lowQualScore : 2 22222222222222222 11111 11111111 11111111 11 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111 1111 1111111111 111 11 2 11 11111 11 222222222222 1111 111 222222 1111 1111 11111111 111 2222 33333333 2222 3
lowQualScore : 8 66666666666666666 3 3 3 3 3 8 2 2 33 2 2 2 22222 33 33333333 2 33333333 444 2 2 2 444 33 2 33 555 55 0 55 5555 33 3333 888 777777 444 2 2 111 2 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 44 66666666666 66 3 3333 2 2 33 5 5555555555 2 2 66 5 77777 66 5555 111 6666 2 2 666 888888 44 2 33 99999 2 2 2 2 33 0 3 888 8 555 00 555 77777 6 44 44 3 11 888888888888 3 88 3 3 9999 555 77 6 6666 3 3 666 3 4 88 3 7 55 3 333333 3 3 88888 77 5555 0000 3 00000000 7777 6 44 111 2 777 1 1 1 1 3333 1 1 3 9999 22 6666 1 1 3333 4 33 3333 3 6666 3 1 3 555555 1 7 33333333 1 1 1 66666 1 1 0 11 7777 66 1 66
lowQualScore : . ................. . . . . . . . . .. . . . ..... .. ........ . ........ ... . . . ... .. . .. ... .. . .. .... .. .... ... ...... ... . . ... . . ............................................................................. . . .. ........... .. . .... . . .. . .......... . . .. . ..... .. .... ... .... . . ... ...... .. . .. ..... . . . . .. . . ... . ... .. ... ..... . .. .. . .. ............ . .. . . .... ... .. . .... . . ... . . .. . . .. . ...... . . ..... .. .... .... . ........ .... . .. ... . ... . . . . .... . . . .... .. .... . . .... . .. .... . .... . . . ...... . . ........ . . . ..... . . . .. .... .. . ..
lowQualScore : 0 11111111111111111 1 1 1 1 1 4 9 9 99 9 9 9 99999 99 33333333 7 00000000 777 7 7 5 444 44 5 44 222 88 8 99 3333 44 7777 333 777777 444 5 7 888 9 9 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 1 22 22222222222 11 1 1111 9 9 99 7 4444444444 9 9 88 7 11111 88 4444 888 1111 9 9 666 444444 33 9 77 33333 7 7 7 7 99 8 1 555 7 444 55 444 33333 7 66 66 3 22 999999999999 1 55 1 1 6666 444 33 2 5555 3 3 555 6 3 66 6 3 00 6 333333 3 3 33333 55 0000 4444 3 00000000 1111 7 66 999 0 111 7 7 7 7 5555 7 7 3 2222 22 7777 5 5 3333 6 77 3333 1 7777 1 5 1 222222 5 7 00000000 7 7 8 77777 8 8 5 55 1111 11 8 99
consensus : GCGAAGTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C--GA--TAC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--GTA--AAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TG-GAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CC---CC-----------CCCCC--CACCCC-CCCAC--AC-TACT-TTGTGTCTG---A--TT-TA-AA--A--------T--AT-ATG-CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTT-----CTTCG-A-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---TCC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AAC--AACAT--A-T--AAAA-C-----CC---GC-GT--G-AC-A----A---GGC--GA-GCA----C-ACATCTT-ATT-T-TTTATT--C-AT-GAG--AAA-A---T--GG-A-G-----AAAAG-CGG----AAGGG----TA-TTACT--A-----TT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCG-TCATC---ACC-GTT-TC-A-G----T-C-CAC-AT--T-CATG--TACAC---CG-T-A----CGT-G--T----ACAT-G-A--AT-G-TGG-A----C-TGA-AAC-G-N--N---GAT-G-ACGGA-----TTTAGCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCT-TTTGT--GACC-AT--ACTTATTG
Reference ( gi|2 ) : GCGAA-TGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGTGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C--AA--TAC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--GTA--AAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TG-GAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CC---CC-----------CCCCC--CGCCCC-CCCACA-AC-TACT-TTGTG-CTG---A--TT-TA-AA--A--------T--AC-ATG-CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTT-----CTTCC-A-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---TCCACA---TAC-ATT---GAA-----ATG-AAC--AACAT--A-T--AAAA-T-----CT---GC-GT--G-AC-A----A---GGC--GA-GCA----C-ACATCTT-ATT-T-TTTATT--C-AT-GAG--AAA-A---T--GG-A-G-----AAAAG-TGG----AAGGG----TA-TTACT--A-----TT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACC-GTT-TC-A-G----T-C-CAC-AT--T-CATG--TACAC---CA-T-A----CGT-G--T----ACAT-G-A--AT-G-TGG-A----C-TGA-AAC-G-T--G---GAT-G-ACGGA-----TTTAGCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCT-TTTGT--GACCAAT--ACTTATTG
gi|6 : GCGAAGTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGTGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGGGC--AA--TAC-AAAATTTG--AATAATA---A---G-AT-GAA-A---T--G-A--GTA--AAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TG--AAGCC-AGGA---ACC----ACC--CCCCCCC-----------CCCC-----CCCC-CCCACACAC-TACT-TTGTGTCTGA--A--TT-TA-AA--A--------T--AC-ATG-CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTT-----CTTCC-A-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---TCC-CA---TAC-ATT---GAA-----ATG-AAC--AACAT--A-T--AAAA-T-----CT---GC-GT--G-AC-A----A---GGC--GA-GCA----C-ACATCTT-A---T-TTTATT--C-AT-GAG--AAA-AT--T--GG-A-G-----AAAAG-TGG----AAGGG----TA-TTACT--A-----TT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACC-GTT-TC-A-G----T-C-ACC-AT--T-CATG--TACA----CA-T-A----CGT-G--T----ACAT-G-A--AT-G-TGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T---GAT-G-ACGGA-----TTTAGCCC
gi|4 : tttGCGAAGTGATTGTAAT---G------A----G-A-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGGGC--GA--TAC-AAA---------TAATAGAAA-----AT-GAA-A---T--G-T--GTA--AA---TGTTAT--C----CTAA--A--T-CTTAG---T------TT---CA-TTAAT-TTG-TG-GAAGCC-AGGA---CCC-----CC--CC---CC-----------CCCACAACACACA-CACACACACACACT-TTGTGTCTG---AA-TT-TA-AA--A--------T--AT-ATG-CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--A--T-----TTGA--AT---C---CA----GGTA-G--TTG---TTTT-----CTTCG-A-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---TCCATA---TA---TT---GAA-----ATG-AAC--AACAT--A-T--AAAA-C-----CCC--GC-AT--G-AC-A----A---GGC--GA-GCA----C-ACATCTT-ATT-T-T--ATT--C-AT-GAG--AAA-A---TTGGA-A-G-----AAAAG-CGG----AAGGG----TA-TTACT--------TT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACC-ATT-TC-A-G----T-C-CAC-AT--G-CATG--TACA----CA-T-A----CGT-GT-T----ATAT-G-A--TT-G-TGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T---AAT-G-ACGGA-----TTTAG------CCCCCCCCTCCTTC--TTTGT--GACCA
gi|3 : gttttGCGAAGTGATTGTAAT---G------A----G-A-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-CTA-A-----G--GGG-C--GA--TAC-AA----------TAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--GGT--AAAA-TGTTTC--C-----TAA--A--T-CTCAG---T------TT---CA-TTAAT-T-GGTG-GAAGCC-AGGA---------------CC---CC-----------CACCC--CACCCC-ACCCCA-AC-TACT-TTGTGTCTG---AA-TT-TA-AATAA--------T--AT--TG-CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--A--T-----TTGA--AT---C---C------------------------------TCA-A-CG--AA----TT-C-A-A-A--GCG-C---TCC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATGAAAC--AACAA--ATT--AAAACC-----CC---GC-AT--G-AC-A----A---GGC--GA-GCA----CAACATCTT-A---T-TTTATT--CAAT-GAG---AA-A---T--TG-A-G-----AAAAG-CGG----AA-GG----TA-TTACT--A-----TT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACC-ATT-TC-A-G----T-T-C-C-AT--G-CATG--TACA----CA---A----CGT-G--T----ATAT-G-A--TT-G-TGG-A----C-AGA-AAC-G----GAT-AAT-G-ACGGA-----TTTAG---CCACCCCTCCCCCCTTC---TTGT--GACC-AT--ACTtaact
gi|8 : aaatcctcacagagacatttgagttttGCGAAGTGATTGTAAT---G------GCCG-GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C--GA--TAC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--GTA--AA----ATTTC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-T-GG-GAAGCT-AGAA---CCC----ACC--CC---C---------------------------------AC-CACT-----------------T-TA-AA--A--------T--AT-ATG-CCAGGTACG-T-G--TGC-AA----------GTA-AG--AC--AA-T-----TTGA--AC---CATGC-----GGTA-GG-TTG-A-TTTT-----CTTCG-A-CG--A-----TT-C-A-A-A--TCG-C---TCC-TA---TAT-ATT---GAAATGC-ATG-AAC--AACAT--T-TA-AAAA-C-----CC---GC-GT--G-AC-A----A---TGC--GA-GCA----C-ACATCTT-A---T-TTTATT--C-AT-GAG--AAATA---T--GG-A-G-----AAAAG-CG
gi|12 : ttttatggtatcatcctgaagggcagcccatttagtcgctttttacggaaaagtacgacctatattacccgaatctcacagagacattggagtttGCGAAGTCGTTGTAAT---G------GCTGGGGA-CAA-T-G-AATCACAGG-A-GAC--AA-T-A-A-----G--GGG-G--GA--TAC-AAAATT-G--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--GTA--ACAA--ATTCC--CTTTACTAA--A--C--TCAA---T------TT---CA-TTTAT-T---TG-GAAGCC-AGGA------------------------------------------CCCC-CCC-----C-TATT-TTGTGTCTG---AA-TT-TA-AA--AAA------T--AT-ATG-CCAG----GAT-G--TGCCAA----------GTA-AGA-AA--AA-A-----TTGA--AC---C---CA----GGTAGGG-TTG-ATTTTT-----CTTCG-A-CG--A-----TT-C-A-A-A--G-G-C---TC--CA---TCT-ATT---GAAATGCCATG-AAC--AACAT--A-TA-AAAA-C-----CC---GC-GT--G-ACAA----A---GGC--GATGCA----C-A---------------------C-AT-GAG--AAA-AT--T--GG-A-G-----AAAAG-C-G----AAGGG----
gi|13 : tttGCGAAGTGATTGTAAT---ACACTGTA----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-CCGAT--TACCAAAATTTG--AATAATAGAAA---G-ATTGAA-A---T--G-A---TA--AAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-T-TG-GAAGCT-AGGA---ACC------------------------------------CACC-CCCACC-AC----------G-C--------TT-TA-AA--A--------T--AT-ATG-CCAGGTACG-T-G--TGC-AA----------GTA-AGA-CA--AA-T-----TTGA--AC---C---CATGCGGGTA-GG-TTG-A-TTTT-----CTTCG-A-CG--A-----TT-C-A-A-
gi|18 : gtcgcttcttacgggaaaagtacgaccaatgttaacccgaatcctcacagagacgtcgacatttgagtttGCGAA-GGATTGTAAA---T------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGGGC-A-GAC--AA-A-A-A-----GGTGGG-C--CG--T-----AATT-----AT-----GAA---G-AT-GAATA---T--G-A--GT----AAA-TATT-C--C----CTAA--A-------AA---TACACGGTT---C--TTA---T-G-TG-G-AGCC-AG-----ACA----GCC--CC---CC-----------TCCTC--
gi|33 : gaaaagtcggacatttttacgatctacagatgatattggattttttGCGAAGTGATTGTAAT---A------T----G-A-CAA-T-G-AA-----GG-G-GA----------A-----G----------A--TAC-AAAATTTG--AATAATAGCAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--GT---AAAA-TATTCC--C----CTAA--A--tttcgtgtttgaaatttttaaaataatcaattggccaggt
gi|10 : ggagttttCAAG-TGAT-GTAATTTTG------A----GAA-CAG---G-AA-CAC--G-A-GAC--AA-A-A-AA----G--GGG---------GC-GGAATTTACAAATAATAGAAAAGAG-AT-TGA-A---TTTGTA--GTA--AAAGGTCGCCCA-C----CTAC--ATGC-TTCAG---T------GT---CA-GTAAGGT-G-GG-GAAGCC-AGG-----------ACC--CC---CC-----------ACCCC--CA-CGC-CCCACG----------TGGG-CAGGA-A--TG-TGTAA--A--------TAGAC-GTGTCCAG----G-A-G--TGC-ATGGTGTGTAAAGTA-AAT-AA--AG-T-----GTGATTGT---C---CA----GGGA-GG-TAGAA-GTTC-----CTTAG-A-CG--A-----AG-CAA-A-A--GCGAC---TGCCCA---TGT-ATTAGGGAA-----A-G-GAC--AACAG--A-G--GGAA-TAACCCCT---GC-GCAGA-AC-A----A---GACG-GA-GCA----C--CACCTT-A
gi|19 : tctcacagtacaggttttggtattttttgtgctaAG-TGAATGTAA-----------G----GGATCAA-T-G-A--CAGCGGTATGAC--AACA-ACA-----G--GGG-C--GTCTTAC-AAC---------TAACAGCAT---G-AT-GAA-A---T--G-ACAGTA--AAA--TGTTCC--A----CTAA--A--C-CTCCAGT-T------TT---CA-T
gi|5 : ggaagaagtaaaaacgaactaagtattaaccgaatcccacagagaccacttgaagttttagcgatATTGTAAT---G------A----G-A-CAA-T-G-AA-CAGCG--A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C--GA--TAC-AAA---------TAATAGAAA---G-A--GAA-A---T--G-A--GTA--AAA--TGTTCC--C----CTAA--A--T-CTCAG---T------TT---CA-TTAAT-T---TG-GAAGCCCAGGA-----------CC--CC---CC-----------ACCCC--CACCCC----ACG----TACT-T-GTGTCTG---A--TT-TA-AA--A--------T--AT-ATG-CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AT---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TGTT-----CTTCG-A-CG--A-----TT-C-A-A-A--GTG-C---TC--CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AAC--AACAT--A-T--AAAC-C-----CC---GC-AT--G-AC------A---GGC--GA-GCA----C-ACATCTTCA---T-TTTATT--T-AT-GAG--AGA-AT--T--GG-A-G-----AAAAG-CGGA---AAGGG----TA-TTACT--A-----TT----AGTTGC-A--CA--TTTTTCA-TCATC---ACC-ATT-TCAA-G----T-C-CAC-AT--G-CAT---TACA----CA-T-A----CGT-G--T----ATAT-T-G--AT-G-TGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T---AAT-G-ACGAA-----TTTAGCCCCCCCCCCCTC----------TTGT--GACC-AT--ACTTAT
gi|1 : acatttgagttttgcaacatTTGTAAT---G------A----G-A-CAAAT-GGAA-CAGCGG-A-GACCCAA-A-G-ATAATGG--GGG-C--GA--TAC-AAA-TGT-----TAATAGAAA---GCAT-GAA-AGATT--G-A--G-AGTAAAA-T-TTCCGCC----CTAACAA--T-CTCAG---T------TTATTCA-TAAAT-T---TGTGAAGCC-AGGACCCCCC----ACC--CT---CCCGATCTGCCAGCCCCC--CACCCCACTCCCC-AC-TACTGTTGTGTCTGAAAA--TTATA-CA--A--------T--AT-ATG-CCAG----G-T-GTCTGC-AT----------GTACAGA-AA--AATT-----TTGA--AT---CA--CC----AGTA-GA-TTG-ATTTTT-----CTTCG-A-CG--ATTTACTT-C-A-A-A--G-G-CA--TCC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATGCAAC--AACATAGA-T--AAAACC-----CC---GC-AT--G-AC-A----AACGGGCGAGA-GCA----C-ACATCTT-ATT-T-GCTATTCCC-AT-GAC--AGA-ACATT--GGCA-G-----AAAAG-CGGCT--AAGGGGCTACA-TTACT--A-----TT----AGTTGCTA--CACTTTTTTCATTCATC---ACC-ATT-TC-A-G----TAC-CACGAT--G-CATG--TACA----CA-TAA----CGT-G--T----ATAT-G-A--TTGG-TGG-AGAGCT-TGA-AAC-G-C--GTCTTATGG-ACGGA-----TTTAGCCCCCCCCCCCCCTTTATCCTCTTTGTTGGACC-AT--ACTT
gi|9 : agcctaacagaggacatgttgaagttgttggcttaagTGTAAT---G------G----G-A-CAA-TTG-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-AA----G--GGG-C--GA--TAC-AAAATTTG--AATA-TAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--GT---AAAA-TATT-C--C----CTAA--A--CGCTC-A---T------TT---C--TTAAT-T-T-GG-GAAGCT-A-GA---ACC----AAC--CA---CC-----------CCCCC--C-CCCC-CC-----AC-TACT-TTGT-------------------------------------TG-TC--------T-G--T----T-----------TA-AGA-AA--AATT-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG--TG-A-TTTT------TTCG-A-CG--A-----TT-C-ACA-A--GCG-T---TCC-CA----AT-AAT---GAA-----GTG-CA---AACAT--A-TAAAAAA-C-----CC---GC-GT--G-AC-A----A---GGC--GA-GCA----
gi|15 : AATGG-A-AAT--GA-A-A----------GGG-C--GA--TAC-AAAATTTG--AATA--AGAAA---G-AT-AAA-A---T----A--GTA--GAAA-TATGTC--C----CTAA--A--C-TTAAACATC------TT---CAGTTAAT-T-G-T--GAAGCC-AGGA---A-C----ACC--CC-------------------------CCCC-CACACA-AC-AACT-TTGGGTCTG---A--TT-TA-AT--A--------T--ATAATG-CTGA----G-T-G--TGCAAT----------GTT-AGA-AAT-AA-T-----TGGA--A----C---CA----GGTA-GG-TTT-T-TTTT-----TTTCG-AGCG--A-----TT-T-A-AGA--GGG-C---TCC-CA---TAT-ATT---GAA-----Agaagggtattactattagtactacattttcatcatcaccgtttcatccacattcatgtacatactatacatgaaatgtggattggaacaggtagacgatttagccccccccccccctcttgt
gi|11 : tgcctcacagagaccattggagttttgcgaaagtgatgtA--TAC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GGA-A---T--G-A--GTA--AAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TG-GAAACC-AGGA---ACC----ACCAACC---CC-----------Caat
