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Reference ( gi|6 )            :                               GTTT---TG-ACA--CAA-T-CT-GAGCA-A--A-C----TA------------G--TGTAC-----ATA----T-----AG-----T-ATA--A-------T--A------G------GA--GTAC--------T--------TC------CT--A-------T-TA-TAC-------TA---T--A------TACA----TA-----C--------A----C--T---AC--TT-TGCT-CAT-A-TTG--TGT-CAAAA
gi|4                          :                               GTTTAAATG-ACA--CAA-T-TT-GAGCG-A--A-C----TT------------G--TGTAT-----ATA----T-----AGTA---T-ATA--A-------T--A------T------GA--ATATAATA----T--------TC------AT--A-------T-TA-TACT------TC---T--A------TATA----TA-----C--------A----C--T---AG--TT-CGCT-CAG-A-TTG--TG
gi|10                         :                             ggGTTT---TG-ACA--CAA-T-TT-GATCA-A--A-C----TA--------------------------------C-----AG-----T-ATA--A-------T--A------G------GA--GT--------------------C------CT--A-------T-TA-TAC-------TA---T--A------TACA-------------------------C--T---AG--TT-TGCA-CAG-A-TTG--TGT-CAGAA
gi|10                         :                             ggGTTC---TG-ACA--CAA-T-CT-GTGCA-A--A-C----TA------------G--TGTA-------TA----T-----AG-----T-ATA--A-------T--A------G------GA--------------C--------TC------CT--A-------T-TA-TAC-------TG---T--A------G---------------------------------------TT-TGAT-CAA-A-TTG--TGT-CAAAAccc
gi|12                         :                            gggGTTT---TG-ACA--CAA-T-CT-GAGCA-A--A-C----TA------------G--TGGAT-----AT-----T-----AC-----TTATA--A-------T--A------G------GA--G--------------------------------A-------T-TG-----------------------------------A-----T--------A----C--T---AG--TT-TGCT-CAG-A-TTG--TGT-CAAcc
gi|14                         :                               GTTC---TG-ACT--CAA-C-CT-GAGCA-A--A-C----TA------------G--TGT-------ATA----T-----TG-----T-ATA--A-------T--A------------------TA--------------------------CT--G-------T-TA-----------------------------------A-----C--------A----C--T---AG--TT-TGCT-CAG-A-TTG--TGT-CAAAAcc
gi|2                          :                               GTTT---TG-ACA--TAA-T-CT-GAGCA-A--A-C----TA------------G--TGAAC-----ATATCCCT-----AG-----T-ATC--C-------T--T------T------TA---TAC--------TA-------TT------CT--ACACATTCT-TA-TACTTT----TC---T--A------CACACTGGCA-----C--------AAG--C--T---AG--TT-TGCT-CAG-A-TTG--TGT-
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gi|5                          :                          acaggGTTT---TG-ACA--CAA-T-CTGGAGCAGA--A-C----TA------------A--TG--------ATG----C-----AA-----T--------------------------------G--GTAC-----------------TC------CT--G-------TATA-TAC-------TA---T--A------TGTA----CA-----C--------A----A--TGAGGT--GT-TGCT-CAGAA-TTGTATGT-CGAAtgt
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gi|15                         :                           acggGTTT---TG-ACA--CAA-T-CT-GAGCG-A--A-C--------------------------------TA----T-----AG-----T-GTA--------------------------------TAC--------------------------T--A---------TA-TAC-------TA---T--A------------------------------------------AT--TT-CGCT-CAG-A-TTG--TGT-CAAAA
gi|15                         :                           agggGTTT---TG-ACA--CAA-T-CT-GAGCG-A--A-A----T---------------------------TA----T-----AG-----T-AT---A-------T-----------------A--GTA----------------------------------------TA-CAC-------TA---------------------------------------------T---AG--TT-CGCT-CAG-A-TTG--TGT-CAAAAcc
gi|16                         :                            aggGTTT---TG-ACC--CAA-T-CT-GAGCA-A--ATC----TA------------G--GGTAT-----ATA----T-----AT-----T-ATA--ccc
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gi|3                          :                           caggGTTT---TA-ACA--CAA-T-CT-GTGCT-G--A-C----TC------------G--TGTAT-----GTA----T-----AG-----C-ATA--A-------C--A------A------GA--TTACATATAGAAC--------TCTAAGATCTTAA-------T-TT-TAC-------TC---T--A------TACG----CA-----A--------G----------------T-TACT-CAG-A-TTG--TGT-CA
