lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111
lowQualScore : 99999999999999999 4 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 1111 111 222222222 666666666666666666666 11 22222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333333333333333333333 22222222222 2222222222 2 33333 2 4 4 777 9999999999999999999999999999999 4 666666 4 1 1 4 4 4 4 4 22 4 4 4 4 4 4 4 333333333333333333333333333 8888888888888888 1 4444 1 2 22 333333 55555555555 1 222 2 444 777777777777 1
lowQualScore : 66666666666666666 0 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 5 6666 6 6 7 111 666666666 6 4 1 7 777 1 111111111111111111111 22 7777 55555 0 7777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 77 444 33 5555 33 66666 3 2 777777777777777777777777 5 2 33 2 3333 88888 3 66666666666 6 0000000000 55 0 4 55555 0 0 0 000 5555555555555555555555555555555 0 888888 0 7 5 0 0 0 0 0 6 33 0 0 0 0 0 0 0 111111111111111111111111111 6666666666666666 7 4 2 2222 5 0 77 666666 33333333333 6 000 3 888 666666666666 7
lowQualScore : ................. . . ........................................................................................................................ .. . .... . . . ... ......... . . . . ... . ..................... .. .... ..... . .... ..................................................................... .. .. ... .. .... .. ..... . . ........................ . . .. . .... ..... . ........... . .......... .. . . ..... . . . ... ............................... . ...... . . . . . . . . . .. . . . . . . . ........................... ................ . . . .... . . .. ...... ........... . ... . ... ............ .
lowQualScore : 00000000000000000 0 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88 0 0000 7 7 0 777 777777777 7 2 7 2 888 4 444444444444444444444 22 7777 44444 3 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 33 777 77 7777 77 88888 4 4 111111111111111111111111 0 5 44 5 5555 33333 1 33333333333 7 3333333333 55 0 0 00000 0 0 0 000 0000000000000000000000000000000 0 000000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 00 0 0 0 0 0 0 0 000000000000000000000000000 0000000000000000 0 0 5 5555 5 0 55 000000 00000000000 0 555 0 000 000000000000 0
consensus : TGCTTATCTTATTGGTATTT----TCAGTGTATGTT-CTGTGTTTGGTACAAATTTAAGTTGTCANTNTTTTGATAATTGANTAGAGANTTCNGGCNTTANNCCTGGCAACGAAG--TACAAAAAT-GT-----AGNAC---AT---T--A------TATTCT--G----ACA--CCTCCA-C--GTGCC-TTC-AAGG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCA---ACGTTGGAC--GA--AA---CAAATTAA-TGGGAATTCCC-AAATT----GA-TACGATTG----GTTAT---T---A---TTTG-------------CTNGT-C--G--TCCA-ATG-AAA-A----C-TCG-CG---TCTCTG-A--TC---A--CTT----TC--GAC-T---AGGTC-TTGC----A-----C-AT-CT---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCG-AC----CA-GGTATCGTTTGAAAACC-GT-GTACGCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTNNTATTTGACGCNTTATAAAAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGACAAAAGAATTTCATCAGA-GTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGAGTCTA-TTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTT-GTTTTAACACT-TGTCGTGGATTTCATT-TGAGTATTCTGG-TCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCTTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCCCACTCCATTCTAATTTNAACCGGCCACTACATGTGATCATAGGACATTAGGATTCCCATATATGGTCGGGTTGAAAACNNTTGCTTAGTTTCCTTTTTTTAAATA-ATAACAAGATATAAGTGTGGTTTGTGAAACACT
Reference ( gi|2 ) : TGCTTAT-TAACTGATCTTTGATTTCAGT-TATGTTTCTGTGTTTGGTACATAT-----TTGTCATTATTTTG-TAATTGAATA---ATTTTGGAC---AGATC---CAATGAAG--TACATAAA--GT-----AGTAC---AT---C--A------TATTCT--G----ACA--CTTTCA-T--GTGCC-TTC-AATG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCA---ACATTGGAC--AA--AA---TAAATTAAGTGGGAATTCCA-AAATT----GA-TAGAATTG----GTTAT---T---A---TTTA-------------CTAGA-C--A--TCTA-TTG-AAG-A----C-TCG-CA---TCTCTG-A--TC---A--CTT----TT--GAC-T---AAGTC-TTTC----A-----C-AC-CT---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGTCG-AC----TA-GGTATCGTTTGAAAACCAGTAGTACCCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACATTTTATAAGAAATTACTC-AATA-CTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCG-TCCAGTGATGAATTCTGTAGT---TCTCTGGCAGCT----AAATACTCA--TTGAC-TGAGAA---AATTTCATCAGATGTATTTGTGGT-TAA--GTGAT-ACTGTGTATAGTTACCCATTATA-CACCTCTCT-CACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTAGGATTCATTCTGAGTA-TCTGGATCATAAATT-CTAAA-CGGCCTGTAAGAAGAG-AGGATAT-GAATG----TCT-ACAAA--CTGAC--ACAG-CTGGCTTGAT-GC-TTTACCATA---CATTCAAATTTAAACCAGC----ACATG-GATCAT--GACA--AG--TTCC---AT-TG---GGTTTGAAAACCATTGCTTAGTTCTTTTTTTTTAAATATAAAACAAG-TAT--GTGT-ATTAGTGAAACACTTG
gi|1 : TGCTTATCTTATTGGTATTT----TCAGTGTATGTT-CTGTGTTTGGTACA-ATTTAAGTTGTCAATTTTTTG-TAATTAATTAGAGAGTTTTGACA--AGACT---C--TGAAAGTTACATAAGTTGTTTTCGAGT-T---AT---C--ATTTCATTATTCTTCG----ACA--CTTTCAGTTAGTGCCTTTC-AATGACATGCAACAATCCAATA-T-ACATTTGA-TTTTCCA---ACATTGGAC--AC--AACCTCACAATAAGTGGGAG-TCCATAAACTTCCCAA-TAAAATTG----GCCATATAT---A---TTTA-------------CTAGA-C--ACTTCTACTTG-AAG-A----C-TCGACA---TCTCTGCAT-TC---AACTTT----TT--GAC-T---AAGTCTTTTC----A-----C-AC-CT---A-CTT-GT--AAA-CAAAGATGGTCG-AC----TA-GGTATCGTTTGAAAACCAGTAGTACCCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCTATTTGACACTTTATAAAAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGACAAAAGAATTTCATCAGA-GTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGAGTCTA-TTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTT-GTTTTAACACT-TGTCGTGGATTTCATT-TGAGTATTCTGG-TCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCTTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCCCACTCCATTCTAATTTTAACAGGCCACTAC-TGTGATCATAGAACATTAGGATTCCCATAT-TGGTCGGATTGAAAACACTTGCTTAGTT-TCTTTTTTTAAATA-ATAACAAGATATAAGTGTGGTTTGTGAAACACT
gi|3 : TACAAAT-----T---CATTA----GATAATTGAGTA---ATTTCAAGCTTTATTTCTGGCAACAAAG--TAGAAAAA--GT-----AGAACCTTATGCTT--A------TGTTCT--CTTCCACATGCCTCCA-T--TCGCC-CTCCAATA---TT---------AATA-TGACATT-GATTTTTCCA---ATGTTGGAC--CA--A-----AAATGAATTGGTAATTCCC-AAACT----GATTTGAA-CG----TTTAT---A---ATGTTTTG-------------CTTG--------TCTG-ATG-AAA-A----C-TTT-TG---TCTCTG-A--TTGTAA--CTT----TT--GAC-A---GGGTA-TTGC----A-----C-G--TT---ATC-T-GT--AAA-CATAAATGGTAA-AC----CA-AGCCTGATTTGag
gi|4 : AATCAAGC-TACAAAAAT-AT-----AGGAC---AT---TGAA------CATTAA--G-----CA--CATTCA-C--GGACC-TTC-AAGG---TG---------AATA-TGAC--TTG-------CAGTGATATTGGCCCTAA--AA---CAGATT----GGAAATTCCC-AAATT----GA-TACGACTG----GTTAT---T---A---GTT--------------CTCG---------CT---TA-AAA-A----A-TAG-AACCTTCTTTA-A--TC---G--CTT----TC--AAC-T---AGGT---TTC----G-----C-ACGCT---AGC-T-GT--TCA-TAAAGATGGCCG-AA----AATGGAATCGT----------GTCGTAAGCTCTTTTAgtaagctcta
gi|5 : attattctaagtttcctt--CCTCCA-T--GTGCC-TTC-AAGG---TG---------AAAAATAACATTTGATTTT-CCA---ACAGTGGACCTAA--AA---TAAACT----GGGAATTCCA-AAAAT----CA-CATGATTGTATGGTTAT---C---A---TTT--------------TTAAT-T--G--TCCA-TCA-AA--A----CATCT-TG---TCTCTA-A--AT---G--CTA----TT--GACGT---AGGTC-TTCC----A-----C--T-CT---AGC-T-GT--AAA-CAAAAATGGCTG-AC----TA-TGTGTTGTTT---------T-GTACGCTCT----------AATAGCTGGT-TTTGATGTATT-----AAATTATTC-AAT
gi|10 : TCCA-C--GTGCC-TTT-GAGG---TG---------AATA-TAGCAGTTGATTTTGCCA---AC------------------TAATTT-----GGAATTCCC-AAATT----GA-T----TCG----ATTAC--------------------------------A-C--C--TCCA-ATGAAAA-A----C-TCG-TG---T-TTTG-A--TA---A--CGT----TC--GAC-A---AGGTT-TTGC----T-----C--T-CT---ACC-T-GT--AAA-CAAAGATG
gi|6 : cTGCT-TTC-TAGG---TG---------TATG-CAATGTTTGATTTTTCCA---ACAATGGACCAGA--AA---CAA--TAA-T--AAATTCCT-AAATT----GA-TACAATTG----GTCAT---T---A---TTC--------------TTGGT-C--G--CCCA-GTA-AAATA----C-T-G-TG---TCTTTT-A--TT---A--CTT----TC--GAC-TACGAAGTT-TATT----A-----T-AT-CT-----C----T--AAG-CAA-------TG-AC----CA-GGAATCAAATGAAAt
gi|8 : caaaTTTGATTTT-CCA---ACATTGGAC--CAGCAG---CAAAT----TGAGAATTCAT-AAATT----TA-TATGATTA----GTTAG---C---A---GTT---------------TGGC-C--A--ACCA-ATT-AAA-A----T-GTG-TG---TCTC---A--TC---A--CTT----TC--GAC-----AAG---TTTT----A-----C-A--CTGAAA-C-T-GT--AAATCAA
gi|7 : TTGATTTTTCCA---ACGTCGGAC--GA--AA---AAGA--AATTGAGAATTTCC-AAATT----GA-TGCGATTA----GTTAT---T-------TTTAAAATAATCATTGTTTTGT-C--G--TTCA-GTG-AAC-A----T-TTG-CG---TCTTTA-A--TA---A--CTTATAATTACGAC-C---AAGTC-ctggccaatcataactgactgt
gi|11 : TTTCTTCA---GCGTTGAAT--AA--AA----AAATC----GGGAATTTTC-AATTT----GC-------------GTTTT---C---A---T----------------------C--A--TCCA-ATG-AA----------CA-TA---CATCTG-AAGTC---A--CTT----TT--GTC-T---A-GTC-TTGC----G-----C--T-CT---A-C-TTGT--AAA-CAAAGATGGTC---------A-GGTGTCGTTTGgtaaaccaagtatcatttcataggc
gi|9 : A---TAAA---AATGGGATTTCCA-AA--T----GAATGCGATTA----TTTAT---T---A---TTTG-------------GTCGT-CCAA--TCTA-T------------------CG---TCTGTA-A--TC---A--CTT----TC--AAG-T---TGATC-TTGC----A-----C-TT-TA---A-C-T-GTACAAA-GAAAGCTGGCCA-ACCATGCA-AGTATCTTTTgtacgcac
gi|12 : T----GA-TA----TG----GTTGT---TTTAA---TTTA-------------TTTAATC--A--TATA-ATA-AAT-ATATAC-TTG-CG---ATTCTG-A--TC---A--CTT----TC--GAC-T---AGGTC-TTGCTGAGA-----CGAG-CT---A-T-T--T--GA---AAAGATGACCG-AC----CA-TGCATTGTTTcttaggctctagta
gi|13 : cagatttacaATTA----GTTAT---C---A---TTTG---------------GGT-C--G--GCCA-ATA-AAA-A----C-TCC-CG---TCTCTA-A--TT---A--TTT----TC--GAC-T---AAGTA-TTAC----A-----C-TG-TT---G-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCA-AC----CA-GATATCTTTTcgttaag
gi|18 : g-A--CC---A--CTT----TT--GAC-T---AGGTC-TTGC----A-----A-TC-TT---G-C-T-GT--AAA-TAAAGATGGcgtcagctctacttg
gi|23 : a---A--CTT----TC--GAT-T---AGGTC-TTGC----T-----C-GA------A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGTCG-CT----TA-AGTATCGTTTcaaatcacctcatcacaagtgctgctttccatg
gi|15 : ---A--CTT----TT--GAC-A---AGGTC-TTGC----AATATAC-AT-GT---A-CAT-GT--CAA-CAAAGATGGCTG-AT----CA-GGTATCATTTGATAAc
gi|16 : ct-T---AGGGC-TTAC----A-------AT-TT---AGC-T-GT--AAA-CAAAGATGAATT-AC----TA-GGGACCATTTgctctagtcattgatttcaatgtttaaaatcattcaat
gi|17 : C-TTGC----A-----C--T-CT---AGC-T-GT--AAA-TACAGATGGCTGAAT----TA-TGTACCATTTCAAATCCtgtaggctccactaggtaatttcaatgtttcaaattagtcca
gi|22 : AAACCAGC----ACATG-GATCAT--GACA--AG--TTCC---ATATG---GGGTTGAAAA-CATTGCTTAGTTTCTTtgctttaatgttttgaattacttagtc
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTAGACCGAAAATAAAGATTTGAAATTACCAAATTGTTATTTAATTTTTGAAATTCTCGAAAGAAACTTGTGTCTCTAACCATTTTTAACTACGTTCTGCGCTCTATTTG
Unaligned ( gi|19 ): GGTTTTTCGAATGTCGGGTCAAACAGGAATTGGGAATTCCAATTCCAAATTGATACGATTGTCATTTTTCA
Unaligned ( gi|20 ): AGGTCTCGCACTCTAGCTGTACACAAACATGGCCAGCTTGGTATTAGTAGCCAGTTTTGAT
Unaligned ( gi|21 ): ATACTTTGACGTTAGTGCACTCAAGCTGTAGATAAAGGTGGCTGACCAGATGTTGTTTGGT
Alignments
lowQualScore : 1 4444 1 2 11 22222 2 333 55555555555555555 111 5555555555555555555555555555555555555555555 11 222222 111 222222222 4444444444444444444444 4444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222 55555555555 2 1 1 1 222 2222 11 1 222 2 1 11 1 2 1 1 2 2 2 1 2 1 1 1 1 2222 1 11 11 1 1 1 222 4444 2 33 555555555555555555555 11 11 2 1 11 1
lowQualScore : 5 4 3 2222 5 0 99 77777 1 1 3 1 777 1 11 0 44444444444444444 111 4 8888888888888888888888888888888888888888888 11 000000 5 0 000 222222222 5 0 0 8 8888 1111111111111111111111 3 77777 6666 0 2 77777 0000000000000000000000000000000000 1 777 99999 2 999999 33 33 777 2 55555 2 55555 2 8888888888888888888888 2 4 33 2 0 2 5555 2 99999999999 2 3 22 3 222 88888 2 5 5 111 3333 88 5 2 111 0 5 77 5 4 2 0 5 5 0 0 4 0 5 0 5 5 5 5 3333 5 77 88 5 5 5 2 000 4 1 0 4444 7 3 00 333333333333333333333 3 55 22 0 4 5 88 5 4
lowQualScore : . . . .... . . .. ..... . . . . ... . .. . ................. ... . ........................................... .. ...... . . ... ......... . . . . .... ...................... . ..... .... . . ..... .................................. . ... ..... . ...... .. .. ... . ..... . ..... . ...................... . . .. . . . .... . ........... . . .. . ... ..... . . . ... .... .. . . ... . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . .... . .. .. . . . . ... . . . .... . . .. ..................... . .. .. . . . .. . .
