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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttactatcgtgcccattgaGG-TATGGATCCTTT-GA-------CATA----TTT--CAA---ATGT--A--T----CT--GTTT------TGTCCACAAT--G-ACATCAT--------TTAAC--AA-----TAAATTA------ATTAAGCCACCTTTATA-T-TTTGATGCCAC------A--TTGT-----TTAT-A--------TT----AAT-CAGAC-T----------TG----------A----------ACC--A-ATTTC-AAC---AA-----AAG------C----------------AACAT--------------GA--------------CC--------------TG-------GGG--------TTTTTCTGTTATTTCGGGTAC-CTGTTGAAGCCct
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGT--C--T----AT--TT---------GTCCACAATTGG-ACATCAATTTGACATTTAAC--AA-----TAAATGA------AGCAA---AA-TTTAGATT-TT-GACGCCAT------AT-TTGT-----TTCT-G--------AT----GATACAAACAC----------CA----------G----------A----c
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3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|18 ): ACACCAGACCCGAACCGGAATCTGGAATAGTGAAACTGAACCGGACTCGAATAACACGTACGACCGGCAGTTAAATAATTTTGGGTATATATGCATTGCAGCC
Unaligned ( gi|23 ): CCCGGGTCGGTTTAGGATTTTTAATTTGGATTCGGGTATTTCGGTCCGGTCTATA






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consensus                     :                          GCTGTCACGGTTCCAAAA-ATTTTC-GGGTCGGGTCG-GTTC-AGGATTT-T-TTA-----ATT------CG------G------G------T------ATTTCGGTTCGGGTC---AGA-AACC----ATT-------------A-TTTGTA----TTTTGTT---ACAATATATTAACTCGCAGA--TATGGAC-TC----T----GGT-TTAGACTTG---ACATCCAT--NA--------TAGAAACANCATTGCCACTTCTACT-CGTTTCCATTCCATG-CTTTCAA------TA-TAAG----TGTNTCG-TCATCGATGA-TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAN---T----GTN--T---AT--T--TT-TGTCCACGAT--GAC-ATCAATT--------AA-C---AA----TAAATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------G--TT----G---TTTCT--AA---------TAATACAAAC----ACCG------------G----------A----------A-ATCCGGAA---CAA-TGG------A--ACCG---AACC--------------C--------------GA--------------CCCG-------CGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGTACCCGTTGCAGCCT
Reference ( family-63 )       :                          GCTGTCACGGTTCCAAAA-ATTTTC-GGGTCGGGTCG-GTTC-AGGATTT-T-TTA-----ATT------CG------G------G------T------ATTTCGGTTCGGGTC---AGA-AACC----NTT-------------A-TTTGTA----TTTTGTT---ACAATATATTNACTCGCAGA--TATGGAC-TC----T----GGT-TTAGACTTG---ACATCCAT--CA--------TAGAAACATCATTGCCACTTCTACT-CGTTTCCATTCCATG-CTTTCAA------TA-TAAG----TGTNTCG-TCATCGATGA-TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAN---T----GTN--T---AT--T--TT-TGTCCACGAT--GAC-ATCAATT--------AA-C---AA----TAAATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------G--TT----G---TTTCT--AN---------TAATACAAAC----ACCG------------G----------A----------A-ATCCGGAA---CAA-TGG------A--ACCG---AACC--------------C--------------GA--------------CCCG-------CGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGTACCCGTTGCAGCCT
gi|1                          :                                           A-GTTTTC-AGTTTGGGTTAAGTTC-AAGATTT-TATCA-----ATTTGGGTTCG------G------G------T------ATTTCGGTTTGCGTC---AGA-AACC----ATT-------------A-TTTAAA----TTTTGTT---ACAAAATATTAACTCG-AAA--TATGGAA-TC----TTTTAAGT-TTAGATTTG---ACATCTA---CATGTATAT-TAGAATTAACATTGCCACTTCTACT-CGTTTCCATTCCATG-CTTTCAG------TATTAAG----TGTGTTG-TCATTGATGA-TATTGG-TGCTGTGG-------CTTA----TTT--TAAT---T----GTG--T---CTA-T--TT-CGTCCACAAT--GAC-GTCAATT--------AC-CGGTAATGATTAAACCAT----G-------CAAAA-TTTTGAATTTGACACCAT------C--TT----G---TTTCT--AA---------TAATAAAAAC----ACCGTACCCAAACC--C----------A----------A-ATCCGGAA---AAA-TGG------A--TCCA---AACT--------------C--------------AA--------------CCCG-------
gi|10                         :                 ggctgtcccGCTGTCATGGTTCCAAAC-ATTTTC-AG------TCA-GTTC-AGGATTT-T-T-A-----ATT------CGCATTGAG------C------T------ATTTTGGTTAGGGTCTATACATAGCT----ATTTTAAAAATTAAAAA-TTTGTA----TTGTG-----GCAATG-ATT-ACTCATGGA--TGTGGAC-TT----T----GGT-TTAGACTTG---ACATCCATGGTACTAGAAACTAGAAACAGTATT--------------ATTTCCTTTCCATG-CTTTCAG------TA-TAaacaacatgacccgttgcagccccagaaatcgtgaa
gi|11                         :                                                 TC-AGGTCGGGTCG-GTTC-AGGA-TT-T-TTA-----ATTCAAGTACG------G------G------T------ATTTCGTTTCGAGTC---AGA-GGCC----ATT-------------A-TTTGTA----GTTTATT---ACAATATATTAACTCAAAGA--TATGGAC-TC----T----GGT-TTTGACTTT---ACATTCAT--AT--------TAGAATCAACATT----------CT-CGTTTCCATTCCATG-TTTTCAA------CA-T-------TGTCTCG-TCATCGATGA-TATTGG-GACTGTGG-------
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gi|13                         :                                                          GGTCG-GTTT-AGGATTTAT-TTATTCAGGTT------CG------A------G------T------ATATCGATTCGGGTC---AGA-AACA----ATT-------------A-TTCGTAATATTTTTGTT---ACAATATATCAACACGCAGC--TATGTATAGC----T----GGT-ATAGACTGT---AC------------------TAGAAACATCATTGCCACTTCTACT-CGTTTTCATTTCATG-CTTCCAA------TA-Tc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                       aaaaaaaattGACTTG---ACATCCAT--AA--------TAGAAACATCATTGCTACTTCTACA-TGTTCCC-TTCCATG-TTTCCAA------TA-CAAG----TGTCTTGATCATC----A-TCTTGA-TGCTt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aacctgtagtagaatgttttatcattataag---T----GTC--T---AT--T--T---GTCCACAATTGGAC-ATCAATTTGACATTTAA-C---AA----TAAATGAA----G-------CAAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------AT-TT----G---TTTCT--GA---------TGATACAAAC----ACCA------------G----------A----------
gi|16                         :                   ctcaatcGCTGTCATGGTTAAAAAA-ATTTTTAGGGTCAGTTCG-TTGC-AGGATTT-T-TT------ATT------CG------G------GTTTGGAT------ATTTTGGTTTAAGTC---cccgaatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                g----------A----------A-ATCCGGAA---TAA-TGG------A--ACCC---GACC--------------C--------------AA--------------tgtatagctatgtctaaaaaaaattgtattttg
gi|18                         : tgatcatcatcttgatgctttaacaacggaccagaagtccagaacaaTTC-GAGTC----CG-GTTC-AG----T-T-TCACT---ATT------CC------A------G-------------ATTCCGGTTCGGGTC---ataaagtgaccttgcagccctagtgtgaat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                      acaccaT-TTAGACTTG---ACATCCAT--AC--------CAGAAACA-----GCTACTTT-------TTTCTATTCCATGCCTTTCAG------TA-TAAGCCAATGTG-----------TGA-TA-TGA-TGCTGTGG-------CTTAT---TTC--TAAT---T----GTtaacacgtacgaccggcagttaaataattttgggtatatatgcattgcagcc