gi|19                         :                               GTTT---CG-ACA--CAA-T-CT-GAGCA-A--C-C----TA------------G--GGT-------TTA----T-----CG-----T-ATA--cct
gi|11                         :                               GTTT---TG-ACA--CAA-T--T-GAGCG-A--A-CTA--TA------------G--TGTA--------G----T-----AG-----TGATACTA-------T--A------G------cct
gi|18                         : agggtttgacacacaatactggagcgcgaaGTTT---TG-ACA--TTA-T-CT-GAGCA-AATA-C----CA------------G--TATAT------TA----C-----AA-----T-GT---A-------T--A------G------cctgt
gi|8                          :                          atagtgTTT---TG-ACA--CAA-T-CT-GAGCG-A--A-C----TATAGTATTTAGGAG--TGTAT-----ATA----T-----AC-----T-ATA----------T--A------G------GA--GTAC--------C---------C------CT--A-------T--A-TAC-------AA---T--A------TA------TA-----C--------A----C--T---AG--TT-CACT-CAT-A-Tcct
gi|14                         :                                TTT---TG-ACA--CAA-T-CT-GAGCA-A--A-C----TA------------G--TGT------------------------------TA--A-------C-----------------A--GTA---------------------------T--A-------T-TA-TAC-------AA---T------------A----TA-----C--------A----C--T---AG--TT-TGCT-CAG-G-TTG--AGT-CAGAA
gi|13                         :                                gTT---TG-ACA--CAA-T-CT-GAGCA-A--A-C----TA------------G--TGTA--------A----T-----AG-----A-AAT--A-------T--A------G------GA--GTAC--------T--------TC------CT--A-------T-TA-TAC-------TA---T------------A----TA-----C--------A----C--T---AG--TT-TGCT-
gi|5                          :                              gggTT---CG-ACATACAA-TTCT-GAGCA-AC-A-CCTCATT------------G--TGTAC-----ATA----T-----AG-----T-ATAT-A-------C--A------G------GA--GTA--------------------------CC--A-------T-----------------------------TGCA----T------C--------A----T--T---AG--TTCTGCTCCAG-A-TTG--TGT-CAAAA
gi|9                          :                           tcagggTT---TG-ACA--CAACT-CT-GAGCG-A--A------TA------------A--TGTGT-----ATA----------AG-----T-AT---A-------T--A-------------------AC--------T----------------CT--A---------TA-TAC-------TA---T--A---------A----TA-----C--------A----CTTT---A---TT-CGCT-CCA-A-TTG---GTACAAA
gi|9                          :                           acagggTT---TGTAC---CAA-T-TG-GAGCG-A--A------TAAA----------G--TGTAT------TA----T-----AG-----T-AT---A-------T--A-------------GA--GT----------------------------T--A---------TA-TAC-------T----T--A------TAC------A-----C--------A----T--T---A---TT-CGCT-CAG-AGTTG--TGT-CAAAcct
gi|12                         :                            acagggT---TG-ACA--CAA-T-CT-GAGCA-A--A-C----TA------------G--TAT-C-----A---------------------------------------------------------AT--------C--------TC------CT--A-------T-TA-TAA--------G---T--A-------ATA----TC-----C--------A----C--T---AG--TT-TGCT-CAG-A-TTG--TGT-CAAAAcct
gi|7                          :                                  T---TG-ACA--CAG-T-TT-GAGCA-A--C-T----TC------------G--TGTAC-----A-G----T-----AG-----T-ATG--A-------T--A------G------GA--GTAA--------TAG------TA------ATA-A-------T-TA-TAC-------TAGTTT--T------TACA--------------------A----G--T---AG--GA-TGCT-CAG-A-TTG--TGT-CAccc
gi|7                          :                                   ---TG-ACA--CAA-T-CT-GAGCA-T--C-C----TAC-----------T--TGTAA-----AAAC---T-----AG-----T-ATA--A-------T----------------TA--TTAC--------TATTAC---TC------CT--A-------T-CA-TAC-------TA---C-----------TG----TA-----C--------A----C--G---AA--GT-TGCT-CAA-A-CTG--TGT-CAA
gi|3                          :                                   ---TG-ACA--CAA-T-CT-GAGTA-A----C----TT------------G--CGTA-------TA----G-----AG-----T-AAA--A-------TTAA------GATCTTAGA--GTTC--------TATATGTAATC------TT--G-------T-TA-TGC-------TA---T--A--------CA----TA-----C--------A----C--G---AG--TC-AGCA-CAG-A-TTG--TGT-TAAAA
