatgaaa
gi|23 : TAA------------ATATTCACT----C-ACAGACAGATGG---------------C---------------------ACTAA---CAAAT---------T--G-------------GGTTAAAACA-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--GATATG-CGCA----A--TGGGTTTCAATCAAA--------A--C---T-A--AGCAGAAT--ACA---TAGTGAATagtattaaa
gi|24 : AAAT---------T--G-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AT------C-----TC------TCATCA------TAGAT-GCAAA--T--GAAA---ATCA----A--TGGATTTTAATAGAA--------A--T---G-A--AGCAGGAAAGACA---CAGTAAATGTAAAT
gi|25 : aaaactggatttaactT-------------------AG-------------------AT------T-----TG------TCTTCA------TTGTT-GCAAA--T--GACA---AGCC----A--TTCGTTTCGATAGAA--------A--T---T-A--AGTAGAATA-GCA---CAGTGAata
gi|26 : accggatctagtttgatatatgatataattgAGAT---------T--G-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AC------A-----TG------TCTCCA------TAGTT-GCAAAAAT--GACG---ACCA----A--CGGATTTCAATGGAA--------A--T---T-G--AACAGAAAACGCATTGTAGTGAActat
gi|27 : tagct-------------------AA-------------------AA------G-----TG------TCTTCA------TGGTT-GCAAA--T--GATT---TGCA----A--TGTATTTCAAT-GAA--------A--T---T-A--AGCAGAA-ACACA---CAATGAATG
gi|28 : taattagactgaaaacCA---AGGG----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---A-A--AGCATAATACACA---CAAGGAATGTAAAT
gi|29 : actggatacagaatattattttataggcg----T------TC-------C---A---------AC---T-A--------TTTCAA------CAGT----G-----CT-A-----C---GA-A-----AT-----A-GGTCAAAGT---CTT--TGTGGAA------TGTatt
gi|3 : gaataaaataaaatctgtaaatattTAGATATGAGAACTTCTGGGTG---TGTATACTGAA-GATATC-GA-TAAT---TT-T-GA-CCTATAAATT-------------A-TCTAAACTT-A-TCA-GCTGAAAA-TCACCCG------ACCTTGACTTATCGCCAT-------------------ATTT-GGTAACGATTTCCATATTT--TG-----------------AC-A--AT---GG--T----AAAGA-TAAATCAT----CCAAGAAGGACAA------------------G-CTT-ATTTAA---CG-C---A-------------C-CAT--CGTAT-------GAT---ATAG-G--T----AA-GTGTT-AT--TT-A--TTG----AACGT---TTT-GAA-AT-----AAA--AG---TAAAAAATT-------A---A---------ACCAGA-AAACATAT-TTTTTA-----ACAAT----T-----TCAG-----C---AA-T-----GTC----ATGGT-GCAAAGTTGTT--TGTGGAC------TGTAG------------ATATTCATA----C-ACAGACAGACgt
gi|30 : tatttttggtt----T------TC-------C---A---------AC---A-A--------TTTTAA------CAAT----G-----CG-G-----C---TA-A-----GT-----T-GGTCGTAGA---GTT--TATGGTA------TGtggatgtaactag
gi|31 : aaaaaaaattaacccaaaaacacatt-ATA-GCTGAAA--TCACCTG------ACCTCGACTTGTCTCCATATTTGGCAGTGACTTACATA
gi|32 : atagat-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--G------------------------CAGTA-AA--------A--T---T-A--AGCAG--TATACA---AGGTGAATGTAccagtatt
gi|4 : aaaAATTATAAATACTTTCAGATACCAGGTATGT--AA-AATATGGACATTA-GTTACAT-GTACCTGAACGCT-------------A-TTCAAATGG-A-ACA-GTTGAAAA------------------------ATCACC-----------TGATCTC-A-ATTT-G-------TCTCCATATTTGGTACTGATTTCCATATTTGGAT-G--AT---GG--T----AAATG-GAAAGAGT----TCAAGATGAA-AT------------------A-TTCTA---AAT--CATC---ATAAAAT-----ATC-TA---------------GGT---AT--------------GCATT-TT--TT-A--TC-----------------CAG-AG-----AAC--A----TG-----TT-------ACCCA---------AC---A-A--------ATTCAAC----ACA-----------------------------------T-----A-GATCATGAA---GTT--CATGGAA------TGTAC------------A---------------CAAACAGATGG---------------C---------------------ACT-A---AAAAC---------C--A-------------GAT-----AT-------------------AA------------------------------------------CT--A------GA----GCAGA--T--GACA---AGCA----A--CGGATTTCAAa
gi|5 : tttttagTATAGA-CCTGAAAGTTACATTA-------A-TTTAA-CGTGA-ACATGCTGAAAA-TCACCTG------ACCTTGACT------------------TGATCTC-ATATT--GGTAATGATTTCCATA-------A----------ATTTGAAC-G--AT---GGTTT----AGAGGAGATATAGT----TCAA-----AC----------------------CAC----------CA-C---ATAAGA---------------------------GAT---AG---G--T----AA-GCGTT-AT--TTAA--TCA----TACCT---ATTCAAG-AT-----AAAAGA----T------TCCAAAATTA---A---------AG---A-AAGTATATTTTTCAA-----ACAATTTCAGCAATTCT-G-----C---AA-A-----GT-----A-GATT-CTGA----TCAACAGAGAA------CATAT------------ATATTCATAATCTC--CGAACAGACGG---------------
gi|6 : cCACCGT-TTGGGTAATGATTTCCATATTT-Ggcaaatagaat
gi|6 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctacTTGGGTAATGATTTCCATATTTGAACAA--AT---GG--T----GAAAG-AGAATAATATCACCAAGAGGGACAATAAATTAAAGGTTGAAATA-AAC-A---AT---CGAT---ATCAAATA---GACC-AAT--CAAATAAATCAGGATCAAAT---A--T----AAGGCTTT-ATCGTT-A--T-A-----ACTT---TTT-CAGAAT-----AAA--A----C------TA-------A---ATCAGAAAGCAT---A-A--------TTT-AA-----ACAAT----T-----TA-G-----A---TATA-----AT-----A---TAGCAGA---GTT---GTGGGACC----TGTTT------------ATATTCATA----CGGCGGACAaacaaatggtgaaagagaataatatcaccaagagggacaataaattaaaggttgaaataaacaatcgatatcaaatagaccaatcaaataaatcaggatcaaatataaggctttatcgttataactttttcagaataaaactaaatcagaaagcataatttaaacaatttagatataatatagcagagttgtgggacctgtttatattcatacggcggacaa
gi|7 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctaccaccgt--A----T------TT-------C---A---------GC---A-A--------TTTCCA------CAAT----G-----CT-GAGCTGC---AA-A-----GTTAGTGA-GGTTGCATA---GTT--TGTGGAA------TGTAT------------ATATTTACC----T-GAGGTCAGGTGG---------------C---------------------GATAA---GAAAT------------G-------------GAT-----CTAGCTACTATAGATATTTAAAA-------------------ATCAGTTAG-----CA------TCTTCA------TAATTTGCAAA--T--GACA---AACATATAA--TGGGTTTTAATAAAA--------A--T---T-ATAAGCAGAAAACAAA---TATTGAATGTAGa
gi|8 : AT----G-----CT-G-----T---GA-A-----AT-----A-GATCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAT------------ATATTCATA----C-GCGGACAGACGA---------------C---------------------AATAA---AAAAcatgttcaatttagctcagtaaacattatacttgtttataaacttagaattaccttcaattccaaa
gi|8 : ---AAAAT---------A--A-------------GA---------------------------AG-------------------AT------G-----TG------TCTTTA------CATTT-GTAAA--T--GACA---AGCA----A--TGAATTTCAATAGGA--------A--TTGAT-A--AACATAAAACACA---AAGAGAATGTAGATaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttcaaaataagaagatgtgtctttacatttgtaaatgacaagcaatgaatttcaataggaattgataaacataaaacacaaagagaatgtagatagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
gi|9 : atgctgtgaaatagatcgcggagttcgtggaatgtatatattcatacgcggacagacgacaataaaaaaaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttc----T------TC-------C---A---------AC---A-T--------TTTCAA------CAAT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCAAGGA---ATC--TGTGCAA------TGTATTCATGTACATGTATATTCACA----G-GCAGAGAGACAG---------------C---------------------ATCAA---AAAAT---------A--G-------------AAT-----CT-------------------AACTACACTGAAACAGA----AT------G-----TG------TCTTCA------GAGTT-GCAAA--T--GACA---ACCA----A--TGGATTTCAATAGAAATACATGTA--T---T-A--AACAGGATACACA---CGATGAATGTATATagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCCAAGGAGGACAAACTAAAAACCCATAACCGTATTAAACTATACTAAAAATTTATTCAAATGAAAGGGAAACAATAAACCAGAAAACATATATTCCAAAAATTTCACCAATGAAGGTAAGATGCGGAGTTGTGTTATGTATACTGTTATTATAATGTAGCTATAGATAAATGCGGACAAATTTGTACACCTATACCCAGAAGTTCGGAGTCCGTATGTCT
Unaligned ( gi|33 ): GCACAGATAAAGCGTAGCCGTGCATGATATAGGTCTATAATTATAACATTTGCCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 222 1 2222 1 444444444444444 111111 2222222222 1111 1111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 11111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 2222222222222222222222222 111 111111 1111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111
lowQualScore : 00 333 3 4444 999 7 66 1 222222222222222 1 9 5 4 4 8 22 222222 0000000000 0 333 55 2 3 0 777 4444 777 2222222 4 4 7777 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 88 3 55 5555555 0 88888888 5 22222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 7777777777 33 0000000000000000000000000 2 1111 444 000 111111 6666666666666 5555 2 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666666 222222 1 2 22 22 666 4444 22 88888888 66 55555 33 2 444 1
lowQualScore : .. ... . .... ... . .. . ............... . . . . . . .. ...... .......... . ... .. . . . ... .... ... ....... . . .... . ............................................................................................ . . .. . .. ....... . ........ . ..... ...................................................... ...... .......... .. ......................... . .... ... ... ...... ............. .... . . ............................................................................................................................................ ...... ...... . . .. .. ... .... .. ........ .. ..... .. . ... .
