lowQualScore : 1111111111111111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 11 111111111 1111111111111111111111111111111 4444444444444 1 1 111111111111 1111111 1 222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111 1 111111111 2222222222222222 11
lowQualScore : 66 666666666 55 0000000000000000000000000000000 4 99 1111111111111 77777 4 7777 555 44 66 1 4 5555 2 666666666666 2 777777 2222222 2 6 5555 2 999 6 3333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 2 3 6 1 22 22 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 3333333333333 777 6 555555555 8 44 4444 2 2 6666666666666666 888 66666 77 2 3
lowQualScore : .. ......... .. ............................... . .. ............. ..... . .... ... .. .. . . .... . ............ . ...... ....... . . .... . ... . .... ................................................................... ... . . . . .. .. ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . ............. ... . ......... . .. .... . . ................ ... ..... .. . .
lowQualScore : 66 000000000 55 0000000000000000000000000000000 0 55 2222222222222 11111 6 1111 888 66 88 1 3 9999 7 111111111111 7 777777 3333333 7 3 3333 5 444 1 9999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 888 1 3 1 5 22 22 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 1111111111111 777 8 444444444 0 99 7777 2 2 8888888888888888 111 00000 22 9 1
consensus : AAATCGATTC-AAGAAC---------AG--AAA----------T-------G------------CT-TTA--AAATA-NGTTA--T----CT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAAATAAAA-A--TA-AACC--------G--A-A------GTAT-------TTGT-GGTAGAA----A-ATA--TATCTTCAAT----GTT----TTCATAACA---ACT-AA-AATGT-AC---------A-TGG-TCT-GAAAAATGT-CA---A---GT-AAAAGCTGTGAGAGGAGTT--GATT--ACACAAA----A----TA--GG---TA----C--TG-T----GGT----A--C------CATGCT----------------N-A--A--A--------A-AT-GA-CAAA-G-TTCA--A----NTNC--AC---GT---AA--------------T------TTTTT------------AAA--------GTC-----------------CGATC-AC--TTTC--AAAAAGAC-G-CAT-CATGCACATCT-T-----CA------AT----GT-TTCC----A-------TAAC--AAC-----T----G-T-ACAAGGTCT---G--------C-----AAATA-ATCG-TGT-ACA---T-A-AG-G-TG---A--GAG--GA--GT----TG-AT-TACA-AAA-A-TAG-------A---G--CT--ATAT----AGG-TAC----G---GT-CT---ATT-----------C-AA-A------------AN-----------T-------------G-----------ACAAA-GTTC-AAC--TA--CATG----T--A------A-----------A----TTTT--------T----CGAAA--A---AT-GTCG-GATCA-C--TTT-CAAAAA-GA--CA--CAT------GCACATCTT------CAA--T--GTG--TCCATA-ACAA--AG--TA-----GTACAA--A--GTC-TGAGGGATA-TGTCA--------A-GT-TAAAGG-TGC----GA----G--A-G-AG-T----TGAT--------------TA-----------------TNGT---C------TATTCAAGGCA-----T----------A--CGCT-TT-------A-A--------AAATG----ACNAA--GT-TCA---A-----CTACATGT--AAA-----------TTTT-----------NC----GAAAAATGTCGGATCACTTTCA-A------A-------------------CATA-A---C--AA---C-T------GTACA----------AA-NTTCGAG-G-------AATGG-TGTGAGAA------GANT-----ACGTNACA-AAAGTAG-T--------A-C--TGGT--GAT-GCAC-----AAA---AATG--A--AAGTT-----CAA----ANA-CATGTAN-AT----NTTT-------TT-------C-A-GAA-G-CCGA------------TCACTTTCAAAAA---G-G------CA--CATGCACATCTTCA------A--TGTGTC-C----ATA-A-C------A-A-T-----GTA--CA--A--AGT-TTGA-GGA-ATGTCAAG
Reference ( gi|1 ) : AAATCGATTA-AAGAAC---------AG--AAA----------T-------A------------CT-TTA--AAATA-GGGTT--T----CT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-ATACATTGATCCAGATGAACTAAAA-A--TA-AACC--------G--A-A------GTAT-------TTGT-GGAAGAA----A-AT---TATCTTCAGT----GCTTTAATTCATAGCA---ACT-AA-ATTGT-AC---------A-TGG-TGT-GAAAAATA--CATTTA---GT-AAAAGTTGTGAGAAGAGTT--GATT--ACACAAAG---AATTTTA--AG---TA----C--TG-T---GGGT----A--C------CATGCT----------------T-A--A--A--------A-AT-GA-CAAA-A-TTCA--G----ATTT--AC---GT---AA--------------T------T----------------AAA--------GTC-----------------CGATC-AC--TTCC--AAAAAGAC-G-CATGCATGCACATCT-T-----CA------AT----GC-TTCC----A-------TAAC--AGC-----T----T-T-ACAAGATCT---G--------C-----AAATA-ATTACTGT-ACA---T-ACCG-G-TACT-T--GAG--GA--GC----TG-AT-TACA-AAA-A-TAG---C-CTA--GG--CT-TATAT----AGG-TAT----G---AT-CT---ATT-----------C-AA-G------------AT-----------T-------------G-----------GCAAA-GTTC-AAC--TA--CATG----T--A------A-----------A----TTTT--------A----CGAAA--A---AT-GTCA-GATCA-T--TTC-CAAAAA-GA--CA--CAT------GCACATCTC------CGA--T--GTG--TCCATA-ACAA-AAG--TAA-A--GTACAA--A--GTT-TGAGGGATA-TGTCA--------A-GT-TAGAGG-TGC----GA----G--A-G-AA-T----TGAT--------------TA-----------------TTGT---C------TATTCAAAGCA-----T----------A--TGTT-TT-------A-A--------AAATA----ACTAA--GT-TAA---AAAT-TCTACATGT--AAA-----------TTTT-----------AC----GAAAGCTGTCGGATCACTTTCA-A------A-------------------CATA-A---C--AA---C-T------GTACA----------AA-TTTTAAG-G-------AATGG-TGTGGGAA------GACT-----ACGTCA-----AGTAG----------A-C--TGGT--GAT-GCAC-----AAATTCAATA--A--AAGTT-----CAA----AAA-TATGTAT-AT----ATTT-------TC-------C---------CTGA------------T-ATTTTCAAAAA---G-G------CA--TATGCACAACTTCA------G--TGTATT-C----ATA-A-C------A-A-T-----GTG--CA--A--AGT-GTGA-GGA-ATGTCAGGAT
gi|3 : AAATCAATTC-AAGAAC---------AG--AAA----------T-------GGCCGGGCTCATGCT-TTA--AAATA-TGTTA--T----CT-T---TCAGTAGTA---AA--GACAGCA-GTACATGGATTCAGATGTAATAAAA-A--TA-AATG--------C--A-C------ATAT-------TTGT-GGTAGAA----A-ATA--TACCTTCAAT----GTT----TTCATAAC-----------------AC---------ATTGG-TCT-GAAAAATATCCA---A---GT-AGAAGGAGTGAGAAAAGTT--GGTTAAATACAAAG--------TA--AG---AA----CCATG-T---TATT----A--A------TATAA-----------------A-A--A--A--------A-AT-GA-CAAA-G-TTCA--A----CTAC--AT---GTGTAAA--------------T------TTTTTCAAG--------AAT--------GCC-----------------CAATC-AC--CTTC--AAAA-----T-CACACATGCACACCT-T-----CA------AT----GC-TTCC----A-------TAAC--AGC-----T----G-T-GCGAAGTCT---G--------------AAGGA------TGTCAAA---T-AAAG-G-TGCTGTTAAAG--GA--GT----TG-AT-TAT--AAA-A-T-----------------------T----AGG-TAT----G---GT-CT---CTT-----------C-A----------------------------T-------------A-----------TCAAA--------------------------A------A-----------A----T------------------------------GTCA-GATCA-C---------ATA-GA--C----------------ATCTT------CAA--T--GTG--TCCATA-ACAA-
gi|6 : AAATCGATTC-AATAAC---------AG--AATGGCTGGGT--T-------G------------CT-TTA--AAATA-TGTTA--T----TT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAAATAAAG-A--TA-AACT--------GTTACA------GTAG-------TC----------------AT---TGTCTTCAAT----GTT----TTTATAACA---ACT-AC-AATGT-AC---------A-AGG-TCC-GACAAATG--TA---A---GT-AAAGTCCGTGAGAAGA--------------------------TTA--GG---CA----C--------------------C------CCTGCT----------------T-A--A--A--------A-AT-GA-CAAACG-TTCA--ACTACATGTAAAC---GT---AATAATTATTTTGTTTT------T----------------GAAGACT----GTC-----------------CGATC-AC--TTCG--ATA---AC-G--ATACTTGTACATCT-TCTGAGCA------AT----GC-TTCttaactgtaccaa
gi|18 : tgacaaaaaataaaaataattgagttaatgtttagaacatataatatatgaAAATCGATTC-AAGAAC---------AT--AAA----------T-------ATTCGGGTTG---CT-TTA--AAATA-TG--T--TAAG-CT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACAC--ATCCAAATGAAATAAAA-A--TC-AACT--------G--A-A------GTA--------TTGG-GG------------T-----TTTTTAAT----GTT-----------CA---ACT-GA-AATGT-AC---------A-TGA-TTT-GAAAAAT----GTGAA---GT-AAATGCTGAGAGAAGAGTT--GGTT--ACACACAG---
gi|14 : ccatttattaatccttaatattcaacattgacaaAAACCGATTC-AAGAAT---------AATAAAA----------T-------GGTGGGTTG----CT-CTA--AAATA-AGCTA--T----CTTA---TCA----TA---GACAAACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAA-TAAAA-AAAGA-AACC--------A--A-A------GGAT-------TTGT-GGCAGAA----A-ATA--TATCTTCAAT----GTTT---TTCATAACA---ACT-AA-AATGT-ATTTAATTTAAA-TGGATAT-AAAAA--A--CATTTtag
gi|22 : ttatcagtcatttcaacaatctgaAAATCGATTC-AAAAAC---------AA--AAA----------TG------A------------CT------------GGGTGA-T----CT-G---TCA----CA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAAATAAAA-A--TT-AAGT--------G--A-A------GTAT-------TTGT-GGTAGAAAATCA-AT---TATGTATAAT----GCTTTAAtttcaaatgaaataagaataatttacgaaacctgacaaaaactgc
gi|21 : ctgattctgtcgtatgaagtaatgaaaaAAATCGATTC-AAGAACTGTTTTTACAG--AAA----------TCCGGATTG------------CT-TTATAAAATA-TGTTT--TAAATCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-GTATATTGATCCAGGTAAAgaagtctaaagatg
gi|29 : tatttgaaaaaaaaataaaaaataataaaatcatcaattacacgcttaattcaaggctttaaaaacaaaaAAATTGATTC-AAAAGC---------AG--AAATGGCTGGGT-T-------G------------CT-CTA--TCATA--------T----TT-A---TCA----TA---GA--AACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAATTa
gi|2 : tgtaacatatattgattaacttttgtgatagtgaaataAATCGATTC-AAGAAC---------AG--AAAATAGCCTGGTT-------G------------CT-TTA--AAATA-TGCTA--T----CC-A---CCA----TA---TA--GACAACA-GTACATGGTTCCAGATGAAATAAAA-T--TA-AACC--------A--A-A------GTATAG-----TTAT-GGCTGAA----A-ATA--TATCTTCAAT----GTT----TTCAT---A---ACT-AA-AATGT-AC---------A-TGG-TCT-GAAAAATGT-CA---A---GT-AAATGCTGTGAAAAGAGTT--CGTT--ACAAAAA----------------------------G-T---AGGT----A--C------CATGCTAAAAAAAAAAAAAAAAA-A--A--A--------A-AT-GG-CAAT-G-TT-A--A----A-CT--AC---GTGTAAA--------------T------TTTTCGAAG--------AAC--------GCC-----------------CGATC-AT--TTCCA-AAAAAGAC-G-CAAGCAT----ATCT-T-----CA------AT----GC-TTCC----A-------TAAC--ATT-----T----G-C-ACAAAGTTTGAAG--------CATATGAAATA-AATGCTGC-A
gi|8 : acaaatgaaataaaaaataaaatagcataaagttatctgcataagAATCGATTCCAAGGAC---------AA--GAA----------T-------G------------CTCTTAC-AAACATAAGTTAAT----CT-AGATTCA----TACATGA--GACAGCGCGTAC-TTGGACCACAGGGAATAAAACA--TAGAACTTTGACAGTA--A-A------GTACATGTGTATTGTTGGTAGGA----A-AT---T--CGTC----------------CATACCAG--ACT-AA-AT-GT-GT---------A-TGG-TCTTGAAAAGTA-----TCAAACGT-AAA-GCTGTGAAAAGAGTTTCG-TT--ACACAAA----AGTGTCA--AG---agagaaataagtatggtccattcaagacatgctaacaaactacatgtacatttttcgaaaaatatcagatcactctcaataggacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctatagaggtgtgaagttgattacacaaaataggtatcgtctatttcaagacatgctttaaaaatgacaaagttcaact
gi|9 : atTA-AATGGC---------CG--AAT----------T-------G------------CT-TTA--AAATA-AGTTA--T----TT-T---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATTATTTCAGATGAAATAAAA-C--TG-TAAC--------G--A-T------GTTT-------TTGT-GGTAAAA----A-ATA--TATCCTTATT----GTT----TTCATAACA---ACT-AA-ACTGT-AC---------A-TGG-TCT-GAAAAATAT-CA---A---GT-AAAAGCTGTGGAATGTTTT--GATT--ACATAAA----------------------------A-T---AGGT----A--C------GATGCT----------------A-A--AATA--------A-AT-GA-C--A-G-TTAA--A----ATAC--AT---GC---AA--------------T------TTTTTTCAAGG------AAT--------GTC-----------------GGGTC-AC--TTTC--AAAGGGAC------ACATGCACATTT-T-----TA------AT----GC-TTCT----A-------TAAC-------------------ACAAGGTCT---G--------agatgctatattcaagacctgtgcaaatgaaggaacagagagttttaactttcatgtaagtaattctctcgacaatcatgtttgatcacttacaaaaaa
gi|12 : ttcaagtgca--T----CT-A---TCA----AA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAAACAAAA-A--TA-AACT--------G--A-G------GTAT-------TTGT-GGTAGCA----A-ATA--TATCTTCAAT----GTT----TTCATAACA---ACT-AA-AATGT-AC---------A-TGA-TTT-GTAAAATAT-CA---A---GT-AAAAAT---------GGTT--AA-T--ACACAAAA---CAT-----------------------------GT----A--T------CATGCT----------------G-A--A--ATTTTTTTTA-A------AAA-G-TTCA--ACTACATGT--ACATGAT---AA--------------T------TTTTTGAAG--------AAT--------GTC-----------------CGACT-AC--TTCC--AAAAAG---G-CA--CATGTACATCT-T-----CA------AT----GC-TTCC----A-------TAAC--AGC-----T----G-T-ATATGGTCT---G--------
gi|24 : tcttaA----TA---GA--GACAACA-GAACATGGATACAGATGAAATAAAA-A--TA-AACT--------G--A-A------ATAT-------TTAT-GGTAGAG----A-ACA--TATCTTCAAT----GTT----TTTATAATA---ACT-GA-AATCT-AA---------A-TGG-TCT-GAAAAATGT-CA---A---GT-AAAGGCTGCGAGAAGAGTT--GGTT--ACACAAAG---aag
gi|4 : GATTCAGATGA-CTGAAA----TA-AA---------------A------ATAT-------TTAT-GGTAGGG----A-ATATATATCTTCAAT----GTTTT----TATAACA---ACT-AA-AATGT-AT---------A-TGG-TCT-GAAAAAtaggtg
gi|31 : CAGATGATATAAAA-G--TA-AGCC--------A--A-AGTACATGTAT-------TTGT----AGAA----A-ATA--TATCTTTAAT----GTT----TTCATAACATGGTCTAAA-AATAT-CC---------A-TGG-Tctgaggagtttgttactcaaagtaggaactatagaaatgtgtcggatcactttcaaaaaagcacatgcacatcttcatgcacaatgtgtccatgttctgtacaacgtttgaggaatgtcaagtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|10 : TAAAA-A--T--------------G--A-A------GTAT-------TTGT-GGTAGAG----ATATA--TATCTTCAAT----GTTTTA-----TAATG---ACT-AA-AATGT-AA---------A-TGG-TCC-GCAAAATGT-CA---A---GT-AGAAGCTGTGAGATGAGTT--GGGT--ATGCAA--------------------A----C--T---------T----A--C---------------------------------A--A--------A-AT-GA-CAAG-G-TTCA--A----CTGG--AT---GT---CA--------------T------TTTTTCG----------AAAAAT-----GTC-----------------GGATA-AC--TTTC--AAAAA-------------GCACATTTGT-----CA---------------TT----------------AC--AGC-----T----G-T-ACAAAGTCT---GAAGGATATC-----AAATA-AATGCTGT-------T-A--------------GAG--GA--TT----TGTTT-TACA-TAA-A-CAG---------------T-TATGT------G-TAT---------T-CA---AGA-----------CAAA-G------------AA-----------A-------------G-----------GC-AA-GTTC-AAC--tacacaaagtaggtaccatgc
gi|25 : aTAAAA-G--TA-AACT--------T--A-T------GTAT-------TAGT-GGTAGAA----A-ATA--TATCTTCAAT----G--------------------------TTGT-AC---------A-TGG-TCT-GATAAATG----TTAA---GT-AAAAGTTGTTTGAAGAGTT--GGTT--ATACgcacacatttctttcca
gi|38 : catatataaccaaaggggtataaA-A--TA-AACT--------G--A-A------ATAT-------TGGT-GGAAGAG----A-ATA--TATCTTTAAT----GTT----TTCATAACA---ACT--A-ACTGT-Acatgcttaaactttttttgaagaatgtctggtca
gi|13 : AA----A-A-----ATCTCCAATTAATGCTTC----CATAACA---GCT-------GT-AC---------A-AGG-TCT-GAAGGATGT-CA---A---AT-AAATGCAATAAGGGGAGTT--GATT--ACATAA------ATCATACCGG---TC----C--TAAT---CAGG----A--C-------ATGCTCCCCCACCCCAA----T-AGCA--T--------A-CT-AA-CTAC-A-TTTA--A----ATTT--TT---GG---AA--------------------------------------AAAT-------ATC-----------------AGATC-AC--TTTC--AAAAAAAC-A-CATG----CACATCT-T-----CA------AT----GT-GTCC----A-------TAAgaaggagttgta
gi|7 : aaagttcaactacatgtaaaaatttttaagaatgtctgatcacttccATCTTCAAT----GGTTT----CATAACA---G-------TTGT-AC---------A-AGG-TCT-GAAGGATGT-CA---A---AT-AAATGCTGTAAGAGGAGCT--GATT--ACAAAAAT---AGCTCTA--TGGTTTA----C--T-------AGT----A--TTCAAGACATGCT----------------C-A--A--AT-------A-AT-GG-CCAA-G-TTCA--A----CTAC--AT---GTA--AA--------------T------TTTTTGAAA--------AAA--------GTC-----------------GGACC-AC--TTTC--AAAATG---G-TAT--ATGCACATCT-T-----CA------AT----TT-GTCCATATA-------TAAC--AAC-----T----A-T-ACAAAGTTT------------------AAGGA-A----TGT--CAAGTT-AAAG-G-AGTG-A--GAG--GA--GT----TA-AT-TACACAAA-G-TAG---
gi|11 : tacatgtaaagttttcaaagaatgtccgatcatttccaataagacacatgcacACCTTCAAT----GCTTC----CATAACT---ACT-A------T-GC---------A-AGG-TCT-GATGGATG--TAA--A---AT-AAATGCTGCAATAGGAGTT--GAT----CACAAAA---A----TA--GG---TATGGTC--TA-TTCGAGAT----A-----------TGCT----------------A-A--A--A--------A-AT-GA-CAAA-G-TTCAACG----AC----AG---GT---AA--------------T------TTTTTTTTGAA------AAAT-------GTT-----------------GGTTC-AT--TTTC--AAACAGA------TACATGCACATCT-T-----CA------AT----GT-GTCC----A-------TAAC--AAC-----T----G-T-ACAAAGCTT---G---------------AGGA-A----TGT--CAAGTT-AGAG-G-TGTG-A--GAG--GA--GT----TG-AT-TACA-CAA-A-gtatctt
gi|15 : aaagacacatgcacATCTTCAAT----GT----GTCCATCACA---ATT-AACA--GT-AC---------A-GAA-TTT-GAGG--TA--TGTCAA---GT-TCAAGGTGTGAGAGGAGTT--GATT--ACgcaggcaccctattacaggga
gi|4 : taagaggagttgattacaaaaatagaagtactgtctattcaagacatgctaaaagataaacaaagttcaactagaaaataaaaaaaaaatgttgaataactttcaaaagtcacatgcacATCTTCAAT----GT----GTCCATAACC---AC-------TGTAAC---------A--AG-TGT-GAGGACTG--C--CCG---GT-AAAAG-TGTGAAAGTAGTT--GGTT--ATACAAAT---AAcacccgcccgccattcaccaccacgctgtgcaacccggccaaaaatg
gi|19 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatcttcaatgtttttataacaactaaaatgtatatggtctgaaaaactgaggagtttgttactcaaagtaggaactatagaaatgtgtcggatcactttcaaaaaagcacatgcacatcttcatgcacaatgtgtccatgttctgtacaacgtttgaggaatgtcaagtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcATCTTCAAT----GT----ATCCATAACA---AC---A-G--GT-AC---------A-AAG-TTT-GAG-------CATT------------GTT---AGAGGAGTT--GATT--ACACAAA--------TTA--GG---TA----C--ggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|36 : ttttcaacaaataacaaaattagtttcctaatttcacATCTTCAGT----GTTT---TTCAT--------------ATT-T-AC---------A-----AGT-GAAAAATAT-CA---A---GTAAAAAGCTGTGAGAAGCCTT--GGTT--ACAcctatcacggggatgcccctccctcaactgcccgccacccaccatactataagcaggacacgcgttgtacaacccggca
gi|20 : TTCTTAACA---ACT-AA-AATGT-AC---------A-AGT-TTT-GAAAAAT-----TTCAA--GT-ACAAGTTGTGAAAAGAGTT--GGTT--GTACAAAG--------TA--GG---TG----C---A-T-----GT----A--C------CATGTT----------------A-A--A--A--------A-AT-GA-CAAA-G-TTCA--aagtatag
gi|4 : atataaaatccaaaaatcaattcaagaatagaaatggctggattgctttaaaatatgttattttTGT-AC---------A-ACG-TTT-GAGGAATGT-CA---A---GT-GAAAGGTTCGAGAGGAGTT--GATT--ACACAA-----AATAGCA--GG---TT----C--T--T---GTTT----ATTC------AAAGC-----------------A-A--A--A--------A-AT-GA-CAAA-G-T----------------------T---AA--------------T------T----------------CAA----------------------------CTATCTAC--ATGT--AATTAGGC-G-CA----------TCT-T-----CA------AT----GT-GTCC----A-------TAAC--CAC-----T----G-TAACAAG
gi|5 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatcttcaatgtttttataacaactaaaatgtatatggtctgaaaaactgaggagtttgttactcaaagtaggaactatagaaatgtgtcggatcactttcaaaaaagcacatgcacatcttcatgcacaatgtgtccatgttcTGTGAGAGGA-TT--AATC--ACACAAAG---TAGTTTC--CA---TATCATC--TA-T---TGAA----A--G------CACGCT----------------TAA--A--A--------A-AT-AG-GAAA-G-TTCA--A----CTAC--AT---GTA--AA--------------TATTTCGT----------------AAAAT------ATC-----------------GGATC-AC--TTTC--AAA---ACAG-CA--CATGCACACCT-T-----CA------AT----GT-GCTC----A-------T-AC--AAC-----G----G-T-ACAAAAATT---G--------A-----ACATT-ATCA-----ACT---T-AAAG-G-TG---T--GAGAAGA--GT----TG-AT-TACA-GAA-A------------------------GT----AGA-TAC----C---GT-CT---ATT-----------G-AATG------------CA-----------T-------------G-----------ACAAC-GTTC-ATT--T-----TT----T--------------------------TTTC--------T----CGAAA--A---AT-ACAA-GATCA-A--TTC-CAAAAA-GA--CA--C--------GCACATTTT------CAA--T--GTA--TCCATA-ACAA------T---C--GTACAC--A--GTT-TGAAGGGTG-TGtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|15 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgaggggTAAGAGGAGTT--GATT--ACAAAAAT---AG----A--AG---TA----C--TG-T---CTAT----T--CAAGA--CATGCT----------------A-A--A--A--------G-ATAAA-CAAA-G-TTCA--A------CT--A----GA---AA--------------A------T----------------AAAAAAAAAATGTT-----------------GAATA-AC--TTTC--AAAA-----GTCA--CATGCACATCT-T-----CA------AT----GT-GTCC----ATCACAATTAAC--AG-------------T-ACAGAATTT---G--------------AGGTATGTCAA-GT-TCA-----A--G-G-TGTG-A--GAG--GA--GT----TG-AT-TACagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|37 : GAGAGGGGTT--GATT--ACACAAA--------TTA--GG---TA----C--CG-T---cacccgcccgccattcaccaccacgctgtgcaacccggccaaaaatg
gi|17 : aaagtttgaggaaactgaagtttgaggcggAGGAGTT--GATT--ACACAAAG--------TA--GG---TACCATC--TA-T---TGAA----A--G------CATGCT----------------T-A--A--A--------ATAT-GA-CAAA-G-TTCA--G----CTAC--AT---GTC--AA--------------T------TTTCTAAAAAAAAAAAAAAA--------GCT-----------------GGATC-AC--TTTC--AAAAAGGC-A-CATG-----ACATCT-T-----TA------ATA---G---TCC----A-------TAAC--Actattaaagacatg
gi|27 : GAATT--GATT--ACAAAAAT---AGGTGCA--TG---TA----C--CG-T---CTAT----T--CAAGA--CATGCT----------------T-A--A--A--------A-AT-TATCAAA-T-TTCA--A----CTAC--AT---GT---GA--------------T------TTTTAC-----------AAAAAAT----GTC-----------------TAATC-AC--TTTC--AAAAAGAC-A-CA---A---AC-----T-----CA------AT----GT-GTAC----A-------TAAC--AAC-----T----ttaaggaatgtcaacgtataaaagtgcagaggagttgtaggtaccctattcaacctcagtgcaaccccgccaataat
gi|35 : gggGAGTT--GATC--ACACAAAATACAATAT-A--GG---TA----T--CG-T---CTATTCAAA--A------CATGCT----------------T-A--A--AT-------A-AT-TA-CAAA-C-TTCA--
gi|32 : g-A--A--A--------A-GT-GA-CAAA-AGTTCG--A----ACGT--ACAT-GT---AAAAATTTT-------T------T----------------AAGAT------GTC-----------------TTATC-AC--TTTCTCAAAAATAC-T-C---CA-GCATA----------AA------AT----GC-TTC-----A-------TAAC--AGC-----T----G-T-ACAAG-TCT---G--------actcctttaattttt
gi|16 : --------A-AT-GA-GACA-A-TACT--A----ATCT--AC---AT---A---------------T------T----------------AAA--------GTTTTGGAAACCAATCATCACGATC-ACCCTTTC--AAAAAGAC-A-ACT--ATGCACATCT-T-----CA------AT----GTGTTCC----A-------TAAC--AAC-----a
gi|13 : tcaaatttaatgcaaaataagggagagtgattaacataaataggtacggtcctaattcaggacatttgccctcccctccacccccaccccccAAA-G-TTCA--A----CTAC--AT---GT---AAAAATTT--------T------T----------------AAGAAT-----GTC-----------------TGATC-AC--TTCC--AAAAA------------------TCT-C-----CA------ATTAATGC-TTCC----A-------TAAC--AGC-----T----G-T-ACAAGGTCT---GAAGGATGTC-----AAATA-A--A-TGC-A-A---T-A-------A------GGG--GA--GT----TG-AT-TACA-TAA-A-T-----C-ATACCGGT-CC-TA-ATC---AGGACAT----G---CT-CCCCCACC-----------C-CA-A-------------------------T-------------A-----------GCATA-CT---AAC--TA--CATT----T--A------A-----------A----TTTT--------T----GGAAA--A---AT-ATCA-GATCA-C--TTT-CAAAAA-AA--CA--CAT------GCACATCTT------CAA--T--GTG--TCCATA-Aatggacaccaccagtttgaggacgtgtcaaatta
gi|7 : ----------------AAT--------GTC-----------------CGATC-AT--TTCC--AATAAGAC-A-CATGCA----CATCT-T-----CA------AT----GG-TTTC----A-------TAAC--AGT-----T----G-T-ACAAGGTCT---GAAGGATGTC-----AAATA-AATGCTGT-A---------------A------GAG--GA--GC----TG-AT-TACA-AAA-A-TAG---CTCTAT-GG--TT-TAC-T----AG--TATTCAAG---AC-AT---GCT-----------C-AA--------------ATAA---------T-------------G-----------GCCAA-GTTC-AAC--TA--CATG----T--A------A-----------A----TTTT--------T----TGAAA--A---AA-GTCG-GACCA-C--TTT-CAAAAT-GG--TA--TAT------GCACATCTT------CAA--T--TTG--TCCATATATAACAAC--TA------TACAA--A--GTT-TAAGGA--A-TGTCA--------A-GT-TAAAGG-AGT----GA----G--AGG-AG-T----TAAT--------------TA-----------------
gi|4 : tacatgtaaagttttcaaag--------GTC-----------------GGATC-AC--TTTC--AAAAAA---G-CA--CATGCACATCT-T-----CATGCACAAT----GT-GTCC----A-------TGTT----C-----T----G-T-ACAACGTTT---G---------------AGGA-AT----GT--CAAG-TGAAAG-G-TTCG-A--GAG--GA--GT----TG-AT-TACACAAA-A-TAG---C---A--GG---T-TCT------------T----G----T-TT---ATT-----------C-AA-A---------------------------------------------------GCAAA-A----AAT--GA--CA---------A------A-----------G----TT----------------------A---AT--TCA--ACTA-T--CT----------A--CA--TGTAATTAGGCGCATCTT------CAA--T--GTG--TCCATA-ACCA-CTG--TA-------AC-A--A--GTG-TGA-GGAC--TGCCC--------G-G--TAAAAG-TGT----GA----A--A-GTAG-T----TGGT--------------TA-----------------Tcacaaagtaggtatctt
gi|11 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatcttcaatgtttttataacaactaaaatgtatatggtctgaaaaactgaggagtttgttactcaaagtaggaactatagaaatgtAAAGAC-A-CATGCA----CACCT-T-----CA------AT----GC-TTCC----A-------TAAC--TAC-----T----A-T-GCAAGGTCT---GATGGATGTA-----AAATA-AATGCTGC-A-A---T-----------------AG--GA--GT----TG-AT-CACA-AAA--------------------------AT----AGG-TAT----G---GT-CT---ATT-----------C-GA-G------------ATATGCTAAAAAAT-------------G-----------ACAAA-GTTC-AAC--GA--CAGG----T--A------ATT---------T----TTTT--------T----TGAAA--A---AT-GTTG-GTTCA-T--TTT-CAAACA-GA--TA--CAT------GCACATCTT------CAA--T--GTG--TCCATA-AC---AAC--T------GTACAA--A--GCT-TGAGGA--A-TGTCA--------A-GT-TAGAGG-TGT----GA----G--AGG-AG-T----TGAT--------------TA-----------------acaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|24 : CATATCT-T-----CA------AT----GT-TTTT----A-------TAAT--AACTGAAAT----C-T-AAATGGTCT---G--------------AAA-A-A----TGT--CAAG-T-AAAG-GCTGCG-A--GAA--GA--GT----TG-GT-TACACAAA-G-TAG---cacaaagcaggcaccctattacaggga
gi|19 : atagagacaacagaacatggatacagatgaaataaaaataaactgaaatatttatggtagagaaCACATCT-T-----CA------AT----GT-ATCC----A-------TAAC--A----------------ACAGG---T---A--------C-----AA--A-GTT--TGA-GCA---T--------TGTT-A--GAG--GA--GT----TG-AT-TACA-CAA-A-Tgtg
gi|2 : ttttcaacaaataacaaaattagtttcctaatttATATCT-T-----CA------AT----GT-TTTC----A-------TAACTAAAA-----T----G-T-ACATGGTCT---G--------A-----AAAAT-GTCAA-GT-AAA---T-GCTG--------T--GAAAAGA--GT----TC-GT-TACA-AAA-AGTAGGTAC-C-A--TG--CT-AAAAA----AAA-AAA----A---AA-AA---A---------------AA-A------------AA-----------T-------------G-----------GCAAT-GTTA-AAC--TA--CGTG----T--A------A-----------A----TTTT--------T----CGAAG--A---AC-GCCC-GATCA-T--TTC-CAAAAAAGA--CG--CAA------GCATATCTT------CAA--T--GCT--TCCATA-ACAT---T--T------GCACAA--A--GTT-TGAAGCATA-TG--A--------A-AT-AAATGC-TGC----AA----G--A-G-AA-A----TAAG--------------TA-----------------TGGT---C------CATTCAAGACA-----T-----------------------------------------------GCTAA-----CAA---A-----CTACATGT--ACA-----------TTTT-----------TC----GAAAAATATCAGATCACTCTCA-A------taggtaccctatcacggggatgcccctccctcaactgcccgccacccaccatactataagcaggacacgcgttgtacaacccggca
gi|12 : acaaatgaaataaaaaataaaatagcataaagttatctgcataagaatcgattcaagaacagaaaatagcctggttgctttaaaatatgctatccaccatatagacaacagtacatggttccagatgaaataaaattaaaccaaagtatagttatggctgaaaatATATCT-T-----CA------AT----GT-TTTC----A-------TAAC--AAC-----T----------AAAATGT---A--------C-----A--TG-ATT--TGTAAAA---T-ATCAAG-TA-------AA--AATGGT----TA-ATACACA-AAACA-TGT---A-TCA--TG--CT-GAAAT--------------------T-TT---TTT-----------T-AA-------------------------------------------------------AAA-GTTC-AAC--TA--CATG----T--ACATGATA-----------A----TTTT--------T----TGAAG--A---AT-GTCC-GACTA-C--TTC-CAAAAA-GG--CA--CAT------GTACATCTT------CAA--T--GCT--TCCATA-ACAtaggacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctatagaggtgtgaagttgattacacaaaataggtatcgtctatttcaagacatgctttaaaaatgacaaagttcaact
gi|9 : tcttatctatcaaagagacagcaatacatggatccagatgaaacaaaaataaactgaggtatttgtggtagcaaatATATCC-T-----TA------TT----GT-TTTC----A-------TAAC--AAC-----TAAACTGT-ACATGGTCT---G--------A-----AAAAT-ATCAA-GT-AAA-------------AGC-T--GTG--GA--ATGTTTTG-AT-TACA-TAA-A------------------------AT----AGG-TAC----G---ATGCT---A----------------A-A------------ATAAA--------T-------------G-----------ACA---GTTA-AAA--TA--CATG----C--A------A-----------T----TTTT--------TT---CAAGG--A---AT-GTCG-GGTCA-C--TTT-CAAAGG-GA--CA--CAT------GCACATTTT------TAA--T--GCT--TCTATA-ACAC-AAG--gctgtatatggtctgaag
gi|6 : ttcaagtgcataaatggccgaattgctttaaaataagttatttttcatagagacagcagtacattatttcagatgaaataaaactgtaacgatgtttttgtggtaaaaaatTCT-T-----CA------AT----GT-TTTT----A-------TAAC--AAC-----TACAATGT-ACAAGGTCC---GA-------C-----AAATgtctg
gi|15 : tgacaaaaaataaaaataattgagttaatgtttagaacatataatatatgaaaatcgattcaataacagaatggctgggttgctttaaaatatgttatttatcatagagacagcaatacatggatccagatgaaataaagataaactgttacagtagtcattg--GAG--GA--GT----TG-AT-TACA-AAA-A-TAG-------A--AGTACTGTCTATTCA-AGA-CAT----G------CT---A-------------A-AA-G------------AT-----------A-------------A-----------ACAAA-GTTC-AAC--TA--GA---------A------A-----------A----TAA---------A----AAAAA--A---AT-GTTG-AATAA-C--TTT-CAAAA--GT--CA--CAT------GCACATCTT------CAA--T--GTG--TCCAT---CAC-AAT--TAACA--GTACAG--A--ATT-TGAGG--TA-TGTCA--------A-GT-TCAAGG-TGT----GA----G--AGG-AG-T----TGAT--------------TA-----------------gtaagtaaagtccgtgagaagattaggcacccctgcttaaaaatgacaaacgttcaactacatgtaaacgtaataattattttgtttttgaagactgtccgatcacttcgataacgatacttgtacatcttctgagcaatgcttc
gi|27 : taa--GGG--GA--AT----TG-AT-TACA-AAA-A-TAG------------------GTGC----ATG-TAC----C---GT-CT---ATT-----------C-AA-GACATGCTTAAAAAT-----------T-------------A-----------TCAAA-TTTC-AAC--TA--CATG----T--G------A-----------T----TTTT--------A----CAAAA--A---AT-GTCT-AATCA-C--TTT-CAAAAA-GA--CA--CA-----------AACT-------CAA--T--GTG--TACATA-ACAA-ccacccgcccgccattcaccaccacgctgtgcaacccggccaaaaatg
gi|17 : AG--GA--GT----TG-AT-TACA-CAA-A------------------------GT----AGG-TAC----C---AT-CT---ATTGAAAGCATGCTT-AA-A------------ATA----------T-------------G-----------ACAAA-GTTC-AGC--TA--CATG----T--C------A-----------A----TTTTCTAAAAAAA----AAAAA--A---AA-GCTG-GATCA-C--TTT-CAAAAA-GG--CA--CAT------G-ACATCTT------TAA--T--A-G--TCCATA-ACA---------------------------T-TAAGGA--A-TGTCA--------ACGTATAAAAG-TGCA---GA----G----G-AG-T----TG----------------TA------------------GGTACCC------TATTCAAct
gi|35 : G--GA--GT----TG-AT-CACACAAA-A-TA-------CA----------ATAT----AGG-TAT----C---GT-CT---ATT-----------C-AA-A------------ACA----------T-------------GCTTAAATAATTACAAA-CTTC-AAC--T---CCTT----T--A------A-----------T----TTTT--------cctcagtgcaaccccgccaataat
gi|3 : ACA-GAA-A-TGG---C-C-G--GG--CT-CATGCTTTAAAA-TAT----GTT-AT-CT----TT-----------C-AG---------------------------T-------------A-----------GTAAA-GA-C-AGCAGTA--CATGGATTC--A------G-----------A----TGTA--------A----TAAAA--ATAAAT-G-CA-CAT-A-T--TTG-TGGTAG-AA--AA--TAT------AC----CTT------CAA--T--GTT--TTCATA-ACAC-A----T-------TG--------GTC-TGAAAAATA-T-CCA--------A-GT-AGAAGG-AGT----GA----G--A-A-AAGT----TGGT--------------TA-----------------A--------------ATACAAAGTAAGAACC----------A--TGTTATT-------A-ATATAAAAAAAATG----ACAAA--GT-TCA---A-----CTACATGTGTAAA-----------TTTT-----------TT----CAAGAATGCCCAATCACCTTCA-A------A--------------------ATC-A---C--AC---A-T------GCAC-----------AC-CTTCAAT-GCTTCCATAACAGCTGTGCGAA------GTCTGAAGGATGTCA-----AATAA----------A-----GGT--GCT-G------------TTAA-A--G--GAGTTGATTATAA----AAT-TAGGTATGGT----CTCT-------TC--------------------A------------T-A---TCAAAAA---ATGTCAGATCA--CATAGACATCTTCA------A--TGTGTC-C----ATA-A-C------A-A-T-----
gi|34 : aaatcaattcaagaAT----AGA-TAC----G---GT-CT---ATT-----------C-AA-G------------ACATGCTAAAAA-T-------------G-----------ACAGA-GTTC-AAT--TA--CATG----T--A------A-----------A----Ttaactgtaccaa
gi|10 : tgtctgaaggatgtaaatgagtttattacaataT----GGG-TAT----GCAAAC-TT---A-------------C-AA-A------------AT-------------------------G-----------ACAAG-GTTC-AAC--TG--GATG----T--C------A-----------T----TTTT--------T----CGAAA--A---AT-GTCG-GATAA-C--TTT-CAAAAA------------------GCACATT-------------T--GT-----CATT-AC----AGC-T------GTACAA--A--GTC-TGAAGGATA---TCA--------A-AT-AAATGC-TGT----TA----G--A-G-GA-T----Tga
gi|41 : ataaaaatgaagtatttgtggtagagatatatatcttcaatgttttataatgactaaaatgtaaatggtccgcaaaatgtcaagtagaagctgtgagatgagt----G---GT-CT---ATT-----------C-AA-G------------AC-----------TTACTAAAACAAATG-----------ACAAA-GTTC-AAT--GG--CATG----T--A------A-----------A----Ttgttttacataaacagttatgtgtattcaagacaaagaaaggcaagttcaacgcacacatttctttcca
gi|6 : -CT---GCT-----------T-AA-A------------AA-----------T-------------G-----------ACAAACGTTC-AAC--TA--CATG----T--A------AACGTAATAATTA----TTTT--------GTTTTTGAAG--A---CT-GTCC-GATCA-C--TTC-GATAAC-GA--TA--CTT------GTACATCTT------C
gi|3 : tgacaaaaaataaaaataattgagttaatgtttagaacatataatatatgaaaatcgattcaataacagaatggctgggttgctttaaaatatgttatttatcatagagacagcaatacatggatccagatgaaataaagataaactgttacagtagtcattgtcttcaatgtttttataacaactacaatgtacaaggtccgacaaatgtaagtaaagtccgtgagaagattaggcaccc-AA-A------------AA-----------T-------------G-----------ACAAA-GTTC-AAC--TA--CATG----TGTA------A-----------A----TTTT--------T----TCAAG--A---AT-GCCC-AATCA-C--CTT-CAAAAT-CA--CA--CAT------GCACACCTT------CAA--T--GCT--TCCATA-AC----AGC-T------GTGCGA--A--GTC-TGAAGG--A-TGTCA--------A-A--TAAAGG-TGCTGTTAA----A--G-G-AG-T----TGAT--------------TA-----------------Ttgagcaatgcttc
gi|5 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaa-AA-A------------AT-----------A-------------G-----------G-AAA-GTTC-AAC--TA--CATG----T--A------A-----------A----TATT--------T----CGTAA--A---AT-ATCG-GATCA-C--TTT-CAAAAC-AG--CA--CAT------GCACACCTT------CAA--T--GTG--CTCAT--ACA--------AC-G--GTACAA--A--AAT-TGA---ACATTATCA--------A-CT-TAAAGG-TGT----GA----GA-A-G-AG-T----TGATTACAGAAAGTAGA-TA-----------------CCGT---C------TATTGAATGCA-----TGACAACGTTCA--TTTT-TTTTTCTCGA-A--------AAATACAAGATCAA--TTCCAA---AAA----GACACGC--ACA-----------TTTT------------C----AA----TGT---ATC-----------------------------------CATA-A---C--AA---T-C------GTACA----------CA-GTTT----G-------AAGGG-TGTGAGAaaaattaggtatggtctcttcatatcaaaaaatgtcagatcacatagacatcttcaatgtgtccataacaattaactgtaccaa
gi|28 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgaggggtgtgagaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaa-AA-A------------AT-----------T-------------T-----------ACAAA-ATTC-ACC--TATACATG----T--A------ATTTTTTTCCCCA----TTTT--------A------------------GTCA-GATCA-C--TT--------------G--TAT------GCA-ATCTC------CAA--TATGTG--TCCA------A-AAA--CAA-CC-GTACAC--A--GTT-TAAGGAATA-T--CA--------A-GT-TAGtgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|32 : caa-AA-A------------AG-----------T-------------G-----------ACAAAAGTTCGAACG-TA--CATG----T--A------A-----------AAATTTTTT----------------AA--G---AT-GTCT-TATCACT--TTCTCAAAAA-TA--Ccagcatgaagtagtcga
gi|13 : AAA-GTTC-AAC--TA--CATG----T--A------A-----------AAAT-TTTT--------A-------AG--A---AT-GTCT-GATCA-C--TTC-CAAAAA-----------------------TCTC------CAA--TTAATGCTTCCATA-AC----AGC-T------GTACAA--G--GTC-TGAAGG--A-TGTCA--------A-AT----AAA-TGC----AATAAGG--G-G-AG-T----TGAT--------------TA-----------------tccagcataaaatgcttcataacagctgtacaagtctga
gi|16 : C--TA--CATA----TTAA------A-----------G----TTTT--------G-----GAAACCA---ATCATCACGATCA-CCCTTT-CAAAAA-GA--CAACTAT------GCACATCTT------CAA--T--GTGT-TCCATA-ACAA-CA---TGG-A---CACCACCA--GTT-TGA-GGACG-TGTCA--------A-AT-TAcataaatcataccggtcctaatcaggacatgctcccccaccccaatagcatactaactacatttaaatttttggaaaaatatcagatcactttcaaaaaaacacatgcacatcttcaatgtgtccataa
gi|7 : tcaaatttaatgcaaaataagggagagtgattaacataaataggtacggtcctaattcaggacatttgccctcccctccacccccaccccccaatgagacaatactaat--TA--CATG----T--A------A-----------A----GTTT--------T----CAAAG--A---AT-GTCC-GATCA-T--TTC-CAATAA-GA--CA--CAT------GCACATCTT------CAA--T--GGT--TTCATA-AC----AG--T---T--GTACAA--G--GTC-TGAAGG--A-TGTCA--------A-AT-AAATGC-TGT----AA----G--AGG-AG-C----TGATTACAAAAATAGCTCTA-----------------TGGT---TTACTAGTATTCAAGAC-----------------A--TGCT-CA-------A-A--------TAATG----GCCAA--GT-TCA---A-----CTACATGT--AAA-----------TTTT-----------TT----GAAAAAAGTCGGACCACTTTCA-A------A-------------------
gi|4 : GAAA--T---GT-GTCG-GATCA-C--TTT-CAAAAA-AG--CA--CAT------GCACATCTTCATGCACAA--T--GTG--TCCAT---------G--TTC-T--GTACAA--C--GTT-TGAGGA--A-TGTCA--------A-GT-GAAAGG-TTC----GA----G--AGG-AG-T----TGAT--------------TACACAAAATAGCAGGTTCTTGT---T------TATTCAAAGCA---------------------------------A-A--------AAATG----ACAAA--GT-TAATTCAACTATCTACATGT--AA--------------TT-----------A------------GGCGCATC---TTCA-ATGTGT-C-------------------CATA-A---C--CA---C-T------GTAAC----------AA-GTGTGAG-G-------ACT-G-CCCGGTAA------AAGT-----GTG-AA-----AGTAG------------T--TGGT--TAT---AC-----AAAT--AAGG--A--AAACT------GA----AAA-TAatggtatatgcacatcttcaatttgtccatatataacaactatacaaagtttaaggaatgtcaagttaaaggagtgagaggagttaattacacaaagtaggtatctt
gi|23 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatcttcaatgtttttataacaactaaaatgtatatggtctgaaaaactgaggagtttgttactcaaagtaggaactata-T--TTC-AAAAAA-GGGGC---CAT------GCACTTCTT------CAAGTT--GTG--ACCATACACC----G--T------GTACAA--A--GTCATGACGGA-A-TGTCACATGCACAA-GT-TAAAGG-AGT----GA----GGAG-G-AG-T----TGAT--------------Tgaggtttgaagcataatat
gi|11 : cctcAAA-GA--CA--CAT------GCACACCTT------CAA--T--GCT--TCCATA-AC--------TAC-T--ATGCAA--G--GTC-TGATGGAT---GTAA--------A-AT-AAATGC-TGC----AA----T--A-G-GAGT----TGATCACAAAAATAGG--TA-----------------TGGT---C------TATTCGAG--A-----T----------A--TGCT-A--------A-A--------AAATG----ACAAA--GT-TCA---A-----CGACAGGT--AAT-----------TTTT-----------TTTT--GAAAAATGTTGGTTCATTTTCA-A------A-------------------CAGATA---C--A------T------GCACA----------tacacaaagtaggataccctattcaacctcagtgccaaacccatccaatat
gi|10 : AT------ATATATCTT------CAA--T--GT---TTTATA-ATGA-C----TAA-A--ATGTAA--ATGGTC-CGCA--AAA-TGTCA--------A-GT--AGAAGCTGT----GA----G--A-----------TGA----------------G-----------------TTGG---G------TATGCAAA-------------------------C-TT-------ACA--------AAATG----ACAAG--GT-TCA---A-----CTGGATGT--CAT-----------TTTT-----------TC----GAAAAATGTCGGATAACTTTCA-A------AAAGCACATTTGT-------CATT-A---C--AG---C-T------GTACA----------AAGTCTGAAG-G-------Atcttcaatgtgtccataacaactgtacaaagcttgaggaatgtcaagttagaggtgtgagaggagttgattacacaaagcaggcaccctattacaggga
gi|30 : ataaaaatgaagtatttgtggtagagT------GCACATCTT------CAA--TTCATG--TCACTG-ATTA-GAGGCT------GT---A--A--GTT-TT-GGGA-A-TGTCA--------A-AT-TAGAGG-TAT----GA----G--G-G-AGTT----TGAT--------------Ttatcaaataaatgctgttagaggatttgttttacataaacagttatgtgtattcaagacaaagaaaggcaagttcaacgcacacatttctttcca
gi|24 : atgttagtattcacggccaataacCATATCTT------CAA--T--GTT--TTTATA-ATAA-C----TGA-A--ATCTAA--ATGGTC-TGAA--AAA-TGTCA--------A-G--TAAAGGCTGC----GA----GA-A-G-AG-T----TGGT--------------TA-----------------ccaaatagta
gi|19 : atagagacaacagaacatggatacagatgaaataaaaataaactgaaatatttatggtagagaaCACATCTT------CAA--T--GTA--TCCATA-ACAA-CAG---------GTACAA--A--GTT-TGAG---CA-T-T------------GT-TAGAG--------------------G-AG-T----TGAT--------------TA-----------------cacaaagtaggtg
gi|6 : ttttcaacaaataacaaaattagtttcctaatttTCTT------CAA--T--GTT--TTTATA-ACAA-CTA--CAA-T--GTACAA--G--GTC-CGACAAATG-T---A--------A-GT---AAAG-TCC----GT----G--A-G-AA-------GAT--------------TA--------------------------------------GGCA-----C----------CCCTGCT-T--------A-A--------AAATG----ACAAAC-GT-TCA---A-----CTACATGT--AAACGTAATAATTATTTT-----------GTTTTTGAAGACTGTCCGATCAC-TTCG-----------------------------ATA-A---C--GATACT-T------GTACA----------TC-TTCTGAG-C-------AATGcacaaattaggtaccctatcacggggatgcccctccctcaactgcccgccacccaccatactataagcaggacacgcgttgtacaacccggca
gi|9 : tgacaaaaaataaaaataattgagttaatgtttagaacatataatatatgaaaatcgattcaataacagaatggctgggttgctttaaaatatgttatttatcatagagacagcaatacatggatccagatgaaataaagataaactgttacagtagtcattg--T--GTT--TTCATA-ACAA-C----TAA-ACTGTACAT--G--GTC-TGAAAAATA-T--CA--------A-GT-AAAAGC-TGT----G----------G-AA-TGTTTTGAT--------------TA-----------------C--------------AT--AAAATAGG---T----------A--CGAT-GC-------T-A--------AAATA----AATGACAGT-TAA---AA-----TACATGC--AAT-----------TTTTTTC--------AA----GGAA--TGTCGGGTCACTTTCA-A------A-------------------cttc
