lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11111111 111111 111111 22222222222222222222 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 1111 11 1111 22 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6666666 4
lowQualScore : 555 333 3 6 3 3 3 44 77 6 11111111 777777777 44 55 55 111111 000000 11111111111111111111 55 3 7 3 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333 5 0000 5 1 55 888 5 00 5 5 0000 0 77 0 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5555555 6 0
lowQualScore : ... ... . . . . . .. .. . ........ ......... .. .. .. ...... ...... .................... .. . . . . ...................................................................... ....... . .... . . .. ... . .. . . .... . .. . . .................................................................................... ....... . .
lowQualScore : 444 999 1 2 1 1 1 22 33 2 22222222 666666666 66 00 77 555555 444444 66666666666666666666 00 3 2 3 8 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888 0 6666 0 1 88 888 0 11 0 0 6666 4 44 0 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0000000 0 0
consensus : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TG-C-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA---TA-T-ACNG--------TTA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAA-T-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TCA---GTGC--ACA-TAT-T---TCAATTGAGGGTA-C----A-TGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGC-TTTTTGT-ANGTATTTTC-----TGNNNNGNTCCTTANTATTTGAAGAGGAAAGAATTGAAGCCGAACAAGTTTGAGACGACGGNNGTCNNNAATGAANAATATGGTTTCAAAAATAGATCTTTATATGAGG
Reference ( gi|5 ) : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TG-C-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA---TA-T-ACCG--------TTA--CATAATAT-CATACAATGGTA-TGTGCCACAATAAA-T-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TCAC--GTGC--ACA-TAT-T---TCAATTGAGAGTA-C----A-TGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGC-ATTTTGT-ATGTATTTTC-----TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA------GA--CT------GTTTAAG--GATCGTTGTCTTTAATGAAA---ATGGTTTCAAA-------CTCTAT-TGAGGA
gi|1 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TG-C-C-AT--ACAGC--A-AT--GATA--------TAC--ATT----AC-A--AT--C-AAAAATT--ATA----T-GA----A-T-ACCG--------TTA--CATAATAT-CATACAA-GGTA-TG-GCCACATTAAA-TAATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-T-AATACATAAATCCAC--GTGCTGACA-TAT-T---TCAA-TGAGATGA-C----A-TGCTATAAA-A-T---AAGG-ACT-TTT-TC--T----TTTTCAAAAGCTATTTTGTGATGTATTTTC-----TG
gi|7 : agatATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TG-T-C-AT--ACAAC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACGA--AT--CAAAAA--T--ATATTTTT-AA----A-A-AACA--------TAA--TATAATAT-CATACAAGGGTG-TGTATCACAATAAA-T-ATG--GAT-------GTGTA--C-ATAG-TAAATACATAA--T--------C--ATA-TAC-T---TCAATTGAGGGTA-C----A-TGTTATAAA-ATT---AAAA-ACT-GTT-TCTTT----TTTTTTAAAGC-TTTTTGT-ATGAATTTTC-----atattgccatagttctttaagtgatttgatgtagaacaagttgaacaatgtttgaagacgaggatagaggatcgactgaaataatatggttttaaaaattttcatcaaagacctttatatgcgggacatttaagcataaa
gi|9 : aatATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TG-C-C-TT--ACAGC--ATATA-GATA--------TA-----T----ACAA--A---C-AAA--------------------TG-T-ACAG--------TTA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAAT------------------------------------AAATATA-GA--T-AT--GTGT--ACA--AT-G---TTAA------ATA-C----A-TGTTATAAA-TTC---AAAG-ATT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAGGC-TTTTTGT-AAGTATTTTC-----caacattg
gi|11 : agtATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TG-C-C-TT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAT--A-TACAAACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----TAAA---TA-T-ACAG--------TTA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAAcaatattgcatagttcttt
gi|6 : agtATGGT---TTATTGATC---A-A-TGCC-C-AT--TCAGC--ATATATAATA--------TAC--A-T----GTA------------------ATA----T-AACTTTG-T-A------------TA--CGTAATAT-CAAACAA-GGCA-TGTGCCACAAAAAATT-ATA--TAG-----A-ATGTATGCAATAT-TAAATACATAA--TC--------------TAT-TGTATCAATTGAGGGTA-C----A-TGC-ATAGACATT---AGAA-AC---TT-TC-TT----TTTTCAAAAGC--TTTTAT-gtatatcacaggttcttttccaaatcacatacttttaaaattgaaa
gi|3 : tagATTGT---TTATTG-TC-A-A-AATG-C-C-TT--ACAGC--ATATA-GATACATGTATATAC--A-A----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AAAA-TA-T-ACAGAAAATGAGTTA--CATAAATT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAA----------AT-----A---------------TAGATATGT----------GTAC--A-A-TGT-T---TTAA-----AATA-T----ACTGTTATAAA-TTC---AAAG-ATT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAGGC-TTTTTGT-AAGTATTTTCCAATATTACATAGTTCTTAGTATTTGAAGAGAAA------GAAGTTGAACAAGTTTGAA--GACAGAGGTCGTC--TGAAAAATATGGTTTCAAAAATAGATCTTTATATGAGGtaaatttgccggttaatgccacaattcttttagtg
gi|4 : tagtATAGT---TTATTGATC-AGA-A-TG-C-C-TC--ACAGCG-ATCGA-TATA--------TAC--A-A----ACAA--AT--C-AAA---T--ATA----TCAA---TA-T-AC-A--------TTA--CATTATAT-CATA--AGGGTGCTGTGCCACAAT----------------------------CACT---------CATAA--T-AT--GTGG--ACAATGT-T---TTA--TAA---TA-C----A-TGTTATAAA-TTC---AAAG-AGC-GTTGTC-TT----TTTTC-TAGGC--TTTTGTAAAGTATTTCCAATATTGCATAGCTCTTTATTATTTGAAGAGGAAAGAATTGA--CCAA----GTTTGAGACGAGGGTCGTCTGAAAT--AT---ATGGTTTTAAA-------gacatttaagcataag
gi|19 : tagtATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TG-C-C-AT--GCAGC--ATATA-GATA--------TAT--A-aatttaatcgaagaatctttatgcaagcataaa
gi|10 : agtTAGTATGTTATTGATC-A-ACA-TG-C-CGATTAAC-GC--ATATA-GATT--------TACTAA-C----AAAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AAGC-TATT-ACAG--------TTA--CATAATAT--ATACAAGGGTA-TGTGC--CAATAAG---ATA--GATGGAAGA-ATGTG--T-ATGT-TAAA
gi|13 : TAGT---TTATTAATC-A-A-AATC-A-C-AT--ACAGC--ATATG-GGTA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C----A--TTGATA----T-AA---TA-T-AACG--------TAA--CATAATAT-CTAATAAGGGTA-aaaatgttagtagaatatacatgaatgttca
gi|2 : agAGT---TGATTGATCCG-A-A-TG-CGC-AT--ACAGCAAATATACGATA--------TAC--A-T----GCTAGCATAAC-AAAG--C--ATA----G-AA---TA-T-AATA--------ATAGCCGTAATATACATAC-ATGAT---------CAATACA---AGA--GGT-----C-TGGTA--CAATATGCAAATACATAA--TCATAAATTC--ATA-TATATA--TCAATTGAG-GTAGCTAGAA-TAATAAAAA-ATTATAAAAGAACTAGTT-TT-TTCTTATTTGCACAAGC--TTTTAT-ACATGACTTC-----T
gi|15 : tatatatgtcGT---TTATTGATC-A-A-A-TG-C-C-AT--TCAGC--ATATA-TATA--------TAC--A-T----GTAA--tttcgccagtattgtgcatggttcttcaactagtatcgatgaggaagacgttgaacaacagttatcagaagagccgagggtgcgactgaaataat
gi|16 : gT---TTATCGAC----A-A-TG-C---AT--ACGGA--ATATA-GATA--------TAC----T----ACAC--AT--C--AAA--C--ATA----T-AA---TA-TAACTG--------TAA--TATAATAT-tataacttatgtatacgtnaatttgccggtattgcacaa
gi|8 : AATAT-CAAACAAGGGCA-TGTGCCACAAAAAA-T-ATATAGAT-----A--TGTATGCAATAT-TAAATACATAA--TC--------------TAT-TGTATCAATTGAGGGTA-C----A-TGCTATAGA-ATT---AGAA-AC---TT-TC-TT----TTTTCAAAAGC-TTTTTGT-ATAAATTT
gi|17 : nAAGGATA-TGTTTCATAATAAA-T-ATG--AAT-----ATATGTA--CAGTGT-CAAATACATAA--T--------T--ATA-TAT-A---TCAATgccggtattgcacaattcttttagtgtttgtcaaggaaagaagtttaatatggaccgatataacatggtttca
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GCTCGATATAAGTTGAATATTTAAAGACAGAGGGTCTGTATAATAATACTTTCAAAAATTTAATTCTAAATGACTGTAGAGGTGCATTTGTAGAAAAAA
Unaligned ( gi|14 ): CTTTTTGTATGTATTGTATAGTTCTTTAGTATTTGTTGAGGACAGAAGTTGAACAAGTCTGAAGACAGAGGGTCGACTGAAATAA
Unaligned ( gi|18 ): GGATCGACTCAAACAACTTGTTCTCAGAAATTTTAATCGAAGATCTTTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111 22222222 11 6666666666666666666666666 11 88888888888888888888888 1111111 555555555 1 111 111 222222222222222222 777777777777
lowQualScore : 555 2 2 2 5 2 5 33 66 5 00000000 33 2 6666 44 44 44 999999 888888 99 6 2222222222 3 44 3 3 99 55 33333333 00 333 1111111111111111111111111 3 0 777 4 9999 0 4 777 4 00 4 4 9999 4 4 4 55 777 00000000000000000000000 1 1111111 5 1 5 7 0 999999999 3 6 6 3 666 444 22 666666666666666666 3 999999999999 0 7
lowQualScore : ... . . . . . . .. .. . ........ .. . .... .. .. .. ...... ...... .. . .......... . .. . . .. .. ........ .. ... ......................... . . ... . .... . . ... . .. . . .... . . . .. ... ....................... . ....... . . . . . ......... . . . . ... ... .. .................. . ............ . .