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gi|1                          :                                  cggggG-ACA--CAA-T-CT-GAGCA-A--A-C----TA------------GCTTGTGCCAGTTGTG----TAGAAAAG-----T-ATA--A-------G--AATGTGTA------GA--ATAG--------T--------TA------AA--A-------G-GATTAC-------TAGG-G--A------TATG----TT-----C--------A----C--T---AG--TT-TGCT-CAG-A-TTGTATGT-CAAAA
gi|16                         :                                  acgggG-ACA--CAA-T-CT-GAGCA-A--A-T----C-------------------------------------------------------------T--A------G------G---GTA----------------------------------------TA-TA---------A---T--A------TATA----TA-----C--------C----C--T---AGA-TT-TGCT-CAG-A-TTG--GGT-CAAAA
gi|4                          :                                    acagggCA--CAA-T-CT-GAGCG-A--A-C----TA------------G--TGTAT-----ATA----TAGA--AG-----T-ATA--A-------T--A------T------GA--ATATTATA----T--------TC------AT--A-------T-TA-TA--------TAC--T--A------TATA----TA-----C--------A----C--A---AG--TT-CGCT-CAA-A-TTG--TGT-CA
gi|8                          :                                       gggtttaaaA-T-AT-GAGTG-A--A-C----TA------------G--TGTAT-----ATA----T-----TG-----T-AT---A-------T--A------G------GG--GTAC-----------------TC------CT--A---------TA-TAG-------TA---T--A------TATA----CA-----CTCCTAAATA----C--T---ATAGTT-CGCT-CAG-A-TTG--TGT-CAAAA
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4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CAGGGTTTTGACGCAATCTATAAGCGACATAATGGGAGTTCGCTCATATTGTGGCCAAACTC
Unaligned ( gi|20 ): CTTGTATACATATAATATGCTTACATGATACTATACCTTAC
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Unaligned ( gi|22 ): GTAAAAGTATTTTATATTGGATTAAAATGAGTTTCATCC






Alignments
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lowQualScore                  :                                         777     88   0 0      9 88 0 0000       22222222222 11 2  999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44  44 5  11   5          9     
consensus                     :                                     GTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGCGA--A-C----TAGTGTATATA----TA-G--T-ATA--AT--AG------GAGTAC----T--------TC---CT-A-------TTATAC-------TA---TA------TACA----TA-----C--------A----C--TA--G-TTC-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
Reference ( family-6134 )     :                                     GTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGCGA--A-C----TAGTGTATATA----TA-G--T-ATA--AT--AG------GAGTAC----T--------TC---CT-A-------TTATAC-------TA---TA------TACA----TA-----C--------A----C--TA--G-TTC-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
gi|1                          :                                     GTTT---TGACATACAA-T-CTGAGCAA--A-C----TAGTGAACATA----T--------CC--CT--AG------TAATCC----T--------TTTAACT-A-------TTCTACACATTCTTA---TACTTTTCTACA----CAACTGGC--------ACAAGC--TA--G-TTT-GCT-CAGATTGTGT-
gi|10                         :                                 acggGTTT---TGACA--CAA-T-TTGATCAA--A-C----TA-------------CA-G--T-ATA--AT--AG------GAGT----------------C---CT-A-------TTATAC-------TA---TA------TAC---------------------A----C--TA--G-TTT-GCA-CAGATTGTGT-CAGAA
gi|11                         :                                   ggGTTT---TGACA--CAA-T--TGAGCGA--A-CTA--TAGTGTA---G----TA-G--TGATACTAT--AG------ccc
gi|12                         :       agggtttgacacacaatactggagcgcgaaGTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGCAA--A-C----TAGTGGATAT-----TACT--T-ATA--AT--AG------GAG------------------------A-------TTG--------------------------------A-----T--------A----C--TA--G-TTT-GCT-CAGATTGTGT-CAAcctgt