gi|27 : ttcaagtgcataaatggccgaattgctttaaaataagttatttttcatagagacagcagtacattatttcagatgaaataaaactgtaacgatgtttttgtggtaaaaaatatatccttat--------------TA-----------------CCGT---C------TATTCAAGACA-----T----------G--C----TT-------A-A--------AAATT----ATCAA--AT-TTC---AA----CTACATGT--GAT-----------TTTT-----------AC----AAAAAATGTCTAATCACTTTCA-AAAAG--A-------------------CACA-AACTC--AA---TGT------GTACA----------gggacacatgcacatttttaatgcttctataacacaaggtctg
gi|17 : ggggaattgattacaaaaataggtgcatgT---C------TATTGAAAGCA-----T--------------GCT-TA-------A-A--------ATATG----ACAAA--GT-TCA---G-----CTACATGT--CAA-----------TTTTCTAAAAAAAAAAA----AAAAGCT---GGATCACTTTCA-AAAAGGCA-------------------CATG-A---C--AT---C-TTTAATAGTCCAT---------AA-CATTAAG-G-------AATGtaacaact
gi|13 : aggagttgattacacaaagtaggtaccaAA--GT-TCA---A-----CTACATGT--AAAAAT--------TTTT-----------AA----GAA---TGTCTGATCACTTCCA-A------AAATCTCCAATTAATGCTTCCATA-A---C--AG---C-T------GTACA----------AG-GTCTGAA-G-------GATGtcaacgtataaaagtgcagaggagttgtaggtaccctattcaacctcagtgcaaccccgccaataat
gi|13 : aCTACATTT--AAA-----------TTTT-----------TG----GAAAAATATCAGATCACTTTCA-A------A-------------------AA-A-A---C--AC---A-T------GCACA----------tcaaataaatgcaataaggggagttgattacataaatcataccggtcctaatcaggacatgctcccccaccccaatagcatactaactacatttaaatttttggaaaaatatcagatcactttcaaaaaaacacatgcacatcttcaatgtgtccataa
gi|9 : aaagttcaactacatgtaaaaatttttaagaatgtctgatcacttccaaaaatctccaattaatgcttccataacagctgtacaaggtctgaaggatgtcaaataaatgcaataaggggagttgattacataaatcataccggtcctaatcaggacatgctcccccaccccaatagcatactaaTTTCATA------A-------------------CA---A---CTAAA---C-T------GTACATGGTCTGAAAAA-TATCAAG-T-------AAAAGCTGTGG-AATGTTTTGATT-----ACATAA-----AATAG-----------------GTACGAT-GC-T-----AAAATAAATG--A--CAGTT-----AAA----ATA-CATGCA--AT----TTTT-------TT-------CAAGGAATGTCGGG------------TCACTTTCAAAGG---G-A------CA--CATGCACATTTTTA------A--TGCTTC-T----ATA-A-C------A-tcttcaatgtgtccataa
gi|2 : ttcaagtgcataaatggccgaattgctttaaaataagttatttttcatagagacagcagtacattatttcagatgaaataaaactgtaacgatgtttttgtggtaaaaaatatatccttattgt-------------------CATA-A---CTAAA---A-T------GTACATGGTCTGAAAAA-TGTCAAGTA-------AATGC-TGTGAAAA------GAGT-----TCGTTACAAAAAGTAGGT--------A-CCATGCT--AAA-AAAA-----AAAAAAAAAA--A--AAAATGG---CAATGTTAAACTACGTGT-AA----ATTT-------TT-------CGAAGAACGCCCGA------------TCATTTCCAAAAA---A-GA-----CG--CAAGCATATCTTCA------A--TGCTTC-C----ATA-A-C------ATT-T-----GCA--CA--A--AGT-TTGA-AGC-ATATcaaggtctg
gi|5 : acaaatgaaataaaaaataaaatagcataaagttatctgcataagaatcgattcaagaacagaaaatagcctggttgctttaaaatatgctatccaccatatagacaacagtacatggttccagatgaaataaaattaaaccaaagtatagttatggctgaaaatatatcttcaatgtttt-------------------CATA-A---C--AA---G-A------GTTCA----------TA-TTT-GAG-G----------GG-TGTGAGAG------GATT-----A-ATCACACAAAGTAGTTTCCATATCATC--TATT--GAAAGCACGCTTAAAA---AATAGGA--AAGTT-----CAA----CTA-CATGTAA-AT----ATTTCGTAAAATA-------T---------CGGA------------TCACTTTCAAAAC---A-G------CA--CATGCACACCTTCA------A--TGTGCT-C----AT--A-C------A-A-CG----GTA--CA--A--Agaaataaatgctgcaagagaaataagtatggtccattcaagacatgctaacaaactacatgtacatttttcgaaaaatatcagatcactctcaataggacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctatagaggtgtgaagttgattacacaaaataggtatcgtctatttcaagacatgctttaaaaatgacaaagttcaact
gi|7 : ttcaatgtgtcATA-A---C--AA---C-T------ATACA----------AA-GTTTAAG-G-------AATGaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcacattttcaatgtatccataacaatcgtacacagtttgaagggtgtgagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|7 : tacatgtaaagttttcaaagaatgtccgatcatttccaataagacacatgcacatcttcaatggtttcataacagttgtacaaggtctgaaggatgtcaaataaatgctgtaagaggagctgattacaaaaatagctctatggtttactagtattcaagacatgctcaaataatggccaagttcaactacatgtaaattttttgaaaaaagtcggaccactttcaaaatggtatatgcacatcttcaatttgtccatatAT-GCTC-----AAAT--AATG--GCCAAGTT-----CAA----CTA-CATGTAA-AT----TTTT-------TGAAAAAAGT---------CGGA------------CCACTTTCAAAAT---G-G------TA--TATGCACATCTTCA------A--TTTGTC-CATATATA-A-C------A-ACT-----ATA--CA--A--AGT-TTAA-GGA-ATGTCAAGtcaagttaaaggagtgagaggagttaattacacaaagtaggtatctt
gi|12 : tacatgtaaagttttcaaagaatgtccgatcatttccaataagacacatgcacatcttcaatggtttcataacagttgtacaaggtctgaaggatgtcaaataaatgctgtaagaggagctgattacaaaaatagctctatggtttactagtattcaagacA--A--AAGTT-----CAA----CTA-CATGTAC-ATGATAATTT-------TT-------TGAAGAATGTCCGAC-----------T-ACTTCCAAAAA---G-G------CA--CATGTACATCTTCA------A--TGCTTC-C----ATA-A-C------A-GCT-----GTA--TA--T--GGT-CTGA-AGttaaaggagtgagaggagttaattacacaaagtaggtatctt
gi|11 : tcttatctatcaaagagacagcaatacatggatccagatgaaacaaaaataaactgaggtatttgtggtagcaaatatatcttcaatgttttcataacaactaaaatgtacatgatttgtaaaatatcaagtaaaaatggttaatacacaaaacatgtatcatgctgaaatttttttta--A--AAGTT-----CAA----CGA-CAGGTA--AT-----TTT-------TT-------T---------TTGAAAAATGTTGGTTC-ATTTTCAAACA---G-A------TA--CATGCACATCTTCA------A--TGTGTC-C----ATA-A-C------A-ACT-----GTA--CA--A--AGC-TTGA-GGA-ATGTCAAG
gi|3 : aaagacacatgcacaccttcaatgcttccataactactatgcaaggtctgatggatgtaaaataaatgctgcaataggagttgatcacaaaaataggtatggtctattcgagatatgctaaaaaatgac--A--AAGTT-----CAACT--ACA-TGTGTAA-AT----TTTT-------TCAAGAATGC---------CCAA------------TCACCTTCAAAAT---C-A------CA--CATGCACACCTTCA------A--TGCTTC-C----ATA-A-C------A-GCT-----GTG--CG--A--AGT-CTGA-AGG-ATGTCAttagaggtgtgagaggagttgattacacaaagcaggcaccctattacaggga
gi|13 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacGA------------TCACTTTCAAAAA---A-A------CA--CATGCACATCTTCA------A--TGTGTC-C----ATA-A-aataaaggtgctgttaaaggagttgattataaaattaggtatggtctcttcatatcaaaaaatgtcagatcacatagacatcttcaatgtgtccataacaattaactgtaccaa
gi|4 : aaagttcaactacatgtaaaaatttttaagaatgtctgatcacttccaaaaatctccaattaatgcttccataacagctgtacaaggtctgaaggatgtcaaataaatgcaataaggggagttgattacataaatcataccggtcctaatcaggacatgctcccccaccccaatagcatactaactacatttaaatttttggaaaaatatcaGA------------TCACTTTCAAAAA---A-G------CA--CATGCACATCTTCATGCACAA--TGTGTC-C----ATG-TTC----------T-----GTA--CA--A--CGT-TTGA-GGA-ATGTCAAG
gi|17 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatcttcaatgtttttataacaactaaaatgtatatggtctgaaaaactgaggagtttgttactcaaagtaggaactatagaaatgtgtcgGA------------TCACTTTCAAAAA---G-G------CA--CATG-ACATCTTTA------A--TA-GTC-C----ATA-A-C--------A-T----------------------TAA-GGA-ATGTCAtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|15 : aggagttgattacacaaagtaggtaccatctattgaaagcatgcttaaaatatgacaaagttcagctacatgtcaattttctaaaaaaaaaaaaaaagctg-ACTTTCAAAA----G-T------CA--CATGCACATCTTCA------A--TGTGTC-C----ATC-A-C------A-A-TTAACAGTA--CA--G--AAT-TTGA-GGT-ATGTCAAGacgtataaaagtgcagaggagttgtaggtaccctattcaacctcagtgcaaccccgccaataat
gi|5 : taagaggagttgattacaaaaatagaagtactgtctattcaagacatgctaaaagataaacaaagttcaactagaaaataaaaaaaaaatgttgaataTTCCAAAAA---G-A------CA--C--GCACATTTTCA------A--TGTATC-C----ATA-A-C------A-A-TC----GTA--CA--C--AGT-TTGA-AGG-GTGTGAGttcaaggtgtgagaggagttgattaccacccgcccgccattcaccaccacgctgtgcaacccggccaaaaatg
gi|16 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgaggggtgtgagaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaaaaaataggaaagttcaactacatgtaaatatttcgtaaaatatcggatcactttcaaaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaaTTTCAAAAA---G-A------CAACTATGCACATCTTCA------A--TGTGTTCC----ATA-A-C------A-A-C-----ATGGACACCACCAGT-TTGA-GGACGTGTCAatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|23 : tcaaatttaatgcaaaataagggagagtgattaacataaataggtacggtcctaattcaggacatttgccctcccctccacccccaccccccaatgagacaatactaatctacatattaaagttttggaaaccaatcatcacgatcacccTTTCAAAAAAGGG-G------C---CATGCACTTCTTCA------AGTTGTGAC-C----ATACA-C------C-G-T-----GTA--CA--A--AGTCATGACGGA-ATGTCAaatta
gi|19 : cctcCACATCTTCA------A--TGTATC-C----ATA-A-C------A-A-CAG---GTA--CA--A--AGT-TTGA-GCA-TTGTTAGcatgcacaagttaaaggagtgaggaggagttgatttacacaaagtaggataccctattcaacctcagtgccaaacccatccaatat
gi|2 : ttttcaacaaataacaaaattagtttcctaatttCTTCA------A--TGTTTT-C----ATA-A-CTAA---A-A-T-----GTA--CA--T--GGT-CTGA-AAA-ATGTCAAGaggagttgattacacaaattaggtaccctatcacggggatgcccctccctcaactgcccgccacccaccatactataagcaggacacgcgttgtacaacccggca
gi|6 : acaaatgaaataaaaaataaaatagcataaagttatctgcataagaatcgattcaagaacagaaaatagcctggttgctttaaaatatgctatccaccatatagacaacagtacatggttccagatgaaataaaattaaaccaaagtatagttatggctgaaaatatatCTTCA------A--TGTTTT-T----ATA-A-CAACTACA-A-T-----GTA--CA--A--GGT-CCGA-CAA-ATGTAAGtaaatgctgtgaaaagagttcgttacaaaaagtaggtaccatgctaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatggcaatgttaaactacgtgtaaatttttcgaagaacgcccgatcatttccaaaaaagacgcaagcatatcttcaatgcttccataacatttgcacaaagtttgaagcatatgaaataaatgctgcaagagaaataagtatggtccattcaagacatgctaacaaactacatgtacatttttcgaaaaatatcagatcactctcaataggacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctatagaggtgtgaagttgattacacaaaataggtatcgtctatttcaagacatgctttaaaaatgacaaagttcaact
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TGTATCCCTGCGTGTCCTCGACAAATTCCTACCATGTTCCAATTAAGAATATGACAGTCCACACCTTTCTTGATATGTGATACTTGACTGGATTAGGTACCCTGTTCAATAAAAAAAACCAAACCAAATAGGTTACATATTGAAGTGA
Unaligned ( gi|33 ): CAGAAATGGCGGGTTGCTTTAGAATATGTCGCCTATCATACAGATGGCAGTACATGTTGCAGATGAGGAAAAAAACCTGAAGTTTTAGTGGCAAAGAATTATAT
Unaligned ( gi|39 ): TATTCAATATCATAGAAAATTGATTCAAGAGCAGAAATGGCAGGGATGCTTTAAAACATCTTCA
Unaligned ( gi|40 ): AGCCATGAAATTGGGCAAAAATCGATTCAAGAACAGAAATTGCTGGGTTGCTTTA
Unaligned ( gi|42 ): GTTAAATATGTGTAAGGAGTTGATTTCACAAAGTAGGCGCCCTTTTACAGGG
Unaligned ( gi|43 ): CTTACTTTTTAGTACAACATATTTTTTTTAAAGAATCG
Unaligned ( gi|44 ): TGTACAAAGTCTGAAGGATGTCAAATAAATGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111 11111111111
lowQualScore : 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 1111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666666666666666666666666666666666666666666666666 444444444444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 22222222 4444444444444444 111 11111111 111111111 22222222222 6666666666666666666 111 333333 111111 1111 2222222 11 44444444 5555555555555555555555555555555555555555 7777777777777777777777777777777777 222 11 555 00000000000 1 22 1 1
lowQualScore : 3 222222222 33 8888888888888888888888888888888888888888888 444 555 33 2 1 8888 2 2 555 6666 555 33 2 2 2 2 2222222222 0000000 2 444 33 2 2 3333 1 5555 1 22 77777 2 2 22 222 333 22 44 0 3 22 4 22 2 999999 55555 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 88888 6 555 8888 1 999999999999 555 222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 77 444444444444 0 77777 3 888888 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555 2 555 44 555 44 1111111 44 00000000 33 33 5555 0 33 777777 33 77 2 2 2 4444444444444444 44 88 999 33333333 3 3 44 777777777 66666666666 4 7777777777777777777 111 6 888888 111111 1 4444 8888888 11 0 44444444 7 1111111111111111111111111111111111111111 1 6 7777777777777777777777777777777777 222 2 77 555 3 2 1 6 1 1 6 88888888888 6 6 7 33 1 4 5 3 6
lowQualScore : . ......... .. ........................................... ... ... .. . . .... . . ... .... ... .. . . . . .......... ....... . ... .. . . .... . .... . .. ..... . . .. ... ... .. .. . . .. . .. . ...... ..... ............................................................. . ..... . ... .... . ............ ... ................................................ . . .. ............ . ..... . ...... ............................................................................................................................................................................ ... . ... .. ... .. ....... .. ........ .. .. .... . .. ...... .. .. . . . ................ .. .. ... ........ . . .. ......... ........... . ................... ... . ...... ...... . .... ....... .. . ........ . ........................................ . . .................................. ... . .. ... . . . . . . . ........... . . . .. . . . . .
lowQualScore : 1 333333333 99 2222222222222222222222222222222222222222222 777 000 99 9 0 3333 9 9 444 1111 000 99 9 2 4 4 8888888888 9999999 4 111 11 2 2 7777 8 7777 8 55 66666 1 0 88 999 555 88 00 7 6 66 0 66 0 222222 00000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 33333 2 444 6666 0 888888888888 444 888888888888888888888888888888888888888888888888 2 7 99 888888888888 4 77777 2 222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000 9 444 22 444 66 0000000 22 88888888 66 99 9999 6 99 777777 77 33 7 7 9 5555555555555555 66 33 111 22222222 6 6 66 888888888 44444444444 4 3333333333333333333 777 7 000000 888888 0 2222 5555555 00 8 33333333 3 3333333333333333333333333333333333333333 0 0 3333333333333333333333333333333333 222 5 55 000 0 5 0 0 0 0 0 00000000000 0 0 0 00 5 0 0 0 0
consensus : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TT---A--AA-ATATGTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGA--AAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAGTT--GGTT--ACACA-AAG-----TAG-----GTA----CC--GT-GG-TA-CCATGCT----------------NAA---------A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTCAA-C--TAC------AT----GT---A-------A---T----------TTTTT------AAAAA-----G----TCCGATCACTTCC--AAAAAGAC-GCAT-CATGCACATCTT-----CAATGCTTCCATAAC----AGCTGTACAAGGTCTG---------AAANA-AT-G-TGCAAA-T-AA--G----G-TG-----A--GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG----A----A-ATAG-------GTAC----GGTC-TATT-----------C-----------AA------------G-A----N-TG-----------AC---AA-AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATA-AC-A--A--AGT--NG----TACAA--AGTT-TGAGGGATATGT--------CAA-GT-TAAAGGTGC-G---------AG--AGG------AG-TTGATTA-----------------TNGT---CTA-TTCAAGGCATACG-TTTAAAA---A--TGACAAAG----TTCA--A----CTACATGTA--AATTTTA-GAAA--TGTCGGATCACTTTCAA-G-G--ACATA-------------ACAA------------CTGTACAAAGTTTGAGGAATG----GCG-------CGGGAAGAGTNCGTC----AAAGTAGCACTGGTNATGCACAAATTCAANGAAAGCTNAAAAATATGTATATATTTTCC-----CTGAT-ATTTTCAAAAAGGCATATGCACAACTTCAGTGTGTCCATAACAANAGTNCANAGTNTGAGGGGTGTCAGG
Reference ( family-655 ) : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TT---A--AA-ATANGTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGA--AAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAGGAGTT--GATT--ACACA-AAA-----TAG-----GTA----CT--GT-GG-TA-CCATGCT----------------NAA---------A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTCAA-N--TNC------AC----GT---A-------A---T----------TTTTT------AAA-------G----TCCGATCACTTTC--AAAAAGAC-GCAT-CATGCACATCTT-----CAATGTTTCCATAAC----AACTGTACAAGGTCTG--------CAAATA-ATCG-TGTACA-T-AA--G----G-TG-----A--GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG----AGCT-ATATAG-------GTAC----GGTC-TATT-----------C-----------AA------------A-A----N-TG-----------AC---AA-AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATA-AC-A--A--AGT--AG----TACAA--AGTC-TGAGGGATATGT--------CAA-GT-TAAAGGTGC-G---------AG--A-G------AG-TTGATTA-----------------TNGT---CTA-TTCAAGGCATACGCTTTAAAA---A--TGACNAAG----TTCA--A----CTACATGTA--AATTTTNCGAAAAATGTCGGATCACTTTCAA------ACATA-------------ACAA------------CTGTACAAANTTCGAGGAATG----GTG-------TGAGAAGANTACGTNACA-AAAGTAGTACTGGTGATGCACAAA---AATGAAAGTTCAAANACATGTANATNTTTTTCAGAAGCCGATCACTTTCAAAAAGGCACATGCACATCTTCAATGTGTCCATAACAAT-GTACAAAGTTTGAGGAATGTCAAG
gi|1 : AAATCGATT-AAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------A------------CT---TT---A--AA-ATAGGGT----T-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-ATACATTGATCCAGATGAA-CTAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GAAG--AAA-A-T----TATCTTCAGTG-CTTTAATTCATAGCA-A--CTAAA-TTGTACA-TGGTG-TGA--AAAATA--CATTTA--GTAAAA-GTTGTGAGAAGAGTT--GATT--ACACA-AAGAATTTTAA-----GTA----CT--GT-GGGTA-CCATGCT----------------TAA---------A--------AA-TG-----ACAAA-A---TTCAG-A--TTT------AC----GT---A-------A---T----------T----------AAA-------G----TCCGATCACTTCC--AAAAAGAC-GCATGCATGCACATCTT-----CAATGCTTCCATAAC----AGCTTTACAAGATCTG--------CAAATA-ATTACTGTACA-T-ACC-G----G-TA-----CTTGAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAGCCTAGGCTTATATAG-------GTAT----GATC-TATT-----------C-----------AA------------G-A----T-TG-----------GC---AA-AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTA----C--GAAA--AAT--------GTCA-GATCAT--TTCCAAAAA---GACA--CATGCACATCTC------CGA--T--GTG-TCCATA-ACAA--A--AGTAAAG----TACAA--AGTT-TGAGGGATATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGC-G---------AG--A-G------AA-TTGATTA-----------------TTGT---CTA-TTCAAAGCATATGTTTTAAAA---A--TAACTAAG----TTAA--AAATTCTACATGTA--AATTTTACGAAAGCTGTCGGATCACTTTCAA------ACATA-------------ACAA------------CTGTACAAATTTTAAGGAATG----GTG-------TGGGAAGACTACGTC-----AAGTAG-ACTGGTGATGCACAAATTCAATAAAAGTTCAAAAATATGTATATATTTTCC-----CTGAT-ATTTTCAAAAAGGCATATGCACAACTTCAGTGTATTCATAACAAT-GTGCAAAGTGTGAGGAATGTCAG
gi|10 : -ATAAAA-AT---------------GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AGATA-T-A--TATCTTCAATG-TTTT-----ATAATG-A--CTAAA-ATGTAAA-TGGTC-CGC--AAAATGT-CA---A--GTAGAA-GCTGTGAGATGAGTT--GGGT--ATGCA-A-----------------A----CT--------TA-C------------------------A---------A--------AA-TG-----ACAAG-G---TTCAA-C--TGG------AT----GT---C-------A---T----------TTTTTCG----AAAAAT----G----TCGGATAACTTTC--AAAAA------------GCACATT----------TGT---CATTAC----AGCTGTACAAAGTCTG---------AAGGATATCA-AATAAA-T-GC--T----G-TT-----A--GAGGATTTGTTTTACA-TAAAC------AGTT-AT--------------------GTG-TATT-----------C-----------AA----------------------G-----------AC---AA-AGat
gi|10 : -TTGT----CATTACA-G--CT------GTACA-AAGTC-TGA--AGGATAT-CA---A--ATAAAT-GCTGTTAGAGGATTT--G-TT--TTACATAAA-----CAG-----TTA-----T--GT--G-TATTCAAGAC----------------AAA---------G--------AA-AG-----GC-AA-G---TTCAA-C---GC------AC----AC---A-------T---T----------TCTTT------aaaggcaagttcaacgcacacatttctttcca
gi|11 : ataaaaatgaagtatttgtggtagagatatatatcttcaatgttttataatgactaaaatgtaaatggtccgcaaaatgtcaagtagaagctgtgagatgagttgggtatgcaaacttacaaaatgacaaggttcaactggatgtcattttttcgaaaaatgtcggataactttcaaaaagcacatAAAGAC-ACAT----GCACACCTT-----CAATGCTTCCATAAC----TACTATGCAAGGTCTG---------------ATGGATGTAAAAT-AAATG----C-TGCA---A--TAGGAGTTG-ATCACA-AAAATAG----------------------GTAT----GGTC-TATT-----------CGAGATATGCTAAA------------A-A----A-TG-----------AC---AA-AGT---TCAACGA--CA---GGT-AATTTTTT----TTTGAAA--AAT--------GTTG-GTTCAT--TTTCAAACA---GATA--CATGCACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATA-AC-A--A----C--TG----TACAA--AGCT-TGAGGA--ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGT-G---------AG--AGG------AG-TTGATTA-----------------cca
gi|12 : TT----A-TCT-A---TCA----AA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ACAAAA-ATA-AAC--------T-GAGGTAT-------TTG-TG---GTAG--CAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGATT-TGT--AAAATAT-CA---A--GTAAAA-A---TG------GTT--AAT---ACACA-AAA-----CA------------------T-G--TA-TCATGCT----------------GAA---------ATTTTTTTTAA----------AAA-G---TTCAA-C--TAC------AT----GT---ACATGATAA---T----------TTTTT------GAA-------GAATGTCCGACTACTTCC--AAAAAG---GCA--CATGTACATCTT-----CAATGCTTCCATAAC----AGCTGTATATGGTCTG--------cacaaagcaggcaccctattacaggga
gi|13 : tcAAA-G---TTCAA-C--TAC------AT----GT---A-------A---AAA--------TTTTT------AAGAAT----G----TCTGATCACTTCC--AAAAA-------T-C-TCCA-ATT--------AATGCTTCCATAAC----AGCTGTACAAGGTCTGAAGGATGTCAAATA-A--A-TGCA-A-T-AA--G----G-------------GGAGTTG-ATTACA-TAAAT---------C-ATAC------------C----GGTCCTAAT-----------C-----------AG------------G-A----CATGCTCCCCC----ACCCCAATAGCATACTAACTA--CA---TTT-AAATTTTT----G--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TTTCAAAAA---AACA--CATGCACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATA-Aaag
gi|14 : AAACCGATT-CAAGAAT---------AATAAA---------A----------T---------GGTGGGTTG----CT---CT---A--AA-ATAAGCT----A-TCTTA---TCA----TA---GACAAACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAATAAAAAA-AGA-AAC--------C-AAAGGAT-------TTG-TG---GCAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATGTTTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTA
gi|15 : ttatcagtcatttcaacaatctga-TA-----A--GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG----AA----------------GTAC----TGTC-TATT-----------C-----------AA------------G-A----CATGCTAAAAGATAAAC---AA-AGT---TCAACTA--GAAAATAA-AAA-------------AAA--AAT--------GTTG-AATAAC--TTTCAAAA----GTCA--CATGCACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATC-AC-A--ATTAAC--AG----TACAG--AATT-TGAGG--TATGT--------CAA-GT-TCAAGGTGT-G---------AG--AGG------AG-TTGATTA-----------------tttaatttaaatggatataaaaaacattttttcaaatgaaataagaataatttacgaaacctgacaaaaactgc
gi|16 : G-----------AC---AA-TAC---TAATCTA--CA---TATTAAAGTTTT----G--GAAACCAATC-------ATCACGATCACCCTTTCAAAAA---GACAACTATGCACATCTT------CAA--T--GTGTTCCATA-AC-A--A--CAT--GGA---CACCACCAGTT-TGA-GGACGTGT--------CAA-AT-TAccacccgcccgccattcaccaccacgctgtgcaacccggccaaaaatg
gi|17 : tcaaatttaatgcaaaataagggagagtgattaacataaataggtacggtcctaattcaggacatttgccctcccctccacccccaccccccaatgaAGGAGTTG-ATTACA-CAAA--------------GTAG-------GTAC----CATC-TATTGAAAGCATGCTT-----------AA------------A-A----TATG-----------AC---AA-AGT---TCAGCTA--CA---TGT-CAATTTTC----T--AAAA--AAAAAAAAAAAGCTG-GATCAC--TTTCAAAAA---GGCA--CATG-ACATCTT------TAA--T--A-G-TCCATA-AC-A----------------------------TTAAGGA-ATGT--------CAACGTATAAAAGTGCAG---------AG----G------AG-TTG--TA------------------GGTACCCTA-TTCAA
gi|18 : AAATCGATT-CAAGAAC---------AT--AA---------A----------TATTCGGGTTG------------CT---TT---A--AA-ATATGTT----AAGCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACAC--ATCCAAATGAA-ATAAAA-ATC-AAC--------T-GAAGTAT-------TGG--G---GT-----------------TTTTTAATG-TT-----------CA-A--CTGAA-ATGTACA-TGATT-TGA--AAAATGT-GA---A--GTAAAT-GCTGAGAGAAGAGTT--GGTT--ACACA-CAG-----TAG-----cctcagtgcaaccccgccaataat
gi|19 : ccatttattaatccttaatattcaacattgacaa-A--CATCTTCAATG-TATC----CATAACA-A--C-----AGGTACA-AAGTT-TGA--G-------CA--------------TTGTTAGAGGAGTT--GATT--ACACA-AAT-----TAG-----GTA----C
gi|2 : ttttcaacaaataacaaaattagtttcctaatttcAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AATAGCCTGGTT---------G------------CT---TT---A--AA-ATATGCT----A-TCC-A---CCA----TA---TA--GACAACA-GTACATGGTTCCAGATGAA-ATAAAA-TTA-AAC--------C-AAAGTATAG-----TTA-TG---GCTG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CATAAC------TAAA-ATGTACA-TGGTC-TGA--AAAATGT-CA---A--GTAAAT-GCTGTGAAAAGAGTT--CGTT--ACAAA-AAG-----TA--------------------GG-TA-CCATGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAA---------A--------AA-TG-----GCAAT-G---TTAAA-C--TAC------GT----GT---A-------A---A----------TTTTTCGAAG-AAC-------G----CCCGATCATTTCCA-AAAAAGAC-GCA---A-GCATATCTT-----CAATGCTTCCATAAC----ATTTGCACAAAGTTTG---------AA------------GCA-T-A----------TG-----A--AATAAAT---GCTGCA------AG----AG---AAATAA-------GTAT----GGTC-CATT-----------C-----------AA------------G-ACATGC-TA-----------AC---A----------AACTA--CA---TGT-ACATTTTT----C--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TCTCAATAG---GACA--CNNNNNNNNNNN------NNN--N--NNN-NNNNNN-NN-N--N--NNN--NN----NNNNN--NNNN-NNNNNNNNNNNN--------NNN-NN-NNNNNNNNN-NNNNNGCTATAG--A-GGTGTGAAG-TTGATTACACAAAATAGGTA----TCGT---CTATTTCAAGACAT--GCTTTAAAA---A--TGACAAAG----TTCA--A----CTcctatcacggggatgcccctccctcaactgcccgccacccaccatactataagcaggacacgcgttgtacaacccggca
gi|20 : acaaatgaaataaaaaataaaatagcataaagttatctgcataagAAATCAATT-CAAGAAT---------AG--AA---------ATGGCTGGAT-T---------G------------CT---TT---A--AA-ATATGTT----A-TTT-
gi|20 : atataaaatccaa--AAA-A-T-A--TGTT----ATT-TTTT----CTTAACA-A--CTAAA-ATGTACA-AGTTT-TGA--AAAATTT-CA---A--GTACAA-GTTGTGAAAAGAGTT--GGTT--GTACA-AAG-----TAG-----GTG----C---AT--G-TA-CCATGTT----------------AAA---------A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTCAtttcttaacaactaaaatgtacaagttttgaaaaatttcaagtacaagttgtgaaaagagttggttgtacaaagtaggtgcatgtaccatgttaaaaaatgacaaagttca
gi|21 : atataaaatccaaaaatcaattcaagaatagaaatggctggattgctttAAATCGATT-CAAGAACTGTTTTTACAG--AA---------A----------TCCGGATT--G------------CT---TT---ATAAA-ATATGTTTTAAA-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-GTATATTGATCCAGGTAAA-A
gi|22 : tatttgaaaaaaaaataaaaaataataaaatcatcaattacacgcttaattcaaggctttaaaaacaaaaAAATCGATT-CAAAAAC---------AA--AA---------A----------T---------G--------------------------A-CTGGGTG----A-TCT-G---TCA----CA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATT-AAG--------T-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-TCAATTATGTATAATG-CTT-------TAAGA-AGTCTAAAGATG
gi|23 : ctgattctgtcgtatgaagtaatgaaaaC--TTTCAAAAAAGGGGC---CATGCACTTCTT------CAAGTT--GTG-ACCATA--C-A--C--CGT---G----TACAA--AGTCATGACGGA-ATGTCACATGCACAA-GT-TAAAGGAGT-G---------AGGAG-G------AG-TTGATT
gi|24 : cctA----TA---GA--GACAACA-GAACATGGATACAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TTA-TG---GTAG--AGA-A-C-A--TATCTTCAATG-TTTT----TATAATA-A--CTGAA-ATCTAAA-TGGTC-TGA--AAAATGT-CA---A--GTAAAG-GCTGCGAGAAGAGTT--GGTT--ACACA-AAG-----TAG-----GTtacacaaagtaggataccctattcaacctcagtgccaaacccatccaatat
gi|25 : A-ATAAAA-GTA-AAC--------T-TATGTAT-------TAG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-T-------------------------TGTACA-TGGTC-TGA--TAAATGT-TA---A--GTAAAA-GTTGTTTGAAGAGTT--GGTT--ATACg
gi|27 : catatataaccaaaggggtat--GGGGAATTG-ATTACA-AAAATAG----G--T-GCAT---------GTAC----CGTC-TATT-----------C-----------AAGACATGCTTAAAA-A----T-TA-----------TC---AA-ATT---TCAACTA--CA---TGT-GATTTTTA----C--AAAA--AAT--------GTCT-AATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CAAAC------T------CAA--T--GTG-TACATA-AC-A--A--catgcttaaactttttttgaagaatgtctggtca
gi|28 : -----------AA------------A-A----T-TT-----------AC---AA-AAT---TCACCTATACA---TGT-AATTTTTTTCCCC---------ATTTTA----GTCA-GATCAC--TT-------------G--TATGCA-ATCTC------CAA--TATGTG-TCCA-A-AA-A--C--AAC--CG----TACAC--AGTT-TAAGGAATA--T--------CAA-GT-TAct
gi|29 : caaAAATTGATT-CAAAAGC---------AG--AA---------A----------TG--------G------------CTGGGTT---G--CT-CTATCAT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--AACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAA-gcagcatgaagtagtcga
gi|3 : tgtaacatatattgattaacttttgtgatagtgaaataAAATCAATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------GGCCGGGCTCATGCT---TT---A--AA-ATATGTT----A-TCT-T---TCAGTAGTA---AA--GACAGCA-GTACATGGATTCAGATGTA-ATAAAA-ATA-AAT--------G-CACATAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TACCTTCAATG-TTTT----CATAAC---------------ACATTGGTC-TGA--AAAATATCCA---A--GTAGAA-GGAGTGAGAAAAGTT--GGTTAAATACA-AAG-----TAA-----GAA----CC--AT-GT-TA-TTAATATAA--------------AAA---------A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTCAA-C--TAC------AT----GTGTAA-------A---T----------TTTTT------CAAGAAT---G----CCCAATCACCTTC--AAAA--TC-ACA--CATGCACACCTT-----CAATGCTTCCATAAC----AGCTGTGCGAAGTCTG----------AAGG-AT-G-T-CAAA-TAAA--G----G-TGCTGTTA--AAGGAGTTG-ATTAT--AAAAT--------------TAG-------GTAT----GGTC-TCTT-----------C-----------Att
gi|3 : T----C--AAAA--AAT--------GTCA-GAT-------------------CA--CATAGACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATA-AC-A--A--tatcaaaaaatgtcagatcacatagacatcttcaatgtgtccataacaattaactgtaccaa
gi|3 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgattataaaattaggtatggtctcttcata-A--CATCTTCAATG-TGTC----CATAACA-A--TT-AA-CTGTACttaactgtaccaa
gi|30 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgattataaaattaggtatggtctcttcatatcaaaaaatgtcagatcacatagTGCACATCTT------CAA--TTCATG-TC-----AC-T--G--ATT--AGAGGCTGTAA--GTTT-T--GGGA-ATGT--------CAA-AT-TAGAGGTAT-G---------AG--G-G------AGTTTGATTcaa
gi|31 : atgttagtattcacggccaataacCAGATGAT-ATAAAA-GTA-AGC--------C-AAAGTAC-------ATG-TATTTGTAG--AAA-A-T-A--TATCTTTAATG-TTTT----CATA-----------------ACA-TGGTC-T-A--AAAATAT-CC---A-----------------------T--GGTT--ACACA-AAG-----TAG-----GTA----CC--AT-Gccaaatagta
gi|32 : AA---------A--------AG-TG-----ACAAAAG---TTCGA-ACGTAC------AT----GT---A-------AAAAT----------TTTTT------AAGAT-----G----TCTTATCACTTTCTCAAAAATAC-TC---CA-GCATA---------AAATGCTTC-ATAAC----AGCTGTACAA-GTCTG--------c
gi|33 : ----------T---------G------------CT---TT---A--GA-ATATGTC----G-CCT-A---TCA----TA---CA--GATGGCA-GTACATGT-TGCAGATGAG-G-AAAA---A-AAC--------CTGAAGTTT-------TAG-TG---GCAA--AGA-ATT-A--TATa
gi|34 : cagaaatggcgggt-AA--G----GATGT----A--AATGAGTTT-ATTACA-ATAATAG----A------------------TAC----GGTC-TATT-----------CAAGACATGCT-AA------------A-A----A-TG-----------AC---AG-AGT---TCAATTA--CA---TGT-AAAT
gi|34 : tgtctgTA-----------------CGGT---CTA-TTCAAGACATGC----TAAAA---A--TGACAGAG----TTCA--A----TTACATGTA--AATga
gi|35 : tgtctgaaggatgtaaatgagtttattacaataatagaGGAGTTG-ATCACACAAAATAC----A----ATATAG-------GTAT----CGTC-TATT-----------C-----------AA------------A-AC---A-TGCTTAAATAATTAC---AA-ACT---TCAACT---CC---TTT--AATTTTT----ga
gi|36 : ATCTTCAGTG-TTTTT---CATA--------------TTTACA-AG----TGA--AAAATAT-CA---A--GTAAAAAGCTGTGAGAAGCCTT--GGTT--ACAAA-GTA-----TAG-----
gi|37 : GTT-TGAGGAAACTG---A---A--GTTTGA-GGCGGGAGAGGGGTT--GATT--ACACA-AAT-----TAG-----GTA----CC--GT-
gi|37 : aaaG-----A--GAGGGGTTG-ATTACA-CAAAT--------------TAG-------GTAC----CGTC-TATT-----------A-----------AA------------G-A----ctattaaagacatg
gi|38 : aaagtttgaggaaactgaagtttgaggcggA-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TGG-TG---GAAG--AGA-A-T-A--TATCTTTAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAAcatg
gi|38 : ATATCTT-----TAATGTTTTCATAACAACTAACTGTAGAAGGctgtagaaggagttgta
gi|39 : aataaactgaaatattggtggaagagaatAAATTGATT-CAAGAGC---------AG--AAATGGCAGGGA----------T---------G------------CT---TT---A--AA-ACATCTT----agttgta
gi|4 : tattcaatatcatagaGATTCAGATGA---CTGAA-ATA-AA-------------AATAT-------TTA-TG---GTAGGGAAT-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----TATAACA-A--CTAAA-ATGTATA-TGGTC-TGA--AAAA--------------------CT----GAGGAGTT--TGTT--ACTCA-AAG-----TAG-----GAA----CT--AT-AG-ca
gi|4 : AATGTATATGGTCTGAAA---AACTGA-GGAG----TTTGTTA----CTCAAAGTAGGAACTATA-GAAATGTGTCGGATCACTTTCAAAAAAGCACATGCACATCTTCATGCACAATGTGTCCATGTTCTGTACAACGTTTGAGGAATGTCAAGTGAAAGGTTCGAGAGGAGTTGATTACACAAAATAGCAaaatgtgtcggatcactttcaaaaaagcacatgcacatcttcatgcacaatgtgtccatgttctgtacaacgtttgaggaatgtcaagtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|4 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatcttcaatgtttttataacaactaa--GAAA--TGT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---AGCA--CATGCACATCTTCATGCACAA--T--GTG-TCCAT------------GTTCTG----TACAA--CGTT-TGAGGA--ATGT--------CAA-GT-GAAAGGTTC-G---------AG--AGG------AG-TTGATTACACAAAATAGCAGGTTCTTGT---TTA-TTCAAAGCA--------AAAA---A--TGACAAAGTTAATTCA--ACTATCTACATGTA--A---TTA--------GGCGCATC---TTCAATGTGT-CCATA-------------ACCA------------CTGTAACAAGTGTGAGGACT-----GCC-------CGGTAAAAGTGTG------AAAGTAGT--TGGTTAT--ACAAAT--AAGGAAAACTGAAAggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|40 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatcttcaatgtttttataacaactaaaatgtatatggtctgaaaaactgaggagtttgttactcaaagtaggaactataAAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AT---------T---------G------------CT---atagaggtttgaagcataatat
gi|41 : agccatgaaattgggcaaGT---CTA-TTCAAGACTTAC----TAAAACAAA--TGACAAAG----TTCA--A----TGGCATGTA--AATgggttgcttta
gi|42 : gTGTGTAAGGAGTT--GATT--TCACA-AAG-----TAG-----G
gi|44 : gttaaataTGTACA-AAGTC-TGA--AGGATGT-CA---A--ATAAAT-GCcgcccttttacaggg
gi|5 : TTCAATGTGTCCATAACAAGAGTTCATA-TTTGAGGGGTGT
gi|5 : TGTGAGAGGA-TT--AATC--ACACA-AAG-----TAGTTTCCATATCATCT--ATTGA-AA-GCACGCT----------------TAA---------A--------AAATA-----GGAAA-G---TTCAA-C--TAC------AT----GT---AAAT----A---T----------TTCGT------AAAAT-----A----TCGGATCACTTTC--AAA---ACAGCA--CATGCACACCTT-----CAATGTGCTCAT-AC----AACGGTACAAAAATTG--------AACATT-ATCA----ACT-T-AA--AGGT-G-TG-----A--GAAGAGTTG-ATTACA-GAAA--------------GTAG-------ATAC----CGTC-TATT-----------G-----------AAT-----------G-C----A-TG-----------AC---AA-CGT---TCATTT--------TTT----TTTCT----C--GAAA--AAT--------ACAA-GATCAA--TTCCAAAAA---GACA--C--GCACATTTT------CAA--T--GTA-TCCATA-AC-A--A----T--CG----TACAC--AGTT-TGAAGGGTGTGgagaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaaaaaataggaaagttcaactacatgtaaatatttcgtaaaatatcggatcactttcaaaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcacattttcaatgtatccataacaatcgtacacagtttgaagggtgtgagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|5 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgagggg-A--CATTTTCAATG-TATC----CATAACA-A--T------CGTACA-CAGTT-TG----------------------AAG-GGTGTGAGAT--GTT--GATT--ACACG-AAG-----TCG-----GTA----Cagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|6 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgaggggtgtgagaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaaaaaataggaaagttcaactacatgtaaatatttcgtaaaatatcggatcactttcaaaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcAAATCGATT-CAATAAC---------AG--AA---------TGGCTGGGT--T---------G------------CT---TT---A--AA-ATATGTT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ATAAAG-ATA-AAC--------T-G-------------TTA-CA---GTAG---TC-A-T----TGTCTTCAATG-TTTT----TATAACA-A--CTACA-ATGTACA-AGGTC-CGA--CAAATGT--A---A--GTAAAG-TCCGTGAGAAGA-T-----------------------TAG-----GCA----C------------CCCTGCT----------------TAA---------A--------AA-TG-----ACAAACG---TTCAA-C--TACATGTAAAC----GT---A-------A---TAATTATTTTGTTTTT------GAAGACT---G----TCCGATCACTTCG--ATAACGAT-AC-T---TGTACATCTTCTGAGCAATGCTTCcccattca
gi|7 : tgacaaaaaataaaaataattgagttaatgtttagaacatataatatatga--TAC------AT----GT---A-------AA--G----------TTTTC------AAA-------GAATGTCCGATCATTTCC--AATAAGAC-ACAT----GCACATCTT-----CAATGGTTTCATAAC----AGTTGTACAAGGTCTG----------AAGG-AT-G-T-CAAA-T-AA--ATGCTG-TA-----A--GAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAG------CT-CTATGGTTTACTAGTATTCAAGACA-TGCT-----------C-----------AA------------ATA----A-TG-----------GC---CA-AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----T--GAAA--AAA--------GTCG-GACCAC--TTTCAAAAT---GGTA--TATGCACATCTT------CAA--T--TTG-TCCATATAT-AACA--ACT--A-----TACAA--AGTT-TAAGGA--ATGT--------CAA-GT-TAAAGGAGT-G---------AG--AGG------AG-TTAATTA-----------------
gi|8 : AATCGATTCCAAGGAC---------AA--GA---------A----------T---------G------------CT---CTTACA--AACATAAGTTA---A-TCT-AGATTCA----TACATGA--GACAGCGCGTACTTGGA-CCACAGGGA-ATAAAACATAGAACTTTGACAGT-AAAGTACATGTGTATTGTTG---GTAG--GAA-A-T------TCGTC-------------CATACCAGA--CT-AA-ATGTGTA-TGGTCTTGA--AAAGTAT-CA---AACGT-AAA-GCTGTGAAAAGAGTTTCG-TT--ACACA-AAA-------------GTG----TCAAGA-GA-TG-CTATATT----------------CAAGACCTGTGCA--------AA-TGAAGGAACAGA-GAGTTTTAACT--TTC------ATGTAAGT---A-------A---T----------TCTCT------CGACAATCATG----TTTGATCACTTAC--AAAAAcacaaagtaggtatctt
gi|9 : atG--AA---------T----------T---------G------------CT---TT---A--AA-ATAAGTT----A-TTT-T---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATTATTTCAGATGAA-ATAAAA-CTG-TAA--------C-GATGTTT-------TTG-TG---GTAA--AAA-A-T-A--TATCCTTATTG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-CTGTACA-TGGTC-TGA--AAAATAT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGGAATGTTTT--GATT--ACATA-AAA-----TAG-----GTA----C---G----------ATGCT----------------AAAAT-------A--------AA-TG-----AC--A-G---TTAAA-A--TAC------AT----GC---A-------A---T----------TTTTTTCAAGGAAT-------G----TCGGGTCACTTTC--AAAGGGAC-A----CATGCACATTTT-----TAATGCTTCTATAAC----------ACAAGGTCTG--------a
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TGTATCCCTGCGTGTCCTCGACAAATTCCTACCATGTTCCAATTAAGAATATGACAGTCCACACCTTTCTTGATATGTGATACTTGACTGGATTAGGTACCCTGTTCAATAAAAAAAACCAAACCAAATAGGTTACATATTGAAGTGA
Unaligned ( gi|43 ): CTTACTTTTTAGTACAACATATTTTTTTTAAAGAATCG
Alignments
lowQualScore : 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 1111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 5555555555555555555555555555555555555555 4444444444444444 1111 77777777777777777777777777777777777777777 444444444444444 11111111111 999999999999999999999999999999999999999 1111111 22222222 333333333333 222 11111111 111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555 111 4444 111 1111 3333 6666666666 222 666666 1 22 11 44 11 11 11 1
lowQualScore : 3 222222222 33 8888888888888888888888888888888888888888888 777 66 33 8888 2 2 555 6666 555 33 2 2 2 2 2222222222 0000000 2 444 33 2 2 4444 2 6666 0 22 22 55555 2 2 22 2 333 22 0 22 1 2 2 22 55555 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 99999 6 555 3 6 0000000 555 555 3333333333333333333333333333333333333333 0 6666 77 7777777777777777 2 66666 2222 2 11111111111111111111111111111111111111111 2 33 222222222222222 22 33 77 2 33 22222222222 2 666666666666666666666666666666666666666 555 77777 2 555 44 555 44 1111111 44 00000000 33 33 5555 0 33 777777 33 77 2 2 777777777777 3 33 3 111 22222222 3 3 2 444444444 3 99999 3 88888888888888888888888888888888888888888888888 000 5 0 1 3333 444 7777 4444 3 3 3333333333 2 111 888888 3 55 2 3 3 5 2 2 2 33 88 33 1 77 88 1 1 66 1 1 5 1 2
lowQualScore : . ......... .. ........................................... ... .. .. .... . . ... .... ... .. . . . . .......... ....... . ... .. . . .... . .... . .. .. ..... . . .. . ... .. . .. . . . .. ..... . ............................................................... . ..... . ... . . ....... ... ... ........................................ . .... .. ................ . ..... .... . ......................................... . .. ............... .. .. .. . .. ........... . ....................................... ... ..... . ... .. ... .. ....... .. ........ .. .. .... . .. ...... .. .. . . ............ . .. . ... ........ . . . ......... . ..... . ............................................... ... . . . .... ... .... .... . . .......... . ... ...... . .. . . . . . . . .. .. .. . .. .. . . .. . . . . .
