lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44 222222 111111 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 22 111 111111111 111111 2222222222 11111 111 11 11 11111 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333
lowQualScore : 6 0 0 44 66 999999 1 9999 6 222222 33 66 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 55 9 777 2 222222222 33 555555 99 2 333333 0000000000 0 2 2 4 2 2 66666 6666666 333 666 22 1 77 3333 1 1 3 77 222 44 33333 3 2 1 444 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888 66666 555 3 9999 555 000 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 55555555555555 2 88 5555 2 5555 33333 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888 777 2222222 9
lowQualScore : . . . .. .. ...... . .... . ...... .. .. .................................................... . .. . ... . ......... .. ...... .. . ...... .......... . . . . . . ..... ....... ... ... .. . .. .... . . . .. ... .. ..... . . . ... .. ................................................. ..... ... . .... ... ... ....................................................................... . .............. . .. .... . .... ..... . .................................................. ... ....... .
lowQualScore : 0 7 6 66 11 111111 9 4444 0 888888 11 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 8 55 8 222 7 666666666 77 000000 44 5 444444 1111111111 2 4 4 7 2 2 55555 8888888 777 111 66 9 22 9999 8 8 8 88 999 33 44444 4 5 8 444 44 3333333333333333333333333333333333333333333333333 88888 888 3 4444 888 444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 77777777777777 9 22 7777 7 7777 11111 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111 888 4444444 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTACGAGTTT-TGAAGGATGTCAAAT--AAA-N-NCTGTAA----GAGGA------GTT-GATT--ACA-AA--N----ATATANAT---G--GTCNATNC-----A--A----TGCTNA-AAAAATGAC-AAAGTTCAA--CTAC-AT-GT------A--AA---T--T--T-TTC-----GAAAA----AT-G--TCGGA-TC-A-CTTT-CAA-AAA-GGCAC-------ATG---CACA--TC--TTC-AA-TGTGTC----CAT-AA-CAACTGTA-CA-AAGTTTGAGGA--AT-GTCAAATT-AGAGGTG-TGAGAG---G--AGTTGATTA----TACACAA-A-----ATAG--A----TACCG-TC-T-AT--ATTCAA----GGCA---TGC-T--T-AA---AAA---TGACAA-G-TT-T-----CAAACTAC-ATG-TAA-T-----G--TTTT------TTTTCGAAAA-AATG--TCGGA-TCACTTT-CAAAAAAGGCA-------C-ATGC-AC----ATC-TTCAATGTG----TCCAT-AACAACTGTATACAA--TCAAAG--TTTGAGGA-ATGTCAAGTT-TANAGGTGT-AGAGGAG---TTGATTA----TA-ACAAAATAGGTA
Reference ( gi|1 ) : CTACATAAATTGTCATAGACTAAAATCCCCTCATCATAACAGCGGTCCCTGTCCAGTTCACTCATATACGAGTTTACGAAGGATGTCAAAT--AAA-G-TCCGTAA----GGGGA------GTT-TATT--ACA-AA--C----ATATAGAT---G--GCCAATGC-----A--A----TGCTCACAAAAGTGA--AACGTTCAT--CTAC-AT-TT------A--AA---T--T--T-TTT-----GAAAA----AT-T--TCGGA-TC-A-CTTT-CAA-AAG-GGCAC-------ATG---CACC--TC--TTC-AT-TGTGTC----CAT-AA-CAACTGTA-CA-GAGTTTGAGGA--AT-CTCAAATT-GAAGGTG-TGTGAG---G--AGTTTGTTA----TATACAG-A-----GTAG--A----TACCG-TC-T-AT--ATTCAA----GGCA---TGC-T--T-AA---AAA---TGACAATG-CTAT-----CAAACTAC-ATG-TAATTGGTGGG--TTTT------TTTCCGAAAA-AATG--TTAGT-TCACTTT-CAAAAAAGGCA-------C-ATGT-AC----ATC-TTCAATGTG----TCTAT-GACAACTGTATACAA--TTAAGG--TTTGGGGA-TTTTCAAATTATATAGGTGT---ACAAG---TTGATTA----TACACAAAATAGTTA
gi|4 : TGTACAAGGTC-TGAAGGATGTCAAAT--AAA-T-GCTGTAT----GAGGA------GTG-GATT--ATG-A---T----A-ATAGAT---ACCGTCTATTC-----A--AAGCATGCTTA--AAAATGAT-AAAGTTCAA--CTAC-AT-GT------A--AA---TGTT--TGTTC-----GAAAACA--AC-G--TCGAA-TC-A-CTTT-CAATAAA-GACAC-------AT-----------C--TTC-AA-TGTGTC----CAT-AA-AAACTGTA-CA-AAGTTTGAGAA--AT-ACCAACTA-AAAGATG-TGGGAG---G--AGTTGATTA----AAT--AA-A-----ATAGGTA----TACCG-TC-T-AT---TTCAA----
gi|10 : aagttcaactacagggtgtacatgtaaacttttcaaagaatgtcgtttcacttccaaaaattcacatgtacatcgtcagtttctagaacagcTGTACAAGGTC-TGAAGGATGGCAAAT--AAA-T-GCTGTAA----GAGAA------GTGGTATG--A-------------TCTAAAT---------AAGAC-----A--C------CCCA-AAAAATGAC-AAAGTTCAA--CTA---T-TT------A--TA---T--T--T-TTTTTC--GAAAA----AA-G--TCGGA-TT-A-CTTT-CAA-ATG-GGCAC-------ATG---CACA--TC--TTC-AA-TGTGTC----CAT-AA-CAACTGCA-CA-AAATTTGAGGA--Aacagtgttagnaccaactaaaagatgtgggaggagttgattacataaaataggtaccgtctatttcaaacaggcttaaaaattaacacgtgtatcattcacatacaaa
gi|5 : caaaaatttaatgcttccataacagcCGAGTTTGAGGAGAATGTCA--T--AGG-GATTTG--A----GAGGA------GTT-CA----ACA-----C----A-ATAGATACCG--GTCTAT-C-----A--AGACATGCTT-TAGAATTAT--CATGT-CAA--CTACGAT-GT------A--AAAGTT--TG-T-TCT-----GAGAA-----T-G--TCGGA-TC-A-CTTT-CAA-AA--TACAC-------GTG---CACA--TC--TTC-AA-TGTGT-----CAT-AG-CAAGTGCA-CACAATTTTGAGGA--AT-C-CAAGTT-agttcaactac
gi|7 : tcaaaaaaatccaattcaagatcagatatgcgtgtctttaagacatgtgtattcaagataagcttaaaagacagaatcaactcatgtaattttcgaaaagttggatgaattttcaaaagaggacatgttattttcaggtgtcataaaactgctAGTTT--GGGGAATGTCAAATTAGAG-G-T--GTGA----GAGGA------GTT-GATT--ACACAA--A----ATAGATAT---C--GTCTATTC-----A--AAGCATGATTA-AAAAATGAC-AAAGTTCAA--CTAC-AT-GT------A--AT---T--T--G-TTT---------------T-T--TTAAA-TG-----TT-GAA-TAA-GGCACGTCATGCATG---CACA--TC--TTC-AA-TGTGTC----CAT-AA-CAACTGTA-CA-AAGTTTGAGGA--AT-GTCAAGTT-AAAGATG-TTAGAG---G--AGTTGATTA----AACAAAGTA-----CTAG--G----TACC---C-T-AC--ATctgttacacaaattgactta
gi|6 : catgtaaattttttaaaagatgtctgatcacttccaaaaaagatacatagaaAGTTT--GAGGAATGTCAAGT--AAAGG-TGCG--A----GAGGA------GTT-GATTTCGCA-AACTC----ATGTAGgtatataggaatacccacccacccacctaaatacctgccattcaccatgtactata
gi|2 : acatctcaatgatccataatcaactataacaagtttggggaatgtcaagttagcgggtgtgtcagaaagagcatggcctagaatgaaggctcacctttttctattcaattaactctgcttaattcaaaacatgccattttttcacaacatacaatatatttacgaaatttccgaggaatgatctgatctatgttcagaaatgacatcacattttcaatgtgtccataacaacagcacaaGAAGGATTTCAAAT--AAA-T-GCTGTAA----GAGAA------AAT-TATT--ACA-AA--A----AT-------------TCAAGAC-----A--A----T-CTAAAAAAAATGACAAAC-TTCAA--CTAC-AT-GG------A--AA---T--T--T-TTG-----GAAAA----AT-G--TAGGA-TC-A-CTTT-CAA-AAA-GACAC-------ATA---CACA--TC--TTC-AA-TGTGTC----CAT-AA-CAACTGTA-TA-AATTTTAAGG----------AATT-AGGGGTA-TGAGAA---G--AGTTGATTA----TATAAAG-ggtcgtattaattcaagcatgcgttaaaaaatttgacaaggtaacaaactacgtgataaa
gi|2 : atgtaaatggcctgaaaaatatgaagtaaaaattgtgagagaagttgatgacagatttgaaggtacatgtaccttgcgttaaaatgacaaagttcaaatgcaagcacatgtatatattttacaaataatattccattacttccaaaaagacatatgcacatattcagtgcttccataacagctgtaaaatgtctGAAAAATATGAAGT--AAA-A-ATTGTGA----GAGAA------GTT-GATG--ACA-GA--TTTGAAGGTACAT---G--TACCTTGCGTTAAA--A----TG---ACAAAGTTCA--AATG--CAA--GCAC-AT-GT------A--TA---T--A--T-TTT-----ACAAATAATAT-T--CC--A-TT-A-CTTC-CAA-AAA-GACAT-------ATG---CACA--TA--TTC-AG-TGCTTC----CAT-AA-CAGCTGTA-AA-ATGTCTGAAGG--AT-TTCAAATA-AATGCTG-TAAGAG---A--AA---ATTA----T-TACAA-A-----A-------------------------ATTCAA----GACA---ATC-T--A-AA---AAAAA-TGACAA-A-CT-T-----CAA-CTAC-ATG-GAA-------A--TTTT------T----GGAAA-AATG--TAGGA-TCACTTT-CAAAAA-GACA-------C-ATAC-AC----ATC-TTCAATGTG----TCCAT-AACAACTGTATA-AATTTTAAGGAATTAGGGG-------------TATGAG------AAGAG---TTGATTA----TATAtacccagttggtactccattacaaagacacctgcccgcaattcgccattattacatgcataagctggatgcacgtcgtgcacttttacctggccaaaaactgaa
gi|3 : atgtaaatggcctGAGGGATGTCAAAT--A------CTGTAA----GAGGA------GTT-GATT--ACA-AA--A----ATAGGCAC------GTCAATAC-----ATGATC--TGCTGA-AAAA--GA--AAAGTTCAA--CTAT-ATGTTTTGTTGG--GG---T--T--T-TTTTTTCAAAAAA----AT-G--TCGGA-TC-G-CTTT-CAA-AAA-GCCGC-------ATG---CACA--TC--TTT-A---GTGT------AT-AA--------------ATTTAGAGGA--AT-ATCAAGTC-AGAG--A-TGTCAG---GCAAGTTTGT------TACACAA-A-----ATAG--A----TAC----C-T-AT--ATaagtacccagttggtactccattacaaagacacctgcccgcaattcgccattattacatgcataagctggatgcacgtcgtgcacttttacctggccaaaaactgaa
gi|11 : gattatctgtaaggaccaaaatttgctggaaatgggatgtttgatattctcctacaagtatttttttcttcaagtgtgcctatttagtattaaaataagttgtatataaaaattatattcctagctgttgtcatggaaacgccagtcaaataaagcaaaacatgaaaatataggccccacaaaatattaaaggtaacattttcgaagaatgtccgatcactcccgaaagacacattgacataaggtctGATGGATGTCAAAT--AAA-T-ACTGTAAAACTGAGGACTTGCAATT-GATT--GTA-AA-------------AC---G--ATCAA--A-----A--A----TG-TCAAAAAATTTAC-AAAATTCAT--CTAC-GT-GT------A--AT---T--T--T-TTT-----CCCAT----TT-TAGTCAGA-TC-A-CTT------AAT-TG--T-------ATG---CA-A--TC--TCCAATATGTGTC----CAA-AA-
gi|16 : gacggcagtacatggatcca--A----TGCTAAAAAAAATGAC-AAAGTTTATAACTAC-AT-GT------A--AA---T--T--T-TTC-----AAAAA----AA-G--TCGGA-TC-A-CT---------------C-------ATG---CACA--TC--TTC-AA-TGTGancaaaactatcaaaaaatttacaaaattcacctataca
gi|15 : atgagaatggactattcaagacA--AATGTCCAA--CTAC-ATGTT------A--AA---T--AAAT-TTT-----AAGAA----ATGT--CCTGA-TC-ATCTTC-CAA-AA--------------------TATC--TCAATTA-AT-TCT-TC----CAT-AA-CAGCTGTATCA-AGGTCTGA
gi|18 : aatgacGTCCAA--CTAC-TT-GT------A--AA---T--TTGT-TTT--------AA----AT-G--TCGGA-AC-A-CTTT--AA-AAA-GACAC-------AAG---CACT--TC--TTC-AA-TGTATC----AAT-AA-CAGTTG
gi|5 : aaTCAA--CT-C-AT-GT------A--A-------T--T-TTC-----GAAAA----GT-T----GGA-TG-AATTTT-CAA-AAG-AGGAC-------ATG---T-TA--TT--TTC-AG--GTGTC-----AT-AA--AACTGCT-C--GAGTTTGAGGAGAAT-GTCA---T-AGGGATT-TGAGAG---G--AGTTCA----------ACAC-A-----ATAG--A----TACCGGTC-T-AT-----CAA----GACA---TGC-T--T-TA---GAA---TTATCATG----T-----CAA-CTACGATG-TAA-----AAG--TTTG------TT-CTGAGAA---TG--TCGGA-TCACTTT-CAAAATA--CA-------C-GTGC-AC----ATC-TTCAATGTG----TC-AT-AGCAAGTGCACACAA--T-------TTTGAGGA--ATCCAAGTTCTGT---TAC---ACAAA---TTGACT
gi|4 : tcaaaaaaatccaattcaagatcagatatgcgtgtctttaagacatgtgtattcaagataagcttaaaagacagaaTAC-AT-GT------A--AA---C--T--T-TTC-----AAAGA----AT-G--TCGTT-TC-A-CTTC-CAA-AAA-TTCAC-------ATG---TACA--TC--GTC-A---GTTTC----TAG-AA-CAGCTGTA-CA-AGGTCTGAAGG--AT-GTCAAATA-AATGCTG-TATGAG---G--AGTGGATTA----TG---AT-A-----ATAG--A----TACCG-TC----T--ATTCAA----AGCA---TGC-T--T-AA---AAA---TGATAAAG-T--T-----C-AACTAC-ATG-TAAATG---------TT------TGTTCGAAAACAACG--TCGAA-TCACTTT-CAATAAAGAC---------------AC----ATC-TTCAATGTG----TCCAT-AAAAACTGTA--------CAAAG--TTTGAGAA-ATACC-AACTA-AAAGATGTGGGAGGAG---TTGATTA-----A-ATAAAATAGGTAta
gi|6 : aagttcaactacagggtgTAT-AT-TT------ACGAA---A--T--T-TCC-----GAGGA----AT-GA-TCTGA-TCTA-TGTT-CAG-AAA-TG-AC-------AT----CACA--TT--TTC-AA-TGTGTC----CAT-AA-CAACAGCA-CA-AAGTTTGAGGA--AT-GTCAAG-T-AAAGGTG-CGAGAG---G--AGTTGATT-----T-CGCAA-ACTCATGTAG--G--------G-TCGT-ATTAATTCAA-----GCA---TGCGT--T-AA---AAAATTTGACAA-G-GTAA-----CAAACTAC-GTGATAAtaccgtctatttcaaacagtgttagnaccaactaaaagatgtgggaggagttgattacataaaataggtaccgtctatttcaaacaggcttaaaaattaacacgtgtatcattcacatacaaa
gi|12 : acatctcaatgatccataatcaactataacaagtttggggaatgtcaagttagcgggtgtgtcagaaagagcatggcctagaatgaaggctcacctttttctattcaattaactctgcttaattcaaaacatgccattttttcacaacatacaaAC-AT-TT------A--AA---G--T--T-TTG-----GAAAA----AA-TAATCAGAATC-A-CTTTTCAA-A---GACAC-------ATG---CACA--TC--TTC-AA-TGTGTC----CATAAA-CAACTGTA-CA-AAGTTTGAGGA--GTGTTCAAATT-a
gi|3 : tatgttcaaattaactgcaataaagggagttgattacataaataggtaccggatcctaatcatgaacagcccctcccccacccaccccccgatagatactactg--T--T-TTC-----GAAGA----AT-G--TCCGA-TC-A-CTCC-CGA-AAG----AC-------A-----------------C-AT-TG-------------A-CA----TA--A-G-GTCTGAGGG--AT-GTCAAAT-----ACTG-TAAGAG---G--AGTTGATTA----CA---AA-A-----ATAG--G----CAC-G-TC-A-AT--A--CAT----GATC---TGC-T--G-AA---AAA----GAAAA-G-TT-------CAA-CTAT-ATG-TT-TTGTTGGGGTTTTT------TTTTCAAAAA-AATG--TCGGA-TCGCTTT-CA-AAAAGCCG-------C-ATGC-AC----ATC-TTTAG--------------------TGTATA-AA--T-------TTAGAGGA-ATATCAAGT--CAGAGATGTCAGGCAAG---TTTGT------TACACAAAATAGATA
gi|20 : gattatctgtaaggaccaaaatttgctggaaatgggatgtttgatattctcctacaagtatttttttcttcaagtgtgcctatttagtattaaaataagttgtatataaaaattatattcctagctgttgtcatggaaacgccagtcaaataaagcaaaacatgaaaatataggccccacaaaatattaaaggtaacaA----AT-G--TCGAA-TC-A-CTCT-CAA-AAAAGGCAC-------ACGTGACACAAATC--TTC-AA-TGTGTTAATTCAT-AG-CAACTGTA-Ccctatat
gi|8 : tacTTT-CAA-AAA-GACAC-------AGG---CACA--TC--TTC-AA-TGTGTC----CAT-AA-CAACTATA-CG-AAGTTTG---------------TT-ATAGGTG-TGAGAG---G--AATTGATTACATGTACACAA-A-----ACTG--T----TATTG----T-AT--ATTCAG----AGCA---TAC-T--T-GA---AAA---TGA---------------CAAACTAC-ATG-AAAATA------------------TTTCG--AA-AATG--------------T-CGAAA---GCA-------CTATGC-AC----ATC-TTCAATGTG----TC-AT-AACCAC-GCA-ACAA----AAAT--TTTGAGGA-ATGTCAAGT--TAGAGGTGT---
gi|14 : ctaCAC-------ATG---CACA--TC--TTC-AA-TGTGTC----CAC-A---AAGTATG-CA-GA--TTG-----------CCAATT-AAAGGTA-TG---A---G--AGTTGATTA----TA-ATA--A-----ATAG--A----AACCG-TC---A---ATTCAAAGTTGGCA---T---------A---AAA---TGACgagaggagtgatatactct
gi|9 : aC--TTA-AA-TGTGTC----CAT-AA-TAACTGTA-CA-ATGTATGAAAA--AT-GTCACGTT-AGAAGTG-TAAGAG---G--AGTTCATTA----TAT--AA-A-----ATAG--G----TACCG----T-AT--ATTCAA----GGCA---TG--T--T-AT---AGG---TGTCGAT
gi|10 : ttcatctcaccagagaacatc--TTT-AA-TGCTTC----CAT-AA-CAGCTGTA-CA-AGGTCTGAAGG--AT-GGCAAATA-AATGCTG-TAAGAG---A--AGT--GGTA----T----------------G--A----T------C-T-AA--AT--AA----GACA---CCC-C--A-AA---AAA---TGACAAAG-TT-------CAA-CTAT-TTA-TA-----------TTTT------TTTTCGAAAA-AA-G--TCGGA-TTACTTT-CAAATG-GGCA-------C-ATGC-AC----ATC-TTCAATGTG----TCCAT-AACAACTGCACAAAA--TTtacacaaagtaggtaccctattcaaggactccgcccacccacccactgtactgtaagtcggatgcacgttgtgcaacccagccaaaca