gi|53 : A-A---T--G-A--GTA--AAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------AT---CA-TTAAT-annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttcagtccacattcatgtacacatatatacgtatacatgaatgtggattgaaacgg
gi|7 : ---CA-TGAAT-T-G-TG-GAAGCC-AGTG---ACCCTAGGCT--CA---CT-----------ACCTT--CGCCTC-CCCAC---T-CACT-TTGTGTCAG---AAATT-TA-AA--AATAAATTGT--AT-CTG-CCAG----G-TTG--TGC-ATT---------GTA-GTA-TATCAA-TCATTCTCGC--ACACCC---CA----GGTA-GGATTG-A-TTTCTATTGCTTTCGA-CGCAA-----TT-T-A-A-ATAGCG-CCCTTCCTCACTTTATTATT---GAAT----ATG-AACCAAACAC--A-T--ATAA-TGCGCACTCCGGC-GTCGG-AG-ATCGCA---GGC--GATGCATCACC-ATAT-TT-ATT-TATTTATT--C-AT-GAG--AAA-A---T--TG-ATG-----AAAAG-CGG----AAGGGC---TA-TTACTTTA-----TTGAATAA-CGCTAAACA--TTTTTCA-TCATCTCAACT-GTT--C-A------T-C-CAC-ACAAT-CATG--TAAGCGA-CA-T-A----CGT-G--TGTAAACAT-A-A--TT-G-TGG-A----C-T---AAC-GGT--A---GAT-G-ACGGA-----TTTAGCCCCTCCC
gi|22 : gC--CTCCCT-CCCAC-----TACT-CTGTG-CCT---A--TC--------A-----------AC-ATA-TCAG----G-T-A--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--CA-T-----CTGA--AC---C---CA----GGTA-AG-CTG-A-ATTC-----TTTCA-A-TA--T-----TT-C-A-A-A--G
gi|14 : cccccccacacacactttgtaggctt-T-G--TAA-AT----------ATG-AAATAA--CA-T-----TTGAT-AT---CAA-TA----TGTA-AA-TTT-A-TTTT--------------G--A--------C-A-A-A--GC--C---TCC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AAT--AACAT--A-T--AAAA-C-----CCC--GC-AT--G-AC-AGCGGA---GGC--AT-GCA----C-ACATCTT-ATT-T-TT-ATT--C-ATTGAG--AAA-A---TTGGA-A-G-----AAAAG-CGG----AAGGG----TA-TTACT--A-----TT----AG-TGCTA--CA---TTTTCA-TCATC---ACC-A-T-TC-A-G----T-C-CAC-ATG-G-CATG--TACA----CA-T-A----CGTGG--T----ATAT-G-A--TT-G-TGG-A----C-TG--AAC-G-T------AAT-G-ACGGA-----TTTAG------CCCCATCCCCCTTC---TTGT--GACC-AT--ACTtcagtgtgtgtgaaa
gi|17 : --A-----TTAC-A-A-A--GC--C---TCC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AAT--AACAT--A-T--AAAA-C-----CCC--GC-AT--G-AC-AGCGGA---GGC--AT-GCA----C-ACATCTT-ATT-T-TT-ATT--C-ATTGAG--AAA-A---TTGGA-A-G-----AAAAG-CGG----AAGGG----TA-TTACT--A-----TT----AG-TGCTA--CA---TTTTCA-TCATC---ACC-A-T-TC-A-G----T-C-CAC-ATG-G-CATG--TACA----CA-T-A----CGTGG--T----ATAT-G-A--TT-G-TGG-A----C-TG--AAC-G-T------AAT-G-ACGGA-----TTTAG------CCCCATCCCCCTTC---TTGT--GACC-AT--ACTat
gi|26 : A-T-----CT---GCCGC--GCAC-A----G---CTC--GA-GCA----C-A-ACCTC-GTTAT-TTTATTT-C-AT-GAGAAAAA-A---T--TG-A-GATAAAAAAAGCTGGTTCAAAAGG----TATTTGCT--AAATTCTT----AT-TGCTA--a
gi|3 : taaaaccct-A-G-----AAGGG-GGG----AGGGG----TG------------------------GCTA--AA--TCCGTCA-TTATC-----C-GTT-TC-T-G----T-C-CAC-AA--T-CATA--TACA----CG-T------TGT-G--T----ACAT-G-C--AT-G--GA-A----C-TGA-AATGG-T--GAT-GAT-G-AAAAA-----TGTAGCt
gi|9 : aaatcctcacagagacatttgagttttgcgaagtgattgtaatgagacaatgaacagcggagacaactaaggggcgatacaataatagaaagatgaaatgaggtaaaatgtttcctaaatctcagtttcattaattggtggaagccaggacccccaccccaccccaccccaactactttgtgtctgaatttaaataatattgccaggtgtgcatgtaagaaaatttgaatcctcaacgaattcaaagcgctcccatatattgaaatgaaacaacaaattaaaaccccgcatgacaaggcgagcacaacatcttattttattcaatgagaaattgagaaaagcggaaggtattactattagtAG-CAG----AAGGG----TA-TTACT--A-----TT----AG-TACTA--CA---TTTTCA-TCATC---ACC-GTT-TC-A------T-C-CAC-AT--T-CATG--TA------CA-T-A----C-T-A--T----ACAT-GAA--AT-G-TGG-A----T-TGG-AAC-A-G--G---TA--G-AC-GA-----TTTAGCCCCCCCCCCCCCTCtgtgaccatact
gi|23 : tgtaatgggacaattgaacagcggagacaaaaaaggggcgatacaaaatttgaatatagaaagatgaaatgagtaaaatattccctaaacgctcatttcttaatttgggaagctagaaccaaccaccccccccccccccactactttgttgtctgtttaagaaaaattttgaacccaggtaggtgattttttcgacgattcacaagcgttcccaataatgaagtgcaaacatataaaaaacccgcgtgacaaggcgA-TTACT--A-----TT----TG-TGCTA--CA---TTTTCA-ACATC---ACC-GTT-TC-ATA----T-C-CAC-AT--TCCATG-----AC---CA-T-AATGTCGT-A--T----ACATGG-A--AT---TGG-A----C-TGATAACGG-T--G---ATT-G---GGA------TTAGCCCCCCCCCC--------GTT-TCTGT---ACC--T--ACTTATTttgt
gi|28 : A--TTTTTCA-TCATC---GC--GTG-TC-C-G----T-CGCAC-AT--T-GATG--TGC-C---CA------------------------------AT-------A----C-TGA-GAC-G-G--T---GAT-GGACGGAA----TTTAGCCCC-CCCCCCCCTTCCTTC---TTGT--GAACCATGGACTTATTG
gi|36 : TTTTCA-TCGCC---ACC-GCT-TC-A-G----T-C-------------------CAC---CA-T-T----CAT-G--T----GTAT-A-----------------------------------------G-GCAGA-----TTTAGCCCCCCCCCCCCTCCCCTT-T-CTTGT--GAAC-AT--ACTTA
gi|6 : TCCG-TCATC---ACC-GTT-TC-A-G----T-C-CAC-AT--T-CATG--TACA----CG-T-A----TGT-G--T----ACAT-G-A--AT-G-GTG-A----C-TGA-AACGG-T--GAT-GAT-G-AAAAA-----TGTAGC
gi|4 : tttgcgaagtgattgtaatggggacaatgaacagtggagacaaaaagggggcaatacaaaatttgaataataagatgaaatgagtaaaatattcccctaaacctcaatttcattaattgtgaagccaggaaccaccccccccccccccccccccacacactactttgtgtctgaatttaaaatacatgccaggtgtgcatgtaagaaaaatttgaacccaggtaggttgattttcttccacgattcaaagcgctcccatacattgaaatgaacaacatataaaatctgcgtgacaaggcgagcacacatcttattttattcatgagaaaattggagaaaagtggaagggtattactattagtTCCG-TCATT---ACC-GTT-TC-A-G----T-C-CAC-AA--T-CATA--TA-ACA--CG-T-A----TGT-G--T----ACAT-G-C--AT-G-TGG-A----C-TGA-AATGG-T--GAT-GAT-G-AAAAA-----TGTAGCtttagccc
gi|5 : gttttgcgaagtgattgtaatgagacaatgaacagcggagacaaaaagggggcgatacaaataatagaaaatgaaatgtgtaaatgttatcctaaatcttagtttcattaatttgtggaagccaggaccccccccccccacaacacacacacacacacacactttgtgtctgaatttaaaatatatgccaggtgtgcatgtaagaaaatttgaatccaggtagttgttttcttcgacgattcaaagcgctccatatattgaaatgaacaacatataaaaccccgcatgacaaggcgagcacacatcttattttattcatgagaaaattggaagaaaagcggaagggtattactttagtTTCG-TCATT---ACC-GTT-TC-A-G----T-C-CAC-AT--C-AATA--TACA----CG-T-A----TGT-G--T----A-AT-G-C--AT-G-TGG-A----CTTGA-AAT-G-G--T---GAT-G-ATGAA-----tttagcccccccctccttctttgtgaccataact
gi|14 : acatttgagttttgcaacatattgtaatgagacaatgaacagcgagacaaaaaggggcgatacaaataatagaaagagaaatgagtaaaatgttcccctaaatctcagtttcattaatttggaagcccaggaccccccacccccaccccacgtacttgtgtctgatttaaaatatatgccaggtgtgcatgtaagaaaaatttgaatccaggtaggttgatgttcttcgacgattcaaagtgctccatatattgaaatgaacaacatataaaccccgcatgacaggcgagcacacatcttcattttatttatgagagaattggagaaaagcggaaagggtattactattagttgcacatttTCCG-TCATT---AC--GTT--C-A-G----T-C-CAC-AA--T-CATA--TACCA---CG-T-A----TGT-G--T----ACAT-GCC--AT-G-TGG-A----C-TGA-ATG-G-T--GAT-GAT-G-A-AAA-----TGTAGCtttagccccccccccctcttgtgaccatacttat
gi|17 : tgtaaatatgaaataacatttgatatcaatatgtaaatttattttgacaaagcctcccatatattgaaatgaataacatataaaaccccgcatgacagcggaggcatgcacacatcttatttttattcattgagaaaattggaagaaaagcggaagggtattactattagtTCCG-TCATT---AC--GTT--C-A-G----T-C-CAC-AA--T-CATA--TACCA---CG-T-A----TGT-G--T----ACAT-GCC--AT-G-TGG-A----C-TGA-ATG-G-T--GAT-GAT-G-A-AAA-----TGTAGCtttagccccatcccccttcttgtgaccatactat
gi|7 : attacaaagcctcccatatattgaaatgaataacatataaaaccccgcatgacagcggaggcatgcacacatcttatttttattcattgagaaaattggaagaaaagcggaagggtattactattagtTCCG-TCATCT--ACC-GTT----A-G----T-C-CAC-AA--T-TATGTTTACACA--CG-T-A----TGTCGCTT----ACAT-G-ATTGT-G-TGG-A------TGA-ACA-G-TTGA---GAT-G-ATGAAAAATGTTTAGCtttagccccatcccccttcttgtgaccatacta
gi|9 : gcatgaattgtggaagccagtgaccctaggctcactaccttcgcctccccactcactttgtgtcagaaatttaaaaataaattgtatctgccaggttgtgcattgtagtatatcaatcattctcgcacaccccaggtaggattgatttctattgctttcgacgcaatttaaatagcgcccttcctcactttattattgaatatgaaccaaacacatataatgcgcactccggcgtcggagatcgcaggcgatgcatcaccatatttatttatttattcatgagaaaattgatgaaaagcggaagggctattactttattgaataacA-TCGTCT--ACCTGTT-CC-A-A----T-C-CAC-AT--TTCATG--TATA-----G-T-A------T-G--T----ACAT-G-A--AT-G-TGG-A------TGA-AAC-G-G--T---GAT-G-ATGAA-----tttagcccctccc
gi|23 : tgtaatgggacaattgaacagcggagacaaaaaaggggcgatacaaaatttgaatatagaaagatgaaatgagtaaaatattccctaaacgctcatttcttaatttgggaagctagaaccaaccaccccccccccccccactactttgttgtctgtttaagaaaaattttgaacccaggtaggtgattttttcgacgattcacaagcgttcccaataatgaagtgcaaacatataaaaaacccgcgtgacaaggcgagcagaagggtattactattagtactacattATC---ACC-GTTATC-A-G----T-C-CA--AT--TCCATG--TATACGA-CATT-A----TG--G--T-----CATGG-A--AT-G-TGG-A----TATGA-AAC-G-G--T---GAT-G-ttagccccccccccccctcttgt
gi|11 : attactatttgtgctacattttcaaCC-GTT-TC-A-G----T-C-CAC-AT--T-CATG--TACACATATA-T-A----CGT-A--T----ACAT-G-A--AT-G-TGG-A----T-TGA-AAC-G-tgggattagccccccccccgtttctgtacctacttatt
gi|11 : atacaaaatttgaataatagaaagatggaatgagtaaaatattcccctaaacctcaatttcattaattgtggaaaccaggaaccaccaacccccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCC-GTT-TC-A-A----T-C-CAC-AT--T-CATG--TATACGTATA-T-A----TGT-G--T----ACAT-G-A--AT-G-TGG-A----C-TGA-AAC-G-g
gi|1 : atacaaaatttgaataatagaaagatggaatgagtaaaatattcccctaaacctcaatttcattaattgtggaaaccaggaaccaccaacccccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncC-GTT-TC-A-AGCTCT-C-CACCAA--T-CATA--TACAC---GT-T-A----TGT-G--T----ACAT-G-C--ATCG-TGGTA----C-TGA-AAT-G-G--T---GAT-G-A
gi|39 : agcctaacagaggacatgttgaagttgttggcttaagttgtaatgagacaaatggaacagcggagacccaaagataatgggggcgatacaaatgttaatagaaagcatgaaagattgagagtaaaatttccgccctaacaatctcagtttattcataaatttgtgaagccaggaccccccaccctcccgatctgccagccccccaccccactccccactactgttgtgtctgaaaattatacaatatatgccaggtgtctgcatgtacagaaaaattttgaatcaccagtagattgatttttcttcgacgatttacttcaaaggcatcccatatattgaaatgcaacaacatagataaaaccccgcatgacaaacgggcgagagcacacatcttatttgctattcccatgacagaacattggcagaaaagcggctaaggggctacattactattagttgctacacttttttcatG--TA-AC---AG-T-A----CAT-A--T----ACAT-G-A--AT-A-CGACA----CCTGT-AA--G-C--C---AGT-A-GCGGA-----TTTAGACCCCCCCCCCCCCTTTTTTT-TTTcgtcttatggacggatttagccccccccccccctttatcctctttgttggaccatactt
gi|36 : C---TA-T-A----C-----------ACAT-G-A--AT-GGTGG-A----C-TGA-AGCGG-T--GGC-GAT-G-A
34 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGAATCTTAATATAGTTTGTTTTACGTCCCTCTCGAGAATATTTCACCCATATGGACGGTGAAGGGCTGCAAAATTTAAGCCTGTGCTCGGTGCTTATGGCCTTTGAGCAGGGAGGGATCTTTATCGTGCCACACCTGCTGTGACACGGGACCTCGGTTTTTGCGGTCTCATCCGAAGGACCGCTCCATTTAGTCGCCTCTTACGACAAGCAAGGGGTGCTGAGGATCTATTCTAACCCGGATCTCCACGGAGCT
Unaligned ( gi|20 ): GATTGATTAATTATTTTAAGTTTTTCGTCCCGTTGAGAATATTTCACTCATATGAACCTCACATTGCCGGTTTGAAGGAGGTCTGCAAATTTAGGACCTATGTTATAAGCAATATGGTTTTTTGGGGCAGTGAGTGTTTATTTGCGTGCACACATGTTTCGACACG
Unaligned ( gi|21 ): ACACTGCTGTGACACGGGATAATCTCGAGGCATCTTGTTACGTGCGGTCGGTTACATTAAACCAGAGTGACTCAATCCCCGCCCCCCCCCCCCCATTTAATGTACGCTTCTTACGAACAAGACAAAGGGTGCCCTGAGGACCGTTATT
Unaligned ( gi|24 ): GATGTATCTTCGATGTAGCATACCTATTGTTATACCGGACTTATGAGGTAATATTCAATGAGTCGCCTAATTTAGTCGCACCTGATGGCAAATAAAGGATACTGAGGGTAAATCTAACCC
Unaligned ( gi|25 ): TGTGCAAGGGAATCGGTTTTGTGGTGTTGTCGGAAGGAGCACATTTAGATCGCCCCTTACGACATCAGTGGTCTACTGAGGAATGTAGTTAGAAACCTAATGGCTCCACGGTTGCTA
Unaligned ( gi|27 ): CTTGCTTGTGACACGGGGTCCCCTCTGGTTTTTCGGTCTCTCGAAGACTACCCTTCAGTCGCTATTAAAAGCAAGGGGTTCTGAGGACTATTCAATGGAATTGCATGGGGTAC
Unaligned ( gi|29 ): CGAGCTCTCTGTTTTTTGCGTGTAGTCTAACTGAGGGATTGTTGATTTAGTCGCCAACGGGGAGGAAGCAAAGGGTAACCTGACGAACTATTATAACCCGAACTG
Unaligned ( gi|30 ): CTATTCTAACCCGGGTCCCCACGGGGCCAAAGCATGTAGAATAAAGTACATGTATGTAGAAAACAATATGTGTTTGTTTGTGAAACACGAATGCCCCCGTAT
Unaligned ( gi|31 ): TATGAGCATTTTAGCTAAAAGTGATATTTATCGTGCCACATCCTGCTGTGACCCGAACTCACTTTATGCAGACCAATCCCAAGACCACCCGCACATT
Unaligned ( gi|32 ): AGTGAAGGATGACCCTTGTGATTGCCATTAAATAAATTTCTTGACATTTATAGAGGTTACCCCCCCCCCCCCCTACACACACACACACACAACA
Unaligned ( gi|34 ): CTAAGATCCCCTGATCGAAGCTTACAGCTTCAAAACAGGAAGGGCACACTTGCTGTGGCATGGAACCTCGGTTTAGTTTGGTCTTATCC
Unaligned ( gi|35 ): TGCCTCTTAAAGCAATCGAGAGGTTCTGAGGACATACTCTAATCCGGATTAACACGGGGAATAAAGGATAAAAAATGATTTATAAGAT
Unaligned ( gi|37 ): CCAAATTCGCTGTGACACAGCGCCTTCGTTTCCAATCTCGTGCTGAAGGACTGTCCTATGTAAGTCGCTCTGATGACAAACGGGTAG
Unaligned ( gi|38 ): AATGACCGTCCTCATTTAGTCGCCTCTTGCAACACGCAAGGGAATATTGGGGATCTATTCTAACCCGGACCCCACGGAT
Unaligned ( gi|40 ): GGACCCATTCTAACCCGGGTCCCCACGGTGGCTAAATATTGTGTTATATGTATATGAAAGGATCAATGTG
Unaligned ( gi|41 ): CTATTCTAGCCCGGATCCCCACGGGGCCAGATGTGGAAGAAGATATCATGGTATGTATAAG
Unaligned ( gi|42 ): AGGACCTATTCTAATCCGGATCCACACGGTGTAAAATAAAAAATATATATTTATATAAGAT
Unaligned ( gi|43 ): CCTTAGCGGTGAAGGGTCTTTATTGTGCCAACACCTGTCAAGACACTGGACCTTGTATTT
Unaligned ( gi|44 ): AATGGGTACTGACGACCTATTCTAACCCGGATGTCACGGGGTTACATTTGAAGAGGAAAT
Unaligned ( gi|45 ): AGTCGCCTCATACAAACAAGCAAGGGGTACTGGGACTTATTTTAAGCACAGATCCACGGG
Unaligned ( gi|46 ): TTCTTGTGACAAGCAAGGGGTACGCAGGACCTTTTATAACTTAGATCTTCACG
Unaligned ( gi|47 ): AGCAAGGAGTACTAATGACCTATTCTAACACGGATCCACACAGGGTATATATT
Unaligned ( gi|48 ): AACAAGATATCATGTGTTTGTGAAACACAAATGCCCCTGTATTCCACATGCC
Unaligned ( gi|49 ): ACGTACCGCTAGAGAATTTTTCACTCCATAGTCGATGAAGGGCTGCAAGA
Unaligned ( gi|50 ): CTAACCCGGATCCCCACGGGACCAAAACATATATTAAAGTATAT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTGTAGAAAGTAGATCTATTACAAAGTTTTATTTATGAGGCA
Unaligned ( gi|52 ): AGCAAGGGGTATTGAGGACCTATTCTAACCGAAATCTTCACA
Unaligned ( gi|54 ): AGCAAGGGGTACTGGGGACCTATTCTAACCCATATTTCA
Unaligned ( gi|55 ): GGGGACCTATTCTAACCCAGACCTCCACGGTTAAAGAA
Unaligned ( gi|56 ): GGACCTATTCTAACCCGGATCCACACGTGGTAATATT
Unaligned ( gi|57 ): CAGTGAGGAATTTTTATCGTGCCACACCTACTGT
Unaligned ( gi|58 ): GGGACCTATTCTAACCCGGACCTCACGGGTAGAG
Unaligned ( gi|59 ): GTACTGAGGATCTATTCTAACTCGGATCCCAAG
Unaligned ( gi|60 ): GGGACCTATTCTAACCCGGACCCCACGGGGA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 22222222 11111111 1111 1111111111 11111 11111 11 11111111 1 1111 222222 1111 1111 111 1111 222222 1111111 222
lowQualScore : 3 3 11111111111111111 2 2 2 2 2 44 2 66 222 2 66666 33 5 2 33 2 2 8888888 444 2 2 2 444 33 2 33 33 1 88 0 0 55 5555 33 33 2 777 777777 444 2 2 999 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 000000000 2 33333333 2 33 33333333 2 777777 444 1111 2 2 33 5 4444444444 2 2 66 5 66666 66 444 777 5555 2 2 555 777777 2 33 88888 2 2 2 2 33 0 2 777 2 5 555 2 555 66666 3 3 44 11111 33 44444444 1 77 2 8888 555 66 5 6666 3 3 777 3 77 77 3 6 44 3 000000 3 3 88888 3 5555 0000 44 7777 6 44 000 99 555 2 2 2 2 2 5555 666666 5555 5 2 5555 2 2 3 2 2 5555 2 66 2 8888888 2 2 2 6 4 1 222 55 4 4 55
lowQualScore : . . ................. . . . . . .. . .. ... . ..... .. . . .. . . ....... ... . . . ... .. . .. .. . .. . . .. .... .. .. . ... ...... ... . . ... . ............................................................... . ......... . ........ . .. ........ . ...... ... .... . . .. . .......... . . .. . ..... .. ... ... .... . . ... ...... . .. ..... . . . . .. . . ... . . ... . ... ..... . . .. ..... .. ........ . .. . .... ... .. . .... . . ... . .. .. . . .. . ...... . . ..... . .... .... .. .... . .. ... .. ... . . . . . .... ...... .... . . .... . . . . . .... . .. . ....... . . . . . . ... .. . . ..
