lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 33333333333333 11 111 1111111111 1111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 111 11111 1111 1111 3333 55 22 88888888 2222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 1 3 7 0 1 3 99999999999999 0 33 5 888 5 9999999999 3333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 0000 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 77 444444 0 4 666 3 4 1 00000 666 7777 3 2 4 0000 88888 3 3 6666 3333 0 66 6 55 11 88888888 6 6 7777777777777777777777777777777777777777777 6
lowQualScore : . . . . . . . .............. . .. . ... . .......... ....... ............................................................................................................................................................................................................................................................................................ . .... . .................................................... .. ...... . . ... . . . ..... ... .... . . . .... ..... . . .... .... . .. . .. .. ........ . . ........................................... .
lowQualScore : 8 4 8 8 8 4 0 77777777777777 3 66 7 666 7 6666666666 1111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 0000 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 666666 1 4 444 4 4 1 55555 444 7777 6 5 0 3333 33333 3 3 6666 5555 1 99 0 00 00 00000000 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000 0
consensus : NNACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTGCCTCGGGTCCGATGCGTC---------NTTTTTTT--ACACCGGACCGGAA-TGTCCGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GTT----T----------------------GTTTTTA---AG-------TAAA----------AAG-AAAA-ATATCGCA---CAAATCCAA----GT-----A-ATN------------A-----GTGTGA-TTAAAACCG-G---CATGGACCGTCTCA---N-TACAAGTAT--T--G-G-G-AA-C--C-----G---GAAGTC-T----GTT---G------AAAACATAAAATATCAATAGTA------AT------GTATTAGTATAATAAATAAGATTTCC-TTGGTTCT--TGCATTTTC-ACGTGTTTCA--C-TTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTC--GGTCTG-ACAAAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGCTCATTGA-GTACA---CAGGA-----C-C-GAATGTCCTGTGTGG-CCGAAAAAA---CTTTCGCA--TAGACTTG--ATGGGAGGAAATTGGATGCATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAACCAGTAC-ATTGGCAGGTCTATTAATCTCCCCTGTCTTCCTG
Reference ( gi|1 ) : TCACCGTCGGACCTGGCCGATGCACAGTGCCTCGGGTCTGATGCATC---------CTTGTTTT--ACACCGGACCAGAA-TGTACGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GTT----T----------------------GTTTTTA---GG-------TAAA----------AAA-AAAACATACCGCA---CAAATCCAA----GC-----A-ATT------------A-----GTGTGA-TTAAAATCGCGTGCCATGGACCGTCTCA---A-TACAAATAT--T--G-G---------------G---GAAGTC-T----GTT---G------AAAACATAAAATATCAATAGTA-----CAT------GTACTAGTATAATAGATAAGATTTCC-TTGGTTCTTTTCCATTTTC-ACGTGTTTCA--C-TATT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTA--GGTCCG-ACAAAATTTGGTTCA----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---TAGGA-----C-C-AAATGTCCTGTGTGG-CTGAAAAAA-AGCTTTTGCA--TAGACTCGGAATGGGGTGAAA----ATAAATATTGAAGGAAGAAAGAAT--ATTG--AAGATGTGTGATTG---GATTTATTCATC------GTCTCCCTG
gi|2 : ACCGTCGGACCTGACCG-T---CAGTGTCCCGGGTCCAATGCATA---------CTT-TTGT--ACACAGGACCAGAA-TGTCTGATGTCT-C------A---GCTTCAGG--T----TTTGA-----------------GTT----T----------------------G-TTTTA---AG-------TA---------------------AT---------TAAAT-------------------T------------A-----GTGTGA-TTAAAACTGTG-----TGGACCGTCTCA---T-TACAATTAT--GCAG-GAGCAATCTTCT----G---GAAGTC-T----TGT---G------AAAACATAAATAATCAATAGTA--------------G---TAGTATAATAAATACGATTTCCTTTGATTC---TCAATCTAG-ACGTGTTTCA--C-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATT-ACATTTAAATAGGTTTTTTC--GGTCCG-TTAAAATTT-GCTCG----GCC---CCA----T-GTGTTCA-TGATATACA---TAGGA-----CAC-GGATGTCCTGTGTGG-CTCAAAAA----CTTTCGCA--TAGACT
gi|6 : cagtctatgtgaaagatatcggACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTACCTCACGTCCGATGCGTA---------TTTTATTT--ACAACGGACCGGAA-GGTCCGATGTCG-C------A---GTGTCCGG--T----TTTAA-----------------ACTTTACT----------------------ACTTTTACACGGAGTCATTTAAATGTTTGTTATAAGTAAAAC-TATCGAA---CAAATTCAA----GT-----ACGTTAATGAGACTCAGA-----GTGTGA-TTAAAA-CG-G---CATGTACCGTCTgt
gi|13 : gtctatgcgaaagacatcagCCATCAGACCCGACGGATGTACAGTGCCTCAGGTCCAA--CAT----------ATTGATCTCAACATCAGACCACAA-TGT--------T-C------A---GTGTTAGG--TTCAATCTGA-----------------GTT----T----------------------tcggaactgcgcgggagcaatctctgggaaacggaaagct
gi|18 : cattctctgaagaagacattgggCCATCAGACCTGGCTGATGTACAGTGCCTCGGGTC
gi|7 : CATTGGACCTGACTGGTGTACAG--------GTCTGATGCATC---------ATTTTTTTC-ACACCAGACCAGAA-TGTCCAACGTCT-CTGTAAAA---GTGTCCAGTAT----TTTGACATGGAGGCATTTAAATGTT----T----------------------G-TTTTA---AG-------TAAA----------AG-------ATATCGCA---CAAATTGAA----GT-----ACATA------------A-----ATGTGA-TTAAAaccatcagacctggccgatgtacagt
gi|4 : gtaacatgattttatgcaacaggGTCCGATGTGTC---------ATT-TTTT--ACACCAGACCAGAAATGTCTGTTGTCT-C------G---GTGTCCAG--T----TTTTA-----------------GTT----T----------------------G-TTTTA---AG-------TAAA----------AAA-AA---ATACCGCACTGCAAATCCAACTATGTA----A-ACG------------A-----GTGTGA--TATAACCG-----CATGAACCGTTTCA---T-TACAAGTAT--T--ATGCGTGAACGATCTAC-G---GAAGTC-T----GTT---G-------AAACATAAAATA--AAT-----------------------------------AAGATTTCC-TTGGTTC---TGCATTTTC-AC------------------------------------------------------TTTTTT--GGTCTG-ACAAACTTTTGTTTG----GTC---CTT----T-GTGTTCATGGA-GTACT---CTGGA-----C-T-GAATGTCCTGTGTGGCCTTAAAAAA-AACTTTCGCA--TAGACTtgcaggagagatggcagggaagaataaaatattagtat
gi|3 : agtgtatgccaaagacatcggacctGATGCATCATTCATTTTCTTTTTTT--AT--CAGACCAGAT-TGTCC-ATGTCA-C------A---GTGTCCAG--T----TTTGA-----------------GTT----TTACAATTTTAACACAGAGTGTTGTTTTTA---AT-------T-------------AAC-AAAATAT----CA---TAAATCCAA----G------A-ATG------------A-------GTGA-T--AAACCACA----ATGGTTCGTCTC--------CAAGTAT--T--A-T---------------GTCAGGAGCCAT----GCCAGAG------AAGA-ATCAAATAT--AT--TA--------------GTATCAGTATGAT-GAAAAGAGTTCC-TTGGTTC---TGCATTTTC-ATGTGCTTCA--CTTTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTT--TGTCTG-ACAAAATTTGGTTCC----ATT---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGAA-----C-C-GGATGTCTTGAATGG-CCAAAAAA------CTCGCA--CAGACTg
gi|8 : TTAT--ACACTGGACTGAAA-TGTATGATGTCTGC------ATGAATGTCCGA--C----TTTGA-----------------GTT----TTACT------------------ATTTTGAAATGGAATTATTTAAATGTTTGTGACAAGTAAAAAATATCACA---CAAATCCAA----GTATGTAA-ATG------------A-----GTGAGA-TTAAAACTG-----CATAGACCGTCTCAAGCA-TAGAAATATTAT--G-C---------------G---GGAG---C----GAT---GCAAGA-GAAGAATAAAATAT--AT---------CATTA----GTATTGGTATAAg
gi|10 : A-AAAAAATAGCACA---CAAATCCAA----GT-----A-CGT------------A-----A-ATGACTTAAAATCA-GT---ATGAACTGTC--A---AGTGCAAGTAT--TATG-C---------------G---GAAGC-------GTT---GCCAGAGAAGA-ATAAAATATCAATAGTATTAGTTATAGTATAGTATTAGTA-AATCAATCAGATTTTC-TTGGTTCT
gi|15 : ATCCAA----GC-----A-ATT------------AAATTAGTGTGA-T-AAAACCGTGTG-----GACTGCCTCA---C-TACAAGTAC--A--G-GAGCAATCGCT-----G---GAAGTC-TAGCTGTT---A------AAATCATAAAATATCAATAGTA-----
gi|17 : ------------A-----GTGTGA-TTAAAACCA-----CATGGAGCATCTCA---T-TACAAGTAT--T--t
gi|5 : -TTAAAA-CGCGTGCCTTGGGACGTCTCA---A--ACAATTATA-T--G-GCGGAAGCATCCTTCTG---GAAGTC-T----GTT---G------AAAACATAAAATATCAAAAGT--------T------TTGTTAATA-AATA---AAGATTTCC-TTGGT--TTCTGCATTCTCAAAGTGTTTCAACC-AATT---------------------TT-ACAG-----TAGG-TTTTTC--AGTCTG-ACAAAATTTGG-GCA----GTC---CTG----TCGTGTTCTTTGA-GTACAGTTTAGGA-----C-CAAAATGTatgctaaagcaatctctggaagtcg
gi|9 : taggttgttgggt---G------AAGA-ATAGAATATCAATA--------TAG------GTATTAGTTTAATAAATATGATTTCC---GGTT--TCTGCAGTTTC-AC---TTT--------TT---------------------TT-GCAA-----TAGT-TTTTTTTTGGTCTG-ACAAA-TTTGGTTCG----ATT---CTG----T-GTGTTCATTTA-GTACA---AAGGA-----A-T-GAATGTCTGGTGT-G-CCCAAAAAA-ATC-TTTGCATCTAGACTatgtttattttttgcgttgcctttgtgtgggggcttcaaaaaactttttcgcagttagactgtccc
gi|12 : aGATTTTC-TTGGTTCTG---CATTTT---------TCA--C-CTTT---------------------TT--CAC-----T--------------T-------AAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CTGTT-----C-C-GAATGGCCTGg
