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7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-5922 ) : GGTTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GT-G-T--AC---GGGTACGT--------GT-ACGTGT--GC-AATACT--T--ACACGTAC-----A-CGTAC--CC--GTTTTTT-G-TA-TTTGTC---TGTT--GA-GA----T-TTTCA-TG--A------C-GTG----TAAAA--TA--------AA--T-C--T-A--G-GGTTT--CCA---A-C--TA--TTCA---T-TCTTG-T----------------AACGT-C--A--GTT--TG-AC-TTCA-GTT-AAT--GGAT--AAAAC-A-T-G-T-TCA--AAC--TGCGT-G-TAAATGAAAATA--------GAAA--T------CCTATATAAT-GTTT-AAAA---GT--CAAANTTTTA--TAC-AACAATCAGC
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gi|11 : ggtttgaatatttcaacacgaaggtattTTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GT-G-T--AA---GGGTACGT--------CT-ACATGT--AC-AGTACT--T--ACAAGTAC-----A-CGTAC--CC--GTTTTTT-G-TA-TTTGTC---TGTT--GA-GA----T-TTTCA-TG--A------C-TTG----TAAAA--GA--------AA--T-C--T-A--G-GGTTT--CCA---A-C--TA--TTCA---T-TCTTG-T----------------AACGT-C--A--GTT--TG-AC-TTCA-GT---------------------T-G-T-TCA--AAC--TGCGT-G-TAAATGAAAATA--------GAAA--T------CCTATATAAT-GTTT-GAAA---GT--AAAAATTTTA--TAC-AAAAATCAattttaatacaaaacaaccagctattattatcg
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gi|13 : tGCTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GT-G-T--A--------A----------------GTGT--AC-AATACTAAT--ACATATAA-----A-CGTAA--CC--GTTagttagttattcatc
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gi|16 : aGGTTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GCGG-T--AC---GGGTctgct
gi|17 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGTTGA-TAT-TTTC-AAAA---C-GT-A----AC---GGGCACGT--------GTGACGtctct
gi|18 : gttaaaagcataccagttgtatatacgtggtagacgccgcctctacaagttatgacaacgtgtagaaatcttgtgcatcgccaaaagtgatgacgataatacgcgagtaatttcagttgatttcccctactacGGTTGA-GAT-TT-CAA-AA---C-AT-G-T--AC---AGGTACGT---------T-ACtctc
gi|19 : gctacacagtttgttaattattacgtgtagacgccgtctacaagttaatgaacaactgtgtagaaaccttgtcatcgccaaaaagtgactgacgtaatacatgatcgagtaattttcggtgattccctaatacgggGTTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GT-G-T--AC---GGGTACGG--------GT-tct
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gi|21 : AT-GTTC-AAACTGCGTG-TAAACTTTTA--TAC-AACAATCAGCcttttatacaacaatcagctagtattta
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-5922 ) : GGTTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GT-G-T--AC---GGGTACGT--------GT-ACGTGT--GC-AATACT--T--ACACGTAC-----A-CGTAC--CC--GTTTTTT-G-TA-TTTGTC---TGTT--GA-GA----T-TTTCA-TG--A------C-GTG----TAAAA--TA--------AA--T-C--T-A--G-GGTTT--CCA---A-C--TA--TTCA---T-TCTTG-T----------------AACGT-C--A--GTT--TG-AC-TTCA-GTT-AAT--GGAT--AAAAC-A-T-G-T-TCA--AAC--TGCGT-G-TAAATGAAAATA--------GAAA--T------CCTATATAAT-GTTT-AAAA---GT--CAAATTTTTA--TAC-AACAATCAGC
