lowQualScore : 11111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 66666666666 1 1 5555555555 11 22222222 2222 1 11 11 111 111 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 333333333333 1111111111111 33333333333333333333 11111 11 111
lowQualScore : 6 6 88888888888 5 7 8888888888 1 11 6 99999999 5 0 5 3 1111 2 6 6 7 55 11 8 111 6 1 222 5 777 888 0 0 5 0 5 66 66 66 4 55 55 3 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 777 2 66 2 444 55555555 2 9999999 2 2 2 444 2 33 5555 33 2 2 333333333333 888 33 55 2 2 4 2 2 2 55555 2 6666666666666 2 55 2 2 7 444 2 2 2 2 8888888888 77 2 33333333333333333333 33 4 55555 00 2 2 33 2 2 2 2 2 888 55 2
lowQualScore : . . ........... . . .......... . .. . ........ . . . . .... . . . . .. .. . ... . . ... . ... ... . . . . . .. .. .. . .. .. . .................................................................................................................................................................................................. . ... . .. . ... ........ . ....... . . . ... . .. .... .. . . ............ ... .. .. . . . . . . ..... . ............. . .. . . . ... . . . . .......... .. . .................... .. . ..... .. . . .. . . . . . ... .. .
lowQualScore : 0 0 00000000000 0 0 8888888888 4 22 7 44444444 7 7 7 9 0000 5 7 0 0 88 00 0 777 7 0 555 0 111 888 9 4 0 0 0 11 11 11 0 00 00 6 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 333 7 33 7 777 00000000 7 3333333 5 5 5 111 2 44 3333 44 5 5 222222222222 222 22 33 2 2 4 2 2 2 66666 2 7777777777777 2 33 2 2 1 111 2 2 2 2 5555555555 99 4 66666666666666666666 22 7 11111 33 4 4 11 2 2 2 2 2 444 33 5
consensus : TTATTTACTCCTTAGAATTAAGT-ACAGTCAACAATAAAGCA-AAT---TTTAAAATATTA-GTTAA-AGCACA--T-C---TTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-GT-TATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTT-ACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTA----T-ATTT-ATTAA--TTGA-CTT-TG----------A------------TA--T----------GTGTA------------T-TTTAA--ATTC-------NCNNAANNNCNNNNGNGAAAANNANCANNNNTTTGCTTNNNNNNCGGGTNNTCNTAGNNNGACTGTG-ATAT---A--------------GTG-AA---GC-T--GT-G---A--------TAATA-T-------CTT-G-T-A---TGTG-ATAA--TA----A--CAT-T-GTG----A---TA--T---T--A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-------------G-TAT--GA-AC-TA-TAT---AAT-ATTGT-G-T-T-A--------ATT--G-TAATGT-------CTTN------G-TG--ATA-TTTTGTA-C-A-AAA--T-GA-TG--TTCT-G-CCTG-AA-T-AA--AGC--TAAA-CTAAACTA
Reference ( gi|2 ) : TTATTTATTCTTT----TTC--TCATATTCATCAATAAA-TA-TAG---TTTAAAATATTA-GTTAA-AGCACA--G-C---TTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGAGAGTTT-GTTTATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTACTGAATTTAGTTCTTCACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGTC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTT-ACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTACCGGT-ATTT-ATTAA--TTGA-ATT-TG----------A------------TA--T----------ATGTA------------T-TTTAA--ATTC-------ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTGGG-ATAT---A--------------GTG-AA---GC-T--GT-G---A--------TAATA-T-------CTT-G-T-A---TGTG-ATAA--TA----A--CAT-T-GTG----A---T---T---T--A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-------------G-TAT--GA-AC-TA-TAT---AAT-ATTGT-G-T-T-A--------ATT--G-TAATGA-------CTTT------G-TG--ATA-TTTTGTA-C-A-AAA--T-GA-TG--TTCT-G-CCTG-AA-T-AA--TGC--TAAA-CTAAACTA
gi|1 : TTATTTACTCCTTAGAATTAAGT-ACAGTCAACAATAAA-GG-TAAATATTAAAAATATTAAGTTAACAGCACA--ATC---TTGTGCAAAGAAGCCCGTCAGAGGGAGTAATAGAGAGTTTTGTTTATAGATAGTGAACCCTCAATTTACA-TTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGTAAACAACAAT-CC---TAGTATTATTCAGACCAAATAATATCTAT-T--ACTTTTTACAT--AT-ATGTTTT-ACATTGCTGTCAGCA--TTAGCC-ACCCTAGTTT--GTA-A-TTAC------TTT--TTAA--TTGA-CTT-TG----------A------------TA--T----------GTGTATATATAATGTATT-TTTAAT-ATTCCTCAAGGACCCCATTTGGAAATTAAGCAACAATATTGGTTTGCTTTATATTGGGTTATCCAAGGTAGAAC-GTG-ATAT---A--------------ATGTAAAATGC-TTAGT-G---AAACTGCTGTGATA-TTCGATATCTT-G-T-A---TGTG-ATAA--TA----A--CAT-T-GTGATT-A---T---T---T--A--TGA-A-CGT-GA-TAA-CAA-----T-CTGA------------A-TATA-GA-AC-T
gi|5 : gttctacattacttactactattgcatattgactggaaTAGTCAACAATAAAGCA-AAT---TTTAAAACATTA-ATCAA-AGCACA--T-C---TTGTGCGA-GAAGTC--------------ATAGGGAGTTT-GCATACAGATATTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ATATTAAC-CT---TAGT-TTATT---------TAATATA-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTT-ACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATT----GAT-------TTAA--TTGA-CTT-TG----------A------------TA--T----------GTGTATATATTAGTATTT-TTTAA--ATTC-------
gi|3 : aggtacttgcctgagcaatttgttagaaacgataatgttacgagaggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggattataatctaaattttactaccatgccattattgattggaattctttaccacctgaaattaagtTCAACAATAAAGCA-AAT---TTTAAAATATTA-GTTAA-AGCACA--T-C---TTGTGCAA-GAAACCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-GTTTATAGATATTTAA-CCTCAATTTACATTTTACTATTGATTCTAGTTCTTAACTGT--ACAAAAAA-CT---TAGT-TTATTCAGGCA-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACAAAACT-ATG-TTT-ACATTGCTGTC--CATCT--GCC-ATC----TTT--GTAGATTTA------ATTT--TTTA--TTGA-CTT-TG----------A------------TA--T----------GTGTA------------T-tcaaggactccattgaaagt
gi|23 : gatacttgcatgaggcagagcagtttgttagaaacaataatgttacaagagggggttccaattttaatttcatttcattgttccaagggtgggggcttataatagttctaatttttactaccatgccattattgactggaattctttaccacctgaaattaagtcagTCAACAATAAAGCA-AAT---TTTAAAACATTA-----A-AGTACA--T-C---TTATGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AAGAGGGAGTTT------------GTGAA-CCTCAATTTACATTGTATTATTGAatatatgtattttaattctcaaggacccattggataagtaacattatttatatacttt
gi|4 : AATAAG-CAATTG---TTAAAAATATTA-GTCAA-AGCACA--TTC---TTGTGCAA-GA-GCCC-TCAGAGGGAG-AATAGGGAATTT-GTATATACATTGT------T--ATTTACATTTTATTATTGATTTAAGTTCA-AACTGT--ATAATAATTCTAACTAGT-T-ATTCAGGCC-AATAATATC-AT---CAC---TTACATACATTATG-TTT-ACATT-CTGTC--CA--T--GTC-ATC---ATTT--GTA-ATTTA-------TTT--TTAA--TTGA-CTT-TG----------ACATGTGTGTATATA--T----------ATGTA------------T-TTTAA--ATTC-------
gi|31 : cacagggtgcggggctttataatagttcttatttttactccatgcaattattgctggaattcttttaccacctgaaattaaggtcagtcgaacaaTTAA-AACACACTG-CATCTTGCGCAT-GAATTCCGTCAGAAGGAG-AATAGGGAGTTT-G--TATAGcaagaactcatttggaaataagcaaacaatattgttgtttaatgggttatcctaggtgactgtgataatga
gi|12 : ttCA--T-C---TTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATGTGGAGTTT-AT--ATAGATAGTGAA-CCTCAATTTGCATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACACAAAT-ACG-TTT-ACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATT------T-ATTT-ATTAA--TTGA-CTT-TA----------G------------TA--T----------GTGTA------------T-
gi|6 : T---TAAT-TTATTTAGGCC-AATAGTATC-AT-T-CAA---TCACATAAAT-ATG-TTTTACAT-GCTGTC--CA--T--TGC-ATTC--ATTT--GTA-ATTTATT--T-ATTT-ATTAA--TTGA-CTT-TG----------A------------TA--TGTGTATATATATGTA------------T-TTTAA--ATTCTC-----AAGGACCCGCATTGGAAAAATAAGCAACATTATTGCTTTATTAATGGGTTATCCTAGGTAGACTGTG-ATAT---A--------------GTG-AA---GC-T--GT-G---G--------TAATA-T-------CTT-G-T-A---TGTG-ATAA--T-----A--CTT-T-GTGA---A---TA--T---T--A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-------------G-TAT--GA-ACATA-TAT---AAT-ATTGT-GTT-T-A--------ATT--G-TAATGG-------GTTTTTTTTAG-TG--ATA-TTGTGTA-T-A-AAA--T-GA-TG--TTCT-G-CCTG-AA-T-AC--AGC--TAAA-CTAAACTatatatg
gi|7 : gtttagcttactattaagATAGTA-C-AT-TTCAA---TCA-ATTAAT-ATGGTTT-ACATTGCTGAC--CA--T--GCTTATCC--ATTT--GTA-ATTTA-------TTT-ATTGAC-TTAA-ATG-CGTGTAT-----A------------TA--T----------ATGAA------------T-TTTTAT-ATTT--------TTTCAAGACCCATGTGGAAATAAGCAACAATATATTGATCTAATGGGTTATCCTACGGTGACTGTG-ATAT---AT-------------GTG-AA---GC-TT-GTTG---G--------TAA-A-T-------CTTTG-T-A----GTG-AT----TA----ATTCTT-T-GTG----A---TATTT---T--AA-TGA-C-TGT-GA-TAA-C-AGTCATT-TTG-------------G-TTT--GATAC-TA-TAT---GAT-ATT-T-G-T-TTA--------ATTCTG-TAATGGGTTTTTTTTTT------A-TGGAATG-TGTTATA---A-ATA--T-GA-TG--TTCT-G-CCTGAAA-T-AA--AGCTTTAAA-CT
gi|9 : aataatataaacATC-ATAT-CAC---T-ATATAAAT-ATG-TTT-ACATTGCTGCT--CA--T--GTC-ATCC--ATTTCGGTA-ATTTTTCCATAATTTGACT----TTGT-ATCATGTGTTATATATA------------TA--T----------ATGTA------------T-TTTAA--ATTC-------TCAAAGGACCCATTGGGAAAAGCAACAAATCTTTAAATGTAACCCTAGGACTGTTATATC--------ATAC---AT-------------GTT-A-------T--GT-A---A--------CAGTG-C-------TTA-G-T-GAACTGTG-ATAA--TATGATA--CACAT-GTG----A---T---T---C--ACTTGA-C-TGTCGATTAA-C-A-----TACTG-------------GTTAT--GA-AC-TAGTAT---AATAATTGT-G-T-TAA--------ATT--G-TAATG-------------------------------TGTA-C-A-AAA--T-G-------TTT-G-CCTG-AA-T-AAATTAC--TA
gi|14 : tattatcGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTAC-------TT-ATTGA--TTGA-CTT-TG----------A------------TA--T----------GTGTA------------TATATAAATATTCT------AAAAAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTGTG-ATAT---ATGTAAAAGTGCCTGGTG-AA---AC-T--GT-G---A--------TAATA-T-------CTT-G-T-A---TGTG-ATcatacacgaa
gi|8 : -ATTC--ATTT----A-GTTTATCTAT-ATT--ACT----TTGATATG-TGTATAT-----A------------TA--T----------ATTTA------------T-TTTAA--ATTC-------TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGTA-GACTGTG-ATATTAAG--------------GTG-AAA--GCGT--GT-G---A--------TA-T--T-------CTT-G-T-A---TGTG-ATGA--TA----A--CAT-T-GTAGAATA---C---T---T--A--TGA-C-TGTTGA-TAAAC-A-----T-CTG-------------G-TAT--GA-AC-TA-TAT---AAT-ATTGT-G-G-T-A--------ATT--G-TAACGT-------CTTA------G-TG--ATA-TTTTGTA-TAA-AAA--T-GA-TG--TTCT-G-CCTG-AA-T-AA--AGC--CAAA-CTAAACTA
gi|10 : tatatatatattgttgcactgtatactggtattatgtatttatt--ATTT--GTA-ATTTA-------TTT-ATTGACTTTGATATG-TGTAAATATAT-A------------TAATT----------ATGTA------------T-TTTAA--ATTC-------TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-GACTGTG-ATAT---ATGTAAAAGTGCTTAGTG-AA---GC-T--AT-G---G--------TAATA-T-------ATT-G-T-A---TGTG-ATAA--TA----A--CAT-C-GTG----A---TAT-T---T--A--TGA-C-TGC-GA-TAA-C-A-----T-CTG-------------G-TAT--GA-AC-TA-TAC---AAT-ATTGT-G-C-A-A--------ATT--G-TAAT-A-------TTTTA-----G-TG--ATA-TTTTGTA-CAA-AAA--T-GA-TG--TTCT-G-CCTG-AA-T-AA--AGC--TAAAGCTAAACTAa
gi|11 : GACTGTGCATATTT-A--------------GTG-AA---GC-T--GT-G---GG-------TAAT--T-------CTT-GGT-A---TGTGCATAA--TA----A--CTT-TTGTG----A---T---TAATT--A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----T-CTAC------------G-TAT--GA-A---A-TAC---TAT-ATTGT-G-T-T-A--------ATT--G-TAATGT-------TTTTTAA---G-TG--ATA-TTGAGTA-T-A-AAAA-T-GA-TG--TTCT-G-CCTG-AA-T-----TAC---AAG-CTAAACTA
gi|16 : aattctcaatgacccaattggaaataagcaacattattgctttatatggcattatcctaggtaTAT---A--------------GTG-AA---AT-T--GT-G---AA-------TAATA-T-------CTT-G-T------GTG-ATAA--TA----A--CAT---GTGTCATA---T---T---T--A--TGC-C-TG---A-TAA-C-A-----T-CTG-------------G-AAT--GA-AC-TATTAT----AC-CTTGT-A-T-TAA--------ATTG-G-TAATAT-------CTTG------G-TG--ATC-TTTTGTA-T-ATAAA--TGGA-TG--TTCT-GCCCTG-GA-T-AA--AGC--TAAA-CTAAACT
gi|29 : gccTGT---A--------------GTG-AA---GC-T--GT-G---A--------TAATA-
gi|13 : gttgctttaatgggttatccaggttagactgtgatatatgtgaaagtacT---G--------------GCG-AA---GC-T--GT-G---A--------TAACA-T-------CTT-G-T-A---TATG-ATAA--TA----A--AAT-T-GTG----A---T---T---TTTA--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-------------G-TAT--GA-AC-TA-TGC---AAT-ATTGT-G-T-T-A--------TTT--G-CAATAT-------ATTA------G-TG--ATC-TTTAATA-C-ATAAA--T-GC-TG--TTCT-G-CCTG-AA-T-AA--AGC--TAAA-CTAA
gi|20 : attgttactttttaaaataggttatcctaggtagaatattgtgatacatgtaaaagtgccT---G--------------GTG-AA---GC-T--GT-G---A--------TAATA-T-------CTT-G-T-A---TGTG-ATAA--TA----A--CAT-T-ATA----A---TA--T---T--A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----C-CTG-------------G-TAT--GA-AC-TA-TAT---AAT-ATTGT-G-T-T-A--------AT
gi|21 : tgtgatatatgtaaaagtgctT---A--------------ATG-AA---GA-T--GT-G---A--------TAATA-T-------CTT-G-T-A---TGTG-ATA
gi|15 : ggacacacattggaaataagcaacaatattgttgctttaatggattatccaaggtagactctgatatatgtaaaagtgctA---GC-T--GT-G---A--------TAATA-T-------CTT-G-T-A---TGTT-ATAA--GA-----------T-GTGGAGTA---T---T---T--A--TGG-C-TGT--A-TAA-A-A-----T-TCT-------------G-TATTGAA-AT-TA-AATGCCAAT--TTGT-G-T-T-ATTTGTAATATTT-G-TAATAT-------CTTA------A-TG--ATACTTTTGTA-C-ATAAACGT-GC-TG--TTCT-G-CTTG-AT-TAAA--AGCG-TAAA-CTAAA
