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Reference ( gi|12 )           :                                                                                               TTGGGGGAGGG---------CA---AA---A---C----A--A---C----T---T-T------G-----C--CC-CC--CCCCCA-C-A---TTTT-G--AA-A---GT-----------G------------TGGG----GGG---------------T-CAT-G-TG--CTCC----C-C---CATG-CC--C--C--CC---GGC-------T-C--CT-ACGCCCAA
gi|10                         :                                                                                               TTGGAGGAGGGGG-------CAC--AA---G---C----G--A---G----T---T-T------GTAACCC--CC-CC--CCCCCG-C-A---CTTT-
gi|4                          :                                                                         atgtaaaataaattttgtgttaaaGGGGGGGGG---------CA---AA---A---C----AT-A---CT---T---T-T------G-----C--CC-CC--CCCCCGCC-AC--TTTT-G--AACA---GT---------------------------G----GGG---------------C-AAT-ATTG--CCCC----C-C--------CC--G--C--CC---GGC-------TGCGACT-ACGCCCaagtgaggggacatgttcccccgcagtccccccccc
gi|4                          :                           gcggcataaaacttctcaaattagttgtgaggttaatacgcaggaaagagatgtacacaacaagcctctgGGGGGGGGG---------CA---AA---A---G----T--A---TGT--T---T-T------G-----C--CC-CC--CCCCCA-
gi|2                          :                             gcggcataaaacttctcaaattagttgtgaggttaatacgcaggaaagagatgtacacaacaagcctcGGGGGAGGGGGGGAGTGTCA---AATCCA---T----A--AT--C----T---T-T------G-----CAACC-CC--CCCCCA-C-----TTTT-G--AA-A---GTGGGTGAGGGAAG------------CGGG----GGG------------------AT-G-TGCCCTCC----C-C---C----CC--C--C--CC---CGC-------T-T--CT-ACGCCcgccacttttgaacagtggggcaatattgccccccccgcccggctgcgactacgccc
gi|2                          :                                        gacaaaacttcaaaatgtatttgaatttatgcaggaataaatttagctttgccaaaaGGGGGAGGG---------CA---CA---T---C-------C---C----C---C-C------G-----CTTCC-CT--CACCCA-C-----TTTC-A--AA-A---GT-----------G------------GGGG----GGG---------------at
gi|6                          : gacaaaacttcaaaatgtatttgaatttatgcaggaataaatttagctttgccaaaagggggagggggggagtgtcaaatccataatctttgcaacGGGGGGTGG---------CA---AA---A---A----A--G---CATCTT---T-T------G-----C--CC-CC--CC-----------TTTT-G--AAGA---GC-----------G-------------GGG----GGG---------------TGCAT-G-TG--CCCC----C-C---C----CCTGC--C--CT---GCC-------T-C--CT-ACGcccccccgcttctacgccat
gi|16                         :                                           ttgttaaaaattaatgtgttttatgcagaaaaaacatttgagaaaaaagtggggGGGGGCGGG---------CA---AA---AA--C----ATTA---C----T---T-TT-----G-----C--CC-CC--CCCCCA-C-----TTTT-G--AA-A---G
gi|16                         :                                                                         aaaaaaattttgagaaaagtggggGGGGGGGGG---------CA---AA---AG--T----A--ATGTT----T---T-T------G-----C--CCGCC--CCCCCC-C-A---CTTT-gg
gi|8                          :                                                                                  aaaaaaattttgagaGGGGGGTGA---------CA---AA---AAT-C----AT-A---C----T---T-TT-----G-----C--CC-CC--CCCC---------TTTC-C--AA-A---GT-----------G------------GGGG----GGG---------------cacttttgaaaggg
gi|3                          :                            aactttgcaaaaatatgtgactgttatgcaacaaaaataattacttttggttacgttggacaaaaaaagGGGGAAGGG---------CATTAGG---G---C----A-----------T---C-T------G-----C--CC-CC--CCCCCC-C-AAACCTTT-G--AA-T---GA-----------G------------GGGA----GGG---------------T-g
gi|10                         :          tgtttttgaagggggacttttaaatgcagaaaaaaatatgatacatgtactgaaaagtggggagggactgtggcaaaatgtacttttGGGGGGGGGTTA------CA---AA---C---T----C--G---C----T---TGT------G-----C--CC-CC--TCCTC--C-A-----------AA-A----------------G------------TGAG----GGG---------------A-CAT-G-TT--CCCC----C-G---CAGT-CC--C--C--CC---ccccccgctcctacgca
gi|1                          :                                                               atgtaaaataaattttgtgttaaaaaagtgcgggGGGGGGGGA---------AA---AA---A---T----A--T---C----T---T-TTA----G-----G--TG-GC--CGCCTG-C-A---TTTT-G--AA-AAAAGT-----------GGGGGGGGGGGGGTGGG----GGG-----------------CAT-GGTG--C----------------A-CC--C--C--CC---TGC-------T-C--CT-ATGCCCccc
gi|9                          :                    gaaaattcgatgtgtttttattgcagaaagaaaaaaaatattatcttgataaacacccaaaaaaaagtggggggaagGGGGGGGCA---------CA---AA---G---CCACAA--A---C----TCACT-T------GAG---C--CC-CC--CCCCCC-T-C---TTCC-A--AA-A----------------G------------TAAG----GGG---------------A-CAG-G-TG--CCCC----T-G---C-TG-CC--C--T--CC---TCCCCTTTTGT-C--CT-ACGCC
gi|15                         :                                                                                                  GGGGAGGG---------GA---TG---GTGGC----A--A------------T-T------C-----C--CC-CCTGCCCCCA-C-----TTTT-G--AA-A---AT------------------------CGGG----GGtgtgcatcag
gi|3                          :                                                                               gggcaaaacatagttttgtGGGGAGGGACTGTGG--CA---AA---A---T----GT-A---C----T---T-TT-----A-----C--CC-TC--CCCTCA--------TTC-A--AA-G---GT-----------T------------TGGG----GGGGGGGGGCAGATGCCCT-AAT-G-CC--CTTC----C-C---C----CC--C--C--CC---G-C-------T-C--CT-ACGCggctcctacgcccat
gi|6                          :                                         tgtttttgaagggggacttttaaatgcagaaaaaaatatgatacatgtactgaaaagtGGGGGGG---------CA---AA---A---G----AT-G---C----T---T-TTTTGCCA-----C--CC-CC--CCCCCA-C-T---TTTT-a
gi|27                         :                                                        ttgttaaaaattaatgtgttttatgcagaaaaaacatttgagaGGGCGGG---------CA------------C----A--A--------------T------G-----C--CC-CC--CCCCCA-C-----TTTC-A--AA-A---ttttgaagagcgggggggtgcatgtgccccccccctgccctgcctcctacg
