lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111111111 2222222222222222222222 11111111111 1111111 1111111 11111111 5555555555555555555555555555555 2222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222 2222222222 111 11 11 11111
lowQualScore : 1 33 33 222 33 66666 00000000000 9999999999999999999999 33 2 33 888888 33 5 66 2 2 2 55 33 88888888888 33 5555 2 0000000 2 2222222 5 55 66666666 2 2 3333333333333333333333333333333 3 6666 44 99 9999999 66 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77777 0 6 3 9999999999 000 6 6 99 6 88 55 99 66666
lowQualScore : . .. .. ... .. ..... ........... ...................... .. . .. ...... .. . .. . . . .. .. ........... .. .... . ....... . ....... . .. ........ . . ............................... . .... .. .. ....... .. . ............................................................................................................ ....................................................................... ..... . . . .......... ... . . .. . .. .. .. .....
lowQualScore : 7 77 77 333 44 22222 55555555555 3333333333333333333333 11 2 11 444444 22 0 55 4 5 5 99 44 22222222222 44 3333 5 6666666 5 5555555 0 66 77777777 7 9 8888888888888888888888888888888 1 5555 22 44 3333333 99 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222 8 5 2 0000000000 888 7 7 22 7 33 77 22 77777
consensus : AAATGTCAA--AC--CGCTAAA--GATTTG-----TT------G---TATC--T--TG----TTA--TT----CTAC--ACA-G--G-T----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----G-T---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TG-GTTA---G---NCT-----GAA-G--N--TC----A-A----CCTGC--TGA-AAT---N---ACTTGCATT-CATTTCAAA-CTC------TAGA--TGCTAAANTCGGNANNATNNNNAANCATNANTTACCCTTATTTCGATAATTGATTGGGTTATTTTCTTGTATATAAACAAAATATTATTCTAATATTTTTGTACAGGAATAACCA-------------CCNCTNGTATTTTTGGGCNTGTGNATACATGTA--TG--TTTTTTN----CTTTG---TTAATATA-TTAAAAAACGTCAAAT-T----CCGGCGAG--AC-GTTT-TT--G-GT--AAA-AAGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
Reference ( gi|5 ) : AAATGTCAA--AC--CAATGAA--GATTTG-----TT------G---CATC--T--TG----TTA--TT----CTAC--ACA-G--G-T----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----G-C---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TG-GTTA---G---TCC-----GAA-G--T--TC----A-A----CCTGC--TGA-AAT---T---ACTTGCATT-TATTTCAAA-CTC------TAGA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGTACAGGAATAACCA-------------CCA-TGG-------AGACATATATATACATGTATGTG--TTTTTTA----CTTCG---TTAAAATA-TTAAAAAACGTCAAAT-T----CCT-TGAG--AC-GTTT-TT--G-GT--AAA-GAGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
gi|8 : AAATGTCAA--AC--CAATGAA--GATTTG-----TT------G---CATC--T---G----TTA--TTTT--CTAC--ACA-G--G-T----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----G-C---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGATGG--GGG-----AT-TACA-TG------------------------------------A-A----CCTGC--TG--AAT---T---ACTTGCATT-TATTTCAAA-CTC------TAGA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGTACAGGAATAACC
gi|12 : AAGTGTCAA--AC--CAATGAA--GATTTG-----TT------G---TATC--T---G----TTA--TTTT--CTAC--ACA-G--G-T----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----A-T---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------AAATGG--GGG-----AT-TACA-TG-GTTA---G---GCTAGCTAGAA-G--T--TC----A-A----CCTGC--TGA-AAT---T---ACTT
gi|10 : caAAGGTCAT--AC--TGCTAAA--GAATTA-----TTATCATTG---TATC--T---A----TTACTTT----CTAC--ACA-G--G-T----A--TC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----G-T---CA--AT----TTCTG-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGGGGT--ATATACA-TG-GTAAG--G---TTT-----TAA-G--A--TCAATTA-A----TCTAA--TGA-AAT---A---ACTTGCATT-CATTTCAAA-CCC------T
gi|2 : cAATGTCAA--AC--TTCTAAA--GATCTG-----T-------G---TATC--T---G----TTA--TT----TTCT--ACA-A--G-T----AGACCATG-T-A-CCCTCTAGAT--A--GTAAGAA-T---CAGAAT----TCCTA-CGCC-------ACG-------GGAT-G--GGGG----AT-TACA-TG-GTTAG--G---TTT-----AGA-G--T--TC----A-A----CCTAC--CGA-AATACATGTAACTTGCATT-CATTTCAtt
gi|18 : ggcAAGGTTAA--AC--CTCCAAA--GATTTG-----TC------G---TATC--TGTTG----TT---TT----CTAC--AGA-A--A-T----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAATC--A--G-----G-T---CA--TA----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----gcaattaattcctcctatggctatagaaatggaatctaaatcataacttgaatgcaatgatcgcttattacaggttatatgtgattaaggattggtcttagcttttagaacataaattacaagtgttatattgaatagcaattattataggaaaacatttattctgaccagtgtgaaggcatgtactgagtatgtatacttttttttctctgcatttaaatatattaaaggaatgtgcaaaattcctgctcgagacgcatttgggtaaataagtttttggcgcggctcggcacagtacaatgtccgaattcagacagcagtggatatttagcatctat
gi|20 : ccAAGGTCAA--AC--CACTAAA--GATCTG------------------ATA--T--T----------TT----CTAC--ACA-G--G-T----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--A-----G-T---CA--AT----TTCTC-CCCC-------TTG-------GGAC-G--g
gi|16 : cAAGGTTAA--ACACTAA--AA--GATTTG-----TT------G---TATC-----TG----TTA--TTTTC-TTAC--ACA-G--G------A--CA-TG-T-A-C---TTAACT--A--G-----T-T-------AT----TTCTA-ACCC-------A-G-------GGAT-G--GGG-----CT-TACA-Ta
gi|25 : ccTGTCAA--AC--CGCTCAA--GATTTG-----TT------T---TATC-----TG----TTATTTT----CTAC--ACA-G--G-T----at
gi|22 : ttgaggTGTCAA--AC--CGCTAAA--GATTTGTTTTATT------G---TATT--T--TGAATATT---TT----CTAC--ACA-G--G-T----A--
gi|6 : ccaaggTCAACCAC--TAA-AAA--GATTTG-----TT------G---TATC--TGTTA----TTG--TT----CTAC--ACA-G--G------A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--AAAG-----G-T---CA--AT----TTCTA-CCCCC------AGG-------GAAT-G--GGGG----AT-TACA-TG-GTTA---G---GCTA----GAA-G--G--TC----A-ATTAACCTGC--TGT-AAT-------ATTTGCATT-CATTTCAAA-CTC------T-----TTGCTAGATTGGCATAATCTATAACCATAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGTACAGCAATAACCA-------------
gi|7 : aggaaTCAA--AC--CACTAAAAAGATTTG-----TT------G---TATC--T--GT----TTT--TT----CTAC--ACA-G--G------A--CCATGGT-A-CC-TCTAACT--A--G-----T-T---CA--AT----TTCTACCCCC-------AGG-------GAAT-GGTGGG-----AT-TACA-TG-GTTA---G---GCTAG---AAA-G--G--TCATTAA-A----C--GC--TGT-AA----T---ATTT-CATT-CATTTCAAATCTC------T--T--TGCTAGAGTCTGGCATAATCTATAACCATAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGTACAGCAATAACCA-------------tttaaattgtatttt
gi|3 : aggaaTCAA--AC--CTCTAAA--GATTTG-----TT------G---TATC-----TG----TTA--TTTC--TTAC--AGA-A--G-T----A--CC-TG-T-A--C-TCTAACA--A--G-----ATC---CA--A-----TTCTA--TCT-------ATGAATGAATGAAT-G--GGT-----AT-TACA-TG-GTTAG--G---TTT-----GAA-G--T--TC----ATA----CCTAC--CGA-AATACGTGCAACTTGCA-T-CATTTCAAA-CTC------Ttttaaattgtatttt
gi|11 : aggtTCAA--AC--CATTAAA--GATTTG-----TT------GTTTC-TC--T--TA----TT---TT----CTACATACA-GTAGTT----A--CC-CG-T-A-CT-TCTAACT--A--T-----G-T---CA--ATATTATTCTA-CCAC-------A--------------G--GGA-----GT-TACA-TG-GTTA---G---GCT-----ACATG--G--CC----A-A----C--GCAATG--AAT---A---ACTTGTATT-CACTTCAAA-CTC------Tttgctgaggttagctttaatcataacttgatgaatgatctttagccttgattttgattgaagggatttgcgttttgtctttttacaaaaataccaatttcataatattttgttcaggataaccattttatattttgaccactggaggcatgtactagtatttaacttttttgttcccttgtttaatatattataatgtgttaatgggactgtgagcgattttggtaaaaaaagtccttggctcggctacggcacagggtagtataatcagaccaagcagagtgtatttcacatctgatt
gi|23 : TCAA--AC--CACTAAA--GATTTG-----TT------G---TATC-----TG----TTAT-TT----CTAC--ACA-G--G-A----A--CC-TG-T-tt
gi|19 : aggaaCAA--AC--CACTAAA--GA----------------------ATC--TGATA----TT---TT----CTAC--ACA-G--G-T----A--CC-TG-T-A--C-TCT-ACT--A--A-----G-T---CA--A-----TTCTC-CCCC-------TTG-------GGAC-G--AGG-----G--TACA-TG-
gi|4 : gccaaggtcAA--AATTTG-----TT------G---TATCCTT--TT----TTT--TT----CTAC--ACA-G--G-T----A--CC-TG-TTA-CC-TCTAACTT-A--GT----G-T---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------AGAT-G--GGGGAGTTAC-TAC--TGAATTA---G---GCTA----GAA-GGTT--CC----A-A----CCTGC--TG--AAT---A---ACTTGCATTCTATTTCAAA-CTCTTTGCTTAGATTGGCTAAATTCATAACGTTGAGCAATGATCTTTTACCCTTATTTCGATAATTGATTGGGTTATTTTCTTGTATATAAACAAAATATTATTCTAATATTTTTGTACAGGAATAATCA-------------TTT-TTGTATTTTTGGACCT-TGGAGGCATGTA--TG--TTTGTTC----CTTTGT--TTCAAATATTTAAAAAACGT--AAT-T----CCTGTG-G--ACTGTTT-TT--G-GT--AGA-AAGTCTTCGA--CGATG-TGGGCTAt
gi|1 : aaacccctaa------G---TATC--T---G----TTA--TTTAATCTAC--ACATG--G-CCCTGA--CC-TG-T-AACC-TCTAACTGTA--GT----G-TTCACA--GT----TTCTA-CCCC-------AGGAAA----GAAT-G--GGG-----G--TACACTG-GTTA---AAGCTTA-----GAA-GA-G--TC----A-A----CCTG---TGA-AAgcaaccgtagatggagtgatattcacaggacatctgagatacca
gi|13 : attttaggccaaaggcaagttcaaaccgttttgaccaaagC--ACA-G--G-T----A--CC-TG-T-A-CA-TTTAACT--A--G-----G-T---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-AT-GGG-----AT-TACA-TG-GTTA---G---GCT------AG-G--TCGTC----A-A----CCTAC--TGA-AAT---A---ACTTGCATT-CGTTTCAAA-Catcaaatcaaattgcagaaaattcattcttctcaaaaactgcttcctgctgaagatttgcataggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtacaggaataaccattttgtattttgggcgaaaccatggggagtcaagaatgaaatagaattcttttttttaagtcaaaaatttttcatatacgttccataatatgccccccttctgtgagtagcgttttttcgtgtaaaagagtcttctacgcgtcgactacggcaaattcccaggctttaggaatgatcagaccgaagcagaggaaatgtgatatttcaagccatct
gi|14 : -T-A-CC-TCAAACG--A--G-----G-T---CA--AT----TTCTA-CCCCCCAAAATGGG-------GGGT-T--GGG------T-TACA-TG-GTTT---GGC-TTC------AA-G--T--TC----A-A----CTTGA--TGA-AAT---A---ACCTGTATT-CATTTCAAA-
gi|21 : --GGG-----GT-TACA-TG-GTTATAGG---CTT-----CAA-G--G--TC----A-G----CCTAA--TGAGAAG---T----CTTGCATT-C-TTTCAAA-CTT------T
gi|3 : TTTTGTTCAGGA-TAACCATTTTATATTTTGACCACTGG-------AGGCATGTAC-TA---GTATTTAACTTTTTTGTTCCCTTGT---TTAATATA-TTATAATGTGTTAA---TGGGACTG-TGAG---C-GATT-TT--G-GTAAAAA-AAGTCCTTGG--C-----TCGGCTACGtt
gi|1 : aggttcaaacctctaaagatttgttgtatctgttatttcttacagaagtacctgtactctaacaagatccaattctatctatgaatgaatgaatgggtattacatggttaggtttgaagttcatacctaccgaaatacgtgcaacttgcatcatttcaaactctttgctgaggttagctttaatcataacttgatgaatgatctttagccttgattttgattgaagggatttgcgttttgtctttttacaaaaataccaatttcataataTTTGTACAGGAATAACCA-------------gcacagggtagtataatcagaccaagcagagtgtatttcacatctgatt
gi|15 : attttaggccaaaggcaagttcaaaccgttttgaccaaaggtatctgttatttaatctacacatggccctgacctgtaacctctaactgtagtgttcacagtttctaccccaggaaagaatgggggtacactggttaaagcttagaagagtcaacctgtgaaaatcaaatcaaattgcagaaaattcattcttctcaaaaactgcttcctgctgaagatttgcataggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACATGTAAATG--TATTTT-------------TTAA-------AAAAACCATCAAATGT----CTG-CGAG--AT-GTTT-TT--G-AT--AAA--AATCTTCGA--C---G-TCGGCttttgtattttgggcgaaaccatggggagtcaagaatgaaatagaattcttttttttaagtcaaaaatttttcatatacgttccataatatgccccccttctgtgagtagcgttttttcgtgtaaaagagtcttctacgcgtcgactacggcaaattcccaggctttaggaatgatcagaccgaagcagaggaaatgtgatatttcaagccatct
gi|9 : --TTTCTTA----ACTTGATCTTAATATAATTTAAAAATGTCAAAT-G----CCTGCGAG--AC-GATT-T---G-GTAAAAA-AAGTCTCTTG--C---GATCGTCTAatcggatctatatagatgatcgg
gi|1 : tcataattatatttgaattaccagaataactagttttatcatatttgaatcccatgggcggtatgctaaacattgtcactgaaagttatagaatttT-T----CTG-TGAGTAGC-GTTT-TTTCGTGT--AAAAGAGTCTTCTACGC---G-TCGACTACGtaggcac
gi|17 : attttaggccaaaggcaagttcaaaccgttttgaccaaaggtatctgttatttaatctacacatggccctgacctgtaacctctaactgtagtgttcacagtttctaccccaggaaagaatgggggtacactggttaaagcttagaagagtcaacctgtgaaaatcaaatcaaattgcagaaaattcattcttctcaaaaactgcttcctgctgaagatttgcataggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtacaggaataaccattttgtattttgggcgaaaccatggggagtcaagaatgaaatagaattcttttttttaagtcaaaaatttttcatatacgttccataatatgcccccc----CCTGTGAG--AC-TTTTCTT--G-GT--AAA-AAGCCTTCGA--C---G-TCAGCTACGgcaaattcccaggctttaggaatgatcagaccgaagcagaggaaatgtgatatttcaagccatct
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AGGTGTGTAAAGCCGCTAGATGATTTGTGCTTTATTGCTTTATTTTTCTACACA
Unaligned ( gi|26 ): TTCTGGACAAATTGATTTTAGGTCACATGGACAAAGGCAAGGTCAAACCGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 22222222222 111 111 11111 1111111 1111111 11111111 111 33333333333333333333333 11111111111111 11111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 11111111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333333333333333 11111 33333333333333333333333333 11 11111
lowQualScore : 0 0000000 88 33 2 55555 666666 33 55555555555 555 333 22 2 22 77777 33 4 2 2 2 2 55 33 00000 444 33 5555 2 0000000 1111111 5555 66666666 2 2 2 000 2 00000000000000000000000 2 33 1 44444444444444 3 44 3 44444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 33 0 4444 444444 44444444444444444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 6 5555555555555555 5 33333 5 88888888888888888888888888 66 66 5 77 5 66 5 33 5 5 66 00000
lowQualScore : . ....... .. .. . ..... ...... .. ........... ... ... .. . .. ..... .. . . . . . .. .. ..... ... .. .... . ....... ....... .... ........ . . . ... . ....................... . .. . .............. . .. . ........ ..................................................................................................... . . .. . .... ...... ................. ...................................................................... . . ................ . ..... . .......................... .. .. . .. . .. . .. . . .. .....
