lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333 1 111 11 111111 3333 11 111 222222222 66666666666666 11 1 22 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 1 11 1 55555555555 3 1111 1 444444 33 1111 6666 3 11 4 4444 222222222222222222222222222222222222222222 1 333 44
lowQualScore : 8 555 5 3 7 555 33 999999 0 2222 22 11 111 2 222222222 4 33333333333333 33 0 33 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 33 0 0 22 2 5 3 3 8 33333333333 6 3 0 7777 1 333333 99 44 5 2222 5555 4 22 2 0 4444 111111111111111111111111111111111111111111 0 6 333 99 2
lowQualScore : . ... . . . ... .. ...... . .... .. .. ... . ......... . .............. .. . .. ............................................................................................................................................. . .. . . .. . . . . . ........... . . . .... . ...... .. .. . .... .... . .. . . .... .......................................... . . ... .. .
lowQualScore : 0 888 0 2 8 888 88 000000 8 4444 44 00 000 2 222222222 4 00000000000000 88 0 88 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 88 8 0 88 5 5 2 2 2 55555555555 0 2 0 0000 8 333333 22 22 3 0000 8888 3 77 2 0 0000 222222222222222222222222222222222222222222 8 0 888 00 0
consensus : TGTGTG-GAAGAT-AAATAAAGTATAAGATTGA--GAA--GAAGTCATG-T---AAACGTTTTAG-TCAACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCGGTG--C-CG---TNTA-T-CAACCA-TTGCAAC--ACAAC-CC--AAAA----T--AGNA---C--TT-AACGTT--GAGAA-AAAGT--GCA-----NTCG----AA----GA--TATA-GTCA-ATA-AT------GAAGTCAAT-C---TCGC-TGCAAATC-TGATGCTG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGCTTTCAGGTACGTATTN-AAA--TT-TTATATAGACCC----AAATTCAAG---ATAAATCT--GC--AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACATGTACATATCCATGAACATGTACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTT-GATAA--AA----------CT-GACCC----GC-G-----AAATCCCAACGTCAGAATTGTTTT--AAATGATAACAGAA
Reference ( gi|1 ) : TGTGTG-GAAGA--AAATAAACTATAAGACTGG--GAA--GAAGTCATA-T---AAACGTTTTAGGTCCACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCAGTG--C-CG---TATACT-CAAGCAGCTG-AAC--ACAAC-CC--AAAG----T--GACA---C--TT-AACGTT--GAGAA-AAAGT--GT------TTCG----AA----GA--CATA-GTCA-ATA-ATT----GGGGGTCAATTC---TCGCGTGCAAATCGCGATGCTGCTGCCCGATCAA---CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCAAATGCTTTCAGATACGTATTT-GAA--TG-TTACATAGA-CC----AATTTCAAG--CATTAATCT--GC-GAAGA-GT-ATGAAATCATTGGATGTACTTTACG-ATGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACTGTAACATGAAGCTAGTATACCTATTTAACATGTACATATCCATGAACATATACAGTATCCATGAATGGCTGAAATGT--GATAA--A-----------CG-GACCC----A--------AAATCC-AACGTCAGAATTGTTTTTAAAATGGTAACAGAA
gi|2 : TGTGTG-GAAGA---------------GATTGA--GAA--GAAGCCATG-T---AAACGTTTTAG-TTAATACCAACG--ATGGTCGAAA-G-GCAGTG--C-CG---TATA-T-CAACT--TTG-AAC--ACAAC-CC--AAAA----T--AGAA---C--TTGAAAGTT--G-GAA-AAA-T--GC------A-CG----AA----GAACTATG-GTTA-ATA-AT------GGAATCAA--C---TCGC-TGCAAATT-TGATTCTG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGC-TTCAGGTACGTATTTAAAA--CT-TTATATAGACCC----AAATTCAAG---ATAAAT-T--GC--AGGT-GT-ATGAAATT----GATATAC-TTAGA-ATGG
gi|3 : ctcttgTGTGTGTGAAGATAAAGTAAAGTATAAAGATGGACGAACAGAAGTCATG-T---AA-CGTTTTACGTCAACACCTTTGTAAGGGTCGAAACG-GGGGTG--CGTG---TGTA-T-CAACCA-TTGCAACGAACAAC-CCA-AAAA----T--AGAA---C--TT-----------GAA-AGGGT--GCACGACGATCGCATCAA----GA--TAGATGTCA-ATA-AT------GGAGTCACT-----TCGC-TGCAA------ATGCTGATGCATGGT------CCGT--------------C-ATTCAAAT--TTTC-----------------------ATATAGA-CC----CAATTCAAG--AA--AATCT--GCAGAAGA----ACGAA---ACTGGATGT-CCTCACA-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaaa
gi|10 : gTGTGTG-GAAGAT-AAATAAAGTATAAGATTAA--GAA--AAAGTAATG-TTACAAACGTTTTAG-TTAACACCGATG--ATGGTCGAAA-G-GTGGTG--T-TG---TATA-T-CAAatgcggtatgcgagattacagtcatactgtacgttagccctgaagaagtacgttattcctccttagcactgaactatcatcgagaggcgccgggttcacaatcccatcagaacaagaaaaattctctccgctctaagagaatactactt
gi|16 : actcttgTGTG-GAAGAT-AAATAAAGTATAAGATTGcat
gi|4 : ttgactcttgtcG-AAAGAT-AAATAAAGTATAA-ATTGA--GAA--GAAGCCATGGT---AAAC--TTTAG-TCAACATCTTCG--ATGGCCGAAA-TTACAATGTAC-CACTTTTTAGTGCAA-CAATTGCAAC--ACAAC-TCCTAAAGAGTTT--TATA---TCTTT-AACGTTTTGAAAAGAAAGT--GCA-----TTCG----AAAGAAGA--TA-A-GTCA-ATA-AT------GAAGTCAA--C---TTGC-TGCAAAGCTTGATGCTG--GTCCG-TCAGATTCCGTATTTCTGCGCTGACCTATTCGTATGCTT--AGGTACGTATCC-AAATTTGTTTATA-AGAGCCCCCAAATTCCAAGAAGATAGATCTGAGC-CATGAGGTGATGAAAT-----GATG-AC-TTACA-ATGa
gi|9 : AGTCATG-T---AAACGTTTTAG-TCAACACCTTCA--ATGGTCGAAA-G-GCTGTG--T-CA---TTTA-T-CAA-CA-TTG-AAC--ACAACACT--AAAA----TAGAACAGTGC--T----CGAT--GAAGA-ACAGTCAAT------T------------------ATA-ATCATATATATTTTAATGAAATTAA--C---TCGC-TGCAAATC-TGATGCTG--GTCCG-TCA
gi|8 : G----AA----GA---ATA-GTCA-ATA-AT------GAAGTTTTTTCAGATCGC-TGCAAATC-TGATGCTG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGC-TTCAGGTACGTATTA-AAA--TT-TTATATAGACCC----AAATTCAAG---ATTAATCT--GC--AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATG
gi|5 : tcgaa----AAATTCAAG---ATAAATCT--GC--AGGA-AT-ATGAAA----TGGATATAC-ATACATATGGGc
gi|6 : TTCAAG---ATAAATCT--GC--AGGA-AT-ATGAAA----TGGATATAC-ATACA-ATGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattat
gi|11 : aaTTAACATATACATATCCATGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatatta
gi|12 : TAACATGTACATATCCATGAAgcctgtaatgtttattaaactgacccgcagctgacaaatccaagtcagaattgttttaaattataacaaaac
gi|14 : ATGTATATATCCATGAACgcctgaaatgttgataaaattgatcccgctgacaaatcccaaccagaattgttttaaatgataacagaac