gi|7                          :                                                                                                    GGTGGG---------CA---AA---GAG-C----AT-A---C----T---T-T------A-----C--CC-CC--CACCCA-C-----TTTT-G--AA-A---GT-----------G-------------GGG----AGG-----------------CAC-G-TC--CCCC----C-CCCCCATG-CC--C--C--atgccccggtccctcacgcccat
gi|15                         :                                                          ctctaaatacattactttaccagaaaaaattaacttgaccaaaaaGGG---------CA---AA---A---C----ATAG---T----T---T-T------G-----T--CC-CC--CG-------A---TTTTCA--AA-A---GT-----------G------------GGGGCAGGGGG---------------G-AAT---TG--C--C----A-C---CATC-CC--CTCC--CC---GGC-------T-C--CT-ACGCCCAttctacccat
gi|11                         :                                                                                                        GG---------CA---AA-------C----A--A---C----T---T-T------T-----G--CC-CC--CCACCA-C-----TTTT-G--AA-A----------------G------------TGGG----GGG---------------TGCAT-G-TG--Ct
gi|18                         :                                                                      cttctaacattggtgtattttgcagaaaaaaagttaccagaaaaatt---AA---A---C----AT-A---C----T---T-TT-----G-----C--CC-CC--CCCCC---------TTT-G--AA-A---GT-----------G------------GGGG----GGG-----------------CAT--------TTC----C-C---C--------C--C--TC---GGC-------T-C--CT-ACGCCCAc
gi|21                         :                                                                                                                          ---A---C----AT-A---C----T---TCT------G-----C--CC-CC--CCCCCA-C-----TTTT-G--AA-A---G------------G-------------GGG----GGG---------------TGCA----TG--CTCCTACGC-T---CATG-t
gi|21                         :                                                                                                                                                       -T------G-----C--AC-CC--CCCCC--------TTTC-A--AA-A---GT-----------G------------GGGG----GGG---------------ttaat
gi|1                          :                                                                                                                                                   acatacttctgcc-----C--CC-CC--CCCCCA-CTT---TTTT-C--AA-A---AT-----------G------------CAGG----CGG---------------C-CAtgctcctacgctcatgttaat
gi|20                         :                                                                gaaaattcgatgtgtttttattgcagaaagaaaaaaaatattatcttgataaacacccaaaaaaaagtggggggaagggggggggaaaaaatatcttttagg--CC-CC--CCCCCA-C-----TTTT-G--AA-A---GT-----------G---------------G----GGG---------------A-CAT-G-TG--C-CA----C-C---CATG-CC--C--C--CC---GGC-------T-C--AT-ACGCCCAgggtggggggcatggtgcacccccctgctcctatgccc
gi|8                          :                                                                                                                                                                      --CC-CC--CCCCCA-C-----TTTG-G--AA-A---GG-----------G------------GGGG----GGtgc
gi|11                         :                                                                             aactttgcaaaaatatgtgactgttatgcaacaaaaataattacttttggttacgttggacaaaaaaagggggggtgacaaaaatcatacttttgC--CCCCCA-C-----TTTC-A--AA-A---GT-----------GG-----------TGGG----GGG---------------
gi|22                         :                                                                                                              cttctaacattggtgtattttgcagaaaaaaagttaccagaaaaattggcaaacaacttttgC--CCCCCA-C-----TTTT-G--AA-A---GTG----------G------------GGGG----GGG---------------G-CAC-A-TG--CCCC----CTC---CCTG-CC--C--C--CT----GC-------T-C--AT-ACGCtgcatgtgcc
gi|20                         :                                                                                                                                                                            t--CCCCCA-C-----TTTC-A--AA-A---GT-----------G------------GGGG----GGG---------------
gi|25                         :                                                                                                                                                                            c--CCCCCA-C-----TTTT-G--AA--------------------------------GGG----GGG-----------------CAT-G-TG--C-------C-C---CATG-CC--C--TT-CC---GGC-------T-C--CT-ACGCCCAacatgtgccacccatgccccccggctcatacgcccatgc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                       at---TTTT-G--AA-A---GT-----------G------------TGGGTA--GGG---------------G-GAT-G-TG--C--C----C-C---CATT-CC--C--CCCCC---GGC-------T-C--CT-ACGCCCAtg
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gi|28                         :                                                                                                                                                                                         ---TTTT-G--AA-A---GT-----------G------------GGGG----GCA---------------A-TAT-T-TG--C-CC----C-C---CATGCCC--C--C--CC---GGC-------T-C--CT-ACGTCCAat
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gi|26                         :                                                                                                                                                                                      cct---TTTT-G--AA-A---GT-----------GAAG---------GGGG----GGA---------------G-CATTG-TG--C--C----C-C---CATG-CC--C--C--CCCCCGGC---------C--CT-ACGCCCtgga
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7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATCTGTGCATATGAAAAAAAGTTAGCTTGTAGAAAAACAAGTTGGGTGGGGGTGCGCGCTGCACAGCGGCAAACCATACTTTTTGCCTCCTCCCCCTCTCACTTTTGACTAGAAGAGGGAGGAAGCCCCTACCCCCGCTCCTACCGCCATG
Unaligned ( gi|13 ): TCAATTATGTGAATTATGAGAAAAAAGTTACTATGAAAACGTGGGGGGGCAGAAATACATCTTTTGCACCCCCGCCCCTTTTCTTGTGAAGG
Unaligned ( gi|14 ): GATTATTCCATGTAAAATTATTTGGTGTTAAAAGAATGGGGCTCGGCAAAATCCCACTTGTGCCCCCTCTTCCAAGAGGGGGGGGGGGTG
