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Reference ( gi|2 )            :                     TATAGCAGTGCGGCTTAGGCCATATAGTCAAAGAATTGTACATTTTGTGATA---------CAAGCACC-AAATTTGGCACAA-ATGTACA--TTG-CTATGT------TA-CA-AACATTTT-CAGA---TATTG-----G----GCCA-CT-TGAATTTCTC---CCTATGTGTCCG-CCAT--ATTGAATTT-CAAAA---TG-CCCGCCGCTTGAAATCTACATTTGCTG------ATATCTCTGGATATAATGTAGC-TA--TTGACTTGATT-CT-GGTATCC--AAATGTATGTTG-GGG---GGGCAAGGAATCCAGTGGT-ATCAATTGCAACTT---AATATCATTAACCA-CAG----GCTGTTATA------TAATTGCATCTGGGAATTATCAGGCAAA--TATT----GGA-CTCA-A-CA--ATACTT--T--AAAAAAA---TCGT---AGATCTGTAAAT--GCCCA-GGTGTAACGCTGACATACTACAT----AGTCTAGTATCTGAG--GCTACATTTAGGTGAATGCT-------GA-CATTCT--A-CAATGG-TCTAGCT-A-GGTAT---------ATACCGA---TACTGAAGAT-ACATG-TACA-T-----------GTGTCATGTTA-ACAATT-TCAG-C-ATTA----CCACACG-----T-GTAT-T-TA-TGTC----------CGTCAGGTG--T----GGTCCCCTTCATATACCCA--GAGGGTTGTGCACTTAAGGG-CAGCC--TTCTTGCA-CT-GCAGTGCCTCACACACCCATTCCTGC-ACTTGC-AAG-AAAC--CA-GATCAATGCAGCT-GTAA---GCT---TCAGG-TAGCCT-GG-TCCAG----TAAGGTGTGTACTGTCCT-TCACT-AG----TCC-TTGATCAACCCCATTTGGTTGGTGGAGGAA--GCT-CTA-GTG-TTGG-CAGCA-G-TATCTT-ACCCCACACA-TGCCCTTCT--TGATACA-CTGCCCTCTTCACACG-----CTCCT-------CCAGAC-C---TGCCTTT---GTTGGAGGGATC--AGCTGCAC-ATT-GTTCTT--CC-----TTGCGAAG----AT---TTTCCT-CCTAGCCTTG--TCAATGTCTGTGC-ATG-TGCTG-G--TTCGATCAT---AC-AAAAGAAC-ACGA--ACCTCTCGATGATGTG----ATTAC--ATCGTCTGGT--ATG--TTGCGCGG-TACAAA-T-GACAGC-AGCAGC---AA-TGCCTCG--A-TG-AG-------TTCTGGC--AGTACCGTCCAGATTGTC--CAT---GCAGTC-TTCGTGCCACGT--CTA---GCAA-A---ATTA--GACACAGTGTC-ACAT--CC-------AGTGT----GCGCTTGGAACATTGG---TA--GTGC-ATGAACCTTCTCTC--GTCCCA-A----TCCAGC--T----GCT-ATT---TC---ATGTGCT-GCTAGG-------TAAA----TG-AAATT---------CTAGC-CTATTCCAAAT-GT---CAACC-----AC-AGTTCGTATTCTGG--TTGC-AATTCC-TG--TGCAAGGGTTA--CTA-CCAGCA-CCACAGCAT-CGG-TGTCTACAGTCCGG---A------TAAGTA--TTGC---GTGGTGTTTATGCT--G-GGCTGCG----TATT-TATGCA-CGCAGCAACAT-CCGA-CTG-TCA-GA---TTTTTCGTGGTTACATGGGGCGAT--------TGAAATCAGATCTGGCAGTA-GTGGC----TTG-CTGAG---CACTG-CCTTCCCATCA-GT--AA-TGAC-AAGT-TGCTTGT-C--TCCTGGGCAAACCA-TTCCATTAG-CGC-TGCTG-AGAGG--AACTTGAACAGCTC--AGTCTTG-T-TGCT--GT-CCACTC----------GTAGGAAGTT-CTGCCATTTTCCTCGT-ATTGCAGCAACAGCCACGAAACGTTTCCGCACGTCTTGTCCCCGCTTTGCCCGTGTACTACGGTACCTTTCGGTGAATCAGGAAGGTAAGTATCCCAGATCAGATCCAGACGTG-CCACTGTTTGCAGTTCCGTGGATA------TA-TATG----GAATGACGATCTCTTGTGCTTACTCTTCAA
gi|1                          :                     TATAGCGGGGCGGCTTAGTTCAAATAATCAAAGAATTGTGCATTTTGTAGTATTTGTTGTACAGACACCCAAATTTGACACAATATGTTCAATTTATCTATGTGAATTGTAACATACCATTTTACAGAATACATTGTGTGTGTTTTGCCAGCTGTGAAATTATCGGTCGT-TTTGTCCGGCCATCTATTGGATTTTCAAAAAAGTGGCCCACCACTTGAAAATCACATTTGGCGTGTGTTATAT-TCTGGATAGTATGTAGCGTAATTTGACTTGCTTGCTCGGTATCGTAAAATATATATTT-TGGACAGGACCAAGAATC--ATGGTTATCAATTGCACCTTTAGAGGATCATTAACCAACGGCCC-GCTGTTATA------TGAT-GTATATGG-AATTATCAGGCAGAAGTATCCCTGGGA-CTCA-AACAG-ATACTTATTGAAAAAAAA---T-GTCTGATATCTGTTAATTGGCCTATGGAGTAACACTGGCATGCTACACCGACAGTCTAGTATCTGGACTGCTACACGTAGGTGTATTCT-------GA-CATTCTTAA-CAGTGGGTCTTGCTCA-GGTATTGAATCATGATATTTACATTACTGAAGATTACATGGTACAAT-----------AAATAGTGTTAGACGATTGTCAAACGATTG----CCACACGGTGTAC-GTAT-TGTAATGTCTTGCGT----CATCAAATG--TTGGCGGTTTCCCTCACATTCACA--GAGGGCTGTGCATTGAAGGGGCAGCC--TTTTTGCA-CTTGCAGCTCCTCAC---CCCTTTCTTGCTCCTTGC-AAGCAAAC--CAAGCTCAATGCAGCTTGTAA---GCTGCATCAGGGTAGCCT-GGGTCC-G----TAAGGTGTGTAGTGTCCT-TCACG-A-----TTC-T--ACCAA-CCTAGTTGGATGGTGGAGGAAAGACT-CTG-GTGTTTGG-CAGCA-GCTATCTTAACCCAACACGTTGATCATCCGGTACTACATCGGCACCCTTGATATG-----TACCT-------CCAGAC-TTAGTATCTTC---GTTGGAGGGATTGAAGCTGCACTATTAATTCTTGATCGCATATTGCGAAGAAGAATTAATTTCCTCCCTGGCCTTG--TCAATGTCTGTGCAATGTTGCTGTGATTTCGATCATCACAT-AAAGGAGT-ACCAAGACCTCTCGATGA-ATGGCGCATTGCGAATCTTCTGGTCCATGACTCACACGG-TG-AAA-TGGACAGCAAGCAGC---AG-CG-CTCG--GCTGTAGGTGTTACTTCTGGC--AGTACCGTTTAGATTGTCCGCATGA-GCAGTCTTTCTTGCCACGTTCTTATGCGTAA-AACCATTAACGACAT-GTGCCGACACTGCCA------AGTGGAGCAGCGATGGGAACATTGGTGTTA--GTGCAATGATCCTTCTCTCTAATACCATATACTTCCAGT--TCTAAGCTAATTAGGTCTAGATGTGTT-TCTTGGCGTGTTCTAGAGTATTG-AAACTTTTTAGGCGCTGGCACTGTTCAATAT-GTGCACAACCCGCCTACAAGTTTGTCTTATGGGTTTGC-AACTCC-TGAAAG-AAGGGACAGCTTG-CGAGCA-CCACAACATCCCG-TGTCTACATTCCGAAATA------TAAATAG-TTGCAAGGTGGAGTACATGCTTGG-GGTTGTGGTAATACT-CGT-CATCGCAGCAACAT-CCAATTTGTTCGCGAGCTTTTTTCGTGGTCACATGGGCCAATGATGTGTGCGAGGGTAATTCTGGCA-TATTTGGCGGTTTTGCCTGAGATACACTGCCCCTCCCATCA-GT--AATTGACGAGGT-TGTTTGTCC--TCCTTGTCAAAACATTTCCATGAGAAGCTTGCTGAAGAGGAAAACCTGA--AGCTCCAAGTCTTGATATGCTTAGTGGCACTTCTCTATGCCAGTGAAAGGTTACTGCCAGTTCCCTGGT-ATGGCTGCGACA
gi|15                         : ctcgtaagtcccaaagataaTATAGCAGGGCGGCTTAGCCCATATAGTCAAAGAATTGTGCATTTT-TGATA---------CAAGCACC-AAATTTGGCACAA-ATGTACA--TTG-ATATGT------CA-CA-AAAATTTT-CAGA---TTTTG-----G----GCCA-CT-TGAATTTATC---CCTATGTGTCCG-
gi|3                          :                                 cccTAGCCCAAATAGTCAAAGAATTGTGCATTTTGTGATA---------CAAGCACC-AAATCTGGCACAA-ATGCACA--TTG-CT--GT------TA-CA-GACATTTT-CAGA---TATTG-----G----GCCA-CT-TGAAATTTTC---CCTATGTGTCCG-CCAT--ATTGGATTT-CAAAA---TG-GCCGCCACTTGAAATCTACATTTGCTG------ATAT-------------GTAAC-TA--TTGATTTGATT-AT-GATATCT--AAATGTATGTTT-TGG---GGACAAGGAATCCAGTGTT-ATCAATTGCAACTT---GATATCATTAACCA-CAGCTAGGTTGTAATA------TAATTGTATATGGAAATTATCAGACAAA--TATT----GGA-CTCA-A-CACAATACTT--T--AAAAAAAAATTCTT---AGATCTGAAAAT--GCCTA-AGTGTAACGCTGACATGCTATAT----ATTCTAGTATCTGAG--GCTACATGTAGGTGTATACT-------GA-CATT---------------TAAC------------------ATACCGA---TACTGAAGAT-ACATG-AACA-TAAATTGTCTTAGTGTCATGTTA-ACAATT-TAAG-C-ATTG----TCACACG-----T-GTAT-G-TA-TGTT----------CGTCATGTG--T----GGTCCCCTTCACATATACA--GAGGGCTGTGCACTTAAGGA-CAGCA--TTTTTGCA-CTCACAGCGCCTCACACACCCTTTCTTGC-ACTTGC-AAG-AAAC--CA-ACTCAATGCAGCT-GTAA---GCT---TCAGG-TAGCCT-GG-TCCAG----TAAGGTGTGTACTGTCCT-TCACT-AG----TCC-TTGATCAACCCCATTTGGTTGGTGGAGGAA--GCT-CTG-GTG-TTGG-CTGCA-G-TATCTT-ACCCCACACA-TG-----------ATACA-CTGTCCTCTTCACAGG-----TTCCT-------CCATAC-C---TGCCTTC---ATTGGAGGTATG--AGCTGCAC-ATT-GTTCTT--GC-----TTGCGAAT----AT---TTTCCT-CCTAGCCTTG--TCAATGTTTGTGC-ATG-TGCTG-A--ACC-AGCA----AC-AACAGTATGACAA--ACTTCTCAATGATGCGC---ACTGC--ATCATCTGGT--ATG--TCACGTGG-TGCAAA-T-GACAGC-AGCAGCTGTAG-CGTCTCA--G-TG-AG-------TTCTGGT--AGTACAGTCCAGATTGCC--CAT---GCAGTC-TTCTTGCCAGGT--TTA---GCAA-A---ACTA--GACACAGTGTC-ACAT--CC-------AGTGA----GAGCTTGGAACATTGG---TA--GTGC-ATGAGCCTTCTCTC--GTCCCA-A----TCCAGC--A----GCT-ATT---TC---ATGTGCT-GCTAGG-------TATC----TA-AAATT---------CTAGC-CTGTTTCAAGT-GT---CAACC-----AC-AGTTTGTCTTCAGG--TTGC-AATTCC-TG--TGCAAGGGACA--TTG-CCATCA-CCACAACAT-CGG-TGTCTACACTTCGG---A------TAAGTA--TTGC---ATGGTGTCCATGCT--GAGGCTGCG----TATT-TATGCA-TGCAGCAACAT-CCGA-CTG-TCA-GC---TTTTTCGTGGTTACATGGGGCGAT--------TGAAGTCAGAGCTGGCAGTA-GTGGC----TTG-CTGAG---CACTG-CTTCTCCATCATGTTCAA-TGAC-GAGTGTGCTTGT-CCTCCCTAGTCAAACC-------TTA--------------------------ACAGC-C--AGTCTTGTT-TGCT--GT-CCACTT----------GTAGGAAGTT-CTGCCAGTTTCCTGGT-ATGGCAG--------------CGTCTCCGCACGCCTTGTTCCCGCTTTGCCCGCGTAC-----TGCCTTTCAGTGCATCAGGAAGGTAAGTATCCCAGATCAGATCCAGGCGTG-GCACTGTTTGCAGTTTCGTGGACA------TA-TATG----GAATGACGATCTCTTGTGCATACTCTTTAA
gi|9                          :                                                                                                        -ATGTACA--TTG-TCATGT------C-----AACAATTT-CAG----CATT-----------GCCA-Ca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                           tctagtatctgaccgctacatgtaggtgtatcctgaacattctacaatgttctcgctaggtatatatataccgCT--AAATGTATGTTTTGGG---GGACAAGGAATTCAATGGT-ATCAATTGCAACTT---AATATTGTTAACCA-CGC----GCTGTTATATACCGGTAATTGTATTTGGAAATTATCAGGCAAA--TAacgtgtatgtatgttgttgactcatcgtcatgtgcggtccccttcgcatacacagagggttgtgcactgaaaggcagtcgttttgcacttgcagcgccttacacaccctttcttgctcttgcaagaaaccagctcaatgcagctgtaatatgcatcaggtagcctggtccagtaaggtatgtactgtccatcactagtccttgaccaaccccatttggttggtggaggaagctctggtgttggcagcagtatctgaccccacacgacctccttgatacactgcccttttgacatgttcctttcctccagagctgccttcgtttcagggatgacctgcacattgttcttccttgcgaagattttcctcctgggcttgtcaatgtctgtgcatttgctgattcgatcatacaaaaagatcacaatcatctggtatgtcacgcggtgcaactgacagcagcagcagcgcctcagtgagttctggcagtaccgtccagattatctatgcagtctccttaccacgagaagcaaaactagacacagtgtcacatccagagagagagagcgtggaacaatggtagtgcatgagccttctctcatcccaatccggctgctatttcatgtgctgctaggtatctgaaattctagcctgctccaaatgtcaaccacagtttgtcttttggttgcaactcctgtgcaagggacactgcccagcacccaccacatcggttgtctacagtccgaaatatgttaagtaatctgcttgtgtcagccggaaagtattgcgtgaacgtagcatgatgctgtgtcag
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATA------TAATTGTATTTGGAAATTATCAGGCAAA--TATT----GGACCCCACA-CA--ATACTT--G--GAAAAAAATGTCTT---AGATCTGTAAAT--GCCTA-AGTATAACACTGGCATGCTACA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GTGTAACGCTGACATGCTACAT----AATCTAGTGTCTGAG--GCTACATGTAGGTAAATGCT-------GA-CATTCT--A-CAATGG-TCTCGCT-A-GGTAT---------ATACCGA---TACTGAAGAT-ACATG-TACA-T-----------GTGTCATGTTA-ACAATT-TCAT-C-ATTAATTGCCACACG-----T-GTAT-T-TT-TGTT----------CGTCAGGTG--T----GGTCCCCTTCACATACCCA--GAGGGTTGTGCACTTAAGGG-CAGCC--TATTTGCA-CT-GCATTGCCTCACACACCCATTCTTGC-ACTTGC-AAG-AAAC--CA-GCTCAATGCAGCT-GTAA---ACT---TCAGG-TAGCCT-GG-TTCAG----TAAGGTGTGTACAGTCCT-TCACT-AG----TCC-TTGACCAACCCCATTTGGTTGGTGGAGGAA--GCT-CTG-GTG-TTGG-TAGCA-G-TATCTT-ACCCAACACA-TGTCCTTCT--TGATACA-CTGCCCTCTTTACATG-----TTCCT-------CCAGAC-C---TGCCTTT---ATTGGAGGGATC--AGCTGCAC-ATT-GTTCTT--CC-----TTGCGAAG----AT---TTTCCT-CCTAGCCTTG--CGAATGTTTGTGC-ATG-TGCTG-G--TTCGATCAT---AC-AAAAGGAT-ACGG--ACCTCTCGATGATGTG----ATTAC--ATCGTCTGGT--ATG--TCGCGCGG-TACAAA-T-GACAGC-AGCAGC---AG-CGCCTTG--G-TG-AG-------TTGTGGC--AGTACCATCCAGATTGTC--CAT---GCAGTC-TTCTTGCCACAT--CTA---GCAA-A---ATTA--GACACAGTGTC-ACAT--CC-------AGTGA----GAGCTTGTAACATTGG---TA--GTGC-ATGATTCTTCTCTC--GTCCCA-A----TCCAGC--T----GCT-ATT---TC---ATGTGCT-GCTAGG-------TATC----TG-AAATT---------CTAGC-CTATTCCAAA-------------------------------TGG--TTGC-AACTCC-CG--TGCAAGGGACA--CTG-CCAGCA-CCACAACAT-CGG-TGTCTACAGTTCGG---A------TACGTA--TTGC---ATGGTGTCTAT--------GCTGCG----TATT-TATGCA-C