lowQualScore : 3 3 77777777777777777 7 7 7 7 7 33 7 33 999 7 77777 77 3 7 44 5 5 8888888 444 5 5 4 111 22 4 22 22 2 77 2 2 66 0000 22 22 5 888 222222 111 4 5 777 7 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 777777777 7 77777777 7 77 33333333 7 777777 777 3333 5 5 77 3 3333333333 7 7 33 3 77777 33 777 333 7777 7 7 666 777777 7 44 88888 5 5 5 5 77 1 9 999 9 7 000 9 000 11111 1 1 22 99999 55 22222222 4 99 9 2222 000 88 7 1111 1 1 666 3 66 99 3 7 66 3 666666 3 3 33333 1 0000 4444 66 1111 7 66 333 11 444 9 9 9 9 9 5555 777777 7777 3 7 7777 7 7 0 7 7 7777 7 11 7 6666666 9 9 9 1 7 6 444 55 0 0 55
consensus : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CC---CC-----------CCC-CC----CACCCC---C-CCAC-AC-TACT-T---------TG-TGTCTG---A----TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TTTATT--CA-T-GAG--AAA-A---T--GG-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-CAC-AT--N-CATGTACAC---CATA----CGT-G-T----ACAT-G-ANT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G---GT-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCT-TTTGT--G-ACC-AT--ACTTATTG
Reference ( family-622 ) : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CC---CC-----------CCC-CC----CACCCC---C-CCAC-AC-TACT-T---------TG-TGTCTG---A----TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TTTATT--CA-T-GAG--AAA-A---T--GG-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCG-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-CAC-AT--T-CATGTACAC---CGTA----CGT-G-T----ACAT-G-AAT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G---NN-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCT-TTTGT--G-ACC-AT--ACTTATTG
gi|1 : TTGTAAT---G------A----G-A-CAAAT-GGAA-CAGCGG-A-GACCCAA-A-G-ATAATGG--GGG-C-GA--T-AC-AAA-TGT-----TAATAGAAA---GCAT-GAA-AGATT--G-A--GAGTAAAA--T-TTCCGCC----CTAACAA--T-CTCAG---T------TTATTCA-TAAAT-TTG-TG-AAGCC-AGGACCCCCC----ACC--CT---CCCGATCTGCCAGCCC-CC----CACCCCACTC-CC-C-AC-TACTGT---------TG-TGTCTGAAAA----TTATACA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-GTCTGC-AT----------GTACAGA-AA--AATT-----TTGA--AT---CA--CC----AGTA-GA-TTG-ATTTTTC------TTCGA-CG--ATTTACTT-C-A-A-A--G-G-CA--T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATGCAA-C--AACATAG---AT--AAAAC-------CCC-GCAT--GAC-A----AACGGGCGAGA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-GCTATTCCCA-T-GAC--AGA-ACATT--GGCA-G-----AAAAGC-GGCT--AAGGGGCTACATTACT--ATT----AGTTGCTA--CACTTTTTTCATTCATC---ACCATTTC-A-GTAC-CACGAT--G-CATGTACAC---ATAA----CGT-G-T----ATAT-G-ATTGGTGG-AGAGCT-TGA-AAC-GCGTCT-TATGG-ACGGA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCTTTATCCTCTTTGTTGG-ACC-AT--ACTT
gi|10 : agcctaacagaggacatgttgaagttgttggcttaagA-A-GTGAT-GTAATTTTG------A----GAA-CAG---G-AA-CA-CG--A-GAC--AA-A-A-A-----A--GGG-G-G------C-GGAATTTACAAATAATAGAAAAGAG-AT-TGA-A---TTTGTA--G--TAAAAGGTCGCCCA-C----CTAC--ATGC-TTCAG---T------GT---CA-GTAAGGT-G-GGGAAGCC-AGG-----------ACC--CC---CC-----------ACC-CC----CACGCC---C-C--------ACG-TGGGCAGGAATG-TGT----------------AA--A--------TAG-AC------GTGTCCAG----G-A-G--TGC-ATGGTGTGTAAAGTA-AAT-AA--AG-T-----GTGATTGT---C---CA----GGGA-GG-TAGAA-GTTCC------TTAGA-CG--A-----AG-CAA-A-A--GCGAC---TGCC-CA---TGT-ATTAGGGAA-----A-G-GA-C--AACAGAGGGAAT--AACC--------CCT-GCGCAGAAC-A----A---GACG-GA-GCA----C--CACCTT-A
gi|11 : tctcacagtacaggttttggtattttttgtgctacA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GGA-A---T--G-A--G--TAAAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAACC-AGGA---ACC----ACCAACC---CC-----------C
gi|11 : CCGTTTC-A-GT-C-CAC-AT--T-CATGTACACATATATA----CGT-A-T----ACAT-G-AAT-GTGG-A----T-TGA-AAC-G---annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttcagtccacattcatgtacacatatatacgtatacatgaatgtggattgaaacgg
gi|12 : atacaaaatttgaataatagaaagatggaatgagtaaaatattcccctaaacctcaatttcattaattgtggaaaccaggaaccaccaacccccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGA-A-GTCGTTGTAAT---G------GCTGGGGA-CAA-T-G-AATCACAGG-A-GAC--AA-T-A-A-----G--GGG-G-GA--T-AC-AAAATT-G--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAACAA--ATTCC--CTTTACTAA--A--C--TCAA---T------TT---CA-TTTAT-T---TGGAAGCC-AGGA---------------------------------------------CCCC---C-CC----C-TATT-T---------TG-TGTCTG---AA---TT-TAAA--AAA------TAT-AT------G---CCAG----GAT-G--TGCCAA----------GTA-AGA-AA--AA-A-----TTGA--AC---C---CA----GGTAGGG-TTG-ATTTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--G-G-C---T--C-CA---TCT-ATT---GAAATGCCATG-AA-C--AACAT-----ATA-AAAA--------CCC-GCGT--GACAA----A---GGC--GATGCA----CA----------------------CA-T-GAG--AAA-AT--T--GG-A-G-----AAAAGC--G----AAGGG----g
gi|13 : tttGCGA-A-GTGATTGTAAT---ACACTGTA----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-CCGA--TTACCAAAATTTG--AATAATAGAAA---G-ATTGAA-A---T--G-A-----TAAAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-T-TGGAAGCT-AGGA---A---------------------------------CC----CACCCC---CACCAC-GC---------------------------------TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAGGTACG-T-G--TGC-AA----------GTA-AGA-CA--AA-T-----TTGA--AC---C---CATGCGGGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-
gi|14 : gtcgcttcttacgggaaaagtacgaccaatgttaacccgaatcctcacagagacgtcgacatttgagttt-T-G--TAA-AT----------ATG-AAATAA--CA-T-----TTGAT-AT---C---AA------TA-TG-TAA-A-TTTAT------TTTGA-C--------------A-A-A--GC--C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-T--AACAT-----AT--AAAA--------CCCCGCAT--GAC-AGCGGA---GGC--AT-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TT-ATT--CA-TTGAG--AAA-A---TTGGA-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA---TTTTCA-TCATC---ACCA-TTC-A-GT-C-CAC-ATG-G-CATGTACA----CATA----CGTGG-T----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-TG--AAC-G---TA--AT-G-ACGGA-TTTAG------CCCCATCCCCCTTC---TTGT--G-ACC-AT--ACT
gi|15 : GCGA-AAGTGAT-GTAAT---G------G----A----AA-T-G-AA----------------------------A--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATA--AGAAA---G-AT-AAA-A---T----A--G--TAGAAA-TATGTC--C----CTAA--A--C-TTAAACATC------TT---CAGTTAAT-T-G-T-GAAGCC-AGGA---A-C----ACC--CC---CC-----------CCCACA----CA-----------AC-A---ACT-T---------TG-GGTCTG---A----TT-TAAT--A--------TATAAT------G---CTGA----G-T-G--TGCAAT----------GTT-AGA-AAT-AA-T-----TGGA--A----C---CA----GGTA-GG-TTT-T-TTTTT------TTCGAGCG--A-----TT-T-A-AGA--GGG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----Aat
gi|17 : tgcctcacagagaccattggagtttt--A-----TTAC-A-A-A--GC--C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-T--AACAT-----AT--AAAA--------CCCCGCAT--GAC-AGCGGA---GGC--AT-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TT-ATT--CA-TTGAG--AAA-A---TTGGA-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA---TTTTCA-TCATC---ACCA-TTC-A-GT-C-CAC-ATG-G-CATGTACA----CATA----CGTGG-T----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-TG--AAC-G---TA--AT-G-ACGGA-TTTAG------CCCCATCCCCCTTC---TTGT--G-ACC-AT--ACTaat
gi|18 : GCGA-A-G-GATTGTAAA---T------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGGGC-A-GAC--AA-A-A-A-----GGTGGG-C-CG--T------AATT-----AT-----GAA---G-AT-GAATA---T--G-A--G--T--AAA-TATT-C--C----CTAA--A-------AA---TACACGGTT---C--TTA---T-G-TGG-AGCC-AG-----ACA----GCC--CC---CC-----------TCC-TC-------------------------TT-T---------CG-TGTTTG---AAATTTT-TAAA--A--------TA--ATCAATTGG---CCAG----G-T-a
gi|19 : gaaaagtcggacatttttacgatctacagatgatattggattttttGCGATA-GTGAATGTAA-----------G----GGATCAA-T-G-A--CAGCGGTATGAC--AACA-ACA-----G--GGG-C-GTCTT-AC-AAC---------TAACAGCAT---G-AT-GAA-A---T--G-ACAG--TAAAA--TGTTCC--A----CTAA--A--C-CTCCAGT-T------TT---CA-T
gi|2 : ggaagaagtaaaaacgaactaagtattaaccgaatcccacagagaccacttgaagttttaGCGA-A--TGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGTGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-AA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CC---CC-----------CCC-CC----CGCCCC---C-CCACAAC-TACT-T---------TG-TG-CTG---A----TT-TAAA--A--------TAC-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCCA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CCACA---TAC-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------TCT-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TTTATT--CA-T-GAG--AAA-A---T--GG-A-G-----AAAAGT-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-CAC-AT--T-CATGTACAC---CATA----CGT-G-T----ACAT-G-AAT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G---TG-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCT-TTTGT--G-ACCAAT--ACTTATTG
gi|22 : CTCC---C-TCCC-AC-TACT-C---------TG-TGCCT----A----TC----A--A--------CAT-AT-----------CAG----G-T-A--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--CA-T-----CTGA--AC---C---CA----GGTA-AG-CTG-A-ATTCT------TTCAA-TA--T-----TT-C-A-A-A--G
gi|23 : cccccccacacacactttgtaggcttcATTACT--ATT----TG-TGCTA--CA---TTTTCA-ACATC---ACCGTTTC-ATAT-C-CAC-AT--TCCATG---AC---CATAATGTCGT-A-T----ACATGG-AAT--TGG-A----C-TGATAAC-G---GT-GAT----TGGG-ATTAGCCCCCCCCCC--------GTT-TCTGT----ACC--T--ACTTATTtcagtgtgtgtgaaa
gi|26 : CC-GCGC---AC-A----G---CTC--GA-GCA----CA--ACCTC-GTTAT-TTTATTT-CA-T-GAGAAAAA-A---T--TG-A-GATAAAAAAAGCTGGTTCAAAAGG----TATT---------------TGCTA--AA--TTCTT
gi|28 : taaaaccctatctgA--TTTTTCA-TCATC---GC-GTGTC-C-GT-CGCAC-AT--T-GATGTGC-C---C-------------------------AAT------A----C-TGA-GAC-G---GT-GAT-GGACGGAATTTAGCCCC-CCCCCCCCTTCCTTC---TTGT--GAACC-ATGGACTTATTGattgctat
gi|3 : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------A----G-A-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-CTA-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AA----------TAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--GTAAAA-TGTTTC--C-----TAA--A--T-CTCAG---T------TT---CA-TTAAT-T-GGTGGAAGCC-AGGA---------------CC---CC-----------CAC-CC----CACCCCAC-C-CCA--AC-TACT-T---------TG-TGTCTG---AA---TT-TAAATAA--------TAT--T------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--A--T-----TTGA--AT---C---C-------------------------------TCAA-CG--AA----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AAAC--AACAA-----ATT-AAAA--------CCCCGCAT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CAACATCTT-ATT-T-T--ATT--CAAT-GAG--AAA-----T--TG-A-G-----AAAAGC-GG----AAGG-----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCATTTC-A-GT-T-C-C-AT--G-CATGTACAC---A--A----CGT-G-T----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-AGA-AACGG---AT-AAT-G-ACGGA-TTTAG---CCACCCCTCCCCCCTTC---TTGT--G-ACC-AT--ACT
gi|33 : aaatcctcacagagacatttgagttttGCGA-A-GTGATTGTAAT---A------T----G-A-CAA-T-G-AA----------------------G-----G--GGA-A-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGCAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--T-AAAA-TATTCC--C----CTAA--A--
gi|36 : ggagttttTTTTCA-TCGCC---ACCGCTTC-A-GT-C-----------------CAC---CATT----CAT-G-T----GTAT-A------------------------------------G-GCAGA-TTTAGCCCC-CCCCCCCCTCCCCTTT-CTTGT--G-AAC-AT--ACTTA
gi|39 : GTA-AC---AGTA----CAT-A-T----ACAT-G-AAT-ACGACA----CCTGT-AA--G---CC-AGT-A-GCGGA-TTTAGACCCCCCCCCCCCCTTTTTTT-TTT
gi|4 : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------A----G-A-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGGGC-GA--T-AC-AAA---------TAATAGAAA-----AT-GAA-A---T--G-T--G--TAAA---TGTTAT--C----CTAA--A--T-CTTAG---T------TT---CA-TTAAT-TTG-TGGAAGCC-AGGA---CCC-----CC--CC---CC-----------CCC-ACAACACACACA---C-ACAC-ACACACT-T---------TG-TGTCTG---AA---TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--A--T-----TTGA--AT---C---CA----GGTA-G--TTG---TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC--A---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------CCCCGCAT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-T--ATT--CA-T-GAG--AAA-A---TTGGA-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT---TT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCATTTC-A-GT-C-CAC-AT--G-CATGTACA----CATA----CGT-GTT----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G---GT-AAT-G-ACGGA-TTTAG------CCCCCCCCTCCTTC--TTTGT--G-ACC-AT--
gi|5 : gttttATTGTAAT---G------A----G-A-CAA-T-G-AA-CAGCG--A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAA---------TAATAGAAA---G-A--GAA-A---T--G-A--G--TAAAA--TGTTCC--C----CTAA--A--T-CTCAG---T------TT---CA-TTAAT-T---TGGAAGCCCAGGA-----------CC--CC---CC-----------ACC-CC----CACCCC-------AC-G--TACT-T----------G-TGTCTG---A----TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AT---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TGTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GTG-C---T--C-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAC--------CCC-GCAT--GAC------A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTTCA---T-TTTATT--TA-T-GAG--AGA-AT--T--GG-A-G-----AAAAGC-GGA---AAGGG----TATTACT--ATT----AGTTGC-A--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCATTTCAA-GT-C-CAC-AT--G-CAT-TACA----CATA----CGT-G-T----ATAT-T-GAT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G---GT-AAT-G-ACGAA-TTTAGCCCCCCCCCCCTC----------TTGT--G-ACC-AT--ACTTATact
gi|53 : acatttgagttttgcaacatA-A---T--G-A--G--TAAAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------AT---CA-TTAAT-
gi|6 : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGTGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGGGC-AA--T-AC-AAAATTTG--AATAATA---A---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TG-AAGCC-AGGA---ACC----ACC--CCCCCCC-----------CCC-CC----C-CCCC---C-ACAC-AC-TACT-T---------TG-TGTCTGA--A----TT-TAAA--A--------TAC-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCCA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAC-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------TCT-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-A---T-TTTATT--CA-T-GAG--AAA-AT--T--GG-A-G-----AAAAGT-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-ACC-AT--T-CATGTACA----CATA----CGT-G-T----ACAT-G-AAT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G---GT-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCC
gi|7 : ttt---CA-TGAAT-T-G-TGGAAGCC-AGTG---ACCCTAGGCT--CA---CT-----------ACC-TT----CGCCTC---C-CCAC-TC--ACT-T---------TG-TGTCAG---AAA--TT-TAAA--AATAAATTGTAT-CT------G---CCAG----G-TTG--TGC-ATT---------GTA-GTA-TATCAA-TCATTCTCGC--ACACCC---CA----GGTA-GGATTG-A-TTTCTATTGCTTTCGA-CGCAA-----TT-T-A-A-ATAGCG-CCCTT-CCTCACTTTATTATT---GAAT----ATG-AA-CCAAACAC-----AT--ATAATGCGCACTCCG-GCGTCGGAG-ATCGCA---GGC--GATGCATCACCA-TAT-TT-ATT-TATTTATT--CA-T-GAG--AAA-A---T--TG-ATG-----AAAAGC-GG----AAGGGC---TATTACTTTATTGAATAA-CGCTAAACA--TTTTTCA-TCATCTCAACTGTT-C-A--T-C-CAC-ACAAT-CATGTAAGCGA-CATA----CGT-G-TGTAAACAT-A-ATT-GTGG-A----C-T---AAC-G---GTAGAT-G-ACGGA-TTTAGCCCCTCCC
gi|8 : gGCGA-A-GTGATTGTAAT---G------GCCG-GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAA----TTTC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-T-GGGAAGCT-AGAA-------------------------------------CC----CACCCC--------C-AC-CAC-----------------------------TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAGGTACG-T-G--TGC-AA----------GTA-AG--AC--AA-T-----TTGA--AC---CATGC-----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--TCG-C---T-CC-TA---TAT-ATT---GAAATGC-ATG-AA-C--AACAT-----TTA-AAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---TGC--GA-GCA----CA-CATCTT-A---T-TTTATT--CA-T-GAG--AAATA---T--GG-A-G-----AAAAGC-G
gi|9 : ttttatggtatcatcctgaagggcagcccatttagtcgctttttacggaaaagtacgacctatattacccgaatctcacagagacattggagtttTGTAAT---G------G----G-A-CAA-TTG-AA-CAGCGG-A-GACA-AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AAT-ATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--T-AAAA-TATT-C--C----CTAA--A--CGCTC-A---T------TT---C--TTAAT-T-T-GGGAAGCT-A-GA---ACC----AAC--CA---CC-----------CCC-CC----C-CCCC---C----C-AC-TACT-T---------TGTTGTCTG--------TT----------------------------------------------------------------TA-AGA-AA--AATT-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG--TG-A-TTTT-------TTCGA-CG--A-----TT-C-ACA-A--GCG-T---T-CC-CA----AT-AAT---GAA-----GTG-CA----AACAT-----ATAAAAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----
gi|9 : AGC-AG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TACTA--CA---TTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A--T-C-CAC-AT--T-CATGTACA------TA----C-T-A-T----ACAT-GAAAT-GTGG-A----T-TGG-AAC-A---GG-TA--G-AC-GA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCTCgaagggtattactattagtactacattttcatcatcaccgtttcatccacattcatgtacatactatacatgaaatgtggattggaacaggtagacgatttagccccccccccccctcttgt
34 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGAATCTTAATATAGTTTGTTTTACGTCCCTCTCGAGAATATTTCACCCATATGGACGGTGAAGGGCTGCAAAATTTAAGCCTGTGCTCGGTGCTTATGGCCTTTGAGCAGGGAGGGATCTTTATCGTGCCACACCTGCTGTGACACGGGACCTCGGTTTTTGCGGTCTCATCCGAAGGACCGCTCCATTTAGTCGCCTCTTACGACAAGCAAGGGGTGCTGAGGATCTATTCTAACCCGGATCTCCACGGAGCT
Unaligned ( gi|20 ): GATTGATTAATTATTTTAAGTTTTTCGTCCCGTTGAGAATATTTCACTCATATGAACCTCACATTGCCGGTTTGAAGGAGGTCTGCAAATTTAGGACCTATGTTATAAGCAATATGGTTTTTTGGGGCAGTGAGTGTTTATTTGCGTGCACACATGTTTCGACACG
Unaligned ( gi|21 ): ACACTGCTGTGACACGGGATAATCTCGAGGCATCTTGTTACGTGCGGTCGGTTACATTAAACCAGAGTGACTCAATCCCCGCCCCCCCCCCCCCATTTAATGTACGCTTCTTACGAACAAGACAAAGGGTGCCCTGAGGACCGTTATT
Unaligned ( gi|24 ): GATGTATCTTCGATGTAGCATACCTATTGTTATACCGGACTTATGAGGTAATATTCAATGAGTCGCCTAATTTAGTCGCACCTGATGGCAAATAAAGGATACTGAGGGTAAATCTAACCC
Unaligned ( gi|25 ): TGTGCAAGGGAATCGGTTTTGTGGTGTTGTCGGAAGGAGCACATTTAGATCGCCCCTTACGACATCAGTGGTCTACTGAGGAATGTAGTTAGAAACCTAATGGCTCCACGGTTGCTA
Unaligned ( gi|27 ): CTTGCTTGTGACACGGGGTCCCCTCTGGTTTTTCGGTCTCTCGAAGACTACCCTTCAGTCGCTATTAAAAGCAAGGGGTTCTGAGGACTATTCAATGGAATTGCATGGGGTAC
Unaligned ( gi|29 ): CGAGCTCTCTGTTTTTTGCGTGTAGTCTAACTGAGGGATTGTTGATTTAGTCGCCAACGGGGAGGAAGCAAAGGGTAACCTGACGAACTATTATAACCCGAACTG
Unaligned ( gi|30 ): CTATTCTAACCCGGGTCCCCACGGGGCCAAAGCATGTAGAATAAAGTACATGTATGTAGAAAACAATATGTGTTTGTTTGTGAAACACGAATGCCCCCGTAT
Unaligned ( gi|31 ): TATGAGCATTTTAGCTAAAAGTGATATTTATCGTGCCACATCCTGCTGTGACCCGAACTCACTTTATGCAGACCAATCCCAAGACCACCCGCACATT
Unaligned ( gi|32 ): AGTGAAGGATGACCCTTGTGATTGCCATTAAATAAATTTCTTGACATTTATAGAGGTTACCCCCCCCCCCCCCTACACACACACACACACAACA
Unaligned ( gi|34 ): CTAAGATCCCCTGATCGAAGCTTACAGCTTCAAAACAGGAAGGGCACACTTGCTGTGGCATGGAACCTCGGTTTAGTTTGGTCTTATCC
Unaligned ( gi|35 ): TGCCTCTTAAAGCAATCGAGAGGTTCTGAGGACATACTCTAATCCGGATTAACACGGGGAATAAAGGATAAAAAATGATTTATAAGAT
Unaligned ( gi|37 ): CCAAATTCGCTGTGACACAGCGCCTTCGTTTCCAATCTCGTGCTGAAGGACTGTCCTATGTAAGTCGCTCTGATGACAAACGGGTAG
Unaligned ( gi|38 ): AATGACCGTCCTCATTTAGTCGCCTCTTGCAACACGCAAGGGAATATTGGGGATCTATTCTAACCCGGACCCCACGGAT
Unaligned ( gi|40 ): GGACCCATTCTAACCCGGGTCCCCACGGTGGCTAAATATTGTGTTATATGTATATGAAAGGATCAATGTG
Unaligned ( gi|41 ): CTATTCTAGCCCGGATCCCCACGGGGCCAGATGTGGAAGAAGATATCATGGTATGTATAAG
Unaligned ( gi|42 ): AGGACCTATTCTAATCCGGATCCACACGGTGTAAAATAAAAAATATATATTTATATAAGAT
Unaligned ( gi|43 ): CCTTAGCGGTGAAGGGTCTTTATTGTGCCAACACCTGTCAAGACACTGGACCTTGTATTT
Unaligned ( gi|44 ): AATGGGTACTGACGACCTATTCTAACCCGGATGTCACGGGGTTACATTTGAAGAGGAAAT
Unaligned ( gi|45 ): AGTCGCCTCATACAAACAAGCAAGGGGTACTGGGACTTATTTTAAGCACAGATCCACGGG
Unaligned ( gi|46 ): TTCTTGTGACAAGCAAGGGGTACGCAGGACCTTTTATAACTTAGATCTTCACG
Unaligned ( gi|47 ): AGCAAGGAGTACTAATGACCTATTCTAACACGGATCCACACAGGGTATATATT
Unaligned ( gi|48 ): AACAAGATATCATGTGTTTGTGAAACACAAATGCCCCTGTATTCCACATGCC
Unaligned ( gi|49 ): ACGTACCGCTAGAGAATTTTTCACTCCATAGTCGATGAAGGGCTGCAAGA
Unaligned ( gi|50 ): CTAACCCGGATCCCCACGGGACCAAAACATATATTAAAGTATAT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTGTAGAAAGTAGATCTATTACAAAGTTTTATTTATGAGGCA
Unaligned ( gi|52 ): AGCAAGGGGTATTGAGGACCTATTCTAACCGAAATCTTCACA
Unaligned ( gi|54 ): AGCAAGGGGTACTGGGGACCTATTCTAACCCATATTTCA
Unaligned ( gi|55 ): GGGGACCTATTCTAACCCAGACCTCCACGGTTAAAGAA
Unaligned ( gi|56 ): GGACCTATTCTAACCCGGATCCACACGTGGTAATATT
Unaligned ( gi|57 ): CAGTGAGGAATTTTTATCGTGCCACACCTACTGT
Unaligned ( gi|58 ): GGGACCTATTCTAACCCGGACCTCACGGGTAGAG
Unaligned ( gi|59 ): GTACTGAGGATCTATTCTAACTCGGATCCCAAG
Unaligned ( gi|60 ): GGGACCTATTCTAACCCGGACCCCACGGGGA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 22222222 11111111 1111 1111111111 11111 11111 11 11111111 1 1111 222222 1111 1111 111 1111 222222 222
lowQualScore : 3 3 11111111111111111 2 2 2 2 2 44 2 66 222 2 66666 33 5 2 33 2 2 8888888 444 2 2 2 444 33 2 33 33 1 88 0 0 55 5555 33 33 2 777 777777 444 2 2 999 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 000000000 2 33333333 2 33 33333333 2 777777 444 1111 2 2 33 5 4444444444 2 2 66 5 66666 66 444 777 5555 2 2 555 777777 2 33 88888 2 2 2 2 33 0 2 777 2 5 555 2 555 66666 3 3 44 11111 33 44444444 1 77 2 8888 555 66 5 6666 3 3 777 3 77 77 3 6 44 3 000000 3 3 88888 3 5555 0000 44 7777 6 44 000 3 555 2 2 2 2 2 2 1111 444444 2 5555 5 2 5555 333 2 2 2 5555 2 66 333 66 44 2 2 2 6 4 1 222 55 4 4 55
lowQualScore : . . ................. . . . . . .. . .. ... . ..... .. . . .. . . ....... ... . . . ... .. . .. .. . .. . . .. .... .. .. . ... ...... ... . . ... . ............................................................... . ......... . ........ . .. ........ . ...... ... .... . . .. . .......... . . .. . ..... .. ... ... .... . . ... ...... . .. ..... . . . . .. . . ... . . ... . ... ..... . . .. ..... .. ........ . .. . .... ... .. . .... . . ... . .. .. . . .. . ...... . . ..... . .... .... .. .... . .. ... . ... . . . . . . .... ...... . .... . . .... ... . . . .... . .. ... .. .. . . . . . . ... .. . . ..
lowQualScore : 3 3 77777777777777777 7 7 7 7 7 33 7 33 999 7 77777 77 3 7 44 5 5 8888888 444 5 5 4 111 22 4 22 22 2 77 2 2 66 0000 22 22 5 888 222222 111 4 5 777 7 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 777777777 7 77777777 7 77 33333333 7 777777 777 3333 5 5 77 3 3333333333 7 7 33 3 77777 33 777 333 7777 7 7 666 777777 7 44 88888 5 5 5 5 77 1 9 999 9 7 000 9 000 11111 1 1 22 99999 55 22222222 4 99 9 2222 000 88 7 1111 1 1 666 3 66 99 3 7 66 3 666666 3 3 33333 1 0000 4444 66 1111 7 66 333 1 444 9 9 9 9 9 9 6666 555555 7 7777 3 7 7777 111 9 7 7 7777 7 11 777 33 44 9 9 9 1 7 6 444 55 0 0 55
consensus : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CC---CC-----------CCC-CC----CACCCC---C-CCAC-AC-TACT-T---------TG-TGTCTG---A----TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TTTATT--CA-T-GAG--AAA-A---T--GG-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-CAC-A-T-N--CATGTACAC---CAT-A----CGT-G-T----ACAT-G-ANT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCT-TTTGT--G-ACC-AT--ACTTATTG
Reference ( family-622 ) : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CC---CC-----------CCC-CC----CACCCC---C-CCAC-AC-TACT-T---------TG-TGTCTG---A----TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TTTATT--CA-T-GAG--AAA-A---T--GG-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-CAC-A-T-N--CATGTACAC---CAT-A----CGT-G-T----ACAT-G-ANT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCT-TTTGT--G-ACC-AT--ACTTATTG
gi|1 : TTGTAAT---G------A----G-A-CAAAT-GGAA-CAGCGG-A-GACCCAA-A-G-ATAATGG--GGG-C-GA--T-AC-AAA-TGT-----TAATAGAAA---GCAT-GAA-AGATT--G-A--GAGTAAAA--T-TTCCGCC----CTAACAA--T-CTCAG---T------TTATTCA-TAAAT-TTG-TG-AAGCC-AGGACCCCCC----ACC--CT---CCCGATCTGCCAGCCC-CC----CACCCCACTC-CC-C-AC-TACTGT---------TG-TGTCTGAAAA----TTATACA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-GTCTGC-AT----------GTACAGA-AA--AATT-----TTGA--AT---CA--CC----AGTA-GA-TTG-ATTTTTC------TTCGA-CG--ATTTACTT-C-A-A-A--G-G-CA--T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATGCAA-C--AACATAG---AT--AAAAC-------CCC-GCAT--GAC-A----AACGGGCGAGA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-GCTATTCCCA-T-GAC--AGA-ACATT--GGCA-G-----AAAAGC-GGCT--AAGGGGCTACATTACT--ATT----AGTTGCTA--CACTTTTTTCATTCATC---ACCATTTC-A-GTAC-CACGA-T-G--CATGTACA----CATAA----CGT-G-T----ATAT-G-ATTGGTGG-AGAGCT-TGA-AAC-GCGTCT-TATGG-ACGGA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCTTTATCCTCTTTGTTGG-ACC-AT--ACTT
gi|10 : agcctaacagaggacatgttgaagttgttggcttaagA-A-GTGAT-GTAATTTTG------A----GAA-CAG---G-AA-CA-CG--A-GAC--AA-A-A-A-----A--GGG-G-G------C-GGAATTTACAAATAATAGAAAAGAG-AT-TGA-A---TTTGTA--G--TAAAAGGTCGCCCA-C----CTAC--ATGC-TTCAG---T------GT---CA-GTAAGGT-G-GGGAAGCC-AGG-----------ACC--CC---CC-----------ACC-CC----CACGCC---C-C--------ACG-TGGGCAGGAATG-TGT----------------AA--A--------TAG-AC------GTGTCCAG----G-A-G--TGC-ATGGTGTGTAAAGTA-AAT-AA--AG-T-----GTGATTGT---C---CA----GGGA-GG-TAGAA-GTTCC------TTAGA-CG--A-----AG-CAA-A-A--GCGAC---TGCC-CA---TGT-ATTAGGGAA-----A-G-GA-C--AACAGAGGGAAT--AACC--------CCT-GCGCAGAAC-A----A---GACG-GA-GCA----C--CACCTT-A
gi|11 : tctcacagtacaggttttggtattttttgtgctacA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GGA-A---T--G-A--G--TAAAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAACC-AGGA---ACC----ACCAACC---CC-----------C
gi|11 : CCGTTTC-A-GT-C-CAC-A-T-T--CATGTACACATATAT-A----CGT-A-T----ACAT-G-AAT-GTGG-A----T-TGA-AAC-G-G--annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttcagtccacattcatgtacacatatatacgtatacatgaatgtggattgaaacgg
gi|12 : atacaaaatttgaataatagaaagatggaatgagtaaaatattcccctaaacctcaatttcattaattgtggaaaccaggaaccaccaacccccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGA-A-GTCGTTGTAAT---G------GCTGGGGA-CAA-T-G-AATCACAGG-A-GAC--AA-T-A-A-----G--GGG-G-GA--T-AC-AAAATT-G--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAACAA--ATTCC--CTTTACTAA--A--C--TCAA---T------TT---CA-TTTAT-T---TGGAAGCC-AGGA---------------------------------------------CCCC---C-CC----C-TATT-T---------TG-TGTCTG---AA---TT-TAAA--AAA------TAT-AT------G---CCAG----GAT-G--TGCCAA----------GTA-AGA-AA--AA-A-----TTGA--AC---C---CA----GGTAGGG-TTG-ATTTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--G-G-C---T--C-CA---TCT-ATT---GAAATGCCATG-AA-C--AACAT-----ATA-AAAA--------CCC-GCGT--GACAA----A---GGC--GATGCA----CA----------------------CA-T-GAG--AAA-AT--T--GG-A-G-----AAAAGC--G----AAGGG----
gi|13 : tttGCGA-A-GTGATTGTAAT---ACACTGTA----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-CCGA--TTACCAAAATTTG--AATAATAGAAA---G-ATTGAA-A---T--G-A-----TAAAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-T-TGGAAGCT-AGGA---A---------------------------------CC----CACCCC---CACCAC-GC---------------------------------TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAGGTACG-T-G--TGC-AA----------GTA-AGA-CA--AA-T-----TTGA--AC---C---CATGCGGGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-
gi|14 : gtcgcttcttacgggaaaagtacgaccaatgttaacccgaatcctcacagagacgtcgacatttgagttt-T-G--TAA-AT----------ATG-AAATAA--CA-T-----TTGAT-AT---C---AA------TA-TG-TAA-A-TTTAT------TTTGA-C--------------A-A-A--GC--C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-T--AACAT-----AT--AAAA--------CCCCGCAT--GAC-AGCGGA---GGC--AT-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TT-ATT--CA-TTGAG--AAA-A---TTGGA-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA---TTTTCA-TCATC---ACCA-TTC-A-GT-C-CAC-A-TGG--CATGTACA----CAT-A----CGTGG-T----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-TG--AAC---G--T-AAT-G-ACGGA-TTTAG------CCCCATCCCCCTTC---TTGT--G-ACC-AT--ACT
gi|15 : GCGA-AAGTGAT-GTAAT---G------G----A----AA-T-G-AA----------------------------A--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATA--AGAAA---G-AT-AAA-A---T----A--G--TAGAAA-TATGTC--C----CTAA--A--C-TTAAACATC------TT---CAGTTAAT-T-G-T-GAAGCC-AGGA---A-C----ACC--CC---CC-----------CCCACA----CA-----------AC-A---ACT-T---------TG-GGTCTG---A----TT-TAAT--A--------TATAAT------G---CTGA----G-T-G--TGCAAT----------GTT-AGA-AAT-AA-T-----TGGA--A----C---CA----GGTA-GG-TTT-T-TTTTT------TTCGAGCG--A-----TT-T-A-AGA--GGG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----Aat
gi|17 : tgcctcacagagaccattggagtttt--A-----TTAC-A-A-A--GC--C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-T--AACAT-----AT--AAAA--------CCCCGCAT--GAC-AGCGGA---GGC--AT-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TT-ATT--CA-TTGAG--AAA-A---TTGGA-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA---TTTTCA-TCATC---ACCA-TTC-A-GT-C-CAC-A-TGG--CATGTACA----CAT-A----CGTGG-T----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-TG--AAC---G--T-AAT-G-ACGGA-TTTAG------CCCCATCCCCCTTC---TTGT--G-ACC-AT--ACTaat
gi|18 : GCGA-A-G-GATTGTAAA---T------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGGGC-A-GAC--AA-A-A-A-----GGTGGG-C-CG--T------AATT-----AT-----GAA---G-AT-GAATA---T--G-A--G--T--AAA-TATT-C--C----CTAA--A-------AA---TACACGGTT---C--TTA---T-G-TGG-AGCC-AG-----ACA----GCC--CC---CC-----------TCC-TC-------------------------TT-T---------CG-TGTTTG---AAATTTT-TAAA--A--------TA--ATCAATTGG---CCAG----G-T-a