lowQualScore : 1 333333333 99 2222222222222222222222222222222222222222222 333 88 99 3333 9 9 444 1111 000 99 9 2 4 4 8888888888 9999999 4 111 11 2 2 3333 0 2222 2 22 88 99999 2 1 99 1 777 99 1 66 7 2 0 88 33333 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 11111 7 888 3 7 8888888 888 888 8888888888888888888888888888888888888888 7 5555 33 3333333333333333 7 77777 1111 9 44444444444444444444444444444444444444444 5 77 333333333333333 99 44 66 5 44 77777777777 7 111111111111111111111111111111111111111 000 11111 9 000 22 444 66 0000000 22 88888888 66 99 9999 6 99 777777 77 33 7 7 000000000000 1 99 1 888 11111111 3 3 0 555555555 6 11111 6 33333333333333333333333333333333333333333333333 000 7 7 8 8888 000 0000 0000 2 0 0000000000 5 000 000000 0 55 5 0 0 0 5 5 5 00 00 00 0 55 00 0 0 55 0 0 0 0 5
consensus : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGA--AAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTGGTT--ACACAAAG-----TAGGTACC--GT----------GG-TACCATGCT----------------NAA---------A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTC-AAC-TACATG-------T---A---A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCAT-CA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGAATG--TGCAAA-T--AA--G----GTG-----A--GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---------A--ATA-GGT--AC-GGTC-T--ATT-----------CAA-GA-----CA-----------TG-----------A-------C---A-----A-AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATA-AC--AA--AGC--CG-TACAA--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGCGCG---------A-GAGG-----AG-TTGAT-------------T-------------A-----------------TCGT---CTA-TTCAAGACATGC--TTTAA---AAATGACAAAG----TTCAA---TCTACATGTAAATTTTACGGAAGCTGTCGNATCACTTTCAATGTGTNCATAACNACTGTANNAANTNTGAGGANTGGCGCGGNAAGANTACGTNAAAGTAG-ACTGGTNATGCACAAATTCAANGAAAGCTNAAAAATATGTATATATTTTCCCTGATATTTTCAAAAAGGCATATGCACAACTTCAGTGTGTCCATAACAANAGTNCANAGTNTGAGGGGTGTNAGG
Reference ( family-655 ) : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGA--AAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTGGTT--ACACAAAG-----TAGGTACC--GT----------GG-TACCATGCT----------------NAA---------A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTC-AAC-TACATG-------T---A---A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCAT-CA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAANAATG--TGCAAA-T--AA--G----GTG-----A--GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---------AA-ATA-GGT--AC-GGTC-T--ATT-----------CAA-GA-----N------------TG-----------A-------C---A-----A-AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATA-AC--AA--AGT--NG-TACAA--AGTT-TGAGGGATATGT--------CAA-GT-TAAAGGTGCG---------A-GAGG-----AG-TTGAT-------------T-------------A-----------------TNGT---CTA-TTCAAGGCATACG-TTTAA---AAATGACAAAG----TTCAA----CTACATGTAAATTTTA-GAAA--TGTCGGATCACTTTCAA---GGACATAACAACTGTACAAAGTTTGAGGAATGGCGCGGGAAGAGTNCGTCAAAGTAGCACTGGTNATGCACAAATTCAANGAAAGCTNAAAAATATGTATATATTTTCCCTGATATTTTCAAAAAGGCATATGCACAACTTCAGTGTGTCCATAACAANAGTNCANAGTNTGAGGGGTGTCAGG
gi|1 : AAATCGATT-AAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------A------------CT---TTA--AAATAG--GGT----T-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-ATACATTGATCCAGATGAA-CTAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GAAG--AAA-A-T----TATCTTCAGTG-CTTTAATTCATAGCA-A--CTAAA-TTGTACA-TGGTG-TGA--AAAATA--CATTTA--GTAAAA-GTTGTGAGAAGAG-TTGATT--ACACAAAGAATTTTAAGTACT--GT----------GGGTACCATGCT----------------TAA---------A--------AA-TG-----ACAAA-A---TTC-AGA-TTTACG-------T---A---A-----T-------------T----------AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCATGCA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TTTACAAGATCTGCAAATAATTACTGTACA-T--ACC-G----GTA-----CTTGAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAGCCTAGGCTTAT-ATA-GGT--AT-GATC-T--ATT-----------CAA-GA-----T------------TG-----------G-------C---A-----A-AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTA----C--GAAA--AAT--------GTCA-GATCAT--TTCCAAAAA---GACA--CATGCACATCTC------CGA--T--GTG-TCCATA-ACA-AA--AGTAAAG-TACAA--AGTT-TGAGGGATATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG---------A-GA-G-----AA-TTGAT-------------T-------------A-----------------TTGT---CTA-TTCAAAGCATATGTTTTAA---AAATAACTAAG----TTAAAAATTCTACATGTAAATTTTACGAAAGCTGTCGGATCACTTTCAA-----ACATAACAACTGTACAAATTTTAAGGAATGGTGTGGGAAGACTACGTC-AAGTAG-ACTGGTGATGCACAAATTCAATAAAAGTTCAAAAATATGTATATATTTTCCCTGATATTTTCAAAAAGGCATATGCACAACTTCAGTGTATTCATAACAAT-GTGCAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
gi|10 : -ATAAAA-AT---------------GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AGATA-T-A--TATCTTCAATG-TTTT-----ATAATG-A--CTAAA-ATGTAAA-TGGTC-CGC--AAAATGT-CA---A--GTAGAA-GCTGTGAGATGAG-TTGGGT--ATGCAAAC-----T---TAC---------------------------------------------A---------A--------AA-TG-----ACAAG-G---TTC-AAC-TGGATG-------T---C---A-----T-------------TTTTTCGAA--AA---AT---GTCGGATAACTTT----C--AAAAA----------------GCACATTTGT-----CA----TT-----AC----AGC-TGTACAAAGTCTG--AAGGATA--T-CAAA-T--AA--ATGCTGTT-----A--GAGGATTTGTTTTACA-TAAACAG---------TT-AT-----------GTG-T--ATT-----------CAA-GA-----C------------AA-----------A-------G---AAAGGCA-AGT---TCAACat
gi|11 : AAA--GAC-ACAT------GCACACCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----TAC-TATGCAAGGTCTG-ATGGA-TG--TA-AAA-T--AAATG----CTGCA---A--TAGGAGTTG-ATCACA-AAAATAG-----------------GT--AT-GGTC-T--ATT-----------CGA-GA-----TATGCTAAAAAA-TG-----------A-------C---A-----A-AGT---TCAACGA--CA---GGT-AATTTTTT----TTTGAAA--AAT--------GTTG-GTTCAT--TTTCAAACA---GATA--CATGCACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATA-AC--AA----C--TG-TACAA--AGCT-TGAGGA--ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGTG---------A-GAGG-----AG-TTGAT-------------T-------------A-----------------gcacacatttctttcca
gi|11 : -A--CATCTTCAATG-TGTC----CATAACA-A--CT------GTACA-AAGCT-TGA--GGAATGT-CA---A--GTTAGA-GGTGTGAGAGGAG-TTGATT--ACACAAAG-----CAGGCACC--CT----------AT-TACcacaaagcaggcaccctattacaggga
gi|12 : aaagacacatgcacaccttcaatgcttccataactactatgcaaggtctgatggatgtaaaataaatgctgcaataggagttgatcacaaaaataggtatggtctattcgagatatgctaaaaaatgacaaagttcaacgacaggtaatttttttttgaaaaatgttggttcattttcaaacagatacatgcTT----A-TCT-A---TCA----AA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ACAAAA-ATA-AAC--------T-GAGGTAT-------TTG-TG---GTAG--CAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGATT-TGT--AAAATAT-CA---A--GTAAAA-A-TG--------G-TTAA-T--ACACAAAA------------C--AT-----------G-TATCATGCT----------------GAA---------ATTTTTTTTAA----------AAA-G---TTC-AAC-TACATGTACATGAT---A---A-----T-------------TTTTT--GA--AG---AAT--GTCCGACTACTTC----C--AAAAA--G---GCA--CA--TGTACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTATATGGTCTG-AAaggga
gi|13 : tcAAA-G---TTC-AAC-TACATG-------T---A---A-----AAA-----------TTTTT--AA--GA---AT---GTCTGATCACTTC----C--AAAAA---------T-C---TCCA-ATT---------AATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGA-TG--T-CAAA-T--AA--ATGCAATA-----A--GGGGAGTTG-ATTACA-TAAATC-------------ATA-C-----C-GGTCCT--AAT-----------CAG-GA-----CA-----------TGCTCCCCC----A-------CCCCA-----ATAGCATACTAACTA--CA---TTT-AAATTTTT----G--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TTTCAAAAA---AACA--CATGCACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATA-Ag
gi|14 : AAACCGATT-CAAGAAT---------AATAAA---------A----------T---------GGTGGGTTG----CT---CTA--AAATAA--GCT----A-TCTTA---TCA----TA---GACAAACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAATAAAAAA-AGA-AAC--------C-AAAGGAT-------TTG-TG---GCAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATGTTTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTA
gi|15 : ttatcagtcatttcaacaatctgaTA-----A--GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---------AA------GT--AC-TGTC-T--ATT-----------CAA-GA-----CA-----------TGCTAAAAGATAAA-------C---A-----A-AGT---TCAACTA--GAAAATAA-AAA-------------AAA--AAT--------GTTG-AATAAC--TTTCAAAA----GTCA--CATGCACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATC-AC--AATTAAC--AG-TACAG--AATT-TGAGG--TATGT--------CAA-GT-TCAAGGTGTG---------A-GAGG-----AG-TTGAT-------------T-------------A-----------------tttaatttaaatggatataaaaaacattttttcaaatgaaataagaataatttacgaaacctgacaaaaactgc
gi|16 : --TGCAAAAT--AA--G----G-G-----A--GAG----TG-ATTA------ACAT---------AA-ATA-GGT--AC-GGTC-CTAATT-----------CAG-GA-----ccacccgcccgccattcaccaccacgctgtgcaacccggccaaaaatg
gi|16 : tcaaatttaaG-----------A-------C---A-----A-TAC---TAATCTA--CA---TATTAAAGTTTT----G--GAAACCAATC-------ATCACGATCACCCTTTCAAAAA---GACAACTATGCACATCTT------CAA--T--GTGTTCCATA-AC--AA--CAT--GGACACCACCAGTT-TGA-GGACGTGT--------CAA-AT-TAcatttgccctcccctccacccccaccccccaatgagacaatactaatctacatattaaagttttggaaaccaatcatcacgatcaccctttcaaaaagacaactatgcacatcttcaatgtgttccataacaacatggacaccaccagtttgaggacgtgtcaaatta
gi|17 : tcaaatttaatgcaaaataagggagagtgattaacataaataggtacggtcctaattcaggacatttgccctcccctccacccccaccccccaatgaAGGAGTTG-ATTACA-CAAA---------------GTA-GGT--AC-CATC-T--ATTGAAAGCATGCTTAA-AA-----TA-----------TG-----------A-------C---A-----A-AGT---TCAGCTA--CA---TGT-CAATTTTC----T--AAAA--AAAAAAAAAAAGCTG-GATCAC--TTTCAAAAA---GGCA--CATG-ACATCTT------TAA--T--A-G-TCCATA-AC--A---------------------T-TAAGGA--ATGT--------CAACGTATAAAAGTGC----------A-GAGG-----AG-TTG---------------T-------------A------------------GGTACCCTA-TTCAA
gi|18 : AAATCGATT-CAAGAAC---------AT--AA---------A----------TATTCGGGTTG------------CT---TTA--AAATAT--GTT----AAGCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACAC--ATCCAAATGAA-ATAAAA-ATC-AAC--------T-GAAGTAT-------TGG--G---GT-----------------TTTTTAATG-TT-----------CA-A--CTGAA-ATGTACA-TGATT-TGA--AAAATGT-GA---A--GTAAAT-GCTGAGAGAAGAG-TTGGTT--ACACACAG-----TAGcctcagtgcaaccccgccaataat
gi|19 : ccatttattaatccttaatattcaacattgacaaCACATCT-T-----CAATGTATCCATAAC----AACAGGTACAAAGTTTG-A----------GC--A-T------T----GTT-----A--GAGGAGTTG-ATTACA-CAAAT---------------TA-GGT--AC---CC-T--AT
gi|2 : ttttcaacaaataacaaaattagtttcctaatttAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AATAGCCTGGTT---------G------------CT---TTA--AAATAT--GCT----A-TCC-A---CCA----TA---TA--GACAACA-GTACATGGTTCCAGATGAA-ATAAAA-TTA-AAC--------C-AAAGTATAG-----TTA-TG---GCTG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CATAAC------TAAA-ATGTACA-TGGTC-TGA--AAAATGT-CA---A--GTAAAT-GCTGTGAAAAGAG-TTCGTT--ACAAAAAG-----TA--------------------GG-TACCATGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAA---------A--------AA-TG-----GCAAT-G---TTA-AAC-TACGTG-------T---A---A-----A-------------TTTTTCGAA--GA---AC---GCCCGATCATTTC----CA-AAAAA--GAC-GCA---A---GCATATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----ATT-TGCACAAAGTTTG-AAGC-ATA--TG-AAA-T--AA-------ATG-------------------CTGCA-AG---AG---------AA-ATA-AGT--AT-GGTC-C--ATT-----------CAA-GACATG-C------------TA-----------A-------C---A---------------AACTA--CA---TGT-ACATTTTT----C--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TCTCAATAG---GACA--CNNNNNNNNNNN------NNN--N--NNN-NNNNNN-NN--NN--NNN--NN-NNNNN--NNNN-NNNNNNNNNNNN--------NNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNGCTATA-GAGGTGTGAAG-TTGAT-------------TACACAAAATAGGTA-----------------TCGT---CTATTTCAAGACATGC--TTTAA---AAATGACAAAG----TTCAA----CTcacggggatgcccctccctcaactgcccgccacccaccatactataagcaggacacgcgttgtacaacccggca
gi|20 : acaaatgaaataaaaaataaaatagcataaagttatctgcataagAAATCAATT-CAAGAAT---------AG--AA---------ATGGCTGGAT-T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TTT-
gi|20 : atataaaatccaa--AAA-A-T-A--TGTT----ATT-TTTT----CTTAACA-A--CTAAA-ATGTACA-AGTTT-TGA--AAAATTT-CA---A--GTACAA-GTTGTGAAAAGAG-TTGGTT--GTACAAAG-----TAGGTG-C--AT-----------G-TACCATGTT----------------AAA---------A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTC-Atttcttaacaactaaaatgtacaagttttgaaaaatttcaagtacaagttgtgaaaagagttggttgtacaaagtaggtgcatgtaccatgttaaaaaatgacaaagttca
gi|21 : atataaaatccaaaaatcaattcaagaatagaaatggctggattgctttAAATCGATT-CAAGAACTGTTTTTACAG--AA---------A----------TCCGGATT--G------------CT---TTATAAAATAT--GTTTTAAA-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-GTATATTGATCCAGGTAAA-A
gi|22 : tatttgaaaaaaaaataaaaaataataaaatcatcaattacacgcttaattcaaggctttaaaaacaaaaAAATCGATT-CAAAAAC---------AA--AA---------A----------T---------G-----------------------ACTGG--GTG----A-TCT-G---TCA----CA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATT-AAG--------T-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-TCAATTATGTATAATG-CTT-------TAAGA-AGTCTAAAGATG
gi|23 : ctgattctgtcgtatgaagtaatgaaaaC--TTTCAAAAAAGGGGC---CATGCACTTCTT------CAAGTT--GTG-ACCATA--C--AC--CGT---G-TACAA--AGTCATGACGGA-ATGTCACATGCACAA-GT-TAAAGGAGTG---------AGGAGG-----AG-TTGAT-------------T-------------
gi|24 : cctA----TA---GA--GACAACA-GAACATGGATACAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TTA-TG---GTAG--AGA-A-C-A--TATCTTCAATG-TTTT----TATAATA-A--CTGAA-ATCTAAA-TGGTC-TGA--AAAATGT-CA---A--GTAAAG-GCTGCGAGAAGAG-TTGGTT--ACACAAAG-----TAGGTtacacaaagtaggataccctattcaacctcagtgccaaacccatccaatat
gi|25 : A-ATAAAA-GTA-AAC--------T-TATGTAT-------TAG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT-------------------------GTACA-TGGTC-TGA--TAAATGT-TA---A--GTAAAA-GTTGTTTGAAGAG-TTGGTT--ATACg
gi|27 : catatataaccaaaggggtat--GGGGAATTG-ATTACA-AAAATAG---------GT-GCA-TGT--AC-CGTC-T--ATT-----------CAA-GACATGCT------------TA-----------AAAATTATC---A-----A-ATT---TCAACTA--CA---TGT-GATTTTTA----C--AAAA--AAT--------GTCT-AATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CAAAC------T------CAA--T--GTG-TACATA-AC--AA--catgcttaaactttttttgaagaatgtctggtca
gi|28 : AA-AA-----T------------TT-----------A-------C---A-----A-AAT---TCACCTATACA---TGT-AATTTTTTTCCCC---------ATTTTA----GTCA-GATCAC--TT-------------G--TATGCA-ATCTC------CAA--TATGTG-TCCA-A-AA--AC--AAC--CG-TACAC--AGTT-TAAGGAATA--T--------CAA-GT-TAGCAGCATG---------A--AGT-----AG-TCGAct
gi|29 : caaAAATTGATT-CAAAAGC---------AG--AA---------A----------T---------GG-----------CTGGGTTG--CTCTAT--CAT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--AACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAA-
gi|3 : tgtaacatatattgattaacttttgtgatagtgaaataAAATCAATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------GGCCGGGCTCATGCT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-T---TCAGTAGTA---AA--GACAGCA-GTACATGGATTCAGATGTA-ATAAAA-ATA-AAT--------G-CACATAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TACCTTCAATG-TTTT----CATAAC---------------ACATTGGTC-TGA--AAAATATCCA---A--GTAGAA-GGAGTGAGAAAAG-TTGGTTAAATACAAAG-----TAAGAACC--AT----------GT-TATTAATATAA--------------AAA---------A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTC-AAC-TACATG-------TGTAA---A-----T-------------TTTTTC-AA--GA---AT---GCCCAATCACCTT----C--AAAA----TC-ACA--CA--TGCACACCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTGCGAAGTCTG--AAGGATG--T-CAAA-TA-AA--G----GTGCTGTTA--AAGGAGTTG-ATTAT--AAAAT---------------TA-GGT--AT-GGTC-T--CTT-----------CAtt
gi|3 : TTAT--AA--AATTAG----GTATGGTCTCTTCATATC--AAAAAATGTC-AGAT-CACATAGACATCT-T-----CAATGTGTCCATAACAATTAAC-TGTACtatcaaaaaatgtcagatcacatagacatcttcaatgtgtccataacaattaactgtaccaa
gi|3 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgaT----C--AAAA--AAT--------GTCA-GAT-------------------CA--CATAGACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATA-AC--AATTAAC--TG-TACCA--Acaa
gi|30 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgattataaaattaggtatggtctcttcataTGCACATCTT------CAA--TTCATG-TCACTG-ATTAGA--GGC--TG-TA-----AGTT-TT-GGGA-ATGT--------CAA-AT-TAGAGGTATG---------A-G-GG-----AGTTTGAT-------------T-------------
gi|31 : atgttagtattcacggccaataacCAGATGAT-ATAAAA-GTA-AGC--------C-AAAGTAC-------ATG-TATTTGTAG--AAA-A-T-A--TATCTTTAATG-TTTT----CATA-----------------ACA-TGGTC-T-A--AAAATAT-CC---A------------------------TGGTT--ACACAAAG-----TAGGTACC--AT----------Gccaaatagta
gi|32 : AA---------A--------AG-TG-----ACAAAAG---TTCGAACGTACATG-------T---A---AAAA--T-------------TTTTT--AA--GA---T----GTCTTATCACTTT----CTCAAAAA--TAC-TC---CA---GCATA----------AAATGCTTC-ATAAC----AGC-TGTACAA-GTCTG-Ac
gi|33 : ----------T---------G------------CT---TTA--GAATAT--GTC----G-CCT-A---TCA----TA---CA--GATGGCA-GTACATGT-TGCAGATGAG-G-AAAA---A-AAC--------CTGAAGTTT-------TAG-TG---GCAA--AGA-ATT-A--TAT
gi|34 : cagaaatggcgggtGTCTG-AAGGA-----TGTAAA-T-------------------------GAGTTT-ATTACA-ATAATAG---------A--------T--AC-GGTC-T--ATT-----------CAA-GA-----CATGCTAAAAA--TG-----------A-------C---A-----G-AGT---TCAATTA--CA---TGT-AAAT
gi|34 : t-------------T-------------A-----------------CGGT---CTA-TTCAAGACATGC----TAA---AAATGACAGAG----TTCAA----TTACATGTAAATga
gi|35 : tgtctgaaggatgtaaatgagtttattacaataatagaGGAGTTG-ATCACACAAAATAC---------AATATA-GGT--AT-CGTC-T--ATT-----------CAA-AAC----A------------TGCTTAAATAATTA-------C---A-----A-ACT---TCAACT---CC---TTT--AATTTTT----ga
gi|36 : ATCTTCAGTG-TTTTT---CATA--------------TTTACA-AG----TGA--AAAATAT-CA---A--GTAAAAAGCTGTGAGAAGCC-TTGGTT----ACAAAG-----TA
gi|37 : AA--AGTT-TGAGGAAACTG----------AA-GT-TTGAGGCGGG---------A-GAGG-----GG-TTGATTACACAAATTAGGT-------------A-----------------CCGT---CTA-TTAAAGACATtag
gi|37 : GTT-TGAGGAAACTG---A---A--GTTTGA-GGCGGGAGAGGGG-TTGATT--ACACAAAT-----TAGGTACC--GT----------g
gi|37 : aaaG-----A--GAGGGGTTG-ATTACA-CAAAT---------------TA-GGT--AC-CGTC-T--ATT-----------AAA-GA-----ctattaaagacatg
gi|38 : aaagtttgaggaaactgaagtttgaggcggA-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TGG-TG---GAAG--AGA-A-T-A--TATCTTTAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAAcatg
gi|38 : ATATCT-T-----TAATGTTTTCATAACAACTAAC-TGTAGAAGGctgtagaaggagttgta
gi|39 : aataaactgaaatattggtggaagagaatAAATTGATT-CAAGAGC---------AG--AAATGGCAGGGA----------T---------G------------CT---TTA--AAACAT--CTT----agttgta
gi|4 : tattcaatatcatagaGATTCAGATGA---CTGAA-ATA-AA-------------AATAT-------TTA-TG---GTAGGGAAT-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----TATAACA-A--CTAAA-ATGTATA-TGGTC-TGA--AAAA--------------------CT----GAGGAG-TTTGTT--ACTCAAAG-----TAGGAACT--AT----------AG-ca
gi|4 : --GAAA--TGT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---AGCA--CATGCACATCTTCATGCACAA--T--GTG-TCCAT-----------GTTCTG-TACAA--CGTT-TGAGGA--ATGT--------CAA-GT-GAAAGGTTCG---------A-GAGG-----AG-TTGAT-------------T-------------ACACAAAATAGCAGGTTCTTGT---TTA-TTCAAAGCA--------AA---AAATGACAAAGTTAATTCAACTATCTACATGTAA---TTA-GG-------CGCATC---TTCAATGTGTCCATAACCACTGTAACAAGTGTGAGGACT-GCCCGGTAAAAGT--GTGAAAGTAG--TTGGTTAT--ACAAAT--AAGGAAAACTGAAAAaaatgtgtcggatcactttcaaaaaagcacatgcacatcttcatgcacaatgtgtccatgttctgtacaacgtttgaggaatgtcaagtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|40 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatcttcaatgtttttataacaactaaaatgtatatggtctgaaaaactgaggagtttgttactcaaagtaggaactataAAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AT---------T---------G------------CT---tagaggtttgaagcataatat
gi|41 : agccatgaaattgggcaaGT---CTA-TTCAAGACTTAC----TAAAACAAATGACAAAG----TTCAA----TGGCATGTAAATgggttgcttta
gi|42 : gTGTGTAAGGAG-TTGATT--TCACAAAG-----TAGGCGCC--
gi|44 : gttaaataTGTACA-AAGTC-TGA--AGGATGT-CA---A--ATAAAT-GCcttttacaggg
gi|5 : TTCAATGTGTCCATAACAAGAGTTCATA-TTTGAGGGGTGTGAG
gi|5 : TGTGAGAGGA--TTAATC--ACACAAAG-----TAGTTTCC--ATATCATCTATTGA-AAGCACGCT----------------TAA---------A--------AAATA-----GGAAA-G---TTC-AAC-TACATG-------T---AAATA-----T-------------TTCGT--AA--AA---T----ATCGGATCACTTT----C--AAA-----ACAGCA--CA--TGCACACCT-T-----CAATGTGCTCAT-AC----AAC-GGTACAAAAATTG--AACATTA--T-CAAC-TTAAA--GGT--GTG-----A--GAAGAGTTG-ATTACA-GA--------------AA-GTA-GAT--AC-CGTC-T--ATT-----------GAATGC-----A------------TG-----------A-------C---A-----A-CGT---TCATTT--------TTT----TTTCT----C--GAAA--AAT--------ACAA-GATCAA--TTCCAAAAA---GACA--C--GCACATTTT------CAA--T--GTA-TCCATA-AC--AA----T--CG-TACAC--AGTT-TGAAGGGTGTGaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaaaaaataggaaagttcaactacatgtaaatatttcgtaaaatatcggatcactttcaaaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcacattttcaatgtatccataacaatcgtacacagtttgaagggtgtgagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|5 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgagggg-A--CATTTTCAATG-TATC----CATAACA-A--TC------GTACA-CAGTT-TGA--AG---------------------GGTGTGAGA--TG-TTGATT--ACACGAAG-----TCGGTACC--agatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|6 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgaggggtgtgagaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaaaaaataggaaagttcaactacatgtaaatatttcgtaaaatatcggatcactttcaaaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcAAATCGATT-CAATAAC---------AG--AA---------TGGCTGGGT--T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ATAAAG-ATA-AAC--------T-G-------------TTA-CA---GTAG---TC-A-T----TGTCTTCAATG-TTTT----TATAACA-A--CTACA-ATGTACA-AGGTC-CGA--CAAATGT--A---A--GTAAAG-TCCGTGAGAAGA--T--------------------TAGGCACC-------------------CC-TGCT----------------TAA---------A--------AA-TG-----ACAAACG---TTC-AAC-TACATG-------T---A---AACG--TAATAATTATTTTGTTTTT--GA--AG---ACT--GTCCGATCACTTC----G--ATAAC--GAT-AC-T-----TGTACATCT-TCTGAGCAATGCTTCccattca
gi|7 : tgacaaaaaataaaaataattgagttaatgtttagaacatataatatatga-TACATG-------T---A---AA----G-------------TTTTC--AA--AG---AAT--GTCCGATCATTTC----C--AATAA--GAC-ACAT------GCACATCT-T-----CAATGGTTTCATAAC----AGT-TGTACAAGGTCTG-AAGGA-TG--T-CAAA-T--AA--ATGCTGTA-----A--GAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAG---------CT-CTATGGTTTACTAGT-----ATT-----------CAA-GA-----CATGCTCAAATAATG-----------G-------C---C-----A-AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----T--GAAA--AAA--------GTCG-GACCAC--TTTCAAAAT---GGTA--TATGCACATCTT------CAA--T--TTG-TCCATATAT--AAC-AAC--TA-TACAA--AGTT-TAAGGA--ATGT--------CAA-GT-TAAAGGAGTG---------A-GAGG-----AG-TTAAT-------------T-------------A-----------------
gi|8 : AATCGATTCCAAGGAC---------AA--GA---------A----------T---------G------------CTC--TTAC-AAACATAAGTTA---A-TCT-AGATTCA----TACATGA--GACAGCGCGTACTTGGA-CCACAGGGA-ATAAAACATAGAACTTTGACAGT-AAAGTACATGTGTATTGTTG---GTAG--GAA-A-T------TCGTC-------------CATACCAGA--CT-AA-ATGTGTA-TGGTCTTGA--AAAGTAT-CA---AACGT-AAA-GCTGTGAAAAGAGTTTCGTT--ACACAA--------AAGTGTCAAGA----------GA-TGCTATATT----------------CAAGACCTGTGCA--------AA-TGAAGGAACAGA-GAGTTTT-AACTTTCATG-------T---A---AGTAATT-------------CTCTC--GA--CA---ATCATGTTTGATCACTTA----C--AAAAA--cacaaagtaggtatctt
gi|9 : atG--AA---------T----------T---------G------------CT---TTA--AAATAA--GTT----A-TTT-T---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATTATTTCAGATGAA-ATAAAA-CTG-TAA--------C-GATGTTT-------TTG-TG---GTAA--AAA-A-T-A--TATCCTTATTG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-CTGTACA-TGGTC-TGA--AAAATAT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGGAATGTT-TTGATT--ACATAAAA-----TAGGTA-C--G------------------ATGCT----------------AAAAT-------A--------AA-TG-----AC--A-G---TTA-AAA-TACATG-------C---A---A-----T-------------TTTTTTCAAGGAA---T----GTCGGGTCACTTT----C--AAAGG--GAC-A----CA--TGCACATTT-T-----TAATGCTTCTATAAC-----------ACAAGGTCTG-a
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TGTATCCCTGCGTGTCCTCGACAAATTCCTACCATGTTCCAATTAAGAATATGACAGTCCACACCTTTCTTGATATGTGATACTTGACTGGATTAGGTACCCTGTTCAATAAAAAAAACCAAACCAAATAGGTTACATATTGAAGTGA
Unaligned ( gi|43 ): CTTACTTTTTAGTACAACATATTTTTTTTAAAGAATCG
Alignments
lowQualScore : 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 666666666666666666666666666666666666666666666 444444444444 666666666666666666666666666666666666 4444444444444444444 11111111111 111111111 66666666666666666666 111111 11111111 22222222 3333333333 11111111 22222222222222222222 4444444444444444444444444444444 111 1111 222222222 2222222 1111 1 11 33333333333333 22 22 11 11 44444444444 2 555555 555555 11
lowQualScore : 3 222222222 33 8888888888888888888888888888888888888888888 777 66 33 8888 2 2 555 6666 555 33 2 2 2 2 2222222222 0000000 2 444 33 2 2 4444 2 6666 0 22 22 55555 2 2 1 2 444 33 22 1 2 2 22 55555 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 99999 6 555 3 6 555 000000000000000000000000000000000000000000000 0 77 444444444444 2 77777 6666 2 0 2 0 999999999999999999999999999999999999 2 33 1111111111111111111 5 2 33 777777 22222222222 333333333 11111111111111111111 444 444 000000 0 444 33 555 33 33333333 44 00000000 33 33 555 33 777777 33 66 2 2 33 8888888888 77 99999 3 4 55 22222222 3 3 88888888888888888888 3 99999 3 55 777 8888888888888888888888888888888 1 6 444 77 8 7777 444444444 777 6 3333333 1 7 1111 1 1 6 22 1 1 2 1 6 55 1 0 1 00000000000000 1 22 22 1 11 44 44444444444 3 0 4 777777 000000 1 44 1 22 1
lowQualScore : . ......... .. ........................................... ... .. .. .... . . ... .... ... .. . . . . .......... ....... . ... .. . . .... . .... . .. .. ..... . . . . ... .. .. . . . .. ..... . ............................................................... . ..... . ... . . ... ............................................. . .. ............ . ..... .... . . . . .................................... . .. ................... . . .. ...... ........... ......... .................... ... ... ...... . ... .. ... .. ........ .. ........ .. .. ... .. ...... .. .. . . .. .......... .. ..... . . .. ........ . . .................... . ..... . .. ... ............................... . . ... .. . .... ......... ... . ....... . . .... . . . .. . . . . . .. . . . .............. . .. .. . .. .. ........... . . . ...... ...... . .. . .. .