lowQualScore : 6 8888888 33 11 2 66666 444444 11 22222222222 333 111 99 1 99 55555 11 7 2 2 4 4 66 22 66666 111 22 0000 4 0000000 8888888 3333 66666666 5 9 9 777 0 66666666666666666666666 9 99 7 11111111111111 3 66 3 55555555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 7 99 1 4444 111111 11111111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 6 7777777777777777 4 11111 7 44444444444444444444444444 99 99 0 22 0 99 0 88 0 0 99 00000
consensus : AAATGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--TG----TTA--TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A---GGCT-----G-A-A-G--GT--C----A-ACCTGC--TGAAA------T------AACTTGCATTC-ATTTCA--AA-CT--------CT------A-GNT--GCTA---AANTC-GG----AATAA-----TNNNNAATCATAACTT----------ANC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GA-TTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTGTACAGGAATAACCA-T--NTTTGTATTTT------TG--GA------C--ATGTGNANA-CATGT--A--TG------------TTTT-TTTCTT----T--G---TT---AATA--TA-TTAAA-AAACGT--C-A-A----AT---------TCCTG--CGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-A-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
Reference ( family-619 ) : AAATGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--TG----TTA--TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A---GNCT-----G-A-A-G--NT--C----A-ACCTGC--TGAAA------T------NACTTGCATTC-ATTTCA--AA-CT--------CT------A-GAT--GCTA---AANTC-GG----NANNA-----TNNNNAANCATNANTT----------ACC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GA-TTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTGTACAGGAATAACCACC--NCTNGTATTTT------TG--GG------C--NTGTGNATA-CATGT--A--TG------------TTTT-TTNCTT----T--G---TT---AATA--TA-TTAAA-AAACGT--C-A-A----AT---------TCCGG--CGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-A-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
gi|1 : TCAAACCGTTTTGACCAAA--GGTA-TCTG-----TT------AT----------------TTA--AT---CTACA--CATG--GCCCTGA--CC-TG-T-AACC-TCTAACTGTA--GT----GTTCACA--GT----TTCTA-CCCC-------AGGAAA----GAAT-G--GGG-----G--TACACTGG-TTAA---AGCTTA---G-A-A-GA-GT--C----A-ACCTG---TGAAA------
gi|1 : attttaggccaaaggcaagtTTTGTACAGGAATAACCA----TTTTGTA-TTT------TG--GGCGAAACC--ATGGGGAGT-CAAGA--A--TGAAATAGAA----TTCT-TTTTTT----TAAG---TC---AAAAATTT-TTCAT-ATACGTTCC-ATA----ATATGCCCCCCTTCTG--TGAGTAGC-GT-TT-TTTCGTGT--AAA-AGAGTCTTCTACGC---G-TCGACTACGatcaaatcaaattgcagaaaattcattcttctcaaaaactgcttcctgctgaagatttgcataggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtacaggaataaccattttgtattttgggcgaaaccatggggagtcaagaatgaaatagaattcttttttttaagtcaaaaatttttcatatacgttccataatatgccccccttctgtgagtagcgttttttcgtgtaaaagagtcttctacgcgtcgactacggcaaattcccaggctttaggaatgatcagaccgaagcagaggaaatgtgatatttcaagccatct
gi|10 : attttaggccaaaggcaagttcaaaccgttttgaccaaaggtatctgttatttaatctacacatggccctgacctgtaacctctaactgtagtgttcacagtttctaccccaggaaagaatgggggtacactggttaaagcttagaagagtcaacctgtgaaaatcaaatcaaattgcagaaaattcattcttctcaaaaactgcttcctgctgaagatttgcataggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGTCATACTG------CTAAA--G--A-ATTA-----TTATCATTGT--ATC--T---A----TTACTTT---CTACA--CA-G--GT----A--TC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTG-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGGGGT--ATATACA-TGG-TA-AG--GTTT-----T-A-A-G--AT--CAATTA-ATCTAA--TGAAA------T------AACTTGCATTC-ATTTCA--AA-CC--------CT------gcaaattcccaggctttaggaatgatcagaccgaagcagaggaaatgtgatatttcaagccatct
gi|11 : cTCAAACCA------TTAAA--G--A-TTTG-----TT------GTTTCTC--T--TA----TT---TT---CTACATACA-GTAGTT---A--CC-CG-T-A-CT-TCTAACT--A--T-----GT---CA--ATATTATTCTA-CCAC-------AGG-------GAGT---------------TACA-TGG-TT-A---GGCT-----A-C-ATG--GC--C----A-AC--GCAATG-AA------T------AACTTGTATTC-ACTTCA--AA-CT--------CT------tt
gi|12 : AAGTGTCAAACCA------ATGAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T---G----TTA--TTTT-CTACA--CA-G--GT----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----AT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------AAATGG--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A---GGCTAGCTAG-A-A-G--TT--C----A-ACCTGC--TGAAA------T------TACTTtt
gi|13 : caCA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CA-TTTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-AT-GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A---GGCT-------A-G-GTCGT--C----A-ACCTAC--TGAAA------T------AACTTGCATTC-GTTTCA--AA-C
gi|14 : -T-A-CC-TCAAACG--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCCCCAAAATGGG-------GGGT-T--GGG------T-TACA-TGG-TT-T---GGCT-----TCA-A-G--TT--C----A-ACTTGA--TGAAA------T------AACCTGTATTC-ATTTCA--AA-
gi|15 : ATA-CATGTAAA--TG------------TATT-TT---------------TT---AA---------AAA-AACCAT--C-A-A----AT---------GTCTG--CGAG--AT-GT-TT-TT--G-AT--AAA-A-A-TCTTCGA--C---G-TCGGC
gi|16 : AAGGTTAAAC-A------CTAAAA-G--A-TTTG-----TT------GT--ATC-----TG----TTA--TTTTCTTACA--CA-G--G-----A--CA-TG-T-A-C---TTAACT--A--G-----TT-------AT----TTCTA-ACCC-------A-G-------GGAT-G--GGG-----CT-TACA-Tatcggatctatatagatgatcgg
gi|17 : ccCCTG--TGAG--AC-TT-TTCTT--G-GT--AAA-A-AGCCTTCGA--C---G-TCAGCTACGat
gi|18 : AAGGTTAAACCT------CCAAA--G--A-TTTG-----TC------GT--ATC--TGTTG----TT---TT---CTACA--GA-A--AT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAATC--A--G-----GT---CA--TA----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----gcaaatgtagatgatcagaccaagcggagtgatatattcaacatctgatatat
gi|19 : ccCAAACCA------CTAAA--G--A----------------------ATC--TGATA----TT---TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A--C-TCT-ACT--A--A-----GT---CA--A-----TTCTC-CCCC-------TTG-------GGAC-G--AGG-----G--TACA-TGg
gi|2 : gccaaggtcAATGTCAAACTT------CTAAA--G--A-TCTG-----T-------GT--ATC--T---G----TTA--TT---TTCTA--CA-A--GT----AGACCATG-T-A-CCCTCTAGAT--A--GTAAGAAT---CAGAAT----TCCTA-CGCC-------ACG-------GGAT-G--GGGG----AT-TACA-TGG-TT-A---GGTT-----T-AGA-G--TT--C----A-ACCTAC--CGAAATACATGT------AACTTGCATTC-ATTTCAGCAA-TTAATTCCTCCT------ATG----GCTATAGAAAT--GG----AA---------TCTAAATCATAACTTGAATGCAATGATCGCTT-ATTACAGGTTAT--ATGTGATTAAGGA-TTGGTCTTAGCTTTTAGAACATAAATTACAAGTGTTA--TATT-GAATAGCAATTAT--TATAGGAA-AA----C--ATT--TATTCT----------GA------CCAGTGTGAAGG-CATGT--AC-TGAGTATGTATACTTTTT-TTTCTC----T--GCA-TTTA-AATA--TA-TTAAAGGAATGTG-CAA-A----AT---------TCCTGCTCGAG--AC-GCATT-TG--G-GT--AAATA-AGTTTTTGG--C---G--CGGCTt
gi|20 : ggcAAGGTCAAACCA------CTAAA--G--A-TCTG-----------------ATA--T--T----------TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--A-----GT---CA--AT----TTCTC-CCCC-------TTG-------GGAC-G--cggcacagtacaatgtccgaattcagacagcagtggatatttagcatctat
gi|21 : c--GGG-----GT-TACA-TGG-TT-ATAGGCTT-----C-A-A-G--GT--C----A-GCCTAA--TGAGA------A------GTCTTGCATTC--TTTCA--AA-CT--------TT------a
gi|22 : TGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTGTTTTATT------GT--ATT--T--TGAATATT---TT---CTACA--CA-G--GT----A--tt
gi|23 : ccaaggTCAAACCA------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC-----TG----TTAT-TT---CTACA--CA-G--GA----A--CC-TG-T-
gi|25 : aggaaTGTCAAACCG------CTCAA--G--A-TTTG-----TT------TT--ATC-----TG----TTATTTT---CTACA--CA-G--GT----
gi|3 : ttgaggTCAAACCT------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC-----TG----TTA--TTTC-TTACA--GA-A--GT----A--CC-TG-T-A--C-TCTAACA--A--G-----AT---CC--AA----TTCTA--TCT-------ATGAATGAATGAAT-G--GGT-----AT-TACA-TGG-TT-AG--GTTT-----G-A-A-G--TT--C----ATACCTAC--CGAAA------TACGTGCAACTTGCA-TC-ATTTCA--AA-CT--------CT---------TT--GCTG---AGGTT-AGCTTTAATCATAACTTGATGAATGATC-TTT----------AGC-CTTGATTTTG----ATTGA----AGG---GATTTGC-GTT-TTGTCTTTT-TACA----A-AAATACCAATT-TCATAAT----A-TTTTGTTCAGG-ATAACCA----TTTTATATTTTGACCACTGGAGG------C--ATGTAC-TAGTATTT--AACTT------------TTTTGTTCCCT----T--GT--TT---AATA--TA-TTATA-ATGTGT--T-A-ATGGGAC---------T---G--TGAG---C-GA-TT-TT--G-GTAAAAA-A-AGTCCTTGG--C-----TCGGCTACG
gi|4 : aggtAAACCC------CTAAA--A--AATTTG-----TT------GT--ATCCTT--TT----TTT--TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TG-TTA-CC-TCTAACTT-A--GT----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------AGAT-G--GGGGAGTTAC-TAC--TGAATT-A---GGCTA----G-A-A-G--GTTCC----A-ACCTGC--TGAA-------T------AACTTGCATTCTATTTCA--AA-CT--------CTTTGCTTA-GATTGGCTA---AATTC-AT----AACGT-----TGAGCAATGATCTTTT----------ACC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GA-TTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTGTACAGGAATAATCA-T--TTTTGTATTTT------TG--GA------C--CT-TGGAGG-CATGT--A--TG------------TTTG-TTCCTT----T--G---TTTCAAATA--T--TTAAA-AAACGT------A----AT---------TCCTG--TG-G--ACTGT-TT-TT--G-GT--AGA-A-AGTCTTCGA--CGATG-TGGGCTAgcacagggtagtataatcagaccaagcagagtgtatttcacatctgatt
gi|5 : AAATGTCAAACCA------ATGAA--G--A-TTTG-----TT------GC--ATC--T--TG----TTA--TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GC---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A---GTCC-----G-A-A-G--TT--C----A-ACCTGC--TGAAA------T------TACTTGCATTT-ATTTCA--AA-CT--------CT------A-GAN--NNNN---NNNNN-NN----NNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTGTACAGGAATAACCACC--A-TGG-------------A--GA------C--ATATATATA-CATGT--ATGTG------------TTTT-TTACTT----C--G---TT---AAAA--TA-TTAAA-AAACGT--C-A-A----AT---------TCC-T--TGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-G-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACGgcaaccgtagatggagtgatattcacaggacatctgagatacca
gi|6 : AACCA------CTAAAAAG--A-TTTG-----TT------GT--ATC--TGTTA----TTG--TT---CTACA--CA-G--G-----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--AAAG-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCCC------AGG-------GAAT-G--GGGG----AT-TACA-TGG-TT-A---GGCTA----G-A-A-G--GT--CAATTA-ACCTGC--TGTAA------T-------ATTTGCATTC-ATTTCA--AA-CT--------CT---------TT--GCTA---GATT--GG----CATAA-----TCTATAACCATAACTN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTGTACAGCAATAACCATTTAAATTGTATTTT------
gi|7 : aggaatcTCAAACCA------CTAAAAAG--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--GT----TTT--TT---CTACA--CA-G--G-----A--CCATGGT-A-CC-TCTAACT--A--G-----TT---CA--AT----TTCTACCCCC-------AGG-------GAAT-GGTGGG-----AT-TACA-TGG-TT-A---GGCTAG---A-A-A-G--GT--CATTAA-AC--GC--TGTAA------T------A--TTTCATTC-ATTTCA--AATCT--------CT---------TT--GCTA---GAGTCTGG----CATAA-----TCTATAACCATAAC-T----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTGTACAGCAATAACCATTTAAATTGTATTTT------
gi|8 : aggaaAAATGTCAAACCA------ATGAA--G--A-TTTG-----TT------GC--ATC--T---G----TTA--TTTT-CTACA--CA-G--GT----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GC---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGATGG--GGG-----AT-TACA-TG------------------------------------A-ACCTGC--TG-AA------T------TACTTGCATTT-ATTTCA--AA-CT--------CT------A-GA----NNN---NNNNN-NN----NNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTGTACAGGAATAACC
gi|9 : TTT-TTTCTTAACTT--GATCTT---AATA--TAATTTAA-AAATGT--C-A-A----AT---------GCCTG--CGAG--AC-G--AT-TT--G-GTAAAAA-A-AGTCTCTTG--C---GATCGTCTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AGGTGTGTAAAGCCGCTAGATGATTTGTGCTTTATTGCTTTATTTTTCTACACA
Unaligned ( gi|26 ): TTCTGGACAAATTGATTTTAGGTCACATGGACAAAGGCAAGGTCAAACCGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 22222222222 111 111 11111 1111111 1111111 11111111 33333333333333333333333 222222222222222 11111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 1111111 1111 22222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 33333333333333333333333 11 11111
lowQualScore : 0 0000000 88 33 2 55555 666666 33 55555555555 555 333 22 2 22 77777 33 4 2 2 2 2 55 33 00000 444 33 5555 2 0000000 1111111 5555 66666666 2 2 2 33 5 33333333333333333333333 2 33 1 000000000000000 77777 3 6666 44 3 44444444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 5 33 0 4444 444444 0000000 5555 2 777 88888 5 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 33333 5 55555555555555555555555 66 66 5 77 5 66 5 33 5 5 66 00000
lowQualScore : . ....... .. .. . ..... ...... .. ........... ... ... .. . .. ..... .. . . . . . .. .. ..... ... .. .... . ....... ....... .... ........ . . . .. . ....................... . .. . ............... ..... . .... .. . ........ ......................................................................................................... . . .. . .... ...... ....... .... . ... ..... . .................................................................................................... . ..... . ....................... .. .. . .. . .. . .. . . .. .....