gi|6 : caaaaaTC----CAT-AATCAACTATAACA--AGTTTGGGGA--AT-GTCAAGTTAGCGGGTG-TGTCAGAAAG--AGCATGGCC----TA----G-A-----ATGA--AGGCTCACCT-TT-TTCT--ATTCAA----TTAACTCTGC-T--T-AATTCAAA-----ACA-TG-CCATTTTTTCACA--AC-ATA-CAAT--ATA-----TTTACGAAATTTCCGAGGA-A-TGATCTGAT-CTATGTT-CAGAAATG--A-------C-AT-C-AC----ATT-TTCAATGTG----TCCAT-AACAACAGCA--------CAAAG--TTTGAGGA-ATGTCAA---GTAAAGGTGCGAGAGGAG---TTGATTtgaggaaagttcaactac
gi|19 : acatctcaatgaTC----CAT-TA-CAGCTGTA-CA-AGGTCTGAAGG--AT-TTCAAAT----AGATGTTGT-AA---G--AGATTATTT----TAtcgcaaactcatgtagggtcgtattaattcaagcatgcgttaaaaaatttgacaaggtaacaaactacgtgataaa
gi|7 : tTA-GA-AAGTTTGGGGA--AT-GTCAAATT-AGAGGTG-TGAGAG---G--AGTTGAT------TACACAA-A-----ATAG--A----TATCG-TC----T--ATTCAA----AGCA---TGA-T--TAAA---AAA---TGACAAAG-T--T-----C-AACTAC-ATG-TAATT--T--G--TTTT------TTT------A-AATG--TT-------------GAATAAGGCACGTCATGC-ATGC-AC----ATC-TTCAATGTG----TCCAT-AACAACTGTA--------CAAAG--TTTGAGGA-ATGTCAAGTTA-A-AGATGTTAGAGGAG---TTGATTA-----A-ACAAAGTAaaaaaaaacaaaaaaaaaca
gi|16 : catgtaaattttttaaaagatgtctgatcacttccaaaaaagatacaT--ATTCAA----GACA---TGC-TAAA-AA---AAA---TGACAAAGTTTAT-------AACTAC-ATG-TAA-------A--TTTT------T---CAAAAA-AA-G--TCGGA-TCACT---------------------C-ATGC-AC----ATC-TTCAATGTG----ctaggtaccctacatgtatataggaatacccacccacccacctaaatacctgccattcaccatgtactata
gi|18 : atgagaatggacT-----CCAACTAC-TTG-TAAAT--------TTGT------TTT------A-AATG--TCGGA-ACACTTT---AAAAAGACA-------C-AAGC-AC----TTC-TTCAATGTA----TCAAT-AACAGTTG
gi|12 : aag------TTTTGGAAAA-AATAA-TCAGAATCACTTTTCAAA---GACA-------C-ATGC-AC----ATC-TTCAATGTG----TCCATAAACAACTGTA--------CAAAG--TTTGAGGAGTGTTCAAATT
gi|20 : tatgttcaaattaactgcaataaagggagttgattacataaataggtaccggatcctaatcatgaacagcccctcccccacccaccccccgatagatactactgacatttaaag-AATG--TCGAA-TCACTCT-CAAAAAAGGCA-------C-ACGTGACACAAATC-TTCAATGTGTTAATTCAT-AGCAACTGTA
gi|8 : tacTTT-CAAAAA-GACA-------C-AGGC-AC----ATC-TTCAATGTG----TCCAT-AACAAC--TATAC------GAAG--TTTG-----T----------TATAGGTGT---GAGAGGAATTGATTACATGTACACAAAACTGTTAc
gi|14 : ctaCA-------C-ATGC-AC----ATC-TTCAATGTG----TCC----ACAAA-GTATGCA-----------------GA-TTGCC-AATTA-A-AGGTAT---GAGAG---TTGATTA----TA-AT-AAATAGttgtatattcagagcatacttgaaaatgacaaactacatgaaaatatttcgaaaatgtcgaaagcactatgcacatcttcaatgtgtcataaccacgcaacaaaaattttgaggaatgtcaagttagaggtgtgagaggagtgatatactct
gi|9 : a-AC----ATCCTTAAATGTG----TCCAT-AATAACTG--TACAA--T----G--TATGAAAA-ATGTCACGT--TAGAAGTGTAAGAGGAG---TTCATTA----T--ATAAAATAGGTAaaaccgtcaattcaaagttggcataaaatgac
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAGGAGTTGGTCACACAAAGTAGGCTCCCTATTCAAGTATGCCTGCCTACCCAGCACCTGCCATTCACTGTAATGTAAGGGCGTCCGCTCACCAGACTATAAACCACATGCACATTGTGCAACCCAGTCAAA
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACACGCACACACTTTCAACTAGCAAGTGCATTAGAAT
Unaligned ( gi|21 ): CACACGCACACACTTTCAACTAACAAGTCCATTTAGAATT
Unaligned ( gi|22 ): TATTCAACATGTAGCATCAACAAAATGATAAATT
Unaligned ( gi|23 ): TTCATCTCACCAGAGAACATCCTTAAAGGGTGTG
Unaligned ( gi|24 ): TGTAACAGGTAAGATATACATTATACAGTAGT
Alignments
lowQualScore : 11 1111 11111111111 1111 333333333333 111 111111 111111111 1111111 1111111111 2222222222 111111111 11111111 111 333333333333333 4444444444444444444 1111111 1111111 6666666 2222 3 222 111
lowQualScore : 7 11 0 77 7777 77777777777 55 1 0000 1 777777777777 5 1 5 666 3 3 44 111111 111111111 6666666 66 333 33 7777777777 2 6666 5 44 2 2 5 33 777 2 444 33 2 77777 2 2 0 33 2 2 5555 33 2 0000000000 2 66666 666666666 33 33333333 555 3 3 666 555 3 000000000000000 4 777 5555555555555555555 4444444 4444 4 4 0 4 1 8 4444444 4 777 66 8888 6 0 3333333 1 4 5555 1 5 5 0 1 0 000 6 111
lowQualScore : . .. . .. .... ........... .. . .... . ............ . . . ... . . .. ...... ......... ....... .. ... .. .......... . .... . .. . . . .. ... . ... .. . ..... . . . .. . . .... .. . .......... . ..... ......... .. ........ ... . . ... ... . ............... . ... ................... ....... .... . . . . . . ....... . ... .. .... . . ....... . . .... . . . . . . ... . ...
lowQualScore : 0 00 8 66 0000 88888888888 00 0 9999 0 777777777777 7 0 7 555 3 8 22 999999 444444444 4444444 88 111 99 1111111111 9 1111 7 11 9 9 7 55 333 4 111 22 4 11111 4 4 5 44 5 4 2222 44 5 9999999999 5 00000 555555555 77 44444444 444 1 3 444 000 6 888888888888888 4 111 7777777777777777777 5555555 2222 4 4 9 4 8 4 4444444 4 888 11 5555 6 9 2222222 1 7 2222 0 0 0 0 4 1 000 7 777
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTACGAGGTC-TGAAGGATGTCAAATAAANACTGTAA----GAGGAGTTG--ATTACAAANATNTGNATGGTCAATACA--A----TGC-TNA-AAAAA-TGACAAA-GTTCA--ACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--TT---C-----GAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAAGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA----TA-CACAAAAT-AGG----TACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TT-AA---AAA---TGA-CAA-G------NT-TCAAACTAC-ATG-T-AA--T------GTT-------TTT------TTTCGAAAA-AATG-TCGGATC-ACTTTCAAAAAAGGCA-------C-ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGTA-A-AA-CAAAGTTTGAGGAATGTCAAG-T-TAGA-GGTG-TGAGAGGAGTTGATTATA-A-CAAAA---TAGGTA
Reference ( family-656 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTACGAGTTT-TGAAGGATGTCAAATAAANNCTGTAA----GAGGAGTTG--ATTACAAANATATANATGGTCNATNCA--A----TGC-TNA-AAAAA-TGACAAA-GTTCA--ACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--TT---C-----GAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAAGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA----TA-CACAAAAT-AGA----TACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TT-AA---AAA---TGA-CAA-G------TT-TCAAACTAC-ATG-T-AA--T------GTT-------TTT------TTTCGAAAA-AATG-TCGGATC-ACTTTCAAAAAAGGCA-------C-ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGTATACAATCAAAGTTTGAGGAATGTCAAGTT-TANA-GGTG-T-AGAGGAGTTGATTATA-A-CAAAA---TAGGTA
gi|1 : TATACGAGTTTACGAAGGATGTCAAATAAAGTCCGTAA----GGGGAGTTT--ATTACAAACATATAGATGGCCAATGCA--A----TGC-TCACAAAAG-TGA-AAC-GTTCA--TCT------ACA---------TTT-------A--AAT-TT--TT---T-----GAAAAA-T----T-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAGGGCACATGCACCTC-T---TCA--TTGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAGAGTTTGAGGA--ATC-T-CAAATTGA-A-GG--TG-TGTGAGGAGTTTGTTA----TA-TACAGAGT-AGA----TACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TT-AA---AAA---TGA-CAATG------CTATCAAACTAC-ATG-T-AA--TTGGTGGGTT-------TTT------TTCCGAAAA-AATG-TTAGTTC-ACTTTCAAAAAAGGCA-------C-ATG---TAC--ATCTTCAATGTG----TCTATGACAACTGTATACAATTAAGGTTTGGGGATTTTCAAATTATATA-GGTG-T-ACA--AGTTGATTATACA-CAAAA---TAGTTA
gi|10 : ctacataaattgtcatagactaaaatcccctcatcataacagcggtccctgtccagttcactcaTTTAATGCT----TCCATAACAGCTGTA------CAAGGTCTGAAGGATGGCAAA---TAAATGCTG-TAAGAGAAGTGG--TATG-ATCTAAA---TAAG
gi|10 : caaaaaTGTACAAGGTC-TGAAGGATGGCAAATAAATGCTGTAA----GAGAAGTGG----TAT---GATCTAAATAA--GACAC----------C-CCA-AAAAA-TGACAAA-GTTCA--ACT------ATT---------TAT-------AT-TTT-TT--TT---C-----GAAAAA-A----G-TCG-GA-TT-A-CTTT-CAAATGGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGC-A-CAAAATTTGAGGA--AAG-T-TCAACTAacaccccaaaaaatgacaaagttcaactatttatattttttttcgaaaaaagtcggattactttcaaatgggcacatgcacatcttcaatgtgtccataacaactgcacaaaatttgaggaaagttcaactac
gi|11 : caaaaatttaatgcttccataacagcGATGGATGTCAAATAAATACTGTAAAACTGAGGACTTGCAATT--GATTGTA-AAACGATCAA--AA--A----TGT-CAA-AAAAT-TTACAAA-ATTCA--TCT------ACG---------TGT-------A--ATT-TT--TTTCCC----------A-TTTTAG-TCA-GA-TC-A-CTT-------AATTGTATGCA-ATC-T---CCAATATGTGTCCAA-AAANCAAAACTATCA-AAAAATTTc
gi|12 : gacggcagtacatggatcca--ATG-TTCAAATTAA-C-TG--CAATAAAGGGAGTTGATTA----CA-T---AAAT-AGG----TACCG-acaaaattcacctataca
gi|12 : t--ACTG-----ACA---------TTT-------A--AAG-TT--TT---G-----GAAAAAAT----AATCA-GAATC-A-CTTTTCAAA--GACACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCATAAA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--GTGTT-CAAATTgatcctaatcatgaacagcccctcccccacccaccccccgatagatactactgacatttaaagttttggaaaaaataatcagaatcacttttcaaagacacatgcacatcttcaatgtgtccataaacaactgtacaaagtttgaggagtgttcaaatt
gi|13 : tatgttcaaattaactgcaataaagggagttgattacataaataggtaccggatcctaatcatgaacagcccctcccccacccaccccccgatagatactAGGAGTTGGT------CA-CACAAAGT-AGG----C-----TC-C-CT--ATTCAA----GTATGCC---TGC-CT-A
gi|14 : aCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCC-----------------A-CAAAGTATGCAGA--TTG-C-C-AATTAA-A-GG--TA-TGA---GAGTTGATTA----TA--AT-AAAT-AGA----AACCG-TC---A---ATTCAAAGTTG---GCA---T-------A---AAA---TGA-Ccccagcacctgccattcactgtaatgtaagggcgtccgctcaccagactataaaccacatgcacattgtgcaacccagtcaaa
gi|15 : aAA-TGACAAATGTCCA--ACT------ACA---------TGTTAAAT--A--AAT-TT--T----------AAGAAA-T----G-TCCTGA-TC-ATCTTC-CAAAA-----------TATC-TCAATTA--ATTCTTCCAT-AA--C--AGCTGT-ATCAAGGTCTGA
gi|16 : ATGGACTATTCA--AGACATGC-TAA-AAAAAATGACAAA-GTTTATAACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--TT---C-----AAAAAA-A----G-TCG-GA-TC-A-CT-------------CATGCACATC-T---TCA--ATGTG
gi|18 : atgagaAA-GTCCA--ACT------ACT---------TGT-------A--AAT-TTGTTT---T--------AAA-T----G-TCG-GA-AC-A-CTTT--AAAAAGACACAAGCACTTC-T---TCA--ATGTATCAAT-AA--C--AGTTG
gi|19 : TCCAT-TA--C--AGCTGT-A-CAAGGTCTGAAGG--ATT-T-CAAA-TAG-ATGT--TG-TAAGAG
gi|2 : t-TGAAAAATATGAAGTAAAAATTGTGA----GAGAAGTTG--ATGACA--GATTTGAA-GGTACATGTA--CCT--TGCGTTA-AAA---TGACAAA-GTTCA--AATGCAAGCACA---------TGT-------A--TATATT--TTA--C-----AAATAA-T----A-TTC-CA-TT-A-CTTC-CAAAAAGACATATGCACATA-T---TCA--GTGCTTCCAT-AA--C--AGCTGT-A-AAATGTCTGAAGG--ATT-T-CAAATAAA-T-GC--TG-TAAGAGAAA---ATTA----T--TACAAAA------------------------ATTCAA----G---ACA---ATC-TA-AA---AAAAA-TGA-CAA-A------CT-TCAA-CTAC-ATG-G-AA---------ATT-------TTT----------GGAAA-AATG-TAGGATC-ACTTTCAAAAA-GACA-------C-ATA---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGTATA-AAT-----TTTAAGGAA--------T-TAGG-GGTA-TGAGAAGAGTTGATTAT--A-TAAAG---TAattattttaaaaaaaaacaaaaaaaaaca
gi|20 : atgtaaatggcc-AATG-TCGAATC-ACTCTCAAAAAAGGCA-------C-ACGTGACACAAATCTTCAATGTGTTAATTCATAGCAACTGTAcccagttggtactccattacaaagacacctgcccgcaattcgccattattacatgcataagctggatgcacgtcgtgcacttttacctggccaaaaactgaa
gi|3 : tacACAAA-AT-----ATT------AAA---------GGT-------A--ACA-TT--TT---C-----GAAGAA-T----G-TCC-GA-TC-A-CTCC-CGAAA-GACACATTGACAT---------------------------------------AAGGTCTGAGGG--ATG-T-CAAAT------AC--TG-TAAGAGGAGTTGATTA----CA----AAAAT-AGG----CAC-G-TC-A-AT--A--CAT----G---ATC---TGC-TG-AA---AAA----GA-AAA-G------TT-C--AACTAT-ATG-T-TT--T------GTTGGGGTTTTTT------TTTCAAAAA-AATG-TCGGATC-GCTTTC-AAAAAGCCG-------C-ATG---CAC--ATCTTTAGTGTA----T---------------------AAATTTAGAGGAATATCAAG-T-CAGA-GATG-TCAGGCAAGTTTGTTAC--A-CAAAA---TAGATAc
gi|3 : gattatctgtaaggaccaaaatttgctggaaatgggatgtttgatattctcctacaagtatttttttcttcaagtgtgcctatttagtattaaaataagttgtatataaaaattatattcctagctgttgtcatggaaacgccagtcaaataaagcaaaacatgaaaatataggccccAGGTC-TGAGGGATGTCAAATA----CTGTAA----GAGGAGTTG--ATTACAAAAATAGGCAC-GTCAATACATGATC--TGC-TGA-AAAA---GA-AAA-GTTCA--ACT------ATA---------TGTTTTGTTGG--GGT-TT--TT---TTTTCAAAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-G-CTTT-CAAAAAGCCGCATGCACATC-T---TTA--G--------------------TGT-A-TAAATTTAGAGGA--ATA-T-CAAGTCAG-A-GA--TG-TCAGGCAAGTTTGT------TA-CACAAAAT-AGA----TAC----C-T-AT--ATcctatat
gi|4 : gattatctgtaaggaccaaaatttgctggaaatgggatgtttgatattctcctacaagtatttttttcttcaagtgtgcctatttagtattaaaataagttgtatataaaaattatattcctagctgttgtcatggaaacgccagtcaaataaagcaaaacatgaaaatataggccccacaaaatattaaaggtaacattttcgaagaatgtccgatcactcccgaaagacacattgacataAA-GTTCA--ACT------ACAGGGTGTACATGT-------A--AAC-TT--TT---C-----AAAGAA-T----G-TCG-TT-TC-A-CTTC-CAAAAATTCACATGTACATC-G---TCA----GTTTCTAG-AA--C--AGCTGT-A-CAAGGTCTGAAGG--ATG-T-CAAATAAA-T-GC--TG-TATGAGGAGTGGATTA----TG----ATAAT-AGA----TACCG-TC----T--ATTCAA----A---GCA---TGC-TT-AA---AAA---TGA-TAA-A------GT-TC-AACTAC-ATG-TAAA--T------G---------TTT------GTTCGAAAACAACG-TCGAATC-ACTTTCAATAAAG--------------A---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAAAAACTGTA------CAAAGTTTGAGAAATACCAA-CT-AAAA-GATG-TGGGAGGAGTTGATTA-A-A-TAAAA---TAGGTA
gi|4 : -CAACTAAA-A-GA--TG-TGGGAGGAGTTGAT------TA-CATAAAAT-AGG----TACCG-TC-T-AT---TTCAA--------ACA---GGC-TT-AA---AAAT--TAA-CAC-G------Ttaccgtctatttcaaacagtgttagnaccaactaaaagatgtgggaggagttgattacataaaataggtaccgtctatttcaaacaggcttaaaaattaacacgtgtatcattcacatacaaa
gi|5 : aagttcaactacagggtgtacatgtaaacttttcaaagaatgtcgtttcacttccaaaaattcacatgtacatcgtcagtttctagaacagctgtacaaggtctgaaggatgtcaaataaatgctgtatgaggagtggattatgataatagataccgtctattcaaagcatgcttaaaaatgataaagttcaactacatgtaaatgtttgttcgaaaacaacgtcgaatcactttcaataaagacacatcttcaatgtgtccataaaaactgtacaaagtttgagaaataccaactaaaagatgtgggaggagttgattaaataaaataggtataccgtctatttcaaacagtgttagnacTTA-AGACATGTGTAT--TCAAGATA--A-----GC-TTA-AAA----GACAGA-AT-CA--ACT-------CA---------TGT-------A--A---TT--TT---C-----GAAAA-------G-TTG-GA-TG-AATTTT-CAAAAGAGGACATGT-TATT-T---TCA--G-GTGTC-AT-AA-----AACTGC-T-CGA-GTTTGAGGAGAATG-T-CA---TAG-G-GA--TT-TGAGAGGAGTTCA--------A-CACAA--T-AGA----TACCGGTC-T-AT-----CAA----G---ACA---TGC-TT-TA---GAA---TTATCAT-G------TC----AACTACGATG-T-AA--A------AGT-------TTG------TTCTGAGAA---TG-TCGGATC-ACTTTCAAAATA--CA-------C-GTG---CAC--ATCTTCAATGTG----T-CATAGCAAGTGCACACAAT-----TTTGAGGAAT-CCAAGTT-gtatcattcacatacaaa