gi|16 : ATTTCC-TTGGTTCTGT---GTCTTC-ACGTGTTTTT--C-TTTT---------------------TTTACAT-----TATG-TTTTTC--GGTCTG-ACAAAATGTGGTTCG----GTCCCACTGTCAAT-GTGCTCATTGcaagttgtccaaaagacaaattccttgttttacatct
gi|14 : --C-TCTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTCA--G-TCTG-ATAAAATTTGGTTTGCGTGGTC---CTG----T-CTGCTCATTGA-GTACA---CAGGA-----C-C-GAATGTTCTATGTGG---GCAAAAATTTTTTTTGCA--TAGACT
gi|4 : -TTTTTA--AGGCCACACAGGAC---ATTCA----GTC---CAG----A-GTACTCCATGA-ACACA---AAGGA-----C-C-AAAg
gi|9 : agtgtatgccaaagacatcggacctgtccgatgtgtcattttttacaccagaccagaaatgtctgttgtctcggtgtccagtttttagtttgttttaagtaaaaaaaaataccgcactgcaaatccaactatgtaaacgagtgtgatataaccgcatgaaccgtttcattacaagtattatgcgtgaacgatctacggaagtctgttgaaacataaaataaataagatttccttggttctgcattttcacttttttggtctgacaaacttttgTTCA----TTC---CTT----T-GTACTAAATGA-ACACA---CAGAATCGAAC-C-AAAT---TTGTCAGA-CCAAAAAAA-AACTATTGCA--aaactttcgcatagactg
gi|14 : agaagaatagaatatcaatataggtattagtttaataaatatgatttccggtttctgcagtttcacttttttTTCG----GTC---CTG----T-GTACTCAATGA-GCAGA---CAGGA-----C-C-Atgtctggtgtgcccaaaaaaatctttgcatctagactg
gi|20 : ctcttttacattaggttttcagtctgataaaatttggtttgcgA---TTGGA-----C-C-AAATGTCCTTTGTGG-CTCAAAAAA---CTTTTGCA--TAGACTtgttctatgtgggcaaaaattttttttgcatagactg
gi|11 : GGA-----C-C-AA--GTTTTGTGGGG---GAAAAAA---CTTTTA-A--CAGGTTTG--ATGGGAGGAAATTGGATGCATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAACCAGTAC-ATTGGCAGGTCTATTAATCTCCCCTGTCTTCCTG
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTATTATTGATTTAGTGAGAAATTGATTGGTGTCATTTGGATTTACT
Unaligned ( gi|21 ): GTCTATGCGAAAGACATCGGACCGTCAGACCTGACCGAT
Unaligned ( gi|22 ): GTCTATATGAAAGACTTTGGACCGTCGGACCTGACCG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 1111111111 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333333333333333333333333333333333 222222 1111 9999999999999999999999999999999 11111111111111111111 555555555555555555 111 333333333333333333333 111111 3333333333333333333 33333333333 111 11 22 2222 11 11 2 222 222222
lowQualScore : 1 88 6666666 55 2 5 333 5 6666666666 66 0000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 3 3 888 44444444444444444444444444444444444 3 4 777777 55 0000 6666666666666666666666666666666 888 44444444444444444444 9 66 777777777777777777 33 5 4 666 2 888 66 8 1 777777777777777777777 55 222222 4 777 9999 777 9999 4 2 5 888 4 4 1111111111111111111 55 55 22222222222 222 55 22 77 2 3333 2 88 88 999 0 000 3 888888
lowQualScore : . .. ....... .. . . ... . .......... .. .... ............................................................................................................. . . . ... ................................... . . ...... .. .... ............................... ... .................... . .. .................. .. . . ... . ... .. . . ..................... .. ...... . ... .... ... .... . . . ... . . ................... .. .. ........... ... .. .. .. . .... . .. .. ... . ... . ......
lowQualScore : 4 99 4444444 44 0 0 000 0 0000000000 99 6666 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 9 4 888 77777777777777777777777777777777777 4 0 333333 55 3333 6666666666666666666666666666666 888 88888888888888888888 4 11 999999999999999999 55 0 4 888 5 999 11 9 1 888888888888888888888 22 000000 4 000 4444 888 4444 4 4 0 888 0 0 0000000000000000000 55 55 55555555555 555 55 22 55 5 5555 5 00 00 000 0 555 0 555555
consensus : NNACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTGCCTCGGGTCCGATGCGTCATT-------TTTTT-ACACCGGACCAGAA-TGTCCGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----A------G-----TAAA----------AAG--AAAA-ATATCGCA---CAAATCCAA----G-----T-----A-AT--------GA-----GTGTGATTAAAAC-CG-G---CAT--GGACCGTCTCA---NTACAAGTAT-T----GG--G--AA--------C-A-----CG---GAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAATAGTA------GT------GTATTAGTATAATAAATAA-GATTTCC-TTGGTTC--TTGCATTTTCAC-GTGTTTCA--C-TTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-C---G----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTCGGAATGGGGNGAAATTGGATGNATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAANNNGTGCGATTGGCAGGTCTATTNATCTCCCCTGTCTCCCTG
Reference ( family-6448 ) : NNACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTGCCTCGGGTCCGATGCGTCNTT-------TTTTT-ACACCGGACCGGAA-TGTCCGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----A------G-----TAAA----------AAG--AAAA-ATATCGCA---CAAATCCAA----G-----T-----A-AT--------NA-----GTGTGATTAAAAC-CG-G---CAT--GGACCGTCTCA---NTACAAGTAT-T----GG--G--AA--------C-------CG---GAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAATAGTA------AT------GTATTAGTATAATAAATAA-GATTTCC-TTGGTTC--TTGCATTTTCAC-GTGTTTCA--C-TTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGCTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-C---G----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTTG--ATGGGAGGAAATTGGATGCATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAACCAGTAC-ATTGGCAGGTCTATTAATCTCCCCTGTCTTCCTG
gi|1 : ACCGTCGGACCTGGCCGATGCACAGTGCCTCGGGTCTGATGCATCCTT-------GTTTT-ACACCGGACCAGAA-TGTACGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----G------G-----TAAA----------AAA--AAAACATACCGCA---CAAATCCAA----G-----C-----A-AT--------TA-----GTGTGATTAAAAT-CGCGTGCCAT--GGACCGTCTCA---ATACAAATAT-T----GG------------------------G---GAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAATAGTAC-----AT------GTACTAGTATAATAGATAA-GATTTCC-TTGGTTCTTTTCCATTTTCAC-GTGTTTCA--C-TATT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTA--GGTCCGACAAAATTTGGTTCA----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---TAGGAC-C-AAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-T---G----AAAAAAAG-C--TTTTGCA--TAGACTCGGAATGGGGTGAAA----ATAAATATTGAAGGAAGAAAGAAT--ATTG--AAGATGTGTGATTG---GATTTATTCATC------GTCTCCCTG
gi|10 : tcAA--AAAA-ATAGCACA---CAAATCCAA----G-----T-----ACGT--------AA-----ATG-ACTTAAAAT-CA-G---TAT--GAACTGTC-AA---GTGCAAGTAT-T----AT--G--------------------CG---GAAG---C----GTT---GCCAGAGAAGAATAAA--ATATCAATAGTATTAGTTATAGTATAGTATTAGTA-AATCAATCA-GATTTTC-TTGGTTC--T
gi|11 : GGAC-C-AA--GT-------------------TT--TGT--GGGG------G----AAAAAA---C--TTTTA-A--CAGGTTTG--ATGGGAGGAAATTGGATGCATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAACCAGTAC-ATTGGCAGGTCTATTAATCTCCCCTGTCTTCCTG
gi|12 : -GATTTTC-TTGGTTC--T-GCATTTT---------TCA--C-CTTT---------------------TT--CAC-----T----------------T----AAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CTGTTC-C-GAATGG-------------------CC--TGCAAGTTGT-C---C----AAAAGA---C--t
gi|13 : CCATCAGACCCGACGGATGTACAGTGCCTCAGGTCCAA--CAT-ATTGA-----TCTCA-ACATCAGACCACAA-TGT--------T-C------A---GTGTTAGG--TTCAATCTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------aaattccttgttttacatct
gi|14 : cattctctgaagaagacattggg--C-TCTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTT-C--AGTCTGATAAAATTTGGTTTGCGTGGTC---CTG----T-CTGCTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------TC--TAT--GTGG------G----CAAAAATTTT--TTTTGCA--TAGACT
gi|15 : ATCCAA----G-----C-----A-AT--------TAAATTAGTGTGAT-AAAAC-CG-----TGT--GGACTGCCTCA---CTACAAGTAC-A----GG--AGCAA--------T-------CGCTGGAAGTC-TAGCTGTT---A-----AAATCATAAA--ATATCAATAGTA------g
gi|16 : ATTTCC-TTGGTTC---TGTGTCTTCAC-GTGTTTTT--CTTTTT---------------------TT-ACAT-----TATG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATGTGGTTCG----GTCCCACTGTCAAT-GTGCTCATTGt
gi|17 : A-----GTGTGATTAAAAC-CA-----CAT--GGAGCATCTCA---TTACAAGTAT-T----
gi|18 : CCATCAGACCTGGCTGATGTACAGTGCCTCGGGTCatgctaaagcaatctctggaagtcg
gi|18 : ACCATCAGACCTGGCCGATGTACAGTaccatcagacctggccgatgtacagt