Unaligned ( gi|17 ): AAAGAAATTTTGTGTTAAAATTAGTGGGGTGGGGGATCGAGGGCACAAACCCACGTGCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|19 ): GGGGGCACAAACCCACTTATGCCACAAATGATTTTGTGCCCCCCCCCCCCTTTCCAAAAATAAGG
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consensus                     :                                                                           TTGGGGGGGG------G---C-----A-AA---A---CAT-A--C-T---T-T------G---C--CCCC-CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----G-G-G--CAT-GT---GCC--CC----C---CCAT--G---CC--C--C-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCA
Reference ( family-669 )      :                                                                           TTGGGGGGGG------G---C-----A-AA---A---CAT-A--C-T---T-T------G---C--CCCC-CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----G-G-G--CAT-GT---GCC--CC----C---CCAT--G---CC--C--C-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCA
gi|1                          :                                                                             GGGGGGGG------G---------A-AA---A---AAT-AT-C-T---T-TTAGGTGG-------CCG-CCT---GC-----A--TTTTGAAAA----A-AGT-------G----GGGGGGGGGGGGTG----------G--G-----G-G-G--CATGGT---GC-------------------A---CC--C--C-CC-TGC-------T-C--CT-A-TGCCC
gi|10                         : gaaaattcgatgtgtttttattgcagaaagaaaaaaaatattatcttgataaacacccaaaaaaaagtggggggaaGGGGGGGG------GGGTT-----ACAA---A---CTC-G--C-T---TGT------G---C--CCCCTCCT---CC-----A----------A----A-AGT------------G------------A----------G--G-----G-G-A--CAT-GT---TCC--CC----C---GCAG--T---CC--C--C-CC-
gi|11                         :                                                    atgtaaaataaattttgtgttaaaaaagtgcgG------G---C-----A-AA-------CA--A--C-T---T-T------T---G--CCCC-CCA---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----G-T-G--CAT-GT---GCC--ccc
gi|12                         :                            cttctaacattggtgtattttgcagaaaaaaagttaccagaaaaattTTGGGGGAGG------G---C-----A-AA---A---CA--A--C-T---T-T------G---C--CCCC-CCC---CC-----ACATTTTG---A----A-AGT-------G----T------------G----------G--G-----G-G-GT-CAT-GT---GCT--CC----C---CCAT--G---CC--C--C-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCA
gi|13                         :                                                                               GGGGGT------G---C-----A-AA---A---GAT-G--T-A---T-T------T---C--TGCC-CCC---CC-----ACGTTTTC---A----T-AGT-------a
gi|13                         :                                                  tcaattatgtgaattatgagaaaaaagttGGGGGG------G---C-----A-GAAATA---CAT-C--T-T---T-T------G---C--ACCC-CCG---CC-----CC-TTTTgccccttttcttgtgaagg
gi|15                         :                                         tcaattatgtgaattatgagaaaaaagttactatgaaaacgtGG------G---C-----A-AA---A---CAT-AG-T-T---T-T------G---T--CCCC-CG-----------AT-TTTCA---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--GCAGGGG-G-G--AAT--T---GCC--AC----C-----AT--C---CC--CTCC-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCActtgtgaagg
gi|16                         :                                                                            TGGGGGGGG------G---CGGGCAA-AA---A---CATTA--C-T---T-TT-----G---C--CCCC-CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGt
gi|18                         :                                                                                   aaaaaaattttgagaaaag-AA---A---CAT-A--C-T---T-TT-----G---C--CCCC-CCC---CC---------TTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----G-G-G--CAT--T---TCC----------------------CC--C--C-TC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCAgg
gi|2                          :                                                                             GGGGGGGA------GTGTC-----A-AAT--C---CAT-AATC-T---T-T------G---CAACCCC-CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------GTGAGGGAAGCG--G-----G-G-G--GAT-GT---GCC--CT----C---CC-C--C---CC--C--C-CC-CGC-------T-T--CT-A-CGCCt
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gi|26                         :                                                                                                                                                               at-TTTTG---A----A-AGT-------GAAGGG------------G----------G--G-----G-A-G--CATTGT---GCC--------C---CCAT--GCCCCC--C--C-CC-GGC---------C--CT-A-CGCCCtg
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gi|3                          :                                                                         cctTGGGGAGGGACTGTGG---C-----A-AA---A---TGT-A--CTT---T-T------A---C--CCTC-CCC---TC-----A---TTCA---A----A-GGTTTGGGG-G----G------------G----------G--G-----G-G-G--CAG-AT---GCC--CTAATGC---CCTTCCC---CC--C--C-CC-CGC-------T-C--CT-A-CGCtgga
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gi|32                         :                                                                                                                                                              ttc-TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G------------CAT-GT---GCC--CC----------AT--G---CC--C--CCCC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCt
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gi|4                          :                                                                             GGGGGGGG------G---C-----A-AA---A---CAT-A--CTT---T-T------G---C--CCCC-CCCCCGCC-----AC-TTTTG---A----ACAGT------------G------------G----------G--G-----C-A-A--TAT--T---GCC--CC----C---C---------CC--G--C-CC-GGC-------TGCGACT-A-CGCCC