gi|15 : aaGAACATGTACA-TATTTATGAA-GCCTAAAATGTT-GATAA--A-----------AATGACCCGCTGA--------CAATCA-AA-GTCAGAATTGTTTcctgaaatgttgatatctactgacccaaatccaattcagaattgtttttaaatggtaacagaac
gi|12 : aAACATGTACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTT-GATAA--AAT---------TG-ATCCC----GCTGAC---AAATCCCAAC--CAGAATTGTTTT--AAATGATAACAGAA
gi|11 : tAACATATACA-TATCCATGAA-GCCTGTAATGTTTATTAA--A-----------CT-GACCC----GCAGCTGACAAATCC-AA-GTCAGAATTGTTTT--AAATTATAACAAAAc
gi|14 : ttATGTATA-TATCCATGAACC-CTGAAATGTT-GATATCTA-----------CT-GACCC----A--------AA-TCC-AAT-TCAGAATTGTTTTT-AAATGGTAACAGAAc
gi|13 : aaACA-TATCCATAA--GCCTGAAATTTT-GATGA--AAATTATCCCTGCT-GAC---------------AAATCCCAAC--CAGAATTGTTTT---AATGATAACAGAAc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATATAGACCCAAATTCAAGATAAATCTGCAGAAGAACGAAATGGATGTCCTCACAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGAATACT
Unaligned ( gi|17 ): TTTGACTCGTGTGTGTGGAAAATAAATAAAGTATAAGAT
Alignments
lowQualScore : 11 111 111111111 1 2 11 1 4444444444444444444444444 1 2222222 1111111111 111 2222222 11111 333 1 111 11 1 11111 111 111 1111 1111 111 66666666666 2 22 111
lowQualScore : 5 5 5 5 6 11 6 111 6 6 99 777 2 333333333 1 3 6 9999 0 11 6 8 0000000000000000000000000 8 0 9999999 4444444444 000 3 6 6 1111111 99 66666 222 6 6 3 6 99 6 777 33 0 88888 8 8 8 1 444 6 111 0000 5 888 5 5 5 5555 5 5 6 6 6 666 6 00000000000 6 3 00 6 111
lowQualScore : . . . . . .. . ... . . .. ... . ......... . . . .... . .. . . ......................... . . ....... .......... ... . . . ....... .. ..... ... . . . . .. . ... .. . ..... . . . . ... . ... .... . ... . . . .... . . . . . ... . ........... . . .. . ...
lowQualScore : 7 0 7 7 7 00 7 777 7 7 22 555 2 555555555 0 3 7 5555 0 00 0 0 8888888888888888888888888 0 0 6666666 3333333333 888 2 7 7 7777777 22 77777 888 7 7 3 7 22 7 000 88 0 22222 0 0 0 0 000 7 777 6666 0 888 0 0 0 6666 0 0 7 7 7 888 7 33333333333 7 3 22 7 888
consensus : TGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-GAA--GAAGTCATG-T---AAACGTTTTA-G-TCAACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCGGTG--C-CG---TNTA-T-CAACCA-TTGCAAC--ACAAC-CC-AAAATAGA-----AC--TT-AACG-TT--GA-GAA-AAAGTGCA-----NTCG----AA----GA--TATA-GTCA-A-------TAAT--GGAGT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGCT--TTCA-GGTACGT-A-TTNAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACATGTACATATCCATGAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAACTGA-CCC-GCTGAC----A-AAT-CCAACGTCAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAA
Reference ( family-5767 ) : TGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-GAA--GAAGTCATG-T---AAACGTTTTA-G-TCAACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCGGTG--C-CG---TNTA-T-CAACCA-TTGCAAC--ACAAC-CC-AAAATAGN-----AC--TT-AACG-TT--GA-GAA-AAAGTGCA-----NTCG----AA----GA--TATA-GTCA-A-------TAAT--GAAGT-----CAAT-CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGCT--TTCA-GGTACGT-A-TTNAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACATGTACATATCCATGAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAACTGA-CCC-GC-G------A-AATCCCAACGTCAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAA
gi|1 : TGTGTG-GAAGA-AAA-TAAACTATAA-GACTGG-GAA--GAAGTCATA-T---AAACGTTTTA-GGTCCACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCAGTG--C-CG---TATACT-CAAGCAGCTG-AAC--ACAAC-CC-AAAGTGAC-----AC--TT-AACG-TT--GA-GAA-AAAGTGT------TTCG----AA----GA--CATA-GTCA-A-------TAATTGGGGGT-----CAATTCTCGCGTGCAAAT-CGCGATGC-TGCTGCCCGATCAA---CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCAAATGCT--TTCA-GATACGT-A-TTTGAAT---GTT-ACATAGA----CCAATTTC----AAGCATTAATCTG---CGAAGA-GT-ATGAAATCATTGGATGTACTTTACG-ATGGG
gi|1 : TTAACATGTACATATCCATGAACATAT-ACAGTATCCATGAATGGCTGAAATG-TGAT---AAACGGA-CC---C-A------A-AAT-CCAACGTCAGAATTG-TTTTTAAAATGGTAACAGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacactgtaacatgaagctagtatacctatttaacatgtacatatccatgaacatatacagtatccatgaatggctgaaatgtgataaacggacccaaaatccaacgtcagaattgtttttaaaatggtaacagaa
gi|10 : tgtgtggaagaaaataaactataagactgggaagaagtcatataaacgttttaggtccacaccttcgatggtcgaaaggcagtgccgtatactcaagcagctgaacacaacccaaagtgacacttaacgttgagaaaaagtgtttcgaagacatagtcaataattgggggtcaattctcgcgtgcaaatcgcgatgctgctgcccgatcaaccgtatttctgttgaccattcaaatgctttcagatacgtatttgaatgttacatagaccaatttcaagcattaatctgcgaagagtatgaaatcattggatgtactttacgatgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacactgtaacatgaagctagtatacctatTGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTAA-GAA--AAAGTAATG-TTACAAACGTTTTA-G-TTAACACCGATG--ATGGTCGAAA-G-GTGGTG--T-TG---TATA-T-CAAC
gi|11 : actcttgAACATAT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGTAATGTTTAT-T-AAACTGA-CCC-GC-AGCTGACA-AAT-CCAA-GTCAGAATTG-TTTT--AAATTATAACAAAAat
gi|12 : ttAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAATTGATCCC-GCTGAC----A-AATCCCAAC--CAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAAc
gi|13 : tTGTGACA-TATCCAT-AA-GCCTGAAATTTTGATGA-AAATTAT-CCCTGCTGAC----A-AATCCCAAC--CAGAATTG-TTTT---AATGATAACAGAAc
gi|14 : cATGT-ATA-TATCCATGAA-CCCTGAAATGTTGAT-ATCTACTGA-CCC-----------A-AAT-CCAAT-TCAGAATTGTTTTT--AAATGGTAACAGAA
gi|15 : aaGAACATGT-ACA-TATTTATGAA-GCCTAAAATGTTGAT-A-AAAATGA-CCC-GCTG------ACAAT--CAAAGTCAGAATTG-TTTc
gi|16 : aTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-
gi|17 : ttgactcttgtcTGTGTG-GAAAATAAA-TAAAGTATAA-GAT