lowQualScore : 000 9 9 9 7 9 7 99 88 7 44444444 99 9 5555 22 66 55 111111 888888 22 7 8888888888 3 66 1 1 44 00 99999999 00 888 7777777777777777777777777 2 1 777 4 4444 9 4 888 4 77 4 4 4444 0 0 4 44 888 00000000000000000000000 0 2222222 0 0 7 0 1 888888888 2 7 7 3 555 333 00 777777777777777777 2 555555555555 8 0
consensus : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACNG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---A-GTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC-----T----TG-------CATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGACGAGGAAAGAAT-GAAGTTGAACAA-GTT-TG-AGAC-GA--NGGTNG----TCNNNAATG-AANAATATGGTTTCAAAAATTT---C-A-AG-ATCTTTATACGAGG
Reference ( family-5959 ) : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACNG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---A-GTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AN-G---TATTTTC----------TG-------NNNNGNTC-CT----T-ANT-ATTTGAAGAGGAAAGAATTGAAGCCGAACAA-GTT-TG-AGAC-GA--CGGNNG----TCNNNAATG-AANAATATGGTTTCAAAAAT---------AG-ATCTTTATATGAGG
gi|1 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--A-AT--GATA--------TAC--ATT----AC-A--AT--C-AAAAATT--ATA----T-GA---AT-ACCG--------T-TA--CATAATAT-CATACAA-GGTA-TG-GCCACATTAAATAATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-T-AATACATAAATCC---ACGTGCTGACA-TAT-T-TCAA-TGAGATGA-C----ATGCTATAAA-A-T---AAGG-ACT-TTT-TC--T----TTTTCAAAAGCTATTT-TGTGAT-G---TATTTTC----------TGATATTGCCATAGTTC-TT----TAAGTGATTTGATG----TAGAAC--AAGTTGAACAATGTT-TGAAGAC-GA--GGATAGAGGATCGAC--TGAAATAATATGGTTTTAAAAATTTTCATCAAAG-ACCTTTATATGCGG
gi|10 : agatTAGTATGTTATTGATC-A-ACA-TGC-CGATTAAC-GC--ATATA-GATT--------TACTAA-C----AAAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AAGCTATTACAG--------T-TA--CATAATAT--ATACAAGGGTA-TGTGC--CAATAAG--ATA--GATGGAAGA-ATGTG--T-ATGT-TAAAgacatttaagcataaa
gi|11 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAT--A-TACAAACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----TAAA--TAT-ACAG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAAaaaatgttagtagaatatacatgaatgttca
gi|13 : agtTAGT---TTATTAATC-A-A-AATCA-C-AT--ACAGC--ATATG-GGTA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C----A--TTGATA----T-AA--TAT-AACG--------T-AA--CATAATAT-CTAATAAGGGTA-gtatatcacaggttcttttccaaatcacatacttttaaaattgaaa
gi|14 : agCT-TTT-TGT-AT-G---TATT--------------G-------TATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGTTGAGGACAGAA-----GTTGAACAA-GTC-TGAAGACAGA--GGGTCG----ACTGAAATA-A
gi|15 : GT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--TCAGC--ATATA-TATA--------TAC--A-T----GTAA--
gi|16 : gT---TTATCGAC----A-A-TGC---AT--ACGGA--ATATA-GATA--------TAC----T----ACAC--AT--C--AAA--C--ATA----T-AA--TATAACTG--------T-AA--TATAATAT-tataacttatgtatacgtnaatttgccggtattgcacaa
gi|17 : AAGGATA-TGTTTCATAATAAAT-ATG--AAT-----ATATGTA--CAGTGT-CAAATACATAA--T---------T--ATA-TAT-A-TCAAT
gi|19 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--GCAGC--ATATA-GATA--------TAT--A-
gi|2 : agtAGT---TGATTGATCCG-A-A-TGCGC-AT--ACAGCAAATATACGATA--------TAC--A-T----GCTAGCATAAC-AAAG--C--ATA----G-AA--TAT-AATA--------A-TAGCCGTAATATACATACATG---A-T------CAATACA--AGA--GGT-----C-TGGTA--CAATATGCAAATACATAA--TCATAA-ATTC--ATA-TATATATCAATTGA-GGTAGCTAGAATAATAAAAA-ATTATAAAAGAACTAGTT-TT-TTCTTATTTGCACAAGCT-TTTATAC-AT-GACTTCTTTTCGCCAGTATTGTG-------CATGGTTC-TTCAACT-AGT-A-TCGATGAGGAAGACGTTGAA-C--AAC-A-GTTATC-AGAA-GAGCCGAGGG----T-GCGACTGAAATAAT
gi|3 : tatatatgtcATTGT---TTATTG-TC-A-A-AATGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATACATGTATATAC--A-A----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AAAATAT-ACAGAAAATGAGT-TA--CATAAATT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----ATGTGTA--CA---------------------------------A-TGT-T-TTAA---AATATA-C-----TGTTATAAA-TTC---AAAG-ATT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAGGCT-TTT-TGT-AA-G---TATTTTCCAATAT----TA-------CATAGTT--CT----T-AGT-ATTTGAAGAGAAA------GAAGTTGAACAA-GTT-TG-AA---GA--CAGAGG----TCGTC--TG-AAAAATATGGTTTCAAAAAT---------AG-ATCTTTATATGAGG
gi|4 : tagtATAGT---TTATTGATC-AGA-A-TGC-C-TC--ACAGCG-ATCGA-TATA--------TAC--A-A----ACAA--AT--C-AAA---T--ATA----TCAA--TAT-ACA---------T-TA--CATTATAT-CATA--AGGGTGCTGTGCCACAAT---------------------------CACT---------CATAA--TA---T-GTGG--ACAATGT-T-TTA--TAA---TA-C----ATGTTATAAA-TTC---AAAG-AGC-GTTGTC-TT----TTTTCTAG-GCT-TTT--GT-AAAG---TATTTCCAATAT-----TG-------CATAGCTC-TT----T-ATT-ATTTGAAGAGGAAAGAATTGA--C----CAA-GTT-TG-AGAC-GA--GGGTCG----TCTGAAAT------ATATGGTTTTAAAAATTTAATCGA-AGAATCTTTATGCAAGgacatttaagcataag
gi|5 : tagtATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACCG--------T-TA--CATAATAT-CATACAATGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---ACGTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGAGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCA-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC----------TG--------NNNNNNN-NN----N-NNN-NNNNNNNNNNNNAAGACT--------------GTT-TA-AG---GA--TCGTTG----TCTTTAATG-AAA---ATGGTTTCAAA-----------------CTCTAT-TGAGGcataaa
gi|6 : ATGGT---TTATTGATC-A-A---TGC-CCAT--TCAGC--ATATATAATA--------TAC--A-T----GTAA------------------TA----T-AA--CTT---TG--------TATA--CGTAATAT-CAAACAAGG-CA-TGTGCCACAAAAAATTATA--TAG-----A-ATGTATGCAATAT-TAAATACATAA--TCT--A-TTGT--A---------TCAATTGAGGGTA-C----ATGC-ATAGACATT---AGAA-AC---TT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-a
gi|7 : tagATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGT-C-AT--ACAAC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACGA--AT--CAAAAA--T--ATATTTTT-AA--AAA-ACA---------T-AA--TATAATAT-CATACAAGGGTG-TGTATCACAATAAAT-ATG--GAT-------GTGTA--C-ATAG-TAAATACATAA--T---------C--ATA-TAC-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGTTATAAA-ATT---AAAA-ACT-GTT-TCTTT----TTTTTTAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---AATTTTC----------attaaatttgccggttaatgccacaattcttttagtg
gi|8 : aatAATAT-CAAACAAGGGCA-TGTGCCACAAAAAAT-ATATAGAT-----A--TGTATGCAATAT-TAAATACATAA--TCT--A-TTGT--A---------TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAGA-ATT---AGAA-AC---TT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-A---AATTTGCCGGTAT----TG-------CACAATTCTTT----T-AGT-GTTTGTCAAGGAAAGAAcaacattg
gi|9 : nATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATA--------TA-----T----ACAA--A---C-AAA-------------------TGT-ACAG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----ATGTGTA--CAATGT-TAAATACAT-----------GT-----TA-TA------AATT--------C----A------AAG-ATT------------GTT-TC-TT----TTTTCAAAGGCT-TTT-TGT-AA-G---TATTTTCCAATAT----TG-------CATAGTTC-TT----T-gtttaatatggaccgatataacatggtttca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GCTCGATATAAGTTGAATATTTAAAGACAGAGGGTCTGTATAATAATACTTTCAAAAATTTAATTCTAAATGACTGTAGAGGTGCATTTGTAGAAAAAA
Unaligned ( gi|18 ): GGATCGACTCAAACAACTTGTTCTCAGAAATTTTAATCGAAGATCTTTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111 22222222 11 6666666666666666666666666 11 7777777777 1111 44444444 1111 2222222 222222222222222222 88888888888 1
lowQualScore : 555 2 2 2 5 2 5 33 66 5 00000000 33 2 6666 44 44 44 999999 888888 99 6 2222222222 3 44 3 3 99 55 33333333 00 333 1111111111111111111111111 3 0 777 4 9999 0 4 777 4 00 4 4 9999 4 4 4 4 777 5555555555 5 5 0000 5 5 5 11111111 0000 6 9999999 3 6 1 77 777777777777777777 00000000000 3 0
lowQualScore : ... . . . . . . .. .. . ........ .. . .... .. .. .. ...... ...... .. . .......... . .. . . .. .. ........ .. ... ......................... . . ... . .... . . ... . .. . . .... . . . . ... .......... . . .... . . . ........ .... . ....... . . . .. .................. ........... . .
