lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 55555555555555555 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222 11111111 111111 333333333 999999999999999999999 22222 4444 111
lowQualScore : 2 00 44444444444444444 8 1 1 44 88 1 7 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 2 666666 44444444 111111 444444444 2 333333333333333333333 66666 6 3 5555 1 333 888 6
lowQualScore : . .. ................. . . . .. .. . . ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . ...... ........ ...... ......... . ..................... ..... . . .... . ... ... .
lowQualScore : 7 66 88888888888888888 0 1 9 66 00 7 3 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 5 777777 00000000 666666 222222222 2 000000000000000000000 55555 0 0 0000 2 222 222 0
consensus : GGGCACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--TT-CAGCTG--GGATA-TAAAATCCGCGAAAC-AN-TATGACGTCGCAAT-----TGAAA--TAAG-------CAT--T-------TC---TTA------ATTTCG-AT-TTTAATTTCATTTG--AGATTTAATTCATA-GCA-AAAT-------CT-A---AAAAT-ATACCATNCAGCTACTAAGA-TCAAAGGAAATACGAAATGTTATA---ATGCTGCCGTGTAATTCGT-T-CTG----ATCAATA----TGAAAGT--A--AACTG-------AT---G----ACGTCGT-AGA-CTGCACATCG--TGACGATGACACA----T--A---C----A---TATGT-A--------TAACTGTGCCA--AGTAAATATCAACGAAATGTGGAGCATTTG--------AAATGCATGCTATGGAATATATA---TA---TATAAGCGTGAAACACTGAGAATNTATTG-TAATATAATGAAGGTATGTTGATTTTAT
Reference ( gi|3 ) : GGGTACGTTAAGGCAAGTCATGAAAAT--TT-CAAATG--GGATATTAAAGTCCGCGAAAC-AT-TGTGACGTCACAAT-----TGAAA--TAAG-------C----T-------TC---TTA------ATTCCG-AT-TTTAATTTCATTTG--AAATTCAATTCATA-GTA-AAATA------CTAA---AAAAT-ATACCATTTAGCTGCTAATA-TCAAAGGAAACACGAAATGTTATGTT-ATGCTGCCATGTAAAACAT-T-CTG----ATCAATA----TGAAAGTTAA--AACTG-------AT---G----ACA-CGT-AGA-CTATACATCG--TGACGATGACACA----T--G---C----A---TATGT-A--------TAACTGTGCCA--AGTTAATATCAACAGAATGCGGAGTATTTA--------AAATATATGCTATGGAATATATA---T----T----GCGTGAAGCAATAAGAATTTA-TGATAATATAATGAAGGTATGTTGGTTTTATA
gi|2 : GAGCATGTTAAGGCAAGTCCTGAAAAT--CT-CAGCTG--GGA---TAAATCCCGAGAAAC-AG-TATCATATCACAAT-----TGATA--CAAGAAAATGAC----TACGTATGTCTATTTG------ATTTCG-AT-TTTTATTTCGTTT----------ATCCATA-----------------CAA---AAAATGATATCATTCAGCAACTAACA-TAAAAAGAAATGCAA-----CATACC-AGGCTGCTA-GT---ACGT-------------AATA----TGGTAGT--A--AACTG-------AT---A----ACGTCAT--GA-ATATATATCC--TGACAATAACATA----T--ATTTC----AAATTTTGT----------TAGCTGGGCTATTAGTAAATA--AACAAAATGTGA---ATTTAATACCCTTAAGCGTAGATTATTGGACACCTA--------A----GCGTGGAAAACTGAGAATTTCTTGATAAT---ATGAAGGTATGTTGATCTTAT
gi|1 : cgcGGGTACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--GT-TTGCTT--GGATA---AAATCCG-GAGACTATATATCACGTCATGAT-----TAGAA--TA---------C----C-------TCG--TTA------AGTATACATGTTCCATTTCTTATG--CA-TT---TTCA-A-GAA-AAAAAATTCTTCTGACAGAGGAT-AAGCTATGCAGCTACTAAGAACCAAAG--------AAATGT--------------CGTGTAAATCGTGT-CCG----ACCAATACATATGAAGAT--A--AATAG-------AT---G----ACATCAT-AT--CTATACATCGAGTGACGATGGCACACT--T--G---C----A---GA--------------AAATTTGTCA------AATATCGACGAAATGTGGAACATTTG--------AAATGCATGCCTTGG-------G---T----T----ACCTGA--C--TGAGAATGTATTG--AATGT-ATGA----CTGTTGATTTCATtaattgacaattcagtttaatgtcaaaaac
gi|9 : aggaaaatatcaaaatcataatatacatcatatatctgtaataattctatgtGGGCATGTTAAAGCAGGTCATGAAAATC-TT-TTGCTG--GGA---TAAAATACGCTAAAA-AG-TATGACG--GCAGT-----------------------------------------TTA------ATTTCA-AT-TTTATTTTC--TTGCAAGATTT-ATTCATA-GCATAAAT---------------AAAT-----CACGCTGCTACTAAGA-TCGAACGAAAT-CGAAATTTTATA---AT-TTGCCAAGT------T-TGCTGTCTCATCCATG----TGAAAAT-----AATTGTCTCCTCAC---GAT--ACA-CAT-GGA-TT----------TGATGA-GCCACA----T--G---TAACAA---TGTGT----------TAATTGTtcacgtttaaat
gi|8 : aactaaggtatGGGCATGT-AAAGCAGGTCATGAAAAT--CT-T---TGCTGGA---TAAAATACGCTAAAA-AG-TATGACG--GCAGT-----------------------------------------TTA------ATTTCA-AT-TTTATTTTC-TGCA--AGATTT-ATTCATA-GC----AT--------------AAAAT-A-ATCACGCTGCTACTAAGA-TCGAACGAAAT-CGAAATTTTATA---ATG-TGCCAAGTATTGCTG-T-CTC----ATCCATG----TGAAA--TAATTGTCTC-------CT---------CA-CG--A----TACACATGGATTGATGATGCCACA----TTAA---C----A---GATGT-GT-------TAATTGTa
gi|14 : tatataaaacaaggtatGTAAGTTAAGGCAAATCATGGACAG--TT-TAACTG--GGATA---AAATCCGTGAAAC-AC-TGTGATGTCACAAT-----TGAAA--TAAG-------a
gi|12 : acacgtGTATGTTAAAGCAGGTCATGAAAATCGTTGC---TG--GGATAT---AATACGCTAAAA-GA-TATTACG--GCAGT-----T------------------------------------TA------ATTTCG-AT-TTTATTTTC--TTGCAAGATTT-ATTCATACATA-AAAT---------------AAAT--CA-CGTTT--CTACCACGA-TCCAAAGAAATTCGCAATGTTAAA---ATGTTGTCACGTAtaagtggctaagtaaatattttcggaattccaatttt
gi|17 : atcaaatagggcatgtTACTTTAAGGCAAGTCATGAATAT--TT-CAACTG--GGA---TAAAATATGTGACAC-AT-TTAGACGTCAC-AT-----TAAAc
gi|6 : AAGG-AAGTCATGACAAT--TT-CAA----------------TCCGCGAAAC-AT-TGTGGCATCACAAT-----TGAAA--TGAG-------TATA-TG------TC---TAAGCATGTATTTCG-AT-TATAATTTCATTTG--AACTT-AATTCAT--GCA-AAA----------------AAAT-AT--CATTTAGCTACCAAGA-TCAAAGGAAATACGAAACTATATGT---TGTTGTCGTGT--------------------AATA----TGAAAAT--A--AACCA-------AT---G----ATGTCAT-A-A-CT----------TGACGATGACATAAAATT--A---T----T---TATTT-AGAATTAATTAACTGTGTCA--TGTAAATTTCAATCAAATGCGGAGTATTTT--------AA
gi|11 : ccAAGCAAGTCATAAAAAA--TT-CAACTG--GGATA---AAATCCGCGAAAT-GT--GTGTTGTCGCAATCGATTTGAAAATTCAG-------TAT--T-------TT---TTA------ATTCCG-AT-TTTCATTTCATTTT--AA--TTAATTC----------ATA------CT-A---AGAAT-GTA-CATATA----CGAAGA-TCAAAGGCAGTACGAAATGTTATG-C-A-GCTAGCGTGTAATTTAT-T-TT--------------------AGT--A--AACTG-------ATTACGTCATACA-TGT-AG--CTGCGCATCG--TGtt
gi|5 : --TAAG-------CATGGT-------TT---TTA------ATTCCG-AT-TTTAAGTCCATTTA--AAATT-AATT--TC-G--------------CTAA---AATGT-ATATGAAGTAGCTAATAAAG-TCAGCGAAAATACAAAATA-----------CAGTCGTGCAATTCAG-T-CTG----ATCAATG----TGAAAGT--G--AATTG-------AT---G------A-CGTCAGAGCTGCACTTCG--TGACAAATAAATT----T--A---G----A---TATGTCA--------TAGTTCTGCCA--TGTAAATAACA
gi|13 : ttaaataggtgtattgcT-TTTGAT---ATGTG--AAA---AGTTCATA-ATA-AA----------TA--------T-ATACTATTCGGTTACTAATG-CCAAAGGTAATACGAAATGCTATTCTGGTGTTGC---GTAATTCAT-T-C-----------------TGAAAGT--A--AACTG-------AT---G----ACGTCAT-A-A-CTATACATCG--TGACGATGAtttttttcataaaatatacaacattgataggcataggacatagatatttgtgaattttgatgtaa
gi|4 : TCAATTTTATTTA--GGATT-AATCCATA-TT-------------C------AAAAT-ATACCATTCAGCTTTTAAGA-CCAAAGCAAATATGAAATGCTCTGC---TGCTGTGGTGTAATTCGT-T-CTG----ATCACTA----TGAAAA-TAA--AA-TG-------AT---G----ACGTCAT-A-A-CTGTAAATCA--TGACGA--A-ACA----T--T---T----A---TATTT-A--------TAATT-TGTTA--AGT--GT----------TG----GTATTTG--------AAATACATGCTATGGAATATATAGAGTA---TATAAGCGTGAAACATTGAGAGTGTA-C--TTATATAATGAATGT
gi|15 : ATACGAAATGCTCTATT-A--CTGTAATATAACCTAG-T-CTG----ATCAATA----TGAACAT--A--AACTA-------TT---G----Atattattattcattgacaatttaattcatcgggaaaatcgttcatttagcatttcgatccgattttcctctgtc
gi|10 : --------TAACTGTGCCT--AGTAATTATCAACACAATGTGGAACATTTG--------CAATGTGTGCTATGGAATATACA---TAACATATAAGCGTGAAACACTGATAATTTA-T--TGATATAATGAAGTTAAGTTGATTTTATagtcataattggacattaatatgacga
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AGAAAAACATCATCAAATATACTCATATATCTGTCATAATTTATGTGGTACGTTAAGGCAGGCATAGAAATGTTTGCTTGGATAAAATGAGACAATGGCACGTCATTATTAGCATACTTCGTTAAGTATAAACGTTCAATTTCTATTGCATTTTCAGGAAAAAAAAATTCTTTCGACACAGGATACCAAGAACGAAAGAAATCACGCTATTGCTGCTGTGTGTCCGACAATAAAAAATGAAGTAAACGGATGAATATCCTATACATCAGT
Unaligned ( gi|16 ): TCCATTCCGCACGTCGTTCCGATTTTCCTCTCATACACTGACATAAAACTGCAAAAGTATCACACTACGCCGCATAATTTAG
Alignments
lowQualScore : 222 88888888888888888888888888888888888888 111111 2222222222 77777777777777777777 1111111 2222222222222222222222 3333333333333 11111111 55555555555555555555555555555555 22222222 1111 444444444444444444 2222 1111
lowQualScore : 88 444 4 777 3 3 2 1 0 55 444 55555555555555555555555555555555555555 777 111111 8 7 8 7777777777 33333333333333333333 7777 3 88888888 111 3 3 7 22 8888888 11 0 7777777777777777777777 0 555 1 3333333333333 55 88888888 4 22222222222222222222222222222222 1 77 33 5 00000000 6 555 3 4444 77 6 111111111111111111 3 1 7777 3 5 6666 8
lowQualScore : .. ... . ... . . . . . .. ... ...................................... ... ...... . . . .......... .................... .... . ........ ... . . . .. ....... .. . ...................... . ... . ............. .. ........ . ................................ . .. .. . ........ . ... . .... .. . .................. . . .... . . .... .