gi|2 : tttgactcgtgTGTGTG-GAAGA----------------GATTGA-GAA--GAAGCCATG-T---AAACGTTTTA-G-TTAATACCAACG--ATGGTCGAAA-G-GCAGTG--C-CG---TATA-T-CAACT--TTG-AAC--ACAAC-CC-AAAATAGA-----AC--TTGAAAG-TT--G--GAA-AAA-TGCA-------CG----AA----GAACTATG-GTTA-A-------TAAT--GGAAT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-T-TGATTC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGC---TTCA-GGTACGT-ATTTAAAAC---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAAT-TG---C-AGGT-GT-ATGAAA----TTGATATAC-TTAGA-ATGG
gi|3 : ctcttgTGTGTGTGAAGATAAAGTAAAGTATAAAGATGGACGAACAGAAGTCATG-T----AACGTTTTACG-TCAACACCTTTGTAAGGGTCGAAACG-GGGGTG--CGTG---TGTA-T-CAACCA-TTGCAACGAACAAC-CCAAAAATAGA-----AC--TT-------------GAA-AGGGTGCACGACGATCGCATCAA----GA--TAGATGTCA-A-------TAAT--GGAGT-----CACT--TCGC-TGCAAATGC-TGATGCATG--GTCCG-TCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaaa
gi|3 : gATGCTGATGCATGGTCCGTCA-TTCAAAT---TTTCATATAGA---CCC-AATTC----AAG-A-AAATCTG---C-AGAA-GA-ACGAAAC---TGGATGTCC-TCACA-ATGttcaaattttcatatagacccaattcaagaaaatctgcagaagaacgaaactggatgtcctcacaatgatgcggtatgcgagattacagtcatactgtacgttagccctgaagaagtacgttattcctccttagcactgaactatcatcgagaggcgccgggttcacaatcccatcagaacaagaaaaattctctccgctctaagagaatactactt
gi|4 : gtgtgtgtgaagataaagtaaagtataaagatggacgaacagaagtcatgtaacgttttacgtcaacacctttgtaagggtcgaaacgggggtgcgtgtgtatcaaccattgcaacgaacaacccaaaaatagaacttgaaagggtgcacgacgatcgcatcaagatagatgtcaataatggagtcacttcgctgcaaG-AAAGATAAA-TAAAGTATAA--ATTGA-GAA--GAAGCCATGGT---AAAC--TTTA-G-TCAACATCTTCG--ATGGCCGAAA-TTACAATGTAC-CACTTTTTAGTGCAACAA-TTGCAAC--ACAACTCC-TAAAGAGTTTTATATCTTT-AACG-TTTTGA-AAAGAAAGTGCA-----TTCG----AAAGAAGA--TA-A-GTCA-A-------TAAT--GAAGT-----CAA--CTTGC-TGCAAAG-CTTGATGC-TG--GTCCG-TCAGATTCCGTATTTCTGCGCTGACCTATTCGTATGCT--T--A-GGTACGT-A-TCCAAATTTGTTT-ATA-AGAGCCCCCAAATTCCAAGAAG-ATAGATCTGAGCC-ATGAGGTGATGAAA----T-GATG-AC-TTACA-ATGatgcggtatgcgagattacagtcatactgtacgttagccctgaagaagtacgttattcctccttagcactgaactatcatcgagaggcgccgggttcacaatcccatcagaacaagaaaaattctctccgctctaagagaatactactt
gi|5 : AAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-AT-ATGAAA----TGGATATAC-ATACATATGGG
gi|6 : AATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-AT-ATGAAA----TGGATATAC-ATACA-ATGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattat
gi|7 : -ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGAA-GA-ACGAAA----TGGATGTCC-TCACA-ATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatatta
gi|8 : G----AA----GA---ATA-GTCA-A-------TAAT--GAAGTTTTTTCAG--ATCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGCT--T-CA-GGTACGT-A-TTAAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATTAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagaatact
gi|9 : tcgaaAGTCATG-T---AAACGTTTTA-G-TCAACACCTTCA--ATGGTCGAAA-G-GCTGTG--T-CA---TTTA-T-CAA-CA-TTG-AAC--ACAACACT-AAAATAGA-----AC-----AGTGCTC--GATGAA-GAA---CA-----GTC------A----AT--TATA-ATCATATATATTTTAAT--GAAAT-----TAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAc
Alignments
lowQualScore : 11 111 111111111 1 2 11 1 333333333333333333333333 1 2222222 1111111111 111 2222222 11111 1 111 11 1 11111 111 111 1111 1111 111 111 1 22 111
lowQualScore : 5 5 5 5 6 11 6 111 6 6 99 777 2 333333333 1 3 6 9999 0 11 6 8 777777777777777777777777 8 0 9999999 4444444444 000 3 6 6 1111111 99 66666 99 6 6 3 6 99 6 777 33 0 88888 8 8 8 1 444 6 111 0000 5 888 5 5 5 5555 5 5 6 6 6 666 6 888 2 3 00 6 111
lowQualScore : . . . . . .. . ... . . .. ... . ......... . . . .... . .. . . ........................ . . ....... .......... ... . . . ....... .. ..... .. . . . . .. . ... .. . ..... . . . . ... . ... .... . ... . . . .... . . . . . ... . ... . . .. . ...
lowQualScore : 7 0 7 7 7 00 7 777 7 7 22 555 2 555555555 0 3 7 5555 0 00 0 0 666666666666666666666666 0 0 6666666 3333333333 888 2 7 7 7777777 22 77777 22 7 7 3 7 22 7 000 88 0 22222 0 0 0 0 000 7 777 6666 0 888 0 0 0 6666 0 0 7 7 7 888 7 333 5 3 22 7 888
consensus : TGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-GAA--GAAGTCATG-T---AAACGTTTTA-G-TCAACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCGGTG--C-CG---TNTA-T-CAACCA-TTGCAAC--ACAAC-CCAAAA-TAG------AACTT-AACG-TT--GA-GAA-AAAGTGCAT-----TCG----AA----GA--TATA-GTCA-A-------TAAT--GGAGT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGCT--TTCA-GGTACGT-A-TTNAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACATGTACATATCCATGAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAACTGA-CCC---GCTGACAAAT-CCAACGTCAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAA
Reference ( family-5767 ) : TGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-GAA--GAAGTCATG-T---AAACGTTTTA-G-TCAACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCGGTG--C-CG---TNTA-T-CAACCA-TTGCAAC--ACAAC-CCAAAA-TAG------AACTT-AACG-TT--GA-GAA-AAAGTGCAN-----TCG----AA----GA--TATA-GTCA-A-------TAAT--GGAGT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGCT--TTCA-GGTACGT-A-TTNAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACATGTACATATCCATGAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAACTGA-CCC---GCTGACAAAT-CCAACGTCAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAA
gi|1 : TGTGTG-GAAGA-AAA-TAAACTATAA-GACTGG-GAA--GAAGTCATA-T---AAACGTTTTA-GGTCCACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCAGTG--C-CG---TATACT-CAAGCAGCTG-AAC--ACAAC-CCAAAG-TGA------CACTT-AACG-TT--GA-GAA-AAAGTGT-T-----TCG----AA----GA--CATA-GTCA-A-------TAATTGGGGGT-----CAATTCTCGCGTGCAAAT-CGCGATGC-TGCTGCCCGATCAA---CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCAAATGCT--TTCA-GATACGT-A-TTTGAAT---GTT-ACATAGA----CCAATTTC----AAGCATTAATCTG---CGAAGA-GT-ATGAAATCATTGGATGTACTTTACG-ATGGG
