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Reference ( gi|1 )            :                                                           GCCGATTATATAAACTCATG--TAACAA-TGCTGCTGATT--T-TA---TA---AA---C-TCCTTGGCGGAGG--TTCATAT---AAC-----AATGCTGCCGATTTTAT----A---AACT--------------C---------A---T--------GT----AAC-AA-TGCTGCTGATT--T-TA-TA----AA----CC--C-CTTGGCGGAA----GTACA---TGTAAC-----AA-TGCTGCCCA---TT--A---TAT--AAA-CT---C-CTTGGCGGAGGTACA---TGTAACAA-TGCTGTCGA--TT--T-TAT-AAA--CC--CCCTTGGCTGAGGTACATG
gi|2                          :                                                            CCGGTTAAATATA-TCCTGCTTGGCAA-TGCCTCTGATT--T-TA---TA---AC---CGTTTTTGGTGGTAG--TACGAATTGCAAC-----ATCGGTACT--TTTTAT----A---AACCGTTTGGAGGAGGTAC---------GAATT--------GC----AAC-AT-CGCTACT--TT--T-TA-TT----AC----CG--T-TTTGGTGGAG----GTAC
gi|6                          :                                                                              G--TAATAAACGCCAACGATT--T-TA---TA---AC---C-TCCTGGGCGGAGgaattgcaac
gi|3                          :                                                                                   aaAA-CGCTTCCAATT--T-TA---TA---GGTCCC-TCCTCGGCGGAGG--TTttaatga
gi|13                         : cgtcgattttaatacaacctccttggcggagacctgtacataacaaataaacgccgccatcttataacctctttgtgagaaataAA-CGCTGCTGATT--T-TA---TA---AC---C-TCCTTGGCGGGGG--T
gi|11                         :                                                                                    aAA-CGCCGCTGATT--T-TA---TA---AC---C-TCCTTGGCGGAGG--Taa
gi|10                         :                                                                                   caAA-CGCTGCTGATT--T-TA---TA---AC---C-TCCTTGGTGGAAG--Tag
gi|14                         :                                                                                 aataAA-TGCCTCCGATT--T-TA---TA---AC---C-TCCTTGGTGGAGG--Taa
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gi|15                         :                                                                                    taA-TGCTGCCGATT--T-TA---TA---AAC--C-CCCTTGGCTGAGG--Ta
gi|16                         :                                                                                      A-CGCCGCCGGTT--T-TA---TA---AC---C-TCCTTGGCAGAGG--TACAaac
gi|8                          :                                                                                       -TGCTGCCCATTAATATA---TA---AA---C-TCCTTGGCGGAGG--TACATGT---A
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gi|3                          :                                                                                           gcctGATT--T-TAATACA---AC---C-TCCTTGGCGGAGACCTGTACAT---AACAAATAAACGCCGCC-ATCTTAT----A---ACCT--------------CT--------T---T--------GTGAGAAATAAA-CGCTTCCAATT--T-TA-TA----GGTCC-CT--C-CTCGGCGGAG----GT
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gi|4                          :                                                                                               tcTT--T-TA---TATTAAA---C-TCCTTGG-GGAGG--GTAATA------------AACGCCTCCAATTTTATATTAA---AACC--------------CGCTTGGGGAA---G--------GT----TAT-AAGTGCT-CGAAGT--T-TA-TATT--AAACCTCC--C-CTTGGCGGAG----GTAaatag
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gi|10                         :                                                                                                                                                   a-----AACGCTGCTGATTTTAT----A---ACCT--------------C---------cttggcgggggtaa
gi|15                         :                                                                                                                                                      aataATGCTGCCGATTTTAT----A---AACC--------------C---------cttggtggaagtaa
gi|19                         :                                                                                                                                                            GCTGCCGATTTTAT----A---AACT--------------C---------ccttggctgaggtaac
gi|4                          :                                                                                                                                                                    TTTTAT----ATTAAACT--------------C---------C---TTGGGGAGGGT----AAT-AAACGCCTCCAATT--T-TA-TATTAAAA----CC--CGCTTGG-GGAA----G--------GTTAT-----AAGTGCT--CGAAGTTT--A---TATT-AAA-CCTCCC-CTTGGCGGAGGTActtggcggaagtaac
