lowQualScore : 111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 666666666 11 1 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 111 11111111 2222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 333333333 77777777777777777777777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 444444444444444444444444444444 22222222 11 4444444444 3333
lowQualScore : 5 6 000000000 6 22 6 5 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 999 22222222 555 0 0000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 888 7777 111111111 777 00000000000000000000000 0 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 5 6 111111 4 4 777777777777777777777777777777 66 3 8 88888 44 33333333 4 4 66 3 77 0000000000 9 3 6666
lowQualScore : . . ......... . .. . . . ........................................................................................................................................................................... .. ... ........ ... . ....... ........................................................................................................................... .... ... .... ......... ... ....................... . . ............................................................... . . . ...... . . .............................. .. . . ..... .. ........ . . .. . .. .......... . . ....
lowQualScore : 0 0 000000000 0 00 0 0 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88 888 99999999 888 2 0000000 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5555 888 1111 888888888 888 11111111111111111111111 3 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 6 9 555555 9 4 999999999999999999999999999999 66 3 7 33333 22 33333333 0 0 44 2 88 4444444444 0 5 1111
consensus : AGTACTTAAAAGGTT---------AGAATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTGAAACTTAAAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGAATCACCANNCTTCGTATNGATTTTCCTATAGNAGGAGGCNTATTGTTTTT-CAAGGT-GAACCTT-----CATGAG-AAA-T------TTNGTNGGCA------CAA--AACA-GAT-A-G---------AATCTAAG--ATA---A----TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAGTA-------CGCATATT----C--------------A-------TC-AT----AGAC------G-G-G-TTGT--AC------AT------A--GTTATG--GTG-C-----TTCTG--------T-------CTG-CCGTTCATC-A-GCACC---TTGTGGGA--AGGATANAAA-GAGT---ACTAA----T--GG-----CTAG-----GATAATCAAACCTCGG----------T-CN-CATGTTCCTCATGGGNAA-AGGAAGATG--TC--TTATTAGCCA-TTGTCAAGGTCATACTTTCANGGGTAATCGTGAANGAA-AA-------ACG---------G----T---ANTAA-TAAG-GCNAGGATCATCAA-----ACTT-GGTGTACA---TGTT-C-CCNATGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGANAAGT--CGGTAAT
Reference ( gi|1 ) : AGTACTTACAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTATTGTTTTCCAAAATCAAGGTCAAACTTACAAGGATAA--------------AACAAGATA------TAAAGGT-AAGA-TCACCAACCTTGA-ATCGA----------GGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGATGGAACCTT-----CATGAGTAAAGTAGATAATCAATAGGCA------CAA--AATA-GATCATGTATTGTTTCAATCTAAG--ATA---A----TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAATA-------CACATATT----C--------------A-------TC-AT----AGA-------G-G-G-TTGT--A-------AT------A--GTTATG--GTG-C-----TTCTG--------T-------TTGACCGTTCATC-A-GCACC---TTGTGGGA--AGGGTAGAAA-GAGT---ACTAA----T---G-----C--G-----GATAATCAAACCTTGA----------T-CT-CTTGTTCATCAGAGGCAA-AGGCAAATG--TC--TTATTAGCCA-TTGTCAAAGTCGTACTTTCAAGGGGAATCTTGAATGAA-AA-------ACG---------G----T---AGTAG-TAAG-GCAAGGATCATCAA-----ACTT-GGTGTTCA---AGTT-C-CCAGTGGTGTTGGTGCTAAGCATATA--TTCTTTTTAAAAGTACCGGTAAT
gi|2 : AGTACTTAAAAGGTT---------AGAATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTGAAACTTAAAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGTTAAGA-TCACCAACCTTCA-ATAGA----------GGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGATGGAACCTT-----CATGAGTAAATTAG--------TAGGCA------CAA--AGTA-GAT-------------AATCTAAG--ATA---A----TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAACA-------CACATATT----CATTC----------A-------TC-AT----AGA-------G-G-G-TTGT--A-------AT------G--GTTATG--GTG-C-----TTCTG--------T-------TTGACCGTTCATC-A-GCACT---TTGTGGGA--AGGGTAGAAA-GAGT---ACTGA----T---G-----T--G-----GATAATCAAACCTTGA----------T-CT-CTTGTTCATCAGAGGCAA-AGGTAAATG--TCTGTTATTAGCCA-TTGTCAAAGTCGTACTTTCAAGGGAAATCTTGAATGAA-AA-------ACGGTAGTAGTAG----T---AGTAG-TAAG-GCAAGAATCATCAA-----ACTT-GGTGT--A---AGTT-C-CCTGTGGTGTTGGTGCTAAGTATATA--TTTT
gi|9 : cTA------TAA-GGC-AAGAATCATCACACTTGGTATTGATTTTCCTATAGTAGGAGGCATATTGTTTTTACAAG------TCTTATTTACATGAGGAA------T--TTAATTGGCA------CAA--AACA-AG--ATG----GT---AAC---AG---TA---C----T--GGCAGGGATAATGA---AACT-AACAA------CACATATTCAGCC--------------A-------TC-AT----AGCT------G-G-A-TTGTACA-------AT---------GTTGGG--GTG-C-----T
gi|7 : actTGTTTTT-CAAGGTCAAAC-TT-----AATGAG--AAGT------CTTGTTGACA------CAA--AACAAGATAA-----------AACC-AAGT-ACA---AA---TAAAACTAGGATGATTA---AACTTAATA-------TTCATATTCAACC--------------A-------TC-AT----AGA-------ATG-G-TTGT--A-------ATTTGGAGA--GTTGTGTAGTG-T-----TTTTGTGTGTTTCT-------TTGTTTATCCATC-A-GAACC---TTGTGGGA--AGGATA-AAA-AAGT---AGTAA----TTTGG-----CAAG-----GATAATTAAACCTgtgtgtcttgctgcttttgtctttatat
gi|4 : tttataagcctaagatcatccaacctacatgtattacacatgttcccaataatcagaagagaaTCGGTAGGCATGTTTTCAATTATTA-GACTAGGTATT----TAATTGAAA--ACA---AGTCTTAAGGCTATGCTTATCA---AACTTAACA-------CGCATTTT----CA-------------A-------TC-AT----CGA-------G-GTA-TGGG--AC------AT------A--ATTCTGT-GTGTC-----TTTTG--------C-------CTGGTTGTTCATC-CTTCACC---ATTT----------TAG----GAGT---ACTAA----TAGGG-----CTAG-----GATAAGCAgggtatataaattgcccaaggtgagagaatccatatatctact
gi|5 : ATTTAAGGAATACTTA----TAAGGATATGATAATCA---AACTTGGTA-------CATACATT----gcgcagtacacgttccatatcatggaagaacgtgcgtgtttgtcctcagagatgaaggtcaagatcttactttcatgggtaatcatgaataaagatatatttacactaaaaatattaagatcatcatcagtgcatactttgttcacatatttcccattatattgaggtcatgcataaaatttattttgataagtgataat
gi|6 : tatggtgttgtgtttctgtattatttctgtccattcatcattatcttgtgggaaagTA---A----TAAGA-TGGGTTAATCATCCAGCTTGTCA-------CGCATATT----C--------------A-------TCTATT---AGAC------G-G-G-TTGT--ACCGGTGTAA------A--GGCATG--GTG-CGGTGTCTCTG--------TGTGT---CTGGCTGTTCATCCA-ACACCATATTGTGGAATAAGGACAACTA--AGC---ACTAA----T---GAGGTTT--G-----GAAAAT--AATTCCGG----------TGCA-CATGTTCCTTATGGTGAA-AGGAAGGTGATTC--CTA--AGC-----ATCAAAGTCATACTTTCT-GGATAATTGTAAACTAA-AA-------GCA---------G----T---ACTAA-CAAA-ACCTGGATCATCAA-----ACTT-GATGTACA---TGTT-A-CATATGGTGTtcccctgttgagaggaagatgcctgcttattgtcagtggtcatggtcatacttttatcagttccccaagtatattttgaaaaataataacttaatttttcaagttgtatctaatttgaatgaaatactttttcagtttgatattttacgaagtcatcttaaaatattttattaatactcttcagtgtgaagaaagtgccaaaagaacattgtcaaagccagttttttgaccaatgaatgatatatttagatatt
gi|8 : aatttcatttacacaaagcaagatccaactcTA---A----TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTTATAAGTTAATCACATATT----CNNNNNNNNNNNNNNA-------TC-AT----AGAC------A-G-G-ATGT--ACGT----AT------AATGCTATG--GTG--------TCT-----------------------GTTCACC-A-GCACC---TTGTGG----AGGATACAAATAAGTACAACTAAGGTTN---N-----N--N-----NNNNNNNNNNNNNNNN----------N-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN--NN--NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNTACTTTTATGGATAATCATGAAGGAA-AA-------------------T----T---AAT---TAAATGCCACGATCATCAA-----ACTT-GGTGTACT---TGAT-CGTCA-TCGTGTTGATGAAAAGCcaaatatttttggagtaatatttttcg
gi|14 : TA---A----TAAAGCTAGAATCATCA---GACATGGTG-------TACATATT----C--------------gca
gi|18 : acttttatgggttttcataaaggaaaaaagttcTA---A----TAAAGCTAGGATAGTCA---AACCTGGTA-------TGCATGTT----C--------------C-------CC-AT----GGcccgtttatgaaaagtgacaatgtt
gi|12 : TA---A----TATGGCTAGGATAATTG---AACCTCGTA-------TACAT-TT----C----------------------CC-ATGGTGAGA-------G-G-tgagaagaaaatgccagttaaaatcatctttcaatgga
gi|17 : ttcttggtgtctgtctcatcagccctttggggggggggggcAAGGATAAGACAATTA---AACCTAGTA-------CACATGTT----T--------------T-------CC-AT----GGaagatggcccatactact
gi|3 : GGATTA-CA---AACTCAATGTTT----CACCTATT----T--------------AGCCATTATT-AT----AGATTTCTTAG-A-ACTTGC--ATG-----AT------G--GTT-TG--GTG-CAGTATTTCTG--------T-------TTG----TTT-TC----CACC---TTGTGGGA--ATGATCACCA--AGT---ACTGA----TAAGG-----CTAG-----GATAATCAAACTTTGT----------A-CA-CATGTTCCCCAT-GGTGATAGAAAGATG--CC--TAGGTAAT---TTATCAATG-------TTCCAGGTCAATTTTGAAGGAATAA-------AAG---------ACTTCT---AATAG-CACT-GC-AGGATCATCAA-----ACtcatcagaagataattatactcggtaattcctcaaggtcagcagtcaa
gi|12 : TG--GTG--------TCTG--------T-------CT-------CATC-A-GC-CC---TT-TGGGG--GGGG-------GGG----GCTAA----TATGG-----CTAG-----GATAATTGAACCTCGaaaattgttctgtaatttaatatttaacaaggcaatctttcactacacattccgttgatactctgtaatgtcataaaaagtggtgaaagagcattgtctgagtcattttttgacaactaacatatactaggata
gi|5 : ttct--GTG-T-----TTCTG--------TATTATTTCTGTCCATTCATC-A-TTATC---TTGTGGGA--AAGATTTAAG-GAAT---ACTTA----T---A-----A--GGATATGATAATCAAA-CTTGGTACATACATTT-CC-CCTGT---TGAGAGGAAG-ATGC--CTG---C--TTATT-GTCAGTGGTCATGGTCATACTTTTAtatacatttcccatggtgagaggaagatggcccatactact
gi|18 : tatggtgttT---AATAA----A---G-----CTAG-----GATAGTCAAACC-TGG----------T-ATGCATGTTCCCCATGGTGAG-AAGAAAAT-------------GCCA---GTTAAAATCAT-CTTTCAATGGtcagttccccaagtatattttgaaaaataataacttaatttttcaagttgtatctaatttgaatgaaatactttttcagtttgatattttacgaagtcatcttaaaatattttattaatactcttcagtgtgaagaaagtgccaaaagaacattgtcaaagccagttttttgaccaatgaatgatatatttagatatt
gi|13 : -TTATCAAGGTCATAATTTTAA------TTATGAAGGAA-AA-------GCA---------G----A---ACCAA-TAAG-GTCAGGATCATC--------------TGTTC---------C-CCAATGCTGTTGGTACCAAAC-------TTATTTTGAAAAG---CAGTAATa
gi|4 : GTCAAGATCTTACTTTCATGGGTAATCATGAATAAA-GATATATTTACA---------C----TAAAAATAT-TAAG----ATCATCATCAGTGCATACTT---TGTTCACATATTT-C-CCA-TTATATTGAGGTCATGCATAAAATTTATTTTGATAAGT---GATAAT
gi|14 : tcggtaggcatgttttcaattattagactaggtatttaattgaaaacaagtcttaaggctatgcttatcaaacttaacacgcattttcaatcatcgaggtatgggacataattctgtgtgtcttttgcctggttgttcatccttcaccattttaggagtactaatagggctaggataagcagcgcagtacacgttccatatcatggaagaacgtgcgtgtttgtcctcagagatgaagACTTTTATGGGTTTTCATAAAGGAA-AA-------A-A---------G----T---TCTAA-TAAA-GCTAGAATCATCAG-----ACAT-GGTGTACA---TATT-C-CCCGT
gi|7 : GGGAA----GGATAAA-AA-------A-----------G----T---AGTAA-TTTG-GCAAGGATAATTAA-----ACCTGGGTATATA---AATTGC-CCAA-GGTGttatgaaaagtgacaatgtt
gi|16 : tttataagcctaagatcatccaacctacatgtattacacatgttcccaataatcagaagagaatgtttttcaaggtcaaacttaatgagaagtcttgttgacacaaaacaagataaaaccaagtacaaataaaactaggatgattaaacttaatattcatattcaaccatcatagaatggttgtaatttggagagttgtgtagtgtttttgtgtgtttctttgtttatccatcagaaccttgtAA-AA-------ACC---------G----T---ACAAA-AAAG-GCGAGGATCACCAA-----ACCT-AGTATACA---agagaatccatatatctact
gi|3 : gcacaaaacaagttatct---------G----T---ACTGA-TAAG-GCTAGGATAATCAA-----ACTT-TGTACACA---TGTT-C-CCCATGGTGtacctaaccaaccataatgattggtaatgtg
gi|10 : ggattacaaactcaatgtttcacctatttagccattattatagatttcttagaacttgcatgatggtttggtgcagtatttctgtttgttttccaccttgtgggaatgatcaccaa---AATAGATAAG-ACAAAGCTCATCAA-----ACTT-GGTGTATA---TGTT-C-CTCATGGAGTTGGTGCCAAGTGCA-A------TTTGAAAAGTAatagaaagatgcctaggtaatttatcaatgttccaggtcaattttgaaggaataaaagacttctaatagcactgcaggatcatcaaacaaaattgttctgtaatttaatatttaacaaggcaatctttcactacacattccgttgatactctgtaatgtcataaaaagtggtgaaagagcattgtctgagtcattttttgacaactaacatatactaggata
gi|9 : cataatgaaaaaaacaaactatattatagataaagcttggataaacatgtatgttcccttcggtgagaggaagatgcctgctatttctaaacttaaggtaaaaggccaaggtcatactttaata-TAAG-GCAAGAATCATCAC-----ACTT-GGTATTGA---TTTT-C-CTA-TAGTA--GG----AGGC--ATA--TTGTTTTTACAAGTattttttgttt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CACAATTTTGCATCTCAAATTATACTTTATTTGGGTGAAATACTTCAAATTGATGTTTTGCAAAGCCATCTTAGAACTAACATATCATTTATACCCTCAGAGAAAGTGTTGAAAGATCACTGTTAAAGATATCTTTTAACAAAGAAGGATTTGTTTGGAAGTTATGACCCTTGCTTGAATTACT
Unaligned ( gi|15 ): TATTTATAATAATTAGGTTAGGGTACATGTTGCCTGAGGTGAGGGGAAGATGCCCGATATTTATCAAGGTCAAGGTCACACTTTTATGAAACAG
Unaligned ( gi|19 ): GATTAAGGTCTAATTTACATGGGTAATTCTGTAGGCACAAAACAAGACAGAAACTGTTCT
Alignments
lowQualScore : 888888888 55555555555555 2222 1 11 1 77777777777777777777777 222 2222222 555555555555555555555555555555555555 111111111 1111 5555555555555555555 1 33333333333333333333 11 2222222 33333333333333333333 22222 111 66666666666666666666666666666666666666666666 11 33333333333333333333 11111111 2222
lowQualScore : 3 000000000 2 3 11111111111111 3333 5 99 88 0 22 66666666666666666666666 1 2 2 1 3 8 1 999 1 1 7777777 99 1 1 555555555555555555555555555555555555 888 444444444 5 3 0000 3333333333333333333 5 5 3 99999999999999999999 3 00 5555555 4 99999999999999999999 8888 5555 777 0 66 99999999 777 44444 55 0 5 444 3 8888 1 99 2 3 55555555555555555555555555555555555555555555 44 888 22 00 2 66666666666666666666 44 0 555 44 999999 1 99999999 3 1 3333
lowQualScore : . ......... . . .............. .... . .. .. . .. ....................... . . . . . . . ... . . ....... .. . . .................................... ... ......... . . .... ................... . . . .................... . .. ....... . .................... .... .... ... . .. ........ ... ..... .. . . ... . .... . .. . . ............................................ .. ... .. .. . .................... .. . ... .. ...... . ........ . . ....