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gi|8                          :                                ctctaaatacattactttaccagaaaaaattaacttgaccaaaaaGGGGGGTG------A---C-----A-AA---AAT-CAT-A--C-T---T-T------T---G--CCCC-CCC---C-------C-TTTCC---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----G-G-G--ttctacccat
gi|9                          :        aactttgcaaaaatatgtgactgttatgcaacaaaaataattacttttggttacgttggacaaaaaaagGGGGGGGC------A---C-----A-AAGCCA---CAA-A--C-TCACT-T------GAGCC--CCCC-CCC---CC-----TC-TTCCA---A----A-AGT------------A------------A----------G--G-----G-G-A--CAG-GT---GCC--CC----T---GC-T--G---CC--C--T-CC-TCCCCTTTTGT-C--CT-A-CGCCg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GATTATTCCATGTAAAATTATTTGGTGTTAAAAGAATGGGGCTCGGCAAAATCCCACTTGTGCCCCCTCTTCCAAGAGGGGGGGGGGGTG
Unaligned ( gi|17 ): AAAGAAATTTTGTGTTAAAATTAGTGGGGTGGGGGATCGAGGGCACAAACCCACGTGCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|19 ): GGGGGCACAAACCCACTTATGCCACAAATGATTTTGTGCCCCCCCCCCCCTTTCCAAAAATAAGG
Unaligned ( gi|35 ): CCCCCCTCCCTTTAAAAATTGTACCCGGCTCC






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Reference ( family-669 )      :                                                                           TTGGGGGGGG------G---C-----A-AA---A---CAT-A--C-T---T-T------G---C--CCCC-CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----G-G-G--CAT-GT---GCC--CC----C---CCAT--G---CC--C--C-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCA
gi|1                          :                                                                             GGGGGGGG------G---------A-AA---A---AAT-AT-C-T---T-TTAGGTGG-------CCG-CCT---GC-----A--TTTTGAAAA----A-AGT-------G----GGGGGGGGGGGGTG----------G--G-----G-G-G--CATGGT---GC-------------------A---CC--C--C-CC-TGC-------T-C--CT-A-TGCCC
gi|10                         : gaaaattcgatgtgtttttattgcagaaagaaaaaaaatattatcttgataaacacccaaaaaaaagtggggggaaGGGGGGGG------GGGTT-----ACAA---A---CTC-G--C-T---TGT------G---C--CCCCTCCT---CC-----A----------A----A-AGT------------G------------A----------G--G-----G-G-A--CAT-GT---TCC--CC----C---GCAG--T---CC--C--C-CC-
gi|11                         :                                                    atgtaaaataaattttgtgttaaaaaagtgcgG------G---C-----A-AA-------CA--A--C-T---T-T------T---G--CCCC-CCA---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----G-T-G--CAT-GT---GCC--ccc
gi|12                         :                            cttctaacattggtgtattttgcagaaaaaaagttaccagaaaaattTTGGGGGAGG------G---C-----A-AA---A---CA--A--C-T---T-T------G---C--CCCC-CCC---CC-----ACATTTTG---A----A-AGT-------G----T------------G----------G--G-----G-G-GT-CAT-GT---GCT--CC----C---CCAT--G---CC--C--C-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCA
gi|13                         :                                                                               GGGGGT------G---C-----A-AA---A---GAT-G--T-A---T-T------T---C--TGCC-CCC---CC-----ACGTTTTC---A----T-AGT-------a
gi|13                         :                                                  tcaattatgtgaattatgagaaaaaagttGGGGGG------G---C-----A-GAAATA---CAT-C--T-T---T-T------G---C--ACCC-CCG---CC-----CC-TTTTgccccttttcttgtgaagg
gi|15                         :                                         tcaattatgtgaattatgagaaaaaagttactatgaaaacgtGG------G---C-----A-AA---A---CAT-AG-T-T---T-T------G---T--CCCC-CG-----------AT-TTTCA---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--GCAGGGG-G-G--AAT--T---GCC--AC----C-----AT--C---CC--CTCC-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCActtgtgaagg
gi|16                         :                                                                            TGGGGGGGG------G---CGGGCAA-AA---A---CATTA--C-T---T-TT-----G---C--CCCC-CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGt
gi|18                         :                                                                                   aaaaaaattttgagaaaag-AA---A---CAT-A--C-T---T-TT-----G---C--CCCC-CCC---CC---------TTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----G-G-G--CAT--T---TCC----------------------CC--C--C-TC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCAgg
gi|2                          :                                                                             GGGGGGGA------GTGTC-----A-AAT--C---CAT-AATC-T---T-T------G---CAACCCC-CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------GTGAGGGAAGCG--G-----G-G-G--GAT-GT---GCC--CT----C---CC-C--C---CC--C--C-CC-CGC-------T-T--CT-A-CGCCt
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gi|24                         :                                                                                                                                                          -----AC-TTTTGGA-A----A-AGTTGGGGGGG----G------------G----------G--G-----G-G-G--CAT-GT---GCC--CC----C---CC-T------CC--C--C-CC-GGCA------T-C--CT-A-gt
gi|25                         :                                                                                                                                                 -CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-----------------------------G----------G--G-----G-G-G--CAT-GT---GCC--CC----------AT--G---CC--C--TTCC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCA
gi|26                         :                                                                                                                                                               at-TTTTG---A----A-AGT-------GAAGGG------------G----------G--G-----G-A-G--CATTGT---GCC--------C---CCAT--GCCCCC--C--C-CC-GGC---------C--CT-A-CGCCCtg
gi|27                         :                                                                                                                                                                 -TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----G-G-GGGCATTGT---GCC--CG----C---CCAT--G-------C--C-CC-GGT-------C-C--CTCA-CGCCCA