gi|13                         :                                       TT---TGACA--CAA-T-CTGAGCAA--A-C----TAGTGTA---A----TA-G--A-AAT--AT--AG------GAGTAC----T--------TC---CT-A-------TTATAC-------TA---T----------A----TA-----C--------A----C--TA--G-TTT-GCT-cc
gi|14                         :                                  gggGTTC---TGACT--CAA-C-CTGAGCAA--A-C----TAGTGTATAT-----T--G--T-ATA--AT--A---------------------------------------------TAC-------TG---T-------TA-------A-----C--------A----C--TA--G-TTT-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
gi|15                         :                                     GTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGCGA--A-C----TA-------------TA-G--T-GTA----------------------------------------------------TAC-------TA---TA------TAC-----TA-----T--------A----A--T-----TTC-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
gi|16                         :                                 agggGTTT---TGACC--CAA-T-CTGAGCAA--ATC----TAGGGTATATA------------------------------------------------------T-A-------TTATA-----------------------------TA-----C--------C----C--TA--GATTT-GCT-CAGATTGTGT-cc
gi|17                         :                                acaggGTTT---GGCCA--CAA-T-ATGAGCGA--A-C----T
gi|18                         : cagggttttgacgcaatctataagcgacataatgggGTTT---TGACA--TTA-T-CTGAGCAAATA-C----CAGTATAT-TA----CA-A--T-GT---AT--AG------tc
gi|19                         :                               atagtgGTTT---CGACA--CAA-T-CTGAGCAA--C-C----TAGGGT-T-TA----TC-G--T-ATA--cct
gi|2                          :                                     GTTT---TGACA--TAA-T-CTGAGCAA--A-C----TAGTGAACATATCCCTA-G--T-ATC--CT--TT------TA-TAC----TA-------TT---CT-ACACATTCTTATACTTT----TC---TA------CACACTGGCA-----C--------AAG--C--TA--G-TTT-GCT-CAGATTGTGT-cct
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gi|24                         :                               acagggGTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGTAA--T-C----TAGTGTATAT
gi|3                          :                                     cagg---TGACA--CAA-T-CTGAGT-A--A-C----T--TGCGTATA----GA-G--T-AAA--ATTAAGATCTTAGAGTTC----TATATGTAATC---TT-G-------TTATGC-------TA---TA--------CA----TA-----C--------A----C--GA--G-TCA-GCA-CAGATTGTGT-TAAAA
gi|4                          :                                     GTTTAAATGACA--CAA-T-TTGAGCGA--A-C----TTGTGTATATA----TA-GTAT-ATA--AT--AT------GAATATAATAT--------TC---AT-A-------TTATACT------TC---TA------TATA----TA-----C--------A----C--TA--G-TTC-GCT-CAGATTGTGccct
gi|5                          :                                     ggTT---CGACATACAA-TTCTGAGCAAC-A-CCTCATTGTGTACATA----TA-G--T-ATAT-AC--AG------GAGTA-------------------CC-A-------T-------------------------TGCA----T------C--------A----T--TA--G-TTCTGCTCCAGATTGTGT-CAAAA
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gi|7                          :                                        T---TGACA--CAG-T-TTGAGCAA--C-T----TCGTGTACA-G----TA-G--T-ATG--AT--AG------GAGTAA----TAG------TA---ATAA-------TTATAC-------TAGTTTT------TACA--------------------A----G--TA--G-GAT-GCT-CAGATTGTGT-CA
gi|8                          :                                                     A-T-ATGAGTGA--A-C----TAGTGTATATA----TT-G--T-ATA---T--AG------GGGTAC----T---------C---CT-A-------T-ATAG-------TA---TA------TATA----CA-----CTCCTAAATA----C--TATAG-TTC-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
gi|9                          :                                       TT---TGACA--CAACT-CTGAGCGA--A------TAATGTGTATA-----A-G--T-AT---AT--A-----------AC----T-------------CT-A--------TATAC-------TA---TA---------A----TA-----C--------A----CTTTA----TTC-GCT-CCAATTG-GTACAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CTTGTATACATATAATATGCTTACATGATACTATACCTTAC
Unaligned ( gi|21 ): TAGAAAGATGTATATCATTATGTATGTACATGACCACAGGG