lowQualScore : 1 333333333 99 2222222222222222222222222222222222222222222 333 88 99 3333 9 9 444 1111 000 99 9 2 4 4 8888888888 9999999 4 111 11 2 2 3333 0 2222 2 22 88 99999 4 4 0 4 111 22 44 6 0 1 99 66666 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 11111 7 888 3 7 888 444444444444444444444444444444444444444444444 2 99 888888888888 9 11111 5555 9 8 7 8 444444444444444444444444444444444444 5 66 1111111111111111111 6 5 44 222222 77777777777 333333333 11111111111111111111 777 777 333333 5 777 99 000 66 33333333 22 88888888 66 99 000 99 222222 44 99 5 5 77 1111111111 99 44444 1 2 33 11111111 3 3 66666666666666666666 6 11111 6 00 000 0000000000000000000000000000000 0 7 888 22 0 0000 888888888 999 7 0000000 0 3 3333 0 0 7 00 0 0 0 0 7 77 0 7 0 00000000000000 0 33 33 0 00 33 55555555555 0 0 0 555555 000000 0 00 0 00 0
consensus : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTGGTT--ACACAAAG-----TAGGTACC--GT----------G--TACCATGCT----------------NAA---------A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AAA----GTCCGATCACTTCC--AAAAAGAC-GCAT-CATGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGAATG--TGCAAA-T--AA--G----GTG-----A--GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---------A-ATA--GGTACGGTC-T--A------TT-----------CAAGAC---------ATGCT---------A--------C---A---A------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATA-AC--AA--AACC---GT--ACA--A--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGG------CGCG----------A-GAGG-----AG-TTG--AT---T-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAAGCAT--GCTTNAA-AAATGACAAAG----TTCA---A---TCTACATGTAAAT-TTACGNAAG-TGTCGGATCACTTTCAATGT-TNCATAACAACTGTAAAAAGTNTGAGGAATGGT-CGGNAAAACTG-GT-AAAGTAG-CTGGTTAT-CACAAATT-AAGGAAAGCTN-AAAAATGTGTATATATTTTCCCNGATCACTTTCAAAAAGGCACATGCACANCTTCATGCACAGTGTGTCCATGNCAACTGTGCAANGTNTGAGGAATGTCAGG
Reference ( family-655 ) : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTGGTT--ACACAAAG-----TAGGTACC--GT----------GG-TACCATGCT----------------NAA---------A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AAA----GTCCGATCACTTCC--AAAAAGAC-GCAT-CATGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGAATG--TGCAAA-T--AA--G----GTG-----A--GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---------A-ATA--GGTACGGTC-T--A------TT-----------CAAGAC---------ATG-----------A--------C---A---A------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATA-AC--AA--AGCC---GT--ACA--A--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGG------CGCG----------A-GAGG-----AG-TTG--AT---T-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAGACAT--GCTTTAA-AAATGACAAAG----TTCA---A---TCTACATGTAAATTTTACGGAAGCTGTCGNATCACTTTCAATGTGTNCATAACNACTGTANNAANTNTGAGGANTGGCGCGGNAAGANTACGTNAAAGTAGACTGGTNATGCACAAATTCAANGAAAGCTN-AAAAATATGTATATATTTTCCCTGAT-ATTTTCAAAAAGGCATATGCACAACTT------CAGTGTGTCCATAACAANAGTNCANAGTNTGAGGGGTGTNAGG
gi|1 : AAATCGATT-AAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------A------------CT---TTA--AAATAG--GGT----T-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-ATACATTGATCCAGATGAA-CTAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GAAG--AAA-A-T----TATCTTCAGTG-CTTTAATTCATAGCA-A--CTAAA-TTGTACA-TGGTG-TGAAAAATA--CATTTA--GTAAAA-GTTGTGAGAAGAG-TTGATT--ACACAAAGAATTTTAAGTACT--GT----------GGGTACCATGCT----------------TAA---------A--------AA-TG-----ACAAA-A---TTC-AGA-TTTACGT---A-------A-----T-------------T----------AAA----GTCCGATCACTTCC--AAAAAGAC-GCATGCATGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TTTACAAGATCTGCAAATAATTACTGTACA-T--ACC-G----GTA-----CTTGAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAGCCTAGGCTTATATA--GGTATGATC-T--A------TT-----------CAAGAT----------TG-----------G--------C---A---A------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTA----C--GAAA--AAT--------GTCA-GATCAT--TTCCAAAAA---GACA--CATGCACATCTC------CGA--T--GTG-TCCATA-AC--AA--AAGTAAAGT--ACA--A--AGTT-TGAGGGATATGT--------CAA-GT-TAGAGG------TGCG----------A-GAGA-----A--TTG--AT---T-------------A-----------------TTGTCTA-TTCAAAGCATATGTTTTAA-AAATAACTAAG----TTAA---AAATTCTACATGTAAATTTTACGAAAGCTGTCGGATCACTTTCAA-----ACATAACAACTGTACAAATTTTAAGGAATGGTGTGGGAAGACTACGTCAA-GTAGACTGGTGATGCACAAATTCAATAAAAGTTC-AAAAATATGTATATATTTTCCCTGAT-ATTTTCAAAAAGGCATATGCACAACTT------CAGTGTATTCATAACAAT-GTGCAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
gi|10 : -ATAAAA-AT---------------GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AGATA-T-A--TATCTTCAATG-TTTT-----ATAATG-A--CTAAA-ATGTAAA-TGGTC-CGCAAAATGT-CA---A--GTAGAA-GCTGTGAGATGAG-TTGGGT--ATGCAAAC-----T---TAC---------------------------------------------A---------A--------AA-TG-----ACAAG-G---TTC-AAC-TGGATGT---C-------A-----T-------------TTTTTCGAA--AAAT---GTCGGATAACTTTC--AAAAA------------GCACATTTGT-----CA----TT-----AC----AGC-TGTACAAAGTCTG-AAGG-ATA--T-CAAA-T--AA--ATGCTGTT-----A--GAGGATTTGTTTTAC-----ATA----------A-ACA--GTTAT-GTG-T--A------TT-----------CAAGACA--------AAG-----------A--------A---AGGCA------AGT---TCAACat
gi|11 : AAAGAC-ACAT----GCACACCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----TAC-TATGCAAGGTCTG-ATGGA-TG--TA-AAA-T--AAATG----CTGCA---A--TAGGAGTTG-ATCACA-AAAATAG-----------------GTATGGTC-T--A------TT-----------CGAGAT---------ATGCTAAAAAATG-A--------C---A---A------AGT---TCAACGA--CA---GGT-AATTTTTT----TTTGAAA--AAT--------GTTG-GTTCAT--TTTCAAACA---GATA--CATGCACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATA-AC--AA----CT---GT--ACA--A--AGCT-TGA-GGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGG------TGTG----------A-GAGG-----AG-TTG--AT---T-------------A-----------------gcacacatttctttcca
gi|11 : -A--CATCTTCAATG-TGTC----CATAACA-A--CT------GTACA-AAGCT-TGAGGAATGT-CA---A--GTTAGA-GGTGTGAGAGGAG-TTGATT--ACACAAAG-----CAGGCACC--CT----------AT-TACcacaaagcaggcaccctattacaggga
gi|12 : aaagacacatgcacaccttcaatgcttccataactactatgcaaggtctgatggatgtaaaataaatgctgcaataggagttgatcacaaaaataggtatggtctattcgagatatgctaaaaaatgacaaagttcaacgacaggtaatttttttttgaaaaatgttggttcattttcaaacagatacatgcTT----A-TCT-A---TCA----AA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ACAAAA-ATA-AAC--------T-GAGGTAT-------TTG-TG---GTAG--CAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGATT-TGTAAAATAT-CA---A--GTAAAA-A---TG------G-TTAAT---ACACAAAA------------C--AT----------G--TATCATGCT----------------GAA---------ATTTTTTTTAA----------AAA-G---TTC-AAC-TACATGT---ACATGATAA-----T-------------TTTTT--GA--AGAAT--GTCCGACTACTTCC--AAAAAG---GCA--CATGTACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTATATGGTCTG-AAGaggga
gi|13 : tcAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----AAA-----------TTTTT--AA--GAAT---GTCTGATCACTTCC--AAAAA-------T-C-TCCA-ATT---------AATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGA-TG--T-CAAA-T--AA--ATGCAATA-----A--GGGGAGTTG-ATTACA-TAAATC------------ATA--C---CGGTCCT--A------AT-----------CAGGAC---------ATGCTCCCCC----A--------CCCCA---AT-----AGCATACTAACTA--CA---TTT-AAATTTTT----G--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TTTCAAAAA---AACA--CATGCACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATA-A
gi|14 : AAACCGATT-CAAGAAT---------AATAAA---------A----------T---------GGTGGGTTG----CT---CTA--AAATAA--GCT----A-TCTTA---TCA----TA---GACAAACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAATAAAAAA-AGA-AAC--------C-AAAGGAT-------TTG-TG---GCAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATGTTTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTA
gi|15 : ttatcagtcatttcaacaatctgaTA-----A--GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---------A-A-----GTACTGTC-T--A------TT-----------CAAGAC---------ATGCTAAAAGATAAA--------C---A---A------AGT---TCAACTA--GAAAATAA-AAA-------------AAA--AAT--------GTTG-AATAAC--TTTCAAAA----GTCA--CATGCACATCTT------CAA--T--GTG-TCCATC-AC--AATTAACA---GT--ACA--G--AATT-TGAGGT--ATGT--------CAA-GT-TCAAGG------TGTG----------A-GAGG-----AG-TTG--AT---T-------------A-----------------CCtttaatttaaatggatataaaaaacattttttcaaatgaaataagaataatttacgaaacctgacaaaaactgc
gi|16 : --TGCAAAAT--AA--G----G-G-----A--GAG----TG-ATTA----ACATA----------A-ATA--GGTACGGTC-CTAA------TT-----------CAGGAC---------ATacccgcccgccattcaccaccacgctgtgcaacccggccaaaaatg
gi|16 : tcaaatttaaG-----------A--------C---A---A------TAC---TAATCTA--CA---TATTAAAGTTTT----G--GAAACCAATC-------ATCACGATCACCCTTTCAAAAA---GACAACTATGCACATCTT------CAA--T--GTGTTCCATA-AC--AA-----C---ATGGACACCACCAGTT-TGAGGAC-GTGT--------CAA-AT-TAttgccctcccctccacccccaccccccaatgagacaatactaatctacatattaaagttttggaaaccaatcatcacgatcaccctttcaaaaagacaactatgcacatcttcaatgtgttccataacaacatggacaccaccagtttgaggacgtgtcaaatta
gi|17 : tcaaatttaatgcaaaataagggagagtgattaacataaataggtacggtcctaattcaggacatttgccctcccctccacccccaccccccaatgaAGGAGTTG-ATTACA-CAAA--------------GTA--GGTACCATC-T--A------TTGAAAGCATGCTTAAAAT---------ATG-----------A--------C---A---A------AGT---TCAGCTA--CA---TGT-CAATTTTC----T--AAAA--AAAAAAAAAAAGCTG-GATCAC--TTTCAAAAA---GGCA--CATG-ACATCTT------TAA--T--A-G-TCCATA-AC--A------------------------TT---AAGGA-ATGT--------CAACGTATAAAAG------TGC-----------A-GAGG-----AG-TTGTAGG---T-------------A-----------------CC--CTA-TTCAA
gi|18 : AAATCGATT-CAAGAAC---------AT--AA---------A----------TATTCGGGTTG------------CT---TTA--AAATAT--GTT----AAGCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACAC--ATCCAAATGAA-ATAAAA-ATC-AAC--------T-GAAGTAT-------TGG--G---GT-----------------TTTTTAATG-TT-----------CA-A--CTGAA-ATGTACA-TGATT-TGAAAAATGT-GA---A--GTAAAT-GCTGAGAGAAGAG-TTGGTT--ACACACAG-----TAGcctcagtgcaaccccgccaataat
gi|19 : ccatttattaatccttaatattcaacattgacaaCACATCT-T-----CAATGTATCCATAAC----AACAGGTACAAAGTTTG-A----------GC--A-T------T----GTT-----A--GAGGAGTTG-ATTACA-CAAAT--------------TA--GGTAC--CC-T--A------T
gi|2 : ttttcaacaaataacaaaattagtttcctaatttAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AATAGCCTGGTT---------G------------CT---TTA--AAATAT--GCT----A-TCC-A---CCA----TA---TA--GACAACA-GTACATGGTTCCAGATGAA-ATAAAA-TTA-AAC--------C-AAAGTATAG-----TTA-TG---GCTG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CATAAC------TAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAT-GCTGTGAAAAGAG-TTCGTT--ACAAAAAG-----TAGGTA---------------------CCATGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAA---------A--------AA-TG-----GCAAT-G---TTA-AAC-TACGTGT---A-------A-----A-------------TTTTTCGAA--GAAC---GCCCGATCATTTCCA-AAAAAGAC-GCA---A-GCATATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----ATT-TGCACAAAGTTTG-AA-GCATA--TG-AAA-T--AA-------ATG-------------------CTGCA-AGA--GA---------A-ATA--AGTATGGTC-C--A------TT-----------CAAGAC---------ATGCTA--------A--------C---A------------------AACTA--CA---TGT-ACATTTTT----C--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TCTCAATAG---GACA--CNNNNNNNNNNN------NNN--N--NNN-NNNNNN-NN--NN--NNNN---NN--NNN--N--NNNN-NNNNNNN-NNNN--------NNN-NN-NNNNNN------NNNNNNNNNGCTATA-GAGGTGTGAAG-TTG--AT---TACACAAAATAGGTA-----------------TCGTCTATTTCAAGACAT--GCTTTAA-AAATGACAAAG----TTCA---A---cacggggatgcccctccctcaactgcccgccacccaccatactataagcaggacacgcgttgtacaacccggca
gi|20 : acaaatgaaataaaaaataaaatagcataaagttatctgcataagAAATCAATT-CAAGAAT---------AG--AA---------ATGGCTGGAT-T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TTT-ct
gi|20 : atataaaatccaa--AAA-A-T-A--TGTT----ATT-TTTT----CTTAACA-A--CTAAA-ATGTACA-AGTTT-TGAAAAATTT-CA---A--GTACAA-GTTGTGAAAAGAG-TTGGTT--GTACAAAG-----TAGGTG-C--AT-----------G-TACCATGTT----------------AAA---------A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTC-Atttcttaacaactaaaatgtacaagttttgaaaaatttcaagtacaagttgtgaaaagagttggttgtacaaagtaggtgcatgtaccatgttaaaaaatgacaaagttca
gi|21 : atataaaatccaaaaatcaattcaagaatagaaatggctggattgctttAAATCGATT-CAAGAACTGTTTTTACAG--AA---------A----------TCCGGATT--G------------CT---TTATAAAATAT--GTTTTAAA-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-GTATATTGATCCAGGTAAA-A
gi|22 : tatttgaaaaaaaaataaaaaataataaaatcatcaattacacgcttaattcaaggctttaaaaacaaaaAAATCGATT-CAAAAAC---------AA--AA---------A----------T---------G-----------------------ACTGG--GTG----A-TCT-G---TCA----CA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATT-AAG--------T-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-TCAATTATGTATAATG-CTT-------TAAGA-AGTCTAAAGATG
gi|23 : ctgattctgtcgtatgaagtaatgaaaaC--TTTCAAAAAAGGGGC---CATGCACTTCTT------CAAGTT--GTG-ACCATA--C--A-----CC---GTGTACA--A--AGTCATGACGGA-ATGTCACATGCACAA-GT-TAAAGG------AGTG----------AGGAGG-----AG-TTG--AT---T-------------
gi|24 : cctA----TA---GA--GACAACA-GAACATGGATACAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TTA-TG---GTAG--AGA-A-C-A--TATCTTCAATG-TTTT----TATAATA-A--CTGAA-ATCTAAA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAG-GCTGCGAGAAGAG-TTGGTT--ACACAAAG-----TAGGTtacacaaagtaggataccctattcaacctcagtgccaaacccatccaatat
gi|25 : A-ATAAAA-GTA-AAC--------T-TATGTAT-------TAG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT-------------------------GTACA-TGGTC-TGATAAATGT-TA---A--GTAAAA-GTTGTTTGAAGAG-TTGGTT--ATACg
gi|27 : catatataaccaaaggggtat--GGGGAATTG-ATTACA-AAAATAG---------GTGCA--TGTACCGTC-T--A------TT-----------CAAGAC---------ATGCTT--------AAAAATTATC---A---A------ATT---TCAACTA--CA---TGT-GATTTTTA----C--AAAA--AAT--------GTCT-AATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CAAAC------T------CAA--T--GTG-TACATA-AC--AA--catgcttaaactttttttgaagaatgtctggtca
gi|28 : -----------A--------C---A---A------AAT---TCACCTATACA---TGT-AATTTTTTTCCCC---------ATTTTA----GTCA-GATCAC--TT-------------G--TATGCA-ATCTC------CAA--TATGTG-TCCA-A-AA--AC--AACC---GT--ACA--C--AGTT-TAAGG-A-ATAT--------CAA-GT-TAGCAG------CATG----------A--AGT-----AG-TCG--Act
gi|29 : caaaaaatttAAATTGATT-CAAAAGC---------AG--AA---------A----------T---------GG-----------CTGGGTTG--CTCTAT--CAT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--AACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAA-
gi|3 : tgtaacatatattgattaacttttgtgatagtgaaataAAATCAATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------GGCCGGGCTCATGCT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-T---TCAGTAGTA---AA--GACAGCA-GTACATGGATTCAGATGTA-ATAAAA-ATA-AAT--------G-CACATAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TACCTTCAATG-TTTT----CATAAC---------------ACATTGGTC-TGAAAAATATCCA---A--GTAGAA-GGAGTGAGAAAAG-TTGGTTAAATACAAAG-----TAAGAACC--AT----------GT-TATTAATATAA--------------AAA---------A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGTGTAA-------A-----T-------------TTTTTC-AA--GAAT---GCCCAATCACCTTC--AAAA--TC-ACA--CATGCACACCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTGCGAAGTCTG-AAGG-ATG--T-CAAA-TA-AA--G----GTGCTGTTA--AAGGAGTTG-ATTAT--AAAAT--------------TA--GGTATGGTC-T--C------TT-----------C---AT---------AT---------------------C---A---A------A-----------------------AAAT----------------------------GTCA-GATCAC--------ATA---GAC----------ATCTT------CAA--T--GTG-TCCATA-AC--AATTAACT---GT--ACC--A--Att
gi|30 : TGCACATCTT------CAA--TTCATG-TCACTG-ATTAGA--GGCT---GT--A-------AGTT-TT-GGGA-ATGT--------CAA-AT-TAGAGG------TATG----------A-G-GG-----AGTTTG--AT---T-------------
gi|31 : atgttagtattcacggccaataacCAGATGAT-ATAAAA-GTA-AGC--------C-AAAGTAC-------ATG-TATTTGTAG--AAA-A-T-A--TATCTTTAATG-TTTT----CATA-----------------ACA-TGGTC-T-AAAAATAT-CC---A------------------------TGGTT--ACACAAAG-----TAGGTACC--AT----------Gccaaatagta
gi|32 : AA---------A--------AG-TG-----ACAAAAG---TTCGAACGTACATGT---A-------AAAA--T-------------TTTTT--AA--GAT----GTCTTATCACTTTCTCAAAAATAC-TC---CA-GCATA----------AAATGCTTC-ATAAC----AGC-TGTACAA-GTCTG-Ac
gi|33 : ----------T---------G------------CT---TTA--GAATAT--GTC----G-CCT-A---TCA----TA---CA--GATGGCA-GTACATGT-TGCAGATGAG-G-AAAA---A-AAC--------CTGAAGTTT-------TAG-TG---GCAA--AGA-ATT-A--TAT
gi|34 : cagaaatggcgggtGTCTG-AAGGA-----TGTAAA-T-------------------------GAGTTT-ATTACA-ATAATAG---------A--------TACGGTC-T--A------TT-----------CAAGACATGCTAAAAATG-----------A--------C---A---G------AGT---TCAATTA--CA---TGT-AAAT
gi|35 : tGGAGTTG-ATCACACAAAATAC---------A-ATATAGGTATCGTC-T--A------TT-----------CAAAAC---------ATGCTTAAATAATTA--------C---A---A------ACT---TCAACT---CC---TTT--AATTTTT----ga
gi|36 : ATCTTCAGTG-TTTTT---CATA--------------TTTACA-AG----TGAAAAATAT-CA---A--GTAAAAAGCTGTGAGAAGCC-TTGGTT----ACAAAG-----TA
gi|37 : AAAGTTTG-AGGAAAC---TG-AAG-TTTGA--G----GCGGG---A--GAGGGGTTG-ATTACA-CAAAT--------------TA--GGTACCGTC-T--A------TT-----------AAAGAC---------ATG-----------tag
gi|38 : A-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TGG-TG---GAAG--AGA-A-T-A--TATCTTTAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAA
gi|38 : ATATCT-T-----TAATGTTTTCATAACAACTAAC-TGTAGAAGGctgtagaaggagttgta
gi|39 : aataaactgaaatattggtggaagagaatAAATTGATT-CAAGAGC---------AG--AAATGGCAGGGA----------T---------G------------CT---TTA--AAACAT--CTT----agttgta
gi|4 : tattcaatatcatagaGATTCAGATGA---CTGAA-ATA-AA-------------AATAT-------TTA-TG---GTAGGGAAT-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----TATAACA-A--CTAAA-ATGTATA-TGGTC-TGAAAAA--------------------CT----GAGGAG-TTTGTT--ACTCAAAG-----TAGGAACT--AT----------AG-ca
gi|4 : TTCAATGTTTTTATAACAACT--AAAATGTAT-----ATGGT-CTGAAAAACTGAG---GAGT----TTGTTA--CTCAAAGT--AGGAA--CTATAGAAATGTGT-----------CGGATCACTTTCAAAAAAGCACATGCACATCTTCATGCACAATGTGTCCATGTT--CTGTACAACGTTTGAGGAATGTCAAGaaatgtgtcggatcactttcaaaaaagcacatgcacatcttcatgcacaatgtgtccatgttctgtacaacgtttgaggaatgtcaagtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|4 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatc--GAAA--TGT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---AGCA--CATGCACATCTTCATGCACAA--T--GTG-TCCATG-TT--------CT---GT--ACA--A--CGTT-TGA-GGA-ATGT--------CAA-GT-GAAAGG------TTCG----------A-GAGG-----AG-TTG--AT---T-------------ACACAAAATAGCAGGTTCTTGTTTA-TTCAAAGCA--------AA-AAATGACAAAGTTAATTCAACTA---TCTACATGTAA---TTA-GG-------CGCATC---TTCAATGTGTCCATAACCACTGTAACAAGTGTGAGGACT-GCCCGGTAAAAGT--GTGAAAGTAG-TTGGTTAT--ACAAAT--AAGGAAAACTG-AAAAtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|40 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatcttcaatgtttttataacaactaaaatgtatatggtctgaaaaactgaggagtttgttactcaaagtaggaactataAAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AT---------T---------G------------CT---tagaggtttgaagcataatat
gi|41 : agccatgaaattgggcaaGTCTA-TTCAAGACTT--ACTAAAACAAATGACAAAG----TTCA---A---T-GGCATGTAAATgggttgcttta
gi|42 : gTGTGTAAGGAG-TTGATT--TCACAAAG-----TAGGCGCC--
gi|44 : gttaaata-TGTACAAAGTCTG-AAGG-ATG--T-CAAA-T--AA--cttttacaggg
gi|5 : TT------CAA--T--GTG-TCCATA-AC--AA--GA-----GT--TCA--T--A-TT-TGAGGG----GT------------GT-GAGAGGATTAATCACAC---------A-AAGT-----AG-TT----TCCAT-------------A-----------------TCATCTA-TTGAAAGCAC--GCTTAAA-AAATAGGAAAG----TTCA---A----CTACATGTAAATATTTCGTAAAATATCGGATCACTTTCAAatgc
gi|5 : TGTGAGAGGA--TTAATC--ACACAAAG-----TAGTTTCC--ATATCATCTATTGA-AAGCACGCT----------------TAA---------A--------AAATA-----GGAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---AAAT----A-----T-------------TTCGT--AA--AAT----ATCGGATCACTTTC--AAA---ACAGCA--CATGCACACCT-T-----CAATGTGCTCAT-AC----AAC-GGTACAAAAATTG-AA-CATTA--T-CAAC-TTAAA--GGT--GTG-----A--GAAGAGTTG-ATTACA-GAA-------------A-GTA--GATACCGTC-T--A------TT-----------GAATGC---------ATG-----------A--------C---A---A------CGT---TCATTT--------TTT----TTTCT----C--GAAA--AAT--------ACAA-GATCAA--TTCCAAAAA---GACA--C--GCACATTTT------CAA--T--GTA-TCCATA-AC--AA----TC---GT--ACA--C--AGTT-TGAAGGaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcacattttcaatgtatccataacaatcgtacacagtttgaagggtgtgagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|5 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgagggg-A--CATTTTCAATG-TATC----CATAACA-A--TC------GTACA-CAGTT-TGAAG---------------------GGTGTGAGA--TG-TTGATT--ACACGAAG-----TCGGTACC--gtgtgagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|6 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgaggggtgtgagaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaaaaaataggaaagttcaactacatgtaaatatttcgtaaaatatcggatcactttcaaaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcAAATCGATT-CAATAAC---------AG--AA---------TGGCTGGGT--T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ATAAAG-ATA-AAC--------T-G-------------TTA-CA---GTAG---TC-A-T----TGTCTTCAATG-TTTT----TATAACA-A--CTACA-ATGTACA-AGGTC-CGACAAATGT--A---A--GTAAAG-TCCGTGAGAAGA--T--------------------TAGGCACC-------------------CC-TGCT----------------TAA---------A--------AA-TG-----ACAAACG---TTC-AAC-TACATGT---A-------AACG--TAATAATTATTTTGTTTTT--GA--AGACT--GTCCGATCACTTCG--ATAACGAT-AC-T---TGTACATCT-TCTGAGCAATGCTTCccattca
gi|7 : tgacaaaaaataaaaataattgagttaatgtttagaacatataatatatga-TACATGT---A-------AA----G-------------TTTTC--AA--AGAAT--GTCCGATCATTTCC--AATAAGAC-ACAT----GCACATCT-T-----CAATGGTTTCATAAC----AGT-TGTACAAGGTCTG-AAGGA-TG--T-CAAA-T--AA--ATGCTGTA-----A--GAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAG---------C-TC-----TATGGTT-T--ACTAGTATT-----------CAAGAC---------ATGCTCAA------A--------T---A---ATGGCCAAGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----T--GAAA--AAA--------GTCG-GACCAC--TTTCAAAAT---GGTA--TATGCACATCTT------CAA--T--TTG-TCCATATAT--AAC-AACT---AT--ACA--A--AGTT-T-AAGGA-ATGT--------CAA-GT-TAAAGG------AGTG----------A-GAGG-----AG-TTA--AT---T-------------A-----------------
gi|8 : AATCGATTCCAAGGAC---------AA--GA---------A----------T---------G------------CTC--TTAC-AAACATAAGTTA---A-TCT-AGATTCA----TACATGA--GACAGCGCGTACTTGGA-CCACAGGGA-ATAAAACATAGAACTTTGACAGT-AAAGTACATGTGTATTGTTG---GTAG--GAA-A-T------TCGTC-------------CATACCAGA--CT-AA-ATGTGTA-TGGTCTTGAAAAGTAT-CA---AACGT-AAA-GCTGTGAAAAGAGTTTCGTT--ACACAA--------AAGTGTCAAGA----------GA-TGCTATATT----------------CAAGACCTGTGCA--------AA-TGAAGGAACAGA-GAGTTTT-AACTTTCATGT---A-------AGTAATT-------------CTCTC--GA--CAATCATGTTTGATCACTTAC--AAAAAcacaaagtaggtatctt
gi|9 : atG--AA---------T----------T---------G------------CT---TTA--AAATAA--GTT----A-TTT-T---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATTATTTCAGATGAA-ATAAAA-CTG-TAA--------C-GATGTTT-------TTG-TG---GTAA--AAA-A-T-A--TATCCTTATTG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-CTGTACA-TGGTC-TGAAAAATAT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGGAATGTT-TTGATT--ACATAAAA-----TAGGTA-C--G------------------ATGCT----------------AAAAT-------A--------AA-TG-----AC--A-G---TTA-AAA-TACATGC---A-------A-----T-------------TTTTTTCAAGGAAT----GTCGGGTCACTTTC--AAAGGGAC-A----CATGCACATTT-T-----TAATGCTTCTATAAC-----------ACAAGGTCTG-a
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TGTATCCCTGCGTGTCCTCGACAAATTCCTACCATGTTCCAATTAAGAATATGACAGTCCACACCTTTCTTGATATGTGATACTTGACTGGATTAGGTACCCTGTTCAATAAAAAAAACCAAACCAAATAGGTTACATATTGAAGTGA
Unaligned ( gi|43 ): CTTACTTTTTAGTACAACATATTTTTTTTAAAGAATCG
Alignments
lowQualScore : 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444444444444 1111 77777777777777777777777777777777777777 4444444444444444444 88888888888888888888888888888 111111 1111111 22222222 2222222222222 11111111 1111111111 11111 5555555555555555555555555555555 222222222 1 2222 333 22 55555555 222 22222222 1 1 4444 11 222 111 11 11 44444444444 1 222222 333
lowQualScore : 3 222222222 33 8888888888888888888888888888888888888888888 777 66 33 8888 2 2 555 6666 555 33 2 2 2 2 2222222222 0000000 2 444 33 2 2 5555 2 4444 2 0 22 22 55555 2 2 1 2 444 33 33 0 2 22 2 22 2 666666666666 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555 44 22222222 3 88888 6 555 3 9 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 6666 77 7777777777777777 2 66666 2222 2 0 2 0 11111111111111111111111111111111111111 2 33 1111111111111111111 5 2 33 777777 33333333333333333333333333333 555 222222 555 44 555 44 1111111 44 00000000 33 33 5555 0 33 777777 33 77 2 2 8888888888888 3 44 444 3 3 2 3 33333333 3 3 5 0 7777777777 4 00000 4 55 5555555555555555555555555555555 8 000000000 0 1111 555 6 00 2 77777777 2 111 66666666 6 1 2 3 1 2222 44 777 999 7 11 44 44444444444 1 5 1 999999 1 333 1 1
lowQualScore : . ......... .. ........................................... ... .. .. .... . . ... .... ... .. . . . . .......... ....... . ... .. . . .... . .... . . .. .. ..... . . . . ... .. .. . . .. . .. . ............ . .................................................. .. ........ . ..... . ... . . .................................................... . .... .. ................ . ..... .... . . . . ...................................... . .. ................... . . .. ...... ............................. ... ...... ... .. ... .. ....... .. ........ .. .. .... . .. ...... .. .. . . ............. . .. ... . . . . ........ . . . . .......... . ..... . .. ............................... . ......... . .... ... . .. . ........ . ... ........ . . . . . .... .. ... ... . .. .. ........... . . . ...... . ... . .
lowQualScore : 1 333333333 99 2222222222222222222222222222222222222222222 333 88 99 3333 9 9 444 1111 000 99 9 2 4 4 8888888888 9999999 4 111 11 2 2 0000 0 2222 0 2 22 88 99999 4 4 9 4 111 22 99 2 0 66 1 99 1 555555555555 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888 66 11111111 3 33333 2 444 1 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 5555 33 3333333333333333 7 77777 1111 7 8 7 8 66666666666666666666666666666666666666 5 66 1111111111111111111 6 5 44 222222 11111111111111111111111111111 888 999999 888 22 444 66 0000000 22 88888888 66 99 9999 6 99 777777 77 33 7 7 7777777777777 1 22 555 3 4 5 6 22222222 6 6 7 7 5555555555 0 00000 0 55 4444444444444444444444444444444 0 000000000 0 2222 000 7 77 5 55555555 5 000 77777777 7 0 0 3 0 3333 00 333 777 3 00 33 55555555555 0 0 0 000000 0 555 0 0
consensus : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCGT--G----T-----------A-CC-ATGCT----------------AAA--A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCAT-CA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGAAT--GTGCAAA-T--A-A--G----GTG-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------ATA--GGTACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------A---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAA--AA--CC---G-T--ACAA--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAGGC--ATGCTTTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---TCTACATGTAAA-TTTANGAAAGCTGTCGNATCACTTTCAATGT-TNC-ATAACAACTGTAAAAAGTNTGAGGAATGGT-CGGNAAAACTG----AAGTAG-TTGGTTAT-CACAAA-T-AAGGAAAGCTN-AAAAATGTGTATATATTTTCCCNGATCACTTTCAAAAAGGCACATGCACANCTTCATGCACAGTGTGTCCATGNCAACTGTGCAANGTNTGAGGAATGTCAGG
Reference ( family-655 ) : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCGT--G----T-----------A-CC-ATGCT----------------NAA--A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCAT-CA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGAAT--GTGCAAA-T--A-A--G----GTG-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------ATA--GGTACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------A---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAA--AA--CC---G-T--ACAA--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGCGCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAAGC--ATGCTTNAA-AAATGACAAAGTT----CAA---TCTACATGTAAA-TTTACGNAAG-TGTCGGATCACTTTCAATGT-TNC-ATAACAACTGTAAAAAGTNTGAGGAATGGT-CGGNAAAACTG-GTAAAGTAG-CTGGTTAT-CACAAATT-AAGGAAAGCTN-AAAAATGTGTATATATTTTCCCNGATCACTTTCAAAAAGGCACATGCACANCTTCATGCACAGTGTGTCCATGNCAACTGTGCAANGTNTGAGGAATGTCAGG
gi|1 : AAATCGATT-AAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------A------------CT---TTA--AAATAG--GGT----T-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-ATACATTGATCCAGATGAA-CTAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GAAG--AAA-A-T----TATCTTCAGTG-CTTTAATT-CATAGCA-A--CTAAA-TTGTACA-TGGTG-TGAAAAATA--CATTTA--GTAAAA-GTTGTGAGAAGAG-TTG-ATT--ACAC-AAAGAATTTT------AAGTACTGTGGG----T-----------A-CC-ATGCT----------------TAA--A--------AA-TG-----ACAAA-A---TTC-AGA-TTTACGT---A-------A-----T-------------T----------AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCATGCA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TTTACAAGATCTGCAAATAATTACTGTACA-T--ACC--G----GT------ACTTGAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAGCCTAGGCTTATATA--GGTATGATC-T--A------TTCAAGAT-TG--------------------G---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTA----C--GAAA--AAT--------GTCA-GATCAT--TTCCAAAAA---GACA--CATGCACATCTCCG------A--T--GTG-TCCATA-ACAA--AA--GTAAAG-T--ACAA--AGTT-TGAGGGATATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GA-G-----AA-TTG--ATT-------------A-----------------TTGTCTA-TTCAAAGCATATGTTTTAA-AAATAACTAAGTT----AAAAATTCTACATGTAAATTTTACGAAAGCTGTCGGATCACTTTCAA-----AC-ATAACAACTGTACAAATTTTAAGGAATGGTGTGGGAAGACTACGTCAAGTAGACTGGTGATGCACAAATTCAATAAAAGTTC-AAAAATATGTATATATTTTCCCTGAT-ATTTTCAAAAAGGCATATGCACAACTT------CAGTGTATTCATAACAA-TGTGCAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
gi|10 : -ATAAAA-AT---------------GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AGATA-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT--ATAATG-A--CTAAA-ATGTAAA-TGGTC-CGCAAAATGT-CA---A--GTAGAA-GCTGTGAGATGAG-TTG-GGT--ATGC-AAAC-----T---------TAC--------------------------------------------------A--A--------AA-TG-----ACAAG-G---TTC-AAC-TGGATGT---C-------A-----T-------------TTTTTCGAA--AA---AT---GTCGGATAACTTT----C--AAAAA----------------GCACATTTGT-----CA----TT-----AC----AGC-TGTACAAAGTCTG-AAGG-AT--AT-CAAA-T--A-A--ATGCTGTT-----A---GAGGATTTGTTTTAC-----ATA----A-------ACA--GTTAT-GTG-T--A------TTCAAGACAat
gi|10 : -TT----GT-CATTACA-G--CT------GTACA-AAGTC-TGAAGGATAT-CA---A--ATAAAT-GCTGTTAGAGGAT-TTGTTTT--ACAT-AAA------C------AGTTA-TGT--G----T-----------ATTC-AAGAC----------------AAA--G--------AA-AG-----GC-AA-G---TTC-AACGCACAC-------------A-----T-------------TTCTT--aagaaaggcaagttcaacgcacacatttctttcca
gi|11 : ataaaaatgaagtatttgtggtagagatatatatcttcaatgttttataatgactaaaatgtaaatggtccgcaaaatgtcaagtagaagctgtgagatgagttgggtatgcaaacttacaaaatgacaaggttcaactggatgtcattttttcgaaaaatgtcggataactttcaaaaagcacatAAA--GAC-ACAT------GCACACCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----TAC-TATGCAAGGTCTG-ATGGA-T--GTA-AAA-T--A-AATG----CTGCA---A---TAGGAGTTG-ATCACA-AAAATAG-----------------GTATGGTC-T--A------TTCGAGATATGC---------T---------AAAAAATGA-C---AA------AGT---TCAACGA--CA---GGT-AATTTTTT----TTTGAAA--AAT--------GTTG-GTTCAT--TTTCAAACA---GATA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-AC----AA--CT---G-T--ACAA--AGCT-TGA-GGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGTG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------tcca
gi|12 : TT----A-TCT-A---TCA----AA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ACAAAA-ATA-AAC--------T-GAGGTAT-------TTG-TG---GTAG--CAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGATT-TGTAAAATAT-CA---A--GTAAAA-A---TG------G-TTA-AT---ACAC-AAAA------------------CAT--G----T-----------A-TC-ATGCT----------------GAA--ATTTTTTTTAA----------AAA-G---TTC-AAC-TACATGT---ACATGATAA-----T-------------TTTTT--GA--AG---AAT--GTCCGACTACTTC----C--AAAAA--G---GCA--CA--TGTACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTATATGGTCTG-AAGcacaaagcaggcaccctattacaggga
gi|13 : tcAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----AAA-----------TTTTT--AA--GA---AT---GTCTGATCACTTC----C--AAAAA---------T-C---TCCA-ATT---------AATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGA-T--GT-CAAA-T--A-A--ATGCAATA-----A---GGGGAGTTG-ATTACA-TAAATC------------ATA--C---CGGTCCT--A------ATCAGGACATGC---------TCCCCC----A---------CCCCAAT-----AGCATACTAACTA--CA---TTT-AAATTTTT----G--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TTTCAAAAA---AACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-A
gi|14 : AAACCGATT-CAAGAAT---------AATAAA---------A----------T---------GGTGGGTTG----CT---CTA--AAATAA--GCT----A-TCTTA---TCA----TA---GACAAACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAATAAAAAA-AGA-AAC--------C-AAAGGAT-------TTG-TG---GCAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATGTTT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTA
gi|15 : ttatcagtcatttcaacaatctgaTA-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------A-----GTACTGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------AAAAGATAAAC---AA------AGT---TCAACTA--GAAAATAA-AAA-------------AAA--AAT--------GTTG-AATAAC--TTTCAAAA----GTCA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATC-ACAATTAA--CA---G-T--ACAG--AATT-TGAGGT--ATGT--------CAA-GT-TCAAGGTGTG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------CCtttaatttaaatggatataaaaaacattttttcaaatgaaataagaataatttacgaaacctgacaaaaactgc
gi|16 : TGCAAAAT--A-A--G----G-G-----A---GAG----TG-ATTA----ACATA----A-------ATA--GGTACGGTC-CTAA------TTCAGGACATacccgcccgccattcaccaccacgctgtgcaacccggccaaaaatg
gi|16 : tcaaatttaaCTA--CA---TATTAAAGTTTT----G--GAAACCAATC-------ATCACGATCACCCTTTCAAAAA---GACAACTATGCACATCTTCA------A--T--GTGTTCCATA-ACAA--CA--TG---GAC--ACCACCAGTT-TGAGGAC-GTGT--------CAA-AT-TAttgccctcccctccacccccaccccccaatgagacaatactaatctacatattaaagttttggaaaccaatcatcacgatcaccctttcaaaaagacaactatgcacatcttcaatgtgttccataacaacatggacaccaccagtttgaggacgtgtcaaatta
gi|17 : tcaaatttaatgcaaaataagggagagtgattaacataaataggtacggtcctaattcaggacatttgccctcccctccacccccaccccccaatgagacaatactaatAGGAGTTG-ATTACA-CAAA--------------GTA--GGTACCATC-T--A------TTGAAAGCATGC---------TTAAAATATGA---------C---AA------AGT---TCAGCTA--CA---TGT-CAATTTTC----T--AAAA--AAAAAAAAAAAGCTG-GATCAC--TTTCAAAAA---GGCA--CATG-ACATCTTTA------A--T--A-G-TCCATA-ACA-------------------------TT---AAGGA-ATGT--------CAACGTATAAAAGTGC-----------A-GAGG-----AG-TTGTAGGT-------------A-----------------CC--CTA-TTCAA
gi|18 : AAATCGATT-CAAGAAC---------AT--AA---------A----------TATTCGGGTTG------------CT---TTA--AAATAT--GTT----AAGCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACAC--ATCCAAATGAA-ATAAAA-ATC-AAC--------T-GAAGTAT-------TGG--G---GT-----------------TTTTTAATG-TT------------CA-A--CTGAA-ATGTACA-TGATT-TGAAAAATGT-GA---A--GTAAAT-GCTGAGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-ACAG-----T------AGcctcagtgcaaccccgccaataat
gi|19 : ccatttattaatccttaatattcaacattgacaaCACATCT-T-----CAATGTATCCATAAC----AACAGGTACAAAGTTTG-A----------GC--A-T-------T----GTT-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-CAAAT--------------TA--GGTAC--CC-T--A------T
gi|2 : ttttcaacaaataacaaaattagtttcctaatttAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AATAGCCTGGTT---------G------------CT---TTA--AAATAT--GCT----A-TCC-A---CCA----TA---TA--GACAACA-GTACATGGTTCCAGATGAA-ATAAAA-TTA-AAC--------C-AAAGTATAG-----TTA-TG---GCTG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAAC------TAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAT-GCTGTGAAAAGAG-TTC-GTT--ACAA-AAAG-----T------AG---------G----T-----------A-CC-ATGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAA--A--------AA-TG-----GCAAT-G---TTA-AAC-TACGTGT---A-------A-----A-------------TTTTTCGAA--GA---AC---GCCCGATCATTTC----CA-AAAAA--GAC-GCA---A---GCATATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----ATT-TGCACAAAGTTTG-AA-GCAT--ATG-AAA-T--A-A-------ATG--------------------CTGCA-AGA--GA---A-------ATA--AGTATGGTC-C--A------TTCAAGACATGC---------TA--------A---------C---A---------------AACTA--CA---TGT-ACATTTTT----C--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TCTCAATAG---GACA--CNNNNNNNNNNNNN------N--N--NNN-NNNNNN-NNNN--NN--NN---N-N--NNNN--NNNN-NNNNNNN-NNNN--------NNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNGCTATA-GAGGTGTGAAG-TTG--ATTACACAAAATAGGTA-----------------TCGTCTATTTCAAGAC--ATGCTTTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---cacggggatgcccctccctcaactgcccgccacccaccatactataagcaggacacgcgttgtacaacccggca
gi|20 : acaaatgaaataaaaaataaaatagcataaagttatctgcataagAAATCAATT-CAAGAAT---------AG--AA---------ATGGCTGGAT-T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TTT-ct
gi|20 : atataaaatccaa--AAA-A-T-A--TGTT----ATT-TT----TT-CTTAACA-A--CTAAA-ATGTACA-AGTTT-TGAAAAATTT-CA---A--GTACAA-GTTGTGAAAAGAG-TTG-GTT--GTAC-AAAG-----T------AGGTG-CAT--G----T-----------A-CC-ATGTT----------------AAA--A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTC-Atttcttaacaactaaaatgtacaagttttgaaaaatttcaagtacaagttgtgaaaagagttggttgtacaaagtaggtgcatgtaccatgttaaaaaatgacaaagttca
gi|21 : atataaaatccaaaaatcaattcaagaatagaaatggctggattgctttAAATCGATT-CAAGAACTGTTTTTACAG--AA---------A----------TCCGGATT--G------------CT---TTATAAAATAT--GTTTTAAA-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-GTATATTGATCCAGGTAAA-A
gi|22 : tatttgaaaaaaaaataaaaaataataaaatcatcaattacacgcttaattcaaggctttaaaaacaaaaAAATCGATT-CAAAAAC---------AA--AA---------A----------T---------G-----------------------ACTGG--GTG----A-TCT-G---TCA----CA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATT-AAG--------T-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-TCAATTATGTATAATG-CT----T----TAAGA-AGTCTAAAGATG
gi|23 : ctgattctgtcgtatgaagtaatgaaaaC--TTTCAAAAAAGGGGC---CATGCACTTCTTCA------AGTT--GTG-ACCATA--CA-------CC---G-TGTACAA--AGTCATGACGGA-ATGTCACATGCACAA-GT-TAAAGGAGTG----------AGGAGG-----AG-TTG--ATT-------------
gi|24 : cctA----TA---GA--GACAACA-GAACATGGATACAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TTA-TG---GTAG--AGA-A-C-A--TATCTTCAATG-TT----TT-TATAATA-A--CTGAA-ATCTAAA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAG-GCTGCGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTtacacaaagtaggataccctattcaacctcagtgccaaacccatccaatat