lowQualScore : 6 8888888 33 11 2 66666 444444 11 22222222222 333 111 99 1 99 55555 11 7 2 2 4 4 66 22 66666 111 22 0000 4 0000000 8888888 3333 66666666 5 9 9 99 7 33333333333333333333333 9 99 7 888888888888888 77777 1 5555 22 1 55555555 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 99 1 4444 111111 6666666 6666 1 888 66666 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 11111 7 11111111111111111111111 99 99 0 22 0 99 0 88 0 0 99 00000
consensus : AAATGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--TG----TTA--TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CT-----G-A-A-G--GT--C----A-ACCTGC--TGAAA-------T------AACTTGC-----ATTC-ATT----TCA--AA-CT--------CT------AGNT--GCTA---AANTC-GGNATAATCTNTAATCATAAC--------------TT----------ANC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GA-TTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAACCATTT---TTGT-ATTTT------TG--GA---C--ATG-------TGN-AGGCAT-GT------A--TG------------T-T-------TT-TTT-CTT----T--G---TT---AATA--TA-TTAAA-AAACGT--C-A-A----AT---------TCCTG--CGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-A-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
Reference ( family-619 ) : AAATGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--TG----TTA--TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CT-----G-A-A-G--GT--C----A-ACCTGC--TGAAA-------T------AACTTGC-----ATTC-ATT----TCA--AA-CT--------CT------AGNT--GCTA---AANTC-GGAATAATNNNNAATCATAAC--------------TT----------ANC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GA-TTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAACCATNT---TTGT-ATTTT------TG--GA---C--ATG-------TGN-ANACAT-GT------A--TG------------T-T-------TT-TTT-CTT----T--G---TT---AATA--TA-TTAAA-AAACGT--C-A-A----AT---------TCCTG--CGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-A-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
gi|1 : TCAAACCGTTTTGACCAAA--GGTA-TCTG-----TT------AT----------------TTA--AT---CTACA--CATG--GCCCTGA--CC-TG-T-AACC-TCTAACTGTA--GT----GTTCACA--GT----TTCTA-CCCC-------AGGAAA----GAAT-G--GGG-----G--TACACTGG-TTAA--AG-CTTA---G-A-A-GA-GT--C----A-ACCTG---TGAAAATCAAATC------AAATTGCAGAAAATTC-ATTCTTCTCA--AA-
gi|1 : attttaggccaaaggcaagtTTTG---TACAGGAATAACCAT-T---TTGT-ATTTT------GGGCGAAACC--ATG-------GGG-AGTCAA-GA------A--TGAAATAGAA----T-T-------CT-TTT-TTT----TAAG---TC---AAAAATTT-TTCAT-ATACGTTCC-ATA----ATATGCCCCCCTTCTG--TGAGTAGC-GT-TT-TTTCGTGT--AAA-AGAGTCTTCTACGC---G-TCGACTACGaactgcttcctgctgaagatttgcataggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtacaggaataaccattttgtattttgggcgaaaccatggggagtcaagaatgaaatagaattcttttttttaagtcaaaaatttttcatatacgttccataatatgccccccttctgtgagtagcgttttttcgtgtaaaagagtcttctacgcgtcgactacggcaaattcccaggctttaggaatgatcagaccgaagcagaggaaatgtgatatttcaagccatct
gi|10 : attttaggccaaaggcaagttcaaaccgttttgaccaaaggtatctgttatttaatctacacatggccctgacctgtaacctctaactgtagtgttcacagtttctaccccaggaaagaatgggggtacactggttaaagcttagaagagtcaacctgtgaaaatcaaatcaaattgcagaaaattcattcttctcaaaaactgcttcctgctgaagatttgcataggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGTCATACTG------CTAAA--G--A-ATTA-----TTATCATTGT--ATC--T---A----TTACTTT---CTACA--CA-G--GT----A--TC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTG-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGGGGT--ATATACA-TGG-TA-A--GGTTT-----T-A-A-G--AT--CAATTA-ATCTAA--TGAAA-------T------AACTTGC-----ATTC-ATT----TCA--AA-CC--------CT------gcaaattcccaggctttaggaatgatcagaccgaagcagaggaaatgtgatatttcaagccatct
gi|11 : cTCAAACCA------TTAAA--G--A-TTTG-----TT------GTTTCTC--T--TA----TT---TT---CTACATACA-GTAGTT---A--CC-CG-T-A-CT-TCTAACT--A--T-----GT---CA--ATATTATTCTA-CCAC-------AGG-------GAGT---------------TACA-TGG-TT-A--GG-CT-----A-C-ATG--GC--C----A-AC--GCAATG-AA-------T------AACTTGT-----ATTC-ACT----TCA--AA-CT--------CT------tt
gi|12 : AAGTGTCAAACCA------ATGAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T---G----TTA--TTTT-CTACA--CA-G--GT----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----AT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------AAATGG--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CTAGCTAG-A-A-G--TT--C----A-ACCTGC--TGAAA-------T------TACTTtt
gi|13 : caCA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CA-TTTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-AT-GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CT-------A-G-GTCGT--C----A-ACCTAC--TGAAA-------T------AACTTGC-----ATTC-GTT----TCA--AA-C
gi|14 : -T-A-CC-TCAAACG--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCCCCAAAATGGG-------GGGT-T--GGG------T-TACA-TGG-TT-T--GG-CT-----TCA-A-G--TT--C----A-ACTTGA--TGAAA-------T------AACCTGT-----ATTC-ATT----TCA--AA-
gi|15 : -ATACAT-GT------AAATG------------T-A-------TT-TTT----------------T---AA---------AAA-AACCAT--C-A-A----AT---------GTCTG--CGAG--AT-GT-TT-TT--G-AT--AAA-A-A-TCTTCGA--C---G-TCGGC
gi|16 : AAGGTTAAAC-A------CTAAAA-G--A-TTTG-----TT------GT--ATC-----TG----TTA--TTTTCTTACA--CA-G--G-----A--CA-TG-T-A-C---TTAACT--A--G-----TT-------AT----TTCTA-ACCC-------A-G-------GGAT-G--GGG-----CT-TACA-Tatcggatctatatagatgatcgg
gi|17 : ccCCTG--TGAG--AC-TT-TTCTT--G-GT--AAA-A-AGCCTTCGA--C---G-TCAGCTACGat
gi|18 : AAGGTTAAACCT------CCAAA--G--A-TTTG-----TC------GT--ATC--TGTTG----TT---TT---CTACA--GA-A--AT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAATC--A--G-----GT---CA--TA----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----gcaaatgtagatgatcagaccaagcggagtgatatattcaacatctgatatat
gi|19 : ccCAAACCA------CTAAA--G--A----------------------ATC--TGATA----TT---TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A--C-TCT-ACT--A--A-----GT---CA--A-----TTCTC-CCCC-------TTG-------GGAC-G--AGG-----G--TACA-TGg
gi|2 : gccaaggtcAATGTCAAACTT------CTAAA--G--A-TCTG-----T-------GT--ATC--T---G----TTA--TT---TTCTA--CA-A--GT----AGACCATG-T-A-CCCTCTAGAT--A--GTAAGAAT---CAGAAT----TCCTA-CGCC-------ACG-------GGAT-G--GGGG----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-TT-----T-AGA-G--TT--C----A-ACCTAC--CGAAATACATG-T------AACTTGC-----ATTC-ATT----TCAGCAA-TTAATTCCTCCT------A-TG--GCTATAGAAAT--GGAAT----CTAAATCATAAC--------------TTGAATGCAATGATCGCTT-ATTACAGGTTAT--ATGTGATTAAGGA-TTGGTCTTAGCTTTTAGAACATAAATTACAAGTGTTA--TATT-GAATAGCAATTAT-----TATAGGAA-AA-CATT-------T-ATTCT----------GA---CCAGTG-------TGA-AGGCAT-GT------AC-TGAGTATGTATACTT-T-------TT-TTT-CTC----T--GCA-TTTA-AATA--TA-TTAAAGGAATGTG-CAA-A----AT---------TCCTGCTCGAG--AC-GCATT-TG--G-GT--AAATA-AGTTTTTGG--C---G--CGGCTt
gi|20 : ggcAAGGTCAAACCA------CTAAA--G--A-TCTG-----------------ATA--T--T----------TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--A-----GT---CA--AT----TTCTC-CCCC-------TTG-------GGAC-G--cggcacagtacaatgtccgaattcagacagcagtggatatttagcatctat
gi|21 : c--GGG-----GT-TACA-TGG-TT-ATAGG-CT-----TCA-A-G--GT--C----A-GCCTAA--TGAGA-------A------GTCTTGC-----ATTC--TT----TCA--AA-CT--------TT------a
gi|22 : TGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTGTTTTATT------GT--ATT--T--TGAATATT---TT---CTACA--CA-G--GT----A--tt
gi|23 : ccaaggTCAAACCA------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC-----TG----TTAT-TT---CTACA--CA-G--GA----A--CC-TG-T-
gi|25 : aggaaTGTCAAACCG------CTCAA--G--A-TTTG-----TT------TT--ATC-----TG----TTATTTT---CTACA--CA-G--GT----
gi|3 : ttgaggTCAAACCT------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC-----TG----TTA--TTTC-TTACA--GA-A--GT----A--CC-TG-T-A--C-TCTAACA--A--G-----AT---CC--AA----TTCTA--TCT-------ATGAATGAATGAAT-G--GGT-----AT-TACA-TGG-TT-A--GGTTT-----G-A-A-G--TT--C----ATACCTAC--CGAAA-------TACGTGCAACTTGC-----A-TC-ATT----TCA--AA-CT--------CT--------TT--GCTG---AGGTT-AG------CTTTAATCATAACTTGATGAATGATCTTT----------AGC-CTTGATTTTG----ATTGA----AGG---GATTTGC-GTT-TTGTCTTTT-TACA----A-AAATACCAATT-TCATAAT----A-TTTTG---TTCAGG-ATAACCAT-T---TTAT-ATTTTGACCACTG--GAGG-C--ATG-------TAC-TAGTAT-TT------AACTT------------T-T-------TTGTTC-CCT----T--GT--TT---AATA--TA-TTATA-ATGTGT--T-A-ATGGGA------------CTG--TGAG---C-GA-TT-TT--G-GTAAAAA-A-AGTCCTTGG--C-----TCGGCTACG
gi|4 : aggtAAACCC------CTAAA--A--AATTTG-----TT------GT--ATCCTT--TT----TTT--TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TG-TTA-CC-TCTAACTT-A--GT----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------AGAT-G--GGGGAGTTAC-TAC--TGAATT-A--GG-CTA----G-A-A-G--GTTCC----A-ACCTGC--TGAA--------T------AACTTGC-----ATTCTATT----TCA--AA-CT--------CTTTGCTTAGATTGGCTA---AATTC-ATAACGTTGAGCAATGATCTT--------------TT----------ACC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GA-TTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAATCATTT---TTGT-ATTTT------TG--GA---C--CT--------TGG-AGGCAT-GT------A--TG------------T-T-------TG-TTC-CTT----T--G---TTTCAAATA--T--TTAAA-AAACGT------A----AT---------TCCTG--TG-G--ACTGT-TT-TT--G-GT--AGA-A-AGTCTTCGA--CGATG-TGGGCTAgcacagggtagtataatcagaccaagcagagtgtatttcacatctgatt
gi|5 : AAATGTCAAACCA------ATGAA--G--A-TTTG-----TT------GC--ATC--T--TG----TTA--TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GC---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GT-CC-----G-A-A-G--TT--C----A-ACCTGC--TGAAA-------T------TACTTGC-----ATTT-ATT----TCA--AA-CT--------CT------AGAN--NNNN---NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------------NN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGGAATAACCACCA---TGG--------------A--GA---C--ATA-------TAT-ATACAT-GT------A--TG------------TGT-------TT-TTTACTT----C--G---TT---AAAA--TA-TTAAA-AAACGT--C-A-A----AT---------TCCT---TGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-G-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACGgcaaccgtagatggagtgatattcacaggacatctgagatacca
gi|6 : AACCA------CTAAAAAG--A-TTTG-----TT------GT--ATC--TGTTA----TTG--TT---CTACA--CA-G--G-----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--AAAG-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCCC------AGG-------GAAT-G--GGGG----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CTA----G-A-A-G--GT--CAATTA-ACCTGC--TGTAA-------T-------ATTTGC-----ATTC-ATT----TCA--AA-CT--------CT--------TT--GCTA---GATT--GGCATAATCTATAACCATAAC--------------TN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGCAATAACCATTTAAATTGT-ATTTT------
gi|7 : aggaatcTCAAACCA------CTAAAAAG--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--GT----TTT--TT---CTACA--CA-G--G-----A--CCATGGT-A-CC-TCTAACT--A--G-----TT---CA--AT----TTCTACCCCC-------AGG-------GAAT-GGTGGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CTAG---A-A-A-G--GT--CATTAA-AC--GC--TGTAA-------T------A--TTTC-----ATTC-ATT----TCA--AATCT--------CT--------TT--GCTA---GAGTCTGGCATAATCTATAACCATAAC---------------T----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGCAATAACCATTTAAATTGT-ATTTT------
gi|8 : aggaaAAATGTCAAACCA------ATGAA--G--A-TTTG-----TT------GC--ATC--T---G----TTA--TTTT-CTACA--CA-G--GT----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GC---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGATGG--GGG-----AT-TACA-TG------------------------------------A-ACCTGC--TG-AA-------T------TACTTGC-----ATTT-ATT----TCA--AA-CT--------CT------AGA----NNN---NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------------NN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGGAATAACC
gi|9 : -TAATT---ATATTTGAATTACCAGAATAACTAGTT---TTATCATATT------TG--AATCCC--ATGGGCGGTATGCTAAACATTGTCACTGAA--AG------------T-TATAGAATTT-TTT-CTTAACTT--GATCTT---AATA--TAATTTAA-AAATGT--C-A-A----AT---------GCCTG--CGAG--AC-G--AT-TT--G-GTAAAAA-A-AGTCTCTTG--C---GATCGTCTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AGGTGTGTAAAGCCGCTAGATGATTTGTGCTTTATTGCTTTATTTTTCTACACA
Unaligned ( gi|26 ): TTCTGGACAAATTGATTTTAGGTCACATGGACAAAGGCAAGGTCAAACCGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 22222222222 111 111 11111 1111111 1111111 11111111 3333333 1111 11111111111111 11111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 1111111 1111 111111 333333333333333 444444444444444444444444444444444444444 33333333333333333333333 11111 33333333333333333333333 11 11111
lowQualScore : 0 0000000 88 33 2 55555 666666 33 55555555555 555 333 22 2 22 77777 33 4 2 2 2 2 55 33 00000 444 33 5555 2 0000000 1111111 5555 66666666 2 2 2 33 5 1111111 2 2 888 33 2222 2 6666 33 1 99999999999999 77777 3 6666 44 3 44444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 5 33 0 4444 444444 0000000 5555 2 777 888888 5 333333333333333 1 6 000000000000000000000000000000000000000 22222222222222222222222 77 77 44444 5 5 55555555555555555555555 66 66 5 77 5 66 5 33 5 5 66 00000
lowQualScore : . ....... .. .. . ..... ...... .. ........... ... ... .. . .. ..... .. . . . . . .. .. ..... ... .. .... . ....... ....... .... ........ . . . .. . ....... . . ... .. .... . .... .. . .............. ..... . .... .. . ........ ............................................................................................................ . . .. . .... ...... ....... .... . ... ...... . ............... . . ....................................... ....................... .. .. ..... . . ....................... .. .. . .. . .. . .. . . .. .....
