lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 8888888888888888888888888888888888 1 11111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111 11111111111 22222222 1111111 111111111111 1 1111
lowQualScore : 6 1111111111111111111111111111111111 4 6666 5 6 33333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 111111111 3 0 0 2 4 5 3 444444 333 5 88888888888 1 1 11 333 33 1 00000000 4444444 1 1 555555 11 1 11 11 1 33 1 777777777777 11 1 7777 2 2 33 4 44 0 3 2 3 4444 8
lowQualScore : . .................................. . .... . . ........ ................................................................................................................................. .. ......... . . . . . . . ...... ... . ........... . . .. ... .. . ........ ....... . . ...... .. . .. .. . .. . ............ .. . .... . . .. . .. . . . . .... .
lowQualScore : 7 3333333333333333333333333333333333 4 1111 0 9 55555555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 000000000 1 5 6 1 0 3 5 888888 000 2 44444444444 5 4 99 777 33 4 66666666 3333333 4 4 333333 99 4 99 99 4 11 5 666666666666 99 8 0000 1 5 77 4 22 2 6 4 1 2222 0
consensus : CTTATTTATCT--TGA--CGCATGTCAACATAANTATT--T-AGTTGCATGTCGAC----ATAANTA------AGTTGCATGTCGACATAAATAAGT----TGCT---TCTNTCATGTTTA---AA----GTCAC---A-AG-------TG--G--TTGATATTTG-ANAA--TTT--A-ACG--AAAA--A----GAT--T-CCAAA-----G-------TGTA--A------T--T-TATCTT-G-CAT-GTCA------ACAT---AATT--NT------GTTG-CA-T--GT--CGAC--A-TAA-------TTATN------T-TG-CATG------TC--GA-C--AT--A-AT-T-A--TCN------TGCATGT-CG-AC----ATA-ACC--TANA--GAA-AAAATAACTTGC----ATACA-GGAGGC
Reference ( gi|3 ) : CTTATTTATGTGATAAGATGCATGAGAACATAAATATT--TCAGGTGCATGCCAAC----ATCAATA------AGTTGCATGTCGACATAAAGGAGT----TGTT---TCTATCATGTTAA---AA----GTCAC---A-AG-------TG--G--TTGATATTTG-AGAA--TTT--A-ACG--GAAA--A----GA---T-CCAAA-----G-------TGTA--A------T--T-TATCTT-G-CGT-GTCA------ACAT---AGTT--TT------GTTG-CA-T--GT--TGAC--A-TAC-------TTATA------T-TG-CATG------TC--GA-C--AT--A-AT-T-A--TCA------TGCATGT-CG-AC----ATA-ACC--TAAA--GAA-AAAACAGCTTGC----ATACA-GGAGGC
gi|5 : CTTATTTATCT-------CGCATGTCAACATAACCA------AGTTGCATGTCCAC----ATAATTA------ACTTGCATTTTGACATAAATAAGTTGCATGTTGCATCTTTCATGTATA---AT----GTCAG---ATAC-------TG--GAATTGGTAATT--AG-A--TTTCCA-ACATCAAAATCA----GGTTCT-CTAAA--------------ACA--A------TTAT-TAACTT-G-CAT-GCCA------A
gi|4 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgttccacataagtatataggatgtcgaCTTATTTATCT-------CGCATGTCAACATAACCA------AGTTGCATGTCCAC----ATAATTA------ACTTGCATTTTGACATAAATAAGTTGCATGTTGCATCTTTCATGTATA---AT----GTCAG---ATAC-------TGGAG--TTGGTAATT--AG-A--TTTCCA-ACATCAAAATCA----GGTTCT-CTAAA--------------ACA--A------TTAT-TAACTT-G-CAT-GCCA------AC
gi|9 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgtccacataagtatataggatgtcgaTATTCATGT--TGACATACA----AAT-TAATTATG--TTAA---CATGCAAGT----A--AATA------AGTTGCATGTCAACAAAATTAAGT----TG-------TAT-ATGTTAAC--AATTATGTTGC---A-TG-------TG--A--TC-ATACTT
gi|15 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattatgtcgacagatATAAGTTGCATGTCAGCATAAATATAAATAAGCTGCATGTCAAC----ATAAATATAAGTAAGTTGCATGTCAACATAAA
gi|2 : ataaTGCATGACAACA-AAGT-TT--T--GTTGCATGTTGAC----ATGATTA------TCTTTCAGGTCGACATAAtataaataagttgca
gi|16 : caaaaattagttgcatgtcgacaaatattagttgcatgtcgatatatgttgcacttagcacgttgggagtcacgtggagcacatgttggtgatattactatttttcgaaaaaaattccaaaaattgatctgtattatatatttttttttTGCATGTCAACATAATTAAC--T----TGCATGTTAAC----ATAAGTA------TGTTACATTTCGACGTAtctgaatgcaacttgcatacctacaggaggcagaaatatataccaatatattgcagctaaataacgca
gi|10 : tatgtAACATAG---TT--TT-GTTGCATGTTGAC----ATATTTA------TACTGCATGTCGACATAAcaaatgtaattaagttctgtgtctacatactt
gi|1 : cgtagtcTAAATA------AGTTGCATGTTGAC----ATAAATA------AGTGGCATGTCGGCATGAATAGGC----TGCT---Ttctaaagaaaaataacttgcatgcaggtggcagaaatatgccaccatacatttcagcttttatgtactttagaaggtactctgtagcgataggaaa
gi|2 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagttgcattttgatgAAAAATT----AGTTGCATGTCGAC----A--AATATT----AGTTGCATGTCGATATA----TGT----TGCA---CTTAGCACGTTGG---GA----GTCACGTGG-AGCACATGTTG--G---TGATATT---ACTA--TTT--T-TCG--AAAA--A----AAT--T-CCAAA-----AATTGATCTGTATTATATATTT--T-TTTTTT-G-CAT-GACA------ACAA---AGTT--TT------GTTG-CA-T--GT--TGAC--A-TGA-------TTATC------T-TT-CAGG------TC--GA-C--AT--A-AT-C-T--GAA------TGCAACT-TG--C----AT--ACC--TACA--GGA-gtttaaataagaataggctgcttgtgtaaataattaatcaaactgtatgttatcataattaagttaggtattgaatttaacatgtcgatatcaattgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|1 : cTATT--TTA--TTCGTGACAACCCCAATGAATT------AGTTGCATTTTGATGTAAATAAGT----TG----------CATGTTGACATAA-------AT---A-AG-------TG--G--ggcagaaatatataccaatatattgcagctaaataacgca
gi|11 : ATT--TC--TTGCATGCCATC----ATAATTA------GGTTGCATGTGGACATcatgtcggcatgaataggctgcttgtttaaataagaataggctgcttgtgtaaataattaatcaaactgtatgttatcataattaagttaggtattgaatttaacatgtcgatatcaattgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|8 : tttgataaattttctaatgc--TTAGTTGCGTGTAGAC----ATGATTA------ACTTGCATGTTGACATAAttgtgttccatgtcagcataactatcttacatgtcgacaaaatctatagaaaaaataacttgtttttacgagacagaagtatgcaaccata
gi|19 : aTGCATATCAAC----ATAATTA------TTTTGCATGTCGACATttaatccgcatgttgactttgacataattgattagcatgatgacaaataattcgcaccttgacagaaatgagtcgaattttgacataaataaattgcatgtacattaattaaattgcgtttaagatggcagata
gi|16 : gtTGCATGTCAAC----ATAATTA------ACTTGCATGTTAACATAAtatctataaaaaacaagatgtgtttgtgaaacaaa
gi|6 : tatgtCATGTTTG---AA----GTCAC---A-TA-------TG--G--GTGATATTTG-ATAAAGTTT---------GAAA--A----TT---TTCCAAATCCTTG-------TCTG--A------T--TATATTTT-T-C-T-GGCATAAAAAACAT---AGTT--TT------G------------------------------------A------T-T--CATG------TT--CA-C--AT--A-AC-C-A--TCA------TGCATGT-AT-CC----ATA-ATC--TAAA--G-A-AAAATAACTTGC----ATACA-GGAGGCgtatgttacatttcgacgtacaaatgtaattaagttctgtgtctacatactt
gi|7 : agATGTCTA---AA----GTCAC---A-AG-------TG--G--TTGATATTTGAAGAA--TTT--A-ACG--GAAA--AGTGCGA---T-CCAAA-----GC------TGTA--T------T--T-TATCTTAG-CGTGGTCA------ACAT---AGTT--TT-------TTG-CAGT--GT--TGACA-A-TAC-------TTCTA------T-TG-CATGT-----TC--GA-C--ATAAA-AT-T-A--TCA------TGC-TGTGCGAAC----ATACACCGTTAAA--GAA-AAAACAGCTTGCACGAATACACGGAGGCagaaatatgctaccagtagctacagcagatgcaact
gi|5 : TATCTG-ACA----TT--ATACA--TGAA--A----GA---T-GCAAC-----A-------TGCA--A------C--T-TATTT-----AT-GTCA------AAATGCAAGTTAATT------------A-T--GT--GGAC--A-TGCAACTTGGTTATG------T-TGACATG-------C--GA-G--AT--A-A----A--TAA-----------GT-CG-AC----AT---CC--TA
gi|10 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgttccacataagtataTA--G------T--T-T-TGTT-G-CAT-GTTG------ACAT---ATTT--AT------ACTG-CA-T--GT--CGAC--A-TActggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|14 : cgtagtcaacaTA--A------T--T--ATCTT-G-CAT-GTCG------ATAT---ATTT--AT------CTTG-CA-T--GT--AGAC--A-TAA-------TTatctaaagaaaaataacttgcatgcaggtggcagaaatatgccaccatacatttcagcttttatgtactttagaaggtactctgtagcgataggaaa
gi|9 : atgttgacaTA--A------T--T-T-TGTT-GACAT-G-CA------ACTT---A-TT--TA------CTTG-CA-T--GT--TAAC--A-TAA-------TTAAT------T-TG-TATG------TC--AA-C--AT--G-AA-T-A--tagaattatataacttgcatacagggagcagtaatatgccactatcattttcgttaaaagcaga
gi|5 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattatgtcgacagataagtatgatcacatgcaacataattgttaacatatacaact--A------T--T-TATCTC-G-CAT-GTCA------ACAT---AACC--AA------GTTG-CA-T--GT--CCAC--A-TAA-------TTAAC------T-TG-CATT------TT--GA-C--AT--A-AA-T-A--AGT------TGCATGT-TG--C----AT
gi|4 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgttccacataagtatataggatgtcgactt--A------T--T-TATCTC-G-CAT-GTCA------ACAT---AACC--AA------GTTG-CA-T--GT--CCAC--A-TAA-------TTAAC------T-TG-CATT------TT--GA-C--AT--A-AA-T-A--AGT------TGCATGT-TG--C----ATctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|15 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgtccacataagtatataggatgtcgactt--A------T--T-TATGTT-GACAT-G-CA------ACTT---ACTT--AT------ATT--TA-T--GT--TGAC--A-TGCAGCTTATTTATA------T-T--TATG------CT--GA-C--AT--ctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|16 : ataaataagttgc-TATGTT-G-CAT-GTCA------ACAT---AATT--AA------CTTG-CA-T--GT--TAAC--A-TAA-------GTATG------T-TA-CATT------TC--GA-C--GT--A-ataaataagttgca
gi|11 : TCTT-G-CAT-GCCA------TCAT---AATT--AG------GTTG-CA-T--GT--GGAC--A-T---------TTGTG------T-TC-CATG------TC--AG-C--AT--A-AC-T-A--TCT------TACATGT-CG-AC----AAA-ATC--TATA--GAA-AAAATAACTTGcaaatgtaattaagttctgtgtctacatactt
gi|15 : tttgataaattttctaatgcattTT-G-CAT-GTCA------GCAT---AAAT--ATAAATAAGCTG-CA-T--GT--CAAC--A-TAA-------ATATAAGTAAGT-TG-CATG------TC--AA-C--AT--A-AA-T-A--Ttttttacgagacagaagtatgcaaccata
gi|9 : ataaataagTT-G-CAT-GTCA------ACAA---AATT--AA------GTTG-TA-TATGT--TAAC--A--A--------TTATG------T-TG-CATG------T---GATC--AT--A-CT-T-A--TC-----------TGT-CG-AC----ATA-ATT--GATA--GAA-Aaaataagttgca
gi|19 : agtttagtggcatatctctgtcccttgaTT-G-CAT-ATCA------ACAT---AATT--AT------TTTG-CA-T--GT--CGAC--ATTAT-------CTATA------cttatttacttgcatgttaacataattaatttgtatgtcaacatgaata
gi|8 : gTT-G-CGT-GTAG------ACAT---GATT--AA------CTTG-CA-T--GT--TGAC--A-TAA-------TTA-A------TCCG-CATGTTGACTTT--GA-C--AT--A-AT-TGA--TTA-------GCATGA-TG-AC----Aaaaaacaagatgtgtttgtgaaacaaa
gi|1 : attag-G-CAT-ATCA------ACAT---AA------------GCTG-CA-T--GT--TGAC--A-CAT-------TCATG------T-TG-CAGG------TC--AA-C--AT--A-AT-C-A--TCA-------GCATGT-TG-ACATT-ATA-ATC--TACA--G-A-AAAATAACTTGaataattcgcaccttgacagaaatgagtcgaattttgacataaataaattgcatgtacattaattaaattgcgtttaagatggcagata
gi|10 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagttgcattttgatgtaaataagttgcatgttgacataaataagtggcatgtcggcatgaataggctgcttgtttaaataagaataggctgcttgtgtaaataattaatcaaactgtatgttatcataattaagttaggtattgaatttaacatgtcgatatcaattgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaa-CGTAGTCA------ACAT---AGTT--TT------GTTG-CA-T--GT--TGAC--A-TAT-------TTATA------C-TG-CATG------TC--GA-C--AT--A-AT--------------------------------------C--TAAA--G-A-AAAATAACTTGC----ATGCA-GGTGGCttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|14 : T-GTTG------ACAT---AATT--AT------CTTG-CA-T--GT--CGAT--A-TAT-------TTATC------T-TG-CATG------TA--GA-C--AT--A-AT-T-agaaatatgccaccatacatttcagcttttatgtactttagaaggtactctgtagcgataggaaa
gi|20 : aT-GTTG------ACAT---AATT--GC------CTTG-CA-T--GT--CCTC--A-TAT-------CTATC------T-TG-CTTG------TA--GA-C--AT--A-GT-T-tagaattatataacttgcatacagggagcagtaatatgccactatcattttcgttaaaagcaga
gi|18 : -GTCG------ACAT---CATA--TT-------TTG-CA-T--GT--TGA---------------TTATG------T-TG-CATG------TG--GA-C--TC--A------A--TCT------TGCAT------AC----AGA-ACG--TAAA--ta
gi|9 : gcaaCA------ACTT---AATT--TT------GTTGACA-T--GC---AAC--T-TAT-------TTAC-------T-TG-CATG------TT--AA-C--AT--A-AT-T-A--ATT------TGTATGT-CA-AC----ATG-Aatgataccaccat
gi|12 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattatgtcgacagataagtatgatcacatgcaacataattgttaacatataT---AATT--GT------GTTG-CA-T--GT--CGAC--T-TGG-------TTACC------T-TA-CATT------TT--GA-C--AA--ACAT-A-AG-TCA--------CATGT-CA-ACTTGTATA-AGC--TGAA--ata
gi|16 : aatT------GTTG-CA-T--GT--CAAC--A-TAA-------TTAAC------T-TG-CATG------TT--AA-C--AT--A-AG-T-A--TGT------TACATTT-CG-AC----GTA-tcttgtacacatgatgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|15 : ta------GTTG-CA-T--GT--CAGC--A-TAA-------ATATAAATAAGC-TG-CATG------TC--AA-C--AT--A-AA-T-A--TAAGTAAGTTGCATGT-CA-AC----ATA-Acaaatgtaattaagttctgtgtctacatactt
gi|19 : ataaataa------GTTG-CA-T--AT--CAAC--A-TAA-------TTATT------T-TG-CATG------TC--GA-C--AT--T-ATCT-A--Tatataaataagttgca
gi|17 : TTG-CA-T--ATCATGCCTTA-TGA-------TTATC------T-TA-AATG------TT--GA-C--AT--A-AC-C-AAGTC--------GCAGTT-CG-AC----ATA------TATGTTGAC-AAAATATCTTGC----ATAaaaaaacaagatgtgtttgtgaaacaaa
gi|14 : agtaaaA-T--GT--TGAC--A-TAA-------TTATC------T-TG-CATG------TC--GA-T--AT--A-TT-T-A--TCT------TGCATGT-AG-AC----ATA-ATT--T--A--GAATTATATAACTTGC----ATACA-GGGAGCt
gi|20 : -T--GT--TGAC--A-TAA-------TTGCC------T-TG-CATG------TC--CT-C--AT--A-TC-T-A--TCT------TGCTTGT-AG-AC----ATA-agtaatatgccactatcattttcgttaaaagcaga
gi|17 : TAAA------T-TG-CATA------TCATGC-CTTAT--G-AT-T-A--TCT------TAAATGT-TG-AC----ATA-ACC--gttta
gi|19 : ag------T-TG-CATA------TC--AA-C--AT--A-AT-T-A--TTT------TGCATGT-CG-AC----ATT-ATC--T--A--TAA-AAAACAaagtcgcagttcgacatatatgttgacaaaatatcttgcatat
gi|13 : gG------TT--GA-C--AT--A-AT-T-A--CCA------TGCATGT-CG-AC----ATA-ATC--TAAA--G-A-AAAATAGTTTGC----ATTCA-GGAGGCagatgtgtttgtgaaacaaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATAACGTCATATAGTTAAACATTATCATATACATACAACTAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 66666666 3333333 222222222222222222 111111 444444444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111
lowQualScore : 11111111 1 9999999 1 777 777777777777777777 1 0 222222 0 777 4 0 666666666 55 8888 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 22 4444 2 888 44 1 5555 1 33 1 1 1 1 0 1 55555555 1 33 1 33 2 1 1 6666 3333 1 1 33 2 666666 2 8888 8888 5
lowQualScore : ........ . ....... . ... .................. . . ...... . ... . . ......... .. .... . . .................................................................................................................. . . .. .... . ... .. . .... . .. . . . . . . ........ . .. . .. . . . .... .... . . .. . ...... . .... .... .