gi|19 : gaaaagtcggacatttttacgatctacagatgatattggattttttGCGATA-GTGAATGTAA-----------G----GGATCAA-T-G-A--CAGCGGTATGAC--AACA-ACA-----G--GGG-C-GTCTT-AC-AAC---------TAACAGCAT---G-AT-GAA-A---T--G-ACAG--TAAAA--TGTTCC--A----CTAA--A--C-CTCCAGT-T------TT---CA-T
gi|2 : ggaagaagtaaaaacgaactaagtattaaccgaatcccacagagaccacttgaagttttaGCGA-A--TGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGTGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-AA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CC---CC-----------CCC-CC----CGCCCC---C-CCACAAC-TACT-T---------TG-TG-CTG---A----TT-TAAA--A--------TAC-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCCA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CCACA---TAC-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------TCT-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TTTATT--CA-T-GAG--AAA-A---T--GG-A-G-----AAAAGT-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-CAC-A-T-T--CATGTACAC---CAT-A----CGT-G-T----ACAT-G-AAT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-T--G-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCT-TTTGT--G-ACCAAT--ACTTATTG
gi|22 : CTCC---C-TCCC-AC-TACT-C---------TG-TGCCT----A----TC----A--A--------CAT-AT-----------CAG----G-T-A--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--CA-T-----CTGA--AC---C---CA----GGTA-AG-CTG-A-ATTCT------TTCAA-TA--T-----TT-C-A-A-A--G
gi|23 : cccccccacacacactttgtaggcttcATTACT--ATT----TG-TGCTA--CA---TTTTCA-ACATC---ACCGTTTC-ATAT-C-CAC-ATT-C--CATG---AC---CAT-AATGTCGT-A-T----ACATGG-AAT--TGG-A----C-TGATAAC-G-G--T-GAT----TGGG-ATTAGCCCCCCCCCC--------GTT-TCTGT----ACC--T--ACTTATTtcagtgtgtgtgaaa
gi|26 : CC-GCGC---AC-A----G---CTC--GA-GCA----CA--ACCTC-GTTAT-TTTATTT-CA-T-GAGAAAAA-A---T--TG-A-GATAAAAAAAGCTGGTTCAAAAGG----TATT---------------TGCTA--AA--TTCTT
gi|28 : taaaaccctatctgA--TTTTTCA-TCATC---GC-GTGTC-C-GT-CGCAC-A-T-T--GATGTGC-C---CA--------------------AT------------A----C-TGA-GAC-G-G--T-GAT-GGACGGAATTTAGCCCC-CCCCCCCCTTCCTTC---TTGT--GAACC-ATGGACTTATTGattgctat
gi|3 : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------A----G-A-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-CTA-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AA----------TAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--GTAAAA-TGTTTC--C-----TAA--A--T-CTCAG---T------TT---CA-TTAAT-T-GGTGGAAGCC-AGGA---------------CC---CC-----------CAC-CC----CACCCCAC-C-CCA--AC-TACT-T---------TG-TGTCTG---AA---TT-TAAATAA--------TAT--T------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--A--T-----TTGA--AT---C---C-------------------------------TCAA-CG--AA----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AAAC--AACAA-----ATT-AAAA--------CCCCGCAT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CAACATCTT-ATT-T-T--ATT--CAAT-GAG--AAA-----T--TG-A-G-----AAAAGC-GG----AAGG-----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCATTTC-A-GT-T-C-C-A-T-G--CATGTACA----CA--A----CGT-G-T----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-AGA-AAC-G-GA-T-AAT-G-ACGGA-TTTAG---CCACCCCTCCCCCCTTC---TTGT--G-ACC-AT--ACT
gi|33 : aaatcctcacagagacatttgagttttGCGA-A-GTGATTGTAAT---A------T----G-A-CAA-T-G-AA----------------------G-----G--GGA-A-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGCAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--T-AAAA-TATTCC--C----CTAA--A--
gi|36 : ggagttttTTTTCA-TCGCC---ACCGCTTC-A-GT-C-CAC--------CAT-----T---CAT-------GT-G-T----ATA---------------------------------------G-GCAGA-TTTAGCCCC-CCCCCCCCTCCCCTTT-CTTGT--G-AAC-AT--ACTTA
gi|39 : GTA-AC---AGT-A----CAT-A-T----ACAT-G-AAT-ACGACA----CCTGT-AA--G-C--C-AGT-A-GCGGA-TTTAGACCCCCCCCCCCCCTTTTTTT-TTT
gi|4 : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------A----G-A-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGGGC-GA--T-AC-AAA---------TAATAGAAA-----AT-GAA-A---T--G-T--G--TAAA---TGTTAT--C----CTAA--A--T-CTTAG---T------TT---CA-TTAAT-TTG-TGGAAGCC-AGGA---CCC-----CC--CC---CC-----------CCC-ACAACACACACA---C-ACAC-ACACACT-T---------TG-TGTCTG---AA---TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--A--T-----TTGA--AT---C---CA----GGTA-G--TTG---TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC--A---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------CCCCGCAT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-T--ATT--CA-T-GAG--AAA-A---TTGGA-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT---TT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCATTTC-A-GT-C-CAC-A-T-G--CATGTACA----CAT-A----CGT-GTT----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-AAT-G-ACGGA-TTTAG------CCCCCCCCTCCTTC--TTTGT--G-ACC-AT--
gi|5 : gttttATTGTAAT---G------A----G-A-CAA-T-G-AA-CAGCG--A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAA---------TAATAGAAA---G-A--GAA-A---T--G-A--G--TAAAA--TGTTCC--C----CTAA--A--T-CTCAG---T------TT---CA-TTAAT-T---TGGAAGCCCAGGA-----------CC--CC---CC-----------ACC-CC----CACCCC-------AC-G--TACT-T----------G-TGTCTG---A----TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AT---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TGTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GTG-C---T--C-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAC--------CCC-GCAT--GAC------A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTTCA---T-TTTATT--TA-T-GAG--AGA-AT--T--GG-A-G-----AAAAGC-GGA---AAGGG----TATTACT--ATT----AGTTGC-A--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCATTTCAA-GT-C-CAC-A-T-G--CAT-TACA----CAT-A----CGT-G-T----ATAT-T-GAT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-AAT-G-ACGAA-TTTAGCCCCCCCCCCCTC----------TTGT--G-ACC-AT--ACTTATact
gi|53 : acatttgagttttgcaacatA-A---T--G-A--G--TAAAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------AT---CA-TTAAT-
gi|6 : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGTGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGGGC-AA--T-AC-AAAATTTG--AATAATA---A---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TG-AAGCC-AGGA---ACC----ACC--CCCCCCC-----------CCC-CC----C-CCCC---C-ACAC-AC-TACT-T---------TG-TGTCTGA--A----TT-TAAA--A--------TAC-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCCA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAC-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------TCT-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-A---T-TTTATT--CA-T-GAG--AAA-AT--T--GG-A-G-----AAAAGT-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-ACC-A-T-T--CATGTACA----CAT-A----CGT-G-T----ACAT-G-AAT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCC
gi|7 : ttt---CA-TGAAT-T-G-TGGAAGCC-AGTG---ACCCTAGGCT--CA---CT-----------ACC-TT----CGCCTC---C-CCAC-TC--ACT-T---------TG-TGTCAG---AAA--TT-TAAA--AATAAATTGTAT-CT------G---CCAG----G-TTG--TGC-ATT---------GTA-GTA-TATCAA-TCATTCTCGC--ACACCC---CA----GGTA-GGATTG-A-TTTCTATTGCTTTCGA-CGCAA-----TT-T-A-A-ATAGCG-CCCTT-CCTCACTTTATTATT---GAAT----ATG-AA-CCAAACAC-----AT--ATAATGCGCACTCCG-GCGTCGGAG-ATCGCA---GGC--GATGCATCACCA-TAT-TT-ATT-TATTTATT--CA-T-GAG--AAA-A---T--TG-ATG-----AAAAGC-GG----AAGGGC---TATTACTTTATTGAATAA-CGCTAAACA--TTTTTCA-TCATCTCAACTGTT-C-A--T-C-CAC-A-C-AATCATGTAAGCGA-CAT-A----CGT-G-TGTAAACAT-A-ATT-GTGG-A----C-T---AAC-G-G--TAGAT-G-ACGGA-TTTAGCCCCTCCC
gi|8 : gGCGA-A-GTGATTGTAAT---G------GCCG-GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAA----TTTC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-T-GGGAAGCT-AGAA-------------------------------------CC----CACCCC--------C-AC-CAC-----------------------------TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAGGTACG-T-G--TGC-AA----------GTA-AG--AC--AA-T-----TTGA--AC---CATGC-----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--TCG-C---T-CC-TA---TAT-ATT---GAAATGC-ATG-AA-C--AACAT-----TTA-AAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---TGC--GA-GCA----CA-CATCTT-A---T-TTTATT--CA-T-GAG--AAATA---T--GG-A-G-----AAAAGC-G
gi|9 : ttttatggtatcatcctgaagggcagcccatttagtcgctttttacggaaaagtacgacctatattacccgaatctcacagagacattggagtttTGTAAT---G------G----G-A-CAA-TTG-AA-CAGCGG-A-GACA-AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AAT-ATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--T-AAAA-TATT-C--C----CTAA--A--CGCTC-A---T------TT---C--TTAAT-T-T-GGGAAGCT-A-GA---ACC----AAC--CA---CC-----------CCC-CC----C-CCCC---C----C-AC-TACT-T---------TGTTGTCTG--------TT----------------------------------------------------------------TA-AGA-AA--AATT-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG--TG-A-TTTT-------TTCGA-CG--A-----TT-C-ACA-A--GCG-T---T-CC-CA----AT-AAT---GAA-----GTG-CA----AACAT-----ATAAAAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----
gi|9 : AGC-AG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TACTA--CA---TTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A--T-C-CAC-A-T-T--CATGTA------CAT-A----C-T-A-T----ACAT-GAAAT-GTGG-A----T-TGG-AACAG-G--T-A---G-AC-GA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCTCgaagggtattactattagtactacattttcatcatcaccgtttcatccacattcatgtacatactatacatgaaatgtggattggaacaggtagacgatttagccccccccccccctcttgt
34 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGAATCTTAATATAGTTTGTTTTACGTCCCTCTCGAGAATATTTCACCCATATGGACGGTGAAGGGCTGCAAAATTTAAGCCTGTGCTCGGTGCTTATGGCCTTTGAGCAGGGAGGGATCTTTATCGTGCCACACCTGCTGTGACACGGGACCTCGGTTTTTGCGGTCTCATCCGAAGGACCGCTCCATTTAGTCGCCTCTTACGACAAGCAAGGGGTGCTGAGGATCTATTCTAACCCGGATCTCCACGGAGCT
Unaligned ( gi|20 ): GATTGATTAATTATTTTAAGTTTTTCGTCCCGTTGAGAATATTTCACTCATATGAACCTCACATTGCCGGTTTGAAGGAGGTCTGCAAATTTAGGACCTATGTTATAAGCAATATGGTTTTTTGGGGCAGTGAGTGTTTATTTGCGTGCACACATGTTTCGACACG
Unaligned ( gi|21 ): ACACTGCTGTGACACGGGATAATCTCGAGGCATCTTGTTACGTGCGGTCGGTTACATTAAACCAGAGTGACTCAATCCCCGCCCCCCCCCCCCCATTTAATGTACGCTTCTTACGAACAAGACAAAGGGTGCCCTGAGGACCGTTATT
Unaligned ( gi|24 ): GATGTATCTTCGATGTAGCATACCTATTGTTATACCGGACTTATGAGGTAATATTCAATGAGTCGCCTAATTTAGTCGCACCTGATGGCAAATAAAGGATACTGAGGGTAAATCTAACCC
Unaligned ( gi|25 ): TGTGCAAGGGAATCGGTTTTGTGGTGTTGTCGGAAGGAGCACATTTAGATCGCCCCTTACGACATCAGTGGTCTACTGAGGAATGTAGTTAGAAACCTAATGGCTCCACGGTTGCTA
Unaligned ( gi|27 ): CTTGCTTGTGACACGGGGTCCCCTCTGGTTTTTCGGTCTCTCGAAGACTACCCTTCAGTCGCTATTAAAAGCAAGGGGTTCTGAGGACTATTCAATGGAATTGCATGGGGTAC
Unaligned ( gi|29 ): CGAGCTCTCTGTTTTTTGCGTGTAGTCTAACTGAGGGATTGTTGATTTAGTCGCCAACGGGGAGGAAGCAAAGGGTAACCTGACGAACTATTATAACCCGAACTG
Unaligned ( gi|30 ): CTATTCTAACCCGGGTCCCCACGGGGCCAAAGCATGTAGAATAAAGTACATGTATGTAGAAAACAATATGTGTTTGTTTGTGAAACACGAATGCCCCCGTAT
Unaligned ( gi|31 ): TATGAGCATTTTAGCTAAAAGTGATATTTATCGTGCCACATCCTGCTGTGACCCGAACTCACTTTATGCAGACCAATCCCAAGACCACCCGCACATT
Unaligned ( gi|32 ): AGTGAAGGATGACCCTTGTGATTGCCATTAAATAAATTTCTTGACATTTATAGAGGTTACCCCCCCCCCCCCCTACACACACACACACACAACA
Unaligned ( gi|34 ): CTAAGATCCCCTGATCGAAGCTTACAGCTTCAAAACAGGAAGGGCACACTTGCTGTGGCATGGAACCTCGGTTTAGTTTGGTCTTATCC
Unaligned ( gi|35 ): TGCCTCTTAAAGCAATCGAGAGGTTCTGAGGACATACTCTAATCCGGATTAACACGGGGAATAAAGGATAAAAAATGATTTATAAGAT
Unaligned ( gi|37 ): CCAAATTCGCTGTGACACAGCGCCTTCGTTTCCAATCTCGTGCTGAAGGACTGTCCTATGTAAGTCGCTCTGATGACAAACGGGTAG
Unaligned ( gi|38 ): AATGACCGTCCTCATTTAGTCGCCTCTTGCAACACGCAAGGGAATATTGGGGATCTATTCTAACCCGGACCCCACGGAT
Unaligned ( gi|40 ): GGACCCATTCTAACCCGGGTCCCCACGGTGGCTAAATATTGTGTTATATGTATATGAAAGGATCAATGTG
Unaligned ( gi|41 ): CTATTCTAGCCCGGATCCCCACGGGGCCAGATGTGGAAGAAGATATCATGGTATGTATAAG
Unaligned ( gi|42 ): AGGACCTATTCTAATCCGGATCCACACGGTGTAAAATAAAAAATATATATTTATATAAGAT
Unaligned ( gi|43 ): CCTTAGCGGTGAAGGGTCTTTATTGTGCCAACACCTGTCAAGACACTGGACCTTGTATTT
Unaligned ( gi|44 ): AATGGGTACTGACGACCTATTCTAACCCGGATGTCACGGGGTTACATTTGAAGAGGAAAT
Unaligned ( gi|45 ): AGTCGCCTCATACAAACAAGCAAGGGGTACTGGGACTTATTTTAAGCACAGATCCACGGG
Unaligned ( gi|46 ): TTCTTGTGACAAGCAAGGGGTACGCAGGACCTTTTATAACTTAGATCTTCACG
Unaligned ( gi|47 ): AGCAAGGAGTACTAATGACCTATTCTAACACGGATCCACACAGGGTATATATT
Unaligned ( gi|48 ): AACAAGATATCATGTGTTTGTGAAACACAAATGCCCCTGTATTCCACATGCC
Unaligned ( gi|49 ): ACGTACCGCTAGAGAATTTTTCACTCCATAGTCGATGAAGGGCTGCAAGA
Unaligned ( gi|50 ): CTAACCCGGATCCCCACGGGACCAAAACATATATTAAAGTATAT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTGTAGAAAGTAGATCTATTACAAAGTTTTATTTATGAGGCA
Unaligned ( gi|52 ): AGCAAGGGGTATTGAGGACCTATTCTAACCGAAATCTTCACA
Unaligned ( gi|54 ): AGCAAGGGGTACTGGGGACCTATTCTAACCCATATTTCA
Unaligned ( gi|55 ): GGGGACCTATTCTAACCCAGACCTCCACGGTTAAAGAA
Unaligned ( gi|56 ): GGACCTATTCTAACCCGGATCCACACGTGGTAATATT
Unaligned ( gi|57 ): CAGTGAGGAATTTTTATCGTGCCACACCTACTGT
Unaligned ( gi|58 ): GGGACCTATTCTAACCCGGACCTCACGGGTAGAG
Unaligned ( gi|59 ): GTACTGAGGATCTATTCTAACTCGGATCCCAAG
Unaligned ( gi|60 ): GGGACCTATTCTAACCCGGACCCCACGGGGA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 22222222 11111111 1111 1111111111 11111 11111 11 11111111 1 1111 222222 1111 1111 111 1111 222222 222
lowQualScore : 3 3 11111111111111111 2 2 2 2 2 44 2 66 222 2 66666 33 5 2 33 2 2 8888888 444 2 2 2 444 33 2 33 33 1 88 0 0 55 5555 33 33 2 777 777777 444 2 2 999 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 000000000 2 33333333 2 33 33333333 2 777777 444 1111 2 2 33 5 4444444444 2 2 66 5 66666 66 444 777 5555 2 2 555 777777 2 33 88888 2 2 2 2 33 0 2 777 2 5 555 2 555 66666 3 3 44 11111 33 44444444 1 77 2 8888 555 66 5 6666 3 3 777 3 77 77 3 6 44 3 000000 3 3 88888 3 5555 0000 44 7777 6 44 000 3 555 2 2 2 2 2 2 1111 444444 2 5555 5 2 5555 333 2 2 2 5555 2 66 333 66 44 2 2 2 6 4 1 222 55 4 4 55
lowQualScore : . . ................. . . . . . .. . .. ... . ..... .. . . .. . . ....... ... . . . ... .. . .. .. . .. . . .. .... .. .. . ... ...... ... . . ... . ............................................................... . ......... . ........ . .. ........ . ...... ... .... . . .. . .......... . . .. . ..... .. ... ... .... . . ... ...... . .. ..... . . . . .. . . ... . . ... . ... ..... . . .. ..... .. ........ . .. . .... ... .. . .... . . ... . .. .. . . .. . ...... . . ..... . .... .... .. .... . .. ... . ... . . . . . . .... ...... . .... . . .... ... . . . .... . .. ... .. .. . . . . . . ... .. . . ..