lowQualScore : 00 000 3 4444 666 1 77 0 777777777777777 1 4 0 4 4 9 66 888888 4444444444 6 444 11 5 4 7 222 6666 000 3333333 1 0 7777 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 66 6 55 9999999 7 00000000 0 55555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000 3333333333 00 2222222222222222222222222 7 6666 777 000 333333 2222222222222 7777 7 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 111111 7 1 99 99 666 5555 99 11111111 11 22222 11 4 111 0
consensus : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATATA-AC-TTATNTATTAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCACCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--A---TGG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACCT---ATT-NAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGG---------------C---------------------ANTAA---AAAAT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAATACACA---CAGTGAATGTANAT
Reference ( family-6773 ) : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATATA-AC-TTATGTATTAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCGCCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--A---TGG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACCT---ATT-NAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGG---------------C---------------------ANTAA---AAAAT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAATACACA---CAGTGAATGTANAT
gi|1 : TAAATGTAAATACTTTTAAGTAC-ATGTATA-TAAACAATATATAC-TTTTTTGTTTT-GT-TTTGTAAGTT-------------A-TGCAAACTT-A-AGA-GTTGAAAA-CCACCTG------ATCGTGACTTGTCCCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTCGGTAATGATTTCCAGATTTGGAC-A--A---TGG-------AAAGG-GAAATGGT----CCAAGGAAAACCA------------------A-CAC-A---AAG--CG-C---ATGAA-CTT--GATC-TAC--CACAC-------GAT---AT---GACT----AA-GCTTT-AT--TT-A--CCA----TACCA---ATT-AAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACTAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GA-----A-GACCGTCGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCATA----C-ATGATCAGACGG---------------C---------------------ACTCA---CAATT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TATTTG------TAGTT-GC-AA--T--GACA---AGCA----A--TGGAATTCAACGGAA--------A--T---C-A--ATTGGAAAACACA---CAGT-ATTGTACAT
gi|10 : a-------A-TTCAAACGT-GTAT--GCTGAAAT-TTATCCGTATTCAAGCTTAACTCGTCTTCACATTTGGTAATgcta
gi|10 : atatcaacatcattaacgcgtgaattAATTAGT----CTAGGAAGGACAA------------------ATTCC-A---AA---CT-C---ATGAAAT----CACC-ATC--CATAT-------CAT---ATAA-G--C----AA-GTGTG-AT--TT-tccaattagtctaggaaggacaaattccaaactcatgaaatcaccatccatatcatataagcaagtgtgatttttttaatcttaaattcatgaggatttaaaaaaaaagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|12 : atatcaacatcattaacgcgtgaattattcaaacgtgtatgctgaaatttatccgtattcaagcttaactcgtcttcacatttggtaattcc---A-A--------ATTCAA------CAAT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGG-----TT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAGCATTACAAAAAAAACC---------------------AACAA---AAAACAAAAAACCCC--G-------------AAT-----CT-------------------AGCTAGATTGAAATAAG----AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGCA----G--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-A--AGCAGAATACGCA---ttttaatcttaaattcatgaggatttaaaaaaaaagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|13 : tatttcctag---A-A--------ATTCAA------CAAT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGGG---GTT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAG---------------CATTACAAAAAAACCAACAAAAAACAA---AAAAC---------CCCG-------------AAT-----CT-------------------AGCTAGATTGAAATAAG----AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGCA----G--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-A--AGCAGAATACGCA---
gi|14 : ttcctag-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TGTTT-GCAAA--T--GATATTAAGCA----A--TGAATTTCATAAGAA--------A--T---C-A--TGCAAAATACACA---CAa
gi|15 : ttcaacaacgctgagatcaaaaaggtcacagagtttgtagaatgcatataggcctacatgtacatatttagaatgacaccaaaaaaaaaaaaaaaacagaaagaaaaccaggctctaactagattggaacaaaatgtcattA-AT-TTATGTATTATTGC-CCTTAAAGTT----TA-------AATCTAA-TGT-A-ACA-GCTGAAAA-TTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCCATATTTCAGCAAT-ATTtt
gi|15 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaCCAAATTTGGTGATGATTTCCATATTTCAGC-A--ATATTGG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------A-CCCTA---AA------C---ATGAAA----------------ATA--------G-----AG---G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TATCT---ggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacatgaaaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttatgtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaattgattgaccttgattcgtaaA-AT-TTA-GTATTATTGC-CCTTAAAGTT----TA-------AATCTAA-TGT-A-ACA-GCTGAAAAATTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCC-TATTT-
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaCCAAATTTGGTGATGATTTCC-TATTTCAGC-AATA---TGG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------A-CCCTA---AA---CA-----ATAAATA----GAG------------------------------G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TATCT---cagcaatatggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacaataaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|17 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttagtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaaattgattgaccttgattcgtaaTTGAAC-G--A---TGG--T----CAA-G-GAGATAAT----CCAAGGAGAACAA------------------A-CTC-G---AAAATCG-TATGATAAAATTAAGGATT-TACATTATCT-------AAT---AT---T--T----AA-------AT--TC-AAGTAAAAAGTA-CTAAAATT-AAG-AC-----AA---------------CCAGA----A---A---------AC---ATA--------TCTCAACAATTACAAT----G-----TC-G-----C---AA-A-----AT-----A---------A---GTT--CATGGAA------TGTGT------------ATAGTC
gi|18 : TGACGATTCCAATATTTGAAG-G--A---TGG--G----AAAGG-GGAATAGT----CCAAGAAGCACCA------------------A-CTCAA---AA---CG-C---ATATATC----AAAC-CAT--TATAT-------AAT---ATAG-A--T----AA-ACGCTAATA-TC-A--TCA----TACTT---ATT-CAA-AT-----AA
gi|19 : -----ACGAT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCGCGGA---GCT--CGTGGAA------TGTGC------------CAATTCACA----A-ACGGTCAGGC-----------------CA--------------------AATAAAAGAAAAC---------C--GTTTTAATTACATTGATA----CG-------------------AG-------------------TT------A-----TG------TCTTCA------TAATT-GCAAA--T--Gtaggtaaaaatgaaaaccagaaaacacattttcctccaatttaaacaatactgc
gi|2 : aataaagcagaacacatatttccaaaactttttT-GA-CCAGTAAGTT----TATAGTTCGA-TTTAAACAT-A-ACA-GTTGAAAA-TAAATTG------ACCTTGACT---------------TAATTGTCTCCA--------------------TATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-AATA---TGG--TATTAAAAGG-GAAATAGT----CCAAGGAGGACAA------------------A-CACTA---AA---TT-C---ATAAAATA---GAACATAC--TGTAT-------GAT---ATCTAG--TTTTAAA-GTGTT-AT--CT-A--TCA----TACTT---AAA-CAA-ATTCTGGAAA--ACATTT------TC-------C---A---------AC---A-A--------TATC-A-----ACAAT----G-----CT-G-----C---AA-A-----GT-----A-------AGA---GTTA-AATGGAAATTTAGTGTAT------------ATATTCACT----C-GCGCACAAATGA---------------C---------------------AATAAT--GAAAT---------------------------AT------------------------------------------------T------G-----TG------TCTTCA------TAATT-GCTAA--TCAAACA---AGCA----A--TGGGTTTTAGTTGAA--------A--T---TAA--AATAGAATAC
gi|20 : taatatGACAGACAG---------------C---------------------AGTAA---AAAAAAA-------C--G-------------AAT-----CT-------------------AACGTCGGAGATTGAAACAACAT------G-----TG------TATTTA------TTTTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--AGAATTTCAATATAA--------A--T---A-A--AGCAGAAAACATA---CA
gi|21 : ATTTATA----C-GCGGACAGACAC---------------C----------------------TTAA---AA------------C--A-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------CT------ACAAATTGAAACAATCTTCA------TAGTT-GTAA---C--AACA---AGCA----A--T---TTACAACAATA--------T--T---C-A--AGAAAAATACACA---CAATGAATGTACATtttgaaaatctagatt
gi|22 : cATTCACA----C-GTG-ACAG-TAG---------------T---------------------ACCAA---AAACTAAA------C--T-------------AAA-----CC-------------------AG-------------------AT------T-----CA------TCTTCA------TA-TT-GCAAA--T--GATA---A--A----ACCTGGGTTTCAAAAGAA--------A--T---G-A--AACCCAATGCTCA---TTGTGAATGTATatgaaa
gi|23 : TAA------------ATATTCACT----C-ACAGACAGATGG---------------C---------------------ACTAA---CAAAT---------T--G-------------GGTTAAAACA-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--GATATG-CGCA----A--TGGGTTTCAATCAAA--------A--C---T-A--AGCAGAAT--ACA---TAGTGAATagtattaaa
gi|24 : AAAT---------T--G-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AT------C-----TC------TCATCA------TAGAT-GCAAA--T--GAAA---ATCA----A--TGGATTTTAATAGAA--------A--T---G-A--AGCAGGAAAGACA---CAGTAAATGTAAAT
gi|25 : aaaactggatttaactT-------------------AG-------------------AT------T-----TG------TCTTCA------TTGTT-GCAAA--T--GACA---AGCC----A--TTCGTTTCGATAGAA--------A--T---T-A--AGTAGAATA-GCA---CAGTGAata
gi|26 : accggatctagtttgatatatgatataattgAGAT---------T--G-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AC------A-----TG------TCTCCA------TAGTT-GCAAAAAT--GACG---ACCA----A--CGGATTTCAATGGAA--------A--T---T-G--AACAGAAAACGCATTGTAGTGAActat
gi|27 : tagct-------------------AA-------------------AA------G-----TG------TCTTCA------TGGTT-GCAAA--T--GATT---TGCA----A--TGTATTTCAAT-GAA--------A--T---T-A--AGCAGAA-ACACA---CAATGAATG
gi|28 : taattagactgaaaacCA---AGGG----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---A-A--AGCATAATACACA---CAAGGAATGTAAAT
gi|29 : actggatacagaatattattttataggcg----T------TC-------C---A---------AC---T-A--------TTTCAA------CAGT----G-----CT-A-----C---GA-A-----AT-----A-GGTCAAAGT---CTT--TGTGGAA------TGTatt
gi|3 : gaataaaataaaatctgtaaatattTAGATATGAGAACTTCTGGGTG---TGTATACTGAA-GATATC-G----ATA-ATTTT-GA-CCTATAAATT-------------A-TCTAAACTT-A-TCA-GCTGAAAA-TCACCCG------ACCTTGACTTATCGCCAT-------------------ATTT-GGTAACGATTTCCATATTT--TG-----------------AC-A--A---TGG--T----AAAGA-TAAATCAT----CCAAGAAGGACAA------------------G-CTT-ATTTAA---CG-C---A-------------C-CAT--CGTAT-------GAT---ATAG-G--T----AA-GTGTT-AT--TT-A--TTG----AACGT---TTT-GAA-AT-----AAA--AG---TAAAAAATT-------A---A---------ACCAGA-AAACATAT-TTTTTA-----ACAAT----T-----TCAG-----C---AA-T-----GTC----ATGGT-GCAAAGTTGTT--TGTGGAC------TGTAG------------ATATTCATA----C-ACAGACAGACgt
gi|30 : tatttttggtt----T------TC-------C---A---------AC---A-A--------TTTTAA------CAAT----G-----CG-G-----C---TA-A-----GT-----T-GGTCGTAGA---GTT--TATGGTA------TGtggatgtaactag
gi|31 : aaaaaaaattaacccaaaaacacatt-ATA-GCTGAAA--TCACCTG------ACCTCGACTTGTCTCCATATTTGGCAGTGACTTACATA
gi|32 : atagat-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--G------------------------CAGTA-AA--------A--T---T-A--AGCAG--TATACA---AGGTGAATGTAccagtatt