gi|17 : gtaacA---GC-C--GT-GTGGA--------TAATAAT-------CCT-T-T-A---TGTG-ATAGACTA----A--CAT-C-GTGA---A---TA--T---T--A--TGA-CTTGT-GA-TAC-T-A-----T-CTG-------------G-TA----A-GC-GA-TAT----------------------------------------A-------TTTT------A-GG--ATAGTTTTGTATT-A-AAA--T-GGTTG--TTCT-G-TCTG-AAGT-AA---GC--TAAA-CTAAAC
gi|18 : T-G-T-A---TGTG-ATGA--TA----A--CAT-T-GTG----A---T---TATTT--A--TTA-C-TGT-AA-TAA-C-A-----T-CTG-------------G-TAT--GA-AC-TA-TAT---AAT-ATTGA-G-T-T-A--------ACT--G-TAATGT-------CTTA------G-TG--ATA-TTTTGTA-CAA-AAA--T-GA-TG--TCCT-G-CCTG-TA-T-AA--AGC--TAAA-g
gi|26 : aT-G-TGA---TGTG-ACA---TC----A--CAC-T-ATG----AACAT---T---T------GAGC-TAT-AA---A-T-A-----T-CTG-------------G-TAA--GA-AC-TA-TGT---AAT-ATTGT-G-T-T-A--------ATT--G-TAA
gi|19 : ---TGTG-ATAA--TA----A--CAT-T-GTG----A---TAT-T---T--A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-------------G-TAT--GA-AC-TA-TGT---AAT-ATTGT-G-T-T-A--------ATT--G-TAATGT-------CTTG------A-TG--ATA-TTTTGTA-C-ATAAA--T-GA-TG--TTCT-G-CCTG-AT-T-AA--AGC--TAA
gi|27 : -ACAA--TA----A--CAT-T-GTA----A---TAT-T---T--A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----A-CTG-------------G-TAT--GA-AC-TA-TGT---AAT-ATTGT-G-T-T-T--------TTT--GTTAATtcaa
gi|30 : ---T---T---T--C--TGT-C-TGT-AA-TAA-C-A-----T-CTGGTAACCGTATCATG-TAT--GA-AC-TA-TGC---AAT-GTTGT-G-T-T-A--------TTT--G-TGATac
gi|22 : g--TGA-C-TGT-G--TAA-C-A-----T-CTG-------------G-TAT--GA-AC-CACTAT---AAT-ATTGTTG-TGT-A--------ATT--G-TAATT--------CTCT------ACTG--AT--TTTTGTAAC-A-AAAA-T-GA-TG--TTCT-G-CCTG-AA-T-AA--AGC--TAAA-CTA
gi|34 : tatT-ATTAT-G-T-C-A--------AT---A-TTATGA-------------------TG--ACA-T-----------AAA--T-GT-TG--TTCT-G-CCTG-AA-T-AA--AGA--TAAA-CTAAA
gi|32 : AATGT-------CTTA------G-TG--ATA-TTTTGTA-C-A-AAAA-T-GA-TG--TTCT-G-CCTG-AA-T-AA--AGC--TAAA-CTAAACT
gi|33 : -------CTTA------G-TG--ATA-TTTTATA-C-ATAAA--T-GA-TG--TTCT-G-CCTG-AA-T-AA--AGC--TAAA-CTAAAC
gi|35 : tat-TG--ATA-TTTTGTA-C-A-AA---T-GA-TGCCTTCTTG-CCTG-AA-T-AA--AGC--TAAA-CTAAACaa
gi|37 : --TTCT-G-CCTG-AA-T-AA--AGT--TAAA-CTAAACTA
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTGACTTTGATATGTTGTATATATCATGTATTTAAATTTCAAGTCCCCCATTGGAAAATAAAAAGCAACAATATGTTGCCCGCTTTAATGGGTTT
Unaligned ( gi|25 ): GGTTTTTTGAAGATGTTAACATTATACTTATCACCTACATGGAGCCCGGATATTAACTAGGGTGCAAGGTTGTCATTTAACAGAAATTTTT
Unaligned ( gi|28 ): TCAACAACAATATTGTTGCTTTATTGGGTTATCCTAGGTAGACTGTGACACACGTATAAGTGCTTTGTGAAGCT
Unaligned ( gi|36 ): CATTATTATATCATTAGCATAGTATAATATTAAAAACCTGTAAAAAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111 1111111111111111111
lowQualScore : 11 22 1 11111 333333 111 33333333333333 22222222222222222 111111111111 1111111111111111111111111111111 222222222222222222222 333333333333333333333 111 0000000000000000000 11 1111 111 1111111111111 1111111 11111
lowQualScore : 3 5 44 0 33 6 6 6 3 77 5 77777 5 5 5 000000 0 5 77 66 000 5 5 4 4 4 777 4 4 8 55 55 55 3 44 44 3 66666666666666 5 33333333333333333 777777777777 3333333333333333333333333333333 3 3 444444444444444444444 44 22 1 3 444444444444444444444 22 11 666 555 2 0000000000000000000 999 2 2 2 77777 5555 5 2 4 2 2 333 2 33 5555 33 4 2 11 4 0000 777 22 2 2 4 2 2 2 55555 2 4 2 1111111111111 55 2 2 4 2 333 2 2 2 2 2 2 9999999999 33 4 5555555 2 6666 33 4 2 2 44444 77 333 22 2 2 2 2 2 2 55 2
lowQualScore : . . .. . .. . . . . .. . ..... . . . ...... . . .. .. ... . . . . . ... . . . .. .. .. . .. .. . .............. . ................. ............ ............................... . . ..................... .. .. . . ..................... .. .. ... ... . ................... ... . . . ..... .... . . . . . ... . .. .... .. . . .. . .... ... .. . . . . . . ..... . . . ............. .. . . . . ... . . . . . . .......... .. . ....... . .... .. . . . ..... .. ... .. . . . . . . .. .
lowQualScore : 0 0 44 8 88 7 7 7 3 77 7 55555 0 0 0 444444 7 7 99 33 000 7 0 4 4 4 888 4 4 9 55 55 55 6 66 66 3 00000000000000 4 33333333333333333 111111111111 9999999999999999999999999999999 3 3 000000000000000000000 22 00 0 1 333333333333333333333 00 66 111 000 9 6666666666666666666 444 5 5 5 22222 3333 0 7 7 4 4 999 1 22 0000 22 7 4 22 7 5555 222 99 1 1 2 1 1 1 33333 1 2 1 6666666666666 00 1 1 4 2 999 2 2 2 2 2 2 2222222222 22 7 3333333 5 2222 11 4 2 2 99999 55 111 99 1 1 1 1 1 1 33 4
consensus : TTNTTTACCACCTGAAATTAAGT-ACAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-GT-TTATAGATAGTGAACC-TCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGTA--CAATAA-TCT---TAGT-TTATTCAGGCCAA-TAATATC-AT-T-CACTT---ACATAAA-TATG-TTT-ACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTA----T--ATTTATTAATTGACTTTG-----------------ATATG------------TGTA------------------TATATA-------TTTAA-AT-TCTCAAA--AGGNC--CCNT-GNGAA--AANNAGC-AACATT---TTGCTTTANTNATGGGTTATCCTAGGTAGA---CTGTG-ATAT---AT---AAAGTGC----GTGAA---GC-T-GT-G---A-TA----ATA-T-CTT-G-T-A---TGTG-ATAA--TA----A--CAT-T-GTG--A-T--A-TTT--A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATT-GT-G-T-T-A-----A----TT--G-TAATG-------TCT-T---AGTG--ATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-A-TG--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACTA
Reference ( family-672 ) : TTATTTACTCCTTAGAATTAAGT-ACAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-GT-T-ATAGATAGTGAACC-TCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGTA--CAATAA-TCT---TAGT-TTATTCAGGCCAA-TAATATC-AT-T-CACTT---ACATAAA-TATG-TTT-ACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTA----T--ATTTATTAATTGACTTTG-----------------ATATG------------TGTA------------------T------------TTTAA-AT-TCNCNNA--ANNNC--NNNN-GNGAA--AANNANC-ANNNNT---TTGCTTNNNNNNCGGGTNNTCNTAGNNNGA---CTGTG-ATAT---A---------------GTGAA---GC-T-GT-G---A-TA----ATA-T-CTT-G-T-A---TGTG-ATAA--TA----A--CAT-T-GTG--A-T--A-TT---A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATT-GT-G-T-T-A-----A----TT--G-TAATG-------TCT-T---NGTG--ATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-A-TG--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACTA
gi|1 : TTATTTACTCCTTAGAATTAAGT-ACAGTC-AACAATA-AAGGTAAATATTAAAAATATTAAGTTAACAGCACAA----T-CTTGTGCAAAGAAGCCCGTCAGAGGGAGTAATAGAGAGTTTTGT-TTATAGATAGTGAACCCTCAATTTACATTT-ATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGTAAACAACAA-TCC---TAGTATTATTCAGACCAAATAATATCTAT-T--ACTTTTTACATA---TATG-TTTTACATTGCTGTCAGCA--TTAGCC-ACCCTAGTTT--GTA-ATT---------ACTTTTTAATTGACTTTG-----------------ATATG------------TGTA------------------TATATAATGTATTTTTAATAT-TCCTCAAGGACCCC--ATTT-GGAAATTAAGCAAC-AATATTGGTTTGCTTTATATT-GGGTTATCCAAGGTAGA---ACGTG-ATAT---AATGTAAAATGCTTA-GTGAAACTGC-T-GT-G---A-TATTCGATA-T-CTT-G-T-A---TGTG-ATAA--TA----A--CAT-T-GTG--ATT--ATTT---A--TGA-A-CGT-GA-TAA-CAA-----T-CTGAA-TA-------------TA-GA-AC-T
gi|10 : gttctacattacttactactattgcatattgactggaa--ATTT--GTA-ATTTA----T-------TTA-TTGACTTTG-----------------ATATG------------TGTAAATATATATAATTATGTAT------------TTTAA-AT-TCTCNNN--NNNNN--NNNN-NNNNN--NNNNNNN-NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-GA---CTGTG-ATAT---ATGTAAAAGTGCTTA-GTGAA---GC-T-AT-G---G-TA----ATA-T-ATT-G-T-A---TGTG-ATAA--TA----A--CAT-C-GTG--A-T--A-TTT--A--TGA-C-TGC-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AC---AAT-ATT-GT-G-C-A-A-----A----TT--G-TAATA-------TTT-T---AGTG--ATA-TTTTG-T-A-CAA-AAA--TG-A-TG--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAAGCTAAACTA
gi|11 : A-AT-TCTC--A--ATGAC--CCAA-TTGGA--AATAAGC-AACATTA--TTGCTTTATATG-GCATTATCCTAGGTAGA---CTGTGCATATTT-A---------------GTGAA---GC-T-GT-G---GGTA----AT--T-CTT-GGT-A---TGTGCATAA--TA----A--CTT-TTGTG--A-TTAA-TT---A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----T-CTACG-TA-------------T--GA-A---A-T-AC---TAT-ATT-GT-G-T-T-A-----A----TT--G-TAATG-------TTT-TTTAAGTG--ATA-TTGAG-T-A-TAA-AAA--TG-A-TG--TTCT-GCC-TG-AATT-ACAAGC--TAAA-CTA
gi|12 : CA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATGTGGAGTTT-AT---ATAGATAGTGAACC-TCAATTTGCATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGTA--CAATAA-TCT---TAGT-TTATTCAGGCCAA-TAATATC-AT-T-CACTT---ACACAAA-TACG-TTT-ACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATT------T--ATTTATTAATTGACTTTA-----------------GTATG------------TGTA------------------T------------
gi|13 : GGTTATCCTAGGTAGAATATTGTG-ATAC---ATGTAAAAGTGCCTG-GCGAA---GC-T-GT-G---A-TA----ACA-T-CTT-G-T-A---TATG-ATAA--TA----A--AAT-T-GTG--A-T--T-TTT--A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GC---AAT-ATT-GT-G-T-T-A-----T----TT--G-CAATA-------TAT-T---AGTG--ATC-TTTAA-T-A-C-ATAAA--TG-C-TG--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAatatatg
gi|14 : attgttactttttaaaataGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATT------T--ACTTATTGATTGACTTTG-----------------ATATG------------TGTA------------------TA-----------TATAA-ATATTCTAAA--AAATCNNNNNN-NNNNN--NNNNNNN-NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA---CTGTG-ATAT---ATGTAAAAGTGCCTG-GTGAA---AC-T-GT-G---A-TA----ATA-T-CTT-G-T-A---TGTG-AT
gi|15 : A---GC-T-GT-G---A-TA----ATA-T-CTT-G-T-A---TGTT-ATAA--GA-----------T-GTGGAG-T--ATTT---A--TGG-C-TGT--A-TAA-A-A-----T-TCT-G-TA-------------TTGAA-AT-TA-A-ATGCCAAT--TT-GT-G-T-T-ATTTGTAATATTT--G-TAATA-------TCT-T---AATG--ATACTTTTG-T-A-C-ATAAACGTG-C-TG--TTCT-GCT-TG-AT-TAA-AAGCG-TAAA-CTAAA
gi|16 : gtaacTAT---A---------------GTGAA---AT-T-GT-G---AATA----ATA-T-CTT-G-T------GTG-ATAA--TA----A--CATGT-GTC--A-T--A-TTT--A--TGC-C-TG---A-TAA-C-A-----T-CTG-G-AA-------------T--GA-AC-TA-TTAT---ACC--TT-GT-A-T-T-A-----AA---TT--GGTAATA-------TCT-T---GGTG--ATC-TTTTG-T-A-T-ATAAA--TGGA-TG--TTCT-GCCCTG-GA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACT
gi|17 : gccA---GC-C-GT-GTGGA-TA----ATAAT-CCT-T-T-A---TGTG-ATAGACTA----A--CAT-C-GTGA-A-T--A-TT---A--TGA-CTTGT-GA-TAC-T-A-----T-CTG-G-TA-----------------A-GC-GA-T-AT---A---------------------------------------------TTT-T---AG-G--ATAGTTTTG-T-ATT-A-AAA--TG-GTTG--TTCT-GTC-TG-AA-G-T-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|18 : T-G-T-A---TGTG-ATGA--TA----A--CAT-T-GTG--A-TT-A-TTT--A--TTA-C-TGT-AA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATT-GA-G-T-T-A-----A----CT--G-TAATG-------TCT-T---AGTG--ATA-TTTTG-T-A-CAA-AAA--TG-A-TG--TCCT-GCC-TG-TA-T-A-AAGC--TAAA-g
gi|19 : a---TGTG-ATAA--TA----A--CAT-T-GTG--A-T--A-TTT--A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATT-GT-G-T-T-A-----A----TT--G-TAATG-------TCT-T---GATG--ATA-TTTTG-T-A-C-ATAAA--TG-A-TG--TTCT-GCC-TG-AT-T-A-AAGC--TAA
gi|2 : TTATTTATTCTTT----TTC--TCATATTC-ATCAATA-AA--TATAGTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----G-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGAGAGTTT-GT-TTATAGATAGTGAACC-TCAATTTACATTTTATTACTGAATTTAGTTCTTCACTGTA--CAATAA-TCT---TAGT-TTATTCAGGTCAA-TAATATC-AT-T-CACTT---ACATAAA-TATG-TTT-ACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTACCGGT--ATTTATTAATTGAATTTG-----------------ATATA------------TGTA------------------T------------TTTAA-AT-TCACNNN--NNNNN--NNNN-NNNNN--NNNNNNN-NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA---CTGGG-ATAT---A---------------GTGAA---GC-T-GT-G---A-TA----ATA-T-CTT-G-T-A---TGTG-ATAA--TA----A--CAT-T-GTG--A-T----TT---A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATT-GT-G-T-T-A-----A----TT--G-TAATG-------ACT-T---TGTG--ATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-A-TG--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-ATGC--TAAA-CTAAACTAtcaa
gi|20 : T---G---------------GTGAA---GC-T-GT-G---A-TA----ATA-T-CTT-G-T-A---TGTG-ATAA--TA----A--CAT-T-ATA--A-T--A-TT---A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----C-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATT-GT-G-T-T-A-----A----T