gi|2 : ccatcagacctggctgatgtacagtgcctcgggtcACCGTCGGACCTGACCG---T-CAGTGTCCCGGGTCCAATGCAT-ACT-------TTTGT-ACACAGGACCAGAA-TGTCTGATGTCT-C------A---GCTTCAGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TT-A-----A------G-----TA--------------------A-TTA---------------------------------A-AT--------TA-----GTGTGATTAAAAC-TG-----TGT--GGACCGTCTCA---TTACAATTATGC----AG--G--AG--------CAATCTTCTG---GAAGTC-T----TGT---G-----AAAACATAAA--TAATCAATAGTA------GT-----------AGTATAATAAATAC-GATTTCCTTTGATTC--TCA-ATCTAGAC-GTGTTTCA--C-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATT-ACATTTAAATAGGTTTTTTC--GGTCCGTTAAAATTT-GCTCG----GCC---CCA----T-GTGTTCA-TGATATACA---TAGGACAC-GGATGT-------------------CC--TGT--GTGGCTC---------AAAAA---C--TTTCGCA--TAGACT
gi|20 : cagtctatgtgaaagatatcggGGAC-C-AAATGT-------------------CC--TTT--GTGGC-T---C----AAAAAA---C--TTTTGCA--TAGACTgt
gi|21 : attACCGTCAGACCTGACCGAT
gi|3 : gtctatgcgaaagacatcggGATGCATCATTCATTTTCTTTTT-TTATCAGACCAGAT-TGTCC-ATGTCA-C------A---GTGTCCAG--T----TTTGA-----------------GTTTTACAATTTTAACACAGAGTGT----T-----------------GTT-TTTA-----A------T-----TAAC----------AA------A-ATATC--A---TAAATCCAA----G-----------A-AT--------GA-----GTG--AT--AAAC-CA-C---AAT--GGTTCGTCTC-------CAAGTAT-T----AT--G------------T-------CA---GGAGCCAT----GCCAGAG-----AAGA-ATCAA--ATAT--AT--TA--------------GTATCAGTATGATGAA-AA-GAGTTCC-TTGGTTC---TGCATTTTCAT-GTGCTTCA--CTTTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTT--TGTCTGACAAAATTTGGTTCC----ATT---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGAAC-C-GGATGT-------------------CT--TGA--ATGGC-C--------AAAAAA---C----TCGCA--CAGACT
gi|4 : GTCCGATGTGTCATT-------TTTT--ACACCAGACCAGAAATGTCTGTTGTCT-C------G---GTGTCCAG--T----TTTTA-----------------GT----------------------T----T-----------------G-T-TTTA-----A------G-----TAAA----------A----AAAA-ATACCGCACTGCAAATCCAACTATG-----TA----A-AC--------GA-----GTGTGA-TATAAC-C--G---CAT--GAACCGTTTCA---TTACAAGTAT-TATGCGT--G--AA--------CGATCTA-CG---GAAGTC-T----GTT---G------AAACATAA---------------------------------------AATAAATAA-GATTTCC-TTGGTTC---TGCATTTTCAC-------------------------------------------------------TTTTTT--GGTCTGACAAACTTTTGTTTG----GTC---CTT----T-GTGTTCATGGA-GTACT---CTGGAC-T-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-CTTAA----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTg
gi|5 : agtgtatgccaaagacatcggacctTTAAAACGCGTG---CCTTGGGAC-GTCTCA---A-ACAATTATAT----GGCGG--AAGCATCCTTC-------TG---GAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAAAAGT------------------TTTGT-TAATAAATAAAGATTTCC-TTGGTTT--CTGCATTCTCAAAGTGTTTCAACC-AATT---------------------TT-ACAG-----TAGG-TTTTTC--AGTCTGACAAAATTTGG-GCA----GTC---CTG----TCGTGTTCTTTGA-GTACAGTTTAGGAC-CAAAATGTATGTTTATTTTTTGCGTTGCCTTTGT--GTGGG-G---GCTTCAAAAAA---CTTTTTCGCAGTTAGACTg
gi|6 : taggttgttgggtACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTACCTCACGTCCGATGCGTATTT-------TATTT-ACAACGGACCGGAA-GGTCCGATGTCG-C------A---GTGTCCGG--T----TTTAA-----------------AC----------------------TTTACT-----------------ACT-TTTACACGGA------GTCATTTAAATGTTTGTTATAAGT-AAAA-CTATCGAA---CAAATTCAA----GTACGTT-----A-ATGAGACTCAGA-----GTGTGATTAAAA--CG-G---CAT--GTACCGTCTgtccc
gi|7 : gtctatgcgaaagacatcagCATTGGACCTGACTGGTGTACAG--------GTCTGATGCATCATT-------TTTTTCACACCAGACCAGAA-TGTCCAACGTCT-CTGTAAAA---GTGTCCAGTAT----TTTGACATGGAGGCATTTAAATGT----------------------T----T-----------------G-T-TTTA-----A------G-----TA-----------------AAAG-ATATCGCA---CAAATTGAA----G-----T-----ACAT--------AA-----ATGTGATTAAAtcggaactgcgcgggagcaatctctgggaaacggaaagct
gi|8 : gtaacatgattttatgcaacaggTTAT-ACACTGGACTGAAA-TGTATGATGTCTGC------ATGAATGTCCGA--C----TTTGA-----------------GT----------------------T----TTACTATTTTGAAATGGAATTATTTA-----AATGTTTG-----TGAC----------AAGTAAAAA-ATATCACA---CAAATCCAA----G-----TATGTAA-AT--------GA-----GTGAGATTAAAAC-T--G---CAT--AGACCGTCTCAAGCATAGAAATAT-TATGCGG--G--AG--------CGA-----TG---CAAG----------A---G-----AAGA-ATAAAATATATCATTA-----------------GTATTGGTATAAtgcaggagagatggcagggaagaataaaatattagtat
gi|9 : ---G-----AAGA-ATAGA--ATATCAATA-TA------G-------GTATTAGTTTAATAAATAT-GATTTCC---GGTTT--CTGCA----------GTTTCA--C-TTTT---------------------TTTGCAA-----TAGT-TTTTTTTTGGTCTGACAAA-TTTGGTTCG----ATT---CTG----T-GTGTTCATTTA-GTACA---AAGGAA-T-GAATGT-------------------CT--GGT--GTGCC-C---A----AAAAAA---T--CTTTGCATCTAGACT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTATTATTGATTTAGTGAGAAATTGATTGGTGTCATTTGGATTTACT
Unaligned ( gi|22 ): GTCTATATGAAAGACTTTGGACCGTCGGACCTGACCG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222222 1111111111 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444444444 222222 1111 0000000000000000000000000000000000 11111111111111111111 55555555555555555555 111 333333333333333333333 111111 3333333333333333333 33333333333 111 11 11 2222 11 11 1 222 222222
lowQualScore : 1 1 77777777 5 5 5 333 5 6666666666 66 0000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 6 888 33333333333333333333333333333333333 3 4 777777 55 0000 1111111111111111111111111111111111 44444444444444444444 9 66 66666666666666666666 33 5 4 666 2 888 66 8 1 777777777777777777777 55 222222 4 777 9999 777 9999 4 5 888 4 4 1111111111111111111 55 55 22222222222 222 55 22 88 1 3333 1 88 88 333 5 000 1 888888
lowQualScore : . . ........ . . . ... . .......... .. .... ............................................................................................................. . . ... ................................... . . ...... .. .... .................................. .................... . .. .................... .. . . ... . ... .. . . ..................... .. ...... . ... .... ... .... . . ... . . ................... .. .. ........... ... .. .. .. . .... . .. .. ... . ... . ......
lowQualScore : 4 4 99999999 0 0 0 000 0 0000000000 99 6666 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 5 888 66666666666666666666666666666666666 4 0 333333 55 3333 8888888888888888888888888888888888 88888888888888888888 4 11 22222222222222222222 55 0 4 888 5 999 11 9 1 888888888888888888888 22 000000 4 000 4444 888 4444 4 0 888 0 0 0000000000000000000 55 55 55555555555 555 55 22 00 0 5555 0 00 00 000 0 555 0 555555
consensus : NNACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTGCCTCGGGTCCGATGCGTCATT-------TT-TTT-ACACCGGACCAG-AATGTCCGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----A------G-----TAAA----------AAG--AAAA-ATATCGCA---CAAATCCAA----G-----T-----A-AT--------GA-----GTGTGATTAAAAC-CG-G---CAT--GGACCGTCTCA---NTACAAGTAT-T----GG--GAG-C-----A------C------GGAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAATAG---TA-GT---------GTATTAGTATAATAAATAA-GATTTCC-TTGGTTC--TTGCATTTTCAC-GTGTTTCA--C-TTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-C---G----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTCGGAATGGGGNGAAATTGGATGNATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAANNNGTGCGATTGGCAGGTCTATTNATCTCCCCTGTCTCCCTG
Reference ( family-6448 ) : NNACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTGCCTCGGGTCCGATGCGTCATT-------TT-TTT-ACACCGGACCAG-AATGTCCGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----A------G-----TAAA----------AAG--AAAA-ATATCGCA---CAAATCCAA----G-----T-----A-AT--------GA-----GTGTGATTAAAAC-CG-G---CAT--GGACCGTCTCA---NTACAAGTAT-T----GG--GAA-C-----A------C------GGAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAATAG---TA-GT---------GTATTAGTATAATAAATAA-GATTTCC-TTGGTTC--TTGCATTTTCAC-GTGTTTCA--C-TTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-C---G----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTCGGAATGGGGNGAAATTGGATGNATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAANNNGTGCGATTGGCAGGTCTATTNATCTCCCCTGTCTCCCTG
gi|1 : ACCGTCGGACCTGGCCGATGCACAGTGCCTCGGGTCTGATGCATCCTT-------GT-TTT-ACACCGGACCAG-AATGTACGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----G------G-----TAAA----------AAA--AAAACATACCGCA---CAAATCCAA----G-----C-----A-AT--------TA-----GTGTGATTAAAAT-CGCGTGCCAT--GGACCGTCTCA---ATACAAATAT-T----GG--------------------------GGAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAATAG---TACAT---------GTACTAGTATAATAGATAA-GATTTCC-TTGGTTCTTTTCCATTTTCAC-GTGTTTCA--C-TATT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTA--GGTCCGACAAAATTTGGTTCA----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---TAGGAC-C-AAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-T---G----AAAAAAAG-C--TTTTGCA--TAGACTCGGAATGGGGTGAAA----ATAAATATTGAAGGAAGAAAGAAT--ATTG--AAGATGTGTGATTG---GATTTATTCATC------GTCTCCCTG