gi|4 : aaaAATTATAAATACTTTCAGATACCAGGTATGT--AA-AATATGGACATTAGTTAC-AT-GTACCTGAACGCT-------------A-TTCAAATGG-A-ACA-GTTGAAAAATCACCTG------ATCT-----------CA-ATTTG-------TCTCCATATTT-GGTACTGATTTCCATATTTGG-------------------AT-G--A---TGG--T----AAATG-GAAAGAGT----TCAAGATGAA-AT------------------A-TTCTA---AAT--CATC---ATAAAAT-----ATC-TA---------------GGT---AT--------------GCATT-TT--TT-A--TC-----------------CAG-AG-----AAC--A----TG-----TT-------ACCCA---------AC---A-A--------ATTCAAC----ACA-----------------------------------T-----A-GATCATGAA---GTT--CATGGAA------TGTAC------------A---------------CAAACAGATGG---------------C---------------------ACT-A---AAAAC---------C--A-------------GAT-----AT-------------------AA------------------------------------------CT--A------GA----GCAGA--T--GACA---AGCA----A--CGGATTTCAAa
gi|5 : tttttagTATAGA-CCTGAAAGTTACATTA-------A-TTTAA-CGTGA-ACATGCTGAAAA-TCACCTG------ACCTTGACT------------------TGATCTC-ATATT--GGTAATGATTTCCATA-------A----------ATTTGAAC-G--A---TGGTTT----AGAGGAGATATAGT----TCAA-----AC----------------------CAC----------CA-C---ATAAGA---------------------------GAT---AG---G--T----AA-GCGTT-AT--TTAA--TCA----TACCT---ATTCAAG-AT-----AAAAGA----T------TCCAAAATTA---A---------AG---A-AAGTATATTTTTCAA-----ACAATTTCAGCAATTCT-G-----C---AA-A-----GT-----A-GATT-CTGA----TCAACAGAGAA------CATAT------------ATATTCATAATCTC--CGAACAGACGG---------------
gi|6 : cCACCGT-TTGGGTAATGATTTCCATATTT-Ggcaaatagaat
gi|6 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctacTTGGGTAATGATTTCCATATTTGAACAA--A---TGG--T----GAAAG-AGAATAATATCACCAAGAGGGACAATAAATTAAAGGTTGAAATA-AAC-A---AT---CGAT---ATCAAATA---GACC-AAT--CAAATAAATCAGGATCAAAT---A--T----AAGGCTTT-ATCGTT-A--T-A-----ACTT---TTT-CAGAAT-----AAA--A----C------TA-------A---ATCAGAAAGCAT---A-A--------TTT-AA-----ACAAT----T-----TA-G-----A---TATA-----AT-----A---TAGCAGA---GTT---GTGGGACC----TGTTT------------ATATTCATA----CGGCGGACAaacaaatggtgaaagagaataatatcaccaagagggacaataaattaaaggttgaaataaacaatcgatatcaaatagaccaatcaaataaatcaggatcaaatataaggctttatcgttataactttttcagaataaaactaaatcagaaagcataatttaaacaatttagatataatatagcagagttgtgggacctgtttatattcatacggcggacaa
gi|7 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctaccaccgt--A----T------TT-------C---A---------GC---A-A--------TTTCCA------CAAT----G-----CT-GAGCTGC---AA-A-----GTTAGTGA-GGTTGCATA---GTT--TGTGGAA------TGTAT------------ATATTTACC----T-GAGGTCAGGTGG---------------C---------------------GATAA---GAAAT------------G-------------GAT-----CTAGCTACTATAGATATTTAAAA-------------------ATCAGTTAG-----CA------TCTTCA------TAATTTGCAAA--T--GACA---AACATATAA--TGGGTTTTAATAAAA--------A--T---T-ATAAGCAGAAAACAAA---TATTGAATGTAGa
gi|8 : AT----G-----CT-G-----T---GA-A-----AT-----A-GATCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAT------------ATATTCATA----C-GCGGACAGACGA---------------C---------------------AATAA---AAAAcatgttcaatttagctcagtaaacattatacttgtttataaacttagaattaccttcaattccaaa
gi|8 : ---AAAAT---------A--A-------------GA---------------------------AG-------------------AT------G-----TG------TCTTTA------CATTT-GTAAA--T--GACA---AGCA----A--TGAATTTCAATAGGA--------A--TTGAT-A--AACATAAAACACA---AAGAGAATGTAGATaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttcaaaataagaagatgtgtctttacatttgtaaatgacaagcaatgaatttcaataggaattgataaacataaaacacaaagagaatgtagatagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
gi|9 : atgctgtgaaatagatcgcggagttcgtggaatgtatatattcatacgcggacagacgacaataaaaaaaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttc----T------TC-------C---A---------AC---A-T--------TTTCAA------CAAT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCAAGGA---ATC--TGTGCAA------TGTATTCATGTACATGTATATTCACA----G-GCAGAGAGACAG---------------C---------------------ATCAA---AAAAT---------A--G-------------AAT-----CT-------------------AACTACACTGAAACAGA----AT------G-----TG------TCTTCA------GAGTT-GCAAA--T--GACA---ACCA----A--TGGATTTCAATAGAAATACATGTA--T---T-A--AACAGGATACACA---CGATGAATGTATATagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCCAAGGAGGACAAACTAAAAACCCATAACCGTATTAAACTATACTAAAAATTTATTCAAATGAAAGGGAAACAATAAACCAGAAAACATATATTCCAAAAATTTCACCAATGAAGGTAAGATGCGGAGTTGTGTTATGTATACTGTTATTATAATGTAGCTATAGATAAATGCGGACAAATTTGTACACCTATACCCAGAAGTTCGGAGTCCGTATGTCT
Unaligned ( gi|33 ): GCACAGATAAAGCGTAGCCGTGCATGATATAGGTCTATAATTATAACATTTGCCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 222 1 2222 1 444444444444444 111111 22222222222222222 111111111 1111 1111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 11111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 2222222222222222222222222 111 111111 1111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111
lowQualScore : 00 333 3 4444 777 7 66 1 222222222222222 1 9 5 4 4 4 0 2 222222 00000000000000000 777 111111111 0 1 4444 777 2222222 4 4 7777 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 88 3 55 5555555 0 88888888 5 22222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 7777777777 33 0000000000000000000000000 2 1111 444 000 111111 6666666666666 5555 2 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666666 222222 1 2 22 22 666 4444 22 88888888 66 55555 33 2 444 1
lowQualScore : .. ... . .... ... . .. . ............... . . . . . . . . ...... ................. ... ......... . . .... ... ....... . . .... . ............................................................................................ . . .. . .. ....... . ........ . ..... ...................................................... ...... .......... .. ......................... . .... ... ... ...... ............. .... . . ............................................................................................................................................ ...... ...... . . .. .. ... .... .. ........ .. ..... .. . ... .
lowQualScore : 00 000 3 4444 444 1 77 0 777777777777777 1 4 0 4 4 4 9 9 888888 33333333333333333 666 111111111 8 8 6666 000 3333333 1 0 7777 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 66 6 55 9999999 7 00000000 0 55555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000 3333333333 00 2222222222222222222222222 7 6666 777 000 333333 2222222222222 7777 7 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 111111 7 1 99 99 666 5555 99 11111111 11 22222 11 4 111 0
consensus : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATATA-AC-TTATNTATTAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCGCCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--AT---GG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACCT---ATT-NAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGG---------------C---------------------ANTAA---AAAAT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAATACACA---CAGTGAATGTANAT
Reference ( family-6773 ) : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATATA-AC-TTATNTATTAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCACCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--AT---GG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACCT---ATT-NAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGG---------------C---------------------ANTAA---AAAAT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAATACACA---CAGTGAATGTANAT
gi|1 : TAAATGTAAATACTTTTAAGTAC-ATGTATA-TAAACAATATATAC-TTTTTTGTTTT-GT-TTTGTAAGTT-------------A-TGCAAACTT-A-AGA-GTTGAAAA-CCACCTG------ATCGTGACTTGTCCCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTCGGTAATGATTTCCAGATTTGGAC-A--AT---GG-------AAAGG-GAAATGGT----CCAAGGAAAACCA------------------A-CAC-A---AAG--CG-C---ATGAA-CTT--GATC-TAC--CACAC-------GAT---AT---GACT----AA-GCTTT-AT--TT-A--CCA----TACCA---ATT-AAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACTAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GA-----A-GACCGTCGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCATA----C-ATGATCAGACGG---------------C---------------------ACTCA---CAATT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TATTTG------TAGTT-GC-AA--T--GACA---AGCA----A--TGGAATTCAACGGAA--------A--T---C-A--ATTGGAAAACACA---CAGT-ATTGTACAT
gi|10 : a-------A-TTCAAACGT-GTAT--GCTGAAAT-TTATCCGTATTCAAGCTTAACTCGTCTTCACATTTGGTAATgcta
gi|10 : atatcaacatcattaacgcgtgaattAATTAGT----CTAGGAAGGACAA------------------ATTCC-A---AA---CT-C---ATGAAAT----CACC-ATC--CATAT-------CAT---ATAA-G--C----AA-GTGTG-AT--TT-tccaattagtctaggaaggacaaattccaaactcatgaaatcaccatccatatcatataagcaagtgtgatttttttaatcttaaattcatgaggatttaaaaaaaaagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|12 : atatcaacatcattaacgcgtgaattattcaaacgtgtatgctgaaatttatccgtattcaagcttaactcgtcttcacatttggtaattcc---A-A--------ATTCAA------CAAT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGG-----TT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAGCATTACAAAAAAAACC---------------------AACAA---AAAACAAAAAACCCC--G-------------AAT-----CT-------------------AGCTAGATTGAAATAAG----AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGCA----G--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-A--AGCAGAATACGCA---ttttaatcttaaattcatgaggatttaaaaaaaaagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|13 : tatttcctag---A-A--------ATTCAA------CAAT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGGG---GTT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAG---------------CATTACAAAAAAACCAACAAAAAACAA---AAAAC---------CCCG-------------AAT-----CT-------------------AGCTAGATTGAAATAAG----AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGCA----G--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-A--AGCAGAATACGCA---
gi|14 : ttcctag-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TGTTT-GCAAA--T--GATATTAAGCA----A--TGAATTTCATAAGAA--------A--T---C-A--TGCAAAATACACA---CAa
gi|15 : ttcaacaacgctgagatcaaaaaggtcacagagtttgtagaatgcatataggcctacatgtacatatttagaatgacaccaaaaaaaaaaaaaaaacagaaagaaaaccaggctctaactagattggaacaaaatgtcattA-AT-TTATGTATTATTGC-CCTTAAAGTT----TA-------AATCTAA-TGT-A-ACA-GCTGAAAA-TTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCCATATTTCAGCAAT-ATTtt
gi|15 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaCCAAATTTGGTGATGATTTCCATATTTCAGC-A--ATATTGG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------A-CCCTA---AA---C------ATGAAA----------------ATA--------GAG--------G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TATCT---ggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacatgaaaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttatgtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaattgattgaccttgattcgtaaA-AT-TTA-GTATTATTGC-CCTTAAAGTT----TA-------AATCTAA-TGT-A-ACA-GCTGAAAAATTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCC-TATTT-
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaCCAAATTTGGTGATGATTTCC-TATTTCAGC-AATAT---GG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------A-CCCTA---AA---CA-----ATAAATA----GAG------------------------------G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TATCT---cagcaatatggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacaataaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|17 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttagtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaaattgattgaccttgattcgtaaTTGAAC-G--AT---GG--T----CAA-G-GAGATAAT----CCAAGGAGAACAA------------------A-CTC-G---AAAATCG-TATGATAAAATTAAGGATT-TACATTATCT-------AAT---AT---T--T----AA-------AT--TC-AAGTAAAAAGTA-CTAAAATT-AAG-AC-----AA---------------CCAGA----A---A---------AC---ATA--------TCTCAACAATTACAAT----G-----TC-G-----C---AA-A-----AT-----A---------A---GTT--CATGGAA------TGTGT------------ATAGTC