gi|21 : tgtgatatatgtaaaagtgctC--ATTG-GAAAT--AAGCAAC-AATATTG--TTGCTTTAAT---GGATTATCCAAGGTAGA---CTCTG-ATAT---ATGTAAAAGTGCTTA-ATGAA---GA-T-GT-G---A-TA----ATA-T-CTT-G-T-A---TGTG-ATA
gi|22 : ggacaca--TGA-C-TGT-G--TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-CACT-AT---AAT-ATT-GTTG-TGT-A-----A----TT--G-TAAT--------TCTCT---ACTG--AT--TTTTG-T-AAC-A-AAAA-TG-A-TG--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTA
gi|23 : tatTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-CATTA-----A-AGTACA-----T-CTTATGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AAGAGGGAGTTT-------------GTGAACC-TCAATTTACATTGTATTATTGA
gi|26 : T-G-TGA---TGTG-ACA---TC----A--CAC-T-ATG--AAC--A-TT------TGAGC-TAT-AA---A-T-A-----T-CTG-G-TA-------------A--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATT-GT-G-T-T-A-----A----TT--G-TAA
gi|27 : -ACAA--TA----A--CAT-T-GTA--A-T--A-TTT--A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----A-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATT-GT-G-T-T-T-----T----TT--GTTAAT
gi|28 : AACAAC-AATATTG--TTGCTTTATT---GGGTTATCCTAGGTAGA---CTGTG-ACAC---A---------------ac
gi|29 : tc---TTGCTTTAAT---GGGTTATCCAGGTTAGA---CTGTG-ATAT---ATGTGAAAGTACTGTAGTGAA---GC-T-GT-G---A-TA----ATA-cgtataagtgctttgtgaagct
gi|3 : gTTCTTTACCACCTGAAATTAAGT--CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAACCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-GT-TTATAGATATTTAACC-TCAATTTACATTTTACTATTGATTCTAGTTCTTAACTGTA--CAAAAA-ACT---TAGT-TTATTCAGGCAAA-TAATATC-AT-T-CACTT---ACAAAAC-TATG-TTT-ACATTGCTGTC--CATCT--GCC-ATC----TTT--GTAGATTTA-------ATTT-TTTATTGACTTTG-----------------ATATG------------TGTA------------------TATATATGTA---TTTTA-AT-TCTC--A--AGGAC--CCAT-TGGAT--AAGTAAC-ATTATT---T
gi|30 : gatacttgcatgaggcagagcagtttgttagaaacaataatgttacaagagggggttccaattttaatttcatttcattgttccaagggtgggggcttataatagttctaatttttactaccatgccattattgactggaa-TT---C--TGT-C-TGT-AA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TAACCGTATCATGTAT--GA-AC-TA-T-GC---AAT-GTT-GT-G-T-T-A-----T----TT--G-TGATatatacttt
gi|31 : gtTTAA-AACACACTGCAT-CTTGCGCAT-GAATTCCGTCAGAAGGAG-AATAGGGAGTTT-G--T-ATAG
gi|32 : ttAATG-------TCT-T---AGTG--ATA-TTTTG-T-A-C-A-AAAA-TG-A-TG--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACT
gi|33 : TA-------TCT-T---AGTG--ATA-TTTTA-T-A-C-ATAAA--TG-A-TG--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|34 : --ATA-TTATGATGA-C-ATAAA--TG-T-TG--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGA--TAAA-CTAAAaa
gi|35 : tattatgtcaTG--ATA-TTTTG-T-A-C-A-AA---TG-A-TGCCTTCTTGCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|37 : --TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGT--TAAA-CTAAACTA
gi|4 : TTTACCACCTGAAATTAAGG-TCAGTCGAACAAAATAAG-CAATTGTTAAAAATATTA-GTCAA-AGCACA-----TTCTTGTGCAA-GA-GCCC-TCAGAGGGAG-AATAGGGAATTT-GTAT-ATACATTGT------T--ATTTACATTTTATTATTGATTTAAGTTC-AAACTGTA--TAATAATTCTAACTAG--TTATTCAGGCCAA-TAATATC-A--T-CACTT---ACATACATTATG-TTT-ACATT-CTGTC--CA--T--GTC-AT-C--ATTT--GTA-ATTTA----T---TT--TTAATTGACTTTG-----------------ACATGTGTGTATATATATGTA------------------T------------TTTAA-AT-TC---CA--AGAAC--TCAT-TTGGA--AATAAGCAAACAATA--TTG-TTGTTTAATGGGTTATCCTAG-GTGA---CTGTG-ATAat
gi|5 : cacagggtgcggggctttataatagttcttatttttactccatgcaattattgctggaattctTTCTTTACCACCTGAAATTAAGT--TAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-CATTA-ATCAA-AGCACA-----T-CTTGTGCGA-GAAGTC--------------ATAGGGAGTTT-GCAT-ACAGATATTGAACC-TCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGTA--TATTAA-CCT---TAGT-TTATT---------TAATATA-AT-T-CACTT---ACATAAA-TATG-TTT-ACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTGA----T-------TTAATTGACTTTG-----------------ATATG------------TGTATATATTAGTATT------T------------TTTAA-AT-TCTC--A--AGGAC--TCCA-TTGAA--Aatga
gi|6 : aggtacttgcctgagcaatttgttagaaacgataatgttacgagaggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggattataatctaaattttactaccatgccattattgattggaaTTAGCT-TA--CTATTA-AGT---TAAT-TTATTTAGGCCAA-TAGTATC-AT-T-CAATC---ACATAAA-TATG-TTTTACAT-GCTGTC--CA--T--TGC-ATTC--ATTT--GTA-ATTTA----TTTATTTATTAATTGACTTTG-----------------ATATG------------TGTA------------------TATATATGTAT--TTTAA-AT-TCTCAAG--GACCC--GCATTGGAAA--AATAAGC-AACATTA--TTGCTTTATTAATGGGTTATCCTAGGTAGA---CTGTG-ATAT---A---------------GTGAA---GC-T-GT-G---G-TA----ATA-T-CTT-G-T-A---TGTG-ATAA--T-----A--CTT-T-GTGA-A-T--A-TT---A--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-ACATA-T-AT---AAT-ATT-GT-GTT-T-A-----A----TT--G-TAATGGGTTTT-TTT-T---AGTG--ATA-TTGTG-T-A-T-A-AAA--TG-A-TG--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-CAGC--TAAA-CTAAACTgt
gi|7 : gtA-TAGTA-C-AT-TTCAATC---A-ATTAA-TATGGTTT-ACATTGCTGAC--CA--T--GCTTATCC--ATTT--GTA-ATTTA----T-------TTA-TTGACTTAA-----------------ATGCG------------TGTA------------------TATATATGAATT-TTTAT-AT-TTTTTCA--AGACC--CAT--GTGGA--AATAAGC-AACAAT---ATATTGATCTAATGGGTTATCCTACGGTGA---CTGTG-ATAT---AT--------------GTGAA---GC-TTGTTG---G-TA----A-A-T-CTTTG-T-A----GTG-AT----TA----ATTCTT-T-GTG--A-T--A-TTTTAA--TGA-C-TGT-GA-TAA-C-AGTCATT-TTG-G-TT-------------T--GATAC-TA-T-AT---GAT-ATTTGT---T-T-A-----A----TTCTG-TAATGGGTTTTTTTT-T---TATGGAATG-TGTTA-T-A---A-ATA--TG-A-TG--TTCT-GCC-TGAAA-T-A-AAGCTTTAAA-CT
gi|8 : aataatataaac-ATTC--ATTT----A-GTTTA----T--CTATATTA-----CTTTG-----------------ATATG------------TGTA------------------TATATATATTTATTTTAA-AT-TCTCNNN--NNNNN--NNNN-NNNNN--NNNNNNN-NNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGTA-GA---CTGTG-ATATTAAG---------------GTGAAA--GCGT-GT-G---A-TA-----T--T-CTT-G-T-A---TGTG-ATGA--TA----A--CAT-T-GTAGAA-T--ACTT---A--TGA-C-TGTTGA-TAAAC-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATT-GT-G-G-T-A-----A----TT--G-TAACG-------TCT-T---AGTG--ATA-TTTTG-T-A-TAA-AAA--TG-A-TG--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--CAAA-CTAAACTA
gi|9 : tatatatatattgttgcactgtatactggtattatgtatttattATC-ATAT-CACT----ATATAAA-TATG-TTT-ACATTGCTGCT--CA--T--GTC-ATCC--ATTTCGGTA-ATTT-----T---TCCATAATTTGACTTTGTATCATGTGTTATATATATATA------------TGTA------------------T------------TTTAA-AT-TCTCAAA--GGACC--CATT-GGGAA--AAGCAAC-AAAT--------CTTTAAAT----GTAACCCTAG---GA---CTGTT-ATAT---C---------------ATACAT--GT-T-AT-G-----TA----ACAGTGCTTAG-T-GAACTGTG-ATAA--TATGATA--CACAT-GTG--A-T----TC---ACTTGA-C-TGTCGATTAA-C-A-----TACTG-GTTA-------------T--GA-AC-TAGT-AT---AATAATT-GT-G-T-TAA-----A----TT--G-TAATG----------------------------TG-T-A-C-A-AAA--TG--------TTT-GCC-TG-AA-T-A-AAa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTGACTTTGATATGTTGTATATATCATGTATTTAAATTTCAAGTCCCCCATTGGAAAATAAAAAGCAACAATATGTTGCCCGCTTTAATGGGTTT
Unaligned ( gi|25 ): GGTTTTTTGAAGATGTTAACATTATACTTATCACCTACATGGAGCCCGGATATTAACTAGGGTGCAAGGTTGTCATTTAACAGAAATTTTT
Unaligned ( gi|36 ): CATTATTATATCATTAGCATAGTATAATATTAAAAACCTGTAAAAAG
Alignments
lowQualScore : 2 1 11111 1111 111 333333333333 11111 77777777777777777 1111111111111111111111 333333333333333333333333333333333 111111111111 77777777777777777777 1111 1111111111111 11111111 111
lowQualScore : 1 2 6 6 6 3 77 5 77777 5 5 5 4444 0 5 77 66 000 5 5 4 4 4 777 4 8 4 55 55 55 4 44 44 3 111111111111 1 3 3 3 3 6666 00000 44444444444444444 6666 6 44 6666666666666666666666 33 444 2 444444444444444444444444444444444 2 3 2 2 4 555 2 333333333333 77777777777777777777 444 4 2 2 444 2 5555 2 2 2 2 2 33 33 2 2 5555 2 33 22 2 2 4 2 2 2 55555 2 4 2 1111111111111 55 2 2 4 2 333 2 2 4 2 2 9999999999 33 4 66666666 2 444 2 4 2 2 2 555 77 2 2 22 2 2 2 2 2 2 55 2
lowQualScore : . . . . . . .. . ..... . . . .... . . .. .. ... . . . . . ... . . . .. .. .. . .. .. . ............ . . . . . .... ..... ................. .... . .. ...................... .. ... . ................................. . . . . . ... . ............ .................... ... . . . ... . .... . . . . . .. .. . . .... . .. .. . . . . . . ..... . . . ............. .. . . . . ... . . . . . .......... .. . ........ . ... . . . . . ... .. . . .. . . . . . . .. .
lowQualScore : 0 0 7 7 7 3 77 7 55555 0 0 0 9999 7 7 99 33 000 7 7 4 4 4 888 4 9 4 55 55 55 0 66 66 3 888888888888 3 1 1 1 1 5555 88888 88888888888888888 5555 2 22 3333333333333333333333 99 999 9 222222222222222222222222222222222 7 9 9 9 6 000 7 777777777777 33333333333333333333 111 7 5 5 444 5 3333 5 7 4 4 1 22 22 4 4 9999 4 11 99 1 1 2 1 1 1 33333 1 2 1 6666666666666 00 1 1 4 2 999 2 2 4 2 2 2222222222 11 7 22222222 5 444 5 4 2 2 2 444 55 2 2 99 1 1 1 1 1 1 33 4
consensus : TTCTTTACCACCTGAAATTAAGT-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-GT-TATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAA-TCT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAA-TATG-TTT-ACATTGCTGTC--CA--T--GC-CATCC--ATTT--GTA-ATTTA----T--ATTTATTAATTGACTTTG-AT-ATG-TG-TA----TATA-----TA----T----T-------TTA----A-A--TTCTCAAAAGGAC--CC---A---TNNGGA--AA-TAAGC-AAC---A---T-----T-T---T----GCTTTATTAATGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTG-A------------TATA---TGTAA-A-AGTGCTT--GTGAA---GC-TG-T-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-ATTT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACTA
Reference ( family-672 ) : TTNTTTACCACCTGAAATTAAGTACAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-GTTTATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAA-TCT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAA-TATG-TTT-ACATTGCTGTC--CA--T--GC-CATCC--ATTT--GTA-ATTTA----T--ATTTATTAATTGACTTTG-AT-ATG-TG-TA----TATA-----TA---------T-------TTA----A-A--TTCTCAAAAGGNC--CC---N---TGNGAA--AA-NNAGC-AAC---A---T-----T-T---T----GCTTTANTNATGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTG-A------------TATA---T---A-A-AGTGC----GTGAA---GC-TG-T-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-ATTT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACTA
gi|1 : TTATTTACTCCTTAGAATTAAGTACAGTC-AACAATA-AAGGTAAATATTAAAAATATTAAGTTAACAGCACAA----T-CTTGTGCAAAGAAGCCCGTCAGAGGGAGTAATAGAGAGTTTTGTTTATAGATAGTGAACCCTCAATTTACA-TTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGTAAACAACAA-TCC---TAGTATTATTCAGACCAAATAATATCTAT-T--ACTTTTTACAT--A-TATGTTTT-ACATTGCTGTCAGCA--TTAGC-CACCCTAGTTT--GTA-AT-------T--ACTTTTTAATTGACTTTG-AT-ATG-TG-TA----TATA-----TAATGTATT--T-------TTA----ATA--TTCCTCAAGGACC--CC---A---TTTGGA--AATTAAGC-AACA--A---TATTGGT-T---T----GCTTTA-TATTGG-GTTATCCAA-GG-TAGA---ACGTG-A------------TATAATGT---A-A-AATGCTTA-GTGAAACTGC-TG-T-G---A-TATTCGATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--ATT-ATTT--A--TGA-AC-GT-GA-TAA-CAA-----T-CTGAA-TA-------------TA-GA-AC-T
gi|10 : gttctacattacttactactattgcatattgactggaa--ATTT--GTA-ATTTA----T-------TTA-TTGACTTTG-AT-ATG-TG-TAAATATATA-----TAATTATGTATT-------TTA----A-A--TTCTCNNNNNNNN--NN---N---NNNNNN--NN-NNNNN-NNN---N---N-----N-N---N----NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-NN-N-GA---CTGTG-A------------TATA---TGTAA-A-AGTGCTTA-GTGAA---GC-TA-T-G---G-TA----ATA-TA-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-CGTG--A-T-ATTT--A--TGA-CT-GC-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AC---AAT-ATTGT-G-C-A-A-----A----T--TG-TAATA--------TTT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-CAA-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAAGCTAAACTA
gi|11 : ----A-A--TTCTCAA--TGAC--CC---A---ATTGGA--AA-TAAGC-AAC---A---T-----TAT---T----GCTTTAT--ATGGCATTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGCA------------TATT---T---A------------GTGAA---GC-TG-TGG---G-TA----AT--TC-TTGGT-ATGTGCATAA--TAA--CTTT-TGTG--ATT-AATT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTACG-TA-------------T--GA-A---A-T-AC---TAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TTT-TTTAA-GTGATA-TTGAG-T-A-TAA-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AATT-ACAAGC--TAAA-CTA