lowQualScore : 6 8888888 33 11 2 66666 444444 11 22222222222 333 111 99 1 99 55555 11 7 2 2 4 4 66 22 66666 111 22 0000 4 0000000 8888888 3333 66666666 5 9 9 99 7 2222222 9 9 666 99 1111 9 1111 99 7 66666666666666 77777 1 5555 22 1 55555555 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 99 1 4444 111111 6666666 6666 1 888 999999 0 777777777777777 0 7 333333333333333333333333333333333333333 99999999999999999999999 99 44 33333 7 7 11111111111111111111111 99 99 0 22 0 99 0 88 0 0 99 00000
consensus : AAATGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--TG----TTA--TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CT-----G-A-A-G--GT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------T------AACTTGC-----ATTC-ATT----TCA--AA-CT--------CT------AGNT--GCTA---AANTC-GGCATAATCTA---TAATCATAAC--------------TT----------ANC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GA-TTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAACCATTT---TTGT-ATTTT-G--GA---C--ATGTGGAGGCATG-TA-----T--G------------T-----------------TTTTTT----CTT----T--G---TT---AATA--TA-TT-----AAA-AAAC-GT--C-A-A----AT---------TCCTG--CGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-A-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
Reference ( family-619 ) : AAATGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--TG----TTA--TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CT-----G-A-A-G--GT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------T------AACTTGC-----ATTC-ATT----TCA--AA-CT--------CT------AGNT--GCTA---AANTC-GGNATAATCTN---TAATCATAAC--------------TT----------ANC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GA-TTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAACCATTT---TTGT-ATTTTTG--GA---C--ATGTGNAGGCATG-TA-----T--G------------T-----------------TTTTTT----CTT----T--G---TT---AATA--TA-TT-----AAA-AAAC-GT--C-A-A----AT---------TCCTG--CGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-A-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
gi|1 : TCAAACCGTTTTGACCAAA--GGTA-TCTG-----TT------AT----------------TTA--AT---CTACA--CATG--GCCCTGA--CC-TG-T-AACC-TCTAACTGTA--GT----GTTCACA--GT----TTCTA-CCCC-------AGGAAA----GAAT-G--GGG-----G--TACACTGG-TTAA--AG-CTTA---G-A-A-GA-GT--C----A-A----CCTG---TGAAAATCAAATC------AAATTGCAGAAAATTC-ATTCTTCTCA--AA-
gi|1 : attttaggccaaaggcaagtTTTG---TACAGGAATAACCA-TT---TTGT-ATTTTGGGCGAAACC--ATGGGGAGTCAAG-AA-----T--GAAATAGAA----T-----------------TCTTTT----TTT----TAAG---TC---AAAAATTT-TT-----CAT-ATAC-GTTCC-ATA----ATATGCCCCCCTTCTG--TGAGTAGC-GT-TT-TTTCGTGT--AAA-AGAGTCTTCTACGC---G-TCGACTACGaactgcttcctgctgaagatttgcataggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtacaggaataaccattttgtattttgggcgaaaccatggggagtcaagaatgaaatagaattcttttttttaagtcaaaaatttttcatatacgttccataatatgccccccttctgtgagtagcgttttttcgtgtaaaagagtcttctacgcgtcgactacggcaaattcccaggctttaggaatgatcagaccgaagcagaggaaatgtgatatttcaagccatct
gi|10 : attttaggccaaaggcaagttcaaaccgttttgaccaaaggtatctgttatttaatctacacatggccctgacctgtaacctctaactgtagtgttcacagtttctaccccaggaaagaatgggggtacactggttaaagcttagaagagtcaacctgtgaaaatcaaatcaaattgcagaaaattcattcttctcaaaaactgcttcctgctgaagatttgcataggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGTCATACTG------CTAAA--G--A-ATTA-----TTATCATTGT--ATC--T---A----TTACTTT---CTACA--CA-G--GT----A--TC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTG-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGGGGT--ATATACA-TGG-TA-A--GGTTT-----T-A-A-G--AT--CAATTA-A----TCTAA--TGAAA-------T------AACTTGC-----ATTC-ATT----TCA--AA-CC--------CT------gcaaattcccaggctttaggaatgatcagaccgaagcagaggaaatgtgatatttcaagccatct
gi|11 : cTCAAACCA------TTAAA--G--A-TTTG-----TT------GTTTCTC--T--TA----TT---TT---CTACATACA-GTAGTT---A--CC-CG-T-A-CT-TCTAACT--A--T-----GT---CA--ATATTATTCTA-CCAC-------AGG-------GAGT---------------TACA-TGG-TT-A--GG-CT-----A-C-ATG--GC--C----A-A----C--GCAATG-AA-------T------AACTTGT-----ATTC-ACT----TCA--AA-CT--------CT------tt
gi|12 : AAGTGTCAAACCA------ATGAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T---G----TTA--TTTT-CTACA--CA-G--GT----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----AT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------AAATGG--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CTAGCTAG-A-A-G--TT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------T------TACTTtt
gi|13 : caCA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CA-TTTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-AT-GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CT-------A-G-GTCGT--C----A-A----CCTAC--TGAAA-------T------AACTTGC-----ATTC-GTT----TCA--AA-C
gi|14 : -T-A-CC-TCAAACG--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCCCCAAAATGGG-------GGGT-T--GGG------T-TACA-TGG-TT-T--GG-CT-----TCA-A-G--TT--C----A-A----CTTGA--TGAAA-------T------AACCTGT-----ATTC-ATT----TCA--AA-
gi|15 : ----T--G---TA---AATG--TA-TTTTTTAAAA-AAACCAT--C-A-A----AT---------GTCTG--CGAG--AT-GT-TT-TT--G-AT--AAA-A-A-TCTTCGA--C---G-TCGGC
gi|16 : atacaAAGGTTAAAC-A------CTAAAA-G--A-TTTG-----TT------GT--ATC-----TG----TTA--TTTTCTTACA--CA-G--G-----A--CA-TG-T-A-C---TTAACT--A--G-----TT-------AT----TTCTA-ACCC-------A-G-------GGAT-G--GGG-----CT-TACA-Tatcggatctatatagatgatcgg
gi|17 : ccCCTG--TGAG--AC-TT-TTCTT--G-GT--AAA-A-AGCCTTCGA--C---G-TCAGCTACGat
gi|18 : AAGGTTAAACCT------CCAAA--G--A-TTTG-----TC------GT--ATC--TGTTG----TT---TT---CTACA--GA-A--AT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAATC--A--G-----GT---CA--TA----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----gcaaatgtagatgatcagaccaagcggagtgatatattcaacatctgatatat
gi|19 : ccCAAACCA------CTAAA--G--A----------------------ATC--TGATA----TT---TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A--C-TCT-ACT--A--A-----GT---CA--A-----TTCTC-CCCC-------TTG-------GGAC-G--AGG-----G--TACA-TGg
gi|2 : gccaaggtcAATGTCAAACTT------CTAAA--G--A-TCTG-----T-------GT--ATC--T---G----TTA--TT---TTCTA--CA-A--GT----AGACCATG-T-A-CCCTCTAGAT--A--GTAAGAAT---CAGAAT----TCCTA-CGCC-------ACG-------GGAT-G--GGGG----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-TT-----T-AGA-G--TT--C----A-A----CCTAC--CGAAATACATG-T------AACTTGC-----ATTC-ATT----TCAGCAA-TTAATTCCTCCT------A-TG--GCTATAGAAAT--GG---AATCTA----AATCATAAC--------------TTGAATGCAATGATCGCTT-ATTACAGGTTAT--ATGTGATTAAGGA-TTGGTCTTAGCTTTTAGAACATAAATTACAAGTGTTA--TATT-GAATAGCAATTAT-----TATAGGAA-AA-CATT-------T-ATTCT----GA---CCAGTGTGAAGGCATG-TAC----T--GAGTATGTATACTT-----------------TTTTTT----CTC----T--GCA-TTTA-AATA--TA-TT-----AAAGGAAT-GTG-CAA-A----AT---------TCCTGCTCGAG--AC-GCATT-TG--G-GT--AAATA-AGTTTTTGG--C---G--CGGCTt
gi|20 : ggcAAGGTCAAACCA------CTAAA--G--A-TCTG-----------------ATA--T--T----------TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--A-----GT---CA--AT----TTCTC-CCCC-------TTG-------GGAC-G--cggcacagtacaatgtccgaattcagacagcagtggatatttagcatctat
gi|21 : c--GGG-----GT-TACA-TGG-TT-ATAGG-CT-----TCA-A-G--GT--C----A-G----CCTAA--TGAGA-------A------GTCTTGC-----ATTC--TT----TCA--AA-CT--------TT------a
gi|22 : TGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTGTTTTATT------GT--ATT--T--TGAATATT---TT---CTACA--CA-G--GT----A--tt
gi|23 : ccaaggTCAAACCA------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC-----TG----TTAT-TT---CTACA--CA-G--GA----A--CC-TG-T-
gi|25 : aggaaTGTCAAACCG------CTCAA--G--A-TTTG-----TT------TT--ATC-----TG----TTATTTT---CTACA--CA-G--GT----
gi|3 : ttgaggTCAAACCT------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC-----TG----TTA--TTTC-TTACA--GA-A--GT----A--CC-TG-T-A--C-TCTAACA--A--G-----AT---CC--AA----TTCTA--TCT-------ATGAATGAATGAAT-G--GGT-----AT-TACA-TGG-TT-A--GGTTT-----G-A-A-G--TT--C----ATA----CCTAC--CGAAA-------TACGTGCAACTTGC-----A-TC-ATT----TCA--AA-CT--------CT--------TT--GCTG---AGGTT-AG------CTT---TAATCATAACTTGATGAATGATCTTT----------AGC-CTTGATTTTG----ATTGA----AGG---GATTTGC-GTT-TTGTCTTTT-TACA----A-AAATACCAATT-TCATAAT----A-TTTTG---TTCAGG-ATAACCA-TT---TTAT-ATTTT----GA---C--CACTGGAGGCATG-TA-----CTAG------------TATTTAAC----------TTTTTTGTTCCCT----T--GT--TT---AATA--TA-TT-----ATA-ATGT-GT--T-A-ATGGGA------------CTG--TGAG---C-GA-TT-TT--G-GTAAAAA-A-AGTCCTTGG--C-----TCGGCTACG
gi|4 : aggtAAACCC------CTAAA--A--AATTTG-----TT------GT--ATCCTT--TT----TTT--TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TG-TTA-CC-TCTAACTT-A--GT----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------AGAT-G--GGGGAGTTAC-TAC--TGAATT-A--GG-CTA----G-A-A-G--GTTCC----A-A----CCTGC--TGAA--------T------AACTTGC-----ATTCTATT----TCA--AA-CT--------CTTTGCTTAGATTGGCTA---AATTC----ATAACGTTGAGCAATGATCTT--------------TT----------ACC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GA-TTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAATCATTT---TTGT-ATTTTTG--GA---C--CT-TGGAGGCATG-TA-----T--G------------T-----------------TTGTTC----CTT----T--G---TTTCAAATA--T--TT-----AAA-AAAC-GT------A----AT---------TCCTG--TG-G--ACTGT-TT-TT--G-GT--AGA-A-AGTCTTCGA--CGATG-TGGGCTAgcacagggtagtataatcagaccaagcagagtgtatttcacatctgatt
gi|5 : AAATGTCAAACCA------ATGAA--G--A-TTTG-----TT------GC--ATC--T--TG----TTA--TT---CTACA--CA-G--GT----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GC---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GT-CC-----G-A-A-G--TT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------T------TACTTGC-----ATTT-ATT----TCA--AA-CT--------CT------AGAN--NNNN---NNNNN-NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN--------------NN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGGAATAACCACCA---TGG--------A--GA---C--ATATATATACATG-TA-----T--G------------TG----------------TTTTTTA---CTT----C--G---TT---AAAA--TA-TT-----AAA-AAAC-GT--C-A-A----AT---------TCCT---TGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-G-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACGgcaaccgtagatggagtgatattcacaggacatctgagatacca
gi|6 : AACCA------CTAAAAAG--A-TTTG-----TT------GT--ATC--TGTTA----TTG--TT---CTACA--CA-G--G-----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--AAAG-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCCC------AGG-------GAAT-G--GGGG----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CTA----G-A-A-G--GT--C----A-ATTAACCTGC--TGTAA-------T------A-TTTGC-----ATTC-ATT----TCA--AA-CT--------CT--------TT--GCTA---GATT--GGCATAATCTA---TAACCATAAC--------------TN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGCAATAACCATTTAAATTGT-ATTTT
gi|7 : aggaatcTCAAACCA------CTAAAAAG--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--GT----TTT--TT---CTACA--CA-G--G-----A--CCATGGT-A-CC-TCTAACT--A--G-----TT---CA--AT----TTCTACCCCC-------AGG-------GAAT-GGTGGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CTAG---A-A-A-G--GT--CATTAA-A----C--GC--TGTAA-------T------A--TTTC-----ATTC-ATT----TCA--AATCT--------CT--------TT--GCTA---GAGTCTGGCATAATCTA---TAACCATAAC---------------T----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGCAATAACCATTTAAATTGT-ATTTT
gi|8 : aggaaAAATGTCAAACCA------ATGAA--G--A-TTTG-----TT------GC--ATC--T---G----TTA--TTTT-CTACA--CA-G--GT----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GC---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGATGG--GGG-----AT-TACA-TG------------------------------------A-A----CCTGC--TG-AA-------T------TACTTGC-----ATTT-ATT----TCA--AA-CT--------CT------AGA----NNN---NNNNN-NNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN--------------NN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGGAATAACC
gi|9 : -TAATT---ATATTTGAATTACCAGAATAACTAGTT---TTATCATATTTG--AATCCC--ATGGGC-GGTATGCTAAACATT--G------------TCACTGAAAGTTATAGAATTTTTT----CTTAACTT--GATCTT---AATA--TAATT-----TAA-AAAT-GT--C-A-A----AT---------GCCTG--CGAG--AC-G--AT-TT--G-GTAAAAA-A-AGTCTCTTG--C---GATCGTCTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AGGTGTGTAAAGCCGCTAGATGATTTGTGCTTTATTGCTTTATTTTTCTACACA
Unaligned ( gi|26 ): TTCTGGACAAATTGATTTTAGGTCACATGGACAAAGGCAAGGTCAAACCGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 22222222222 111 111 11111 1111111 1111111 11111111 3333333 1111 1111111 11111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11111 1111111 1111 1111 3333333 1111 444444444444444444444444444444444444444 33333333333333333333333 11111 33333333333333333333333 11 11111
lowQualScore : 0 0000000 88 33 2 55555 666666 33 55555555555 555 000 33 22 2 22 77777 33 4 2 2 2 2 55 33 00000 444 33 5555 2 0000000 1111111 5555 66666666 2 2 2 33 2 4444444 2 2 888 33 2222 2 6666 33 1 7777777 888888 77777 3 44 6666 44 3 66666666 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 33 0 4444 77777 0000000 5555 1 777 2 7777 3 5 5 5 2222222 2222 6 000000000000000000000000000000000000000 22222222222222222222222 77 77 44444 5 5 55555555555555555555555 66 66 5 77 5 66 5 33 5 5 66 00000
lowQualScore : . ....... .. .. . ..... ...... .. ........... ... ... .. .. . .. ..... .. . . . . . .. .. ..... ... .. .... . ....... ....... .... ........ . . . .. . ....... . . ... .. .... . .... .. . ....... ...... ..... . .. .... .. . ........ ........................................................................................................... . .. . .... ..... ....... .... . ... . .... . . . . ....... .... . ....................................... ....................... .. .. ..... . . ....................... .. .. . .. . .. . .. . . .. .....
lowQualScore : 6 8888888 33 11 2 66666 444444 11 22222222222 333 000 11 99 1 99 55555 11 7 2 2 4 4 66 22 66666 111 22 0000 4 0000000 8888888 3333 66666666 5 9 9 99 9 1111111 9 9 666 99 1111 9 1111 99 7 5555555 222222 77777 1 22 5555 22 1 88888888 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 99 1 4444 44444 6666666 6666 9 888 0 9999 1 0 0 0 3333333 7777 7 333333333333333333333333333333333333333 99999999999999999999999 99 44 33333 7 7 11111111111111111111111 99 99 0 22 0 99 0 88 0 0 99 00000
consensus : AAATGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--TG----TTA--TT---C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CT-----G-A-A-G--GT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------TA------ACTTGC-----ATTC-AT--TTC----A--AA-CT--------CT------AGNT--GCT-A---AANTC-GGCAT-AATCT------ATAA--TCATAA------CTT----------ANC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GATTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAACCATTT---TTGT-A-T-TTTGGA------CA-TGTGGAGGCATG-TA-----T--G------------T-----------------TTTTTT----CTT----T--G---TT---AATA--TA-TT-----AAA-AAAC-GT--C-A-A----AT---------TCCTG--CGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-A-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
Reference ( family-619 ) : AAATGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--TG----TTA--TT---C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CT-----G-A-A-G--GT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------TA------ACTTGC-----ATTC-AT--TTC----A--AA-CT--------CT------AGNT--GCT-A---AANTC-GGCAT-AATCT------ATAA--TCATAA------CTT----------ANC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GATTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAACCATTT---TTGT-A-T-TTTGGA------CA-TGTGGAGGCATG-TA-----T--G------------T-----------------TTTTTT----CTT----T--G---TT---AATA--TA-TT-----AAA-AAAC-GT--C-A-A----AT---------TCCTG--CGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-A-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
gi|1 : TCAAACCGTTTTGACCAAA--GGTA-TCTG-----TT------AT----------------TTA--AT---C--TACA--CATG--GCCCTGA--CC-TG-T-AACC-TCTAACTGTA--GT----GTTCACA--GT----TTCTA-CCCC-------AGGAAA----GAAT-G--GGG-----G--TACACTGG-TTAA--AG-CTTA---G-A-A-GA-GT--C----A-A----CCTG---TGAAAATCAAATCA------AATTGCAGAAAATTC-ATTCTTCTCAAA--AA-CTG-------CT------TCCT--GCTGA---AGATT-TGCAT-A
gi|1 : attttaggccaaaggcaagtTTTG---TACAGGAATAACCA-TT---TTGT-A-T-TTTGGGCGAAACCA-TGGGGAGTCAAG-AA-----T--GAAATAGAA----T-----------------TCTTTT----TTT----TAAG---TC---AAAAATTT-TT-----CAT-ATAC-GTTCC-ATA----ATATGCCCCCCTTCTG--TGAGTAGC-GT-TT-TTTCGTGT--AAA-AGAGTCTTCTACGC---G-TCGACTACGggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtacaggaataaccattttgtattttgggcgaaaccatggggagtcaagaatgaaatagaattcttttttttaagtcaaaaatttttcatatacgttccataatatgccccccttctgtgagtagcgttttttcgtgtaaaagagtcttctacgcgtcgactacggcaaattcccaggctttaggaatgatcagaccgaagcagaggaaatgtgatatttcaagccatct
gi|10 : attttaggccaaaggcaagttcaaaccgttttgaccaaaggtatctgttatttaatctacacatggccctgacctgtaacctctaactgtagtgttcacagtttctaccccaggaaagaatgggggtacactggttaaagcttagaagagtcaacctgtgaaaatcaaatcaaattgcagaaaattcattcttctcaaaaactgcttcctgctgaagatttgcataggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGTCATACTG------CTAAA--G--A-ATTA-----TTATCATTGT--ATC--T---A----TTACTTT---C--TACA--CA-G--GT----A--TC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTG-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGGGGT--ATATACA-TGG-TA-A--GGTTT-----T-A-A-G--AT--CAATTA-A----TCTAA--TGAAA-------TA------ACTTGC-----ATTC-AT--TTC----A--AA-CC--------CT------gcaaattcccaggctttaggaatgatcagaccgaagcagaggaaatgtgatatttcaagccatct
gi|11 : cTCAAACCA------TTAAA--G--A-TTTG-----TT------GTTTCTC--T--TA----TT---TT---C--TACATACA-GTAGTT---A--CC-CG-T-A-CT-TCTAACT--A--T-----GT---CA--ATATTATTCTA-CCAC-------AGG-------GAGT---------------TACA-TGG-TT-A--GG-CT-----A-C-ATG--GC--C----A-A----C--GCAATG-AA-------TA------ACTTGT-----ATTC-AC--TTC----A--AA-CT--------CT------tt
gi|12 : AAGTGTCAAACCA------ATGAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T---G----TTA--TTTT-C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----AT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------AAATGG--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CTAGCTAG-A-A-G--TT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------TT------ACTTtt
gi|13 : caCA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CA-TTTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-AT-GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CT-------A-G-GTCGT--C----A-A----CCTAC--TGAAA-------TA------ACTTGC-----ATTC-GT--TTC----A--AA-C
gi|14 : -T-A-CC-TCAAACG--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCCCCAAAATGGG-------GGGT-T--GGG------T-TACA-TGG-TT-T--GG-CT-----TCA-A-G--TT--C----A-A----CTTGA--TGAAA-------TA------ACCTGT-----ATTC-AT--TTC----A--AA-
gi|15 : ----T--G---TA---AATG--TA-TTTTTTAAAA-AAACCAT--C-A-A----AT---------GTCTG--CGAG--AT-GT-TT-TT--G-AT--AAA-A-A-TCTTCGA--C---G-TCGGC
gi|16 : atacaAAGGTTAAAC-A------CTAAAA-G--A-TTTG-----TT------GT--ATC-----TG----TTA--TTTTCT--TACA--CA-G--G-----A--CA-TG-T-A-C---TTAACT--A--G-----TT-------AT----TTCTA-ACCC-------A-G-------GGAT-G--GGG-----CT-TACA-Tatcggatctatatagatgatcgg
gi|17 : ccCCTG--TGAG--AC-TT-TTCTT--G-GT--AAA-A-AGCCTTCGA--C---G-TCAGCTACGat
gi|18 : AAGGTTAAACCT------CCAAA--G--A-TTTG-----TC------GT--ATC--TGTTG----TT---TT---C--TACA--GA-A--AT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAATC--A--G-----GT---CA--TA----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----gcaaatgtagatgatcagaccaagcggagtgatatattcaacatctgatatat
gi|19 : ccCAAACCA------CTAAA--G--A----------------------ATC--TGATA----TT---TT---C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A--C-TCT-ACT--A--A-----GT---CA--A-----TTCTC-CCCC-------TTG-------GGAC-G--AGG-----G--TACA-TGg
gi|2 : gccaaggtcAATGTCAAACTT------CTAAA--G--A-TCTG-----T-------GT--ATC--T---G----TTA--TT---T--TCTA--CA-A--GT----AGACCATG-T-A-CCCTCTAGAT--A--GTAAGAAT---CAGAAT----TCCTA-CGCC-------ACG-------GGAT-G--GGGG----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-TT-----T-AGA-G--TT--C----A-A----CCTAC--CGAAATACATG-TA------ACTTGC-----ATTC-AT--TTC----AGCAA-TTAATTCCTCCT------A-TG--GCT-ATAGAAAT--GG----AATCT------A-AA--TCATAA------CTTGAATGCAATGATCGCTT-ATTACAGGTTAT--ATGTGATTAAGGATTGGTCTTAGCTTTTAGAACATAAATTACAAGTGTTA--TATT-GAATAGCAATTAT-----TATAGGAA-AA-CATT-------T-A-T-TCTGAC------CAGTGTGAAGGCATG-TAC----T--GAGTATGTATACTT-----------------TTTTTT----CTC----T--GCA-TTTA-AATA--TA-TT-----AAAGGAAT-GTG-CAA-A----AT---------TCCTGCTCGAG--AC-GCATT-TG--G-GT--AAATA-AGTTTTTGG--C---G--CGGCTt
gi|20 : ggcAAGGTCAAACCA------CTAAA--G--A-TCTG-----------------ATA--T--T----------TT---C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--A-----GT---CA--AT----TTCTC-CCCC-------TTG-------GGAC-G--cggcacagtacaatgtccgaattcagacagcagtggatatttagcatctat
gi|21 : c--GGG-----GT-TACA-TGG-TT-ATAGG-CT-----TCA-A-G--GT--C----A-G----CCTAA--TGAGA-------AG------TCTTGC-----ATTC--T--TTC----A--AA-CT--------TT------a
gi|22 : TGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTGTTTTATT------GT--ATT--T--TGAATATT---TT---C--TACA--CA-G--GT----A--tt
gi|23 : ccaaggTCAAACCA------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC-----TG----TTAT-TT---C--TACA--CA-G--GA----A--CC-TG-T-
gi|25 : aggaaTGTCAAACCG------CTCAA--G--A-TTTG-----TT------TT--ATC-----TG----TTATTTT---C--TACA--CA-G--GT----
gi|3 : ttgaggTCAAACCT------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T---G----TTA--TT---TCTTACA--GA-A--GT----A--CC-TG-T-A-C--TCTAACA--A--G-----AT---CC--AA----TTCTA-TCT--------ATGAATGAATGAAT-G--GGT-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-TTT----G-A-A-G--TT--C----ATA----CCTAC--CGAAA-------TACGTGCAACTTGC-----AT-C-AT--TTC----A--AA-CT--------CT--------TT--GCT-G---AGGTT-AGCTTTAATC-------ATAACTTGATGAATGATCTTT----------AGC-CTTGATTTTG----ATTGA----AGG---GATTTGCGTT-TTGTCTTTT-TACAAA-----AATACCAATT-TCATAAT----ATTTT-G---TTCAGGA-TAACCATTT---T-AT-A-T-TTTGAC------CA-C-TGGAGGCATG-TA-----CTAG------------TATTTAAC----------TTTTTTGTTCCCT----T--GT--TT---AATA--TA-TT-----ATA-ATGT-GT--T-A-ATGGGA------------CTG--TGAG---C-GA-TT-TT--G-GTAAAAA-A-AGTCCTTGG--C-----TCGGCTACG
gi|4 : aggtAAACCC------CTAAA--A--AATTTG-----TT------GT--ATCCTT--TT----TTT--TT---C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TG-TTA-CC-TCTAACTT-A--GT----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------AGAT-G--GGGGAGTTAC-TAC--TGAATT-A--GG-CTA----G-A-A-G--GTTCC----A-A----CCTGC--TGAA--------TA------ACTTGC-----ATTCTAT--TTC----A--AA-CT--------CTTTGCTTAGATTGGCT-A---AATTC----AT-AACGTTGAGCAATGA--TCTT---------TT----------ACC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GATTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAATCATTT---TTGT-ATT-TTTGGA------CC-T-TGGAGGCATG-TA-----T--G------------T-----------------TTGTTC----CTT----T--G---TTTCAAATA--T--TT-----AAA-AAAC-GT------A----AT---------TCCTG--TG-G--ACTGT-TT-TT--G-GT--AGA-A-AGTCTTCGA--CGATG-TGGGCTAgcacagggtagtataatcagaccaagcagagtgtatttcacatctgatt