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCTAGTATCTGACC-GCTACATGTAGGTGTATCCT-------GAACATTCT--A-CAATGT-TCTCGCT-A-GGTAT---------ATAT--A---TACCGA--------TG-TACA-T------------TGTCATGTCA-ACAATT-TCAG-C-ATTG----CCACACG-----T-GTAT-G-TA-TGTTGTTGACTCATCGTCATGTG--C----GGTCCCCTTCGCATACACA--GAGGGTTGTGCACTGAAAGG-CAGTC--GTTTTGCA-CTTGCAGCGCCTTACACACCCTTTCTTGC-TCTTGC-AAG-AAAC--CA-GCTCAATGCAGCT-GTAATATGCA---TCAGG-TAGCCT-GG-TCCAG----TAAGGTATGTACTGTCCA-TCACT-AG----TCC-TTGACCAACCCCATTTGGTTGGTGGAGGAA--GCT-CTG-GTG-TTGG-CAGCA-G-TATCTG-ACCCCACAC---GACCTCCT--TGATACA-CTGCCCTTTTGACATGTTCCTTTCCT-------CCAGAG-C---TGCCTTC---GTTTCAGGGATG--ACCTGCAC-ATT-GTTCTT--CC-----TTGCGAAG----AT---TTTCCT-CCTGGGCTTG--TCAATGTCTGTGC-ATT-TGCTG-A--TTCGATCAT---ACAAAAAGATC-ACA------------------------------ATCATCTGGT--ATG--TCACGCGG-TGCAAC-T-GACAGC-AGCAGC---AG-CGCCTCA--G-TG-AG-------TTCTGGC--AGTACCGTCCAGATTATC--TAT---GCAGTC-TCCTTACCACGA--GAA---GCAA-A---ACTA--GACACAGTGTC-ACAT--CCAGAG---AGAGA----GAGCGTGGAACAATGG---TA--GTGC-ATGAGCCTTCTCTC--ATCCCA-A----TCCGGC--T----GCT-ATT---TC---ATGTGCT-GCTAGG-------TATC----TG-AAATT---------CTAGC-CTGCTCCAAAT-GT---CAACC-----AC-AGTTTGTCTTTTGG--TTGC-AACTCC-TG--TGCAAGGGACA--CTGCCCAGCACCCACCACAT-CGGTTGTCTACAGTCCGA---AATATGTTAAGTAATCTGC----TTGTG-TCA-GCC--G-GA--AAG----TATTGCGTGAA-CGTAGCATGATGCTG---TG-TCA-Gtgt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    --GCTACATGTAG-----TGCTATCTCTTGA-CATTCT--AACAATGT-TCTCGCT-AAGGTAT---------ATA---A---TACCGA-GTT-ACAT--------------------TGTCATTTCA-ACAATT--CAG-C-ATTG----CCACACG-----TTGTATGC-TA-TGTTGATGACCAT-CGTCATGTCCCT----GGTCCC-TGCGCATACACATGAAGGGTTGTGCACTGAAA---CAGTCGTTTTTTGCAACT-GCAC--CCTTA-ACACCCTTTCTTGC-TCTTGCCAAG-AAAAAACA-GCTCAATGCAGCT-GTAATATGCA---TCAGA--GGCCTTGG-TCCAG----TAAAG---GTAATGACTTCTCACTCAG----TCCATTGACCAACCCCATTTG-TTGGTGGAGGAA--GCTATTATGGG-T--G-CA-CA-G-TATCTG-ACCCCACAC--CGACCTCCT--TGATACA-CTGCCCTTTGGACATG-----TTCCTTATCCATCCAGAGGC---TGCCCTTCGTGTTCA--GGATG--A-CTG-AC-ATT-TTTCTT--CC-----TTGCTAAG----AT---TTTCCT-C---GC-TTGATCCAAT--CTGTGC-ATT-TGCTG-A--TTCGATCAT---ACAAAAAGATC-ACAA--A--------------------------GTCATCT-GT--ATG--TCACGCGGCTGCAAACT-GACAGC-A-CAGC---AAGCGCATCGCAG-TG-AG-------TTCT-GCTTAGTA-CGTCCAGA--GTA--CATTGAACAGT--TCCTTACCACAG--A-A---GCAATA---ACTA---ACACAGTGTC-ACAT--CCACAGAGAAGAGT-----CG--TG--ACAATGG---TAGTGTGC-ATTGGCC-TCTCTC--ATCCCA-A----TCCGGCATC----GCT--TA---TC---ATGTGCTGGCTAGG-------TATC----TGAAAATT---------CTAGCTCTGCTCCAAATAGT---CAACC-----AC-AGTAGGTCTT-TGG--TTGCAAACTCCGTC--TGCAAGGA-CA--CTGCCCAGCACCCACCACAT-CGGTTGTCTACAGTCCGA---AATATGTTAAGTA--
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tctagtattcgttcgacgactataca-----T-GTAT-T-CA-TGTT----------CGTCAGGTG--T----GGTCCCCTTCACATACC----GAGGGTTGTGCACTTAAGGG-CAGCC--TTTTTGCA-CT-GCAGTGCCTCACACACCCATTCTTGC-ACATGC-AAG-AAAC--CA-GCTCAATGCAGCT-GTAA---CCT---TCATG-TAGCCT-GG-TCCAGTAACTAAGGTGTGTAatctgcttgtgtcagccgaaagtattgcgtgaaccctgatgctgtgtcagctcgatacagtattgcgcgtaaatacatcgcttttcagctatccggtataataattgcgtaaagtacatctgccgtttcacttttccataacatgacgtatgacgcaactcttgcagtaggtgctgctgaggcacctttccatcaataaatgacagttgccttcccggtaaaaccatccatgaaacttgctaagagaaccagctcaatct
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CACC-AGAGCTTCC-TCCACCAACCAAATGGGGTTGGTCAAGGA-------CTA-GTG-ATGGACAGTACA-TACCTT-AC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tctagtatctgaccgctacatgtaggtgtatcctgaacattctacaatgttctcgctaggtatatatataccgatgtacattgtcatgtcaacaatttcagcattgccacacgtgtatgtatgttgttgactcatcgtcatgtgcggtccccttcgcatacacagagggttgtgcactgaaaggcagtcgttttgcacttgcagcgccttacacaccctttcttgctcttgcaagaaaccagctcaatgcagctgtaatatgcatcaggtagcctggtccaTTA--CTA-CCAGCA-CCACAGCAT-CGG-TGTCTACAGTCCGG---A------TAAGTA--TTGC---GTGGTGTTTATGCT--G-GGCTGCG----TATT-TATGCA-CGCAGCAACAT-CCGA-CTG-TCA-GA---TTTTTCGTGGTTACATGGGGCGAT--------TGAAATCAGATCTGGCAGTA-GTGGC----TTG-CTGAG---CACTG-CCTTCCCATCA-GT--AA-TGAC-AAGT-TGCTTGT-C--TCCTGGGCAAACCA-TTCCATTAG-CGC-TGCTG-AGAGG--AACTTGAACAGCTC--AGTCTTG-T-TGCT--GT-CCACTC----------GTAGGAAGTT-CTGCCATTTTCCTCGT-ATTGCAGCAACAGCCACGAAACGTTTCCGCACGTCTTGTCCCCGCTTTGCCCGTGTACTACGGTACCTTTCGGTGAATCAGGAAGGTAAGTATCCCAGATCAGATCCAGACGTG-CCACTGTTTGCAGTTCCGTGGATA------TA-TATG----GAATGACGATCTCTTGTGCTTACTCTTCAAttggcagcagtatctgaccccacacgacctccttgatacactgcccttttgacatgttcctttcctccagagctgccttcgtttcagggatgacctgcacattgttcttccttgcgaagattttcctcctgggcttgtcaatgtctgtgcatttgctgattcgatcatacaaaaagatcacaatcatctggtatgtcacgcggtgcaactgacagcagcagcagcgcctcagtgagttctggcagtaccgtccagattatctatgcagtctccttaccacgagaagcaaaactagacacagtgtcacatccagagagagagagcgtggaacaatggtagtgcatgagccttctctcatcccaatccggctgctatttcatgtgctgctaggtatctgaaattctagcctgctccaaatgtcaaccacagtttgtcttttggttgcaactcctgtgcaagggacactgcccagcacccaccacatcggttgtctacagtccgaaatatgttaagtaatctgcttgtgtcagccggaaagtattgcgtgaacgtagcatgatgctgtgtcag
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gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                acatctgccgtttcacttttccataacatgacgtatgacgcaacTCCGCACGTCTTGTCCCCGCTTTGCCCGTGAAC-----TACCTTTCGGTGAATCAGGAAGGTaagtctttgattgagactgtctgaacacatctactggacaatgctgctcatcaacagcaatgcagacgtacagattctttgcttctcggagactttatccaacataaaaatcacttcttttaccatcacagaggctatccaccatcagacaatgcaggaggacacagcctgattctcgttgacaaaaaaactcatttcccatgtctctctcctgggagcagccaatgacatcgttcgaaatagtcatggagttctgacgaggcgagctttactcttgcgtgttggagtgctaaaacaccttcaagcttcacgagtaatggtgttccgtccactgtctttgttcttgtccaaccaggtaccttctctgtgaaagtctcgtaaactgctctctgccaatcactcctttattcatcacggtttccactgcactagacctgccaatctcctttcgtccaagctaacccttcctaactctcgctctcgaattgttgccaatcctctatgacacaacgagaggagaacatcgttcaacaaatcgagcctgcaacacttgtgtcttgatcatatacgatgctatctttgtttgtctgccgtctccatgttgttcccattccggaattctcaatcacgcctgcaattctgtccagcaaaccaccagacgtaggcattagttgtcagcgagaccaactttgcccatctttctttgagcaacattatctgctcattccgtcaacggatcgaagagaacaccctctgtgttttactgaacgatgaatgcttccctgattgttctggaatacagtggtgtatagtggtaagttcaccatgtcttcaggtgtactgtacacctagccactagtggcgtgtgatccagtgtcgtggaagcaagcacatagctctgtcagagc
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTGTGCATACTCTTTGATGGTCTCTGATGCAGCAGGCTTCAGCATTTGGACAATGGCAGCTACATCAAGCACAATACAGGTCATGACAGGATTCTCTGTCTTTGCGTCGGAAACTTCCACCAAGCATGTAAGAAGATCACTCTTAGTACCAGTGCAGAGGCTTCCACCATCAGACAATGCAGGAGGACACGCCTGATTCTCGTGACGAAAGAACTCGAGGTTTCCATCTCTCGTCTGCATGACAGCCAATGTACATGTGTGCGAAGAGTTCACAGTCGTTCTTGACGGAGATGAGCTGTTGCTGACCTTTGCTCTGCTTCTTGGAATGGAAGTGCTGAACACCTTCAGCCTGTTACGAGGAATGAGGTCGTCCACTGTCTTTGTTCTGTCCAACAGACACTCTCTGGTGAAAGCCTCGAACTGCTCTTGGTCAATCATTTTGGCATTCATCAGGGTCCCCACGGCAGCGGGACCTGTAATATCCTTTGTGTCCAGTTTAACTATATCCTGACTCTCCTCCTCGAATGGCCTGCCCATCTCCTCTATGACACCAACGAGAGAGCGAACAATTTTCACAAATGAGGTTTGTACACTTGGCGTCTGATCATGCTGACGTGTATCTGCTGTTTGCCGTCCTCAGTGTTGGTTTCCATCCTGGAATTCTTCGATCACCCTGGCAACTTCTGGTCCCGCAACCATCCAGCGACGTTGGACACTATGGTTGTCAGTTAGACCAACTGCTCAACCACCTCCTTTCAATTAGCCATTATTATGTTCATGTGCTTGGCCATTTGGGATTGAAGAAAACATCTGTGTTATCTGAGCGGTGAAGTGGCCTTCCTGAATACATCTGGGTGTTTGGTGGTGAGTTCGACCATGTCCTTCAGATGTACTGGTATCCACCTATCATAGTGGATGTGATCCAGTGCGTGGAACCAGTGGACTAGCTATGTCAGAGTATTGA
Unaligned ( gi|11 ): CTGCGAATGGGTATTGCCCATCTTCTCTATGAACAACCAGAGACTGCCTGATGTCACATCTGAAAAGCAAACATTACTTTTTACGCAAATTGTTACCAGGAGACCCTGCTACCACTGCTTTATGTTAAGTCTGATCGACTTGAGAATGTTCTAATCTGCATGTTTCTCTTGCCCACATGGTTGCCTCTTCACCGTGACGATTTTTCCGATATTCACTTTTTAACTTAGCTGGCCTCAACCATCCAGGCGACGTAGGGCACTAGGGTGATACAGTGACGCGACCTAAACTGCCCCACCGTCTCTTTTGATTTCAGTCCATTATTTCTGCTTTCATGTGTTTGCCTGGTCTCCAATCGGGATTGAAAAGACAAACACTATCATGTTTTCCTGAGAGGTGAAGTGACCTTCCCTGAATAGCATTCTGGGTGTTTGGTGGTGGAGTTCAAACACATGCCCTTCACGATGTACAAGAATATCCACGACCTAGCCAAGTAGTGGGGAAGACAGTGGATAATCTCAGGTGCGTTGGAACAATAGGGACCAGCATCTGTCTAGAGCACCGAGGTACAGTCATTAACGAGCACTGGTCTAAAAGAGAAGGCACATACACT
Unaligned ( gi|12 ): ATTGTGGCAATACTATTCAAGAGGTTTTGATGATAAGCTGGCTTCAGCAATCTGGACAAATGCTGCTCCATCACAGCACATTGCAAAGGTCCGTGCAGGCTTCTCTGGTTCTGCGTTCGACTAGACTTCGTCGCAAGACATGTAAGAAGATCGCTTCCATTGGTACCCAGTGGCAGAAGGTTTTCATCATCAGTACAGTCGCATGAGAGGACACACTTGATTCTCGTGACGAAAGACTCATGTTTCCCATCTTTGCAGTCTGTCTGGCAGCCAATGTATCATTTGTGCGAAATGAGTTCATCGGTCGTTCTTGATGGAAAACGAGCGTGTTGCTGACCTTTGCTCTGGCTTGCTTGGAATGGAACGTTGCTGTAACAGCTATTCTCTTGTCACGAGAATGGGTCAGGTTTGTCCACTGCCTTTGTTTTTCGTTGTCCAACAGATACTCTCGCTATGTGAAGAATCTCAACTGCACTTGGTTCT
Unaligned ( gi|14 ): TGTGACCACGCTTTTAAGGTCTTTGATGCAGCTGGCTTCAGCATCTGGACAATGACTGCTCCATCAAGCATAATACAGGTCGTGACAGGATTCTTTATCTTTGTGTTAGAGATTTCTTCTAAGCGCATGCAAGAAGATCACTCTTGGTACCAGTGCGAGCAA
Unaligned ( gi|18 ): TGTCAGTGAGACCAACTGCTCCACCGTCTTCTTTGATGCAGGCATTATTCTGCTCATGTGCCTGGTCAATCGGTATTGAAGACAACACTCTCTGTGTTTTCTGA
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAGGAGGATACGCCTGATTCTCGTGATGAAAGAACTCAAGATTTCCATCTCTTGTCTTGCACCCAATGTATGTGCGTGCGAAGAGTTCACAGTCGTTCTTG
Unaligned ( gi|21 ): TTGCGTCGGAAACTTCCAAGCTAAGCATATGTGAGGAGTTCACTCGATACC






Alignments