lowQualScore : 0 000000000 5 0 55555555555555 5555 5 88 88 0 00 00000000000000000000000 0 0 0 0 2 0 4 000 4 4 4444444 22 0 0 333333333333333333333333333333333333 888 555555555 0 1 6666 6666666666666666666 7 7 7 22222222222222222222 9 66 8888888 4 88888888888888888888 5555 3333 888 1 11 22222222 888 66666 00 9 9 000 3 0000 2 99 4 3 88888888888888888888888888888888888888888888 66 444 66 11 6 44444444444444444444 66 2 666 66 666666 0 77777777 0 0 7777
consensus : AGTACTTANAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTNAAACTTANAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGAATCA-CCAACCTTC--GTATCG---AT-TTCCCA-TAGNAAGAAGCNTATTGTTTTT-CAAGGT-N-AACCTTCATGAG------NAAT--TTNGTNGGCACAAAACAAGATAG-----------AATCTAAG-A----T---AATAAGGCTAGGATAATCA---AACTT----AAC--A-CGCAT----ATT----C--------------ATC-AT-AGACGGGTTGTAC------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-T-G-----CCGTT----CATC-A-GCACC---TTGTGGGA--AGGAT-ANAAA-GAGTAC---TAA--TA-G--GCTAGGATAATCAAACCTCGGT-CACATGTT-CC---CCATGGTGAGAGGAAGAT-G--C---C--T---TA--TT----AGCCA-T---T----------GTCAAGGTCA--TACTTTCANGGGTAATCATGAANGAAAA-ACA---------GT---ACTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCCGTGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGAAAAGT--CGGTAAT
Reference ( family-5891 ) : AGTACTTAAAAGGTT---------AGAATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTGAAACTTAAAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGAATCA-CCANNCTTC--GTATNG---ATTTTCCTA-TAGNAGGAGGCNTATTGTTTTT-CAAGGT-G-AACCTTCATGAG------AAAT--TTNGTNGGCACAAAAC-AGATAG-----------AATCTAAG-A----T---AATAAGGCTAGGATAATCA---AACTT----AGT--A-CGCAT----ATT----C--------------ATC-AT-AGACGGGTTGTAC------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-T-G-----CCGTT----CATC-A-GCACC---TTGTGGGA--AGGAT-ANAAA-GAGTAC---TAA--T--G--GCTAGGATAATCAAACCTCGGT-CNCATGTT-CC---TCATGGGNAAAGGAAGAT-G--T---C--T---TA--TT----AGCCA-T---T----------GTCAAGGTCA--TACTTTCANGGGTAATCGTGAANGAAAA-ACG---------GT---ANTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCNATGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGANAAGT--CGGTAAT
gi|1 : AGTACTTACAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTATTGTTTTCCAAAATCAAGGTCAAACTTACAAGGATAA--------------AACAAGATA------TAAAGG-TAAGA-TCA-CCAACCTT---GAATCG---A-----------GGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGAT-GGAACCTTCATGAGTAAAGTAGATAATCAATAGGCACAAAAT-AGATCATGTATTGTTTCAATCTAAG-A----T---AATAAGGCTAGGATAATCA---AACTT----AAT--A-CACAT----ATT----C--------------ATC-AT-AGA-GGGTTGTA-------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------T-T-GA----CCGTT----CATC-A-GCACC---TTGTGGGA--AGGGT-AGAAA-GAGTAC---TAA--T--G---C--GGATAATCAAACCTTGAT-CTCTTGTT-CA---TCAGAGGCAAAGGCAAAT-G--T---C--T---TA--TT----AGCCA-T---T----------GTCAAAGTCG--TACTTTCAAGGGGAATCTTGAATGAAAA-ACG---------GT---AGTAGT--AAGGC--AAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTTCAAGTTCCCAGTGGTGTTGGTGCTAAGCATATA--TTCTTTTTAAAAGTACCGGTAAT
gi|10 : ATGTT-CC---CTTCGGTGAGAGGAAGAT-G--C---C--TGC-TA--TTTCTAAAC---T---TAAGGTAAAAGGCCAAGGTCA--TACTTT-------AAT----------AA-ATA---------G--------AT--AAGAC--AAAGCTCATCA--A------ACTTGGTGTATATGTTCCTCATGGAGTTGGTGCCAAGTGCA-A------TTTGAAAAGT--
gi|12 : cataatgaaaaaaacaaactatattatagataaagcttggataaacatgtTGT-------C-T-G-----TC--T----CATC-A-GC-CC---TT-TGGGG--GGG---------GGGGGC---TAA--TATG--GCTAGGATAATTGAACCTCGTA-TACAT-TT-CC----CATGGTGAGAGGAAGAT-G--G---C--C---CA--Taattttttgttt
gi|13 : ttcttgg-T---T----------ATCAAGGTCA--TAATTT------TAATTATGAAGGAAAA-GCA---------GA---ACCAAT--AAGGT--CAGGATCATC----------------TGT-----TCCCCAATGCTGTTGGTACCAAAC-------TTATTTTGAAAAG---CAGTAATactact
gi|14 : ACTTTTATGGGTTTTCATAAAGGAAAA-A-A---------GT---TCTAAT--AAAGC--TAGAATCATCA--G------ACATGGTGTACATATTCCCCGT
gi|15 : GGT--ACATGTTGCC---TGA-GGTGAGGGGAAGAT-G--C---C--CGA-TA--TT----TATCA-A---G----------GTCAAGGTCA--CACTTTTATGttatgaaaagtgacaatgtt
gi|16 : tatttataataattaggttagGCACAAAAC-AAGT-------------TATCTAAA-AACCGTACAAAAAAGGCGAGGATCACCA---AACCT----AGT--A-TACAT----Aaaacag
gi|16 : AAAA-ACC---------GT---ACAAAA--AAGGC--GAGGATCACCA--A------ACCTAGTATACATcctaaccaaccataatgattggtaatgtg
gi|17 : gcacaaaacaagttatct--AAGGA--TAAGACAATTA--A------ACCTAGTACACATGTTTTCCATGGTacctaaccaaccataatgattggtaatgtg
gi|17 : --G--GATAAGACAATTAAACCTAGTA-CACATGTT-TT---CCATGGTCATCAGAAGATAA--T---T--A---TAC-TC----GGTAA-T---TC---------CTCAAGGTCA--catcagaagataattatactcggtaattcctcaaggtcagcagtcaa
gi|18 : aaTAAT--AAAGC--TAGGATAGTCA--A------ACCTGGTATGCATGTTCCCCATGGTGgcagtcaa
gi|18 : --GCTAGGATAGTCAAACCT-GGTATGCATGTT-CC---CCATGGTGAGAAGAAAAT--------------------------GCCA----------------GTTAAAATCA--T-CTTTCAATGGagaagaaaatgccagttaaaatcatctttcaatgga
gi|19 : taataaaT-TAAGGT-CTAATTTACATGGG------TAAT--TCTGTAGGCACAAAACAAGACAG-----------AAACTa
gi|2 : gaAGTACTTAAAAGGTT---------AGAATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTGAAACTTAAAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGTTAAG-ATCA-CCAACCTTC--A-ATAG--------------AGGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGATGG-AACCTTCATGAG------TAAA--TTAGTAGGCACAAAGT-AGAT-------------AATCTAAG-A----T---AATAAGGCTAGGATAATCA---AACTT----AAC--A-CACATATTCATT----C--------------ATC-AT-AGA-GGGTTGTA-------AT------G----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------T-T-GA----CCGTT----CATC-A-GCACT---TTGTGGGA--AGGGT-AGAAA-GAGTAC---TGA--T--G----T-GGATAATCAAACCTTGAT-CTCTTGTT-CA---TCAGAGGCAAAGGTAAAT-G--T---CTGT---TA--TT----AGCCA-T---T----------GTCAAAGTCG--TACTTTCAAGGGAAATCTTGAATGAAAA-ACGGTAGTAGTAGT---AGTAGT--AAGGC--AAGAATCATCA--A------ACTTGGTGTA-A-GTTCCCTGTGGTGTTGGTGCTAAGTATATA--TTgttct
gi|3 : c------AT------G----GTT-TG--GTG-CAGTATT-TCTGT-------T-T-G-----TT-TT----C-------CACC---TTGTGGGA--ATGATCACCAA-G--TAC---TGA--TAAG--GCTAGGATAATCAAACTTTGTA-CACATGTT-CC---CCATGGTGATAGAAAGAT-G--C---C--TAGGTAATTT----ATCAA-T---G----------TTCCAGGTCA---ATTTTGAAG---------GAATAAAAG-AC-----------T---TCTAAT--AGCACTGCAGGATCATCA--A------ACtt
gi|4 : ggattacaaactcaatgtttcacctatttagccattattatagatttcttagaacttgcatgTAAGGCTATGCTTATCA---AACTT----AAC--A-CGCAT----TTT----CA-------------ATC-AT-CGAGGTATGGGAC------AT------A----ATTCTGT-GTGTC-----T-TTTGC-------C-TGG-----TTGTT----CATC-CTTCACC----------------AT-TTTAG-GAGTAC---TAA--TAGG--GCTAGGATAAGCAG--CGCAGT--ACACGTT-CCATATCATGGAAGAACGTGCGT-G--T---TTGT---CC--TC----AGAGA-TGAAG----------GTCAAGATCT--TACTTTCATGGGTAATCATGAATAAAGATATA---------TTTACACTAAA--AATAT--TAAGATCATCATCAGTGCATACTTTGTTCACATATTTCCCATTATATTGAGGTCATGCATAAAATTTATTTTGATAAGT---GATAATaaaattgttctgtaatttaatatttaacaaggcaatctttcactacacattccgttgatactctgtaatgtcataaaaagtggtgaaagagcattgtctgagtcattttttgacaactaacatatactaggata
gi|5 : tcggtaggcatgttttcaattattagactaggtatttaattgaaaacaagtct--GTG-T-----T-TCTGTATTATTTC-T-GT----CCATT----CATC-A-TTATC---TTGTGGGA--AAGAT-TTAAG-GAATAC---TTA--TAAG--GATATGATAATCAAA-CTTGGTACATACATT-TC---CCCTGTTGAGAGGAAGAT-G--CCTGC--T---TA--TT-----GTCAGT---G----------GTCATGGTCA--TACTTTTA
gi|6 : tatggtgttAAT--TTCATTTACACAAAGC-A---AG-----------A-TCCAACTC----T---AATAAGA-TGGGTTAATCATCCAGCTT----GTC--A-CGCAT----ATT----C--------------ATCTATTAGACGGGTTGTACCGGTGTAA------A----GGCATG--GTG-CGGTGTC-TCTGTGTGT---C-T-GG----CTGTT----CATCCA-ACACCATATTGTGGAATAAGGAC-AACTA--AGCAC---TAA--T--GAGGTTTGGAAAAT--AATTCCGGTGCACATGTT-CC---TTATGGTGAAAGGAAGGT-GATT---C--C---TA--------AGC------------------ATCAAAGTCA--TACTTTC-TGGATAATTGTAAACTAAAA-GCA---------GT---ACTAAC--AAAAC--CTGGATCATCA--A------ACTTGATGTACATGTTACATATGGTGTtcagttccccaagtatattttgaaaaataataacttaatttttcaagttgtatctaatttgaatgaaatactttttcagtttgatattttacgaagtcatcttaaaatattttattaatactcttcagtgtgaagaaagtgccaaaagaacattgtcaaagccagttttttgaccaatgaatgatatatttagatatt
gi|7 : TATAA-GCCTAAGA-TCATCCAACCTACATGTATTACACATGTTCCCAATAATCAGAAGAGAAT-GTTTTT-CAAGGT-C-AAACTTAATGAG------AAGT--CTTGTTGACACAAAACAAGATAA-----------AA-CCAAGTA----CA--AATAAAACTAGGATGATTA---AACTT----AAT--A-TTCAT----ATTCAACC--------------ATC-AT-AGAATGGTTGTA-------ATTTGGAGA----GTTGTGTAGTG-T-----T-TTTGT-------G-T-GTTTCTTTGTTTATCCATC-A-GAACC---TTGTGGGA--AGGAT-AAAAA--AGTAG---TAATTT--G--GCAAGGATAATTAAACCTGGGT-caaatatttttggagtaatatttttcg
gi|8 : tt----T---AATAAGGCTAGGATAATCA---AACTTTATAAGTTAATCACAT----ATT----CNNNNNNNNNNNNNNATC-AT-AGACAGGATGTAC------GT------ATAATGCTATG--GTG-------------T-------C-T-G--------TT----CACC-A-GCACC---TTGTGG----AGGAT-ACAAATAAGTACAACTAA-----G--GTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--N---N--N---NN--NN----NNNNN-N---N----------NNNNNNNNNNNNTACTTTTATGGATAATCATGAAGGAAAA-------------------TTAATTAAATGC--CACGATCATCA--A------ACTTGGTGTACTTGATCGTCATCGTGTTGATGAAAAGCGCAatataaattgcccaaggtgagagaatccatatatctact
gi|9 : TATAA-GGC-AAGAATCA-TCACACTTG--GTATTG---ATTTTCCTA-TAGTAGGAGGCATATTGTTTTTACAAGTC-T-TATTTACATGAG------GAAT--TTAATTGGCACAAAACAAGATGG---------------TAAC-AG---T---ACT--GGCAGGGATAATGA---AACTA----ACA--A-CACAT----ATTCAGCC--------------ATC-AT-AGCTGGATTGTAC------AA------T----GTTGGG--GTG-C-----TGTGTGT-------CTT-G-----CTGCT----
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CACAATTTTGCATCTCAAATTATACTTTATTTGGGTGAAATACTTCAAATTGATGTTTTGCAAAGCCATCTTAGAACTAACATATCATTTATACCCTCAGAGAAAGTGTTGAAAGATCACTGTTAAAGATATCTTTTAACAAAGAAGGATTTGTTTGGAAGTTATGACCCTTGCTTGAATTACT
Alignments
lowQualScore : 333333333 55555555555555 2222 1 11 1 999999999999999999999999 222 22222222 11111 5555555555555555555555555555 1111111 1111 4444444444444444444 1 33333333333333333333 11 2222222 3333333333333333333 111 222222222 222 1111 77777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222 111111111 11111111 2222
lowQualScore : 1 888888888 1 1 11111111111111 3333 5 99 88 0 000000000000000000000000 1 1 3 8 1 555 1 1 1 1 00000000 1 0 22222 6666666666666666666666666666 888 5 6666666 3 0000 7777777777777777777 5 5 5 3 99999999999999999999 3 00 5555555 4 9999999999999999999 8888 5555 222 66 222222222 4 000 3 444 5 6666 44 0 44444444444444444444444444444444444444444444444 44 888 22 55 2 8888888888888888888 55 0 666 111111111 0 5 99999999 3 3333
lowQualScore : . ......... . . .............. .... . .. .. . ........................ . . . . . ... . . . . ........ . . ..... ............................ ... . ....... . .... ................... . . . . .................... . .. ....... . ................... .... .... ... .. ......... . ... . ... . .... .. . ............................................... .. ... .. .. . ................... .. . ... ......... . . ........ . ....