gi|1 : TTAACATGTACATATCCATGAACATAT-ACAGTATCCATGAATGGCTGAAATG-TGAT---AAACGGA-CCC---A-----AAAT-CCAACGTCAGAATTG-TTTTTAAAATGGTAACAGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacactgtaacatgaagctagtatacctatttaacatgtacatatccatgaacatatacagtatccatgaatggctgaaatgtgataaacggacccaaaatccaacgtcagaattgtttttaaaatggtaacagaa
gi|10 : tgtgtggaagaaaataaactataagactgggaagaagtcatataaacgttttaggtccacaccttcgatggtcgaaaggcagtgccgtatactcaagcagctgaacacaacccaaagtgacacttaacgttgagaaaaagtgtttcgaagacatagtcaataattgggggtcaattctcgcgtgcaaatcgcgatgctgctgcccgatcaaccgtatttctgttgaccattcaaatgctttcagatacgtatttgaatgttacatagaccaatttcaagcattaatctgcgaagagtatgaaatcattggatgtactttacgatgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacactgtaacatgaagctagtatacctatTGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTAA-GAA--AAAGTAATG-TTACAAACGTTTTA-G-TTAACACCGATG--ATGGTCGAAA-G-GTGGTG--T-TG---TATA-T-CAAC
gi|11 : actcttgAACATAT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGTAATGTTTAT-T-AAACTGA-CCCGCAGCTGACAAAT-CCAA-GTCAGAATTG-TTTT--AAATTATAACAAAAat
gi|12 : ttAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAATTGATCCC---GCTGACAAATCCCAAC--CAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAAc
gi|13 : tTGTGACA-TATCCAT-AA-GCCTGAAATTTTGATGA-AAATTAT-CCCT--GCTGACAAATCCCAAC--CAGAATTG-TTTT---AATGATAACAGAAc
gi|14 : cATGT-ATA-TATCCATGAA-CCCTGAAATGTTGAT-ATCTACTGA-CC---------CAAAT-CCAAT-TCAGAATTGTTTTT--AAATGGTAACAGAA
gi|15 : aaGAACATGT-ACA-TATTTATGAA-GCCTAAAATGTTGAT-A-AAAATGA-CCC---GCTGACAA---TCAAAGTCAGAATTG-TTTc
gi|16 : aTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-
gi|17 : ttgactcttgtcTGTGTG-GAAAATAAA-TAAAGTATAA-GAT
gi|2 : tttgactcgtgTGTGTG-GAAGA----------------GATTGA-GAA--GAAGCCATG-T---AAACGTTTTA-G-TTAATACCAACG--ATGGTCGAAA-G-GCAGTG--C-CG---TATA-T-CAACT--TTG-AAC--ACAAC-CCAAAA-TAG------AACTTGAAAG-TT--G--GAA-AAA-TGCA-------CG----AA----GAACTATG-GTTA-A-------TAAT--GGAAT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-T-TGATTC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGC---TTCA-GGTACGT-ATTTAAAAC---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAAT-TG---C-AGGT-GT-ATGAAA----TTGATATAC-TTAGA-ATGG
gi|3 : ctcttgTGTGTGTGAAGATAAAGTAAAGTATAAAGATGGACGAACAGAAGTCATG-T---AA-CGTTTTACG-TCAACACCTTTGTAAGGGTCGAAACG-GGGGTG--CGTG---TGTA-T-CAACCA-TTGCAACGAACAAC-CCAAAAATAG------AACTT-------------GAA-AGGGTGCACGACGATCGCATCAA----GA--TAGATGTCA-A-------TAAT--GGAGT-----CAC--TTCGC-TGCAAATGC-TGATGCATG--GTCCG-TCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaaa
gi|3 : gATGCTGATGCATGGTCCGTCA-TTCAAAT---TTTCATATAGA---CCC-AATTC----AAG-A-AAATCTG---C-AGAA-GA-ACGAAAC---TGGATGTCC-TCACA-ATGttcaaattttcatatagacccaattcaagaaaatctgcagaagaacgaaactggatgtcctcacaatgatgcggtatgcgagattacagtcatactgtacgttagccctgaagaagtacgttattcctccttagcactgaactatcatcgagaggcgccgggttcacaatcccatcagaacaagaaaaattctctccgctctaagagaatactactt
gi|4 : gtgtgtgtgaagataaagtaaagtataaagatggacgaacagaagtcatgtaacgttttacgtcaacacctttgtaagggtcgaaacgggggtgcgtgtgtatcaaccattgcaacgaacaacccaaaaatagaacttgaaagggtgcacgacgatcgcatcaagatagatgtcaataatggagtcacttcgctgcaaG-AAAGATAAA-TAAAGTATAA--ATTGA-GAA--GAAGCCATGGT---AAAC--TTTA-G-TCAACATCTTCG--ATGGCCGAAA-TTACAATGTAC-CACTTTTTAGTGCAACAA-TTGCAAC--ACAACTCCTAAA-GAGTTTTATATCTTTAACG-TTTTGA-AAAGAAAGTGCAT-----TCG----AAAGAAGA--TA-A-GTCA-A-------TAAT--GAAGT-----CAA--CTTGC-TGCAAAG-CTTGATGC-TG--GTCCG-TCAGATTCCGTATTTCTGCGCTGACCTATTCGTATGCT--T--A-GGTACGT-A-TCCAAATTTGTTT-ATA-AGAGCCCCCAAATTCCAAGAAG-ATAGATCTGAGCC-ATGAGGTGATGAAA----T-GATG-AC-TTACA-ATGatgcggtatgcgagattacagtcatactgtacgttagccctgaagaagtacgttattcctccttagcactgaactatcatcgagaggcgccgggttcacaatcccatcagaacaagaaaaattctctccgctctaagagaatactactt
gi|5 : AAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-AT-ATGAAA----TGGATATAC-ATACATATGGG
gi|6 : AATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-AT-ATGAAA----TGGATATAC-ATACA-ATGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattat
gi|7 : -ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGAA-GA-ACGAAA----TGGATGTCC-TCACA-ATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatatta
gi|8 : G----AA----GA---ATA-GTCA-A-------TAAT--GAAGTTTTTTCAG--ATCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGCT--T-CA-GGTACGT-A-TTAAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATTAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagaatact
gi|9 : tcgaaAGTCATG-T---AAACGTTTTA-G-TCAACACCTTCA--ATGGTCGAAA-G-GCTGTG--T-CA---TTTA-T-CAA-CA-TTG-AAC--ACAACACTAAAA-TAG------AAC---AGTGCTC--GATGAA-GAA---CAG-----TC------A----AT--TATA-ATCATATATATTTTAAT--GAAAT-----TAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAc
Alignments
lowQualScore : 11 111 111111111 1 2 11 1 33333333333333333333333333 33333333333333333333333 111 11111 1 111 11 1 11111 111 111 1111 1111 111 111 1 22 111
lowQualScore : 5 5 5 5 6 11 6 111 6 6 99 777 2 333333333 1 3 6 9999 0 11 6 8 77777777777777777777777777 8 11111111111111111111111 000 3 6 99 66666 99 6 6 3 6 99 6 777 33 0 88888 8 8 8 1 444 6 111 0000 5 888 5 5 5 5555 5 5 6 6 6 666 6 888 2 3 00 6 111
lowQualScore : . . . . . .. . ... . . .. ... . ......... . . . .... . .. . . .......................... . ....................... ... . . .. ..... .. . . . . .. . ... .. . ..... . . . . ... . ... .... . ... . . . .... . . . . . ... . ... . . .. . ...