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Reference ( family-5789 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATAGCGGGGCGGCTTAGCCCAAATAGTCAAAGAATTGTGCATTTTGTGATA---------CAAGCACC-AAATTTGGCACAA-ATGTACA--TTG-CTATGTCA-------CA-AACATTTT-CAGA---CATTG-----G----GCCA-CT-TGAAATTATC---CCTATGTGTCCG-CCATCTATTGGATTTTCAAAAAAGTGGNCCGCCACTTGAAANCCACATTTGNCGTGTGTTATAT-TCTGGATAGTATGTAGCGTAATTTGACTTGNTTGNTCGGTATC-TAAA-TGTATGTTTTGG---GG-ACAAGGAATCCAATGGT-ATCAATTGCAACTT---AATATCGTTAACCA-CGGCC--GCTGTTATA------TAATTGTATNTGGAAATTATCAGGCAAA--TATC----GGACTC-A-A-CA--ATACTT--TAAAAAAAA---T--CTTAGATCTGTAAAT--GCCTA-AGTGTAACGCTGGCATGCTACAT----ANTCTAGTATCTGAGC-GCTACATGTAG-G-TGTATNCTGA-CATTCT--A-CAATGN-TCTCGCT-A-GGTAT---------ATACCGA---TACCGAAGAT-ACATG-TACA-T-----------GTGTCATGTTA-ACAATT-TCAG-C-ATT----GCCACACG-----T-GTAT-T----TATGTT--------AC--CGTCANGTG--T----GGTCCCCTTCGCATACACA--GAGGGTTGTGCACTNAAGGG-CAGCC--TTTTTGCACTCGCAGCGCCTCACACACCCTTTCTTGCNC-TTGC-AAG-AAAC--CA-GCTCAATGCAGCT-GTAA---GCT---TCAGG-TAGCCT-GG-TCCAG----TAAGGTGTGTACTGTCCT-TCACT-AGTCC-TTGACCAACCCCATTTGGTTGGTGGAGGAA--GCTCTGGTG-TTGGCAGCAG-TATCTT-ACCCCACACG-TGACC-TCC-TTGATACA-CTGCCCTCTTGACATG-----TTCC-------TCCAGA-CC---TG-CCTTCGT-TGGAGGGAT--GAGCTGCAC-ATT-GTTCTT--CC-----TTGCGAAG----AT---TTTCCT-CCTGGCCTTG--TCAATGTCTGTGC-ATG-TGC--TGA-TTCGATCAT-ACA-AAAAGANTAC--AAACCTCTCGATG-AT-GCG-ATTGC--ATCATCTGGT--ATG--TCACGCGG-TGCAAA-T-GACAGC-AGCAGC---AGCGCCTCG--G-TG-AG-------TTCTGGC--AGTACCGTCCAGATTGTC--CAT---GCAGTC-TTCTTGCCACGT--NTA---GCAA-AACTA-----GACACAGTGTC-ACAT--CCA-AGAGTGAG-AGC--TTGGAACATTGG---TA--GTGC-ATGAGCCTTCTCTC--GTCCCA-A----TCCGGC--T----GCT-ATT---TC---ATGTG----CT-G-------CTAG-GTATCTG-AAATT---------CTAGC-CTGTTCCAAAT-GT---CAACC-----AC-AGTTTGTC-TT-T-GG--TTGC-AACTCC-TG--TGCAAGGGACA--CTG-CCAGCA-CCACAACAT-CGG-TGTCTACAGTCCGG---A------TAAGTA--TTGC---GTGGTGTCCATGCT--G-GGCTGCG----TATT-CGTGCA-CGCAGCAACAT-CCGA-CTG-TCA-GA---TTTTTCGTGGTTACATGGGGCGAT--------CGAAGTCAGATCTNGCAGTA---GNNG--CTTG-CTGAG--GCACTG-CCTTTCCATCA-GT--AA-TGACGA-GT-TGCTTGT-C-TCCC-GGTNAAACCA-TTCCATGAGA--NCTGCT-AAGAGG--AACCTG-ACAGCTC--AGTCTTG-T-T-GCT--GT-CCACTC----------GTAGGAAGTT-CTGCCAGTTTCCTNGTATGGCAGC-ACA-CCAC---ACGTTTCCGCACGCCTTGTCCCCGCTTTGCCCGTGTAC-----TACCTTTCGGTGAATCAGGAAGGTAAGTATCCCAGATCAGATCCAGGCGTGNCA-CTGTTTGCAGTTTCGTGGACA------TA-TATG----GAATGACGATCTNTTGTGCATACTCTTNAA
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATAGCAGGGCGGCTTAGCCCATATAGTCAAAGAATTGTGCATTTT-TGATA---------CAAGCACC-AAATTTGGCACAA-ATGTACA--TTG-ATATGTCA-------CA-AAAATTTT-CAGA---TTTTG-----G----GCCA-CT-TGAATTTATC---CCTATGTGTCCG-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cccC-TAAA-TGTATGTTTTGG---GGGACAAGGAATTCAATGGT-ATCAATTGCAACTT---AATATTGTTAACCA-CG--C--GCTGTTATATACCGGTAATTGTATTTGGAAATTATCAGGCAAA--TA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TATA------TAATTGTATTTGGAAATTATCAGGCAAA--TATT----GGACCCCACA-CA--ATACTT--GGAAAAAAA---TGTCTTAGATCTGTAAAT--GCCTA-AGTATAACACTGGCATGCTACA
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttTCTTGCAGTA---GGTG--CT-G-CTGAG--GCAC----CTTTCCATCA-AT--AAATGAC-A-GT-TGCCT-----TCCC-GGTAAAACCA-T-CCATGAAA--CTTGCT-AAGAG---AACC-----AGCTC--AATCTTT-T-T-GTT--GT-CGACTC----------ATCAAAGGT----GCC-GTTTCCTTGT----TACT-GCA-CCAC---ATGTTCCCTC--GCCTTGTCCCCGTCT--CCCTTATAC-----C----TTCAA-GAATTAGAAAG-TAAGTTACTCAGATCAAATCCAGGC-TGACAACTGTTT-CAGTTTC-TA-ACA------TACTATGTAATGAATGAC-AT-TGTTGTGCATATTCTTAAAaggtctttgatgcagctggcttcagcatctggacaatggctgctccatcaagcacaatacaggtcgtgacagaacaaagacttctttcaagcatgcaataagatcactcttggtaccagtgcagaggcctctaccatcatgcaatgcaggaggacacgcctgattctcatgatgaaagaactcaaggtttccatctctcatcgtgcaccaaatgtatgtgcgtgcgaagaattcacagtcgttcttgaagaaggcaagctgtttctttcttttggtctggcttcttgcaatggaagtgctgaacaccttcagcttatcaccagaaatgggttcgtccactgactttgttctgtccaatagacactttctggtgaaaatctcgaactgctcttggtcaaacctcttggcattcatcacggtctccacagcagcaggatatgcaatctcctttgtgtcctccttgaatgggttgcccgtctcctctataacaccaacgagagagcaaacatcttttacaaaaagaggcctgcacatttagtgtctgaacatgatgacgtaaatctgctgttttgccgtctccagtgttggttcccatcctggaattcttcgatcacactggcaacttctggccccgccaccatccagtgacgtggggcactagggttgtcagtgagatcaactgctccaacgtctcctttgaagcaggtattgttctgctcatgtgcctggtcaatcttgattgaagagaacacactctgtgttttctgaatggtgaagtggcgcgacttccctgaatacatctgggtatttagtggcgagttcagccatgtcgttcaggtgcactggtatccacctaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        acatctgccgtttcacttttccataacatgacgtatgacgcaac-GCTACATGTAGTGCTATCTCTTGA-CATTCT--AACAATGT-TCTCGCT-AAGGTAT---------ATA---A---TACCGA-GTT-ACAT--------------------TGTCATTTCA-ACAATT--CAG-C-ATT----GCCACACG-----TTGTATGC----TATGTTGATGACC-AT--CGTCATGTCCCT----GGTCCC-TGCGCATACACATGAAGGGTTGTGCACTGAAA---CAGTCGTTTTTTGCAACTGCA-C-CCTTA-ACACCCTTTCTTGCTC-TTGCCAAG-AAAAAACA-GCTCAATGCAGCT-GTAATATGCA---TCAGA--GGCCTTGG-TCCAG----TAAAG---GTAATGACTTCTCACTCAGTCCATTGACCAACCCCATTT-GTTGGTGGAGGAA--GCTATTATG-GGTGCA-CAG-TATCTG-ACCCCACAC--CGACC-TCC-TTGATACA-CTGCCCTTTGGACATG-----TTCCTTATCCATCCAGAGGC---TGCCCTTCGTGTTCA-GGAT--GA-CTG-AC-ATT-TTTCTT--CC-----TTGCTAAG----AT---TTTCCT-C--G--CTTGATCCAA--TCTGTGC-ATT-TGC--TGA-TTCGATCAT-ACA-AAAAGATCAC--AAA-------------------------GTCATCT-GT--ATG--TCACGCGGCTGCAAACT-GACAGC-A-CAGCA--AGCGCATCGCAG-TG-AG-------TTCT-GCTTAGTA-CGTCCAGA--GTA--CATTGAACAGT--TCCTTACCACAG--A-A---GCAATAACTA------ACACAGTGTC-ACAT--CCACAGAG-AAG-AG---TCGTGACAATGG---TAGTGTGC-ATTGGCC-TCTCTC--ATCCCA-A----TCCGGCATC----GCT--TA---TC---ATGTG----CTGG-------CTAG-GTATCTGAAAATT---------CTAGCTCTGCTCCAAATAGT---CAACC-----AC-AGTAGGTC-TT-T-GG--TTGCAAACTCCGTC--TGCAA-GGACA--CTGCCCAGCACCCACCACAT-CGGTTGTCTACAGTCCGA---AATATGTTAAGTAATCTGC----TTGTGTCaagtctttgattgagactgtctgaacacatctactggacaatgctgctcatcaacagcaatgcagacgtacagattctttgcttctcggagactttatccaacataaaaatcacttcttttaccatcacagaggctatccaccatcagacaatgcaggaggacacagcctgattctcgttgacaaaaaaactcatttcccatgtctctctcctgggagcagccaatgacatcgttcgaaatagtcatggagttctgacgaggcgagctttactcttgcgtgttggagtgctaaaacaccttcaagcttcacgagtaatggtgttccgtccactgtctttgttcttgtccaaccaggtaccttctctgtgaaagtctcgtaaactgctctctgccaatcactcctttattcatcacggtttccactgcactagacctgccaatctcctttcgtccaagctaacccttcctaactctcgctctcgaattgttgccaatcctctatgacacaacgagaggagaacatcgttcaacaaatcgagcctgcaacacttgtgtcttgatcatatacgatgctatctttgtttgtctgccgtctccatgttgttcccattccggaattctcaatcacgcctgcaattctgtccagcaaaccaccagacgtaggcattagttgtcagcgagaccaactttgcccatctttctttgagcaacattatctgctcattccgtcaacggatcgaagagaacaccctctgtgttttactgaacgatgaatgcttccctgattgttctggaatacagtggtgtatagtggtaagttcaccatgtcttcaggtgtactgtacacctagccactagtggcgtgtgatccagtgtcgtggaagcaagcacatagctctgtcagagc
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gi|9                          : tctagtattcgttcgacgactatacagctacatgtagtgctatctcttgacattctaacaatgttctcgctaaggtatataataccgagttacattgtcatttcaacaattcagcattgccacacgttgtatgctatgttgatgaccatcgtcatgtccctggtccctgcgcatacacatgaagggttgtgcactgaaacagtcgttttttgcaactgcacccttaacaccctttcttgctcttgccaagaaaaaacagctcaatgcagctgtaatatgcatcagaggccttggtccagtaaaggtaatgacttctcactcagtccattgaccaaccccatttgttggtggaggaagctattatgggtgcacagtatctgaccccacaccgacctccttgatacactgccctttggacatgttccttatccatccagaggctgcccttcgtgttcaggatgactgacatttttcttccttgctaagattttcctcgcttgatccaatctgtgcatttgctgattcgatcatacaaaaagatcacaaagtcatctgtatgtcacgcggctgcaaactgacagcacagcaagcgcatcgcagtgagttctgcttagtacgtccagagtacattgaacagttccttaccacagaagcaataactaacacagtgtcacatccacagagaagagtcgtgacaatggtagtgtgcattggcctctctcatcccaatccggcatcgcttatcatgtgctggctaggtatctgaaaattctagctctgctccaaatagtcaaccacagtaggtctttggttgcaaactccgtctgcaaggacactgcccagcacccaccacatcggttgtctacagtccgaaatatgttaagtaatctgcttgtgtcagccgaaagtattgcgtgaaccctgatgctgtgtcagctcgatacagtattgcgcgtaaatacatcgcttttcagctatccggtataataattgcgtaaagtacatctgccgtttcacttttccataacatgacgtatgacgcaacTCTAGTATCTGACC-GCTACATGTAG-G-TGTATCCTGAACATTCT--A-CAATGT-TCTCGCT-A-GGTAT---------ATAT--A---TACCGA--------TG-TACA-T------------TGTCATGTCA-ACAATT-TCAG-C-ATT----GCCACACG-----T-GTAT-G----TATGTTGTTGACTCAT--CGTCATGTG--C----GGTCCCCTTCGCATACACA--GAGGGTTGTGCACTGAAAGG-CAGTC--GTTTTGCACTTGCAGCGCCTTACACACCCTTTCTTGCTC-TTGC-AAG-AAAC--CA-GCTCAATGCAGCT-GTAATATGCA---TCAGG-TAGCCT-GG-TCCAG----TAAGGTATGTACTGTCCA-TCACT-AGTCC-TTGACCAACCCCATTTGGTTGGTGGAGGAA--GCTCTGGTG-TTGGCAGCAG-TATCTG-ACCCCACAC---GACC-TCC-TTGATACA-CTGCCCTTTTGACATGTTCCTTTCC-------TCCAGA-GC---TG-CCTTCGT-TTCAGGGAT--GACCTGCAC-ATT-GTTCTT--CC-----TTGCGAAG----AT---TTTCCT-CCTGGGCTTG--TCAATGTCTGTGC-ATT-TGC--TGA-TTCGATCAT-ACA-AAAAGATCAC--A---------------------------ATCATCTGGT--ATG--TCACGCGG-TGCAAC-T-GACAGC-AGCAGC---AGCGCCTCA--G-TG-AG-------TTCTGGC--AGTACCGTCCAGATTATC--TAT---GCAGTC-TCCTTACCACGA--GAA---GCAA-AACTA-----GACACAGTGTC-ACAT--CCAGAGAGAGAG-AGC--GTGGAACAATGG---TA--GTGC-ATGAGCCTTCTCTC--ATCCCA-A----TCCGGC--T----GCT-ATT---TC---ATGTG----CT-G-------CTAG-GTATCTG-AAATT---------CTAGC-CTGCTCCAAAT-GT---CAACC-----AC-AGTTTGTCTTT-T-GG--TTGC-AACTCC-TG--TGCAAGGGACA--CTGCCCAGCACCCACCACAT-CGGTTGTCTACAGTCCGA---AATATGTTAAGTAATCTGC----TTGTGT-CA-GCC--G-GA--AAG----TATTGCGTGAA-CGTAGCATGATGCTG---TG-TCA-G
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTGTGCATACTCTTTGATGGTCTCTGATGCAGCAGGCTTCAGCATTTGGACAATGGCAGCTACATCAAGCACAATACAGGTCATGACAGGATTCTCTGTCTTTGCGTCGGAAACTTCCACCAAGCATGTAAGAAGATCACTCTTAGTACCAGTGCAGAGGCTTCCACCATCAGACAATGCAGGAGGACACGCCTGATTCTCGTGACGAAAGAACTCGAGGTTTCCATCTCTCGTCTGCATGACAGCCAATGTACATGTGTGCGAAGAGTTCACAGTCGTTCTTGACGGAGATGAGCTGTTGCTGACCTTTGCTCTGCTTCTTGGAATGGAAGTGCTGAACACCTTCAGCCTGTTACGAGGAATGAGGTCGTCCACTGTCTTTGTTCTGTCCAACAGACACTCTCTGGTGAAAGCCTCGAACTGCTCTTGGTCAATCATTTTGGCATTCATCAGGGTCCCCACGGCAGCGGGACCTGTAATATCCTTTGTGTCCAGTTTAACTATATCCTGACTCTCCTCCTCGAATGGCCTGCCCATCTCCTCTATGACACCAACGAGAGAGCGAACAATTTTCACAAATGAGGTTTGTACACTTGGCGTCTGATCATGCTGACGTGTATCTGCTGTTTGCCGTCCTCAGTGTTGGTTTCCATCCTGGAATTCTTCGATCACCCTGGCAACTTCTGGTCCCGCAACCATCCAGCGACGTTGGACACTATGGTTGTCAGTTAGACCAACTGCTCAACCACCTCCTTTCAATTAGCCATTATTATGTTCATGTGCTTGGCCATTTGGGATTGAAGAAAACATCTGTGTTATCTGAGCGGTGAAGTGGCCTTCCTGAATACATCTGGGTGTTTGGTGGTGAGTTCGACCATGTCCTTCAGATGTACTGGTATCCACCTATCATAGTGGATGTGATCCAGTGCGTGGAACCAGTGGACTAGCTATGTCAGAGTATTGA