lowQualScore : 000 9 9 9 7 9 7 99 88 7 44444444 99 9 5555 22 66 55 111111 888888 22 7 8888888888 3 66 1 1 44 00 99999999 00 888 7777777777777777777777777 2 1 777 4 4444 9 4 888 4 77 4 4 4444 0 0 4 4 888 8888888888 0 0 6666 0 7 6 88888888 8888 7 3333333 2 7 0 77 222222222222222222 00000000000 3 7
consensus : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACNG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---A-GTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---TATTTTCCG-TAT----TG-CATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGACGAGGAAAGAA-GAAGTTGAACA--A-GTT-T-----GAAGAC-GAGGGT-CG----TCTGAAATG-AAAAATATGGTTTCAAAAATT---TC-----AAG-ATCTTTATACGAGG
Reference ( family-5959 ) : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACNG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---A-GTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC-----T----TG-CATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGACGAGGAAAGAATGAAGTTGAACA--A-GTT-T-----G-AGAC-GANGGT-NG----TCNNNAATG-AANAATATGGTTTCAAAAATT---TC-----AAG-ATCTTTATACGAGG
gi|1 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--A-AT--GATA--------TAC--ATT----AC-A--AT--C-AAAAATT--ATA----T-GA---AT-ACCG--------T-TA--CATAATAT-CATACAA-GGTA-TG-GCCACATTAAATAATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-T-AATACATAAATCC---ACGTGCTGACA-TAT-T-TCAA-TGAGATGA-C----ATGCTATAAA-A-T---AAGG-ACT-TTT-TC--T----TTTTCAAAAGCTATTT-TGTGAT-G---TATTTTCTGATAT----TGCCATAGTTC-TT----TAAGTGATTTGATG----TAGAAC-AAGTTGAACA--ATGTT-T-----GAAGAC-GAGGAT-AGAGGATCGAC--TGAAATAATATGGTTTTAAAAATT---TTCATCAAAG-ACCTTTATATGCGG
gi|10 : agatTAGTATGTTATTGATC-A-ACA-TGC-CGATTAAC-GC--ATATA-GATT--------TACTAA-C----AAAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AAGCTATTACAG--------T-TA--CATAATAT--ATACAAGGGTA-TGTGC--CAATAAG--ATA--GATGGAAGA-ATGTG--T-ATGT-TAAAgacatttaagcataaa
gi|11 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAT--A-TACAAACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----TAAA--TAT-ACAG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAAaaaatgttagtagaatatacatgaatgttca
gi|13 : agtTAGT---TTATTAATC-A-A-AATCA-C-AT--ACAGC--ATATG-GGTA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C----A--TTGATA----T-AA--TAT-AACG--------T-AA--CATAATAT-CTAATAAGGGTA-gtatatcacaggttcttttccaaatcacatacttttaaaattgaaa
gi|14 : agCT-TTT-TGT-AT-G---TATT--------------G-TATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGTTGAGGACA----GAAGTTGAACA--A-GTC-T-----GAAGACAGAGGGT-CG----ACTGAAATA-A
gi|15 : GT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--TCAGC--ATATA-TATA--------TAC--A-T----GTAA--
gi|16 : gT---TTATCGAC----A-A-TGC---AT--ACGGA--ATATA-GATA--------TAC----T----ACAC--AT--C--AAA--C--ATA----T-AA--TATAACTG--------T-AA--TATAATAT-tataacttatgtatacgtnaatttgccggtattgcacaa
gi|17 : AAGGATA-TGTTTCATAATAAAT-ATG--AAT-----ATATGTA--CAGTGT-CAAATACATAA--T---------T--ATA-TAT-A-TCAAT
gi|19 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--GCAGC--ATATA-GATA--------TAT--A-
gi|2 : agtAGT---TGATTGATCCG-A-A-TGCGC-AT--ACAGCAAATATACGATA--------TAC--A-T----GCTAGCATAAC-AAAG--C--ATA----G-AA--TAT-AATA--------A-TAGCCGTAATATACATACATG---A-T------CAATACA--AGA--GGT-----C-TGGTA--CAATATGCAAATACATAA--TCATAA-ATTC--ATA-TATATATCAATTGA-GGTAGCTAGAATAATAAAAA-ATTATAAAAGAACTAGTT-TT-TTCTTATTTGCACAAGCT-TTTATAC-AT-GACTTCTTTTCGCCAGTATTGTG-CATGGTTC-TTCAACT-AGT-A-TCGATGAGGAA-----GACGTTGAACAACA-GTTATCAGAAG-AGCC-GAGGGTGCG----ACTGAAATA-A
gi|3 : tatatatgtcATTGT---TTATTG-TC-A-A-AATGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATACATGTATATAC--A-A----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AAAATAT-ACAGAAAATGAGT-TA--CATAAATT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----ATGTGTA--CA---------------------------------A-TGT-T-TTAA---AATATA-C-----TGTTATAAA-TTC---AAAG-ATT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAGGCT-TTT-TGT-AA-G---TATTTTCCAATAT----TA-CATAGTTC--T----T-AGT-ATTTGAAGAGAAA-----GAAGTTGAACA--A-GTT-T-----GAAGAC-AGAGGT-CG----TC-----TG-AAAAATATGGTTTCAAAAAT------------AG-ATCTTTATATGAGGt
gi|4 : tagtATAGT---TTATTGATC-AGA-A-TGC-C-TC--ACAGCG-ATCGA-TATA--------TAC--A-A----ACAA--AT--C-AAA---T--ATA----TCAA--TAT-ACA---------T-TA--CATTATAT-CATA--AGGGTGCTGTGCCACAAT---------------------------CACT---------CATAA--TA---T-GTGG--ACAATGT-T-TTA--TAA---TA-C----ATGTTATAAA-TTC---AAAG-AGC-GTTGTC-TT----TTTTCTAG-GCT-TTT--GT-AAAG---TATTTCCAATA-T----TG-CATAGCTC-TT----T-ATT-ATTTGAAGAGGAAAGAA-----TTGACCA--A-GTT-T-----G-AGAC-GAGGGT-CG----TCTGAAAT------ATATGGTTTTAAAAATTTAATCG----AAGAATCTTTATGCAAGgacatttaagcataag
gi|5 : tagtATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACCG--------T-TA--CATAATAT-CATACAATGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---ACGTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGAGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCA-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC----------TG--NNNNNNN-NN----N-NNN-NNNNNNNNNNNNAAGACT---------------GTT-T-----A-AG---GATCGT-TG----TCTTTAATG-AAA---ATGGTTTCAAAcataaa
gi|6 : ATGGT---TTATTGATC-A-A---TGC-CCAT--TCAGC--ATATATAATA--------TAC--A-T----GTAA------------------TA----T-AA--CTT---TG--------TATA--CGTAATAT-CAAACAAGG-CA-TGTGCCACAAAAAATTATA--TAG-----A-ATGTATGCAATAT-TAAATACATAA--TCT--A-TTGT--A---------TCAATTGAGGGTA-C----ATGC-ATAGACATT---AGAA-AC---TT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-ctctattgagga
gi|7 : tagATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGT-C-AT--ACAAC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACGA--AT--CAAAAA--T--ATATTTTT-AA--AAA-ACA---------T-AA--TATAATAT-CATACAAGGGTG-TGTATCACAATAAAT-ATG--GAT-------GTGTA--C-ATAG-TAAATACATAA--T---------C--ATA-TAC-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGTTATAAA-ATT---AAAA-ACT-GTT-TCTTT----TTTTTTAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---AATTTTC-----attaaatttgccggttaatgccacaattcttttagtg
gi|8 : aatAATAT-CAAACAAGGGCA-TGTGCCACAAAAAAT-ATATAGAT-----A--TGTATGCAATAT-TAAATACATAA--TCT--A-TTGT--A---------TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAGA-ATT---AGAA-AC---TT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-A---AATTTGCCGGTAT----TG-CACAATTCTTT----T-AGT-GTTTGTCAAGGAAAGAAcaacattg
gi|9 : nATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATA--------TA-----T----ACAA--A---C-AAA-------------------TGT-ACAG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----ATGTGTA--CAATGT-TAAATACAT-----------GT-----TA-TA------AATT--------C----A------AAG-ATT------------GTT-TC-TT----TTTTCAAAGGCT-TTT-TGT-AA-G---TATTTTCCAATAT----TG-CATAGTTC-TT----T-gtttaatatggaccgatataacatggtttca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GCTCGATATAAGTTGAATATTTAAAGACAGAGGGTCTGTATAATAATACTTTCAAAAATTTAATTCTAAATGACTGTAGAGGTGCATTTGTAGAAAAAA