lowQualScore : 66 888 3 666 6 6 0 0 2 00 555 33333333333333333333333333333333333333 000 555555 0 3 8 8888888888 77777777777777777777 1111 3 88888888 222 3 3 3 88 1111111 44 9 5555555555555555555555 8 000 3 7777777777777 11 55555555 8 88888888888888888888888888888888 1 99 00 1 77777777 3 999 0 2222 55 7 333333333333333333 8 0 4444 8 6 2222 0
consensus : GGGCACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--TTCAGCTGGGATAT--AAATCC-GCGAAACANTGTG--ACGTCGCAAT-----TGA--------AA--TAA----GCAT--T-TC-T---TA------ATT-TCGAT-TTTAATTTCATTTG--AGATTTAATTCATAGC-A-AAA-------T--T-AAA----A-T-A--TACCACGCAGC-TACTAAGA-TCAAAGGAAATACGAAATGTTATG--NTGCTGCCGTGTAATTCGT--TCTGATCAATA-----TGAAAGT--AAACTGATGACGTC------ATAGA-CTACACAT---CG---TGACGATGACACA----T---A---CA---TATGT-A--------TAACTGTGCCA--AGTAAATATCA--------ACAAAATGTGGAGCATTTGAAATGC----ATGCTATGGA-ATA-TATA---T---ATATAAGCGTGAAACACTGAGAATTTATTG-TAATATAATGAAGGTATGTTGATT-TTAT
Reference ( family-6271 ) : GGGCACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--TTCAGCTGGGATAT-AAAATCC-GCGAAACANTATG--ACGTCGCAAT-----TGA--------AA--TAA----GCAT--T-TC-T---TA------ATT-TCGAT-TTTAATTTCATTTG--AGATTTAATTCATAGC-A-AAA-------T-CTAAAA----A-T-A--TACCATNCAGC-TACTAAGA-TCAAAGGAAATACGAAATGTTATA--ATGCTGCCGTGTAATTCGT--TCTGATCAATA-----TGAAAGT--AAACTGATGACGTC------GTAGA-CTGCACAT---CG---TGACGATGACACA----T---A---CA---TATGT-A--------TAACTGTGCCA--AGTAAATATCA--------ACGAAATGTGGAGCATTTGAAATGC----ATGCTATGGA-ATA-TATA---T---ATATAAGCGTGAAACACTGAGAATNTATTG-TAATATAATGAAGGTATGTTGATT-TTAT
gi|1 : GGGTACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--GTTTGCTTGGATA---AAATCC-G-GAGACTATATATCACGTCATGAT-----TAG--------AA--TA--------C--C-TCGT---TA------AGTATACATGTTCCATTTCTTATG--C-ATTT---TCA-AGA-A-AAAAAATTCTT-CTGACAGAGGA-T-A--AGCTATGCAGC-TACTAAGAACCAAAG--------AAATGT-------------CGTGTAAATCGTG-TCCGACCAATACATA-TGAAGAT--AAATAGATGACATC------ATAT--CTATACAT---CGAG-TGACGATGGCACACT--T---G---CA---GA--------------AAATTTGTCA--A----ATATCG--------ACGAAATGTGGAACATTTGAAATGC----ATGCCTTGGG-TTA-------------------CCTG----ACTGAGAATGTATTG--AATGT-ATGA----CTGTTGATT-TCAT
gi|10 : aggaaaatatcaaaatcataatatacatcatatatctgtaataattctatgt--------TAACTGTGCCT--AGTAATTATCA--------ACACAATGTGGAACATTTGCAATGT----GTGCTATGGA-ATA-TACA---TAACATATAAGCGTGAAACACTGATAATTTATTG---ATATAATGAAGTTAAGTTGATT-TTATtcacgtttaaat
gi|11 : gtAAGCAAGTCATAAAAAA--TTCAACTGGGATA---AAATCC-GCGAAAT-GTGTG--TTGTCGCAATCGATTTGA--------AAATTCA----GTAT--T-TT-T---TA------ATT-CCGAT-TTTCATTTCATTTT--AA--TTAATTCATA-----------------CTAAGA----A-T-G--TAC-ATA-----TACGAAGA-TCAAAGGCAGTACGAAATGTTATG--CAGCTAGCGTGTAATTTAT--TTT-----------------AGT--AAACTGATTACGTCATACATGTAG--CTGCGCAT---CG---TGtcatagaaaaatttgttcaacggaaaaccgctccgtttagcatgtcgattcaattttcctctgtcgtacactaaaataaaactgcataagtagcacactttgttgtgtattttggagc
gi|12 : GTATGTTAAAGCAGGTCATGAAAATCGTT--GCTGGGATAT---AATAC-GCTAAAAGATATT--ACG--GCAGT--------------------------------------T---TA------ATT-TCGAT-TTTATTTTC--TTGCAAGATTT-ATTCATA-C-----A-------T----AAA----A-T-A--AATCACGTTTC-TACCACGA-TCCAAAGAAATTCGCAATGTTAAA--ATGTTGTCACGTA
gi|13 : atcaaatagggcatgtT-TTTGAT---ATGTG--AAA---AGTTCATAA-----------------TAAAT----A-T-A--TACTATTCGGT-TACTAATG-CCAAAGGTAATACGAAATGCTATT--CTGGTGTTGCGTAATTCAT--TC--------------TGAAAGT--AAACTGATGACGTC------ATA-A-CTATACAT---CG---TGACGATGAc
gi|14 : GTTAAGGCAAATCATGGACAG--TTTAACTGGGATA---AAATCC-GTGAAACACTGTG--ATGTCACAAT-----TGA--------AA--TAA----GTA
gi|15 : acacgtgtaaATACGAAATGCTCTA--TTACTGTAATATAACCTAG--TCTGATCAATA-----TGAACAT--AAACTATTGAAGTC------ATA-A-TTGGACATTAATA---TGACGAagtggctaagtaaatattttcggaattccaatttt
gi|17 : ACTTTAAGGCAAGTCATGAATAT--TTCAACTGGG--AT-AAAATAT-GTGACACATTTAG--ACGTCAC-AT-----TAA--------A
gi|2 : tGAGCATGTTAAGGCAAGTCCTGAAAAT--CTCAGCTGGGATA----AATCCCGAGAAACAGTATC--ATATCACAAT-----TGATACAAGAAAA--TGACTACGTAT--G-TC-TATTTG------ATT-TCGAT-TTTTATTTCGTTT----------ATCCATA-C-A-AAA--------------A----A-TGA--TATCATTCAGC-AACTAACA-TAAAAAGAAATGCAACA---TACC--AGGCTGC----TAGTACGT---------AATA-----TGGTAGT--AAACTGATAACGTC------AT-GA-ATATATAT---CC---TGACAATAACATA----T---ATTTCAAATTTTGT----------TAGCTGGGCTATTAGTAAATA--A--------ACAAAATGTGA---ATTT--AATACCCTTAAGC-GTAGA-TTATTGGA---C---ACCTAAGCGTGGAAAACTGAGAATTTCTTGATAAT---ATGAAGGTATGTTGATC-TTAT
gi|3 : cgcGGGTACGTTAAGGCAAGTCATGAAAAT--TTCAAATGGGATATTAAAGTCC-GCGAAACATTGTG--ACGTCACAAT-----TGA--------AA--TAA----GC----T-TC-T---TA------ATT-CCGAT-TTTAATTTCATTTG--AAATTCAATTCATAGT-A-AAA-------TACTAAAA----AAT-A--TACCATTTAGC-TGCTAATA-TCAAAGGAAACACGAAATGTTATGTTATGCTGCCATGTAAAACAT--TCTGATCAATA-----TGAAAGTTAAAACTGATGACA-C------GTAGA-CTATACAT---CG---TGACGATGACACA----T---G---CA---TATGT-A--------TAACTGTGCCA--AGTTAATATCA--------ACAGAATGCGGAGTATTTAAAATAT----ATGCTATGGA-ATA-TATA---T----T----GCGTGAAGCAATAAGAATTTATGA-TAATATAATGAAGGTATGTTGGTT-TTATtaattgacaattcagtttaatgtcaaaaac
gi|4 : TCAATTTTATTTA--GGATT-AATCCATA-----------------TTCAAA----A-T-A--TACCATTCAGC-TTTTAAGA-CCAAAGCAAATATGAAATGCTCTG--CTGCTGTGGTGTAATTCGT--TCTGATCACTA-----TGAAAAT--AAAATGATGACGTC------ATA-A-CTGTAAAT---CA---TGACGA--A-ACA----T---T---TA---TATTT-A--------TAATT-TGTTA--AG-----------------------TGTTG-GTATTTGAAATAC----ATGCTATGGA-ATA-TATAGAGT---ATATAAGCGTGAAACATTGAGAGTGTACT--T-ATATAATGA----ATGTT-ATTATTATa
gi|5 : --TAA----GCATGGT-TT-T---TA------ATT-CCGAT-TTTAAGTCCATTTA--AAATT-AATT--TCGCTA-AAA-------T-----------G-T-A--TATGAAGTAGC-TAATAAAG-TCAGCGAAAATACAAAAT---ACA-------GTCGTGCAATTCAG--TCTGATCAATG-----TGAAAGT--GAATTGATGACGTC--------AGAGCTGCACTT---CG---TGACAAATAAATT----T---A---GA---TATGTCA--------TAGTTCTGCCA--TGTAAATAACATTTTTTTCATAAAATATACAACA-TTGATAGGC----ATA----GGACATA-GATA---T---tcattgacaatttaattcatcgggaaaatcgttcatttagcatttcgatccgattttcctctgtc