gi|2                          :                                        AAAA-ATT----GGGTCGGATCA-GTGC-AGGATTT-T-TTA-----ATT------CA------G------G------TTTGGT-ATTTCAGTTTGGGTC---AAA-AACC----TTT-------------A-TTCATA----TTTTGTA---ACAGTATAATAACTGGCAGA--TATGGAC-TTCCGTT----AGTCTTAGACTTATTAACATGTAT--AC--------CAGAAACATCTTTGCCACTTCTACA-TGATTCAATTCCTTG-CTTTCAAATTGAATA-TAAG----TGTATCG-T----------TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----CTC--TAAT---T----GTC--T---TA--T--TT-TGTCCACGAT--GAC-ATCAATT--------AATC---AT----TGA--CAA----G-------CAAAA-TTTAGATTTTGACACCAT------C--CTCTCAGACCTCTCTCAAA---------TAATACAAAC----ACCGCAGACCTGAACTG----------A----------A-ATCCGGAATCCCGACTAG------ATTAATGCATAATA--------------C--------------GA--------------CCCG-------TATTTT-------T-CTGTTATTTTGGGTACCCGTTGCAGACT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aaa--TT----G---TTTCC--A---------------CAAAC----ACTG------------G----------ACTTG------ACATCCGAAA---TAA-TGGAATCAAA--ACCA---AACC--------------C--------------AA--------------CCTG-------t
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                            T-TTAGACTTG---ACATCCAT--AC--------CAGAAACA-----GCTACTTT-------TTTCTATTCCATG-CTTTCAG------TA-TAA-----------G-CCAATGGTGA-TA-TGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAaataacatgacctccagtgttcgttatctctggt
gi|23                         :                                                        CGGGTCG-GTTT-AGGATTT-T-TAATTTGGATT------CG------G------G------T------ATTTCGGTCCGG
gi|3                          :                        ccGCTGTCACGGTCTCATAA-GTTTGT-GGGTCGGGTTG-TTTC-AGGATTT-T-TTA-----ATT------CA------A------G------T------ATTTTGGATCGGGTC---AAA-AACC----TTT-------------A-TCTGTA----TTTTGTTTATACAATATATCTGTTCGCAGA--TATGGAC-TC----T----AAT-TTAGACTGG---ACATCCAT--CA--------TGGAAACATCAATACTACTTCTATT-TGTTTCCATTCCATG-CTTTCAA------TA-TAAG----TGTCTCG-TTATTGATGA-TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAG---T----GTG--T---AT--T--TCATGCACACGAT--GAC-ATCAATT--------AA-C---TA----TAAATCAA----G-------CGAAATTTTAGA-TTTGACGCCAT------G--TT----G---TTTCC--AT---------CAATACAAAC----ACTG------------G----------A----------A-ATTTGGAA---CAA-TGG------A--ATCG---AACC--------------T--------------GA--------------CCTG-------TGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGTACCTGTTGCAGCCTtctata
gi|4                          :                           CTGTCACGGTTCCAAAA-AAATTC-AGGTC-GATCA-GTTC-AGGA-TT-T-TAA-----ATT------CG------GATTCAAG------T------ATTTTGGGTCGAGTCTT-AAA-AACCAAATATT-------------ATTTTGTT----CTTTGTT---ACAATATA-TAACTTGTAGATCTATGGAC-TC----T----GGT-TCAGACTAG---AAA--CATG-CA--------TA-------TATTGCCACTTATACTCCTTTTCTATTCCATG-CTTTCAA------TA-T-----------TCG-T-----ATGA----TGA-AG-TGT-------------------------A---T----GCC--C---A---T--TT-TGTCCACAAT--GAC-ATCAGTT--------AA-C---AA----TAAATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCACCTTCAAGGCTT----G---TTTCT--AG---------TAACCCAAAC-----CC-------------G----------A----------A-ATCCAGAA---CAA-TGG------A--ACCG---AATC--------------C--------------GACCGGAACAACATTGCCCG-------CGGATT-------T-CGCTTATTTCGCGTA-CCATTGCAGCC
gi|5                          :                               CACGGTTCCGAAA-ATTTTC-GGGTCGGGTCG-GTTC-AGGATTT-C-TTA-----A-------------------------------------ACTTGAGTTCAGGTC---AAA-AACC----TAT-------------A-TTTGCA----TTATGTT---ACAATACATTAACTCGCAAA--TATGG---------------GT-TT------G---ATATCTA---CAC-------TAGAAACATCGTTGCCACTTTTACA-CATTTCAGTCCCATG-CTTTTAA------TA-TAAT----TTTGTCG-TCATTGATGA-TATCAA-TGCTATAA-------CTTA----TTC--TAAAACAT----GTC--T---AT--T--TT--GTATACAAT--GAAGATAGATT--------A----------------TCAA--------------AAA-TTTTAATGTTGGCGCCAT------G--TT----G---TTTCT--AA---------TAAGAGACAC----ACCA------------G----------ACCCGAGTCGAA-GTCCTGAA---TAA-TGG------A--ACCA---AACCTGACCCACGCAATAC--------------GA--------------CCCG-------CGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGAACACTTTGCAGCCc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                               cGAAACAGCATTGTCACTCATATT-CATGCCCATTCCATG-ATTTCGA------TAGTGA-----TGTTCTG-TCAT---TGA-TATTGAATG-TAGGG-------TTT-----TTCAATAAG---CACCGGCA--TGCCAT--TCTTT-TGTTCATGAT--CTC-ATCATTT--------CA-C---AA----GACATCAA----AATACAGTCACAC-TTTAGATTTTTACGCAAT------G--TT----C---TTTAT--ACGAAAGACTCTAGCATAAAC----CCTG------------G----------A--------------CCTAAA---AAA-TGA------A--ACTG---AACT--------------C--------------GA--------------CCCAAACATCACAATTTATGGCATT-CGGTTATTATGGATACCTGTTGCGGCCc
gi|7                          :                                  GGTTCAAAAACATTTTC-GGGTCGGGTTG-GTTTTAGGATTT-T-T-A-----ATT------CG------G------G------TTCTGGCATTTTGTTTCAGGTC-----------------T-------------A-TTTTTA----TTCTGTT---ACAATA-ATT-ATTCGTGGA--TGTAGAC-TA----T----GGT-TTAGACTTG---ATATCCATGGTAC-------TAGAAACAACACTGTCACTTCTAGT-TGTTTCTACTCCATG-CTTCCAA------AA-TAGA----TATTTTG-TCACTGAATA-CACTGA-T--TGTTG-------ATCA----TTT--TATA---T----GT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tATCGATGACTATCGA---CTATCGTTACACCCCTA----T-C--TAAT---T----GTG--T---CTA-T--TT-TGTTCACAAT--GAC-ATAAATT--------AA-C---AA----TAGATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGATGCAAT------C--TT----G---TTTCT--AA---------TAATACAAAC----ACCA------------G----------ACCCAAACTAAG-ATCCGGAA---TAA-TGG------A--ACTG---AACC--------------CAACCCGAACAACACGA--------------CCCA-------CGATTT-------TTCAGTTATTTCAGGTACCCATTACAGCCgacttacatatcttacatactatcattgttttgtccaca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttactatcgtgcccattgatATG-CTTTCAA------AA-TAAG----TGTCTGG-TCACTGATGA-ATTTGA-CACTGTGG-------CTTAATTATTT--TAGA---T----GTGAGT---ATGAT--TT-TGTCCAAAAT--GAC-ATCAATA--------AA-A---AA----TTAACTAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------G--TT----C---TTTCT--AA---------TCATACAAAC----ACCA------------GACCTGGACCAA----------A-ATCCAGAA---AAA-Tct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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lowQualScore                  :                                            .      .     .     .    .    .  . . .............................................               ... . .    .....  ............. .      ....       ...      .    .    .   ..       ............   .      ...   ..     ..   .............  ...      ..   ...         .               .     ......    .   .....   . . . . ...    .  .   .        .......    ....   ..   .... ....  ... ....... ..  .       .  ..   .       ........  . ...  ....        ............ .   .                  .........  ........   ...  .. .......          ....   .....................................    .   ....  .   ...... ..   ....    .............................................    .......      .........                            