Unaligned ( gi|18 ): GGATCGACTCAAACAACTTGTTCTCAGAAATTTTAATCGAAGATCTTTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111 22222222 11 6666666666666666666666666 11 222222222222 2222 1111 3333333333 33333 66666666666 1
lowQualScore : 555 2 2 2 5 2 5 33 66 5 00000000 33 2 6666 44 44 44 999999 888888 99 6 2222222222 3 44 3 3 99 55 33333333 00 333 1111111111111111111111111 3 0 777 4 9999 0 4 777 4 00 4 4 9999 4 4 4 4 777 999999999999 8 8 9999 4 5 5 2222 4 1 5555 5 77 1111111111 5 5 2 55 33333 88888888888 3 0
lowQualScore : ... . . . . . . .. .. . ........ .. . .... .. .. .. ...... ...... .. . .......... . .. . . .. .. ........ .. ... ......................... . . ... . .... . . ... . .. . . .... . . . . ... ............ . . .... . . . .... . . .... . .. .......... . . . .. ..... ........... . .
lowQualScore : 000 9 9 9 7 9 7 99 88 7 44444444 99 9 5555 22 66 55 111111 888888 22 7 8888888888 3 66 1 1 44 00 99999999 00 888 7777777777777777777777777 2 1 777 4 4444 9 4 888 4 77 4 4 4444 0 0 0 0 000 111111111111 9 9 4444 4 0 6 0000 3 3 0000 7 99 4444444444 7 7 1 99 77777 11111111111 3 7
consensus : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACNG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---A-GTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC-C--G--TAT--TG-CATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGACGAGGAAAGAAGAAGTTGAACA--A-GTT-T--GAAGA--C-------GAGGGT-C-GNCTGAAATGAAAAATATGGTTTCAAAAATT---TC-----AAG-ATCTTTATACGAGG
Reference ( family-5959 ) : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACNG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---A-GTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC-C--G--TAT--TG-CATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGACGAGGAAAGAAGAAGTTGAACA--A-GTT-T--GAAGA--C-------GAGGGT-C-GTCTGAAATGAAAAATATGGTTTCAAAAATT---TC-----AAG-ATCTTTATACGAGG
gi|1 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--A-AT--GATA--------TAC--ATT----AC-A--AT--C-AAAAATT--ATA----T-GA---AT-ACCG--------T-TA--CATAATAT-CATACAA-GGTA-TG-GCCACATTAAATAATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-T-AATACATAAATCC---ACGTGCTGACA-TAT-T-TCAA-TGAGATGA-C----ATGCTATAAA-A-T---AAGG-ACT-TTT-TC--T----TTTTCAAAAGCTATTT-TGTGAT-G---TATTTTC-T--GA-TAT--TGCCATAGTTC-TT----TAAGTGATTTGATG----TAGAACAAGTTGAACA--ATGTT-T--GAAGA--CGAGGATAGAGGAT-C-GACTGAAAT----AATATGGTTTTAAAAATT---TTCATCAAAG-ACCTTTATATGCGG
gi|10 : agatTAGTATGTTATTGATC-A-ACA-TGC-CGATTAAC-GC--ATATA-GATT--------TACTAA-C----AAAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AAGCTATTACAG--------T-TA--CATAATAT--ATACAAGGGTA-TGTGC--CAATAAG--ATA--GATGGAAGA-ATGTG--T-ATGT-TAAAgacatttaagcataaa
gi|11 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAT--A-TACAAACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----TAAA--TAT-ACAG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAAaaaatgttagtagaatatacatgaatgttca
gi|12 : agtAAGTTGAATA-----TT-T--AAAGA--CA------GAGGGT-CTGTAT--AAT----AATAC--TTTCAAAAATT---Tgtatatcacaggttcttttccaaatcacatacttttaaaattgaaa
gi|13 : gctcgatatTAGT---TTATTAATC-A-A-AATCA-C-AT--ACAGC--ATATG-GGTA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C----A--TTGATA----T-AA--TAT-AACG--------T-AA--CATAATAT-CTAATAAGGGTA-aattctaaatgactgtagaggtgcatttgtagaaaaaa
gi|14 : agCT-TTT-TGT-AT-G---TATT----------------G-TATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGTTGAGGA---CAGAAGTTGAACA--A-GTC-T--GAAGA--CA------GAGGGT-C-GACTGAAATAA
gi|15 : GT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--TCAGC--ATATA-TATA--------TAC--A-T----GTAA--
gi|16 : gT---TTATCGAC----A-A-TGC---AT--ACGGA--ATATA-GATA--------TAC----T----ACAC--AT--C--AAA--C--ATA----T-AA--TATAACTG--------T-AA--TATAATAT-tataacttatgtatacgtnaatttgccggtattgcacaa
gi|17 : AAGGATA-TGTTTCATAATAAAT-ATG--AAT-----ATATGTA--CAGTGT-CAAATACATAA--T---------T--ATA-TAT-A-TCAAT
gi|19 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--GCAGC--ATATA-GATA--------TAT--A-
gi|2 : agtAGT---TGATTGATCCG-A-A-TGCGC-AT--ACAGCAAATATACGATA--------TAC--A-T----GCTAGCATAAC-AAAG--C--ATA----G-AA--TAT-AATA--------A-TAGCCGTAATATACATACATG---A-T------CAATACA--AGA--GGT-----C-TGGTA--CAATATGCAAATACATAA--TCATAA-ATTC--ATA-TATATATCAATTGA-GGTAGCTAGAATAATAAAAA-ATTATAAAAGAACTAGTT-TT-TTCTTATTTGCACAAGCT-TTTATAC-AT-GACTTCTTTTCGCCAG--TATTGTG-CATGGTTC-TTCAACT-AGT-A-TCGATGAG----GAAGACGTTGAACAACA-GTTATCAGAAGAGCC-------GAGGGTGC-GACTGAAATAA
gi|3 : tatatatgtcATTGT---TTATTG-TC-A-A-AATGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATACATGTATATAC--A-A----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AAAATAT-ACAGAAAATGAGT-TA--CATAAATT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----ATGTGTA--CA---------------------------------A-TGT-T-TTAA---AATATA-C-----TGTTATAAA-TTC---AAAG-ATT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAGGCT-TTT-TGT-AA-G---TATTTTC-CA-A--TAT--TA-CATAGTTC--T----T-AGT-ATTTGAAGAG----AAAGAAGTTGAACA--A-GTT-T--GAAGA--C-------AGAGGT-C-GTC-----TGAAAAATATGGTTTCAAAAAT------------AG-ATCTTTATATGAGGt
gi|4 : tagtATAGT---TTATTGATC-AGA-A-TGC-C-TC--ACAGCG-ATCGA-TATA--------TAC--A-A----ACAA--AT--C-AAA---T--ATA----TCAA--TAT-ACA---------T-TA--CATTATAT-CATA--AGGGTGCTGTGCCACAAT---------------------------CACT---------CATAA--TA---T-GTGG--ACAATGT-T-TTA--TAA---TA-C----ATGTTATAAA-TTC---AAAG-AGC-GTTGTC-TT----TTTTCTAG-GCT-TTT--GT-AAAG---TATTTCC-A--A--TAT--TG-CATAGCTC-TT----T-ATT-ATTTGAAGAGGAAAGAA----TTGACCA--A-GTT-T--G-AGA--C-------GAGGGT-C-GTCTGAAAT-----ATATGGTTTTAAAAATTTAATCG----AAGAATCTTTATGCAAGgacatttaagcataag
gi|5 : tagtATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACCG--------T-TA--CATAATAT-CATACAATGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---ACGTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGAGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCA-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC-T--G-----------NNNNNNN-NN----N-NNN-NNNNNNNNNNNNAAGA-----CT---------GTT-T---AAG-----------GATCGT-T-GTCTTTAATGAAA---ATGGTTTCAAAcataaa
gi|6 : ATGGT---TTATTGATC-A-A---TGC-CCAT--TCAGC--ATATATAATA--------TAC--A-T----GTAA------------------TA----T-AA--CTT---TG--------TATA--CGTAATAT-CAAACAAGG-CA-TGTGCCACAAAAAATTATA--TAG-----A-ATGTATGCAATAT-TAAATACATAA--TCT--A-TTGT--A---------TCAATTGAGGGTA-C----ATGC-ATAGACATT---AGAA-AC---TT-TC-TT----TTTTCAAAAGC--TTT-TAT--T-A---AATTTGC-C--GGTTAA--TGCCACAATTCTTT----T-AGT-ctctattgagga