lowQualScore : 3 3 77777777777777777 7 7 7 7 7 33 7 33 999 7 77777 77 3 7 44 5 5 8888888 444 5 5 4 111 22 4 22 22 2 77 2 2 66 0000 22 22 5 888 222222 111 4 5 777 7 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 777777777 7 77777777 7 77 33333333 7 777777 777 3333 5 5 77 3 3333333333 7 7 33 3 77777 33 777 333 7777 7 7 666 777777 7 44 88888 5 5 5 5 77 1 9 999 9 7 000 9 000 11111 1 1 22 99999 55 22222222 4 99 9 2222 000 88 7 1111 1 1 666 3 66 99 3 7 66 3 666666 3 3 33333 1 0000 4444 66 1111 7 66 333 1 444 9 9 9 9 9 9 6666 555555 7 7777 3 7 7777 111 9 7 7 7777 7 11 777 33 44 9 9 9 1 7 6 444 55 0 0 55
consensus : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CC---CC-----------CCC-CC----CACCCC---C-CCAC-AC-TACT-T---------TG-TGTCTG---A----TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TTTATT--CA-T-GAG--AAA-A---T--GG-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-CAC-A-T-N--CATGTACAC---CAT-A----CGT-G-T----ACAT-G-ANT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCT-TTTGT--G-ACC-AT--ACTTATTG
Reference ( family-622 ) : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CC---CC-----------CCC-CC----CACCCC---C-CCAC-AC-TACT-T---------TG-TGTCTG---A----TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TTTATT--CA-T-GAG--AAA-A---T--GG-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-CAC-A-T-N--CATGTACAC---CAT-A----CGT-G-T----ACAT-G-ANT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCT-TTTGT--G-ACC-AT--ACTTATTG
gi|1 : TTGTAAT---G------A----G-A-CAAAT-GGAA-CAGCGG-A-GACCCAA-A-G-ATAATGG--GGG-C-GA--T-AC-AAA-TGT-----TAATAGAAA---GCAT-GAA-AGATT--G-A--GAGTAAAA--T-TTCCGCC----CTAACAA--T-CTCAG---T------TTATTCA-TAAAT-TTG-TG-AAGCC-AGGACCCCCC----ACC--CT---CCCGATCTGCCAGCCC-CC----CACCCCACTC-CC-C-AC-TACTGT---------TG-TGTCTGAAAA----TTATACA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-GTCTGC-AT----------GTACAGA-AA--AATT-----TTGA--AT---CA--CC----AGTA-GA-TTG-ATTTTTC------TTCGA-CG--ATTTACTT-C-A-A-A--G-G-CA--T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATGCAA-C--AACATAG---AT--AAAAC-------CCC-GCAT--GAC-A----AACGGGCGAGA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-GCTATTCCCA-T-GAC--AGA-ACATT--GGCA-G-----AAAAGC-GGCT--AAGGGGCTACATTACT--ATT----AGTTGCTA--CACTTTTTTCATTCATC---ACCATTTC-A-GTAC-CACGA-T-G--CATGTACA----CATAA----CGT-G-T----ATAT-G-ATTGGTGG-AGAGCT-TGA-AAC-GCGTCT-TATGG-ACGGA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCTTTATCCTCTTTGTTGG-ACC-AT--ACTT
gi|10 : agcctaacagaggacatgttgaagttgttggcttaagA-A-GTGAT-GTAATTTTG------A----GAA-CAG---G-AA-CA-CG--A-GAC--AA-A-A-A-----A--GGG-G-G------C-GGAATTTACAAATAATAGAAAAGAG-AT-TGA-A---TTTGTA--G--TAAAAGGTCGCCCA-C----CTAC--ATGC-TTCAG---T------GT---CA-GTAAGGT-G-GGGAAGCC-AGG-----------ACC--CC---CC-----------ACC-CC----CACGCC---C-C--------ACG-TGGGCAGGAATG-TGT----------------AA--A--------TAG-AC------GTGTCCAG----G-A-G--TGC-ATGGTGTGTAAAGTA-AAT-AA--AG-T-----GTGATTGT---C---CA----GGGA-GG-TAGAA-GTTCC------TTAGA-CG--A-----AG-CAA-A-A--GCGAC---TGCC-CA---TGT-ATTAGGGAA-----A-G-GA-C--AACAGAGGGAAT--AACC--------CCT-GCGCAGAAC-A----A---GACG-GA-GCA----C--CACCTT-A
gi|11 : tctcacagtacaggttttggtattttttgtgctacA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GGA-A---T--G-A--G--TAAAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAACC-AGGA---ACC----ACCAACC---CC-----------C
gi|11 : CCGTTTC-A-GT-C-CAC-A-T-T--CATGTACACATATAT-A----CGT-A-T----ACAT-G-AAT-GTGG-A----T-TGA-AAC-G-G--annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttcagtccacattcatgtacacatatatacgtatacatgaatgtggattgaaacgg
gi|12 : atacaaaatttgaataatagaaagatggaatgagtaaaatattcccctaaacctcaatttcattaattgtggaaaccaggaaccaccaacccccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGA-A-GTCGTTGTAAT---G------GCTGGGGA-CAA-T-G-AATCACAGG-A-GAC--AA-T-A-A-----G--GGG-G-GA--T-AC-AAAATT-G--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAACAA--ATTCC--CTTTACTAA--A--C--TCAA---T------TT---CA-TTTAT-T---TGGAAGCC-AGGA---------------------------------------------CCCC---C-CC----C-TATT-T---------TG-TGTCTG---AA---TT-TAAA--AAA------TAT-AT------G---CCAG----GAT-G--TGCCAA----------GTA-AGA-AA--AA-A-----TTGA--AC---C---CA----GGTAGGG-TTG-ATTTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--G-G-C---T--C-CA---TCT-ATT---GAAATGCCATG-AA-C--AACAT-----ATA-AAAA--------CCC-GCGT--GACAA----A---GGC--GATGCA----CA----------------------CA-T-GAG--AAA-AT--T--GG-A-G-----AAAAGC--G----AAGGG----
gi|13 : tttGCGA-A-GTGATTGTAAT---ACACTGTA----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-CCGA--TTACCAAAATTTG--AATAATAGAAA---G-ATTGAA-A---T--G-A-----TAAAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-T-TGGAAGCT-AGGA---A---------------------------------CC----CACCCC---CACCAC-GC---------------------------------TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAGGTACG-T-G--TGC-AA----------GTA-AGA-CA--AA-T-----TTGA--AC---C---CATGCGGGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-
gi|14 : gtcgcttcttacgggaaaagtacgaccaatgttaacccgaatcctcacagagacgtcgacatttgagttt-T-G--TAA-AT----------ATG-AAATAA--CA-T-----TTGAT-AT---C---AA------TA-TG-TAA-A-TTTAT------TTTGA-C--------------A-A-A--GC--C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-T--AACAT-----AT--AAAA--------CCCCGCAT--GAC-AGCGGA---GGC--AT-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TT-ATT--CA-TTGAG--AAA-A---TTGGA-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA---TTTTCA-TCATC---ACCA-TTC-A-GT-C-CAC-A-TGG--CATGTACA----CAT-A----CGTGG-T----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-TG--AAC---G--T-AAT-G-ACGGA-TTTAG------CCCCATCCCCCTTC---TTGT--G-ACC-AT--ACT
gi|15 : GCGA-AAGTGAT-GTAAT---G------G----A----AA-T-G-AA----------------------------A--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATA--AGAAA---G-AT-AAA-A---T----A--G--TAGAAA-TATGTC--C----CTAA--A--C-TTAAACATC------TT---CAGTTAAT-T-G-T-GAAGCC-AGGA---A-C----ACC--CC---CC-----------CCCACA----CA-----------AC-A---ACT-T---------TG-GGTCTG---A----TT-TAAT--A--------TATAAT------G---CTGA----G-T-G--TGCAAT----------GTT-AGA-AAT-AA-T-----TGGA--A----C---CA----GGTA-GG-TTT-T-TTTTT------TTCGAGCG--A-----TT-T-A-AGA--GGG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----Aat
gi|17 : tgcctcacagagaccattggagtttt--A-----TTAC-A-A-A--GC--C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-T--AACAT-----AT--AAAA--------CCCCGCAT--GAC-AGCGGA---GGC--AT-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TT-ATT--CA-TTGAG--AAA-A---TTGGA-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA---TTTTCA-TCATC---ACCA-TTC-A-GT-C-CAC-A-TGG--CATGTACA----CAT-A----CGTGG-T----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-TG--AAC---G--T-AAT-G-ACGGA-TTTAG------CCCCATCCCCCTTC---TTGT--G-ACC-AT--ACTaat
gi|18 : GCGA-A-G-GATTGTAAA---T------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGGGC-A-GAC--AA-A-A-A-----GGTGGG-C-CG--T------AATT-----AT-----GAA---G-AT-GAATA---T--G-A--G--T--AAA-TATT-C--C----CTAA--A-------AA---TACACGGTT---C--TTA---T-G-TGG-AGCC-AG-----ACA----GCC--CC---CC-----------TCC-TC-------------------------TT-T---------CG-TGTTTG---AAATTTT-TAAA--A--------TA--ATCAATTGG---CCAG----G-T-a
gi|19 : gaaaagtcggacatttttacgatctacagatgatattggattttttGCGATA-GTGAATGTAA-----------G----GGATCAA-T-G-A--CAGCGGTATGAC--AACA-ACA-----G--GGG-C-GTCTT-AC-AAC---------TAACAGCAT---G-AT-GAA-A---T--G-ACAG--TAAAA--TGTTCC--A----CTAA--A--C-CTCCAGT-T------TT---CA-T
gi|2 : ggaagaagtaaaaacgaactaagtattaaccgaatcccacagagaccacttgaagttttaGCGA-A--TGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGTGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-AA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CC---CC-----------CCC-CC----CGCCCC---C-CCACAAC-TACT-T---------TG-TG-CTG---A----TT-TAAA--A--------TAC-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCCA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CCACA---TAC-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------TCT-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TTTATT--CA-T-GAG--AAA-A---T--GG-A-G-----AAAAGT-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-CAC-A-T-T--CATGTACAC---CAT-A----CGT-G-T----ACAT-G-AAT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-T--G-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCT-TTTGT--G-ACCAAT--ACTTATTG
gi|22 : CTCC---C-TCCC-AC-TACT-C---------TG-TGCCT----A----TC----A--A--------CAT-AT-----------CAG----G-T-A--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--CA-T-----CTGA--AC---C---CA----GGTA-AG-CTG-A-ATTCT------TTCAA-TA--T-----TT-C-A-A-A--G
gi|23 : cccccccacacacactttgtaggcttcATTACT--ATT----TG-TGCTA--CA---TTTTCA-ACATC---ACCGTTTC-ATAT-C-CAC-ATT-C--CATG---AC---CAT-AATGTCGT-A-T----ACATGG-AAT--TGG-A----C-TGATAAC-G-G--T-GAT----TGGG-ATTAGCCCCCCCCCC--------GTT-TCTGT----ACC--T--ACTTATTtcagtgtgtgtgaaa
gi|26 : CC-GCGC---AC-A----G---CTC--GA-GCA----CA--ACCTC-GTTAT-TTTATTT-CA-T-GAGAAAAA-A---T--TG-A-GATAAAAAAAGCTGGTTCAAAAGG----TATT---------------TGCTA--AA--TTCTT
gi|28 : taaaaccctatctgA--TTTTTCA-TCATC---GC-GTGTC-C-GT-CGCAC-A-T-T--GATGTGC-C---CA--------------------AT------------A----C-TGA-GAC-G-G--T-GAT-GGACGGAATTTAGCCCC-CCCCCCCCTTCCTTC---TTGT--GAACC-ATGGACTTATTGattgctat
gi|3 : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------A----G-A-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-CTA-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AA----------TAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--GTAAAA-TGTTTC--C-----TAA--A--T-CTCAG---T------TT---CA-TTAAT-T-GGTGGAAGCC-AGGA---------------CC---CC-----------CAC-CC----CACCCCAC-C-CCA--AC-TACT-T---------TG-TGTCTG---AA---TT-TAAATAA--------TAT--T------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--A--T-----TTGA--AT---C---C-------------------------------TCAA-CG--AA----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AAAC--AACAA-----ATT-AAAA--------CCCCGCAT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CAACATCTT-ATT-T-T--ATT--CAAT-GAG--AAA-----T--TG-A-G-----AAAAGC-GG----AAGG-----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCATTTC-A-GT-T-C-C-A-T-G--CATGTACA----CA--A----CGT-G-T----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-AGA-AAC-G-GA-T-AAT-G-ACGGA-TTTAG---CCACCCCTCCCCCCTTC---TTGT--G-ACC-AT--ACT
gi|33 : aaatcctcacagagacatttgagttttGCGA-A-GTGATTGTAAT---A------T----G-A-CAA-T-G-AA----------------------G-----G--GGA-A-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGCAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--T-AAAA-TATTCC--C----CTAA--A--
gi|36 : ggagttttTTTTCA-TCGCC---ACCGCTTC-A-GT-C-CAC--------CAT-----T---CAT-------GT-G-T----ATA---------------------------------------G-GCAGA-TTTAGCCCC-CCCCCCCCTCCCCTTT-CTTGT--G-AAC-AT--ACTTA
gi|39 : GTA-AC---AGT-A----CAT-A-T----ACAT-G-AAT-ACGACA----CCTGT-AA--G-C--C-AGT-A-GCGGA-TTTAGACCCCCCCCCCCCCTTTTTTT-TTT
gi|4 : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------A----G-A-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGGGC-GA--T-AC-AAA---------TAATAGAAA-----AT-GAA-A---T--G-T--G--TAAA---TGTTAT--C----CTAA--A--T-CTTAG---T------TT---CA-TTAAT-TTG-TGGAAGCC-AGGA---CCC-----CC--CC---CC-----------CCC-ACAACACACACA---C-ACAC-ACACACT-T---------TG-TGTCTG---AA---TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--A--T-----TTGA--AT---C---CA----GGTA-G--TTG---TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC--A---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------CCCCGCAT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-T--ATT--CA-T-GAG--AAA-A---TTGGA-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT---TT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCATTTC-A-GT-C-CAC-A-T-G--CATGTACA----CAT-A----CGT-GTT----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-AAT-G-ACGGA-TTTAG------CCCCCCCCTCCTTC--TTTGT--G-ACC-AT--
gi|5 : gttttATTGTAAT---G------A----G-A-CAA-T-G-AA-CAGCG--A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAA---------TAATAGAAA---G-A--GAA-A---T--G-A--G--TAAAA--TGTTCC--C----CTAA--A--T-CTCAG---T------TT---CA-TTAAT-T---TGGAAGCCCAGGA-----------CC--CC---CC-----------ACC-CC----CACCCC-------AC-G--TACT-T----------G-TGTCTG---A----TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AT---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TGTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GTG-C---T--C-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAC--------CCC-GCAT--GAC------A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTTCA---T-TTTATT--TA-T-GAG--AGA-AT--T--GG-A-G-----AAAAGC-GGA---AAGGG----TATTACT--ATT----AGTTGC-A--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCATTTCAA-GT-C-CAC-A-T-G--CAT-TACA----CAT-A----CGT-G-T----ATAT-T-GAT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-AAT-G-ACGAA-TTTAGCCCCCCCCCCCTC----------TTGT--G-ACC-AT--ACTTATact
gi|53 : acatttgagttttgcaacatA-A---T--G-A--G--TAAAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------AT---CA-TTAAT-
gi|6 : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGTGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGGGC-AA--T-AC-AAAATTTG--AATAATA---A---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TG-AAGCC-AGGA---ACC----ACC--CCCCCCC-----------CCC-CC----C-CCCC---C-ACAC-AC-TACT-T---------TG-TGTCTGA--A----TT-TAAA--A--------TAC-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCCA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAC-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------TCT-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-A---T-TTTATT--CA-T-GAG--AAA-AT--T--GG-A-G-----AAAAGT-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-ACC-A-T-T--CATGTACA----CAT-A----CGT-G-T----ACAT-G-AAT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCC
gi|7 : ttt---CA-TGAAT-T-G-TGGAAGCC-AGTG---ACCCTAGGCT--CA---CT-----------ACC-TT----CGCCTC---C-CCAC-TC--ACT-T---------TG-TGTCAG---AAA--TT-TAAA--AATAAATTGTAT-CT------G---CCAG----G-TTG--TGC-ATT---------GTA-GTA-TATCAA-TCATTCTCGC--ACACCC---CA----GGTA-GGATTG-A-TTTCTATTGCTTTCGA-CGCAA-----TT-T-A-A-ATAGCG-CCCTT-CCTCACTTTATTATT---GAAT----ATG-AA-CCAAACAC-----AT--ATAATGCGCACTCCG-GCGTCGGAG-ATCGCA---GGC--GATGCATCACCA-TAT-TT-ATT-TATTTATT--CA-T-GAG--AAA-A---T--TG-ATG-----AAAAGC-GG----AAGGGC---TATTACTTTATTGAATAA-CGCTAAACA--TTTTTCA-TCATCTCAACTGTT-C-A--T-C-CAC-A-C-AATCATGTAAGCGA-CAT-A----CGT-G-TGTAAACAT-A-ATT-GTGG-A----C-T---AAC-G-G--TAGAT-G-ACGGA-TTTAGCCCCTCCC
gi|8 : gGCGA-A-GTGATTGTAAT---G------GCCG-GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAA----TTTC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-T-GGGAAGCT-AGAA-------------------------------------CC----CACCCC--------C-AC-CAC-----------------------------TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAGGTACG-T-G--TGC-AA----------GTA-AG--AC--AA-T-----TTGA--AC---CATGC-----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--TCG-C---T-CC-TA---TAT-ATT---GAAATGC-ATG-AA-C--AACAT-----TTA-AAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---TGC--GA-GCA----CA-CATCTT-A---T-TTTATT--CA-T-GAG--AAATA---T--GG-A-G-----AAAAGC-G
gi|9 : ttttatggtatcatcctgaagggcagcccatttagtcgctttttacggaaaagtacgacctatattacccgaatctcacagagacattggagtttTGTAAT---G------G----G-A-CAA-TTG-AA-CAGCGG-A-GACA-AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AAT-ATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--T-AAAA-TATT-C--C----CTAA--A--CGCTC-A---T------TT---C--TTAAT-T-T-GGGAAGCT-A-GA---ACC----AAC--CA---CC-----------CCC-CC----C-CCCC---C----C-AC-TACT-T---------TGTTGTCTG--------TT----------------------------------------------------------------TA-AGA-AA--AATT-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG--TG-A-TTTT-------TTCGA-CG--A-----TT-C-ACA-A--GCG-T---T-CC-CA----AT-AAT---GAA-----GTG-CA----AACAT-----ATAAAAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----
gi|9 : AGC-AG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TACTA--CA---TTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A--T-C-CAC-A-T-T--CATGTA------CAT-A----C-T-A-T----ACAT-GAAAT-GTGG-A----T-TGG-AACAG-G--T-A---G-AC-GA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCTCgaagggtattactattagtactacattttcatcatcaccgtttcatccacattcatgtacatactatacatgaaatgtggattggaacaggtagacgatttagccccccccccccctcttgt
blockSeqs : T A ACACTGTAGG T . T . T GT T A CA C . GT G C CT T C ATTTACA AGA . T T . TT T CA . A GG A TTTA . TG G CAT ACACGG . G G GG C CCCCCCCCCCCCACAACACACACACACACACAC . GGGCAGGAA T AAATT . TA ATAAATTG A CAATTG TGT GTAC A T . C GGTGTGTAAA . T TC T CATTC TT ACC ATG TGCG G A AA ATTGCT G CA A A A C G TA A CCT G A CTT T AGG ATGCC . A CA AGGGA AA TGCGCACT C AG A GCGG . G T TCAC A C TTA A TT T A T AA T TTG . T ATAAA T TTCA C TT GAAT T AA T . TCA A T . G . T AAT CACATA . ATGT G T GTAA GG A . C . C AT AG A AG . G A C C C TT . A A GG
blockSeqs : . . GGCTGGGG . . . . . G . . CT . . . G . . . . ATTTG . . . . . . . . . A A . . . . . GT . . . . TG . ACCCTAGGCTCACTACCTTCGCCTCCCCACTC . . . AAA . . AA . . . GTAC . . . A T . . T . . T . . . . . AT . . . . . . . . . . . . T . . . ATGC . . . . A . C CG . GCGG . . T . . . TT . TT . . T . . TTG . . . . A . . . . . T . . . . . . . . GG AGCGA . . G . . GA T . . . . A G . A . . . C C C TT . . . .
blockSeqs : . . TTTGAGA . . . . . G . . A . . . . . . . . ATTTG . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . G . ACCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACACACT . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . C . . TCGC . . . . . . TT . TT . . . . . TTG . . . . . . . . . . T . . . . . . . . GG CAC . . . . . G T . . . . A G . A . . . C C C TC . . . .
blockSeqs : . . GGCCGGG . . . . . C . . T . . . . . . . . ATTTG . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . G . ACCACCCCCCCCCCCCGCCCCCCCACAACT . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . TT . TT . . . . . TT . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T CA . . . . . G A . . . . A G . G . . . C C T TT . . . .
blockSeqs : . . TGGG . . . . . G . . A . . . . . . . . ATTTG . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . T . ACCAACCACCCCCCCCCCCCCCACT . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . TT . . . . . TT . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T CA . . . . . G A . . . . A G . G . . . A C C T . . . .
blockSeqs : . . GGGG . . . . . G . . A . . . . . . . . ATTTG . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . G . CCCCCACCCCACCCCACCCCAACT . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . TT . . . . . TT . . . . . . . . . . T . . . . . . . . C AC . . . . . G T . . . . T G . G . . . C T T . . . . .