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Reference ( family-63 )       :                          GCTGTCACGGTTCCAAAA-ATTTTC-GGGTCGGGTCG-GTTC-AGGATTT-T-TTA-----ATT------CG------G------G------T------ATTTCGGTTCGGGTC---AGA-AACC----ATT-------------A-TTTGTA----TTTTGTT---ACAATATATTAACTCGCAGA--TATGGAC-T----CT----GGT-TTAGAC---TTG--ACATC--CAT-NA----------TA---GAAACANCATTGCCACTTCTACT-CGTTTCCATTCCATG-CTTTC------AATA-TAAG----TGTNTCG-TCATCGATGA-TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAN---T----GTN--T---AT--T--TT-TGTCCACGAT--GAC-ATCAATT--------AA-C---AA----TAAATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------G--TT----G---TTT---CT--AA------TAATACAAAC----ACCG------------G----------A----------A-ATCCGGAA---CAA-TGG------A--ACCG---AACC--------------C--------------GA--------------CCCG-------CGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGTACCCGTTGCAGCCT
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gi|2                          :                                        AAAA-ATT----GGGTCGGATCA-GTGC-AGGATTT-T-TTA-----ATT------CA------G------G------TTTGGT-ATTTCAGTTTGGGTC---AAA-AACC----TTT-------------A-TTCATA----TTTTGTA---ACAGTATAATAACTGGCAGA--TATGGAC-TTCCGTT----AGTCTTAGACTTATTA--ACATG--TAT-AC----------CA---GAAACATCTTTGCCACTTCTACA-TGATTCAATTCCTTG-CTTTCAAATTGAATA-TAAG----TGTATCG-T----------TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----CTC--TAAT---T----GTC--T---TA--T--TT-TGTCCACGAT--GAC-ATCAATT--------AATC---AT----TGA--CAA----G-------CAAAA-TTTAGATTTTGACACCAT------C--CTCTCAGACCTCT---CTCAAA------TAATACAAAC----ACCGCAGACCTGAACTG----------A----------A-ATCCGGAATCCCGACTAG------ATTAATGCATAATA--------------C--------------GA--------------CCCG-------TATTTT-------T-CTGTTATTTTGGGTACCCGTTGCAGACT
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gi|23                         :                                                        CGGGTCG-GTTT-AGGATTT-T-TAATTTGGATT------CG------G------G------T------ATTTCGGTCCGG
gi|3                          :                        ccGCTGTCACGGTCTCATAA-GTTTGT-GGGTCGGGTTG-TTTC-AGGATTT-T-TTA-----ATT------CA------A------G------T------ATTTTGGATCGGGTC---AAA-AACC----TTT-------------A-TCTGTA----TTTTGTTTATACAATATATCTGTTCGCAGA--TATGGAC-T----CT----AAT-TTAGAC---TGG--ACATC--CAT-CA----------TG---GAAACATCAATACTACTTCTATT-TGTTTCCATTCCATG-CTTTC------AATA-TAAG----TGTCTCG-TTATTGATGA-TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAG---T----GTG--T---AT--T--TCATGCACACGAT--GAC-ATCAATT--------AA-C---TA----TAAATCAA----G-------CGAAATTTTAGA-TTTGACGCCAT------G--TT----G---TTT---CC--AT------CAATACAAAC----ACTG------------G----------A----------A-ATTTGGAA---CAA-TGG------A--ATCG---AACC--------------T--------------GA--------------CCTG-------TGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGTACCTGTTGCAGCCTtctata
gi|4                          :                           CTGTCACGGTTCCAAAA-AAATTC-AGGTC-GATCA-GTTC-AGGA-TT-T-TAA-----ATT------CG------GATTCAAG------T------ATTTTGGGTCGAGTCTT-AAA-AACCAAATATT-------------ATTTTGTT----CTTTGTT---ACAATATA-TAACTTGTAGATCTATGGAC-T----CT----GGT-TCAGAC---TAGAAACATG--CAT--A----------T------------ATTGCCACTTATACTCCTTTTCTATTCCATG-CTTTC------AATA-T-----------TCG-T-----ATGA----TGA-AG-TGT-------------------------A---T----GCC--C---A---T--TT-TGTCCACAAT--GAC-ATCAGTT--------AA-C---AA----TAAATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCACCTTCAAGGCTT----G---TTT---CT--AG------TAACCCAAAC-----CC-------------G----------A----------A-ATCCAGAA---CAA-TGG------A--ACCG---AATC--------------C--------------GACCGGAACAACATTGCCCG-------CGGATT-------T-CGCTTATTTCGCGTA-CCATTGCAGCC
gi|5                          :                               CACGGTTCCGAAA-ATTTTC-GGGTCGGGTCG-GTTC-AGGATTT-C-TTA-----A-------------------------------------ACTTGAGTTCAGGTC---AAA-AACC----TAT-------------A-TTTGCA----TTATGTT---ACAATACATTAACTCGCAAA--TATGG---------------GT-TT---------G--ATATC--TAC-AC----------TA---GAAACATCGTTGCCACTTTTACA-CATTTCAGTCCCATG-CTTTT------AATA-TAAT----TTTGTCG-TCATTGATGA-TATCAA-TGCTATAA-------CTTA----TTC--TAAAACAT----GTC--T---AT--T--TT--GTATACAAT--GAAGATAGATT--------A----------------TCAA--------------AAA-TTTTAATGTTGGCGCCAT------G--TT----G---TTT---CT--AA------TAAGAGACAC----ACCA------------G----------ACCCGAGTCGAA-GTCCTGAA---TAA-TGG------A--ACCA---AACCTGACCCACGCAATAC--------------GA--------------CCCG-------CGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGAACACTTTGCAGCCc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                    c---GAAACAGCATTGTCACTCATATT-CATGCCCATTCCATG-ATTTC------GATAGTGA-----TGTTCTG-TCAT---TGA-TATTGAATG-TAGGG-------TTT-----TTCAATAAG---CACCGGCA--TGCCAT--TCTTT-TGTTCATGAT--CTC-ATCATTT--------CA-C---AA----GACATCAA----AATACAGTCACAC-TTTAGATTTTTACGCAAT------G--TT----C---TTTATACG--AAAGACTCTAGCATAAAC----CCTG------------G----------A--------------CCTAAA---AAA-TGA------A--ACTG---AACT--------------C--------------GA--------------CCCAAACATCACAATTTATGGCATT-CGGTTATTATGGATACCTGTTGCGGCCc
gi|7                          :                                  GGTTCAAAAACATTTTC-GGGTCGGGTTG-GTTTTAGGATTT-T-T-A-----ATT------CG------G------G------TTCTGGCATTTTGTTTCAGGTC-----------------T-------------A-TTTTTA----TTCTGTT---ACAATA-ATTA-TTCGTGGA--TGTAGAC-T----AT----GGT-TTAGAC---TTG--ATATC--CAT-GG----------TACTAGAAACAACACTGTCACTTCTAGT-TGTTTCTACTCCATG-CTTCC------AAAA-TAGA----TATTTTG-TCACTGAATA-CACTGA-T--TGTTG-------ATCA----TTT--TATA---T----GT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tATCGATGACTATCGA---CTATCGTTACACCCCTA----T-C--TAAT---T----GTG--T---CTA-T--TT-TGTTCACAAT--GAC-ATAAATT--------AA-C---AA----TAGATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGATGCAAT------C--TT----G---TTT---CT--AA------TAATACAAAC----ACCA------------G----------ACCCAAACTAAG-ATCCGGAA---TAA-TGG------A--ACTG---AACC--------------CAACCCGAACAACACGA--------------CCCA-------CGATTT-------TTCAGTTATTTCAGGTACCCATTACAGCCgacttacatatcttacatactatcattgttttgtccaca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tttactatcgtgcccattgatATG-CTTTC------AAAA-TAAG----TGTCTGG-TCACTGATGA-ATTTGA-CACTGTGG-------CTTAATTATTT--TAGA---T----GTGAGT---ATGAT--TT-TGTCCAAAAT--GAC-ATCAATA--------AA-A---AA----TTAACTAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------G--TT----C---TTT---CT--AA------TCATACAAAC----ACCA------------GACCTGGACCAA----------A-ATCCAGAA---AAA-Tct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :                          GCTGTCACGGTTCCAAAA-ATTTTC-GGGTCGGGTCG-GTTC-AGGATTT-T-TTA-----ATT------CG------G------G------T------ATTTCGGTTCGGGTC---AGA-AACC----ATT-------------A-TTTGTA----TTTTGTT---ACAATATATTAACTCGCAGA--TATGGAC-T----CT----GGT-TTAGAC---TTG--ACATC------CAT----------ACTAGAAACANCATTGCCACTTCTACT-CGTTTCCATTCCATG-CTTTC------AATA-TAAG----TGTNTCG-TCATCGATGA-TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAN---T----GTN--T---AT--T--TT-TGTCCACGAT--GAC-ATCAATT--------AA-C---AA----TAAATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------G--TT----G---TTT---CT--AA------TAATACAAAC----ACCG------------G----------A----------A-ATCCGGAA---CAA-TGG------A--ACCG---AACC--------------C--------------GA--------------CCCG-------CGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGTACCCGTTGCAGCCT
Reference ( family-63 )       :                          GCTGTCACGGTTCCAAAA-ATTTTC-GGGTCGGGTCG-GTTC-AGGATTT-T-TTA-----ATT------CG------G------G------T------ATTTCGGTTCGGGTC---AGA-AACC----ATT-------------A-TTTGTA----TTTTGTT---ACAATATATTAACTCGCAGA--TATGGAC-T----CT----GGT-TTAGAC---TTG--ACATC------CAT----------ANTAGAAACANCATTGCCACTTCTACT-CGTTTCCATTCCATG-CTTTC------AATA-TAAG----TGTNTCG-TCATCGATGA-TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAN---T----GTN--T---AT--T--TT-TGTCCACGAT--GAC-ATCAATT--------AA-C---AA----TAAATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------G--TT----G---TTT---CT--AA------TAATACAAAC----ACCG------------G----------A----------A-ATCCGGAA---CAA-TGG------A--ACCG---AACC--------------C--------------GA--------------CCCG-------CGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGTACCCGTTGCAGCCT
gi|1                          :                                           A-GTTTTC-AGTTTGGGTTAAGTTC-AAGATTT-TATCA-----ATTTGGGTTCG------G------G------T------ATTTCGGTTTGCGTC---AGA-AACC----ATT-------------A-TTTAAA----TTTTGTT---ACAAAATATTAACTCG-AAA--TATGGAA-T----CTTTTAAGT-TTAGAT---TTG--ACATCTACATGTAT----------ATTAGAATTAACATTGCCACTTCTACT-CGTTTCCATTCCATG-CTTTC------AGTATTAAG----TGTGTTG-TCATTGATGA-TATTGG-TGCTGTGG-------CTTA----TTT--TAAT---T----GTG--T---CTA-T--TT-CGTCCACAAT--GAC-GTCAATT--------AC-CGGTAATGATTAAACCAT----G-------CAAAA-TTTTGAATTTGACACCAT------C--TT----G---TTT---CT--AA------TAATAAAAAC----ACCGTACCCAAACC--C----------A----------A-ATCCGGAA---AAA-TGG------A--TCCA---AACT--------------C--------------AA--------------CCCG-------
gi|10                         :                 ggctgtcccGCTGTCATGGTTCCAAAC-ATTTTC-AG------TCA-GTTC-AGGATTT-T-T-A-----ATT------CGCATTGAG------C------T------ATTTTGGTTAGGGTCTATACATAGCT----ATTTTAAAAATTAAAAA-TTTGTA----TTGTG-----GCAATG-ATTA-CTCATGGA--TGTGGAC-T----TT----GGT-TTAGAC---TTG--ACATC------CATGGTACTAGAAACTAGAAACAGTATT--------------ATTTCCTTTCCATG-CTTTC------AGTA-TAaacaacatgacccgttgcagccccagaaatcgtgaa
gi|11                         :                                                 TC-AGGTCGGGTCG-GTTC-AGGA-TT-T-TTA-----ATTCAAGTACG------G------G------T------ATTTCGTTTCGAGTC---AGA-GGCC----ATT-------------A-TTTGTA----GTTTATT---ACAATATATTAACTCAAAGA--TATGGAC-T----CT----GGT-TTTGAC---TTT--ACATT------CAT----------ATTAGAATCAACATT----------CT-CGTTTCCATTCCATG-TTTTC------AACA-T-------TGTCTCG-TCATCGATGA-TATTGG-GACTGTGG-------
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GG-TATGGA-TCCTTTGA-------CATA----TTT--CAAA---T----GTA--T---CTG-T--TT-TGTCCACAAT--GAC-ATCATTT--------AA-C---AA----TAAATTAATTAAG-------CCACC-TTTATATTTTGATGCCAC------A--TT----G---TTT---AT--AT------TAAT-CAGACTTGAACC------------------------A----------A-TTTC--AA---CAA----------A--AGC----AACA--------------T--------------GA--------------CCTG-------GGGTTT-------TTCTGTTATTTCGGGTACCTGTTGAAGCC
gi|13                         :                                                          GGTCG-GTTT-AGGATTTAT-TTATTCAGGTT------CG------A------G------T------ATATCGATTCGGGTC---AGA-AACA----ATT-------------A-TTCGTAATATTTTTGTT---ACAATATATCAACACGCAGC--TATGTATAG----CT----GGT-ATAGAC---T----------------GT----------ACTAGAAACATCATTGCCACTTCTACT-CGTTTTCATTTCATG-CTTCC------AATA-Tc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                       aaaaaaaattGAC---TTG--ACATC------CAT----------AATAGAAACATCATTGCTACTTCTACA-TGTTCCC-TTCCATG-TTTCC------AATA-CAAG----TGTCTTGATCATC----A-TCTTGA-TGCTt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aacctgtagtagaatgttttatcattataag---T----GTC--T---AT--T--T---GTCCACAATTGGAC-ATCAATTTGACATTTAA-C---AA----TAAATGAA----G-------CAAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------AT-TT----G---TTT---CT--GA------TGATACAAAC----ACCA------------G----------A----------
gi|16                         :                   ctcaatcGCTGTCATGGTTAAAAAA-ATTTTTAGGGTCAGTTCG-TTGC-AGGATTT-T-TT------ATT------CG------G------GTTTGGAT------ATTTTGGTTTAAGTC---cccgaatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        g----------A----------A-ATCCGGAA---TAA-TGG------A--ACCC---GACC--------------C--------------AA--------------tgtatagctatgtctaaaaaaaattgtattttg
gi|18                         : tgatcatcatcttgatgctttaacaacggaccagaagtccagaacaaTTC-GAGTC----CG-GTTC-AG----T-T-TCACT---ATT------CC------A------G-------------ATTCCGGTTCGGGTC---ataaagtgaccttgcagccctagtgtgaat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                      acaccaT-TTAGAC---TTG--ACATC------CAT----------ACCAGAAACAG-----------CTACT-TTTTTCTATTCCATGCCTTTC------AGTA-TAAGCCAATGTG-----------TGA-TA-TGA-TGCTGTGG-------CTTAT---TTC--TAAT---T----GTtaacacgtacgaccggcagttaaataattttgggtatatatgcattgcagcc
gi|2                          :                                        AAAA-ATT----GGGTCGGATCA-GTGC-AGGATTT-T-TTA-----ATT------CA------G------G------TTTGGT-ATTTCAGTTTGGGTC---AAA-AACC----TTT-------------A-TTCATA----TTTTGTA---ACAGTATAATAACTGGCAGA--TATGGAC-TTCCGTT----AGTCTTAGACTTATTA--ACATG------TAT----------ACCAGAAACATCTTTGCCACTTCTACA-TGATTCAATTCCTTG-CTTTCAAATTGAATA-TAAG----TGTATCG-T----------TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----CTC--TAAT---T----GTC--T---TA--T--TT-TGTCCACGAT--GAC-ATCAATT--------AATC---AT----TGA--CAA----G-------CAAAA-TTTAGATTTTGACACCAT------C--CTCTCAGACCTCT---CTCAAA------TAATACAAAC----ACCGCAGACCTGAACTG----------A----------A-ATCCGGAATCCCGACTAG------ATTAATGCATAATA--------------C--------------GA--------------CCCG-------TATTTT-------T-CTGTTATTTTGGGTACCCGTTGCAGACT
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gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                            T-TTAGAC---TTG--ACATC------CAT----------ACCAGAAACAG-----------CTACT-TTTTTCTATTCCATG-CTTTC------AGTA-TAA-----------G-CCAATGGTGA-TA-TGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAaataacatgacctccagtgttcgttatctctggt
gi|23                         :                                                        CGGGTCG-GTTT-AGGATTT-T-TAATTTGGATT------CG------G------G------T------ATTTCGGTCCGG
gi|3                          :                        ccGCTGTCACGGTCTCATAA-GTTTGT-GGGTCGGGTTG-TTTC-AGGATTT-T-TTA-----ATT------CA------A------G------T------ATTTTGGATCGGGTC---AAA-AACC----TTT-------------A-TCTGTA----TTTTGTTTATACAATATATCTGTTCGCAGA--TATGGAC-T----CT----AAT-TTAGAC---TGG--ACATC------CAT----------CATGGAAACATCAATACTACTTCTATT-TGTTTCCATTCCATG-CTTTC------AATA-TAAG----TGTCTCG-TTATTGATGA-TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAG---T----GTG--T---AT--T--TCATGCACACGAT--GAC-ATCAATT--------AA-C---TA----TAAATCAA----G-------CGAAATTTTAGA-TTTGACGCCAT------G--TT----G---TTT---CC--AT------CAATACAAAC----ACTG------------G----------A----------A-ATTTGGAA---CAA-TGG------A--ATCG---AACC--------------T--------------GA--------------CCTG-------TGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGTACCTGTTGCAGCCTtctata
gi|4                          :                           CTGTCACGGTTCCAAAA-AAATTC-AGGTC-GATCA-GTTC-AGGA-TT-T-TAA-----ATT------CG------GATTCAAG------T------ATTTTGGGTCGAGTCTT-AAA-AACCAAATATT-------------ATTTTGTT----CTTTGTT---ACAATATA-TAACTTGTAGATCTATGGAC-T----CT----GGT-TCAGAC---TAGAAACATG------CAT----------AT----------ATTGCCACTTATACTCCTTTTCTATTCCATG-CTTTC------AATA-T-----------TCG-T-----ATGA----TGA-AG-TGT-------------------------A---T----GCC--C---A---T--TT-TGTCCACAAT--GAC-ATCAGTT--------AA-C---AA----TAAATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCACCTTCAAGGCTT----G---TTT---CT--AG------TAACCCAAAC-----CC-------------G----------A----------A-ATCCAGAA---CAA-TGG------A--ACCG---AATC--------------C--------------GACCGGAACAACATTGCCCG-------CGGATT-------T-CGCTTATTTCGCGTA-CCATTGCAGCC
gi|5                          :                               CACGGTTCCGAAA-ATTTTC-GGGTCGGGTCG-GTTC-AGGATTT-C-TTA-----A-------------------------------------ACTTGAGTTCAGGTC---AAA-AACC----TAT-------------A-TTTGCA----TTATGTT---ACAATACATTAACTCGCAAA--TATGG---------------GT-TT---------G--ATATC------TAC----------ACTAGAAACATCGTTGCCACTTTTACA-CATTTCAGTCCCATG-CTTTT------AATA-TAAT----TTTGTCG-TCATTGATGA-TATCAA-TGCTATAA-------CTTA----TTC--TAAAACAT----GTC--T---AT--T--TT--GTATACAAT--GAAGATAGATT--------A----------------TCAA--------------AAA-TTTTAATGTTGGCGCCAT------G--TT----G---TTT---CT--AA------TAAGAGACAC----ACCA------------G----------ACCCGAGTCGAA-GTCCTGAA---TAA-TGG------A--ACCA---AACCTGACCCACGCAATAC--------------GA--------------CCCG-------CGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGAACACTTTGCAGCCc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                       cGAAACAGCATTGTCACTCATATT-CATGCCCATTCCATG-ATTTC------GATAGTGA-----TGTTCTG-TCAT---TGA-TATTGAATG-TAGGG-------TTT-----TTCAATAAG---CACCGGCA--TGCCAT--TCTTT-TGTTCATGAT--CTC-ATCATTT--------CA-C---AA----GACATCAA----AATACAGTCACAC-TTTAGATTTTTACGCAAT------G--TT----C---TTTATACG--AAAGACTCTAGCATAAAC----CCTG------------G----------A--------------CCTAAA---AAA-TGA------A--ACTG---AACT--------------C--------------GA--------------CCCAAACATCACAATTTATGGCATT-CGGTTATTATGGATACCTGTTGCGGCCc
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tttactatcgtgcccattgatATG-CTTTC------AAAA-TAAG----TGTCTGG-TCACTGATGA-ATTTGA-CACTGTGG-------CTTAATTATTT--TAGA---T----GTGAGT---ATGAT--TT-TGTCCAAAAT--GAC-ATCAATA--------AA-A---AA----TTAACTAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------G--TT----C---TTT---CT--AA------TCATACAAAC----ACCA------------GACCTGGACCAA----------A-ATCCAGAA---AAA-Tct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATATATACATCAGACCCGAACCAAAATTGGAACATTGAAATTGAACCCAACCCAAACAACACGACGTTGCAGTTAATTCG






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lowQualScore                  :                                            .      .     .     .    .    .  . . .............................................               ... . .    .....  ............. .      ....       ...      .    .    .   ..       ............   .      ... . ..     ......   .......... .        ..   ...         .               .     ......    .   .....   . . . . ...    .  .   .        .......    ....   ..   .... ....  ... ....... ..  .       .  ..   .       ........  . ...  ....        ............ .   .                  .........  ........   ...  .. .......          ....   .....................................    .   ....  .   ...... ..   ....    .............................................    .......      .........                            
lowQualScore                  :                                            0      0     8     3    3    2  3 3 777777777777777777777777777777777777777777777               444 7 4    88888  4444444444444 4      4444       888      6    6    7   11       444444444444   6      888 2 66     666666   4444444444 0        22   111         1               9     222222    7   00000   3 6 3 8 444    9  8   9        0000000    4444   66   8888 1111  555 8888888 55  0       2  55   0       55555555  0 000  5555        111111111111 4   0                  888888888  66666666   444  00 0000000          7777   3333333333333333333333333333333333333    0   0000  6   555555 55   3333    555555555555555555555555555555555555555555555    4444444      000000000                            
consensus                     :                          GCTGTCACGGTTCCAAAA-ATTTTC-GGGTCGGGTCG-GTTC-AGGATTT-T-TTA-----ATT------CG------G------G------T------ATTTCGGTTCGGGTC---AGA-AACC----ATT-------------A-TTTGTA----TTTTGTT---ACAATATATTAACTCGCAGA--TATGGAC-T----CT----GGT-TTAGAC---TTG--ACATC------CAT----------ACTAGAAACANCATTGCCACTTCTACT-CGTTTCCATTCCATG-CTTTC------AATA-TAAG----TGTNTCG-TCATCGATGA-TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAN---T----GTN--T---AT--T--TT-TGTCCACGAT--GAC-ATCAATT--------AA-C---AA----TAAATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------G--TT----G---TTT---CT--AA------TAATACAAAC----ACCG------------G----------A----------A-ATCCGGAA---CAA-TGG------A--ACCG---AACC--------------C--------------GA--------------CCCG-------CGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGTACCCGTTGCAGCCT
Reference ( family-63 )       :                          GCTGTCACGGTTCCAAAA-ATTTTC-GGGTCGGGTCG-GTTC-AGGATTT-T-TTA-----ATT------CG------G------G------T------ATTTCGGTTCGGGTC---AGA-AACC----ATT-------------A-TTTGTA----TTTTGTT---ACAATATATTAACTCGCAGA--TATGGAC-T----CT----GGT-TTAGAC---TTG--ACATC------CAT----------ACTAGAAACANCATTGCCACTTCTACT-CGTTTCCATTCCATG-CTTTC------AATA-TAAG----TGTNTCG-TCATCGATGA-TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAN---T----GTN--T---AT--T--TT-TGTCCACGAT--GAC-ATCAATT--------AA-C---AA----TAAATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------G--TT----G---TTT---CT--AA------TAATACAAAC----ACCG------------G----------A----------A-ATCCGGAA---CAA-TGG------A--ACCG---AACC--------------C--------------GA--------------CCCG-------CGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGTACCCGTTGCAGCCT
gi|1                          :                                           A-GTTTTC-AGTTTGGGTTAAGTTC-AAGATTT-TATCA-----ATTTGGGTTCG------G------G------T------ATTTCGGTTTGCGTC---AGA-AACC----ATT-------------A-TTTAAA----TTTTGTT---ACAAAATATTAACTCG-AAA--TATGGAA-T----CTTTTAAGT-TTAGAT---TTG--ACATCTACATGTAT----------ATTAGAATTAACATTGCCACTTCTACT-CGTTTCCATTCCATG-CTTTC------AGTATTAAG----TGTGTTG-TCATTGATGA-TATTGG-TGCTGTGG-------CTTA----TTT--TAAT---T----GTG--T---CTA-T--TT-CGTCCACAAT--GAC-GTCAATT--------AC-CGGTAATGATTAAACCAT----G-------CAAAA-TTTTGAATTTGACACCAT------C--TT----G---TTT---CT--AA------TAATAAAAAC----ACCGTACCCAAACC--C----------A----------A-ATCCGGAA---AAA-TGG------A--TCCA---AACT--------------C--------------AA--------------CCCG-------
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gi|18                         : tgatcatcatcttgatgctttaacaacggaccagaagtccagaacaaTTC-GAGTC----CG-GTTC-AG----T-T-TCACT---ATT------CC------A------G-------------ATTCCGGTTCGGGTC---ataaagtgaccttgcagccctagtgtgaat