gi|7 : tagATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGT-C-AT--ACAAC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACGA--AT--CAAAAA--T--ATATTTTT-AA--AAA-ACA---------T-AA--TATAATAT-CATACAAGGGTG-TGTATCACAATAAAT-ATG--GAT-------GTGTA--C-ATAG-TAAATACATAA--T---------C--ATA-TAC-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGTTATAAA-ATT---AAAA-ACT-GTT-TCTTT----TTTTTTAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---AATTTTC-C--g
gi|8 : aatAATAT-CAAACAAGGGCA-TGTGCCACAAAAAAT-ATATAGAT-----A--TGTATGCAATAT-TAAATACATAA--TCT--A-TTGT--A---------TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAGA-ATT---AGAA-AC---TT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-A---AATTTGC-CG-G--TAT--TG-CACAATTCTTT----T-AGT-GTTTGTCAAGGAAAGAAGaacattg
gi|9 : nATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATA--------TA-----T----ACAA--A---C-AAA-------------------TGT-ACAG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----ATGTGTA--CAATGT-TAAATACAT-----------GT-----TA-TA------AATT--------C----A------AAG-ATT------------GTT-TC-TT----TTTTCAAAGGCT-TTT-TGT-AA-G---TATTTTC-CA-A--TAT--TG-CATAGTTC-TT----T-tttaatatggaccgatataacatggtttca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GGATCGACTCAAACAACTTGTTCTCAGAAATTTTAATCGAAGATCTTTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111 22222222 11 6666666666666666666666666 11 222222222222 2222 1111 3333333333 22222 88888888888 1
lowQualScore : 555 2 2 2 5 2 5 33 66 5 00000000 33 2 6666 44 44 44 999999 888888 99 6 2222222222 3 44 3 3 99 55 33333333 00 333 1111111111111111111111111 3 0 777 4 9999 0 4 777 4 00 4 4 9999 4 4 4 4 777 999999999999 8 8 9999 4 5 5 2222 666 0000 6 99 1111111111 6 1 66666 00000000000 3 0
lowQualScore : ... . . . . . . .. .. . ........ .. . .... .. .. .. ...... ...... .. . .......... . .. . . .. .. ........ .. ... ......................... . . ... . .... . . ... . .. . . .... . . . . ... ............ . . .... . . . .... ... .... . .. .......... . . ..... ........... . .
lowQualScore : 000 9 9 9 7 9 7 99 88 7 44444444 99 9 5555 22 66 55 111111 888888 22 7 8888888888 3 66 1 1 44 00 99999999 00 888 7777777777777777777777777 2 1 777 4 4444 9 4 888 4 77 4 4 4444 0 0 0 0 000 111111111111 9 9 4444 4 0 6 0000 333 8888 7 22 7777777777 7 0 22222 00000000000 3 7
consensus : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACNG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---A-GTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC-C--G--TAT--TG-CATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGACGAGGAAAGAAGAAGTTGAACA--A-GTT-T--GAAGA--C-------GAGGGT-CGNCTGAAATGAAAAATATGGTTTCAAAAATT---TC-----AAG-ATCTTTATACGAGG
Reference ( family-5959 ) : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACNG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---A-GTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC-C--G--TAT--TG-CATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGACGAGGAAAGAAGAAGTTGAACA--A-GTT-T--GAAGA--C-------GAGGGT-CGNCTGAAATGAAAAATATGGTTTCAAAAATT---TC-----AAG-ATCTTTATACGAGG
gi|1 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--A-AT--GATA--------TAC--ATT----AC-A--AT--C-AAAAATT--ATA----T-GA---AT-ACCG--------T-TA--CATAATAT-CATACAA-GGTA-TG-GCCACATTAAATAATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-T-AATACATAAATCC---ACGTGCTGACA-TAT-T-TCAA-TGAGATGA-C----ATGCTATAAA-A-T---AAGG-ACT-TTT-TC--T----TTTTCAAAAGCTATTT-TGTGAT-G---TATTTTC-T--GA-TAT--TGCCATAGTTC-TT----TAAGTGATTTGATG----TAGAACAAGTTGAACA--ATGTT-T--GAAGA--CGAGGATAGAGGAT-CGACTGAAAT----AATATGGTTTTAAAAATT---TTCATCAAAG-ACCTTTATATGCGG
gi|10 : agatTAGTATGTTATTGATC-A-ACA-TGC-CGATTAAC-GC--ATATA-GATT--------TACTAA-C----AAAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AAGCTATTACAG--------T-TA--CATAATAT--ATACAAGGGTA-TGTGC--CAATAAG--ATA--GATGGAAGA-ATGTG--T-ATGT-TAAAgacatttaagcataaa
gi|11 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAT--A-TACAAACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----TAAA--TAT-ACAG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAAaaaatgttagtagaatatacatgaatgttca
gi|13 : agtTAGT---TTATTAATC-A-A-AATCA-C-AT--ACAGC--ATATG-GGTA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C----A--TTGATA----T-AA--TAT-AACG--------T-AA--CATAATAT-CTAATAAGGGTA-gtatatcacaggttcttttccaaatcacatacttttaaaattgaaa
gi|14 : agCT-TTT-TGT-AT-G---TATT----------------G-TATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGTTGAGGA---CAGAAGTTGAACA--A-GTC-T--GAAGA--CA------GAGGGT-CGACTGAAATAA
gi|15 : GT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--TCAGC--ATATA-TATA--------TAC--A-T----GTAA--
gi|16 : gT---TTATCGAC----A-A-TGC---AT--ACGGA--ATATA-GATA--------TAC----T----ACAC--AT--C--AAA--C--ATA----T-AA--TATAACTG--------T-AA--TATAATAT-tataacttatgtatacgtnaatttgccggtattgcacaa
gi|17 : AAGGATA-TGTTTCATAATAAAT-ATG--AAT-----ATATGTA--CAGTGT-CAAATACATAA--T---------T--ATA-TAT-A-TCAAT
gi|19 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--GCAGC--ATATA-GATA--------TAT--A-
gi|2 : agtAGT---TGATTGATCCG-A-A-TGCGC-AT--ACAGCAAATATACGATA--------TAC--A-T----GCTAGCATAAC-AAAG--C--ATA----G-AA--TAT-AATA--------A-TAGCCGTAATATACATACATG---A-T------CAATACA--AGA--GGT-----C-TGGTA--CAATATGCAAATACATAA--TCATAA-ATTC--ATA-TATATATCAATTGA-GGTAGCTAGAATAATAAAAA-ATTATAAAAGAACTAGTT-TT-TTCTTATTTGCACAAGCT-TTTATAC-AT-GACTTCTTTTCGCCAG--TATTGTG-CATGGTTC-TTCAACT-AGT-A-TCGATGAG----GAAGACGTTGAACAACA-GTTATCAGAAGAGCC-------GAGGGTGCGACTGAAATAA
gi|3 : tatatatgtcATTGT---TTATTG-TC-A-A-AATGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATACATGTATATAC--A-A----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AAAATAT-ACAGAAAATGAGT-TA--CATAAATT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----ATGTGTA--CA---------------------------------A-TGT-T-TTAA---AATATA-C-----TGTTATAAA-TTC---AAAG-ATT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAGGCT-TTT-TGT-AA-G---TATTTTC-CA-A--TAT--TA-CATAGTTC--T----T-AGT-ATTTGAAGAG----AAAGAAGTTGAACA--A-GTT-T--GAAGA--C-------AGAGGT-CGTC-----TGAAAAATATGGTTTCAAAAAT------------AG-ATCTTTATATGAGGt
gi|4 : tagtATAGT---TTATTGATC-AGA-A-TGC-C-TC--ACAGCG-ATCGA-TATA--------TAC--A-A----ACAA--AT--C-AAA---T--ATA----TCAA--TAT-ACA---------T-TA--CATTATAT-CATA--AGGGTGCTGTGCCACAAT---------------------------CACT---------CATAA--TA---T-GTGG--ACAATGT-T-TTA--TAA---TA-C----ATGTTATAAA-TTC---AAAG-AGC-GTTGTC-TT----TTTTCTAG-GCT-TTT--GT-AAAG---TATTTCC-A--A--TAT--TG-CATAGCTC-TT----T-ATT-ATTTGAAGAGGAAAGAA----TTGACCA--A-GTT-T--G-AGA--C-------GAGGGT-CGTCTGAAAT-----ATATGGTTTTAAAAATTTAATCG----AAGAATCTTTATGCAAGgacatttaagcataag