lowQualScore : 7 0 7 7 7 00 7 777 7 7 22 555 2 555555555 0 3 7 5555 0 00 0 0 66666666666666666666666666 0 66666666666666666666666 888 2 7 22 77777 22 7 7 3 7 22 7 000 88 0 22222 0 0 0 0 000 7 777 6666 0 888 0 0 0 6666 0 0 7 7 7 888 7 333 5 3 22 7 888
consensus : TGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-GAA--GAAGTCATG-T---AAACGTTTTA-G-TCAACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCGGTG--C-CG---TNTA-T-CAACCA-TTGCAAC--ACAAC-CCAAAA-TAG------AACTT-AA----CGTT--GAGAA-AAAGTGCAT-----TCG----A---A----GA--TATA-GTCAATAAT--GGAGT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGCT--TTCA-GGTACGT-A-TTNAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACATGTACATATCCATGAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAACTGA-CCC---GCTGACAAAT-CCAACGTCAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAA
Reference ( family-5767 ) : TGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-GAA--GAAGTCATG-T---AAACGTTTTA-G-TCAACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCGGTG--C-CG---TNTA-T-CAACCA-TTGCAAC--ACAAC-CCAAAA-TAG------AACTT-AA----CGTT--GAGAA-AAAGTGCAT-----TCG----A---A----GA--TATA-GTCAATAAT--GGAGT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGCT--TTCA-GGTACGT-A-TTNAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACATGTACATATCCATGAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAACTGA-CCC---GCTGACAAAT-CCAACGTCAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAA
gi|1 : TGTGTG-GAAGA-AAA-TAAACTATAA-GACTGG-GAA--GAAGTCATA-T---AAACGTTTTA-GGTCCACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCAGTG--C-CG---TATACT-CAAGCAGCTG-AAC--ACAAC-CCAAAG-TGA------CACTT-AA----CGTT--GAGAA-AAAGTGT-T-----TCG----A---A----GA--CATA-GTCAATAATTGGGGGT-----CAATTCTCGCGTGCAAAT-CGCGATGC-TGCTGCCCGATCAA---CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCAAATGCT--TTCA-GATACGT-A-TTTGAAT---GTT-ACATAGA----CCAATTTC----AAGCATTAATCTG---CGAAGA-GT-ATGAAATCATTGGATGTACTTTACG-ATGGG
gi|1 : TTAACATGTACATATCCATGAACATAT-ACAGTATCCATGAATGGCTGAAATG-TGAT---AAACGGA-CCC---A-----AAAT-CCAACGTCAGAATTG-TTTTTAAAATGGTAACAGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacactgtaacatgaagctagtatacctatttaacatgtacatatccatgaacatatacagtatccatgaatggctgaaatgtgataaacggacccaaaatccaacgtcagaattgtttttaaaatggtaacagaa
gi|10 : tgtgtggaagaaaataaactataagactgggaagaagtcatataaacgttttaggtccacaccttcgatggtcgaaaggcagtgccgtatactcaagcagctgaacacaacccaaagtgacacttaacgttgagaaaaagtgtttcgaagacatagtcaataattgggggtcaattctcgcgtgcaaatcgcgatgctgctgcccgatcaaccgtatttctgttgaccattcaaatgctttcagatacgtatttgaatgttacatagaccaatttcaagcattaatctgcgaagagtatgaaatcattggatgtactttacgatgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacactgtaacatgaagctagtatacctatTGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTAA-GAA--AAAGTAATG-TTACAAACGTTTTA-G-TTAACACCGATG--ATGGTCGAAA-G-GTGGTG--T-TG---TATA-T-CAAC
gi|11 : actcttgAACATAT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGTAATGTTTAT-T-AAACTGA-CCCGCAGCTGACAAAT-CCAA-GTCAGAATTG-TTTT--AAATTATAACAAAAat
gi|12 : ttAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAATTGATCCC---GCTGACAAATCCCAAC--CAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAAc
gi|13 : tTGTGACA-TATCCAT-AA-GCCTGAAATTTTGATGA-AAATTAT-CCCT--GCTGACAAATCCCAAC--CAGAATTG-TTTT---AATGATAACAGAAc
gi|14 : cATGT-ATA-TATCCATGAA-CCCTGAAATGTTGAT-ATCTACTGA-CC---------CAAAT-CCAAT-TCAGAATTGTTTTT--AAATGGTAACAGAA
gi|15 : aaGAACATGT-ACA-TATTTATGAA-GCCTAAAATGTTGAT-A-AAAATGA-CCC---GCTGACAA---TCAAAGTCAGAATTG-TTTc
gi|16 : aTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-
gi|17 : ttgactcttgtcTGTGTG-GAAAATAAA-TAAAGTATAA-GAT
gi|2 : tttgactcgtgTGTGTG-GAAGA----------------GATTGA-GAA--GAAGCCATG-T---AAACGTTTTA-G-TTAATACCAACG--ATGGTCGAAA-G-GCAGTG--C-CG---TATA-T-CAACT--TTG-AAC--ACAAC-CCAAAA-TAG------AACTTGAA----AGTT--G-GAA-AAA-TGCA-------CG----A---A----GAACTATG-GTTAATAAT--GGAAT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-T-TGATTC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGC---TTCA-GGTACGT-ATTTAAAAC---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAAT-TG---C-AGGT-GT-ATGAAA----TTGATATAC-TTAGA-ATGG
gi|3 : ctcttgTGTGTGTGAAGATAAAGTAAAGTATAAAGATGGACGAACAGAAGTCATG-T---AA-CGTTTTACG-TCAACACCTTTGTAAGGGTCGAAACG-GGGGTG--CGTG---TGTA-T-CAACCA-TTGCAACGAACAAC-CCAAAAATAG------AACTT---------------GAA-AGGGTGCACGACGATCGCATCA---A----GA--TAGATGTCAATAAT--GGAGT-----CAC--TTCGC-TGCAAATGC-TGATGCATG--GTCCG-TCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaaa
gi|3 : gATGCTGATGCATGGTCCGTCA-TTCAAAT---TTTCATATAGA---CCC-AATTC----AAG-A-AAATCTG---C-AGAA-GA-ACGAAAC---TGGATGTCC-TCACA-ATGttcaaattttcatatagacccaattcaagaaaatctgcagaagaacgaaactggatgtcctcacaatgatgcggtatgcgagattacagtcatactgtacgttagccctgaagaagtacgttattcctccttagcactgaactatcatcgagaggcgccgggttcacaatcccatcagaacaagaaaaattctctccgctctaagagaatactactt
gi|4 : gtgtgtgtgaagataaagtaaagtataaagatggacgaacagaagtcatgtaacgttttacgtcaacacctttgtaagggtcgaaacgggggtgcgtgtgtatcaaccattgcaacgaacaacccaaaaatagaacttgaaagggtgcacgacgatcgcatcaagatagatgtcaataatggagtcacttcgctgcaaG-AAAGATAAA-TAAAGTATAA--ATTGA-GAA--GAAGCCATGGT---AAAC--TTTA-G-TCAACATCTTCG--ATGGCCGAAA-TTACAATGTAC-CACTTTTTAGTGCAACAA-TTGCAAC--ACAACTCCTAAA-GAGTTTTATATCTTTAA----CGTTTTGAAAAGAAAGTGCAT-----TCG----A---AAGAAGA--TA-A-GTCAATAAT--GAAGT-----CAA--CTTGC-TGCAAAG-CTTGATGC-TG--GTCCG-TCAGATTCCGTATTTCTGCGCTGACCTATTCGTATGCT--T--A-GGTACGT-A-TCCAAATTTGTTT-ATA-AGAGCCCCCAAATTCCAAGAAG-ATAGATCTGAGCC-ATGAGGTGATGAAA----T-GATG-AC-TTACA-ATGatgcggtatgcgagattacagtcatactgtacgttagccctgaagaagtacgttattcctccttagcactgaactatcatcgagaggcgccgggttcacaatcccatcagaacaagaaaaattctctccgctctaagagaatactactt
gi|5 : AAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-AT-ATGAAA----TGGATATAC-ATACATATGGG
gi|6 : AATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-AT-ATGAAA----TGGATATAC-ATACA-ATGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattat
gi|7 : -ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGAA-GA-ACGAAA----TGGATGTCC-TCACA-ATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatatta
gi|8 : G----A---A----GA---ATA-GTCAATAAT--GAAGTTTTTTCAG--ATCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGCT--T-CA-GGTACGT-A-TTAAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATTAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagaatact
gi|9 : tcgaaAGTCATG-T---AAACGTTTTA-G-TCAACACCTTCA--ATGGTCGAAA-G-GCTGTG--T-CA---TTTA-T-CAA-CA-TTG-AAC--ACAACACTAAAA-TAG------AAC---AGTGCTCGAT--GAAGA-ACAGTCAAT-----TAT----AATCA----TA--TATA-TTT--TAAT--GAAAT-----TAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAc
Alignments
lowQualScore : 11 111 111111111 1 2 11 1 33333333333333333333333333 33333333333333333333333 111 11111 1 111 11 1 11111 111 111 1111 1111 111 111 1 22 111
lowQualScore : 5 5 5 5 6 11 6 111 6 6 99 777 2 333333333 1 3 6 9999 0 11 6 8 77777777777777777777777777 8 11111111111111111111111 000 3 6 99 66666 99 6 6 3 6 99 6 777 33 0 88888 8 8 8 1 444 6 111 0000 5 888 5 5 5 5555 5 5 6 6 6 666 6 888 2 3 00 6 111
lowQualScore : . . . . . .. . ... . . .. ... . ......... . . . .... . .. . . .......................... . ....................... ... . . .. ..... .. . . . . .. . ... .. . ..... . . . . ... . ... .... . ... . . . .... . . . . . ... . ... . . .. . ...