gi|12 : CA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATGTGGAGTTT-AT--ATAGATAGTGAA-CCTCAATTTGCATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAA-TCT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACACAAA-TACG-TTT-ACATTGCTGTC--CA--T--GC-CATCC--ATTT--GTA-ATT------T--ATTTATTAATTGACTTTA-GT-ATG-TG-TA----TATA-----TA---------T-------
gi|13 : TTTAA-AATAG-GTTATCCTA-GG-TAGAATATTGTG-A------------TACA---TGTAA-A-AGTGCCTG-GCGAA---GC-TG-T-G---A-TA----ACA-TC-TT-GT-ATATG-ATAA--TAA--A-AT-TGTG--A-T-TTTT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GC---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----T----T--TG-CAATA--------TAT-T---A-GTGATC-TTTAA-T-A-C-ATAAA--TG-CT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAg
gi|14 : attgttacttGCTGTC--CA--T--GC-CATCC--ATTT--GTA-ATTTA----C----TTATTGATTGACTTTG-AT-ATG-TG-TA----TATA-----TA-------------------A----ATA--TTCT-AAAAAATCNNNN---N---NNNNNN--NN-NNNNN-NNN---N---N-----N-N---N----NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-NN-NNGA---CTGTG-A------------TATA---TGTAA-A-AGTGCCTG-GTGAA---AC-TG-T-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-AT
gi|15 : A---GC-TG-T-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTT-ATAA--GA--------TGTGGAG-T-ATTT--A--TGG-CT-GT--A-TAA-A-A-----T-TCT-G-TA-------------TTGAA-AT-TA-A-ATGCCAAT--TTGT-G-T-T-ATTTGTAATATT--TG-TAATA--------TCT-T---A-ATGATACTTTTG-T-A-C-ATAAACGTG-CT-G--TTCT-GCT-TG-AT-TAA-AAGCG-TAAA-CTAAA
gi|16 : gtaac----GTGAA---AT-TG-T-G---AATA----ATA-TC-TT-GT---GTG-ATAA--TAA--C-ATGTGTC--A-T-ATTT--A--TGC-CT-G---A-TAA-C-A-----T-CTG-G-AA-------------T--GA-AC-TA-TTAT---ACC--TTGT-A-T-T-A-----AA---T--TGGTAATA--------TCT-T---G-GTGATC-TTTTG-T-A-T-ATAAA--TGGAT-G--TTCT-GCCCTG-GA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACT
gi|17 : gcctataA---GC-CG-T-GTGGA-TA----ATAATC-CT-TT-ATGTG-ATAGACTAA--C-AT-CGTG--AAT-ATT---A--TGA-CTTGT-GA-TAC-T-A-----T-CTG-G-TA-----------------A-GC-GA-T-AT---A---------------------------------------------TTT-T---A-G-GATAGTTTTG-T-A-TTA-AAA--TG-GTTG--TTCT-GTC-TG-AA-G-T-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|18 : T-GT-ATGTG-ATGA--TAA--C-AT-TGTG--A-TTATTT--A--TTA-CT-GT-AA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGA-G-T-T-A-----A----C--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-CAA-AAA--TG-AT-G--TCCT-GCC-TG-TA-T-A-AAGC--TAAA-g
gi|19 : aTGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-ATTT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---G-ATGATA-TTTTG-T-A-C-ATAAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AT-T-A-AAGC--TAA
gi|2 : TC-ATCAATA-AA--TATAGTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----G-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGAGAGTTT-GTTTATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTACTGAATTTAGTTCTTCACTGT--ACAATAA-TCT---TAGT-TTATTCAGGTC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAA-TATG-TTT-ACATTGCTGTC--CA--T--GC-CATCC--ATTT--GTA-ATTTACCGGT--ATTTATTAATTGAATTTG-AT-ATA-TG-TA----T-------------------T-------TTA----A-A--TTCACNNNNNNNN--NN---N---NNNNNN--NN-NNNNN-NNN---N---N-----N-N---N----NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-NN-NNGA---CTGGG-A------------TATA--------------------GTGAA---GC-TG-T-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG------ATTT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------ACT-T---T-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-ATGC--TAAA-CTAAACTAtcaa
gi|20 : ttatttattctttttctcatatTGTG-A------------TATA---TGTAA-A-AGTGCTTG-GTGAA---GC-TG-T-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TATA--A-T-ATT---A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----C-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--
gi|21 : GGA--AA-TAAGC-AAC---AATAT-----TGT---T----GCTTTA---ATGG-ATTATCCAA-GG-TAGA---CTCTG-A------------TATA---TGTAA-A-AGTGCTTA-ATGAA---GA-TG-T-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATA
gi|22 : ggacacacatt--TGA-CT-GT-G--TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-CACT-AT---AAT-ATTGTTG-TGT-A-----A----T--TG-TAAT---------TCTCT---A-CTGAT--TTTTG-T-AAC-A-AAAA-TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTA
gi|23 : tatTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-CATTA-----A-AGTACA-----T-CTTATGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AAGAGGGAGTTT------------GTGAA-CCTCAATTTACATTGTATTATTGA
gi|24 : TTGACTTTG-AT-ATGTTG-TA----TATATCATGTA---------T-------TTA----A-A--TT-TCAA---GTC--CCCCAT---TGGAAAATAA-AAAGC-AACAATA---T-----G-T---TGCCCGCTTTA---ATGG-GTT
gi|26 : T-GTGATGTG-ACA---TCA--C-AC-TATG--AAC-ATTT------GAGCT-AT-AA---A-T-A-----T-CTG-G-TA-------------A--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAAt
gi|27 : -ACAA--TAA--C-AT-TGTA--A-T-ATTT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----A-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATTGT-G-T-T-T-----T----T--TGTTAAT
gi|28 : A-ACAAC-AAT---A---T-----TGT---T----GCTTTATT---GG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTG-A------------CACACG-T---ATA-AGTGCTTT-GTGAA---GC-Tac
gi|29 : tc-T---T----GCTTTA---ATGG-GTTATCC-A-GGTTAGA---CTGTG-A------------TATA---TGTGA-A-AGTACTGTAGTGAA---GC-TG-T-G---A-TA----ATA-
gi|3 : gTTCTTTACCACCTGAAATTAAGT-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAACCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-GTTTATAGATATTTAA-CCTCAATTTACATTTTACTATTGATTCTAGTTCTTAACTGT--ACAAAAA-ACT---TAGT-TTATTCAGGCA-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACAAAAC-TATG-TTT-ACATTGCTGTC--CATCT--GC-CATC----TTT--GTAGATTTA-------ATTT-TTTATTGACTTTG-AT-ATG-TG-TA----TATA-----TA---------T-------GTATTTTA-A--TTCTC--AAGGAC--CC---A---TTGGAT--AA-GTAAC-ATT---A---T-----T-TATAT----ACTTT
gi|30 : gatacttgcatgaggcagagcagtttgttagaaacaataatgttacaagagggggttccaattttaatttcatttcattgttccaagggtgggggcttataatagttctaatttttactaccatgccattattgactggaaTTT--C--TGT-CT-GT-AA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TAACCGTATCATGTAT--GA-AC-TA-T-GC---AAT-GTTGT-G-T-T-A-----T----T--TG-TGAT
gi|31 : gTTAA-AACACACTGCAT-CTTGCGCAT-GAATTCCGTCAGAAGGAG-AATAGGGAGTTT-G--TATAG
gi|32 : ttAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAAA-TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACT
gi|33 : TA--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTA-T-A-C-ATAAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|34 : ATA-TTATGATGA-C-ATAAA--TG-TT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGA--TAAA-CTAAAaa
gi|35 : tattatgtcaTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AA---TG-AT-GCCTTCTTGCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|37 : --TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGT--TAAA-CTAAACTA
gi|4 : TCTTTTACCACCTGAAATTAAGGTCAGTCGAACAAAATAAG-CAATTGTTAAAAATATTA-GTCAA-AGCACA-----TTCTTGTGCAA-GA-GCCC-TCAGAGGGAG-AATAGGGAATTT-GTATATACATTGT------T--ATTTACATTTTATTATTGATTTAAGTTC-AAACTGT--ATAATAATTCTAACTAG--TTATTCAGGCC-AATAATATC-A--T-CAC---TTACATACATTATG-TTT-ACATT-CTGTC--CA--T--GT-CAT-C--ATTT--GTA-ATTTA----T---TT--TTAATTGACTTTG-AC-ATG-TG-TG----TATA-----TATATGTAT--T-------TTA----A-A--TTCC---AAGAAC--TC---A---TTTGGA--AA-TAAGCAAACA--A---T-----A-T---T----GTTGT-TTAATGG-GTTATCCTA-GG-T-GA---CTGTG-A------------TAat
gi|5 : cacagggtgcggggctttataatagttcttatttttactccatgcaattattgctggaatTTCTTTACCACCTGAAATTAAGT-TAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-CATTA-ATCAA-AGCACA-----T-CTTGTGCGA-GAAGTC--------------ATAGGGAGTTT-GCATACAGATATTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ATATTAA-CCT---TAGT-TTATT---------TAATATA-AT-T-CAC---TTACATAAA-TATG-TTT-ACATTGCTGTC--CA--T--GC-CATCC--ATTT--GTA-ATTGA----T-------TTAATTGACTTTG-AT-ATG-TG-TA----TATAT----TAGTATTT---T-------TTA----A-A--TTCTC--AAGGACT-CC---A---T-TGAA--Aatga
gi|6 : aggtacttgcctgagcaatttgttagaaacgataatgttacgagaggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggattataatctaaattttactaccatgccattattgattggaaTTAGCT-T--ACTATTA-AGT---TAAT-TTATTTAGGCC-AATAGTATC-AT-T-CAA---TCACATAAA-TATG-TTTTACAT-GCTGTC--CA--T--TG-CATTC--ATTT--GTA-ATTTA----TTTATTTATTAATTGACTTTG-AT-ATG-TG-TA----TATA-----TA---------TGTATT--TTA----A-A--TTCTCAA--GGAC--CC---GCATTGGAAA--AA-TAAGC-AAC---A---T-----TAT---T----GCTTTATTAATGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTG-A------------TATA--------------------GTGAA---GC-TG-T-G---G-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TA---C-TT-TGTG--AAT-ATT---A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-ACATA-T-AT---AAT-ATTGT-GTT-T-A-----A----T--TG-TAATGGGTTTT--TTT-T---A-GTGATA-TTGTG-T-A-T-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-CAGC--TAAA-CTAAACTgt
gi|7 : gtATAGTA-C-AT-TTCAA---TCA-ATTAA-TATGGTTT-ACATTGCTGAC--CA--T--GCTTATCC--ATTT--GTA-ATTTA----T---TT-----ATTGACTTAA-AT-GCG-TG-TA----TATA-----TATGAATT---T-------TTA----T-ATTTTTTCAA---GAC--CC---A---TGTGGA--AA-TAAGC-AACAATA---T-----A-T---T----GATCTA---ATGG-GTTATCCTACGG-T-GA---CTGTG-A------------TATA---T----------------GTGAA---GCTTGTT-G---G-TA----A-A-TCTTT-GT-A-GTG-AT----TAATTC-TT-TGTG--A-T-ATTTTAA--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-AGTCATT-TTG-G-TT-------------T--GATAC-TA-T-AT---GAT-ATT-T-GTT-T-A-----A----TTCTG-TAATGGGTTTTTTTTT-T---ATGGAATG-TGTTA-T-A---A-ATA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TGAAA-T-A-AAGCTTTAAA-CT
gi|8 : aataatataaacATTC--ATTT----A-GTTTA----T--CTATATTA-----CTTTG-AT-ATG-TG-TA----TATA-----TA---------TATTTATTTTA----A-A--TTCTCNNNNNNNN--NN---N---NNNNNN--NN-NNNNN-NNN---N---N-----N-N---N----NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNA-A-AG-TAGA---CTGTG-A------------TAT----T---A-A-GGTG-------AAA---GCGTG-T-G---A-TA-----T--TC-TT-GT-ATGTG-ATGA--TAA--C-AT-TGTAGAA-T-ACTT--A--TGA-CT-GTTGA-TAAAC-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-G-T-A-----A----T--TG-TAACG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-TAA-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--CAAA-CTAAACTA
gi|9 : tatatatatattgttgcactgtatactggtattatgtatttattATC-ATAT-CAC---T-ATATAAA-TATG-TTT-ACATTGCTGCT--CA--T--GT-CATCC--ATTTCGGTA-ATTT-----T---TCCATAATTTGACTTTGTATCATG-TGTTA----TATA-----TATATATGTATT-------TTA----A-A--TTCTCAAAGGACC--CA---T---TGGGAA--AA-GCAAC-AA----A---T-----------------CTTTA--AAT---GTAACCCTA-G----GA---CTGTT-ATATCATACATGTTATG---T---A-ACAGTGCTTA-GTGAA----C-TG-T-G---A-TA----ATA-------------TG-ATA----CA--C-A--TGTG------ATTC--ACTTGA-CT-GTCGATTAA-C-A-----TACTG-GTTA-------------T--GA-AC-TAGT-AT---AATAATTGT-G-T-TAA-----A----T--TG-TAATG----------------------------TG-T-A-C-A-AAA--TG--------TTT-GCC-TG-AA-T-A-AAa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): GGTTTTTTGAAGATGTTAACATTATACTTATCACCTACATGGAGCCCGGATATTAACTAGGGTGCAAGGTTGTCATTTAACAGAAATTTTT
Unaligned ( gi|36 ): CATTATTATATCATTAGCATAGTATAATATTAAAAACCTGTAAAAAG
Alignments
lowQualScore : 1 111 1 11111 3333333 111 1 3333333333 11111111111 111111111111 3333333333333 222222 222222222222222 11111111 1111111111 11111 1111 1111111111111 11111111 111
lowQualScore : 0 111 6 6 6 3 77 5 77777 5 5 5 0000000 0 5 77 66 000 5 5 4 555 777 4 3 55 55 55 3 44 44 3 3333333333 5 44444444444 3 888888 555555555555 9999 3 8888888888888 6 3 44 111111 33 2 2 33 777 2 2 555 2 333333333333333 33 77777777 2 3 2 2 4 555 1111111111 2 0 33 99999 5 444 2 2 444 2 5555 2 2 2 2 2 33 33 2 2 3333 2 2 33 22 2 2 4 2 2 2 55555 2 4 2 1111111111111 55 2 2 4 2 333 2 2 4 2 2 9999999999 33 4 66666666 2 444 2 4 2 2 2 555 77 2 2 22 2 2 2 2 2 2 55 2
lowQualScore : . ... . . . . .. . ..... . . . ....... . . .. .. ... . . . ... ... . . .. .. .. . .. .. . .......... . ........... . ...... ............ .... . ............. . . .. ...... .. . . .. ... . . ... . ............... .. ........ . . . . . ... .......... . . .. ..... . ... . . ... . .... . . . . . .. .. . . .... . . .. .. . . . . . . ..... . . . ............. .. . . . . ... . . . . . .......... .. . ........ . ... . . . . . ... .. . . .. . . . . . . .. .