lowQualScore : 00000000 0 1111111 9 111 888888888888888888 1 9 888888 8 888 4 1 555555555 99 5555 5 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 88 5555 1 555 33 7 4444 6 88 3 0 5 5 6 5 44444444 5 55 5 77 6 6 6 2222 5555 7 4 22 9 000000 9 5555 5555 0
consensus : CTTATTTATCT--T--G-CGCATGTCGACATAAATAT---TT-AGTTGCATGTCGACATAAN--T-----------A------AGTTGCATGTCGAC------ATAA---AT-AAGTTGC-T------TCTATCAT----GTTTAAAGTCAC---A-AG-------TG--G--TTGATAT--TTG-ANA-----A--T--TT--AAC-------G--GAAA--AG----GT----TCCA---AAG-TG-TAAT--TTATCTT---GCAT-GT-C--AAC----AT-AATTATGTTG--CA-TGT-C--GA-C--ATAATTATGTTG-CATG-TCGA-C--------A-T--A-ATTA--TCTTGCATGT-CG-AC----A----TA-ATC--TANA----GAAA-AAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
Reference ( family-6296 ) : CTTATTTATCT--T--GACGCATGTCAACATAANTAT---TT-AGTTGCATGTCGACATAAN--T-----------A------AGTTGCATGTCGAC------ATAA---AT-AAGTTGC-T------TCTNTCAT----GTTTAAAGTCAC---A-AG-------TG--G--TTGATAT--TTG-ANA-----A--T--TT--AAC-------G--AAAA--AG----AT----TCCA---AAG-TG-TAAT--TTATCTT---GCAT-GT-C--AAC----AT-AATTNTGTTG--CA-TGT-C--GA-C--ATAATTATNTTG-CATG-TCGA-C--------A-T--A-ATTA--TCNTGCATGT-CG-AC----A----TA-ACC--TANA----GAAA-AAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|1 : -TATT--TTATT------CGT-GA-C--AACCCCAATGAATTA-GTTG--CA-TTT-T--GA-T--GTAAATAAGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--A-AATA--AGTGGCATGT-CG-GC----A----TG-A
gi|1 : GCATTTTGATGTAAATA-------AGTTGCATGTTGACATAAA--T-----------A------AGTGGCATGTCGGC------ATGA---AT-AGGCTGC-T-------------T----GTTTAAA-TAAG---A-AT-------AG--G--CTGCT-T--GTG-TAA-----A--TAATT--AA------------------------------TCA---AAC-TG-T-----------------AT-GT-T--ATC----AT-AATTAAGTTA--GG-TAT-T--GA----------ATTTAA-CATG-TCGA-T--------A-TC-A-ATTataggctgcttgtttaaataagaataggctgcttgtgtaaataattaatcaaactgtatgttatcataattaagttaggtattgaatttaacatgtcgatatcaattgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|1 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagttGCATGTCGGCATGAATA-------GGCTGCTTGTTTAAATAAGAAT-----------A------GGCTGCTTGTGTAA------ATAATTAATCAAACTGTAT------GTTATCAT----AATTAA-GTTA------GG-------TA-----TTGA-AT--TTA-ACATGTCGA--TA-TC--AATTGGGGGGG--GGGG--GGTTTAAT----TCAA---AAG-CGATGAC----ATGTTCAAGCAT-AT-C--AAC----AT-AA----GCTG--CA-TGT-T--GA-C--ACATTCATGTTG-CAGG-TCAA-C--------A-T--A-ATCA--TCA-GCATGT-TG-ACATT-A----TA-ATC--TACA----G-AA-AAATAACTTGgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|10 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagttgcattttgatgtaaataagttgcatgttgacataaataagtgGT-C--AA-C--ATAGTTTTGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--A-TTTA--TACTGCATGT-CG-AC----A----TA-ATC--TAAA----G-AA-AAATAACTTGC----A----TGCA-GGTGGCttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|11 : cgtaTCTT---GCAT-GC-C--ATC----AT-AATTAGGTTG--CA-TGT-G--GA-C--AT--TTGTGTTC-CATG-TCAG-C--------A-T--A-ACTA--TCTTACATGT-CG-AC----A----AA-ATC--TATA----GAAA-AAATAACTTGagaaatatgccaccatacatttcagcttttatgtactttagaaggtactctgtagcgataggaaa
gi|12 : tttgataaattttctaatgcattT-AATTGTGTTG--CA-TGT-C--GA-C--TTGGTTACCTTA-CATT-TTGA-C--------A-A--ACATAAG-TCA--CATGT-CA-ACTTGTA----TA-AGC--T------------GAAT--CTTGT----A----CACA-TGAtttttacgagacagaagtatgcaaccata
gi|13 : aatG-TTGA-C--------A-T--A-ATTA--CCATGCATGT-CG-AC----A----TA-ATC--TAAA----G-AA-AAATAGTTTGC----A----TTCA-GGAGGCtgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|14 : A-TGT-T--GA-C--ATAATTATCTTG-CATG-TCGA-T--------A-T--A-TTTA--TCTTGCATGT-AG-AC----A----TA-ATT--TAGA-----ATT-ATATAACTTGC----A----TACA-GGGAGCagagatatgccaccacagatttgttataacgattttgtagtcttagtaaaggttagctatggtaa
gi|14 : TAATTATCT--T--G---CATGTCGATATATTTAT---CT----TGCATGTAGACATAAT--TTAGAATTATATA------ACTTGCATACAGGG------AGCA---GT-AATATGC-C------ACTATCATTTTCGTTAAAAGagtaatatgccactatcattttcgttaaaagcaga
gi|15 : atgttgacaGCATGTCAGCATAAATATAAATA-AGCTGCATGTCAACATAAA--T-----------ATAAGTAAGTTGCATGTCAACATAAATATAA---AT-AAGTTGC-caga
gi|16 : ataaataagttTATGTTG--CA-TGT-C--AA-C--ATAATTAACTTG-CATG-TTAA-C--------A-T--A-AGTA--TGTTACATTT-CG-AC----G----TA-a
gi|16 : TATGTT---GCAT-GT-C--AAC----AT-AATTAACTTG--CA-TGT-T--AA-C--ATAAGTATGTTA-CATT-TCGA-CGTACAAATG-T--A-ATTAAGTTCTG--TGT-CT-AC----A----TA-caaatgtaattaagttctgtgtctacatactt
gi|17 : TTG--CA-TAT-CATGC-CTTATGATTATCTTA-AATG-TTGA-C--------A-T--A-ACCA--AGTCGCAGTT-CG-AC----A----TA------TATGTT--GACA-AAATATCTTGC----A----TActt
gi|18 : agtaaa---GCAA-GT-C--GAC----AT-CAT-ATTTTG--CA-TGT-T--GA--------TTATGTTG-CATG-TGGA-C--------T-C--A----A--TCTTGCAT------AC----A----GA-ACG--TAAA----t
gi|19 : TTG-CATA-TCAA-C--------A-T--A-ATTA--TTTTGCATGT-CG-AC----A----TT-ATC--TATA----AAAA-Aatgataccaccat
gi|2 : g---TT-AGTTGCATGTCGACAAATA--T-----------T------AGTTGCATGTCGAT------AT-----AT---GTTGC-A------CTTAGCAC----GTTGGGAGTCACGTGG-AGCACATGTTG--G---TGATAT--T---ACT-----A--T--TT--TTC-------G--AAAA--AA----AT----TCCA---AA------AAT--TGATC-T---GTAT--T-A--TAT----AT-TTTTTTTTTG--CA-TGA-C--AA-C--AAAGTTTTGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--G-ATTA--TCTTTCAGGT-CG-AC----A----TA-ATC--T---------GA-ATGCAACTTGC----ATACCTACA-GGAGGCcaagatgtgtttgtgaaacaaa
gi|20 : caaaaa-TGT-T--GA-C--ATAATTGCCTTG-CATG-TCCT-C--------A-T--A-TCTA--TCTTGCTTGT-AG-AC----A----TA-agaaatatataccaatatattgcagctaaataacgca
gi|3 : CTTATTTATGTGATAAGATGCATGAGAACATAAATAT---TTCAGGTGCATGCCAACATCAA--T-----------A------AGTTGCATGTCGAC------ATAA---AG-GAGTTGT-T------TCTATCAT----GTTAAAAGTCAC---A-AG-------TG--G--TTGATAT--TTG-AGA-----A--T--TT--AAC-------G--GAAA--AG----AT-----CCA---AAG-TG-TAAT--TTATCTT---GCGT-GT-C--AAC----AT-AGTTTTGTTG--CA-TGT-T--GA-C--ATACTTATATTG-CATG-TCGA-C--------A-T--A-ATTA--TCATGCATGT-CG-AC----A----TA-ACC--TAAA----GAAA-AAACAGCTTGC----A----TACA-GGAGGCgttta
gi|4 : T--TTGTCTT---GCAT-AT-T--TAC----AT-AAATAAGTCA--AA-TGT-C--CA-C--ATAAGTATATAG-GATG-TCGA-C--------T-T--A-TTTA--TCTCGCATGT-CA-AC----A----TA-ACC--
gi|4 : ataagttgtatgtctatacatAT-GT-C--CAC----AT-AAGTATATAG--GA-TGT-C--GA-C--TTATTTATCTCG-CATG-TCAA-C--------A-T--A-ACCA--AGTTGCATGT-CC-AC----ATAATTA-ACT--TGCATTTTGACATAAATAAGTTGC----A----Taagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaCTTATTTATCT-------CGCATGTCAACATAACCA-------AGTTGCATGTCCACATAAT--T-----------A------ACTTGCATTTTGAC------ATAA---AT-AAGTTGCATGTTGCATCTTTCAT----GTATAATGTCAG---ATAC-------TGGAG--TTGGTAA--TT---AG-----A--T--TTCCAAC-------ATCAAAATCAG----GTTC--TCTA---AA---A-CAATTATTAACTT---GCAT-GC-C--AAC----gttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|5 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgtccacataagtatataggatgtcgaAT--TTGTCTT---GCAT-AT-T--TAC----AT-AAATAAGTCA--AA-TGTTC--CA-C--ATAAGTATATAG-GATG-TCGA-C--------T-T--A-TTTA--TCTCGCATGT-CA-AC----A----TA-ACC--
gi|5 : atacAA--AT----GT----TCCACATAAG-TA-TA-----TA-------GGAT-GT-C--GAC----TT-ATTTATCTCG--CA-TGT-C--AA-C--ATAACCAAGTTG-CATG-TCCA-C--------A-T--A-ATTA--ACTTGCATTT-TG-AC----A----TA-Aaagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcCTTATTTATCT-------CGCATGTCAACATAACCA-------AGTTGCATGTCCACATAAT--T-----------A------ACTTGCATTTTGAC------ATAA---AT-AAGTTGCATGTTGCATCTTTCAT----GTATAATGTCAG---ATAC-------TG--GAATTGGTAA--TT---AG-----A--T--TTCCAAC-------ATCAAAATCAG----GTTC--TCTA---AA---A-CAATTATTAACTT---GCAT-GC-C--AAataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|6 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgttccacataagtatataggatgtcgaCAT----GTTTGAAGTCAC---A-TA-------TG--G--GTGATAT--TTG-ATA-----AAGT--TT--GA-------------AA--AT----TT----TCCA---AA--------------TCCT------T-GT-CTGATT----AT-ATTTTTCTGG--CA-TAA-A--AAAC--ATAGTTTTGATT-CATG-TTCA-C--------A-T--A-ACCA--TCATGCATGT-AT-CC----A----TA-ATC--TAAA----G-AA-AAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|7 : agAT----GTCTAAAGTCAC---A-AG-------TG--G--TTGATAT--TTGAAGA-----A--T--TT--AAC-------G--GAAA--AG-----TGCGATCCA---AAGCTG-TATT--TTATCTTA--GCGTGGT-C--AAC----AT-AGTTTT-TTG--CAGTGT-T--GA-CA-ATACTTCTATTG-CATGTTCGA-C--------A-TAAA-ATTA--TCATGC-TGTGCGAAC----A----TACACCGTTAAA----GAAA-AAACAGCTTGCACGAA----TACACGGAGGCagaaatatgctaccagtagctacagcagatgcaact
gi|8 : ATTA-GTTG--CG-TGT-A--GA-C--ATGATTAACTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--A-ATTA--ATCCGCATGT-TG-AC----
gi|8 : ---TT-AGTTGCGTGTAGACATGAT--T-----------A------ACTTGCATGTTGAC------ATAA---TT-AA-------------TCCG-CAT----GTT----G--AC--------------T------TTGACATAATTG-A-------------TT--AGC-------------A--TG----AT----GACA---AA-----TAAT-------TC---GCAC-CT-T--GAC----AG-AAATGAGTCG--AA-TTT-T--GA-C--ATAAATAAATTG-CATG-T--A-C--------ATT--A-ATTA--tttgacataattgattagcatgatgacaaataattcgcaccttgacagaaatgagtcgaattttgacataaataaattgcatgtacattaattaaattgcgtttaagatggcagata
gi|9 : aTT---GCAT-GT-C--AAC----AA-AATTAAGTTGTATA-TGT-T--AA-C----AATTATGTTG-CATG-T-GATC--------A-T--A-CTTA--TC-----TGT-CG-AC----A----TA-ATT--GATA----GAAA-aattgcgtttaagatggcagata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgaCAT-G--C--AAC----AT-AATTGT-TAA--CA-TATAC--AA-C--TTAATTTTGTTGACATG--CAA-C--------T-T--A-TTTA---CTTGCATGT-TA-AC----A----TA-Acttatttacttgcatgttaacataattaatttgtatgtcaacatgaata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattatgtcgacagataagtatgatcaCAT-ATAC--AAC----TT-AATTTTGTTGA-CA-TG--C--AA-C--TTATTTA-CTTG-CATG-TTAA-C--------A-T--A-ATTA--ATTTGTATGT-CA-AC----A----TG-Attaatttgtatgtcaacatgaata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATAACGTCATATAGTTAAACATTATCATATACATACAACTAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 7777777 3333333 111111 111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111
lowQualScore : 7777777 5 77 7777777 3 777 222222 1 111111 777 4 4 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 555 1 1 1 4444 1 99 555555 55 1 1 3333 1 33 2 1 1 1 0 1 55555555 1 33 1 2 1 1 6666 1 33 22222 8888 8888 5
lowQualScore : ....... . .. ....... . ... ...... . ...... ... . . ....................................................................................................................................... ... ... . . . .... . .. ...... .. . . .... . .. . . . . . . ........ . .. . . . . .... . .. ..... .... .... .
lowQualScore : 3333333 7 99 4444444 7 111 888888 1 555555 000 0 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 888 8 8 8 0000 9 66 000000 99 6 5 3333 5 77 4 3 5 4 5 4 22222222 4 44 4 6 6 7 5555 8 22 33333 5555 5555 0
consensus : CTTATTTATCT-------CGCATGTCGACATA-AA--TAT---TT-AGTTGCATGTCGACATAAN--TA------AGTTGCATGTCGAC------ATAA---AT-AAGT-TGC-T------TCTATCATGTTTAAAGTCACA---AN-------TG--G--TTGATAT--TTG-ANA-----A--T--TT--AAC------G--GAAA--AG---GT--T-----C--CA---AAG-TG-TAAT--TTAT---CTT---GCAT-GT-CA-AC----AT-AATTANGTT------G--CA-TG-T-C--GA-C--ATAATTATGTTG-CATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC--TANAGAAAAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
Reference ( family-6296 ) : CTTATTTATCT--TG---CGCATGTCGACATA-AA--TAT---TT-AGTTGCATGTCGACATAAN--TA------AGTTGCATGTCGAC------ATAA---AT-AAGT-TGC-T------TCTATCATGTTTAAAGTCACA---AG-------TG--G--TTGATAT--TTG-ANA-----A--T--TT--AAC------G--GAAA--AG---GT--T-----C--CA---AAG-TG-TAAT--TTAT---CTT---GCAT-GT-CA-AC----AT-AATTATGTT------G--CA-TG-T-C--GA-C--ATAATTATGTTG-CATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC--TANAGAAAAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|1 : -TATT--TTAT---T------CGT-GA-CA-ACCCCAATGAATTA-GTT------G--CA-TT-T-T--GA-T--GTAAATAAGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--AAA-TAAGTGGCATGT-CG-GC----ATG-A
gi|1 : GCATTTTGATGTA-AA--TA-------AGTTGCATGTTGACATAAA--TA------AGTGGCATGTCGGC------ATGA---AT-AGGC-TGC-T-------------TGTTTAAA-TAAGA---AT-------AG--G--CTGCT-T--GTG-TAA-----A--TAATT--AA-------------------------------T--CA---AAC-TG-T--------------------AT-GT-TA-TC----AT-AATTAAGTT------A--GG-TA-T-T--GA----AT--TTA----A-CATG-TCGA-T--------A-TC-AAT-Tataggctgcttgtttaaataagaataggctgcttgtgtaaataattaatcaaactgtatgttatcataattaagttaggtattgaatttaacatgtcgatatcaattgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|1 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagttGCATGTCGGCATG-AA--TA-------GGCTGCTTGTTTAAATAAGAATA------GGCTGCTTGTGTAA------ATAATTAATCAAAC-TGTAT------GTTATCATAATTAA-GTTA-----GG-------TA-----TTGA-AT--TTA-ACATGTCGA--TA-TC--AATTGGGGGG--GGGG--GG---GT--TTAATTC--AA---AAG-CGATGAC----AT---GTTCAAGCAT-AT-CA-AC----AT-AA----GCT------G--CA-TG-T-T--GA-C--ACATTCATGTTG-CAGG-TCAA-C--------A-T--AAT-CATC-AGCATGT-TG-ACATT-ATA-ATC--TACAG-AAAAATAACTTGgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|10 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagttgcattttgatgtaaataagttgcatgttgacataaataagtgG-T-C--AA-C--ATAGTTTTGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--ATT-TATACTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC--TAAAG-AAAAATAACTTGC----A----TGCA-GGTGGCttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|11 : cgtaT---CTT---GCAT-GC-CA-TC----AT-AATTAGGTT------G--CA-TG-T-G--GA-C--AT--TTGTGTTC-CATG-TCAG-C--------A-T--AAC-TATCTTACATGT-CG-AC----AAA-ATC--TATAGAAAAAATAACTTGagaaatatgccaccatacatttcagcttttatgtactttagaaggtactctgtagcgataggaaa
gi|12 : tttgataaattttctaatgcattTAATTGTGTTG-CATG-TCGA-C--------T-T--GGT-TACCTTACATTT-TG-AC----Atttttacgagacagaagtatgcaaccata
gi|12 : aatT-AATTGTGTT------G--CA-TG-T-C--GA-C--TTGGTTACCTTA-CATT-TTGA-C--------A----AACATAAGTCACATGT-CA-ACTTGTATA-AGC--T-------GAAT--CTTGT----A----CACA-TGAaacataagtcacatgtcaacttgtataagctgaatcttgtacacatgatgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|13 : aatG-TTGA-C--------A-T--AAT-TACCATGCATGT-CG-AC----ATA-ATC--TAAAG-AAAAATAGTTTGC----A----TTCA-GGAGGCtgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|14 : A-TG-T-T--GA-C--ATAATTATCTTG-CATG-TCGA-T--------A-T--ATT-TATCTTGCATGT-AG-AC----ATA-ATT--TAGA-ATTATATAACTTGC----A----TACA-GGGAGCagagatatgccaccacagatttgttataacgattttgtagtcttagtaaaggttagctatggtaa
gi|15 : GCATGTCAGCATA-AA--TATAAATA-AGCTGCATGTCAACATAAA--TATAAGTAAGTTGCATGTCAACATAAATATAA---AT-AAGT-TGC-agtaatatgccactatcattttcgttaaaagcaga
gi|16 : ataaataagttTAT---GTT---GCAT-GT-CA-AC----AT-AATTAACTT------G--CA-TG-T-T--AA-C--ATAAGTATGTTA-CATT-TCGA-CGTACAAATG-T--AAT-TAAGTTCTGTGT-CT-AC----ATA-a
gi|17 : TT------G--CA-TA-T-CATGC-CTTATGATTATCTTA-AATG-TTGA-C--------A-T--AAC-CAAGTCGCAGTT-CG-AC----AT--ATA--TGTTGACAAAATATCTTGC----A----TActt
gi|17 : agtaaa--TTAT---CTT---AAAT-GT-TG-AC----AT-AACCAAGTC------G--CA-GT-T-C--GA-C--ATA--TATGTT---------GA-C--------A----AAA-TATCTTGCATAT-t
gi|18 : agtaaattgcatatcatgccttatga---GCAA-GT-CG-AC----AT-CAT-ATTTT------G--CA-TG-T-T--GA--------TTATGTTG-CATG-TGGA-C--------T-C--A----ATCTTGCAT
gi|19 : GTTG-CATA-TCAA-C--------A-T--AAT-TATTTTGCATGT-CG-AC----ATT-ATC--TATAAAAAAacagaacgtaaaatgataccaccat
gi|2 : ---TT-AGTTGCATGTCGACAAATA--TT------AGTTGCATGTCGAT------ATA-----T---GT-TGC-A------CTTAGCACGTTGGGAGTCACGTGGAGCACATGTTG--G--T-GATAT--T---ACT-----A--T--TT--TTC------G--AAAA--AA---AT--T-----C--CA---AA------AAT--TGAT---CT------GT-AT-TATAT----AT-TTTTTTTTT------G--CA-TG-A-C--AA-C--AAAGTTTTGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--GAT-TATCTTTCAGGT-CG-AC----ATA-ATC--T-----GAATGCAACTTGC----ATACCTACA-GGAGGCcaagatgtgtttgtgaaacaaa
gi|20 : caaaaa-TG-T-T--GA-C--ATAATTGCCTTG-CATG-TCCT-C--------A-T--ATC-TATCTTGCTTGT-AG-AC----ATA-GTT--TAagaaatatataccaatatattgcagctaaataacgca
gi|3 : CTTATTTATGTGATAAGATGCATGAGAACATA-AA--TAT---TTCAGGTGCATGCCAACATCAA--TA------AGTTGCATGTCGAC------ATAA---AG-GAGT-TGT-T------TCTATCATGTTAAAAGTCACA---AG-------TG--G--TTGATAT--TTG-AGA-----A--T--TT--AAC------G--GAAA--AG---AT--------C--CA---AAG-TG-TAAT--TTAT---CTT---GCGT-GT-CA-AC----AT-AGTTTTGTT------G--CA-TG-T-T--GA-C--ATACTTATATTG-CATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCATGCATGT-CG-AC----ATA-ACC--TAAAGAAAAAACAGCTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|4 : T--TTGT---CTT---GCAT-AT-TT-AC----AT-AAATAAGTC------A--AA-TG-T-C--CA-C--ATAAGTATATAG-GATG-TCGA-C--------T-T--ATT-TATCTCGCATGT-CA-AC----ATA-ACC--
gi|4 : ataagttgtatgtctatacatAT-GT-CC-AC----AT-AAGTATATA------G--GA-TG-T-C--GA-C--TTATTTATCTCG-CATG-TCAA-C--------A-T--AAC-CAAGTTGCATGT-CC-AC----ATA-AT--------------TAACTTGC----A----Taagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaCTTATTTATCT-------CGCATGTCAACATA-AC--CA-------AGTTGCATGTCCACATAAT--TA------ACTTGCATTTTGAC------ATAA---AT-AAGT-TGCATGTTGCATCTTTCATGTATAATGTCAGAT--AC-------TGGAG--TTGGTAA--TT---AG-----A--T--TTCCAAC------ATCAAAATCAG---GTTCT-----C--TA---AA---A-CAATTATTAA---CTT---GCAT-GC-CA-AC----tttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|5 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgtccacataagtatataggatgtcgaAT--TTGT---CTT---GCAT-AT-TT-AC----AT-AAATAAGTC------A--AA-TGTT-C--CA-C--ATAAGTATATAG-GATG-TCGA-C--------T-T--ATT-TATCTCGCATGT-CA-AC----ATA-ACC--
gi|5 : atacAA--AT---GT--T-----C--CACATAAG-TA-TA-----TA----------GGAT-GT-CG-AC----TT-ATTTATCTC------G--CA-TG-T-C--AA-C--ATAACCAAGTTG-CATG-TCCA-C--------A-T--AAT-TAACTTGCATTT-TG-AC----ATA-Aaagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcCTTATTTATCT-------CGCATGTCAACATA-AC--CA-------AGTTGCATGTCCACATAAT--TA------ACTTGCATTTTGAC------ATAA---AT-AAGT-TGCATGTTGCATCTTTCATGTATAATGTCAGAT--AC-------TG--GAATTGGTAA--TT---AG-----A--T--TTCCAAC------ATCAAAATCAG---GTTCT-----C--TA---AA---A-CAATTATTAA---CTT---GCAT-GC-CA-Aataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|6 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgttccacataagtatataggatgtcgaCATGTTTGAAGTCACA---TA-------TG--G--GTGATAT--TTG-ATA-----AAGT--TT--------------GAAA--AT---TT--T-----C--CA---AA--------------T---CCT------T-GT-C---------T-GATTATATTTTTCTGG--CA-TA-A-A--AAAC--ATAGTTTTGATT-CATG-TTCA-C--------A-T--AAC-CATCATGCATGT-AT-CC----ATA-ATC--TAAAG-AAAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|7 : agATGTCTAAAGTCACA---AG-------TG--G--TTGATAT--TTGAAGA-----A--T--TT--AAC------G--GAAA--AGTGCGA--T-----C--CA---AAGCTG-TATT--TTAT---CTTA--GCGTGGT-CA-AC----AT-AGTT-TTTT------G--CAGTG-T-T--GA-CA-ATACTTCTATTG-CATGTTCGA-C--------A-TAAAAT-TATCATGC-TGTGCGAAC----ATACACCGTTAAAGAAAAAACAGCTTGCACGAA----TACACGGAGGCagaaatatgctaccagtagctacagcagatgcaact
gi|8 : ATTA-GTT------G--CG-TG-T-A--GA-C--ATGATTAACTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--AAT-TAATCCGCATGT-TG-AC----
gi|8 : ---TT-AGTTGCGTGTAGACATGAT--TA------ACTTGCATGTTGAC------ATAA---TT-AA--------------TCCG-CATGTT----G--AC-------------T------TTGACATAATTG-A-------------TT--AGC------------A--TG---AT--G-----A--CA---AA-----TAAT----------TC---GCAC-CT-TG-AC----AG-AAATGAGTC------G--AA-TT-T-T--GA-C--ATAAATAAATTG-CATG-T--A-C--------ATT--AAT-TAAATTGCGTtttgacataattgattagcatgatgacaaataattcgcaccttgacagaaatgagtcgaattttgacataaataaattgcatgtacattaattaaattgcgtttaagatggcagata
gi|9 : aTT---GCAT-GT-CA-AC----AA-AATTAAGTT------GTATA-TG-T-T--AA-C----AATTATGTTG-CATG-T-GATC--------A-T--ACT-TATC-----TGT-CG-AC----ATA-ATT--GATAGAAAttaagatggcagata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgaATGTCGAC------A--G---AT-AAGTATG------------ATCACATGCAA---CATA---AT-------TG-----TTAACAT--AT--ACA-----A--C--TT--AAT---------------------T--T-----TGTTG---ACA-TG-CAAC--TTATTTACTT---GCAT-GT-TA-AC----AT-AATTAATTT------G--TA-TG-T-C--AA-C--ATGAATActtatttacttgcatgttaacataattaatttgtatgtcaacatgaata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattCAT-G--CA-AC----AT-AATT--GTT------AA-CA-TA-TAC--AA-C--TTAATTTTGTTGACATG--CAA-C--------T-T--ATT-TA-CTTGCATGT-TA-AC----ATA-AT
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattatgtcgacagataagtatgatcaCAT-ATACA-AC----TT-AATTTTGTT------GA-CA-TG---C--AA-C--TTATTTAC-TTG-CATG-TTAA-C--------A-T--AAT-TAATTTGTATGT-CA-AC----ATG-Ataatttgtatgtcaacatgaata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattatgtcgacagataagtatgatcacatgcaacataattgttaaTGTTGACATGCAACTTAT---TT-ACTTGCATGTTAACATAAT--TA------ATTTGTATGTCAAC------ATGA---AT-Aata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATAACGTCATATAGTTAAACATTATCATATACATACAACTAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 2222222 11111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111
lowQualScore : 6666666 4 2 4 66 9999999 4 1 666 11111111 999999 555 3 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333 555 1 2222 3333 1 66 55 1 4444 33 2 1 1 1 0 1 55555555 1 33 0 1 2 1 1 6666 1 555555555555555 8888 8888 5
lowQualScore : ....... . . . .. ....... . . ... ........ ...... ... . . .................................................................................................................................... ... ... . .... .... . .. .. . .... .. . . . . . . ........ . .. . . . . . .... . ............... .... .... .