lowQualScore : 0 0 0 5555 0 0 55 00000 0 0 7 0 000 0 77 7 77777777777777777 000 0 5555555555555555555555555555555555555555555 00 333333 7 7 000 999999999 7 1 1 7 2222 0000000000000000000000 1 11111 1111 3 7 11111 1111111111111111111111111111111111 9 444 00000 9 444444 11 77 444 4 99999 4 00000 2 8888888888888888888888 2 4 22 4 2 5 3333 5 44444444444 5 2 00 7 333 33333 0 0 5 000 5555 00 5 5 000 0 5 55 5 0 5 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0000 0 55 55 5 0 5 5 555 0 0 7 0000 3 7 33 333333333333333333333 7 00 77 0 0 5 55 0 0
consensus : TGCTTATCTNACTGGTNTTTGATTTCAGTGTATGTTTCTGTGTTTGGTACANATTTAAGTTGTCANTNTTTTG-TAATTGANTA---ATTTCGGAC---AGAT-CTGGCAACGAAG-T-ACANAAAT-GT-----AGN-A-C---AT---T--AT-ATTCT--G----ACA--CCTCCA--C---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACG---TTGGACC-GAAAC---A--AATTAA-T-GGG-AATTCC-----CAAATT----GATACGAT-TG----GTTAT---T------A---T-----TTG-CTNG-TCG--TCCAAT-G-AA---A-AC-TCG---CGTCTCTG-A--TC---ACTT-T-----C-GAC-T---AGGTCTTG-C----A-----C-ATC-T---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCG-AC----CA-GGTATCGTTTGAAA-CC-GT-GTANGCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACGTTTTATAAGAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGANAAAAGAATTTCATCAGATGTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGNGTNTAGTTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTGGGNTTCATTCTGAGTATTCTGGATCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCCTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCNCACTCCATTCNAATTTNAACCGGC----ACATG-GATCAT--GACA--AG--TTCCCATAT-TGG--GGNTTGAAAACA-TTGCTTAGTTTCTTTTTTTTAAATATANAACAAGATATAAGTGTGGTTNGTGAAACACT
Reference ( family-6602 ) : TGCTTATCTTATTGGTATTT----TCAGTGTATGTT-CTGTGTTTGGTACAAATTTAAGTTGTCANTNTTTTGATAATTGANTAGAGANTTCNGGCNTTANNC-CTGGCAACGAAG-T-ACAAAAAT-GT-----AGN-A-C---AT---T--AT-ATTCT--G----ACA--CCTCCA--C---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACG---TTGGAC--GAAAC---A--AATTAA-T-GGG-AATTCC-----CAAATT----GATACGAT-TG----GTTAT---T------A---T-----TTG-CTNG-TCG--TCCAAT-G-AA---A-AC-TCG---CGTCTCTG-A--TC---ACTT-T-----C-GAC-T---AGGTCTTG-C----A-----C-ATC-T---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCG-AC----CA-GGTATCGTTTGAAAACC-GT-GTACGCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTNNTATTTGACGCNTTATAAAAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGACAAAAGAATTTCATCAGA-GTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGAGTCTA-TTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTT-GTTTTAACACT-TGTCGTGGATTTCATT-TGAGTATTCTGG-TCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCTTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCCCACTCCATTCTAATTTNAACCGGCCACTACATGTGATCATAGGACATTAGGATTCCCATATATGGTCGGGTTGAAAACNNTTGCTTAGTTTCCTTTTTTTAAATA-ATAACAAGATATAAGTGTGGTTTGTGAAACACT
gi|1 : TGCTTATCTTATTGGTATTT----TCAGTGTATGTT-CTGTGTTTGGTACAA-TTTAAGTTGTCAATTTTTTG-TAATTAATTAGAGAGTTTTGACA--AGACTCTGA-----AAG-TTACATAAGTTGTTTTCGAGTTATC---AT---TTCATTATTCTTCG----ACA--CTTTCA--GTTAGTGCCTTTCAATGACATGCAACAATCCAATA-TA-CATTTGATTTT-CCAACA---TTGGAC--ACAACCTCAC-AATAAG-T-GGG-AGTCCA-----TAAACTTCCCAATAAAAT-TG----GCCATATAT------A---T-----TTA-CTAG-ACACTTCTACTTG-AA---G-AC-TCGA--CATCTCTGCA--TTCA-ACTT-T-----TTGAC-T---AAGTCTTTTC----A-----C-ACC-T---A-C-TTGT--AAA-CAAAGATGGTCG-AC----TA-GGTATCGTTTGAAAACCAGTAGTACCCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCTATTTGACACTTTATAAAAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGACAAAAGAATTTCATCAGA-GTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGAGTCTA-TTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTT-GTTTTAACACT-TGTCGTGGATTTCATT-TGAGTATTCTGG-TCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCTTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCCCACTCCATTCTAATTTTAACAGGCCACTAC-TGTGATCATAGAACATTAGGATTCCCATAT-TGGTCGGATTGAAAACACTTGCTTAGTTT-CTTTTTTTAAATA-ATAACAAGATATAAGTGTGGTTTGTGAAACACT
gi|10 : CTCCA--C---GTGCCTT-TGAGG---TG---------AATA-TAGCAGTTGATTTTGCCAAC-----T-----------------AATT---T-GG--AATTCC-----CAAATT----GATTCGAT-TA------------C------A-------------------CC--TCCAAT-GAAA---A-AC-TCG---TGT-TTTG-A--TA---ACGT-T-----C-GAC-A---AGGTTTTG-C----T-----C--TC-T---ACC-T-GT--AAA-CAAAGATGag
gi|11 : TTTCTTCAGCG---TTGAAT--AAAA----A--AATC-----GGG-AATTTT-----CAATTT----G---CG----------------------------T-----TT---TCA-TCA--TCCAAT-G-AA---C-AT-ACA-------TCTG-AAGTC---ACTT-T-----T-GTC-T---AG-TCTTG-C----G-----C--TC-T---A-C-TTGT--AAA-CAAAGATGG-----T----CA-GGTGTCGTTTGt
gi|12 : -----CAGATT----TACATGATATG----GTTGT---TTTA---A---T-----TTA-TTTAATCA--TATAAT-A-AATATATAC-TTG---CGATTCTG-A--TC---ACTT-T-----C-GAC-T---AGGTCTTG-CTGAGA-----CGAGC-T---A-T-T--T--GA---AAAGATGACCG-AC----CA-TGCATTGTTTgtacgcac
gi|13 : GAT-TA----GTTAT---C------A---T-----TTG---GG-TCG--GCCAAT-A-AA---A-AC-TCC---CGTCTCTA-A--TT---ATTT-T-----C-GAC-T---AAGTATTA-C----A-----C-TGT-T---G-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCA-AC----CA-GATATCTTTTcgttaag
gi|14 : GA-AATTAC-----CAAATT----G------T-TA----TTTAA---T------T---T-----TTG-AAAT-TC---TCGAAA-G--A---A-AC-TTG---TGTCTCTA-A--CC---ATTT-T-----T-AAC-T---ACGTTCTG-C----G-----C--TC-T---A-T-T-cgtcagctctacttg
gi|15 : ttagaccgaaaataaagattt---ACTT-T-----T-GAC-A---AGGTCTTG-C----AATATAC-ATG-T---A-CAT-GT--CAA-CAAAGATGGCTG-AT----CA-GGTATCATTTGATAAtg
gi|16 : ct-T---AGGGCTTA-C----A-------ATT-T---AGC-T-GT--AAA-CAAAGATGAATT-AC----TA-GGGACCATTT---------T-GTAGGCTCgctctagtcattgatttcaatgtttaaaatcattcaat
gi|17 : CTTG-C----A-----C--TC-T---AGC-T-GT--AAA-TACAGATGGCTGAAT----TA-TGTACCATTTCAAATCC-cactaggtaatttcaatgtttcaaattagtcca
gi|18 : -A--CC---ACTT-T-----T-GAC-T---AGGTCTTG-C----A-------ATCTT---G-C-T-GT--AAA-TAAAGATGGCAA-AT----CA-tgctttaatgttttgaattacttagtc
gi|19 : aGGTTTTTCGAATG---TCGGGT--CAAAC---AGGAATT-----GGG-AATTCCAATTCCAAATT----GATACGAT-T-----GTCAT---T----------T-----TTcctcatcacaagtgctgctttccatg
gi|2 : TGCTTAT-TAACTGATCTTTGATTTCAGT-TATGTTTCTGTGTTTGGTACATATTT-----GTCATTATTTTG-TAATTGAATA---ATTTTGGAC---AGAT-C---CAATGAAG-T-ACATAAA--GT-----AGT-A-C---AT---C--AT-ATTCT--G----ACA--CTTTCA--T---GTGCCTT-CAATG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACA---TTGGAC--AAAAT---A--AATTAAGT-GGG-AATTCC-----AAAATT----GATAGAAT-TG----GTTAT---T------A---T-----TTA-CTAG-ACA--TCTATT-G-AA---G-AC-TCG---CATCTCTG-A--TC---ACTT-T-----T-GAC-T---AAGTCTTT-C----A-----C-ACC-T---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGTCG-AC----TA-GGTATCGTTTGAAAACCAGTAGTACCCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACATTTTATAAGAAATTACTC-AATA-CTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCG-TCCAGTGATGAATTCTGTAGT---TCTCTGGCAGCT----AAATACTCA--TTGAC-TGAGAA---AATTTCATCAGATGTATTTGTGGT-TAA--GTGAT-ACTGTGTATAGTTACCCATTATA-CACCTCTCT-CACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTAGGATTCATTCTGAGTA-TCTGGATCATAAATT-CTAAA-CGGCCTGTAAGAAGAG-AGGATAT-GAATG----TCT-ACAAA--CTGAC--ACAG-CTGGCTTGAT-GC-TTTACCATA---CATTCAAATTTAAACCAGC----ACATG-GATCAT--GACA--AG---TTCCAT---TG---GGTTTGAAAACCATTGCTTAGTTCTTTTTTTTTAAATATAAAACAAG-TAT--GTGT-ATTAGTGAAACACTca
gi|22 : AACCAGC----ACATG-GATCAT--GACA--AG--TTCC---ATATGG---GGTTGAAAACA-TTGCTTAGTTTCTTtg
gi|23 : a---ACTT-T-----C-GAT-T---AGGTCTTG-C-------------TC-G---AAC-T-GT--AAA-CAAAGATGGTCG-CT----TA-AGTATCGTTT
gi|3 : TTAGATAATTGAGTA---ATTTCAAGCTTTATTT-CTGGCAACAAAG-T-AGAAAAA--GT-----AGA-A-CCTTATGCTT--AT-GTTCT--CTTCCACATGCCTCCATTC---GC-CCTC-CAATA---TT---------AATA-TGACATT-GATTTTTCCAATG---TTGGAC--CAAA-------AATGAA-T-TGGTAATTCC-----CAAACT----GATTTGAA-CG----TTTAT---A------ATGTT-----TTG-CTT----G--TCTGAT-G-AA---A-AC-TTT---TGTCTCTG-A--TTGTAACTT-T-----T-GAC-A---GGGTATTG-C----A-----C-GT--T---ATC-T-GT--AAA-CATAAATGGTAA-AC----CA-AGCCTGATTTG----------GTAAGCTCTc