lowQualScore : 0 000000000 0 0 55555555555555 5555 5 88 88 0 000000000000000000000000 0 0 2 0 4 000 4 4 0 0 77777777 0 2 55555 1111111111111111111111111111 888 0 2222222 1 6666 9999999999999999999 7 7 7 7 22222222222222222222 9 66 8888888 4 8888888888888888888 5555 3333 222 11 777777777 0 555 6 888 9 2222 22 6 33333333333333333333333333333333333333333333333 66 444 66 77 6 2222222222222222222 55 7 555 999999999 1 0 77777777 0 7777
consensus : AGTACTTANAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTNAAACTTANAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGAATCA-CCAACCTTC--GTATCG---AT-TTCCC-A-TAGNAAGAAGCNTATTGTTTTT-CAAGGT-N-AACCTTCATGAGNAATTTAG--------TNGGCACAAAA-----CAAG-AT-G----AA-TCTAAG-A----T---AATAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CGCAT----ATT----C--------------A-TC-AT-AGACGGGTTGTAC------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-TG-----CCGTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGATANAAA-GAGTACTAA-T-A-G-G-CTAGGATAATCAAACCTCGGT-CACAT--GTTCCCCATGGTGAGAGGAAGATG--C---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAGGTCA--TACTTTCANGGGTAATCATGAANGAAAA-AC---------AGT---ACTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCC-GTGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGAAAAGT--CGGTAAT
Reference ( family-5891 ) : AGTACTTANAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTNAAACTTANAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGAATCA-CCAACCTTC--GTATCG---AT-TTCCC-A-TAGNAAGAAGCNTATTGTTTTT-CAAGGT-N-AACCTTCATGAGNAATTTNG--------TNGGCACAAAA-----CAAG-ATAG----AA-TCTAAG-A----T---AATAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CGCAT----ATT----C--------------A-TC-AT-AGACGGGTTGTAC------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-TG-----CCGTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGATANAAA-GAGTACTAA-T-A-G-G-CTAGGATAATCAAACCTCGGT-CACAT--GTTCCCCATGGTGAGAGGAAGATG--C---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAGGTCA--TACTTTCANGGGTAATCATGAANGAAAA-AC---------AGT---ACTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCC-GTGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGAAAAGT--CGGTAAT
gi|1 : AGTACTTACAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTATTGTTTTCCAAAATCAAGGTCAAACTTACAAGGATAA--------------AACAAGATA------TAAAGG-TAAGA-TCA-CCAACCTT---GAATCG---A------------GGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGAT-GGAACCTTCATGAGTAAAGTAGATAATCAATAGGCACAAAATAGATCATGTATTGTTTCAA-TCTAAG-A----T---AATAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAT-A-------CACAT----ATT----C--------------A-TC-AT-AGA-GGGTTGTA-------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------T-TGA----CCGTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGGTAGAAA-GAGTACTAA-T-----G-C--GGATAATCAAACCTTGAT-CTCTT--GTTCATCAGAGGCAAAGGCAAATG--T---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAAGTCG--TACTTTCAAGGGGAATCTTGAATGAAAA-AC---------GGT---AGTAGT--AAGGC--AAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTTCAAGTTCCCA-GTGGTGTTGGTGCTAAGCATATA--TTCTTTTTAAAAGTACCGGTAAT
gi|10 : AT--GTTCCCTTCGGTGAGAGGAAGATG--C---C--TGC-TA--TTTCTAAAC---------TTAAGGTAAAAGGCCAAGGTCA--TACTTT-------AAT----------AA-AT---------AG--------AT--AAGAC--AAAGCTCATCA--A------ACTTGGTGTATATGTTCCTC-ATGGAGTTGGTGCCAAGTGCA-A------TTTGAAAAGT--
gi|12 : cataatgaaaaaaacaaactatattatagataaagcttggataaacatgtTGT-------C-TG-----TC--T----CATC-AG-C-CC---TT-TGGGG--GGG--------GGGGGCTAA-T-ATG-G-CTAGGATAATTGAACCTCG---TATAC--ATTTCCCATGGTGAGAGGAAGATGGCC---C--A---TA--CT----Aaattttttgttt
gi|13 : ttcttgg-TT----------ATCAAGGTCA--TAATTT------TAATTATGAAGGAAAA-GC---------AGA---ACCAAT--AAGGT--CAGGATCATC----------------------TGTTCCCCAATGCTGTTGGTACCAAAC-------TTATTTTGAAAAG---CAGTAATct
gi|14 : ACTTTTATGGGTTTTCATAAAGGAAAA-A----------AGT---TCTAAT--AAAGC--TAGAATCATCA--G------ACATGGTGTACATATTCCCC-GT
gi|15 : GGT--ACAT--GTTGCCTGAGGTGAGGGGAAGATG--C---C--CGA-TA--TT----TATC------A-AG----------GTCAAGGTCA--CACTTTTATGttatgaaaagtgacaatgtt
gi|16 : tatttataataattaggttagGCACAAAA-----CAAG-TT-------A-TCTAAA-AACCGTACAAAAAAGGCGAGGATCACCA---AACCTAGT-A-------TACAT----Aaaacag
gi|16 : AAAA-AC---------CGT---ACAAAA--AAGGC--GAGGATCACCA--A------ACCTAGTATACATcctaaccaaccataatgattggtaatgtg
gi|17 : gcacaaaacaagttatct-A-G-G-ATAAGACAATTAAACCTAGTA-CACAT--GTTTTCCATGGTCATCAGAAGATA--A---T--TA--TAC-TC----GGTA------A-TTC---------CTCAAGGTCA--acctaaccaaccataatgattggtaatgtg
gi|18 : aTAA-T-A-AAG-CTAGGATAGTCAAACCT-GGTATGCAT--GTTCCCCATGGTGAGAAGAAAATG--C---C-------A--------------------------------GTTAAAATCA--T-CTTTCAATGGgcagtcaa
gi|19 : T-TAAGGT-CTAATTTACATGGGTAATTCTG--------TAGGCACAAAA-----CAAG-ACAG----AA-ACTa
gi|2 : gaAGTACTTAAAAGGTT---------AGAATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTGAAACTTAAAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGTTAAG-ATCA-CCAACCTTC--A-ATAG---------------AGGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGATGG-AACCTTCATGAGTAAATTAG--------TAGGCACAAAG-----T-AG-AT------AA-TCTAAG-A----T---AATAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CACATATTCATT----C--------------A-TC-AT-AGA-GGGTTGTA-------AT------G----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------T-TGA----CCGTT----CATC-AG-CACT---TTGTGGGA--AGGGTAGAAA-GAGTACTGA-T-----G-T--GGATAATCAAACCTTGAT-CTCTT--GTTCATCAGAGGCAAAGGTAAATG--T---CTGT---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAAGTCG--TACTTTCAAGGGAAATCTTGAATGAAAA-ACGGTAGTAGTAGT---AGTAGT--AAGGC--AAGAATCATCA--A------ACTTGGTGTA-A-GTTCCCT-GTGGTGTTGGTGCTAAGTATATA--TTgttct
gi|3 : c------AT------G----GTT-TG--GTG-CAGTATT-TCTGT-------T-TG-----TT-TT----C-------CACC---TTGTGGGA--ATGAT-CACC-AAGTACTGA-TAA-G-G-CTAGGATAATCAAACTTTGTA-CACAT--GTTCCCCATGGTGATAGAAAGATG--C---C--TAGGTAATTT----ATCA------A-TG----------TTCCAGGTCA---ATTTTGAAG---------GAATAAAAG-AC-----------T---TCTAAT--AGCACTGCAGGATCATCA--A------ACtt
gi|4 : ggattacaaactcaatgtttcacctatttagccattattatagatttcttagaacttgcatgAGGTATTTAA--------TTG----AAAA-----CAAG------------TCT---------------TAAGGCTATGCTTATCA---AACTTAAC-A-------CGCAT----TTT----C--------------AATC-AT-CGAGGTATGGGAC------AT------A----ATTCTGT-GTGTC-----T-TTTGC-------C-TGG----TTGTT----CATC-CTTCACCA--TTTTAGGA---------------GTACTAA-T-A-G-GGCTAGGATAAGCAG--CGCAGT--ACAC--GTTCCATATCATG-GAAGAACGTG--C---G--T---GT--TT----GTCCTCAGAGA-TGAAG-------GTCAAGATCT--TACTTTCATGGGTAATCATGAATAAAGATAT---------ATTTACACTAAA--AATAT--TAAGATCATCATCAGTGCATACTTTGTTCACATATTTCCC-ATTATATTGAGGTCATGCATAAAATTTATTTTGATAAGT---GATAATaaaattgttctgtaatttaatatttaacaaggcaatctttcactacacattccgttgatactctgtaatgtcataaaaagtggtgaaagagcattgtctgagtcattttttgacaactaacatatactaggata
gi|5 : tcggtaggcatgttttcaattattagact--GTG-T-----T-TCTGTATTATTTC-TGT----CCATT----CATC-AT-TATC---TTGTGGGA--AAGATTTAAG-GAATACTTA-T-AAG-G-ATATGATAATCAAA-CTTGGTACATAC--ATTTCCCCTGTTGAGAGGAAGATG--CCTGC--T---TA--TT-----GTC------AGTG----------GTCATGGTCA--TACTTTTA
gi|6 : tatggtgttAATTTCA--------TTTACACAAAG-----CAAG-ATCC----AACTCTAA-------------TAAGA-TGGGTTAATCATCCAGCTTGTC-A-------CGCAT----ATT----C--------------A-TCTATTAGACGGGTTGTACCGGTGTAA------A----GGCATG--GTG-CGGTGTC-TCTGTGTGT---C-TGG----CTGTT----CATCCAA-CACCATATTGTGGAATAAGGACAACTA--AGCACTAA-TGA-G-G-TTTGGAAAAT--AATTCCGGTGCACAT--GTTCCTTATGGTGAAAGGAAGGTG--A---T--T---CC--TA----AGC---------------------ATCAAAGTCA--TACTTTC-TGGATAATTGTAAACTAAAA-GC---------AGT---ACTAAC--AAAAC--CTGGATCATCA--A------ACTTGATGTACATGTTACAT-ATGGTGTtcagttccccaagtatattttgaaaaataataacttaatttttcaagttgtatctaatttgaatgaaatactttttcagtttgatattttacgaagtcatcttaaaatattttattaatactcttcagtgtgaagaaagtgccaaaagaacattgtcaaagccagttttttgaccaatgaatgatatatttagatatt
gi|7 : TATAA-GCCTAAGA-TCATCCAACCTACATGTATTACACATGTTCCC-AATAATCAGAAGAGAAT-GTTTTT-CAAGGT-C-AAACTTAATGAGAAGTCTTG--------TTGACACAAAA-----CAAG-ATAA----AA--CCAAGTA----CA--AATAAAACTAGGATGATTA---AACTTAAT-A-------TTCAT----ATTCAACC--------------A-TC-AT-AGAATGGTTGTA-------ATTTGGAGA----GTTGTGTAGTG-T-----T-TTTGT-------G-TGTTTCTTTGTTTATCCATC-AG-AACC---TTGTGGGA--AGGATAAAAA--AGTAGTAATT-T-G-G-CAAGGATAATTAAACCTGGGT--ATATAAATTGCCCAAGGTGAGAGAAcaaatatttttggagtaatatttttcg
gi|8 : tt----T---AATAAGGCTAGGATAATCA---AACTTTAT-AAGTTAATCACAT----ATT----CNNNNNNNNNNNNNNA-TC-AT-AGACAGGATGTAC------GT------ATAATGCTATG--GTG-------------T-------C-TG--------TT----CACC-AG-CACC---TTGTGG----AGGATACAAATAAGTACAAC-T-AAG-G-TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---N--N---NN--NN----NNNN------N-NN----------NNNNNNNNNNNNTACTTTTATGGATAATCATGAAGGAAAA-------------------TTAATTAAATGC--CACGATCATCA--A------ACTTGGTGTACTTGATCGTC-ATCGTGTTGATGAAAAGCGCAtccatatatctact
gi|9 : TATAA-GGC-AAGAATCA-TCACACTTG--GTATTG---AT-TTTCCTA-TAGTAGGAGGCATATTGTTTTTACAAGTC-T-TATTTACATGAGGAATTTAA--------TTGGCACAAAA-----CAAG-ATGG---------TAAC-AG---T---ACT--GGCAGGGATAATGA---AAC-TAACAA-------CACAT----ATTCAGCC--------------A-TC-AT-AGCTGGATTGTAC------AA------T----GTTGGG--GTG-C-----TGTGTGT-------CTTG-----CTGCT----
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CACAATTTTGCATCTCAAATTATACTTTATTTGGGTGAAATACTTCAAATTGATGTTTTGCAAAGCCATCTTAGAACTAACATATCATTTATACCCTCAGAGAAAGTGTTGAAAGATCACTGTTAAAGATATCTTTTAACAAAGAAGGATTTGTTTGGAAGTTATGACCCTTGCTTGAATTACT
Alignments
lowQualScore : 333333333 55555555555555 2222 1 2 1 8888888888888888888888888 22 22222222 6666666666666666666666666666666666 1111111 1111 4444444444444444444 1 33333333333333333333 11 2222222 3333333333333333333 111 222222222 222 1111 77777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222 111111111 11111111 2222
lowQualScore : 1 888888888 1 1 11111111111111 3333 5 99 7 0 7777777777777777777777777 1 1 3 8 1 55 1 1 1 1 00000000 1 0 5555555555555555555555555555555555 888 5 6666666 3 0000 7777777777777777777 5 5 5 3 99999999999999999999 3 00 5555555 4 9999999999999999999 8888 5555 222 66 222222222 4 000 3 444 5 6666 44 0 44444444444444444444444444444444444444444444444 44 888 22 55 2 8888888888888888888 55 0 666 111111111 0 5 99999999 3 3333
lowQualScore : . ......... . . .............. .... . .. . . ......................... . . . . . .. . . . . ........ . . .................................. ... . ....... . .... ................... . . . . .................... . .. ....... . ................... .... .... ... .. ......... . ... . ... . .... .. . ............................................... .. ... .. .. . ................... .. . ... ......... . . ........ . ....