gi|5 : tagtATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACCG--------T-TA--CATAATAT-CATACAATGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---ACGTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGAGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCA-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC-T--G-----------NNNNNNN-NN----N-NNN-NNNNNNNNNNNNAAGA-----CT---------GTT-T---AAG-----------GATCGT-TGTCTTTAATGAAA---ATGGTTTCAAAcataaa
gi|6 : ATGGT---TTATTGATC-A-A---TGC-CCAT--TCAGC--ATATATAATA--------TAC--A-T----GTAA------------------TA----T-AA--CTT---TG--------TATA--CGTAATAT-CAAACAAGG-CA-TGTGCCACAAAAAATTATA--TAG-----A-ATGTATGCAATAT-TAAATACATAA--TCT--A-TTGT--A---------TCAATTGAGGGTA-C----ATGC-ATAGACATT---AGAA-AC---TT-TC-TT----TTTTCAAAAGC--TTT-TAT--T-A---AATTTGC-C--GGTTAA--TGCCACAATTCTTT----T-AGT-ctctattgagga
gi|7 : tagATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGT-C-AT--ACAAC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACGA--AT--CAAAAA--T--ATATTTTT-AA--AAA-ACA---------T-AA--TATAATAT-CATACAAGGGTG-TGTATCACAATAAAT-ATG--GAT-------GTGTA--C-ATAG-TAAATACATAA--T---------C--ATA-TAC-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGTTATAAA-ATT---AAAA-ACT-GTT-TCTTT----TTTTTTAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---AATTTTC-C--g
gi|8 : aatAATAT-CAAACAAGGGCA-TGTGCCACAAAAAAT-ATATAGAT-----A--TGTATGCAATAT-TAAATACATAA--TCT--A-TTGT--A---------TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAGA-ATT---AGAA-AC---TT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-A---AATTTGC-CG-G--TAT--TG-CACAATTCTTT----T-AGT-GTTTGTCAAGGAAAGAAGaacattg
gi|9 : nATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATA--------TA-----T----ACAA--A---C-AAA-------------------TGT-ACAG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----ATGTGTA--CAATGT-TAAATACAT-----------GT-----TA-TA------AATT--------C----A------AAG-ATT------------GTT-TC-TT----TTTTCAAAGGCT-TTT-TGT-AA-G---TATTTTC-CA-A--TAT--TG-CATAGTTC-TT----T-tttaatatggaccgatataacatggtttca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GCTCGATATAAGTTGAATATTTAAAGACAGAGGGTCTGTATAATAATACTTTCAAAAATTTAATTCTAAATGACTGTAGAGGTGCATTTGTAGAAAAAA
Unaligned ( gi|18 ): GGATCGACTCAAACAACTTGTTCTCAGAAATTTTAATCGAAGATCTTTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111 22222222 11 6666666666666666666666666 11 222222222222 2222 1111 3333333333 22222 88888888888 1
lowQualScore : 555 2 2 2 5 2 5 33 66 5 00000000 33 2 6666 44 44 44 999999 888888 99 6 2222222222 3 44 3 3 99 55 33333333 00 333 1111111111111111111111111 3 0 777 4 9999 0 4 777 4 00 4 4 9999 4 4 4 4 777 999999999999 8 8 9999 4 5 5 2222 666 0000 6 99 1111111111 6 1 66666 00000000000 3 0
lowQualScore : ... . . . . . . .. .. . ........ .. . .... .. .. .. ...... ...... .. . .......... . .. . . .. .. ........ .. ... ......................... . . ... . .... . . ... . .. . . .... . . . . ... ............ . . .... . . . .... ... .... . .. .......... . . ..... ........... . .
lowQualScore : 000 9 9 9 7 9 7 99 88 7 44444444 99 9 5555 22 66 55 111111 888888 22 7 8888888888 3 66 1 1 44 00 99999999 00 888 7777777777777777777777777 2 1 777 4 4444 9 4 888 4 77 4 4 4444 0 0 0 0 000 111111111111 9 9 4444 4 0 6 0000 333 8888 7 22 7777777777 7 0 22222 00000000000 3 7
consensus : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACNG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---A-GTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC-C--G--TAT--TG-CATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGACGAGGAAAGAAGAAGTTGAACA--A-GTT-T--GAAGA--C-------GAGGGT-CGNCTGAAATGAAAAATATGGTTTCAAAAATT---TC-----AAG-ATCTTTATACGAGG
Reference ( family-5959 ) : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACNG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---A-GTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC-C--G--TAT--TG-CATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGACGAGGAAAGAAGAAGTTGAACA--A-GTT-T--GAAGA--C-------GAGGGT-CGNCTGAAATGAAAAATATGGTTTCAAAAATT---TC-----AAG-ATCTTTATACGAGG
gi|1 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--A-AT--GATA--------TAC--ATT----AC-A--AT--C-AAAAATT--ATA----T-GA---AT-ACCG--------T-TA--CATAATAT-CATACAA-GGTA-TG-GCCACATTAAATAATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-T-AATACATAAATCC---ACGTGCTGACA-TAT-T-TCAA-TGAGATGA-C----ATGCTATAAA-A-T---AAGG-ACT-TTT-TC--T----TTTTCAAAAGCTATTT-TGTGAT-G---TATTTTC-T--GA-TAT--TGCCATAGTTC-TT----TAAGTGATTTGATG----TAGAACAAGTTGAACA--ATGTT-T--GAAGA--CGAGGATAGAGGAT-CGACTGAAAT----AATATGGTTTTAAAAATT---TTCATCAAAG-ACCTTTATATGCGG
gi|10 : agatTAGTATGTTATTGATC-A-ACA-TGC-CGATTAAC-GC--ATATA-GATT--------TACTAA-C----AAAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AAGCTATTACAG--------T-TA--CATAATAT--ATACAAGGGTA-TGTGC--CAATAAG--ATA--GATGGAAGA-ATGTG--T-ATGT-TAAAgacatttaagcataaa
gi|11 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAT--A-TACAAACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----TAAA--TAT-ACAG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAAaaaatgttagtagaatatacatgaatgttca
gi|13 : agtTAGT---TTATTAATC-A-A-AATCA-C-AT--ACAGC--ATATG-GGTA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C----A--TTGATA----T-AA--TAT-AACG--------T-AA--CATAATAT-CTAATAAGGGTA-gtatatcacaggttcttttccaaatcacatacttttaaaattgaaa
gi|14 : agCT-TTT-TGT-AT-G---TATT----------------G-TATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGTTGAGGA---CAGAAGTTGAACA--A-GTC-T--GAAGA--CA------GAGGGT-CGACTGAAATAA
gi|15 : GT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--TCAGC--ATATA-TATA--------TAC--A-T----GTAA--
gi|16 : gT---TTATCGAC----A-A-TGC---AT--ACGGA--ATATA-GATA--------TAC----T----ACAC--AT--C--AAA--C--ATA----T-AA--TATAACTG--------T-AA--TATAATAT-tataacttatgtatacgtnaatttgccggtattgcacaa
gi|17 : AAGGATA-TGTTTCATAATAAAT-ATG--AAT-----ATATGTA--CAGTGT-CAAATACATAA--T---------T--ATA-TAT-A-TCAAT
gi|19 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--GCAGC--ATATA-GATA--------TAT--A-
gi|2 : agtAGT---TGATTGATCCG-A-A-TGCGC-AT--ACAGCAAATATACGATA--------TAC--A-T----GCTAGCATAAC-AAAG--C--ATA----G-AA--TAT-AATA--------A-TAGCCGTAATATACATACATG---A-T------CAATACA--AGA--GGT-----C-TGGTA--CAATATGCAAATACATAA--TCATAA-ATTC--ATA-TATATATCAATTGA-GGTAGCTAGAATAATAAAAA-ATTATAAAAGAACTAGTT-TT-TTCTTATTTGCACAAGCT-TTTATAC-AT-GACTTCTTTTCGCCAG--TATTGTG-CATGGTTC-TTCAACT-AGT-A-TCGATGAG----GAAGACGTTGAACAACA-GTTATCAGAAGAGCC-------GAGGGTGCGACTGAAATAA
