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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|6 : CCGCGTTCAACGCA--ACATACGCGG--GTTC-------GGAGG-AGT-TGGTA---TGCGGG-T-------------TCG-GT----TC-----TTT----AC--CATT-G-ATTTCAC-----TAAGCGGGTA------------A------------A-TATTTCATGAGACAT--TT----C------------C------------------CCTA--AAT-AT-TGTAAA--TAT-----CAGAAAAT-CAATGTGATCATGGGTTGTCG-GAGAGTCC-ATTGT-A-TC-------TACTTATA--TTA----TGT--------------------GTAAGCT--ATA--------GGAAC--ATTTGTGGA-----CAGTGAGGGCACCAACTTCTCC-TTTCGCATATTCACACA---AATTCCACCT--CTATA-TTGAATG-TTCTTGTA---CCTG-----TC---T-----------ATAAT------TTT-GA-CAG-GGA-----C---AT-----TTATATATGG-AAATGATATTT---GACCACTTAAAACACTTTCTGA-AAGCTT--TGA-TTGTGAAT----AAA-CAGGTTATTTTGATGA
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lowQualScore : 5 77 77 3333333 7 7 0 777 7 7 7777777777777 55555555555555 99999999 222 77777 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 22 1 22 77777 555 9 66 9 7 9 3333333 0 22 1111 9 99 3333333 99 9 00 11111 0 888 1 55 0 4 222 66666 333333333333333 999999 4 4 4 2222222222222222 0 4 000 4 7 11 4 9 4444 4 1 22 1 99 4 3 11111 777 7 5 7 5 7 777777777777777777777777 7 33333333333 3 3 3 33 00000 0 0 5 0 0 0 0 0 0 5
consensus : ACCGCGTTCAACGCA--ACATACGCGG--GTTC-------GGTGG-AGT-TGGNA---CGCGGG-T-------------TCG-GT----TC-----TTT----AC--CATT-G-ATTTCAC-----TGTGCGGGTA------------A------------A-T------------AT--TT----C------------C------------------CCTA--AATAAT-TGCAAA--TAT-----CAGAAAAG-TAATGTGCTCACGGGTTGTCG-GAGAGTCC-ATTCT-A-TC-------TACTNATA--TTA----TGT-AATGATAG--AA-------GTAAGCT--ATAG-GAGTCGGGAAC--ATTCGTGGA-----CAGTGAGGGTACCATCCTCTCC-AGTCGCATATTTACACA---AATTTCTCCT--CTATA-TTGAATG-TTCTTGTA---CCTA-----TC---T-----------ATAAT------TTT-GA-CAG-GGA-----C---TTA----TTATATATGG-AAATGATATTT---AACCACTTAGAACACTTTCTGA-GTACTT--TAA-TTGGGAAT----AAA-CAGGTTATTTTGATGATAA--ATTCATTGTTGGTGC--GC-GGGTTCGGTT---CA-TGGTTGGTACGAGGG-TTCG----------AC------------TTAGAGCAATGAACCCCAATTCTGGAAAGG-TTATGTGTTTGTTTCTTTGTCATTTGCCTC--GTA---T-TNTTCATTTCCCCTGTAAATGACGCNTATANCANGTATCGNCTGCATCATCACTTA
Reference ( family-6523 ) : ACCGCGTTCAACGCA--ACATACGCGG--GTTC-------GGTGG-AGT-TGGNA---CGCGGG-T-------------TCG-GT----TC-----TTT----AC--CATT-G-ATTTCAC-----TGTGCGGGTA------------A------------A-T------------AT--TT----C------------C------------------CCTA--AATAAT-TGCAAA--TAT-----CAGAAAAG-TAATGTGCTCACGGGTTGTCG-GAGAGTCC-ATTCT-A-TC-------TACTNATA--TTA----TGT-AATGATAG--AA-------GTAAGCT--ATAG-GAGTCGGGAAC--ATTCGTGGA-----CAGTGAGGGTACCATCCTCTCC-AGTCGCATATTTACACA---AATTTCTCCT--CTATA-TTGAATG-TTCTTGTA---CCTA-----TC---T-----------ATAAT------TTT-GA-CAG-GGA-----C---TTA----TTATATATGG-AAATGATATTT---AACCACTTAGAACACTTTCTGA-GTACTT--TAA-TTGGGAAT----AAA-CAGGTTATTTTGATGATAA--ATTCATTGTTGGTGC--GC-GGGTTCGGTT---CA-TGGTTGGTACGAGGG-TTCG----------AC------------TTAGAGCAATGAACCCCAATTCTGGAAAGG-TTATGTGTTTGTTTCTTTGTCATTTGCCTC--GTA---T-TNTTCATTTCCCCTGTAAATGACGCNTATANCANGTATCGNCTGCATCATCACTTA