lowQualScore : 0000000 4 7 4 11 3333333 8 2 000 22222222 666666 888 3 6 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 222 7 9999 7777 7 66 66 5 3333 55 0 8 4 4 7 4 00000000 4 33 2 4 2 5 6 2222 7 000000000000000 5555 5555 0
consensus : CTTATTTATCT-------CGCATGT-CGACATA-AA--TAT---TT-AGTTGCATGTCGACATAAN--TA------ANTTGCATGTCGAC------ATAA---AT-AAGT-TGC-T------TCTATCATGTTTAAAGTCAN-------A-ANTG--G--TTGATAT--TTG-ANA---A--T--TT--AACG--GAAA--AG---G------T--TC--CA---AA-----G-TG-TAAT--T-TAT---CTT---GCAT-GT-CA-AC----AT-AATTANGTTG--CA-TGT-C--GAC--ATAATTATGTTG-CATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TANAGAA---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
Reference ( family-6296 ) : CTTATTTATCT-------CGCATGT-CGACATA-AA--TAT---TT-AGTTGCATGTCGACATAAN--TA------AGTTGCATGTCGAC------ATAA---AT-AAGT-TGC-T------TCTATCATGTTTAAAGTCAC-------A-ANTG--G--TTGATAT--TTG-ANA---A--T--TT--AACG--GAAA--AG---G------T--TC--CA---AA-----G-TG-TAAT--T-TAT---CTT---GCAT-GT-CA-AC----AT-AATTANGTTG--CA-TGT-C--GAC--ATAATTATGTTG-CATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TANAGAA---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|1 : -TATT--T-TAT---T------CGT-GA-CA-ACCCCAATGAATTA-GTTG--CA-TTT-T--GAT--GTAAATAAGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--AAA-TAAGTGGCATGT-CG-GC----ATG-A
gi|1 : T-------TGCATTT-TGATGTA-AA--TA-------AGTTGCATGTTGACATAAA--TA------AGTGGCATGTCGGC------ATGA---AT-AGGC-TGC-T-------------TGTTTAAA-TAAG-------A-ATAG--G--CTGCT-T--GTG-TAA---A--TAATT--AA--------------------------T--CA---AA-----C-TG-T---------------------AT-GT-TA-TC----AT-AATTAAGTTA--GG-TAT-T--GA---AT--TTA----A-CATG-TCGA-T--------A-TC-AAT-Tataggctgcttgtttaaataagaataggctgcttgtgtaaataattaatcaaactgtatgttatcataattaagttaggtattgaatttaacatgtcgatatcaattgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|1 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagGCATGT-CGGCATG-AA--TA-------GGCTGCTTGTTTAAATAAGAATA------GGCTGCTTGTGTAA------ATAATTAATCAAAC-TGTAT------GTTATCATAATTAA-GTTAG-------GTATTG--AATTTAACATG-TCG-ATATCAA--T--TG--GGGG--GGGG--GG---GGTTTAAT--TC--AA---AA-----G-CGATGAC-----AT---GTTCAAGCAT-AT-CA-AC----AT-AA----GCTG--CA-TGT-T--GAC--ACATTCATGTTG-CAGG-TCAA-C--------A-T--AAT-CATC-AGCATGT-TG-ACATT-ATA-ATC-----TACAG-A---AAAATAACTTGgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|10 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagttgcattttgatgtaaataagttgcatgttgacataaataagtgGT-C--AAC--ATAGTTTTGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--ATT-TATACTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TAAAG-A---AAAATAACTTGC----A----TGCA-GGTGGCttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|11 : cgtaT---CTT---GCAT-GC-CA-TC----AT-AATTAGGTTG--CA-TGT-G--GAC--AT--TTGTGTTC-CATG-TCAG-C--------A-T--AAC-TATCTTACATGT-CG-AC----AAA-ATC-----TATAGAA---AAAATAACTTGagaaatatgccaccatacatttcagcttttatgtactttagaaggtactctgtagcgataggaaa
gi|12 : tttgataaattttctaatgcattTAATTGTGTTG-CATG-TCGA-C--------T-T--GGT-TACCTTACATTT-TG-AC----Atttttacgagacagaagtatgcaaccata
gi|12 : aatT-AATTGTGTTG--CA-TGT-C--GAC--TTGGTTACCTTA-CATT-TTGA-C--------A----AACATAAGTCACATGT-CA-ACTTGTATA-AGC-----T----------GAAT--CTTGT----A----CACA-TGAaacataagtcacatgtcaacttgtataagctgaatcttgtacacatgatgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|13 : aatG-TTGA-C--------A-T--AAT-TACCATGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TAAAG-A---AAAATAGTTTGC----A----TTCA-GGAGGCtgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|14 : A-TGT-T--GAC--ATAATTATCTTG-CATG-TCGA-T--------A-T--ATT-TATCTTGCATGT-AG-AC----ATA-ATT-----TAGA-AT---TATATAACTTGC----A----TACA-GGGAGCagagatatgccaccacagatttgttataacgattttgtagtcttagtaaaggttagctatggtaa
gi|15 : T-------TGCATGT-CAGCATA-AA--TATAAATA-AGCTGCATGTCAACATAAA--TATAAGTAAGTTGCATGTCAACATAAATATAA---AT-AAGT-TGC-agtaatatgccactatcattttcgttaaaagcaga
gi|16 : ataaataag-TAT---GTT---GCAT-GT-CA-AC----AT-AATTAACTTG--CA-TGT-T--AAC--ATAAGTATGTTA-CATT-TCGA-CGTACAAATG-T--AAT-TAAGTTCTGTGT-CT-AC----ATA-a
gi|17 : TAAATTG--CA-TAT-CATGCCTTATGATTATCTTA-AATG-TTGA-C--------A-T--AAC-CAAGTCGCAGTT-CG-AC----AT--ATA-----TGTTGAC---AAAATATCTTGC----A----TActt
gi|17 : ag--T-TAT---CTT---AAAT-GT-TG-AC----AT-AACCAAGTCG--CA-GTT-C--GAC--ATA--TATGTT---------GA-C--------A----AAA-TATCTTGCATAT-t
gi|18 : agtaaattgcatatcatgccttatga---GCAA-GT-CG-AC----AT-CAT-ATTTTG--CA-TGT-T--GA-------TTATGTTG-CATG-TGGA-C--------T-C--A----ATCTTGCAT
gi|18 : G--CA-AGT-C--GAC--ATCAT-ATTTTG-CATG-TTGA-----------------T-TATGTTGCATGT-GG-AC----TCA-ATCTTGCATACAGAACGTAAAATGAacagaacgtaaaatgataccaccat
gi|19 : GTTG-CATA-TCAA-C--------A-T--AAT-TATTTTGCATGT-CG-AC----ATT-ATC-----TATAAAA---AAtaccaccat
gi|2 : ---TT-AGTTGCATGTCGACAAATA--TT------AGTTGCATGTCGAT------ATA-----T---GT-TGC-A------CTTAGCACGTTGGGAGTCACGTGGAGCA-CATGTTG--GTGATAT--T---ACT---A--T--TT--TTCG--AAAA--AA---A------T--TC--CA---AA-----------AAT--T-GAT---CT------GT-AT-TATAT----AT-TTTTTTTTTG--CA-TGA-C--AAC--AAAGTTTTGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--GAT-TATCTTTCAGGT-CG-AC----ATA-ATC-----T-----G---AATGCAACTTGC----ATACCTACA-GGAGGCcaagatgtgtttgtgaaacaaa
gi|20 : caaaaa-TGT-T--GAC--ATAATTGCCTTG-CATG-TCCT-C--------A-T--ATC-TATCTTGCTTGT-AG-AC----ATA-GTT-----TAagaaatatataccaatatattgcagctaaataacgca
gi|3 : CTTATTTATGTGATAAGATGCATGA-GAACATA-AA--TAT---TTCAGGTGCATGCCAACATCAA--TA------AGTTGCATGTCGAC------ATAA---AG-GAGT-TGT-T------TCTATCATGTTAAAAGTCAC-------A-AGTG--G--TTGATAT--TTG-AGA---A--T--TT--AACG--GAAA--AG---A------T---C--CA---AA-----G-TG-TAAT--T-TAT---CTT---GCGT-GT-CA-AC----AT-AGTTTTGTTG--CA-TGT-T--GAC--ATACTTATATTG-CATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCATGCATGT-CG-AC----ATA-ACC-----TAAAGAA---AAAACAGCTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|4 : T--T-TGT---CTT---GCAT-AT-TT-AC----AT-AAATAAGTCA--AA-TGT-C--CAC--ATAAGTATATAG-GATG-TCGA-C--------T-T--ATT-TATCTCGCATGT-CA-AC----ATA-ACC-----
gi|4 : ataagttgtatgtctatacatAT-GT-CC-AC----AT-AAGTATATAG--GA-TGT-C--GAC--TTATTTATCTCG-CATG-TCAA-C--------A-T--AAC-CAAGTTGCATGT-CC-AC----ATA-AT--------------------TAACTTGC----A----Taagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaATGT-CCACATA-AG--TAT---AT-AG--G-ATGTCGACTTATT--TA------TCTCGCATGTCAAC------ATAA---CC-AAGT-TG--------------CATGTCCA----CAT-------A-ATTA----------AC--TTG--CA---T--T--TT--GACA--TAAAT-AA---G------T--TG--CA------------TG-T--T--G-CAT---CTT---TCAT-GT----------AT-AATtttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaCTTATTTATCT-------CGCATGT-CAACATA-AC--CA-------AGTTGCATGTCCACATAAT--TA------ACTTGCATTTTGAC------ATAA---AT-AAGT-TGCATGTTGCATCTTTCATGTATAATGTCAG-------ATACTGGAG--TTGGTAA--TT---AG---A--T--TTCCAACATCAAAATCAG---G------TTCTC--TA---AA--------A-CAATTAT-TAA---CTT---GCAT-GC-CA-AC----gtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|5 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgtccacataagtatataggatgtcgaAT--T-TGT---CTT---GCAT-AT-TT-AC----AT-AAATAAGTCA--AA-TGTTC--CAC--ATAAGTATATAG-GATG-TCGA-C--------T-T--ATT-TATCTCGCATGT-CA-AC----ATA-ACC-----
gi|5 : atacAA--AT---G------T--TC--CACATAA-----G-TA-TA------TA----------GGAT-GT-CG-AC----TT-ATTTATCTCG--CA-TGT-C--AAC--ATAACCAAGTTG-CATG-TCCA-C--------A-T--AAT-TAACTTGCATTT-TG-AC----ATA-Aaagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcATGTTCCACATA-AG--TAT---AT-AG--G-ATGTCGACTTATT--TA------TCTCGCATGTCAAC------ATAA---CC-AAGT-TG--------------CATGTCCA----CAT-------A-ATTA----------AC--TTG--CA---T--T--TT--GACA--TAAAT-AA---G------T--TG--CA------------TG-T--T--G-CAT---CTT---TCAT-GT----------AT-AATataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaCTTATTTATCT-------CGCATGT-CAACATA-AC--CA-------AGTTGCATGTCCACATAAT--TA------ACTTGCATTTTGAC------ATAA---AT-AAGT-TGCATGTTGCATCTTTCATGTATAATGTCAG-------ATACTG--GAATTGGTAA--TT---AG---A--T--TTCCAACATCAAAATCAG---G------TTCTC--TA---AA--------A-CAATTAT-TAA---CTT---GCAT-GC-CA-Agtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|6 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgttccacataagtatataggatgtcgaCATGTTTGAAGTCAC-------A-TATG--G--GTGATAT--TTG-ATA---AAGT--TT--------GAAA--AT---T------T--TC--CA---AATCCTTG-TC-TGAT--TATAT---TTT---TC-T-G-----GC----AT-AA--AAA----------------AC--ATAGTTTTGATT-CATG-TTCA-C--------A-T--AAC-CATCATGCATGT-AT-CC----ATA-ATC-----TAAAG-A---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|7 : agATGTCTAAAGTCAC-------A-AGTG--G--TTGATAT--TTGAAGA---A--T--TT--AACG--GAAA--AGTGCG------A--TC--CA---AA-----GCTG-TATT--T-TAT---CTTA--GCGTGGT-CA-AC----AT-AGTT-TTTTG--CAGTGT-T--GACA-ATACTTCTATTG-CATGTTCGA-C--------A-TAAAAT-TATCATGC-TGTGCGAAC----ATACACCGT---TAAAGAA---AAAACAGCTTGCACGAA----TACACGGAGGCagaaatatgctaccagtagctacagcagatgcaact
gi|8 : ATTA-GTTG--CG-TGT-A--GAC--ATGATTAACTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--AAT-TAATCCGCATGT-TG-AC----
gi|8 : ---TT-AGTTGCGTGTAGACATGAT--TA------ACTTGCATGTTGAC------ATAA---TT-AA--------------TCCG-CATGTT----------------G-ACT------TTGACATAATTG-A-----------TT--AGC------A--TG---A------T--GA--CA---AA----------TAAT-----------TC---GCAC-CT-TG-AC----AG-AAATGAGTCG--AA-TTT-T--GAC--ATAAATAAATTG-CATG-T--A-C--------ATT--AAT-TAAATTGCGTtttgacataattgattagcatgatgacaaataattcgcaccttgacagaaatgagtcgaattttgacataaataaattgcatgtacattaattaaattgcgtttaagatggcagata
gi|9 : aTT---GCAT-GT-CA-AC----AA-AATTAAGTTGTATA-TGT-T--AAC----AATTATGTTG-CATG-T-GATC--------A-T--ACT-TATC-----TGT-CG-AC----ATA-ATT-----GATAGAA---Attaagatggcagata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgaATGTCGAC------A--G---AT-AAGTATG------------ATCACATGCAA---CAT-------A-ATTG-----TTAACAT--AT--ACA---A--C--TT--AAT---------------------T--TTGTTG---AC-----A-TG-CAAC--T-TATTTACTT---GCAT-GT-TA-AC----AT-AATTAATTTG--TA-TGT-C--AAC--ATGAATActtatttacttgcatgttaacataattaatttgtatgtcaacatgaata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattCAT-G--CA-AC----AT-AATT--GTTAA-CA-TATAC--AAC--TTAATTTTGTTGACATG--CAA-C--------T-T--ATT-TA-CTTGCATGT-TA-AC----ATA-AT
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattatgtcgacagataagtatgatcaCAT-ATACA-AC----TT-AATTTTGTTGA-CA-TG--C--AAC--TTATTTAC-TTG-CATG-TTAA-C--------A-T--AAT-TAATTTGTATGT-CA-AC----ATG-Ataatttgtatgtcaacatgaata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattatgtcgacagataagtatgatcacatgcaacataattgttaaTGT-TGACATGCAACTTAT---TT-ACTTGCATGTTAACATAAT--TA------ATTTGTATGTCAAC------ATGA---AT-Aata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATAACGTCATATAGTTAAACATTATCATATACATACAACTAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 2222222 22222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111
lowQualScore : 22222222 4 1 4 55 4444444 3 3 0 11111111111111 999999 1 888888 555 3 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333 555 1 2222 3333 1 0 55 66 1 1 2222 33 2 0 1 1 0 1 55555555 1 33 1 2 1 1 6666 1 33 22222 8888 8888 5
lowQualScore : ........ . . . .. ....... . . . .............. ...... . ...... ... . . ....................................................................................................................................... ... ... . .... .... . . .. .. . . .... .. . . . . . . ........ . .. . . . . .... . .. ..... .... .... .