gi|4 : tacaaattcaAAGCT-ACAAAAAT-AT-----AGG-A-C---AT---TGAAC-ATTAA--G-----CA--CATTCA--C---GGACCTT-CAAGG---TG---------AATA-TGAC--TTG-------CAGTGATATTGGCCCTAAAAC---A--GATT-----GGA-AATTCC-----CAAATT----GATACGAC-TG----GTTAT---T------A---G-----TT--CTCG-CT--------T-A-AA---A-AA-TAGAACCTTCTTTA-A--TC---GCTT-T-----C-AAC-T---AGGTTTCG-C----A-----C-G-C-T---AGC-T-GT--TCA-TAAAGATGGCCG-AA----AATGGAATCGT----------GTCGTAAGCTCTTTTAa
gi|5 : attattctaagtttccttaatc--CCTCCA--T---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AAAAATAACATTTGATTTT-CCAACA---GTGGACCTAAAAT---A--AACT-----GGG-AATTCC-----AAAAAT----CACATGAT-TGTATGGTTAT---C------A---T-----TT--TTAA-TTG--TCCA-T-C-AA---A-ACATCT---TGTCTCTA-A--AT---GCTA-T-----T-GACGT---AGGTCTTC-C----A-----C--TC-T---AGC-T-GT--AAA-CAAAAATGGCTG-AC----TA-TGTGTTGTTT---------T-GTACGCTCT----------AATAGCTGGT-TTTGATGTATT-----AAATTATTCAA
gi|6 : TGCTTT-CTAGG---TG---------TATG-CAATGTTTGATTTTTCCAACA---ATGGACCAGAAAC---A--A--TAA-T---A-AATTCC-----TAAATT----GATACAAT-TG----GTCAT---T------A---T-----TC--TTGG-TCG--CCCAGT-A-AA---ATAC-T-G---TGTCTTTT-A--TT---ACTT-T-----C-GAC-TACGAAGTTTAT-T----A-----T-ATC-T-----C----T--AAG-CAA-------TG-AC----CA-GGAATCAAATGAAAt
gi|7 : caaaTTGATTTTTCCAACG---TCGGAC--GAAAA---A--GA--AA-TTGAG-AATTTC-----CAAATT----GATGCGAT-TA----GTTAT---TTTTAAAA---TAATCATTGTTTTG-TCG--TTCAGT-G-AA---C-AT-TTG---CGTCTTTA-A--TA---ACTTATAATTAC-GAC-C---AAGTC
gi|8 : TTTGATTTT-CCAACA---TTGGACCAGCAGC---A--AATT-----GAG-AATTCA-----TAAATT----TATATGAT-TA----GTTAG---C------A---G-----TT---TGG-CCA--ACCAAT-T-AA---A-AT-GTG---TGTCTC---A--TC---ACTT-T-----C-GAC-----AAGTTTTA-C----A---------C-TGAAA-C-T-GT--AAATCAA--CTGGCCA-AT----CA-gtaaaccaagtatcatttcataggc
gi|9 : AA-T-GGG-A-TTTC-----CAAATG----AATGCGAT-TA----TTTAT---T------A---T-----TTG----G-TCG--TCCAAT-----------C-TAT---CGTCTGTA-A--TC---ACTT-T-----C-AAG-T---TGATCTTG-C----A-----C-TTT-A---A-C-T-GTACAAA-GAAAGCTGGCCA-ACCATGCA-AGTATCTTTTtaactgactgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AGGTCTCGCACTCTAGCTGTACACAAACATGGCCAGCTTGGTATTAGTAGCCAGTTTTGAT
Unaligned ( gi|21 ): ATACTTTGACGTTAGTGCACTCAAGCTGTAGATAAAGGTGGCTGACCAGATGTTGTTTGGT
Alignments
lowQualScore : 1 2222 1 1 2 22222 222 444444444444444444 111 5555555555555555555555555555555555555555555 11 222222 111 222222222 4444444444444444444444444 4444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222 777777777777 1 1 1 1 222 2222 11 1 222 1 1 11 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2222 1 11 11 1 1 1 222 2222 1 11 11 11 33333 1 1 1 1 11 1
lowQualScore : 5 1 1 4444 5 5 0 77777 1 1 1 333 44 111111111111111111 111 1 8888888888888888888888888888888888888888888 11 000000 5 0 000 222222222 5 0 0 8 7777 6666666666666666666666666 3 77777 6666 0 2 77777 0000000000000000000000000000000000 1 777 99999 2 999999 33 33 777 2 55555 2 55555 2 8888888888888888888888 2 4 33 2 0 2 5555 2 000000000000 1 3 3 0 88888 2 5 5 111 3333 88 5 1 111 5 5 77 5 1 1 5 5 5 5 5 1 5 5 5 5 5 5 5 3333 5 77 88 5 5 5 1 000 1 1 0 7 8888 3 88 88 88 6 6 00000 1 3 3 7 5 1 5 88 5 1
lowQualScore : . . . .... . . . ..... . . . ... .. .................. ... . ........................................... .. ...... . . ... ......... . . . . .... ......................... . ..... .... . . ..... .................................. . ... ..... . ...... .. .. ... . ..... . ..... . ...................... . . .. . . . .... . ............ . . . . ..... . . . ... .... .. . . ... . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . .... . .. .. . . . . ... . . . . .... . .. .. .. . . ..... . . . . . . . .. . .
lowQualScore : 0 0 0 0000 0 5 5 00000 0 0 0 333 33 333333333333333333 000 0 5555555555555555555555555555555555555555555 00 333333 7 7 000 999999999 7 1 1 7 7777 0000000000000000000000000 1 11111 1111 3 7 11111 1111111111111111111111111111111111 9 444 00000 9 444444 11 77 444 4 99999 4 00000 2 8888888888888888888888 2 4 22 4 2 5 3333 5 222222222222 0 2 3 7 00000 0 0 5 000 5555 00 5 0 000 5 5 55 5 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 5 0 0 5 0 0000 0 55 55 5 0 5 0 555 0 0 7 3 3333 3 33 33 33 7 7 77777 0 3 3 3 5 0 5 55 0 0
consensus : TGCTTATCTNACTGGTNTTTGATTTCAGTGTATGTTTCTGTGTTTGGTACATATTTAAGTTGTCANTNTTTTGTAATTGANTA---ATTTCGGAC---A-GA-TCTGGCAACGAAG-T-ACANAAAT-GT-----AGN-A-C---AT---T--AT-ATTCT--G----ACA--CCTCCA--C---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACG---TTGGACC-GAA----ACA--AATTAA---T-GGG-AATTCC-----CAAATT----GATACGAT-TG----GTTAT---T------A---T-----TTG-CTNG-TCG--TCCAAT-G-AA---A-AC-TCG---CGTCTCTG-A--TC---ACTT-T-----C-GAC-T---AGGTCTTG-C----A-----C-ATC-T---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCG-AC----CA-GGTATCGTTTG-AAA--C-GT-GTANGCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACGTTTTATAAGAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGANAAAAGAATTTCATCAGATGTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGNGTNTAGTTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTGGGNTTCATTCTGAGTATTCTGGATCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCCTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCNCACTCCATTCNAATTTNAACCGGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TTCCCATATT-G--GGNTTGAAAA-CA-TTGCTTAGTTTCTTTTTTTTAAATATANAACAAGATATAAGTGTGGTTNGTGAAACACT
Reference ( family-6602 ) : TGCTTATCTNACTGGTNTTTGATTTCAGTGTATGTTTCTGTGTTTGGTACANATTTAAGTTGTCANTNTTTTGTAATTGANTA---ATTTCGGAC---A-GA-TCTGGCAACGAAG-T-ACANAAAT-GT-----AGN-A-C---AT---T--AT-ATTCT--G----ACA--CCTCCA--C---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACG---TTGGACC-GAA----ACA--AATTAA---T-GGG-AATTCC-----CAAATT----GATACGAT-TG----GTTAT---T------A---T-----TTG-CTNG-TCG--TCCAAT-G-AA---A-AC-TCG---CGTCTCTG-A--TC---ACTT-T-----C-GAC-T---AGGTCTTG-C----A-----C-ATC-T---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCG-AC----CA-GGTATCGTTTG-AAA-CC-GT-GTANGCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACGTTTTATAAGAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGANAAAAGAATTTCATCAGATGTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGNGTNTAGTTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTGGGNTTCATTCTGAGTATTCTGGATCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCCTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCNCACTCCATTCNAATTTNAACCGGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TTCCCATATTGG--GGNTTGAAAA-CA-TTGCTTAGTTTCTTTTTTTTAAATATANAACAAGATATAAGTGTGGTTNGTGAAACACT
gi|1 : TGCTTATCTTATTGGTATTT----TCAGTGTATGTT-CTGTGTTTGGTACA-ATTTAAGTTGTCAATTTTTTGTAATTAATTAGAGAGTTTTGAC---AAGACTCTGA-----AAG-TTACATAAGTTGTTTTCGAGTTATC---AT---TTCATTATTCTTCG----ACA--CTTTCA--GTTAGTGCCTTTCAATGACATGCAACAATCCAATA-TA-CATTTGATTTT-CCAACA---TTGGACA-CAACCTCACA--A--TAAG--T-GGG-AGTCCA-----TAAACTTCCCAATAAAAT-TG----GCCATATAT------A---T-----TTA-CTAG-ACACTTCTACTTG-AA---G-AC-TCGA--CATCTCTGCA--TTCA-ACTT-T-----TTGAC-T---AAGTCTTTTC----A-----C-ACC-T---A-C-TTGT--AAA-CAAAGATGGTCG-AC----TA-GGTATCGTTTG-AAAACCAGTAGTACCCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCTATTTGACACTTTATAAAAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGACAAAAGAATTTCATCAGA-GTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGAGTCTA-TTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTT-GTTTTAACACT-TGTCGTGGATTTCATT-TGAGTATTCTGG-TCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCTTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCCCACTCCATTCTAATTTTAACAGGC-CACTACTGTGATCATAGAACATTAGGATTCCCATATTGGTCGGATTGAAAA-CACTTGCTTAGTTTC-TTTTTTTAAATA-ATAACAAGATATAAGTGTGGTTTGTGAAACACT