Unaligned ( gi|11 ): CTGCGAATGGGTATTGCCCATCTTCTCTATGAACAACCAGAGACTGCCTGATGTCACATCTGAAAAGCAAACATTACTTTTTACGCAAATTGTTACCAGGAGACCCTGCTACCACTGCTTTATGTTAAGTCTGATCGACTTGAGAATGTTCTAATCTGCATGTTTCTCTTGCCCACATGGTTGCCTCTTCACCGTGACGATTTTTCCGATATTCACTTTTTAACTTAGCTGGCCTCAACCATCCAGGCGACGTAGGGCACTAGGGTGATACAGTGACGCGACCTAAACTGCCCCACCGTCTCTTTTGATTTCAGTCCATTATTTCTGCTTTCATGTGTTTGCCTGGTCTCCAATCGGGATTGAAAAGACAAACACTATCATGTTTTCCTGAGAGGTGAAGTGACCTTCCCTGAATAGCATTCTGGGTGTTTGGTGGTGGAGTTCAAACACATGCCCTTCACGATGTACAAGAATATCCACGACCTAGCCAAGTAGTGGGGAAGACAGTGGATAATCTCAGGTGCGTTGGAACAATAGGGACCAGCATCTGTCTAGAGCACCGAGGTACAGTCATTAACGAGCACTGGTCTAAAAGAGAAGGCACATACACT
Unaligned ( gi|12 ): ATTGTGGCAATACTATTCAAGAGGTTTTGATGATAAGCTGGCTTCAGCAATCTGGACAAATGCTGCTCCATCACAGCACATTGCAAAGGTCCGTGCAGGCTTCTCTGGTTCTGCGTTCGACTAGACTTCGTCGCAAGACATGTAAGAAGATCGCTTCCATTGGTACCCAGTGGCAGAAGGTTTTCATCATCAGTACAGTCGCATGAGAGGACACACTTGATTCTCGTGACGAAAGACTCATGTTTCCCATCTTTGCAGTCTGTCTGGCAGCCAATGTATCATTTGTGCGAAATGAGTTCATCGGTCGTTCTTGATGGAAAACGAGCGTGTTGCTGACCTTTGCTCTGGCTTGCTTGGAATGGAACGTTGCTGTAACAGCTATTCTCTTGTCACGAGAATGGGTCAGGTTTGTCCACTGCCTTTGTTTTTCGTTGTCCAACAGATACTCTCGCTATGTGAAGAATCTCAACTGCACTTGGTTCT
Unaligned ( gi|14 ): TGTGACCACGCTTTTAAGGTCTTTGATGCAGCTGGCTTCAGCATCTGGACAATGACTGCTCCATCAAGCATAATACAGGTCGTGACAGGATTCTTTATCTTTGTGTTAGAGATTTCTTCTAAGCGCATGCAAGAAGATCACTCTTGGTACCAGTGCGAGCAA
Unaligned ( gi|18 ): TGTCAGTGAGACCAACTGCTCCACCGTCTTCTTTGATGCAGGCATTATTCTGCTCATGTGCCTGGTCAATCGGTATTGAAGACAACACTCTCTGTGTTTTCTGA
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAGGAGGATACGCCTGATTCTCGTGATGAAAGAACTCAAGATTTCCATCTCTTGTCTTGCACCCAATGTATGTGCGTGCGAAGAGTTCACAGTCGTTCTTG
Unaligned ( gi|21 ): TTGCGTCGGAAACTTCCAAGCTAAGCATATGTGAGGAGTTCACTCGATACC






Alignments
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Reference ( family-5789 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATAGCGGGGCGGCTTAGCCCANATAGTCAAAGAATTGTGCATTTTGTGATA---------CAAGCACC-AAATTTGGCACAA-ATGTACA--TTG-CTATGT------TA-CA-AACATTTT-CAGA---TATTG-----G----GCCA-CT-TGAANTTNTC---CCTATGTGTCCG-CCAT--ATTGGATTT-CAAAA---TGGCCCGCCGCTTGAAATCTACATTTG-C-G------ATAT-TCTGGATA-TA-TGTAGC-TA--TTGACTTGATTGCCCGGTATC-TAAA-TGTATGTTTTGG---GG-ACAAGGAATCCAGTGGT-ATCAATTGCAACTT---AATATCGTTAACCA-CGGCC--GCTGTTATA------TAATTGTATNTGGAAATTATCAGGCAAA--TATT----GGACTC-A-A-CA--ATACTT--TGAAAAAAAAT-TCTTAGATCTGTAAAT--GCCTA-GGTGTAACGCTGACATGCTACAT----AGTCTAGTATCTGAGC-GCTACATGTAG-G-TGTATNCTGA-CATTCT--A-CAATGG-TCTCGCT-A-GGTAT---------ATACCGA---TACCGAAGAT-ACATG-TACA-T-----------GTGTCATGTTA-ACAATT-TCAG-C-ATT----GCCACACG-T-GTAT-TTAT-GT----T---------C------CGTCANGTG--T----GGTCCCCTTCGCATACACA--GAGGGTTGTGCACTTAAGGG-CAGCC--TTTTTGCACTCGCAGCGCCTCACACACCCNTTCTTGCNC-TTGC-AAG-AAAC--CA-GCTCAATGCAGCT-GTAA---GCT---TCAGG-TAGCCT-GG-TCCAG----TAAGGTGTGTACTGTCCT-TCACT-AGTCC-TTGACCAACCCCATTTGGTTGGTGGAGGAA--GCTCTGGTG-TTGGCAGCAG-TATCTT-ACCCCACACA-TGACC-TCC-TTGATACA-CTGCCCTCTTNACATG-----TTCC-------TCCAGA-CC---TG-CCTTCGT-TGGAGGGAT--GAGCTGCAC-ATT-GTTCTT--CC-----TTGCGAAG----AT---TTTCCT-CCTGGCCTTG--TCAATGTCTGTGC-ATG-TGC--TGA-TTCGATCAT-ACA-AAAGGATCACGA--ACCTCTCGATG-AT-GCG-ATTGC--ATCGTCTGGT--ATG--TCGCGCGG-TGCAAA-T-GACAGC-AGCAGC---AGCGCCTCG--G-TG-AG-------TTCTGGC--AGTACCGTCCAGATTGTC--CAT---GCAGTC-TTCTTGCCACGT--NTA---GCAA-AACTA-----GACACAGTGTC-ACAT--CCA-AGAGTGAG-AGC--TTGGAACATTGG---TA--GTGC-ATGAGCCTTCTCTC--GTCCCA-A----TCCGGC--T----GCT-ATT---TC---ATGTG----CT-G-------CTAG-GTATCTG-AAATT---------CTAGC-CTGTTCCAAAT-GT---CAACC-----AC-AGTTTGTC-TT-T-GG--TTGC-AACTCC-TG--TGCAAGGGACA--CTG-CCAGCA-CCACAACAT-CGG-TGTCTACAGTCCGG---A------TAAGTA--TTGC---GTGGTGTCCATGCT--G-GGCTGCG----TATT-TATGCA-CGCAGCAACAT-CCGA-CTG-TCA-GA---TTTTTCGTGGTTACATGGGGCGAT--------TGAAGTCAGATCTGGCAGTA---GGNG--CTTG-CTGAG--GCACTG-CCTTCCCATCA-GT--AA-TGACGA-GT-TGCTTGT-C-TCCC-GGTCAAACCA-TTCCATGAGA--NCTGCT-AAGAGG--AACCTG-ACAGCTC--AGTCTTG-T-TGCT--GT-CCACTC----------GTAGGAAGTT-CTGCCAGTTTCCTCGTATGGCAGCGACA-CCACGAAACGTTTCCGCACGCCTTGTCCCCGCTTTGCCCGTGTAC-----TACCTTTCGGTGAATCAGGAAGGTAAGTATCCCAGATCAGATCCAGGCGTGNCA-CTGTTTGCAGTTTCGTGGACA------TA-TATG----GAATGACGATCTCTTGTGCATACTCTTNAA
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATAGCAGGGCGGCTTAGCCCATATAGTCAAAGAATTGTGCATTTT-TGATA---------CAAGCACC-AAATTTGGCACAA-ATGTACA--TTG-ATATGT------CA-CA-AAAATTTT-CAGA---TTTTG-----G----GCCA-CT-TGAATTTATC---CCTATGTGTCCG-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cccC-TAAA-TGTATGTTTTGG---GGGACAAGGAATTCAATGGT-ATCAATTGCAACTT---AATATTGTTAACCA-CG--C--GCTGTTATATACCGGTAATTGTATTTGGAAATTATCAGGCAAA--TA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TATA------TAATTGTATTTGGAAATTATCAGGCAAA--TATT----GGACCCCACA-CA--ATACTT--GGAAAAAAATG-TCTTAGATCTGTAAAT--GCCTA-AGTATAACACTGGCATGCTACA
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             catctgccgtttcacttttccataacatgacgtatgacgcaacA--CTA-CCAGCA-CCACAGCAT-CGG-TGTCTACAGTCCGG---A------TAAGTA--TTGC---GTGGTGTTTATGCT--G-GGCTGCG----TATT-TATGCA-CGCAGCAACAT-CCGA-CTG-TCA-GA---TTTTTCGTGGTTACATGGGGCGAT--------TGAAATCAGATCTGGCAGTA---GTGG--CTTG-CTGA---GCACTG-CCTTCCCATCA-GT--AA-TGACAA-GT-TGCTTGT-C-TCCT-GGGCAAACCA-TTCCATTAGC--GCTGCT-GAGAGG--AACTTGAACAGCTC--AGTCTTG-T-TGCT--GT-CCACTC----------GTAGGAAGTT-CTGCCATTTTCCTCGTATTGCAGCAACAGCCACGAAACGTTTCCGCACGTCTTGTCCCCGCTTTGCCCGTGTACTACGGTACCTTTCGGTGAATCAGGAAGGTAAGTATCCCAGATCAGATCCAGACGTGCCA-CTGTTTGCAGTTCCGTGGATA------TA-TATG----GAATGACGATCTCTTGTGCTTACTCTTCAAaaggtctttgatgaagctggctttgaacagcatctggacaatggctgctccatcaagcacaatgcaggacgtgacaggattctttgtctttgcgtcggagacttattccaagcatgtaagaagatcactcttggtaccagtacagaggcttccaccatcagacaatgcaggaggacacgcctgattctcgtgacgaaagaactcgaggtttccatgtctctcgtctggcagccaatgtacatgcgtgcgaagagttcatggtcgttcttgacggaggcgagctgttactctggcttgttggaagtgctgaacaccttcagcttgtcacgaggaatggggtcgtccactgtctttgttctgtccaacagacactctctggtgaaagtctcgaactgctctctgccaatcctcttggattcatcacggtttccacagcactaggacctgcaatctcctttgcgtccagcttaaccctttcctaactctccttctcgaattggtttgccaatctcctctatgacaccaacgagagagcgaacatctttcacaaatgaggcctgcacacttggtgtctgatcatgatgacgtgtatctgttgtttgccgtctccagtgttggttcccattctggaattcttcaatcaccctggcaacttctggtccagcaaccatccagtgacgtagggcattaggtttgtcagcgagaccaactgctccatcgtgttctttgatgcagacattattctgctcatgtgcctggtcaatcgggatcgaagagaacaccctctgtgttttctgaacgatgaagtggccttccctgaatgttctgaatacagctgggtgtttagtggtaagttcaaccatgtccttcaggtgtactggtatccacctagcatagtgggtgtgatccagtgtgtggaagcaatgcactagctctgtcagagcaccgaggtaaacattaatgatccctgtctaggagaacgcacatacacttgaac
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttTCTTGCAGTA---GGTG--CT-G-CTGAG--GCAC----CTTTCCATCA-AT--AAATGAC-A-GT-TGCCT-----TCCC-GGTAAAACCA-T-CCATGAAA--CTTGCT-AAGAG---AACC-----AGCTC--AATCTTT-T-TGTT--GT-CGACTC----------ATCAAAGGT----GCC-GTTTCCTTGT----TACTG-CA-CCAC---ATGTTCCCTC--GCCTTGTCCCCGTCT--CCCTTATAC-----C----TTCAA-GAATTAGAAAG-TAAGTTACTCAGATCAAATCCAGGC-TGACAACTGTTT-CAGTTTC-TA-ACA------TACTATGTAATGAATGAC-AT-TGTTGTGCATATTCTTAAAaggtctttgatgcagctggcttcagcatctggacaatggctgctccatcaagcacaatacaggtcgtgacagaacaaagacttctttcaagcatgcaataagatcactcttggtaccagtgcagaggcctctaccatcatgcaatgcaggaggacacgcctgattctcatgatgaaagaactcaaggtttccatctctcatcgtgcaccaaatgtatgtgcgtgcgaagaattcacagtcgttcttgaagaaggcaagctgtttctttcttttggtctggcttcttgcaatggaagtgctgaacaccttcagcttatcaccagaaatgggttcgtccactgactttgttctgtccaatagacactttctggtgaaaatctcgaactgctcttggtcaaacctcttggcattcatcacggtctccacagcagcaggatatgcaatctcctttgtgtcctccttgaatgggttgcccgtctcctctataacaccaacgagagagcaaacatcttttacaaaaagaggcctgcacatttagtgtctgaacatgatgacgtaaatctgctgttttgccgtctccagtgttggttcccatcctggaattcttcgatcacactggcaacttctggccccgccaccatccagtgacgtggggcactagggttgtcagtgagatcaactgctccaacgtctcctttgaagcaggtattgttctgctcatgtgcctggtcaatcttgattgaagagaacacactctgtgttttctgaatggtgaagtggcgcgacttccctgaatacatctgggtatttagtggcgagttcagccatgtcgttcaggtgcactggtatccacctaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        acatctgccgtttcacttttccataacatgacgtatgacgcaac-GCTACATGTAGTGCTATCTCTTGA-CATTCT--AACAATGT-TCTCGCT-AAGGTAT---------ATA---A---TACCGA-GTT-ACAT--------------------TGTCATTTCA-ACAATT--CAG-C-ATT----GCCACACG-TTGTATGCTAT-GT----TGATGACCA-T------CGTCATGTCCCT----GGTCCC-TGCGCATACACATGAAGGGTTGTGCACTGAAA---CAGTCGTTTTTTGCAACTGCA-C-CCTTA-ACACCCTTTCTTGCTC-TTGCCAAG-AAAAAACA-GCTCAATGCAGCT-GTAATATGCA---TCAGA--GGCCTTGG-TCCAG----TAAAG---GTAATGACTTCTCACTCAGTCCATTGACCAACCCCATTT-GTTGGTGGAGGAA--GCTATTATG-GGTGCA-CAG-TATCTG-ACCCCACAC--CGACC-TCC-TTGATACA-CTGCCCTTTGGACATG-----TTCCTTATCCATCCAGAGGC---TGCCCTTCGTGTTCA-GGAT--GA-CTG-AC-ATT-TTTCTT--CC-----TTGCTAAG----AT---TTTCCT-C--G--CTTGATCCAA--TCTGTGC-ATT-TGC--TGA-TTCGATCAT-ACA-AAAAGATCACAA--A-------------------------GTCATCT-GT--ATG--TCACGCGGCTGCAAACT-GACAGC-A-CAGCA--AGCGCATCGCAG-TG-AG-------TTCT-GCTTAGTA-CGTCCAGA--GTA--CATTGAACAGT--TCCTTACCACAG--A-A---GCAATAACTA------ACACAGTGTC-ACAT--CCACAGAG-AAG-AG---TCGTGACAATGG---TAGTGTGC-ATTGGCC-TCTCTC--ATCCCA-A----TCCGGCATC----GCT--TA---TC---ATGTG----CTGG-------CTAG-GTATCTGAAAATT---------CTAGCTCTGCTCCAAATAGT---CAACC-----AC-AGTAGGTC-TT-T-GG--TTGCAAACTCCGTC--TGCAA-GGACA--CTGCCCAGCACCCACCACAT-CGGTTGTCTACAGTCCGA---AATATGTTAAGTAATCTGC----TTGTGTCaagtctttgattgagactgtctgaacacatctactggacaatgctgctcatcaacagcaatgcagacgtacagattctttgcttctcggagactttatccaacataaaaatcacttcttttaccatcacagaggctatccaccatcagacaatgcaggaggacacagcctgattctcgttgacaaaaaaactcatttcccatgtctctctcctgggagcagccaatgacatcgttcgaaatagtcatggagttctgacgaggcgagctttactcttgcgtgttggagtgctaaaacaccttcaagcttcacgagtaatggtgttccgtccactgtctttgttcttgtccaaccaggtaccttctctgtgaaagtctcgtaaactgctctctgccaatcactcctttattcatcacggtttccactgcactagacctgccaatctcctttcgtccaagctaacccttcctaactctcgctctcgaattgttgccaatcctctatgacacaacgagaggagaacatcgttcaacaaatcgagcctgcaacacttgtgtcttgatcatatacgatgctatctttgtttgtctgccgtctccatgttgttcccattccggaattctcaatcacgcctgcaattctgtccagcaaaccaccagacgtaggcattagttgtcagcgagaccaactttgcccatctttctttgagcaacattatctgctcattccgtcaacggatcgaagagaacaccctctgtgttttactgaacgatgaatgcttccctgattgttctggaatacagtggtgtatagtggtaagttcaccatgtcttcaggtgtactgtacacctagccactagtggcgtgtgatccagtgtcgtggaagcaagcacatagctctgtcagagc