lowQualScore : 33333333 0 4 0 55 3333333 3 7 2 44444444444444 666666 0 888888 444 1 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 222 7 9999 7777 7 3 55 11 7 6 8888 88 8 8 5 5 3 5 44444444 5 55 5 0 7 7 7777 8 22 33333 5555 5555 0
consensus : CTTATTTATCT-------CGCATGT-CGACATA-AA--TAT---TT-A-GTTGCATGTCGACATAA-----------N--TA------ACTTGCATGTCGAC------ATAA---AT-AAGT-TGC-T------TCTATCATGT---TTAAAGTCAN-------A-ANTG--G--TTGATAT--TTG-ANA---A--T--TT--AACG--GAAA--AG---G------T--TC--CA---AA-----G-TG-TAAT--T-TAT---CTT---GCAT-GT-CA-AC----AT-AATTANGTTG--CA-TG-T-C--GAC--ATAATTATGTTG-CATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC--TANAGAAAAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
Reference ( family-6296 ) : CTTATTTATCT-------CGCATGT-CGACATA-AA--TAT---TT-A-GTTGCATGTCGACATAA-----------N--TA------ANTTGCATGTCGAC------ATAA---AT-AAGT-TGC-T------TCTATCATGT---TTAAAGTCAN-------A-ANTG--G--TTGATAT--TTG-ANA---A--T--TT--AACG--GAAA--AG---G------T--TC--CA---AA-----G-TG-TAAT--T-TAT---CTT---GCAT-GT-CA-AC----AT-AATTANGTTG--CA-TG-T-C--GAC--ATAATTATGTTG-CATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC--TANAGAAAAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|1 : -TATT--T-TAT---T------CGT-GA-CA-ACCCCAATGAATTA-GTTG--CA-TT-T-T--GAT--GTAAATAAGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--AAA-TAAGTGGCATGT-CG-GC----ATG-A
gi|1 : T-------TGCATTT-TGATGTA-AA--TA-------A-GTTGCATGTTGACATAA-----------A--TA------AGTGGCATGTCGGC------ATGA---AT-AGGC-TGC-T-------------TGT---TTAAA-TAAG-------A-ATAG--G--CTGCT-T--GTG-TAA---A--TAATT--AA--------------------------T--CA---AA-----C-TG-T---------------------AT-GT-TA-TC----AT-AATTAAGTTA--GG-TA-T-T--GA---AT--TTA----A-CATG-TCGA-T--------A-TC-AAT-Tataggctgcttgtttaaataagaataggctgcttgtgtaaataattaatcaaactgtatgttatcataattaagttaggtattgaatttaacatgtcgatatcaattgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|1 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagGCATGT-CGGCATG-AA--TA-------G-GCTGCTTGTTTAAATAA-----------GAATA------GGCTGCTTGTGTAA------ATAATTAATCAAAC-TGTAT------GTTATCATAA---TTAA-GTTAG-------GTATTG--AATTTAACATG-TCG-ATATCAA--T--TG--GGGG--GGGG--GG---GGTTTAAT--TC--AA---AA-----G-CGATGAC-----AT---GTTCAAGCAT-AT-CA-AC----AT-AA----GCTG--CA-TG-T-T--GAC--ACATTCATGTTG-CAGG-TCAA-C--------A-T--AAT-CATC-AGCATGT-TG-ACATT-ATA-ATC--TACAG-AAAAATAACTTGgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|10 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagttgcattttgatgtaaataagttgcatgttgacataaataagtgG-T-C--AAC--ATAGTTTTGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--ATT-TATACTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC--TAAAG-AAAAATAACTTGC----A----TGCA-GGTGGCttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|11 : cgtaT---CTT---GCAT-GC-CA-TC----AT-AATTAGGTTG--CA-TG-T-G--GAC--AT--TTGTGTTC-CATG-TCAG-C--------A-T--AAC-TATCTTACATGT-CG-AC----AAA-ATC--TATAGAAAAAATAACTTGagaaatatgccaccatacatttcagcttttatgtactttagaaggtactctgtagcgataggaaa
gi|12 : tttgataaattttctaatgcattTAATTGTGTTG-CATG-TCGA-C--------T-T--GGT-TACCTTACATTT-TG-AC----Atttttacgagacagaagtatgcaaccata
gi|12 : aatT-AATTGTGTTG--CA-TG-T-C--GAC--TTGGTTACCTTA-CATT-TTGA-C--------A----AACATAAGTCACATGT-CA-ACTTGTATA-AGC--T-------GAAT--CTTGT----A----CACA-TGAaacataagtcacatgtcaacttgtataagctgaatcttgtacacatgatgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|13 : aatG-TTGA-C--------A-T--AAT-TACCATGCATGT-CG-AC----ATA-ATC--TAAAG-AAAAATAGTTTGC----A----TTCA-GGAGGCtgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|14 : A-TG-T-T--GAC--ATAATTATCTTG-CATG-TCGA-T--------A-T--ATT-TATCTTGCATGT-AG-AC----ATA-ATT--TAGA-ATTATATAACTTGC----A----TACA-GGGAGCagagatatgccaccacagatttgttataacgattttgtagtcttagtaaaggttagctatggtaa
gi|14 : TAATTATCT-------TGCATGT-CGAT-----A--TAT---TT-ATCTTGCATGTAGACATAATTTAGAATTATA--TA------ACTTGCATACAGGG------AGCA---GT-AATA-TGC-C------ACTATCATTTTCGTTAAAAGCAG-------A-agtaatatgccactatcattttcgttaaaagcaga
gi|15 : atgttgacaT-------TGCATGT-CAGCATA-AA--TATAAATA-A-GCTGCATGTCAACATAA-----------A--TATAAGTAAGTTGCATGTCAACATAAATATAA---AT-AAGT-TGC-
gi|16 : ataaataag-TAT---GTT---GCAT-GT-CA-AC----AT-AATTAACTTG--CA-TG-T-T--AAC--ATAAGTATGTTA-CATT-TCGA-CGTACAAATG-T--AAT-TAAGTTCTGTGT-CT-AC----ATA-a
gi|17 : TAAATTG--CA-TA-T-CATGCCTTATGATTATCTTA-AATG-TTGA-C--------A-T--AAC-CAAGTCGCAGTT-CG-AC----AT--ATA--TGTTGACAAAATATCTTGC----A----TActt
gi|17 : ag--T-TAT---CTT---AAAT-GT-TG-AC----AT-AACCAAGTCG--CA-GT-T-C--GAC--ATA--TATGTT---------GA-C--------A----AAA-TATCTTGCATAT-t
gi|18 : agtaaattgcatatcatgccttatga---GCAA-GT-CG-AC----AT-CAT-ATTTTG--CA-TG-T-T--GA-------TTATGTTG-CATG-TGGA-C--------T-C--A----ATCTTGCAT
gi|19 : GTTG-CATA-TCAA-C--------A-T--AAT-TATTTTGCATGT-CG-AC----ATT-ATC--TATAAAAAAacagaacgtaaaatgataccaccat
gi|2 : ---TT-A-GTTGCATGTCGACAAAT-----------A--TT------AGTTGCATGTCGAT------ATA-----T---GT-TGC-A------CTTAGCACGT---TGGGAGTCACGTGGAGCA-CATGTTG--GTGATAT--T---ACT---A--T--TT--TTCG--AAAA--AA---A------T--TC--CA---AA-----------AAT--T-GAT---CT------GT-AT-TATAT----AT-TTTTTTTTTG--CA-TG-A-C--AAC--AAAGTTTTGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--GAT-TATCTTTCAGGT-CG-AC----ATA-ATC--T-----GAATGCAACTTGC----ATACCTACA-GGAGGCcaagatgtgtttgtgaaacaaa
gi|20 : caaaaa-TG-T-T--GAC--ATAATTGCCTTG-CATG-TCCT-C--------A-T--ATC-TATCTTGCTTGT-AG-AC----ATA-GTT--TAagaaatatataccaatatattgcagctaaataacgca
gi|3 : CTTATTTATGTGATAAGATGCATGA-GAACATA-AA--TAT---TTCA-GGTGCATGCCAACATCA-----------A--TA------AGTTGCATGTCGAC------ATAA---AG-GAGT-TGT-T------TCTATCATGT---TAAAAGTCAC-------A-AGTG--G--TTGATAT--TTG-AGA---A--T--TT--AACG--GAAA--AG---A------T---C--CA---AA-----G-TG-TAAT--T-TAT---CTT---GCGT-GT-CA-AC----AT-AGTTTTGTTG--CA-TG-T-T--GAC--ATACTTATATTG-CATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCATGCATGT-CG-AC----ATA-ACC--TAAAGAAAAAACAGCTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|4 : T--T-TGT---CTT---GCAT-AT-TT-AC----AT-AAATAAGTCA--AA-TG-T-C--CAC--ATAAGTATATAG-GATG-TCGA-C--------T-T--ATT-TATCTCGCATGT-CA-AC----ATA-ACC--
gi|4 : ataagttgtatgtctatacatAT-GT-CC-AC----AT-AAGTATATAG--GA-TG-T-C--GAC--TTATTTATCTCG-CATG-TCAA-C--------A-T--AAC-CAAGTTGCATGT-CC-AC----ATA-AT--------------TAACTTGC----A----Taagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaATGT-CCACATA-AG--TAT---AT-A-G--G-ATGTCGACTTAT-----------T--TA------TCTCGCATGTCAAC------ATAA---CC-AAGT-TG--------------CATGT---CCA----CAT-------A-ATTA----------AC--TTG--CA---T--T--TT--GACA--TAAAT-AA---G------T--TG--CA------------TG-T--T--G-CAT---CTT---TCAT-GT----------AT-AATtttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaCTTATTTATCT-------CGCATGT-CAACATA-AC--CA-------A-GTTGCATGTCCACATAA-----------T--TA------ACTTGCATTTTGAC------ATAA---AT-AAGT-TGCATGTTGCATCTTTCATGT---ATAATGTCAG-------ATACTGGAG--TTGGTAA--TT---AG---A--T--TTCCAACATCAAAATCAG---G------TTCTC--TA---AA--------A-CAATTAT-TAA---CTT---GCAT-GC-CA-AC----gtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|5 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgtccacataagtatataggatgtcgaAT--T-TGT---CTT---GCAT-AT-TT-AC----AT-AAATAAGTCA--AA-TGTT-C--CAC--ATAAGTATATAG-GATG-TCGA-C--------T-T--ATT-TATCTCGCATGT-CA-AC----ATA-ACC--
gi|5 : atacAA--AT---G------T--TC--CACATAA-----G-TA-TA------TA----------GGAT-GT-CG-AC----TT-ATTTATCTCG--CA-TG-T-C--AAC--ATAACCAAGTTG-CATG-TCCA-C--------A-T--AAT-TAACTTGCATTT-TG-AC----ATA-Aaagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcATGTTCCACATA-AG--TAT---AT-A-G--G-ATGTCGACTTAT-----------T--TA------TCTCGCATGTCAAC------ATAA---CC-AAGT-TG--------------CATGT---CCA----CAT-------A-ATTA----------AC--TTG--CA---T--T--TT--GACA--TAAAT-AA---G------T--TG--CA------------TG-T--T--G-CAT---CTT---TCAT-GT----------AT-AATataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaCTTATTTATCT-------CGCATGT-CAACATA-AC--CA-------A-GTTGCATGTCCACATAA-----------T--TA------ACTTGCATTTTGAC------ATAA---AT-AAGT-TGCATGTTGCATCTTTCATGT---ATAATGTCAG-------ATACTG--GAATTGGTAA--TT---AG---A--T--TTCCAACATCAAAATCAG---G------TTCTC--TA---AA--------A-CAATTAT-TAA---CTT---GCAT-GC-CA-Agtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|6 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgttccacataagtatataggatgtcgaCATGT---TTGAAGTCAC-------A-TATG--G--GTGATAT--TTG-ATA---AAGT--TT--------GAAA--AT---T------T--TC--CA---AATCCTTG-TC-TGAT--TATAT---TTT---TC-T-G-----GC----AT-AA--AAA-----------------AC--ATAGTTTTGATT-CATG-TTCA-C--------A-T--AAC-CATCATGCATGT-AT-CC----ATA-ATC--TAAAG-AAAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|7 : agATGT---CTAAAGTCAC-------A-AGTG--G--TTGATAT--TTGAAGA---A--T--TT--AACG--GAAA--AGTGCG------A--TC--CA---AA-----GCTG-TATT--T-TAT---CTTA--GCGTGGT-CA-AC----AT-AGTT-TTTTG--CAGTG-T-T--GACA-ATACTTCTATTG-CATGTTCGA-C--------A-TAAAAT-TATCATGC-TGTGCGAAC----ATACACCGTTAAAGAAAAAACAGCTTGCACGAA----TACACGGAGGCagaaatatgctaccagtagctacagcagatgcaact
gi|8 : ---TT-A-GTTGCGTGTAGACATGA-----------T--TA------ACTTGCATGTTGAC------ATAA---TT-AA--------------TCCG-CATGT---T----------------G-ACT------TTGACATAATTG-A-----------TT--AGC------A--TG---A------T--GA--CA---AA----------TAAT-----------TC---GCAC-CT-TG-AC----AG-AAATGAGTCG--AA-TT-T-T--GAC--ATAAATAAATTG-CATG-T--A-C--------ATT--AAT-TAAATTGCGT
gi|9 : aTT---GCAT-GT-CA-AC----AA-AATTAAGTTGTATA-TG-T-T--AAC----AATTATGTTG-CATG-T-GATC--------A-T--ACT-TATC-----TGT-CG-AC----ATA-ATT--GATAGAAAttaagatggcagata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgaATGTCGAC------A--G---AT-AAGTATG------------ATCACAT---GCAA---CAT-------A-ATTG-----TTAACAT--AT--ACA---A--C--TT--AAT---------------------T--TTGTTG---AC-----A-TG-CAAC--T-TATTTACTT---GCAT-GT-TA-AC----AT-AATTAATTTG--TA-TG-T-C--AAC--ATGAATActtatttacttgcatgttaacataattaatttgtatgtcaacatgaata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattCAT-G--CA-AC----AT-AATT--GTTAA-CA-TA-TAC--AAC--TTAATTTTGTTGACATG--CAA-C--------T-T--ATT-TA-CTTGCATGT-TA-AC----ATA-AT
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattatgtcgacagataagtatgatcaCAT-ATACA-AC----TT-AATTTTGTTGA-CA-TG---C--AAC--TTATTTAC-TTG-CATG-TTAA-C--------A-T--AAT-TAATTTGTATGT-CA-AC----ATG-Ataatttgtatgtcaacatgaata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattatgtcgacagataagtatgatcacatgcaacataattgttaaTGT-TGACATGCAACTTAT---TT-A-CTTGCATGTTAACATAA-----------T--TA------ATTTGTATGTCAAC------ATGA---AT-Aata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATAACGTCATATAGTTAAACATTATCATATACATACAACTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 2222222 1111111111111111 111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111111
lowQualScore : 22222222 4 1 4 55 4444444 3 2 1 9999999999999999 333333333 888888 555 2 9999 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333 555 1 333 3333 1 1 44 55 1 4444 33 2 1 1 1 0 1 55555555 1 33 0 1 1 1 1 6666 1 555555555555555 8888 8888 5
lowQualScore : ........ . . . .. ....... . . . ................ ......... ...... ... . .... .................................................................................................................................................. ... ... . ... .... . . .. .. . .... .. . . . . . . ........ . .. . . . . . .... . ............... .... .... .
lowQualScore : 33333333 0 4 0 55 0000000 1 7 4 9999999999999999 222222222 222222 000 9 6666 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 000 6 000 5555 7 0 99 66 5 0000 55 4 3 5 4 5 4 22222222 4 44 6 4 6 6 7 5555 7 000000000000000 5555 5555 0
consensus : CTTATTTATCT-------CGCATGT-CGACATA-AA--TAT---TT-A-GTTGCATGTCGACATA-A-----------T--TA------A-CTTGCATGTCGAC------ATAA---AT-AAGT----TGC-T------TCTATCATGT---TTAAAGT-CAN-------A-ANTG--G--TTGA--TAT--TTG----ANA---A--T--TT--AACG--GAA--A--AG---G------T-----TC--CA---AA-----G-TG-TAAT--T-TAT---CTT---GCAT-GT-CGAC----AT-AATTANGTTG--CA-TGT-C--GAC--ATAATTATGTTG-CATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TANAGAA---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
Reference ( family-6296 ) : CTTATTTATCT-------CGCATGT-CGACATA-AA--TAT---TT-A-GTTGCATGTCGACATA-A-----------N--TA------A-CTTGCATGTCGAC------ATAA---AT-AAGT----TGC-T------TCTATCATGT---TTAAAGT-CAN-------A-ANTG--G--TTGA--TAT--TTG----ANA---A--T--TT--AACG--GAA--A--AG---G------T-----TC--CA---AA-----G-TG-TAAT--T-TAT---CTT---GCAT-GT-CAAC----AT-AATTANGTTG--CA-TGT-C--GAC--ATAATTATGTTG-CATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TANAGAA---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|1 : -TATT--T-TAT---T------CGT-GA-CAACCCCAATGAATTA-GTTG--CA-TTT-T--GAT--GTAAATAAGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--AAA-TAAGTGGCATGT-CG-GC----ATG-A
gi|1 : T-------TGCATTT-TGATGTA-AA--TA-------A-GTTGCATGTTGACATA-A-----------A--TA------A-GTGGCATGTCGGC------ATGA---AT-AGGC----TGC-T-------------TGT---TTAAA-T-AAG-------A-ATAG--G--CTGC--T-T--GTG----TAA---A--TAATT--AA-------------------------------T--CA---AA-----C-TG-T---------------------AT-GT-TATC----AT-AATTAAGTTA--GG-TAT-T--GA---AT--TTA----A-CATG-TCGA-T--------A-TC-AAT-Tataggctgcttgtttaaataagaataggctgcttgtgtaaataattaatcaaactgtatgttatcataattaagttaggtattgaatttaacatgtcgatatcaattgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|1 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagGCATGT-CGGCATG-AA--TA-------G-GCTGCTTGTTTAAATA-A-----------GAATA------G-GCTGCTTGTGTAA------ATAATTAATCAAAC----TGTAT------GTTATCATAA---TTAA-GT-TAG-------GTATTG--AATTTAA--CATG-TCG----ATATCAA--T--TG--GGGG--GGG--G--GG---GGTTTAAT-----TC--AA---AA-----G-CGATGAC-----AT---GTTCAAGCAT-AT-CAAC----AT-AA----GCTG--CA-TGT-T--GAC--ACATTCATGTTG-CAGG-TCAA-C--------A-T--AAT-CATC-AGCATGT-TG-ACATT-ATA-ATC-----TACAG-A---AAAATAACTTGgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|10 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagttgcattttgatgtaaataagttgcatgttgacataaataagtgGT-C--AAC--ATAGTTTTGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--ATT-TATACTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TAAAG-A---AAAATAACTTGC----A----TGCA-GGTGGCttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|11 : cgtaT---CTT---GCAT-GC-CATC----AT-AATTAGGTTG--CA-TGT-G--GAC--AT--TTGTGTTC-CATG-TCAG-C--------A-T--AAC-TATCTTACATGT-CG-AC----AAA-ATC-----TATAGAA---AAAATAACTTGagaaatatgccaccatacatttcagcttttatgtactttagaaggtactctgtagcgataggaaa
gi|12 : tttgataaattttctaatgcattTAATTGTGTTG-CATG-TCGA-C--------T-T--GGT-TACCTTACATTT-TG-AC----Atttttacgagacagaagtatgcaaccata
gi|12 : aatT-AATTGTGTTG--CA-TGT-C--GAC--TTGGTTACCTTA-CATT-TTGA-C--------A----AACATAAGTCACATGT-CA-ACTTGTATA-AGC-----T----------GAAT--CTTGT----A----CACA-TGAaacataagtcacatgtcaacttgtataagctgaatcttgtacacatgatgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|13 : aatG-TTGA-C--------A-T--AAT-TACCATGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TAAAG-A---AAAATAGTTTGC----A----TTCA-GGAGGCtgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|14 : A-TGT-T--GAC--ATAATTATCTTG-CATG-TCGA-T--------A-T--ATT-TATCTTGCATGT-AG-AC----ATA-ATT-----TAGA-AT---TATATAACTTGC----A----TACA-GGGAGCagagatatgccaccacagatttgttataacgattttgtagtcttagtaaaggttagctatggtaa
gi|14 : TAATTATCT-------TGCATGT-CGAT-----A--TAT---TT-ATCTTGCATGTAGACATA-ATTTAGAATTATA--TA------A-CTTGCATACAGGG------AGCA---GT-AATA----TGC-C------ACTATCATTTTCGTTAAAAG-CAG-------A-agtaatatgccactatcattttcgttaaaagcaga
gi|15 : atgttgacaT-------TGCATGT-CAGCATA-AA--TATAAATA-A-GCTGCATGTCAACATA-A-----------A--TATAAGTAA-GTTGCATGTCAACATAAATATAA---AT-AAGT----TGC-
gi|16 : ataaataag-TAT---GTT---GCAT-GT-CAAC----AT-AATTAACTTG--CA-TGT-T--AAC--ATAAGTATGTTA-CATT-TCGA-CGTACAAATG-T--AAT-TAAGTTCTGTGT-CT-AC----ATA-a
gi|17 : TAAATTG--CA-TAT-CATGCCTTATGATTATCTTA-AATG-TTGA-C--------A-T--AAC-CAAGTCGCAGTT-CG-AC----AT--ATA-----TGTTGAC---AAAATATCTTGC----A----TActt
gi|17 : ag--T-TAT---CTT---AAAT-GT-TGAC----AT-AACCAAGTCG--CA-GTT-C--GAC--ATA--TATGTT---------GA-C--------A----AAA-TATCTTGCATAT-t
gi|18 : agtaaattgcatatcatgccttatga---GCAA-GT-CGAC----AT-CAT-ATTTTG--CA-TGT-T--GA-------TTATGTTG-CATG-TGGA-C--------T-C--A----ATCTTGCAT
gi|18 : G--CA-AGT-C--GAC--ATCAT-ATTTTG-CATG-TTGA-----------------T-TATGTTGCATGT-GG-AC----TCA-ATCTTGCATACAGAACGTAAAATGAacagaacgtaaaatgataccaccat
gi|19 : GTTG-CATA-TCAA-C--------A-T--AAT-TATTTTGCATGT-CG-AC----ATT-ATC-----TATAAAA---AAtaccaccat
gi|2 : ---TT-A-GTTGCATGTCGACAAATA-----------T--TA------G--TTGCATGTCGAT------ATA-----T---GT----TGC-A------CTTAGCACGT---TGGGAGT-CACGTGGAGCA-CATGTTG--GTGA--TAT--T------ACT---A--T--TT--TTCG--AAA--A--AA---A------T-----TC--CA---AA-----------AAT--T-GAT---C-T---GTAT--T-ATAT----AT-TTTTTTTTTG--CA-TGA-C--AAC--AAAGTTTTGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--GAT-TATCTTTCAGGT-CG-AC----ATA-ATC-----T-----G---AATGCAACTTGC----ATACCTACA-GGAGGCcaagatgtgtttgtgaaacaaa
gi|20 : caaaaa-TGT-T--GAC--ATAATTGCCTTG-CATG-TCCT-C--------A-T--ATC-TATCTTGCTTGT-AG-AC----ATA-GTT-----TAagaaatatataccaatatattgcagctaaataacgca
gi|3 : CTTATTTATGTGATAAGATGCATGA-GAACATA-AA--TAT---TTCA-GGTGCATGCCAACATC-A-----------A--TA------A-GTTGCATGTCGAC------ATAA---AG-GAGT----TGT-T------TCTATCATGT---TAAAAGT-CAC-------A-AGTG--G--TTGA--TAT--TTG----AGA---A--T--TT--AACG--GAA--A--AG---A------T------C--CA---AA-----G-TG-TAAT--T-TAT---CTT---GCGT-GT-CAAC----AT-AGTTTTGTTG--CA-TGT-T--GAC--ATACTTATATTG-CATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCATGCATGT-CG-AC----ATA-ACC-----TAAAGAA---AAAACAGCTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|4 : -A-GTTGTATGTCTATACA-T-----------T--TT------GTCTTGCATATTTAC------ATAA---AT-AAGTCAAATG---------TCCA-CAT--------AAGTATAT-------A-GGAT--G--TCGACTTAT--TTATCTCGCA---T--G--TC--AACA--TAACCA--AG---T------TGCATGTC--CA---CA----------TAA---T-TAA---CTT---GCAT-TT-TGAC----AT-AAATAAGTTG--CA-TGT-T--G-C--AT