lowQualScore : 0 000 7 7 7 3 77 7 55555 0 0 0 4444444 7 7 99 33 000 7 7 4 333 888 4 3 55 55 55 6 66 66 3 8888888888 4 66666666666 1 888888 888888888888 6666 1 6666666666666 2 1 22 777777 99 9 9 99 666 9 7 000 9 444444444444444 77 00000000 7 9 9 9 6 000 7777777777 7 1 99 66666 3 111 4 5 444 5 3333 5 7 4 4 1 22 22 4 4 5555 4 2 11 99 1 1 2 1 1 1 33333 1 2 1 6666666666666 00 1 1 4 2 999 2 2 4 2 2 2222222222 11 7 22222222 5 444 5 4 2 2 2 444 55 2 2 99 1 1 1 1 1 1 33 4
consensus : TTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-G-T-T-ATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTA----TATTTATTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--CAAAAG-G--A-C-C--CATTN-G-GAAA-T---AAGC-AAC---A---T-----T-TTGCT--TTAT-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-T-G-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACTA
Reference ( family-672 ) : TTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-G-T-T-ATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTA----TATTTATTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--CAAAAG-G--A-C-C--CATNN-G-GAAA-T---AAGC-AAC---A---T-----T-TTGCT--TTAT-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-T-G-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACTA
gi|1 : TTATTT-ACTCCTTAGAATTAAG-TACAGTC-AACAATA-AAGGTAAATATTAAAAATATTAAGTTAACAGCACAA----T-CTTGTGCAAAGAAGCCCGTCAGAGGGAGTAATAGAGAGTTTTG-T-TTATAGATAGTGAACCCTCAATTTACA-TTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGTAAACAACAAT-CC---TAGTATTATTCAGACCAAATAATATCTAT-T--ACTTTTTACAT--AT-ATGTTTTACATTGCTGTCAGCA--TTAGCC-ACCCTAGTTT--GTA-AT-------TACTTTTTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-AATGTATT------TTTAATATTCCT--C--AAG-G--ACC-C--CATTT-G-GAAATT---AAGC-AACA--A---TATTGGT-TTGCT--TTA--TAT--TGG-GTTATCCAA-GG-TAGA---ACGTGATA----------TAATGTAAAA-TGC-T-TAG-TGAAACTGC-TGT-G---A-TATTCGATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--ATT-AT-TT--A--TGA-AC-GT-GA-TAA-CAA-----T-CTGAA-TA-------------TA-GA-AC-T
gi|10 : gttctacattacttactactattgcatattgactggaa--ATTT--GTA-ATTTA----T-----TTA-TTGACTTTG-----------ATATG-TG------TAAATATATATAATTATG----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--CNNNNN-N--N-N-N--NNNNN-N-NNNN-N---NNNN-NNN---N---N-----N-NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNN-NN-N-GA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-TAG-TGAA---GC-TAT-G---G-TA----ATA-TA-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-CGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GC-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AC---AAT-ATTGT-G-C-A-A-----A----T--TG-TAATA--------TTT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-CAA-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAAGCTAAACTA
gi|11 : A-ATT-CT--CAA--T-G--A-C-C--CAATT-G-GAAA-T---AAGC-AAC---A---T-----TATTGCT--TTAT---A--TGGCATTATCCTA-GG-TAGA---CTGTG-CA----------T-ATTTA------------G-TGAA---GC-TGTGG---G-TA----AT--TC-TTGGT-ATGTGCATAA--TAA--CTTT-TGTG--ATT-AA-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTACG-TA-------------T--GA-A---A-T-AC---TAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TTT-TTTAA-GTGATA-TTGAG-T-A-TAA-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AATT-ACAAGC--TAAA-CTA
gi|12 : CA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATGTGGAGTTT-A-T---ATAGATAGTGAA-CCTCAATTTGCATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACACAAAT-ACG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATT------TATTTATTAATTGACTTTA-----------GTATG-TG------TA------------TATA----T-A------T------
gi|13 : ---A---T-----TGTTACT--TT-T-TAAAATAG-GTTATCCTA-GG-TAGAATATTGTGATA----------C-ATGTAAAAGTGC-C-T-GGCGAA---GC-TGT-G---A-TA----ACA-TC-TT-GT-ATATG-ATAA--TAA--A-AT-TGTG--A-T-TT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GC---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----T----T--TG-CAATA--------TAT-T---A-GTGATC-TTTAA-T-A-C-ATAAA--TG-CT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAg
gi|14 : GCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTA----C--TTATTGATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A----------------AATATT-CT--AAAAAATC--N-N-N--NNNNN-N-NNNN-N---NNNN-NNN---N---N-----N-NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNN-NN-NNGA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-C-TGG-TGAA---AC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-AT
gi|15 : A---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTT-ATAA--GA--------TGTGGAG-T-AT-TT--A--TGG-CT-GT--A-TAA-A-A-----T-TCT-G-TA-------------TTGAA-AT-TA-A-ATGCCAAT--TTGT-G-T-T-ATTTGTAATATT--TG-TAATA--------TCT-T---A-ATGATACTTTTG-T-A-C-ATAAACGTG-CT-G--TTCT-GCT-TG-AT-TAA-AAGCG-TAAA-CTAAA
gi|16 : gtaac-G-TGAA---AT-TGT-G---AATA----ATA-TC-TT-GT---GTG-ATAA--TAA--C-ATGTGTC--A-T-AT-TT--A--TGC-CT-G---A-TAA-C-A-----T-CTG-G-AA-------------T--GA-AC-TA-TTAT---ACC--TTGT-A-T-T-A-----AA---T--TGGTAATA--------TCT-T---G-GTGATC-TTTTG-T-A-T-ATAAA--TGGAT-G--TTCT-GCCCTG-GA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACT
gi|17 : gcctataA---GC-CGT-GTGGA-TA----ATAATC-CT-TT-ATGTG-ATAGACTAA--C-AT-CGTG--AAT-AT-T---A--TGA-CTTGT-GA-TAC-T-A-----T-CTG-G-TA-----------------A-GC-GA-T-AT---A---------------------------------------------TTT-T---A-G-GATAGTTTTG-T-A-TTA-AAA--TG-GTTG--TTCT-GTC-TG-AA-G-T-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|18 : T-GT-ATGTG-ATGA--TAA--C-AT-TGTG--A-TTAT-TT--A--TTA-CT-GT-AA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGA-G-T-T-A-----A----C--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-CAA-AAA--TG-AT-G--TCCT-GCC-TG-TA-T-A-AAGC--TAAA-g
gi|19 : aTGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---G-ATGATA-TTTTG-T-A-C-ATAAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AT-T-A-AAGC--TAA
gi|2 : TC-ATCAATA-AA--TATAGTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----G-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGAGAGTTT-G-T-TTATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTACTGAATTTAGTTCTTCACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGTC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTACCGGTATTTATTAATTGAATTTG-----------ATATA-TG----------------------------T-A------T------TTTAA-ATT-CA--CNNNNN-N--N-N-N--NNNNN-N-NNNN-N---NNNN-NNN---N---N-----N-NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNN-NN-NNGA---CTGGGATA----------T-A----------------G-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG------AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------ACT-T---T-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-ATGC--TAAA-CTAAACTAtcaa
gi|20 : ttatttattctttttctcatatTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-T-GGTGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TATA--A-T-AT-T---A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----C-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--
gi|21 : G-G--A-C-A--CACATTG-GAAA-T---AAGC-AAC---AATAT-----TGTTGCT--TTA----A--TGG-ATTATCCAA-GG-TAGA---CTCTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-TAA-TGAA---GA-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATA
gi|22 : --TGA-CT-GT-G--TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-CACT-AT---AAT-ATTGTTG-TGT-A-----A----T--TG-TAAT---------TCTCT---A-CTGAT--TTTTG-T-AAC-A-AAAA-TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTA
gi|23 : tatTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-CATTA-----A-AGTACA-----T-CTTATGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AAGAGGGAGTTT--------------GTGAA-CCTCAATTTACATTGTATTATTGA
gi|24 : TTGACTTTG-----------ATATGTTG------TA------------TATA----TCA------TGTA---TTTAA-ATT--T--CAA----GTCC-C-C--CATTG-G-AAAA-TAAAAAGC-AACAATA---T-----G-TTGCCCGCT-T-TAA--TGG-GTT
gi|26 : T-GTGATGTG-ACA---TCA--C-AC-TATG--AAC-AT-TT------GAGCT-AT-AA---A-T-A-----T-CTG-G-TA-------------A--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAAt
gi|27 : -ACAA--TAA--C-AT-TGTA--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----A-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATTGT-G-T-T-T-----T----T--TGTTAAT
gi|28 : AA-C---AA-C-AAT---A---T-----TGTTGCT--TTAT-T-----GG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGACA----------C-ACGTATAAGTGCTT-T-G-TGAA---GC-Tac
gi|29 : tc-TTGCT--TTA----A--TGG-GTTATCC-A-GGTTAGA---CTGTGATA----------T-ATGTGAAAGTAC-TGTAG-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-
gi|3 : gTTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAACCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-GTT-T-ATAGATATTTAA-CCTCAATTTACATTTTACTATTGATTCTAGTTCTTAACTGT--ACAAAAAA-CT---TAGT-TTATTCAGGCA-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACAAAACT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CATCT--GCC-ATC----TTT--GTAGATTTA-----ATTT-TTTATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------TGTA---TTTTA-ATT-CT--C--AAG-G--A-C-C--CATTG-G----A-T---AAGT-AAC---A---T-----T-
gi|30 : gatacttgcatgaggcagagcagtttgttagaaacaataatgttacaagagggggttccaattttaatttcatttcattgttccaagggtgggggcttataatagttctaatttttactaccatgccattattgactggaaT-TT--C--TGT-CT-GT-AA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TAACCGTATCATGTAT--GA-AC-TA-T-GC---AAT-GTTGT-G-T-T-A-----T----T--TG-TGATatttatatacttt
gi|31 : gTTAA-AACACACTGCAT-CTTGCGCAT-GAATTCCGTCAGAAGGAG-AATAGGGAGTTT-G---T-ATAG
gi|32 : ttAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAAA-TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACT
gi|33 : TA--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTA-T-A-C-ATAAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|34 : ATA-TTATGATGA-C-ATAAA--TG-TT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGA--TAAA-CTAAAaa
gi|35 : tattatgtcaTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AA---TG-AT-GCCTTCTTGCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|37 : --TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGT--TAAA-CTAAACTA
gi|4 : TTCTTTTACCACCTGAAATTAAGGT-CAGTCGAACAAAATAAG-CAATTGTTAAAAATATTA-GTCAA-AGCACA-----TTCTTGTGCAA-GA-GCCC-TCAGAGGGAG-AATAGGGAATTT-G-TAT-ATACATTGT------T--ATTTACATTTTATTATTGATTTAAGTTCA-AACTGT--ATAATAATTCTAACTAGT-T-ATTCAGGCC-AATAATATC-AT---CAC---TTACATACATTATG-TTTACATT-CTGTC--CA--T--GTC-ATC---ATTT--GTA-ATTTA----T--TT-TTAATTGACTTTG-----------ACATG-TGTGTATATA------------TATG----T-A------T------TTTAA-ATT-CC-----AAG-A--A-C-T--CATTT-G-GAAA-T---AAGCAAACA--A---T-----A-TTGTT--GT-T-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-T-GA---CTGTGATA------------ATGat
gi|5 : cacagggtgcggggctttataatagttcttatttttactccatgcaattattgctggaaTTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-TAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-CATTA-ATCAA-AGCACA-----T-CTTGTGCGA-GAAGTC--------------ATAGGGAGTTT-G-CAT-ACAGATATTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ATATTAAC-CT---TAGT-TTATT---------TAATATA-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTGA----T-----TTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATAT---T-AGTATT-T------TTTAA-ATT-CT--C--AAG-G--A-CTC--CATT----GAAA-a
gi|6 : aggtacttgcctgagcaatttgttagaaacgataatgttacgagaggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggattataatctaaattttactaccatgccattattgattggaaTTAGCT-T--ACTATTAA-GT---TAAT-TTATTTAGGCC-AATAGTATC-AT-T-CAA---TCACATAAAT-ATGTTTTACA-TGCTGTC--CA--T--TGC-ATTC--ATTT--GTA-ATTTATT--TATTTATTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATATATGT-A------T------TTTAA-ATT-CT--C--AAG-G--A-C-CCGCATTG-GAAAAA-T---AAGC-AAC---A---T-----TATTGCT--TTAT-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGATA----------T-A----------------G-TGAA---GC-TGT-G---G-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--T-A--C-TT-TGTG--A---ATATT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-ACATA-T-AT---AAT-ATTGT-GTT-T-A-----A----T--TG-TAATGGGTTTT--TTT-T---A-GTGATA-TTGTG-T-A-T-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-CAGC--TAAA-CTAAACTgt
gi|7 : gtATAGTA-C-AT-TTCAA---TCA-ATTAAT-ATGGTTTACATTGCTGAC--CA--T--GCTTATCC--ATTT--GTA-ATTTA----T-----TTA-TTGACTTAA-----------ATGCG-TG------TA------------TATA----T-A------TGAATT-TTTAT-ATT-TTTTCAA----G--A-C-C--CATGT-G-GAAA-T---AAGC-AAC---A---A-----T-ATA-T--TGATCTAA--TGG-GTTATCCTACGG-T-GA---CTGTGATA----------T-ATGTGAA---GC-T-T-G-T-----------T-G---G-TA----A-A-TCTTT-GT-A-GTG-AT----TAATTC-TT-TGTG--A-T-AT-TTTAA--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-AGTCATT-TTG-G-TT-------------T--GATAC-TA-T-AT---GAT-ATT-T-GTT-T-A-----A----TTCTG-TAATGGGTTTTTTTTT-T---ATGGAATG-TGTTA-T-A---A-ATA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TGAAA-T-A-AAGCTTTAAA-CT
gi|8 : aataatataaac-ATTC--ATTT----A-GTTTA----TCTATATTA-----CTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------TATTTATTTTAA-ATT-CT--CNNNNN-N--N-N-N--NNNNN-N-NNNN-N---NNNN-NNN---N---N-----N-NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNNA-A-AG-TAGA---CTGTGATA----------T----TAAG-GTG---------AAA---GCGTGT-G---A-TA-----T--TC-TT-GT-ATGTG-ATGA--TAA--C-AT-TGTAGAA-T-AC-TT--A--TGA-CT-GTTGA-TAAAC-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-G-T-A-----A----T--TG-TAACG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-TAA-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--CAAA-CTAAACTA
gi|9 : tatatatatattgttgcactgtatactggtattatgtatttattATC-ATAT-CAC---T-ATATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGCT--CA--T--GTC-ATCC--ATTTCGGTA-ATTT-----T-TCCATAATTTGACTTTGTATCATGTGTTATATA-TA------TA------------TATG----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--C-AAAG-G--A-C-C--CATTG-G-GAA------AAGC-AAC---A---A-----A-T--CT--TTA---AA--T---GTAACCCTA-G----GA---CTGTTATATCATACATGTT-ATGTAACAGTGC-T-TAG-TGAA----C-TGT-G---A-TA----ATA-------------TG-ATA----CA--C-A--TGTG------AT-TC--ACTTGA-CT-GTCGATTAA-C-A-----TACTG-GTTA-------------T--GA-AC-TAGT-AT---AATAATTGT-G-T-TAA-----A----T--TG-TAATG----------------------------TG-T-A-C-A-AAA--TG--------TTT-GCC-TG-AA-T-A-AAa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): GGTTTTTTGAAGATGTTAACATTATACTTATCACCTACATGGAGCCCGGATATTAACTAGGGTGCAAGGTTGTCATTTAACAGAAATTTTT
Unaligned ( gi|36 ): CATTATTATATCATTAGCATAGTATAATATTAAAAACCTGTAAAAAG
Alignments
lowQualScore : 1 111 1 11111 3333333 111 1 3333333333 11111111111 111111111111 3333333333333 222222 222222222222222 11111111 1111111111 11111 1111 1111111111111 11111111 111
lowQualScore : 0 111 6 6 6 3 77 5 77777 5 5 5 0000000 0 5 77 66 000 5 5 4 555 777 4 3 55 55 55 3 44 44 3 3333333333 5 44444444444 3 888888 555555555555 9999 3 8888888888888 6 3 44 111111 33 2 2 33 2 3 2 2 555 2 333333333333333 33 77777777 2 3 2 2 4 555 1111111111 2 0 33 99999 5 444 2 2 444 2 5555 2 2 2 2 2 33 33 2 2 3333 2 2 33 22 2 2 4 2 2 2 55555 2 4 2 1111111111111 55 2 2 4 2 333 2 2 4 2 2 9999999999 33 4 66666666 2 444 2 4 2 2 2 555 77 2 2 22 2 2 2 2 2 2 55 2
lowQualScore : . ... . . . . .. . ..... . . . ....... . . .. .. ... . . . ... ... . . .. .. .. . .. .. . .......... . ........... . ...... ............ .... . ............. . . .. ...... .. . . .. . . . . ... . ............... .. ........ . . . . . ... .......... . . .. ..... . ... . . ... . .... . . . . . .. .. . . .... . . .. .. . . . . . . ..... . . . ............. .. . . . . ... . . . . . .......... .. . ........ . ... . . . . . ... .. . . .. . . . . . . .. .