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gi|22 : atttcaaacgggtacgtgtacgtgtacgtgtacaatacttacacgtacaagtacccgtttttgtatttgtctgtggtttccaactattcagtcttgcaacgtccgtttgacttcaaacGGTTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GT-T-T--AC---GGGTtagtattta
gi|23 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA--------AA--T-C--T-A--G-GATTT--CCA---A-C--TA--TTGA---T-TCTTG-T----------------AACGT-C--A--ATT--TG-AC-TTCA-GTT-AAT--GGAT--AAAAC-A-T-A-T-TCA--AAC--TGCGT-G-TAAATGAAAATA--------GAAA--T------CCTATATAAT-GTTT-AAAA---GG--CAAAATTTTA--TAC-AACAATCAGCtctc
gi|24 : GGTTGA-GAT-TT-C-G-AA---C-GT-G-T--AC---TGGTACGT--------GT-ACGTGT--GC-AATACT--T--ACACGTAC-----A-CGTAC--CA--GTTTTTT-G-TG-TTTGTC---TGTT--GA-GA----T-TTTCA-TG--A------C-GTG----TAAAC--TA--------AA--------------GGTTT--CCA---A-C--TA--TTCA---T-TCTTG-T----------------AACGT----A--GTT--Ttagtattt
gi|26 : aAC-A-T-G-T-TCA--AAC--TGCAT-G-TGAATGAAAATATTATGTTTAAAA------------ATATTAT-GTTT-AAAA---GT--CAAATTTTTA--TAC-CACAATCAG
gi|28 : GATTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GT-T-TTTAC---GGGTACGT--------GT-AC---------AATA-------------------------GC-------TTTTTT-G-TA-ATTTCC---TGTT--AA-GA----T-TTTCA-TG--A------CAGTG----TAAAA--Tttagtattcatc
gi|3 : GTTGAAGATCTT-C-A-AA---C-GTCG-T--AC---GG-TACGT--------TTTACGTAT--GC-AATACT--T--ACAACTAC-----T-CG--C--CC--TTTTTTT-T-TT-TTTGTC---TGTT--GA-GA----T-T--CA-TG--A------C-GT-----TAACA--TA--------AAAAT-C--T-A--G-G-TTT--CCA---AAC--TA--TCAA---T-TCTTG-T----------------AACG--C--A--GTT--TG-AC-TTCA-GTT-AA----GATTAAAAAC-ACC-G-T-TCA--AACTTTGC-T-G-TAAATT-AAATA--------GAAA--T------CTTATATGAT-GTTT-AAAA---GG--CAAATT------TAA-AACAAT-AGCt
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gi|34 : aaGGTTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-AT-G-T--CC---GGGTACGT--------GT-ACGTAT--GC-AATACT--T--A
gi|35 : gaGGTTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GT-G-T--AC---GGGTGCGT--------GT-ACG
gi|36 : gaGGTTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GT-G-T--AC---GGGTACGT--------
gi|4 : gagaA-GAT-TT-C-A-ACTCTC--T-G-T--AC---GGGTACGT--------GT-AC---------AGTACT--T--ACACGTAC-----A-CGT----------TGTTT-GCTA-TTTGTC---TGTT--G--GACATTT-TTTCAATGCAG------C-GTG----TAAAAGATA--------AA--T-C--T-AAGG-GGTTT--CAACCTA-C--TA--TTCA---GATCTTG-T----------------G----------------TA-AC-TTCA-GTT-AAT--GGAT--AAAAC-A-T-G-T-TCA--AAC--TGCAT-G-TGAATGAAAATA--------GAAA--T------CCTATATTAT-GTTT-AAAA---GT--CAAATTTTTA--TAC-AACAATCAG
gi|5 : tga-GAT-TT-C-A-AA---C-CT-G-T--AC---GAGTACGT--------AT-ACGTGT--GC-AATATT--T--ACACGTAC-----A-TGTAC--CC--GTTTTTC-G-TA-TTTGTC---TGTT--GA-GA----T-T--CA-TG--A------T-GTG----TAAAA--GA--------AA--T-C--T-A--G-GTTTT--CTA---A-T--TA--TTCA---T-TCTCG-T----------------AACGT-C--A--GTT--TG-AC-TTCA-GTT-AAT--AAAT--AAAAC-A-T-G-T-TCA--AAC--TGCGT-G-TAAATCAAAATA--------GAAA--T------TCTATATAAT-GTTT-AAAA---AT--CATATTTTTA--TAC-AACAATTAGCttagtattcat