gi|6 : tcaaaaaaatccaattcaagatcagatatgcgtgtctACATC-T----CA--ATG-ATCCAT-AAT-C--AACTAT-A-ACAAGTTTGGGGA--ATG-T-CAAGTTAGCG-GG--TG-TGTCAGAAA--GAGCA----TGGCCTAGAAT-GAAGGCTCACCT-TT-TTCT--ATTCAA----T---TAACTCTGC-TT-AATTCAAA-----A-CAT-GCCATTTTT-TCACA--AC-ATA-C-AA--T------ATA-------TTTACGAAATTTCCGAGG-AATGATCTGATCTATGTTCAGAAATG--A-------C-AT----CAC--ATTTTCAATGTG----TCCATAACAACAGCA------CAAAGTTTGAGGAATGTCAAG---TAAA-GGTG-CGAGAGGAGTTGATTctgttacacaaattgactta
gi|6 : ACAAC-ATACA--A-T------ATA---------TTT-------ACGAAA-TT--TC---C-----GAGGAA-T----GATCT-GA-TCTA-TGTT-CAGAAATG-ACAT-CACATT-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACAGC-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAG-TAA-A-GG--TG-CGAGAGGAGTTGATT-----T--CGCAAACTCATG----TAGGG-TCGT-ATTAATTCAA--------GCA---TGCGTT-AA---AAAATTTGA-CAA-G------GTAACAAACTAC-GTGAT-AA--tcgcaaactcatgtagggtcgtattaattcaagcatgcgttaaaaaatttgacaaggtaacaaactacgtgataaa
gi|7 : acatctcaatgatccataatcaactataacaagtttggggaatgtcaagttagcgggtgtgtcagaaagagcatggcctagaatgaaggctcacctttttctattcaattaactctgcttaattcaaaacatgccattttttcCA---------TGT-------A--AAT-TT--TT---T-----AAAAGA-T----G-TCT-GA-TC-A-CTTC-CAAAAAAGa
gi|7 : T-A-GAAAGTTTGGGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGAT------TA-CACAAAAT-AGA----TATCG-TC----T--ATTCAA----A---GCA---TGA-TTAAA---AAA---TGA-CAA-A------GT-TC-AACTAC-ATG-T-AATTT------GTT-------TTT------TT------A-AATG-TTGAAT------------AAGGCACGTCATGC-ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGTA------CAAAGTTTGAGGAATGTCAAG-T-TAAA-GATGTT-AGAGGAGTTGATTA-A-A-CAAAGTACTAGGTAatacatagaaagtttggggaatgtcaaattagaggtgtgagaggagttgattacacaaaatagatatcgtctattcaaagcatgattaaaaaatgacaaagttcaactacatgtaatttgtttttttaaatgttgaataaggcacgtcatgcatgcacatcttcaatgtgtccataacaactgtacaaagtttgaggaatgtcaagttaaagatgttagaggagttgattaaacaaagtactaggtaccctacatgtatataggaatacccacccacccacctaaatacctgccattcaccatgtactata
gi|8 : catgtaaattttttaaaagatgtctgatcacttccaaaaaagatacaTTT-CAAAAAGACACAGGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTAT-A-CGAAGTTTG----------------TTAT-A-GG--TG-TGAGAGGAATTGATTACATGTA-CACAAAAC-TGT----TATTG-T----AT--ATTCAG----A---GCA---TAC-TT-GA---AAA---TGA----------------CAAACTAC-ATG-A-AA-------------------ATA------TTTCG--AA-AATG-TCG---------------AAAGCA-------CTATG---CAC--ATCTTCAATGTG----T-CATAACCAC-GCA-ACAA--AAATTTTGAGGAATGTCAAG-T-TAGA-GGTG-TGAGAGGAG-TGA-TATA-ccctacatgtatataggaatacccacccacccacctaaatacctgccattcaccatgtactata
gi|9 : ctaACATCCT---TAA--ATGTGTCCAT-AA--T--AACTGT-A-CAATGTATGAAAA--ATG-T-CACGTTAG-A-AG--TG-TAAGAGGAGTTCATTA----T---ATAAAAT-AGG----TACCG----T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGT-Tctct
gi|9 : ttcatctcaccagagaATTCA-A-GGCATG-TTATAGGTGTCGATTA-------CACAAAGT-AGG----TACC---C----T--ATTCAA----G---Gataggtgtcgattacacaaagtaggtaccctattcaaggactccgcccacccacccactgtactgtaagtcggatgcacgttgtgcaacccagccaaaca
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACACGCACACACTTTCAACTAGCAAGTGCATTAGAAT
Unaligned ( gi|21 ): CACACGCACACACTTTCAACTAACAAGTCCATTTAGAATT
Unaligned ( gi|22 ): TATTCAACATGTAGCATCAACAAAATGATAAATT
Unaligned ( gi|23 ): TTCATCTCACCAGAGAACATCCTTAAAGGGTGTG
Unaligned ( gi|24 ): TGTAACAGGTAAGATATACATTATACAGTAGT
Alignments
lowQualScore : 1111 222222 11111 333333333333333333333333 111 111111 111111111 1111111 1111111111 2222222222 111111111 11111111 111 33333333333 4444444444444444444 1111111 1111111 444444 222 111
lowQualScore : 0 8 1 77 4444 333333 0 55555 3333 444444444444444444444444 5 1 5 666 3 3 44 111111 111111111 6666666 33 333 33 2 7777777777 2 6666 5 44 2 2 5 33 777 2 444 33 2 77777 2 2 0 33 2 2 5555 33 2 0000000000 0 55 33 666666666 33 33333333 555 3 3 666 111 4 11111111111 1 7 4 777 5555555555555555555 4444444 4444 4 4 0 4 1 8 4444444 4 777 66 8888 4 3 111111 4 66 0 555 1 2 333 5 000
lowQualScore : . . . .. .... ...... . ..... .... ........................ . . . ... . . .. ...... ......... ....... .. ... .. . .......... . .... . .. . . . .. ... . ... .. . ..... . . . .. . . .... .. . .......... . .. .. ......... .. ........ ... . . ... ... . ........... . . . ... ................... ....... .... . . . . . . ....... . ... .. .... . . ...... . .. . ... . . ... . ...
lowQualScore : 7 0 7 77 2222 000000 8 00000 5555 333333333333333333333333 7 0 7 555 3 8 22 999999 444444444 4444444 99 111 99 9 1111111111 9 1111 7 11 9 9 7 55 333 4 111 22 4 11111 4 4 5 44 5 4 2222 44 5 9999999999 2 99 44 555555555 77 44444444 444 1 3 444 444 0 88888888888 9 3 4 111 7777777777777777777 5555555 2222 4 4 9 4 8 4 4444444 4 888 11 5555 1 2 444444 0 00 7 888 7 9 222 7 000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTACGAGGTC-TGAAGGATGTCAAATAAATGCTGTAA----GAGG------AGTTGATTACAAANATNTGNATGG-----T-CA-ANACA--A--TGC-TNA-AAAAA-TGACAAA-GTTCA--ACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----GAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAAGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA----TA-CACAAAAT--AGGT--ACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TT-AA---AAA---TGA-CAA-G-------T-TCAAACTAC-ATG-T-AA--T------GTT-------TTT------TTTCGAAAA-AATG-TCGGATC-ACTTTCAAAAAAGGCA-------C-ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGTA-----ACA-AAGTTTGAGGAATGTCAAGT--TAAAGGTGTGAGAGGAGTTGATTATA-A-CAAAA---TAGGTA
Reference ( family-656 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTACGAGGTC-TGAAGGATGTCAAATAAANACTGTAA----GAGG------AGTTGATTACAAANATNTGNATGG-----T-CA-ATACA--A--TGC-TNA-AAAAA-TGACAAA-GTTCA--ACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----GAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAAGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA----TA-CACAAAAT--AGGT--ACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TT-AA---AAA---TGA-CAA-GN------T-TCAAACTAC-ATG-T-AA--T------GTT-------TTT------TTTCGAAAA-AATG-TCGGATC-ACTTTCAAAAAAGGCA-------C-ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGTA---AAACA-AAGTTTGAGGAATGTCAAGT--TAGAGGTGTGAGAGGAGTTGATTATA-A-CAAAA---TAGGTA
gi|1 : TATACGAGTTTACGAAGGATGTCAAATAAAGTCCGTAA----GGGG------AGTTTATTACAAACATATAGATGG-----C-CA-ATGCA--A--TGC-TCACAAAAG-TGA-AAC-GTTCA--TCT------ACA---------TTT-------A--AAT-TT--T-T---T-----GAAAAA-T----T-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAGGGCACATGCACCTC-T---TCA--TTGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAGAGTTTGAGGA--ATC-T-CAAATTGA-A-GG--TG-TGTGAGGAGTTTGTTA----TA-TACAGAGT--AGAT--ACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TT-AA---AAA---TGA-CAATGC------TATCAAACTAC-ATG-T-AA--TTGGTGGGTT-------TTT------TTCCGAAAA-AATG-TTAGTTC-ACTTTCAAAAAAGGCA-------C-ATG---TAC--ATCTTCAATGTG----TCTATGACAACTGTATACAATTA-AGGTTTGGGGATTTTCAAATTATATAGGTGT---ACAAGTTGATTATACA-CAAAA---TAGTTA
gi|10 : ctacataaattgtcatagactaaaatcccctcatcataacagcggtccctgtccagttcactcaTTTAATGCT----TCCATAACAGCTGT------ACA-AGGTCTGAAGGATGGCAAAT--AAATGCTGTAAGAGAAGTGG--TATG-ATCTAAA---TAAG
gi|10 : caaaaaTGTACAAGGTC-TGAAGGATGGCAAATAAATGCTGTAA----GAGA------AGTGG--TAT---GATCTAAAT----------A-AGACA--C----C-CCA-AAAAA-TGACAAA-GTTCA--ACT------ATT---------TAT-------A--TTT-TT--TTT---C-----GAAAAA-A----G-TCG-GA-TT-A-CTTT-CAAATGGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGC-A-CAAAATTTGAGGA--AAG-T-TCAACTAacaccccaaaaaatgacaaagttcaactatttatattttttttcgaaaaaagtcggattactttcaaatgggcacatgcacatcttcaatgtgtccataacaactgcacaaaatttgaggaaagttcaactac
gi|11 : caaaaatttaatgcttccataacagcGATGGATGTCAAATAAATACTGTAAAACTGAGGACTTGCAATTGATTGTAAA-------ACGA-----T-CA-A-A-A--A--TGT-CAA-AAAAT-TTACAAA-ATTCA--TCT------ACG---------TGT-------A--ATT-TT--T-TTCCC----------A-TTTTAG-TCA-GA-TC-A-CTT-------AATTGTATGCA-ATC-T---CCAATATGTGTCCAA-AAANCAAAACTATCA-AAAAATTTc
gi|12 : gacggcagtacatggatcca--ATG-TTCAAATTAA-C-TG--CAATAAAGGGAGTTGATTA----CA-TA---AAT--AGGT--ACCG-acaaaattcacctataca
gi|12 : t--ACTG-----ACA---------TTT-------A--AAG-TT--T-T---G-----GAAAAAAT----AATCA-GAATC-A-CTTTTCAAA--GACACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCATAAA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--GTGTT-CAAATTgatcctaatcatgaacagcccctcccccacccaccccccgatagatactactgacatttaaagttttggaaaaaataatcagaatcacttttcaaagacacatgcacatcttcaatgtgtccataaacaactgtacaaagtttgaggagtgttcaaatt
gi|13 : tatgttcaaattaactgcaataaagggagttgattacataaataggtaccggatcctaatcatgaacagcccctcccccacccaccccccgatagatactAGGAGTTGGT------CA-CACAAAGT--AGGC-------TC-C-CT--ATTCAA----GTATGCC---TGC-CT-A
gi|14 : aCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCC-----------------A-CAAAGTATGCAGA--TTG-C-C-AATTAA-A-GG--TA-TGA---GAGTTGATTA----TA--AT-AAAT--AGAA--ACCG-TC---A---ATTCAAAGTTG---GCA---T-------A---AAA---TGA-Ccccagcacctgccattcactgtaatgtaagggcgtccgctcaccagactataaaccacatgcacattgtgcaacccagtcaaa
gi|15 : aAA-TGACAAATGTCCA--ACT------ACA---------TGTTAAAT--A--AAT-TT--T-----------AAGAAA-T----G-TCCTGA-TC-ATCTTC-CAAAA-----------TATC-TCAATTA--ATTCTTCCAT-AA--C--AGCTGT-ATCAAGGTCTGA
gi|16 : GAATGGACTATT-CA-AGACA-----TGC-TAA-AAAAAATGACAAA-GTTTATAACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----AAAAAA-A----G-TCG-GA-TC-A-CT-------------CATGCACATC-T---TCA--ATGTG
gi|18 : atgaAA-GTCCA--ACT------ACT---------TGT-------A--AAT-TTGTT-T---T--------AAA-T----G-TCG-GA-AC-A-CTTT--AAAAAGACACAAGCACTTC-T---TCA--ATGTATCAAT-AA--C--AGTTG
gi|19 : TCCAT-TA--C--AGCTGT-A-CAAGGTCTGAAGG--ATT-T-CAAA-TAG-ATGT--TG-TAAGAG
gi|19 : tTGTACAAGGTC-TGAAGGATTTCAAATAGATGTTGTAA----GAGattattttaaaaaaaaacaaaaaaaaaca
gi|2 : ttccattacagcGGCC-TGAAAAATATGAAGTAAAAATTGTGA----GAGA------AGTTGATGACA--GATTTGAA-GG-----TACATGTACC--T--TGCGTTA-AAA---TGACAAA-GTTCA--AATGCAAGCACA---------TGT-------A--TATATT--T-TA--C-----AAATAA-T----A-TTC-CA-TT-A-CTTC-CAAAAAGACATATGCACATA-T---TCA--GTGCTTCCAT-AA--C--AGCTGT-A-AAATGTCTGAAGG--ATT-T-CAAATAAA-T-GC--TG-TAAGAGAAA---ATTA----T--TACAAAA-----------------------ATTCAA----G---ACA---ATC-TA-AA---AAAAA-TGA-CAA-AC------T-TCAA-CTAC-ATG-G-AA---------ATT-------TTT----------GGAAA-AATG-TAGGATC-ACTTTCAAAAA-GACA-------C-ATA---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT------ATA-AATTTTAAGGAA-------T--TAGGGGTATGAGAAGAGTTGATTAT--A-TAAAG---TAattattttaaaaaaaaacaaaaaaaaaca
gi|20 : atgtaaat-AATG-TCGAATC-ACTCTCAAAAAAGGCA-------C-ACGTGACACAAATCTTCAATGTGTTAATTCATAGCAACTGTA---cccagttggtactccattacaaagacacctgcccgcaattcgccattattacatgcataagctggatgcacgtcgtgcacttttacctggccaaaaactgaa
gi|3 : tacACAAA-AT-----ATT------AAA---------GGT-------A--ACA-TT--T-T---C-----GAAGAA-T----G-TCC-GA-TC-A-CTCC-CGAAA-GACACATTGACAT---------------------------------------AAGGTCTGAGGG--ATG-T-CAAAT------AC--TG-TAAGAGGAGTTGATTA----CA----AAAAT--AGGC--AC-G-TC-A-AT--A--CAT----G---ATC---TGC-TG-AA---AAA----GA-AAA-G-------T-TCAA-CTAT-ATG-T-TT--T------GTTGGGGTTTTTT------TTTCAAAAA-AATG-TCGGATC-GCTTTC-AAAAAGCCG-------C-ATG---CAC--ATCTTTAGTGT-------------------------ATA-AATTTAGAGGAATATCAAGT--CAGAGATGTCAGGCAAGTTTGTTAC--A-CAAAA---TAGATAc
gi|3 : gattatctgtaaggaccaaaatttgctggaaatgggatgtttgatattctcctacaagtatttttttcttcaagtgtgcctatttagtattaaaataagttgtatataaaaattatattcctagctgttgtcatggaaacgccagtcaaataaagcaaaacatgaaaatataggccccAGGTC-TGAGGGATGTCAAATA----CTGTAA----GAGG------AGTTGATTACAAAAATAGGCAC-G-----T-CA-ATACATGATCTGC-TGA-AAAA---GA-AAA-GTTCA--ACT------ATA---------TGTTTTGTTGG--GGT-TT--T-T---TTTTCAAAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-G-CTTT-CAAAAAGCCGCATGCACATC-T---TTA--G--------------------TGT-A-TAAATTTAGAGGA--ATA-T-CAAGTCAG-A-GA--TG-TCAGGCAAGTTTGT------TA-CACAAAAT--AGAT--AC----C-T-AT--ATcctatat
gi|4 : gattatctgtaaggaccaaaatttgctggaaatgggatgtttgatattctcctacaagtatttttttcttcaagtgtgcctatttagtattaaaataagttgtatataaaaattatattcctagctgttgtcatggaaacgccagtcaaataaagcaaaacatgaaaatataggccccacaaaatattaaaggtaacattttcgaagaatgtccgatcactcccgaaagacacattgacataAA-GTTCA--ACT------ACAGGGTGTACATGT-------A--AAC-TT--T-T---C-----AAAGAA-T----G-TCG-TT-TC-A-CTTC-CAAAAATTCACATGTACATC-G---TCA----GTTTCTAG-AA--C--AGCTGT-A-CAAGGTCTGAAGG--ATG-T-CAAATAAA-T-GC--TG-TATGAGGAGTGGATTA----TG----ATAAT--AGAT--ACCG-TC----T--ATTCAA----A---GCA---TGC-TT-AA---AAA---TGA-TAA-AG------T-TC-AACTAC-ATG-TAAA--T------G---------TTT------GTTCGAAAACAACG-TCGAATC-ACTTTCAATAAAG--------------A---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAAAAACTGT------ACA-AAGTTTGAGAAATACCAACT--AAAAGATGTGGGAGGAGTTGATTA-A-A-TAAAA---TAGGTA