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gi|9                          : tctagtattcgttcgacgactatacagctacatgtagtgctatctcttgacattctaacaatgttctcgctaaggtatataataccgagttacattgtcatttcaacaattcagcattgccacacgttgtatgctatgttgatgaccatcgtcatgtccctggtccctgcgcatacacatgaagggttgtgcactgaaacagtcgttttttgcaactgcacccttaacaccctttcttgctcttgccaagaaaaaacagctcaatgcagctgtaatatgcatcagaggccttggtccagtaaaggtaatgacttctcactcagtccattgaccaaccccatttgttggtggaggaagctattatgggtgcacagtatctgaccccacaccgacctccttgatacactgccctttggacatgttccttatccatccagaggctgcccttcgtgttcaggatgactgacatttttcttccttgctaagattttcctcgcttgatccaatctgtgcatttgctgattcgatcatacaaaaagatcacaaagtcatctgtatgtcacgcggctgcaaactgacagcacagcaagcgcatcgcagtgagttctgcttagtacgtccagagtacattgaacagttccttaccacagaagcaataactaacacagtgtcacatccacagagaagagtcgtgacaatggtagtgtgcattggcctctctcatcccaatccggcatcgcttatcatgtgctggctaggtatctgaaaattctagctctgctccaaatagtcaaccacagtaggtctttggttgcaaactccgtctgcaaggacactgcccagcacccaccacatcggttgtctacagtccgaaatatgttaagtaatctgcttgtgtcagccgaaagtattgcgtgaaccctgatgctgtgtcagctcgatacagtattgcgcgtaaatacatcgcttttcagctatccggtataataattgcgtaaagtacatctgccgtttcacttttccataacatgacgtatgacgcaacTCTAGTATCTGACC-GCTACATGTAG-G-TGTATCCTGAACATTCT--A-CAATGT-TCTCGCT-A-GGTAT---------ATAT--A---TACCGA--------TG-TACA-T------------TGTCATGTCA-ACAATT-TCAG-C-ATT----GCCACACG-T-GTAT-GTAT-GT----TGTTGACTCAT------CGTCATGTG--C----GGTCCCCTTCGCATACACA--GAGGGTTGTGCACTGAAAGG-CAGTC--GTTTTGCACTTGCAGCGCCTTACACACCCTTTCTTGCTC-TTGC-AAG-AAAC--CA-GCTCAATGCAGCT-GTAATATGCA---TCAGG-TAGCCT-GG-TCCAG----TAAGGTATGTACTGTCCA-TCACT-AGTCC-TTGACCAACCCCATTTGGTTGGTGGAGGAA--GCTCTGGTG-TTGGCAGCAG-TATCTG-ACCCCACAC---GACC-TCC-TTGATACA-CTGCCCTTTTGACATGTTCCTTTCC-------TCCAGA-GC---TG-CCTTCGT-TTCAGGGAT--GACCTGCAC-ATT-GTTCTT--CC-----TTGCGAAG----AT---TTTCCT-CCTGGGCTTG--TCAATGTCTGTGC-ATT-TGC--TGA-TTCGATCAT-ACA-AAAAGATCACA-----------------------------ATCATCTGGT--ATG--TCACGCGG-TGCAAC-T-GACAGC-AGCAGC---AGCGCCTCA--G-TG-AG-------TTCTGGC--AGTACCGTCCAGATTATC--TAT---GCAGTC-TCCTTACCACGA--GAA---GCAA-AACTA-----GACACAGTGTC-ACAT--CCAGAGAGAGAG-AGC--GTGGAACAATGG---TA--GTGC-ATGAGCCTTCTCTC--ATCCCA-A----TCCGGC--T----GCT-ATT---TC---ATGTG----CT-G-------CTAG-GTATCTG-AAATT---------CTAGC-CTGCTCCAAAT-GT---CAACC-----AC-AGTTTGTCTTT-T-GG--TTGC-AACTCC-TG--TGCAAGGGACA--CTGCCCAGCACCCACCACAT-CGGTTGTCTACAGTCCGA---AATATGTTAAGTAATCTGC----TTGTGT-CA-GCC--G-GA--AAG----TATTGCGTGAA-CGTAGCATGATGCTG---TG-TCA-G
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTGTGCATACTCTTTGATGGTCTCTGATGCAGCAGGCTTCAGCATTTGGACAATGGCAGCTACATCAAGCACAATACAGGTCATGACAGGATTCTCTGTCTTTGCGTCGGAAACTTCCACCAAGCATGTAAGAAGATCACTCTTAGTACCAGTGCAGAGGCTTCCACCATCAGACAATGCAGGAGGACACGCCTGATTCTCGTGACGAAAGAACTCGAGGTTTCCATCTCTCGTCTGCATGACAGCCAATGTACATGTGTGCGAAGAGTTCACAGTCGTTCTTGACGGAGATGAGCTGTTGCTGACCTTTGCTCTGCTTCTTGGAATGGAAGTGCTGAACACCTTCAGCCTGTTACGAGGAATGAGGTCGTCCACTGTCTTTGTTCTGTCCAACAGACACTCTCTGGTGAAAGCCTCGAACTGCTCTTGGTCAATCATTTTGGCATTCATCAGGGTCCCCACGGCAGCGGGACCTGTAATATCCTTTGTGTCCAGTTTAACTATATCCTGACTCTCCTCCTCGAATGGCCTGCCCATCTCCTCTATGACACCAACGAGAGAGCGAACAATTTTCACAAATGAGGTTTGTACACTTGGCGTCTGATCATGCTGACGTGTATCTGCTGTTTGCCGTCCTCAGTGTTGGTTTCCATCCTGGAATTCTTCGATCACCCTGGCAACTTCTGGTCCCGCAACCATCCAGCGACGTTGGACACTATGGTTGTCAGTTAGACCAACTGCTCAACCACCTCCTTTCAATTAGCCATTATTATGTTCATGTGCTTGGCCATTTGGGATTGAAGAAAACATCTGTGTTATCTGAGCGGTGAAGTGGCCTTCCTGAATACATCTGGGTGTTTGGTGGTGAGTTCGACCATGTCCTTCAGATGTACTGGTATCCACCTATCATAGTGGATGTGATCCAGTGCGTGGAACCAGTGGACTAGCTATGTCAGAGTATTGA
Unaligned ( gi|11 ): CTGCGAATGGGTATTGCCCATCTTCTCTATGAACAACCAGAGACTGCCTGATGTCACATCTGAAAAGCAAACATTACTTTTTACGCAAATTGTTACCAGGAGACCCTGCTACCACTGCTTTATGTTAAGTCTGATCGACTTGAGAATGTTCTAATCTGCATGTTTCTCTTGCCCACATGGTTGCCTCTTCACCGTGACGATTTTTCCGATATTCACTTTTTAACTTAGCTGGCCTCAACCATCCAGGCGACGTAGGGCACTAGGGTGATACAGTGACGCGACCTAAACTGCCCCACCGTCTCTTTTGATTTCAGTCCATTATTTCTGCTTTCATGTGTTTGCCTGGTCTCCAATCGGGATTGAAAAGACAAACACTATCATGTTTTCCTGAGAGGTGAAGTGACCTTCCCTGAATAGCATTCTGGGTGTTTGGTGGTGGAGTTCAAACACATGCCCTTCACGATGTACAAGAATATCCACGACCTAGCCAAGTAGTGGGGAAGACAGTGGATAATCTCAGGTGCGTTGGAACAATAGGGACCAGCATCTGTCTAGAGCACCGAGGTACAGTCATTAACGAGCACTGGTCTAAAAGAGAAGGCACATACACT
Unaligned ( gi|12 ): ATTGTGGCAATACTATTCAAGAGGTTTTGATGATAAGCTGGCTTCAGCAATCTGGACAAATGCTGCTCCATCACAGCACATTGCAAAGGTCCGTGCAGGCTTCTCTGGTTCTGCGTTCGACTAGACTTCGTCGCAAGACATGTAAGAAGATCGCTTCCATTGGTACCCAGTGGCAGAAGGTTTTCATCATCAGTACAGTCGCATGAGAGGACACACTTGATTCTCGTGACGAAAGACTCATGTTTCCCATCTTTGCAGTCTGTCTGGCAGCCAATGTATCATTTGTGCGAAATGAGTTCATCGGTCGTTCTTGATGGAAAACGAGCGTGTTGCTGACCTTTGCTCTGGCTTGCTTGGAATGGAACGTTGCTGTAACAGCTATTCTCTTGTCACGAGAATGGGTCAGGTTTGTCCACTGCCTTTGTTTTTCGTTGTCCAACAGATACTCTCGCTATGTGAAGAATCTCAACTGCACTTGGTTCT
Unaligned ( gi|14 ): TGTGACCACGCTTTTAAGGTCTTTGATGCAGCTGGCTTCAGCATCTGGACAATGACTGCTCCATCAAGCATAATACAGGTCGTGACAGGATTCTTTATCTTTGTGTTAGAGATTTCTTCTAAGCGCATGCAAGAAGATCACTCTTGGTACCAGTGCGAGCAA
Unaligned ( gi|18 ): TGTCAGTGAGACCAACTGCTCCACCGTCTTCTTTGATGCAGGCATTATTCTGCTCATGTGCCTGGTCAATCGGTATTGAAGACAACACTCTCTGTGTTTTCTGA
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAGGAGGATACGCCTGATTCTCGTGATGAAAGAACTCAAGATTTCCATCTCTTGTCTTGCACCCAATGTATGTGCGTGCGAAGAGTTCACAGTCGTTCTTG
Unaligned ( gi|21 ): TTGCGTCGGAAACTTCCAAGCTAAGCATATGTGAGGAGTTCACTCGATACC






Alignments
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Reference ( family-5789 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATAGCGGGGCGGCTTAGCCCANATAGTCAAAGAATTGTGCATTTTGTGATA---------CAAGCACC-AAATTTGGCACAA-ATGTACA--TTG-CTATGT------TA-CA-AACATTTT-CAGA---TATTG-----G----GCCA-CT-TGAANTTNTC---CCTATGTGTCCG-CCAT--ATTGGATTT-CAAAA---TGGCCCGCCGCTTGAAATCTACATTTG-C-G------ATAT-TCTGGATA-TA-TGTAGC-TA--TTGACTTGATTGCCCGGTATC-TAAA-TGTATGTTTTGG---GG-ACAAGGAATCCAGTGGT-ATCAATTGCAACTT---AATATCGTTAACCA-CGGCC--GCTGTTATA------TAATTGTATNTGGAAATTATCAGGCAAA--TATT----GGACTC-A-A-CA--ATACTT--TGAAAAAAAAT-TCTTAGATCTGTAAAT--GCCTA-GGTGTAACGCTGACATGCTACAT----AGTCTAGTATCTGAGC-GCTACATGTAG-G-TGTATNCTGA-CATTCT--A-CAATGG-TCTCGCT-A-GGTAT---------ATACCGA---TACCGAAGAT-ACATG-TACA-T-----------GTGTCATGTTA-ACAATT-TCAG-C-ATT----GCCACACG-T-GTATN-TAT-GT----T---------C------CGTCANGTG--T----GGTCCCCTTCGCATACACA--GAGGGTTGTGCACTTAAGGG-CAGCC--TTTTTGCACTCGCAGCGCCTCACACACCCNTTCTTGCNC-TTGC-AAG-AAAC--CA-GCTCAATGCAGCT-GTAA---GCT---TCAGG-TAGCCT-GG-TCCAG----TAAGGTGTGTACTGTCCT-TCACT-AGTCC-TTGACCAACCCCATTTGGTTGGTGGAGGAA--GCTCTGGTG-TTGGCAGCAG-TATCTT-ACCCCACACA-TGACC-TCC-TTGATACA-CTGCCCTCTTNACATG-----TTCC-------TCCAGA-CC---TG-CCTTCGT-TGGAGGGAT--GAGCTGCAC-ATT-GTTCTT--CC-----TTGCGAAG----AT---TTTCCT-CCTGGCCTTG--TCAATGTCTGTGC-ATG-TGC--TGA-TTCGATCAT-ACA-AAAGGATCACGA--ACCTCTCGATG-AT-GCG-ATTGC--ATCGTCTGGT--ATG--TCGCGCGG-TGCAAA-T-GACAGC-AGCAGC---AGCGCCTCG--G-TG-AG-------TTCTGGC--AGTACCGTCCAGATTGTC--CAT---GCAGTC-TTCTTGCCACGT--NTA---GCAA-AACTA-----GACACAGTGTC-ACAT--CCA-AGAGTGAG-AGC--TTGGAACATTGG---TA--GTGC-ATGAGCCTTCTCTC--GTCCCA-A----TCCGGC--T----GCT-ATT---TC---ATGTG----CT-G-------CTAG-GTATCTG-AAATT---------CTAGC-CTGTTCCAAAT-GT---CAACC-----AC-AGTTTGTC-TT-T-GG--TTGC-AACTCC-TG--TGCAAGGGACA--CTG-CCAGCA-CCACAACAT-CGG-TGTCTACAGTCCGG---A------TAAGTA--TTGC---GTGGTGTCCATGCT--G-GGCTGCG----TATT-TATGCA-CGCAGCAACAT-CCGA-CTG-TCA-GA---TTTTTCGTGGTTACATGGGGCGAT--------TGAAGTCAGATCTGGCAGTA---GGNG--CTTG-CTGAG--GCACTG-CCTTCCCATCA-GT--AA-TGACGA-GT-TGCTTGT-C-TCCC-GGTCAAACCA-TTCCATGAGA--NCTGCT-AAGAGG--AACCTG-ACAGCTC--AGTCTTG-T-TGCT--GT-CCACTC----------GTAGGAAGTT-CTGCCAGTTTCCTCGTATGGCAGCGACA-CCACGAAACGTTTCCGCACGCCTTGTCCCCGCTTTGCCCGTGTAC-----TACCTTTCGGTGAATCAGGAAGGTAAGTATCCCAGATCAGATCCAGGCGTGNCA-CTGTTTGCAGTTTCGTGGACA------TA-TATG----GAATGACGATCTCTTGTGCATACTCTTNAA
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATAGCAGGGCGGCTTAGCCCATATAGTCAAAGAATTGTGCATTTT-TGATA---------CAAGCACC-AAATTTGGCACAA-ATGTACA--TTG-ATATGT------CA-CA-AAAATTTT-CAGA---TTTTG-----G----GCCA-CT-TGAATTTATC---CCTATGTGTCCG-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cccC-TAAA-TGTATGTTTTGG---GGGACAAGGAATTCAATGGT-ATCAATTGCAACTT---AATATTGTTAACCA-CG--C--GCTGTTATATACCGGTAATTGTATTTGGAAATTATCAGGCAAA--TA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TATA------TAATTGTATTTGGAAATTATCAGGCAAA--TATT----GGACCCCACA-CA--ATACTT--GGAAAAAAATG-TCTTAGATCTGTAAAT--GCCTA-AGTATAACACTGGCATGCTACA