gi|10 : CTCCA--C---GTGCCTT-TGAGG---TG---------AATA-TAGCAGTTGATTTTGCCAAC-----T------------------AATT-----T-GG--AATTCC-----CAAATT----GATTCGAT-TA------------C------A-------------------CC--TCCAAT-GAAA---A-AC-TCG---TGT-TTTG-A--TA---ACGT-T-----C-GAC-A---AGGTTTTG-C----T-----C--TC-T---ACC-T-GT--AAA-CAAAGATGag
gi|11 : TTTCTTCAGCG---TTGAAT---AA----AAA--AATC-------GGG-AATTTT-----CAATTT----G---CG----------------------------T-----TT---TCA-TCA--TCCAAT-G-AA---C-AT-ACA-------TCTG-AAGTC---ACTT-T-----T-GTC-T---AG-TCTTG-C----G-----C--TC-T---A-C-TTGT--AAA-CAAAGATGG-----T----CA-GGTGTCGTTTG-t
gi|12 : -----CAGATT----TACATGATATG----GTTGT---TTTA---A---T-----TTA-TTTAATCA--TATAAT-A-AATATATAC-TTG---CGATTCTG-A--TC---ACTT-T-----C-GAC-T---AGGTCTTG-CTGAGA-----CGAGC-T---A-T-T--T--GA---AAAGATGACCG-AC----CA-TGCATTGTTTgtacgcac
gi|13 : GAT-TA----GTTAT---C------A---T-----TTG---GG-TCG--GCCAAT-A-AA---A-AC-TCC---CGTCTCTA-A--TT---ATTT-T-----C-GAC-T---AAGTATTA-C----A-----C-TGT-T---G-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCA-AC----CA-GATATCTTTTcgttaag
gi|14 : ---TTAGACC-GA-------A--AATAAAGATT-TGA-AATTAC-----CAAATT----G------T-TA----TTTAA---T------T---T-----TTG-AAAT-TC---TCGAAA-G--A---A-AC-TTG---TGTCTCTA-A--CC---ATTT-T-----T-AAC-T---ACGTTCTG-C----G-----C--TC-T---A-T-T-cgtcagctctacttg
gi|15 : ---ACTT-T-----T-GAC-A---AGGTCTTG-C----AATATAC-ATG-T---A-CAT-GT--CAA-CAAAGATGGCTG-AT----CA-GGTATCATTTG-A----------TAAGCTCTtg
gi|16 : ct-T---AGGGCTTA-C----A-------ATT-T---AGC-T-GT--AAA-CAAAGATGAATT-AC----TA-GGGACCATTT----------T-GTAGGCTCagtcattgatttcaatgtttaaaatcattcaat
gi|17 : CTTG-C----A-----C--TC-T---AGC-T-GT--AAA-TACAGATGGCTGAAT----TA-TGTACCATTTC-AAA-TC-CT-Gcactaggtaatttcaatgtttcaaattagtcca
gi|18 : -A--CC---ACTT-T-----T-GAC-T---AGGTCTTG-C----A-------ATCTT---G-C-T-GT--AAA-TAAAGATGGCAA-AT----CA-ctttaatgttttgaattacttagtc
gi|19 : aGGTTTTTCGAATG---TCGGGTC--AA----ACAGGAATT-------GGG-AATTCCAATTCCAAATT----GATACGAT-T-----GTCAT---T----------T-----TTcctcatcacaagtgctgctttccatg
gi|2 : TGCTTAT-TAACTGATCTTTGATTTCAGT-TATGTTTCTGTGTTTGGTACATATTT-----GTCATTATTTTGTAATTGAATA---ATTTTGGAC---A-GA-TC---CAATGAAG-T-ACATAAA--GT-----AGT-A-C---AT---C--AT-ATTCT--G----ACA--CTTTCA--T---GTGCCTT-CAATG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACA---TTGGA-C-AAA----ATA--AATTAAG--T-GGG-AATTCC-----AAAATT----GATAGAAT-TG----GTTAT---T------A---T-----TTA-CTAG-ACA--TCTATT-G-AA---G-AC-TCG---CATCTCTG-A--TC---ACTT-T-----T-GAC-T---AAGTCTTT-C----A-----C-ACC-T---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGTCG-AC----TA-GGTATCGTTTGAAAA-CCAGTAGTACCCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACATTTTATAAGAAATTACTC-AATA-CTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCG-TCCAGTGATGAATTCTGTAGT---TCTCTGGCAGCT----AAATACTCA--TTGAC-TGAGAA---AATTTCATCAGATGTATTTGTGGT-TAA--GTGAT-ACTGTGTATAGTTACCCATTATA-CACCTCTCT-CACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTAGGATTCATTCTGAGTA-TCTGGATCATAAATT-CTAAA-CGGCCTGTAAGAAGAG-AGGATAT-GAATG----TCT-ACAAA--CTGAC--ACAG-CTGGCTTGAT-GC-TTTACCATA---CATTCAAATTTAAACCAGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TTCC---ATT-G--GGTTTGAAAACCA-TTGCTTAGTTCTTTTTTTTTAAATATAAAACAAG-TAT--GTGT-ATTAGTGAAACACTca
gi|22 : AACCAGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TT-CCATAT--G--GGGTTGAAAA-CA-TTGCTTAGTTTCTTtg
gi|23 : a---ACTT-T-----C-GAT-T---AGGTCTTG-C-------------TC-G---AAC-T-GT--AAA-CAAAGATGGTCG-CT----TA-AGTATCGTTT
gi|3 : TAATTGAGTA---ATTTCAAGCTTTA-TT-TCTGGCAACAAAG-T-AGAAAAA--GT-----AGA-A-CCTTATGCTT--AT-GTTCT--CTTCCACATGCCTCCATTC---GC-CCTC-CAATA---TT---------AATA-TGACATT-GATTTTTCCAATG---TTGGACC-AAA----A-----ATGAA---T-TGGTAATTCC-----CAAACT----GATTTGAA-CG----TTTAT---A------ATGTT-----TTG-CTT----G--TCTGAT-G-AA---A-AC-TTT---TGTCTCTG-A--TTGTAACTT-T-----T-GAC-A---GGGTATTG-C----A-----C-GT--T---ATC-T-GT--AAA-CATAAATGGTAA-AC----CA-AGCCTGATTTG-----------GTAAGCTCTc
gi|4 : tacaaattcattagaAAGCT-ACAAAAAT-AT-----AGG-A-C---AT---TGAAC-ATTAA--G-----CA--CATTCA--C---GGACCTT-CAAGG---TG---------AATA-TGAC--TTG-------CAGTGATATTGGCCCTAAA----ACA--GATT-------GGA-AATTCC-----CAAATT----GATACGAC-TG----GTTAT---T------A---G-----TT--CTCG-CT--------T-A-AA---A-AA-TAGAACCTTCTTTA-A--TC---GCTT-T-----C-AAC-T---AGGTTTCG-C----A-----C-G-C-T---AGC-T-GT--TCA-TAAAGATGGCCG-AA----AATGGAATCGT-----------GTCGTAAGCTCTTTTAa
gi|5 : attattctaagtttccttaatc--CCTCCA--T---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AAAAATAACATTTGATTTT-CCAACA---GTGGACCTAAA----ATA--AACT-------GGG-AATTCC-----AAAAAT----CACATGAT-TGTATGGTTAT---C------A---T-----TT--TTAA-TTG--TCCA-T-C-AA---A-ACATCT---TGTCTCTA-A--AT---GCTA-T-----T-GACGT---AGGTCTTC-C----A-----C--TC-T---AGC-T-GT--AAA-CAAAAATGGCTG-AC----TA-TGTGTTGTTT----------T-GTACGCTCT----------AATAGCTGGT-TTTGATGTATT-----AAATTATTCAA
gi|6 : TGCTTT-CTAGG---TG---------TATG-CAATGTTTGATTTTTCCAACA---ATGGACCAGAA----ACA--A--TAA---T---A-AATTCC-----TAAATT----GATACAAT-TG----GTCAT---T------A---T-----TC--TTGG-TCG--CCCAGT-A-AA---ATAC-T-G---TGTCTTTT-A--TT---ACTT-T-----C-GAC-TACGAAGTTTAT-T----A-----T-ATC-T-----C----T--AAG-CAA-------TG-AC----CA-GGAATCAAATG-AAA-t
gi|7 : caaaTTGATTTTTCCAACG---TCGGAC--GAA----AAA--GA--AA---TTGAG-AATTTC-----CAAATT----GATGCGAT-TA----GTTAT---TTTTAAAA---TAATCATTGTTTTG-TCG--TTCAGT-G-AA---C-AT-TTG---CGTCTTTA-A--TA---ACTTATAATTAC-GAC-C---AAGTC
gi|8 : TTTGATTTT-CCAACA---TTGGACCAGCA----GCA--AAT------T-GAG-AATTCA-----TAAATT----TATATGAT-TA----GTTAG---C------A---G-----TT---TGG-CCA--ACCAAT-T-AA---A-AT-GTG---TGTCTC---A--TC---ACTT-T-----C-GAC-----AAGTTTTA-C----A---------C-TGAAA-C-T-GT--AAATCAA--CTGGCCA-AT----CA-gtaaaccaagtatcatttcataggc
gi|9 : AA---T-GGG-A-TTTC-----CAAATG----AATGCGAT-TA----TTTAT---T------A---T-----TTG----G-TCG--TCCAAT-----------C-TAT---CGTCTGTA-A--TC---ACTT-T-----C-AAG-T---TGATCTTG-C----A-----C-TTT-A---A-C-T-GTACAAA-GAAAGCTGGCCA-ACCATGCA-AGTATCTTTTtaactgactgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AGGTCTCGCACTCTAGCTGTACACAAACATGGCCAGCTTGGTATTAGTAGCCAGTTTTGAT
Unaligned ( gi|21 ): ATACTTTGACGTTAGTGCACTCAAGCTGTAGATAAAGGTGGCTGACCAGATGTTGTTTGGT
Alignments
lowQualScore : 1 2222 1 1 1 22222 222 444444444444444444 111 5555555555555555555555555555555555555555555 11 222222 111 222222222 4444444444444444444444444 4444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222 6666666666666 1 1 1 1 222 2222 11 1 222 1 1 11 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2222 1 11 11 1 1 1 222 2222 1 11 11 11 222 1 1 1 1 11 1
lowQualScore : 5 1 1 4444 5 5 5 77777 1 1 1 333 44 111111111111111111 111 1 8888888888888888888888888888888888888888888 11 000000 5 0 000 222222222 5 0 0 8 7777 6666666666666666666666666 3 77777 6666 0 2 77777 0000000000000000000000000000000000 1 777 99999 2 999999 33 33 777 2 55555 2 55555 2 8888888888888888888888 2 4 33 2 0 2 5555 2 5555555555555 1 3 3 0 88888 2 5 5 111 3333 88 5 1 111 5 5 77 5 1 1 5 5 5 5 5 1 5 5 5 5 5 5 5 3333 5 77 88 5 5 5 1 000 1 1 0 7 8888 3 88 88 88 6 6 7 333 1 3 3 7 5 1 5 88 5 1
lowQualScore : . . . .... . . . ..... . . . ... .. .................. ... . ........................................... .. ...... . . ... ......... . . . . .... ......................... . ..... .... . . ..... .................................. . ... ..... . ...... .. .. ... . ..... . ..... . ...................... . . .. . . . .... . ............. . . . . ..... . . . ... .... .. . . ... . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . .... . .. .. . . . . ... . . . . .... . .. .. .. . . . ... . . . . . . . .. . .