gi|6 : -TT-C-A-AA---C-GT-GCT--ACCCTGGGTACGTCGTTTCCTAT-A-GTGT---C-AATACC--TTAACACGTACGT---A-CGTATAGCC--GTGTTTT-A-AT-TTTGTC---TATTT-GA-GA----T-TT-CA-TG--AATCGTCC-GTGGTCTTAAAA--TA--------AA--TTC--T-A--A-G-TTG--TCA---A-C--TAATTTTACATT-TCTTG-TGAT-------------AACGT-CTCA--GTT--TGTACGTTCA-GTT-AATCCGGAT--AAAACTA-T-G-T-TCA--AAC--TGCGT-GATAA---AAAATA--------GAAAATC------CCTATATtagtatttatc
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blockSeqs : A C T A A TCT . G C TT CCT CGTTTCCT G TTG A AA TA TTACA G AG AA T G A ACA T A CATT A A CA ATCGTC A GTCT GA CACATGTA AA T TT . AGG . CCT A TA AT CATT . CATTAAATGCAAGTAA . TC AT TC T G C T CC TA A C A . C TT TT . A TTATGTTT TCAACTA C A TGC TG A CT T
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
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originalCons : GGTTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GT-G-T--AC---GGGTACGT--------GT-ACGTGT--GC-AATACT--T--ACACGTAC-----A-CGTAC--CC--GTTTTTT-G-TA-TTTGTC---TGTT--GA-GA----T-TTTCA-TG--A------C-GTG----TAAAA--TA--------AA--T-C--T-A--G-GGTTT--CCA---A-C--TA--TTCA---T-TCTTG-T----------------AACGT-C--A--GTT--TG-AC-TTCA-GTT-AAT--GGAT--AAAAC-A-T-G-T-TCA--AAC--TGCGT-G-TAAATGAAAATA--------GAAA--T------CCTATATAAT-GTTT-AAAA---GT--CAAATTTTTA--TAC-AACAATCAGC
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TCGTAAAAGCTTACCAAGTTTGTTATTACGTGTCAAACTGTTCCGCTCTAACAAGTGTAGCCAACGGTGTAGAAATCTTGTCATCCCCAAAACGTGATGACGTAATACGCAGAGTTTAATTTCGGTGATACCCCTAATAACGTACACAGCGACGAATGGTACCGACGTTTGGGAAATCTCAAACCTCTTCT
Unaligned ( gi|25 ): TCATAGAGTGAGTGCATAGAAACCTTTTCATCACCAAAAGTGGTGACGCAATACACGAGTAATTTCGGTGATTTCCCCAATACCTGCATCCAGTTGAAATCTCAACCTCTCT
Unaligned ( gi|27 ): GTAAAATTTACGTGTAGAGGCCGCTCCCGCATAGAAACCTTGTCATCGCCAAAGTGATGACGAAATACGCGAGTAATTTTGTTATTCCCCT
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Unaligned ( gi|32 ): AACAGATTCAAAACCAAAGAAAACAACTTAAGCGAATACTATTACCACAACTACT
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consensus : GGTTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GT-G-T--AC---GGGTACGT--------GT-ACGTGT--GC-AATACT--T--ACACGTAC-----A-CGTAC--CC--GTTTTTT-G-TA-TTTGTC---TGTT--GA-GA----T-TTTCA-TG--A------C-GTG----TAAAA--TA--------AA--T-C--T-A--G-GGTTT--CCA---A-C--TA--TTCA---T-TCTTG-T----------------AACGT-C--A--GTT--TG-AC-TTCA-GTT-AAT--GGAT--AAAAC-A-T-G-T-TCA--AAC--TGCGT-G-TAAATGAAAATA--------GAAA--T------CCTATATAAT-GTTT-AAAA---GT--CAAATTTTTA--TAC-AACAATCAGC