gi|4 : ataT--T-TGT---CTT---GCAT-AT-TTAC----AT-AAATAAGTCA--AA-TGT-C--CAC--ATAAGTATATAG-GATG-TCGA-C--------T-T--ATT-TATCTCGCATGT-CA-AC----ATA-ACC-----ctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacatAT-GT-CCAC----AT-AAGTATATAG--GA-TGT-C--GAC--TTATTTATCTCG-CATG-TCAA-C--------A-T--AAC-CAAGTTGCATGT-CC-AC----ATA-AT--------------------TAACTTGC----A----Taagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaATGT-CCACATA-AG--TAT---AT-A-G--G-ATGTCGACTTA-T-----------T--TA------T-CTCGCATGTCAAC------ATAA---CC-AAGT----TG--------------CATGT---CCA-----CAT-------A-ATTA------------AC--TTG-----CA---T--T--TT--GACA--TAA--AT-AA---G------T-----TG--CA------------TG-T--T--G-CAT---CTT---TCAT-GT---------AT-AATtttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaCTTATTTATCT-------CGCATGT-CAACATA-AC--CA-------A-GTTGCATGTCCACATA-A-----------T--TA------A-CTTGCATTTTGAC------ATAA---AT-AAGT----TGCATGTTGCATCTTTCATGT---ATAATGT-CAG-------ATACTGGAG--TTGG--TAA--TT------AG---A--T--TTCCAACATCAAA--ATCAG---G------TTC---TC--TA---AA--------A-CAATTAT-TAA---CTT---GCAT-GC-CAAC----gtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|5 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgtccacataagtatataggatgtcgaAT--T-TGT---CTT---GCAT-AT-TTAC----AT-AAATAAGTCA--AA-TGTTC--CAC--ATAAGTATATAG-GATG-TCGA-C--------T-T--ATT-TATCTCGCATGT-CA-AC----ATA-ACC-----
gi|5 : atacA--A--AT---G------T-----TC--CACATAA-----G-TA-TA------TA----------GGAT-GT-CGAC----TT-ATTTATCTCG--CA-TGT-C--AAC--ATAACCAAGTTG-CATG-TCCA-C--------A-T--AAT-TAACTTGCATTT-TG-AC----ATA-Aaagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcATGTTCCACATA-AG--TAT---AT-A-G--G-ATGTCGACTTA-T-----------T--TA------T-CTCGCATGTCAAC------ATAA---CC-AAGT----TG--------------CATGT---CCA-----CAT-------A-ATTA------------AC--TTG-----CA---T--T--TT--GACA--TAA--AT-AA---G------T-----TG--CA------------TG-T--T--G-CAT---CTT---TCAT-GT---------AT-AATataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaCTTATTTATCT-------CGCATGT-CAACATA-AC--CA-------A-GTTGCATGTCCACATA-A-----------T--TA------A-CTTGCATTTTGAC------ATAA---AT-AAGT----TGCATGTTGCATCTTTCATGT---ATAATGT-CAG-------ATACTG--GAATTGG--TAA--TT------AG---A--T--TTCCAACATCAAA--ATCAG---G------TTC---TC--TA---AA--------A-CAATTAT-TAA---CTT---GCAT-GC-CAAgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|6 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgttccacataagtatataggatgtcgaCATGT---TTGAAGT-CAC-------A-TATG--G--GTGA--TAT--TTG----ATA---AAGT--TT--------GAA--A--AT---T------T-----TC--CA---AATCCTTG-TC-TGAT--TATAT---TTT---TC-T-G----GC----AT-AA--AAA----------------AC--ATAGTTTTGATT-CATG-TTCA-C--------A-T--AAC-CATCATGCATGT-AT-CC----ATA-ATC-----TAAAG-A---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|7 : agATGT---CTAAAGT-CAC-------A-AGTG--G--TTGA--TAT--TTGA---AGA---A--T--TT--AACG--GAA--A--AGTGCG------A-----TC--CA---AA-----GCTG-TATT--T-TAT---CTTA--GCGTGGT-CAAC----AT-AGTT-TTTTG--CAGTGT-T--GACA-ATACTTCTATTG-CATGTTCGA-C--------A-TAAAAT-TATCATGC-TGTGCGAAC----ATACACCGT---TAAAGAA---AAAACAGCTTGCACGAA----TACACGGAGGCagaaatatgctaccagtagctacagcagatgcaact
gi|8 : ---TT-A-GTTGCGTGTAGACATG-A-----------T--TA------A-CTTGCATGTTGAC------ATAA---TT-AA-----------------TCCG-CATGT---T-----------------G-ACT------TTGA--CATAATTG----A-----------TT--AGC--------A--TG---A------T-----GA--CA---AA----------TAAT-----------TC---GCAC-CT-TGAC----AG-AAATGAGTCG--AA-TTT-T--GAC--ATAAATAAATTG-CATG-T--A-C--------ATT--AAT-TAAATTGCGT
gi|9 : aTT---GCAT-GT-CAAC----AA-AATTAAGTTGTATA-TGT-T--AAC----AATTATGTTG-CATG-T-GATC--------A-T--ACT-TATC-----TGT-CG-AC----ATA-ATT-----GATAGAA---Attaagatggcagata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgaATGTCGAC------A--G---AT-AAGTA---TG------------ATCACAT---GCAA----CAT-------A-ATTG-----TTAA--CAT--AT-----ACA---A--C--TT--AAT-----------------------T-----TTGTTG---AC-----A-TG-CAAC--T-TATTTACTT---GCAT-GT-TAAC----AT-AATTAATTTG--TA-TGT-C--AAC--ATGAATActtatttacttgcatgttaacataattaatttgtatgtcaacatgaata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattCAT-G--CAAC----AT-AATT--GTTAA-CA-TATAC--AAC--TTAATTTTGTTGACATG--CAA-C--------T-T--ATT-TA-CTTGCATGT-TA-AC----ATA-AT
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattatgtcgacagataagtatgatcaCAT-ATACAAC----TT-AATTTTGTTGA-CA-TG--C--AAC--TTATTTAC-TTG-CATG-TTAA-C--------A-T--AAT-TAATTTGTATGT-CA-AC----ATG-Ataatttgtatgtcaacatgaata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattatgtcgacagataagtatgatcacatgcaacataattgttaaTGT-TGACATGCAACTTAT---TT-A-CTTGCATGTTAACATA-A-----------T--TA------A-TTTGTATGTCAAC------ATGA---AT-Aata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATAACGTCATATAGTTAAACATTATCATATACATACAACTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 3333333333333333333333333333 11111111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111
lowQualScore : 22222222 4 1 4 55 8888888888888888888888888888 1 0 77777777777777777 33 5555 777777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333 555 1 666 2 33 3 1 22 4444 33 2 1 1 1 0 1 55555555 1 33 0 1 1 1 1 6666 1 555555555555555 8888 8888 5
lowQualScore : ........ . . . .. ............................ . . ................. .. .... ...... ....................................................................................................................................................... ... ... . ... . .. . . .. .... .. . . . . . . ........ . .. . . . . . .... . ............... .... .... .
lowQualScore : 33333333 0 4 0 55 5555555555555555555555555555 9 6 99999999999999999 11 7777 222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555 000 6 888 1 22 3 5 00 0000 55 8 7 5 5 3 5 44444444 5 55 9 5 0 7 7 7777 8 000000000000000 5555 5555 0
consensus : CTTATTTATCT-------CGCATGT-CGACATA-AA--TA---------T---TT-A-----------GTTGCATGTCGACATA-A---T-----------TAA-CT----TGCATGTCGAC------ATAAATAAGT----T--GC-T------TCTATCATGT---TTAAAGT-CAN-------A-ANTG--G--TTGA--TAT--TTG----ACAA--T--TT--AACG--NAA--A--AG---G------T-----TC--CA---AA-----G-TG-TAAT--T-TAT---CTT---GCAT-GT-CGACATAATTAAGTTG-CA-T--GT-C--GAC--ATAATTATGTTG-CATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TANAGAA---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
Reference ( family-6296 ) : CTTATTTATCT-------CGCATGT-CGACATA-AA--TA---------T---TT-A-----------GTTGCATGTCGACATA-A---T-----------TAA-CT----TGCATGTCGAC------ATAAATAAGT----T--GC-T------TCTATCATGT---TTAAAGT-CAN-------A-ANTG--G--TTGA--TAT--TTG----ANAA--T--TT--AACG--GAA--A--AG---G------T-----TC--CA---AA-----G-TG-TAAT--T-TAT---CTT---GCAT-GT-CGACATAATTANGTTG-CA-T--GT-C--GAC--ATAATTATGTTG-CATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TANAGAA---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|1 : T-------TGCATTT-TGATGTA-AA--TA----------------A-----------GTTGCATGTTGACATA-A---A-----------TAA-GT----GGCATGTCGGC------ATGAATAGGC----T--GC-T-------------TGT---TTAAA-T-AAG-------A-ATAG--G--CTGC--T-T--GTG----TAAA--TAATT--AA-------------------------------T--CA---AA-----C-TG-TATG--T-TAT--------------------CATAATTAAGTTA-GG-T--AT-T--GA---AT--TTA----A-CATG-TCGA-T--------A-TC-AAT-T
gi|1 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagGCATGT-CGGCATG-AA--TAGGCTGCTTGT---TT-AAATAAGAATAGGCTGCTTGTGTAAATA-A---T-----------TAA-TCAAACTGTATGTTATC------ATAATTAAGT----TAGG-----------TATTGAAT---TTAA----CAT---------------G--TCGA--TAT----------CAA--T--TG--GGGG--GGG--G--GG---GGTTTAAT-----TC--AA---AA-----G-CGATGAC-----AT---GTTCAAGCAT-AT-CAACATAA----GCTG-CA-T--GT-T--GAC--ACATTCATGTTG-CAGG-TCAA-C--------A-T--AAT-CATC-AGCATGT-TG-ACATT-ATA-ATC-----TACAG-A---AAAATAACTTGgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|10 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagttgcattttgatgtaaataagttgcatgttgacataaataagtg--GT-C--AAC--ATAGTTTTGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--ATT-TATACTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TAAAG-A---AAAATAACTTGC----A----TGCA-GGTGGCttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|11 : cgtaT---CTT---GCAT-GC-CATCATAATTAGGTTG-CA-T--GT-G--GAC--AT--TTGTGTTC-CATG-TCAG-C--------A-T--AAC-TATCTTACATGT-CG-AC----AAA-ATC-----TATAGAA---AAAATAACTTGagaaatatgccaccatacatttcagcttttatgtactttagaaggtactctgtagcgataggaaa
gi|12 : tttgataaattttctaatgcattTAATTGTGTTG-CATG-TCGA-C--------T-T--GGT-TACCTTACATTT-TG-AC----Atttttacgagacagaagtatgcaaccata
gi|12 : aatTAATTGTGTTG-CA-T--GT-C--GAC--TTGGTTACCTTA-CATT-TTGA-C--------A----AACATAAGTCACATGT-CA-ACTTGTATA-AGC-----T----------GAAT--CTTGT----A----CACA-TGAaacataagtcacatgtcaacttgtataagctgaatcttgtacacatgatgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|12 : aat-----------GTTGCATGTCGACTTG-G---T-----------TAC-CT----TACATTTTGAC------AAACATAAGT----tgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|13 : aattaattgtG-TTGA-C--------A-T--AAT-TACCATGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TAAAG-A---AAAATAGTTTGC----A----TTCA-GGAGGCcacatgtcaacttgtataagctgaatcttgtacacatgatgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|14 : A-T--GT-T--GAC--ATAATTATCTTG-CATG-TCGA-T--------A-T--ATT-TATCTTGCATGT-AG-AC----ATA-ATT-----TAGA-AT---TATATAACTTGC----A----TACA-GGGAGCagagatatgccaccacagatttgttataacgattttgtagtcttagtaaaggttagctatggtaa
gi|14 : TAATTATCT-------TGCATGT-CGAT-----A--TA---------T---TT-AT----------CTTGCATGTAGACATA-A---TTTAGAATTATATAA-CT----TGCATACAGGG------AGCAGTAATA----T--GC-C------ACTATCATTTTCGTTAAAAG-CAG-------A-agtaatatgccactatcattttcgttaaaagcaga
gi|15 : atgttgacaT-------TGCATGT-CAGCATA-AA--TA---------TAAATA-A-----------GCTGCATGTCAACATA-AATATAAG--------TAA-GT----TGCATGTCAACATAAATATAAATAAGT----T--GC-
gi|16 : ataaataag-TAT---GTT---GCAT-GT-CAACATAATTAACTTG-CA-T--GT-T--AAC--ATAAGTATGTTA-CATT-TCGA-CGTACAAATG-T--AAT-TAAGTTCTGTGT-CT-AC----ATA-a
gi|17 : TAAATTG-CA-T--AT-CATGCCTTATGATTATCTTA-AATG-TTGA-C--------A-T--AAC-CAAGTCGCAGTT-CG-AC----AT--ATA-----TGTTGAC---AAAATATCTTGC----A----TActt
gi|17 : ag--T-TAT---CTT---AAAT-GT-TGACATAACCAAGTCG-CA-G--TT-C--GAC--ATA--TATGTT---------GA-C--------A----AAA-TATCTTGCATAT-t
gi|18 : agtaaattgcatatcatgccttatga---GCAA-GT-CGACATCAT-ATTTTG-CA-T--GT-T--GA-------TTATGTTG-CATG-TGGA-C--------T-C--A----ATCTTGCAT
gi|18 : G-CA-A--GT-C--GAC--ATCAT-ATTTTG-CATG-TTGA-----------------T-TATGTTGCATGT-GG-AC----TCA-ATCTTGCATACAGAACGTAAAATGAacagaacgtaaaatgataccaccat
gi|19 : GTTG-CATA-TCAA-C--------A-T--AAT-TATTTTGCATGT-CG-AC----ATT-ATC-----TATAAAA---AAtaccaccat
gi|2 : ---TT-A-----------GTTGCATGTCGACAAATA---T-----------TAG--T----TGCATGTCGAT------ATA--T--GT----T--GC-A------CTTAGCACGT---TGGGAGT-CACGTGGAGCA-CATGTTG--GTGA--TAT--T------ACTA--T--TT--TTCG--AAA--A--AA---A------T-----TC--CA---AA-----------AAT--T-GAT---CT----GTAT--T-ATATATTTTTTTTTTG-CA-T--GA-C--AAC--AAAGTTTTGTTG-CATG-TTGA-C--------A-T--GAT-TATCTTTCAGGT-CG-AC----ATA-ATC-----T-----G---AATGCAACTTGC----ATACCTACA-GGAGGCcaagatgtgtttgtgaaacaaa
gi|20 : caaaaa-T--GT-T--GAC--ATAATTGCCTTG-CATG-TCCT-C--------A-T--ATC-TATCTTGCTTGT-AG-AC----ATA-GTT-----TAagaaatatataccaatatattgcagctaaataacgca
gi|3 : CTTATTTATGTGATAAGATGCATGA-GAACATA-AA--TA---------T---TTCA-----------GGTGCATGCCAACATC-A---A-----------TAA-GT----TGCATGTCGAC------ATAAAGGAGT----T--GT-T------TCTATCATGT---TAAAAGT-CAC-------A-AGTG--G--TTGA--TAT--TTG----AGAA--T--TT--AACG--GAA--A--AG---A------T------C--CA---AA-----G-TG-TAAT--T-TAT---CTT---GCGT-GT-CAACATAGTTTTGTTG-CA-T--GT-T--GAC--ATACTTATATTG-CATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCATGCATGT-CG-AC----ATA-ACC-----TAAAGAA---AAAACAGCTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|4 : -A-----------GTTGTATGTCTATACA-T---T-----------TTGTCT----TGCATATTTAC------ATAAATAAGTCAAAT--G---------TCCA-CAT--------AAGTATAT-------A-GGAT--G--TCGACTTAT--TTATCTCGCAT--G--TC--AACA--TAACCA--AG---T------TGCATGTC--CA---CA----------TAA---T-TAA---CTT---GCAT-TT-TGACATAAATAAGTTG-CA-T--GT-T--G-C--AT
gi|4 : ataT--T-TGT---CTT---GCAT-AT-TTACATAAATAAGTCA-AA-T--GT-C--CAC--ATAAGTATATAG-GATG-TCGA-C--------T-T--ATT-TATCTCGCATGT-CA-AC----ATA-ACC-----ctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacatAT-GT-CCACATAAGTATATAG-GA-T--GT-C--GAC--TTATTTATCTCG-CATG-TCAA-C--------A-T--AAC-CAAGTTGCATGT-CC-AC----ATA-AT--------------------TAACTTGC----A----Taagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaATGT-CCACATA-AG--TA---------T---AT-A-----------G--G-ATGTCGACTTA-T---T-----------TAT-CT----CGCATGTCAAC------ATAACCAAGT----T--G--------------CATGT---CCA-----CAT-------A-ATTA------------AC--TTG-----CAT--T--TT--GACA--TAA--AT-AA---G------T-----TG--CA------------TG-T--T--G-CAT---CTT---TCAT-GT-----ATAATtttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaCTTATTTATCT-------CGCATGT-CAACATA-AC--CA----------------A-----------GTTGCATGTCCACATA-A---T-----------TAA-CT----TGCATTTTGAC------ATAAATAAGT----T--GCATGTTGCATCTTTCATGT---ATAATGT-CAG-------ATACTGGAG--TTGG--TAA--TT------AGA--T--TTCCAACATCAAA--ATCAG---G------TTC---TC--TA---AA--------A-CAATTAT-TAA---CTT---GCAT-GC-CAACgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|5 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgtccacataagtatataggatgtcgaACAT------T-----------TGT-CT----TGCATATTTAC------ATAAATAAGTCAAAT--G--T------TCCA-CAT--------AAGTATAT-------A-GGAT--G--TCGACTTAT--TTATCTCGCAT--G--TC--AACA--TAACCA--AG---T------TGCATGTC--CA---CA----------TAA---T-TAA---CTT---GCAT-TT-TGACATAAATAAGTTG-CA-T--GT-T--G-C--AT
gi|5 : atAT--T-TGT---CTT---GCAT-AT-TTACATAAATAAGTCA-AA-T--GTTC--CAC--ATAAGTATATAG-GATG-TCGA-C--------T-T--ATT-TATCTCGCATGT-CA-AC----ATA-ACC-----ctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacA--A--AT---G------T-----TC--CACATAA-----G-TA-TA------TA----------GGAT-GT-CGACTTATTTATCTCG-CA-T--GT-C--AAC--ATAACCAAGTTG-CATG-TCCA-C--------A-T--AAT-TAACTTGCATTT-TG-AC----ATA-Aaagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcATGTTCCACATA-AG--TA---------T---AT-A-----------G--G-ATGTCGACTTA-T---T-----------TAT-CT----CGCATGTCAAC------ATAACCAAGT----T--G--------------CATGT---CCA-----CAT-------A-ATTA------------AC--TTG-----CAT--T--TT--GACA--TAA--AT-AA---G------T-----TG--CA------------TG-T--T--G-CAT---CTT---TCAT-GT-----ATAATataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaCTTATTTATCT-------CGCATGT-CAACATA-AC--CA----------------A-----------GTTGCATGTCCACATA-A---T-----------TAA-CT----TGCATTTTGAC------ATAAATAAGT----T--GCATGTTGCATCTTTCATGT---ATAATGT-CAG-------ATACTG--GAATTGG--TAA--TT------AGA--T--TTCCAACATCAAA--ATCAG---G------TTC---TC--TA---AA--------A-CAATTAT-TAA---CTT---GCAT-GC-CAAgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|6 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgttccacataagtatataggatgtcgaCATGT---TTGAAGT-CAC-------A-TATG--G--GTGA--TAT--TTG----ATAAAGT--TT--------GAA--A--AT---T------T-----TC--CA---AATCCTTG-TC-TGAT--TATAT---TTT---TC------TGGCATAA--AAA-----------------AC--ATAGTTTTGATT-CATG-TTCA-C--------A-T--AAC-CATCATGCATGT-AT-CC----ATA-ATC-----TAAAG-A---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|7 : agATGT---CTAAAGT-CAC-------A-AGTG--G--TTGA--TAT--TTGA---AGAA--T--TT--AACG--GAA--A--AGTGCG------A-----TC--CA---AA-----GCTG-TATT--T-TAT---CTTA--GCGTGGT-CAACATAGTT-TTTTG-CAGT--GT-T--GACA-ATACTTCTATTG-CATGTTCGA-C--------A-TAAAAT-TATCATGC-TGTGCGAAC----ATACACCGT---TAAAGAA---AAAACAGCTTGCACGAA----TACACGGAGGCagaaatatgctaccagtagctacagcagatgcaact
gi|8 : ---TT-A-----------GTTGCGTGTAGACATG-A---T-----------TAA-CT----TGCATGTTGAC------ATAATTAA-------------------TCCG-CATGT---T-----------------G-ACT------TTGA--CATAATTG----A--------TT--AGC--------A--TG---A------T-----GA--CA---AA----------TAAT-----------TC---GCAC-CT-TGACAGAAATGAGTCG-AA-T--TT-T--GAC--ATAAATAAATTG-CATG-T--A-C--------ATT--AAT-TAAATTGCGT
gi|9 : aTT---GCAT-GT-CAACAAAATTAAGTTG-TA-TATGT-T--AAC--A--ATTATGTTG-CATG-T-GATC--------A-T--ACT-TATC-----TGT-CG-AC----ATA-ATT-----GATAGAA---Attaagatggcagata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgaATGTCGAC------A--GATAAGTA---T--G------------ATCACAT---GCAA----CAT-------A-ATTG-----TTAA--CAT--AT-----ACAA--C--TT--AAT-----------------------T-----TTGTTG---AC-----A-TG-CAAC--T-TATTTACTT---GCAT-GT-TAACATAATTAATTTG-TA-T--GT-C--AAC--ATGAATActtatttacttgcatgttaacataattaatttgtatgtcaacatgaata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattCAT-G--CAACATAATT--GTTAACA-T--ATAC--AAC--TTAATTTTGTTGACATG--CAA-C--------T-T--ATT-TA-CTTGCATGT-TA-AC----ATA-AT
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattatgtcgacagataagtatgatcaCAT-ATACAACTTAATTTTGTTGACA-T--G--C--AAC--TTATTTAC-TTG-CATG-TTAA-C--------A-T--AAT-TAATTTGTATGT-CA-AC----ATG-Ataatttgtatgtcaacatgaata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattatgtcgacagataagtatgatcacatgcaacataattgttaaTGT-TGACATGCAACTTA---------T---TT-A-----------CTTGCATGTTAACATA-A---T-----------TAA-TT----TGTATGTCAAC------ATGAATAata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATAACGTCATATAGTTAAACATTATCATATACATACAACTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 4444444444444444444444444444 11111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 00000000 3 0 1 3 555 1111111111111111111111111111 1 2 444 77777777777 00 5555 2 777777 8888 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 1 44 44 1 22 222 44 2 1 0 1 66666666 1 44 1 0 1 2 7777 2 33 3 9 999999999 5
lowQualScore : ........ . . . . ... ............................ . . ... ........... .. .... . ...... .... .. .................................................................................................................................................... ... . .. .. . .. ... .. . . . . ........ . .. . . . . .... . .. . . ......... .