gi|18 : TGACGATTCCAATATTTGAAG-G--AT---GG--G----AAAGG-GGAATAGT----CCAAGAAGCACCA------------------A-CTCAA---AA---CG-C---ATATATC----AAAC-CAT--TATAT-------AAT---ATAG-A--T----AA-ACGCTAATA-TC-A--TCA----TACTT---ATT-CAA-AT-----AA
gi|19 : -----ACGAT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCGCGGA---GCT--CGTGGAA------TGTGC------------CAATTCACA----A-ACGGTCAGGC-----------------CA--------------------AATAAAAGAAAAC---------C--GTTTTAATTACATTGATA----CG-------------------AG-------------------TT------A-----TG------TCTTCA------TAATT-GCAAA--T--Gtaggtaaaaatgaaaaccagaaaacacattttcctccaatttaaacaatactgc
gi|2 : aataaagcagaacacatatttccaaaactttttT-GA-CCAGTAAGTT----TATAGTTCGA-TTTAAACAT-A-ACA-GTTGAAAA-TAAATTG------ACCTTGACT---------------TAATTGTCTCCA--------------------TATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-AATAT---GG--TATTAAAAGG-GAAATAGT----CCAAGGAGGACAA------------------A-CACTA---AA---TT-C---ATAAAATA---GAACATAC--TGTAT-------GAT---ATCTAG--TTTTAAA-GTGTT-AT--CT-A--TCA----TACTT---AAA-CAA-ATTCTGGAAA--ACATTT------TC-------C---A---------AC---A-A--------TATC-A-----ACAAT----G-----CT-G-----C---AA-A-----GT-----A-------AGA---GTTA-AATGGAAATTTAGTGTAT------------ATATTCACT----C-GCGCACAAATGA---------------C---------------------AATAAT--GAAAT---------------------------AT------------------------------------------------T------G-----TG------TCTTCA------TAATT-GCTAA--TCAAACA---AGCA----A--TGGGTTTTAGTTGAA--------A--T---TAA--AATAGAATAC
gi|20 : taatatGACAGACAG---------------C---------------------AGTAA---AAAAAAA-------C--G-------------AAT-----CT-------------------AACGTCGGAGATTGAAACAACAT------G-----TG------TATTTA------TTTTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--AGAATTTCAATATAA--------A--T---A-A--AGCAGAAAACATA---CA
gi|21 : ATTTATA----C-GCGGACAGACAC---------------C----------------------TTAA---AA------------C--A-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------CT------ACAAATTGAAACAATCTTCA------TAGTT-GTAA---C--AACA---AGCA----A--T---TTACAACAATA--------T--T---C-A--AGAAAAATACACA---CAATGAATGTACATtttgaaaatctagatt
gi|22 : cATTCACA----C-GTG-ACAG-TAG---------------T---------------------ACCAA---AAACTAAA------C--T-------------AAA-----CC-------------------AG-------------------AT------T-----CA------TCTTCA------TA-TT-GCAAA--T--GATA---A--A----ACCTGGGTTTCAAAAGAA--------A--T---G-A--AACCCAATGCTCA---TTGTGAATGTATatgaaa
gi|23 : TAA------------ATATTCACT----C-ACAGACAGATGG---------------C---------------------ACTAA---CAAAT---------T--G-------------GGTTAAAACA-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--GATATG-CGCA----A--TGGGTTTCAATCAAA--------A--C---T-A--AGCAGAAT--ACA---TAGTGAATagtattaaa
gi|24 : AAAT---------T--G-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AT------C-----TC------TCATCA------TAGAT-GCAAA--T--GAAA---ATCA----A--TGGATTTTAATAGAA--------A--T---G-A--AGCAGGAAAGACA---CAGTAAATGTAAAT
gi|25 : aaaactggatttaactT-------------------AG-------------------AT------T-----TG------TCTTCA------TTGTT-GCAAA--T--GACA---AGCC----A--TTCGTTTCGATAGAA--------A--T---T-A--AGTAGAATA-GCA---CAGTGAata
gi|26 : accggatctagtttgatatatgatataattgAGAT---------T--G-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AC------A-----TG------TCTCCA------TAGTT-GCAAAAAT--GACG---ACCA----A--CGGATTTCAATGGAA--------A--T---T-G--AACAGAAAACGCATTGTAGTGAActat
gi|27 : tagct-------------------AA-------------------AA------G-----TG------TCTTCA------TGGTT-GCAAA--T--GATT---TGCA----A--TGTATTTCAAT-GAA--------A--T---T-A--AGCAGAA-ACACA---CAATGAATG
gi|28 : taattagactgaaaacCA---AGGG----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---A-A--AGCATAATACACA---CAAGGAATGTAAAT
gi|29 : actggatacagaatattattttataggcg----T------TC-------C---A---------AC---T-A--------TTTCAA------CAGT----G-----CT-A-----C---GA-A-----AT-----A-GGTCAAAGT---CTT--TGTGGAA------TGTatt
gi|3 : gaataaaataaaatctgtaaatattTAGATATGAGAACTTCTGGGTG---TGTATACTGAA-GATATC-G----ATA-ATTTT-GA-CCTATAAATT-------------A-TCTAAACTT-A-TCA-GCTGAAAA-TCACCCG------ACCTTGACTTATCGCCAT-------------------ATTT-GGTAACGATTTCCATATTT--TG-----------------AC-A--AT---GG--T----AAAGA-TAAATCAT----CCAAGAAGGACAA------------------G-CTT-ATTTAA---CG-C---A-------------C-CAT--CGTAT-------GAT---ATAG-G--T----AA-GTGTT-AT--TT-A--TTG----AACGT---TTT-GAA-AT-----AAA--AG---TAAAAAATT-------A---A---------ACCAGA-AAACATAT-TTTTTA-----ACAAT----T-----TCAG-----C---AA-T-----GTC----ATGGT-GCAAAGTTGTT--TGTGGAC------TGTAG------------ATATTCATA----C-ACAGACAGACgt
gi|30 : tatttttggtt----T------TC-------C---A---------AC---A-A--------TTTTAA------CAAT----G-----CG-G-----C---TA-A-----GT-----T-GGTCGTAGA---GTT--TATGGTA------TGtggatgtaactag
gi|31 : aaaaaaaattaacccaaaaacacatt-ATA-GCTGAAA--TCACCTG------ACCTCGACTTGTCTCCATATTTGGCAGTGACTTACATA
gi|32 : atagat-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--G------------------------CAGTA-AA--------A--T---T-A--AGCAG--TATACA---AGGTGAATGTAccagtatt
gi|4 : aaaAATTATAAATACTTTCAGATACCAGGTATGT--AA-AATATGGACATTAGTTAC-AT-GTACCTGAACGCT-------------A-TTCAAATGG-A-ACA-GTTGAAAA------------------------ATCACC-----------TGATCTC-A-ATTT-G-------TCTCCATATTTGGTACTGATTTCCATATTTGGAT-G--AT---GG--T----AAATG-GAAAGAGT----TCAAGATGAA-AT------------------A-TTCTA---AAT--CATC---ATAAAAT-----ATC-TA---------------GGT---AT--------------GCATT-TT--TT-A--TC-----------------CAG-AG-----AAC--A----TG-----TT-------ACCCA---------AC---A-A--------ATTCAAC----ACA-----------------------------------T-----A-GATCATGAA---GTT--CATGGAA------TGTAC------------A---------------CAAACAGATGG---------------C---------------------ACT-A---AAAAC---------C--A-------------GAT-----AT-------------------AA------------------------------------------CT--A------GA----GCAGA--T--GACA---AGCA----A--CGGATTTCAAa
gi|5 : tttttagTATAGA-CCTGAAAGTTACATTA-------A-TTTAA-CGTGA-ACATGCTGAAAA-TCACCTG------ACCTTGACT------------------TGATCTC-ATATT--GGTAATGATTTCCATA-------A----------ATTTGAAC-G--AT---GGTTT----AGAGGAGATATAGT----TCAA-----AC----------------------CAC----------CA-C---ATAAGA---------------------------GAT---AG---G--T----AA-GCGTT-AT--TTAA--TCA----TACCT---ATTCAAG-AT-----AAAAGA----T------TCCAAAATTA---A---------AG---A-AAGTATATTTTTCAA-----ACAATTTCAGCAATTCT-G-----C---AA-A-----GT-----A-GATT-CTGA----TCAACAGAGAA------CATAT------------ATATTCATAATCTC--CGAACAGACGG---------------
gi|6 : cCACCGT-TTGGGTAATGATTTCCATATTT-Ggcaaatagaat
gi|6 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctacTTGGGTAATGATTTCCATATTTGAACAA--AT---GG--T----GAAAG-AGAATAATATCACCAAGAGGGACAATAAATTAAAGGTTGAAATA-AAC-A---AT---CGAT---ATCAAATA---GACC-AAT--CAAATAAATCAGGATCAAAT---A--T----AAGGCTTT-ATCGTT-A--T-A-----ACTT---TTT-CAGAAT-----AAA--A----C------TA-------A---ATCAGAAAGCAT---A-A--------TTT-AA-----ACAAT----T-----TA-G-----A---TATA-----AT-----A---TAGCAGA---GTT---GTGGGACC----TGTTT------------ATATTCATA----CGGCGGACAaacaaatggtgaaagagaataatatcaccaagagggacaataaattaaaggttgaaataaacaatcgatatcaaatagaccaatcaaataaatcaggatcaaatataaggctttatcgttataactttttcagaataaaactaaatcagaaagcataatttaaacaatttagatataatatagcagagttgtgggacctgtttatattcatacggcggacaa
gi|7 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctaccaccgt--A----T------TT-------C---A---------GC---A-A--------TTTCCA------CAAT----G-----CT-GAGCTGC---AA-A-----GTTAGTGA-GGTTGCATA---GTT--TGTGGAA------TGTAT------------ATATTTACC----T-GAGGTCAGGTGG---------------C---------------------GATAA---GAAAT------------G-------------GAT-----CTAGCTACTATAGATATTTAAAA-------------------ATCAGTTAG-----CA------TCTTCA------TAATTTGCAAA--T--GACA---AACATATAA--TGGGTTTTAATAAAA--------A--T---T-ATAAGCAGAAAACAAA---TATTGAATGTAGa
gi|8 : AT----G-----CT-G-----T---GA-A-----AT-----A-GATCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAT------------ATATTCATA----C-GCGGACAGACGA---------------C---------------------AATAA---AAAAcatgttcaatttagctcagtaaacattatacttgtttataaacttagaattaccttcaattccaaa
gi|8 : ---AAAAT---------A--A-------------GA---------------------------AG-------------------AT------G-----TG------TCTTTA------CATTT-GTAAA--T--GACA---AGCA----A--TGAATTTCAATAGGA--------A--TTGAT-A--AACATAAAACACA---AAGAGAATGTAGATaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttcaaaataagaagatgtgtctttacatttgtaaatgacaagcaatgaatttcaataggaattgataaacataaaacacaaagagaatgtagatagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
gi|9 : atgctgtgaaatagatcgcggagttcgtggaatgtatatattcatacgcggacagacgacaataaaaaaaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttc----T------TC-------C---A---------AC---A-T--------TTTCAA------CAAT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCAAGGA---ATC--TGTGCAA------TGTATTCATGTACATGTATATTCACA----G-GCAGAGAGACAG---------------C---------------------ATCAA---AAAAT---------A--G-------------AAT-----CT-------------------AACTACACTGAAACAGA----AT------G-----TG------TCTTCA------GAGTT-GCAAA--T--GACA---ACCA----A--TGGATTTCAATAGAAATACATGTA--T---T-A--AACAGGATACACA---CGATGAATGTATATagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCCAAGGAGGACAAACTAAAAACCCATAACCGTATTAAACTATACTAAAAATTTATTCAAATGAAAGGGAAACAATAAACCAGAAAACATATATTCCAAAAATTTCACCAATGAAGGTAAGATGCGGAGTTGTGTTATGTATACTGTTATTATAATGTAGCTATAGATAAATGCGGACAAATTTGTACACCTATACCCAGAAGTTCGGAGTCCGTATGTCT
Unaligned ( gi|33 ): GCACAGATAAAGCGTAGCCGTGCATGATATAGGTCTATAATTATAACATTTGCCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 222 1 2222 1 444444444444444 111111 22222222222222222 111111111 1111 1111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 11111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 2222222222222222222222222 111 111111 1111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111
lowQualScore : 00 333 3 4444 777 7 66 1 222222222222222 1 9 5 4 4 99999 222222 00000000000000000 777 111111111 0 1 4444 777 2222222 4 4 7777 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 88 3 55 5555555 0 88888888 5 22222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 7777777777 33 0000000000000000000000000 2 1111 444 000 111111 6666666666666 5555 2 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666666 222222 1 2 22 22 666 4444 22 88888888 66 55555 33 2 444 1
lowQualScore : .. ... . .... ... . .. . ............... . . . . . ..... ...... ................. ... ......... . . .... ... ....... . . .... . ............................................................................................ . . .. . .. ....... . ........ . ..... ...................................................... ...... .......... .. ......................... . .... ... ... ...... ............. .... . . ............................................................................................................................................ ...... ...... . . .. .. ... .... .. ........ .. ..... .. . ... .
