lowQualScore : 3333333333333333333333333 1111 44444444 1111111111
lowQualScore : 2 8888888888888888888888888 3333 55 2 55 7 33333333 77 5 5555555555 2 33 5 2 55 6 888 3 3
lowQualScore : . ......................... .... .. . .. . ........ .. . .......... . .. . . .. . ... . .
lowQualScore : 7 3333333333333333333333333 0000 99 5 99 5 99999999 33 3 5555555555 9 99 7 9 66 2 555 1 3
consensus : AAAATCTGA-AATA-TTTA-A--T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CGCAAAT---C--T--G-TTT--C--CT---TT-T--AAC-CT-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
Reference ( gi|9 ) : AAAATCTGA-AATA-ATTA-A--T-G------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CACAA-----C--T--G-TTT--C--CT---TT-T--AAC-CT-TTTAT-ACG-T---T-TTTA-ACTT
gi|6 : AAAAT-TGA-AATA-TTTA-A--T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ATTG-TTAT-GCAAA-CACAACTT--C--T--G-TTTA-T--CT---TT-T--AACTCT-TTTAC-ACG-T---T-ATTA-
gi|2 : AAAATCTGATAATA-TGTA-A--T-A------TAAG--CAATAGT-ACAT-ACTGCTTAT-GC--ATCACAAAGCTTT--T--G-TTT--C--CT---GT----AAC-CT-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACT
gi|1 : AAAATCTGA-AATA-TTTA-A--T--------TATTACCAAT-GT-ACAACACTGCTTAT-GCA-A-CACAA-----CTTT--GTTTT--C--CA---TT-T--AACGCT-TTTCT-ACG-TA--T-TTTA-ACCT
gi|4 : AAAATCTGA-AATA--TTA-AAGT-A------TA----CAAT-GTGACA--ATTGTTTAT-GC--A-CAC-A-----CTTT--G-TTT--A--C----TT-T--ATC-CT-TTTAC-ACG-T---TAATTA-ACTT
gi|18 : AAAATCTGA-AATA-TTTA-A--T-ACCGGTATA----CAAT-GT-ACA--ATTGCTTAT-GC--A-CACAA-----CTTT--G-TTT--C--
gi|19 : AAAATCGAA-AATA-TTTA-A--T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--ACCACAA-----C--
gi|7 : AAAATT--A-AATA-TCTA-A----A------TA----CAAT-GT-ATA---CTGTTTATTGC--A-CATAA-----C--T--T-GTT--C--CT---TT-T--AAC-CT-TTTACAACG-TAAGT-TTTATACTTa
gi|5 : AAAATCTGA-AATA-ATTATA--T-GA-----TA-----AAT-AT--TA--A--GTTTAT-GC--ATCATAA-----C--TTTG-TTC--C--GT---TT-T--AAC-CT-TGTAC--CGTT---T-TTTA-ACTT
gi|8 : AAAATCAGA-AATA-TTT--------------CA----CAAC----ACA--TCTGCTTAT-GT--A-TACGAAT---T--T--G-TTT--TT-CT---TT-TTCCAC-TT-TTTGT-ACA-T---T-TTTA-ACTTtt
gi|11 : AAAATCTGA-AATA-TTT--------------TA----TAAA-G---CA--ACTGCTTAT-AT--A-TGCGAAT---T--T--GTTTT--C--CT---TTAT--AAC-TT-CTT-T-CCGCC---T-TTTA-ACTTt
gi|14 : AAATCTGA-AACA-TTT--------------TA----TA----T-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-TACAA-----C--TTCG-TTT--C--TTCTTTT-T--AAC-CT-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-
gi|3 : AAATCTGA-AATACATTT-A--TTA------TA----TAAT----ACA--ACTGATTGA-GT--A-TGCAAAT---T--T--G-TTTTTC--TT---TT-T--AAC-TT-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
gi|10 : AAATCTGA-AATA-TTTC-A--T---------------AAT----ACA--ACTCCTTAT-GT--A-TACAAAT---T--T--G-TTTTTC--AT---TT-T--CAC-TT-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTTt
gi|15 : AATCTGA-AATA-ATTT-A--T-G-----------------AT-ATA--ACTGCTTGT-AT--A-TGCGATT---T--T--G-TTT--TTGTT---TT-T--AAC-TTGTTTAC-At
gi|12 : CTGA-AATA-TTTA-A--T---------------AAT----ACA--ACTTCTGGT-GT--A-TGCAAATTT-C--T--T-TTT--C--TT---TT-T--AAC-GT-TTTAC-ACT-T---T-TTT
gi|17 : -ACA--GCTGTTAGT-GT--A-TTCAAAT---T--T--G-TTTAAC--TT---TT-T--AAC-CT-TTTAC-ACG-T---T-CTTA-ACTTtttacttt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAAAACTGAAATATTTTATAATACAATTGCTTCTATATAAGGATTTGTTTTTCTTTTTAACTGGTTTACACATTTTAA
Unaligned ( gi|16 ): AAGTCTGAAATATTTCATAATACAACTGATTGTATATGCATATTTGTTTTTCGTTTTAACTTTTTA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222 11111111 11 11
lowQualScore : 2 33 3333333333333333333333333 2 55 2 55 555 22222222 33 22 444 2 33 555 2 2 2 777 2 3
lowQualScore : . .. ......................... . .. . .. ... ........ .. .. ... . .. ... . . . ... . .