gi|1 : ACCGGGTTCAACGCA--ACATACGCCG--ATTC-------GGTGT-GGT-TGGAA---CGCGGG-T-------------TCA-GT----TC-----TTT----AC--CATT-G-ATTTCAC-----TGTGCGGGTA------------A------------A-T------------AC--TT----C------------C------------------CCTA--AATTTT-TGCAAA--GAT-----CAGAAAGG-TAATGTGCTCATGAGTTTTCG-GAGAGTCT-ATTTT-A-TC-------TACTTGTA--TCA----TGT-AATGAAAG--AA-------GCAAGCT--ACAG-GAGTCGGGAAC--GTTGGTGGA-----AAGTGAGGGTACCATCCTCTCC-GGCCGCATATTTACACA---AATTTCTCTT--CTATA-TTGAATG-TTCTTGTATAGCC-------TT---T-----------ATAATGC----TTT-GA-CAA-GAG-----C---TTA----TTATATATGG-AATTTATATTT---AACCACTTAGAGCACTTTCTGA-GTGCTT--TCA-TTGGGAAT----AAA-CAGCTTATTTTAATGATAA--ATTCATTATTGGTGT--GC-GGGTTCGGTT---CATTGGTTTGTATGATAG-TTCG----------AT------------TTAGAGCAATGAATATCAATTT--GAAAGGTTTATGTGTTTGTTTCTTTGTCATTTGCTTC--GTA-----TATTCATTTCCCTTGTAAATGAC-CATATATCATGTAT-GTCTGCATCATCACTTA
gi|10 : ACCACGTTCAACGCA--ACATACGCGG--GTTC-------GGTGC-AGT-TGGTA---CGCGGG-T-------------TCG-GT----TC-----TTT----AC--CATT-G-ATTTCAC-----GGTGCGGGTA------------AATATTTCAAGAGA-T------------AT--TT----C------------C------------------CCTA--AAT-AT-TGCAAA--TAT-----CAGAAAAG-TAATGTGCTCACGGGTTGTCG-GAGCGTCC-ATTCT-A-TC-------TACTCATA--TTA----TGT-AACGGTAG--AA-------GTAAGCT--ATAG-GAGCCGGGAAC--TTTCGTGGA-----CAGTGAGGGacatcttccgat
gi|11 : ACCGGGTTCAAAGTA--TTATGTAGGG--GTTG-------GGTGG--GT-AAGTA----------T-------------TTG--------------TCT----ACTGCAAT-A-GCTTTA------TGGGCAAGTATTC---------A------------A-TCAG---------ATAATT----C------------C------------------CTTA--A-TA-T-TGCAAGATTAT-----GAGAACAA-TGATGTGTACACGGTTTGTCA-GATAACC----TCT-AGTC-------T-CTTTTG--TGA----TGC-ACTAATC----A-------GT--TCA--AT------TTGAGATG--AT-----AA-----CAGTGAAGACACTGCCTTCTCC-AGACGTATATTTc
gi|12 : CCACGTTCAACGCA--ACATGCGCGG--GTTC-------GGTGG-AGT-TGGTA---TGCAGG-T-------------TCG-GT----TC-----TAT----AC--CGTT-A-ATTTCAC-----CGTGCAGGTA------------A------------G-T------------AT--TT----CAGGATATATTTTC------------------CCTA--AA-GAT-CGCAAA--TAT-----CAGAAAAG-TAAGATGCGCACGGGTTGTCA-GAGAGTCT-ATTCT-A-TCTAAGTTGTACTAATA--TTT----TGT-AATGATAG--AA-------GTAAGCT--ATAG-GAGTg
gi|13 : ACCACGTTCAACGCA--ACATACGC-G--GTTC-------GGTGGCAGT-TGGTA---CGCGGG-T-------------TCG-GT----GC-----TTT----AC--CATT-G-ATTTCAC-----GGTGCGGGTA------------AATATTTCAAGAGA-T------------AT--TT----C------------C------------------CCTA--AAT-AT-TGC-AA--TAT-----CAGAAAAG-TAATGTGCTCACGGG-TGTCG-GAGAGTCC-ATTCTAA-TC-------TACTCATA--TTA-----GTGAACGGTAG--AA-------GTAAGCT--TAAG-GAG
gi|14 : tcACCACGTTCTACGCA--CCATACGCGA--GTTC-------GGTGG-AGT-TAGTA---CGCGGG-TTCGAGTGGCGGGTTCG-GT----TC-----TTT----A-----------TTTCAT-----GGTGCGGGTA------------A------------A-T----------------TT----C------------C------------------CCTA--AATA-T-TGCAAA--TAT-----CAGAAATA-TAATGTGCTCACGGGTTGTCG-GAGAGTCC-ATTAT-A-TC-------TACTTATA--TAA----TGT-AACGGTAG--AA-------GTAAGCT--ATAG-GAGCCc
gi|15 : cAATAATACTTTTAAACCACTTAGAGCAATTTCCGA-GCACTT--TAA-TTTGGGAT----GAA-CAGGGT-TTTAAATG-------TTCAC------AGC--AG-GGATTCGGTT---CA-TGGTGGGTATGA----TTCG----------AC------------
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gi|17 : tA------------A------------A-T------------AC--TT----C------------C------------------CTTC--ATTTGT-AACAAA--TAT-----CCGGAAAA-TAATGTGTGCACAGGTTGTCA-GGTAATGC-AGTCT-T-TC-------TATTGAT
gi|18 : TAA--ATACATTGTTGGTAT--GC-GAGTTCGGTT---CA-TGGTTGTTACGAGGG-TTCG----------AC------------g
gi|19 : gACCGGGTTTAATGCA--ACATGAACGG--GTTC-------GGTGG-AGT-TGGAA---CGAGGG-T-------------TCGCAT----TC-----CTA----AA--CATT-gccgtttttcctatataagatgtac