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                   --------GT----AAT-AAACGCCAACGATT--T-TA-TA----AC----CT--C-CTGGGCGGAt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                 aaC-AA-TGCCTCTGATT--T-TA-T-----AA----CCGTT-TTTGGTGGTA----GTACGAATTGCAAC-----AT-CGGTACT-----TT--T---TAT--AAA-CC---G-TTTGGAGGAGGTACGAATTGCAACAT-CGCTACT----TT--T-TAT--TA--CC--GTTTTGGTGGAGGTACgttaatga
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                             ccggttaaatatatcctgcttgg-AA-CGCTGCTGATT--T-TA-TA----AC----CT--C-CTTGGCGGGG----GTAgaattgcaac
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                   a-AA-CGCCGCTGATT--T-TA-TA----AC----CT--C-CTTGGCGGAG----GTAa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                  ca-AA-CGCTGCTGATT--T-TA-TA----AC----CT--C-CTTGGTGGAA----GTAg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                aata-AA-TGCCTCCGATT--T-TA-TA----AC----CT--C-CTTGGTGGAG----GTAa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                  ta-AA-CGCCTCCGATT--T-TA-TA----AC----TT--C-CTTGGCGGA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                    taA-TGCTGCCGATT--T-TA-TA----AAC---CC--C-CTTGGCTGAG----GTAga
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                      A-CGCCGCCGGTT--T-TA-TA----AC----CT--C-CTTGGCAGAG----GTACA---ac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                       -TGCTGCCCATTAATATA-TA----AA----CT--C-CTTGGCGGAG----GTACA---TGTA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                       -TGCCTCTGATT--T-TA-TA----AA----CT--C-CTTGGCGGAG----GTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                       -TGCCTCCGAGT--T-TA-TA----AA----CT--C-CTTGGCCGAG----GTA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                         GCTGCCGATT--T-TA-TA----AA----CT--C-CTTGGCGGAA----GTAat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                             CCGATT--T-TA-TT----AC----CC--C-CTTGGTGGAG----GTACA---TGTac
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                           gcctGATT--T-TAATAC---AA----CCT-C-CTTGGCGGAGACCTGTACA-----TAACAAATAAA-CGCCG-CCA---TC--T---TAT--AAC-CT---C-TTTGTGAGAAATA-----------AA-CGCTTCCAA--TT--T-TAT-AGGTCCC--TCCTCGGCGGAGGT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                           cgtcGATT--T-TA-TA----AC----CT--C-CTTGGCGGAG----GTAt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                               tcTT--T-TA-TATTA-AA----CT--C-CTTGG-GGAG----G--------GTAAT-----AAACGCCTCCAA---TTTTA---TATTAAAA-CC---CGCTTGGGGAAGGT------TATAA--G-TGCT--CGAAGTT--TATATTAAA--CCTCCCCTTGGCGGAGGTAatag
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTAAT-----AAACGCCAACGA---TT--T---TAT--AAC-CT---C-CTGGGCGGAGTTA-A---TGt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aa-----AA-CGCTGCTGA---TT--T---TAT--AAC-CT---C-CTTGGCGGGGGTAa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       a-----AA-CGCCGCTGA---TT--T---TAT--AAC-CT---C-CTTGGCGGAGGTAa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ca-----AA-CGCTGCTGA---TT--T---TAT--AAC-CT---C-CTTGGTGGAAGTAg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aata-----AA-TGCCTCCGA---TT--T---TAT--AAC-CT---C-CTTGGTGGAGGTAa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ta-----AA-CGCCTCCGA---TT--T---TAT--AAC-TT---C-CTTGGCGGAG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            taA-TGCTGCCGA---TT--T---TAT--AAACCC---C-CTTGGCTGAGGTAa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              A-CGCCGCCGG---TT--T---TAT--AAC-CT---C-CTTGGCAGAGGTACA---ac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -TGCTGCCCA---TT--AATATAT--AAA-CT---C-CTTGGCGGAGGTACA---TGTA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GCTGCCGA---TT--T---TAT--AAA-CT---C-CTTGGCGGAAGTA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CCGA---TT--T---TAT--TAC-CC---C-CTTGGTGGAGGTACA---TGTac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gcctA---TT--T---TAT--AAA-CT---C-CTTGGCGGAGGTA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgcctctgA---TT--T---TAT--AAC-CT---C-CTTGGCGGAGGTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tcg---TAT--AAA-CT---C-CTTGGCCGAGGTAatag