gi|28                         :                                                                                                                                                                 -TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----GCA-A--TAT-TT---GCC--CC----C---C-AT--G---CC--C--C-CCCGGC-------T-C--CT-A-CGTCCAt
gi|29                         :                                                                                                                                                                 -TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G------------G--CAT-GT---GCC--CG----C---CCA---A---TC--C--C-CC-GGC-------T-C--C--A-CGCCCAtg
gi|3                          :                                                                         cctTGGGGAGGGACTGTGG---C-----A-AA---A---TGT-A--CTT---T-T------A---C--CCTC-CCC---TC-----A---TTCA---A----A-GGTTTGGGG-G----G------------G----------G--G-----G-G-G--CAG-AT---GCC--CTAATGC---CCTTCCC---CC--C--C-CC-CGC-------T-C--CT-A-CGCtgga
gi|30                         :                                                                                          tgtttttgaagggggacttttaaatgcagaaaaaaatatgatacatgtactgaaaagCC---CC-----TT-TTTTA---A----A-AGG-------G----G------------G----------G--A-----G-G-G--GG--GT---A----------------AT------CC--C--C-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCAa
gi|31                         :                                                                                                                                                                   TTTA---A----A-AGT-------T----G------------G----------G--G-----G-G-G-------T---GCC--CC----C---CCC-------CC--C--C-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGTCCAt
gi|32                         :                                                                                                                                                              ttc-TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G------------CAT-GT---GCC--CC----------AT--G---CC--C--CCCC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCt
gi|33                         :                                                                                                                                                                C-TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--A-----G-G-G------GG---GCA--CC----C---CCCT--G---CT--C--C-TA-G--------------CT-A-CGCCCat
gi|34                         :                                                                                                                                                                C-TTTTG---A----A-AGT------------G------------G----------G--G-----G-G-G--CAT--T---GCC--C-------------------CC--C--C-CG-GGC-------T-C--CT-A-CGC
gi|4                          :                                                                             GGGGGGGG------G---C-----A-AA---A---CAT-A--CTT---T-T------G---C--CCCC-CCCCCGCC-----AC-TTTTG---A----ACAGT------------G------------G----------G--G-----C-A-A--TAT--T---GCC--CC----C---C---------CC--G--C-CC-GGC-------TGCGACT-A-CGCCC
gi|5                          :              gcggcataaaacttctcaaattagttgtgaggttaatacgcaggaaagagatgtacacaacaagcctctgG------G---C-----A-AA---C---CAT-A--C-T---T-TTT----G---C--CTCC-TCC---CCCTCTCAC-TTTTG---ACTAGA-AGA-------G----G------------G----------A--G-----G-A-A-----------GCC--CC-----------T--A---CC--C--C-C---GC-------T-C--CT-ACCGCC
gi|6                          :            atctgtgcatatgaaaaaaagttagcttgtagaaaaacaagttgggtgggggtgcgcgctgcacagcGGGGGG------G---C-----A-AA---A---GAT-G--C-T---T-TTTTGCCA---C--CCCC-CCC---CC-----AC-TTTTatg
gi|6                          :                                 ttgttaaaaattaatgtgttttatgcagaaaaaacatttgagaaGGGGGGTG------G---C-----A-AA---AAAGCAT-C--T-T---T-T------G---C--CCCC-CC--------------TTTTG---A----AGAGC-------G----G------------G----------G--G-----G-GTG--CAT-GT---GCC--CC----C---CC--------CCTGC--C-CT-GCC-------T-C--CT-A-CGttttgaagagcgggggggtgcatgtgccccccccctgccctgcctcctacg
gi|7                          :                          ttgttaaaaattaatgtgttttatgcagaaaaaacatttgagaaaaaagtggggGGTGG------G---C-----A-AA---GAG-CAT-A--C-T---T-T------A---C--CCCC-CAC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGT------------G------------G----------G--G-----A-G-G--CAC-GTCCCCCC--CC----C---CCAT--G---CC--C--C-
gi|8                          :                                ctctaaatacattactttaccagaaaaaattaacttgaccaaaaaGGGGGGTG------A---C-----A-AA---AAT-CAT-A--C-T---T-T------T---G--CCCC-CCC---C-------C-TTTCC---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----G-G-G--ttctacccat
gi|9                          :        aactttgcaaaaatatgtgactgttatgcaacaaaaataattacttttggttacgttggacaaaaaaagGGGGGGGC------A---C-----A-AAGCCA---CAA-A--C-TCACT-T------GAGCC--CCCC-CCC---CC-----TC-TTCCA---A----A-AGT------------A------------A----------G--G-----G-G-A--CAG-GT---GCC--CC----T---GC-T--G---CC--C--T-CC-TCCCCTTTTGT-C--CT-A-CGCCg


blockSeqs                     :                                                                                     ACTGTG GGT GGGCA C  AATA      T AT T CAC G TTTGCCA    AA    T   CCG  CTCTC  A     GA  CTAG C   TGGGGGGGG                 TGAGGGAAGC TA CAGGG C T GGC  TG CCC   TA TAATGCCCTTCCC        TG TC T  C   CCTTTTG G GA  C C
blockSeqs                     :                                                                                     .      TGT .     .  AAAG      . G  T .   C GAGC       .     .   .    .      G     .   .    G   TTGGGGGG                  .          .  .     . . TC   TG .     .  CCCATGCCC            .  .  C  .   A       . .   . .