lowQualScore : 7 0 7 7 7 00 7 777 7 7 22 555 2 555555555 0 3 7 5555 0 00 0 0 66666666666666666666666666 0 66666666666666666666666 888 2 7 22 77777 22 7 7 3 7 22 7 000 88 0 22222 0 0 0 0 000 7 777 6666 0 888 0 0 0 6666 0 0 7 7 7 888 7 333 5 3 22 7 888
consensus : TGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-GAA--GAAGTCATG-T---AAACGTTTTA-G-TCAACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCGGTG--C-CG---TNTA-T-CAACCA-TTGCAAC--ACAAC-CCAAAA-TAG------AACTT-AA----CGTT--GAGAA-AAAGTGCAT-----TCG----A---A----GA--TATA-GTCAATAAT--GGAGT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGCT--TTCA-GGTACGT-A-TTNAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACATGTACATATCCATGAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAACTGA-CCC---GCTGACAAAT-CCAACGTCAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAA
Reference ( family-5767 ) : TGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-GAA--GAAGTCATG-T---AAACGTTTTA-G-TCAACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCGGTG--C-CG---TNTA-T-CAACCA-TTGCAAC--ACAAC-CCAAAA-TAG------AACTT-AA----CGTT--GAGAA-AAAGTGCAT-----TCG----A---A----GA--TATA-GTCAATAAT--GGAGT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGCT--TTCA-GGTACGT-A-TTNAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACATGTACATATCCATGAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAACTGA-CCC---GCTGACAAAT-CCAACGTCAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAA
gi|1 : TGTGTG-GAAGA-AAA-TAAACTATAA-GACTGG-GAA--GAAGTCATA-T---AAACGTTTTA-GGTCCACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCAGTG--C-CG---TATACT-CAAGCAGCTG-AAC--ACAAC-CCAAAG-TGA------CACTT-AA----CGTT--GAGAA-AAAGTGT-T-----TCG----A---A----GA--CATA-GTCAATAATTGGGGGT-----CAATTCTCGCGTGCAAAT-CGCGATGC-TGCTGCCCGATCAA---CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCAAATGCT--TTCA-GATACGT-A-TTTGAAT---GTT-ACATAGA----CCAATTTC----AAGCATTAATCTG---CGAAGA-GT-ATGAAATCATTGGATGTACTTTACG-ATGGG
gi|1 : TTAACATGTACATATCCATGAACATAT-ACAGTATCCATGAATGGCTGAAATG-TGAT---AAACGGA-CCC---A-----AAAT-CCAACGTCAGAATTG-TTTTTAAAATGGTAACAGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacactgtaacatgaagctagtatacctatttaacatgtacatatccatgaacatatacagtatccatgaatggctgaaatgtgataaacggacccaaaatccaacgtcagaattgtttttaaaatggtaacagaa
gi|10 : tgtgtggaagaaaataaactataagactgggaagaagtcatataaacgttttaggtccacaccttcgatggtcgaaaggcagtgccgtatactcaagcagctgaacacaacccaaagtgacacttaacgttgagaaaaagtgtttcgaagacatagtcaataattgggggtcaattctcgcgtgcaaatcgcgatgctgctgcccgatcaaccgtatttctgttgaccattcaaatgctttcagatacgtatttgaatgttacatagaccaatttcaagcattaatctgcgaagagtatgaaatcattggatgtactttacgatgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacactgtaacatgaagctagtatacctatTGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTAA-GAA--AAAGTAATG-TTACAAACGTTTTA-G-TTAACACCGATG--ATGGTCGAAA-G-GTGGTG--T-TG---TATA-T-CAAC
gi|11 : actcttgAACATAT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGTAATGTTTAT-T-AAACTGA-CCCGCAGCTGACAAAT-CCAA-GTCAGAATTG-TTTT--AAATTATAACAAAAat
gi|12 : ttAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAATTGATCCC---GCTGACAAATCCCAAC--CAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAAc
gi|13 : tTGTGACA-TATCCAT-AA-GCCTGAAATTTTGATGA-AAATTAT-CCCT--GCTGACAAATCCCAAC--CAGAATTG-TTTT---AATGATAACAGAAc
gi|14 : cATGT-ATA-TATCCATGAA-CCCTGAAATGTTGAT-ATCTACTGA-CC---------CAAAT-CCAAT-TCAGAATTGTTTTT--AAATGGTAACAGAA
gi|15 : aaGAACATGT-ACA-TATTTATGAA-GCCTAAAATGTTGAT-A-AAAATGA-CCC---GCTGACAA---TCAAAGTCAGAATTG-TTTc
gi|16 : aTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-
gi|17 : ttgactcttgtcTGTGTG-GAAAATAAA-TAAAGTATAA-GAT
gi|2 : tttgactcgtgTGTGTG-GAAGA----------------GATTGA-GAA--GAAGCCATG-T---AAACGTTTTA-G-TTAATACCAACG--ATGGTCGAAA-G-GCAGTG--C-CG---TATA-T-CAACT--TTG-AAC--ACAAC-CCAAAA-TAG------AACTTGAA----AGTT--G-GAA-AAA-TGCA-------CG----A---A----GAACTATG-GTTAATAAT--GGAAT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-T-TGATTC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGC---TTCA-GGTACGT-ATTTAAAAC---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAAT-TG---C-AGGT-GT-ATGAAA----TTGATATAC-TTAGA-ATGG
gi|3 : ctcttgTGTGTGTGAAGATAAAGTAAAGTATAAAGATGGACGAACAGAAGTCATG-T---AA-CGTTTTACG-TCAACACCTTTGTAAGGGTCGAAACG-GGGGTG--CGTG---TGTA-T-CAACCA-TTGCAACGAACAAC-CCAAAAATAG------AACTT---------------GAA-AGGGTGCACGACGATCGCATCA---A----GA--TAGATGTCAATAAT--GGAGT-----CAC--TTCGC-TGCAAATGC-TGATGCATG--GTCCG-TCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaaa
gi|3 : gATGCTGATGCATGGTCCGTCA-TTCAAAT---TTTCATATAGA---CCC-AATTC----AAG-A-AAATCTG---C-AGAA-GA-ACGAAAC---TGGATGTCC-TCACA-ATGttcaaattttcatatagacccaattcaagaaaatctgcagaagaacgaaactggatgtcctcacaatgatgcggtatgcgagattacagtcatactgtacgttagccctgaagaagtacgttattcctccttagcactgaactatcatcgagaggcgccgggttcacaatcccatcagaacaagaaaaattctctccgctctaagagaatactactt