gi|5 : AAATGTCAAACCA------ATGAA--G--A-TTTG-----TT------GC--ATC--T--TG----TTA--TT---C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GC---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GT-CC-----G-A-A-G--TT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------TT------ACTTGC-----ATTT-AT--TTC----A--AA-CT--------CT------AGAN--NNN-N---NNNNN-NNNNN-NNNNN------NNNN--NNNNNN------NNN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGGAATAACCACCA---TGG---------AGA------CA-TATATATACATG-TA-----T--G------------TG----------------TTTTTTA---CTT----C--G---TT---AAAA--TA-TT-----AAA-AAAC-GT--C-A-A----AT---------TCCT---TGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-G-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACGgcaaccgtagatggagtgatattcacaggacatctgagatacca
gi|6 : AACCA------CTAAAAAG--A-TTTG-----TT------GT--ATC--TGTTA----TTG--TT---C--TACA--CA-G--G-----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--AAAG-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCCC------AGG-------GAAT-G--GGGG----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CTA----G-A-A-G--GT--C----A-ATTAACCTGC--TGTAA-------TA-------TTTGC-----ATTC-AT--TTC----A--AA-CT--------CT--------TT--GCT-A---GATT--GGCAT-AATCT------ATAA--CCATAA------CTN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGCAATAACCATTTAAATTGT-A-T-TTT
gi|7 : aggaatcTCAAACCA------CTAAAAAG--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--GT----TTT--TT---C--TACA--CA-G--G-----A--CCATGGT-A-CC-TCTAACT--A--G-----TT---CA--AT----TTCTACCCCC-------AGG-------GAAT-GGTGGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CTAG---A-A-A-G--GT--CATTAA-A----C--GC--TGTAA-------TA--------TTTC-----ATTC-AT--TTC----A--AATCT--------CT--------TT--GCT-A---GAGTCTGGCAT-AATCT------ATAA--CCATAA------C-T----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGCAATAACCATTTAAATTGT-A-T-TTT
gi|8 : aggaaAAATGTCAAACCA------ATGAA--G--A-TTTG-----TT------GC--ATC--T---G----TTA--TTTT-C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GC---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGATGG--GGG-----AT-TACA-TG------------------------------------A-A----CCTGC--TG-AA-------TT------ACTTGC-----ATTT-AT--TTC----A--AA-CT--------CT------AGA----NN-N---NNNNN-NNNNN-NNNNN------NNNN--NNNNNN------NNN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGGAATAACC
gi|9 : -TAATT---ATATTTGAATTACCAGAATAACTAGTT---TTATCA-TATTTGAATCC---CA-TG-GGCGGTATGCTAAACATT--G------------TCACTGAAAGTTATAGAATTTTTT----CTTAACTT--GATCTT---AATA--TAATT-----TAA-AAAT-GT--C-A-A----AT---------GCCTG--CGAG--AC-G--AT-TT--G-GTAAAAA-A-AGTCTCTTG--C---GATCGTCTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AGGTGTGTAAAGCCGCTAGATGATTTGTGCTTTATTGCTTTATTTTTCTACACA
Unaligned ( gi|26 ): TTCTGGACAAATTGATTTTAGGTCACATGGACAAAGGCAAGGTCAAACCGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 22222222222 111 111 11111 1111111 1111111 11111111 3333333 1111 1111111 11111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11111 1111111 1111 1111 3333333 1111 444444444444444444444444444444444444444 33333333333333333333333 11111 33333333333333333333333 11 11111
lowQualScore : 0 0000000 88 33 2 55555 666666 33 55555555555 555 000 33 22 2 22 77777 33 4 2 2 2 2 55 33 00000 444 33 5555 2 0000000 1111111 5555 66666666 2 2 2 33 2 4444444 2 2 888 33 2222 2 6666 33 1 7777777 888888 77777 3 44 6666 44 3 66666666 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 33 0 4444 77777 0000000 5555 1 777 2 7777 3 5 5 5 2222222 2222 6 000000000000000000000000000000000000000 22222222222222222222222 77 77 44444 5 5 55555555555555555555555 66 66 5 77 5 66 5 33 5 5 66 00000
lowQualScore : . ....... .. .. . ..... ...... .. ........... ... ... .. .. . .. ..... .. . . . . . .. .. ..... ... .. .... . ....... ....... .... ........ . . . .. . ....... . . ... .. .... . .... .. . ....... ...... ..... . .. .... .. . ........ ........................................................................................................... . .. . .... ..... ....... .... . ... . .... . . . . ....... .... . ....................................... ....................... .. .. ..... . . ....................... .. .. . .. . .. . .. . . .. .....
lowQualScore : 6 8888888 33 11 2 66666 444444 11 22222222222 333 000 11 99 1 99 55555 11 7 2 2 4 4 66 22 66666 111 22 0000 4 0000000 8888888 3333 66666666 5 9 9 99 9 1111111 9 9 666 99 1111 9 1111 99 7 5555555 222222 77777 1 22 5555 22 1 88888888 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 99 1 4444 44444 6666666 6666 9 888 0 9999 1 0 0 0 3333333 7777 7 333333333333333333333333333333333333333 99999999999999999999999 99 44 33333 7 7 11111111111111111111111 99 99 0 22 0 99 0 88 0 0 99 00000
consensus : AAATGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--TG----TTA--TT---C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CT-----G-A-A-G--GT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------TA------ACTTGC-----ATTC-AT--TTC----A--AA-CT--------CT------AGNT--GCT-A---AANTC-GGCAT-AATCT------ATAA--TCATAA------CTT----------ANC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GATTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAACCATTT---TTGT-A-T-TTTGGA------CA-TGTGGAGGCATG-TA-----T--G------------T-----------------TTTTTT----CTT----T--G---TT---AATA--TA-TT-----AAA-AAAC-GT--C-A-A----AT---------TCCTG--CGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-A-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
Reference ( family-619 ) : AAATGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--TG----TTA--TT---C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CT-----G-A-A-G--GT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------TA------ACTTGC-----ATTC-AT--TTC----A--AA-CT--------CT------AGNT--GCT-A---AANTC-GGCAT-AATCT------ATAA--TCATAA------CTT----------ANC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GATTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAACCATTT---TTGT-A-T-TTTGGA------CA-TGTGGAGGCATG-TA-----T--G------------T-----------------TTTTTT----CTT----T--G---TT---AATA--TA-TT-----AAA-AAAC-GT--C-A-A----AT---------TCCTG--CGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-A-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
gi|1 : TCAAACCGTTTTGACCAAA--GGTA-TCTG-----TT------AT----------------TTA--AT---C--TACA--CATG--GCCCTGA--CC-TG-T-AACC-TCTAACTGTA--GT----GTTCACA--GT----TTCTA-CCCC-------AGGAAA----GAAT-G--GGG-----G--TACACTGG-TTAA--AG-CTTA---G-A-A-GA-GT--C----A-A----CCTG---TGAAAATCAAATCA------AATTGCAGAAAATTC-ATTCTTCTCAAA--AA-CTG-------CT------TCCT--GCTGA---AGATT-TGCAT-A
gi|1 : attttaggccaaaggcaagtTTTG---TACAGGAATAACCA-TT---TTGT-A-T-TTTGGGCGAAACCA-TGGGGAGTCAAG-AA-----T--GAAATAGAA----T-----------------TCTTTT----TTT----TAAG---TC---AAAAATTT-TT-----CAT-ATAC-GTTCC-ATA----ATATGCCCCCCTTCTG--TGAGTAGC-GT-TT-TTTCGTGT--AAA-AGAGTCTTCTACGC---G-TCGACTACGggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtacaggaataaccattttgtattttgggcgaaaccatggggagtcaagaatgaaatagaattcttttttttaagtcaaaaatttttcatatacgttccataatatgccccccttctgtgagtagcgttttttcgtgtaaaagagtcttctacgcgtcgactacggcaaattcccaggctttaggaatgatcagaccgaagcagaggaaatgtgatatttcaagccatct
gi|10 : attttaggccaaaggcaagttcaaaccgttttgaccaaaggtatctgttatttaatctacacatggccctgacctgtaacctctaactgtagtgttcacagtttctaccccaggaaagaatgggggtacactggttaaagcttagaagagtcaacctgtgaaaatcaaatcaaattgcagaaaattcattcttctcaaaaactgcttcctgctgaagatttgcataggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGTCATACTG------CTAAA--G--A-ATTA-----TTATCATTGT--ATC--T---A----TTACTTT---C--TACA--CA-G--GT----A--TC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTG-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGGGGT--ATATACA-TGG-TA-A--GGTTT-----T-A-A-G--AT--CAATTA-A----TCTAA--TGAAA-------TA------ACTTGC-----ATTC-AT--TTC----A--AA-CC--------CT------gcaaattcccaggctttaggaatgatcagaccgaagcagaggaaatgtgatatttcaagccatct
gi|11 : cTCAAACCA------TTAAA--G--A-TTTG-----TT------GTTTCTC--T--TA----TT---TT---C--TACATACA-GTAGTT---A--CC-CG-T-A-CT-TCTAACT--A--T-----GT---CA--ATATTATTCTA-CCAC-------AGG-------GAGT---------------TACA-TGG-TT-A--GG-CT-----A-C-ATG--GC--C----A-A----C--GCAATG-AA-------TA------ACTTGT-----ATTC-AC--TTC----A--AA-CT--------CT------tt
gi|12 : AAGTGTCAAACCA------ATGAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T---G----TTA--TTTT-C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----AT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------AAATGG--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CTAGCTAG-A-A-G--TT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------TT------ACTTtt
gi|13 : caCA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CA-TTTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-AT-GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CT-------A-G-GTCGT--C----A-A----CCTAC--TGAAA-------TA------ACTTGC-----ATTC-GT--TTC----A--AA-C
gi|14 : -T-A-CC-TCAAACG--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCCCCAAAATGGG-------GGGT-T--GGG------T-TACA-TGG-TT-T--GG-CT-----TCA-A-G--TT--C----A-A----CTTGA--TGAAA-------TA------ACCTGT-----ATTC-AT--TTC----A--AA-
gi|15 : ----T--G---TA---AATG--TA-TTTTTTAAAA-AAACCAT--C-A-A----AT---------GTCTG--CGAG--AT-GT-TT-TT--G-AT--AAA-A-A-TCTTCGA--C---G-TCGGC
gi|16 : atacaAAGGTTAAAC-A------CTAAAA-G--A-TTTG-----TT------GT--ATC-----TG----TTA--TTTTCT--TACA--CA-G--G-----A--CA-TG-T-A-C---TTAACT--A--G-----TT-------AT----TTCTA-ACCC-------A-G-------GGAT-G--GGG-----CT-TACA-Tatcggatctatatagatgatcgg
gi|17 : ccCCTG--TGAG--AC-TT-TTCTT--G-GT--AAA-A-AGCCTTCGA--C---G-TCAGCTACGat
gi|18 : AAGGTTAAACCT------CCAAA--G--A-TTTG-----TC------GT--ATC--TGTTG----TT---TT---C--TACA--GA-A--AT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAATC--A--G-----GT---CA--TA----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----gcaaatgtagatgatcagaccaagcggagtgatatattcaacatctgatatat
gi|19 : ccCAAACCA------CTAAA--G--A----------------------ATC--TGATA----TT---TT---C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A--C-TCT-ACT--A--A-----GT---CA--A-----TTCTC-CCCC-------TTG-------GGAC-G--AGG-----G--TACA-TGg
gi|2 : gccaaggtcAATGTCAAACTT------CTAAA--G--A-TCTG-----T-------GT--ATC--T---G----TTA--TT---T--TCTA--CA-A--GT----AGACCATG-T-A-CCCTCTAGAT--A--GTAAGAAT---CAGAAT----TCCTA-CGCC-------ACG-------GGAT-G--GGGG----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-TT-----T-AGA-G--TT--C----A-A----CCTAC--CGAAATACATG-TA------ACTTGC-----ATTC-AT--TTC----AGCAA-TTAATTCCTCCT------A-TG--GCT-ATAGAAAT--GG----AATCT------A-AA--TCATAA------CTTGAATGCAATGATCGCTT-ATTACAGGTTAT--ATGTGATTAAGGATTGGTCTTAGCTTTTAGAACATAAATTACAAGTGTTA--TATT-GAATAGCAATTAT-----TATAGGAA-AA-CATT-------T-A-T-TCTGAC------CAGTGTGAAGGCATG-TAC----T--GAGTATGTATACTT-----------------TTTTTT----CTC----T--GCA-TTTA-AATA--TA-TT-----AAAGGAAT-GTG-CAA-A----AT---------TCCTGCTCGAG--AC-GCATT-TG--G-GT--AAATA-AGTTTTTGG--C---G--CGGCTt
gi|20 : ggcAAGGTCAAACCA------CTAAA--G--A-TCTG-----------------ATA--T--T----------TT---C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--A-----GT---CA--AT----TTCTC-CCCC-------TTG-------GGAC-G--cggcacagtacaatgtccgaattcagacagcagtggatatttagcatctat
gi|21 : c--GGG-----GT-TACA-TGG-TT-ATAGG-CT-----TCA-A-G--GT--C----A-G----CCTAA--TGAGA-------AG------TCTTGC-----ATTC--T--TTC----A--AA-CT--------TT------a