blockSeqs                     :                                                                                     .      .   .     .  GCCA      . .  . .   . TTG        .     .   .    .      .     .   .    .   GAAGGG                    .          .  .     . . C    G  .     .  CCTCCCTG             .  .  .  .   .       . .   . .
blockSeqs                     :                                                                                     .      .   .     .  GAG       . .  . .   . TG         .     .   .    .      .     .   .    .   GGGG                      .          .  .     . . C    G  .     .  CCGCAGT              .  .  .  .   .       . .   . .
blockSeqs                     :                                                                                     .      .   .     .  AAT       . .  . .   . TG         .     .   .    .      .     .   .    .   GTG                       .          .  .     . . A    G  .     .  CCCCATG              .  .  .  .   .       . .   . .
blockSeqs                     :                                                                                     .      .   .     .  TC        . .  . .   . G          .     .   .    .      .     .   .    .   GG                        .          .  .     . . C    G  .     .  ACCCATG              .  .  .  .   .       . .   . .
blockSeqs                     :                                                                                     .      .   .     .  A         . .  . .   . T          .     .   .    .      .     .   .    .   GT                        .          .  .     . . G    G  .     .  GCTCATG              .  .  .  .   .       . .   . .
blockSeqs                     :                                                                                     .      .   .     .  A         . .  . .   . G          .     .   .    .      .     .   .    .   GG                        .          .  .     . . C    G  .     .  CCATTCC              .  .  .  .   .       . .   . .
blockSeqs                     :                                                                                     .      .   .     .  A         . .  . .   . T          .     .   .    .      .     .   .    .   GG                        .          .  .     . . C    A  .     .  GCCCATG              .  .  .  .   .       . .   . .
blockSeqs                     :                                                                                     .      .   .     .  A         . .  . .   . G          .     .   .    .      .     .   .    .   GG                        .          .  .     . . C    G  .     .  CCCCCTG              .  .  .  .   .       . .   . .
blockSeqs                     :                                                                                     .      .   .     .  A         . .  . .   . G          .     .   .    .      .     .   .    .   GG                        .          .  .     . . G    G  .     .  CCCCATG              .  .  .  .   .       . .   . .
blockSeqs                     :                                                                                     .      .   .     .  A         . .  . .   . G          .     .   .    .      .     .   .    .   GG                        .          .  .     . . C    G  .     .  TCCCCC               .  .  .  .   .       . .   . .
blockSeqs                     :                                                                                     .      .   .     .  A         . .  . .   . G          .     .   .    .      .     .   .    .   GG                        .          .  .     . . C    T  .     .  CCCATG               .  .  .  .   .       . .   . .
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blockSeqs                     :                                                                                     .      .   .     .  A         . .  . .   . G          .     .   .    .      .     .   .    .   GG                        .          .  .     . . T    A  .     .  CTGCTG               .  .  .  .   .       . .   . .
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blockSeqs                     :                                                                                                         .         . .  . .   . T          .     .   .    .      .     .   .    .   GG                        .          .  .     . . G    G  .     .  CCCCC                .  .  .  .   .       . .   . .