lowQualScore : 0 000000000 0 0 55555555555555 5555 5 88 8 0 0000000000000000000000000 0 0 2 0 4 00 4 4 0 9 77777777 0 2 4444444444444444444444444444444444 888 0 2222222 1 6666 9999999999999999999 7 7 7 7 22222222222222222222 9 66 8888888 4 8888888888888888888 5555 3333 222 11 777777777 0 555 6 888 9 2222 22 6 33333333333333333333333333333333333333333333333 66 444 66 77 6 2222222222222222222 55 7 555 999999999 1 0 77777777 0 7777
consensus : AGTACTTANAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTNAAACTTANAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGA-TCA-CCAACCTTC--GTATCG---AT-TTCCC-A-TAGNAAGAAGCNTATTGTTTTT-CAAGGTNGAACCTTCATGAGNAATTTAG--------TNGGCACAAAACAAG--AT--G---------AATCTAAG-A----T---AATAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CGCAT----ATT----C--------------A-TC-AT-AGACGGGTTGTAC------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-TG-----CCGTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGATANAAA-GAGTACTAA-T-A-G-G-CTAGGATAATCAAACCTCGGT-CACAT--GTTCCCCATGGTGAGAGGAAGATG--C---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAGGTCA--TACTTTCANGGGTAATCATGAANGAAAA-AC---------AGT---ACTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCC-GTGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGAAAAGT--CGGTAAT
Reference ( family-5891 ) : AGTACTTANAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTNAAACTTANAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGAATCA-CCAACCTTC--GTATCG---AT-TTCCC-A-TAGNAAGAAGCNTATTGTTTTT-CAAGGTN-AACCTTCATGAGNAATTTAG--------TNGGCACAAAACAAG--AT--G---------AATCTAAG-A----T---AATAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CGCAT----ATT----C--------------A-TC-AT-AGACGGGTTGTAC------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-TG-----CCGTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGATANAAA-GAGTACTAA-T-A-G-G-CTAGGATAATCAAACCTCGGT-CACAT--GTTCCCCATGGTGAGAGGAAGATG--C---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAGGTCA--TACTTTCANGGGTAATCATGAANGAAAA-AC---------AGT---ACTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCC-GTGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGAAAAGT--CGGTAAT
gi|1 : AGTACTTACAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTATTGTTTTCCAAAATCAAGGTCAAACTTACAAGGATAA--------------AACAAGATA------TAAAGG-TAAGA-TCA-CCAACCTT---GAATCG---A------------GGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGATGGAACCTTCATGAGTAAAGTAGATAATCAATAGGCACAAAATAGATCAT--GTATTGTTTCAATCTAAG-A----T---AATAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAT-A-------CACAT----ATT----C--------------A-TC-AT-AGA-GGGTTGTA-------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------T-TGA----CCGTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGGTAGAAA-GAGTACTAA-T-----G-C--GGATAATCAAACCTTGAT-CTCTT--GTTCATCAGAGGCAAAGGCAAATG--T---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAAGTCG--TACTTTCAAGGGGAATCTTGAATGAAAA-AC---------GGT---AGTAGT--AAGGC--AAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTTCAAGTTCCCA-GTGGTGTTGGTGCTAAGCATATA--TTCTTTTTAAAAGTACCGGTAAT
gi|10 : AT--GTTCCCTTCGGTGAGAGGAAGATG--C---C--TGC-TA--TTTCTAAAC---------TTAAGGTAAAAGGCCAAGGTCA--TACTTT-------AAT----------AA-AT---------AG--------AT--AAGAC--AAAGCTCATCA--A------ACTTGGTGTATATGTTCCTC-ATGGAGTTGGTGCCAAGTGCA-A------TTTGAAAAGT--
gi|12 : cataatgaaaaaaacaaactatattatagataaagcttggataaacatgtTGT-------C-TG-----TC--T----CATC-AG-C-CC---TT-TGGGG--GGG--------GGGGGCTAA-T-ATG-G-CTAGGATAATTGAACCTCG---TATAC--ATTTCCCATGGTGAGAGGAAGATGGCC---C--A---TA--CT----Aaattttttgttt
gi|13 : ttcttgg-TT----------ATCAAGGTCA--TAATTT------TAATTATGAAGGAAAA-GC---------AGA---ACCAAT--AAGGT--CAGGATCATC----------------------TGTTCCCCAATGCTGTTGGTACCAAAC-------TTATTTTGAAAAG---CAGTAATct
gi|14 : ACTTTTATGGGTTTTCATAAAGGAAAA-A----------AGT---TCTAAT--AAAGC--TAGAATCATCA--G------ACATGGTGTACATATTCCCC-GT
gi|15 : GGT--ACAT--GTTGCCTGAGGTGAGGGGAAGATG--C---C--CGA-TA--TT----TATC------A-AG----------GTCAAGGTCA--CACTTTTATGttatgaaaagtgacaatgtt
gi|16 : tatttataataattaggttagGCACAAAACAAG--TT-------------ATCTAAA-AACCGTACAAAAAAGGCGAGGATCACCA---AACCTAGT-A-------TACAT----Aaaacag
gi|16 : AAAA-AC---------CGT---ACAAAA--AAGGC--GAGGATCACCA--A------ACCTAGTATACATcctaaccaaccataatgattggtaatgtg
gi|17 : gcacaaaacaagttatct-A-G-G-ATAAGACAATTAAACCTAGTA-CACAT--GTTTTCCATGGTCATCAGAAGATA--A---T--TA--TAC-TC----GGTA------A-TTC---------CTCAAGGTCA--acctaaccaaccataatgattggtaatgtg
gi|18 : aTAA-T-A-AAG-CTAGGATAGTCAAACCT-GGTATGCAT--GTTCCCCATGGTGAGAAGAAAATG--C---C-------A--------------------------------GTTAAAATCA--T-CTTTCAATGGgcagtcaa
gi|19 : T-TAAGGTCTAATTTACATGGGTAATTCTG--------TAGGCACAAAACAAG--Aa
gi|2 : gaAGTACTTAAAAGGTT---------AGAATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTGAAACTTAAAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGTTAAGA-TCA-CCAACCTTC--A-ATAG---A------------GGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGATGGAACCTTCATGAGTAAATTAG--------TAGGCACAAAGTA-G--AT------------AATCTAAG-A----T---AATAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CACATATTCATT----C--------------A-TC-AT-AGA-GGGTTGTA-------AT------G----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------T-TGA----CCGTT----CATC-AG-CACT---TTGTGGGA--AGGGTAGAAA-GAGTACTGA-T-----G-T--GGATAATCAAACCTTGAT-CTCTT--GTTCATCAGAGGCAAAGGTAAATG--T---CTGT---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAAGTCG--TACTTTCAAGGGAAATCTTGAATGAAAA-ACGGTAGTAGTAGT---AGTAGT--AAGGC--AAGAATCATCA--A------ACTTGGTGTA-A-GTTCCCT-GTGGTGTTGGTGCTAAGTATATA--TTcagaaactgttct
gi|3 : c------AT------G----GTT-TG--GTG-CAGTATT-TCTGT-------T-TG-----TT-TT----C-------CACC---TTGTGGGA--ATGAT-CACC-AAGTACTGA-TAA-G-G-CTAGGATAATCAAACTTTGTA-CACAT--GTTCCCCATGGTGATAGAAAGATG--C---C--TAGGTAATTT----ATCA------A-TG----------TTCCAGGTCA---ATTTTGAAG---------GAATAAAAG-AC-----------T---TCTAAT--AGCACTGCAGGATCATCA--A------ACtt
gi|4 : ggattacaaactcaatgtttcacctatttagccattattatagatttcttagaacttgcatgAGGTATTTAA--------TTG----AAAACAAG------------------TCT---------------TAAGGCTATGCTTATCA---AACTTAAC-A-------CGCAT----TTT----C--------------AATC-AT-CGAGGTATGGGAC------AT------A----ATTCTGT-GTGTC-----T-TTTGC-------C-TGG----TTGTT----CATC-CTTCACCA--TTTTAGGA---------------GTACTAA-T-A-G-GGCTAGGATAAGCAG--CGCAGT--ACAC--GTTCCATATCATG-GAAGAACGTG--C---G--T---GT--TT----GTCCTCAGAGA-TGAAG-------GTCAAGATCT--TACTTTCATGGGTAATCATGAATAAAGATAT---------ATTTACACTAAA--AATAT--TAAGATCATCATCAGTGCATACTTTGTTCACATATTTCCC-ATTATATTGAGGTCATGCATAAAATTTATTTTGATAAGT---GATAATaaaattgttctgtaatttaatatttaacaaggcaatctttcactacacattccgttgatactctgtaatgtcataaaaagtggtgaaagagcattgtctgagtcattttttgacaactaacatatactaggata
gi|5 : tcggtaggcatgttttcaattattagact--GTG-T-----T-TCTGTATTATTTC-TGT----CCATT----CATC-AT-TATC---TTGTGGGA--AAGATTTAAG-GAATACTTA-T-AAG-G-ATATGATAATCAAA-CTTGGTACATAC--ATTTCCCCTGTTGAGAGGAAGATG--CCTGC--T---TA--TT-----GTC------AGTG----------GTCATGGTCA--TACTTTTA
gi|6 : tatggtgttAATTTCA--------TTTACACAAAGCAAG--ATCCA---------ACTCTAA-------------TAAGA-TGGGTTAATCATCCAGCTTGTC-A-------CGCAT----ATT----C--------------A-TCTATTAGACGGGTTGTACCGGTGTAA------A----GGCATG--GTG-CGGTGTC-TCTGTGTGT---C-TGG----CTGTT----CATCCAA-CACCATATTGTGGAATAAGGACAACTA--AGCACTAA-TGA-G-G-TTTGGAAAAT--AATTCCGGTGCACAT--GTTCCTTATGGTGAAAGGAAGGTG--A---T--T---CC--TA----AGC---------------------ATCAAAGTCA--TACTTTC-TGGATAATTGTAAACTAAAA-GC---------AGT---ACTAAC--AAAAC--CTGGATCATCA--A------ACTTGATGTACATGTTACAT-ATGGTGTtcagttccccaagtatattttgaaaaataataacttaatttttcaagttgtatctaatttgaatgaaatactttttcagtttgatattttacgaagtcatcttaaaatattttattaatactcttcagtgtgaagaaagtgccaaaagaacattgtcaaagccagttttttgaccaatgaatgatatatttagatatt
gi|7 : TATAA-GCCTAAGA-TCATCCAACCTACATGTATTACACATGTTCCC-AATAATCAGAAGAGAAT-GTTTTT-CAAGGTC-AAACTTAATGAGAAGTCTTG--------TTGACACAAAACAAG--AT--A---------AAACCAAGTA----CA--AATAAAACTAGGATGATTA---AACTTAAT-A-------TTCAT----ATTCAACC--------------A-TC-AT-AGAATGGTTGTA-------ATTTGGAGA----GTTGTGTAGTG-T-----T-TTTGT-------G-TGTTTCTTTGTTTATCCATC-AG-AACC---TTGTGGGA--AGGATAAAAA--AGTAGTAATT-T-G-G-CAAGGATAATTAAACCTGGGT--ATATAAATTGCCCAAGGTGAGAGAAcaaatatttttggagtaatatttttcg
gi|8 : tt----T---AATAAGGCTAGGATAATCA---AACTTTAT-AAGTTAATCACAT----ATT----CNNNNNNNNNNNNNNA-TC-AT-AGACAGGATGTAC------GT------ATAATGCTATG--GTG-------------T-------C-TG--------TT----CACC-AG-CACC---TTGTGG----AGGATACAAATAAGTACAAC-T-AAG-G-TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---N--N---NN--NN----NNNN------N-NN----------NNNNNNNNNNNNTACTTTTATGGATAATCATGAAGGAAAA-------------------TTAATTAAATGC--CACGATCATCA--A------ACTTGGTGTACTTGATCGTC-ATCGTGTTGATGAAAAGCGCAtccatatatctact
gi|9 : TATAA-GGC-AAGAATCA-TCACACTTG--GTATTG---AT-TTTCCTA-TAGTAGGAGGCATATTGTTTTTACAAGTCT-TATTTACATGAGGAATTTAA--------TTGGCACAAAACAAG--AT--G---------G---TAAC-AG---T---ACT--GGCAGGGATAATGA---AAC-TAACAA-------CACAT----ATTCAGCC--------------A-TC-AT-AGCTGGATTGTAC------AA------T----GTTGGG--GTG-C-----TGTGTGT-------CTTG-----CTGCT----
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CACAATTTTGCATCTCAAATTATACTTTATTTGGGTGAAATACTTCAAATTGATGTTTTGCAAAGCCATCTTAGAACTAACATATCATTTATACCCTCAGAGAAAGTGTTGAAAGATCACTGTTAAAGATATCTTTTAACAAAGAAGGATTTGTTTGGAAGTTATGACCCTTGCTTGAATTACT
Alignments
lowQualScore : 333333333 55555555555555 2222 1 1 8888888888888888888888888 22222222 6666666666666666666666666666666666666 1111111 44444444444444444444444444444 1 33333333333333333333 11 2222222 33333333333333333333 111 222222222 222 1111 77777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222 111111111 11111111 2222
lowQualScore : 1 888888888 1 1 11111111111111 3333 5 6 0 7777777777777777777777777 1 1 3 8 6 44 6 1 1 1 00000000 1 0 2222222222222222222222222222222222222 888 5 6666666 3 77777777777777777777777777777 5 5 3 99999999999999999999 3 00 5555555 4 99999999999999999999 8888 5555 222 66 222222222 4 000 3 444 5 6666 44 0 44444444444444444444444444444444444444444444444 44 888 22 55 2 8888888888888888888 55 0 666 111111111 0 5 99999999 3 3333
lowQualScore : . ......... . . .............. .... . . . ......................... . . . . . .. . . . . ........ . . ..................................... ... . ....... . ............................. . . . .................... . .. ....... . .................... .... .... ... .. ......... . ... . ... . .... .. . ............................................... .. ... .. .. . ................... .. . ... ......... . . ........ . ....