gi|4 : ---AAACA-GTGTT--AGNA---CCAACT--AAAAGATGTGGGAGGAGTTGATTAC--A-TAAAA---TAGGTAtaccgtctatttcaaacagtgttagnaccaactaaaagatgtgggaggagttgattacataaaataggtaccgtctatttcaaacaggcttaaaaattaacacgtgtatcattcacatacaaa
gi|4 : aagttcaactacagggtgtacatgtaaacttttcaaagaatgtcgtttcacttccaaaaattcacatgtacatcgtcagtttctagaacagctgtacaaggtctgaaggatgtcaaataaatgctgtatgaggagtggattatgataatagataccgtctattcaaagcatgcttaaaaatgataaagttcaactacatgtaaatgtttgttcgaaaacaacgtcgaatcactttcaataaagacacatcttcaatgtgtccataaaaactgtacaaagtttgagaaataccaactaaaagatgtgggaggagttgattaaataaaataggtataccgtctatttc-CAACTAAA-A-GA--TG-TGGGAGGAGTTGATTA-------CATAAAAT--AGGT--ACCG-TC-T-AT---TTCAA--------ACA---GGC-TT-AA---AAA---Tccgtctatttcaaacaggcttaaaaattaacacgtgtatcattcacatacaaa
gi|5 : aagttcaactacagggtgtacatgtaaacttttcaaagaatgtcgtttcacttccaaaaattcacatgtacatcgtcagtttctagaacagctgtacaaggtctgaaggatgtcaaataaatgctgtatgaggagtggattatgataatagataccgtctattcaaagcatgcttaaaaatgataaagttcaactacatgtaaatgtttgttcgaaaacaacgtcgaatcactttcaataaagacacatcttcaatgtgtccataaaaactgtacaaagtttgagaaataccaactaaaagatgtgggaggagttgattaaataaaataggtataccgtctatttcaaacagtgttagnacTTA-AGACATGTGTAT-------T-CA-AGATA--A---GC-TTA-AAA----GACAGA-AT-CA--ACT-------CA---------TGT-------A--A---TT--T-T---C-----GAAAA-------G-TTG-GA-TG-AATTTT-CAAAAGAGGACATGT-TATT-T---TCA--G-GTGTC-AT-AA-----AACTGC-T-CGA-GTTTGAGGAGAATG-T-CA---TAG-G-GA--TT-TGAGAGGAGTTCA--------A-CACAA--T--AGAT--ACCGGTC-T-AT-----CAA----G---ACA---TGC-TT-TA---GAA---TTATCAT-G---------TCAA-CTACGATG-T-AA--A------AGT-------TTG------TTCTGAGAA---TG-TCGGATC-ACTTTCAAAATA--CA-------C-GTG---CAC--ATCTTCAATGTG----T-CATAGCAAGTGC------ACACAATTTTGAGGAAT-CCAAGT--Ttaacacgtgtatcattcacatacaaa
gi|6 : tcaaaaaaatccaattcaagatcagatatgcgtgtctACATC-T----CA--ATG-ATCCAT-AAT-C--AACTAT-A-ACAAGTTTGGGGA--ATG-T-CAAGTTAGCG-GG--TG-TGTCAGAAA--GAGCA----TGGCCTAGAATGAAGGCTCACCT-TT-TTCT--ATTCAA----T---TAACTCTGC-TT-AATTCAAA-----A-CAT-GCCATTTTT-TCACA--AC-ATA-C-AA--T------ATA-------TTTACGAAATTTCCGAGG-AATGATCTGATCTATGTTCAGAAATG--A-------C-AT----CAC--ATTTTCAATGTG----TCCATAACAAC---A---GCACA-AAGTTTGAGGAATGTCAAG---TAAAGGTGCGAGAGGAGTTGATTctgttacacaaattgactta
gi|6 : ACAAC-ATACA--A-T------ATA---------TTT-------ACGAAA-TT--T-C---C-----GAGGAA-T----GATCT-GA-TCTA-TGTT-CAGAAATG-ACAT-CACATT-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACAGC-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAG-TAA-A-GG--TG-CGAGAGGAGTTGATT-----T--CGCAAACTC-ATGT--AGGG-TCGT-ATTAATTCAA--------GCA---TGCGTT-AA---AAAATTTGA-CAA-GG------TAACAAACTAC-GTGAT-AA--tcgcaaactcatgtagggtcgtattaattcaagcatgcgttaaaaaatttgacaaggtaacaaactacgtgataaa
gi|7 : acatctcaatgatccataatcaactataacaagtttggggaatgtcaagttagcgggtgtgtcagaaagagcatggcctagaatgaaggctcacctttttctattcaattaactctgcttaattcaaaacatgccattttttcCA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---T-----AAAAGA-T----G-TCT-GA-TC-A-CTTC-CAAAAAAGa
gi|7 : T-A-GAAAGTTTGGGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGAT------TA-CACAAAAT--AGAT--ATCG-TC----T--ATTCAA----A---GCA---TGA-TTAAA---AAA---TGA-CAA-AG------T-TC-AACTAC-ATG-T-AATTT------GTT-------TTT------TT------A-AATG-TTGAAT------------AAGGCACGTCATGC-ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT------ACA-AAGTTTGAGGAATGTCAAGT--TAAAGATGTTAGAGGAGTTGATTA-A-A-CAAAGTACTAGGTAatacatagaaagtttggggaatgtcaaattagaggtgtgagaggagttgattacacaaaatagatatcgtctattcaaagcatgattaaaaaatgacaaagttcaactacatgtaatttgtttttttaaatgttgaataaggcacgtcatgcatgcacatcttcaatgtgtccataacaactgtacaaagtttgaggaatgtcaagttaaagatgttagaggagttgattaaacaaagtactaggtaccctacatgtatataggaatacccacccacccacctaaatacctgccattcaccatgtactata
gi|8 : catgtaaattttttaaaagatgtctgatcacttccaaaaaagatacaTTT-CAAAAAGACACAGGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTAT-A-CGAAGTTTG----------------TTAT-A-GG--TG-TGAGAGGAATTGATTACATGTA-CACAAAAC--TGTT--ATTG-T----AT--ATTCAG----A---GCA---TAC-TT-GA---AAA---TGA----------------CAAACTAC-ATG-A-AA-------------------ATA------TTTCG--AA-AATG-TCG---------------AAAGCA-------CTATG---CAC--ATCTTCAATGTG----T-CATAACCAC-GCA---ACAAA-AATTTTGAGGAATGTCAAGT--TAGAGGTGTGAGAGGAG-TGA-TATA-ccctacatgtatataggaatacccacccacccacctaaatacctgccattcaccatgtactata
gi|9 : ctaACATCCT---TAA--ATGTGTCCAT-AA--T--AACTGT-A-CAATGTATGAAAA--ATG-T-CACGTTAG-A-AG--TG-TAAGAGGAGTTCATTA----T---ATAAAAT--AGGT--ACCG----T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGT-Tctct
gi|9 : ttcatctcaccagagaATTCA-A-GGCATG-TTATAGGTGTCGATTA-------CACAAAGT--AGGT--ACC---C----T--ATTCAA----G---Gataggtgtcgattacacaaagtaggtaccctattcaaggactccgcccacccacccactgtactgtaagtcggatgcacgttgtgcaacccagccaaaca
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACACGCACACACTTTCAACTAGCAAGTGCATTAGAAT
Unaligned ( gi|21 ): CACACGCACACACTTTCAACTAACAAGTCCATTTAGAATT
Unaligned ( gi|22 ): TATTCAACATGTAGCATCAACAAAATGATAAATT
Unaligned ( gi|23 ): TTCATCTCACCAGAGAACATCCTTAAAGGGTGTG
Unaligned ( gi|24 ): TGTAACAGGTAAGATATACATTATACAGTAGT
Alignments
lowQualScore : 1111 222222 11111 222222222222222222222222 11111111111 111111 111111111 1111111 1111111111 2222222222 11111111 11111111 111 111111111111111 4444444444444444444 1111111 1111111 22 222 111
lowQualScore : 0 8 1 77 4444 333333 0 55555 3333 999999999999999999999999 5 1 5 77777777777 3 3 44 111111 111111111 6666666 33 333 33 2 7777777777 2 6666 5 44 2 2 5 33 777 2 444 33 2 77777 2 2 0 33 2 2 5555 33 2 0000000000 0 55 33 22222222 444 33333333 555 3 3 99999 3 555 999999999999999 4 777 5555555555555555555 4444444 4444 4 4 0 4 1 8 4444444 4 777 66 8888 4 0 66 9999 4 666 4 666 4 0 000 6 111
lowQualScore : . . . .. .... ...... . ..... .... ........................ . . . ........... . . .. ...... ......... ....... .. ... .. . .......... . .... . .. . . . .. ... . ... .. . ..... . . . .. . . .... .. . .......... . .. .. ........ ... ........ ... . . ..... . ... ............... . ... ................... ....... .... . . . . . . ....... . ... .. .... . . .. .... . ... . ... . . ... . ...
lowQualScore : 7 0 7 00 2222 000000 8 00000 5555 666666666666666666666666 0 0 0 99999999999 3 8 22 999999 444444444 4444444 99 111 99 9 1111111111 9 1111 7 11 9 9 7 55 333 4 111 22 4 11111 4 4 5 44 5 4 2222 44 5 9999999999 2 99 44 77777777 555 44444444 444 1 3 11111 6 000 111111111111111 4 111 7777777777777777777 5555555 2222 4 4 9 4 8 4 4444444 4 888 11 5555 1 9 88 4444 4 222 7 666 5 1 000 7 777
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTACGAGGTC-TGAAGGATGTCAAATAAATGCTGTAA----GAGG------AGTTGATTACAAANATNTGNATGG-----T-CA-ANACA--A--TGC-TNA-AAAAA-TG------ACAAA-GTTCA--ACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----GAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAAGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA----TA-CACAAAAT--AGGT--ACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TT-AA-----AA-A---TGA-C-AA-GT--T--CAAACTAC-ATG-T-AA--T------GTT-------TTT------TTTCGAAAA-AATG-TCGGATC-ACTTTCAAAAAAGGCA-------C-ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT--AC----A-AAG--TTTGAGGAATGTCAAGTTA-A-AGGTGTGAGAGGAGTTGATTATA-A-CAAAA---TAGGTA
Reference ( family-656 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTACGAGGTC-TGAAGGATGTCAAATAAATGCTGTAA----GAGG------AGTTGATTACAAANATNTGNATGG-----T-CA-ANACA--A--TGC-TNA-AAAAA-TG------ACAAA-GTTCA--ACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----GAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAAGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA----TA-CACAAAAT--AGGT--ACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TT-AA-----AA-A---TGA-C-AA-GT--T--CAAACTAC-ATG-T-AA--T------GTT-------TTT------TTTCGAAAA-AATG-TCGGATC-ACTTTCAAAAAAGGCA-------C-ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGTA-AC----A-AAG--TTTGAGGAATGTCAAGTTA-A-AGGTGTGAGAGGAGTTGATTATA-A-CAAAA---TAGGTA
gi|1 : TATACGAGTTTACGAAGGATGTCAAATAAAGTCCGTAA----GGGG------AGTTTATTACAAACATATAGATGG-----C-CA-ATGCA--A--TGC-TCACAAAAG-TG------A-AAC-GTTCA--TCT------ACA---------TTT-------A--AAT-TT--T-T---T-----GAAAAA-T----T-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAGGGCACATGCACCTC-T---TCA--TTGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAGAGTTTGAGGA--ATC-T-CAAATTGA-A-GG--TG-TGTGAGGAGTTTGTTA----TA-TACAGAGT--AGAT--ACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TT-AA-----AA-A---TGA-C-AATGCTAT--CAAACTAC-ATG-T-AA--TTGGTGGGTT-------TTT------TTCCGAAAA-AATG-TTAGTTC-ACTTTCAAAAAAGGCA-------C-ATG---TAC--ATCTTCAATGTG----TCTATGACAACTGTATACAATTA-AGG--TTTGGGGATTTTCAAATTATATAGGTGT---ACAAGTTGATTATACA-CAAAA---TAGTTA
gi|10 : ctacataaattgtcatagactaaaatcccctcatcataacagcggtccctgtccagttcactcaTTTAATGCT----TCCATAACAGCTGT--AC----A-AGG--TCTGAAGGATGGCAAATAA-A-TGCTGTAAGAGAAGTGG--TATG-ATCTAAA---TAAG
gi|10 : caaaaaTGTACAAGGTC-TGAAGGATGGCAAATAAATGCTGTAA----GAGA------AGTGG--TAT---GATCTAAAT----------A-AGACA--C----C-CCA-AAAAA-TG------ACAAA-GTTCA--ACT------ATT---------TAT-------A--TTT-TT--TTT---C-----GAAAAA-A----G-TCG-GA-TT-A-CTTT-CAAATGGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGC-A-CAAAATTTGAGGA--AAG-T-TCAACTAacaccccaaaaaatgacaaagttcaactatttatattttttttcgaaaaaagtcggattactttcaaatgggcacatgcacatcttcaatgtgtccataacaactgcacaaaatttgaggaaagttcaactac
gi|11 : caaaaatttaatgcttccataacagcGATGGATGTCAAATAAATACTGTAAAACTGAGGACTTGCAATTGATTGTAAA-------ACGA-----T-CA-AA--A--A--TGT-CAA-AAAAT-TT------ACAAA-ATTCA--TCT------ACG---------TGT-------A--ATT-TT--T-TTCCC----------A-TTTTAG-TCA-GA-TC-A-CTT-------AATTGTATGCA-ATC-T---CCAATATGTGTCCAA-AAANCAAAACTATCA-AAAAATTTc
gi|12 : gacggcagtacatggatcca--ATG-TTCAAATTAA-C-TG--CAATAAAGGGAGTTGATTA----CA-TA---AAT--AGGT--ACCG-acaaaattcacctataca
gi|12 : t--ACTG-----ACA---------TTT-------A--AAG-TT--T-T---G-----GAAAAAAT----AATCA-GAATC-A-CTTTTCAAA--GACACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCATAAA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--GTGTT-CAAATTgatcctaatcatgaacagcccctcccccacccaccccccgatagatactactgacatttaaagttttggaaaaaataatcagaatcacttttcaaagacacatgcacatcttcaatgtgtccataaacaactgtacaaagtttgaggagtgttcaaatt
gi|13 : tatgttcaaattaactgcaataaagggagttgattacataaataggtaccggatcctaatcatgaacagcccctcccccacccaccccccgatagatactAGGAGTTGGT------CA-CACAAAGT--AGGC-------TC-C-CT--ATTCAA----GTATGCC---TGC-CT-A
gi|14 : aCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCC-----------------A-CAAAGTATGCAGA--TTG-C-C-AATTAA-A-GG--TA-TGA---GAGTTGATTA----TA--AT-AAAT--AGAA--ACCG-TC---A---ATTCAAAGTTG---GCA---T-------A-----AA-A---TGA-C-cccagcacctgccattcactgtaatgtaagggcgtccgctcaccagactataaaccacatgcacattgtgcaacccagtcaaa
gi|15 : aAA-TG------ACAAATGTCCA--ACT------ACA---------TGTTAAAT--A--AAT-TT--T-----------AAGAAA-T----G-TCCTGA-TC-ATCTTC-CAAAA-----------TATC-TCAATTA--ATTCTTCCAT-AA--C--AGCTGT-ATCAAGGTCTGA
gi|16 : GAATGGACTATT-CA-AGACA-----TGC-TAA-AAAAAATG------ACAAA-GTTTATAACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----AAAAAA-A----G-TCG-GA-TC-A-CT-------------CATGCACATC-T---TCA--ATGTG
gi|18 : atgaAA-GTCCA--ACT------ACT---------TGT-------A--AAT-TTGTT-T---T--------AAA-T----G-TCG-GA-AC-A-CTTT--AAAAAGACACAAGCACTTC-T---TCA--ATGTATCAAT-AA--C--AGTTG
gi|19 : TCCAT-TA--C--AGCTGT-A-CAAGGTCTGAAGG--ATT-T-CAAA-TAG-ATGT--TG-TAAGAG
gi|19 : tTGTACAAGGTC-TGAAGGATTTCAAATAGATGTTGTAA----GAGattattttaaaaaaaaacaaaaaaaaaca
gi|2 : ttccattacagcGGCC-TGAAAAATATGAAGTAAAAATTGTGA----GAGA------AGTTGATGACA--GATTTGAA-GG-----TACATGTACC--T--TGCGTTA-AAA---TG------ACAAA-GTTCA--AATGCAAGCACA---------TGT-------A--TATATT--T-TA--C-----AAATAA-T----A-TTC-CA-TT-A-CTTC-CAAAAAGACATATGCACATA-T---TCA--GTGCTTCCAT-AA--C--AGCTGT-A-AAATGTCTGAAGG--ATT-T-CAAATAAA-T-GC--TG-TAAGAGAAA---ATTA----T--TACAAAA-----------------------ATTCAA----G---ACA---ATC-TA-AA-----AA-AAA-TGA-C-AA-AC--T--TCAACTAC-ATG-G-AA---------ATT-------TTT----------GGAAA-AATG-TAGGATC-ACTTTCAAAAA-GACA-------C-ATA---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT--AT----A-AAT--TTTAAGGAA-------TTA-G-GGGTATGAGAAGAGTTGATTAT--A-TAAAG---TAattattttaaaaaaaaacaaaaaaaaaca
gi|20 : atgtaaat-AATG-TCGAATC-ACTCTCAAAAAAGGCA-------C-ACGTGACACAAATCTTCAATGTGTTAATTCATAGCAACTGTA-cccagttggtactccattacaaagacacctgcccgcaattcgccattattacatgcataagctggatgcacgtcgtgcacttttacctggccaaaaactgaa
gi|3 : tac-CA-AAACA---------TGA-AAATA-TAGGCCCCACAAA-AT-----ATT------AAA---------GGT-------A--ACA-TT--T-T---C-----GAAGAA-T----G-TCC-GA-TC-A-CTCC-CGAAA-GACACATTGACAT---------------------------------------AAGGTCTGAGGG--ATG-T-CAAAT------AC--TG-TAAGAGGAGTTGATTA----CA----AAAAT--AGGC--AC-G-TC-A-AT--A--CAT----G---ATC---TGC-TG-AA-----AA-A----GA-A-AA-GT--T--CAA-CTAT-ATG-T-TT--T------GTTGGGGTTTTTT------TTTCAAAAA-AATG-TCGGATC-GCTTTC-AAAAAGCCG-------C-ATG---CAC--ATCTTTAGTGT---------------------AT----A-AAT--TTAGAGGAATATCAAGTCA-G-AGATGTCAGGCAAGTTTGTTAC--A-CAAAA---TAGATAc