gi|2 : GTTTAACGCA--ACATAAGCGT--GTTT-------GGTG--AGT-TGAAA---CGAGGG-T-------------TCG-GT----T------TTT----AA--CATT-G-ATTCCAC-----TGTACTGGTAAGCAAATCGGGTA------------A-T------------AT--TT----T------------CTTAAATATTGCATATTTTCTTA--AATA-T-TGCAAG--TAT-----CATAACAA-TAATGTGCTCACGAAATGTCA-AAGAATCC-ATTAT-A-TC-------TACTAATA--GTT----TGT-AATGATAG--AAATACATTGTAAGTT--ATAG-GAGCCGGGAAC--AGTCGTGTA-----CAGTGAGGTTACCATCCTC--C-AGTCGCAAATTTACATT---AATTTCTCCT--CGATA-TTGAATG-TTCTTTTA---CCTACTGTATC---T-----------ATGAT------TTT-GA-CAG-GGA-----C---TT-----TTATAGATGG-AAATGATATTC---AACCACTT---------TCTGA-GTACTT--TCATTTGGAAAT----AAA-CAGATTATTTTCATGGTAAATATTCAGTGTTGATGC--G--GAATTCTGTT---TA-TAGTTGGTACGAGGA-TTCG----------AC------------Ta
gi|2 : -AGT-TGGTA---CGAGGA-T-------------TCG-AC----TC-----TGT----------TT----TTT--C-----TGTGCAAG-A------------A------------A-T------------AC--TT----C------------ctgttttttctgtgcaagaaatacttcttaaaagttttgaaagataaacttgatttttctgttttattactctcaacccttctaatac
gi|20 : gtttaacgcaacataagcgtgtttggtgagttgaaacgagggttcggtttttaacattgattccactgtactggtaagcaaatcgggtaatattttcttaaatattgcatattttcttaaatattgcaagtatcataacaataatgtgctcacgaaatgtcaaagaatccattatatctactaatagtttgtaatgatagaaatacattgtaagttataggagccgggaacagtcgtgtacagtgaggttaccatcctccagtcgcaaatttacattaatttctcctcgatattgaatgttcttttacctactgtatctatgattttgacagggacttttatagatggaaatgatattcaaccactttctgagtactttcatttggaaataaacagattattttcatggtaaatattcagtgttgatgcggaattctgtttatACCACGTTCAAC-CG--ACATATACGGCGGTTC-------GGTGG-AGT-TGGTA---CGCGGG-T-------------Tttaaaagttttgaaagataaacttgatttttctgttttattactctcaacccttctaatac
gi|21 : cACCGGGTTCAACGCA--ACATACGCGG--GTT
gi|3 : aaatcACCGGGTTCAACGCA--ACATACACAG--GTTC-------GGTGG-AGT-TGGAA---CGAGGG-T-------------TCG-TT----TT-----TTTTTAAAA--CATT-G-ATTCCAC-----TGTGCAAGTA------------A------------A-T------------A---------------------------------------------------AT--GCAAA--TAT-----CAGAAA-G-TAATGTGCTCACGTGTTGTCG-AAAAGTTT-ACTCT-A-TC-------TACTAACA--TTT----TGT-AATGACAA--AA-------ATAAGCT--ATAG-GAGTCGAGAAT--ATATGTGGA-----CGATGAAGGTACCATCCCCTCC-AATCGCTTATTTACACA---AATTTCTTCT--CCATA-TTGAAAG-TTCTTAGA---CCTA-----TC---T-----------ATAAG------TTT-GA-CAG-GGA-----CTTTTTATAATTTATACATGG-AAATGATACTC---AACCACTTAGAACACTTCCTGA-GTACTT--TAA-TTGGAAAT----AAA-CAAGTAATTTTGATGGTAA--GTTAATTGTTGATGT--GG-GGGTTCGGTT---CA-TGGTTGGTATAAGGG-TTCG----------ACGCCTTTATACATTTGGAGCAACGAACCCCAAT--TG--------TATG---TTG--TCTTTA-CATTTGCCTC--GTAATTT-TGTT--TTTCCCCTGT-AATGACGCCTATAGCAGGTATCGACTGC-TCATCACTTA
gi|4 : cTCAACGCACTAAACACGCGA--TCTCTTCGCATGCTGA-AATATAGGAAATCGCGGGCT-------------TCG-GTATTCTCATTAATTT----ACGGCATTTGTATTTTACAATCTTGTGTGGGTA------------A------------AGT------------AT--TTATTGC------------T------------------CCCACTAATACTATGTAAA--TATTTTATCAGACA---TA-TGTA---ATGGGTTGTCG-GAAGACCCGGTTCTAA-TC-------TACTTATAAGTTATTATTGT-ATTCATAAGTAA-------ATAAGCTACATAGCGAGTC-GGAACTAGTTTATGGAGGAATCAGTAGAGTTACCATCTTCACCAAGTCG-AT-TTTACGTATGCAGTTTATCCCTATTATATTTGAATGTTTCTTGTAT--CCTAT----TC---TTACATTATTGGATAATTTAGCATTC-GA-AAGAAGATATTTC---TTA----TTAT---TGGCAACTGATATTT---AAACACTTAGAACACTTTCTGCTACACTT--TAA--TGCGAGTGGAGGAA-GAGGTCATTTT
gi|5 : CCGGGTCCAATACA--ACATACGCGG--ATTC-------GGTGG-GGT-TGGAA---CGAGGG-T-------------TCG--T----TT-----TTT----AA--CATT-G-ATTCCAC-----TATGTGGGTA------------A------------A-T------------AT--TT----TAGGAGATATTTTC------------------CCTA--AATA-T-TGCAA---TAT-----TAGAAAAGGTAATGTGCTCACGTTTTG--GAGAGAGTCT-ATTCT-A-TC-------TACCTATA--TTA----TGT-AATAATAG--AA-------ATAATAT--TTAG-GAGTTGGGAAC--ATTCATAGA-----CAATGAGGGTACTATCCTCTCC-AGTCGCATTTTTGCACA---AATGTCTACT--CTATA-TTGAATG-TTGTTGTA---CCTG-----TC---T-----------ATAAT------TTT-GA-ATG-GGA-----C---TT-----TTATTTATGG-AAATTATA-TT---AACCACTTGGGACACTTTCTGA-GTACTT--TAA-TTGAGAAG----AAA-CAGGTGATTTCGATGTTAA--ATTCATTGTTGGTGCATGCAGGGTTcaatacacaaagttggttatttttgatgt