gi|25 : A-ATAAAA-GTA-AAC--------T-TATGTAT-------TAG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT--------------------------GTACA-TGGTC-TGATAAATGT-TA---A--GTAAAA-GTTGTTTGAAGAG-TTG-GTT--ATAC-g
gi|27 : catatataaccaaaggggtat---GGGGAATTG-ATTACA-AAAATAG---GT------GCA--TGTACCGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------TTAAAAATT-AT--------C---AA------ATT---TCAACTA--CA---TGT-GATTTTTA----C--AAAA--AAT--------GTCT-AATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CAAAC------TCA------A--T--GTG-TACATA-ACAA--catgcttaaactttttttgaagaatgtctggtca
gi|28 : CAAAAAAT-T---------T---------A---------C---AA------AAT---TCACCTATACA---TGT-AATTTTTTTCCCC---------ATTTTA----GTCA-GATCAC--TT-------------G--TATGCA-ATCTCCA------A--TATGTG-TCCA-A-AAAC--AA--CC---G-T--ACAC--AGTT-T-AAGGA-ATAT--------CAA-GT-TAGCAGCATG----------A--AGT-----AG-TCG--Act
gi|29 : AAATTGATT-CAAAAGC---------AG--AA---------A----------T---------GG-----------CTGGGTTG--CTCTAT--CAT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--AACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAA-
gi|3 : tgtaacatatattgattaacttttgtgatagtgaaataAAATCAATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------GGCCGGGCTCATGCT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-T---TCAGTAGTA---AA--GACAGCA-GTACATGGATTCAGATGTA-ATAAAA-ATA-AAT--------G-CACATAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TACCTTCAATG-TT----TT-CATAAC---------------ACATTGGTC-TGAAAAATATCCA---A--GTAGAA-GGAGTGAGAAAAG-TTG-GTTAAATAC-AAAG-----T------AAGAACCAT--GTTATT-----------A-AT-ATAA-----------------AAA--A--------AA-TG-----ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGTGTAA-------A-----T-------------TTTTTC-AA--GA---AT---GCCCAATCACCTT----C--AAAA----TC-ACA--CA--TGCACACCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTGCGAAGTCTG-AAGG-AT--GT-CAAA-TA-A-A--G----GTGCTGTTA---AAGGAGTTG-ATTAT--AAAAT--------------TA--GGTATGGTC-T--C------TTCAtt
gi|3 : TTAT--AA--AATTAG----GTATGGTCTCTTCATATC--AAAAAATGTC-AGAT-CACATAGACATCT-T-----CAATGTGTCCATAACAATTAAC-TGTACtatcaaaaaatgtcagatcacatagacatcttcaatgtgtccataacaattaactgtaccaa
gi|3 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgaT----C--AAAA--AAT--------GTCA-GAT-------------------CA--CATAGACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAATTAA--CT---G-T--ACCA--Acaa
gi|30 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgattataaaattaggtatggtctcttcataTGCACATCTTCA------A--TTCATG-TCACTG-ATTA--GAGGCT---G-T--A-----AGTT-TT-GGGA-ATGT--------CAA-AT-TAGAGGTATG----------A-G-GG-----AGTTTG--ATT-------------
gi|31 : atgttagtattcacggccaataacCAGATGAT-ATAAAA-GTA-AGC--------C-AAAGTAC-------ATG-TATTTGTAG--AAA-A-T-A--TATCTTTAATG-TT----TT-CATA-----------------ACA-TGGTC-T-AAAAATAT-CC---A------------------------TG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCAT--G----ccaaatagta
gi|32 : AA--A--------AG-TG-----ACAAAAG---TTCGAACGTACATGT---A-------AAAA--T-------------TTTTT--AA--GA---T----GTCTTATCACTTT----CTCAAAAA--TAC-TC---CA---GCATA----------AAATGCTTC-ATAAC----AGC-TGTACAA-GTCTG-Ac
gi|33 : ----------T---------G------------CT---TTA--GAATAT--GTC----G-CCT-A---TCA----TA---CA--GATGGCA-GTACATGT-TGCAGATGAG-G-AAAA---A-AAC--------CTGAAGTTT-------TAG-TG---GCAA--AGA-ATT-A--TAT
gi|34 : cagaaatggcgggtGTCTG-AAGGA-----TGTAAA-T---------------------------GAGTTT-ATTACA-ATAATAG---A--------------TACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------TAAAAATG--A---------C---AG------AGT---TCAATTA--CA---TGT-AAAT
gi|35 : tGGAGTTG-ATCACACAAAATAC---A-------ATATAGGTATCGTC-T--A------TTCAAAACATGCTTAAATAATT---------A---------C---AA------ACT---TCAACT---CC---TTT--AATTTTT----ga
gi|36 : ATCTTCAGTG-TT----TTTCATA--------------TTTACA-AG----TGAAAAATAT-CA---A--GTAAAAAGCTGTGAGAAGCC-TTG-GTT----AC-AAAG-----T------A
gi|37 : AAAGTTTG-AGGAAAC---TG-AAG-TTTG-A--G----GCGGG---A---GAGGGGTTG-ATTACA-CAAAT--------------TA--GGTACCGTC-T--A------TTAAAGACATGtag
gi|38 : A-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TGG-TG---GAAG--AGA-A-T-A--TATCTTTAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAA
gi|38 : ATATCT-T-----TAATGTTTTCATAACAACTAAC-TGTAGAAGGctgtagaaggagttgta
gi|39 : aataaactgaaatattggtggaagagaatAAATTGATT-CAAGAGC---------AG--AAATGGCAGGGA----------T---------G------------CT---TTA--AAACAT--CTT----agttgta
gi|4 : tattcaatatcatagaGATTCAGATGA---CTGAA-ATA-AA-------------AATAT-------TTA-TG---GTAGGGAAT-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-TATAACA-A--CTAAA-ATGTATA-TGGTC-TGAAAAA--------------------CT----GAGGAG-TTT-GTT--ACTC-AAAG-----T------AGGAACca
gi|4 : TTCAATGT-TTTTATAACAACT--AAAATGTAT-----ATGGT-CTGAAAAACTG-----AGGAG-TTTGTTA--CTCAAAGT-A-GGAA--CTATAGAAATGTGT-----------CGGATCACTTTCAAAAAAGCACATGCACATCTTCATGCACAATGTGTCCATGTT--CTGTACAACGTTTGAGGAATGTCAAGtatagaaatgtgtcggatcactttcaaaaaagcacatgcacatcttcatgcacaatgtgtccatgttctgtacaacgtttgaggaatgtcaagtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|4 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatc--GAAA--TGT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---AGCA--CATGCACATCTTCATGCACAA--T--GTG-TCCATG-TT--------CT---G-T--ACAA--CGTT-TGAGG-A-ATGT--------CAA-GT-GAAAGGTTCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------ACACAAAATAGCAGGTTCTTGTTTA-TTCAAAGC--A------AA-AAATGACAAAGTTAATTCAACTATCTACATGTAA---TTAGG--------CGCATC---TTCAATGTGTCC-ATAACCACTGTAACAAGTGTGAGGACTGCC-CGGTAAAAGTG-TGAAAGTAG-TTGGTTAT--ACAAA-T-AAGGAAAACTG-AAAAtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|40 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatcttcaatgtttttataacaactaaaatgtatatggtctgaaaaactgaggagtttgttactcaaagtaggaactataAAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AT---------T---------G------------CT---tagaggtttgaagcataatat
gi|41 : agccatgaaattgggcaaGTCTA-TTCAAGAC--TTACTAAAACAAATGACAAAGTT----CAA---T-GGCATGTAAA-Tgggttgcttta
gi|42 : gTGTGTAAGGAG-TTG-ATT--TCAC-AAAG-----T------AGGCGCC
gi|44 : gttaaata-TGTACAAAGTCTG-AAGG-AT--GT-CAAA-T--A-A--cttttacaggg
gi|5 : TGTGAGAGGA--TTA-ATC--ACAC-AAAG-----T------AGTTTCCAT--A----TCATCTATTGAAA-GC-ACGCT----------------TAA--A--------AAATA-----GGAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---AAAT----A-----T-------------TTCGT--AA--AA---T----ATCGGATCACTTT----C--AAA-----ACAGCA--CA--TGCACACCT-T-----CAATGTGCTCAT-AC----AAC-GGTACAAAAATTG-AA-CATT--AT-CAAC-TTAA-A--GGT--GTG-----A---GAAGAGTTG-ATTACA-GAA-------A-------GTA--GATACCGTC-T--A------TTGAATGCATG--------------------A---------C---AA------CGT---TCATTT--------TTT----TTTCT----C--GAAA--AAT--------ACAA-GATCAA--TTCCAAAAA---GACA--C--GCACATTTTCA------A--T--GTA-TCCATA-AC----AA--TC---G-T--ACAC--AGTT-TGAAGGatgc
gi|5 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgagggg-A--CATTTTCAATG-TA----TC-CATAACA-A--TC------GTACA-CAGTT-TGAAG---------------------GGTGTGAGA--TG-TTG-ATT--ACAC-GAAG-----T------CGGTACCgtgtgagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|6 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgaggggtgtgagaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaaaaaataggaaagttcaactacatgtaaatatttcgtaaaatatcggatcactttcaaaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcAAATCGATT-CAATAAC---------AG--AA---------TGGCTGGGT--T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ATAAAG-ATA-AAC--------T-G-------------TTA-CA---GTAG---TC-A-T----TGTCTTCAATG-TT----TT-TATAACA-A--CTACA-ATGTACA-AGGTC-CGACAAATGT--A---A--GTAAAG-TCCGTGAGAAGA--T----------------------T------AGGCACC-----------------------CC--TGCT----------------TAA--A--------AA-TG-----ACAAACG---TTC-AAC-TACATGT---A-------AACG--TAATAATTATTTTGTTTTT--GA--AG---ACT--GTCCGATCACTTC----G--ATAAC--GAT-AC-T-----TGTACATCT-TCTGAGCAATGCTTCccattca
gi|7 : tgacaaaaaataaaaataattgagttaatgtttagaacatataatatatga-TACATGT---A-------AA----G-------------TTTTC--AA--AG---AAT--GTCCGATCATTTC----C--AATAA--GAC-ACAT------GCACATCT-T-----CAATGGTTTCATAAC----AGT-TGTACAAGGTCTG-AAGGA-T--GT-CAAA-T--A-A--ATGCTGTA-----A---GAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAG---C-------TC-----TATGGTT-T--ACTAGTATTCAAGACATGC---------TCAA------A---------T---AATGGCCAAGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----T--GAAA--AAA--------GTCG-GACCAC--TTTCAAAAT---GGTA--TATGCACATCTTCA------A--T--TTG-TCCATATATAAC-AA--CT---A-T--ACAA--AGTT-T-AAGGA-ATGT--------CAA-GT-TAAAGGAGTG----------A-GAGG-----AG-TTA--ATT-------------A-----------------
gi|8 : AATCGATTCCAAGGAC---------AA--GA---------A----------T---------G------------CTC--TTAC-AAACATAAGTTA---A-TCT-AGATTCA----TACATGA--GACAGCGCGTACTTGGA-CCACAGGGA-ATAAAACATAGAACTTTGACAGT-AAAGTACATGTGTATTGTTG---GTAG--GAA-A-T------TCGTC--------------CATACCAGA--CT-AA-ATGTGTA-TGGTCTTGAAAAGTAT-CA---AACGT-AAA-GCTGTGAAAAGAGTTTC-GTT--ACACAAAAG-----TGTCAAGAGATGCTAT--A----TTCAAG------A-CCTGTGC----------------------A--------AA-TGAAGGAACAGA-GAGTTTT-AACTTTCATGT---A-------AGTAATT-------------CTCTC--GA--CA---ATCATGTTTGATCACTTA----C--AAAAA--cacaaagtaggtatctt
gi|9 : atG--AA---------T----------T---------G------------CT---TTA--AAATAA--GTT----A-TTT-T---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATTATTTCAGATGAA-ATAAAA-CTG-TAA--------C-GATGTTT-------TTG-TG---GTAA--AAA-A-T-A--TATCCTTATTG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-CTGTACA-TGGTC-TGAAAAATAT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGGAATGTT-TTG-ATT--ACAT-AAAA-----T------AGGTA-CG-------------------------ATGCT----------------AAAATA--------AA-TG-----AC--A-G---TTA-AAA-TACATGC---A-------A-----T-------------TTTTTTCAAGGAA---T----GTCGGGTCACTTT----C--AAAGG--GAC-A----CA--TGCACATTT-T-----TAATGCTTCTATAAC-----------ACAAGGTCTG-a
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TGTATCCCTGCGTGTCCTCGACAAATTCCTACCATGTTCCAATTAAGAATATGACAGTCCACACCTTTCTTGATATGTGATACTTGACTGGATTAGGTACCCTGTTCAATAAAAAAAACCAAACCAAATAGGTTACATATTGAAGTGA
Unaligned ( gi|43 ): CTTACTTTTTAGTACAACATATTTTTTTTAAAGAATCG
Alignments
lowQualScore : 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444444444444 1111 77777777777777777777777777777777777777 4444444444444444444 88888888888888888888888888888 111111 1111111 22222222 33333333333333 11111111 1111111111 5555555555555555555555555555555 22222222222 3333333333333 1111 33333333333 4444444444 22222 22222222 44444444 1 2222 66666666666666666666666 111 55555555555555555 22 444444 222
lowQualScore : 3 222222222 33 8888888888888888888888888888888888888888888 777 66 33 8888 2 2 555 6666 555 33 2 2 2 2 2222222222 0000000 2 444 33 2 2 5555 2 4444 2 0 22 22 55555 2 2 1 2 444 33 33 0 2 22 2 22 2 666666666666 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 22222222 3 6 555 3 9 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 6666 77 7777777777777777 2 66666 2222 2 0 2 0 11111111111111111111111111111111111111 2 33 1111111111111111111 5 2 33 777777 33333333333333333333333333333 555 222222 555 44 555 44 1111111 44 00000000 33 33 5555 0 33 777777 33 66 2 2 00000000000000 2 33 555 3 777 3 22222222 3 3 0 0 2 5555555555 3 99999 3 55 1111111111111111111111111111111 1 6 33333333333 8 1 2222222222222 3 9999 1 88888888888 1 0000000000 3 22222 9 2 3 3 1 6 55555555 1 0 33333333 9 0 5555 2 88888888888888888888888 33 444 44444444444444444 1 00 777777 111111 0 11 111 0 1 1
lowQualScore : . ......... .. ........................................... ... .. .. .... . . ... .... ... .. . . . . .......... ....... . ... .. . . .... . .... . . .. .. ..... . . . . ... .. .. . . .. . .. . ............ . ................................................... .. ........ . . ... . . .................................................... . .... .. ................ . ..... .... . . . . ...................................... . .. ................... . . .. ...... ............................. ... ...... ... .. ... .. ....... .. ........ .. .. .... . .. ...... .. .. . . .............. . .. ... . ... . ........ . . . . . .......... . ..... . .. ............................... . . ........... . . ............. . .... . ........... . .......... . ..... . . . . . . ........ . . ........ . . .... . ....................... .. ... ................. . .. ...... ...... . .. ... . . .
lowQualScore : 1 333333333 99 2222222222222222222222222222222222222222222 333 88 99 3333 9 9 444 1111 000 99 9 2 4 4 8888888888 9999999 4 111 11 2 2 0000 0 2222 0 2 22 88 99999 4 4 9 4 111 22 99 2 0 66 1 99 1 555555555555 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 11111111 3 2 444 1 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 5555 33 3333333333333333 7 77777 1111 7 8 7 8 66666666666666666666666666666666666666 5 66 1111111111111111111 6 5 44 222222 11111111111111111111111111111 888 999999 888 22 444 66 0000000 22 88888888 66 99 9999 6 99 222222 44 99 5 5 55555555555555 9 99 444 1 111 3 11111111 3 3 5 2 0 9999999999 6 11111 6 00 0000000000000000000000000000000 0 7 22222222222 0 0 8888888888888 2 5555 0 00000000000 0 1111111111 2 00000 2 5 0 5 0 5 22222222 0 2 88888888 2 0 8888 5 00000000000000000000000 55 222 33333333333333333 0 00 000000 333333 7 77 000 7 0 0
consensus : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCGT--G----T-----------A-CC-ATGCT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCAT-CA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGAAT--GTGCAAA-T--A-A--G----GTG-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------ATA--GGTACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------A---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAA---AA--CC---G-T--ACAA--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAAGC--ATG--CTNTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---TCTACATGTAAA-TTTANGAAAGC---TG-CGCATC--TTT-----CAATGTGTCC-ATAACAACTGTANAANGTNTGAGGAATGGT-CG---GAAAGACT-GCG--A-AGTAG-TTGGTTA-T-CACAAA-T--A--AGG-------------AAAGCTA-AAAAATGTGTACA-A-TT--TTC-CCGATC-ACTTTCAAAAAGGCGCATGCACA-CTTCA----CAATGTGTCCATAAC-ACTGTACAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
Reference ( family-655 ) : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCGT--G----T-----------A-CC-ATGCT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCAT-CA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGAAT--GTGCAAA-T--A-A--G----GTG-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------ATA--GGTACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------A---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAA---AA--CC---G-T--ACAA--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAGGC--ATG--CTTTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---TCTACATGTAAA-TTTANGAAAGC---TGTCGNATCACTTT-----CAATGT-TNC-ATAACAACTGTAAAAAGTNTGAGGAATGGT-CG---GNAAAACT-G----A-AGTAG-TTGGTTA-T-CACAAA-T--A--AGG-------------AAAGCTN-AAAAATGTGTATATA-TT--TTCCCNGATC-ACTTTCAAAAAGGCACATGCACANCTTCATGCACAGTGTGTCCATGNCAACTGTGCAANGTNTGAGGAATGTCAGG
gi|1 : AAATCGATT-AAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------A------------CT---TTA--AAATAG--GGT----T-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-ATACATTGATCCAGATGAA-CTAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GAAG--AAA-A-T----TATCTTCAGTG-CTTTAATT-CATAGCA-A--CTAAA-TTGTACA-TGGTG-TGAAAAATA--CATTTA--GTAAAA-GTTGTGAGAAGAG-TTG-ATT--ACAC-AAAGAATTTT------AAGTACTGTGGG----T-----------A-CC-ATGCT-T----------------AA--A--------AATG-ACAAA-A---TTC-AGA-TTTACGT---A-------A-----T-------------T----------AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCATGCA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TTTACAAGATCTGCAAATAATTACTGTACA-T--ACC--G----GT------ACTTGAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAGCCTAGGCTTATATA--GGTATGATC-T--A------TTCAAGAT-TG--------------------G---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTA----C--GAAA--AAT--------GTCA-GATCAT--TTCCAAAAA---GACA--CATGCACATCTCCG------A--T--GTG-TCCATA-ACAA---AA--GTAAAG-T--ACAA--AGTT-TGAGGGATATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GA-G-----AA-TTG--ATT-------------A-----------------TTGTCTA-TTCAAAGCATATG--TTTTAA-AAATAACTAAGTT----AAAAATTCTACATGTAAATTTTACGAAAGC---TGTCGGATCACTTT-----CAA-----AC-ATAACAACTGTACAAATTTTAAGGAATGGTGTG---GGAAGACT-ACGTCA-AGTAGACTGGTGA-TGCACAAA-TTCA--ATA-------------AAAGTTC-AAAAATATGTATATA-TT--TTCCCTGAT--ATTTTCAAAAAGGCATATGCACAACTT------CAGTGTATTCATAACAA-TGTGCAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
gi|10 : -ATAAAA-AT---------------GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AGATA-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT--ATAATG-A--CTAAA-ATGTAAA-TGGTC-CGCAAAATGT-CA---A--GTAGAA-GCTGTGAGATGAG-TTG-GGT--ATGC-AAAC-----T---------TAC---------------------------------------------------A--A--------AATG-ACAAG-G---TTC-AAC-TGGATGT---C-------A-----T-------------TTTTTCGAA--AA---AT---GTCGGATAACTTT----C--AAAAA----------------GCACATTTGT-----CA----TT-----AC----AGC-TGTACAAAGTCTG-AAGG-AT--AT-CAAA-T--A-A--ATGCTGTT-----A---GAGGATTTGTTTTAC-----ATA----A-------ACA--GTTAT-GTG-T--A------TTCAAGACAat
gi|10 : -TT----GT-CATTACA-G--CT------GTACA-AAGTC-TGAAGGATAT-CA---A--ATAAAT-GCTGTTAGAGGAT-TTGTTTT--ACAT-AAA------C------AGTTA-TGT--G----T-----------ATTC-AAGAC-A----------------AA--G--------AAAG-GC-AA-G---TTC-AACGCACAC-------------A-----T-------------TTCTT--aagaaaggcaagttcaacgcacacatttctttcca
gi|11 : ataaaaatgaagtatttgtggtagagatatatatcttcaatgttttataatgactaaaatgtaaatggtccgcaaaatgtcaagtagaagctgtgagatgagttgggtatgcaaacttacaaaatgacaaggttcaactggatgtcattttttcgaaaaatgtcggataactttcaaaaagcacatAAA--GAC-ACAT------GCACACCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----TAC-TATGCAAGGTCTG-ATGGA-T--GTA-AAA-T--A-AATG----CTGCA---A---TAGGAGTTG-ATCACA-AAAATAG-----------------GTATGGTC-T--A------TTCGAGATATGC---------T---------AAAAAATGA-C---AA------AGT---TCAACGA--CA---GGT-AATTTTTT----TTTGAAA--AAT--------GTTG-GTTCAT--TTTCAAACA---GATA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-AC-----AA--CT---G-T--ACAA--AGCT-TGA-GGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGTG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------tcca
gi|12 : TT----A-TCT-A---TCA----AA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ACAAAA-ATA-AAC--------T-GAGGTAT-------TTG-TG---GTAG--CAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGATT-TGTAAAATAT-CA---A--GTAAAA-A---TG------G-TTA-AT---ACAC-AAAA------------------CAT--G----T-----------A-TC-ATGCT-G----------------AA--ATTTTTTTTAA-----AAA-G---TTC-AAC-TACATGT---ACATGATAA-----T-------------TTTTT--GA--AG---AAT--GTCCGACTACTTC----C--AAAAA--G---GCA--CA--TGTACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTATATGGTCTG-AAGcacaaagcaggcaccctattacaggga
gi|13 : tcAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----AAA-----------TTTTT--AA--GA---AT---GTCTGATCACTTC----C--AAAAA---------T-C---TCCA-ATT---------AATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGA-T--GT-CAAA-T--A-A--ATGCAATA-----A---GGGGAGTTG-ATTACA-TAAATC------------ATA--C---CGGTCCT--A------ATCAGGACATGC---------TCCCCC----A---------CCCCAAT-----AGCATACTAACTA--CA---TTT-AAATTTTT----G--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TTTCAAAAA---AACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-A
gi|14 : AAACCGATT-CAAGAAT---------AATAAA---------A----------T---------GGTGGGTTG----CT---CTA--AAATAA--GCT----A-TCTTA---TCA----TA---GACAAACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAATAAAAAA-AGA-AAC--------C-AAAGGAT-------TTG-TG---GCAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATGTTT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTA
gi|15 : ttatcagtcatttcaacaatctgaTA-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------A-----GTACTGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------AAAAGATAAAC---AA------AGT---TCAACTA--GAAAATAA-AAA-------------AAA--AAT--------GTTG-AATAAC--TTTCAAAA----GTCA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATC-ACAATT-AA--CA---G-T--ACAG--AATT-TGAGGT--ATGT--------CAA-GT-TCAAGGTGTG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------CCtttaatttaaatggatataaaaaacattttttcaaatgaaataagaataatttacgaaacctgacaaaaactgc
gi|16 : TGCAAAAT--A-A--G----G-G-----A---GAG----TG-ATTA----ACATA----A-------ATA--GGTACGGTC-CTAA------TTCAGGACATacccgcccgccattcaccaccacgctgtgcaacccggccaaaaatg
gi|16 : tcaaatttaaCTA--CA---TATTAAAGTTTT----G--GAAACCAATC-------ATCACGATCACCCTTTCAAAAA---GACAACTATGCACATCTTCA------A--T--GTGTTCCATA-ACAA---CA--TG---GAC--ACCACCAGTT-TGAGGAC-GTGT--------CAA-AT-TAttgccctcccctccacccccaccccccaatgagacaatactaatctacatattaaagttttggaaaccaatcatcacgatcaccctttcaaaaagacaactatgcacatcttcaatgtgttccataacaacatggacaccaccagtttgaggacgtgtcaaatta
gi|17 : tcaaatttaatgcaaaataagggagagtgattaacataaataggtacggtcctaattcaggacatttgccctcccctccacccccaccccccaatgagacaatactaatAGGAGTTG-ATTACA-CAAA--------------GTA--GGTACCATC-T--A------TTGAAAGCATGC---------TTAAAATATGA---------C---AA------AGT---TCAGCTA--CA---TGT-CAATTTTC----T--AAAA--AAAAAAAAAAAGCTG-GATCAC--TTTCAAAAA---GGCA--CATG-ACATCTTTA------A--T--A-G-TCCATA-ACA--------------------------TT---AAGGA-ATGT--------CAACGTATAAAAGTGC-----------A-GAGG-----AG-TTGTAGGT-------------A-----------------CC--CTA-TTCAA
gi|18 : AAATCGATT-CAAGAAC---------AT--AA---------A----------TATTCGGGTTG------------CT---TTA--AAATAT--GTT----AAGCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACAC--ATCCAAATGAA-ATAAAA-ATC-AAC--------T-GAAGTAT-------TGG--G---GT-----------------TTTTTAATG-TT------------CA-A--CTGAA-ATGTACA-TGATT-TGAAAAATGT-GA---A--GTAAAT-GCTGAGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-ACAG-----T------AGcctcagtgcaaccccgccaataat
gi|19 : ccatttattaatccttaatattcaacattgacaaCACATCT-T-----CAATGTATCCATAAC----AACAGGTACAAAGTTTG-A----------GC--A-T-------T----GTT-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-CAAAT--------------TA--GGTAC--CC-T--A------T
gi|2 : ttttcaacaaataacaaaattagtttcctaatttAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AATAGCCTGGTT---------G------------CT---TTA--AAATAT--GCT----A-TCC-A---CCA----TA---TA--GACAACA-GTACATGGTTCCAGATGAA-ATAAAA-TTA-AAC--------C-AAAGTATAG-----TTA-TG---GCTG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAAC------TAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAT-GCTGTGAAAAGAG-TTC-GTT--ACAA-AAAG-----T------AG---------G----T-----------A-CC-ATGCT-AAAAAAAAAAAAAAAAAAA--A--------AATG-GCAAT-G---TTA-AAC-TACGTGT---A-------A-----A-------------TTTTTCGAA--GA---AC---GCCCGATCATTTC----CA-AAAAA--GAC-GCA---A---GCATATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----ATT-TGCACAAAGTTTG-AA-GCAT--ATG-AAA-T--A-A-------ATG--------------------CTGCA-AGA--GA---A-------ATA--AGTATGGTC-C--A------TTCAAGACATGC---------TA--------A---------C---A---------------AACTA--CA---TGT-ACATTTTT----C--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TCTCAATAG---GACA--CNNNNNNNNNNNNN------N--N--NNN-NNNNNN-NNNN---NN--NN---N-N--NNNN--NNNN-NNNNNNN-NNNN--------NNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNGCTATA-GAGGTGTGAAG-TTG--ATTACACAAAATAGGTA-----------------TCGTCTATTTCAAGAC--ATG--CTTTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---cacggggatgcccctccctcaactgcccgccacccaccatactataagcaggacacgcgttgtacaacccggca
gi|20 : acaaatgaaataaaaaataaaatagcataaagttatctgcataagAAATCAATT-CAAGAAT---------AG--AA---------ATGGCTGGAT-T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TTT-ct
gi|20 : atataaaatccaa--AAA-A-T-A--TGTT----ATT-TT----TT-CTTAACA-A--CTAAA-ATGTACA-AGTTT-TGAAAAATTT-CA---A--GTACAA-GTTGTGAAAAGAG-TTG-GTT--GTAC-AAAG-----T------AGGTG-CAT--G----T-----------A-CC-ATGTT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-Atttcttaacaactaaaatgtacaagttttgaaaaatttcaagtacaagttgtgaaaagagttggttgtacaaagtaggtgcatgtaccatgttaaaaaatgacaaagttca
gi|21 : atataaaatccaaaaatcaattcaagaatagaaatggctggattgctttAAATCGATT-CAAGAACTGTTTTTACAG--AA---------A----------TCCGGATT--G------------CT---TTATAAAATAT--GTTTTAAA-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-GTATATTGATCCAGGTAAA-A
gi|22 : tatttgaaaaaaaaataaaaaataataaaatcatcaattacacgcttaattcaaggctttaaaaacaaaaAAATCGATT-CAAAAAC---------AA--AA---------A----------T---------G-----------------------ACTGG--GTG----A-TCT-G---TCA----CA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATT-AAG--------T-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-TCAATTATGTATAATG-CT----T----TAAGA-AGTCTAAAGATG
gi|23 : ctgattctgtcgtatgaagtaatgaaaaC--TTTCAAAAAAGGGGC---CATGCACTTCTTCA------AGTT--GTG-ACCATA--CA--------CC---G-TGTACAA--AGTCATGACGGA-ATGTCACATGCACAA-GT-TAAAGGAGTG----------AGGAGG-----AG-TTG--ATT-------------
gi|24 : cctA----TA---GA--GACAACA-GAACATGGATACAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TTA-TG---GTAG--AGA-A-C-A--TATCTTCAATG-TT----TT-TATAATA-A--CTGAA-ATCTAAA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAG-GCTGCGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTtacacaaagtaggataccctattcaacctcagtgccaaacccatccaatat
gi|25 : A-ATAAAA-GTA-AAC--------T-TATGTAT-------TAG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT--------------------------GTACA-TGGTC-TGATAAATGT-TA---A--GTAAAA-GTTGTTTGAAGAG-TTG-GTT--ATAC-g
gi|27 : catatataaccaaaggggtat---GGGGAATTG-ATTACA-AAAATAG---GT------GCA--TGTACCGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------TTAAAAATT-AT--------C---AA------ATT---TCAACTA--CA---TGT-GATTTTTA----C--AAAA--AAT--------GTCT-AATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CAAAC------TCA------A--T--GTG-TACATA-ACAA---catgcttaaactttttttgaagaatgtctggtca
gi|28 : CAAAAAAT-T---------T---------A---------C---AA------AAT---TCACCTATACA---TGT-AATTTTTTTCCCC---------ATTTTA----GTCA-GATCAC--TT-------------G--TATGCA-ATCTCCA------A--TATGTG-TCCA-A-AAAC---AA--CC---G-T--ACAC--AGTT-T-AAGGA-ATAT--------CAA-GT-TAGCAGCATG----------A--AGT-----AG-TCG--Act
gi|29 : AAATTGATT-CAAAAGC---------AG--AA---------A----------T---------GG-----------CTGGGTTG--CTCTAT--CAT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--AACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAA-
gi|3 : tgtaacatatattgattaacttttgtgatagtgaaataAAATCAATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------GGCCGGGCTCATGCT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-T---TCAGTAGTA---AA--GACAGCA-GTACATGGATTCAGATGTA-ATAAAA-ATA-AAT--------G-CACATAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TACCTTCAATG-TT----TT-CATAAC---------------ACATTGGTC-TGAAAAATATCCA---A--GTAGAA-GGAGTGAGAAAAG-TTG-GTTAAATAC-AAAG-----T------AAGAACCAT--GTTATT-----------A-AT-ATAA--A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGTGTAA-------A-----T-------------TTTTTC-AA--GA---AT---GCCCAATCACCTT----C--AAAA----TC-ACA--CA--TGCACACCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTGCGAAGTCTG-AAGG-AT--GT-CAAA-TA-A-A--G----GTGCTGTTA---AAGGAGTTG-ATTAT--AAAAT--------------TA--GGTATGGTC-T--C------TTCAtt
gi|3 : TTAT--AA--AATTAG----GTATGGTCTCTTCATATC--AAAAAATGTC-AGAT-CACATAGACATCT-T-----CAATGTGTCCATAACAATTAAC-TGTACtatcaaaaaatgtcagatcacatagacatcttcaatgtgtccataacaattaactgtaccaa
gi|3 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgaT----C--AAAA--AAT--------GTCA-GAT-------------------CA--CATAGACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAATT-AA--CT---G-T--ACCA--Acaa
gi|30 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgattataaaattaggtatggtctcttcataTGCACATCTTCA------A--TTCATG-TCACTG-ATTA---GAGGCT---G-T--A-----AGTT-TT-GGGA-ATGT--------CAA-AT-TAGAGGTATG----------A-G-GG-----AGTTTG--ATT-------------
gi|31 : atgttagtattcacggccaataacCAGATGAT-ATAAAA-GTA-AGC--------C-AAAGTAC-------ATG-TATTTGTAG--AAA-A-T-A--TATCTTTAATG-TT----TT-CATA-----------------ACA-TGGTC-T-AAAAATAT-CC---A------------------------TG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCAT--G----ccaaatagta
gi|32 : ----------------AA--A--------AGTG-ACAAAAG---TTCGAACGTACATGT---A-------AAAA--T-------------TTTTT--AA--GA---T----GTCTTATCACTTT----CTCAAAAA--TAC-TC---CA---GCATA----------AAATGCTTC-ATAAC----AGC-TGTACAA-GTCTG-Ac
gi|33 : ----------T---------G------------CT---TTA--GAATAT--GTC----G-CCT-A---TCA----TA---CA--GATGGCA-GTACATGT-TGCAGATGAG-G-AAAA---A-AAC--------CTGAAGTTT-------TAG-TG---GCAA--AGA-ATT-A--TAT
gi|34 : cagaaatggcgggtGTCTG-AAGGA-----TGTAAA-T---------------------------GAGTTT-ATTACA-ATAATAG---A--------------TACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------TAAAAATG--A---------C---AG------AGT---TCAATTA--CA---TGT-AAAT
gi|35 : tGGAGTTG-ATCACACAAAATAC---A-------ATATAGGTATCGTC-T--A------TTCAAAACATGCTTAAATAATT---------A---------C---AA------ACT---TCAACT---CC---TTT--AATTTTT----ga
gi|36 : ATCTTCAGTG-TT----TTTCATA--------------TTTACA-AG----TGAAAAATAT-CA---A--GTAAAAAGCTGTGAGAAGCC-TTG-GTT----AC-AAAG-----T------A
gi|37 : AAAGTTTG-AGGAAAC---TG-AAG-TTTG-A--G----GCGGG---A---GAGGGGTTG-ATTACA-CAAAT--------------TA--GGTACCGTC-T--A------TTAAAGACATGtag
gi|38 : A-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TGG-TG---GAAG--AGA-A-T-A--TATCTTTAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAA
gi|38 : ATATCT-T-----TAATGTTTTCATAACAACTAAC-TGTAGAAGGctgtagaaggagttgta
gi|39 : aataaactgaaatattggtggaagagaatAAATTGATT-CAAGAGC---------AG--AAATGGCAGGGA----------T---------G------------CT---TTA--AAACAT--CTT----agttgta
gi|4 : tattcaatatcatagaGATTCAGATGA---CTGAA-ATA-AA-------------AATAT-------TTA-TG---GTAGGGAAT-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-TATAACA-A--CTAAA-ATGTATA-TGGTC-TGAAAAA--------------------CT----GAGGAG-TTT-GTT--ACTC-AAAG-----T------AGGAACca
gi|4 : ATATATATCTTCA------A--T--GTT-TTTATA-ACAACTAAA--AT---G-T--ATAT--GGTC-T----GA-A------------AA-AC-T---------------------GAGG-----AG-TT--------------------------------------TGT-TA-CTCAAAGT--AGGAACTATAG-AAATGT----GTC----GGA---TC-AC---T----TTCAAAAAAGCACATG-CACATC--TTCATGCACAATGTGTCC-ATGTT--CTGTACAACGTTTGAGGAATG-T-CAAGTGAAAGGTTCG----AGAGGAG-TTGATTA---CACAAAAT--AGCAGGTTCTTGTTTATTCAAAGC-A-AAAAATG---ACAAAGTTAATTCAACTATCTACATGTAATTAGGCGCAT------CTTCA------ATGTGTCCATAACCACTGTAACAAGTGTGAGGACTGCCCGGtatagaaatgtgtcggatcactttcaaaaaagcacatgcacatcttcatgcacaatgtgtccatgttctgtacaacgtttgaggaatgtcaagtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|4 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaTT-----CAATGT-TTTTATAACAACT--AAAATGTAT-----ATGGT-CT---GAAAAACT-G----A-GG-AG-TTTGTTACT-CA-AAG-T--A---GG-------------AA--CTATAGAAATGTGT--------------CGGATC-ACTTTCAAAAAAGCACATGCACATCTTCATGCACAATGTGTCCATGTT--CTGTACAACGTTTGAGGAATGTCAAGtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|4 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatc--GAAA--TGT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---AGCA--CATGCACATCTTCATGCACAA--T--GTG-TCCATG-TT---------CT---G-T--ACAA--CGTT-TGAGG-A-ATGT--------CAA-GT-GAAAGGTTCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------ACACAAAATAGCAGGTTCTTGTTTA-TTCAAAGC--A--------AA-AAATGACAAAGTTAATTCAACTATCTACATGTAA---TTAGG-----------CGCATC---TT-----CAATGTGTCC-ATAACCACTGTAACAAGTGTGAGGACTGCC-CG---GTAAAAGT-GTGA-A-AGTAG-TTGGTTA-T--ACAAA-T--A--AGG-------------AAAACTG-AAAAtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|40 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatcttcaatgtttttataacaactaaaatgtatatggtctgaaaaactgaggagtttgttactcaaagtaggaactataAAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AT---------T---------G------------CT---tagaggtttgaagcataatat
gi|41 : agccatgaaattgggcaaGTCTA-TTCAAGAC--TTA--CTAAAACAAATGACAAAGTT----CAA---T-GGCATGTAAA-Tgggttgcttta
gi|42 : gTGTGTAAGGAG-TTG-ATT--TCAC-AAAG-----T------AGGCGCC
gi|44 : gttaaata-TGTACAAAGTCTG-AAGG-AT--GT-CAAA-T--A-A--cttttacaggg
gi|5 : TGTGAGAGGA--TTA-ATC--ACAC-AAAG-----T------AGTTTCCAT--A----TCATCTATTGAAA-GC-ACGCTTA----------------AA--A--------AATA-GGAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---AAAT----A-----T-------------TTCGT--AA--AA---T----ATCGGATCACTTT----C--AAA-----ACAGCA--CA--TGCACACCT-T-----CAATGTGCTCAT-AC----AAC-GGTACAAAAATTG-AA-CATT--AT-CAAC-TTAA-A--GGT--GTG-----A---GAAGAGTTG-ATTACA-GAA-------A-------GTA--GATACCGTC-T--A------TTGAATGCATG--------------------A---------C---AA------CGT---TCATTT--------TTT----TTTCT----C--GAAA--AAT--------ACAA-GATCAA--TTCCAAAAA---GACA--C--GCACATTTTCA------A--T--GTA-TCCATA-AC-----AA--TC---G-T--ACAC--AGTT-TGAAGGatgc
gi|5 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgagggg-A--CATTTTCAATG-TA----TC-CATAACA-A--TC------GTACA-CAGTT-TGAAG---------------------GGTGTGAGA--TG-TTG-ATT--ACAC-GAAG-----T------CGGTACCgtgtgagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|6 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgaggggtgtgagaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaaaaaataggaaagttcaactacatgtaaatatttcgtaaaatatcggatcactttcaaaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcAAATCGATT-CAATAAC---------AG--AA---------TGGCTGGGT--T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ATAAAG-ATA-AAC--------T-G-------------TTA-CA---GTAG---TC-A-T----TGTCTTCAATG-TT----TT-TATAACA-A--CTACA-ATGTACA-AGGTC-CGACAAATGT--A---A--GTAAAG-TCCGTGAGAAGA--T----------------------T------AGGCACC-----------------------CC--TGCT-T----------------AA--A--------AATG-ACAAACG---TTC-AAC-TACATGT---A-------AACG--TAATAATTATTTTGTTTTT--GA--AG---ACT--GTCCGATCACTTC----G--ATAAC--GAT-AC-T-----TGTACATCT-TCTGAGCAATGCTTCccattca
gi|7 : tgacaaaaaataaaaataattgagttaatgtttagaacatataatatatga-TACATGT---A-------AA----G-------------TTTTC--AA--AG---AAT--GTCCGATCATTTC----C--AATAA--GAC-ACAT------GCACATCT-T-----CAATGGTTTCATAAC----AGT-TGTACAAGGTCTG-AAGGA-T--GT-CAAA-T--A-A--ATGCTGTA-----A---GAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAG---C-------TC-----TATGGTT-T--ACTAGTATTCAAGACATGC---------TCAA------A---------T---AATGGCCAAGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----T--GAAA--AAA--------GTCG-GACCAC--TTTCAAAAT---GGTA--TATGCACATCTTCA------A--T--TTG-TCCATATATAAC--AA--CT---A-T--ACAA--AGTT-T-AAGGA-ATGT--------CAA-GT-TAAAGGAGTG----------A-GAGG-----AG-TTA--ATT-------------A-----------------
gi|8 : AATCGATTCCAAGGAC---------AA--GA---------A----------T---------G------------CTC--TTAC-AAACATAAGTTA---A-TCT-AGATTCA----TACATGA--GACAGCGCGTACTTGGA-CCACAGGGA-ATAAAACATAGAACTTTGACAGT-AAAGTACATGTGTATTGTTG---GTAG--GAA-A-T------TCGTC--------------CATACCAGA--CT-AA-ATGTGTA-TGGTCTTGAAAAGTAT-CA---AACGT-AAA-GCTGTGAAAAGAGTTTC-GTT--ACACAAAAG-----TGTCAAGAGATGCTAT--A----TTCAAG------A-CCTGTGCA-A----------------AT--G--------AAGGAACAGA-GAGTTTT-AACTTTCATGT---A-------AGTAATT-------------CTCTC--GA--CA---ATCATGTTTGATCACTTA----C--AAAAA--cacaaagtaggtatctt
gi|9 : atG--AA---------T----------T---------G------------CT---TTA--AAATAA--GTT----A-TTT-T---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATTATTTCAGATGAA-ATAAAA-CTG-TAA--------C-GATGTTT-------TTG-TG---GTAA--AAA-A-T-A--TATCCTTATTG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-CTGTACA-TGGTC-TGAAAAATAT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGGAATGTT-TTG-ATT--ACAT-AAAA-----T------AGGTA-CG-------------------------ATGCT-A----------------AAATA--------AATG-AC--A-G---TTA-AAA-TACATGC---A-------A-----T-------------TTTTTTCAAGGAA---T----GTCGGGTCACTTT----C--AAAGG--GAC-A----CA--TGCACATTT-T-----TAATGCTTCTATAAC-----------ACAAGGTCTG-a
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TGTATCCCTGCGTGTCCTCGACAAATTCCTACCATGTTCCAATTAAGAATATGACAGTCCACACCTTTCTTGATATGTGATACTTGACTGGATTAGGTACCCTGTTCAATAAAAAAAACCAAACCAAATAGGTTACATATTGAAGTGA
Unaligned ( gi|43 ): CTTACTTTTTAGTACAACATATTTTTTTTAAAGAATCG
Alignments
lowQualScore : 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444444444444 77777777777777777777777777777777777777 4444444444444444444 88888888888888888888888888888 111111 1111111 22222222 33333333333333 11111111 1111111111 5555555555555555555555555555555 2222222 3333333333333 1111 33333333333 11 333333 22222 222222 4444444 1 2222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222 555555 111
lowQualScore : 3 222222222 33 8888888888888888888888888888888888888888888 777 66 33 8888 2 2 555 6666 555 33 2 2 2 2 2222222222 0000000 2 444 33 2 2 5555 2 4444 2 0 22 22 55555 2 2 1 2 444 33 33 0 2 22 2 22 2 666666666666 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 22222222 3 6 555 3 9 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 6666 77 7777777777777777 2 77777 6666 2 1 2 0 11111111111111111111111111111111111111 2 33 1111111111111111111 5 2 33 777777 33333333333333333333333333333 555 222222 555 44 555 44 1111111 44 00000000 33 33 5555 0 33 777777 33 66 2 2 00000000000000 2 33 555 3 2 5 3 22222222 3 3 0 0 2 5555555555 3 99999 3 55 1111111111111111111111111111111 1 6 2222222 44 8 1 2222222222222 3 9999 1 66666666666 11 333333 0 5 1 22222 1 1 1 6 2 111111 1 0 0000000 3 0 9999999 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 8888888 888888 666
lowQualScore : . ......... .. ........................................... ... .. .. .... . . ... .... ... .. . . . . .......... ....... . ... .. . . .... . .... . . .. .. ..... . . . . ... .. .. . . .. . .. . ............ . ................................................... .. ........ . . ... . . .................................................... . .... .. ................ . ..... .... . . . . ...................................... . .. ................... . . .. ...... ............................. ... ...... ... .. ... .. ....... .. ........ .. .. .... . .. ...... .. .. . . .............. . .. ... . . . . ........ . . . . . .......... . ..... . .. ............................... . . ....... .. . . ............. . .... . ........... .. ...... . . . ..... . . . . . ...... . . ....... . . ....... .............................................................. . ....... ...... ...