gi|10 : tcAA--AAAA-ATAGCACA---CAAATCCAA----G-----T-----ACGT--------AA-----ATG-ACTTAAAAT-CA-G---TAT--GAACTGTC-AA---GTGCAAGTAT-T----------A-T-----G------C------GGAAG---C----GTT---GCCAGAGAAGAATAAA--ATATCAATAGTATTA-GTTATAGTATAGTATTAGTA-AATCAATCA-GATTTTC-TTGGTTC--T
gi|11 : GGAC-C-AA--GT-------------------TT--TGT--GGGG------G----AAAAAA---C--TTTTA-A--CAGGTTTG--ATGGGAGGAAATTGGATGCATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAACCAGTAC-ATTGGCAGGTCTATTAATCTCCCCTGTCTTCCTG
gi|12 : -GATTTTC-TTGGTTC--T-GCATTTT---------TCA--C-CTTT---------------------TT--CAC-----T----------------T----AAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CTGTTC-C-GAATGG-------------------CC--TGCAAGTTGT-C---C----AAAAGA---C--t
gi|13 : CCATCAGACCCGACGGATGTACAGTGCCTCAGGTCCAA--CAT-ATTGA-----TC-TCA-ACATCAGACCAC-AATGT--------T-C------A---GTGTTAGG--TTCAATCTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------aaattccttgttttacatct
gi|14 : cattctctgaagaagacattggg--C-TCTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTT-C--AGTCTGATAAAATTTGGTTTGCGTGGTC---CTG----T-CTGCTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------TC--TAT--GTGG------G----CAAAAATTTT--TTTTGCA--TAGACT
gi|15 : ATCCAA----G-----C-----A-AT--------TAAATTAGTGTGAT-AAAAC-CG-----TGT--GGACTGCCTCA---CTACAAGTAC------AG--GAG-C-----AATCGC-T------GGAAGTC-TAGCTGTT---A-----AAATCATAAA--ATATCAATAG---TA-g
gi|16 : ATTTCC-TTGGTTC---TGTGTCTTCAC-GTGTTTTT--CTTTTT---------------------TT-ACAT-----TATG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATGTGGTTCG----GTCCCACTGTCAAT-GTGCTCATTGt
gi|17 : A-----GTGTGATTAAAAC-CA-----CAT--GGAGCATCTCA---TTACAAGTAT-T----
gi|18 : CCATCAGACCTGGCTGATGTACAGTGCCTCGGGTCatgctaaagcaatctctggaagtcg
gi|18 : ACCATCAGACCTGGCCGATGTACAGTaccatcagacctggccgatgtacagt
gi|2 : ccatcagacctggctgatgtacagtgcctcgggtcACCGTCGGACCTGACCG---T-CAGTGTCCCGGGTCCAATGCAT-ACT-------TT-TGT-ACACAGGACCAG-AATGTCTGATGTCT-C------A---GCTTCAGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TT-A-----A------G-----TA------------------------ATT-------AAATT--------------------------------A-----GTGTGATTAAAAC-TG-----TGT--GGACCGTCTCA---TTACAATTATGC----AG--GAG-C-----AATCTTCT------GGAAGTC-T----TGT---G-----AAAACATAAA--TAATCAATAG---TA-GT--------------AGTATAATAAATAC-GATTTCCTTTGATTC--TCA-ATCTAGAC-GTGTTTCA--C-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATT-ACATTTAAATAGGTTTTTTC--GGTCCGTTAAAATTT-GCTCG----GCC---CCA----T-GTGTTCA-TGATATACA---TAGGACAC-GGATGT-------------------CC--TGT--GTGGCTC---------AAAAA---C--TTTCGCA--TAGACT
gi|20 : cagtctatgtgaaagatatcggGGAC-C-AAATGT-------------------CC--TTT--GTGGC-T---C----AAAAAA---C--TTTTGCA--TAGACTgt
gi|21 : attACCGTCAGACCTGACCGAT
gi|3 : gtctatgcgaaagacatcggGATGCATCATTCATTTTCTT-TTT-TTATCAGACCAG-ATTGTCC-ATGTCA-C------A---GTGTCCAG--T----TTTGA-----------------GTTTTACAATTTTAACACAGAGTGT----T-----------------GTT-TTTA-----A------T-----TAAC----------AA------A-ATATC--A---TAAATCCAA----G-----------A-AT--------GA-----GTG--AT--AAAC-CA-C---AAT--GGTTCGTCTC-------CAAGTAT-T----AT--GT---------------C------AGGAGCCAT----GCCAGAG-----AAGA-ATCAA--ATAT--AT-----TA-GT-----------ATCAGTATGATGAA-AA-GAGTTCC-TTGGTTC---TGCATTTTCAT-GTGCTTCA--CTTTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTT--TGTCTGACAAAATTTGGTTCC----ATT---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGAAC-C-GGATGT-------------------CT--TGA--ATGGC-C--------AAAAAA---C----TCGCA--CAGACT
gi|4 : GTCCGATGTGTCATT--------T-TTT-ACACCAGACCAGAAATGTCTGTTGTCT-C------G---GTGTCCAG--T----TTTTA-----------------GT----------------------T----T-----------------G-T-TTTA-----A------G-----TAAA----------A----AAAA-ATACCGCACTGCAAATCCAACTATG-----TA----A-AC--------GA-----GTGTGA-TATAAC-C--G---CAT--GAACCGTTTCA---TTACAAGTAT-TATGCGT--GAA-CGATCTA------C------GGAAGTC-T----GTT---G------AAACATAA----------------------------------------AATAAATAA-GATTTCC-TTGGTTC---TGCATTTTCAC-------------------------------------------------------TTTTTT--GGTCTGACAAACTTTTGTTTG----GTC---CTT----T-GTGTTCATGGA-GTACT---CTGGAC-T-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-CTTAA----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTg
gi|5 : agtgtatgccaaagacatcggacctTTAAAACGCGTG---CCTTGGGAC-GTCTCA---A-ACAATTATAT----GGCGGAAGC-----A------TCCTTCTGGAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAAAAG---T----------------TTTGT-TAATAAATAAAGATTTCC-TTGGTTT--CTGCATTCTCAAAGTGTTTCAACC-AATT---------------------TT-ACAG-----TAGG-TTTTTC--AGTCTGACAAAATTTGG-GCA----GTC---CTG----TCGTGTTCTTTGA-GTACAGTTTAGGAC-CAAAATGTATGTTTATTTTTTGCGTTGCCTTTGT--GTGGG-G---GCTTCAAAAAA---CTTTTTCGCAGTTAGACTg
gi|6 : taggttgttgggtACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTACCTCACGTCCGATGCGT-ATT-------TTATTT-ACAACGGACCGG-AAGGTCCGATGTCG-C------A---GTGTCCGG--T----TTTAA-----------------AC----------------------TTTACT-----------------ACT-TTTACACGGA------GTCATTTAAATGTTTGTTATAAGT-AAAA-CTATCGAA---CAAATTCAA----GTACGTT-----A-ATGAGACTCAGA-----GTGTGATTAAAA--CG-G---CAT--GTACCGTCTgtccc
gi|7 : gtctatgcgaaagacatcagCATTGGACCTGACTGGTGTACAG--------GTCTGATGCATCATT-------TT-TTTCACACCAGACCAG-AATGTCCAACGTCT-CTGTAAAA---GTGTCCAGTAT----TTTGACATGGAGGCATTTAAATGT----------------------T----T-----------------G-T-TTTA-----A------G-----TA-----------------AAAG-ATATCGCA---CAAATTGAA----G-----T-----ACAT--------AA-----ATGTGATTAAAtcggaactgcgcgggagcaatctctgggaaacggaaagct
gi|8 : gtaacatgattttatgcaacaggT-TAT-ACACTGGACTGA-AATGTATGATGTCTGC------ATGAATGTCCGA--C----TTTGA-----------------GT----------------------T----TTACTATTTTGAAATGGAATTATTTA-----AATGTTTG-----TGAC----------AAGTAAAAA-ATATCACA---CAAATCCAA----G-----TATGTAA-AT--------GA-----GTGAGATTAAAAC-T--G---CAT--AGACCGTCTCAAGCATAGAAATAT-TATGCGG--GAG-CG----A------T------GCAAG----------A---G-----AAGA-ATAAAATATATCATTA------------------GTATTGGTATAAtgcaggagagatggcagggaagaataaaatattagtat
gi|9 : ---G-----AAGA-ATAGA--ATATCAATA----TA-G----------GTATTAGTTTAATAAATAT-GATTTCC---GGTTT--CTGCA----------GTTTCA--C-TTTT---------------------TTTGCAA-----TAGT-TTTTTTTTGGTCTGACAAA-TTTGGTTCG----ATT---CTG----T-GTGTTCATTTA-GTACA---AAGGAA-T-GAATGT-------------------CT--GGT--GTGCC-C---A----AAAAAA---T--CTTTGCATCTAGACT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTATTATTGATTTAGTGAGAAATTGATTGGTGTCATTTGGATTTACT
Unaligned ( gi|22 ): GTCTATATGAAAGACTTTGGACCGTCGGACCTGACCG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222222 1111111111 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444444444 222222 1111 00000000000000000000000000000000000000 111111111111111111 55555555555555555555 111 333333333333333333333 111111 3333333333333333333 33333333333 111 11 11 2222 11 11 1 222 222222
lowQualScore : 1 1 77777777 5 5 5 333 5 6666666666 66 0000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 6 888 33333333333333333333333333333333333 3 4 777777 55 0000 66666666666666666666666666666666666666 3 222222222222222222 9 66 66666666666666666666 33 5 4 666 2 888 66 8 1 777777777777777777777 55 222222 4 777 9999 777 9999 4 5 888 4 4 1111111111111111111 55 55 22222222222 222 55 22 88 1 3333 1 88 88 333 5 000 1 888888
lowQualScore : . . ........ . . . ... . .......... .. .... ............................................................................................................. . . ... ................................... . . ...... .. .... ...................................... . .................. . .. .................... .. . . ... . ... .. . . ..................... .. ...... . ... .... ... .... . . ... . . ................... .. .. ........... ... .. .. .. . .... . .. .. ... . ... . ......