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgcctccgagttGTAATAAACGCCAACGA--TT--T-TAT--AA--CC--TCCTGGGCGGAGTTA-ATGat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaAA-CGCTGCTGA--TT--T-TAT--AA--CC--TCCTTGGCGGGGGTAa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aAA-CGCCGCTGA--TT--T-TAT-AA---CC--TCCTTGGCGGAGGTAa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          caAA-CGCTGCTGA--TT--T-TAT--AA--CC--TCCTTGGTGGAAGTAg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aataAA-TGCCTCCGA--TT--T-TAT--AA--CC--TCCTTGGTGGAGGTAa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          taAA-CGCCTCCGA--TT--T-TAT--AA--CT--TCCTTGGCGGAG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taA-TGCTGCCGA--TT--T-TAT-AAA--CC--CCCTTGGCTGAGGTAa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A-CGCCGCCGG--TT--T-TAT-AA---CC--TCCTTGGCAGAGGTACAac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TGCTGCCCA--TTAATATAT-AAA--CT--CC-TTGGCGGAGGTACATG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TGCCTCCGA--GT--T-TAT-AAA--CT--CC-TTGGCCGAGGTAta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GCTGCCGA--TT--T-TAT-AAA---C--TCCTTGGCGGAAGTAat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TCGA--TT--T-TAT-AA---CC--TCCTTGGCGGAGGTAac
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CGA--TT--T-TAT-TA---CC--CCCTTGGTGGAGGTACATGatag
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gcctcGA--TT--T-TAT-AAA---C--TCCTTGGCGGAGGTAt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): AATAAACAAATAAATAAATAAACACCTCCAAGCTTTTAACCTTCTTGGAGAAG
Unaligned ( gi|7 ): AGTAAATGCCTCCAATTTTAAAACCTCCTTCAGAGCTTGGCAGGAA
Unaligned ( gi|9 ): ATGTAACCTTTGAAAAATTCATGGGGCAATGAACTGCAATTT






Alignments
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lowQualScore                  :               2     11                                           2222              11          1   11111111111111111111                                            1111       11    1  2                22222                 222222222     11    11           11     11                
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lowQualScore                  :         .   . .  .  ..                         .                 ....      .  .    ..          . . ....................         . ..  .. .  ...  ... .             ....       ..    .  .    .  .        .....          .      .........  .  ..    ..   .  ..   ..     ..     .          
lowQualScore                  :         0   0 0  5  00                         4                 3333      0  5    00          5 0 55555555555555555555         7 99  99 0  888  888 0             6666       00    0  0    2  2        00000          2      444444444  8  88    00   0  88   00     00     2          
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Reference ( family-5814 )     : NCCGGTTAAATATA-TCCTGCTTGGCAACGCCGCCGATTTTATAACC-TCCTTGGCGGAGGTACA---CGTAACAACGCTGCCGATTTTATAAACTCNT---------GT---AAT---AACGCCGCCGA--TT--T-TA---TA---ANCTCCTTGGCGGAG----GTACATG--TAAT-AA-CGCCGCCGATTTTATA-----ACCTCCTTGGCGGAGGTACATGTAACAACGCCGCCGA--TTT-TAT-AAA--CCTCC--TTGGCGGAGGTACATG
gi|1                          :  CCGATTATATAAACTCATG--TAACAATGCTGCTGATTTTATAAAC-TCCTTGGCGGAGGTTCA---TATAACAATGCTGCCGATTTTATAAACTCAT---------GT---AAC---AATGCTGCTGA--TT--T-TA---TA---AACCCCTTGGCGGAA----GTACATG--TAAC-AA-TGCTGCCCATTATATA-----AACTCCTTGGCGGAGGTACATGTAACAATGCTGTCGA--TTT-TAT-AAA--CCCCC--TTGGCTGAGGTACATG
gi|10                         :                          gAACGCTGCTGATTTTATAACC-TCCTTGGTGGAAGTA
gi|11                         :                       aataAACGCCGCTGATTTTATAACC-TCCTTGGCGGAGGTAa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                        caGCCTCCGATTTTATT-----ACCCCCTTGGTGGAGGTACATGTg
gi|13                         :                           AACGCTGCTGATTTTATAACC-TCCTTGGCGGGGGTA
gi|14                         :                          aAATGCCTCCGATTTTATAACC-TCCTTGGTGGAGGTAa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                       taATGCTGCCGA--TTT-TAT-AAA--CCCCC--TTGGCTGAGGTA