lowQualScore : 1 333333333 99 2222222222222222222222222222222222222222222 333 88 99 3333 9 9 444 1111 000 99 9 2 4 4 8888888888 9999999 4 111 11 2 2 0000 0 2222 0 2 22 88 99999 4 4 9 4 111 22 99 2 0 66 1 99 1 555555555555 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 11111111 3 2 444 1 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 5555 33 3333333333333333 9 11111 5555 9 6 7 8 66666666666666666666666666666666666666 5 66 1111111111111111111 6 5 44 222222 11111111111111111111111111111 888 999999 888 22 444 66 0000000 22 88888888 66 99 9999 6 99 222222 44 99 5 5 55555555555555 9 99 444 1 4 4 3 11111111 3 3 5 2 0 9999999999 6 11111 6 00 0000000000000000000000000000000 0 7 0000000 88 0 0 8888888888888 2 5555 0 00000000000 00 666666 8 0 4 66666 0 0 0 5 5 888888 2 2 0000000 0 0 2222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 0000000 777777 777
consensus : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCGT--G----T-----------A-CC-ATGCT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCAT-CA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGAAT--GTGCAAA-T--A-A--G----GTG-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------ATA--GGTACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------A---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAA---AA--CC---G-T--ACAA--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAAGC--ATG--CTNTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---TCTACATGTAAA-TTTANGAAAGC---TG-CGCAT--CTTT-----CAATGTNTCCATAAC----AACTGTANAANGTNTGAGGAATGGT-CG---GAAAGACTGCG--A-AGNAG-TTGGTTA-T-CAC-AAAT--A--AGG-------------AAAGCTA-AAAAATGTGTACA-A--TT--TTC-CC-GATC-ACTTTCAAAAAGGCGCATGCAC-A-CTT------CAATGTGTCCATAA-CACTGTACAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
Reference ( family-655 ) : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCGT--G----T-----------A-CC-ATGCT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCAT-CA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGAAT--GTGCAAA-T--A-A--G----GTG-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------ATA--GGTACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------A---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAA---AA--CC---G-T--ACAA--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAAGC--ATG--CTNTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---TCTACATGTAAA-TTTANGAAAGC---TG-CGCAT--CTTT-----CAATGTGTCCATAAC----AACTGTANAANGTNTGAGGAATGGT-CG---GAAAGACTGCG--A-AGTAG-TTGGTTA-T-CAC-AAAT--A--AGG-------------AAAGCTA-AAAAATGTGTACA-A--TT--TTC-CC-GATC-ACTTTCAAAAAGGCGCATGCAC-A-CTT----CACAATGTGTCCATAA-CACTGTACAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
gi|1 : AAATCGATT-AAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------A------------CT---TTA--AAATAG--GGT----T-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-ATACATTGATCCAGATGAA-CTAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GAAG--AAA-A-T----TATCTTCAGTG-CTTTAATT-CATAGCA-A--CTAAA-TTGTACA-TGGTG-TGAAAAATA--CATTTA--GTAAAA-GTTGTGAGAAGAG-TTG-ATT--ACAC-AAAGAATTTT------AAGTACTGTGGG----T-----------A-CC-ATGCT-T----------------AA--A--------AATG-ACAAA-A---TTC-AGA-TTTACGT---A-------A-----T-------------T----------AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCATGCA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TTTACAAGATCTGCAAATAATTACTGTACA-T--ACC--G----GT------ACTTGAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAGCCTAGGCTTATATA--GGTATGATC-T--A------TTCAAGAT-TG--------------------G---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTA----C--GAAA--AAT--------GTCA-GATCAT--TTCCAAAAA---GACA--CATGCACATCTCCG------A--T--GTG-TCCATA-ACAA---AA--GTAAAG-T--ACAA--AGTT-TGAGGGATATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GA-G-----AA-TTG--ATT-------------A-----------------TTGTCTA-TTCAAAGCATATG--TTTTAA-AAATAACTAAGTT----AAAAATTCTACATGTAAATTTTACGAAAGC---TGTCGGATCACTTT-----CAA-----ACATAAC----AACTGTACAAATTTTAAGGAATGGTGTG---GGAAGACTACGTCA-AGTAGACTGGTGA-TGCAC-AAATTCA--ATA-------------AAAGTTC-AAAAATATGTATATA--TT--TTC-CCTGAT--ATTTTCAAAAAGGCATATGCACAA-CTT------CAGTGTATTCATAA-CAATGTGCAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
gi|10 : -ATAAAA-AT---------------GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AGATA-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT--ATAATG-A--CTAAA-ATGTAAA-TGGTC-CGCAAAATGT-CA---A--GTAGAA-GCTGTGAGATGAG-TTG-GGT--ATGC-AAAC-----T---------TAC---------------------------------------------------A--A--------AATG-ACAAG-G---TTC-AAC-TGGATGT---C-------A-----T-------------TTTTTCGAA--AA---AT---GTCGGATAACTTT----C--AAAAA----------------GCACATTTGT-----CA----TT-----AC----AGC-TGTACAAAGTCTG-AAGG-AT--AT-CAAA-T--A-A--ATGCTGTT-----A---GAGGATTTGTTTTAC-----ATA----A-------ACA--GTTAT-GTG-T--A------TTCAAGACAat
gi|10 : -TT----GT-CATTACA-G--CT------GTACA-AAGTC-TGAAGGATAT-CA---A--ATAAAT-GCTGTTAGAGGAT-TTGTTTT--ACAT-AAA------C------AGTTA-TGT--G----T-----------ATTC-AAGAC-A----------------AA--G--------AAAG-GC-AA-G---TTC-AACGCACAC-------------A-----T-------------TTCTT--aagaaaggcaagttcaacgcacacatttctttcca
gi|11 : ataaaaatgaagtatttgtggtagagatatatatcttcaatgttttataatgactaaaatgtaaatggtccgcaaaatgtcaagtagaagctgtgagatgagttgggtatgcaaacttacaaaatgacaaggttcaactggatgtcattttttcgaaaaatgtcggataactttcaaaaagcacatAAA--GAC-ACAT------GCACACCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----TAC-TATGCAAGGTCTG-ATGGA-T--GTA-AAA-T--A-AATG----CTGCA---A---TAGGAGTTG-ATCACA-AAAATAG-----------------GTATGGTC-T--A------TTCGAGATATGC---------T---------AAAAAATGA-C---AA------AGT---TCAACGA--CA---GGT-AATTTTTT----TTTGAAA--AAT--------GTTG-GTTCAT--TTTCAAACA---GATA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-AC-----AA--CT---G-T--ACAA--AGCT-TGA-GGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGTG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------tcca
gi|12 : TT----A-TCT-A---TCA----AA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ACAAAA-ATA-AAC--------T-GAGGTAT-------TTG-TG---GTAG--CAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGATT-TGTAAAATAT-CA---A--GTAAAA-A---TG------G-TTA-AT---ACAC-AAAA------------------CAT--G----T-----------A-TC-ATGCT-G----------------AA--ATTTTTTTTAA-----AAA-G---TTC-AAC-TACATGT---ACATGATAA-----T-------------TTTTT--GA--AG---AAT--GTCCGACTACTTC----C--AAAAA--G---GCA--CA--TGTACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTATATGGTCTG-AAGcacaaagcaggcaccctattacaggga
gi|13 : tcAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----AAA-----------TTTTT--AA--GA---AT---GTCTGATCACTTC----C--AAAAA---------T-C---TCCA-ATT---------AATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGA-T--GT-CAAA-T--A-A--ATGCAATA-----A---GGGGAGTTG-ATTACA-TAAATC------------ATA--C---CGGTCCT--A------ATCAGGACATGC---------TCCCCC----A---------CCCCAAT-----AGCATACTAACTA--CA---TTT-AAATTTTT----G--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TTTCAAAAA---AACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-A
gi|14 : AAACCGATT-CAAGAAT---------AATAAA---------A----------T---------GGTGGGTTG----CT---CTA--AAATAA--GCT----A-TCTTA---TCA----TA---GACAAACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAATAAAAAA-AGA-AAC--------C-AAAGGAT-------TTG-TG---GCAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATGTTT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTA
gi|15 : ttatcagtcatttcaacaatctgaTA-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------A-----GTACTGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------AAAAGATAAAC---AA------AGT---TCAACTA--GAAAATAA-AAA-------------AAA--AAT--------GTTG-AATAAC--TTTCAAAA----GTCA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATC-ACAATT-AA--CA---G-T--ACAG--AATT-TGAGGT--ATGT--------CAA-GT-TCAAGGTGTG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------CCtttaatttaaatggatataaaaaacattttttcaaatgaaataagaataatttacgaaacctgacaaaaactgc
gi|16 : TGCAAAAT--A-A--G----G-G-----A---GAG----TG-ATTA----ACATA----A-------ATA--GGTACGGTC-CTAA------TTCAGGACATacccgcccgccattcaccaccacgctgtgcaacccggccaaaaatg
gi|16 : tcaaatttaaCTA--CA---TATTAAAGTTTT----G--GAAACCAATC-------ATCACGATCACCCTTTCAAAAA---GACAACTATGCACATCTTCA------A--T--GTGTTCCATA-ACAA---CA--TG---GAC--ACCACCAGTT-TGAGGAC-GTGT--------CAA-AT-TAttgccctcccctccacccccaccccccaatgagacaatactaatctacatattaaagttttggaaaccaatcatcacgatcaccctttcaaaaagacaactatgcacatcttcaatgtgttccataacaacatggacaccaccagtttgaggacgtgtcaaatta
gi|17 : tcaaatttaatgcaaaataagggagagtgattaacataaataggtacggtcctaattcaggacatttgccctcccctccacccccaccccccaatgagacaatactaatAGGAGTTG-ATTACA-CAAA--------------GTA--GGTACCATC-T--A------TTGAAAGCATGC---------TTAAAATATGA---------C---AA------AGT---TCAGCTA--CA---TGT-CAATTTTC----T--AAAA--AAAAAAAAAAAGCTG-GATCAC--TTTCAAAAA---GGCA--CATG-ACATCTTTA------A--T--A-G-TCCATA-ACA--------------------------TT---AAGGA-ATGT--------CAACGTATAAAAGTGC-----------A-GAGG-----AG-TTGTAGGT-------------A-----------------CC--CTA-TTCAA
gi|18 : AAATCGATT-CAAGAAC---------AT--AA---------A----------TATTCGGGTTG------------CT---TTA--AAATAT--GTT----AAGCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACAC--ATCCAAATGAA-ATAAAA-ATC-AAC--------T-GAAGTAT-------TGG--G---GT-----------------TTTTTAATG-TT------------CA-A--CTGAA-ATGTACA-TGATT-TGAAAAATGT-GA---A--GTAAAT-GCTGAGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-ACAG-----T------AGcctcagtgcaaccccgccaataat
gi|19 : ccatttattaatccttaatattcaacattgacaaCACATCT-T-----CAATGTATCCATAAC----AACAGGTACAAAGTTTG-A----------GC--A-T-------T----GTT-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-CAAAT--------------TA--GGTAC--CC-T--A------T
gi|2 : ttttcaacaaataacaaaattagtttcctaatttAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AATAGCCTGGTT---------G------------CT---TTA--AAATAT--GCT----A-TCC-A---CCA----TA---TA--GACAACA-GTACATGGTTCCAGATGAA-ATAAAA-TTA-AAC--------C-AAAGTATAG-----TTA-TG---GCTG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAAC------TAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAT-GCTGTGAAAAGAG-TTC-GTT--ACAA-AAAG-----T------AG---------G----T-----------A-CC-ATGCT-AAAAAAAAAAAAAAAAAAA--A--------AATG-GCAAT-G---TTA-AAC-TACGTGT---A-------A-----A-------------TTTTTCGAA--GA---AC---GCCCGATCATTTC----CA-AAAAA--GAC-GCA---A---GCATATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----ATT-TGCACAAAGTTTG-AA-GCAT--ATG-AAA-T--A-A-------ATG--------------------CTGCA-AGA--GA---A-------ATA--AGTATGGTC-C--A------TTCAAGACATGC---------TA--------A---------C---A---------------AACTA--CA---TGT-ACATTTTT----C--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TCTCAATAG---GACA--CNNNNNNNNNNNNN------N--N--NNN-NNNNNN-NNNN---NN--NN---N-N--NNNN--NNNN-NNNNNNN-NNNN--------NNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNGCTATA-GAGGTGTGAAG-TTG--ATTACACAAAATAGGTA-----------------TCGTCTATTTCAAGAC--ATG--CTTTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---cacggggatgcccctccctcaactgcccgccacccaccatactataagcaggacacgcgttgtacaacccggca
gi|20 : acaaatgaaataaaaaataaaatagcataaagttatctgcataagAAATCAATT-CAAGAAT---------AG--AA---------ATGGCTGGAT-T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TTT-ct
gi|20 : atataaaatccaa--AAA-A-T-A--TGTT----ATT-TT----TT-CTTAACA-A--CTAAA-ATGTACA-AGTTT-TGAAAAATTT-CA---A--GTACAA-GTTGTGAAAAGAG-TTG-GTT--GTAC-AAAG-----T------AGGTG-CAT--G----T-----------A-CC-ATGTT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-Atttcttaacaactaaaatgtacaagttttgaaaaatttcaagtacaagttgtgaaaagagttggttgtacaaagtaggtgcatgtaccatgttaaaaaatgacaaagttca
gi|21 : atataaaatccaaaaatcaattcaagaatagaaatggctggattgctttAAATCGATT-CAAGAACTGTTTTTACAG--AA---------A----------TCCGGATT--G------------CT---TTATAAAATAT--GTTTTAAA-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-GTATATTGATCCAGGTAAA-A
gi|22 : tatttgaaaaaaaaataaaaaataataaaatcatcaattacacgcttaattcaaggctttaaaaacaaaaAAATCGATT-CAAAAAC---------AA--AA---------A----------T---------G-----------------------ACTGG--GTG----A-TCT-G---TCA----CA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATT-AAG--------T-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-TCAATTATGTATAATG-CT----T----TAAGA-AGTCTAAAGATG
gi|23 : ctgattctgtcgtatgaagtaatgaaaaC--TTTCAAAAAAGGGGC---CATGCACTTCTTCA------AGTT--GTG-ACCATA--CA--------CC---G-TGTACAA--AGTCATGACGGA-ATGTCACATGCACAA-GT-TAAAGGAGTG----------AGGAGG-----AG-TTG--ATT-------------
gi|24 : cctA----TA---GA--GACAACA-GAACATGGATACAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TTA-TG---GTAG--AGA-A-C-A--TATCTTCAATG-TT----TT-TATAATA-A--CTGAA-ATCTAAA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAG-GCTGCGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTtacacaaagtaggataccctattcaacctcagtgccaaacccatccaatat
gi|25 : A-ATAAAA-GTA-AAC--------T-TATGTAT-------TAG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT--------------------------GTACA-TGGTC-TGATAAATGT-TA---A--GTAAAA-GTTGTTTGAAGAG-TTG-GTT--ATAC-g
gi|27 : catatataaccaaaggggtat---GGGGAATTG-ATTACA-AAAATAG---GT------GCA--TGTACCGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------TTAAAAATT-AT--------C---AA------ATT---TCAACTA--CA---TGT-GATTTTTA----C--AAAA--AAT--------GTCT-AATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CAAAC------TCA------A--T--GTG-TACATA-ACAA---catgcttaaactttttttgaagaatgtctggtca
gi|28 : CAAAAAAT-T---------T---------A---------C---AA------AAT---TCACCTATACA---TGT-AATTTTTTTCCCC---------ATTTTA----GTCA-GATCAC--TT-------------G--TATGCA-ATCTCCA------A--TATGTG-TCCA-A-AAAC---AA--CC---G-T--ACAC--AGTT-T-AAGGA-ATAT--------CAA-GT-TAGCAGCATG----------A--AGT-----AG-TCG--Act
gi|29 : AAATTGATT-CAAAAGC---------AG--AA---------A----------T---------GG-----------CTGGGTTG--CTCTAT--CAT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--AACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAA-
gi|3 : tgtaacatatattgattaacttttgtgatagtgaaataAAATCAATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------GGCCGGGCTCATGCT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-T---TCAGTAGTA---AA--GACAGCA-GTACATGGATTCAGATGTA-ATAAAA-ATA-AAT--------G-CACATAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TACCTTCAATG-TT----TT-CATAAC---------------ACATTGGTC-TGAAAAATATCCA---A--GTAGAA-GGAGTGAGAAAAG-TTG-GTTAAATAC-AAAG-----T------AAGAACCAT--GTTATT-----------A-AT-ATAA--A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGTGTAA-------A-----T-------------TTTTTC-AA--GA---AT---GCCCAATCACCTT----C--AAAA----TC-ACA--CA--TGCACACCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTGCGAAGTCTG-AAGG-AT--GT-CAAA-TA-A-A--G----GTGCTGTTA---AAGGAGTTG-ATTAT--AAAAT--------------TA--GGTATGGTC-T--C------TTCAtt
gi|3 : TTAT--AA--AATTAG----GTATGGTCTCTTCATATC--AAAAAATGTC-AGAT-CACATAGACATCT-T-----CAATGTGTCCATAACAATTAAC-TGTACtatcaaaaaatgtcagatcacatagacatcttcaatgtgtccataacaattaactgtaccaa
gi|3 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgaT----C--AAAA--AAT--------GTCA-GAT-------------------CA--CATAGACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAATT-AA--CT---G-T--ACCA--Acaa
gi|30 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgattataaaattaggtatggtctcttcataTGCACATCTTCA------A--TTCATG-TCACTG-ATTA---GAGGCT---G-T--A-----AGTT-TT-GGGA-ATGT--------CAA-AT-TAGAGGTATG----------A-G-GG-----AGTTTG--ATT-------------
gi|31 : atgttagtattcacggccaataacCAGATGAT-ATAAAA-GTA-AGC--------C-AAAGTAC-------ATG-TATTTGTAG--AAA-A-T-A--TATCTTTAATG-TT----TT-CATA-----------------ACA-TGGTC-T-AAAAATAT-CC---A------------------------TG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCAT--G----ccaaatagta
gi|32 : ----------------AA--A--------AGTG-ACAAAAG---TTCGAACGTACATGT---A-------AAAA--T-------------TTTTT--AA--GA---T----GTCTTATCACTTT----CTCAAAAA--TAC-TC---CA---GCATA----------AAATGCTTC-ATAAC----AGC-TGTACAA-GTCTG-Ac
gi|33 : ----------T---------G------------CT---TTA--GAATAT--GTC----G-CCT-A---TCA----TA---CA--GATGGCA-GTACATGT-TGCAGATGAG-G-AAAA---A-AAC--------CTGAAGTTT-------TAG-TG---GCAA--AGA-ATT-A--TAT
gi|34 : cagaaatggcgggtGTCTG-AAGGA-----TGTAAA-T---------------------------GAGTTT-ATTACA-ATAATAG---A--------------TACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------TAAAAATG--A---------C---AG------AGT---TCAATTA--CA---TGT-AAAT
gi|35 : tGGAGTTG-ATCACACAAAATAC---A-------ATATAGGTATCGTC-T--A------TTCAAAACATGCTTAAATAATT---------A---------C---AA------ACT---TCAACT---CC---TTT--AATTTTT----ga
gi|36 : ATCTTCAGTG-TT----TTTCATA--------------TTTACA-AG----TGAAAAATAT-CA---A--GTAAAAAGCTGTGAGAAGCC-TTG-GTT----AC-AAAG-----T------A
gi|37 : AAAGTTTG-AGGAAAC---TG-AAG-TTTG-A--G----GCGGG---A---GAGGGGTTG-ATTACA-CAAAT--------------TA--GGTACCGTC-T--A------TTAAAGACATGtag
gi|38 : A-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TGG-TG---GAAG--AGA-A-T-A--TATCTTTAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAA
gi|38 : AT--CTTT------AATGTTTTCATAACAACTAACTGTAGAAGGctgtagaaggagttgta
gi|39 : aataaactgaaatattggtggaagagaatatAAATTGATT-CAAGAGC---------AG--AAATGGCAGGGA----------T---------G------------CT---TTA--AAACAT--CTT----agttgta
gi|4 : tattcaatatcatagaGATTCAGATGA---CTGAA-ATA-AA-------------AATAT-------TTA-TG---GTAGGGAAT-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-TATAACA-A--CTAAA-ATGTATA-TGGTC-TGAAAAA--------------------CT----GAGGAG-TTT-GTT--ACTC-AAAG-----T------AGGAACca
gi|4 : ATATATATCTTCA------A--T--GTT-TTTATA-ACAACTAAA--AT---G-T--ATAT--GGTC-TGA---A-A------------AA-CT-----------------------GAGG-----AG-TT--------------------------------------TGT-TA-CTCAAAGT--AGGAACTATAG-AAATGT----GTC----GGA---TC-AC---T----TTCAAAAAAGCACATG-CACAT--CTTCATGCACAATGTGTCCATGTT------CTGTACAACGTTTGAGGAAT-GT-CAAGTGAAAGGTT-CG--AGAGGAG-TTGATTA---CACAAAAT--AGCAGGTTCTTGTTTATTCAAAGC-A-AAAAATG---ACA-AAGTTAATTCAAC-TATCTACATGTAATTAGGCGCAT-------CTT------CAATGTGTCCATAACCACTGTAACAAGTGTGAGGACTGCCCGGtatagaaatgtgtcggatcactttcaaaaaagcacatgcacatcttcatgcacaatgtgtccatgttctgtacaacgtttgaggaatgtcaagtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|4 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaAT--CTT------CAATGTTTTTATAAC----AACT--AAAATGTAT-----ATGGT-CT---GAAAAACTG------AGGAG-TTTGTTACT-CA--AAGT--A---GG-------------AA--CTATAGAAATGTGT---------------CG-GATC-ACTTTCAAAAAAGCACATGCAC-ATCTTCATGCACAATGTGTCCAT-G-TTCTGTACAACGTTTGAGGAATGTCAAGtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|4 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatat--GAAA--TGT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---AGCA--CATGCACATCTTCATGCACAA--T--GTG-TCCATG-TT---------CT---G-T--ACAA--CGTT-TGAGG-A-ATGT--------CAA-GT-GAAAGGTTCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------ACACAAAATAGCAGGTTCTTGTTTA-TTCAAAGC--A--------AA-AAATGACAAAGTTAATTCAACTATCTACATGTAA---TTAGG-----------CGCAT--CTT------CAATGTGTCCATAAC----CACTGTAACAAGTGTGAGGACTGCC-CG---GTAAAAGTGTGA-A-AGTAG-TTGGTTA-T--AC-AAAT--A--AGG-------------AAAACTG-AAAAtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|40 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatcttcaatgtttttataacaactaaaatgtatatggtctgaaaaactgaggagtttgttactcaaagtaggaactataAAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AT---------T---------G------------CT---tagaggtttgaagcataatat
gi|41 : agccatgaaattgggcaaGTCTA-TTCAAGAC--TTA--CTAAAACAAATGACAAAGTT----CAA---T-GGCATGTAAA-Tgggttgcttta
gi|42 : gTGTGTAAGGAG-TTG-ATT--TCAC-AAAG-----T------AGGCGCC
gi|44 : gttaaata-TGTACAAAGTCTG-AAGG-AT--GT-CAAA-T--A-A--cttttacaggg
gi|5 : TGTGAGAGGA--TTA-ATC--ACAC-AAAG-----T------AGTTTCCAT--A----TCATCTATTGAAA-GC-ACGCTTA----------------AA--A--------AATA-GGAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---AAAT----A-----T-------------TTCGT--AA--AA---T----ATCGGATCACTTT----C--AAA-----ACAGCA--CA--TGCACACCT-T-----CAATGTGCTCAT-AC----AAC-GGTACAAAAATTG-AA-CATT--AT-CAAC-TTAA-A--GGT--GTG-----A---GAAGAGTTG-ATTACA-GAA-------A-------GTA--GATACCGTC-T--A------TTGAATGCATG--------------------A---------C---AA------CGT---TCATTT--------TTT----TTTCT----C--GAAA--AAT--------ACAA-GATCAA--TTCCAAAAA---GACA--C--GCACATTTTCA------A--T--GTA-TCCATA-AC-----AA--TC---G-T--ACAC--AGTT-TGAAGGatgc
gi|5 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgagggg-A--CATTTTCAATG-TA----TC-CATAACA-A--TC------GTACA-CAGTT-TGAAG---------------------GGTGTGAGA--TG-TTG-ATT--ACAC-GAAG-----T------CGGTACCgtgtgagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|6 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgaggggtgtgagaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaaaaaataggaaagttcaactacatgtaaatatttcgtaaaatatcggatcactttcaaaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcAAATCGATT-CAATAAC---------AG--AA---------TGGCTGGGT--T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ATAAAG-ATA-AAC--------T-G-------------TTA-CA---GTAG---TC-A-T----TGTCTTCAATG-TT----TT-TATAACA-A--CTACA-ATGTACA-AGGTC-CGACAAATGT--A---A--GTAAAG-TCCGTGAGAAGA--T----------------------T------AGGCACC-----------------------CC--TGCT-T----------------AA--A--------AATG-ACAAACG---TTC-AAC-TACATGT---A-------AACG--TAATAATTATTTTGTTTTT--GA--AG---ACT--GTCCGATCACTTC----G--ATAAC--GAT-AC-T-----TGTACATCT-TCTGAGCAATGCTTCccattca
gi|7 : tgacaaaaaataaaaataattgagttaatgtttagaacatataatatatga-TACATGT---A-------AA----G-------------TTTTC--AA--AG---AAT--GTCCGATCATTTC----C--AATAA--GAC-ACAT------GCACATCT-T-----CAATGGTTTCATAAC----AGT-TGTACAAGGTCTG-AAGGA-T--GT-CAAA-T--A-A--ATGCTGTA-----A---GAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAG---C-------TC-----TATGGTT-T--ACTAGTATTCAAGACATGC---------TCAA------A---------T---AATGGCCAAGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----T--GAAA--AAA--------GTCG-GACCAC--TTTCAAAAT---GGTA--TATGCACATCTTCA------A--T--TTG-TCCATATATAAC--AA--CT---A-T--ACAA--AGTT-T-AAGGA-ATGT--------CAA-GT-TAAAGGAGTG----------A-GAGG-----AG-TTA--ATT-------------A-----------------
gi|8 : AATCGATTCCAAGGAC---------AA--GA---------A----------T---------G------------CTC--TTAC-AAACATAAGTTA---A-TCT-AGATTCA----TACATGA--GACAGCGCGTACTTGGA-CCACAGGGA-ATAAAACATAGAACTTTGACAGT-AAAGTACATGTGTATTGTTG---GTAG--GAA-A-T------TCGTC--------------CATACCAGA--CT-AA-ATGTGTA-TGGTCTTGAAAAGTAT-CA---AACGT-AAA-GCTGTGAAAAGAGTTTC-GTT--ACACAAAAG-----TGTCAAGAGATGCTAT--A----TTCAAG------A-CCTGTGCA-A----------------AT--G--------AAGGAACAGA-GAGTTTT-AACTTTCATGT---A-------AGTAATT-------------CTCTC--GA--CA---ATCATGTTTGATCACTTA----C--AAAAA--cacaaagtaggtatctt
gi|9 : atG--AA---------T----------T---------G------------CT---TTA--AAATAA--GTT----A-TTT-T---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATTATTTCAGATGAA-ATAAAA-CTG-TAA--------C-GATGTTT-------TTG-TG---GTAA--AAA-A-T-A--TATCCTTATTG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-CTGTACA-TGGTC-TGAAAAATAT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGGAATGTT-TTG-ATT--ACAT-AAAA-----T------AGGTA-CG-------------------------ATGCT-A----------------AAATA--------AATG-AC--A-G---TTA-AAA-TACATGC---A-------A-----T-------------TTTTTTCAAGGAA---T----GTCGGGTCACTTT----C--AAAGG--GAC-A----CA--TGCACATTT-T-----TAATGCTTCTATAAC-----------ACAAGGTCTG-a
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TGTATCCCTGCGTGTCCTCGACAAATTCCTACCATGTTCCAATTAAGAATATGACAGTCCACACCTTTCTTGATATGTGATACTTGACTGGATTAGGTACCCTGTTCAATAAAAAAAACCAAACCAAATAGGTTACATATTGAAGTGA
Unaligned ( gi|43 ): CTTACTTTTTAGTACAACATATTTTTTTTAAAGAATCG
Alignments
lowQualScore : 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444444444444 77777777777777777777777777777777777777 4444444444444444444 88888888888888888888888888888 111111 1111111 22222222 33333333333333 11111111 1111111111 5555555555555555555555555555555 2222222 3333333333333 1111 33333333333 11 333333 22222 22222222 333333333 1 2222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222 222222 1
lowQualScore : 3 222222222 33 8888888888888888888888888888888888888888888 777 66 33 8888 2 2 555 6666 555 33 2 2 2 2 2222222222 0000000 2 444 33 2 2 5555 2 4444 2 0 22 22 55555 2 2 1 2 444 33 33 0 2 22 2 22 2 666666666666 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 22222222 3 6 555 3 9 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 6666 77 7777777777777777 2 77777 6666 2 1 2 0 11111111111111111111111111111111111111 2 33 1111111111111111111 5 2 33 777777 33333333333333333333333333333 555 222222 555 44 555 44 1111111 44 00000000 33 33 5555 0 33 777777 33 66 2 2 00000000000000 2 33 555 3 2 5 3 22222222 3 3 0 0 2 5555555555 3 99999 3 55 1111111111111111111111111111111 1 6 2222222 44 8 1 2222222222222 3 9999 1 66666666666 11 333333 0 3 1 22222 1 1 1 6 55555555 1 0 111111111 1 0 5555 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 8888888 888888 3 0
lowQualScore : . ......... .. ........................................... ... .. .. .... . . ... .... ... .. . . . . .......... ....... . ... .. . . .... . .... . . .. .. ..... . . . . ... .. .. . . .. . .. . ............ . ................................................... .. ........ . . ... . . .................................................... . .... .. ................ . ..... .... . . . . ...................................... . .. ................... . . .. ...... ............................. ... ...... ... .. ... .. ....... .. ........ .. .. .... . .. ...... .. .. . . .............. . .. ... . . . . ........ . . . . . .......... . ..... . .. ............................... . . ....... .. . . ............. . .... . ........... .. ...... . . . ..... . . . . ........ . . ......... . . .... . ................................................................ . ....... ...... . .
lowQualScore : 1 333333333 99 2222222222222222222222222222222222222222222 333 88 99 3333 9 9 444 1111 000 99 9 2 4 4 8888888888 9999999 4 111 11 2 2 0000 0 2222 0 2 22 88 99999 4 4 9 4 111 22 99 2 0 66 1 99 1 555555555555 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 11111111 3 2 444 1 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 5555 33 3333333333333333 9 11111 5555 9 6 7 8 66666666666666666666666666666666666666 5 66 1111111111111111111 6 5 44 222222 11111111111111111111111111111 888 999999 888 22 444 66 0000000 22 88888888 66 99 9999 6 99 222222 44 99 5 5 55555555555555 9 99 444 1 4 4 3 11111111 3 3 5 2 0 9999999999 6 11111 6 00 0000000000000000000000000000000 0 7 0000000 88 0 0 8888888888888 2 5555 0 00000000000 00 666666 8 8 4 66666 0 0 0 5 22222222 2 2 000000000 0 0 8888 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 0000000 888888 2 0
consensus : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCGT--G----T-----------A-CC-ATGCT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCAT-CA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGAAT--GTGCAAA-T--A-A--G----GTG-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------ATA--GGTACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------A---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAA---AA--CC---G-T--ACAA--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAAGC--ATG--CTNTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---TCTACATGTAAA-TTTANGAAAGC---TG-CGCAT--CTTT-----CAATGTNTCCATAAC----AACTGTANAANGTNTGAGGAATGGT-CG---GAAAGACTGCG--A-A-GNAG-TTGGTTA-T-CACAAA-T--A--AGG-------------AAAGCTA-AAAAATGTGTACA-A--TT--TTCC-C-GATC-ACTTTCAAAAAGGCGCATGCAC-A-CTT------CAATGTGTCCATAA-CACTGTACAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
Reference ( family-655 ) : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCGT--G----T-----------A-CC-ATGCT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCAT-CA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGAAT--GTGCAAA-T--A-A--G----GTG-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------ATA--GGTACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------A---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAA---AA--CC---G-T--ACAA--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAAGC--ATG--CTNTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---TCTACATGTAAA-TTTANGAAAGC---TG-CGCAT--CTTT-----CAATGTNTCCATAAC----AACTGTANAANGTNTGAGGAATGGT-CG---GAAAGACTGCG--A-A-GNAG-TTGGTTA-T-CACAAA-T--A--AGG-------------AAAGCTA-AAAAATGTGTACA-A--TT--TTCC-C-GATC-ACTTTCAAAAAGGCGCATGCAC-A-CTT------CAATGTGTCCATAA-CACTGTACAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
gi|1 : AAATCGATT-AAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------A------------CT---TTA--AAATAG--GGT----T-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-ATACATTGATCCAGATGAA-CTAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GAAG--AAA-A-T----TATCTTCAGTG-CTTTAATT-CATAGCA-A--CTAAA-TTGTACA-TGGTG-TGAAAAATA--CATTTA--GTAAAA-GTTGTGAGAAGAG-TTG-ATT--ACAC-AAAGAATTTT------AAGTACTGTGGG----T-----------A-CC-ATGCT-T----------------AA--A--------AATG-ACAAA-A---TTC-AGA-TTTACGT---A-------A-----T-------------T----------AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCATGCA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TTTACAAGATCTGCAAATAATTACTGTACA-T--ACC--G----GT------ACTTGAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAGCCTAGGCTTATATA--GGTATGATC-T--A------TTCAAGAT-TG--------------------G---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTA----C--GAAA--AAT--------GTCA-GATCAT--TTCCAAAAA---GACA--CATGCACATCTCCG------A--T--GTG-TCCATA-ACAA---AA--GTAAAG-T--ACAA--AGTT-TGAGGGATATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GA-G-----AA-TTG--ATT-------------A-----------------TTGTCTA-TTCAAAGCATATG--TTTTAA-AAATAACTAAGTT----AAAAATTCTACATGTAAATTTTACGAAAGC---TGTCGGATCACTTT-----CAA-----ACATAAC----AACTGTACAAATTTTAAGGAATGGTGTG---GGAAGACTACGTCA-A-GTAGACTGGTGA-TGCACAAA-TTCA--ATA-------------AAAGTTC-AAAAATATGTATATA--TT--TTCC-CTGAT--ATTTTCAAAAAGGCATATGCACAA-CTT------CAGTGTATTCATAA-CAATGTGCAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
gi|10 : -ATAAAA-AT---------------GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AGATA-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT--ATAATG-A--CTAAA-ATGTAAA-TGGTC-CGCAAAATGT-CA---A--GTAGAA-GCTGTGAGATGAG-TTG-GGT--ATGC-AAAC-----T---------TAC---------------------------------------------------A--A--------AATG-ACAAG-G---TTC-AAC-TGGATGT---C-------A-----T-------------TTTTTCGAA--AA---AT---GTCGGATAACTTT----C--AAAAA----------------GCACATTTGT-----CA----TT-----AC----AGC-TGTACAAAGTCTG-AAGG-AT--AT-CAAA-T--A-A--ATGCTGTT-----A---GAGGATTTGTTTTAC-----ATA----A-------ACA--GTTAT-GTG-T--A------TTCAAGACAat
gi|10 : -TT----GT-CATTACA-G--CT------GTACA-AAGTC-TGAAGGATAT-CA---A--ATAAAT-GCTGTTAGAGGAT-TTGTTTT--ACAT-AAA------C------AGTTA-TGT--G----T-----------ATTC-AAGAC-A----------------AA--G--------AAAG-GC-AA-G---TTC-AACGCACAC-------------A-----T-------------TTCTT--aagaaaggcaagttcaacgcacacatttctttcca
gi|11 : ataaaaatgaagtatttgtggtagagatatatatcttcaatgttttataatgactaaaatgtaaatggtccgcaaaatgtcaagtagaagctgtgagatgagttgggtatgcaaacttacaaaatgacaaggttcaactggatgtcattttttcgaaaaatgtcggataactttcaaaaagcacatAAA--GAC-ACAT------GCACACCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----TAC-TATGCAAGGTCTG-ATGGA-T--GTA-AAA-T--A-AATG----CTGCA---A---TAGGAGTTG-ATCACA-AAAATAG-----------------GTATGGTC-T--A------TTCGAGATATGC---------T---------AAAAAATGA-C---AA------AGT---TCAACGA--CA---GGT-AATTTTTT----TTTGAAA--AAT--------GTTG-GTTCAT--TTTCAAACA---GATA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-AC-----AA--CT---G-T--ACAA--AGCT-TGA-GGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGTG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------tcca
gi|12 : TT----A-TCT-A---TCA----AA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ACAAAA-ATA-AAC--------T-GAGGTAT-------TTG-TG---GTAG--CAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGATT-TGTAAAATAT-CA---A--GTAAAA-A---TG------G-TTA-AT---ACAC-AAAA------------------CAT--G----T-----------A-TC-ATGCT-G----------------AA--ATTTTTTTTAA-----AAA-G---TTC-AAC-TACATGT---ACATGATAA-----T-------------TTTTT--GA--AG---AAT--GTCCGACTACTTC----C--AAAAA--G---GCA--CA--TGTACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTATATGGTCTG-AAGcacaaagcaggcaccctattacaggga
gi|13 : tcAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----AAA-----------TTTTT--AA--GA---AT---GTCTGATCACTTC----C--AAAAA---------T-C---TCCA-ATT---------AATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGA-T--GT-CAAA-T--A-A--ATGCAATA-----A---GGGGAGTTG-ATTACA-TAAATC------------ATA--C---CGGTCCT--A------ATCAGGACATGC---------TCCCCC----A---------CCCCAAT-----AGCATACTAACTA--CA---TTT-AAATTTTT----G--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TTTCAAAAA---AACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-A
gi|14 : AAACCGATT-CAAGAAT---------AATAAA---------A----------T---------GGTGGGTTG----CT---CTA--AAATAA--GCT----A-TCTTA---TCA----TA---GACAAACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAATAAAAAA-AGA-AAC--------C-AAAGGAT-------TTG-TG---GCAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATGTTT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTA
gi|15 : ttatcagtcatttcaacaatctgaTA-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------A-----GTACTGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------AAAAGATAAAC---AA------AGT---TCAACTA--GAAAATAA-AAA-------------AAA--AAT--------GTTG-AATAAC--TTTCAAAA----GTCA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATC-ACAATT-AA--CA---G-T--ACAG--AATT-TGAGGT--ATGT--------CAA-GT-TCAAGGTGTG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------CCtttaatttaaatggatataaaaaacattttttcaaatgaaataagaataatttacgaaacctgacaaaaactgc
gi|16 : TGCAAAAT--A-A--G----G-G-----A---GAG----TG-ATTA----ACATA----A-------ATA--GGTACGGTC-CTAA------TTCAGGACATacccgcccgccattcaccaccacgctgtgcaacccggccaaaaatg
gi|16 : tcaaatttaaCTA--CA---TATTAAAGTTTT----G--GAAACCAATC-------ATCACGATCACCCTTTCAAAAA---GACAACTATGCACATCTTCA------A--T--GTGTTCCATA-ACAA---CA--TG---GAC--ACCACCAGTT-TGAGGAC-GTGT--------CAA-AT-TAttgccctcccctccacccccaccccccaatgagacaatactaatctacatattaaagttttggaaaccaatcatcacgatcaccctttcaaaaagacaactatgcacatcttcaatgtgttccataacaacatggacaccaccagtttgaggacgtgtcaaatta
gi|17 : tcaaatttaatgcaaaataagggagagtgattaacataaataggtacggtcctaattcaggacatttgccctcccctccacccccaccccccaatgagacaatactaatAGGAGTTG-ATTACA-CAAA--------------GTA--GGTACCATC-T--A------TTGAAAGCATGC---------TTAAAATATGA---------C---AA------AGT---TCAGCTA--CA---TGT-CAATTTTC----T--AAAA--AAAAAAAAAAAGCTG-GATCAC--TTTCAAAAA---GGCA--CATG-ACATCTTTA------A--T--A-G-TCCATA-ACA--------------------------TT---AAGGA-ATGT--------CAACGTATAAAAGTGC-----------A-GAGG-----AG-TTGTAGGT-------------A-----------------CC--CTA-TTCAA
gi|18 : AAATCGATT-CAAGAAC---------AT--AA---------A----------TATTCGGGTTG------------CT---TTA--AAATAT--GTT----AAGCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACAC--ATCCAAATGAA-ATAAAA-ATC-AAC--------T-GAAGTAT-------TGG--G---GT-----------------TTTTTAATG-TT------------CA-A--CTGAA-ATGTACA-TGATT-TGAAAAATGT-GA---A--GTAAAT-GCTGAGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-ACAG-----T------AGcctcagtgcaaccccgccaataat
gi|19 : ccatttattaatccttaatattcaacattgacaaCACATCT-T-----CAATGTATCCATAAC----AACAGGTACAAAGTTTG-A----------GC--A-T-------T----GTT-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-CAAAT--------------TA--GGTAC--CC-T--A------T
gi|2 : ttttcaacaaataacaaaattagtttcctaatttAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AATAGCCTGGTT---------G------------CT---TTA--AAATAT--GCT----A-TCC-A---CCA----TA---TA--GACAACA-GTACATGGTTCCAGATGAA-ATAAAA-TTA-AAC--------C-AAAGTATAG-----TTA-TG---GCTG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAAC------TAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAT-GCTGTGAAAAGAG-TTC-GTT--ACAA-AAAG-----T------AG---------G----T-----------A-CC-ATGCT-AAAAAAAAAAAAAAAAAAA--A--------AATG-GCAAT-G---TTA-AAC-TACGTGT---A-------A-----A-------------TTTTTCGAA--GA---AC---GCCCGATCATTTC----CA-AAAAA--GAC-GCA---A---GCATATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----ATT-TGCACAAAGTTTG-AA-GCAT--ATG-AAA-T--A-A-------ATG--------------------CTGCA-AGA--GA---A-------ATA--AGTATGGTC-C--A------TTCAAGACATGC---------TA--------A---------C---A---------------AACTA--CA---TGT-ACATTTTT----C--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TCTCAATAG---GACA--CNNNNNNNNNNNNN------N--N--NNN-NNNNNN-NNNN---NN--NN---N-N--NNNN--NNNN-NNNNNNN-NNNN--------NNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNGCTATA-GAGGTGTGAAG-TTG--ATTACACAAAATAGGTA-----------------TCGTCTATTTCAAGAC--ATG--CTTTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---cacggggatgcccctccctcaactgcccgccacccaccatactataagcaggacacgcgttgtacaacccggca
gi|20 : acaaatgaaataaaaaataaaatagcataaagttatctgcataagAAATCAATT-CAAGAAT---------AG--AA---------ATGGCTGGAT-T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TTT-ct
gi|20 : atataaaatccaa--AAA-A-T-A--TGTT----ATT-TT----TT-CTTAACA-A--CTAAA-ATGTACA-AGTTT-TGAAAAATTT-CA---A--GTACAA-GTTGTGAAAAGAG-TTG-GTT--GTAC-AAAG-----T------AGGTG-CAT--G----T-----------A-CC-ATGTT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-Atttcttaacaactaaaatgtacaagttttgaaaaatttcaagtacaagttgtgaaaagagttggttgtacaaagtaggtgcatgtaccatgttaaaaaatgacaaagttca
gi|21 : atataaaatccaaaaatcaattcaagaatagaaatggctggattgctttAAATCGATT-CAAGAACTGTTTTTACAG--AA---------A----------TCCGGATT--G------------CT---TTATAAAATAT--GTTTTAAA-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-GTATATTGATCCAGGTAAA-A
gi|22 : tatttgaaaaaaaaataaaaaataataaaatcatcaattacacgcttaattcaaggctttaaaaacaaaaAAATCGATT-CAAAAAC---------AA--AA---------A----------T---------G-----------------------ACTGG--GTG----A-TCT-G---TCA----CA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATT-AAG--------T-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-TCAATTATGTATAATG-CT----T----TAAGA-AGTCTAAAGATG
gi|23 : ctgattctgtcgtatgaagtaatgaaaaC--TTTCAAAAAAGGGGC---CATGCACTTCTTCA------AGTT--GTG-ACCATA--CA--------CC---G-TGTACAA--AGTCATGACGGA-ATGTCACATGCACAA-GT-TAAAGGAGTG----------AGGAGG-----AG-TTG--ATT-------------