gi|3 : tatatatgtcATTGT---TTATTG-TC-A-A-AATGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATACATGTATATAC--A-A----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AAAATAT-ACAGAAAATGAGT-TA--CATAAATT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----ATGTGTA--CA---------------------------------A-TGT-T-TTAA---AATATA-C-----TGTTATAAA-TTC---AAAG-ATT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAGGCT-TTT-TGT-AA-G---TATTTTC-CA-A--TAT--TA-CATAGTTC--T----T-AGT-ATTTGAAGAG----AAAGAAGTTGAACA--A-GTT-T--GAAGA--C-------AGAGGT-CGTC-----TGAAAAATATGGTTTCAAAAAT------------AG-ATCTTTATATGAGGt
gi|4 : tagtATAGT---TTATTGATC-AGA-A-TGC-C-TC--ACAGCG-ATCGA-TATA--------TAC--A-A----ACAA--AT--C-AAA---T--ATA----TCAA--TAT-ACA---------T-TA--CATTATAT-CATA--AGGGTGCTGTGCCACAAT---------------------------CACT---------CATAA--TA---T-GTGG--ACAATGT-T-TTA--TAA---TA-C----ATGTTATAAA-TTC---AAAG-AGC-GTTGTC-TT----TTTTCTAG-GCT-TTT--GT-AAAG---TATTTCC-A--A--TAT--TG-CATAGCTC-TT----T-ATT-ATTTGAAGAGGAAAGAA----TTGACCA--A-GTT-T--G-AGA--C-------GAGGGT-CGTCTGAAAT-----ATATGGTTTTAAAAATTTAATCG----AAGAATCTTTATGCAAGgacatttaagcataag
gi|5 : tagtATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACCG--------T-TA--CATAATAT-CATACAATGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---ACGTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGAGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCA-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC-T--G-----------NNNNNNN-NN----N-NNN-NNNNNNNNNNNNAAGA-----CT---------GTT-T---AAG-----------GATCGT-TGTCTTTAATGAAA---ATGGTTTCAAAcataaa
gi|6 : ATGGT---TTATTGATC-A-A---TGC-CCAT--TCAGC--ATATATAATA--------TAC--A-T----GTAA------------------TA----T-AA--CTT---TG--------TATA--CGTAATAT-CAAACAAGG-CA-TGTGCCACAAAAAATTATA--TAG-----A-ATGTATGCAATAT-TAAATACATAA--TCT--A-TTGT--A---------TCAATTGAGGGTA-C----ATGC-ATAGACATT---AGAA-AC---TT-TC-TT----TTTTCAAAAGC--TTT-TAT--T-A---AATTTGC-C--GGTTAA--TGCCACAATTCTTT----T-AGT-ctctattgagga
gi|7 : tagATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGT-C-AT--ACAAC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACGA--AT--CAAAAA--T--ATATTTTT-AA--AAA-ACA---------T-AA--TATAATAT-CATACAAGGGTG-TGTATCACAATAAAT-ATG--GAT-------GTGTA--C-ATAG-TAAATACATAA--T---------C--ATA-TAC-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGTTATAAA-ATT---AAAA-ACT-GTT-TCTTT----TTTTTTAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---AATTTTC-C--g
gi|8 : aatAATAT-CAAACAAGGGCA-TGTGCCACAAAAAAT-ATATAGAT-----A--TGTATGCAATAT-TAAATACATAA--TCT--A-TTGT--A---------TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAGA-ATT---AGAA-AC---TT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-A---AATTTGC-CG-G--TAT--TG-CACAATTCTTT----T-AGT-GTTTGTCAAGGAAAGAAGaacattg
gi|9 : nATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATA--------TA-----T----ACAA--A---C-AAA-------------------TGT-ACAG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----ATGTGTA--CAATGT-TAAATACAT-----------GT-----TA-TA------AATT--------C----A------AAG-ATT------------GTT-TC-TT----TTTTCAAAGGCT-TTT-TGT-AA-G---TATTTTC-CA-A--TAT--TG-CATAGTTC-TT----T-tttaatatggaccgatataacatggtttca
blockSeqs : ATG C G C A G G TA AA C CATGTATA TA . ACAA GC AA AA ATTG TTTTT GC T AGAAAATGAG A GC A C TT TA GGAAGAA TG ATG TCATAAATTCATATATATA T ATA G TAGA C ATA A TA G T CTTA . A . A ACT GCCAGTATTG C T CAAC . . T GAAA GAA ACA A CA GCC G A GAAAA TTAATCG A
blockSeqs : . . . . A . C . G T . . . . . . A AT TA AA A AG . . . . T . ATA TG GT TATGTGGACAATGTT T GAG . . . . . T . . . . . . . . CGGTTAA . T . . . T NNAA GAC A . . CA . A GAAA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A AT TC . . AG . . . . T . ATG . GT TCACGTGCACATATT T GGG . . . . . C . . . . . . . . CAATAT . . . . . A GAAA GAA A . . C . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A AC T . . CG . . . . T . ATG . GT TTATATATA T GGG . . . . . T . . . . . . . . CGGTAT . . . . . A GA . A . . C . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A GC T . . TG . . . . T . CT . AT TCTATTGTA T GGG . . . . . T . . . . . . . . CAATAT . . . . . N . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A AT T . . TA . . . . T . AA . AG TCATATACT T GG . . . . . . . . . . . . . . AATAT . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A AT G . . CG . . . . T . AA . AT TCTATTGTA T . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A AT T . . TG . . . . . . G . GT GTTATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . AG . . . . . . A . . ATGTT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : AT**** T* TCTATATGTN*************** GAA* A*** C*********
originalCons : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACNG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAA--TC---A-GTGC--ACA-TAT-T-TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC-C--G--TAT--TG-CATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGACGAGGAAAGAAGAAGTTGAACA--A-GTT-T--GAAGA--C-------GAGGGT-CGNCTGAAATGAAAAATATGGTTTCAAAAATT---TC-----AAG-ATCTTTATACGAGG
finalCons : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAAT----ATA----T-AA--TAT-ACNG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACATAATCTATATGTN---------------TCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC-C--G--TAT--TG-CATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGACGAGGAA-GAAGAAGTTGAACAA---GTT-T--GAAGAC---------GAGGGT-CGNCTGAAATGAAAAATATGGTTTCAAAAATT---TC-----AAG-ATCTTTATACGAGG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GCTCGATATAAGTTGAATATTTAAAGACAGAGGGTCTGTATAATAATACTTTCAAAAATTTAATTCTAAATGACTGTAGAGGTGCATTTGTAGAAAAAA
Unaligned ( gi|18 ): GGATCGACTCAAACAACTTGTTCTCAGAAATTTTAATCGAAGATCTTTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111 1 22222222 11 444444444444444444444444444 3333333 22 3333333333 22222 88888888888 1
lowQualScore : 555 2 2 2 5 2 5 33 66 5 00000000 33 2 6666 44 44 44 999999 888888 99 6 2222222222 3 44 3 3 0 55 44444444 00 3 4 4 999999999999999999999999999 77777 4 9999 0 4 777 4 88 4 4 9999 4 4 4 4 777 4444444 66 8 8 9999 4 5 777 00 0 0 9999 6 99 1111111111 6 1 66666 00000000000 3 0
lowQualScore : ... . . . . . . .. .. . ........ .. . .... .. .. .. ...... ...... .. . .......... . .. . . . .. ........ .. . . . ........................... ..... . .... . . ... . .. . . .... . . . . ... ....... .. . . .... . . ... .. . . .... . .. .......... . . ..... ........... . .