lowQualScore : 00 000 3 4444 444 1 77 0 777777777777777 1 4 0 4 4 88888 888888 33333333333333333 666 111111111 8 8 6666 000 3333333 1 0 7777 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 66 6 55 9999999 7 00000000 0 55555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000 3333333333 00 2222222222222222222222222 7 6666 777 000 333333 2222222222222 7777 7 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 111111 7 1 99 99 666 5555 99 11111111 11 22222 11 4 111 0
consensus : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATATA-AC-TTATNTATTAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCGCCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--AT---GG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACCT---ATT-NAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGG---------------C---------------------ANTAA---AAAAT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAATACACA---CAGTGAATGTANAT
Reference ( family-6773 ) : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATATA-AC-TTATNTATTAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCGCCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--AT---GG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACCT---ATT-NAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGG---------------C---------------------ANTAA---AAAAT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAATACACA---CAGTGAATGTANAT
gi|1 : TAAATGTAAATACTTTTAAGTAC-ATGTATA-TAAACAATATATAC-TTTTTTGTTTT-GT-TTTGTAAGTT-------------A-TGCAAACTT-A-AGA-GTTGAAAA-CCACCTG------ATCGTGACTTGTCCCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTCGGTAATGATTTCCAGATTTGGAC-A--AT---GG-------AAAGG-GAAATGGT----CCAAGGAAAACCA------------------A-CAC-A---AAG--CG-C---ATGAA-CTT--GATC-TAC--CACAC-------GAT---AT---GACT----AA-GCTTT-AT--TT-A--CCA----TACCA---ATT-AAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACTAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GA-----A-GACCGTCGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCATA----C-ATGATCAGACGG---------------C---------------------ACTCA---CAATT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TATTTG------TAGTT-GC-AA--T--GACA---AGCA----A--TGGAATTCAACGGAA--------A--T---C-A--ATTGGAAAACACA---CAGT-ATTGTACAT
gi|10 : a-------A-TTCAAACGT-GTAT--GCTGAAAT-TTATCCGTATTCAAGCTTAACTCGTCTTCACATTTGGTAATgcta
gi|10 : atatcaacatcattaacgcgtgaattAATTAGT----CTAGGAAGGACAA------------------ATTCC-A---AA---CT-C---ATGAAAT----CACC-ATC--CATAT-------CAT---ATAA-G--C----AA-GTGTG-AT--TT-tccaattagtctaggaaggacaaattccaaactcatgaaatcaccatccatatcatataagcaagtgtgatttttttaatcttaaattcatgaggatttaaaaaaaaagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|12 : atatcaacatcattaacgcgtgaattattcaaacgtgtatgctgaaatttatccgtattcaagcttaactcgtcttcacatttggtaattcc---A-A--------ATTCAA------CAAT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGG-----TT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAGCATTACAAAAAAAACC---------------------AACAA---AAAACAAAAAACCCC--G-------------AAT-----CT-------------------AGCTAGATTGAAATAAG----AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGCA----G--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-A--AGCAGAATACGCA---ttttaatcttaaattcatgaggatttaaaaaaaaagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|13 : tatttcctag---A-A--------ATTCAA------CAAT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGGG---GTT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAG---------------CATTACAAAAAAACCAACAAAAAACAA---AAAAC---------CCCG-------------AAT-----CT-------------------AGCTAGATTGAAATAAG----AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGCA----G--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-A--AGCAGAATACGCA---
gi|14 : ttcctag-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TGTTT-GCAAA--T--GATATTAAGCA----A--TGAATTTCATAAGAA--------A--T---C-A--TGCAAAATACACA---CAa
gi|15 : ttcaacaacgctgagatcaaaaaggtcacagagtttgtagaatgcatataggcctacatgtacatatttagaatgacaccaaaaaaaaaaaaaaaacagaaagaaaaccaggctctaactagattggaacaaaatgtcattA-AT-TTATGTATTATTGC-CCTTAAAGTT----TA-------AATCTAA-TGT-A-ACA-GCTGAAAA-TTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCCATATTTCAGCAAT-ATTtt
gi|15 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaCCAAATTTGGTGATGATTTCCATATTTCAGC-A--ATATTGG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------A-CCCTA---AA---C------ATGAAA----------------ATA--------GAG--------G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TATCT---ggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacatgaaaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttatgtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaattgattgaccttgattcgtaaA-AT-TTA-GTATTATTGC-CCTTAAAGTT----TA-------AATCTAA-TGT-A-ACA-GCTGAAAAATTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCC-TATTT-
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaCCAAATTTGGTGATGATTTCC-TATTTCAGC-AATAT---GG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------A-CCCTA---AA---CA-----ATAAATA----GAG------------------------------G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TATCT---cagcaatatggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacaataaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|17 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttagtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaaattgattgaccttgattcgtaaTTGAAC-G--AT---GG--T----CAA-G-GAGATAAT----CCAAGGAGAACAA------------------A-CTC-G---AAAATCG-TATGATAAAATTAAGGATT-TACATTATCT-------AAT---AT---T--T----AA-------AT--TC-AAGTAAAAAGTA-CTAAAATT-AAG-AC-----AA---------------CCAGA----A---A---------AC---ATA--------TCTCAACAATTACAAT----G-----TC-G-----C---AA-A-----AT-----A---------A---GTT--CATGGAA------TGTGT------------ATAGTC
gi|18 : TGACGATTCCAATATTTGAAG-G--AT---GG--G----AAAGG-GGAATAGT----CCAAGAAGCACCA------------------A-CTCAA---AA---CG-C---ATATATC----AAAC-CAT--TATAT-------AAT---ATAG-A--T----AA-ACGCTAATA-TC-A--TCA----TACTT---ATT-CAA-AT-----AA
gi|19 : -----ACGAT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCGCGGA---GCT--CGTGGAA------TGTGC------------CAATTCACA----A-ACGGTCAGGC-----------------CA--------------------AATAAAAGAAAAC---------C--GTTTTAATTACATTGATA----CG-------------------AG-------------------TT------A-----TG------TCTTCA------TAATT-GCAAA--T--Gtaggtaaaaatgaaaaccagaaaacacattttcctccaatttaaacaatactgc
gi|2 : aataaagcagaacacatatttccaaaactttttT-GA-CCAGTAAGTT----TATAGTTCGA-TTTAAACAT-A-ACA-GTTGAAAA-TAAATTG------ACCTTGACT---------------TAATTGTCTCCA--------------------TATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-AATAT---GG--TATTAAAAGG-GAAATAGT----CCAAGGAGGACAA------------------A-CACTA---AA---TT-C---ATAAAATA---GAACATAC--TGTAT-------GAT---ATCTAG--TTTTAAA-GTGTT-AT--CT-A--TCA----TACTT---AAA-CAA-ATTCTGGAAA--ACATTT------TC-------C---A---------AC---A-A--------TATC-A-----ACAAT----G-----CT-G-----C---AA-A-----GT-----A-------AGA---GTTA-AATGGAAATTTAGTGTAT------------ATATTCACT----C-GCGCACAAATGA---------------C---------------------AATAAT--GAAAT---------------------------AT------------------------------------------------T------G-----TG------TCTTCA------TAATT-GCTAA--TCAAACA---AGCA----A--TGGGTTTTAGTTGAA--------A--T---TAA--AATAGAATAC
gi|20 : taatatGACAGACAG---------------C---------------------AGTAA---AAAAAAA-------C--G-------------AAT-----CT-------------------AACGTCGGAGATTGAAACAACAT------G-----TG------TATTTA------TTTTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--AGAATTTCAATATAA--------A--T---A-A--AGCAGAAAACATA---CA
gi|21 : ATTTATA----C-GCGGACAGACAC---------------C----------------------TTAA---AA------------C--A-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------CT------ACAAATTGAAACAATCTTCA------TAGTT-GTAA---C--AACA---AGCA----A--T---TTACAACAATA--------T--T---C-A--AGAAAAATACACA---CAATGAATGTACATtttgaaaatctagatt
gi|22 : cATTCACA----C-GTG-ACAG-TAG---------------T---------------------ACCAA---AAACTAAA------C--T-------------AAA-----CC-------------------AG-------------------AT------T-----CA------TCTTCA------TA-TT-GCAAA--T--GATA---A--A----ACCTGGGTTTCAAAAGAA--------A--T---G-A--AACCCAATGCTCA---TTGTGAATGTATatgaaa
gi|23 : TAA------------ATATTCACT----C-ACAGACAGATGG---------------C---------------------ACTAA---CAAAT---------T--G-------------GGTTAAAACA-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--GATATG-CGCA----A--TGGGTTTCAATCAAA--------A--C---T-A--AGCAGAAT--ACA---TAGTGAATagtattaaa
gi|24 : AAAT---------T--G-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AT------C-----TC------TCATCA------TAGAT-GCAAA--T--GAAA---ATCA----A--TGGATTTTAATAGAA--------A--T---G-A--AGCAGGAAAGACA---CAGTAAATGTAAAT