gi|16                         :                            ACGCCGCCGGTTTTATAACC-TCCTTGGCAGAGGTACA---ac
gi|17                         :                                                                                                                           GCCTCCGA--GT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCCGAG----GTA
gi|18                         :                          tAACGCCTCCGATTTTATAACT-TCCTTGGCGGAGat
gi|19                         :                                                                                                                         taGCTGCCGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAA----GTAa
gi|2                          :  CCGGTTAAATATA-TCCTGCTTGGCAATGCCTCTGATTTTATAACCGTTTTTGGTGGTAGTACGAATTGCAACATCGGTACT--TTTTATAAAC-CGTTTGGAGGAGGTACGAATTGCAACATCGCT-ACTTT--T-TA---TT---ACCGTTTTGGTGGAG----GTACac
gi|20                         :                                                                                                                           GCCTCTGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTAgaattgcaac
gi|21                         :                                  tCGATTTTATAACC-TCCTTGGCGGAGGTA
gi|3                          :                                                                                                                            tCGTCGA--TT--T-TAATACA---ACCTCCTTGGCGGAGACCTGTACATAACAAATAAA-CGCCGCC-ATCTTATA-----ACCTCTTTGTGAGAAATA--------AACGCTTCCAA--TTT-TAT-AGGTCCCTCC--TCGGCGGAGGTatag
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gi|6                          :                                                                                                                                                                              G--TAAT-AAACGCCAACGATTTTATA-----ACCTCCTGGGCGGAGTTA-ATGt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                      aaAATGCCTCCAA--TTT-TA--AAA--CCTCC--TT--CAGAGa
gi|8                          :                                                                                                                       agtaGCTGCCCA--TTAATATA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTACATG--TActtggcaggaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): AATAAACAAATAAATAAATAAACACCTCCAAGCTTTTAACCTTCTTGGAGAAG
Unaligned ( gi|9 ): ATGTAACCTTTGAAAAATTCATGGGGCAATGAACTGCAATTT






Alignments
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lowQualScore                  :         .   . .  .  ..      .   . .            .                 ...       .  .    ..          .   ..................           . ..  .. .  ...  ...               ....       ..           .          .....                   .  .....      ..   ..   .  .    ..   ..       .          
lowQualScore                  :         0   0 0  0  00      0   5 7            3                 000       0  0    00          5   000000000000000000           7 99  99 0  888  888               6666       00           8          77777                   2  33333      00   88   0  0    88   88       5          
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Reference ( family-5814 )     : NCCGGTTANATANACTCNTGCTTGGCAACGCCGCCGATTTTATAACC-TCCTTGGCGGAGGTACG---TGCAACANCGNTGCCGATTTTATAAACTCGTTTGGAGGAGGTACGAACTGCAACGCCGCCGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTACATG--TAATAAACGCCGCCGATTTTAT-----AACCTCCTTGGCGGAGGTACATGTAA-AATGCTNCCGA--TTT-TA-TAAA--CCT--CCTTGGCGGAGGTACATG
gi|1                          :  CCGATTATATAAACTCATG--TAACAATGCTGCTGATTTTATAAAC-TCCTTGGCGGAGGTTCA---TATAACAATGCTGCCGATTTTATAAACTCAT---------GTA------ACAATGCTGCTGA--TT--T-TA---TA---AACCCCTTGGCGGAA----GTACATG--TAAC-AATGCTGCCCATTATAT-----AAACTCCTTGGCGGAGGTACATGTAACAATGCTGTCGA--TTT-TA-TAAA--CCC--CCTTGGCTGAGGTACATG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                 gAATAAACGCTGCTGATTTTAT-----AACCTCCTTGGTGGAAGTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                     AAACGCCGCTGATTTTAT-----AACCTCCTTGGCGGAGGTAa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                        cGCCTCCGATTTTAT-----TACCCCCTTGGTGGAGGTACATGTg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                     AAACGCTGCTGATTTTAT-----AACCTCCTTGGCGGGGGTA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                    TAAATGCCTCCGATTTTAT-----AACCTCCTTGGTGGAGGTAa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                        ATGCTGCCGA--TTT-TA-TAAA--CCC--CCTTGGCTGAGGTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                       ACGCCGCCGGTTTTAT-----AACCTCCTTGGCAGAGGTACAac