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttTCTTGCAGTA---GGTG--CT-G-CTGAG--GCAC----CTTTCCATCA-AT--AAATGAC-A-GT-TGCCT-----TCCC-GGTAAAACCA-T-CCATGAAA--CTTGCT-AAGAG---AACC-----AGCTC--AATCTTT-T-TGTT--GT-CGACTC----------ATCAAAGGT----GCC-GTTTCCTTGT----TACTG-CA-CCAC---ATGTTCCCTC--GCCTTGTCCCCGTCT--CCCTTATAC-----C----TTCAA-GAATTAGAAAG-TAAGTTACTCAGATCAAATCCAGGC-TGACAACTGTTT-CAGTTTC-TA-ACA------TACTATGTAATGAATGAC-AT-TGTTGTGCATATTCTTAAAaggtctttgatgcagctggcttcagcatctggacaatggctgctccatcaagcacaatacaggtcgtgacagaacaaagacttctttcaagcatgcaataagatcactcttggtaccagtgcagaggcctctaccatcatgcaatgcaggaggacacgcctgattctcatgatgaaagaactcaaggtttccatctctcatcgtgcaccaaatgtatgtgcgtgcgaagaattcacagtcgttcttgaagaaggcaagctgtttctttcttttggtctggcttcttgcaatggaagtgctgaacaccttcagcttatcaccagaaatgggttcgtccactgactttgttctgtccaatagacactttctggtgaaaatctcgaactgctcttggtcaaacctcttggcattcatcacggtctccacagcagcaggatatgcaatctcctttgtgtcctccttgaatgggttgcccgtctcctctataacaccaacgagagagcaaacatcttttacaaaaagaggcctgcacatttagtgtctgaacatgatgacgtaaatctgctgttttgccgtctccagtgttggttcccatcctggaattcttcgatcacactggcaacttctggccccgccaccatccagtgacgtggggcactagggttgtcagtgagatcaactgctccaacgtctcctttgaagcaggtattgttctgctcatgtgcctggtcaatcttgattgaagagaacacactctgtgttttctgaatggtgaagtggcgcgacttccctgaatacatctgggtatttagtggcgagttcagccatgtcgttcaggtgcactggtatccacctaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        acatctgccgtttcacttttccataacatgacgtatgacgcaac-GCTACATGTAGTGCTATCTCTTGA-CATTCT--AACAATGT-TCTCGCT-AAGGTAT---------ATA---A---TACCGA-GTT-ACAT--------------------TGTCATTTCA-ACAATT--CAG-C-ATT----GCCACACG-TTGTATGCTAT-GT----TGATGACCA-T------CGTCATGTCCCT----GGTCCC-TGCGCATACACATGAAGGGTTGTGCACTGAAA---CAGTCGTTTTTTGCAACTGCA-C-CCTTA-ACACCCTTTCTTGCTC-TTGCCAAG-AAAAAACA-GCTCAATGCAGCT-GTAATATGCA---TCAGA--GGCCTTGG-TCCAG----TAAAG---GTAATGACTTCTCACTCAGTCCATTGACCAACCCCATTT-GTTGGTGGAGGAA--GCTATTATG-GGTGCA-CAG-TATCTG-ACCCCACAC--CGACC-TCC-TTGATACA-CTGCCCTTTGGACATG-----TTCCTTATCCATCCAGAGGC---TGCCCTTCGTGTTCA-GGAT--GA-CTG-AC-ATT-TTTCTT--CC-----TTGCTAAG----AT---TTTCCT-C--G--CTTGATCCAA--TCTGTGC-ATT-TGC--TGA-TTCGATCAT-ACA-AAAAGATCACAA--A-------------------------GTCATCT-GT--ATG--TCACGCGGCTGCAAACT-GACAGC-A-CAGCA--AGCGCATCGCAG-TG-AG-------TTCT-GCTTAGTA-CGTCCAGA--GTA--CATTGAACAGT--TCCTTACCACAG--A-A---GCAATAACTA------ACACAGTGTC-ACAT--CCACAGAG-AAG-AG---TCGTGACAATGG---TAGTGTGC-ATTGGCC-TCTCTC--ATCCCA-A----TCCGGCATC----GCT--TA---TC---ATGTG----CTGG-------CTAG-GTATCTGAAAATT---------CTAGCTCTGCTCCAAATAGT---CAACC-----AC-AGTAGGTC-TT-T-GG--TTGCAAACTCCGTC--TGCAA-GGACA--CTGCCCAGCACCCACCACAT-CGGTTGTCTACAGTCCGA---AATATGTTAAGTAATCTGC----TTGTGTCaagtctttgattgagactgtctgaacacatctactggacaatgctgctcatcaacagcaatgcagacgtacagattctttgcttctcggagactttatccaacataaaaatcacttcttttaccatcacagaggctatccaccatcagacaatgcaggaggacacagcctgattctcgttgacaaaaaaactcatttcccatgtctctctcctgggagcagccaatgacatcgttcgaaatagtcatggagttctgacgaggcgagctttactcttgcgtgttggagtgctaaaacaccttcaagcttcacgagtaatggtgttccgtccactgtctttgttcttgtccaaccaggtaccttctctgtgaaagtctcgtaaactgctctctgccaatcactcctttattcatcacggtttccactgcactagacctgccaatctcctttcgtccaagctaacccttcctaactctcgctctcgaattgttgccaatcctctatgacacaacgagaggagaacatcgttcaacaaatcgagcctgcaacacttgtgtcttgatcatatacgatgctatctttgtttgtctgccgtctccatgttgttcccattccggaattctcaatcacgcctgcaattctgtccagcaaaccaccagacgtaggcattagttgtcagcgagaccaactttgcccatctttctttgagcaacattatctgctcattccgtcaacggatcgaagagaacaccctctgtgttttactgaacgatgaatgcttccctgattgttctggaatacagtggtgtatagtggtaagttcaccatgtcttcaggtgtactgtacacctagccactagtggcgtgtgatccagtgtcgtggaagcaagcacatagctctgtcagagc
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gi|9                          : tctagtattcgttcgacgactatacagctacatgtagtgctatctcttgacattctaacaatgttctcgctaaggtatataataccgagttacattgtcatttcaacaattcagcattgccacacgttgtatgctatgttgatgaccatcgtcatgtccctggtccctgcgcatacacatgaagggttgtgcactgaaacagtcgttttttgcaactgcacccttaacaccctttcttgctcttgccaagaaaaaacagctcaatgcagctgtaatatgcatcagaggccttggtccagtaaaggtaatgacttctcactcagtccattgaccaaccccatttgttggtggaggaagctattatgggtgcacagtatctgaccccacaccgacctccttgatacactgccctttggacatgttccttatccatccagaggctgcccttcgtgttcaggatgactgacatttttcttccttgctaagattttcctcgcttgatccaatctgtgcatttgctgattcgatcatacaaaaagatcacaaagtcatctgtatgtcacgcggctgcaaactgacagcacagcaagcgcatcgcagtgagttctgcttagtacgtccagagtacattgaacagttccttaccacagaagcaataactaacacagtgtcacatccacagagaagagtcgtgacaatggtagtgtgcattggcctctctcatcccaatccggcatcgcttatcatgtgctggctaggtatctgaaaattctagctctgctccaaatagtcaaccacagtaggtctttggttgcaaactccgtctgcaaggacactgcccagcacccaccacatcggttgtctacagtccgaaatatgttaagtaatctgcttgtgtcagccgaaagtattgcgtgaaccctgatgctgtgtcagctcgatacagtattgcgcgtaaatacatcgcttttcagctatccggtataataattgcgtaaagtacatctgccgtttcacttttccataacatgacgtatgacgcaacTCTAGTATCTGACC-GCTACATGTAG-G-TGTATCCTGAACATTCT--A-CAATGT-TCTCGCT-A-GGTAT---------ATAT--A---TACCGA--------TG-TACA-T------------TGTCATGTCA-ACAATT-TCAG-C-ATT----GCCACACG-T-GTATG-TAT-GT----TGTTGACTCAT------CGTCATGTG--C----GGTCCCCTTCGCATACACA--GAGGGTTGTGCACTGAAAGG-CAGTC--GTTTTGCACTTGCAGCGCCTTACACACCCTTTCTTGCTC-TTGC-AAG-AAAC--CA-GCTCAATGCAGCT-GTAATATGCA---TCAGG-TAGCCT-GG-TCCAG----TAAGGTATGTACTGTCCA-TCACT-AGTCC-TTGACCAACCCCATTTGGTTGGTGGAGGAA--GCTCTGGTG-TTGGCAGCAG-TATCTG-ACCCCACAC---GACC-TCC-TTGATACA-CTGCCCTTTTGACATGTTCCTTTCC-------TCCAGA-GC---TG-CCTTCGT-TTCAGGGAT--GACCTGCAC-ATT-GTTCTT--CC-----TTGCGAAG----AT---TTTCCT-CCTGGGCTTG--TCAATGTCTGTGC-ATT-TGC--TGA-TTCGATCAT-ACA-AAAAGATCACA-----------------------------ATCATCTGGT--ATG--TCACGCGG-TGCAAC-T-GACAGC-AGCAGC---AGCGCCTCA--G-TG-AG-------TTCTGGC--AGTACCGTCCAGATTATC--TAT---GCAGTC-TCCTTACCACGA--GAA---GCAA-AACTA-----GACACAGTGTC-ACAT--CCAGAGAGAGAG-AGC--GTGGAACAATGG---TA--GTGC-ATGAGCCTTCTCTC--ATCCCA-A----TCCGGC--T----GCT-ATT---TC---ATGTG----CT-G-------CTAG-GTATCTG-AAATT---------CTAGC-CTGCTCCAAAT-GT---CAACC-----AC-AGTTTGTCTTT-T-GG--TTGC-AACTCC-TG--TGCAAGGGACA--CTGCCCAGCACCCACCACAT-CGGTTGTCTACAGTCCGA---AATATGTTAAGTAATCTGC----TTGTGT-CA-GCC--G-GA--AAG----TATTGCGTGAA-CGTAGCATGATGCTG---TG-TCA-G
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTGTGCATACTCTTTGATGGTCTCTGATGCAGCAGGCTTCAGCATTTGGACAATGGCAGCTACATCAAGCACAATACAGGTCATGACAGGATTCTCTGTCTTTGCGTCGGAAACTTCCACCAAGCATGTAAGAAGATCACTCTTAGTACCAGTGCAGAGGCTTCCACCATCAGACAATGCAGGAGGACACGCCTGATTCTCGTGACGAAAGAACTCGAGGTTTCCATCTCTCGTCTGCATGACAGCCAATGTACATGTGTGCGAAGAGTTCACAGTCGTTCTTGACGGAGATGAGCTGTTGCTGACCTTTGCTCTGCTTCTTGGAATGGAAGTGCTGAACACCTTCAGCCTGTTACGAGGAATGAGGTCGTCCACTGTCTTTGTTCTGTCCAACAGACACTCTCTGGTGAAAGCCTCGAACTGCTCTTGGTCAATCATTTTGGCATTCATCAGGGTCCCCACGGCAGCGGGACCTGTAATATCCTTTGTGTCCAGTTTAACTATATCCTGACTCTCCTCCTCGAATGGCCTGCCCATCTCCTCTATGACACCAACGAGAGAGCGAACAATTTTCACAAATGAGGTTTGTACACTTGGCGTCTGATCATGCTGACGTGTATCTGCTGTTTGCCGTCCTCAGTGTTGGTTTCCATCCTGGAATTCTTCGATCACCCTGGCAACTTCTGGTCCCGCAACCATCCAGCGACGTTGGACACTATGGTTGTCAGTTAGACCAACTGCTCAACCACCTCCTTTCAATTAGCCATTATTATGTTCATGTGCTTGGCCATTTGGGATTGAAGAAAACATCTGTGTTATCTGAGCGGTGAAGTGGCCTTCCTGAATACATCTGGGTGTTTGGTGGTGAGTTCGACCATGTCCTTCAGATGTACTGGTATCCACCTATCATAGTGGATGTGATCCAGTGCGTGGAACCAGTGGACTAGCTATGTCAGAGTATTGA
Unaligned ( gi|11 ): CTGCGAATGGGTATTGCCCATCTTCTCTATGAACAACCAGAGACTGCCTGATGTCACATCTGAAAAGCAAACATTACTTTTTACGCAAATTGTTACCAGGAGACCCTGCTACCACTGCTTTATGTTAAGTCTGATCGACTTGAGAATGTTCTAATCTGCATGTTTCTCTTGCCCACATGGTTGCCTCTTCACCGTGACGATTTTTCCGATATTCACTTTTTAACTTAGCTGGCCTCAACCATCCAGGCGACGTAGGGCACTAGGGTGATACAGTGACGCGACCTAAACTGCCCCACCGTCTCTTTTGATTTCAGTCCATTATTTCTGCTTTCATGTGTTTGCCTGGTCTCCAATCGGGATTGAAAAGACAAACACTATCATGTTTTCCTGAGAGGTGAAGTGACCTTCCCTGAATAGCATTCTGGGTGTTTGGTGGTGGAGTTCAAACACATGCCCTTCACGATGTACAAGAATATCCACGACCTAGCCAAGTAGTGGGGAAGACAGTGGATAATCTCAGGTGCGTTGGAACAATAGGGACCAGCATCTGTCTAGAGCACCGAGGTACAGTCATTAACGAGCACTGGTCTAAAAGAGAAGGCACATACACT
Unaligned ( gi|12 ): ATTGTGGCAATACTATTCAAGAGGTTTTGATGATAAGCTGGCTTCAGCAATCTGGACAAATGCTGCTCCATCACAGCACATTGCAAAGGTCCGTGCAGGCTTCTCTGGTTCTGCGTTCGACTAGACTTCGTCGCAAGACATGTAAGAAGATCGCTTCCATTGGTACCCAGTGGCAGAAGGTTTTCATCATCAGTACAGTCGCATGAGAGGACACACTTGATTCTCGTGACGAAAGACTCATGTTTCCCATCTTTGCAGTCTGTCTGGCAGCCAATGTATCATTTGTGCGAAATGAGTTCATCGGTCGTTCTTGATGGAAAACGAGCGTGTTGCTGACCTTTGCTCTGGCTTGCTTGGAATGGAACGTTGCTGTAACAGCTATTCTCTTGTCACGAGAATGGGTCAGGTTTGTCCACTGCCTTTGTTTTTCGTTGTCCAACAGATACTCTCGCTATGTGAAGAATCTCAACTGCACTTGGTTCT
Unaligned ( gi|14 ): TGTGACCACGCTTTTAAGGTCTTTGATGCAGCTGGCTTCAGCATCTGGACAATGACTGCTCCATCAAGCATAATACAGGTCGTGACAGGATTCTTTATCTTTGTGTTAGAGATTTCTTCTAAGCGCATGCAAGAAGATCACTCTTGGTACCAGTGCGAGCAA
Unaligned ( gi|18 ): TGTCAGTGAGACCAACTGCTCCACCGTCTTCTTTGATGCAGGCATTATTCTGCTCATGTGCCTGGTCAATCGGTATTGAAGACAACACTCTCTGTGTTTTCTGA
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAGGAGGATACGCCTGATTCTCGTGATGAAAGAACTCAAGATTTCCATCTCTTGTCTTGCACCCAATGTATGTGCGTGCGAAGAGTTCACAGTCGTTCTTG
Unaligned ( gi|21 ): TTGCGTCGGAAACTTCCAAGCTAAGCATATGTGAGGAGTTCACTCGATACC






Alignments
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Reference ( family-5789 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATAGCGGGGCGGCTTAGCCCANATAGTCAAAGAATTGTGCATTTTGTGATA---------CAAGCACC-AAATTTGGCACAA-ATGTACA--TTG-CTATGT------TA-CA-AACATTTT-CAGA---TATTG-----G----GCCA-CT-TGAANTTNTC---CCTATGTGTCCG-CCAT--ATTGGATTT-CAAAA---TGGCCCGCCGCTTGAAATCTACATTTG-C-G------ATAT-TCTGGATA-TA-TGTAGC-TA--TTGACTTGATTGCCCGGTATC-TAAA-TGTATGTTTTGG---GG-ACAAGGAATCCAGTGGT-ATCAATTGCAACTT---AATATCGTTAACCA-CGGCC--GCTGTTATA------TAATTGTATNTGGAAATTATCAGGCAAA--TATT----GGACTC-A-A-CA--ATACTT--TGAAAAAAAAT-TCTTAGATCTGTAAAT--GCCTA-GGTGTAACGCTGACATGCTACAT----AGTCTAGTATCTGAGC-GCTACATGTAG-G-TGTATNCTGA-CATTCT--A-CAATGG-TCTCGCT-A-GGTAT---------ATACCGA---TACCGAAGAT-ACATG-TACA-T-----------GTGTCATGTTA-ACAATT-TCAG-C-ATT----GCCACACG-T-GTATG-TAT-GT----T---------C------CGTCANGTG--T----GGTCCCCTTCGCATACACA--GAGGGTTGTGCACTTAAGGG-CAGCC--TTTTTGCACTCGCAGCGCCTCACACACCCNTTCTTGCNC-TTGC-AAG-AAAC--CA-GCTCAATGCAGCT-GTAA---GCT---TCAGG-TAGCCT-GG-TCCAG----TAAGGTGTGTACTGTCCT-TCACT-AGTCC-TTGACCAACCCCATTTGGTTGGTGGAGGAA--GCTCTGGTG-TTGGCAGCAG-TATCTT-ACCCCACACA-TGACC-TCC-TTGATACA-CTGCCCTCTTNACATG-----TTCC-------TCCAGA-CC---TG-CCTTCGT-TGGAGGGAT--GAGCTGCAC-ATT-GTTCTT--CC-----TTGCGAAG----AT---TTTCCT-CCTGGCCTTG--TCAATGTCTGTGC-ATG-TGC--TGA-TTCGATCAT-ACA-AAAGGATCACGA--ACCTCTCGATG-AT-GCG-ATTGC--ATCGTCTGGT--ATG--TCGCGCGG-TGCAAA-T-GACAGC-AGCAGC---AGCGCCTCG--G-TG-AG-------TTCTGGC--AGTACCGTCCAGATTGTC--CAT---GCAGTC-TTCTTGCCACGT--NTA---GCAA-AACTA-----GACACAGTGTC-ACAT--CCA-AGAGTGAG-AGC--TTGGAACATTGG---TA--GTGC-ATGAGCCTTCTCTC--GTCCCA-A----TCCGGC--T----GCT-ATT---TC---ATGTG----CT-G-------CTAG-GTATCTG-AAATT---------CTAGC-CTGTTCCAAAT-GT---CAACC-----AC-AGTTTGTC-TT-T-GG--TTGC-AACTCC-TG--TGCAAGGGACA--CTG-CCAGCA-CCACAACAT-CGG-TGTCTACAGTCCGG---A------TAAGTA--TTGC---GTGGTGTCCATGCT--G-GGCTGCG----TATT-TATGCA-CGCAGCAACAT-CCGA-CTG-TCA-GA---TTTTTCGTGGTTACATGGGGCGAT--------TGAAGTCAGATCTGGCAGTA---GGNG--CTTG-CTGAG--GCACTG-CCTTCCCATCA-GT--AA-TGACGA-GT-TGCTTGT-C-TCCC-GGTCAAACCA-TTCCATGAGA--NCTGCT-AAGAGG--AACCTG-ACAGCTC--AGTCTTG-T-TGCT--GT-CCACTC----------GTAGGAAGTT-CTGCCAGTTTCCTCGTATGGCAGCGACA-CCACGAAACGTTTCCGCACGCCTTGTCCCCGCTTTGCCCGTGTAC-----TACCTTTCGGTGAATCAGGAAGGTAAGTATCCCAGATCAGATCCAGGCGTGNCA-CTGTTTGCAGTTTCGTGGACA------TA-TATG----GAATGACGATCTCTTGTGCATACTCTTNAA