gi|25 : aaaactggatttaactT-------------------AG-------------------AT------T-----TG------TCTTCA------TTGTT-GCAAA--T--GACA---AGCC----A--TTCGTTTCGATAGAA--------A--T---T-A--AGTAGAATA-GCA---CAGTGAata
gi|26 : accggatctagtttgatatatgatataattgAGAT---------T--G-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AC------A-----TG------TCTCCA------TAGTT-GCAAAAAT--GACG---ACCA----A--CGGATTTCAATGGAA--------A--T---T-G--AACAGAAAACGCATTGTAGTGAActat
gi|27 : tagct-------------------AA-------------------AA------G-----TG------TCTTCA------TGGTT-GCAAA--T--GATT---TGCA----A--TGTATTTCAAT-GAA--------A--T---T-A--AGCAGAA-ACACA---CAATGAATG
gi|28 : taattagactgaaaacCA---AGGG----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---A-A--AGCATAATACACA---CAAGGAATGTAAAT
gi|29 : actggatacagaatattattttataggcg----T------TC-------C---A---------AC---T-A--------TTTCAA------CAGT----G-----CT-A-----C---GA-A-----AT-----A-GGTCAAAGT---CTT--TGTGGAA------TGTatt
gi|3 : gaataaaataaaatctgtaaatattTAGATATGAGAACTTCTGGGTG---TGTATACTGAA-GATATC-G----ATA-ATTTT-GA-CCTATAAATT-------------A-TCTAAACTT-A-TCA-GCTGAAAA-TCACCCG------ACCTTGACTTATCGCCAT-------------------ATTT-GGTAACGATTTCCATATTT--TG-----------------AC-A--AT---GG--T----AAAGA-TAAATCAT----CCAAGAAGGACAA------------------G-CTT-ATTTAA---CG-C---A-------------C-CAT--CGTAT-------GAT---ATAG-G--T----AA-GTGTT-AT--TT-A--TTG----AACGT---TTT-GAA-AT-----AAA--AG---TAAAAAATT-------A---A---------ACCAGA-AAACATAT-TTTTTA-----ACAAT----T-----TCAG-----C---AA-T-----GTC----ATGGT-GCAAAGTTGTT--TGTGGAC------TGTAG------------ATATTCATA----C-ACAGACAGACgt
gi|30 : tatttttggtt----T------TC-------C---A---------AC---A-A--------TTTTAA------CAAT----G-----CG-G-----C---TA-A-----GT-----T-GGTCGTAGA---GTT--TATGGTA------TGtggatgtaactag
gi|31 : aaaaaaaattaacccaaaaacacatt-ATA-GCTGAAA--TCACCTG------ACCTCGACTTGTCTCCATATTTGGCAGTGACTTACATA
gi|32 : atagat-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--G------------------------CAGTA-AA--------A--T---T-A--AGCAG--TATACA---AGGTGAATGTAccagtatt
gi|4 : aaaAATTATAAATACTTTCAGATACCAGGTATGT--AA-AATATGGACATTAGTTAC-AT-GTACCTGAACGCT-------------A-TTCAAATGG-A-ACA-GTTGAAAA------------------------ATCACC-----------TGATCTC-A-ATTT-G-------TCTCCATATTTGGTACTGATTTCCATATTTGGAT-G--AT---GG--T----AAATG-GAAAGAGT----TCAAGATGAA-AT------------------A-TTCTA---AAT--CATC---ATAAAAT-----ATC-TA---------------GGT---AT--------------GCATT-TT--TT-A--TC-----------------CAG-AG-----AAC--A----TG-----TT-------ACCCA---------AC---A-A--------ATTCAAC----ACA-----------------------------------T-----A-GATCATGAA---GTT--CATGGAA------TGTAC------------A---------------CAAACAGATGG---------------C---------------------ACT-A---AAAAC---------C--A-------------GAT-----AT-------------------AA------------------------------------------CT--A------GA----GCAGA--T--GACA---AGCA----A--CGGATTTCAAa
gi|5 : tttttagTATAGA-CCTGAAAGTTACATTA-------A-TTTAA-CGTGA-ACATGCTGAAAA-TCACCTG------ACCTTGACT------------------TGATCTC-ATATT--GGTAATGATTTCCATA-------A----------ATTTGAAC-G--AT---GGTTT----AGAGGAGATATAGT----TCAA-----AC----------------------CAC----------CA-C---ATAAGA---------------------------GAT---AG---G--T----AA-GCGTT-AT--TTAA--TCA----TACCT---ATTCAAG-AT-----AAAAGA----T------TCCAAAATTA---A---------AG---A-AAGTATATTTTTCAA-----ACAATTTCAGCAATTCT-G-----C---AA-A-----GT-----A-GATT-CTGA----TCAACAGAGAA------CATAT------------ATATTCATAATCTC--CGAACAGACGG---------------
gi|6 : cCACCGT-TTGGGTAATGATTTCCATATTT-Ggcaaatagaat
gi|6 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctacTTGGGTAATGATTTCCATATTTGAACAA--AT---GG--T----GAAAG-AGAATAATATCACCAAGAGGGACAATAAATTAAAGGTTGAAATA-AAC-A---AT---CGAT---ATCAAATA---GACC-AAT--CAAATAAATCAGGATCAAAT---A--T----AAGGCTTT-ATCGTT-A--T-A-----ACTT---TTT-CAGAAT-----AAA--A----C------TA-------A---ATCAGAAAGCAT---A-A--------TTT-AA-----ACAAT----T-----TA-G-----A---TATA-----AT-----A---TAGCAGA---GTT---GTGGGACC----TGTTT------------ATATTCATA----CGGCGGACAaacaaatggtgaaagagaataatatcaccaagagggacaataaattaaaggttgaaataaacaatcgatatcaaatagaccaatcaaataaatcaggatcaaatataaggctttatcgttataactttttcagaataaaactaaatcagaaagcataatttaaacaatttagatataatatagcagagttgtgggacctgtttatattcatacggcggacaa
gi|7 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctaccaccgt--A----T------TT-------C---A---------GC---A-A--------TTTCCA------CAAT----G-----CT-GAGCTGC---AA-A-----GTTAGTGA-GGTTGCATA---GTT--TGTGGAA------TGTAT------------ATATTTACC----T-GAGGTCAGGTGG---------------C---------------------GATAA---GAAAT------------G-------------GAT-----CTAGCTACTATAGATATTTAAAA-------------------ATCAGTTAG-----CA------TCTTCA------TAATTTGCAAA--T--GACA---AACATATAA--TGGGTTTTAATAAAA--------A--T---T-ATAAGCAGAAAACAAA---TATTGAATGTAGa
gi|8 : AT----G-----CT-G-----T---GA-A-----AT-----A-GATCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAT------------ATATTCATA----C-GCGGACAGACGA---------------C---------------------AATAA---AAAAcatgttcaatttagctcagtaaacattatacttgtttataaacttagaattaccttcaattccaaa
gi|8 : ---AAAAT---------A--A-------------GA---------------------------AG-------------------AT------G-----TG------TCTTTA------CATTT-GTAAA--T--GACA---AGCA----A--TGAATTTCAATAGGA--------A--TTGAT-A--AACATAAAACACA---AAGAGAATGTAGATaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttcaaaataagaagatgtgtctttacatttgtaaatgacaagcaatgaatttcaataggaattgataaacataaaacacaaagagaatgtagatagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
gi|9 : atgctgtgaaatagatcgcggagttcgtggaatgtatatattcatacgcggacagacgacaataaaaaaaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttc----T------TC-------C---A---------AC---A-T--------TTTCAA------CAAT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCAAGGA---ATC--TGTGCAA------TGTATTCATGTACATGTATATTCACA----G-GCAGAGAGACAG---------------C---------------------ATCAA---AAAAT---------A--G-------------AAT-----CT-------------------AACTACACTGAAACAGA----AT------G-----TG------TCTTCA------GAGTT-GCAAA--T--GACA---ACCA----A--TGGATTTCAATAGAAATACATGTA--T---T-A--AACAGGATACACA---CGATGAATGTATATagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
blockSeqs : CC CTG . GACA TGT T TA A TATAGTTCGA T A G T T ATTGA TATTCA CGTCTTCACATTTGGTA CAT TCAGCAAT A AAT ATT TATTA T A ATCA A TAAATTAAAGGTTGAAATAAACAATCGATATCAAATAGACCAATCAAATAAATCAGGATCAAATAT G A CG A AG AAAAAGT AAAATTA A TCTGG AAGTAAAAAATTAAACCAGAAAACATAT CAATTA TTCAGCAATT CA AGCTGCAAAGTTAGTG T CGCG GTT AAC ATTTAG TTCATGTACATGT ATCT G CATTACAAAAAAAACCAACAAAAAACAAAAAACCCCGAATCTAGCTAGATTGAAATAAGATG AAACAA CGCATG G T AA CA TTA TATA CC ATACATGT TT TGAT TA T TTG C
blockSeqs : . T . AT GTT T C A ACATTAA C A . . . TTAT . CGTAACCAAATTTGGTG CAT TGGTAACG A AAT . TTT T . . C ACTCGAAAATCGTATGATAAAATTAAGGATTTACATTATCTAATATTT . . A . . CAT ATTCA . . AAGATTCCAAAATTAAAGAAAGTATATT CA G C CTGTAAATACATAT . CGCG . AA CC C . . CATTACAAAAAAACCAACAAAAAACAAAAAACCCCGAATCTAGCTAGATTGAAATAAGATG . CGCATG G . . . TG . . . TT TA . T . T
blockSeqs : AT GT A C T TAAA C A . . . TTGA . CGTAACCAAATTTGGTG CAT GGTAATG A AA . T G . . C ACACTAAATTCATAAAATAGAACATACTGTATGATATCTAGTTTTA . . . . . CAT ATTC . . AACTAAATCAGAAAGCATAA A G C CTGTAAATACATAT . CGCG . A . C . . CGATAAGAAATGGATCTAGCTACTATAGATATTTAAAAATCAGTTAG . . T . . . . . . . . T . T . A
blockSeqs : G TA . A T TAAA T A . . . TAAA . TGTCTCCATATTTGGCA CT TG A A . T G . . A ATTCCAAACTCATGAAATCACCATCCATATCATATAAGC . . . . . TGA AAAC . . AACATTTTCCAACAA A G C CAATGTC . CAAA . A . T . . CAGTAAAAAAAAACGAATCTAACGTCGGAGATTGAAACAACATG . . A . . . . . . . . T . T . A
blockSeqs : . A A A C . . . . TCAC . TATCGCCAT CA . A G . T G . . A ACTCAAAACGCATATATCAAACCATTATATAATATAGAT . . . . . CAT TTTG . . CATGTTACCCAACAA A G C ATATAAT . CGTA . C . C . . CAAATAAAAGAAAACCGTTTTAATTACATTGATACGAGTTA . . A . . . . . . . . C . A . G
blockSeqs : . A A A T . . . . TCAC . ATCACC AT . G . G T . . A GCTTATTTAACGCACCATCGTATGATATAGGT . . . . . AT TTTC . . CCAGAAAACATA A G T CAAAAT . CATG . C . T . . CATCAAAAAATAGAATCTAACTACACTGAAACAGAATG . . T . . . . . . . . A . T . G
blockSeqs : T . . . . TCAC . TA A . A . T G . . A ATTCTAAATCATCATAAAATATCTAGGTAT . . . . . AT C . . A G T TGAAAT . AGCA . T . A . . CACTAACAAATTGGGTTAAAACAAAATG . . G . . . . . . . . C . T . T
blockSeqs : . . . . . . . G . T A . . T ACCCTAAACATGAAAATAGAGGT . . . . . C . T G CAAAGT . TGCA . T . G . . TACCAAAAACTAAACTAAACCAGATT . . G . . . . . . . . G . T .
blockSeqs : G . T . . . G ACCCTAAACAATAAATAGAGGT . . . . . A . G T CGAAAT . CGCG . T . C . . CTTAAAACAGATCTAACTACAAAT . . G . . . . . . . . T . A .