lowQualScore : 4 4 99999999 0 0 0 000 0 0000000000 99 6666 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 5 888 66666666666666666666666666666666666 4 0 333333 55 3333 66666666666666666666666666666666666666 6 999999999999999999 4 11 22222222222222222222 55 0 4 888 5 999 11 9 1 888888888888888888888 22 000000 4 000 4444 888 4444 4 0 888 0 0 0000000000000000000 55 55 55555555555 555 55 22 00 0 5555 0 00 00 000 0 555 0 555555
consensus : NNACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTGCCTCGGGTCCGATGCGTCATT-------TT-TTT-ACACCGGACCAG-AATGTCCGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----A------G-----TAAA----------AAG--AAAA-ATATCGCA---CAAATCCAA----G-----T-----A-AT--------GA-----GTGTGATTAAAAC-CG-G---CAT--GGACCGTCTCA---NTACAAGTAT----T----GGG----AGC-----A------C------GGAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAATAG---TA-GT---------GTATTAGTATAATAAATAA-GATTTCC-TTGGTTC--TTGCATTTTCAC-GTGTTTCA--C-TTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-C---G----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTCGGAATGGGGNGAAATTGGATGNATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAANNNGTGCGATTGGCAGGTCTATTNATCTCCCCTGTCTCCCTG
Reference ( family-6448 ) : NNACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTGCCTCGGGTCCGATGCGTCATT-------TT-TTT-ACACCGGACCAG-AATGTCCGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----A------G-----TAAA----------AAG--AAAA-ATATCGCA---CAAATCCAA----G-----T-----A-AT--------GA-----GTGTGATTAAAAC-CG-G---CAT--GGACCGTCTCA---NTACAAGTAT----T----GGG----AGC-----A------C------GGAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAATAG---TA-GT---------GTATTAGTATAATAAATAA-GATTTCC-TTGGTTC--TTGCATTTTCAC-GTGTTTCA--C-TTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-C---G----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTCGGAATGGGGNGAAATTGGATGNATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAANNNGTGCGATTGGCAGGTCTATTNATCTCCCCTGTCTCCCTG
gi|1 : ACCGTCGGACCTGGCCGATGCACAGTGCCTCGGGTCTGATGCATCCTT-------GT-TTT-ACACCGGACCAG-AATGTACGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----G------G-----TAAA----------AAA--AAAACATACCGCA---CAAATCCAA----G-----C-----A-AT--------TA-----GTGTGATTAAAAT-CGCGTGCCAT--GGACCGTCTCA---ATACAAATAT----T----GG---------------------------GGAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAATAG---TACAT---------GTACTAGTATAATAGATAA-GATTTCC-TTGGTTCTTTTCCATTTTCAC-GTGTTTCA--C-TATT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTA--GGTCCGACAAAATTTGGTTCA----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---TAGGAC-C-AAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-T---G----AAAAAAAG-C--TTTTGCA--TAGACTCGGAATGGGGTGAAA----ATAAATATTGAAGGAAGAAAGAAT--ATTG--AAGATGTGTGATTG---GATTTATTCATC------GTCTCCCTG
gi|10 : tcAA--AAAA-ATAGCACA---CAAATCCAA----G-----T-----ACGT--------AA-----ATG-ACTTAAAAT-CA-G---TAT--GAACTGTC-AA---GTGCAAGTAT----T----ATG-------------------C------GGAAG---C----GTT---GCCAGAGAAGAATAAA--ATATCAATAGTATTA-GTTATAGTATAGTATTAGTA-AATCAATCA-GATTTTC-TTGGTTC--T
gi|11 : GGAC-C-AA--GT-------------------TT--TGT--GGGG------G----AAAAAA---C--TTTTA-A--CAGGTTTG--ATGGGAGGAAATTGGATGCATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAACCAGTAC-ATTGGCAGGTCTATTAATCTCCCCTGTCTTCCTG
gi|12 : -GATTTTC-TTGGTTC--T-GCATTTT---------TCA--C-CTTT---------------------TT--CAC-----T----------------T----AAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CTGTTC-C-GAATGG-------------------CC--TGCAAGTTGT-C---C----AAAAGA---C--t
gi|13 : CCATCAGACCCGACGGATGTACAGTGCCTCAGGTCCAA--CAT-ATTGA-----TC-TCA-ACATCAGACCAC-AATGT--------T-C------A---GTGTTAGG--TTCAATCTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------aaattccttgttttacatct
gi|14 : cattctctgaagaagacattggg--C-TCTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTT-C--AGTCTGATAAAATTTGGTTTGCGTGGTC---CTG----T-CTGCTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------TC--TAT--GTGG------G----CAAAAATTTT--TTTTGCA--TAGACT
gi|15 : ATCCAA----G-----C-----A-AT--------TAAATTAGTGTGAT-AAAAC-CG-----TGT--GGACTGCCTCA---CTACAAGTAC---------AGG----AGC-----AATCGC-T------GGAAGTC-TAGCTGTT---A-----AAATCATAAA--ATATCAATAG---TA-g
gi|16 : ATTTCC-TTGGTTC---TGTGTCTTCAC-GTGTTTTT--CTTTTT---------------------TT-ACAT-----TATG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATGTGGTTCG----GTCCCACTGTCAAT-GTGCTCATTGt
gi|17 : A-----GTGTGATTAAAAC-CA-----CAT--GGAGCATCTCA---TTACAAGTAT----T----ATGCTAAAGC-----AATCTC-T------GGAAGTC-
gi|18 : CCATCAGACCTGGCTGATGTACAGTGCCTCGGGTCg
gi|18 : ACCATCAGACCTGGCCGATGTACAGTaccatcagacctggccgatgtacagt
gi|2 : ccatcagacctggctgatgtacagtgcctcgggtcACCGTCGGACCTGACCG---T-CAGTGTCCCGGGTCCAATGCAT-ACT-------TT-TGT-ACACAGGACCAG-AATGTCTGATGTCT-C------A---GCTTCAGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TT-A-----A------G-----TA------------------------ATT-------AAATT--------------------------------A-----GTGTGATTAAAAC-TG-----TGT--GGACCGTCTCA---TTACAATTATG---C----AGG----AGC-----AATCTTCT------GGAAGTC-T----TGT---G-----AAAACATAAA--TAATCAATAG---TA-GT--------------AGTATAATAAATAC-GATTTCCTTTGATTC--TCA-ATCTAGAC-GTGTTTCA--C-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATT-ACATTTAAATAGGTTTTTTC--GGTCCGTTAAAATTT-GCTCG----GCC---CCA----T-GTGTTCA-TGATATACA---TAGGACAC-GGATGT-------------------CC--TGT--GTGGCTC---------AAAAA---C--TTTCGCA--TAGACT
gi|20 : cagtctatgtgaaagatatcggGGAC-C-AAATGT-------------------CC--TTT--GTGGC-T---C----AAAAAA---C--TTTTGCA--TAGACTgt
gi|21 : attACCGTCAGACCTGACCGAT
gi|3 : gtctatgcgaaagacatcggGATGCATCATTCATTTTCTT-TTT-TTATCAGACCAG-ATTGTCC-ATGTCA-C------A---GTGTCCAG--T----TTTGA-----------------GTTTTACAATTTTAACACAGAGTGT----T-----------------GTT-TTTA-----A------T-----TAAC----------AA------A-ATATC--A---TAAATCCAA----G-----------A-AT--------GA-----GTG--AT--AAAC-CA-C---AAT--GGTTCGTCTC-------CAAGTAT----T----ATG----T--------------C------AGGAGCCAT----GCCAGAG-----AAGA-ATCAA--ATAT--AT-----TA-GT-----------ATCAGTATGATGAA-AA-GAGTTCC-TTGGTTC---TGCATTTTCAT-GTGCTTCA--CTTTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTT--TGTCTGACAAAATTTGGTTCC----ATT---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGAAC-C-GGATGT-------------------CT--TGA--ATGGC-C--------AAAAAA---C----TCGCA--CAGACT
gi|4 : GTCCGATGTGTCATT--------T-TTT-ACACCAGACCAGAAATGTCTGTTGTCT-C------G---GTGTCCAG--T----TTTTA-----------------GT----------------------T----T-----------------G-T-TTTA-----A------G-----TAAA----------A----AAAA-ATACCGCACTGCAAATCCAACTATG-----TA----A-AC--------GA-----GTGTGA-TATAAC-C--G---CAT--GAACCGTTTCA---TTACAAGTAT----TATGCGTG----AACGATCTA------C------GGAAGTC-T----GTT---G------AAACATAA----------------------------------------AATAAATAA-GATTTCC-TTGGTTC---TGCATTTTCAC-------------------------------------------------------TTTTTT--GGTCTGACAAACTTTTGTTTG----GTC---CTT----T-GTGTTCATGGA-GTACT---CTGGAC-T-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-CTTAA----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTg
gi|5 : agtgtatgccaaagacatcggacctTTAAAACGCGTG---CCTTGGGAC-GTCTCA---A-ACAATTATATGGC----GGA----AGC-----A------TCCTTCTGGAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAAAAG---T----------------TTTGT-TAATAAATAAAGATTTCC-TTGGTTT--CTGCATTCTCAAAGTGTTTCAACC-AATT---------------------TT-ACAG-----TAGG-TTTTTC--AGTCTGACAAAATTTGG-GCA----GTC---CTG----TCGTGTTCTTTGA-GTACAGTTTAGGAC-CAAAATGTATGTTTATTTTTTGCGTTGCCTTTGT--GTGGG-G---GCTTCAAAAAA---CTTTTTCGCAGTTAGACTg
gi|6 : taggttgttgggtACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTACCTCACGTCCGATGCGT-ATT-------TTATTT-ACAACGGACCGG-AAGGTCCGATGTCG-C------A---GTGTCCGG--T----TTTAA-----------------AC----------------------TTTACT-----------------ACT-TTTACACGGA------GTCATTTAAATGTTTGTTATAAGT-AAAA-CTATCGAA---CAAATTCAA----GTACGTT-----A-ATGAGACTCAGA-----GTGTGATTAAAA--CG-G---CAT--GTACCGTCTgtccc
gi|7 : gtctatgcgaaagacatcagCATTGGACCTGACTGGTGTACAG--------GTCTGATGCATCATT-------TT-TTTCACACCAGACCAG-AATGTCCAACGTCT-CTGTAAAA---GTGTCCAGTAT----TTTGACATGGAGGCATTTAAATGT----------------------T----T-----------------G-T-TTTA-----A------G-----TA-----------------AAAG-ATATCGCA---CAAATTGAA----G-----T-----ACAT--------AA-----ATGTGATTAAAtcggaactgcgcgggagcaatctctgggaaacggaaagct
gi|8 : gtaacatgattttatgcaacaggT-TAT-ACACTGGACTGA-AATGTATGATGTCTGC------ATGAATGTCCGA--C----TTTGA-----------------GT----------------------T----TTACTATTTTGAAATGGAATTATTTA-----AATGTTTG-----TGAC----------AAGTAAAAA-ATATCACA---CAAATCCAA----G-----TATGTAA-AT--------GA-----GTGAGATTAAAAC-T--G---CAT--AGACCGTCTCAAGCATAGAAATAT----TATGCGGG----AGCG----A------T------GCAAG----------A---G-----AAGA-ATAAAATATATCATTA------------------GTATTGGTATAAtgcaggagagatggcagggaagaataaaatattagtat
gi|9 : ---G-----AAGA-ATAGA--ATATCAATA----TA-G----------GTATTAGTTTAATAAATAT-GATTTCC---GGTTT--CTGCA----------GTTTCA--C-TTTT---------------------TTTGCAA-----TAGT-TTTTTTTTGGTCTGACAAA-TTTGGTTCG----ATT---CTG----T-GTGTTCATTTA-GTACA---AAGGAA-T-GAATGT-------------------CT--GGT--GTGCC-C---A----AAAAAA---T--CTTTGCATCTAGACT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTATTATTGATTTAGTGAGAAATTGATTGGTGTCATTTGGATTTACT
Unaligned ( gi|22 ): GTCTATATGAAAGACTTTGGACCGTCGGACCTGACCG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222222 1111111111 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444444444 222222 1111 00000000000000000000000000000000000000 111111111111111111 55555555555555555555 111 333333333333333333333 111111 3333333333333333333 33333333333 111 11 11 2222 11 11 1 222 222222
lowQualScore : 1 1 77777777 5 5 5 333 5 6666666666 66 0000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 6 888 33333333333333333333333333333333333 3 4 777777 55 0000 66666666666666666666666666666666666666 3 222222222222222222 9 66 66666666666666666666 33 5 4 666 2 888 66 8 1 777777777777777777777 55 222222 4 777 9999 777 9999 4 5 888 4 4 1111111111111111111 55 55 22222222222 222 55 22 88 1 3333 1 88 88 333 5 000 1 888888
lowQualScore : . . ........ . . . ... . .......... .. .... ............................................................................................................. . . ... ................................... . . ...... .. .... ...................................... . .................. . .. .................... .. . . ... . ... .. . . ..................... .. ...... . ... .... ... .... . . ... . . ................... .. .. ........... ... .. .. .. . .... . .. .. ... . ... . ......