lowQualScore : 4 22 8888888888888888888888888 2 33 2 33 222 55555555 55 11 444 5 44 111 5 7 7 333 7 1
consensus : AAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CGCAAA---T--TTG--TTT--CCT---TT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
Reference ( family-6232 ) : AAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CGCAAA---T--CTG--TTT--CCT---TT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
gi|1 : AAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T--------TATTACCAAT-GT-ACAACACTGCTTAT-GCA-A-CACAAC---T--TTGT-TTT--CCA---TT-T--AACGC-T-TTTCT-ACG-TA--T-TTTA-ACCT
gi|10 : AAATCTGA-AATA--TTTC-A-T-A-----------------AT-ACA--ACTCCTTAT-GT--A-TACAAA---T--TTG--TTTTTCAT---TT-T--CAC-T-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
gi|11 : AAAATCTGA-AATA--TTT----T-A------TA-----AA-----GCA--ACTGCTTAT-AT--A-TGCGAA---T--TTGT-TTT--CCT---TTAT--AAC-T-TCTTTCC-GC--C---T-TTTA-ACTTt
gi|12 : CTGA-AATA--TTTA-A-T-A-----------------AT-ACA--ACTTCTGGT-GT--A-TGCAAA---TTTCTT--TTT--CTT---TT-T--AAC-G-T-TTTAC-ACT-T---T-TTT
gi|13 : AAAAACTGA-AATA--TTT----T-A------TA---------AT-ACA--ATTGCTTCT-AT--A-TAAGGA---T--TTGTTTTT--CTT---TT-T--AAC-TGG-TTTAC-ACA-T---T-TTtttacttt
gi|14 : AAATCTGA-AACA--TTT----T-A------TA----------T-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-TACAAC---T--TCG--TTT--CTTCTTTT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-aa
gi|16 : AAGTCTGA-AATA--TTTC-A-T-A-----------------AT-ACA--ACTGATTGT-AT--A-TGCATA---T--TTGTTTTT--CGT---TT-T--AAC-T-T-TTTA
gi|17 : -ACA--GCTGTTAGT-GT--A-TTCAAA---T--TTG--TTTAACTT---TT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-CTTA-ACTT
gi|18 : ataaaAAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T-ACCGGTATA----CAAT-GT-ACA--ATTGCTTAT-GC--A-CACAAC---T--TTG--TTT--Ctt
gi|19 : AAAATCGAA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-C
gi|2 : AAAATCTGATAATA--TGTA-A-T-A------TAAG--CAATAGT-ACAT-ACTGCTTAT-GC--ATCACAAAGCTT--TTG--TTT--CCT---GT----AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTcacaaca
gi|3 : AAATCTGA-AATACATTTA-T-T-A------TA----TAAT----ACA--ACTGATTGA-GT--A-TGCAAA---T--TTG--TTTTTCTT---TT-T--AAC-T-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
gi|4 : AAAATCTGA-AATA--TTAA-AGT-A------TA----CAAT-GTGACA--ATTGTTTAT-GC--A-CACAC----T--TTG--TTT--ACT---TT----ATC-C-T-TTTAC-ACG-T---TAATTA-ACTTt
gi|5 : AAAATCTGA-AATA--ATTATA-TGA------TA-----AAT-AT--TA--A--GTTTAT-GC--ATCATAAC---T--TTG--TTC--CGT---TT-T--AAC-C-T-TGTAC--CGTT---T-TTTA-ACTT
gi|6 : AAAAT-TGA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ATTG-TTAT-GCAAA-CACAACT--T--CTG--TTTA-TCT---TT-T--AACTC-T-TTTAC-ACG-T---T-ATTA-tt
gi|7 : AAAATT--A-AATA--TCTA-A---A------TA----CAAT-GT-ATA---CTGTTTATTGC--A-CATAAC---T---TG--TT---CCT---TT-T--AAC-C-T-TTTACAACG-TAAGT-TTTATACTT
gi|8 : AAAATCAGA-AATA--TTT-------------CA----CAAC----ACA--TCTGCTTAT-GT--A-TACGAA---T--TTGT-TTT--TCT---TT-TTCCAC-T-T-TTTGT-ACA-T---T-TTTA-ACTT