blockSeqs : . . CACCACATAAGAGATAGGT . . . . . T A CTAAGT . CAAG . C . T . . CACTAAAAACCAGATATAA . . G . . . . . . . . G . T .
blockSeqs : . G T CAAAGT . GCA . T . T . . CAATAATGAAATATTG . . G . . . . . . . . T . A .
blockSeqs : . G T TGAAAT . TCT . C . T . . . . G . . . . . . . . T . T .
blockSeqs : . G C TGAAAT . A . T . T . . . . G . . . . . . . . T . T .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . A .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . T . A .
blockSeqs : . . G . . . . . . . . T . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : AC** GT* CAT T****** A*****
originalCons : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATATA-AC-TTATNTATTAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCGCCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--AT---GG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACCT---ATT-NAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGG---------------C---------------------ANTAA---AAAAT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAATACACA---CAGTGAATGTANAT
finalCons : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATATAAC--TTAGT-ATTAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCGCCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--AT---GGT------AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACCT---ATT-NAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAAA-----CAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGG---------------C---------------------ANTAA---AAAAT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAATACACA---CAGTGAATGTANAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCCAAGGAGGACAAACTAAAAACCCATAACCGTATTAAACTATACTAAAAATTTATTCAAATGAAAGGGAAACAATAAACCAGAAAACATATATTCCAAAAATTTCACCAATGAAGGTAAGATGCGGAGTTGTGTTATGTATACTGTTATTATAATGTAGCTATAGATAAATGCGGACAAATTTGTACACCTATACCCAGAAGTTCGGAGTCCGTATGTCT
Unaligned ( gi|33 ): GCACAGATAAAGCGTAGCCGTGCATGATATAGGTCTATAATTATAACATTTGCCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 222 1 222222 1111 1 444444444444444 111111 22222222222222222 111111111 1111 1111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 11111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 2222222222222222222222222 111 111111 1111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111
lowQualScore : 00 333 3 666666 3333 5 7 66 1 222222222222222 1 9 5 4 4 99999 222222 00000000000000000 777 111111111 0 1 4444 777 2222222 4 4 7777 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 88 3 55 5555555 0 88888888 5 22222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 7777777777 33 0000000000000000000000000 2 1111 444 000 111111 6666666666666 5555 2 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666666 222222 1 2 22 22 666 4444 22 88888888 66 55555 33 2 444 1
lowQualScore : .. ... . ...... .... . . .. . ............... . . . . . ..... ...... ................. ... ......... . . .... ... ....... . . .... . ............................................................................................ . . .. . .. ....... . ........ . ..... ...................................................... ...... .......... .. ......................... . .... ... ... ...... ............. .... . . ............................................................................................................................................ ...... ...... . . .. .. ... .... .. ........ .. ..... .. . ... .
lowQualScore : 00 000 3 444444 5555 4 1 77 0 777777777777777 1 4 0 4 4 88888 888888 33333333333333333 666 111111111 8 8 6666 000 3333333 1 0 7777 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 66 6 55 9999999 7 00000000 0 55555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000 3333333333 00 2222222222222222222222222 7 6666 777 000 333333 2222222222222 7777 7 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 111111 7 1 99 99 666 5555 99 11111111 11 22222 11 4 111 0
consensus : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATAT-A-AC-TTA-GT-ATTAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCGCCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--AT---GG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACCT---ATT-NAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGG---------------C---------------------ANTAA---AAAAT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAATACACA---CAGTGAATGTANAT
Reference ( family-6773 ) : NTAAATATAAATACTTTTAGGTAC-ATGTATACTGAA-AATAT-A-AC-TTA-GT-ATTAT-GN-CCTGNAAGTT----TA-------A-TCTAAACGT-A-ACA-GCTGAAAA-TCGCCTG------ACCTTGACTCGTCNCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-G--AT---GG--T----AAAGG-GAAATAGT----CCAAGAAGGACAA------------------A-CNC-A---AA---CG-C---ATAAAAC----GANC-TAC--CATAT-------GAT---AT---G--T----AA-GCGTT-AT--TT-A--TCA----TACCT---ATT-NAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACAAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GT-----A-GGTCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCACA----C-GCGGACAGACGG---------------C---------------------ANTAA---AAAAT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---T-A--AGCAGAATACACA---CAGTGAATGTANAT
gi|1 : TAAATGTAAATACTTTTAAGTAC-ATGTATA-TAAACAATAT-ATAC-TTT-TTTGTTTT-GT-TTTGTAAGTT-------------A-TGCAAACTT-A-AGA-GTTGAAAA-CCACCTG------ATCGTGACTTGTCCCCATATTTGGTAATGATTTCCATATTT-GGTAATGATTTCCATATTCGGTAATGATTTCCAGATTTGGAC-A--AT---GG-------AAAGG-GAAATGGT----CCAAGGAAAACCA------------------A-CAC-A---AAG--CG-C---ATGAA-CTT--GATC-TAC--CACAC-------GAT---AT---GACT----AA-GCTTT-AT--TT-A--CCA----TACCA---ATT-AAG-AT-----AAA--A----T------TC-------A---A---------AC---A-A--------TTTCAA-----ACTAT----G-----CC-G-----C---GA-A-----GA-----A-GACCGTCGA---GTT--CGTGGAA------TGTAC------------ATATTCATA----C-ATGATCAGACGG---------------C---------------------ACTCA---CAATT---------C--G-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TATTTG------TAGTT-GC-AA--T--GACA---AGCA----A--TGGAATTCAACGGAA--------A--T---C-A--ATTGGAAAACACA---CAGT-ATTGTACAT
gi|10 : a-------A-TTCAAACGT-GTAT--GCTGAAAT-TTATCCGTATTCAAGCTTAACTCGTCTTCACATTTGGTAATgcta
gi|10 : atatcaacatcattaacgcgtgaattAATTAGT----CTAGGAAGGACAA------------------ATTCC-A---AA---CT-C---ATGAAAT----CACC-ATC--CATAT-------CAT---ATAA-G--C----AA-GTGTG-AT--TT-tccaattagtctaggaaggacaaattccaaactcatgaaatcaccatccatatcatataagcaagtgtgatttttttaatcttaaattcatgaggatttaaaaaaaaagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|12 : atatcaacatcattaacgcgtgaattattcaaacgtgtatgctgaaatttatccgtattcaagcttaactcgtcttcacatttggtaattcc---A-A--------ATTCAA------CAAT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGG-----TT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAGCATTACAAAAAAAACC---------------------AACAA---AAAACAAAAAACCCC--G-------------AAT-----CT-------------------AGCTAGATTGAAATAAG----AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGCA----G--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-A--AGCAGAATACGCA---ttttaatcttaaattcatgaggatttaaaaaaaaagcagacaatagttttgtaacaaactc
gi|13 : tatttcctag---A-A--------ATTCAA------CAAT----G-----CC-G-----CTGTAA-ATACATAT-----A-GGTCGCGGG---GTT--ATTGGAA------TGTGC------------ATATTCACA----C-GCAGACAGTCAG---------------CATTACAAAAAAACCAACAAAAAACAA---AAAAC---------CCCG-------------AAT-----CT-------------------AGCTAGATTGAAATAAG----AT------G-----TG------TCTTCACGCATGTAGAT-GTAAA--T--AACA---CGCA----G--TGGGTTTCAATAGAA--------ATTT---T-A--AGCAGAATACGCA---
gi|14 : ttcctag-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TGTTT-GCAAA--T--GATATTAAGCA----A--TGAATTTCATAAGAA--------A--T---C-A--TGCAAAATACACA---CAa
gi|15 : ttcaacaacgctgagatcaaaaaggtcacagagtttgtagaatgcatataggcctacatgtacatatttagaatgacaccaaaaaaaaaaaaaaaacagaaagaaaaccaggctctaactagattggaacaaaatgtcatt-A-AT-TTATGT-ATTATTGC-CCTTAAAGTT----TA-------AATCTAA-TGT-A-ACA-GCTGAAAA-TTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCCATATTTCAGCAAT-ATTtt
gi|15 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaCCAAATTTGGTGATGATTTCCATATTTCAGC-A--ATATTGG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------A-CCCTA---AA---C------ATGAAA----------------ATA--------GAG--------G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TATCT---ggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacatgaaaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttatgtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaattgattgaccttgattcgtaa-A-AT-TTA-GT-ATTATTGC-CCTTAAAGTT----TA-------AATCTAA-TGT-A-ACA-GCTGAAAAATTGATTG------ACCTTGATTCGTAACCAAATTTGGTGATGATTTCC-TATTT-
gi|16 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaCCAAATTTGGTGATGATTTCC-TATTTCAGC-AATAT---GG--T----AACTA-GAAATTGT----CCATGACAGATAA------------------A-CCCTA---AA---CA-----ATAAATA----GAG------------------------------G--T----AA-GCGTT-AT--TA-A--T-A----TATCT---cagcaatatggtaactagaaattgtccatgacagataaaccctaaacaataaatagaggtaagcgttattaatatatct
gi|17 : tacaaagtaaggaacactctcatgttaaatttagtattattgcccttaaagtttaaatctaatgtaacagctgaaaaattgattgaccttgattcgtaaTTGAAC-G--AT---GG--T----CAA-G-GAGATAAT----CCAAGGAGAACAA------------------A-CTC-G---AAAATCG-TATGATAAAATTAAGGATT-TACATTATCT-------AAT---AT---T--T----AA-------AT--TC-AAGTAAAAAGTA-CTAAAATT-AAG-AC-----AA---------------CCAGA----A---A---------AC---ATA--------TCTCAACAATTACAAT----G-----TC-G-----C---AA-A-----AT-----A---------A---GTT--CATGGAA------TGTGT------------ATAGTC