blockSeqs : . . GGGG . . . . . G . . A . . . . . . . . ATTTG . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . G . CCCCCCACCCCCACCCCACGT . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . T . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T CC . . . . . G A . . . . A G . A . . . C C C . . . . .
blockSeqs : . . GGA . . . . . G . . A . . . . . . . . ATTTG . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . G . ACCCCCCACCCCCACGCCCC . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G CA . . . . . G T . . . . A G . A . . . C . C . . . . .
blockSeqs : . . GGG . . . . . G . . A . . . . . . . . ATTTG . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . ACACCCCCCCCCACACAACA . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G AC . . . . . G A . . . . A G . A . . . C . T . . . . .
blockSeqs : . . GAG . . . . . G . . A . . . . . . . . ATTG . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . ACCCACCCCCACCACGC . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G CA . . . . . T A . . . . G G . A . . . . . . .
blockSeqs : . . ATG . . . . . . . . A . . . . . . . . ATT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . ACAGCCCCCCTCCTC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T CA . . . . . G T . . . . . G . G . . . . . .
blockSeqs : GAG . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . CCCACCCCCACC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T CA . . . . . A A . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : GAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . CCCCCCCCT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GGG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ***** ATTTG** *** ** ** ** *** G** AA****** ** *** A** ***** *** ***** ******** *** ** ** TT**** **** **** T** **** G** ** *** **
originalCons : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CC---CC-----------CCC-CC----CACCCC---C-CCAC-AC-TACT-T---------TG-TGTCTG---A----TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TTTATT--CA-T-GAG--AAA-A---T--GG-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-CAC-A-T-N--CATGTACAC---CAT-A----CGT-G-T----ACAT-G-ANT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCCCCCTTCT-TTTGT--G-ACC-AT--ACTTATTG
finalCons : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-TG--TGGAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CC---CC-----------CCC-CC----CACCCC---C-CCAC-AC-TACT-T---------TG-TGTCTGAA------TT-TAAA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T-G--TGC-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTGA--TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TTTATT--CA-T-GAG--AAA-ATT----GG-A-G-----AAAAGC-GG----AAGGG----TATTACT--ATT----AG-TGCTA--CAT--TTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-CAC-A-T-N--CATGTACAC---CAT-A----CGT-G-T----ACAT-G-ANT-GTGG-A----C-TGA-AACG--G--T-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCCCCCCCCCCCCCCCCTTC---TTGT--G-ACC-AT--ACTTATTG
34 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGAATCTTAATATAGTTTGTTTTACGTCCCTCTCGAGAATATTTCACCCATATGGACGGTGAAGGGCTGCAAAATTTAAGCCTGTGCTCGGTGCTTATGGCCTTTGAGCAGGGAGGGATCTTTATCGTGCCACACCTGCTGTGACACGGGACCTCGGTTTTTGCGGTCTCATCCGAAGGACCGCTCCATTTAGTCGCCTCTTACGACAAGCAAGGGGTGCTGAGGATCTATTCTAACCCGGATCTCCACGGAGCT
Unaligned ( gi|20 ): GATTGATTAATTATTTTAAGTTTTTCGTCCCGTTGAGAATATTTCACTCATATGAACCTCACATTGCCGGTTTGAAGGAGGTCTGCAAATTTAGGACCTATGTTATAAGCAATATGGTTTTTTGGGGCAGTGAGTGTTTATTTGCGTGCACACATGTTTCGACACG
Unaligned ( gi|21 ): ACACTGCTGTGACACGGGATAATCTCGAGGCATCTTGTTACGTGCGGTCGGTTACATTAAACCAGAGTGACTCAATCCCCGCCCCCCCCCCCCCATTTAATGTACGCTTCTTACGAACAAGACAAAGGGTGCCCTGAGGACCGTTATT
Unaligned ( gi|24 ): GATGTATCTTCGATGTAGCATACCTATTGTTATACCGGACTTATGAGGTAATATTCAATGAGTCGCCTAATTTAGTCGCACCTGATGGCAAATAAAGGATACTGAGGGTAAATCTAACCC
Unaligned ( gi|25 ): TGTGCAAGGGAATCGGTTTTGTGGTGTTGTCGGAAGGAGCACATTTAGATCGCCCCTTACGACATCAGTGGTCTACTGAGGAATGTAGTTAGAAACCTAATGGCTCCACGGTTGCTA
Unaligned ( gi|27 ): CTTGCTTGTGACACGGGGTCCCCTCTGGTTTTTCGGTCTCTCGAAGACTACCCTTCAGTCGCTATTAAAAGCAAGGGGTTCTGAGGACTATTCAATGGAATTGCATGGGGTAC
Unaligned ( gi|29 ): CGAGCTCTCTGTTTTTTGCGTGTAGTCTAACTGAGGGATTGTTGATTTAGTCGCCAACGGGGAGGAAGCAAAGGGTAACCTGACGAACTATTATAACCCGAACTG
Unaligned ( gi|30 ): CTATTCTAACCCGGGTCCCCACGGGGCCAAAGCATGTAGAATAAAGTACATGTATGTAGAAAACAATATGTGTTTGTTTGTGAAACACGAATGCCCCCGTAT
Unaligned ( gi|31 ): TATGAGCATTTTAGCTAAAAGTGATATTTATCGTGCCACATCCTGCTGTGACCCGAACTCACTTTATGCAGACCAATCCCAAGACCACCCGCACATT
Unaligned ( gi|32 ): AGTGAAGGATGACCCTTGTGATTGCCATTAAATAAATTTCTTGACATTTATAGAGGTTACCCCCCCCCCCCCCTACACACACACACACACAACA
Unaligned ( gi|34 ): CTAAGATCCCCTGATCGAAGCTTACAGCTTCAAAACAGGAAGGGCACACTTGCTGTGGCATGGAACCTCGGTTTAGTTTGGTCTTATCC
Unaligned ( gi|35 ): TGCCTCTTAAAGCAATCGAGAGGTTCTGAGGACATACTCTAATCCGGATTAACACGGGGAATAAAGGATAAAAAATGATTTATAAGAT
Unaligned ( gi|37 ): CCAAATTCGCTGTGACACAGCGCCTTCGTTTCCAATCTCGTGCTGAAGGACTGTCCTATGTAAGTCGCTCTGATGACAAACGGGTAG
Unaligned ( gi|38 ): AATGACCGTCCTCATTTAGTCGCCTCTTGCAACACGCAAGGGAATATTGGGGATCTATTCTAACCCGGACCCCACGGAT
Unaligned ( gi|40 ): GGACCCATTCTAACCCGGGTCCCCACGGTGGCTAAATATTGTGTTATATGTATATGAAAGGATCAATGTG
Unaligned ( gi|41 ): CTATTCTAGCCCGGATCCCCACGGGGCCAGATGTGGAAGAAGATATCATGGTATGTATAAG
Unaligned ( gi|42 ): AGGACCTATTCTAATCCGGATCCACACGGTGTAAAATAAAAAATATATATTTATATAAGAT
Unaligned ( gi|43 ): CCTTAGCGGTGAAGGGTCTTTATTGTGCCAACACCTGTCAAGACACTGGACCTTGTATTT
Unaligned ( gi|44 ): AATGGGTACTGACGACCTATTCTAACCCGGATGTCACGGGGTTACATTTGAAGAGGAAAT
Unaligned ( gi|45 ): AGTCGCCTCATACAAACAAGCAAGGGGTACTGGGACTTATTTTAAGCACAGATCCACGGG
Unaligned ( gi|46 ): TTCTTGTGACAAGCAAGGGGTACGCAGGACCTTTTATAACTTAGATCTTCACG
Unaligned ( gi|47 ): AGCAAGGAGTACTAATGACCTATTCTAACACGGATCCACACAGGGTATATATT
Unaligned ( gi|48 ): AACAAGATATCATGTGTTTGTGAAACACAAATGCCCCTGTATTCCACATGCC
Unaligned ( gi|49 ): ACGTACCGCTAGAGAATTTTTCACTCCATAGTCGATGAAGGGCTGCAAGA
Unaligned ( gi|50 ): CTAACCCGGATCCCCACGGGACCAAAACATATATTAAAGTATAT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTGTAGAAAGTAGATCTATTACAAAGTTTTATTTATGAGGCA
Unaligned ( gi|52 ): AGCAAGGGGTATTGAGGACCTATTCTAACCGAAATCTTCACA
Unaligned ( gi|54 ): AGCAAGGGGTACTGGGGACCTATTCTAACCCATATTTCA
Unaligned ( gi|55 ): GGGGACCTATTCTAACCCAGACCTCCACGGTTAAAGAA
Unaligned ( gi|56 ): GGACCTATTCTAACCCGGATCCACACGTGGTAATATT
Unaligned ( gi|57 ): CAGTGAGGAATTTTTATCGTGCCACACCTACTGT
Unaligned ( gi|58 ): GGGACCTATTCTAACCCGGACCTCACGGGTAGAG
Unaligned ( gi|59 ): GTACTGAGGATCTATTCTAACTCGGATCCCAAG
Unaligned ( gi|60 ): GGGACCTATTCTAACCCGGACCCCACGGGGA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222 11 555555555555555555555555555555 2222222222222222 1111111 1111111111 11111 11111 11 11111111 1 1111 111111 1111 1111 111 111 22222222 111111
lowQualScore : 3 3 11111111111111111 2 2 2 2 2 44 2 66 222 2 66666 33 5 2 33 2 2 8888888 444 2 2 2 444 33 2 33 33 4 55 0 0 55 5555 33 33 2 777 777777 444 2 2 999 2 111111111111111111111111111111 2 6666 1 1111111111111111 2 2 5555555 2 33 2 33 99999999 2 777777 444 5555 2 7777 33 2 2 4444444444 2 2 77777 66666 66 444 777 5555 2 2 555 777777 2 33 88888 2 2 2 2 33 0 2 777 2 5 555 2 555 66666 3 3 44 11111 33 44444444 1 77 2 8888 555 66 5 6666 3 3 777 3 77 77 3 6 44 44 000000 6 3 5555 0000 44 7777 6 44 000 3 555 2 2 2 2 2 2 2 111 44444444 2 5555 5 2 5555 333 2 2 2 5555 2 66 333 66 44 2 2 2 111111 555 77 55 4 4 55
lowQualScore : . . ................. . . . . . .. . .. ... . ..... .. . . .. . . ....... ... . . . ... .. . .. .. . .. . . .. .... .. .. . ... ...... ... . . ... . .............................. . .... . ................ . . ....... . .. . .. ........ . ...... ... .... . .... .. . . .......... . . ..... ..... .. ... ... .... . . ... ...... . .. ..... . . . . .. . . ... . . ... . ... ..... . . .. ..... .. ........ . .. . .... ... .. . .... . . ... . .. .. . . .. .. ...... . . .... .... .. .... . .. ... . ... . . . . . . . ... ........ . .... . . .... ... . . . .... . .. ... .. .. . . . ...... ... .. .. . . ..
lowQualScore : 3 3 77777777777777777 7 7 7 7 7 33 7 33 999 7 77777 77 3 7 44 5 5 8888888 444 5 5 4 111 22 4 22 22 1 88 2 2 66 0000 22 22 5 888 222222 111 4 5 777 7 333333333333333333333333333333 9 1111 8 9999999999999999 7 7 7777777 7 77 7 77 77777777 7 777777 777 7777 5 8888 77 7 7 3333333333 7 7 77777 77777 33 777 333 7777 7 7 666 777777 7 44 88888 5 5 5 5 77 1 9 999 9 7 000 9 000 11111 1 1 22 99999 55 22222222 4 99 9 2222 000 88 7 1111 1 1 666 3 66 99 3 7 66 66 666666 7 1 0000 4444 66 1111 7 66 333 1 444 6 9 9 9 9 9 9 666 55555555 7 7777 3 7 7777 111 9 7 7 7777 7 11 777 33 44 9 9 9 000000 888 99 00 0 0 55
consensus : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CCCC-----------CCC-CC----CACCCC---C-C--CAC-AC-TACT-TTG-TGTCTG--AA---TT-T--A-AA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T----G--TG-C-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TTTATT--CA-T-G--AG--AAAATTG----G-A-GAAAAGC-GG----AAGGG----TATTAC--TAT----TAG-TGCT--ACA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-CAC-A-T--NCATGTA--CAC---CAT-A----CGT-G-T----ACAT-G-ANT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCCC-CCCCCCCCCC---CCCTTC--TTGT--G-ACC-AT--ACTTATTG
Reference ( family-622 ) : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CCCC-----------CCC-CC----CACCCC---C-C--CAC-AC-TACT-TTG-TGTCTG--AA---TT-T--A-AA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T----G--TG-C-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TTTATT--CA-T-G--AG--AAAATTG----G-A-GAAAAGC-GG----AAGGG----TATTAC--TAT----TAG-TGCT--ACA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-CAC-A-T--NCATGTA--CAC---CAT-A----CGT-G-T----ACAT-G-ANT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCCC-CCCCCCCCCC---CCCTTC--TTGT--G-ACC-AT--ACTTATTG
gi|1 : TTGTAAT---G------A----G-A-CAAAT-GGAA-CAGCGG-A-GACCCAA-A-G-ATAATGG--GGG-C-GA--T-AC-AAA-TGT-----TAATAGAAA---GCAT-GAA-AGATT--G-A--GAGTAAAA--T-TTCCGCC----CTAACAA--T-CTCAG---T------TTATTCA-TAAAT-TTG-TG-AAGCC-AGGACCCCCC----ACC--CTCCCGATCTGCCAGCCC-CC----CACCCCACTC-C--C-C-AC-TACTGTTG-TGTCTGAAAA---TTAT--A-CA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T----GTCTG-C-AT----------GTACAGA-AA--AATT-----TTGA--AT---CA--CC----AGTA-GA-TTG-ATTTTTC------TTCGA-CG--ATTTACTT-C-A-A-A--G-G-CA--T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATGCAA-C--AACATAG---AT--AAAAC-------CCC-GCAT--GAC-A----AACGGGCGAGA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-GCTATTCCCA-T-GACAG--AACATTG----GCA-GAAAAGC-GGCT--AAGGGGCTACATTAC--TAT----TAGTTGCT--ACACTTTTTTCATTCATC---ACCATTTC-A-GTAC-CACGA-T--GCATGTA--CA----CATAA----CGT-G-T----ATAT-G-ATTGGTGG-AGAGCT-TGA-AAC-GCGTCT-TATGG-ACGGA-TTTAGCCCC-CCCCCCCCCTTTATCCTCT--TTGTTGG-ACC-AT--ACTT
gi|10 : agcctaacagaggacatgttgaagttgttggcttaagA-A-GTGAT-GTAATTTTG------A----GAA-CAG---G-AA-CA-CG--A-GAC--AA-A-A-A-----A--GGG-G-G------C-GGAATTTACAAATAATAGAAAAGAG-AT-TGA-A---TTTGTA--G--TAAAAGGTCGCCCA-C----CTAC--ATGC-TTCAG---T------GT---CA-GTAAGGT-G-GGGAAGCC-AGGA------------------------------CCC-CC----CACCCC---C-A--CGC-CC-CAC--GTG-GGCAGG--AA---TG-T--GTAA--A--------TAG-AC------GTGTCCAG----G-A----G--TG-C-ATGGTGTGTAAAGTA-AAT-AA--AG-T-----GTGATTGT---C---CA----GGGA-GG-TAGAA-GTTCC------TTAGA-CG--A-----AG-CAA-A-A--GCGAC---TGCC-CA---TGT-ATTAGGGAA-----A-G-GA-C--AACAGAGGGAAT--AACC--------CCT-GCGCAGAAC-A----A---GACG-GA-GCA----C--CACCTT-A
gi|11 : tctcacagtacaggttttggtattttttgtgctacA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GGA-A---T--G-A--G--TAAAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAACC-AGGA---ACC----ACCAACCCC-----------C
gi|11 : CCGTTTC-A-GT-C-CAC-A-T--TCATGTA--CACATATAT-A----CGT-A-T----ACAT-G-AAT-GTGG-A----T-TGA-AAC-G-G--annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttcagtccacattcatgtacacatatatacgtatacatgaatgtggattgaaacgg
gi|12 : atacaaaatttgaataatagaaagatggaatgagtaaaatattcccctaaacctcaatttcattaattgtggaaaccaggaaccaccaacccccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGA-A-GTCGTTGTAAT---G------GCTGGGGA-CAA-T-G-AATCACAGG-A-GAC--AA-T-A-A-----G--GGG-G-GA--T-AC-AAAATT-G--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAACAA--ATTCC--CTTTACTAA--A--C--TCAA---T------TT---CA-TTTAT-T---TGGAAGCC-AGGA------------------------------------------CCCC---C-C--C----C-TATT-TTG-TGTCTG--AA---TT-TAAA-AA--A--------TAT-AT------G---CCAG----GAT----G--TGCC-AA----------GTA-AGA-AA--AA-A-----TTGA--AC---C---CA----GGTAGGG-TTG-ATTTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--G-G-C---T--C-CA---TCT-ATT---GAAATGCCATG-AA-C--AACAT-----ATA-AAAA--------CCC-GCGT--GACAA----A---GGC--GATGCA----CA----------------------CA-T-G--AG--AAAATTG----G-A-GAAAAGC--G----AAGGG----
gi|13 : tttGCGA-A-GTGATTGTAAT---ACACTGTA----GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-CCGA--TTACCAAAATTTG--AATAATAGAAA---G-ATTGAA-A---T--G-A-----TAAAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-T-TGGAAGCT-AGGA---A------------------------------CC----CACCCC---CAC--CAC-GC-----------------------TT-T--A-AA--A--------TAT-AT------G---CCAGGTACG-T----G--TG-C-AA----------GTA-AGA-CA--AA-T-----TTGA--AC---C---CATGCGGGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-
gi|14 : gtcgcttcttacgggaaaagtacgaccaatgttaacccgaatcctcacagagacgtcgacatttgagttt-T----G--TA-A-AT----------ATG-AAATAA--CA-T-----TTGAT-AT---C---AA------TA-TG-TAA-A-TTTAT------TTTGA-C--------------A-A-A--GC--C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-T--AACAT-----AT--AAAA--------CCCCGCAT--GAC-AGCGGA---GGC--AT-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TT-ATT--CA-TTG--AG--AAAATTG----G-AAGAAAAGC-GG----AAGGG----TATTAC--TAT----TAG-TGCT--ACA---TTTTCA-TCATC---ACCA-TTC-A-GT-C-CAC-A-TG-GCATGTA--CA----CAT-A----CGTGG-T----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-TG--AAC---G--T-AAT-G-ACGGA-TTTAG-------CCCCATCC---CCCTTC--TTGT--G-ACC-AT--ACT