lowQualScore : 4 4 99999999 0 0 0 000 0 0000000000 99 6666 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 5 888 66666666666666666666666666666666666 4 0 333333 55 3333 66666666666666666666666666666666666666 6 999999999999999999 4 11 22222222222222222222 55 0 4 888 5 999 11 9 1 888888888888888888888 22 000000 4 000 4444 888 4444 4 0 888 0 0 0000000000000000000 55 55 55555555555 555 55 22 00 0 5555 0 00 00 000 0 555 0 555555
consensus : NNACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTGCCTCGGGTCCGATGCGTCATT-------TT-TTT-ACACCGGACCAG-AATGTCCGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----A------G-----TAAA----------AAG--AAAA-ATATCGCA---CAAATCCAA----G-----T-----A-AT--------GA-----GTGTGATTAAAAC-CG-G---CAT--GGACCGTCTCA---NTACAAGTAT----T----GGG----AGC-----A------C------GGAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAATAG---TA-GT---------GTATTAGTATAATAAATAA-GATTTCC-TTGGTTC--TTGCATTTTCAC-GTGTTTCA--C-TTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-C---G----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTCGGAATGGGGNGAAATTGGATGNATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAANNNGTGCGATTGGCAGGTCTATTNATCTCCCCTGTCTCCCTG
Reference ( family-6448 ) : NNACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTGCCTCGGGTCCGATGCGTCATT-------TT-TTT-ACACCGGACCAG-AATGTCCGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----A------G-----TAAA----------AAG--AAAA-ATATCGCA---CAAATCCAA----G-----T-----A-AT--------GA-----GTGTGATTAAAAC-CG-G---CAT--GGACCGTCTCA---NTACAAGTAT----T----GGG----AGC-----A------C------GGAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAATAG---TA-GT---------GTATTAGTATAATAAATAA-GATTTCC-TTGGTTC--TTGCATTTTCAC-GTGTTTCA--C-TTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-C---G----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTCGGAATGGGGNGAAATTGGATGNATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAANNNGTGCGATTGGCAGGTCTATTNATCTCCCCTGTCTCCCTG
gi|1 : ACCGTCGGACCTGGCCGATGCACAGTGCCTCGGGTCTGATGCATCCTT-------GT-TTT-ACACCGGACCAG-AATGTACGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----G------G-----TAAA----------AAA--AAAACATACCGCA---CAAATCCAA----G-----C-----A-AT--------TA-----GTGTGATTAAAAT-CGCGTGCCAT--GGACCGTCTCA---ATACAAATAT----T----GG---------------------------GGAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAATAG---TACAT---------GTACTAGTATAATAGATAA-GATTTCC-TTGGTTCTTTTCCATTTTCAC-GTGTTTCA--C-TATT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTA--GGTCCGACAAAATTTGGTTCA----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---TAGGAC-C-AAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-T---G----AAAAAAAG-C--TTTTGCA--TAGACTCGGAATGGGGTGAAA----ATAAATATTGAAGGAAGAAAGAAT--ATTG--AAGATGTGTGATTG---GATTTATTCATC------GTCTCCCTG
gi|10 : tcAA--AAAA-ATAGCACA---CAAATCCAA----G-----T-----ACGT--------AA-----ATG-ACTTAAAAT-CA-G---TAT--GAACTGTC-AA---GTGCAAGTAT----T----ATG-------------------C------GGAAG---C----GTT---GCCAGAGAAGAATAAA--ATATCAATAGTATTA-GTTATAGTATAGTATTAGTA-AATCAATCA-GATTTTC-TTGGTTC--T
gi|11 : GGAC-C-AA--GT-------------------TT--TGT--GGGG------G----AAAAAA---C--TTTTA-A--CAGGTTTG--ATGGGAGGAAATTGGATGCATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAACCAGTAC-ATTGGCAGGTCTATTAATCTCCCCTGTCTTCCTG
gi|12 : -GATTTTC-TTGGTTC--T-GCATTTT---------TCA--C-CTTT---------------------TT--CAC-----T----------------T----AAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CTGTTC-C-GAATGG-------------------CC--TGCAAGTTGT-C---C----AAAAGA---C--t
gi|13 : CCATCAGACCCGACGGATGTACAGTGCCTCAGGTCCAA--CAT-ATTGA-----TC-TCA-ACATCAGACCAC-AATGT--------T-C------A---GTGTTAGG--TTCAATCTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------aaattccttgttttacatct
gi|14 : cattctctgaagaagacattggg--C-TCTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTT-C--AGTCTGATAAAATTTGGTTTGCGTGGTC---CTG----T-CTGCTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------TC--TAT--GTGG------G----CAAAAATTTT--TTTTGCA--TAGACT
gi|15 : ATCCAA----G-----C-----A-AT--------TAAATTAGTGTGAT-AAAAC-CG-----TGT--GGACTGCCTCA---CTACAAGTAC---------AGG----AGC-----AATCGC-T------GGAAGTC-TAGCTGTT---A-----AAATCATAAA--ATATCAATAG---TA-g
gi|16 : ATTTCC-TTGGTTC---TGTGTCTTCAC-GTGTTTTT--CTTTTT---------------------TT-ACAT-----TATG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATGTGGTTCG----GTCCCACTGTCAAT-GTGCTCATTGt
gi|17 : A-----GTGTGATTAAAAC-CA-----CAT--GGAGCATCTCA---TTACAAGTAT----T----ATGCTAAAGC-----AATCTC-T------GGAAGTC-
gi|18 : CCATCAGACCTGGCTGATGTACAGTGCCTCGGGTCg
gi|18 : ACCATCAGACCTGGCCGATGTACAGTaccatcagacctggccgatgtacagt
gi|2 : ccatcagacctggctgatgtacagtgcctcgggtcACCGTCGGACCTGACCG---T-CAGTGTCCCGGGTCCAATGCAT-ACT-------TT-TGT-ACACAGGACCAG-AATGTCTGATGTCT-C------A---GCTTCAGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TT-A-----A------G-----TA------------------------ATT-------AAATT--------------------------------A-----GTGTGATTAAAAC-TG-----TGT--GGACCGTCTCA---TTACAATTATG---C----AGG----AGC-----AATCTTCT------GGAAGTC-T----TGT---G-----AAAACATAAA--TAATCAATAG---TA-GT--------------AGTATAATAAATAC-GATTTCCTTTGATTC--TCA-ATCTAGAC-GTGTTTCA--C-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATT-ACATTTAAATAGGTTTTTTC--GGTCCGTTAAAATTT-GCTCG----GCC---CCA----T-GTGTTCA-TGATATACA---TAGGACAC-GGATGT-------------------CC--TGT--GTGGCTC---------AAAAA---C--TTTCGCA--TAGACT
gi|20 : cagtctatgtgaaagatatcggGGAC-C-AAATGT-------------------CC--TTT--GTGGC-T---C----AAAAAA---C--TTTTGCA--TAGACTgt
gi|21 : attACCGTCAGACCTGACCGAT
gi|3 : gtctatgcgaaagacatcggGATGCATCATTCATTTTCTT-TTT-TTATCAGACCAG-ATTGTCC-ATGTCA-C------A---GTGTCCAG--T----TTTGA-----------------GTTTTACAATTTTAACACAGAGTGT----T-----------------GTT-TTTA-----A------T-----TAAC----------AA------A-ATATC--A---TAAATCCAA----G-----------A-AT--------GA-----GTG--AT--AAAC-CA-C---AAT--GGTTCGTCTC-------CAAGTAT----T----ATG----T--------------C------AGGAGCCAT----GCCAGAG-----AAGA-ATCAA--ATAT--AT-----TA-GT-----------ATCAGTATGATGAA-AA-GAGTTCC-TTGGTTC---TGCATTTTCAT-GTGCTTCA--CTTTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTT--TGTCTGACAAAATTTGGTTCC----ATT---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGAAC-C-GGATGT-------------------CT--TGA--ATGGC-C--------AAAAAA---C----TCGCA--CAGACT
gi|4 : GTCCGATGTGTCATT--------T-TTT-ACACCAGACCAGAAATGTCTGTTGTCT-C------G---GTGTCCAG--T----TTTTA-----------------GT----------------------T----T-----------------G-T-TTTA-----A------G-----TAAA----------A----AAAA-ATACCGCACTGCAAATCCAACTATG-----TA----A-AC--------GA-----GTGTGA-TATAAC-C--G---CAT--GAACCGTTTCA---TTACAAGTAT----TATGCGTG----AACGATCTA------C------GGAAGTC-T----GTT---G------AAACATAA----------------------------------------AATAAATAA-GATTTCC-TTGGTTC---TGCATTTTCAC-------------------------------------------------------TTTTTT--GGTCTGACAAACTTTTGTTTG----GTC---CTT----T-GTGTTCATGGA-GTACT---CTGGAC-T-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-CTTAA----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTg
gi|5 : agtgtatgccaaagacatcggacctTTAAAACGCGTG---CCTTGGGAC-GTCTCA---A-ACAATTATATGGC----GGA----AGC-----A------TCCTTCTGGAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAAAAG---T----------------TTTGT-TAATAAATAAAGATTTCC-TTGGTTT--CTGCATTCTCAAAGTGTTTCAACC-AATT---------------------TT-ACAG-----TAGG-TTTTTC--AGTCTGACAAAATTTGG-GCA----GTC---CTG----TCGTGTTCTTTGA-GTACAGTTTAGGAC-CAAAATGTATGTTTATTTTTTGCGTTGCCTTTGT--GTGGG-G---GCTTCAAAAAA---CTTTTTCGCAGTTAGACTg
gi|6 : taggttgttgggtACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTACCTCACGTCCGATGCGT-ATT-------TTATTT-ACAACGGACCGG-AAGGTCCGATGTCG-C------A---GTGTCCGG--T----TTTAA-----------------AC----------------------TTTACT-----------------ACT-TTTACACGGA------GTCATTTAAATGTTTGTTATAAGT-AAAA-CTATCGAA---CAAATTCAA----GTACGTT-----A-ATGAGACTCAGA-----GTGTGATTAAAA--CG-G---CAT--GTACCGTCTgtccc
gi|7 : gtctatgcgaaagacatcagCATTGGACCTGACTGGTGTACAG--------GTCTGATGCATCATT-------TT-TTTCACACCAGACCAG-AATGTCCAACGTCT-CTGTAAAA---GTGTCCAGTAT----TTTGACATGGAGGCATTTAAATGT----------------------T----T-----------------G-T-TTTA-----A------G-----TA-----------------AAAG-ATATCGCA---CAAATTGAA----G-----T-----ACAT--------AA-----ATGTGATTAAAtcggaactgcgcgggagcaatctctgggaaacggaaagct
gi|8 : gtaacatgattttatgcaacaggT-TAT-ACACTGGACTGA-AATGTATGATGTCTGC------ATGAATGTCCGA--C----TTTGA-----------------GT----------------------T----TTACTATTTTGAAATGGAATTATTTA-----AATGTTTG-----TGAC----------AAGTAAAAA-ATATCACA---CAAATCCAA----G-----TATGTAA-AT--------GA-----GTGAGATTAAAAC-T--G---CAT--AGACCGTCTCAAGCATAGAAATAT----TATGCGGG----AGCG----A------T------GCAAG----------A---G-----AAGA-ATAAAATATATCATTA------------------GTATTGGTATAAtgcaggagagatggcagggaagaataaaatattagtat
gi|9 : ---G-----AAGA-ATAGA--ATATCAATA----TA-G----------GTATTAGTTTAATAAATAT-GATTTCC---GGTTT--CTGCA----------GTTTCA--C-TTTT---------------------TTTGCAA-----TAGT-TTTTTTTTGGTCTGACAAA-TTTGGTTCG----ATT---CTG----T-GTGTTCATTTA-GTACA---AAGGAA-T-GAATGT-------------------CT--GGT--GTGCC-C---A----AAAAAA---T--CTTTGCATCTAGACT
blockSeqs : A C CATTTTCT A C A CTG G TGTAAAA TA TCAA GTTTTACTATTTTGAAATGGAATTATTTAAATGTTTGTGACAAGTA . A CTG GTACGTTAATGAGACTCAGA T G GTG TG AGCA ATGGCGGAAGCATCCTTCT T CGTTGCCAGA A AT GTATTAGTTATAGTATAGT AT A T T C AAG AC T T TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTA TG TTTAAA T TTT CGTG CCA TCAA C T GTT A A ATGTTTATTTTTTGCGTTG TT AA GGGCTTC TTT TT GT . G TTGG C TC TC CCA . GCA A TCCCCT
blockSeqs : A C GAT . . . CTG . ATGA . . ACTTTACTACTTTTACACGGAGTCATTTAAATGTTTGTTATAAGT . G . GCAATTAAATTA T . AG . G TATGCTAAAGCAATCTCT T TAGCTGTTA C . GTAGT AT . . T G CG . T C . A C . C . . . . . . . . . . . CCTTAA . . TC
blockSeqs : A C T . . . CCG . A . . GTTTTACAATTTTAACACAGAGTGTTGTTTTTAATTAACAA . G . CTATGTAAACGA T . AC . C TATGCGTGAACGATCTAC T ATGCCAGAG C . TAGGT AT . . T C CG . . T . A T . C . . . . . . . . . . . TCC . . .
blockSeqs : G . T . . . CCA . A . . CATGGAGGCATTTAAATGTTTGTTTTAAGTA . G . GTATGTAAATGA T . GG . T GCAGGAGCAATCTTCT C TTGTG C . TAGT TT . . C C TG . . T . A T . C . . . . . . . . . . . CTC . . .
blockSeqs : G . T . . . ATG . A . . GTTTGTTTTAAGTAAAA . A . GTACGTAA T . G . T TATGCGGGAGCGAT T TGTTG C . GT A . . C C C . . T . A T . T . . . . . . . . . . . CTC . . .
blockSeqs : A . . . . . CC . G . . GTTTGTTTTAAGTA . . . GTACATAA T . A . T AGGAGCAATCGCT T TGTTG . . GT T . . . . . . . A . A G . T . . . . . . . . . . . CCA . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . GAATGA A . G . A TATGTC . AG . . . . . . . . . . . T . . A . C . . . . . . . . . . . CC . . .
blockSeqs : A . . G . . TATGC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . G . .
blockSeqCons : GTACGTAAATGA*********************** G***** TATGCGGAGCGATCTCT********************* TAGT**************** T** ***
originalCons : NNACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTGCCTCGGGTCCGATGCGTCATT-------TT-TTT-ACACCGGACCAG-AATGTCCGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----A------G-----TAAA----------AAG--AAAA-ATATCGCA---CAAATCCAA----G-----T-----A-AT--------GA-----GTGTGATTAAAAC-CG-G---CAT--GGACCGTCTCA---NTACAAGTAT----T----GGG----AGC-----A------C------GGAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAATAG---TA-GT---------GTATTAGTATAATAAATAA-GATTTCC-TTGGTTC--TTGCATTTTCAC-GTGTTTCA--C-TTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-C---G----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTCGGAATGGGGNGAAATTGGATGNATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAANNNGTGCGATTGGCAGGTCTATTNATCTCCCCTGTCTCCCTG
finalCons : NNACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTGCCTCGGGTCCGATGCGTCATT-------TT-TTT-ACACCGGACCAG-AATGTCCGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----A------G-----TAAA----------AAG--AAAA-ATATCGCA---CAAATCCAAGTACGTAAATGA-----------------------GTGTGATTAAAAC-CG-----CAT--GGACCGTCTCA---NTACAAGTATTATGCGGAGCGATCTCT---------------------GGAAGTC-T----GTT---G-----AAAACATAAA--ATATCAATATAGT----------------ATTAGTATAATAAATAA-GATTTCC-TTGGTTCT--TGCATTTTCAC-GTGTTTCA--C-TTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-C---G----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTCGGAATGGGGNGAAATTGGATGNATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAANNNGTGCGATTGGCAGGTCTATTNATCTCCCCTGTCTCCCTG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTATTATTGATTTAGTGAGAAATTGATTGGTGTCATTTGGATTTACT
Unaligned ( gi|22 ): GTCTATATGAAAGACTTTGGACCGTCGGACCTGACCG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222222 1111111111 1111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 11111 11111 1111 1111 11111111 1 4444444444444444444444444 111 333333333333333333333 111111 3333333333333333333 33333333333 111 11 11 2222 11 11 1 222 222222
lowQualScore : 1 1 6666666 5 55 5 333 5 6666666666 6666666 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 888 77 777777777 2 4 4 4 77777 4 00000 0 0 8888 4 8 4 6 6666 0 0 77777777 2 66 8888888888888888888888888 4 33 5 4 666 88888 66 8 1 777777777777777777777 55 222222 4 777 9999 777 9999 4 5 888 4 4 1111111111111111111 55 55 22222222222 222 55 22 88 1 3333 1 88 88 333 5 000 1 888888
lowQualScore : . . ....... . .. . ... . .......... ....... ............................................................................................................. . ... .. ......... . . . . ..... . ..... . . .... . . . . .... . . ........ . .. ......................... . .. . . ... ..... .. . . ..................... .. ...... . ... .... ... .... . . ... . . ................... .. .. ........... ... .. .. .. . .... . .. .. ... . ... . ......