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gi|2                          :                                        AAAA-ATT----GGGTCGGATCA-GTGC-AGGATTT-T-TTA-----ATT------CA------G------G------TTTGGT-ATTTCAGTTTGGGTC---AAA-AACC----TTT-------------A-TTCATA----TTTTGTA---ACAGTATAATAACTGGCAGA--TATGGAC-TTCCGTT----AGTCTTAGACTTATTA--ACATG------TAT----------ACCAGAAACATCTTTGCCACTTCTACA-TGATTCAATTCCTTG-CTTTCAAATTGAATA-TAAG----TGTATCG-T----------TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----CTC--TAAT---T----GTC--T---TA--T--TT-TGTCCACGAT--GAC-ATCAATT--------AATC---AT----TGA--CAA----G-------CAAAA-TTTAGATTTTGACACCAT------C--CTCTCAGACCTCT---CTCAAA------TAATACAAAC----ACCGCAGACCTGAACTG----------A----------A-ATCCGGAATCCCGACTAG------ATTAATGCATAATA--------------C--------------GA--------------CCCG-------TATTTT-------T-CTGTTATTTTGGGTACCCGTTGCAGACT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aaa--TT----G---TTT---CC--A------------CAAAC----ACTG------------G----------ACTTG------ACATCCGAAA---TAA-TGGAATCAAA--ACCA---AACC--------------C--------------AA--------------CCTG-------t
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                            T-TTAGAC---TTG--ACATC------CAT----------ACCAGAAACAG-----------CTACT-TTTTTCTATTCCATG-CTTTC------AGTA-TAA-----------G-CCAATGGTGA-TA-TGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAaataacatgacctccagtgttcgttatctctggt
gi|23                         :                                                        CGGGTCG-GTTT-AGGATTT-T-TAATTTGGATT------CG------G------G------T------ATTTCGGTCCGG
gi|3                          :                        ccGCTGTCACGGTCTCATAA-GTTTGT-GGGTCGGGTTG-TTTC-AGGATTT-T-TTA-----ATT------CA------A------G------T------ATTTTGGATCGGGTC---AAA-AACC----TTT-------------A-TCTGTA----TTTTGTTTATACAATATATCTGTTCGCAGA--TATGGAC-T----CT----AAT-TTAGAC---TGG--ACATC------CAT----------CATGGAAACATCAATACTACTTCTATT-TGTTTCCATTCCATG-CTTTC------AATA-TAAG----TGTCTCG-TTATTGATGA-TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAG---T----GTG--T---AT--T--TCATGCACACGAT--GAC-ATCAATT--------AA-C---TA----TAAATCAA----G-------CGAAATTTTAGA-TTTGACGCCAT------G--TT----G---TTT---CC--AT------CAATACAAAC----ACTG------------G----------A----------A-ATTTGGAA---CAA-TGG------A--ATCG---AACC--------------T--------------GA--------------CCTG-------TGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGTACCTGTTGCAGCCTtctata
gi|4                          :                           CTGTCACGGTTCCAAAA-AAATTC-AGGTC-GATCA-GTTC-AGGA-TT-T-TAA-----ATT------CG------GATTCAAG------T------ATTTTGGGTCGAGTCTT-AAA-AACCAAATATT-------------ATTTTGTT----CTTTGTT---ACAATATA-TAACTTGTAGATCTATGGAC-T----CT----GGT-TCAGAC---TAGAAACATG------CAT----------A----------TATTGCCACTTATACTCCTTTTCTATTCCATG-CTTTC------AATA-T-----------TCG-T-----ATGA----TGA-AG-TGT-------------------------A---T----GCC--C---A---T--TT-TGTCCACAAT--GAC-ATCAGTT--------AA-C---AA----TAAATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCACCTTCAAGGCTT----G---TTT---CT--AG------TAACCCAAAC-----CC-------------G----------A----------A-ATCCAGAA---CAA-TGG------A--ACCG---AATC--------------C--------------GACCGGAACAACATTGCCCG-------CGGATT-------T-CGCTTATTTCGCGTA-CCATTGCAGCC
gi|5                          :                               CACGGTTCCGAAA-ATTTTC-GGGTCGGGTCG-GTTC-AGGATTT-C-TTA-----A-------------------------------------ACTTGAGTTCAGGTC---AAA-AACC----TAT-------------A-TTTGCA----TTATGTT---ACAATACATTAACTCGCAAA--TATGG---------------GT-TT---------G--ATATC------TAC----------ACTAGAAACATCGTTGCCACTTTTACA-CATTTCAGTCCCATG-CTTTT------AATA-TAAT----TTTGTCG-TCATTGATGA-TATCAA-TGCTATAA-------CTTA----TTC--TAAAACAT----GTC--T---AT--T--TT--GTATACAAT--GAAGATAGATT--------A----------------TCAA--------------AAA-TTTTAATGTTGGCGCCAT------G--TT----G---TTT---CT--AA------TAAGAGACAC----ACCA------------G----------ACCCGAGTCGAA-GTCCTGAA---TAA-TGG------A--ACCA---AACCTGACCCACGCAATAC--------------GA--------------CCCG-------CGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGAACACTTTGCAGCCc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                       cGAAACAGCATTGTCACTCATATT-CATGCCCATTCCATG-ATTTC------GATAGTGA-----TGTTCTG-TCAT---TGA-TATTGAATG-TAGGG-------TTT-----TTCAATAAG---CACCGGCA--TGCCAT--TCTTT-TGTTCATGAT--CTC-ATCATTT--------CA-C---AA----GACATCAA----AATACAGTCACAC-TTTAGATTTTTACGCAAT------G--TT----C---TTTATACG--AAAGACTCTAGCATAAAC----CCTG------------G----------A--------------CCTAAA---AAA-TGA------A--ACTG---AACT--------------C--------------GA--------------CCCAAACATCACAATTTATGGCATT-CGGTTATTATGGATACCTGTTGCGGCCc
gi|7                          :                                  GGTTCAAAAACATTTTC-GGGTCGGGTTG-GTTTTAGGATTT-T-T-A-----ATT------CG------G------G------TTCTGGCATTTTGTTTCAGGTC-----------------T-------------A-TTTTTA----TTCTGTT---ACAATA-ATTA-TTCGTGGA--TGTAGAC-T----AT----GGT-TTAGAC---TTG--ATATC------CATGGT-------ACTAGAAACAACACTGTCACTTCTAGT-TGTTTCTACTCCATG-CTTCC------AAAA-TAGA----TATTTTG-TCACTGAATA-CACTGA-T--TGTTG-------ATCA----TTT--TATA---T----GT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tATCGATGACTATCGA---CTATCGTTACACCCCTA----T-C--TAAT---T----GTG--T---CTA-T--TT-TGTTCACAAT--GAC-ATAAATT--------AA-C---AA----TAGATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGATGCAAT------C--TT----G---TTT---CT--AA------TAATACAAAC----ACCA------------G----------ACCCAAACTAAG-ATCCGGAA---TAA-TGG------A--ACTG---AACC--------------CAACCCGAACAACACGA--------------CCCA-------CGATTT-------TTCAGTTATTTCAGGTACCCATTACAGCCgacttacatatcttacatactatcattgttttgtccaca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tttactatcgtgcccattgatATG-CTTTC------AAAA-TAAG----TGTCTGG-TCACTGATGA-ATTTGA-CACTGTGG-------CTTAATTATTT--TAGA---T----GTGAGT---ATGAT--TT-TGTCCAAAAT--GAC-ATCAATA--------AA-A---AA----TTAACTAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------G--TT----C---TTT---CT--AA------TCATACAAAC----ACCA------------GACCTGGACCAA----------A-ATCCAGAA---AAA-Tct


blockSeqs                     :                                            C      A     G     .    T    T  A . TAATTCAAGTACGGGT                                            TAT C T    AAATA  TTAAAAATTAAAA T      ATAT       TAT      T    A    T   TC       TTCCGTT        C      TTA T AA     .        GGTACTAGAA C        GT   GCC         C               C     AAATTG    G   GCCAA   C C A C TCG    C      A        TTACACC    ATTA   AA   AACA ACCG  GAG GCCAT   CT  A       A  TG   G       TGACATTT  T .    .           AATACAGT     C   T                  CTTCAAGGC  CTCAGACC   ATA  CA AAGACTC          TTGA   GCAGACCTGAACTGAA                         G   TCCC  C   AATCAA TT   GCAT    CGACCGGAACAACATTG                                AACATCA      ATGGCATT 