lowQualScore : 000 9 9 9 7 9 7 99 88 7 44444444 99 9 5555 22 66 55 111111 888888 22 7 8888888888 3 66 1 1 9 00 55555555 00 6 4 0 777777777777777777777777777 77777 4 4444 9 4 888 4 00 4 4 4444 0 0 0 0 000 5555555 11 9 9 4444 4 0 666 66 7 7 5555 7 22 7777777777 7 0 22222 00000000000 3 7
consensus : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACNG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-GTGTA--CAATGT-TAAATACAT-AATC---------TATATG--------TNTCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC-C--G--TAT--TG-CATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGACGAGGA-GAAGAAGTTGAACA--A-GTT-T--GAAGA--C-------GAGGGT-CGNCTGAAATGAAAAATATGGTTTCAAAAATT---TC-----AAG-ATCTTTATACGAGG
Reference ( family-5959 ) : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACNG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACAT-AATC---------TATATG--------TNTCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC-C--G--TAT--TG-CATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGACGAGGAAGAAGAAGTTGAACA--A-GTT-T--GAAGA--C-------GAGGGT-CGNCTGAAATGAAAAATATGGTTTCAAAAATT---TC-----AAG-ATCTTTATACGAGG
gi|1 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--A-AT--GATA--------TAC--ATT----AC-A--AT--C-AAAAATT--ATA----T-GA---AT-ACCG--------T-TA--CATAATAT-CATACAA-GGTA-TG-GCCACATTAAATAATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-T-AATACATAAATC---------CACGTGCTGACATATTTCAA-TGAGATGA-C----ATGCTATAAA-A-T---AAGG-ACT-TTT-TC--T----TTTTCAAAAGCTATTT-TGTGAT-G---TATTTTC-T--GA-TAT--TGCCATAGTTC-TT----TAAGTGATTTGAT---GTAGAACAAGTTGAACA--ATGTT-T--GAAGA--CGAGGATAGAGGAT-CGACTGAAAT----AATATGGTTTTAAAAATT---TTCATCAAAG-ACCTTTATATGCGG
gi|10 : agatTAGTATGTTATTGATC-A-ACA-TGC-CGATTAAC-GC--ATATA-GATT--------TACTAA-C----AAAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AAGCTATTACAG--------T-TA--CATAATAT--ATACAAGGGTA-TGTGC--CAATAAG--ATA--GATGGAAGA-ATGTG--T-ATGT-TAAAgacatttaagcataaa
gi|11 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAT--A-TACAAACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----TAAA--TAT-ACAG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAAaaaatgttagtagaatatacatgaatgttca
gi|13 : agtTAGT---TTATTAATC-A-A-AATCA-C-AT--ACAGC--ATATG-GGTA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C----A--TTGATA----T-AA--TAT-AACG--------T-AA--CATAATAT-CTAATAAGGGTA-gtatatcacaggttcttttccaaatcacatacttttaaaattgaaa
gi|14 : agCT-TTT-TGT-AT-G---TATT----------------G-TATAGTTC-TT----T-AGT-ATTTGTTGAGGA--CAGAAGTTGAACA--A-GTC-T--GAAGA--CA------GAGGGT-CGACTGAAATAA
gi|15 : GT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--TCAGC--ATATA-TATA--------TAC--A-T----GTAA--
gi|16 : gT---TTATCGAC----A-A-TGC---AT--ACGGA--ATATA-GATA--------TAC----T----ACAC--AT--C--AAA--C--ATA----T-AA--TATAACTG--------T-AA--TATAATAT-tataacttatgtatacgtnaatttgccggtattgcacaa
gi|17 : AAGGATA-TGTTTCATAATAAAT-ATG--AAT-----ATATGTA--CAGTGT-CAAATACAT-AAT----------TATATA--------TATCAAT
gi|19 : ATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--GCAGC--ATATA-GATA--------TAT--A-
gi|2 : agtAGT---TGATTGATCCG-A-A-TGCGC-AT--ACAGCAAATATACGATA--------TAC--A-T----GCTAGCATAAC-AAAG--C--ATA----G-AA--TAT-AATA--------A-TAGCCGTAATATACATACATG---A-T------CAATACA--AGA--GGT-----C-TGGTA--CAATATGCAAATACAT-AATCATAAATTCATATATA--------TATCAATTGA-GGTAGCTAGAATAATAAAAA-ATTATAAAAGAACTAGTT-TT-TTCTTATTTGCACAAGCT-TTTATAC-AT-GACTTCTTTTCGCCAG--TATTGTG-CATGGTTC-TTCAACT-AGT-AT----CGATGAGGAAGACGTTGAACAACA-GTTATCAGAAGAGCC-------GAGGGTGCGACTGAAATAA
gi|3 : tatatatgtcATTGT---TTATTG-TC-A-A-AATGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATACATGTATATAC--A-A----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AAAATAT-ACAGAAAATGAGT-TA--CATAAATT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----ATGTGTA--CAATGT-T---T---T-AA-----------------------------AAT-----ATA-C-----TGTTATAAA-TTC---AAAG-ATT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAGGCT-TTT-TGT-AA-G---TATTTTC-CA-A--TAT--TA-CATAGTTC--T----T-AGT-ATTTGAAGAG---AAAGAAGTTGAACA--A-GTT-T--GAAGA--C-------AGAGGT-CGTC-----TGAAAAATATGGTTTCAAAAAT------------AG-ATCTTTATATGAGGt
gi|4 : tagtATAGT---TTATTGATC-AGA-A-TGC-C-TC--ACAGCG-ATCGA-TATA--------TAC--A-A----ACAA--AT--C-AAA---T--ATA----TCAA--TAT-ACA---------T-TA--CATTATAT-CATA--AGGGTGCTGTGCCACAATCACTCATA---AT-----ATGTGGA--CAATGT-T------------T---------TATA----------------------ATA-C----ATGTTATAAA-TTC---AAAG-AGC-GTTGTC-TT----TTTTCTAG-GCT-TTT--GT-AAAG---TATTTCC-A--A--TAT--TG-CATAGCTC-TT----T-ATT-ATTTGAAGAGGA--AAGAA-TTGACCA--A-GTT-T--G-AGA--C-------GAGGGT-CGTCTGAAAT-----ATATGGTTTTAAAAATTTAATCG----AAGAATCTTTATGCAAGgacatttaagcataag
gi|5 : tagtATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-AT--ACAGC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACAA--AT--C-AAAA--T--ATA----T-AA--TAT-ACCG--------T-TA--CATAATAT-CATACAATGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----A-ATGTA--CAATGT-TAAATACAT-AATCACGTG----CACATA--------TTTCAATTGAGAGTA-C----ATGCTATAAA-ATT---AAAG-ACT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAAGCA-TTT-TGT-AT-G---TATTTTC------------TG-NNNNNNNN-NN----N-NNN-NNNNNNNNNNNAAGA-----CT---------GTT-T---AAG-----------GATCGT-TGTCTTTAATGAAA---ATGGTTTCAAAcataaa
gi|6 : ATGGT---TTATTGATC-A-A---TGC-CCAT--TCAGC--ATATATAATA--------TAC--A-T----GTAA------------------TA----T-AA--CTT---TG--------TATA--CGTAATAT-CAAACAAGG-CA-TGTGCCACAAAAAATTATA--TAG-----A-ATGTATGCAATAT-TAAATACAT-AATC---------TAT-TG--------TATCAATTGAGGGTA-C----ATGC-ATAGACATT---AGAA-AC---TT-TC-TT----TTTTCAAAAGC--TTT-TAT--T-A---AATTTGC-C--GGTTAA--TGCCACAATTCTTT----T-AGT-ctctattgagga
gi|7 : tagATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGT-C-AT--ACAAC--ATATA-GATA--------TAC--A-T----ACGA--AT--CAAAAA--T--ATATTTTT-AA--AAA-ACA---------T-AA--TATAATAT-CATACAAGGGTG-TGTATCACAATAAAT-ATG--GAT-------GTGTA--C-ATAG-TAAATACAT-AATC----------ATATA--------CTTCAATTGAGGGTA-C----ATGTTATAAA-ATT---AAAA-ACT-GTT-TCTTT----TTTTTTAAAGCT-TTT-TGT-AT-G---AATTTTC-C--g
gi|8 : aatAATAT-CAAACAAGGGCA-TGTGCCACAAAAAAT-ATATAGAT-----A--TGTATGCAATAT-TAAATACAT-AATC---------TAT-TG--------TATCAATTGAGGGTA-C----ATGCTATAGA-ATT---AGAA-AC---TT-TC-TT----TTTTCAAAAGCT-TTT-TGT-AT-A---AATTTGC-CG-G--TAT--TG-CACAATTCTTT----T-AGT-GTTTGTCAAGGA--AAGAAGTTTAATA--aacattg
gi|9 : nATAGT---TTATTGATC-A-A-A-TGC-C-TT--ACAGC--ATATA-GATA--------TA-----T----ACAA--A---C-AAA-------------------TGT-ACAG--------T-TA--CATAATAT-CATACAAGGGTA-TGTGCCACAATAAAT-ATA--GAT-----ATGTGTA--CAATGT-TAAATACAT-G--T---------TATA--------------AAT--------------------------TC---AAAG-ATT-GTT-TC-TT----TTTTCAAAGGCT-TTT-TGT-AA-G---TATTTTC-CA-A--TAT--TG-CATAGTTC-TT----T-tggaccgatataacatggtttca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GCTCGATATAAGTTGAATATTTAAAGACAGAGGGTCTGTATAATAATACTTTCAAAAATTTAATTCTAAATGACTGTAGAGGTGCATTTGTAGAAAAAA
Unaligned ( gi|18 ): GGATCGACTCAAACAACTTGTTCTCAGAAATTTTAATCGAAGATCTTTATA