lowQualScore : 0 000000000 0 0 55555555555555 5555 5 5 0 0000000000000000000000000 0 0 2 0 4 22 4 4 0 9 77777777 0 2 4444444444444444444444444444444444444 888 0 2222222 1 77777777777777777777777777777 7 7 7 22222222222222222222 9 66 8888888 4 88888888888888888888 5555 3333 222 11 777777777 0 555 6 888 9 2222 22 6 33333333333333333333333333333333333333333333333 66 444 66 77 6 2222222222222222222 55 7 555 999999999 1 0 77777777 0 7777
consensus : AGTACTTANAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTNAAACTTANAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGATCA-CCAACCTTC--GTATCG---AT-TTCCC-A-TAGNAAGAAGCNTATTGTTTTT-CAAGGTCGAACCTTCATGAGNAATTTAG--------TNGGCACAAAACAAG--AT--G---------AATCTAAG-A----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CGCATATT----C--------------A----T----C-AT-AGACGGGTTGTAC------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-TG-CC-----GTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGATANAAA-GAGTACTAA-T-A-G-G-CTAGGATAATCAAACCTCGGT-CACAT--GTTCCCCATGGTGAGAGGAAGATG--C---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAGGTCA--TACTTTCANGGGTAATCATGAANGAAAA-AC---------AGT---ACTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCC-GTGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGAAAAGT--CGGTAAT
Reference ( family-5891 ) : AGTACTTANAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTNAAACTTANAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGATCA-CCAACCTTC--GTATCG---AT-TTCCC-A-TAGNAAGAAGCNTATTGTTTTT-CAAGGTNGAACCTTCATGAGNAATTTAG--------TNGGCACAAAACAAG--AT--G---------AATCTAAG-A----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CGCATATT----C--------------A----T----C-AT-AGACGGGTTGTAC------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-TG-CC-----GTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGATANAAA-GAGTACTAA-T-A-G-G-CTAGGATAATCAAACCTCGGT-CACAT--GTTCCCCATGGTGAGAGGAAGATG--C---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAGGTCA--TACTTTCANGGGTAATCATGAANGAAAA-AC---------AGT---ACTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCC-GTGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGAAAAGT--CGGTAAT
gi|1 : AGTACTTACAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTATTGTTTTCCAAAATCAAGGTCAAACTTACAAGGATAA--------------AACAAGATA------TAAAGG-TAAGATCA-CCAACCTT---GAATCG---A------------GGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGATGGAACCTTCATGAGTAAAGTAGATAATCAATAGGCACAAAATAGATCAT--GTATTGTTTCAATCTAAG-A----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAT-A-------CACATATT----C--------------A----T----C-AT-AGA-GGGTTGTA-------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------T-TGACC-----GTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGGTAGAAA-GAGTACTAA-T-----G-C--GGATAATCAAACCTTGAT-CTCTT--GTTCATCAGAGGCAAAGGCAAATG--T---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAAGTCG--TACTTTCAAGGGGAATCTTGAATGAAAA-AC---------GGT---AGTAGT--AAGGC--AAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTTCAAGTTCCCA-GTGGTGTTGGTGCTAAGCATATA--TTCTTTTTAAAAGTACCGGTAAT
gi|10 : AT--GTTCCCTTCGGTGAGAGGAAGATG--C---C--TGC-TA--TTTCTAAAC---------TTAAGGTAAAAGGCCAAGGTCA--TACTTT-------AAT----------AA-AT---------AG--------AT--AAGAC--AAAGCTCATCA--A------ACTTGGTGTATATGTTCCTC-ATGGAGTTGGTGCCAAGTGCA-A------TTTGAAAAGT--
gi|12 : cataatgaaaaaaacaaactatattatagataaagcttggataaacatgtTGT-------C-TG-TC-------T----CATC-AG-C-CC---TT-TGGGG--GGG--------GGGGGCTAA-T-ATG-G-CTAGGATAATTGAACCTCG---TATAC--ATTTCCCATGGTGAGAGGAAGATGGCC---C--A---TA--CT----Aaattttttgttt
gi|13 : ttcttgg-TT----------ATCAAGGTCA--TAATTT------TAATTATGAAGGAAAA-GC---------AGA---ACCAAT--AAGGT--CAGGATCATC----------------------TGTTCCCCAATGCTGTTGGTACCAAAC-------TTATTTTGAAAAG---CAGTAATct
gi|14 : ACTTTTATGGGTTTTCATAAAGGAAAA-A----------AGT---TCTAAT--AAAGC--TAGAATCATCA--G------ACATGGTGTACATATTCCCC-GT
gi|15 : GGT--ACAT--GTTGCCTGAGGTGAGGGGAAGATG--C---C--CGA-TA--TT----TATC------A-AG----------GTCAAGGTCA--CACTTTTATGttatgaaaagtgacaatgtt
gi|16 : tatttataataattaggttagGCACAAAACAAG--TT-------------ATCTAAA-AACCGTACAAA-AAAGGCGAGGATCACCA---AACCTAGT-A-------TACATAaaacag
gi|16 : AAAA-AC---------CGT---ACAAAA--AAGGC--GAGGATCACCA--A------ACCTAGTATACATcctaaccaaccataatgattggtaatgtg
gi|17 : gcacaaaacaagttatct-A-G-G-ATAAGACAATTAAACCTAGTA-CACAT--GTTTTCCATGGTCATCAGAAGATA--A---T--TA--TAC-TC----GGTA------A-TTC---------CTCAAGGTCA--acctaaccaaccataatgattggtaatgtg
gi|18 : aTAA-T-A-AAG-CTAGGATAGTCAAACCT-GGTATGCAT--GTTCCCCATGGTGAGAAGAAAATG--C---C-------A--------------------------------GTTAAAATCA--T-CTTTCAATGGgcagtcaa
gi|19 : T-TAAGGTCTAATTTACATGGGTAATTCTG--------TAGGCACAAAACAAG--Aa
gi|2 : gaAGTACTTAAAAGGTT---------AGAATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTGAAACTTAAAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGTTAAGATCA-CCAACCTTC--A-ATAG---A------------GGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGATGGAACCTTCATGAGTAAATTAG--------TAGGCACAAAGTA-G--AT------------AATCTAAG-A----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CACATATT----C--------------A----TTCATC-AT-AGA-GGGTTGTA-------AT------G----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------T-TGACC-----GTT----CATC-AG-CACT---TTGTGGGA--AGGGTAGAAA-GAGTACTGA-T-----G-T--GGATAATCAAACCTTGAT-CTCTT--GTTCATCAGAGGCAAAGGTAAATG--T---CTGT---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAAGTCG--TACTTTCAAGGGAAATCTTGAATGAAAA-ACGGTAGTAGTAGT---AGTAGT--AAGGC--AAGAATCATCA--A------ACTTGGTGTA-A-GTTCCCT-GTGGTGTTGGTGCTAAGTATATA--TTcagaaactgttct
gi|3 : c------AT------G----GTT-TG--GTG-CAGTATT-TCTGT-------T-TG-TT------TT----C-------CACC---TTGTGGGA--ATGAT-CACC-AAGTACTGA-TAA-G-G-CTAGGATAATCAAACTTTGTA-CACAT--GTTCCCCATGGTGATAGAAAGATG--C---C--TAGGTAATTT----ATCA------A-TG----------TTCCAGGTCA---ATTTTGAAG---------GAATAAAAG-AC-----------T---TCTAAT--AGCACTGCAGGATCATCA--A------ACtt
gi|4 : ggattacaaactcaatgtttcacctatttagccattattatagatttcttagaacttgcatgAGGTATTTAA--------TTG----AAAACAAG------------------TCT----------------TAAGGCTATGCTTATCA---AACTTAAC-A-------CGCATTTT----C--------------AA---T----C-AT-CGAGGTATGGGAC------AT------A----ATTCTGT-GTGTC-----T-TTTGC-------C-TGGTT-----GTT----CATC-CTTCACCA--TTTTAGGA---------------GTACTAA-T-A-G-GGCTAGGATAAGCAG--CGCAGT--ACAC--GTTCCATATCATG-GAAGAACGTG--C---G--T---GT--TT----GTCCTCAGAGA-TGAAG-------GTCAAGATCT--TACTTTCATGGGTAATCATGAATAAAGATAT---------ATTTACACTAAA--AATAT--TAAGATCATCATCAGTGCATACTTTGTTCACATATTTCCC-ATTATATTGAGGTCATGCATAAAATTTATTTTGATAAGT---GATAATaaaattgttctgtaatttaatatttaacaaggcaatctttcactacacattccgttgatactctgtaatgtcataaaaagtggtgaaagagcattgtctgagtcattttttgacaactaacatatactaggata
gi|5 : tcggtaggcatgttttcaattattagact--GTG-T-----T-TCTGTATTATTTC-TGTCC-----ATT----CATC-AT-TATC---TTGTGGGA--AAGATTTAAG-GAATACTTA-T-AAG-G-ATATGATAATCAAA-CTTGGTACATAC--ATTTCCCCTGTTGAGAGGAAGATG--CCTGC--T---TA--TT-----GTC------AGTG----------GTCATGGTCA--TACTTTTA
gi|6 : tatggtgttAATTTCA--------TTTACACAAAGCAAG--ATCCA---------ACTCTAA--------------TAAGA-TGGGTTAATCATCCAGCTTGTC-A-------CGCATATT----C--------------A----T----CTATTAGACGGGTTGTACCGGTGTAA------A----GGCATG--GTG-CGGTGTC-TCTGTGTGT---C-TGGCT-----GTT----CATCCAA-CACCATATTGTGGAATAAGGACAACTA--AGCACTAA-TGA-G-G-TTTGGAAAAT--AATTCCGGTGCACAT--GTTCCTTATGGTGAAAGGAAGGTG--A---T--T---CC--TA----AGC---------------------ATCAAAGTCA--TACTTTC-TGGATAATTGTAAACTAAAA-GC---------AGT---ACTAAC--AAAAC--CTGGATCATCA--A------ACTTGATGTACATGTTACAT-ATGGTGTtcagttccccaagtatattttgaaaaataataacttaatttttcaagttgtatctaatttgaatgaaatactttttcagtttgatattttacgaagtcatcttaaaatattttattaatactcttcagtgtgaagaaagtgccaaaagaacattgtcaaagccagttttttgaccaatgaatgatatatttagatatt
gi|7 : TATAA-GCCTAAGATCATCCAACCTACATGTATTACACATGTTCCC-AATAATCAGAAGAGAAT-GTTTTT-CAAGGTCAAAC-TTAATGAGAAGTCTTG--------TTGACACAAAACAAG--AT--A---------AAACCAAGTA----C---AAATAAAACTAGGATGATTA---AACTTAAT-A-------TTCATATT----C--------------AACCAT----C-AT-AGAATGGTTGTA-------ATTTGGAGA----GTTGTGTAGTG-T-----T-TTTGT-------G-TG-TTTCTTTGTTTATCCATC-AG-AACC---TTGTGGGA--AGGATAAAAA--AGTAGTAATT-T-G-G-CAAGGATAATTAAACCTGGGT--ATATAAATTGCCCAAGGTGAGAGAAcaaatatttttggagtaatatttttcg
gi|8 : tt----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTTAT-AAGTTAATCACATATT----CNNNNNNNNNNNNNNA----T----C-AT-AGACAGGATGTAC------GT------ATAATGCTATG--GTG-------------T-------C-TG---------TT----CACC-AG-CACC---TTGTGG----AGGATACAAATAAGTACAAC-T-AAG-G-TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---N--N---NN--NN----NNNN------N-NN----------NNNNNNNNNNNNTACTTTTATGGATAATCATGAAGGAAAA-------------------TTAATTAAATGC--CACGATCATCA--A------ACTTGGTGTACTTGATCGTC-ATCGTGTTGATGAAAAGCGCAtccatatatctact
gi|9 : TATAA-GGCAAGAATCA-TCACACTTG--GTATTG---AT-TTTCCTA-TAGTAGGAGGCATATTGTTTTTACAAG-TCTTATTTACATGAGGAATTTAA--------TTGGCACAAAACAAG--AT--G---------G---TAAC-AG---T---AC-T--GGCAGGGATAATGA---AAC-TAACAA-------CACATATTCAGCC--------------A----T----C-AT-AGCTGGATTGTAC------AA------T----GTTGGG--GTG-C-----TGTGTGT-------CTTG-CT-----GCT----
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CACAATTTTGCATCTCAAATTATACTTTATTTGGGTGAAATACTTCAAATTGATGTTTTGCAAAGCCATCTTAGAACTAACATATCATTTATACCCTCAGAGAAAGTGTTGAAAGATCACTGTTAAAGATATCTTTTAACAAAGAAGGATTTGTTTGGAAGTTATGACCCTTGCTTGAATTACT
Alignments
lowQualScore : 333333333 55555555555555 2222 1 1 8888888888888888888888888 22222222 6666666666666666666666666666666666666 1111111 1111 444444444444444444444444 1 33333333333333333333 11 2222222 33333333333333333333 111 222222222 222 1111 77777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222 111111111 11111111 2222
lowQualScore : 1 888888888 1 1 11111111111111 3333 5 6 0 7777777777777777777777777 1 1 3 8 6 3 6 1 1 1 00000000 1 0 2222222222222222222222222222222222222 888 5 6666666 3 0000 444444444444444444444444 5 5 3 99999999999999999999 3 00 5555555 4 99999999999999999999 8888 5555 222 66 222222222 4 000 3 444 5 6666 44 0 44444444444444444444444444444444444444444444444 44 888 22 55 2 8888888888888888888 55 0 666 111111111 0 5 99999999 3 3333
lowQualScore : . ......... . . .............. .... . . . ......................... . . . . . . . . . . ........ . . ..................................... ... . ....... . .... ........................ . . . .................... . .. ....... . .................... .... .... ... .. ......... . ... . ... . .... .. . ............................................... .. ... .. .. . ................... .. . ... ......... . . ........ . ....