gi|6 : ttaaataggtgtattgcAAGG-AAGTCATGACAAT--TTCA--------------ATCC-GCGAAACATTGTG--GCATCACAAT-----TGA--------AA--TGA----GTATA-TGTC-T---AAGCATGTATT-TCGAT-TATAATTTCATTTG--A-ACTTAATTCAT-GC-A-AAA-------------AA----A-T-A--T--CATTTAGC-TACCAAGA-TCAAAGGAAATACGAAACTATATG--TTGTTGTCGTGTAAT----------------A-----TGAAAAT--AAACCAATGATGTC------ATA-A-CT--------------TGACGATGACATAAAATT---A---TT---TATTT-AGAATTAATTAACTGTGTCA--TGTAAATTTCA--------ATCAAATGCGGAGTATTTTAAttgtgaattttgatgtaa
gi|7 : ccGGTACGTTAAGGCAGG-CATAGAAAT--GTTTGCTTGGATA---AAAT-----GAGACAATGGC--ACGTC---AT-----T-----------A--TTA----GCATACT-TCGT---TA------AGTATAAACGTTCAATTTCTATTG--C-ATTT---TCA--GG-A-AAA-----------AAAA----A-T-TCTTTCGACACAGGATACCAAGA-ACGAAAGAAAT-C---ACGCTAT----TGCTGCTGTGTG--------TCCGA-CAATAAAAAATGAA-GT--AAACGGATGAtt
gi|8 : agaaaaacatcatcaaatatactcatatatctgtcataatttatgtGGGCATGT-AAAGCAGGTCATGAAAAT--CTTTGCTGG---AT-AAAATAC-GCTAAAAAGTATG--ACG--GCAGT--------------------------------------T---TA------ATT-TCAAT-TTTATTTTC-TGCA--AGATTT-ATTCATAGC-----A-------T----AAA----A-T-A---ATCACGCTGC-TACTAAGA-TCGAACGAAAT-CGAAATTTTATA--ATG-TGCCAAGTATTGCTG--TCTCATCCATG-----TGAAA-T---AATTG-TCTCCTC------AC-GA--TACACAT---GGAT-TGATGATGCCACA----TTA-A---CA---GATGT-GT-------TAATTGTatatcctatacatcagt
gi|9 : tatataaaacaaggtatGGGCATGTTAAAGCAGGTCATGAAAATC-TTTTGCTGGG--AT-AAAATAC-GCTAAAAAGTATG--ACG--GCAGT--------------------------------------T---TA------ATT-TCAAT-TTTATTTTC--TTGCAAGATTT-ATTCATAGC-ATAAA-------T-----AA----A-T-------CACGCTGC-TACTAAGA-TCGAACGAAAT-CGAAATTTTATA--AT-TTGCCA---AGTTTGCTGTCTCATCCATG-----TGAAAAT---AATTG-TCTCCTC------AC-GA--TACACAT---GGATTTGATGA-GCCACA----TGTAA---CA----ATGT-GT-------TAATTGTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCCATTCCGCACGTCGTTCCGATTTTCCTCTCATACACTGACATAAAACTGCAAAAGTATCACACTACGCCGCATAATTTAG
Alignments
lowQualScore : 333 88888888888888888888888888888888888888 111111 2222222222 555555555555555555555555555 1111111 1111111 22222222222222222222 222222222 1111111111 55555555555555555555555555555555 1111 22222222 1111 444444444444444444 2222 1111
lowQualScore : 88 444 1 333 3 3 2 1 55 444 55555555555555555555555555555555555555 777 111111 8 7 8 7777777777 888888888888888888888888888 44 2222222 66 3 3 7 2 0000000 5 0 77777777777777777777 88888 0 555 1 777777777 22 6666666666 4 22222222222222222222222222222222 1 1111 1 5 00000000 555 3 4444 77 6 111111111111111111 3 0 7777 3 5 6666 8
lowQualScore : .. ... . ... . . . . .. ... ...................................... ... ...... . . . .......... ........................... .. ....... .. . . . . ....... . . .................... ..... . ... . ......... .. .......... . ................................ . .... . . ........ ... . .... .. . .................. . . .... . . .... .
lowQualScore : 66 888 4 888 6 6 0 0 00 555 33333333333333333333333333333333333333 000 555555 0 3 8 8888888888 444444444444444444444444444 66 0000000 00 3 3 3 5 0000000 1 9 33333333333333333333 33333 8 000 3 444444444 22 8888888888 8 88888888888888888888888888888888 1 4444 4 1 77777777 999 0 2222 55 7 333333333333333333 8 6 4444 8 6 2222 0
consensus : GGGCACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--TTCAGCTGGGATA---AAATCC-GCGAAACANTGTG--ACGTCGCAAT-----TGA--------AA--TAA----GCAT--T-TC-T---TA------ATT-TCGAT-TTTAATTTCATTTG--AGATTTAATTCATAGC-A-AAA------T--T-------AAAA--T-A--TACCACGCAGC-TACTAAGA-TCAAAGGAAATACGAAATGCTATGCT--GCTGTCGTGTAATTCGT--TCTGATCA----ATA-----TGAAAGT--AAACTGATGACGTCATAGA-----CTATACAT---C--G---TGACGATGACACA----T---A---CA---TATGT-A--------TAACTGTGCCA--AGTAAATATCA--------ACAAAATGTGGAGCATTTGAAATGC----ATGCTATGGA-ATA-TATA---T---ATATAAGCGTGAAACACTGAGAATTTATTG-TAATATAATGAAGGTATGTTGATT-TTAT
Reference ( family-6271 ) : GGGCACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--TTCAGCTGGGATAT--AAATCC-GCGAAACANTGTG--ACGTCGCAAT-----TGA--------AA--TAA----GCAT--T-TC-T---TA------ATT-TCGAT-TTTAATTTCATTTG--AGATTTAATTCATAGC-A-AAA------T--T-------AAAA--T-A--TACCACGCAGC-TACTAAGA-TCAAAGGAAATACGAAATGTTATGNT--GCTGCCGTGTAATTCGT--TCTGATCA----ATA-----TGAAAGT--AAACTGATGACGTCATAGA-----CTACACAT---C--G---TGACGATGACACA----T---A---CA---TATGT-A--------TAACTGTGCCA--AGTAAATATCA--------ACAAAATGTGGAGCATTTGAAATGC----ATGCTATGGA-ATA-TATA---T---ATATAAGCGTGAAACACTGAGAATTTATTG-TAATATAATGAAGGTATGTTGATT-TTAT
gi|1 : GGGTACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--GTTTGCTTGGATA---AAATCC-G-GAGACTATATATCACGTCATGAT-----TAG--------AA--TA--------C--C-TCGT---TA------AGTATACATGTTCCATTTCTTATG--C-ATTT---TCA-AGA-A-AAAAAATTCT--TCTGACAGAGGA--T-A--AGCTATGCAGC-TACTAAGAACCAAAG--------AAATGT-------------CGTGTAAATCGTG-TCCGACCAATACATA-----TGAAGAT--AAATAGATGACATCATAT------CTATACAT---CGAG---TGACGATGGCACACT--T---G---CA---GA--------------AAATTTGTC------AAATATCG--------ACGAAATGTGGAACATTTGAAATGC----ATGCCTTGGG-TTA-------------------CCTG----ACTGAGAATGTATTG--AATGT-ATGA----CTGTTGATT-TCAT
gi|10 : aggaaaatatcaaaatcataatatacatcatatatctgtaataattctatgt--------TAACTGTGCCT--AGTAATTATCA--------ACACAATGTGGAACATTTGCAATGT----GTGCTATGGA-ATA-TACA---TAACATATAAGCGTGAAACACTGATAATTTATTG---ATATAATGAAGTTAAGTTGATT-TTATtcacgtttaaat
gi|11 : gtAAGCAAGTCATAAAAAA--TTCAACTGGGATA---AAATCC-GCGAAAT-GTGTG--TTGTCGCAATCGATTTGA--------AAATTCA----GTAT--T-TT-T---TA------ATT-CCGAT-TTTCATTTCATTTT--AA--TTAATTCATACT-A---------------------AGAA--T-G--TA-----CATA-TACGAAGA-TCAAAGGCAGTACGAAATGTTATGCA--GCTAGCGTGTAATTTAT--TTT---------------------AGT--AAACTGATTACGTCATACATGTAGCTGCGCAT---C--G---TGtcatagaaaaatttgttcaacggaaaaccgctccgtttagcatgtcgattcaattttcctctgtcgtacactaaaataaaactgcataagtagcacactttgttgtgtattttggagc