gi|3 : gattatctgtaaggaccaaaatttgctggaaatgggatgtttgatattctcctacaagtatttttttcttcaagtgtgcctatttagtattaaaataagttgtatataaaaattatattcctagctgttgtcatggaaacgccagtcaaataaagAGGTC-TGAGGGATGTCAAATA----CTGTAA----GAGG------AGTTGATTACAAAAATAGGCAC-G-----T-CA-ATACATGATCTGC-TGA-AAAA---G------A-AAA-GTTCA--ACT------ATA---------TGTTTTGTTGG--GGT-TT--T-T---TTTTCAAAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-G-CTTT-CAAAAAGCCGCATGCACATC-T---TTA--G--------------------TGT-A-TAAATTTAGAGGA--ATA-T-CAAGTCAG-A-GA--TG-TCAGGCAAGTTTGT------TA-CACAAAAT--AGAT--AC----C-T-AT--ATcctatat
gi|4 : gattatctgtaaggaccaaaatttgctggaaatgggatgtttgatattctcctacaagtatttttttcttcaagtgtgcctatttagtattaaaataagttgtatataaaaattatattcctagctgttgtcatggaaacgccagtcaaataaagcaaaacatgaaaatataggccccacaaaatattaaaggtaacattttcgaagaatgtccgatcactcccgaaagacacattgacataAA-GTTCA--ACT------ACAGGGTGTACATGT-------A--AAC-TT--T-T---C-----AAAGAA-T----G-TCG-TT-TC-A-CTTC-CAAAAATTCACATGTACATC-G---TCA----GTTTCTAG-AA--C--AGCTGT-A-CAAGGTCTGAAGG--ATG-T-CAAATAAA-T-GC--TG-TATGAGGAGTGGATTA----TG----ATAAT--AGAT--ACCG-TC-T-AT----TCAA----A---GCA---TGC-TT-AA-----AA-A---TGA-TAAA-GT--T--C-AACTAC-ATG-TAAA--T------G---------TTT------GTTCGAAAACAACG-TCGAATC-ACTTTCAATAAAG--------------A---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAAAAACTGT--AC----A-AAG--TTTGAGAAATACCAACTAA-A-AGATGTGGGAGGAGTTGATTA-A-A-TAAAA---TAGGTA
gi|4 : -CAACTAAA-A-GA--TG-TGGGAGGAGTTGATTA-------CATAAAAT--AGGT--ACCG-TC-T-AT---TTCAA--------ACA---GGC-TT-AA-----AA-AT--TAA-C-AC-GT--taccgtctatttcaaacagtgttagnaccaactaaaagatgtgggaggagttgattacataaaataggtaccgtctatttcaaacaggcttaaaaattaacacgtgtatcattcacatacaaa
gi|5 : aagttcaactacagggtgtacatgtaaacttttcaaagaatgtcgtttcacttccaaaaattcacatgtacatcgtcagtttctagaacagctgtacaaggtctgaaggatgtcaaataaatgctgtatgaggagtggattatgataatagataccgtctattcaaagcatgcttaaaaatgataaagttcaactacatgtaaatgtttgttcgaaaacaacgtcgaatcactttcaataaagacacatcttcaatgtgtccataaaaactgtacaaagtttgagaaataccaactaaaagatgtgggaggagttgattaaataaaataggtataccgtctatttcaaacagtgttagnacTTA-AGACATGTGTAT-------T-CA-AGATA--A---GC-TTA-AAA----G------ACAGA-AT-CA--ACT-------CA---------TGT-------A--A---TT--T-T---C-----GAAAA-------G-TTG-GA-TG-AATTTT-CAAAAGAGGACATGT-TATT-T---TCA--G-GTGTC-AT-AA-----AACTGC-T-CGA-GTTTGAGGAGAATG-T-CA---TAG-G-GA--TT-TGAGAGGAGTTCA--------A-CACAA--T--AGAT--ACCGGTC-T-AT-----CAA----G---ACA---TGC-TT-TA-----GA-A---TTATC-AT-GT--C----AACTACGATG-T-AA--A------AGT-------TTG------TTCTGAGAA---TG-TCGGATC-ACTTTCAAAATA--CA-------C-GTG---CAC--ATCTTCAATGTG----T-CATAGCAAGTGC--AC----ACAAT--TTTGAGGAAT-CCAAGTTgtatcattcacatacaaa
gi|6 : tcaaaaaaatccaattcaagatcagatatgcgtgtctACATC-T----CA--ATG-ATCCAT-AAT-C--AACTAT-A-ACAAGTTTGGGGA--ATG-T-CAAGTTAGCG-GG--TG-TGTCAGAAA--GAGCA----TGGCCTAGAATGAAGGCTCACCT-TT-TTCT--ATTCAA----T---TAACTCTGC-TT-AATTCAAAACA---TGC-C-AT-TT--T--TTCACAAC-ATA-C-AA--T------ATA-------TTTACGAAATTTCCGAGG-AATGATCTGATCTATGTTCAGAAATG--A-------C-AT----CAC--ATTTTCAATGTG----TCCATAACAACAGC--AC----A-AAG--TTTGAGGAATGTCAAG-TA-A-AGGTGCGAGAGGAGTTGATTctgttacacaaattgactta
gi|6 : ------ACAAC-ATACA--A-T------ATA---------TTT-------ACGAAA-TT--T-C---C-----GAGGAA-T----GATCT-GA-TCTA-TGTT-CAGAAATG-ACAT-CACATT-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACAGC-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAG-TAA-A-GG--TG-CGAGAGGAGTTGATT-----T--CGCAAACTC-ATGT--AGGG-TCGT-ATTAATTCAA--------GCA---TGCGTT-AA-----AA-AATTTGA-C-AA-GG--TAACAAACTAC-GTGAT-AA--tcgcaaactcatgtagggtcgtattaattcaagcatgcgttaaaaaatttgacaaggtaacaaactacgtgataaa
gi|7 : acatctcaatgatccataatcaactataacaagtttggggaatgtcaagttagcgggtgtgtcagaaagagcatggcctagaatgaaggctcacctttttctattcaattaactctgcttaattcaaaacatgccattttttcCA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---T-----AAAAGA-T----G-TCT-GA-TC-A-CTTC-CAAAAAAGa
gi|7 : T-A-GAAAGTTTGGGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGAT------TA-CACAAAAT--AGAT--ATCG-TC----T--ATTCAA----A---GCA---TGA-TTAAA-----AA-A---TGA-CAAA-GT--T--C-AACTAC-ATG-T-AATTT------GTT-------TTT------TT------A-AATG-TTGAAT------------AAGGCACGTCATGC-ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT--AC----A-AAG--TTTGAGGAATGTCAAGTTA-A-AGATGTTAGAGGAGTTGATTA-A-A-CAAAGTACTAGGTAatacatagaaagtttggggaatgtcaaattagaggtgtgagaggagttgattacacaaaatagatatcgtctattcaaagcatgattaaaaaatgacaaagttcaactacatgtaatttgtttttttaaatgttgaataaggcacgtcatgcatgcacatcttcaatgtgtccataacaactgtacaaagtttgaggaatgtcaagttaaagatgttagaggagttgattaaacaaagtactaggtaccctacatgtatataggaatacccacccacccacctaaatacctgccattcaccatgtactata
gi|8 : catgtaaattttttaaaagatgtctgatcacttccaaaaaagatacaTTT-CAAAAAGACACAGGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTAT-A-CGAAGTTTG----------------TTAT-A-GG--TG-TGAGAGGAATTGATTACATGTA-CACAAAAC--TGTT--ATTG-T----AT--ATTCAG----A---GCA---TAC-TT-GA-----AA-A---TGA-------------CAAACTAC-ATG-A-AA-------------------ATA------TTTCG--AA-AATG-TCG---------------AAAGCA-------CTATG---CAC--ATCTTCAATGTG----T-CATAACCAC-GCA-AC----A-AAAATTTTGAGGAATGTCAAGTTA-G-AGGTGTGAGAGGAG-TGA-TATA-ccctacatgtatataggaatacccacccacccacctaaatacctgccattcaccatgtactata
gi|9 : ctaACATCCT---TAA--ATGTGTCCAT-AA--T--AACTGT-A-CAATGTATGAAAA--ATG-T-CACGTTAG-A-AG--TG-TAAGAGGAGTTCATTA----T---ATAAAAT--AGGT--ACCG----T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGT-Tctct
gi|9 : ttcatctcaccagagaATTCA-A-GGCATG-TTATAGGTGTCGATTA-------CACAAAGT--AGGT--ACC---C----T--ATTCAA----G---Gataggtgtcgattacacaaagtaggtaccctattcaaggactccgcccacccacccactgtactgtaagtcggatgcacgttgtgcaacccagccaaaca
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACACGCACACACTTTCAACTAGCAAGTGCATTAGAAT
Unaligned ( gi|21 ): CACACGCACACACTTTCAACTAACAAGTCCATTTAGAATT
Unaligned ( gi|22 ): TATTCAACATGTAGCATCAACAAAATGATAAATT
Unaligned ( gi|23 ): TTCATCTCACCAGAGAACATCCTTAAAGGGTGTG
Unaligned ( gi|24 ): TGTAACAGGTAAGATATACATTATACAGTAGT
Alignments
lowQualScore : 1111 222222 11111 222222222222222222222222 11111111111 111111 111111111 1111111 1111111111 22222222 1111111111111 11111111 111 111111111 444444444444444444444444444444444 1111111 111111 111 111
lowQualScore : 0 8 1 77 4444 333333 0 55555 3333 999999999999999999999999 5 1 5 77777777777 3 3 44 111111 111111111 6666666 33 333 33 2 7777777777 2 6666 5 44 2 2 5 33 777 2 444 33 2 77777 2 2 0 33 2 2 5555 33 2 22222222 0 55 33 0000000000000 33333333 555 3 99999 3 888 3 555555555 7 4 4 666666666666666666666666666666666 4 4 0 4 1 4 8888888 7777 66 7777 2 3 000000 4 55 5 0 444 0 4 0 555 5 000
lowQualScore : . . . .. .... ...... . ..... .... ........................ . . . ........... . . .. ...... ......... ....... .. ... .. . .......... . .... . .. . . . .. ... . ... .. . ..... . . . .. . . .... .. . ........ . .. .. ............. ........ ... . ..... . ... . ......... . . . ................................. . . . . . . ....... .... .. .... . . ...... . .. . . ... . . . ... . ...
lowQualScore : 7 0 7 00 2222 000000 8 00000 5555 666666666666666666666666 0 0 0 99999999999 3 8 22 999999 444444444 4444444 99 111 99 9 1111111111 9 1111 7 11 9 9 7 55 333 4 111 22 4 11111 4 4 5 44 5 4 2222 44 5 88888888 2 99 44 4444444444444 44444444 444 1 11111 6 666 6 333333333 3 4 4 222222222222222222222222222222222 4 4 9 4 8 7 9999999 9999 11 7777 8 6 555555 0 55 7 3 999 9 7 9 222 7 000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTACGAGGTC-TGAAGGATGTCAAATAAATGCTGTAA----GAGG------AGTTGATTACAAANATNTGNATGG-----T-CA-ANACA--A--TGC-TNA-AAAAA-TG------ACAAA-GTTCA--ACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----GAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAAGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA----TA-CACAAAAT--AGGT--ACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TTAA-----AA-A---TGA-CAA-GT--T--CAAACTAC-ATG-TAA-T------GTT-------TTT------TTTCGAAAA-AATG-TCGGATC-ACTTTCAAAAAAGGCAC-------ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT-A------CA-AAG--TTTGAGGAATGTCAAGTTA-A-AGGTGTGAGAGGAGTTGATTATA-A-CAAAA---TAGGTA
Reference ( family-656 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTACGAGGTC-TGAAGGATGTCAAATAAATGCTGTAA----GAGG------AGTTGATTACAAANATNTGNATGG-----T-CA-ANACA--A--TGC-TNA-AAAAA-TG------ACAAA-GTTCA--ACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----GAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAAGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA----TA-CACAAAAT--AGGT--ACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TTAA-----AA-A---TGA-CAA-GT--T--CAAACTAC-ATG-TAA-T------GTT-------TTT------TTTCGAAAA-AATG-TCGGATC-ACTTTCAAAAAAGGCAC-------ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT-A------CA-AAG--TTTGAGGAATGTCAAGTTA-A-AGGTGTGAGAGGAGTTGATTATA-A-CAAAA---TAGGTA
gi|1 : TATACGAGTTTACGAAGGATGTCAAATAAAGTCCGTAA----GGGG------AGTTTATTACAAACATATAGATGG-----C-CA-ATGCA--A--TGC-TCACAAAAG-TG------A-AAC-GTTCA--TCT------ACA---------TTT-------A--AAT-TT--T-T---T-----GAAAAA-T----T-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAGGGCACATGCACCTC-T---TCA--TTGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAGAGTTTGAGGA--ATC-T-CAAATTGA-A-GG--TG-TGTGAGGAGTTTGTTA----TA-TACAGAGT--AGAT--ACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TTAA-----AA-A---TGA-CAATGCTAT--CAAACTAC-ATG-TAA-TTGGTGGGTT-------TTT------TTCCGAAAA-AATG-TTAGTTC-ACTTTCAAAAAAGGCAC-------ATG---TAC--ATCTTCAATGTG----TCTATGACAACTGT-ATACAATTA-AGG--TTTGGGGATTTTCAAATTATATAGGTGT---ACAAGTTGATTATACA-CAAAA---TAGTTA
gi|10 : ctacataaattgtcatagactaaaatcccctcatcataacagcggtccctgtccagttcactcaTTTAATGCT----TCCATAACAGCTGT-A------CA-AGG--TCTGAAGGATGGCAAATAA-A-TGCTGTAAGAGAAGTGG--TATG-ATCTAAA---TAAG
gi|10 : caaaaaTGTACAAGGTC-TGAAGGATGGCAAATAAATGCTGTAA----GAGA------AGTGG--TAT---GATCTAAAT----------A-AGACA--C----C-CCA-AAAAA-TG------ACAAA-GTTCA--ACT------ATT---------TAT-------A--TTT-TT--TTT---C-----GAAAAA-A----G-TCG-GA-TT-A-CTTT-CAAATGGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGC-A-CAAAATTTGAGGA--AAG-T-TCAACTAacaccccaaaaaatgacaaagttcaactatttatattttttttcgaaaaaagtcggattactttcaaatgggcacatgcacatcttcaatgtgtccataacaactgcacaaaatttgaggaaagttcaactac
gi|11 : caaaaatttaatgcttccataacagcGATGGATGTCAAATAAATACTGTAAAACTGAGGACTTGCAATTGATTGTAAA-------ACGA-----T-CA-AA--A--A--TGT-CAA-AAAAT-TT------ACAAA-ATTCA--TCT------ACG---------TGT-------A--ATT-TT--T-TTCCC----------A-TTTTAG-TCA-GA-TC-A-CTT-------AATTGTATGCA-ATC-T---CCAATATGTGTCCAA-AAANCAAAACTATCA-AAAAATTTc
gi|12 : gacggcagtacatggatcca--ATG-TTCAAATTAA-C-TG--CAATAAAGGGAGTTGATTA----CA-TA---AAT--AGGT--ACCG-acaaaattcacctataca
gi|12 : t--ACTG-----ACA---------TTT-------A--AAG-TT--T-T---G-----GAAAAAAT----AATCA-GAATC-A-CTTTTCAAA--GACACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCATAAA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--GTGTT-CAAATTgatcctaatcatgaacagcccctcccccacccaccccccgatagatactactgacatttaaagttttggaaaaaataatcagaatcacttttcaaagacacatgcacatcttcaatgtgtccataaacaactgtacaaagtttgaggagtgttcaaatt
gi|13 : tatgttcaaattaactgcaataaagggagttgattacataaataggtaccggatcctaatcatgaacagcccctcccccacccaccccccgatagatactAGGAGTTGGT------CA-CACAAAGT--AGGC-------TC-C-CT--ATTCAA----GTATGCC---TGC-CTA
gi|14 : aCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCC-----------------A-CAAAGTATGCAGA--TTG-C-C-AATTAA-A-GG--TA-TGA---GAGTTGATTA----TA--AT-AAAT--AGAA--ACCG-TC---A---ATTCAAAGTTG---GCA---T------A-----AA-A---TGA-Ccccagcacctgccattcactgtaatgtaagggcgtccgctcaccagactataaaccacatgcacattgtgcaacccagtcaaa
gi|15 : aAA-TG------ACAAATGTCCA--ACT------ACA---------TGTTAAAT--A--AAT-TT--T-----------AAGAAA-T----G-TCCTGA-TC-ATCTTC-CAAAA-----------TATC-TCAATTA--ATTCTTCCAT-AA--C--AGCTGT-ATCAAGGTCTGA
gi|16 : GAATGGACTATT-CA-AGACA-----TGC-TAA-AAAAAATG------ACAAA-GTTTATAACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----AAAAAA-A----G-TCG-GA-TC-A-CT-------------CATGCACATC-T---TCA--ATGTG
gi|18 : atgaAA-GTCCA--ACT------ACT---------TGT-------A--AAT-TTGTT-T---T--------AAA-T----G-TCG-GA-AC-A-CTTT--AAAAAGACACAAGCACTTC-T---TCA--ATGTATCAAT-AA--C--AGTTG
gi|19 : TCCAT-TA--C--AGCTGT-A-CAAGGTCTGAAGG--ATT-T-CAAA-TAG-ATGT--TG-TAAGAG
gi|19 : t----TCCATTACAGCTGT-A------CA-AGG--TCTGAAGGATTTCAAATAG-A-TGTTGTAAGAG--ATT-ATTTTA-A-AAAAA---attattttaaaaaaaaacaaaaaaaaaca
gi|19 : tTGTACAAGGTC-TGAAGGATTTCAAATAGATGTTGTAA----GAGaacaaaaaaaaaca
gi|2 : ttccattacagcGGCC-TGAAAAATATGAAGTAAAAATTGTGA----GAGA------AGTTGATGACA--GATTTGAA-GG-----TACATGTACC--T--TGCGTTA-AAA---TG------ACAAA-GTTCA--AATGCAAGCACA---------TGT-------A--TATATT--T-TA--C-----AAATAA-T----A-TTC-CA-TT-A-CTTC-CAAAAAGACATATGCACATA-T---TCA--GTGCTTCCAT-AA--C--AGCTGT-A-AAATGTCTGAAGG--ATT-T-CAAATAAA-T-GC--TG-TAAGAGAAA---ATTA----T--TACAAAA-----------------------ATTCAA----G---ACA---ATC-TAAA-----AA-AAA-TGA-CAA-AC--T--TCAACTAC-ATG-GAA--------ATT-------TTT----------GGAAA-AATG-TAGGATC-ACTTTCAAAAA-GACAC-------ATA---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT-A------TA-AAT--TTTAAGGAA-------TTA-G-GGGTATGAGAAGAGTTGATTAT--A-TAAAG---TAattattttaaaaaaaaacaaaaaaaaaca