gi|4 : gtgtgtgtgaagataaagtaaagtataaagatggacgaacagaagtcatgtaacgttttacgtcaacacctttgtaagggtcgaaacgggggtgcgtgtgtatcaaccattgcaacgaacaacccaaaaatagaacttgaaagggtgcacgacgatcgcatcaagatagatgtcaataatggagtcacttcgctgcaaG-AAAGATAAA-TAAAGTATAA--ATTGA-GAA--GAAGCCATGGT---AAAC--TTTA-G-TCAACATCTTCG--ATGGCCGAAA-TTACAATGTAC-CACTTTTTAGTGCAACAA-TTGCAAC--ACAACTCCTAAA-GAGTTTTATATCTTTAA----CGTTTTGAAAAGAAAGTGCAT-----TCG----A---AAGAAGA--TA-A-GTCAATAAT--GAAGT-----CAA--CTTGC-TGCAAAG-CTTGATGC-TG--GTCCG-TCAGATTCCGTATTTCTGCGCTGACCTATTCGTATGCT--T--A-GGTACGT-A-TCCAAATTTGTTT-ATA-AGAGCCCCCAAATTCCAAGAAG-ATAGATCTGAGCC-ATGAGGTGATGAAA----T-GATG-AC-TTACA-ATGatgcggtatgcgagattacagtcatactgtacgttagccctgaagaagtacgttattcctccttagcactgaactatcatcgagaggcgccgggttcacaatcccatcagaacaagaaaaattctctccgctctaagagaatactactt
gi|5 : AAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-AT-ATGAAA----TGGATATAC-ATACATATGGG
gi|6 : AATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-AT-ATGAAA----TGGATATAC-ATACA-ATGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattat
gi|7 : -ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGAA-GA-ACGAAA----TGGATGTCC-TCACA-ATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatatta
gi|8 : G----A---A----GA---ATA-GTCAATAAT--GAAGTTTTTTCAG--ATCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGCT--T-CA-GGTACGT-A-TTAAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATTAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagaatact
gi|9 : tcgaaAGTCATG-T---AAACGTTTTA-G-TCAACACCTTCA--ATGGTCGAAA-G-GCTGTG--T-CA---TTTA-T-CAA-CA-TTG-AAC--ACAACACTAAAA-TAG------AAC---AGTGCTCGAT--GAAGA-ACAGTCAAT-----TAT----AATCA----TA--TATA-TTT--TAAT--GAAAT-----TAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAc
blockSeqs : T T G A C CA G TAC C . TA CG G TACCACTT A G G CCA C GA T A TTTTATATCTTTAACGTTTTGA G ACGACGATCGCATCAA ACT T T . TTTTT . . G T A . . ATT GC T TGATG T C T A TTG C GCC CAAG . AGC . G G C . T G . . GA T GCA C C AG T A
blockSeqs : . T . . . . . . . . . TT A CGTG A . . CAA C . A . AACAGTGCTCGATGA . ATTCGAAAGAA T G . . . . . . . . . . A . . TT . . . C . . . . . . . . . . . . . . . AT . T C C G . A
blockSeqs : . T . . . . . . . . . G G TTG G . . CT . . . . AACTTGAAAGTTG . ATTATAATCA T T . . . . . . . . . . A . . TT . . . C . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . C . A
blockSeqs : . T . . . . . . . . . G A CCG T . . CA . . . . AACTT . ACGAA T T . . . . . . . . . . TT . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . C . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . G T TCA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : CA** AACTTATG****************** ACTANAA**************** ** ** ** TT*** **** A** C* A**
originalCons : TGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-GAA--GAAGTCATG-T---AAACGTTTTA-G-TCAACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCGGTG--C-CG---TNTA-T-CAACCA-TTGCAAC--ACAAC-CCAAAA-TAG------AACTT-AA----CGTT--GAGAA-AAAGTGCAT-----TCG----A---A----GA--TATA-GTCAATAAT--GGAGT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGCT--TTCA-GGTACGT-A-TTNAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACATGTACATATCCATGAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAACTGA-CCC---GCTGACAAAT-CCAACGTCAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAA
finalCons : TGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-GAA--GAAGTCATG-T---AAACGTTTTA-G-TCAACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCGGTG--C-CG---TNTA-T-CAACA--TTGCAAC--ACAAC-CCAAAA-TAGAACTTATG------------------GAA-AAAGTGCACTANAA----------------GA--TATA-GTCAATAAT--GGAGT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGCTT---CA-GGTACGT-A-TTNAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACATGTACATATCCATGAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGATA--AAACTGA-CCC---GCTGACAAAT-CCAAC-TCAGAATTG-TTTTA--AATGATAACAGAA
Alignments
lowQualScore : 11 111 1 111111111 1 1 1 2 11 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 11111 1 11 11 1 1 111 111 1111 1111 111 111 1 111 111
lowQualScore : 5 5 5 5 6 11 6 111 3 99 777 2 333333333 1 3 6 3 3 0 11 6 8 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333333 3 6 99 66666 99 6 6 3 6 99 6 33 33 0 0 2 8 8 1 444 6 111 0000 5 888 5 5 5 5555 5 5 6 6 6 666 6 888 2 3 555 6 111
lowQualScore : . . . . . .. . ... . .. ... . ......... . . . . . . .. . . ............................................................... ....... . . .. ..... .. . . . . .. . .. .. . . . . . . ... . ... .... . ... . . . .... . . . . . ... . ... . . ... . ...