gi|12 : GTATGTTAAAGCAGGTCATGAAAATCGTT--GCTGGGATAT---AATAC-GCTAAAAGATATT--ACG--GCAGT--------------------------------------T---TA------ATT-TCGAT-TTTATTTTC--TTGCAAGATTT-ATTCATA-C-A-------------T-------AAAA--T-A--AATCACGTTTC-TACCACGA-TCCAAAGAAATTCGCAATGTTAAAAT--GTTGTCACGTA
gi|13 : atcaaatagggcatgtT-TTTGAT---ATGTG--AAA---AGTTCATAAT-A-AA----------T-------A-----T-A--TACTATTCGGT-TACTAATG-CCAAAGGTAATACGAAATGCTATTCT--GGTGTTGCGTAATTCAT--TC------------------TGAAAGT--AAACTGATGACGTCATA-A-----CTATACAT---C--G---TGACGATGAc
gi|14 : GTTAAGGCAAATCATGGACAG--TTTAACTGGGATA---AAATCC-GTGAAACACTGTG--ATGTCACAAT-----TGA--------AA--TAA----GTA
gi|15 : acacgtgtaaATACGAAATGCTCTATT--ACTGTAATATAACCTAG--TCTGATCA----ATA-----TGAACAT--AAACTATTGAAGTCATA-A-----TTGGACATTAAT--A---TGACGAagtggctaagtaaatattttcggaattccaatttt
gi|17 : ACTTTAAGGCAAGTCATGAATAT--TTCAACTGGGATA---AAATAT-GTGACACATTTAG--ACGTCAC-AT-----TAA--------A
gi|2 : tGAGCATGTTAAGGCAAGTCCTGAAAAT--CTCAGCTGGGATA----AATCCCGAGAAACAGTATC--ATATCACAAT-----TGATACAAGAAAA--TGACTACGTAT--G-TC-TATTTG------ATT-TCGAT-TTTTATTTCGTTT----------ATCCATA-C-A-AAA-------------------AA--TGA--TATCATTCAGC-AACTAACA-TAAAAAGAAATGCAACATACCAGGCT--GCTA----GTA---CGT---------A----ATA-----TGGTAGT--AAACTGATAACGTCAT-GA-----ATATATAT---C--C---TGACAATAACATA----T---ATTTCAAATTTTGT----------TAGCTGGGCTATTAGTAAATA--A--------ACAAAATGTGA---ATTT--AATACCCTTAAGC-GTAGA-TTATTGGA---C---ACCTAAGCGTGGAAAACTGAGAATTTCTTGATAAT---ATGAAGGTATGTTGATC-TTAT
gi|3 : cgcGGGTACGTTAAGGCAAGTCATGAAAAT--TTCAAATGGGATATTAAAGTCC-GCGAAACATTGTG--ACGTCACAAT-----TGA--------AA--TAA----GC----T-TC-T---TA------ATT-CCGAT-TTTAATTTCATTTG--AAATTCAATTCATAGT-A-AAA------TACT-------AAAAAAT-A--TACCATTTAGC-TGCTAATA-TCAAAGGAAACACGAAATGTTATGTTATGCTGCCATGTAAAACAT--TCTGATCA----ATA-----TGAAAGTTAAAACTGATGACA-CGTAGA-----CTATACAT---C--G---TGACGATGACACA----T---G---CA---TATGT-A--------TAACTGTGCCA--AGTTAATATCA--------ACAGAATGCGGAGTATTTAAAATAT----ATGCTATGGA-ATA-TATA---T----T----GCGTGAAGCAATAAGAATTTATGA-TAATATAATGAAGGTATGTTGGTT-TTATtaattgacaattcagtttaatgtcaaaaac
gi|4 : TCAATTTTATTTA--GGATT-AATCCATAT-------------T--C-------AAAA--T-A--TACCATTCAGC-TTTTAAGA-CCAAAGCAAATATGAAATGCTCTGCT--GCTGTGGTGTAATTCGT--TCTGATCA----CTA-----TGAAAAT--AAAATGATGACGTCATA-A-----CTGTAAAT---C--A---TGACGA--A-ACA----T---T---TA---TATTT-A--------TAATT-TGTTA--AG-----------------------TGTTG-GTATTTGAAATAC----ATGCTATGGA-ATA-TATAGAGT---ATATAAGCGTGAAACATTGAGAGTGTACT--T-ATATAATGA----ATGTT-ATTATTATa
gi|5 : --TAA----GCATGGT-TT-T---TA------ATT-CCGAT-TTTAAGTCCATTTA--AAATT-AATT--TCGCTA-AAA------T-------------G--T-A--TATGAAGTAGC-TAATAAAG-TCAGCGAAAATACAAAATA----------CAGTCGTGCAATTCAG--TCTGATCA----ATG-----TGAAAGT--GAATTGATGACGTCAGAG------CTGCACTT---C--G---TGACAAATAAATT----T---A---GA---TATGTCA--------TAGTTCTGCCA--TGTAAATAACATTTTTTTCATAAAATATACAACA-TTGATAGGC----ATA----GGACATA-GATA---T---tcattgacaatttaattcatcgggaaaatcgttcatttagcatttcgatccgattttcctctgtc
gi|6 : ttaaataggtgtattgcAAGG-AAGTCATGACAAT--TTCA--------------ATCC-GCGAAACATTGTG--GCATCACAAT-----TGA--------AA--TGA----GTATA-TGTC-T---AAGCATGTATT-TCGAT-TATAATTTCATTTG--A-ACTTAATTCAT-GC-A-AAA------------------AAA--T-A--T--CATTTAGC-TACCAAGA-TCAAAGGAAATACGAAACTATATGTT--GTTGTCGTGT----------------A----ATA-----TGAAAAT--AAACCAATGATGTCATA-A-----CT----------------TGACGATGACATAAAATT---A---TT---TATTT-AGAATTAATTAACTGTGTCA--TGTAAATTTCA--------ATCAAATGCGGAGTATTTTAAttgtgaattttgatgtaa
gi|7 : ccGGTACGTTAAGGCAGG-CATAGAAAT--GTTTGCTTGGATA---AAAT-----GAGACAATGGC--ACGTC---AT-----T-----------A--TTA----GCATACT-TCGT---TA------AGTATAAACGTTCAATTTCTATTG--C-ATTT---TCA-GGA-A-AAA-----------------AAAA--T-TCTTTCGACACAGGATACCAAGA-ACGAAAGAAAT-C---ACGCTAT--T--GCTGCTGTGTG--------TCCGA-CA----ATAAAAAATGAA-GT--AAACGGATGA----ATATC-----CTATACAT---C--tt
gi|8 : agaaaaacatcatcaaatatactcatatatctgtcataatttatgtGGGCATGT-AAAGCAGGTCATGAAAAT--CTTTGCT-GGATA---AAATAC-GCTAAAAAGTATG--ACG--GCAGT--------------------------------------T---TA------ATT-TCAAT-TTTATTTTC-TGCA--AGATTT-ATTCATAGC-A-------------T-------AAAA--T-A---ATCACGCTGC-TACTAAGA-TCGAACGAAAT-CGAAATTTTATAAT--G-TGCCAAGTATTGCTG--TCTCATCC----ATG-----TGAAA-T---AATTG-TCTCCTCAC-GA------TACACAT---G--GAT-TGATGATGCCACA----TTA-A---CA---GATGT-GT-------TAATTGTagt
gi|9 : tatataaaacaaggtatGGGCATGTTAAAGCAGGTCATGAAAATC-TTTTGCTGGGATA---AAATAC-GCTAAAAAGTATG--ACG--GCAGT--------------------------------------T---TA------ATT-TCAAT-TTTATTTTC--TTGCAAGATTT-ATTCATAGC-ATAAA------T-----------AAA--T-------CACGCTGC-TACTAAGA-TCGAACGAAAT-CGAAATTTTATAAT---TTGCCA---AGTTTGCTGTCTCATCC----ATG-----TGAAAAT---AATTG-TCTCCTCAC-GA------TACACAT---G--GATTTGATGA-GCCACA----TGTAA---CA----ATGT-GT-------TAATTGTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCCATTCCGCACGTCGTTCCGATTTTCCTCTCATACACTGACATAAAACTGCAAAAGTATCACACTACGCCGCATAATTTAG
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777 111111 2222222222 555555555555555555555555555 1111111 111111111 222222222222222222222222 222222222 11111111 55555555555555555555555555555555 22222222 1111 444444444444444444 2222 1111
lowQualScore : 88 444 1 666 3 2 1 55 444 666666666666666666666666666666666666666 777 111111 8 7 8 7777777777 888888888888888888888888888 44 2222222 66 3 9 0 000000000 00 0 666666666666666666666666 0 555 1 777777777 0 77777777 4 22222222222222222222222222222222 1 77 33 5 00000000 555 3 4444 77 6 111111111111111111 3 0 7777 3 5 6666 8
lowQualScore : .. ... . ... . . . .. ... ....................................... ... ...... . . . .......... ........................... .. ....... .. . . . ......... .. . ........................ . ... . ......... . ........ . ................................ . .. .. . ........ ... . .... .. . .................. . . .... . . .... .