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATAGCAGGGCGGCTTAGCCCATATAGTCAAAGAATTGTGCATTTT-TGATA---------CAAGCACC-AAATTTGGCACAA-ATGTACA--TTG-ATATGT------CA-CA-AAAATTTT-CAGA---TTTTG-----G----GCCA-CT-TGAATTTATC---CCTATGTGTCCG-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cccC-TAAA-TGTATGTTTTGG---GGGACAAGGAATTCAATGGT-ATCAATTGCAACTT---AATATTGTTAACCA-CG--C--GCTGTTATATACCGGTAATTGTATTTGGAAATTATCAGGCAAA--TA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TATA------TAATTGTATTTGGAAATTATCAGGCAAA--TATT----GGACCCCACA-CA--ATACTT--GGAAAAAAATG-TCTTAGATCTGTAAAT--GCCTA-AGTATAACACTGGCATGCTACA
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttTCTTGCAGTA---GGTG--CT-G-CTGAG--GCAC----CTTTCCATCA-AT--AAATGAC-A-GT-TGCCT-----TCCC-GGTAAAACCA-T-CCATGAAA--CTTGCT-AAGAG---AACC-----AGCTC--AATCTTT-T-TGTT--GT-CGACTC----------ATCAAAGGT----GCC-GTTTCCTTGT----TACTG-CA-CCAC---ATGTTCCCTC--GCCTTGTCCCCGTCT--CCCTTATAC-----C----TTCAA-GAATTAGAAAG-TAAGTTACTCAGATCAAATCCAGGC-TGACAACTGTTT-CAGTTTC-TA-ACA------TACTATGTAATGAATGAC-AT-TGTTGTGCATATTCTTAAAaggtctttgatgcagctggcttcagcatctggacaatggctgctccatcaagcacaatacaggtcgtgacagaacaaagacttctttcaagcatgcaataagatcactcttggtaccagtgcagaggcctctaccatcatgcaatgcaggaggacacgcctgattctcatgatgaaagaactcaaggtttccatctctcatcgtgcaccaaatgtatgtgcgtgcgaagaattcacagtcgttcttgaagaaggcaagctgtttctttcttttggtctggcttcttgcaatggaagtgctgaacaccttcagcttatcaccagaaatgggttcgtccactgactttgttctgtccaatagacactttctggtgaaaatctcgaactgctcttggtcaaacctcttggcattcatcacggtctccacagcagcaggatatgcaatctcctttgtgtcctccttgaatgggttgcccgtctcctctataacaccaacgagagagcaaacatcttttacaaaaagaggcctgcacatttagtgtctgaacatgatgacgtaaatctgctgttttgccgtctccagtgttggttcccatcctggaattcttcgatcacactggcaacttctggccccgccaccatccagtgacgtggggcactagggttgtcagtgagatcaactgctccaacgtctcctttgaagcaggtattgttctgctcatgtgcctggtcaatcttgattgaagagaacacactctgtgttttctgaatggtgaagtggcgcgacttccctgaatacatctgggtatttagtggcgagttcagccatgtcgttcaggtgcactggtatccacctaa
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gi|9                          : tctagtattcgttcgacgactatacagctacatgtagtgctatctcttgacattctaacaatgttctcgctaaggtatataataccgagttacattgtcatttcaacaattcagcattgccacacgttgtatgctatgttgatgaccatcgtcatgtccctggtccctgcgcatacacatgaagggttgtgcactgaaacagtcgttttttgcaactgcacccttaacaccctttcttgctcttgccaagaaaaaacagctcaatgcagctgtaatatgcatcagaggccttggtccagtaaaggtaatgacttctcactcagtccattgaccaaccccatttgttggtggaggaagctattatgggtgcacagtatctgaccccacaccgacctccttgatacactgccctttggacatgttccttatccatccagaggctgcccttcgtgttcaggatgactgacatttttcttccttgctaagattttcctcgcttgatccaatctgtgcatttgctgattcgatcatacaaaaagatcacaaagtcatctgtatgtcacgcggctgcaaactgacagcacagcaagcgcatcgcagtgagttctgcttagtacgtccagagtacattgaacagttccttaccacagaagcaataactaacacagtgtcacatccacagagaagagtcgtgacaatggtagtgtgcattggcctctctcatcccaatccggcatcgcttatcatgtgctggctaggtatctgaaaattctagctctgctccaaatagtcaaccacagtaggtctttggttgcaaactccgtctgcaaggacactgcccagcacccaccacatcggttgtctacagtccgaaatatgttaagtaatctgcttgtgtcagccgaaagtattgcgtgaaccctgatgctgtgtcagctcgatacagtattgcgcgtaaatacatcgcttttcagctatccggtataataattgcgtaaagtacatctgccgtttcacttttccataacatgacgtatgacgcaacTCTAGTATCTGACC-GCTACATGTAG-G-TGTATCCTGAACATTCT--A-CAATGT-TCTCGCT-A-GGTAT---------ATAT--A---TACCGA--------TG-TACA-T------------TGTCATGTCA-ACAATT-TCAG-C-ATT----GCCACACG-T-GTATG-TAT-GT----TGTTGACTCAT------CGTCATGTG--C----GGTCCCCTTCGCATACACA--GAGGGTTGTGCACTGAAAGG-CAGTC--GTTTTGCACTTGCAGCGCCTTACACACCCTTTCTTGCTC-TTGC-AAG-AAAC--CA-GCTCAATGCAGCT-GTAATATGCA---TCAGG-TAGCCT-GG-TCCAG----TAAGGTATGTACTGTCCA-TCACT-AGTCC-TTGACCAACCCCATTTGGTTGGTGGAGGAA--GCTCTGGTG-TTGGCAGCAG-TATCTG-ACCCCACAC---GACC-TCC-TTGATACA-CTGCCCTTTTGACATGTTCCTTTCC-------TCCAGA-GC---TG-CCTTCGT-TTCAGGGAT--GACCTGCAC-ATT-GTTCTT--CC-----TTGCGAAG----AT---TTTCCT-CCTGGGCTTG--TCAATGTCTGTGC-ATT-TGC--TGA-TTCGATCAT-ACA-AAAAGATCACA-----------------------------ATCATCTGGT--ATG--TCACGCGG-TGCAAC-T-GACAGC-AGCAGC---AGCGCCTCA--G-TG-AG-------TTCTGGC--AGTACCGTCCAGATTATC--TAT---GCAGTC-TCCTTACCACGA--GAA---GCAA-AACTA-----GACACAGTGTC-ACAT--CCAGAGAGAGAG-AGC--GTGGAACAATGG---TA--GTGC-ATGAGCCTTCTCTC--ATCCCA-A----TCCGGC--T----GCT-ATT---TC---ATGTG----CT-G-------CTAG-GTATCTG-AAATT---------CTAGC-CTGCTCCAAAT-GT---CAACC-----AC-AGTTTGTCTTT-T-GG--TTGC-AACTCC-TG--TGCAAGGGACA--CTGCCCAGCACCCACCACAT-CGGTTGTCTACAGTCCGA---AATATGTTAAGTAATCTGC----TTGTGT-CA-GCC--G-GA--AAG----TATTGCGTGAA-CGTAGCATGATGCTG---TG-TCA-G


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7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-5789 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATAGCGGGGCGGCTTAGCCCANATAGTCAAAGAATTGTGCATTTTGTGATA---------CAAGCACC-AAATTTGGCACAA-ATGTACA--TTG-CTATGT------TA-CA-AACATTTT-CAGA---TATTG-----G----GCCA-CT-TGAANTTNTC---CCTATGTGTCCG-CCAT--ATTGGATTT-CAAAA---TGGCCCGCCGCTTGAAATCTACATTTG-C-G------ATAT-TCTGGATA-TA-TGTAGC-TA--TTGACTTGATTGCCCGGTATC-TAAA-TGTATGTTTTGG---GG-ACAAGGAATCCAGTGGT-ATCAATTGCAACTT---AATATCGTTAACCA-CGGCC--GCTGTTATA------TAATTGTATNTGGAAATTATCAGGCAAA--TATT----GGACTC-A-A-CA--ATACTT--TGAAAAAAAAT-TCTTAGATCTGTAAAT--GCCTA-GGTGTAACGCTGACATGCTACAT----AGTCTAGTATCTGAG--GCTACATGTAG-G-TGTATNCTGA-CATTCT--A-CAATGN-TCTCGCT-A-GGTAT---------ATACCGA---TACCGAAGAT-ACATG-TACA-T-----------GTGTCATGTTA-ACAATT-TCAG-C-ATT----GCCACACG-T-GTATG-TAT------GT------T----------CGTCANGTG--T----GGTCCCCTTCGCATACACA--GAGGGTTGTGCACTTAAGGG-CAGCC--TTTTTGCACTCGCAGCGCCTCACACACCCNTTCTTGC-NCTTGC-AAG-AAAC--C-AGCTCAATGCAGC-TGTAA---GCT---TCA-GGTAGCCT-GGTCCAG----TAAGGTGTGTACTGTCCT-TCACT-AGTCC-TTGACCAACCCCATTTGGTTGGTGGAGGAA--GCTCTGGTG-TTGGCAGCAG-TATCTTACCCCACACAC---GACC-TCC-TTGATACA-CTGCCCTCTTNACATG-----TTCC-------TCCAGA-CC---TG-CCTTCGT-TGGAGGGAT--GAGCTGCAC-ATT-GTTCTT--CC-----TTGCGAAG----AT---TTTCCT-CCTGGCCTTG--TCAATGTCTGTGC-ATG-TGC--TGA-TTCGATCAT-ACA-AAAGGATCAC--AAACCTCTCGATG-AT-GCG-ACTGC--ATCGTCTGGT--ATG--TCGCGCGG-TGCAAA-T-GACAGC-AGCAGC---AGCGCCTCG--G-TG-AG-------TTCTGGC--AGTACCGTCCAGATTGTC--CAT---GCAGTC-TTCTTGCCACGT--CTA---GCAA-AACTA-----GACACAGTGTC-ACAT--C--C----AGTG-AGAGC-----TTGGAACATTGG---TA--GTGC-ATGAGCCTTCTCTC--GTCCCA-A----TCCGGC--T----GCT-ATT---TC---ATGTG----CT-G-------CTAG-GTATCTG-AAATT---------CTAGC-CTGTTCCAAAT-GT---CAACC-----AC-AGTTTGTC-TT-T-GG--TTGC-AACTCC-TG--TGCAAGGGACA--CTG-CCAGCA-CCACAACAT-CGG-TGTCTACAGTCCGG---A------TAAGTA--TTGC---GTGGTGTCCATGCT--G-GGCTGCG----TATT-TATGCA-CGCAGCAACAT-CCGA-CTG-TCA-GA---TTTTTCGTGGTTACATGGGGCGAT--------TGAAGTCAGATCTGGCAGTA---GGNG--CTTG-CTGAG--GCACTG-CCTTCCCATCA-GT--AA-TGACGA-GT-TGCTTGT-C-TCCC-GGTCAAACCA-TTCCATGAGA--NCTGCT-AAGAGGAA---C-T--G-ACAGCTC--AGTCTTG-T-TGCT--GT-CCACTC----------GTAGGAAGTT-CTGCCAGTTTCCTCGT-ATGGCA-------CCAC---ACGTTTCCGCACGCCTTGTCCCCGCTTTGCCCGTGTAC-----TACCTTTCGGTGAATCAGGAAGGTAAGTATCCCAGATCAGATCCAGGCGTGNCA-CTGTTTGCAGTTTCGTGGACA------TA-TATG----GAATGACGATCTCTTGTGCATACTCTTNAA
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATAGCAGGGCGGCTTAGCCCATATAGTCAAAGAATTGTGCATTTT-TGATA---------CAAGCACC-AAATTTGGCACAA-ATGTACA--TTG-ATATGT------CA-CA-AAAATTTT-CAGA---TTTTG-----G----GCCA-CT-TGAATTTATC---CCTATGTGTCCG-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cccC-TAAA-TGTATGTTTTGG---GGGACAAGGAATTCAATGGT-ATCAATTGCAACTT---AATATTGTTAACCA-CG--C--GCTGTTATATACCGGTAATTGTATTTGGAAATTATCAGGCAAA--TA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TATA------TAATTGTATTTGGAAATTATCAGGCAAA--TATT----GGACCCCACA-CA--ATACTT--GGAAAAAAATG-TCTTAGATCTGTAAAT--GCCTA-AGTATAACACTGGCATGCTACA
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   catctgccgtttcacttttccataacatgacgtatgacgcaacA--CTA-CCAGCA-CCACAGCAT-CGG-TGTCTACAGTCCGG---A------TAAGTA--TTGC---GTGGTGTTTATGCT--G-GGCTGCG----TATT-TATGCA-CGCAGCAACAT-CCGA-CTG-TCA-GA---TTTTTCGTGGTTACATGGGGCGAT--------TGAAATCAGATCTGGCAGTA---GTGG--CTTG-CTGA---GCACTG-CCTTCCCATCA-GT--AA-TGACAA-GT-TGCTTGT-C-TCCT-GGGCAAACCA-TTCCATTAGC--GCTGCT-GAGAGGAA---C-TTGA-ACAGCTC--AGTCTTG-T-TGCT--GT-CCACTC----------GTAGGAAGTT-CTGCCATTTTCCTCGT-ATTGCAGCAACAGCCACGAAACGTTTCCGCACGTCTTGTCCCCGCTTTGCCCGTGTACTACGGTACCTTTCGGTGAATCAGGAAGGTAAGTATCCCAGATCAGATCCAGACGTGCCA-CTGTTTGCAGTTCCGTGGATA------TA-TATG----GAATGACGATCTCTTGTGCTTACTCTTCAAaaggtctttgatgaagctggctttgaacagcatctggacaatggctgctccatcaagcacaatgcaggacgtgacaggattctttgtctttgcgtcggagacttattccaagcatgtaagaagatcactcttggtaccagtacagaggcttccaccatcagacaatgcaggaggacacgcctgattctcgtgacgaaagaactcgaggtttccatgtctctcgtctggcagccaatgtacatgcgtgcgaagagttcatggtcgttcttgacggaggcgagctgttactctggcttgttggaagtgctgaacaccttcagcttgtcacgaggaatggggtcgtccactgtctttgttctgtccaacagacactctctggtgaaagtctcgaactgctctctgccaatcctcttggattcatcacggtttccacagcactaggacctgcaatctcctttgcgtccagcttaaccctttcctaactctccttctcgaattggtttgccaatctcctctatgacaccaacgagagagcgaacatctttcacaaatgaggcctgcacacttggtgtctgatcatgatgacgtgtatctgttgtttgccgtctccagtgttggttcccattctggaattcttcaatcaccctggcaacttctggtccagcaaccatccagtgacgtagggcattaggtttgtcagcgagaccaactgctccatcgtgttctttgatgcagacattattctgctcatgtgcctggtcaatcgggatcgaagagaacaccctctgtgttttctgaacgatgaagtggccttccctgaatgttctgaatacagctgggtgtttagtggtaagttcaaccatgtccttcaggtgtactggtatccacctagcatagtgggtgtgatccagtgtgtggaagcaatgcactagctctgtcagagcaccgaggtaaacattaatgatccctgtctaggagaacgcacatacacttgaac