gi|24 : cctA----TA---GA--GACAACA-GAACATGGATACAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TTA-TG---GTAG--AGA-A-C-A--TATCTTCAATG-TT----TT-TATAATA-A--CTGAA-ATCTAAA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAG-GCTGCGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTtacacaaagtaggataccctattcaacctcagtgccaaacccatccaatat
gi|25 : A-ATAAAA-GTA-AAC--------T-TATGTAT-------TAG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT--------------------------GTACA-TGGTC-TGATAAATGT-TA---A--GTAAAA-GTTGTTTGAAGAG-TTG-GTT--ATAC-g
gi|27 : catatataaccaaaggggtat---GGGGAATTG-ATTACA-AAAATAG---GT------GCA--TGTACCGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------TTAAAAATT-AT--------C---AA------ATT---TCAACTA--CA---TGT-GATTTTTA----C--AAAA--AAT--------GTCT-AATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CAAAC------TCA------A--T--GTG-TACATA-ACAA---catgcttaaactttttttgaagaatgtctggtca
gi|28 : CAAAAAAT-T---------T---------A---------C---AA------AAT---TCACCTATACA---TGT-AATTTTTTTCCCC---------ATTTTA----GTCA-GATCAC--TT-------------G--TATGCA-ATCTCCA------A--TATGTG-TCCA-A-AAAC---AA--CC---G-T--ACAC--AGTT-T-AAGGA-ATAT--------CAA-GT-TAGCAGCATG----------A--AGT-----AG-TCG--Act
gi|29 : AAATTGATT-CAAAAGC---------AG--AA---------A----------T---------GG-----------CTGGGTTG--CTCTAT--CAT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--AACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAA-
gi|3 : tgtaacatatattgattaacttttgtgatagtgaaataAAATCAATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------GGCCGGGCTCATGCT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-T---TCAGTAGTA---AA--GACAGCA-GTACATGGATTCAGATGTA-ATAAAA-ATA-AAT--------G-CACATAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TACCTTCAATG-TT----TT-CATAAC---------------ACATTGGTC-TGAAAAATATCCA---A--GTAGAA-GGAGTGAGAAAAG-TTG-GTTAAATAC-AAAG-----T------AAGAACCAT--GTTATT-----------A-AT-ATAA--A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGTGTAA-------A-----T-------------TTTTTC-AA--GA---AT---GCCCAATCACCTT----C--AAAA----TC-ACA--CA--TGCACACCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTGCGAAGTCTG-AAGG-AT--GT-CAAA-TA-A-A--G----GTGCTGTTA---AAGGAGTTG-ATTAT--AAAAT--------------TA--GGTATGGTC-T--C------TTCAtt
gi|3 : TTAT--AA--AATTAG----GTATGGTCTCTTCATATC--AAAAAATGTC-AGAT-CACATAGACATCT-T-----CAATGTGTCCATAACAATTAAC-TGTACtatcaaaaaatgtcagatcacatagacatcttcaatgtgtccataacaattaactgtaccaa
gi|3 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgaT----C--AAAA--AAT--------GTCA-GAT-------------------CA--CATAGACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAATT-AA--CT---G-T--ACCA--Acaa
gi|30 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgattataaaattaggtatggtctcttcataTGCACATCTTCA------A--TTCATG-TCACTG-ATTA---GAGGCT---G-T--A-----AGTT-TT-GGGA-ATGT--------CAA-AT-TAGAGGTATG----------A-G-GG-----AGTTTG--ATT-------------
gi|31 : atgttagtattcacggccaataacCAGATGAT-ATAAAA-GTA-AGC--------C-AAAGTAC-------ATG-TATTTGTAG--AAA-A-T-A--TATCTTTAATG-TT----TT-CATA-----------------ACA-TGGTC-T-AAAAATAT-CC---A------------------------TG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCAT--G----ccaaatagta
gi|32 : ----------------AA--A--------AGTG-ACAAAAG---TTCGAACGTACATGT---A-------AAAA--T-------------TTTTT--AA--GA---T----GTCTTATCACTTT----CTCAAAAA--TAC-TC---CA---GCATA----------AAATGCTTC-ATAAC----AGC-TGTACAA-GTCTG-Ac
gi|33 : ----------T---------G------------CT---TTA--GAATAT--GTC----G-CCT-A---TCA----TA---CA--GATGGCA-GTACATGT-TGCAGATGAG-G-AAAA---A-AAC--------CTGAAGTTT-------TAG-TG---GCAA--AGA-ATT-A--TAT
gi|34 : cagaaatggcgggtGTCTG-AAGGA-----TGTAAA-T---------------------------GAGTTT-ATTACA-ATAATAG---A--------------TACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------TAAAAATG--A---------C---AG------AGT---TCAATTA--CA---TGT-AAAT
gi|35 : tGGAGTTG-ATCACACAAAATAC---A-------ATATAGGTATCGTC-T--A------TTCAAAACATGCTTAAATAATT---------A---------C---AA------ACT---TCAACT---CC---TTT--AATTTTT----ga
gi|36 : ATCTTCAGTG-TT----TTTCATA--------------TTTACA-AG----TGAAAAATAT-CA---A--GTAAAAAGCTGTGAGAAGCC-TTG-GTT----AC-AAAG-----T------A
gi|37 : AAAGTTTG-AGGAAAC---TG-AAG-TTTG-A--G----GCGGG---A---GAGGGGTTG-ATTACA-CAAAT--------------TA--GGTACCGTC-T--A------TTAAAGACATGtag
gi|38 : A-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TGG-TG---GAAG--AGA-A-T-A--TATCTTTAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAA
gi|38 : AT--CTTT------AATGTTTTCATAACAACTAACTGTAGAAGGctgtagaaggagttgta
gi|39 : aataaactgaaatattggtggaagagaatatAAATTGATT-CAAGAGC---------AG--AAATGGCAGGGA----------T---------G------------CT---TTA--AAACAT--CTT----agttgta
gi|4 : tattcaatatcatagaGATTCAGATGA---CTGAA-ATA-AA-------------AATAT-------TTA-TG---GTAGGGAAT-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-TATAACA-A--CTAAA-ATGTATA-TGGTC-TGAAAAA--------------------CT----GAGGAG-TTT-GTT--ACTC-AAAG-----T------AGGAACca
gi|4 : ATATATATCTTCA------A--T--GTT-TTTATA-ACAACTAAA--AT---G-T--ATAT--GGTC-TGA---A-A------------AA-CT-----------------------GAGG-----AG-TT--------------------------------------TGT-TA-CTCAAAGT--AGGAACTATAG-AAATGT----GTC----GGA---TC-AC---T----TTCAAAAAAGCACATG-CACAT--CTTCATGCACAATGTGTCCATGTT------CTGTACAACGTTTGAGGAATG-T-CAAGTGAAAGGTT-CG--AGA-GGAG-TTGATTA---CACAAAAT--AGCAGGTTCTTGTTTATTCAAAGC-A-AAAAATG---ACA-AAGTTAATTCAAC-TATCTACATGTAATTAGGCGCAT-------CTT------CAATGTGTCCATAACCACTGTAACAAGTGTGAGGACTGCCCGGtatagaaatgtgtcggatcactttcaaaaaagcacatgcacatcttcatgcacaatgtgtccatgttctgtacaacgtttgaggaatgtcaagtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|4 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaAT--CTT------CAATGTTTTTATAAC----AACT--AAAATGTAT-----ATGGT-CT---GAAAAACTG------A-GGAG-TTTGTTACT-CA-AAG-T--A---GG-------------AA--CTATAGAAATGTGT--------------C-G-GATC-ACTTTCAAAAAAGCACATGCAC-ATCTTCATGCACAATGTGTCCAT-G-TTCTGTACAACGTTTGAGGAATGTCAAGtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|4 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatat--GAAA--TGT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---AGCA--CATGCACATCTTCATGCACAA--T--GTG-TCCATG-TT---------CT---G-T--ACAA--CGTT-TGAGG-A-ATGT--------CAA-GT-GAAAGGTTCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------ACACAAAATAGCAGGTTCTTGTTTA-TTCAAAGC--A--------AA-AAATGACAAAGTTAATTCAACTATCTACATGTAA---TTAGG-----------CGCAT--CTT------CAATGTGTCCATAAC----CACTGTAACAAGTGTGAGGACTGCC-CG---GTAAAAGTGTG--A-AAGTAG-TTGGTTA-T--ACAAA-T--A--AGG-------------AAAACTG-AAAAtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|40 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatcttcaatgtttttataacaactaaaatgtatatggtctgaaaaactgaggagtttgttactcaaagtaggaactataAAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AT---------T---------G------------CT---tagaggtttgaagcataatat
gi|41 : agccatgaaattgggcaaGTCTA-TTCAAGAC--TTA--CTAAAACAAATGACAAAGTT----CAA---T-GGCATGTAAA-Tgggttgcttta
gi|42 : gTGTGTAAGGAG-TTG-ATT--TCAC-AAAG-----T------AGGCGCC
gi|44 : gttaaata-TGTACAAAGTCTG-AAGG-AT--GT-CAAA-T--A-A--cttttacaggg
gi|5 : TT------CAATGTGTCCATAA-CAatgc
gi|5 : TGTGAGAGGA--TTA-ATC--ACAC-AAAG-----T------AGTTTCCAT--A----TCATCTATTGAAA-GC-ACGCTTA----------------AA--A--------AATA-GGAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---AAAT----A-----T-------------TTCGT--AA--AA---T----ATCGGATCACTTT----C--AAA-----ACAGCA--CA--TGCACACCT-T-----CAATGTGCTCAT-AC----AAC-GGTACAAAAATTG-AA-CATT--AT-CAAC-TTAA-A--GGT--GTG-----A---GAAGAGTTG-ATTACA-GAA-------A-------GTA--GATACCGTC-T--A------TTGAATGCATG--------------------A---------C---AA------CGT---TCATTT--------TTT----TTTCT----C--GAAA--AAT--------ACAA-GATCAA--TTCCAAAAA---GACA--C--GCACATTTTCA------A--T--GTA-TCCATA-AC-----AA--TC---G-T--ACAC--AGTT-TGAAGGagagttcatatttgaggggtgtgagaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaaaaaataggaaagttcaactacatgtaaatatttcgtaaaatatcggatcactttcaaaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcacattttcaatgtatccataacaatcgtacacagtttgaagggtgtgagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|5 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgagggg-A--CATTTTCAATG-TA----TC-CATAACA-A--TC------GTACA-CAGTT-TGAAG---------------------GGTGTGAGA--TG-TTG-ATT--ACAC-GAAG-----T------CGGTACCgtgtgagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|6 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgaggggtgtgagaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaaaaaataggaaagttcaactacatgtaaatatttcgtaaaatatcggatcactttcaaaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcAAATCGATT-CAATAAC---------AG--AA---------TGGCTGGGT--T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ATAAAG-ATA-AAC--------T-G-------------TTA-CA---GTAG---TC-A-T----TGTCTTCAATG-TT----TT-TATAACA-A--CTACA-ATGTACA-AGGTC-CGACAAATGT--A---A--GTAAAG-TCCGTGAGAAGA--T----------------------T------AGGCACC-----------------------CC--TGCT-T----------------AA--A--------AATG-ACAAACG---TTC-AAC-TACATGT---A-------AACG--TAATAATTATTTTGTTTTT--GA--AG---ACT--GTCCGATCACTTC----G--ATAAC--GAT-AC-T-----TGTACATCT-TCTGAGCAATGCTTCccattca
gi|7 : tgacaaaaaataaaaataattgagttaatgtttagaacatataatatatga-TACATGT---A-------AA----G-------------TTTTC--AA--AG---AAT--GTCCGATCATTTC----C--AATAA--GAC-ACAT------GCACATCT-T-----CAATGGTTTCATAAC----AGT-TGTACAAGGTCTG-AAGGA-T--GT-CAAA-T--A-A--ATGCTGTA-----A---GAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAG---C-------TC-----TATGGTT-T--ACTAGTATTCAAGACATGC---------TCAA------A---------T---AATGGCCAAGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----T--GAAA--AAA--------GTCG-GACCAC--TTTCAAAAT---GGTA--TATGCACATCTTCA------A--T--TTG-TCCATATATAAC--AA--CT---A-T--ACAA--AGTT-T-AAGGA-ATGT--------CAA-GT-TAAAGGAGTG----------A-GAGG-----AG-TTA--ATT-------------A-----------------
gi|8 : AATCGATTCCAAGGAC---------AA--GA---------A----------T---------G------------CTC--TTAC-AAACATAAGTTA---A-TCT-AGATTCA----TACATGA--GACAGCGCGTACTTGGA-CCACAGGGA-ATAAAACATAGAACTTTGACAGT-AAAGTACATGTGTATTGTTG---GTAG--GAA-A-T------TCGTC--------------CATACCAGA--CT-AA-ATGTGTA-TGGTCTTGAAAAGTAT-CA---AACGT-AAA-GCTGTGAAAAGAGTTTC-GTT--ACACAAAAG-----TGTCAAGAGATGCTAT--A----TTCAAG------A-CCTGTGCA-A----------------AT--G--------AAGGAACAGA-GAGTTTT-AACTTTCATGT---A-------AGTAATT-------------CTCTC--GA--CA---ATCATGTTTGATCACTTA----C--AAAAA--cacaaagtaggtatctt
gi|9 : atG--AA---------T----------T---------G------------CT---TTA--AAATAA--GTT----A-TTT-T---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATTATTTCAGATGAA-ATAAAA-CTG-TAA--------C-GATGTTT-------TTG-TG---GTAA--AAA-A-T-A--TATCCTTATTG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-CTGTACA-TGGTC-TGAAAAATAT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGGAATGTT-TTG-ATT--ACAT-AAAA-----T------AGGTA-CG-------------------------ATGCT-A----------------AAATA--------AATG-AC--A-G---TTA-AAA-TACATGC---A-------A-----T-------------TTTTTTCAAGGAA---T----GTCGGGTCACTTT----C--AAAGG--GAC-A----CA--TGCACATTT-T-----TAATGCTTCTATAAC-----------ACAAGGTCTG-a
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TGTATCCCTGCGTGTCCTCGACAAATTCCTACCATGTTCCAATTAAGAATATGACAGTCCACACCTTTCTTGATATGTGATACTTGACTGGATTAGGTACCCTGTTCAATAAAAAAAACCAAACCAAATAGGTTACATATTGAAGTGA
Unaligned ( gi|43 ): CTTACTTTTTAGTACAACATATTTTTTTTAAAGAATCG
Alignments
lowQualScore : 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444444444444 77777777777777777777777777777777777777 4444444444444444444 88888888888888888888888888888 111111 1111111 22222222 33333333333333 11111111 1111111111 5555555555555555555555555555555 2222222 3333333333333 1111 33333333333 11 333333 22222 22222222 333333333 1 2222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222 222222 1
lowQualScore : 3 222222222 33 8888888888888888888888888888888888888888888 777 66 33 8888 2 2 555 6666 555 33 2 2 2 2 2222222222 0000000 2 444 33 2 2 5555 2 4444 2 0 22 22 55555 2 2 1 2 444 33 33 0 2 22 2 22 2 666666666666 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 22222222 3 6 555 3 9 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 6666 77 7777777777777777 2 77777 6666 2 1 2 0 11111111111111111111111111111111111111 2 33 1111111111111111111 5 2 33 777777 33333333333333333333333333333 555 222222 555 44 555 44 1111111 44 00000000 33 33 5555 0 33 777777 33 66 2 2 00000000000000 2 33 555 3 2 5 3 22222222 3 3 0 0 2 5555555555 3 99999 3 55 1111111111111111111111111111111 1 6 2222222 44 8 1 2222222222222 3 9999 1 66666666666 11 333333 0 3 1 22222 1 1 1 6 55555555 1 0 111111111 1 0 5555 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 8888888 888888 3 0
lowQualScore : . ......... .. ........................................... ... .. .. .... . . ... .... ... .. . . . . .......... ....... . ... .. . . .... . .... . . .. .. ..... . . . . ... .. .. . . .. . .. . ............ . ................................................... .. ........ . . ... . . .................................................... . .... .. ................ . ..... .... . . . . ...................................... . .. ................... . . .. ...... ............................. ... ...... ... .. ... .. ....... .. ........ .. .. .... . .. ...... .. .. . . .............. . .. ... . . . . ........ . . . . . .......... . ..... . .. ............................... . . ....... .. . . ............. . .... . ........... .. ...... . . . ..... . . . . ........ . . ......... . . .... . ................................................................ . ....... ...... . .
lowQualScore : 1 333333333 99 2222222222222222222222222222222222222222222 333 88 99 3333 9 9 444 1111 000 99 9 2 4 4 8888888888 9999999 4 111 11 2 2 0000 0 2222 0 2 22 88 99999 4 4 9 4 111 22 99 2 0 66 1 99 1 555555555555 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 11111111 3 2 444 1 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 5555 33 3333333333333333 9 11111 5555 9 6 7 8 66666666666666666666666666666666666666 5 66 1111111111111111111 6 5 44 222222 11111111111111111111111111111 888 999999 888 22 444 66 0000000 22 88888888 66 99 9999 6 99 222222 44 99 5 5 55555555555555 9 99 444 1 4 4 3 11111111 3 3 5 2 0 9999999999 6 11111 6 00 0000000000000000000000000000000 0 7 0000000 88 0 0 8888888888888 2 5555 0 00000000000 00 666666 8 8 4 66666 0 0 0 5 22222222 2 2 000000000 0 0 8888 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 0000000 888888 2 0
consensus : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCGT--G----T-----------A-CC-ATGCT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCAT-CA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGAAT--GTGCAAA-T--A-A--G----GTG-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------ATA--GGTACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------A---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAA---AA--CC---G-T--ACAA--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAAGC--ATG--CTNTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---TCTACATGTAAA-TTTANGAAAGC---TG-CGCAT--CTTT-----CAATGTNTCCATAAC----AACTGTANAANGTNTGAGGAATGGT-CG---GAAAGACTGCG--A-A-GNAG-TTGGTTA-T-CACAAA-T--A--AGG-------------AAAGCTA-AAAAATGTGTACA-A--TT--TTCC-C-GATC-ACTTTCAAAAAGGCGCATGCAC-A-CTT------CAATGTGTCCATAA-CACTGTACAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
Reference ( family-655 ) : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCGT--G----T-----------A-CC-ATGCT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCAT-CA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGAAT--GTGCAAA-T--A-A--G----GTG-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------ATA--GGTACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------A---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAA---AA--CC---G-T--ACAA--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAAGC--ATG--CTNTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---TCTACATGTAAA-TTTANGAAAGC---TG-CGCAT--CTTT-----CAATGTNTCCATAAC----AACTGTANAANGTNTGAGGAATGGT-CG---GAAAGACTGCG--A-A-GNAG-TTGGTTA-T-CACAAA-T--A--AGG-------------AAAGCTA-AAAAATGTGTACA-A--TT--TTCC-C-GATC-ACTTTCAAAAAGGCGCATGCAC-A-CTT------CAATGTGTCCATAA-CACTGTACAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
gi|1 : AAATCGATT-AAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------A------------CT---TTA--AAATAG--GGT----T-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-ATACATTGATCCAGATGAA-CTAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GAAG--AAA-A-T----TATCTTCAGTG-CTTTAATT-CATAGCA-A--CTAAA-TTGTACA-TGGTG-TGAAAAATA--CATTTA--GTAAAA-GTTGTGAGAAGAG-TTG-ATT--ACAC-AAAGAATTTT------AAGTACTGTGGG----T-----------A-CC-ATGCT-T----------------AA--A--------AATG-ACAAA-A---TTC-AGA-TTTACGT---A-------A-----T-------------T----------AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCATGCA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TTTACAAGATCTGCAAATAATTACTGTACA-T--ACC--G----GT------ACTTGAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAGCCTAGGCTTATATA--GGTATGATC-T--A------TTCAAGAT-TG--------------------G---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTA----C--GAAA--AAT--------GTCA-GATCAT--TTCCAAAAA---GACA--CATGCACATCTCCG------A--T--GTG-TCCATA-ACAA---AA--GTAAAG-T--ACAA--AGTT-TGAGGGATATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GA-G-----AA-TTG--ATT-------------A-----------------TTGTCTA-TTCAAAGCATATG--TTTTAA-AAATAACTAAGTT----AAAAATTCTACATGTAAATTTTACGAAAGC---TGTCGGATCACTTT-----CAA-----ACATAAC----AACTGTACAAATTTTAAGGAATGGTGTG---GGAAGACTACGTCA-A-GTAGACTGGTGA-TGCACAAA-TTCA--ATA-------------AAAGTTC-AAAAATATGTATATA--TT--TTCC-CTGAT--ATTTTCAAAAAGGCATATGCACAA-CTT------CAGTGTATTCATAA-CAATGTGCAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
gi|10 : -ATAAAA-AT---------------GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AGATA-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT--ATAATG-A--CTAAA-ATGTAAA-TGGTC-CGCAAAATGT-CA---A--GTAGAA-GCTGTGAGATGAG-TTG-GGT--ATGC-AAAC-----T---------TAC---------------------------------------------------A--A--------AATG-ACAAG-G---TTC-AAC-TGGATGT---C-------A-----T-------------TTTTTCGAA--AA---AT---GTCGGATAACTTT----C--AAAAA----------------GCACATTTGT-----CA----TT-----AC----AGC-TGTACAAAGTCTG-AAGG-AT--AT-CAAA-T--A-A--ATGCTGTT-----A---GAGGATTTGTTTTAC-----ATA----A-------ACA--GTTAT-GTG-T--A------TTCAAGACAat
gi|10 : -TT----GT-CATTACA-G--CT------GTACA-AAGTC-TGAAGGATAT-CA---A--ATAAAT-GCTGTTAGAGGAT-TTGTTTT--ACAT-AAA------C------AGTTA-TGT--G----T-----------ATTC-AAGAC-A----------------AA--G--------AAAG-GC-AA-G---TTC-AACGCACAC-------------A-----T-------------TTCTT--aagaaaggcaagttcaacgcacacatttctttcca
gi|11 : ataaaaatgaagtatttgtggtagagatatatatcttcaatgttttataatgactaaaatgtaaatggtccgcaaaatgtcaagtagaagctgtgagatgagttgggtatgcaaacttacaaaatgacaaggttcaactggatgtcattttttcgaaaaatgtcggataactttcaaaaagcacatAAA--GAC-ACAT------GCACACCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----TAC-TATGCAAGGTCTG-ATGGA-T--GTA-AAA-T--A-AATG----CTGCA---A---TAGGAGTTG-ATCACA-AAAATAG-----------------GTATGGTC-T--A------TTCGAGATATGC---------T---------AAAAAATGA-C---AA------AGT---TCAACGA--CA---GGT-AATTTTTT----TTTGAAA--AAT--------GTTG-GTTCAT--TTTCAAACA---GATA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-AC-----AA--CT---G-T--ACAA--AGCT-TGA-GGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGTG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------tcca
gi|12 : TT----A-TCT-A---TCA----AA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ACAAAA-ATA-AAC--------T-GAGGTAT-------TTG-TG---GTAG--CAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGATT-TGTAAAATAT-CA---A--GTAAAA-A---TG------G-TTA-AT---ACAC-AAAA------------------CAT--G----T-----------A-TC-ATGCT-G----------------AA--ATTTTTTTTAA-----AAA-G---TTC-AAC-TACATGT---ACATGATAA-----T-------------TTTTT--GA--AG---AAT--GTCCGACTACTTC----C--AAAAA--G---GCA--CA--TGTACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTATATGGTCTG-AAGcacaaagcaggcaccctattacaggga
gi|13 : tcAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----AAA-----------TTTTT--AA--GA---AT---GTCTGATCACTTC----C--AAAAA---------T-C---TCCA-ATT---------AATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGA-T--GT-CAAA-T--A-A--ATGCAATA-----A---GGGGAGTTG-ATTACA-TAAATC------------ATA--C---CGGTCCT--A------ATCAGGACATGC---------TCCCCC----A---------CCCCAAT-----AGCATACTAACTA--CA---TTT-AAATTTTT----G--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TTTCAAAAA---AACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-A
gi|14 : AAACCGATT-CAAGAAT---------AATAAA---------A----------T---------GGTGGGTTG----CT---CTA--AAATAA--GCT----A-TCTTA---TCA----TA---GACAAACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAATAAAAAA-AGA-AAC--------C-AAAGGAT-------TTG-TG---GCAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATGTTT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTA
gi|15 : ttatcagtcatttcaacaatctgaTA-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------A-----GTACTGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------AAAAGATAAAC---AA------AGT---TCAACTA--GAAAATAA-AAA-------------AAA--AAT--------GTTG-AATAAC--TTTCAAAA----GTCA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATC-ACAATT-AA--CA---G-T--ACAG--AATT-TGAGGT--ATGT--------CAA-GT-TCAAGGTGTG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------CCtttaatttaaatggatataaaaaacattttttcaaatgaaataagaataatttacgaaacctgacaaaaactgc
gi|16 : TGCAAAAT--A-A--G----G-G-----A---GAG----TG-ATTA----ACATA----A-------ATA--GGTACGGTC-CTAA------TTCAGGACATacccgcccgccattcaccaccacgctgtgcaacccggccaaaaatg
gi|16 : tcaaatttaaCTA--CA---TATTAAAGTTTT----G--GAAACCAATC-------ATCACGATCACCCTTTCAAAAA---GACAACTATGCACATCTTCA------A--T--GTGTTCCATA-ACAA---CA--TG---GAC--ACCACCAGTT-TGAGGAC-GTGT--------CAA-AT-TAttgccctcccctccacccccaccccccaatgagacaatactaatctacatattaaagttttggaaaccaatcatcacgatcaccctttcaaaaagacaactatgcacatcttcaatgtgttccataacaacatggacaccaccagtttgaggacgtgtcaaatta
gi|17 : tcaaatttaatgcaaaataagggagagtgattaacataaataggtacggtcctaattcaggacatttgccctcccctccacccccaccccccaatgagacaatactaatAGGAGTTG-ATTACA-CAAA--------------GTA--GGTACCATC-T--A------TTGAAAGCATGC---------TTAAAATATGA---------C---AA------AGT---TCAGCTA--CA---TGT-CAATTTTC----T--AAAA--AAAAAAAAAAAGCTG-GATCAC--TTTCAAAAA---GGCA--CATG-ACATCTTTA------A--T--A-G-TCCATA-ACA--------------------------TT---AAGGA-ATGT--------CAACGTATAAAAGTGC-----------A-GAGG-----AG-TTGTAGGT-------------A-----------------CC--CTA-TTCAA
gi|18 : AAATCGATT-CAAGAAC---------AT--AA---------A----------TATTCGGGTTG------------CT---TTA--AAATAT--GTT----AAGCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACAC--ATCCAAATGAA-ATAAAA-ATC-AAC--------T-GAAGTAT-------TGG--G---GT-----------------TTTTTAATG-TT------------CA-A--CTGAA-ATGTACA-TGATT-TGAAAAATGT-GA---A--GTAAAT-GCTGAGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-ACAG-----T------AGcctcagtgcaaccccgccaataat
gi|19 : ccatttattaatccttaatattcaacattgacaaCACATCT-T-----CAATGTATCCATAAC----AACAGGTACAAAGTTTG-A----------GC--A-T-------T----GTT-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-CAAAT--------------TA--GGTAC--CC-T--A------T
gi|2 : ttttcaacaaataacaaaattagtttcctaatttAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AATAGCCTGGTT---------G------------CT---TTA--AAATAT--GCT----A-TCC-A---CCA----TA---TA--GACAACA-GTACATGGTTCCAGATGAA-ATAAAA-TTA-AAC--------C-AAAGTATAG-----TTA-TG---GCTG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAAC------TAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAT-GCTGTGAAAAGAG-TTC-GTT--ACAA-AAAG-----T------AG---------G----T-----------A-CC-ATGCT-AAAAAAAAAAAAAAAAAAA--A--------AATG-GCAAT-G---TTA-AAC-TACGTGT---A-------A-----A-------------TTTTTCGAA--GA---AC---GCCCGATCATTTC----CA-AAAAA--GAC-GCA---A---GCATATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----ATT-TGCACAAAGTTTG-AA-GCAT--ATG-AAA-T--A-A-------ATG--------------------CTGCA-AGA--GA---A-------ATA--AGTATGGTC-C--A------TTCAAGACATGC---------TA--------A---------C---A---------------AACTA--CA---TGT-ACATTTTT----C--GAAA--AAT--------ATCA-GATCAC--TCTCAATAG---GACA--CNNNNNNNNNNNNN------N--N--NNN-NNNNNN-NNNN---NN--NN---N-N--NNNN--NNNN-NNNNNNN-NNNN--------NNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNGCTATA-GAGGTGTGAAG-TTG--ATTACACAAAATAGGTA-----------------TCGTCTATTTCAAGAC--ATG--CTTTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---cacggggatgcccctccctcaactgcccgccacccaccatactataagcaggacacgcgttgtacaacccggca
gi|20 : acaaatgaaataaaaaataaaatagcataaagttatctgcataagAAATCAATT-CAAGAAT---------AG--AA---------ATGGCTGGAT-T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TTT-ct
gi|20 : atataaaatccaa--AAA-A-T-A--TGTT----ATT-TT----TT-CTTAACA-A--CTAAA-ATGTACA-AGTTT-TGAAAAATTT-CA---A--GTACAA-GTTGTGAAAAGAG-TTG-GTT--GTAC-AAAG-----T------AGGTG-CAT--G----T-----------A-CC-ATGTT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-Atttcttaacaactaaaatgtacaagttttgaaaaatttcaagtacaagttgtgaaaagagttggttgtacaaagtaggtgcatgtaccatgttaaaaaatgacaaagttca
gi|21 : atataaaatccaaaaatcaattcaagaatagaaatggctggattgctttAAATCGATT-CAAGAACTGTTTTTACAG--AA---------A----------TCCGGATT--G------------CT---TTATAAAATAT--GTTTTAAA-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-GTATATTGATCCAGGTAAA-A
gi|22 : tatttgaaaaaaaaataaaaaataataaaatcatcaattacacgcttaattcaaggctttaaaaacaaaaAAATCGATT-CAAAAAC---------AA--AA---------A----------T---------G-----------------------ACTGG--GTG----A-TCT-G---TCA----CA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATT-AAG--------T-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-TCAATTATGTATAATG-CT----T----TAAGA-AGTCTAAAGATG
gi|23 : ctgattctgtcgtatgaagtaatgaaaaC--TTTCAAAAAAGGGGC---CATGCACTTCTTCA------AGTT--GTG-ACCATA--CA--------CC---G-TGTACAA--AGTCATGACGGA-ATGTCACATGCACAA-GT-TAAAGGAGTG----------AGGAGG-----AG-TTG--ATT-------------
gi|24 : cctA----TA---GA--GACAACA-GAACATGGATACAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TTA-TG---GTAG--AGA-A-C-A--TATCTTCAATG-TT----TT-TATAATA-A--CTGAA-ATCTAAA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAG-GCTGCGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTtacacaaagtaggataccctattcaacctcagtgccaaacccatccaatat
gi|25 : A-ATAAAA-GTA-AAC--------T-TATGTAT-------TAG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT--------------------------GTACA-TGGTC-TGATAAATGT-TA---A--GTAAAA-GTTGTTTGAAGAG-TTG-GTT--ATAC-g
gi|27 : catatataaccaaaggggtat---GGGGAATTG-ATTACA-AAAATAG---GT------GCA--TGTACCGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------TTAAAAATT-AT--------C---AA------ATT---TCAACTA--CA---TGT-GATTTTTA----C--AAAA--AAT--------GTCT-AATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CAAAC------TCA------A--T--GTG-TACATA-ACAA---catgcttaaactttttttgaagaatgtctggtca
gi|28 : CAAAAAAT-T---------T---------A---------C---AA------AAT---TCACCTATACA---TGT-AATTTTTTTCCCC---------ATTTTA----GTCA-GATCAC--TT-------------G--TATGCA-ATCTCCA------A--TATGTG-TCCA-A-AAAC---AA--CC---G-T--ACAC--AGTT-T-AAGGA-ATAT--------CAA-GT-TAGCAGCATG----------A--AGT-----AG-TCG--Act
gi|29 : AAATTGATT-CAAAAGC---------AG--AA---------A----------T---------GG-----------CTGGGTTG--CTCTAT--CAT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--AACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAA-
gi|3 : tgtaacatatattgattaacttttgtgatagtgaaataAAATCAATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------GGCCGGGCTCATGCT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-T---TCAGTAGTA---AA--GACAGCA-GTACATGGATTCAGATGTA-ATAAAA-ATA-AAT--------G-CACATAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TACCTTCAATG-TT----TT-CATAAC---------------ACATTGGTC-TGAAAAATATCCA---A--GTAGAA-GGAGTGAGAAAAG-TTG-GTTAAATAC-AAAG-----T------AAGAACCAT--GTTATT-----------A-AT-ATAA--A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGTGTAA-------A-----T-------------TTTTTC-AA--GA---AT---GCCCAATCACCTT----C--AAAA----TC-ACA--CA--TGCACACCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTGCGAAGTCTG-AAGG-AT--GT-CAAA-TA-A-A--G----GTGCTGTTA---AAGGAGTTG-ATTAT--AAAAT--------------TA--GGTATGGTC-T--C------TTCAtt
gi|3 : TTAT--AA--AATTAG----GTATGGTCTCTTCATATC--AAAAAATGTC-AGAT-CACATAGACATCT-T-----CAATGTGTCCATAACAATTAAC-TGTACtatcaaaaaatgtcagatcacatagacatcttcaatgtgtccataacaattaactgtaccaa
gi|3 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgaT----C--AAAA--AAT--------GTCA-GAT-------------------CA--CATAGACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAATT-AA--CT---G-T--ACCA--Acaa
gi|30 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgattataaaattaggtatggtctcttcataTGCACATCTTCA------A--TTCATG-TCACTG-ATTA---GAGGCT---G-T--A-----AGTT-TT-GGGA-ATGT--------CAA-AT-TAGAGGTATG----------A-G-GG-----AGTTTG--ATT-------------
gi|31 : atgttagtattcacggccaataacCAGATGAT-ATAAAA-GTA-AGC--------C-AAAGTAC-------ATG-TATTTGTAG--AAA-A-T-A--TATCTTTAATG-TT----TT-CATA-----------------ACA-TGGTC-T-AAAAATAT-CC---A------------------------TG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCAT--G----ccaaatagta
gi|32 : ----------------AA--A--------AGTG-ACAAAAG---TTCGAACGTACATGT---A-------AAAA--T-------------TTTTT--AA--GA---T----GTCTTATCACTTT----CTCAAAAA--TAC-TC---CA---GCATA----------AAATGCTTC-ATAAC----AGC-TGTACAA-GTCTG-Ac
gi|33 : ----------T---------G------------CT---TTA--GAATAT--GTC----G-CCT-A---TCA----TA---CA--GATGGCA-GTACATGT-TGCAGATGAG-G-AAAA---A-AAC--------CTGAAGTTT-------TAG-TG---GCAA--AGA-ATT-A--TAT
gi|34 : cagaaatggcgggtGTCTG-AAGGA-----TGTAAA-T---------------------------GAGTTT-ATTACA-ATAATAG---A--------------TACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------TAAAAATG--A---------C---AG------AGT---TCAATTA--CA---TGT-AAAT
gi|35 : tGGAGTTG-ATCACACAAAATAC---A-------ATATAGGTATCGTC-T--A------TTCAAAACATGCTTAAATAATT---------A---------C---AA------ACT---TCAACT---CC---TTT--AATTTTT----ga
gi|36 : ATCTTCAGTG-TT----TTTCATA--------------TTTACA-AG----TGAAAAATAT-CA---A--GTAAAAAGCTGTGAGAAGCC-TTG-GTT----AC-AAAG-----T------A
gi|37 : AAAGTTTG-AGGAAAC---TG-AAG-TTTG-A--G----GCGGG---A---GAGGGGTTG-ATTACA-CAAAT--------------TA--GGTACCGTC-T--A------TTAAAGACATGtag
gi|38 : A-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TGG-TG---GAAG--AGA-A-T-A--TATCTTTAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAA
gi|38 : AT--CTTT------AATGTTTTCATAACAACTAACTGTAGAAGGctgtagaaggagttgta
gi|39 : aataaactgaaatattggtggaagagaatatAAATTGATT-CAAGAGC---------AG--AAATGGCAGGGA----------T---------G------------CT---TTA--AAACAT--CTT----agttgta
gi|4 : tattcaatatcatagaGATTCAGATGA---CTGAA-ATA-AA-------------AATAT-------TTA-TG---GTAGGGAAT-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-TATAACA-A--CTAAA-ATGTATA-TGGTC-TGAAAAA--------------------CT----GAGGAG-TTT-GTT--ACTC-AAAG-----T------AGGAACca
gi|4 : ATATATATCTTCA------A--T--GTT-TTTATA-ACAACTAAA--AT---G-T--ATAT--GGTC-TGA---A-A------------AA-CT-----------------------GAGG-----AG-TT--------------------------------------TGT-TA-CTCAAAGT--AGGAACTATAG-AAATGT----GTC----GGA---TC-AC---T----TTCAAAAAAGCACATG-CACAT--CTTCATGCACAATGTGTCCATGTT------CTGTACAACGTTTGAGGAATG-T-CAAGTGAAAGGTT-CG--AGA-GGAG-TTGATTA---CACAAAAT--AGCAGGTTCTTGTTTATTCAAAGC-A-AAAAATG---ACA-AAGTTAATTCAAC-TATCTACATGTAATTAGGCGCAT-------CTT------CAATGTGTCCATAACCACTGTAACAAGTGTGAGGACTGCCCGGtatagaaatgtgtcggatcactttcaaaaaagcacatgcacatcttcatgcacaatgtgtccatgttctgtacaacgtttgaggaatgtcaagtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|4 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaAT--CTT------CAATGTTTTTATAAC----AACT--AAAATGTAT-----ATGGT-CT---GAAAAACTG------A-GGAG-TTTGTTACT-CA-AAG-T--A---GG-------------AA--CTATAGAAATGTGT--------------C-G-GATC-ACTTTCAAAAAAGCACATGCAC-ATCTTCATGCACAATGTGTCCAT-G-TTCTGTACAACGTTTGAGGAATGTCAAGtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|4 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatat--GAAA--TGT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---AGCA--CATGCACATCTTCATGCACAA--T--GTG-TCCATG-TT---------CT---G-T--ACAA--CGTT-TGAGG-A-ATGT--------CAA-GT-GAAAGGTTCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------ACACAAAATAGCAGGTTCTTGTTTA-TTCAAAGC--A--------AA-AAATGACAAAGTTAATTCAACTATCTACATGTAA---TTAGG-----------CGCAT--CTT------CAATGTGTCCATAAC----CACTGTAACAAGTGTGAGGACTGCC-CG---GTAAAAGTGTG--A-AAGTAG-TTGGTTA-T--ACAAA-T--A--AGG-------------AAAACTG-AAAAtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|40 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatcttcaatgtttttataacaactaaaatgtatatggtctgaaaaactgaggagtttgttactcaaagtaggaactataAAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------AT---------T---------G------------CT---tagaggtttgaagcataatat
gi|41 : agccatgaaattgggcaaGTCTA-TTCAAGAC--TTA--CTAAAACAAATGACAAAGTT----CAA---T-GGCATGTAAA-Tgggttgcttta
gi|42 : gTGTGTAAGGAG-TTG-ATT--TCAC-AAAG-----T------AGGCGCC
gi|44 : gttaaata-TGTACAAAGTCTG-AAGG-AT--GT-CAAA-T--A-A--cttttacaggg
gi|5 : TT------CAATGTGTCCATAA-CAatgc
gi|5 : TGTGAGAGGA--TTA-ATC--ACAC-AAAG-----T------AGTTTCCAT--A----TCATCTATTGAAA-GC-ACGCTTA----------------AA--A--------AATA-GGAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---AAAT----A-----T-------------TTCGT--AA--AA---T----ATCGGATCACTTT----C--AAA-----ACAGCA--CA--TGCACACCT-T-----CAATGTGCTCAT-AC----AAC-GGTACAAAAATTG-AA-CATT--AT-CAAC-TTAA-A--GGT--GTG-----A---GAAGAGTTG-ATTACA-GAA-------A-------GTA--GATACCGTC-T--A------TTGAATGCATG--------------------A---------C---AA------CGT---TCATTT--------TTT----TTTCT----C--GAAA--AAT--------ACAA-GATCAA--TTCCAAAAA---GACA--C--GCACATTTTCA------A--T--GTA-TCCATA-AC-----AA--TC---G-T--ACAC--AGTT-TGAAGGagagttcatatttgaggggtgtgagaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaaaaaataggaaagttcaactacatgtaaatatttcgtaaaatatcggatcactttcaaaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcacattttcaatgtatccataacaatcgtacacagtttgaagggtgtgagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|5 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgagggg-A--CATTTTCAATG-TA----TC-CATAACA-A--TC------GTACA-CAGTT-TGAAG---------------------GGTGTGAGA--TG-TTG-ATT--ACAC-GAAG-----T------CGGTACCgtgtgagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|6 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgaggggtgtgagaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaaaaaataggaaagttcaactacatgtaaatatttcgtaaaatatcggatcactttcaaaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcAAATCGATT-CAATAAC---------AG--AA---------TGGCTGGGT--T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ATAAAG-ATA-AAC--------T-G-------------TTA-CA---GTAG---TC-A-T----TGTCTTCAATG-TT----TT-TATAACA-A--CTACA-ATGTACA-AGGTC-CGACAAATGT--A---A--GTAAAG-TCCGTGAGAAGA--T----------------------T------AGGCACC-----------------------CC--TGCT-T----------------AA--A--------AATG-ACAAACG---TTC-AAC-TACATGT---A-------AACG--TAATAATTATTTTGTTTTT--GA--AG---ACT--GTCCGATCACTTC----G--ATAAC--GAT-AC-T-----TGTACATCT-TCTGAGCAATGCTTCccattca
gi|7 : tgacaaaaaataaaaataattgagttaatgtttagaacatataatatatga-TACATGT---A-------AA----G-------------TTTTC--AA--AG---AAT--GTCCGATCATTTC----C--AATAA--GAC-ACAT------GCACATCT-T-----CAATGGTTTCATAAC----AGT-TGTACAAGGTCTG-AAGGA-T--GT-CAAA-T--A-A--ATGCTGTA-----A---GAGGAGCTG-ATTACA-AAAATAG---C-------TC-----TATGGTT-T--ACTAGTATTCAAGACATGC---------TCAA------A---------T---AATGGCCAAGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----T--GAAA--AAA--------GTCG-GACCAC--TTTCAAAAT---GGTA--TATGCACATCTTCA------A--T--TTG-TCCATATATAAC--AA--CT---A-T--ACAA--AGTT-T-AAGGA-ATGT--------CAA-GT-TAAAGGAGTG----------A-GAGG-----AG-TTA--ATT-------------A-----------------
gi|8 : AATCGATTCCAAGGAC---------AA--GA---------A----------T---------G------------CTC--TTAC-AAACATAAGTTA---A-TCT-AGATTCA----TACATGA--GACAGCGCGTACTTGGA-CCACAGGGA-ATAAAACATAGAACTTTGACAGT-AAAGTACATGTGTATTGTTG---GTAG--GAA-A-T------TCGTC--------------CATACCAGA--CT-AA-ATGTGTA-TGGTCTTGAAAAGTAT-CA---AACGT-AAA-GCTGTGAAAAGAGTTTC-GTT--ACACAAAAG-----TGTCAAGAGATGCTAT--A----TTCAAG------A-CCTGTGCA-A----------------AT--G--------AAGGAACAGA-GAGTTTT-AACTTTCATGT---A-------AGTAATT-------------CTCTC--GA--CA---ATCATGTTTGATCACTTA----C--AAAAA--cacaaagtaggtatctt
gi|9 : atG--AA---------T----------T---------G------------CT---TTA--AAATAA--GTT----A-TTT-T---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATTATTTCAGATGAA-ATAAAA-CTG-TAA--------C-GATGTTT-------TTG-TG---GTAA--AAA-A-T-A--TATCCTTATTG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-CTGTACA-TGGTC-TGAAAAATAT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGGAATGTT-TTG-ATT--ACAT-AAAA-----T------AGGTA-CG-------------------------ATGCT-A----------------AAATA--------AATG-AC--A-G---TTA-AAA-TACATGC---A-------A-----T-------------TTTTTTCAAGGAA---T----GTCGGGTCACTTT----C--AAAGG--GAC-A----CA--TGCACATTT-T-----TAATGCTTCTATAAC-----------ACAAGGTCTG-a
blockSeqs : C TGTTTTTAC TA ATGGCCGGGCTCATG GGG TA AA TTAA A T GAT GTAG CAT CA C T C G TTTGACAGT ATGTGTA T TTT GG T T CAAT T . T AG GT AAAGA T T G C . AC AA T GT T AA A TGTCAAG GTACCATGCTAAAAAAAAAAAAAAAAA AT TTTTTTTT A A AGT G G AAACGTAATAATTATTTTGTTTTTGAAGACT ATAT TC ATGTCAGATCACAT G CTGAG AATT A A . ATGTCAAATAAAGGTGCTGTTA T CA ACAATATAG G C TA CTAGTA TAAAAGATAAA CCC TGGCCA ATA TA AAA TA TCCCC CC AAAAAAAA AC CC AAGG AC TGCACA GT AT T T AACTAAAAT A GT ACC A G G . CACATGCA C A T NNNNNGCTAT G TGTGA T TA ACACAAAATAGCAGGTTC C T AGGAA TT C A AATTCAACTATCT A AAA A AAAGCACATG . CATGCA T T AACTA G G T G TCAAGT A GTGAAA G . CTC C ATAGCAGGTTCTTGTTTATTCAAAGCAAAAAATGACAAAGTTAATTCAACTATCT GCACAT CATGCA A C
blockSeqs : . . . AATAGCCTGGTTG C C . A . . . . . . . . . . CT AG . . . . . A . . . G . AAAA . . A . . . A G G . . . T CCATATCATCTATTGAAAGCACGCTTA . . . C . . G ACATGATAATTTTTTGAAGAAT . A ACAGCACAT . . . . G . ATTATCAACTTAAAGGTGTGA . A AGGTGCAT G . . . TTAAAATATGA . T . . . A TTT . TTTA G . A . . . TC . . AATTAACA . . A . G G . . . . T . . . . . ACACAAAATAGGTA C . ATG AT . A GGATC A AA G . . T G C A C C A G GTCT A CGAGA G . C C TAGGAACTATAGAAATGTGTCGGATC . . A .