lowQualScore : 66 888 4 444 6 0 0 00 555 333333333333333333333333333333333333333 000 555555 0 3 8 8888888888 444444444444444444444444444 66 0000000 00 3 2 2 777777777 99 9 333333333333333333333333 8 000 3 444444444 1 22222222 8 77777777777777777777777777777777 1 99 00 1 77777777 999 0 2222 55 7 333333333333333333 8 6 4444 8 6 2222 0
consensus : GGGCACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--TTCAGCTGGGATA---AAATCCGCGAAACANTGTG--ACGTCGCAA-----TTGA--------AA--TAA----GCAT--T-TC-T---TA------ATT-TCGAT-TTTAATTTCATTTG--AGATTTAATTCATAGC-A-AAA------T--T-------AAAA--T-A--TACCACGCAGC-TACTAAGATCGAAGGAAATACGAAATGCTAT-GCT--GCTGTCGTGTAATTCGT--TCTGATCAATA-----TGAAAGT--AAACTGATGACGTCATAGA-----CTATACAT---CG---TGACGATGACACA----T---A---CA---TATGT-A--------TAACTGTGCCA--AGTAAATATCA--------ACAAAATGTGGAGCATTTGAAATGC----ATGCTATGGA-ATA-TATA---T---ATATAAGCGTGAAACACTGAGAATTTATTG-TAATATAATGAAGGTATGTTGATT-TTAT
Reference ( family-6271 ) : GGGCACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--TTCAGCTGGGATA---AAATCCGCGAAACANTGTG--ACGTCGCAA-----TTGA--------AA--TAA----GCAT--T-TC-T---TA------ATT-TCGAT-TTTAATTTCATTTG--AGATTTAATTCATAGC-A-AAA------T--T-------AAAA--T-A--TACCACGCAGC-TACTAAGATCAAAGGAAATACGAAATGCTAT-GCT--GCTGTCGTGTAATTCGT--TCTGATCAATA-----TGAAAGT--AAACTGATGACGTCATAGA-----CTATACAT---CG---TGACGATGACACA----T---A---CA---TATGT-A--------TAACTGTGCCA--AGTAAATATCA--------ACAAAATGTGGAGCATTTGAAATGC----ATGCTATGGA-ATA-TATA---T---ATATAAGCGTGAAACACTGAGAATTTATTG-TAATATAATGAAGGTATGTTGATT-TTAT
gi|1 : GGGTACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--GTTTGCTTGGATA---AAATCCG-GAGACTATATATCACGTCATGA-----TTAG--------AA--TA--------C--C-TCGT---TA------AGTATACATGTTCCATTTCTTATG--C-ATTT---TCA-AGA-A-AAAAAATTCT--TCTGACAGAGGA--T-A--AGCTATGCAGC-TACTAAGAACCAAAGAAAT---------------------GTCGTGTAAATCGTG-TCCGACCAATACATA-TGAAGAT--AAATAGATGACATCATAT------CTATACAT---CGAG-TGACGATGGCACACT--T---G---CA---GA--------------AAATTTGTCA--A----ATATCG--------ACGAAATGTGGAACATTTGAAATGC----ATGCCTTGGG-TTA-------------------CCTG----ACTGAGAATGTATTG--AATGT-ATGA----CTGTTGATT-TCAT
gi|10 : aggaaaatatcaaaatcataatatacatcatatatctgtaataattctatgt--------TAACTGTGCCT--AGTAATTATCA--------ACACAATGTGGAACATTTGCAATGT----GTGCTATGGA-ATA-TACA---TAACATATAAGCGTGAAACACTGATAATTTATTG---ATATAATGAAGTTAAGTTGATT-TTATtcacgtttaaat
gi|11 : gtAAGCAAGTCATAAAAAA--TTCAACTGGGATA---AAATCCGCGAAAT-GTGTG--TTGTCGCAATCGATTTGA--------AAATTCA----GTAT--T-TT-T---TA------ATT-CCGAT-TTTCATTTCATTTT--AA--TTAATTCATACT-A---------------------AGAA--T-G--TA-----CATA-TACGAAGATCAAAGGCAGTACGAAATGTTAT-GCA--GCTAGCGTGTAATTTAT--TTT-----------------AGT--AAACTGATTACGTCATACATGTAGCTGCGCAT---CG---TGtcatagaaaaatttgttcaacggaaaaccgctccgtttagcatgtcgattcaattttcctctgtcgtacactaaaataaaactgcataagtagcacactttgttgtgtattttggagc
gi|12 : GTATGTTAAAGCAGGTCATGAAAATCGTT--GCTGGGATA---TAATACGCTAAAAGATATT--ACG--GCAG-----T---------------------------------T---TA------ATT-TCGAT-TTTATTTTC--TTGCAAGATTT-ATTCATA-C-A-------------T-------AAAA--T-A--AATCACGTTTC-TACCACGATCCAAAGAAATTCGCAATGTTAA-AAT--GTTGTCACGTA
gi|13 : atcaaatagggcatgtT-TTTGAT---ATGTG--AAA---AGTTCATAAT-A-AA----------T-------A-----T-A--TACTATTCGGT-TACTAATGCCAAAGGTAATACGAAATGCTAT-TCT--GGTGTTGCGTAATTCAT--TC--------------TGAAAGT--AAACTGATGACGTCATA-A-----CTATACAT---CG---TGACGATGAc
gi|14 : GTTAAGGCAAATCATGGACAG--TTTAACTGGGATA---AAATCCGTGAAACACTGTG--ATGTCACAA-----TTGA--------AA--TAA----GTA
gi|15 : acacgtgtaaATACGAAATGCTCT-ATT--ACTGTAATATAACCTAG--TCTGATCAATA-----TGAACAT--AAACTATTGAAGTCATA-A-----TTGGACATTAATA---TGACGAagtggctaagtaaatattttcggaattccaatttt
gi|17 : ACTTTAAGGCAAGTCATGAATAT--TTCAACTGGGATA---AAATATGTGACACATTTAG--ACGTCAC-A-----TTAA--------A
gi|2 : tGAGCATGTTAAGGCAAGTCCTGAAAAT--CTCAGCTGGGATA---AATCCCGAGAAACAGTATC--ATATCACAA-----TTGATACAAGAAAA--TGACTACGTAT--G-TC-TATTTG------ATT-TCGAT-TTTTATTTCGTTT----------ATCCATA-C-A-AAA-------------------AA--TGA--TATCATTCAGC-AACTAACATAAAAAGAAATGCAACATACCAG-GCT--GCTA----GTA---CGT---------AATA-----TGGTAGT--AAACTGATAACGTCAT-GA-----ATATATAT---CC---TGACAATAACATA----T---ATTTCAAATTTTGT----------TAGCTGGGCTATTAGTAAATA--A--------ACAAAATGTGA---ATTT--AATACCCTTAAGC-GTAGA-TTATTGGA---C---ACCTAAGCGTGGAAAACTGAGAATTTCTTGATAAT---ATGAAGGTATGTTGATC-TTAT
gi|3 : cgcGGGTACGTTAAGGCAAGTCATGAAAAT--TTCAAATGGGATATTAAAGTCCGCGAAACATTGTG--ACGTCACAA-----TTGA--------AA--TAA----GC----T-TC-T---TA------ATT-CCGAT-TTTAATTTCATTTG--AAATTCAATTCATAGT-A-AAA------TACT-------AAAAAAT-A--TACCATTTAGC-TGCTAATATCAAAGGAAACACGAAATGTTAT-GTTATGCTGCCATGTAAAACAT--TCTGATCAATA-----TGAAAGTTAAAACTGATGACA-CGTAGA-----CTATACAT---CG---TGACGATGACACA----T---G---CA---TATGT-A--------TAACTGTGCCA--AGTTAATATCA--------ACAGAATGCGGAGTATTTAAAATAT----ATGCTATGGA-ATA-TATA---T----T----GCGTGAAGCAATAAGAATTTATGA-TAATATAATGAAGGTATGTTGGTT-TTATtaattgacaattcagtttaatgtcaaaaac
gi|4 : TCAATTTTATTTA--GGATT-AATCCATAT-------------T--C-------AAAA--T-A--TACCATTCAGC-TTTTAAGACCAAAGCAAATATGAAATGCTCT-GCT--GCTGTGGTGTAATTCGT--TCTGATCACTA-----TGAAAAT--AAAATGATGACGTCATA-A-----CTGTAAAT---CA---TGACGA--A-ACA----T---T---TA---TATTT-A--------TAATT-TGTTA--AG-----------------------TGTTG-GTATTTGAAATAC----ATGCTATGGA-ATA-TATAGAGT---ATATAAGCGTGAAACATTGAGAGTGTACT--T-ATATAATGA----ATGTT-ATTATTATa
gi|5 : --TAA----GCATGGT-TT-T---TA------ATT-CCGAT-TTTAAGTCCATTTA--AAATT-AATT--TCGCTA-AAA------T-------------G--T-A--TATGAAGTAGC-TAATAAAGTCAGCGAAAATACAAAATAC-A----------GTCGTGCAATTCAG--TCTGATCAATG-----TGAAAGT--GAATTGATGACGTCAGAG------CTGCACTT---CG---TGACAAATAAATT----T---A---GA---TATGTCA--------TAGTTCTGCCA--TGTAAATAACATTTTTTTCATAAAATATACAACA-TTGATAGGC----ATA----GGACATA-GATA---T---tcattgacaatttaattcatcgggaaaatcgttcatttagcatttcgatccgattttcctctgtc
gi|6 : ttaaataggtgtattgcAAGG-AAGTCATGACAAT--TTCA--------------ATCCGCGAAACATTGTG--GCATCACAA-----TTGA--------AA--TGA----GTATA-TGTC-T---AAGCATGTATT-TCGAT-TATAATTTCATTTG--A-ACTTAATTCAT-GC-A-AAA------------------AAA--T-A--T--CATTTAGC-TACCAAGATCAAAGGAAATACGAAACTATAT-GTT--GTTGTCGTGT----------------AATA-----TGAAAAT--AAACCAATGATGTCATA-A-----CT--------------TGACGATGACATAAAATT---A---TT---TATTT-AGAATTAATTAACTGTGTCA--TGTAAATTTCA--------ATCAAATGCGGAGTATTTTAAttgtgaattttgatgtaa
gi|7 : ccGGTACGTTAAGGCAGG-CATAGAAAT--GTTTGCTTGGATA---AAAT----GAGACAATGGC--ACGTC---A-----TT-----------A--TTA----GCATACT-TCGT---TA------AGTATAAACGTTCAATTTCTATTG--C-ATTT---TCA-GGA-A-AAA-----------------AAAA--T-TCTTTCGACACAGGATACCAAGAACGAAAGAAAT-C---ACGCTATTGCT--GCTGT-GTGT----------CCGA-CAATAAAAAATGAA-GT--AAACGGATGA----ATATC-----CTATACAT---Ctt
gi|8 : agaaaaacatcatcaaatatactcatatatctgtcataatttatgtGGGCATGT-AAAGCAGGTCATGAAAAT--CTTTGCT-GGATA---AAATACGCTAAAAAGTATG--ACG--GCAG-----T---------------------------------T---TA------ATT-TCAAT-TTTATTTTC-TGCA--AGATTT-ATTCATAGC-A-------------T-------AAAA--T-A---ATCACGCTGC-TACTAAGATCGAACGAAAT-CGAAATTTTAT-AAT--G-TGCCAAGTATTGCTG--TCTCATCCATG-----TGAAA-T---AATTG-TCTCCTCAC-GA------TACACAT---GGAT-TGATGATGCCACA----TTA-A---CA---GATGT-GT-------TAATTGTagt
gi|9 : tatataaaacaaggtatGGGCATGTTAAAGCAGGTCATGAAAATC-TTTTGCTGGGATA---AAATACGCTAAAAAGTATG--ACG--GCAG-----T---------------------------------T---TA------ATT-TCAAT-TTTATTTTC--TTGCAAGATTT-ATTCATAGC-ATAAA------T-----------AAA--T-------CACGCTGC-TACTAAGATCGAACGAAAT-CGAAATTTTAT-AAT---TTGCCA---AGTTTGCTGTCTCATCCATG-----TGAAAAT---AATTG-TCTCCTCAC-GA------TACACAT---GGATTTGATGA-GCCACA----TGTAA---CA----ATGT-GT-------TAATTGTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCCATTCCGCACGTCGTTCCGATTTTCCTCTCATACACTGACATAAAACTGCAAAAGTATCACACTACGCCGCATAATTTAG
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777 111111 2222222222 555555555555555555555555555 1111111 111111111 222222222222222222222222 222222222 11111111 55555555555555555555555555555555 22222222 1111 444444444444444444 2222 1111
lowQualScore : 88 444 1 666 3 2 1 55 444 666666666666666666666666666666666666666 777 111111 8 7 8 7777777777 888888888888888888888888888 44 2222222 66 3 3 9 0 000000000 00 0 666666666666666666666666 0 555 1 777777777 0 77777777 4 22222222222222222222222222222222 1 77 33 5 00000000 555 3 4444 77 6 111111111111111111 3 0 7777 3 5 6666 8
lowQualScore : .. ... . ... . . . .. ... ....................................... ... ...... . . . .......... ........................... .. ....... .. . . . . ......... .. . ........................ . ... . ......... . ........ . ................................ . .. .. . ........ ... . .... .. . .................. . . .... . . .... .