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finalCons                     :                                                                           TTGGGGGGGG------G---C-----A-AA---A---CAT-A--C-T---T-TG---------C--CCCC-CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGTGG-----------------------G----------G--G-----G-G-G--CATG-T---GCC--CCCCCATG------------CC--C--C-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GATTATTCCATGTAAAATTATTTGGTGTTAAAAGAATGGGGCTCGGCAAAATCCCACTTGTGCCCCCTCTTCCAAGAGGGGGGGGGGGTG
Unaligned ( gi|17 ): AAAGAAATTTTGTGTTAAAATTAGTGGGGTGGGGGATCGAGGGCACAAACCCACGTGCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|19 ): GGGGGCACAAACCCACTTATGCCACAAATGATTTTGTGCCCCCCCCCCCCTTTCCAAAAATAAGG
Unaligned ( gi|35 ): CCCCCCTCCCTTTAAAAATTGTACCCGGCTCC






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Reference ( family-669 )      :                                                                           TTGGGGGGGG------G---C-----A-AA---A---CAT-A--C-T---T-T------G---C--CCCC-CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----G-G-G--CAT-GT---GCC--CC----C---CCAT--G---CC--C--C-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCA
gi|1                          :                                                                             GGGGGGGG------G---------A-AA---A---AAT-AT-C-T---T-TTAGGTGG-------CCG-CCT---GC-----A--TTTTGAAAA----A-AGT-------G----GGGGGGGGGGGGTG----------G--G-----G-G-G--CATGGT---GC-------------------A---CC--C--C-CC-TGC-------T-C--CT-A-TGCCC
gi|10                         : gaaaattcgatgtgtttttattgcagaaagaaaaaaaatattatcttgataaacacccaaaaaaaagtggggggaaGGGGGGGG------GGGTT-----ACAA---A---CTC-G--C-T---TGT------G---C--CCCCTCCT---CC-----A----------A----A-AGT------------G------------A----------G--G-----G-G-A--CAT-GT---TCC--CC----C---GCAG--T---CC--C--C-CC-
gi|11                         :                                                    atgtaaaataaattttgtgttaaaaaagtgcgG------G---C-----A-AA-------CA--A--C-T---T-T------T---G--CCCC-CCA---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----G-T-G--CAT-GT---GCC--ccc
gi|12                         :                            cttctaacattggtgtattttgcagaaaaaaagttaccagaaaaattTTGGGGGAGG------G---C-----A-AA---A---CA--A--C-T---T-T------G---C--CCCC-CCC---CC-----ACATTTTG---A----A-AGT-------G----T------------G----------G--G-----G-G-GT-CAT-GT---GCT--CC----C---CCAT--G---CC--C--C-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCA
gi|13                         :                                                                               GGGGGT------G---C-----A-AA---A---GAT-G--T-A---T-T------T---C--TGCC-CCC---CC-----ACGTTTTC---A----T-AGT-------a
gi|13                         :                                                  tcaattatgtgaattatgagaaaaaagttGGGGGG------G---C-----A-GAAATA---CAT-C--T-T---T-T------G---C--ACCC-CCG---CC-----CC-TTTTgccccttttcttgtgaagg
gi|15                         :                                         tcaattatgtgaattatgagaaaaaagttactatgaaaacgtGG------G---C-----A-AA---A---CAT-AG-T-T---T-T------G---T--CCCC-CG-----------AT-TTTCA---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--GCAGGGG-G-G--AAT--T---GCC--AC----C-----AT--C---CC--CTCC-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCActtgtgaagg
gi|16                         :                                                                            TGGGGGGGG------G---CGGGCAA-AA---A---CATTA--C-T---T-TT-----G---C--CCCC-CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGt
gi|18                         :                                                                                   aaaaaaattttgagaaaag-AA---A---CAT-A--C-T---T-TT-----G---C--CCCC-CCC---CC---------TTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----G-G-G--CAT--T---TCC----------------------CC--C--C-TC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCAgg
gi|2                          :                                                                             GGGGGGGA------GTGTC-----A-AAT--C---CAT-AATC-T---T-T------G---CAACCCC-CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------GTGAGGGAAGCG--G-----G-G-G--GAT-GT---GCC--CT----C---CC-C--C---CC--C--C-CC-CGC-------T-T--CT-A-CGCCt
gi|20                         :                                                                            gacaaaacttcaaaatgtatttgaatttatgcaggaataaatttagctttgccaaaaggggga--CCCC-CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGT-------------------------G----------G--G-----G-G-A--CAT-GT---G-C--CA----C---CCAT--G---CC--C--C-CC-GGC-------T-C--AT-A-CGCCCAat
gi|21                         :                                                                                                         ---A---CAT-A--C-T---TCT------G---C--CCCC-CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGG-------G----G------------G----------G--G-----G-T-G--CAT-GC---TCCTACG----C---TCAT--G---tgc
gi|22                         :                                                                                                                                                C-CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGTGG-----G----G------------G----------G--G-----G-G-G--CAC-AT---GCC--CC----CT--CCCT--G---CC--C--C-CT--GC-------T-C--AT-A-CGCttaat
gi|23                         :                                                                                                                                                                t-TTTTG---A----A-AGT-------GT---G------------G----------GTAG-----G-G-G--GAT-GT---GCC--CC----CATTCC--------CC--C--C-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCA
gi|24                         :                                                                                                                                                          -----AC-TTTTGGA-A----A-AGTTGGGGGGG----G------------G----------G--G-----G-G-G--CAT-GT---GCC--CC----C---CC-T------CC--C--C-CC-GGCA------T-C--CT-A-gt
gi|25                         :                                                                                                                                                 -CCC---CC-----AC-TTTTG---A----A-----------------------------G----------G--G-----G-G-G--CAT-GT---GCC--CC----------AT--G---CC--C--TTCC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCA
gi|26                         :                                                                                                                                                               at-TTTTG---A----A-AGT-------GAAGGG------------G----------G--G-----G-A-G--CATTGT---GCC--------C---CCAT--GCCCCC--C--C-CC-GGC---------C--CT-A-CGCCCtg
gi|27                         :                                                                                                                                                                 -TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----G-G-GGGCATTGT---GCC--CG----C---CCAT--G-------C--C-CC-GGT-------C-C--CTCA-CGCCCA
gi|28                         :                                                                                                                                                                 -TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----GCA-A--TAT-TT---GCC--CC----C---C-AT--G---CC--C--C-CCCGGC-------T-C--CT-A-CGTCCAt
gi|29                         :                                                                                                                                                                 -TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G------------G--CAT-GT---GCC--CG----C---CCA---A---TC--C--C-CC-GGC-------T-C--C--A-CGCCCAtg
gi|3                          :                                                                         cctTGGGGAGGGACTGTGG---C-----A-AA---A---TGT-A--CTT---T-T------A---C--CCTC-CCC---TC-----A---TTCA---A----A-GGTTTGGGG-G----G------------G----------G--G-----G-G-G--CAG-AT---GCC--CTAATGC---CCTTCCC---CC--C--C-CC-CGC-------T-C--CT-A-CGCtgga
gi|30                         :                                                                                          tgtttttgaagggggacttttaaatgcagaaaaaaatatgatacatgtactgaaaagCC---CC-----TT-TTTTA---A----A-AGG-------G----G------------G----------G--A-----G-G-G--GG--GT---A----------------AT------CC--C--C-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCCAa
gi|31                         :                                                                                                                                                                   TTTA---A----A-AGT-------T----G------------G----------G--G-----G-G-G-------T---GCC--CC----C---CCC-------CC--C--C-CC-GGC-------T-C--CT-A-CGTCCAt
gi|32                         :                                                                                                                                                              ttc-TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G------------CAT-GT---GCC--CC----------AT--G---CC--C--CCCC-GGC-------T-C--CT-A-CGCCt
gi|33                         :                                                                                                                                                                C-TTTTG---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--A-----G-G-G------GG---GCA--CC----C---CCCT--G---CT--C--C-TA-G--------------CT-A-CGCCCat
gi|34                         :                                                                                                                                                                C-TTTTG---A----A-AGT------------G------------G----------G--G-----G-G-G--CAT--T---GCC--C-------------------CC--C--C-CG-GGC-------T-C--CT-A-CGC
gi|4                          :                                                                             GGGGGGGG------G---C-----A-AA---A---CAT-A--CTT---T-T------G---C--CCCC-CCCCCGCC-----AC-TTTTG---A----ACAGT------------G------------G----------G--G-----C-A-A--TAT--T---GCC--CC----C---C---------CC--G--C-CC-GGC-------TGCGACT-A-CGCCC
gi|5                          :              gcggcataaaacttctcaaattagttgtgaggttaatacgcaggaaagagatgtacacaacaagcctctgG------G---C-----A-AA---C---CAT-A--C-T---T-TTT----G---C--CTCC-TCC---CCCTCTCAC-TTTTG---ACTAGA-AGA-------G----G------------G----------A--G-----G-A-A-----------GCC--CC-----------T--A---CC--C--C-C---GC-------T-C--CT-ACCGCC
gi|6                          :            atctgtgcatatgaaaaaaagttagcttgtagaaaaacaagttgggtgggggtgcgcgctgcacagcGGGGGG------G---C-----A-AA---A---GAT-G--C-T---T-TTTTGCCA---C--CCCC-CCC---CC-----AC-TTTTatg
gi|6                          :                                 ttgttaaaaattaatgtgttttatgcagaaaaaacatttgagaaGGGGGGTG------G---C-----A-AA---AAAGCAT-C--T-T---T-T------G---C--CCCC-CC--------------TTTTG---A----AGAGC-------G----G------------G----------G--G-----G-GTG--CAT-GT---GCC--CC----C---CC--------CCTGC--C-CT-GCC-------T-C--CT-A-CGttttgaagagcgggggggtgcatgtgccccccccctgccctgcctcctacg
gi|7                          :                          ttgttaaaaattaatgtgttttatgcagaaaaaacatttgagaaaaaagtggggGGTGG------G---C-----A-AA---GAG-CAT-A--C-T---T-T------A---C--CCCC-CAC---CC-----AC-TTTTG---A----A-AGT------------G------------G----------G--G-----A-G-G--CAC-GTCCCCCC--CC----C---CCAT--G---CC--C--C-
gi|8                          :                                ctctaaatacattactttaccagaaaaaattaacttgaccaaaaaGGGGGGTG------A---C-----A-AA---AAT-CAT-A--C-T---T-T------T---G--CCCC-CCC---C-------C-TTTCC---A----A-AGT-------G----G------------G----------G--G-----G-G-G--ttctacccat
gi|9                          :        aactttgcaaaaatatgtgactgttatgcaacaaaaataattacttttggttacgttggacaaaaaaagGGGGGGGC------A---C-----A-AAGCCA---CAA-A--C-TCACT-T------GAGCC--CCCC-CCC---CC-----TC-TTCCA---A----A-AGT------------A------------A----------G--G-----G-G-A--CAG-GT---GCC--CC----T---GC-T--G---CC--C--T-CC-TCCCCTTTTGT-C--CT-A-CGCCg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GATTATTCCATGTAAAATTATTTGGTGTTAAAAGAATGGGGCTCGGCAAAATCCCACTTGTGCCCCCTCTTCCAAGAGGGGGGGGGGGTG
Unaligned ( gi|17 ): AAAGAAATTTTGTGTTAAAATTAGTGGGGTGGGGGATCGAGGGCACAAACCCACGTGCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|19 ): GGGGGCACAAACCCACTTATGCCACAAATGATTTTGTGCCCCCCCCCCCCTTTCCAAAAATAAGG
Unaligned ( gi|35 ): CCCCCCTCCCTTTAAAAATTGTACCCGGCTCC