lowQualScore : 4 4 4444444 0 44 0 000 0 0000000000 5555555 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 888 66 222222222 5 4 0 0 00000 0 11111 7 8 1111 0 0 0 4 6666 3 8 22222222 2 11 1111111111111111111111111 4 55 7 4 888 44444 11 9 1 888888888888888888888 22 000000 4 000 4444 888 4444 4 0 888 0 0 0000000000000000000 55 55 55555555555 555 55 22 00 0 5555 0 00 00 000 0 555 0 555555
consensus : NNACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTGCCTCGGGTCCGATGCGTCATT-------TT-TTT-ACACCGGACCAGAA-TGTCCGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----A------G-----TAAA----------AAG--AAAA-ATATCGCAC---AAATCCAAGTACGTAAAT--------GAGTGTGATTAAAAC-C-G-----C-ATGGACCGTCTCAN---TACAAGTATTATG-C--G-G-A-GCGATC--TCCGGAAGTCT----GTTGAAGACATAAAA--TATCAAT---------------A-TA---G-TATTAGTATAATAAAT-AAGATTTCC-TTGGTTC--TTGCATTTTC-ACGTGTTTCA--C-TTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-C---G----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTCGGAATGGGGNGAAATTGGATGNATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAANNNGTGCGATTGGCAGGTCTATTNATCTCCCCTGTCTCCCTG
Reference ( family-6448 ) : NNACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTGCCTCGGGTCCGATGCGTCATT-------TT-TTT-ACACCGGACCAGAA-TGTCCGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----A------G-----TAAA----------AAG--AAAA-ATATCGCAC---AAATCCAAGTACGTAAAT--------GAGTGTGATTAAAAC-C-G-----C-ATGGACCGTCTCAN---TACAAGTATTATG-C--G-G-A-GCGATC--TCTGGAAGTCT----GTTGAAAACATAAAA--TATCAAT---------------A-TA---G-TATTAGTATAATAAAT-AAGATTTCC-TTGGTTC--TTGCATTTTC-ACGTGTTTCA--C-TTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-C---G----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTCGGAATGGGGNGAAATTGGATGNATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAANNNGTGCGATTGGCAGGTCTATTNATCTCCCCTGTCTCCCTG
gi|1 : ACCGTCGGACCTGGCCGATGCACAGTGCCTCGGGTCTGATGCATCCTT-------GT-TTT-ACACCGGACCAGAA-TGTACGATGTCT-C------A---GTGTCCGG--T----TTTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TTTA-----G------G-----TAAA----------AAA--AAAACATACCGCAC---AAATCCAAGC-----AAT--------TAGTGTGATTAAAAT-C-GCGTGCC-ATGGACCGTCTCAA---TACAAATATT-------G-G--------------GGAAGTCT----GTTGAAAACATAAAA--TATCAAT---------------AGTACATG-TACTAGTATAATAGAT-AAGATTTCC-TTGGTTCTTTTCCATTTTC-ACGTGTTTCA--C-TATT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTA--GGTCCGACAAAATTTGGTTCA----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---TAGGAC-C-AAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-T---G----AAAAAAAG-C--TTTTGCA--TAGACTCGGAATGGGGTGAAA----ATAAATATTGAAGGAAGAAAGAAT--ATTG--AAGATGTGTGATTG---GATTTATTCATC------GTCTCCCTG
gi|10 : tcAA--AAAA-ATAGCACAC---AAATCCAAGTACGTAAAT--------GA-----CTTAAAAT-CAG-----T-ATGAACTGTC-AAG---TGCAAGTATTATG-C--G-GAA-GCG-TT--GCCAGA------------GAAGA-ATAAAA--TATCAATAGTATTAGTTATAGTA-TA---G-TATTAGTA-AATCAAT-CAGATTTTC-TTGGTTC--T
gi|11 : GGAC-C-AA--GT-------------------TT--TGT--GGGG------G----AAAAAA---C--TTTTA-A--CAGGTTTG--ATGGGAGGAAATTGGATGCATATTGAAGGAAGGAAGAGTTCATTGTCAACCAGTAC-ATTGGCAGGTCTATTAATCTCCCCTGTCTTCCTG
gi|12 : GATTTTC-TTGGTTC--T-GCATTTT---------TCA--C-CTTT---------------------TT--CAC-----T----------------T----AAATTTGGTTCG----GTC---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CTGTTC-C-GAATGG-------------------CC--TGCAAGTTGT-C---C----AAAAGA---C--t
gi|13 : CCATCAGACCCGACGGATGTACAGTGCCTCAGGTCCAA--CAT-ATTGA-----TC-TCA-ACATCAGACCACAA-TGT--------T-C------A---GTGTTAGG--TTCAATCTGA-----------------GT----------------------T----T-----------------aaattccttgttttacatct
gi|14 : cattctctgaagaagacattggg--C-TCTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTT-C--AGTCTGATAAAATTTGGTTTGCGTGGTC---CTG----T-CTGCTCATTGA-GTACA---CAGGAC-C-GAATGT-------------------TC--TAT--GTGG------G----CAAAAATTTT--TTTTGCA--TAGACT
gi|15 : ATCCAAGCAATTAAAT--------TAGTGTGAT-AAAAC-C-G-----T-GTGGACTGCCTCAC---TACAAGTAC-A------G-G-A-GCAATC--GCTGGAAGTCTAGCTGTTAAAATCATAAAA--TATCA-----------------A-TA---G-TATg
gi|16 : ATTTCC-TTGGTTC---TGTGTCTTC-ACGTGTTTTT--CTTTTT---------------------TT-ACAT-----TATG-TTTTTC--GGTCTGACAAAATGTGGTTCG----GTCCCACTGTCAAT-GTGCTCATTG
gi|17 : AGTGTGATTAAAAC-C-A-----C-ATGGAGCATCTCAT---TACAAGTATTATG-CT-A-A-A-GCAATC--TCTGGAAGTC
gi|18 : CCATCAGACCTGGCTGATGTACAGTGCCTCGGGTCg
gi|18 : ACCATCAGACCTGGCCGATGTACAGTaccatcagacctggccgatgtacagt
gi|2 : ccatcagacctggctgatgtacagtgcctcgggtcACCGTCGGACCTGACCG---T-CAGTGTCCCGGGTCCAATGCAT-ACT-------TT-TGT-ACACAGGACCAGAA-TGTCTGATGTCT-C------A---GCTTCAGG------------------------------------------------------------------------------T-TTTG-----A------G-----T--------------------------TTGT--------TTTAAGTAATTAAAT--------TAGTGTGATTAAAAC-T-G-----T-GTGGACCGTCTCAT---TACA---ATTATG-CA-G-G-A-GCAATCT-TCTGGAAGTCT----TGTGAAAACATAAAT--AATCA-----------------A-TA---G-TAGTAGTATAATAAAT-ACGATTTCCTTTGATTC--TCA-ATCTAG-ACGTGTTTCA--C-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATT-ACATTTAAATAGGTTTTTTC--GGTCCGTTAAAATTT-GCTCG----GCC---CCA----T-GTGTTCA-TGATATACA---TAGGACAC-GGATGT-------------------CC--TGT--GTGGCTC---------AAAAA---C--TTTCGCA--TAGACT
gi|20 : cagtctatgtgaaagatatcggGGAC-C-AAATGT-------------------CC--TTT--GTGGC-T---C----AAAAAA---C--TTTTGCA--TAGACTgt
gi|21 : attACCGTCAGACCTGACCGAT
gi|3 : gtctatgcgaaagacatcggGATGCATCATTCATTTTCTT-TTT-TTATCAGACCAGAT-TGTCC-ATGTCA-C------A---GTGTCCAG--T----TTTGA-----------------GTTTTACAATTTTAACACAGAGTGT----T-----------------GTT-TTTA-----A------T-----TAA----------------CAAA-ATAT--CAT---AAATCCAAG------AAT--------GA--GTGAT--AAAC-C-A-----CAATGGTTCGTCTC-------CAAGTATTATG-TCAG-G-A-GCCAT---GCCAGA------------GAAGA-ATCAAA--TAT--AT-----------------TA---G-TATCAGTATGATGAA--AAGAGTTCC-TTGGTTC---TGCATTTTC-ATGTGCTTCA--CTTTTT---------------------TT-ACAT-----TAGG-TTTTTT--TGTCTGACAAAATTTGGTTCC----ATT---CTG----T-GTGTTCATTGA-GTACA---CAGAAC-C-GGATGT-------------------CT--TGA--ATGGC-C--------AAAAAA---C----TCGCA--CAGACT
gi|4 : GTCCGATGTGTCATT-------TT-TT--ACACCAGACCAGAAATGTCTGTTGTCT-C------G---GTGTCCAG--T----TTTTA-----------------GT----------------------T----T-----------------GTT-TT-A-----A------G-----TAAA----------AA----AAA-ATACCGCACTGCAAATCCAACTATGTAAAC--------GAGTGTGAT-ATAAC-C-G-----C-ATGAACCGTTTCAT---TACAAGTATTATG-C--GTG-A-ACGATC--TACGGAAGTCT----GTTG-AAACATAA--------------------------------------------AATAAAT-AAGATTTCC-TTGGTTC---TGCATTTTC-AC------------------------------------------------------TTTTTT--GGTCTGACAAACTTTTGTTTG----GTC---CTT----T-GTGTTCATGGA-GTACT---CTGGAC-T-GAATGT-------------------CC--TGT--GTGGC-CTTAA----AAAAAA---C--TTTCGCA--TAGACTg
gi|5 : agtgtatgccaaagacatcggacctTTAAAACGC-GTGC--C-TTGGGACGTCTCAA----ACAATTAT-ATGGC--G-G-AAGC-ATCCTTCTGGAAGTCT----GTTGAAAACATAAAA--TATCAA----------------A--A---G-T-TTTGT-TAATAAATAAAGATTTCC-TTGGTTT--CTGCATTCTCAAAGTGTTTCAACC-AATT---------------------TT-ACAG-----TAGG-TTTTTC--AGTCTGACAAAATTTGG-GCA----GTC---CTG----TCGTGTTCTTTGA-GTACAGTTTAGGAC-CAAAATGTATGTTTATTTTTTGCGTTGCCTTTGT--GTGGG-G---GCTTCAAAAAA---CTTTTTCGCAGTTAGACTg
gi|6 : taggttgttgggtACCGTCGGACCTGACCGATGTACAGTACCTCACGTCCGATGCGT-ATT-------TTATTT-ACAACGGACCGGAA-GGTCCGATGTCG-C------A---GTGTCCGG--T----TTTAA-----------------AC----------------------TTTACT-----------------ACT-TTTACACGGA------GTCATTTAAATGTTTGTTATAAGT-AAAA-CTATCGAAC---AAATTCAAGTACGTTAATGAGACTCAGAGTGTGATTAAAAC-G-G-----C-ATGTACCGTCTTCG---GA-----ACTGCG-CG-G-G-A-GCAATC--TCTGGGAgtccc
gi|7 : gtctatgcgaaagacatcagCATTGGACCTGACTGGTGTACAG--------GTCTGATGCATCATT-------TT-TTTCACACCAGACCAGAA-TGTCCAACGTCT-CTGTAAAA---GTGTCCAGTAT----TTTGACATGGAGGCATTTAAATGT----------------------T----T-----------------G-T-TTTA-----A------G-----TA-----------------AAAG-ATATCGCAC---AAATTGAAGTACATAAA------------TGTGATTAAAaacggaaagct
gi|8 : gtaacatgattttatgcaacaggT-TAT-ACACTGGACTGAAA-TGTATGATGTCTGC------ATGAATGTCCGA--C----TTTGA-----------------GT----------------------T----TTACTATTTTGAAATGGAATTATTTA-----AATGTTTG-----TGAC----------AAGTAAAAA-ATATCACAC---AAATCCAAGTATGTAAAT--------GAGTGAGATTAAAAC-T-G-----C-ATAGACCGTCTCAAGCATAGAAATATTATG-C--G-GGA-GCGAT------GCAAGA---------GAAGA-ATAAAATATATC-AT-----------------TA---G-TATTGGTATAAtgcaggagagatggcagggaagaataaaatattagtat
gi|9 : GAAGA-ATAGAA--TATCAAT---------------A-TA---GGTATTAGTTTAATAAAT-ATGATTTCC---GGTTT--CTGCA----------GTTTCA--C-TTTT---------------------TTTGCAA-----TAGT-TTTTTTTTGGTCTGACAAA-TTTGGTTCG----ATT---CTG----T-GTGTTCATTTA-GTACA---AAGGAA-T-GAATGT-------------------CT--GGT--GTGCC-C---A----AAAAAA---T--CTTTGCATCTAGACT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTATTATTGATTTAGTGAGAAATTGATTGGTGTCATTTGGATTTACT
Unaligned ( gi|22 ): GTCTATATGAAAGACTTTGGACCGTCGGACCTGACCG