lowQualScore : 66 888 4 444 6 0 0 00 555 333333333333333333333333333333333333333 000 555555 0 3 8 8888888888 444444444444444444444444444 66 0000000 00 3 5 2 2 777777777 99 9 333333333333333333333333 8 000 3 444444444 1 22222222 8 77777777777777777777777777777777 1 99 00 1 77777777 999 0 2222 55 7 333333333333333333 8 6 4444 8 6 2222 0
consensus : GGGCACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--TTCAGCTGGGATA---AAATCCGCGAAACANTGTG--ACGTCGCAA-----TTGA--------AA--TAA----GCAT--T-TC-T---TA------ATT-TCGAT-TTTAATTTCATTTG--AGATTTAATTCATAGC-A-AAA------T--T-------AAAA--T-A--TACCACGCAGC-TACTAAGATCGAAGGAAATACGAAATGCTAT-GCT--GCTGTCGTGTAATTCGT--TCTGATCAATA-----TGAAAGT--AAACTGATGACGTCATAGA-----CTATACAT---CG---TGACGATGACACA----T---A---CA---TATGT-A--------TAACTGTGCCA--AGTAAATATCA--------ACAAAATGTGGAGCATTTGAAATGC----ATGCTATGGA-ATA-TATA---T---ATATAAGCGTGAAACACTGAGAATTTATTG-TAATATAATGAAGGTATGTTGATT-TTAT
Reference ( family-6271 ) : GGGCACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--TTCAGCTGGGATA---AAATCCGCGAAACANTGTG--ACGTCGCAA-----TTGA--------AA--TAA----GCAT--T-TC-T---TA------ATT-TCGAT-TTTAATTTCATTTG--AGATTTAATTCATAGC-A-AAA------T--T-------AAAA--T-A--TACCACGCAGC-TACTAAGATCGAAGGAAATACGAAATGCTAT-GCT--GCTGTCGTGTAATTCGT--TCTGATCAATA-----TGAAAGT--AAACTGATGACGTCATAGA-----CTATACAT---CG---TGACGATGACACA----T---A---CA---TATGT-A--------TAACTGTGCCA--AGTAAATATCA--------ACAAAATGTGGAGCATTTGAAATGC----ATGCTATGGA-ATA-TATA---T---ATATAAGCGTGAAACACTGAGAATTTATTG-TAATATAATGAAGGTATGTTGATT-TTAT
gi|1 : GGGTACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--GTTTGCTTGGATA---AAATCCG-GAGACTATATATCACGTCATGA-----TTAG--------AA--TA--------C--C-TCGT---TA------AGTATACATGTTCCATTTCTTATG--C-ATTT---TCA-AGA-A-AAAAAATTCT--TCTGACAGAGGA--T-A--AGCTATGCAGC-TACTAAGAACCAAAGAAAT---------------------GTCGTGTAAATCGTG-TCCGACCAATACATA-TGAAGAT--AAATAGATGACATCATAT------CTATACAT---CGAG-TGACGATGGCACACT--T---G---CA---GA--------------AAATTTGTCA--A----ATATCG--------ACGAAATGTGGAACATTTGAAATGC----ATGCCTTGGG-TTA-------------------CCTG----ACTGAGAATGTATTG--AATGT-ATGA----CTGTTGATT-TCAT
gi|10 : aggaaaatatcaaaatcataatatacatcatatatctgtaataattctatgt--------TAACTGTGCCT--AGTAATTATCA--------ACACAATGTGGAACATTTGCAATGT----GTGCTATGGA-ATA-TACA---TAACATATAAGCGTGAAACACTGATAATTTATTG---ATATAATGAAGTTAAGTTGATT-TTATtcacgtttaaat
gi|11 : gtAAGCAAGTCATAAAAAA--TTCAACTGGGATA---AAATCCGCGAAAT-GTGTG--TTGTCGCAATCGATTTGA--------AAATTCA----GTAT--T-TT-T---TA------ATT-CCGAT-TTTCATTTCATTTT--AA--TTAATTCATACT-A---------------------AGAA--T-G--TA-----CATA-TACGAAGATCAAAGGCAGTACGAAATGTTAT-GCA--GCTAGCGTGTAATTTAT--TTT-----------------AGT--AAACTGATTACGTCATACATGTAGCTGCGCAT---CG---TGtcatagaaaaatttgttcaacggaaaaccgctccgtttagcatgtcgattcaattttcctctgtcgtacactaaaataaaactgcataagtagcacactttgttgtgtattttggagc
gi|12 : GTATGTTAAAGCAGGTCATGAAAATCGTT--GCTGGGATA---TAATACGCTAAAAGATATT--ACG--GCAG-----T---------------------------------T---TA------ATT-TCGAT-TTTATTTTC--TTGCAAGATTT-ATTCATA-C-A-------------T-------AAAA--T-A--AATCACGTTTC-TACCACGATCCAAAGAAATTCGCAATGTTAA-AAT--GTTGTCACGTA
gi|13 : atcaaatagggcatgtT-TTTGAT---ATGTG--AAA---AGTTCATAAT-A-AA----------T-------A-----T-A--TACTATTCGGT-TACTAATGCCAAAGGTAATACGAAATGCTAT-TCT--GGTGTTGCGTAATTCAT--TC--------------TGAAAGT--AAACTGATGACGTCATA-A-----CTATACAT---CG---TGACGATGAc
gi|14 : GTTAAGGCAAATCATGGACAG--TTTAACTGGGATA---AAATCCGTGAAACACTGTG--ATGTCACAA-----TTGA--------AA--TAA----GTA
gi|15 : acacgtgtaaATACGAAATGCTCT-ATT--ACTGTAATATAACCTAG--TCTGATCAATA-----TGAACAT--AAACTATTGAAGTCATA-A-----TTGGACATTAATA---TGACGAagtggctaagtaaatattttcggaattccaatttt
gi|17 : ACTTTAAGGCAAGTCATGAATAT--TTCAACTGGGATA---AAATATGTGACACATTTAG--ACGTCAC-A-----TTAA--------A
gi|2 : tGAGCATGTTAAGGCAAGTCCTGAAAAT--CTCAGCTGGGATA---AATCCCGAGAAACAGTATC--ATATCACAA-----TTGATACAAGAAAA--TGACTACGTAT--G-TC-TATTTG------ATT-TCGAT-TTTTATTTCGTTT----------ATCCATA-C-A-AAA-------------------AA--TGA--TATCATTCAGC-AACTAACATAAAAAGAAATGCAACATACCAG-GCT--GCTA----GTA---CGT---------AATA-----TGGTAGT--AAACTGATAACGTCAT-GA-----ATATATAT---CC---TGACAATAACATA----T---ATTTCAAATTTTGT----------TAGCTGGGCTATTAGTAAATA--A--------ACAAAATGTGA---ATTT--AATACCCTTAAGC-GTAGA-TTATTGGA---C---ACCTAAGCGTGGAAAACTGAGAATTTCTTGATAAT---ATGAAGGTATGTTGATC-TTAT
gi|3 : cgcGGGTACGTTAAGGCAAGTCATGAAAAT--TTCAAATGGGATATTAAAGTCCGCGAAACATTGTG--ACGTCACAA-----TTGA--------AA--TAA----GC----T-TC-T---TA------ATT-CCGAT-TTTAATTTCATTTG--AAATTCAATTCATAGT-A-AAA------TACT-------AAAAAAT-A--TACCATTTAGC-TGCTAATATCAAAGGAAACACGAAATGTTAT-GTTATGCTGCCATGTAAAACAT--TCTGATCAATA-----TGAAAGTTAAAACTGATGACA-CGTAGA-----CTATACAT---CG---TGACGATGACACA----T---G---CA---TATGT-A--------TAACTGTGCCA--AGTTAATATCA--------ACAGAATGCGGAGTATTTAAAATAT----ATGCTATGGA-ATA-TATA---T----T----GCGTGAAGCAATAAGAATTTATGA-TAATATAATGAAGGTATGTTGGTT-TTATtaattgacaattcagtttaatgtcaaaaac
gi|4 : TCAATTTTATTTA--GGATT-AATCCATAT-------------T--C-------AAAA--T-A--TACCATTCAGC-TTTTAAGACCAAAGCAAATATGAAATGCTCT-GCT--GCTGTGGTGTAATTCGT--TCTGATCACTA-----TGAAAAT--AAAATGATGACGTCATA-A-----CTGTAAAT---CA---TGACGA--A-ACA----T---T---TA---TATTT-A--------TAATT-TGTTA--AG-----------------------TGTTG-GTATTTGAAATAC----ATGCTATGGA-ATA-TATAGAGT---ATATAAGCGTGAAACATTGAGAGTGTACT--T-ATATAATGA----ATGTT-ATTATTATa
gi|5 : --TAA----GCATGGT-TT-T---TA------ATT-CCGAT-TTTAAGTCCATTTA--AAATT-AATT--TCGCTA-AAA------T-------------G--T-A--TATGAAGTAGC-TAATAAAGTCAGCGAAAATACAAAATAC-A----------GTCGTGCAATTCAG--TCTGATCAATG-----TGAAAGT--GAATTGATGACGTCAGAG------CTGCACTT---CG---TGACAAATAAATT----T---A---GA---TATGTCA--------TAGTTCTGCCA--TGTAAATAACATTTTTTTCATAAAATATACAACA-TTGATAGGC----ATA----GGACATA-GATA---T---tcattgacaatttaattcatcgggaaaatcgttcatttagcatttcgatccgattttcctctgtc