lowQualScore : 00000000 6 4 3 6 333 3333333333333333333333333333 9 7 777 33333333333 99 7777 5 222222 3333 99 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222 9 11 88 9 55 888 33 1 7 9 7 00000000 7 00 7 4 9 0 8888 1 77 2 8 999999999 0
consensus : CTTATTTATCT-------CGCATGT-CGACATA-AA--TA---------T---TT-A-----------GTTGCATGTCGACATA-A---T-----------TAACT----TGCATGTCG-AC------ATAAATAAGT----T--GC-T------TCTAT-CATGT---TTAAAGT-CAN-------A-ANTG--G--TTG-A--TAT--TTG----ACA-A--TTT--AACG-TAAA---AG---G------T--TC-CA---AA-----G-TG-TAAT--T-TAT---C---TT---GCAT-GTCGACATAATTANGTCGCA-T--GTC--GAC--ATAATTATGTTGCATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC--TANAGAAAAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
Reference ( family-6296 ) : CTTATTTATCT-------CGCATGT-CGACATA-AA--TA---------T---TT-A-----------GTTGCATGTCGACATA-A---T-----------TAACT----TGCATGTCG-AC------ATAAATAAGT----T--GC-T------TCTAT-CATGT---TTAAAGT-CAN-------A-ANTG--G--TTG-A--TAT--TTG----ACA-A--TTT--AACG-NAAA---AG---G------T--TC-CA---AA-----G-TG-TAAT--T-TAT---C---TT---GCAT-GTCGACATAATTAAGTTGCA-T--GTC--GAC--ATAATTATGTTGCATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC--TANAGAAAAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|1 : T-------TGCATTT-TGATGTA-AA--TA----------------A-----------GTTGCATGTTGACATA-A---A-----------TAAGT----GGCATGTCG-GC------ATGAATAGGC----T--GC-T--------------TGT---TTAAA-T-AAG-------A-ATAG--G--CTG------C--TTG------------------TG-TAAA--------------------------------------TAAT--T-AAT---CAAACT---GTAT-GTTATCATAATTAAGTTAGG-T--ATT--GA---AT--TTA----ACATG-TCGA-T--------A-TC-AAT-T
gi|1 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagGCATGT-CGGCATG-AA--TAGGCTGCTTGT---TT-AAATAAGAATAGGCTGCTTGTGTAAATA-A---T-----------TAATCAAACTGTATGTTA-TC------ATAATTAAGT----TAGG-----------TAT-TGAAT---TTAA----CAT---------------G--TCG-A--TAT----------CA-A--TTG--GGGG-GGGG---GG---GGTTTAAT--TC-AA---AA-----G-CGATGAC-----AT---G---TTCAAGCAT-ATCAACATAA----GCTGCA-T--GTT--GAC--ACATTCATGTTGCAGG-TCAA-C--------A-T--AAT-CATC-AGCATGT-TG-ACATT-ATA-ATC--TACAG-AAAAATAACTTGgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|10 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagttgcattttgatgtaaataagttgcatgttgacataaataagtg--GTC--AAC--ATAGTTTTGTTGCATG-TTGA-C--------A-T--ATT-TATACTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC--TAAAG-AAAAATAACTTGC----A----TGCA-GGTGGCttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|11 : cgtaT---C---TT---GCAT-GCCATCATAATTAGGTTGCA-T--GTG--GAC--AT--TTGTGTTCCATG-TCAG-C--------A-T--AAC-TATCTTACATGT-CG-AC----AAA-ATC--TATAGAAAAAATAACTTGagaaatatgccaccatacatttcagcttttatgtactttagaaggtactctgtagcgataggaaa
gi|12 : tttgataaattttctaatgcattTAATTGTGTTGCATG-TCGA-C--------T-T--GGT-TACCTTACATTT-TG-AC----Atttttacgagacagaagtatgcaaccata
gi|12 : aatTAATTGTGTTGCA-T--GTC--GAC--TTGGTTACCTTACATT-TTGA-C--------A----AACATAAGTCACATGT-CA-ACTTGTATA-AGC--T-------GAAT--CTTGT----A----CACA-TGAaacataagtcacatgtcaacttgtataagctgaatcttgtacacatgatgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|12 : aat-----------GTTGCATGTCGACTTG-G---T-----------TACCT----TACATTTTG-AC------AAACATAAGT----tgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|13 : aattaattgtG-TTGA-C--------A-T--AAT-TACCATGCATGT-CG-AC----ATA-ATC--TAAAG-AAAAATAGTTTGC----A----TTCA-GGAGGCcacatgtcaacttgtataagctgaatcttgtacacatgatgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|14 : A-T--GTT--GAC--ATAATTATCTTGCATG-TCGA-T--------A-T--ATT-TATCTTGCATGT-AG-AC----ATA-ATT--TAGA-ATTATATAACTTGC----A----TACA-GGGAGCagagatatgccaccacagatttgttataacgattttgtagtcttagtaaaggttagctatggtaa
gi|14 : TAATTATCT-------TGCATGT-CGAT-----A--TA---------T---TT-AT----------CTTGCATGTAGACATA-A---TTTAGAATTATATAACT----TGCATACAG-GG------AGCAGTAATA----T--GC-C------ACTAT-CATTTTCGTTAAAAG-CAG-------A-agtaatatgccactatcattttcgttaaaagcaga
gi|15 : atgttgacaT-------TGCATGT-CAGCATA-AA--TA---------TAAATA-A-----------GCTGCATGTCAACATA-AATATAAG--------TAAGT----TGCATGTCA-ACATAAATATAAATAAGT----T--GC-
gi|16 : ataaataag-TAT---G---TT---GCAT-GTCAACATAATTAACTTGCA-T--GTT--AAC--ATAAGTATGTTACATT-TCGA-CGTACAAATG-T--AAT-TAAGTTCTGTGT-CT-AC----ATA-a
gi|17 : TAAATTGCA-T--ATCATGCCTTATGATTATCTTAAATG-TTGA-C--------A-T--AAC-CAAGTCGCAGTT-CG-AC----AT--ATA--TGTTGACAAAATATCTTGC----A----TActt
gi|17 : ag--T-TAT---C---TT---AAAT-GTTGACATAACCAAGTCGCA-G--TTC--GAC--ATA--TATGTT--------GA-C--------A----AAA-TATCTTGCATAT-t
gi|18 : agtaaattgcatatcatgccttatga---GCAA-GTCGACATCAT-ATTTTGCA-T--GTT--GA-------TTATGTTGCATG-TGGA-C--------T-C--A----ATCTTGCAT
gi|18 : TATTT-------TGCATGT-TGAT--------TA---------T------------------GTTGCATGTGGACTCA-A---T--------------CT----TGCATACAGAAC------GTAAAacagaacgtaaaatgataccaccat
gi|19 : gcaagtcgacatcaGTTGCATA-TCAA-C--------A-T--AAT-TATTTTGCATGT-CG-AC----ATT-ATC--TATAAAAAAatgataccaccat
gi|2 : ---TT-A-----------GTTGCATGTCGACAAATA---T-----------TAG-T----TGCATGTCG-AT------ATA--T--GT----T--GC-A------CTTAG-CACGT---TGGGAGT-CACGTGGAGCA-CATGTTG--GTG-A--TAT--T------ACT-A--TTT--TTCG-AAAA---AA---A------T--TC-CA---AA-----------AAT--T-GAT---C---T----GTAT--TATATATTTTTTTTTTGCA-T--GAC--AAC--AAAGTTTTGTTGCATG-TTGA-C--------A-T--GAT-TATCTTTCAGGT-CG-AC----ATA-ATC--T-----GAATGCAACTTGC----ATACCTACA-GGAGGCcaagatgtgtttgtgaaacaaa
gi|20 : caaaaa-T--GTT--GAC--ATAATTGCCTTGCATG-TCCT-C--------A-T--ATC-TATCTTGCTTGT-AG-AC----ATA-GTT--TAagaaatatataccaatatattgcagctaaataacgca
gi|3 : CTTATTTATGTGATAAGATGCATGA-GAACATA-AA--TA---------T---TTCA-----------GGTGCATGCCAACATC-A---A-----------TAAGT----TGCATGTCG-AC------ATAAAGGAGT----T--GT-T------TCTAT-CATGT---TAAAAGT-CAC-------A-AGTG--G--TTG-A--TAT--TTG----AGA-A--TTT--AACG-GAAA---AG---A------T---C-CA---AA-----G-TG-TAAT--T-TAT---C---TT---GCGT-GTCAACATAGTTTTGTTGCA-T--GTT--GAC--ATACTTATATTGCATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCATGCATGT-CG-AC----ATA-ACC--TAAAGAAAAAACAGCTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|4 : ATAAGT----T--GTATG-----TCTATACAT-T---TT---GT-C--------------------TTGCA--TAT--TT-----ACATA--AAT--AA-G-TCAA---AT---G------T--CCACAT--AA-----G-TA-TA------TA-------------GGAT-GTCGACTTATTTATCTCGCA-T--GTC--AAC--ATAACCAAGTTGCATG-TCCA-C--------A-T--AAT-TAACTTGCATTT-TG-AC----ATA-A
gi|4 : T--T-TGT---C---TT---GCAT-ATTTACATAAATAAGTCAAA-T--GTC--CAC--ATAAGTATATAGGATG-TCGA-C--------T-T--ATT-TATCTCGCATGT-CA-AC----ATA-ACC--ataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacatATGT-CCACATA-AG--TA---------T---AT-A-----------G--G-ATGTCGACTTA-T---T-----------TATCT----CGCATGTCA-AC------ATAACCAAGT----T--G---------------CATGT---CCA-----CAT-------A-ATTA-------------AC--TTG-----CA-T--TTT--GACA-TAAAT--AA---G------T--TG-CA------------TG-T--T--G-CAT---C---TT---TCAT-GT----ATAATaagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaCTTATTTATCT-------CGCATGT-CAACATA-AC--CA----------------A-----------GTTGCATGTCCACATA-A---T-----------TAACT----TGCATTTTG-AC------ATAAATAAGT----T--GCATGTTGCATCTTT-CATGT---ATAATGT-CAG-------ATACTGGAG--TTG-G--TAA--TTA------G-A--TTTCCAACATCAAAATCAG---G------TTCTC-TA---AA--------A-CAATTAT-TAA---C---TT---GCAT-GCCAACgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|5 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgtccacataagtatataggatgtcgaACAT------T-----------TGTCT----TGCATATTT-AC------ATAAATAAGTCAAAT--G--T------TCCA--CAT--------AAGTATAT-------A-GGAT--G--TCG-ACTTAT--TTATCTCGCA-T--GTC--AACA-TAA--------------------C-CA---AG----------------------------TT---GCAT-GTCCACATAATTAACTTGCA-T--TTT--GAC--ATAAATAAGTTGCATG-TTG--------------------CATCTTTCATGT----------ATA-AT
gi|5 : at--TTGCA--TAT--TT-----ACATA--AAT--AA-G-TCAA---AT---G------T--TC-CACATAA-----G-TA-TA------TA-------------GGAT-GTCGACTTATTTATCTCGCA-T--GTC--AAC--ATAACCAAGTTGCATG-TCCA-C--------A-T--AAT-TAACTTGCATTT-TG-AC----ATA-Agtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacatttgtcATGTTCCACATA-AG--TA---------T---AT-A-----------G--G-ATGTCGACTTA-T---T-----------TATCT----CGCATGTCA-AC------ATAACCAAGT----T--G---------------CATGT---CCA-----CAT-------A-ATTA-------------AC--TTG-----CA-T--TTT--GACA-TAAAT--AA---G------T--TG-CA------------TG-T--T--G-CAT---C---TT---TCAT-GT----ATAATataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaCTTATTTATCT-------CGCATGT-CAACATA-AC--CA----------------A-----------GTTGCATGTCCACATA-A---T-----------TAACT----TGCATTTTG-AC------ATAAATAAGT----T--GCATGTTGCATCTTT-CATGT---ATAATGT-CAG-------ATACTG--GAATTG-G--TAA--TTA------G-A--TTTCCAACATCAAAATCAG---G------TTCTC-TA---AA--------A-CAATTAT-TAA---C---TT---GCAT-GCCAAgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|6 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgttccacataagtatataggatgtcga-CATGT---TTGAAGT-CAC-------A-TATG--G--GTG-A--TAT--TTG----ATA-AAGTTT-------GAAA---AT---T------T--TC-CA---AATCCTTG-TC-TGAT--TATAT---T---TT---TC-----TGGCATAA--AAA---------------AC--ATAGTTTTGATTCATG-TTCA-C--------A-T--AAC-CATCATGCATGT-AT-CC----ATA-ATC--TAAAG-AAAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|7 : agATGT---CTAAAGT-CAC-------A-AGTG--G--TTG-A--TAT--TTGA---AGA-A--TTT--AACG-GAAA---AGTGCG------A--TC-CA---AA-----GCTG-TATT--T-TAT---C---TTA--GCGTGGTCAACATAGTT-TTTTGCAGT--GTT--GACA-ATACTTCTATTGCATGTTCGA-C--------A-TAAAAT-TATCATGC-TGTGCGAAC----ATACACCGTTAAAGAAAAAACAGCTTGCACGAA----TACACGGAGGCagaaatatgctaccagtagctacagcagatgcaact
gi|8 : ---TT-A-----------GTTGCGTGTAGACATG-A---T-----------TAACT----TGCATGTTG-AC------ATAATTAA-------------------TCCG--CATGT---T-----------------G-ACT------TTG-A--CATAATTG----A-------TT--AGCA-T-------G---A------T--GA-CA---AA----------TAAT--------------TC---GCAC-CTTGACAGAAATGAGTCGAA-T--TTT--GAC--ATAAATAAATTGCATG-T--A-C--------ATT--AAT-TAAATTGCGT
gi|9 : a---TT---GCAT-GTCAACAAAATTAAGTTGTA-TATGTT--AAC--A--ATTATGTTGCATG-T-GATC--------A-T--ACT-TATC-----TGT-CG-AC----ATA-ATT--GATAGAAAttaagatggcagata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgaATGTCG-AC------A--GATAAGTA---T--G------------AT-CACAT---GCAA----CAT-------A-ATTG-----TTA-A--CAT--AT-----ACA-A--CTT--AATT-T-------T---G------T--T---G---AC-----A-TG-CAAC--T-TATTTAC---TT---GCAT-GTTAACATAATTAATTTGTA-T--GTC--AAC--ATGAATActtatttacttgcatgttaacataattaatttgtatgtcaacatgaata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattTGT-TGACATGCAACTTA---------T---TT-A-----------CTTGCATGTTAACATA-A---T-----------TAATT----TGTATGTCA-AC------ATGAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATAACGTCATATAGTTAAACATTATCATATACATACAACTAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 4444444444444444444444444444 222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 111111111
lowQualScore : 88888888 0 1 3 55 4444444444444444444444444444 0 3 000000000000000 2 6666 2 888888 3 44 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5555555 555 2 2 1 33 2 2 22 333 44 1 1 1 0 1 00000000 1 44 1 22 0 2 2 333 2 33 2 9 222222222 5
lowQualScore : ........ . . . .. ............................ . . ............... . .... . ...... . .. ................................................................................................................................................... ....... ... . . . .. . . .. ... .. . . . . . ........ . .. . .. . . . ... . .. . . ......... .