gi|22 : TGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTGTTTTATT------GT--ATT--T--TGAATATT---TT---C--TACA--CA-G--GT----A--tt
gi|23 : ccaaggTCAAACCA------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC-----TG----TTAT-TT---C--TACA--CA-G--GA----A--CC-TG-T-
gi|25 : aggaaTGTCAAACCG------CTCAA--G--A-TTTG-----TT------TT--ATC-----TG----TTATTTT---C--TACA--CA-G--GT----
gi|3 : ttgaggTCAAACCT------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T---G----TTA--TT---TCTTACA--GA-A--GT----A--CC-TG-T-A-C--TCTAACA--A--G-----AT---CC--AA----TTCTA-TCT--------ATGAATGAATGAAT-G--GGT-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-TTT----G-A-A-G--TT--C----ATA----CCTAC--CGAAA-------TACGTGCAACTTGC-----AT-C-AT--TTC----A--AA-CT--------CT--------TT--GCT-G---AGGTT-AGCTTTAATC-------ATAACTTGATGAATGATCTTT----------AGC-CTTGATTTTG----ATTGA----AGG---GATTTGCGTT-TTGTCTTTT-TACAAA-----AATACCAATT-TCATAAT----ATTTT-G---TTCAGGA-TAACCATTT---T-AT-A-T-TTTGAC------CA-C-TGGAGGCATG-TA-----CTAG------------TATTTAAC----------TTTTTTGTTCCCT----T--GT--TT---AATA--TA-TT-----ATA-ATGT-GT--T-A-ATGGGA------------CTG--TGAG---C-GA-TT-TT--G-GTAAAAA-A-AGTCCTTGG--C-----TCGGCTACG
gi|4 : aggtAAACCC------CTAAA--A--AATTTG-----TT------GT--ATCCTT--TT----TTT--TT---C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TG-TTA-CC-TCTAACTT-A--GT----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------AGAT-G--GGGGAGTTAC-TAC--TGAATT-A--GG-CTA----G-A-A-G--GTTCC----A-A----CCTGC--TGAA--------TA------ACTTGC-----ATTCTAT--TTC----A--AA-CT--------CTTTGCTTAGATTGGCT-A---AATTC----AT-AACGTTGAGCAATGA--TCTT---------TT----------ACC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GATTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAATCATTT---TTGT-ATT-TTTGGA------CC-T-TGGAGGCATG-TA-----T--G------------T-----------------TTGTTC----CTT----T--G---TTTCAAATA--T--TT-----AAA-AAAC-GT------A----AT---------TCCTG--TG-G--ACTGT-TT-TT--G-GT--AGA-A-AGTCTTCGA--CGATG-TGGGCTAgcacagggtagtataatcagaccaagcagagtgtatttcacatctgatt
gi|5 : AAATGTCAAACCA------ATGAA--G--A-TTTG-----TT------GC--ATC--T--TG----TTA--TT---C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GC---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GT-CC-----G-A-A-G--TT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------TT------ACTTGC-----ATTT-AT--TTC----A--AA-CT--------CT------AGAN--NNN-N---NNNNN-NNNNN-NNNNN------NNNN--NNNNNN------NNN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGGAATAACCACCA---TGG---------AGA------CA-TATATATACATG-TA-----T--G------------TG----------------TTTTTTA---CTT----C--G---TT---AAAA--TA-TT-----AAA-AAAC-GT--C-A-A----AT---------TCCT---TGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-G-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACGgcaaccgtagatggagtgatattcacaggacatctgagatacca
gi|6 : AACCA------CTAAAAAG--A-TTTG-----TT------GT--ATC--TGTTA----TTG--TT---C--TACA--CA-G--G-----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--AAAG-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCCC------AGG-------GAAT-G--GGGG----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CTA----G-A-A-G--GT--C----A-ATTAACCTGC--TGTAA-------TA-------TTTGC-----ATTC-AT--TTC----A--AA-CT--------CT--------TT--GCT-A---GATT--GGCAT-AATCT------ATAA--CCATAA------CTN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGCAATAACCATTTAAATTGT-A-T-TTT
gi|7 : aggaatcTCAAACCA------CTAAAAAG--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--GT----TTT--TT---C--TACA--CA-G--G-----A--CCATGGT-A-CC-TCTAACT--A--G-----TT---CA--AT----TTCTACCCCC-------AGG-------GAAT-GGTGGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CTAG---A-A-A-G--GT--CATTAA-A----C--GC--TGTAA-------TA--------TTTC-----ATTC-AT--TTC----A--AATCT--------CT--------TT--GCT-A---GAGTCTGGCAT-AATCT------ATAA--CCATAA------C-T----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGCAATAACCATTTAAATTGT-A-T-TTT
gi|8 : aggaaAAATGTCAAACCA------ATGAA--G--A-TTTG-----TT------GC--ATC--T---G----TTA--TTTT-C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GC---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGATGG--GGG-----AT-TACA-TG------------------------------------A-A----CCTGC--TG-AA-------TT------ACTTGC-----ATTT-AT--TTC----A--AA-CT--------CT------AGA----NN-N---NNNNN-NNNNN-NNNNN------NNNN--NNNNNN------NNN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGGAATAACC
gi|9 : -TAATT---ATATTTGAATTACCAGAATAACTAGTT---TTATCA-TATTTGAATCC---CA-TG-GGCGGTATGCTAAACATT--G------------TCACTGAAAGTTATAGAATTTTTT----CTTAACTT--GATCTT---AATA--TAATT-----TAA-AAAT-GT--C-A-A----AT---------GCCTG--CGAG--AC-G--AT-TT--G-GTAAAAA-A-AGTCTCTTG--C---GATCGTCTA
blockSeqs : G AA . A TTTTA ATCATT TT TTGAATA ACT TTC CT TA . TA TT GA A G T . C T AA TAAGA . GA ATTA C CCAAAAT AATGAAT GGT GAGTTAC . A . TA T AGCTAG G T TCG TC AATT T TTAA AA A TACATG CGTGCA . T . . GC T AATTCCTC TTGCTGAGGTTAGCTTTAATCATAACTTGATGAATGATCTTTAGCCTTGATTTTGATTGAAGG C AT TGTA CAA ATTTCA T T AAT T TAAA T C T A ATCC GTGT C AACATTGTCACTGAAAGTTATAGAA CTTAACTTGATCTT . AA TTTTA G C GCAAAATT CT . T CA C . . AA T . . GATG
blockSeqs : A AA . . . . . TGTTG ATT TT . . . . T . A . . . . . . T . . . . C . GG GGTATA . . . . . AGA . . A . ATTA . . . A . . . . . . . . . TTGCTTAGATTGGCTAAATTCATAACGTTGAGCAATGATCTTTTACCCTTATTTCGATAATT . NN NNNN NNN TTC . T . T TAAA G . . . C TAT . CTGAGTATGTATACTT GTTCCCTTGTTT . A . . . TAATGGGA . . . T . . . AA . . . GA
blockSeqs : A A . . . . . TGATA AT TT . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . AT GAT . . . . . TC . . G . . . . . A . . . . . . . . . AGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . NN NNNN NNN NNN . T . T T T . . . C CT . CTAGTATTTAAC CTCTGCATTTA . A . . . CAAATG . . . T . . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . . CTTTT A . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . GG GAT . . . . . TC . . T . . . . . A . . . . . . . . . TTGCTAGAGTCTGGCATAATCTATAACCATAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNN . NN NNNN NNN NNN . T . C T T . . . A TT . TGTG CTTTGTTTCA . A . . . CAAATT . . . A . . . . . . . G
blockSeqs : T . . . . . . TGTTA A . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G AT . . . . . TG . . T . . . . . A . . . . . . . . . AGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . NN NNNN NNN NNN . T . T A T . . . A TG . TGT ACTTCGTT . A . . . CAAATG . . . T . . . . . . . G
blockSeqs : A . . . . . . TTA A . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . T AT . . . . . AG . . T . . . . . A . . . . . . . . . TTGCTAGATTGGCATAATCTATAACCATAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T TTT . NNN . T . T T . . . . . . . . . AATT . . . T . . . . . . . G
blockSeqs : T . . . . . . TTG A . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G CT . . . . . AG . . G . . . . . A . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . TGT T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G GT . . . . . T . . T . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . TA A . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G AT . . . . . A . . G . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . TG G . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . G AT . . . . . T . . T . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . TG T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G AT . . . . . G . . G . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . TG A . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G AT . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . TT . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . TG . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G G .
blockSeqs : A . . . . . . TG . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : A . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : A****** ** TG********* T**** ** ***** *** ******* AT****** TG***** N** ******* ***** ** **** ******** CAA** TTC**** **** N****** TT** CTAGGTGTAA***************************** GCTTCGCTTA************* ** CAAATN***************** ** ** **
originalCons : AAATGTCAAACCG------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATC--T--TG----TTA--TT---C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GG-CT-----G-A-A-G--GT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------TA------ACTTGC-----ATTC-AT--TTC----A--AA-CT--------CT------AGNT--GCT-A---AANTC-GGCAT-AATCT------ATAA--TCATAA------CTT----------ANC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GATTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAACCATTT---TTGT-A-T-TTTGGA------CA-TGTGGAGGCATG-TA-----T--G------------T-----------------TTTTTT----CTT----T--G---TT---AATA--TA-TT-----AAA-AAAC-GT--C-A-A----AT---------TCCTG--CGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-A-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
finalCons : AAATGTCAAACCA------CTAAA--G--A-TTTG-----TT------GT--ATCTG---------TTA--TT---C--TACA--CA-G--GT----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGGAT------TACA-TGG-TT-A--GG-CTTG-----A-A-GN--T--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------TA------ACTTGC-----ATTC-AT--TTC----A--AA-CT--------CT------AGNT--GCT-A---AANTC-GGCAT-AATCT------ATAA--TCATAA------CTT----------ANC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GATTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAACAA--AATATTATTC----TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAACCATTT---TTGT-A-T-TTTGGN------CATT--GGAGGCATG-TACTAGGTGTAA-----------------------------TTTTTTGCTTCGCTTA-------------AATA--TA-TT-----AAA-AAAC-GTCAAATN-----------------CCTG--CGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-A-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AGGTGTGTAAAGCCGCTAGATGATTTGTGCTTTATTGCTTTATTTTTCTACACA
Unaligned ( gi|26 ): TTCTGGACAAATTGATTTTAGGTCACATGGACAAAGGCAAGGTCAAACCGTTT
Alignments
lowQualScore : 11 3333 11111 1111111 1111111 11111 1111111 1111 11111111111111 11111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1111111 1111 222222 4444444444444444 9999999999999999999999999999999999 11 111111111111111111 11111 22222222222222222222 11 11111
lowQualScore : 0 666666 88 2 666666 333 2 88888888 44 0000 22 2 22 777777 33 4 2 2 2 2 55 33 00000 444 33 5555 2 0000000 1 1111111 4 55 44444 2 2 2 2 33 6666666 44 33 2222 2 6666 33 1 99999999999999 77777 3 44 6666 44 3 66666666 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 33 0 4444 444444 0000000 5555 2 777 444444 0 5 5 5 0000000000000000 6666666666666666666666666666666666 6 44 777777777777777777 1 5 77 44444 5 5 77777777777777777777 66 66 5 77 5 66 5 33 5 5 66 00000
lowQualScore : . ...... .. . ...... ... . ........ .. .... .. . .. ...... .. . . . . . .. .. ..... ... .. .... . ....... . ....... . .. ..... . . . . .. ....... .. .. .... . .... .. . .............. ..... . .. .... .. . ........ ........................................................................................................... . . .. . .... ...... ....... .... . ... ...... . . . . ................ .................................. . .. .................. . . .. ..... . . .................... .. .. . .. . .. . .. . . .. .....