gi|20 : atgtaaat-AATG-TCGAATC-ACTCTCAAAAAAGGCAC-------ACGTGACACAAATCTTCAATGTGTTAATTCATAGCAACTGT-A------Ccccagttggtactccattacaaagacacctgcccgcaattcgccattattacatgcataagctggatgcacgtcgtgcacttttacctggccaaaaactgaa
gi|3 : tac-CA-AAACA---------TGA-AAATA-TAGGCCCCACAAA-AT-----ATT------AAA---------GGT-------A--ACA-TT--T-T---C-----GAAGAA-T----G-TCC-GA-TC-A-CTCC-CGAAA-GACACATTGACAT---------------------------------------AAGGTCTGAGGG--ATG-T-CAAAT------AC--TG-TAAGAGGAGTTGATTA----CA----AAAAT--AGGC--AC-G-TC-A-AT--A--CAT----G---ATC---TGC-TGAA-----AA-A----GA-AAA-GT--T--CAA-CTAT-ATG-TTT-T------GTTGGGGTTTTTT------TTTCAAAAA-AATG-TCGGATC-GCTTTC-AAAAAGCCGC-------ATG---CAC--ATCTTTAG-------------------TGT-A------TA-AAT--TTAGAGGAATATCAAGTCA-G-AGATGTCAGGCAAGTTTGTTAC--A-CAAAA---TAGATA
gi|3 : gattatctgtaaggaccaaaatttgctggaaatgggatgtttgatattctcctacaagtatttttttcttcaagtgtgcctatttagtattaaaataagttgtatataaaaattatattcctagctgttgtcatggaaacgccagtcaaataaagAGGTC-TGAGGGATGTCAAATA----CTGTAA----GAGG------AGTTGATTACAAAAATAGGCAC-G-----T-CA-ATACATGATCTGC-TGA-AAAA---G------A-AAA-GTTCA--ACT------ATA---------TGTTTTGTTGG--GGT-TT--T-T---TTTTCAAAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-G-CTTT-CAAAAAGCCGCATGCACATC-T---TTA--G--------------------TGT-A-TAAATTTAGAGGA--ATA-T-CAAGTCAG-A-GA--TG-TCAGGCAAGTTTGT------TA-CACAAAAT--AGAT--AC----C-T-AT--ATcctatat
gi|4 : gattatctgtaaggaccaaaatttgctggaaatgggatgtttgatattctcctacaagtatttttttcttcaagtgtgcctatttagtattaaaataagttgtatataaaaattatattcctagctgttgtcatggaaacgccagtcaaataaagcaaaacatgaaaatataggccccacaaaatattaaaggtaacattttcgaagaatgtccgatcactcccgaaagacacattgacataAA-GTTCA--ACT------ACAGGGTGTACATGT-------A--AAC-TT--T-T---C-----AAAGAA-T----G-TCG-TT-TC-A-CTTC-CAAAAATTCACATGTACATC-G---TCA----GTTTCTAG-AA--C--AGCTGT-A-CAAGGTCTGAAGG--ATG-T-CAAATAAA-T-GC--TG-TATGAGGAGTGGATTA----TG----ATAAT--AGAT--ACCG-TC-T-AT----TCAA----A---GCA---TGC-TTAA-----AA-A---TGA-TAAAGT--T--CAA-CTAC-ATG-TAAAT------GTT-------TGT------T--CGAAAACAACG-TCGAATC-ACTTTCAATAAAGACAC-------A-----------TCTTCAATGTG----TCCATAAAAACTGT-A------CA-AAG--TTTGAGAAATACCAACTAA-A-AGATGTGGGAGGAGTTGATTA-A-A-TAAAA---TAGGTA
gi|4 : -CAACTAAA-A-GA--TG-TGGGAGGAGTTGATTA-------CATAAAAT--AGGT--ACCG-TC-T-AT---TTCAA--------ACA---GGC-TTAA-----AA-AT--TAA-CAC-GT--taccgtctatttcaaacagtgttagnaccaactaaaagatgtgggaggagttgattacataaaataggtaccgtctatttcaaacaggcttaaaaattaacacgtgtatcattcacatacaaa
gi|5 : aagttcaactacagggtgtacatgtaaacttttcaaagaatgtcgtttcacttccaaaaattcacatgtacatcgtcagtttctagaacagctgtacaaggtctgaaggatgtcaaataaatgctgtatgaggagtggattatgataatagataccgtctattcaaagcatgcttaaaaatgataaagttcaactacatgtaaatgtttgttcgaaaacaacgtcgaatcactttcaataaagacacatcttcaatgtgtccataaaaactgtacaaagtttgagaaataccaactaaaagatgtgggaggagttgattaaataaaataggtataccgtctatttcaaacagtgttagnacTTA-AGACATGTGTAT-------T-CA-AGATA--A---GC-TTA-AAA----G------ACAGA-AT-CA--ACT-------CA---------TGT-------A--A---TT--T-T---C-----GAAAA-------G-TTG-GA-TG-AATTTT-CAAAAGAGGACATGT-TATT-T---TCA--G-GTGTC-AT-AA-----AACTGC-T-CGA-GTTTGAGGAGAATG-T-CA---TAG-G-GA--TT-TGAGAGGAGTTCA--------A-CACAA--T--AGAT--ACCGGTC-T-AT-----CAA----G---ACA---TGC-TTTA-----GA-A---TTATCAT-GT--C----AACTACGATG-TAA-A------AGT-------TTG------TTCTGAGAA---TG-TCGGATC-ACTTTCAAAATA--CAC-------GTG---CAC--ATCTTCAATGTG----T-CATAGCAAGTGC-A------CACAAT--TTTGAGGAAT-CCAAGTTgtatcattcacatacaaa
gi|6 : tcaaaaaaatccaattcaagatcagatatgcgtgtctACATC-T----CA--ATG-ATCCAT-AAT-C--AACTAT-A-ACAAGTTTGGGGA--ATG-T-CAAGTTAGCG-GG--TG-TGTCAGAAA--GAGCA----TGGCCTAGAATGAAGGCTCACCT-TT-TTCT--ATTCAA----T---TAACTCTGC-TTAATTCAAAACA---TGC-CAT-TT--T--TTCACAAC-ATA-CAA-T------ATA-------TTTACGAAATTTCCGAGG-AATGATCTGATCTATGTTCAGAAATG--AC-------AT----CAC--ATTTTCAATGTG----TCCATAACAACAGC-A------CA-AAG--TTTGAGGAATGTCAAG-TA-A-AGGTGCGAGAGGAGTTGATTctgttacacaaattgactta
gi|6 : ------ACAAC-ATACA--A-T------ATA---------TTT-------ACGAAA-TT--T-C---C-----GAGGAA-T----GATCT-GA-TCTA-TGTT-CAGAAATG-ACAT-CACATT-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACAGC-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAG-TAA-A-GG--TG-CGAGAGGAGTTGATT-----T--CGCAAACTC-ATGT--AGGG-TCGT-ATTAATTCAA--------GCA---TGCGTTAA-----AA-AATTTGA-CAA-GG--TAACAAACTAC-GTGATAA-tcgcaaactcatgtagggtcgtattaattcaagcatgcgttaaaaaatttgacaaggtaacaaactacgtgataaa
gi|7 : acatctcaatgatccataatcaactataacaagtttggggaatgtcaagttagcgggtgtgtcagaaagagcatggcctagaatgaaggctcacctttttctattcaattaactctgcttaattcaaaacatgccattttttcCA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---T-----AAAAGA-T----G-TCT-GA-TC-A-CTTC-CAAAAAAGa
gi|7 : T-A-GAAAGTTTGGGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA-------CACAAAAT--AGAT--ATCG-TC-T-AT----TCAA----A---GCA---TGA-TTAA-----AA-AA--TGA-CAAAGT--T--CAA-CTAC-ATG-TAA-TTT----GTT-------TTT------TT------A-AATG-TTGAAT------------AAGGCACGTCATGCATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT-A------CA-AAG--TTTGAGGAATGTCAAGTTA-A-AGATGTTAGAGGAGTTGATTA-A-A-CAAAGTACTAGGTAatacatagaaagtttggggaatgtcaaattagaggtgtgagaggagttgattacacaaaatagatatcgtctattcaaagcatgattaaaaaatgacaaagttcaactacatgtaatttgtttttttaaatgttgaataaggcacgtcatgcatgcacatcttcaatgtgtccataacaactgtacaaagtttgaggaatgtcaagttaaagatgttagaggagttgattaaacaaagtactaggtaccctacatgtatataggaatacccacccacccacctaaatacctgccattcaccatgtactata
gi|8 : catgtaaattttttaaaagatgtctgatcacttccaaaaaagatacaTTT-CAAAAAGACACAGGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTAT-A-CGAAGTTTG----------------TTAT-A-GG--TG-TGAGAGGAATTGATTACATGTA-CACAAAAC--TGTT--ATTG-T----AT--ATTCAG----A---GCA---TAC-TTGA-----AA-A---TGA------------CAAACTAC-ATG-AAA------------------ATA------TTTCG--AA-AATG-TCG---------------AAAGCACT------ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----T-CATAACCAC-GCAA------CA-AAAATTTTGAGGAATGTCAAGTTA-G-AGGTGTGAGAGGAG-TGA-TATA-ccctacatgtatataggaatacccacccacccacctaaatacctgccattcaccatgtactata
gi|9 : ctaACATCCT---TAA--ATGTGTCCAT-AA--T--AACTGT-A-CAATGTATGAAAA--ATG-T-CACGTTAG-A-AG--TG-TAAGAGGAGTTCATTA----T---ATAAAAT--AGGT--ACCG----T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGT-Tctct
gi|9 : ttcatctcaccagagaATTCA-A-GGCATG-TTATAGGTGTCGATTA-------CACAAAGT--AGGT--ACC---C----T--ATTCAA----G---Gataggtgtcgattacacaaagtaggtaccctattcaaggactccgcccacccacccactgtactgtaagtcggatgcacgttgtgcaacccagccaaaca
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACACGCACACACTTTCAACTAGCAAGTGCATTAGAAT
Unaligned ( gi|21 ): CACACGCACACACTTTCAACTAACAAGTCCATTTAGAATT
Unaligned ( gi|22 ): TATTCAACATGTAGCATCAACAAAATGATAAATT
Unaligned ( gi|23 ): TTCATCTCACCAGAGAACATCCTTAAAGGGTGTG
Unaligned ( gi|24 ): TGTAACAGGTAAGATATACATTATACAGTAGT
Alignments
lowQualScore : 1111 222222 11111 222222222222222222222222 11111111111 111111 111111111 1111111 1111111111 22222222 1111111111111 11111111 111 111111111 444444444444444444444444444444444 1111111 111111 111 111
lowQualScore : 0 8 1 77 4444 333333 0 55555 3333 999999999999999999999999 5 1 5 77777777777 3 3 44 111111 111111111 6666666 33 333 33 2 7777777777 2 6666 5 44 2 2 5 33 777 2 444 33 2 77777 2 2 0 33 2 2 5555 33 2 22222222 0 55 33 0000000000000 33333333 555 3 99999 3 888 3 555555555 7 4 4 666666666666666666666666666666666 4 4 0 4 1 4 8888888 7777 66 7777 2 3 000000 4 55 5 0 444 0 4 0 555 5 000
lowQualScore : . . . .. .... ...... . ..... .... ........................ . . . ........... . . .. ...... ......... ....... .. ... .. . .......... . .... . .. . . . .. ... . ... .. . ..... . . . .. . . .... .. . ........ . .. .. ............. ........ ... . ..... . ... . ......... . . . ................................. . . . . . . ....... .... .. .... . . ...... . .. . . ... . . . ... . ...
lowQualScore : 7 0 7 00 2222 000000 8 00000 5555 666666666666666666666666 0 0 0 99999999999 3 8 22 999999 444444444 4444444 99 111 99 9 1111111111 9 1111 7 11 9 9 7 55 333 4 111 22 4 11111 4 4 5 44 5 4 2222 44 5 88888888 2 99 44 4444444444444 44444444 444 1 11111 6 666 6 333333333 3 4 4 222222222222222222222222222222222 4 4 9 4 8 7 9999999 9999 11 7777 8 6 555555 0 55 7 3 999 9 7 9 222 7 000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTACGAGGTC-TGAAGGATGTCAAATAAATGCTGTAA----GAGG------AGTTGATTACAAANATNTGNATGG-----T-CA-ANACA--A--TGC-TNA-AAAAA-TG------ACAAA-GTTCA--ACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----GAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAAGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA----TA-CACAAAAT--AGGT--ACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TTAA-----AA-A---TGA-CAA-GT--T--CAAACTAC-ATG-TAA-T------GTT-------TTT------TTTCGAAAA-AATG-TCGGATC-ACTTTCAAAAAAGGCAC-------ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT-A------CA-AAG--TTTGAGGAATGTCAAGTTA-A-AGGTGTGAGAGGAGTTGATTATA-A-CAAAA---TAGGTA
Reference ( family-656 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTACGAGGTC-TGAAGGATGTCAAATAAATGCTGTAA----GAGG------AGTTGATTACAAANATNTGNATGG-----T-CA-ANACA--A--TGC-TNA-AAAAA-TG------ACAAA-GTTCA--ACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----GAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAAGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA----TA-CACAAAAT--AGGT--ACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TTAA-----AA-A---TGA-CAA-GT--T--CAAACTAC-ATG-TAA-T------GTT-------TTT------TTTCGAAAA-AATG-TCGGATC-ACTTTCAAAAAAGGCAC-------ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT-A------CA-AAG--TTTGAGGAATGTCAAGTTA-A-AGGTGTGAGAGGAGTTGATTATA-A-CAAAA---TAGGTA
gi|1 : TATACGAGTTTACGAAGGATGTCAAATAAAGTCCGTAA----GGGG------AGTTTATTACAAACATATAGATGG-----C-CA-ATGCA--A--TGC-TCACAAAAG-TG------A-AAC-GTTCA--TCT------ACA---------TTT-------A--AAT-TT--T-T---T-----GAAAAA-T----T-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAGGGCACATGCACCTC-T---TCA--TTGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAGAGTTTGAGGA--ATC-T-CAAATTGA-A-GG--TG-TGTGAGGAGTTTGTTA----TA-TACAGAGT--AGAT--ACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TTAA-----AA-A---TGA-CAATGCTAT--CAAACTAC-ATG-TAA-TTGGTGGGTT-------TTT------TTCCGAAAA-AATG-TTAGTTC-ACTTTCAAAAAAGGCAC-------ATG---TAC--ATCTTCAATGTG----TCTATGACAACTGT-ATACAATTA-AGG--TTTGGGGATTTTCAAATTATATAGGTGT---ACAAGTTGATTATACA-CAAAA---TAGTTA
gi|10 : ctacataaattgtcatagactaaaatcccctcatcataacagcggtccctgtccagttcactcaTTTAATGCT----TCCATAACAGCTGT-A------CA-AGG--TCTGAAGGATGGCAAATAA-A-TGCTGTAAGAGAAGTGG--TATG-ATCTAAA---TAAG
gi|10 : caaaaaTGTACAAGGTC-TGAAGGATGGCAAATAAATGCTGTAA----GAGA------AGTGG--TAT---GATCTAAAT----------A-AGACA--C----C-CCA-AAAAA-TG------ACAAA-GTTCA--ACT------ATT---------TAT-------A--TTT-TT--TTT---C-----GAAAAA-A----G-TCG-GA-TT-A-CTTT-CAAATGGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGC-A-CAAAATTTGAGGA--AAG-T-TCAACTAacaccccaaaaaatgacaaagttcaactatttatattttttttcgaaaaaagtcggattactttcaaatgggcacatgcacatcttcaatgtgtccataacaactgcacaaaatttgaggaaagttcaactac
gi|11 : caaaaatttaatgcttccataacagcGATGGATGTCAAATAAATACTGTAAAACTGAGGACTTGCAATTGATTGTAAA-------ACGA-----T-CA-AA--A--A--TGT-CAA-AAAAT-TT------ACAAA-ATTCA--TCT------ACG---------TGT-------A--ATT-TT--T-TTCCC----------A-TTTTAG-TCA-GA-TC-A-CTT-------AATTGTATGCA-ATC-T---CCAATATGTGTCCAA-AAANCAAAACTATCA-AAAAATTTc
gi|12 : gacggcagtacatggatcca--ATG-TTCAAATTAA-C-TG--CAATAAAGGGAGTTGATTA----CA-TA---AAT--AGGT--ACCG-acaaaattcacctataca
gi|12 : t--ACTG-----ACA---------TTT-------A--AAG-TT--T-T---G-----GAAAAAAT----AATCA-GAATC-A-CTTTTCAAA--GACACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCATAAA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--GTGTT-CAAATTgatcctaatcatgaacagcccctcccccacccaccccccgatagatactactgacatttaaagttttggaaaaaataatcagaatcacttttcaaagacacatgcacatcttcaatgtgtccataaacaactgtacaaagtttgaggagtgttcaaatt
gi|13 : tatgttcaaattaactgcaataaagggagttgattacataaataggtaccggatcctaatcatgaacagcccctcccccacccaccccccgatagatactAGGAGTTGGT------CA-CACAAAGT--AGGC-------TC-C-CT--ATTCAA----GTATGCC---TGC-CTA
gi|14 : aCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCC-----------------A-CAAAGTATGCAGA--TTG-C-C-AATTAA-A-GG--TA-TGA---GAGTTGATTA----TA--AT-AAAT--AGAA--ACCG-TC---A---ATTCAAAGTTG---GCA---T------A-----AA-A---TGA-Ccccagcacctgccattcactgtaatgtaagggcgtccgctcaccagactataaaccacatgcacattgtgcaacccagtcaaa
gi|15 : aAA-TG------ACAAATGTCCA--ACT------ACA---------TGTTAAAT--A--AAT-TT--T-----------AAGAAA-T----G-TCCTGA-TC-ATCTTC-CAAAA-----------TATC-TCAATTA--ATTCTTCCAT-AA--C--AGCTGT-ATCAAGGTCTGA
gi|16 : GAATGGACTATT-CA-AGACA-----TGC-TAA-AAAAAATG------ACAAA-GTTTATAACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----AAAAAA-A----G-TCG-GA-TC-A-CT-------------CATGCACATC-T---TCA--ATGTG