lowQualScore : 0 0 0 0000 0 5 5 00000 0 0 0 333 33 333333333333333333 000 0 5555555555555555555555555555555555555555555 00 333333 7 7 000 999999999 7 1 1 7 7777 0000000000000000000000000 1 11111 1111 3 7 11111 1111111111111111111111111111111111 9 444 00000 9 444444 11 77 444 4 99999 4 00000 2 8888888888888888888888 2 4 22 4 2 5 3333 5 2222222222222 0 2 3 7 00000 0 0 5 000 5555 00 5 0 000 5 5 55 5 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 5 0 0 5 0 0000 0 55 55 5 0 5 0 555 0 0 7 3 3333 3 33 33 33 7 7 3 333 0 3 3 3 5 0 5 55 0 0
consensus : TGCTTATCTNACTGGTNTTTGATTTCAGTGTATGTTTCTGTGTTTGGTACATATTTAAGTTGTCANTNTTTTGTAATTGANTA---ATTTCGGAC---A-GA-TCTGGCAACGAAG-T-ACANAAAT-GT-----AGN-A-C---AT---T--AT-ATTCT--G----ACA--CCTCCA--C---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACG---TTGGACC-GAA----ACA--AATTAA---T-GGG-AATTCC-----CAAATT----GATACGAT-TG----GTTAT---T------A---T-----TTG-CTNG-TCG--TCCAAT-G-AA---A-AC-TCG---CGTCTCTG-A--TC---ACTT-T-----C-GAC-T---AGGTCTTG-C----A-----C-ATC-T---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCG-AC----CA-GGTATCGTTTG-AAA--C--GT-GTANGCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACGTTTTATAAGAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGANAAAAGAATTTCATCAGATGTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGNGTNTAGTTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTGGGNTTCATTCTGAGTATTCTGGATCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCCTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCNCACTCCATTCNAATTTNAACCGGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TTCCCATATTG---GGNTTGAAAA-CA-TTGCTTAGTTTCTTTTTTTTAAATATANAACAAGATATAAGTGTGGTTNGTGAAACACT
Reference ( family-6602 ) : TGCTTATCTNACTGGTNTTTGATTTCAGTGTATGTTTCTGTGTTTGGTACATATTTAAGTTGTCANTNTTTTGTAATTGANTA---ATTTCGGAC---A-GA-TCTGGCAACGAAG-T-ACANAAAT-GT-----AGN-A-C---AT---T--AT-ATTCT--G----ACA--CCTCCA--C---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACG---TTGGACC-GAA----ACA--AATTAA---T-GGG-AATTCC-----CAAATT----GATACGAT-TG----GTTAT---T------A---T-----TTG-CTNG-TCG--TCCAAT-G-AA---A-AC-TCG---CGTCTCTG-A--TC---ACTT-T-----C-GAC-T---AGGTCTTG-C----A-----C-ATC-T---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCG-AC----CA-GGTATCGTTTG-AAA--C--GT-GTANGCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACGTTTTATAAGAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGANAAAAGAATTTCATCAGATGTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGNGTNTAGTTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTGGGNTTCATTCTGAGTATTCTGGATCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCCTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCNCACTCCATTCNAATTTNAACCGGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TTCCCATATTG---GGNTTGAAAA-CA-TTGCTTAGTTTCTTTTTTTTAAATATANAACAAGATATAAGTGTGGTTNGTGAAACACT
gi|1 : TGCTTATCTTATTGGTATTT----TCAGTGTATGTT-CTGTGTTTGGTACA-ATTTAAGTTGTCAATTTTTTGTAATTAATTAGAGAGTTTTGAC---AAGACTCTGA-----AAG-TTACATAAGTTGTTTTCGAGTTATC---AT---TTCATTATTCTTCG----ACA--CTTTCA--GTTAGTGCCTTTCAATGACATGCAACAATCCAATA-TA-CATTTGATTTT-CCAACA---TTGGACA-CAACCTCACA--A--TAAG--T-GGG-AGTCCA-----TAAACTTCCCAATAAAAT-TG----GCCATATAT------A---T-----TTA-CTAG-ACACTTCTACTTG-AA---G-AC-TCGA--CATCTCTGCA--TTCA-ACTT-T-----TTGAC-T---AAGTCTTTTC----A-----C-ACC-T---A-C-TTGT--AAA-CAAAGATGGTCG-AC----TA-GGTATCGTTTG-AAAACCA-GTAGTACCCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCTATTTGACACTTTATAAAAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGACAAAAGAATTTCATCAGA-GTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGAGTCTA-TTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTT-GTTTTAACACT-TGTCGTGGATTTCATT-TGAGTATTCTGG-TCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCTTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCCCACTCCATTCTAATTTTAACAGGC-CACTACTGTGATCATAGAACATTAGGATTCCCATATTGGTCGGATTGAAAA-CACTTGCTTAGTTTC-TTTTTTTAAATA-ATAACAAGATATAAGTGTGGTTTGTGAAACACT
gi|10 : CTCCA--C---GTGCCTT-TGAGG---TG---------AATA-TAGCAGTTGATTTTGCCAAC-----T------------------AATT-----T-GG--AATTCC-----CAAATT----GATTCGAT-TA------------C------A-------------------CC--TCCAAT-GAAA---A-AC-TCG---TGT-TTTG-A--TA---ACGT-T-----C-GAC-A---AGGTTTTG-C----T-----C--TC-T---ACC-T-GT--AAA-CAAAGATGag
gi|11 : TTTCTTCAGCG---TTGAAT---AA----AAA--AATC-------GGG-AATTTT-----CAATTT----G---CG----------------------------T-----TT---TCA-TCA--TCCAAT-G-AA---C-AT-ACA-------TCTG-AAGTC---ACTT-T-----T-GTC-T---AG-TCTTG-C----G-----C--TC-T---A-C-TTGT--AAA-CAAAGATGG-----T----CA-GGTGTCGTTTG-GTA--C--Gt
gi|12 : -----CAGATT----TACATGATATG----GTTGT---TTTA---A---T-----TTA-TTTAATCA--TATAAT-A-AATATATAC-TTG---CGATTCTG-A--TC---ACTT-T-----C-GAC-T---AGGTCTTG-CTGAGA-----CGAGC-T---A-T-T--T--GA---AAAGATGACCG-AC----CA-TGCATTGTTTcac
gi|13 : GAT-TA----GTTAT---C------A---T-----TTG---GG-TCG--GCCAAT-A-AA---A-AC-TCC---CGTCTCTA-A--TT---ATTT-T-----C-GAC-T---AAGTATTA-C----A-----C-TGT-T---G-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCA-AC----CA-GATATCTTTTcgttaag
gi|14 : ---TTAGACC-GA-------A--AATAAAGATT-TGA-AATTAC-----CAAATT----G------T-TA----TTTAA---T------T---T-----TTG-AAAT-TC---TCGAAA-G--A---A-AC-TTG---TGTCTCTA-A--CC---ATTT-T-----T-AAC-T---ACGTTCTG-C----G-----C--TC-T---A-T-T-cgtcagctctacttg
gi|15 : ---ACTT-T-----T-GAC-A---AGGTCTTG-C----AATATAC-ATG-T---A-CAT-GT--CAA-CAAAGATGGCTG-AT----CA-GGTATCATTTG-A-----------TAAGCTCTtg
gi|16 : ct-T---AGGGCTTA-C----A-------ATT-T---AGC-T-GT--AAA-CAAAGATGAATT-AC----TA-GGGACCATTT-----------T-GTAGGCTCagtcattgatttcaatgtttaaaatcattcaat
gi|17 : CTTG-C----A-----C--TC-T---AGC-T-GT--AAA-TACAGATGGCTGAAT----TA-TGTACCATTTC-AAA--cactaggtaatttcaatgtttcaaattagtcca
gi|18 : -A--CC---ACTT-T-----T-GAC-T---AGGTCTTG-C----A-------ATCTT---G-C-T-GT--AAA-TAAAGATGGCAA-AT----CA-tcctgctttaatgttttgaattacttagtc
gi|19 : aGGTTTTTCGAATG---TCGGGTC--AA----ACAGGAATT-------GGG-AATTCCAATTCCAAATT----GATACGAT-T-----GTCAT---T----------T-----TTcctcatcacaagtgctgctttccatg
gi|2 : TGCTTAT-TAACTGATCTTTGATTTCAGT-TATGTTTCTGTGTTTGGTACATATTT-----GTCATTATTTTGTAATTGAATA---ATTTTGGAC---A-GA-TC---CAATGAAG-T-ACATAAA--GT-----AGT-A-C---AT---C--AT-ATTCT--G----ACA--CTTTCA--T---GTGCCTT-CAATG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACA---TTGGA-C-AAA----ATA--AATTAAG--T-GGG-AATTCC-----AAAATT----GATAGAAT-TG----GTTAT---T------A---T-----TTA-CTAG-ACA--TCTATT-G-AA---G-AC-TCG---CATCTCTG-A--TC---ACTT-T-----T-GAC-T---AAGTCTTT-C----A-----C-ACC-T---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGTCG-AC----TA-GGTATCGTTTGAAAA--CCAGTAGTACCCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACATTTTATAAGAAATTACTC-AATA-CTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCG-TCCAGTGATGAATTCTGTAGT---TCTCTGGCAGCT----AAATACTCA--TTGAC-TGAGAA---AATTTCATCAGATGTATTTGTGGT-TAA--GTGAT-ACTGTGTATAGTTACCCATTATA-CACCTCTCT-CACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTAGGATTCATTCTGAGTA-TCTGGATCATAAATT-CTAAA-CGGCCTGTAAGAAGAG-AGGATAT-GAATG----TCT-ACAAA--CTGAC--ACAG-CTGGCTTGAT-GC-TTTACCATA---CATTCAAATTTAAACCAGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TTCC---ATTG---GGTTTGAAAACCA-TTGCTTAGTTCTTTTTTTTTAAATATAAAACAAG-TAT--GTGT-ATTAGTGAAACACTca
gi|22 : AACCAGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TT-CCATA-TG---GGGTTGAAAA-CA-TTGCTTAGTTTCTTtg
gi|23 : a---ACTT-T-----C-GAT-T---AGGTCTTG-C-------------TC-G---AAC-T-GT--AAA-CAAAGATGGTCG-CT----TA-AGTATCGTTT
gi|3 : TAATTGAGTA---ATTTCAAGCTTTA-TT-TCTGGCAACAAAG-T-AGAAAAA--GT-----AGA-A-CCTTATGCTT--AT-GTTCT--CTTCCACATGCCTCCATTC---GC-CCTC-CAATA---TT---------AATA-TGACATT-GATTTTTCCAATG---TTGGACC-AAA----A-----ATGAA---T-TGGTAATTCC-----CAAACT----GATTTGAA-CG----TTTAT---A------ATGTT-----TTG-CTT----G--TCTGAT-G-AA---A-AC-TTT---TGTCTCTG-A--TTGTAACTT-T-----T-GAC-A---GGGTATTG-C----A-----C-GT--T---ATC-T-GT--AAA-CATAAATGGTAA-AC----CA-AGCCTGATTTG------------GTAAGCTCTc
gi|4 : tacaaattcattagaAAGCT-ACAAAAAT-AT-----AGG-A-C---AT---TGAAC-ATTAA--G-----CA--CATTCA--C---GGACCTT-CAAGG---TG---------AATA-TGAC--TTG-------CAGTGATATTGGCCCTAAA----ACA--GATT-------GGA-AATTCC-----CAAATT----GATACGAC-TG----GTTAT---T------A---G-----TT--CTCG-CT--------T-A-AA---A-AA-TAGAACCTTCTTTA-A--TC---GCTT-T-----C-AAC-T---AGGTTTCG-C----A-----C-G-C-T---AGC-T-GT--TCA-TAAAGATGGCCG-AA----AATGGAATCGT------------GTCGTAAGCTCTTTTAa
gi|5 : attattctaagtttccttaatc--CCTCCA--T---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AAAAATAACATTTGATTTT-CCAACA---GTGGACCTAAA----ATA--AACT-------GGG-AATTCC-----AAAAAT----CACATGAT-TGTATGGTTAT---C------A---T-----TT--TTAA-TTG--TCCA-T-C-AA---A-ACATCT---TGTCTCTA-A--AT---GCTA-T-----T-GACGT---AGGTCTTC-C----A-----C--TC-T---AGC-T-GT--AAA-CAAAAATGGCTG-AC----TA-TGTGTTGTTT-----------T-GTACGCTCT----------AATAGCTGGT-TTTGATGTATT-----AAATTATTCAA
gi|6 : TGCTTT-CTAGG---TG---------TATG-CAATGTTTGATTTTTCCAACA---ATGGACCAGAA----ACA--A--TAA---T---A-AATTCC-----TAAATT----GATACAAT-TG----GTCAT---T------A---T-----TC--TTGG-TCG--CCCAGT-A-AA---ATAC-T-G---TGTCTTTT-A--TT---ACTT-T-----C-GAC-TACGAAGTTTAT-T----A-----T-ATC-T-----C----T--AAG-CAA-------TG-AC----CA-GGAATCAAATG-AAA--t
gi|7 : caaaTTGATTTTTCCAACG---TCGGAC--GAA----AAA--GA--AA---TTGAG-AATTTC-----CAAATT----GATGCGAT-TA----GTTAT---TTTTAAAA---TAATCATTGTTTTG-TCG--TTCAGT-G-AA---C-AT-TTG---CGTCTTTA-A--TA---ACTTATAATTAC-GAC-C---AAGTC
gi|8 : TTTGATTTT-CCAACA---TTGGACCAGCA----GCA--AAT------T-GAG-AATTCA-----TAAATT----TATATGAT-TA----GTTAG---C------A---G-----TT---TGG-CCA--ACCAAT-T-AA---A-AT-GTG---TGTCTC---A--TC---ACTT-T-----C-GAC-----AAGTTTTA-C----A---------C-TGAAA-C-T-GT--AAATCAA--CTGGCCA-AT----CA-gtaaaccaagtatcatttcataggc
gi|9 : AA---T-GGG-A-TTTC-----CAAATG----AATGCGAT-TA----TTTAT---T------A---T-----TTG----G-TCG--TCCAAT-----------C-TAT---CGTCTGTA-A--TC---ACTT-T-----C-AAG-T---TGATCTTG-C----A-----C-TTT-A---A-C-T-GTACAAA-GAAAGCTGGCCA-ACCATGCA-AGTATCTTTTtaactgactgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AGGTCTCGCACTCTAGCTGTACACAAACATGGCCAGCTTGGTATTAGTAGCCAGTTTTGAT
Unaligned ( gi|21 ): ATACTTTGACGTTAGTGCACTCAAGCTGTAGATAAAGGTGGCTGACCAGATGTTGTTTGGT
Alignments
lowQualScore : 1 2222 1 1 1 22222 222 444444444444444444 111 5555555555555555555555555555555555555555555 11 222222 111 222222222 4444444444444444444444444 4444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222 6666666666666 1 1 1 1 222 2222 11 1 222 1 1 11 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2222 1 11 11 1 1 1 222 2222 1 11 11 11 222 1 1 1 1 11 1
lowQualScore : 5 1 1 4444 5 5 5 77777 1 1 1 333 44 111111111111111111 111 1 8888888888888888888888888888888888888888888 11 000000 5 0 000 222222222 5 0 0 8 7777 6666666666666666666666666 3 77777 6666 0 2 77777 0000000000000000000000000000000000 1 777 99999 2 999999 33 33 777 2 55555 2 55555 2 8888888888888888888888 2 4 33 2 0 2 5555 2 5555555555555 1 3 3 0 88888 2 5 5 111 3333 88 5 1 111 5 5 77 5 1 1 5 5 5 5 5 1 5 5 5 5 5 5 5 3333 5 77 88 5 5 5 1 000 1 1 0 7 8888 3 88 88 88 6 6 7 333 1 3 3 7 5 1 5 88 5 1
lowQualScore : . . . .... . . . ..... . . . ... .. .................. ... . ........................................... .. ...... . . ... ......... . . . . .... ......................... . ..... .... . . ..... .................................. . ... ..... . ...... .. .. ... . ..... . ..... . ...................... . . .. . . . .... . ............. . . . . ..... . . . ... .... .. . . ... . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . .... . .. .. . . . . ... . . . . .... . .. .. .. . . . ... . . . . . . . .. . .