gi|17                         :                                                                                                                           GCCTCCGA--GT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCCGAG----GTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                   tTAAACGCCTCCGATTTTAT-----AACTTCCTTGGCGGAGat
gi|19                         :                                                                                                                           GCTGCCGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAA----GTAa
gi|2                          :  CCGGTTAAATATA-TCCTGCTTGGCAATGCCTCTGATTTTATAACCGTTTTTGGTGGTAGTACGAATTGCAACATCGGTACT--TTTTATAAAC-CGTTTGGAGGAGGTACGAATTGCAACATCGCT-ACTTT--T-TA---TT---ACCGTTTTGGTGGAG----GTACac
gi|20                         :                                                                                                                           GCCTCTGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTAgaattgcaac
gi|21                         :                                  tCGATTTTATAACC-TCCTTGGCGGAGGTA
gi|3                          :                                                                                                                            tCGTCGA--TT--T-TAATACA---ACCTCCTTGGCGGAGACCTGTACATAACAAATAAACGCCGCC-ATCTTAT-----AACCTCTTTG--TGAG--AAAT---A-AACGCTTCCAA--TTT-TA-TAGGTCCCT--CCTCGGCGGAGGTatag
gi|4                          :                                                                                                                                   --TT--T-TA---TATTAAACTCCTTGG-GGAG----G-----G--TAATAAACGCCTCCAATTTTATATTAAAACCCGCTTGGGGAAGGT-TAT---A-AGTGCT--CGAAGTTTATATTAAA--CCTCCCCTTGGCGGAGGTAt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                  AATAAACACCTCCAAGCTTTT-----AACCTTCTTGGAGAAGt
gi|6                          :                                                                                                                                                              aataaacaaataaataG--TAATAAACGCCAACGATTTTAT-----AACCTCCTGGGCGGAGTTA-ATG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                aaAGTAAATGCCTCCAATTTTAA-----AACCTCCTT--CAGAGa
gi|8                          :                                                                                                                           GCTGCCCA--TTAATATA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTACATG--TActtggcaggaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATGTAACCTTTGAAAAATTCATGGGGCAATGAACTGCAATTT






Alignments
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lowQualScore                  :         0   0 0  0  00          5 7            3                 0  555    0  0    00          5   555555555555555555           7 99  99 0  888  888               6666        99          8          77777           4       8      88     00   88   0  0    55555         0          
consensus                     : NCCGGTTANATANACTCNTGCTTGGCAATGCCGCCGATTTTATAACC-TCCTTGGCGGAGGTACGNATTGCAACANCGNTGCCGATTTTATAAACTCGTTTGGAGGAGGTACGAATTGCAACGCCGCCGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTACATGT--AATAAACGCCGCCGATTTTAT-----AACCTCCTTGGCGGAGGTACATGTAA--ATGCTGCCGA--TTT-TA-TAAA--C--CCCCTTGGCNGAGGTACATG
Reference ( family-5814 )     : NCCGGTTANATANACTCNTGCTTGGCAATGCCGCCGATTTTATAACC-TCCTTGGCGGAGGTACGAATTGCAACANCGNTGCCGATTTTATAAACTCGTTTGGAGGAGGTACGAATTGCAACGCCGCCGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTACATGT--AATAAACGCCGCCGATTTTAT-----AACCTCCTTGGCGGAGGTACATGTAA--ATGCTGCCGA--TTT-TA-TAAA--C--CCCCTTGGCNGAGGTACATG
