lowQualScore : 111111 22222
lowQualScore : 1 22 000000 777 1 88888 0
lowQualScore : . .. ...... ... . ..... .
lowQualScore : 8 55 333333 888 4 77777 8
consensus : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--CGT-A---TATGA-T---GATATTCATC
Reference ( gi|11 ) : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--CGT-A---TATGAGT---GATATTCATC
gi|14 : CCTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--A---CGTAA---TATGACTATGGATAT
gi|9 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AAACAC--CAT-A---AATAA------ATATTTA
gi|22 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--Ccaca
gi|25 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--tgtgtg
gi|15 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--acttgc
gi|8 : CCTTCGGCTCAGATGAGCTAA-AA--A----G--A---CATGA-T---TATATTCAtcctaaacctagatttatg
gi|12 : CCTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--TGC-AATTCATCAAA---GATATTcttactt
gi|6 : CCTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--g
gi|23 : CCTTTGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--Atcaaactctcaggaaaataccac
gi|21 : ttgagCCTTCGGCTCAGGTGAGCTAATAA--Ata
gi|1 : gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-TA--Atacaaa
gi|2 : CTTTGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--ATCACGT-A---TAT---T---GAT-TCCATCtatccatcacaaagattacgcacattggtgctttttgtttg
gi|16 : atggcttgtcgagtCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AT--CTT-A---TA
gi|7 : CTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--TCT-A---TA-GAGT---aatttattgtt
gi|5 : CTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--C-C-A---TATGcaacagagaaaata
gi|19 : CTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--caaatcaaaagaaaaagca
gi|18 : CTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--acttatgtctc
gi|24 : CTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--Aaggaaagtagcatcc
gi|20 : agtCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--Aataca
gi|10 : gagtCTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--atact
gi|3 : CTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--aacaataataaatccacgacgct
gi|17 : TTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AC--AC--AAT-A---TATGtattaaccagaatgtcaacgctgatgaaatat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TACAGCCTCGGCCAATCATCATATACTCAGATTGATGTTTTTTGCCTTTG
Unaligned ( gi|13 ): CTCAGGTGAGCTAACAATTATCATACAGAGTCTGACATATTGTTGT
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 1 22 666666 333 3
lowQualScore : . .. ...... ... .
lowQualScore : 7 44 666666 888 2
consensus : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--CGT-ATATGA-TGATATTCATC
Reference ( family-6196 ) : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--CGT-ATATGA-TGATATTCATC
gi|1 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-TA--A
gi|10 : CTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--tatccatcacaaagattacgcacattggtgctttttgtttg
gi|11 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--CGT-ATATGAGTGATATTCATCaacaataataaatccacgacgct
gi|12 : CCTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--TGC-A
gi|14 : CCTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--A---CGTAATATGA-attcatcaaagatattg
gi|15 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--ctatggatat
gi|16 : CTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AT--CTT-ATAtcctaaacctagatttatg
gi|17 : TTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AC--AC--AAT-ATATGaatttattgtt
gi|18 : CTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--ccttctccct
gi|19 : CTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--aggaaagtagcatcc
gi|2 : CTTTGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--ATCACGT-ATAT---TGAT-TCCATCacttatgtctc
gi|20 : atggcttgtcgagtCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--A
gi|21 : gagtCCTTCGGCTCAGGTGAGCTAATAA--Aatact
gi|22 : gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--Ctacaaa
gi|23 : CCTTTGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--Atgtgtg
gi|24 : ttgagCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--Ata
gi|25 : agtCCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--ataca
gi|3 : CTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--acttgc
gi|5 : CTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--C-C-ATATGtattaaccagaatgtcaacgctgatgaaatat
gi|6 : CCTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--caaatcaaaagaaaaagca
gi|7 : CTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--TCT-ATAtcaaactctcaggaaaataccac
gi|8 : CCTTCGGCTCAGATGAGCTAA-AA--A----G--ACATGA-TTATATTCAgagtcaacagagaaaata
gi|9 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AAACAC--CAT-AAATAA---ATATTTActtactt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TACAGCCTCGGCCAATCATCATATACTCAGATTGATGTTTTTTGCCTTTG
Unaligned ( gi|13 ): CTCAGGTGAGCTAACAATTATCATACAGAGTCTGACATATTGTTGT
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 1 22 666666 333 3
lowQualScore : . .. ...... ... .