gi|6 : CCGCGTTCAACGCA--ACATACGCGG--GTTC-------GGAGG-AGT-TGGTA---TGCGGG-T-------------TCG-GT----TC-----TTT----AC--CATT-G-ATTTCAC-----TAAGCGGGTA------------A------------A-TATTTCATGAGACAT--TT----C------------C------------------CCTA--AAT-AT-TGTAAA--TAT-----CAGAAAAT-CAATGTGATCATGGGTTGTCG-GAGAGTCC-ATTGT-A-TC-------TACTTATA--TTA----TGT--------------------GTAAGCT--ATA--------GGAAC--ATTTGTGGA-----CAGTGAGGGCACCAACTTCTCC-TTTCGCATATTCACACA---AATTCCACCT--CTATA-TTGAATG-TTCTTGTA---CCTG-----TC---T-----------ATAAT------TTT-GA-CAG-GGA-----C---AT-----TTATATATGG-AAATGATATTT---GACCACTTAAAACACTTTCTGA-AAGCTT--TGA-TTGTGAAT----AAA-CAGGTTATTTTGATGA
gi|7 : ACCGCATTCAAAGCA--ACATACACGG--GTTC-------AGAGG-AGT-TGGAA---C-------------------------------T-----TTC----AC--CATT-G-CTTTCAC-----TGTGCGGGTA------------A------------A-T------------AT--TT----CAGGAGATATATCC------------------CCTA--AATA-T-AGCAAA--TAT-----CAGAAAAG-CAATGTGTTCACAGGTTATCA-GAGAATC--ATT-----TC-------T-----------------------GATTG--AA-------ATTAGCT--A--G-GAGTCGGGAAC--ATTCGTGGA-----CAGTGAGGATACCATCCTCTCC-GGTCGCATATTTACACA---AATTTCTCCT--CTATA-TTGAATG-TTCTTGTA---CCTA-----TC---T-----------ATAAT------TTT-AA-CAG-GGA-----C---TT-----TTATATATGG-AAATGATATTT---AACCACTTAGAA
gi|8 : T--CTCTA-TTGAAT---TCT-GTA---CCCG-----TCGTTT-----------ATACT------TTTTGAGCAG-GGA-----C---TTA----T---GTATGG-AAATGATATC-----ACTACTCAGAACTCTTTCTGA-G-ATTTCTTAA-TTG--AAT----AAAACAG-TTATTG-GATGATAA--AT-CAATGTTG-TAC--GC-GGGTTCGGTTTTGCA-TGATTG-TATGAGGGGTTCGGACGCCGTTTACA-----------TTAGAGCAAT-AACCCCAATTCTGGAAAGG-TTATGTGTTTGTTTGTTTGTCATTTGCCTCAAATA---TATCTTTATTTTCC
gi|9 : aagccgctacttcattccaccgcagttaccaagatcgttctcttatata-GAGAGTCC-ATTAT-A-TT-------TACTAATA--TTA----TGT-GATAATAG--AA-------ATAAGCT--ATAG-GAGTCCGGGAT--ATTCGTGGA-----CAGTGAAGGCACCATTCTTTCC-AGTCGCATATTTACACA---AATTTCTCTT--CCATA-TTGAATG-TTCTTGTA---CCTA-----TC------------------------------GA-TAG-GGG---------GTA----TTGTATATGA-AAATTAGATTT---CACCTCTTAGAACACTTTCTGA-GTGTCT--TAT-TTGGGAAT----AAA-CAGGTTATTTTCATGATAA--ATTCATTt
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blockSeqs : G . . . . . T . C . . CATTC ACTG G . AATATTTCAAGAGATATTTCC . TG . . . AG . C C A . . T . . . . . . . . . . . . . . . T GTTT . . . . TATTTCTTA A . . . T . . G . . TC G . A AG . . T G . GACGCCGTTTACA . TG . . . . TA C .
blockSeqs : C . . . . . T . C . . GTTC ACGG A . AGTATTTCAGGATATATTTTC . AC . . . AA . T C . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . CTTA T . . . T . . G . . TG T . A GC . . G G . AC
blockSeqs : C . . . . . T . C . . GTTC AC A . AATATTTCAAGAGATATTTCC . A . . . AG . C C . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . CTT A . . . C . . C . . CG A . G GG . . G G . AC
blockSeqs : C . . . . . T . A . . GTGC AC G . AATATTTTAGGAGATATTTTC . A . . . AG . C A . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . CTT A . . . T . . A . . TG A . . GC . . . . . AC
blockSeqs : G . . . . . A . A . . GTTC AC G . AATATTTCATGAGACATTTCC . A . . . TA . C C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . CAT G . . . A . . T . . TC A . . G
blockSeqs : C . . . . . A . A . . ACTC AA G . AATATTTCAGGAGATATATCC . A . . . AA . C A . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . CTT A . . . T . . G . . G . .