lowQualScore : 0 0 0 0000 0 5 5 00000 0 0 0 333 33 333333333333333333 000 0 5555555555555555555555555555555555555555555 00 333333 7 7 000 999999999 7 1 1 7 7777 0000000000000000000000000 1 11111 1111 3 7 11111 1111111111111111111111111111111111 9 444 00000 9 444444 11 77 444 4 99999 4 00000 2 8888888888888888888888 2 4 22 4 2 5 3333 5 2222222222222 0 2 3 7 00000 0 0 5 000 5555 00 5 0 000 5 5 55 5 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 5 0 0 5 0 0000 0 55 55 5 0 5 0 555 0 0 7 3 3333 3 33 33 33 7 7 3 333 0 3 3 3 5 0 5 55 0 0
consensus : TGCTTATCTNACTGGTNTTTGATTTCAGTGTATGTTTCTGTGTTTGGTACATATTTAAGTTGTCANTNTTTTGTAATTGANTA---ATTTCGGAC---A-GA-TCTGGCAACGAAG-T-ACANAAAT-GT-----AGN-A-C---AT---T--AT-ATTCT--G----ACA--CCTCCA--C---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACG---TTGGACC-GAA----ACA--AATTAA---T-GGG-AATTCC-----CAAATT----GATACGAT-TG----GTTAT---T------A---T-----TTG-CTNG-TCG--TCCAAT-G-AA---A-AC-TCG---CGTCTCTG-A--TC---ACTT-T-----C-GAC-T---AGGTCTTG-C----A-----C-ATC-T---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCG-AC----CA-GGTATCGTTTG-AAA--C--GT-GTANGCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACGTTTTATAAGAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGANAAAAGAATTTCATCAGATGTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGNGTNTAGTTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTGGGNTTCATTCTGAGTATTCTGGATCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCCTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCNCACTCCATTCNAATTTNAACCGGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TTCCCATATTG---GGNTTGAAAA-CA-TTGCTTAGTTTCTTTTTTTTAAATATANAACAAGATATAAGTGTGGTTNGTGAAACACT
Reference ( family-6602 ) : TGCTTATCTNACTGGTNTTTGATTTCAGTGTATGTTTCTGTGTTTGGTACATATTTAAGTTGTCANTNTTTTGTAATTGANTA---ATTTCGGAC---A-GA-TCTGGCAACGAAG-T-ACANAAAT-GT-----AGN-A-C---AT---T--AT-ATTCT--G----ACA--CCTCCA--C---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACG---TTGGACC-GAA----ACA--AATTAA---T-GGG-AATTCC-----CAAATT----GATACGAT-TG----GTTAT---T------A---T-----TTG-CTNG-TCG--TCCAAT-G-AA---A-AC-TCG---CGTCTCTG-A--TC---ACTT-T-----C-GAC-T---AGGTCTTG-C----A-----C-ATC-T---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCG-AC----CA-GGTATCGTTTG-AAA--C--GT-GTANGCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACGTTTTATAAGAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGANAAAAGAATTTCATCAGATGTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGNGTNTAGTTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTGGGNTTCATTCTGAGTATTCTGGATCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCCTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCNCACTCCATTCNAATTTNAACCGGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TTCCCATATTG---GGNTTGAAAA-CA-TTGCTTAGTTTCTTTTTTTTAAATATANAACAAGATATAAGTGTGGTTNGTGAAACACT
gi|1 : TGCTTATCTTATTGGTATTT----TCAGTGTATGTT-CTGTGTTTGGTACA-ATTTAAGTTGTCAATTTTTTGTAATTAATTAGAGAGTTTTGAC---AAGACTCTGA-----AAG-TTACATAAGTTGTTTTCGAGTTATC---AT---TTCATTATTCTTCG----ACA--CTTTCA--GTTAGTGCCTTTCAATGACATGCAACAATCCAATA-TA-CATTTGATTTT-CCAACA---TTGGACA-CAACCTCACA--A--TAAG--T-GGG-AGTCCA-----TAAACTTCCCAATAAAAT-TG----GCCATATAT------A---T-----TTA-CTAG-ACACTTCTACTTG-AA---G-AC-TCGA--CATCTCTGCA--TTCA-ACTT-T-----TTGAC-T---AAGTCTTTTC----A-----C-ACC-T---A-C-TTGT--AAA-CAAAGATGGTCG-AC----TA-GGTATCGTTTG-AAAACCA-GTAGTACCCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCTATTTGACACTTTATAAAAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGACAAAAGAATTTCATCAGA-GTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGAGTCTA-TTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTT-GTTTTAACACT-TGTCGTGGATTTCATT-TGAGTATTCTGG-TCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCTTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCCCACTCCATTCTAATTTTAACAGGC-CACTACTGTGATCATAGAACATTAGGATTCCCATATTGGTCGGATTGAAAA-CACTTGCTTAGTTTC-TTTTTTTAAATA-ATAACAAGATATAAGTGTGGTTTGTGAAACACT
gi|10 : CTCCA--C---GTGCCTT-TGAGG---TG---------AATA-TAGCAGTTGATTTTGCCAAC-----T------------------AATT-----T-GG--AATTCC-----CAAATT----GATTCGAT-TA------------C------A-------------------CC--TCCAAT-GAAA---A-AC-TCG---TGT-TTTG-A--TA---ACGT-T-----C-GAC-A---AGGTTTTG-C----T-----C--TC-T---ACC-T-GT--AAA-CAAAGATGag
gi|11 : TTTCTTCAGCG---TTGAAT---AA----AAA--AATC-------GGG-AATTTT-----CAATTT----G---CG----------------------------T-----TT---TCA-TCA--TCCAAT-G-AA---C-AT-ACA-------TCTG-AAGTC---ACTT-T-----T-GTC-T---AG-TCTTG-C----G-----C--TC-T---A-C-TTGT--AAA-CAAAGATGG-----T----CA-GGTGTCGTTTG-GTA--C--Gt
gi|12 : -----CAGATT----TACATGATATG----GTTGT---TTTA---A---T-----TTA-TTTAATCA--TATAAT-A-AATATATAC-TTG---CGATTCTG-A--TC---ACTT-T-----C-GAC-T---AGGTCTTG-CTGAGA-----CGAGC-T---A-T-T--T--GA---AAAGATGACCG-AC----CA-TGCATTGTTTcac
gi|13 : GAT-TA----GTTAT---C------A---T-----TTG---GG-TCG--GCCAAT-A-AA---A-AC-TCC---CGTCTCTA-A--TT---ATTT-T-----C-GAC-T---AAGTATTA-C----A-----C-TGT-T---G-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCA-AC----CA-GATATCTTTTcgttaag
gi|14 : ---TTAGACC-GA-------A--AATAAAGATT-TGA-AATTAC-----CAAATT----G------T-TA----TTTAA---T------T---T-----TTG-AAAT-TC---TCGAAA-G--A---A-AC-TTG---TGTCTCTA-A--CC---ATTT-T-----T-AAC-T---ACGTTCTG-C----G-----C--TC-T---A-T-T-cgtcagctctacttg
gi|15 : ---ACTT-T-----T-GAC-A---AGGTCTTG-C----AATATAC-ATG-T---A-CAT-GT--CAA-CAAAGATGGCTG-AT----CA-GGTATCATTTG-A-----------TAAGCTCTtg
gi|16 : ct-T---AGGGCTTA-C----A-------ATT-T---AGC-T-GT--AAA-CAAAGATGAATT-AC----TA-GGGACCATTT-----------T-GTAGGCTCagtcattgatttcaatgtttaaaatcattcaat
gi|17 : CTTG-C----A-----C--TC-T---AGC-T-GT--AAA-TACAGATGGCTGAAT----TA-TGTACCATTTC-AAA--cactaggtaatttcaatgtttcaaattagtcca
gi|18 : -A--CC---ACTT-T-----T-GAC-T---AGGTCTTG-C----A-------ATCTT---G-C-T-GT--AAA-TAAAGATGGCAA-AT----CA-tcctgctttaatgttttgaattacttagtc
gi|19 : aGGTTTTTCGAATG---TCGGGTC--AA----ACAGGAATT-------GGG-AATTCCAATTCCAAATT----GATACGAT-T-----GTCAT---T----------T-----TTcctcatcacaagtgctgctttccatg
gi|2 : TGCTTAT-TAACTGATCTTTGATTTCAGT-TATGTTTCTGTGTTTGGTACATATTT-----GTCATTATTTTGTAATTGAATA---ATTTTGGAC---A-GA-TC---CAATGAAG-T-ACATAAA--GT-----AGT-A-C---AT---C--AT-ATTCT--G----ACA--CTTTCA--T---GTGCCTT-CAATG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACA---TTGGA-C-AAA----ATA--AATTAAG--T-GGG-AATTCC-----AAAATT----GATAGAAT-TG----GTTAT---T------A---T-----TTA-CTAG-ACA--TCTATT-G-AA---G-AC-TCG---CATCTCTG-A--TC---ACTT-T-----T-GAC-T---AAGTCTTT-C----A-----C-ACC-T---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGTCG-AC----TA-GGTATCGTTTGAAAA--CCAGTAGTACCCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACATTTTATAAGAAATTACTC-AATA-CTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCG-TCCAGTGATGAATTCTGTAGT---TCTCTGGCAGCT----AAATACTCA--TTGAC-TGAGAA---AATTTCATCAGATGTATTTGTGGT-TAA--GTGAT-ACTGTGTATAGTTACCCATTATA-CACCTCTCT-CACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTAGGATTCATTCTGAGTA-TCTGGATCATAAATT-CTAAA-CGGCCTGTAAGAAGAG-AGGATAT-GAATG----TCT-ACAAA--CTGAC--ACAG-CTGGCTTGAT-GC-TTTACCATA---CATTCAAATTTAAACCAGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TTCC---ATTG---GGTTTGAAAACCA-TTGCTTAGTTCTTTTTTTTTAAATATAAAACAAG-TAT--GTGT-ATTAGTGAAACACTca
gi|22 : AACCAGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TT-CCATA-TG---GGGTTGAAAA-CA-TTGCTTAGTTTCTTtg
gi|23 : a---ACTT-T-----C-GAT-T---AGGTCTTG-C-------------TC-G---AAC-T-GT--AAA-CAAAGATGGTCG-CT----TA-AGTATCGTTT
gi|3 : TAATTGAGTA---ATTTCAAGCTTTA-TT-TCTGGCAACAAAG-T-AGAAAAA--GT-----AGA-A-CCTTATGCTT--AT-GTTCT--CTTCCACATGCCTCCATTC---GC-CCTC-CAATA---TT---------AATA-TGACATT-GATTTTTCCAATG---TTGGACC-AAA----A-----ATGAA---T-TGGTAATTCC-----CAAACT----GATTTGAA-CG----TTTAT---A------ATGTT-----TTG-CTT----G--TCTGAT-G-AA---A-AC-TTT---TGTCTCTG-A--TTGTAACTT-T-----T-GAC-A---GGGTATTG-C----A-----C-GT--T---ATC-T-GT--AAA-CATAAATGGTAA-AC----CA-AGCCTGATTTG------------GTAAGCTCTc