Unaligned ( gi|22 ): GTAAAAGTATTTTATATTGGATTAAAATGAGTTTCATCC






Alignments
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Reference ( family-6134 )     :                                     GTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGCGA--A-C----TAGTGTATATA----TA-G--T-ATA--AT--AG------GAGTAC----T--------TC---CT-A-------TTATAC-------TA---TA------TACA----TA-----C--------A----C--TA--G-TTC-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
gi|1                          :                                     GTTT---TGACATACAA-T-CTGAGCAA--A-C----TAGTGAACATA----T--------CC--CT--AG------TAATCC----T--------TTTAACT-A-------TTCTACACATTCTTA---TACTTTTCTACA----CAACTGGC--------ACAAGC--TA--G-TTT-GCT-CAGATTGTGT-
gi|10                         :                                 acggGTTT---TGACA--CAA-T-TTGATCAA--A-C----TA-------------CA-G--T-ATA--AT--AG------GAGT----------------C---CT-A-------TTATAC-------TA---TA------TAC---------------------A----C--TA--G-TTT-GCA-CAGATTGTGT-CAGAA
gi|11                         :                                   ggGTTT---TGACA--CAA-T--TGAGCGA--A-CTA--TAGTGTA---G----TA-G--TGATACTAT--AG------ccc
gi|12                         :       agggtttgacacacaatactggagcgcgaaGTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGCAA--A-C----TAGTGGATAT-----TACT--T-ATA--AT--AG------GAG------------------------A-------TTG--------------------------------A-----T--------A----C--TA--G-TTT-GCT-CAGATTGTGT-CAAcctgt
gi|13                         :                                       TT---TGACA--CAA-T-CTGAGCAA--A-C----TAGTGTA---A----TA-G--A-AAT--AT--AG------GAGTAC----T--------TC---CT-A-------TTATAC-------TA---T----------A----TA-----C--------A----C--TA--G-TTT-GCT-cc
gi|14                         :                                  gggGTTC---TGACT--CAA-C-CTGAGCAA--A-C----TAGTGTATAT-----T--G--T-ATA--AT--A---------------------------------------------TAC-------TG---T-------TA-------A-----C--------A----C--TA--G-TTT-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
gi|15                         :                                     GTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGCGA--A-C----TA-------------TA-G--T-GTA----------------------------------------------------TAC-------TA---TA------TAC-----TA-----T--------A----A--T-----TTC-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
gi|16                         :                                 agggGTTT---TGACC--CAA-T-CTGAGCAA--ATC----TAGGGTATATA------------------------------------------------------T-A-------TTATA-----------------------------TA-----C--------C----C--TA--GATTT-GCT-CAGATTGTGT-cc
gi|17                         :                                acaggGTTT---GGCCA--CAA-T-ATGAGCGA--A-C----T
gi|18                         : cagggttttgacgcaatctataagcgacataatgggGTTT---TGACA--TTA-T-CTGAGCAAATA-C----CAGTATAT-TA----CA-A--T-GT---AT--AG------tc
gi|19                         :                               atagtgGTTT---CGACA--CAA-T-CTGAGCAA--C-C----TAGGGT-T-TA----TC-G--T-ATA--cct
gi|2                          :                                     GTTT---TGACA--TAA-T-CTGAGCAA--A-C----TAGTGAACATATCCCTA-G--T-ATC--CT--TT------TA-TAC----TA-------TT---CT-ACACATTCTTATACTTT----TC---TA------CACACTGGCA-----C--------AAG--C--TA--G-TTT-GCT-CAGATTGTGT-cct
gi|23                         :                                                                                                                                                                            cgggACA----TA-----C--------A----C--TA--G-TTT-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
gi|24                         :                               acagggGTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGTAA--T-C----TAGTGTATAT