lowQualScore : 6 444444 33 2 444444 999 2 11111111 44 0000 99 1 99 555555 11 7 2 2 4 4 66 22 66666 111 22 0000 4 0000000 8 8888888 7 33 77777 5 5 9 9 99 7777777 99 99 1111 9 1111 99 7 66666666666666 77777 1 22 5555 22 1 88888888 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 99 1 4444 111111 6666666 6666 1 888 000000 2 0 0 0 7777777777777777 5555555555555555555555555555555555 7 55 999999999999999999 7 7 44 33333 7 7 00000000000000000000 99 99 0 22 0 99 0 88 0 0 99 00000
consensus : AAATGTCAAACC------ACTAAA--GA-TTTGTT------GTATC---T-GT--------TA--TTT---CTAC--ACA-G--G-T----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GGCT---N-G-AAG-GT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------T------AACTTGC-----ATTC-AT--TTC----A--AA-CT--------CT------AGNT--GCT-A---AANTC-GGC-ATAATCT------ATAA--TCATAA------CTT----------ANC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GA-TTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAACCATTT---TTGT-A-T-TTTGA------C---CA-T-TGGAGGCATGT-----------AC-T---AG-A--TGTA---A--TT-TTTTNCTTCGC--TT-A---A-----ATA-TA-TT-----AAA-AAAC-GT--C-A-A-AT---------TCCTG--CGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-A-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
Reference ( family-619 ) : AAATGTCAAACC------ACTAAA--GA-TTTGTT------GTATC---T-GT--------TA--TT----CTAC--ACA-G--G-T----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GGCT---T-G-AAG-NT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------T------AACTTGC-----ATTC-AT--TTC----A--AA-CT--------CT------AGNT--GCT-A---AANTC-GGC-ATAATCT------ATAA--TCATAA------CTT----------ANC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GA-TTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAACCATTT---TTGT-A-T-TTTGG------N---CA-T-TGGAGGCATGT-----------AC-T---AG-G--TGTA---A--TT-TTTTGCTTCGC--TT-A---A-----ATA-TA-TT-----AAA-AAAC-GT--C-A-A-AT---------NCCTG--CGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-A-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACG
gi|1 : TCAAACCGTTTTGACCAAA--G--------------GTATC---T-GT--------TA--TTTAATCTAC--ACATG--G-CCCTGA--CC-TG-T-AACC-TCTAACTGTA--GT----GTTCACA--GT----TTCTA-CCCC-------AGGAAA----GAAT-G--GGG-----G--TACACTGG-TTAA--AGCT---TAG-AAGAGT--C----A-A----CCTG---TGAAAATCAAATC------AAATTGCAGAAAATTC-ATTCTTCTCAAA--AA-CTG-------CT------TCCT--GCTGA---AGATT-TGC-ATA
gi|1 : attttaggccaaaggcaagtTTTG---TACAGGAATAACCA-TT---TTGT-A-T-TTTGGGCGAAAC---CA-TGGGGAGTCAAGA-----------AT-G---AA-A--TAGA---A--TTCTTTTTTTTAAG--TC-A---A-----AAATTT-TT-----CAT-ATAC-GTTCC-ATA-ATATGCCCCCCTTCTG--TGAGTAGC-GT-TT-TTTCGTGT--AAA-AGAGTCTTCTACGC---G-TCGACTACGggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtacaggaataaccattttgtattttgggcgaaaccatggggagtcaagaatgaaatagaattcttttttttaagtcaaaaatttttcatatacgttccataatatgccccccttctgtgagtagcgttttttcgtgtaaaagagtcttctacgcgtcgactacggcaaattcccaggctttaggaatgatcagaccgaagcagaggaaatgtgatatttcaagccatct
gi|10 : attttaggccaaaggcaagttcaaaccgttttgaccaaaggtatctgttatttaatctacacatggccctgacctgtaacctctaactgtagtgttcacagtttctaccccaggaaagaatgggggtacactggttaaagcttagaagagtcaacctgtgaaaatcaaatcaaattgcagaaaattcattcttctcaaaaactgcttcctgctgaagatttgcataggccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGGTCATACT------GCTAAA--GA-ATTATTATCATTGTATC---T-AT--------TACTTT----CTAC--ACA-G--G-T----A--TC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTG-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGGGGT--ATATACA-TGG-TA-A--GGTT---T-T-AAG-AT--CAATTA-A----TCTAA--TGAAA-------T------AACTTGC-----ATTC-AT--TTC----A--AA-CC--------CT------gcaaattcccaggctttaggaatgatcagaccgaagcagaggaaatgtgatatttcaagccatct
gi|11 : cTCAAACC------ATTAAA--GA-TTTGTT------GTTTC---T-CT--------TATTTT----CTACATACA-GTAGTT----A--CC-CG-T-A-CT-TCTAACT--A--T-----GT---CA--ATATTATTCTA-CCAC-------A--------------G--GGA-----GT-TACA-TGG-TT-A--GGCT---A-C-ATG-GC--C----A-A----C--GCAATG-AA-------T------AACTTGT-----ATTC-AC--TTC----A--AA-CT--------CT------tt
gi|12 : AAGTGTCAAACC------AATGAA--GA-TTTGTT------GTATC---T-GT--------TA--TTTT--CTAC--ACA-G--G-T----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----AT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------AAATGG--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GGCTAGCTAG-AAG-TT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------T------TACTTtt
gi|13 : caC--ACA-G--G-T----A--CC-TG-T-A-CA-TTTAACT--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-AT-GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GGCT---A-G-GTC-GT--C----A-A----CCTAC--TGAAA-------T------AACTTGC-----ATTC-GT--TTC----A--AA-C
gi|14 : -T-A-CC-TCAAACG--A--G-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCCCCAAAATGGG-------GGGT-T--GGG------T-TACA-TGG-TT-T--GGCT---T-C-AAG-TT--C----A-A----CTTGA--TGAAA-------T------AACCTGT-----ATTC-AT--TTC----A--AA-
gi|15 : T-A---A-----ATG-TA-TTTTTTAAAA-AAACCAT--C-A-A-AT---------GTCTG--CGAG--AT-GT-TT-TT--G-AT--AAA-A-A-TCTTCGA--C---G-TCGGC
gi|16 : atacatgAAGGTTAAAC-------ACTAAAA-GA-TTTGTT------GTATC---T-GT--------TA--TTTTC-TTAC--ACA-G--G------A--CA-TG-T-A-C---TTAACT--A--G-----TT-------AT----TTCTA-ACCC-------A-G-------GGAT-G--GGG-----CT-TACA-Tatcggatctatatagatgatcgg
gi|17 : ccCCTG--TGAG--AC-TT-TTCTT--G-GT--AAA-A-AGCCTTCGA--C---G-TCAGCTACGat
gi|18 : AAGGTTAAACC------TCCAAA--GA-TTTGTC------GTATC---T-GT--------TG--TTTT--CTAC--AGA-A--A-T----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAATC--A--G-----GT---CA--TA----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----gcaaatgtagatgatcagaccaagcggagtgatatattcaacatctgatatat
gi|19 : ccCAAACC------ACTAAA--GA---------------ATC---T-GA--------TA--TTTT--CTAC--ACA-G--G-T----A--CC-TG-T-A--C-TCT-ACT--A--A-----GT---CA--A-----TTCTC-CCCC-------TTG-------GGAC-G--AGG-----G--TACA-TGg
gi|2 : gccaaggtcAATGTCAAACT------TCTAAA--GA-TCTGT-------GTATC---T-GT--------TA--TT----TTCT--ACA-A--G-T----AGACCATG-T-A-CCCTCTAGAT--A--GTAAGAAT---CAGAAT----TCCTA-CGCC-------ACG-------GGAT-G--GGGG----AT-TACA-TGG-TT-A--GGTT---T-A-GAG-TT--C----A-A----CCTAC--CGAAATACATG-T------AACTTGC-----ATTC-AT--TTC----AGCAA-TTAATTCCTCCT------A-TG--GCT-ATAGAAAT--GG----AATCT------A-AA--TCATAA------CTTGAATGCAATGATCGCTT-ATTACAGGTTAT--ATGTGATTAAGGA-TTGGTCTTAGCTTTTAGAACATAAATTACAAGTGTTA--TATT-GAATAGCAATTAT-----TATAGGAA-AA-CATT-------T-A-T-TCTGA------C---CAGTGTGAAGGCATGT-----------AC-T---GA-GTATGTAT--ACTTT-TTTTTCTCTGCATTT-A---A-----ATA-TA-TT-----AAAGGAAT-GTG-CAA-A-AT---------TCCTGCTCGAG--AC-GCATT-TG--G-GT--AAATA-AGTTTTTGG--C---G--CGGCTt
gi|20 : ggcAAGGTCAAACC------ACTAAA--GA-TCTG--------ATATT---T----------------T----CTAC--ACA-G--G-T----A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--A--A-----GT---CA--AT----TTCTC-CCCC-------TTG-------GGAC-G--cggcacagtacaatgtccgaattcagacagcagtggatatttagcatctat
gi|21 : c--GGG-----GT-TACA-TGG-TT-ATAGGCT---T-C-AAG-GT--C----A-G----CCTAA--TGAGA-------A------GTCTTGC-----ATTC--T--TTC----A--AA-CT--------TT------a
gi|22 : TGTCAAACC------GCTAAA--GA-TTTGTT------TTAT----T-GTATTTTGAATATTTT----CTAC--ACA-G--G-T----A--tt
gi|23 : ccaaggTCAAACC------ACTAAA--GA-TTTGTT------GTATC---T-GT--------TAT-TT----CTAC--ACA-G--G-A----A--CC-TG-T-
gi|25 : aggaaTGTCAAACC------GCTCAA--GA-TTTGTT------TTATC---T-GT--------TATTTT----CTAC--ACA-G--G-T----
gi|3 : ttgaggTCAAACC------TCTAAA--GA-TTTGTT------GTATC---T-GT--------TA--TTTC--TTAC--AGA-A--G-T----A--CC-TG-T-A--C-TCTAACA--A--G-----AT---CC--AA----TTCTA--TCT-------ATGAATGAATGAAT-G--GGT-----AT-TACA-TGG-TT-A--GGTT---T-G-AAG-TT--C----ATA----CCTAC--CGAAA-------TACGTGCAACTTGC-----A-TC-AT--TTC----A--AA-CT--------CT--------TT--GCT-G---AGGTT-AGCTTTAATC-------ATAACTTGATGAATGATCTTT----------AGC-CTTGATTTTG----ATTGA----AGG---GATTTGC-GTT-TTGTCTTTT-TACA----A-AAATACCAATT-TCATAAT----A-TTTTG---TTCAGG-ATAACCA-TT---TTAT-A-T-TTTGA------C---CA-C-TGGAGGCATGT-----------AC-T---AGTA--TTTA---AC-TT-TTTTG-TTCCC--TT-GTTTA-----ATA-TA-TT-----ATA-ATGT-GT--T-A-ATGG---------GACTG--TGAG---C-GA-TT-TT--G-GTAAAAA-A-AGTCCTTGG--C-----TCGGCTACG
gi|4 : aggtAAACC------CCTAAA--AAATTTGTT------GTATCCTTT-TT--------TT--TT----CTAC--ACA-G--G-T----A--CC-TG-TTA-CC-TCTAACTT-A--GT----GT---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------AGAT-G--GGGGAGTTAC-TAC--TGAATT-A--GGCT---A-G-AAG-GTTCC----A-A----CCTGC--TGAA--------T------AACTTGC-----ATTCTAT--TTC----A--AA-CT--------CTTTGCTTAGATTGGCT-A---AATTC-----ATAACGTTGAGCAATGA--TCTT---------TT----------ACC-CTT-ATTTCG----AT--A----ATT---GA-TTGG-GTTATTTTCTTGTATATAAA-CA-AAATATTA--T-TC-TAAT----ATTTTTG---TACAGGAATAATCATTT---TTGT-ATT-TTTGG------A---CC-T-TGGAGGCATGT-----------A------------TG--------TT-TGTTCCTTTGT--TTCA---A-----ATA-T--TT-----AAA-AAAC-GT------A-AT---------TCCTG--TG-G--ACTGT-TT-TT--G-GT--AGA-A-AGTCTTCGA--CGATG-TGGGCTAgcacagggtagtataatcagaccaagcagagtgtatttcacatctgatt
gi|5 : AAATGTCAAACC------AATGAA--GA-TTTGTT------GCATC---TTGT--------TA--TT----CTAC--ACA-G--G-T----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GC---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGAT-G--GGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GTC----C-G-AAG-TT--C----A-A----CCTGC--TGAAA-------T------TACTTGC-----ATTT-AT--TTC----A--AA-CT--------CT------AGAN--NNN-N---NNNNN-NNN-NNNNNNN------NNNN--NNNNNN------NNN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGGAATAACCA--------------------------C---CA---TGGAGACATAT-----------ATAT---AC-A--TGTATGTG--TT-TTTTACTTCG---TT-A---A-----A-A-TA-TT-----AAA-AAAC-GT--C-A-A-AT---------TCCT---TGAG--AC-GT-TT-TT--G-GT--AAA-G-AGTCTTCGA--C---G-TCGGCTACGgcaaccgtagatggagtgatattcacaggacatctgagatacca
gi|6 : AACC------ACTAAAAAGA-TTTGTT------GTATC---T-GT--------TA--TTGTT-CTAC--ACA-G--G------A--CC-TG-T-A-CC-TCTAACT--AAAG-----GT---CA--AT----TTCTA-CCCCC------AGG-------GAAT-G--GGGG----AT-TACA-TGG-TT-A--GGCT---A-G-AAG-GT--C----A-ATTAACCTGC--TGTAA-------T------A-TTTGC-----ATTC-AT--TTC----A--AA-CT--------CT--------TT--GCT-A---GATT--GGC-ATAATCT------ATAA--CCATAA------CTN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGCAATAACCATTTAAATTGT-A-T-TTT
gi|7 : aggaatcTCAAACC------ACTAAAAAGA-TTTGTT------GTATC---T-GT--------TT--TTT---CTAC--ACA-G--G------A--CCATGGT-A-CC-TCTAACT--A--G-----TT---CA--AT----TTCTACCCCC-------AGG-------GAAT-GGTGGG-----AT-TACA-TGG-TT-A--GGCT---A-GAAAG-GT--CATTAA-A----C--GC--TGTAA-------T------A--TTTC-----ATTC-AT--TTC----A--AATCT--------CT--------TT--GCT-A---GAGTCTGGC-ATAATCT------ATAA--CCATAA------C-T----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGCAATAACCATTTAAATTGT-A-T-TTT
gi|8 : aggaaAAATGTCAAACC------AATGAA--GA-TTTGTT------GCATC---T-GT--------TA--TTTT--CTAC--ACA-G--G-T----A--CC-TA-T-A-CC-TCTAACT--A--G-----GC---CA--AT----TTCTA-CCCC-------AGG-------GGATGG--GGG-----AT-TACA-TG--------------------------------A-A----CCTGC--TG-AA-------T------TACTTGC-----ATTT-AT--TTC----A--AA-CT--------CT------AGA----NN-N---NNNNN-NNN-NNNNNNN------NNNN--NNNNNN------NNN----------NNN-NNN-NNNNNN----NN--N----NNN---NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNN--N-NN-NNNN----NNTTTTG---TACAGGAATAACC
gi|9 : -TAATT---ATATTTGAATTACCAGAATAACTAGTT---TTATCA-TATTTGA------ATCCCA-T-GGGCGGTATGCTAAACATTGTCAC-TGAAAG-T--TATAGA-A--TT-TTTT-CTTAAC--TT-G---ATCTTAATA-TAATT-----TAA-AAAT-GT--C-A-A-AT---------GCCTG--CGAG--AC-G--AT-TT--G-GTAAAAA-A-AGTCTCTTG--C---GATCGTCTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AGGTGTGTAAAGCCGCTAGATGATTTGTGCTTTATTGCTTTATTTTTCTACACA
Unaligned ( gi|26 ): TTCTGGACAAATTGATTTTAGGTCACATGGACAAAGGCAAGGTCAAACCGTTT