blockSeqs : G . . . . . T . C . . TTTT AA G . TTCAATCAGATAATTCC . A . . . AA . T C . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTA . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . T . A . . GTTC AA G . AAGTATTTATTGCT . A . . . AT . T C . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . A . C . . GTT AC G . AATACTTCC . A . . . AG . C C . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . G . A . . TTT AC . . AATTTCC . A . . . G . C G . . . T . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . A . C . . T A . . AATA . A . . . . . . A . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . .
blockSeqCons : A* *** ****** CTT*************
originalCons : ACCGCGTTCAACGCA--ACATACGCGG--GTTC-------GGTGG-AGT-TGGNA---CGCGGG-T-------------TCG-GT----TC-----TTT----AC--CATT-G-ATTTCAC-----TGTGCGGGTA------------A------------A-T------------AT--TT----C------------C------------------CCTA--AATAAT-TGCAAA--TAT-----CAGAAAAG-TAATGTGCTCACGGGTTGTCG-GAGAGTCC-ATTCT-A-TC-------TACTNATA--TTA----TGT-AATGATAG--AA-------GTAAGCT--ATAG-GAGTCGGGAAC--ATTCGTGGA-----CAGTGAGGGTACCATCCTCTCC-AGTCGCATATTTACACA---AATTTCTCCT--CTATA-TTGAATG-TTCTTGTA---CCTA-----TC---T-----------ATAAT------TTT-GA-CAG-GGA-----C---TTA----TTATATATGG-AAATGATATTT---AACCACTTAGAACACTTTCTGA-GTACTT--TAA-TTGGGAAT----AAA-CAGGTTATTTTGATGATAA--ATTCATTGTTGGTGC--GC-GGGTTCGGTT---CA-TGGTTGGTACGAGGG-TTCG----------AC------------TTAGAGCAATGAACCCCAATTCTGGAAAGG-TTATGTGTTTGTTTCTTTGTCATTTGCCTC--GTA---T-TNTTCATTTCCCCTGTAAATGACGCNTATANCANGTATCGNCTGCATCATCACTTA
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lowQualScore : 5 77 77 3333333 9 9 0 000 7 9 7777777777777 88888888888888 5555 000 1 3 33333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 4 33 444 22 77777 1 9 66 9 7 9 3333333 0 22 1111 9 99 3333333 99 9 00 11111 0 888 1 55 0 4 222 33333333 333333333333333 999999 4 4 4 888 11111111 4 0 4 4 000 4 7 11 4 9 4444 4 1 22 1 99 4 3 11111 777 7 5 7 5 7 777777777777777777777777 7 33333333333 3 3 3 33 00000 0 0 5 0 0 0 0 0 0 5
consensus : ACCGCGTTCAACGCA--ACATACGCGG--GTTC-------GGTGG-AGT-TGGNA---CGCGGG-T-------------TCG-GT----TC-----TTT----AC--CATT-G-ATTTCAC-----TGTGCGGGTA------------A------------A-T------------AT--TT----C------------C------------------CCTA--AATATT--G---CAAA--TAT-----CAGAAAAG-TAATGTGCTCACGGGTTGTCG-GAGAGTCC-ATTCT-A-TC-------TACTNATA--TTA----TGT-AATGATAG--AA-------GTAAGCT--ATAG-GAGTCGGGAAC--ATTCGTGGA-----CAGTGAGGGTACCATCCTCTCC-AGTCGCATATTTACACA---AATTTCTCCT--CTATA-TTGAATG-TTCTTGTA---CC-----TA-TC---T-----------ATAAT------TTT-GA-CAG-GGA---CT--------T-TTATATA-TGG-AAATGATATTT---AACCACTTAGAACACTTTCTGA-GTACTT--TAA-TTGGGAAT----AAA-CAGGTTATTTTGATGATAA--ATTCATTGTTGGTGC--GC-GGGTTCGGTT---CA-TGGTTGGTACGAGGG-TTCG----------AC------------TTAGAGCAATGAACCCCAATTCTGGAAAGG-TTATGTGTTTGTTTCTTTGTCATTTGCCTC--GTA---T-TNTTCATTTCCCCTGTAAATGACGCNTATANCANGTATCGNCTGCATCATCACTTA