gi|3                          :                                     cagg---TGACA--CAA-T-CTGAGT-A--A-C----T--TGCGTATA----GA-G--T-AAA--ATTAAGATCTTAGAGTTC----TATATGTAATC---TT-G-------TTATGC-------TA---TA--------CA----TA-----C--------A----C--GA--G-TCA-GCA-CAGATTGTGT-TAAAA
gi|4                          :                                     GTTTAAATGACA--CAA-T-TTGAGCGA--A-C----TTGTGTATATA----TA-GTAT-ATA--AT--AT------GAATATAATAT--------TC---AT-A-------TTATACT------TC---TA------TATA----TA-----C--------A----C--TA--G-TTC-GCT-CAGATTGTGccct
gi|5                          :                                     ggTT---CGACATACAA-TTCTGAGCAAC-A-CCTCATTGTGTACATA----TA-G--T-ATAT-AC--AG------GAGTA-------------------CC-A-------T-------------------------TGCA----T------C--------A----T--TA--G-TTCTGCTCCAGATTGTGT-CAAAA
gi|6                          :                               tcagggGTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGCAA--A-C----TAGTGTACATA----TA-G--T-ATA--AT--AG------GAGTAC----T--------TC---CT-A-------TTATAC-------TA---TA------TACA----TA-----C--------A----C--TA--C-TTT-GCT-CATATTGTGT-CAAAA
gi|7                          :                                        T---TGACA--CAG-T-TTGAGCAA--C-T----TCGTGTACA-G----TA-G--T-ATG--AT--AG------GAGTAA----TAG------TA---ATAA-------TTATAC-------TAGTTTT------TACA--------------------A----G--TA--G-GAT-GCT-CAGATTGTGT-CA
gi|8                          :                                                     A-T-ATGAGTGA--A-C----TAGTGTATATA----TT-G--T-ATA---T--AG------GGGTAC----T---------C---CT-A-------T-ATAG-------TA---TA------TATA----CA-----CTCCTAAATA----C--TATAG-TTC-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
gi|9                          :                                       TT---TGACA--CAACT-CTGAGCGA--A------TAATGTGTATA-----A-G--T-AT---AT--A-----------AC----T-------------CT-A--------TATAC-------TA---TA---------A----TA-----C--------A----CTTTA----TTC-GCT-CCAATTG-GTACAAA


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blockSeqs                     :                                         .       .    . .      G C  . TA         TATTAC      .  .  AATTAAGATCTTAGAGTTCTATATGTAATCTTGTTATGCTATACATACA                                                         .   .  .  T    .          .
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      A .  . .          TATAGA      .  .  AATATGAATATAATATTCATATTATACTTCTATATATACA                                                                  .   .  .  T    .          .
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      A .  . .          TATATA      .  .  ATAGGGGTACTCCTATATAGTATATATACACTCCTAAATA                                                                  .   .  .  T    .          .
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      A .  . .          CATATA      .  .  GATAGGAGTAATAGTAATAATTATACTAGTTTTTACAA                                                                    .   .  .  T    .          .
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      G .  . .          CATATA      .  .  AATAGGAGTACTTCCTATTATACTATATACATACA                                                                       .   .  .  C    .          .
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      A .  . .          TATATT      .  .  TATAGGAGTACTTCCTATTATACTATATACA                                                                           .   .  .  T    .          .
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      G .  . .          TTACA       .  .  AATAGGAGTCCTATTATACTATATACA                                                                               .   .  .  T    .          .
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      A .  . .          TTATC       .  .  ATAACTCTATATACTATAATACA                                                                                   .   .  .  T    .          .