gi|4 : tacaaattcattagaAAGCT-ACAAAAAT-AT-----AGG-A-C---AT---TGAAC-ATTAA--G-----CA--CATTCA--C---GGACCTT-CAAGG---TG---------AATA-TGAC--TTG-------CAGTGATATTGGCCCTAAA----ACA--GATT-------GGA-AATTCC-----CAAATT----GATACGAC-TG----GTTAT---T------A---G-----TT--CTCG-CT--------T-A-AA---A-AA-TAGAACCTTCTTTA-A--TC---GCTT-T-----C-AAC-T---AGGTTTCG-C----A-----C-G-C-T---AGC-T-GT--TCA-TAAAGATGGCCG-AA----AATGGAATCGT------------GTCGTAAGCTCTTTTAa
gi|5 : attattctaagtttccttaatc--CCTCCA--T---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AAAAATAACATTTGATTTT-CCAACA---GTGGACCTAAA----ATA--AACT-------GGG-AATTCC-----AAAAAT----CACATGAT-TGTATGGTTAT---C------A---T-----TT--TTAA-TTG--TCCA-T-C-AA---A-ACATCT---TGTCTCTA-A--AT---GCTA-T-----T-GACGT---AGGTCTTC-C----A-----C--TC-T---AGC-T-GT--AAA-CAAAAATGGCTG-AC----TA-TGTGTTGTTT-----------T-GTACGCTCT----------AATAGCTGGT-TTTGATGTATT-----AAATTATTCAA
gi|6 : TGCTTT-CTAGG---TG---------TATG-CAATGTTTGATTTTTCCAACA---ATGGACCAGAA----ACA--A--TAA---T---A-AATTCC-----TAAATT----GATACAAT-TG----GTCAT---T------A---T-----TC--TTGG-TCG--CCCAGT-A-AA---ATAC-T-G---TGTCTTTT-A--TT---ACTT-T-----C-GAC-TACGAAGTTTAT-T----A-----T-ATC-T-----C----T--AAG-CAA-------TG-AC----CA-GGAATCAAATG-AAA--t
gi|7 : caaaTTGATTTTTCCAACG---TCGGAC--GAA----AAA--GA--AA---TTGAG-AATTTC-----CAAATT----GATGCGAT-TA----GTTAT---TTTTAAAA---TAATCATTGTTTTG-TCG--TTCAGT-G-AA---C-AT-TTG---CGTCTTTA-A--TA---ACTTATAATTAC-GAC-C---AAGTC
gi|8 : TTTGATTTT-CCAACA---TTGGACCAGCA----GCA--AAT------T-GAG-AATTCA-----TAAATT----TATATGAT-TA----GTTAG---C------A---G-----TT---TGG-CCA--ACCAAT-T-AA---A-AT-GTG---TGTCTC---A--TC---ACTT-T-----C-GAC-----AAGTTTTA-C----A---------C-TGAAA-C-T-GT--AAATCAA--CTGGCCA-AT----CA-gtaaaccaagtatcatttcataggc
gi|9 : AA---T-GGG-A-TTTC-----CAAATG----AATGCGAT-TA----TTTAT---T------A---T-----TTG----G-TCG--TCCAAT-----------C-TAT---CGTCTGTA-A--TC---ACTT-T-----C-AAG-T---TGATCTTG-C----A-----C-TTT-A---A-C-T-GTACAAA-GAAAGCTGGCCA-ACCATGCA-AGTATCTTTTtaactgactgt
blockSeqs : . A C GATT . T T . T A A . TG TTTATTTCTGGCAACA CT T GTAGAACCTTATGCTTATGTTCTCTTCCA TG TTC . . . A G GATA CAAAATAAATTAAGT T AATTC . A GTATG TTTTAAAATAATCATTGTTTTGTCG A GA TATAT A AGAACC G AG GTA A AATTA . TACG . TGAGACGAGCTA A T AC T A CATG T GAAAACCAGTA A T . ATAAG A . . . . . . G . T . . . T A G . . A C A C . A . . . . . . . . . . . A . A A A . . . . . C C T . T C . T T A . . . A
blockSeqs : G . CA AGATCCAATG T A TATAGGACATTGAACATTAAG . C . . . . T G CGAAAATAAAGATT . . . . A TTTAATTTATTTAATCA A G AT . CGT G . . . . . GT . AATATACATGTA . . . . . . . GTC G T . . . A . . . . . . . . . G . . T
blockSeqs : T A GTAGTACATCATATTCTGA . T . . . . T G CAGAAACAATAAT . . . . G TATTTACTAGACA A A A . TGC G . . . . . A . TCTCTAC . . . . . . . GA C .
blockSeqs : . C . . . . T A CAAACAGGAATT . . . . A AATGTTTTGCTTG A A C . CCC A . . . . . T . ACTGTTG . . . . . . . T A
blockSeqs : T . . . . T G CTAAAACAGATT . . . . A TTTTTGAAATTC A G A . TGT A . . . . . T . AATTTAG . . . . . . . G A
blockSeqs : . . . . T A CTAAAATAAACT . . . . G CATTTTTAATTG T G A . CGC G . . . . . T . ACTCTAG . . . . . . . T C
blockSeqs : T A GAAAAAGAAATT . . . . G TATTCTTGGTCG A G G . TTT G . . . . . T . AATCTTG . . . . . . .
blockSeqs : . G CAGCAGCAAATT . . . . G CATTTGGGTCG G A A . CTT A . . . . . A . ACACCTA . . . . . . .
blockSeqs : . A CAAAAATGAAT . . . . G TAGTTCTCGCT G C A . TGC A . . . . . T . ACGTTAT . . . . . . .
blockSeqs : . . AAAAAAATC . . . . A CAGTTTGGCCA A A A . TGT T . . . . . T . ACGCTAG . . . . . . .
blockSeqs : AATTT . . . . A TATTTGGTCG A G C . ATC A . . . . . T . ACTCTAG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A TTTTCATCA . T A . CA A . . . . . T . ACTGAAA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CACC . . . . GT . . . . . . A . ACTTTAA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . GCTCTA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . GCTCTA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . ATATCT . . . .
blockSeqs : . . TCGAA . .
blockSeqCons : C***** *** ********* CAAAACAAAAATT************ **** TATTTGGTCG************************ G** CGC*** G* *** GA***********
originalCons : TGCTTATCTNACTGGTNTTTGATTTCAGTGTATGTTTCTGTGTTTGGTACATATTTAAGTTGTCANTNTTTTGTAATTGANTA---ATTTCGGAC---A-GA-TCTGGCAACGAAG-T-ACANAAAT-GT-----AGN-A-C---AT---T--AT-ATTCT--G----ACA--CCTCCA--C---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACG---TTGGACC-GAA----ACA--AATTAA---T-GGG-AATTCC-----CAAATT----GATACGAT-TG----GTTAT---T------A---T-----TTG-CTNG-TCG--TCCAAT-G-AA---A-AC-TCG---CGTCTCTG-A--TC---ACTT-T-----C-GAC-T---AGGTCTTG-C----A-----C-ATC-T---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCG-AC----CA-GGTATCGTTTG-AAA--C--GT-GTANGCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACGTTTTATAAGAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGANAAAAGAATTTCATCAGATGTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGNGTNTAGTTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTGGGNTTCATTCTGAGTATTCTGGATCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCCTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCNCACTCCATTCNAATTTNAACCGGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TTCCCATATTG---GGNTTGAAAA-CA-TTGCTTAGTTTCTTTTTTTTAAATATANAACAAGATATAAGTGTGGTTNGTGAAACACT
finalCons : TGCTTATCTNACTGGTNTTTGATTTCAGTGTATGTTTCTGTGTTTGGTACATATTTAAGTTGTCANTNTTTTGTAATTGANTA---ATTTCGGAC---A-GA-TCTGGCAACGAAG-T-ACANAAAT-GT-----AGN-A-C---AT---T--AT-ATTCT--G----ACA--CCTCCAC-----GTGCCTT-CAAGG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACG---TTGGACCAAAACAAAAATT------------GGG-AATTCC-----CAAATT----GATACGAT-TG----GTTATTATTTGGTCG------------------------TCCAATG--AA---A-AC-TCGC---GTCTCTG-A--TC---ACTT-T-----C-GAC-T---AGGTCTTG-C----A-----C-ATC-T---A-C-T-GT--AAA-CAAAGATGGCCG-AC----CA-GGTATCGTTTGA-----------GTANGCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACGTTTTATAAGAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGANAAAAGAATTTCATCAGATGTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGNGTNTAGTTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTGGGNTTCATTCTGAGTATTCTGGATCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCCTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCNCACTCCATTCNAATTTNAACCGGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TTCCCATATTG---GGNTTGAAAA-CA-TTGCTTAGTTTCTTTTTTTTAAATATANAACAAGATATAAGTGTGGTTNGTGAAACACT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AGGTCTCGCACTCTAGCTGTACACAAACATGGCCAGCTTGGTATTAGTAGCCAGTTTTGAT
Unaligned ( gi|21 ): ATACTTTGACGTTAGTGCACTCAAGCTGTAGATAAAGGTGGCTGACCAGATGTTGTTTGGT
Alignments
lowQualScore : 1 2222 1 1 1 22222 222 444444444444444444 111 5555555555555555555555555555555555555555555 11 222222 111 222222222 222222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 2222222222222222222222 55555555555 1 1 1 1 222 2222 11 1 222 1 1 11 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2222 1 11 11 1 1 1 222 2222 1 11 11 11 222 1 1 1 1 11 1
lowQualScore : 5 1 1 4444 5 5 5 77777 1 1 1 333 44 111111111111111111 111 1 8888888888888888888888888888888888888888888 11 000000 5 0 000 222222222 5 0 0 8 7777 444444444444444444 77777 6666 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 33 44 44444 777777 33 66 444 33 2 55555 55555 2 8888888888888888888888 6 33 2 0 2 5555 2 2 44444444444 1 3 3 0 88888 2 5 5 111 3333 88 5 1 111 5 5 77 5 1 1 5 5 5 5 5 1 5 5 5 5 5 5 5 3333 5 77 88 5 5 5 1 000 1 1 0 7 8888 3 88 88 88 6 6 7 333 1 3 3 7 5 1 5 88 5 1
lowQualScore : . . . .... . . . ..... . . . ... .. .................. ... . ........................................... .. ...... . . ... ......... . . . . .... .................. ..... .... . .................................................... . .. .. ..... ...... .. .. ... .. . ..... ..... . ...................... . .. . . . .... . . ........... . . . . ..... . . . ... .... .. . . ... . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . .... . .. .. . . . . ... . . . . .... . .. .. .. . . . ... . . . . . . . .. . .