lowQualScore : 0 000000000 0 0 55555555555555 5555 5 5 0 0000000000000000000000000 0 0 2 0 4 2 4 4 0 9 77777777 0 2 4444444444444444444444444444444444444 888 0 2222222 1 6666 666666666666666666666666 7 7 7 22222222222222222222 9 66 8888888 4 88888888888888888888 5555 3333 222 11 777777777 0 555 6 888 9 2222 22 6 33333333333333333333333333333333333333333333333 66 444 66 77 6 2222222222222222222 55 7 555 999999999 1 0 77777777 0 7777
consensus : AGTACTTANAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTNAAACTTANAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGATCA-CCAACCTTC--GTATCG---AT-TTCCC-A-TAGNAAGAAGCNTATTGTTTTT-CAAGGTCGAACCTTCATGAGNAATTTAG--------TNGGCACAAAACAAG--AT--G---------AATCTAAG-A----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CGCAT----ATT----C--------------A----TC-AT-AGACGGGTTGTAC------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-TG-CC-----GTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGATANAAA-GAGTACTAA-T-A-G-G-CTAGGATAATCAAACCTCGGT-CACAT--GTTCCCCATGGTGAGAGGAAGATG--C---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAGGTCA--TACTTTCANGGGTAATCATGAANGAAAA-AC---------AGT---ACTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCC-GTGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGAAAAGT--CGGTAAT
Reference ( family-5891 ) : AGTACTTANAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTNAAACTTANAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGATCA-CCAACCTTC--GTATCG---AT-TTCCC-A-TAGNAAGAAGCNTATTGTTTTT-CAAGGTCGAACCTTCATGAGNAATTTAG--------TNGGCACAAAACAAG--AT--G---------AATCTAAG-A----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CGCAT----ATT----C--------------A----TC-AT-AGACGGGTTGTAC------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-TG-CC-----GTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGATANAAA-GAGTACTAA-T-A-G-G-CTAGGATAATCAAACCTCGGT-CACAT--GTTCCCCATGGTGAGAGGAAGATG--C---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAGGTCA--TACTTTCANGGGTAATCATGAANGAAAA-AC---------AGT---ACTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCC-GTGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGAAAAGT--CGGTAAT
gi|1 : AGTACTTACAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTATTGTTTTCCAAAATCAAGGTCAAACTTACAAGGATAA--------------AACAAGATA------TAAAGG-TAAGATCA-CCAACCTT---GAATCG---A------------GGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGATGGAACCTTCATGAGTAAAGTAGATAATCAATAGGCACAAAATAGATCAT--GTATTGTTTCAATCTAAG-A----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAT-A-------CACAT----ATT----C--------------A----TC-AT-AGA-GGGTTGTA-------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------T-TGACC-----GTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGGTAGAAA-GAGTACTAA-T-----G-C--GGATAATCAAACCTTGAT-CTCTT--GTTCATCAGAGGCAAAGGCAAATG--T---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAAGTCG--TACTTTCAAGGGGAATCTTGAATGAAAA-AC---------GGT---AGTAGT--AAGGC--AAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTTCAAGTTCCCA-GTGGTGTTGGTGCTAAGCATATA--TTCTTTTTAAAAGTACCGGTAAT
gi|10 : AT--GTTCCCTTCGGTGAGAGGAAGATG--C---C--TGC-TA--TTTCTAAAC---------TTAAGGTAAAAGGCCAAGGTCA--TACTTT-------AAT----------AA-AT---------AG--------AT--AAGAC--AAAGCTCATCA--A------ACTTGGTGTATATGTTCCTC-ATGGAGTTGGTGCCAAGTGCA-A------TTTGAAAAGT--
gi|12 : cataatgaaaaaaacaaactatattatagataaagcttggataaacatgtTGT-------C-TG-TC-------T----CATC-AG-C-CC---TT-TGGGG--GGG--------GGGGGCTAA-T-ATG-G-CTAGGATAATTGAACCTCG---TATAC--ATTTCCCATGGTGAGAGGAAGATGGCC---C--A---TA--CT----Aaattttttgttt
gi|13 : ttcttgg-TT----------ATCAAGGTCA--TAATTT------TAATTATGAAGGAAAA-GC---------AGA---ACCAAT--AAGGT--CAGGATCATC----------------------TGTTCCCCAATGCTGTTGGTACCAAAC-------TTATTTTGAAAAG---CAGTAATct
gi|14 : ACTTTTATGGGTTTTCATAAAGGAAAA-A----------AGT---TCTAAT--AAAGC--TAGAATCATCA--G------ACATGGTGTACATATTCCCC-GT
gi|15 : GGT--ACAT--GTTGCCTGAGGTGAGGGGAAGATG--C---C--CGA-TA--TT----TATC------A-AG----------GTCAAGGTCA--CACTTTTATGttatgaaaagtgacaatgtt
gi|16 : tatttataataattaggttagGCACAAAACAAG--TT-------------ATCTAAA-AACCGTACAAA-AAAGGCGAGGATCACCA---AACCTAGT-A-------TACAT----Aaaacag
gi|16 : AAAA-AC---------CGT---ACAAAA--AAGGC--GAGGATCACCA--A------ACCTAGTATACATcctaaccaaccataatgattggtaatgtg
gi|17 : gcacaaaacaagttatct-A-G-G-ATAAGACAATTAAACCTAGTA-CACAT--GTTTTCCATGGTCATCAGAAGATA--A---T--TA--TAC-TC----GGTA------A-TTC---------CTCAAGGTCA--acctaaccaaccataatgattggtaatgtg
gi|18 : aTAA-T-A-AAG-CTAGGATAGTCAAACCT-GGTATGCAT--GTTCCCCATGGTGAGAAGAAAATG--C---C-------A--------------------------------GTTAAAATCA--T-CTTTCAATGGgcagtcaa
gi|19 : T-TAAGGTCTAATTTACATGGGTAATTCTG--------TAGGCACAAAACAAG--Aa
gi|2 : gaAGTACTTAAAAGGTT---------AGAATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTGAAACTTAAAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGTTAAGATCA-CCAACCTTC--A-ATAG---A------------GGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGATGGAACCTTCATGAGTAAATTAG--------TAGGCACAAAGTA-G--AT------------AATCTAAG-A----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CACATATTCATT----C--------------A----TC-AT-AGA-GGGTTGTA-------AT------G----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------T-TGACC-----GTT----CATC-AG-CACT---TTGTGGGA--AGGGTAGAAA-GAGTACTGA-T-----G-T--GGATAATCAAACCTTGAT-CTCTT--GTTCATCAGAGGCAAAGGTAAATG--T---CTGT---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAAGTCG--TACTTTCAAGGGAAATCTTGAATGAAAA-ACGGTAGTAGTAGT---AGTAGT--AAGGC--AAGAATCATCA--A------ACTTGGTGTA-A-GTTCCCT-GTGGTGTTGGTGCTAAGTATATA--TTcagaaactgttct
gi|3 : c------AT------G----GTT-TG--GTG-CAGTATT-TCTGT-------T-TG-TT------TT----C-------CACC---TTGTGGGA--ATGAT-CACC-AAGTACTGA-TAA-G-G-CTAGGATAATCAAACTTTGTA-CACAT--GTTCCCCATGGTGATAGAAAGATG--C---C--TAGGTAATTT----ATCA------A-TG----------TTCCAGGTCA---ATTTTGAAG---------GAATAAAAG-AC-----------T---TCTAAT--AGCACTGCAGGATCATCA--A------ACtt
gi|4 : ggattacaaactcaatgtttcacctatttagccattattatagatttcttagaacttgcatgAGGTATTTAA--------TTG----AAAACAAG------------------TCT----------------TAAGGCTATGCTTATCA---AACTTAAC-A-------CGCAT----TTT----C--------------AA---TC-AT-CGAGGTATGGGAC------AT------A----ATTCTGT-GTGTC-----T-TTTGC-------C-TGGTT-----GTT----CATC-CTTCACCA--TTTTAGGA---------------GTACTAA-T-A-G-GGCTAGGATAAGCAG--CGCAGT--ACAC--GTTCCATATCATG-GAAGAACGTG--C---G--T---GT--TT----GTCCTCAGAGA-TGAAG-------GTCAAGATCT--TACTTTCATGGGTAATCATGAATAAAGATAT---------ATTTACACTAAA--AATAT--TAAGATCATCATCAGTGCATACTTTGTTCACATATTTCCC-ATTATATTGAGGTCATGCATAAAATTTATTTTGATAAGT---GATAATaaaattgttctgtaatttaatatttaacaaggcaatctttcactacacattccgttgatactctgtaatgtcataaaaagtggtgaaagagcattgtctgagtcattttttgacaactaacatatactaggata
gi|5 : tcggtaggcatgttttcaattattagact--GTG-T-----T-TCTGTATTATTTC-TGTCC-----ATT----CATC-AT-TATC---TTGTGGGA--AAGATTTAAG-GAATACTTA-T-AAG-G-ATATGATAATCAAA-CTTGGTACATAC--ATTTCCCCTGTTGAGAGGAAGATG--CCTGC--T---TA--TT-----GTC------AGTG----------GTCATGGTCA--TACTTTTA
gi|6 : tatggtgttAATTTCA--------TTTACACAAAGCAAG--ATCCA---------ACTCTAA--------------TAAGA-TGGGTTAATCATCCAGCTTGTC-A-------CGCAT----ATT----C--------------A----TCTATTAGACGGGTTGTACCGGTGTAA------A----GGCATG--GTG-CGGTGTC-TCTGTGTGT---C-TGGCT-----GTT----CATCCAA-CACCATATTGTGGAATAAGGACAACTA--AGCACTAA-TGA-G-G-TTTGGAAAAT--AATTCCGGTGCACAT--GTTCCTTATGGTGAAAGGAAGGTG--A---T--T---CC--TA----AGC---------------------ATCAAAGTCA--TACTTTC-TGGATAATTGTAAACTAAAA-GC---------AGT---ACTAAC--AAAAC--CTGGATCATCA--A------ACTTGATGTACATGTTACAT-ATGGTGTtcagttccccaagtatattttgaaaaataataacttaatttttcaagttgtatctaatttgaatgaaatactttttcagtttgatattttacgaagtcatcttaaaatattttattaatactcttcagtgtgaagaaagtgccaaaagaacattgtcaaagccagttttttgaccaatgaatgatatatttagatatt
gi|7 : TATAA-GCCTAAGATCATCCAACCTACATGTATTACACATGTTCCC-AATAATCAGAAGAGAAT-GTTTTT-CAAGGTCAAAC-TTAATGAGAAGTCTTG--------TTGACACAAAACAAG--AT--A---------AAACCAAGTA----C---AAATAAAACTAGGATGATTA---AACTTAAT-A-------TTCAT----ATT----C--------------AACCATC-AT-AGAATGGTTGTA-------ATTTGGAGA----GTTGTGTAGTG-T-----T-TTTGT-------G-TG-TTTCTTTGTTTATCCATC-AG-AACC---TTGTGGGA--AGGATAAAAA--AGTAGTAATT-T-G-G-CAAGGATAATTAAACCTGGGT--ATATAAATTGCCCAAGGTGAGAGAAcaaatatttttggagtaatatttttcg
gi|8 : tt----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTTAT-AAGTTAATCACAT----ATT----CNNNNNNNNNNNNNNA----TC-AT-AGACAGGATGTAC------GT------ATAATGCTATG--GTG-------------T-------C-TG---------TT----CACC-AG-CACC---TTGTGG----AGGATACAAATAAGTACAAC-T-AAG-G-TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---N--N---NN--NN----NNNN------N-NN----------NNNNNNNNNNNNTACTTTTATGGATAATCATGAAGGAAAA-------------------TTAATTAAATGC--CACGATCATCA--A------ACTTGGTGTACTTGATCGTC-ATCGTGTTGATGAAAAGCGCAtccatatatctact
gi|9 : TATAA-GGCAAGAATCA-TCACACTTG--GTATTG---AT-TTTCCTA-TAGTAGGAGGCATATTGTTTTTACAAG-TCTTATTTACATGAGGAATTTAA--------TTGGCACAAAACAAG--AT--G---------G---TAAC-AG---T---AC-T--GGCAGGGATAATGA---AAC-TAACAA-------CACAT----ATTCAGCC--------------A----TC-AT-AGCTGGATTGTAC------AA------T----GTTGGG--GTG-C-----TGTGTGT-------CTTG-CT-----GCT----
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CACAATTTTGCATCTCAAATTATACTTTATTTGGGTGAAATACTTCAAATTGATGTTTTGCAAAGCCATCTTAGAACTAACATATCATTTATACCCTCAGAGAAAGTGTTGAAAGATCACTGTTAAAGATATCTTTTAACAAAGAAGGATTTGTTTGGAAGTTATGACCCTTGCTTGAATTACT
Alignments
lowQualScore : 333333333 55555555555555 2222 1 1 8888888888888888888888888 22222222 6666666666666666666666666666666666666 1111111 1111 444444444444444444444444 1 33333333333333333333 11 2222222 33333333333333333333 111 222222222 222 1111 77777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222 111111111 11111111 2222
lowQualScore : 1 888888888 1 1 11111111111111 3333 5 6 0 7777777777777777777777777 1 1 3 8 6 3 6 1 1 1 00000000 1 0 2222222222222222222222222222222222222 888 5 6666666 3 0000 444444444444444444444444 5 5 3 99999999999999999999 3 00 5555555 4 99999999999999999999 8888 5555 222 66 222222222 4 000 3 444 5 6666 44 0 44444444444444444444444444444444444444444444444 44 888 22 55 2 8888888888888888888 55 0 666 111111111 0 5 99999999 3 3333
lowQualScore : . ......... . . .............. .... . . . ......................... . . . . . . . . . . ........ . . ..................................... ... . ....... . .... ........................ . . . .................... . .. ....... . .................... .... .... ... .. ......... . ... . ... . .... .. . ............................................... .. ... .. .. . ................... .. . ... ......... . . ........ . ....