lowQualScore : 0 000 7 7 7 3 77 7 55555 0 0 0 4444444 7 7 99 33 000 7 7 4 333 888 4 3 55 55 55 6 66 66 3 8888888888 4 66666666666 1 888888 888888888888 6666 1 6666666666666 2 1 22 777777 99 9 9 99 9 8 9 7 000 9 444444444444444 77 00000000 7 9 9 9 6 000 7777777777 7 1 99 66666 3 111 4 5 444 5 3333 5 7 4 4 1 22 22 4 4 5555 4 2 11 99 1 1 2 1 1 1 33333 1 2 1 6666666666666 00 1 1 4 2 999 2 2 4 2 2 2222222222 11 7 22222222 5 444 5 4 2 2 2 444 55 2 2 99 1 1 1 1 1 1 33 4
consensus : TTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-G-T-T-ATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTA----TATTTATTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--CAAAAG-G--A-C-C--CAT-TNG-GAAA-T---AAGC-AAC---A---T-----T-TTGCT--TTAT-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-T-G-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACTA
Reference ( family-672 ) : TTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-G-T-T-ATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTA----TATTTATTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--CAAAAG-G--A-C-C--CAT-TNG-GAAA-T---AAGC-AAC---A---T-----T-TTGCT--TTAT-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-T-G-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACTA
gi|1 : TTATTT-ACTCCTTAGAATTAAG-TACAGTC-AACAATA-AAGGTAAATATTAAAAATATTAAGTTAACAGCACAA----T-CTTGTGCAAAGAAGCCCGTCAGAGGGAGTAATAGAGAGTTTTG-T-TTATAGATAGTGAACCCTCAATTTACA-TTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGTAAACAACAAT-CC---TAGTATTATTCAGACCAAATAATATCTAT-T--ACTTTTTACAT--AT-ATGTTTTACATTGCTGTCAGCA--TTAGCC-ACCCTAGTTT--GTA-AT-------TACTTTTTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-AATGTATT------TTTAATATTCCT--C--AAG-G--ACC-C--CAT-TTG-GAAATT---AAGC-AACA--A---TATTGGT-TTGCT--TTA--TAT--TGG-GTTATCCAA-GG-TAGA---ACGTGATA----------TAATGTAAAA-TGC-T-TAG-TGAAACTGC-TGT-G---A-TATTCGATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--ATT-AT-TT--A--TGA-AC-GT-GA-TAA-CAA-----T-CTGAA-TA-------------TA-GA-AC-T
gi|10 : gttctacattacttactactattgcatattgactggaa--ATTT--GTA-ATTTA----T-----TTA-TTGACTTTG-----------ATATG-TG------TAAATATATATAATTATG----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--CNNNNN-N--N-N-N--NNN-NNN-NNNN-N---NNNN-NNN---N---N-----N-NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNN-NN-N-GA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-TAG-TGAA---GC-TAT-G---G-TA----ATA-TA-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-CGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GC-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AC---AAT-ATTGT-G-C-A-A-----A----T--TG-TAATA--------TTT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-CAA-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAAGCTAAACTA
gi|11 : A-ATT-CT--CAA--T-G--A-C-C--CAA-TTG-GAAA-T---AAGC-AAC---A---T-----TATTGCT--TTAT---A--TGGCATTATCCTA-GG-TAGA---CTGTG-CA----------T-ATTTA------------G-TGAA---GC-TGTGG---G-TA----AT--TC-TTGGT-ATGTGCATAA--TAA--CTTT-TGTG--ATT-AA-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTACG-TA-------------T--GA-A---A-T-AC---TAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TTT-TTTAA-GTGATA-TTGAG-T-A-TAA-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AATT-ACAAGC--TAAA-CTA
gi|12 : CA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATGTGGAGTTT-A-T---ATAGATAGTGAA-CCTCAATTTGCATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACACAAAT-ACG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATT------TATTTATTAATTGACTTTA-----------GTATG-TG------TA------------TATA----T-A------T------
gi|13 : ---A---T-----TGTTACT--TT-T-TAAAATAG-GTTATCCTA-GG-TAGAATATTGTGATA----------C-ATGTAAAAGTGC-C-T-GGCGAA---GC-TGT-G---A-TA----ACA-TC-TT-GT-ATATG-ATAA--TAA--A-AT-TGTG--A-T-TT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GC---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----T----T--TG-CAATA--------TAT-T---A-GTGATC-TTTAA-T-A-C-ATAAA--TG-CT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAg
gi|14 : GCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTA----C--TTATTGATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A----------------AATATT-CT--AAAAAATC--N-N-N--NNN-NNN-NNNN-N---NNNN-NNN---N---N-----N-NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNN-NN-NNGA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-C-TGG-TGAA---AC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-AT
gi|15 : A---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTT-ATAA--GA--------TGTGGAG-T-AT-TT--A--TGG-CT-GT--A-TAA-A-A-----T-TCT-G-TA-------------TTGAA-AT-TA-A-ATGCCAAT--TTGT-G-T-T-ATTTGTAATATT--TG-TAATA--------TCT-T---A-ATGATACTTTTG-T-A-C-ATAAACGTG-CT-G--TTCT-GCT-TG-AT-TAA-AAGCG-TAAA-CTAAA
gi|16 : gtaac-G-TGAA---AT-TGT-G---AATA----ATA-TC-TT-GT---GTG-ATAA--TAA--C-ATGTGTC--A-T-AT-TT--A--TGC-CT-G---A-TAA-C-A-----T-CTG-G-AA-------------T--GA-AC-TA-TTAT---ACC--TTGT-A-T-T-A-----AA---T--TGGTAATA--------TCT-T---G-GTGATC-TTTTG-T-A-T-ATAAA--TGGAT-G--TTCT-GCCCTG-GA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACT
gi|17 : gcctataA---GC-CGT-GTGGA-TA----ATAATC-CT-TT-ATGTG-ATAGACTAA--C-AT-CGTG--AAT-AT-T---A--TGA-CTTGT-GA-TAC-T-A-----T-CTG-G-TA-----------------A-GC-GA-T-AT---A---------------------------------------------TTT-T---A-G-GATAGTTTTG-T-A-TTA-AAA--TG-GTTG--TTCT-GTC-TG-AA-G-T-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|18 : T-GT-ATGTG-ATGA--TAA--C-AT-TGTG--A-TTAT-TT--A--TTA-CT-GT-AA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGA-G-T-T-A-----A----C--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-CAA-AAA--TG-AT-G--TCCT-GCC-TG-TA-T-A-AAGC--TAAA-g
gi|19 : aTGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---G-ATGATA-TTTTG-T-A-C-ATAAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AT-T-A-AAGC--TAA
gi|2 : TC-ATCAATA-AA--TATAGTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----G-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGAGAGTTT-G-T-TTATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTACTGAATTTAGTTCTTCACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGTC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTACCGGTATTTATTAATTGAATTTG-----------ATATA-TG----------------------------T-A------T------TTTAA-ATT-CA--CNNNNN-N--N-N-N--NNN-NNN-NNNN-N---NNNN-NNN---N---N-----N-NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNN-NN-NNGA---CTGGGATA----------T-A----------------G-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG------AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------ACT-T---T-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-ATGC--TAAA-CTAAACTAtcaa
gi|20 : ttatttattctttttctcatatTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-T-GGTGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TATA--A-T-AT-T---A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----C-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--
gi|21 : G-G--A-C-A--CACATTG-GAAA-T---AAGC-AAC---AATAT-----TGTTGCT--TTA----A--TGG-ATTATCCAA-GG-TAGA---CTCTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-TAA-TGAA---GA-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATA
gi|22 : --TGA-CT-GT-G--TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-CACT-AT---AAT-ATTGTTG-TGT-A-----A----T--TG-TAAT---------TCTCT---A-CTGAT--TTTTG-T-AAC-A-AAAA-TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTA
gi|23 : tatTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-CATTA-----A-AGTACA-----T-CTTATGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AAGAGGGAGTTT--------------GTGAA-CCTCAATTTACATTGTATTATTGA
gi|24 : TTGACTTTG-----------ATATGTTG------TA------------TATA----TCA------TGTA---TTTAA-ATT--T--CAA----GTCC-C-C--CAT-TGG-AAAA-TAAAAAGC-AACAATA---T-----G-TTGCCCGCT-T-TAA--TGG-GTT
gi|26 : T-GTGATGTG-ACA---TCA--C-AC-TATG--AAC-AT-TT------GAGCT-AT-AA---A-T-A-----T-CTG-G-TA-------------A--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAAt
gi|27 : -ACAA--TAA--C-AT-TGTA--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----A-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATTGT-G-T-T-T-----T----T--TGTTAAT
gi|28 : AA-C---AA-C-AAT---A---T-----TGTTGCT--TTAT-T-----GG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGACA----------C-ACGTATAAGTGCTT-T-G-TGAA---GC-Tac
gi|29 : tc-TTGCT--TTA----A--TGG-GTTATCC-A-GGTTAGA---CTGTGATA----------T-ATGTGAAAGTAC-TGTAG-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-
gi|3 : gTTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAACCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-GTT-T-ATAGATATTTAA-CCTCAATTTACATTTTACTATTGATTCTAGTTCTTAACTGT--ACAAAAAA-CT---TAGT-TTATTCAGGCA-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACAAAACT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CATCT--GCC-ATC----TTT--GTAGATTTA-----ATTT-TTTATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------TGTA---TTTTA-ATT-CT--C--AAG-G--A-C-C--CAT-TGG----A-T---AAGT-AAC---A---T-----T-
gi|30 : gatacttgcatgaggcagagcagtttgttagaaacaataatgttacaagagggggttccaattttaatttcatttcattgttccaagggtgggggcttataatagttctaatttttactaccatgccattattgactggaaT-TT--C--TGT-CT-GT-AA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TAACCGTATCATGTAT--GA-AC-TA-T-GC---AAT-GTTGT-G-T-T-A-----T----T--TG-TGATatttatatacttt
gi|31 : gTTAA-AACACACTGCAT-CTTGCGCAT-GAATTCCGTCAGAAGGAG-AATAGGGAGTTT-G---T-ATAG
gi|32 : ttAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAAA-TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACT
gi|33 : TA--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTA-T-A-C-ATAAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|34 : ATA-TTATGATGA-C-ATAAA--TG-TT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGA--TAAA-CTAAAaa
gi|35 : tattatgtcaTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AA---TG-AT-GCCTTCTTGCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|37 : --TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGT--TAAA-CTAAACTA
gi|4 : TTCTTTTACCACCTGAAATTAAGGT-CAGTCGAACAAAATAAG-CAATTGTTAAAAATATTA-GTCAA-AGCACA-----TTCTTGTGCAA-GA-GCCC-TCAGAGGGAG-AATAGGGAATTT-G-TAT-ATACATTGT------T--ATTTACATTTTATTATTGATTTAAGTTCA-AACTGT--ATAATAATTCTAACTAGT-T-ATTCAGGCC-AATAATATC-AT---CAC---TTACATACATTATG-TTTACATT-CTGTC--CA--T--GTC-ATC---ATTT--GTA-ATTTA----T--TT-TTAATTGACTTTG-----------ACATG-TGTGTATATA------------TATG----T-A------T------TTTAA-ATT-CC-----AAG-A--A-C-T--CAT-TTG-GAAA-T---AAGCAAACA--A---T-----A-TTGTT--GT-T-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-T-GA---CTGTGATA------------ATGat
gi|5 : cacagggtgcggggctttataatagttcttatttttactccatgcaattattgctggaaTTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-TAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-CATTA-ATCAA-AGCACA-----T-CTTGTGCGA-GAAGTC--------------ATAGGGAGTTT-G-CAT-ACAGATATTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ATATTAAC-CT---TAGT-TTATT---------TAATATA-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTGA----T-----TTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATAT---T-AGTATT-T------TTTAA-ATT-CT--C--AAG-G--A-CTC--CAT-T---GAAA-a
gi|6 : aggtacttgcctgagcaatttgttagaaacgataatgttacgagaggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggattataatctaaattttactaccatgccattattgattggaaTTAGCT-T--ACTATTAA-GT---TAAT-TTATTTAGGCC-AATAGTATC-AT-T-CAA---TCACATAAAT-ATGTTTTACA-TGCTGTC--CA--T--TGC-ATTC--ATTT--GTA-ATTTATT--TATTTATTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATATATGT-A------T------TTTAA-ATT-CT--C--AAG-G--A-C-CCGCAT-TGGAAAAA-T---AAGC-AAC---A---T-----TATTGCT--TTAT-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGATA----------T-A----------------G-TGAA---GC-TGT-G---G-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--T-A--C-TT-TGTG--A---ATATT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-ACATA-T-AT---AAT-ATTGT-GTT-T-A-----A----T--TG-TAATGGGTTTT--TTT-T---A-GTGATA-TTGTG-T-A-T-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-CAGC--TAAA-CTAAACTgt
gi|7 : gtATAGTA-C-AT-TTCAA---TCA-ATTAAT-ATGGTTTACATTGCTGAC--CA--T--GCTTATCC--ATTT--GTA-ATTTA----T-----TTA-TTGACTTAA-----------ATGCG-TG------TA------------TATA----T-A------TGAATT-TTTAT-ATT-TTTTCAA----G--A-C-C--CAT-GTG-GAAA-T---AAGC-AAC---A---A-----T-ATA-T--TGATCTAA--TGG-GTTATCCTACGG-T-GA---CTGTGATA----------T-ATGTGAA---GC-T-T-G-T-----------T-G---G-TA----A-A-TCTTT-GT-A-GTG-AT----TAATTC-TT-TGTG--A-T-AT-TTTAA--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-AGTCATT-TTG-G-TT-------------T--GATAC-TA-T-AT---GAT-ATT-T-GTT-T-A-----A----TTCTG-TAATGGGTTTTTTTTT-T---ATGGAATG-TGTTA-T-A---A-ATA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TGAAA-T-A-AAGCTTTAAA-CT
gi|8 : aataatataaac-ATTC--ATTT----A-GTTTA----TCTATATTA-----CTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------TATTTATTTTAA-ATT-CT--CNNNNN-N--N-N-N--NNN-NNN-NNNN-N---NNNN-NNN---N---N-----N-NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNNA-A-AG-TAGA---CTGTGATA----------T----TAAG-GTG---------AAA---GCGTGT-G---A-TA-----T--TC-TT-GT-ATGTG-ATGA--TAA--C-AT-TGTAGAA-T-AC-TT--A--TGA-CT-GTTGA-TAAAC-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-G-T-A-----A----T--TG-TAACG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-TAA-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--CAAA-CTAAACTA
gi|9 : tatatatatattgttgcactgtatactggtattatgtatttattATC-ATAT-CAC---T-ATATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGCT--CA--T--GTC-ATCC--ATTTCGGTA-ATTT-----T-TCCATAATTTGACTTTGTATCATGTGTTATATA-TA------TA------------TATG----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--C-AAAG-G--A-C-C--CAT-TGG-GAA------AAGC-AAC---A---A-----A-T--CT--TTA---AA--T---GTAACCCTA-G----GA---CTGTTATATCATACATGTT-ATGTAACAGTGC-T-TAG-TGAA----C-TGT-G---A-TA----ATA-------------TG-ATA----CA--C-A--TGTG------AT-TC--ACTTGA-CT-GTCGATTAA-C-A-----TACTG-GTTA-------------T--GA-AC-TAGT-AT---AATAATTGT-G-T-TAA-----A----T--TG-TAATG----------------------------TG-T-A-C-A-AAA--TG--------TTT-GCC-TG-AA-T-A-AAa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): GGTTTTTTGAAGATGTTAACATTATACTTATCACCTACATGGAGCCCGGATATTAACTAGGGTGCAAGGTTGTCATTTAACAGAAATTTTT
Unaligned ( gi|36 ): CATTATTATATCATTAGCATAGTATAATATTAAAAACCTGTAAAAAG
Alignments
lowQualScore : 1 111 1 11111 3333333 111 1 3333333333 11111111111 111111111111 3333333333333 222222 222222222222222 11111111 1111111111 11111 1111 1111111111111 11111111 111
lowQualScore : 0 111 6 6 6 3 77 5 77777 5 5 5 0000000 0 5 77 66 000 5 5 4 555 777 4 3 55 55 55 3 44 44 3 3333333333 5 44444444444 3 888888 555555555555 9999 3 8888888888888 6 3 44 111111 33 2 2 33 2 3 2 2 555 2 333333333333333 33 77777777 2 3 2 2 4 555 1111111111 2 0 33 99999 5 444 2 2 444 2 5555 2 2 2 2 2 33 33 2 2 3333 2 2 33 22 2 2 4 2 2 2 55555 2 4 2 1111111111111 55 2 2 4 2 333 2 2 4 2 2 9999999999 33 4 66666666 2 444 2 4 2 2 2 555 77 2 2 22 2 2 2 2 2 2 55 2
lowQualScore : . ... . . . . .. . ..... . . . ....... . . .. .. ... . . . ... ... . . .. .. .. . .. .. . .......... . ........... . ...... ............ .... . ............. . . .. ...... .. . . .. . . . . ... . ............... .. ........ . . . . . ... .......... . . .. ..... . ... . . ... . .... . . . . . .. .. . . .... . . .. .. . . . . . . ..... . . . ............. .. . . . . ... . . . . . .......... .. . ........ . ... . . . . . ... .. . . .. . . . . . . .. .