gi|6 : ttaaataggtgtattgcAAGG-AAGTCATGACAAT--TTCA--------------ATCCGCGAAACATTGTG--GCATCACAA-----TTGA--------AA--TGA----GTATA-TGTC-T---AAGCATGTATT-TCGAT-TATAATTTCATTTG--A-ACTTAATTCAT-GC-A-AAA------------------AAA--T-A--T--CATTTAGC-TACCAAGATCAAAGGAAATACGAAACTATAT-GTT--GTTGTCGTGT----------------AATA-----TGAAAAT--AAACCAATGATGTCATA-A-----CT--------------TGACGATGACATAAAATT---A---TT---TATTT-AGAATTAATTAACTGTGTCA--TGTAAATTTCA--------ATCAAATGCGGAGTATTTTAAttgtgaattttgatgtaa
gi|7 : ccGGTACGTTAAGGCAGG-CATAGAAAT--GTTTGCTTGGATA---AAAT----GAGACAATGGC--ACGTC---A-----TT-----------A--TTA----GCATACT-TCGT---TA------AGTATAAACGTTCAATTTCTATTG--C-ATTT---TCA-GGA-A-AAA-----------------AAAA--T-TCTTTCGACACAGGATACCAAGAACGAAAGAAAT-C---ACGCTATTGCT--GCTGT-GTGT----------CCGA-CAATAAAAAATGAA-GT--AAACGGATGA----ATATC-----CTATACAT---Ctt
gi|8 : agaaaaacatcatcaaatatactcatatatctgtcataatttatgtGGGCATGT-AAAGCAGGTCATGAAAAT--CTTTGCT-GGATA---AAATACGCTAAAAAGTATG--ACG--GCAG-----T---------------------------------T---TA------ATT-TCAAT-TTTATTTTC-TGCA--AGATTT-ATTCATAGC-A-------------T-------AAAA--T-A---ATCACGCTGC-TACTAAGATCGAACGAAAT-CGAAATTTTAT-AAT--G-TGCCAAGTATTGCTG--TCTCATCCATG-----TGAAA-T---AATTG-TCTCCTCAC-GA------TACACAT---GGAT-TGATGATGCCACA----TTA-A---CA---GATGT-GT-------TAATTGTagt
gi|9 : tatataaaacaaggtatGGGCATGTTAAAGCAGGTCATGAAAATC-TTTTGCTGGGATA---AAATACGCTAAAAAGTATG--ACG--GCAG-----T---------------------------------T---TA------ATT-TCAAT-TTTATTTTC--TTGCAAGATTT-ATTCATAGC-ATAAA------T-----------AAA--T-------CACGCTGC-TACTAAGATCGAACGAAAT-CGAAATTTTAT-AAT---TTGCCA---AGTTTGCTGTCTCATCCATG-----TGAAAAT---AATTG-TCTCCTCAC-GA------TACACAT---GGATTTGATGA-GCCACA----TGTAA---CA----ATGT-GT-------TAATTGTa
blockSeqs : CG CAA G TTA C C G . TCG TTGATACAAGAAAATGACTACGTATGTC ATT GCATGT A G A GCAAGATTT GTAAAATACTAA AA TCTTTC CG A A A TGTTATGC GTTTGCTGTCTCATCCATG TAA A ACATGTAGC TAATA T AAATTATTTATTTAGAATTAAT G TT TA T TTTTTTTC AAC G CCTT TA C TACATAACATATAA A GATA A A AGTT A
blockSeqs : C TAA G . A C A . TCA TCGATTTGAAAATTCAGTATTTT . . . . A GCAAGATTT GCATAAATA . GATAT TT . C T TTGCTGC ACCTAGTCTGATCAATA A A AGAC GGATT T TATTTCAAATTTTGT G . TA T . AGT A . TA . TATAGAGTATATAA G ATA A A AGGT .
blockSeqs : . CAA G . C T C . TCA TTGAAATGAGTATATGTC . . . . G GAAATTCA GCTAAAAT . AAAT TT . A A TGCAGC AAACATTCTGATCAATA A T ATCC GGAT T TTAACAGATGTGT G . TT A . AAC G . TA . TTGGACACCTAA A G A A AGGT .
blockSeqs : . CAG G . A T T . TCA TTATTAGCATACTTCG . . . . A AGGATTA GAAAAAAA . ATAC TT . A A AAATGT ATTCGTTCTGATCACTA A A AAC CG A TGTAACAATGTGT C . TA T . AGT G . G . TATATT A T . . . .
blockSeqs : . CAA G . C A G . TCA TTGAAATAAGCTTC . . . . A AAAATTA ATAAATA . ATAC TT . A G TTCTGG ATTCAGTCTGATCAATG A A AAT CG T TAGATATGTCA G . TA . . GT T . . .
blockSeqs : . TTG G . C C T . TCA T . . . . A GAACTTA GCAAAAA . ATAC AG . A A TATTAC TTGCTGTCTCATCCATG A A GAA CC T TGCATATGTA G . . . . . .
blockSeqs : . TTG T . C C T . TC T . . . . A AAGATTT GCATAA . ATAT TT . A A GGCTGC CCGACAATAAAAAA G A AAC CG . TTTATATTTA G
blockSeqs : . TTG G . A C A . G T . . . . T TAATTA CTAAG . GTA CA . A A TGCTGC ATTTATTTT A A AGC CA . .
blockSeqs : . CA . . A C G . G . . . . . GCATTT CATAA . AAT CG . G A TGTTGT ATTCATTC A A AAC CG
blockSeqs : . G . . . . G . G . . GAAAA CAAAA . AT CG . G . TAATG CGTAATA . . GA .
blockSeqs : . . TTCAA . . . . G . TAATT AATA . . GA
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** TTGAAATAGCATTTC************************ GAGATTN*** GCAAAAA******************** TGCTGC*** ATTCANTCTGATCAATA******* CG****** TNTAAATNTGT********************* TA TATAACATTAA******* T*** AGGT
originalCons : GGGCACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--TTCAGCTGGGATA---AAATCCGCGAAACANTGTG--ACGTCGCAA-----TTGA--------AA--TAA----GCAT--T-TC-T---TA------ATT-TCGAT-TTTAATTTCATTTG--AGATTTAATTCATAGC-A-AAA------T--T-------AAAA--T-A--TACCACGCAGC-TACTAAGATCGAAGGAAATACGAAATGCTAT-GCT--GCTGTCGTGTAATTCGT--TCTGATCAATA-----TGAAAGT--AAACTGATGACGTCATAGA-----CTATACAT---CG---TGACGATGACACA----T---A---CA---TATGT-A--------TAACTGTGCCA--AGTAAATATCA--------ACAAAATGTGGAGCATTTGAAATGC----ATGCTATGGA-ATA-TATA---T---ATATAAGCGTGAAACACTGAGAATTTATTG-TAATATAATGAAGGTATGTTGATT-TTAT
finalCons : GGGCACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--TTCAGCTGGGATA---AAATCCGCGAAACANTGTG--ACGTCGCAATTGAAATAGCATTTC------------------------T---TA------ATT-TCGAT-TTTAATTTCATTTGAGATTN---ATTCATAGCAAAAA--------------------AA--T-A--TACCACGCAGC-TACTAAGATCGAAGGAAATACGAAATGCTATGCTGC---TGTCGTGTAATTCANTCTGATCAATA-------TGAAAGT--AAACTGATGACGTCATAGA-----CTATACATCG------TGACGATGACACATNTAAATNTGT---------------------TAACTGTGCCA--AGTAAATATCA--------ACAAAATGTGGAGCATTTGAAATGC----ATGCTATGGA-ATATATAACATTAA-------GCGTGAAACACTGAGAATTTATTT---ATATAATGAAGGTATGTTGATT-TTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCCATTCCGCACGTCGTTCCGATTTTCCTCTCATACACTGACATAAAACTGCAAAAGTATCACACTACGCCGCATAATTTAG
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888888 111111 11111 2222222222222222222222222222222222222222222 111111111 22222222222222222222222222222 222222222 11111111 111111 444444444444444 11 22222222 1111 555555555555 2222 1111
lowQualScore : 88 444 1 666 3 2 1 55 444 666666666666666666666666666666666666666666 777 111111 8 7 8 77777 8 3 1111111111111111111111111111111111111111111 66 3 3 9 0 000000000 3 3 55555555555555555555555555555 0 555 1 777777777 0 77777777 7 444444 5 222222222222222 1 4 00 2 1 999 33 5 00000000 44 3 4444 3 11 111111111111 66 3 0 2222 22 0 7777 8
lowQualScore : .. ... . ... . . . .. ... .......................................... ... ...... . . . ..... . . ........................................... .. . . . . ......... . . ............................. . ... . ......... . ........ . ...... . ............... . . .. . . ... .. . ........ .. . .... . .. ............ .. . . .... .. . .... .