blockSeqs                     :                                            .      .     A     .    .    T  . . AAATTCGGATTCAAGT                                            TT  G .    A      .             .      .          .        T    A    A   .        AGCT           .      .   T .      .        GGT        T        AC   GCT         .               .     .         .   G       C T . C ATG    .      .        .          T      .    A    .     A   ATGA    .   .       A  .    .       .         . .    .           TTAAG        A   .                  AT         G          .    .  T                .      AGACCCGAGTCGAA                           G   C     .   .      .    C       TGACCCACGCAATACGA                                .            TT       
blockSeqs                     :                                            .      .     G     .    .    T  . . AATTCGCATTGAGCT                                             .   G .    A      .             .      .          .        T    A    C   .        TTT            .      .   T .      .        .          C        TC   GCC         .               .     .         .   G       G C . C TTG    .      .        .          .      .    T    .     C   CTG     .   .       G  .    .       .         . .    .           G            A   .                  A          G          .    .  A                .      AGACCCAAACTAAG                           G   T     .   .      .    A       CAACCCGAACAACACGA                                .            T        
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blockSeqs                     :                                            .      .     G     .    .    T  . . TATTCGGGTTTGGAT                                             .   A .    T      .             .      .          .        T    A    C   .        TCT            .      .   T .      .        .          C        TC   GCC         .               .     .         .   T       C C . C CTG    .      .        .          .      .    G    .     G   AT      .   .       A  .    .       .         . .    .           G            G   .                  G          G          .    .  T                .      GGACTTGAC                                A   C     .   .      .    G       CAA                                              .            T        
blockSeqs                     :                                            .      .     G     .    .    T  . . TAATTCAGGTTTGGT                                             .   A .    T      .             .      .          .        C    A    T   .        TCT            .      .   T .      .        .          C        TC   GCC         .               .     .         .   A       G C . C TCG    .      .        .          .      .    A    .     C   TA      .   .       A  .    .       .         . .    .           G            A   .                  G          G          .    .  G                .      GGAA                                     T   C     .   .      .    A       CGA                                              .            T        
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consensus                     :                          GCTGTCACGGTTCCAAAA-ATTTTC-GGGTCGGGTCG-GTTC-AGGATTT-T--TAA-TTCGGGTTCGGGTATTTCGGTTCGGGTC---AGA-AACC----ATT-------------A-TTTGTA----TTTTGTT---ACAATATATTAACTCGCAGA--TATGGAC-T----CT----GGT-TTAGAC---TTG--ACATC------CAT----------ACTAGAAACANCATTGCCACTTCTACT-CGTTTCCATTCCATG-CTTTC------AATA-TAAG----TGTNTCG-TCATCGATGA-TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAN---T----GTN--T---AT--T--TT-TGTCCACGAT--GAC-ATCAATT--------AA-C---AA----TAAATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------G--TT----G---TTT---CT--AA------TAATACAAAC----ACCG------------G----------A----------A-ATCCGGAA---CAA-TGG------A--ACCG---AACC--------------C--------------GA--------------CCCG-------CGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGTACCCGTTGCAGCCT
Reference ( family-63 )       :                          GCTGTCACGGTTCCAAAA-ATTTTC-GGGTCGGGTCG-GTTC-AGGATTT-T--TNA-TTCGGGTTCGGGTATTTCGGTTCGGGTC---AGA-AACC----ATT-------------A-TTTGTA----TTTTGTT---ACAATATATTAACTCGCAGA--TATGGAC-T----CT----GGT-TTAGAC---TTG--ACATC------CAT----------ACTAGAAACANCATTGCCACTTCTACT-CGTTTCCATTCCATG-CTTTC------AATA-TAAG----TGTNTCG-TCATCGATGA-TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAN---T----GTN--T---AT--T--TT-TGTCCACGAT--GAC-ATCAATT--------AA-C---AA----TAAATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------G--TT----G---TTT---CT--AA------TAATACAAAC----ACCG------------G----------A----------A-ATCCGGAA---CAA-TGG------A--ACCG---AACC--------------C--------------GA--------------CCCG-------CGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGTACCCGTTGCAGCCT
gi|1                          :                                           A-GTTTTC-AGTTTGGGTTAAGTTC-AAGATTT-TATCAA-TTTGGGTTCGGGTATTTCGGTTTGCGTC---AGA-AACC----ATT-------------A-TTTAAA----TTTTGTT---ACAAAATATTAACTCG-AAA--TATGGAA-T----CTTTTAAGT-TTAGAT---TTG--ACATCTACATGTAT----------ATTAGAATTAACATTGCCACTTCTACT-CGTTTCCATTCCATG-CTTTC------AGTATTAAG----TGTGTTG-TCATTGATGA-TATTGG-TGCTGTGG-------CTTA----TTT--TAAT---T----GTG--T---CTA-T--TT-CGTCCACAAT--GAC-GTCAATT--------AC-CGGTAATGATTAAACCAT----G-------CAAAA-TTTTGAATTTGACACCAT------C--TT----G---TTT---CT--AA------TAATAAAAAC----ACCGTACCCAAACC--C----------A----------A-ATCCGGAA---AAA-TGG------A--TCCA---AACT--------------C--------------AA--------------CCCG-------
gi|10                         :                 ggctgtcccGCTGTCATGGTTCCAAAC-ATTTTC-AG------TCA-GTTC-AGGATTT-T--TAA-TTCGCATTGAGCTATTTTGGTTAGGGTCTATACATAGCT----ATTTTAAAAATTAAAAA-TTTGTA----TTGTG-----GCAATG-ATTA-CTCATGGA--TGTGGAC-T----TT----GGT-TTAGAC---TTG--ACATC------CATGGTACTAGAAACTAGAAACAGTATT--------------ATTTCCTTTCCATG-CTTTC------AGTA-TAaacaacatgacccgttgcagccccagaaatcgtgaa
gi|11                         :                                                 TC-AGGTCGGGTCG-GTTC-AGGATTT-T--TAA-TTCAAGTACGGGTATTTCGTTTCGAGTC---AGA-GGCC----ATT-------------A-TTTGTA----GTTTATT---ACAATATATTAACTCAAAGA--TATGGAC-T----CT----GGT-TTTGAC---TTT--ACATT------CAT----------ATTAGAATCAACATT----------CT-CGTTTCCATTCCATG-TTTTC------AACA-T-------TGTCTCG-TCATCGATGA-TATTGG-GACTGTGG-------
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GG-TATGGA-TCCTTTGA-------CATA----TTT--CAAA---T----GTA--T---CTG-T--TT-TGTCCACAAT--GAC-ATCATTT--------AA-C---AA----TAAATTAATTAAG-------CCACC-TTTATATTTTGATGCCAC------A--TT----G---TTT---AT--AT------TAAT-CAGACTTGAACC------------------------A----------A-TTTC--AA---CAA----------A--AGC----AACA--------------T--------------GA--------------CCTG-------GGGTTT-------TTCTGTTATTTCGGGTACCTGTTGAAGCC
gi|13                         :                                                          GGTCG-GTTT-AGGATTTAT--TTA-TTCAGGTTCGAGTATATCGATTCGGGTC---AGA-AACA----ATT-------------A-TTCGTAATATTTTTGTT---ACAATATATCAACACGCAGC--TATGTATAG----CT----GGT-ATAGAC---T----------------GT----------ACTAGAAACATCATTGCCACTTCTACT-CGTTTTCATTTCATG-CTTCC------AATA-Tc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                           aaaaaaaattGAC---TTG--ACATC------CAT----------AATAGAAACATCATTGCTACTTCTACA-TGTTCCC-TTCCATG-TTTCC------AATA-CAAG----TGTCTTGATCATC----A-TCTTGA-TGCTt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aacctgtagtagaatgttttatcattataag---T----GTC--T---AT--T--T---GTCCACAATTGGAC-ATCAATTTGACATTTAA-C---AA----TAAATGAA----G-------CAAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------AT-TT----G---TTT---CT--GA------TGATACAAAC----ACCA------------G----------A----------