lowQualScore : 0 000000000 0 0 55555555555555 5555 5 5 0 0000000000000000000000000 0 0 2 0 4 2 4 4 0 9 77777777 0 2 4444444444444444444444444444444444444 888 0 2222222 1 6666 666666666666666666666666 7 7 7 22222222222222222222 9 66 8888888 4 88888888888888888888 5555 3333 222 11 777777777 0 555 6 888 9 2222 22 6 33333333333333333333333333333333333333333333333 66 444 66 77 6 2222222222222222222 55 7 555 999999999 1 0 77777777 0 7777
consensus : AGTACTTANAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTNAAACTTANAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGATCA-CCAACCTTC--GTATCG---AT-TTCCC-A-TAGNAAGAAGCNTATTGTTTTT-CAAGGTCGAACCTTCATGAGNAATTTAG--------TNGGCACAAAACAAG--AT--G---------AATCTAAG-A----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CGCAT----ATT----C--------------A----TC-AT-AGACGGGTTGTAC------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-TG-CC-----GTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGATANAAA-GAGTACTAA-T-A-G-G-CTAGGATAATCAAACCTCGGT-CACAT--GTTCCCCATGGTGAGAGGAAGATG--C---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAGGTCA--TACTTTCANGGGTAATCATGAANGAAAA-AC---------AGT---ACTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCC-GTGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGAAAAGT--CGGTAAT
Reference ( family-5891 ) : AGTACTTANAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTNAAACTTANAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGATCA-CCAACCTTC--GTATCG---AT-TTCCC-A-TAGNAAGAAGCNTATTGTTTTT-CAAGGTCGAACCTTCATGAGNAATTTAG--------TNGGCACAAAACAAG--AT--G---------AATCTAAG-A----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CGCAT----ATT----C--------------A----TC-AT-AGACGGGTTGTAC------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-TG-CC-----GTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGATANAAA-GAGTACTAA-T-A-G-G-CTAGGATAATCAAACCTCGGT-CACAT--GTTCCCCATGGTGAGAGGAAGATG--C---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAGGTCA--TACTTTCANGGGTAATCATGAANGAAAA-AC---------AGT---ACTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCC-GTGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGAAAAGT--CGGTAAT
gi|1 : AGTACTTACAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTATTGTTTTCCAAAATCAAGGTCAAACTTACAAGGATAA--------------AACAAGATA------TAAAGG-TAAGATCA-CCAACCTT---GAATCG---A------------GGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGATGGAACCTTCATGAGTAAAGTAGATAATCAATAGGCACAAAATAGATCAT--GTATTGTTTCAATCTAAG-A----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAT-A-------CACAT----ATT----C--------------A----TC-AT-AGA-GGGTTGTA-------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------T-TGACC-----GTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGGTAGAAA-GAGTACTAA-T-----G-C--GGATAATCAAACCTTGAT-CTCTT--GTTCATCAGAGGCAAAGGCAAATG--T---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAAGTCG--TACTTTCAAGGGGAATCTTGAATGAAAA-AC---------GGT---AGTAGT--AAGGC--AAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTTCAAGTTCCCA-GTGGTGTTGGTGCTAAGCATATA--TTCTTTTTAAAAGTACCGGTAAT
gi|10 : AT--GTTCCCTTCGGTGAGAGGAAGATG--C---C--TGC-TA--TTTCTAAAC---------TTAAGGTAAAAGGCCAAGGTCA--TACTTT-------AAT----------AA-AT---------AG--------AT--AAGAC--AAAGCTCATCA--A------ACTTGGTGTATATGTTCCTC-ATGGAGTTGGTGCCAAGTGCA-A------TTTGAAAAGT--
gi|12 : cataatgaaaaaaacaaactatattatagataaagcttggataaacatgtTGT-------C-TG-TC-------T----CATC-AG-C-CC---TT-TGGGG--GGG--------GGGGGCTAA-T-ATG-G-CTAGGATAATTGAACCTCG---TATAC--ATTTCCCATGGTGAGAGGAAGATGGCC---C--A---TA--CT----Aaattttttgttt
gi|13 : ttcttgg-TT----------ATCAAGGTCA--TAATTT------TAATTATGAAGGAAAA-GC---------AGA---ACCAAT--AAGGT--CAGGATCATC----------------------TGTTCCCCAATGCTGTTGGTACCAAAC-------TTATTTTGAAAAG---CAGTAATct
gi|14 : ACTTTTATGGGTTTTCATAAAGGAAAA-A----------AGT---TCTAAT--AAAGC--TAGAATCATCA--G------ACATGGTGTACATATTCCCC-GT
gi|15 : GGT--ACAT--GTTGCCTGAGGTGAGGGGAAGATG--C---C--CGA-TA--TT----TATC------A-AG----------GTCAAGGTCA--CACTTTTATGttatgaaaagtgacaatgtt
gi|16 : tatttataataattaggttagGCACAAAACAAG--TT-------------ATCTAAA-AACCGTACAAA-AAAGGCGAGGATCACCA---AACCTAGT-A-------TACAT----Aaaacag
gi|16 : AAAA-AC---------CGT---ACAAAA--AAGGC--GAGGATCACCA--A------ACCTAGTATACATcctaaccaaccataatgattggtaatgtg
gi|17 : gcacaaaacaagttatct-A-G-G-ATAAGACAATTAAACCTAGTA-CACAT--GTTTTCCATGGTCATCAGAAGATA--A---T--TA--TAC-TC----GGTA------A-TTC---------CTCAAGGTCA--acctaaccaaccataatgattggtaatgtg
gi|18 : aTAA-T-A-AAG-CTAGGATAGTCAAACCT-GGTATGCAT--GTTCCCCATGGTGAGAAGAAAATG--C---C-------A--------------------------------GTTAAAATCA--T-CTTTCAATGGgcagtcaa
gi|19 : T-TAAGGTCTAATTTACATGGGTAATTCTG--------TAGGCACAAAACAAG--Aa
gi|2 : gaAGTACTTAAAAGGTT---------AGAATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTGAAACTTAAAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGTTAAGATCA-CCAACCTTC--A-ATAG---A------------GGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGATGGAACCTTCATGAGTAAATTAG--------TAGGCACAAAGTA-G--AT------------AATCTAAG-A----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CACATATTCATT----C--------------A----TC-AT-AGA-GGGTTGTA-------AT------G----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------T-TGACC-----GTT----CATC-AG-CACT---TTGTGGGA--AGGGTAGAAA-GAGTACTGA-T-----G-T--GGATAATCAAACCTTGAT-CTCTT--GTTCATCAGAGGCAAAGGTAAATG--T---CTGT---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAAGTCG--TACTTTCAAGGGAAATCTTGAATGAAAA-ACGGTAGTAGTAGT---AGTAGT--AAGGC--AAGAATCATCA--A------ACTTGGTGTA-A-GTTCCCT-GTGGTGTTGGTGCTAAGTATATA--TTcagaaactgttct
gi|3 : c------AT------G----GTT-TG--GTG-CAGTATT-TCTGT-------T-TG-TT------TT----C-------CACC---TTGTGGGA--ATGAT-CACC-AAGTACTGA-TAA-G-G-CTAGGATAATCAAACTTTGTA-CACAT--GTTCCCCATGGTGATAGAAAGATG--C---C--TAGGTAATTT----ATCA------A-TG----------TTCCAGGTCA---ATTTTGAAG---------GAATAAAAG-AC-----------T---TCTAAT--AGCACTGCAGGATCATCA--A------ACtt
gi|4 : ggattacaaactcaatgtttcacctatttagccattattatagatttcttagaacttgcatgAGGTATTTAA--------TTG----AAAACAAG------------------TCT----------------TAAGGCTATGCTTATCA---AACTTAAC-A-------CGCAT----TTT----C--------------AA---TC-AT-CGAGGTATGGGAC------AT------A----ATTCTGT-GTGTC-----T-TTTGC-------C-TGGTT-----GTT----CATC-CTTCACCA--TTTTAGGA---------------GTACTAA-T-A-G-GGCTAGGATAAGCAG--CGCAGT--ACAC--GTTCCATATCATG-GAAGAACGTG--C---G--T---GT--TT----GTCCTCAGAGA-TGAAG-------GTCAAGATCT--TACTTTCATGGGTAATCATGAATAAAGATAT---------ATTTACACTAAA--AATAT--TAAGATCATCATCAGTGCATACTTTGTTCACATATTTCCC-ATTATATTGAGGTCATGCATAAAATTTATTTTGATAAGT---GATAATaaaattgttctgtaatttaatatttaacaaggcaatctttcactacacattccgttgatactctgtaatgtcataaaaagtggtgaaagagcattgtctgagtcattttttgacaactaacatatactaggata
gi|5 : tcggtaggcatgttttcaattattagact--GTG-T-----T-TCTGTATTATTTC-TGTCC-----ATT----CATC-AT-TATC---TTGTGGGA--AAGATTTAAG-GAATACTTA-T-AAG-G-ATATGATAATCAAA-CTTGGTACATAC--ATTTCCCCTGTTGAGAGGAAGATG--CCTGC--T---TA--TT-----GTC------AGTG----------GTCATGGTCA--TACTTTTA
gi|6 : tatggtgttAATTTCA--------TTTACACAAAGCAAG--ATCCA---------ACTCTAA--------------TAAGA-TGGGTTAATCATCCAGCTTGTC-A-------CGCAT----ATT----C--------------A----TCTATTAGACGGGTTGTACCGGTGTAA------A----GGCATG--GTG-CGGTGTC-TCTGTGTGT---C-TGGCT-----GTT----CATCCAA-CACCATATTGTGGAATAAGGACAACTA--AGCACTAA-TGA-G-G-TTTGGAAAAT--AATTCCGGTGCACAT--GTTCCTTATGGTGAAAGGAAGGTG--A---T--T---CC--TA----AGC---------------------ATCAAAGTCA--TACTTTC-TGGATAATTGTAAACTAAAA-GC---------AGT---ACTAAC--AAAAC--CTGGATCATCA--A------ACTTGATGTACATGTTACAT-ATGGTGTtcagttccccaagtatattttgaaaaataataacttaatttttcaagttgtatctaatttgaatgaaatactttttcagtttgatattttacgaagtcatcttaaaatattttattaatactcttcagtgtgaagaaagtgccaaaagaacattgtcaaagccagttttttgaccaatgaatgatatatttagatatt
gi|7 : TATAA-GCCTAAGATCATCCAACCTACATGTATTACACATGTTCCC-AATAATCAGAAGAGAAT-GTTTTT-CAAGGTCAAAC-TTAATGAGAAGTCTTG--------TTGACACAAAACAAG--AT--A---------AAACCAAGTA----C---AAATAAAACTAGGATGATTA---AACTTAAT-A-------TTCAT----ATT----C--------------AACCATC-AT-AGAATGGTTGTA-------ATTTGGAGA----GTTGTGTAGTG-T-----T-TTTGT-------G-TG-TTTCTTTGTTTATCCATC-AG-AACC---TTGTGGGA--AGGATAAAAA--AGTAGTAATT-T-G-G-CAAGGATAATTAAACCTGGGT--ATATAAATTGCCCAAGGTGAGAGAAcaaatatttttggagtaatatttttcg
gi|8 : tt----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTTAT-AAGTTAATCACAT----ATT----CNNNNNNNNNNNNNNA----TC-AT-AGACAGGATGTAC------GT------ATAATGCTATG--GTG-------------T-------C-TG---------TT----CACC-AG-CACC---TTGTGG----AGGATACAAATAAGTACAAC-T-AAG-G-TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---N--N---NN--NN----NNNN------N-NN----------NNNNNNNNNNNNTACTTTTATGGATAATCATGAAGGAAAA-------------------TTAATTAAATGC--CACGATCATCA--A------ACTTGGTGTACTTGATCGTC-ATCGTGTTGATGAAAAGCGCAtccatatatctact
gi|9 : TATAA-GGCAAGAATCA-TCACACTTG--GTATTG---AT-TTTCCTA-TAGTAGGAGGCATATTGTTTTTACAAG-TCTTATTTACATGAGGAATTTAA--------TTGGCACAAAACAAG--AT--G---------G---TAAC-AG---T---AC-T--GGCAGGGATAATGA---AAC-TAACAA-------CACAT----ATTCAGCC--------------A----TC-AT-AGCTGGATTGTAC------AA------T----GTTGGG--GTG-C-----TGTGTGT-------CTTG-CT-----GCT----
blockSeqs : A . G A TTTTGTGGCCTCTA CATG A T T CATGTATTACACATGTTCCCAATA G T T A G T T A T T . A TTATCTAAAAACCGTACAAA TCC A AGTTAAT A ATTC CNNNNNNNNNNNNNNA T T G CCGGTGTAAA A TA CAGTAT G ATTATTTCTGTCCA TATC CTT ATA TA ATACAAATA T AT A GCT C GTAT AA CCTGCTATTTCTAAACTTAAGGTAAAAG NN TAT GT TA G ACGGTAGTAGTAGTA TA TGC TCAGTGCAT A ATAAAATT A C
blockSeqs : . C . GGTATTGATTTTCCTATA T G T . A G C T T A . A ATAAAACCAAGTACAAA . . . A . CAACCA . . C ATTTGGAGA C T CGGTGT . GTGTCTGGCTG . CAA A . GTAGAAAG . AA . CT A GTAC . CGTGTTTGTCCTCAGAGATGAAG . TAT GA CA G TATATTTACA . A A . ATATAT A T
blockSeqs : . C . CAATAGA T A . . G A T T G A . T ATAATCTAAGATAA . . . G . CAGCCA . . A CGTATAAT A . TC . GTGTTTCTTTG . AG . . ATTTAAGG . AA . AT T GTGC . CCTAGGTAATTTATCAATG . CAA GT CT T GCAGAA . C G . GCAA .
blockSeqs : . . T . A A C . T ATGGTAACAGTAC . . . G . CAA . . C CATA G . C . TTGACCG . AG . . ATCACCA . GA . CT T TAC . ATTATACTCGGTAATTC . CAA AT CA T ACCGTA . T A . T
blockSeqs : G T . T ATCCAACTCTAA . . . T . CA . . T CAAT A . T . CTGGTTG . AT . . ACAACTA . AA . CT C ATC . CCTGCTTATTGTCAGTG . GAA AT TG T GCAGTA . G A .
blockSeqs : A . T TCT . . . A . CA . . . ATG G . T . CTTGCTG . AG . . ATAAAAA . A . AT T TAC . CCCGATATTTATCAAG . CAT T CA C AAGTT . A A .
blockSeqs : . . . A . . . C . CTGTC . AG . . G . A . TT C NNN . TCTGTTATTAGCCATT . TAT . . G ATAG . T A .
blockSeqs : . . . TTGTT . . . . . . A . CA G GT . NNNNNNNNNNNNNN . CT . . . ACTT . C A
blockSeqs : CTG . . T . TT N GT . ATTCCTAAGC . . . . C .
blockSeqs : . . T . GT . CCA . .
blockSeqs : T . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ******** ATAAAACCAAGTACAAA******************** CATA**************** ATAAANG** A** CT* CCTGTTATTNTCAGTG*******************************
originalCons : AGTACTTANAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTNAAACTTANAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGATCA-CCAACCTTC--GTATCG---AT-TTCCC-A-TAGNAAGAAGCNTATTGTTTTT-CAAGGTCGAACCTTCATGAGNAATTTAG--------TNGGCACAAAACAAG--AT--G---------AATCTAAG-A----T---AA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CGCAT----ATT----C--------------A----TC-AT-AGACGGGTTGTAC------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-TG-CC-----GTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGATANAAA-GAGTACTAA-T-A-G-G-CTAGGATAATCAAACCTCGGT-CACAT--GTTCCCCATGGTGAGAGGAAGATG--C---C--T---TA--TT----AGCC------A-TT----------GTCAAGGTCA--TACTTTCANGGGTAATCATGAANGAAAA-AC---------AGT---ACTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCC-GTGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGAAAAGT--CGGTAAT
finalCons : AGTACTTANAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTNAAACTTANAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGATCA-CCAACCTTC--GTATCG---AT-TTCCC-A-TAGNAAGAAGCNTATTGTTTTT-CAAGGTCGAACCTTCATGAGNAATTTAG--------TNGGCACAAAACAAGATAAAACCAAGTACAAA--------------------TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CGCAT----ATT----C--------------A----TC-AT-AGACGGGTTGTACATA----------------GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-TG-CC-----GTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGATAAANG--AGTACTAA-TA--G-GCT-AGGATAATCAAACCTCGGT-CACAT--GTTCCCCATGGTGAGAGGAAGATGCCTGTTATTNTCAGTG-------------------------------GTCAAGGTCA--TACTTTCANGGGTAATCATGAANGAAAA-AC---------AGT---ACTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCC-GTGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGAAAAGT--CGGTAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CACAATTTTGCATCTCAAATTATACTTTATTTGGGTGAAATACTTCAAATTGATGTTTTGCAAAGCCATCTTAGAACTAACATATCATTTATACCCTCAGAGAAAGTGTTGAAAGATCACTGTTAAAGATATCTTTTAACAAAGAAGGATTTGTTTGGAAGTTATGACCCTTGCTTGAATTACT
Alignments
lowQualScore : 333333333 55555555555555 2222 1 1 8888888888888888888888888 22222222 444444444444444444444444444444 1111111 4444444444444444444 1111 1 33333333333333333333 11 2222222 3333333333333333333 111 22222 222 1111 44444444444444444444444444 111 2222222222222222222 111111111 11111111 2222
lowQualScore : 1 888888888 1 1 11111111111111 3333 5 6 0 7777777777777777777777777 1 1 3 8 6 3 6 1 1 3 44444444 1 5 77 555555555555555555555555555555 888 5 6666666 3 7777777777777777777 5 2222 5 5 3 99999999999999999999 3 00 5555555 4 9999999999999999999 8888 5555 222 0 66 11111 2 4 000 3 444 5 6666 44 0 9999999 3 55 55 00000000000000000000000000 000 444 55 2 8888888888888888888 55 0 666 111111111 0 5 99999999 3 3333
lowQualScore : . ......... . . .............. .... . . . ......................... . . . . . . . . . . ........ . . .. .............................. ... . ....... . ................... . .... . . . .................... . .. ....... . ................... .... .... ... . .. ..... . . ... . ... . .... .. . ....... . .. .. .......................... ... ... .. . ................... .. . ... ......... . . ........ . ....