gi|1                          :  CCGATTATATAAACTCATG--TAACAATGCTGCTGATTTTATAAAC-TCCTTGGCGGAGGTTCATAT---AACAATGCTGCCGATTTTATAAACTCAT---------GTA------ACAATGCTGCTGA--TT--T-TA---TA---AACCCCTTGGCGGAA----GTACATGT--AACAA-TGCTGCCCATTATAT-----AAACTCCTTGGCGGAGGTACATGTAACAATGCTGTCGA--TTT-TA-TAAA--C--CCCCTTGGCTGAGGTACATG
gi|10                         :                                                                                                                                                                               g--AATAAACGCTGCTGATTTTAT-----AACCTCCTTGGTGGAAGTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                     AAACGCCGCTGATTTTAT-----AACCTCCTTGGCGGAGGTAa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                        cGCCTCCGATTTTAT-----TACCCCCTTGGTGGAGGTACATGTg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                     AAACGCTGCTGATTTTAT-----AACCTCCTTGGCGGGGGTA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                    TAAATGCCTCCGATTTTAT-----AACCTCCTTGGTGGAGGTAa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                      --ATGCTGCCGA--TTT-TA-TAAA--C--CCCCTTGGCTGAGGTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                       ACGCCGCCGGTTTTAT-----AACCTCCTTGGCAGAGGTACAac
gi|17                         :                                                                                                                           GCCTCCGA--GT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCCGAG----GTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                   tTAAACGCCTCCGATTTTAT-----AACTTCCTTGGCGGAGat
gi|19                         :                                                                                                                           GCTGCCGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAA----GTAa
gi|2                          :  CCGGTTAAATATA-TCCTGCTTGGCAATGCCTCTGATTTTATAACCGTTTTTGGTGGTAGTACGAATTGCAACATCGGTACT--TTTTATAAAC-CGTTTGGAGGAGGTACGAATTGCAACATCGCT-ACTTT--T-TA---TT---ACCGTTTTGGTGGAG----GTACac
gi|20                         :                                                                                                                           GCCTCTGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTAgaattgcaac
gi|21                         :                                  tCGATTTTATAACC-TCCTTGGCGGAGGTA
gi|3                          :                                                                                                                            tCGTCGA--TT--T-TAATACA---ACCTCCTTGGCGGAGACCTGTACATAACAAATAAACGCCGCC-ATCTTAT-----AACCTCTTTGT--GAGAAA----TAA--ACGCTTCCAA--TTT-TA-TAGGTCC--CTCCTCGGCGGAGGTatag
gi|4                          :                                                                                                                                   --TT--T-TA---TATTAAACTCCTTGG-GGAG----G-----GT--AATAAACGCCTCCAATTTTATATTAAAACCCGCTTGGGGAAGGT---TATAA--GTGCT--CGAAGTTTATATTAAA--CCTCCCCTTGGCGGAGGTAt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                --AATAAACACCTCCAAGCTTTT-----AACCTTCTTGGAGAAGt
gi|6                          :                                                                                                                                                              aataaacaaataaataGT--AATAAACGCCAACGATTTTAT-----AACCTCCTGGGCGGAGTTA-ATG
gi|7                          :                                                                                                                                                                              aa--AGTAAATGCCTCCAATTTTAA-----AACCTCCTT--CAGAGa
gi|8                          :                                                                                                                           GCTGCCCA--TTAATATA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTACATGT--Acttggcaggaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATGTAACCTTTGAAAAATTCATGGGGCAATGAACTGCAATTT






Alignments
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lowQualScore                  :         .   . .  .  ..          . .            .                 .  ...    .  .    ..          .   ..................           . ..  .. .  ...  ...               ....        ..          .          .....           .       .      ..     ..   ..   .  .    .....         .          