Reference ( family-6523 ) : ACCGCGTTCAACGCA--ACATACGCGG--GTTC-------GGTGG-AGT-TGGNA---CGCGGG-T-------------TCG-GT----TC-----TTT----AC--CATT-G-ATTTCAC-----TGTGCGGGTA------------A------------A-T------------AT--TT----C------------C------------------CCTA--AATATT--G---CAAA--TAT-----CAGAAAAG-TAATGTGCTCACGGGTTGTCG-GAGAGTCC-ATTCT-A-TC-------TACTNATA--TTA----TGT-AATGATAG--AA-------GTAAGCT--ATAG-GAGTCGGGAAC--ATTCGTGGA-----CAGTGAGGGTACCATCCTCTCC-AGTCGCATATTTACACA---AATTTCTCCT--CTATA-TTGAATG-TTCTTGTA---CC-----TA-TC---T-----------ATAAT------TTT-GA-CAG-GGA---CT--------T-TTATATA-TGG-AAATGATATTT---AACCACTTAGAACACTTTCTGA-GTACTT--TAA-TTGGGAAT----AAA-CAGGTTATTTTGATGATAA--ATTCATTGTTGGTGC--GC-GGGTTCGGTT---CA-TGGTTGGTACGAGGG-TTCG----------AC------------TTAGAGCAATGAACCCCAATTCTGGAAAGG-TTATGTGTTTGTTTCTTTGTCATTTGCCTC--GTA---T-TNTTCATTTCCCCTGTAAATGACGCNTATANCANGTATCGNCTGCATCATCACTTA
gi|1 : ACCGGGTTCAACGCA--ACATACGCCG--ATTC-------GGTGT-GGT-TGGAA---CGCGGG-T-------------TCA-GT----TC-----TTT----AC--CATT-G-ATTTCAC-----TGTGCGGGTA------------A------------A-T------------AC--TT----C------------C------------------CCTA--AATTTTT-G---CAAA--GAT-----CAGAAAGG-TAATGTGCTCATGAGTTTTCG-GAGAGTCT-ATTTT-A-TC-------TACTTGTA--TCA----TGT-AATGAAAG--AA-------GCAAGCT--ACAG-GAGTCGGGAAC--GTTGGTGGA-----AAGTGAGGGTACCATCCTCTCC-GGCCGCATATTTACACA---AATTTCTCTT--CTATA-TTGAATG-TTCTTGTATAGCC--------TT---T-----------ATAATGC----TTT-GA-CAA-GAG---CT--------TATTATATA-TGG-AATTTATATTT---AACCACTTAGAGCACTTTCTGA-GTGCTT--TCA-TTGGGAAT----AAA-CAGCTTATTTTAATGATAA--ATTCATTATTGGTGT--GC-GGGTTCGGTT---CATTGGTTTGTATGATAG-TTCG----------AT------------TTAGAGCAATGAATATCAATTT--GAAAGGTTTATGTGTTTGTTTCTTTGTCATTTGCTTC--GTA-----TATTCATTTCCCTTGTAAATGAC-CATATATCATGTAT-GTCTGCATCATCACTTA
gi|10 : ACCACGTTCAACGCA--ACATACGCGG--GTTC-------GGTGC-AGT-TGGTA---CGCGGG-T-------------TCG-GT----TC-----TTT----AC--CATT-G-ATTTCAC-----GGTGCGGGTA------------AATATTTCAAGAGA-T------------AT--TT----C------------C------------------CCTA--AATATT--G---CAAA--TAT-----CAGAAAAG-TAATGTGCTCACGGGTTGTCG-GAGCGTCC-ATTCT-A-TC-------TACTCATA--TTA----TGT-AACGGTAG--AA-------GTAAGCT--ATAG-GAGCCGGGAAC--TTTCGTGGA-----CAGTGAGGGacatcttccgat
gi|11 : ACCGGGTTCAAAGTA--TTATGTAGGG--GTTG-------GGTGG--GT-AAGTA----------T-------------TTG--------------TCT----ACTGCAAT-A-GCTTTA------TGGGCAAGTATTC---------A------------A-TCAG---------ATAATT----C------------C------------------CTTA--A-TATT--G---CAAGATTAT-----GAGAACAA-TGATGTGTACACGGTTTGTCA-GATAACC----TCT-AGTC-------T-CTTTTG--TGA----TGC-ACTAAT----CA-------GT--TCA--AT------TTGAGATG--AT-----AA-----CAGTGAAGACACTGCCTTCTCC-AGACGTATATTTc
gi|12 : CCACGTTCAACGCA--ACATGCGCGG--GTTC-------GGTGG-AGT-TGGTA---TGCAGG-T-------------TCG-GT----TC-----TAT----AC--CGTT-A-ATTTCAC-----CGTGCAGGTA------------A------------G-T------------AT--TT----CAGGATATATTTTC------------------CCTA--AAGATC--G---CAAA--TAT-----CAGAAAAG-TAAGATGCGCACGGGTTGTCA-GAGAGTCT-ATTCT-A-TCTAAGTTGTACTAATA--TTT----TGT-AATGATAG--AA-------GTAAGCT--ATAG-GAGTg
gi|13 : ACCACGTTCAACGCA--ACATACGC-G--GTTC-------GGTGGCAGT-TGGTA---CGCGGG-T-------------TCG-GT----GC-----TTT----AC--CATT-G-ATTTCAC-----GGTGCGGGTA------------AATATTTCAAGAGA-T------------AT--TT----C------------C------------------CCTA--AATATT--G---C-AA--TAT-----CAGAAAAG-TAATGTGCTCACGGG-TGTCG-GAGAGTCC-ATTCTAA-TC-------TACTCATA--TTA-----GTGAACGGTAG--AA-------GTAAGCT--TAAG-GAG