lowQualScore : 0 000000000 0 0 55555555555555 5555 5 5 0 0000000000000000000000000 0 0 2 0 4 2 4 4 0 7 22222222 0 0 99 222222222222222222222222222222 888 0 2222222 1 9999999999999999999 7 1111 7 7 7 22222222222222222222 9 66 8888888 4 8888888888888888888 5555 3333 222 1 11 88888 6 0 555 6 888 9 2222 22 6 5555555 6 00 00 11111111111111111111111111 888 999 77 6 2222222222222222222 55 7 555 999999999 1 0 77777777 0 7777
consensus : AGTACTTANAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTNAAACTTANAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGATCA-CCAACCTTC--GTATCG---AT-TTCCC-A-TAGNAAGAAGCNTATTGTTTTT-CAAGGTCGAACCTTCATGAGTAATTTNG--------TNGGCACAAAACAAG--AT---AA-----------AACC-AAGTACAAATAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CGCATATT----C--------------A-T----C-AT-AGACGGGTTGTAC------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-TG-----CCGTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGATA--AANGAGTACTAA-T-A-G-G-CTAGGATAATCAAACCTCGGT-CACAT--GTTCCCCATGGTGAGAGGAAGATGCCT-G-TT-A--TTN-TCA--------G---T----G---G----TCAAGGTCATACTTTCATGGGTAATCATGAANGAAAA-AC---------AGT---ACTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCC-GTGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGAAAAGT--CGGTAAT
Reference ( family-5891 ) : AGTACTTANAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTNAAACTTANAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGCTAAGATCA-CCAACCTTC--GTATCG---AT-TTCCC-A-TAGNAAGAAGCNTATTGTTTTT-CAAGGTCGAACCTTCATGAGNAATTTAG--------TNGGCACAAAACAAG--AT---AA-----------AACC-AAGTACAAATAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CGCATATT----C--------------A-T----C-AT-AGACGGGTTGTAC------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------C-TG-----CCGTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGATA--AANGAGTACTAA-T-A-G-G-CTAGGATAATCAAACCTCGGT-CACAT--GTTCCCCATGGTGAGAGGAAGATGCCT-G-TT-A--TTN-TCA--------G---T----G---G----TCAAGGTCATACTTTCANGGGTAATCATGAANGAAAA-AC---------AGT---ACTAAT--AAGGC--NAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTACATGTTCCCC-GTGGTGTTGGTGCCAAGCGTATA--TTATTTTGAAAAGT--CGGTAAT
gi|1 : AGTACTTACAAGGCTTACAGTTGTAGGATGTTATTGTTTTCCAAAATCAAGGTCAAACTTACAAGGATAA--------------AACAAGATA------TAAAGG-TAAGATCA-CCAACCTT---GAATCG---A------------GGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGATGGAACCTTCATGAGTAAAGTAGATAATCAATAGGCACAAAATA-G--AT---CATGTATTGTTTCAATCTAAG-ATAA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAT-A-------CACATATT----C--------------A-T----C-AT-AGA-GGGTTGTA-------AT------A----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------T-TGA----CCGTT----CATC-AG-CACC---TTGTGGGA--AGGGTAG-AAAGAGTACTAA-T-----G-C--GGATAATCAAACCTTGAT-CTCTT--GTTCATCAGAGGCAAAGGCAAATGTCT----T-A--TTA-GCC--------A---T----T---G----TCAAAGTCGTACTTTCAAGGGGAATCTTGAATGAAAA-AC---------GGT---AGTAGT--AAGGC--AAGGATCATCA--A------ACTTGGTGTTCAAGTTCCCA-GTGGTGTTGGTGCTAAGCATATA--TTCTTTTTAAAAGTACCGGTAAT
gi|10 : AT--GTTCCCTTCGGTGAGAGGAAGATGCCT-G-CT-A--TTT-CTAAACTTAAGG---TAAAAG---G----CCAAGGTCATACTTT-------AAT----------AA-AT---------AG--------AT--AAGAC--AAAGCTCATCA--A------ACTTGGTGTATATGTTCCTC-ATGGAGTTGGTGCCAAGTGCA-A------TTTGAAAAGT--
gi|12 : cataatgaaaaaaacaaactatattatagataaagcttggataaacatgtTGT-------C-TG-----TC--T----CATC-AG-C-CC---TT-TGGGG--GGG--------GGGGGCTAA-T-ATG-G-CTAGGATAATTGAACCTCG---TATAC--ATTTCCCATGGTGAGAGGAAGATGaattttttgttt
gi|13 : ttcttgg----TCAAGGTCATAATTT------TAATTATGAAGGAAAA-GC---------AGA---ACCAAT--AAGGT--CAGGATCATC----------------------TGTTCCCCAATGCTGTTGGTACCAAAC-------TTATTTTGAAAAG---CAGTAATgcccatactact
gi|14 : ttaACTTTTATGGGTTTTCATAAAGGAAAA-A----------AGT---TCTAAT--AAAGC--TAGAATCATCA--G------ACATGGTGTACATATTCCCC-GT
gi|15 : GGT--ACAT--GTTGCCTGAGGTGAGGGGAAGATGCCC-G-AT-A--TTTATCA--------A--------G---G----TCAAGGTCACACTTTTATGttatgaaaagtgacaatgtt
gi|16 : tatttataataattaggttagGCACAAAACAAGTTATCTAAA-----------AACC---GTACAAAAAAGGCGAGGATCACCA---AACCTAGT-A-------TACATAaaacag
gi|16 : AAAA-AC---------CGT---ACAAAA--AAGGC--GAGGATCACCA--A------ACCTAGTATACATcctaaccaaccataatgattggtaatgtg
gi|17 : gcacaaaacaagttatct-A-G-G-ATAAGACAATTAAACCTAGTA-CACAT--GTTTTCCATGGTCATCAGAAGATA----A-TT-A--TAC-TCG--------G---T----A---ATTCCTCAAGGTCAacctaaccaaccataatgattggtaatgtg
gi|18 : aTAA-T-A-AAG-CTAGGATAGTCAAACCT-GGTATGCAT--GTTCCCCATGGTGAGAAGAAAATGCCA-G-TT-A--gcagtcaa
gi|19 : T-TAAGGTCTAATTTACATGGGTAATTCTG--------TAGGCACAAAACAAG--AC---AG-----------AAaaatcatctttcaatgga
gi|2 : gaAGTACTTAAAAGGTT---------AGAATGTTACCGTTTTCCAAAGTCAAGGTGAAACTTAAAAGGATAATTTTGTGGCCTCTAAACAAGATACATGTATAAAGGTTAAGATCA-CCAACCTTC--A-ATAG---A------------GGAAGAAGCTTATTGTTTTT-CAAGATGGAACCTTCATGAGTAAATTAG--------TAGGCACAAAGTA-G--AT---AA-----------T-CT-AAG-ATAA-TAAGGCTAGGATAATCA---AACTTAAC-A-------CACATATT----C--------------A-TTCATC-AT-AGA-GGGTTGTA-------AT------G----GTTATG--GTG-C-----T-TCTGT-------T-TGA----CCGTT----CATC-AG-CACT---TTGTGGGA--AGGGTAG-AAAGAGTACTGA-T-----G-T--GGATAATCAAACCTTGAT-CTCTT--GTTCATCAGAGGCAAAGGTAAATGTCT-G-TT-A--TTA-GCC--------A---T----T---G----TCAAAGTCGTACTTTCAAGGGAAATCTTGAATGAAAA-ACGGTAGTAGTAGT---AGTAGT--AAGGC--AAGAATCATCA--A------ACTTGGTGTA-A-GTTCCCT-GTGGTGTTGGTGCTAAGTATATA--TTactgttct
gi|3 : c------AT------G----GTT-TG--GTG-CAGTATT-TCTGT-------T-TG-----TT-TT----C-------CACC---TTGTGGGA--ATGATC--ACCAAGTACTGA-T-AAG-G-CTAGGATAATCAAACTTTGTA-CACAT--GTTCCCCATGGTGATAGAAAGATGCCTAG-GT-AATTTA-TCA--------A---T----G---T----TCCAGGTCA-ATTTTGAAG---------GAATAAAAG-AC-----------T---TCTAAT--AGCACTGCAGGATCATCA--A------ACtt
gi|4 : ggattacaaactcaatgtttcacctatttagccattattatagatttcttagaacttgcatgT---GA-----------AAAC-AAGTCT---TAAGGCTATGCTTATCA---AACTTAAC-A-------CGCATTTT----C--------------AAT----C-AT-CGAGGTATGGGAC------AT------A----ATTCTGT-GTGTC-----T-TTTGC-------C-TGG----TTGTT----CATC-CTTCACCA--TTTT---------------AGGAGTACTAA-T-A-G-GGCTAGGATAAGCAG--CGCAGT--ACAC--GTTCCATATCATG-GAAGAACGTGCGT-G-TTTG--TCC-TCA--------GAGAT----GAAGG----TCAAGATCTTACTTTCATGGGTAATCATGAATAAAGATAT---------ATTTACACTAAA--AATAT--TAAGATCATCATCAGTGCATACTTTGTTCACATATTTCCC-ATTATATTGAGGTCATGCATAAAATTTATTTTGATAAGT---GATAATaaaattgttctgtaatttaatatttaacaaggcaatctttcactacacattccgttgatactctgtaatgtcataaaaagtggtgaaagagcattgtctgagtcattttttgacaactaacatatactaggata
gi|5 : tcggtaggcatgttttcaattattagactaggtatttaat--GTG-T-----T-TCTGTATTATTTC-TGT----CCATT----CATC-AT-TATC---TTGTGGGA--AAGATTT-AAGGAATACTTA-T-AAG-G-ATATGATAATCAAA-CTTGGTACATAC--ATTTCCCCTGTTGAGAGGAAGATGCCT-GCTT-A--TTG-TCA--------G---T----G---G----TCATGGTCATACTTTTA
gi|6 : tatggtgttAATTTCA--------TTTACACAAAGCAAG--AT------------------CC-AACT-CTAATAAGA-TGGGTTAATCATCCAGCTTGTC-A-------CGCATATT----C--------------A-T----CTATTAGACGGGTTGTACCGGTGTAA------A----GGCATG--GTG-CGGTGTC-TCTGTGTGT---C-TGG----CTGTT----CATCCAA-CACCATATTGTGGAATAAGGACA--ACTAAGCACTAA-TGA-G-G-TTTGGAAAAT--AATTCCGGTGCACAT--GTTCCTTATGGTGAAAGGAAGGTG---------A--TTC-CTA--------A---G----C---A----TCAAAGTCATACTTTC-TGGATAATTGTAAACTAAAA-GC---------AGT---ACTAAC--AAAAC--CTGGATCATCA--A------ACTTGATGTACATGTTACAT-ATGGTGTtcagttccccaagtatattttgaaaaataataacttaatttttcaagttgtatctaatttgaatgaaatactttttcagtttgatattttacgaagtcatcttaaaatattttattaatactcttcagtgtgaagaaagtgccaaaagaacattgtcaaagccagttttttgaccaatgaatgatatatttagatatt
gi|7 : TATAA-GCCTAAGATCATCCAACCTACATGTATTACACATGTTCCC-AATAATCAGAAGAGAAT-GTTTTT-CAAGGTCAAAC-TTAATGAGAAGTCTTG--------TTGACACAAAACAAG--AT---AA-----------AACC-AAGTACAAATAAAACTAGGATGATTA---AACTTAAT-A-------TTCATATTCAACC--------------A-T----C-AT-AGAATGGTTGTA-------ATTTGGAGA----GTTGTGTAGTG-T-----T-TTTGT-------G-TGTTTCTTTGTTTATCCATC-AG-AACC---TTGTGGGA--AGGATA--AAAAAGTAGTAATT-T-G-G-CAAGGATAATTAAACCTGGGT--ATATAAATTGCCCAAGGTGAGAGAAcaaatatttttggagtaatatttttcg
gi|8 : ttAATAAGGCTAGGATAATCA---AACTTTAT-AAGTTAATCACATATT----CNNNNNNNNNNNNNNA-T----C-AT-AGACAGGATGTAC------GT------ATAATGCTATG--GTG-------------T-------C-TG--------TT----CACC-AG-CACC---TTGTGG----AGGATACAAATAAGTACAAC-T-AAG-G-TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NN-N--NNN-NNN--------N---N----N---N----NNNNNNNNNTACTTTTATGGATAATCATGAAGGAAAA-------------------TTAATTAAATGC--CACGATCATCA--A------ACTTGGTGTACTTGATCGTC-ATCGTGTTGATGAAAAGCGCAtccatatatctact
gi|9 : tTATAA-GGCAAGAATCA-TCACACTTG--GTATTG---AT-TTTCCTA-TAGTAGGAGGCATATTGTTTTTACAAG-TCTTATTTACATGAGGAATTTAA--------TTGGCACAAAACAAG--AT---GGT----------AAC---AGTAC---T--GGCAGGGATAATGA---AAC-TAACAA-------CACATATTCAGCC--------------A-T----C-AT-AGCTGGATTGTAC------AA------T----GTTGGG--GTG-C-----TGTGTGT-------CTTG-----CTGCT----
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CACAATTTTGCATCTCAAATTATACTTTATTTGGGTGAAATACTTCAAATTGATGTTTTGCAAAGCCATCTTAGAACTAACATATCATTTATACCCTCAGAGAAAGTGTTGAAAGATCACTGTTAAAGATATCTTTTAACAAAGAAGGATTTGTTTGGAAGTTATGACCCTTGCTTGAATTACT