gi|9 : AAAATCTGA-AATA--ATTA-A-T-G------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CACAA-------CTG--TTT--CCT---TT-T--AAC-C-T-TTTAT-ACG-T---T-TTTA-ACTTt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATCTGAAATAATTTATGATATAACTGCTTGTATATGCGATTTTGTTTTTGTTTTTAACTTGTTTACA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222 1111 11 11
lowQualScore : 2 33 6666666666666666666666666 2 55 2 55 444 1111 2 22 44 333 444 2 33 555 4 2 2 777 2 3
lowQualScore : . .. ......................... . .. . .. ... .... . .. .. ... ... . .. ... . . . ... . .
lowQualScore : 2 11 2222222222222222222222222 1 00 1 00 777 2222 2 88 44 111 111 4 22 111 7 5 7 333 7 1
consensus : AAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CGCAAA---TT-TG--TTT--C--CT---TT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
Reference ( family-6232 ) : AAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CGCAAA---TT-TG--TTT--C--CT---TT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
gi|1 : AAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T--------TATTACCAAT-GT-ACAACACTGCTTAT-GCA-A-CACAAC---TT-TGT-TTT--C--CA---TT-T--AACGC-T-TTTCT-ACG-TA--T-TTTA-ACCT
gi|10 : AAATCTGA-AATA--TTTC-A-T-A-----------------AT-ACA--ACTCCTTAT-GT--A-TACAAA---TT-TG--TTTTTC--AT---TT-T--CAC-T-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
gi|11 : AAAATCTGA-AATA--TTT----T-A------TA-----AA-----GCA--ACTGCTTAT-AT--A-TGCGAA---TT-TGT-TTT--C--CT---TTAT--AAC-T-TCTTTCC-GC--C---T-TTTA-ACTTt
gi|12 : CTGA-AATA--TTTA-A-T-A-----------------AT-ACA--ACTTCTGGT-GT--A-TGCAAA---TT-TC--TTTTTC--TT---TT-T--AAC-G-T-TTTAC-ACT-T---T-TTT
gi|13 : AAAAACTGA-AATA--TTT----T-A------TA---------AT-ACA--ATTGCTTCT-AT--A-TAAGGA---TT-TGTTTTT--C--TT---TT-T--AAC-TGG-TTTAC-ACA-T---T-TTtttacttt
gi|14 : AAATCTGA-AACA--TTT----T-A------TA----------T-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-TACAAC---TT-CG--TTT--C--TTCTTTT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-aa
gi|15 : AATCTGA-AATA--ATT-------------TA----TGAT-AT-A----ACTGCTTGT-AT--A-TGCGAT---TT-TG--TTT--TTGTT---TT-T--AAC-T-TGTTTAC-A
gi|16 : AAGTCTGA-AATA--TTTC-A-T-A-----------------AT-ACA--ACTGATTGT-AT--A-TGCATA---TT-TGTTTTT--C--GT---TT-T--AAC-T-T-TTTA
gi|17 : -ACA--GCTGTTAGT-GT--A-TTCAAA---TT-TG--TTTAAC--TT---TT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-CTTA-ACTT
gi|18 : ataaaAAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T-ACCGGTATA----CAAT-GT-ACA--ATTGCTTAT-GC--A-CACAAC---TT-TG--TTT--C--tt
gi|19 : AAAATCGAA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-C
gi|2 : AAAATCTGATAATA--TGTA-A-T-A------TAAG--CAATAGT-ACAT-ACTGCTTAT-GC--ATCACAAAGCTTT-TG--TTT--C--CT---GT----AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTcacaaca
gi|3 : AAATCTGA-AATACATTTA-T-T-A------TA----TAAT----ACA--ACTGATTGA-GT--A-TGCAAA---TT-TG--TTTTTC--TT---TT-T--AAC-T-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
gi|4 : AAAATCTGA-AATA--TTAA-AGT-A------TA----CAAT-GTGACA--ATTGTTTAT-GC--A-CACAC----TT-TG--TTT--A--CT---TT----ATC-C-T-TTTAC-ACG-T---TAATTA-ACTTt
gi|5 : AAAATCTGA-AATA--ATTATA-TGA------TA-----AAT-AT--TA--A--GTTTAT-GC--ATCATAAC---TT-TG--TTC--C--GT---TT-T--AAC-C-T-TGTAC--CGTT---T-TTTA-ACTT