gi|18 : atgaAA-GTCCA--ACT------ACT---------TGT-------A--AAT-TTGTT-T---T--------AAA-T----G-TCG-GA-AC-A-CTTT--AAAAAGACACAAGCACTTC-T---TCA--ATGTATCAAT-AA--C--AGTTG
gi|19 : TCCAT-TA--C--AGCTGT-A-CAAGGTCTGAAGG--ATT-T-CAAA-TAG-ATGT--TG-TAAGAG
gi|19 : t----TCCATTACAGCTGT-A------CA-AGG--TCTGAAGGATTTCAAATAG-A-TGTTGTAAGAG--ATT-ATTTTA-A-AAAAA---attattttaaaaaaaaacaaaaaaaaaca
gi|19 : tTGTACAAGGTC-TGAAGGATTTCAAATAGATGTTGTAA----GAGaacaaaaaaaaaca
gi|2 : ttccattacagcGGCC-TGAAAAATATGAAGTAAAAATTGTGA----GAGA------AGTTGATGACA--GATTTGAA-GG-----TACATGTACC--T--TGCGTTA-AAA---TG------ACAAA-GTTCA--AATGCAAGCACA---------TGT-------A--TATATT--T-TA--C-----AAATAA-T----A-TTC-CA-TT-A-CTTC-CAAAAAGACATATGCACATA-T---TCA--GTGCTTCCAT-AA--C--AGCTGT-A-AAATGTCTGAAGG--ATT-T-CAAATAAA-T-GC--TG-TAAGAGAAA---ATTA----T--TACAAAA-----------------------ATTCAA----G---ACA---ATC-TAAA-----AA-AAA-TGA-CAA-AC--T--TCAACTAC-ATG-GAA--------ATT-------TTT----------GGAAA-AATG-TAGGATC-ACTTTCAAAAA-GACAC-------ATA---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT-A------TA-AAT--TTTAAGGAA-------TTA-G-GGGTATGAGAAGAGTTGATTAT--A-TAAAG---TAattattttaaaaaaaaacaaaaaaaaaca
gi|20 : atgtaaat-AATG-TCGAATC-ACTCTCAAAAAAGGCAC-------ACGTGACACAAATCTTCAATGTGTTAATTCATAGCAACTGT-A------Ccccagttggtactccattacaaagacacctgcccgcaattcgccattattacatgcataagctggatgcacgtcgtgcacttttacctggccaaaaactgaa
gi|3 : tac-CA-AAACA---------TGA-AAATA-TAGGCCCCACAAA-AT-----ATT------AAA---------GGT-------A--ACA-TT--T-T---C-----GAAGAA-T----G-TCC-GA-TC-A-CTCC-CGAAA-GACACATTGACAT---------------------------------------AAGGTCTGAGGG--ATG-T-CAAAT------AC--TG-TAAGAGGAGTTGATTA----CA----AAAAT--AGGC--AC-G-TC-A-AT--A--CAT----G---ATC---TGC-TGAA-----AA-A----GA-AAA-GT--T--CAA-CTAT-ATG-TTT-T------GTTGGGGTTTTTT------TTTCAAAAA-AATG-TCGGATC-GCTTTC-AAAAAGCCGC-------ATG---CAC--ATCTTTAG-------------------TGT-A------TA-AAT--TTAGAGGAATATCAAGTCA-G-AGATGTCAGGCAAGTTTGTTAC--A-CAAAA---TAGATA
gi|3 : gattatctgtaaggaccaaaatttgctggaaatgggatgtttgatattctcctacaagtatttttttcttcaagtgtgcctatttagtattaaaataagttgtatataaaaattatattcctagctgttgtcatggaaacgccagtcaaataaagAGGTC-TGAGGGATGTCAAATA----CTGTAA----GAGG------AGTTGATTACAAAAATAGGCAC-G-----T-CA-ATACATGATCTGC-TGA-AAAA---G------A-AAA-GTTCA--ACT------ATA---------TGTTTTGTTGG--GGT-TT--T-T---TTTTCAAAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-G-CTTT-CAAAAAGCCGCATGCACATC-T---TTA--G--------------------TGT-A-TAAATTTAGAGGA--ATA-T-CAAGTCAG-A-GA--TG-TCAGGCAAGTTTGT------TA-CACAAAAT--AGAT--AC----C-T-AT--ATcctatat
gi|4 : gattatctgtaaggaccaaaatttgctggaaatgggatgtttgatattctcctacaagtatttttttcttcaagtgtgcctatttagtattaaaataagttgtatataaaaattatattcctagctgttgtcatggaaacgccagtcaaataaagcaaaacatgaaaatataggccccacaaaatattaaaggtaacattttcgaagaatgtccgatcactcccgaaagacacattgacataAA-GTTCA--ACT------ACAGGGTGTACATGT-------A--AAC-TT--T-T---C-----AAAGAA-T----G-TCG-TT-TC-A-CTTC-CAAAAATTCACATGTACATC-G---TCA----GTTTCTAG-AA--C--AGCTGT-A-CAAGGTCTGAAGG--ATG-T-CAAATAAA-T-GC--TG-TATGAGGAGTGGATTA----TG----ATAAT--AGAT--ACCG-TC-T-AT----TCAA----A---GCA---TGC-TTAA-----AA-A---TGA-TAAAGT--T--CAA-CTAC-ATG-TAAAT------GTT-------TGT------T--CGAAAACAACG-TCGAATC-ACTTTCAATAAAGACAC-------A-----------TCTTCAATGTG----TCCATAAAAACTGT-A------CA-AAG--TTTGAGAAATACCAACTAA-A-AGATGTGGGAGGAGTTGATTA-A-A-TAAAA---TAGGTA
gi|4 : -CAACTAAA-A-GA--TG-TGGGAGGAGTTGATTA-------CATAAAAT--AGGT--ACCG-TC-T-AT---TTCAA--------ACA---GGC-TTAA-----AA-AT--TAA-CAC-GT--taccgtctatttcaaacagtgttagnaccaactaaaagatgtgggaggagttgattacataaaataggtaccgtctatttcaaacaggcttaaaaattaacacgtgtatcattcacatacaaa
gi|5 : aagttcaactacagggtgtacatgtaaacttttcaaagaatgtcgtttcacttccaaaaattcacatgtacatcgtcagtttctagaacagctgtacaaggtctgaaggatgtcaaataaatgctgtatgaggagtggattatgataatagataccgtctattcaaagcatgcttaaaaatgataaagttcaactacatgtaaatgtttgttcgaaaacaacgtcgaatcactttcaataaagacacatcttcaatgtgtccataaaaactgtacaaagtttgagaaataccaactaaaagatgtgggaggagttgattaaataaaataggtataccgtctatttcaaacagtgttagnacTTA-AGACATGTGTAT-------T-CA-AGATA--A---GC-TTA-AAA----G------ACAGA-AT-CA--ACT-------CA---------TGT-------A--A---TT--T-T---C-----GAAAA-------G-TTG-GA-TG-AATTTT-CAAAAGAGGACATGT-TATT-T---TCA--G-GTGTC-AT-AA-----AACTGC-T-CGA-GTTTGAGGAGAATG-T-CA---TAG-G-GA--TT-TGAGAGGAGTTCA--------A-CACAA--T--AGAT--ACCGGTC-T-AT-----CAA----G---ACA---TGC-TTTA-----GA-A---TTATCAT-GT--C----AACTACGATG-TAA-A------AGT-------TTG------TTCTGAGAA---TG-TCGGATC-ACTTTCAAAATA--CAC-------GTG---CAC--ATCTTCAATGTG----T-CATAGCAAGTGC-A------CACAAT--TTTGAGGAAT-CCAAGTTgtatcattcacatacaaa
gi|6 : tcaaaaaaatccaattcaagatcagatatgcgtgtctACATC-T----CA--ATG-ATCCAT-AAT-C--AACTAT-A-ACAAGTTTGGGGA--ATG-T-CAAGTTAGCG-GG--TG-TGTCAGAAA--GAGCA----TGGCCTAGAATGAAGGCTCACCT-TT-TTCT--ATTCAA----T---TAACTCTGC-TTAATTCAAAACA---TGC-CAT-TT--T--TTCACAAC-ATA-CAA-T------ATA-------TTTACGAAATTTCCGAGG-AATGATCTGATCTATGTTCAGAAATG--AC-------AT----CAC--ATTTTCAATGTG----TCCATAACAACAGC-A------CA-AAG--TTTGAGGAATGTCAAG-TA-A-AGGTGCGAGAGGAGTTGATTctgttacacaaattgactta
gi|6 : ------ACAAC-ATACA--A-T------ATA---------TTT-------ACGAAA-TT--T-C---C-----GAGGAA-T----GATCT-GA-TCTA-TGTT-CAGAAATG-ACAT-CACATT-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACAGC-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAG-TAA-A-GG--TG-CGAGAGGAGTTGATT-----T--CGCAAACTC-ATGT--AGGG-TCGT-ATTAATTCAA--------GCA---TGCGTTAA-----AA-AATTTGA-CAA-GG--TAACAAACTAC-GTGATAA-tcgcaaactcatgtagggtcgtattaattcaagcatgcgttaaaaaatttgacaaggtaacaaactacgtgataaa
gi|7 : acatctcaatgatccataatcaactataacaagtttggggaatgtcaagttagcgggtgtgtcagaaagagcatggcctagaatgaaggctcacctttttctattcaattaactctgcttaattcaaaacatgccattttttcCA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---T-----AAAAGA-T----G-TCT-GA-TC-A-CTTC-CAAAAAAGa
gi|7 : T-A-GAAAGTTTGGGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA-------CACAAAAT--AGAT--ATCG-TC-T-AT----TCAA----A---GCA---TGA-TTAA-----AA-AA--TGA-CAAAGT--T--CAA-CTAC-ATG-TAA-TTT----GTT-------TTT------TT------A-AATG-TTGAAT------------AAGGCACGTCATGCATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT-A------CA-AAG--TTTGAGGAATGTCAAGTTA-A-AGATGTTAGAGGAGTTGATTA-A-A-CAAAGTACTAGGTAatacatagaaagtttggggaatgtcaaattagaggtgtgagaggagttgattacacaaaatagatatcgtctattcaaagcatgattaaaaaatgacaaagttcaactacatgtaatttgtttttttaaatgttgaataaggcacgtcatgcatgcacatcttcaatgtgtccataacaactgtacaaagtttgaggaatgtcaagttaaagatgttagaggagttgattaaacaaagtactaggtaccctacatgtatataggaatacccacccacccacctaaatacctgccattcaccatgtactata
gi|8 : catgtaaattttttaaaagatgtctgatcacttccaaaaaagatacaTTT-CAAAAAGACACAGGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTAT-A-CGAAGTTTG----------------TTAT-A-GG--TG-TGAGAGGAATTGATTACATGTA-CACAAAAC--TGTT--ATTG-T----AT--ATTCAG----A---GCA---TAC-TTGA-----AA-A---TGA------------CAAACTAC-ATG-AAA------------------ATA------TTTCG--AA-AATG-TCG---------------AAAGCACT------ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----T-CATAACCAC-GCAA------CA-AAAATTTTGAGGAATGTCAAGTTA-G-AGGTGTGAGAGGAG-TGA-TATA-ccctacatgtatataggaatacccacccacccacctaaatacctgccattcaccatgtactata
gi|9 : ctaACATCCT---TAA--ATGTGTCCAT-AA--T--AACTGT-A-CAATGTATGAAAA--ATG-T-CACGTTAG-A-AG--TG-TAAGAGGAGTTCATTA----T---ATAAAAT--AGGT--ACCG----T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGT-Tctct
gi|9 : ttcatctcaccagagaATTCA-A-GGCATG-TTATAGGTGTCGATTA-------CACAAAGT--AGGT--ACC---C----T--ATTCAA----G---Gataggtgtcgattacacaaagtaggtaccctattcaaggactccgcccacccacccactgtactgtaagtcggatgcacgttgtgcaacccagccaaaca
blockSeqs : . A TG AACT ACTTGC CAAAA CTAA TGGACTATTCAAGACAT G C . TATAGGCCCC T T TA GCAAGC GGGTGTACA TTTGTTG CG ATA GT T TTTTCAA A TTTA A CT A T T TT GGG C CAA AT A ANCAA C T GA T T GAT CA A CATGTAC GA TC GGTCGTATTAA AGTTG CTC G TTCAA C ATT T AGGTAA A G A TGTTGGGGTTTTTTTTTCAA C A T A A GTCATGC GTGA AA TTAA C A . C AT G A A TG T TAC
blockSeqs : . A TA . . TAAA TTGA CGTCAATACATGATCT . A . AAATG . T . G . TAAAT . TT . . TCCC . . A G . . A T AAT . . . . TC . . . . . GCG . . TGGC C . CTTTTTCTA GTAT . . . . AA . AAGTT A . . TATATTTACGAAATTTCCG . . . A G T A . . C . . . . T A A TA . .
blockSeqs : . G TG . . AGAC AGGC GGTACATGTACCTT . A . AATG . C . . . . . TT . . ACA . . . A . . . C AGA . . . . C . . . . . AC . . CAT . . CGGTCTAT G . . . . T . AAGTT A . . AAGTTTGTTCTGA . . . A C . G . . C . . . . A G G TA . .
blockSeqs : . A AA . . CAG GTGT CGATCAAAAAT . T . ATTT . T . . . . . AG . . CG . . . A . . . T AGA . . . . C . . . . . AA . . CAC . . GTCAATA G . . . . A . AACT A . . ATGTTTGTTCGA . . . A A . G . . T . . . . A G C T . .
blockSeqs : . . . TG . TTCAAGATAA . G . AATG . C . . . . . AT . . GG . . . G . . . C AGC . . . . C . . . . . AT . . TAC . . CGTCTAT A . . . . . . AGTT A . . TTTGTTTTTTT . . . A G . G . . C . . . . G A G C . .
blockSeqs : TAAGACAC . G . TG . T . . . . . AT . . CA . . . G . . . C ATT . . . . C . . . . . GA . . TA . . CGTCTAT G . . . . . . TGTC . . . ATTTTTGG . . . . G . G . . C . . . . G A G A . .
blockSeqs : . T . AG . T . . . . . AT . . CG . . . C . . . T GAG . . . . C . . . . . AT . . TT . . CGTCTAT T . . . . . . TTTT . . . ATATTTCG . . . . . . . . . C . . . . G A T A
blockSeqs : G . T . . . . . CA . . CA . . . C . . . C ATG . . . . C . . . . . AA . . CA . . TCCCTA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G G
blockSeqs : . A . . . . . GT . . CG . . . G . . . T AAG . . . . C . . . . . GG . . TG . . CGTCAA A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AC . . CG . . . G . . . T AGA . . . . C . . . . . AA . . AC . . TGTATA G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AA . . TA . . . G . . . C GA . . . . C . . . . . GA . . TC . . CGTATA G . .
blockSeqs : . . . . . AT . . A . . . T . . . T GA . . . . T . . . . . TA . . C . . CTATA . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . GA . . C . . CCTA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AA . . T . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : CGAG* CGTCAAGACAT************* TAC***** CGTCTAT****** AGTT***** ATGTTTGTTCGG********************* ****** A** N**
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTACGAGGTC-TGAAGGATGTCAAATAAATGCTGTAA----GAGG------AGTTGATTACAAANATNTGNATGG-----T-CA-ANACA--A--TGC-TNA-AAAAA-TG------ACAAA-GTTCA--ACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----GAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAAGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA----TA-CACAAAAT--AGGT--ACCG-TC-T-AT--ATTCAA----G---GCA---TGC-TTAA-----AA-A---TGA-CAA-GT--T--CAAACTAC-ATG-TAA-T------GTT-------TTT------TTTCGAAAA-AATG-TCGGATC-ACTTTCAAAAAAGGCAC-------ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT-A------CA-AAG--TTTGAGGAATGTCAAGTTA-A-AGGTGTGAGAGGAGTTGATTATA-A-CAAAA---TAGGTA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTACGAGGTC-TGAAGGATGTCAAATAAATGCTGTAA----GAGG------AGTTGATTACGAG-ATNTGNACGTCAAGACAT-------------GC-TNA-AAAAA-TG------ACAAA-GTTCA--ACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----GAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAAGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTATAC-----ACAAAAT--AGGT--ACCGTCTAT------TTCAA----G---GCA---TGC-TTAA-----AA-A---TGA-CAAGTT-----CAAACTAC-ATG-TAAATGTTTGTTCGG---------------------AAA-AATG-TCGGATC-ACTTTCAAAAAAGGCAC-------ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT-A------CA-AAG--TTTGAGGAATGTCAAGTTAA--AGGTGTGAGAGGAGTTGATTAN--A-CAAAA---TAGGTA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACACGCACACACTTTCAACTAGCAAGTGCATTAGAAT
Unaligned ( gi|21 ): CACACGCACACACTTTCAACTAACAAGTCCATTTAGAATT
Unaligned ( gi|22 ): TATTCAACATGTAGCATCAACAAAATGATAAATT
Unaligned ( gi|23 ): TTCATCTCACCAGAGAACATCCTTAAAGGGTGTG
Unaligned ( gi|24 ): TGTAACAGGTAAGATATACATTATACAGTAGT
Alignments
lowQualScore : 1111 111 33333333333333333333 1111111111 111111 111111 111111111 1111111 1111111111 22222222 222222222 11111111 111 11111111111 222222222222222222222222222222222222222 1111111 111111 1111 11 111
lowQualScore : 0 8 1 77 4444 111 55555555555555555555 3 8888888888 2 5 888 88 111111 3 3 44 111111 111111111 6666666 33 333 33 2 7777777777 2 6666 5 44 2 2 5 33 777 2 444 33 2 77777 2 2 0 33 2 2 5555 33 2 22222222 0 55 33 2 555 2 111111111 33333333 3 99999 3 888 3 99999999999 1 4 666666666666666666666666666666666666666 4 4 0 4 1 4 8888888 7777 66 8888 4 4 111111 4 666 4 666 4 0000 11 1 111 0
lowQualScore : . . . .. .... ... .................... . .......... . . ... .. ...... . . .. ...... ......... ....... .. ... .. . .......... . .... . .. . . . .. ... . ... .. . ..... . . . .. . . .... .. . ........ . .. .. . ... . ......... ........ . ..... . ... . ........... . . ....................................... . . . . . . ....... .... .. .... . . ...... . ... . ... . .... .. . ... .