lowQualScore : 22222222 4 3 6 00 5555555555555555555555555555 2 1 444444444444444 1 5555 9 222222 1 66 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444 555 0 6 0 33 9 0 66 444 55 9 8 7 7 7 00000000 7 11 7 44 9 0 1 777 4 99 2 3 222222222 7
consensus : CTTATTTATCT-------TGCATGTCGACATA-AA--TA---------T---TT-A-----------GTTGCATGTCGACATA-A---T-----------TAACT----TGCATGTCG-AC------ATAAATAAGT-T--GC-T------TCTAT-CATGT---TTAAAGTCAN-------A-ANTG--G--TTG-ATAT--TTG-ACA-A--TTT--AACGT-AAA---AG---G------T--TC-CA---AA-----G-TG-TA--------------AT--T-TAT---C---TT---GCAT-GTCGACATAATTAAGTTGCA-T--GTC--GAC--ATAAT-TATGTTGCATG-TCGA-C--------A-T--AA-TT--ATCTTGCATGT-CG-AC---ATA-ATC--TANAGAAAAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
Reference ( family-6296 ) : CTTATTTATCT-------CGCATGTCGACATA-AA--TA---------T---TT-A-----------GTTGCATGTCGACATA-A---T-----------TAACT----TGCATGTCG-AC------ATAAATAAGT-T--GC-T------TCTAT-CATGT---TTAAAGTCAN-------A-ANTG--G--TTG-ATAT--TTG-ACA-A--TTT--AACGT-AAA---AG---G------T--TC-CA---AA-----G-TG-TA--------------AT--T-TAT---C---TT---GCAT-GTCGACATAATTANGTCGCA-T--GTC--GAC--ATAAT-TATGTTGCATG-TCGA-C--------A-T--AA-TT--ATCTTGCATGT-CG-AC---ATA-ATC--TANAGAAAAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|1 : T-------TGCATTTTGATGTA-AA--TA----------------A-----------GTTGCATGTTGACATA-A---A-----------TAAGT----GGCATGTCG-GC------ATGAATAGGC-T--GC-T--------------TGT---TTAAA-TAAG-------A-ATAG--G--CTG----C--TTG---------------TGT-AAA--------------------------------------TA--------------AT--T-AAT---CAAACT---GTAT-GTTATCATAATTAAGTTAGG-T--ATT--GA---AT--T-TA----ACATG-TCGA-T--------A-TC-AA-TT--
gi|1 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagGCATGTCGGCATG-AA--TAGGCTGCTTGT---TT-AAATAAGAATAGGCTGCTTGTGTAAATA-A---T-----------TAATCAAACTGTATGTTA-TC------ATAATTAAGT-TAGG-----------TAT-TGAAT---TTAA---CAT---------------G--TCG-ATAT-------CA-A--TTG--GGGGG-GGG---GG---GGTTTAAT--TC-AA---AA-----G-CGATG--------------AC-----AT---G---TTCAAGCAT-ATCAACATAA----GCTGCA-T--GTT--GAC--ACATT-CATGTTGCAGG-TCAA-C--------A-T--AA-TC--ATC-AGCATGT-TG-ACATTATA-ATC--TACAG-AAAAATAACTTGgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|10 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagttgcattttgatgtaaataagttgcatgttgacataaataagtg--GTC--AAC--ATAGT-TTTGTTGCATG-TTGA-C--------A-T--AT-TT--ATACTGCATGT-CG-AC---ATA-ATC--TAAAG-AAAAATAACTTGC----A----TGCA-GGTGGCttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|11 : cgtaT---C---TT---GCAT-GCCATCATAATTAGGTTGCA-T--GTG--GAC--AT--T-TGTGTTCCATG-TCAG-C--------A-T--AA-CT--ATCTTACATGT-CG-AC---AAA-ATC--TATAGAAAAAATAACTTGagaaatatgccaccatacatttcagcttttatgtactttagaaggtactctgtagcgataggaaa
gi|12 : tttgataaattttctaatgcattTAAT-TGTGTTGCATG-TCGA-C--------T-T--GG-TT--ACCTTACATTT-TG-AC---Atttttacgagacagaagtatgcaaccata
gi|12 : aat-TA--------------AT--T--GT---G---TT---GCAT-GTCGACTTGGTTACCTTACA-T--TTT--GAC--A-AACATAAGTCACATG-TCAA-CTTGT----A-T--AAGCTGAATCTTGTAC------AC---ATG-ATaacataagtcacatgtcaacttgtataagctgaatcttgtacacatgatgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|12 : aat-----------GTTGCATGTCGACTTG-G---T-----------TACCT----TACATTTTG-AC------AAACATAAGT-gtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|13 : aattaattgtG-TTGA-C--------A-T--AA-TT--ACCATGCATGT-CG-AC---ATA-ATC--TAAAG-AAAAATAGTTTGC----A----TTCA-GGAGGCcacatgtcaacttgtataagctgaatcttgtacacatgatgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|14 : A-T--GTT--GAC--ATAAT-TATCTTGCATG-TCGA-T--------A-T--AT-TT--ATCTTGCATGT-AG-AC---ATA-ATT--TAGA-ATTATATAACTTGC----A----TACA-GGGAGCagagatatgccaccacagatttgttataacgattttgtagtcttagtaaaggttagctatggtaa
gi|14 : TAATTATCT-------TGCATGTCGAT-----A--TA---------T---TT-AT----------CTTGCATGTAGACATA-A---TTTAGAATTATATAACT----TGCATACAG-GG------AGCAGTAATA-T--GC-C------ACTAT-CATTTTCGTTAAAAGCAG-------A-agtaatatgccactatcattttcgttaaaagcaga
gi|15 : atgttgacaT-------TGCATGTCAGCATA-AA--TA---------TAAATA-A-----------GCTGCATGTCAACATA-AATATAAG--------TAAGT----TGCATGTCA-ACATAAATATAAATAAGT-T--GC-
gi|16 : ataaataag-TAT---G---TT---GCAT-GTCAACATAATTAACTTGCA-T--GTT--AAC--ATAAG-TATGTTACATT-TCGA-CGTACAAATG-T--AA-TT--AAGTTCTGTGT-CT-AC---ATA-a
gi|17 : TAAATTGCA-T--ATCATGCCTTATGAT-TATCTTAAATG-TTGA-C--------A-T--AA-CC--AAGTCGCAGTT-CG-AC---AT--ATA--TGTTGACAAAATATCTTGC----A----TActt
gi|17 : ag--T-TAT---C---TT---AAAT-GTTGACATAACCAAGTCGCA-G--TTC--GAC--ATA---TATGTT--------GA-C--------A----AA-AT--ATCTTGCATAT-t
gi|18 : agtaaattgcatatcatgccttatga---GCAA-GTCGACATCAT-ATTTTGCA-T--GTT--GA-------T-TATGTTGCATG-TGGA-C--------T-C--A------ATCTTGCAT
gi|18 : TATTT-------TGCATGTTGAT--------TA---------T------------------GTTGCATGTGGACTCA-A---T--------------CT----TGCATACAGAAC------GTAAAacagaacgtaaaatgataccaccat
gi|19 : gcaagtcgacatcaGTTGCATA-TCAA-C--------A-T--AA-TT--ATTTTGCATGT-CG-AC---ATT-ATC--TATAAAAAAatgataccaccat
gi|2 : ---TT-A-----------GTTGCATGTCGACAAATA---T-----------TAG-T----TGCATGTCG-AT------ATA--T--GT-T--GC-A------CTTAG-CACGT---TGGGAGTCACGTGGAGCA-CATGTTG--GTG-ATAT--T---ACT-A--TTT--TTCGA-AAA---AA---A------T--TC-CA---AA-----------A--------------AT--T-GAT---C---T----GTAT--TATATATTTTTTTTTTGCA-T--GAC--AAC--AAAGT-TTTGTTGCATG-TTGA-C--------A-T--GA-TT--ATCTTTCAGGT-CG-AC---ATA-ATC--T-----GAATGCAACTTGC----ATACCTACA-GGAGGCcaagatgtgtttgtgaaacaaa
gi|20 : caaaaa-T--GTT--GAC--ATAAT-TGCCTTGCATG-TCCT-C--------A-T--AT-CT--ATCTTGCTTGT-AG-AC---ATA-GTT--TAagaaatatataccaatatattgcagctaaataacgca
gi|3 : CTTATTTATGTGATAAGATGCATGAGAACATA-AA--TA---------T---TTCA-----------GGTGCATGCCAACATC-A---A-----------TAAGT----TGCATGTCG-AC------ATAAAGGAGT-T--GT-T------TCTAT-CATGT---TAAAAGTCAC-------A-AGTG--G--TTG-ATAT--TTG-AGA-A--TTT--AACGG-AAA---AG---A------T---C-CA---AA-----G-TG-TA--------------AT--T-TAT---C---TT---GCGT-GTCAACATAGTTTTGTTGCA-T--GTT--GAC--ATACT-TATATTGCATG-TCGA-C--------A-T--AA-TT--ATCATGCATGT-CG-AC---ATA-ACC--TAAAGAAAAAACAGCTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|4 : ATAAGT-T--GTATG-----TCTATACAT-T---TT---GTC--------------------TTGCATAT--TT--ACATA--AAT--AA-GT-CAA---AT---G------T--CCACAT--AA-----G-TA-TA--------------------TA-------------GGAT-GTCGACTTATTTATCTCGCA-T--GTC--AAC--ATAAC-CAAGTTGCATG-TCCA-C--------A-T--AA-TT--AACTTGCATTT-TG-AC---ATA-A
gi|4 : T--T-TGT---C---TT---GCAT-ATTTACATAAATAAGTCAAA-T--GTC--CAC--ATAAG-TATATAGGATG-TCGA-C--------T-T--AT-TT--ATCTCGCATGT-CA-AC---ATA-ACC--ataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacatATGTCCACATA-AG--TA---------T---AT-A-----------G--G-ATGTCGACTTA-T---T-----------TATCT----CGCATGTCA-AC------ATAACCAAGT-T--G---------------CATGT---CCA----CAT-------A-ATTA-----------AC--TTG--CA-T--TTT--GACAT-AAAT--AA---G------T--TG-CA------------TG-T----------------T--G-CAT---C---TT---TCAT-GT----ATAATaagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaCTTATTTATCT-------CGCATGTCAACATA-AC--CA----------------A-----------GTTGCATGTCCACATA-A---T-----------TAACT----TGCATTTTG-AC------ATAAATAAGT-T--GCATGTTGCATCTTT-CATGT---ATAATGTCAG-------ATACTGGAG--TTG-GTAA--TTA---G-A--TTTCCAACATCAAAATCAG---G------TTCTC-TA---AA--------A-CA--------------ATTAT-TAA---C---TT---GCAT-GCCAACgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|5 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgtccacataagtatataggatgtcgaATTTGTCT-------TGCATATTTACATA-AA--TA---------
gi|5 : atac--TTGCATAT--TT--ACATA--AAT--AA-GT-CAA---AT---G------T--TC-CACATAA-----G-TA-TATAGGATGTCGACTTAT--T-TAT---C---TC---GCAT-GTCAACATAACCAAGTTGCA-T--GTC--CAC--ATAAT-TAACTTGCATT-TTGA-C--------A-T--AA-AT--AAGTTGCATGT-TG--C---ATagtcaaatgttccacataagtatataggatgtcgacttatttatctcgcatgtcaacataaccaagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacatttgtcCTTATTTATCT-------CGCATGTCAACATA-AC--CA----------------A-----------GTTGCATGTCCACATA-A---T-----------TAACT----TGCATTTTG-AC------ATAAATAAGT-T--GCATGTTGCATCTTT-CATGT---ATAATGTCAG-------ATACTG--GAATTG-GTAA--TTA---G-A--TTTCCAACATCAAAATCAG---G------TTCTC-TA---AA--------A-CA--------------ATTAT-TAA---C---TT---GCAT-GCCAActttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|6 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgttccacataagtatataggatgtcga-CATGT---TTGAAGTCAC-------A-TATG--G--GTG-ATAT--TTG-ATA-AAGTTT--GA-----AA---AT---T------T--TC-CA---AATCCTTG-TC-TG--------------AT--TATAT---T---TT---TC-----TGGCATAA--AAA---------------AC--ATAGT-TTTGATTCATG-TTCA-C--------A-T--AA-CC--ATCATGCATGT-AT-CC---ATA-ATC--TAAAG-AAAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|7 : agATGT---CTAAAGTCAC-------A-AGTG--G--TTG-ATAT--TTGAAGA-A--TTT--AACGG-AAA---AGTGCG------A--TC-CA---AA-----GCTG-TA--------------TT--T-TAT---C---TTA--GCGTGGTCAACATAGTT-TTTTGCAGT--GTT--GACA-ATACT-TCTATTGCATGTTCGA-C--------A-TAAAA-TT--ATCATGC-TGTGCGAAC---ATACACCGTTAAAGAAAAAACAGCTTGCACGAA----TACACGGAGGCagaaatatgctaccagtagctacagcagatgcaact
gi|8 : ---TT-A-----------GTTGCGTGTAGACATG-A---T-----------TAACT----TGCATGTTG-AC------ATAATTAA----------------TCCG--CATGT---T----------------G-ACT------TTG-ACATAATTG-A-------TT--AGCAT--------G---A------T--GA-CA---AA----------TA--------------AT--------------TC---GCAC-CTTGACAGAAATGAGTCGAA-T--TTT--GAC--ATAAA-TAAATTGCATG-T--A-C--------ATT--AA-TT--AAATTGCGT
gi|9 : a---TT---GCAT-GTCAACAAAATTAAGTTGTA-TATGTT--AAC--A--AT-TATGTTGCATG-T-GATC--------A-T--AC-TT--ATC-----TGT-CG-AC---ATA-ATT--GATAGAAAttaagatggcagata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgaATGTCG-AC------A--GATAAGTAT--G------------AT-CACAT---GCAA---CAT-------A-ATTG-----TTA-ACAT--AT--ACA-A--CTT--AATTT--------T---G------T--T---G---AC-----A-TG-CA--------------AC--T-TATTTAC---TT---GCAT-GTTAACATAATTAATTTGTA-T--GTC--AAC--ATGAA-TActtatttacttgcatgttaacataattaatttgtatgtcaacatgaata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattTGTTGACATGCAACTTA---------T---TT-A-----------CTTGCATGTTAACATA-A---T-----------TAATT----TGTATGTCA-AC------ATGAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATAACGTCATATAGTTAAACATTATCATATACATACAACTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 4444444444444444444444444444 222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111
lowQualScore : 8888888 1 4 55 3333333333333333333333333333 0 3 222222222222222 3 7777 888888 3 44 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444 555 2 3 1 11 1 22 22 44 22 0 1 1 1 66666666 1 44 1 0 1 2 7777 2 99999 3 00000 999999999 5
lowQualScore : ....... . . .. ............................ . . ............... . .... ...... . .. .................................................................................................................................................. ....... ... . . . .. . .. .. .. .. . . . . ........ . .. . . . . .... . ..... . ..... ......... .
lowQualScore : 6666666 4 0 55 3333333333333333333333333333 2 3 888888888888888 1 1111 888888 1 66 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888 888 1 2 0 99 9 55 55 33 44 4 7 6 7 00000000 7 00 7 4 9 0 8888 2 77777 0 88888 999999999 0
consensus : CTTATTTATCT-------CGCATGTCGACATA-AA--TA---------T---TT-A-----------GTTGCATGTCGACATA-A---T-----------TAACT----TGCATGTCGAC------ATAAATAAGT-T--GC-T------TCTAT-CATGT---TTAAAGTCAN-------A-ANTG--G--TTG-ATAT--TTG-ACA-A--TTT--AACGT-AAA---AG---G------T--TC-CA---AA-----G-TG-TA--------------AT--T-TAT---C---TT---GCAT-GTCGACATAATTAAGTTGCA-T--GTC--GAC--ATAATTATGTTGCATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TANAGAA---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
Reference ( family-6296 ) : CTTATTTATCT-------TGCATGTCGACATA-AA--TA---------T---TT-A-----------GTTGCATGTCGACATA-A---T-----------TAACT----TGCATGTCGAC------ATAAATAAGT-T--GC-T------TCTAT-CATGT---TTAAAGTCAN-------A-ANTG--G--TTG-ATAT--TTG-ACA-A--TTT--AACGT-AAA---AG---G------T--TC-CA---AA-----G-TG-TA--------------AT--T-TAT---C---TT---GCAT-GTCGACATAATTAAGTTGCA-T--GTC--GAC--ATAATTATGTTGCATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TANAGAA---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|1 : T-------TGCATTTTGATGTA-AA--TA----------------A-----------GTTGCATGTTGACATA-A---A-----------TAAGT----GGCATGTCGGC------ATGAATAGGC-T--GC-T--------------TGT---TTAAA-TAAG-------A-ATAG--G--CTG----C--TTG---------------TGT-AAA--------------------------------------TA--------------AT--T-AAT---CAAACT---GTAT-GTTATCATAATTAAGTTAGG-T--ATT--GA---AT--TTA----ACATG-TCGA-T--------A-TC-AAT-T
gi|1 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagGCATGTCGGCATG-AA--TAGGCTGCTTGT---TT-AAATAAGAATAGGCTGCTTGTGTAAATA-A---T-----------TAATCAAACTGTATGTTATC------ATAATTAAGT-TAGG-----------TAT-TGAAT---TTAA---CAT---------------G--TCG-ATAT-------CA-A--TTG--GGGGG-GGG---GG---GGTTTAAT--TC-AA---AA-----G-CGATG--------------AC-----AT---G---TTCAAGCAT-ATCAACATAA----GCTGCA-T--GTT--GAC--ACATTCATGTTGCAGG-TCAA-C--------A-T--AAT-CATC-AGCATGT-TG-ACATT-ATA-ATC-----TACAG-A---AAAATAACTTGgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|10 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagttgcattttgatgtaaataagttgcatgttgacataaataagtg--GTC--AAC--ATAGTTTTGTTGCATG-TTGA-C--------A-T--ATT-TATACTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TAAAG-A---AAAATAACTTGC----A----TGCA-GGTGGCttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|11 : cgtaT---C---TT---GCAT-GCCATCATAATTAGGTTGCA-T--GTG--GAC--AT--TTGTGTTCCATG-TCAG-C--------A-T--AAC-TATCTTACATGT-CG-AC----AAA-ATC-----TATAGAA---AAAATAACTTGagaaatatgccaccatacatttcagcttttatgtactttagaaggtactctgtagcgataggaaa
gi|12 : tttgataaattttctaatgcattTAATTGTGTTGCATG-TCGA-C--------T-T--GGT-TACCTTACATTT-TG-AC----Atttttacgagacagaagtatgcaaccata
gi|12 : aatTAATTGTGTTGCA-T--GTC--GAC--TTGGTTACCTTACATT-TTGA-C--------A----AACATAAGTCACATGT-CA-ACTTGTATA-AGC-----T----------GAAT--CTTGT----A----CACA-TGAaacataagtcacatgtcaacttgtataagctgaatcttgtacacatgatgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|12 : aat-----------GTTGCATGTCGACTTG-G---T-----------TACCT----TACATTTTGAC------AAACATAAGT-tgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|13 : aattaattgtG-TTGA-C--------A-T--AAT-TACCATGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TAAAG-A---AAAATAGTTTGC----A----TTCA-GGAGGCcacatgtcaacttgtataagctgaatcttgtacacatgatgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|14 : A-T--GTT--GAC--ATAATTATCTTGCATG-TCGA-T--------A-T--ATT-TATCTTGCATGT-AG-AC----ATA-ATT-----TAGA-AT---TATATAACTTGC----A----TACA-GGGAGCagagatatgccaccacagatttgttataacgattttgtagtcttagtaaaggttagctatggtaa
gi|14 : TAATTATCT-------TGCATGTCGAT-----A--TA---------T---TT-AT----------CTTGCATGTAGACATA-A---TTTAGAATTATATAACT----TGCATACAGGG------AGCAGTAATA-T--GC-C------ACTAT-CATTTTCGTTAAAAGCAG-------A-agtaatatgccactatcattttcgttaaaagcaga
gi|15 : atgttgacaT-------TGCATGTCAGCATA-AA--TA---------TAAATA-A-----------GCTGCATGTCAACATA-AATATAAG--------TAAGT----TGCATGTCAACATAAATATAAATAAGT-T--GC-
gi|16 : ataaataag-TAT---G---TT---GCAT-GTCAACATAATTAACTTGCA-T--GTT--AAC--ATAAGTATGTTACATT-TCGA-CGTACAAATG-T--AAT-TAAGTTCTGTGT-CT-AC----ATA-a
gi|17 : TAAATTGCA-T--ATCATGCCTTATGATTATCTTAAATG-TTGA-C--------A-T--AAC-CAAGTCGCAGTT-CG-AC----AT--ATA-----TGTTGAC---AAAATATCTTGC----A----TActt
gi|17 : ag--T-TAT---C---TT---AAAT-GTTGACATAACCAAGTCGCA-G--TTC--GAC--ATA--TATGTT--------GA-C--------A----AAA-TATCTTGCATAT-t
gi|18 : agtaaattgcatatcatgccttatga---GCAA-GTCGACATCAT-ATTTTGCA-T--GTT--GA-------TTATGTTGCATG-TGGA-C--------T-C--A----ATCTTGCAT
gi|18 : GCA-A--GTC--GAC--ATCAT-ATTTTGCATG-TTGA-----------------T-TATGTTGCATGT-GG-AC----TCA-ATCTTGCATACAGAACGTAAAATGAacagaacgtaaaatgataccaccat
gi|19 : GTTGCATA-TCAA-C--------A-T--AAT-TATTTTGCATGT-CG-AC----ATT-ATC-----TATAAAA---AAtaccaccat
gi|2 : ---TT-A-----------GTTGCATGTCGACAAATA---T-----------TAG-T----TGCATGTCGAT------ATA--T--GT-T--GC-A------CTTAG-CACGT---TGGGAGTCACGTGGAGCA-CATGTTG--GTG-ATAT--T---ACT-A--TTT--TTCGA-AAA---AA---A------T--TC-CA---AA-----------A--------------AT--T-GAT---C---T----GTAT--TATATATTTTTTTTTTGCA-T--GAC--AAC--AAAGTTTTGTTGCATG-TTGA-C--------A-T--GAT-TATCTTTCAGGT-CG-AC----ATA-ATC-----T-----G---AATGCAACTTGC----ATACCTACA-GGAGGCcaagatgtgtttgtgaaacaaa
gi|20 : caaaaa-T--GTT--GAC--ATAATTGCCTTGCATG-TCCT-C--------A-T--ATC-TATCTTGCTTGT-AG-AC----ATA-GTT-----TAagaaatatataccaatatattgcagctaaataacgca
gi|3 : CTTATTTATGTGATAAGATGCATGAGAACATA-AA--TA---------T---TTCA-----------GGTGCATGCCAACATC-A---A-----------TAAGT----TGCATGTCGAC------ATAAAGGAGT-T--GT-T------TCTAT-CATGT---TAAAAGTCAC-------A-AGTG--G--TTG-ATAT--TTG-AGA-A--TTT--AACGG-AAA---AG---A------T---C-CA---AA-----G-TG-TA--------------AT--T-TAT---C---TT---GCGT-GTCAACATAGTTTTGTTGCA-T--GTT--GAC--ATACTTATATTGCATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCATGCATGT-CG-AC----ATA-ACC-----TAAAGAA---AAAACAGCTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|4 : ATAAGT-T--GTATG-----TCTATACAT-T---TT---GTC--------------------TTGCATAT--TT--ACATA--AAT--AA-GT-CAA---AT---G------T--CCACAT--AA-----G-TA-TA--------------------TA-------------GGAT-GTCGACTTATTTATCTCGCA-T--GTC--AAC--ATAACCAAGTTGCATG-TCCA-C--------A-T--AAT-TAACTTGCATTT-TG-AC----ATA-A
gi|4 : T--T-TGT---C---TT---GCAT-ATTTACATAAATAAGTCAAA-T--GTC--CAC--ATAAGTATATAGGATG-TCGA-C--------T-T--ATT-TATCTCGCATGT-CA-AC----ATA-ACC-----ataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacatATGTCCACATA-AG--TA---------T---AT-A-----------G--G-ATGTCGACTTA-T---T-----------TATCT----CGCATGTCAAC------ATAACCAAGT-T--G---------------CATGT---CCA----CAT-------A-ATTA-----------AC--TTG--CA-T--TTT--GACAT-AAAT--AA---G------T--TG-CA------------TG-T----------------T--G-CAT---C---TT---TCAT-GT----ATAATaagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaCTTATTTATCT-------CGCATGTCAACATA-AC--CA----------------A-----------GTTGCATGTCCACATA-A---T-----------TAACT----TGCATTTTGAC------ATAAATAAGT-T--GCATGTTGCATCTTT-CATGT---ATAATGTCAG-------ATACTGGAG--TTG-GTAA--TTA---G-A--TTTCCAACATCAAAATCAG---G------TTCTC-TA---AA--------A-CA--------------ATTAT-TAA---C---TT---GCAT-GCCAACgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|5 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgtccacataagtatataggatgtcgaATTTGTCT-------TGCATATTTACATA-AA--TA---------
gi|5 : atac--TTGCATAT--TT--ACATA--AAT--AA-GT-CAA---AT---G------T--TC-CACATAA-----G-TA-TATAGGATGTCGACTTAT--T-TAT---C---TC---GCAT-GTCAACATAACCAAGTTGCA-T--GTC--CAC--ATAATTAACTTGCATT-TTGA-C--------A-T--AAA-TAAGTTGCATGT-TG--C----ATagtcaaatgttccacataagtatataggatgtcgacttatttatctcgcatgtcaacataaccaagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacatttgtcCTTATTTATCT-------CGCATGTCAACATA-AC--CA----------------A-----------GTTGCATGTCCACATA-A---T-----------TAACT----TGCATTTTGAC------ATAAATAAGT-T--GCATGTTGCATCTTT-CATGT---ATAATGTCAG-------ATACTG--GAATTG-GTAA--TTA---G-A--TTTCCAACATCAAAATCAG---G------TTCTC-TA---AA--------A-CA--------------ATTAT-TAA---C---TT---GCAT-GCCAActttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|6 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgttccacataagtatataggatgtcga-CATGT---TTGAAGTCAC-------A-TATG--G--GTG-ATAT--TTG-ATA-AAGTTT--GA-----AA---AT---T------T--TC-CA---AATCCTTG-TC-TG--------------AT--TATAT---T---TT---TC-----TGGCATAA--AAA---------------AC--ATAGTTTTGATTCATG-TTCA-C--------A-T--AAC-CATCATGCATGT-AT-CC----ATA-ATC-----TAAAG-A---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|7 : agATGT---CTAAAGTCAC-------A-AGTG--G--TTG-ATAT--TTGAAGA-A--TTT--AACGG-AAA---AGTGCG------A--TC-CA---AA-----GCTG-TA--------------TT--T-TAT---C---TTA--GCGTGGTCAACATAGTT-TTTTGCAGT--GTT--GACA-ATACTTCTATTGCATGTTCGA-C--------A-TAAAAT-TATCATGC-TGTGCGAAC----ATACACCGT---TAAAGAA---AAAACAGCTTGCACGAA----TACACGGAGGCagaaatatgctaccagtagctacagcagatgcaact
gi|8 : ---TT-A-----------GTTGCGTGTAGACATG-A---T-----------TAACT----TGCATGTTGAC------ATAATTAA----------------TCCG--CATGT---T----------------G-ACT------TTG-ACATAATTG-A-------TT--AGCAT--------G---A------T--GA-CA---AA----------TA--------------AT--------------TC---GCAC-CTTGACAGAAATGAGTCGAA-T--TTT--GAC--ATAAATAAATTGCATG-T--A-C--------ATT--AAT-TAAATTGCGT
gi|9 : a---TT---GCAT-GTCAACAAAATTAAGTTGTA-TATGTT--AAC--A--ATTATGTTGCATG-T-GATC--------A-T--ACT-TATC-----TGT-CG-AC----ATA-ATT-----GATAGAA---Attaagatggcagata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgaATGTCGAC------A--GATAAGTAT--G------------AT-CACAT---GCAA---CAT-------A-ATTG-----TTA-ACAT--AT--ACA-A--CTT--AATTT--------T---G------T--T---G---AC-----A-TG-CA--------------AC--T-TATTTAC---TT---GCAT-GTTAACATAATTAATTTGTA-T--GTC--AAC--ATGAATActtatttacttgcatgttaacataattaatttgtatgtcaacatgaata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattTGTTGACATGCAACTTA---------T---TT-A-----------CTTGCATGTTAACATA-A---T-----------TAATT----TGTATGTCAAC------ATGAATA
blockSeqs : GATAAGA G C CT GGCTGCTTGTTTAAATAAGAATAG T TTTAGAATTATA T AAAC ATAAAT A AG CATGTTGCATCTTTCATGTATAATGTCAGATACTGGAGTTGGTAATTAGATTTCCAACATCAAAATCAGGTTCTCTAAAACAATTAT TTAC CAA G A T GG G AT AT TT AT T C T GTACAAAT T AA A G A TTGT C TTGCA A AACGT ATACC C
blockSeqs : . G . . TAAATAA . ATATAAG C . . . . CATGTTGCATCTTTCATGTATAATGTCAGATACTGGAATTGGTAATTAGATTTCCAACATCAAAATCAGGTTCTCTAAAACAATTAT G A . A T TG . . . A AG . T . . . . . . . . . GT T AA ACGAA .