lowQualScore                  :         0   0 0  0  00          5 7            3                 0  555    0  0    00          5   555555555555555555           7 99  99 0  888  888               6666        99          8          77777           4       8      88     00   88   0  0    55555         0          
consensus                     : NCCGGTTANATANACTCNTGCTTGGCAATGCCGCCGATTTTATAACC-TCCTTGGCGGAGGTACGNATTGCAACANCGNTGCCGATTTTATAAACTCGTTTGGAGGAGGTACGAATTGCAACGCCGCCGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTACATGT--AATAAACGCCGCCGATTTTAT-----AACCTCCTTGGCGGAGGTACATGTAA--ATGCTGCCGA--TTT-TA-TAAA--C--CCCCTTGGCNGAGGTACATG
Reference ( family-5814 )     : NCCGGTTANATANACTCNTGCTTGGCAATGCCGCCGATTTTATAACC-TCCTTGGCGGAGGTACGNATTGCAACANCGNTGCCGATTTTATAAACTCGTTTGGAGGAGGTACGAATTGCAACGCCGCCGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTACATGT--AATAAACGCCGCCGATTTTAT-----AACCTCCTTGGCGGAGGTACATGTAA--ATGCTGCCGA--TTT-TA-TAAA--C--CCCCTTGGCNGAGGTACATG
gi|1                          :  CCGATTATATAAACTCATG--TAACAATGCTGCTGATTTTATAAAC-TCCTTGGCGGAGGTTCATAT---AACAATGCTGCCGATTTTATAAACTCAT---------GTA------ACAATGCTGCTGA--TT--T-TA---TA---AACCCCTTGGCGGAA----GTACATGT--AACAA-TGCTGCCCATTATAT-----AAACTCCTTGGCGGAGGTACATGTAACAATGCTGTCGA--TTT-TA-TAAA--C--CCCCTTGGCTGAGGTACATG
gi|10                         :                                                                                                                                                                               g--AATAAACGCTGCTGATTTTAT-----AACCTCCTTGGTGGAAGTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                     AAACGCCGCTGATTTTAT-----AACCTCCTTGGCGGAGGTAa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                        cGCCTCCGATTTTAT-----TACCCCCTTGGTGGAGGTACATGTg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                     AAACGCTGCTGATTTTAT-----AACCTCCTTGGCGGGGGTA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                    TAAATGCCTCCGATTTTAT-----AACCTCCTTGGTGGAGGTAa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                      --ATGCTGCCGA--TTT-TA-TAAA--C--CCCCTTGGCTGAGGTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                       ACGCCGCCGGTTTTAT-----AACCTCCTTGGCAGAGGTACAac
gi|17                         :                                                                                                                           GCCTCCGA--GT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCCGAG----GTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                   tTAAACGCCTCCGATTTTAT-----AACTTCCTTGGCGGAGat
gi|19                         :                                                                                                                           GCTGCCGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAA----GTAa
gi|2                          :  CCGGTTAAATATA-TCCTGCTTGGCAATGCCTCTGATTTTATAACCGTTTTTGGTGGTAGTACGAATTGCAACATCGGTACT--TTTTATAAAC-CGTTTGGAGGAGGTACGAATTGCAACATCGCT-ACTTT--T-TA---TT---ACCGTTTTGGTGGAG----GTACac
gi|20                         :                                                                                                                           GCCTCTGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTAgaattgcaac
gi|21                         :                                  tCGATTTTATAACC-TCCTTGGCGGAGGTA
gi|3                          :                                                                                                                            tCGTCGA--TT--T-TAATACA---ACCTCCTTGGCGGAGACCTGTACATAACAAATAAACGCCGCC-ATCTTAT-----AACCTCTTTGT--GAGAAA----TAA--ACGCTTCCAA--TTT-TA-TAGGTCC--CTCCTCGGCGGAGGTatag
gi|4                          :                                                                                                                                   --TT--T-TA---TATTAAACTCCTTGG-GGAG----G-----GT--AATAAACGCCTCCAATTTTATATTAAAACCCGCTTGGGGAAGGT---TATAA--GTGCT--CGAAGTTTATATTAAA--CCTCCCCTTGGCGGAGGTAt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                --AATAAACACCTCCAAGCTTTT-----AACCTTCTTGGAGAAGt
gi|6                          :                                                                                                                                                              aataaacaaataaataGT--AATAAACGCCAACGATTTTAT-----AACCTCCTGGGCGGAGTTA-ATG
gi|7                          :                                                                                                                                                                              aa--AGTAAATGCCTCCAATTTTAA-----AACCTCCTT--CAGAGa
gi|8                          :                                                                                                                           GCTGCCCA--TTAATATA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTACATGT--Acttggcaggaa


blockSeqs                     :         A   T .  C  CT          T              G                 A  TGC    T  G    .           .   TTGGAGGAGGTACGAATT             CT  AA A  ATA  TTA               ACCT        CA          G          ATTAA           T       C      .      GC   AG   A  T    TCC           T