lowQualScore : 0 000 7 7 7 3 77 7 55555 0 0 0 4444444 7 7 99 33 000 7 7 4 333 888 4 3 55 55 55 6 66 66 3 8888888888 4 66666666666 1 888888 888888888888 6666 1 6666666666666 2 1 22 777777 99 9 9 99 9 8 9 7 000 9 444444444444444 77 00000000 7 9 9 9 6 000 7777777777 7 1 99 66666 3 111 4 5 444 5 3333 5 7 4 4 1 22 22 4 4 5555 4 2 11 99 1 1 2 1 1 1 33333 1 2 1 6666666666666 00 1 1 4 2 999 2 2 4 2 2 2222222222 11 7 22222222 5 444 5 4 2 2 2 444 55 2 2 99 1 1 1 1 1 1 33 4
consensus : TTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-G-T-T-ATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTA----TATTTATTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--CAAAAG-G--A-C-C--CAT-TNG-GAAA-T---AAGC-AAC---A---T-----T-TTGCT--TTAT-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-T-G-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACTA
Reference ( family-672 ) : TTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-G-T-T-ATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTA----TATTTATTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--CAAAAG-G--A-C-C--CAT-TNG-GAAA-T---AAGC-AAC---A---T-----T-TTGCT--TTAT-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-T-G-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACTA
gi|1 : TTATTT-ACTCCTTAGAATTAAG-TACAGTC-AACAATA-AAGGTAAATATTAAAAATATTAAGTTAACAGCACAA----T-CTTGTGCAAAGAAGCCCGTCAGAGGGAGTAATAGAGAGTTTTG-T-TTATAGATAGTGAACCCTCAATTTACA-TTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGTAAACAACAAT-CC---TAGTATTATTCAGACCAAATAATATCTAT-T--ACTTTTTACAT--AT-ATGTTTTACATTGCTGTCAGCA--TTAGCC-ACCCTAGTTT--GTA-AT-------TACTTTTTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-AATGTATT------TTTAATATTCCT--C--AAG-G--ACC-C--CAT-TTG-GAAATT---AAGC-AACA--A---TATTGGT-TTGCT--TTA--TAT--TGG-GTTATCCAA-GG-TAGA---ACGTGATA----------TAATGTAAAA-TGC-T-TAG-TGAAACTGC-TGT-G---A-TATTCGATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--ATT-AT-TT--A--TGA-AC-GT-GA-TAA-CAA-----T-CTGAA-TA-------------TA-GA-AC-T
gi|10 : gttctacattacttactactattgcatattgactggaa--ATTT--GTA-ATTTA----T-----TTA-TTGACTTTG-----------ATATG-TG------TAAATATATATAATTATG----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--CNNNNN-N--N-N-N--NNN-NNN-NNNN-N---NNNN-NNN---N---N-----N-NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNN-NN-N-GA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-TAG-TGAA---GC-TAT-G---G-TA----ATA-TA-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-CGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GC-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AC---AAT-ATTGT-G-C-A-A-----A----T--TG-TAATA--------TTT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-CAA-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAAGCTAAACTA
gi|11 : A-ATT-CT--CAA--T-G--A-C-C--CAA-TTG-GAAA-T---AAGC-AAC---A---T-----TATTGCT--TTAT---A--TGGCATTATCCTA-GG-TAGA---CTGTG-CA----------T-ATTTA------------G-TGAA---GC-TGTGG---G-TA----AT--TC-TTGGT-ATGTGCATAA--TAA--CTTT-TGTG--ATT-AA-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTACG-TA-------------T--GA-A---A-T-AC---TAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TTT-TTTAA-GTGATA-TTGAG-T-A-TAA-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AATT-ACAAGC--TAAA-CTA
gi|12 : CA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATGTGGAGTTT-A-T---ATAGATAGTGAA-CCTCAATTTGCATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACACAAAT-ACG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATT------TATTTATTAATTGACTTTA-----------GTATG-TG------TA------------TATA----T-A------T------
gi|13 : ---A---T-----TGTTACT--TT-T-TAAAATAG-GTTATCCTA-GG-TAGAATATTGTGATA----------C-ATGTAAAAGTGC-C-T-GGCGAA---GC-TGT-G---A-TA----ACA-TC-TT-GT-ATATG-ATAA--TAA--A-AT-TGTG--A-T-TT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GC---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----T----T--TG-CAATA--------TAT-T---A-GTGATC-TTTAA-T-A-C-ATAAA--TG-CT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAg
gi|14 : GCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTA----C--TTATTGATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A----------------AATATT-CT--AAAAAATC--N-N-N--NNN-NNN-NNNN-N---NNNN-NNN---N---N-----N-NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNN-NN-NNGA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-C-TGG-TGAA---AC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-AT
gi|15 : A---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTT-ATAA--GA--------TGTGGAG-T-AT-TT--A--TGG-CT-GT--A-TAA-A-A-----T-TCT-G-TA-------------TTGAA-AT-TA-A-ATGCCAAT--TTGT-G-T-T-ATTTGTAATATT--TG-TAATA--------TCT-T---A-ATGATACTTTTG-T-A-C-ATAAACGTG-CT-G--TTCT-GCT-TG-AT-TAA-AAGCG-TAAA-CTAAA
gi|16 : gtaac-G-TGAA---AT-TGT-G---AATA----ATA-TC-TT-GT---GTG-ATAA--TAA--C-ATGTGTC--A-T-AT-TT--A--TGC-CT-G---A-TAA-C-A-----T-CTG-G-AA-------------T--GA-AC-TA-TTAT---ACC--TTGT-A-T-T-A-----AA---T--TGGTAATA--------TCT-T---G-GTGATC-TTTTG-T-A-T-ATAAA--TGGAT-G--TTCT-GCCCTG-GA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACT
gi|17 : gcctataA---GC-CGT-GTGGA-TA----ATAATC-CT-TT-ATGTG-ATAGACTAA--C-AT-CGTG--AAT-AT-T---A--TGA-CTTGT-GA-TAC-T-A-----T-CTG-G-TA-----------------A-GC-GA-T-AT---A---------------------------------------------TTT-T---A-G-GATAGTTTTG-T-A-TTA-AAA--TG-GTTG--TTCT-GTC-TG-AA-G-T-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|18 : T-GT-ATGTG-ATGA--TAA--C-AT-TGTG--A-TTAT-TT--A--TTA-CT-GT-AA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGA-G-T-T-A-----A----C--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-CAA-AAA--TG-AT-G--TCCT-GCC-TG-TA-T-A-AAGC--TAAA-g
gi|19 : aTGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---G-ATGATA-TTTTG-T-A-C-ATAAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AT-T-A-AAGC--TAA
gi|2 : TC-ATCAATA-AA--TATAGTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----G-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGAGAGTTT-G-T-TTATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTACTGAATTTAGTTCTTCACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGTC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTACCGGTATTTATTAATTGAATTTG-----------ATATA-TG----------------------------T-A------T------TTTAA-ATT-CA--CNNNNN-N--N-N-N--NNN-NNN-NNNN-N---NNNN-NNN---N---N-----N-NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNN-NN-NNGA---CTGGGATA----------T-A----------------G-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG------AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------ACT-T---T-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-ATGC--TAAA-CTAAACTAtcaa
gi|20 : ttatttattctttttctcatatTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-T-GGTGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TATA--A-T-AT-T---A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----C-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--
gi|21 : G-G--A-C-A--CACATTG-GAAA-T---AAGC-AAC---AATAT-----TGTTGCT--TTA----A--TGG-ATTATCCAA-GG-TAGA---CTCTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-TAA-TGAA---GA-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATA
gi|22 : --TGA-CT-GT-G--TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-CACT-AT---AAT-ATTGTTG-TGT-A-----A----T--TG-TAAT---------TCTCT---A-CTGAT--TTTTG-T-AAC-A-AAAA-TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTA
gi|23 : tatTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-CATTA-----A-AGTACA-----T-CTTATGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AAGAGGGAGTTT--------------GTGAA-CCTCAATTTACATTGTATTATTGA
gi|24 : TTGACTTTG-----------ATATGTTG------TA------------TATA----TCA------TGTA---TTTAA-ATT--T--CAA----GTCC-C-C--CAT-TGG-AAAA-TAAAAAGC-AACAATA---T-----G-TTGCCCGCT-T-TAA--TGG-GTT
gi|26 : T-GTGATGTG-ACA---TCA--C-AC-TATG--AAC-AT-TT------GAGCT-AT-AA---A-T-A-----T-CTG-G-TA-------------A--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAAt
gi|27 : -ACAA--TAA--C-AT-TGTA--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----A-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATTGT-G-T-T-T-----T----T--TGTTAAT
gi|28 : AA-C---AA-C-AAT---A---T-----TGTTGCT--TTAT-T-----GG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGACA----------C-ACGTATAAGTGCTT-T-G-TGAA---GC-Tac
gi|29 : tc-TTGCT--TTA----A--TGG-GTTATCC-A-GGTTAGA---CTGTGATA----------T-ATGTGAAAGTAC-TGTAG-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-
gi|3 : gTTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAACCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-GTT-T-ATAGATATTTAA-CCTCAATTTACATTTTACTATTGATTCTAGTTCTTAACTGT--ACAAAAAA-CT---TAGT-TTATTCAGGCA-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACAAAACT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CATCT--GCC-ATC----TTT--GTAGATTTA-----ATTT-TTTATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------TGTA---TTTTA-ATT-CT--C--AAG-G--A-C-C--CAT-TGG----A-T---AAGT-AAC---A---T-----T-
gi|30 : gatacttgcatgaggcagagcagtttgttagaaacaataatgttacaagagggggttccaattttaatttcatttcattgttccaagggtgggggcttataatagttctaatttttactaccatgccattattgactggaaT-TT--C--TGT-CT-GT-AA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TAACCGTATCATGTAT--GA-AC-TA-T-GC---AAT-GTTGT-G-T-T-A-----T----T--TG-TGATatttatatacttt
gi|31 : gTTAA-AACACACTGCAT-CTTGCGCAT-GAATTCCGTCAGAAGGAG-AATAGGGAGTTT-G---T-ATAG
gi|32 : ttAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAAA-TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACT
gi|33 : TA--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTA-T-A-C-ATAAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|34 : ATA-TTATGATGA-C-ATAAA--TG-TT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGA--TAAA-CTAAAaa
gi|35 : tattatgtcaTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AA---TG-AT-GCCTTCTTGCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|37 : --TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGT--TAAA-CTAAACTA
gi|4 : TTCTTTTACCACCTGAAATTAAGGT-CAGTCGAACAAAATAAG-CAATTGTTAAAAATATTA-GTCAA-AGCACA-----TTCTTGTGCAA-GA-GCCC-TCAGAGGGAG-AATAGGGAATTT-G-TAT-ATACATTGT------T--ATTTACATTTTATTATTGATTTAAGTTCA-AACTGT--ATAATAATTCTAACTAGT-T-ATTCAGGCC-AATAATATC-AT---CAC---TTACATACATTATG-TTTACATT-CTGTC--CA--T--GTC-ATC---ATTT--GTA-ATTTA----T--TT-TTAATTGACTTTG-----------ACATG-TGTGTATATA------------TATG----T-A------T------TTTAA-ATT-CC-----AAG-A--A-C-T--CAT-TTG-GAAA-T---AAGCAAACA--A---T-----A-TTGTT--GT-T-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-T-GA---CTGTGATA------------ATGat
gi|5 : cacagggtgcggggctttataatagttcttatttttactccatgcaattattgctggaaTTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-TAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-CATTA-ATCAA-AGCACA-----T-CTTGTGCGA-GAAGTC--------------ATAGGGAGTTT-G-CAT-ACAGATATTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ATATTAAC-CT---TAGT-TTATT---------TAATATA-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTGA----T-----TTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATAT---T-AGTATT-T------TTTAA-ATT-CT--C--AAG-G--A-CTC--CAT-T---GAAA-a
gi|6 : aggtacttgcctgagcaatttgttagaaacgataatgttacgagaggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggattataatctaaattttactaccatgccattattgattggaaTTAGCT-T--ACTATTAA-GT---TAAT-TTATTTAGGCC-AATAGTATC-AT-T-CAA---TCACATAAAT-ATGTTTTACA-TGCTGTC--CA--T--TGC-ATTC--ATTT--GTA-ATTTATT--TATTTATTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATATATGT-A------T------TTTAA-ATT-CT--C--AAG-G--A-C-CCGCAT-TGGAAAAA-T---AAGC-AAC---A---T-----TATTGCT--TTAT-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGATA----------T-A----------------G-TGAA---GC-TGT-G---G-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--T-A--C-TT-TGTG--A---ATATT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-ACATA-T-AT---AAT-ATTGT-GTT-T-A-----A----T--TG-TAATGGGTTTT--TTT-T---A-GTGATA-TTGTG-T-A-T-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-CAGC--TAAA-CTAAACTgt
gi|7 : gtATAGTA-C-AT-TTCAA---TCA-ATTAAT-ATGGTTTACATTGCTGAC--CA--T--GCTTATCC--ATTT--GTA-ATTTA----T-----TTA-TTGACTTAA-----------ATGCG-TG------TA------------TATA----T-A------TGAATT-TTTAT-ATT-TTTTCAA----G--A-C-C--CAT-GTG-GAAA-T---AAGC-AAC---A---A-----T-ATA-T--TGATCTAA--TGG-GTTATCCTACGG-T-GA---CTGTGATA----------T-ATGTGAA---GC-T-T-G-T-----------T-G---G-TA----A-A-TCTTT-GT-A-GTG-AT----TAATTC-TT-TGTG--A-T-AT-TTTAA--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-AGTCATT-TTG-G-TT-------------T--GATAC-TA-T-AT---GAT-ATT-T-GTT-T-A-----A----TTCTG-TAATGGGTTTTTTTTT-T---ATGGAATG-TGTTA-T-A---A-ATA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TGAAA-T-A-AAGCTTTAAA-CT
gi|8 : aataatataaac-ATTC--ATTT----A-GTTTA----TCTATATTA-----CTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------TATTTATTTTAA-ATT-CT--CNNNNN-N--N-N-N--NNN-NNN-NNNN-N---NNNN-NNN---N---N-----N-NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNNA-A-AG-TAGA---CTGTGATA----------T----TAAG-GTG---------AAA---GCGTGT-G---A-TA-----T--TC-TT-GT-ATGTG-ATGA--TAA--C-AT-TGTAGAA-T-AC-TT--A--TGA-CT-GTTGA-TAAAC-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-G-T-A-----A----T--TG-TAACG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-TAA-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--CAAA-CTAAACTA
gi|9 : tatatatatattgttgcactgtatactggtattatgtatttattATC-ATAT-CAC---T-ATATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGCT--CA--T--GTC-ATCC--ATTTCGGTA-ATTT-----T-TCCATAATTTGACTTTGTATCATGTGTTATATA-TA------TA------------TATG----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--C-AAAG-G--A-C-C--CAT-TGG-GAA------AAGC-AAC---A---A-----A-T--CT--TTA---AA--T---GTAACCCTA-G----GA---CTGTTATATCATACATGTT-ATGTAACAGTGC-T-TAG-TGAA----C-TGT-G---A-TA----ATA-------------TG-ATA----CA--C-A--TGTG------AT-TC--ACTTGA-CT-GTCGATTAA-C-A-----TACTG-GTTA-------------T--GA-AC-TAGT-AT---AATAATTGT-G-T-TAA-----A----T--TG-TAATG----------------------------TG-T-A-C-A-AAA--TG--------TTT-GCC-TG-AA-T-A-AAa
blockSeqs : T GT G T . A G . CTGCA T . . GTTT . . TT AAC . . . TT . T T . TC . T . CG G CCGGTATTTA A TATCATGTGTT T TGTATA AATATATATAAT TATG C TATTTAT T . TT AAAAAT TC . T CG A N A . AAA A AATATTG CG TTAAAA C N C T A ATA TCATACATGT . AG TGTA G . G G TGG A . A T G G C AC TT T G GAG T A TA CT G T T T A . GTCAT A C T ACCGTATCATGTA TG T A C T GCC A T T G A TTTGTAATAT TC G GGTTTTTT C TTA T C A G A AA CG G T CC T C A T A C TT .
blockSeqs : . T . . . . G . . . . . GTTT . . T . . . . AT . . G . . . . . . . TTTATTTA A . . . . T . GTATTT . . . NNNNN . . . . . T . . . . AATATG . ATCTAA . T . . A . . . AG TTA G . . . . . . . . . . . . . . . GAA . . . . . . C . . . . . . . . . . . G . . . . T . . AA . T GGTTTT . . . G . . . AT A . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . T . . . . G . . . . . GTAT . . T . . . . T . . . . . . . . . . TATTTA A . . . . . . TGAATT . . . NNNNN . . . . . N . . . . ATTA . NNNNN . T . . N . . . AG CTG . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . AT A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . GCAT . . A . . . . T . . . . . . . . . . TCTATA A . . . . . . TGTA . . . NNNNN . . . . . N . . . . ATTG . NNNNN . N . . N . . . AG TTA . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AT . . C . . . . T . . . . . . . . . . TTCCA A . . . . . . TGTA . . . AAAG . . . . . T . . . . ATTG . NNNNN . N . . A . . . AG TTT . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GT . . A . . . . T . . . . . . . . . . CTTA A . . . . . . T . . . AAT . . . . . G . . . . AATA . ATTAA . A . . A . . . AG TTA . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . ATTT A . . . . . . T . . . AAG . . . . . G . . . . ATTA . NNNNN . T . . A . . . AG CT . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TTT T . . . . . . T . . . AAG . . . . . T . . . . NNN . TTAA . T . . A . . . AG TT . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . T . . . AAG . . . . . G . . . . NNN . TTAA . T . . A . . . G TT . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . T . . . AAG . . . . . T . . . . NNN . ATA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . T . . . AA . . . . . N . . . . ATT . ATT . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AA . . . . . G . . . . AAT . AAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . NNN . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AAA . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : G* ***** GTNT*** ** *** ** ** ** TTTTA***** T************ ANTG*********** ATTAA*** AG *** **** A*** **
originalCons : TTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-G-T-T-ATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTA----TATTTATTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--CAAAAG-G--A-C-C--CAT-TNG-GAAA-T---AAGC-AAC---A---T-----T-TTGCT--TTAT-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-T-G-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACTA
finalCons : TTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTAG-TTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTTGTNT---ATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAAT-CT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAAT-ATG-TTTACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTATTTTA-----TTAATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-AT------------TTTAA-ATT-CT--CAAAAG-G--A-C-C--CAT-TNG-GAAA-T---AAGC-AACANTG-----------TTGCT--TTATTAA---TGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-T-G-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTGA---T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): GGTTTTTTGAAGATGTTAACATTATACTTATCACCTACATGGAGCCCGGATATTAACTAGGGTGCAAGGTTGTCATTTAACAGAAATTTTT
Unaligned ( gi|36 ): CATTATTATATCATTAGCATAGTATAATATTAAAAACCTGTAAAAAG
Alignments
lowQualScore : 1 111 1 11111 111 111111 2222222222 11111111111 111111111111 3333333333333 222 11111111 1111111111 11111 1111 1111111111111 11111111 111
lowQualScore : 0 111 6 6 6 3 77 5 77777 5 5 5 9999 0 5 77 66 000 5 5 4 4 4 777 4 4 8 111111 4 55 55 55 3 44 44 3 4444444444 3 3 44444444444 3 888888 555555555555 9999 3 8888888888888 6 3 44 444 33 2 2 33 2 3 2 2 555 2 8888888888 33 22222222 2 2 2 333 555 1111111111 2 0 33 99999 5 444 2 2 444 2 5555 2 2 2 2 2 33 33 2 2 3333 2 2 33 22 2 2 4 2 2 2 55555 2 4 2 1111111111111 55 2 2 4 2 333 2 2 4 2 2 9999999999 33 4 66666666 2 444 2 4 2 2 2 555 77 2 2 22 2 2 2 2 2 2 55 2
lowQualScore : . ... . . . . .. . ..... . . . .... . . .. .. ... . . . . . ... . . . ...... . .. .. .. . .. .. . .......... . . ........... . ...... ............ .... . ............. . . .. ... .. . . .. . . . . ... . .......... .. ........ . . . ... ... .......... . . .. ..... . ... . . ... . .... . . . . . .. .. . . .... . . .. .. . . . . . . ..... . . . ............. .. . . . . ... . . . . . .......... .. . ........ . ... . . . . . ... .. . . .. . . . . . . .. .