lowQualScore : 66 888 4 444 6 0 0 00 555 444444444444444444444444444444444444444444 000 555555 0 3 8 66666 7 3 4444444444444444444444444444444444444444444 00 3 5 2 2 777777777 1 1 88888888888888888888888888888 8 000 3 444444444 1 22222222 3 444444 9 666666666666666 0 4 66 7 1 777 00 1 77777777 44 0 2222 8 88 000000000000 44 8 6 4444 00 8 0000 0
consensus : GGGCACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--TTCAGCTGGGATA---AAATCCGCGAAACANTGTG--ACGTCGCAA-----TTGA--------AA---T-A-GC-----AT--T-TC-T---TA------ATT-TCGAT-TTTAATTTCATTTG--AGATTNA-TTCATAG-CAAAA-------AAAT--------------ATA--CC----ACGCA-GCTACTAAGATCGAAGGAAATACGAAATGCTA-TGCT--GCT-GT-CGTGTAATT-CAT-TCTGATCAAT-----A----TGAAAGT--AAACTGATGACGTCATAGA-----CTATACAT---CG---TGACGATGACA------CATTT-----A-----A---ATNT-GT--TAACTGTGCCA--AGTAAATATCA--------ACAAAATGTGGAGCATTTGAAATGC----ATGCTATGGAATAT--AT--AACATATAAGCGTGAAACACTGAGAATTTAT--TGATATAATGAAGGTA----TGTTGATT-TTAT
Reference ( family-6271 ) : GGGCACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--TTCAGCTGGGATA---AAATCCGCGAAACANTGTG--ACGTCGCAA-----TTGA--------AA---T-A-GC-----AT--T-TC-T---TA------ATT-TCGAT-TTTAATTTCATTTG--AGATTNA-TTCATAG-CAAAA-------AAAT--------------ATA--CC----ACGCA-GCTACTAAGATCGAAGGAAATACGAAATGCTA-TGCT--GCT-GT-CGTGTAATT-CAN-TCTGATCAAT-----A----TGAAAGT--AAACTGATGACGTCATAGA-----CTATACAT---CG---TGACGATGACA------CATNT-----A-----A---ATNT-GT--TAACTGTGCCA--AGTAAATATCA--------ACAAAATGTGGAGCATTTGAAATGC----ATGCTATGGAATAT--AT--AACAT-TAAGCGTGAAACACTGAGAATTTAT--TTATATAATGAAGGTA----TGTTGATT-TTAT
gi|1 : GGGTACGTTAAGGCAGGTCATGAAAAT--GTTTGCTTGGATA---AAATCCG-GAGACTATATATCACGTCATGA-----TTAG--------AA---T-A-CC-----------TCGT---TA------AGTATACATGTTCCATTTCTTATG--C-ATT---TTCA-AG-AAAAA-------AAATTCTTCTGACAGAGGATAAGCT----ATGCA-GCTACTAAGAACCAAAGAAAT----------------------GT-CGTGTAAAT-CGTGTCCGACCAAT-----ACATATGAAGAT--AAATAGATGACATCATAT------CTATACAT---CGAG-TGACGATGGCA------CACTTGCAGAA-----A---ATTT-GT--CAA---------------ATATCG--------ACGAAATGTGGAACATTTGAAATGC----ATGCCTTGG--------------GT-TA--CCTG----ACTGAGAATGTAT----------TGAATGTATGACTGTTGATT-TCAT
gi|10 : aggaaaatatcaaaatcataatatacatcatatatctgtaataattctatgt-GT--TAACTGTGCCT--AGTAATTATCA--------ACACAATGTGGAACATTTGCAATGT----GTGCTATGGAATATACAT--AACATATAAGCGTGAAACACTGATAATTTAT--TGATATAATGAAGTTA----AGTTGATT-TTATtcacgtttaaat
gi|11 : AAGCAAGTCATAAAAAA--TTCAACTGGGATA---AAATCCGCGAAAT-GTGTG--TTGTCGCAATCGATTTGA--------AAATTC-A-GT-----AT--T-TT-T---TA------ATT-CCGAT-TTTCATTTCATTTT--A-ATTAA-TTCATAC-T--AA-------GAAT--------------GTA-----------CA-TATACGAAGATCAAAGGCAGTACGAAATGTTA-TGCA--GCT-AG-CGTGTAATT-TAT-TTT---------------------AGT--AAACTGATTACGTCATACATGTAGCTGCGCAT---CG---TGtcatagaaaaatttgttcaacggaaaaccgctccgtttagcatgtcgattcaattttcctctgtcgtacactaaaataaaactgcataagtagcacactttgttgtgtattttggagc
gi|12 : GTATGTTAAAGCAGGTCATGAAAATCGTT--GCTGGGATA---TAATACGCTAAAAGATATT--ACG--GCAG-----T------------------------------------T---TA------ATT-TCGAT-TTTATTTTC--TTGCAAGATTTA-TTCATA--C-ATA-------AAAT--------------AAA--TC----ACGTT-TCTACCACGATCCAAAGAAATTCGCAATGTTA-AAAT--GTT-GT-CACGTA
gi|13 : atcaaatagggcatgtT-TTTGAT---ATGTG--AAA--AG-TTCATA---ATAA-------ATAT--------------ATA--CT----ATTCG-GTTACTAATGCCAAAGGTAATACGAAATGCTA-TTCT--GGT-GT-TGCGTAATT-CAT-TC------------------TGAAAGT--AAACTGATGACGTCATA-A-----CTATACAT---CG---TGACGATGAc
gi|14 : GTTAAGGCAAATCATGGACAG--TTTAACTGGGATA---AAATCCGTGAAACACTGTG--ATGTCACAA-----TTGA--------AA---T-A-
gi|15 : acacgtgtaaATACGAAATGCTC-TATT--ACT-GT-AATATAACC-TAG-TCTGATCAAT-----A----TGAACAT--AAACTATTGAAGTCATA-A-----TTGGACATTAATA---TGACGAagtaagtggctaagtaaatattttcggaattccaatttt
gi|17 : ACTTTAAGGCAAGTCATGAATAT--TTCAACTGGGATA---AAATATGTGACACATTTAG--ACGTCAC-A-----TTAA--------A
gi|2 : tGAGCATGTTAAGGCAAGTCCTGAAAAT--CTCAGCTGGGATA---AATCCCGAGAAACAGTATC--ATATCACAA-----TTGATACAAGAAAA---T-G-ACTACGTAT--G-TC-TATTTG------ATT-TCGAT-TTTTATTTCGTTT---------A-TCCATA--CAAAA-------AATG--------------ATA--TC----ATTCA-GCAACTAACATAAAAAGAAATGCAACATACCA-GGCT--GCTAGTACGT------------------AAT-----A----TGGTAGT--AAACTGATAACGTCAT-GA-----ATATATAT---CC---TGACAATAACA------TATATTTC--A-----A---ATTTTGT--TAGCTGGGCTATTAGTAAATA--A--------ACAAAATGTGAA---TTT--AATACCCTTAAGC-GTAGATTAT--TG--GACACCTAAGCGTGGAAAACTGAGAATTTCT--TGATAATATGAAGGTA----TGTTGATC-TTAT
gi|3 : cgcGGGTACGTTAAGGCAAGTCATGAAAAT--TTCAAATGGGATATTAAAGTCCGCGAAACATTGTG--ACGTCACAA-----TTGA--------AA---T-AAGC---------T-TC-T---TA------ATT-CCGAT-TTTAATTTCATTTG--AAATTCAATTCATAG-TAAAATACTAAAAAAT--------------ATA--CC----ATTTA-GCTGCTAATATCAAAGGAAACACGAAATGTTA-TGTTATGCT-GC-CATGTAAAA-CAT-TCTGATCAAT-----A----TGAAAGTTAAAACTGATGACA-CGTAGA-----CTATACAT---CG---TGACGATGACA------CATGC-----A----------TAT-GTA-TAACTGTGCCA--AGTTAATATCA--------ACAGAATGCGGAGTATTTAAAATAT----ATGCTATGGAATAT--AT-----AT-T--GCGTGAAGCAATAAGAATTTATGATAATATAATGAAGGTA----TGTTGGTT-TTATtaattgacaattcagtttaatgtcaaaaac
gi|4 : TCAATTTTATTTA--GGATTAA-TCCATATTCAAAA----------T--------------ATA--CC----ATTCA-GCTTTTAAGACCAAAGCAAATATGAAATGCTC-TGCT--GCT-GT-GGTGTAATT-CGT-TCTGATCACT-----A----TGAAAAT--AAAATGATGACGTCATA-A-----CTGTAAAT---CA---TGACGA--A-A------CATTT-----A-----T---ATTT-A---TAATT-TGTTA--AG-----------------------TGTTG-GTATTTGAAATAC----ATGCTATGGAATAT--ATAGAGTATATAAGCGTGAAACATTGAGAGTGTAC--TTATATAATGA----A----TGTT-ATTATTATa
gi|5 : -A-GC-----ATGGT-TT-T---TA------ATT-CCGAT-TTTAAGTCCATTTA--AAATTAA-TT--TCG-CTAAA-------ATGT--------------ATA--TG----AAGTA-GCTAATAAAGTCAGCGAAAATACAAAATAC-A-----------GT-CGTGCAATT-CAG-TCTGATCAAT-----G----TGAAAGT--GAATTGATGACGTCAGAG------CTGCACTT---CG---TGACAA--ATA------AATTT-----A-----G---ATAT-GTCATAGTTCTGCCA--TGTAAATAACATTTTTTTCATAAAATATACAACA-TTGATAGGC----ATtcattgacaatttaattcatcgggaaaatcgttcatttagcatttcgatccgattttcctctgtc
gi|6 : ttaaataggtgtattgctaAAGG-AAGTCATGACAAT--TTCA--------------ATCCGCGAAACATTGTG--GCATCACAA-----TTGA--------AA---TGA-GT-----ATA-TGTC-T---AAGCATGTATT-TCGAT-TATAATTTCATTTG--AACTTAA-TTCAT-G-CAAAA-------AAAT--------------AT----C----ATTTA-GCTACCAAGATCAAAGGAAATACGAAACTATA-TGTT--GTT-GT-CGTGT----------------AAT-----A----TGAAAAT--AAACCAATGATGTCATA-A-----CT--------------TGACGATGACATAAAATTATTT-----ATTTAGA---ATTA-AT--TAACTGTGTCA--TGTAAATTTCA--------ATCAAATGCGGAGTATTTTAAaggacatagatatttgtgaattttgatgtaa
gi|7 : ccGGTACGTTAAGGCAGG-CATAGAAAT--GTTTGCTTGGATA---AAAT----GAGACAATGGC--ACGTC---A-----TT----------AT---T-A-GC-----ATACT-TCGT---TA------AGTATAAACGTTCAATTTCTATTG---CATT---TTC--AG-GAAAA-------AAAA--------------ATT--CTTTCGACACAGGATACCAAGAACGAAAGAAAT-C---ACGCTATTGCT--GCT-GT--GTG----------TCCGA-CAATAAAAAA----TG-AAGT--AAACGGATGA----ATATC-----CTATACAT---Ctt
gi|8 : agaaaaacatcatcaaatatactcatatatctgtcataatttatgtGGGCATGT-AAAGCAGGTCATGAAAAT--CTTTGCT-GGATA---AAATACGCTAAAAAGTATG--ACG--GCAG-----T------------------------------------T---TA------ATT-TCAAT-TTTATTTTC-TGCA--AGATTTA-TTCATAG-C-ATA-------AAAT--------------A-A--TC----ACGCT-GCTACTAAGATCGAACGAAAT-CGAAATTTTA-TAAT--G-T-GC-CAAGTATTG-CTG-TCTCATCCAT-----G----TGAAA-T---AATTG-TCTCCTCAC-GA------TACACAT---GGAT-TGATGATGCCA------CAT-T-----A-----ACAGATGT-GT--TAATTGTagt
gi|9 : tatataaaacaaggtatGGGCATGTTAAAGCAGGTCATGAAAATC-TTTTGCTGGGATA---AAATACGCTAAAAAGTATG--ACG--GCAG-----T------------------------------------T---TA------ATT-TCAAT-TTTATTTTC--TTGCAAGATTTA-TTCATAG-C--AT-------AAAT--------------AAA--TC----ACGCT-GCTACTAAGATCGAACGAAAT-CGAAATTTTA-TAAT---TT-GC-CAAGT--TTGCTG-TCTCATCCAT-----G----TGAAAAT---AATTG-TCTCCTCAC-GA------TACACAT---GGATTTGATGA-GCCA------CATGT-----AAC---A---ATGT-GT--TAATTGTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCCATTCCGCACGTCGTTCCGATTTTCCTCTCATACACTGACATAAAACTGCAAAAGTATCACACTACGCCGCATAATTTAG