gi|14 : tcACCACGTTCTACGCA--CCATACGCGA--GTTC-------GGTGG-AGT-TAGTA---CGCGGG-TTCGAGTGGCGGGTTCG-GT----TC-----TTT----A-----------TTTCAT-----GGTGCGGGTA------------A------------A-T----------------TT----C------------C------------------CCTA--AATATT--G---CAAA--TAT-----CAGAAATA-TAATGTGCTCACGGGTTGTCG-GAGAGTCC-ATTAT-A-TC-------TACTTATA--TAA----TGT-AACGGTAG--AA-------GTAAGCT--ATAG-GAGCCc
gi|15 : cAATAATACTTTTAAACCACTTAGAGCAATTTCCGA-GCACTT--TAA-TTTGGGAT----GAA-CAGGGT-TTTAAATG-------TTCAC------AGC--AG-GGATTCGGTT---CA-TGGTGGGTATGA----TTCG----------AC------------
gi|16 : ----TGT-AGTGATAG--AA-------ATAAGCT--ATAG-GAGTTGGGAAC--AATCGTGGA-----TAGTGAGGGTACTATCCTCTCG-AGTCGCATATTTACACA---AATTTCT-CT--CTATA-TTGAATaccgttttacctgcataagaaatgcttcctagttttgaaatataaacgtgatttttctgttgtattactcccaatccttcaaatac
gi|17 : tA------------A------------A-T------------AC--TT----C------------C------------------CTTC--A-T-TT--GTAACAAA--TAT-----CCGGAAAA-TAATGTGTGCACAGGTTGTCA-GGTAATGC-AGTCT-T-TC-------TATTGAT
gi|18 : TAA--ATACATTGTTGGTAT--GC-GAGTTCGGTT---CA-TGGTTGTTACGAGGG-TTCG----------AC------------g
gi|19 : gACCGGGTTTAATGCA--ACATGAACGG--GTTC-------GGTGG-AGT-TGGAA---CGAGGG-T-------------TCGCAT----TC-----CTA----AA--CATT-gccgtttttcctatataagatgtac
gi|2 : GTTTAACGCA--ACATAAGCGT--GTTT-------GGTG--AGT-TGAAA---CGAGGG-T-------------TCG-GT----T------TTT----AA--CATT-G-ATTCCAC-----TGTACTGGTAAGCAAATCGGGTA------------A-T------------AT--TT----T------------CTTAAATATTGCATATTTTCTTA--AATATT--G---CAAG--TAT-----CATAACAA-TAATGTGCTCACGAAATGTCA-AAGAATCC-ATTAT-A-TC-------TACTAATA--GTT----TGT-AATGATAG--AAATACATTGTAAGTT--ATAG-GAGCCGGGAAC--AGTCGTGTA-----CAGTGAGGTTACCATC--CTCC-AGTCGCAAATTTACATT---AATTTCTCCT--CGATA-TTGAATG-TTCTTTTA---CCTACTGTA-TC---T-----------ATGAT------TTT-GA-CAG-GGA---CT--------T-TTATAGA-TGG-AAATGATATTC---AAC---------CACTTTCTGA-GTACTT--TCATTTGGAAAT----AAA-CAGATTATTTTCATGGTAAATATTCAGTGTTGATGC--G--GAATTCTGTT---TA-TAGTTGGTACGAGGA-TTCG----------AC------------Ta
gi|20 : ACCACGTTCAAC-CG--ACATATACGGCGGTTC-------GGTGG-AGT-TGGTA---CGCGGG-T-------------Tctgttttttctgtgcaagaaatacttcttaaaagttttgaaagataaacttgatttttctgttttattactctcaacccttctaatac
gi|21 : cACCGGGTTCAACGCA--ACATACGCGG--GTT
gi|3 : aaatcACCGGGTTCAACGCA--ACATACACAG--GTTC-------GGTGG-AGT-TGGAA---CGAGGG-T-------------TCG-TT----TT-----TTTTTAAAA--CATT-G-ATTCCAC-----TGTGCAAGTA------------A------------A-T------------A--------------------------------------------A-------T--G---CAAA--TAT-----CAG-AAAG-TAATGTGCTCACGTGTTGTCG-AAAAGTTT-ACTCT-A-TC-------TACTAACA--TTT----TGT-AATGACAA--AA-------ATAAGCT--ATAG-GAGTCGAGAAT--ATATGTGGA-----CGATGAAGGTACCATCCCCTCC-AATCGCTTATTTACACA---AATTTCTTCT--CCATA-TTGAAAG-TTCTTAGA---CC-----TA-TC---T-----------ATAAG------TTT-GA-CAG-GGA---CTTTTTATAAT-TTATACA-TGG-AAATGATACTC---AACCACTTAGAACACTTCCTGA-GTACTT--TAA-TTGGAAAT----AAA-CAAGTAATTTTGATGGTAA--GTTAATTGTTGATGT--GG-GGGTTCGGTT---CA-TGGTTGGTATAAGGG-TTCG----------ACGCCTTTATACATTTGGAGCAACGAACCCCAAT--TG--------TATG---TTG--TCTTTA-CATTTGCCTC--GTAATTT-TGTT--TTTCCCCTGT-AATGACGCCTATAGCAGGTATCGACTGC-TCATCACTTA