blockSeqs : . . . ATATTCGGGTTG . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . A . AAAA . . A . . . T A T . . . C CTATATTCAAGACCTGTGCAA . . . . . . T AAGTAATTCTCTCGACAATCAT . . TCACACAT . . . . G . ATATCAAATAAATGCTGTTA . T GAAATAA T . . . TTAAAAATTAT . . . . . A G . C A . A . . . . . . AATTAACT . . G . G A . . . . C . . . . . A T . TTA AA . A CAATG . . . . T T C A T G . CCCG T GA T . T . . . .
blockSeqs : . . . ATGGCTGGATTG . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A . . . A . AAAA . . G . . . A A G . . . T CCATGTTATTAATATAAA . . . . . . . GTAAATTTTTTCAAGAAT . . GACACAT . . . . G . ATGTAAAATAAATGCTGCAA . A AAACAG G . . . TTAAATAATTA . . . . . A G . . G . A . . . . . . TAGAGGCT . . N . N N . . . . N . . . . . A C . A . . . . . G C . A A
blockSeqs : . . . ATGGCAGGGATG . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . A . GAAA . . G . . . T A G . . . T TGTGTATTCAAGACA . . . . . . . AATTTTTTTCAAGGAAT . . GGCACAT . . . . A . ATGTCAAATAAATGCAATAA . C AAATAG C . . . TAAAAAATGA . . . . . C T . . G . A . . . . . . AACAACT . . A . G C . . . . T . . . . . A . .
blockSeqs : . . . ATGGTGGGTTG . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A . . . A . AAAA . . T . . . T A G . . . T CATGTATCATGCTG . . . . . . . CATTTTTTCGAAAAAT . . GACGCAA . . . . A . AACTGAAGTTTGAGGCGGGA . C CATAC G . . . TAAAAATGA . . . . . A C . . A . G . . . . . . AACATG . . C . T A . . . . T . . . . . A
blockSeqs : . . . TGGCTGGGTTG . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . A . AAAA . . G . . . A A G . . . T CATGTACCATGTTA . . . . . . . AAAAATTTTTAAGAAT . . TACTCCA . . . . A . ATGTCAAATAAATGCTGTAA . A AGTAG C . . . TCCCCCA . . . . . G C . . T . A . . . . . . NNNNNN . . A . G G . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . ATCCGGATTG . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . A . GAAA . . G . . . G A G . . . T CCCCTGCTT . . . . . . . AAATTTTTCGAAGAAC . . GATACTT . . . . A . CATATGAAATAAATG . A AGCTC G . . . TCAAA . . . . . A C . . A . A . . . . . . ACAACC . . T . G G . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . ATGG . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . A . AAAA . . A . . . A A G . . . T CGATGCTA . . . . . . . AAAAATTTTTTAAGAT . . GACACAT . . . . A . GCATTGTTA . A AGAA G . . . TAA . . . . . A C . . A . A . . . . . . AACT . . A . G A . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . ATTG . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . . . A . ACAA . . A . . . A G G . . . T C . . . . . . . AAATATTTCGTAAAAT . . GACACAT . . . . A . ATGTAAAT . A GTAG C . . . TA . . . . . A T . . G . T . . . . . . AATC . . C . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . ATG . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A . . . A . AAAC . . A . . . G G C . . . T . . . . . . . AAAGTTTTCAAAGAAT . . TCT . . . . G . . C TAG C . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . ACC . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . ATG . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . A . AAA . . G . . . A G G . . . T . . . . . . . . . . . G . . G TAG C . . . . . . . . G . . . . . . . . CT . . . . . .
blockSeqs : . TTG . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . A . . . . A . . . A A G . . . T . . . . . . A AGA G . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . A . . . A . . . . A . . . . A G . . . T . . . TAG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T T . . . T . . AG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ATGGCCGGGTTG******************************* A*** **** *** T*********** GACACAT********* ATGTCAAATAAATGCTGTNA****************** AGATAG************* TNAAAAATA******************** AACAACT******* AG***** ** C*****
originalCons : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AA---------A----------T---------G------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCGT--G----T-----------A-CC-ATGCT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAA--GAC-GCAT-CA--TGCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGAAT--GTGCAAA-T--A-A--G----GTG-----A---GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAG---A-------ATA--GGTACGGTC-T--A------TTCAAGACATGC---------T---------A---------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAA---AA--CC---G-T--ACAA--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAAGC--ATG--CTNTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---TCTACATGTAAA-TTTANGAAAGC---TG-CGCAT--CTTT-----CAATGTNTCCATAAC----AACTGTANAANGTNTGAGGAATGGT-CG---GAAAGACTGCG--A-A-GNAG-TTGGTTA-T-CACAAA-T--A--AGG-------------AAAGCTA-AAAAATGTGTACA-A--TT--TTCC-C-GATC-ACTTTCAAAAAGGCGCATGCAC-A-CTT------CAATGTGTCCATAA-CACTGTACAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
finalCons : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AAATGGCCGGGTTG-------------------------------CT---TTA--AAATAT--GTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-TA---TATCTTCAATG-TT----TT-CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGAAAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTG-GTT--ACAC-AAAGT-----------AGGTACCGT--G----T-----------A-CC-ATGCT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTTC----C--AAAAAGACACAT---------GCACATCT-T-----CAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTG-AAGGATGTCAAATAAATGCTGTNA------------------GAGGAGTTG-ATTACA-AAAATAGATAG-------------GTACGGTC-T--A------TTCAAGACATGCTNAAAAATA--------------------C---AA------AGT---TCAACTA--CA---TGT-AAATTTTT----C--GAAA--AAT--------GTCG-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAACAACT-------G-T--ACAA--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG----------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAAGCAG-----CTNTAA-AAATGACAAAGTT----CAA---TCTACATGTAAA-TTTANGAAAGC---TG-CGCAT--CTTC-----CAATGTNTCCATAAC----AACTGTANAANGTNTGAGGAATGGT-CG---GAAAGACTGCG--A-A-GNAG-TTGGTTA-T-CACAAA-T--A--AGG-------------AAAGCTA-AAAAATGTGTACA-A--TT--TTCC-C-GATC-ACTTTCAAAAAGGCGCATGCAC-A-CTT------CAATGTGTCCATAA-CACTGTACAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TGTATCCCTGCGTGTCCTCGACAAATTCCTACCATGTTCCAATTAAGAATATGACAGTCCACACCTTTCTTGATATGTGATACTTGACTGGATTAGGTACCCTGTTCAATAAAAAAAACCAAACCAAATAGGTTACATATTGAAGTGA
Unaligned ( gi|43 ): CTTACTTTTTAGTACAACATATTTTTTTTAAAGAATCG
Alignments
lowQualScore : 111111111 1111111111 1111111 5555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111 333333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 111111111111 11111 11111111 111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444444444444444444444444444444444444444 11 444444 1111 1 33333333 1 222222 1 222 99999999999999999999999 11 77777777777777777777777777 444444 1
lowQualScore : 2 000000000 33 2 5 444 33 2 8888 2 2 555 6666 555 33 2 2 2 2 2222222222 0000000 2 444 33 2 2 5555 2 6666 2 2 22 2 22 2 2 33 222 444 33 22 1 2 2 22 2 55555 666666 222 3333333333333333333333333333333333333333333333 55 33333333 3 6 555 3 6 555 111111111111111111111111111111111111111111111111 0 8888888 3 999999999 6666 2 77777 6666 6666 2 1 1 0 3 44 4444444444444 555 2 2 55 111111111111111111 33 2 3 2 666666 33 33 00000000000000000000000000000000000000000000000 555 444 44 33 888888 33 99999999 555 33 555555 33 666666 33 66 2 2 555555555555 00000 2 6 444 11111111 3 3 1 2 333333333 3 88888 3 44 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 6666666666666666666666666666666666666666 88 000000 0000 5 1 1 1 88888888 4 3 2 777777 1 3 777 00000000000000000000000 11 33333333333333333333333333 4 3 88 666666 3 2 55 3 3
lowQualScore : . ......... .. . . ... .. . .... . . ... .... ... .. . . . . .......... ....... . ... .. . . .... . .... . . .. . .. . . .. ... ... .. .. . . . .. . ..... ...... ... .............................................. .. ........ . . ... . . ... ................................................ . ....... . ......... .... . ..... .... .... . . . . . .. ............. ... . . .. .................. .. . . . ...... .. .. ............................................... ... ... .. .. ...... .. ........ ... .. ...... .. ...... .. .. . . ............ ..... . . ... ........ . . . . ......... . ..... . .. ..................................................................... . ........................................ .. ...... .... . . . . ........ . . . ...... . . ... ....................... .. .......................... . . .. ...... . . .. . .
lowQualScore : 9 777777777 77 7 3 777 77 9 3333 9 9 444 1111 000 99 9 2 4 4 8888888888 9999999 4 111 11 2 2 0000 1 6666 0 1 99 8 77 5 4 22 999 111 22 44 6 0 1 99 1 66666 444444 888 9999999999999999999999999999999999999999999999 00 22222222 6 7 888 3 7 888 444444444444444444444444444444444444444444444444 7 8888888 1 111111111 1111 9 11111 1111 5555 9 2 2 4 3 66 6666666666666 000 5 5 22 000000000000000000 44 9 2 4 888888 22 77 55555555555555555555555555555555555555555555555 555 777 44 77 000000 99 33333333 555 77 222222 77 444444 11 11 2 2 222222222222 55555 7 7 222 22222222 1 1 0 3 333333333 3 33333 3 66 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3333333333333333333333333333333333333333 33 000000 3333 3 0 0 0 33333333 7 7 0 000000 0 3 333 00000000000000000000000 33 00000000000000000000000000 0 0 00 000000 3 5 55 0 0
consensus : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AAA-TGGCCGGGTT---GCTTTA--AA-ATATGTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGA--AAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTGGTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCGTG----T-----------ACC-ATGCT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTT--C----C-AAAAA------GA-CACATGCA----CATCT-T-----CAAT----GCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTGAAGGATGTCAAATA-AA--TGCTG--TA---------A---GAG-GAGTTG-ATTACA-AAAATAG-----------A---T--AGGTACGGT-C------T--ATTCAAGACA--TGCT---------N---------------------AAA--A--A-T--A--CAAAGTTCAACTA--CA---TGT-AA--ATTTTT----CGAAA--AAT--------GTC-G-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAA-C--AA-CT---GTACA--A--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAAAGGTGCG---------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAAGCA---G---------CTNT----AAAAATGACAAAGTT----CAA---TCTACATGTAA--TTTANGAAAGC---TG-CGCAT--CTTC-----CAATGTGTCCATAAC-ACTGTACAAAGTTTGAGGAATG-T-CG---GNAAGANTGCG--A-A-GTAG-TTGGTTAT-CACAAA-T--A--AGG-------------AAAGCTNAAAAATGTGTACATAAGTTAATTCNACTNATCTACNTNCAANNAGGCGCATGCACAACTTCAATGTGTCCATAA-CANTGTGNNAAGTGTGAGGANTGCCNGG
Reference ( family-655 ) : AAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AAA-TGGCCGGGTT---GCTTTA--AA-ATATGTT----A-TCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGA--AAAATGT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGAGAAGAG-TTGGTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCGTG----T-----------ACC-ATGCT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----T-------------TTTTT--AA--AA---A----GTCCGATCACTT--C----C-AAAAA------GA-CACATGCA----CATCT-T-----CAAT----GCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTGAAGGATGTCAAATA-AA--TGCTG--TN---------A---GAG-GAGTTG-ATTACA-AAAATAG-----------A---T--AGGTACGGT-C------T--ATTCAAGACA--TGCT---------N---------------------AAA--A--A-T--A--CAAAGTTCAACTA--CA---TGT-AA--ATTTTT----CGAAA--AAT--------GTC-G-GATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAA-C--AA-CT---GTACA--A--AGTT-TGAGGGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG---------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------TCGTCTA-TTCAAAGCA---G---------CTNT----AAAAATGACAAAGTT----CAA---TCTACATGTAAA-TTTANGAAAGC---TG-CGCAT--CTTC-----CAATGTNTCCATAACAACTGTANAANGTNTGAGGAATGGT-CG---GAAAGACTGCG--A-A-GNAG-TTGGTTAT-CACAAA-T--A--AGG-------------AAAGCTAAAAAATGTGTACA-A--TT--TTCC-C-GATC-ACTTTCAAAAAGGCGCATGCAC-ACTTCAATGTGTCCATAA-CACTGTACAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
gi|1 : AAATCGATT-AAAGAAC---------AG--AAA-TA------------CTTTA--AA-ATAGGGT----T-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-ATACATTGATCCAGATGAA-CTAAAA-ATA-AAC--------C-GAAGTAT-------TTG-TG---GAAG--AAA-A-T----TATCTTCAGTG-CTTTAATTCATAGCA-A--CTAAA-TTGTACA-TGGTG-TGA--AAAATA--CATTTA--GTAAAA-GTTGTGAGAAGAG-TTGATT--ACAC-AAAGAATTTT------AAGTACTGTGGG--T-----------ACC-ATGCT-T----------------AA--A--------AATG-ACAAA-A---TTC-AGA-TTTACGT---A-------A-----T-------------T----------AA---A----GTCCGATCACTT--C----C-AAAAA------GA-CGCATGCATGCACATCT-T-----CAAT----GCTTCCATAAC----AGC-TTTACAAGATCTG--------CAAATA-AT--TACTG--TACATACCGGTACTTGAG-GAGCTG-ATTACA-AAAATAGCCTAGGCTTATA---T--AGGTATGAT-C------T--ATTCAAGAT---TG----------------------------------------------G--CAAAGTTCAACTA--CA---TGT-AA--ATTTTA----CGAAA--AAT--------GTC-A-GATCAT--TTCCAAAAA---GACA--CATGCACATCTCCG------A--T--GTG-TCCATA-ACAA----AA-GTAAAGTACA--A--AGTT-TGAGGGATATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGCG---------A-GA-G-----AA-TTG--ATT-------------A-----------------TTGTCTA-TTCAAAGCATATG---------TTTT----AAAAATAACTAAGTT----AAAAATTCTACATGTAAATTTTACGAAAGC---TGTCGGATCACTTT-----CAA-----ACATAACAACTGTACAAATTTTAAGGAATGGTGTG---GGAAGACTACGTCA-A-GTAGACTGGTGATGCACAAA-TTCA--ATA-------------AAAGTTCAAAAATATGTATATA--TT--TTCC-CTGAT--ATTTTCAAAAAGGCATATGCACAACTTCAGTGTATTCATAA-CAATGTGCAAAGTGTGAGGAATGTCAGG
gi|10 : -ATAAAA-AT---------------GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AGATA-T-A--TATCTTCAATG-TTTT-----ATAATG-A--CTAAA-ATGTAAA-TGGTC-CGC--AAAATGT-CA---A--GTAGAA-GCTGTGAGATGAG-TTGGGT--ATGC-AAAC-----T--------------------T-----------AC--------------------------A--A--------AATG-ACAAG-G---TTC-AAC-TGGATGT---C-------A-----T-------------TTTTTCGAA--AA---AT---GTCGGATAACTT--T----C-AAAAA------G--------CA----CATTTGT-----CA--------TT-----AC----AGC-TGTACAAAGTCTGAAGGATATCAAATA-AA--TGCTG--TT---------A---GAG-GATTTGTTTTACA-TAAACAG-----------T---T--ATGTG------------T--ATTCAAGACA---------------A---------------------AGA--A--A-G--G--C-AAGTTCAACat
gi|11 : AAA------GA-CACATGCA----CACCT-T-----CAAT----GCTTCCATAAC----TAC-TATGCAAGGTCTGATGGATGTAAAATA-AA--TGCTG--CA---------A---TAG-GAGTTG-ATCACA-AAA---------------A---T--AGGTATGGT-C------T--ATTCGAGATA--TGCT---------A---------------------AAA--A--A-TG-A--CAAAGTTCAACGA--CA---GGT-AATTTTTTTT----TGAAA--AAT--------GTT-G-GTTCAT--TTTCAAACA---GATA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCAT----AA-C--AA-CT---GTACA--A--AGCT-TGA-GGA-ATGT--------CAA-GT-TAGAGGTGTG---------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A------------------CA-------CAAAGCA---G---------gcacacatttctttcca
gi|12 : TT----A-TCT-A---TCA----AA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ACAAAA-ATA-AAC--------T-GAGGTAT-------TTG-TG---GTAG--CAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTACA-TGATT-TGT--AAAATAT-CA---A--GTAAAA-A---TG------G-TTAAT---ACAC-AAAA------------------CATG----T-----------ATC-ATGCT-G----------------AA--ATTTTTTTTAA-----AAA-G---TTC-AAC-TACATGT---ACATGATAA-----T-------------TTTTT--GA--AG---AAT--GTCCGACTACTT--C----C-AAAAA------GG-CACATGTA----CATCT-T-----CAAT----GCTTCCATAAC----AGC-TGTATATGGTCTGAAGgcaccctattacaggga
gi|13 : tcAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------A-----AAA-----------TTTTT--AA--GA---AT---GTCTGATCACTT--C----C-AAAAA-----------------------TCT-C-----CAATTAATGCTTCCATAAC----AGC-TGTACAAGGTCTGAAGGATGTCAAATA-AA--TGCAA--TA---------A---GGG-GAGTTG-ATTACA-TAAAT-C-----------A---T--A---CCGGTCC------T--AATCAGGACA--TGCTCCCCCACCCC---------------------AAT--AGCA-T--A--C------TAACTA--CA---TTT-AA--ATTTTT----GGAAA--AAT--------ATC-A-GATCAC--TTTCAAAAA---AACA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-A
gi|14 : AAACCGATT-CAAGAAT---------AATAAAA-TGGT-GGGTT---GCTCTA--AA-ATAAGCT----A-TCTTA---TCA----TA---GACAAACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAATAAAAAA-AGA-AAC--------C-AAAGGAT-------TTG-TG---GCAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATGTTTTT----CATAACA-A--CTAAA-ATGTA
gi|15 : ttatcagtcatttcaacaatctga--TA---------A---GAG-GAGTTG-ATTACA-AAAATAG-----------A-------AGTACTGT-C------T--ATTCAAGACA--TGCT---------A---------------------AAA--G--A-T--AAACAAAGTTCAACTA--GAAAATAA-AA--A-----------AAA--AAT--------GTT-G-AATAAC--TTTCAAAA----GTCA--CATGCACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATC-ACAATT--AA-CA---GTACA--G--AATT-TGAGGT--ATGT--------CAA-GT-TCAAGGTGTG---------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------A-----------------CCtttaatttaaatggatataaaaaacattttttcaaatgaaataagaataatttacgaaacctgacaaaaactgc
gi|16 : TCAAATTTAA--TGCAAAATA---------A---GGGAGAGT-G-ATTA----ACATAA-----------A---T--AGGTACGGT-C------CTAATTCAGGACATTTGCC---------CTCCCCTCCACCCCCACCCCCCAAT--G--A-G--A--CAATACTAATCTA--CA---TATTAA--AGTTTT----GGAAACCAATC-------ATC-ACGATCACCCTTTCAAAAA---GACAACTATGCACATCTTCA------A--T--GTGTTCCATA-ACAA-C--A---T---GGACACCACCAGTT-TGAGGAC-GTGT--------CAA-AT-TAacccgcccgccattcaccaccacgctgtgcaacccggccaaaaatg
gi|17 : AG-GAGTTG-ATTACA-CAAA--------------G---T--AGGTACCAT-C------T--ATTGAAAGCA--TGCT---------T---------------------AAA--AT-A-TG-A--CAAAGTTCAGCTA--CA---TGT-CA--ATTTTC----TAAAA--AAAAAAAAAAAGCT-G-GATCAC--TTTCAAAAA---GGCA--CATG-ACATCTTTA------A--T--A-G-TCCATA-ACA-------------------------TT---AAGGA-ATGT--------CAACGTATAAAAGTGC----------A-GAGG-----AG-TTGTAGGT-------------A-----------------CC--CTA-TTCAA
gi|18 : AAATCGATT-CAAGAAC---------AT--AAA-TATTCGGGTT---GCTTTA--AA-ATATGTT----AAGCT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACAC--ATCCAAATGAA-ATAAAA-ATC-AAC--------T-GAAGTAT-------TGG--G---GT-----------------TTTTTAATG-TT-----------CA-A--CTGAA-ATGTACA-TGATT-TGA--AAAATGT-GA---A--GTAAAT-GCTGAGAGAAGAG-TTGGTT--ACAC-ACAG-----T------AGcctcagtgcaaccccgccaataat
gi|19 : ccatttattaatccttaatattcaacattgacaaCA----CATCT-T-----CAAT----GTATCCATAAC----AACAGGTACAAAGTTTG-AGCAT----------------TG--TT---------A---GAG-GAGTTG-ATTACA-CAAAT-----------------T--AGGTAC--C-C------T--AT
gi|2 : ttttcaacaaataacaaaattagtttcctaatttAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AAAATAGCCTGGTT---GCTTTA--AA-ATATGCT----A-TCC-A---CCA----TA---TA--GACAACA-GTACATGGTTCCAGATGAA-ATAAAA-TTA-AAC--------C-AAAGTATAG-----TTA-TG---GCTG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----CAT---A-A--CTAAA-ATGTACA-TGGTC-TGA--AAAATGT-CA---A--GTAAAT-GCTGTGAAAAGAG-TTCGTT--ACAA-AAAG-----T------AG-------G----T-----------ACC-ATGCT-AAAAAAAAAAAAAAAAAAA--A--------AATG-GCAAT-G---TTA-AAC-TACGTGT---A-------A-----A-------------TTTTTCGAA--GA---AC---GCCCGATCATTT--C----CAAAAAA------GA-CGCAAGCA----TATCT-T-----CAAT----GCTTCCATAAC----ATT-TGCACAAAGTTTGAAGCATATGAAATA-AA--TGCTG--CA---------A---GAG--------------------AA-----------A---T--AAGTATGGT-C------C--ATTCAAGACA--TGCT---------A----------------------------------A--CA------AACTA--CA---TGT-AC--ATTTTT----CGAAA--AAT--------ATC-A-GATCAC--TCTCAATAG---GACA--CNNNNNNNNNNNNN------N--N--NNN-NNNNNN-NNNN-N--NN-NN---NNNNN--N--NNNN-NNNNNNN-NNNN--------NNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNGCTATA-GAGGTGTGAAG-TTG--ATTACACAAAATAGGTA-----------------TCGTCTATTTCAAGACAT--G---------CTTT----AAAAATGACAAAGTT----CAA---cacggggatgcccctccctcaactgcccgccacccaccatactataagcaggacacgcgttgtacaacccggca
gi|20 : acaaatgaaataaaaaataaaatagcataaagttatctgcataagAA--A--A-T--C--CAAAAATCAATT---CA---AG---A--AT----------AGA--AAT--------GGCTG-GATTGC--TTT---AAA------A--TATGT-TATTTT------------------TTCTTA-ACAA-CTAAA-AT---GTACA--A--GTTT-TGA-AAA-ATTT--------CAA-GT-ACAAGTTGTG---------A-AAAG-----AG-TTG--GTT-------------G----------------------TA---CAAAGTA---GGTGCATGTACCATGTTAAAAAATGACAAAGTT----CAct
gi|20 : atatAAATCAATT-CAAGAAT---------AG--AAA-TGGCTGGATT---GCTTTA--AA-ATATGTT----A-TTT-
gi|20 : atataaaatccaa--AAA-A-T-A--TGTT----ATT-TTTT----CTTAACA-A--CTAAA-ATGTACA-AGTTT-TGA--AAAATTT-CA---A--GTACAA-GTTGTGAAAAGAG-TTGGTT--GTAC-AAAG-----T------AGGTG-CATG----T-----------ACC-ATGTT-A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-Atttcttaacaactaaaatgtacaagttttgaaaaatttcaagtacaagttgtgaaaagagttggttgtacaaagtaggtgcatgtaccatgttaaaaaatgacaaagttca
gi|21 : atataaaatccaaaaatcaattcaagaatagaaatggctggattgctttAAATCGATT-CAAGAACTGTTTTTACAG--AAA-T--CCGGATT---GCTTTATAAA-ATATGTTTTAAA-TCT-A---TTA----TA---GA--GACAGCA-GTATATTGATCCAGGTAAA-A
gi|22 : tatttgaaaaaaaaataaaaaataataaaatcatcaattacacgcttaattcaaggctttaaaaacaaaaAAATCGATT-CAAAAAC---------AA--AAA-TGACTGGGT-------------------G------A-TCT-G---TCA----CA---GA--GACAGCA-GTACATGGATCCAGATGAA-ATAAAA-ATT-AAG--------T-GAAGTAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-TCAATTATGTATAATG-CTT-------TAAGA-AGTCTAAAGATG
gi|23 : ctgattctgtcgtatgaagtaatgaaaaC--TTTCAAAAAAGGGGC---CATGCACTTCTTCA------AGTT--GTG-ACCATA--CAC-C--G---T---GTACA--A--AGTCATGACGGA-ATGTCACATGCACAA-GT-TAAAGGAGTG---------AGGAGG-----AG-TTG--ATT------------------------------------TA-CACAAAGTA---G---------
gi|24 : cctA----TA---GA--GACAACA-GAACATGGATACAGATGAA-ATAAAA-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TTA-TG---GTAG--AGA-A-C-A--TATCTTCAATG-TTTT----TATAATA-A--CTGAA-ATCTAAA-TGGTC-TGA--AAAATGT-CA---A--GTAAAG-GCTGCGAGAAGAG-TTGGTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTgataccctattcaacctcagtgccaaacccatccaatat
gi|25 : A-ATAAAA-GTA-AAC--------T-TATGTAT-------TAG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TATCTTCAATG-TT-------------------------GTACA-TGGTC-TGA--TAAATGT-TA---A--GTAAAA-GTTGTTTGAAGAG-TTGGTT--ATAC-g
gi|27 : catatataaccaaaggggtat---GGG-GAATTG-ATTACA-AAAATAG-----------G---TGCATGTACCGT-C------T--ATTCAAGACA--TGCT---------T---------------------AAA--A--A-TT-AT-CAAATTTCAACTA--CA---TGT-GA--TTTTTA----CAAAA--AAT--------GTC-T-AATCAC--TTTCAAAAA---GACA--CAAAC------TCA------A--T--GTG-TACATA-ACAA-C--catgcttaaactttttttgaagaatgtctggtca
gi|28 : ---------------------AAA--A--A-TTTA--CAAAATTCACCTATACA---TGT-AA--TTTTTTTCCCC-------ATTTTA----GTC-A-GATCAC--TT-------------G--TATGCA-ATCTCCA------A--TATGTG-TCCA-A-A-AA-C--AA-CC---GTACA--C--AGTT-TAAGG-A-ATAT--------CAA-GT-TAGCAGCATG---------A--AGT-----AG-TCG--At
gi|29 : caAAATTGATT-CAAAAGC---------AG--AAA-TGGCTGGGTT---GCTCTA--TC-ATAT----------TT-A---TCA----TA---GA--AACAGCA-GTACATGGATCAAGATGAA-
gi|3 : tgtaacatatattgattaacttttgtgatagtgaaataAAATCAATT-CAAGAAC---------AG--AAA-TGGCCGGGCTCATGCTTTA--AA-ATATGTT----A-TCT-T---TCAGTAGTA---AA--GACAGCA-GTACATGGATTCAGATGTA-ATAAAA-ATA-AAT--------G-CACATAT-------TTG-TG---GTAG--AAA-A-T-A--TACCTTCAATG-TTTT----CATAAC---------------ACATTGGTC-TGA--AAAATATCCA---A--GTAGAA-GGAGTGAGAAAAG-TTGGTTAAATAC-AAAG-----T------AAGAACCATGTTATT-----------AAT-ATAA--A----------------AA--A--------AATG-ACAAA-G---TTC-AAC-TACATGTGTAA-------A-----T-------------TTTTTC-AA--GA---AT---GCCCAATCACCT--T----C-AAAAT------CA-CACATGCA----CACCT-T-----CAAT----GCTTCCATAAC----AGC-TGTGCGAAGTCTGAAGGATGTCAAATA-AAGGTGCTG--TT---------A---AAG-GAGTTG-ATTAT--AAAAT-----------------T--AGGTATGGT-C------T--CTTCAtt
gi|3 : TTAT--AA--AATTAG----GTATGGTCTCTT--CATATC-AAAAAATGTCAGATCACATAGA----CATCT-T-----CAAT----GTGTCCATAACAATTAAC-TGTACtatcaaaaaatgtcagatcacatagacatcttcaatgtgtccataacaattaactgtaccaa
gi|3 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgaT----CAAAA--AAT--------GTC-A-GAT-------------------CA--CATAGACATCTTCA------A--T--GTG-TCCATA-ACAATT--AA-CT---GTACC--A--Acaa
gi|30 : aaatcaattcaagaacagaaatggccgggctcatgctttaaaatatgttatctttcagtagtaaagacagcagtacatggattcagatgtaataaaaataaatgcacatatttgtggtagaaaatataccttcaatgttttcataacacattggtctgaaaaatatccaagtagaaggagtgagaaaagttggttaaatacaaagtaagaaccatgttattaatataaaaaaaatgacaaagttcaactacatgtgtaaattttttcaagaatgcccaatcaccttcaaaatcacacatgcacaccttcaatgcttccataacagctgtgcgaagtctgaaggatgtcaaataaaggtgctgttaaaggagttgattataaaattaggtatggtctcttcataTGCACATCTTCA------A--TTCATG-TCACTG-ATTA-G--AGGCT---GTA-------AGTT-TT-GGGA-ATGT--------CAA-AT-TAGAGGTATG---------A-G-GG-----AGTTTG--ATT-------------
gi|31 : atgttagtattcacggccaataacCAGATGAT-ATAAAA-GTA-AGC--------C-AAAGTAC-------ATG-TATTTGTAG--AAA-A-T-A--TATCTTTAATG-TTTT----CATA-----------------ACA-TGGTC-T-A--AAAATAT-CC---A------------------------TGGTT--ACAC-AAAG-----T------AGGTACCATG----ccaaatagta
gi|32 : ----------------AA--A--------AGTG-ACAAAAG---TTCGAACGTACATGT---A-------AAAA--T-------------TTTTT--AA--GA---T----GTCTTATCACTTTCT----C-AAAAA------TA-CTCCAGCA----TA----------AAAT----GCTT-CATAAC----AGC-TGTACAA-GTCTGAc
gi|33 : C---------AG--AAA-TGGC-GGGTT---GCTTTA--GA-ATATGTC----G-CCT-A---TCA----TA---CA--GATGGCA-GTACATGT-TGCAGATGAG-G-AAAA---A-AAC--------CTGAAGTTT-------TAG-TG---GCAA--AGA-ATT-A--TAT
gi|34 : GTCTGAAGGATGT-----A-AA--TG-------------------------AGTTT-ATTACA-ATAATAG-----------A---T--A----CGGT-C------T--ATTCAAGACA--TGCT-------------------------------AAA--A--A-TG-A--CAGAGTTCAATTA--CA---TGT-AA--AT
gi|35 : tG-GAGTTG-ATCACACAAAATAC-----------AATAT--AGGTATCGT-C------T--ATTCAAAACA--TGCT---------T---------------------AAAT-A--ATT--A--CAAACTTCAACT---CC---TTT--A--ATTTTT----ga
gi|36 : ATCTTCAGTG-TTTTT---CATA--------------TTTACA-AG----TGA--AAAATAT-CA---A--GTAAAAAGCTGTGAGAAGCC-TTGGTT----AC-AAAG-----T------A
gi|37 : GTT-TGAGGAAACTG---A---A--GTTTGA-GGCGGGAGAGGGG-TTGATT--ACAC-AAAT-----T------AGGTACCGTC----T-----------Atag
gi|37 : aaa---------A---GAG-GGGTTG-ATTACA-CAAAT-----------------T--AGGTACCGT-C------T--ATTAAAGACA--TGttaaagacatg
gi|38 : aaagtttgaggaaactgaagtttgaggcgggA-ATA-AAC--------T-GAAATAT-------TGG-TG---GAAG--AGA-A-T-A--TATCTTTAATG-TTTT----CATAACA-A--CTAA
gi|38 : ATATCTTTA------A--T--GTT-TTCATA-ACAA-CT-AA-CT---GTAGA--AGGAGTT-ctgtagaaggagttgta
gi|39 : aataaactgaaatattggtggaagagaatAAATTGATT-CAAGAGC---------AG--AAA-TGGCAGGGAT---GCTTTA--AA-ACATCTT----gta
gi|4 : tattcaatatcatagaGATTCAGATGA---CTGAA-ATA-AA-------------AATAT-------TTA-TG---GTAGGGAAT-A-T-A--TATCTTCAATG-TTTT----TATAACA-A--CTAAA-ATGTATA-TGGTC-TGA--AAAA--------------------CT----GAGGAG-TTTGTT--ACTC-AAAG-----T------AGGAACca
gi|4 : ATATATATCTTCA------A--T--GTT-TTTATA-ACAA-CTAAA-AT---GTATA--T--GGTC-TGA---A-A------------AA-CT----------------------GAGG-----AG-TT--------------------------------------TGT-TA-CTCAAAGTA---GGAA------CTAT----AGAAATGT----GTC----GGA---TC-AC---T----TTCAAAAAAGCACATG-CACAT--CTTCATGCACAATGTGTCCATGTT--CTGTACAACGTTTGAGGAATG-T-CAAGTGAAAGGTT-CG--AGA-GGAG-TTGATTA--CACAAAAT--AGCAGGTTCTTGTTTATTCAAAGC-AAAAAATG---ACA-AAGTTAATTCAAC-TATCTACATGTAATTAGGCGCAT------CTTCAATGTGTCCATAACCACTGTAACAAGTGTGAGGACTGCCCGGtatagaaatgtgtcggatcactttcaaaaaagcacatgcacatcttcatgcacaatgtgtccatgttctgtacaacgtttgaggaatgtcaagtgaaaggttcgagaggagttgattacacaaaatagcaggttcttgtttattcaaagcaaaaaatgacaaagttaattcaactatctacatgtaattaggcgcatcttcaatgtgtccataaccactgtaacaagtgtgaggactgcccggtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|4 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaGAAA--TGT--------GTC-G-GATCAC--TTTCAAAAA---AGCA--CATGCACATCTTCATGCACAA--T--GTG-TCCATG-TT---------CT---GTACA--A--CGTT-TGAGG-A-ATGT--------CAA-GT-GAAAGGTTCG---------A-GAGG-----AG-TTG--ATT-------------ACACAAAATAGCAGGTTCTTGTTTA-TTCAAAGCA---------------------AAAAATGACAAAGTTAATTCAACTATCTACATGTAA---TTAGG-----------CGCAT--CTTC------AATGTGTCCATAACCACTGTAACAAGTGTGAGGACTGCC-CG---GTAAAAGTGTG--A-AAGTAG-TTGGTTAT--ACAAA-T--A--AGG-------------AAAACTGAAAAtaaaagtgtgaaagtagttggttatacaaataaggaaaactgaaaatagaggtttgaagcataatat
gi|40 : gattcagatgactgaaataaaaatatttatggtagggaatatatatcttcaatgtttttataacaactaaaatgtatatggtctgaaaaactgaggagtttgttactcaaagtaggaactataAAATCGATT-CAAGAAC---------AG--AAA-TTGCTGGGTT---GCTTTA--tagaggtttgaagcataatat
gi|41 : agccatgaaattgggcaaGGT-C------T--ATTCAAGACT--TACT---------A---------------------AAACAA--A-TG-A--CAAAGTTCAATGG--CA---TGT-AA--AT
gi|42 : TGTGTAAGGAG-TTGATT--TCAC-AAAG-----T------AGGCGCC
gi|44 : gttaaata-TGTACAAAGTCTGAAGGATGTCAAATA-AA--TGCcttttacaggg
gi|5 : TTCAATGTGTCCATAA-CA
gi|5 : TGTGAGAGGA--TTAATC--ACAC-AAAG-----T------AGTTTCCATA----TCATCTATTGAAAGC-ACGCTTA----------------AA--A--------AATA-GGAAA-G---TTC-AAC-TACATGT---A-------AATA--T-------------TTCGT--AA--AA---T----ATCGGATCACTT--T----C-AAAAC------AG-CACATGCA----CACCT-T-----CAAT----GTGCTCAT-AC----AAC-GGTACAAAAATTGAACATTATCAACTT-AA--AGGTG--TG---------A---GAA-GAGTTG-ATTACA-GAAA--------------G---T--AGATACCGT-C------T--ATTGAATGCA--TG----------------------------------------------A--CAACGTTCATTT--------TTT------TTTCT----CGAAA--AAT--------ACA-A-GATCAA--TTCCAAAAA---GACA--C--GCACATTTTCA------A--T--GTA-TCCAT----AA-C--AA-TC---GTACA--C--AGTT-TGAAGGagagttcatatttgaggggtgtgagaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaaaaaataggaaagttcaactacatgtaaatatttcgtaaaatatcggatcactttcaaaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcacattttcaatgtatccataacaatcgtacacagtttgaagggtgtgagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|5 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgagggg-A--CATTTTCAATG-TATC----CATAACA-A--TC------GTACA-CAGTT-TGA--AG---------------------GGTGTGAGA--TG-TTGATT--ACAC-GAAG-----T------CGGTACCgtgtgagatgttgattacacgaagtcggtaccccattca
gi|6 : ttcaatgtgtccataacaagagttcatatttgaggggtgtgagaggattaatcacacaaagtagtttccatatcatctattgaaagcacgcttaaaaaataggaaagttcaactacatgtaaatatttcgtaaaatatcggatcactttcaaaacagcacatgcacaccttcaatgtgctcatacaacggtacaaaaattgaacattatcaacttaaaggtgtgagaagagttgattacagaaagtagataccgtctattgaatgcatgacaacgttcatttttttttctcgaaaaatacaagatcaattccaaaaagacacgcAAATCGATT-CAATAAC---------AG--AA--TGGCTGGGTT---GCTTTA--AA-ATATGTT----A-TTT-A---TCA----TA---GA--GACAGCA-ATACATGGATCCAGATGAA-ATAAAG-ATA-AAC--------T-G-------------TTA-CA---GTAG---TC-A-T----TGTCTTCAATG-TTTT----TATAACA-A--CTACA-ATGTACA-AGGTC-CGA--CAAATGT--A---A--GTAAAG-TCCGTGAGAAGA--T---------------------T------AGGCACC--------------------CC--TGCT-T----------------AA--A--------AATG-ACAAACG---TTC-AAC-TACATGT---A-------AACG--TAATAATTATTTTGTTTTT--GA--AG---ACT--GTCCGATCACTT--C----G-ATAAC------GA-TACTTGTA----CATCT-TCTGAGCAAT----GCTTCccattca
gi|7 : tgacaaaaaataaaaataattgagttaatgtttagaacatataatatatga-TACATGT---A-------AA----G-------------TTTTC--AA--AG---AAT--GTCCGATCATTT--C----C-AATAA------GA-CACATGCA----CATCT-T-----CAAT----GGTTTCATAAC----AGT-TGTACAAGGTCTGAAGGATGTCAAATA-AA--TGCTG--TA---------A---GAG-GAGCTG-ATTACA-AAAATAG-----------C---T----CTATGGT-TTACTAGT--ATTCAAGACA--TGCT---------C---------------------AAAT-A--A-TG-G--CCAAGTTCAACTA--CA---TGT-AA--ATTTTT----TGAAA--AAA--------GTC-G-GACCAC--TTTCAAAAT---GGTA--TATGCACATCTTCA------A--T--TTG-TCCATATATAA-C--AA-CT---ATACA--A--AGTT-T-AAGGA-ATGT--------CAA-GT-TAAAGGAGTG---------A-GAGG-----AG-TTA--ATT-------------A-----------------
gi|8 : AATCGATTCCAAGGAC---------AA--GAA-TGCTC---TT---AC---A--AACATAAGTTA---A-TCT-AGATTCA----TACATGA--GACAGCGCGTACTTGGA-CCACAGGGA-ATAAAACATAGAACTTTGACAGT-AAAGTACATGTGTATTGTTG---GTAG--GAA-A-T------TCGTC-------------CATACCAGA--CT-AA-ATGTGTA-TGGTCTTGA--AAAGTAT-CA---AACGT-AAA-GCTGTGAAAAGAGTTTCGTT--ACACAAAAG-----TGTCAAGAGATGCTATA----TTCAAG------ACCTGTGCA-A----------------AT--G--------AAGGAACAGA-GAGTTTT-AACTTTCATGT---A-------AGTAATT-------------CTCTC--GA--CA---ATCATGTTTGATCACTT--A----C-AAAAA------cacaaagtaggtatctt
gi|9 : atTT-CAAGTGC---------AT--AAA-TGGCCGAATT---GCTTTA--AA-ATAAGTT----A-TTT-T---TCA----TA---GA--GACAGCA-GTACATTATTTCAGATGAA-ATAAAA-CTG-TAA--------C-GATGTTT-------TTG-TG---GTAA--AAA-A-T-A--TATCCTTATTG-TTTT----CATAACA-A--CTAAA-CTGTACA-TGGTC-TGA--AAAATAT-CA---A--GTAAAA-GCTGTGGAATGTT-TTGATT--ACAT-AAAA-----T------AGGTA-CG----------------------ATGCT-A----------------AAATA--------AATG-AC--A-G---TTA-AAA-TACATGC---A-------A-----T-------------TTTTTTCAAGGAA---T----GTCGGGTCACTT--T----C-AAAGG------GA-CACATGCA----CATTT-T-----TAAT----GCTTCTATAAC-----------ACAAGGTCTGa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TGTATCCCTGCGTGTCCTCGACAAATTCCTACCATGTTCCAATTAAGAATATGACAGTCCACACCTTTCTTGATATGTGATACTTGACTGGATTAGGTACCCTGTTCAATAAAAAAAACCAAACCAAATAGGTTACATATTGAAGTGA
Unaligned ( gi|43 ): CTTACTTTTTAGTACAACATATTTTTTTTAAAGAATCG