gi|15 : GCGA-AAGTGAT-GTAAT---G------G----A----AA-T-G-AA----------------------------A--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATA--AGAAA---G-AT-AAA-A---T----A--G--TAGAAA-TATGTC--C----CTAA--A--C-TTAAACATC------TT---CAGTTAAT-T-G-T-GAAGCC-AGGA---A-C----ACC--CCCC-----------CCCACA----CA-------------AC-A---ACT-TTG-GGTCTG---A---TT-T--A-AT--A--------TATAAT------G---CTGA----G-T----G--TG-CAAT----------GTT-AGA-AAT-AA-T-----TGGA--A----C---CA----GGTA-GG-TTT-T-TTTTT------TTCGAGCG--A-----TT-T-A-AGA--GGG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----Aat
gi|17 : tgcctcacagagaccattggagtttt--A-----TTAC-A-A-A--GC--C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-T--AACAT-----AT--AAAA--------CCCCGCAT--GAC-AGCGGA---GGC--AT-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TT-ATT--CA-TTG--AG--AAAATTG----G-AAGAAAAGC-GG----AAGGG----TATTAC--TAT----TAG-TGCT--ACA---TTTTCA-TCATC---ACCA-TTC-A-GT-C-CAC-A-TG-GCATGTA--CA----CAT-A----CGTGG-T----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-TG--AAC---G--T-AAT-G-ACGGA-TTTAG-------CCCCATCC---CCCTTC--TTGT--G-ACC-AT--ACTaat
gi|18 : GCGA-A-G-GATTGTAAA---T------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGGGC-A-GAC--AA-A-A-A-----GGTGGG-C-CG--T------AATT-----AT-----GAA---G-AT-GAATA---T--G-A--G--T--AAA-TATT-C--C----CTAA--A-------AA---TACACGGTT---C--TTA---T-G-TGG-AGCC-AG-----ACA----GCC--CCCC-----------TCC-TC---------------------------TT-TCG-TGTTTG--AAATTTT-T--A-AA--A--------TA--ATCAATTGG---CCAG----G-T----a
gi|19 : gaaaagtcggacatttttacgatctacagatgatattggattttttGCGATA-GTGAATGTAA-----------G----GGATCAA-T-G-A--CAGCGGTATGAC--AACA-ACA-----G--GGG-C-GTCTT-AC-AAC---------TAACAGCAT---G-AT-GAA-A---T--G-ACAG--TAAAA--TGTTCC--A----CTAA--A--C-CTCCAGT-T------TT---CA-T
gi|2 : ggaagaagtaaaaacgaactaagtattaaccgaatcccacagagaccacttgaagttttaGCGA-A--TGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGTGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-AA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-TGGAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CCCC-----------CCC-CC----CGCCCC---C-C--CACAAC-TACT-TTG-TG-CTG---A---TT-T--A-AA--A--------TAC-AT------G---CCAG----G-T----G--TG-C-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCCA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CCACA---TAC-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------TCT-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-TTTATT--CA-T-G--AG--AAAA-TG----G-A-GAAAAGT-GG----AAGGG----TATTAC--TAT----TAG-TGCT--ACA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-CAC-A-T--TCATGTA--CAC---CAT-A----CGT-G-T----ACAT-G-AAT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-T--G-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCCC-CCCCCCCCCC---CCCTTCTTTTGT--G-ACCAAT--ACTTATTG
gi|22 : CTCC---C-T--CCC-AC-TACT-CTG-TGCCT----A---TC-------A--A--------CAT-AT-----------CAG----G-T----A--TG-C-AT----------GTA-AGA-AA--CA-T-----CTGA--AC---C---CA----GGTA-AG-CTG-A-ATTCT------TTCAA-TA--T-----TT-C-A-A-A--G
gi|23 : cccccccacacacactttgtaggcttcATTAC--TAT----TTG-TGCT--ACA---TTTTCA-ACATC---ACCGTTTC-ATAT-C-CAC-ATT--CCATG-----AC---CAT-AATGTCGT-A-T----ACATGG-AAT--TGG-A----C-TGATAAC-G-G--T-GAT----TGGG-ATTAG-------CCCCCCCC---CCGTTT--CTGT----ACC--T--ACTTATTtcagtgtgtgtgaaa
gi|26 : CC-GCGC---AC-A----G---CTC--GA-GCA----CA--ACCTC-GTTAT-TTTATTT-CA-T-G--AGAAAAAATTGAGATA-A-AAAAAGCTGGTTCAAAAGG----TATT---------------TGCT--AAA--TTCTT
gi|28 : taaaaccctatctgA--TTTTTCA-TCATC---GC-GTGTC-C-GT-CGCAC-A-T--TGATGTG--C-C---CA--------------------AT------------A----C-TGA-GAC-G-G--T-GAT-GGACGGAATTTAGCCCC--CCCCCCCCT---TCCTTC--TTGT--GAACC-ATGGACTTATTGattgctat
gi|3 : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------A----G-A-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-CTA-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AA----------TAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--GTAAAA-TGTTTC--C-----TAA--A--T-CTCAG---T------TT---CA-TTAAT-T-GGTGGAAGCC-AGGA---------------CCCC-----------CAC-CC----CACCCCAC-C-C--CA--AC-TACT-TTG-TGTCTG--AA---TT-T--A-AATAA--------TAT--T------G---CCAG----G-T----G--TG-C-AT----------GTA-AGA-AA--A--T-----TTGA--AT---C---C-------------------------------TCAA-CG--AA----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AAAC--AACAA-----ATT-AAAA--------CCCCGCAT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CAACATCTT-ATT-T-T--ATT--CAAT-G--AG--AAA-TTG------A-GAAAAGC-GG----AAGG-----TATTAC--TAT----TAG-TGCT--ACA--TTTTTCA-TCATC---ACCATTTC-A-GT-T-C-C-A-T--GCATGTA--CA----CA--A----CGT-G-T----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-AGA-AAC-G-GA-T-AAT-G-ACGGA-TTTAG---C-CACCCCTCCC---CCCTTC--TTGT--G-ACC-AT--ACT
gi|33 : aaatcctcacagagacatttgagttttGCGA-A-GTGATTGTAAT---A------T----G-A-CAA-T-G-AA----------------------G-----G--GGA-A-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGCAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--T-AAAA-TATTCC--C----CTAA--A--
gi|36 : ggagttttTTTTCA-TCGCC---ACCGCTTC-A-GT-C-CAC-------CAT-------T---CAT-------GT-G-T----ATA---------------------------------------G-GCAGA-TTTAGCCCCCCCCCCCCTCC---CCTTTC--TTGT--G-AAC-AT--ACTTA
gi|39 : GTA---AC---AGT-A----CAT-A-T----ACAT-G-AAT-ACGACA----CCTGT-AA--G-C--C-AGT-A-GCGGA-TTTAGACCC-CCCCCCCCCC---TTTTTT--TT
gi|4 : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------A----G-A-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGGGC-GA--T-AC-AAA---------TAATAGAAA-----AT-GAA-A---T--G-T--G--TAAA---TGTTAT--C----CTAA--A--T-CTTAG---T------TT---CA-TTAAT-TTG-TGGAAGCC-AGGA---CCC-----CC--CCCC-----------CCC-ACAACACACACA---C-A--CAC-ACACACT-TTG-TGTCTG--AA---TT-T--A-AA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T----G--TG-C-AT----------GTA-AGA-AA--A--T-----TTGA--AT---C---CA----GGTA-G--TTG---TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC--A---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------CCCCGCAT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-ATT-T-T--ATT--CA-T-G--AG--AAAATTG----GAA-GAAAAGC-GG----AAGGG----TATTAC--T-T----TAG-TGCT--ACA--TTTTTCA-TCATC---ACCATTTC-A-GT-C-CAC-A-T--GCATGTA--CA----CAT-A----CGT-GTT----ATAT-G-ATT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-AAT-G-ACGGA-TTTAG-------CCCCCCCC---TCCTTCT-TTGT--G-ACC-AT--tt
gi|5 : gttttATTGTAAT---G------A----G-A-CAA-T-G-AA-CAGCG--A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAA---------TAATAGAAA---G-A--GAA-A---T--G-A--G--TAAAA--TGTTCC--C----CTAA--A--T-CTCAG---T------TT---CA-TTAAT-T---TGGAAGCCCAGGA------------------------------CCC-CC----CACCCC---CAC--CCC-ACGTAC--TTG-TGTCTG---A---TT-T--A-AA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-T----G--TG-C-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AT---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TGTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GTG-C---T--C-CA---TAT-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAC--------CCC-GCAT--GAC------A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTTCA---T-TTTATT--TA-T-G--AG--AGAATTG----G-A-GAAAAGC-GGA---AAGGG----TATTAC--TAT----TAGTTGC---ACA--TTTTTCA-TCATC---ACCATTTCAA-GT-C-CAC-A-T--GCAT-TA--CA----CAT-A----CGT-G-T----ATAT-T-GAT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-AAT-G-ACGAA-TTTAGCCCC-CCCCCCC----------TC--TTGT--G-ACC-AT--ACTTATact
gi|53 : acatttgagttttgcaacatA-A---T--G-A--G--TAAAA--TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------AT---CA-TTAAT-
gi|6 : GCGA-A-GTGATTGTAAT---G------G----GGA-CAA-T-G-AA-CAGTGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGGGC-AA--T-AC-AAAATTTG--AATAATA---A---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--T-AAAA-TATTCC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-G-T-GAAGCC-AGGA---ACC----ACC--CCCC-----------CCC-CC----CCCCCC---C-CCACAC-AC-TACT-TTG-TGTCTG--AA---TT-T--A-AA--A--------TAC-AT------G---CCAG----G-T----G--TG-C-AT----------GTA-AGA-AA--AA-T-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCCA-CG--A-----TT-C-A-A-A--GCG-C---T-CC-CA---TAC-ATT---GAA-----ATG-AA-C--AACAT-----AT--AAAA--------TCT-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----CA-CATCTT-A---T-TTTATT--CA-T-G--AG--AAAATTG----G-A-GAAAAGT-GG----AAGGG----TATTAC--TAT----TAG-TGCT--ACA--TTTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A-GT-C-ACC-A-T--TCATGTA--CA----CAT-A----CGT-G-T----ACAT-G-AAT-GTGG-A----C-TGA-AAC-G-G--T-GAT-G-ACGGA-TTTAGCCC
gi|7 : ttt---CA-TGAAT-T-G-TGGAAGCC-AGTG---ACCCTAGGCT--CACT-----------ACC-TT----CGCCTC---C-C--CAC-TC--ACT-TTG-TGTCAG--AAA--TT-T--A-AA--AATAAATTGTAT-CT------G---CCAG----G-TT---G--TG-C-ATT---------GTA-GTA-TATCAA-TCATTCTCGC--ACACCC---CA----GGTA-GGATTG-A-TTTCTATTGCTTTCGA-CGCAA-----TT-T-A-A-ATAGCG-CCCTT-CCTCACTTTATTATT---GAAT----ATG-AA-CCAAACAC-----AT--ATAATGCGCACTCCG-GCGTCGGAG-ATCGCA---GGC--GATGCATCACCA-TAT-TT-ATT-TATTTATT--CA-T-G--AG--AAAATTG----A-T-GAAAAGC-GG----AAGGGC---TATTACTTTATTGAATAA-CGCTAAACA--TTTTTCA-TCATCTCAACTG-TTC-A--T-C-CAC-A-CAATCATGTAAGCGA---CAT-A----CGT-G-TGTAAACAT-A-ATT-GTGG-A----C-T---AAC-G-G--TAGAT-G-ACGGA-TTTAGCCCC-TCCC
gi|8 : gGCGA-A-GTGATTGTAAT---G------GCCG-GGA-CAA-T-G-AA-CAGCGG-A-GAC--AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AATAATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--TAAAA----TTTC--C----CTAA--A--C-CTCAA---T------TT---CA-TTAAT-T-T-GGGAAGCT-AGAA----------------------------------CC----CACCCC---C--------AC-CACT-TT---------------------A-AA--A--------TAT-AT------G---CCAG----G-TACGTG--TG-C-AA----------GTA-AGA-CA--A--T-----TTGA--AC---CATGC-----GGTA-GG-TTG-A-TTTTC------TTCGA-CG--A-----TT-C-A-A-A--TCG-C---T-CC-TA---TAT-ATT---GAAATGC-ATG-AA-C--AACAT-----TTA-AAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---TGC--GA-GCA----CA-CATCTT-A---T-TTTATT--CA-T-G--AG--AAATATG----G-A-GAAAAGC-G
gi|9 : ttttatggtatcatcctgaagggcagcccatttagtcgctttttacggaaaagtacgacctatattacccgaatctcacagagacattggagtttTGTAAT---G------G----G-A-CAA-TTG-AA-CAGCGG-A-GACA-AA-A-A-A-----G--GGG-C-GA--T-AC-AAAATTTG--AAT-ATAGAAA---G-AT-GAA-A---T--G-A--G--T-AAAA-TATT-C--C----CTAA--A--CGCTC-A---T------TT---C--TTAAT-T-T-GGGAAGCT-A-GA---ACC----AAC--CACC-----------CCC-CC----C-CCCC---C------C-AC-TACT-TTGTTGTCTG-------TT-T----------------------------------------------------------------------A-AGA-AA--AATT-----TTGA--AC---C---CA----GGTA-GG--TG-A-TTTT-------TTCGA-CG--A-----TT-C-ACA-A--GCG-T---T-CC-CA----AT-AAT---GAA-----GTG-CA----AACAT-----ATAAAAAA--------CCC-GCGT--GAC-A----A---GGC--GA-GCA----
gi|9 : AGC-AG----AAGGG----TATTAC--TAT----TAG-TACT--ACA---TTTTCA-TCATC---ACCGTTTC-A--T-C-CAC-A-T--TCATGTA--------CAT-A----C-T-A-T----ACAT-GAAAT-GTGG-A----T-TGG-AACAG-G--T-A---G-AC-GA-TTTAGCCCC-CCCCCCCCC--------TC--TTGT--gaagggtattactattagtactacattttcatcatcaccgtttcatccacattcatgtacatactatacatgaaatgtggattggaacaggtagacgatttagccccccccccccctcttgt
34 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGAATCTTAATATAGTTTGTTTTACGTCCCTCTCGAGAATATTTCACCCATATGGACGGTGAAGGGCTGCAAAATTTAAGCCTGTGCTCGGTGCTTATGGCCTTTGAGCAGGGAGGGATCTTTATCGTGCCACACCTGCTGTGACACGGGACCTCGGTTTTTGCGGTCTCATCCGAAGGACCGCTCCATTTAGTCGCCTCTTACGACAAGCAAGGGGTGCTGAGGATCTATTCTAACCCGGATCTCCACGGAGCT
Unaligned ( gi|20 ): GATTGATTAATTATTTTAAGTTTTTCGTCCCGTTGAGAATATTTCACTCATATGAACCTCACATTGCCGGTTTGAAGGAGGTCTGCAAATTTAGGACCTATGTTATAAGCAATATGGTTTTTTGGGGCAGTGAGTGTTTATTTGCGTGCACACATGTTTCGACACG
Unaligned ( gi|21 ): ACACTGCTGTGACACGGGATAATCTCGAGGCATCTTGTTACGTGCGGTCGGTTACATTAAACCAGAGTGACTCAATCCCCGCCCCCCCCCCCCCATTTAATGTACGCTTCTTACGAACAAGACAAAGGGTGCCCTGAGGACCGTTATT
Unaligned ( gi|24 ): GATGTATCTTCGATGTAGCATACCTATTGTTATACCGGACTTATGAGGTAATATTCAATGAGTCGCCTAATTTAGTCGCACCTGATGGCAAATAAAGGATACTGAGGGTAAATCTAACCC
Unaligned ( gi|25 ): TGTGCAAGGGAATCGGTTTTGTGGTGTTGTCGGAAGGAGCACATTTAGATCGCCCCTTACGACATCAGTGGTCTACTGAGGAATGTAGTTAGAAACCTAATGGCTCCACGGTTGCTA
Unaligned ( gi|27 ): CTTGCTTGTGACACGGGGTCCCCTCTGGTTTTTCGGTCTCTCGAAGACTACCCTTCAGTCGCTATTAAAAGCAAGGGGTTCTGAGGACTATTCAATGGAATTGCATGGGGTAC
Unaligned ( gi|29 ): CGAGCTCTCTGTTTTTTGCGTGTAGTCTAACTGAGGGATTGTTGATTTAGTCGCCAACGGGGAGGAAGCAAAGGGTAACCTGACGAACTATTATAACCCGAACTG
Unaligned ( gi|30 ): CTATTCTAACCCGGGTCCCCACGGGGCCAAAGCATGTAGAATAAAGTACATGTATGTAGAAAACAATATGTGTTTGTTTGTGAAACACGAATGCCCCCGTAT
Unaligned ( gi|31 ): TATGAGCATTTTAGCTAAAAGTGATATTTATCGTGCCACATCCTGCTGTGACCCGAACTCACTTTATGCAGACCAATCCCAAGACCACCCGCACATT
Unaligned ( gi|32 ): AGTGAAGGATGACCCTTGTGATTGCCATTAAATAAATTTCTTGACATTTATAGAGGTTACCCCCCCCCCCCCCTACACACACACACACACAACA
Unaligned ( gi|34 ): CTAAGATCCCCTGATCGAAGCTTACAGCTTCAAAACAGGAAGGGCACACTTGCTGTGGCATGGAACCTCGGTTTAGTTTGGTCTTATCC
Unaligned ( gi|35 ): TGCCTCTTAAAGCAATCGAGAGGTTCTGAGGACATACTCTAATCCGGATTAACACGGGGAATAAAGGATAAAAAATGATTTATAAGAT
Unaligned ( gi|37 ): CCAAATTCGCTGTGACACAGCGCCTTCGTTTCCAATCTCGTGCTGAAGGACTGTCCTATGTAAGTCGCTCTGATGACAAACGGGTAG
Unaligned ( gi|38 ): AATGACCGTCCTCATTTAGTCGCCTCTTGCAACACGCAAGGGAATATTGGGGATCTATTCTAACCCGGACCCCACGGAT
Unaligned ( gi|40 ): GGACCCATTCTAACCCGGGTCCCCACGGTGGCTAAATATTGTGTTATATGTATATGAAAGGATCAATGTG
Unaligned ( gi|41 ): CTATTCTAGCCCGGATCCCCACGGGGCCAGATGTGGAAGAAGATATCATGGTATGTATAAG
Unaligned ( gi|42 ): AGGACCTATTCTAATCCGGATCCACACGGTGTAAAATAAAAAATATATATTTATATAAGAT
Unaligned ( gi|43 ): CCTTAGCGGTGAAGGGTCTTTATTGTGCCAACACCTGTCAAGACACTGGACCTTGTATTT
Unaligned ( gi|44 ): AATGGGTACTGACGACCTATTCTAACCCGGATGTCACGGGGTTACATTTGAAGAGGAAAT
Unaligned ( gi|45 ): AGTCGCCTCATACAAACAAGCAAGGGGTACTGGGACTTATTTTAAGCACAGATCCACGGG
Unaligned ( gi|46 ): TTCTTGTGACAAGCAAGGGGTACGCAGGACCTTTTATAACTTAGATCTTCACG
Unaligned ( gi|47 ): AGCAAGGAGTACTAATGACCTATTCTAACACGGATCCACACAGGGTATATATT
Unaligned ( gi|48 ): AACAAGATATCATGTGTTTGTGAAACACAAATGCCCCTGTATTCCACATGCC
Unaligned ( gi|49 ): ACGTACCGCTAGAGAATTTTTCACTCCATAGTCGATGAAGGGCTGCAAGA
Unaligned ( gi|50 ): CTAACCCGGATCCCCACGGGACCAAAACATATATTAAAGTATAT
Unaligned ( gi|51 ): ATTTGTAGAAAGTAGATCTATTACAAAGTTTTATTTATGAGGCA
Unaligned ( gi|52 ): AGCAAGGGGTATTGAGGACCTATTCTAACCGAAATCTTCACA
Unaligned ( gi|54 ): AGCAAGGGGTACTGGGGACCTATTCTAACCCATATTTCA
Unaligned ( gi|55 ): GGGGACCTATTCTAACCCAGACCTCCACGGTTAAAGAA
Unaligned ( gi|56 ): GGACCTATTCTAACCCGGATCCACACGTGGTAATATT
Unaligned ( gi|57 ): CAGTGAGGAATTTTTATCGTGCCACACCTACTGT
Unaligned ( gi|58 ): GGGACCTATTCTAACCCGGACCTCACGGGTAGAG
Unaligned ( gi|59 ): GTACTGAGGATCTATTCTAACTCGGATCCCAAG
Unaligned ( gi|60 ): GGGACCTATTCTAACCCGGACCCCACGGGGA