Reference ( family-5922 ) : GGTTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GT-G-T--AC---GGGTACGT--------GT-ACGTGT--GC-AATACT--T--ACACGTAC-----A-CGTAC--CC--GTTTTTT-G-TA-TTTGTC---TGTT--GA-GA----T-TTTCA-TG--A------C-GTG----TAAAA--TA--------AA--T-C--T-A--G-GGTTT--CCA---A-C--TA--TTCA---T-TCTTG-T----------------AACGT-C--A--GTT--TG-AC-TTCA-GTT-AAT--GGAT--AAAAC-A-T-G-T-TCA--AAC--TGCGT-G-TAAATGAAAATA--------GAAA--T------CCTATATAAT-GTTT-AAAA---GT--CAAATTTTTA--TAC-AACAATCAGC
gi|1 : GGTTGA-GAT-TT-C-A-GA---CCGT-G-T--AC---GGG-ATG---------GT-ACGCAT--GC-AATAC----------ATAC-----A-CGTAC--CC--GTTTTTT-G-C--TTTGTC---TTTTTGGA-GA----T-TTTCA-TG--A------C-GGT----TAAAA--TA--------AA--T-C--TTA--G-GGTTTTTCCA---A-C--TA--CTCA---T-TTTTGAT----------------AACGTGC--A--GTT--TG-AC-TTTA-GTT-AAT--TGGC--AAAAC-A-T-GTT-TCA--AAC--TGCGTCG-T-AATGAAAATA--------GAAAATT------CCTATATAAT-GTTT-AAAA---GG--CAACTTTTT---T-C-AACAATCTGC
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gi|16 : aGGTTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GCGG-T--AC---GGGTctgct
gi|17 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGTTGA-TAT-TTTC-AAAA---C-GT-A----AC---GGGCACGT--------GTGACGtctct
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gi|2 : cgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGTTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GT-G-T--AC---GGGTACCT--------GT-ACGTGT--GCAAAAACT--T--GCACGTAC-----A-CGTAC--CT---TTTTTT-G-TA-TTTGTC---TGTT--GA-GA----T-TTTCA-TG--A------C-GTG----TAAAA--TA--------AA--T-C--T-A--G-GGTTT--CCT---A-C--TA--TTCA---T-TCTCG-T----------------AACGT-C--A--GTT--TG-AC-TTCA-GTT-AAT--GGAT--AAAAC-A-T-G-T-TCA--AAC--TGCGT-G-TAAATGAAAATA--------GAAT--T------CCTACATAAT-GTTT-AAAA---GT--CAACATTTTA--TAC-AACAATCAGttctt
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gi|21 : AT-TT-C-A-AA---C-GG-G-T--AC---GTGTACGT--------GT-ACGTGT--AC-AATACT--T--ACACGTAC-----A-AGTAC--CC--GTT----------TTTGT--------------A----T-TT------------------------------------------G--T-C--T-G--T-GGTTT--CCA---A-C--TA--TTCA---G-TCTTG-C----------------AACGT-C--C--GTT--TG-AC-TTC------------------AAAC-A-T-G-T-TCA--AAC--TGCGT-G-TAAAtaattcacggtgtgtttaaaattt
gi|21 : AT-GTTC-AAACTGCGTG-TAAACTTTTA--TAC-AACAATCAGCcttttatacaacaatcagctagtattta
gi|22 : atttcaaacgggtacgtgtacgtgtacgtgtacaatacttacacgtacaagtacccgtttttgtatttgtctgtggtttccaactattcagtcttgcaacgtccgtttgacttcaaacGGTTGA-GAT-TT-C-A-AA---C-GT-T-T--AC---GGGTtagtattta
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gi|24 : GGTTGA-GAT-TT-C-G-AA---C-GT-G-T--AC---TGGTACGT--------GT-ACGTGT--GC-AATACT--T--ACACGTAC-----A-CGTAC--CA--GTTTTTT-G-TG-TTTGTC---TGTT--GA-GA----T-TTTCA-TG--A------C-GTG----TAAAC--TA--------AA--------------GGTTT--CCA---A-C--TA--TTCA---T-TCTTG-T----------------AACGT----A--GTT--Ttagtattt
gi|26 : aAC-A-T-G-T-TCA--AAC--TGCAT-G-TGAATGAAAATATTATGTTTAAAA------------ATATTAT-GTTT-AAAA---GT--CAAATTTTTA--TAC-CACAATCAG
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