gi|18 : TGACGATTCCAATATTTGAAG-G--AT---GG--G----AAAGG-GGAATAGT----CCAAGAAGCACCA------------------A-CTCAA---AA---CG-C---ATATATC----AAAC-CAT--TATAT-------AAT---ATAG-A--T----AA-ACGCTAATA-TC-A--TCA----TACTT---ATT-CAA-AT-----AA
gi|19 : -----ACGAT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCGCGGA---GCT--CGTGGAA------TGTGC------------CAATTCACA----A-ACGGTCAGGC-----------------CA--------------------AATAAAAGAAAAC---------C--GTTTTAATTACATTGATA----CG-------------------AG-------------------TT------A-----TG------TCTTCA------TAATT-GCAAA--T--Gtaggtaaaaatgaaaaccagaaaacacattttcctccaatttaaacaatactgc
gi|2 : aataaagcagaacacatatttccaaaactttttTA-AT-ATT---GA-CCAGTAAGTT----TATAGTTCGA-TTTAAACAT-A-ACA-GTTGAAAA-TAAATTG------ACCTTGACT---------------TAATTGTCTCCA--------------------TATTTGGTGATGATTTCCATATTTGAAC-AATAT---GG--TATTAAAAGG-GAAATAGT----CCAAGGAGGACAA------------------A-CACTA---AA---TT-C---ATAAAATA---GAACATAC--TGTAT-------GAT---ATCTAG--TTTTAAA-GTGTT-AT--CT-A--TCA----TACTT---AAA-CAA-ATTCTGGAAA--ACATTT------TC-------C---A---------AC---A-A--------TATC-A-----ACAAT----G-----CT-G-----C---AA-A-----GT-----A-------AGA---GTTA-AATGGAAATTTAGTGTAT------------ATATTCACT----C-GCGCACAAATGA---------------C---------------------AATAAT--GAAAT---------------------------AT------------------------------------------------T------G-----TG------TCTTCA------TAATT-GCTAA--TCAAACA---AGCA----A--TGGGTTTTAGTTGAA--------A--T---TAA--AATAGAATAC
gi|20 : GACAGACAG---------------C---------------------AGTAA---AAAAAAA-------C--G-------------AAT-----CT-------------------AACGTCGGAGATTGAAACAACAT------G-----TG------TATTTA------TTTTT-GCAAA--T--GACA---AGCA----A--AGAATTTCAATATAA--------A--T---A-A--AGCAGAAAACATA---CA
gi|21 : ATTTATA----C-GCGGACAGACAC---------------C----------------------TTAA---AA------------C--A-------------GAT-----CT-------------------AA-------------------CT------ACAAATTGAAACAATCTTCA------TAGTT-GTAA---C--AACA---AGCA----A--T---TTACAACAATA--------T--T---C-A--AGAAAAATACACA---CAATGAATGTACATtttgaaaatctagatt
gi|22 : cATTCACA----C-GTG-ACAG-TAG---------------T---------------------ACCAA---AAACTAAA------C--T-------------AAA-----CC-------------------AG-------------------AT------T-----CA------TCTTCA------TA-TT-GCAAA--T--GATA---A--A----ACCTGGGTTTCAAAAGAA--------A--T---G-A--AACCCAATGCTCA---TTGTGAATGTATatgaaa
gi|23 : TAA------------ATATTCACT----C-ACAGACAGATGG---------------C---------------------ACTAA---CAAAT---------T--G-------------GGTTAAAACA-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--GATATG-CGCA----A--TGGGTTTCAATCAAA--------A--C---T-A--AGCAGAAT--ACA---TAGTGAATagtattaaa
gi|24 : AAAT---------T--G-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AT------C-----TC------TCATCA------TAGAT-GCAAA--T--GAAA---ATCA----A--TGGATTTTAATAGAA--------A--T---G-A--AGCAGGAAAGACA---CAGTAAATGTAAAT
gi|25 : aaaactggatttaactT-------------------AG-------------------AT------T-----TG------TCTTCA------TTGTT-GCAAA--T--GACA---AGCC----A--TTCGTTTCGATAGAA--------A--T---T-A--AGTAGAATA-GCA---CAGTGAata
gi|26 : accggatctagtttgatatatgatataattgAGAT---------T--G-------------AAA-----CA-------------------AA-------------------AC------A-----TG------TCTCCA------TAGTT-GCAAAAAT--GACG---ACCA----A--CGGATTTCAATGGAA--------A--T---T-G--AACAGAAAACGCATTGTAGTGAActat
gi|27 : tagct-------------------AA-------------------AA------G-----TG------TCTTCA------TGGTT-GCAAA--T--GATT---TGCA----A--TGTATTTCAAT-GAA--------A--T---T-A--AGCAGAA-ACACA---CAATGAATG
gi|28 : taattagactgaaaacCA---AGGG----A--TGGATTTCAATAGAA--------A--T---A-A--AGCATAATACACA---CAAGGAATGTAAAT
gi|29 : actggatacagaatattattttataggcg----T------TC-------C---A---------AC---T-A--------TTTCAA------CAGT----G-----CT-A-----C---GA-A-----AT-----A-GGTCAAAGT---CTT--TGTGGAA------TGTatt
gi|3 : gaataaaataaaatctgtaaatattTAGATATGAGAACTTCTGGGTG---TGTATACTGAA-GATATCG-A---TA----ATTTT-GA-CCTATAAATT-------------A-TCTAAACTT-A-TCA-GCTGAAAA-TCACCCG------ACCTTGACTTATCGCCAT-------------------ATTT-GGTAACGATTTCCATATTT--TG-----------------AC-A--AT---GG--T----AAAGA-TAAATCAT----CCAAGAAGGACAA------------------G-CTT-ATTTAA---CG-C---A-------------C-CAT--CGTAT-------GAT---ATAG-G--T----AA-GTGTT-AT--TT-A--TTG----AACGT---TTT-GAA-AT-----AAA--AG---TAAAAAATT-------A---A---------ACCAGA-AAACATAT-TTTTTA-----ACAAT----T-----TCAG-----C---AA-T-----GTC----ATGGT-GCAAAGTTGTT--TGTGGAC------TGTAG------------ATATTCATA----C-ACAGACAGACgt
gi|30 : tatttttggtt----T------TC-------C---A---------AC---A-A--------TTTTAA------CAAT----G-----CG-G-----C---TA-A-----GT-----T-GGTCGTAGA---GTT--TATGGTA------TGtggatgtaactag
gi|31 : aaaaaaaattaacccaaaaacacatt-ATA-GCTGAAA--TCACCTG------ACCTCGACTTGTCTCCATATTTGGCAGTGACTTACATA
gi|32 : atagat-----CT-------------------AA-------------------AT------G-----TG------TCTTCA------TAGTT-GTAAA--T--G------------------------CAGTA-AA--------A--T---T-A--AGCAG--TATACA---AGGTGAATGTAccagtatt
gi|4 : aaaAATTATAAATACTTTCAGATACCAGGTATGT--AA-AATAT-GGACATTA-GT-TACAT-GTACCTGAACGCT-------------A-TTCAAATGG-A-ACA-GTTGAAAA------------------------ATCACC-----------TGATCTC-A-ATTT-G-------TCTCCATATTTGGTACTGATTTCCATATTTGGAT-G--AT---GG--T----AAATG-GAAAGAGT----TCAAGATGAA-AT------------------A-TTCTA---AAT--CATC---ATAAAAT-----ATC-TA---------------GGT---AT--------------GCATT-TT--TT-A--TC-----------------CAG-AG-----AAC--A----TG-----TT-------ACCCA---------AC---A-A--------ATTCAAC----ACA-----------------------------------T-----A-GATCATGAA---GTT--CATGGAA------TGTAC------------A---------------CAAACAGATGG---------------C---------------------ACT-A---AAAAC---------C--A-------------GAT-----AT-------------------AA------------------------------------------CT--A------GA----GCAGA--T--GACA---AGCA----A--CGGATTTCAAa
gi|5 : tttttagTATAGA-CCTGAAAGTTACATTA-------A-TTTAA-CGTGA-ACATGCTGAAAA-TCACCTG------ACCTTGACT------------------TGATCTC-ATATT--GGTAATGATTTCCATA-------A----------ATTTGAAC-G--AT---GGTTT----AGAGGAGATATAGT----TCAA-----AC----------------------CAC----------CA-C---ATAAGA---------------------------GAT---AG---G--T----AA-GCGTT-AT--TTAA--TCA----TACCT---ATTCAAG-AT-----AAAAGA----T------TCCAAAATTA---A---------AG---A-AAGTATATTTTTCAA-----ACAATTTCAGCAATTCT-G-----C---AA-A-----GT-----A-GATT-CTGA----TCAACAGAGAA------CATAT------------ATATTCATAATCTC--CGAACAGACGG---------------
gi|6 : cCACCGT-TTGGGTAATGATTTCCATATTT-Ggcaaatagaat
gi|6 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctacTTGGGTAATGATTTCCATATTTGAACAA--AT---GG--T----GAAAG-AGAATAATATCACCAAGAGGGACAATAAATTAAAGGTTGAAATA-AAC-A---AT---CGAT---ATCAAATA---GACC-AAT--CAAATAAATCAGGATCAAAT---A--T----AAGGCTTT-ATCGTT-A--T-A-----ACTT---TTT-CAGAAT-----AAA--A----C------TA-------A---ATCAGAAAGCAT---A-A--------TTT-AA-----ACAAT----T-----TA-G-----A---TATA-----AT-----A---TAGCAGA---GTT---GTGGGACC----TGTTT------------ATATTCATA----CGGCGGACAaacaaatggtgaaagagaataatatcaccaagagggacaataaattaaaggttgaaataaacaatcgatatcaaatagaccaatcaaataaatcaggatcaaatataaggctttatcgttataactttttcagaataaaactaaatcagaaagcataatttaaacaatttagatataatatagcagagttgtgggacctgtttatattcatacggcggacaa
gi|7 : cataacgtaacgtaaacgaccatagattatctaccaccgt--A----T------TT-------C---A---------GC---A-A--------TTTCCA------CAAT----G-----CT-GAGCTGC---AA-A-----GTTAGTGA-GGTTGCATA---GTT--TGTGGAA------TGTAT------------ATATTTACC----T-GAGGTCAGGTGG---------------C---------------------GATAA---GAAAT------------G-------------GAT-----CTAGCTACTATAGATATTTAAAA-------------------ATCAGTTAG-----CA------TCTTCA------TAATTTGCAAA--T--GACA---AACATATAA--TGGGTTTTAATAAAA--------A--T---T-ATAAGCAGAAAACAAA---TATTGAATGTAGa
gi|8 : AT----G-----CT-G-----T---GA-A-----AT-----A-GATCGCGGA---GTT--CGTGGAA------TGTAT------------ATATTCATA----C-GCGGACAGACGA---------------C---------------------AATAA---AAAAcatgttcaatttagctcagtaaacattatacttgtttataaacttagaattaccttcaattccaaa
gi|8 : ---AAAAT---------A--A-------------GA---------------------------AG-------------------AT------G-----TG------TCTTTA------CATTT-GTAAA--T--GACA---AGCA----A--TGAATTTCAATAGGA--------A--TTGAT-A--AACATAAAACACA---AAGAGAATGTAGATaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttcaaaataagaagatgtgtctttacatttgtaaatgacaagcaatgaatttcaataggaattgataaacataaaacacaaagagaatgtagatagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
gi|9 : atgctgtgaaatagatcgcggagttcgtggaatgtatatattcatacgcggacagacgacaataaaaaaaaaacaacaatcaaaaaccacccgtatctaactagatcagaaagttaaggaacatgtgtcttc----T------TC-------C---A---------AC---A-T--------TTTCAA------CAAT----G-----CC-G-----T---GA-A-----AT-----A-GGTCAAGGA---ATC--TGTGCAA------TGTATTCATGTACATGTATATTCACA----G-GCAGAGAGACAG---------------C---------------------ATCAA---AAAAT---------A--G-------------AAT-----CT-------------------AACTACACTGAAACAGA----AT------G-----TG------TCTTCA------GAGTT-GCAAA--T--GACA---ACCA----A--TGGATTTCAATAGAAATACATGTA--T---T-A--AACAGGATACACA---CGATGAATGTATATagatgcagaatgcatggcggacattttaacaaaattttagaattacttactacaaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCCAAGGAGGACAAACTAAAAACCCATAACCGTATTAAACTATACTAAAAATTTATTCAAATGAAAGGGAAACAATAAACCAGAAAACATATATTCCAAAAATTTCACCAATGAAGGTAAGATGCGGAGTTGTGTTATGTATACTGTTATTATAATGTAGCTATAGATAAATGCGGACAAATTTGTACACCTATACCCAGAAGTTCGGAGTCCGTATGTCT
Unaligned ( gi|33 ): GCACAGATAAAGCGTAGCCGTGCATGATATAGGTCTATAATTATAACATTTGCCT