gi|4 : cTCAACGCACTAAACACGCGA--TCTCTTCGCATGCTGA-AATATAGGAAATCGCGGGCT-------------TCG-GTATTCTCATTAATTT----ACGGCATTTGTATTTTACAATCTTGTGTGGGTA------------A------------AGT------------AT--TTATTGC------------T------------------CCCACTAATACTATG---TAAA--TATTTTATCAGACA---TA-TGTA---ATGGGTTGTCG-GAAGACCCGGTTCTAA-TC-------TACTTATAAGTTATTATTGT-ATTCATAAGTAA-------ATAAGCTACATAGCGAGTC-GGAACTAGTTTATGGAGGAATCAGTAGAGTTACCATCTTCACCAAGTCG-AT-TTTACGTATGCAGTTTATCCCTATTATATTTGAATGTTTCTTGTAT--CC-----TATTC---TTACATTATTGGATAATTTAGCATTC-GA-AAGAAGATATTT--------C-TTAT-TATTGGCAACTGATATTT---AAACACTTAGAACACTTTCTGCTACACTT--TAA--TGCGAGTGGAGGAA-GAGGTCATTTT
gi|5 : CCGGGTCCAATACA--ACATACGCGG--ATTC-------GGTGG-GGT-TGGAA---CGAGGG-T-------------TCG--T----TT-----TTT----AA--CATT-G-ATTCCAC-----TATGTGGGTA------------A------------A-T------------AT--TT----TAGGAGATATTTTC------------------CCTA--AATATT--G---CAA---TAT-----TAGAAAAGGTAATGTGCTCACGTTTTG--GAGAGAGTCT-ATTCT-A-TC-------TACCTATA--TTA----TGT-AATAATAG--AA-------ATAATAT--TTAG-GAGTTGGGAAC--ATTCATAGA-----CAATGAGGGTACTATCCTCTCC-AGTCGCATTTTTGCACA---AATGTCTACT--CTATA-TTGAATG-TTGTTGTA---CC-----TG-TC---T-----------ATAAT------TTT-GA-ATG-GGA---CT--------T-TTATTTA-TGG-AAATTATA-TT---AACCACTTGGGACACTTTCTGA-GTACTT--TAA-TTGAGAAG----AAA-CAGGTGATTTCGATGTTAA--ATTCATTGTTGGTGCATGCAGGGTTcaatacacaaagttggttatttttgatgt
gi|6 : CCGCGTTCAACGCA--ACATACGCGG--GTTC-------GGAGG-AGT-TGGTA---TGCGGG-T-------------TCG-GT----TC-----TTT----AC--CATT-G-ATTTCAC-----TAAGCGGGTA------------A------------A-TATTTCATGAGACAT--TT----C------------C------------------CCTA--AATATT--G---TAAA--TAT-----CAGAAAAT-CAATGTGATCATGGGTTGTCG-GAGAGTCC-ATTGT-A-TC-------TACTTATA--TTA----TGT--------------------GTAAGCT--ATA--------GGAAC--ATTTGTGGA-----CAGTGAGGGCACCAACTTCTCC-TTTCGCATATTCACACA---AATTCCACCT--CTATA-TTGAATG-TTCTTGTA---CC-----TG-TC---T-----------ATAAT------TTT-GA-CAG-GGA---CA--------T-TTATATA-TGG-AAATGATATTT---GACCACTTAAAACACTTTCTGA-AAGCTT--TGA-TTGTGAAT----AAA-CAGGTTATTTTGATGA
gi|7 : ACCGCATTCAAAGCA--ACATACACGG--GTTC-------AGAGG-AGT-TGGAA---C-------------------------------T-----TTC----AC--CATT-G-CTTTCAC-----TGTGCGGGTA------------A------------A-T------------AT--TT----CAGGAGATATATCC------------------CCTA--AATATA--G---CAAA--TAT-----CAGAAAAG-CAATGTGTTCACAGGTTATCA-GAGAATC--ATT-----TC-------T-----------------------GATTG--AA-------ATTAGCT--A--G-GAGTCGGGAAC--ATTCGTGGA-----CAGTGAGGATACCATCCTCTCC-GGTCGCATATTTACACA---AATTTCTCCT--CTATA-TTGAATG-TTCTTGTA---CC-----TA-TC---T-----------ATAAT------TTT-AA-CAG-GGA---CT--------T-TTATATA-TGG-AAATGATATTT---AACCACTTAGAA
gi|8 : T--CTCTA-TTGAAT---TCT-GTA---CC-----CG-TCGTTT-----------ATACT------TTTTGAGCAG-GGA---CT--------T---ATGTA-TGG-AAATGATATC-----ACTACTCAGAACTCTTTCTGA-G-ATTTCTTAA-TTG--AAT----AAAACAG-TTATTG-GATGATAA--AT-CAATGTTG-TAC--GC-GGGTTCGGTTTTGCA-TGATTG-TATGAGGGGTTCGGACGCCGTTTACA-----------TTAGAGCAAT-AACCCCAATTCTGGAAAGG-TTATGTGTTTGTTTGTTTGTCATTTGCCTCAAATA---TATCTTTATTTTCC
gi|9 : aagccgctacttcattccaccgcagttaccaagatcgttctcttatata-GAGAGTCC-ATTAT-A-TT-------TACTAATA--TTA----TGT-GATAATAG--AA-------ATAAGCT--ATAG-GAGTCCGGGAT--ATTCGTGGA-----CAGTGAAGGCACCATTCTTTCC-AGTCGCATATTTACACA---AATTTCTCTT--CCATA-TTGAATG-TTCTTGTA---CC-----TA-TC------------------------------GA-TAG-GGG---GT--------A-TTGTATA-TGA-AAATTAGATTT---CACCTCTTAGAACACTTTCTGA-GTGTCT--TAT-TTGGGAAT----AAA-CAGGTTATTTTCATGATAA--ATTCATTt