gi|16                         :                   ctcaatcGCTGTCATGGTTAAAAAA-ATTTTTAGGGTCAGTTCG-TTGC-AGGATTT-T--TTA-TTCGGGTTTGGATATTTTGGTTTAAGTC---cccgaatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            g----------A----------A-ATCCGGAA---TAA-TGG------A--ACCC---GACC--------------C--------------AA--------------tgtatagctatgtctaaaaaaaattgtattttg
gi|18                         : tgatcatcatcttgatgctttaacaacggaccagaagtccagaacaaTTC-GAGTC----CG-GTTC-AG----T-T--TCA-CT---ATTCCAG-ATTCCGGTTCGGGTC---ataaagtgaccttgcagccctagtgtgaat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                          acaccaT-TTAGAC---TTG--ACATC------CAT----------ACCAGAAACAG-----------CTACT-TTTTTCTATTCCATGCCTTTC------AGTA-TAAGCCAATGTG-----------TGA-TA-TGA-TGCTGTGG-------CTTAT---TTC--TAAT---T----GTtaacacgtacgaccggcagttaaataattttgggtatatatgcattgcagcc
gi|2                          :                                        AAAA-ATT----GGGTCGGATCA-GTGC-AGGATTT-T--TTAATTCAGGTTTGG-TATTTCAGTTTGGGTC---AAA-AACC----TTT-------------A-TTCATA----TTTTGTA---ACAGTATAATAACTGGCAGA--TATGGAC-TTCCGTT----AGTCTTAGACTTATTA--ACATG------TAT----------ACCAGAAACATCTTTGCCACTTCTACA-TGATTCAATTCCTTG-CTTTCAAATTGAATA-TAAG----TGTATCG-T----------TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----CTC--TAAT---T----GTC--T---TA--T--TT-TGTCCACGAT--GAC-ATCAATT--------AATC---AT----TGA--CAA----G-------CAAAA-TTTAGATTTTGACACCAT------C--CTCTCAGACCTCT---CTCAAA------TAATACAAAC----ACCGCAGACCTGAACTG----------A----------A-ATCCGGAATCCCGACTAG------ATTAATGCATAATA--------------C--------------GA--------------CCCG-------TATTTT-------T-CTGTTATTTTGGGTACCCGTTGCAGACT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aaa--TT----G---TTT---CC--A------------CAAAC----ACTG------------G----------ACTTG------ACATCCGAAA---TAA-TGGAATCAAA--ACCA---AACC--------------C--------------AA--------------CCTG-------t
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                T-TTAGAC---TTG--ACATC------CAT----------ACCAGAAACAG-----------CTACT-TTTTTCTATTCCATG-CTTTC------AGTA-TAA-----------G-CCAATGGTGA-TA-TGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAaataacatgacctccagtgttcgttatctctggt
gi|23                         :                                                        CGGGTCG-GTTT-AGGATTT-T--TAA-TTTGGATTCGGGTATTTCGGTCCGG
gi|3                          :                        ccGCTGTCACGGTCTCATAA-GTTTGT-GGGTCGGGTTG-TTTC-AGGATTT-T--TTA------ATTCAAGTATTTTGGATCGGGTC---AAA-AACC----TTT-------------A-TCTGTA----TTTTGTTTATACAATATATCTGTTCGCAGA--TATGGAC-T----CT----AAT-TTAGAC---TGG--ACATC------CAT----------CATGGAAACATCAATACTACTTCTATT-TGTTTCCATTCCATG-CTTTC------AATA-TAAG----TGTCTCG-TTATTGATGA-TATTGA-TGCTGTGG-------CTTA----TTC--TAAG---T----GTG--T---AT--T--TCATGCACACGAT--GAC-ATCAATT--------AA-C---TA----TAAATCAA----G-------CGAAATTTTAGA-TTTGACGCCAT------G--TT----G---TTT---CC--AT------CAATACAAAC----ACTG------------G----------A----------A-ATTTGGAA---CAA-TGG------A--ATCG---AACC--------------T--------------GA--------------CCTG-------TGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGTACCTGTTGCAGCCTtctata
gi|4                          :                           CTGTCACGGTTCCAAAA-AAATTC-AGGTCGA-TCA-GTTC-AGGATTT-T--AAA-TTCGGATTCAAGTATTTTGGGTCGAGTCTT-AAA-AACCAAATATT-------------ATTTTGTT----CTTTGTT---ACAATATA-TAACTTGTAGATCTATGGAC-T----CT----GGT-TCAGAC---TAGAAACATG------CAT----------A----------TATTGCCACTTATACTCCTTTTCTATTCCATG-CTTTC------AATA-T-----------TCG-T-----ATGA----TGA-AG-TGT-------------------------A---T----GCC--C---A---T--TT-TGTCCACAAT--GAC-ATCAGTT--------AA-C---AA----TAAATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCACCTTCAAGGCTT----G---TTT---CT--AG------TAACCCAAAC-----CC-------------G----------A----------A-ATCCAGAA---CAA-TGG------A--ACCG---AATC--------------C--------------GACCGGAACAACATTGCCCG-------CGGATT-------T-CGCTTATTTCGCGTA-CCATTGCAGCC
gi|5                          :                               CACGGTTCCGAAA-ATTTTC-GGGTCGGGTCG-GTTC-AGGATTTCT--TAA--------------ACTTGAGTTCAGGTC---AAA-AACC----TAT-------------A-TTTGCA----TTATGTT---ACAATACATTAACTCGCAAA--TATGG---------------GT-TT---------G--ATATC------TAC----------ACTAGAAACATCGTTGCCACTTTTACA-CATTTCAGTCCCATG-CTTTT------AATA-TAAT----TTTGTCG-TCATTGATGA-TATCAA-TGCTATAA-------CTTA----TTC--TAAAACAT----GTC--T---AT--T--TT--GTATACAAT--GAAGATAGATT--------A----------------TCAA--------------AAA-TTTTAATGTTGGCGCCAT------G--TT----G---TTT---CT--AA------TAAGAGACAC----ACCA------------G----------ACCCGAGTCGAA-GTCCTGAA---TAA-TGG------A--ACCA---AACCTGACCCACGCAATAC--------------GA--------------CCCG-------CGGTTT-------T-CGGTTATTTCGGGAACACTTTGCAGCCc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                           cGAAACAGCATTGTCACTCATATT-CATGCCCATTCCATG-ATTTC------GATAGTGA-----TGTTCTG-TCAT---TGA-TATTGAATG-TAGGG-------TTT-----TTCAATAAG---CACCGGCA--TGCCAT--TCTTT-TGTTCATGAT--CTC-ATCATTT--------CA-C---AA----GACATCAA----AATACAGTCACAC-TTTAGATTTTTACGCAAT------G--TT----C---TTTATACG--AAAGACTCTAGCATAAAC----CCTG------------G----------A--------------CCTAAA---AAA-TGA------A--ACTG---AACT--------------C--------------GA--------------CCCAAACATCACAATTTATGGCATT-CGGTTATTATGGATACCTGTTGCGGCCc
gi|7                          :                                  GGTTCAAAAACATTTTC-GGGTCGGGTTG-GTTTTAGGATTT-T--TAA-TTCGGGTTCTGGCATTTTGTTTCAGGTC-----------------T-------------A-TTTTTA----TTCTGTT---ACAATA-ATTA-TTCGTGGA--TGTAGAC-T----AT----GGT-TTAGAC---TTG--ATATC------CATGGT-------ACTAGAAACAACACTGTCACTTCTAGT-TGTTTCTACTCCATG-CTTCC------AAAA-TAGA----TATTTTG-TCACTGAATA-CACTGA-T--TGTTG-------ATCA----TTT--TATA---T----GT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tATCGATGACTATCGA---CTATCGTTACACCCCTA----T-C--TAAT---T----GTG--T---CTA-T--TT-TGTTCACAAT--GAC-ATAAATT--------AA-C---AA----TAGATCAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGATGCAAT------C--TT----G---TTT---CT--AA------TAATACAAAC----ACCA------------G----------ACCCAAACTAAG-ATCCGGAA---TAA-TGG------A--ACTG---AACC--------------CAACCCGAACAACACGA--------------CCCA-------CGATTT-------TTCAGTTATTTCAGGTACCCATTACAGCCgacttacatatcttacatactatcattgttttgtccaca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                           tttactatcgtgcccattgatATG-CTTTC------AAAA-TAAG----TGTCTGG-TCACTGATGA-ATTTGA-CACTGTGG-------CTTAATTATTT--TAGA---T----GTGAGT---ATGAT--TT-TGTCCAAAAT--GAC-ATCAATA--------AA-A---AA----TTAACTAA----G-------CGAAA-TTTAGATTTTGACGCCAT------G--TT----C---TTT---CT--AA------TCATACAAAC----ACCA------------GACCTGGACCAA----------A-ATCCAGAA---AAA-Tct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATATATACATCAGACCCGAACCAAAATTGGAACATTGAAATTGAACCCAACCCAAACAACACGACGTTGCAGTTAATTCG