lowQualScore : 7 0 7 00 2222 888 77777777777777777777 4 6666666666 8 0 888 11 555555 3 8 22 999999 444444444 4444444 99 111 99 9 1111111111 9 1111 7 11 9 9 7 55 333 4 111 22 4 11111 4 4 5 44 5 4 2222 44 5 88888888 2 99 44 7 000 9 111111111 44444444 1 11111 6 666 6 11111111111 9 4 111111111111111111111111111111111111111 4 4 9 4 8 7 9999999 9999 11 5555 1 0 555555 4 222 7 666 5 6666 99 0 777 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTACGAGGTC-TGAAGGATGTCAAATAAATGCTGTAA----GAGGAGTTG--ATTAC-GAG-ATNTG---NACG--TCAAGACA-----TG---CTNA-A---AAAA-TG------ACAAA-GTTCA--ACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----GAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAAGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA----TA-CACAAAAT--AGGT--ACCG-T---C-TAT---T---TCAA----G---GCATGC-TTAA-----AA-A---TGA-CAA-GT--T--CAAACTAC-ATG-T--------AA-AT-G-------TTTN------TTCGGAAA-AATG-TCGGATC-ACTTTCAAAAAAGGCAC-------ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT-A------CA-AAG--TTTGAGGAATGTCAAGTTA-A-AGGTGTGAGAGGAGT----TGAT--TANACAAAA---TAGGTA
Reference ( family-656 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTACGAGGTC-TGAAGGATGTCAAATAAATGCTGTAA----GAGGAGTTG--ATTAC-GAG-ATNTG---NACG--TCAAGACA-----TG---CTNA-A---AAAA-TG------ACAAA-GTTCA--ACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----GAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAAGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA----TA-CACAAAAT--AGGT--ACCG-T---C-TAT---T---TCAA----G---GCATGC-TTAA-----AA-A---TGA-CAA-GT--T--CAAACTAC-ATG-T--------AA-AT-G-------TTTG------TTCGGAAA-AATG-TCGGATC-ACTTTCAAAAAAGGCAC-------ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT-A------CA-AAG--TTTGAGGAATGTCAAGTTA-A-AGGTGTGAGAGGAGT----TGAT--TANACAAAA---TAGGTA
gi|1 : TATACGAGTTTACGAAGGATGTCAAATAAAGTCCGTAA----GGGGAGTTT--ATTAC-AAACATATA---GATGG-CCAATGCAA----TG---CTCACA---AAAG-TG------A-AAC-GTTCA--TCT------ACA---------TTT-------A--AAT-TT--T-T---T-----GAAAAA-T----T-TCG-GA-TC-A-CTTT-CAAAAGGGCACATGCACCTC-T---TCA--TTGTGTCCAT-AA--C--AACTGT-A-CAGAGTTTGAGGA--ATC-T-CAAATTGA-A-GG--TG-TGTGAGGAGTTTGTTA----TA-TACAGAGT--AGAT--ACCG-T---C-TATA--T---TCAA----G---GCATGC-TTAA-----AA-A---TGA-CAATGCTAT--CAAACTAC-ATG-T--------AA-TT-GGTGGGTTTTTT------TCCGAAAA-AATG-TTAGTTC-ACTTTCAAAAAAGGCAC-------ATG---TAC--ATCTTCAATGTG----TCTATGACAACTGT-ATACAATTA-AGG--TTTGGGGATTTTCAAATTATATAGGTGT---ACAAGT----TGATTATACACAAAA---TAGTTA
gi|10 : ctacataaattgtcatagactaaaatcccctcatcataacagcggtccctgtccagttcactcaTTTAATGCT----TCCATAACAGCTGT-A------CA-AGG--TCTGAAGGATGGCAAATAA-A-TGCTGTAAGAGAAGTGGTATGATC-TAAATAAGA---CA
gi|10 : caaaaaTGTACAAGGTC-TGAAGGATGGCAAATAAATGCTGTAA----GAGAAGTGG----TAT-GA---TCTA---AAT-----AAGACA-----C----CCCA-A---AAAA-TG------ACAAA-GTTCA--ACT------ATT---------TAT-------A--TTT-TT--TTT---C-----GAAAAA-A----G-TCG-GA-TT-A-CTTT-CAAATGGGCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTGC-A-CAAAATTTGAGGA--AAG-T-TCAACTAccccaaaaaatgacaaagttcaactatttatattttttttcgaaaaaagtcggattactttcaaatgggcacatgcacatcttcaatgtgtccataacaactgcacaaaatttgaggaaagttcaactac
gi|11 : caaaaatttaatgcttccataacagcGATGGATGTCAAATAAATACTGTAAAACTGAGGACTTGCAATT-----G-AT-TGTAAAACGA-TCAAAA-A-----TG---TCAA-A---AAAT-TT------ACAAA-ATTCA--TCT------ACG---------TGT-------A--ATT-TT--T-TTCCC----------A-TTTTAG-TCA-GA-TC-A-CTT-------AATTGTATGCA-ATC-T---CCAATATGTGTCCAA-AAANCAAAACTATCA-AAAAATTTc
gi|12 : gacggcagtacatggatcca--ATG-TTCAAATTAA-C-TG--CAATAAAGGGAGTTGATTA----CA-TA---AAT--AGGT--ACCG-acaaaattcacctataca
gi|12 : t--ACTG-----ACA---------TTT-------A--AAG-TT--T-T---G-----GAAAAAAT----AATCA-GAATC-A-CTTTTCAAA--GACACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCATAAA--C--AACTGT-A-CAAAGTTTGAGGA--GTGTT-CAAATTgatcctaatcatgaacagcccctcccccacccaccccccgatagatactactgacatttaaagttttggaaaaaataatcagaatcacttttcaaagacacatgcacatcttcaatgtgtccataaacaactgtacaaagtttgaggagtgttcaaatt
gi|13 : tatgttcaaattaactgcaataaagggagttgattacataaataggtaccggatcctaatcatgaacagcccctcccccacccaccccccgatagatactAGGAGTTGGT------CA-CACAAAGT--AGGC--TCC------C-TA----T---TCAA----GTATGCCTGC-CTA
gi|14 : aCACATGCACATC-T---TCA--ATGTGTCC-----------------A-CAAAGTATGCAGA--TTG-C-C-AATTAA-A-GG--TA-TGA---GAGTTGATTA----TA--AT-AAAT--AGAA--ACCG-T---C--AA---T---TCAAAGTTG---GCAT------A-----AA-A---TGA-Ccccagcacctgccattcactgtaatgtaagggcgtccgctcaccagactataaaccacatgcacattgtgcaacccagtcaaa
gi|15 : aAA-TG------ACAAATGTCCA--ACT------ACA---------TGTTAAAT--A--AAT-TT--T-----------AAGAAA-T----G-TCCTGA-TC-ATCTTC-CAAAA-----------TATC-TCAATTA--ATTCTTCCAT-AA--C--AGCTGT-ATCAAGGTCTGA
gi|16 : AT-GAG-A-ATG---GACTATTCAAGACA-----TG---CTAA-A---AAAAATG------ACAAA-GTTTATAACT------ACA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---C-----AAAAAA-A----G-TCG-GA-TC-A-CT-------------CATGCACATC-T---TCA--ATGTG
gi|18 : AA-GTCCA--ACT------ACT---------TGT-------A--AAT-TTGTT-T---T--------AAA-T----G-TCG-GA-AC-A-CTTT--AAAAAGACACAAGCACTTC-T---TCA--ATGTATCAAT-AA--C--AGTTG
gi|19 : TCCAT-TA--C--AGCTGT-A-CAAGGTCTGAAGG--ATT-T-CAAA-TAG-ATGT--TG-TAAGAG
gi|19 : tTGTACAAGGTC-TGAAGGATTTCAAATAGATGTTGTAA----GAGattattttaaaaaaaaacaaaaaaaaaca
gi|2 : ttccattacagcGGCC-TGAAAAATATGAAGTAAAAATTGTGA----GAGAAGTTG--ATGAC--AG-ATTTG---AAGG--T----ACA-----TGTACCTTG-CGTTAAAA-TG------ACAAA-GTTCA--AATGCAAGCACA---------TGT-------A--TATATT--T-TA--C-----AAATAA-T----A-TTC-CA-TT-A-CTTC-CAAAAAGACATATGCACATA-T---TCA--GTGCTTCCAT-AA--C--AGCTGT-A-AAATGTCTGAAGG--ATT-T-CAAATAAA-T-GC--TG-TAAGAGAAA---ATTA----T--TACAAAA---------------------AT---T----CAA----G---ACAATC-TAAA-----AA-AAA-TGA-CAA-AC--T--TCAACTAC-ATG-G--------AA-AT-T-------TTTG----------GAAA-AATG-TAGGATC-ACTTTCAAAAA-GACAC-------ATA---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT-A------TA-AAT--TTTAAGGAA-------TTA-G-GGGTATGAGAAGAGT----TGAT--TATATAAAG---TAattattttaaaaaaaaacaaaaaaaaaca
gi|20 : atgtaaat-AATG-TCGAATC-ACTCTCAAAAAAGGCAC-------ACGTGACACAAATCTTCAATGTGTTAATTCATAGCAACTGT-A------Ccccagttggtactccattacaaagacacctgcccgcaattcgccattattacatgcataagctggatgcacgtcgtgcacttttacctggccaaaaactgaa
gi|3 : tacCAAAACA-----TG------A-A---AATA-TAGGCCCCACAAA-AT-----ATT------AAA---------GGT-------A--ACA-TT--T-T---C-----GAAGAA-T----G-TCC-GA-TC-A-CTCC-CGAAA-GACACATTGACAT---------------------------------------AAGGTCTGAGGG--ATG-T-CAAAT------AC--TG-TAAGAGGAGTTGATTA----CA----AAAAT--AGGC--A-CG-T---C--AA---T---ACAT----G---ATCTGC-TGAA-----AA-A----GA-AAA-GT--T--C-AACTAT-ATG-TTTTGTTGGGG-TT-T-------TTTT------TTCAAAAA-AATG-TCGGATC-GCTTTC-AAAAAGCCGC-------ATG---CAC--ATCTTTAG-------------------TGT-A------TA-AAT--TTAGAGGAATATCAAGTCA-G-AGATGTCAGGCAAGT----TTGT--TACACAAAA---TAGATA
gi|3 : gattatctgtaaggaccaaaatttgctggaaatgggatgtttgatattctcctacaagtatttttttcttcaagtgtgcctatttagtattaaaataagttgtatataaaaattatattcctagctgttgtcatggaaacgccagtcaaataaagAGGTC-TGAGGGATGTCAAATA----CTGTAA----GAGGAGTTG--ATTACAAAA-ATAGG---CACG--TCAATACATGATCTG---CTGA-A---AAA---G------A-AAA-GTTCA--ACT------ATA---------TGTTTTGTTGG--GGT-TT--T-T---TTTTCAAAAAAA-T----G-TCG-GA-TC-G-CTTT-CAAAAAGCCGCATGCACATC-T---TTA--G--------------------TGT-A-TAAATTTAGAGGA--ATA-T-CAAGTCAG-A-GA--TG-TCAGGCAAGTTTGT------TA-CACAAAAT--AGAT--ACCcctatat
gi|4 : gattatctgtaaggaccaaaatttgctggaaatgggatgtttgatattctcctacaagtatttttttcttcaagtgtgcctatttagtattaaaataagttgtatataaaaattatattcctagctgttgtcatggaaacgccagtcaaataaagcaaaacatgaaaatataggccccacaaaatattaaaggtaacattttcgaagaatgtccgatcactcccgaaagacacattgacataAA-GTTCA--ACT------ACAGGGTGTACATGT-------A--AAC-TT--T-T---C-----AAAGAA-T----G-TCG-TT-TC-A-CTTC-CAAAAATTCACATGTACATC-G---TCA----GTTTCTAG-AA--C--AGCTGT-A-CAAGGTCTGAAGG--ATG-T-CAAATAAA-T-GC--TG-TATGAGGAGTGGATTA----TG----ATAAT--AGAT--ACCG-T---C-TAT---T----CAA----A---GCATGC-TTAA-----AA-A---TGA-TAAAGT--T--CAA-CTAC-ATG-T--------AA-AT-G-------TTTG------TTCGAAAACAACG-TCGAATC-ACTTTCAATAAAGACAC-------A-----------TCTTCAATGTG----TCCATAAAAACTGT-A------CA-AAG--TTTGAGAAATACCAACTAA-A-AGATGTGGGAGGAGT----TGAT--TAAATAAAA---TAGGTAtatat
gi|4 : -CAACTAAA-A-GA--TG-TGGGAGGAGTTGATTA-------CATAAAAT--AGGT--ACCG-T---C-TAT---T---TCAA--------ACAGGC-TTAA-----AA-AT--TAA-CAC-GT--taccgtctatttcaaacagtgttagnaccaactaaaagatgtgggaggagttgattacataaaataggtaccgtctatttcaaacaggcttaaaaattaacacgtgtatcattcacatacaaa
gi|5 : aagttcaactacagggtgtacatgtaaacttttcaaagaatgtcgtttcacttccaaaaattcacatgtacatcgtcagtttctagaacagctgtacaaggtctgaaggatgtcaaataaatgctgtatgaggagtggattatgataatagataccgtctattcaaagcatgcttaaaaatgataaagttcaactacatgtaaatgtttgttcgaaaacaacgtcgaatcactttcaataaagacacatcttcaatgtgtccataaaaactgtacaaagtttgagaaataccaactaaaagatgtgggaggagttgattaaataaaataggtataccgtctatttcaaacagtgttagnacTTAA-GAC-ATGTG---TAT---TCAAGATA-----AG---CTTA-A---AA----G------ACAGA-AT-CA--ACT-------CA---------TGT-------A--A---TT--T-T---C-----GAAAA-------G-TTG-GA-TG-AATTTT-CAAAAGAGGACATGT-TATT-T---TCA--G-GTGTC-AT-AA-----AACTGC-T-CGA-GTTTGAGGAGAATG-T-CA---TAG-G-GA--TT-TGAGAGGAGTTCA--------A-CACAA--T--AGAT--ACCGGT---C-TAT--------CAA----G---ACATGC-TTTA-----GA-A---TTATCAT-GT--C----AACTACGATG-T--------AA-AA-G-------TTTG------TTCTGAGA-A-TG-TCGGATC-ACTTTCAAAATA--CAC-------GTG---CAC--ATCTTCAATGTG----T-CATAGCAAGTGC-A------CACAAT--TTTGAGGAAT-CCAAGTTgtatcattcacatacaaa
gi|6 : tcaaaaaaatccaattcaagatcagatatgcgtgtctACATC-T----CA--ATG-ATCCAT-AAT-C--AACTAT-A-ACAAGTTTGGGGA--ATG-T-CAAGTTAGCG-GG--TG-TGTCAGAAA--GAGCA----TGGCCTAGAATGAAGGCTCACCT-TTTTC-TAT---TCAATTAA----C---TC-TGC-TTAATTCAAAACA---TGC-CAT-TT--T--TTCACAAC-ATA-C--------AATAT-A-------TTTACGAAATTTCCGAGG-AATGATCTGATCTATGTTCAGAAATG--AC-------AT----CAC--ATTTTCAATGTG----TCCATAACAACAGC-A------CA-AAG--TTTGAGGAATGTCAAG-TA-A-AGGTGCGAGAGGAGT----TGAT--TTCGCAAActgttacacaaattgactta
gi|6 : ------ACAAC-ATACA--A-T------ATA---------TTT-------ACGAAA-TT--T-C---C-----GAGGAA-T----GATCT-GA-TCTA-TGTT-CAGAAATG-ACAT-CACATT-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACAGC-A-CAAAGTTTGAGGA--ATG-T-CAAG-TAA-A-GG--TG-CGAGAGGAGTTGATT-----T--CGCAAACTC-ATGT--AGGG-T---CGTATTAAT---TCAA--------GCATGCGTTAA-----AA-AATTTGA-CAA-GG--TAACAAACTAC-GTGAT--------AA-Actcatgtagggtcgtattaattcaagcatgcgttaaaaaatttgacaaggtaacaaactacgtgataaa
gi|7 : acatctcaatgatccataatcaactataacaagtttggggaatgtcaagttagcgggtgtgtcagaaagagcatggcctagaatgaaggctcacctttttctattcaattaactctgcttaattcaaaacatgccattttttcCA---------TGT-------A--AAT-TT--T-T---T-----AAAAGA-T----G-TCT-GA-TC-A-CTTC-CAAAAAAG
gi|7 : T-A-GAAAGTTTGGGGA--ATG-T-CAAATTAG-A-GG--TG-TGAGAGGAGTTGATTA-------CACAAAAT--AGAT--ATCG-T---C-TAT---T----CAA----A---GCATGA-TTAA-----AA-AA--TGA-CAAAGT--T--CAA-CTAC-ATG-T--------AA-TTTG-------TTTT------TTT----A-AATG-TTGAAT------------AAGGCACGTCATGCATG---CAC--ATCTTCAATGTG----TCCATAACAACTGT-A------CA-AAG--TTTGAGGAATGTCAAGTTA-A-AGATGTTAGAGGAGT----TGAT--TAAACAAAGTACTAGGTAatacatagaaagtttggggaatgtcaaattagaggtgtgagaggagttgattacacaaaatagatatcgtctattcaaagcatgattaaaaaatgacaaagttcaactacatgtaatttgtttttttaaatgttgaataaggcacgtcatgcatgcacatcttcaatgtgtccataacaactgtacaaagtttgaggaatgtcaagttaaagatgttagaggagttgattaaacaaagtactaggtaccctacatgtatataggaatacccacccacccacctaaatacctgccattcaccatgtactata
gi|8 : catgtaaattttttaaaagatgtctgatcacttccaaaaaagatacaTTT-CAAAAAGACACAGGCACATC-T---TCA--ATGTGTCCAT-AA--C--AACTAT-A-CGAAGTTTG----------------TTAT-A-GG--TG-TGAGAGGAATTGATTACATGTA-CACAAAAC--TGTT--ATTG-T---A-TA----T---TCAG----A---GCATAC-TTGA-----AA-A---TGA------------CAAACTAC-ATG-A--------AA-AT-A-------T---------TTCG--AA-AATG-TCG---------------AAAGCACT------ATG---CAC--ATCTTCAATGTG----T-CATAACCAC-GCAA------CA-AAAATTTTGAGGAATGTCAAGTTA-G-AGGTGTGAGAGGAG-----TGA---TATACccctacatgtatataggaatacccacccacccacctaaatacctgccattcaccatgtactata
gi|9 : ctaACATCCT---TAA--ATGTGTCCAT-AA--T--AACTGT-A-CAATGTATGAAAA--ATG-T-CACGTTAG-A-AG--TG-TAAGAGGAGTTCATTA----T---ATAAAAT--AGGT--ACCG-T---A-TA----T---TCAA----G---GCATGT-Ttct
gi|9 : ttcatctcaccagagaATTCA-A-GGCATG-TTATAGGTGTCGATTA-------CACAAAGT--AGGT--ACC------C-TA----T---TCAA----G---Gataggtgtcgattacacaaagtaggtaccctattcaaggactccgcccacccacccactgtactgtaagtcggatgcacgttgtgcaacccagccaaaca
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACACGCACACACTTTCAACTAGCAAGTGCATTAGAAT
Unaligned ( gi|21 ): CACACGCACACACTTTCAACTAACAAGTCCATTTAGAATT
Unaligned ( gi|22 ): TATTCAACATGTAGCATCAACAAAATGATAAATT
Unaligned ( gi|23 ): TTCATCTCACCAGAGAACATCCTTAAAGGGTGTG
Unaligned ( gi|24 ): TGTAACAGGTAAGATATACATTATACAGTAGT