blockSeqs                     :                                                .                                                                                  .   .  .  .    .                 .           .           G          .               C       C      .      TC   .    .  .    CCT           G
blockSeqs                     :                                                                                                                                   .   .  .  .    .                 .           .           T          .               T       .      .      .    .    .  .    C             G
blockSeqs                     :                                                                                                                                   .   .  .  .    .                 .           .           G          .               C       .                                              
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATGTAACCTTTGAAAAATTCATGGGGCAATGAACTGCAATTT






Alignments
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Reference ( family-5814 )     : NCCGGTTANATANACTCNTGCTTGGCAATGCCGCCGATTTTATAACC-TCCTTGGCGGAGGTACGNATTGCAACANCGNTGCCGATTTTATAAACTCGTTTGGAGGAGGTACGAATTGCAACGCCGCCGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTACATGT--AATAAACGCCGCCGATTTTAT-----AACCTCCTTGGCGGAGGTACATGTAA--ATGCTGCCGA--TTT-TA-TAAA--C--CCCCTTGGCNGAGGTACATG
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gi|10                         :                                                                                                                                                                               g--AATAAACGCTGCTGATTTTAT-----AACCTCCTTGGTGGAAGTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                     AAACGCCGCTGATTTTAT-----AACCTCCTTGGCGGAGGTAa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                        cGCCTCCGATTTTAT-----TACCCCCTTGGTGGAGGTACATGTg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                     AAACGCTGCTGATTTTAT-----AACCTCCTTGGCGGGGGTA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                    TAAATGCCTCCGATTTTAT-----AACCTCCTTGGTGGAGGTAa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                      --ATGCTGCCGA--TTT-TA-TAAA--C--CCCCTTGGCTGAGGTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                       ACGCCGCCGGTTTTAT-----AACCTCCTTGGCAGAGGTACAac
gi|17                         :                                                                                                                           GCCTCCGA--GT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCCGAG----GTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                   tTAAACGCCTCCGATTTTAT-----AACTTCCTTGGCGGAGat
gi|19                         :                                                                                                                           GCTGCCGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAA----GTAa
gi|2                          :  CCGGTTAAATATA-TCCTGCTTGGCAATGCCTCTGATTTTATAACCGTTTTTGGTGGTAGTACGAATTGCAACATCGGTACT--TTTTATAAAC-CGTTTGGAGGAGGTACGAATTGCAACATCGCT-ACTTT--T-TA---TT---ACCGTTTTGGTGGAG----GTACac
gi|20                         :                                                                                                                           GCCTCTGA--TT--T-TA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTAgaattgcaac
gi|21                         :                                  tCGATTTTATAACC-TCCTTGGCGGAGGTA
gi|3                          :                                                                                                                            tCGTCGA--TT--T-TAATACA---ACCTCCTTGGCGGAGACCTGTACATAACAAATAAACGCCGCC-ATCTTAT-----AACCTCTTTGT--GAGAAA----TAA--ACGCTTCCAA--TTT-TA-TAGGTCC--CTCCTCGGCGGAGGTatag
gi|4                          :                                                                                                                                   --TT--T-TA---TATTAAACTCCTTGG-GGAG----G-----GT--AATAAACGCCTCCAATTTTATATTAAAACCCGCTTGGGGAAGGT---TATAA--GTGCT--CGAAGTTTATATTAAA--CCTCCCCTTGGCGGAGGTAt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                --AATAAACACCTCCAAGCTTTT-----AACCTTCTTGGAGAAGt
gi|6                          :                                                                                                                                                              aataaacaaataaataGT--AATAAACGCCAACGATTTTAT-----AACCTCCTGGGCGGAGTTA-ATG
gi|7                          :                                                                                                                                                                              aa--AGTAAATGCCTCCAATTTTAA-----AACCTCCTT--CAGAGa
gi|8                          :                                                                                                                           GCTGCCCA--TTAATATA---TA---AACTCCTTGGCGGAG----GTACATGT--Acttggcaggaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATGTAACCTTTGAAAAATTCATGGGGCAATGAACTGCAATTT