lowQualScore : 7 44 666666 888 2
consensus : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--CGT-ATATGA-TGATATTCATC
Reference ( family-6196 ) : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--CGT-ATATGA-TGATATTCATC
gi|1 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-TA--A
gi|10 : CTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--tatccatcacaaagattacgcacattggtgctttttgtttg
gi|11 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--CGT-ATATGAGTGATATTCATCaacaataataaatccacgacgct
gi|12 : CCTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--TGC-A
gi|14 : CCTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--A---CGTAATATGA-attcatcaaagatattg
gi|15 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--ctatggatat
gi|16 : CTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AT--CTT-ATAtcctaaacctagatttatg
gi|17 : TTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AC--AC--AAT-ATATGaatttattgtt
gi|18 : CTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--ccttctccct
gi|19 : CTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--aggaaagtagcatcc
gi|2 : CTTTGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--ATCACGT-ATAT---TGAT-TCCATCacttatgtctc
gi|20 : atggcttgtcgagtCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--A
gi|21 : gagtCCTTCGGCTCAGGTGAGCTAATAA--Aatact
gi|22 : gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--Ctacaaa
gi|23 : CCTTTGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--Atgtgtg
gi|24 : ttgagCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--Ata
gi|25 : agtCCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--ataca
gi|3 : CTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--acttgc
gi|5 : CTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--C-C-ATATGtattaaccagaatgtcaacgctgatgaaatat
gi|6 : CCTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--caaatcaaaagaaaaagca
gi|7 : CTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--TCT-ATAtcaaactctcaggaaaataccac
gi|8 : CCTTCGGCTCAGATGAGCTAA-AA--A----G--ACATGA-TTATATTCAgagtcaacagagaaaata
gi|9 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AAACAC--CAT-AAATAA---ATATTTActtactt
blockSeqs : T AC CACGT TG A
blockSeqs : . . CGTA TT A
blockSeqs : . . TGC . .
blockSeqs : . . CTT
blockSeqs : . . AAT
blockSeqs : . . TCT
blockSeqs : . . CAT
blockSeqs : . . CC
blockSeqs : . . G
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--CGT-ATATGA-TGATATTCATC
finalCons : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--CGT-ATATGA-TGATATTCATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TACAGCCTCGGCCAATCATCATATACTCAGATTGATGTTTTTTGCCTTTG
Unaligned ( gi|13 ): CTCAGGTGAGCTAACAATTATCATACAGAGTCTGACATATTGTTGT
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 1 22 666666 333 3
lowQualScore : . .. ...... ... .
lowQualScore : 7 44 666666 888 2
consensus : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--CGT-ATATGA-TGATATTCATC
Reference ( family-6196 ) : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--CGT-ATATGA-TGATATTCATC
gi|1 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-TA--A
gi|10 : CTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--tatccatcacaaagattacgcacattggtgctttttgtttg
gi|11 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--CGT-ATATGAGTGATATTCATCaacaataataaatccacgacgct
gi|12 : CCTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--TGC-A
gi|14 : CCTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--A---CGTAATATGA-attcatcaaagatattg
gi|15 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--ctatggatat
gi|16 : CTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AT--CTT-ATAtcctaaacctagatttatg
gi|17 : TTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AC--AC--AAT-ATATGaatttattgtt
gi|18 : CTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--ccttctccct
gi|19 : CTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--aggaaagtagcatcc
gi|2 : CTTTGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--ATCACGT-ATAT---TGAT-TCCATCacttatgtctc
gi|20 : atggcttgtcgagtCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--A
gi|21 : gagtCCTTCGGCTCAGGTGAGCTAATAA--Aatact
gi|22 : gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--Ctacaaa
gi|23 : CCTTTGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--Atgtgtg
gi|24 : ttgagCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--Ata
gi|25 : agtCCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--ataca
gi|3 : CTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--acttgc
gi|5 : CTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--C-C-ATATGtattaaccagaatgtcaacgctgatgaaatat
gi|6 : CCTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--caaatcaaaagaaaaagca
gi|7 : CTTCGGTTCAGGTGAGCTAA-AA--AC--TCT-ATAtcaaactctcaggaaaataccac
gi|8 : CCTTCGGCTCAGATGAGCTAA-AA--A----G--ACATGA-TTATATTCAgagtcaacagagaaaata
gi|9 : CCTTCGGCTCAGGTGAGCTAA-AAACAC--CAT-AAATAA---ATATTTActtactt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TACAGCCTCGGCCAATCATCATATACTCAGATTGATGTTTTTTGCCTTTG
Unaligned ( gi|13 ): CTCAGGTGAGCTAACAATTATCATACAGAGTCTGACATATTGTTGT