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttTCTTGCAGTA---GGTG--CT-G-CTGAG--GCAC----CTTTCCATCA-AT--AAATGAC-A-GT-TGCCT-----TCCC-GGTAAAACCA-T-CCATGAAA--CTTGCT-AAGAG-AA---C-------CAGCTC--AATCTTT-T-TGTT--GT-CGACTC----------ATCAAAGGT----GCC-GTTTCCTTGTTACTGCA-------CCAC---ATGTTCCCTC--GCCTTGTCCCCGTCT--CCCTTATAC-----C----TTCAA-GAATTAGAAAG-TAAGTTACTCAGATCAAATCCAGGC-TGACAACTGTTT-CAGTTTC-TA-ACA------TACTATGTAATGAATGAC-AT-TGTTGTGCATATTCTTAAAaggtctttgatgcagctggcttcagcatctggacaatggctgctccatcaagcacaatacaggtcgtgacagaacaaagacttctttcaagcatgcaataagatcactcttggtaccagtgcagaggcctctaccatcatgcaatgcaggaggacacgcctgattctcatgatgaaagaactcaaggtttccatctctcatcgtgcaccaaatgtatgtgcgtgcgaagaattcacagtcgttcttgaagaaggcaagctgtttctttcttttggtctggcttcttgcaatggaagtgctgaacaccttcagcttatcaccagaaatgggttcgtccactgactttgttctgtccaatagacactttctggtgaaaatctcgaactgctcttggtcaaacctcttggcattcatcacggtctccacagcagcaggatatgcaatctcctttgtgtcctccttgaatgggttgcccgtctcctctataacaccaacgagagagcaaacatcttttacaaaaagaggcctgcacatttagtgtctgaacatgatgacgtaaatctgctgttttgccgtctccagtgttggttcccatcctggaattcttcgatcacactggcaacttctggccccgccaccatccagtgacgtggggcactagggttgtcagtgagatcaactgctccaacgtctcctttgaagcaggtattgttctgctcatgtgcctggtcaatcttgattgaagagaacacactctgtgttttctgaatggtgaagtggcgcgacttccctgaatacatctgggtatttagtggcgagttcagccatgtcgttcaggtgcactggtatccacctaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acatctgccgtttcacttttccataacatgacgtatgacgcaac--GCTACATGTAGTGCTATCTCTTGA-CATTCT--AACAATGT-TCTCGCT-AAGGTAT---------ATA---A---TACCGA-GTT-ACAT--------------------TGTCATTTCA-ACAATT--CAG-C-ATT----GCCACACG-TTGTATGCTAT------GT------TGATGACCAT-CGTCATGTCCCT----GGTCCC-TGCGCATACACATGAAGGGTTGTGCACTGAAA---CAGTCGTTTTTTGCAACTGCA-C-CCTTA-ACACCCTTTCTTGC-TCTTGCCAAG-AAAAAAC-AGCTCAATGCAGC-TGTAATATGCA---TCA-GA-GGCCTTGGTCCAG----TAAAG---GTAATGACTTCTCACTCAGTCCATTGACCAACCCCATTT-GTTGGTGGAGGAA--GCTATTATG-GGTGCA-CAG-TATCTGACCCCACAC-C---GACC-TCC-TTGATACA-CTGCCCTTTGGACATG-----TTCCTTATCCATCCAGAGGC---TGCCCTTCGTGTTCA-GGAT--GA-CTG-AC-ATT-TTTCTT--CC-----TTGCTAAG----AT---TTTCCT-C--G--CTTGATCCAA--TCTGTGC-ATT-TGC--TGA-TTCGATCAT-ACA-AAAAGATCAC--AAA-------------------------GTCATCT-GT--ATG--TCACGCGGCTGCAAACT-GACAGC-A-CAGCA--AGCGCATCGCAG-TG-AG-------TTCT-GCTTAGTA-CGTCCAGA--GTA--CATTGAACAGT--TCCTTACCACAG--A-A---GCAATAACTA------ACACAGTGTC-ACAT--CCAC----AGAGAAGAG------TCGTGACAATGG---TAGTGTGC-ATTGGCC-TCTCTC--ATCCCA-A----TCCGGCATC----GCT--TA---TC---ATGTG----CTGG-------CTAG-GTATCTGAAAATT---------CTAGCTCTGCTCCAAATAGT---CAACC-----AC-AGTAGGTC-TT-T-GG--TTGCAAACTCCGTC--TGCAA-GGACA--CTGCCCAGCACCCACCACAT-CGGTTGTCTACAGTCCGA---AATATGTTAAGTAATCTGC----TTGTGTCaagtctttgattgagactgtctgaacacatctactggacaatgctgctcatcaacagcaatgcagacgtacagattctttgcttctcggagactttatccaacataaaaatcacttcttttaccatcacagaggctatccaccatcagacaatgcaggaggacacagcctgattctcgttgacaaaaaaactcatttcccatgtctctctcctgggagcagccaatgacatcgttcgaaatagtcatggagttctgacgaggcgagctttactcttgcgtgttggagtgctaaaacaccttcaagcttcacgagtaatggtgttccgtccactgtctttgttcttgtccaaccaggtaccttctctgtgaaagtctcgtaaactgctctctgccaatcactcctttattcatcacggtttccactgcactagacctgccaatctcctttcgtccaagctaacccttcctaactctcgctctcgaattgttgccaatcctctatgacacaacgagaggagaacatcgttcaacaaatcgagcctgcaacacttgtgtcttgatcatatacgatgctatctttgtttgtctgccgtctccatgttgttcccattccggaattctcaatcacgcctgcaattctgtccagcaaaccaccagacgtaggcattagttgtcagcgagaccaactttgcccatctttctttgagcaacattatctgctcattccgtcaacggatcgaagagaacaccctctgtgttttactgaacgatgaatgcttccctgattgttctggaatacagtggtgtatagtggtaagttcaccatgtcttcaggtgtactgtacacctagccactagtggcgtgtgatccagtgtcgtggaagcaagcacatagctctgtcagagc
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gi|9                          : tctagtattcgttcgacgactatacagctacatgtagtgctatctcttgacattctaacaatgttctcgctaaggtatataataccgagttacattgtcatttcaacaattcagcattgccacacgttgtatgctatgttgatgaccatcgtcatgtccctggtccctgcgcatacacatgaagggttgtgcactgaaacagtcgttttttgcaactgcacccttaacaccctttcttgctcttgccaagaaaaaacagctcaatgcagctgtaatatgcatcagaggccttggtccagtaaaggtaatgacttctcactcagtccattgaccaaccccatttgttggtggaggaagctattatgggtgcacagtatctgaccccacaccgacctccttgatacactgccctttggacatgttccttatccatccagaggctgcccttcgtgttcaggatgactgacatttttcttccttgctaagattttcctcgcttgatccaatctgtgcatttgctgattcgatcatacaaaaagatcacaaagtcatctgtatgtcacgcggctgcaaactgacagcacagcaagcgcatcgcagtgagttctgcttagtacgtccagagtacattgaacagttccttaccacagaagcaataactaacacagtgtcacatccacagagaagagtcgtgacaatggtagtgtgcattggcctctctcatcccaatccggcatcgcttatcatgtgctggctaggtatctgaaaattctagctctgctccaaatagtcaaccacagtaggtctttggttgcaaactccgtctgcaaggacactgcccagcacccaccacatcggttgtctacagtccgaaatatgttaagtaatctgcttgtgtcagccgaaagtattgcgtgaaccctgatgctgtgtcagctcgatacagtattgcgcgtaaatacatcgcttttcagctatccggtataataattgcgtaaagtacatctgccgtttcacttttccataacatgacgtatgacgcaacTCTAGTATCTGACC-GCTACATGTAG-G-TGTATCCTGAACATTCT--A-CAATGT-TCTCGCT-A-GGTAT---------ATAT--A---TACCGA--------TG-TACA-T------------TGTCATGTCA-ACAATT-TCAG-C-ATT----GCCACACG-T-GTATG-TAT------GT------TGTTGACTCATCGTCATGTG--C----GGTCCCCTTCGCATACACA--GAGGGTTGTGCACTGAAAGG-CAGTC--GTTTTGCACTTGCAGCGCCTTACACACCCTTTCTTGC-TCTTGC-AAG-AAAC--C-AGCTCAATGCAGC-TGTAATATGCA---TCA-GGTAGCCT-GGTCCAG----TAAGGTATGTACTGTCCA-TCACT-AGTCC-TTGACCAACCCCATTTGGTTGGTGGAGGAA--GCTCTGGTG-TTGGCAGCAG-TATCTGACCC--CACAC---GACC-TCC-TTGATACA-CTGCCCTTTTGACATGTTCCTTTCC-------TCCAGA-GC---TG-CCTTCGT-TTCAGGGAT--GACCTGCAC-ATT-GTTCTT--CC-----TTGCGAAG----AT---TTTCCT-CCTGGGCTTG--TCAATGTCTGTGC-ATT-TGC--TGA-TTCGATCAT-ACA-AAAAGATCAC--A---------------------------ATCATCTGGT--ATG--TCACGCGG-TGCAAC-T-GACAGC-AGCAGC---AGCGCCTCA--G-TG-AG-------TTCTGGC--AGTACCGTCCAGATTATC--TAT---GCAGTC-TCCTTACCACGA--GAA---GCAA-AACTA-----GACACAGTGTC-ACAT--C--CAGAGAGAG-AGAGC-----GTGGAACAATGG---TA--GTGC-ATGAGCCTTCTCTC--ATCCCA-A----TCCGGC--T----GCT-ATT---TC---ATGTG----CT-G-------CTAG-GTATCTG-AAATT---------CTAGC-CTGCTCCAAAT-GT---CAACC-----AC-AGTTTGTCTTT-T-GG--TTGC-AACTCC-TG--TGCAAGGGACA--CTGCCCAGCACCCACCACAT-CGGTTGTCTACAGTCCGA---AATATGTTAAGTAATCTGC----TTGTGT-CA-GCC--G-GA--AAG----TATTGCGTGAA-CGTAGCATGATGCTG---TG-TCA-G
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTGTGCATACTCTTTGATGGTCTCTGATGCAGCAGGCTTCAGCATTTGGACAATGGCAGCTACATCAAGCACAATACAGGTCATGACAGGATTCTCTGTCTTTGCGTCGGAAACTTCCACCAAGCATGTAAGAAGATCACTCTTAGTACCAGTGCAGAGGCTTCCACCATCAGACAATGCAGGAGGACACGCCTGATTCTCGTGACGAAAGAACTCGAGGTTTCCATCTCTCGTCTGCATGACAGCCAATGTACATGTGTGCGAAGAGTTCACAGTCGTTCTTGACGGAGATGAGCTGTTGCTGACCTTTGCTCTGCTTCTTGGAATGGAAGTGCTGAACACCTTCAGCCTGTTACGAGGAATGAGGTCGTCCACTGTCTTTGTTCTGTCCAACAGACACTCTCTGGTGAAAGCCTCGAACTGCTCTTGGTCAATCATTTTGGCATTCATCAGGGTCCCCACGGCAGCGGGACCTGTAATATCCTTTGTGTCCAGTTTAACTATATCCTGACTCTCCTCCTCGAATGGCCTGCCCATCTCCTCTATGACACCAACGAGAGAGCGAACAATTTTCACAAATGAGGTTTGTACACTTGGCGTCTGATCATGCTGACGTGTATCTGCTGTTTGCCGTCCTCAGTGTTGGTTTCCATCCTGGAATTCTTCGATCACCCTGGCAACTTCTGGTCCCGCAACCATCCAGCGACGTTGGACACTATGGTTGTCAGTTAGACCAACTGCTCAACCACCTCCTTTCAATTAGCCATTATTATGTTCATGTGCTTGGCCATTTGGGATTGAAGAAAACATCTGTGTTATCTGAGCGGTGAAGTGGCCTTCCTGAATACATCTGGGTGTTTGGTGGTGAGTTCGACCATGTCCTTCAGATGTACTGGTATCCACCTATCATAGTGGATGTGATCCAGTGCGTGGAACCAGTGGACTAGCTATGTCAGAGTATTGA
Unaligned ( gi|11 ): CTGCGAATGGGTATTGCCCATCTTCTCTATGAACAACCAGAGACTGCCTGATGTCACATCTGAAAAGCAAACATTACTTTTTACGCAAATTGTTACCAGGAGACCCTGCTACCACTGCTTTATGTTAAGTCTGATCGACTTGAGAATGTTCTAATCTGCATGTTTCTCTTGCCCACATGGTTGCCTCTTCACCGTGACGATTTTTCCGATATTCACTTTTTAACTTAGCTGGCCTCAACCATCCAGGCGACGTAGGGCACTAGGGTGATACAGTGACGCGACCTAAACTGCCCCACCGTCTCTTTTGATTTCAGTCCATTATTTCTGCTTTCATGTGTTTGCCTGGTCTCCAATCGGGATTGAAAAGACAAACACTATCATGTTTTCCTGAGAGGTGAAGTGACCTTCCCTGAATAGCATTCTGGGTGTTTGGTGGTGGAGTTCAAACACATGCCCTTCACGATGTACAAGAATATCCACGACCTAGCCAAGTAGTGGGGAAGACAGTGGATAATCTCAGGTGCGTTGGAACAATAGGGACCAGCATCTGTCTAGAGCACCGAGGTACAGTCATTAACGAGCACTGGTCTAAAAGAGAAGGCACATACACT
Unaligned ( gi|12 ): ATTGTGGCAATACTATTCAAGAGGTTTTGATGATAAGCTGGCTTCAGCAATCTGGACAAATGCTGCTCCATCACAGCACATTGCAAAGGTCCGTGCAGGCTTCTCTGGTTCTGCGTTCGACTAGACTTCGTCGCAAGACATGTAAGAAGATCGCTTCCATTGGTACCCAGTGGCAGAAGGTTTTCATCATCAGTACAGTCGCATGAGAGGACACACTTGATTCTCGTGACGAAAGACTCATGTTTCCCATCTTTGCAGTCTGTCTGGCAGCCAATGTATCATTTGTGCGAAATGAGTTCATCGGTCGTTCTTGATGGAAAACGAGCGTGTTGCTGACCTTTGCTCTGGCTTGCTTGGAATGGAACGTTGCTGTAACAGCTATTCTCTTGTCACGAGAATGGGTCAGGTTTGTCCACTGCCTTTGTTTTTCGTTGTCCAACAGATACTCTCGCTATGTGAAGAATCTCAACTGCACTTGGTTCT
Unaligned ( gi|14 ): TGTGACCACGCTTTTAAGGTCTTTGATGCAGCTGGCTTCAGCATCTGGACAATGACTGCTCCATCAAGCATAATACAGGTCGTGACAGGATTCTTTATCTTTGTGTTAGAGATTTCTTCTAAGCGCATGCAAGAAGATCACTCTTGGTACCAGTGCGAGCAA
Unaligned ( gi|18 ): TGTCAGTGAGACCAACTGCTCCACCGTCTTCTTTGATGCAGGCATTATTCTGCTCATGTGCCTGGTCAATCGGTATTGAAGACAACACTCTCTGTGTTTTCTGA
Unaligned ( gi|19 ): ATGCAGGAGGATACGCCTGATTCTCGTGATGAAAGAACTCAAGATTTCCATCTCTTGTCTTGCACCCAATGTATGTGCGTGCGAAGAGTTCACAGTCGTTCTTG
Unaligned ( gi|21 ): TTGCGTCGGAAACTTCCAAGCTAAGCATATGTGAGGAGTTCACTCGATACC