lowQualScore : 0 0 0 0000 0 5 5 00000 0 0 0 333 33 333333333333333333 000 0 5555555555555555555555555555555555555555555 00 333333 7 7 000 999999999 7 1 1 7 7777 555555555555555555 77777 1111 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 11 66 00000 111111 11 33 111 22 4 99999 00000 1 8888888888888888888888 7 22 4 2 5 3333 5 6 88888888888 0 2 3 7 00000 0 0 5 000 5555 00 5 0 000 5 5 55 5 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 5 0 0 5 0 0000 0 55 55 5 0 5 0 555 0 0 7 3 3333 3 33 33 33 7 7 3 333 0 3 3 3 5 0 5 55 0 0
consensus : TGCTTATCTNACTGGTNTTTGATTTCAGTGTATGTTTCTGTGTTTGGTACATATTTAAGTTGTCANTNTTTTGTAATTGANTA---ATTTCGGAC---A-GA-TCTGGCAACGAAG-T-ACANAAAT-GT-----AGN-A-C---AT---T--AT-ATTCT--G----ACA--CCTCCA--C---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACG---TTGGAC-C-A-A---AACAA-A--AATTGGGAATTCC-----CAAATT----GATACGATTG----GTT---------------AT---T-A---T--TT--GG---T-----CGTCCAA-TG-AA---A-AC-TCG-CGTCTCTG-A--TC---A--CTT-T-----CGAC-T---AGGTC-TTGC----A-----C-ATC-T---A-C-TGT--AAA-CAAAGATGGCCG-AC----CA-GGTATCGTTTG----------GTANGCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACGTTTTATAAGAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGANAAAAGAATTTCATCAGATGTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGNGTNTAGTTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTGGGNTTCATTCTGAGTATTCTGGATCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCCTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCNCACTCCATTCNAATTTNAACCGGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TTCCCATATTG---GGNTTGAAAA-CA-TTGCTTAGTTTCTTTTTTTTAAATATANAACAAGATATAAGTGTGGTTNGTGAAACACT
Reference ( family-6602 ) : TGCTTATCTNACTGGTNTTTGATTTCAGTGTATGTTTCTGTGTTTGGTACATATTTAAGTTGTCANTNTTTTGTAATTGANTA---ATTTCGGAC---A-GA-TCTGGCAACGAAG-T-ACANAAAT-GT-----AGN-A-C---AT---T--AT-ATTCT--G----ACA--CCTCCA--C---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACG---TTGGAC-C-A-A---AACAA-A--AATTGGGAATTCC-----CAAATT----GATACGATTG----GTT---------------AT---T-A---T--TT--GG---T-----CGTCCAA-TG-AA---A-AC-TCG-CGTCTCTG-A--TC---A--CTT-T-----CGAC-T---AGGTC-TTGC----A-----C-ATC-T---A-C-TGT--AAA-CAAAGATGGCCG-AC----CA-GGTATCGTTTG---------AGTANGCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACGTTTTATAAGAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGANAAAAGAATTTCATCAGATGTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGNGTNTAGTTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTGGGNTTCATTCTGAGTATTCTGGATCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCCTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCNCACTCCATTCNAATTTNAACCGGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TTCCCATATTG---GGNTTGAAAA-CA-TTGCTTAGTTTCTTTTTTTTAAATATANAACAAGATATAAGTGTGGTTNGTGAAACACT
gi|1 : TGCTTATCTTATTGGTATTT----TCAGTGTATGTT-CTGTGTTTGGTACA-ATTTAAGTTGTCAATTTTTTGTAATTAATTAGAGAGTTTTGAC---AAGACTCTGA-----AAG-TTACATAAGTTGTTTTCGAGTTATC---AT---TTCATTATTCTTCG----ACA--CTTTCA--GTTAGTGCCTTTCAATGACATGCAACAATCCAATA-TA-CATTTGATTTT-CCAACA---TTGGACAC-A-ACCTCACAA-T--AAGTGGGAGTCCA-----TAAACTTCCCAATAAAATTG----GCC---------------ATATAT-A---T--TT--AC---TAGACACTTCTACTTG-AA---G-AC-TCGACATCTCTGCAT-TC---AACTTT-T-----TGAC-T---AAGTCTTTTC----A-----C-ACC-T---A-CTTGT--AAA-CAAAGATGGTCG-AC----TA-GGTATCGTTTGAAAACCAGTAGTACCCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCTATTTGACACTTTATAAAAAATTACTCGAATACCTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCGTTCCAGTGATGAATTCTGTAGTTACTCTCTGGCAGCCCGTAAAATACTCACTTTGACATGACAAAAGAATTTCATCAGA-GTATTTGTGGTATAAGCGTGATAACTGAGTCTA-TTACCCATTATACCACCTCTCTCCACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTT-GTTTTAACACT-TGTCGTGGATTTCATT-TGAGTATTCTGG-TCATAAATTCCTAAACCGGCCTGTAAGAAGAGAAGGATATGGAATGCGCATCTGACAAAGCTTGACATACAGACTGGCTTGATCGCATTTACCCCACTCCATTCTAATTTTAACAGGC-CACTACTGTGATCATAGAACATTAGGATTCCCATATTGGTCGGATTGAAAA-CACTTGCTTAGTTTC-TTTTTTTAAATA-ATAACAAGATATAAGTGTGGTTTGTGAAACACT
gi|10 : CTCCA--C---GTGCCTT-TGAGG---TG---------AATA-TAGCAGTTGATTTTGCCAAC-----T----------------------AATTTGGAATTCC-----CAAATT----GATTCGATTA---------------------------C-A---------------------CCTCCAA-TGAAA---A-AC-TCG-TGT-TTTG-A--TA---A--CGT-T-----CGAC-A---AGGTT-TTGC----T-----C--TC-T---ACC-TGT--AAA-CAAAGATGag
gi|11 : TTTCTTCAGCG---TTGAAT---------AA-AA-A--AATCGGGAATTTT-----CAATTT----G---CG-T-----------------------------------T--TT--CA---T-----CATCCAA-TG-AA---C-AT-ACA-----TCTG-AAGTC---A--CTT-T-----TGTC-T---A-GTC-TTGC----G-----C--TC-T---A-CTTGT--AAA-CAAAGATGG-----T----CA-GGTGTCGTTTG----------GTACGCt
gi|12 : T----GATATGGTTG----TTTTA-------------AT---TTA---T--TT--AA---T-----CATATAA-TA-AATATATAC-TTG-CGATTCTG-A--TC---A--CTT-T-----CGAC-T---AGGTC-TTGCTGAGA-----CGAGC-T---A-T-T-T--GA---AAAGATGACCG-AC----CA-TGCATTGTTTac
gi|13 : cagatttacaGATTA----GTT---------------AT---C-A---T--TT--GGG--T-----CGGCCAA-TA-AA---A-AC-TCC-CGTCTCTA-A--TT---A--TTT-T-----CGAC-T---AAGTA-TTAC----A-----C-TGT-T---G-C-TGT--AAA-CAAAGATGGCCA-AC----CA-GATATC-TTTT---------CGTCAGCTCTcgttaag
gi|14 : ---TTAGAC-CGA-A---AATAA-A--GATTTGAAATTAC-----CAAATT----G------TTA----TTT---------------AA---T-T---T--TT--GAAATT-----C-TCGAA-AG--A---A-AC-TTG-TGTCTCTA-A--CC---A--TTT-T-----TAAC-T---ACGTT-CTGC----G-----C--TC-T---A-T-Tacttg
gi|15 : ---A--CTT-T-----TGAC-A---AGGTC-TTGC----AATATAC-ATG-T---A-CATGT--CAA-CAAAGATGGCTG-AT----CA-GGTATCATTTG---------A-TAAGCTCTtg
gi|16 : ct-T---AGGGC-TTAC----A-------ATT-T---AGC-TGT--AAA-CAAAGATGAATT-AC----TA-GGGACCATTTT----------GTAGGCTCagtcattgatttcaatgtttaaaatcattcaat
gi|17 : C-TTGC----A-----C--TC-T---AGC-TGT--AAA-TACAGATGGCTGAAT----TA-TGTACCATTTcactaggtaatttcaatgtttcaaattagtcca
gi|18 : -A--CC---A--CTT-T-----TGAC-T---AGGTC-TTGC----A-------ATCTT---G-C-TGT--AAA-TAAAGATGGCAA-AT----CA-caaatcctgctttaatgttttgaattacttagtc
gi|19 : aGGTTTTTCGAATG---TCGGGT-C-A-A---A-CAG-G--AATTGGGAATTCCAATTCCAAATT----GATACGATT-----GTC---------------AT---T-----T--TT--cctcatcacaagtgctgctttccatg
gi|2 : TGCTTAT-TAACTGATCTTTGATTTCAGT-TATGTTTCTGTGTTTGGTACATATTT-----GTCATTATTTTGTAATTGAATA---ATTTTGGAC---A-GA-TC---CAATGAAG-T-ACATAAA--GT-----AGT-A-C---AT---C--AT-ATTCT--G----ACA--CTTTCA--T---GTGCCTT-CAATG---TG---------AATA-TAACATTTGATTTTTCCAACA---TTGGAC---A-A---AATAA-ATTAAGTGGGAATTCC-----AAAATT----GATAGAATTG----GTT---------------AT---T-A---T--TT--AC---TAGA--CATCTAT-TG-AA---G-AC-TCG-CATCTCTG-A--TC---A--CTT-T-----TGAC-T---AAGTC-TTTC----A-----C-ACC-T---A-C-TGT--AAA-CAAAGATGGTCG-AC----TA-GGTATCGTTTGAAAACCAGTAGTACCCTCTTTTAACCTGCAGTAGCTTCT-TTTGACATTTTATAAGAAATTACTC-AATA-CTATAGAAAGCAATGATTTTTTTTCTCTCCG-TCCAGTGATGAATTCTGTAGT---TCTCTGGCAGCT----AAATACTCA--TTGAC-TGAGAA---AATTTCATCAGATGTATTTGTGGT-TAA--GTGAT-ACTGTGTATAGTTACCCATTATA-CACCTCTCT-CACCTGCTGGTAGATCTTCCCTTTGGTTAGTTTTAACACTCTGTCGTAGGATTCATTCTGAGTA-TCTGGATCATAAATT-CTAAA-CGGCCTGTAAGAAGAG-AGGATAT-GAATG----TCT-ACAAA--CTGAC--ACAG-CTGGCTTGAT-GC-TTTACCATA---CATTCAAATTTAAACCAGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TTCC---ATTG---GGTTTGAAAACCA-TTGCTTAGTTCTTTTTTTTTAAATATAAAACAAG-TAT--GTGT-ATTAGTGAAACACTca
gi|22 : AACCAGCACA----TG-GATCAT--GACA--AG--TT-CCATA-TG---GGGTTGAAAA-CA-TTGCTTAGTTTCTTtg
gi|23 : a---A--CTT-T-----CGAT-T---AGGTC-TTGC-------------TC-G---AAC-TGT--AAA-CAAAGATGGTCG-CT----TA-AGTATCGTTT
gi|3 : TAATTGAGTA---ATTTCAAGCTTTA-TT-TCTGGCAACAAAG-T-AGAAAAA--GT-----AGA-A-CCTTATGCTT--AT-GTTCT--CTTCCACATGCCTCCATTC---GC-CCTC-CAATA---TT---------AATA-TGACATT-GATTTTTCCAATG---TTGGAC-C-A-A---AA-AT-G--AATTGGTAATTCC-----CAAACT----GATTTGAACG----TTT---------------AT---A-ATGTT--TT--GC---T-----TGTCTGA-TG-AA---A-AC-TTT-TGTCTCTG-A--TTGTAA--CTT-T-----TGAC-A---GGGTA-TTGC----A-----C-GT--T---ATC-TGT--AAA-CATAAATGGTAA-AC----CA-AGCCTGATTTG----------GTAAGCTCTc
gi|4 : tacaaattcattagaAAGCT-ACAAAAAT-AT-----AGG-A-C---AT---TGAAC-ATTAA--G-----CA--CATTCA--C---GGACCTT-CAAGG---TG---------AATA-TGAC--TTG-------CAGTGATATTGGCC-CTA-A---AACAG-A----TTGGAAATTCC-----CAAATT----GATACGACTG----GTT---------------AT---T-A---G--TT---C---T-----CGCTTAA-AA-AATAGA-AC-----CTTCTTTA-A--TC---G--CTT-T-----CAAC-T---AGGTT-TCGC----A-----C-G-C-T---AGC-TGT--TCA-TAAAGATGGCCG-AA----AATGGAATCGTGT----------CGTAAGCTCTTTTAa
gi|5 : attattctaagtttccttaatc--CCTCCA--T---GTGCCTT-CAAGG---TG---------AAAAATAACATTTGATTTT-CCAACA---GTGGAC-C-T-A---AA-AT-A--AACTGGGAATTCC-----AAAAAT----CACATGATTGTATGGTT---------------AT---C-A---T--TTTTAA---T-----TGTCCA--TC-AA---A-ACATCT-TGTCTCTA-A--AT---G--CTA-T-----TGACGT---AGGTC-TTCC----A-----C--TC-T---AGC-TGT--AAA-CAAAAATGGCTG-AC----TA-TGTGTTGTTTT----------GTACGCTCT----------AATAGCTGGT-TTTGATGTATT-----AAATTATTCAA
gi|6 : TGCTTT-CTAGG---TG---------TATG-CAATGTTTGATTTTTCCAACA---ATGGAC-C-AGA---AACAA-T--AAT---AAATTCC-----TAAATT----GATACAATTG----GTC---------------AT---T-A---TTCTT--GG---T-----CGCCCAG-TA-AA---ATAC-T-G-TGTCTTTT-A--TT---A--CTT-T-----CGAC-TACGAAGTT-TATT----A-----T-ATC-T-----C---T--AAG-CAA-------TG-AC----CA-GGAATCt
gi|7 : caaaTTGATTTTTCCAACG---TCGGAC-G-A-A---AA-AG-A--AATTGAGAATTTC-----CAAATT----GATGCGATTA----GTTATTTTTAAAATAATCAT---T-G---T--TT--TG---T-----CGTTCAG-TG-AA---C-AT-TTG-CGTCTTTA-A--TA---A--CTTATAATTACGAC-C---AAGTC-aaatgaaa
gi|8 : TTTGATTTT-CCAACA---TTGGAC-C-------AGCAGCA--AATTGAGAATTCA-----TAAATT----TATATGATTA----GTT---------------AG---C-AG--T--TT--GG---C-----CAACCAA-TT-AA---A-AT-GTG-TGTCTC---A--TC---A--CTT-T-----CGAC-----AAGTT-TTAC----A---------C-TGAAA-C-TGT--AAATCAA--CTGGCCA-AT----CA-gtaaaccaagtatcatttcataggc
gi|9 : ATAA-A--AAT--GGGATTTC-----CAAATG----AATGCGATTA----TTT---------------AT---T-A---T--TT--GG---T-----CGTCCAA-T----------C-TAT-CGTCTGTA-A--TC---A--CTT-T-----CAAG-T---TGATC-TTGC----A-----C-TTT-A---A-C-TGTACAAA-GAAAGCTGGCCA-ACCATGCA-AGTATC-TTTT---------CTTAGGCTCTtaactgactgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AGGTCTCGCACTCTAGCTGTACACAAACATGGCCAGCTTGGTATTAGTAGCCAGTTTTGAT
Unaligned ( gi|21 ): ATACTTTGACGTTAGTGCACTCAAGCTGTAGATAAAGGTGGCTGACCAGATGTTGTTTGGT