lowQualScore : 0 000 7 7 7 3 77 7 55555 0 0 0 1111 7 7 99 33 000 7 7 4 4 4 888 0 0 0 555555 0 00 00 00 6 66 66 3 2222222222 3 3 66666666666 1 888888 888888888888 6666 1 6666666666666 2 1 22 222 99 9 9 99 9 8 9 7 000 9 6666666666 77 33333333 7 1 9 444 000 7777777777 7 1 99 66666 3 111 4 5 444 5 3333 5 7 4 4 1 22 22 4 4 5555 4 2 11 99 1 1 2 1 1 1 33333 1 2 1 6666666666666 00 1 1 4 2 999 2 2 4 2 2 2222222222 11 7 22222222 5 444 5 4 2 2 2 444 55 2 2 99 1 1 1 1 1 1 33 4
consensus : TTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-GTNTATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAA-TCT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAA-TAT-G-TT------T-ACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTAT-----TTTAT-TA-ATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--CAAAAGG--A-C-C--CAT-TNG-GAAA-T---AAGC-AACA--NTA-----TTGCT--TTAT-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-T-G-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACTA
Reference ( family-672 ) : TTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-GTNTATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAA-TCT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAA-TAT-G-TT------T-ACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTAT-----TTTAT-TA-ATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--CAAAAGG--A-C-C--CAT-TNG-GAAA-T---AAGC-AACA--NTG-----TTGCT--TTAT-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-T-G-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACTA
gi|1 : TTATTT-ACTCCTTAGAATTAAG-TACAGTC-AACAATA-AAGGTAAATATTAAAAATATTAAGTTAACAGCACAA----T-CTTGTGCAAAGAAGCCCGTCAGAGGGAGTAATAGAGAGTTTTGTTTATAGATAGTGAACCCTCAATTTACA-TTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGTAAACAACAA-TCC---TAGTATTATTCAGACCAAATAATATCTAT-T--ACTTTTTACAT--A-TAT-GTTT------T-ACATTGCTGTCAGCA--TTAGCC-ACCCTAGTTT--GTA-A-TTAC-----TTT-T-TA-ATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-AATGTATT------TTTAATATTCCT--C--AAGG--ACC-C--CAT-TTG-GAAATT---AAGC-AACA--ATATTGGTTTGCT--TTA--TAT--TGG-GTTATCCAA-GG-TAGA---ACGTGATA----------TAATGTAAAA-TGC-T-TAG-TGAAACTGC-TGT-G---A-TATTCGATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--ATT-AT-TT--A--TGA-AC-GT-GA-TAA-CAA-----T-CTGAA-TA-------------TA-GA-AC-T
gi|10 : gttctacattacttactactattgcatattgactggaa--ATTT--GTA-ATTTAT-----TT-------ATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TAAATATATATAATTATG----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--CNNNNNN--N-N-N--NNN-NNN-NNNN-N---NNNN-NNNN--NNN-----NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNN-NN---GA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-TAG-TGAA---GC-TAT-G---G-TA----ATA-TA-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-CGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GC-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AC---AAT-ATTGT-G-C-A-A-----A----T--TG-TAATA--------TTT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-CAA-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAAGCTAAACTA
gi|11 : A-ATT-CT--CAA--TG--A-C-C--CAA-TTG-GAAA-T---AAGC-AACA--TTA-----TTGCT--TTAT---A--TGGCATTATCCTA-GG-TAGA---CTGTG-CA----------T-ATTTA------------G-TGAA---GC-TGTGG---G-TA----AT--TC-TTGGT-ATGTGCATAA--TAA--CTTT-TGTG--ATT-AA-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTACG-TA-------------T--GA-A---A-T-AC---TAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TTT-TTTAA-GTGATA-TTGAG-T-A-TAA-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AATT-ACAAGC--TAAA-CTA
gi|12 : CA-----T-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATGTGGAGTTT---ATATAGATAGTGAA-CCTCAATTTGCATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ACAATAA-TCT---TAGT-TTATTCAGGCC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACACAAA-TAC-G-TT------T-ACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTA------TTTAT-TA-ATTGACTTTA-----------GTATG-TG------TA------------TATA----T-A------T------
gi|13 : A--TTG-----TTACT--TT-T-TAAAATAG-GTTATCCTA-GG-TAGAATATTGTGATA----------C-ATGTAAAAGTGC-C-T-GGCGAA---GC-TGT-G---A-TA----ACA-TC-TT-GT-ATATG-ATAA--TAA--A-AT-TGTG--A-T-TT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GC---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----T----T--TG-CAATA--------TAT-T---A-GTGATC-TTTAA-T-A-C-ATAAA--TG-CT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAg
gi|14 : GCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTA------CTTAT-TG-ATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A----------------AATATT-CT--AAAAAAT--C-N-N--NNN-NNN-NNNN-N---NNNN-NNNN--NNN-----NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNN-NN-NNGA---CTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-C-TGG-TGAA---AC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-AT
gi|15 : A---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTT-ATAA--GA--------TGTGGAG-T-AT-TT--A--TGG-CT-GT--A-TAA-A-A-----T-TCT-G-TA-------------TTGAA-AT-TA-A-ATGCCAAT--TTGT-G-T-T-ATTTGTAATATT--TG-TAATA--------TCT-T---A-ATGATACTTTTG-T-A-C-ATAAACGTG-CT-G--TTCT-GCT-TG-AT-TAA-AAGCG-TAAA-CTAAA
gi|16 : gtaac-G-TGAA---AT-TGT-G---AATA----ATA-TC-TT-GT---GTG-ATAA--TAA--C-ATGTGTC--A-T-AT-TT--A--TGC-CT-G---A-TAA-C-A-----T-CTG-G-AA-------------T--GA-AC-TA-TTAT---ACC--TTGT-A-T-T-A-----AA---T--TGGTAATA--------TCT-T---G-GTGATC-TTTTG-T-A-T-ATAAA--TGGAT-G--TTCT-GCCCTG-GA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACT
gi|17 : gcctataA---GC-CGT-GTGGA-TA----ATAATC-CT-TT-ATGTG-ATAGACTAA--C-AT-CGTG--AAT-AT-T---A--TGA-CTTGT-GA-TAC-T-A-----T-CTG-G-TA-----------------A-GC-GA-T-AT---A---------------------------------------------TTT-T---A-G-GATAGTTTTG-T-A-TTA-AAA--TG-GTTG--TTCT-GTC-TG-AA-G-T-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|18 : T-GT-ATGTG-ATGA--TAA--C-AT-TGTG--A-TTAT-TT--A--TTA-CT-GT-AA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGA-G-T-T-A-----A----C--TG-TAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-CAA-AAA--TG-AT-G--TCCT-GCC-TG-TA-T-A-AAGC--TAAA-g
gi|19 : aTGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------TCT-T---G-ATGATA-TTTTG-T-A-C-ATAAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AT-T-A-AAGC--TAA
gi|2 : TC-ATCAATA-AA--TATAGTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----G-CTTGTGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AATAGAGAGTTT-GTTTATAGATAGTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTACTGAATTTAGTTCTTCACTGT--ACAATAA-TCT---TAGT-TTATTCAGGTC-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACATAAA-TAT-G-TT------T-ACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTTACCGGTATTTAT-TA-ATTGAATTTG-----------ATATA-TG----------------------------T-A------T------TTTAA-ATT-CA--C-NNNNN--N-N-N--NNN-NNN-NNNN-N---NNNN-NNNN--NNN-----NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNNNNN-NN-NNGA---CTGGGATA----------T-A----------------G-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TGTG------AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAATG--------ACT-T---T-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-ATGC--TAAA-CTAAACTAtcaa
gi|20 : ttatttattctttttctcatatTGTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-T-GGTGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--TAA--C-AT-TATA--A-T-AT-T---A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----C-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--
gi|21 : GG--A-C-A--CACATTG-GAAA-T---AAGC-AACA--ATA-----TTGTT--GCTT-TAA--TGG-ATTATCCAA-GG-TAGA---CTCTGATA----------T-ATGTAAAAGTGC-T-TAA-TGAA---GA-TGT-G---A-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATA
gi|22 : --TGA-CT-GT-G--TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-CACT-AT---AAT-ATTGTTG-TGT-A-----A----T--TG-TAAT---------TCTCT---A-CTGAT--TTTTG-T-AAC-A-AAAA-TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTA
gi|23 : tatTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-CATTA-----A-AGTACA-----T-CTTATGCAA-GAAGCCCGTCAGAGGGAG-AAGAGGGAGTTT------------GTGAA-CCTCAATTTACATTGTATTATTGA
gi|24 : TTGACTTTG-----------ATATGTTG------TA------------TATA----TCA------TGTA---TTTAA-ATT--T--CAA---GTCC-C-C--CAT-TGG-AAAA-TAAAAAGC-AACAATATG-----TTGCCCGCT-T-TAA--TGG-GTT
gi|26 : T-GTGATGTG-ACA---TCA--C-AC-TATG--AAC-AT-TT------GAGCT-AT-AA---A-T-A-----T-CTG-G-TA-------------A--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATTGT-G-T-T-A-----A----T--TG-TAAt
gi|27 : -ACAA--TAA--C-AT-TGTA--A-T-AT-TT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----A-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-GT---AAT-ATTGT-G-T-T-T-----T----T--TGTTAAT
gi|28 : AA-C---AA-C-AATA--TTG-----TTGCT--TTAT-T-----GG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGACA----------C-ACGTATAAGTGCTT-T-G-TGAA---GC-Tac
gi|29 : tcG-----TTGCT--TTA----A--TGG-GTTATCC-A-GGTTAGA---CTGTGATA----------T-ATGTGAAAGTAC-TGTAG-TGAA---GC-TGT-G---A-TA----ATA-
gi|3 : TTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-CAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-TATTA-GTTAA-AGCACA-----T-CTTGTGCAA-GAAACCCGTCAGAGGGAG-AATAGGGAGTTT-GTTTATAGATATTTAA-CCTCAATTTACATTTTACTATTGATTCTAGTTCTTAACTGT--ACAAAAA-ACT---TAGT-TTATTCAGGCA-AATAATATC-AT-T-CAC---TTACAAAAC-TAT-G-TT------T-ACATTGCTGTC--CATCT--GCC-ATC----TTT--GTAGATTTAA-----TTT-T-TT-ATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------TGTA---TTTTA-ATT-CT--C--AAGG--A-C-C--CAT-TGG----A-T---AAGT-AACA--TTA-----TT
gi|30 : gatacttgcatgaggcagagcagtttgttagaaacaataatgttacaagagggggttccaattttaatttcatttcattgttccaagggtgggggcttataatagttctaatttttactaccatgccattattgactggaaT-TT--C--TGT-CT-GT-AA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TAACCGTATCATGTAT--GA-AC-TA-T-GC---AAT-GTTGT-G-T-T-A-----T----T--TG-TGATtatatacttt
gi|31 : gTTAA-AACACACTGCAT-CTTGCGCAT-GAATTCCGTCAGAAGGAG-AATAGGGAGTTT-GTATA
gi|32 : ttAATG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AAAA-TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAACTg
gi|33 : TA--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTA-T-A-C-ATAAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|34 : ATA-TTATGATGA-C-ATAAA--TG-TT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGA--TAAA-CTAAAaa
gi|35 : tattatgtcaTGATA-TTTTG-T-A-C-A-AA---TG-AT-GCCTTCTTGCC-TG-AA-T-A-AAGC--TAAA-CTAAAC
gi|37 : --TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGT--TAAA-CTAAACTA
gi|4 : TTCTTTTACCACCTGAAATTAAGGT-CAGTCGAACAAAATAAG-CAATTGTTAAAAATATTA-GTCAA-AGCACA-----TTCTTGTGCAA-GA-GCCC-TCAGAGGGAG-AATAGGGAATTT-GTATATACATTGT------T--ATTTACATTTTATTATTGATTTAAGTTC-AAACTGT--ATAATAATTCTAACTAG--TTATTCAGGCC-AATAATATC-A--T-CAC---TTACATACATTAT-G-TT------T-ACATT-CTGTC--CA--T--GTC-AT-C--ATTT--GTA-ATTTAT-----TT--T-TA-ATTGACTTTG-----------ACATG-TGTGTATATA------------TATG----T-A------T------TTTAA-ATT-CC-----AAGA--A-C-T--CAT-TTG-GAAA-T---AAGCAAACA--ATA-----TTGTT--GT-T-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-T-GA---CTGTGATA------------ATGat
gi|5 : cacagggtgcggggctttataatagttcttatttttactccatgcaattattgctggaaTTCTTT-ACCACCTGAAATTAAG-T-TAGTC-AACAATA-AAG-CAAATTTTAAAA-CATTA-ATCAA-AGCACA-----T-CTTGTGCGA-GAAGTC--------------ATAGGGAGTTT-GCATACAGATATTGAA-CCTCAATTTACATTTTATTATTGATTTTAGTTCTTAACTGT--ATATTAA-CCT---TAGT-TTATT---------TAATATA-AT-T-CAC---TTACATAAA-TAT-G-TT------T-ACATTGCTGTC--CA--T--GCC-ATCC--ATTT--GTA-ATTGAT---------T-TA-ATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATAT---T-AGTATT-T------TTTAA-ATT-CT--C--AAGG--A-CTC--CAT-T---GAAA-a
gi|6 : aggtacttgcctgagcaatttgttagaaacgataatgttacgagaggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggattataatctaaattttactaccatgccattattgattggaaTTAGCT-T--ACTATTA-AGT---TAAT-TTATTTAGGCC-AATAGTATC-AT-T-CAA---TCACATAAA-TAT-G-TT------TTACAT-GCTGTC--CA--T--TGC-ATTC--ATTT--GTA-ATTTATTTA--TTTAT-TA-ATTGACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATATATGT-A------T------TTTAA-ATT-CT--C--AAGG--A-C-CCGCAT-TGGAAAAA-T---AAGC-AACA--TTA-----TTGCT--TTAT-TAA--TGG-GTTATCCTA-GG-TAGA---CTGTGATA----------T-A----------------G-TGAA---GC-TGT-G---G-TA----ATA-TC-TT-GT-ATGTG-ATAA--T-A--C-TT-TGTG--A---ATATT--A--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-ACATA-T-AT---AAT-ATTGT-GTT-T-A-----A----T--TG-TAATGGGTTTT--TTT-T---A-GTGATA-TTGTG-T-A-T-A-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-CAGC--TAAA-CTAAACTgt
gi|7 : gtATAGTA-C-AT-TTCAA---TCA-ATTAA-TAT-GGTT------T-ACATTGCTGAC--CA--T--GCTTATCC--ATTT--GTA-ATTTAT-----TT-------ATTGACTTAA-----------ATGCG-TG------TA------------TATA----T-A------TGAATT-TTTAT-ATT-TTTTCAA---G--A-C-C--CAT-GTG-GAAA-T---AAGC-AACA--ATA-----T--AT--TGATCTAA--TGG-GTTATCCTACGG-T-GA---CTGTGATA----------T-ATGTGAA---GC-T-T-G-T-----------T-G---G-TA----A-A-TCTTT-GT-A-GTG-AT----TAATTC-TT-TGTG--A-T-AT-TTTAA--TGA-CT-GT-GA-TAA-C-AGTCATT-TTG-G-TT-------------T--GATAC-TA-T-AT---GAT-ATT-T-GTT-T-A-----A----TTCTG-TAATGGGTTTTTTTTT-T---ATGGAATG-TGTTA-T-A---A-ATA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TGAAA-T-A-AAGCTTTAAA-CT
gi|8 : aataatataaacTATATATA-TATTG-TTGCACTGT-ATACTGGTATT---A--T--GT--ATTT--ATTA--TTC-ATTTAG-----TTTATCTATATT-ACTTTG-----------ATATG-TG------TA------------TATA----T-A------TATTTATTTTAA-ATT-CT--CNNNNNN--N-N-N--NNN-NNN-NNNN-N---NNNN-NNNN--NNN-----NNNNN--NNNN-NNN--NNN-NNNNNA--A-AG-TAGA---CTGTGATA----------T----TAAG-GTG---------AAA---GCGTGT-G---A-TA-----T--TC-TT-GT-ATGTG-ATGA--TAA--C-AT-TGTAGAA-T-AC-TT--A--TGA-CT-GTTGA-TAAAC-A-----T-CTG-G-TA-------------T--GA-AC-TA-T-AT---AAT-ATTGT-G-G-T-A-----A----T--TG-TAACG--------TCT-T---A-GTGATA-TTTTG-T-A-TAA-AAA--TG-AT-G--TTCT-GCC-TG-AA-T-A-AAGC--CAAA-CTAAACTA
gi|9 : ATC-ATAT-CAC---T-ATATAAA-TAT-G-TT------T-ACATTGCTGCT--CA--T--GTC-ATCC--ATTTCGGTA-ATTT-T-----TCCAT-AA-TTTGACTTTGTATCATGTGTTATATA-TA------TA------------TATG----T-A------T------TTTAA-ATT-CT--C-AAAGG--A-C-C--CAT-TGG-GAA------AAGC-AACA--A-A-----T--CT--TTA---AA--T---GTAACCCTA-G----GA---CTGTTATATCATACATGTT-ATGTAACAGTGC-T-TAG-TGAA----C-TGT-G---A-TA----ATA-------------TG-ATA----CA--C-A--TGTG------AT-TC--ACTTGA-CT-GTCGATTAA-C-A-----TACTG-GTTA-------------T--GA-AC-TAGT-AT---AATAATTGT-G-T-TAA-----A----T--TG-TAATG----------------------------TG-T-A-C-A-AAA--TG--------TTT-GCC-TG-AA-T-A-AAa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): GGTTTTTTGAAGATGTTAACATTATACTTATCACCTACATGGAGCCCGGATATTAACTAGGGTGCAAGGTTGTCATTTAACAGAAATTTTT
Unaligned ( gi|36 ): CATTATTATATCATTAGCATAGTATAATATTAAAAACCTGTAAAAAG