lowQualScore : 7 0 7 7 7 00 7 777 3 22 555 2 555555555 0 3 7 3 3 0 00 0 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555555 2 7 22 77777 22 7 7 3 7 22 7 88 88 0 0 5 0 0 0 000 7 777 6666 0 888 0 0 0 6666 0 0 7 7 7 888 7 333 5 3 000 7 888
consensus : TGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-GAA--GAAGTCATG-T---AAACGTTTTA-GTCAACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCGGTG--C-CG---TNTA-T-CAA-CA-TTGCAAC--ACAAC-CC-AAAATAG------------AAC-----TT-AA----TG-GAAA--A-AGTGCATT----A---------GAAG---A--TATA-GTCAATAAT--GGAGT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGC-TTCAGGTACGT-A-TTNAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACATGTACATATCCATGAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAACTGA-CCC---GCTGACAAAT-CCAAC-TCAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAA
Reference ( family-5767 ) : TGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-GAA--GAAGTCATG-T---AAACGTTTTA-GTCAACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCGGTG--C-CG---TNTA-T-CAA-CA-TTGCAAC--ACAAC-CC-AAAATAG------------AAC-----TT-A-----TG-GAAA--A-AGTGCACT----A---------NAAG---A--TATA-GTCAATAAT--GGAGT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGC-TTCAGGTACGT-A-TTNAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACATGTACATATCCATGAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAACTGA-CCC---GCTGACAAAT-CCAAC-TCAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAA
gi|1 : TGTGTG-GAAGA-AAA-TAAACTATAA-GACTGG-GAA--GAAGTCATA-T---AAACGTTTTAGGTCCACACCTTCG--ATGGTCGAAA-G-GCAGTG--C-CG---TATACT-CAAGCAGCTG-AAC--ACAAC-CC-AAAGTGA------------CAC-----TT-AACGT-TGAGAAA--A-AGTGT-TT----C---------GAAG---A--CATA-GTCAATAATTGGGGGT-----CAATTCTCGCGTGCAAAT-CGCGATGC-TGCTGCCCGATC-AA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCAAATGCTTTCAGATACGT-A-TTTGAAT---GTT-ACATAGA----CCAATTTC----AAGCATTAATCTG---CGAAGA-GT-ATGAAATCATTGGATGTACTTTACG-ATGGG
gi|1 : TTAACATGTACATATCCATGAACATAT-ACAGTATCCATGAATGGCTGAAATG-TGAT---AAACGGA-CCC---A-----AAAT-CCAACGTCAGAATTG-TTTTTAAAATGGTAACAGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacactgtaacatgaagctagtatacctatttaacatgtacatatccatgaacatatacagtatccatgaatggctgaaatgtgataaacggacccaaaatccaacgtcagaattgtttttaaaatggtaacagaa
gi|10 : tgtgtggaagaaaataaactataagactgggaagaagtcatataaacgttttaggtccacaccttcgatggtcgaaaggcagtgccgtatactcaagcagctgaacacaacccaaagtgacacttaacgttgagaaaaagtgtttcgaagacatagtcaataattgggggtcaattctcgcgtgcaaatcgcgatgctgctgcccgatcaaccgtatttctgttgaccattcaaatgctttcagatacgtatttgaatgttacatagaccaatttcaagcattaatctgcgaagagtatgaaatcattggatgtactttacgatgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacactgtaacatgaagctagtatacctatTGTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTAA-GAA--AAAGTAATG-TTACAAACGTTTTA-GTTAACACCGATG--ATGGTCGAAA-G-GTGGTG--T-TG---TATA-T-CAA-CA-T
gi|11 : actcttgAACATAT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGTAATGTTTAT-T-AAACTGA-CCCGCAGCTGACAAAT-CCAAG-TCAGAATTG-TTTT--AAATTATAACAAAA
gi|12 : ttAACATGT-ACA-TATCCATGAA-GCCTGAAATGTTGAT-A-AAATTGATCCC---GCTGACAAATCCCAAC--CAGAATTG-TTTT--AAATGATAACAGAAc
gi|13 : tTGTGACA-TATCCAT-AA-GCCTGAAATTTTGATGA-AAATTAT-CCCT--GCTGACAAATCCCAAC--CAGAATTG-TTTT---AATGATAACAGAAc
gi|14 : cATGT-ATA-TATCCATGAA-CCCTGAAATGTTGAT-ATCTACTGA-CC---------CAAAT-CCAAT-TCAGAATTGTTTTT--AAATGGTAACAGAA
gi|15 : aaGAACATGT-ACA-TATTTATGAA-GCCTAAAATGTTGAT-A-AAAATGA-CCC---GCTGAC-AAT-CAAAG-TCAGAATTG-TTTc
gi|16 : aTGTG-GAAGATAAA-TAAAGTATAA-GATTGA-
gi|17 : ttgactcttgtcTGTGTG-GAAAATAAA-TAAAGTATAA-GAT
gi|2 : tttgactcgtgTGTGTG-GAAGA----------------GATTGA-GAA--GAAGCCATG-T---AAACGTTTTA-GTTAATACCAACG--ATGGTCGAAA-G-GCAGTG--C-CG---TATA-T-CAA-CT-TTG-AAC--ACAAC-CC-AAAATAG------------AAC-----TT-GAAAGTTG-GAAA--A-A-TGCAC---------------GAAG---AACTATG-GTTAATAAT--GGAAT-----CAA--CTCGC-TGCAAAT-T-TGATTC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGC-TTCAGGTACGT-ATTTAAAAC---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAAT-TG---C-AGGT-GT-ATGAAA----TTGATATAC-TTAGA-ATGG
gi|3 : ctcttgTGTGTGTGAAGATAAAGTAAAGTATAAAGATGGACGAACAGAAGTCATG-T----AACGTTTTACGTCAACACCTTTGTAAGGGTCGAAACG-GGGGTG--CGTG---TGTA-T-CAACCA-TTGCAACGAACAAC-CCAAAAATAG------------AAC-----TT----------GAAA--G-GGTGCACG----ACGATCGCATCAAG---A--TAGATGTCAATAAT--GGAGT-----CAC--TTCGC-TGCAAATGC-TGATGCATG--GTCCG-TCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaaa
gi|3 : gGGTCCGTCA-TTCAAAT---TTTCATATAGA---CCC-AATTC----AAG-A-AAATCTG---C-AGAA-GA-ACGAAAC---TGGATGTCC-TCACA-ATGttcaaattttcatatagacccaattcaagaaaatctgcagaagaacgaaactggatgtcctcacaatgatgcggtatgcgagattacagtcatactgtacgttagccctgaagaagtacgttattcctccttagcactgaactatcatcgagaggcgccgggttcacaatcccatcagaacaagaaaaattctctccgctctaagagaatactactt
gi|4 : gtgtgtgtgaagataaagtaaagtataaagatggacgaacagaagtcatgtaacgttttacgtcaacacctttgtaagggtcgaaacgggggtgcgtgtgtatcaaccattgcaacgaacaacccaaaaatagaacttgaaagggtgcacgacgatcgcatcaagatagatgtcaataatggagtcacttcgctgcaaatgctgatgcatG-AAAGATAAA-TAAAGTATAA--ATTGA-GAA--GAAGCCATGGT---AAAC--TTTA-GTCAACATCTTCG--ATGGCCGAAA-TTACAATGTAC-CACTTTTTAGTGCAA-CAATTGCAAC--ACAACTCC-TAAAGAGTTTTATATCTTTAACG----TT-T-----TG-AAAAGAA-AGTGCATTCGAAA---------GAAG---A--TA-A-GTCAATAAT--GAAGT-----CAA--CTTGC-TGCAAAG-CTTGATGC-TG--GTCCG-TCAGATTCCGTATTTCTGCGCTGACCTATTCGTATGC-TT-AGGTACGT-A-TCCAAATTTGTTT-ATA-AGAGCCCCCAAATTCCAAGAAG-ATAGATCTGAGCC-ATGAGGTGATGAAA----T-GATG-AC-TTACA-ATGatgcggtatgcgagattacagtcatactgtacgttagccctgaagaagtacgttattcctccttagcactgaactatcatcgagaggcgccgggttcacaatcccatcagaacaagaaaaattctctccgctctaagagaatactactt
gi|5 : AAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-AT-ATGAAA----TGGATATAC-ATACATATGGG
gi|6 : AATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGGA-AT-ATGAAA----TGGATATAC-ATACA-ATGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatattat
gi|7 : -ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATAAATCTG---C-AGAA-GA-ACGAAA----TGGATGTCC-TCACA-ATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggatatatggttatatta
gi|8 : ----A---------GAAG---A---ATA-GTCAATAAT--GAAGTTTTTTCAG--ATCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAAA--CCGTATTTCT--GTTGACC-ATTCGTATGC-TTCAGGTACGT-A-TTAAAAT---TTT-ATATAGA---CCCAAATTC----AAG-ATTAATCTG---C-AGGA-GT-ATGAAA----TGGATGTAC-TTACA-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagaatact
gi|9 : tcgaAGTCATG-T---AAACGTTTTA-GTCAACACCTTCA--ATGGTCGAAA-G-GCTGTG--T-CA---TTTA-T-CAA-CA-TTG-AAC--ACAACACT-AAAATAG------------AACAGTGCTCGA-----TG-AAGA--ACAGTCAATT----A---------TAATCATA--TATA-TTT--TAAT--GAAAT-----TAA--CTCGC-TGCAAAT-C-TGATGC-TG--GTCCG-TCAc