gi|6 : AAAAT-TGA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ATTG-TTAT-GCAAA-CACAAC---TTCTG--TTTA-T--CT---TT-T--AACTC-T-TTTAC-ACG-T---T-ATTA-tt
gi|7 : AAAATT--A-AATA--TCTA-A---A------TA----CAAT-GT-ATA---CTGTTTATTGC--A-CATAA----CT-TG--TT---C--CT---TT-T--AAC-C-T-TTTACAACG-TAAGT-TTTATACTT
gi|8 : AAAATCAGA-AATA--TTT-------------CA----CAAC----ACA--TCTGCTTAT-GT--A-TACGAA---TT-TGT-TTT--T--CT---TT-TTCCAC-T-T-TTTGT-ACA-T---T-TTTA-ACTT
gi|9 : AAAATCTGA-AATA--ATTA-A-T-G------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CACAA-----C-TG--TTT--C--CT---TT-T--AAC-C-T-TTTAT-ACG-T---T-TTTA-ACTTt
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222 1111 11 11
lowQualScore : 2 33 6666666666666666666666666 2 55 2 55 444 1111 2 22 44 333 444 2 33 555 4 2 2 777 2 3
lowQualScore : . .. ......................... . .. . .. ... .... . .. .. ... ... . .. ... . . . ... . .
lowQualScore : 2 11 2222222222222222222222222 1 00 1 00 777 2222 2 88 44 111 111 4 22 111 7 5 7 333 7 1
consensus : AAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CGCAAA---TT-TG--TTT--C--CT---TT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
Reference ( family-6232 ) : AAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CGCAAA---TT-TG--TTT--C--CT---TT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
gi|1 : AAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T--------TATTACCAAT-GT-ACAACACTGCTTAT-GCA-A-CACAAC---TT-TGT-TTT--C--CA---TT-T--AACGC-T-TTTCT-ACG-TA--T-TTTA-ACCT
gi|10 : AAATCTGA-AATA--TTTC-A-T-A-----------------AT-ACA--ACTCCTTAT-GT--A-TACAAA---TT-TG--TTTTTC--AT---TT-T--CAC-T-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
gi|11 : AAAATCTGA-AATA--TTT----T-A------TA-----AA-----GCA--ACTGCTTAT-AT--A-TGCGAA---TT-TGT-TTT--C--CT---TTAT--AAC-T-TCTTTCC-GC--C---T-TTTA-ACTTt
gi|12 : CTGA-AATA--TTTA-A-T-A-----------------AT-ACA--ACTTCTGGT-GT--A-TGCAAA---TT-TC--TTTTTC--TT---TT-T--AAC-G-T-TTTAC-ACT-T---T-TTT
gi|13 : AAAAACTGA-AATA--TTT----T-A------TA---------AT-ACA--ATTGCTTCT-AT--A-TAAGGA---TT-TGTTTTT--C--TT---TT-T--AAC-TGG-TTTAC-ACA-T---T-TTtttacttt
gi|14 : AAATCTGA-AACA--TTT----T-A------TA----------T-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-TACAAC---TT-CG--TTT--C--TTCTTTT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-aa
gi|15 : AATCTGA-AATA--ATT-------------TA----TGAT-AT-A----ACTGCTTGT-AT--A-TGCGAT---TT-TG--TTT--TTGTT---TT-T--AAC-T-TGTTTAC-A
gi|16 : AAGTCTGA-AATA--TTTC-A-T-A-----------------AT-ACA--ACTGATTGT-AT--A-TGCATA---TT-TGTTTTT--C--GT---TT-T--AAC-T-T-TTTA
gi|17 : -ACA--GCTGTTAGT-GT--A-TTCAAA---TT-TG--TTTAAC--TT---TT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-CTTA-ACTT
gi|18 : ataaaAAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T-ACCGGTATA----CAAT-GT-ACA--ATTGCTTAT-GC--A-CACAAC---TT-TG--TTT--C--tt
gi|19 : AAAATCGAA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-C
gi|2 : AAAATCTGATAATA--TGTA-A-T-A------TAAG--CAATAGT-ACAT-ACTGCTTAT-GC--ATCACAAAGCTTT-TG--TTT--C--CT---GT----AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTcacaaca
gi|3 : AAATCTGA-AATACATTTA-T-T-A------TA----TAAT----ACA--ACTGATTGA-GT--A-TGCAAA---TT-TG--TTTTTC--TT---TT-T--AAC-T-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
gi|4 : AAAATCTGA-AATA--TTAA-AGT-A------TA----CAAT-GTGACA--ATTGTTTAT-GC--A-CACAC----TT-TG--TTT--A--CT---TT----ATC-C-T-TTTAC-ACG-T---TAATTA-ACTTt
gi|5 : AAAATCTGA-AATA--ATTATA-TGA------TA-----AAT-AT--TA--A--GTTTAT-GC--ATCATAAC---TT-TG--TTC--C--GT---TT-T--AAC-C-T-TGTAC--CGTT---T-TTTA-ACTT
gi|6 : AAAAT-TGA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ATTG-TTAT-GCAAA-CACAAC---TTCTG--TTTA-T--CT---TT-T--AACTC-T-TTTAC-ACG-T---T-ATTA-tt
gi|7 : AAAATT--A-AATA--TCTA-A---A------TA----CAAT-GT-ATA---CTGTTTATTGC--A-CATAA----CT-TG--TT---C--CT---TT-T--AAC-C-T-TTTACAACG-TAAGT-TTTATACTT
gi|8 : AAAATCAGA-AATA--TTT-------------CA----CAAC----ACA--TCTGCTTAT-GT--A-TACGAA---TT-TGT-TTT--T--CT---TT-TTCCAC-T-T-TTTGT-ACA-T---T-TTTA-ACTT
gi|9 : AAAATCTGA-AATA--ATTA-A-T-G------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CACAA-----C-TG--TTT--C--CT---TT-T--AAC-C-T-TTTAT-ACG-T---T-TTTA-ACTTt
blockSeqs : T CA AATACCGGTATACAATG G T T AA TCA AGCT C TT TT TGT CTT A TC TG C A T AAG A T
blockSeqs : . . AATATAAGCAATAG . . . . TCA A . TT TT A . . . TC G . . . . .
blockSeqs : . . AAGTATACAATG . . . . TA A . T AA C . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . ATATGATAAATA . . . . TG A . T TT T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . AATATACAATG . . . . TG A . . A T . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . AATATACAATG . . . . TA C . . . T . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . AATGTACAATG . . . . TA T . . . G . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . ATTATATAAT . . . . TG A . . . T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . AAATACAATG . . . . TG A . . . C . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . TATGATA . . . . TT C . . . T . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . TATAAA . . . . CA A . . . C . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . CACAAC . . . . TG C . . . G . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . CATAA . . . . CA C . . . C . . . C . . . . .
blockSeqs : . . AATAA . . . . CA A . . . C . . . C . . . . .
blockSeqs : . . TATAA . . . . CA . . . . C . . . T . .
blockSeqs : . . CATAA . . . . TA . . . . C . . . C .
blockSeqs : . . TATA . . . . CA . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : AATATACAATG************** ** ** ** C** ***
originalCons : AAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CGCAAA---TT-TG--TTT--C--CT---TT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
finalCons : AAAATCTGA-AATA--TTTAATATACAATG--------------T-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CGCAAA---TT-TG--TTT--C--CT---TT-T--AACC--T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222 1111 11 11
lowQualScore : 2 33 6666666666666666666666666 2 55 2 55 444 1111 2 22 44 333 444 2 33 555 4 2 2 777 2 3
lowQualScore : . .. ......................... . .. . .. ... .... . .. .. ... ... . .. ... . . . ... . .