blockSeqs : . A . . TTTAT . T C . . . . CACTTAGCACGTTGGGAGTCACGTGGAGCACATGTTGGTGATATTACTATTTTTCGAAAAAAATTCCAAAAATT C . . A T AC . . . . AA . C . . . . . . . . . . A AT A .
blockSeqs : . A . . TTTCA . T G . . . . TTTCTATCATGTTAAAAGTCACAAGTGGTTGATATTTGAGAATTTAACGGAAAAGATCCAAAGTGTAATT G . . G C AA . . . . GG . C . . . . . . . . . . G AC A .
blockSeqs : . C . . TATA . T G . . . . TATTGAATTTAACATGTCGATATCAATTGGGGGGGGGGGGGTTTAATTCAAAAGCGATGAC C . . G T AG . . . . AA . T . . . . . . . . . . T AA A .
blockSeqs : . A . . TTTA . A C . . . . TATGTCTATACATTTTGTCTTGCATATTTACATAAATAAGTCAAATGTCCACATAAGTATA C . . T T TT . . . . AA . T . . . . . . . . . . C AA A .
blockSeqs : T . . A . T C . . . . ATCACATGCAACATAATTGTTAACATATACAACTTAATTTTGTTGACATGCAACT C . . A T TT . . . . GA . C . . . . . . . . . . T AA A .
blockSeqs : A . . A . T C . . . . CATGTCCACATAATTAACTTGCATTTTGACATAAATAAGTTGCATGTTG C . . G T TG . . . . CA . C . . . . . . . . . . A AA A
blockSeqs : G . . . T C . . . . TCCGCATGTTGACTTTGACATAATTGATTAGCATGATGACAAATAAT C . . T A TC . . . . AG . T . . . . . . . . . . A A
blockSeqs : . T T . . . . C . . A T AG . . . . AA . G . . . . . . . . . . A A
blockSeqs : . T . . . . . C . . A C AG . . . . AC . T . . . . . . . . . . T G
blockSeqs : . . C . . A T AA . . . . AA . C . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : T . . G A TT . . . . AA . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . A T AG . . . . AA . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G T AG . . . . AG . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . AT . . . . AC . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . G . . . . AA . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . GA . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : TTTA************************ C****** AA ** **** AA***
originalCons : CTTATTTATCT-------CGCATGTCGACATA-AA--TA---------T---TT-A-----------GTTGCATGTCGACATA-A---T-----------TAACT----TGCATGTCGAC------ATAAATAAGT-T--GC-T------TCTAT-CATGT---TTAAAGTCAN-------A-ANTG--G--TTG-ATAT--TTG-ACA-A--TTT--AACGT-AAA---AG---G------T--TC-CA---AA-----G-TG-TA--------------AT--T-TAT---C---TT---GCAT-GTCGACATAATTAAGTTGCA-T--GTC--GAC--ATAATTATGTTGCATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TANAGAA---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
finalCons : CTTATTTATCT-------CGCATGTCGACATA-AA--TATTTA------------------------GTTGCATGTCGACATA-A---T-----------TAACT----TGCATGTCGAC------ATAAATAAGT-T--GC-T------TCTAT-CATGT---TTAAAGTCAN-------A-ANTG--G--TTG-ATAT--TTG-ACA-A--TTT--AACGT-AAA---AG---G------T--TC-CA---AA-----G-TG-TA--------------AT--T-TATC------TT---GCAT-GTCGACATAATTAAGTTGCA-T--GTC--GAC--ATAATTATGTTGCATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TANAGAA---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATAACGTCATATAGTTAAACATTATCATATACATACAACTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 4444444444444444444444444444 222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111
lowQualScore : 00000000 1 4 55 3333333333333333333333333333 0 3 222222222222222 3 7777 888888 3 44 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444 555 2 3 1 11 1 22 22 44 22 0 1 1 1 66666666 1 44 1 0 1 2 7777 2 99999 3 00000 999999999 5
lowQualScore : ........ . . .. ............................ . . ............... . .... ...... . .. .................................................................................................................................................. ....... ... . . . .. . .. .. .. .. . . . . ........ . .. . . . . .... . ..... . ..... ......... .
lowQualScore : 00000000 4 0 55 3333333333333333333333333333 2 3 888888888888888 1 1111 888888 1 66 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888 888 1 2 0 99 9 55 55 33 44 4 7 6 7 00000000 7 00 7 4 9 0 8888 2 77777 0 88888 999999999 0
consensus : CTTATTTATCT-------CGCATGTCGACATA-AA--TA---------T---TT-A-----------GTTGCATGTCGACATA-A---T-----------TAACT----TGCATGTCGAC------ATAAATAAGT-T--GC-T------TCTAT-CATGT---TTAAAGTCAN-------A-ANTG--G--TTG-ATAT--TTG-ACA-A--TTT--AACGT-AAA---AG---G------T--TC-CA---AA-----G-TG-TA--------------AT--T-TAT---C---TT---GCAT-GTCGACATAATTAAGTTGCA-T--GTC--GAC--ATAATTATGTTGCATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TANAGAA---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
Reference ( family-6296 ) : CTTATTTATCT-------CGCATGTCGACATA-AA--TA---------T---TT-A-----------GTTGCATGTCGACATA-A---T-----------TAACT----TGCATGTCGAC------ATAAATAAGT-T--GC-T------TCTAT-CATGT---TTAAAGTCAN-------A-ANTG--G--TTG-ATAT--TTG-ACA-A--TTT--AACGT-AAA---AG---G------T--TC-CA---AA-----G-TG-TA--------------AT--T-TAT---C---TT---GCAT-GTCGACATAATTAAGTTGCA-T--GTC--GAC--ATAATTATGTTGCATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCTTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TANAGAA---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|1 : T-------TGCATTTTGATGTA-AA--TA----------------A-----------GTTGCATGTTGACATA-A---A-----------TAAGT----GGCATGTCGGC------ATGAATAGGC-T--GC-T--------------TGT---TTAAA-TAAG-------A-ATAG--G--CTG----C--TTG---------------TGT-AAA--------------------------------------TA--------------AT--T-AAT---CAAACT---GTAT-GTTATCATAATTAAGTTAGG-T--ATT--GA---AT--TTA----ACATG-TCGA-T--------A-TC-AAT-T
gi|1 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagGCATGTCGGCATG-AA--TAGGCTGCTTGT---TT-AAATAAGAATAGGCTGCTTGTGTAAATA-A---T-----------TAATCAAACTGTATGTTATC------ATAATTAAGT-TAGG-----------TAT-TGAAT---TTAA---CAT---------------G--TCG-ATAT-------CA-A--TTG--GGGGG-GGG---GG---GGTTTAAT--TC-AA---AA-----G-CGATG--------------AC-----AT---G---TTCAAGCAT-ATCAACATAA----GCTGCA-T--GTT--GAC--ACATTCATGTTGCAGG-TCAA-C--------A-T--AAT-CATC-AGCATGT-TG-ACATT-ATA-ATC-----TACAG-A---AAAATAACTTGgggggggggggggtttaattcaaaagcgatgacatgttcaagcatatcaacataagctgcatgttgacacattcatgttgcaggtcaacataatcatcagcatgttgacattataatctacagaaaaataacttgttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|10 : tattttattcgtgacaaccccaatgaattagttgcattttgatgtaaataagttgcatgttgacataaataagtg--GTC--AAC--ATAGTTTTGTTGCATG-TTGA-C--------A-T--ATT-TATACTGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TAAAG-A---AAAATAACTTGC----A----TGCA-GGTGGCttttagggaacaggcagtatgccaccatatgttgcaaatattttagtc
gi|11 : cgtaT---C---TT---GCAT-GCCATCATAATTAGGTTGCA-T--GTG--GAC--AT--TTGTGTTCCATG-TCAG-C--------A-T--AAC-TATCTTACATGT-CG-AC----AAA-ATC-----TATAGAA---AAAATAACTTGagaaatatgccaccatacatttcagcttttatgtactttagaaggtactctgtagcgataggaaa
gi|12 : tttgataaattttctaatgcattTAATTGTGTTGCATG-TCGA-C--------T-T--GGT-TACCTTACATTT-TG-AC----Atttttacgagacagaagtatgcaaccata
gi|12 : aatTAATTGTGTTGCA-T--GTC--GAC--TTGGTTACCTTACATT-TTGA-C--------A----AACATAAGTCACATGT-CA-ACTTGTATA-AGC-----T----------GAAT--CTTGT----A----CACA-TGAaacataagtcacatgtcaacttgtataagctgaatcttgtacacatgatgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|12 : aat-----------GTTGCATGTCGACTTG-G---T-----------TACCT----TACATTTTGAC------AAACATAAGT-tgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|13 : aattaattgtG-TTGA-C--------A-T--AAT-TACCATGCATGT-CG-AC----ATA-ATC-----TAAAG-A---AAAATAGTTTGC----A----TTCA-GGAGGCcacatgtcaacttgtataagctgaatcttgtacacatgatgtcagatactggagttagtaagaaataccgatatcaaaatcagattctctaaa
gi|14 : A-T--GTT--GAC--ATAATTATCTTGCATG-TCGA-T--------A-T--ATT-TATCTTGCATGT-AG-AC----ATA-ATT-----TAGA-AT---TATATAACTTGC----A----TACA-GGGAGCagagatatgccaccacagatttgttataacgattttgtagtcttagtaaaggttagctatggtaa
gi|14 : TAATTATCT-------TGCATGTCGAT-----A--TA---------T---TT-AT----------CTTGCATGTAGACATA-A---TTTAGAATTATATAACT----TGCATACAGGG------AGCAGTAATA-T--GC-C------ACTAT-CATTTTCGTTAAAAGCAG-------A-agtaatatgccactatcattttcgttaaaagcaga
gi|15 : atgttgacaT-------TGCATGTCAGCATA-AA--TA---------TAAATA-A-----------GCTGCATGTCAACATA-AATATAAG--------TAAGT----TGCATGTCAACATAAATATAAATAAGT-T--GC-
gi|16 : ataaataag-TAT---G---TT---GCAT-GTCAACATAATTAACTTGCA-T--GTT--AAC--ATAAGTATGTTACATT-TCGA-CGTACAAATG-T--AAT-TAAGTTCTGTGT-CT-AC----ATA-a
gi|17 : TAAATTGCA-T--ATCATGCCTTATGATTATCTTAAATG-TTGA-C--------A-T--AAC-CAAGTCGCAGTT-CG-AC----AT--ATA-----TGTTGAC---AAAATATCTTGC----A----TActt
gi|17 : ag--T-TAT---C---TT---AAAT-GTTGACATAACCAAGTCGCA-G--TTC--GAC--ATA--TATGTT--------GA-C--------A----AAA-TATCTTGCATAT-t
gi|18 : agtaaattgcatatcatgccttatga---GCAA-GTCGACATCAT-ATTTTGCA-T--GTT--GA-------TTATGTTGCATG-TGGA-C--------T-C--A----ATCTTGCAT
gi|18 : GCA-A--GTC--GAC--ATCAT-ATTTTGCATG-TTGA-----------------T-TATGTTGCATGT-GG-AC----TCA-ATCTTGCATACAGAACGTAAAATGAacagaacgtaaaatgataccaccat
gi|19 : GTTGCATA-TCAA-C--------A-T--AAT-TATTTTGCATGT-CG-AC----ATT-ATC-----TATAAAA---AAtaccaccat
gi|2 : ---TT-A-----------GTTGCATGTCGACAAATA---T-----------TAG-T----TGCATGTCGAT------ATA--T--GT-T--GC-A------CTTAG-CACGT---TGGGAGTCACGTGGAGCA-CATGTTG--GTG-ATAT--T---ACT-A--TTT--TTCGA-AAA---AA---A------T--TC-CA---AA-----------A--------------AT--T-GAT---C---T----GTAT--TATATATTTTTTTTTTGCA-T--GAC--AAC--AAAGTTTTGTTGCATG-TTGA-C--------A-T--GAT-TATCTTTCAGGT-CG-AC----ATA-ATC-----T-----G---AATGCAACTTGC----ATACCTACA-GGAGGCcaagatgtgtttgtgaaacaaa
gi|20 : caaaaa-T--GTT--GAC--ATAATTGCCTTGCATG-TCCT-C--------A-T--ATC-TATCTTGCTTGT-AG-AC----ATA-GTT-----TAagaaatatataccaatatattgcagctaaataacgca
gi|3 : CTTATTTATGTGATAAGATGCATGAGAACATA-AA--TA---------T---TTCA-----------GGTGCATGCCAACATC-A---A-----------TAAGT----TGCATGTCGAC------ATAAAGGAGT-T--GT-T------TCTAT-CATGT---TAAAAGTCAC-------A-AGTG--G--TTG-ATAT--TTG-AGA-A--TTT--AACGG-AAA---AG---A------T---C-CA---AA-----G-TG-TA--------------AT--T-TAT---C---TT---GCGT-GTCAACATAGTTTTGTTGCA-T--GTT--GAC--ATACTTATATTGCATG-TCGA-C--------A-T--AAT-TATCATGCATGT-CG-AC----ATA-ACC-----TAAAGAA---AAAACAGCTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|4 : ATAAGT-T--GTATG-----TCTATACAT-T---TT---GTC--------------------TTGCATAT--TT--ACATA--AAT--AA-GT-CAA---AT---G------T--CCACAT--AA-----G-TA-TA--------------------TA-------------GGAT-GTCGACTTATTTATCTCGCA-T--GTC--AAC--ATAACCAAGTTGCATG-TCCA-C--------A-T--AAT-TAACTTGCATTT-TG-AC----ATA-A
gi|4 : T--T-TGT---C---TT---GCAT-ATTTACATAAATAAGTCAAA-T--GTC--CAC--ATAAGTATATAGGATG-TCGA-C--------T-T--ATT-TATCTCGCATGT-CA-AC----ATA-ACC-----ataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacatATGTCCACATA-AG--TA---------T---AT-A-----------G--G-ATGTCGACTTA-T---T-----------TATCT----CGCATGTCAAC------ATAACCAAGT-T--G---------------CATGT---CCA----CAT-------A-ATTA-----------AC--TTG--CA-T--TTT--GACAT-AAAT--AA---G------T--TG-CA------------TG-T----------------T--G-CAT---C---TT---TCAT-GT----ATAATaagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|4 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaCTTATTTATCT-------CGCATGTCAACATA-AC--CA----------------A-----------GTTGCATGTCCACATA-A---T-----------TAACT----TGCATTTTGAC------ATAAATAAGT-T--GCATGTTGCATCTTT-CATGT---ATAATGTCAG-------ATACTGGAG--TTG-GTAA--TTA---G-A--TTTCCAACATCAAAATCAG---G------TTCTC-TA---AA--------A-CA--------------ATTAT-TAA---C---TT---GCAT-GCCAACgtcagatactggagttggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaac
gi|5 : ataagttgtatgtctatacattttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgtccacataagtatataggatgtcgaATTTGTCT-------TGCATATTTACATA-AA--TA---------
gi|5 : atac--TTGCATAT--TT--ACATA--AAT--AA-GT-CAA---AT---G------T--TC-CACATAA-----G-TA-TATAGGATGTCGACTTAT--T-TAT---C---TC---GCAT-GTCAACATAACCAAGTTGCA-T--GTC--CAC--ATAATTAACTTGCATT-TTGA-C--------A-T--AAA-TAAGTTGCATGT-TG--C----ATagtcaaatgttccacataagtatataggatgtcgacttatttatctcgcatgtcaacataaccaagttgcatgtccacataattaacttgcattttgacataaataagttgcatgttgcatctttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|5 : atacatttgtcCTTATTTATCT-------CGCATGTCAACATA-AC--CA----------------A-----------GTTGCATGTCCACATA-A---T-----------TAACT----TGCATTTTGAC------ATAAATAAGT-T--GCATGTTGCATCTTT-CATGT---ATAATGTCAG-------ATACTG--GAATTG-GTAA--TTA---G-A--TTTCCAACATCAAAATCAG---G------TTCTC-TA---AA--------A-CA--------------ATTAT-TAA---C---TT---GCAT-GCCAActttcatgtataatgtcagatactggaattggtaattagatttccaacatcaaaatcaggttctctaaaacaattattaacttgcatgccaa
gi|6 : atacatttgtcttgcatatttacataaataagtcaaatgttccacataagtatataggatgtcga-CATGT---TTGAAGTCAC-------A-TATG--G--GTG-ATAT--TTG-ATA-AAGTTT--GA-----AA---AT---T------T--TC-CA---AATCCTTG-TC-TG--------------AT--TATAT---T---TT---TC-----TGGCATAA--AAA---------------AC--ATAGTTTTGATTCATG-TTCA-C--------A-T--AAC-CATCATGCATGT-AT-CC----ATA-ATC-----TAAAG-A---AAAATAACTTGC----A----TACA-GGAGGC
gi|7 : agATGT---CTAAAGTCAC-------A-AGTG--G--TTG-ATAT--TTGAAGA-A--TTT--AACGG-AAA---AGTGCG------A--TC-CA---AA-----GCTG-TA--------------TT--T-TAT---C---TTA--GCGTGGTCAACATAGTT-TTTTGCAGT--GTT--GACA-ATACTTCTATTGCATGTTCGA-C--------A-TAAAAT-TATCATGC-TGTGCGAAC----ATACACCGT---TAAAGAA---AAAACAGCTTGCACGAA----TACACGGAGGCagaaatatgctaccagtagctacagcagatgcaact
gi|8 : ---TT-A-----------GTTGCGTGTAGACATG-A---T-----------TAACT----TGCATGTTGAC------ATAATTAA----------------TCCG--CATGT---T----------------G-ACT------TTG-ACATAATTG-A-------TT--AGCAT--------G---A------T--GA-CA---AA----------TA--------------AT--------------TC---GCAC-CTTGACAGAAATGAGTCGAA-T--TTT--GAC--ATAAATAAATTGCATG-T--A-C--------ATT--AAT-TAAATTGCGT
gi|9 : a---TT---GCAT-GTCAACAAAATTAAGTTGTA-TATGTT--AAC--A--ATTATGTTGCATG-T-GATC--------A-T--ACT-TATC-----TGT-CG-AC----ATA-ATT-----GATAGAA---Attaagatggcagata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgaATGTCGAC------A--GATAAGTAT--G------------AT-CACAT---GCAA---CAT-------A-ATTG-----TTA-ACAT--AT--ACA-A--CTT--AATTT--------T---G------T--T---G---AC-----A-TG-CA--------------AC--T-TATTTAC---TT---GCAT-GTTAACATAATTAATTTGTA-T--GTC--AAC--ATGAATActtatttacttgcatgttaacataattaatttgtatgtcaacatgaata
gi|9 : agtttagtggcatatctctgtcccttgatttctatcaattTGTTGACATGCAACTTA---------T---TT-A-----------CTTGCATGTTAACATA-A---T-----------TAATT----TGTATGTCAAC------ATGAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GATAACGTCATATAGTTAAACATTATCATATACATACAACTAA