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      A .  . .          CAGTA       .  .  ATACAGGAGTACCATTGCATCA                                                                                    .   .  .  A    .          .
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      A .  . .          TATAA       .  .  AATAGGAGATTGATA                                                                                           .   .  .  C    .          .
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      A .  . .          TATT        .  .  AATATACTGTTAACA                                                                                           .   .  .  T    .          .
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      G .  . .          TATA        .  .  ATACTATATACTATA                                                                                           .   .  .  T    .          .
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      A .  . .          GTA         .  .  TATTATATACC                                                                                               .   .  .  C    .           
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      A .  . .          ATA         .  .                                                                                                            .   .  .  C    .           
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      A .  . .          CA          .  .                                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      G .  . .          TA          .  .                                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                         .       .    . .      G .  . .                                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                      . .      . .  . .                                                                                                                                                                 


blockSeqCons                  :                                                 **                              TATATA*****
originalCons                  :                                     GTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGCGA--A-C----TAGTGTATATA----TA-G--T-ATA--AT--AG------GAGTAC----T--------TC---CT-A-------TTATAC-------TA---TA------TACA----TA-----C--------A----C--TA--G-TTC-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
finalCons                     :                                     GTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGCGA--A-C----TAGTGTATATATA-----G--T-ATA--AT--AG------GAGTAC----T--------TC---CT-A-------TTATAC-------TA---TA------TACA----TA-----C--------A----C--TA--G-TTC-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CTTGTATACATATAATATGCTTACATGATACTATACCTTAC
Unaligned ( gi|21 ): TAGAAAGATGTATATCATTATGTATGTACATGACCACAGGG
Unaligned ( gi|22 ): GTAAAAGTATTTTATATTGGATTAAAATGAGTTTCATCC






Alignments
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lowQualScore                  :                                         777     88   0 0      9 88 0 0000       22222222222 11 2  999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44  44 5  11   5          9     
consensus                     :                                     GTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGCGA--A-C----TAGTGTATATA----TA-G--T-ATA--AT--AG------GAGTAC----T--------TC---CT-A-------TTATAC-------TA---TA------TACA----TA-----C--------A----C--TA--G-TTC-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
Reference ( family-6134 )     :                                     GTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGCGA--A-C----TAGTGTATATA----TA-G--T-ATA--AT--AG------GAGTAC----T--------TC---CT-A-------TTATAC-------TA---TA------TACA----TA-----C--------A----C--TA--G-TTC-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
gi|1                          :                                     GTTT---TGACATACAA-T-CTGAGCAA--A-C----TAGTGAACATA----T--------CC--CT--AG------TAATCC----T--------TTTAACT-A-------TTCTACACATTCTTA---TACTTTTCTACA----CAACTGGC--------ACAAGC--TA--G-TTT-GCT-CAGATTGTGT-
gi|10                         :                                 acggGTTT---TGACA--CAA-T-TTGATCAA--A-C----TA-------------CA-G--T-ATA--AT--AG------GAGT----------------C---CT-A-------TTATAC-------TA---TA------TAC---------------------A----C--TA--G-TTT-GCA-CAGATTGTGT-CAGAA
gi|11                         :                                   ggGTTT---TGACA--CAA-T--TGAGCGA--A-CTA--TAGTGTA---G----TA-G--TGATACTAT--AG------ccc