lowQualScore : 2 11 2222222222222222222222222 1 00 1 00 777 2222 2 88 44 111 111 4 22 111 7 5 7 333 7 1
consensus : AAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CGCAAA---TT-TG--TTT--C--CT---TT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
Reference ( family-6232 ) : AAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CGCAAA---TT-TG--TTT--C--CT---TT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
gi|1 : AAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T--------TATTACCAAT-GT-ACAACACTGCTTAT-GCA-A-CACAAC---TT-TGT-TTT--C--CA---TT-T--AACGC-T-TTTCT-ACG-TA--T-TTTA-ACCT
gi|10 : AAATCTGA-AATA--TTTC-A-T-A-----------------AT-ACA--ACTCCTTAT-GT--A-TACAAA---TT-TG--TTTTTC--AT---TT-T--CAC-T-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
gi|11 : AAAATCTGA-AATA--TTT----T-A------TA-----AA-----GCA--ACTGCTTAT-AT--A-TGCGAA---TT-TGT-TTT--C--CT---TTAT--AAC-T-TCTTTCC-GC--C---T-TTTA-ACTTt
gi|12 : CTGA-AATA--TTTA-A-T-A-----------------AT-ACA--ACTTCTGGT-GT--A-TGCAAA---TT-TC--TTTTTC--TT---TT-T--AAC-G-T-TTTAC-ACT-T---T-TTT
gi|13 : AAAAACTGA-AATA--TTT----T-A------TA---------AT-ACA--ATTGCTTCT-AT--A-TAAGGA---TT-TGTTTTT--C--TT---TT-T--AAC-TGG-TTTAC-ACA-T---T-TTtttacttt
gi|14 : AAATCTGA-AACA--TTT----T-A------TA----------T-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-TACAAC---TT-CG--TTT--C--TTCTTTT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-aa
gi|15 : AATCTGA-AATA--ATT-------------TA----TGAT-AT-A----ACTGCTTGT-AT--A-TGCGAT---TT-TG--TTT--TTGTT---TT-T--AAC-T-TGTTTAC-A
gi|16 : AAGTCTGA-AATA--TTTC-A-T-A-----------------AT-ACA--ACTGATTGT-AT--A-TGCATA---TT-TGTTTTT--C--GT---TT-T--AAC-T-T-TTTA
gi|17 : -ACA--GCTGTTAGT-GT--A-TTCAAA---TT-TG--TTTAAC--TT---TT-T--AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-CTTA-ACTT
gi|18 : ataaaAAAATCTGA-AATA--TTTA-A-T-ACCGGTATA----CAAT-GT-ACA--ATTGCTTAT-GC--A-CACAAC---TT-TG--TTT--C--tt
gi|19 : AAAATCGAA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-C
gi|2 : AAAATCTGATAATA--TGTA-A-T-A------TAAG--CAATAGT-ACAT-ACTGCTTAT-GC--ATCACAAAGCTTT-TG--TTT--C--CT---GT----AAC-C-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTcacaaca
gi|3 : AAATCTGA-AATACATTTA-T-T-A------TA----TAAT----ACA--ACTGATTGA-GT--A-TGCAAA---TT-TG--TTTTTC--TT---TT-T--AAC-T-T-TTTAC-ACG-T---T-TTTA-ACTT
gi|4 : AAAATCTGA-AATA--TTAA-AGT-A------TA----CAAT-GTGACA--ATTGTTTAT-GC--A-CACAC----TT-TG--TTT--A--CT---TT----ATC-C-T-TTTAC-ACG-T---TAATTA-ACTTt
gi|5 : AAAATCTGA-AATA--ATTATA-TGA------TA-----AAT-AT--TA--A--GTTTAT-GC--ATCATAAC---TT-TG--TTC--C--GT---TT-T--AAC-C-T-TGTAC--CGTT---T-TTTA-ACTT
gi|6 : AAAAT-TGA-AATA--TTTA-A-T-A------TA----CAAT-GT-ACA--ATTG-TTAT-GCAAA-CACAAC---TTCTG--TTTA-T--CT---TT-T--AACTC-T-TTTAC-ACG-T---T-ATTA-tt
gi|7 : AAAATT--A-AATA--TCTA-A---A------TA----CAAT-GT-ATA---CTGTTTATTGC--A-CATAA----CT-TG--TT---C--CT---TT-T--AAC-C-T-TTTACAACG-TAAGT-TTTATACTT
gi|8 : AAAATCAGA-AATA--TTT-------------CA----CAAC----ACA--TCTGCTTAT-GT--A-TACGAA---TT-TGT-TTT--T--CT---TT-TTCCAC-T-T-TTTGT-ACA-T---T-TTTA-ACTT
gi|9 : AAAATCTGA-AATA--ATTA-A-T-G------TA----CAAT-GT-ACA--ACTGCTTAT-GC--A-CACAA-----C-TG--TTT--C--CT---TT-T--AAC-C-T-TTTAT-ACG-T---T-TTTA-ACTTt