gi|12                         :       agggtttgacacacaatactggagcgcgaaGTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGCAA--A-C----TAGTGGATAT-----TACT--T-ATA--AT--AG------GAG------------------------A-------TTG--------------------------------A-----T--------A----C--TA--G-TTT-GCT-CAGATTGTGT-CAAcctgt
gi|13                         :                                       TT---TGACA--CAA-T-CTGAGCAA--A-C----TAGTGTA---A----TA-G--A-AAT--AT--AG------GAGTAC----T--------TC---CT-A-------TTATAC-------TA---T----------A----TA-----C--------A----C--TA--G-TTT-GCT-cc
gi|14                         :                                  gggGTTC---TGACT--CAA-C-CTGAGCAA--A-C----TAGTGTATAT-----T--G--T-ATA--AT--A---------------------------------------------TAC-------TG---T-------TA-------A-----C--------A----C--TA--G-TTT-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
gi|15                         :                                     GTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGCGA--A-C----TA-------------TA-G--T-GTA----------------------------------------------------TAC-------TA---TA------TAC-----TA-----T--------A----A--T-----TTC-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
gi|16                         :                                 agggGTTT---TGACC--CAA-T-CTGAGCAA--ATC----TAGGGTATATA------------------------------------------------------T-A-------TTATA-----------------------------TA-----C--------C----C--TA--GATTT-GCT-CAGATTGTGT-cc
gi|17                         :                                acaggGTTT---GGCCA--CAA-T-ATGAGCGA--A-C----T
gi|18                         : cagggttttgacgcaatctataagcgacataatgggGTTT---TGACA--TTA-T-CTGAGCAAATA-C----CAGTATAT-TA----CA-A--T-GT---AT--AG------tc
gi|19                         :                               atagtgGTTT---CGACA--CAA-T-CTGAGCAA--C-C----TAGGGT-T-TA----TC-G--T-ATA--cct
gi|2                          :                                     GTTT---TGACA--TAA-T-CTGAGCAA--A-C----TAGTGAACATATCCCTA-G--T-ATC--CT--TT------TA-TAC----TA-------TT---CT-ACACATTCTTATACTTT----TC---TA------CACACTGGCA-----C--------AAG--C--TA--G-TTT-GCT-CAGATTGTGT-cct
gi|23                         :                                                                                                                                                                            cgggACA----TA-----C--------A----C--TA--G-TTT-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
gi|24                         :                               acagggGTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGTAA--T-C----TAGTGTATAT
gi|3                          :                                     cagg---TGACA--CAA-T-CTGAGT-A--A-C----T--TGCGTATA----GA-G--T-AAA--ATTAAGATCTTAGAGTTC----TATATGTAATC---TT-G-------TTATGC-------TA---TA--------CA----TA-----C--------A----C--GA--G-TCA-GCA-CAGATTGTGT-TAAAA
gi|4                          :                                     GTTTAAATGACA--CAA-T-TTGAGCGA--A-C----TTGTGTATATA----TA-GTAT-ATA--AT--AT------GAATATAATAT--------TC---AT-A-------TTATACT------TC---TA------TATA----TA-----C--------A----C--TA--G-TTC-GCT-CAGATTGTGccct
gi|5                          :                                     ggTT---CGACATACAA-TTCTGAGCAAC-A-CCTCATTGTGTACATA----TA-G--T-ATAT-AC--AG------GAGTA-------------------CC-A-------T-------------------------TGCA----T------C--------A----T--TA--G-TTCTGCTCCAGATTGTGT-CAAAA
gi|6                          :                               tcagggGTTT---TGACA--CAA-T-CTGAGCAA--A-C----TAGTGTACATA----TA-G--T-ATA--AT--AG------GAGTAC----T--------TC---CT-A-------TTATAC-------TA---TA------TACA----TA-----C--------A----C--TA--C-TTT-GCT-CATATTGTGT-CAAAA
gi|7                          :                                        T---TGACA--CAG-T-TTGAGCAA--C-T----TCGTGTACA-G----TA-G--T-ATG--AT--AG------GAGTAA----TAG------TA---ATAA-------TTATAC-------TAGTTTT------TACA--------------------A----G--TA--G-GAT-GCT-CAGATTGTGT-CA
gi|8                          :                                                     A-T-ATGAGTGA--A-C----TAGTGTATATA----TT-G--T-ATA---T--AG------GGGTAC----T---------C---CT-A-------T-ATAG-------TA---TA------TATA----CA-----CTCCTAAATA----C--TATAG-TTC-GCT-CAGATTGTGT-CAAAA
gi|9                          :                                       TT---TGACA--CAACT-CTGAGCGA--A------TAATGTGTATA-----A-G--T-AT---AT--A-----------AC----T-------------CT-A--------TATAC-------TA---TA---------A----TA-----C--------A----CTTTA----TTC-GCT-CCAATTG-GTACAAA
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